JP5744038B2 - 増幅反応の解析ツール - Google Patents
増幅反応の解析ツール Download PDFInfo
- Publication number
- JP5744038B2 JP5744038B2 JP2012534805A JP2012534805A JP5744038B2 JP 5744038 B2 JP5744038 B2 JP 5744038B2 JP 2012534805 A JP2012534805 A JP 2012534805A JP 2012534805 A JP2012534805 A JP 2012534805A JP 5744038 B2 JP5744038 B2 JP 5744038B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- amplification
- nucleic acid
- cycle
- target nucleic
- parameter
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 230000003321 amplification Effects 0.000 title claims description 146
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 title claims description 146
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 title claims description 41
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title description 13
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 97
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 71
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 61
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 44
- 230000006870 function Effects 0.000 claims description 38
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 29
- 238000010791 quenching Methods 0.000 claims description 23
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 21
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 21
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 claims description 11
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 claims description 9
- 230000001629 suppression Effects 0.000 claims description 9
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 8
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 claims description 7
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 claims description 6
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 claims 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 42
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 23
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 11
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 10
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 9
- 238000001921 nucleic acid quantification Methods 0.000 description 6
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 6
- 238000011430 maximum method Methods 0.000 description 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 4
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 238000012601 sigmoid curve-fitting method Methods 0.000 description 4
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 3
- 230000001627 detrimental effect Effects 0.000 description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 3
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 3
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 238000000862 absorption spectrum Methods 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 238000000295 emission spectrum Methods 0.000 description 2
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000012804 iterative process Methods 0.000 description 2
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 239000012807 PCR reagent Substances 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 239000013074 reference sample Substances 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
Landscapes
- Physics & Mathematics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Bioethics (AREA)
- Evolutionary Computation (AREA)
- Artificial Intelligence (AREA)
- Public Health (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
(a)増幅曲線を記述し、記録される信号に影響を与える物理量に関連する少なくとも1つのパラメータを含む少なくとも1つのモデル関数を規定するステップと、
(b)前記増幅曲線に対し前記モデル関数をフィッティングするステップと、
