JP7365421B2 - 診断及び療法のための腫瘍組織に結合する抗体 - Google Patents

診断及び療法のための腫瘍組織に結合する抗体 Download PDF

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関連出願の相互参照
本出願は、2019年2月15日に出願された米国仮出願第62/806,285号、2019年2月15日に出願された米国仮出願第62/806,310号、2019年5月3日に出願された米国仮出願第62/843,298号、2019年5月6日に出願された米国仮出願第62/843,751号、2019年5月24日に出願された米国仮出願第62/852,830号、及び2019年10月29日に出願された米国仮出願第62/927,501号の優先権の利益を主張し、これらの各々は、あらゆる目的のためにそれらの全体が参照により援用される。
がん治療分野
様々ながんの治療のための治療用抗体は、患者の寛解及び生存に対して劇的な影響を及ぼしている。しかしながら、例えば、療法に良好に応答しない患者、及び/または療法に耐性を獲得した患者を治療するための代替的な腫瘍治療薬の必要性が引き続き存在する。
一態様では、腫瘍組織に結合する単離された抗体が、本明細書に提供され、抗体は、ポリアデニル化RNAを含む細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、rRNAをさらに含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、mRNAを含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、1つ以上のポリアデニル化RNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、リボソームタンパク質をさらに含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、mRNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、ポリ(A)+結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、細胞外RNAタンパク質複合体は、ポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバーを含む。一部の実施形態では、細胞外RNAタンパク質複合体は、ポリアデニル酸結合タンパク質細胞質(PABPC)ファミリーメンバーを含む。一部の実施形態では、PABPCファミリーメンバーは、PABPC 1(PABPC1)、PABPC 3(PABPC3)、またはPABPC 4(PABPC4)である。一部の実施形態では、PABPCファミリーメンバーは、PABPC1である。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、MOV10を含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、生体分子凝縮体を含む。一部の実施形態では、生体分子凝縮体は、ストレスによって誘導される。一部の実施形態では、生体分子凝縮体は、低酸素及び/または化学療法薬によって誘導される。一部の実施形態では、抗体は、FcγRに結合することによって細胞シグナル伝達を誘導する。一部の実施形態では、抗体は、FcγRIIaに結合するFc領域を含む。一部の実施形態では、抗体は、FcγRIIaエンゲージメントアッセイにおいて、500nM以下のEC50を有する。一部の実施形態では、FcγRIIaエンゲージメントアッセイは、インビボで継代されたEMT6腫瘍細胞を用いる。
さらなる態様では、細胞外RNAタンパク質複合体に結合する抗体が本明細書に提供され、抗体が、
(a)重鎖可変領域であって、
(i)配列番号1~8もしくは169~362のうちのいずれか1つのHCDR1、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、
(ii)配列番号9~19もしくは363~556のうちのいずれか1つのHCDR2、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び
(iii)配列番号20~47、557~750、もしくは1727のうちのいずれか1つのHCDR3、または配列に対して1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10個のアミノ酸が置換されているそのバリアントを含む、重鎖可変領域と、
(b)軽鎖可変領域であって、
(i)配列番号48~58もしくは751~944のうちのいずれか1つのLCDR1、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、
(ii)配列番号59~67もしくは945~1138のうちのいずれか1つのLCDR2、または配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び
(iii)配列番号68~76もしくは1139~1332のうちのいずれか1つのLCDR3、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアントを含む、軽鎖可変領域と、を含む。一部の実施形態では、置換のうちの少なくとも1もしくは2個が、保存的置換であるか、置換のうちの少なくとも50%が、保存的置換であるか、または置換のすべてが、保存的置換である。
一部の実施形態では、CDRの各々における置換は、以下の式に従うアミノ酸配列を含むHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3を提供する:
(a)HCDR1配列G(F/Y)X(A/S)XA(W/Y)X(S/T)(配列番号1734)であって、Xが、D、T、またはVであり、Xが、A、F、またはYであり、Xが、A、H、K、M、N、またはRであり、Xが、F、M、またはYである、HCDR1配列、
(b)HCDR2配列(F/R)I(K/Q)(A/S)X(A/G)X10T(D/E)(A/S)(P/S)(K/Q)(配列番号1735)であって、Xが、A、N、T、またはVであり、Xが、D、H、Q、S、またはTであり、Xが、D、E、またはNであり、Xが、E、G、H、K、またはQであり、X10が、A、I、Q、またはTである、HCDR2配列、及び
(c)HCDR3配列(I/T)(S/T)X(F/Y)XCX(G/S)X10CX121314(D/E)X16SX1819202122232425(F/Y)(F/Y)X2829(D/N)X31(配列番号1736)であって、Xが、A、P、S、またはTであり、Xが、A、C、またはSであり、Xが、H、L、Q、またはRであり、Xが、A、G、K、またはNであり、X10が、A、N、Q、R、またはSであり、X12が、A、L、またはPであり、X13が、A、N、またはSであり、X14が、H、Q、R、またはSであり、X16が、N、Q、またはTであり、X18が、F、M、またはYであり、X19が、C、S、またはVであり、X20が、A、G、またはNであり、X21が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、S、またはYであり、X24が、A、K、N、P、Q、またはSであり、X25が、D、K、Q、R、またはSであり、X28が、F、L、W、またはYであり、X29が、F、M、またはVであり、X31が、I、P、またはVである、HCDR3配列、
(d)LCDR1配列XG(A/S)X(S/T)(D/N)I(G/Q)(H/S)X1011(T/V)X13(配列番号1737)であって、Xが、H、S、またはTであり、Xが、E、K、P、またはSであり、X10が、A、H、N、S、またはTであり、X11が、A、D、S、T、またはYであり、X13が、A、L、S、T、またはYである、LCDR1配列、
(e)LCDR2配列X(D/N)X(Q/R)(A/P)X(配列番号1738)であって、Xが、A、H、K、M、N、またはRであり、Xが、N、S、またはTであり、Xが、A、L、Q、またはYであり、Xが、L、Q、S、またはYである、LCDR2配列、及び
(f)LCDR3配列(A/S)(S/T)(F/W)(D/N)X(I/V)X10(I/V)(配列番号1739)であって、Xが、D、E、またはNであり、Xが、A、D、Q、またはSであり、Xが、L、N、またはSであり、Xが、L、N、S、またはTであり、X10が、H、K、Q、R、またはWである、LCDR3配列。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号1~8または169~362のうちのいずれか1つの配列を含むHCDR1、配列番号9~19または363~556のうちのいずれか1つの配列を含むHCDR2、配列番号20~47または557~750または1727のうちのいずれか1つの配列を含むHCDR3、配列番号48~58または751~944のうちのいずれか1つの配列を含むLCDR1、配列番号59~67または945~1138のうちのいずれか1つの配列を含むLCDR2、及び配列番号68~76または1139~1332のうちのいずれか1つの配列を含むLCDR3を含み、HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3のうちの少なくとも1つで、1または2個のアミノ酸が置換されている、V領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域のHCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含むV領域、または配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのLCDR1、LCDR2、LCDR3を含むV領域を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号77~122及び1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域に記載の抗体のHCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含むV領域、及び配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つの対応する軽鎖のLCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含むV領域を含む。一部の実施形態では、CDRの各々における置換は、以下の式に従うアミノ酸配列を含むHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3を提供する:
(a)HCDR1配列G(F/Y)X(A/S)XA(W/Y)(F/M)(S/T)(配列番号1742)であって、Xが、D、T、またはVであり、Xが、A、F、またはYであり、Xが、A、H、K、M、またはNである、HCDR1配列、
(b)HCDR2配列RIK(A/S)X(D/N)(A/G)X10(D/E)(A/S)(P/S)(K/Q)(配列番号1743)であって、Xが、A、N、T、またはVであり、Xが、D、H、Q、S、またはTであり、Xが、E、G、H、K、またはQであり、X10が、A、I、Q、またはTである、HCDR2配列、
(c)HCDR3配列(I/T)(S/T)X(F/Y)CCX(G/S)X10CX12(N/S)X14(D/E)TS(F/Y)CX20(G/N)X22232425(F/Y)YX2829(D/N)X31 (配列番号1744)であって、Xが、A、P、またはSであり、Xが、H、L、Q、またはRであり、Xが、A、G、K、またはNであり、X10が、A、N、Q、R、またはSであり、X12が、A、L、またはPであり、X14が、H、Q、R、またはSであり、X20が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、またはYであり、X24が、A、K、N、P、またはQであり、X25が、D、Q、R、またはSであり、X28が、F、L、W、またはYであり、X29が、F、M、またはVであり、X31が、I、PまたはVである、HCDR3配列、
(d)LCDR1配列(S/T)G(A/S)X(S/T)(D/N)IG(H/S)X1011(T/V)X13 (配列番号1745)であって、Xが、K、PまたはSであり、X10が、A、N、S、またはTであり、X11が、A、S、T、またはYであり、X13が、A、S、T、またはYである、LCDR1配列、
(e)LCDR2配列X(D/N)X(Q/R)(A/P)X (配列番号1738)であって、Xが、A、H、K、M、N、またはRであり、Xが、N、S、またはTであり、Xが、A、L、Q、またはYであり、Xが、L、Q、S、またはYである、LCDR2配列、及び
(f)LCDR3配列(A/S)(S/T)W(D/N)X(I/V)X10(I/V)(配列番号1746)であって、Xが、D、E、またはNであり、Xが、A、D、Q、またはSであり、Xが、L、N、またはSであり、Xが、L、N、SまたはTであり、X10が、H、K、Q、またはRである、LCDR3配列。
一部の実施形態では、抗体は、表、表1Aまたは表2Aにおいて、AIP-192482、AIP-171142、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-102396、AIP-150055、AIP-167084、AIP-185304、AIP-134770、AIP-141887、AIP-196203、AIP-128195、AIP-116579、AIP-192329、AIP-197809、AIP-142489、AIP-167726、AIP-199834、AIP-143179、AIP-195587、AIP-153462、AIP-115363、AIP-151090、AIP-168083、AIP-161082、AIP-114196、AIP-189338、AIP-183190、AIP-110143、AIP-147176、AIP-134312、AIP-128243、AIP-156172、AIP-147389、AIP-124314、AIP-185291、AIP-135247、AIP-113513、AIP-102299、AIP-179097、AIP-109343、AIP-119622、AIP-191735、AIP-157078、AIP-153475、AIP-133650、AIP-190915、AIP-167400、AIP-109729、AIP-151709、AIP-136628、AIP-101601、AIP-146871、AIP-170053、AIP-199483、AIP-162041、AIP-180675、AIP-183133、AIP-191470、AIP-151167、AIP-106633、AIP-102624、AIP-109484、AIP-126080、AIP-161571、AIP-163039、AIP-101235、AIP-182061、AIP-181246、AIP-192216、AIP-171912、AIP-172872、AIP-167833、AIP-190051、AIP-145518、AIP-167533、AIP-112580、AIP-143155、AIP-119664、AIP-190526、AIP-114403、AIP-156760、AIP-103803、AIP-195588、AIP-145722、AIP-178251、AIP-116142、AIP-183350、AIP-127108、AIP-128147、AIP-109510、AIP-104086、AIP-143132、AIP-170105、AIP-169636、AIP-152243、AIP-138776、AIP-103817、AIP-130491、AIP-188155、AIP-167246、AIP-106139、AIP-198351、AIP-159326、AIP-192275、AIP-190761、AIP-166832、AIP-148062、AIP-129145、AIP-111240、AIP-153888、AIP-130915、AIP-109048、AIP-170569、AIP-154873、AIP-159037、AIP-186826、AIP-156514、AIP-157122、AIP-173276、AIP-150485、AIP-166847、AIP-124013、AIP-126285、AIP-168605、AIP-190274、AIP-136060、AIP-180422、AIP-166722、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-112328、AIP-125258、AIP-150199、AIP-125062、AIP-177193、AIP-115388、AIP-107759、AIP-170221、AIP-143369、AIP-189475、AIP-102833、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、もしくはAIP-131972として指定される抗体のHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含むか、あるいは、表1Bまたは表2Bに示される対応するCDR配列と比較して、少なくとも1、2、3、4、5、もしくは6個すべてのCDRが、1もしくは2個のアミノ酸置換を含むそれらのバリアントを含む。
一部の実施形態では、抗体は、表1Bまたは表2Bにおいて、AIP-192482、AIP-171142、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-102396、AIP-150055、AIP-167084、AIP-185304、AIP-134770、AIP-141887、AIP-196203、AIP-128195、AIP-116579、AIP-192329、AIP-197809、AIP-142489、AIP-167726、AIP-199834、AIP-143179、AIP-195587、AIP-153462、AIP-115363、AIP-151090、AIP-168083、AIP-161082、AIP-114196、AIP-189338、AIP-183190、AIP-110143、AIP-147176、AIP-134312、AIP-128243、AIP-156172、AIP-147389、AIP-124314、AIP-185291、AIP-135247、AIP-113513、AIP-102299、AIP-179097、AIP-109343、AIP-119622、AIP-191735、AIP-157078、AIP-153475、AIP-133650、AIP-190915、AIP-167400、AIP-109729、AIP-151709、AIP-136628、AIP-101601、AIP-146871、AIP-170053、AIP-199483、AIP-162041、AIP-180675、AIP-183133、AIP-191470、AIP-151167、AIP-106633、AIP-102624、AIP-109484、AIP-126080、AIP-161571、AIP-163039、AIP-101235、AIP-182061、AIP-181246、AIP-192216、AIP-171912、AIP-172872、AIP-167833、AIP-190051、AIP-145518、AIP-167533、AIP-112580、AIP-143155、AIP-119664、AIP-190526、AIP-114403、AIP-156760、AIP-103803、AIP-195588、AIP-145722、AIP-178251、AIP-116142、AIP-183350、AIP-127108、AIP-128147、AIP-109510、AIP-104086、AIP-143132、AIP-170105、AIP-169636、AIP-152243、AIP-138776、AIP-103817、AIP-130491、AIP-188155、AIP-167246、AIP-106139、AIP-198351、AIP-159326、AIP-192275、AIP-190761、AIP-166832、AIP-148062、AIP-129145、AIP-111240、AIP-153888、AIP-130915、AIP-109048、AIP-170569、AIP-154873、AIP-159037、AIP-186826、AIP-156514、AIP-157122、AIP-173276、AIP-150485、AIP-166847、AIP-124013、AIP-126285、AIP-168605、AIP-190274、AIP-136060、AIP-180422、AIP-166722、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-112328、AIP-125258、AIP-150199、AIP-125062、AIP-177193、AIP-115388、AIP-107759、AIP-170221、AIP-143369、AIP-189475、AIP-102833、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、もしくはAIP-131972として指定される抗体のHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含む。
さらなる態様では、細胞外RNAタンパク質複合体に結合する抗体が、本明細書に提供され、抗体が、
(a)重鎖可変領域であって、
(i)配列GF(T/V)(F/Y)(S/A)XAWM(S/T)(配列番号1728)を有するHCDR1であって、Xが、K、A、またはMである、HCDR1、
(ii)RIK(S/A)X(D/E)(G/A)X10T(D/E)YAA(P/S)VKG(配列番号1729)の配列を有するHCDR2であって、Xが、V、N、A、またはTであり、Xが、T、Q、S、D、またはHであり、Xが、E、H、K、またはGであり、X10が、T、Q、またはIである、HCDR2、
(iii)
(I/T)(S/T)SFCC(H/R)(G/S)X10CPSX14(D/E)TS(F/Y)CX20(G/N)X22232425(F/Y)Y(F/Y)(M/V)(D/N)X31(配列番号1730)の配列を有するHCDR3であって、Xが、A、G、K、またはNであり、X10が、N、Q、R、またはSであり、X14が、H、R、またはSであり、X20が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、またはYであり、X24が、A、K、N、P、またはSであり、X25が、D、Q、R、またはSであり、X19が、D、またはNであり、X31が、I、P、またはVである、HCDR3を含む、重鎖可変領域と、
(b)軽鎖可変領域であって、
(i)SG(S/A)X(S/T)(N/D)IGSSX11VX13(配列番号1731)の配列を有するLCDR1であって、Xが、S、P、またはKであり、X11が、S、Y、またはTであり、X13が、S、Y、またはTであるLCDR1、
(ii)(K/M)(N/D)XR(P/A)X(配列番号1732)の配列を有するLCDR2であって、Xが、S、N、またはTであり、Xが、L、Q、またはAであり、Xが、PまたはAであり、Xが、Q、S、Y、またはLである、LCDR2、及び
(iii)(S/A)(T/S)W(D/N)X(L/N)X(V/I)R(V/I)(配列番号1733)の配列を有するLCDR3であって、Xが、E、D、またはNであり、Xが、S、A、またはQであり、Xが、N、S、またはTである、LCDR3を含む、軽鎖可変領域と、を含む。一部の実施形態では、HCDR1配列において、位置3が、Tであり、位置4が、Fであり、位置5が、Sであり、位置6が、Kであり、及び/または位置10が、Sである。一部の実施形態では、HCDR1配列は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含む。一部の実施形態では、HCDR1は、GFTFSAAWMS(配列番号4)、GFVFSKAWMS(配列番号7)、GFTFAKAWMS(配列番号6)、GFTYSKAWMS(配列番号5)、GFTFSMAWMS(配列番号3)、GFTYSAAWMS(配列番号2)、またはGFTFSKAWMT(配列番号8)のうちのいずれか1つの配列を含む。一部の実施形態では、HCDR2配列において、位置4が、Sであり、位置5が、Vであり、位置6が、Tであり、位置7が、Dであり、位置8が、Gであり、位置9が、Eであり、位置10が、Tであり、位置12が、Dであり、及び/または位置16が、Pである。一部の実施形態では、HCDR2は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKSVTDGEQTDYAAPVKG(配列番号18)、RIKAADDGKQTDYAAPVKG(配列番号19)、RIKSVTDGETTEYAASVKG(配列番号504)、RIKAVHDGETTDYAAPVKG(配列番号10)、RIKSNTDAETTDYAAPVKG(配列番号11)、RIKSVQDGETTDYAAPVKG(配列番号12)、RIKSVTDGHTTDYAAPVKG(配列番号13)、RIKSVTDGGITDYAAPVKG(配列番号14)、RIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)、RIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)、またはRIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)の配列を含む。一部の実施形態では、HCDR3配列において、位置1が、Tであり、位置2が、Sであり、位置7が、Rであり、位置8が、Gであり、位置9が、Gであり、位置10が、Sであり、位置14が、Hであり、位置15が、Dであり、位置18が、Yであり、位置20が、Gであり、及び/または位置21が、Gである。一部の実施形態では、HCDR3は、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGYYKSYYYMDV(配列番号33)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)、またはTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSFYYMDV(配列番号28)の配列を含む。一部の実施形態では、HCDR3は、配列:
TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)、ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYFMDV(配列番号29)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)、ISSFCCHSNNCPSSDTSYCNGYYKQYYFMDV(配列番号26)、ISSFCCRGKQCPSSDTSYCGGQFKSYYFMDV(配列番号25)、ISSFCCRGKQCPSSDTSYCNGYYADYYFMDV(配列番号24)、TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)、TTSFCCRGASCPSSDTSYCAGSYKSYYFVNI(配列番号22)、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQDSRYYYMDV(配列番号42)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGSYKSYYYMDV(配列番号41)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号37)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDSRYYYMDV(配列番号40)、TTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号39)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)、TTSFCCRGGRCPSRDTSFCGGQYNSYYYMDV(配列番号38)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYNRYYYMDV(配列番号36)、及びTTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号35)を含む。一部の実施形態では、LCDR1配列において、位置3が、Sであり、位置4が、Sであり、位置5が、Sであり、位置6が、Nであり、位置11が、Sであり、及び/または位置13が、Sである。一部の実施形態では、LCDR1は、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含む。一部の実施形態では、LCDR1は、SGSKSNIGSSYVS(配列番号50)、SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)、SGSKSNIGSSSVY(配列番号55)、SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)、SGASSNIGSSSVS(配列番号52)、SGSSTNIGSSTVS(配列番号53)、SGSKSNIGSSSVS(配列番号51)、またはSGSSTNIGSSSVT(配列番号49)の配列を含む。一部の実施形態では、LCDR2配列において、位置1が、Kであり、位置2が、Nであり、位置3が、Nであり、位置4が、Qであり、位置6が、Pであり、及び/または位置7が、Sである。一部の実施形態では、LCDR2配列は、配列KNNQRPS(配列番号59)を含む。一部の実施形態では、LCDR2は、KNNQRPY(配列番号66)、KDNQRPS(配列番号62)、KNTQRPS(配列番号65)、KNNARPY(配列番号64)、KNTQRAS(配列番号63)、MNNQRPY(配列番号61)、またはKDNQRPL(配列番号60)の配列を含む。一部の実施形態では、LCDR3配列において、位置1が、Sであり、位置2が、Tであり、位置4が、Dであり、位置5が、Dであり、位置6が、Sであり、位置7が、Lであり、位置8が、Sであり、位置9が、Vであり、及び/または位置11が、Vである。一部の実施形態では、LCDR3配列は、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含む。一部の実施形態では、LCDR3配列は、STWDDALSVRV(配列番号72)、SSWDDSNSVRI(配列番号71)、ATWDDQLSVRV(配列番号69)、ATWDDSLTVRI(配列番号76)、ATWDNSLSIRV(配列番号70)、またはSTWDESLSVRV(配列番号73)の配列を含む。
一部の実施形態では、HCDR1は、GFTFSKAWMS(配列番号1)、GFTFSAAWMS(配列番号4)、またはGFTFSKAWMT(配列番号8)の配列を有し、HCDR2は、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)、またはRIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)の配列を有し、HCDR3は、TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)、TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)、ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)、またはTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)の配列を有し、
LCDR1は、SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)、SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)、またはSGSKSNIGSSSVS(配列番号51)の配列を有し、
LCDR2は、KNNQRPS(配列番号59)またはKDNQRPS(配列番号62)の配列を有し、
LCDR3は、STWDDALSVRV(配列番号72)、STWDDSLSVRV(配列番号68)、SSWDDSNSVRI(配列番号71)、またはATWDNSLSIRV(配列番号70)の配列を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)、及びEVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)のうちのいずれか1つの配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する。一部の実施形態では、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)、及びQSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)のうちのいずれか1つの配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する先行する軽鎖可変領域と組み合わせることができる。
一部の実施形態では、抗体は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を有するHCDR1、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有するHCDR2、配列TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)を有するHCDR3、配列SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)を有するLCDR1、配列KNNQRPS(配列番号59)を有するLCDR2、及び配列STWDDALSVRV(配列番号72)を有するLCDR3を含む。一部の実施形態では、重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する。一部の実施形態では、重鎖可変領域は、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)を含み、軽鎖可変領域は、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)を含む。
一部の実施形態では、HCDR1は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を有し、HCDR2は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有し、HCDR3は、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)の配列を有し、LCDR1は、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を有し、LCDR2は、配列KNNQRPS(配列番号59)を有し、LCDR3は、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を有する。一部の実施形態では、重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)を含み、軽鎖可変領域は、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む。
一部の実施形態では、HCDR1は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を有し、HCDR2は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有し、HCDR3は、配列TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)を有し、LCDR1は、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を有し、LCDR2は、配列KNNQRPS(配列番号59)を有し、LCDR3は、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)を含み、軽鎖可変領域は、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む。
一部の実施形態では、HCDR1は、配列GFTFSAAWMS(配列番号4)を有し、HCDR2は、配列RIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)を有し、HCDR3は、配列ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)を有し、LCDR1は、配列SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)を有し、LCDR2は、配列KDNQRPS(配列番号62)を有し、LCDR3は、配列SSWDDSNSVRI(配列番号71)を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)を含み、軽鎖可変領域は、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)を含む。
一部の実施形態では、抗体は、HCDR1配列GFTFSAAWMS(配列番号4)、HCDR2配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)、HCDR3配列ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)、LCDR1配列SGSKSNIGSSSVS(配列番号51)、LCDR2配列KDNQRPS(配列番号62)、及びLCDR3配列ATWDNSLSIRV(配列番号70)を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)を含み、軽鎖可変領域は、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)を含む。
一部の実施形態では、抗体は、HCDR1配列GFTFSKAWMT(配列番号8)、HCDR2配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)、HCDR3配列TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)、LCDR1配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)、LCDR2配列KNNQRPS(配列番号59)、及びLCDR3配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含む。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、軽鎖可変領域は、QSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する。
一部の実施形態では、重鎖可変領域は、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)を含み、軽鎖可変領域は、配列QSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列GFTFSKAWMT(配列番号8)もしくはGFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR1、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR2、及び配列TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むHCDR3、または配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR3、を含む重鎖可変領域と、配列SGSSDNIGSSSVS(配列番号1741)を含むLCDR1、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR1、配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR2、及び配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR3、を含む軽鎖可変領域と、を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのVH領域の対応するFR1配列に対して、1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR1、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのVH領域の対応するFR2配列に対して、1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR2、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのVH領域の対応するFR3配列に対して、1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR3、及び/または配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのVH領域の対応するFR4配列に対して、1もしくは2箇所に置換を含むFR4、を含む重鎖可変領域と、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのVL領域の対応するFR1配列に対して、1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR1、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのVL領域の対応するFR2配列に対して、1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR2、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのVL領域の対応するFR3配列に対して、1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR3、及び/または配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのVL領域の対応するFR4配列に対して1もしくは2箇所に置換を含むFR4、を含む軽鎖可変領域と、を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号77~122または13333~1526または1725のうちのいずれか1つと少なくとも95%の同一性を有するVと、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つと少なくとも95%の同一性を有する対応するVと、を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号1721の重鎖定常領域配列と、配列番号1722の軽鎖定常領域配列と、を含む。
さらなる態様では、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する抗体が、本明細書に提供され、抗体は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、または配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR1、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、または配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR2、及び配列TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むHCDR3、または配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR3、を含む重鎖可変領域と、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、または配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR1、配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、または配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR2、及び配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3、または配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR3、を含む軽鎖可変領域と、を含む。
一部の実施形態では、抗体は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、配列TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むHCDR3、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、及び配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3を含む。一部の実施形態では、Vは、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、Vは、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Vは、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)を含み、Vは、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1721の重鎖定常領域配列と、配列番号1722の軽鎖定常領域配列と、を含む。一部の実施形態では、重鎖は、配列番号1723の配列を含み、軽鎖は、配列番号1724の配列を含む。
さらなる態様では、免疫応答を誘導する方法が、本明細書に提供され、本方法は、本節の先行する段落に記載の抗体のうちのいずれか1つを対象に投与することを含む。一部の実施形態では、免疫応答は、ADCP応答を含む。一部の実施形態では、抗体は、静脈内投与される。
さらなる態様では、細胞外RNA-タンパク質複合体を含む腫瘍を有するがん患者を治療する方法が、本明細書に提供され、本方法は、先行段落に記載の抗体のうちのいずれか1つを、患者に投与することを含む。一部の実施形態では、抗体は、上記[0011]~[0034]のいずれかに記載される抗体である。一部の実施形態では、がんは、肺癌、乳癌、大腸癌、食道癌、胃癌、腎臓癌、卵巣癌、黒色腫、子宮癌、肝臓癌、膀胱癌、または精巣癌である。一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺癌、三重陰性乳癌、大腸癌、卵巣癌、または黒色腫である。一部の実施形態では、抗体は、静脈内投与される。一部の実施形態では、本方法は、化学療法及び/または放射線療法を施すことをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント抗原を標的とする薬剤を投与することをさらに含む。一部の実施形態では、薬剤は、モノクローナル抗体である。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、PD-1リガンドのPD-1への結合をブロックする。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、抗PD-1抗体である。
さらなる態様では、細胞外RNA-タンパク質複合体を含む腫瘍を有する患者を同定する方法が、本明細書に提供され、本方法は、患者由来の腫瘍試料を、先行段落に記載される抗体と接触させることを含む。
別の態様では、先行段落に記載される抗体のV領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターが、本明細書に提供される。さらに、先行段落に記載される抗体のV領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターが、本明細書に提供される。一部の実施形態では、発現ベクターは、抗体のV領域及びV領域をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される発現ベクターは、先行段落のいずれか1つに記載の抗体のVまたはVのCDR3をコードするポリヌクレオチドを含む。本段落に記載される発現ベクターを含む宿主細胞も、本明細書に提供される。一部の実施形態では、宿主細胞は、CHO細胞、例えば、CHO K-1細胞である。
さらに、抗体を製造する方法が、本明細書に提供され、本方法は、重鎖をコードするポリヌクレオチド及び軽鎖をコードするポリヌクレオチドが発現される条件下で、先行段落に記載される宿主細胞を培養することを含む。
さらなる態様では、抗腫瘍活性を有する抗体を同定する方法が、本明細書に提供され、先行段落に記載される抗体のうちのいずれか1つのVもしくはVのCDR3をコードするポリヌクレオチドを変異誘発することと、変異誘発されたVもしくはVのCDR3を含む抗体を発現させることと、インビボで、腫瘍増殖を阻害するか、または腫瘍サイズ、腫瘍浸潤、及び/もしくは転移を減少させる抗体を選択することと、を含む。
さらなる態様では、免疫応答をインビボで誘導する方法における、先行段落に記載の抗体のうちのいずれか1つの使用が、本明細書に提供される。がんを治療する方法のための、先行段落に記載の抗体のうちのいずれか1つの使用が、本明細書にさらに提供される。一部の実施形態では、がんは、細胞外RNA-タンパク質複合体を含む腫瘍を有する対象において治療される。一部の実施形態では、がんは、肺癌、乳癌、大腸癌、食道癌、胃癌、腎臓癌、卵巣癌、黒色腫、子宮癌、肝臓癌、膀胱癌、または精巣癌である。一部の実施形態では、がんは、非小細胞肺癌、三重陰性乳癌、大腸癌、卵巣癌、または黒色腫である。一部の実施形態では、抗体は、静脈内投与される。一部の実施形態では、本方法は、化学療法及び/または放射線療法を施すことをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント抗原を標的とする薬剤をさらに含む。一部の実施形態では、薬剤は、モノクローナル抗体である。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、PD-1リガンドのPD-1への結合をブロックする。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、抗PD-1抗体である。
さらなる態様では、V配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)、及びV配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含むポリペプチドが、本明細書に提供される。配列番号1723の重鎖配列、及び配列番号1724の軽鎖領域配列を含むポリペプチドが、本明細書にさらに提供される。
さらなる態様では、重鎖可変(V)領域及び軽鎖可変()領域を含む抗腫瘍抗体が、本明細書に提供され、(a)V領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つを参照して番号付けられた、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むCDR1配列、または1、2、もしくは3個の置換を有するそのバリアント、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)、RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)、もしくはRIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)を含むCDR2配列、または1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸置換を有するCDR2配列のバリアント、及びT(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)(Y/D)(K/N/S)(R/S)YYYMDV(配列番号1747)を含むCDR3配列、を含み、(b)V領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つを参照して番号付けられた、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むCDR1配列、または1、2、3、もしくは4個のアミノ酸置換を有するそのバリアント、KNNQRPS(配列番号59)を含むCDR2、または1もしくは2個のアミノ酸置換を有するそのバリアント、及びSTWD(D/E)DSLSVRV(配列番号1748)を含むCDR3配列、を含む。一部の実施形態では、V領域は、CDR1バリアント配列GFTFSKAWM(S/T)(配列番号1749)及び/またはCDR2配列RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)TDYAAPVKG(配列番号1750)を含む。一部の実施形態では、VのCDR3配列は、
T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1751)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1752)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1753)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNSYYYMDV(配列番号1754)、またはT(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1755)を含む。
一部の実施形態では、V領域は、CDR1バリアント配列GFTFSKAWMT(配列番号8)、CDR2配列RIKSVT(D/E)GETTDYAAPVKG(配列番号1756)、及びCDR3配列T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)(Y/D)(K/N/S)(R/S)YYYMDV(配列番号1757)、例えば、
T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1758)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1759)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1760)、またはT(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1761)を含む。一部の実施形態では、Vは、CDR3配列
TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号37)、
TTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号39)、
TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDSRYYYMDV(配列番号40)、
TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)、
TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGSYKSYYYMDV(配列番号41)、
TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQDSRYYYMDV(配列番号42)、
TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYNRYYYMDV(配列番号36)、
TSSFCCRGGRCPSRDTSFCGGQYNSYYYMDV(配列番号1740)、
TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)、または
TTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号35)を含む。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、表1Bに記載されるVのCDR1、CDR2、及び/またはCDR3を含む。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、CDR1配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)、または1、2、3、もしくは4個のアミノ酸置換を有するそのバリアント、CDR2配列KNNQRPS(配列番号59)、または1、2、もしくは3個の置換を有するそのバリアント、及びCDR3配列STWD(D/E)SLSVRV(配列番号1762)を含むV領域を含む。一部の実施形態では、CDR1配列は、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)であり、及び/またはCDR2配列は、KNNQRPS(配列番号59)である。
領域及びV領域を含む抗腫瘍抗体が、本明細書にさらに提供され、(a)V領域は、表1Bに記載のCDR1配列と少なくとも80%の同一性を有するCDR1配列、表1Bに記載のCDR2配列と少なくとも80%の同一性、及び表1Bに記載のCDR3配列と少なくとも80%の同一性を含み、(b)V領域は、(i)表1Bに記載のCDR1配列と少なくとも80%の同一性を有するCDR1配列、表1Bに記載のCDR2配列と少なくとも80%の同一性を有するCDR2配列、及び表1Bに記載のCDR3配列と少なくとも80%の同一性を有するCDR3配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号77~122のうちのいずれか1つの配列番号のうちのいずれか1つを参照して決定される、配列番号77~122のうちのいずれか1つの位置1~25のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR1、配列番号77~122のうちのいずれか1つの位置36~49のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR2、配列番号77~122のうちのいずれか1つの配列番号のうちのいずれか1つの位置69~98のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR3、及び/または位置130~140のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR4、を含むVを含む。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、配列番号123~168のいずれか1つを参照して決定される、配列番号123~168のうちのいずれか1つの位置1~22のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR1、配列番号123~168のうちのいずれか1つの位置36~50のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR2、配列番号123~168のうちのいずれか1つの位置58~89のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR3、及び/または位置101~110のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有するFR4、を含むVを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号77~122のうちのいずれか1つと少なくとも70%の同一性を有するV領域、及び/または配列番号123~168のうちのいずれか1つと少なくとも70%の同一性を有するVを含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つと少なくとも80%の同一性を有し、及び/またはV領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つと少なくとも80%の同一性を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つと少なくとも90%の同一性を有し、及び/またはV領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つと少なくとも90%の同一性を有する。さらなる実施形態では、V領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つと少なくとも95%の同一性を有し、及び/またはV領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つと少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体を有する腫瘍試料を評価するために用いられ得る抗腫瘍抗体または抗体は、
配列番号101のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号147のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号102のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号148のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号203のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号149のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号104のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号150のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号105のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号151のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号106のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号152のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号107のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号153のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号94のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号140のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号1335のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号1529のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号108のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号154のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号97のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号143のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号98のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号144のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号109のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号155のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号110のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号156のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号1136のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号1530のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号99のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号145のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号95のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号141のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号100のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号146のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号96のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号142のアミノ酸配列を含むV領域、
配列番号1333のアミノ配列を含むV領域及び配列番号1527のアミノ酸配列を含むV領域、または
配列番号1334のアミノ酸配列を含むV領域及び配列番号1528のアミノ酸配列を含むV領域、を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体、例えば、表1Aに記載のV及び対応するVを有する抗腫瘍抗体は、配列番号1721と少なくとも90%の同一性を有するIgG1重鎖定常領域、及び配列番号1722と少なくとも90%の同一性を有するラムダ軽鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、IgG1重鎖定常領域は、配列番号1721の配列を含み、ラムダ軽鎖定常領域は、配列番号1722の配列を含む。
さらなる態様では、発現ベクターが、本明細書に提供され、本明細書に記載される(例えば、先行する2段落における)抗体のV領域及び/またはV領域をコードするポリヌクレオチドを含む。さらに、発現ベクターが、本明細書に提供され、本明細書に記載される(例えば、先行する2段落における)抗腫瘍抗体のVまたはVのCDR3をコードするポリヌクレオチドを含む。本開示はさらに、本開示の(例えば、本明細書に記載される)発現ベクターを含む宿主細胞、または本明細書に記載される(例えば、先行する2段落における)抗腫瘍抗体のV領域及び/またはV領域をコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞を提供する。
さらなる態様では、抗腫瘍活性または腫瘍結合活性を有する抗体を同定する方法が、本明細書に提供され、表1Bまたは2Bに記載されるVまたはVのCDR3をコードするポリヌクレオチドを変異誘発することと、変異誘発されたVまたはVのCDR3を含む抗体を発現させることと、腫瘍増殖を阻害し、腫瘍サイズを減少させ、インビボで腫瘍浸潤及び/または転移を減少させる抗体を選択することと、を含む。
さらなる態様では、がんの治療方法が、本明細書に提供され、本開示の抗体を、がん(肺癌、乳癌、大腸癌、食道癌、胃癌、腎臓癌、卵巣癌、黒色腫、子宮癌、肝臓癌、膀胱癌、または精巣癌など)を有する患者に投与することを含む。一部の実施形態では、患者はまた、例えば、抗腫瘍抗体を受ける前に、化学療法剤及び/または放射線療法を施される。一部の実施形態では、患者は、免疫チェックポイント抗原を標的とする治療剤(例えば、治療剤は、抗PD-1抗体または抗PD-L1抗体などのPD-1/PD-L1免疫チェックポイントを標的とするモノクローナル抗体などのチェックポイント阻害剤)を追加的に投与される。
さらなる態様では、重鎖及び軽鎖を含む抗腫瘍抗体が、本明細書に提供され、重鎖は、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むCDR2、及びTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むCDR3を含む、重鎖可変領域(V)を含み、軽鎖は、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むCDR1、(配列番号59)を含むCDR2、及びSTWDDSLSVRV(配列番号68)を含むCDR3を含む軽鎖可変領域(V)を含み、さらに、抗体は、配列番号1721と少なくとも90%の同一性を有するIgG1重鎖定常領域、及び配列番号1722と少なくとも90%の同一性を有するラムダ軽鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、IgG1重鎖定常領域は、配列番号1721の配列を含み、ラムダ軽鎖定常領域は、配列番号1722の配列を含む。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、配列番号94の配列を有するV領域、及び配列番号140の配列を有するV領域を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗腫瘍抗体は、配列番号1723の重鎖アミノ酸配列、及び配列番号1724の軽鎖アミノ酸配列を含む。
別の態様では、医薬組成物が、本明細書に提供され、本明細書に記載される(例えば、前段落に記載の)抗腫瘍抗体、及び生理学的に許容される担体を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、pH5.5で20mMのヒスチジン緩衝液、8%(w/v)のスクロース、0.02%(w/v)のポリソルベート80を含む。一部の実施形態では、抗体は、20mg/mlの濃度で保管される。
別の態様では、がんを治療する方法が、本明細書に提供され、前段落の医薬組成物を、がんを有する患者に投与することを含む。一部の実施形態では、患者は、肺癌、乳癌、大腸癌、食道癌、胃癌、腎臓癌、卵巣癌、黒色腫、子宮癌、肝臓癌、膀胱癌、または精巣癌を有する。特定の実施形態では、患者は、非小細胞肺癌、大腸癌、乳癌、卵巣癌、または黒色腫を有する。特定の実施形態では、黒色腫は、末端黒色腫である。一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈内投与される。特定の実施形態では、医薬組成物は、0.1mg/kg~100mg/kg(例えば、0.3mg/kg~30mg/kg)の範囲の用量で静脈内投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、3週間に1回投与される。一部の実施形態では、本方法は、化学療法及び/または放射線療法を施すことをさらに含むことができる。一部の実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント抗原を標的とする薬剤を投与することをさらに含むことができる。特定の実施形態では、免疫チェックポイント抗原を標的とする薬剤は、モノクローナル抗体、例えば、PD-1リガンドがPD-1に結合するのをブロックするモノクローナル抗体であり得る。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は、抗PD-1抗体である。
別の態様では、ポリヌクレオチドが、本明細書に提供され、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の重鎖をコードする核酸配列を含む。別の態様では、ポリヌクレオチドを含む発現ベクターが、本明細書に提供される。別の態様では、本開示はまた、ポリヌクレオチドを含む宿主細胞を特徴とする。別の態様では、本開示はまた、発現ベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の軽鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを特徴とする。別の態様では、本開示はまた、ポリヌクレオチドを含む発現ベクターを特徴とする。別の態様では、本開示はまた、ポリヌクレオチドを含む宿主細胞を特徴とする。別の態様では、本開示はまた、発現ベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
別の態様では、本開示はまた、発現ベクターを特徴とし、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の重鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドと、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の軽鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドと、を含む。別の態様では、本開示はまた、発現ベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
別の態様では、本開示はまた、2つのポリヌクレオチドを含む宿主細胞を特徴とし、1つのポリヌクレオチドは、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の重鎖をコードする核酸配列を含み、別のポリヌクレオチドは、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の軽鎖をコードする核酸配列を含む。
