JPH05219994A - シグナル産生部分およびその使用法 - Google Patents

シグナル産生部分およびその使用法

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JPH05219994A
JPH05219994A JP3216676A JP21667691A JPH05219994A JP H05219994 A JPH05219994 A JP H05219994A JP 3216676 A JP3216676 A JP 3216676A JP 21667691 A JP21667691 A JP 21667691A JP H05219994 A JPH05219994 A JP H05219994A
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JP3216676A
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Michael Lewis Bittner
マイケル・ルイス・ビットナー
John David Beman
ジョン・デービッド・ビーマン
Uwe Richard Mueller
ウヴェ・リヒャルト・ミュラー
Douglas James Taron
ダクラス・ジェームズ・タロン
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BP Corp North America Inc
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Abstract

(57)【要約】 (修正有) 【目的】アッセイの標的が極度に低濃度であり、標的の
存在および/または濃度を検出するのに有用な増幅され
たシグナルが産生されるようなあらゆるアッセイで使用
するための、シグナル産成部分に関する。 【構成】自己増幅するシグナル産生部と、極少量の標的
分子を検出するアッセイ方法が開示されている。シグナ
ル産生部は活性バクテリオファージまたはウィルスと、
検出プローブを含む。標的と接触した後、シグナル産生
部は適当な宿主に導入され、複製と増幅されたシグナル
産生が行われる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明はアッセイで使用するため
の、自己増幅するシグナル産成部分に関するものであ
る。より詳細には、本発明はアッセイの標的が極度に低
濃度であり、標的の存在および/または濃度を検出する
のに有用な増幅されたシグナルが産生されるようなあら
ゆるアッセイで使用するための、シグナル産成部分に関
するものである。本発明は、10-18モルまたはそれ以
下の量で存在する分子の検出および/または定量を可能
にするアッセイを与える。
【0002】
【従来の技術】本分野では、検出可能なシグナルを産生
するための多様な手段を用いた多くのアッセイが既に知
られている。しかしながら、今日知られているアッセイ
は限られた強度のシグナルしか産生せず、したがって感
度には限りがある。既知のアッセイでより感度が高いも
のは、アッセイの標的と結合する検出プローブとシグナ
ル産成部分(標識)とを組み合わせるものである。シグ
ナル産成部分は典型的には蛍光部分または酵素である。
検出プローブは典型的には抗体、アビジン、または核酸
配列である。
【0003】特異的なDNAまたはRNA配列に関する
アッセイ(DNAプローブアッセイ)は、他の標的に関
するアッセイと比較すると、特に高度な選択性が可能で
ある。DNAプローブアッセイは病原菌やその他の微生
物学的物質、また遺伝病に由来するDNAまたはRNA
配列の検出に特に有用である。しかしながら、現在のD
NAプローブの適用はアッセイ技術の感度によって制限
されている。蛍光標識を用いたDNAプローブアッセイ
は典型的には、約10-17モルの標的分子(アッセイ体
積あたり)まで測定可能な感度を持つ。酵素標識を用い
たアッセイは、約10-18モル(アッセイ体積あたり)
まで測定できるように改良された。
【0004】バクテリオファージは適当な宿主細胞に導
入されると複製することができ、米国特許第4,10
4,126号に開示されたヤング(Young)による
競合結合アッセイで使用された。ヤングはさらに、標的
の存在量を決定するために、酵素などの特定の細胞内物
質の使用を開示している。しかしながら、このアッセイ
は、最も感度のよい酵素標識を用いたアッセイの10
-18モルの感度よりも、感度が悪い。さらに、このアッ
セイで用いるバクテリオファージはアッセイされる基質
に特異的に結合するタンパク質によって顕著に不活化さ
れる。
【0005】モスコウィッツ(Moskowitz)は
米国特許第4,746,604号でさらに、幾つかのア
ッセイ形式で、シグナル産成部分として生きた細胞の使
用を開示している。細胞は複製され、それによって増幅
されたシグナルが生成される。米国特許第4,746,
604号はいかなるアッセイ形式でもバクテリオファー
ジやウイルスの使用を開示しておらず、10-18モルま
たはそれ以下の感度のアッセイを開示していない。
【0006】
【発明が解決しようとする課題】したがって、10-18
モルまたはそれ以下の量で存在する微量の標的分子の検
出または定量を可能にする非競合結合アッセイを与える
ことが、本発明の目的である。本発明の別の目的は、ア
ッセイで自己増幅するシグナル生成部分を用いて微量の
標識分子の検出のためのアッセイで与えることである。
本発明のさらに別の目的は、微量のDNAまたはRNA
配列を検出するためのアッセイで自己増幅するシグナル
生成部分中に活性のあるウイルスまたはバクテリオファ
ージを用いることである。ファージまたはウイルスそれ
自体を存在するアッセイの標的量を決定するために使用
可能であり、あるいは酵素や他の触媒を産生するために
使用し、それをさらに存在する標的量の決定に用いるこ
とも可能である。本発明のこれらの目的および他の目的
およびそれらが達成される方法は、以下の発明の詳細な
説明から明らかになるであろう。
【0007】
【課題を解決するための手段】本発明は3つの局面を持
つ。第1の局面は、微量の標的分子の存在あるいは濃度
を検出するためのアッセイで用いられる、自己増幅する
シグナル生成部分である。特に、シグナル産成部分は核
酸の材料および検出プローブとして働くベクターを含
む。ベクターは典型的にはバクテリオファージまたはウ
イルスであり、宿主への取り込みおよびその中での複製
に適したものである必要がある。宿主は典型的にはベク
ター適合性で選択された細胞である。ベクターによって
産生された核酸は、直接検出できるか、あるいは検出可
能なシグナルを産生するための連続反応に加わるような
ポリペプチドをコードするひとつ以上の核酸配列を含む
ことも可能である。ポリペプチドはタンパク質、酵素、
補酵素などである。核酸配列は宿主によって翻訳され、
ポリペプチドを産生する。このようにして、ベクターは
増幅されたシグナルを産生する。シグナル生成部分の検
出プローブはベクターと標的を結合させ、ベクター・検
出プローブ・標的を含むレポーター複合体を形成する。
【0008】本発明の第2の局面は、本発明のシグナル
産成部分を用いて標的分子の存在および/または濃度を
検出するための方法である。レポーター複合体は通常の
方法によって、結合していないベクターおよび検出プロ
ーブから分離することができる。分離されたレポーター
複合体、より特異的には、そのベクター要素は宿主に導
入され、そこでベクターが複製され、検出可能なシグナ
ルを産生する。ベクターによって産生された核酸はポリ
ペプチドをコードすることもできる。この場合には、ベ
クターは、複製され、シグナル生成反応のためのポリペ
プチドをさらに産生するために、宿主に導入される。よ
り一般的には、本方法は: (a) シグナル産成部分を標的と接触させてレポータ
ー複合体を形成させること; (b) レポーター複合体を、シグナル産成部分の結合
していない成分から分離すること; (c) 分離したレポーター複合体由来のベクターを適
