JPH06502761A - 治療用リボザイム組成物 - Google Patents

治療用リボザイム組成物

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JPH06502761A JP3516034A JP51603491A JPH06502761A JP H06502761 A JPH06502761 A JP H06502761A JP 3516034 A JP3516034 A JP 3516034A JP 51603491 A JP51603491 A JP 51603491A JP H06502761 A JPH06502761 A JP H06502761A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 治療用リボザイム組成物 発明の背景 本発明は、核酸配列、特にリボヌクレアーゼP由来のりボザイム活性体に対する 基質であるRNA配列の遺伝子工学の一般領域に属している。
米国国立衛生研究所および全米科学財団からの助成金によってなされた本発明に 対し、米国政府は一定の権利を有し得る。
過去5年間の分子生物学の領域における発見によって、RNAが以前には予想も されていなかった一連の独特な性能および生物学的活性を有していることが分か ってきた。これらの新規なRNAレベルの発見の中で最も重要なのは、RNAが 情報の運搬体であるのみならず酵素になる場合があり得るという知見であった。
RNA鎖の開裂および/または連結に関与する5つのクラスのりボザイムが現在 知られている。リボザイムはRNAで構成される酵素と定義され、その大部分は RNAを基質として作用する。
リボザイムは1982年以来知られており、その年にCechおよびその共同研 究者は、単細胞真核生物であるテトラヒメナ(Tetrahymena)のリポ ソームRNAの前駆物質が、RNA配列中の成分によって触媒されて開裂され、 rRNA前駆物質が成熟rRNAに変換する間に除去されることを示した(Ce 11.31巻、147〜157頁、1982年)。この除去される配列(介在配 列またはイントロンと呼ばれる)は、「クラス!」イントロンリボザイム活性体 の多数の例として現在知られているものの1つである。
同様の「クラス■」イントロンリボザイム機構がごく最近明らかにされたが、こ れによると、多くの酵母ミトコンドリアのRNAが開裂され次いで連結される(  Nature、 324巻、429〜433頁、1987年) 、 Cech および共同研究者らは、University Patents Inc、のP CT/US87103161で、1クラス■”のりボザイムのある種のインビト ロでの適用を記載している(なおこの特許出願は、1988年6月16日にWO 38104300として公開されている)。細胞および患者の治療的応用につい てのそれらの潜在的能力は不明のままである。
クラス■のリボザイムは1983年に発見されたが、トランス式に作動すること が分かった最初のりボザイムである(すなわち、このIへボザイムは1つのRN A鎖に組込まれているが、開裂されるべき基質は第2の別個のRNA鎖であると いう条件下で作動する)。このリボザイムは、MI RNAと呼ばれているもの で、Altmanおよびその共同研究者によって1983年に特性決定がなされ 、E、 coli中の全てのトランスフy −RNA (tRNA)の成熟5° 末端を形成する開裂に関与していることがわかっている。t RNAの合成に関 連する類似のRNA含有酵素は、以後、多くのヒトの細胞系を含めて、このよう な酵素の存在が探求された全ての細胞に見出されているが、関連する真核RNA がそれ自体、インビトロで触媒作用をすることはまだ示されていない。
この触媒性RNAの発見と特性決定については、5idney Altmanが 、Adv、 Enz ll1of、、62巻、1〜36頁(1989年)に”  R4b。
nuclease P: 、An Enzyme with a Cataly tic RNA 5ubunit−で概説している。その活性体は最初E、 c oli抽出物から単離され、次いで2つの成分、すなわちMlと呼ばれるRNA 成分と05と呼ばれるタンパク質成分とを有するリボ核酸タンパク質であること が決定された。そのRNAは、ミカエリス・メンテン速度論を用いて測定したと ころ、真性の酵素反応で基質を開裂した。
Mlは単に基質の認識に関与するだけであると決定され、およびC5はKCat を変化させるかに、を変化させないと決定された。
このことは、Guerr 1er−Takadaら、Cel上、35巻、849 頁、1983年およびMcClainら、5cience、 238巻、527 頁、1987年に報告されている。配列決定の結果、Ml、RNAは377ヌク レオチドの長さで分子量(M、)は約125.000であり、そのタンパク質は Hansenら、Gene、38巻、1987年に報告されているように119 アミノ酸(町は13.800)で構成されている。
リボザイムの2つの残りのクラスは、「ウィロイド様病原体(viroid−1 ike pathogens)JすなわちVLPと呼ばれる一群の自己慢性RN Aの複製サイクルに関連している。植物ウィロイド、植物ウィルスのRNAサテ ライト、およびデルタ肝炎ウィルスが、VtP群の全メンバーである。VLPは 2つのクラスに分割することができる。すなわち遊離の生きているウィロイドで あるクラス!ならびにウィルソイドおよびサテライトウィロイドを含むクラスI I (?j[製するのにヘルパーウィルスを必要とするRNA分子)である。デ ルタ肝炎ウィルスはこの定義によればクラス■のVLPである。
