JPH01501037A - 有機化合物の又はそれに関連する改良 - Google Patents
有機化合物の又はそれに関連する改良Info
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- JPH01501037A JPH01501037A JP62505605A JP50560587A JPH01501037A JP H01501037 A JPH01501037 A JP H01501037A JP 62505605 A JP62505605 A JP 62505605A JP 50560587 A JP50560587 A JP 50560587A JP H01501037 A JPH01501037 A JP H01501037A
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
有機化合物の又はそれに関連する改良
本発明は、リグニンの改質及び分解酵素に関する。リグニンは、置換したシンナ
ミルアルコール前駆体のフリーラジカル重合により形成される複合ポリマーであ
り、そしてそれは乾燥木材重量の15−35%を構成する。製紙工程を通じて、
セルロース繊維が相互に会合でき、最終製品に強度をもたらすために、セルロー
ス繊維がそれらを包み込んでいるリグニンマトリックスから遊離されねばならな
い。このポリマーの分離は、リグニンの除去により達成され化学パルプとするこ
とができ、声だリグニンを残存さすことにより砕木パルプを高収率で得ることが
できる。漂白工程を通じて、リグニンが除去されそして得られるパルプは増白さ
れる。
リグニンは生物的攻撃に対して高い抵抗性を有する。いがなる生物体も単独炭素
源としてのリグニン上で増殖することは示されていなかった。しかしながら、複
合リグニンポリマーは、さまざまなより高等な菌類の純粋培養物により完全に分
解される。木材の白腐れ菌類(white−rot fungi)によるリグニ
ン生分解の最も広範囲にわたる生理学上の研究は、コルチクラセア(Corti
craceae)科の単一のメンバー、ファネロキート・クリソスポリウム・パ
ルプ(Phanerochaetechr sos orium Burds)
について行なわれてきた。
限、定された実験室条件下で、カビのリグニン分解は、培養のほぼ最初の3日間
は観察されない、その後、培養が炭素又は窒素について欠乏してくると、その培
養の4日又は5日において初めてリグニン分解が観察され、そして6日で最高に
なる。炭素又は窒素の欠乏に応じるリグニン分解の誘導は、カビのリグニン代謝
が二次代謝現象であることを示す。
今のところカビのリグニン分解は、いくつかの理由により工業的には実施不能で
ある。リグニン分解活性は二次代謝の結果としてのみ誘導されるため、リグニン
分解の速度は許容できない程遅い、従って、初期増殖期間のあとに飢餓を続ける
ことが要求される。さらにまた、菌類はそれらの一次栄養源としてセルロース繊
維を代謝し、パルプ収率の低下及び品質の悪いパルプ製品をもたらす。
PCT出!flW087100550は、P、クリソスポリウム(P。
仕■肚鉦杜」)から導かれるrLDM” 6と命名されるリグニン分解酵素の調
製を開示する(リグニンを分解しそして改質する酵素rLDM”は、Repli
gen社、Ca+abridge、 MA、の商標である)。
この調製物は実質的に純粋であり、そしてまた、それ故に他のルoMTH及び分
解性の生来のプロテアーゼを実質的に排除する。該酵素は、プロトヘム■の酸化
型(Fe”)として固定されたヘム構成単位に結合したタンパク組成(アポタン
パク)から成る。このrLDM” 6製品は木材のパルプ化や排水処理における
使用のために望ましい性質を有する。上記rLDM””は過酸化水素の存在下で
ベラトリルアルコールからベラトリルアルコールへの酸化を促進しうる特異な性
質により特徴付けられるペルオキシダーゼ活性を示す、またさらに該ルDMTM
の次の物理的パラメーターも開示されていた:(1)SDSにより決定された分
子量;(2)アミノ酸組成;
(3)ヘム含有量;
(4)抗体反応に対する相同性;
(5)リグニンモデル物質に対する比活性;及び(6)特定の酢酸ナトリウム重
量モル濃度でのFPLCカラムからの溶出。
rLDM” 6 (7)調製は、WO37100550中に開示されるように行
うことができるが、rLDM” 5タンパクをコードするDNAをクローンする
ことができ、そして適当な宿主で発現されうるならば、より効率的なrLDM”
6の生産が遺伝子工学操作により実現されうろことが予期できるであろう、し
かしながら、これらは決して既に完成しているものでもなく、そしてまた上記先
行技術文献はどのようにクローニングまたは発現が達成できるかについていかな
る示唆も提供していないため、異種宿主においてP、クリソスポリウム(P、c
hr sos orium)遺伝子の活性を発現しうるかどぅがは予測可能でな
かった。
本発明は、上記リグニナーゼタンパクをコードするDNA配列のクローニング及
び適当な宿主細胞におけるその発現により、そしてさらにプロトヘム■と該組換
えリグニナーゼタンパクを再構成することにより組換えrLDMTM6リグニナ
ーゼ酵素を提供する。
従って、本発明はP、クリソスポリウム(P、ch■5os−シト1μリ−に由
来する原型そのもののrLDM” 6タンパクをコ−ドするDNA配列を提供し
、そしてその配列は第1表に示される。該DNA配列から上記タンパクのアミノ
酸配列は、同表に示したように推測されている。
rLDM” 6タンパクをコードするDNA配列のクローニングは、フェロカエ
テ・クリソスポリウム(Phanerochaete劇匡り和」ツわ1り一の発
酵により十分な量のRNAを調製することから始められた。増大した量のRNA
は、5C26(NRRL1597B)と称される^TCC24725のUV誘導
変異株から調製された。
逆転写酵素でmRNAの複写後、リグニン改質又はリグニン分解酵素を含む二次
代謝に関与する遺伝子をコードするDNA配列を含んで成るシーンバンクを構築
した* rLDM” 5に対して反応性の抗体が、該バンクのプローブとして用
いられた。
ファージDNAが標準的な操作を使用し、上記クローンの単離物から調製された
。その後、コンピテント宿主中でのrLDM”6タンパクのその後の発現のため
の適当なベクター中に該DNAが挿入された。
上記へふと共に再構成した場合に、実質的に同じルDM” 6酵素活性を示しう
る広汎な種々の改良した組換えrLDM”タンパクもまた本発明の態様に包含さ
れる。 rLDM”にタンパクは、もっとも確実に存在する他の生来の対立遺伝
子から発現されるため、構造的変形物が公知の方法により組み立てられることが
できるし、又天然起源のものであることもできる。
ヘムと共に再構成した場合、遺伝子工学による変形のルDMTM6タンパクもま
た、リグニナーゼ活性を有しうろことが示された0例えば、その正常なN−末端
における1以上のアミノ酸で延長される成熟ルDM”6配列を含んでなるタンパ
クは、以下に記載されるように調製された。その上にアミノ酸によってその正常
なC−末端において延長した上記成熟配列を含んでなるタンパクもまた、アンバ
ー宿主における発現プラスミドの発現を惹起することによる本明細書に示される
ように゛生産することができる。
またさらに、原型のrLDM” 6タンパクについて見い出されたDNA配列に
対してハイブリダイズするDNA配列から発現されるもとのタンパクのサブフラ
グメント(subfraga+ent)も改質ルDM”6タンパクの定義内にあ
る。
原型の組換えrLDM” 6タンパク又はその改質rLDM” 6タンパクを上
記ヘムと共に再構成した場合は、リグニンを分解し又改質する天然の酵素と同様
の態様で使用することができ:そしてクラフトリグニン、例えば微粉砕木材リグ
ニンにおける無漂白クラフトパルプ中に見い出され、例えば熱機械パルプ中に見
い出されるもの、及びリグニンモデル化合物に対して活性を有する。
また、上記ルDM”6タンパクに対する遺伝子は、プローブとしてrLDM”
6タンパクのcDNDNAの部分的配列を用いることにより、ゲノムDNA、い
わゆるゲノムクローンがら単離することができる。その操作方法は先行技術文献
に周知である(Maniatis、 T、Fr1tsch、 E、F、及びSa
mbrook+ J、MolecularCloning : A p Man
ual+ Co1d Spring HarborLaboratory、 N
Y+ 1982参照)、このようにして得られた該ゲノムクローンは種々の宿主
のための適当なベクターに挿入することができる。
第1表に記載されるようなりNA配列に加えて、生来の対立遺伝子を含有する変
形DNA配列、及び遺伝子工学による変形のDNA配列及び再構成した場合rL
DM” 6酵素活性を示しうるルDM”6タンパクをコードする変形DNA配列
も、また本発明の態様の範囲内となる。
rLDM” 6タンパクについてコードするものとして見い出されるDNA配列
の中の1以上の修正を表わす対立遺伝子は、例えば、少なくとも約20−約30
0のヌクレオチドを有する本明細書に記載されるような、ルDM”6の成熟配列
についてコードするDNAから切断される標識付けした1又は複数の適当な長さ
のDNAを用いてP、クリソスポリウム又は同様に木材を分解する菌類から導か
れる適当なcDNA又はゲノムDNAバンクをプローブすることによって天然源
から得ることができる。
またさらに、既に確立した公知の技術、例えば部位特異的突然変異誘発、ループ
アラ) (loop−out)法及びヌクレオチドを置換するための他の公知方
法を用いることによりルDM” 6タンパクについてコードするところの本明細