別の態様では、本開示はまた、2つの発現ベクターを含む宿主細胞を特徴とし、1つの発現ベクターは、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の重鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを含み、別の発現ベクターは、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の軽鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の宿主細胞は、CHO細胞、例えば、CHO-K1細胞である。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の抗体を製造する方法を特徴とする。本方法は、重鎖をコードするポリヌクレオチド及び軽鎖をコードするポリヌクレオチドが発現される条件下で、本明細書に記載の宿主細胞を培養することを含む。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の抗体を製造する方法を特徴とする。本方法は、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の重鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを有する宿主細胞と、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の軽鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを有する宿主細胞とを、重鎖をコードするポリヌクレオチド及び軽鎖をコードするポリヌクレオチドがそれぞれの宿主細胞から発現される条件下で、一緒に培養することを含む。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の抗体を製造する方法を特徴とする。本方法は、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の重鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを含む発現ベクターを有する宿主細胞と、本明細書に記載の抗腫瘍抗体の軽鎖をコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む別の宿主細胞とを、重鎖をコードするポリヌクレオチド及び軽鎖をコードするポリヌクレオチドがそれぞれの宿主細胞から発現される条件下で、一緒に培養することを含む。
本明細書に記載の抗体を製造する方法のいずれかにおいて、一部の実施形態では、宿主細胞は、CHO細胞、例えば、CHO-K1細胞である。一部の実施形態では、本方法は、抗体を精製することをさらに含む。
[本発明1001]
腫瘍組織に結合する単離された抗体であって、前記抗体が、ポリアデニル化RNAを含む細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する、前記抗体。
[本発明1002]
前記細胞外RNA-タンパク質複合体が、mRNAを含む、本発明1001の抗体。
[本発明1003]
前記細胞外RNA-タンパク質複合体が、複数の異なるRNAを含む、本発明1001の抗体。
[本発明1004]
前記細胞外RNA-タンパク質複合体が、1つ以上のmRNA結合タンパク質を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1005]
前記細胞外RNA-タンパク質複合体が、リボソームタンパク質を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1006]
前記細胞外RNA-タンパク質複合体が、ポリ(A)結合タンパク質を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1007]
前記細胞外RNA-タンパク質複合体が、ポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバーを含む、本発明1001の抗体。
[本発明1008]
前記ポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバーが、PABPC 1(PABPC1)、PABPC 3(PABPC3)、またはPABPC 4(PABPC4)である、本発明1007の抗体。
[本発明1009]
前記PABPCファミリーメンバーが、PABPC1である、本発明1008の抗体。
[本発明1010]
前記細胞外RNA-タンパク質複合体が、MOV10を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1011]
前記抗体が、ポリアデニル化RNA結合タンパク質に結合する、本発明1001の抗体。
[本発明1012]
前記RNA-タンパク質複合体が、生体分子凝縮体を含む、本発明1001~1011のいずれかの抗体。
[本発明1013]
前記生体分子凝縮体が、低酸素及び/または化学療法薬によって誘導される、本発明1012の抗体。
[本発明1014]
前記生体分子凝縮体が、腫瘍性細胞であることによって誘導される、本発明1012または1013の抗体。
[本発明1015]
前記抗体が、FcγRに結合することによって、細胞シグナル伝達を誘導する、本発明1001~1013のいずれかの抗体。
[本発明1016]
前記抗体が、FcγRIIaに結合するFc領域を含む、本発明1001~1015のいずれかの抗体。
[本発明1017]
前記抗体が、FcγRIIaエンゲージメントアッセイにおいて、500nM以下のEC50を有する、本発明1016の抗体。
[本発明1018]
前記FcγRIIaエンゲージメントアッセイが、インビボで継代されたEMT6腫瘍細胞を用いる、本発明1017の抗体。
[本発明1019]
腫瘍組織に結合する抗体であって、前記抗体が、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合し、前記抗体が、
重鎖可変領域であって、
配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、またはその配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR1、
配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、またはその配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR2、及び
配列TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むHCDR3、またはその配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR3
を含む、前記重鎖可変領域と、
軽鎖可変領域であって、
配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、またはその配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR1、
配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、またはその配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR2、及び
配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3、またはその配列に対して1個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR3
を含む、前記軽鎖可変領域と
を含む、前記抗体。
[本発明1020]
前記抗体が、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、配列TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むHCDR3、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、及び配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3、を含む、本発明1019の抗体。
[本発明1021]
が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、Vが、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、本発明1020の抗体。
[本発明1022]
前記Vが、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)を含み、前記Vが、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、本発明1021の抗体。
[本発明1023]
前記抗体が、配列番号1721の重鎖定常領域配列と、配列番号1722の軽鎖定常領域配列と、を含む、本発明1019~1022のいずれかの抗体。
[本発明1024]
前記重鎖が、配列番号1723の配列を含み、前記軽鎖が、配列番号1724の配列を含む、本発明1023の抗体。
[本発明1025]
腫瘍組織に結合する抗体であって、前記抗体が、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合し、前記抗体が、
(a)重鎖可変領域であって、
(i)配列番号1~8もしくは169~362のうちのいずれか1つのHCDR1、またはその配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、
(ii)配列番号9~19もしくは363~556のうちのいずれか1つのHCDR2、またはその配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び
(iii)配列番号20~47、557~750、もしくは1727のうちのいずれか1つのHCDR3、またはその配列に対して1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10個のアミノ酸が置換されているそのバリアント
を含む、前記重鎖可変領域と、
(b)軽鎖可変領域であって、
(i)配列番号48~58もしくは751~944のうちのいずれか1つのLCDR1、またはその配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、
(ii)配列番号59~67もしくは945~1138のうちのいずれか1つのLCDR2、またはその配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び
(iii)配列番号68~76もしくは1139~1332のうちのいずれか1つのLCDR3、またはその配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント
を含む、前記軽鎖可変領域と
を含む、前記抗体。
[本発明1026]
前記置換のうちの少なくとも1もしくは2個が保存的置換であるか、前記置換のうちの少なくとも50%が保存的置換であるか、または前記置換のすべてが保存的置換である、本発明1025の抗体。
[本発明1027]
前記CDRの各々における前記置換が、以下の式:
(a)HCDR1配列G(F/Y)X34(A/S)X6A(W/Y)X9(S/T)(配列番号1734)であって、X3が、D、T、またはVであり、X4が、A、F、またはYであり、X6が、A、H、K、M、N、またはRであり、X9が、F、M、またはYである、前記HCDR1配列、
(b)HCDR2配列(F/R)I(K/Q)(A/S)X567(A/G)X910T(D/E)(A/S)(P/S)(K/Q)(配列番号1735)であって、X5が、A、N、T、またはVであり、X6が、D、H、Q、S、またはTであり、X7が、D、E、またはNであり、X9が、E、G、H、K、またはQであり、X10が、A、I、Q、またはTである、前記HCDR2配列、及び
(c)HCDR3配列(I/T)(S/T)X3(F/Y)X5CX7(G/S)X910CX121314(D/E)X16SX1819202122232425(F/Y)(F/Y)X2829(D/N)X31(配列番号1736)であって、X3が、A、P、S、またはTであり、X5が、A、C、またはSであり、X7が、H、L、Q、またはRであり、X9が、A、G、K、またはNであり、X10が、A、N、Q、R、またはSであり、X12が、A、L、またはPであり、X13が、A、N、またはSであり、X14が、H、Q、R、またはSであり、X16が、N、Q、またはTであり、X18が、F、M、またはYであり、X19が、C、S、またはVであり、X20が、A、G、またはNであり、X21が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、S、またはYであり、X24が、A、K、N、P、Q、またはSであり、X25が、D、K、Q、R、またはSであり、X28が、F、L、W、またはYであり、X29が、F、M、またはVであり、X31が、I、P、またはVである、前記HCDR3配列、
(d)LCDR1配列X1G(A/S)X4(S/T)(D/N)I(G/Q)(H/S)X1011(T/V)X13(配列番号1737)であって、X1が、H、S、またはTであり、X4が、E、K、P、またはSであり、X10が、A、H、N、S、またはTであり、X11が、A、D、S、T、またはYであり、X13が、A、L、S、T、またはYである、前記LCDR1配列、
(e)LCDR2配列X1(D/N)X34(Q/R)(A/P)X7(配列番号1738)であって、X1が、A、H、K、M、N、またはRであり、X3が、N、S、またはTであり、X4が、A、L、Q、またはYであり、X7が、L、Q、S、またはYである、前記LCDR2配列、及び
(f)LCDR3配列(A/S)(S/T)(F/W)(D/N)X5678(I/V)X10(I/V)(配列番号1739)であって、X5が、D、E、またはNであり、X6が、A、D、Q、またはSであり、X7が、L、N、またはSであり、X8が、L、N、S、またはTであり、X10が、H、K、Q、R、またはWである、前記LCDR3配列
に従うアミノ酸配列を含むHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3を提供する、本発明1025または1026の抗体。
[本発明1028]
配列番号1~8または169~362のうちのいずれか1つの配列を含むHCDR1、配列番号9~19または363~556のうちのいずれか1つの配列を含むHCDR2、配列番号20~47または557~750または1727のうちのいずれか1つの配列を含むHCDR3、配列番号48~58または751~944のうちのいずれか1つの配列を含むLCDR1、配列番号59~67または945~1138のうちのいずれか1つの配列を含むLCDR2、及び配列番号68~76または1139~1332のうちのいずれか1つの配列を含むLCDR3であって、前記HCDR1、前記HCDR2、前記HCDR3、前記LCDR1、前記LCDR2、及び前記LCDR3のうちの少なくとも1つにおいて1または2個のアミノ酸が置換されている、前記HCDR1、前記HCDR2、前記HCDR3、前記LCDR1、前記LCDR2、及び前記LCDR3を含むV領域を含む、本発明1025の抗体。
[本発明1029]
配列番号77~122もしくは1333~1526もしくは1725のうちのいずれか1つのV領域のHCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含むV領域、または配列番号123~168もしくは1527~1720もしくは1726のうちのいずれか1つの、LCDR1、LCDR2、LCDR3を含むV領域を含む、本発明1025の抗体。
[本発明1030]
配列番号77~122及び1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域に記載の、抗体の前記HCDR1、前記HCDR2、及び前記HCDR3を含むV領域、ならびに配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つの、対応する軽鎖の前記LCDR1、前記LCDR2、及び前記LCDR3を含むV領域を含む、本発明1025の抗体。
[本発明1031]
前記CDRの各々における前記置換が、以下の式:
(a)HCDR1配列G(F/Y)X34(A/S)X6A(W/Y)(F/M)(S/T)(配列番号1742)であって、X3が、D、T、またはVであり、X4が、A、F、またはYであり、X6が、A、H、K、M、またはNである、前記HCDR1配列、
(b)HCDR2配列RIK(A/S)X56(D/N)(A/G)X910(D/E)(A/S)(P/S)(K/Q)(配列番号1743)であって、X5が、A、N、T、またはVであり、X6が、D、H、Q、S、またはTであり、X9が、E、G、H、K、またはQであり、X10が、A、I、Q、またはTである、前記HCDR2配列、
(c)HCDR3配列(I/T)(S/T)X3(F/Y)CCX7(G/S)X910CX12(N/S)X14(D/E)TS(F/Y)CX20(G/N)X22232425(F/Y)YX2829(D/N)X31 (配列番号1744)であって、X3が、A、P、またはSであり、X7が、H、L、Q、またはRであり、X9が、A、G、K、またはNであり、X10が、A、N、Q、R、またはSであり、X12が、A、L、またはPであり、X14が、H、Q、R、またはSであり、X20が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、またはYであり、X24が、A、K、N、P、またはQであり、X25が、D、Q、R、またはSであり、X28が、F、L、W、またはYであり、X29が、F、M、またはVであり、X31が、I、PまたはVである、前記HCDR3配列、
(d)LCDR1配列(S/T)G(A/S)X4(S/T)(D/N)IG(H/S)X1011(T/V)X13 (配列番号1745)であって、X4が、K、PまたはSであり、X10が、A、N、S、またはTであり、X11が、A、S、T、またはYであり、X13が、A、S、T、またはYである、前記LCDR1配列、
(e)LCDR2配列X1(D/N)X34(Q/R)(A/P)X7 (配列番号1738)であって、X1が、A、H、K、M、N、またはRであり、X3が、N、S、またはTであり、X4が、A、L、Q、またはYであり、X7が、L、Q、S、またはYである、前記LCDR2配列、及び
(f)LCDR3配列(A/S)(S/T)W(D/N)X5678(I/V)X10(I/V)(配列番号1746)であって、X5が、D、E、またはNであり、X6が、A、D、Q、またはSであり、X7が、L、N、またはSであり、X8が、L、N、SまたはTであり、X10が、H、K、Q、またはRである、前記LCDR3配列
に従うアミノ酸配列を含むHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3を提供する、本発明1025の抗体。
[本発明1032]
表1A及び表2Aにおいて、AIP-192482、AIP-171142、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-102396、AIP-150055、AIP-167084、AIP-185304、AIP-134770、AIP-141887、AIP-196203、AIP-128195、AIP-116579、AIP-192329、AIP-197809、AIP-142489、AIP-167726、AIP-199834、AIP-143179、AIP-195587、AIP-153462、AIP-115363、AIP-151090、AIP-168083、AIP-161082、AIP-114196、AIP-189338、AIP-183190、AIP-110143、AIP-147176、AIP-134312、AIP-128243、AIP-156172、AIP-147389、AIP-124314、AIP-185291、AIP-135247、AIP-113513、AIP-102299、AIP-179097、AIP-109343、AIP-119622、AIP-191735、AIP-157078、AIP-153475、AIP-133650、AIP-190915、AIP-167400、AIP-109729、AIP-151709、AIP-136628、AIP-101601、AIP-146871、AIP-170053、AIP-199483、AIP-162041、AIP-180675、AIP-183133、AIP-191470、AIP-151167、AIP-106633、AIP-102624、AIP-109484、AIP-126080、AIP-161571、AIP-163039、AIP-101235、AIP-182061、AIP-181246、AIP-192216、AIP-171912、AIP-172872、AIP-167833、AIP-190051、AIP-145518、AIP-167533、AIP-112580、AIP-143155、AIP-119664、AIP-190526、AIP-114403、AIP-156760、AIP-103803、AIP-195588、AIP-145722、AIP-178251、AIP-116142、AIP-183350、AIP-127108、AIP-128147、AIP-109510、AIP-104086、AIP-143132、AIP-170105、AIP-169636、AIP-152243、AIP-138776、AIP-103817、AIP-130491、AIP-188155、AIP-167246、AIP-106139、AIP-198351、AIP-159326、AIP-192275、AIP-190761、AIP-166832、AIP-148062、AIP-129145、AIP-111240、AIP-153888、AIP-130915、AIP-109048、AIP-170569、AIP-154873、AIP-159037、AIP-186826、AIP-156514、AIP-157122、AIP-173276、AIP-150485、AIP-166847、AIP-124013、AIP-126285、AIP-168605、AIP-190274、AIP-136060、AIP-180422、AIP-166722、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-112328、AIP-125258、AIP-150199、AIP-125062、AIP-177193、AIP-115388、AIP-107759、AIP-170221、AIP-143369、AIP-189475、AIP-102833、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、もしくはAIP-131972として指定されるHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含むか、または、前記CDRのうちの少なくとも1、2、3、4、5、もしくは6個すべてが表1Bもしくは表2Bに示される対応するCDR配列と比較して1もしくは2個のアミノ酸置換を含むそれらのバリアントを含む、本発明1027または1031の抗体。
[本発明1033]
前記抗体が、表1Aまたは表2Aにおいて、AIP-192482、AIP-171142、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-102396、AIP-150055、AIP-167084、AIP-185304、AIP-134770、AIP-141887、AIP-196203、AIP-128195、AIP-116579、AIP-192329、AIP-197809、AIP-142489、AIP-167726、AIP-199834、AIP-143179、AIP-195587、AIP-153462、AIP-115363、AIP-151090、AIP-168083、AIP-161082、AIP-114196、AIP-189338、AIP-183190、AIP-110143、AIP-147176、AIP-134312、AIP-128243、AIP-156172、AIP-147389、AIP-124314、AIP-185291、AIP-135247、AIP-113513、AIP-102299、AIP-179097、AIP-109343、AIP-119622、AIP-191735、AIP-157078、AIP-153475、AIP-133650、AIP-190915、AIP-167400、AIP-109729、AIP-151709、AIP-136628、AIP-101601、AIP-146871、AIP-170053、AIP-199483、AIP-162041、AIP-180675、AIP-183133、AIP-191470、AIP-151167、AIP-106633、AIP-102624、AIP-109484、AIP-126080、AIP-161571、AIP-163039、AIP-101235、AIP-182061、AIP-181246、AIP-192216、AIP-171912、AIP-172872、AIP-167833、AIP-190051、AIP-145518、AIP-167533、AIP-112580、AIP-143155、AIP-119664、AIP-190526、AIP-114403、AIP-156760、AIP-103803、AIP-195588、AIP-145722、AIP-178251、AIP-116142、AIP-183350、AIP-127108、AIP-128147、AIP-109510、AIP-104086、AIP-143132、AIP-170105、AIP-169636、AIP-152243、AIP-138776、AIP-103817、AIP-130491、AIP-188155、AIP-167246、AIP-106139、AIP-198351、AIP-159326、AIP-192275、AIP-190761、AIP-166832、AIP-148062、AIP-129145、AIP-111240、AIP-153888、AIP-130915、AIP-109048、AIP-170569、AIP-154873、AIP-159037、AIP-186826、AIP-156514、AIP-157122、AIP-173276、AIP-150485、AIP-166847、AIP-124013、AIP-126285、AIP-168605、AIP-190274、AIP-136060、AIP-180422、AIP-166722、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-112328、AIP-125258、AIP-150199、AIP-125062、AIP-177193、AIP-115388、AIP-107759、AIP-170221、AIP-143369、AIP-189475、AIP-102833、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、またはAIP-131972として指定される抗体のHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含む、本発明1027または1031の抗体。
[本発明1034]
腫瘍組織に結合する抗体であって、前記抗体が、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合し、前記抗体が、
(a)重鎖可変領域であって、
(i)配列GF(T/V)(F/Y)(S/A)X6AWM(S/T)(配列番号1728)を有するHCDR1であって、X6が、K、A、またはMである、前記HCDR1、
(ii)RIK(S/A)X56(D/E)(G/A)X910T(D/E)YAA(P/S)VKG(配列番号1729)の配列を有するHCDR2であって、X5が、V、N、A、またはTであり、X6が、T、Q、S、D、またはHであり、X9が、E、H、K、またはGであり、X10が、T、Q、またはIである、前記HCDR2、及び
(iii)(I/T)(S/T)SFCC(H/R)(G/S)X910CPSX14(D/E)TS(F/Y)CX20(G/N)X22232425(F/Y)Y(F/Y)(M/V)(D/N)X31(配列番号1730)の配列を有するHCDR3であって、X9が、A、G、K、またはNであり、X10が、N、Q、R、またはSであり、X14が、H、R、またはSであり、X20が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、またはYであり、X24が、A、K、N、P、またはSであり、X25が、D、Q、R、またはSであり、X19が、DまたはNであり、X31が、I、P、またはVである、前記HCDR3
を含む、前記重鎖可変領域と、
(b)軽鎖可変領域であって、
(i)SG(S/A)X4(S/T)(N/D)IGSSX11VX13(配列番号1731)の配列を有するLCDR1であって、X4が、S、P、またはKであり、X11が、S、Y、またはTであり、X13が、S、Y、またはTである、前記LCDR1、
(ii)(K/M)(N/D)X34R(P/A)X7(配列番号1732)の配列を有するLCDR2であって、X3が、S、N、またはTであり、X4が、L、Q、またはAであり、X5が、PまたはAであり、X7が、Q、S、Y、またはLである、前記LCDR2、及び
(iii)(S/A)(T/S)W(D/N)X56(L/N)X8(V/I)R(V/I)(配列番号1733)の配列を有するLCDR3であって、X5が、E、D、またはNであり、X6が、S、A、またはQであり、X8が、N、S、またはTである、前記LCDR3
を含む、前記軽鎖可変領域と
を含む、前記抗体。
[本発明1035]
前記HCDR1配列において、位置3がTであり、位置4がFであり、位置5がSであり、位置6がKであり、かつ/または位置10がSである、本発明1034の抗体。
[本発明1036]
前記HCDR1配列が、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含む、本発明1034の抗体。
[本発明1037]
前記HCDR1が、GFTFSAAWMS(配列番号4)、GFVFSKAWMS(配列番号7)、GFTFAKAWMS(配列番号6)、GFTYSKAWMS(配列番号5)、GFTFSMAWMS(配列番号3)、GFTYSAAWMS(配列番号2)、またはGFTFSKAWMT(配列番号8)のうちのいずれか1つの配列を含む、本発明1034の抗体。
[本発明1038]
前記HCDR2配列において、位置4がSであり、位置5がVであり、位置6がTであり、位置7がDであり、位置8がGであり、位置9がEであり、位置10がTであり、位置12がDであり、かつ/または位置16がPである、本発明1034~1037のいずれかの抗体。
[本発明1039]
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含む、本発明1034~1037のいずれかの抗体。
[本発明1040]
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGEQTDYAAPVKG(配列番号18)、RIKAADDGKQTDYAAPVKG(配列番号19)、RIKSVTDGETTEYAASVKG(配列番号504)、RIKAVHDGETTDYAAPVKG(配列番号10)、RIKSNTDAETTDYAAPVKG(配列番号11)、RIKSVQDGETTDYAAPVKG(配列番号12)、RIKSVTDGHTTDYAAPVKG(配列番号13)、RIKSVTDGGITDYAAPVKG(配列番号14)、RIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)、RIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)、またはRIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)を含む、本発明1034~1037のいずれかの抗体。
[本発明1041]
前記HCDR3配列において、位置1がTであり、位置2がSであり、位置7がRであり、位置8がGであり、位置9がGであり、位置10がSであり、位置14がHであり、位置15がDであり、位置18がYであり、位置20がGであり、かつ/または位置21がGである、本発明1034~1040のいずれかの抗体。
[本発明1042]
前記HCDR3が、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGYYKSYYYMDV(配列番号33)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)、またはTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSFYYMDV(配列番号28)の配列を含む、本発明1034~1040のいずれかの抗体。
[本発明1043]
前記HCDR3が、配列:
TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)、ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYFMDV(配列番号29)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)、ISSFCCHSNNCPSSDTSYCNGYYKQYYFMDV(配列番号26)、ISSFCCRGKQCPSSDTSYCGGQFKSYYFMDV(配列番号25)、ISSFCCRGKQCPSSDTSYCNGYYADYYFMDV(配列番号24)、TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)、TTSFCCRGASCPSSDTSYCAGSYKSYYFVNI(配列番号22)、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQDSRYYYMDV(配列番号42)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGSYKSYYYMDV(配列番号41)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号37)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDSRYYYMDV(配列番号40)、TTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号39)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)、TTSFCCRGGRCPSRDTSFCGGQYNSYYYMDV(配列番号38)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYNRYYYMDV(配列番号36)、及びTTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号35)を含む、本発明1034~1040のいずれかの抗体。
[本発明1044]
前記LCDR1配列において、位置3がSであり、位置4がSであり、位置5がSであり、位置6がNであり、位置11がSであり、かつ/または位置13がSである、本発明1034~1043のいずれかの抗体。
[本発明1045]
前記LCDR1が、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含む、本発明1034~1043のいずれかの抗体。
[本発明1046]
前記LCDR1が、配列SGSKSNIGSSYVS(配列番号50)、SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)、SGSKSNIGSSSVY(配列番号55)、SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)、SGASSNIGSSSVS(配列番号52)、SGSSTNIGSSTVS(配列番号53)、SGSKSNIGSSSVS(配列番号51)、またはSGSSTNIGSSSVT(配列番号49)を含む、本発明1034~1043のいずれかの抗体。
[本発明1047]
前記LCDR2配列において、位置1がKであり、位置2がNであり、位置3がNであり、位置4がQであり、位置6がPであり、かつ/または位置7がSである、本発明1034~1046のいずれかの抗体。
[本発明1048]
前記LCDR2配列が、配列KNNQRPS(配列番号59)を含む、本発明1034~1046のいずれかの抗体。
[本発明1049]
前記LCDR2が、配列KNNQRPY(配列番号66)、KDNQRPS(配列番号62)、KNTQRPS(配列番号65)、KNNARPY(配列番号64)、KNTQRAS(配列番号63)、MNNQRPY(配列番号61)、またはKDNQRPL(配列番号60)を含む、本発明1034~1046のいずれかの抗体。
[本発明1050]
前記LCDR3配列において、位置1がSであり、位置2がTであり、位置4がDであり、位置5がDであり、位置6がSであり、位置7がLであり、位置8がSであり、位置9がVであり、かつ/または位置11がVである、本発明1034~1049のいずれかの抗体。
[本発明1051]
前記LCDR3配列が、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含む、本発明1034~1049のいずれかの抗体。
[本発明1052]
前記LCDR3配列が、配列STWDDALSVRV(配列番号72)、SSWDDSNSVRI(配列番号71)、ATWDDQLSVRV(配列番号69)、ATWDDSLTVRI(配列番号76)、ATWDNSLSIRV(配列番号70)、またはSTWDESLSVRV(配列番号73)を含む、本発明1034~1049のいずれかの抗体。
[本発明1053]
前記HCDR1が、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)、GFTFSAAWMS(配列番号4)、またはGFTFSKAWMT(配列番号8)を有し、
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)またはRIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)を有し、
前記HCDR3が、配列TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)、TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)、ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)、またはTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)を有し、
前記LCDR1が、配列SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)、SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)、またはSGSKSNIGSSSVS(配列番号51)を有し、
前記LCDR2が、配列KNNQRPS(配列番号59)またはKDNQRPS(配列番号62)を有し、
前記LCDR3が、配列STWDDALSVRV(配列番号72)、STWDDSLSVRV(配列番号68)、SSWDDSNSVRI(配列番号71)、またはATWDNSLSIRV(配列番号70)を有する、
本発明1034の抗体。
[本発明1054]
前記重鎖可変領域が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)、及びEVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)のうちのいずれか1つの配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、本発明1053の抗体。
[本発明1055]
前記軽鎖可変領域が、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)、及びQSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)のうちのいずれか1つの配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、本発明1053または1054の抗体。
[本発明1056]
前記HCDR1が、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を有し、
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有し、
前記HCDR3が、配列TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)を有し、
前記LCDR1が、配列SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)を有し、
前記LCDR2が、配列KNNQRPS(配列番号59)の配列を有し、
前記LCDR3が、配列STWDDALSVRV(配列番号72)を有する、
本発明1053の抗体。
[本発明1057]
前記重鎖可変領域が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、
前記軽鎖可変領域が、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、
本発明1056の抗体。
[本発明1058]
前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)を含み、前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)を含む、本発明1056の抗体。
[本発明1059]
前記HCDR1が、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を有し、
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有し、
前記HCDR3が、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)の配列を有し、
前記LCDR1が、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を有し、
前記LCDR2が、配列KNNQRPS(配列番号59)を有し、
前記LCDR3が、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を有する、
本発明1053の抗体。
[本発明1060]
前記重鎖可変領域が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、
前記軽鎖可変領域が、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、
本発明1059の抗体。
[本発明1061]
前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)を含み、前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、本発明1059の抗体。
[本発明1062]
前記HCDR1が、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を有し、
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有し、
前記HCDR3が、配列TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)を有し、
前記LCDR1が、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を有し、
前記LCDR2が、配列KNNQRPS(配列番号59)を有し、
前記LCDR3が、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を有する、
本発明1053の抗体。
[本発明1063]
前記重鎖可変領域が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、
前記軽鎖可変領域が、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、
本発明1062の抗体。
[本発明1064]
前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)を含み、前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、本発明1062の抗体。
[本発明1065]
前記HCDR1が、配列GFTFSAAWMS(配列番号4)を有し、
前記HCDR2が、配列RIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)を有し、
前記HCDR3が、配列ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)を有し、
前記LCDR1が、配列SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)を有し、
前記LCDR2が、配列KDNQRPS(配列番号62)を有し、
前記LCDR3が、配列SSWDDSNSVRI(配列番号71)を有する、
本発明1053の抗体。
[本発明1066]
前記重鎖可変領域が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、
前記軽鎖可変領域が、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、
本発明1065の抗体。
[本発明1067]
前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)を含み、前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)を含む、本発明1065の抗体。
[本発明1068]
前記HCDR1が、配列GFTFSAAWMS(配列番号4)を有し、
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有し、
前記HCDR3が、配列ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)を有し、
前記LCDR1が、配列SGSKSNIGSSSVS(配列番号51)を有し、
前記LCDR2が、配列KDNQRPS(配列番号62)を有し、
前記LCDR3が、配列ATWDNSLSIRV(配列番号70)を有する、
本発明1053の抗体。
[本発明1069]
前記重鎖可変領域が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、
前記軽鎖可変領域が、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、
本発明1068の抗体。
[本発明1070]
前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)を含み、前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)を含む、本発明1068の抗体。
[本発明1071]
前記HCDR1が、配列GFTFSKAWMT(配列番号8)を有し、
前記HCDR2が、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を有し、
前記HCDR3が、配列TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)を有し、
前記LCDR1が、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を有し、
前記LCDR2が、配列KNNQRPS(配列番号59)を有し、
前記LCDR3が、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を有する、
本発明1053の抗体。
[本発明1072]
前記重鎖可変領域が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有し、
前記軽鎖可変領域が、QSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)の配列と少なくとも90%の同一性を有する配列を有する、
本発明1071の抗体。
[本発明1073]
前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)を含み、前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)を含む配列を有する、本発明1071の抗体。
[本発明1074]
重鎖可変領域であって、
配列GFTFSKAWMT(配列番号8)もしくはGFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、またはその配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR1、
配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、またはその配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR2、及び
配列TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むHCDR3、またはその配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているバリアントHCDR3
を含む、前記重鎖可変領域と、
軽鎖可変領域であって、
配列SGSSDNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、またはその配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されるバリアントLCDR1、
配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、またはその配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR2、及び
配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3、またはその配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているバリアントLCDR3
を含む、前記軽鎖可変領域と
を含む、本発明1034の抗体。
[本発明1075]
前記抗体が、
配列番号77~122もしくは1333~1526もしくは1725のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR1配列に対して1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR1、配列番号77~122もしくは1333~1526もしくは1725のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR2配列に対して1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR2、配列番号77~122もしくは1333~1526もしくは1725のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR3配列に対して1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR3、及び/または、配列番号77~122もしくは1333~1526もしくは1725のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR4配列に対して1もしくは2箇所に置換を含むFR4、を含む重鎖可変領域と、
配列番号123~168もしくは1527~1720もしくは1726のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR1配列に対して1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR1、配列番号123~168もしくは1527~1720もしくは1726のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR2配列に対して1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR2、配列番号123~168もしくは1527~1720もしくは1726のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR3配列に対して1、2、もしくは3箇所に置換を含むFR3、及び/または、配列番号123~168もしくは1527~1720もしくは1726のうちのいずれか1つのV領域の対応するFR4配列に対して1もしくは2箇所に置換を含むFR4、を含む軽鎖可変領域と
を含む、本発明1018~1074のいずれかの抗体。
[本発明1076]
前記抗体が、配列番号77~122または13333~1526または1725のうちのいずれか1つと少なくとも95%の同一性を有するVと、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つと少なくとも95%の同一性を有する対応するVと、を含む、本発明1018~1074のいずれかの抗体。
[本発明1077]
前記抗体が、配列番号1721の重鎖定常領域配列と、配列番号1722の軽鎖定常領域配列と、を含む、本発明1018~1077のいずれかの抗体。
[本発明1078]
免疫応答を誘導する方法であって、本発明1001~1077のいずれかの抗体を投与することを含む、前記方法。
[本発明1079]
前記免疫応答が、ADCP応答を含む、本発明1078の方法。
[本発明1080]
前記抗体が、静脈内投与される、本発明1078または1079の方法。
[本発明1081]
細胞外RNA-タンパク質複合体を含む腫瘍を有するがん患者を治療する方法であって、本発明1034~1077のいずれかの抗体を、前記患者に投与することを含む、前記方法。
[本発明1082]
前記がんが、肺癌、乳癌、大腸癌、食道癌、胃癌、腎臓癌、卵巣癌、黒色腫、子宮癌、肝臓癌、膀胱癌、または精巣癌である、本発明1081の方法。
[本発明1083]
前記がんが、非小細胞肺癌、三重陰性乳癌、大腸癌、卵巣癌、または黒色腫である、本発明1082の方法。
[本発明1084]
前記抗体が、静脈内投与される、本発明1081、1082、または1083の方法。
[本発明1085]
化学療法及び/または放射線療法を施すことをさらに含む、本発明1081~1084のいずれかの方法。
[本発明1086]
免疫チェックポイント抗原を標的とする薬剤を投与することをさらに含む、本発明1081~1085のいずれかの方法。
[本発明1087]
前記薬剤が、モノクローナル抗体である、本発明1086の方法。
[本発明1088]
前記モノクローナル抗体が、PD-1リガンドのPD-1への結合をブロックする、本発明1087の方法。
[本発明1089]
前記モノクローナル抗体が、抗PD-1抗体である、本発明1088の方法。
[本発明1090]
細胞外RNA-タンパク質複合体を含む腫瘍を有する患者を同定する方法であって、前記患者由来の腫瘍試料を、本発明1001~1077のいずれかの抗体と接触させることを含む、前記方法。
[本発明1091]
本発明1025~1077のいずれかの抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
[本発明1092]
本発明1025~1077のいずれかの抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
[本発明1093]
本発明1025~1077のいずれかの抗体の前記V領域及び前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
[本発明1094]
本発明1025~1077のいずれかのVまたはVのCDR3をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
[本発明1095]
本発明1091~1094のいずれかの発現ベクターを含む、宿主細胞。
[本発明1096]
本発明1025~1077のいずれかの抗腫瘍抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
[本発明1097]
本発明1025~1077のいずれかの抗腫瘍抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
[本発明1098]
本発明1025~1077のいずれかの抗腫瘍抗体の前記V領域及び前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
[本発明1099]
CHO細胞である、本発明1095~1098のいずれかの宿主細胞。
[本発明1100]
前記CHO細胞が、CHO K-1細胞である、本発明1099の宿主細胞。
[本発明1101]
抗体を製造する方法であって、前記重鎖をコードするポリヌクレオチド及び前記軽鎖をコードするポリヌクレオチドが発現される条件下で、本発明1093または1098の宿主細胞を培養することを含む、前記方法。
[本発明1102]
抗腫瘍活性を有する抗体を同定する方法であって、本発明1025~1077のいずれかの抗体のVもしくはVのCDR3をコードするポリヌクレオチドを変異誘発することと、前記変異誘発されたVもしくはVのCDR3を含む抗体を発現させることと、インビボで腫瘍増殖を阻害するかまたは腫瘍サイズ、腫瘍浸潤、及び/もしくは転移を減少させる抗体を選択することと、を含む、前記方法。
[本発明1103]
インビボで免疫応答を誘導する方法のための、本発明1001~1077のいずれかの抗体の使用。
[本発明1104]
インビボで免疫応答を誘導する方法のための、本発明1025~1077のいずれかの抗体の使用。
[本発明1105]
がんを治療する方法のための、本発明1001~1077のいずれかの抗体の使用。
[本発明1106]
がんを治療する方法のための、本発明1025~1077のいずれかの抗体の使用。
[本発明1107]
細胞外RNA-タンパク質複合体を含む腫瘍を有する対象においてがんを治療する方法のための、本発明1034~1077のいずれかの抗体の使用。
[本発明1108]
前記がんが、肺癌、乳癌、大腸癌、食道癌、胃癌、腎臓癌、卵巣癌、黒色腫、子宮癌、肝臓癌、膀胱癌、または精巣癌である、本発明1105、1106、1107の使用。
[本発明1109]
前記がんが、非小細胞肺癌、三重陰性乳癌、大腸癌、卵巣癌、または黒色腫である、本発明1108の使用。
[本発明1110]
前記抗体が、静脈内に投与される、本発明1105~1108のいずれかの使用。
[本発明1111]
前記方法が、化学療法及び/または放射線療法を施すことをさらに含む、本発明1105~1110のいずれかの使用。
[本発明1112]
前記方法が、免疫チェックポイント抗原を標的とする薬剤をさらに含む、本発明1105~1111のいずれかの使用。
[本発明1113]
前記薬剤が、モノクローナル抗体である、本発明1112の使用。
[本発明1114]
前記モノクローナル抗体が、PD-1リガンドのPD-1への結合をブロックする、本発明1113の使用。
[本発明1115]
前記モノクローナル抗体が、抗PD-1抗体である、本発明1114の使用。
[本発明1116]
配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)、及びV配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、ポリペプチド。
[本発明1117]
配列番号1723の重鎖配列、及び配列番号1724の軽鎖領域配列を含む、ポリペプチド。
抗PD-1抗体と組み合わせたスクリーニングで同定された抗体(4つの抗体、各々、肺癌患者から得られた)及びリード抗体のプールのスクリーニングからの腫瘍増殖のデータを示す。パネルA:PBS対照、パネルB:抗PD1抗体のみ、パネルC:抗PD1+抗体プール、パネルE:抗PD1抗体+AIP-192482(リード抗体)の組み合わせ。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖に対するリード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖に対するリード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける生存率に対する初期リード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける生存率に対する初期リード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおけるリード抗体及びバリアントについての腫瘍体積データの正規化曲線上面積(normalized area above the curve、NAAC)を提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおけるリード抗体及びバリアントについての腫瘍体積データの正規化曲線上面積(normalized area above the curve、NAAC)を提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖に対するリード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖に対するリード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖に対するリード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおける腫瘍増殖に対するリード抗体及びバリアントの投与の効果を示すデータを提供する。 EMT6腫瘍モデルにおける生存データを示し、リード抗体及びバリアントを対照と比較する。 図6A-1の続きを示す。 EMT6腫瘍モデルにおける生存データを示し、リード抗体及びバリアントを対照と比較する。 図6B-1の続きを示す。 EMT6マウス腫瘍モデルにおいて試験された初期リード抗体及びバリアントについて得られたNAACデータを提供する。 EMT6マウス腫瘍モデルにおいて試験された初期リード抗体及びバリアントについて得られたNAACデータを提供する。 EMT-6マウス腫瘍モデルにおいて、個々のバリアントを単剤療法として、及び抗PD-1抗体と組み合わせて試験するための研究の設計を要約する。 図8に要約された研究において試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの単剤療法の生存データを示す。 図8に要約された研究において試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの単剤療法の腫瘍増殖データを提供する。 図8に要約された研究において試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの単剤療法の生存確率データを提供する。 図8に要約された研究において試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの単剤療法の腫瘍体積データを提供する。 図8に要約された研究において抗PD1抗体と組み合わせて試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの併用療法の腫瘍増殖データを提供する。 図8に要約された研究において抗PD1抗体と組み合わせて試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの併用療法の生存確率データを提供する。 図8に要約された研究において抗PD1抗体と組み合わせて試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの併用療法の腫瘍体積データを提供する。 CT26マウスモデルにおける初期リード抗体及び2つのバリアントの腫瘍増殖データを提供する。 CT26マウスモデルで試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの生存確率データを提供する。 CT26マウスモデルで試験された初期リード抗体及び2つのバリアントの腫瘍体積データを提供する。 腫瘍及び腫瘍隣接組織(TAT)へのバリアント抗体AIP-157397及びAIP-165430の結合を示す免疫組織化学結合データを提供する。 腫瘍組織へのバリアントAIP-106042の結合を示す免疫組織化学結合データを提供する。 腫瘍組織へのバリアントAIP-100196の結合を示す免疫組織化学結合データを提供する。 抗体AIP-192482、AIP-160470、AIP-133645、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-187893、AIP-142079、AIP-184490、及びAIP-104188を含む、リード候補及びバリアントの、エストロゲン受容体陽性乳腺腫瘍組織及びTATへの結合を示す免疫組織化学結合データを提供する。 初期リード抗体の、ヒト肺A549細胞、ヒト膵臓BXPC3細胞、ヒト結腸癌Colo-205細胞、またはヒト前立腺癌PC3細胞から生じる腫瘍、ならびにマウス結腸、乳房、肺、または腎臓の癌細胞株から生じる腫瘍由来の組織への結合を示す免疫組織化学データを提供する。 バリアントAIP-133645の、ヒト肺A549細胞、ヒト膵臓BXPC3細胞、ヒト結腸癌Colo-205細胞、またはヒト前立腺癌PC3細胞から生じる腫瘍、ならびにマウス結腸、乳房、肺、または腎臓の癌細胞株から生じる腫瘍由来の組織への結合を示す免疫組織化学データを提供する。 バリアントAIP-160470の、ヒト肺A549細胞、ヒト膵臓BXPC3細胞、ヒト結腸癌Colo-205細胞、またはヒト前立腺癌PC3細胞から生じる腫瘍、ならびにマウス結腸、乳房、肺、または腎臓の癌細胞株から生じる腫瘍由来の組織への結合を示す免疫組織化学データを提供する。 抗PD-1抗体、初期リード抗体、または2つの抗体の組み合わせによる治療後の、腫瘍における免疫細胞の浸潤を示す免疫組織化学データを提供する。 インビボ抗腫瘍活性との相関を決定するためのエクスビボ結合アッセイの概略図を提供する。 インビボデータと相関して、EMT6エクスビボ細胞へのバリアントの結合を示すデータを提供する。 バリアントのエクスビボEMT6細胞への結合が、インビボ結果と相関することを示すデータを提供する。C=対照の抗EGFR抗体 AIP-192482で免疫沈降したタンパク質のSDS-PAGE分析の結果を提供する。 RNaseまたはDNaseで処理されたAIP-192482標的複合体の免疫沈降物の分析結果を提供する。 AIP-192482コンジュゲートM-280ビーズでインキュベートした後、架橋した未標識のA549細胞由来の溶解物を使用した免疫沈降のSDS-PAGE分析の結果を示す。 RNase処理有無でのAIP-192482-抗原複合体のゲル濾過精製、ならびにカラム画分のSDS-PAGE分析を示す。 A~Dは、AIP-192482シグナルとストレス顆粒のマーカーであるG3BPに対するシグナルとの間の広範な重複を示す免疫蛍光撮像実験の結果を示す。結果はまた、これらのG3BP陽性構造のサブセット(すなわち、非常に小さいパンクタ)は、AIP-192482免疫反応性に関して陽性ではないが、構造がより異種であるより大きな凝集体において、反応性が共局在することを示す。 A~Dは、EMT6腫瘍組織で行われた共焦点イメージングの実験の結果を示す。直径約4μmの球形物体(点線の長方形で示される)が蛍光染色で強調されており、その表面上でAIP-160470と反応し、その管腔内でCD9反応性を有することを示す。CD9は、テトラスパンニンであり、細胞外小胞のマーカーであることが報告されている。図33B~Dは、図33Aの画像内の特定の領域のより高倍率の画像であり、いずれの場合も、三次元再構築の1つの平面から撮影されている。共焦点イメージングの三次元再構築結果は、AIP-160470反応性が本質的に明らかに細胞外性であることを示し、図35に示されるフローサイトメトリーデータの結論を支持する。 ヒト乳癌組織に対して行われた共焦点イメージング実験の結果を示す。画像は、AIP-160470からのシグナルに埋め込まれた直径約1μmのCD9陽性小胞の集団を示す(白色の矢印で示される)。図34B~Dは、図34Aの画像内の特定の領域のより高倍率の画像であり、いずれの場合も、三次元再構築の1つの平面から撮影されている。共焦点イメージングの三次元再構築の結果は、CD9陽性小胞の集団が近傍細胞の外部であることを示す。 A及びBは、インビトロで16時間、化学療法剤ドキソルビシン(「DOX」)で処理した後、AIP-192482及びAIP-160470で染色したEMT6細胞のフローサイトメトリー分析を示す。フローサイトメトリーによって検出されたEMT6細胞への抗体の結合に対応する幾何平均蛍光を、EMT6細胞を処理するために使用されるDOXの濃度に対してプロットした。結果は、EMT6細胞におけるAIP-192482及びAIP-160470について、DOXが経時的に表面反応性を誘導したことを示す。これらのデータは、図33のデータを補完し、インビボでのEMT6細胞の増殖もまた、そのような表面反応性を誘導することを示す。 EMT6細胞におけるドキソルビシン(「DOX」)及びシスプラチン(「CDDP」)の両方によって誘導される表面反応性を示す。 AIP-160470のカバット(Kabat)、コチア(Chothia)、及びIMGTの番号付け。 図37A-1の続きを示す。 AIP-160470のカバット(Kabat)、コチア(Chothia)、及びIMGTの番号付け。 図37B-1の続きを示す。 RNAがAIP-192482によって優先的に免疫沈降されることを示すデータを提供する。免疫沈降A549溶解物からの免疫沈降を行って、結合したRNAをTrizolで抽出し、Zymo Quick-RNA Miniprepキットを使用して精製した。精製後、QubitによってRNAを定量し、RNA6000ピコアッセイを用いてAgilent Bioanalyser2100で分析した。次いで、Illumina用のNEBNext Ultra II RNAライブラリ調製キットを使用して、配列決定のためにRNAを処理し、V3 600サイクル(2×300PE)配列決定キットを用いてIllumina MiSeq上で配列決定した。AfterQCを使用してリード(read)を品質に関してフィルタリングし、次いでTopHatを使用してヒトゲノムhg19に整列させ、マッピングされたリードをfeatureCountsを使用して定量した。 RNAがAIP-192482によって優先的に免疫沈降されることを示すデータを提供する。免疫沈降A549溶解物からの免疫沈降を行って、結合したRNAをTrizolで抽出し、Zymo Quick-RNA Miniprepキットを使用して精製した。精製後、QubitによってRNAを定量し、RNA6000ピコアッセイを用いてAgilent Bioanalyser2100で分析した。次いで、Illumina用のNEBNext Ultra II RNAライブラリ調製キットを使用して、配列決定のためにRNAを処理し、V3 600サイクル(2×300PE)配列決定キットを用いてIllumina MiSeq上で配列決定した。AfterQCを使用してリード(read)を品質に関してフィルタリングし、次いでTopHatを使用してヒトゲノムhg19に整列させ、マッピングされたリードをfeatureCountsを使用して定量した。 インビトロFcRエンゲージメントアッセイにおけるバリアント活性を示す。 図39-1の続きを示す。 図39-2の続きを示す。 図39-3の続きを示す。 図39-4の続きを示す。 図39-5の続きを示す。 第1ラウンドのインビボ研究のために選択されたバリアントを列挙する。 第2ラウンドのインビボ研究のために選択されたバリアントを列挙する。 インビボ活性のための研究設計を示す。 第2ラウンドにおける無作為化におけるコホートにわたる腫瘍体積を示すデータを提供する。 中央値の生存率によってランク付けされた、第2ラウンドにおけるバリアントの抗腫瘍効果を示す。 NAAC効果量によってランク付けされた、第2ラウンドで最も効果的な応答を示した抗体を示す。 NGRM効果量によってランク付けされた、第2ラウンドで最も効果的な応答を示した抗体を示す。 第2ラウンドで最も完全奏功を誘発した抗体を示す。 第2ラウンドで最も持続的な応答を示した抗体を示す。 図49に、抗腫瘍効果を有するバリアント抗体のサブセットのインビボ活性の要約を提供する。 インビトロFc-γ受容体アッセイ結果とインビボ活性との関係を示す。 インビトロFc-γ受容体アッセイ結果とインビボ活性との関係を示す。 発見中に生成されたATRC-101配列のバリアント及びATRC-101の薬理学的評価のための概略図を示す。数値は、Fvバリアントを示すAIP番号である。192482=AIP-192482、133645=AIP-133645、160470=AIP-160470。Fc=結晶化可能な断片、Fv=可変断片、hIgG1=ヒト免疫グロブリンG(サブクラス1)、IRC(商標)=Immune Repertoire Capture(登録商標)、mIgG1=マウス免疫グロブリンG(サブクラス1)、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mIgG3=マウス免疫グロブリンG(サブクラス3)、N297A=位置297におけるアラニン修飾に対するアスパラギン。ATRC-101は、AIP-160470のV及びV領域を含む完全ヒト免疫グロブリンG、サブクラス1(IgG1)/ラムダ抗体である。 免疫蛍光による大腸癌、三重陰性乳癌、及び黒色腫上のATRC-101結合の発現分析の結果を示す。CRC、TNBC、及び黒色腫由来のホルマリン固定パラフィン包埋の腫瘍及び隣接腫瘍組織へのキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aの結合。標準的な免疫蛍光法によって、10μg/mLのAlexa Fluor647コンジュゲートAIP-160470 mIgG2aを使用して結合を評価し、Alexa Fluor647コンジュゲートmIgG2aアイソタイプ対照のモノクローナル抗体と比較した。組織をHoechstで対比染色した。AIP-160470-mIgG2aまたはアイソタイプによって検出されたシグナルは、赤色/マゼンタ色で示され、核は青色で標識されている。隣接する切片からのH&E染色を示す。H&E染色における赤線は、50μmを示す。Adeno=腺癌、CRC=大腸癌、H&E=ヘマトキシリン及びエオシン、μg=マイクログラム、mIgG2a=マウス免疫グロビンG(サブクラス2a)、TNBC=三重陰性乳癌 キメラ抗体AIP-160470-mIgG2aのヒトER+乳癌組織への結合に対するヌクレアーゼ前処理の効果を示す。新鮮な凍結組織切片を、示された濃度のRNase A、RNase H、またはDNase Iで前処理した。切片を洗浄し、パラホルムアルデヒド中で固定し、ブロックした後、20μg/mLのAlexa Fluor647コンジュゲートAIP-160470-mIgG2a及び抗E-カドヘリン、またはAlexa Fluor647コンジュゲートmIgG2a及びウサギIgGアイソタイプ対照抗体で染色した。スライドを、Alexa Fluor488コンジュゲート二次抗ウサギ抗体とインキュベートした。切片を洗浄し、Hoechstで対比染色した。AIP-160470-mIgG2aは、赤色/マゼンタ色で示され、E-カドヘリンは、緑色で示され、黄色は、AIP-160470-mIgG2aとE-カドヘリンの共局在を示す。核は、青色で標識されている。Axio Scan自動スライドスキャナー(Zeiss)を使用して画像を取得した。隣接する切片からのH&E染色を示す。黒色の挿入図の白線は、50μmを示す。DNase=デオキシリボヌクレアーゼ、E-Cad=E-カドヘリン、ER+=エストロゲン受容体陽性、H&E=ヘマトキシリン及びエオシン、μg=マイクログラム、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mL=ミリリットル、NSCLC=非小細胞肺癌、RNase=リボヌクレアーゼ、U=単位(複数可)。 A及びBは、免疫蛍光による正常組織及びヒト癌腫におけるキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aの免疫反応性及びヒトPABPC-1の分布を示す。画像は、2つのFFPE TMA(FDA808J-1及びFDA808J-2、図39B)の研究からの、ヒト小腸腺癌(図39A)及び代表的な正常な大脳、小脳、心臓、肺、肝臓、腎臓、膵臓、胃、及び脾臓の組織におけるキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aの免疫反応性の分布を示す。