JPH03184992A - オリゴヌクレオチド誘導体及びその製造方法 - Google Patents
オリゴヌクレオチド誘導体及びその製造方法Info
- Publication number
- JPH03184992A JPH03184992A JP2241238A JP24123890A JPH03184992A JP H03184992 A JPH03184992 A JP H03184992A JP 2241238 A JP2241238 A JP 2241238A JP 24123890 A JP24123890 A JP 24123890A JP H03184992 A JPH03184992 A JP H03184992A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- formula
- oligonucleotide
- group
- oligonucleotide derivative
- reacted
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims description 8
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 65
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims abstract description 19
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 claims abstract description 16
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims abstract description 16
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 15
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 14
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims abstract description 13
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 12
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical group CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 12
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 10
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims abstract description 7
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims abstract description 7
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N adenyl group Chemical group N1=CN=C2N=CNC2=C1N GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 7
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims abstract description 7
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims abstract description 6
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical group OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 claims abstract 3
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 17
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 17
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 abstract description 5
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 abstract description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 abstract description 2
- PFKFTWBEEFSNDU-UHFFFAOYSA-N carbonyldiimidazole Chemical compound C1=CN=CN1C(=O)N1C=CN=C1 PFKFTWBEEFSNDU-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract 2
- JWKARZDECJVQDJ-UHFFFAOYSA-N 2-fluoro-1-methylpyridin-1-ium Chemical class C[N+]1=CC=CC=C1F JWKARZDECJVQDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract 1
- 230000002950 deficient Effects 0.000 abstract 1
- 239000000463 material Substances 0.000 abstract 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 abstract 1
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 14
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 13
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 13
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 11
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 11
- 238000000034 method Methods 0.000 description 10
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 7
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 6
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 6
- -1 genetic diagnosis Proteins 0.000 description 6
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 5
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 4
