JP7114150B2 - 新規のクロマトグラフィー媒体 - Google Patents

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Description

本発明は、新規のクロマトグラフィー媒体、さらに詳細には新規のIMAC(固定化金属アフィニティークロマトグラフィー)媒体に関する。新規のクロマトグラフィー媒体は、本発明の媒体上で精製された試料タンパク質の高い動的結合容量ならびに高い純度を可能にする。
固定化金属キレートクロマトグラフィー(IMAC)は、ここ数年にわたりタンパク質精製のための技術として使用されてきた。IMACの背後にある原理は、多くの遷移金属イオンが、一般にアミノ酸側鎖の、特にヒスチジン、システインおよびトリプトファンの酸素原子と窒素原子との間に配位結合を形成することができるという事実にある。クロマトグラフィー目的でこの相互作用を利用するためには、不溶性担体上に金属イオンを固定化しなければならない。これは、担体にキレート配位子を結合させることによって行うことができる。最も重要なことに、有用であるためには、選択される金属イオンは、精製される化合物よりもキレート配位子に対して顕著に高い親和性を有しなければならない。好適な配位金属イオンの例は、Cu(II)、Zn(II)、Ni(II)、Ca(II)、Co(II)、Mg(II)、Fe(III)、Al(III)、Ga(III)、Sc(III)などである。三座キレート剤であるイミノ二酢酸(IDA)(Porath et al.Nature,258,598-599,1975)および四座キレート剤であるニトリロ三酢酸(NTA)(Hochuli et al.,J.Chromatography 411,177-184,1987)など、IMACに使用するための様々なキレート基が知られている。
IMACの分野では、組換え標的タンパク質、例えば、余分なヒスチジン残基を含むタンパク質、いわゆるヒスチジンタグ付きタンパク質に対して高い吸着容量を有する吸着剤を提供することに多くの努力が払われてきた。しかし、組換え標的タンパク質が産生される細胞および発酵ブロスは、一般に宿主細胞タンパク質と呼ばれる、宿主細胞によって産生される他のタンパク質も含み、それらの一部も吸着剤に結合する。したがって、この分野では、宿主細胞タンパク質の吸着が少なく、および/または標的タンパク質の選択的結合および/または溶出を可能にする改善された選択性を示すIMAC吸着剤が必要とされている。
理論的には五座キレート配位子に起因し得るいくつかの潜在的な利点が存在する。ほとんどの非タグ付きタンパク質が結合し得ないほど、タンパク質分子に利用可能な配位部位の数が少ないため、金属イオンに対するあらゆるタンパク質結合が三座および四座配位子よりも弱くなり、ヒスチジンタグ付きタンパク質に対する選択性がさらに高くなるはずである。これは、最強の結合剤、すなわちヒスチジンタグ付きタンパク質による弱く望ましくない結合剤の競合的置換を精製時に有利に使用することが困難である低レベルの標的タンパク質発現にとって特に重要であり得る。さらに、金属イオンの結合が強くなるほど、クロマトグラフィー中のイオンの損失が減少し、微量の金属イオンによる精製タンパク質の汚染の危険性が低下し、次の使用の前に金属イオンを再充填する必要なくクロマトグラフィー樹脂を再使用することが可能になる。そのような態様は、「攻撃的」である、すなわち固定化された金属イオンを除去する傾向がある動物細胞培地および緩衝液などの供給物(クロマトグラフィーカラムに適用される試料)にとって特に重要である。また、一部のジスルフィド還元剤など、金属イオンと相互作用することによって精製を妨げる物質が供給物および/または緩衝液中に存在する場合、五座キレート剤を有するIMAC樹脂を使用するのが有利であるはずである。
米国特許第6,441,146号明細書(Minh)は、キレート剤によって占められた五座配位部位を有する多価金属イオンと八面体錯体を形成することができ、1つの配位部位を標的タンパク質との相互作用のために遊離のままにする金属キレート樹脂である五座キレート剤樹脂に関する。可溶性カルボジイミドを使用してあらゆるタンパク質を共有結合的に固定化するための汎用支持体として、開示されたキレート剤樹脂を使用することが示唆されている。さらに具体的には、開示された五座キレート剤樹脂は、最初にリジンと活性化セファロースなどの担体とを反応させることによって調製される。得られた固定化リジンは、次いでブロモ酢酸との反応により五座配位子にカルボキシル化される。