当な宿主に導入すること; (d) ベクターにシグナルを産生させること;および (e) シグナルを検出すること、 の過程を含む。レポーター複合体が結合していない成分
から分離されたら、それを宿主に導入することができ
る。あるいは、レポーター複合体を多様な成分に分離す
ることができる。重要なことは、ベクターが宿主に導入
されて増幅されたシグナルを産生することのみである。
ファージまたはウイルスをベクターとして用いた場合、
ファージまたはウイルスがそれ自身またはその核酸を宿
主に挿入可能であることは、本発明の利点である。
【0009】本方法は標識分子の存在の有無を単に検出
するために使用することができる。また、これは存在す
る標的の濃度を定量するためにも使用可能である。宿主
に導入されると、存在する標的量と関係づけられる増幅
シグナルをシグナル産成部分が生成することは、シグナ
ル産成部分の利点である。本発明の方法で用いられれ
ば、本方法は慣習的な検出法の感度をはるかに越えて増
強された感度を与える。
【0010】本発明の第3の局面は、特定の標識を検出
するための試験キットに、シグナル産成部分と本方法を
組み込むことである。本試験キットはシグナル産成部分
またはその成分、試験される系に適用するための手段を
含む。本キットはまた、標的に結合した核酸試料を、シ
グナル産成部分の結合していない成分から分離するため
の手段も含む可能性がある。本キットはさらに、適当な
宿主に、単離された核酸試料を導入する手段を与え、ま
たそれによって生成されたシグナルを検出するための手
段も含む可能性がある。
【0011】本発明は、自己増幅するシグナル産成部分
と、標的分子の存在および/または濃度を検出するため
の方法を目的とするものである。シグナル産成部分と検
出方法は分子、イオン、および複合体の検出に使用可能
である。本発明は、タンパク質、ポリペプチド、核酸、
ホルモン、ハプテン、抗原、抗体、および生物学的過程
で使用または生成される類似のものなどの、生物分子の
検出で最も有利に使用される。より詳細には、本発明は
微生物薬剤のRNAまたはDNA配列、または遺伝病に
よる配列の検出に使用される。
【0012】自己増幅するシグナル産成部分は、標的へ
の結合とシグナルを産生できる物質を産生することによ
って、またはシグナルそのものを産生することによっ
て、標的の検出を可能にする。得られたシグナルの強度
は、標的の濃度に直接関係している。したがって、シグ
ナル強度の標準化により、標的濃度の決定が可能にな
る。本発明により適用されるシグナル増幅の程度は、こ
れまで検出不能だった標的の検出および濃度の定量が可
能になる程度である。例えば、本発明により104より
少ない標的分子の検出を可能にした。したがって、アッ
セイ体積あたり10-18モルの量の標的が検出可能とな
った訳である。本発明はいかなる形式でも使用可能であ
るが、存在する標的が約6×10-18モル(アッセイ体
積あたり)またはそれ以下の量であるようなアッセイで
用いることがより有利である。
【0013】シグナル生成部分はベクターと検出プロー
ブを含む。ベクターは核酸の供給源として働き、天然に
存在するか、あるいは遺伝的に操作したバクテリオファ
ージ、ウイルス、プラスミドまたはそれを遺伝的に操作
したものを使用することができる。ベクターに産生され
た核酸は、DNA、RNA、ほかのポリペプチドまたは
その断片であり、天然に存在するものまたは合成配列で
ある可能性がある。
【0014】しかしながら、ベクターは宿主に導入さ
れ、宿主によって複製可能でなければならない。したが
って、ベクターと宿主は通常、適合性に関して選択され
る。バクテリオファージとウイルスは細胞に感染するこ
とができ、それによって細胞中にそれ自身またはその核
酸を導入するので、望ましいベクターである。典型的に
は、ベクターがバクテリオファージの場合には大腸菌な
どの最近細胞が使用され、ベクターがレトロウイルスの
場合には哺乳動物細胞が使用される。
【0015】さらに、核酸は、検出されるシグナルを与
えるポリペプチドをコートするひとつ以上の核酸配列を
含むことができる。ポリペプチドは、シグナルそのもの
を産生できる物質、またはシグナルを産生する反応に関
与する物質である可能性がある。タンパク質、酵素、補
酵素などは本発明で使用される典型的なポリペプチドで
ある。通常は、核酸は適当なポリペプチドを生成するた
めの核酸配列を含むように遺伝的に修飾される。
【0016】測定可能な産物の形成を触媒できる酵素が
望ましい。適当な酵素としては、酸性ホスファターゼ、
アルカリホスファターゼ、ペルオキシダーゼ、ガラクト
シダーゼ、ルシフェラーゼなどがある。これらの酵素は
光(光子)、発色原、沈澱などの産生を触媒することが
できる。これらの酵素は反応系から測定可能な物質の除
去を触媒することもできる。例えば、発色原を非発色原
に転換することが可能である。これらの酵素は不溶性粒
子を可溶性物質に転換することもでき、それによって懸
濁液から不溶性粒子を除去を行うことができる。
【0017】ルシフェラーゼ酵素は光の放出を触媒し、
そのために望ましいものである。典型的なルシフェラー
ゼは細菌ビブリオ・フィシェリ(Vibrio fis
cheri)由来のもの、およびホタル フォティヌス
・ピラリス(Photinus pyralis)由来
のものが含まれる。細菌ビブリオ・フィシェリ由来のル
シフェラーゼが特に望ましい。
【0018】本発明の自己増幅できるシグナル生成部分
は検出プローブも含む。検出プローブは標的およびベク
ターの双方に結合し、それにより二つの連結する。この
連結により、標的分子の検出および/または定量が可能
となる。したがって、検出プローブはベクターと標的の
双方に結合可能なひとつ以上の成分を含む。3つが結合
してベクター−結合はプローブ−標識複合体(レポータ
ー複合体)を形成し、それが結合していない複合体から
分離できるならば、結合は十分である。検出プローブ
は、共有結合、イオン結合、水素結合、ハイブリダイゼ
ーション、電気的引力、ファン・デル・ワールス力など
を含むいずれかの形の結合によって標的とベクターに結
合するように選択される。検出プローブはベクターと結
合するのと同じ、または異なる機構によって標識と結合
することができる。
【0019】典型的には、検出プローブの一つの成分
は、標的とハイブリダイズできるヌクレオチド配列を含
むポリヌクレオチド鎖である。ポリヌクレオチド鎖がベ
クターとハイブリダイズ可能な配列も含む可能性がある
が、より典型的にはベクターへの結合はモノクローナル
抗体およびポリクローナル抗体、その断片および対応す
る抗原とハプテンなどの結合の組みを使用するのが容易
である。これらは、抗原−Fab、抗原−Fab′、抗
原−F(ab′)2、ハプテン−Fab、ハプテン−F
ab′、ハプテン−F(ab′)2、抗原−抗体、およ
びハプテン−抗体の組を含む。そのほかの適当な結合の
組としては、ビオチンまたはビオチン化DNAポリヌク
レオチドと抗ビオチン、ジニトロフェニル化されたタン
パク質上のDNPと抗DNP、レクチン−糖タンパク
質、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジ
ン、相補的な核酸配列などがある。検出プローブはひと
つ以上の結合の組を含む可能性がある。
【0020】結合組の一方はベクターに直接結合させら
れるが、その組の他方は検出プローブの別の成分(例え
ばポリヌクレオチド鎖)に結合させる。例えば、ベクタ
ーがバクテリオファージまたはウイルスである場合に
は、結合組の一方を、検出プローブ中の結合組の他方と
結合させる前に、ファージに結合させるのが有効であ
る。ファージまたはウイルスへの結合は、ファージまた
はウイルス表面を修飾して、結合組の1つに結合可能な
機能的反応基を導入することによって促進される。遊離
カルボキシル基がこのような結合に有利である;遊離ア
ミノ基は特に有用である。ここに述べる実施例1および
実施例2は修飾したM13バクテリオファージをベクタ
ーとして使用している。どちらの例も、ファージの表面
にビオチンを結合させて、その結合パートナーであるス
トレプトアビジンを介してポリヌクレオチド鎖との結合