1.25μg/mLのAlexa Fluor647コンジュゲートキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aを使用して、切片を染色した。隣接する切片を、Alexa Fluor647またはH&E染色にコンジュゲートした抗ウサギ二次抗体で検出したウサギポリクローナルPABPC-1抗体とインキュベートした。FFPE=ホルマリン固定パラフィン包埋、H&E=ヘマトキシリン及びエオシン、μg=マイクログラム、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mL=ミリリットル、PABPC-1=細胞質ポリアデニル酸結合タンパク質1、RabIgG=ウサギ免疫グロブリンG、TMA=組織マイクロアレイ。 A及びBは、EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおける、ATRC-101及びキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aによる用量依存的な腫瘍増殖阻害を示す。BALB/cマウスに、1×10のEMT6腫瘍細胞を接種し、群MTVがそれぞれ112~113mm及び108mmに達したとき、示された用量のキメラ抗体MFC-042(AIP-160470-mIgG2a、図41A)またはATRC-101(図41B)を週2回、IP投与した。各処置群(15匹/群)の平均値及び標準誤差を示す。IP=腹腔内、kg=キログラム、mg=ミリグラム、MTV=平均腫瘍体積。 EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおける親抗体AIP-192482のキメラバリアントの抗腫瘍効果に対するFc-エフェクター機能の影響を示す。BALB/cマウスに、1×10のEMT6腫瘍細胞を接種し、6日後に処置群に無作為化した。EMT6接種の7日後に、群平均腫瘍体積が94.5mmのマウスに、10mg/kgの親抗体AIP-192482キメラバリアントであるAIP-192482-mIgG2a、AIP-192482-mIgG1、AIP-192482-mIgG3、もしくはAIP-192482-mIgG2a-N297A、または対照(リン酸緩衝生理食塩水)を週2回IP投与した。各処置群からの個々の動物の腫瘍体積が示されている(1群あたり20匹)。CRを有する処置群について、1群あたりの全動物に対するCRを有するマウスの比率を示している。CR=完全な腫瘍退縮、IP=腹腔内(に)、kg=キログラム、mg=ミリグラム、mIgG1=マウス免疫グロブリンG(サブクラス1)、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mIgG3=マウス免疫グロブリンG(サブクラス3)、N297A=位置297でのアスパラギンからアラニンへの修飾、mm=ミリメートル。 EMT6-BALBc同系マウス腫瘍モデル、研究EFF-016におけるキメラ親抗体AIP-192482及び配列最適化バリアントの抗腫瘍効果を示す。研究EFF-016では、BALB/cマウスに1×10個のEMT6腫瘍細胞を接種し、6日後、処置群(1群20匹)に無作為化した。EMT6接種の7日後(群平均腫瘍体積が156mm)から、マウスに、示された用量のキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2a、キメラ配列最適化バリアントAIP-133645-mIgG2a、キメラ抗体AIP-160470-mIgG2a、またはビヒクル(DPBS)を用いて、週2回IP投与した。53日目までの各処置群における個々のマウスの腫瘍体積を示す。DPBS=ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水、IP=腹腔内、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mm=ミリメートル。 EMT6-BALBc同系マウス腫瘍モデル、研究EFF-020における、キメラ親抗体AIP-192482-mIgG2a及び配列最適化されたバリアントの抗腫瘍効果を示す。研究EFF-020において、BALB/cマウスに1×10EMT6腫瘍細胞を接種し、群平均腫瘍体積が約10mmであった6日後に、処置群(1群あたり20匹)に無作為化した。7日目から、マウスに、5mg/kgもしくは10mg/kgのキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2a、2.5mg/kgもしくは5mg/kgのキメラ抗体AIP-160470-mIgG2a、またはビヒクル(DPBS)を、週2回、合計7回、IP投与した。また、7日目から、マウスに、10mg/kgの抗マウスPD-1モノクローナル抗体またはビヒクル(DPBS)を、週2回、合計4回、IP投与した。単剤療法群では、ビヒクルは試験物品なしの投薬スケジュールに従って投与された。図44Aは、35日目までのAIP-192482-mIgG2a処置群及び対照群における個々のマウスの腫瘍体積を示す。図44Bは、35日目までのAIP-160470-mIgG2a処置群及び対照群における個々のマウスの腫瘍体積を示す。CR=完全な腫瘍退縮、DPBS=ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水、IP=腹腔内、kg=キログラム、mg=ミリグラム、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mm=ミリメートル、PD-1=プログラムされた細胞死受容体1。 EMT6-BALBc同系マウス腫瘍モデル、研究EFF-020における、キメラ親抗体AIP-192482-mIgG2a及び配列最適化されたバリアントの抗腫瘍効果を示す。研究EFF-020において、BALB/cマウスに1×10EMT6腫瘍細胞を接種し、群平均腫瘍体積が約10mmであった6日後に、処置群(1群あたり20匹)に無作為化した。7日目から、マウスに、5mg/kgもしくは10mg/kgのキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2a、2.5mg/kgもしくは5mg/kgのキメラ抗体AIP-160470-mIgG2a、またはビヒクル(DPBS)を、週2回、合計7回、IP投与した。また、7日目から、マウスに、10mg/kgの抗マウスPD-1モノクローナル抗体またはビヒクル(DPBS)を、週2回、合計4回、IP投与した。単剤療法群では、ビヒクルは試験物品なしの投薬スケジュールに従って投与された。図44Aは、35日目までのAIP-192482-mIgG2a処置群及び対照群における個々のマウスの腫瘍体積を示す。図44Bは、35日目までのAIP-160470-mIgG2a処置群及び対照群における個々のマウスの腫瘍体積を示す。CR=完全な腫瘍退縮、DPBS=ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水、IP=腹腔内、kg=キログラム、mg=ミリグラム、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mm=ミリメートル、PD-1=プログラムされた細胞死受容体1。 A及びBは、CT26-BALBc同系マウス腫瘍モデル、研究EFF-039におけるキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍効果を示す。研究EFF-039において、BALB/cマウスに1×10CT26腫瘍細胞を接種し、6日後に処置群に無作為化した。CT26接種後の7日目から(群平均腫瘍体積が約145mm)、マウスに、週3回、20mg/kgのキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2a(40匹)またはビヒクル(DPBS、20匹)をIP投与した。図45Aは、35日目までの各処置群における個々のマウスの腫瘍体積を示す。図45Bは、97日目までAIP-192482-mIgG2aを投与した処置群の腫瘍体積を示す。97日目までのCR数を示す。DPBS=ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水、IP=腹腔内、kg=キログラム、mg=ミリグラム、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mm=ミリメートル E0771-C57BL/6同系マウス腫瘍モデル、研究EFF-006における、抗体AIP-192482-mIgG2a単独またはPD-1遮断との組み合わせの抗腫瘍効果を示す。研究EFF-006では、C57BL/6マウスに1×10のE0771腫瘍細胞を接種し、群の平均腫瘍体積が約104mm3であった8日後に、1群あたり20匹の処置群に無作為化した。E0771接種後の9日目から、マウスに、20mg/kgのキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2aまたはビヒクル(DPBS)を、週2回、30日目までIP投与した。加えて、マウスに、2.5mg/kgの抗マウスPD-1モノクローナル抗体またはビヒクル(DPBS)を、9日目から週2回、IP投与した。単剤療法群では、ビヒクルは試験物品なしの投薬スケジュールに従って投与された。35日目までの各処置群における個々のマウスの腫瘍体積を示す。各処置群のCR数を示す。CR=完全な腫瘍退縮、DPBS=ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水、IP=腹腔内、kg=キログラム、mg=ミリグラム、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、mm=ミリメートル、PD-1=プログラムされた細胞死受容体1。 EMT6-BALBc同系マウス腫瘍モデル、研究TMD04における、抗腫瘍効果についてのT細胞要件の評価を示す。研究TMD04では、BALB/cマウスに1×10個のEMT6細胞を接種し、6日目から週3回、DPBSまたは抗マウスCD8α抗体クローン2.43(BioXCell)をIP投与した。7日目から、10mg/kgのキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2aまたはビヒクル(DPBS)を、週2回IP投与した(1群あたり10匹)。27日目までの個々の腫瘍体積を示す。DPBS=リン酸緩衝生理食塩水、IP=腹腔内(に)、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a) A及びBは、キメラ親抗体AIP-192482-mIgG2aによる処置後の、インビボでのEMT6腫瘍におけるCD8+T細胞及びマクロファージのM1極性化の評価を示す。抗腫瘍研究EFF-004の一部として、確立されたEMT6腫瘍を有するBALB/cマウスに、7日目、10日目、14日目に、ビヒクル(DPBS)または20mg/kgのキメラ親抗体AIP-192482-mIgG2aを投与した。研究15日目に、代表的なマウスからEMT6腫瘍を回収した。試料を切片化し、チラミドシグナル増幅免疫蛍光法によって、抗CD8抗体または抗iNOS抗体で染色した。図48Aは、CD8+T細胞またはiNOS+マクロファージ(緑色)の存在について染色された、DPBSまたはAIP-192482-mIgG2aで処置された動物からの代表的な腫瘍切片を示す。挿入図は、隣接する切片からのH&E染色を示す。黒背景の白線は、50μmを示す。図48Bは、DPBSまたはAIP-192482-mIgG2a投与後のCD8+細胞(5匹)及びiNOS+細胞(10匹)の割合を示す。有意性は、対応のないt検定によって評価した。*=p<0.05、**=p<0.01。DPBS=ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水、H&E=ヘマトキシリン及びエオシン、iNOS=誘導性一酸化窒素シンターゼ、mIgG2a=マウス免疫グロブリンG(サブクラス2a)、PBS=ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水 ATRC-101の単回用量静脈内投与後のカニクイザルにおける血清中濃度を示す(研究ATRC-101.PK18.01)。雄及び雌のカニクイザルに、1mg/kg、10mg/kg、または30mg/kgのATRC-101の静脈内ボーラス注射を行った。血液試料を、投薬から5分後、1、4、8、12、24、48、96、168、240、336、504、及び672時間後に採取した。ELISAで測定したATRC-101血清中濃度を示す。ELISA=酵素結合免疫吸着アッセイ。 ATRC-101の反復用量投与後のカニクイザルにおける血清中濃度を示す(研究ATRC-101.TX.18.01)。雄及び雌のカニクイザルに、10mg/kg、30mg/kg、または100mg/kgのATRC-101を、週1回、合計4回、IV注入を介して投与した。血液試料を、投薬から15分後、1、4、8、12、24、48、96、及び168時間後ならびに最後の投薬及びATRC-101後に採取した。ELISAで測定したATRC-101血清中濃度を示す。
詳細な説明
用語
本明細書で使用される場合、単数形の「a」、「an」、及び「the」は、文脈から明らかでない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「抗体」への言及は、任意選択的に、2つ以上のそのような分子の組み合わせなどを含む。
本明細書で使用される「約」という用語は、当該技術分野の当業者に容易に知られているそれぞれの値の通常の誤差範囲を指し、例えば、±20%、±10%、または±5%は、示された値の意図された意味の範囲内にある。
本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、抗原エピトープに特異的に結合するために必要な可変領域配列を含む単離されたまたは組換えの結合剤を意味する。したがって、本明細書で使用される「抗体」は、所望の生物学的活性、例えば、特定の標的抗原に結合することを示す任意のクラスもしくはサブクラスの抗体またはその断片の任意の形態である。したがって、それは、最も広い意味で使用され、それらが所望の生物学的活性を示す限り、モノクローナル抗体(全長モノクローナル抗体を含む)、ヒト抗体、キメラ抗体、ナノボディ、ダイアボディ、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、及び抗体断片(scFv、Fabなどを含むが、これらに限定されない)を具体的にカバーする。
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部(例えば、インタクトな抗体の抗原結合領域または可変領域)を含む。抗体断片の例としては、Fab、Fab’、F(ab’)、及びFv断片、ダイアボディ、線状抗体(例えば、Zapata et al.,Protein Eng.8(10):1057-1062(1995))、一本鎖抗体分子(例えば、scFv)、及び抗体断片から形成された多重特異性抗体。抗体のパパイン消化により、各々が単一の抗原結合部位を有する2つの同一の抗原結合断片(「Fab」断片と呼ばれる)と、残りの「Fc」断片(名称は、結晶化し易い能力を反映する)とが生成される。ペプシン処理で、F(ab’)断片が得られ、2つの抗原結合部位を有し、依然として抗原を架橋することができる。
本明細書で使用される「腫瘍結合抗体」は、腫瘍組織に結合する抗体を指す。一実施形態では、腫瘍結合抗体は、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を介して腫瘍組織に結合する。「細胞外RNA-タンパク質複合体」は、腫瘍細胞の外側で検出される複合体を指す。複合体は、細胞の外面に組み込まれる必要はないが、一部の実施形態では、細胞膜と相互作用するRNA及びタンパク質分子、またはそれ以外の場合、腫瘍細胞の外側に存在するRNA及びタンパク質分子の集塊または凝集体として、腫瘍細胞の外側に結合し得る。細胞外RNA-タンパク質複合体は、腫瘍細胞の外部であるが、それは、細胞の内部に追加的に存在してもよい。本開示の「腫瘍結合抗体」は、腫瘍隣接組織(TAT)と比較して、腫瘍組織への優先的な結合を示し、例えば、ノイズを上回る特異的なシグナルが観察され、隣接組織に対して腫瘍組織で明らかな増強された反応性を有する。一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、腫瘍細胞に対する直接的もしくは間接的な効果を介して、腫瘍増殖の速度、腫瘍サイズ、浸潤、及び/または転移を減少させる「抗腫瘍抗体」である。
本明細書で使用される場合、「V領域」は、フレームワーク1、CDR1、フレームワーク2、CDR2、及びフレームワーク3(ならびにCDR3及びフレームワーク4を含む)のセグメントを含む抗体可変領域のドメインを指す。重鎖V領域Vは、B細胞分化中のV(D)J組換えと呼ばれるものにおけるV遺伝子(HV)、D遺伝子(HD)、及びJ遺伝子(HJ)の再構成の結果である。軽鎖V領域であるVは、V遺伝子(LV)及びJ遺伝子(LJ)の再構成の結果である。
本明細書で使用される場合、「相補性決定領域(CDR)」は、軽鎖可変領域及び重鎖可変領域によって確立される4つの「フレームワーク」領域を中断する各鎖における3つの超可変領域(HVR)を指す。CDRは、抗原のエピトープへの結合への主な寄与者である。各鎖のCDRは、N末端から始めて順次番号付けされ、CDR1、CDR2、及びCDR3と称され、また、特定のCDRが位置する鎖によって同定される。したがって、例えば、VのCDR3(HCDR3)は、それが見出される抗体の重鎖の可変ドメイン内に位置するが、VのCDR3(LCDR3)は、それが見出される抗体の軽鎖の可変ドメイン由来のCDR3である。「CDR」という用語は、CDR配列を指す場合、本出願では「HVR」と互換的に使用される。
CDR及びフレームワーク領域のアミノ酸配列は、当該技術分野における様々な既知の定義、例えば、カバット(Kabat)、コチア(Chothia)、国際免疫遺伝学データベース(IMGT)、及びAbMを使用して決定することができる(例えば、Chothia & Lesk,1987,Canonical structures for the hypervariable regions of immunoglobulins.J.Mol.Biol.196,901-917、Chothia C.et al.,1989,Conformations of immunoglobulin hypervariable regions.Nature 342,877-883、Chothia C.et al.,1992,structural repertoire of the human VH segments J.Mol.Biol.227,799-817、Al-Lazikani et al.,J.Mol.Biol 1997,273(4)を参照されたい)。抗原結合部位の定義は、以下にも記載されている:Ruiz et al.,IMGT,the international ImMunoGeneTics database.Nucleic Acids Res.,28,219-221(2000)、及びLefranc,M.-P.IMGT,the international ImMunoGeneTics database.Nucleic Acids Res.Jan 1;29(1):207-9(2001)、MacCallum et al,Antibody-antigen interactions:Contact analysis and binding site topography,J.Mol.Biol.,262(5),732-745(1996)、及びMartin et al,Proc.Natl Acad.Sci.USA,86,9268-9272(1989)、Martin,et al,Methods Enzymol.,203,121-153,(1991)、Pedersen et al,Immunomethods,1,126,(1992)、及びRees et al,In Sternberg M.J.E.(ed.),Protein Structure Prediction.Oxford University Press,Oxford,141-172 1996)。カバット番号付けによって決定されるCDRへの参照は、例えば、Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institute of Health,Bethesda,MD(1991)に基づく。コチアCDRは、コチアによって定義されるように決定される(Chothia and Lesk J.Mol.Biol.196:901-917(1987)を参照されたい)。
「Fc領域」は、第1の定常領域免疫グロブリンドメインを除く抗体の定常領域を指す。したがって、例えば、ヒト免疫グロブリンスについて、「Fc」は、IgA、IgD、及びIgGの最後の2つの定常領域の免疫グロブリンドメイン、及びIgE及びIgMの最後の3つの定常領域の免疫グロブリンドメイン、及びこれらのドメインに対する可動性ヒンジN末端を指す。例えば、IgA及びIgMのFcは、J鎖を含んでいてもよい。IgGの場合、Fcは、免疫グロブリンドメインCγ2及びCγ3、ならびにCγ1とCγの間のヒンジを含む。Fc領域の境界は異なり得るが、ヒトIgG重鎖Fc領域は、カバットら(1991,NIH Publication 91-3242,National Technical Information Service,Springfield,Va.)のようなEUインデックスに従った番号付けを使用して、通常、残基C226またはP230からそのカルボキシル末端までを含むように定義されることが当該技術分野において理解されている。「Fc領域」という用語は、単独で、または抗体もしくは抗体断片との関連において、この領域を指し得る。「Fc領域」は、Fc領域の天然に存在するアレルのバリアント、ならびに例えば、エフェクター機能または他の特性(抗体の薬物動態、安定性、または産生特性など)を調節するように修飾された修飾Fc領域を含む。Fc領域には、生物学的機能の変化を示さないバリアントも含まれる。例えば、1つ以上のアミノ酸は、生物学的機能を実質的に失うことなく、免疫グロブリンのFc領域のN末端またはC末端から欠失させることができる。かかるバリアントは、活性への影響を最小限に抑えるために、当該技術分野で既知の一般的な規則に従って選択することができる(例えば、Bowie,et al.,Science 247:306-1310,1990)。例えば、IgG4抗体の場合、組換えIgG4抗体で観察される不均一性をなくすために、単一アミノ酸置換(カバット番号付けによればS228P、IgG4Proと命名)を導入してもよい(例えば、Angal,et al.,Mol Immunol 30:105-108,1993を参照のこと)。
Fc受容体エンゲージメントアッセイとの関連で本明細書で使用される「EC50」は、半最大有効濃度を指し、特定の曝露時間後にベースラインと最大値との間の中間の応答(エンゲージメントアッセイで生成されるシグナル)を誘導する抗体の濃度である。Fc受容体エンゲージメントアッセイは、本明細書の「バリアント結合活性」の節でさらに記載される。一部の実施形態では、「EC50の倍率」は、参照抗体のEC50を、試験抗体のEC50で割ることによって決定される。
「平衡解離定数」(K)という用語は、解離速度定数(k、時間-1)を結合速度定数(k、時間-1-1)で割ったものを指す。平衡解離定数は、任意の方法を使用して測定することができる。したがって、一部の実施形態では、本開示の抗体は、37℃で行われるBiacore(登録商標)システムなどのバイオセンサーシステムを使用して表面プラズモン共鳴分析によって決定した場合、約50nM未満、典型的には、約25nM未満または10nM未満、例えば、約5nM未満または約1nM未満、及び多くの場合、約10nM未満のKを有する。一部の実施形態では、本開示の抗体は、2価抗体として測定した場合、5×10-5M未満、10-5M未満、5×10-6M未満、10-6M未満、5×10-7M未満、10-7M未満、5×10-8M未満、10-8M未満、5×10-9M未満、10-9M未満、5×10-10M未満、10-10M未満、5×10-11M未満、10-11M未満、5×10-12M未満、10-12M未満、5×10-13M未満、10-13M未満、5×10-14M未満、10-14M未満、5×10-15M未満、もしくは10-15M未満、またはそれより低いKを有する。本発明の文脈において、「改善された」Kとは、より低いKを指す。一部の実施形態では、本開示の抗体は、一価抗体(例えば、一価Fab)として測定した場合、5×10-5M未満、10-5M未満、5×10-6M未満、10-6M未満、5×10-7M未満、10-7M未満、5×10-8M未満、10-8M未満、5×10-9M未満、10-9M未満、5×10-10M未満、10-10M未満、5×10-11M未満、10-11M未満、5×10-12M未満、10-12M未満、5×10-13M未満、10-13M未満、5×10-14M未満、10-14M未満、5×10-15M未満、もしくは10-15M未満、またはそれより低いKを有する。一部の実施形態では、本開示の抗腫瘍抗体は、37℃で行われるBIACORE(登録商標)システムなどのバイオセンサーシステムを使用して表面プラズモン共鳴分析によって測定した場合、100pM未満、例えば、75pM未満、例えば、1~100pMの範囲のKを有する。一部の実施形態では、本開示の抗腫瘍抗体は、37℃で行われるBIACORE(登録商標)システムなどのバイオセンサーシステムを使用して表面プラズモン共鳴分析によって測定した場合、100pM超、例えば、100~1000pM、または500~1000pMの範囲のKを有する。
「一価分子」という用語は、本明細書で使用される場合、1つの抗原結合部位(例えば、FabまたはscFv)を有する分子を指す。
「二価分子」という用語は、本明細書で使用される場合、2つの抗原結合部位を有する分子を指す。一部の実施形態では、本発明の二価分子は、二価抗体またはその二価断片である。一部の実施形態では、本発明の二価分子は、二価抗体である。一部の実施形態では、本発明の二価分子は、IgGである。一般に、モノクローナル抗体は、二価の基本構造を有する。IgG及びIgEは、1つの2価単位のみを有し、IgA及びIgMは、複数の2価単位(それぞれ、2及び5単位)からなり、したがって、より高い価数を有する。この二価性は、抗原に対する抗体のアビディティ(avidity)を増加させる。
本明細書で使用される「一価結合」または「に一価で結合する」という用語は、1つの抗原結合部位がその抗原に結合することを指す。
「二価結合」または「二価で結合する」という用語は、本明細書で使用される場合、二価分子の両方の抗原結合部位がその抗原に結合することを指す。一部の実施形態では、二価分子の両方の抗原結合部位は、同じ抗原特異性を共有する。
「価数」という用語は、本明細書で使用される場合、抗原に対する抗体の異なる結合部位の数を指す。一価抗体は、抗原に対する1つの結合部位を含む。二価抗体は、同じ抗原に対する2つの結合部位を含む。
抗原への抗体結合の文脈で本明細書で使用される「アビディティ」という用語は、抗体の複数の結合部位の組み合わせた結合強度を指す。したがって、「二価アビディティ」は、2つの結合部位の組み合わせた強度を指す。
「同一の」またはパーセント「同一性」という用語は、2つ以上のポリペプチド配列に関して、比較ウィンドウまたは指定領域にわたって最大一致について比較及び整列させた場合、同じか、または特定のパーセンテージの同じアミノ酸残基を有する(例えば、特定領域(例えば、2つの配列の文脈で長さ)にわたって、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれ以上の同一性)2つ以上の配列または部分配列を指す。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のための整列は、様々な方法で行うことができ、BLAST、BLAST-2、ALIGN、またはMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用する方法を含む。BLAST2.0アルゴリズムのパーセント配列同一性及び配列類似性を判定するのに好適なアルゴリズムの例は、Altschul et al.,Nuc.Acids Res.25:3389-3402(1977)and Altschul et al.,J.Mol.Biol.215:403-410(1990)に記載されている。したがって、本発明の目的のために、BLAST2.0は、パーセント配列同一性を決定するためにデフォルトパラメータとともに使用することができる。
「に対応する」、「を参照して決定される」、または「を参照して番号付けされる」という用語は、ポリペプチド配列中の所与のアミノ酸残基の同定の文脈で使用される場合、所与のアミノ酸配列を最大限に整列させ、参照配列と比較したときの、特定の参照配列の残基の位置を指す。したがって、例えば、V領域ポリペプチドのアミノ酸残基は、配列番号1と最適に整列させた場合、残基を配列番号1のアミノ酸と整列させた場合、配列番号1のV領域のアミノ酸に「対応する」。参照配列に整列されるポリペプチドは、参照配列と同じ長さである必要はない。
本明細書で使用される「保存的」置換は、電荷、極性、ヒドロパシー(疎水性、中性、または親水性)、及び/または側鎖基のサイズが維持されるようなアミノ酸の置換を指す。互いに置換され得るアミノ酸の例示的なセットとしては、(i)正荷電アミノ酸:Lys及びArgならびに約6のpHでのHis、(ii)負荷電アミノ酸:Glu及びAsp、(iii)芳香族アミノ酸:Phe、Tyr、及びTrp、(iv)窒素環アミノ酸:His及びTrp、(v)脂肪族疎水性アミノ酸:Ala、Val、Leu、及びIle、(vi)疎水性硫黄含有アミノ酸:Met及びCys(Val、Leu、及びIleほど疎水性ではない)、(vii)小極性非荷電アミノ酸:Ser、Thr、Asp、及びAsn、(viii)小疎水性または中性アミノ酸:Gly、Ala、及びPro、(ix)アミド含有アミノ酸:Asn及びGln、ならびに(xi)ベータ分岐アミノ酸:Thr、Val、及びIle、が挙げられる。本段落におけるアミノ酸の電荷とは、pH6~7における電荷を指す。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、互換的に使用され、本明細書で使用される場合、RNA、cDNA、ゲノムDNA、ならびに上記の合成形態及び混合ポリマーのセンス鎖及びアンチセンス鎖の両方を指す。特定の実施形態では、ヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、またはいずれかの種類のヌクレオチドの修飾形態、及びそれらの組み合わせを指す。これらの用語はまた、限定されないが、一本鎖及び二本鎖の形態のDNAも含む。さらに、ポリヌクレオチド、例えば、cDNAもしくはmRNAは、天然に存在するヌクレオチド、ならびに天然に存在するヌクレオチド及び/または天然に存在しないヌクレオチドの連結によって一緒に連結された修飾ヌクレオチドのいずれかもしくは両方を含んでいてもよい。核酸分子は、当業者に容易に理解されるように、化学的もしくは生化学的に修飾され得るか、または非天然もしくは誘導体化ヌクレオチド塩基を含有し得る。かかる修飾としては、例えば、標識、メチル化、天然に存在するヌクレオチドのうちの1つ以上の類似体による置換、非荷電結合(例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアミデート、カルバメートなど)などのヌクレオチド間修飾、荷電結合(例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど)、側鎖部分(例えば、ポリペプチド)、インターカレーター(例えば、アクリジン、ソラレンなど)、キレート剤、アルキル化剤、及び修飾結合(例えば、アルファアノマー核酸など)が挙げられる。上記の用語はまた、一本鎖、二本鎖、部分的に二重、三重、ヘアピン、環状、及びパドロックの立体構造を含む、任意のトポロジーの立体構造を含むよう意図されている。核酸配列への言及は、別途指定されない限り、その相補鎖を包含する。したがって、特定の配列を有する核酸分子への言及は、その相補配列を有する相補鎖を包含すると理解されるべきである。この用語はまた、同じポリペプチド配列をコードするコドン最適化核酸を含む。
本明細書で使用される「ベクター」という用語は、それが連結される別の核酸を増やすことができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、ならびにそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターを含む。本明細書で使用される「ベクター」は、目的の核酸配列がベクターに挿入される組換え構築物を指す。特定のベクターは、それらが作動可能に連結された核酸の発現を導くことができる。かかるベクターは、本明細書で「発現ベクター」と称される。
本明細書で使用される「置換」は、1つ以上のアミノ酸またはヌクレオチドが、それぞれ、異なるアミノ酸またはヌクレオチドによって置き換えられていることを示す。
「単離された」核酸は、その自然環境の成分から分離されている核酸分子を意味する。単離された核酸は、核酸分子を通常含有する細胞に含まれる核酸分子を含むが、核酸分子は、染色体外に、またはその天然の染色体の位置とは異なる染色体の位置に存在する。
「抗体またはその断片をコードする単離された核酸」は、抗体の重鎖または軽鎖(またはその断片)をコードする1つ以上の核酸分子を指し、単一のベクターまたは別個のベクターに存在するかかる核酸分子(複数可)、及び宿主細胞内の1つ以上の位置に存在するかかる核酸分子(複数可)が含まれる。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」、及び「宿主細胞培養」という用語は、互換的に使用され、かかる細胞の子孫を含む、外因性核酸が導入された細胞を指す。したがって、宿主細胞は、組換え宿主細胞であり、継代の数とは関係なく、初代形質転換細胞及びそれに由来する子孫を含む。
ポリペプチド「バリアント」は、本明細書で使用される場合、1つ以上の置換、欠失、付加、及び/または挿入において、典型的には、本明細書に具体的に開示される1つ以上のポリペプチド配列とは異なるポリペプチドである。
「がん細胞」または「腫瘍細胞」という用語は、本明細書で使用される場合、腫瘍性細胞を指す。この用語は、良性ならびに悪性である腫瘍由来の細胞を含む。腫瘍性形質転換は、それが由来する細胞型と比較して、腫瘍細胞の表現型の変化と関連付けられる。その変化は、接触阻害の喪失、形態変化、及び未制御の細胞増殖を含み得る。
本明細書で使用される場合、「腫瘍の増殖を阻害すること」及び「がんの増殖を阻害すること」は、互換的であり、がん細胞の増殖を遅くすること、及び/またはがんを有する患者の負荷を減らすことを指す。したがって、「がんの増殖を阻害すること」は、がん細胞を死滅させること、ならびに腫瘍細胞に対する直接的または間接的な効果によって、腫瘍増殖の速度、腫瘍サイズ、浸潤、及び/または転移を減少させることを含む。
本明細書で使用される場合、「治療剤」は、治療有効用量で疾患に罹患している患者に投与された場合、疾患の症状及び疾患に関連する合併症を、治癒または少なくとも部分的に停止させる薬剤を指す。
腫瘍に結合する抗体
一態様では、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を介して腫瘍組織に結合する抗体が、本明細書に提供される。細胞外RNAタンパク質複合体は、「抗体結合標的」と題する節で、以下にさらに記載される。
本開示の例示的な腫瘍結合抗体の重鎖及び軽鎖の可変領域配列は、表1A及び2Aに提供されている。
重鎖可変領域における残基の位置は、表1A及び2AのV領域配列(配列番号77~122、1333~1526、及び1725)のうちのいずれか1つを参照して本明細書において特定され、それらはすべて140アミノ酸長である。
軽鎖可変領域における残基の位置は、本明細書において、表1A及び2Aに示される110-アミノ酸V領域配列(配列番号123~168、1527~1720、及び1726)のうちのいずれか1つを参照して特定される。
表1A及び2Aに示されるV領域配列に関して番号付けされた位置140、ならびに表1A及び2Aに示されるV領域配列の位置110は、それぞれ、EUインデックス番号付けに従って、V領域及びV領域の最後のアミノ酸であるとみなされる。ヒトIgGフォーマット(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4)において、後続の残基は、「接合部コドン」と称され、可変領域遺伝子(HJまたはLJ)の最後の3’塩基と定常領域遺伝子(重鎖または軽鎖)の最初の2つの5’塩基との接合部によって天然にコードされ、HJ及びLJの最終3’塩基の変動によるアミノ酸の変動を示す。ヒト重鎖の接合部コドンは、天然には、Ala、Ser、Pro、またはThrであり得、通常は、Alaである。ヒトカッパ鎖の接合部コドンは、天然には、ArgまたはGlyであり得、通常は、Argである。ヒトラムダ鎖の接合部コドンは、天然には、Gly、Ser、Arg、またはCysであり得、通常は、SerまたはGlyである。
表1B及び表2Bに示されるCDRは、IMGT及びカバットによって定義されている。重鎖CDRは、アミノ酸残基26~35(HCDR1)、50~68(HCDR2)、及び99~129(HCDR3)由来のアミノ酸残基を包含する。軽鎖CDRは、アミノ酸残基23~35(LCDR1)、51~57(LCDR2)、及び90~100(LCDR3)由来のアミノ酸残基を包含する。残基の番号付けは、表1A及び2AのV及びV配列の位置に対応する。表1B及び表2Bに列挙されているVのCDRは、以下のように定義される:HCDR1は、カバットとIMGTを組み合わせることによって定義され、HCDR2は、カバットによって定義され、HCDR3は、IMGTによって定義される。表1B及び表2Bに列挙されているVのおCDRは、カバットによって定義される。当該技術分野で既知のように、CDRの番号付け及び配置は、使用される番号付けシステムに応じて異なり得る。可変重鎖及び/または可変軽鎖の開示は、採用された番号付けシステムに関係なく、関連するCDRの開示を含むことが理解される。
AIP-160470を参照配列として使用して、図37は、IMGT、カバット、及びコチア番号付けシステムを使用した、AIP-160470のV配列及びV配列における残基の番号付けを示す。
IMGT番号付けシステムを使用して定義されているCDRは、次のとおりである。
HCDR1:27~38(位置31~34を除く)
HCDR2:56~65
HCDR3:105~117(111~112の間に18個の挿入を含む)
LCDR1:27~38(31~34位を除く)
LCDR2:56~65位(58~64位を除く)及び
LCDR3:105~117(位置111~112を除く)。
したがって、AIP-160470について対応するIMGTのCDRは、次のとおりである。
HCDR1:GFTFSKAW(配列番号1763)
HCDR2:IKSVTDGETT(配列番号1764)
HCDR3:TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)
LCDR1:SSNIGSSS(配列番号1765)
LCDR2:KNN
LCDR3:STWDDSLSVRV(配列番号68)
カバット番号付けシステムを使用して定義されるCDRは:
HCDR1:31~35
HCDR2:50~65(52a、52b、及び52cの挿入を含む)
HCDR3:95~102(100a~100uの挿入を含む)
LCDR1:24~34(27a及び27bの挿入を含む)
LCDR2:50~56
LCDR3:89~97(95a及び95bの挿入を含む)。
したがって、AIP-160470についての対応するカバットのCDRは、
HCDR1:KAWMS(配列番号1766)
HCDR2:RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)
HCDR3:SFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号1767)
LCDR1:SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)
LCDR2:KNNQRPS(配列番号59)
LCDR3:STWDDSLSVRV(配列番号68)
コチア番号付けシステムを使用して定義されるCDRは、次のとおりである。
HCDR1:26~32;
HCDR2:52~56(52a、52b、及び52cの挿入を含む)
HCDR3:95~102(100a~100uの挿入を含む)
LCDR1:24~34(30a及び30bの挿入を含む)
LCDR2:50~56
LCDR3:89~97(95a及び95bの挿入を含む。
したがって、AIP-160470についての対応するコチアのCDRは、次のとおりである。
HCDR1:GFTFSKA(配列番号1768)
HCDR2:KSVTDGET(配列番号1769)
HCDR3:SFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号1767)
LCDR1:SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)
LCDR2:KNNQRPS(配列番号59)
LCDR3:STWDDSLSVRV(配列番号68)
領域
一部の実施形態では、例えば、FcγRIIaエンゲージメントアッセイにおいて活性を有する細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する本発明の腫瘍結合抗体は、表1Aまたは表2Aに示されるV配列のうちの1、2、または3つのCDRを有する。一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つに示されるV配列と比較して、Vアミノ酸配列に少なくとも1つの変異を有し、10、20、30、40または50以下の変異を有する。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つに示されるV配列と比較して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸の挿入または欠失を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、表1Bまたは表2Bに示されるCDR配列に対して、欠失または挿入、例えば、1、2、3、4、または5個のアミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、表1Bまたは表2Bに示されるCDR配列に対して、1アミノ酸または2アミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、V領域は、配列番号1~8または169~362のうちのいずれか1つのCDR1配列に対して、1または2個の置換を有するCDR1を含む。一部の実施形態では、HCDR1は、配列番号1~8または169~362のうちのいずれか1つのCDR1配列に対して、3または4個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号9~19または363~556のうちのいずれか1つのCDR2配列に対して、1、2、3、または4個の置換を有するCDR2を含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号9~19または363~556のうちのいずれか1つのCDR2配列に対して、5、6、7、または8個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号20~47または557~750または1727のうちのいずれか1つのCDR3配列に対して、1、2、3、または4個の置換を有するCDR3を含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号20~47または557~750または1727のうちのいずれか1つのCDR3配列に対して、5、6、7、または8個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号20~47または557~750または1727のうちのいずれか1つのCDR3に対して、9、10、11、12、13、または14個の置換を有する。一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、表1Bまたは2Bに示されるCDR1、CDR2、及びCDR3と少なくとも80%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、表1Bまたは表2Bに示されるCDR1、CDR2、及びCDR3と少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、表1Bまたは表2Bに示されるCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、表1のAIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-104188、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-192482、AIP-122563、またはAIP-171142として指定される抗体のHCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体のV領域は、例示的な抗体のFab結晶構造に基づいて、本段落で指定されるように、平方オングストロームに関して、各CDR側鎖の溶媒曝露を有する。埋没(buried)、中間(intermediate)、または曝露(exposed)としての分類は、それぞれ、約10Ang未満、約10~50Ang未満、または約50Ang超のカットオフ値に基づく。位置は、表1Aまたは表2Aに提供されるV領域配列のうちのいずれか1つを参照して決定される。したがって、一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、位置26、27、28、29、30、及び31が曝露、位置32が埋没、位置33が曝露、位置34及び35が中間であるCDR1を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、位置50が中間、位置51が曝露、位置53が埋没、位置54、55、56、57、58、59、及び60が曝露、位置61が中間、及び位置62、63、64、65、66、67、及び68が曝露であるCDR2を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、位置99が曝露、位置100が埋没、位置101が中間、位置102、103、及び104が埋没、位置105、106、107、及び108が曝露、位置109及び110が埋没、位置111が中間、位置112及び113が曝露、位置114が中間、位置115及び116が曝露、位置117が中間、位置118が曝露、位置119が中間、位置120が曝露、位置121が中間、位置122及び123が曝露、位置124が中間、位置125、126、127、128、及び129が曝露であるCDR3を含む。一部の実施形態では、「埋没」と分類される残基は、表1Bまたは表2BのCDRに示されるCDRに対する置換を含み、これは、電荷及びおよそのサイズを維持して抗体の立体構造を維持する保存的置換である。一部の実施形態では、「曝露」と分類される残基は、例えば、保存的置換により置換されるか、または表1Aもしくは表2Aに示される親配列と比較して、がん細胞との改善された結合を提供する残基で置換される。
一部の実施形態では、本明細書に記載の腫瘍結合抗体のHCDR3は、表1Bまたは表2Bに示されるHCDR3配列のうちのいずれか1つと、少なくとも60%の同一性、少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、少なくとも85%、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、本明細書に記載のHCDR3配列中の少なくとも2、3、または4個すべてのシステイン残基は、バリアントで保存される。さらなる実施形態では、HCDR3は、少なくとも27、28、29、または30アミノ酸長である。典型的な実施形態では、HCDR3は、31アミノ酸長である。
一部の実施形態では、本明細書に記載される腫瘍結合抗体のV領域のFR1領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置1~25のFR1配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置1~25のFR1配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置1~25のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の腫瘍結合抗体のV領域のFR2領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置36~49のFR2配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置36~49のFR2配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置36~49のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体のV領域のFR3領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置69~98のFR3配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置69~98のFR3配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置69~98のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、V領域のFR4領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の位置130~140のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、FR4領域は、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域の対応する配列に対して、位置130~140のうちの1つまたは2つに置換を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、重鎖CDR1配列GFTFSKAWM(S/T)(配列番号1749)を含む。一部の実施形態では、CDR1は、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含む。代替的な実施形態では、CDR1は、GFTFSKAWMT(配列番号8)を含む。一部の実施形態では、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、1、2、または3個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR1は、位置30にN、位置31にN、及び/または位置33にYを含む。一部の実施形態では、CDR1は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、少なくとも60%の同一性、または少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、重鎖HCDR2配列RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)T(D/E)YAAPVKG(配列番号1770)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)TDYAAPVKG(配列番号1750)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)を含む。一部の実施形態では、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)に対して置換され、または1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して置換される。例えば、一部の実施形態では、HCDR2は、以下の位置のうちの1つ以上を有する置換配列を含む:位置51がVであり、位置54がKまたはTであり、位置55がSであり、位置56がSであり、位置58がGであり、位置59がIであり、位置60がKであり、または位置61がEである。一部の実施形態では、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、HCDR2は、置換配列を含み、位置51がVであり、位置54がV、KもしくはTであり、位置55がTであり、位置58がEであり、位置59がTであり、位置60がKであり、及び/または位置61がEである。一部の実施形態では、HCDR2が、位置56がSである配列を含む場合、HCDR1は、位置33にWを含む。一部の実施形態では、HCDR2は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有するか、または配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有する。一部の実施形態では、CDR2配列は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)またはRIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、VのCDR3配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)(Y/D)(K/N/S)(S/R)YYYMDV(配列番号1747)を含む。一部の実施形態では、HCDR3は、表1Bまたは表2Bに示されるHCDR3配列のうちのいずれか1つを含む。一部の実施形態では、HCDR3は、表1Bまたは表2Bに示される配列を含み、CDR3配列に対して、1、2、3、4、5、6、7、8、または9個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、HCDR3は、位置99にV、位置100にT、位置108にR、位置111にD、位置112にR、位置116にY、及び/または位置120にSを含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1751)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1752)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1753)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNSYYYMDV(配列番号1754)、またはT(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1755)を含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1758)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1759)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1760)、またはT(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1761)を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、重鎖CDR1配列GFTFSKAWM(S/T)(配列番号1749)を含む。一部の実施形態では、HCDR1は、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含む。代替的な実施形態では、HCDR1は、GFTFSKAWMT(配列番号8)を含む。一部の実施形態では、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、1、2、または3個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、HCDR1は、位置30にN、位置31にN、及び/または位置33にYを含む。一部の実施形態では、HCDR1は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、少なくとも60%の同一性、または少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、重鎖CDR2配列RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)T(D/E)YAAPVKG(配列番号1770)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)TDYAAPVKG(配列番号1750)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、HCDR2は、RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)を含む。一部の実施形態では、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)に対して置換され、または1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して置換される。例えば、一部の実施形態では、HCDR2は、以下の位置のうちの1つ以上を有する置換配列を含む:位置51がVであり、位置54がKまたはTであり、位置55がSであり、位置56がSであり、位置58がGであり、位置59がIであり、位置60がKであり、または位置61がEである。一部の実施形態では、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、HCDR2は、置換配列を含み、位置51がVであり、位置54がV、KもしくはTであり、位置55がTであり、位置58がEであり、位置59がTであり、位置60がKであり、及び/または位置61がEである。一部の実施形態では、HCDR2が、位置56がSである配列を含む場合、HCDR1は、位置33にWを含む。一部の実施形態では、HCDR2は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有するか、または配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有する。一部の実施形態では、CDR2配列は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)またはRIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、VのCDR3配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)(Y/D)(K/N/S)(S/R)YYYMDV(配列番号1747)を含む。一部の実施形態では、CDR3は、表1または表2に示されるCDR3配列のうちのいずれか1つを含む。一部の実施形態では、CDR3は、表1または表2に示されるCDR3配列を含み、CDR3配列に対して、1、2、3、4、5、6、7、8、または9個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR3は、位置99にV、位置100にT、位置108にR、位置111にD、位置112にR、位置116にY、及び/または位置120にSを含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1751)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1752)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1753)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNSYYYMDV(配列番号1754)、またはT(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1755)を含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1758)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1759)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1760)、またはT(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1761)を含む。
領域
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する、例えば、FcγRIIaエンゲージメントアッセイにおいて活性を有する本発明の腫瘍結合抗体は、表1Aまたは表2Aに示されるV配列の1、2、または3つのCDRを有する。一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのV配列と比較して、Vアミノ酸配列に少なくとも1つの変異を有し、10、20、30、40、または50個以下の変異を有する。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのV配列と比較して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸の挿入または欠失を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、表1に示されるCDR配列に対して、欠失または挿入、例えば、1、2、3、4、5、6、または7個のアミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、表1Bまたは表2Bに示されるCDR配列に対して、1アミノ酸または2アミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、V領域は、配列番号48~58または751~944のうちのいずれか1つのCDR1配列に対して、1または2個の置換を有するCDR1を含む。一部の実施形態では、CDR1は、配列番号48~58または751~944のうちのいずれか1つのCDR1配列に対して、3、4、または5個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号59~67または945~1138のうちのいずれか1つのCDR2配列に対して、1もしくは2個、または1、2、もしくは3個の置換を有するCDR2を含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号68~76または1139~1332のうちのいずれか1つのCDR3配列にたいして、1、2、もしくは3個、または1、2、3、もしくは4個の置換を有するCDR3を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、表1または表2に示されるCDR1、CDR2、及びCDR3と、少なくとも70%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、表1Bまたは表2Bに示されるCDR1、CDR2、及びCDR3と、少なくとも80%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、表1Bまたは表2Bに示されるCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、表1AのAIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-104188、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-192482、AIP-122563、またはAIP-171142として指定される抗体のCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体のV領域は、例示的な抗体のFab結晶構造に基づく、本段落で指定されるように、平方オングストロームに関して、各CDR側鎖の溶媒曝露を有する。埋没(buried)、中間(intermediate)、または曝露(exposed)としての分類は、それぞれ、約10Ang未満、約10~50Ang未満、または約50Ang超のカットオフ値に基づく。位置は、表1Aに提供されるV領域配列のうちのいずれか1つを参照して決定する。したがって、一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のVは、CDR1を含み、位置23が曝露、位置24が中間、位置25及び26が曝露、位置27及び28が中間、位置29、30、及び31が曝露、位置32、33、及び34が中間、位置35が曝露である。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のVは、CDR2を含み、位置51、52、53、54、55、56、及び57が曝露である。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のVは、CDR3を含み、位置90が曝露、位置91が埋没、位置92が曝露、位置93が埋没、位置94、95、96、及び97が曝露、位置99が中間、位置100が曝露である。一部の実施形態では、「埋没」と分類される残基は、表1Bまたは表2BのCDRに対する置換を含み、これは、電荷及びおよそのサイズを維持して抗体の立体構造を維持する保存的置換である。一部の実施形態では、「曝露」と分類される残基は、例えば、保存的置換により置換されるか、または表1Aもしくは表2に示される配列と比較して、がん細胞との改善された結合を提供する残基により置換されている。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、軽鎖CDR1配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含む。一部の実施形態では、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)に対して、1、2、3、4、または5個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、位置28は、YまたはHである。一部の実施形態では、位置30は、Eである。一部の実施形態では、位置32は、Nである。一部の実施形態では、位置33は、YまたはFである。一部の実施形態では、位置35は、DまたはEである。一部の実施形態では、CDR1は、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)と、少なくとも60%の同一性、少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、軽鎖CDR2配列(K/R)(N/D)(N/D)QRPS(配列番号1771)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、表1または表2に示されるCDR2配列を含む。一部の実施形態では、CDR2は、CDR2配列KNNQRPS(配列番号59)を含む。一部の実施形態では、1、2、または3アミノ酸は、配列KNNQRPS(配列番号59)に対して置換される。例えば、一部の実施形態では、位置51がR、位置52がD、及び/または位置53がDである。一部の実施形態では、CDR2配列は、配列KNNQRPS(配列番号59)と、少なくとも60%または少なくとも70%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、VのCDR3配列STWD(D/E)SLSV(R/W)V(配列番号1772)を含む。一部の実施形態では、CDR3配列は、STWD(D/E)SLSVRV(配列番号1762)を含む。一部の実施形態では、CDR3は、表1または表2に示されるCDR3配列を含む。一部の実施形態では、CDR3配列は、STWDDSLSVRV(配列番号68)またはSTWDESLSVRV(配列番号73)を含む。一部の実施形態では、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)またはSTWDESLSVRV(配列番号73)に対して、1、2、または3個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、位置90がA、位置91がI、及び/または位置97がGである。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体のV領域のFR1領域は、表1のV領域配列の位置1~22のFR1配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1領域は、表1のV領域配列の位置1~22のFR1配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1は、表1のV領域配列の位置1~22のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体のV領域のFR2領域は、表1のV領域配列の位置36~50のFR2配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2領域は、表1のV領域配列の位置36~50のFR2配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2は、表1のV領域配列の位置36~50のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体のV領域のFR3領域は、表1のV領域配列の位置58~89のFR3配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3領域は、表1のV領域配列の位置58~89のFR3配列と、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3は、表1のV領域配列の位置58~89のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、V領域のFR4領域は、表1のV領域配列の位置101~110のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、FR4領域は、表1のV領域配列の対応する配列に対して、位置101~110のうちの1つまたは2つに置換を含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、先行段落に記載されるV領域のCDR1、CDR2、及び/またはCDR3を含む。一部の実施形態では、VのCDR配列のうちの1つまたは2つは、表1に示されるCDR配列を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、本節の先行段落に記載されるV領域のCDR1、CDR2、及び/またはCDR3を含み、表1に示されるV配列のうちのいずれか1つと、少なくとも70%の同一性、少なくとも75%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも85%の同一性、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、表1に示されるCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、表1に示されるV配列のうちのいずれか1つと、少なくとも70%の同一性、少なくとも75%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも85%の同一性、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-104188、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-192482、AIP-122563、またはAIP-171142として指定される抗体のLCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含み、表1に示される対応するV配列と、少なくとも80%同一性、もしくは少なくとも90%を含むか、または表1の対応するVL配列のV配列を含む。
例示的な抗体
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を通して腫瘍に結合する抗体が、本発明に提供され、抗体は、表1または表2に示される重鎖及び軽鎖のCDRを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1~8もしくは169~362のうちのいずれか1つのHCDR1、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号9~19もしくは363~556のうちのいずれか1つのHCDR2、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号20~47もしくは557~750もしくは1727のうちのいずれか1つのHCDR3、または配列に対して1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号48~58もしくは751~944のうちのいずれか1つのLCDR1、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号59~67もしくは945~1138のうちのいずれか1つのLCDR2、または配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び配列番号68~76もしくは1139~1332のうちのいずれか1つのLCDR3、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアントを含む。一部の実施形態では、置換のうちの少なくとも1つまたは2つは、保存的置換である。一部の実施形態では、表1または表2の参照CDR配列に対して、置換のうちの少なくとも50%、または少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%が保存的置換である。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号1~8もしくは169~362のうちのいずれか1つのHCDR1、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号9~19もしくは363~556のうちのいずれか1つのHCDR2、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号20~47もしくは557~750もしくは1727のうちのいずれか1つのHCDR3、または配列に対して1、2、もしくは3個、または1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号48~58もしくは751~944のうちのいずれか1つのLCDR1、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号59~67もしくは945~1138のうちのいずれか1つのLCDR2、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び配列番号68~76もしくは1139~1332のうちのいずれか1つのLCDR3、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアントを含む。一部の実施形態では、置換のうちの少なくとも1つまたは2つは、保存的置換である。