書に記載したゲノムDNA配列又はcDNAから、上述した改良タンパクをコー
ドする変形のDNA配列を直接調製することができる。
原型のれDM”6タンパク及び変形rLDM” 6タンパクのヌクレオチド配列
を手にすることにより当業者は容易にルDM” 6タンパクについてコードする
同一の他の等価なヌクレオチド配列を評価することができる0周知のごとく、遺
伝暗号の冗長性のため異るヌクレオチド配列が同一のタンパクをコードでき、そ
こで、はとんどのアミノ酸が1以上のヌクレオチドトリプレン) (codon
)によってコードされる。従って、本発明の主題の態様は、単に本明細書に開示
される特定のヌクレオチド配列にとどまらず、上記ヘムで再構成した場合に実質
的に同一のルDID” 6リグニナーゼ活性を有する分子についてコードする全
ての均等なヌクレオチド配列をもまた包含する。
さらにまた、rLDM” 6タンパクについてコードするヌクレオチド配列が本
明細書に開示されるため、本技術分野において周知の方法による“シーンマシー
ン(gene machine) ”によって合成することもできる。
それで、本発明の広範な態様において、本発明により提供されるヌクレオチド配
列は、リグニナーゼ活性を有するタンパクについてコードし、そしてストリンジ
ェントなハイブリダイジング条件(例えば、2.5×生理的クエン酸緩衝液中、
60℃)下で、本明細書の表!に開示するところの成熟rLDM”6タンパクに
ついてコードする配列とハイブリッドするそれらのcDNA及び/又はゲノムD
NA配列を包含する。
しかしながら、また同様に認識されるであろうが、典型的には異種の又は非生来
の宿主系での発現を増大する目的のために、原型のままの配列をコードするcD
NA及び/又はゲノムDNAが、同種のタンパクについてコードする非常に非類
似のDNA配列を調製するために実質的に変形され又は修復されるであろう、従
って、最もその広い態様において、ルDMiに6特有のリグニナーゼ活性を有し
得るrLDM” 6及び変形したrLDM” 6についてコードする、単離した
組換えDNA配列又は合成りNA配列を本発明は提供する。
rLDM” 6遺伝子の安定な維持及び発現を可能とする条件下で、広範囲な種
々の方法が、該遺伝子を微生物宿主に導入するために利用できる。遺伝子の発現
のための転写調節シグナル及び翻訳調節シグナル、それらの調節制御下における
遺伝子及び宿主生物体における配列と相同なりNA配列(これにより組み込みが
生ずる)を、及び/又は宿主において機能的である複製系(これにより組み込み
又は安定な維持が起こる)を含有するDNA構成物を提供できる。
ルDM”6又はrLDM” 6の生物活性サブフラグメントについてコードする
本質的に純粋なヌクレオチド配列が、発現クローニングベクターの適当な制限酵
素部位に連結され得る。もし必要ならば、リンカ−分子を使用してヌクレオチド
配列に複数の部位が加えらえ得る(例えば、Norris、 K、E、ら(19
79)Geneユニ 355−362、参照)、その後、連結したDNAはコン
ピテント原核細胞又は真核細胞を形質転換するために使用することができる。
rLDM?M6タンパクはサツカロミセス・セレビシアエーΩμ匹ルシ男uμ狙
cereν1siae)由来の誘導性ガラクトースオペロンを含有するプラス
ミドを用い、上記微生物において発現することができる(Broach、 J、
R,+ Li+ Y、+ Wu、 L、C,及びJayarw、M+ ”Exp
erimental Manipulation of Gene Expre
sion”(1983) 83頁、編者M、Inouye、 Academic
pres3%参照)、これらのプラスミドは、YEp51及びYEp52と称
され(Broach。
J、R,ら、(1983)同上)、そしてE、コリー(E、並置)復製起点、β
−ラクタマーゼについての遺伝子、酵母LEU 2遺伝子、2JMの複製起源及
び2nの環状REP 3遺伝子座を含有する0組換え遺伝子の発現は、酵母GA
L遺伝子プロモーターによって誘導される。
他の酵母プロモーター、例えばアルコールデヒドロゲナーゼ(Bennetze
n、 Jル及び)tall、 B、D、 (1982) J、Biol、Che
m。
257 : 3018 ; Ammerer、 G、 Methods in
Enzymology (1983)νo1.10L192頁、参照)、ホスホ
グリセレートキナーゼ(Derynck、 R,、Hitzemann、 R,
A、+ Gray、 P、W、、 Goeddel+D、V、 Experim
ental Manipulation of Gene Expressio
n(1983) 247頁、編者M、Inouye、 Academic Pr
ess) 、)リオースホスフェート イソメラーゼ(Alber、 T、及び
Kawasaki。
G、 (1982) J、Mo1ec and Applied Genet、
1 : 419−434)、又はエノラーゼ(Innes、 M、A、ら(1
985) 5cience 226 : 21)が同様な態様な使用することが
できる。
rLDM’ゝ6遺伝子は、糸状菌アスペルギルス旦■肛■旦■)により発現され
得るが、これは該菌類が−P、クリソスポリウムと類縁であるからである。アス
ペルギルス旦肚肛■旦旦)において遺伝子発現のために用いることができる好ま
しい宿主ベクターは、”Buxton、 F、P、、 Gwynne、 0.1
.及びDavis。
R,W、 Gene [1985) 37 : 207−214”に記載されて
いるベクターである。
rLDM” 6タンパクは、哺乳動物細胞中で、例えばOkayama−Ber
gクローニング系(Okayama、 H,及びBerg、 P、 (1983
) Mo1ec。
and Ce11.Biol、 3 : 280−289)、ワタシニアウイル
ス発現系−(Moss+ B、(1985) Ia+munology Tod
ay6 : 243 ; Chakrabarti。
S、、Brechling、K、l Mo5s+ B、(1985) Mo1e
c、and Ce1l。
Biol、5 :3403)又はマウスレトロウィルスから誘導されるベクター
(Mulligan R,C,Experimental Manipulat
ion of GeneExpression (1983) 155頁、編者
M、Inouye、 Academic Press)を使用して、発現せしめ
ることができる。
上記リグニナーゼタンパクは、リグニン及びリグニンから誘導される物質に対し
てペルオキシダーゼ活性を示すためにはヘムと再構成されねばならないため、ま
た本発明は、酸化還元系の存在下でのヘムとアポタンパク質との反応工程を含ん
でなる活性ヘムタンパク質に再構成するための方法を提供する。
さらに、組換りグニナーゼ酵素は、本発明の組換えリグニナーゼタンパクを用い
ることにより前記方法により得られた。
該組換リグニナーゼ酵素は、精製した天然のrLDMTM5と同じリグニナーゼ
活性を示す。組換えDNA技術により調製された上記酵素は、セルロース又はヘ
ミセルロースに有意な攻撃をすることなく、リグニンを分解/改質するために適
用される。天然の酵素のごとく、該rLDMTM6酵素は、直ちに作用しそして
単離された天然の菌類を用いる場合に必要とされるところの、いかなる代謝誘導
も要求されない。
本明細書におけるペルオキシダーゼタンパク、リグニナーゼアポ−タンパク又は
リグニナーゼタンパクの語は、ヘムと再構成されていないタンパクであって、そ
してヘムと再構成された場合にペルオキシダーゼ活性及び/又はリグニナーゼ、
活性を有し得るタンパクを意味する。
またプロトヘム■の語は、プロトヘム■の酸化されたF e”型を意味する。
またリグニナーゼ酵素とは、プロトヘム■と再構築されたりグニナーゼタンパク
をいう。
!圧旦l立
本出願に記載された培養物の次の寄託が、微生物の寄託のためのブタペスト条約
の規定に従い、The AgriculturalResearch Cu1t
ure Co11ection(NRRL)、 Norther Region
alResearch Center、 U、S、 Department o
f Agriculture+ 1815North University
5treet、 Peoria、 l1linois、 tlsAになされE、
co¥1(pLn105) NRRL B−181561986年12月31日
E、coli(pLn106) NRRL B−181571986年12月3
1日E、匹且(pBSR3) NRRL B−180681986年5月1日り
並置に12 JM105 NRRL B−180671986年5月1日E、c
oli(pREV2.2) NRRL B−180911986年7月30日S
、cererisiae(pLnlool) NRRL Y−18163198
7年1月14日口皿五に所
第1図:クローン3−1及びクローン3−2の制限酵素部位の地図及び推定の大
きさ。
第2図:成熟ルDM”6のN−末端配列第3図:クローン3−2由来の始まり部
分の配列を伴う成熟rLDM” 6ON−末端配列の整列第4図:再構成rLD
M” 6の活性の回復の経時変化第5図: pLn106の物理的地図
第6図: pLn106構築の略式図
第7図: pREV 2.2及び複数のクローニング部位の略式間第8図: p
Ln105の構築についての略式間第9図: pTPHの構築についての略式図
第10図: pLnloolの構築についての略式固成の記載は、本発明を実施
するための方法を説明する例である。特に別の記載がないかぎり、全てのパーセ
ンテージは重量によったものであり、そして全ての溶媒の混合割合は容量によっ
ている。
王抜及グ林料
o+RNAの抽出、cDNAライブラリーの調製、細胞の形質転換、及びベクタ
