JP6872024B2 - 合成分類指標の同定のためのシステムおよび方法 - Google Patents

合成分類指標の同定のためのシステムおよび方法 Download PDF

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Description

[0001]本開示は、一般的に、バイオマーカーを調べるための合成ペプチドの設計および選択に、そしてより具体的には、診断および予測適用のため、１またはそれより多い変異体ペプチドを含む合成分類指標を同定し、そして実装するためのシステムおよび方法に関する。
[0002]バイオマーカーは、被験体の血液、尿、または別の体液において一般的に検出される、天然に存在する生物学的要素（例えば核酸、タンパク質、小分子等）である。こうしたバイオマーカーは、診断または予後診断分類指標の基礎を形成しうる。バイオマーカーの１つの例には、所定の疾患の存在または非存在を示すことも可能であり、そしてさらに疾患進行を予測することも可能である、被験体においてユニークなプロファイルを有しうるマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）が含まれる。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の背景において、Ｇａｓｐａｒｉｎｉらは、多様なｍｉＲＮＡの発現シグネチャーを用いて、突然変異不含に対して、ＡＬＫ転位置、突然変異体ＥＧＦＲ、または突然変異体ＫＲＡＳとして、ＮＳＣＬＣを分類可能であることを示す、診断分類指標を開発した（Ｇａｓｐａｒｉｎｉら ２０１５， ｍｉｃｒｏＲＮＡ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒｓ ａｒｅ ｐｏｗｅｒｆｕｌ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ／ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ ｔｏｏｌｓ ｉｎ ＡＬＫ−， ＥＧＦＲ−， ａｎｄ ＫＲＡＳ−ｄｒｉｖｅｎ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒｓ． ＰＮＡＳ， ｖｏｌ． １１２， ｎｏ． ４８， ｐｐ． １４９２４−１４９２９）。Ｇａｓｐａｒｉｎｉらは、全生存を予測する予後ｍｉＲＮＡに基づく分類指標をさらに同定した。
[0003]Ｇａｓｐａｒｉｎｉらおよびその他によって採用されたアプローチの１つの潜在的な欠点は、所定の分類指標が、天然に存在する（野生型または突然変異体の）所定の被験体に由来するバイオマーカーに限定されることである。さらに、こうしたバイオマーカーに基づく分類指標の開発は、分類因子を同定し、そして検証するために掛かる時間の長さ、ならびに試料をプロセシングし、実験を設計し、データを分析するなどに要する労働の度合いの両方に関して、時間が掛かる可能性がある。
[0004]したがって、診断および予後適用の両方に関して、新規分類指標の開発のため、改善されたプロセスおよびシステムに関する必要性がある。
発明の要旨
[0005]本発明は、合成分類指標の同定のためのシステムおよび方法を提供することによって、前述の欠点を克服する。
[0006]本開示の１つの態様にしたがって、合成分類指標を同定するための方法には、少なくとも第一の試料および第二の試料を、第一の複数のペプチドと接触させる工程が含まれ、第一の試料は第一のコホート群に由来し、第二の試料は第二のコホート群に由来し、第一の群は第二の群とは異なり、そして第一の複数のペプチドの少なくとも部分は少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列を定義する。該方法には、第一の複数のペプチドから第一のペプチドサブセットを選択し、そして少なくとも第一の試料および第二の試料を、第二の複数のペプチドと接触させる工程がさらに含まれ、第二の複数のペプチドの少なくとも部分は、第一のペプチドサブセットおよび第一のペプチドサブセットの複数の変異体ペプチドの配列を定義し、複数の変異体ペプチドは、第一のペプチドサブセットの各１つに関して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する。変異体または修飾ペプチドの調製に関する、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の例は、少なくともＢａｎｎｅｎらに対する米国特許出願第１５／２３３，５４３号に記載される。該方法には、第二の複数のペプチドから第二のペプチドサブセットを選択する工程がさらに含まれ、第二のペプチドサブセットには、複数の変異体ペプチドの少なくとも１つが含まれ、第二のペプチドサブセットは合成分類指標を少なくとも部分的に定義し、合成分類指標は、第一の群に由来する試料および第二の群に由来する試料の間を区別する。
[0007]本開示の別の態様にしたがって、合成分類指標を同定するための方法には、少なくとも第一の試料および第二の試料を、第一の複数のペプチドと接触させる工程が含まれ、第一の試料は第一のコホート群に由来し、第二の試料は第二のコホート群に由来し、第一の群は第二の群とは異なり、そして第一の複数のペプチドには：ｉ）少なくとも１つの天然存在タンパク質配列を定義する第一のペプチドサブセット、およびｉｉ）第一のペプチドサブセットの複数の変異体ペプチドを定義する第二のペプチドサブセットを含み、複数の変異体ペプチドには、第一のペプチドサブセットの各１つに関して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する、変異体ペプチドが含まれる。該方法には、第二のペプチドサブセットから複数の変異体ペプチドの少なくとも１つを選択し、そして複数の変異体ペプチドの少なくとも１つを含む合成分類指標を定義する工程がさらに含まれ、合成分類指標は第一の群に由来する試料および第二の群に由来する試料の間を区別する。
[0008]本開示の別の態様にしたがって、合成分類指標を同定するための方法には、少なくとも第一の試料および第二の試料を、第一の複数のペプチドと接触させる工程が含まれる。第一の試料は第一のコホート群に由来し、そして第二の試料は第二のコホート群に由来する。第一の群は第二の群とは異なり、そして第一の複数のペプチドの少なくとも部分は、少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列を定義する。該方法には、第一の複数のペプチドから第一のペプチドサブセットを選択し、そして少なくとも第一の試料および第二の試料を、第二の複数のペプチドと接触させる工程がさらに含まれる。第二の複数のペプチドの少なくとも部分には、第一のペプチドサブセットの複数の変異体ペプチドが含まれ、複数の変異体ペプチドは各々、対応する第一のペプチドサブセットの１つに対して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する。該方法には、第二の複数のペプチドから第二のペプチドサブセットを選択する工程がさらに含まれる。第二のペプチドサブセットには、複数の変異体ペプチドの少なくとも１つが含まれる。第二のペプチドサブセットは、第一の群に由来する試料および第二の群に由来する試料の間を区別する合成分類指標を少なくとも部分的に定義する。
[0009]方法の１つの側面において、第一の複数のペプチドは、ターゲットプロテオームの少なくとも約９０％に相当し、ターゲットプロテオームはウイルスおよび生物から選択される。
[0010]方法の別の側面において、合成分類指標は、第一の群に由来する試料および第二の群に由来する試料を、第一のペプチドサブセットより選択されるペプチドからなる天然分類指標よりも、より優れた感度およびより優れた特異性の少なくとも１つで区別する。
[0011]方法の別の側面において、第一の複数のペプチドおよび第二の複数のペプチドにおけるペプチドは各々、長さ約１２アミノ酸〜約１６アミノ酸の間である。
[0012]方法の別の側面において、第一の複数のペプチドにおけるペプチドは、１アミノ酸〜４アミノ酸の間でタイリングされる。
[0013]方法の別の側面において、合成分類指標は、診断分類指標および予後診断分類指標の１つである。
[0014]方法の別の側面において、変異体ペプチドの各１つは天然存在ペプチドに対応し、そして変異体ペプチドの各１つは、少なくとも１つのアミノ酸位に関して、対応する天然存在ペプチド配列と異なる配列を有する。
[0015]方法の別の側面において、合成分類指標における複数の変異体ペプチドの少なくとも１つは、第一の群および第二の群のいずれかと関連する天然存在ペプチド配列のいずれとも異なる配列を有する合成ペプチドである。
[0016]別の側面において、方法には、第一の試料および第二の試料の各々と第一の複数のペプチドの相互作用に特徴的な、第一のシグナル出力を検出し、第一のシグナル出力に基づいて、第一のペプチドサブセットを選択し、第一の試料および第二の試料の各々と第二の複数のペプチドの相互作用に特徴的な、第二のシグナル出力を検出し、そして第二のシグナル出力に基づいて、第二のペプチドサブセットを選択する工程がさらに含まれる。１つの側面において、第一のシグナル出力は、フルオロフォア励起−放出を通じて得られる蛍光強度であり、該蛍光強度は、ｉ）第一の複数のペプチドと関連する第一の試料および第二の試料の１つの構成要素のアバンダンス、およびｉｉ）第一の複数のペプチドに対する、第一の試料および第二の試料の１つの構成要素の結合アフィニティの少なくとも１つを反映する。第二のシグナル出力は、フルオロフォア励起−放出を通じて得られる蛍光強度であり、該蛍光強度は、ｉ）第二の複数のペプチドと関連する第一の試料および第二の試料の１つの構成要素のアバンダンス、およびｉｉ）第二の複数のペプチドに対する、第一の試料および第二の試料の１つの構成要素の結合アフィニティの少なくとも１つを反映する。