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を通して腫瘍に結合する抗体が、本明細書に提供され、抗体は、表1Aまたは表2Aで指定される抗体の6つのCDR、あるいは少なくとも1つのCDR、少なくとも2つのCDR、少なくとも3つのCDR、少なくとも4つのCDR、少なくとも5つのCDR、もしくは6つすべてのCDRが、表1Aまたは2Aに示される抗体の対応するCDRと比較して、1~2個のアミノ酸置換を有する抗体のバリアントを含む。
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する腫瘍結合抗体が、本明細書に提供され、抗体は、以下の式によるCDRを含む。各CDRについて、「X」残基は、CDRにおけるその位置によって番号付けされ、例えば、X3は、CDRの3番目の位置にある。
(a)HCDR1配列G(F/Y)X(A/S)XA(W/Y)X(S/T)(配列番号1734)であって、Xが、D、T、またはVであり、Xが、A、F、またはYであり、Xが、A、H、K、M、N、またはRであり、Xが、F、M、またはYである、HCDR1配列、
(b)HCDR2配列(F/R)I(K/Q)(A/S)X(A/G)X10T(D/E)(A/S)(P/S)(K/Q)(配列番号1735)であって、Xが、A、N、T、またはVであり、Xが、D、H、Q、S、またはTであり、Xが、D、E、またはNであり、Xが、E、G、H、K、またはQであり、X10が、A、I、Q、またはTである、HCDR2配列、
(c)HCDR3配列(I/T)(S/T)X(F/Y)XCX(G/S)X10CX121314(D/E)X16SX1819202122232425(F/Y)(F/Y)X2829(D/N)X31(配列番号1736)であって、Xが、A、P、S、またはTであり、Xが、A、C、またはSであり、Xが、H、L、Q、またはRであり、Xが、A、G、K、またはNであり、X10が、A、N、Q、R、またはSであり、X12が、A、L、またはPであり、X13が、A、N、またはSであり、X14が、H、Q、R、またはSであり、X16が、N、Q、またはTであり、X18が、F、M、またはYであり、X19が、C、S、またはVであり、X20が、A、G、またはNであり、X21が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、S、またはYであり、X24が、A、K、N、P、Q、またはSであり、X25が、D、K、Q、R、またはSであり、X28が、F、L、W、またはYであり、X29が、F、M、またはVであり、X31が、I、P、またはVである、HCDR3配列、
(d)LCDR1配列XG(A/S)X(S/T)(D/N)I(G/Q)(H/S)X1011(T/V)X13(配列番号1737)であって、Xが、H、S、またはTであり、Xが、E、K、P、またはSであり、X10が、A、H、N、S、またはTであり、X11が、A、D、S、T、またはYであり、X13が、A、L、S、T、またはYである、LCDR1配列、
(e)LCDR2配列X(D/N)X(Q/R)(A/P)X(配列番号1738)であって、Xが、A、H、K、M、N、またはRであり、Xが、N、S、またはTであり、Xが、A、L、Q、またはYであり、Xが、L、Q、S、またはYである、LCDR2配列、及び
(f)LCDR3配列(A/S)(S/T)(F/W)(D/N)X(I/V)X10(I/V)(配列番号1739)であって、Xが、D、E、またはNであり、Xが、A、D、Q、またはSであり、Xが、L、N、またはSであり、Xが、L、N、S、またはTであり、X10が、H、K、Q、R、またはWである、LCDR3配列。一部の実施形態では、抗体の各重鎖または軽鎖のCDRは、表1Aまたは表2Aの対応する重鎖または軽鎖のCDRと、2個以下のアミノ酸、または1個以下のアミノ酸が異なる。
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を通して腫瘍に結合する抗体が、本明細書に提供され、抗体は、表1Aまたは表2Aに示される抗体の6つのCDR、あるいは少なくとも1、2、3、4、5、もしくは6つすべてのCDRが、表1Bまたは表2Bの対応するCDR配列に対して1もしくは2個のアミノ酸置換を含むそのバリアントを含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を通して腫瘍に結合する抗体が、本明細書に提供され、抗体は、表1Aまたは表2Aに示される抗体の6つのCDRを含むか、あるいは少なくとも1、2、3、4、5、もしくは6つすべてのCDRが、表1Bまたは表2Bの対応するCDR配列に対して1もしくは2個のアミノ酸置換を含むそのバリアントを含む。一部の実施形態では、抗体は、AIP-192482、AIP-171142、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-102396、AIP-150055、AIP-167084、AIP-185304、AIP-134770、AIP-141887、AIP-196203、AIP-128195、AIP-116579、AIP-192329、AIP-197809、AIP-142489、AIP-167726、AIP-199834、AIP-143179、AIP-195587、AIP-153462、AIP-115363、AIP-151090、AIP-168083、AIP-161082、AIP-114196、AIP-189338、AIP-183190、AIP-110143、AIP-147176、AIP-134312、AIP-128243、AIP-156172、AIP-147389、AIP-124314、AIP-185291、AIP-135247、AIP-113513、AIP-102299、AIP-179097、AIP-109343、AIP-119622、AIP-191735、AIP-157078、AIP-153475、AIP-133650、AIP-190915、AIP-167400、AIP-109729、AIP-151709、AIP-136628、AIP-101601、AIP-146871、AIP-170053、AIP-199483、AIP-162041、AIP-180675、AIP-183133、AIP-191470、AIP-151167、AIP-106633、AIP-102624、AIP-109484、AIP-126080、AIP-161571、AIP-163039、AIP-101235、AIP-182061、AIP-181246、AIP-192216、AIP-171912、AIP-172872、AIP-167833、AIP-190051、AIP-145518、AIP-167533、AIP-112580、AIP-143155、AIP-119664、AIP-190526、AIP-114403、AIP-156760、AIP-103803、AIP-195588、AIP-145722、AIP-178251、AIP-116142、AIP-183350、AIP-127108、AIP-128147、AIP-109510、AIP-104086、AIP-143132、AIP-170105、AIP-169636、AIP-152243、AIP-138776、AIP-103817、AIP-130491、AIP-188155、AIP-167246、AIP-106139、AIP-198351、AIP-159326、AIP-192275、AIP-190761、AIP-166832、AIP-148062、AIP-129145、AIP-111240、AIP-153888、AIP-130915、AIP-109048、AIP-170569、AIP-154873、AIP-159037、AIP-186826、AIP-156514、AIP-157122、AIP-173276、AIP-150485、AIP-166847、AIP-124013、AIP-126285、AIP-168605、AIP-190274、AIP-136060、AIP-180422、AIP-166722、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-112328、AIP-125258、AIP-150199、AIP-125062、AIP-177193、AIP-115388、AIP-107759、AIP-170221、AIP-143369、AIP-189475、AIP-102833、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、もしくはAIP-131972として指定される抗体の6つのCDRを含むか、あるいは、少なくとも1、2、3、4、5、もしくは6個すべてのCDRが、表2Bの対応するCDR配列に対して1もしくは2個のアミノ酸置換を含むそれらのバリアントを含む。
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する腫瘍結合抗体が、本明細書に提供され、抗体は、以下の式によるCDRを含む。各CDRについて、「X」残基は、CDRにおけるその位置によって番号付けされ、例えば、X3は、CDRの3番目の位置にある。
(a)HCDR1配列G(F/Y)X(A/S)XA(W/Y)(F/M)(S/T)(配列番号1742)であって、Xが、D、T、またはVであり、Xが、A、F、またはYであり、Xが、A、H、K、M、またはNである、HCDR1配列、
(b)HCDR2配列RIK(A/S)X(D/N)(A/G)X10(D/E)(A/S)(P/S)(K/Q)(配列番号1743)であって、Xが、A、N、T、またはVであり、Xが、D、H、Q、S、またはTであり、Xが、E、G、H、K、またはQであり、X10が、A、I、Q、またはTである、HCDR2配列、
(c)HCDR3配列(I/T)(S/T)X(F/Y)CCX(G/S)X10CX12(N/S)X14(D/E)TS(F/Y)CX20(G/N)X22232425(F/Y)YX2829(D/N)X31 (配列番号1744)であって、Xが、A、P、またはSであり、Xが、H、L、Q、またはRであり、Xが、A、G、K、またはNであり、X10が、A、N、Q、R、またはSであり、X12が、A、L、またはPであり、X14が、H、Q、R、またはSであり、X20が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、またはYであり、X24が、A、K、N、P、またはQであり、X25が、D、Q、R、またはSであり、X28が、F、L、W、またはYであり、X29が、F、M、またはVであり、X31が、I、PまたはVである、HCDR3配列、
(d)LCDR1配列(S/T)G(A/S)X(S/T)(D/N)IG(H/S)X1011(T/V)X13 (配列番号1745)であって、Xが、K、PまたはSであり、X10が、A、N、S、またはTであり、X11が、A、S、T、またはYであり、X13が、A、S、T、またはYである、LCDR1配列、
(e)LCDR2配列X(D/N)X(Q/R)(A/P)X (配列番号1738)であって、Xが、A、H、K、M、N、またはRであり、Xが、N、S、またはTであり、Xが、A、L、Q、またはYであり、Xが、L、Q、S、またはYである、LCDR2配列、及び
(f)LCDR3配列(A/S)(S/T)W(D/N)X(I/V)X10(I/V)(配列番号1746)であって、Xが、D、E、またはNであり、Xが、A、D、Q、またはSであり、Xが、L、N、またはSであり、Xが、L、N、SまたはTであり、X10が、H、K、Q、またはRである、LCDR3配列。
一部の実施形態では、腫瘍結合抗体が、本明細書に提供され、配列番号77~122または1333~1526または1725のうちのいずれか1つのV領域のアミノ酸配列と、少なくとも70%の同一性、少なくとも75%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも85%の同一性、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有するVを含む。一部の実施形態では、Vを含む抗腫瘍抗体が、本明細書に提供され、配列番号123~168または1527~1720または1726のうちのいずれか1つのV領域のアミノ酸配列と、少なくとも70%の同一性、少なくとも75%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも85%の同一性、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、配列番号77~122または1333~1526のうちの1つのアミノ酸配列を含むV、または配列番号123~168または1527~1720のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含むVを含む。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、表1Aまたは表2AのAIP番号(「AIP抗体」)によって指定される抗体のうちのいずれか1つのV及びVを含む。一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、Vが、少なくとも85%の同一性、または少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有し、Vが、表1Aまたは表2Aに示されるAIP抗体のV配列と、少なくとも85%の同一性、または少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有し、Vが、表1Aまたは表2Aに示されるAIP抗体のV配列と、少なくとも85%の同一性、または少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する、抗体のバリアントである。一部の実施形態では、バリアント抗体は、AIP抗体のCDR配列と比較して、重鎖及び軽鎖のCDR配列において、合計10個以下の変異、または9個以下の変異、8個以下の変異、または7個以下の変異を有する。一部の実施形態では、抗体は、AIP抗体のCDR配列と比較して、重鎖及び軽鎖のCDR配列において、合計6、5、4、3、2、または1個の変異を有する。一部の実施形態では、すべての変異は、表1に示されるAIP抗体の配列に対する置換である。
一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-104188、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-192482、AIP-122563、またはAIP-171142として指定される抗体のCDRを有する。一部の実施形態では、抗体は、表1に示される対応するV配列及びV配列と、少なくとも80%、または少なくとも90%の同一性をさらに有する。
抗腫瘍活性を示す抗体
一態様では、腫瘍増殖の速度、サイズ、腫瘍浸潤、及び/または転移の減少を含む、腫瘍に対する阻害効果を示す抗体が、本明細書に提供される。かかる抗体は、例えば、細胞外RNA-タンパク質複合体を有する腫瘍を有する対象に投与される場合、インビボで抗腫瘍効果を示す。一部の実施形態では、かかる抗体のV領域またはV領域は、本明細書に記載される例示的な抗体配列に対して、少なくとも2、3、4、5、もしくは6個またはそれ以上の修飾(例えば、置換)を有する。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、本明細書に記載されるように、表1Aに示される抗体(AIP名称:AIP-101235、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-125258、AIP-150199、AIP-115388、AIP-143369、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、AIP-160470、AIP-192482、AIP-171142、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-104188、AIP-106042、AIP-100196、AIP-180675、AIP-170105、AIP-126080、AIP-161571、AIP-181246、AIP-192216、AIP-168605、AIP-172872、AIP-190051、AIP-167533、AIP-112580、AIP-136060)、またはそのバリアントを含む。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、本明細書に記載されるように、表1Bに示される抗体の6つのCDR(AIP名称:AIP-101235、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-125258、AIP-150199、AIP-115388、AIP-143369、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、AIP-160470、AIP-192482、AIP-171142、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-104188、AIP-106042、AIP-100196、AIP-180675、AIP-170105、AIP-126080、AIP-161571、AIP-181246、AIP-192216、AIP-168605、AIP-172872、AIP-190051、AIP-167533、AIP-112580、AIP-136060)、またはそのバリアントを含む。
領域
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、表1に示されるV配列の1、2、または3つのCDRを有する。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV配列と比較して、Vアミノ酸配列に少なくとも1つの変異を有し、10、20、30、40、または50個以下の変異を有する。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV配列と比較して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸の挿入または欠失を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域のCDR配列に対して、欠失または挿入、例えば、1、2、3、4、または5個のアミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域のCDR配列に対して、1アミノ酸または2アミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、V領域は、配列番号1~8のうちのいずれか1つのHCDR1配列に対して、1または2個の置換を有するHCDR1を含む。一部の実施形態では、HCDR1は、配列番号1~8のうちのいずれか1つのHCDR1配列に対して、3または4個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号9~19のうちのいずれか1つのHCDR2配列に対して、1、2、3、または4個の置換を有するHCDR2を含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号9~19のうちのいずれか1つのHCDR2配列に対して、5、6、7、または8個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号20~47のうちのいずれか1つのHCDR3配列に対して、1、2、3、または4個の置換を有するHCDR3を含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号20~47のうちのいずれか1つのHCDR3配列に対して、5、6、7、または8個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号20~47のうちのいずれか1つのHCDR3配列に対して、9、10、11、12、13、または14個の置換を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、V領域のCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の対応するCDR1、CDR2、及びCDR3と、少なくとも80%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の対応するCDR1、CDR2、及びCDR3と、少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域のCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。一部の実施形態では、本発明の腫瘍結合抗体は、表1AのAIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-104188、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-192482、AIP-122563、またはAIP-171142として指定される抗体のCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のV領域は、例示的な抗体のFab結晶構造に基づいて、本段落で指定されるように、平方オングストロームに関して、各CDR側鎖の溶媒曝露を有する。埋没(buried)、中間(intermediate)、または曝露(exposed)としての分類は、それぞれ、約10Ang未満、約10~50Ang未満、または約50Ang超のカットオフ値に基づく。位置は、表1Aの配列番号77~122のV領域配列のうちのいずれか1つを参照して決定される。したがって、一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、位置26、27、28、29、30、及び31が曝露、位置32が埋没、位置33が曝露、位置34及び35が中間であるCDR1を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、位置50が中間、位置51が曝露、位置53が埋没、位置54、55、56、57、58、59、及び60が曝露、位置61が中間、及び位置62、63、64、65、66、67、及び68が曝露であるCDR2を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、位置99が曝露、位置100が埋没、位置101が中間、位置102、103、及び104が埋没、位置105、106、107、及び108が曝露、位置109及び110が埋没、位置111が中間、位置112及び113が曝露、位置114が中間、位置115及び116が曝露、位置117が中間、位置118が曝露、位置119が中間、位置120が曝露、位置121が中間、位置122及び123が曝露、位置124が中間、位置125、126、127、128、及び129が曝露であるCDR3を含む。一部の実施形態では、「埋没」と分類される残基は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域のCDRに対する置換を含み、これは、電荷及びおよそのサイズを維持して抗体立体構造を維持する保存的置換である。一部の実施形態では、「曝露」と分類される残基は、例えば、保存的置換により、または表1Aの親抗体と比較して、がん細胞との改善された結合を提供する残基で置換される。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗腫瘍抗体のHCDR3は、配列番号20~47のHCDR3配列のうちのいずれか1つと、少なくとも60%の同一性、少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、少なくとも85%、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、本明細書に記載のHCDR3配列中の少なくとも2、3、または4個すべてのシステイン残基は、バリアントで保存される。さらなる実施形態では、HCDR3は、少なくとも27、28、29、または30アミノ酸長である。典型的な実施形態では、HCDR3は、31アミノ酸長である。
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗腫瘍抗体のV領域のFR1領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置1~25のFR1配列と少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置1~25のFR1配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置1~25のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗腫瘍抗体のV領域のFR2領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置36~49のFR2配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置36~49のFR2配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置36~49のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のV領域のFR3領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置69~98のFR3配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置69~98のFR3配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置69~98のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、のV領域のFR4領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の位置130~140のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、FR4領域は、配列番号77~122のうちのいずれか1つのV領域の対応する配列に対して、位置130~140のうちの1つまたは2つに置換を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、重鎖CDR1配列GFTFSKAWM(S/T)(配列番号1749)を含む。一部の実施形態では、CDR1は、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含む。代替的な実施形態では、CDR1は、GFTFSKAWMT(配列番号8)を含む。一部の実施形態では、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、1、2、または3個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR1は、位置30にN、位置31にN、及び/または位置33にYを含む。一部の実施形態では、CDR1は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、少なくとも60%の同一性、または少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、重鎖CDR2配列RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)T(D/E)YAAPVKG(配列番号1770)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)TDYAAPVKG(配列番号1750)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)を含む。一部の実施形態では、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)に対して置換され、または1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR2は、以下の位置のうちの1つ以上を有する置換配列を含む:位置51がVであり、位置54がKまたはTであり、位置55がSであり、位置56がSであり、位置58がGであり、位置59がIであり、位置60がKであり、または位置61がEである。一部の実施形態では、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR2は、置換配列を含み、位置51がVであり、位置54がV、KもしくはTであり、位置55がTであり、位置58がEであり、位置59がTであり、位置60がKであり、及び/または位置61がEである。一部の実施形態では、CDR2が、位置56がSである配列を含む場合、CDR1は、位置33にWを含む。一部の実施形態では、CDR2は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有するか、または配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有する。一部の実施形態では、CDR2配列は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)またはRIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、VのCDR3配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)(Y/D)(K/N/S)(S/R)YYYMDV(配列番号1747)を含む。一部の実施形態では、CDR3は、表2に示されるCDR3配列のうちのいずれか1つを含む。一部の実施形態では、CDR3は、表2に示されるCDR3配列を含み、表2のCDR3配列に対して、1、2、3、4、5、6、7、8、または9個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR3は、位置99にV、位置100にT、位置108にR、位置111にD、位置112にR、位置116にY、及び/または位置120にSを含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1751)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1752)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1753)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNSYYYMDV(配列番号1754)、またはT(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1755)を含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1758)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1759)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1760)、またはT(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1761)を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、重鎖CDR1配列GFTFSKAWM(S/T)(配列番号1749)を含む。一部の実施形態では、CDR1は、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含む。代替的な実施形態では、CDR1は、GFTFSKAWMT(配列番号8)を含む。一部の実施形態では、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、1、2、または3個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR1は、位置30にN、位置31にN、及び/または位置33にYを含む。一部の実施形態では、CDR1は、配列GFTFSKAWMS(配列番号1)またはGFTFSKAWMT(配列番号8)に対して、少なくとも60%の同一性、または少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、重鎖CDR2配列RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)T(D/E)YAAPVKG(配列番号1770)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKS(V/T)(T/S)(D/E)G(E/G)(I/T)TDYAAPVKG(配列番号1750)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、RIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)を含む。一部の実施形態では、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)に対して置換され、または1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸は、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR2は、以下の位置のうちの1つ以上を有する置換配列を含む:位置51がVであり、位置54がKまたはTであり、位置55がSであり、位置56がSであり、位置58がGであり、位置59がIであり、位置60がKであり、または位置61がEである。一部の実施形態では、配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)に対して、1、2、3、4、5、6、7、または8個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR2は、置換配列を含み、位置51がVであり、位置54がV、KもしくはTであり、位置55がTであり、位置58がEであり、位置59がTであり、位置60がKであり、及び/または位置61がEである。一部の実施形態では、CDR2が、位置56がSである配列を含む場合、CDR1は、位置33にWを含む。一部の実施形態では、CDR2は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有するか、または配列RIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも60%の同一性、もしくは少なくとも70%の同一性を有する。一部の実施形態では、CDR2配列は、配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)またはRIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)と、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、VのCDR3配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)(Y/D)(K/N/S)(S/R)YYYMDV(配列番号1747)を含む。一部の実施形態では、CDR3は、表2に示されるCDR3配列のうちのいずれか1つを含む。一部の実施形態では、CDR3は、表2に示されるCDR3配列を含み、表2のCDR3配列に対して、1、2、3、4、5、6、7、8、または9個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、CDR3は、位置99にV、位置100にT、位置108にR、位置111にD、位置112にR、位置116にY、及び/または位置120にSを含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1751)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1752)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1753)、T(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)YNSYYYMDV(配列番号1754)、またはT(S/T)SFCCRGG(R/S)CPS(H/R)DTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1755)を含む。一部の実施形態では、VCDR3は、配列T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YKSYYYMDV(配列番号1758)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DSRYYYMDV(配列番号1759)、T(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)YNRYYYMDV(配列番号1760)、またはT(S/T)SFCCRGGSCPSHDTS(Y/F)CGG(Q/S)DKRYYYMDV(配列番号1761)を含む。
領域
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、表1Aに示される配列番号123~168のうちのいずれか1つのV配列の1つ、2つ、または3つのCDRを有する。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV配列と比較して、Vアミノ酸配列に少なくとも1つの変異を有し、10、20、30、40、または50個以下の変異を有する。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV配列と比較して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸の挿入または欠失を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域のCDR配列に対して、欠失または挿入、例えば、1、2、3、4、5、6、または7個のアミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、Vアミノ酸配列は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域のCDR配列に対して、1アミノ酸または2アミノ酸の欠失または挿入を含み得る。一部の実施形態では、V領域は、いずれか1つの配列番号48~58のLCDR1配列に対して、1または2個の置換を有するLCDR1を含む。一部の実施形態では、LCDR1は、いずれか1つの配列番号48~58のCDR1配列に対して、3、4、または5個の置換を有する。一部の実施形態では、V領域は、配列番号59~67のうちのいずれか1つのLCDR2配列に対して、1もしくは2個、または1、2、もしくは3個の置換を有するCDR2を含む。一部の実施形態では、V領域は、いずれか1つの配列番号68~76のLCDR3配列に対して、1、2、もしくは3個、または1、2、3、もしくは4個の置換を有するCDR3を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域の対応するCDRに対して、CDR1、CDR2、及びCDR3と少なくとも70%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含み、各々、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域の対応するCDR1、CDR2、及びCDR3と、少なくとも80%の同一性を有する。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域のCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、表1AのAIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-104188、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-192482、AIP-122563、またはAIP-171142として指定される抗体のCDR1、CDR2、及びCDR3を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のV領域は、例示的な抗体のFab結晶構造に基づく、本段落で指定されるように、平方オングストロームに関して、各CDR側鎖の溶媒曝露を有する。埋没(buried)、中間(intermediate)、または曝露(exposed)としての分類は、それぞれ、約10Ang未満、約10~50Ang未満、または約50Ang超のカットオフ値に基づく。位置は、表1Aに提供される配列番号123~168のV領域配列のうちのいずれか1つを参照して決定される。したがって、一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体V領域は、CDR1を含み、位置23が曝露、位置24が中間、位置25及び26が曝露、位置27及び28が中間、位置29、30、及び31が曝露、位置32、33、及び34が中間、位置35が曝露である。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のVは、CDR2を含み、位置51、52、53、54、55、56、及び57が曝露である。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のVは、CDR3を含み、位置90が曝露、位置91が埋没、位置92が曝露、位置93が埋没、位置94、95、96、及び97が曝露、位置99が中間、位置100が曝露である。一部の実施形態では、「埋没」と分類される残基は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域のCDRに対する置換を含み、これは、電荷及びおよそのサイズを維持して抗体立体構造を維持する保存的置換である。一部の実施形態では、「曝露」と分類される残基は、例えば、保存的置換により、または表1Aの親抗体と比較して、がん細胞との改善された結合を提供する残基で置換される。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、軽鎖CDR1配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含む。一部の実施形態では、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)に対して、1、2、3、4、または5個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、位置28は、YまたはHである。一部の実施形態では、位置30は、Eである。一部の実施形態では、位置32は、Nである。一部の実施形態では、位置33は、YまたはFである。一部の実施形態では、位置35は、DまたはEである。一部の実施形態では、CDR1は、配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)と、少なくとも60%の同一性、少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも90%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、軽鎖CDR2配列(K/R)(N/D)(N/D)QRPS(配列番号1771)を含む。一部の実施形態では、CDR2は、表1Bに示されるCDR2配列を含む。一部の実施形態では、CDR2は、CDR2配列KNNQRPS(配列番号59)を含む。一部の実施形態では、1、2、または3アミノ酸は、配列KNNQRPS(配列番号59)に対して置換される。例えば、一部の実施形態では、位置51がR、位置52がD、及び/または位置53がDである。一部の実施形態では、CDR2配列は、配列KNNQRPS(配列番号59)と、少なくとも60%または少なくとも70%の同一性を有する。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、VのCDR3配列STWD(D/E)SLSV(R/W)V(配列番号1772)を含む。一部の実施形態では、CDR3配列は、STWD(D/E)SLSVRV(配列番号1762)を含む。一部の実施形態では、CDR3は、表1に示されるCDR3配列を含む。一部の実施形態では、CDR3配列は、STWDDSLSVRV(配列番号68)またはSTWDESLSVRV(配列番号73)を含む。一部の実施形態では、配列STWDDSLSVRV(配列番号68)またはSTWDESLSVRV(配列番号73)に対して、1、2、または3個のアミノ酸が置換される。例えば、一部の実施形態では、位置90がA、位置91がI、及び/または位置97がGである。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のV領域のFR1領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置1~22のFR1配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置1~22のFR1配列と少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR1は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置1~22のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のV領域のFR2領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置36~50のFR2配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置36~50のFR2配列と、少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR2は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置36~50のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体のV領域のFR3領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置58~89のFR3配列と、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置58~89のFR3配列と、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、FR3は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置58~89のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、V領域のFR4領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の位置101~110のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、FR4領域は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列のV領域配列の対応する配列に対して、位置101~110のうちの1つまたは2つに置換を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、本節の先行段落に記載されるV領域のCDR1、CDR2、及び/またはCDR3を含む。一部の実施形態では、VのCDR配列のうちの1つまたは2つは、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列の示されるCDR配列を含む。一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、本節の先行段落に記載のV領域のCDR1、CDR2、及び/またはCDR3を含み、配列番号123~168のV配列のうちのいずれか1つと、少なくとも70%の同一性、少なくとも75%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも85%の同一性、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、配列番号123~168のうちのいずれか1つのV領域配列のCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、表1Aに示される対応するV領域配列と、少なくとも70%の同一性、少なくとも75%の同一性、少なくとも80%の同一性、または少なくとも85%の同一性、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、表1のAIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-104188、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-192482、AIP-122563、またはAIP-171142として指定される抗体のCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、表1Aに示される対応するV配列に対して、少なくとも80%または少なくとも90%の同一性を含む。
例示的な抗体
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を通して腫瘍組織に結合する抗腫瘍抗体が、本発明に提供され、抗体は、表1の抗体の重鎖及び軽鎖のCDRを含み、本明細書に記載のように、AIP名称:AIP-101235、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-125258、AIP-150199、AIP-115388、AIP-143369、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、AIP-160470、AIP-192482、AIP-171142、AIP-157397、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-104188、AIP-106042、AIP-100196、AIP-180675、AIP-170105、AIP-126080、AIP-161571、AIP-181246、AIP-192216、AIP-168605、AIP-172872、AIP-190051、AIP-167533、AIP-112580、AIP-136060、またはそのバリアントを有する。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1~8のうちのいずれか1つのHCDR1、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号9~19のうちのいずれか1つのHCDR2、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号20~47のうちのいずれか1つのHCDR3、または配列に対して1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号48~58’のうちのいずれか1つのLCDR1、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号59~67のうちのいずれか1つのLCDR2、または配列に対して1、2、もしくは3個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び配列番号68~76のうちのいずれか1つのLCDR3、または配列に対して1、2、3、4、もしくは5個のアミノ酸が置換されているそのバリアントを含む。一部の実施形態では、置換のうちの少なくとも1つまたは2つは、保存的置換である。一部の実施形態では、参照CDR配列に対する置換のうちの少なくとも50%、または少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%は、保存的置換である。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号1~8のうちのいずれか1つのHCDR1、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号9~19のうちのいずれか1つのHCDR2、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号20~47のうちのいずれか1つのHCDR3、または配列に対して1、2、もしくは3個、または1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号48~58のうちのいずれか1つのLCDR1、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、配列番号59~67’のうちのいずれか1つのLCDR2、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアント、及び配列番号68~76のうちのいずれか1つのLCDR3、または配列に対して1もしくは2個のアミノ酸が置換されているそのバリアントを含む。一部の実施形態では、置換のうちの少なくとも1つまたは2つは、保存的置換である。
一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を介して腫瘍組織に結合する抗体が、本明細書に提供され、抗体は、(a)重鎖可変領域であって、(i)配列GF(T/V)(F/Y)(S/A)XAWM(S/T)(配列番号1728)を有するHCDR1であって、Xが、K、A、またはMである、HCDR1、(ii)RIK(S/A)X(D/E)(G/A)X10T(D/E)YAA(P/S)VKG(配列番号1729)の配列を有するHCDR2であって、Xが、V、N、A、またはTであり、Xが、T、Q、S、D、またはHであり、Xが、E、H、K、またはGであり、X10が、T、Q、またはIである、HCDR2、(iii)(I/T)(S/T)SFCC(H/R)(G/S)X10CPSX14(D/E)TS(F/Y)CX20(G/N)X22232425(F/Y)Y(F/Y)(M/V)(D/N)X31(配列番号1730)の配列を有するHCDR3であって、Xが、A、G、K、またはNであり、X10が、N、Q、R、またはSであり、X14が、H、R、またはSであり、X20が、A、G、またはNであり、X22が、Q、S、またはYであり、X23が、D、F、N、またはYであり、X24が、A、K、N、P、またはSであり、X25が、D、Q、R、またはSであり、X31が、I、P、またはVである、HCDR3を含む、重鎖可変領域と、(b)軽鎖可変領域であって、(i)SG(S/A)X(S/T)(D/N)IGSSX11VX13(配列番号1731)の配列を有するCDRL1であって、Xが、S、P、またはKであり、X11が、S、Y、またはTであり、X13が、S、Y、またはTであるCDRL1、(ii)(K/M)(D/N)XR(A/P)X(配列番号1732)の配列を有するCDRL2であって、Xが、S、N、またはTであり、Xが、L、Q、またはAであり、Xが、Q、S、Y、またはLである、CDRL2、及び(iii)(A/S)(S/T)W(D/N)X(L/N)X(I/V)R(I/V)(配列番号1733)の配列を有するCDRL3であって、Xが、E、D、またはNであり、Xが、S、A、またはQであり、Xが、N、S、またはTである、CDRL3を含む、軽鎖可変領域と、を含む。
一部の実施形態では、抗体のHCDR1配列において、HCDR1の位置3が、Tであり、位置4が、Fであり、位置5が、Sであり、位置6が、Kであり、及び/または位置10が、Sである。特定の実施形態では、抗体のHCDR1は、GFTFSKAWMS(配列番号1)の配列を有する。他の実施形態では、抗体のHCDR1は、GFTFSAAWMS(配列番号4)、GFVFSKAWMS(配列番号7)、GFTFAKAWMS(配列番号6)、GFTYSKAWMS(配列番号5)、GFTFSMAWMS(配列番号3)、GFTYSAAWMS(配列番号2)、及びGFTFSKAWMT(配列番号8)のうちのいずれか1つの配列を有する。
一部の実施形態では、抗体のHCDR2配列において、HCDR2の位置4が、Sであり、位置5が、Vであり、位置6が、Tであり、位置7が、Dであり、位置8が、Gであり、位置9が、Eであり、位置10が、Tであり、位置12が、Dであり、及び/または位置16が、Pである。特定の実施形態では、抗体のHCDR2は、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)の配列を有する。他の実施形態では、抗体のHCDR2は、RIKSVTDGEQTDYAAPVKG(配列番号18)、RIKAADDGKQTDYAAPVKG(配列番号19)、RIKSVTDGETTEYAASVKG(配列番号504)、RIKAVHDGETTDYAAPVKG(配列番号10)、RIKSNTDAETTDYAAPVKG(配列番号11)、RIKSVQDGETTDYAAPVKG(配列番号12)、RIKSVTDGHTTDYAAPVKG(配列番号13)、RIKSVTDGGITDYAAPVKG(配列番号14)、RIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)、RIKSTSDGGITDYAAPVKG(配列番号16)、または、及びRIKSVTEGETTDYAAPVKG(配列番号17)のうちのいずれか1つの配列を有する。
一部の実施形態では、抗体のHCDR3配列において、HCDR3の位置1が、Tであり、位置2が、Sであり、位置7が、Rであり、位置8が、Gであり、位置9が、Gであり、位置10が、Sであり、位置14が、Hであり、位置15が、Dであり、位置18が、Yであり、位置20が、Gであり、及び/または位置21が、Gである。特定の実施形態では、抗体のHCDR3は、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGYYKSYYYMDV(配列番号33)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)、及びTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSFYYMDV(配列番号28)のうちのいずれか1つの配列を有する。他の実施形態では、抗体のHCDR3は、TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)、ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYFMDV(配列番号29)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)、ISSFCCHSNNCPSSDTSYCNGYYKQYYFMDV(配列番号26)、ISSFCCRGKQCPSSDTSYCGGQFKSYYFMDV(配列番号25)、ISSFCCRGKQCPSSDTSYCNGYYADYYFMDV(配列番号24)、TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)、TTSFCCRGASCPSSDTSYCAGSYKSYYFVNI(配列番号22)、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQDSRYYYMDV(配列番号42)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGSYKSYYYMDV(配列番号41)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号37)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDSRYYYMDV(配列番号40)、TTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYKSYYYMDV(配列番号39)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)、TTSFCCRGGRCPSRDTSFCGGQYNSYYYMDV(配列番号38)、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQYNRYYYMDV(配列番号36)、及びTTSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号35)のうちのいずれか1つの配列を有する。
一部の実施形態では、抗体のLCDR1配列において、位置3が、Sであり、位置4が、Sであり、位置5が、Sであり、位置6が、Nであり、位置11が、Sであり、及び/または位置13が、Sである。特定の実施形態では、抗体のLCDR1は、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)の配列を有する。他の実施形態では、LCDR1は、SGSKSNIGSSYVS(配列番号50)、SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)、SGSKSNIGSSSVY(配列番号55)、SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)、SGASSNIGSSSVS(配列番号52)、SGSSTNIGSSTVS(配列番号53)、SGSKSNIGSSSVS(配列番号51)、及びSGSSTNIGSSSVT(配列番号49)のうちのいずれか1つの配列を有する。
一部の実施形態では、抗体のLCDR2配列において、位置1が、Kであり、位置2が、Nであり、位置3が、Nであり、位置4が、Qであり、位置6が、Pであり、及び/または位置7が、Sである。特定の実施形態では、LCDR2は、KNNQRPS(配列番号59)の配列を有する。他の実施形態では、LCDR2は、KNNQRPY(配列番号66)、KDNQRPS(配列番号62)、KNTQRPS(配列番号65)、KNNARPY(配列番号64)、KNTQRAS(配列番号63)、MNNQRPY(配列番号61)、及びKDNQRPL(配列番号60)のうちのいずれか1つの配列を有する。
一部の実施形態では、抗体のLCDR3配列において、LCDR3の位置1が、Sであり、位置2が、Tであり、位置4が、Dであり、位置5が、Dであり、位置6が、Sであり、位置7が、Lであり、位置8が、Sであり、位置9が、Vであり、及び/または位置11が、Vである。特定の実施形態では、抗体のLCDR3は、STWDDSLSVRV(配列番号68)の配列を有する。他の実施形態では、LCDR3は、STWDDALSVRV(配列番号72)、SSWDDSNSVRI(配列番号71)、ATWDDQLSVRV(配列番号69)、ATWDDSLTVRI(配列番号76)、ATWDNSLSIRV(配列番号70)、及びSTWDESLSVRV(配列番号73)のうちのいずれか1つの配列を有する。
本明細書に記載の抗体において、HCDR1は、GFTFSKAWMS(配列番号1)、GFTFSAAWMS(配列番号4)、及びGFTFSKAWMT(配列番号8)のうちのいずれか1つの配列を有することができ、HCDR2は、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)及びRIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)のうちのいずれか1つの配列を有することができ、HCDR3は、TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)、TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)、ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)、及びTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)のうちのいずれか1つの配列を有することができ、LCDR1は、SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)、SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)、及びSGSKSNIGSSSVS(配列番号51)のうちのいずれか1つの配列を有することができ、LCDR2は、KNNQRPS(配列番号59)及びKDNQRPS(配列番号62)のうちのいずれか1つの配列を有することができ、LCDR3は、STWDDALSVRV(配列番号72)、STWDDSLSVRV(配列番号68)、SSWDDSNSVRI(配列番号71)、及びATWDNSLSIRV(配列番号70)のうちのいずれか1つの配列を有することができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)、及びEVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)のうちのいずれか1つの配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の相同性を有する配列を有することができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)、及びQSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)のうちのいずれか1つの配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の相同性を有する配列を有することができる。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、GFTFSKAWMS(配列番号1)の配列を有するHCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)の配列を有するHCDR2、TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)の配列を有するHCDR3、SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)の配列を有するLCDR1、KNNQRPS(配列番号59)の配列を有するLCDR2、及びSTWDDALSVRV(配列番号72)の配列を有するLCDR3を含むことができる。一部の実施形態では、抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)の配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有し、抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)の配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、GFTFSKAWMS(配列番号1)の配列を有するHCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)の配列を有するHCDR2、TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)の配列を有するHCDR3、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)の配列を有するLCDR1、KNNQRPS(配列番号59)の配列を有するLCDR2、及びSTWDDSLSVRV(配列番号68)の配列を有するLCDR3を有することができる。一部の実施形態では、抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)の配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有し、抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)の配列と少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、GFTFSKAWMS(配列番号1)の配列を有するHCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)の配列を有するHCDR2、TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)の配列を有するHCDR3、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)の配列を有するLCDR1、KNNQRPS(配列番号59)の配列を有するLCDR2、及びSTWDDSLSVRV(配列番号68)の配列を有するLCDR3を有することができる。一部の実施形態では、抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)の配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有し、抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)の配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、GFTFSAAWMS(配列番号4)の配列を有するHCDR1、RIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)の配列を有するHCDR2、ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)の配列を有するHCDR3、SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)の配列を有するLCDR1、KDNQRPS(配列番号62)の配列を有するLCDR2、及びSSWDDSNSVRI(配列番号71)の配列を有するLCDR3を有することができる。一部の実施形態では、抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)の配列と、少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有し、抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)の配列と少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、GFTFSAAWMS(配列番号4)の配列を有するHCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)の配列を有するHCDR2、ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)の配列を有するHCDR3、SGSKSNIGSSSVS(配列番号51)の配列を有するLCDR1、KDNQRPS(配列番号62)の配列を有するLCDR2、ATWDNSLSIRV(配列番号70)の配列を有するLCDR3を有することができる。一部の実施形態では、抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)の配列と少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有し、抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)の配列と少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、GFTFSKAWMS(配列番号1)の配列を有するHCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)の配列を有するHCDR2、TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)の配列を有するHCDR3、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)の配列を有するLCDR1、KNNQRPS(配列番号59)の配列を有するLCDR2、及びSTWDDSLSVRV(配列番号68)の配列を有するLCDR3を有することができる。一部の実施形態では、抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)の配列と少なくとも90%の同一性(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)を有する配列を有し、抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)の配列と少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、GFTFSKAWMT(配列番号8)の配列を有するHCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)の配列を有するHCDR2、TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)の配列を有するHCDR3、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)の配列を有するLCDR1、KNNQRPS(配列番号59)の配列を有するLCDR2、及びSTWDDSLSVRV(配列番号68)の配列を有するLCDR3を有することができる。一部の実施形態では、抗体の重鎖可変領域は、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)の配列と少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有し、抗体の軽鎖可変領域は、QSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)の配列と少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の同一性を有する配列を有する。
