JP6907388B2 - 核酸増幅反応を分析するための分析方法およびシステム - Google Patents
核酸増幅反応を分析するための分析方法およびシステム Download PDFInfo
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Description
EP2719770A1は、PCRによる試料中の検体の存在の検出および/または検体の量の測定の方法、ならびにそれぞれの分析器を開示する。特に、信号の最大増殖値を考慮に入れた増殖曲線の信号正規化が開示される。
EP1798542A1は、試料中の核酸の存在を判定するための方法を示し、この場合、増殖信号に対してデジタル値が選択され、核酸の存在は、選択されたデジタル値の較正されたデジタル値との比較から判定される。
より、検体濃度の広い範囲にわたるRNRの精度の改善、および/または干渉する物質の存在の効果の制限が可能になるので、特に有利である。
本発明の実施形態によれば、最初の閾値レベルは、強固な増殖曲線、すなわち高い検体濃度および/または低い干渉物質の濃度に関して得られる増殖曲線に関する定量化サイクル数の高精度の判定のために適合された、少なくとも1つの閾値レベルを備える。
渉物資の濃度に関する定量化サイクル数の高精度の判定のために適合された、少なくとも1つの閾値レベルを備える。RNRサイクル範囲にわたる最初の閾値レベルから最終閾値レベルへのCTFの移行により、早期の信号増加および後期の信号増加の両方に関して、定量化サイクル数の高精度の判定が可能とされる。
以下では、本発明の実施形態について、単なる例示として、図面を参照して、より詳細に記載される。
「ベースライン」の用語は、信号増加を示さない、増殖曲線の最初の部分を指す。
本明細書で使用される場合、「閾値レベル」の用語は、増殖曲線に関する閾値レベルを包含する。
とえば、RNRサイクル範囲は、30、40、または50などの、事前に定義された固定された数とすることができる。RNRサイクル範囲を設定することは、核酸増幅反応を分析するための分析システムのスループットと、弱い信号の定量化サイクル数の判定のための分析システムの感度との間の、トレードオフである。
本発明の実施形態によれば、RIIは以下の形式を有し得る。
B:ベースライン関数、典型的には線形
I:サイクル数0に対する切片外挿
r:正の百分率パラメータ、たとえば50%
本発明の実施形態によれば、閾値法は、飽和線とベースラインとの間の増殖曲線の信号の差、すなわちベースラインから飽和線までの増殖に依存する、部分的増殖閾値PGTとして実施され得る。PGTは、サイクル数の範囲全体にわたって一定のY値を返すことができる。
y(x)=B+p・G=B+p・(S−B) (2)
B:ベースライン関数
S:飽和線
G:ベースラインから飽和線までの増殖
p:好ましくは0%から100%の間のパラメータ、たとえば5%
本発明の実施形態によれば、閾値法は、ベースラインを超える増殖曲線の標準偏差によって与えられ、以下の形態を有し得る。
B:ベースライン関数
f:乗率パラメータ、たとえば10
D:増殖曲線の標準偏差
本発明の実施形態によれば、閾値法は、事前に設定されるかまたは使用者によって手動で入力される、閾値の値によって与えられる。
y(x)=C (4)
C:経験的なデータに基づく事前に定義された定数
本発明の実施形態によれば、少なくとも2つの異なる閾値レベルのうちの1つ、すなわち最初の閾値レベルから、少なくとも2つの異なる閾値レベルのうちの他の1つ、すなわち最終閾値レベルへの移行は、図8に例示するように、一段階もしくは複数段階の、線形の、多項式の、および/または指数関数的な移行によるものなどである。
x1:早期の反応サイクル数、たとえば0または1、
x2:後期の反応サイクル数、たとえば30、40、または50、
y1:最初の閾値レベル、
y2:最終閾値レベル。
p:固定された多項式の次数、たとえば二次多項式の関数に対して2。
本発明の実施形態によれば、CTFは、指数関数的な移行の実施のための以下の形式を有し得る。
curve)200の、概略的な例を示す。この図は、横座標がx軸として指定され縦座標がy軸として指定されるとともに、xがRNRのサイクル数でありyが蛍光の放射の強度である、デカルト座標系を含む。
数学的な増殖曲線モデル方程式または別の種類の補間および/または補間を使用してモデル化される。RNR信号は、図2において増殖曲線200として示される。この場合、切片値210は、RNRサイクル数が零であるときの、RNR信号オフセット値である。
図3Aは、増殖曲線200.1および破線として示される別の増殖曲線200.2の図像表示を伴う図を示す。この図は、xがRNRのサイクル数でありyが蛍光の放射の強度である図2に示された図と同様に、横座標がx軸として指定され縦座標がy軸として指定されるデカルト座標系を含む。