[0017]本開示の別の態様にしたがって、合成分類指標を同定するための方法には、少なくとも第一の試料および第二の試料を、第一の複数のペプチドと接触させる工程が含まれ、第一の試料は第一のコホート群に由来し、第二の試料は第二のコホート群に由来し、そして第一の群は第二の群とは異なる。第一の複数のペプチドには、少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列を定義する第一のペプチドサブセット、および第一のペプチドサブセットの複数の変異体ペプチドを定義する第二のペプチドサブセットが含まれる。複数の変異体ペプチドには、第一のペプチドサブセットの各１つに関して、対応する第一のペプチドサブセットの１つに対して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する変異体ペプチドが含まれる。該方法にはさらに、第二のペプチドサブセットから、複数の変異体ペプチドの少なくとも１つを選択し、そして複数の変異体ペプチドの少なくとも１つを含む合成分類指標を定義する工程がさらに含まれ、合成分類指標は、第一の群に由来する試料および第二の群に由来する試料の間を区別する。
[0018]方法の１つの側面において、第一の複数のペプチドの少なくとも部分は、ターゲットプロテオームの少なくとも約９０％に相当し、ターゲットプロテオームはウイルスおよび生物から選択される。
[0019]方法の別の側面において、合成分類指標は、第一の群に由来する試料および第二の群に由来する試料を、第一のペプチドサブセットより選択されるペプチドからなる天然分類指標よりも、より優れた感度およびより優れた特異性の少なくとも１つで区別する。
[0020]方法の別の側面において、第一の複数のペプチドにおけるペプチドは各々、長さ約１２アミノ酸〜約１６アミノ酸の間である。
[0021]方法の別の側面において、第一の複数のペプチドにおけるペプチドは、１アミノ酸〜４アミノ酸の間でタイリングされる。
[0022]方法の別の側面において、変異体ペプチドの各１つは天然存在ペプチドに対応し、そして変異体ペプチドの各１つは、少なくとも１つのアミノ酸位に関して、対応する天然存在ペプチド配列と異なる配列を有する。
[0023]方法の別の側面において、合成分類指標における複数の変異体ペプチドの少なくとも１つは、第一の群および第二の群のいずれかと関連する天然存在ペプチド配列のいずれとも異なる配列を有する合成ペプチドである。
[0024]別の側面において、方法には、第一の試料および第二の試料の各々と第一の複数のペプチドの相互作用に特徴的な、第一のシグナル出力を検出し、そして第一のシグナル出力に基づいて、第一のペプチドサブセットを選択する工程がさらに含まれる。１つの側面において、第一のシグナル出力は、フルオロフォア励起−放出を通じて得られる蛍光強度であり、該蛍光強度は、ｉ）第一の複数のペプチドと関連する第一の試料および第二の試料の１つの構成要素のアバンダンス、およびｉｉ）第一の複数のペプチドに対する、第一の試料および第二の試料の１つの構成要素の結合アフィニティの少なくとも１つを反映する。
[0025]本開示の別の態様にしたがって、組成物には、複数の合成ペプチドが含まれる。合成ペプチドの各々は、少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列を定義する対応するペプチドに対して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する。合成ペプチドは、少なくとも部分的に合成分類指標を定義する。合成分類指標は、第一のコホート群に由来する試料および第二のコホート群に由来する試料の間を区別する。
[0026]本開示の別の態様にしたがって、試料を分類するためのキットには、複数の合成ペプチドが含まれる。合成ペプチドの各々は、少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列を定義する対応するペプチドに対して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する。合成ペプチドは、少なくとも部分的に合成分類指標を定義する。合成分類指標は、第一のコホート群に由来する試料および第二のコホート群に由来する試料の間を区別する。
[0027]本発明の前述のおよび他の側面および利点は、以下の説明から明らかであろう。説明において、本明細書の一部を形成し、そして例として発明の好ましい態様を示す、付随する図に言及する。しかし、こうした態様は、必ずしも本発明の完全な範囲に相当せず、そしてしたがって、本発明の範囲を解釈するためには、請求項および明細書を参照する。
[0028]図１は、本開示にしたがって、合成分類指標を同定するための方法の例である。 [0029]図２は、１アミノ酸分解能または４アミノ酸分解能のいずれかでタイリングされた１６量体ペプチドの模式図であり、１アミノ酸分解能でタイリングされた１６量体ペプチドを含む例示的タンパク質配列のタイリングを例示する表を含む。 [0030]図３は、野生型ペプチドの対応する誘導体に関するｌоｇ２シグナル出力に対する、野生型ペプチドに関するｌоｇ２シグナル出力を例示するスキャッタープロットである。対照群（白抜き正方形）、ＤＭＡＲＤＳ／反応者群（白抜き円）、または非反応者群（黒塗り円）のメンバーによって多様な群を示す。各データ点は、野生型および誘導体ペプチドと、異なる血清試料を接触させることから生じるシグナルに相当する。 [0031]図４Ａおよび４Ｂは、野生型および突然変異体ペプチドからのペプチド分類指標の開発を例示する。図４Ａは、野生型／誘導体ペプチドの２対の１つの存在下での異なる血清試料のｌоｇ２シグナル反応を示す、２つのスキャッタープロットセットである。被験体コホート内の３つの異なる試料群由来の各３０の血清試料に関して、ペプチドの各対の野生型ペプチドに関するシグナルを水平軸に示し、そして対応する誘導体ペプチド（アルギニンおよびリジンが、それぞれ、シトルリンおよびホモシトルリンで置換されている野生型ペプチド）に関するシグナルを垂直軸に示す。野生型／誘導体ペプチド対を、ヒトプロテオーム全体に相当するペプチドアレイから同定した。図４Ｂは、図４Ａに例示するデータから生成される識別プロットである。個々のプロットからのデータを合わせることによって、２つのペプチドは、一般的に、対照群（白抜き正方形）、ＤＭＡＲＤＳ／反応者群（白抜き円）および非反応者群（黒塗り円）間を区別することが可能であった。図４Ａおよび４Ｂの両方において、各データ点は、１つの血清試料に相当し；点線の円は同様の試料群由来のデータ点の一般的な共局在を示す。 [0032]図５は、３つのペプチド合成分類指標に関して生成されたシグナルプロットである。各データ点は、対照群（白抜き正方形）、ＤＭＡＲＤＳ／反応者群（白抜き円）、または非反応者群（黒塗り円）における群メンバーによって示される、単一の血清試料に相当する。３つの異なるペプチド各々の存在下での血清試料に関するＬоｇ２シグナル反応を、３つの異なる軸のそれぞれ１つの上に示す。 [0033]図６は、本開示にしたがった、３つのペプチド合成分類指標のマルチクラス受信者動作特性（ＲＯＣ）性能を示すプロットである。該プロットは、３つの合成ペプチドが、ＤＭＡＲＤＳ／反応者群および非反応者群の間を区別する能力を例示する。 [0034]図７は、３つの異なる試料コホート各々に関する、対応する野生型ペプチドと、図５由来の合成ペプチドＣに関するＬоｇ２シグナル反応を比較する箱髭プロットである。各データ点は、所定の血清試料と、合成ペプチドＣまたは野生型ペプチドＣのいずれかの相互作用から測定されたシグナルに相当する。
Ｉ． 定義
[0035]本出願において、文脈から別に明らかでない限り、（ｉ）用語「ａ」は、「少なくとも１つ」を意味すると理解可能であり；（ｉｉ）用語「または（оｒ）」は、「および／または（ａｎｄ／ｏｒ）」を意味すると理解可能であり；（ｉｉｉ）用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」は、それらのみ、あるいは１またはそれより多いさらなる構成要素または工程とともに提示されるかいずれであっても、箇条書きされた構成要素または工程を含むと理解可能であり；そして（ｉｖ）用語「約」および「およそ」は、一般の当業者によって理解されるであろうような標準的な変動を可能にすると理解可能であり；そして（ｖ）範囲が提供される場合、終点が含まれる。
[0036]およそ：本明細書において、用語「およそ」または「約」は、関心対象の１またはそれより多い値に適用された際、言及する参照値に類似の値を指す。特定の態様において、用語「およそ」または「約」は、別に言及するかまたは文脈から別に明らかでない限り（こうした数がありうる値の１００％を超えない限り）、言及する参照値のいずれかの方向に（これより大きいかまたはこれ未満の）、２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ未満に属する値の範囲を指す。