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(ethenyl)benzene;1-ethenyl-2-ethylbenzene;styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1.CCC1=CC=CC=C1C=C.C=CC1=CC=CC=C1C=C NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 2-diethylaminoethanol Chemical group CCN(CC)CCO BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KRPRVQWGKLEFKN-UHFFFAOYSA-N 3-(3-aminopropoxy)propan-1-amine Chemical compound NCCCOCCCN KRPRVQWGKLEFKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonium chloride Substances [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 3
- 238000000862 absorption spectrum Methods 0.000 description 3
- 125000002947 alkylene group Chemical group 0.000 description 3
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 3
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 3
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 238000004366 reverse phase liquid chromatography Methods 0.000 description 3
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 3
- RMVRSNDYEFQCLF-UHFFFAOYSA-N thiophenol Chemical compound SC1=CC=CC=C1 RMVRSNDYEFQCLF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- JCEZOHLWDIONSP-UHFFFAOYSA-N 3-[2-[2-(3-aminopropoxy)ethoxy]ethoxy]propan-1-amine Chemical compound NCCCOCCOCCOCCCN JCEZOHLWDIONSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 2
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N Ethylenediamine Chemical compound NCCN PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N Methylamine Chemical compound NC BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Natural products N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- NEHMKBQYUWJMIP-UHFFFAOYSA-N chloromethane Chemical compound ClC NEHMKBQYUWJMIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- NAQMVNRVTILPCV-UHFFFAOYSA-N hexane-1,6-diamine Chemical compound NCCCCCCN NAQMVNRVTILPCV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- LSHROXHEILXKHM-UHFFFAOYSA-N n'-[2-[2-[2-(2-aminoethylamino)ethylamino]ethylamino]ethyl]ethane-1,2-diamine Chemical compound NCCNCCNCCNCCNCCN LSHROXHEILXKHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- KIDHWZJUCRJVML-UHFFFAOYSA-N putrescine Chemical compound NCCCCN KIDHWZJUCRJVML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 2
- FYSNRJHAOHDILO-UHFFFAOYSA-N thionyl chloride Chemical compound ClS(Cl)=O FYSNRJHAOHDILO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XFNJVJPLKCPIBV-UHFFFAOYSA-N trimethylenediamine Chemical compound NCCCN XFNJVJPLKCPIBV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HFBHOAHFRNLZGN-LURJTMIESA-N (2s)-2-formamido-4-methylpentanoic acid Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC=O HFBHOAHFRNLZGN-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IJABUNOZNNQRBR-UHFFFAOYSA-N 2-fluoro-1-methyl-2h-pyridine Chemical compound CN1C=CC=CC1F IJABUNOZNNQRBR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 108010008286 DNA nucleotidylexotransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100029764 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu Human genes 0.000 description 1
- VGGSQFUCUMXWEO-UHFFFAOYSA-N Ethene Chemical compound C=C VGGSQFUCUMXWEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005977 Ethylene Substances 0.000 description 1
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 1
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008033 biological extinction Effects 0.000 description 1
- WERYXYBDKMZEQL-UHFFFAOYSA-N butane-1,4-diol Chemical compound OCCCCO WERYXYBDKMZEQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000009833 condensation Methods 0.000 description 1
- 230000005494 condensation Effects 0.000 description 1
- 125000000113 cyclohexyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 150000004985 diamines Chemical class 0.000 description 1