が促進される。ビオチン、ストレプトアビジン、及びポ
リヌクレオチド鎖は全て検出プローブの成分だと考えら
れる。同様に、実施例4では検出プローブのフルオレセ
インとの結合のために、修飾したM13バクテリオファ
ージの表面に抗フルオレセイン抗体のF(ab′)モノ
マーが結合している。フルオレセインとF(ab′)抗
フルオレセインモノマーの双方が検出プローブの成分で
あると考えられる。
【0021】結合組の一方または双方が多価である場合
には、多様な結合機構が可能である。例えば、実施例1
と実施例2では、ビオチンは独立にポリヌクレオチド鎖
とバクテリオファージに結合していた。ビオチンの多価
の結合パートナーであるストレプトアビジンは、ファー
ジとポリヌクレオチド鎖の双方の上のビオチンに結合す
ることにより、検出プローブ形成を完了した。本分野の
技術者には、他の結合機構も容易に明らかになるであろ
う。
【0022】自己増幅するシグナル生成部分により、数
段階で検出可能なシグナルの促進された増幅が可能とな
る。第1段階は、ベクターが宿主に導入されてその後に
複製される時である。例えば、M13およびφX174
などのバクテリオファージを宿主細胞に導入した後、そ
れらのゲノムは複製されて、宿主細胞中で数百コピーが
産生される。さらに、多くのゲノムは宿主細胞を取り囲
む培地中に放出され、さらに他の宿主細胞を感染し続け
る。各々の新しく感染した宿主は、もとのファージゲノ
ムをさらに数百コピー産生する過程を繰り返す。時間に
よるファージ数の増加は指数関数的である。例えば、実
施例1,2および4で用いた修飾M13バクテリオファ
ージは、用いられた条件下で、標準的な大腸菌中2時間
で104倍以上の数に増加した。増幅の第2段階は、ベ
クターによって産生される核酸がポリペプチドをコード
している場合である。この増幅は、核酸の転写により、
数百から数千のmRNA転写産物が産生されることによ
る。これらは次に複数回翻訳されてより多くのポリペプ
チドが産生される。ポリペプチド産物が、時間により蓄
積されるシグナルを産生する反応に関与する場合には、
さらに大きな増幅が可能である。
【0023】本発明の別の局面では、自己増幅するシグ
ナル生成部分は、標的の存在または濃度を決定するため
の方法で用いられる。この方法は: (a) シグナル生成部分を標的と接触させて、シグナ
ル生成部分−標的複合体を形成させること; (b) シグナル生成部分−標的複合体を、複合体を形
成していないシグナル生成部分成分から分離すること; (c) 分離したシグナル生成部分−標的複合体由来の
ベクターを適当な宿主に導入すること; (d) ベクターに増幅されたシグナルを産生させるこ
と; (e) シグナルを検出すること; の過程からなる。得られたシグナルは、標的の存在の有
無を決定するための特異的な閾値に応じて検出される。
あるいは、シグナルは、標的の濃度を決定する既知の標
準シグナルに対応させて測定される。
【0024】シグナル生成部分は標識と接触し、結合す
る。しかしながら、標識と接触する前にシグナル生成部
分が完全に形成されることは必要とされていない。シグ
ナル生成部分−標的複合体は、完全な複合体が形成され
るいかなる形式で形成されてもよい。例えば、実施例1
および実施例2では検出プローブはポリヌクレオチド
鎖、ストレプトアビジン、および2分子のビオチンを含
んでいた。各実施例で、検出プローブのポリヌクレオチ
ド鎖は最初にビオチン化され、つぎに標的と接触し、続
いてストレプトアビジンと結合し、その後に既にビオチ
ン化されていたベクターに結合した。本分野の技術者
は、シグナル生成部分−標識複合体を形成させるための
別の方法も容易に認めるであろう。
【0025】シグナル生成部分と標識は典型的には水相
中で接触させる。水相とは、約90から100%が水で
あり、残りが水と混合可能な1種以上の有機溶媒を含む
溶媒相を意味し、該有機溶媒はシグナル生成部分と標的
成分またはその成分間の結合を変性させないまたは逆に
影響しないものである。適当な溶媒は、1から4炭素原
子を持つ低分子量アルコールおよび、分子量が約100
から10,000のポリオール(例えばポリエチレング
リコール)およびポリエーテル(例えばポリビニルピロ
リドン)などであるが、これに制限されるものではな
い。
【0026】典型的には、標的分子は検出プローブに、
一方の成分に相補的なヌクレオチド配列のハイブリダイ
ゼーションによって結合する。シグナル生成部分−標的
複合体は次に、結合していない物質(例えば、結合して
いないシグナル生成部分や成分の一部)から分離する。
分離は、水相から複合体を沈澱させること、それを固相
支持体に結合させそれを水相から除去すること、あるい
はその他の適当な通常の方法で行われるが、これに制限
されるものではない。複合体は固相支持体(固相)に結
合させることが望ましい。
【0027】固相とは、水相中に解けないあらゆる固相
支持体を意味する。通常の固相物質としては、金属、ガ
ラス、プラスチックがある。固相は、接触が場所を占め
る容器(例えば、試験管、遠心カップ、マイクロタイタ
ーカップなど)あるいは容器中に挿入される装置(例え
ばビーズや計量棒)などである。金属とプラスチックは
ビーズに望ましい物質である;ガラスとプラスチックは
容器に望ましい。
【0028】より詳細には、結合組の成分が結合できる
ようなあらゆるプラスチックが固相としての使用に適し
ている。プラスチックは疎水性(例えば、ポリスチレ
ン、ポリエチレン、およびポリプロピレン)または親水
性(例えば、硫酸を含むプラスチック、スルフォン酸
塩、カルボン酸、1次アミン、芳香族アミン、アミド、
水酸基、トシル活性基、あるいはクロロメチル基)であ
る。ポリエチレン、ポリスチレン、、ポリプロピレン、
およびスチレン/ビニルカルボン酸、スチレン/芳香族
アミン、およびスチレン/1次アミンの共重合体が望ま
しい。このような物質は微小球または顆粒として、バン
・ラボラトリーズ社、カーメル、インディアナから入手
可能である。
【0029】シグナル生成部分−標的複合体の固相への
結合は、しばしば捕獲プローブによって促進されるが、
これは検出プローブと同様の方法で機能するものであ
る。キャプチャープローブは標的と固相の双方に結合で
きる1種以上の成分を含む。それによりシグナル生成部
分−標的複合体が結合していない成分から分離されるな
らば、結合は十分である。捕獲プローブは標的に、共有
結合、イオン結合、水素結合、ハイブリダイゼーショ
ン、電気的引力、ファン・デル・ワールス力などで結合
できる。
【0030】典型的には、捕獲プローブの1つの成分は
標識に結合するポリヌクレオチド鎖である。結合は、標
的中の相補的なヌクレオチド配列とポリヌクレオチド鎖
とのハイブリダイゼーションによって生じる。しかしな
がら、このプローブによる結合が阻害するのを避けるた
め、検出プローブによる結合配列とは離れた標的中の配
列に結合するように、鎖が選択される。
【0031】捕獲プローブは固相に直接結合可能であ
る。しかしながら、このような結合も、検出プローブに
対するベクターの結合を促進するために用いられたもの
と同様な結合組を用いることによって促進される。この
ようなものとしては、モノクローナル抗体およびポリク
ローナル抗体およびその断片、および対応する抗原とハ
プテンがある。適当な結合組としては、抗原−Fab、
抗原−Fab′、抗原−F(ab′)2、および一般的
なハプテン−抗体、およびビオチンまたはビオチン化D
NAプローブと抗ビオチン、ジニトロフェニル化タンパ
ク質上のDNPと抗DNP、レクチン−糖タンパク質、
ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジン、
相補的核酸配列などが特に含まれる。捕獲プローブは1
種以上の結合組を含むこともできる。
【0032】シグナル生成部分と同様に、標識、捕獲プ
ローブ、および固相の間の結合は、特定の順序で行われ
ることは意図されていない。例えば実施例1および実施
例2では、検出プローブのポリヌクレオチド鎖、標識、
および捕獲プローブのポリヌクレオチド鎖の間の複合体