[0037]と関連する：この用語を本明細書において用いる際、一方の存在、レベルおよび／または型が、他方のものと相関する場合、２つの事象または実体は、互いに「関連する」。例えば、特定の実体（例えばポリペプチド、遺伝子シグネチャー、代謝産物等）は、（例えば関連集団に渡って）その存在、レベルおよび／または型が、特定の疾患、障害、または状態の発生および／または罹患率と相関している場合、該疾患、障害、または状態と関連していると見なされる。いくつかの態様において、２またはそれより多い実体は、これらが互いに物理的に近接しており、そして／または物理的に近接したままであるように、直接または間接的に相互作用しているならば、互いに物理的に「関連して」いる。いくつかの態様において、互いに物理的に関連している２またはそれより多い実体は、互いに共有結合しており；いくつかの態様において、互いに物理的に関連している２またはそれより多い実体は、互いに共有結合しておらず、例えば水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、磁性、およびその組み合わせによって、非共有的に関連している。
[0038]生物学的試料：本明細書において、用語「生物学的試料」は、典型的には、本明細書に記載するような、関心対象の生物学的供給源（例えば組織または生物または細胞培養）から得られるかまたはこれらに由来する試料を指す。いくつかの態様において、関心対象の供給源は、生物、例えば動物またはヒトを含むかまたはこれらからなる。いくつかの態様において、生物学的試料は、生物学的組織または体液を含むかまたはこれらからなる。いくつかの態様において、生物学的試料は、骨髄；血液；血球；腹水；組織または細針生検試料；細胞含有体液；遊離浮遊核酸；痰；唾液；尿；脳脊髄液；腹水；胸水；糞便；リンパ液；婦人科体液；皮膚スワブ；膣スワブ；口腔スワブ；鼻スワブ；乳管洗浄または気管支洗浄などの洗い液または洗浄液；吸引液；擦過物；骨髄標本；組織生検標本；外科標本；他の体液、分泌物、および／または排出物；および／またはこれらに由来する細胞等であるか、またはそれらを含むことも可能である。いくつかの態様において、生物学的試料は、個体から得られた細胞を含むかまたはこれらからなる。いくつかの態様において、得られた細胞は、試料を得た個体由来の細胞であるかまたはこうした細胞を含む。いくつかの態様において、試料は、任意の適切な手段によって関心対象の供給源から直接得られた「初代試料」である。例えば、いくつかの態様において、初代生物学的試料は、生検（例えば細針吸引または組織生検）、手術、体液（例えば血液、リンパ液、糞便等）等の収集からなる群より選択される方法によって得られる。いくつかの態様において、文脈から明らかであろうように、用語「試料」は、初代試料をプロセシングすることによって（例えば１またはそれより多い構成要素を除去することによって、そして／または１またはそれより多い剤を添加することによって）得られた調製物を指す。例えば、半透膜を用いたフィルタリングがある。こうした「プロセシングされた試料」は、試料から抽出された、あるいは初代試料を、ｍＲＮＡの増幅または逆転写、特定の構成要素の単離および／または精製などの技術に供することによるなどで得られた、例えば核酸またはタンパク質を含むことも可能である。
[0039]含む：１またはそれより多い、指定される要素または工程を「含む」と本明細書に記載される組成物または方法は、制限がなく（ｏｐｅｎ−ｅｎｄｅｄ）、つまり、指定される要素または工程は必須であるが、他の要素または工程が、組成物または方法の範囲内に添加されてもよいことを意味する。１またはそれより多い、指定される要素または工程を「含む」と記載される組成物または方法はまた、同じ指定される要素または工程「から本質的になる」、対応する、より限定された組成物または方法も記載すると理解されるものとし、つまり、組成物または方法には、指定される必須の要素または工程が含まれ、そしてまた、組成物または方法の基本的でそして新規の特性（単数または複数）に実質的に影響を及ぼさない、さらなる要素または工程が含まれてもよいことを意味する。１またはそれより多い、指定される要素または工程を「含む」か、またはこれら「から本質的になる」と本明細書に記載される任意の組成物または方法はまた、他の指定されない要素または工程のいずれも排除する、指定される要素または工程「からなる」、対応する、より限定される、そして制限された（ｃｌｏｓｅｄ−ｅｎｄｅｄ）組成物または方法も記載する。本明細書に開示する任意の組成物または方法において、任意の指定される本質的な要素または工程の既知のまたは開示される同等物を、その要素または工程に関して置換してもよい。
[0040]設計された：本明細書において、用語「設計された」は、（ｉ）その構造が人の手によって選択されるかまたは選択されており；（ｉｉ）人の手を必要とするプロセスによって産生され；そして／または（ｉｉｉ）天然物質および他の既知の剤とは異なる、剤を指す。
[0041]決定する：一般の当業者は、本明細書を読み、「決定すること」が、当業者に利用可能である多様な技術のいずれを使用してもよく、またはその使用を通じて達成されてもよいことを認識するであろうし、こうした技術には、例えば本明細書に明確に言及される特定の技術が含まれる。いくつかの態様において、決定は、物理的試料の操作を伴う。いくつかの態様において、決定は、例えば適切な分析を実行するために適応された、コンピュータまたは他のプロセシング装置を利用した、データまたは情報の考慮および／または操作を伴う。いくつかの態様において、決定は、供給源から適切な情報および／または材料を受け取る工程を伴う。いくつかの態様において、決定は、試料または実体の１またはそれより多い特徴を、匹敵する参照に比較する工程を伴う。
[0042]同一性：本明細書において、用語「同一性」は、ポリマー性分子間、例えば核酸分子（例えばＤＮＡ分子および／またはＲＮＡ分子）間、および／またはポリペプチド分子間の全体の関連性を指す。いくつかの態様において、ポリマー性分子は、その配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一であるならば、互いに「実質的に同一」であると見なされる。２つの核酸またはポリペプチド配列のパーセント同一性の計算は、例えば、最適比較目的で２つの配列を整列させることによって、実行可能である（例えば、最適整列のため、第一および第二の配列の一方または両方にギャップを導入してもよく、そして比較目的のため、非同一配列は無視してもよい）。特定の態様において、比較目的のために整列させる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または実質的に１００％である。次いで、対応する位のヌクレオチドを比較する。第一の配列中の位が、第二の配列中の対応する位と同じ残基（例えばヌクレオチドまたはアミノ酸）によって占められている場合、分子はその位で同一である。２つの配列間のパーセント同一性は、配列によって共有される同一の位の数の関数であり、２つの配列の最適な整列のために導入される必要がある、ギャップの数および各ギャップの長さを考慮に入れる。配列の比較および２つの配列間のパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成されうる。例えば、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に取り込まれている、ＭｅｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ， １９８９， ４：１１−１７）のアルゴリズムを用いて、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性を決定することも可能である。いくつかの例示的な態様において、ＡＬＩＧＮプログラムで行われる核酸配列比較は、ＰＡＭ１２０加重残基表、１２のギャップ長ペナルティおよび４のギャップペナルティを用いる。あるいは、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントを、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを用い、ＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムを用いて、決定してもよい。
[0043]試料：本明細書において、用語「試料」は、定性的およびまたは定量的評価のための関心対象の組成物であるかまたは該組成物を含有する、物質を指す。いくつかの態様において、試料は生物学的試料である（すなわち、生存しているもの（例えば細胞または生物）からくる）。いくつかの態様において、試料は、地質学的、水生、天文学的、または農業供給源由来である。いくつかの態様において、関心対象の供給源は、生物、例えば動物またはヒトを含むかまたはこれらからなる。いくつかの態様において、検視分析のための試料は、生物学的組織、生物学的液体、有機または非有機物質、例えば衣類、泥、プラスチック、水であるか、またはこれらを含む。いくつかの態様において、農業試料は、葉、花弁、樹皮、樹木、種子、植物、果実等の有機物質を含むかまたはこれらからなる。