- 125000002228 disulfide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 125000003700 epoxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004185 ester group Chemical group 0.000 description 1
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N hydroxyacetaldehyde Natural products OCC=O WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RTWNYYOXLSILQN-UHFFFAOYSA-N methanediamine Chemical compound NCN RTWNYYOXLSILQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- RGSFGYAAUTVSQA-UHFFFAOYSA-N pentamethylene Natural products C1CCCC1 RGSFGYAAUTVSQA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004817 pentamethylene group Chemical group [H]C([H])([*:2])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[*:1] 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- WGYKZJWCGVVSQN-UHFFFAOYSA-N propylamine Chemical group CCCN WGYKZJWCGVVSQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 150000003335 secondary amines Chemical class 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 150000003512 tertiary amines Chemical class 0.000 description 1
- FAGUFWYHJQFNRV-UHFFFAOYSA-N tetraethylenepentamine Chemical compound NCCNCCNCCNCCN FAGUFWYHJQFNRV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
(産業上の利用分野)
本発明はオリゴヌクレオチドの5−末端の水酸基に、リ
ンカ−を介して標識物質又は担体に結合させるための官
能基が導入されたオリゴヌクレオチド誘導体並びにその
製造方法に関するものである。
ンカ−を介して標識物質又は担体に結合させるための官
能基が導入されたオリゴヌクレオチド誘導体並びにその
製造方法に関するものである。
(従来の技術と課題)
従来、核酸は種々の分野で利用されている。例えば、有
用蛋白質のアミノ酸配列を暗号化する核酸を使用するこ
とで該有用な蛋白質を人工的に生産することが可能であ
り、合成核酸を使用することで遺伝子診断、遺伝子探査
等が可能である。また、核酸を固定化した担体を使用す
れば溶液からmRNA等を分離・精製することが可能で
あり、更には核酸の塩基配列の決定(サンガー法等)に
於けるブライマーとしても使用可能である。
用蛋白質のアミノ酸配列を暗号化する核酸を使用するこ
とで該有用な蛋白質を人工的に生産することが可能であ
り、合成核酸を使用することで遺伝子診断、遺伝子探査
等が可能である。また、核酸を固定化した担体を使用す
れば溶液からmRNA等を分離・精製することが可能で
あり、更には核酸の塩基配列の決定(サンガー法等)に
於けるブライマーとしても使用可能である。
ところで、前記した様な核酸の利用において特に核酸を
担体等に固定化して使用する場合、従来、例えば担体の
エポキシ基と核酸塩基中のアミノ基を反応させる方法が
知られている。しかし、該方法では担体への核酸の固定
化量は微量であり、また、核酸が担体に多点結合してし
まう結果、動的自由度が失なわれ易いという課題がある
。
担体等に固定化して使用する場合、従来、例えば担体の
エポキシ基と核酸塩基中のアミノ基を反応させる方法が
知られている。しかし、該方法では担体への核酸の固定
化量は微量であり、また、核酸が担体に多点結合してし
まう結果、動的自由度が失なわれ易いという課題がある
。
また、核酸をプローブ(探査子)として使用する場合に
は、放射性同位原素、酵素、蛍光物質等を標識物質(ラ
ベル)として使用しているが、これらのプローブを製造
する方法としえは、例えば標識物質を予め結合させたヌ
クレオチドモノマを、ターミナルトランスフェラーゼを
使用して核酸(DNA)の3′末端に取込ませたり、ニ
ックトランスレーション法等が知ら・れでいる。しかし
、これらの方法においては、特殊な酵素を使用するため
にコストがかかり、また、酵素反応を利用するものであ
るために操作が複雑であり時間がかかる等の課題がある
。しかも、後者の方法では、均一で任意の塩基配列を有
する核酸プローブの合成は困難である等の課題がある。
は、放射性同位原素、酵素、蛍光物質等を標識物質(ラ
ベル)として使用しているが、これらのプローブを製造
する方法としえは、例えば標識物質を予め結合させたヌ
クレオチドモノマを、ターミナルトランスフェラーゼを
使用して核酸(DNA)の3′末端に取込ませたり、ニ
ックトランスレーション法等が知ら・れでいる。しかし
、これらの方法においては、特殊な酵素を使用するため
にコストがかかり、また、酵素反応を利用するものであ
るために操作が複雑であり時間がかかる等の課題がある
。しかも、後者の方法では、均一で任意の塩基配列を有
する核酸プローブの合成は困難である等の課題がある。
(課題を解決するための手段)
以上のようなpisを解決するため、本発明者らは担体
に結合させたり標識物質を導入するための官能基を有す
るオリゴヌクレオチド誘導体について研究した結果、本
発明を完成した。即ち本発明は、下式の又は■で示され
るオリゴヌクレオチド誘導体並びに該誘導体の製造方法
を提供するものである。以下本発明の詳細な説明する。
に結合させたり標識物質を導入するための官能基を有す
るオリゴヌクレオチド誘導体について研究した結果、本
発明を完成した。即ち本発明は、下式の又は■で示され
るオリゴヌクレオチド誘導体並びに該誘導体の製造方法
を提供するものである。以下本発明の詳細な説明する。
;式の
;式■
(ただし、mは自然数、Bはヌクレオチドを構威す邑ア
デニン、チミン、シトシン又はケアニンかキシリボース
残基、Xは他の物質と反応可能な官能基、Yはリンカ−
をそれぞれ示す) 本発明が提供する前記式■又は■のオリゴヌクレオチド
誘導体は、以下の式■で示される中間体より製造される
ものである。
デニン、チミン、シトシン又はケアニンかキシリボース
残基、Xは他の物質と反応可能な官能基、Yはリンカ−
をそれぞれ示す) 本発明が提供する前記式■又は■のオリゴヌクレオチド
誘導体は、以下の式■で示される中間体より製造される
ものである。
;式■
に2
(ただし、式中、−CORIはオリゴヌクレオチドの3
′末端の水酸基の保護基、R2はリン酸の保護基、B′
は必要に応じて保護されたヌクレオチドを構成するアデ
ニン、チミン、シトシン又はグアニンから選ばれる塩基
をそれぞれ示し、他の記号は前記に同じ) 式■の中間体は、例えばトリエステル法やフォスフォア
ミグイト法(丸善出版、ヌクレオシド、ヌクレオチドの
合成)等の既知の核酸合成法により製造することが出来
る。製造方法自体はこれらの例示に限定されるものでは
ない。また、この前駆体中のオリゴヌクレオチドの塩基
配列は任意である。