一態様では、本明細書に記載されるV及びVの領域(例えば、表1に記載されるV及びVの領域)を有する抗体、またはヒトIgG1定常領域及び/またはヒトラムダ定常領域をさらに含むそのバリアントが、本明細書に提供される。一部の実施形態では、抗体は、重鎖配列ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号1721)、または配列番号1721と少なくとも90%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1721のアミノ酸配列を含み、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸が変異され、例えば、FcR結合、エフェクター機能、グリコシル化、及び/または安定性を調節する。一部の実施形態では、抗体は、軽鎖配列GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLVSDFYPGAVTVAWKADGSPVKVGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCRVTHEGSTVEKTVAPAECS(配列番号1722)を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1722と、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%以上の同一性を有する配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗体のV領域は、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むCDR2、及びTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むCDR3、ならびにV領域は、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を複合するCDR1、KNNQRPS(配列番号59)を含むCDR2、及びSTWDDSLSVRV(配列番号68)を含むCDR3を有する。一部の実施形態では、かかる抗体は、ヒトIgG1及び/またはヒトラムダ定常領域を含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号94のアミノ酸配列を含み、V領域は、配列番号140のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、重鎖配列ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号1721)、または配列番号1721と少なくとも90%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1721のアミノ酸配列を含み、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸が変異され、例えば、FcR結合、エフェクター機能、グリコシル化、及び/または安定性を調節する。一部の実施形態では、抗体は、軽鎖配列GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLVSDFYPGAVTVAWKADGSPVKVGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCRVTHEGSTVEKTVAPAECS(配列番号1722)を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1722と、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%以上の同一性を有する配列を含む。一部の実施形態では、本発明の抗体は、重鎖配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号1723)及び軽鎖配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLVSDFYPGAVTVAWKADGSPVKVGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCRVTHEGSTVEKTVAPAECS(配列番号1724)を含む。
一態様では、本明細書に記載されるV及びVの領域を含む抗体(例えば、表1Aに記載されるV及びV領域を有する抗体)またはそのバリアントが、本明細書に提供され、ヒトIgG1定常領域及び/またはヒトラムダ定常領域をさらに含む。一部の実施形態では、抗体は、重鎖配列ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号1721)、または配列番号1721と少なくとも90%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1721のアミノ酸配列を含み、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸が変異され、例えば、FcR結合、エフェクター機能、グリコシル化、及び/または安定性を調節する。一部の実施形態では、抗体は、軽鎖配列GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLVSDFYPGAVTVAWKADGSPVKVGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCRVTHEGSTVEKTVAPAECS(配列番号1722)を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1722と、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%以上の同一性を有する配列を含む。
一部の実施形態では、本発明の抗体のV領域は、GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むCDR1、RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むCDR2、及びTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むCDR3、ならびにV領域は、SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を複合するCDR1、KNNQRPS(配列番号59)を含むCDR2、及びSTWDDSLSVRV(配列番号68)を含むCDR3を有する。一部の実施形態では、かかる抗体は、ヒトIgG1及び/またはヒトラムダ定常領域を含む。一部の実施形態では、V領域は、配列番号8のアミノ酸配列を含み、V領域は、配列番号29のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、重鎖配列ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(配列番号1721)、または配列番号43と少なくとも90%の同一性を有するそのバリアントを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号43のアミノ酸配列を含み、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸が変異され、例えば、FcR結合、エフェクター機能、グリコシル化、及び/または安定性を調節する。一部の実施形態では、抗体は、軽鎖配列GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLVSDFYPGAVTVAWKADGSPVKVGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCRVTHEGSTVEKTVAPAECS(配列番号1722)を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号1722と、少なくとも90%の同一性、または少なくとも95%以上の同一性を有する配列を含む。
バリアント結合活性
活性
細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を通して腫瘍組織に結合する、及び/または抗腫瘍性免疫応答を含む免疫応答を誘導するために有用な抗体のバリアントは、様々なアッセイを使用して同定することができる。好ましい実施形態では、本明細書に記載の腫瘍結合抗体の結合標的は、腫瘍細胞がインビボで増殖する場合は、細胞外に存在するが、標準的な培養条件下でインビトロで増殖させた腫瘍細胞では、細胞外に存在しない。したがって、バリアント活性を評価するための結合アッセイは、腫瘍組織、またはエクスビボの腫瘍細胞(例えば、同系(免疫適合)マウスにおいて腫瘍移植片として腫瘍細胞をインビボで増殖させ、次いで回収し、24~48時間以内に処理した腫瘍細胞)で行われる。結合は、フローサイトメトリーを含む任意の数の手段によって評価することができる。しかしながら、本出願では、腫瘍結合抗体は、FcγRIIaに結合するFc領域を含む型式で提供される場合、FcγRIIaと会合する能力も有する。あるアッセイでは、バリアント結合活性は、Fc受容体エンゲージメントアッセイで評価される。バリアントを試験する目的で、バリアント抗体が、シグナルを伝達するような様式で、そのFv領域を介して標的腫瘍細胞と、抗体のFc領域を介して免疫細胞上に存在するFcγRとの両方に結合する場合、Fc受容体の「エンゲージメント(engagement)」が生じる。Fv領域が異なるバリアント間で、Fc領域が一定に維持される場合、アッセイにより、特定のFc受容体への特定のFc領域の結合を介した潜在的なシグナル伝達の文脈で、かかるバリアントにわたる腫瘍結合活性の評価が可能になる。一部の実施形態では、抗体のFc領域の結合により、FcRのクラスタリング及び/または内在化がもたらされ、NFAT-RE-ルシフェラーゼレポーター構築物を保有する細胞で発光シグナルが得られる。
好ましいアッセイでは、バリアント抗体の結合活性は、FcγRIIaエンゲージメントアッセイにおいて上に記載のように、エクスビボの腫瘍細胞を使用して評価される。特定の実施形態では、抗体の標的及びFcγRの両方への結合は、シグナルの生成をもたらす。かかるアッセイでは、EC50値が決定され、一部の実施形態では、以下に記載されるように、デルタ活性値も決定される。例示的なアッセイでは、バリアントは、FcγRIIa-H Promegaレポーターアッセイで試験することができる。他のアッセイも利用可能であり、例えば、BPS Bioscienceは、CD32aレポーター細胞株を使用した同様のアッセイを提供する。代替的なアッセイとしては、CD16aレポーター細胞株を使用することが挙げられ、PromegaまたはInvivogenのいずれかから入手可能である。
以下のアッセイは、好ましくは、腫瘍で発現された標的に特異的に結合し、FcγRIIaを活性化する、抗体の結合活性を測定するために使用される。このアッセイ(FcγRIIa-H ADCPアッセイ)は、Promegaから入手可能であり、ヒトFcγRIIa-H(高親和性H131バリアント)及びNFAT誘導ルシフェラーゼを安定して発現するJurkat細胞を用いる。標的細胞に結合する試験抗体のFc領域によるJurkatエフェクター細胞へのFcγRのエンゲージメント後、Jurkat細胞でNFAT-RE媒介性ルシフェラーゼ活性をもたらす細胞内シグナルが生成され、定量され得る。バリアントを分析するために使用されるアッセイは、以下の「詳細な方法論」の節で詳述される。アッセイは、以下にさらに詳述されるように行うことができる。
結合活性は、EC50値を決定することによって評価され、一部の実施形態では、デルタ活性(すなわち、既知のインビトロ活性を有する選択された抗体の活性のパーセントとして表される活性化曲線の下部プラトーと上部プラトーとの間の特異的活性の差)を追加的に決定することによって評価される(実施例8も参照のこと)。典型的な実施形態では、EC50値は、参照抗体と比較される。本開示の目的のために、マウス腫瘍モデルを使用してエクスビボ結合を試験する場合、AIP-160470のV及びVの領域ならびに参照抗体としてマウスIgG2a Fc領域を含む抗体を用い、参照抗体に対してバリアント活性を評価するためのアッセイに含まれる。EC50の倍率は、参照抗体のEC50を、試験抗体のEC50で割ることによって計算される。得られた値に基づいて、抗体を群に割り当て、以下のように0~4の順位を与えた。0=(500nM超)、1=0.5未満、2=0.5~2、3=2~4、4=4超。
各ステップのプロトコルを以下に示す。
インビボでのBalb/cマウスにおけるEMT6腫瘍の接種と増殖
1. EMT6細胞を、FBS不含ウェイマス培地に懸濁し、5×10細胞/mLにする。
a.1つのT225細胞培養フラスコから、約18~24×10個の生細胞が得られる。
2. 残りの手順の間、細胞を氷上に保つ。
3. 8週齢のBALB/c雌マウスを、イソフルラン吸入を使用して麻酔する。
25G針を備えた1mlのシリンジを使用して、200μlの細胞懸濁液(合計1x10細胞)を、マウスの剃毛された左脇腹に皮下注入し、注入中は、シリンジへの逆流または注入部位からの漏出によって細胞が失われないようにする。
5. 接種後の細胞数及び生存率を確認する
a.10%の範囲内(window)である必要がある。
6. ノギスを使用して腫瘍増殖を監視する。

EMT6腫瘍を回収し、エクスビボ細胞バンクを調製する
1. 腫瘍が500~800mmに達したら腫瘍を回収し、ノギスを使用して測定する。
2. 周囲の皮膚及び筋肉をすべて取り出す。
3. 腫瘍を、氷上の1/500希釈(100μg/mL)のプリモシンを含むRPMI培地に移す。4.(腫瘍をプールし、体積に比例してスケールすることができる)
5. 腫瘍消化混合物を調製する(1腫瘍あたり)。
a.3.3mlのCa2+Mg2+含有HBSS
b.33μlのコラーゲナーゼA(最終濃度:0.2mg/ml)
c.33μlのディスパーゼII(最終濃度:0.8mg/ml)
d.17μlのDNase(最終濃度:0.02mg/ml)
e.6.6μlのプリモシン
f.混合し、0.22ミクロンの酢酸セルロースフィルターを通して濾過して、滅菌する。
6. RPMIから腫瘍を回収する。腫瘍を小片に切断し、1腫瘍あたり1mlの消化混合物を添加する。7.キャップ付きFACSチューブ、または15もしくは50mlスクリューキャップチューブのいずれかの中で、連続的に15分間回転させながら、37℃でインキュベートする。
8. 細胞を30秒間沈降させる。
9. 1mlピペットで上清を慎重に除去し、氷上で、100μg/mLの濃度のプリモシンを含む純粋なFBSを、3ml添加する。
10. さらに1mlの消化混合物を添加し、2回繰り返す(合計3回)。
11. (1mlピペットチップの上部を切り取り、消化ステップ間の機械的解離に使用してもよい)
12. 最後の消化後、細胞懸濁液を1mlのマイクロピペットチップを通す必要がある。
13. FBS中に回収された細胞を、100ミクロンのセルストレーナーを通して濾過して、新しい50mlチューブに入れる。
14. 300×gで、4℃で10分間遠沈する。
15. 上清を除去し、1mlの純粋なFBS(100μg/mLのプリモシンを含む)中で細胞を再懸濁する。
16. 細胞をカウントし、FBS(100μg/mLのプリモシンを含む)で6×10細胞/mlに調整する
a.デブリのため、Countess IIまたは血球計数器での細胞計数は不正確である可能性がある。i.有核細胞を1:1000のDraq5(ストック濃度5mM)で染色し、APCチャネルのフローサイトメーターでカウントすることが推奨される。
ii.1:1000でDAPIを添加すると、有核集団の生細胞のゲーティングが可能になる(紫外線レーザーが必要)。
1. 1mLのPBSに1μlのDraq5(5mMストック)及び1μlのDAPIを添加して、染色液を調製する。
2. 丸底96ウェルに40μlの染色液を加える。3.細胞懸濁液を10μl添加し、よく混合する。
4. 暗所で、室温で5分間インキュベートする。
5. 試料をフローで分析する。
a.最初にDraq5(APCチャネル)陽性細胞に対してゲーティングする。
b.Draq5陽性集団内のDAPI(BV421チャネル)陰性細胞を決定する。
6. フローサイトメーターで事象/μlを測定することができる場合、細胞数を直接計算することができる(Cytflexはそれを行うことができる)。
7. フローサイトメーターで事象/μlを測定することができない場合(ほとんどのBD機器のように)、細胞数を取得するためにビーズカウンティングを追加する必要がある。
b.生存率は75%超である必要がある。
17. 細胞を、FBS(100μg/mLのプリモシン)で、4×10細胞/mlに再懸濁する。
18. 20%のDMSO及び100μg/mLのプリモシンを含むFBSを等量添加する。
19. 上下にピペッティングしてよく混合する。
20. 細胞懸濁液を凍結チューブに1ml(2×10細胞)アリコートし、-80℃で凍結する。
a.約10×10細胞/腫瘍の細胞数が予想される。
21. 翌日、長期保管用の液体窒素に移す。
a.1つの試料バイアルを取り、プロトコル「エクスビボ細胞の解凍」に従って解凍する。b.細胞数の対照を取る。

エンゲージメントアッセイのためのエクスビボEMT6細胞の使用
エクスビボ細胞の解凍
1. バイアルを、37℃の水浴中で解凍する。
2. バイアルの内容物を、50mlコニカルチューブに移す。
3. 懸濁液を渦巻くように混ぜながら、19mLのRPMI+2%FBSを細胞に一滴ずつ添加する。
4. 300×gで、4℃で5分間遠沈する。
5. 1mLのPBS+2%のFBS+2mMのEDTAに再懸濁する。
6. 300×gで、4℃で5分間遠沈する。
7. 2mLのアッセイ緩衝液(RPMI1640+4%の低IgG血清)に再懸濁する。
8. 1mlのアッセイ緩衝液に再懸濁する。
9. 細胞をカウントし、アッセイ緩衝液中で0.5×10細胞/mlに調整する
a.C;16a節に記載されているように、細胞計数を行う。

FcγRIIaエンゲージメントアッセイ(Promegaキット、#G9991)
1. アッセイ緩衝液中の抗体の連続希釈液を、1.5倍過剰で調製する。
a.総アッセイ体積は75μl。
b.開始濃度は10-6M。
c.6点の用量反応曲線における3重の対数希釈。
2.白色の平底96ウェルプレートに、25μlの抗体希釈液を加える。
a.内側60ウェルのみを使用する。
b.未使用のウェルを、75μlのアッセイ緩衝液で満たす。
3. 25ulのエクスビボ細胞を、抗体希釈液を含む各ウェルに添加する。
a.プレートを軽くたたいて、細胞と抗体を混合する。
4. 37℃、5%CO2で15分間インキュベートする。
5. FcγRIIa-Hエフェクター細胞(0.62mL)(Promegaキット、3G991)のバイアルを、37℃の水浴中で解凍する。
a.解凍後すぐに、バイアルを37℃から取り出す。
6. バイアルの内容物を、5.3mLのアッセイ緩衝液を含むコニカルチューブに移す。
7. チューブを4~5回反転させて混合する
8. 細胞をカウントし、0.5×10細胞/mlに調整する。
a.通常の細胞計数器または血球計数器を使用して、細胞計数を行うことができる。
9.25μlのFcγRIIa-Hエフェクター細胞を、オプソニン化標的細胞に添加する。
a.E:T比は1:1。
10. プレートを前後に軽く振って内容物を混合する(総容量75μl)。
11. 37℃、5%CO2で5時間インキュベートする。
12. 5時間後、Bio-Glo(商標)のボトルをすべて加えて、Bio-Gloルシフェラーゼ溶液を調製する。
Bio-Gloルシフェラーゼアッセイ基質にアッセイ緩衝液を入れる(キットあたり合計10mL)。
13.インキュベーターからプレートを取り出す。
14. 75ulのBio-Glo(商標)混合物を各反応ウェルに添加する。
15. 暗所で、室温で15分間インキュベートする。
16. 好適なプレートリーダーで、発光を測定する。
17. 曲線をプロットし、EC50値を計算する。

試薬及び緩衝液
EMT6完全培地(通常増殖培地、NGM)
ウェイマスのMB752/1培地+2mMのL-グルタミン+15%のウシ胎仔血清(FBS)+1%のペニシリン/ストレプトマイシン
アッセイ緩衝液
RPMI1640+4%の低IgGウシ胎仔血清(FBS)
コラーゲナーゼA(Sigma-Aldrich、#10103586001)
1. Ca2+Mg2+含有HBSSを添加して、50mg/mlのストック溶液を作製する。
2. チューブを複数回反転させる。
3. 室温で5分間インキュベートする。
4. 1.5mlスナップキャップチューブにアリコートする。
5. -20℃で、最大1ヶ月間保存する。
6. 凍結/融解サイクルを繰り返さない。
ディスパーゼII(Sigma-Aldrich、#D4693-1G)
1. 1gのディスパーゼIIを、10mMの酢酸ナトリウム
(pH7.5)及び5mMの酢酸カルシウムを含む10mLの分子生物学的グレードの水を用いて再構築する。
2. チューブを複数回反転させる。
3. 室温で60分間インキュベートする。
4. 1.5mlスナップキャップチューブにアリコートする。
5. 4℃で、最大1ヶ月間保存する。
DNAse(Sigma-Aldrich、#4536282001)
1. Ca2+Mg2+含有HBSSを添加して、2mg/mlのストック溶液を作製する。
2. チューブを複数回反転させる。
3. 室温で5分間インキュベートする。
4. 1.5mlスナップキャップチューブにアリコートする。
5. -20℃で、最大7日間保存する。
6. 凍結/融解サイクルを繰り返さない。
抗体はまた、実施例の節に記載されるように、インビボアッセイを使用して、インビボで抗腫瘍機能について試験することもできる。本明細書に記載される抗体のバリアントは、典型的には、インビボで抗腫瘍活性を測定するために、同じアッセイ条件下で評価するとき、表1に示される参照抗体の少なくとも50%、または少なくとも60%、または70%、またはそれ以上の抗腫瘍活性を有する。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、参照抗体と比較して、改善された活性(すなわち、100%超の活性)を示す。
抗体の結合標的
一態様では、腫瘍組織に結合する抗腫瘍抗体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、本発明の抗体は、mRNAを含み、mRNA結合タンパク質をさらに含む、細胞外RNA-タンパク質複合体を標的とする。典型的な実施形態では、腫瘍結合抗体は、細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を通して結合する。一部の実施形態では、RNA-タンパク質複合体は、ポリアデニル化RNAを含む。一部の実施形態では、RNA-タンパク質複合体は、mRNAを含む。かかる複合体はまた、リボソームRNA及び/またはマイクロRNA及び/または長鎖非コードRNAなどの他のタイプのRNAを含んでいてもよい。一部の実施形態では、RNA-タンパク質複合体は、ポリアデニル化RNA及び/またはmRNA前駆体を含む。一部の実施形態では、抗体は、RNAタンパク質複合体中に存在するRNA結合タンパク質に直接結合する。他の実施形態では、抗体は、RNA結合タンパク質と相互作用するタンパク質に結合し得る。他の実施形態では、抗体のタンパク質への結合は、RNAに依存する。一部の実施形態では、抗体は、RNA及びタンパク質に同時に結合することができる。一部の実施形態では、抗体は、RNAに結合することができる。他の実施形態では、抗体のRNAへの結合は、RNAに結合した1つ以上のRNA結合タンパク質に依存し得るか、またはタンパク質複合体中のRNAに結合する複数のタンパク質に依存し得る。
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗腫瘍抗体は、表3に記載の1、2、3個、またはそれ以上のタンパク質を含む細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する。一部の実施形態では、細胞外RNAタンパク質複合体は、以下にさらに記載されるように、ポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバーを含む。一部の実施形態では、細胞外RNA-タンパク質複合体は、ポリアデニル酸結合タンパク質のファミリーメンバー及び追加のタンパク質、例えば、表3に記載の1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、抗体は、表3に記載のタンパク質に結合する。一部の実施形態では、タンパク質は、以下にさらに記載される、ポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバーなどのRNA結合タンパク質である。一部の実施形態では、本明細書で提供される腫瘍結合抗体は、以下から選択される少なくとも1つ以上のタンパク質を含む細胞外RNA-タンパク質複合体に結合する:
ABCF1、ACIN1、ACLY、ADAR、AGO1、AGO2、AGO3、AHNAK、ATP2A2、ATXN2、BAG2、BOP1、BUB3、CAD、CASC3、CDC5L、CELF1、CLTA、CNBP、COPA、CRNKL1、DARS、DDX17、DDX18、DDX21、DDX5、DDX54、DDX6、DHX15、DHX30、DHX36、DHX57、DHX9、DICER1、DKC1、DNTTIP2、EDC4、EEF1D、EEF2、EFTUD2、EIF2AK2、EIF2S1、EIF3D、EIF3E、EIF3I、EIF4A3、EIF4G1、EIF6、ELAVL1、EPRS、FAM120A、FBL、FMR1、FTSJ3、FUBP3、FUS、FXR1、FXR2、GAR1、GEMIN4、GNL3、GRSF1、GTPBP4、HEATR1、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H3A、HNRNPA0、HNRNPA1、HNRNPA2B1、HNRNPA3、HNRNPAB、HNRNPC、HNRNPD、HNRNPDL、HNRNPF、HNRNPH1、HNRNPH3、HNRNPK、HNRNPL、HNRNPM、HNRNPR、HNRNPUL1、HNRNPUL2、IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、ILF2、ILF3、KARS、KHDRBS1、L1RE1、LARP1、MAGOHB、MAK16、MAP1B、MATR3、MBNL1、MOV10、MRTO4、MVP、MYBBP1A、MYO1B、NAT10、NCL、NHP2、NIFK、NKRF、NOL11、NOL6、NOP2、NOP56、NOP58、PABPC1、PABPC4、PCBP2、PDCD11、PES1、PGD、PLEC、PPP1CB、PRKDC、PRKRA、PRPF19、PRPF4B、PRPF8、PRRC2C、PTBP1、PTBP3、PUM1、PURA、PURB、PWP1、PWP2、RAB14、RAB2A、RACK1、RALY、RAN、RBM14、RBM34、RBM4、RBM45、RBM8A、RBMX、RCC2、RPL10A、RPL11、RPL12、RPL13A、RPL14、RPL15、RPL17、RPL18、RPL18A、RPL19、RPL21、RPL22、RPL23、RPL23A、RPL24、RPL26、RPL27、RPL29、RPL3、RPL30、RPL32、RPL34、RPL35A、RPL36、RPL4、RPL5、RPL6、RPL7、RPL7A、RPL8、RPLP0、RPLP1、RPLP2、RPS11、RPS13、RPS17、RPS23、RPS24、RPS26、RPS27A、RPS3、RPS3A、RPS5、RPS6、RPS8、RPS9、RPSA、RRBP1、RRP1、RRP9、RRS1、RSL1D1、RTCB、RUVBL2、RYDEN、SART3、SF3B3、SKIV2L2、SLC3A2、SND1、SNRNP200、SNRNP70、SNRPB、SNRPD1、SNRPD2、SNRPD3、SON、SRP68、SRP72、SRPK1、SRPK2、SRRM2、SRSF1、SRSF10、SRSF2、SRSF3、SRSF6、SRSF7、SRSF9、SSB、STAU1、STAU2、STRAP、SYNCRIP、TARBP2、TARDBP、TCOF1、TCP1、THOC2、THOC6、TNRC6A、TOP1、TRA2A、TRA2B、TRIM25、TRIM56、TTN、U2AF2、UGDH、UPF1、UTP15、UTP18、UTP4、UTP6、WDR12、WDR36、WDR43、WDR46、WDR74、WDR75、XAB2、XRCC5、XRN2、YBX1、YBX3、YTHDC2、ZC3H7A、ZC3HAV1、ZCCHC3、及びZNF326。
一部の実施形態では、ポリアデニル酸結合タンパク質のファミリーメンバーは、「ポリ(A)結合タンパク質1」(PABP-1)とも称される「ポリアデニル酸結合タンパク質1」及びRNA、例えば、ポリ(A)含有RNAである。PABP-1は、mRNAの3’ポリ(A)の尾部と会合し、真核生物の間で高度に保存されている。PABP-1は、細胞質ポリ(A)結合タンパク質1(PABPC1)遺伝子によってコードされる(例えば、NCBIの参照配列NM_002568.4の下で入手可能なヒトPABPC1の遺伝子配列を参照されたい)。本発明の目的のために、「PABPC1」は、ポリペプチドを指す「PABP-1」と互換的に使用される。ヒトPABPC1ポリペプチドの配列情報は、UniProtKB受入番号P11940で入手可能である。選択的スプライシングによって産生される2つのアイソフォームが記載されている。アイソフォーム1は、正規配列とみなされ、636アミノ酸長である(例えば、NCBIの参照配列番号NP_002559.2を参照されたい)。アイソフォーム2は、アミノ酸447~553が欠損している点で、正規配列とは異なる。本明細書で使用される「ヒトPABPC1ポリペプチド」は、ヒト染色体8q22.2-q23に位置する、ヒトPABPC1遺伝子によってコードされる任意のPABPC1ポリペプチドを含む。
一部の実施形態では、複合体を標的とする抗体が、本明細書に提供され、免疫応答及び/または抗腫瘍応答を誘発するRNA、PABPC1、及び/または追加のRNA結合タンパク質を含む。かかる複合体に含まれ得る追加のRNA結合タンパク質の例示的な例としては、PABP-4(PABPC4とも称される)などのPABPファミリーメンバーが挙げられる。一部の実施形態では、複合体は、表3に列挙されるタンパク質からなる群から選択される1つ以上のタンパク質を含み得る。一部の実施形態では、1つ以上のタンパク質は、RNA結合タンパク質である。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC1、またはRNA及びPABPC1及び/または追加のRNA結合タンパク質を含む複合体は、リボ核タンパク質(RNP)-RNA縮合体の構成要素であり、これは、変性RNPの大きくて無秩序な立体配置であり、RNAと互いに非特異的な会合を形成して、相分離して区別可能な液滴を形成する大きな集合体を形成する、(例えば、Hyman et al.,Annu Rev.Cell Dev.Biol.30:39-58,2014を参照されたい)。したがって、一部の実施形態では、PABPC1を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC1複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC1、またはRNA及びPABPC1及び/または追加のRNA結合タンパク質を含む複合体は、生体分子凝縮体の構成要素である。生体分子凝縮体は、封入膜なしで別個の分子の特定の集合体を濃縮する二次元的及び三次元的な区画である(Ditlev et al.,J.Mol.Biol.430:4666-4684,2018;Mullard,Nature Reviews 18:325,2019)。したがって、一部の実施形態では、PABPC1を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC1複合体を含む生体分子凝縮体を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC1、またはRNA及びPABPC1及び/または追加のRNA結合タンパク質を含む複合体は、ストレス顆粒の構成要素であるか、そうでなければストレス顆粒と複合体化されている。本明細書で使用される「ストレス顆粒」は、典型的には、細胞質に形成され、ストレス後に増加する非膜結合会合体または顆粒を指す。ある場合は、ストレスに応答して細胞が一般的なタンパク質合成を遮断するときに、例えば、翻訳を阻害し、解離したポリソームからmRNAを別個の細胞質巣に遊離することによって、ストレス顆粒が形成される。ストレス顆粒は、メッセンジャーリボ核タンパク質(mRNP)を含んでいてもよく、mRNA、小さな40Sリボソームサブユニット、mRNA関連翻訳阻害複合体、及びRNA結合タンパク質が含まれる。これらのストレス顆粒タンパク質は、ストレス顆粒の内外を往復する特定の転写産物の運命を決定し、また、ストレスを受けた細胞の様々なシグナル伝達カスケードを調節し得る。PABPC1は、ストレス顆粒において同定されているタンパク質の1つである(Aulas et al.,J.of Cell Science,130:927-937,2017)。したがって、一部の実施形態では、PABPC1を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC1複合体を含むストレス顆粒を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC1複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、表3から選択される1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、ストレス顆粒は、表3の群1、2、3、または4のタンパク質から選択される1つ以上のストレス顆粒タンパク質を含む。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC1複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、1つ以上の癌胎児性タンパク質をさらに含む。癌胎児タンパク質の非限定的な例としては、IGF2BP1及びIGF2BP3が挙げられる。
一部の実施形態では、リボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または標的RNA-PABPC1複合体を含む生体分子凝縮体は、がん抗原、例えば、がん-テストス抗原をさらに含む。例示的ながん-精巣抗原の1つは、IGF2BP2である。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC1、またはRNA及びPABPC1及び/または追加のRNA結合タンパク質を含む複合体は、細胞外に見出され、例えば、標的RNA-PABPC1複合体を含むか、もしくはそれに結合するリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、顆粒、及び/または生体分子凝縮体(上に記載の通り)は、細胞外にある。したがって、一部の実施形態では、PABPC1を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC1複合体を含む細胞外複合体を有する腫瘍を有する患者に投与される。一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒトである。
さらなる態様では、例えば、抗腫瘍活性を有する抗体が、本明細書に提供され、PABPC1に密接に関連するポリ(A+)結合タンパク質(PABP)を含むRNA-タンパク質複合体を標的とする。かかるRNA結合タンパク質は、例えば、Eliseeva et al,Biochemistry 78:1377-1391,2013に記載されている。これらには、細胞質(PABPC3、PABPC4、PABPC4L(及びPABPC1))、胚(ePABP、PABPC1Lとも称される)、核(PABPN1)、及びX染色体コードタンパク質PABPC5の6つのヒトポリ(A+)結合タンパク質が含まれる。ePABP(PABPC1Lとも呼ばれる)をコードする遺伝子は、ヒト20番染色体上に存在する。PABPC1Lタンパク質は、PABPC1と約98%の相同性を有する。PABPC3をコードする遺伝子は、13q12-q13に位置する。PABC3タンパク質(631アミノ酸)は、PABPC1タンパク質(636アミノ酸)と約100%の相同性を有する。PABPC4をコードする遺伝子(3つの既知のアイソフォームがある)は、1p34.2に位置する。3つすべてのPABPC4アイソフォームは、PABPC1と約99%の相同性を有する。PABC4Lをコードする遺伝子は、4q28.3に位置する。PABC4Lタンパク質は、PABPC1と約63%の相同性を有する。PABPN1をコードする遺伝子は、14q11.2に位置する。PABPN1タンパク質は、PABPC1と約30%の相同性を有する。PABPC5をコードする遺伝子は、Xq21.3に位置する。PABPC5タンパク質は、PABPC1と約61%の相同性を有する。これらのタンパク質のドメイン構造は、1つ以上のRNA認識モチーフを含む。細胞質PABPは、典型的には、N末端領域に4つのそのようなドメインを有する。PABPC1、PABPC1L、PABPC3、及びPABC4のC末端領域は、5つのαヘリックスからなるヘリックスドメインを含む。核タンパク質PABPN1は、RNA認識モチーフを1つしか有していない。
RNA-PABPC4複合体
一部の実施形態では、抗腫瘍応答を誘発するためにRNA及びPABPC4を含む複合体を標的とする抗体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、複合体は追加のRNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、複合体は、リボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体の構成要素である。したがって、一部の実施形態では、PABPC4を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC4を含む複合体は、生体分子凝縮体の構成要素であり、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得る。したがって、一部の実施形態では、PABPC4を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4複合体を含む生体分子凝縮体を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC4を含む複合体は、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得、ストレス顆粒の構成要素であるか、またはそうでなければストレス顆粒と複合体化されている。したがって、一部の実施形態では、PABPC4を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4複合体を含むストレス顆粒を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC4複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、表5から選択される1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、ストレス顆粒は、表5の群1、2、3、または4つのタンパク質から選択される1つ以上のストレス顆粒タンパク質を含む。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC4複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、1つ以上の癌胎児性タンパク質をさらに含む。癌胎児タンパク質の非限定的な例としては、IGF2BP1及びIGF2BP3が挙げられる。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC4複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、がん抗原、例えば、がん-テストス抗原をさらに含む。例示的ながん-精巣抗原の1つは、IGF2BP2である。
一部の実施形態では、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得るRNA及びPABPC4を含む複合体は、細胞外に見出され、例えば、標的RNA-PABPC4複合体を含むか、もしくはそれに結合するリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、顆粒、及び/または生体分子凝縮体(上に記載の通り)は、細胞外にある。したがって、一部の実施形態では、PABPC4を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4複合体を含む細胞外複合体を有する腫瘍を有する患者に投与される。一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒトである。
RNA-PABPC3複合体
一部の実施形態では、抗腫瘍応答を誘発するためにRNA及びPABPC3を含む複合体を標的とする抗体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、複合体は追加のRNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、複合体は、リボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体の構成要素である。したがって、一部の実施形態では、PABPC3を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC3複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC3を含む複合体は、生体分子凝縮体の構成要素であり、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得る。したがって、一部の実施形態では、PABPC3を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC3複合体を含む生体分子凝縮体を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC3を含む複合体は、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得、ストレス顆粒の構成要素であるか、またはそうでなければストレス顆粒と複合体化されている。したがって、一部の実施形態では、PABPC3を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC3複合体を含むストレス顆粒を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC3複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、表5から選択される1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、ストレス顆粒は、表5の群1、2、3、または4つのタンパク質から選択される1つ以上のストレス顆粒タンパク質を含む。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC3複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、1つ以上の癌胎児性タンパク質をさらに含む。癌胎児タンパク質の非限定的な例としては、IGF2BP1及びIGF2BP3が挙げられる。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC3複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、がん抗原、例えば、がん-精巣抗原をさらに含む。例示的ながん-精巣抗原の1つは、IGF2BP2である。
一部の実施形態では、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得るRNA及びPABPC3を含む複合体は、細胞外に見出され、例えば、標的RNA-PABPC3複合体を含むか、もしくはそれに結合するリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、顆粒、及び/または生体分子凝縮体(上に記載の通り)は、細胞外にある。したがって、一部の実施形態では、PABPC3を含む複合体を標的とする抗体は、標的RNA-PABPC3複合体を含む細胞外複合体を有する腫瘍を有する患者に投与される。一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒトである。
RNA-PABPC4L複合体
一部の実施形態では、抗腫瘍応答を誘発するためにRNA及びPABPC4Lを含む複合体を標的とする抗体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、複合体は追加のRNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、複合体は、リボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体の構成要素である。したがって、一部の実施形態では、PABPC4Lを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4L複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC4Lを含む複合体は、生体分子凝縮体の構成要素であり、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得る。したがって、一部の実施形態では、PABPC4Lを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4L複合体を含む生体分子凝縮体を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC4Lを含む複合体は、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得、ストレス顆粒の構成要素であるか、またはそうでなければストレス顆粒と複合体化されている。したがって、一部の実施形態では、PABPC4Lを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4L複合体を含むストレス顆粒を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC4L複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、表5から選択される1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、ストレス顆粒は、表5の群1、2、3、または4つのタンパク質から選択される1つ以上のストレス顆粒タンパク質を含む。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC4L複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、1つ以上の癌胎児性タンパク質をさらに含む。癌胎児タンパク質の非限定的な例としては、IGF2BP1及びIGF2BP3が挙げられる。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC4L複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、がん抗原、例えば、がん-精巣抗原をさらに含む。例示的ながん-精巣抗原の1つは、IGF2BP2である。
一部の実施形態では、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得るRNA及びPABPC4Lを含む複合体は、細胞外に見出され、例えば、標的RNA-PABPC4L複合体を含むか、もしくはそれに結合するリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、顆粒、及び/または生体分子凝縮体(上に記載の通り)は、細胞外にある。したがって、一部の実施形態では、PABPC4Lを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC4L複合体を含む細胞外複合体を有する腫瘍を有する患者に投与される。一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒトである。
RNA-ePABP複合体
一部の実施形態では、抗腫瘍応答を誘発するためにRNA及びePABPを含む複合体を標的とする抗体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、複合体は追加のRNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、複合体は、リボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体の構成要素である。したがって、一部の実施形態では、ePABPを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-ePABP複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴を含有する腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びePABPを含む複合体は、生体分子凝縮体の構成要素であり、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得る。したがって、一部の実施形態では、ePABPを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-ePABP複合体を含む生体分子凝縮体を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びePABPを含む複合体は、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得、ストレス顆粒の構成要素であるか、またはそうでなければストレス顆粒と複合体化されている。したがって、一部の実施形態では、ePABPを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-ePABP複合体を含むストレス顆粒を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、標的RNA-ePABP複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、表5から選択される1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、ストレス顆粒は、表5の群1、2、3、または4つのタンパク質から選択される1つ以上のストレス顆粒タンパク質を含む。
一部の実施形態では、標的RNA-ePABP複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、1つ以上の癌胎児性タンパク質をさらに含む。癌胎児タンパク質の非限定的な例としては、IGF2BP1及びIGF2BP3が挙げられる。
一部の実施形態では、標的RNA-ePABP複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、がん抗原、例えば、がん-精巣抗原をさらに含む。例示的ながん-精巣抗原の1つは、IGF2BP2である。
一部の実施形態では、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得るRNA及びePABPを含む複合体は、細胞外に見出され、例えば、標的RNA-ePABP複合体を含むか、もしくはそれに結合するリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、顆粒、及び/または生体分子凝縮体(上に記載の通り)は、細胞外にある。したがって、一部の実施形態では、ePABPを含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-ePABP複合体を含む細胞外複合体を有する腫瘍を有する患者に投与される。一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒトである。
RNA-PABPN1複合体
一部の実施形態では、抗腫瘍応答を誘発するためにRNA及びPABPN1を含む複合体を標的とする抗体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、複合体は追加のRNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、複合体は、リボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体の構成要素である。したがって、一部の実施形態では、PABPN1を含む複合体を標的とする抗体は、標的RNA-PABPN1複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPN1を含む複合体は、生体分子凝縮体の構成要素であり、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得る。したがって、一部の実施形態では、PABPN1を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPN1複合体を含む生体分子凝縮体を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPN1を含む複合体は、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得、ストレス顆粒の構成要素であるか、またはそうでなければストレス顆粒と複合体化されている。したがって、一部の実施形態では、PABPN1を含む複合体を標的とする抗体は、標的RNA-PABPN1複合体を含むストレス顆粒を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPN1複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、表5から選択される1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、ストレス顆粒は、表5の群1、2、3、または4つのタンパク質から選択される1つ以上のストレス顆粒タンパク質を含む。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPN1複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、1つ以上の癌胎児性タンパク質をさらに含む。癌胎児タンパク質の非限定的な例としては、IGF2BP1及びIGF2BP3が挙げられる。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPN1複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、がん抗原、例えば、がん-精巣抗原をさらに含む。例示的ながん-精巣抗原の1つは、IGF2BP2である。
一部の実施形態では、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得るRNA及びPABPN1を含む複合体は、細胞外に見出され、例えば、標的RNA-PABPN1複合体を含むか、もしくはそれに結合するリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、顆粒、及び/または生体分子凝縮体(上に記載の通り)は、細胞外にある。したがって、一部の実施形態では、PABPN1を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-ePABP複合体を含む細胞外複合体を有する腫瘍を有する患者に投与される。一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒトである。
RNA-PABPC5複合体
一部の実施形態では、抗腫瘍応答を誘発するためにRNA及びPABPC5を含む複合体を標的とする抗体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、複合体は追加のRNA結合タンパク質を含む。一部の実施形態では、複合体は、リボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体の構成要素である。したがって、一部の実施形態では、PABPC5を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC5複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC5を含む複合体は、生体分子凝縮体の構成要素であり、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得る。したがって、一部の実施形態では、PABPC5を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC5複合体を含む生体分子凝縮体を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、RNA及びPABPC5を含む複合体は、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得、ストレス顆粒の構成要素であるか、またはそうでなければストレス顆粒と複合体化されている。したがって、一部の実施形態では、PABPC5を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC5複合体を含むストレス顆粒を含む腫瘍を有する患者に投与される。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC5複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、表5から選択される1つ以上のタンパク質を含む。一部の実施形態では、ストレス顆粒は、表5の群1、2、3、または4つのタンパク質から選択される1つ以上のストレス顆粒タンパク質を含む。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC5複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、1つ以上の癌胎児性タンパク質をさらに含む。癌胎児タンパク質の非限定的な例としては、IGF2BP1及びIGF2BP3が挙げられる。
一部の実施形態では、標的RNA-PABPC5複合体を含むリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、ストレス顆粒、及び/または生体分子凝縮体は、がん抗原、例えば、がん-精巣抗原をさらに含む。例示的ながん-精巣抗原の1つは、IGF2BP2である。
一部の実施形態では、追加のRNA結合タンパク質をさらに含み得るRNA及びPABPC5を含む複合体は、細胞外に見出され、例えば、標的RNA-PABPC5複合体を含むか、もしくはそれに結合するリボ核タンパク質(RNP)-RNA凝縮体液滴、顆粒、及び/または生体分子凝縮体(上に記載の通り)は、細胞外にある。したがって、一部の実施形態では、PABPC5を含む複合体を標的とする抗体が、標的RNA-PABPC5複合体を含む細胞外複合体を有する腫瘍を有する患者に投与される。一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒトである。
RNA-PABPワクチン
一部の実施形態では、RNA及び1つ以上のRNA結合タンパク質、例えば、PABP(例えば、PABC1、PABPC3、PABPC4、PABC4L、ePABP、PABPN1、及び/またはPABPC5のうちの1つ以上)を含む複合体は、がんワクチンの構成要素として投与される。一部の実施形態では、かかる複合体は、免疫調節剤、例えば、アジュバントと同時投与される。免疫調節剤の例としては、サイトカイン、増殖因子、リンホトキシン、腫瘍壊死因子(TNF)、造血因子、インターロイキン(例えば、インターロイキン-1(IL-1)、IL-2、IL-3、IL-6、IL-10、IL-12、IL-15、IL-15/IL-15Rα、例えば、sushiドメイン複合体、IL-18、及びIL-21)、コロニー刺激因子(例えば、顆粒球コロニー刺激因子(G-CSF)及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)、インターフェロン(例えば、インターフェロンα、インターフェロンβ、またはインターフェロンγ)、エリスロポエチン、及びトロンボポエチン、またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、複合体は、Toll様受容体(TLR)アゴニスト、C型レクチン受容体(CLR)アゴニスト、レチノイン酸誘導性遺伝子I様受容体(RLR)アゴニスト、多糖類(サポニン、キチン、キトサン、β-グルカン、ISCOM、QS-21など)、インターフェロン遺伝子の刺激因子(STING)アゴニスト、または別の免疫賦活剤などのアジュバントと同時投与されてもよい。
抗体の型式
本発明のさらなる態様では、本開示による抗腫瘍抗体は、抗体断片、例えば、Fv、Fab、Fab’、scFv、ダイアボディ、またはF(ab’)断片であり得る。別の実施形態では、抗体は、実質的に完全長の抗体、例えば、本明細書に定義されるIgG抗体または他の抗体のクラスまたはアイソタイプである。特定の抗体断片の概説については、Hudson et al.Nat.Med.9:129-134(2003)を参照されたい。抗体断片は、様々な技術によって作製することができ、これらに限定されないが、インタクト抗体のタンパク質消化、ならびに組換え宿主細胞による産生を含む。
一部の実施形態では、患者に投与される本発明による抗腫瘍抗体は、IgG1サブクラスのIgGである。一部の実施形態では、かかる抗体は、ラムダ軽鎖定常領域を有する。
一部の実施形態では、本開示による抗腫瘍抗体は、一価の型式である。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、例えば、Fv、Fab、Fab’、scFv、ダイアボディ、またはF(ab’)断片の断片型式である。
一部の実施形態では、本開示の抗体は、エフェクター機能を有するFc領域を含み、例えば、抗体依存性細胞傷害性(ADCC)、抗体依存性細胞貪食(ADCP)、及び/または補体依存性細胞傷害(CDC)を示す。一部の実施形態では、Fc領域は、抗体の1つ以上の機能特性、例えば、血清半減期、補体結合、Fc受容体結合、及び/またはADCCを改変するように操作されたFc領域であり得る。したがって、Fc領域は、エフェクター機能を増加または減少させる追加の変異、すなわち、免疫細胞で発現するFc受容体への結合時に、特定の生物学的機能を誘導する能力を含み得る。免疫細胞としては、単球、マクロファージ、好中球、樹状細胞、好酸球、マスト細胞、血小板、B細胞、大顆粒リンパ球、ランゲルハンス細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、及び細胞傷害性T細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
エフェクター機能の例としては、C1q結合及びCDC、Fc受容体結合(例えば、FcγR結合)、ADCC、抗体依存性細胞媒介性貪食(ADCP)、細胞表面受容体(例えば、B細胞受容体)の下方調節、及びB細胞活性化が挙げられるが、これらに限定されない。エフェクター機能は、抗体のクラスによって異なり得る。例えば、天然ヒトIgG1及びIgG3抗体は、免疫系細胞上に存在する適切なFc受容体に結合すると、ADCC活性及びCDC活性を誘発することができ、天然ヒトIgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4は、免疫系細胞上に存在する適切なFc受容体に結合すると、ADCP機能を誘発することができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載のFc領域は、エフェクター機能を調節する追加の修飾を含むことができる。エフェクター機能を調節するFc領域アミノ酸の変異の例としては、Fc領域の位置(EU番号付けスキーム)228、233、234、235、236、237、238、239、243、265、269、270、297、298、318、326、327、329、330、331、332、333、及び334における1つ以上の置換が挙げられるが、これらに限定されない。
エフェクター機能を減少させる例示的な置換としては、以下が挙げられる:位置329は、プロリンが、グリシンもしくはアルギニン、またはFcのプロリン残基329とFcγRIIIのトリプトファン残基Trp87及びTrp110との間に形成されるFc/Fcγ受容体界面を破壊するのに十分な大きなアミノ酸残基で置換されている変異を有し得る。エフェクター機能を低下させる追加の例示的な置換としては、S228P、E233P、L235E、N297A、N297D、及びP331Sが挙げられる。また、複数の置換が存在してもよく、例えば、ヒトIgG1 Fc領域のL234A及びL235A、ヒトIgG1 Fc領域のL234A、L235A、及びP329G、ヒトIgG4 Fc領域のS228P及びL235E、ヒトIgG1 Fc領域のL234A及びG237A、ヒトIgG1 Fc領域のL234A、L235A、及びG237A、ヒトIgG2 Fc領域のV234A及びG237A、ヒトIgG4 Fc領域のL235A、G237A、及びE318A、ならびにヒトIgG4 Fc領域のS228P及びL236Eは、エフェクター機能を低下させる。エフェクター機能を増加させる置換の例としては、例えば、E333A、K326W/E333S、S239D/I332E/G236A、S239D/A330L/I332E、F243L、G236A、及びS298A/E333A/K334Aが挙げられる。エフェクター機能を増加または減少させ得るFc領域のアミノ酸変異の記述は、例えば、Wang et al.,Protein Cell.9(1):63-73,2018、Saunders,Front Immunol.Jun 7,eCollection,2019、Kellner et al.,Transfus Med Hemother.44(5):327-336,2017、及びLo et al.,J Biol Chem.292(9):3900-3908,2017を参照されたい。
一部の実施形態では、Fc領域は、EU番号付けスキームに従って、ADCCを調節する1つ以上のアミノ酸置換、例えば、Fc領域の位置298、333、及び/または334に置換を有し得る。具体的には、Fc領域に、S298A、E333A、及びK334Aを導入して、Fc領域のFcγRIIIaに対する親和性を高め、Fc領域のFcγRIIa及びFcγRIIbに対する親和性を低下させることができる。
Fc領域はまた、血清半減期を増加させるためのさらなる変異を含むことができる。新生児Fc受容体(FcRn)への強化された結合を通して、Fc領域におけるそのような変異は、抗体の薬物動態を改善することができる。抗体の血清半減期を増加させるFc領域の置換の例としては、例えば、M252Y/S254T/T256E、T250Q/M428L、N434A、N434H、T307A/E380A/N434A、M428L/N434S、M252Y/M428L、D259I/V308F、N434S、V308W、V308Y、及びV308Fが挙げられる。抗体の血清半減期を増加させ得るFc領域のアミノ酸変異の記述は、例えば、Dumet et al.,MAbs.26:1-10,2019;Booth et al.,MAbs.10(7):1098-1110,2018、及びDall’Acqua et al.,J Biol Chem.281(33):23514-24,2006に見出すことができる。
さらに、一部の実施形態では、本開示の抗体は、抗体の1つ以上の機能特性を改変するために、化学修飾され得るか(例えば、1つ以上の化学部分が抗体に結合され得る)、または修飾され得る(例えば、そのグリコシル化を改変して(例えば、低フコシル化、非フコシル化、もしくはシアリル化の増加)、細胞株及び/または細胞培養条件で産生される)。例えば、抗体は、様々なポリマー(例えば、ポリエチレングリコール)のうちの1つに連結され得る。一部の実施形態では、抗体は、化学部分への連結を促進する、及び/または翻訳後修飾(例えば、グリコシル化)を受ける残基を変化させるための変異を含んでいてもよい。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、二重特異性または多重特異性の型式、例えば、三重特異性の型式で用いられる。例えば、一部の実施形態では、抗体は、同じまたは異なる抗原に結合するさらなる結合ドメインを含む二重特異性抗体または多重特異性抗体に組み込まれてもよい。
本発明の重鎖可変ドメイン及び/または軽鎖可変ドメインを含む二重特異性抗体もしくは多重特異性抗体におけるさらなる結合ドメインによって標的化することができる例示的な抗原としては、T細胞との会合を増強する、及び/またはT細胞を活性化するT細胞上の抗原が挙げられるが、これらに限定されない。かかる抗原の例示的な例としては、CD3、CD2、CD4、CD5、CD6、CD8、CD28、CD40L、CD44、IL-15Rα、CD122、CD132、またはCD25が挙げられるが、これに限定されない。一部の実施形態では、抗原はCD3である。一部の実施形態では、抗原は、4-1BB/CD137、CD137L、OX40、OX40L、GITRL、GITR、CD27、CD70、CD28、ICOS、HVEM、またはLIGHTの抗原などのT細胞活性化経路に存在する。
一部の実施形態では、本発明の重鎖軽鎖可変領域及び/または軽鎖可変領域を含む二重特異性もしくは多重特異性抗体は、チェックポイント抗原、PD1、PDL1、CTLA-4、ICOS、PDL2、IDO1、IDO2、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、GITR、HAVCR2、LAG3、KIR、LAIR1、LIGHT、MARCO、OX-40、SLAM、2B4、CD2、CD27、CD28、CD30、CD40、CD70、CD80、CD86、CD137、CD160、CD39、VISTA、TIGIT、CGEN-15049、2B4、CHK1、CHK2、A2aR、またはB-7ファミリーリガンド、もしくはその受容体に結合する結合ドメインをさらに含む。
一部の実施形態では、本発明の重鎖可変領域及び/または軽鎖可変領域を含む二重特異性もしくは多重特異性抗体は、腫瘍関連抗原を標的とする結合ドメインをさらに含む。例示的な腫瘍関連抗原としては、EpCAM、HER2/neu、HER3/neu、G250、CEA、MAGE、プロテオグリカン、VEGF、VEGFR、EGFR、ErbB2、ErbB3、MET、IGF-1R、PSA、PSMA、EphA2、EphA3、EphA4、葉酸結合タンパク質αVβ3-インテグリン、インテグリンα5β1、HLA、HLA-DR、ASC、CD1、CD2、CD4、CD6、CD7、CD8、CD11、CD13、CD14、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD37、CD40、CD41、CD47、CD52、c-erb-2、CALLA、MHCII、CD44v3、CD44v6、p97、ガングリオシド、GM1、GM2、GM3、GD1a、GD1b、GD2、GD3、GT1b、GT3、GQ1、NY-ESO-1、NFX2、SSX2、SSX4 Trp2、gp100、チロシナーゼ、Muc-1、テロメラーゼ、サバイビン、SLAMF7、EphG250、p53、CA125 MUC、Wue抗原、ルイスY抗原、HSP-27、HSP-70、HSP-72、HSP-90、Pgp、PMEL17、MCSP、及び細胞表面標的GC182、GT468、またはGT512が挙げられるが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域をキメラ抗原受容体(CAR)構築物に組み込んで、T細胞またはNK細胞などのCAR含有免疫細胞を生成してもよい。例えば、一部の実施形態では、第1の世代CARは、抗体由来の一本鎖可変領域を、ヒンジ及び膜貫通ドメインを介してCD3 T細胞受容体のCD3ゼータ(ζ)細胞内シグナル伝達ドメインに結合する。一部の実施形態では、CARは、共刺激ドメインを含んでいてもよく、例えば、第2世代CARまたは第3世代CARは、追加の1つまたは2つの共刺激ドメイン(4-1BB、CD28、またはOX-40など)を含んでいてもよい。さらなる実施形態では、CAR含有細胞(例えば、CAR-T細胞)は、追加的に操作されて、サイトカイン(例えば、IL-12またはIL-15)などの誘導性発現成分を含み、CAR-T細胞の活性化を増加させ、また、自然免疫細胞を活性化することができる。
抗体の生成
本明細書に開示される抗腫瘍抗体は、通常、当該技術分野で周知のベクター及び組換え法を使用して製造される(例えば、Sambrook & Russell,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press;Ausubel,Current Protocols in Molecular Biologyを参照されたい)。遺伝子操作のための試薬、クローニングベクター、及びキットは、商業ベンダーから入手可能である。したがって、本発明のさらなる態様では、本明細書に記載の抗腫瘍抗体のいずれかのV及び/またはV領域もしくその断片をコードする単離核酸、かかる核酸を含むベクター、ならびに抗体をコードする核酸を複製するために及び/または抗体を発現するために使用される核酸が導入される宿主細胞が、本明細書に提供される。かかる核酸は、抗腫瘍抗体のVを含むアミノ酸配列及び/またはVを含むアミノ酸配列(例えば、抗体の軽鎖及び/または重鎖)をコードしていてもよい。一部の実施形態では、宿主細胞は、(1)Vアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドと、Vアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドとを含むベクターとを含むか、または(2)Vアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む第1のベクターと、Vアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む第2のベクターとを含む。
さらなる態様では、本発明は、本明細書に記載される抗腫瘍抗体を作製する方法を提供する。一部の実施形態では、本方法は、抗体の発現に好適な条件下で、先行段落に記載される宿主細胞を培養することを含む。一部の実施形態では、抗体は、その後、宿主細胞(または宿主細胞培養培地)から回収される。
本開示の抗体またはその断片をコードするポリヌクレオチドを含む好適なベクターとしては、クローニングベクター及び発現ベクターが挙げられる。選択されたクローニングベクターは、使用が意図される宿主細胞に応じて異なり得るが、有用なクローニングベクターは、一般に、自己複製する能力を有し、特定の制限エンドヌクレアーゼ用の単一の標的を保有し得、及び/またはベクターを含むクローンを選択するために使用され得るマーカーの遺伝子を有し得る。例としては、プラスミド及び細菌ウイルス、例えば、pUC18、pUC19、Bluescript(例えば、pBS SK+)及びその誘導体、mpl8、mpl9、pBR322、pMB9、ColE1プラスミド、pCR1、RP4、ファージDNA、ならびにシャトルベクターが挙げられる。これら及び多くの他のクローニングベクターは、商業ベンダーから入手可能である。
発現ベクターは概して、本開示の核酸を含む複製可能なポリヌクレオチド構築物である。発現ベクターは、エピソームとして、または染色体DNAの不可欠な部分として、宿主細胞において複製可能であり得る。好適な発現ベクターとしては、これらに限定されないが、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、及び任意の他のベクターを含むプラスミド及びウイルスベクターが挙げられる。