は、固相を導入することによって複合体が固定される前
に形成された。第2の捕獲プローブのポリヌクレオチド
鎖はあらかじめ固相に結合させておいた。その後に、結
合組成分を添加して検出プローブを完了させ、続いてベ
クターを導入して過程を完了した。本分野の技術者は、
シグナル生成部分を固相に結合させる別の方法があるこ
とを容易に理解するであろう。
【0033】固定されたシグナル生成部分−標識複合体
はつぎに、残っている結合していない成分から分離す
る。分離はデカンテーション、吸引、プロッティング、
染み込ませるなどにより水相を除くこと、あるいは単に
固相を除去すること(例えばビーズや測量棒)ことによ
って行う。適当な洗浄溶液で行うことにより、分離が増
強される。シグナル生成部分複合体がつぎに導入され、
本分野の技術者には既知の技術を用いて宿主細胞に感染
させる。あるいは、ベクターを結合した複合体から分離
して、宿主に導入することもできる。
【0034】そののちに、ベクターは上述のように増幅
されたシグナルを産生する。標的の存在のみが知りたい
場合には、閾値以上が産生されているかどうかを決める
ためにシグナルを測定する。閾値が得られれば、反応は
陽性である;もしそうでなければ標的は存在しないと結
論づけられる。既知の標準試料に対して測定した反応を
比較することにより、標的の濃度が決定できる。
【0035】本発明および本発明の方法を実施するため
の試薬はキットに含めることができる。キットは、部分
的には、自己増幅するシグナル産成部分の成分、試験す
る系に適用するための手段、およびシグナル産成部分が
標的と結合したら結合していない成分からシグナル産成
部分のベクターを分離するための手段を含む。本キット
はさらに、適当な宿主に対して単離したベクターを導入
する手段も含む可能性もあり、それから得られるシグナ
ルの検出手段も含む可能性がある。
【0036】
【実施例】以下の例は、当発明の様々な態様を表わして
いる。各例はリボソームRNAを標的とするアッセイを
示す。各アッセイの感度はアッセイ当りの細胞当量と標
的のモル数で表わされる。実施例において用いられる細
菌は、典型として細胞あたり約5×104のリボソーム
を含み、この数字は各アッセイの標的rRNAに対する
モル感度を決定するのに使われた。実施例はいかなる場
合においても当発明の範囲を限定することを意図するも
のではない。実施例において使われているバクテリオフ
ァージの量は、プラーク形成単位(plaque−fo
rmingunit)(pfu)で表わされており、広
く知られているプラークアッセイを用いて決定された。
【0037】実施例1 この実施例は病原体リステリア・イノキュア(Lite
ria innocua)の検出における、シグナル産
生部とその使用を示す。実施例中、シグナル産生部はマ
グネティックビーズを固体相として用いる二重プローブ
アッセイ(即ち、検出と捕獲プローブを用いたアッセ
イ)に組み込まれる。大腸菌は宿主として用いられる。
【0038】改良されたM13バクテリアファージがベ
クターとして使われた。特に細菌のビブリオ・ハルベビ
Vibrio harvevi)由来のルミフェラー
ゼ(luciferase)酵素のluxAとluxB
遺伝子がバクテリオファージM13mp19に導入され
た。luxAとluxBの核酸配列はコーン(Coh
n)ら、J. Biological Chem.,
260; 6139−6146(1985)とジョンス
トン(Johnston)ら、J. Biologic
al Chem., 261; 4805−4811
(1986)によってそれぞれ示されている。これらの
遺伝子は1929塩基対のSalIからBglIIまでの
制限断片としてプラスミドpTB7から得られた。この
プラスミドはイリノイ州ピオリア(Peoria)のU
SDA NRRLよりNRRLB−15231株として
入手できる。この制限断片はバクテリオファージM13
mp19のSalIとBamHI制限部位の間に挿入さ
れた。M13mp19はメリーランド州ガイザーバーグ
(Gaitherberg)のベテスダ・リサーチ・ラ
ボ(Bethesda Research Labs)
から入手できる。クローニング手法のすべては標準法に
よって行われ、当業者にとっては簡単に再現可能であ
る。結果として得られたバクテリオファージM13SO
C512はM13mp19にあるlacプロモーターの
転写制御下にあるluxAとluxBをコードする配列
を含んでいた。
【0039】その後ファージをN−ヒドロキシサクシン
イミド(N−hydroxysuccinimide)
ビオチン(NHS−LC−ビオチン)を含むリン酸緩衝
液(0.1M NaH2PO4、0.1M NaCl,P
H7.5)に25℃で60分間懸濁させてM13SOC
512ファージ表面にビオチンを結合させた。最適な反
応液は約5ml(pH7.5)中に約1×1013から約
5×1013pfuのM13SOC512と約210μg
のNHS−ビオチンを含む。ビオチン化(biotin
ylation)の前と後ろにプレートアッセイを用い
て生存バクテリオファージの数が決定された。このアッ
セイではファージの生存性がビオチン化の後も変化しな
いことを示唆した。ビオチン化されたファージはセファ
デックスG−25クロマトグラフィーによって未反応の
NHS−ビオチンから分離され、更に2%ポリエチレン
グリコール(0.5M NaCl)中での沈澱によって
濃縮され、リン酸緩衝液1mlに再懸濁された。99%
以上のバクテリオファージがNHS−ビオチンと反応し
た。
【0040】検出プローブは合成RNAポリヌクレオチ
ド鎖、ビオチン、ストレプトアビジンから成る。このR
NA鎖は大腸菌16SrRNAの80から648の塩基
に相補な575核酸配列を含む。ビオチンは通常の手法
を用いてRNA鎖に結合された。ストレプトアビジンは
検出プローブとM13SOC512バクテリオファージ
のビオチンに結合され検出プローブが完成された。
【0041】捕獲プローブはDNAおよびdTのオリゴ
ヌクレオチドから成る。このDNAオリゴヌクレオチド
はリステリアモノサイトジエン(Listeria
onocytogenes)16SrRNAの領域に正
確に相補的な35塩基の合成オリゴヌクレオチドを含
む。この核酸配列はTGT CCC CGA AGGG
AA AGC TCT GTC TCC AGA GT
G GTである。約125残基のdAティルがターミナ
ル デオキシリボヌクレオチジル トランスフェレース
(terminal deoxyribonucleo
tidyl transferase)によって3′末
端に付加された。この35塩基相補領域はビオチン化さ
れた検出プローブに対する相補領域と重なっていない。
オリゴ(dT)はまたアッセイの固体相として使用する
マグネティックビーズにも結合した。
【0042】水溶性のカルボジイミド(carbodi
imide)活性剤である1−エチル−3(3−ジメチ
ルアミノ−プロピル)カルボジイミド(EDAC)の存
在下で5′アミン末端オリゴ(dT)ヌクレオチドを、
カルボキシル酸carboxylic acid末端の
粒子と反応させて、オリゴ(dT)をマグネティックビ
ーズに接着させた。EDACはシグマケミカル社(Si
gma Chemical Co.)から入手できる。
粒子は0.7から1.7μの平均直径を持ち、マサチュ
ーセッツ州ケンブリッジ(Cambridge)のアド
バンスト・マグネティックス社より入手できる。オリゴ
(dT)粒子はマサチューセッツ州フラミンガム(Fr
amingham)のジーン−トラックシステム社(G
ene−Trak Systems)から出ているキッ
トの一部として手に入れることができる。このビーズは
0.1M炭酸二水素ナトリウムで数回、そして滅菌水で
数回洗浄された。このビーズは使用するまで10mM
EDTA(pH7.0),0.05%と0.02%アジ
化ナトリウム中で4℃にて保存可能である。
【0043】細胞内物質や標識されたプローブの非特異
的吸着を減らすため、ビーズはあらかじめ以下のように
2回前処理をされた。ビーズをビーズ・プレハイブリダ
イゼーション緩衝液(0.1Mトリス−塩酸(pH7.