′末端の水酸基の保護基、R2はリン酸の保護基、B′
は必要に応じて保護されたヌクレオチドを構成するアデ
ニン、チミン、シトシン又はグアニンから選ばれる塩基
をそれぞれ示し、他の記号は前記に同じ) 式■の中間体は、例えばトリエステル法やフォスフォア
ミグイト法(丸善出版、ヌクレオシド、ヌクレオチドの
合成)等の既知の核酸合成法により製造することが出来
る。製造方法自体はこれらの例示に限定されるものでは
ない。また、この前駆体中のオリゴヌクレオチドの塩基
配列は任意である。
前記式■の中間体の5′末端の水酸基を、例えばN、N
’ −カルポニルジイミダゾル、2−F 1uoro−
1−MetylPyridinium塩等の水酸基を活
性化する試薬により活性化し、NH2−Y−X (ただ
し、Y及びXは前記におなじ)型の化合物を反応させ、
縮合させて−Nl(C00−−NH−CH2−を形成し
た後、脱保護処理を実施して保護基をはずすことで本発
明が提供するオリゴヌクレオチド誘導体を製造すること
が出来る。官能基(X)としては1級又は2級アミン、
カルボキシル基、チオール基、ヒドロキシル基等が例示
出来る。官能基は、標識又は製造されたオリゴヌクレオ
チド誘導体を結合させようとする担体中の化学反応可能
な基との関係において決定すれば良い。ここで、官能基
としてカルボキシル基又はチオール基を使用する場合に
は、該官能基を適当な保護基により保護しておくことが
好ましい。アミノ基と官能基をつなぐリンカ−(Y)と
しては、骨格部分の原子数が2から30の直鎖又は分岐
鎖を有する鎖状化合物を使用すると良い。
’ −カルポニルジイミダゾル、2−F 1uoro−
1−MetylPyridinium塩等の水酸基を活
性化する試薬により活性化し、NH2−Y−X (ただ
し、Y及びXは前記におなじ)型の化合物を反応させ、
縮合させて−Nl(C00−−NH−CH2−を形成し
た後、脱保護処理を実施して保護基をはずすことで本発
明が提供するオリゴヌクレオチド誘導体を製造すること
が出来る。官能基(X)としては1級又は2級アミン、
カルボキシル基、チオール基、ヒドロキシル基等が例示
出来る。官能基は、標識又は製造されたオリゴヌクレオ
チド誘導体を結合させようとする担体中の化学反応可能
な基との関係において決定すれば良い。ここで、官能基
としてカルボキシル基又はチオール基を使用する場合に
は、該官能基を適当な保護基により保護しておくことが
好ましい。アミノ基と官能基をつなぐリンカ−(Y)と
しては、骨格部分の原子数が2から30の直鎖又は分岐
鎖を有する鎖状化合物を使用すると良い。
例えば、骨格部分の原子数が2から30の炭素からなる
直鎖又は分岐鎖のアルキレン鎖が例示出来る。アルキレ
ン鎖において、炭素数が増すと製造されたオリゴヌクレ
オチド誘導体の溶解度及び親水性が低下するため、この
問題を解消するために直鎖又は分岐鎖中に親水基等を含
有するようなリンカ−を使用しても良い。
直鎖又は分岐鎖のアルキレン鎖が例示出来る。アルキレ
ン鎖において、炭素数が増すと製造されたオリゴヌクレ
オチド誘導体の溶解度及び親水性が低下するため、この
問題を解消するために直鎖又は分岐鎖中に親水基等を含
有するようなリンカ−を使用しても良い。
官能基がアミノ基である、NH2−Y−X型化合物につ
いて、その−例を例示すれば、リンカ−(Y)がアルキ
レン鎖のみのN H2−(CH) n−NH,、型の化
合物がある。n=1の場合には該化合物はジアミノメタ
ンであり、以下n−2,3゜4.5.6・・・nの場合
には該化合物はエチレンジアミン、トリメチレンジアミ
ン、テトラメチレンジアミン、ペンタメチレンジアミン
、ヘキサメチレンジアミン・・・である。nが大きくな
るに従って、該化合物は疎水性を増大するため、nが1
0以下の化合物が好ましい。これら化合物においては、
炭素鎖途中に分岐鎖があっても良い。
いて、その−例を例示すれば、リンカ−(Y)がアルキ
レン鎖のみのN H2−(CH) n−NH,、型の化
合物がある。n=1の場合には該化合物はジアミノメタ
ンであり、以下n−2,3゜4.5.6・・・nの場合
には該化合物はエチレンジアミン、トリメチレンジアミ
ン、テトラメチレンジアミン、ペンタメチレンジアミン
、ヘキサメチレンジアミン・・・である。nが大きくな
るに従って、該化合物は疎水性を増大するため、nが1
0以下の化合物が好ましい。これら化合物においては、
炭素鎖途中に分岐鎖があっても良い。
本発明においては、リンカ一部分をより長くすることも
可能である。即ち、リンカ−の骨格部分に親水性の基を
導入すれば良い。例えば−CH2CH2−NH−構造を
1個以上有する化合物としては例えばテトラエチレンペ
ンタミン、ペンタエチレンへキサミン等が例示出来る。
可能である。即ち、リンカ−の骨格部分に親水性の基を
導入すれば良い。例えば−CH2CH2−NH−構造を
1個以上有する化合物としては例えばテトラエチレンペ
ンタミン、ペンタエチレンへキサミン等が例示出来る。
また、−CH−CH2−0−構造を1個以上有する化合
物としてはビス(3−アミノプロピル)エーテル、エチ
レングリコールビス(3−アミノプロピル)エーテル、
ジエチレングリコールビス(3−アミノプロピル)エー
テル、1.4ブタンジオールビス(3−アミノプロピル
)エーテル等が例示出来る。これらの例示以外にも、例
えばアミド結合、3級アミン、ヒドロキシル基、ジスル
フィド基、シクロヘキシル基等を含むものが例示出来る
。
物としてはビス(3−アミノプロピル)エーテル、エチ
レングリコールビス(3−アミノプロピル)エーテル、
ジエチレングリコールビス(3−アミノプロピル)エー
テル、1.4ブタンジオールビス(3−アミノプロピル
)エーテル等が例示出来る。これらの例示以外にも、例
えばアミド結合、3級アミン、ヒドロキシル基、ジスル
フィド基、シクロヘキシル基等を含むものが例示出来る
。
本発明においては、リンカ一部分にも官能基を導入する
ことができる。即ち、例えばリンカ一部分(Y)にアミ
ノ基を有する分岐鎖を導入するこ0 とにより、標識物質を1以上結合したヌクレオチド誘導
体を製造することが可能になり、又は結合させようとす
る担体への固定化率の良いヌクレオチド誘導体を製造し
、得ることが出来る。
ことができる。即ち、例えばリンカ一部分(Y)にアミ
ノ基を有する分岐鎖を導入するこ0 とにより、標識物質を1以上結合したヌクレオチド誘導
体を製造することが可能になり、又は結合させようとす
る担体への固定化率の良いヌクレオチド誘導体を製造し
、得ることが出来る。
ここで、前記式■中のB(即ち、本発明が提供する前記
の又は■で示されるオリゴヌクレオチド誘導体中のB)
は、ヌクレオチドを構成する塩基であり、これらの配列
は製造された誘導体が核酸プローブとしての作用または
mRNA等の精製・及び5′位の水酸基を欠くデオキシ
ヌクレオシドで認識される化合物である。
の又は■で示されるオリゴヌクレオチド誘導体中のB)
は、ヌクレオチドを構成する塩基であり、これらの配列
は製造された誘導体が核酸プローブとしての作用または
mRNA等の精製・及び5′位の水酸基を欠くデオキシ
ヌクレオシドで認識される化合物である。
前記式■中、B′中のアミノ基の保護基としては、アル
カリ条件下で脱保護可能なものが好ましく、例えば28
%Wt、アンモニア水溶液中にて55℃で5〜24時間
の処理脱保護可能なベンゾ1 イル基又はイソブチリル基等が例示出来る。
カリ条件下で脱保護可能なものが好ましく、例えば28
%Wt、アンモニア水溶液中にて55℃で5〜24時間
の処理脱保護可能なベンゾ1 イル基又はイソブチリル基等が例示出来る。
C0RIはオリゴヌクレオチドの3′末端の水酸基の保
護基であり、アルカリ条件下で脱保護可能なものが好ま
しく、例えば28%Wt、アンモニア水溶液中で脱保護
可能なエステル基等が例示出来る。R1としては、低級
アルキル基、アリル基又は例えばシリカ等の固相合成の
際に用いられる適当なスペーサーを持つ担体等が例示出
来るが、合成土の操作をより簡便なものとするためには
合成担体を選択することが好ましい。
護基であり、アルカリ条件下で脱保護可能なものが好ま
しく、例えば28%Wt、アンモニア水溶液中で脱保護