ーの構築等について使用される技、術のほとんどは、当該技術分野で広〈実施さ
れていて、そしてほとんどの通常の実施者が具体的な条件及び具体的方法を記載
する一般的な提供先を熟知するものである。これらの方法は、例えばMania
tis、 T、+ Fr1tsh、 E、F及びSagnbrook+ J、、
(1982)Molecular ■並亘し: A 只蝕胆旦■Manua1
. ColdSpring tlarbor Laboratory、 New
York、に記載されている。
従って、微生物細胞からのDNAの抽出、制限酵素消化の実施、DNA断片の電
気泳動、プラスミドの切断及び再結合及びD N Aの挿入、D N Aの連結
、細胞の形質転換、タンパクの電気泳動、並びにDNAの配列決定は遺伝子工学
分野におけるそれらの上記の技術の範囲内のものとなる。
ここ使用される全ての制限エンドヌクレアーゼは、BethesdaResea
rch Laboratories(Gaithersburg、 MO)又は
New EnglandBiolabs(Beverly、 MA)から購入さ
れ、そして供給者の指示に基づき使用された。
DNA配列の決定は、Maxa−及びG11bertの方法(Ma、xam。
A、及びG11bert、 W、 (1977) Proc、Natl、Aca
d、Sci、DNA 74 :560)及びHe1deckerらの方法(He
idecker、 G、、 Messing、 J。
及びGronenborn、 B、 (1980) Gene 10 : 69
)を用いて実施された。
アガロースゲル電気泳動は、トリス−酢酸塩ゲル緩衝液(該ゲル及び1系列の実
験に対する緩衝液中、80+eMのTris−HCj! 、 pH8,O: 4
0mMの酢酸ナトリウム;36+aMのNaC1;2gMのNag EDTA)
を2系列用いて実施された0分析用ゲルは、水平ゲル箱中の“サブマリンゲル(
subs+arine gels)”として日常的に扱われた。DNAバンドは
、エチジウムプロミド(EtBr)後−着色(post−staining)
(1系列のゲル緩衝液1−当たり0.5■)により、そしてその後UV−透過モ
デルTM −36(Ultra Violet Products社製、San
Gabriel、 C^)の使用により視覚化された。
分取用アガロースゲルからのDNAの抽出は、単一のゲル系のEtBr−着色バ
ンドの位置の視覚化により開始された。興味の対象のDNA断片を含有するゲル
切片が、手動的に采のM酢酸アンモニウム、10+++M EDTA 、10+
M酢酸マグネシウム、0.1%5DS)と共に20gのニードル(need l
e)を通して流された。1gMの酢酸アンモニウム、10aHのEDTAで飽和
された等量のフェノールが加えられ、そして23℃において一晩中ロータリーシ
ェーカー上のエフペンドルフチューブ中で抽出が実施された。その後、該チェー
プは、微量遠心により水層の分離に先立って30分間氷上に放置された。
飽和フェノール溶液による上記水層の抽出が3−4度繰り返えされた後、クロロ
ホルム抽出そしてその後エタノール沈澱が続けられた。15kbより小さいDN
A断片の通常の回収率は約40%であった。
−RNAの悴
P、クリソスポリウム(P、chr sos orium) NRRL1597
Bを、グルコースを補給しそしてputsに緩衝液で調整した窒素制限微量元素
培地において増殖せしめた。
発酵培養物中のりグニナーゼ活性は、ベラトリルアルコールからベラトリルアル
デヒドへの酸化速度を決定する一般的な方法により定期的に測定された。
発酵における細胞外流体からの新規なrLDM”の単離及び精製は、限外濾過及
び陰イオン交換カラムを用いるFPLCにより達成された。
」人し1及条作
NRRL1597Bの培養は、125rn!のエーレンマイヤーフラスコ中で静
置増殖として、ディスク発酵容器中で、11もしくは2Ilの振盪エーレンマイ
ヤーフラスコ中で、又は2(lの発酵装置中で増殖された。培養の最初の2つの
タイプは、窒素制限B111/グルコース培地と命名した次の培地において増殖
された。
1.08X 10−”Mの酒石酸アンモニウム、1.47X 10−”MのKH
!PO,,2,03X 10−3MのMg50m・71(20,6,8X 10
−’MのCaC1g ” 21hO,2,96x 10−’Mの塩酸チアミン及
び10m1−L−’の微量元素溶液、該微量元素溶液は、?、8X10−”Mの
ニトリロ−酢酸、1.2X10−”MのMgSO4・7H!0.1.7 X 1
0−”MのNaC1,3,59X 10−’MのFeSO4・7B!0.7.7
5X 10−’MのCoC1g 、9.0 ×10−’MのCaC1t 、3.
48X10−’MのZn5Oa ・7 HzO,4X 10−’MのCu5Oa
・5HzO52、I X 10−’MのAIK(504)!・12B宜0.1
.6 X 10−’MのHsBOs 、4. I X 10.−’MのNaT’
1oOa ・2 HI3及び2.9xlO−”MのMn5Oa ” H,Oを含
有する。
上記培地は、10%(重量/Iりのグルコースが補給され、そして7倍の微量金
属(基本水準+6倍)及び0.04Mのベラトリルアルコールを含有する10.
hM酒石酸アンモニウムによりpa4.sに緩衝化された。振盪フラスコ培養及
び20ffi発酵は、0.1%Tween 80を添加する他は上記と同じ培地
であった。
10−の培地を含有する125d静置エーレンマイヤー・フラスコは、0.5−
の菌糸接種物で接種され、そして1日当たり0・3・及び6回0:にさらされた
。
ディスク発酵容器は2j!の培地を含有した。接種は10〇−の菌糸接種物の添
加によった。接種後1日以内に、筋をつけたディスクは、薄い菌糸マットにより
覆われた。回転生物学的接触装置(rotating biological
contactors)(RBCs)は、1分当たり100g+7の02により
カバー中の開口部を通して連続的にフランシュされた。
それぞれ300@l又は600−の培地を含有する11又は21の振盪エーレン
マイヤー・フラスコは、50m1又は100−の上記菌糸接種物で接種された。
該フラスコは39℃で25OrpmにおいてNew Brunswick in
cubator(New Brunswick 5cientific。
Edison、 NJ)により振盪された。培養物は1日当たり0,2゜4及び
6回02にさらされた。
10−11の培地を含有する20I!ヴアーチス(Virtis)発酵槽(シリ
ーズ43)(The Virtis Co、+ Inc−+ Gardiner
、 NY)は、7日経過したりグニナーゼ陽性のI I!(300Wi)振盪エ
ーレンマイヤー・フラスコからホモジナイズしていない菌体で接種された。その
発酵槽の羽根は300rp霧で回転せしめた。酸素は、コーニングシリコン性0
.058インチ医療用チューブ約50フイート(Corning Glass
Work、 Corning+ NY)を通した拡散により導入された。酸素流
は300m/分に等しかった。
(B)1グニナーゼアーセイ
フラスコ又はRBCs中のりグニナーゼ活性は、ベラトリルアルコールからベラ
トリルアルデヒドの酸化(以下、veratrylalcohol oxida
tionについてrVAOJと略記される)速度を決定することにより定期的に
測定された。 275Jの細胞外流体又は約0.5nの精製酵素、2+sMベラ
トリルアルコール、0.41の)!20□及びおのおの205M又は100++
Hの酒石酸ナトリウムをOo、5−の最終容量(pH2,9)として反応混合物
に含有せしめた。反応はi、0□の添加により開始されそして310nmにおい
てモニターされた。標準として血清アルブミン(SigmaChemical
Co、、 St、Louis+ MO)を用い、Bradford+ M、M、
。
(Anal、Biochem、 72 : 24B−254(1976) )に
より、又はタンパク溶液の409nmの吸光度を用い、そしてリグニナーゼの吸
光係数からタンパク量を計算することによりタンパクは決定された。
(C)リグニナーゼのU
上記のごとく調製された細胞外流体は、ミリボア0.45Jmフィルター(Mi
llipore Corporation、 Bedford、 MA)を通し
て予め濾過され、次いでアミコン(Danvers、 MA) YMIOフィル
ターを通して20倍に濃縮され(今後、この濃縮物はリグニン分解混合物、LM
”にと称される)、そして10mMの酢酸ナトリウム(pH6,0)に対して透
析され、そしてさらに0.451!mフィルター(Acrodisc Low
Protein Binding、 Gelman、 Ann Arbor。
Ml)を通して濾過された。HPLC(高性能液体クロマトグラフィー)は、濾
過されたLMTNを用いて、LDC/Milton Roy(Milton R
oy Co、、 Rochester、 NY)固定410nm波長検出器を装
備されたG11son(Gilson Co、、 Inc、、 Worthin
gton+ 0)1)システムにより行われ、そして該カラム由来のそれらの溶
出物からりグニナーゼを精製するために、Pharmacia(Piscata
way。
NJ) FPLCガono Q陰イオン交換カラムを用いG11sonの可変波
長検出器により)IPLcが実施された。移動相は、10mMから1Mの酢酸ナ
トリウム(pH6,0)のダラージエントから成り、そして典型的な調製法とし
ては、410t++o及び2B0nmにおいて絶え間な(モニターしながら1分
当たり2献の流速で40分間以上通用された。目的の各リグニナーゼが、カラム
(Kirkら、(1986) Enzyme Micorb、 Technol
、8 :27−32)から特定の酢酸ナトリウム モル濃度で溶出した。