1984年に、BranchおよびRobertson(Science、23 3巻、450〜455頁)はこれらの病原体の?JI製サイクルの方式を発表し たが、その後、この方式はいくつかの研究所で実施された実験で証明された。こ の「ローリングサークル」複製方式の主要な成分は、?lI製を行っているVL Pが、その情報の単位長より長いコピーをつくり、次いでそのコピーが、VLP それ自体のRNAに組込まれたりボザイム活性体によってモノマーの大きさに開 裂されるということである。Sharmeenら、J、 Virol、、 62 巻、2674〜2679頁、1988年; Branchら、5cience、 243巻、649〜652頁、1989年;ならびにWuおよびLai、 5c ience、243巻、652〜655Jj、1989年に、デルタ肝炎ウィル スについて、デルタストランドのりボザイム開裂点と、これらストランドを含有 するデルタ肝炎ウィルスのドメインの開裂点が定義されている。
VLPリボザイムの1つのタイプは、わずかに約30ヌクレオチドで構成された 小さな構造ドメイン(「ハンマーへノド」と呼ばれている)により定義される。
Uhlenbeck(Nature、 1987年)は、これらの短くて(1g ヌクレオチド)比較的特種なりボザイム配列を、アボカドサンブロノチウイロイ ドのような植物ウィロイドならびにタバコ軸点ウィルスおよびアルファルファの トランジェントストリークウィルスのサテライトRNAから最初に明かにした。
 Uhlenbeck (1987年)、ならびにFOrsterおよびSym ons(二、50巻、9〜16頁、1987年)は、このクラスのりボザイムに よる開裂に関する要件を定義した。種々の実施態様および潜在的な用途もまた、 Commonwealth 5cientific and Industri al Re5earch OrganizationによるHaseloff、  GerlachおよびJenningsのPCT/AU88100478 i こS己載されている(1090105852として1989年6月29日に公開 された)。
インビボでRNAによって支配される全ての反応は、RNA中の特異的なリン酸 ジエステル結合のエステル交換反応または加水分解反応を生じる。これらの反応 のいくつかのクラスでは、開裂または連結が行われる分子内部位置は、開裂部位 を含有するリン酸ジエステル鎖のセグメントと塩基対を形成する内部指針配列( Internal guide 5equences:IGs)によって確認さ れる。テトラヒメナの配列は、その後酵母中に発見された配列と同様に真性の酵 素ではない。というのは、プロセシング中で再生されず、代わりに化学量論的比 率で作用するからである。インビトロで、所定条件下にて酵素活性を有しRNA を開裂し連結し得るこの配列のフラグメントを作ることはできるが、これらのフ ラグメントにとって不利なことは、これらフラグメントが非常に大きく (元の 415ヌクレオチド配列の200以上の残基を必要とする)、かつ特異性が制限 されていることである。その現在の形態で、テトラヒメナのりボザイムは4塩基 のaKR配列を有し、ハンマーへノドのリボザイムは約12塩基の認識配列を有 している。特定の4塩基配列を有する一般的なmRNAの大きさのRNAは、1 2塩基対を有するRNAよりもはるかに有望で、これらのりポザイムはRNAを 開裂するために補足的様式で使用できる。
IGSは、RNAに支配されている1クラスの反応、すなわち真巻、849頁、 1983年に記載され、Altman、 Adv、 Enz mol、、 62 巻1頁、1989年に概説されている)には存在しない。開裂部位を含有するリ ン酸ジエステル鎖のセグメントのヌクレオチド配列は、RNNアーゼ一対する異 なる基質には保存されていないため、該酵素にとって特有のIGSとしては認識 し得ない。
リボザイムが試薬または治療薬として有用であるという示唆は文献中に多数みら れるが、その目的を達成したものはほとんどない。あらゆるクラスのりボザイム を利用するのに重要な知識、すなわちその機構を理解するための詳細な一次、二 次および三次の構造の知識、ならびにその基質および基質23プロセスに関する 同様のデータをさらに得なければならない。
それ故に、本発明の目的は、RNNアーゼ−しくはこれと機能が同等のものを用 いて、標的RNA配列を特異的に開裂する方法と組成物を提供することである。
本発明のその他の目的は、RNAをインビトロおよびインビボでともに特異的に 開裂して、RNAウィルスおよびDNAウィルス、ならびに1RNA由来の過剰 のもしくは病原性のタンパク質の発現で生じる疾患のような、RNAの転写もし くは翻訳に関わる疾患の症状を治療する方法と組成物を提供することである。
発明の要約 標的部位に対して相補的でありかつ3−NCCA末端を有するヌクレオチド配列 の部分を形成することにより、RNNアーゼ−用いて、あらゆるRNA分子をも 標的として開裂することができることが発見された。この場合、該ヌクレオチド 配列は標的RNAとハイブリダイズし、RNNアーゼ−上記l\イブリントの塩 基対領域で基質を開裂するように設計されてしする。特異性(ま相補的配列によ って決定される。この配列は、lO〜15ヌクレオチドの長さが好ましく、3゛ 末端にNCCAが続く相補的配列(こよっていくつかの塩基対が形成されるのを 妨害しない程度に非相補性ヌクレオチドを含有していてもよζ\。
これらの実施態様は、mRNA由来、もしくはウィルスRNAそれ自体の存在由 来の特異的タンノくり質の発現に関連する、ウィルス性疾患と障害を治療するの に特に有用である。
図面の簡単な説明 図1は、Jamesら、Ce1l、52巻、19頁、1988年に提案されたM I RNAの二次構造のモデルである。
図2は、基質の配列と提案された二次構造(AとB)、および基質とEGS R NAとの複合体(C−F)を示す。太(A矢印はMI RNAおよびRNNアー ゼ−よる開裂部位を示す。細(λ矢印は、指定の制限エンドヌクレアーゼによる 消化の後、pATlのプラスミド鋳型から合成されたpATlの切望の誘導体の 3°末端を示す。E、 coli由来の全tRNA前駆体中の変異しなLt3つ 以上のヌクレオチドの配列には下線で示す。(B)におけるヌクレオチドと異な る(A)、(C)および(D)におけるヌクレオチドは箱枠で囲んでいる。(B )中の星印は(A)には存在しないリン酸ジエステル結合を示す。(E)の二重 らせん構造中に存在する対称成分は02回転軸線である。図2Fの概略図は、− 級化して示したEGS RNAの、基質RNA上の開裂部位に対する関係を示す 。