可能なエステル基等が例示出来る。R1としては、低級
アルキル基、アリル基又は例えばシリカ等の固相合成の
際に用いられる適当なスペーサーを持つ担体等が例示出
来るが、合成土の操作をより簡便なものとするためには
合成担体を選択することが好ましい。
R2はリン酸の保護基であり、チオフェノール処理ある
いはアルカリ条件下で脱保護可能なものが好ましく、例
えばメチル基、β−シアノエチル基等が例示出来る。
いはアルカリ条件下で脱保護可能なものが好ましく、例
えばメチル基、β−シアノエチル基等が例示出来る。
以上に説明した本発明が提供する、前記式の又は■で示
されるオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法について詳
細にその手順を説明する。
されるオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法について詳
細にその手順を説明する。
前述のようにして合成された、前記式■に示される中間
体に、有機溶媒に溶解したN、N’ −カルボニルジイ
ミダブルを反応させ、下式■に示さ 2 れる活性型中間体を生成させる。
体に、有機溶媒に溶解したN、N’ −カルボニルジイ
ミダブルを反応させ、下式■に示さ 2 れる活性型中間体を生成させる。
;式■
上記式■の活性中間体に、NH2−Y−X型の構造を有
する化合物を反応させて縮合し、−NHCOO−を形成
させることで、5′末端に標識物質又は担体に結合させ
るための官能基(X)を有するオリゴヌクレオチド誘導
体が製造される。
する化合物を反応させて縮合し、−NHCOO−を形成
させることで、5′末端に標識物質又は担体に結合させ
るための官能基(X)を有するオリゴヌクレオチド誘導
体が製造される。
一方、前記式■で示される中間体に、有機溶媒に溶解し
た2−Fluoro−1−MethylPyridin
ium塩を反応させることで下記式■で示される活性中
間体が生成される。
た2−Fluoro−1−MethylPyridin
ium塩を反応させることで下記式■で示される活性中
間体が生成される。
;式■
この活性中間体■にN)I2−Y−X型の構造を有する
化合物を反応させて縮合し、−NH−CH2−を形成さ
せることで、5′末端の炭素に官能基(X)を有するオ
リゴヌクレオチド誘導体が製造される。
化合物を反応させて縮合し、−NH−CH2−を形成さ
せることで、5′末端の炭素に官能基(X)を有するオ
リゴヌクレオチド誘導体が製造される。
以上のようにして製造されたオリゴヌクレオチド誘導体
について、3′末端の水酸基の保護基である一〇ORI
、リン酸基の保護基であるR2及びB′中の塩基の保護
基をはずすことにより本発明のオリゴヌクレオチド誘導
体を製造することが出来る。即ち、前記式■の活性中間
体からは詳しくは前記式〇で示される本発明のオリゴヌ
クレオチド誘導体が、前記式■の活性中間体がらは詳し
くは前記式■で示される本発明のオリゴヌクレオチド誘
導体がそれぞれ製造される。
について、3′末端の水酸基の保護基である一〇ORI
、リン酸基の保護基であるR2及びB′中の塩基の保護
基をはずすことにより本発明のオリゴヌクレオチド誘導
体を製造することが出来る。即ち、前記式■の活性中間
体からは詳しくは前記式〇で示される本発明のオリゴヌ
クレオチド誘導体が、前記式■の活性中間体がらは詳し
くは前記式■で示される本発明のオリゴヌクレオチド誘
導体がそれぞれ製造される。
4
(発明の効果)
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体は、その分子中に通
常存在する、水酸基、リン酸基あるいは塩基部分のアミ
ノ基に比較して反応性の高い、例えば−級アミノ基等の
官能基が導入されたものである。従って、他の化合物、
即ち担体や標識物質と選択的に反応させ、該官能基部分
を結合させることが可能である。しかも、本発明のオリ
ゴヌクレオイド誘導体は、均一で、任意の塩基配列を有
する様にデザインすることが可能である。従って本発明
によれば、アフィニティークロマトグラフ用の固定化ヌ
クレオチドやノ1イブリダイゼーションプローブ等とし
て有用なオリゴヌクレオチドが提供される。
常存在する、水酸基、リン酸基あるいは塩基部分のアミ
ノ基に比較して反応性の高い、例えば−級アミノ基等の
官能基が導入されたものである。従って、他の化合物、
即ち担体や標識物質と選択的に反応させ、該官能基部分
を結合させることが可能である。しかも、本発明のオリ
ゴヌクレオイド誘導体は、均一で、任意の塩基配列を有
する様にデザインすることが可能である。従って本発明
によれば、アフィニティークロマトグラフ用の固定化ヌ
クレオチドやノ1イブリダイゼーションプローブ等とし
て有用なオリゴヌクレオチドが提供される。
本発明のオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法は、従来
の酵素を使用する方法に比較して簡便であり、コスト的
にも安く、短時間のうちに実施可能である。しかも、従
来法ではヌクレオチドモノマーを個々に合成する必要が
あったが、本発明においてはその必要がないから、オリ
ゴヌクレオチ 5 ド誘導体の製造を機械化することをも可能にするもので
ある。
の酵素を使用する方法に比較して簡便であり、コスト的
にも安く、短時間のうちに実施可能である。しかも、従
来法ではヌクレオチドモノマーを個々に合成する必要が
あったが、本発明においてはその必要がないから、オリ
ゴヌクレオチ 5 ド誘導体の製造を機械化することをも可能にするもので
ある。
(実施例)
以下に本発明を更に詳細に説明するために実施例を記載
するが、本発明はこれら実施例により限定されるもので
はない。
するが、本発明はこれら実施例により限定されるもので
はない。
実施例 1
下に示されるような、5′末端が水酸基であるオリゴヌ
クレオチドを、DNA自動合戊合成(Applied
Biosystems社製、38IA)を用いて合成
した。なお、該DNA合成装置はフオスフオアミグイト
法によりDNAを合成ガラスピーズ、R2はβ−シアノ
エチル基、B−は塩基がアデニン又はシトシンの場合は
ペンシイ 6 ル基であり、塩基がグアニンの場合はイソブチリル基で
ある。なお、塩基の配列は、以下の様である。) (5′) CCAGTCACGACGTTGTAAAAC(3′) この5′末端が水酸基であるオリゴヌクレオチドをアセ
トニトリルに溶解した0、5MのN、 N−カルポニル
ジイミダゾルと15分間反応させた後、アセトニトリル
に溶解した1、0Mのエチレンジアミンと室温で15分
間反応させた。この後、室温条件下、28%w t 、
アンモニア溶液中で11時間処理することによりオリゴ
ヌクレオチドを固相から切出し、該溶液中で55℃条件
下、17時間脱保護を行った。
クレオチドを、DNA自動合戊合成(Applied
Biosystems社製、38IA)を用いて合成
した。なお、該DNA合成装置はフオスフオアミグイト
法によりDNAを合成ガラスピーズ、R2はβ−シアノ
エチル基、B−は塩基がアデニン又はシトシンの場合は
ペンシイ 6 ル基であり、塩基がグアニンの場合はイソブチリル基で
ある。なお、塩基の配列は、以下の様である。) (5′) CCAGTCACGACGTTGTAAAAC(3′) この5′末端が水酸基であるオリゴヌクレオチドをアセ
トニトリルに溶解した0、5MのN、 N−カルポニル
ジイミダゾルと15分間反応させた後、アセトニトリル
に溶解した1、0Mのエチレンジアミンと室温で15分
間反応させた。この後、室温条件下、28%w t 、
アンモニア溶液中で11時間処理することによりオリゴ
ヌクレオチドを固相から切出し、該溶液中で55℃条件
下、17時間脱保護を行った。
カラムクロマトグラフィーを実施して、製造されたオリ
ゴヌクレオチド誘導体及びDNA合成装置で合成された
オリゴヌクレオチドについてその性質を調査した。
ゴヌクレオチド誘導体及びDNA合成装置で合成された
オリゴヌクレオチドについてその性質を調査した。
7
実施例 2
20mM’)リス塩酸緩衝液(pH9,ので平衡化した
