JPH04346800A - 核酸の検出方法及びその装置 - Google Patents

核酸の検出方法及びその装置

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JPH04346800A
JPH04346800A JP3149719A JP14971991A JPH04346800A JP H04346800 A JPH04346800 A JP H04346800A JP 3149719 A JP3149719 A JP 3149719A JP 14971991 A JP14971991 A JP 14971991A JP H04346800 A JPH04346800 A JP H04346800A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 【0001】 【産業上の利用分野】本発明は核酸の検出方法及びその
装置に関する。詳しくは標的DNAの検出を簡便に短時
間に行うことができ、例えば、生体内に存在しうる病因
遺伝子の検出や遺伝子学的研究等に有用な検出方法及び
それに用いる装置に関する。 【0002】 【従来の技術・発明が解決しようとする課題】ウィルス
や細菌が原因となる病気の診断を遺伝子レベルで行う試
みが行われている。遺伝子レベルで病気の原因菌をつき
とめるための方法の1つに遺伝子増幅法を用いた方法が
ある。この方法は、ポリメラーゼチェーンリアクション
(PCR)(Saiki, R. K. et al.
, Science 239, 487−491 (1
988))と呼ばれる。 【0003】この方法は、極く微量の遺伝子(DNA)
から目的とするDNA領域だけを数時間のうちに約10
0万倍に増幅させることができる。即ち、増幅させたい
遺伝子領域を挟んで+鎖、−鎖に対するDNAプライマ
ー(18〜30ヌクレオチド)を合成し、DNAポリメ
ラーゼによりDNA断片の合成を繰り返し行うと、1サ
イクルごとにDNAは2倍に増幅され、nサイクル後に
は、2n 倍に増幅される。 【0004】この際DNAプライマーとして、目的遺伝
子に特異的な配列を選ぶことで選択性の高いポリメラー
ゼ反応がおこる。そのため、目的遺伝子中にプライマー
領域(増幅されるべきDNA断片)が1箇所しかなけれ
ば、増幅されるDNA断片はある長さを有する1種類の
断片しか原理的には、生成されないはずである。 【0005】しかしながら、実際には異なる長さを持つ
複数のDNA断片を生成することがある。例えば、食中
毒菌の同定の例を挙げると、サルモネラ菌を同定しよう
とする際、サルモネラ菌のL−アラビノースオペロン中
のaraC遺伝子中の特定の配列2種を用いてサルモネ
ラ菌を含む溶液をPCR反応させると、0.33kbp
のDNA断片が生じるが、サルモネラ菌以外の菌、例え
ば、ビブリオ・パラヘモリティカス菌(V. para
haemolyticus  WP1株) 、バチルス
・セレウス(B. cereus JCM2152株)
 を含む溶液をPCRしても、それぞれ0.37kbp
、0.20kbpのDNA断片を生じる。 【0006】このようにPCR法は超微量標的DNAが
存在すればプライマーを用いて大量に標的DNA配列を
増幅させる方法として優れており、DNA検出に広く利
用されているが、PCR法で検出されるDNAは目的と
するDNAばかりでなく、2つのプライマーによって増
幅されうるDNAであれば、標的DNA以外のものであ
っても増幅され得る。従って、複数の増幅DNA断片が
共存することもあり、特異性を要求されるDNA断片の
検出に問題が生じているのが実情である。 【0007】また、PCR反応を行う操作は煩雑かつ時
間を要するため、研究用途等の少数サンプルを扱う際に
はあまり支障にならないが、特に臨床検査等の多くの検
体を扱う際には支障となる。例えば、電気泳動法では約
1時間以上、プローブ法では約2時間以上を要するなど
の点から、簡易な検出方法の開発が要請されている。 【0008】 【課題を解決するための手段】本発明者らは、前述のよ
うな課題を解消するため特異的なDNA断片をいかに効
率よく増幅し、検出することが可能かを鋭意研究し、複
数段階で異なったプライマーを機能させることによって
特異性を高めることが可能であることを見出し、さらに
、該方法に適した検出装置を開発し、本発明を完成した