発明の詳細な説明 開裂される部位に対して近位な短い塩基対の配列をつくり、これに3−NCCA を続けることによって、あらゆるRNA分子もRNNアーゼ−よる開裂の標的と し得ることが発見された。好ましい実施態様では、相補的配列および、3−NC CA (ここでは外部指針配列すなわちEGS″とじて結合していることを意味 する)が、基質と該相補的ヌクレオチド配列との間に塩基対を形成゛することに よって開裂部位に結合しており、その外部指針配列は、その相補的領域に対する NCCA3’とともに標的RNAとハイブリダイズする。その結果、塩基対配列 と、この塩基対配列に対して5°側のヌクレオチドとの連結点のRNA配列の部 位で開裂が起こる。特異性はその相補的配列によって決定される。
その配列は、10〜15ヌクレオチドの長さが好ましく、また塩基対を作るEG Sの全能力を妨害しない程度に非相補的ヌクレオチドを含有し得る。
これらの実施態様は、インビボでのllRNA由来の特異的なタンパク質の発現 に関連するウィルス性疾患と障害の治療、またはインビトロでのRNAの開裂に 特に有用である。好ましい実施態様では、上記の標的配列が、開裂されるRNA を含有する細胞に投与され、そこで内在性RNアーゼPが、上記標的配列によっ て導かれてRNAを開裂する。同じ試薬をインビトロで使用できる。
開裂されるRNA配列内の部位に、内在性リボザイムを導くオリゴヌクレオチド を構築した。好ましい実施態様では、そのオリゴヌクレオチドを、開裂すべきR NAを含有する細胞もしくは溶液に直接投与する。別の実施態様では、そのオリ ゴヌクレオチドは、ウィルスもしくはプラスミドのベクター介して、標的RNA を送達するために、細胞内に導入される。外部指針配列の重要な成分は、(1) 標的RNA基質に特異的に結合して、その基質RNAの開裂部位の3°側に短い 塩基対配列を生成するヌクレオチド配列、および(2)末端3’−NCCA ( Nはいかなるヌクレオチドでもよいが、プリンが好ましい)である。この配列は 一般に、標的RNAに相補的な少なくとも6もしくは7個のヌクレオチドの長さ であるが、通常は1O−1sヌクレオチドで構築されている。この配列は、標的 RNAが存在する条件下でハイブリダイズできるかぎり、全てのヌクレオチドが 相補的である必要はない。開裂速度は、RNアー七P、標的RNAを含むハイブ リッド基質の二次構造、およびハイブリッド基質中の3゛〜NCCAの存在によ って決まる。
RNNアーゼは、RNA配列およびタンパク質で構成されているが、細菌、酵母 および真核細胞を含む全ての細胞に存在している。E、 coli由来のRNN アーゼが最もよ(特性決定されているが、酵母およびヒト細胞を含む真核細胞の RNNアーゼも単離され、その活性は分析されている。基質特異性と化学速度論 を含む構造と活性は、2つのホロ酵素間で非常によく類似している。ヒト細胞の RNA成分(旧と呼ばれている)の配列決定をし、その二次構造と活性を、細菌 細胞のRNA成分であるMlの配列、二次構造および活性と比較した。この2つ のRNA成分の二次構造は類似していた。
真正細菌のRNNアーゼのRNA成分であるMlがタンパク質の成分なしで基質 を開裂し得ることが、インビトロで実証された。
全分子を提供する必要はなく、触媒活性を有する部分のみ提供すれば充分である 。
標的RNAが開裂される細胞中に導入できるベクターに、MIRNAおよび必要 に応じてC5タンパク質の遺伝子を、標準的遺伝子工学の技術を用いてクローニ ングすることも可能である。
場合によっては、カチオンをC5のタンパク質の代わりに用いることができ9、 例えばlhM Mg”から約100mM Mg”7:での濃度を、MI RNA とともに、C5タンパク質の代わりに使用し得る。
適切なベクターは、当業者に公知である。
RNNアーゼという用語は、本願で用いる場合、特にことわりがなければ、開裂 されるRNAが位置している細胞中の内在性のRNNアーゼを意味する。本願に 記載されている技術の多(は、製造法および試薬の起源については、当業者に公 知である。
方法と試薬に関する、本願で引用する文献の教示事項は、特に本願に援用し、当 該技術分野の技術の適用範囲とレベルを示すのを目的とするものである。
外部指針配列 あらゆるRNAをRNNアーゼによる開裂の標的にし得るという発見は、開裂さ れるリン酸ジエステル鎖のセグメントと部分的に塩基対を形成することによって 開裂部位を確認する「外部指針配列J (external guide 5e quence:EGS)としてtRNA前駆体のアクセプターステムの3゛側近 の配列を用いた研究に基づく。インビボで「触媒性」配列に共有結合し高度に保 存されている内部指針配列(IGS)とは対象的に、EGSは未変性酵素に対し て外側にあり、高度に変異性である。
A、3°−NCCA 本願に記載するヌクレオチド配列は全て通常の意味の略語で使用される。EGS は3°−NCCAを有する相補的配列を有している。なおNはヌクレオチドであ るがプリンが好ましい。内在性RNアーゼPは、この相補的配列が二本鎖RNA もしくはステム−ル−プ構造を形成するs側の部位まで基質を開裂する。MI  RNAをインビトロで用いるほとんどの場合、開裂を行うために、3−NCCA と結合している塩基対RNA以外は何も必要としない。
B、相補的配列 相補的配列は一般に、3から開裂の標的になっている部位までの配列に対し相補 的な少なくとも1O−1sヌクレオチドで構成されているか、あるいは開裂を促 進する条件下で標的配列と特異的に・・イブリダイズするのに充分な長さを有す るヌクレオチドで構成されている。
リボザイム活性体 全ての細胞がRNNアーゼを含有している故に、開裂を細胞内で行う場合には、 リボザイム活性体を供給する必要はない。