DEAE基を有するイオン交換樹脂(DEAE−NPR
カラム、東ソー株式会社製)に実施例1で製造されたオ
リゴヌクレオチド誘導体及び実施例1で合成したオリゴ
ヌクレオチドをそれぞれ30μg添加し、l、Qml/
minの流速で塩化ナトリウムを含む20mMのトリス
塩酸緩衝液(pH9,ので0,2〜0.5Mの塩濃度勾
配を付しながら溶出させた。その結果、5′末端の水酸
基が未修飾のオリゴヌクレオチド(合成されたオリゴヌ
クレオチド)は塩濃度が約0.33Mで溶出し、実施例
1で製造されたオリゴヌクレオチド誘導体は塩濃度が約
0.32Mで溶出した。
DEAE基を有するイオン交換樹脂(DEAE−NPR
カラム、東ソー株式会社製)に実施例1で製造されたオ
リゴヌクレオチド誘導体及び実施例1で合成したオリゴ
ヌクレオチドをそれぞれ30μg添加し、l、Qml/
minの流速で塩化ナトリウムを含む20mMのトリス
塩酸緩衝液(pH9,ので0,2〜0.5Mの塩濃度勾
配を付しながら溶出させた。その結果、5′末端の水酸
基が未修飾のオリゴヌクレオチド(合成されたオリゴヌ
クレオチド)は塩濃度が約0.33Mで溶出し、実施例
1で製造されたオリゴヌクレオチド誘導体は塩濃度が約
0.32Mで溶出した。
この結果は、実施例1により5′末端がアミノ化された
オリゴヌクレオチド誘導体が製造されたことを示すもの
である。
オリゴヌクレオチド誘導体が製造されたことを示すもの
である。
実施例3
20mMリン酸緩衝液(pH6,8)で平衡化 8
したDEAE基を有するイオン交換樹脂(DEAE−5
PWカラム、東ソー株式会社製)に実施例1で製造され
たオリゴヌクレオチド誘導体及び実施例1で合成したオ
リゴヌクレオチドをそれぞれ30μg添加し、1.0m
l/minの流速で塩化ナトリウムを含む20mMのリ
ン酸緩衝液(pH6,8)で0.2〜0.5Mの塩濃度
勾配を付しながら溶出させた。その結果、5′末端の水
酸基が未修飾のオリゴヌクレオチド(合成されたオリゴ
ヌクレオチド)は塩濃度が約0.4Mで溶出し、実施例
1で製造されたオリゴヌクレオチドは塩濃度が約0.3
8Mで溶出した。この結果は、実施例1により5′末端
がアミノ化されたオリゴヌクレオチド誘導体が製造され
たことを示すものである。
PWカラム、東ソー株式会社製)に実施例1で製造され
たオリゴヌクレオチド誘導体及び実施例1で合成したオ
リゴヌクレオチドをそれぞれ30μg添加し、1.0m
l/minの流速で塩化ナトリウムを含む20mMのリ
ン酸緩衝液(pH6,8)で0.2〜0.5Mの塩濃度
勾配を付しながら溶出させた。その結果、5′末端の水
酸基が未修飾のオリゴヌクレオチド(合成されたオリゴ
ヌクレオチド)は塩濃度が約0.4Mで溶出し、実施例
1で製造されたオリゴヌクレオチドは塩濃度が約0.3
8Mで溶出した。この結果は、実施例1により5′末端
がアミノ化されたオリゴヌクレオチド誘導体が製造され
たことを示すものである。
結果を図1に示す。
実施例 4
実施例1で製造されたオリゴヌクレオチド誘導体300
μgを50μlの1M炭酸緩衝液(pI(9,のに溶解
した後、ジメチルホルムアミドに溶解したとフルオロセ
インイソチオシアネートを50μl添加して室温条件下
で一晩処理した。反応生成物をゲル濾適用カラム(セフ
ァデックスG25、ファルマシア社製)で分離後、通常
の方法で濃縮し、逆相クロマトグラフィー用カラム(0
,DS−120T、東ソー株式会社製)でリテンション
タイム23〜24分のリテンションタイムのピーク画分
を分取した。逆相クロマトグラフィーの結果を図2に示
す。
μgを50μlの1M炭酸緩衝液(pI(9,のに溶解
した後、ジメチルホルムアミドに溶解したとフルオロセ
インイソチオシアネートを50μl添加して室温条件下
で一晩処理した。反応生成物をゲル濾適用カラム(セフ
ァデックスG25、ファルマシア社製)で分離後、通常
の方法で濃縮し、逆相クロマトグラフィー用カラム(0
,DS−120T、東ソー株式会社製)でリテンション
タイム23〜24分のリテンションタイムのピーク画分
を分取した。逆相クロマトグラフィーの結果を図2に示
す。
分取したピーク画分について、250〜600nmの吸
光スペクトルを調査し、核酸の吸光ピークである260
nm及びフルオロセインの吸光ピークである490nm
の値から、それぞれのモル吸光係数を用いて分子量比を
求めたところ、核酸とフルオロセインの比は1.012
であった。
光スペクトルを調査し、核酸の吸光ピークである260
nm及びフルオロセインの吸光ピークである490nm
の値から、それぞれのモル吸光係数を用いて分子量比を
求めたところ、核酸とフルオロセインの比は1.012
であった。
フルオロセインはオリゴヌクレオチド誘導体中のアミノ
基とのみ結合するから、この結果は実施例1で製造した
オリゴヌクレオチド誘導体には、1のアミノ基が存在す
ることを示すものである。
基とのみ結合するから、この結果は実施例1で製造した
オリゴヌクレオチド誘導体には、1のアミノ基が存在す
ることを示すものである。
0
250〜600nmの吸光スペクトルを図3に示す。
実施例5
DNA合成装置を使用して実施例1と同様のオリゴヌク
レオチドを合成し、アセトニトリルに溶解した0、5.
MのN、N’ −カルポニルジイミダゾルと反応させ、
活性中間体とした後、室温で30分間、トリエチルアミ
ン及び1.0Mの6−アミノ−1−カプロン酸メチル塩
酸塩を溶解したアセトニトリルと反応させた。
レオチドを合成し、アセトニトリルに溶解した0、5.
MのN、N’ −カルポニルジイミダゾルと反応させ、
活性中間体とした後、室温で30分間、トリエチルアミ
ン及び1.0Mの6−アミノ−1−カプロン酸メチル塩
酸塩を溶解したアセトニトリルと反応させた。
なお、6−アミノ−1−カプロン酸メチル塩酸塩は、6
−アミノ−1−カプロン酸を塩化チオニルで活性化後、
メタノールを反応させて合成した。
−アミノ−1−カプロン酸を塩化チオニルで活性化後、
メタノールを反応させて合成した。
また、トリエチルアミノは、6−アミノ−1−カプロン
酸メチル塩酸塩をアセトニトリルに溶解する目的で使用
した。
酸メチル塩酸塩をアセトニトリルに溶解する目的で使用
した。
続いて実施例1と同様にしてオリゴヌクレオチドを固相
から切出し、脱保護を行った。
から切出し、脱保護を行った。
1
実施例 6
実施例2と同様にして、DNA合成装置で合成されたオ
リゴヌクレオチド及び実施例4で製造されたオリゴヌク
レオチド誘導体の性質について調査した。その結果、5
′末端が未修飾のオリゴヌクレオチド(合成されたオリ
ゴヌクレオチド)は塩濃度が約0.33Mで溶出したの
に対し、実施例4で製造されたオリゴヌクレオチド誘導
体は塩濃度が約0.34Mで溶出した。この結果は、製
造されたオリゴヌクレオチド誘導体の5′末端がカルボ
キシル化されていることを示すものである。
リゴヌクレオチド及び実施例4で製造されたオリゴヌク
レオチド誘導体の性質について調査した。その結果、5
′末端が未修飾のオリゴヌクレオチド(合成されたオリ
ゴヌクレオチド)は塩濃度が約0.33Mで溶出したの
に対し、実施例4で製造されたオリゴヌクレオチド誘導
体は塩濃度が約0.34Mで溶出した。この結果は、製
造されたオリゴヌクレオチド誘導体の5′末端がカルボ
キシル化されていることを示すものである。
実施例 7
DNA合成装置を使用し、実施例1と同様に下記の塩基
配列を有するオリゴヌクレオチドを合成し、アセトニト
リルに溶解した0、5MのN、N’−カルポニルジイミ
ダゾルと反応させ、活性中間体とした後、室温で15分
間、それぞれ1.OMのペンタエチレンへキサミン、N
、N−ビス(3−アミノプロビル)メチレンアミン及び
エチレン 2 グリコールビス(3−アミノプロピル)エーテルを溶解
したアセトニトリルを反応させた。
配列を有するオリゴヌクレオチドを合成し、アセトニト
リルに溶解した0、5MのN、N’−カルポニルジイミ
ダゾルと反応させ、活性中間体とした後、室温で15分
間、それぞれ1.OMのペンタエチレンへキサミン、N
、N−ビス(3−アミノプロビル)メチレンアミン及び
エチレン 2 グリコールビス(3−アミノプロピル)エーテルを溶解
