JP6928618B2 - 生物学的環境において改善された性能を有するパラジウム触媒 - Google Patents
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Description
本出願は、2016年5月10日に出願された米国仮出願第62/334,043号の優先権を主張するものであり、その全体が参考として組み込まれる。
本明細書に記載された実施形態の実施又は試験において、本明細書に記載のものと類似又は同等の任意の方法及び材料を使用することができるが、いくつかの好ましい方法、組成物、デバイス及び材料が本明細書に記載される。しかしながら、本発明の材料及び方法を記載する前に、本発明は、本明細書に記載される特定の分子、組成物、方法論又はプロトコルに限定されず、これらは、日常的な実験及び最適化に従って変化し得ることが理解されるべきである。本明細書で使用する用語は、特定のバージョン又は実施形態のみを説明するためのものであり、本明細書に記載された実施形態の範囲を限定するものではないことも理解されたい。
1.触媒配合物
2.Pd:ホスフィン比
3.調製
4.保存
5.他の実施形態
実験
以下の実施例(例えば、図1参照)では、ホスフィン及び求核剤の性質が、タンパク性環境におけるアリル―カルバマート結合のパラジウム触媒切断に影響し得ることを示す。これらの実験(図1B)において、HALOTAG被覆磁気ビーズ(固定化HALOTAGタンパク質を400μg含有)は、60μMのSL_0288と共に30分間インキュベートした。対照色素SL_0288は、いかなる固定化されたHALOTAGタンパク質も含有しないビーズとともにインキュベートした。固定化されたHALOTAGタンパク質へのSL_0288の共有結合の後、ビーズをHEPES緩衝液中で30分間、1:8のモル比で2mM、0.66mM又は0.22mMのいずれかのPd(ホスフィン)錯体で処理した。アリル―カルバマート基の切断によって、前記ビーズからの前記色素の放出がもたらされる。放出された色素のサンプルは、対照色素とともに、SDS−PAGEで分離され、Typhoon 9400蛍光イメージャーでスキャンされ、ImageQuantを用いてバンドが定量された。切断効率は、対照色素に対する放出された色素のパーセントとして測定された。図1Bの結果は、ホスフィン及び求核剤の性質が、パラジウム触媒切断効率に重要な役割を果たすことを示す。DANPHOSファミリー、特にDANPHOS及びo−DANPHOSの電子不足のホスフィンは、一般的に使用されるホスフィンであるTPPTSより優れていた。図1Cに示す実験では、固定化されたHaloTagタンパク質へのSL_0288の共有結合の後、ビーズを、異なる求核剤を含有する複数のアミン緩衝液又は非アミン緩衝液中、Pd対ホスフィン1:8のモル比で2mM、0.66mM又は0.22mMのPd(DANPHOS)x又はPd(o−DANPHOS)x錯体で30分間処理した。結果は、求核剤の性質が、パラジウム触媒切断効率に重要な役割を果たすことを示す。加えて、ホスフィンと求核剤の組み合わせは非常に重要である。Pd−DANPHOS錯体の場合、最も高い切断効率は、5mMのジメチルバルビツル酸を補充したPBS緩衝液を用いて達成された。o−DANPHOSの場合、最も高い切断効率は、MOPS緩衝液を用いて達成された。更に、o−DANPHOSは、特に0.22mMの濃度でDANPHOSより優れていた。
以下の実施例(例えば、図2参照)では、ホスフィン及び求核剤の性質が、タンパク性環境におけるアリル―カルバマート結合のパラジウム触媒切断に影響し得ることを示す。これらの実験において、HALOTAG被覆磁気ビーズ(固定化HALOTAGタンパク質を400μg含有)は、60μMのSL_0288と共に30分間インキュベートした。対照色素SL_0288は、いかなる固定化されたHALOTAGタンパク質も含有しないビーズとともにインキュベートした。固定化されたHALOTAGタンパク質へのSL_0288の共有結合の後、ビーズをHEPES又はMOPS緩衝液中で30分間、1:8のモル比で2mM、0.66mM又は0.22mMのいずれかの予め作られたPd(ホスフィン)錯体で処理した。アリル―カルバマート基の切断によって、前記ビーズからの前記色素の放出がもたらされる。放出された色素のサンプルは、対照色素とともに、SDS−PAGEで分離され、Typhoon 9400蛍光イメージャーでスキャンされ、ImageQuantを用いてバンドが定量された。切断効率は、対照色素に対する放出された色素のパーセントとして測定された。結果は、ホスフィン及び求核剤の性質が、パラジウム触媒切断効率に重要な役割を果たすことを示す。DANPHOSファミリー、特にDANPHOS及びo−DANPHOSの電子不足のホスフィンは、一般的に使用されるホスフィンであるTPPTSより優れていた。