本願で便宜上用いる場合、RNNアーゼという用語は、その起源にかかわらず、 C5タンパク質もしくはその類似体、およ−びRNNアーゼの触媒活性に関与す るRNAサブユニットで構成されているリボ核タンパク質を意味する。触媒とし て活性なRNAは、細菌、酵母または他の真核細胞から単離されるヌクレオチド 配列を開裂するRNA、あるいは酵素的開裂、化学合成もしくは遺伝子からの転 写によって生成される機能的に活性なその誘導体を含む。このRNAサブ二二、 トは、インビトロでタンパク質サブユニットが存在しない場合、必ずしも触媒活 性を示す必要はない。
A、 MI RNAの類似体およびタンパク質成分C5の類似体とを含有する内 在性RNアーゼP MI RNAの配列および推定二次構造を図1に示す。多数の研究が、E、 c oli以外の細菌、酵母(例えばLeeおよびEngelke、Mo1. Ce 1l Biol、 9(6)巻、2536〜2543頁、1989年に報告され ている)、およびHe1a細胞のような真核細胞(例えばBartkievie zら、Genes Deve旦1. 3巻、488〜499頁、1989年に報 告されている)由来のMI RNAと機能が同等のものは、構造と基質特異性が 類似していることを実証している。旧RNA、すなわちヒ1−RNアーゼPのR NA成分の配列と構造は、Baerら、Nucleic Ac1ds Res、 、18(1)巻、97〜103頁、1989年に報告されている。種々の起源由 来のRNNアーゼのRNA成分に関する報告を比較している概説が刊行されてい る。すなわちl/enkstern、 Mo1. Biol、、 21(4)巻 、pt、 1.719〜723頁、1988年: PaceおよびSm1th、 、 J、 Biol、 Chem、 265(7)巻、3587〜3590頁、 1990年;およびPaceら、Gene、82(1)巻、65〜75頁、19 89年である。
起源が異なるRNアーゼP゛の二次構造と基質特異性が類似しているため、たと え触媒として活性なRNAサブユニットが明確に異なる配列を有し得ても、EG Sを用いることにより、いかなる細胞のいかなるRNAをも標的とし得る。二次 構造は、長さが少なくとも2つの塩基対を有する相補的配列の分子内会合により 確定される。塩基対は標準的なA/UおよびG/Cまたは非標準的なG/Uおよ びA/Gなどで有り得る。
B、触媒活性を有する外在性RNA EGSは、リボザイム活性を有する外在性RNA配列または外在性ホロ酵素と組 合わせても使用し得る。リボザイム活性を有する配列は、全MI RNA分子、 もしくはこの分子の触媒活性を有していることが分かっている部分、または真核 の起源もしくは誘導体と機能的に同等なあらゆる分子を示し得る。
外在性のRNAもしくはRNNアーゼ−EGSと組合わせて利用される2つの基 本的な場合がある。すなわち、インビトロで細胞もしくは細胞のRNNアーゼ− 存在しない場合、および開裂されるRNAがRNNアーゼ−含有していない細胞 の一部分に位置している環境内にある場合である。後者の場合、MI RNA  (上記定義の)およびC5タンパク質をフードする遺伝子は、細胞内に遺伝子を 導入および発現させるための、当業者に公知の適切なベクターおよび他の方法を 用いて、開裂するのに望ましい位置で細胞内に導入される。高濃度のカチオンの 存在下でのMI RNAに関するインビトロでの研究に対しては、全ての場合1 、[タンパク質を提供する必要はない。
実施例1 : EGSが標的とするRNA基質のMI RNAによるインビトロ での開裂 EGSは、E、 coli由来のRNNアーゼ−よって基質を開裂するために必 須であり、標的配列からはずしたときでもまだ機能を有していることが実証され た。EGS含有RNA (EGS RNA5)を用いて、RNNアーゼ一対する 非常に小さなモデルの基質を構築し、基質の認識と開裂の機構を研究した。
これらの研究の結果は、いずれのRNAも、特別に設計されたEGS RNAと 会合するならば、RNNアーゼ−よって標的され、インビトロもしくはインビボ で特異的に開裂されることを示しテイル。EGS RNAに対する必須の基準は 、このEGS RNAが、標的配列とハイブリダイズして二本鎖RNAおよび3 −NCCAを形成する配列を有していることである。
RNNアーゼ−よって開裂する場合のEGSの重要性は、RNNアーゼ−有効に 開裂されると報告されている最小のモデル基質であるpATlの誘導体で試験し た。なおこの基質pATIは、McClainら、5cience、238巻、 527〜530頁、1987年に記載されており、この文献の教示事項は本願に 参考として援用される。基質を、EGS RNAの存在下もしくは非存在下で、 MI RNAもしくはRNNアーゼ−よる開裂反応について検定し、次にオート ラジオグラフィに続くポリアクリルアミドゲル電気泳動法によって分析した。ヌ クレオチドは、”nt”という略号で示す。
材料および方法 0.1mM EDTA [pATl(P:51nt)、 Taql pATl( T;31nj>、Hinfl pATL (H:24nt)または17−ntR NA]に未標識の、および口α−ff2p]−GTPで標識した基質RNAの混 合物を、室温で、0.1mM EDTA。
まタハ未標識t7)EGS RIJAを含有する0、1mM EDTA [29 −nt EGSRNA、 2O−nt EGS RNAまたはl7−nt RN A]と混合し、各混合物を未1識の酵素あり、またはなしで反応緩衝液内で37 ℃でイン牛二ベー/−Jンした。
切望のpATI RNAを、McClainら、5cience、 238巻、 527頁、1987年に報告されているpGEM2−ATIプラスミド鋳型から 、5P5RNAポリメラーゼを用いて合成した。McClainらは、単にtR NAPHE遺伝子のアクセプターステム、Tステム・ループおよび3′末端NC CA残基たけを含有するATLと呼ぶ合成誘導体を、Pr。
+mega Biotec社から入手した発現プラスミドpGEM−2のEco Rl/Pst I部位に挿入したと報告している。メーカーのプロトコルを利用 して、プラスミドpGP18 DNAをEcoRI、’Pst Iでt’f4化 し、上記合成遺伝子を保存するフラグメントを単離し、次にプラスミドpGEM −2のEcoRI/ Pst I部位に挿入した。前記合成遺伝子を有するプラ スミドpOEM−2をPs目で消化し、得られた線形DNAをSF3 RNAポ リメラーゼによってインビトロで転写した。