。即ち、本発明の要旨は、(1)2種のオリゴヌクレオ
チドを鎖長反応のプライマーとして機能させ、標的DN
A中の特定のDNAをDNA合成酵素を用いて選択的に
増幅させる工程(第1反応)、次いで増幅させた該DN
Aに第1反応で用いたプライマーと1種または2種異な
るプライマー2種を機能させ、DNA合成酵素を用いて
選択的に該DNA内のDNA断片をさらに増幅させる工
程(第2反応)および反応終了後、染色剤を作用させて
染色する工程を経て染色された溶液の蛍光強度または吸
光度を測定することにより、増幅DNA断片を検出する
工程を有することを特徴とする標的DNAの検出方法、
および、(2)少なくとも第1反応液供給手段と、該手
段により供給される反応液を収容する反応ライン上を移
動可能に配設された容器群と、第1反応の終了した該容
器群中の容器に第2反応液を供給する第2反応液供給手
段および該容器群中の反応温度を制御するヒーターブロ
ックとを備えてなるPCR部と第2反応の終了した増幅
DNA断片を検出する検出手段とを備えていることを特
徴とする核酸の検出装置に関する。 【0009】本発明においてプライマーとして使用でき
るものは従来公知のものが使用でき、目的DNAに対し
、特異性を有するプライマーであれば、特に限定される
ものではない。通常15〜40個の塩基からなる。本発
明に使用するプライマーは公知のDNA合成方法により
容易に得ることができる。オリゴヌクレオチドを、例え
ば、ミリジェン社製のDNA合成機サイクロン・プラス
等を用いて合成し、合成したオリゴヌクレオチドは逆相
カラムを用いたHPLC、DNA吸着性カラムあるいは
ポリアクリルアミドゲル電気泳動等を用いた公知の方法
により精製し、プライマーとして用いることができる。 【0010】本発明の検出方法は以下の手順に従って、
行うことができる。 (1)標的DNAの抽出動物組織、菌体、培養細胞など
から得られた新鮮、凍結あるいはホルマリンなどで固定
した検体をプロテイナーゼ等の酵素処理によりタンパク
質を消化した後、フェノール抽出およびエタノール沈澱
処理など常法によりDNAを抽出する。 【0011】(2)第1反応 (1)で得られた標的DNAに、合成された本発明にお
けるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用い、耐熱
性DNAポリメラーゼを加え、常法に従いPCR反応を
行ない、増幅されたDNAを得る。 【0012】PCRは具体的には一般に次のような工程
でなされる。検体中の標的DNAに対し、プライマー(
A)を機能させてハイブリダイズ(アニーリング工程)
させて鎖長反応を行なう(イクステンション工程)。こ
れにより得られた2本鎖ヌクレオチドを1本鎖に分離し
(ディナチュレーション工程)、その相補鎖を他方のプ
ライマーの鋳型として機能させる。他方のプライマー(
B)を機能させて、これら2つのプライマーによる鎖長
反応生成物の鋳型から分離操作を繰り返すことにより特
定のヌクレオチド断片を増幅させる。プライマーによる
鎖長反応は、通常、前記のような公知の耐熱性DNAポ
リメラーゼが用いられる。鎖長反応生成物の鋳型からの
分離操作は種々の公知の方法により行なわれるが、熱変
性により行なうのが好ましい。 【0013】PCRに用いる検体中の標的DNA量は、
通常1pg〜10ng程度を標準とし、プライマーの量
は通常、0.1nmol程度を用いる。PCRの条件は
、ディナチュレーション工程は通常94℃で0.5〜1
分、アニーリング工程が通常37〜72℃で1〜3分、
イクステンション工程が通常60〜72℃で1〜3分の
条件であり、これらの工程を1サイクルとしたPCRを
通常25〜45サイクル行なう。 【0014】(3)第2反応 (2)で得られた増幅されたDNA断片に、プライマー
(A)と(C)、プライマー(B)と(D)、あるいは
プライマー(C)と(D)を機能させ、第1反応と同様
のPCR反応を行ない、増幅されたDNA断片を得る。 ディナチュレーション工程、アニーリング工程、イクス
テンション工程を1サイクルとしたPCRを通常25〜
45サイクル行なう。 【0015】ここでプライマー(C)、(D)とは、第
1反応で増幅されたDNA内の特定のDNA断片を特異
的に増幅するために用いられるものであり、それに適し
たオリゴヌクレオチドの合成を行うことにより得られる
。従って、第2反応でのプライマーとしては、第1反応