5)、10mM EDTA(pH7.0)、4%(W/
V)ウシ血清アルブミン(BSA,ファクターV,ミズ
ーリ州セントルイス St. Louis シグマ・ケ
ミカル社)、0.5%Tween20)で0.1%固体
まで希釈し、パイレックス(Pyrex)びん内で68
℃、3−4時間、時々激しく撹拌しながらインキュベー
トした。Tween20はシグマ・ケミカル社からでて
いるポリオキシエチレン・ソルビタン・モノラウレイト
(polyoxyethylene sorbitan
monolaurate)の商品名である。ビーズは
極わずかか、あるいは全く撹拌せずに1晩冷却のため放
置された。その後滅菌水で3回すすぎ、ビーズ・プレハ
イブリダイゼーション緩衝液に0.02%アジ化ナトリ
ウムを加えた中に0.1%固体として室温にて再懸濁さ
れた。このビーズは使用されるまで室温で試験管回転機
(tube rotator)で回転された。(ビーズ
は使用前プレハイブリダイゼーション緩衝液とアジド中
で2カ月に至るまでdA12結合能力の低下なしで保存さ
れた。)使用当日ビーズはプレハイブリダイゼーション
緩衝液で1回洗われ、標的捕獲のため0.016%固体
の割で緩衝液中に再懸濁された。
【0044】リステリア・イノキュア(Listeri
innocua)のビーズアッセイの感度は以下の
ように評価された。リステリア・イノキュアの細胞抽出
液を0.1mlの2.5Mグアニジン・イソチオシアン
酸(guanidine isothiocyanat
e Gu SCN)緩衝液(0.1Mトリス−塩酸(p
H7.5)、0.4M EDTA)中で濃度107,1
6,105,104細胞/mlと段階的に希釈した。各
希釈液20μlに12.5μlの10-8MDNAオリゴ
ヌクレオチド(捕獲プローブの)と12.5μlの2×
10-9Mのビオチン化RNA(検出プローブの)が加え
られた。各溶液はpH7に調製され、37℃で15分間
インキュベートしてDNA−rRNA−RNA複合体を
形成させた。このrRNAは細胞抽出液の16S rR
NAであった。
【0045】各希釈液の複合体は200μlのオリゴ
(dT)マグネティックビーズ(0.1%固体)を加
え、更にこの系は37℃で5分間インキュベート固定化
された。このビーズをその後溶液からとり出し、洗浄緩
衝液(0.5M NaCl、0.1Mトリス、0.5%
BSA、0.1%Tween20、pH7.5)で2回
洗浄を行った。このビーズを0.1μgストレプトアビ
ジン(カルフォルニア州、サンディエゴ San Di
ego、キャル−バイオケム Cal−Bioche
m)を含む洗浄緩衝液110μlに再懸濁し、10分間
室温でインキュベートした。ビーズはその後洗浄緩衝液
でもう2回洗われ、1010pfuのビオチン化M13S
OC512バクテリオファージを含む洗浄緩衝液110
μlに再懸濁された。この懸濁液は室温で10分間イン
キュベートされた。その後洗浄緩衝液で5回ビーズを洗
い、前もって60℃に温めておいた熱溶出緩衝液(th
ermal elution buffer)(0.5
M NaCl、0.1Mトリス、pH8.0)100μ
lに再懸濁した。60℃で1分間ビーズをインキュベー
トした後この系を水槽につけ室温まで冷却した。磁石を
使って溶液からビーズがとり除かれた。その後各上澄5
0μlをバクテリオファージに関して以下のようにアッ
セイした。
【0046】試験溶液を1.5mlエッペンドルフチュ
ーブに加えた。ここに宿主として働く中間ログ(mid
−log)相のJM101細胞200μlを以下のよう
に調製し加えた。大腸菌JM101(F+)細胞の培養
液を37℃で1晩空気を送りながら培養した。この培養
液をルリア(Luria)培地で1:100に希釈し、
約2時間で中間ログ相まで生育させた。DNAseIを
最終濃度103Kunitz/ml、RNAseAを最
終濃度1μg/mlとなるよう加えた。
【0047】試験溶液と宿主細胞の混合液を室温で15
分間振とうを行わずにインキュベートした。それぞれの
内容物をその後イソプロピル−β−ガラクトサイド(i
sopropyl−β−galactoside)を最
終濃度0.5mMで含むルリア培地2.0mlに加え、
37℃で2時間空気を送りながら(=振とうしながら)
インキュベートした。
【0048】そらから後各培養液200μlを採取し、
12×75mmのホウ珪酸塩(borosilicat
e)培養試験管に移した。ルリア培養液中にデカナール
の0.1%溶液300μlを注入して発光が誘発され
た。この発光はデカナールを注入した後10秒おいた後
ルミノメーター(luminometer)で5秒間測
定して検出した。(ルシフェラーゼ lucifera
se 酵素は系内に存在するフラビンヌクレオチドと共
に、加えられたデカナールの酸化を触媒し、光を発す
る。ルミノメーターニューハンプシャー州、ナシュ N
ashuaのバートホールド・アナリティカル・インス
トルメント Berthold Analytical
Instruments社製である。)系のバックグ
ランドノイズをバクテリオファージにさらされていない
JM101培養液をアッセイして決定した。発光出力は
5秒当りのカウント数として測定され、各希釈液に混和
されたリステリア・イノキュアの数に対してプロットし
た。 リステリア 発光出力 細胞当量 発光カウント数/秒 シグナル:ノイズ 5×105 3.39×106 19.2:1 5×104 1.59×106 9.0:1 5×103 1.66×105 − 5×102 1.22×105 0 1.77×105 このアッセイはリステリア・イノキュア約5×104
胞当量またはrRNA約4×10-15モルの感度であっ
た。
【0049】実施例2 実施例2はディップスティックdipstickアッセ
イにおける発明を説明する。実施例1のように、標的は
リステリア・イノキュア由来の16SrRNAであっ
た。更にまた検出プローブとして、実施例1と同じ,ビ
オチン化したRNAとストレプトアビジン、捕獲プロー
ブとして実施例1と同じ、DNAとオリゴ(dT)ヌク
レオチドが使用された。ベクターは実施例1で用いられ
た、同じ改良型M13SOC512バクテリオファージ
であった。ディップスティックは固体相としてマグネテ
ィックビーズの代わりに用いられた。ディップスティッ
クは試験用キットとしてジーン−トラック Gene−
Trak社から販売されているジーン−トラックシステ
ム(Gene−Trak Systems)によってオ
リゴ(dT)被覆された。
【0050】ディップスティックアッセイの感度は以下
のように決定された。リステリア・イノキュアの細胞抽
出液を0.1mlの2.5MGuSCN緩衝液中で10
8,107,106,105,104,103,102細胞/
mlと、段階的に希釈した。0.3mlの2.5MGu
SCN緩衝液に各希釈液70μl、10-8MDNAオリ
ゴヌクレオチド12.5μlおよび2×10-9Mビオチ
ン化RNA12.5μlを加えた。各溶液をpH7に調
製し、37℃で15分間インキュベートした。
【0051】生成したDNA−rRNA−RNA複合体
は、オリゴ(dT)で被覆したディップスティックを各
溶液に37℃で15分間挿入して固定化された。各ディ
ップスティックを取り出し、そのスティックを0.1M
リン酸緩衝液(pH7)中で3回洗い、その後10μg
/mlのストレプトアビジン(リン酸緩衝液中)と室温
で10分間インキュベートした。このディップスティッ
クを0.1Mリン酸緩衝液(pH7.0)で再び3回洗
浄し、1010pfuビオチン化M13SOC512バク
テリオファージ(リン酸緩衝液中)と室温で10分間イ
ンキュベートした。このディップスティックを0.1M
リン酸緩衝液(pH7)で3回洗い、1μgのリボヌク
レアーゼAで37℃にて1時間分解した。ディップステ
ィックを引き出し、各希釈液の上澄を実施例1で述べら