SF3による転写により短い5゛リーダー配列pppGAAUAcAcGGAA UUCおよび、Pst Iで消化された制限酵素部位の残留部分に相当する余分 の3’C残基とを得た。3−末端の一本鎖領域を有する消化された鋳型は、E、  coliのDNAポリメラーゼ■のフレノウフラグメントとともにインキ一ベ ートしてから転写し、そしてl7−nt RNAおよびEGS RNAは、J、  F、 Milliganら、Nucleia Ac1ds Res、、 15 巻、8783頁、1987年に記載されているオリゴデオキシリボヌクレオチド 鋳型からT7 RNAポリメラーゼを用いて合成し、ForsterおよびSy mons、 Ce11.49巻、211頁、1987年に記載しであるようにし て精製した。野生型MI RNAと05タンパク質は、A、 V 1oqueら 、J、 Mo1. Biol、、202巻、835頁、1988年に記載されて いるのと同様にして調製した。これらの文献の教示事項は本願に参考として援用 される。
(以下余白) 基質、EGS RNA、 MI RNAおよびC5タンパク質の濃度はそれぞれ So、 60.5およびloOnMであった。 MI RNAとの反応は、50 IIMトリスT門−HC1pH7,5,100mM MgCl2、loomM  NH4Cl、4%ポリエチレンレンゲリコール6000〜7500、および0. 06mM EDTAの混合物中で100分間、37℃でインキュベートして行っ た。RNNアーゼ−の反応は、5011Mトリス”−MCI pH7,5、io +aM MgCl2.100iMlJ100i、0.06mM EDTA、 0 .2mM Na0Ac、 1.2mM NaC1および28IIIM尿素の混合 物中で20分間、37℃でインキュベートして行った。
反応はホルムアミドと過剰のEDTAを添加して停止させ、生成物を7Mの尿素 を含有する19%ポリアクリルアミドゲルの電気泳動に付し、次いでオートラン ジオグラフィーで分析した。
試験結果 反応条件と試験結果は表1に要約しである。EGSを欠失した切望の3′末端を 冑するpATlの誘導体で、Hinfl pAtlおよびTaql pATlと 呼ばれるもの(それぞれpATlの5゛−末端の24ntと31ntとで構成さ れている;図2B)は、pATlが有効に開裂される条件下で、E、 coli 由来のRNNアーゼ−(MI IIINAプラスC5タンパク質)およびMI  RNAのどちらによっても開裂されなかった。しかし、欠失したEGS (29 −neのEGS RNAまたは2O−ntのEGS RNA (図2のCとD) を含有するRNAを反応混合物に添加したところ、Hinfl pATlとTa ql pATlは、pATlと同じ開裂部位で有効に開裂された。20−r+t と29−nLのEGS RNAは、MI RNAもしくはRNNアーゼ−よるp ATlの開裂反応を刺激した。さらに、基質およびEGS RhAを同じ配列か ら作ることができるように設計されたl ?−n Lの1iNA C図2E)も RNNアーゼ−よって有効に開裂されたが、MI RNAでは不完全にしか開裂 されなかった。開裂部位は、A、 C,ForsterおよびR,)1. Sy mons、 Ce1l、 49巻、211頁、1987年に記載されているよう にして測定した。すなわち、未標議のl7−nt RNAをRNNアーゼ−よっ て開裂することによって生成した開裂フラグメントの3′−末端をC5’−32 P〕−pCpで標識し、そのRNAをRNアーゼT2で消化してモノヌクレオチ ドにし、次いでクロマグラフィに付して測定した。唯一の検出された放射性ヌク レオチドがウリジン3′ −モノリン酸であった。
l7−ntのRNAは、2O−ntもしくは29−ntのEGS RNAと同じ オクタヌクレオチド、の3′−末端配列を有しているけれども、HinflpA TlとTaql pATLは、1フーnt RNAの存在下、MI RNAとR Nアーゼpのどちらによっても開裂されなかった。このことは2O−ntと29 ntのEGS RNAの機能が、それらの8個の3′末端ヌクレオチドに基づい たものではなかったことを示している。しかしpATl(ならびに恐らくは2O −ntおよび29−ntのEGS RNA)の3個の3°−末端ヌクレオチドの うちの少なくとも1つは重要である。
というのは、切望の小さな3゛−末端を有するpATlの誘導体であってBan t pATl、N1alV pATl、Bsp1286 pATlと呼ばれるも のく図2B)は、MI RNAとともにインキュベートした0、1mMEDTA 中のpATlと正確に同じ条件下で、基質として機能しなかったからである。こ の結果は、pAT 1のCCACOM配列の5°−近位のCの塩基置換が劇的に 開裂を抑制するためで驚くに当たらない。
l5−ntのRNAと共泳動(cow igra te)するTaql pAT IもしくはHinfl pATIは5′開裂フラグメントである。なんとなれば 、それは[y−32P) −GTPで標識したTaql pATIもしくは)l infl pATlを、2O−ntもしくは29−ntのEGS RNAの存在 下、MI RNAもしくはRNNアーゼ−よって開裂して生成した唯一の放射能 標識生成物だからである。pATl、 Tagl pATIおよびHinfl  pATIの期待される3′開裂フラグメントは、それぞれ36nt、 16nt および90tの長さである(未開裂のRNAおよび3″開裂フラグメントが不均 質なのは、SF3 RNAポリメラーゼによる転写反応の終止が不均一だからで ある)。l7−nt RNAの5゛ および3′の開裂フラグメントは、それぞ れ6と11のnL長さである。
図2Fは、FJGS RNAと塩基対を形成するRNA基質の概略図であり、矢 印は、相捕的な−NCCA配列の結合部に近位の基質RNA上の開裂部位を示す 。