でのプライマーと1種または2種異なるものが使用され
る。 【0016】(4)増幅DNA断片の検出増幅されたD
NA断片を断片の長さによって分離する方法としては、
電気泳動法が知られている。この方法は、(i)   
 アクリルアミドゲル担体中で、ラジオアイソトープで
ラベルしたあるいはラベルしていないDNA断片を泳動
させ、そのゲルのオートラジオグラフィーをとる方法、
(ii)  薄層シリカゲルプレート上におき、UVラ
ンプでゲルを照らし写真を取る方法、(iii)  ア
ガロースゲル担体中でDNA断片を泳動させ、その後エ
チジウムブロマイドでDNAを染色し、泳動漕からゲル
をトランスイルミネーター(紫外光を発する)上におき
、写真をとる方法(T. Maniatis et a
l.,Molecular Cloning,Cold
 Spring Harbour (1982))、(
iv)  DNAの配列を決定できるDNAシーケンサ
ーによる方法、即ち、蛍光標識したDNAプライマーを
蛍光ラベルし、シーケンスしたいDNAをアクリルアミ
ドゲルに泳動させ、アルゴンレーザーを用いてDNA由
来の蛍光強度を測定する方法 (Smith, L. 
M. et al., Nature 321, 67
4−679 (1986))などが知られている。 【0017】本発明の方法では、前記の従来法とは異な
り、PCR反応の終了後に反応液に直接染色剤を作用さ
せ、染色された溶液の蛍光強度または吸光度を測定する
ことにより増幅DNA断片を検出する。染色剤としては
、エチジウムブロマイド、アクリジンオレンジ、クロモ
マイシンA3、Hoechst 33258 、DIP
I (4’,6−bis(2’−imidazolin
yl−4H,5H)−2−phenylindole)
 等のDNA親和物質等が例示される。染色剤の添加は
、あらかじめ蛍光セルに入れておくか、あるいはPCR
反応終了後にサンプルチューブに添加してもよい。 【0018】次に、本発明の検出方法を用いるための装
置を図面に基づいて説明する。即ち、逐次処理ダブルP
CR装置を備えた本発明の検出装置の概略図を図3に示
す。説明を簡略化するために、PCRの第1反応8サイ
クル、第2反応8サイクルの装置について記す。まず、
図の左端のサンプルチューブに、新しくこれから反応を
行うべき試料DNAを入れる。これと同時に、16本並
んだ反応中のサンプルチューブ(容器群)がワンステッ
プ右に移動し、最右端の反応の終わったサンプル1つは
反応系から終了サンプルとして出される。 【0019】次に、第1反応液と第2反応液が、1本目
と9本目のその真下のチューブにそれぞれ第1反応液供
給手段、第2反応液供給手段により供給される。次いで
、容器群は静止し、94℃のヒータブロックが容器群の
真下から上がってきて、容器群を加熱する。 【0020】1分間加熱後、94℃ヒータブロックに代
わって、55℃ヒータブロックが上がってきて、55℃
に1分間容器群を加熱する。最後に72℃のヒータブロ
ックが1分間挿入される。これにより、容器群中の各サ
ンプルチューブは94℃、55℃、72℃の温度変化を
示し、これによりPCR反応の1サイクルが行われる。 【0021】次に、前述のように図の左から試料DNA
の入ったサンプルチューブが新たに導入され、容器群は
本装置の反応ライン上をワンステップ移動することとな
る。この一連の操作を繰り返すことにより、第1反応の
終了した容器には第2反応液が供給され第2反応がくり
返されるので、逐次的に遺伝子増幅反応等を行なえるこ
ととなる。 【0022】この反応を繰り返すことにより、ヒータブ
ロックの穴の数(図3における装置では16回)だけ、
温度サイクルを行ったものが、順次処理されることにな
る。本装置における第1反応液供給手段および第2反応
液供給手段は、通常自動分注器により行われ、また容器
群の反応ライン上の間欠的な移動はベルトコンベアによ
り行われる。また、3つのヒーターブロックとしてはア
ルミブロックにシースヒータ等が用いられる。 【0023】また、この反応中に反応溶液が蒸発してし
まわないように、反応溶液上部にミネラルオイルをのせ
るか、反応溶液チューブに溶着できる蓋をして、反応チ
ューブを密閉する。また、反応溶液とヒータブロックと
の熱接触をとるためにその間にミネラルオイル等を充填
することもできる。このようにしてPCRにより増幅さ
れたDNA断片は、公知の検出手段、例えば蛍光分光光