[0044]実質的に：本明細書において、用語「実質的に」は、関心対象の特徴または特性のすべてのまたはほぼすべての度合いまたは程度を示す定性的状態を指す。生物学的業の一般の当業者は、生物学的および化学的現象は、あるとしても稀にしか、完了せず、そして／または完全に進行せずまたは絶対的な結果を達成せず、または回避しないことを理解するであろう。したがって、用語「実質的に」は、本明細書において、多くの生物学的および化学的現象に生得的な完全性の潜在的な欠如を捕らえるよう用いられる。
[0045]合成：本明細書において、単語「合成」は、人の手によって産生され、そしてしたがって、天然には存在しない構造を有するため、あるいは天然には関連していない１もしくはそれより多い他の構成要素と関連しているか、または天然には関連している１もしくはそれより多い他の構成要素と関連していないためのいずれかで、天然には存在しない型であることを意味する。
[0046]合成ペプチド：本明細書において、用語「合成ペプチド」は、１またはそれより多いアミノ酸位で、天然に存在しているペプチドと異なるペプチドを指す。１つの側面において、合成ペプチドは、野生型ペプチドおよび突然変異体または他の天然存在ペプチドのどちらとも区別可能である。例えば、野生型ペプチドは、野生型タンパク質配列の少なくとも部分を定義するペプチド配列からなることも可能である。いくつかの場合、野生型タンパク質は、突然変異型で天然に存在することが知られうる。例えば、特定の自己免疫疾患において、選択されるタンパク質は、アルギニン残基の代わりに、１またはそれより多いシトルリン残基を含むことが観察される。特に、このシトルリン化は、天然に存在することが知られる。この場合、例の突然変異体ペプチドは、シトルリン化タンパク質配列の少なくとも部分を定義するペプチド配列からなることも可能である。しかし、１またはそれより多いシトルリン残基を含む突然変異体ペプチドはなお、天然存在ペプチドと見なされうる。対照的に、合成ペプチドは、野生型ペプチド、突然変異体ペプチド、または天然存在タンパク質配列の少なくとも部分を定義する別の天然存在ペプチドとは異なるであろう。１つの例において、合成ペプチドには、１またはそれより多いアミノ酸置換、欠失、挿入、他の同様の修飾、またはその組み合わせが含まれてもよく、この場合、前述の修飾は、ペプチドが対応するタンパク質配列の天然存在型には観察されない。
[0047]変異体：本明細書において、用語「変異体」は、参照実体と有意な構造的同一性を示すが、参照実体に比較した際、１またはそれより多い化学部分の存在またはレベルにおいて参照実体と構造的に異なる実体を指す。多くの態様において、変異体はまた、参照実体とは機能的に異なる。一般的に、特定の実体が参照実体の「変異体」であると適切に見なされるかどうかは、参照実体との構造的同一性の度合いに基づく。当業者に認識されるであろうように、任意の生物学的または化学的参照実体は、特定の特徴的構造要素を有する。変異体は、定義によれば、１またはそれより多いこうした特徴的構造要素を共有する、別個の化学実体である。いくつかではあるが例を挙げると、小分子は、特徴的なコア構造要素（例えば大環状分子コア）および／または１またはそれより多い特徴的なペンデント部分を有することも可能であり、したがって、小分子の変異体は、コア構造要素および特徴的なペンデント部分を共有するが、他のペンデント部分および／またはコア内に存在する結合のタイプ（一重対二重、Ｅ対Ｚ等）が異なるものであり、ポリペプチドは、直鎖または三次元空間において互いに対して指定された位を有し、そして／または特定の生物学的機能に寄与する、複数のアミノ酸で構成される特徴的な配列要素を有することも可能であり、核酸は、直鎖または三次元空間において別のものに対して指定された位を有する、複数のヌクレオチド残基で構成される特徴的な配列要素を有することも可能である。例えば、変異体ポリペプチドは、アミノ酸配列の１またはそれより多い相違および／またはポリペプチド主鎖に共有結合した化学部分（例えば炭水化物、脂質等）の１またはそれより多い相違の結果として、参照ポリペプチドと異なることも可能である。いくつかの態様において、変異体ポリペプチドは、少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、または９９％である参照ポリペプチドとの全体の配列同一性を示す。あるいは、またはさらに、いくつかの態様において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドと、少なくとも１つの特徴的配列要素を共有しない。いくつかの態様において、参照ポリペプチドは、１またはそれより多い生物学的活性を有する。いくつかの態様において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドの生物学的活性の１またはそれより多くを共有する。いくつかの態様において、変異体ポリペプチドは参照ポリペプチドの生物学的活性の１またはそれより多くを欠く。いくつかの態様において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドと比較した際、１またはそれより多い生物学的活性の減少したレベルを示す。多くの態様において、関心対象のポリペプチドが、特定の位での少数の配列改変を除いて、親のものと同一であるアミノ酸配列を有する場合、関心対象のポリペプチドは、親またはポリペプチドの「変異体」であると見なされる。典型的には、変異体中の残基の２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満が、親に比較して置換される。いくつかの態様において、変異体は、親に比較した際、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１の置換残基を有する。しばしば、変異体は、非常に少数（例えば５、４、３、２、または１未満）の置換された機能残基（すなわち特定の生物学的活性に関与する残基）を有する。さらに、変異体は、典型的には、５、４、３、２、または１の付加または欠失より多くを持たず、そしてしばしば、親に比較した際、付加または欠失をまったく持たない。さらに、任意の付加または欠失は、典型的には、約２５、約２０、約１９、約１８、約１７、約１６、約１５、約１４、約１３、約１０、約９、約８、約７、約６より少なく、そして一般的に、約５、約４、約３、または約２残基より少ない。いくつかの態様において、変異体はまた、１またはそれより多い機能的欠損を有してもよく、そして／または別の方式で「突然変異体」と見なされてもよい。いくつかの態様において、親または参照ポリペプチドは、天然に見られるものである。一般の当業者に理解されるであろうように、関心対象の特定のポリペプチドの複数の変異体は、一般的に、特に関心対象のポリペプチドが感染性病原体ポリペプチドである場合、天然に見られるものでありうる。
ＩＩ． 特定の態様の詳細な説明
[0048]やはり上に論じるように、多様な状況において、特定の状態、疾患等に関して、被験体を正確に診断するための方法を提供することが有用でありうる。診断の性質に応じて、方法または試験は、初期の検出を可能にすることも可能であり、治療等に関して計画する改善された機会を潜在的に生じる。しかし、所定の病気は、特に、検出可能な症状が、より容易に検出可能な方式では明らかになっていない可能性がある、分子レベルでの変化（例えばゲノム突然変異、タンパク質凝集、核酸またはタンパク質の発現レベルの変化等）に制限されている初期には、正確に診断することが困難でありうる。例えば、アルツハイマー病（ＡＤ）は、記憶喪失、錯乱、および判断力の低下または劣った判断力のような外からわかる徴候が含まれうる、慢性神経変性疾患である。しかし、ＡＤの原因はほとんど理解されていない一方、タンパク質ミスフォールディングを含む生化学的変化が、疾患進行に寄与すると仮定されている。したがって、現在、より明確な診断には、脳組織の検査が必要である。すなわち、ＡＤのような疾患の診断は、主観的であるか、または状態進行の初期には検出が困難でありうる、行動特性または他の外からわかる徴候とは対照的に、ペプチド、タンパク質、または核酸などのバイオマーカーに焦点を当てた診断から利益を受ける可能性もある。
[0049]別の例において、疾患のありうる原因を正確に予測するか、または被験体が所定の治療経過に反応しうるかどうかを決定するための方法（すなわち予後診断または予測法）を提供することが有用でありうる。しばしば、１より多い治療法が使用可能である；が、いずれの単数または複数の治療が有効であるかを示すために利用可能な予測試験がなければ、試行錯誤に頼ることが必要となる可能性もあり、どの治療が有効であるかを決定するため、多数の異なる治療を単独でまたは組み合わせて試みることになる。最終的には、診断および予後診断法または試験のいずれかまたは両方が欠けても、被験体の診断および治療には、何度かの困難が生じうる。
[0050]これらのおよび他の困難は、合成分類指標の設計および実装のためのシステムおよび方法で克服されうる。１つの側面において、分類指標は、被験体集団内の被験体をカテゴリー分けする問題を解決するために実装されうる。例えば、分類指標は、被験体（またはその被験体に関する観察）を、集団内の１またはそれより多い異なる被験体（または観察）に関する情報を含有する訓練データセットに基づいて、特定のカテゴリーまたは下位集団に割り当てることも可能である。例は、被験体の観察される特性によって決定されるように、所定の被験体に診断を割り当てるであろう。