閾値レベルy1は、始点T1(x1,y1)を入力することによって定義され得、同様に、閾値レベルy2は、終点T2(x2,y2)を入力することによって定義され得る。
したがってCTFは、図3Aに例示されるように、x座標範囲x1からx2にわたる、y1からy2への線形の移行を有する。このことは、CTFが増殖曲線200.1および200.2の両方とそれらのそれぞれの指数関数的増殖段階内で交差し、結果としてそれぞれの定量化サイクル数Cq1およびCq2の、信頼性が高く高精度な検出をもたらすという、有益な効果を有する。
本発明の実施形態によれば、閾値レベルy1は式2によるものであり、したがってプラトー段階における飽和線の信号レベルSを考慮し、一方、閾値レベルy2は式1によるものであり、Sではなく切片値Iを考慮する。
CTF(x)=0.5y1+0.5y2、これは定数であり、したがってこの場合CTFの移行は存在せず、ここで閾値レベルy1はRNRの早期の反応サイクルに関して適切
であり、一方、閾値レベルy2はRNRの後期の反応サイクルに関して適切であり、結果としてこれらの結合は、広いサイクル範囲にわたって適切であるCTFをもたらす。たとえば、y1およびy2の適切な選択は、図4に例示されるように、y1>y2となるようにy1およびy2を選択することである。
図5は、図3の実施形態と同様の、Cq1およびCq2の検出のための、負の傾きを有するCTFを有する、ディスプレイ170(図1を参照)上に出力されるウィンドウを例示する。
図8は、式5による線形の移行、式6による二次(p=2)の移行、および式7による指数関数的な移行に関する、閾値y1およびy2のCTFに対する寄与の推移を例示する。
i.曲線300は、RIIのみが使用されるときに、r=50%とした式1により得られるCq値を示す。
iii.曲線304は、これらのRIIとPGTとを結合するCTFが使用されるときに、たとえば式5、6、または7により得られ、結果として希釈系列に関してほぼ等距離のPGTのCq値が得られる。
図13は、平坦閾値法(flat threshold method)RIIが使用される場合に、および式5、6、または7によってなど負の傾きを有するCTFが使用されるときに、図12の増殖曲線200.1から200.3に関して得られる、結果的なCq値を示す。
110 励起源
120 サーマルサイクラーブロック
130 検出システム
140 データ処理システム
145 処理ユニット
150 メモリ
160 プログラム命令
170 ディスプレイ
200 増殖曲線
205 強度値
210 切片値
220 閾値
230 プラトー領域
240 ベースライン
250 最大増殖値
300 曲線
302 曲線
304 曲線
Claims (9)
- リアルタイム核酸増幅反応RNRのための分析方法であって、
前記RNRの各増幅反応サイクルに関する検体の蛍光放射の強度を取得するステップと、
RNRサイクル範囲にわたる前記蛍光放射の前記強度を示す増殖曲線(200)を作り出すステップと、
少なくとも2つの異なる閾値レベルを備える、前記RNRサイクル範囲にわたる結合閾値関数(CTF)を計算するステップと、
前記結合閾値関数(CTF)との前記増殖曲線(200)の交点に対応するサイクル数として前記増殖曲線(200)の定量的なおよび/または定性的な分析結果を示す前記RNRの定量化サイクル数(Cq)を判定するステップと
を含み、
前記結合閾値関数(CTF)が前記RNRの前記サイクル数に依存し、前記結合閾値関数(CTF)が最初の閾値レベル(y1)から最終閾値レベル(y2)へと移行し、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)とは異なり、
前記最終閾値レベル(y2)が、
y2=B+r・I
であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、ベースラインは、信号増加を示さない前記増殖曲線の最初の部分であり、
rは、正の百分率パラメータであり、
Iは、サイクル数0に対する切片外挿であり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、
y(x)=B+p・G=B+p(S-B)であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、
Sは、前記増殖曲線の飽和線であり、
Gは、前記ベースラインから、飽和線への増殖であり、
pは、0%と100%の間のパラメータであり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)の上にあり、
前記結合閾値関数が、以下の3つの関数の群(i〜iii)から選択され、
i.