度計などにより容易に検出することができる。 【0024】 【実施例】以下、実施例により本発明をさらに詳しく説
明するが、本発明はこれらの実施例に何ら限定されるも
のではない。 実施例1 【0025】(1)  神奈川現象陽性株であるビブリ
オ・パラヘモリティカスWP1株を液体培養し、フェノ
ール、クロロホルムを用いる常法でトータルDNAを抽
出した。そのDNAを紫外可視吸光光度計を用いて26
0nmの値からDNA量を定量した。この溶液1μlを
用いて第1PCR反応を行った。 【0026】(2)  プライマー(a)、(b)およ
び(c)を用いた。これらのプライマーはビブリオ・パ
ラヘモリティカスtdh遺伝子を特異的に検出できるプ
ライマーであり、本プライマーは M. Nishib
uchi et al., Mol. Microbi
ology, 4, 87−99(1990) に記載
されているtdh2遺伝子の配列中の配列を有し、日本
細菌学会第64回(J. J. Bacteriol.
 46, 281 (1991))で報告されたもので
ある。 【0027】   即ち、プライマー(a)(配列番号:1): CC
ATCTGTCCCTTTTCCTGC       
  プライマー(b)(配列番号:2): CCAAA
TACATTTTACTTGG        プライ
マー(c)(配列番号:3): GGTACTAAAT
GGCTGACATC 試料は以下の組成のものを混合
して反応液10μlを調製した。     10×バッファー            1
      μl    dNTP1.6μl    
    各1.25mMビブリオ・パラヘモリティカス
tdh遺伝子特異的な配列をもつ     第1反応用プライマー(a)及び(b)   
                         
  各0.25μl(2.5nmol/ml)    
ノニデットP−40          0.5%1μ
l    ツイーン20              
  0.5%1μl    耐熱性DNAポリメラーゼ
    0.1μl(5unit/μl)  【002
8】この反応液の入った容器にミネラルオイル(SIG
MA社)を50μl加えて反応液を調製した。各バッフ
ァーの組成を次に示す。     10×バッファー:  500mM  KCl
                        1
00mM  Tris−HCl           
               15mM  MgCl
2                        
 0.1%    ゼラチン    dNTP溶液  
  :  dATP、dCTP、dGTP、dTTPの
混合物  反応条件は、以下に示す通りであり、15サ
イクル行った。     熱変性          :  94℃  
1分    アニーリング    :  55℃  1
分    重合反応        :  72℃  
1分  【0029】(3)第2反応 15サイクル終了後、第2反応液(10×バッファー1
0μl、dNTP16μl、第2反応用プライマー(b
)及び(c)4μl(25nmol/ml)、ノニデッ
トP−40、ツイーン20各0.5%10μl、耐熱性
DNAポリメラーゼ0.5μl(5unit/μl)に
蒸留水を加えて90μlにした溶液)を第1反応終了後
に加えた。その後、第1反応と同じ温度条件で35サイ
クルPCR反応を行った。 【0030】(4)目的遺伝子の検出 第2反応終了後の溶液50μlに0.5μg/mlのエ
チジウムブロマイド(EtBr)40μl、2×TAE
バッファー(1×TAEバッファーは0.04Mトリス
酢酸緩衝液、0.002M  EDTA、pH8.0)
200μlを加えて計400μlにした。その溶液を島
津蛍光検出器RF−5000で測定した。その際の条件
は励起波長Ex=300nm、蛍光波長Em=590n
m、感度highで測定した。その結果を図1に示した
。なお、図中の1は反応チューブ中にDNAが存在しな
い場合、2は反応チューブ中に10−1コピーDNAが
存在する場合、3は反応チューブ中に100 (=1)
コピーDNAが存在する場合、4は反応チューブ中に1
01 コピーDNAが存在する場合、5は反応チューブ
中に102 コピーDNAが存在する場合、6は反応チ
ューブ中に103 コピーDNAが存在する場合、およ