[0051]本開示は、少なくとも部分的に、１またはそれより多い合成ペプチド（すなわち既知のペプチド配列の非天然存在変異体）のセットを用いて、被験体群の観察または側面をカテゴリー分けするための診断および予後診断分類指標の一方または両方を調製することが可能であるという驚くべき発見に基づく。例えば被験体から収集された血清試料と合成ペプチドの相互作用に関する観察を用いて、所定の状態に関して被験体を診断し、どの単数または複数の治療が被験体に有効でありうるかを予測する等、そしてその組み合わせを行うことも可能である。さらに、本開示は、１またはそれより多い合成ペプチドおよび被験体から得られるかまたは被験体内に存在するバイオマーカーの間で、相互作用が検出可能である、ほぼいかなる状況に関しても、合成分類指標を同定し、そして実装する、一般的な方法を提供する。
[0052]１つの側面において、本開示記載の合成分類指標には、バイオマーカーのクエリーを行うための伝統的な分類指標とは区別可能な合成ペプチドが含まれることも可能である。バイオマーカーは、被験体の血液、尿、または別の体液で検出可能である、天然存在生物学的要素（例えば核酸、タンパク質、小分子、抗体等）として定義可能である。１つの側面において、バイオマーカーは、被験体における外来（非天然）または突然変異体（天然）要素（例えば腫瘍、ウイルス、寄生虫等）によって、あるいは天然または非天然要素の存在に反応して、産生されることも可能である。一般的に、バイオマーカーのクエリーを行うと、状態の早期検出、診断の確認、転帰の予測または予後診断の実行、治療反応の監視等が可能になりうる。いくつかの分類指標には、正常または突然変異体ペプチドまたはタンパク質などのバイオマーカーのクエリーを行うための１またはそれより多い要素が含まれてもよいが、本開示の合成ペプチドは、これらの正常または突然変異体ペプチドまたはタンパク質と厳密に同一視することは不可能である。１つの側面において、本開示の合成ペプチドは、所定の被験体に存在可能であるか、または所定の状態と関連しうる、ペプチドまたはタンパク質の正常（野生型）または突然変異体型の変異体でありうる。天然ペプチド（野生型または突然変異体）は、天然にこれらのバイオマーカーと相互作用することが観察されうるように、バイオマーカーのクエリーを行うために有用であると予測されうるが、本開示の合成ペプチドは、精選されたプロテオーム中に存在しない、非天然存在の、設計された配列である。しかし、これらの合成ペプチドは、これらの同じバイオマーカーのクエリーを行うための、より高感度で、そして／または特異的な分類指標に寄与しうる。いかなる特定の理論に束縛されることもなく、本開示の合成ペプチドは、天然存在ペプチド配列に比較して、血清抗体または別のバイオマーカーの部分と相互作用するかまたはこれらと結合するために、より適合したコンホメーションを採用しうる。重要なことに、本開示の合成ペプチドは、診断または予後診断／予測合成分類指標の基礎として、被験体に由来する１またはそれより多いバイオマーカーを検出するかまたは別の方式でこれらと相互作用することが可能でありうる。
[0053]１つの側面において、本開示は、天然存在バイオマーカー間を区別するための分類指標として使用可能な非天然存在ペプチドを発見することは必ずしも予期されていなかったため、合成または変異体ペプチド配列を用いて分類指標を提供しうるという驚くべき発見を活用する。この結果の観点から、本開示は、予測、予後診断、診断、薬力学、および／または有効性−反応適用の１またはそれより多くにおいて有用でありうるバイオマーカーを検出するためのペプチドに基づくプローブを設計するシステムおよび方法を提供する。本明細書にさらに定義するように、バイオマーカーは、その存在が、疾患、感染、または環境曝露などのいくつかの現象の指標となる、生物における測定可能な物質である。１またはそれより多いバイオマーカーの検出のため、本開示にしたがった方法には、ｉ）候補ペプチド同定のための最初の工程としての既知のペプチドターゲットの体系的なスクリーニング、およびｉｉ）それに続く、候補ペプチドの複数の合成変異体を提供するための、天然および非天然アミノ酸の両方での候補の体系的突然変異、候補およびその突然変異体対応物の環状化、またはその組み合わせを含みうる、候補の誘導体化が含まれる。誘導体化は、疾患領域において、バイオマーカー集団の下位群（例えば薬剤反応者対非反応者、または疾患対対照／健康な集団）間を区別する能力に基づく。
[0054]１つの側面において、本開示は、ペプチド候補を同定するためにスクリーニングにのみ頼らなければならず、そしてこれらをバイオマーカーのクエリーを行うプローブとして用いる困難を克服する。現存する解決策は、天然アミノ酸置換のため、ファージまたはｍＲＮＡディスプレイなどの方法に頼る。シトルリンおよびホモシトルリンなどの非天然存在アミノ酸に関しては、遺伝暗号拡大または遺伝暗号再プログラミングを通じて、多様なディスプレイ技術（例えばｍＲＮＡディスプレイ、ファージディスプレイ等）に非天然存在アミノ酸を取り込む困難を克服する研究が進行中である。対照的に、本開示の態様は、これらのペプチド候補を体系的に突然変異させて、元来の天然存在候補ペプチドよりも、バイオマーカーのクエリーを行うプローブとして、より優れて機能する変異体ペプチド配列（すなわち合成ペプチド）を見出すことを伴う。これらの変異体ペプチド配列は、ヒトプロテオーム（天然対非天然）で見出される可能性が低く、そしてこれらが由来するタンパク質の部分の少なくとも未知の（すなわち非天然存在）変異体である。１つの側面において、本開示の合成ペプチドは、所定の状態を伴う被験体の正確な診断のため、ならびに所定の被験体に対してどの治療が有効でありうるか情報を提供するため、検出スキームにおいて実装されうる。
[0055]図１を参照すると、合成分類指標を同定するための方法の１つの態様１００には、第一の複数のペプチドを同定し、そして合成するための工程１０２が含まれる。第一の複数のペプチドの少なくとも部分は、少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列を定義しうる。例えば、ペプチドは、関心対象の部分的または全長タンパク質配列全体の長さに沿って、１アミノ酸分解能でタイリング可能である（図２を参照されたい）。いくつかの態様において、ペプチドは、関心対象の全ヒトプロテオームまたは別のプロテオームに集合的に対応するアミノ酸配列を有しうる。方法１００の次の工程１０４には、少なくとも第一の試料および第二の試料を第一の複数のペプチドと接触させる工程が含まれる。第一の試料は、第一のコホート群に由来し、そして第二の試料は第二のコホート群に由来する。第一の群は第二の群とは異なる。コホートは一般的に、共通の定義する特性を含む被験体群である。例えば、コホートは、被験体の部分が、特定の状態または疾患を有すると診断されている、被験体群であってもよい。より具体的には、コホート内の第一の群は、健康な（対照の）被験体であり、そしてコホート内の第二の群は、特定の状態、疾患、診断等を有することが知られる被験体群であってもよい。
[0056]特に、試料は、コホート内の２またはそれより多い群に由来してもよい。以下の実施例に記載するように、いくつかの態様において、コホートには、３またはそれより多い群が含まれてもよい。例の群には、少なくとも対照のまたは健康な被験体の群、被験体が特定の治療に反応する、特定の状態を有すると診断された被験体の群、および被験体が特定の治療に反応しない、同じ特定の状態を有すると診断された被験体の群が含まれてもよい。さらに、１より多い試料をコホート内の群各々から試験してもよい。例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、５０、１００、１，０００、１０，０００、またはそれより多い試料が、コホート内の各群から得られうる。コホートの選択した群由来の試料の各々を、以下に記載するように、１またはそれより多いペプチドと、個々にまたは組み合わせて接触させてもよい。１つの側面において、試料は、血液試料、血清試料、頬スワブ、尿試料、糞便試料、組織試料等、またはその組み合わせであってもよい。単一の試料は、一般的に、個々の被験体から収集されるであろう。しかし、いくつかの態様において、１またはそれより多い試料をプールして、単一の組み合わせ試料を提供することが有用である可能性もある。
[0057]方法１００の次の工程１０６には、第一の複数のペプチドから第一のペプチドサブセットを選択する工程が含まれる。第一のペプチドサブセットは、第一および第二の群由来の第一および第二の試料を少なくとも部分的に分類可能である、候補ペプチドであってもよい。方法１００の次の工程１０８には、第二の複数のペプチドを同定し、そして合成する工程が含まれる。第二の複数のペプチドの少なくとも部分は、第一のペプチドサブセットおよび第一のペプチドサブセットの複数の変異体ペプチドの配列を定義することも可能である。例えば、複数の変異体ペプチドには、第一のペプチドサブセットの各１つに関して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する変異体ペプチドが含まれてもよい。１つの側面において、複数の変異体ポリペプチドには、本明細書に定義するような、１またはそれより多い合成ペプチドが含まれてもよい。