(D)ボッアク1ルアミパル+#°(PAGEP、クリソスポリウム(P、0D
慢郊lこ口m1−(NRRL 15978)によって生産されるリグニナーゼは
、Lae*mli+ U、)[(Nature227 (1970) : 68
0−685)による5DS−ポリアクリルアミドスラブゲル電気泳動により分析
された0本来のスラブゲル法は、0rnstein+ L、 (Ann、 N、
Y、 Acad、Sci、 121 [1964) :321−349)及びD
avis、 B、J、(Ann、 N、Y、 Acad、Sci、 121(1
964) : 404−427)により行われていた。電気泳動での分離後、タ
ンパクはクーマシーブル着色するか、又はウェスターンプロット分析を用いる標
準的な方法により視覚化された。
■叉二尺N人皿製
総RNAは、P、クリソスポリウム(P、chr sos oriua+)のベ
ラトリル アルコールを酸化する発酵培養物から調製された。収穫しそして洗浄
した菌体は液体窒素により凍結され、そして細胞溶解のために乳鉢及び乳棒で破
砕された。その後、上記菌体粉末は、グアニジウム チオシアネート変性溶液に
懸濁しそしてC5CJ中で遠心した。RNAバンドを単離し、そしてマニアテス
マニアル(Maniatis Manual)に記載されるように、poly
A” mRNAを得るためにオリゴ(dT)−モルロース カラムを通して流さ
れた。
貫主二並■璽製
例2に得られるpoly A” mRNA 10 RがオリゴdT+z−+sで
プライムされ、そして本質的にはGub、1er及びHoffmanに記載され
ているように逆転写酵素により複写された(Gubler+ u、及びHoff
man、 B、J、 (1983) Gene 25 : 263−269)。
cDNAは、周知及び商業的に入手可能なベクターラムダ(lambda)−g
tll中にクローン化された(Young、 R,A、及びDavis。
R,W、 (1983) Proc、Natl、Acad、Sci、 USA
80 : 1194−1198 ;Vector Cloning Syste
m+ San Diego、 CAから入手可能)、二重鎖cDNAは、Eco
RIメチラーゼ酵素(New England Biolabs。
Bererly、 MA)及びS−アデノシル−メチオニンにより供給者の勧め
に従ってメチル化され、そして3つのEco R1リンカ−(GGAATTCC
,CGGAATTCCG及びCCGGAATTCCGG)の混合物と連結された
。これらのリンカ−は、すべての3つの翻訳読み取りわくが得られうろことを確
実にする。
EcoRI リンカ−が連結されたcDNAは、Eco R1エンドヌクレアー
ゼにより切断され、そして1%アガロースゲルより600から2.000塩基対
の両分が単離された。 EcoRIにより開裂され精製されたこのcDNAは、
EcoRIで切断され、フォスファターゼで処理されたラムダ−gtll DN
Aと連結され、次いでファージに充填されそしてL 装置Y108B (ATC
C37195)を感染させるために使用された。
4− スクl−ニング
HPLC精製されたP、クリソスポリウム(L 劇g償上齢−LD?!’”6に
対して反応性のラビット抗−ルDl’!”抗体は、Young・らにより開示さ
れたように上記60.0−2,000bp cDNAがら誘導されたバンクをプ
ローブするために使用された(Young、 R,A。
及びflavis、 R,W、 (1983) Proc、Nat、Acad、
Sci、 80 : 1194−1198) 、交叉反応性クローンが検出され
た。
ファージDNAが、一般的な方法によって上記交叉反応性クローンの個々の単離
物から調製され(例えば、Han5at5stT、゛らを参照)、そしてcDN
A挿入部の大きさを明らかにするためにEco R1により消化された。3−1
と称されるクローンの挿入部の大きさは、概ね52obpである。またさらに、
約650bpの類似の挿入部を他の4つのクローンが含有したが、それらをクロ
ーン3−2が代表する。
第1図は、クローン3−1及びクローン3−2のDNA挿入部の制限酵素地図を
示す、クローン3−1は、Eco R1リンカ−配列に隣接する予期したオリゴ
dT区域(cDNA合成をプライムするために用いた)を含有する。
5−rLDM”5 7バク(7)N (D −−LrLDM” 6は、変異株5
C26由来のP、クリソスポリウム(P。
並■放肚匹j3371の細胞外増殖培養物がら、)[irkらにより記載されて
いるような陰イオン交換HPLCによって精製された(Kirk、 T、に−+
Croan+ s、ITien* M、+ Murtagh+ K−E、及び
Farrell、 R,L、 0986) Enzyme Microb、 T
echnol、8 : 27−32)、この単離物は、HPLCにょるN−末端
アミノ酸分析に供された(Hunkapiller+ M、及びHood、 t
、、 (1983) Methods inEnzymol、 3J、、 =
227.486)、該N−末端分析の結果は第2図に示される。
この系においてシスティンは検出されない、そしてそのため第3番目、第14番
目及び第15番目のアミノ酸はブランクとして記載された。
6−1グニ −ゲルDM” 6 ンパク コードするロ 1の盈付旦
クローン3−2の仮定した5′端からのDNA配列情報の解析は、第3図に示さ
れるように実験的に決定した成熟タンパクN−末端と一致する配列を示した。ク
ローン3−1及びクローン3−2の145bp領域が完全に一致することが示さ
れるため、それらの共通のSst 1部位におけるクローン3−2及びクローン
3−1を一緒にスプライシングすることにより完全な鎖長のcDNAが再構築さ
れ約1280bpのh虹R1−虱1−Eco R1断片をもたらす、該断片の配
列は、第1表に示される。
このR乞R1−虱1−旺R1断片(以下rR1断片」という)は、Eco R1
により消化されたプラスミドpREV2.2 (米国特許出願出願番号第892
680号に開示)にクローンされた。得られるプラスミドはpLn102である
。
これは、それぞれ、タンパクの予測したN−末端半分及びC末端半分が個々に見
い出されることでかなり非−標準的なりローニング方法を意味する。
R1断片が適当な発現ベクター、例えばプラスミドに適切に挿入され、そしてそ
のベクターが非−アンバー抑制細菌を形質転換するために用いられる場合、培養
においてその宿主細菌は、第1表に示されるところの1−位のAlaがら345
−位における停止シグナルの直前のAla(344−位)におけるア熟ルD「8
6タンパクを発現する。 E、coli JM103のごときアンバー抑制宿主
が、上記ベクターにより形質転換される場合、第1表に示されるアミノ酸配列の
C−末端は、アミノ酸位置361のctyであり、そしてそれは362−位にお
ける強力な停止シグナルの前に位置する。 cDNA配列から予測される成熟r
LD)!l” 6アボータンパクのアミノ酸配列は、l−位のAlaから344
−位のAlaまで拡がる、344残基から成る。
7−−スミ”BSR3(7)””
成熟ルDM”6アポタンパク配列の始まりにおけるAla用コドンの部分はBs
s 111サイ) (GCGCGC)部位の一部分を含み、該部位の残部はAl
aコドンに先行しそしてマイナス1−位におけるArg用CGCコドンのすべて
を含有するため、rLDM”6アボタンパクについてコードする標準情報のすべ
てを含有するBss HII−Sst I−Ec虹RI DN^断片をクローニ
ングプラスミドpLn102 (例6)から、まず最初に切断することにより切
り出し、そして得られる5′端突出部をフレノウフラグメントのDNAポリメラ
ーゼ処理によりフィルインし、こうしてアミノ酸Ala及びArgをコードする
DNAを完全に再構成する。得られる直鎖状にされそして処理されたプラスミド
DNAは、その後所望の断片を取り出すためにエンドヌクレアーゼEco R1
で消化された。ゲル単離後、この断片は第7図に示されるプラスミドpREV2
.2を有するタンパク融合系として発現プラスミドpBsR3を調製するために
用いられた。第7図に示されるように、プラスミドpREV2.2は、プロモー
ター(P)の下流に複数のクローニングサイト(MC5>を包含する。
複数クローニン多゛サイト内の制限サイトは、第7図中の直線化したMC5部分
に示される。pBSR3を調製するために、プラスミドpREV2.2が制限エ
ンドヌクレアーゼEco R1及びEco RVで完全消化され、そして得られ
た直鎖状のプラスミドを、上記で得られそして改良されBss lll−5st
I−Eco RIと標準的な連結方法によって連結した。従って、pBSR3
中のGCC(第1表中の91−位、92−位及び93位)で始まる成熟タンパク
をコードする配列は、その5′又は上流末端においてArgをコードするCGC
に先行され、今度は、これは29アミノ酸をコードする87bpにより直接先行
され、これが今度はnetをコードするATCにより直接先行される。そこで、
pBSR3は、rLDMTM6アボタンパクの成熟配列を有するアミノ酸配列を
コードしており、この成熟配列はその通常の末端において、N−末端としてMe
tを有する3エアミノ酸の断片により先行されている。非アンバー宿主における
pBSR3の発現は、次の例8に記載される。
8−E、 coli(BSR3) の えrLDM” 6 ンパクの固及乏迫班
20ffi発酵槽のL 吐(pBSR3)(NRRL B−18068)は、改
良2%酵母エキストラクト培地で酸素を制御することなり24−32時間増殖さ
れた。この培地組成は次のとおりである:戒−一二分 −」し−
酵母エキストラクト 20.Og / 1カゼインペプトン 20.0 g /
I!カザミノ酸 20.0 g / 7!