び7は反応チューブ中に104 コピーDNAが存在す
る場合の蛍光強度を示す。 【0031】また、同時に従来法であるアガロース電気
泳動パターンを図2に示した。図中、1〜7の数字は図
1と対応し、Mはサイズマーカー(φ×174Hinc
II)である。電気泳動時の条件は以下の通りである。 PCR後の反応液を各々10μlをとり、50%グリセ
ロール、0.25%ブロムフェノールブルー、0.25
%キシレンシアノールを含む水溶液2μlを加えて、0
.5μg/mlのエチジウムブロマイド(EtBr)を
含むアガロースゲル(3%w/v)にアプライした。直
流電源を用いてDC100Vをかけ、40分間泳動した
。その後、トレーをゲルトレー装着装置にセットし、放
電管(302nmにメインピークをもつ)を備えたトラ
ンスイルミネーター上に泳動後のゲルを置いて、ポラロ
イドフィルム(667)を備えたカメラで撮影した。 【0032】 【発明の効果】本発明では3種類または4種類のプライ
マーを利用してPCR反応をくり返すことから高い特異
性を有するDNAを得ることができる。従って、PCR
反応液に直接染色剤を作用させて増幅DNAを検出する
ことができ、従来法に比べて短時間、高特異性、高感度
な検出が可能となる。 【0033】 【配列表】配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列 CCATCTGTCC CTTTTCCTGC    
     20【0034】配列番号:2 配列の長さ:19 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列 CCAAATACAT TTTACTTGG     
     19【0035】配列番号:3 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列 GGTACTAAAT GGCTGACATC    
     20
【図面の簡単な説明】
【図1】図1は第1反応、第2反応を経て増幅されたD
NA断片の蛍光強度を測定した結果を示す図である。な
お、図中の1は反応チューブ中にDNAが存在しない場
合、2は反応チューブ中に10−1コピーDNAが存在
する場合、3は反応チューブ中に100 (=1)コピ
ーDNAが存在する場合、4は反応チューブ中に101
 コピーDNAが存在する場合、5は反応チューブ中に
102 コピーDNAが存在する場合、6は反応チュー
ブ中に103 コピーDNAが存在する場合、および7
は反応チューブ中に104 コピーDNAが存在する場
合の蛍光強度を示す。
【図2】図2はアガロース電気泳動パターンを示す図で
ある。図中、1〜7の数字は図1と対応し、Mはサイズ
マーカー(φ×174HincII)である。
【図3】図3は本発明の検出方法を用いる逐次処理ダブ
ルPCR装置を備えた本発明の検出装置の概略図を示す
図である。

Claims (2)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】  2種のオリゴヌクレオチドを鎖長反応
    のプライマーとして機能させ、標的DNA中の特定のD
    NAをDNA合成酵素を用いて選択的に増幅させる工程
    (第1反応)、次いで増幅させた該DNAに第1反応で
    用いたプライマーと1種または2種異なるプライマー2
    種を機能させ、DNA合成酵素を用いて選択的に該DN
    A内のDNA断片をさらに増幅させる工程(第2反応)
    および反応終了後、染色剤を作用させて染色する工程を
    経て染色された溶液の蛍光強度または吸光度を測定する
    ことにより、増幅DNA断片を検出する工程を有するこ
    とを特徴とする標的DNAの検出方法。
  2. 【請求項2】  少なくとも第1反応液供給手段と、該
    手段により供給される反応液を収容する反応ライン上を
    移動可能に配設された容器群と、第1反応の終了した該
    容器群中の容器に第2反応液を供給する第2反応液供給
    手段および該容器群中の反応温度を制御するヒーターブ
    ロックとを備えてなるPCR部と第2反応の終了した増
    幅DNA断片を検出する検出手段とを備えていることを
    特徴とする核酸の検出装置。
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