れているようにアッセイした。 リステリア 発光出力 細胞当量 発光カウント/秒 シグナル:ノイズ 4×106 2.23×106 284.0:1 4×105 8.69×106 111.0:1 4×104 7.52×104 9.6:1 4×103 7.46×103 − 4×102 3.15×103 − 40 5.27×103 − 4 4.43×103 0 7.85×103 このアッセイは約4×104細胞当量またはrRNA約
3×10-15モルまで感度があった。
【0052】実施例3 この実施例はマグネティック・ビーズ・アッセイの形式
で大腸菌細胞を検出するための発明を説明する。ベクタ
ーは遺伝的に改良されたφX174バクテリオファージ
であった。このファージはφX174J−F−ins6
と名づけられており、ミュラー(Muller)ら、
J. Mol. Brol., 141:1−24(1
980)によって記述された様に以前に改良された。実
施例1で用いたビオチン化M13SOC512バクテリ
オファージ調製のプロトコールに従いφX174J−F
−ins6の表面にビオチンが結合された。
【0053】検出プローブは合成DNA鎖、ビオチン、
ストレプトアビジンから成る。このDNAは大腸菌の1
6SrRNAに結合能を持つ35核酸配列を持ち、その
5′末端に6単位のテトラエチレン・グリコール(te
traethylene glycol)が加えられ
た。この核酸配列はTGN AAG TAC TTTA
CA ACC CGA AGG CCT TCT TC
A TACである。最後のテトラエチレン・グリコール
・モノマーにビオチンが結合された。検出プローブはテ
トラエチレン・グリコール(6.25g)を無水ピリジ
ン(70ml)中で4,4′−ジメトオキシトリチルク
ロライド(4,4′−dimethoxytrityl
chloride)(5.46g)と1晩室温にて撹
拌しながら反応させて調製された。溶媒をその後真空ポ
ンプで除き、残渣をトルエンで2回共蒸発(coeva
porate)して酢酸エチルに溶解し、飽和炭酸水素
ナトリウム溶液で2度抽出し、乾燥させ(MgS
4)、真空中で蒸留乾固させた。残渣を2%トリエチ
ルアミンを含むヘキサン中の酢酸エチル濃度勾配(1:
4,v/vから1:1,v/v)を用いたシリカゲルで
のフラッシュ クロマトグラフィーによって更に精製し
た。
【0054】反応生成物(2.42g)をN,N−ジイ
ソプロピルエチルアミン(1.109g)を含むジクロ
ロメタン(30ml)に溶解した。メトキシ−N,N−
ジイソプロピル−クロロフォスホアミダイト(Meth
oxy−N,N−diisopropyl−chlor
ophosphoramidite)(1.107g)
を撹拌中のこの溶液に滴下した。溶液を室温で1時間撹
拌した。この混合液を酢酸エチル(飽和炭酸水素ナトリ
ウム溶液で前洗浄されたもの)で希釈し、飽和炭酸水素
ナトリウム溶液で2回抽出を行った。酢酸エチル相を真
空中で蒸発させ乾燥させた。生成物はエチル酢酸:ヘキ
サン:トリエチルアミン(20:80:5,v/v/
v)と共につめられたシリカゲルでのフラッシュ・クロ
マトグラフィーによって同じ溶媒で溶出を行い、更に精
製された。この生成物をアセトニトリル0.1M溶液中
に溶かし、カルフォルニア州、フォスターのアプライド
・バイオシステム Applied Biosyste
ms社に記述されている手順を用いて、自動DNA合成
機に供した。
【0055】ヌクレオチド鎖は標準法で市販のアデノミ
ン、シトシン、グアノミン、チミジン アミダイトを使
って生成された。
【0056】3%トリクロロ酢酸を含むジクロロメタン
溶液を用いて末端の5′−水酸基からジメトキシトリチ
ル保護基をとり除き、6回の連続した、カップリング、
キャッピング、酸化、そして脱トリチル化サイクルをテ
トラエチレン・グリコール・フォスホアミダイトと共に
行った。
【0057】フォスホアミダイトは上記と類似の方法で
3−(N−トリフルオロアセチルアミノ)プロパノール
とメトキシ−N,N−ジイソプロピル・クロロフォスホ
アミダイトを用いて調製した。フォスホアミダイトを加
え、つづいてキャッピングと酸化が行われた。生成オリ
ゴヌクレオチドを調節された多孔ガラス支持体からとり
出し、標準法で脱保護を行った。ビオチン長鎖、(NH
S−LC−ビオチン、イリノイ州ロックフォード Ro
ckfordのピアス・ケミカル Pierce Ch
emical社)が標準法によって付加された。
【0058】捕獲プローブは大腸菌16SrRNAの4
48から482残基および約150dA残基のポリ(d
A)ティルにおいて相補な核酸配列を持つ、第1のポリ
ヌクレオチドを含む。捕獲プローブはまた、捕獲プロー
ブの最初のポリヌクレオチドのポリ(dA)ティルに結
合するためのポリ(dT)配列を持つ第2のポリヌクレ
オチドを含む。マグネティックビーズは実施例1と同様
固体相として用いられた。第2のポリヌクレオチドは実
施例1で記述されているようにマグネティックビーズに
結合された。
【0059】大腸菌のためのアッセイ様式の感度は以下
のように決定された。大腸菌の細胞抽出液を2.5MG
uSCN中で、アッセイ当り108,107,106,1
5,104,103 16SrRNAの細胞当量に段階
的に希釈した。捕獲プローブの第1ポリヌクレオチドを
2.5MGuSCN緩衝液にアッセイ当り約2×1012
分子の濃度になるように加えた。検出プローブのビオチ
ン化された合成DNA片を2.5MGuSCN緩衝液に
アッセイ当り約1012分子の濃度になるように加えた。
各希釈液の全量はこれで約100μlとなった。各希釈
液を37℃で60分間インキュベートし、DNA−rR
NA−ポリヌクレオチド複合体を形成させた。
【0060】次にこの希釈液の50μlサンプルを12
mm×75mmのポリプロピレン試験管に移した。ポリ
(dT)で被覆された100μlのビーズ(0.1%固
体、実施例1のように前処理されたもの)を各試験管に
加えた。この試験管を37℃で15分間振とうしながら
インキュベートした。その後ビーズを溶液から分離して
洗浄緩衝液(0.5M NaCl,0.1Mトリス(p
H7.5)、0.5%BSA,0.1%Tween2
0)で3回洗浄した。各セットのビーズを洗浄緩衝液中
で1μg/mlのストレプトアビジン200μlと混合
し室温で10分間インキュベートした。
【0061】このビーズは再び溶液から分離され、洗浄
緩衝液で3回洗浄を行った。洗浄緩衝液200μl中に
いる109pfuのビオチン化φx174J−F−in
s6を100μlのビーズアリコートに加えた。この溶
液を37℃で30分間振とうしながらインキュベート
し、ビーズを分離して、0.5mlの洗浄緩衝液で5回
洗浄した。
【0062】プロメガ・バイオテク(Promega
Biotech)社(ウィスコンシン州マジソン Ma
dison)のRQI20単位のDNAse,200μ
l緩衝液(0.01M NaCl、0.04Mトリス、
0.006M MgCl2)中をビーズと合わせて37
℃で20分間インキュベートした。ビーズをとり除き、
上澄を細菌層上のプラーク形成によって力価を測定し
た。各希釈液から得られた結果は以下の通りである: 大腸菌 細胞当量/アッセイ φX174力価/アッセイ シグナル:ノイズ 5×107 4.0×105 181:1 5×106 1.2×104 5:1 5×105 5.2×105 236:1 5×104 3.5×105 159:1 5×103 2.4×104 11:1 5×102 8.0×104 36:1 0 3.2×103 このアッセイは約500大腸菌細胞当量または標的約4
×10-17モルまで感度があった。
【0063】実施例4 実施例4はマイクロタイター・ウェル・アッセイの形式
でリステリア・イノキュアを検出するための発明を説明
する。この形式では少なくとも病原菌10細胞を検出す
ることが可能である。
【0064】ベクターは実施例1および2で用いられ
た、遺伝的に改良されたM13SOC512バクテリオ
ファージである。実施例1および2におけるビオチンの
代わりに、抗蛍光抗体のF(ab′)モノマーがファー
ジの表面に結合された。1014pfuのファージを3.
4mgのスルホ−N(4−カルボキシシクロ−ヘキシル
メチル)マレイミドと5mlのリン酸緩衝液中でインキ
ュベートして、まずファージをマレイミドでラベルし
た。生成物はセファデックスG25クロマトグラフィー
で精製された。抗蛍光抗体のF(ab′)2は標準的な
ペプシン分解のプロトコールによって調製された。2量
体断片は、おだやかな酸性(0.1M酢酸ナトリウム、
0.1M NaCl、pH5.0)条件下で0.015
Mジチオスレイトールとインキュベートしてモノマーに
した。0.1mgのF(ab)′モノマーを1012pf
uの改良ファージと25℃で1晩、8mlのリン酸緩衝
液中でインキュベートした。生成物はセシウム・クロラ
イド密度勾配遠心(10ml、0.44g、CsCl/
ml、150,000×gで20時間)によって精製さ
れた。ファージ画分をリン酸緩衝液に充分透析した。
【0065】検出プローブを市販のT7RNAポリメラ
ーゼ転写キット(プロメガ Promega社、ウィス
コンシン州マジソンMadison)を用いて製造元の
指示に従って調製した。アリルアミン(Allylam
ine)−UTP(ベセスダ・リサーチ・ラボラトリー
(Bethesda Research Labora
tories)社)を反応液内でUTPに置換させた。
RNA転写物2.5μgを0.4mgのフルオレセイン
・イソチオシアン酸(モレキュラー・プローブMole
cular Probes社、オレゴン州ユージーン
Eugene)と200μlのホウ酸緩衝液(0.1M
ホウ酸、pH8.5)中で37℃、2.5時間インキュ
ベートしてRNA転写物の蛍光ラベルを行った。
【0066】捕獲プローブは713ヌクレオチドのビオ
チン化RNAおよびリステリア・イノキュアのリボソー
ムRNAの674から1387塩基に相補な塩基を含
む。このプローブはプロメガ社のT7RNAポリメラー
ゼ転写キットを用いて調製された。ビオチン−11−U
TP(ベセスダ・リサーチ・ラボラトリー社)が反応液
中でUTPと置換した。
【0067】マイクロタイター・ウェルの壁がアッセイ
に用の固体相として使用された。マイクロメンブレン
(Micromembrane)社(ニュージャージー
州、ニューアーク Newarak)のコバインド(C
o Bind)マイクロタイター・ウェルが使用され
た。ストレプトアビジンを以下のようにマイクロタイタ
ー・ウェルに共有結合させた。ストレプトアビジンのリ
ン酸緩衝液溶液が各ウェルに加えられた(0.1ml、
5mg/ml)。この緩衝液は0.1Mリン酸/0.1
M NaCl、pH7.5に作られたものである。ウェ
ルを室温で3時間インキュベートし、その後リン酸緩衝
液0.15mlずつ3回洗浄した。各ウェルに0.2m
lのトリス−塩酸/NaCl(0.1M/0.1M、p
H8.0)を加えてウェルを過剰のアミノ基でブロック
し、25℃で1晩インキュベートした。このウェルをそ
れからリン酸緩衝液0.15mlずつ、3容量で洗浄
し、使用まで4℃にて湿らせたまま保存した。
【0068】リステリア・イノキュアのためのアッセイ
の感度は以下のように決定された。リステリア・イノキ
ュアの細胞抽出液をファクター10で10細胞/mlま
で減少させた濃度に段階的に希釈した。RNA−rRN
A−オリゴヌクレオチド複合体を実施例1の手順に従っ
て各希釈液で調製した。
【0069】複合体の0.1mlアリコートを個別のマ
イクロタイター・ウェルに加え25℃で1時間インキュ
ベートした。洗浄緩衝液(0.1Mトリス、0.5M
NaCl、0.5%BSA、0.1%Tween20、
pH7.5)で3回ウェルを洗浄した。100μl洗浄
緩衝液中の抗蛍光F(ab′)抗体が付着しているM1
3SOC512バクテリオファージ1016pfuを各ウ
ェルに加え、25℃で60分間インキュベートした。ウ
ェルは上記の通り洗浄された。リボヌクレアーゼA(1
μg)を加え、60分間インキュベートした。
【0070】各テスト溶液のアリコート(50μl)を
宿主大腸菌(50μl)に加えた。この培養菌を37℃
で2時間発育させた。次に2YT培養液溶液の0.04
%Mデカナール200μlを加えた。マイクロタイター
・ウェルを暗室で5分間ポラロイドフィルムにさらして
発光を記録した。発光はバックグランド・ノイズ以上
で、即ちアッセイ当り10細胞当量濃度または約8×1
-19モルのrRNAまで認識できた。
【0071】実施例5 この実施例はまたマイクロタイター・ウェル・アッセイ
の形式でリステリアモノサイトジェン(Listeri
monocytogenes)を検出するための発
明を説明する。標的はこの病原体の16SrRNAであ
る。ベクターはこれまでの例で用いられたものと同じM
13SOC512である。
【0072】検出プローブはビオチン、ストレプトアビ
ジン、そして大腸菌16SRNAの674から1387
塩基に相補な合成ポリヌクレオチド鎖を含む。このポリ
ヌクレオチド鎖は標準的な技法を用いて調製された。ビ
オチンは標準的技法を用いてこの鎖に結合された。スト
レプトアビジンを以下のようにしてまずファージに結合
した。ファージを最初に0.2MのMOPS緩衝液(3
−[N−モリフォリノ]プロパン スルホン酸pH7.
4)中のスルホサクシンイミジル−4−(N−マレイミ
ドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレース(S
ulfo−SMCC; イリノイ州ロックフォード R
ockford ピアス ケミカル Pierce C
hemical社)と室温で1時間反応させた。SMC
C:ファージのモル比は500:1であった。このSM
CC−ファージ結合体をセファデックスG−25クロマ
トグラフィーにかけ未反応のSulfo−SMCCと分
離した。N−サクシンイミド3−(2−ピリジルジチ
オ)プロピオン酸(SPDP;ピアス・ケミカル Pi
erce Chemical社)を0.2M MOPS
中のストレプトアビジン(キャルバイオケム Calb
iochem社、カルフォルニア州、ラホヤ La J
olla)と室温で1時間混和した。SPDPのストレ
プトアビジンに対するモル比は100:1であった。こ
の反応混合液はセファデックスG−25クロマトグラフ
ィーで精製された。ジチオスレイトール(シグマケミカ
ル Sigma Chemical社)を溶出したタン
パクに最終濃度50mMで加えた。この還元されたスト
レプトアビジン−SPDP結合体をセファデックスG−
25カラムを通過させて精製を行った。SMCC−ファ
ージをストレプトアビジン−SPDP(モル比1:5
0)と4℃で16時間反応させた。ストレプトアビジン
化したファージをそれからセシウム・クロライド密度勾
配(0.44g/ml;20時間、150,000×
g,4℃)で精製し、0.2MのMOPS緩衝液pH
7.5に対して透析し、使用まで4℃にて保存された。
【0073】捕獲プローブは実施例1で用いられたもの
と同じ、dAティルを持つ35塩基核酸と、4000塩
基のdTホモポリマー(dT4000;メリーランド州
ベセスダ Bethesda、スーパーテクス Sup
ertechs社)から成る。バージニア州チャンテリ
ー Chantilly,ダイナテク Dynatec
h社のイミュロン2(immulon2)マイクロタイ
ター・ウェルにdT4000(100μg/ml、1.