KH!P0. 2.0 g / 1
)hHPO42,Og / I
NaJPO< ’ 78zO2,Og / 1クロラムフエニコール 100.
0 g / j!採集した細胞の既知量が細胞溶解されそして5OS−PAGE
により分析され、次いでクマーシーブルータンパク着色によす視覚化された場合
、見かけの分子量約41,000を有するタンパクバンドが未−形質転換細胞の
対照に比較しより顕著になった。
このバンドがrLDM” 6アボタンバクを示すことが、天然のrLDM” 6
に対する抗体反応を用いるウエスターンブロフト分析により確認され(Tos1
1bin+ If、、 5taehelin、 T、及びGordon +J、
(1979) Proc、Natl、^cad、sci、 USA 76 :
4350−4354)、そしてこれにより主な免疫反応性タンパクがこの分子
量に一致することも明らかにされた。このタンパクはグリコジル化されておらず
、天然(工、クリソスポリウム産生)のタンパクから識別される。
細胞が連続的にリゾチーム及びビーズ ミル処理により細胞溶解された場合、組
換えrLDM” 6アボタンバクは、遠心後のペレット画分のみに検出された。
次に、組換えルnMTM6タンパクの可溶化のために、上記ペレット画分は4−
8M尿素溶液又は約6Mグアニジン溶液で処理される。8M尿素の使用はそのr
LDM”タンパクの90〜95%を可溶化するが、一方、4M尿素溶液は50%
のタンパクを可溶化するだけである。
4Mの尿素溶液(p)18のTElj(街液、50rnHのTris −)CI
及びI OIM EDTAを加えた4M尿素)が、上記細胞溶解ペレ。
トに加えられる場合、次に上澄から単離されるペレット中には、まだ50%のタ
ンパクが残存する。引き続いて、8M尿素溶液の添加は残存する50%を十分な
又は殆んど完全な可溶化を可能にする。従って、上記の方法により95%以上の
タンパクが可溶化され得る。
10+oMジチオスレイトールの添加は、4M尿素溶液における可溶化の効果を
殆んど8M尿素溶液の水準まで高めることが見い出された。
9− ブースミドLn104の牙。リ
プラスミドpBSR3(例7)が変形pBSR3を調製するための−i的なルー
プ−アラ) (loop−out)実験の原料とされ、そこにおいては、開始A
TG及び1−位のAlaのためのCGC間のヌクレオチド配列中のコドンの1つ
(1−位AlaのためのGCCの前のArgについてコードするCGC)を除く
すべてが切除された。この結果を得るため、プラスミドpBSR3が制限エンド
ヌクレアーゼEco R1及びNde Iで処理され、リグニナーゼをコードす
る配列を含有する得られる断片がゲル単離されたpBSR3の他の部分が制限エ
ンドヌクレアーゼPst Iで処理することにより直鎖状にされ、次いでゲル単
離された。
その後、これらの単離された2つの断片が、所望のループ−アウト効果を奏する
ために設計されそして配列TTAATGAGGAGTCCCTTATGCGCG
CCACCTGTTCCAACGGを有する一重鎖(7)40塩基ヌクレオチド
と混合された。得られたヘテロ二重鎖をDNAポリメラーゼ処理し、そして得ら
れる系を常法で処理し所望の発現プラスミドを単離して、これをpLn104と
命名した。 pLn104でE、コリー(E、coli) JM105を形質転
換し、そして好結果の形質転換体を培養すると、正常なN−末端に先行するAr
gを伴う成熟rLDM” 6のアミノ酸配列を担持する345個のアミノ酸のリ
グニナーゼタンパクが発現した。
10− ブースミ′Ln105の
pREV2.2から得られるE、コリ(E、coli)のプロモーター及び上記
成熟タンパクの1−位AlaについてコードするGCCの直前に位置付けられる
べき開始ATGコドンに先行する標準的非コードリポソーム結合サイトを含有す
るオリゴヌクレオチドの前記プロモーターの下流への連結を用いるオペロンフュ
ージョン(operon fusion)としてプラスミドpLn105は構築
された。従って、pLn 105は該成熟タンパクのN−末端に先行するNet
を有するアミノ酸配列をコードするように設計されている。第8図がら要約する
と、プラスミドpLn105は制限エンドヌクレアーゼBss IIIによるク
ローニングプラスミドpLn102 (例6)(約1280bpのEco R1
−5st I −Eco R1断片とEco RI切断pREV2.2との簡単
な連結により調製された)の消化によって調製された0次に、得られる直鎖状の
プラスミドが、標準的方法によりS1ヌクレアーゼで消化され、これによって、
Bss HII消化により生成された5′突出部が除去された。その後、得られ
る断片がプラスミドpREV2.2の複数クローニングサイト部位において切断
される制限エンドヌクレアーゼBin dlNで消化された。得られる大きな断
片は、その後標準的な連結方法によりオリゴヌクレオチドAGCTATAATG
AGGAGTCCCTTATGGCTATTACTCCTCAGGGAATAC
CGと連結された(上記成熟タンパクの1−AlaについてコードするGCCを
再創製する目的で)。なおこのオリゴヌクレオチドは、開始するメチオニン(A
T G)コドン及びアラニンコドンのGC部に付着された非コードリポソーム
結合サイトGGAGTCCCTTを含有する。 pLn105は宿主E、コリ
(E、co旦)3月103 (NRRL B−39403)において発現された
。N−末端はメチオニン−アラニン−スレオニン、その他第1表どおりのものと
して発現する。メチオニンは単離されたほとんどのrLDM”6においては検出
されながった。
11−ブースミドLn106の ′
プラスミドpLn106は、第6図に示される略図で示されるように構築された
。第6図に基づき要約すると、REV2.2のM CS 領域内で切断する制限
エンドヌクレアーゼBaa III及びSma IでプラスミドpREV2.2
が消化された。得られる約3.980bpのDNAの大きな断片が消化断片がら
単離された。プラスミドpLn105が制限エンドヌクレアーゼBag旧(これ
はpREV2.2由来のMC3部位で切断する)及びNae I (コれは11
70−位及び1171位のヌクレオチド間を切断する)で消化され、そして得ら
れる約1.118bpの断片が消化断片がら単離された。
次に、約3.980bp及び約1,118bp上記の単離された断片が標準的な
連結方法を用いて一緒に連結された。得られるプラスミドpLn106は、゛第
1表に示すように、クロラムフェニコール及びアンピシリン耐性のための各遺伝
子、複製起点、E。
コリ (E、coli)プロモーター、配列GGAGTCCCTTの非コードリ
ポソーム結合サイト、ATG開始コドン、並びに91−位において初まり(GC
C・・・・・・”) 、1170−位まで(・・・・・・GTGGCC)のりそ
して1122−位まで伸びる(終りは、GGTGCT) rLDM”6をコード
する配列を包含する。
2−E、コILn106 にお番る えrLDM丁M5アポえ之バLΩ光里
プラスミドpLn106が、標準的な方法によってE、co旦。
5G20251 (NRRL 1591B)に形質転換され、そしてrLDM丁
M6アボタンパクの発現を誘導するために例7のような培養により、201発酵
が増殖された。採集した細胞が連続的にリゾチーム及びビーズ ミル処理により
細胞溶解された。遠心後、組例8と同様に、組換えrLD?l” 6アボタンバ
クが不溶性のベレット画分から単離された。タンパク溶液は、4Mの尿素、50
+++Hの酢酸ナトリウム(pH6)、及び10mMのジチオスレイトール(D
TT)で抽出することにより30%まで精製され、そして30秒〜3分間POL
YTRON (Brinkman In5tru*ents+Westbury
、 NY)で再懸濁された0次に、上澄抽出物が適当な遠心によりベレットから
分離された。タンパク溶液が緩衝液A (4Mの尿素、50+eMの酢酸ナトリ
ウム(pH6)、及び5mM DTT)中のDEAE−SEP)IAROsE陰
イオン交換カラム(PharWlacia。
Piscataway、 NJ)にかけられた、Oから0.5−1.0M Na
C1のダラージエントが緩衝液Aにおいて実施された。百分が集められそして5
DS−ポリアクリルアミドスラブゲル電気泳動により分析された(例1参照)、
iit気泳動分離後、タンパクはクマーシープルー着色により視覚化された。E
、コリ(L 装置’) 5G20251株(NRRL B−15918)からこ
の方法により調製されたrLDM” 5の見かけの大きさは約39.5キロダル
トン(kd)である。E、コリ (ELcoli)中のpLn106がら調製さ
れたrLDM” 6はグリコジル化されておらず、それは天然の(P、クリソス
ポリウム産生)タンパクから識別される。
DEAE−セファロースカラムから集められた画分は、さらにまた抗−rLDM
” 6リグニナ一ゼ抗体とのそれらの免疫反応性について検査された。最も強い
免疫活性画分が集められ(25af)、そし74M(7)尿素、50 mM(7