本明細書に記載の実施形態の展開中に実施された実験では、パラジウム触媒切断の効率は、Pd−ホスフィン溶液のモル比に依存することを示した(例えば、図3参照)。これらの実験において、HALOTAG被覆ビーズ(固定化HALOTAGタンパク質を400μg含有)は、60μMのSL_0288と共に30分間インキュベートした一方、対照色素SL_0288は、固定化されたHALOTAGタンパク質を含有しないビーズとともにインキュベートした。固定化されたHALOTAGタンパク質へのSL_0288の共有結合の後、ビーズを、Pd対o−DANPHOS1:4、1:6、1:8、1:10、1:12及び1:15のモル比で、2mM、0.6mM又は0.22mMのいずれかのPd−o−DANPHOS錯体で30分間処理した。アリル―カルバマート結合の切断によって、前記ビーズからの前記色素の放出がもたらされる。放出された色素は、対照色素とともに、SDS−PAGEで分離され、Typhoon 9400蛍光イメージャーでスキャンされ、ImageQuantを用いてバンドが定量された。切断効率は、対照色素に対する放出された色素のパーセントとして測定された。Pd対o−DANPHOS1:8〜1:10のモル比でのPd−o−DANPHOSの溶液について、より高い切断効率が観察された。
以下の実施例では、パラジウム:ホスフィン錯体の調製方法が、タンパク性環境における切断効率に影響を与え得ることについて説明する(例えば、図4参照)。水中で予め作られ、酸素が除去された状態で保存された触媒錯体は、in situで調製されて直ちに使用される錯体よりも活性がある。これらの実験において、HALOTAG被覆ビーズ(固定化HALOTAGタンパク質を400μg含有)は、60μMのSL_0288と共に30分間インキュベートした一方、対照色素SL_0288は、固定化されたHALOTAGタンパク質を含有しないビーズとともにインキュベートした。固定化されたHALOTAGタンパク質へのSL_0288の共有結合の後、前記ビーズを2mMのPd/DANPHOS錯体で30分間処理した。前記Pd/DANPHOS錯体は、HEPESもしくはMOPS緩衝液のいずれかで調製されて直ちに使用されるか、又は4mM溶液として水中で予め作られて酸素が除去された条件下で保存された。前記予め作られた溶液は、同じ緩衝液へと希釈され、2mM溶液を作製し、次いですぐに使用した。アリル―カルバマート基の切断によって、前記ビーズからの前記色素の放出がもたらされる。放出された色素は、対照色素とともに、SDS−PAGEで分離され、Typhoon 9400蛍光イメージャーでスキャンされ、ImageQuantを用いてバンドが定量された。切断効率は、対照色素に対する放出された色素のパーセントとして測定された。両方の緩衝液中の予め作られたPd/DANPHOS錯体で、アリル―カルバマート基のより高い切断効率が観察された。これらの結果は、予め作られたPd−ホスフィン錯体が、より高い切断効率をもたらす高濃度の活性触媒を含有していたことを示す。
本実施例では、前記活性触媒が、密封ガラスアンプル中の溶液として、又は凍結乾燥形態のいずれかで保存できることを示す(例えば、図5参照)。凍結乾燥する場合には、凍結乾燥前にパラジウムを十分に還元することが重要である。これらの実験において、HALOTAG被覆磁気ビーズ(固定化HALOTAGタンパク質を400μg含有)は、60μMのSL_0288と共に30分間インキュベートした一方、コントロール色素SL_0288は、固定化されたHALOTAGタンパク質を含有しないビーズとともにインキュベートした。固定化されたHALOTAGタンパク質へのSL_0288の共有結合の後、前記ビーズを、溶液として又は凍結乾燥形態(調製直後又は1、3、6、22及び52時間後に凍結乾燥した)のいずれかで保存された触媒から調製される0.66mMのPd/o−DANPHOSで30分間処理した。アリル―カルバマート結合の切断によって、前記ビーズからの前記色素の放出がもたらされる。放出された色素のサンプルは、コントロール色素とともに、SDS−PAGEで分離され、Typhoon 9400蛍光イメージャーでスキャンされ、ImageQuantを用いてバンドが定量された。切断効率は、コントロール色素に対する放出された色素のパーセントとして測定された。結果は、溶液中に保存された、又は調製後6時間以上凍結乾燥された触媒が、それらの活性を保持したことを示す。
a)アルゴン下又は減圧下のいずれかにて熱密封されたガラスアンプル中の1mLアリコート(溶液は4℃で保存され、光から保護した);
b)ガラスアンプル中の1mLアリコート(アンプルはセプタムで密封し、溶液は液体窒素で慎重に凍結し、凍結乾燥後、ガラスアンプルを熱密封し、光から保護して−80℃で保存した);及び