McCurley&Seitz(Talanta[1989]36,341-346:“On the nature of immobilized tris(carboxymethyl)ethylenediamine”)は、タンパク質分画のためのIMAC固定相として使用される固定化五座キレート剤、すなわちTEDとしても知られるトリス(カルボキシメチル)エチレンジアミンに関する。炭水化物支持体にエチレンジアミンを固定化し、続いてカルボキシル化してキレート化カルボキシル基を得ることによって、TED樹脂が得られた。この論文の実験的証拠は、それに従って調製されたTED樹脂では、TEDではなく、エチレンジアミン-N,N’-二酢酸(EDDA)との配位子の混合物が優勢であるように見えることを示す。この論文はまた、窒素含有量から決定される理論的金属イオン結合容量と実験容量との間の大きな相違を報告しており、これは配位子の大部分が金属イオンに結合しない形態であることを示している。
欧州特許第2164591B1号明細書は、アルキレンジアミン四酢酸二無水物を提供する工程と、これを担体に結合して、アミド結合およびスペーサーを介して上記担体に結合したアルキレンジアミン三酢酸から構成される五座配位子を形成する工程と、そのようにして得られた吸着剤に金属イオンを充填する追加工程とを含む生体分子吸着剤の製造を記載する。五座配位子は、非常に安定な金属キレートを形成し、これにより、同時に、精製および/または検出プロセスにおいて特定のポリペプチドまたはタンパク質に対して高度に選択的な結合特性がもたらされる。
IMAC媒体は既に存在するが、容量および純度について依然として改善が必要とされている。
米国特許出願公開第2013/072638号明細書
本発明は、試料の純度を犠牲にすることなく、高い動的結合容量を有する普遍的な有用性の新規なIMAC媒体を提供する。
第1の態様では、本発明は、直径5~60μmのクロマトグラフィービーズQに結合した五座配位子を含むIMAC(固定化金属アフィニティークロマトグラフィー)媒体に関する。
好ましくは、配位子は五座であり、媒体は下記式を有し、
Figure 0007114150000001
(式中、
Qは直径30~40μmのクロマトグラフィービーズであり、
Sはスペーサーであり、
Lはアミド結合であり、
XはCOOHであり、n=2~3である。)
QB10%での動的結合容量(DBC)は、60μmよりも大きいビーズサイズを有するIMAC媒体と比較して2倍超であり、好ましくはQB10%は3倍超以上、例えば6倍以上である。
クロマトグラフィー媒体は、多孔質の天然または合成ポリマー、好ましくはアガロースであり得る。一実施形態では、Qはアガロースから製造され、Qの直径は30~40μmである。
クロマトグラフィービーズQ吸着剤には、Cu2+、Ni2+、Zn2+、Co2+、Fe3+およびGa3+からなる群から選択される金属イオン、好ましくはNi2+を充填する。
一実施形態では、クロマトグラフィービーズQはデキストランコーティングされてもよく、これにより、実施例に記載されるように媒体によって得られる精製を増大させる。
別の実施形態では、Qは磁性粒子を含んでもよい。
一実施形態では、nは2、すなわち上記式中のエチレンであり、Sは好ましくは少なくとも3個の原子を含むCおよびOの親水性鎖でなければならない。
第2の態様では、本発明は、IMAC媒体上の生体分子の精製方法であって、上記のような媒体上に試料を充填することを含む精製方法に関し、ここで、試料は、EDTAなどのキレート剤を含み、QB10%での動的結合容量は、従来のIMAC媒体と比較して2倍超である。好ましくは、IMAC媒体は上記のような五座媒体であり、QB10%は3~6倍である。
好ましくは、生体分子は、2つ以上のヒスチジン、トリプトファンおよび/またはシステイン残基を含む。最も好ましくは、生体分子は、少なくとも2つのHis残基、例えば少なくとも6つのHis残基で標識されている。生体分子が組換えタンパク質である場合、標識は遺伝的レベルで行われる。