[0058]方法１００の次の工程１１０には、少なくとも第一の試料および第二の試料（またはそれに匹敵する試料）と第二の複数のペプチドを接触させる工程が含まれてもよい。その後、方法１００の次の工程１１２には、第二の複数のペプチドから、第二のペプチドサブセットを同定するかまたは別の方式で選択する工程が含まれてもよい。第二のペプチドサブセットには、複数の変異体ペプチドの少なくとも１つが含まれてもよい。方法１００の次の工程１１４において、第二のペプチドサブセットの少なくとも１つを含む、合成分類指標が定義されうる。合成分類指標は、第一の群に由来する試料および第二の群に由来する試料の間を区別可能である。さらに、合成分類指標には、方法１００にしたがって同定された１またはそれより多い合成ペプチドが含まれてもよい。
[0059]特に、本開示にしたがった方法１００の態様には、１またはそれより多いさらなる工程が含まれてもよいし、あるいは方法１００の例示する工程の１またはそれより多くが省かれてもよい。例えば、方法１００の最初の工程を実行せずに、そこから複数の変異体ペプチドを調製してもよい、ペプチドサブセットを同定することも可能でありうる。すなわち、第一の複数のペプチドを同定し、そして合成する工程、第一の複数のペプチドを被験体試料と接触させる工程、ならびに同定する工程および接触させる工程の、方法１００の第一および第二の例示する工程の結果に基づいて、第一のペプチドサブセットを選択する工程を省くことも可能でありうる。したがって、方法１００は、第二の複数のペプチドを同定し、そして合成する工程で始まってもよい。一般的に、生じる分類指標が合成またはそれ以外であるかいずれであっても、分類指標を定義する結果をなお可能にする、任意の適切な方法で、方法１００を修飾してもよい。本開示の範囲内に属する、方法１００のさらに他の変形は、本明細書に含まれるさらなる実施例および説明から明らかであろう。
[0060]以下の実施例は、例示であるよう意図され、そしていかなる点でも限定するよう意図されない。
実施例１：
[0061]関節リウマチ（ＲＡ）は、身体の多数の関節（例えば５より多い関節）において現れる、全身性炎症性疾患である。炎症プロセスは、主に、関節の裏打ち（滑膜）に影響を及ぼすが、他の臓器にもまた影響を及ぼしうる。炎症滑膜は、軟骨および骨の侵食、ならびにときに関節変形を導く。関節リウマチは自己免疫疾患であるため、リウマチ因子（ＲＦ）などの自己抗体が、しばしば、ＲＡ患者から単離された血清試料中に存在する。１９９０年代後期、アルギニンのシトルリン化、そしてより最近、リジンのホモシトルリン化が、ＲＡ患者の血清から単離された自己抗体の抗原性決定基と同定されてきている（Ｐｒｕｊｉｎら， ２０１５． Ｃｉｔｒｕｌｌｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃａｒｂａｍｙｌａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｐａｔｈｏｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ， Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ｖｏｌ． ６， ｉｓｓ． １９２もまた参照されたい）。ＲＡの典型的な第一選択治療には、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤＳ）の使用が含まれる。
[0062]ペプチドアレイを用いた、抗体、自己抗体、またはその組み合わせのプロファイリングは、以前記載されている（例えば、Ａｌｂｅｒｔらに対する米国特許公報第２０１５／０１８５２１６号を参照されたい）；が、ＲＡ患者血清試料のシトルリン化およびホモシトルリン化エピトープは、完全には特徴付けられていない。この目的に向け、被験体コホート由来の総数９０の血清試料に関して、コホートの３つの異なる群各々において、被験体から３０の血清試料を得た。コホートの３つの異なる３０の被験体群（下位集団）には、ｉ）対照のまたは健康なドナー群（すなわち、ＲＡに関して陰性であると診断された被験体）、ｉｉ）第一選択治療に反応したＲＡ患者の反応者またはＤＭＡＲＤＳ群（すなわち、メトトレキセートなどのＤＭＡＲＤＳでの治療に反応したＲＡ患者）、およびｉｉｉ）第一選択治療および少なくとも１つの生物製剤（例えば抗ＴＮＦ−α、抗ＣＤ２０、抗ＩＬ−６、ＩＬ−１受容体アンタゴニスト、Ｔ細胞共刺激遮断剤等）に失敗したＲＡ患者の非反応者群が含まれた。
[0063]質量分析を用いて、その内容に、２人のＲＡ患者の滑液由来のシトルリン化されていると同定された５２のタンパク質に相当するペプチドが含まれる、第一のアレイ設計を用いて、９０の血清試料の最初のスクリーニングを行った（Ｖａｎ Ｂｅｅｒｓら， ２０１３． Ｔｈｅ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｓｙｎｏｖｉａｌ ｆｌｕｉｄ ｃｉｔｒｕｌｌｉｎｏｍｅ ｒｅｖｅａｌｓ ｎｏｖｅｌ ｃｉｔｒｕｌｌｉｎａｔｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｉｎ ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ， ｍｙｅｌｏｉｄ ｎｕｃｌｅａｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎｔｉｇｅｎ， ａｎｄ β−ａｃｔｉｎ． Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ＆ Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ． ６５（１）：６９−８０）。１アミノ酸タイリング分解能の重複する１２量体ペプチドを用いて、タンパク質をタイリングした（１アミノ酸タイリング分解能の例として、図２を参照されたい）。アミノ酸、アルギニンおよびリジンを含有するすべてのペプチドに関して、また、シトルリンをアルギニンに、そしてホモシトルリンをリジンに置換することによって、誘導体ペプチドを合成した（すなわち第一のアレイ設計に含めた）。特に、ＲＡと診断された被験体において、タンパク質の選択されるアルギニンおよびリジン残基は、それぞれ、シトルリンおよびホモシトルリンで置換されていることが観察される一方、この置換は必ずしも徹底的ではない。例えば、ＲＡを有する被験体において、シトルリン置換を示すタンパク質は、なお、１またはそれより多い非置換アルギニン残基を含んでもよい。したがって、第一アレイ設計に含まれる、誘導体ペプチドの少なくとも部分は、本明細書で定義するような合成ペプチドと見なされうる。
[0064]統計分析には、以下が含まれた：（１）群間の相違の検出のための、多数回試験修正後の０．０５のアルファでの線形モデル。群平均間の相違に関して、２倍の閾値を用いる。（２）８アミノ酸のスライディングウィンドウサイズで、自己抗体検出のため、スライディングウィンドウＫｏｌｍｏｇｏｒｏｖ−Ｓｍｉｒｎｏｖ試験を用いる。（３）突然変異検出のための２サンプルｔ検定、および（４）分類指標生成のためのランダムフォレストモデル。すべての統計分析をＲ統計プログラミング環境で実行した。
[0065]図３を参照すると、統計分析は、対照試料およびＲＡ試料（ＤＭＡＲＤＳまたは非反応者のいずれか、あるいは両方）の間を十分に区別可能である第一のアレイ設計上に存在するペプチドの多数のペプチドを明らかにした。しかし、統計的に有意な方式で、ＤＭＡＲＤＳおよび非反応者を区別するペプチドは見出されなかった。
[0066]３つの群：対照、ＤＭＡＲＤＳおよび非反応者の間を区別可能である、ヒトプロテオーム中の任意のペプチドが存在するかどうかを評価するため、天然、ならびにそれぞれ、アルギニンおよびリジンに対して、シトルリンおよびホモシトルリンを置換することによって合成された誘導体ペプチドの両方を含む、全ヒトプロテオームを含むように、第一のアレイ設計由来の５２のタンパク質から発展させた、第二のアレイ設計を生成した。上に論じるように、第二のアレイ設計に含まれる誘導体ペプチドの少なくとも部分は、本明細書に定義するような合成ペプチドと見なされうる。第二のアレイ設計のため、４アミノ酸タイリング分解能の重複する１２量体〜１６量体ペプチドを用いて、タンパク質をタイリングした（４アミノ酸タイリング分解能の例として、図２を参照されたい）。全ヒトプロテオームをスクリーニングするため、各群由来の１０の血清試料のサブセットを選択し、そして第二のアレイ設計でプロファイリングした。図４Ａを参照すると、統計分析によって、ＤＭＡＲＤＳおよび非反応者群間を区別可能ないくつかのペプチドが明らかになった。特に、ＤＭＡＲＤＳおよび非反応者群間を区別可能な２つのみのペプチドに関するデータを示す。検査に際して、これらの２つのペプチドのｌоｇ２シグナルを、誘導体ペプチドおよび野生型対応物の間のｌоｇ２シグナル相違に変換することによって、３つの群（すなわち、対照、ＤＭＡＲＤＳ、および非反応者）間の分離が見られうる（図４Ｂ）。