c)セプタム密封されたガラスバイアル中の1mLアリコート(溶液は液体窒素又はドライアイスで凍結し、凍結乾燥した。凍結乾燥した残留物を密封ガラスバイアルに−80℃で保存した)
に移した。
スキーム2:Pd(OAc)2からの活性触媒の調製:
以下の実施例では、2つの異なるパラジウム塩の供給源から調製された触媒が同様の反応性を有することを示す(例えば、図6参照)。HALOTAG被覆ビーズ(固定化HALOTAGタンパク質を400μg含有)は、60μMのSL_0288と共に30分間インキュベートした一方、対照色素SL_0288は、固定化されたHALOTAGタンパク質を含有しないビーズとともにインキュベートした。固定化されたHALOTAGタンパク質へのSL_0288の共有結合の後、前記ビーズを、Pd対ホスフィン1:8のモル比で2つのパラジウム塩の供給源Pd(OAC)2又はNa2PdCl4から調製された2mMのPd/DANPHOS触媒で30分間処理した。該Pd/DANPHOS錯体を、HEPES緩衝液又はMOPS緩衝液のいずれかに再溶解させた。アリル―カルバマート基の切断によって、前記ビーズからの前記色素の放出がもたらされる。放出された色素は、対照色素とともに、SDS−PAGEで分離され、Typhoon 9400蛍光イメージャーでスキャンされ、ImageQuantを用いてバンドが定量された。切断効率は、対照色素に対する放出された色素のパーセントとして測定された。パラジウム塩の両方の供給源から調製された触媒について、アリル―カルバマート基の類似の切断効率が観察された。
凍結乾燥形態のPd触媒の安定性
Claims (14)
- 前記ホスフィン配位子が、o−DANPHOSである、請求項1に記載のPd触媒組成物。
- 前記ホスフィン配位子が、o−DANPHOSである、請求項2に記載の方法。
- 前記パラジウムが、酢酸パラジウム(Pd(OAc)2)、トリフルオロ酢酸パラジウム(Pd(TFA)2)、硝酸パラジウム(Pd(NO3)2)、塩化パラジウム(PdCl2)、臭化パラジウム(PdBr2)、テトラクロロパラジウム酸ナトリウム(Na2PdCl4)、テトラクロロパラジウム酸カリウム(K2PdCl4)、テトラクロロパラジウム酸リチウム(Li2PdCl4)、テトラブロモパラジウム酸ナトリウム(Na2PdBr4)、テトラブロモパラジウム酸カリウム(K2PdBr4)、Pd2(ジベンジリデンアセトン)3、Pd(ジベンジリデンアセトン)2、及びBuchwaldプレ触媒からなる群から選択されるパラジウム(II)塩として提供される、請求項1に記載のPd触媒組成物。
- 前記パラジウムが、酢酸パラジウム(Pd(OAc) 2 )、トリフルオロ酢酸パラジウム(Pd(TFA) 2 )、硝酸パラジウム(Pd(NO 3 ) 2 )、塩化パラジウム(PdCl 2 )、臭化パラジウム(PdBr 2 )、テトラクロロパラジウム酸ナトリウム(Na 2 PdCl 4 )、テトラクロロパラジウム酸カリウム(K 2 PdCl 4 )、テトラクロロパラジウム酸リチウム(Li 2 PdCl 4 )、テトラブロモパラジウム酸ナトリウム(Na 2 PdBr 4 )、テトラブロモパラジウム酸カリウム(K 2 PdBr 4 )、Pd 2 (ジベンジリデンアセトン) 3 、Pd(ジベンジリデンアセトン) 2 、及びBuchwaldプレ触媒からなる群から選択されるパラジウム(II)塩として提供される、請求項2に記載の方法。
- タンパク質リッチな環境又はタンパク性環境で使用される、請求項1に記載のPd触媒組成物。
- 前記水が、酸素を除去されたものであり、任意に前記結合工程の前に、前記水の脱気工程を更に含む、請求項2記載の方法。
- 前記パラジウム(II)塩及び前記ホスフィン配位子が、撹拌又はかき混ぜによって結合される、請求項2に記載の方法。
- 前記結合工程の前に、前記パラジウム(II)塩を水に溶解させる工程及び前記ホスフィン配位子を水に溶解させる工程を更に含む、請求項2に記載の方法。
- 前記結合工程の後に、前記Pd触媒を緩衝する工程を更に含み、任意に前記Pd触媒が、pH6.5〜8.0の間で緩衝される、請求項2に記載の方法。
- 前記Pd触媒を凍結乾燥させる工程を更に含み、任意に前記Pd触媒を緩衝液で再構築させる工程を更に含む、請求項2に記載の方法。
- 前記緩衝液が、HEPES、MOPS、TRIS、PBS+ベンゼンスルフィン酸Na、PBS、p−トルエンスルフィン酸Na、ジメチルバルビツル酸、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項11又は12のいずれかに記載の方法。
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