市販のHisTrap excel(太線)対Excel HPプロトタイプLS018819(点線)のMBP-Hisに対する動的結合容量(QB10%)の試験を示すクロマトグラム。矢印は、試料適用中の10%ブレークスルーを示す。280nmでの吸光度曲線は、プロトタイプの遅いブレークスルーを示す。 市販のHisTrap excelおよびExcel HPプロトタイプLS018819のQB10%結果の図。試料:MBP-His 市販のHisTrap excel(太線)およびExcel HPプロトタイプLS019382(点線)のGFP-Hisに対する(QB10%)での動的結合容量の試験を示すクロマトグラム。矢印は、試料適用中の10%ブレークスルーを示す。280nmでの吸光度曲線は、標的タンパク質の損失が少ない、プロトタイプの遅いブレークスルーを示す。 市販のHisTrap excelおよびExcel HPプロトタイプLS019382のQB10%結果の図。試料:GFP-His 大腸菌溶解物中のGFP-Hisの精製。還元SDS-PAGE(Amersham WBシステム)による分析。レーン1:開始試料、レーン2:HisTrap excelの溶出ピーク、レーン3:Excel HPプロトタイプLS019382の溶出ピーク。 大腸菌溶解物中のGFP-Hisの精製(溶出画分)。還元条件下でのSDS-PAGE。レーン1:参照(IMAC Sepharose High Performance)、レーン2:エポキシ活性化樹脂プロトタイプLS018835B、レーン3:デキストランコーティング樹脂プロトタイプLS018835A。別個のレーン4は、参照により得られたプレピークの分析を示す。
IMAC精製時の主な困難の1つは、高純度および高容量の両方を得るという課題である。高純度は、高容量を犠牲にして犠牲にされることが多く、その逆もある。
様々な試料および様々な目的のために、数多くの入手可能なIMAC樹脂が存在している。例えば、Ni Sepharose High Performance(GE Healthcare Bio-Sciences AB)は高容量を有するのに対して、TALON Superflow(Clontech)は容量は低いが、比較的高い純度をもたらす。Ni Sepharose excel(GE Healthcare Bio-Sciences AB)は、あらゆる種類の試料に(金属ストリッピング試料にも)使用することができる五座樹脂であり、高純度をもたらすが、容量が低く、試料適用中の標的タンパク質の損失を伴う。
あらゆる利点を兼ね備え、高い最終純度、高容量、およびあらゆる種類の試料を精製する可能性を提供する汎用IMAC樹脂が非常に望ましいであろう。
本発明は、ここで、いくつかの非限定的な実施例および添付の図面に関連して、さらに詳細に記載される。
実施例
材料および方法
IMACプロトタイプ
1.Excel HPプロトタイプ
・Sepharose High Performanceに結合したLS018819 Excel配位子、アリル含有量170μmole/ml
・Sepharose High Performanceに結合したLS019382 Excel配位子、アリル含有量189μmole/ml
・参照カラム:HiTrap excel、1ml、GE Healthcare
2.デキストランコーティングプロトタイプ
・LS018835AデキストランコーティングIMAC Sepharose High Performance
・参照カラム:LS018835B NaOH処理エポキシ活性化IMAC Sepharose High Performance
HiTrapパッキング方法(GE Healthcare Bio-Sciences AB)に従って、1mlのHiTrapカラムにプロトタイプ樹脂をパッキングした。HiTrapカラムのパッキングには50~60%のスラリー濃度を使用した。
ブレークスルー、純度および分離能の試験
精製ヒスチジンタグ付きマルトース結合タンパク質(MBP-His)および緑色蛍光タンパク質(GFP-His)をカラムに充填することによって、動的結合容量(DBC)を試験した。吸光度を記録し、試料吸光度の10%ブレークスルー(QB10%)での容量を計算した。
大腸菌溶解物中のGFP-Hisの勾配精製によって、純度および分離能を試験した。イミダゾール緩衝液によってヒスチジンタグ付きタンパク質を溶出し、画分を回収した。純度分析には還元SDS-PAGEを使用した。
動的結合容量試験のための試料
17%グリセロール、20mMリン酸ナトリウム、500mM NaCl、pH7.4中のヒスチジン(6)タグ付き緑色蛍光タンパク質(GFP-His)、濃度2.5mg/ml。
20mMリン酸ナトリウム、500mM NaCl、pH7.4中のヒスチジン(6)タグ付きマルトース結合タンパク質(MBP-His)、濃度1.4mg/ml。