)KHzPOn (pH7,0)及び4+aM(DDTT中サイジングカラム、
S −300(400gaZ) セファクリル(Sephacryl) (Ph
armacia)にかけられた、このサイジングカラムからの百分(各10In
りの免疫活性が再び検査され、そして最も強い活性のものが集められた。この集
めた画分を5O5−PAGEにより試験した場合、クマーシープルー着色パター
ンを走査することにより判定したところ約2o%rLDM” 6であることが明
らかになった。
このように調製されたrLDM” 6の最初の8個のN−末端アミノ酸は、Al
a Thr = Ser Asn Gay Lys Thrであることが決定さ
れた。なお、この系のブランクは一般にシスティン残・基である。従って、開始
ATGコドンがコードするメチオニンが、これらの発酵及び調製条件下では存在
することが見い出せなかった。N−末端メチオニンは、E、コリ (E、col
i)株、発現レベル及び精製方法に応じて、他のルDM”6の調製物中には存在
する可能性がある。
3− えrLDM” 6 ’グニ −ゼの従来、P、クリソスポリウム(P、a
h■d由来のりグニナーゼ又は組換えリグニナーゼのヘムとの再構成の成功例は
示されていなかった。
rLDM” 6の良好な活性を実現するために、出発物質は凍結細胞か又は直前
に採集した細胞であることができる。タンパク溶液は例10に記載されるように
調製される。尿素抽出混合物は室温では6時間以内で攪拌するのがよく、そして
即座にその抽出物は遠心の重力に応じて30分から15時間遠心される。陰イオ
ン交換カラムが直ちに実施され、もし集めたrLDM” 6を含有する百分が一
20℃に維持されないならば、その集めた画分は24時間以内に再構成プロトコ
ールに供され、そして−20℃に維持される場合にはそれらは再構成の前にかな
り長く貯蔵することができる。
少なくとも、26ユニツトの比活性(ベラトリルアルコールからベラトリルアル
デヒド生成7分/rLDM”6の■)に対応するrLDM” 6の活性を有する
、好結果の再構成は、5−100%純度の範囲内にあるrLDM” 6調製物に
より達成された。これらのrLDM” 6 U4製物は、クローンpLn105
か又はクローンpLn106を発現する細胞から調製された(例10 、11及
び12参照)、これらの調製物は、典型的には0.1−0.3MNaCj!であ
る陰イオン交換カラムからの溶出緩衝液中に0.1−1■/−のタンパク濃度で
存在することができる。またさらに、酵素を再構成するために用いる上記タンパ
ク調製物は、例12に記載したように、DEAEセファロースカラムから採集し
た百分のサイジングカラムにおける溶出後に得ることもできる。
サイジングカラムから単離したルDM”M 6タンパクは、20%の純度が推測
される。
再構成法を実施するに先立って、DEAE−セファロースカラム又はサイジング
カラムから得られたタンパク溶液は、まず最初にタンパク溶液から尿素を除去す
るために透析されねばならない、緩衝剤を加えたタンパク溶液中のDTTの存在
のために、タンパクはその還元した形態下で再構成のために用いられる。
使用された1の方法は次のとおりである:約20%の総タンパクを示す組換えr
LDM” 6を含有するサイジングカラムから集めた百分は、3■/−の総タン
パク濃度で4Mの尿素、50mMのIKHzPOa (pH7,0”) 、及び
4mMDTTの緩衝溶液中に存在する。尿素を除去するために、上記タンパク溶
液が4℃で一晩中、50s+MのTris−C1(pH8,0) 、1 s+M
DTT、及び20%(V/V)グリセリンから成る200倍過剰の緩衝液に対
して透析された。透析後、直前に0. I NKOHに溶解した4倍モル過剰の
ブトロヘムIX (Sigma)がこの透析タンパク溶液に加えられた。その後
、コノ混合液は50mM(7)Tris−C/! (pH8,0) −11nH
の還元型グルタチオン及び100mの酸化型グルタチオンに対して、4℃で一晩
中透析される。最後に、そのサンプルは10m1’lの酢酸ナトリウムを含有す
る水溶液(p)16.0)に対して、4℃で一晩中透析される。また、この再構
成方法の変形のものも効果があることが証明されている。1つの変法は、プロト
ヘムを加える前に還元型及び酸化型のグルタチオンを含有する溶液に対してrL
DM” 6タンパク溶液を透析することから成る。実験の一例は次のとおりであ
る:上記したようにサイジングカラムから得られたタンパク溶液が、50mMの
Tris−Cj! (pH8,0) 、1 mMの還元型グルタチオン及び10
0声の酸化型グルタチオンを含んでなる200倍過剰の緩衝液に対し、4℃で一
晩中透析される。その後、4倍モル過剰のプロトヘムが透析したタンパク溶液に
加えられ、そして、最後に、得られた溶液が1101IIの酢酸ナトリウムを含
有する水溶液に対して、4℃で一晩中、pH6,0においてさらに透析される。
再構成は、409nmにおけるソーレー(Soret)吸収帯の存在によって示
される。
概括的に、再構成プロトコールは、
(a)1倍−10倍モル過剰のヘムをアポタンパクの溶液に加えること;
(b)(a)で得られた溶液を0.1 5mMの還元型スルフヒドリル酸化還元
系、及び10−50Mの酸化型スルフヒドリル酸化還元系を含んでなる溶液に対
し、pF15−pH10においてを含んでなる。
また、好ましい透析溶液は、5−30%(V/V)グリセリンを含んでいてもよ
く、より好ましくは20%グリセリンを含んでいてもよい。
概括的に、変更された再構成プロトコールは、(a)アポタンパクの緩衝化した
溶液を1 5mMの還元型スルフヒドリル酸化還元系、及びIM−500団の酸
化型スルフヒドリル酸化還元系を含んでなる透析溶液に対し、p)15−pH1
oで透析すること;
(b)1倍−10倍モル過剰のヘムを(a)で得られたアポタンパクの溶液に添
加すること、
により特徴付けられる。
2つの再構成方法の(b)により得られた溶液の過剰なヘムを除去するために、
適当な水溶液に対し、pH4−1)H8にてさらに透析してもよい。
再構成方法が良好なベラトリルアルコール酸化の比活性を有する生成物を与えな
いならば、それらが高い比活性のrLDMTM6をもたらし得る、再活性化方法
と称される種々の方法がある。かかる再活性方法の1つは、冒頭の再構成した物
質を10 200rr+Hのリン酸カリウム又は同等な緩衝液(pH5−7)に
おいて0.1■/d−0,5*/lIiのrLDM” 6の濃度まで希釈するこ
とである。4倍モル過剰(rLDM丁M6に対して)のプロトヘム■を加えるこ
と、4℃−37℃で1−24時間インキュベートし、そして4℃−37℃で4−
24時間、110−20011Iのリン酸カリウム又は同等の緩衝液(pH5−
7)における透析工程を繰り返すことである。それに代わる方法は、冒頭の再構
成した物質を希釈を伴なわず、4倍過剰のプロトヘム■を加え、次に10−20
0a+Mのリン酸カリウム又は同等の緩衝液(pH5−7)におけるセファデッ
クスG−50カラムを通して流がす、 rLDll” 6物質を含有して得られ
る溶出物は処理前の物質に対して優れた比活性を有する。
14− えrLDM” 6 ’グニ −ゼの2例13に記載されたように得られ
た再構成した組換えリグニナーゲルDM”6は、リグニンモデル化合物アッセイ
において及びリグニンに対して活性を有することが証明された。
使用されたリグニンモデル化合物アッセイは、(1)ベラトリルアルコール酸化
(VAO)アッセイ、(2)1,2゜4.5−テトラメトキシベンゼン(TMB
)アッセイ、及ヒ(3)アドラーオールCad1erol)アッセイである。
VAOアフセイは、C,芳香族アルコールのアルデヒドへの酸化についての試験
であり、そして例1に記載されるものと同様である。
TMBアッセイは、脱メトキシレーションについての試験である。基質の1モル
当たり1モルの過酸化水素を消費するりグニナーゼ反応生成物は、2モルのメタ
ノール及び2.5−メトキシベンゾキノンである0反応条件は、2−5鱈の精製
酵素、201Mの酒石酸ナトリウム(pH2,5) 、64−過酸化水素、及び
1mMの1.2,4.5−テトラメトキシベンゼンである。該反応は、アリール
陽イオンラジカル中間体種の黄色を表示する450ns+においてモニターされ
る・アドラーオールアンセイは、C1yC: A結合の開裂そして得られるCヶ
アルデヒドへの酸化についての試験である。この反応条件及びモニターリングは
、アルブロールがベラトリルアルコールに置き代えられる以外はVAOアフセイ
と同一である。
リグニンアッセイは、YSI25100xidase probeを備えるYS
Ia+odel 250xidase meter (Yellow Spri
ngs Instrument Co−+Inc−+ Yellow Spri
ngs+ OH)を用いて経時的な過酸化水素消費の速度を測定することにより
実施される0反応条件は、40−の過酸化水素及びベラトリルアルコールを20
−250x/dの微粉砕木材リグニンか、又はクラフトリグニンがで置き代えた