5M NaCl、0.5M MgCl2、0.25Mト
リス−塩酸、pH7.5中)250μlを加え、37℃
で1晩インキュベートしてdT4000を付着した。残
存するdT4000溶液を除いた後、ウェルを37℃で
15から30分間乾燥させ、UV光を4分間あてて洗浄
緩衝液(1M NaCl、0.1Mトリス−塩酸、pH
9.3、2mM MgCl2、0.1%Tween2
0)で3回洗浄した。
【0074】このウェルは37℃で1時間、1.0M
NaCl、0.2Mトリス−塩酸、pH7.5、0.0
4M EDTA、2.5%ウシ血清アルブミン(ファク
ターV BSA)、0.5%サルコシル(Sarkos
yl)(シグマ ケミカルSigma Chemica
l社)、10μg/mlの酵母tRNA(ベセスダ・リ
サーチ・ラボ社)で処理された。
【0075】このアッセイの感度は以下のように決定さ
れた。個別の1.5mlポリプロピレン試験管にリステ
リア・モノサイトジェン1000,10,1,0.1細
胞当量からの抽出液と、捕獲プローブのdA−ティルを
持つオリゴヌクレオチド100ng、検出プローブのビ
オチン化ポリヌクレオチド鎖50ngを加えた。試験管
内容物の容量を0.5M NaCl、0.1Mトリス−
塩酸(pH7.5)溶液を加えて200μlとした。試
験管を65℃で30分間温めハイブリダイゼーションを
行わせた。
【0076】ハイブリダイゼーションに続いて、各試験
管に109pfuのストレプトアビジン化バクテリオフ
ァージを加えた。それから試験管を37℃で60分間、
振とうしながらインキュベートした。各試験管の内容物
を個別のdT4000で被覆されたマイクロタイター・
ウェルに移し、37℃で60分間おだやかに振とうしな
がらインキュベートした。ウェルの内容物はその後洗浄
緩衝液(0.5M NaCl 0.1Mトリス−塩酸、
pH7.5)で洗浄された。内容物をそれからマイクロ
タイター・ウェルからファージを分離するためRP1D
Nase(プロメガ Promega社)20単位を含
む200μlの0.01Mトリス−塩酸、0.04M
NaCl、0.006M MgCl2、pH7.5とイ
ンキュベートした。インキュベーションは37℃で30
分間行われた。
【0077】各混合液のアリコート(100μl)を、
0.5mMのイソプロピル−β−D−チオガラクトサイ
ド(isopropyl−β−D−thiogalac
toside IPTG)を含むTYE培養液中で発育
した中間ログ相にある大腸菌JM101培養液の200
μl容量に加えた。この混合液を室温で10分間インキ
ュベートした。それから混合液を同じTYE培養液2m
lで更に希釈し、37℃で2.5時間、激しく振とうし
ながらインキュベートした。デカナール(10μl,
0.2%)を各混合液の100μlサンプルに加え、結
果として出る蛍光を測定した。各希釈における結果は次
の通りである。 リステリア 発光出力 細胞当量 (発光カウント/秒) シグナル:ノイズ 1000.0 9.66×104 6.0:1 10.0 6.62×104 4.1:1 1.0 4.02×104 2.5:1 0.1 3.20×104 2.0:1 0.0 1.61×104 このアッセイは約0.1細胞当量または標的約8×10
-21モル以下に対して感度を示した。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 ウヴェ・リヒャルト・ミュラー アメリカ合衆国イリノイ州60545,プラノ, リバー・ロード 11714 (72)発明者 ダクラス・ジェームズ・タロン アメリカ合衆国イリノイ州60120,エルギ ン,リバー・ブラフ・ロード 469

Claims (20)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 標的の存在の有無またはその濃度決定の
    アッセイにおいて使用する、自己増幅シグナル産生部で
    あって、該自己増幅シグナル産生部は (a) 宿主に受け入れられ、かつそこで再産生可能な
    ベクターで、該ベクターは活性のあるバクテリオファー
    ジ、ウィルス、プラスミド、またはそれらの断片であ
    り;そして (b) 該ベクターと、上記アッセイの標的に結合能を
    もつ検出プローブを含む。
  2. 【請求項2】 上記検出プローブが、抗体、ストレプト
    アビジン、アビジン、ビオチン、オリゴヌクレオチド、
    Fab断片、Fab′断片、F(ab′)2断片から成
    るグループから選ばれた1またはそれ以上の成分から成
    る請求項1記載の自己増幅シグナル産生部。
  3. 【請求項3】 上記ベクターがポリペプチドをコードす
    る請求項1記載の自己増幅シグナル産生部。
  4. 【請求項4】 上記ベクターが活性のあるM13または
    φX174バクテリオファージである請求項3記載の自
    己増幅シグナル産生部。
  5. 【請求項5】 上記検出プローブが、抗体、ストレプト
    アビジン、、アビジン、ビオチン、オリゴヌクレオチ
    ド、Fab断片、Fab′断片およびF(ab′)2
    片から成るグループから選ばれた1またはそれ以上の成
    分から成る請求項3記載の自己増幅シグナル産生部。
  6. 【請求項6】 上記ポリペプチドがルシフェラーゼ(l
    uciferase)酵素である請求項3記載の自己増
    幅シグナル産生部。
  7. 【請求項7】 標的分子の存在の有無またはその濃度を
    決定する方法であって、 (a) ベクターは活性のあるバクテリオファージ、ウ
    ィルス、プラスミド、またはそれらの断片から成るグル
    ープのうちの1つであり、宿主に受け入れられ、かつそ
    こで再産生可能であり、また検出プローブは該ベクター
    と該標的分子に結合能を有する、ベクターおよび検出プ
    ローブを、上記標的分子を試験するためのサンプルと接
    触させ; (b) ベクター−検出プローブ−標的複合体を形成さ
    せる; (c) 上記ベクター−検出プローブ−標的複合体を複
    合体未形成のベクター、検出プローブ、標的から分離
    し; (d) 上記分離されたベクター−検出プローブ−標的
    複合体からのベクターを、該ベクターが複製能を持つよ
    うな宿主に導入し; (e) 上記複製性のベクターにシグナルを産生させ;
    そして (f) 上記シグナルを検出すること; の各工程を含む方法。
  8. 【請求項8】 上記検出プローブが、抗体、ストレプト
    アビジン、アビジン、ビオチン、オリゴヌクレオチド、
    Fab断片、Fab′断片およびF(ab′)2断片か
    ら成るグループから選ばれた1またはそれ以上の成分か
    ら成る請求項7記載の標的分子の存在の有無またはその
    濃度を決定する方法。
  9. 【請求項9】 上記ベクター−検出プローブ−標的複合
    体が、上記複合体未形成のベクター、検出プローブ、標
    的から分離する前に固体相支持体に結合される請求項7
    記載の標的分子の存在の有無またはその濃度を決定する
    方法。
  10. 【請求項10】 上記ベクター−検出プローブ−標的複
    合体を上記固体相支持体に結合させるのに捕獲プローブ
    を使用する請求項9記載の標的分子の存在の有無または
    その濃度を決定する方法。
  11. 【請求項11】 上記捕獲プローブが、抗体、ストレプ
    トアビジン、アビジン、ビオチン、オリゴヌクレオチ
    ド、Fab断片、Fab′断片、F(ab′)2断片か
    ら成るグループから選ばれた1またはそれ以上の成分か
    ら成り、上記固体支持相がマイクロタイター・ウェル、
    カップ、またはディップスティックである請求項10記
    載の標的分子の存在の有無またはその濃度を決定する方
    法。
  12. 【請求項12】 上記ベクターがポリペプチドをコード
    する請求項7記載の標的分子の存在の有無またはその濃
    度を決定する方法。
  13. 【請求項13】 上記検出プローブが、抗体、ストレプ
    トアビジン、アビジン、ビオチン、オリゴヌクレオチ
    ド、Fab断片、Fab′断片およびF(ab′)2
    片から成るグループから選ばれた1またはそれ以上の成
    分から成る請求項12記載の標的分子の存在の有無また
    はその濃度を決定する方法。
  14. 【請求項14】 上記ベクター−検出プローブ−標的複
    合体を、上記複合体未形成のベクター、検出プローブ、
    標的から分離する前に固体相支持体に結合させる請求項
    12記載の標的分子の存在の有無またはその濃度を決定
    する方法。
  15. 【請求項15】 上記ベクター−検出プローブ−標的複
    合体を上記固体相支持体に結合させるのに捕獲プローブ
    を使用する請求項14記載の標的分子の存在の有無また
    はその濃度を決定する方法。
  16. 【請求項16】 上記捕獲プローブが、抗体、ストレプ
    トアビジン、アビジン、ビオチン、オリゴヌクレオチ
    ド、Fab断片、Fab′断片、F(ab′)2断片か
    ら成るグループから選ばれた1またはそれ以上の成分か
    ら成り、上記固体相支持体がマイクロタイター・ウェ
    ル、カップ、またはディップスティックである請求項1
    5記載の標的分子の存在の有無またはその濃度を決定す
    る方法。
  17. 【請求項17】 上記ポリペプチドがルシフェラーゼ酵
    素である請求項16記載の標的分子の存在の有無または
    その濃度を決定する方法。
  18. 【請求項18】 サンプル中の標的の存在の有無または
    その濃度を決定するためのアッセイキットであって; (a) 活性を持つバクテリオファージ、ウィルス、プ
    ラスミド、またはそれらの断片から成るグループのうち
    の1つで、シグナル産生能を持ち、宿主に受け入れられ
    てそこで再産生できるベクター; (b) 該ベクターと該アッセイの標的に結合能を持つ
    検出プローブ; (c) 該サンプルを該ベクターと該検出プローブに接
    近させる手段; (d) 該標的に結合したベクターと検出プローブを該
    標的に結合していないベクターとプローブから分離する
    手段; (e) 該分離された結合ベクターを受け入れ、そこで
    の再産生を許容できる宿主に導入する手段;から成るア
    ッセイキット。
  19. 【請求項19】 上記キットが上記ベクターを受け入
    れ、そこでの再産生を許容できる宿主を更に含む請求項
    18記載のアッセイキット。
  20. 【請求項20】 上記ベクターがポリペプチドをコード
    する請求項18記載のアッセイキット。
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