x1は、0又は1に等しい、早期の反応サイクル数であり、
x2は、30より大きい後期の反応サイクル数であり、
y1は、前記最初の閾値レベルであり、
y2は、前記最終閾値レベルである、
もの;
ii.
pは、固定された多項式の次数であり、
pは、2次多項式関数に対して2である、
もの;
iii.
更に、
前記結合閾値関数(CTF)との前記増殖曲線(200)の交点に対応するサイクル数として前記増殖曲線(200)の定量的なおよび/または定性的な分析結果を示す前記RNRの定量化サイクル数(Cq)を判定するステップを含む、
分析方法。 - 前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)の終点(T2)のy座標を超えるy座標を有する始点(T1)を有し、この結果、減少する結合閾値関数(CTF)が得られる、
請求項1に記載の分析方法。 - リアルタイム核酸増幅反応RNRのための分析方法であって、
前記RNRの各増幅反応サイクルに関する検体の蛍光放射の強度を取得するステップと、
RNRサイクル範囲にわたる前記蛍光放射の前記強度を示す増殖曲線(200)を作り出すステップと、
少なくとも2つの異なる閾値レベルを備える、前記RNRサイクル範囲にわたる結合閾値関数(CTF)を計算するステップと、
前記結合閾値関数(CTF)との前記増殖曲線(200)の交点に対応するサイクル数として前記増殖曲線(200)の定量的なおよび/または定性的な分析結果を示す前記RNRの定量化サイクル数(Cq)を判定するステップと
を含み、
前記結合閾値関数(CTF)が前記RNRの前記サイクル数に依存し、前記結合閾値関数(CTF)が最初の閾値レベル(y1)から最終閾値レベル(y2)へと移行し、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)とは異なり、
前記最終閾値レベル(y2)が、
y2=B+r・I
であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、ベースラインは、信号増加を示さない前記増殖曲線の最初の部分であり、
rは、正の百分率パラメータであり、
Iは、サイクル数0に対する切片外挿であり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、
y(x)=B+p・G=B+p(S-B)であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、
Sは、前記増殖曲線の飽和線であり、
Gは、前記ベースラインから、飽和線への増殖であり、
pは、0%と100%の間のパラメータであり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)の下にあり、
前記結合閾値関数が、以下の3つの関数の群(i〜iii)から選択され、
i.
x1は、0又は1に等しい、早期の反応サイクル数であり、
x2は、30より大きい後期の反応サイクル数であり、
y1は、前記最初の閾値レベルであり、
y2は、前記最終閾値レベルである、
もの;
ii.
pは、固定された多項式の次数であり、
pは、2次多項式関数に対して2である、
もの;
iii.
更に、
前記結合閾値関数(CTF)との前記増殖曲線(200)の交点に対応するサイクル数として前記増殖曲線(200)の定量的なおよび/または定性的な分析結果を示す前記RNRの定量化サイクル数(Cq)を判定するステップを含む、
分析方法。 - 前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)の終点(T 2 )のy座標より小さいy座標を有する始点(T 1 )を有し、この結果、減少する結合閾値関数(CTF)が得られる、
請求項3に記載の分析方法。 - 前記リアルタイム核酸増幅反応RNRがリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応PCRである、請求項1から4の一項に記載の分析方法。
- 検体のリアルタイム核酸増幅反応RNRを分析するためのシステムであって、
前記RNRの各増幅反応サイクルに関する前記検体の蛍光放射の強度を取得するように構成された検出システム(130)と、
(a)前記RNRの反応サイクルの範囲にわたる前記蛍光放射の前記強度を示す増殖曲線(200)を作り出し、
(b)少なくとも2つの異なる閾値レベルを備える前記RNRサイクル範囲にわたる結合閾値関数(CTF)を提供し、
(c)前記結合閾値関数(CTF)との前記増殖曲線(200)の交点に対応するサイクル数として前記増殖曲線(200)の定量的なおよび/または定性的な分析結果を示す、前記RNRの定量化サイクル数(Cq)を判定する、
ように構成された処理ユニット(145)と
を備え、
前記結合閾値関数(CTF)が前記RNRの前記サイクル数に依存し、前記結合閾値関数(CTF)が最初の閾値レベル(y1)から最終閾値レベル(y2)へと移行し、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)とは異なり、
前記最終閾値レベル(y2)が、
y2=B+r・I
であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、ベースラインは、信号増加を示さない前記増殖曲線の最初の部分であり、
rは、正の百分率パラメータであり、
Iは、サイクル数0に対する切片外挿であり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、
y(x)=B+p・G=B+p(S-B)であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、
Sは、前記増殖曲線の飽和線であり、
Gは、前記ベースラインから、飽和線への増殖であり、
pは、0%と100%の間のパラメータであり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)の上にあり、
前記結合閾値関数が、以下の3つの関数の群(i〜iii):
i.
x1は、0又は1に等しい、早期の反応サイクル数であり、
x2は、30より大きい後期の反応サイクル数であり、
y1は、前記最初の閾値レベルであり、
y2は、前記最終閾値レベルである、
もの;
ii.
pは、固定された多項式の次数であり、
pは、2次多項式関数に対して2である、
もの;
iii.
から選択されるシステム。 - 検体のリアルタイム核酸増幅反応RNRを分析するためのシステムであって、
前記RNRの各増幅反応サイクルに関する前記検体の蛍光放射の強度を取得するように構成された検出システム(130)と、
(a)前記RNRの反応サイクルの範囲にわたる前記蛍光放射の前記強度を示す増殖曲線(200)を作り出し、
(b)少なくとも2つの異なる閾値レベルを備える前記RNRサイクル範囲にわたる結合閾値関数(CTF)を提供し、
(c)前記結合閾値関数(CTF)との前記増殖曲線(200)の交点に対応するサイクル数として前記増殖曲線(200)の定量的なおよび/または定性的な分析結果を示す、前記RNRの定量化サイクル数(Cq)を判定する、
ように構成された処理ユニット(145)と
を備え、
前記結合閾値関数(CTF)が前記RNRの前記サイクル数に依存し、前記結合閾値関数(CTF)が最初の閾値レベル(y1)から最終閾値レベル(y2)へと移行し、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)とは異なり、
前記最終閾値レベル(y2)が、
y2=B+r・I
であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、ベースラインは、信号増加を示さない前記増殖曲線の最初の部分であり、
rは、正の百分率パラメータであり、
Iは、サイクル数0に対する切片外挿であり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、
y(x)=B+p・G=B+p(S-B)であり、ここで、
Bは、ベースライン関数であり、
Sは、前記増殖曲線の飽和線であり、
Gは、前記ベースラインから、飽和線への増殖であり、
pは、0%と100%の間のパラメータであり、
前記最初の閾値レベル(y1)が、前記最終閾値レベル(y2)の下にあり、
前記結合閾値関数が、以下の3つの関数の群(i〜iii):
i.
x1は、0又は1に等しい、早期の反応サイクル数であり、
x2は、30より大きい後期の反応サイクル数であり、
y1は、前記最初の閾値レベルであり、
y2は、前記最終閾値レベルである、
もの;
ii.
pは、固定された多項式の次数であり、
pは、2次多項式関数に対して2である、
もの;
iii.