以外は、上記VAOアフセイと同一である。
チャート■は、E、コリ (L 並置) NRRL B−18157(非−アン
バー宿主)(例12参照)から発現され、そして例13に記載されるように再構
成したrLDM” 5タンパクのVAO及びTMBアッセイにより測定した代表
的な比活性、及びP。
クリソスポリウムrLDM” 6内の天然リグニナーゼが主成分である蓄積物の
比活性を比較して示す。rLDM” 6酵素についてのアドラーオールによる比
活性はP、クリソスポリウムrLDM”6酵素のそれと同等であった。
チャートI
モデル化合物に対するリグニナーゼ活性VAO(単位/mg) + TMB (
Au/at) ”再構成rLDM” 6 25.5 510P、曹牙即止 22
.9 422
′″TMBアフセイの比活性は、rLDM” 5のミリグラム当たり、1分当た
りの450nmにおける吸収の増加として表示される。
+VAOアッセイの比活性は、ミリグラムrLDM”06当たりの国際単位(1
分間に生じるベラトリルアルデヒドのマイクログラム)として表示した。
添加5分後に実施した、リグニンに対する再構成組換えリグニナーゼの比活性は
、インジエリンAT(クラフトリグニン)においては 76.9単位/■ルDM
”6及びタエダマツ(loblolly pine)粉砕木材リグニンにおいて
は66.0単位/■rLDM” 6である(単位は、1分間単たりの過酸化水素
の1ナノモルの消費量を表わす)。
再構成における最終段階は、10+aMの酢酸ナトリウム(pH6,0)に対す
る透析である。この最後の透析後の保管により再構成ルDM”6の活性は増大す
る。第4図に、4℃における8日間以上の保管による再構成rLDM” 6につ
いてのVAO活性の増大を示す、0日は、サンプルが105Mの酢酸ナトリウム
(pH6,0)透析物として取り出された日を表わす、該VAOアンセイは前記
のように実施される。8日間を越えるものの活性は、10倍に増大した。5日の
保管後、その活性は増大しないが、かなり安定に存続する。P、クリソスポリウ
ムリグニナーゼは、透析及び4℃での保管後に活性の増大をほとんど示さない。
再構成rLDM” 6の経時的な活性のこの増大は、またさらに過酸化水素消費
アッセイにおけるリグニンに対するアッセイ及び上記TMBアッセイにおけるリ
グニンに対するアッセイにおいても観察された。単離後の活性の増大は、天然の
P。
クリソスポリウム物質については観察されなかった。
過酸物の消費から計算した7日保管のルDM”6の活性は、76.9車位/ m
g rLDM” 6である。但し、ここで単位は、39.1単位/■ルD?l”
6の6日保管酵素に対する1分間当たりの1ナノモル過酸化水素の消費を表わ
す。活性の増大は温度に依存するようである。チャート2は、第4図において使
用されそして示された同じ再構成ルDM”6物質に対して行った実験からのデー
タを示す、他の前記の例の目標とするタンパク生成物の再構成は、低度のVAO
活性を示したpBSR3(例7)を除き、同様なVAO活性を持つリグニナーゼ
タンパクをもrLDMTM6の活性増大の温度依存性室温に放置した二重反復試
験は、4℃に放置した二重反復試験の26%以上の活性を増大した。
15−ブースミドLn1001の びS、セレビシェ−にお番る えルDM”6
の
酵母トリオースリン酸イソメラーゼ(TP、I)転写プロモーター及びターミネ
ータ−間の91−位に始まり1172−位に終わる(第1表参照) rLDM”
5のヌクレオチド配列を含有する挿入部と直鎖状の酵母−E、コリシャトルベク
ターYEp 6(Struhl、 K、ら、 Proc、Nat、Acad、S
ci、76 : 1035−1039 (1979))との連結によりpLnl
oolは構築され;またこの挿入部は、さらにTPAプロモーターとrLDM”
6コ一ド配列との間にインベルターゼ シグナル配列(INV−ss)(Ca
rlson、 M、、 Taussing+R,、Kustu、 S、及びBo
stein、 D、、 Ho1.Biol、 (1983) 439−447)
をコードする追加の66個のbpオリゴヌクレオチドを含んでなり、そのためS
、セレビシェ−で発現される場合にはルD「86タンパクの排泄が可能となり得
る。
この挿入部は、別々の5′部分及び3′部位として構築され、これは第2段階と
してYEp 6中で結合される。
A)ブースミドTPRこれから(TPIプロモー −がその′ ゛ れ)の
第9図から要約すると、M13n+plOの旧ndTII及びBaa)I Iサ
イトがTPIプロモーターの5′端及び3′端にそれぞれ隣接しているMTPI
ベクターを得る目的で、TPIプロ°モ゛−ターを含有しそしてSal Iリン
カ−を両端に有するpTPIC−10(Alber、 T、及びKawasak
i、 G、J、Mo1ec、 and Applied Gen。
土:419−434 [1982))の1200bpのBglll−Bglll
断片が予め5ailによって消化されたM13+aplOベクター(Messi
ng、 J。
及びViera、 J、 Gene (1982) 15)−: 269−.2
76)と連結される。
その後、オリゴヌクレオチドに指令される突然変異(Vlasuk。
G、P、及びInouye、 S、Experimental Manipul
ation of geneexpression (kli者、H,Inou
ye) Academic Press : 291−303)並びに(Ita
kura、 x、I Rossi+ J、J、及びWallace、 R,B、
(1984)Ann、Rev、Biochem、 53 : 323−356)
が引き起こされ、こうしてTPIのN−末端メチオニンのコドンの直後にHae
lllサイトが創製される。
TPIプロモーターを含有するBa1I旧−旧ndlll断片刃(MTPIから
取り出される。プラスミドpTPRは、この断片と予めBaa旧及び旧nd11
1によって消化されたpBR322とのライゲーションの生産物である。
B)5′−0の !に只 よ゛な)
TPIプロモーターが適当な1000bpのEcoRI−Haelll断片とし
てプラスミドpTR5からゲル単離される。
R1断片を含有するプラスミドが、Bs5)III及びKpn Iで直鎖状にさ
れる(Kpn Iは、728−位及び729位のヌクレオチド間のルDM?M6
をコードする配列を切断する) 、 637b、断片は、アガロースゲルから単
離されるルDM”6をコードする配列の5′端を含有している。
その配列が
そしてインベルターゼのシグナル配列を含有する56bp断片が、プラント5′
端及び3′端に重なるBs5HIIを有するように設計され、そして4個のオリ
ゴヌクレオチドとして合成されるilAはコーディング鎖の5′の40塩基であ
り、IBはコーディング鎖の3′の22塩基であり、2Aは非−コーディング鎖
の5′の45塩基であり、そして2Bは非−コーディング鎖の3′21塩基であ
る。コンカテマーの形成を防止するために、IB及び2Bのみがキナーゼ処理さ
れた。4つのオリゴヌクレオチドがアニーリングされそして連結され、次いで得
られるINVss断片がゲル単離された。
約1000bpのEcoRI−)1aeIII断片、637bpのBs5HII
−Kpnl断片及び5sbp断片が一緒にEcoRI −Kpnl−消化pL
lc19 (Yanisch−Perron、 C,Viera、 J、及びM
essing、 J、(1985))に連結される。
C”)3二14Il策(第10図に示すような)TP1転写ターミネータ−を含
有するプラスミドpTPIc−10由来の約700bp EcoRI−EcoR
V断片がゲル単離される。
また、rLDM” 6をコードする配列の444bp Nael−Kpnl断片
がゲル単離される。
上記700bp及び444bp断片がEcoRI−Kpn I−消化ptlc1
9に連結される。
D)ル旦別し■盪象(第10図に示すような)5′部を含有するKpnl −E
coRI断片及び3′部を含有するKpnI −EcoRI断片が、それぞれB
)及びC)において構築されたプラスミドからゲル単離され、次いでEcoRI
で消化されたYEp 6に連結される。
得られるプラスミド、pLnloolで宿主S、セレビシェ−DBY747(L
lniversity of Ca1ifornia、 Berkeley+
Yeast GeneticStock Center)を形質転換した。DB
Y747 (pLnlool)が、ロイシン、ウラシル、トリプトファン、メチ
オニン、カザミノ酸(Difco、 Detroit、旧)及びグルコースを補
給した最少培地に接種され、そして激しく撹拌しながら30℃で18時間インキ
ュベートされる。他方、宿主は0.67%の酵母の窒素源、2%のグリコース及
び0.5%のカザミノ酸(Dirco)を含有する合成培地で増殖することがで
きた。細胞を採取し、そしてビーズ粉砕により細胞溶解される。不溶性細胞ペレ
7)由来の分子の大きさが41kdの主要なrLDM” 6タンパクは、P。
クリソスポリウムrLDM” 6に対して調製したポリクローナル抗体との免疫