(以下余白) 表1 : MI RNAおよびR’4アーゼPによるRNA基質の開裂A、ML  RNA ヒめ イン〒>へ゛−″/多ンIP(閂1RNAt宮番1つ (以下余白) ム1 坑で B、にN7−りPv硝 インf>へ゛−ンタンIP(R#7−vPt含シイつ P アクセプターステム、Tステムループ、tRNAph”)3’CCを含有す るpAT 1 )1 pATIの5°末!24nL8含宵するHinfl pATIT pAT lの5°末端31ntを含有するTaq I pAT117ntは、20.29 nt配列と同L;8ntの3゛末瑞を宵する。
Hinfl pAT1/2O−nt EGS RNAおよびTaq! pATl /2O−nt EGS RNAによる試験結果は、 tRNA前駆体のアミノア シルアクセプターステム中に存在する7−ntのEGSより長いEGS (図2 A)は機能性であり、tRNA前駆体の保存GUUCループはRNNアーゼ−よ って有効な開裂を行うのには不必要であることを示している。l7−ntのRN Aによる試験結果は、RNNアーゼ−よる有効な開裂を行うのに必要なtRNA 前駆体の部分はア/ルアミ/アクセプターステムならびにいくつかの追加の5“ −末端および3′−末端の配列である。l7−ntのRNAの開裂部位(図2E )は、インビボにみられるRNNアーゼ−多くの基質の場合のように、潜在的に 二本鎖の領域内にある。l7−nt RNAは、RNNアーゼ−はなくてMI  RNAによる開裂が不充分であるということは、開裂部位の5゛側のヌクレオチ ドが塩基対を作ることが原因かもしれない。この場合、MI RNAおよびRN Nアーゼ−よって開裂される部位の位置が、単に一本鎖と二本鎖の領域の結合部 だけでな(、ある程度は保存NCCA配列の位置によって決定され得るためであ る。
基質/EGS RNA複合体における開裂部位の選択に関するこの一般規則には 例外がある。すなわち、タバコモザイクウィルスの誘導体のようなRNNアーゼ −基質は、予想開裂部位より1ヌクレオチド離れた部位で開裂されるか、または 全NCCA配列がない場合に正確に開裂される。
実施例2 : E、 colt由来のMI RNAによるウィルスRNAの開裂 E、 coliのQβバクテリオファージは充分に特性決定がなされているRN Aウィルスであり、90%以上のファージRNAがウィルスタンパク貫をフード し、そのことはKramerおよびMills。
Nucl、Ac1ds Res、、 9@、 S10’J−5124頁、198 1年に概説されている。現在、再構成されたRNNアーゼ−このウィルスRNA を開裂することが実証されているので、これによりRNNアーゼ−、標的RNA とEGSとの間に形成された)・イブリッド基質と同等の構造を有する長いウィ ルスRNA基質を開裂できることが示される。
p32で標識されたミディバリアント(midivariant)RNAを、5 0mM)リス”−HCl (pH=7.5>、 lomM MgCl2および1 100n NH4Clを含有する緩衝液中で、再構成したRNNアーゼ−(MI  RNAプラスC5−タンパク質)の存在下、10〜15分間37℃でインキュ ベートした。
10モルの尿素を含有する追跡用色素(ブロムフェノールブルー+キシレンシア /−ル)を添加して反応を停止させ、得られた反応混合物を変性ポリアクリルア ミドゲル(7モルの尿素を含有する5%ポリアクリルアミド変性ゲル)に負荷し た。
反応生成物を電気泳動で検出しオートラジオグラフィーで分析した。
この試験の結果は、個の場合ステム−ループ構造を作り3′−NCCAが続くオ リゴヌクレオチドで形成される塩基対の短い配列に対して5゛側の基質の部位で 、MI RNAがウィルス基質を開裂できることを実証している。
研究室用もしくは臨床用の試薬としてのEGSの用途外部指針配列には、インビ トロの試薬として制限酵素と同様の方式の用途、ならびに治療用試薬として、イ ンビボで特定の細菌およびウィルスの配列を開裂および不活性化する用途がある 。外部指針配列は、所望の開裂部位に近位の配列に対して相補的でかつ標的RN Aに対して特異的な10〜15塩基の配列および3’−NCCA配列とで構成さ れているが、EGSに対し相補的な配列を有するあらゆるRNAに、内在性RN アーゼPもしくは添加したMI RNAの存在下で添加することができ、その結 果該RNAは標的部位で開裂される。このような方法で、ヒト細胞のRNNアー ゼ−ような細胞中の内在性RNアーゼPの活性は、適切なEGS RNAを用い ることによって、特異的なメツセンジャーRNA、ウィルスRNA、他のRNA を破壊するのに利用できる。
1、インビトロの用途に用いられる試薬DNA制限エンドヌクレアーゼは分子生 物学者とって計り知れないほど貴重な試薬である。制限フラグメントの大きさの 、?ターンが、DNA分子間の配列関係を決定するために利用され、大きなりN Aは開裂されて、遺伝子工学、配列決定およびタンノfとができる。一方すボザ イムは、かなり大きな配列特異性でRNAを開裂する。
小さくて特異的なりボザイムは、特異的な標的配列とMI RNAもしくはこれ と機能が同等の物を結合させて調製することができる。好ましい実施態様におい て、この2つの配列は別個であるか、あるいはこれら2つの配列は、オリゴヌク レオチドのリンカ−を用いて結合させることができ、標的配列および開裂する触 媒配列に対して、標的配列には結合のための、そして触媒配列には開裂のための 、両配列間に充分なフレキシビリティをもたらす。いくつかのインビトロの実施 態様では、C5タンパク質に代わる置換体として、高濃度のカチオン、最も好ま しくはy g 2°を添加することが好ましい。
2、治療法 a、相補的配列の決定および調製 mRNAおよび構造RNA自体によってコードされるタンパク質を含むRNAと して発現されるあらゆる細胞遺伝子産物は、標的RNAおよび3’−NCCAC C−結合するために適切な、配列および/または構造のための領域を含むように 加工された配列を用いることにより、RNNアーゼ−特異的に開裂し不活性化す る標的とすることができる。この細胞遺伝子産物は、その産物が正常細胞の成分 でない場合の、工遺伝子産物のようなm瘍遺伝子の修飾産物;旧V7JI製のた めの必須の遺伝子でコードされているようなウィルスタンパク質;または細菌タ ンパク質であり得る。