本明細書に記載される抗腫瘍抗体を発現させるのに好適な宿主細胞には、原核細胞または真核細胞の両方が含まれる。例えば、抗腫瘍抗体は、特にグリコシル化及びFcエフェクター機能が必要とされない場合、細菌において産生され得る。発現後、抗体は、可溶性画分中の細菌細胞ペーストから単離され得、さらに精製され得る。あるいは、宿主細胞は、真核微生物(例えば、糸状菌または酵母)、脊椎動物、無脊椎動物、及び植物細胞を含む真核生物の宿主細胞であってもよく、グリコシル化経路が「ヒト化」され、部分的または完全にヒトグリコシル化パターンを有する抗体の産生をもたらす。無脊椎動物細胞の例としては、昆虫細胞が挙げられる。昆虫細胞と併用され得る多数のバキュロウイルス株が同定されている。植物細胞培養物は、宿主細胞として利用することもできる。
一部の実施形態では、脊椎動物の宿主細胞は、本開示の抗腫瘍抗体を産生するために使用される。例えば、SV40(COS-7)によって形質転換されたサル腎臓CV1株などの哺乳動物細胞株、ヒト胎児由来腎臓株(293もしくは293細胞、例えば、Graham et al.,J.Gen Virol.36:59,1977に記載されている)、ベビーハムスター腎臓細胞(BHK)、マウスセルトリ細胞(TM4細胞)、例えば、Mather,Biol.Reprod.23:243-251,1980に記載されている)、サル腎臓細胞(CV1)、アフリカミドリザル腎臓細胞(VERO-76)、ヒト子宮頸癌細胞(HELA)、イヌ腎臓細胞(MDCK)、バッファローラット肝臓細胞(BRL3A)、ヒト肺細胞(W138)、ヒト肝臓細胞(HepG2)、マウス乳癌(MMT060562)、TRI細胞(例えば、Mather et al.,Annals N.Y.Acad.Sci.383:44-68,1982に記載されている)、MRC5細胞、及びFS4細胞を使用して、抗腫瘍抗体を発現してもよい。他の有用な哺乳動物宿主細胞株としては、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞(DHFR-CHO細胞、Urlaub et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216,1980を含む)、及び骨髄腫細胞株(Y0、NS0及びSp2/0など)を含む。本開示の宿主細胞には、単離された細胞、インビトロ培養細胞、及びエクスビボ培養細胞も含まれるが、これらに限定されない。抗体産生に好適な特定の哺乳動物宿主細胞株の概説については、例えば、Yazaki and Wu,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo,ed.,Humana Press,Totowa,NJ),pp.255-268,2003を参照されたい)。
一部の実施形態では、本発明の抗体は、CHO細胞株、例えば、CHO-K1細胞株によって産生される。重鎖配列及び軽鎖配列をコードする1つ以上の発現プラスミドを導入することができる。例えば、一実施形態では、重鎖をコードする発現プラスミド(例えば、配列番号1723)、及び軽鎖をコードする発現プラスミド(例えば、配列番号1724)は、Freestyle Max試薬などの試薬を使用して、CHO-K1宿主細胞株において1:1の比率で線状化プラスミドとして宿主細胞にトランスフェクトされる。単一細胞イメージングと結合した蛍光活性化細胞選別(FACS)は、産生細胞株を得るためのクローニング方法として使用することができる。
本開示の抗腫瘍抗体をコードする発現ベクターまたはその断片でトランスフェクトされた宿主細胞を適切な条件下で培養して、ポリペプチドの発現を可能にすることができる。ポリペプチドが分泌され、細胞とポリペプチドを含む培地との混合物から単離され得る。あるいは、ポリペプチドを細胞質画分または膜画分中に保持し、細胞を回収し、溶解し、所望の方法を使用してポリペプチドを単離してもよい。
一部の実施形態では、本開示の抗腫瘍抗体は、インビトロ合成によって製造することができる(例えば、Sutro Biopharmaの生化学的タンパク質合成プラットフォームを参照されたい)。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗腫瘍抗体のバリアントを生成する方法が、本明細書に提供される。したがって、例えば、本明細書に記載されるVのCDR3のバリアントをコードする構築物を改変することができ、改変された構築物によってコードされるV領域は、本明細書に記載されるV領域の文脈で、EMT-6細胞への結合活性及び/またはインビボ抗腫瘍活性について試験することができ、これは、本明細書に記載のV領域またはバリアント領域と対合する。同様に、本明細書に記載されるVのCDR3のバリアントをコードする構築物を修飾することができ、修飾された構築物によってコードされるV領域を、EMT-6細胞もしくは他の腫瘍細胞への結合、及び/またはインビボ抗腫瘍活性の有効性について試験することができる。かかる分析を、他のCDRまたはフレームワーク領域で行うこともでき、所望の活性を有する抗体を次いで選択することができる。
抗腫瘍抗体コンジュゲート/共刺激剤
さらなる態様では、本発明の抗腫瘍抗体は、治療用部分及び/または撮像/検出可能部分にコンジュゲートまたは連結され得る。例えば、抗腫瘍抗体は、検出可能なマーカー、細胞傷害性剤、免疫調節剤、造影剤、治療剤、またはオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされ得る。抗体を所望の分子にコンジュゲートまたは連結するための方法は、当該技術分野で周知である。この部分を、共有結合または非共有結合によって抗体に連結してもよい。
一部の実施形態では、抗体は、細胞傷害性部分または細胞増殖を阻害する他の部分にコンジュゲートされる。一部の実施形態では、抗体は、例えば、これらに限定されないが、リシンA鎖、ドキソルビシン、ダウノルビシン、マイタンシノイド、タキソール、臭化エチジウム、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ジヒドロキシアントラシンジオン、メトトレキサクト、アクチノマイシン、ジフテリア毒素、シュードモナス由来のエクトトキシンA、シュードモナス外毒素40、アブリン、アブリンA鎖、モデシンA鎖、アルファサルシン、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、コブラ毒因子、リボヌクレアーゼ、操作された志賀毒素、フェノマイシン、エノマイシン、クリシン、クロチン、カリケアミシン、Saponaria officinalis阻害剤、グルココルチコイド、アウリスタチン、アウロマイシン、イットリウム、ビスマス、コンブレスタチン、デュオカルマイシン、ドラスタチン、cc1065、またはシスプラチンを含む細胞傷害性剤にコンジュゲートされる。一部の実施形態では、抗体は、酵素阻害剤、増殖阻害剤、溶解剤、DNAまたはRNA合成阻害剤、膜透過性修飾剤、修飾剤、DNA代謝産物、ジクロロエチルスルフィド誘導体、タンパク質産生阻害剤、リボソーム阻害剤、またはアポトーシスの誘発剤などの薬剤に連結されてもよい。一部の実施形態では、抗体は、トポイソメラーゼ阻害剤、例えば、トポイソメラーゼI阻害剤などの薬物にコンジュゲートされる。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、例えば、膜の透過を増強し、膜を横断するタンパク質移行を促進することによって、生体膜を横断する抗体の輸送を促進する分子に連結される。したがって、例えば、抗体は、細胞膜透過性ペプチドなどの細胞膜透過剤に連結されてもよい。細胞膜透過性ペプチドの例としては、TAT、ペネトラチン、ポリアルギニン分子、クニッツドメイン由来ペプチド(例えば、Angiopep-2)、SynB、ブフォリン、トランスポータン、両親媒性ペプチド、及びその他が挙げられる。一部の実施形態では、抗体は、ポリアミンなどのカチオン分子とコンジュゲートされてもよい。一部の実施形態では、抗体は、血液脳関門を横切る輸送、例えば、トランスサイトーシスを促進する薬剤にコンジュゲートされてもよい。したがって、例えば、抗体は、内部移行した内皮細胞受容体(例えば、トランスフェリン受容体、インスリン受容体、インスリン様増殖因子受容体、または低密度リポタンパク質受容体など)に結合する薬剤にコンジュゲートされ得る。一部の実施形態では、抗体は、抗体の細胞質への移行を促進する毒素(例えば、志賀毒素)にコンジュゲートされ得る。
一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、ポリペプチド免疫調節剤(例えば、アジュバント)とコンジュゲートまた同時投与される。免疫調節剤の例としては、サイトカイン、増殖因子、リンホトキシン、腫瘍壊死因子(TNF)、造血因子、インターロイキン(例えば、インターロイキン-1(IL-1)、IL-2、IL-3、IL-6、IL-10、IL-12、IL-15、IL-15/IL-15Rα、例えば、sushiドメイン複合体、IL-18、及びIL-21)、コロニー刺激因子(例えば、顆粒球コロニー刺激因子(G-CSF)及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)、インターフェロン(例えば、インターフェロンα、インターフェロンβ、またはインターフェロンγ)、エリスロポエチン、及びトロンボポエチン、またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、抗体は、Toll様受容体(TLR)アゴニスト、C型レクチン受容体(CLR)アゴニスト、レチノイン酸誘導性遺伝子I様受容体(RLR)アゴニスト、多糖類(サポニン、キチン、キトサン、β-グルカン、ISCOM、QS-21など)、インターフェロン遺伝子の刺激因子(STING)アゴニスト、または別の免疫賦活剤などのアジュバントと連結または同時投与されてもよい。
一部の実施形態では、抗体は、放射性核種、鉄関連化合物、色素、蛍光剤、または造影剤に連結され得る。一部の実施形態では、抗体は、これらに限定されないが、金属、金属キレート剤、ランタニド、ランタニドキレート剤、放射性金属、放射性金属キレート剤、陽電子放出核、マイクロバブル(超音波用)、リポソーム、リポソームもしくはナノスフェア中にマイクロカプセル化された分子、単結晶酸化鉄ナノ化合物;磁気共鳴造影剤、光吸収、光反射、及び/または光散乱剤、コロイド粒子、フルオロフォア(例えば、近赤外フルオロフォア)などの薬剤に連結されてもよい。
免疫応答を誘導する方法
さらなる態様では、腫瘍結合抗体が結合する細胞外RNAタンパク質複合体を含む腫瘍を有する対象に、本明細書に記載される腫瘍結合抗体を投与することによって免疫応答を誘導する方法が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、腫瘍結合抗体は、上記の、表1もしくは表2に記載の抗体またはそのバリアントである。
本明細書に記載される抗体の投与によって誘発される免疫応答は、自然免疫応答または適応免疫応答のいずれかであり得る。一部の実施形態では、抗体は、例えば、標的腫瘍細胞への抗体の結合を介して、及びエフェクター細胞を活性化させるようなエフェクター細胞上のFc受容体との会合を介して、免疫応答を直接的に活性化する。一部の実施形態では、抗体は、標的細胞及びエフェクター細胞に抗体が結合することによって開始される免疫応答を、その後の下流の免疫応答の誘導により誘導することによって、免疫応答を間接的に活性化する。一部の実施形態では、抗体は、単球、骨髄細胞、及び/またはNK細胞(例えば、マクロファージ)、好中球、樹状細胞、マスト細胞、好塩基球、好酸球、及び/またはNK細胞を活性化する。一部の実施形態では、抗体はTリンパ球及び/またはB細胞を活性化する。
がんの治療
さらなる態様では、本明細書に提供される腫瘍結合抗体、例えば、上記の、表1に記載の抗体またはそのバリアント、及びがんを治療するための治療剤を使用することができる。一部の態様では、本開示は、抗腫瘍効果を有する抗腫瘍抗体による治療の候補である対象を同定する方法をさらに提供する。したがって、一実施形態では、本発明は、本開示の抗腫瘍抗体に結合する腫瘍細胞を有する患者を同定する方法を提供する。一部の実施形態では、腫瘍試料は、原発腫瘍由来である。代替的な実施形態では、腫瘍試料は、転移巣である。細胞外RNA-タンパク質複合体との結合相互作用を介した抗体の腫瘍細胞への結合は、免疫組織化学またはフローサイトメトリーなどの任意のアッセイを使用して測定することができる。一部の実施形態では、抗体の、試料中の少なくとも0.2%、0.5%、もしくは1%、または少なくとも5%もしくは10%、または少なくとも20%、30%、もしくは50%の腫瘍細胞に対する抗体の結合は、本明細書に記載される抗腫瘍抗体で治療される患者を決定するための選択基準として使用され得る。他の実施形態では、血液の成分(例えば、循環エクソソーム及び/または細胞外RNA-タンパク質複合体)の分析は、腫瘍細胞により細胞外RNA-タンパク質複合体が生成されている患者を同定するために使用される。
任意の数のがんは、本発明の抗腫瘍抗体で治療することができる。一部の実施形態では、がんは、癌腫または肉腫である。一部の実施形態では、がんは、血液癌である。一部の実施形態では、がんは、乳癌、前立腺癌、精巣癌、腎細胞癌、膀胱癌、卵巣癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、肺癌、大腸癌、肛門癌、膵臓癌、胃癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、脳癌(例えば、膠芽腫)、黒色腫、または骨肉腫もしくは軟部組織肉腫である。一実施形態では、がんは末端黒色腫である。一部の実施形態では、がんは、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、星状細胞腫、基底細胞癌、胆管癌、骨腫瘍、脳幹部神経膠腫、小脳星状細胞腫、大脳星状細胞腫、上皮腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、視覚路・視床下部神経膠腫、気管支腺腫、バーキットリンパ腫、中枢神経系リンパ腫、小脳星状細胞腫、軟骨肉腫、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸癌、皮膚T細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、上皮腫、類上皮血管内皮腫(EHE)、食道癌、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼癌、眼球内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍(GIST)、胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛性腫瘍、胃癌、有毛細胞白血病、肝細胞癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、視床下部・視覚路神経膠腫、小児性、眼球内黒色腫、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、白血病、口唇癌及び口腔癌、脂肪肉腫、肝臓癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、リンパ腫、マクログロブリン血症、男性乳癌、骨の悪性線維性組織球腫、髄芽腫、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫、菌状息肉症、骨髄異形成症候群、骨髄性白血病、成人急性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、粘液腫、鼻腔癌及び副鼻腔癌、鼻咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、乏突起膠腫、口腔癌、中咽頭癌、骨肉腫、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍、副鼻腔癌及び鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体星状細胞腫、松果体胚腫、松果体芽細胞腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞腫瘍、胸膜肺芽細胞腫、中枢神経原発リンパ腫、直腸癌、腎細胞癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、ユーイング肉腫、カポジ肉腫、軟部組織肉腫、子宮肉腫、セザリー症候群、非黒色腫皮膚癌、黒色腫、小腸癌、扁平上皮癌、扁平上皮頚部癌、胃癌、皮膚T細胞リンパ腫、咽頭癌、胸腺腫、甲状腺癌、腎盂及び尿管の移行細胞癌、妊娠性絨毛性腫瘍、尿道癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、またはウィルムス腫瘍である。
一部の実施形態では、がんは、肺癌(例えば、非小細胞肺腺癌もしくは扁平上皮癌)、乳癌(例えば、三重陰性、ER/PRHer2、ER/PRHer2、または三重陰性、大腸癌(例えば、腺癌、粘液性腺癌、または乳頭状腺癌、食道癌、胃癌、腎臓癌(例えば、腎明細胞癌)、卵巣癌(例えば、卵巣類内膜癌、卵巣粘液性嚢胞腺癌、もしくは卵巣漿液性嚢胞腺癌)、黒色腫(例えば、末端黒色腫、皮膚黒色腫、もしくは粘膜黒色腫)、子宮癌または子宮頸癌、肝臓癌(例えば、肝細胞癌もしくは胆管癌)、膀胱癌(例えば、移行細胞癌もしくは尿路上皮・膀胱癌)、または精巣癌である。
一態様では、本開示の方法は、がんの治療に好適な投薬レジメンを使用して、抗腫瘍抗体(例えば、上記の、表1に記載の抗体またはそのバリアント)を、医薬組成物として、治療有効量でがん患者に投与することを含む。組成物は、様々な薬物送達系で使用するために製剤化することができる。また、1つ以上の生理学的に許容される賦形剤または担体を、適切な製剤化のために、組成物中に含めることができる。本発明で使用される好適な製剤は、例えば、in Remington:The Science and Practice of Pharmacy,21st Edition,Philadelphia,PA.Lippincott Williams & Wilkins,2005に見出すことができる。
抗腫瘍抗体は、注射用の滅菌等張水溶液などの患者への投与に好適な溶液中で提供される。抗体は、許容される担体中の好適な濃度で溶解または懸濁される。一部の実施形態では、担体は、水性(例えば、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水など)である。組成物は、pH調整剤及び緩衝剤、張度調整剤などの生理学的状態を近似するために必要とされる補助医薬物質を含んでもよい。
医薬組成物は、疾患または疾患の症状及びその合併症を治癒または少なくとも部分的に停止するのに十分な量で患者に投与される。これを達成するために十分な量は、「治療有効用量」として定義される。治療有効量は、療法に対する患者の応答を監視することによって決定される。治療有効量を示す典型的なベンチマークには、患者の疾患の症状の緩和が含まれる。この使用に有効な量は、年齢、体重、性別、投与経路などの他の要因を含む、疾患の重症度及び患者の一般的な健康状態に依存する。抗体の単回または複数回の投与は、患者に必要とされ、許容される投与量及び頻度に応じて、投与され得る。いずれにせよ、本方法は、患者を効果的に治療するのに十分な量の抗腫瘍抗体を提供する。
抗腫瘍抗体は、例えば、非経口、肺内、及び鼻腔内、ならびに腫瘍内投与などの局所投与を含む任意の好適な手段によって投与され得る。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。一部の実施形態では、抗体は、ガス吸入によって投与されてもよい。例示的な実施形態では、抗体は、4℃で注射するための滅菌等張生理食塩水中に10mg/mlで保存され得、患者に投与する前に、注射するための100mlまたは200mlの0.9%塩化ナトリウムのいずれかに希釈される。一部の実施形態では、抗体は、1時間にわたって、0.01~25mg/kgの用量で静脈内注入によって投与される。他の実施形態では、抗体は、15分~2時間の時間にわたって静脈内注入によって投与される。さらに他の実施形態では、投与手順は、皮下ボーラス注射を介して行われる。
抗体の用量は、患者に有効な療法を提供するために選択され、0.01mg/kg体重未満~約25mg/kg体重の範囲であるか、または患者1人あたり1mg~2gの範囲である。好ましくは、用量は、0.1~10mg/kg、または約50mg~1000mg/患者の範囲である。用量は、適切な頻度で繰り返すことができ、抗体の薬物動態(例えば、循環における抗体の半減期)及び薬力学的応答(例えば、抗体の治療効果の持続時間)に応じて、1日に1回~3ヶ月に1回、または6ヶ月に1回の範囲内であり得る。一部の実施形態では、インビボ半減期は約7~約25日であり、抗体投与は、週に1回~3ヶ月に1回または6ヶ月に1回繰り返される。他の実施形態では、抗体は、約1ヶ月に1回投与される。
例示的な実施形態では、抗体は、10mg/mlまたは20mg/mlで、滅菌等張水溶液中に保管され得る。溶液は、緩衝剤及び安定化剤などの薬剤を含み得る。例えば、一部の実施形態では、ヒスチジンなどの緩衝剤が含まれて、製剤のpHを約5.5に維持する。溶液中及び凍結及び解凍中の凝集及び断片化を防止するために、スクロースまたは代替物などの追加の試薬が添加され得る。ポリソルベート80または代替物などの薬剤が、表面張力を低下させ、撹拌誘発変性ならびに気液界面変性及び氷液界面変性に対して抗体を安定化させることができる。一部の実施形態では、注射用溶液は、4℃で保存され、患者に投与する前に、注射用にいずれか100mLまたは200mLの0.9%塩化ナトリウムで希釈される。
一部の実施形態では、IV投与のための抗体(例えば、配列番号1723の重鎖配列、及び配列番号1724の軽鎖配列を有する抗体)は、20mMのヒスチジン緩衝液、8%(w/v)のスクロース、及び0.02%(w/v)のポリソルベート80、pH5.5中に20mg/mLの標的濃度で製剤化される。
抗腫瘍抗体は、1つ以上の追加の治療剤、例えば、放射線療法剤、化学療法剤、及び/または免疫療法剤とともに投与され得る。
一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、免疫チェックポイント抗原を標的とする薬剤と併せて投与され得る。一態様では、薬剤は、生物学的治療剤または小分子である。別の態様では、薬剤は、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、融合タンパク質、またはその組み合わせである。特定の実施形態では、薬剤は、例えば、受容体へのリガンド結合を遮断することによって阻害する、チェックポイント抗原、PD1、PDL1、CTLA-4、ICOS、PDL2、IDO1、IDO2、B7-H3、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、GITR、HAVCR2、LAG3、KIR、LAIR1、LIGHT、MARCO、OX-40、SLAM、2B4、CD2、CD27、CD28、CD30、CD40、CD70、CD80、CD86、CD137(4-1BB)、CD160、CD39、VISTA、TIGIT、SIGLEC、CGEN-15049、2B4、CHK1、CHK2、A2aR、B-7ファミリーリガンドもしくはそれらの受容体、またはそれらの組み合わせであり得る。一部の実施形態では、薬剤は、PD-1を標的とし、例えば、PD-L1のPD-1への結合をブロックするか、またはそれ以外の場合、PD-1を阻害する抗体である。一部の実施形態では、薬剤は、CTLA-4を標的とする。一部の実施形態では、薬剤は、LAG3を標的とする。一部の実施形態では、薬剤は、TIM3を標的とする。一部の実施形態では、薬剤は、ICOSを標的とする。
一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、腫瘍細胞抗原を標的とする抗体などの治療用抗体と併せて投与され得る。治療用抗体の例としては、リツキシマブ、トラスツズマブ、トシツモマブ、イブリツモマブ、アレムツズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、ピディリズマブ、AMP-224、AMP-514、PDR001、セミプリマブ、BMS-936559、CK-301、エプラツズマブ、ベバシズマブ、エロツズマブ、ネシツムマブ、ブリナツモマブ、ブレンツキシマブ、セツキシマブ、ダラツムマブ、デノスマブ、ジヌツキシマブ、ゲムツズマブ、イブリツモマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、オビヌツズマブ、オファツムマブ、アドトラスツズマブ、パニツムマブ、ペムブロリズマブ、ペルツズマブ、ラムシルマブ、及びラニビズマブが挙げられる。
一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、化学療法薬とともに投与される。がん化学療法剤の例としては、アルキル化剤(チオテパ及びシクロホスファミド)、アルキルスルホネート(ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなど)、アジリジン(ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパなど)、エチレンイミン及びメチルアメラミン(アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチローロメラミン)、ナイトロジェンマスタード(クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン、?フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシラルマスタード)、ニトロソウレア(カルムスチン、フォテムスチン、クロロゾトシン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン)、抗生剤(アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンなど)、抗代謝剤(メトトレキサート、5-フルオロウラシルなど)、葉酸類似体(デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなど)、プリン類似体(フルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン)、ピリミジン類似体(アンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン)、アンドロゲン(カルステロン、ドロモスタノロンプロピオン酸塩、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなど)、抗アドレナル(アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなど)、葉酸補充剤(フロリニン酸など)、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、アムサクリン、ベストラブシル、ビサントレン、エダトラキセート、デフォファミン、デメコルシン、ジアジコン、エルフォルミチン、酢酸エリプチニウム、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシ尿素、レンチナン、ロニダミン、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダモール、ニトラクリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ポドフィリン酸、2-エチルヒドラジド、プロカルバジン、ラゾキサン、シゾフィラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、2,2’,2’’-トリクロロトリエチルアミン、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド、シクロホスファミド、チオテパ、タキソイド(例えば、パクリタキセル及びドキセタキセル)、クロラムブシル、ゲムシタビン、6-チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキサート、白金類似体(シスプラチン及びカルボプラチンなど)、ビンブラスチン、ドセタキセル、白金、エトポシド(VP-16)、イホスファミド、マイトマイシンC、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ビノレルビン、ナベルビン、ノバントロン、テニポシド、ダウノマイシン、アミノプテリン、ゼローダ、イバンドロネート、CPT-11、トポイソメラーゼ阻害剤RFS 2000、ジフルオロメチルオルニチン(DMFO)、レチノイン酸類似体(例えば、ベキサロテン、アリトレチノイン、デニロイキンジフチトクス、カペシタビン、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または類似体が挙げられる。また、この定義には、抗エストロゲン剤などの腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン剤も含まれ、抗エストロゲン剤(例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、ミフェプリストン、アロマターゼ阻害4(5)-イミダゾール、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン、及びトレミフェン(Fareston)を含む)、及び抗アンドロゲン剤(フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド、及びゴセレリンなど)、ならびに上記いずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が含まれる。さらなるがん治療剤には、ソラフェニブ及び他のプロテインキナーゼ阻害剤(例えば、アファチニブ、アキシチニブ、クリゾチニブ、ダサチニブ、エルロチニブ、ホスタマチニブ、ゲフィチニブ、イマチニブ、ラパチニブ、レンバチニブ、ムブリチニブ、ニロチニブ、パゾパニブ、ペガプタニブ、ルキソリチニブ、バンデタニブ、ベムラフェニブ、及びスニチニブ)、シロリムス(ラパマイシン)、エベロリムス及び他のmTOR阻害剤が含まれる。追加の化学療法剤の例としては、トポイソメラーゼI阻害剤(例えば、イリノテカン、トポテカン、カンプトテシン及びそれらの類似体もしくは代謝産物、ならびにドキソルビシン)、トポイソメラーゼII阻害剤(例えば、エトポシド、テニポシド、ダウノルビシン)、アルキル化剤(例えば、メルファラン、クロラムブシル、ブスルファン、チオテパ、イホスファミド、カルムスチン、ロムスチン、セムスチン、ストレプトゾシン、デカルバジン、メトトレキサート、マイトマイシンC、及びシクロホスファミド)、DNAインターカレーター(例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチン)、DNAインターカレーター及びフリーラジカル発生剤(例えば、ブレオマイシン)、ならびにヌクレオシド模倣物(例えば、5-フルオロウラシル、カペシチビン、ゲムシタビン、フルダラビン、シタラビン、メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン、及びヒドロキシ尿素)が挙げられる。例示的な化学療法剤としては、さらに、パクリタキセル、ドセタキセル、及び関連する類似体、ビンクリスチン、ビンブラスチン、及び関連する類似体、サリドマイド、レナリドミド、及び関連する類似体(例えば、CC-5013及びCC-4047)、プロテインチロシンキナーゼ阻害剤(例えば、メシル酸イマチニブ及びゲフィチニブ)、プロテアソーム阻害剤(例えば、ボルテゾミブ)、NF-κB阻害剤(IκBキナーゼ1の阻害剤、及びがんで上方制御、過剰発現、もしくは活性化されることが知られ、その阻害により細胞複製が下方制御される、タンパク質または酵素の他の阻害剤を含む)が挙げられる。追加の薬剤としては、アスパラギナーゼ及びカルメット・ゲラン桿菌製剤が挙げられる。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗腫瘍抗体は、治療剤として、例えば、ドキソルビシンなどのストレス顆粒を誘導する治療剤(「SG誘導剤」)の化学療法剤の後にまたは同時に投与される。がん細胞におけるストレス顆粒の量を増加させることで、抗腫瘍抗体による腫瘍細胞の標的化を促進することができる。ストレス顆粒を誘導することができる他の例示的な治療剤としては、ピリミジン類似体(例えば、5-FU、商標名がAdrucil(登録商標)、Carac(登録商標)、Efudex(登録商標)、Efudix(登録商標))、プロテアーゼ阻害剤(例えば、ボルテゾミブ、商標名がVelcade(登録商標))、キナーゼ阻害剤(例えば、ソラフェニブ及びイマチニブ、それぞれ商標名がNexavar(登録商標)及びGleevec(登録商標))、ヒ素化合物(例えば、三酸化ヒ素、商標名がTrisenox(登録商標))、DNA損傷を誘導する白金ベースの化合物(例えば、シスプラチン及びオキサリプラチン(登録商標)、それぞれ商標名がPlatinol(登録商標)及びEloxatin(登録商標))、微小管を破壊する薬剤(例えば、ビンブラスチン、商標名がVelban(登録商標)またはalkabban-AQ(登録商標)、ビンクリスチン、商標名がVincasar(登録商標)、Marqibo(登録商標)、またはOncovin(登録商標)、ビノレルビン、商標名がNavelbin(登録商標))、トポイソメラーゼII阻害剤(例えば、エトポシド、商標名がEtopophos、Toposar(登録商標)、VePesid(登録商標))、ならびにDNA損傷を誘導する薬剤(例えば、照射)が挙げられる。ストレス顆粒形成を誘導することができるいくつかの例示的な治療剤は、Mahboubi et al.,Biochimica et Biophysica Acta 1863(2017)884-895.に開示されている。
本明細書に記載の抗腫瘍抗体とSG誘導剤(またはかかる薬剤の組み合わせ)の様々な組み合わせを、がん患者を治療するために用いてもよい。「併用療法」または「との併用」により、これらの送達方法が、本明細書に記載の範囲内であるが、治療剤が一緒に送達されるために、同時に投与され及び/または製剤化されなければならないことを意味することは意図されていない。抗腫瘍抗体及びSG誘導剤は、同じまたは異なる投薬レジメンに従って投与され得る。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体及びSG誘導剤は、治療期間の全体またはその部分の間、任意の順序で順次投与される。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体及びSG誘導剤は、同時にまたはほぼ同時に(例えば、互いに約1、5、10、15、20、または30分以内に)投与される。さらに他の実施形態では、SG誘導剤は、抗腫瘍抗体の投与の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10日前またはそれ以上前に投与され得る。一部の実施形態では、SG誘導剤は、抗腫瘍抗体が投与される1~4週間前またはそれ以上前に投与される。
抗腫瘍抗体は、ナチュラルキラー(NK)細胞療法またはがんワクチンなどの細胞ベースの療法と併せて、がん患者に投与されてもよい。場合によっては、がんワクチンは、ペプチドベースのワクチン、核酸ベースのワクチン、細胞ベースのワクチン、ウイルスベースのワクチンもしくはウイルス断片ベースワクチン、または抗原提示細胞(APC)ベースのワクチン(例えば、樹状細胞ベースのワクチン)である。がんワクチンとしては、Gardasil(登録商標)、Cervarix(登録商標)、sipuleucel-T(Provenge(登録商標))、NeuVax(商標)、HER-2 ICDペプチドベースのワクチン、HER-2/neuペプチドワクチン、AdHER2/neu樹状細胞ワクチン、HER-2パルスDC1ワクチン、Ad-sig-hMUC-1/ecdCD40L融合タンパク質ワクチン、MVX-ONCO-1、hTERT/サバイビン/CMVマルチペプチドワクチン、E39、J65、P10s-PADRE、rV-CEA-Tricom、GVAX(登録商標)、Lucanix(登録商標)、HER2 VRP、AVX901、ONT-10、ISAlOl、ADXSl1-001、VGX-3100、INO-9012、GSK1437173A、BPX-501、AGS-003、IDC-G305、HyperAcute(登録商標)-腎(HAR)免疫療法、Prevenarl3、MAGER-3.A1、NA17.A2、DCVax-Direct、潜伏膜タンパク質-2(LMP2)負荷樹状細胞ワクチン(NCT02115126)、HS410-101(NCT02010203、Heat Biologies)、EAU RF2010-01(NCT01435356、GSK)、140036(NCT02015104、Rutgers Cancer Institute of New Jersey)、130016(NCTO1730118、National Cancer Institute)、MVX-201101(NCT02193503、Maxivax SA)、ITL-007-ATCR-MBC(NCT01741038、Immunovative Therapies,Limited)、CDR0000644921(NCT00923143、Abramson cancer center of the University of Pennsylvania)、SuMo-Sec-01(NCT00108875、Julius Maximilians Universitaet Hospital)、またはMCC-15651(NCT01176474,Medarex,Inc,BMS)が挙げられる。
一部の実施形態では、本発明の抗腫瘍抗体は、免疫系の刺激から生じる副作用を緩和する薬剤(例えば、コルチコステロイド)とともに投与してもよい。
本発明の文脈で、本発明の抗腫瘍抗体と併せて投与される治療剤は、抗腫瘍抗体の投与前または抗腫瘍抗体の投与後に投与することができる。一部の実施形態では、抗腫瘍抗体は、追加の治療剤と同時に投与され得る。
以下の実施例は、例示目的のために提供され、本発明を限定することを意図するものではない。本質的に同じ結果をもたらすために変化または修正され得る様々な重大でないパラメータは当業者には容易に認識されよう。
実施例1.抗腫瘍効果を有する抗体バリアントの同定
抗PD1抗体療法と組み合わせたインビボ腫瘍モデルのスクリーニングにおいて同定された非小細胞肺癌を有する患者からの形質芽細胞を配列決定することによって、AIP-192482として指定される初期リード抗体配列を取得した。
初期スクリーニングには、EMT6異所性腫瘍モデルを用いた。Balb/cマウスに、右脇腹に沿って10個のEMT6細胞を皮下に注入した。系統由来の初期抗体の抗腫瘍活性は、Balb/cマウスにおけるEMT6同系異所性乳癌モデルにおいてさらに評価した。腫瘍が平均75~120mmに達すると、マウスを腫瘍体積(TV)に基づいて、処置群に無作為化した。試験抗体による治療及び/またはチェックポイント阻害剤による療法は、無作為化の日から開始した。別途明記しない限り、試験抗体は、腹腔内(i.p.)注入により、週2回、3.5週間(TW×3.5w)にわたって投与した。4つの抗体のプールを、各々5mg/kg(mpk)の用量で(総抗体20mg/kg)、週2回、3.5週間(7用量)I.p.注射によって試験した。動物を、抗マウスPD1抗体と併用して処置し、10mpkで、週2回、2週間I.p.投与した。また、初期リード抗体は、抗PD1と併用して、20mpkで単独で(プールの外で)試験した。リード抗体を含む抗体プールは、抗腫瘍活性を示した(図1)。
初期リード抗体のバリアントを生成し、EMT6腫瘍モデルで試験した(腫瘍細胞の皮下注射)。バリアントを単剤療法として試験し、上記のように、週2回、3.5週間10mpkの用量で投与した。抗腫瘍活性を有するバリアントを同定した(図2A及び2B)。
図3A及び図3Bに、初期リード抗体及びバリアントの生存確率のデータを示す。P値を、ログランク検定によって計算した。初期のリード抗体は、5mpk及び10mpkの両方の用量で生存に顕著な効果を示した。バリアントのAIP-106042及びAIP-100196(図3A)は、顕著な効果を示し、バリアントのAIP-122563、AIP-165430、AIP-157397、及びAIP-171142(図3B)も同様であった。他のバリアントも、より低いレベルではあったが、生存確率の増加を示した(図3A及び3B)。例えば、抗体AIP-148327は、対照と比較して、40日目で生存確率が増加した(図3B)。
図4A及び4Bに、腫瘍体積に対するバリアントの投与の効果を示す。データは、正規化曲線上面積(Normalized Area Above the Curve、NAAC)として表される。NAAC値は、その腫瘍体積の曲線に基づいて、各個々の抗体について計算される。NAACの値は、0から1の間である。値が1に近いほど、腫瘍体積が経時的に低くなる(すなわち、治療がより効果的である)。腫瘍体積に対して顕著な効果を有するバリアント、例えば、AIP-106042及びAIP-100196(図4A)、ならびにAIP-171142、AIP-157397、AIP-165430、及びAIP-122563(図4B)が同定された。また、他の抗体バリアントによる処置でも、少なくともある程度の腫瘍体積の減少がもたらされた。
第1世代のバリアントのスクリーニングでは、抗腫瘍活性を有するものとして同定された抗体のバリアントも生成された。上に記載のEMT6腫瘍モデルにおける単剤療法として、これらのバリアントも評価された。バリアントを、図5A~5Dに示される用量で、週2回、3~5週間投与した。抗腫瘍効果を有するバリアントを同定した(図5A~5D)。
図6A及び6Bに、第2世代のバリアントで処置された抗体の生存率のデータを示す。P値を、ログランク検定によって計算した。生存確率の顕著な増加を示すバリアント、例えば、AIP-155066、AIP-166120、AIP-142079、AIP-104188(図6A)、及びAIP-158623、AIP-133645、AIP-136538、AIP-187893、及びAIP-160470(図6B)が同定された。
図7A及び7Bに、EMT6腫瘍モデルにおける腫瘍体積に対する第2世代のバリアントの投与の効果を示す。バリアントAIP-155066、AIP-166120、AIP-142079、及びAIP-104188は、5mpkの量で投与した場合、対照を有意に上回るNAAC値を示し、また、2.5mpkでも、大部分が対照を有意に上回るNAAC値を示した。バリアントAIP-158623、AIP-136538、AIP-133645、及びAIP-187893は、試験したすべての濃度について顕著なNAAC値を示し、いくつかのバリアントは、対照よりも高いNAAC値を示した。
抗PD1抗体と併用して投与した場合に、前述の分析で同定されたバリアント(AIP-133645及びAIP-160470)のうちの2つでの処置を評価した。EMT6腫瘍モデルを再び使用した。初期リード抗体を5及び10mpkの用量で投与した。バリアントを、2.5及び5mpkで投与した。抗PD1抗体を10mpkで投与した。図8に、研究設計を示す。抗体を、示された用量及び頻度で、I.p.注射によって投与した。図9に、単剤療法として投与した場合の初期リード抗体及び2つのバリアントの生存分析を示す。バリアントAIP-160470及びAIP-133645の両方は、初期リード抗体に対して生存率を改善することができた。リード抗体及び2つのバリアントについての腫瘍増殖、生存確率、及び腫瘍体積に対する効果は、単剤療法として投与した場合に、それぞれ図10、図11、及び図12に示される。抗体を抗PD1抗体と併用して投与した場合の腫瘍増殖、生存確率、及び腫瘍体積に対する影響を、それぞれ図13、図14、及び図15に示す。
初期のリード抗体及びバリアントAIP-160470及びAIP-133645の抗腫瘍効果も、単一療法として、CT-26大腸癌異所性マウス腫瘍モデルにおいて評価した。動物に、10個のCT26腫瘍細胞を、右脇腹に沿って皮下注入した。抗体を、20mpkの用量で、週2回、3.5週間i.p.注射によって投与した。腫瘍増殖、生存確率、及び腫瘍体積に対する効果を、それぞれ、図16、図17、及び図18に示す。3つすべての抗体は、腫瘍増殖の減少、生存確率の向上、腫瘍体積の減少において顕著な治療効果を示した。
実施例2.抗体結合の組織学的分析
マウス及びヒトの腫瘍細胞及び隣接組織への結合も分析した。初期リード抗体及びバリアントのサブセットを、ヒトエストロゲン受容体(ER)陽性乳癌(ステージII)及び隣接乳房組織への結合について試験した。凍結試料を凍結切片化し、スライド上に載せ、4%のPFAで軽く固定した。10、1、及び0.3μg/mlの一次抗体及びIgG対照(シグナル未検出)を使用してスライドをインキュベートした後、Cy5にコンジュゲートされた抗マウス二次抗体でインキュベートし、Hoechstで対比染色し、水性の封入剤中でカバースリップを被せた。隣接するスライドを、ヘマトキシリン及びエオシン(H&E)で染色した。図19は、初期リード抗体の腫瘍及びTATへの結合を、バリアントAIP-157397及びAIP-165430の結合と比較する。バリアントAIP-157397は、腫瘍への結合に対するシグナルの顕著な増加を示した。TATへの結合に対するシグナルも、初期リードと比較して増加したが、結合は、シグナルがTAT内で観察されないように滴定され得る。バリアントAIP-165430は、TATへの結合が最小限の増加を有するリードと比較して、腫瘍への強化された結合を示した。アイソタイプ対照はシグナルを示さなかった(データ未記載)。
また、ヒトER陽性乳癌組織及びTATへのバリアントAIP-106042及びAIP-100196の結合を、記載のように調製したスライドを使用して評価し、30、10及び3μg/mlの一次抗体及びIgG対照を使用して染色した。隣接する切片を、H&Eを使用して染色した。バリアントAIP-106042及びAIP-100196の両方も腫瘍組織に結合したが、リードと比較すると、レベルが低かった(図20及び21)。試験した最高濃度でも、TATへの結合はほとんどまたはまったく観察されなかった(データ未掲載)。
また、バリアントAIP-160470、AIP-133645、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-187893、AIP-142079、AIP-184490、及びAIP-104188の結合も、ER陽性乳腺腫瘍組織及びTATについて評価し、初期リード抗体によって示される結合と比較した。ER陽性乳腺腫瘍及びTATの切片をH&Eで染色し、1、3、及び10μg/mlのリード抗体、バリアント、またはアイソタイプ対照(IgG)を用いて免疫染色した。免疫反応性を蛍光顕微鏡で評価し、濃度にわたって画像を撮った。AIP-136538(図22)を除く、リード及びすべてのバリアント(AIP-160470、AIP-133645、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-187893、AIP-142079、AIP-184490、及びAIP-104188)について、陽性の免疫反応性(すなわち、IgG対照の上のシグナル)が検出された。ER陽性乳癌コアにおける同様の蛍光強度について、抗体濃度にかかわらず画像を一致させた。AIP-136538及びAIP-104188を除いて、試験したすべてのバリアントは、乳腺腫瘍内で、初期リード抗体で観察されたものと同様の蛍光強度を示したが、一次抗体濃度は3~10倍低かった。腫瘍標識対TAT結合の選択性も評価した。AIP-160470及びAIP-133645を含むバリアントのサブセットを用いて、腫瘍対隣接組織のシグナルの比率は、リードに対して顕著に増強された。
EMT-6腫瘍への抗体結合も評価した。10個のEMT-6細胞を接種して約7日後、腫瘍試料を動物から回収した。バリアントAIP-157397、AIP-165430、AIP-160470、AIP-133645、AIP-158623、AIP-155066、AIP-136538、AIP-166120、AIP-187893、AIP-142079、AIP-184490、及びAIP-104188について、EMT-6結合活性を評価した(データ未記載)。バックグラウンドの免疫反応性は、マウス組織においてやや高かった。これは、内因性Fc受容体との相互作用に起因する可能性が高い。すべてのバリアントがEMT-6腫瘍細胞への結合を示したが、バリアント間でシグナル強度の違いは明らかであった。
また、初期リード抗体(図23A)及びバリアントAIP-133645(図23B)ならびにAIP-160470(図23C)を、ヒトがん細胞株(異種移植片)またはマウスがん細胞株(同系)のいずれかが接種されたマウスにおいて生じる腫瘍への結合について評価した。凍結腫瘍を凍結切片化して、スライドに載せた。抗体及びアイソタイプ対照(IgG)をAF647にコンジュゲートし、スライドをコンジュゲートとともにインキュベートした後、Hoechstで対染した。隣接する切片も、H&Eを使用して染色した。バリアント抗体を使用して染色した腫瘍切片は、ヒト肺A549細胞、ヒト膵臓BXPC3細胞、ヒト結腸癌Colo-205細胞、またはヒト前立腺癌PC3細胞から生じる腫瘍、ならびにマウス結腸癌、乳癌、肺癌、または腎臓癌の細胞株から生じる腫瘍を含むすべての腫瘍について、リードと比較して増強されたシグナルを示した。
実施例3.併用療法-組織学的分析
初期リード抗体を、実施例1に記載される投薬スケジュールを使用して、単剤療法として、及び抗PD-1抗体と併用して、EMT-6腫瘍モデルにおいてインビボで評価した。PBS処置、抗PD1処置、リード抗体処置、または併用療法処置のコホートからのEMT-6腫瘍を、接種後2週間及び3週間で回収し、組織学的に評価した。腫瘍切片を、H&E及びMassonのトリクローム(トリクローム)で染色した。免疫細胞の表現型及び活性化状態を、CD4(CD4+T細胞)、CD8(CD8+T細胞)、CD335(NK細胞)、CD68(マクロファージ)及びiNOS(誘導性一酸化窒素シンターゼ)の免疫蛍光法によって、腫瘍切片で評価した。免疫細胞の浸潤は、接種後2週間(データ未掲載)及び3週間(図24)の両方で、チェックポイント阻害剤での処理後、腫瘍において上昇した。さらに、リード抗体、またはリード抗体とチェックポイント阻害剤の組み合わせで処置されたマウス由来の腫瘍において、2週間(データ未掲載)及び3週間(図24)の両方で、強固な浸潤が観察された。iNOSの免疫反応性の増加は、リード処置及び併用療法処置のコホートからの腫瘍における活性な炎症誘発反応を示した。
実施例4.エクスビボ結合アッセイは、インビボ抗腫瘍活性と相関する
初期リード抗体及びバリアント抗体を、エクスビボ結合アッセイで分析し、インビボ抗腫瘍活性との相関を判定した。図25に、エクスビボアッセイの概略図を示す。マウスに腫瘍細胞を注射し、腫瘍を約500~600mmのサイズに増殖させた。腫瘍を回収し、消化し、生きた腫瘍細胞の表面への抗体結合を、フローサイトメトリーによって分析した。結合は、実施例1に記載されるように、抗体によるインビボ処置後の腫瘍体積を表すNAAC値と相関した。結果は、抗体のエクスビボEMT6細胞への結合がインビボの結果とほぼ相関することを示した(図26及び図27)。したがって、エクスビボフロー分析は、インビボ機能とほぼ相関するスクリーニングアッセイを提供し、これを使用して、抗腫瘍効果を誘発する可能性が高い抗体を同定することができる。
実施例5.標的への抗体の結合の分析
AIP-192482が結合する腫瘍細胞上の標的を決定するために、全細胞抽出物を用いて免疫沈降(IP)を行った。35S標識メチオニン及びシステイン(37℃、5%CO)を補充したメチオニン・システイン不含培地中で、A549細胞を一晩インキュベートした。細胞を、放射免疫沈降アッセイ(RIPA)緩衝液(25mMのTris・HCl pH7.6、150mMのNaCl、1%のNP-40、1%のデオキシコール酸ナトリウム、0.1%のSDS)中で溶解した後、緩衝液(450mMのNaCl、1mMのEDTA、1%のNP-40、5%のグリセロールを補充した1倍のリン酸緩衝液)で5回洗浄した。AIP-192482または対照抗体を使用したIP反応を、Dynabeads(商標)M-280 トシル活性化常磁性ビーズに架橋された抗体を使用して、一晩行った。次いで、ビーズを磁石上で回収し、450mMのNaCl含有緩衝液で洗浄し、50mMのTris(pH8.0)、1mMのEDTA、及び1%のデオキシコール酸ナトリウムで溶出した。抗体に結合した放射標識抗原を、2×還元SDS-PAGE試料緩衝液中に溶出し、4~20%の変性SDS-PAGEゲルで分離した。分離されたタンパク質を、ホスホイメージングオートラジオグラフィーによって可視化した。質量分析(MS)による分析のために、代謝標識されていないA549細胞を使用して溶解物を調製し、IP反応を比例的にスケールアップした。次いで、溶出物をnanoLC-MS/MS分析(Alphalyse及びMS Bioworksにより実施)によって評価した。
SDS-PAGE分析(図28)は、15.8~152.8kDaのサイズの範囲の多数の固有のタンパク質を同定した。多くのRNA結合タンパク質が、MS分析によって同定されたタンパク質中にあった。これらの同定されたタンパク質の多くは、ストレス顆粒中に存在することが示されている。Markmiller et al.,Cell,172,590-604,January 25,2018、ならびにYoun et al.,Molecular Cell,69,517-532(2018)及びJain et al.,Cell 164,487-498 January 28,2016を参照されたい。表3は、AIP-192482によって沈降した免疫沈降複合体において同定された例示的なタンパク質を列挙している。これらの同定されたタンパク質を、次の以前に公開された分析に従って、ストレス顆粒中にも存在していることが知られているかどうかに基づいて分類する:i)Jain et al.(2016)に記載される、US-02細胞における生化学的単離分析、ii)Markmiller et al.(2018)に記載される、HEK293細胞において行われるAPEX(近接標識)分析、iii)Markmiller et al.(2018)に記載される、神経前駆細胞において行われるAPEX(近接標識)分析、及びiv)Youn et al.(2018)に記載される、HEK293細胞において行われるBioID(近接標識)分析。群1タンパク質(12タンパク質)は、公開されている4つすべての分析によって、以前にストレス顆粒で検出されたタンパク質(20タンパク質)のリストの中にある。群2タンパク質(12タンパク質)は、公開されている4つの分析のうちの3つによって、以前にストレス顆粒で検出されたタンパク質(38タンパク質)のリストの中にある。群3タンパク質(20タンパク質)は、公開されている4つの分析のうちの2つによって、以前にストレス顆粒で検出されたタンパク質のリストの中にある。群4タンパク質(63タンパク質)は、Jainらによって、以前にストレス顆粒で検出されたタンパク質(139)のリストの中にある。
(表3)MSによって同定された免疫沈降複合体中の例示的なタンパク質
Figure 0007365421000001
Figure 0007365421000002
上記表3に示されるように、AIP-192482を使用した免疫沈降において同定されたタンパク質のリストと、公開された文献に従ってストレス顆粒中に存在することが知られているタンパク質のリストとの間に顕著な重なりがあった。さらに、ストレス下でPABPC1が細胞内のストレス顆粒にほとんど分画されないという一般的な見解に反して(粗溶解物からストレス顆粒の免疫沈降を可能にするWheeler et al.,Methods 126:12-17(2017)によれば6%)、上で示されたPABPC1に結合する抗体を使用することによって、AIP-192482は、PABPC1を含む複合体を、全細胞溶解物から首尾よく直接的に免疫沈降した。
対照の免疫沈降物と比較して、2倍以上のレベルで、または2以上のスコアで、AIP-192482の免疫沈降物中に存在する追加のタンパク質が、MSで同定された。
ABCF1、ACIN1、ACLY、ADAR、AGO1、AGO2、AGO3、AHNAK、ATP2A2、ATXN2、BAG2、BOP1、BUB3、CAD、CASC3、CDC5L、CELF1、CLTA、CNBP、COPA、CRNKL1、DARS、DDX17、DDX18、DDX21、DDX5、DDX54、DDX6、DHX15、DHX30、DHX36、DHX57、DHX9、DICER1、DKC1、DNTTIP2、EDC4、EEF1D、EEF2、EFTUD2、EIF2AK2、EIF2S1、EIF3D、EIF3E、EIF3I、EIF4A3、EIF4G1、EIF6、ELAVL1、EPRS、FAM120A、FBL、FMR1、FTSJ3、FUBP3、FUS、FXR1、FXR2、GAR1、GEMIN4、GNL3、GRSF1、GTPBP4、HEATR1、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H3A、HNRNPA0、HNRNPA1、HNRNPA2B1、HNRNPA3、HNRNPAB、HNRNPC、HNRNPD、HNRNPDL、HNRNPF、HNRNPH1、HNRNPH3、HNRNPK、HNRNPL、HNRNPM、HNRNPR、HNRNPUL1、HNRNPUL2、IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、ILF2、ILF3、KARS、KHDRBS1、L1RE1、LARP1、MAGOHB、MAK16、MAP1B、MATR3、MBNL1、MOV10、MRTO4、MVP、MYBBP1A、MYO1B、NAT10、NCL、NHP2、NIFK、NKRF、NOL11、NOL6、NOP2、NOP56、NOP58、PABPC1、PABPC4、PCBP2、PDCD11、PES1、PGD、PLEC、PPP1CB、PRKDC、PRKRA、PRPF19、PRPF4B、PRPF8、PRRC2C、PTBP1、PTBP3、PUM1、PURA、PURB、PWP1、PWP2、RAB14、RAB2A、RACK1、RALY、RAN、RBM14、RBM34、RBM4、RBM45、RBM8A、RBMX、RCC2、RPL10A、RPL11、RPL12、RPL13A、RPL14、RPL15、RPL17、RPL18、RPL18A、RPL19、RPL21、RPL22、RPL23、RPL23A、RPL24、RPL26、RPL27、RPL29、RPL3、RPL30、RPL32、RPL34、RPL35A、RPL36、RPL4、RPL5、RPL6、RPL7、RPL7A、RPL8、RPLP0、RPLP1、RPLP2、RPS11、RPS13、RPS17、RPS23、RPS24、RPS26、RPS27A、RPS3、RPS3A、RPS5、RPS6、RPS8、RPS9、RPSA、RRBP1、RRP1、RRP9、RRS1、RSL1D1、RTCB、RUVBL2、RYDEN、SART3、SF3B3、SKIV2L2、SLC3A2、SND1、SNRNP200、SNRNP70、SNRPB、SNRPD1、SNRPD2、SNRPD3、SON、SRP68、SRP72、SRPK1、SRPK2、SRRM2、SRSF1、SRSF10、SRSF2、SRSF3、SRSF6、SRSF7、SRSF9、SSB、STAU1、STAU2、STRAP、SYNCRIP、TARBP2、TARDBP、TCOF1、TCP1、THOC2、THOC6、TNRC6A、TOP1、TRA2A、TRA2B、TRIM25、TRIM56、TTN、U2AF2、UGDH、UPF1、UTP15、UTP18、UTP4、UTP6、WDR12、WDR36、WDR43、WDR46、WDR74、WDR75、XAB2、XRCC5、XRN2、YBX1、YBX3、YTHDC2、ZC3H7A、ZC3HAV1、ZCCHC3、及びZNF326。
RNAがAIP-192482が結合する複合体の一部であるかどうかを試験するために、溶解物を放射標識A549細胞から調製し、次いで漸増量のRNase A(0.001~10μg/ml)またはDNAse I(20μg/ml)で処理した。処理した溶解物を、AIP-192482を使用するIPに用いた。結合したタンパク質を、SDS-PAGE、続いてオートラジオグラフィーによって分析した。結果は、DNaseではなく、RNaseによる処理で、RNaseの用量依存的な様式で、AIP-192482によって免疫沈降されるタンパク質が除去されたことを示した(図29)。この効果は、抗EGFR対照抗体へのEGFRの結合についてはそのような効果が観察されなかったため、AIP-192482抗原に対して特異的であった(データ未掲載)。この結果は、AIP-192482がその標的に結合するようにRNAが寄与することを示した(図38A及び38Bを参照されたい)。
追加のMS分析を行って、標的の組成物を同定した。そのようなある分析では、非標識A549細胞から調製したRIPA溶解物を、AIP-192482がコンジュゲートされたM-280ビーズとともにインキュベートし、次いでDTSSP(ThermoFisher)を使用して架橋した。クエンチ後、溶解物をRNase(100ng/mL)で処理した。ビーズを高塩濃度の緩衝液で洗浄し、0.5Nの水酸化アンモニウムを使用して抗原を溶出した後、nanoLC-MS/MS(MS Bioworks)を行った。ゲル内消化を行って、タンパク質を分析した。1つのRNA結合タンパク質であるPABPC1は、すべてのMSランからの結果において多量に存在し、RNase処理後に濃縮された(図30)。
ヒトPABPC1-FLAG発現プラスミドで一過的にトランスフェクトされた293T細胞で、PABPC1をC末端FLAG融合として発現させ、抗FLAG抗体クロマトグラフィーによって精製した。精製されたPABPC1を、T7プロモーターによって駆動される線状化プラスミドテンプレートのインビトロ転写を介して生成された精製ポリ(A)RNA(56mer)とインキュベートした。次いで、複合体化したPABPC1-RNAを、一価のAIP-192482Fabとインキュベートし、得られた複合体を、PABPC1:AIP-192482Fab:RNAの最終重量比が15:15:1で、Superose 6ゲル濾過カラム(GE Lifesciences)上で分離した。カラム溶出液のA280吸光度及びカラム画分のSDS-PAGE分析(図31)は、AIP-192482Fab、PABPC1、及びポリ(A)RNAが、個々の構成要素よりも著しく先にカラムから溶出する高分子サイズの複合体を形成することを示した。また、RNase Aを、カラムクロマトグラフィーの前のAIP-192482インキュベーションステップに含めた。この試料については、高分子サイズの複合体は観察されなかった。
上で説明したように、AIP-192482を使用して得られたA549細胞からの架橋RNAse処理免疫沈降物からのMS結果は、免疫沈降物中のPABPC1の存在を示した。PABPC3/4、MOV10、UPF1、及び他のタンパク質も、免疫沈降物中に存在する成分として同定された。
実施例6.抗体によって標的化された複合体の局在及び成分を示す共焦点イメージング
抗体を用いて染色したEMT6腫瘍組織に対して免疫蛍光顕微鏡検査を行った。AIP-192482は、EMT6腫瘍内のG3BP陽性構造の亜集団と共局在することが示された。図32A~Dを参照されたい。画像は、について、AIP-192482シグナルとG3BP(ストレス顆粒の別のマーカー)のシグナルとの間の広範な重なりを示した。この結果は、AIP-192482に対して陽性ではない、より小さなG3BPパンクタの存在を示す。これらのG3BP陽性構造のサブセット、すなわち、非常に小さい点は、AIP-192482免疫反応性に対して陽性ではないが、構造がより異種であるより大きな凝集体では、反応性が共局在する。これは、AIP-192482が複合体とRNPと会合することを示唆している。
本明細書に開示される抗体は、共焦点顕微鏡により、細胞外に位置するタンパク質複合体を標的とすることが示された。図33A~Dに示されるように、AIP-160470は、CD9反応性が検出されたところで反応した。共焦点イメージングは、AIP-160470反応性が明らかに細胞外性であることを示し、以下に記載されるように、フローサイトメトリーデータを実証する。ヒト乳癌組織でも同様の共焦点顕微鏡実験を行い、これはまた、AIP-160470が、細胞外に見られる多数の直径約1μmのCD9陽性の小胞と共局在することも示した。
追加の共焦点顕微鏡イメージングにより、AIP-160470シグナルが、PABPC1及びMOV10を含むRNA結合タンパク質と共局在し、標識が、ヒト卵巣癌組織における細胞外のパンクタ及び形質膜と一致していることも示された。
実施例7.抗体によって標的化された複合体の表面局在を示すフローサイトメトリー
EMT6細胞を、化学療法剤であるドキソルビシン(「DOX」)またはシスプラチン(「CDDP」)で16時間処理した。DOX及びCDDPは、両方とも、ストレス顆粒の誘導因子として知られている、Vilas-Boas,et al.,J Neurooncol 127:253-260(2016)、及びMorita et al.,Biochemical and Biophysical Research Communications 417:399-403(2012)。処理された細胞を、96ウェルプレートに播種し、AIP-192482、AIP-160470、またはAIP-195694(陰性対照)で染色した。次に、細胞を、Alexa647とコンジュゲートされた二次抗体で染色し、フローサイトメーターで分析した。EMT6細胞への抗体の結合に対応する幾何平均蛍光を、治療用細胞で使用された化学療法剤の濃度に対してプロットした(図35A~B及び図36を参照されたい)。これらのデータは、これらの抗体が細胞の表面に結合することを示し、図33における共焦点データを補完するもので、インビボにおけるEMT6細胞の増殖が、かかる表面反応性も誘導することを示す。この細胞外の表面局在化は、実施例4のエクスビボのフロー分析によっても実証される。
実施例8.AIP-160470のバリアントの生成
AIP-192482の抗体バリアントを、上に記載の実施例で評価した。親比較配列としてAIP-160470を使用して、CDRに様々な置換を導入することによって、多数の追加の抗体バリアントを生成した。バリアントを、インビトロFc受容体エンゲージメントアッセイで試験した。バリアントは、個々の置換を含み、各CDRにわたって導入され、ならびにHCDR1に最大4個の置換が導入され、HCDR2に最大5個の置換が導入され、HCDR3に最大13個の置換が導入され、LCDR1に最大6個の置換が導入され、LCDR2に最大3個の置換が導入され、LCDR3に最大6個の置換が導入されたバリアントを含む。バリアントCDR1、CDR2、及びCDR3配列の組み合わせも試験した。バリアントをインビトロ活性について試験し、サブセットを以下に記載されるインビボ抗腫瘍活性について試験した。表1B及び表2Bに、活性バリアントのCDR配列を提供する。
インビトロ活性
インビトロでの抗体の活性を、FcRエンゲージメントアッセイを使用して決定した。バリアントをFcγRIIa-H ADCPレポーターバイオアッセイ(Promega)で試験した。このアッセイを使用して、FcγRIIaに特異的に結合し活性化する抗体の効力及び安定性を測定する。このアッセイは、ヒトFcγRIIa-H(高親和性H131バリアント)及びNFAT誘導ルシフェラーゼを安定に発現するJurkat細胞を用いた。標的細胞に結合する試験抗体のFc領域によるJurkatエフェクター細胞へのFcγRのエンゲージメント後、Jurkat細胞でNFAT-RE媒介性ルシフェラーゼ活性をもたらす細胞内シグナルが生成され、定量され得る。バリアントを分析するために使用されるアッセイは、以下の「詳細な方法論」の節で詳述される。
図39に、インビトロアッセイにおいて活性なバリアントの活性を示す。図39に示すように、バリアントは、500nM以下のEC50を示した場合、またはAIP-160470に対して少なくとも0.5のデルタ活性値を有する場合、活性とみなされる。AIP-160470に対してデルタ値がゼロである抗体は、不活性であるとみなされる。活性のスコアリングは、「詳細な方法」の節で以下に記載される。
バリアントのインビボ活性
インビトロで活性であったバリアントのサブセットを選択して、EMT6マウスモデルを使用してインビボでの抗腫瘍活性を評価した。2つのラウンドのインビボ研究を行った。第1ラウンドでは、AIP-192482、AIP-160470、及び16個の他のバリアントが含まれた。第2第ラウンドでは、AIP-192482、AIP-160470、第1ラウンドからの反復バリアント(AIP-101235)、及び本明細書に記載のように生成された16の追加のバリアントが含まれた。したがって、本出願に記載されるインビボ研究には、34個の独自の抗体が含まれ、これらの34個の抗体のうちの3つは、両方のラウンドで試験された。図40及び41に、第1ラウンド及び第2ラウンドでインビボで試験されたバリアントを、それぞれ記載し、EC50値及びΔ活性のランク付けが含まれる。インビボでの抗腫瘍活性は、生存率、正規化曲線上面積メトリック(NAAC)、及び正規化増殖率メトリック(NGRM)を使用して評価した。NAAC及びNGRMはともに、Atrecaで開発された。これらのアッセイの説明は、以下の「詳細な方法論」の節で提供される。方法論の節で説明されるように、インビボ活性に基づく「インビボ活性」は、生存、NAAC、及びNGRMの分析のうちの少なくとも1つにおけるp値≦0.05によって評価された。すなわち、抗体が、生存、NAAC、及び/またはNGRM(いずれか1つのみで十分)について0.05以下のp値を示した場合、抗体は、「インビボ活性」とみなされる。図42に、研究設計を示す。図43は、第2ラウンドにおける無作為化時のコホートにわたる腫瘍体積を示すデータを提供する。図44は、中央値生存率によってランク付けされた、第2ラウンドにおけるバリアントの抗腫瘍効果を示す。図45は、NAAC効果量によってランク付けされた、第2ラウンドで最も効果的な応答を示した抗体を示す。図46は、NGRM効果量によってランク付けされた、第2ラウンドで最も効果的な応答を示した抗体を示す。図47は、第2ラウンドで最も完全奏功を誘発した抗体を示す。「完全奏効」(CR)は、3つの連続した腫瘍体積測定値(TVM)が0mmとして記録された(40日目の分析)場合である。最大の完全奏功を誘発した抗体は、完全奏功として群内で最多の動物を誘発した抗体を指し、例えば、群に6匹のマウスがあり、6匹のマウスのうちの3匹がCRであった場合、その抗体は3CRを誘発し、その数は、最高値のCRの数を有する抗体を示す。図48に、第2ラウンドで最も持続的な応答を示した抗体のデータを提供する。図48で定義される「持続奏功」(DR)は、投薬後の継続的な腫瘍退縮ウィンドウ(40日目の分析)を表す。図49に、抗腫瘍効果を有するバリアント抗体のサブセットのインビボ活性の概要を提供する。
インビトロFcγRIIaアッセイにおけるインビボ活性とインビボ抗腫瘍活性との間の関係を調査して、インビトロアッセイによってインビボ活性が予測されたかどうかを判定した。インビトロFc-γ受容体アッセイの結果と生体内活性との間の関係をモデル化するために、Rバージョン3.4.3(The R Foundation)を使用して、線形項を有する多重ロジスティック回帰モデルを構築した。このモデルは、AIP-192482、AIP-186435、AIP-172643、AIP-172872、及びAIP-114111を含むデータのサブセットでトレーニングされ、これにより、インビボ活性が観察されないすべての抗体の1つの偽陽性(AIP-163039)のみが生じる。各抗体について、EC50(nM)及びデルタ活性の両方を複数回にわたって正規化し、デルタ活性をAIP-160470に対して正規化し、生存、NAAC、及びNGRMの分析のうちの少なくとも1つにおいてp値が≦0.05のインビボ活性によって評価した。その結果を図50A及び50Bに示す。分析は、2つの図に示されるインビトロEC50及び閾値ラインにわたる正規化デルタ活性を有する抗体が、概してインビボで抗腫瘍活性を示すことを予測することを示す。
操作されたFR
AIP-160470のV及びV配列もまた、異なるIGHV遺伝子またはIGLV遺伝子由来のフレームワーク領域を含むように操作された。フレームワーク領域は、定義されたCDR残基間の領域である。AIP160470のVのFR領域は、IGHV3-15、IMGT ID X92216に最も密接に対応し、AIP160470のVのFR領域は、IGLV1-47、IMGT ID Z73663に最も密接に対応する。
AIP-127782は、AIP-160470のCDRを有し、IGHV3-72(IMGT ID X92206)のVFR及びIGLV1-51(IMGT ID Z73661)のVFRを有するように操作された。AIP-127782は、インビトロエンゲージメントアッセイにおいて活性であった。また、抗腫瘍活性をインビボで評価した(以下)。この抗体もまた、EMT6マウスモデルにおいて抗腫瘍活性を示した。
3つの追加の抗体を作製した。AIP-180422は、AIP-160470のCDR、IGHV3-72(IMGT ID X92206)のVFR、及び天然IGLV1-47(IMGT ID Z73663)のVFRを有する。AIP-166722は、AIP-160470のCDR、IGHV3-72(IMGT ID X92206)のVFR、及びIGLV1-40(IMGT ID M94116)のVFRを有する。AIP-193490は、AIP-160470のCDR、IGHV3-49(IMGT ID M99401)のVFR、及びIGLV1-40(IMGT ID M94116)のVFRを有する。これらの抗体はすべて、インビトロエンゲージメントアッセイにおいて活性を示した。これらの抗体は、インビボでは試験されなかった。
詳細な方法論
EMT6同系マウス腫瘍モデル、抗腫瘍活性のインビボ評価
EMT6同系マウス腫瘍モデルを上に記載のように使用して、ATRC-101のmIgG2aキメラバリアントの抗腫瘍効果を評価した。利用した手順は、DeFalco et al.,Clin.Immunol.187:37-45,2018を改変したものである。EMT6マウス腫瘍細胞を、細胞を2~3日ごとに継代することによって(1:10のサブカルチャー)、培養で増殖させた。接種当日、細胞を回収し、カウントし、サプリメントを含まないウェイマス培地で5×10細胞/mLに希釈した。細胞生存率は、接種の直前及び直後に試験した。4~6週齢の雌BALB/cマウスに、サプリメントを含まない0.2mLのウェイマス培地中の1×10個のEMT6細胞を皮下注射することによって、右後脇腹にそれぞれ接種した。細胞接種の日を研究日0とした。一貫した均質な腫瘍体積を有する研究群を得るために、30%超のオーバーエイジを含めた。マウス腫瘍は、細胞接種して約3日後に一貫して視認可能になり、触知可能になった。無作為化の前に、腫瘍体積を2~3回測定した。マウスを、StudyLogラボ動物管理ソフトウェア(バージョン3.1.399.23)の「一致分布」無作為化機能を使用して、研究7日目に無作為化し、均質な腫瘍体積を確保した。前潰瘍化腫瘍、不規則な形状の腫瘍、または複数の腫瘍を有するマウスは、無作為化から除外した。試験物品及びビヒクル対照を、製剤緩衝液(ダルベッコのPBS、DPBS)中で調製した。希釈した抗体を、滅菌、事前密封された単回用量のホウケイ酸ガラスバイアルにアリコートし、投薬まで4℃で維持した。無作為化の日から、試験物品を、マウスの体重に基づいて10mL/kgで週2回IP注射することによって、合計7用量を投薬した。すべてのマウスは、予定通りに投薬されたか、またはExplora BioLabsの動物使用プロトコルEB17-010-104に従って、既定の安楽死基準に基づいて、及びエンドポイントに準拠して研究から除外されるまで投薬された。腫瘍体積を、StudyLogラボ動物管理ソフトウェア(バージョン3.1.399.23)に接続された電子ノギスを使用して、無作為化後に週2回測定した。腫瘍体積は、次の方程式を使用して自動的に計算した。
腫瘍体積(mm)=長さ(mm)×幅(mm)×0.5
試験物品の投与後、腫瘍体積が0mmの3回連続測定値を有するマウスは、完全奏効(CR)を示すとみなされた。投薬ウィンドウの終了後に継続した一貫した腫瘍退縮を有するマウスは、持続奏功(DR)を示すとみなされた。
IACUCプロトコルによって承認された以下のエンドポイントのうちのいずれかが観察された場合、マウスを終結させた:
腫瘍体積が2000mmを超えている場合、腫瘍が正常な動物の機能(姿勢、歩行、飲食能力、呼吸など)を妨げている場合、または腫瘍が広範に潰瘍化している場合(腫瘍の面積が50%を超えているか、または潰瘍化腫瘍が慢性疼痛を引き起こすことが実証されている)。
腫瘍体積の統計分析は、正規化曲線上面積(NAAC)及びAtreca,Inc.で開発された正規化増殖率メトリック(NGRM)を使用して行った。
NAAC(腫瘍体積曲線と2000mmの腫瘍体積エンドポイントとの間の面積)を決定するために、腫瘍接種後、可能な研究35日目までの総面積で割った。可能な総面積は、すべての動物が測定可能な腫瘍体積を有する最初の時点と、腫瘍体積が0mm~2000mmの研究35日目との間で決定される。NAAC値は、0~1である。曲線と腫瘍体積エンドポイントとの間の面積が小さい個体は、0に近いNAAC値を有し、曲線と腫瘍体積エンドポイントとの間の面積が大きい個体は、1に近いNAAC値を有する。
NGRMを決定するために、まず、時間に対する対数変換された腫瘍体積について勾配を計算した後、腫瘍接種後20日まで再スケールした。次いで、これらの傾きを0~1の値に正規化した。経時的な腫瘍体積の増加を有する個体は、0に近いNGRM値を有し、経時的な安定または減少を有する個体は、1に近いNGRM値を有する。
治療群と対照群の分布間の統計学的な有意差を、片側ウィルコクソン順位和検定を用いてNAAC及びNGRMについて評価し、Rバージョン3.4.3(The R Foundation)を使用してp値を得た。最終的な腫瘍体積が1800mmに達しておらず、分析期間の80%を通して生存しなかった動物は、NAAC及びNGRMの分析から除外した。
生存率の分析は、研究エンドポイントのデータを使用して行った。各群の生存曲線をカプラン・マイヤー法で推定した。一方の片側ログランク検定を使用して統計分析を行い、R バージョン 3.4.3(The R Foundation)を使用して、PBS対照に対する試験群の生存優位性を評価した。モデルは、本明細書でAIP-192482、AIP-171142、AIP-165430、AIP-189526、AIP-122563、AIP-158623、AIP-155066、AIP-166120、AIP-133645、AIP-187893、AIP-142079、AIP-160470、AIP-102396、AIP-150055、AIP-167084、AIP-185304、AIP-134770、AIP-141887、AIP-196203、AIP-128195、AIP-116579、AIP-192329、AIP-197809、AIP-142489、AIP-167726、AIP-199834、AIP-143179、AIP-195587、AIP-153462、AIP-115363、AIP-151090、AIP-168083、AIP-161082、AIP-114196、AIP-189338、AIP-183190、AIP-110143、AIP-147176、AIP-134312、AIP-128243、AIP-156172、AIP-147389、AIP-124314、AIP-185291、AIP-135247、AIP-113513、AIP-102299、AIP-179097、AIP-109343、AIP-119622、AIP-191735、AIP-157078、AIP-153475、AIP-133650、AIP-190915、AIP-167400、AIP-109729、AIP-151709、AIP-136628、AIP-101601、AIP-146871、AIP-170053、AIP-199483、AIP-162041、AIP-180675、AIP-183133、AIP-191470、AIP-151167、AIP-106633、AIP-102624、AIP-109484、AIP-126080、AIP-161571、AIP-163039、AIP-101235、AIP-182061、AIP-181246、AIP-192216、AIP-171912、AIP-172872、AIP-167833、AIP-190051、AIP-145518、AIP-167533、AIP-112580、AIP-143155、AIP-119664、AIP-190526、AIP-114403、AIP-156760、AIP-103803、AIP-195588、AIP-145722、AIP-178251、AIP-116142、AIP-183350、AIP-127108、AIP-128147、AIP-109510、AIP-104086、AIP-143132、AIP-170105、AIP-169636、AIP-152243、AIP-138776、AIP-103817、AIP-130491、AIP-188155、AIP-167246、AIP-106139、AIP-198351、AIP-159326、AIP-192275、AIP-190761、AIP-166832、AIP-148062、AIP-129145、AIP-111240、AIP-153888、AIP-130915、AIP-109048、AIP-170569、AIP-154873、AIP-159037、AIP-186826、AIP-156514、AIP-157122、AIP-173276、AIP-150485、AIP-166847、AIP-124013、AIP-126285、AIP-168605、AIP-190274、AIP-136060、AIP-180422、AIP-166722、AIP-127782、AIP-189473、AIP-192571、AIP-112328、AIP-125258、AIP-150199、AIP-125062、AIP-177193、AIP-115388、AIP-107759、AIP-170221、AIP-143369、AIP-189475、AIP-102833、AIP-157045、AIP-175775、AIP-154181、AIP-125984、AIP-160829、AIP-184744、AIP-128136、AIP-181273、AIP-153125、またはAIP-131972として指定された抗体が抗腫瘍活性を有するかを予測した。
EMT6腫瘍細胞を使用したFcγRIIaエンゲージメントアッセイ
本明細書に記載される抗腫瘍抗体の標的は、腫瘍細胞がインビボで増殖するときに発現するが、標準培養条件下でインビトロで増殖した腫瘍細胞によって発現しない。このアッセイは、インビボ外の細胞、すなわち、インビボで同種(免疫適合性)マウスにおいて腫瘍移植片として増殖させた腫瘍細胞に対して行われ、その後、24~48時間以内に回収され、処理される。
このアッセイは、以下の4つの部分を有する。A.インビトロでのストックEMT6マウス乳癌細胞の調製、インビボでのBalb/cマウスにおけるEMT6腫瘍の接種及び増殖、C.EMT6腫瘍細胞の回収及びエクスビボ細胞バンクの調製、FcγR2aエンゲージメントアッセイ用のエクスビボEMT6細胞の使用。各ステップのプロトコルを以下に示す。

A.インビトロでのEMT6マウス乳癌細胞の調製
1. 液体窒素からEMT6細胞のバイアルを取り出す。
2. 37℃の水浴でほぼ完全に解凍されるまで解凍する(氷の小さな塊が残っている必要がある)。
3.50mlチューブ中の9mlのEMT6細胞培養培地に、解凍した細胞懸濁液(1ml)を添加する。
4. 300xg、室温で、5分間遠沈する。
5. 上清を吸引し、細胞を15mlのEMT6培地に再懸濁する。
6. T75 TC処理細胞培養フラスコに、細胞懸濁液を添加する。
7. 37℃、5%CO2の加湿インキュベーターで、細胞を増殖させる。
8. 月曜日、水曜日、及び金曜日に新鮮な培地を供給する。
9. 細胞が80%コンフルエンスに達したら、セルを拡大培養する。
a.フラスコから細胞培養培地を吸引する。
b.Ca2+Mg2+を含まない10mlのPBSで1回洗浄する。
c.TrypLE(#12604021,Invitrogen)を2ml添加する。
d.37℃で5分間インキュベートする。
e.フラスコを軽く叩いて細胞を剥離する(顕微鏡下で確認する)。
f.皿にNGMを7ml加え、穏やかに上下にピペッティングして再懸濁する。
g.新しいフラスコに1:10で分ける。
h.培地を加える。穏やかに上下にピペッティングして、均質な懸濁液を作製する。
i.37℃、5%COの加湿インキュベーターで、細胞を増殖させる。
10. 細胞が80%コンフルエンスに達したら、凍結アリコート用に回収する。
11. 上に記載のように細胞を剥離し、50mlチューブにプールする。
12. 細胞懸濁液を10μl取り、トリパンブルーを10μl添加する。
13. CountessII細胞カウンター(#AMQAX1000,Fisher Scientific)を使用して、細胞を十分に混合し、カウントする。
細胞の生存率を計算する。
14. 300xg、室温で、5分間遠沈する。
15. 純粋なFBS中に、4×10細胞/mlで再懸濁する。
16. 事前に調製した20%のDMSOを含むFBSを等量添加する。(100%DMSOを細胞に直接添加しないこと)
17. 上下に穏やかにピペッティングして、よく混合する。
18. 1mlの細胞懸濁液(2×10細胞)を凍結チューブにアリコートし、Mr Frosty(51000001,ThermoFisher)中、-80℃で凍結する。
19. 翌日、長期保管用の液体Nに移す。

B.インビボでのBalb/cマウスにおけるEMT6腫瘍の接種及び増殖
マスターバンクからのEMT6細胞の解凍
1. 節AからのEMT6細胞の1バイアルを、37℃の水浴中で解凍する。15mlコニカルチューブに細胞を移す。通常増殖培地を10ml添加する。300xg、室温で5分間遠心分離する。上清を吸引する。細胞ペレットを15mlのNGMに再懸濁し、T75フラスコに播種する。
2. 2日目に、細胞を、上に記載の細胞を継代するための方法を使用して、T75からT225へ継代する。
3. 4日目に、細胞を、1:10(週末越しの場合は1:12)で継代する。
4. 6日目または7日目に、継代細胞を1:10(週末越しの場合は1:12、より大量の細胞が必要な場合はこの段階で拡大培養する)。
5. 8日目または9日目に、細胞を10個のフラスコに拡大培養する。
6. 10日目または11日目に、インビボ注射用に細胞を回収する。
EMT6腫瘍の接種
A.フラスコから細胞培養培地を吸引する。
B.Ca2+Mg2+を含まない10mlのPBSで1回洗浄する(T225の場合は20ml)。
C.TrypLE(#12604021,Invitrogen)を2ml添加する(T225は5ml)。
D.37℃で5分間インキュベートする。
E.フラスコを軽く叩いて細胞を剥離する(顕微鏡下で確認する)。
F.7ml(T225の場合は15ml)のEMT6培地でフラスコから細胞を洗い流す。
G.細胞をカウントし、トリパンブルーで生存率を決定する。
a.生存率が85%未満の場合、進行を中止する。
H.300×gで、室温で5分間遠沈する。
I.上清を吸引する。
J.細胞を、FBS不含ウェイマス培地に再懸濁し、5×10細胞/mLにする。
a.1つのT225細胞培養フラスコで、約18~24×106個の生細胞が産生される。
K.ここ以降、細胞を氷上で保つ。
L.イソフルラン吸入を使用して、8週齢の雌BALB/cマウスを麻酔する。
M.BALB/cマウスの左脇腹を剃毛する。
N.1mlシリンジと25G針を使用して、200ulの細胞懸濁液(合計1x106細胞)を皮下注射する。
a.シリンジへの細胞の逆流が見られないことを確認する。
b.細胞懸濁液が注射部位から漏れないことを確認する。
O.接種を行った後、細胞数及び生存率を確認する。
a.10%の範囲内(window)である必要がある。
P.ノギスを使用して腫瘍増殖を監視する。

C.EMT6腫瘍細胞の回収及びエクスビボ細胞バンクの調製
1. 腫瘍が500~800mmに達したら腫瘍を回収し、ノギスを使用して測定する。
2. 周囲の皮膚及び筋肉をすべて取り出す。
3. 腫瘍を、氷上の1/500希釈(100μg/mL)のプリモシンを含むRPMI培地に移す。4.(腫瘍をプールし、体積に比例してスケールすることができる)
5. 腫瘍消化混合物を調製する(1腫瘍あたり)。
a.3.3mlのCa2+Mg2+を含むHBSS。
b.33ulのコラーゲナーゼA(最終濃度:0.2mg/ml)。
c.33ulのディスパーゼII(最終濃度:0.8mg/ml)。
d.17ulのDNase(最終濃度:0.02mg/ml)。
e.6.6uLのプリモシン。
f.混合し、0.22ミクロンの酢酸セルロースフィルターを通して濾過して、滅菌する。
6. RPMIから腫瘍を回収する。腫瘍を小片に切断し、1腫瘍あたり1mlの消化混合物を添加する。7.キャップ付きFACSチューブ、または15もしくは50mlスクリューキャップチューブのいずれかの中で、連続的に15分間回転させながら、37℃でインキュベートする。
8. 細胞を30秒間沈降させる。
9. 1mlピペットで上清を慎重に除去し、氷上で、100μg/mLの濃度のプリモシンを含む純粋なFBSを、3ml添加する。
10. さらに1mlの消化混合物を添加し、2回繰り返す(合計3回)。
11. (1mlピペットチップの上部を切り取り、消化ステップ間の機械的解離に使用してもよい)
12. 最後の消化後、細胞懸濁液を1mlのマイクロピペットチップを通す必要がある。
13. FBS中に回収された細胞を、100ミクロンのセルストレーナーを通して濾過して、新しい50mlチューブに入れる。
14. 300×gで、4℃で10分間遠沈する。
15. 上清を除去し、1mlの純粋なFBS(100μg/mLのプリモシンを含む)中で細胞を再懸濁する。
16. 細胞をカウントし、FBSで6×106細胞/mLに調整する(100μg/mLのプリモシンを含む)。
a.デブリのため、Countess IIまたは血球計数器での細胞計数は不正確である可能性がある。i.有核細胞を1:1000のDraq5(ストック濃度5mM)で染色し、APCチャネルのフローサイトメーターでカウントすることが推奨される。
ii.1:1000でDAPIを添加すると、有核集団の生細胞のゲーティングが可能になる(紫外線レーザーが必要)。
1. 1mLのPBSに1μlのDraq5(5mMストック)及び1μlのDAPIを添加して、染色液を調製する。
2. 丸底96ウェルに40μlの染色液を加える。3.細胞懸濁液を10μl添加し、よく混合する。
4. 暗所で、室温で5分間インキュベートする。
5. 試料をフローで分析する。
a.最初にDraq5(APCチャネル)陽性細胞に対してゲーティングする。
b.Draq5陽性集団内のDAPI(BV421チャネル)陰性細胞を決定する。
6. フローサイトメーターで事象/μlを測定することができる場合、細胞数を直接計算することができる(Cytflexはそれを行うことができる)。
7. フローサイトメーターで事象/μlを測定することができない場合(ほとんどのBD機器のように)、細胞数を取得するためにビーズカウンティングを追加する必要がある。
b.生存率は75%超である必要がある。
17. 細胞を、FBS(100μg/mLのプリモシンを含む)で4×106細胞/mlに再懸濁する。
18. 20%のDMSO及び100μg/mLのプリモシンを含むFBSを等量添加する。
19. 上下にピペッティングしてよく混合する。
20. 細胞懸濁液1ml(2×106細胞)を凍結チューブにアリコートし、Mr Frosty中、-80℃で凍結する。
a.予想される細胞数は、約10×10個/腫瘍。
21. 翌日、長期保管用の液体窒素に移す。
a.1つの試料バイアルを取り、プロトコル「エクスビボ細胞の解凍」に従って解凍する。b.細胞数の対照を取る。

D.エンゲージメントアッセイ用のエクスビボEMT6細胞の使用
エクスビボ細胞の解凍
1. バイアルを、37℃の水浴中で解凍する。
2. バイアルの内容物を、50mlコニカルチューブに移す。
3. 懸濁液を渦巻くように混ぜながら、19mLのRPMI+2%FBSを細胞に一滴ずつ添加する。
4. 300×gで、4℃で5分間遠沈する。
5. 1mLのPBS+2%のFBS+2mMのEDTAに再懸濁する。
6. 300×gで、4℃で5分間遠沈する。
7. 2mLのアッセイ緩衝液(RPMI1640+4%の低IgG血清)に再懸濁する。
8. 1mlのアッセイ緩衝液に再懸濁する。
9. 細胞をカウントし、アッセイ緩衝液中で0.5×10細胞/mlに調整する
a.C;16a節に記載されているように、細胞計数を行う。

FcγRIIaエンゲージメントアッセイ(Promegaキット、#G9991)
1. アッセイ緩衝液中の抗体の連続希釈液を、1.5倍過剰で調製する。
a.総アッセイ体積は75ul。
b.開始濃度は10-6M。
c.6点の用量反応曲線における3重の対数希釈。
2.25ulの抗体希釈液を、白色平底96ウェルプレートに加える。
a.内側60ウェルのみを使用する。
b.未使用のウェルを、75ulのアッセイ緩衝液で満たす。
3. 25ulのエクスビボ細胞を、抗体希釈液を含む各ウェルに添加する。
a.プレートを軽くたたいて、細胞と抗体を混合する。
4. 37℃、5%CO2で15分間インキュベートする。
5. FcγRIIa-Hエフェクター細胞(0.62mL)(Promegaキット、3G991)のバイアルを、37℃の水浴中で解凍する。
a.解凍後すぐに、バイアルを37℃から取り出す。
6. バイアルの内容物を、5.3mLのアッセイ緩衝液を含むコニカルチューブに移す。
7. チューブを4~5回反転させて混合する。
8. 細胞をカウントし、0.5×10細胞/mlに調整する。
a.通常の細胞計数器または血球計数器を使用して、細胞計数を行うことができる。
9.25ulのFcγRIIa-Hエフェクター細胞を、オプソニン化標的細胞に添加する。
a.E:T比は1:1。
10. プレートを前後に軽く振って内容物を混合する(総容量75ul)。
11. 37℃、5%CO2で5時間インキュベートする。
12. 5時間後、Bio-Glo(商標)のボトルをすべて加えて、Bio-Gloルシフェラーゼ溶液を調製する。
Bio-Gloルシフェラーゼアッセイ基質にアッセイ緩衝液を入れる(キットあたり合計10mL)。
13.インキュベーターからプレートを取り出す。
14. 75ulのBio-Glo(商標)混合物を各反応ウェルに添加する。
15. 暗所で、室温で15分間インキュベートする。
16. 好適なプレートリーダーで、発光を測定する。
17. 曲線をプロットし、EC50値を計算する。

試薬及び緩衝液
EMT6完全培地(通常増殖培地、NGM)
ウェイマスのMB752/1培地+2mMのL-グルタミン+15%のウシ胎仔血清(FBS)+1%のペニシリン/ストレプトマイシン
アッセイ緩衝液
RPMI1640+4%の低IgGウシ胎仔血清(FBS)
コラーゲナーゼA(Sigma-Aldrich、#10103586001)
1. Ca2+Mg2+含有HBSSを添加して、50mg/mlのストック溶液を作製する。
2. チューブを複数回反転させる。
3. 室温で5分間インキュベートする。
4. 1.5mlスナップキャップチューブにアリコートする。
5. -20℃で、最大1ヶ月間保存する。
6. 凍結/融解サイクルを繰り返さない。
ディスパーゼII(Sigma-Aldrich、#D4693-1G)
1. 1gのディスパーゼIIを、10mMの酢酸ナトリウム
(pH7.5)及び5mMの酢酸カルシウムを含む10mLの分子生物学的グレードの水を用いて再構築する。
2. チューブを複数回反転させる。
3. 室温で60分間インキュベートする。
4. 1.5mlスナップキャップチューブにアリコートする。
5. 4℃で、最大1ヶ月間保存する。
DNAse(Sigma-Aldrich、#4536282001)
1. Ca2+Mg2+含有HBSSを添加して、2mg/mlのストック溶液を作製する。
2. チューブを複数回反転させる。
3. 室温で5分間インキュベートする。
4. 1.5mlスナップキャップチューブにアリコートする。
5. -20℃で、最大7日間保存する。
6. 凍結/融解サイクルを繰り返さない。
実施例9.がん療法のための抗体の評価-概要
以下の実施例において、がんの治療に使用するための抗体をさらに評価した。この実施例では、その抗体を、ATRC-101と称する。これは、AIP-160470のV領域及びV領域を含む、完全ヒト免疫グロブリンG、サブクラス1(IgG1)/ラムダ抗体である。重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号1723及び1724に提供されている。ATRC-101は、抗体の配列バリアントであり、非小細胞肺癌(NSCLC)腺癌を有する患者から単離された形質芽B細胞由来のImmune Repertoire Capture(登録商標)(IRC(商標))技術によって生成された抗体レパートリーにおいて発見された。試料回収時に、患者は、抗プログラム細胞死受容体1(PD-1)モノクローナル抗体を部分的に含む治療を受けていた。
ATRC-101の安全性プロファイルは、一連のインビトロサイトカイン放出及び組織交差反応アッセイ、ならびに同種疾患モデル(EMT6腫瘍細胞を接種した雌BALB/cマウス)における反復投与安全性研究で確立した。ATRC-101の潜在的な非標的関連毒性を評価するために、カニクイザルにおける非優良試験所基準(GLP)の4週間反復投与毒性研究も実施した。
ATRC-101のための非臨床安全性パッケージの設計は、抗体の標的及び提案された作用機序の特徴を反映する。ATRC-101標的は、RNA結合タンパク質及びポリ(A)RNAを含む腫瘍関連の細胞外複合体である。ポリ(A)RNA及びRNA結合タンパク質(ポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバーなど)は、正常なヒト、アカゲザル、及びマウス組織にわたって広く発現しているが、ATRC-101は、腫瘍細胞に優先的に結合する。ATRC-101の腫瘍選択的結合は、NSCLC、乳癌、CRC、卵巣癌、及び黒色腫を含む様々なヒト腫瘍タイプで観察され、腫瘍細胞は陽性であったが、隣接組織は陽性ではなかった。腫瘍組織から抽出されたマウスEMT6腫瘍細胞への結合は、これらの細胞をインビトロで培養した場合、時間の経過とともに失われる。さらに、ヒト腫瘍組織へのATRC-101の結合は、複合体のリボヌクレアーゼ感受性成分に依存することが示された。ATRC-101は、腫瘍に隣接する正常細胞、正常なカニクイザル組織、及びほとんどの正常なマウス組織には結合しない。まとめると、これらのデータは、ATRC-101の標的は腫瘍関連であり、細胞表面の局在がインビボにおける腫瘍増殖の状況に依存することを示す。腫瘍との会合は、誤った折り畳み、誤った局在化、翻訳後修飾、及び/またはまだ特定されていない因子に基づいている可能性がある。したがって、マウス及びカニクイザルは、正常な動物組織におけるATRC-101の標的発現がないか、または非常に低いため、毒性試験に適した種ではない。
前臨床モデルにおける薬理学的評価は、ATRC-101が腫瘍細胞上で発現している標的に結合すると、自然免疫細胞とのFc依存的な相互作用により、腫瘍微小環境に存在するリンパ系及び骨髄系の細胞集団の構成が、主に腫瘍形成活性及び免疫抑制活性に関連する表現型から、抗腫瘍形成活性及びより炎症促進的な活性に関連する表現型へと移行することを示す。ATRC-101は、抗体依存性細胞傷害(ADCC)または補体依存性細胞傷害(CDC)をインビトロで媒介していないようにみえる。利用可能なすべてのデータは、ATRC-101のその標的への結合が、任意のシグナル伝達経路を誘発または遮断しないことを示す。
ATRC-101は、正常なヒト末梢血単核細胞(PBMC)とは結合しない。さらに、ATRC-101は、PBMCまたは全血ベースのアッセイのいずれにおいてもインビトロでサイトカイン放出を誘導しない。したがって、ATRC-101は、ヒトにおけるサイトカイン放出を誘導するリスクが低いと考えられる。
マウスにおける前臨床有効性及び安全性試験及びカニクイザルにおける薬物動態/毒物動態試験を支援するために、高感度で特異的な液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析法(LC-MS/MS)及び酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)法を、それぞれ、マウス及びサルの血清中のATRC-101の検出用に開発した。
ATRC-101の薬物動態プロファイルは、カニクイザルにおける単回投与研究及び反復投与研究で特徴付けられた。カニクイザルに1、10、及び30mg/kgの用量レベルで単回静脈内(IV)ボーラス投与した後、最大血清中濃度(Tmax)の時間は、一般に、投与後0.083~1時間で観察された。半減期(T1/2)は、177~225時間であった。見かけのクリアランス率(CL)及び見かけの分布容積(Vd)は、それぞれ0.15~0.436mL/時間/kg及び51.4~117mL/kgの範囲であった。ATRC-101への全身曝露は、試験した範囲内で用量とともに増加し、その増加はほぼ用量に比例した。カニクイザルにおける4週間の反復用量IV毒性研究及び毒物動態研究では、動物は、1日目、8日目、15日目及び22日目にIV投与によって4週間用量のATRC-101を受け、Tmaxは、概して、注入開始(SOI)後0.75時間で観察された。末端除去相は、Tmax後に観察された濃度が比較的持続していたため、どの動物についても特徴付けることができなかった。全身曝露は、試験した範囲内で用量とともに増加し、その増加はほぼ用量に比例した。暴露において、性別関連の顕著な差異はなかった。反復投与後、22日目の全身曝露は、1日目と比較して概して高く、個々の蓄積比は1.64~2.17の範囲であった。
EMT6-BALB/c同系乳癌モデルにおいて、ATRC-101及びMFC-042キメラ(ATRC-101の同一のヒトFv領域を有するが、マウスIgG2aのFc領域とともに発現される。AIP-160470-mIgG2aとも称される)の安全性を評価した。この研究では、死亡率/瀕死率、臨床徴候、体重、臨床病理学(血液学及び臨床化学)、血清サイトカイン評価、血清中試験物品濃度、肉眼剖検所見、臓器重量、及び組織病理学的検査(担腫瘍動物における9つの臓器と腫瘍組織)の安全性パラメータを評価した。0、0.1、0.3、1、3、10、及び30mg/kgの用量レベルでのMFC-042、または0、1、10、及び30mg/kgの用量レベルでのATRC-101の、ナイーブ及びEMT6同系乳癌担腫瘍雌BALB/cマウスへの腹腔内(IP)反復投与は、十分に耐容性があり、調べたパラメータのいずれにおいても、毒性学的に有意な効果は観察されなかった。これらの安全性評価結果に基づいて、無毒性量(NOAEL)は、ナイーブ及びEMT6同系乳癌担腫瘍雌BALB/cマウスにおいてMFC-042及びATRC-101について30mg/kgであるとみなされた。
カニクイザルにおける非GLP4週間毒性研究を実施し、ATRC-101の潜在的な非標的関連毒性を評価した。この研究では、次のパラメータを評価した:死亡率/瀕死率、臨床徴候、定性的食物摂取量、体重、臨床病理学(血液学、臨床化学、及び尿検査)、サイトカイン、TKパラメータ、臓器重量、肉眼検査及び顕微鏡検査(脳、心臓、肺、肝臓、腎臓、及び膵臓を含む20の臓器/組織)。週1回、4週間にわたる静脈内(IV)注入によるATRC-101の投与は、投与されたすべての用量レベルでカニクイザルにおいて十分に耐容性であった:10、30、及び100mg/kg/週。NOAELは100mg/kg/週とみなされ、関連する最大観察濃度(Cmax)値は、雄で2410μg/mL、雌で2690μg/mLであり、濃度時間曲線下面積は、時間ゼロから最終測定時(AUC0-t)値は、雄で185000μg・hr/mL、雌で186000μg・hr/mLであり、22日目(528日目)に観察された。
ATRC-101及びキメラATRC-101バリアントは、いくつかの同系マウス腫瘍モデルにおいて抗腫瘍活性を示す。ATRC-101の抗腫瘍活性は、PD-1阻害剤との併用で強化される。
カニクイザルにおける100mg/kgまでの用量(濃度:カニクイザルで、20mg/mL)での反復投与後(週1回、合計4回の投与)、ATRC-101注射部位の刺激性または局所耐容性の問題の臨床的証拠はなかった。
正常ヒト組織におけるGLP組織交差反応性研究では、いくつかのヒト組織でATRC-101による染色が観察された。しかしながら、本質的に、ほとんどすべての染色が細胞質であり、したがって、ATRC-101が細胞膜を横断する、または細胞質の構成要素と直接相互作用する可能性が低いため、毒性学的懸念とは考えられない。
ATRC-101の薬理学的評価は、研究目標及び利用可能な動物モデル/アッセイに基づいて、臨床候補のATRC-101、ならびにヒトまたはマウスFc領域で発現されるATRC-101の配列バリアントを使用して実施した。図51に、ATRC-101と配列バリアントとの関係の概要を示す。
以下の実施例は、上で要約された研究のさらなる詳細を提供する。
実施例10.腫瘍組織及び細胞株におけるATRC-101標的発現
発色性IHC、免疫蛍光顕微鏡法、及びフローサイトメトリーを使用して、(i)複数のヒト腫瘍組織、(ii)マウス腫瘍組織、及び(iii)ヒト及びマウス腫瘍細胞株におけるATRC-101標的発現を評価した(本明細書では、結合抗体に対する反応性によって定義される)。
様々なヒト腫瘍の分析において、AIP-160470-mIgG2aは、CRC、TNBC、及び黒色腫腫瘍組織に非常に選択的に結合するが、隣接組織には結合しない(図52)。
標的結合の優位性を、ヒト腫瘍コアのセットにわたって評価した。試料は、染色が陰性またはかすかである場合は非反応性として、中等度、陽性、または強い場合は反応性としてスコア化した。AIP-160470-mIgG2aの標的結合は、NSCLC(65%)、乳癌(65%)、CRC(57%)、及び卵巣癌(58%)について試験した腫瘍コアの50%超に存在した。黒色腫は、43%の反応性を示した。肝臓癌は、19%の反応性を示した。反応性コアの割合において、がんサブタイプ特異的な差異が観察された。
これらの研究は、ATRC-101の標的が、NSCLC、CRC、TNBC、黒色腫、及び卵巣癌を含むいくつかのヒト腫瘍組織において高度に発現されていたことを示した。研究データは、ATRC-101の標的が腫瘍関連であり、細胞表面の局在が腫瘍増殖の状況に依存することを示す。
免疫蛍光を使用して、RNAのヌクレアーゼ消化が、ヒトエストロゲン受容体陽性(ER+)乳癌に結合するキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aに影響を及ぼしたかどうかを評価した。RNase A及びRNase Hによる新鮮な凍結組織切片の前処理で、キメラ抗体AIP-160470-mIgG2aのヒトER+乳癌への結合が、濃度依存性の様式で抑止された(図53)。対照的に、デオキシリボヌクレアーゼ(DNase)I前処理では、結合が抑止されなかった。このデータは、免疫蛍光によって評価されるATRC-101標的発現が標的のRNase感受性成分に依存することを示す。
同系BALB/cマウスで増殖させたマウスEMT6腫瘍細胞において、ATRC-101標的の発現を評価した。キメラ抗体AIP-160470-mIgG2aは、EMT6-BALB/c同系腫瘍コアに結合したが、隣接組織には結合しなかった。
ATRC-101標的の表面発現は、マウス及びヒト由来の腫瘍細胞株に対するフローサイトメトリーによっても評価された。マウスのエクスビボEMT6-BALB/c同系腫瘍細胞に結合したキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aは、解離し、すぐに染色した。マウスのエクスビボEMT6細胞を、その後、染色する前に2日間以上インビトロで培養した場合、結合は検出されなかった。染色前にマウスEMT6細胞株をインビトロのみで増殖させ、BALB/cマウスにおいて皮下移植片として増殖させなかった場合、結合は観察されなかった。また、染色前にマウスの皮下移植片として増殖させたエクスビボRenca、CT26、及びLLC1腫瘍細胞への表面結合が観察された。インビトロで増殖させた21種類のヒト腫瘍細胞株については、表面結合は観察されなかった。
まとめると、IHC、免疫蛍光、及びフローサイトメトリーからの観察により、ATRC-101の標的は、RNAを含む腫瘍関連複合体であり、この複合体の発現及びその表面局在が、腫瘍細胞の増殖方法に依存することを示す。
実施例11.正常ヒト、カニクイザル及びマウス組織ならびに正常ヒト血液細胞におけるATRC-101標的の発現
発色性IHC及び免疫蛍光を使用して、(i)正常なヒト組織、(ii)正常なカニクイザル組織、及び(iii)正常なマウス組織におけるATRC-101標的の発現を評価した(本明細書では結合抗体に対する反応性によって定義される)。
AIP-160470-mIgG2aの特異的結合を、30種類の正常なヒト組織型(FDA808J-1及びFDA808J-2)を表す2つのホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織マイクロアレイにおける免疫蛍光によって評価した。キメラ抗体AIP-160470-mIgG2aを使用して、非特異的相互作用を最小限に抑えた。腫瘍選択的結合は、陽性対照として含めたヒト腺癌において観察された(図54A)。
AIP-160470-mIgG2a免疫反応性を、90コアの正常組織で観察した。胃と小脳のみが、アイソタイプ対照と比べてびまん性で非決定的なシグナルを示し、各々、自己溶解の兆候がある3つのコアのうちの1つであった。舌(頭頸部唾液腺)の漿液性腺房腺上皮でかすかな不均一なシグナルが検出され、非特異的結合の可能性が高まった。AIP-160470-mIgG2aとは対照的に、PABPC-1に対して産生された市販のポリクローナル抗体は、腫瘍組織及び正常組織の両方に対して免疫反応性を示した(図54A及び54B)。別の分析では、腫瘍選択的結合は、大腸癌及び正常なヒト肝臓、腎臓、胃、心臓、膵臓、及び肺組織のIHC評価によっても観察された。
ATRC-101の潜在的な種間交差反応性を、非GLP研究で、正常なカニクイザル及びマウス組織において評価した。この評価に使用されたATRC-101抗体の濃度は、陽性対照であるマウスEMT6腫瘍内の生きた悪性細胞を優先的及び識別可能に標識し、隣接する皮膚または間質を標識しないことを示した。15種類の臓器タイプを表す新鮮な凍結された正常なカニクイザル組織では、アイソタイプ対照に対する決定的な染色は、これらの条件下では検出されなかった。30種類の異なる臓器タイプを表す新鮮な凍結された正常なマウス組織では、ほとんどが、決定的な反応性を示さなかった。マウスの口腔、胃、小腸、及び脾臓において、微弱から最小の染色が観察された。
キメラ親抗体AIP-192482-mIgG2a及びキメラ抗体AIP-160470-mIgG2aの正常なヒトPBMC調製物への結合は、エクスビボEMT6-BALB/c同系腫瘍細胞への結合が観察された濃度では、フローサイトメトリーによって観察されなかった。
実施例12.ATRC-101及びATRC-101バリアント結合親和性及びインビトロ活性
上で説明したように、ATRC-101のインビトロ活性を、標的及びエフェクターの二重エンゲージメントアッセイで評価した。このアッセイは、ルシフェラーゼレポーターを担持する操作Jurkat細胞及びエクスビボEMT6腫瘍細胞(凍結ストック由来)を使用して、FvとFcの二重エンゲージメントを検出する。FcγRIIa-Hレポーター遺伝子は、EMT6エクスビボ細胞及びATRC-101タンパク質の存在下で活性化され、ルシフェラーゼの発現がもたらされる。レポーター遺伝子の活性は、Bio-Glo(商標)ルシフェラーゼアッセイシステムによって決定される。
このアッセイでは、ATRC-101は、67.8±37nMの半最大有効濃度(EC50)で、ルシフェラーゼの発現を誘導した。検出可能なレベルのATRC-101標的を発現しない培養EMT6細胞を使用してアッセイを行ったところ、ルシフェラーゼシグナルは検出されなかった。同様に、N297A変異を有し、したがってFcエフェクター機能を欠くATRC-101の非グリコシル化Fcバリアントも、このアッセイで、ルシフェラーゼシグナルを誘導しなかった。これらのデータは、標的及びエフェクター二重エンゲージメントアッセイにおけるATRC-101の活性には、Fv領域への標的結合とFc領域によるFcγR2a会合の両方が必要であることを示す。
標的とエフェクターの二重エンゲージメントアッセイにおけるインビトロ効力は、ATRC-101(AIP-160470-hIgG1)が最大であり、続いて配列最適化バリアントのAIP-133645-hIgG1、次いで親抗体のAIP-192482-hIgG1となった。同様に、EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおけるインビボ効力は、ATRC-101(AIP-160470-mIgG2a)のキメラバリアントが最大であり、AIP-133645-mIgG2aのキメラバリアントがそれ続き、親抗体AIP-192482-mIgG2aのキメラバリアントは最小の抗腫瘍効果を示した。
ADCCまたはCDCがATRC-101の作用機序に寄与するかどうかを評価するために、インビトロのADCC及びCDCアッセイを行った。ADCCアッセイは、エフェクター細胞として、CD16がトランスフェクトされたNK92細胞株を使用し、標的細胞として、標的を発現する腫瘍由来のエクスビボEMT6細胞、または標的を発現しない培養EMT6細胞のいずれかを使用した。このアッセイにおいて、キメラ抗体であるAIP-160470-mIgG2aは、マウスエクスビボEMT6細胞、エクスビボRenca細胞、またはエクスビボLLC1細胞の細胞死滅活性を示さなかったが、陽性対照抗体であるAIP-171125-mIgG2aは、様々な標的細胞の死滅を実証した。
同様に、AIP-192482-mIgG2aは、ウサギ血清を補体源として使用し、腫瘍由来エクスビボEMT6細胞を標的細胞として使用したCDCアッセイにおいて、CDC活性を示さなかった。これらのデータは、ATRC-101がADCCまたはCDCの機構のいずれも介して作用しないように見えることを示す。
ヒト末梢血単核細胞及び全血インビトロアッセイにおけるATRC-101によって誘導されるサイトカイン放出の評価
モノクローナル抗体による免疫細胞の全身活性化は、サイトカイン放出症候群をもたらし得る。固定化抗体及びヒトPBMCを使用したインビトロサイトカイン放出アッセイ(CRA)は、患者におけるサイトカイン放出症候群を予測することが示されている。サイトカインの放出をインビトロで誘導するATRC-101の能力は、CRAのヒトPBMC及び全血バージョンを使用して、Charles River Laboratories(Portishead,UK)で評価された。
CRAのPBMCバージョンでは、ATRC-101がサイトカイン放出を誘導する能力を、複数の健常なヒトドナーから得られたPBMCに対して評価した。このアッセイ形式は、1μg/ウェルで固定化された被験試料及び対照試料を使用し、治療用モノクローナル抗体であるTGN1412の第I相臨床試験中に観察されたものと同様のサイトカインストーム応答を予測することができると考えられる。PBMCのCRAでは、陽性対照として、抗CD28クローン28.1(Ancell Corp.,Bayport,MN,USA)及びムロモナブ抗CD3(Orthoclone OKT3)を使用した。陰性対照として、ヒトIgG1(hIgG1)アイソタイプ抗体(β-ガラクトシダーゼを標的とする)、製剤緩衝液、及びダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水(DPBS)を含めた。
CRAの全血バージョンでは、ATRC-101がサイトカイン放出を引き起こす能力を、複数の健康なヒトドナーからの全血に対して評価した。このアッセイ形式は、溶液中1.1nMの濃度の試験物品を使用する。抗CD28及びアレムツズマブ(抗CD52)を陽性対照として使用し、hIgG1アイソタイプ抗体、製剤緩衝液、及びDPBSを、このアッセイ形式における陰性対照として含めた。
CRAのPBMC及び全血バージョンの両方において、ATRC-101で観察されたサイトカイン放出は、hIgG1アイソタイプ対照で観察されたサイトカイン放出と同等であった。ATRC-101に関連するサイトカイン放出は、関連する陽性対照抗体による刺激に応答して観察されたものよりも、概して有意に低かった。これらのデータに基づいて、ATRC-101は、ヒトにおけるサイトカイン放出を誘発するリスクが低い。
実施例13.インビボ薬理学
ATRC-101は、インビトロで転写されたRNAを含むインビトロ再構築複合体に結合し、(i)ヒト/非ヒト組換え霊長類のPABPC-1、または(ii)組換えマウスPABPC-1に同等の親和性で結合し、ヒト及びマウスの両方からの腫瘍コアに結合することが示された。したがって、同系マウスモデルにおけるATRC-101のインビボ薬理学的評価を、臨床候補であるATRC-101、ならびにヒトまたはマウスのFc領域を用いて発現されたATRC-101の配列バリアントを使用して実施した。hIgG1がマウスのFcγ受容体に対して低減された親和性を有するため、マウスキメラバリアントは、同系マウスモデルにおいてhIgG1よりも高い抗腫瘍効果を有することが予想される。
同系EMT6乳癌モデルにおけるMFC-042及びATRC-101の前臨床有効性及び安全性評価(研究ATRC-101.PD.18.01及びATRC-101.PD.18.02)
この研究の目的は、ナイーブ及びEMT6同系乳癌担腫瘍雌BALB/cマウスに投与されるMFC-042(ATRC-101の同一のヒトFv領域を有するが、マウスIgG2aのFc領域とともに発現される。AIP-160470-mIgG2aとも称される)及びATRC-101の前臨床有効性及び安全性エンドポイントを評価することであった。本研究は、2つのパートから構成され、MFC-042(パートA、ATRC-101.PD.18.01)及びATRC-101(パートB、ATRC-101.PD.18.02)の評価と同時に実施された。
本研究のパートAでは、確立された皮下EMT6腫瘍(群平均腫瘍体積(MTV)=112~113mm)を有する7群の雌BALB/cマウス(15匹/群)に、0(ビヒクル)、0.1mg/kg、0.3mg/kg、1mg/kg、3mg/kg、10mg/kg、または30mg/kgのMFC-042を、1日目、4日目、8日目、11日目、及び15日目に腹腔内(IP)注射することによって投薬した。2群の非担腫瘍(ナイーブ)マウス(15匹/群)を、同じ用量レジメンで、ビヒクルまたは30mg/kgのMFC-042で処置した。動物は16日目に剖検のために安楽死させた。
本研究のパートBでは、確立された皮下EMT6腫瘍(群MTV=108mm)を有する4群の雌BALB/cマウス(15匹/群)に、0mg/kg(ビヒクル)、3mg/kg、10mg/kg、または30mg/kgのATRC-101を、1日目、4日目、8日目、11日目、及び15日目にIP注射することによって投薬した。2群のナイーブマウス(15匹/群)を、同じ用量レジメンでビヒクルまたは30mg/kgのATRC-101で処置した。動物は16日目に剖検のために安楽死させた。
この研究では、次のパラメータ及びエンドポイントを評価した:死亡率/瀕死率、臨床徴候、体重、全体的有効性評価、臨床病理学的パラメータ(血液学的及び臨床化学的)、血清サイトカイン評価、血清中試験物品濃度、全身剖検所見、臓器重量、及び顕微鏡検査(担腫瘍動物における9つの臓器及び腫瘍組織)を評価した。全体的な有効性は、MTVの処置群と対照群との間のパーセント差として定義される腫瘍増殖阻害(TGI)に基づいて決定し、15日目(パートA)または14日目(パートB)に評価した。
MFC-042及びATRC-101の、ナイーブ及びEMT6乳癌担腫瘍雌BALB/cマウスへの反復用量IP投与は、最大30mg/kgの用量レベルで十分に耐容性であった。
パートA(図55A)では、群1(ビヒクル対照)のMTVは、15日目に787mmに達し、個々の腫瘍体積は、288~1352mmの範囲であった。比較として、より低い用量のMFC-042処置群(群2~4)は、0.1、0.3、及び1mg/kgのMFC-042を受けた処置群について、それぞれ、MTVが719、847、及び726mmであり(9、-8、及び8%のTGIに相当する)、ビヒクル対照群または互いに統計的に差異はなかった(マンホイットニU検定を使用してp>0.05)。より高い用量のMFC-042(3、10、及び30mg/kg)は、MTVを、それぞれ221(72%TGI)、92(88%TGI)、及び196mm(75%TGI)に減少させ、群1とは有意に異なっていた(3mg/kgではp<0.01、10及び30mg/kgではp<0.001)。特に、3つの高用量はすべて、医薬品開発業務受託機関によって考慮された潜在的な治療活性を示す60%の閾値をはるかに上回るTGIを達成した。最小の抗腫瘍活性は、3mg/kgで観察され、血清濃度は、16.6~20.3μg/mLの範囲であった。最大の抗腫瘍活性は、10mg/kgで観察され、測定された血清濃度は、1日目の投与後6時間で21.9~87.5μg/mLの範囲であった。微視的には、3mg/kg以上のMFC-042で処置されたマウスの腫瘍は、壊死面積が小さく、時に壊死の中心領域を欠き、しばしば混合細胞性炎症を伴った(10mg/kg以上)。腫瘍塞栓は、10mg/kg以上のMFC-042が投与されたマウスの肺では観察されなかった。
パートB(図55B)では、群1(ビヒクル対照)のMTVは、14日目に486mmに達し、個々の腫瘍体積は、221~936mmの範囲であった。比較として、1mg/kgのATRC-101による処置(群2)は、MTVが550mmである(-13%TGIに相当する)ビヒクル対照は、統計的な差がなかった(p>0.05)。対照的に、より高い用量のATRC-101(10及び30mg/kg)は、MTVをそれぞれ256mm(47%TGI)及び75mm(85%TGI)に減少させ、群1とは有意に異なっていた(10mg/kgではp<0.01、30mg/kgではp<0.001)。特に、30mg/kgのATRC-101は、最高測定血清中濃度が295μg/mLであり、潜在的な治療活性を示す60%のTGI閾値を超えた。ATRC-101が、マウスFcγ受容体に対する親和性が減少した完全ヒト抗体であることを考慮すると、MFC-042と比較して、ATRC-101の効力が低いことが予想される。微視的には、30mg/kgのATRC-101で処置されたマウスの腫瘍は、壊死面積が小さく、時に壊死の中心領域を欠き、有糸分裂速度が遅かった。さらに、ATRC-101で処置されたマウスの肺では、腫瘍塞栓は観察されなかった。
要約すると、MFC-042(3mg/kg、10mg/kg、及び30mg/kg)またはATRC-101(10mg/kg、及び30mg/kg)の投与は、雌BALB/cマウスにおける同系EMT6乳癌腫瘍の増殖を有意に阻害した。すべての治療は、十分に耐容性であった。
同系マウス腫瘍モデルにおけるATRC-101バリアントの有効性
キメラATRC-101バリアントの抗腫瘍効果は、EMT6、CT26、及びE0711の同種腫瘍モデルにおいて評価され、それらのチェックポイント阻害剤療法に対する実証された応答性に基づいて選択された。これらの研究は、マウスキメラバリアントを使用して行った。これは、マウスFc領域とともに発現されるヒトFv領域を保有し、インビボでのマウスFcガンマ受容体との最適な相互作用を可能する。
EMT6同系マウス腫瘍モデルにおけるATRC-101バリアント単独またはPD-1遮断剤との併用の有効性
4つの試験を行って、EMT6同系マウス乳癌モデルにおけるATRC-101のmIgG2aキメラバリアントの抗腫瘍効果を評価した。3つの試験すべてにおいて、BALB/cマウスに、0日目、1×10個のEMT6マウス乳癌細胞を皮下接種し、腫瘍が確立されたときに試験物品の投与を開始した。異なる治療群からの腫瘍体積間の統計的比較は、NAACパラメータ及びAtreca,Inc.で開発された正規化増殖率メトリック(NGRM)パラメータのウィルコクソン順位和検定によって実施した。
1つの研究(研究EFF-010)では、EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルを使用して、AIP-192482アイソタイプバリアント投与後の抗腫瘍効果に対するFcエフェクター機能の影響を評価した。親抗体AIP-192482を、Fcエフェクター能力のあるmIgG2a(AIP-192482-mIgG2a)、Fcエフェクター変異非N-グリコシル化mIgG2a(AIP-192482-mIgG2a-N297A)、またはmIgG2aと比較して、弱いFcエフェクター機能を有するマウス免疫グロブリンG、サブクラス1(mIgG1、AIP-192482-mIgG1)もしくはマウス免疫グロブリンG、サブクラス3(mIgG3、AIP-192482-mIgG3)として発現した。
この研究では、10mg/kgのAIP-192482-mIgG2aの投与は、ビヒクル対照と比較して有意な抗腫瘍効果をもたらし(p<0.0001、NAACまたはNGRMの片側ウィルコクソン順位和検定に基づく)、20匹のマウスのうちの15匹で完全な腫瘍退縮(CR)が観察された(図56)。AIP-192482-mIgG2a-N297Aバリアントの投与後、有意な抗腫瘍効果は観察されなかったが、AIP-192482-mIgG1及びAIP-192482-mIgG3は、幾分の抗腫瘍活性を示した(それぞれ、p<0.001及びp=0.01、NAACのウィルコクソン順位和検定に基づく)。これらの結果は、Fcエフェクター機能が、EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおいて、キメラ親AIP-192482の抗腫瘍活性に関連し、それに必要であることを示す。
別の研究(研究EFF-016)では、確立された皮下EMT6腫瘍(群平均腫瘍体積が156mm)を有する7群のマウスを、研究6日目、1群あたり20匹のマウスの処置群に無作為化した。マウスに、(i)10mg/kgのAIP-192482-mIgG2a、(ii)5mg/kgのAIP-192482-mIgG2a、(iii)5mg/kgのAIP-133645-mIgG2a、(iv)2.5mg/kgのAIP-133645-mIgG2a、(v)5mg/kgのAIP-160470-mIgG2a、または(vi)2.5mg/kgのAIP-160470-mIgG2aを、7、10、14、17、21、24、及び27日目にIP投与した。ビヒクル対照動物に、ダルベッコPBS(DPBS)を投与した。
メトリックNAAC及びNGRM分析によって、AIP-192482-mIgG2a、AIP-133645-mIgG2a、またはAIP-160470-mIgG2aの投与は、ビヒクル対照群と比較して、各試験用量レベルでの腫瘍体積の有意な減少をもたらした(図57)。5mg/kgの用量で、AIP-133645-mIgG2a及びAIP-160470-mIgG2aの両方は、AIP-192482-mIgG2aよりも有意に高い抗腫瘍効果を有した(p<0.05、両方の比較についてNAAC及びNGRM分析による)。AIP-160470-mIgG2aの場合、ビヒクル対照の投与と比較して、5mg/kgで最大の効果量(抗腫瘍効果を示す)が観察された。[
各用量レベルでのAIP-192482-mIgG2a、AIP-133645-mIgG2a、またはAIP-160470-mIgG2aの投与は、ビヒクル投与と比較して、有意な延命効果をもたらし(すべての試験物品及び用量レベルでp<0.001)、中央値生存期間が、ビヒクル対照群に対して遅延した。
この研究では、すべてのmIgG2aキメラATRC-101バリアントが抗腫瘍効果を示し、AIP-160470-mIgG2a(キメラバージョンのATRC-101)で最大の効果量が観察された。
研究EFF-004では、EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルを使用して、単独でまたは10mg/kg抗マウスPD-1モノクローナル抗体(クローンRMP1-14,BioXCell)と併用して投与した場合の、20mg/kgのAIP-192482-mIgG2aの腫瘍体積及び生存率に対する影響を評価した。この研究では、20mg/kgのAIP-192482-mIgG2aを、単独でまたは抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用して投与した場合、有意な抗腫瘍活性を示したが、抗マウスPD-1モノクローナル抗体は、単剤療法として投与した場合、抗腫瘍効果を示さなかった。
この研究では、AIP-192482-mIgG2a単独の投与、及びAIP-192482-mIgG2aを抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用した投与は、それぞれ、16匹中11匹及び15匹中13匹のマウスでCRをもたらす。CRを有する動物を、最後の処置の24日後である51日目に再負荷した。AIP-192482-mIgG2a単独または抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用して投与した後、CRを有した24匹のマウスのうちの20匹は、再負荷後に腫瘍がないままであり、AIP-192482-mIgG2aが免疫記憶を誘導することができることを示す。
研究EFF-020において、抗マウスPD-1モノクローナル抗体との同時投与の影響をさらに探索した。確立された皮下EMT6腫瘍を有する雌BALB/cマウスを、研究7日目に、1群あたり20匹の処置群(群平均腫瘍体積が約104mm)に無作為化した。7、11、14、18、21、25、28日目に、ビヒクル(DPBS)または各々2用量レベルのAIP-192482-mIgG2aまたはAIP-160470-mIgG2aを、マウスにIP投与した。また、7、11、14、18日目に、マウスに10mg/kgの抗マウスPD-1モノクローナル抗体(クローンRMP1-14,BioXCell)またはビヒクル(DPBS)をIP投与した。
この研究では、単剤療法処置群は、ビヒクル対照群と比較して、有意な腫瘍増殖の減少を示した(各比較について、NAAC及びNGRMメトリック分析の両方でp<0.01)。抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用した5mg/kgまたは10mg/kgのAIP-192482-mIgG2aの投与は、ビヒクル対照群、抗マウスPD-1単剤療法群、及びそれぞれのAIP-192482-mIgG2a単剤療法群と比較して、腫瘍体積の有意な減少をもたらした(各比較についてNAAC及びNGRMメトリック分析の両方でp<0.05)(図58A)。CRの数は、AIP-192482-mIgG2aの単独療法群における0から、抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用した5mg/kgまたは10mg/kgのAIP-192482-mIgG2aでは、それぞれ6CR及び4CRに増加した。
この研究では、抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用した2.5mg/kgまたは5mg/kgのAIP-160470-mIgG2aの投与は、ビヒクル対照群及び抗マウスPD-1単剤療法群と比較して、腫瘍体積の有意な減少をもたらした(各比較について、NAAC及びNGRMメトリック分析の両方でp<0.001)(図58B)。腫瘍体積は、抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用したAIP-160470-mIgG2a投与と、いずれかの用量レベルでの単剤療法としてのAIP-160470-mIgG2a投与との間で有意な差はなかった。しかしながら、CRの効果量及び数が増加した。
CT26-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおけるATRC-101バリアントの有効性
EFF-031及びEFF-039の2つの試験を行って、CT26-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおけるATRC-101のmIgG2aキメラバリアントの抗腫瘍効果を評価した。両試験において、BALB/cマウスに1×10CT26マウス結腸癌細胞株を皮下接種し、腫瘍が確立されたときに試験物品の投与を開始した。異なる治療群からの腫瘍体積間の統計的比較は、NAACパラメータ及びAtreca,Inc.で開発されたNGRMパラメータのウィルコクソン順位和検定によって実施した。
研究EFF-031では、CT26-BALB/c同系マウス腫瘍モデルを使用して、(i)AIP-192482-mIgG2a、(ii)AIP-133645-mIg2a、または(iii)AIP-160470-mIgG2aを、20mg/kgで、週3回、3週間IP投与し、腫瘍体積及び生存率に対する影響を評価した。この研究では、3つすべての試験物品が、DPBSが投与されたビヒクル対照群と比較して、有意な抗腫瘍効果及び延命効果を示した。
研究EFF-039では、確立した皮下CT26腫瘍(群平均腫瘍体積が約145mm)を有するマウスを、研究9日目に処置群に無作為化した。9、11、13、15、18、20、22、25、27、及び29日目に、マウスに、20mg/kgのAIP-192482-mIgG2a(40匹)またはビヒクル(DPBS、20匹)をIP投与した。ビヒクル対照群の腫瘍は、腫瘍体積の急速な増加を示した(図59A)。AIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍活性は、ビヒクル対照群よりも有意に大きかった(NAACではp=1.21×10-10、NGRMではp=1.63×10-11)。ビヒクル対照と比較して、AIP-192482-mIgG2a処置群において、有意な延命効果が観察された。
AIP-192482-mIgG2aを投与された動物を97日目まで観察して、応答の持続性を評価した。97日目までに、AIP-192482-mIgG2aを投与した群は、40匹中21匹のマウスでCRを示した(図59B)。
CRを有する動物に、最後のAIP-192482-mIgG2a用量を投与した70日後の99日目に、反対側の脇腹に1×10個のCT26細胞を接種した。並行して、20匹の抗体ナイーブ同齢BALB/cマウスに、対照として、1×10個のCT26細胞を、研究99日目に接種した。再負荷では、試験物品の用量は投与されなかった。CT26細胞が接種されたナイーブBALB/c対照マウスは、急速な腫瘍増殖を示した。対照的に、AIP-192482-mIgG2aの以前の投与に対して、CRで応答した21匹のマウスはすべて、再負荷後、腫瘍がないままであった。これは、AIP-192482-mIgG2aの投与が、それぞれのAIP-160470-mIgG2a単剤療法と比較して(AIP-160470-mIgG2aが2.5mg/kgでは4CR~10CR、及び5mg/kgでは4CR~8CR)、抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用したAIP-160470-mIgG2aのいずれかの用量レベルでの投与後、CT26同系マウス腫瘍モデルにおいて持続的な抗腫瘍応答及び免疫記憶を生成し得ることを示している。
まとめると、これらの試験のデータは、ATRC-101バリアントの投与は、CT26-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおいて抗腫瘍活性を有し、その活性がPD-1遮断剤との併用で増強されることを示す。
CT26-BALBc同系マウス腫瘍モデルにおけるATRC-101バリアントの有効性
EFF-031及びEFF-039の2つの試験を行って、CT26-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおけるATRC-101のmIgG2aキメラバリアントの抗腫瘍効果を評価した。両試験において、BALB/cマウスに1×10CT26マウス結腸癌細胞株を皮下接種し、腫瘍が確立されたときに試験物品の投与を開始した。異なる治療群からの腫瘍体積間の統計的比較は、NAACパラメータ及びAtreca,Inc.で開発されたNGRMパラメータのウィルコクソン順位和検定によって実施した。
研究EFF-031では、CT26-BALB/c同系マウス腫瘍モデルを使用して、(i)AIP-192482-mIgG2a、(ii)AIP-133645-mIg2a、または(iii)AIP-160470-mIgG2aを、20mg/kgで、週3回、3週間IP投与し、腫瘍体積及び生存率に対する影響を評価した。この研究では、3つすべての試験物品が、DPBSが投与されたビヒクル対照群と比較して、有意な抗腫瘍効果及び延命効果を示した。
研究EFF-039において、確立された皮下CT26腫瘍(群平均腫瘍体積が約145mm)を有するBALB/cマウスを、研究9日目に処置群に無作為化した。9、11、13、15、18、20、22、25、27、及び29日目に、マウスに、20mg/kgのAIP-192482-mIgG2a(40匹)またはビヒクル(DPBS、20匹)をIP投与した。ビヒクル対照群の腫瘍は、腫瘍体積の急速な増加を示した(図59A)。AIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍活性は、ビヒクル対照群よりも有意に大きかった(NAACではp=1.21×10-10、NGRMではp=1.63×10-11)。ビヒクル対照と比較して、AIP-192482-mIgG2a処置群において、有意な延命効果が観察された。
AIP-192482-mIgG2aを投与された動物を97日目まで観察して、応答の持続性を評価した。97日目までに、AIP-192482-mIgG2aを投与した群は、40匹中21匹のマウスでCRを示した(図59B)。
CRを有する動物に、最後のAIP-192482-mIgG2a用量を投与した70日後の99日目に、反対側の脇腹に1×10個のCT26細胞を接種した。並行して、20匹の抗体ナイーブ同齢BALB/cマウスに、対照として、1×10個のCT26細胞を、研究99日目に接種した。再負荷では、試験物品の用量は投与されなかった。CT26細胞が接種されたナイーブBALB/c対照マウスは、急速な腫瘍増殖を示した。対照的に、AIP-192482-mIgG2aの以前の投与に対して、CRで応答した21匹のマウスはすべて、再負荷後、腫瘍がないままであった。これは、AIP-192482-mIgG2aの投与が、CT26-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおいて、持続的な抗腫瘍応答及び免疫記憶を生成し得ることを示している。
E0771同系マウス腫瘍モデルにおけるATRC-101バリアント(AIP-192482-mIgG2a)単独及びPD-1遮断剤との併用の有効性
E0771-C57BL/6同系マウス腫瘍モデルを使用して、研究EFF-006において、腫瘍体積に対するAIP-192482-mIgG2aを、単独でまたは抗マウスPD-1モノクローナル抗体(クローンRMP1-14,BioXCell)を併用して投与したときの影響を評価した。C57BL/6マウスに、E0771マウス髄様乳腺癌細胞株の1×10個の細胞を皮下接種した。確立された皮下E0771腫瘍を有する4群の雌マウスを、研究8日目に、1群あたり20匹の処置群(各群の平均腫瘍体積は約104mm)に無作為化した。9、13、16、20、23、27、及び30日目に、マウスに、20mg/kgのAIP-192482-mIgG2aまたはビヒクル(DPBS)をIP投与した。また、9、13、16、及び20日目に、マウスに2.5mg/kgの抗マウスPD-1モノクローナル抗体またはビヒクル(DPBS)をIP投与した。異なる治療群からの腫瘍体積間の統計的比較は、NAACパラメータ及びAtreca,Inc.で開発されたNGRMパラメータのウィルコクソン順位和検定によって行った。
この研究では、AIP-192482-mIgG2aまたは抗マウスPD-1モノクローナル抗体単独の投与は、いくつかの動物で腫瘍体積の増加を遅延させたが、ビヒクル対照と比較して、有意な腫瘍体積の減少をもたらさなかった(図60)。抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用したAIP-192482-mIgG2aの投与は、ビヒクル投与(NAACではp=0.0176、NGRMではp=0.0007)、抗マウスPD-1単独投与(NAACではp=0.0455、NGRMではp=0.00194)、及びAIP-192482-mIgG2a単独投与(NGRMではp=0.0262)と比較して、腫瘍体積の有意な減少をもたらした。
これらの結果は、抗マウスPD-1モノクローナル抗体と併用したATRC-101バリアントの投与が、それぞれの単剤療法と比較して、E0771-C57BL/6同系マウス腫瘍モデルにおいて、抗腫瘍効果を増加させることを示す。
EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおけるAIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍効果に対する宿主T細胞の影響
EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルを使用して、EMT6-BALB/cマウス同系腫瘍モデルにおける抗腫瘍活性を有する親抗体AIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍効果に対するT細胞の潜在的寄与を評価した。
研究TMD04では、AIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍効果を、マウスCD8+T細胞を枯渇させる抗マウスCD8α抗体の存在下または不在下で評価した。抗腫瘍効果を評価するために、BALB/cマウスに、EMT6細胞を皮下接種した。腫瘍が確立したら、マウスに、(i)T細胞を枯渇させる抗マウスCD8α抗体またはビヒクル(DPBS)、及び(ii)AIP-192482-mIgG2aまたはビヒクル対照(DPBS)を、週2回投与した。この研究では、AIP-192482-mIgG2aの投与は、抗マウスCD8α枯渇抗体の不在下で、腫瘍増殖の有意な減少をもたらした(NAAC及びNGRMの両方の比較についてp<0.0001)(図61)。抗マウスCD8α抗体を投与すると、AIP-192482-mIgG2の抗腫瘍効果が消失した。
研究EMT6-ATRC-e002では、AIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍効果を、T細胞を欠くEMT6担腫瘍BALB/cヌードマウス(BALB/cnu/nu(CAnN.Cg-Foxn1nu/Crl))において評価した。BALB/cヌードマウスに、EMT6細胞を皮下接種した。腫瘍接種後の7日目から(群平均腫瘍体積が80mm~150mm)、マウスに、(i)10mg/kgのAIP-192482-mIgG2a、(ii)20mg/kgのAIP-192482-mIgG2a、または(iii)ビヒクル対照(DPBS)を、週3回投与した。3つすべての処置群の動物は腫瘍体積が研究25日目まで急速な進行を示し、AIP-192482-mIgG2a投与による腫瘍体積への影響はなかった。
まとめると、両方の実験から得られたデータは、マウスモデルにおけるAIP-192482-mIgG2aの抗腫瘍活性には、T細胞(最も可能性が高いのはCD8+T細胞)が必要であることが示された。
EMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおける腫瘍微小環境に対するAIP-192482-mIgG2aの影響
TMEに対する親抗体AIP-192482-mIgG2aの投与の影響を、AIP-192482-mIgG2aが抗腫瘍活性を有するEMT6-BALB/c同系マウス腫瘍モデルにおいて評価した。
研究EFF-004の一部として、7、10、14、18、及び21日目に、20mg/kgのAIP-192482-mIgG2aまたはビヒクル(DPBS)をIP投与されたマウスから回収された腫瘍の免疫蛍光によって、TMEを評価した。15日目に、3用量のAIP-192482-mIgG2aまたはビヒクルの投与後、AIP-192482-mIgG2aを投与されたマウス由来の腫瘍におけるCD8+T細胞の割合は、ビヒクルを投与されたマウス由来の腫瘍における割合よりも、有意に高かった(フィッシャーの最小有意差検定でp<0.05)(図62)。同様に、AIP-192482-mIgG2aを投与されたマウス由来の腫瘍におけるiNOS(誘導性一酸化窒素シンターゼ)陽性、炎症促進性M1極性化マクロファージの割合は、ビヒクルを投与されたマウス由来の腫瘍における割合よりも、15日目で有意に高かった(対応のないt検定でp<0.01)(図62)。
22日目に、5用量のAIP-192482-mIgG2aまたはビヒクルの投与後、AIP-192482-mIgG2aを投与されたマウス由来の腫瘍におけるCD4+FoxP3+制御調節性T細胞(Treg)の割合は、ビヒクルを投与されたマウスから回収された腫瘍における割合よりも、有意に低かった。
1つの研究(研究TMD04)の一部として、確立されたEMT6腫瘍を有するBALB/cマウスに、10mg/kgのAIP-192482-mIgG2aまたはビヒクルを、週2回IP投与した。この研究では、AIP-192482-mIgG2aを投与されたほとんどのマウスを、26日目の研究終了時に安楽死させ、ビヒクル処置マウスは、25日目から27日目の間に腫瘍体積が2000mm以上に達した場合、そのほとんどを安楽死させた。安楽死後、腫瘍を回収し、解離し、得られた細胞調製物を染色して、フローサイトメトリーによって腫瘍内のリンパ系及び骨髄系のサブセットの存在を評価した。
ビヒクルを投与したマウス由来の腫瘍と比較して、AIP-192482-mIgG2aを投与したマウス由来の腫瘍間のCD8+T細胞、CD4+T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、樹状細胞、Treg、及び単球性骨髄由来抑制細胞(M-MDSC)の割合で有意な増加が観察された。逆に、F4/80+マクロファージ及び顆粒球由来抑制細胞(G-MDSC)集団が減少し、各々、ビヒクルを投与したマウス由来の腫瘍と比較して、AIP-192482-mIgG2aを投与したマウス由来の腫瘍で10倍以上の減少を示した。
まとめると、組織標本の免疫蛍光および細胞懸濁液のフローサイトメトリーによって特定された細胞型は、ATRC-101標的の結合により、TMEにおけるリンパ球および骨髄細胞の集団の割合および性質が、主に腫瘍形成促進性および免疫抑制性の特性に関連するものから、抗腫瘍形成性および炎症促進性の特性により密接に関連するものへと変化することを示す。
二次薬力学
ATRC-101の特異性及び選択性を、アレイ細胞発現スクリーニングシステム(Retrogenix,Whaley Bridge,High Peak,UK)を使用して評価した。アレイ細胞発現スクリーニングシステムは、特異性評価及び標的同定に使用されている。本研究で評価されたヒトIgG1(AIP-192482-hIgG1)として発現された親抗体AIP-192482は、使用したHEK293細胞へのバックグラウンド結合を示さなかった。
AIP-192482-hIgG1を、3559個の全長ヒト形質膜タンパク質のうちの1つをそれぞれ発現するアレイ固定化HEK293細胞で、2μg/mLの濃度でスクリーニングした。重複アレイは、一次スクリーニング、ならびに確認/特異性スクリーニングで調べた。発現したタンパク質のいずれも、AIP-192482-hIgG1の特異的な結合は観察されなかった。この結果は、ATRC-101が、試験されたライブラリを構成する3559個のヒト形質膜タンパク質のいずれにも、特異的または選択的に結合しないことを示す。
安全性薬理学
ATRC-101は、がん患者を治療することを目的とした選択的メカニズムを有するモノクローナル抗体であり、心血管作用を引き起こすと予想される薬物または化学クラスには属さない。ICHガイドラインS6(R1)、S7A、及びS9に詳述されているように、抗がん医薬品のモノクローナル抗体などの特定の受容体の標的化を達成するバイオテクノロジー由来の製品には、特定の安全性薬理学的研究は不要である。
さらに、マウス及びカニクイザルは、正常組織では、ATRC-101標的の発現がないか、または非常に低いため、安全性薬理学または毒性試験に適した種ではない。それにもかかわらず、カニクイザルにおいて4週間の探索的静脈内毒性研究を実施し、ATRC-101用量が100mg/kg以下(AUC範囲が185000~186000時間・μg/mL)での非標的効果(日常的な臨床観察、臨床病理学、サイトカイン、肉眼的及び微視的評価によって評価される)は観察されなかった。また、EMT6-BALB/c同系腫瘍モデルにおいて、30mg/kg以下のATRC-101及びMFC-042の用量レベルでは(担腫瘍マウスで、それぞれ295μg/mL及び290μg/mLの最高血清中濃度)、標的関連の副作用は観察されなかった(日常的な臨床観察、臨床病理学、サイトカイン、肉眼的及び微視的評価によって評価された)。
免疫沈降及び質量分析のデータに基づいて、ATRC-101は、ヒトポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバー(複数可)及びポリ(A)RNAを含む複合体である標的を認識する。ATRC-101は、インビトロで転写されたポリ(A)RNAと、(i)組換えヒト/非ヒト霊長類PABPC-1または(ii)組換えマウスPABPC-1とを含むインビトロで再構築された複合体に、ナノモル濃度の親和性で結合する。
PABPC-1及びポリ(A)RNAは、正常細胞に広く存在するが、ATRC-101標的は腫瘍関連であるように見える。ATRC-101標的への腫瘍選択的結合は、腫瘍コアが陽性だが、隣接組織が陽性でなかったNSCLC、乳癌、CRC、卵巣癌、及び黒色腫を含む様々なヒト腫瘍タイプにおいて観察された。同様に、ATRC-101の標的は、マウスEMT6腫瘍コアで検出されるが、隣接組織では検出されない。腫瘍コアから抽出されたマウスEMT6腫瘍細胞への結合は、これらの細胞をインビトロで培養すると、時間の経過とともに失われる。さらに、ヒト腫瘍コアにおけるATRC-101標的への結合は、複合体のRNase感受性成分に依存することが示された。
正常なヒト組織、正常なカニクイザル組織、及びほとんどの正常なマウス組織では、確定的なATRC-101標的結合がみられないことが、薬理学的評価により明らかになった。正常ヒト組織におけるGLP組織交差反応性研究では、一部のヒト組織でATRC-101による染色が観察された。しかしながら、検出された染色は、ヒト腎臓の遠位尿細管上皮細胞で観察された、まれでまばらな染色を除いて、ほぼすべてが細胞質であった。この所見は、毒性学的に関連性があるとはみなされない。
全体として、薬理学的及び毒性学的な評価は、ATRC-101の標的が腫瘍関連であり、細胞表面の局在がインビボにおける腫瘍増殖の状況に依存することを示す。ATRC-101標的の腫瘍関連性の基礎及びATRC-101の選択性は、研究中のままである。
ATRC-101及びキメラATRC-101バリアントは、EMT6、CT26、及びE0771同系マウス腫瘍モデルにわたって抗腫瘍活性を示し、毒性の兆候はない。ATRC-101バリアントは、PD-1遮断剤との併用で、抗腫瘍活性の増加を示す。ATRC-101バリアントの抗腫瘍活性は、Fcエフェクター機能及び宿主T細胞の存在に依存し、TMEにおける抗腫瘍形成性、炎症促進性の変化に関連する。ATRC-101は、ADCCまたはCDCの機構のいずれを介しても作用してないように見える。ATRC-101は、インビトロではヒトPBMCに結合せず、PBMC及び全血のインビトロアッセイにおいて、サイトカイン放出を引き起こさないように見える。
これらのインビボ及びインビトロでの観察に基づいて、臨床候補であるATRC-101は、部分的には、(a)腫瘍微小環境の組成を、より抗腫瘍性及び炎症促進性に変化させることによって、及び(b)適応免疫応答を誘導し、エフェクターCD8+T細胞を動員して腫瘍を攻撃することによって、腫瘍増殖の阻害及び退縮を引き起こすことが提起される。
ヒト癌腫及び黒色腫における腫瘍選択的結合及びマウスモデルにおける抗腫瘍活性に基づいて、ATRC-101は、進行性固形腫瘍を治療するために、患者への投与に選択される。
実施例14.毒性学
ATRC-101の非臨床安全性試験は、ヒトの細胞及び組織を利用したATRC-101のインビトロ評価、及びマウス疾患モデルにおけるインビボ動物試験による潜在的な標的関連毒性の評価、ならびにカニクイザルにおける、それぞれ潜在的な標的関連毒性及び非標的毒性への対処で構成された。この非臨床安全性戦略は、ICH S6(R1)及びICH S9に詳述されている推奨事項に準拠しており、ATRC-101の安全性プロファイルを評価するのに適切であると考えられる。毒性学的評価の範囲は、がんを治療するために提案された臨床使用を支持するのに適切であった。
