JP7085235B2 - 膵がん診断キット - Google Patents
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Description
以下、本発明を示す。
塩基配列1: 配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22および配列番号25からなる群より選択される1または2以上の塩基配列;
塩基配列2: 配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22および配列番号25からなる群より選択される1または2以上の塩基配列において、1以上10以下の塩基が欠失、置換および/または付加された塩基配列であり、且つ、膵がん患者の体液中に見出されるRNAの塩基配列;
塩基配列3: 配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22および配列番号25からなる群より選択される1または2以上の塩基配列に対して95%以上の配列同一性を有する塩基配列であり、且つ、膵がん患者の体液中に見出されるRNAの塩基配列。
上記RNAが、CCDC88A mRNA、SNORA14B snoRNA、SNORA25 snoRNA、SNORA22 snoRNA、SNORD22 snoRNA、SNORA74A snoRNA、ARF6 mRNA、VAV3 mRNAおよびWASF2 mRNAからなる群より選択される1種または2種以上の組み合わせであり、
上記RNAのcDNAの塩基配列の一部に相補的なフォワードプライマーおよびリバースプライマー、並びに、
PCRにより合成される二本鎖RNAに結合する蛍光インターカレーター、および、上記RNAの塩基配列の一部の相補配列を有する蛍光プローブから選択される少なくとも一方の蛍光化合物を含むことを特徴とする膵がん診断キット。
CCDC88A mRNA、SNORA71B snoRNA、SNORA18 snoRNA、SNORA14B snoRNA、SNORD22 snoRNA、SNORA74A snoRNA、ARF6 mRNA、VAV3 mRNAおよびWASF2 mRNAからなる群より選択される1種または2種以上の組み合わせの試料中の量を測定する工程を含むことを特徴とする方法。
本発明に係る膵がんマーカーは、膵がん細胞の葉状仮足に集積する特定のRNAである。当該RNAを検出対象とすることにより、高い感度と特異性をもって膵がんの進行を評価することができる。
塩基配列2: 配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22および配列番号25からなる群より選択される1または2以上の塩基配列において、1以上10以下の塩基が欠失、置換および/または付加された塩基配列であり、且つ、膵がん患者の体液中に見出されるRNAの塩基配列;
塩基配列3: 配列番号1、配列番号4、配列番号7、配列番号10、配列番号13、配列番号16、配列番号19、配列番号22および配列番号25からなる群より選択される1または2以上の塩基配列に対して95%以上の配列同一性を有する塩基配列であり、且つ、膵がん患者の体液中に見出されるRNAの塩基配列。
次に、上記膵がんマーカーを検出対象とする、膵がんの進行の評価方法を、工程毎に説明する。なお、本発明における「膵がんの進行の評価」には、膵がんの進行度合いの評価の他に、膵がんの有無の判断も含むものとする。
本工程では、被験者から試料を取得する。ここでの試料とは、血液、リンパ液、尿など被験者の体液に加えて、血清や血漿など、採取した体液を処理したものをいう。
本工程では、上記mRNAおよび/またはsnoRNAの採取試料中の量を測定する。測定する量としては、所定量の試料中における上記RNAの絶対量のみならず、試料中における上記RNAの濃度であってもよい。
本発明では、試料中の上記RNAの量を測定するので、PCRを行うには、先ず、逆転写反応により試料中の上記RNAからcDNAを合成する必要がある。
次に、本発明に係る上記RNAから逆転写されたcDNAを鋳型として用い、リアルタイムPCRを行う。リアルタイムRT-PCRとしては、逆転写反応とPCRをワンポットで連続して行うワンステップリアルタイムRT-PCRと、逆転写反応の反応液を別の反応器に分注してPCRを行うツーステップリアルタイムRT-PCRとがある。
上記工程で得られた標的RNA量から、膵がんの進行を評価する。実際には、膵がん患者および非膵がん患者、さらには様々な進行度の膵がん患者から試料を得、同一条件でリアルタイムRT-PCRを行って試料中の標的RNA量を測定しておき、データを蓄積しておく。かかる蓄積データと、測定結果を照らし合わせ、被験者における膵がん有無や、膵がんの進行度を判断する。
本発明に係る膵がん診断キットは、上記の膵がんの進行評価方法で用いることができる。より詳しくは、上記RNAを検出するためのものであり、検出すべきRNAに特徴的な塩基配列を増幅するための上記フォワードプライマーおよびリバースプライマー、並びに、上記蛍光インターカレーターまたは蛍光プローブを有する。
日本膵臓学会の膵がん取扱い規約に基づいて分類したステージI~IIIの膵がん患者5名、ステージIVの膵がん患者13名、および、慢性肝炎、大腸ポリープまたは胃ポリープを有するが膵がんを有さない非膵がん患者12名に本実験の趣旨を説明し、同意を得て、採血した。次いで、3段階遠心分離法により速やかに血清を得た。得られた血清は、以下の実験開始まで、専用の冷凍庫に保管した。
非膵がん患者には保険診療でのがんマーカーCA19-9の測定が認められていないため、膵がん患者(18名)のみにCA19-9測定を行った。結果を表1に示す。なお、CA19-9値が37超である場合が異常値である。