から選択されるシステム。 - 前記結合閾値関数(CTF)が、前記システムの電子メモリから前記結合閾値関数(CTF)を記述するデータおよび/もしくは命令を読み込むことにより、ならびに/または
前記結合閾値関数(CTF)を計算することにより、前記処理ユニットによって提供される、請求項6又は7に記載のシステム。 - 前記リアルタイム核酸増幅反応RNRがリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応PCRである、請求項6から8のいずれか一項に記載のシステム。
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US7228237B2 (en) * | 2002-02-07 | 2007-06-05 | Applera Corporation | Automatic threshold setting and baseline determination for real-time PCR |
US7788039B2 (en) | 2003-09-25 | 2010-08-31 | Roche Molecular Systems, Inc. | Quantitation of nucleic acids using growth curves |
JP4777631B2 (ja) * | 2004-09-27 | 2011-09-21 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 核酸増幅分析法および装置 |
CN101068932B (zh) * | 2004-10-27 | 2013-02-13 | 塞弗德公司 | 封闭系统多阶段核酸扩增反应 |
AU2006261346A1 (en) * | 2005-06-15 | 2006-12-28 | Gen-Probe Incorporated | Methods for quantitative analysis of a nucleic acid amplification reaction |
EP1798542A1 (en) | 2005-12-19 | 2007-06-20 | Roche Diagnostics GmbH | Analytical method and instrument |
EP1798650A1 (en) | 2005-12-19 | 2007-06-20 | Roche Diagnostics GmbH | Analytical method and instrument |
JP4854334B2 (ja) * | 2006-03-06 | 2012-01-18 | 三洋電機株式会社 | 核酸増幅生成物のリアルタイム検出装置 |
US7587283B2 (en) * | 2006-07-01 | 2009-09-08 | Celera Corporation | Growth and baseline identification determination for amplification data |
AU2008296038B2 (en) * | 2007-09-07 | 2012-08-09 | Third Wave Technologies, Inc. | Methods and applications for target quantification |
JP5810078B2 (ja) * | 2009-04-16 | 2015-11-11 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェKoninklijke Philips N.V. | 核酸定量方法 |
PT3375891T (pt) * | 2009-09-10 | 2020-05-11 | Diasorin S P A | Métodos e dispositivos para compensação de diafonia espectral em amplificação de ácido nucleico multiplex |
JP5744038B2 (ja) * | 2009-10-21 | 2015-07-01 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェ | 増幅反応の解析ツール |
EP2558971B1 (en) * | 2010-04-11 | 2021-02-17 | Life Technologies Corporation | SYSTEMS AND METHODS FOR MODEL-BASED qPCR |
CA2802567C (en) * | 2010-07-29 | 2017-12-05 | F. Hoffmann La-Roche Ag | Control nucleic acids for multiple parameters |
WO2012013731A1 (en) * | 2010-07-29 | 2012-02-02 | F. Hoffmann - La Roche Ag | Qualitative and quantitative detection of microbial nucleic acids |
WO2012026885A1 (en) * | 2010-08-24 | 2012-03-01 | National University Of Singapore | Early diagnosis of childhood wheeze and eczema with mediators from cord blood mononuclear |
US10176293B2 (en) * | 2012-10-02 | 2019-01-08 | Roche Molecular Systems, Inc. | Universal method to determine real-time PCR cycle threshold values |
EP2719770B1 (en) | 2012-10-15 | 2015-12-30 | F. Hoffmann-La Roche AG | A method of detecting a presence and/or measuring a quantity of an analyte in a sample by a nucleic acid amplification reaction |
CN103937910B (zh) * | 2014-04-29 | 2016-01-20 | 中国检验检疫科学研究院 | 检测巴贾病毒的实时荧光定量rt-pcr试剂盒和方法 |
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