学的反応によって検出される。
第 1 表
R1断片のヌクレオチド配列(rLDMTM6アボタンバクをコードする配列を
包含する)及びrLDM” 6アポタンバクの推定アミノ酸配列
1位−GAA TTCCGA GAG AGA TAG CTG CGA AG
A GCT GCT ATCTCT CTCGCT CTCTTG CTCTC
G GCT GCG AACGCG GCT←−←< C← 0口
■−Q−←(3)0α
第 1 表(続 き)
GGCAAG ACCATCAAA GACGTT GAG CAG GCG
TGT GCGGLY LYS THRILE LYS ASP VAL GL
U GLN ALA CYS ALAGAG ACCCCCTTCCCG AC
T CTCACCACT CTCCCG GGCGLU THRPROPHE
PROTHRLED THRTHRLED PROGLYCCCGAG ACG
TCCCTCCAG CGCATCCCT CCG CCT CCGPROG
LU T)IRSERVAL GLN ARG ILE PROPROPROP
l?0GGT GCTτAG ATG ATT CCA TACAGA ATA
CGCCTCGAAGLY ALA 車本* MET ILE PRO丁YR
ARG ILE ARG LEII GLIIPROT)IRVAL THRV
AL ALA GLYCTT CGG CTT TACTAG ATT TCA
TCCATT GTA TCT CTGCAT CTG ACT ACG A
AT CTT ATT CGT CTA CTCTCT TA八へAA AAA
AAA AACCGG AAT第1表において、コーディング配列のDNAヌ
クレオチドが、DNAがコードするアミノ酸配列と一致するトリプレット又はコ
ドンとして直鎖状にグープ化されている。ヌクレオ千ドはそれらが現われる位置
の線上かまたは矢印を用いるかによって第1表の種々の位置に番号付けされてい
る。また第1表は、ヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸タンパク配
列をも示し、そしてかかるタンパク配列におけるアミノ酸(及び停止)は、それ
らの現われる位置の線の下の九カフコ中に番号付けされている(正の番号付けは
lidされた成熟配列の最初のアミノ酸から始まる)。停止シグナルを表示する
ヌクレオチドトリブレット(コドン)には、予測されるアミノ酸配列中に3個の
星印が割り当てられていて、コドンTAGにサプレフシング宿主において効果的
なターミネータ−でないことが理解される;そのためタンパクは次のTAAコド
ンまで延長される。これに対して、サプレッサーを含有しない宿主においては、
タンパクはTAGコドンにおいて停止するであろう。その菌株中でタンパクが発
現される特定のサプレッサー菌株は、上記3個の星印によって示されたアンバー
停止コドンにどのアミノ酸が取り込まれるかを決定するであろう。
1−位のAlaO前のヌクレオチド配列の部分は人工物であるか又はさもなけれ
ば天然のmRNAによってコードされる予測されるシグナル配列と無関係である
ことが確認された。
鍋
緘
魅
喧 。
=
そ
ト
−末端配列
Thr Val C1y A!P ^1iScr −−八1a Trp厭
■
°(
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−e 7馳/−一一一=−1818、
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匂 怜
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フ欅 (0≦
V−膝
手続補正書(方式)
平成1年1月−日
1、事件の表示
pCT/EP87100507
2 発明の名称
有機化合物の又はそれに関連する改良
3、補正をする者
事件との関係 特許出願人
名称 サンド アクチェンゲゲルシャフト4、代理人
住所 〒105東京都港区虎ノ門−丁目8番10号5、補正命令の日付
6、補正の対象
図面翻訳文(第1図〜10図)
7、補正の内容
図面の浄書(内容に変更なし)
8、添付書類の目録
浄書図面(第1図〜10図) 1通
国際調査報告
mmatn−^−1,ll114M k+、?C?/五P 87100507国
際調査報告
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.リリグナーゼタンパクをコードする単離された組換えDNA配列又は合成D NA配列。 2.次のアミノ酸配列を含んでなるリリグナーゼタンパクをコードするDNA: 【配列があります】3.次のアミノ酸配列を含んでなるリリグナーゼタンパクを コードするDNA: 【配列があります】 4.AlaをコードするN−末端コドンがMetをコードするATCに先行され る請求の範囲第2項又は第3項記載のDNA配列。 5.天然起源のゲノムDNA配列である前記請求の範囲のいずれかの1項に記載 のDNA配列。 6.ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で請求の範囲第2、第3項 及び第4項において定義されるDNAに対してハイプリダイズする配列をコード するDNA。 7.その5′端がシグナル配列に使用可能に連結されている前記請求の範囲のい ずれかの1項に記載のDNA配列。 8.原核及び/又は真核宿主における発現のための調節配列に作用可能に連結さ れている前記請求の範囲のいずれかの1項に記載のDNA配列。 9.請求の範囲第1項から第8項のいずれかの1項において定義されるDNA配 列を含有し、そしてそれを発現させることができる転移ベクター。 10.pBSR3,pLn104,pLn105,pLn106及びpLn10 01から選ばれるプラスミド。 11.請求の範囲第1項から第8項のいずれかの1項において定義されたDNA 配列で形質転換された組換え宿主細胞。 12.請求の範囲第11項の形質転換細胞を培養することを含んでなるリリグナ ーゼタンパクの製造方法。 13.請求の範囲第12項の方法によって得られる組換えリリグナーゼタンパク 。 14.次のアミノ酸配列を含んでなる非−グリコシル化リリグナーゼタンパク: 【配列があります】 15.次のアミノ酸配列を含んでなる非−グリコシル化リリグナーゼタンパク: 【配列があります】 16.N−末端のAlaにMetが先行するものであることを特徴とする請求の 範囲第14項又は第15項記載のリグナーゼタンパク。 17.酸化還元系の存在下でアボタンパクとヘムとを反応せしめる工程を含んで なる活性ヘミニックプロテインを再構成するための方法。 18.(a)アボタンパクの溶液を酸化還元系を含有する透析溶液に対して透析 すること、 (b)(a)において得られるアボタンパク溶液にヘムを加えること を含んでなる請求の範囲第17項記載の方法。 19.(a)の透析溶液が5から30%(v/v)のグリセリンを含有する、請 求の範囲第18項記載の方法。 20.(a)アボタンパクの溶液にヘムを加える、(b)(a)において得られ る溶液を酸化還元系を含有する透析溶液に対して透析する、こと を含んでなる請求の範囲第17項記載の方法。 21.(b)において得られる透析溶液を水溶液に対して透析することを含んで なる請求の範囲第18項、第19項又は第20項に記載の方法。 22.酸化還元系がスルフヒドリル酸化還元系である、請求の範囲第17項−第 21項のいずれかの1項に記載の方法。 23.透析溶液がpH5から0における0.1から5mMの還元型スルフヒドリ ルの醇化還元系及び10から500μMの酸化型スルフヒドリルの酸化還元系を 含有する、請求の範囲第18項から第22項のいずれかの1項に記載の方法。 24.前記酸化還元系がグルタチオンである、請求の範囲第17項から第23項 のいずれかの1項に記載の方法。 25.ヘムをアボタンパクの溶液に1−倍から10−倍モル過剰に加える、請求 の範囲第17項から第24項のいずれかの1項に記載の方法。 26.ヘムをアボタンパクの溶液に4−倍モル過剰に加える、請求の範囲第17 項から第25項のいずれかの1項に記載の方法。 27.タンパクが還元型である、請求の範囲第17項から第26項のいずれかの 1項に記載の方法。 28.タンパクがペルオキシダーゼタンパクである、請求の範囲第17項から第 27項のいずれかの1項に記載の方法。 29.タンパクがリリグナーゼタンパクでありそしてヘムがプロトヘムIXであ ることを特徴とする請求の範囲第17項から第28項のいずれかの1項に記載の 方法。 30.タンパクが請求の範囲第13,14,15又は16項に記載されるりリグ ナーゼタンパクである、請求の範囲第17項から第29項のいずれかの1項に記 載の方法。 31.請求の範囲第17項から第30項のいずれかの1項に記載の方法によって 得られる活性ヘミニックタンパク。 32.請求の範囲第17項から第30項のいずれかの1項に記載の方法によって 得られるリグニナーゼ酵素。
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