多くの場合、感染性もしくは病原性の作用因子としての重要な遺伝子は単離され て配列決定がなされている。適切な相補的配列は、標準の方法、試薬、およびこ れらの公知の配列に対する装置を用いて合成することができる。
1)、 EGSを標的RNAに対して送る適切な医薬組成物の調製開裂するため に標的にされた細胞内RNAにEGSを送るのに2つの主要な機構、すなわち拡 散法およびベクター経由がある。
上記のように、疾患の過程で作用するいかなるRNAでも標的にすることができ 、および適切な相補的な配列は、合成によるかまたはクローニングされた配列を コピーすることによって作ることができる。RNアーセPは主として真核細胞の 核内に見られるので、感染した細胞に適切なEGSを投与することによってほと んど阻止されると考えられる感染性作用因子は、重要なRNA配列が核内で転写 されている作用因子である。細胞核内で複製する。ウィルス作用因子の主要な例 には、ヘルペスウィルスill (jl純ヘルペスウィルス、水痘Wr状庖FE ウィルス、サイトメガロウィルスおよびエプスタイン−バーウィルス)、アデノ ウィルス類、麻疹のようなバラミクソウィルス類、およびヒト免疫不全ウィルス (HIV 1.HIV 11および旧V l11)のようなレトロウィルス類が ある。
EGSのベクターによる送達 好ましいベクターは、EGSが転写されて核内に放出される、核にEGSを直接 導入するレトロウィルスのようなウィルスベクターである。適正な条件下で、E GSは標的RNAとハイブリダイズし、次に内在性RNアーゼPが上記のハイブ リダイズされたRNAを、ハイブリッド領域の5°側で開裂する。
欠陥レトロウィルスは、自らのRNA配列をDNAの形態で宿主の染色体中に組 込むが、EGSを宿主中に組込むように加工することができ、その宿主内でコピ ーが作られて細胞質に放出され、標的ヌクレオチド配列と相互作用を行う。
標的治療の手段として、特別に加工された核酸配列を、造血細胞に関するウィル ス性疾患、例えばエイズに罹患している患者の造血細胞に導入する能力には大き な可能性がある。
特定の遺伝子配列をヒト細胞へ導入するために現在利用できる最も有効な方法は 、ヒト細胞に遺伝子を高効率で送達するビヒクルもしくはベクターとして働<R NA含有レトロウィルスを使用する方法である。
RNNアーゼ−基づいた治療法も、HIV−1の広がりを防止する手段および/ または感染した個体に免疫機能を付与することができる旧V−1耐性のT細胞集 団を提供する手段として使用し得る。旧V−1に対する抗体を有していると新た に診断されたかの候補である。この方法は、患者のtU幹細胞をいくらか取出し 次いで軽度にcytoblat ionを行う必要がある。取出した細胞は実験 室で適切なEGS組成物で処理した後、同じ個体に戻される。この処理された細 胞は、愚者の体内で発育してT細胞を含む成熟造血細胞になる。これらのT細胞 は、正常な免疫機能を有し、かつ最も重要なことは、細胞内機能的に免疫化がな され、患者の体内にまだ存在している旧V−tによって該細胞が破壊されるのを 防止する。
tU幹細胞と造血細胞は、比較的容易に取出され、元に戻し、細胞集団を自己再 生させて転移された遺伝子を増殖させることができる。上記のように、HIV− 1およびHTLV−1はこれらの方法への適0合が容易なはずである。RNNア ーゼ−よる治療方法を用いることによる、癌細胞の発生と維持に関与する活性化 された腫瘍遺伝子のような細胞内の他の望ましくない遺伝子の選択的な不活性化 を、長期間的視野から予想することができる。
HIVによる感染症を予防もしくは制限するのを目的とじて現在使用されている 方法とは対照的に、RNNアーゼ−用いる方法を使用して、HIV感染症および EGSを有するレトロウィルスベクターで形質転換されている白血球細胞に関連 する疾患を治療し治癒させることが可能なはずである。EGSを利用し、RNA を標的としてRNNアーゼ−開裂して治療できる特定の疾患の例としては、HT LV−1だけでなくレトロウィルスで誘発される各種の臼血病が含まれる。治療 することができるかもしれない他のタイプの形質転換組織としては、公知の配列 の同定された腫瘍遺伝子を有する腸および乳房の細胞がある。
直接投与に用いる局所用および他のEGS組成物EGSはまた、適切な医薬担体 中に含有させて、局所的もしくは全身的に投与し得る。E、 Vl、 Mart  ir+g集、第15版、■■■ton’s Pharmaceutical  Sciences(Mark Publishing Company。
1975年)には代表的な担体および調製法が記載されている。
なおこの文献の教示事項は、本願に参考として援用されている。またEGSは、 適切な生体適合性のマイクロカプセルもしくはリポソームで被包化して食細胞に 向けることができる。このような系は、当業者に公知である。
治療に用いる場合、オリゴヌクレオチドは、標的RNAの転写を阻害するEGS の有効量および、医薬として受容できる担体とで構成された医薬組成物として投 与される。単独もしくは混合して用いられる代表的な医薬の担体の例には、1つ 以上の固体、半固体、もしくは液体の希釈剤、充填剤および非毒性で不活性かつ 製薬的に受容できる製剤アジユバントが含まれる。このような医薬組成物として は、単位投与剤形、すなわち所望の治療応答を生じるように計算された投与の一 回量もしくは複数回量に相当する医薬の予め決められた量を含有する物理的に別 個の単位が好ましく、これは通常、錠剤、口内錠剤、カプセル剤、散剤、水性も しくは油性の懸濁剤、シロ7ブ剤、エリキフル剤および水溶液剤として調製され る。
