JP6901311B2 - 組織試料中で遺伝子を検出するための系 - Google Patents
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Description
[0060]関心対象の任意の望ましい領域を評価するため、方法400を任意の回数、反復してもよい。コンピュータ系は、画像特性計量、形態計量、その組み合わせ等を含む計量に基づいて、関心対象の領域を決定可能である。関心対象の単数または複数の領域に関して、総スコア、平均スコア、または他のタイプのスコアを決定可能である。少なくとも部分的にスコアに基づいて、病理学者が診断を行うことも可能である。
Claims (10)
- 組織試料中の遺伝子の増幅を検出するためのコンピュータに基づく系であって:
プログラム命令のシーケンスを記憶するためのメモリ;および
プログラム可能プロセッサであって:
組織試料の色明視野画像を受け取り、当該色明視野画像は少なくとも1つのドットを含む;
細胞核の形態に基づいて、色明視野画像において異なって染色される細胞核の遺伝子および染色体を同定し;そして
同定した遺伝子および染色体の比を決定して、組織試料中の遺伝子の増幅を決定するための命令を実行するように設定された、前記プロセッサ
を含み、
いくつかのガウシアン相違フィルタで、当該色明視野画像をフィルタリングすることによって、ありうる遺伝子および染色体に相当するドットマスクを製作するように前記プロセッサがプログラミングされている、
前記系。 - 組織試料中の遺伝子の増幅を検出するためのコンピュータに基づく系であって:
プログラム命令のシーケンスを記憶するためのメモリ;および
プログラム可能プロセッサであって:
組織試料の色明視野画像を受け取り、当該色明視野画像は少なくとも1つのドットを含む;
細胞核の形態に基づいて、色明視野画像において異なって染色される細胞核の遺伝子および染色体を同定し;そして
同定した遺伝子および染色体の比を決定して、組織試料中の遺伝子の増幅を決定するための命令を実行するように設定された、前記プロセッサ
を含み、
いくつかのガウシアン相違フィルタで、当該色明視野画像をフィルタリングすることによって、ありうる遺伝子および染色体に相当するドットマスクを製作するように前記プロセッサがプログラミングされ、そして
ドットおよび/またはピクセルの計量をコンピューティングし、そして1またはそれより多い決定された計量に基づいて、染色体から遺伝子を分離するよう訓練されている分類器に計量を供給することにより、ドット領域内で、細胞の色明視野画像におけるピクセルを分析することによって、ドットが遺伝子または染色体に相当するかどうかを決定するように前記プロセッサがプログラミングされている、
前記系。 - 請求項1または2に記載のコンピュータに基づく系であって
組織試料の染色された領域に関するいくつかの計量を決定し、そして染色された領域が細胞中の遺伝子または染色体に相当するかどうかを同定する分類器に計量を供給するために前記プロセッサが設定されている、前記系。 - 請求項1〜3のいずれか1項に記載のコンピュータに基づく系であって
RGB色空間からL*a*b色空間に当該色明視野画像を変換することによって、当該組織試料の色明視野画像において、遺伝子および染色体の色を増進させ、そして当該増進された色明視野画像において、各ピクセルに関して、L、a、bの一次結合をコンピューティングし、それによって、画像中の赤および黒を強調する新規画像を生成するように、前記プロセッサがさらにプログラミングされている、ここで、当該L*a*b色空間において、「L」チャネルはピクセルの明るさに相当し、「a」チャネルはピクセルの赤および緑の構成要素を反映し、そして「b」チャネルはピクセルの青および黄色の構成要素に相当する、
前記系。 - 組織標本を自動的にスコアリングするための方法であって:
a)組織標本のデジタル画像から定量的分析を行うため、組織標本において候補核を選択すること;
b)コンピュータの補助で、デジタル画像から、第一のin situハイブリダイゼーションシグナルおよび第二のin situハイブリダイゼーションシグナルを自動的にカウントすること、当該第一及び第二のin situハイブリダイゼーションシグナルはそれぞれ、細胞核の遺伝子及び染色体を意味する;そして
c)第一および第二のin situハイブリダイゼーションシグナルのカウントの比を概算し、それにより、同定された遺伝子と染色体の比を決定し、組織試料における遺伝子の増幅を決定すること、そして当該比を報告すること
を含み、
前記コンピュータのプログラム可能プロセッサは、自動計測のため、以下:
組織標本のデジタル色明視野画像を受け取ること、当該色明視野画像は少なくとも1つのドットを含む;
;および
細胞核の形態に基づいて、当該色明視野画像において異なって染色される細胞核の遺伝子および染色体を同定すること、当該同定は、当該遺伝子および染色体の色を増進し、そして当該増進された画像をフィルタリングすることによって得られた画像において行われ、そして当該フィルタリングは、いくつかのガウシアン相違フィルタを用いて行われ、それによって、ありうる遺伝子および染色体に相当するドットマスクが製作される;
の命令を実行するように設定されている、
前記方法。 - 第一のin situハイブリダイゼーションシグナルが、銀in situハイブリダイゼーションシグナルを含み、そして第二のin situハイブリダイゼーションシグナルが赤色in situハイブリダイゼーションシグナルを含む、請求項5の方法。
- 前記候補核を自動的に選択する、請求項5の方法。
- 組織標本が乳癌標本を含み、そして方法がさらに、d)組織標本中に存在するHER2遺伝子を増幅する工程を含む、請求項5の方法。
- 工程a)〜c)が、デジタル画像中の第一の視野領域に対して行われ、そして方法がさらに、デジタル画像の第二の視野領域に対して、工程a)〜c)を反復する工程をさらに含む、請求項5の方法。
- 細胞分析装置であって:
プログラム命令のシーケンス、および色明視野画像において遺伝子および染色体が異なって見えるように染色されている組織試料の色明視野画像を記憶するためのメモリ;
1またはそれより多いプロセッサ、当該プロセッサは、
当該色明視野画像において染色された遺伝子および染色体を、細胞核の形態に基づいて同定し、当該同定した遺伝子および染色体の比を決定し、それによって、遺伝子および染色体の外見を増進するための命令を実行し、
増進された画像をフィルタリングして、画像において、遺伝子および染色体に相当する可能性がある領域を検出し、当該増進された画像をいくつかのガウシアン相違フィルタでフィルタリングし、それによって、ありうる遺伝子および染色体に相当するドットマスクを生産する、
画像において、遺伝子および染色体に相当する可能性がある領域に関するいくつかの計量を測定し、
領域が遺伝子または染色体に相当するかどうかを決定する分類器に計量を適用し;そして、
画像において、決定された遺伝子および染色体をカウントし、組織試料中の遺伝子増幅のレベルを決定する
ように設定される、
前記細胞分析装置。
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