したアセトニトリルを反応させた。
続いて実施例1と同様にしてオリゴヌクレオチド誘導体
を固相から切出し、脱保護を行った。
を固相から切出し、脱保護を行った。
(5′)
GTTGGGGACTGCGAATTTTGG(3′)
実施例 8
リン酸緩衝液で平衝化したDEAE基を有するイオン交
換樹脂(DEAE−5PWカラム、東ソー株式会社製)
に実施例6のようにして製造されたオリゴヌクレオチド
誘導体及び実施例6で合成されたオリゴヌクレオチドを
それぞれ30μgずつ添加し、1.Oml/minの流
速で0.2〜0.5Mの塩化ナトリウムを用いた塩濃度
勾配を付しながら20mMのリン酸緩衝液(pH6,8
)で溶出させた。その結果、リンカ一部分に−CH2−
CH2−NH−を有するペンタエチレンへキサミンでは
塩濃度が約0.365Mで溶出し、33 級アミノ基を有するN、N−ビス(3アミノプロピル)
メチルアミンの付加したオリゴヌクレオチド誘導体では
塩濃度が約0.375Mで溶出し、また、リンカ一部分
に−CH−CH,、−0−を有するジエチレングリコー
ルビス(3−アミノプロピル)エーテルでは塩濃度が約
0.38Mで溶出した。これらの結果は、スペーサーの
種類により、前記カラムからの溶出時間が異なることを
示すものである。
換樹脂(DEAE−5PWカラム、東ソー株式会社製)
に実施例6のようにして製造されたオリゴヌクレオチド
誘導体及び実施例6で合成されたオリゴヌクレオチドを
それぞれ30μgずつ添加し、1.Oml/minの流
速で0.2〜0.5Mの塩化ナトリウムを用いた塩濃度
勾配を付しながら20mMのリン酸緩衝液(pH6,8
)で溶出させた。その結果、リンカ一部分に−CH2−
CH2−NH−を有するペンタエチレンへキサミンでは
塩濃度が約0.365Mで溶出し、33 級アミノ基を有するN、N−ビス(3アミノプロピル)
メチルアミンの付加したオリゴヌクレオチド誘導体では
塩濃度が約0.375Mで溶出し、また、リンカ一部分
に−CH−CH,、−0−を有するジエチレングリコー
ルビス(3−アミノプロピル)エーテルでは塩濃度が約
0.38Mで溶出した。これらの結果は、スペーサーの
種類により、前記カラムからの溶出時間が異なることを
示すものである。
実施例9
実施例1と同様にしてチミジン21星体を合成し、5′
末端が水酸基のものとアミノ化したものを調製し、IM
−リン酸緩衝液(pH9,のに溶解後、ゲル(トレシル
−5PW、東ソー株式会社製)100■に対して2ml
の割合で混合し、室温で24時間反応させた後に遠心分
離を行った。
末端が水酸基のものとアミノ化したものを調製し、IM
−リン酸緩衝液(pH9,のに溶解後、ゲル(トレシル
−5PW、東ソー株式会社製)100■に対して2ml
の割合で混合し、室温で24時間反応させた後に遠心分
離を行った。
ゲルに結合したDNAの量を、前記のDNA溶液2ml
当たりのDNA量及びゲルに結合せずにゲル上清中に残
ったDNAの量を既知量のDNAに4 ついて260nmの吸光度を測定して作成した標準曲線
から求め、これらを差し引いて求めたところ、5′末端
が水酸赳の21m体は固定化量が0゜26μ/■乾燥ゲ
ルであったのに対し、4′アミノ化21量体は2.73
μg/■乾燥ゲルと約10倍量であった。
当たりのDNA量及びゲルに結合せずにゲル上清中に残
ったDNAの量を既知量のDNAに4 ついて260nmの吸光度を測定して作成した標準曲線
から求め、これらを差し引いて求めたところ、5′末端
が水酸赳の21m体は固定化量が0゜26μ/■乾燥ゲ
ルであったのに対し、4′アミノ化21量体は2.73
μg/■乾燥ゲルと約10倍量であった。
図1は、本発明の実施例3の結果を示すものである。横
軸は時間(分)を示し、縦軸は塩濃度の勾配(M)又は
26.0nmにおける吸光度を示す。 260nmの吸光度変化を示す曲線中、aのピークは約
0.38Mの塩濃度で溶出した、5′末端がアミノ化さ
れたオリゴヌクレオチド誘導体の、bのピークは約01
4Mの塩濃度で溶出した、5′末端が未修飾のオリゴヌ
クレオチドの溶出を示すものである。 図2は、本発明の実施例4の逆相クロマトグラフィーの
結果を示すものである。横軸は時間(分) 5 Onmの吸光度を示す。260nmの吸光度変化を示す
曲線中、aのピークは5′末端が未修飾のオリゴヌクレ
オチドの、bのピークは5′末端がアミノ化されたオリ
ゴヌクレオチド誘導体の溶出を示すものである。 図3は、本発明の実施例4において、リテンションタイ
ムが23〜24分で溶出した画分について250〜60
0nmの吸光スペクトルを測定した結果を示すものであ
る。横軸は波長(nm)を示し、縦軸は各々の波長にお
ける吸光度を示す。 図中、aのピークは260nmに吸光ピークを有するオ
リゴヌクレオチド誘導体に由来するものであり、bのピ
ークは490nmに吸光ピークを有するフルオロセイン
に有由するものである。
軸は時間(分)を示し、縦軸は塩濃度の勾配(M)又は
26.0nmにおける吸光度を示す。 260nmの吸光度変化を示す曲線中、aのピークは約
0.38Mの塩濃度で溶出した、5′末端がアミノ化さ
れたオリゴヌクレオチド誘導体の、bのピークは約01
4Mの塩濃度で溶出した、5′末端が未修飾のオリゴヌ
クレオチドの溶出を示すものである。 図2は、本発明の実施例4の逆相クロマトグラフィーの
結果を示すものである。横軸は時間(分) 5 Onmの吸光度を示す。260nmの吸光度変化を示す
曲線中、aのピークは5′末端が未修飾のオリゴヌクレ
オチドの、bのピークは5′末端がアミノ化されたオリ
ゴヌクレオチド誘導体の溶出を示すものである。 図3は、本発明の実施例4において、リテンションタイ
ムが23〜24分で溶出した画分について250〜60
0nmの吸光スペクトルを測定した結果を示すものであ
る。横軸は波長(nm)を示し、縦軸は各々の波長にお
ける吸光度を示す。 図中、aのピークは260nmに吸光ピークを有するオ
リゴヌクレオチド誘導体に由来するものであり、bのピ
ークは490nmに吸光ピークを有するフルオロセイン
に有由するものである。
Claims (4)
- (1)下式で示されるオリゴヌクレオチド誘導体(5′
)▲数式、化学式、表等があります▼(3′) (ただし、mは自然数、Bはヌクレオチドを構成するア
デニン、チミン、シトシン又はグアニンから選ばれる塩
基、■は2′デオキシリボースの3′及び5′位の水酸
基を欠くデオキシリボース残基、Xは他の物質と反応可
能な官能基、Yはリンカーをそれぞれ示す) - (2)下式で示されるオリゴヌクレオチド誘導体(5′
)▲数式、化学式、表等があります▼(3′) (ただし、式中の記号は前記に同じ) - (3)Yが、骨格部分の原子数が2〜30の直鎖又は分
岐鎖を有する鎖状化合物である請求項第(1)項又は第
(2)項記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 - (4)式、 (5′)▲数式、化学式、表等があります▼(3′) (ただし、式中、−COR1はオリゴヌクレオチドの3
′末端の水酸基の保護基、R2はリン酸の保護基、B′
は必要に応じて保護されたヌクレオチドを構成するアデ
ニン、チミン、シトシン又はグアニンから選ばれる塩基
をそれぞれ示し、他の記号は前記に同じ)で示されるオ
リゴヌクレオチドをN,N′カルボニルジイミダゾール
又は2−Fluoro−1−MetylPyridin
ium塩で活性化し、式、 (5′)▲数式、化学式、表等があります▼(3′) 又は、式、 (5′)▲数式、化学式、表等があります▼(3′) で示される活性中間体を生成させた後、該活性中間体と
NH_2−Y−X(ただし、Xは官能基であり、Yはリ
ンカーである)で示される化合物と反応させ、次いで脱
保護処理して前記保護基をはずすことを特徴とする、請
求項第(1)〜第(3)項記載のオリゴヌクレオチド誘
導体の製造方法
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP23732989 | 1989-09-14 | ||