好ましい組成物としては、例えば単純ヘルペスウィルスによって生じるようなウ ィルス病巣に塗布するための局所用組成物がある。これらの組成物は一般に担体 1ml当り、1〜100nHのオリゴヌクレオチドを含有する。経口組成物は好 ましいものではないが、錠剤もしくはカプセル剤の形態であり、結合剤(fll えばシロップ、アラビアゴム、ゼラチン、ソルビトール、トラガカントまたはポ リビニルピロリドン)、充填剤(例えばラクトース、糖、トウモロコシデンプン 、リン酸カルシウム、ソルビトールまたはグリシン) 、if[1fll Ul えばステアリン酸マグネシウム、タルク、ポリエチレングリコールまたはシリカ )、崩壊剤(例えばデンプン)および湿潤剤(例えばラウリル硫酸ナトリウム) のような通常の賦形剤を含有し得る。通常の医薬用ビヒクルによるEGSの溶液 もしくは懸R液は、静脈注射用の水溶液剤または筋肉内注射用油性懸濁剤のよう な非経口組成物として使用される。
臨床に使用する場合、各症例の投与量と投与計画は、慎重に調節し、被投与者の 年齢、体重及び症状、投与経路ならびに疾病の状態と重症度を確実にかつ専門的 に判断し熟慮して実施しなければならない。
あらゆるRNAを標的としてMI RNAもしくはRNアーゼPで開裂する方法 と組成物の修飾と変更は、当業者には前記の詳細な説明から明白であろう。この ような修飾と変更は本願の特許請求の範囲の°適用範囲内にあると意図される。
FIGURE 2d pppGAAUAcAcGGAAUUc ACCACo。
ノ’G −C −G −G C@G −C −C −tJ C自G −C 国際調査報告 フロントページの続き (72)発明者 ゲリエールータカダ、セシリア エル。
アメリカ合衆国 コネティカット 06515−1615 ニュー ヘイブン、 ラムズデルストリート57

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.Nがいずれかのヌクレオチドである3′−NCCA配列、および基質に対し て棺補的なヌクレオチド配列を含み、そのヌクレオチド配列が、その塩基対形成 領域の5′側のヌクレオチドの位置でRNアーゼPもしくは触媒として活性なそ の同等物により開裂が促進される条件下で、基質と塩基対を形成する外部指針配 列を含有する、 RNA配列を標的として、RNアーゼPまたは触媒として活性なその同等物によ り開裂を行うための、組成物。 2.3′−NCCAのNがプリンである、請求項1に記載の組成物。 3.前記相補的配列が少なくとも7個のヌクレオチドの長さである、請求項1に 記載の組成物。 4.RNアーゼPが、真正細菌と真核生物のRNアーゼPからなる群から選択さ れる、請求項1に記載の組成物。 5.RNアーゼPの触媒として活性な同等物が、細菌、酵母および他の真核細胞 由来のRNアーゼPのRNA成分からなる群から選択される、請求項4に記載の 組成物。 6.RNAが、原核細胞由来の、MlRNAおよびそれとの機能的同等物からな る群から選択される、請求項5記に記載の組成物。 7.RNAに外部指針配列を送達することをさらに包含する、請求項6に記載の 組成物。 8.C5タンパク質またはこれとの機能的同等物をさらに含有する、請求項5に 記載の組成物。 9.10mMの量Mg2より大きい当量の濃度の二価のカチオンをさらに含有す る、請求項5に記載の組成物。 10.RNアーゼPが配列を標的とし、その配列がRNアーゼPによって開裂さ れて、腫瘍遺伝子、腫瘍サプレッサー遺伝子、ウィルス遺伝子、ならびに酵素、 ホルモン、補因子、抗体、および成長因子からなる群から選択されるタンパク質 をコードする細胞性mRNAからなる群から選択されるRNAを不活性化する、 請求項1に記載の組成物。 11.局所、皮下、非経口および腸内の投与に適切な担体からなる群から選択さ れる医薬用担体をさらに含有する、請求項1に記載の組成物。 12.開裂する標的のRNAを含有する細胞中に前記外部指針配列を導入するた めのベクターをさらに含有する、請求項1に記載の組成物。 13.前記ベクターがレトロウイルスのベクターである、請求項12に記載の組 成物。 14.Nがいずれかのヌクレオチドである3′−NCCA配列、および基質に対 して相補的なヌクレオチド配列を含み、そのヌクレオチド配列が、その塩基対形 成領域の5′側のヌクレオチドの位置でRNアーゼPもしくは触媒として活性な その同等物により開裂が促進される条件下で、基質と塩基対を形成する外部指針 配列を含有する、 RNアーゼPまたは触媒として活性なその同等物と組合わせて提供することを包 含する、 RNAを特異的に開製する、方法。 15.3′−近位NCCA中のNがプリンである、請求項14に記載の方法。 16.前記相補的配列が少なくとも7個のヌクレオチドの長さである、請求項1 4に記載の方法。 17.RNアーゼPが、真正細菌および真核生物のRNアーゼPからなる群から 選択される、請求項14に記載の方法。 18.RNアーゼPの触媒として活性な同等物が、細菌、酵母および他の真核細 胞由来のRNアーゼPのRNA成分からなる群から選択される、請求項17に記 載の方法。 19.RNAが、原核細胞由来の、MlRNAおよびそれとの機能的同等物から なる群から選択される、請求項18に記載の方法。 2わ.標的RNAが細胞内にあり、RNアーゼPがその細胞に内在している、請 求項14に記載の方法。 21.RNアーゼPとの機能的同等物を前記外部指針配列に送達することをさら に包含する、請求項14に記載の方法。 22.RNアーゼPが配列を標的とし、その配列がRNアーゼPによって開裂さ れて、腫瘍遺伝子、腫瘍サプレッサー遺伝子、ウィルス遺伝子、ならびに酵素、 ホルモン、補因子、抗体および成長因子からなる群から選択されるタンパク質を コードする細胞性mRNAからなる群から選択されるRNAを不活性化する、請 求項14に記載の方法。 23.局所、皮下、非経口および腸内の投与に適切な担体からなる群から選択さ れる医薬用担体に組合わせて、前記外部指針配列を送達することをさらに包含す る、請求項14に記載の方法。 24.前記外部指針配列を、開製する標的のRNAを含有する細胞中に該外部指 針配列を導入するベクターと組合わせて送達することをさらに包含する、請求項 14に記載の方法。
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