[0067]特定のバイオマーカーまたは疾患タイプに関して、天然存在ペプチド（すなわち、第二のアレイ設計に含まれるペプチド）から、十分な分類指標が調製可能である可能性もあるが、その統計的有意性および３つの被験体群間を区別する能力に基づいて、上位９７の候補ペプチドをまず選択することによって調製した第三のアレイ設計で、分類指標性能のさらなる改善が達成された。次に、候補ペプチドのすべての位が、２０の天然アミノ酸、シトルリン、またはホモシトルリンのいずれか１つで置換される（一度に１つずつ）、体系的置換分析を実行することによって、いくつかの変異体ペプチド配列を調製した。特に、所定の候補ペプチド配列内のアミノ酸のシトルリンまたはホモシトルリンでの置換を、その位のアミノ酸の元来の同一性にとらわれずに実行した。したがって、上に論じるように、第三のアレイ設計に含まれる変異体ペプチドの少なくとも部分は、本明細書に定義するような合成ペプチドと見なされうる。９７の候補ペプチドのすべての単一置換にあたる３４，１４４変異体ペプチドより多い、この新規１２重設計を用いて、９０の血清試料すべてをプロファイリングした。統計分析に基づく手動の精選によって、０．８６のマルチクラス受信者動作特性（ＲＯＣ）性能で、３群すべての間を区別する、３ペプチド分類指標が明らかになった（図５〜７）。分類指標を構成する３つの合成ペプチドには各々、対応する野生型（すなわち天然存在）ペプチド配列に比較して、少なくとも１つの修飾が含まれた。１つの側面において、３つの合成ペプチドの各々には、野生型ペプチド対応物に比較して、少なくともシトルリンまたは別の古典的アミノ酸でのアミノ酸の置換が含まれた。
[0068]特に、第三のアレイ設計における変異体ペプチドから選択された３つの合成（すなわち非天然存在）ペプチドが、任意の個々の天然存在（すなわち野生型または突然変異体）ペプチドまたはその組み合わせよりも優れた分類指標でないとしても、同等に優れた分類指標を提供可能であるという驚くべき発見がされた。１つの側面において、図７は、所定のコホートに関してそしてコホートに渡っての両方で、対応する野生型ペプチドに比較して、測定されたシグナルに対する合成ペプチドの影響を例示する。重要なことに、バイオマーカーのクエリーを行うための合成ペプチドを設計するためのこのアプローチは、天然存在ペプチド（野生型ペプチドおよび既知のまたは予期されるその突然変異体を含む）を用いた、最初の分類指標開発が十分でない場合に使用可能である。すなわち、本開示は、バイオマーカー検出および分類に、より一般化可能な解決法を生じうるアプローチを提供する。
実施例２：
[0069]高密度ペプチドアレイ産生のためのマスクレスアレイ合成プラットフォームの使用、ペプチド分類指標発見、およびそれに続く、リードペプチドの体系的なアミノ酸置換を通じた増進を適用して、健康な対照、第一選択治療に反応する疾患患者、および第一選択治療に不応性である疾患患者の間を区別する合成ペプチド分類指標を生成可能である。
[0070]ＲＡのような自己免疫疾患（実施例１を参照されたい）に加えて、癌免疫療法に対する患者の反応性に基づいて、分類指標を構築するために、類似の方法論を適用してもよい。この目的に向けて、免疫療法を受ける前に、４５の癌患者の血清試料をプロファイリングした。４５人の患者のうち、１５人は、最終的に治療に非反応性であり（すなわち進行性疾患）、そして３０は、治療に少なくとも部分的に反応した（すなわち完全反応、部分反応、および安定疾患）。血清試料を、４アミノ酸タイリング分解能の重複する１６アミノ酸ペプチドでタイリングされた完全注釈付きヒトプロテオームを含む、汎プロテオームペプチドアレイ上で、包括的にプロファイリングした（４アミノ酸タイリング分解能の例に関しては、図２を参照されたい）。生じたデータの統計分析に、ランダムフォレストモデルを用いて、試験ペプチドから特定のペプチドを選択し、群予測エラー（すなわち、アウトオブバッグエラー）を最小限にした。このアプローチを用いて、５またはそれより少ない天然存在ペプチドで構成される分類指標とともに、１０％未満のＯＯＢエラー率が達成された。同定された特定のリード野生型ペプチドに基づいて、体系的置換分析を行って、特定の合成ペプチドが、天然存在ペプチドで構成される、以前同定された分類指標よりも優れた性能を示す、合成分類指標を導くかどうかを評価することも可能である。特定の突然変異体ペプチドが、より優れた性能の分類指標を導く場合、癌免疫療法の患者層別化への、本明細書に開示する方法論の適用可能性を立証するよう働くであろう。
[0071]しかし、開示する分類指標発見および増進方法論の適用は、ＲＡおよび癌にのみ限定されないことが認識されるであろう。本開示の方法は、抗体レパートリーが疾患予後診断または疾患病因論のいずれかに特異的な影響を有する任意の疾患に適用可能であることが考えられる。抗体レパートリーが疾患予後診断または疾患病因論に関連付けられている例には、限定されるわけではないが、他の自己免疫疾患、例えば全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）および炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、および移植中の宿主対移植片病が含まれる。
[0072]図に示す模式的フローチャートは、一般的に、論理的フローチャート図として示される。こうしたものとして、示す順序およびラベル付けされた工程は、提示する方法の１つの態様を示す。例示する方法の１またはそれより多い工程またはその部分に、機能、論理、または効果が同等である、他の工程および方法論が意図されうる。さらに、図で使用する形式および記号は、方法の論理的工程を説明するために提供され、そして方法の範囲を限定しないと理解される。多様な矢印タイプおよび線タイプが使用されうるが、これらは、対応する方法の範囲を限定しないと理解される。実際、いくつかの矢印または他の連結記号は、方法の論理的流れのみを示すために用いられうる。例えば、矢印は、示す方法の列挙される工程間の明記されない期間の待機または監視期間を示しうる。さらに、特定の方法が起こる順序は、示す対応する工程の順序を厳密に順守してもよいしまたはしなくてもよい。

Claims (12)

  1. 診断又は予後診断の分類指標である、合成分類指標を同定するための方法であって：
    少なくとも第一の試料および第二の試料を、第一の複数のペプチドと接触させ、該第一の試料は対照の第一のコホート群に由来し、該第二の試料は疾患を有する又は該疾患を有すると診断された、該疾患のバイオマーカーを有する第二のコホート群に由来し、該第一の群は該第二の群とは異なり、該第一の複数のペプチドのアミノ酸配列の少なくとも部分は少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列からなり、該第一の複数のペプチドが、プロテオーム全体の少なくとも９０％に相当し、該プロテオームがウイルスおよび生物から選択され、そして該第一の複数のペプチドが、重複するペプチドで少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列に渡ってタイリングされる；
    該第一の試料および該第二の試料の各々と該第一の複数のペプチドの相互作用に特徴的な、第一のシグナル出力を検出し、
    該第一のシグナル出力に基づいて、該第一の複数のペプチドから第一のペプチドサブセットを選択し；
    該第一の試料および該第二の試料を、第二の複数のペプチドと接触させ、該第二の複数のペプチドの少なくとも部分は、該第一のペプチドサブセットの複数の合成ペプチドを含み、該複数の合成ペプチドは各々、対応する該第一のペプチドサブセットのアミノ酸配列に対して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つが導入されたアミノ酸配列を有し、該合成ペプチドは、該プロテオーム中に存在しない、非天然存在の設計された配列である；
    該第一の試料および該第二の試料の各々と該第二の複数のペプチドの相互作用に特徴的な、第二のシグナル出力を検出し；そして
    該第二のシグナル出力に基づいて、該第二の複数のペプチドから第二のペプチドサブセットを選択し、該第二のペプチドサブセットは、該複数の合成ペプチドの少なくとも１つを含み、該合成分類指標は該第二のペプチドサブセットを含み、そして該合成分類指標は、該第一の群に由来する試料および該第二の群に由来する試料の間を区別する；
    ここで、該合成分類指標は、該合成分類指標の合成ペプチドと被験体に由来する存在又は非存在のバイオマーカー間の相互作用を検出することによって、該第一の群または該第二の群に、診断または予後診断される被験体を割り当てるためのデータを提供するために用いることができる；
    ことを含む、前記方法。
  2. 前記第一の複数のペプチドおよび前記第二の複数のペプチドにおけるペプチドが各々、長さ１２アミノ酸〜１６アミノ酸の間である、請求項１の方法。
  3. 前記第一の複数のペプチドにおけるペプチドが、１アミノ酸〜４アミノ酸の間でタイリングされる、請求項１の方法。
  4. 前記合成ペプチドの各１つが天然存在ペプチドに対応し、そして該合成ペプチドの各１つが、少なくとも１つのアミノ酸位に関して、該対応する天然存在ペプチド配列と異なる配列を有する、請求項１の方法。
  5. 前記第一のシグナル出力はフルオロフォア励起−放出を通じて得られる蛍光強度であり、該蛍光強度はｉ）前記第一の複数のペプチドと関連する第一の試料および第二の試料の１つの構成要素のアバンダンス、およびｉｉ）前記第一の複数のペプチドに対する、第一の試料および第二の試料の１つの構成要素の結合アフィニティの少なくとも１つを反映する；そして