上記実施例1のリアルタイムRT-PCRで得られたROC(Receiver Operating Characteristic)曲線において、診断能評価の指標の一つであるAUC値は0.79であった。論文報告によれば、CA19-9のAUC値は0.7~0.8であり、本発明方法によるAUC値はCA19-9と同等またはそれ以上であると考えられる。上記測定結果においては、得られたROC曲線から閾値を7.98とした。閾値を7.98とした場合のχ2検定の結果を表2に示す。
上記実施例1で得られた膵がん患者群の血清中CCDC88A mRNA相対質量と、比較例1のCA19-9値との間の相関性を、スピアマン順位相関数検定により解析した。結果を表3に示す。
UICC(国際対がん連合)分類による20症例の膵がん患者(ステージIIA:2名,IIB:4名,III:6名,IV:8名)、慢性肝炎、大腸ポリープまたは胃ポリープを有するが膵がんを有さない非膵疾患患者30名、およびIPMN患者13名を対象とし、上記実施例1と同様にして、患者群間における血清試料中における特定のmRNAまたはsnoRNAの相対質量を求めた。CCDC88A mRNA(配列番号1)の検出には配列番号2,3のプライマーセットを用い、SNORA14B snoRNA(配列番号4)の検出には配列番号5,6のプライマーセットを用い、SNORA25 snoRNA(配列番号7)の検出には配列番号8,9のプライマーセットを用い、SNORA22 snoRNA(配列番号10)の検出には配列番号11,12のプライマーセットを用い、SNORD22 snoRNA(配列番号13)の検出には配列番号14,15のプライマーセットを用い、SNORA74A snoRNA(配列番号16)の検出には配列番号17,18のプライマーセットを用い、ARF6 mRNA(配列番号19)の検出には配列番号20,21のプライマーセットを用い、VAV3 mRNA(配列番号22)の検出には配列番号23,24のプライマーセットを用い、WASF2 mRNA(配列番号25)の検出には配列番号26,27のプライマーセットを用いた。
上記実施例4の対象とした各患者群の血清試料のCA19-9測定を行った。膵がん患者群(20名)の結果を表5に、コントロール非膵疾患患者群(30名)の結果を表6に、IPMN患者群(13名)の結果を表7に示す。なお、CA19-9値が37超である場合が異常値である。
上記実施例4の標的mRNAおよびsnoRNAのリアルタイムRT-PCRに対する実験結果よりROC(Receiver Operating Characteristic)曲線を作成し、診断能評価の指標の一つであるAUC値をそれぞれ求めた。マーカーとしてCCDC88A mRNAを用いた場合のROC曲線を代表的に図12に示す。また、マーカーとして各mRNAおよびsnoRNAを用いた場合のコントロールと膵がんを比較したAUC値を表8に示す。
複数のRNAマーカーとCA19-9を組み合わせることにより高い感度と特異性をもって膵がんを診断できる可能性がある。従来の膵がんマーカーであるCA19-9単独、CCDC88AとSNORA14Bとの組み合わせ、CCDC88AとSNORA14BとCA19.9との組み合わせを膵がんの診断に用いた場合のROC曲線を図13に示す。図13に示す結果の通り、CCDC88AとSNORA14Bをマーカーとして組み合わせることにより、CA19-9単独よりもAUC値が高値であり、高い感度と特異度で膵がんを診断できることが明らかとなった。さらには、CCDC88AとSNORA14BをCA19-9と組み合わせることにより、CA19-9単独に比較して、p=0.0108で有意に高い感度と特異性で診断できることが明らかになった。
本発明で膵がんマーカーとして利用するmRNAであるCCDC88A、ARF6、VAV3およびWASF2は、UICCステージIおよびIIの膵臓内に腫瘍がとどまる膵がん症例において、CA19-9に比較して診断能が優れている傾向があった。血清中のCCDC88A、ARF6、VAV3およびWASF2をリアルタイムRT-PCRで測定した。UICCステージごとの血液中の上記各mRNAをリアルタイムRT-PCRにより定量解析した結果を示すグラフを図14~17に、また、CA19-9値を図18に示す。また、ステージIIAとIIBの膵がん症例とコントロール群の血液中の上記各mRNAをリアルタイムRT-PCRにより定量解析した結果を示すグラフとROC曲線を図19~22に、また、CA19-9値とROC曲線を図23に示す。
Claims (5)
- 特定のRNAを検出するための膵がん診断キットであって、
上記RNAが、ARF6 mRNAおよびWASF2 mRNAからなる群より選択される1種または2種以上の組み合わせであり、
上記RNAのcDNAの塩基配列の一部に相補的なフォワードプライマーおよびリバースプライマー、並びに、
PCRにより合成される二本鎖RNAに結合する蛍光インターカレーター、および、上記RNAの塩基配列の一部の相補配列を有する蛍光プローブから選択される少なくとも一方の蛍光化合物を含むことを特徴とする膵がん診断キット。 - 上記塩基配列の一部に相補的なフォワードプライマーおよびリバースプライマーの塩基配列が、それぞれ、配列番号20と配列番号21、および、配列番号26と配列番号27の塩基配列の組み合わせからなる群より選択される1または2以上である請求項1に記載の膵がん診断キット。
- 膵がんの進行を評価するための方法であって、
ARF6 mRNAおよびWASF2 mRNAからなる群より選択される1種または2種以上の組み合わせの試料中の量を測定する工程を含むことを特徴とする方法。 - 上記試料として血液試料を用いる請求項3に記載の方法。
- 上記RNAの量をリアルタイムRT-PCRで測定する請求項3または4に記載の方法。
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