(c)前記モデル関数のベストフィットを与える前記パラメータの値を識別することによって、前記物理量に関する情報を得るステップと、
を含む方法が提供される。
ここで、
n=サイクル数;
N(n)=サイクルnにおけるターゲット核酸分子の数;
N0=N(0)ターゲット核酸配列の絶対的な初期数;
Nuq(n)=サイクルnにおける非消光蛍光レポータの数;
Iuq=非消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
Nq(n)=サイクルnにおける消光(quenched)蛍光レポータの数;
Iq=消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
γ=増幅プロセスを実施するために使用されるコンテナの吸収特性に関するパラメータ;
Np=蛍光レポータプローブの初期数;
Nsuq(n)=サイクルnにおける非自己消光(spontaneously unquenched)蛍光レポータの数;
β=非自己消光蛍光レポータの割合;
E(n)=サイクルnにおける増幅効率;
E0=初期増幅効率;
α=増幅プロセスの抑制に関するスケーリングファクタ;
ε=PCRプライマー枯渇に対する増幅プロセスの感度に関するパラメータ。
にセットされる。
N[n]=N[n−1](1+E[n])
Nsuq(n)=Nsuq[n−1]+β・Nq[n−1]
Nuq[n]=N[n]+Nsuq[n]
Nq[n]=Np−Nuq[n]
ここで、AC(n)は、サイクルnにおける増幅曲線の信号強度値である。
実施例1
本発明の方法の信頼性を調べるために、既知の濃度を有するDNAサンプルが解析され、その結果が、使用されたDNA濃度と比較された。
n=サイクル数;
N(n)=サイクルnにおけるターゲット核酸分子の数;
N0=N(0)ターゲット核酸配列の絶対的な初期数;
Nuq(n)=サイクルnにおける非消光蛍光レポータの数;
Iuq=非消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
Nq(n)=サイクルnにおける非消光蛍光レポータの数;
Iq=非消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
γ=増幅プロセスを実施するために使用されるコンテナの吸収特性に関するパラメータ;
Np=蛍光レポータプローブの初期数;
Nsuq(n)=サイクルnにおける非自己消光蛍光レポータの数;
β=非自己消光蛍光レポータの割合;
E(n)=サイクルnにおける増幅効率;
E0=初期増幅効率;
α=増幅プロセスの抑制に関するスケーリングファクタ;
ε=PCRプライマー枯渇に対する増幅プロセスの感度に関するパラメータ。
にセットされた。
N[n]=N[n−1](1+E[n])
Nsuq[n]=Nsuq[n−1]+β・Nq[n−1]
Nuq[n]=N[n]+Nsuq[n]
Nq[n]=Np−Nuq[n]
本発明の方法により得られるパラメータは、増幅プロセスの品質を評価するために使用されることができる。以下の実施例において、本発明の方法により得られたパラメータE0対αのプロットは、低い増幅品質を有するサンプルを識別した。これは、これらのサンプルについて得られた例えば初期のターゲット核酸配列濃度のようなデータが、グループ内の他のサンプルのデータと比較できないことを示す。更に、これらのパラメータは、信頼できる増幅曲線と増幅反応が行われなかった曲線とを区別するために使用されることもできる。
本発明の方法により得られるパラメータは、増幅プロセスの品質を評価するために使用されることができる。以下の実施例において、本発明の方法により得られたパラメータE0対εのプロットは、低い増幅品質をもつ増幅反応を識別した。これは、これらのサンプルについて得られた例えば初期の核酸配列ターゲット濃度のようなデータが、他のサンプルのデータと比較できないことを示す。
PCR反応が、2つのPCRサンプルについて実施された。一方のサンプルは、49%の排泄物が加えられたものであり、他方のサンプルは排泄物が加えられなかったものである。それぞれの増幅曲線が、上述の実施例に説明したように得られた。次いで、モデル関数IF(n)のベストフィット及び対応するフィットパラメータが、上述の実施例に説明したように得られた。
Claims (9)
- ターゲット核酸配列の増幅曲線から情報を得るためにコンピュータに、
(a)増幅曲線を記述し、記録される信号に影響を与える物理量に関連する少なくとも1つのパラメータを含む少なくとも1つのモデル関数を規定するステップと、
(b)前記増幅曲線に対し前記モデル関数をフィッティングするステップと、
(c)前記モデル関数のベストフィットを与える前記パラメータの値を識別することによって、前記物理量に関する情報を得るステップと、
を実行させるための命令を記憶した機械可読媒体であって、
前記パラメータは、前記ターゲット核酸配列の絶対的な初期量N 0 及びパラメータE 0 、α、ε及びγであり、前記モデル関数はIF(n)と規定され、
であり、
n=サイクル数;
N(n)=サイクルnにおけるターゲット核酸分子の数;
N 0 =N(0)ターゲット核酸配列の絶対的な初期数;
N uq (n)=サイクルnにおける非消光蛍光レポータの数;
I uq =非消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
N q (n)=サイクルnにおける非消光蛍光レポータの数;
I q =非消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
γ=増幅プロセスを実施するために使用されるコンテナの吸収特性に関するパラメータ;
N p =蛍光レポータプローブの初期数;
N suq (n)=サイクルnにおける非自己消光蛍光レポータの数;
β=非自己消光蛍光レポータの割合;
E(n)=サイクルnにおける増幅効率;
E 0 =初期増幅効率;
α=増幅プロセスの抑制に関するスケーリングファクタ;
ε=PCRプライマー枯渇に対する増幅プロセスの感度に関するパラメータ
である、
機械可読媒体。 - 前記物理量は、増幅プロセスの間の信号ノイズの生成に関連する物理量と、前記増幅プロセスの抑制に関連する物理量と、前記増幅プロセスの間のフルオロフォアの非自己消光に関連する物理量と、から選択される物理量である、請求項1に記載の機械可読媒体。
- 前記物理量は、前記ターゲット核酸配列の絶対的な初期量と、前記ターゲット核酸配列の初期増幅効率と、増幅反応の抑制の程度と、増幅プロセスに使用される反応コンテナによる信号吸収の程度と、から選択される、請求項1に記載の機械可読媒体。
- 前記増幅曲線から得られる前記情報が前記増幅曲線のCt値であり、前記コンピュータに、
(d)前記増幅曲線の前記Ct値を決定するために前記モデル関数の前記ベストフィットを使用するステップ、
を実行させるための命令を更に含む、請求項1乃至3のいずれか1項に記載の機械可読媒体。 - サンプル中の1つのターゲット核酸配列が同時に解析される、請求項1乃至4のいずれか1項に記載の機械可読媒体。
- サンプル中の2以上のターゲット核酸配列が同時に解析される、請求項1乃至4のいずれか1項に記載の機械可読媒体。
- 光学クロストーク及び自己蛍光から生じる外乱を低減した後の、増幅反応のサイクルの過程において記録された信号の表現が、前記増幅曲線として使用される、請求項1乃至6のいずれか1項に記載の機械可読媒体。
- すべての前記ステップは、PCRプロセスの最中の人間との対話なしに、完全に自動化された態様で実施される、請求項1乃至7のいずれか1項に記載の機械可読媒体。
- 核酸サンプルの解析装置であって、
ターゲット核酸配列の増幅曲線から情報を得るために、
(a)増幅曲線を記述し、記録される信号に影響を与える物理量に関連する少なくとも1つのパラメータを含む少なくとも1つのモデル関数を規定するステップと、
(b)前記増幅曲線に対し前記モデル関数をフィッティングするステップと、
(c)前記モデル関数のベストフィットを与える前記パラメータの値を識別することによって、前記物理量に関する情報を得るステップと、
を実行するためのプログラムを含む機械可読のメモリ手段を有する、拡散サンプルの解析装置において、