    前記第二のシグナル出力はフルオロフォア励起−放出を通じて得られる蛍光強度であり、該蛍光強度は、ｉ）前記第二の複数のペプチドと関連する第一の試料および第二の試料の１つの構成要素のアバンダンス、およびｉｉ）前記第二の複数のペプチドに対する、第一の試料および第二の試料の１つの構成要素の結合アフィニティの少なくとも１つを反映する；
    請求項１の方法。
  6. 診断又は予後診断の分類指標である、合成分類指標を同定するための方法であって；
    少なくとも第一の試料および第二の試料を、第一の複数のペプチドと接触させ、該第一の試料は対照の第一のコホート群に由来し、該第二の試料は疾患を有するか又は該疾患を有すると診断された第二のコホート群に由来し、該第一の群は該第二の群とは異なり、そして該第一の複数のペプチドは第一のペプチドサブセットおよび第二のペプチドサブセットを含んでなり、ここで：
    ｉ）該第一のペプチドサブセットは複数のペプチドからなり、該複数のペプチドの各々は少なくとも１つの天然存在アミノ酸配列を含んでなる、および
    ｉｉ）該第二のペプチドサブセットは、複数の合成ペプチドからなり、ここで、該複数の合成ペプチドには、対応する該第一のペプチドサブセットの天然に存在するアミノ酸配列の少なくとも１つに対して、置換、欠失、挿入、伸長、および修飾の少なくとも１つを有する、該第一のペプチドサブセットの各々のための合成ペプチドが含まれる；
    該第一の試料および該第二の試料の各々と該第一の複数のペプチドの相互作用に特徴的な、第一のシグナル出力を検出し；
    該第一のシグナル出力に基づいて、該第一のペプチドサブセットを選択し；
    該第一の試料および該第二の試料の各々と該第二の複数のペプチドの相互作用に特徴的な、第二のシグナル出力を検出し；
    該第二のシグナル出力に基づいて、該第二のペプチドサブセットから該複数の合成ペプチドの少なくとも１つを選択し；そして
    該複数の合成ペプチドの少なくとも１つを合成分類指標とする、該合成分類指標が該第一の群に由来する試料および該第二の群に由来する試料の間を区別する
    ことを含む、前記方法。
  7. 前記第一の複数のペプチドの少なくとも部分が、ターゲットプロテオームの少なくとも９０％に相当し、該ターゲットプロテオームがウイルスおよび生物から選択される、請求項６の方法。
  8. 前記合成分類指標が、前記第一の群に由来する試料および前記第二の群に由来する試料の間を、前記第一のペプチドサブセットより選択されるペプチドからなる天然分類指標よりも、より優れた感度およびより優れた特異性の少なくとも１つで区別する、請求項６の方法。
  9. 前記第一の複数のペプチドにおけるペプチドが各々、長さ１２アミノ酸〜１６アミノ酸の間である、請求項６の方法。
  10. 前記第一の複数のペプチドにおけるペプチドが、１アミノ酸〜４アミノ酸の間でタイリングされる、請求項６の方法。
  11. 前記合成ペプチドの各１つが天然存在ペプチドに対応し、そして該合成ペプチドの各１つが、少なくとも１つのアミノ酸位に関して、該対応する天然存在ペプチド配列と異なる配列を有する、請求項６の方法。
  12. 前記第一のシグナル出力はフルオロフォア励起−放出を通じて得られる蛍光強度であり、該蛍光強度は、ｉ）前記第一の複数のペプチドと関連する第一の試料および第二の試料の１つの構成要素のアバンダンス、およびｉｉ）前記第一の複数のペプチドに対する、第一の試料および第二の試料の１つの構成要素の結合アフィニティの少なくとも１つを反映する、請求項６の方法。
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Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
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WO2020083834A1 (en) * 2018-10-22 2020-04-30 F. Hoffmann-La Roche Ag Profiling of rheumatoid arthritis autoantibody repertoire and peptide classifiers therefor

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2445309A1 (en) * 2001-04-24 2002-11-07 Otsuka Pharmaceutical Co., Ltd. Crohn's disease antibody-binding peptide and method of examining crohn's disease
NL1019540C2 (nl) 2001-12-11 2003-07-01 Stichting Tech Wetenschapp Werkwijze voor het detecteren van auto-antilichamen van patienten die lijden aan reumatoïde artritis, peptide en assaykit.
WO2005050224A2 (en) * 2003-11-13 2005-06-02 Epitome Biosystems Inc. Small molecule and peptide arrays and uses thereof
EP2008100A4 (en) * 2006-04-18 2009-12-16 Univ Leland Stanford Junior ESTABLISHING ANTIBODY PROFILES FOR DETERMINING PATIENT SENSITIVITY TO TREATMENT
WO2008089756A2 (de) * 2007-01-26 2008-07-31 Ga Generic Assays Gmbh Verfahren zum nachweis von antikörpern aus körperflüssigkeiten durch eine immunreaktion mit glykoprotein 2 (gp2) aus zymogenen granula des pankreas zur differentialdiagnose von entzündlichen darmerkrankungen und chronischer pankreatitis
CN100535116C (zh) * 2007-02-05 2009-09-02 中国人民解放军第三军医大学 幽门螺杆菌尿素酶b亚单位b细胞抗原表位多肽与应用
US20110118144A1 (en) * 2007-12-19 2011-05-19 Linus Hyun Engineered phage vectors for the design and the generation of a human non-antibody peptide or protein phage library via fusion to pix of m13 phage
JP5582433B2 (ja) * 2009-03-24 2014-09-03 国立大学法人名古屋大学 機能性ペプチドを表すルールの抽出法、機能性ペプチドの設計法及び調製法、ポリペプチド又はポリペプチド含有組成物の評価法、並びに機能性ペプチド
US20120190574A1 (en) 2009-06-19 2012-07-26 The Arizona Board of Regents, A body Corporate of the State of Arizona for and on behalf of Arizona Compound Arrays for Sample Profiling
CA3067295C (en) * 2011-02-02 2022-06-21 Academisch Ziekenhuis Leiden H.O.D.N. Lumc Anti-carbamylated protein antibodies and the risk for arthritis
WO2014130627A1 (en) * 2013-02-21 2014-08-28 Children's Medical Center Corporation Glycopeptide identification
AU2014338991B2 (en) * 2013-10-22 2020-06-11 Novimmune S.A. Methods and compositions for diagnosis and treatment of disorders in patients with elevated levels of TLR4 ligands and other biomarkers
JP6312225B2 (ja) 2013-12-27 2018-04-18 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲーＦ． Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ Ａｋｔｉｅｎｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ タンパク質に対するペプチドバインダーの系統的探索、成熟化、および伸長
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