ATRC-101の毒性学的評価の範囲は、許容可能な安全性プロファイルを示し、がん患者におけるヒト初回(first-in-human)投与を支持する。提案されたヒト開始用量は、0.3mg/kgであり、EMT6同系乳癌研究におけるNOAEL(30mg/kg、ヒト等価用量(HED)=2.4mg/kg)よりも8倍低く、開始臨床用量に適切な安全域を提供すると予想される。
ヒト組織の交差反応性研究は、GLP規制に準拠して実施された。非GLP試験は、健全な科学的実践(good scientific practice)を使用し、試験施設及び該当する施設の該当する標準操作手順(SOP)に従って、医薬品規制調和国際会議(ICH)のガイドラインに従って実施した。
単回投与の毒性
単回投与の毒性研究は実施しなかった。しかしながら、カニクイザルで、4週間の観察期間を有する単回投与IVボーラス薬物動態(PK)及び耐容性研究を実施した。この研究では、ATRC-101の投与は、カニクイザルにおいて最大30mg/kgの用量レベルで十分に耐容性であった。
反復投与の毒性
ATRC-101標的は、正常な動物組織において発現がないか、または非常に低い腫瘍関連であることを考慮して、ATRC-101の潜在的な標的関連毒性を、反復投与EMT6-BALB/c同系乳癌モデルで評価した。さらに、カニクイザルにおける非GLP反復用量毒性研究を実施して、ATRC-101の潜在的な非標的関連毒性を評価した。
同系EMT6乳癌モデルにおけるATRC-101及びMFC-042の前臨床有効性及び安全性評価(研究ATRC-101.PD.18.01及びATRC-101.PD.18.02)
安全性パラメータを、マウスEMT6-BALB/c同系乳癌モデルにおけるこの前臨床有効性及び安全性評価の研究に組み込み、ATRC-101及びMFC-042(ATRC-101の同一のヒトFv領域を有するが、マウスIgG2aのFc領域とともに発現される)の潜在的な標的関連毒性を評価した。本研究は、2つのパートから構成され、MFC-042(パートA、ATRC-101.PD.18.01)及びATRC-101(パートB、ATRC-101.PD.18.02)の評価と同時に実施された。
本研究のパートAでは、確立された皮下EMT6腫瘍(群平均腫瘍体積(MTV)=112~113mm)を有する7群の雌BALB/cマウス(15匹/群)に、0(ビヒクル)、0.1、0.3、1、3、10、または30mg/kgのMFC-042を、1、4、8、11、及び15日目に腹腔内(IP)注射することによって投与した。2群の非担腫瘍(ナイーブ)マウス(15匹/群)を、同じ用量レジメンで、ビヒクルまたは30mg/kgのMFC-042で処置した。動物は16日目に剖検のために安楽死させた。
本研究のパートBでは、確立された皮下EMT6腫瘍(群MTV=108mm)を有する4群の雌BALB/cマウス(15匹/群)に、0(ビヒクル)、3、10、または30mg/kgのATRC-101を、1、4、8、11、及び15日目にIP注射することによって投与した。2群のナイーブマウス(15匹/群)を、同じ用量レジメンでビヒクルまたは30mg/kgのATRC-101で処置した。動物は16日目に剖検のために安楽死させた。
この研究で評価されたパラメータには、死亡率/瀕死率、臨床徴候、体重、全体的な有効性評価、臨床病理学(血液学及び臨床化学)、血清中試験物品濃度、血清サイトカイン分析、肉眼剖検所見、臓器重量、及び顕微鏡検査(脳、心臓、肺、肝臓、腎臓、膵臓、脾臓、胃、及びリンパ節、ならびに担腫瘍動物の腫瘍組織)が含まれた。
担腫瘍マウスへの10mg/kg以上でのATRC-101または3mg/kg以上でのMFC-042の反復投与は、EMT6-BALB/c同系乳房腫瘍の増殖を有意に阻害した。これらの群では、腫瘍増殖阻害は、しばしば腫瘍退縮の証拠とともに、潜在的な治療活性の閾値を満たしたか、または超えた。
本研究では、ATRC-101またはMFC-042関連の死亡はなかった。ATRC-101またはMFC-042に関連した体重に対する有害な臨床的観察または影響はなかった。血液学的パラメータ及び臨床化学的パラメータにおいて、毒性学的に有意な影響は観察されなかった。16日目に安楽死させたマウスでは、肉眼的な病理学的観察または顕著な臓器重量の変化はなかった。
ATRC-101及びMFC-042の投与後に観察されたサイトカインレベル及び傾向は、ヒトタンパク質のマウス腫瘍モデルへの投与から予想された生物学的応答内であり、及び/または試験物品の抗腫瘍活性に関連しており、したがって、有害とは考えられなかった。
微視的には、剖検で採取された腫瘍塊は、流線状及び束状に配置された腫瘍細胞で構成されていた。全体的として、EMT6腫瘍細胞を接種したすべてのマウスにおいて、腫瘍塊が観察された。末期安楽死時、ATRC-101またはMFC-042に関連する有害な微視的所見はなかった。
0、1、10、及び30mg/kgの用量レベルでのATRC-101、または0、0.1、0.3、1、3、10、及び30mg/kgの用量レベルでのMFC-042の、ナイーブ及びEMT6同系乳癌担腫瘍雌BALB/cマウスへの反復用量のIP投与は、十分に耐容性があり、毒性学的に有意な効果は観察されなかった。これらの安全性評価結果に基づいて、NOAELは、ナイーブ及びEMT6同系乳癌担腫瘍雌BALB/cマウスにおけるATRC-101及びMFC-042について30mg/kgと考えられた。この用量レベルでは、ATRC-101の最高血清中濃度は、担腫瘍マウス及びナイーブマウスで、それぞれ295μg/mL及び281μg/mLであり、MFC-042の最高血清中濃度は、担腫瘍マウス及びナイーブマウスで、それぞれ367μg/mL及び533μg/mLであった。
カニクイザルにおけるATRC-101を用いた4週間の用量範囲設定毒性研究(ATRC-101.TX.18.01)
この研究の目的は、カニクイザルに、週1回4週間(1、8、15、及び22日目)IV注入(30分間の持続時間)によって投与した場合のATRC-101の潜在的な非標的関連毒性及び毒物動態(TK)を決定することであった。この研究では、8匹のナイーブザルを、4群(1匹/性別/群)に無作為に割り当てた。動物に、0(ビヒクル)、10、30、または100mg/kgのATRC-101を、30分間のIV注入を介して、週1回4週間(4回)投与した。用量の体積は、5mL/kgであった。
この研究では、次のパラメータを評価した:死亡率/瀕死率、臨床徴候、定性的食物摂取量、体重、臨床病理学(血液学、臨床化学、及び尿検査)、サイトカイン、TKパラメータ、臓器重量、肉眼検査及び顕微鏡検査(脳、心臓、肺、肝臓、腎臓、及び膵臓を含む20の臓器/組織)。
TK評価では、概して、Cmaxは、注入開始後0.75時間(Tmax)(注入終了後0.25時間)で観察された。末端除去相は、Tmax後に観察された濃度が比較的持続していたため、どの動物についても特徴付けることができなかった。試験した範囲内の用量で、全身曝露が増加した。1匹/性別/群があったが、その増加はほぼ用量に比例しているように思われた。暴露において、性別関連の顕著な差異はなかった。反復投与後、22日目の全身曝露は、1日目と比較して概して高く、個々の蓄積比は1.64~2.17の範囲であった。
0、10、30、または100mg/kg/週の用量で、カニクイザルへのATRC-101の、週1回4週間の静脈内投与は、十分に耐容性であった。すべての動物は、末期剖検(29日目)まで生存した。臨床徴候、定性的食物摂取量、体重、臨床病理パラメータ、またはほとんどのサイトカインにおいて、ATRC-101関連の変化はなかった。ATRC-101関連の肉眼的な病理学的所見、確定的臓器重量所見、または微視的所見はなかった。
4週間にわたる週1回のIV注入によるATRC-101の投与は、カニクイザルにおいて、投与されたすべての用量レベル(10、30、及び100mg/kg/週)で、十分に耐容性であった。NOAELは100mg/kg/週とみなされ、関連するCmax値は、22日目に、雄で2410μg/mL、雌で2690μg/mLであり、AUC0-t値は、雄で185000μg・hr/mL、雌で186000μg・hr/mLであった。
局所耐容性
カニクイザルにおける非GLP4週間反復投与毒性研究(ATRC-101.TX.18.01)において、ATRC-101の局所耐容性を評価した。ATRC-101濃度が20mg/mLで、最大100mg/kgの用量で反復投薬(IV、週1回、合計4回)した後、ATRC-101注射部位での刺激または局所耐容性の問題の臨床的証拠はなかった。
他の毒性試験
正常ヒト組織におけるATRC-101の組織交差反応性研究(ATRC-101.TX.19.01)
正常なヒト組織におけるGLP組織交差反応性研究を行い、34個の正常なヒト組織(1組織あたり3ドナー)の包括的パネルからの凍結切除によるATRC-101(2及び10μg/mL)の潜在的な交差反応性を評価した。
ATRC-101は、両方の濃度で、ヒト乳房腫瘍016327T2において、まれな陽性対照腫瘍性細胞の細胞質及び細胞質顆粒の弱~強の染色を生成した。ATRC-101は、いずれの染色濃度でも、ヒト乳房腫瘍016327T2において、陰性対照の間質線維芽細胞と特異的に反応しなかった。対照試料であるヒトIgG1は、陽性または陰性のいずれの対照組織要素とも特異的に反応しなかった。また、アッセイ対照スライドの染色もなかった。すべての染色におけるATRC-101の特異的反応は、陽性対照物質を用いて行われ、陰性対照物質との特異的反応性の欠如、ならびに対照試料の反応性の欠如は、アッセイが感受性であり、特異的であり、及び再現性があることを示した。
ATRC-101による膜及び細胞質の染色は、腎臓の尿細管上皮(弱~強、まれに)において観察された。細胞質染色は、ファロピウス卵管(粘膜)、膵臓(管、腺房)、唾液腺(腺房)、甲状腺(濾胞、傍濾胞細胞)、及び子宮(子宮内膜)、小腸の単核細胞(弱~中、まれに)、
乳房の筋上皮(弱~中、まれに~時折)、膵臓の島細胞(弱~中、非常にまれに)、脳(小脳、大脳)及び脊髄のニューロン(弱~強、まれに~時折)、眼の外網状層の網膜細胞(弱~強、時折)、膀胱の末梢神経に関連する細胞/突起(弱~強、非常にまれに~時折)、乳房、眼、胃腸管(食道、小腸[神経節細胞])、皮膚、脊髄(脊髄神経根)、横紋筋(骨格筋)、下垂体・神経性下垂体の下垂体細胞(弱~中、しばしば)で観察された。ヒト脳(小脳、大脳)におけるニューロピル染色(弱~中、しばしば)の細胞内局在は、光学顕微鏡の解像度では識別できなかった。
要約すると、いくつかのヒト組織において、ATRC-101による染色が観察された。しかしながら、ATRC-101による染色のほぼすべては、本質的に細胞質性であり、組織交差反応性試験における細胞質部位へのモノクローナル抗体の結合は、一般に、インビボで細胞質区画にアクセスする抗体薬物の限られた能力のため、毒性学的な意義がほとんどまたはまったくないと考えられる(Hall et al,2008;Leach et al,2010)。ATRC-101による膜染色は、ヒト腎臓で、まれに尿細管上皮細胞(細胞の1~5%)に限られた。したがって、この染色は、毒性学的に有意であるとは予想されない。ヒト脳におけるニューロピル染色の細胞内局在は、光学顕微鏡の解像度では識別できなかったが、この組織要素は血液脳関門によって保護されているため、この染色は毒性学的に有意であるとは予想されない。
非臨床毒性学的所見
ATRC-101は、ポリアデニル酸結合タンパク質ファミリーメンバー及びポリ(A)RNAを含む複合体の腫瘍関連バージョンに結合する。抗体は、インビトロのヒトPBMC結合及びサイトカイン放出研究の結果に基づいて、ヒトにおけるサイトカイン放出を誘発するリスクが低いと考えられる。包括的な一連の非臨床毒性試験を行って、ATRC-101の毒性プロファイルを確立した。
ATRC-101の潜在的な標的関連毒性は、同系のEMT6-BALB/c乳癌マウスモデルにおける前臨床有効性及び安全性研究で評価した。この研究では、0、1、10、及び30mg/kgの用量レベルでのATRC-101、または0、0.1、0.3、1、3、10、及び30mg/kgの用量レベルでのMFC-042(マウスIgG2aのFc領域上のATRC-101の同一のヒトFv領域)の、ナイーブ及びEMT6-BALB/c同系乳癌担腫瘍マウスへの投与は、十分に耐容性があり、毒性学的に有意な効果は観察されなかった。NOAELは、ナイーブ及び担腫瘍雌BALB/cマウスにおけるATRC-101及びMFC-042について30mg/kgであると考えられた。この用量レベルでは、ATRC-101の最高血清中濃度は、担腫瘍マウス及びナイーブマウスでそれぞれ295μg/mL及び281μg/mLであり、MFC-042の最高血清中濃度は、担腫瘍マウス及びナイーブマウスでそれぞれ367μg/mL及び533μg/mLであった。
カニクイザルにおける4週間の反復投与毒性研究において、ATRC-101の潜在的な非標的関連毒性を評価した。4週間にわたる週1回のIV注入によるATRC-101の投与は、カニクイザルにおいて、投与されたすべての用量レベル(10、30、及び100mg/kg/週)で、十分に耐容性であった。NOAELは100mg/kg/週とみなされ、Cmax値は、22日目に、雄で2410μg/mL、雌で2690μg/mLであり、AUC0-t値は、雄で185000μg・hr/mL、雌で186000μg・hr/mLであった。
正常ヒト組織におけるGLP組織交差反応性研究では、一部のヒト組織でATRC-101による染色が観察された。しかしながら、本質的に、ほとんどすべての染色が細胞質であり、ATRC-101が細胞膜を横断する、または細胞質の構成要素と直接相互作用する可能性が低いため、毒性学的懸念とは考えられない。ATRC-101による膜関連の染色は、ヒト腎臓で、まれに尿細管上皮細胞(細胞の1~5%)に限られた。染色頻度の希少性を考慮すると、この染色は毒性学的に有意であるとは予想されない。さらに、ATRC-101(i)は、ADCCまたはCDCのいずれかを媒介するようには見えず、(ii)その標的へのATRC-101の結合は、いずれかのシグナル伝達経路を誘発するかまたはそれを抑制することが見出されず、(iii)いずれかの潜在的な腎毒性は、提案された臨床試験において、検尿及び臨床化学によって監視される。まとめると、インビトロ組織交差反応性研究においてまれな尿細管上皮細胞で観察された膜染色は、患者の安全性に対するリスクが低いと考えられる。
総括的に、非臨床毒性試験の結果は、許容可能な安全性プロファイルを示し、がん患者における臨床試験へのATRC-101の進行を支持する。
ヒト用量の原理
0.3mg/kgのヒト開始用量を選択する科学的根拠は、利用可能なすべてのATRC-101非臨床薬理学、PK、及び毒性学のデータ、ならびに利用可能な文献の統合評価に基づいている。提案されたヒト開始用量の0.3mg/kgでは、Cmaxは、約7.81μg/mLであり、AUC0-672時間は、ATRC-101ヒト用量のシミュレーションに基づいて53.1日・μg/mLであると予想される。
提案された0.3mg/kgの開始用量は、EMT6乳癌担腫瘍雌BALB/cマウスにおける反復投与の前臨床有効性及び安全性の研究で決定された30mg/kgのNOAEL用量から、かなりの安全性域を提供する。0.3mg/kgのヒト開始用量は、NOAELの1/8(マウスにおける30mg/kg=2.44mg/kgのヒト等価用量)である。これにより、提案された開始用量0.3mg/kgにおいて、ヒトで予想されるCmax(7.81μg/mL)の約47倍の安全域が得られる。
実施例15.薬物動態
単回投与PK研究では、6匹のナイーブカニクイザル(雄3匹及び雌3匹)を3つの用量群に無作為に割り当て、静脈内(IV)ボーラス注射を介して1、10、または30mg/kgでATRC-101を投与した。ATRC-101の投与後、28日間、動物を観察した。血清試料を異なる時点で採取し、ATRC-101の濃度を決定するために、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)方法によって分析した。
単回IV投与後、最大血清中濃度(Cmax)は、投与後0.083~1時間で観察されたが、例外として、1mg/kgの雌では、投与後8時間で観察された。半減期(T1/2)は、177~225時間であった。見かけのクリアランス率(CL)及び見かけの分布容積(Vd)は、それぞれ0.159~0.436mL/時間/kg及び51.4~117mL/kgの範囲であった。試験した範囲内で、用量とともに全身曝露が増加した。この増加は、1~10mg/kgでほぼ用量に比例したが、例外として、雌では、比例した用量よりも低かった。曝露では、顕著な性別関連の差はなかったが、例外として、1mg/kgの雌の曝露は、雄の曝露と比較して2倍高かった。
カニクイザルにおける4週間の反復投与IV毒性研究において、ATRC-101の毒物動態(TK)プロファイルを評価した。8匹のナイーブ動物(雄4匹及び雌4匹)に、0、10、30、または100mg/kgのATRC-101を、週1回、合計4回のIV注入(30分)で投与した。血清試料を異なる時点で採取し、ELISA法によって分析した。最大血清中濃度は、一般に、注入開始(SOI)後0.75時間で観察された。末端除去相は、Cmax(Tmax)の時間後に観察された比較的持続した濃度により、いずれの動物についても特徴付けられなかった。全身曝露は、試験した範囲内で用量とともに増加し、その増加はほぼ用量に比例した。暴露において、性別関連の顕著な差異はなかった。反復投与後、22日目の全身曝露は、1日目と比較して概して高く、個々の蓄積比は1.64~2.17の範囲であった。
BALB/cマウス血清中のATRC-101濃度を測定するためのLC-MS/MS法(ATRC-101.PD.18.02)
BALB/cマウス血清中のATRC-101濃度を、液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析(LC-MS/MS)法を使用して決定した。この方法では、ATRC-101から消化されたシグネチャペプチドであるPEP-1を測定して、ATRC-101の濃度を決定した(PEP-1の濃度は、ATRC-101の濃度に相当する)。このアッセイでは、標準試料、品質管理(QC)試料、または研究試料の各10μLのアリコートを、25μLの作業用内部標準溶液(水中25μg/mL)、15μLの水、及び150μLのSMART消化緩衝液(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)と混合した。試料を軽く遠心分離し、得られた上清の200μLのアリコートを、SMART Digestionマイクロチューブに移した。試料をボルテックスし、2時間振盪しながら65℃でインキュベートした。反応混合物の200μLのアリコートを、5μLの20%亜硫酸水素ナトリウムと混合した。この反応を、5μLの純粋なギ酸でクエンチした。試料をボルテックスし、遠心分離した。得られた上清の150μLのアリコートを、きれいな96ウェル低結合プレートに移した。アリコートを、分析のためにLC-MS/MSシステムに注入した。液体クロマトグラフィーシステムは、Phenomenex XB-C18カラム、1.0×50mm(2.7μm粒径)を使用し、0.600mL/分の流速で、水/ギ酸(100/0.5、v/v)及びアセトニトリル/ギ酸(100/0.5、v/v)からなる勾配流を用いた。ポジティブイオンモードで動作するESI(TurboIonSpray(登録商標))イオン源を備えたWaters Xevo TQ-Sトリプル四重極LC-MS/MSシステムを使用して、シグネチャペプチド及び内部標準を検出した。この方法は、10μLのBALB/cマウス血清アリコートからのATRC-101に対して、2~250μg/mLの公称濃度範囲内の定量に適用可能であった。
カニクイザル血清中のATRC-101濃度を測定するためのELISA法(ATRC-101.PK.18.01)
ELISA法を使用して、カニクイザル血清中のATRC-101濃度を決定した。このアッセイは、定量的免疫アッセイ技術を用いた。簡潔には、マイクロタイタープレートをヒツジ抗ヒトIgGでコーティングして、ATRC-101を捕捉した。10及び800ng/mLのアンカーポイントを含む、800、400、300、200、150、100、75、50、30、20、10ng/mLの濃度のヒト抗体ATRC-101を使用して調製された範囲内の11の標準から作成された標準曲線を使用して、アッセイを較正した。QC試料を、ニート(neat)カニクイザル血清中のATRC-101濃度が250、175、及び40ng/mLの血清中で調製した。マイクロプレートリーダーからのデータ回帰は、Watson LIMS(バージョン7.3.0.01)を使用して行った。4パラメータモデルを使用して、1/yの重み付け方程式を用いて、シグモイド検量線を適合させた。標準、QC試料、及び研究試料を、最低限必要な5倍の希釈で分析し、ニートサル血清中の試料濃度(μg/mL)を決定した。標準、試験試料、ブランクの調製前後にQC試料1セットを調製した。ATRC-101の検出は、西洋ワサビペルオキシダーゼにコンジュゲートされたヤギ抗ヒトIgG(重鎖及び軽鎖)を用いて達成した。テトラメチルベンジジンを、発色基質として使用した。この方法の定量範囲は、20~400ng/mLであった。
ATRC-101の吸収は、カニクイザルにおける単回投与IVボーラスPK研究及び反復投与IV注入毒性研究において特徴付けられた。ATRC-101のサル血清濃度は、ELISA法によって決定した。
単回投与薬物動態研究では、6匹のナイーブカニクイザル(雄3匹及び雌3匹)を、3つの用量群に無作為に割り当て、IVボーラス注射により1、10、または30mg/kgでATRC-101を投与した。Tmaxは、一般に、投与後0.083~1時間で観察された。T1/2は、177~225時間であった。CL及びVdはそれぞれ、0.15~0.436mL/時間/kg及び51.4~117mL/kgの範囲であった。ATRC-101への全身曝露は、試験した用量の範囲内で増加し、その増加はほぼ用量に比例した。
カニクイザルを対象とした4週間の反復投与IV毒物動態研究では、8匹のナイーブ動物(雄4匹及び雌4匹)を4つの投与群に無作為に割り当て、0、10、30、または100mg/kgのATRC-101を、週1回、合計4回のIV注入(30分)で投与した。Tmaxは、一般に、SOI後0.75時間で観察された。末端除去相は、Tmax後に観察された濃度が比較的持続していたため、どの動物についても特徴付けることができなかった。全身曝露は、試験した範囲内で用量とともに増加し、その増加はほぼ用量に比例した。暴露において、性別関連の顕著な差異はなかった。反復投与後、22日目の全身曝露は、1日目と比較して概して高く、個々の蓄積比は1.64~2.17の範囲であった。
4週間の観察期間を伴うカニクイザルにおけるATRC-101の単回静脈内ボーラス薬物動態研究(ATRC-101.PK.18.01)
この研究の目的は、単回IVボーラス投与後のカニクイザルにおけるATRC-101のPKを評価することであった。
この研究では、6匹のナイーブ動物(1匹/性別/群)を3群に無作為に割り当て、1、10、または30mg/kgのATRC-101を、単回で静脈内ボーラス注射によって投与した。ATRC-101を、pH6.0の20mMのヒスチジン、8%のスクロース、0.02%のポリソルベート80中で製剤化し、投薬用の標的濃度にさらに希釈した。用量の体積は、3.0mL/kgであった。薬物動態試料は、投与前1日目、投与後5分、1、4、8、12、24、48、96、168、240、336、504、及び672時間で採取した。ATRC-101の血清中濃度は、ELISA法によって決定した。
この研究におけるパラメータには、生存率、臨床的観察、体重、体温、臨床病理学(血液学及び血清化学)、及びPK分析が含まれた。すべての動物が、研究終了まで生存した。ATRC-101関連の臨床徴候は、観察されなかった。体重、体温、または臨床病理学において、ATRC-101に関連する所見はなかった。ATRC-101の血清中濃度は、処置群の投与前の時点で採取されたすべての試料において、定量下限(LLOQ=20ng/mL)を下回った。1日目のATRC-101の投与後、ATRC-101は、評価された用量レベルについて、672時間のサンプリング期間全体を通して定量化可能であった。(図63)。1mg/kgを投与された雌における投与後8時間での濃度は、10mg/kg投与群と比較して高かった(それぞれ241μg/mL対129μg/mL)。
ATRC-101の投与後、Tmaxは、投与後0.083~1時間で観察されたが、例外として、1mg/kgの用量レベルの雌では、最大濃度は投与後8時間で観察された。最大血清中濃度に続いて、ATRC-101が減少し、T1/2は、177~225時間の範囲であった。CL及びVdは、各々、0.159~0.436mL/時間/kg及び51.4~117mL/kgの範囲であった。
max及び時間0から分析時までの曲線下面積(AUC0-t)によって定義されるATRC-101への全身曝露は、試験した範囲内で用量とともに増加した。この増加は、評価された投与量レベルに対してほぼ用量に比例しているように思われたが、例外として、1~10mg/kgの雌では、増加は比例した用量よりも低かった。曝露では、顕著な性別関連の差はなかったが、例外として、1mg/kgの用量レベルの雌の曝露は、雄の曝露と比較して2倍高いように思われた。
カニクイザルにおけるATRC-101を用いた4週間の用量範囲設定毒性研究(ATRC-101.TX.18.01)
この研究の目的は、カニクイザルに、週1回4週間IV注入によって投与した場合のATRC-101の潜在的な非標的関連毒性及びTKを決定することであった。
この研究では、8匹のナイーブザルを、4群(1匹/性別/群)に無作為に割り当てた。動物に、0(ビヒクル)、10、30、または100mg/kgのATRC-101を、30分間のIV注入を介して、週1回4週間(4回)投与した。用量の体積は、5mL/kgであった。1日目及び22日目の一連の時点で毒物動態試料を採取した。ATRC-101の血清中濃度は、ELISA法によって決定した。
ATRC-101の血清中濃度は、-7日目に採取されたすべての投与前試料、1日目及び22日目の対照群で採取されたすべての試料、ならびに1日目の処置群の投与前時点のすべての試料で、LLOQ(20ng/mL)を下回った。1日目及び22日目にATRC-101を投与した後、ATRC-101を、すべての用量レベルについて168時間のサンプリング期間にわたって定量した。図64に、ATRC-101処置群におけるATRC-101の血清中濃度を示す。
ATRC-101の投与後、Tmaxは、SOI後0.75~4.5時間で観察され(注入終了後0.25~4時間(EOI)に対応する)、ほとんどの場合、SOI後0.75時間(EOI後0.25時間)で下落した。末端除去相は、Tmax後に観察された濃度が比較的持続していたため、どの動物についても特徴付けることができなかった。
max及びAUC0-tによって定義されるATRC-101への全身曝露は、試験した範囲内で用量とともに増加した。動物が1匹/性別/群であったことを考慮すると、増加はほぼ用量に比例するように思われた。暴露において、性別関連の顕著な差異はなかった。反復投与後、22日目の全身曝露は、1日目と比較して概して高く、個々の蓄積比は1.64~2.17の範囲であった。
PKモデリングアプローチを使用して、ヒトにおけるATRC-101のPKパラメータを予測した。研究ATRC-101.PK.18.01におけるATRC-101の観察された全身濃度対時間は、標準的な2コンパートメントPKモデルでモデル化され、体重に基づいてヒトにアロメトリック的にスケールされた。0.1、0.3、1、3、10、及び30mg/kgの用量を、3週間に1回、6週間にわたって投与した後の、予測されたヒト血清の時間経過を得るために、シミュレーションを行った。単回IV投与後の、ヒト曝露メトリックを予測した。0.3mg/kgの濃度では、ヒトにおいて、Cmaxは、7.81μg/mLに達すると推定され、AUC0-672時間は、53.1日・μg/mLであると推定される。
予測されるヒトPKパラメータは、標的及びエフェクター二重エンゲージメントアッセイにおける活性のインビトロ薬理学的試験からの関連する濃度と相関していた。標的及びエフェクター二重エンゲージメントアッセイでは、ATRC-101の半最大有効濃度(EC50)は、68nMであることが示された。このアッセイにおけるATRC-101の用量反応曲線は、有効濃度(EC20、EC50、及びEC80)を評価するための4パラメータロジスティック回帰モデルに適合させた。標的及びエフェクター二重エンゲージメントアッセイに基づいて、ヒトにおける0.3mg/kgの用量レベルは、EC50を下回るCmax(7.81μg/mL)をもたらし、20%最大有効濃度(EC20)を約6日間(約33%の投与間隔)達成することが推定された。
カニクイザルに1、10、及び30mg/kgの用量レベルで単回IVボーラス投与した後、Tmaxは、投薬後0.083~1時間で観察されたが、例外として、1mg/kgの雌では、投薬後8時間で観察された。T1/2は177~225時間であった。CL及びVdはそれぞれ、0.15~0.436mL/時間/kg及び51.4~117mL/kgの範囲であった。ATRC-101への全身曝露は、試験した範囲内で用量とともに増加し、ほぼ用量に比例しているように思われ、例外として、1~10mg/kgの雌では、その増加が比例した用量よりも低かった。曝露では、顕著な性別関連の差はなかったが、例外として、1mg/kgの用量レベルの雌の曝露は、雄の曝露と比較して2倍高いように思われた。
4週間の反復投与の毒性研究及びTK研究において、10、30、及び100mg/kg/週での30分間の静脈内注入を介して週1回投与した後、Tmaxは、概して、SOI後0.75時間で観察された。末端除去相は、Tmax後に観察された濃度が比較的持続していたため、どの動物についても特徴付けることができなかった。全身曝露は試験した範囲内で用量とともに増加し、増加はほぼ用量に比例するように思われた。暴露において、性別関連の顕著な差異はなかった。反復投与後、22日目の全身曝露は、1日目と比較して概して高く、個々の蓄積比は1.64~2.17の範囲であった。
まとめると、これらのデータは、ATRC-101のPKプロファイルが、ヒトIgG1モノクローナル抗体に典型的であることを示している。カニクイザルにおける単回用量PK研究のデータを使用して、ヒトにおけるATRC-101のPKパラメータを予測した。0.3mg/kgのATRC-101の用量では、ヒトにおいて、Cmaxは、7.81μg/mLに達すると推定され、AUC0-672時間は、53.1日・μg/mLであると推定される。
規制ガイドラインに準拠して、ATRC-101を用いた代謝、組織分布、または排泄試験は、動物において実施されていない。典型的なモノクローナル抗体として、ATRC-101は、シトクロムP450酵素などの薬物代謝酵素とは独立した生化学的経路を介して、小さなペプチド及びアミノ酸に分解されることが予想されるため、薬物間相互作用は予想されない。
本明細書に記載される実施例及び実施形態は、単に例示的な目的のためであり、それに照らして様々な変形または変更が当業者に示唆され、本出願及び添付の特許請求の範囲の趣旨及び範囲内に含まれることが理解される。本明細書で引用されるすべての刊行物、特許、受託番号、及び特許出願は、それらが引用される文脈における目的のために参照により本明細書に援用される。
(表1A)
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(表1B)
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(表2A)
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(表2B)
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Claims (22)

  1. 腫瘍組織に結合する抗体であって、前記抗体が、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合し、前記抗体が、
    重鎖可変領域(V)であって、
    配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、
    配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、及び
    配列TSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDV(配列番号21)を含むHCDR3
    を含む、前記重鎖可変領域と、
    軽鎖可変領域(V)であって、
    配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、
    配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、及び
    配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3
    を含む、前記軽鎖可変領域と
    を含む、前記抗体。
  2. 前記Vが、配列番号1の配列を含むHCDR1、配列番号9の配列を含むHCDR2、配列番号21の配列を含むHCDR3を含み、および前記Vのアミノ酸配列が、EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)と少なくとも95%の同一性を有し、ならびに
    前記Vが、配列番号48の配列を含むLCDR1、配列番号59の配列を含むLCDR2、及配列番号68の配列を含むLCDR3を含み、および前記Vのアミノ酸配列が、QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)と少なくとも95%の同一性を有する、請求項1に記載の抗体。
  3. 前記Vが、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)を含み、前記Vが、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、請求項1に記載の抗体。
  4. 前記抗体が、配列番号1721の重鎖定常領域配列と、配列番号1722の軽鎖定常領域配列と、を含む、請求項1に記載の抗体。
  5. 前記抗体が、配列番号1723の配列を含む重鎖および配列番号1724の配列を含む軽鎖を含む、請求項4に記載の抗体。
  6. 請求項1~5のいずれか一項に記載の抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  7. 請求項1~5のいずれか一項に記載の抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  8. 請求項1~5のいずれか一項に記載の抗体の前記V領域及び前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  9. 請求項1~5のいずれか一項に記載の抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
  10. 請求項1~5のいずれか一項に記載の抗体の前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
  11. 請求項1~5のいずれか一項に記載の抗体の前記V領域及び前記V領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
  12. 抗体を製造する方法であって、前記 領域をコードするポリヌクレオチド及び前記 領域をコードするポリヌクレオチドが発現される条件下で、請求項11に記載の宿主細胞を培養することを含む、前記方法。
  13. 腫瘍組織に結合する抗体であって、前記抗体が、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合し、および前記抗体が、それぞれ、表1Bまたは表2Bに示される以下のHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3配列を含む6個のCDRを含む抗体:
    AIP-192482 SEQ ID NOS: 8, 9, 34, 48, 59, 68;
    AIP-171142 SEQ ID NOS: 8, 9, 35, 48, 59, 68;
    AIP-165430 SEQ ID NOS: 8, 9, 37, 48, 59, 68;
    AIP-189526 SEQ ID NOS: 8, 16, 38, 48, 59, 68;
    AIP-122563 SEQ ID NOS: 8, 9, 34, 48, 59, 68;
    AIP-158623 SEQ ID NOS: 8, 9, 37, 48, 59, 68;
    AIP-155066 SEQ ID NOS: 8, 9, 39, 48, 59, 68;
    AIP-166120 SEQ ID NOS: 8, 9, 21, 48, 59, 68;
    AIP-133645 SEQ ID NOS: 8, 9, 37, 48, 59, 73;
    AIP-187893 SEQ ID NOS: 1, 9, 37, 48, 59, 68;
    AIP-142079 SEQ ID NOS: 8, 9, 41, 48, 59, 68;
    AIP-102396 SEQ ID NOS: 172, 366, 560, 754, 948, 1142;
    AIP-150055 SEQ ID NOS: 173, 367, 561, 755, 949, 1143;
    AIP-167084 SEQ ID NOS: 174, 368, 562, 756, 950, 1144;
    AIP-185304 SEQ ID NOS: 175, 369, 563, 757, 951, 1145;
    AIP-134770 SEQ ID NOS: 176, 370, 564, 758, 952, 1146;
    AIP-141887 SEQ ID NOS: 177, 371, 565, 759, 953, 1147;
    AIP-196203 SEQ ID NOS: 178, 372, 566, 760, 954, 1148;
    AIP-128195 SEQ ID NOS: 180, 374, 568, 762, 956, 1150;
    AIP-116579 SEQ ID NOS: 181, 375, 569, 763, 957, 1151;
    AIP-192329 SEQ ID NOS: 182, 376, 570, 764, 958, 1152
    AIP-197809 SEQ ID NOS: 184, 378, 572, 766, 960, 1154;
    AIP-142489 SEQ ID NOS: 185, 379, 573, 767, 961, 1155;
    AIP-167726 SEQ ID NOS: 187, 381, 575, 769, 963, 1157;
    AIP-199834 SEQ ID NOS: 188, 382, 576, 770, 964, 1158;
    AIP-143179 SEQ ID NOS: 189, 383, 577, 771, 965, 1159;
    AIP-195587 SEQ ID NOS: 190, 384, 578, 772, 966, 1160;
    AIP-153462 SEQ ID NOS: 191, 385, 579, 773, 967, 1161;
    AIP-115363 SEQ ID NOS: 192, 386, 580, 774, 968, 1162;
    AIP-151090 SEQ ID NOS: 193, 387, 581, 775, 969, 1163;
    AIP-168083 SEQ ID NOS: 194, 388, 582, 776, 970, 1164;
    AIP-161082 SEQ ID NOS: 195, 389, 583, 777, 971, 1165;
    AIP-114196 SEQ ID NOS: 196, 390, 584, 778, 972,1166;
    AIP-189338 SEQ ID NOS: 197, 391, 585, 779, 973, 1167
    AIP-183190 SEQ ID NOS: 198, 392, 586, 780, 974, 1168;
    AIP-110143 SEQ ID NOS: 199, 393, 587, 781, 975, 1169;
    AIP-147176 SEQ ID NOS: 200, 394, 588, 782, 976, 1170;
    AIP-134312 SEQ ID NOS: 201, 395, 589, 783, 977, 1171;
    AIP-128243 SEQ ID NOS: 202, 396, 590, 784, 978, 1172;
    AIP-156172 SEQ ID NOS: 203, 397, 591, 785, 979, 1173;
    AIP-147389 SEQ ID NOS: 204, 398, 592, 786, 980, 1174;
    AIP-124314 SEQ ID NOS: 205, 399, 593, 787, 981, 1175;
    AIP-185291 SEQ ID NOS: 206, 400, 594, 788, 982, 1176;
    AIP-135247 SEQ ID NOS: 207, 401, 595, 789, 983, 1177;
    AIP-113513 SEQ ID NOS: 208, 402, 596, 790, 984, 1178;
    AIP-102299 SEQ ID NOS: 209, 403, 597, 791, 985, 1179;
    AIP-179097 SEQ ID NOS: 210, 404, 598, 792, 986, 1180
    AIP-109343 SEQ ID NOS: 211, 405, 599, 793, 987, 1181;
    AIP-119622 SEQ ID NOS: 212 ,406, 600, 794, 988, 1182;
    AIP-191735 SEQ ID NOS: 213, 407, 601, 795, 989, 1183;
    AIP-157078 SEQ ID NOS: 214. 408, 602, 796, 990, 1184;
    AIP-153475 SEQ ID NOS: 215, 409, 603, 797, 991, 1185;
    AIP-133650 SEQ ID NOS: 216, 410, 604, 798, 992, 1186;
    AIP-190915 SEQ ID NOS: 217, 411, 605, 799, 993, 1187;
    AIP-167400 SEQ ID NOS: 219, 413, 607, 801, 995, 1189;
    AIP-109729 SEQ ID NOS: 220, 414, 608, 802, 996, 1190;
    AIP-151709 SEQ ID NOS: 221, 415, 609, 803, 997, 1191;
    AIP-136628 SEQ ID NOS: 226, 420, 614, 808, 1002, 1196;
    AIP-101601 SEQ ID NOS: 230, 424, 618, 812, 1006, 1200;
    AIP-146871 SEQ ID NOS: 232, 426, 620, 814, 1008, 1202;
    AIP-170053 SEQ ID NOS: 233, 427, 621, 815, 1009, 1203;
    AIP-199483 SEQ ID NOS: 234, 428, 622, 816, 1010, 1204;
    AIP-162041 SEQ ID NOS: 236, 430, 624, 818, 1012, 1206;
    AIP-180675 SEQ ID NOS: 1, 9, 43, 48, 59, 68;
    AIP-183133 SEQ ID NOS: 238, 432, 626, 820, 1014, 1208;
    AIP-191470 SEQ ID NOS: 239, 433, 627, 821, 1015, 1209;
    AIP-151167 SEQ ID NOS: 240, 434, 628, 822, 1016, 1210;
    AIP-106633 SEQ ID NOS: 241, 435, 629, 823, 1017, 1211;
    AIP-102624 SEQ ID NOS: 242, 436, 630, 824, 1018, 1212;
    AIP-109484 SEQ ID NOS: 243, 437, 631, 825, 1019, 1213;
    AIP-126080 SEQ ID NOS: 1, 9, 44, 48, 59, 68;
    AIP-161571 SEQ ID NOS: 1, 9, 45, 48, 59, 68;
    AIP-163039 SEQ ID NOS: 251, 445, 639, 833, 1027, 1221;
    AIP-101235 SEQ ID NOS: 1, 9, 20, 48, 59, 68;
    AIP-182061 SEQ ID NOS: 253, 447, 641, 835, 1029, 1223;
    AIP-181246 SEQ ID NOS: 1, 9, 46, 48, 59, 68;
    AIP-192216 SEQ ID NOS: 1, 9, 47, 48, 59, 68;
    AIP-171912 SEQ ID NOS: 255, 449, 643, 837, 1031, 1225;
    AIP-172872 SEQ ID NOS: 1, 18, 21, 48, 65, 75;
    AIP-167833 SEQ ID NOS: 256, 450, 644, 838, 1032, 1226;
    AIP-190051 SEQ ID NOS: 8, 9, 21, 58, 59, 72;
    AIP-145518 SEQ ID NOS: 257, 451, 645, 839, 1033, 1227;
    AIP-167533 SEQ ID NOS: 1, 19, 21, 48, 59, 68;
    AIP-112580 SEQ ID NOS: 1, 9, 27, 48, 59, 68;
    AIP-143155 SEQ ID NOS: 258, 452, 646, 840, 1034, 1228;
    AIP-119664 SEQ ID NOS: 259, 453, 647, 841, 1035, 1229;
    AIP-190526 SEQ ID NOS: 260, 454, 648, 842, 1036, 1230;
    AIP-114403 SEQ ID NOS: 261, 455, 649, 843, 1037, 1231;
    AIP-156760 SEQ ID NOS: 262, 456, 650, 844, 1038, 1232;
    AIP-103803 SEQ ID NOS: 263, 457, 651, 845, 1039, 1233;
    AIP-195588 SEQ ID NOS: 265, 459, 653, 847, 1041, 1235;
    AIP-145722 SEQ ID NOS: 266, 460, 654, 848, 1042, 1236;
    AIP-178251 SEQ ID NOS: 267, 461, 655, 849, 1043, 1237;
    AIP-116142 SEQ ID NOS: 268, 462, 656, 850, 1044, 1238;
    AIP-183350 SEQ ID NOS: 269, 463, 657, 851, 1045, 1239;
    AIP-127108 SEQ ID NOS: 270, 464, 658, 852, 1046, 1240;
    AIP-128147 SEQ ID NOS: 271, 465, 659, 853, 1047, 1241;
    AIP-109510 SEQ ID NOS: 272, 466, 660, 854, 1048, 1241;
    AIP-104086 SEQ ID NOS: 273, 467, 661, 855, 1049, 1243;
    AIP-143132 SEQ ID NOS: 274, 468, 662, 856, 1050, 1244;
    AIP-170105 SEQ ID NOS: 1, 9, 21, 56, 59, 68;
    AIP-169636 SEQ ID NOS: 275; 469, 663, 857, 1051, 1245;
    AIP-152243 SEQ ID NOS: 276, 470, 664, 858, 1052, 1246;
    AIP-138776 SEQ ID NOS: 277, 471, 665, 859, 1053, 1247;
    AIP-103817 SEQ ID NOS: 278, 472, 666, 860, 1054, 1248;
    AIP-130491 SEQ ID NOS: 279, 473, 667, 861, 1055, 1249;
    AIP-188155 SEQ ID NOS: 280, 474, 668, 862, 1056, 1250;
    AIP-167246 SEQ ID NOS: 281, 475, 669, 863, 1057, 1251;
    AIP-106139 SEQ ID NOS: 282, 476, 670, 864, 1058, 1252;
    AIP-198351 SEQ ID NOS: 283, 477, 671, 865, 1059, 1253;
    AIP-159326 SEQ ID NOS: 284, 478, 672, 866, 1060, 1254;
    AIP-192275 SEQ ID NOS: 285, 479, 673, 867, 1061, 1255;
    AIP-190761 SEQ ID NOS: 286, 480, 674, 868, 1062, 1256;
    AIP-166832 SEQ ID NOS: 287, 481, 675, 869, 1063, 1257;
    AIP-148062 SEQ ID NOS: 288, 482, 676, 870, 1064, 1258;
    AIP-129145 SEQ ID NOS: 289, 483, 677, 871, 1065, 1259;
    AIP-111240 SEQ ID NOS: 290, 484, 678, 872, 1066, 1260;
    AIP-153888 SEQ ID NOS: 292, 486, 680, 874, 1068, 1262;
    AIP-130915 SEQ ID NOS: 293, 487, 681, 875, 1069, 1263;
    AIP-109048 SEQ ID NOS: 294, 488, 682, 876, 1070, 1264;
    AIP-170569 SEQ ID NOS: 295, 489, 683, 877, 1071, 1265;
    AIP-154873 SEQ ID NOS: 296, 490, 684, 878, 1072, 1266;
    AIP-159037 SEQ ID NOS: 297, 491, 685, 879, 1073, 1267;
    AIP-186826 SEQ ID NOS: 298, 492, 686, 880, 1074, 1268;
    AIP-156514 SEQ ID NOS: 299, 493, 687, 881, 1075, 1269;
    AIP-157122 SEQ ID NOS: 300, 494, 688, 882, 1076, 1270;
    AIP-173276 SEQ ID NOS: 301, 495, 689, 883, 1077, 1271;
    AIP-150485 SEQ ID NOS: 302, 496, 690, 884, 1078, 1272;
    AIP-166847 SEQ ID NOS: 304, 498, 692, 886, 1080, 1274;
    AIP-124013 SEQ ID NOS: 305, 499, 693, 887, 1081, 1275;
    AIP-126285 SEQ ID NOS: 306, 500, 694, 888, 1082, 1276
    AIP-168605 SEQ ID NOS: 1, 9, 21, 57, 59, 74;
    AIP-190274 SEQ ID NOS: 307, 501, 695, 889, 1083, 1277;
    AIP-136060 SEQ ID NOS: 1, 9, 21, 48, 67, 68;
    AIP-180422 SEQ ID NOS: 310, 504, 698, 892, 1086, 1280;
    AIP-166722 SEQ ID NOS: 311, 505, 699, 893, 1087, 1281;
    AIP-127782 SEQ ID NOS: 1, 504, 21, 48, 59, 68;
    AIP-189473 SEQ ID NOS: 1, 9, 22, 48, 59, 68;
    AIP-192571 SEQ ID NOS: 1, 9, 23, 48, 59, 68;
    AIP-112328 SEQ ID NOS: 322, 516, 710, 904, 1098, 1292;
    AIP-125258 SEQ ID NOS: 1, 9, 24, 48, 59, 68;
    AIP-150199 SEQ ID NOS: 1, 9, 25, 48, 59, 68;
    AIP-125062 SEQ ID NOS: 324, 518, 712, 906, 1100, 1294;
    AIP-177193 SEQ ID NOS: 331, 525, 719, 913, 1107, 1301;
    AIP-115388 SEQ ID NOS: 1, 9, 26, 48, 59, 68;
    AIP-107759 SEQ ID NOS: 338, 532, 726, 920, 1114, 1308;
    AIP-170221 SEQ ID NOS: 355, 549, 743, 937, 1131, 1325;
    AIP-143369 SEQ ID NOS: 2, 10, 21, 49, 60, 68;
    AIP-189475 SEQ ID NOS: 357, 551, 745, 939, 1133, 1327;
    AIP-102833 SEQ ID NOS: 358, 552, 746, 940, 1134, 1328;
    AIP-157045 SEQ ID NOS: 3, 11, 21, 50, 61, 69;
    AIP-175775 SEQ ID NOS: 4, 9, 27, 51, 62, 70;
    AIP-154181 SEQ ID NOS: 5, 12, 28, 52, 63, 71;
    AIP-125984 SEQ ID NOS: 6, 13, 21, 53, 64, 76;
    AIP-160829 SEQ ID NOS: 7, 14, 29, 52, 65, 69;
    AIP-184744 SEQ ID NOS: 4, 15, 30, 54, 62, 71;
    AIP-128136 SEQ ID NOS: 1, 12, 31, 55, 66, 72;
    AIP-181273 SEQ ID NOS: 1, 9, 32, 56, 59, 72;
    AIP-153125 SEQ ID NOS: 1, 12, 33, 50, 66, 68; または
    AIP-131972 SEQ ID NOS: 362, 556, 750, 944, 1138, 1332。
  14. 腫瘍組織に結合する抗体であって、前記抗体が、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合し、および前記抗体が、それぞれ、表1Bまたは表2Bに示される以下のHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3配列を含む6個のCDRを含む抗体:
    AIP-174676 SEQ ID NOS: 247, 441, 635, 829, 1023, 1217;
    AIP-100340 SEQ ID NOS: 227, 421, 615, 809, 1003, 1197;
    AIP-104364 SEQ ID NOS: 309, 503, 697, 891, 1085, 1279;
    AIP-105241 SEQ ID NOS: 218, 412, 606, 800, 994, 1188;
    AIP-137169 SEQ ID NOS: 222, 416, 610, 804, 998, 1192;
    AIP-152283 SEQ ID NOS: 225, 419, 613, 807, 1001, 1195;
    AIP-159023 SEQ ID NOS: 231, 425, 619, 813, 1007, 1201;
    AIP-164754 SEQ ID NOS: 244, 438, 632, 826, 1020, 1214;
    AIP-166959 SEQ ID NOS: 228, 422, 616, 810, 1004, 1198;
    AIP-177584 SEQ ID NOS: 246, 440, 634, 828, 1022, 1216;
    AIP-184151 SEQ ID NOS: 179, 373, 567, 761, 955, 1149;
    AIP-186435 SEQ ID NOS: 249, 443, 637, 831, 1025, 1219;
    AIP-190362 SEQ ID NOS: 229, 423, 617, 811, 1005, 1199;
    AIP-193490 SEQ ID NOS: 312, 506, 700, 894, 1088, 1282;
    AIP-197886 SEQ ID NOS: 237, 431, 625, 819, 1013, 1207;
    AIP-160621 SEQ ID NOS: 320, 514, 708, 902, 1096, 1290;
    AIP-104188 SEQ ID NOS: 8, 9, 42, 48, 59, 73;
    AIP-118505 SEQ ID NOS: 361, 555, 749, 943, 1137, 1331;
    AIP-120546 SEQ ID NOS: 248, 442, 636, 830, 1024, 1218;
    AIP-126175 SEQ ID NOS: 314, 508, 702, 896, 1090, 1284;
    AIP-136538 SEQ ID NOS: 8, 9, 40, 48, 59, 68;
    AIP-147652 SEQ ID NOS: 252, 446, 640, 834, 1028, 1222;
    AIP-148327 SEQ ID NOS: 169, 363, 557, 751, 945, 1139;
    AIP-157397 SEQ ID NOS: 8, 9, 36, 48, 59, 68;
    AIP-161048 SEQ ID NOS: 235, 429, 623, 817, 1011, 1205;
    AIP-171074 SEQ ID NOS: 250, 444, 638, 832, 1026, 1220;
    AIP-172643 SEQ ID NOS: 254, 448, 642, 836, 1030, 1224;
    AIP-173396 SEQ ID NOS: 359, 553, 747, 941, 1135, 1329;
    AIP-182722 SEQ ID NOS: 264, 458, 652, 846, 1040, 1234;
    AIP-184490 SEQ ID NOS: 171, 365, 559, 753, 947, 1141;
    AIP-190749 SEQ ID NOS: 291, 485, 679, 873, 1067, 1261;
    AIP-100196 SEQ ID NOS: 8, 17, 37, 48, 59, 73;
    AIP-105092 SEQ ID NOS: 317, 511, 705, 899, 1093, 1287;
    AIP-106042 SEQ ID NOS: 8, 17, 39, 48, 59, 73;
    AIP-109364 SEQ ID NOS: 344, 538, 732, 926, 1120, 1314;
    AIP-115782 SEQ ID NOS: 353, 547, 741, 935, 1129, 1323;
    AIP-123438 SEQ ID NOS: 350, 544, 738, 932, 1126, 1320;
    AIP-124068 SEQ ID NOS: 326, 520, 714, 908, 1102, 1296;
    AIP-124301 SEQ ID NOS: 325, 519, 713, 907, 1101, 1295;
    AIP-126097 SEQ ID NOS: 337, 531, 725, 919, 1113, 1307;
    AIP-129967 SEQ ID NOS: 313, 507, 701, 895, 1089, 1283;
    AIP-132355 SEQ ID NOS: 360, 554, 748, 942, 1136, 1330;
    AIP-135679 SEQ ID NOS: 303, 497, 691, 885, 1079, 1273;
    AIP-138130 SEQ ID NOS: 354, 548, 742, 936, 1130, 1324;
    AIP-139782 SEQ ID NOS: 328, 522, 716, 910, 1104, 1298;
    AIP-140148 SEQ ID NOS: 330, 524, 718, 912, 1106, 1300;
    AIP-141706 SEQ ID NOS: 316, 510, 704, 898, 1092, 1286;
    AIP-144568 SEQ ID NOS: 327, 521, 715, 909, 1103, 1297;
    AIP-145212 SEQ ID NOS: 321, 515, 709, 903, 1097, 1291;
    AIP-147945 SEQ ID NOS: 348, 542, 736, 930, 1124, 1318;
    AIP-148102 SEQ ID NOS: 186, 380, 574, 768, 962, 1156;
    AIP-148484 SEQ ID NOS: 243, 437, 631, 825, 1019, 1213;
    AIP-149787 SEQ ID NOS: 336, 530, 724, 918, 1112, 1306;
    AIP-150277 SEQ ID NOS: 308, 502, 696, 890, 1084, 1278;
    AIP-151315 SEQ ID NOS: 351, 545, 739, 933, 1127, 1321;
    AIP-151388 SEQ ID NOS: 335, 529, 723, 917, 1111, 1305;
    AIP-152031 SEQ ID NOS: 318, 512, 706, 900, 1094, 1288;
    AIP-155587 SEQ ID NOS: 347, 541, 735, 929, 1123, 1317;
    AIP-163319 SEQ ID NOS: 319, 513, 707, 901, 1095, 1289;
    AIP-165276 SEQ ID NOS: 342, 536, 730, 924, 1118, 1312;
    AIP-166629 SEQ ID NOS: 341, 535, 729, 923, 1117, 1311;
    AIP-167482 SEQ ID NOS: 356, 550, 744, 938, 1132, 1326;
    AIP-169676 SEQ ID NOS: 245, 439, 633, 827, 1021, 1215;
    AIP-171348 SEQ ID NOS: 332, 526, 720, 914, 1108, 1302;
    AIP-171543 SEQ ID NOS: 329, 523, 717, 911, 1105, 1299;
    AIP-180905 SEQ ID NOS: 315, 509, 703, 897, 1091, 1285;
    AIP-181592 SEQ ID NOS: 346, 540, 734, 928, 1122, 1316;
    AIP-182087 SEQ ID NOS: 334, 528, 722, 916, 1110, 1304;
    AIP-186403 SEQ ID NOS: 340, 534, 728, 922, 1116, 1310;
    AIP-188293 SEQ ID NOS: 343, 537, 731, 925, 1119, 1313;
    AIP-189296 SEQ ID NOS: 224, 418, 612, 806, 1000, 1194;
    AIP-191805 SEQ ID NOS: 345, 539, 733, 927, 1121, 1315;
    AIP-193088 SEQ ID NOS: 333, 527, 721, 915, 1109, 1303;
    AIP-193106 SEQ ID NOS: 323, 517, 711, 905, 1099, 1293;
    AIP-197785 SEQ ID NOS: 352, 546, 740, 934, 1128, 1322;
    AIP-198092 SEQ ID NOS: 170, 364, 558, 752, 946, 1140;
    AIP-199264 SEQ ID NOS: 349, 543, 737, 931, 1125, 1319; または
    AIP-199616 SEQ ID NOS: 223, 417, 611, 805, 999, 1193。
  15. 腫瘍組織に結合する抗体であって、前記抗体が、細胞外RNA-タンパク質複合体に結合し、および以下の、HCDR1、HCDR2およびHCDR3を含む重鎖可変領域ならびにLCDR1、LCDR2およびLCDR3を含む軽鎖可変領域を含む抗体:
    (a) 配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、
    配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、
    配列TSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号32)を含むHCDR3、
    配列SGSSSNIGSSSVY(配列番号56)を含むLCDR1、
    配列KNNQRPS(配列番号59)の配列を含むLCDR2、および
    配列STWDDALSVRV(配列番号72)を含むLCDR3、
    (b) 配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、
    配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、
    配列TSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号20)を含むHCDR3、
    配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、
    配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、および
    配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3、
    (c) 配列GFTFSKAWMS(配列番号1)を含むHCDR1、
    配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、
    、 配列TSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDP(配列番号23)を含むHCDR3、
    配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、
    配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、および
    配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3、
    (d) 配列GFTFSAAWMS(配列番号4)を含むHCDR1、
    配列RIKSTSDGETTDYAAPVKG(配列番号15)を含むHCDR2、
    配列ISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDV(配列番号30)を含むHCDR3、
    配列SGSSTNIGSSSVS(配列番号54)を含むLCDR1、
    配列KDNQRPS(配列番号62)を含むLCDR2、および
    配列SSWDDSNSVRI(配列番号71)を含むLCDR3、
    (e) 配列GFTFSAAWMS(配列番号4)を含むHCDR1、
    配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、
    配列ISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDV(配列番号27)を含むHCDR3、
    配列SGSKSNIGSSSVS(配列番号51)を含むLCDR1、
    配列KDNQRPS(配列番号62)を含むLCDR2、および
    配列ATWDNSLSIRV(配列番号70)を含むLCDR3、または
    (f) 配列GFTFSKAWMT(配列番号8)を含むHCDR1、
    配列RIKSVTDGETTDYAAPVKG(配列番号9)を含むHCDR2、
    配列TSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDV(配列番号34)を含むHCDR3、
    配列SGSSSNIGSSSVS(配列番号48)を含むLCDR1、
    配列KNNQRPS(配列番号59)を含むLCDR2、および
    配列STWDDSLSVRV(配列番号68)を含むLCDR3。
  16. (a) 前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSSDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号92)を含み、および
    前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVYWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDALSVRVFGGGTKLTVL(配列番号138)を含む、
    (b)前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRSGSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号77)を含み、および
    前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、
    (c)前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGNQCPSSDTSYCGGQYPSYYYMDPWGKGTTVTVSS(配列番号80)を含み、および
    前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、
    (d)前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSTSDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGGSCPSRDTSYCGGQYKSYYFMDVWGKGTTVTVSS(配列番号90)を含み、および
    前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSTNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSSWDDSNSVRIFGGGTKLTVL(配列番号136)を含む、
    (e)前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSAAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCISSFCCRGNSCPSSDTSYCNGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号86)を含み、および
    前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKDNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCATWDNSLSIRVFGGGTKLTVL(配列番号132)を含む、または
    (f)前記重鎖可変領域が、配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSVLYLQMSSLKTEDTAVYFCTSSFCCRGGSCPSHDTSFCGGQDKRYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号95)を含み、および
    前記軽鎖可変領域が、配列QSVLTQAPSASETPGQRVIISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号141)を含む、請求項15に記載の抗体。
  17. 請求項13~16のいずれか一項に記載の抗体の 領域または 領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  18. 請求項13~16のいずれか一項に記載の抗体の 領域及び 領域をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  19. 請求項13~16のいずれか一項に記載の抗体の 領域または 領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
  20. 請求項13~16のいずれか一項に記載の抗体の 領域及び 領域をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
  21. 抗体を製造する方法であって、前記 領域をコードするポリヌクレオチド及び前記 領域をコードするポリヌクレオチドが発現される条件下で、請求項20に記載の宿主細胞を培養することを含む、前記方法。
  22. 配列EVQLVESGGALVKPGGSLRLSCAASGFTFSKAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSVTDGETTDYAAPVKGRFTISRDDSKSTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTSSFCCRGGSCPSHDTSYCGGQYKSYYYMDVWGKGTTVTVSS(配列番号94)、及びV配列QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSSSVSWYQQLPGTAPKLLIYKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCSTWDDSLSVRVFGGGTKLTVL(配列番号140)を含む、ポリペプチド。
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