前記パラメータは、前記ターゲット核酸配列の絶対的な初期量N 0 及びパラメータE 0 、α、ε及びγであり、前記モデル関数はIF(n)と規定され、
であり、
n=サイクル数;
N(n)=サイクルnにおけるターゲット核酸分子の数;
N 0 =N(0)ターゲット核酸配列の絶対的な初期数;
N uq (n)=サイクルnにおける非消光蛍光レポータの数;
I uq =非消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
N q (n)=サイクルnにおける非消光蛍光レポータの数;
I q =非消光蛍光レポータの蛍光強度パラメータ;
γ=増幅プロセスを実施するために使用されるコンテナの吸収特性に関するパラメータ;
N p =蛍光レポータプローブの初期数;
N suq (n)=サイクルnにおける非自己消光蛍光レポータの数;
β=非自己消光蛍光レポータの割合;
E(n)=サイクルnにおける増幅効率;
E 0 =初期増幅効率;
α=増幅プロセスの抑制に関するスケーリングファクタ;
ε=PCRプライマー枯渇に対する増幅プロセスの感度に関するパラメータ
である、
核酸サンプルの解析装置。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP09173608.2 | 2009-10-21 | ||
EP09173608 | 2009-10-21 | ||
PCT/IB2010/054646 WO2011048529A1 (en) | 2009-10-21 | 2010-10-14 | Analyzing tool for amplification reactions |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2013508848A JP2013508848A (ja) | 2013-03-07 |
JP5744038B2 true JP5744038B2 (ja) | 2015-07-01 |
Family
ID=43759469
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2012534805A Active JP5744038B2 (ja) | 2009-10-21 | 2010-10-14 | 増幅反応の解析ツール |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US8990059B2 (ja) |
EP (1) | EP2491509B1 (ja) |
JP (1) | JP5744038B2 (ja) |
CN (1) | CN102576389B (ja) |
BR (1) | BR112012009108A2 (ja) |
WO (1) | WO2011048529A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2014265454B2 (en) * | 2013-05-15 | 2019-07-18 | Thorne Diagnostics, Inc. | Nucleic acid amplification signal acquisition and signal analysis |
ES2899739T3 (es) * | 2014-08-27 | 2022-03-14 | Hoffmann La Roche | Un procedimiento de análisis y sistema para analizar una reacción de amplificación de ácido nucleico |
WO2017079696A1 (en) * | 2015-11-06 | 2017-05-11 | California Institute Of Technology | Devices and methods for direct visual detection and readout of single nucleic acid molecules |
CN114058683B (zh) * | 2021-11-17 | 2022-09-30 | 杭州优思达生物技术有限公司 | 一种核酸扩增结果判定方法 |
Family Cites Families (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6783934B1 (en) | 2000-05-01 | 2004-08-31 | Cepheid, Inc. | Methods for quantitative analysis of nucleic acid amplification reaction |
US7228237B2 (en) | 2002-02-07 | 2007-06-05 | Applera Corporation | Automatic threshold setting and baseline determination for real-time PCR |
EP2107482B1 (en) * | 2003-12-06 | 2014-06-25 | Abbott Laboratories | Method and system for analyzing reactions using an information system |
DE102005052713A1 (de) * | 2005-11-04 | 2007-05-16 | Clondiag Chip Tech Gmbh | Vorrichtung und Verfahren zum Nachweis von molekularen Wechselwirkungen |
CA2586246A1 (en) * | 2004-11-03 | 2006-05-11 | Third Wave Technologies, Inc. | Single step nucleic acid detection assay employing reverse transcription, polymerase chain reaction and endonuclease cleavage |
US20070260440A1 (en) * | 2004-11-24 | 2007-11-08 | Karline Piot | Method, an Installation, and a Computer Program for Estimating the Initial Size of a Population of Nucleic Acids, in Particular by Pcr |
FR2878350B1 (fr) * | 2004-11-24 | 2007-02-16 | Bio Rad Pasteur Sa | Procede installation et programme d'ordinateur pour estimer l'effectif initial d'une population d'acides nucleiques, notamment par pcr |
US8067208B2 (en) * | 2005-06-30 | 2011-11-29 | Roche Molecular Systems, Inc. | Probes and methods for hepatitis C virus typing using multidimensional probe analysis |
CA2627259C (en) * | 2005-11-14 | 2016-02-23 | Gen-Probe Incorporated | Parametric calibration method |
JP5320077B2 (ja) * | 2006-03-03 | 2013-10-23 | ユニベルシテ パリ ディドロ−パリ 7 | 標的核酸配列の電気化学的検出方法 |
JP4854334B2 (ja) * | 2006-03-06 | 2012-01-18 | 三洋電機株式会社 | 核酸増幅生成物のリアルタイム検出装置 |
CA2648195A1 (en) * | 2006-04-04 | 2007-10-11 | Labonnet Ltd. | Assessment of reaction kinetics compatibility between polymerase chain reactions |