JP1-237329 | 1989-09-14 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH03184992A true JPH03184992A (ja) | 1991-08-12 |
Family
ID=17013761
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2241238A Pending JPH03184992A (ja) | 1989-09-14 | 1990-09-13 | オリゴヌクレオチド誘導体及びその製造方法 |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP0418076A3 (ja) |
JP (1) | JPH03184992A (ja) |
AU (1) | AU6253690A (ja) |
CA (1) | CA2025335A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2098187A1 (en) * | 1990-12-11 | 1992-06-11 | Clifford M. Chan | Methods for labelling oligonucleotides |
US5495006A (en) * | 1991-09-27 | 1996-02-27 | Allelix Biopharmaceuticals, Inc. | Antiviral polynucleotide conjugates |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPS5927900A (ja) * | 1982-08-09 | 1984-02-14 | Wakunaga Seiyaku Kk | 固定化オリゴヌクレオチド |
US4904582A (en) * | 1987-06-11 | 1990-02-27 | Synthetic Genetics | Novel amphiphilic nucleic acid conjugates |
EP0972779A3 (en) * | 1987-10-28 | 2004-10-20 | Howard Florey Institute Of Experimental Physiology And Medicine | Oligonucleotide-polyamide conjugates |
FR2636633A1 (fr) * | 1988-09-20 | 1990-03-23 | Centre Nat Rech Scient | Procede de synthese d'oligoribonucleotides alpha et composes utiles dans le procede |
-
1990
- 1990-09-13 CA CA002025335A patent/CA2025335A1/en not_active Abandoned
- 1990-09-13 JP JP2241238A patent/JPH03184992A/ja active Pending
- 1990-09-13 EP EP19900310030 patent/EP0418076A3/en not_active Withdrawn
- 1990-09-14 AU AU62536/90A patent/AU6253690A/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP0418076A3 (en) | 1991-05-08 |
EP0418076A2 (en) | 1991-03-20 |
AU6253690A (en) | 1991-03-21 |
CA2025335A1 (en) | 1991-03-15 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US4739044A (en) | Method for derivitization of polynucleotides | |
US5541313A (en) | Single-stranded labelled oligonucleotides of preselected sequence | |
EP0261283B1 (en) | Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors and useful conjugates thereof | |
US5235033A (en) | Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof | |
EP0506845B1 (en) | Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages | |
US5015733A (en) | Nucleosides possessing blocked aliphatic amino groups | |
US6620926B2 (en) | Purification of oligomers | |
EP0101985A1 (en) | Oligonucleotide derivatives and production thereof | |
JPH035495A (ja) | 修飾された核酸を製造するための修飾されたホスホルアミダイト法 | |
JPS638396A (ja) | ポリ標識化オリゴヌクレオチド誘導体 | |
JP4148991B2 (ja) | 短核酸の精製方法 | |
EP1244812A1 (en) | Branched compound for use in nucleic acid detection and analysis reactions | |
JPS61112093A (ja) | ヌクレオチド誘導体 | |
JPH03505209A (ja) | 標的付与されたオリゴヌクレオチド類の合成に使用できるヌクレオシド誘導体類、これ等誘導体類から得たオリゴヌクレオチド類及びそれ等の合成 | |
JPS6169788A (ja) | 修飾アデニン基を有するプローブ | |
JPH03184992A (ja) | オリゴヌクレオチド誘導体及びその製造方法 | |
US7098326B2 (en) | Methods for the integrated synthesis and purification of oligonucleotides | |
EP0458876A1 (en) | PROCESS FOR SEPARATING OLIGONUCLEOTIDES FROM A MIXTURE. | |
JPH07265082A (ja) | 核酸を化学変換する方法 | |
Szymkowiak et al. | Analysis of a sequence region of 5S RNA from E. coli cross-linked in situ to the ribosomal protein L25 | |
JPH05501418A (ja) | オリゴヌクレオチドの官能化方法 | |
JP2000513216A (ja) | 並行オリゴヌクレオチド合成の組合せ方法およびオリゴマーチップの調製 | |
SU977463A1 (ru) | Иммобилизованные на полимерной матрице @ и @ -амидные производные нуклеозид-51-ди или трифосфатов в качестве сорбентов дл афинной хроматографии и способ их получени | |
EP0206411A2 (en) | Reverse phase chromatography in oligonucleotide sequencing | |
RU2124522C1 (ru) | Ковалентно-связанные комплексы олигонуклеотид-нуклеиновая кислота, способ их получения |