最終純度および分離能試験のための試料
大腸菌、20mMリン酸ナトリウム、500mM NaCl、pH7.4中のヒスチジン(6)タグ付き緑色蛍光タンパク質(GFP-His)、濃度約3mg/ml。
試料を遠心分離し(10分間20000g)、カラムに注入した際に上清を濾過した(0.45μm)。
緩衝液
結合緩衝液、A:20mMリン酸ナトリウム、500mM NaCl、pH7.4
溶出緩衝液、B:結合緩衝液中の500mMイミダゾール
クロマトグラフィー法
Figure 0007114150000002
Figure 0007114150000003
Figure 0007114150000004
Amersham WBシステムを用いて、還元条件下でSDS-PAGEを行った。Amersham WB Minitrapキットを用いて、最初に試料を緩衝液交換した。
実験1:Excel HPプロトタイプの合成
この実験では、Sepharose High Performance(GE Healthcare Bio-Sciences AB)(ビーズサイズ直径34μm)に、欧州特許第2164591B1号明細書に記載されている五座配位子(pentaligand)を結合させた。このビーズは、大きいビーズサイズを有する樹脂と比較して、結合のための表面積を増加させる小さいビーズサイズを有する。ビーズサイズを小さくすると、カラム内の繰り返し結合(オフ-オン事象)の数も増えるはずである。これは、試料適用中の標的タンパク質の漏出を減らすのに有益であり得る。従来のIMAC媒体と比較してわずかに大きい孔径のHigh Performance樹脂もまた、標的タンパク質への接近可能性を高め得る。
工程1:アリル化
ガラスフィルター(p3、6GV)上で、120mlのSepharose HP樹脂を水で洗浄し、水に吸引させた。次いで、7.5mlの蒸留水とともに、120gの吸引された樹脂をジャケット付き反応器に移した。撹拌を開始し、12mlの50%NaOHをスラリーに加えた。スラリーを30分間撹拌し、次いで47℃に加熱し、60mlのAGEを加えた。約18時間後、撹拌を止め、スラリーをガラスフィルターに移した。その後、スラリーを水(1GV×3)、EtOH(1GV×3)、次いで水(1GV×6)で洗浄した。
アリル滴定(Allyltitration)(滴定を使用)アリル含有量:LS018819では約170μmol/ml。
アリル滴定(滴定を使用):アリル含有量:LS019382では約189μmol/ml。
工程2:臭素化
100g/mlの吸引された乾燥アリル化ゲルを反応反応器に移し、続いて5分間撹拌しながら300mlの水および4.6gの酢酸ナトリウム三水和物を加えた。ゲルの色が濃い暗黄色になるまで、反応混合物に約5mlの臭素を加え、室温で5分間撹拌しながら反応を放置した。反応混合物に約7.8gのギ酸ナトリウムを加え、黄色が消えるまで15分間撹拌しながら反応を放置した。ガラスフィルター(P3)上でゲルを水(10×1GV)で洗浄した。
工程3:アミノ化工程
工程2から得られた100gの臭素化ゲルを反応反応器に移し、150mlのアンモニア溶液を加え、反応混合物を一晩45℃で放置した。ガラスフィルター(P3)上でゲルを10×1GVで洗浄した。
工程4:EDTA配位子結合工程
工程3から得られた100gのアミノ化ゲルをアセトン(6×1GV)で洗浄し、反応反応器に移し、100mlのアセトンを加えた。反応混合物に2.9gのDIPEAを加え、5分間撹拌しながら反応を放置した。反応混合物に5.3gのEDTAを加え、混合物を一晩24~28℃で放置した。ゲルをアセトン(3×1GV)、続いて水(3×1GV)で洗浄した。吸引されたゲルを反応器に移し、2M NaOH(1GV)を加えて未反応のEDTAのアクセス(access)を加水分解した。ガラスフィルター(P3)上でゲルを6×1GVで洗浄した。
最後に、0.1M硫酸ニッケルによってゲルにニッケルを充填した。
スキーム1:アリル活性化、アミノ化およびEDTA配位子結合の一般反応スキーム。
Figure 0007114150000005
動的結合容量
2つの異なる精製ヒスチジンタグ付きタンパク質(MBP-HisおよびGFP-His)を用いて動的結合容量、DBCを試験し、10%ブレークスルー、QB10%で計算した。弱結合MBP-Hisの損失は、市販のHisTrap excelからは、ほぼ即座に始まったのに対して、Excel HPプロトタイプLS018819では遅延が検出された(図1)。計算されたQB10%は、HisTrap excelについてはLS018819 MBP-His(約5mg)/樹脂(ml)であり、プロトタイプについてはMBP-His(約30mg)/樹脂(ml)であった(図2)。したがって、プロトタイプのQB10%は約6倍優れていた。
弱結合MBP-Hisと比較して、強結合GFP-Hisについては遅いブレークスルーを予測することができる。HisTrap excelについて得られたQB10%は、GFP-His(約30mg)/樹脂(ml)であった。Excel HPプロトタイプLS019382は、性能がさらに向上したことを示した。試料適用が終了するまで、吸光度は非常に低く(0mAU)、標的タンパク質の損失はなかった(図3)。計算されたQB10%は、GFP-His(約90mg)/樹脂(ml)であった(図4)。
純度
ヒスチジンタグ付きタンパク質に対する高容量はまた、1つまたは複数のヒスチジンを含む不純物に対する高容量をもたらし得る。大腸菌溶解物中のGFP-Hisの試料をカラムに加えることによって、最終純度を検討した。不純物が結合するための遊離配位部位を残すために低充填を使用した。イミダゾールを加えずに試料を適用し、イミダゾール勾配により溶出した。還元SDS-PAGEによって溶出ピークを分析した(図5)。図5のレーン1~3の2つの主要なバンドの理由は、GFP-Hisの既知の切断(まだヒスチジンタグが残っている)によって説明することができると考えられる。2つの樹脂の最終純度は同等であった。
したがって、結果は、Excel HPプロトタイプの方が容量が高いにもかかわらず、等しい純度が得られたことを示している。これは、excel配位子がタンパク質への結合のために残されたただ一つの配位部位を有する五座であるという事実によって説明され得る。6つのヒスチジンタグは、不純物タンパク質に沿って分布している単一のヒスチジンと比較して、ただ一つの配位部位に結合する可能性が向上し、有益であり得る。結果は、Excel HPプロトタイプを用いて高容量および高純度の両方が得られたことを示している。
現行のNi Sepharose excel製品と比較して、プロトタイプは、試料適用中の標的タンパク質の損失が顕著に低く、3~6倍の動的容量をもたらした。容量が増加した理由は、Sepharose Fast Flow(ビーズサイズ90μm)と比較してSepharose High Performance(ビーズサイズ34μm)の表面積が増加したこと、ならびに比較的大きい孔径およびカラム内の繰り返し結合の数の増加による接近可能性などの他の効果によるものである可能性がある。
実験2:デキストランコーティングプロトタイプの合成
デキストランコーティングの目的は、ヒスチジンタグ付きタンパク質の結合を維持しながら、1つまたは複数のヒスチジンを含む不純物の多点結合を防ぐことであった。(New dextran-coated immobilized metal ion affinity chromatography matrices for prevention of undesired multipoint adsorptions,Journal of Chromatography A,915(2001)97-106.)この場合、四座のIMAC Sepharose High Performance(GE Healthcare Bio-Sciences AB)を使用したが、結果は五座樹脂にも当てはまるはずである。
デキストラン効果を評価するために、2つのプロトタイプを作製した。デキストランをLS018835Aそれに結合させたものと、エポキシ基を加水分解するためにNaOHのみによって処理された対照プロトタイプLS018835B。
工程1:エポキシ活性化
ガラスフィルター上で、ゲル(IMAC Sepharose High Performance)のスラリー約100mlを水(5×1GV)で洗浄した。次いでゲルを吸引乾燥し、エポキシ活性化のために50gを250mlの三口フラスコに量り入れた。次いでフラスコに12mlの水を加え、撹拌しながら28℃に加熱し始めた。撹拌中に8mlの50%NaOHを加え、次いでスラリーを28℃で約10分間撹拌し、その後エピクロロヒドリン(12.5ml)を加え、次いで3.5時間撹拌した。次いで、ガラスフィルター上でゲルを水(6×1GV)で洗浄した。
エポキシ滴定(60分滴定、方法018BL5-3)により、結合に使用されたエポキシド活性化ゲルに対して約16μmol/mlのエポキシド含有量をもたらした。
工程2:デキストラン結合工程(プロトタイプLS018835A)
約3時間回転撹拌しながら、35.2mlの水を入れたDuranフラスコ内で、8gのデキストランTF(10%Dx TF)を溶解した。次いで、上記から得られた40gの排出されたエポキシ活性化ゲルをフラスコに加え、その後スラリーを40℃に加熱し、60分間回転撹拌した。次いで、フラスコに4.8mlの50%NaOHおよび0.1gのNaBH4を加え、その後40℃で一晩回転撹拌した。ゲルを水(10×1GV)で洗浄した。
工程3:エポキシ活性化ゲルプロトタイプLS018835BのNaOH処理
50mlのFalconチューブに、8.8mlの蒸留水とともに、上記から得られた10gの排出されたエポキシ活性化ゲルを加え、均一なスラリーになるまで振盪した。次いで、チューブに1.2mlの50%NaOHおよび0.05gのNaBH4を加えた。その後チューブを振盪台の上に置き、40℃に加熱し、一晩振盪した。
約18.5時間後に反応を停止させ、ガラスフィルター(p3)上でスラリーを水(約10×2GV)で洗浄した。最後に、0.1M硫酸ニッケルによって樹脂にニッケルを充填した。
スキーム2:IMAC Sepharose High Performanceのエピクロロヒドリン活性化とそれに続くデキストラン結合の一般反応スキーム。
Figure 0007114150000006
乾燥重量分析
標準的な方法(120℃の乾燥温度)を用いて、プロトタイプの乾燥重量を測定した。
Figure 0007114150000007
表に見られるように、約5mg/mlのデキストランが媒体に結合している。NaOH処理Bプロトタイプについても乾燥重量のわずかな増加を見ることができる。
純度および動的結合容量
上記のように、エポキシ活性化IMAC Sepharose High Performanceに約10%のデキストラン層を加えた。試料は大腸菌溶解物中のGFP-Hisであり、イミダゾール勾配を用いて溶出を行った。クロマトグラムによると、参照では、280nmでの吸光度を有するプレピークが検出されたが、デキストランコーティングプロトタイプLS018835A(図示せず)では検出されなかった。プレピークは490nmでの吸光度(GFP-Hisに特異的)を欠き、これは混入物の含有を示すものであった。還元SDS-PAGEによって溶出試料を分析した(図6)。結果は、デキストランコーティング樹脂の方が純度が高いことを示しているが、エポキシ活性化樹脂LS018835Bも参照よりも高い純度を有した。したがって、両プロトタイプは、参照よりも明らかに優れた純度特性を有した。

Claims (8)

  1. 直径5~60μmのクロマトグラフィービーズQに結合した五座配位子を含むIMAC(固定化金属アフィニティークロマトグラフィー)媒体であって、
    前記媒体が下記式
    Figure 0007114150000008
    (式中、
    Qはクロマトグラフィービーズであり、
    Sはスペーサーであり、
    Lはアミド結合であり、
    XはCOOHであり、
    n=2~3であり、
    ここで、前記スペーサーSは、少なくとも3個の原子を含むCおよびOの親水性鎖である)
    で表される、IMAC媒体。
  2. Qが多孔質の天然または合成ポリマーである、請求項に記載の媒体。
  3. Qがアガロースからできており、Qの直径が30~40μmである、請求項1又は2に記載の媒体。
  4. Qがデキストランコーティングされている、請求項1~3のいずれか1項に記載の媒体。
  5. nが2、すなわちエチレンである、請求項1~4のいずれか1項に記載の媒体。
  6. 前記Qに、Cu2+、Ni2+、Zn2+、Co2+、Fe3+およびGa3+からなる群から選択される金属イオンが充填されている、請求項1~5のいずれか1項に記載の媒体。
  7. Qが磁性粒子を含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の媒体。
  8. クロマトグラフィービーズQがアガロースからできており且つデキストランの外層を含む、請求項1~7のいずれか一項に記載のIMAC媒体。
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