US20090006002A1 (en) * | 2007-04-13 | 2009-01-01 | Sequenom, Inc. | Comparative sequence analysis processes and systems |
US8386184B2 (en) | 2007-08-28 | 2013-02-26 | Becton, Dickinson And Company | Systems and methods for determining an amount of starting reagent using the polymerase chain reaction |
US20100041045A1 (en) * | 2007-11-15 | 2010-02-18 | Sigma-Aldrich Co. | Nucleic acid fluorescent stains |
US9200329B2 (en) * | 2008-05-19 | 2015-12-01 | Biofire Diagnostics, Llc | Rapid epidemiologic typing of bacteria |
US8039215B2 (en) * | 2009-03-10 | 2011-10-18 | Roche Molecular Systems, Inc. | Multiplex quantitative nucleic acid amplification and melting assay |
-
2010
- 2010-10-14 JP JP2012534805A patent/JP5744038B2/ja active Active
- 2010-10-14 US US13/500,431 patent/US8990059B2/en active Active
- 2010-10-14 CN CN201080047305.8A patent/CN102576389B/zh active Active
- 2010-10-14 BR BR112012009108A patent/BR112012009108A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2010-10-14 EP EP10782020.1A patent/EP2491509B1/en active Active
- 2010-10-14 WO PCT/IB2010/054646 patent/WO2011048529A1/en active Application Filing
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US8990059B2 (en) | 2015-03-24 |
CN102576389B (zh) | 2016-08-03 |
JP2013508848A (ja) | 2013-03-07 |
CN102576389A (zh) | 2012-07-11 |
BR112012009108A2 (pt) | 2019-09-17 |
EP2491509B1 (en) | 2018-04-04 |
EP2491509A1 (en) | 2012-08-29 |
WO2011048529A1 (en) | 2011-04-28 |
US20120197610A1 (en) | 2012-08-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
San Segundo-Val et al. | Introduction to the gene expression analysis | |
Gunson et al. | Practical experience of high throughput real time PCR in the routine diagnostic virology setting | |
EP2531608B1 (en) | Methods for increasing multiplex level by externalization of passive reference in polymerase chain reactions | |
JP6688318B2 (ja) | 多重侵入切断アッセイ | |
CN105358709B (zh) | 用于检测基因组拷贝数变化的系统和方法 | |
Roth | Quantifying gene expression | |
JP2000023669A (ja) | 標準曲線と増幅率の推定を使用して試料中の核酸配列の量を決定する方法、装置及びコンピュ―タ・プログラム製品 | |
EP2909343B1 (en) | Methods to sequence a nucleic acid | |
CN103131770B (zh) | 基于定量pcr的使用重复dna元件作为阴性对照预测用于下一代测序的靶标富集的效率的方法 | |
JP5810078B2 (ja) | 核酸定量方法 | |
KR20190004834A (ko) | 신호 변화량 데이터 세트를 이용한 샘플 내 타겟 분석물질 검출 방법 | |
JP5744038B2 (ja) | 増幅反応の解析ツール | |
Bartlett | Approaches to the analysis of gene expression using mRNA: a technical overview | |
Galluzzi et al. | Current molecular techniques for the detection of microbial pathogens | |
KR20130097147A (ko) | 표적 염기를 검출하기 위한 rna를 함유한 프로브를 제조하기 위한 방법 | |
CN109576350B (zh) | 一种dna与rna同时定量的试剂盒、方法及质控方法 | |
Lai et al. | New realm of precision multiplexing enabled by massively-parallel single molecule UltraPCR | |
Kessler | Design and work-up of a new molecular diagnostic assay based on real-time PCR | |
Klinck et al. | High‐Throughput Analysis of Alternative Splicing by RT‐PCR | |
CN117721202A (zh) | 肺癌mrd检测用捕获探针池和试剂盒 | |
CN110747260A (zh) | 一种β-内酰胺类抗生素抗性基因blaTEM的特异性引物、检测方法及应用 | |
Boggy | Engineering the quantitative PCR assay for decreased cost and complexity | |
WO2012072813A1 (en) | Genotyping application |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20130930 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140909 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20141208 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20150407 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20150428 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5744038 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |