JP5706817B2 - ループスのためのバイオマーカー - Google Patents
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Description
本発明は、ループスのための新しいバイオマーカーおよびそれらの使用のための方法およびキットに関する。さらに、ループスの処置または予防のためのワクチンを提供する。
全身性エリテマトーデス（全身性紅斑性狼瘡）（SLE）またはループスは、心臓、腎臓、皮膚、肺、血管、肝臓、および神経系を含み、体における関節（ジョイント）およびほとんどのあらゆる主要器官に影響を及ぼすことがある慢性自己免疫疾患である。他の自己免疾患におけるように、体の免疫系は体の自身の組織および器官を攻撃し、炎症が導かれる。ループスになる人の危険性は主に、遺伝因子で定まるように見えるが、しかし、環境因子、たとえば、感染症またはストレスのようなものは、疾患の発症の引き金を引くかもしれない。ループスの過程は変動し、そしてフレアの交互期間、すなわち増加した疾患活動性、および完解（緩解）の期間によって特徴付けられることが多い。
米国において、ループスを患うおよそ100万の人々の世界的な、控え目な見積もりは、およそ400万人のループス患者を示す。ループスは、男性においてよりも女性でしばしば、およそ9倍近く発生する。ループスは任意の年齢ででも起こることがあるが、それは出産年齢女性で最も一般的である。
ループスに対する治療法は目下のところない。しかし、フレア（紅斑、発赤）を減らし、そしてそれに対処する手段が、薬物、たとえば、抗炎症薬物、代替医療またはライフスタイルの変化のようなものを含めて存在する。処置レジメ（投与計画）は、疾患のひどさおよび患者の反応性に依存する。疾患修飾性抗リウマチ薬は予防的に、フレアの発生率を減らすのに用いることができる。フレアが起こるとき、それらは副腎皮質ステロイドで処置されることが多い。
上述のように、ループスの患者は多種多様な症状を提示することがあり、そして従って診断するのが難しい。多数の試験が抗核抗体テスト（ANA）、抗DNA抗体のような他の自己抗体のための試験、血清補体価についての試験、尿分析、尿における高められたタンパク質レベルを探求することを含め、診断をするために用いられ、そして時々、影響を受けた器官の生検が用いられる。しかし、これらのテストが、決定的な診断を必ずしも与えるというわけではなく、たとえば、陽性のANAテストが感染症またはリウマチ性疾患により起こることがあり、そしてループスを伴わない健康な人々でさえ、陽性反応を示すことがある。ANAテストについての感度および特異性は93%および57%である[Habash-Bseiso（ハバシュ-ブセイソ）, D、Clin Med Res.（クリニカル・メディシン・アンド・リサーチ）、2005、8月；3(3)：190-193）。ループス診断は目下の方法を用いて7〜10年がかかることが多い。
したがって、ループスを診断する方法で用いることができるループスについての新しい、または改善されたバイオマーカーのための、ループス、無症状（サブクリニカル）またはループスへの前駆症状の早期検出のための、またはループスの進行、または鎮静からフレアまで、またはその逆の移行の見込み、または治療上の処置の有効性を監視（モニター）するための必要性が存在する。
本発明の概略。特定の自己抗体の存在または患者（受動体）における自己抗体の組合せ、またはそのような自己抗体または自己抗体の組合せの数または濃度の有意な増加は、有用なバイオマーカーをループス（狼瘡）に提供することが今回見出された。初期結果（Early result）は、開示する発明がまたループスを他の疾患からも区別することを示す。
したがって、本発明は、ループスの感受性（易罹患性）を診断または検出するのに役立つバイオマーカーを提供する。本発明はまた、ループスを診断またはループスの感受性を検出するのに役立つバイオマーカーのパネルを提供する。本開示は、先行技術の方法と比較したとき良好な特異性および/または選択性を有するパネルを含む。前記バイオマーカーおよびバイオマーカーのパネルはまた、ループスの進行または退行をモニターすること、疾患のフレアへの進行またはフレアから鎮静への移行をモニターすること、またはループスに対する治療上の薬剤の有効性をモニターすることに有用である。
1種の具体化において、本発明は、自己抗原として、ZMAT2〔その変異体を含み（以下に議論する）〕を採用し、また随意に少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、7つ、9つ、10、15または20の他の自己抗原（たとえば、表1、2、3、4または5において規定するようなもの）とともに用いられる、方法/使用（用途）および生成物（たとえば、バイオマーカー、キット、ワクチン、パネルおよびそれらを用いる方法）を提供する。
適切には、用いる少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、7つ、9つ、10、15、20または25の他の自己抗原は、以下からなるグループから選ばれる。
（a）BPY2IP1（MAP1Sプロテイン）；CEBPG（CCAAT/エンハンサー結合性タンパク質（C/EBP）、ガンマ）；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合物（悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する）〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8〔Keratin（ケラチン）8〕；LIN28（リン-28相同体［エレガンス線虫（C. elegans）］）；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ（A）結合性タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1〔プレクストリン（Pleckstrin）相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1〕；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合モチーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合性タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン（Staufen）、RNA結合性タンパク質［ショウジョウバエ（Drosophila）］〕、転写変異体T3〕；STK11（セリン/スレオニンキナーゼ11［ポイツ-ジェガーズ（Peutz-Jeghers）症候群］）；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；およびZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）；または
（b）ASPSCR1（胞状軟部肉腫染色体領域、候補1）；CEBPG（CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ）；DDX55〔DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）ボックスポリペプチド55〕；DOM3Z〔ドン（dom）-3相同体Z［エレガンス線虫（C. elegans）］〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合物（悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する）〕；HMG20B（高移動度グループ20B）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体［エレガンス線虫（C. elegans）］〕；LNX（numbタンパク質Xのリガンド）；MAP1S（MAP1Sタンパク質）；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1）；PHLDA1〔プレクストリン（Pleckstrin）相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1〕；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；PRKCBP1（プロテインキナーゼC結合タンパク質1）；PRKRA（プロテインキナーゼ、インターフェロン誘導二重鎖RNA依存アクチベーター）；RARA（レチノイン酸受容体、アルファ）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RPL30（リボソームタンパク質L30）；RPL31（リボソームタンパク質L31）；SNK（血清誘導キナーゼ）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；STAU1〔スタウフェン（Staufen）、RNA結合タンパク質［ショウジョウバエ（Drosophila）］、転写変異体T3）；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；VCL（ビンキュリン）；ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；およびZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）。
ZMAT2および少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、7つ、9つ、10、15、20または25の他の自己抗原（例は、上記のグループ(a)または (b)から選ばれるようなもの）に加えて、一つまたはそれよりも多くのさらなる自己抗原を採用することができ、そこでは、前記一つまたはそれよりも多くのさらなる自己抗原が以下からなるグループから選ばれる。すなわち、IFI16（インターフェロン、ガンマ誘導可能なタンパク質16）；PSME3〔プロテアソーム｛プロソーム（prosome）、マクロペイン（macropain）｝アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）、トランスク（transc）〕；RALBP1（Ra1A結合タンパク質1）；SSA2〔Sjogren（シェーグレン）症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク質自己抗原SS-A/Ro）〕；およびBANK1〔アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールド（足場）タンパク質1）である。
このように、本発明の方法が、受動体（患者）サンプルを、ZMAT2/自己抗原の組合せで、その組合せが上記に概説したようなものでありうる（その変異体を含む）ものに対してテストすることを含むことが認識される。このように、サンプルにおける自己抗体の存在、不存在または調節（修飾）されたレベルが検出される。若干の具体化において、自己抗原は提供され/パネルの形態で用いられ、そしてパネルそれら自体だけでなくこれらのパネルを使う方法は本発明の一部を形成する。
ZMAT2 /上記に概説したような自己抗原の組合せを採用する、特定の方法/用途および生成物の例は、この明細書および本出願の添付するクレームのセットから明らかであろう。また、ここに記述される方法/用途および生成物の特定の例は、本発明の方法/用途および生成物の上記の議論から導き出すことができる自己抗原の任意の特定の組合せを採用するために調節することができる。
本発明の方法、バイオマーカー、キットおよびパネルは、単独で、または一つまたはそれよりも多くの他の診断（判断）/予後指標または技術とともに（例は、それらの前に、後に、またはそれと同時に）用いることができる。そのような組合せは、例として、以下に対して用いることができる。すなわち、(i)ループスを診断し；(ii) ループスへの感受性を検出し；(iii)ループスの進行または退行をモニターし；(iv)疾患のフレアへの進行またはフレアから鎮静への移行をモニターし；または(v)ループスに対する治療上の薬剤の有効性をモニターすることである。
本発明の開示との組合せにおいて採用することができる診断/予後指標または技術の例は、ループスの診断/予測（予後）において有用性をもつそれらのものを含むことができる。例には、以下のものが含まれる。すなわち、ループスの徴候の特徴またはそれを示す存在；完全または不完全なSLEDAI（全身性エリテマトーデスの疾患活動性インデックス）スコア；抗核抗体（ANA）血液試験；抗DNA抗体のような他の自己抗体についての試験；血清補体レベルについての試験；尿分析（例は、尿における高められたタンパク質レベルの探求）；一つまたはそれよりも多くの他のバイオマーカーの使用；抗ds DNA試験；血球計数；およびそして、影響を受けた器官の生検分析である。
本発明は、ループスをもつ、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断することにおいて有用な方法を提供し、それは、患者からのサンプルを、自己抗原のパネルに対し、サンプルにおける自己抗体の存在、その不存在または調節されたレベルを検出するために試験することを含み、自己抗原のパネルは、次の
(a)表2に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10または（ore）それよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
(a)表2に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10または（ore）それよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
「診断」の定義（下記参照）から認識されるように、上記の方法はループス〔またはそのことへの傾向（素因）〕の正の、または負の診断を提供することに有用であることができる。
表2の自己抗原は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；ASPSCR1（胞状軟部肉腫染色体領域、候補1）；BANK1B細胞（アンキリン反復を伴うスキャホールドタンパク質1）；CEBPG（CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ）；DDX55（DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）ボックスポリペプチド55）；DOM3Z〔dom（ドン）-3相同体Z｛エレガンス線虫（C. elegance）｝〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）FUS〔融合物（悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する）〕；HMG20B（高移動度グループ20B）；IFI16（インターフェロン、ガンマ誘導タンパク質16）；KRT8（ケラチン8）；LIN28リン(Lin)-28相同体（エレガンス線虫）；LNX〔numb（麻痺した）タンパク質Xのリガンド〕；MAP1S（MAP1Sタンパク質）；PABPC1〔ポリ (A)結合タンパク質、サイトピラスミック（細胞質）1〕；PHLDA1〔プレクストリン（Pleckstrin）相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1〕；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；PRKCBP1（プロテインキナーゼC結合タンパク質1）；PRKRA（プロテインキナーゼ、インターフェロン誘導二重鎖RNA依存アクチベーター）；PSME3〔プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）〕；RALBP1（Ra1A結合タンパク質1）；RARA（レチノイン酸受容体、アルファ）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RPL30（リボソームタンパク質L30）；RPL31（リボソームタンパク質L31）；SNK（血清誘導キナーゼ）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSA2〔Sjogren（シェーグレン）症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク質自己抗原SSA/Ro）〕；STAU1〔スタウフェン（Staufen）、RNA結合タンパク質｛ショウジョウバエ（Drosophila）｝、転写変異体T3〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349)；VCL（ビンキュリン）；ZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）である。
本発明は、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者（受動体）を診断するのに有用な方法を提供し、それは、患者からのサンプルを、自己抗原のパネルに対し、サンプルでの自己抗体の存在、その不存在または調節されたレベルを検出するために試験することを含み、自己抗原のパネルは、次の
(a)表1に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10またはそれよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
(a)表1に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10またはそれよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
表1の自己抗原は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；BANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1（MAP1Sタンパク質）；CEBPG（CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ）；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS（融合（悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する））；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；IFI 16（インターフェロン、ガンマ誘導タンパク質16）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RALBP1（Ra1A結合タンパク質1）；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1〔RNA結合モチーフ（モティーフ）、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体〕；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349)；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；ZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）、PSME3〔プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）、transc〕、およびSSA2〔シェーグレン症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク自己抗原SS-A/Ro）〕である。
本発明は、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者（受動体）を診断するのに有用な方法を提供し、それは、患者からのサンプルを、自己抗原のパネルに対し、サンプルでの自己抗体の存在、その不存在または調節されたレベルを検出するために試験することを含み、自己抗原のパネルは、次の
(a)表4に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10またはそれよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
(a)表4に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10またはそれよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
表4の自己抗原は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；BANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1またはMAP1S（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合（悪性脂肪肉腫でt（12；16) に関与する））；HMG20B（高移動度グループ20B）；IFI16（インターフェロン、ガンマ誘導タンパク質16）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；PSME3〔プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）〕；RALBP1（Ra1A結合タンパク質1）；RARA（レチノイン酸受容体、アルファ）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSA2〔シェーグレン症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク質自己抗原SS-A/Ro）〕；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349)；ZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）である。
本発明は、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者（受動体）を診断するのに有用な方法を提供し、それは、患者からのサンプルを、自己抗原のパネルに対し、サンプルでの自己抗体の存在、その不存在または調節されたレベルを検出するために試験することを含み、自己抗原のパネルは、次の
(a)表3に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)10、15、20または25またはそれよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
(a)表3に挙げた自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)10、15、20または25またはそれよりも多くのものまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
を含む。
表3の自己抗原は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；ASPSCR1（胞状軟部肉腫染色体領域、候補1）；BANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1またはMAP1S（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；DDX55〔DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）ボックスポリペプチド55〕；DOM3Z〔ドン-3相同体Z（エレガンス線虫）〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫でt（12; 16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；IFI16（インターフェロン、ガンマ誘導タンパク質16）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；LNX（numbタンパク質Xのリガンド）；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラビンタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；PRKCBP1（プロテインキナーゼC結合タンパク質1）；PRKRA（プロテインキナーゼ、インターフェロン誘導二重鎖RNA依存アクチベーター）；PSME3〔プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）〕；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RALBP1（Ra1A結合タンパク質1）；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体、アルファ）；RBMS1（RNA結合性モチーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RPL30（リボソームタンパク質L30）；RPL31（リボソームタンパク質L31）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SNK（血清誘導キナーゼ）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSA2〔シェーグレン症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク質自己抗原SS-A/Ro））；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349)；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；VCL（ビンキュリン）；ZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）である。
本発明はまた、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者（受動体）を診断する方法を提供し、それは、前記患者から採取されたサンプルにおいて、表3に挙げた自己抗原からなる群から選ばれる自己抗原（例は、ZMAT2）に結合する一種またはそれよりも多くの自己抗体を検出することを含み、前記一種またはそれよりも多くの自己抗体の存在、または前記一種またはそれよりも多くの自己抗体の増加は、患者がループスを患うか、それを発達させる傾向が与えられることを示す。
本発明はさらに、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者（受動体）を診断する方法を提供し、それは、患者からのサンプルを、自己抗原のパネルに対し、サンプルでの自己抗体の存在、その不存在または調節されたレベルを検出するために試験することを含み、自己抗原のパネルは、表3から、または表1から、または表2から選ばれる少なくとも10の自己抗原を含む。
好ましくは、パネルには、少なくとも15または20の自己抗原が包含され、および/または好ましくは、パネルには、ZMAT2が包含される。
1種の具体化において、少なくとも10、15または20の自己抗原は、以下からなるグループから選ばれる。
(i)ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；BPY2IP1（MAP1Sプロテイン）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28（リン-28相同体｛エレガンス線虫（C. elegans）｝）；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1〔プレクストリン（Pleckstrin）相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1〕；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合モチーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン（Staufen）、RNA結合タンパク質｛ショウジョウバエ（Drosophila）｝、転写変異体T3〕；STK11〔セリン/スレオニンキナーゼ11｛ポイツ-ジェガーズ（Peutz-Jeghers）症候群｝〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；およびZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）。
またはii)ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；ASPSCR1（胞状軟部肉腫染色体領域、候補1）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；DDX55〔DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）ボックスポリペプチド55〕；DOM3Z〔ドン（dom）-3相同体Z｛エレガンス線虫（C. elegans）｝〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HMG20B（高移動度グループ20B）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体｛エレガンス線虫（C. elegans）｝〕；LNX（numbタンパク質Xのリガンド）；MAP1S（MAP1Sタンパク質）；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1〔プレクストリン（Pleckstrin）相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1〕；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；PRKCBP1（プロテインキナーゼC結合タンパク質1）；PRKRA（プロテインキナーゼ、インターフェロン誘導二重鎖RNA依存アクチベーター）；RARA（レチノイン酸受容体、アルファ）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RPL30（リボソームタンパク質L30）；RPL31（リボソームタンパク質L31）；SNK（血清誘導キナーゼ）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；STAU1〔スタウフェン（Staufen）、RNA結合タンパク質｛ショウジョウバエ（Drosophila）｝、転写変異体T3〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；VCL（ビンキュリン）；ZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）。
好都合なことに、少なくとも2つの自己抗体の存在または増加したレベルを検出する本発明の方法では、診断に有用な情報が提供され、好ましくは、少なくとも3つ、好ましくは、少なくとも4つ、およびより一層好ましくは少なくとも5つの自己抗体の増加したレベルの存在を検出することは診断のために有用な情報を提供する。
有利には、本発明の方法で用いる患者からのサンプルは体液であり、随意に、血液、血清、血しょう（プラズマ）、唾液、リンパ液、創傷分泌（wound secretion）、尿、糞便、粘液または脳脊髄液（CSF）から選ばれる。典型的には、試料は血清または血しょうであることができる。
本発明のさらなる面は、ループスの進行または退行をモニターするか、または病気のフレアへの進行またはフレアから鎮静への移行をモニターする方法を提供し、それは、次の、(a)上述の方法を実行すること、(b)第1のサンプルよりも遅い時間に患者（受動体）から得られる第2のサンプルを用いてステップ(a)を繰り返すこと、および(c)前記第1および第2のサンプルにおいて検出される自己抗体を比較することを含み、第1および第2のサンプルの間で検出される自己抗体のレベルにおける変化またはその存在または不存在は、ループスの進行または退行、またはフレアへの進行、またはフレアから鎮静への移行を示す。
本発明のもう一つの面は、ループスに対する治療上の薬剤の患者（受動体）における有効性をモニターする方法を提供し、それは、次の、(a)上述の方法を実行すること、(b)患者に治療上の薬剤を投与すること、(c)治療上の薬剤の投与の後に採取される患者からの第2のサンプルを用いて上述の方法を再び実行すること、および(d)前記第1および第2のサンプルにおいて検出される自己抗体を比較することを含み、第1および第2のサンプルにおいて検出される自己抗体のレベルにおける変化またはその存在または不存在は、ループスへの治療上の薬剤の有効性を示す。
本発明はまた、ここに説明する方法どれにでも用いられるように、自己抗原のパネルを提供する。1種の具体化において、本発明は、自己抗原のパネルを提供し、そこでは、前記パネルには、以下のものが包含される。
(i)
(a)表2に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10まで、またはより一層多くの（ore more）自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；
(ii)
(a)表1に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；または
(c)6、7、8、9または10まで、またはより一層多くの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；
(iii)
(a)表4に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
(c)6、7、8、9または10まで、またはより一層多くの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；または
(iv)
(a)表3に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)10、15、20または25まで、またはより一層多くの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル。
(i)
(a)表2に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)6、7、8、9または10まで、またはより一層多くの（ore more）自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；
(ii)
(a)表1に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；または
(c)6、7、8、9または10まで、またはより一層多くの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；
(iii)
(a)表4に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル
(c)6、7、8、9または10まで、またはより一層多くの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル；または
(iv)
(a)表3に挙げられる自己抗原、
(b)5つまでの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル、または
(c)10、15、20または25まで、またはより一層多くの自己抗原が削除され、または置き換えられる(a)のパネル。
本発明の説明から認識されるように、自己抗原の他のパネルはまた、本発明の方法での使用のために説明し、そしてこれらのパネルはまた本発明の一部を形成することができる。好適例において、本発明のパネルには、ZMAT2が包含される。
1種の具体化において、本発明のパネルは、以下で使用のためにある。(i)ループスを診断するか、またはそのひどさを測定すること；(ii)ループスの感受性を検出すること；(iii)ループスの進行または退行をモニターすること；(iv)病気のフレアへの進行またはフレアから鎮静への移行をモニターすること；または(v)ループスに対する治療上の薬剤の有効性（効能）をモニターすることである。
説明。以下の例においてさらに説明するように、ループスの感受性を診断または検出するのに役立つバイオマーカーを明らかにするために、本発明者は、サンプルにおいて抗体を検出するのに適する抗原のマイクロアレイを開発した。しかる後、既存の方法でループスをもつと陽性に診断される個体から得られる大多数の体液サンプルは、マイクロアレイ上で固定化される自己抗原と結合する自己抗体の存在について分析された。得られる結果のデータ分析は、ループスのために有用なバイオマーカーの検出を可能にした。
最初のデータ分析方法論は、一組の35のバイオマーカー、自己抗体の検出を可能にし、それには患者の血清サンプルが自己抗体を含み、そしてそれらは、下記の表1で並べられる。
第2のデータ分析方法論は、下記の表2で並べられる一組の32のバイオマーカーの検出を可能にした。
2つの分析法の間で、下記の表3で並べられる合計45の有用なバイオマーカーを識別した。第一および第二の分析法は、共通して22のバイオマーカーを識別した。これらの共有されるバイオマーカーは、下記の表4において並べられる。各々のセットに特有であったバイオマーカーは、下記の表5で並べられる。
本発明の1種の具体化において、表1、2、3、4または5の調節した変形（モディファイドバージョン）を予想し、それでは、以下のマーカーの1、2、3、4またはすべての5つが表から除かれる。すなわち、IFI16（インターフェロン、ガンマ誘導タンパク質16）；PSME3〔プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）、transc〕；RALBP1（Ra1A結合タンパク質1）；SSA2〔シェーグレン症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク質自己抗原SS-A/Ro）〕；およびBANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）である。
そのようなシナリオでは、パネルへの言及は、仮に（say）、5、表1の自己抗原を含み、それは、以下からなるグループから選ばれる5つの自己抗原を含むパネルへの言及である。すなわち、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；BPY2IP1（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラビンタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合性モチーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；ZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）である。
同様に、そのようなシナリオでは、パネルへの言及は、仮に、5つの、表2の自己抗原を含み、それは、以下からなるグループから選ばれる5つの自己抗原を含むパネルへの言及である。すなわち、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；ASPSCR1（胞状軟部肉腫染色体領域、候補1）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；DDX55〔DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）ボックスポリペプチド55〕；DOM3Z〔ドン-3相同体Z（エレガンス線虫）〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HMG20B（高移動度グループ20B）；KRT8（ケラチン8）；LIN28リン-28相同体（エレガンス線虫））；LNX（numbタンパク質Xのリガンド）；MAP1S（MAP1Sタンパク質）；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；PRKCBP1（プロテインキナーゼC結合タンパク質1）；PRKRA（プロテインキナーゼ、インターフェロン誘導二本鎖RNA依存アクチベーター）；RARA（レチノイン酸受容体、アルファ）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RPL30（リボソームタンパク質L30）；RPL31（リボソームタンパク質L31）；SNK（血清誘導キナーゼ）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；STAU1〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；VCL（ビンクリン）；ZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）である。
したがって、本発明の1つの面によると、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断する方法が提供され、前記方法は、一種またはそれよりも多くの自己抗原を結合する一種またはそれよりも多くの自己抗体を前記患者から採取されたサンプルにおいて検出することを含み、そこでは、前記一種またはそれよりも多くの自己抗体の存在、または前記一種またはそれよりも多くの自己抗体の濃度における増加は、患者がループスを患うか、またはそれを発達させる傾向が与えられることを示し、前記一種またはそれよりも多くの自己抗原は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；BANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1（MAPI Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx-相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RABI1ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合性モチーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；またはZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）から選ばれる。
好ましくは、方法は上記の自己抗原の一種またはそれよりも多く、自己抗体IFI16（インターフェロン、ガンマ誘導タンパク質16）；PSME3〔プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）、transc〕、SSA2〔シェーグレン症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク質自己抗原SS-A/Ro）〕およびRALBP1（Ra1A結合タンパク質1）の一種またはそれよりも多くを組み合わせて検出することを含む。
サンプルは体液であることができ、そして好ましくは、血液、血清、血しょう、唾液、リンパ液、創傷分泌、尿、糞便、粘液および脳脊髄液（CSF）から選ばれる。典型的に、試料は血清または血しょうであってよい。
「診断」というここで用いられる語（そして、誤解を避けるために、その文法的な変形で、たとえば「診断すること」、「診断法」その他）は、広く解釈されることを意図する。このように、たとえば、本発明の方法および生成物は以下において有用であることが予想される。すなわち、患者においてループスの陽性または陰性〔無症状であるか前駆症状（発症前）のループスを含む〕を診断すること；患者においてループスのひどさを評価すること；個体のループスの感受性を評価すること；ループスを患う個体の予後を提供すること；ループスの進行または退行をモニターすること；病気のフレアへの進行またはフレアから鎮静までの移行をモニターすること；またはループスに対する治療上の薬剤の有効性をモニターすることである。上で示すように、本発明の方法および生成物（キット、バイオマーカー、パネル、その他）は前述の任意のものを達成するのに用いることができ、または代わりに、一種またはそれよりも多くの他の診断/前兆（prognostic）の指標（例は、ループスに特有の一種またはそれよりも多くの徴候の識別、一種またはそれよりも多くの生化学的試験、その他の結果）と組み合わせることができる。また、ループスを診断する際に遭遇する困難があれば、「診断」という語は患者におけるループスの絶対的な診断を必ずしも引き起こすというわけではなく、むしろ、たとえば、個体においてループスの存在または不存在の見込みの指標を提供することができると認識すべきである。
「患者」によって（ここで、用語は、「個体の」という語で交換可能に用いられ）、サンプルが本発明の方法に従ってテストされるとき、たとえば、個体で、それからサンプルが得られたことを意味する。「患者」という語は、個体が任意の処置を必ずしも受けていることを暗示することは意図せず、そしてこのように、用語は本発明のプロトコルに従って検査を受ける任意の個体に言及するかもしれない。
ここに用いる「結合する」または「結合した」によって、典型的タンパク質結合実験において標準的な洗浄手法に耐えるのに足りる強い特定の相互作用が意味される。
したがって、本発明は、ループスのためのバイオマーカーとして、前記一種またはそれよりも多くの自己抗原と結合する一種またはそれよりも多くの自己抗体の使用を含む。
前記一種以上の自己抗体の濃度の増加によって、非疾患の、正常な患者において見出されたあらかじめ定められた平均濃度と比較して、患者から採取された前記サンプルにおける一つ以上の自己抗体の濃度の統計的に有意な増加が意味される。代理の正常なサンプルを用いることができ、たとえば、正常な、および病気にかかったサンプルに関して測られるプールされた正常なコントロールである。典型的に、正常な患者において見出せる自己抗体の平均濃度は、非疾患の個体の集団から、またはそのような個体からのプールされたサンプルから採取されるサンプルへの言及によって計算することができる。若干の具体化において、統計的に有意であるように、5%よりも高く、より一層適切には10%、および適切には15%または20%よりも高く、そのような平均と比較した増加が受け取られるかもしれない。単位が任意であることは認識される。臨床的薬物評価の場合に、自己抗体濃度における変化は、薬物処置の際にあり、大部分のこれらの自己抗体のレベルがポスト薬物処置を減少させることができることが予期される。
適切には、前記方法は、前記自己抗原の2つまたはそれよりも多く、望ましくは前記自己抗原の3またはそれよりも多く、さらにより一層好ましくは、これらの自己抗原の4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30または31を結合する自己抗体の検出を含むことができる。若干の具体化において、患者は前駆症状性であってよい。
本発明のもう一つの面で、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断する方法が提供され、前記方法は、前記患者からのサンプルにおいて、以下の表1にリストされる5以上、好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34またはそれよりも多くを含むパネルに対する、さらにより一層好ましくはすべての35の、それらの自己抗原からなるグループから選ばれる自己抗体を含むパネルに対する自己抗体を検出することを含み、そこでは、パネルのすべてのメンバーに対するサンプルにおける前記自己抗体の存在、または別々にそれらの濃度での有意な増加は、患者がループスを患うか、またはそれを発達させる傾向が与えられることを示す。若干の具体化において、前記パネルは、追加的な自己抗原（または他の抗原）を特定されたそれらに対して含むことができる。
自己抗体の濃度における有意な増加は、この技術において普通に用いる種類の実験結果を統計学的に分析するための方法によって定められるような統計的に有意な増加を意味する。「パネルの実質すべてのメンバー」によって、サンプルが、パネルにおいて含まれる自己抗原の、少なくとも50%、好ましくは少なくとも75%または80%、そして典型的に少なくとも90%または95%に対する自己抗体、または高められた濃度の自己抗体を含むことが意味される。若干の具体化において、パネルの一種以上のメンバーに対する自己抗体の存在、およびパネルの一種以上の他のメンバーに対する自己抗体のそれぞれの濃度における増加が、ループスを示すと予想され、検出されるすべての自己抗体のための増加した濃度があることはそこではほとんどの場合不必要である。しかし、場合によっては、パネルの実質すべてのメンバーへの自己抗体の単なる存在は意義深い。
自己抗体の濃度における有意な減少は、この技術において普通に用いる種類の実験結果を統計学的に分析するための方法によって定められるような統計的に有意な減少を意味する。「パネルの実質すべてのメンバー」によって、サンプルが、パネルにおいて含まれる自己抗原の、少なくとも50%、好ましくは少なくとも75%または80%、そして典型的に少なくとも90%または95%に対する自己抗体、または減らされた濃度の自己抗体を含むことが意味される。若干の具体化において、パネルの一種以上のメンバーに対する自己抗体の存在、およびパネルの一種以上の他のメンバーに対する自己抗体のそれぞれの濃度における減少が、ループスを示すと予想され、検出されるすべての自己抗体のための減少した濃度があることはそこではほとんどの場合不必要である。
本発明に従うバイオマーカーのそのようなパネルが大いに改善された感度または改善された特異性を、ループスのための既知のバイオマーカーと比較して、診断のそのような方法において提供すると期待される。
パネルは、パネルにより提供される情報が個々にマーカーにより提供されるものより大きな感度および/または特異性を生じる2つ以上の個々のマーカーの収集物として規定される。
上記のように、ループスのための自己抗原を下記の表（例は、表1）にリストする。遺伝子配列への言及およびそのような自己抗原のためのユニプロト（uniprot）受入番号がまた、与えられる。しかし、与えられる配列変異体が、たとえば対立遺伝子変異体、他の哺乳類の種からのオルソログまたはそれぞれの自己抗体によって結合される他のヘ似たい（例は、翻訳後修飾を有するフラグメントまたは抗原）もまた、用いることができることは認識される。したがって、そのような変異体の使用が本発明の範囲内にあると考えられ、そして特定の自己抗原またはバイオマーカーへの言及がそれに応じて解釈されなければならないことが理解されるであろう。特に、本発明は、個々に少なくとも80%の同一性（アイデンティティ）が、下記の表（例は、表1）にリストされる対応する配列に対してあるそれぞれの遺伝子配列からコード化される自己抗原の使用を包含する。適切には、そのような配列には、表における対応する配列に対して少なくとも85%または90%の同一性があり、そして好ましくは、それらは、そのような配列に対して少なくとも95%の同一性、例は、96%、97%、98%または99%よりも高い同一性をもつ。熟練した人によって、そのような変異体は、自己抗体が野生タイプ抗原を認識する陽性の患者サンプルにおいて自己抗体によって結合される能力を保持しなければならないと認めるであろう。
「配列同一性」という語は、2つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列が比較の特定の領域上で残基対残基に基づき同一である程度に言及される。「配列同一性のパーセンテージ」の用語は、比較のその領域上で2つの最適に整列する配列を比較することによって算出され、同一のヌクレオチド塩基またはアミノ酸が、マッチされた位置の数を与えるために双方の配列において起こる位置の数を定められ、比較の領域における位置の総数によってマッチされた位置の数を分けられ（すなわち、ウィンドウサイズ）、そして配列同一性のパーセンテージを与えるために結果に100が掛け算される。2つのDNAまたはタンパク質配列の間の同一性は、この技術において知られるコンピュータープログラム、たとえば、デフォルトパラメータを伴うGCGプログラムパッケージにおいて提供されるGAPソフトウェアのようなものを用いて定めることができる〔Needleman（ニードルマン）およびWunsch（ブンシュ）1970、J Mol Biol（ジャーナル・オブ・モレキュラー・バイオロジー）48：443-453〕。2つのタンパク質配列の間の同一性はまた、Blast（ブラスト）2を用いてタンパク質データベースを検索した後に示される〔Altschul（アルチュール）ら、(1997) Nucleic Acids Res.（ヌクレイック・アシッヅ・リサーチ） 25（17）3389-3402〕。
本発明の方法が、この技術において以前に利用可能なものよりもループスの診断のためにより一層大きな感度および/または特異性を提供しうることは予期される。
「感度」によって、陽性に試験される疾患表現型をもつ人の割合が意味される。
「特異性」によって、陰性に試験される疾患表現型のない人の割合が意味される。
有利には、本発明の方法は、＞67%、好ましくは＞70%、さらにより一層好ましくは＞75%、80%、85%、90%、および最も好ましくは＞95%の感度、または＞85%、好ましくは＞90%、さらにより一層好ましくは＞95%、および最も好ましくは＞98%の特異性をもつことができる。
本発明のさらにもう一つの面によると、患者においてループスの進行または退行をモニターする方法が提供され、前記方法は、患者から得られる第1のサンプルにおいて、以下のものからなるグループより選ばれる1以上の自己抗原を結合する1以上の自己抗体を検出することであり、すなわち、自己抗体は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ２）；BANK1（アンキリン反復を伴うＢ細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RABI1ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRAS発ガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合性モティーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFYl（RUNおよびFYVEドメイン1含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；またはZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）、または表1においてリストしたそれらの自己抗原からなるグループより選ばれる5以上、好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34またはそれよりも多くを含むパネルに、さらにより一層好ましくはすべての35を含むパネルに結合する自己抗体であること、前記自己抗体を、第1のサンプルよりも後の時間で患者から得られる第2のサンプルにおいて検出することを含み、そこで、第1および第2のサンプルにおいて検出される自己抗体における変化は、ループスの進行または退行を示す。
本発明のさらにもう一つの面によると、疾患のフレアの方への進行、またはフレアから鎮静への、患者におけるループスの移行をモニターする方法が提供され、前記方法は、患者から得られる第1のサンプルにおいて以下のものからなるグループから選ばれる一つ以上の自己抗原を結合する一つ以上の自己抗体を検出することであり、すなわち、自己抗体は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ２）；BANK1（アンキリン反復を伴うＢ細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）で関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRAS発ガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合性モティーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU（スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3）；STK11_〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；またはZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）、または表1においてリストしたそれらの自己抗原からなるグループより選ばれる自己抗原の、5以上、好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34またはそれよりも多くを含むパネルに、さらにより一層好ましくはすべての35を含むパネルに結合する自己抗体であること、前記自己抗体を、第1のサンプルよりも後の時間で患者から得られる第2のサンプルにおいて検出することを含み、そこで、第1および第2のサンプルにおいて検出される自己抗体における変化は、フレアの方への進行、またはフレアから疾患の鎮静の期間までの移行を示す。
自己抗体における変化は自己抗体が第2のサンプルと比較して第1のものにおいて検出される異なる自己抗原の数の変化でありえ、またはそれは第2のサンプルと比較して第1のものにおける自己抗体の濃度での変化でありえ、またはそれは双方の組合せでありうる。
本発明に関してここに特別に開示するバイオマーカーはループス患者において高められる（そしてしたがって、バイオマーカーの増加した自己抗体濃度がループスを示す）一方、自己抗体については、濃度における減少は患者がループスを患い、またはその前駆症状性であり、またはそれを発達させる傾向が与えられることを示し、また予想され、そしてまた有用なバイオマーカーをループスのために提供する。そのようなマーカーは、一定のバイオマーカーにおける増加がループスを示す一方で、一定の他のバイオマーカーにおける減少がまたループスを示すように、本発明の方法または生成物と組み合わせて用いることができる。
本発明のさらにもう一つの面によると、ループスに対する治療上の薬剤の有効性をモニターする方法が提供され、それは、患者から得られる第1のサンプルにおいて、次のものからからなるグループから選ばれる一つ以上の自己抗原を結合する一つ以上の自己抗体の存在を検出することであり、すなわち、自己抗原は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；BANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1）；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合性モティーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；またはZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）、または表1においてリストしたそれらの自己抗原からなるグループより選ばれる自己抗原の、5以上、好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34またはそれよりも多くを含むパネルに、さらにより一層好ましくはすべての35を含むパネルに結合する自己抗体であること、患者に治療上の薬剤を投与すること、前記1以上の自己抗体を、治療上の薬剤投与後につれられた患者から採取された第2のサンプルにおいて検出すること、および前記第1および第2のサンプルにおいて1つ以上の自己抗体をそれぞれ比較することを含み、そこで、前記第1および第2のサンプルにおいて自己抗体における変化はループスに対する治療上の薬剤の有効性を示す。
第1のサンプルは治療上の薬剤の第1の投与に先立って、または処置がすでに始まった後に採取することができる。方法は時間とともに、例は、日、週、数ヶ月あるいは数年にわたって、処置の有効性をモニターするのに用いることができる。
治療上の薬剤は、ループスの処置のために有益でありうる任意の治療上の薬剤、たとえば、抗リウマチ性薬または抗炎症薬であることができる。
本発明のさらにもう一つの面によると、ループスを患う患者が治療上の薬剤での処置に応じるかどうかを予測する方法が提供され、それは、以下からなるグループから選ばれる一つ以上の自己抗原と結合する一つ以上の自己抗体の存在または不存在を検出することであり、すなわち、自己抗原は、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ2）；BANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガンス線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合性モティーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11_〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；またはZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）、または表1においてリストしたそれらの自己抗原からなるグループより選ばれる自己抗原の、5以上、好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34またはそれよりも多くを含むパネルに、さらにより一層好ましくはすべての35を含むパネルに結合する自己抗体であることを含み、そこで、前記一つ以上自己抗体の存在または不存在は、患者が前記治療上の薬剤での処置に反応するか、または反応しないことを示す。
自己抗体は、この技術において知られる任意の手段により検出することができる。これには、タンパク質アレイ、ビーズベース（ビーズ系）のアッセイ、ウエスタンブロット、免疫沈降、銀染色、ドットブロット、その他の使用が含まれる。自己抗体の結合性は、ELISAs、ラジオイムノアッセイ（標識免疫検定法）（RIAs）、DELFIAアッセイ、蛍光系検出方法、Luminex（ルミネックス）ビーズアッセイのようなビーズアッセイ、その他のような酵素結合アッセイを含む、任意の手段によって検出することができる。
若干の具体化において、前記自己抗原のアレイは前記自己抗体を見つけるために使用することができ、たとえば、アレイは国際公開WO-A-01/57198号またはWO-A-2003/064656号によって明らかにされる方法によって調製される。好適な検出方法は蛍光系の検出方法である。
患者（受動体）は疾患を自然にもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられうる。しかし、患者は、環境要因の結果として、たとえば、治療上の薬剤を用いる処置の副作用として、または、有毒な材料への暴露の結果として、または操作の結果として、例は、製薬上の研究および開発において用いられる動物モデルにおいて、ループスを発達させるかもしれない。患者はまた人間であることができるが、また非ヒト動物、たとえば、マウス、ラット、モルモット、ネコ、イヌ、ウマ、ブタ、カウ、非ヒト霊長類（たとえば、サル）、または任意の他の動物も研究および薬のテストのために使った。
本発明の各々の面および特長および上述の方法は、表1、2、3、4および5からの自己抗原の使用に適用できる。
したがって、本発明によって、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断する方法が提供され、前記方法には、患者から採取したサンプルにおいて、一つ以上の自己抗原を結合する一つ以上自己抗体を検出することを含み、前記一つ以上自己抗体の存在、または前記一つ以上自己抗体の濃度における増加は、患者がループスを患うか、またはそれを発達させる傾向が与えられることを示し、そこで、前記一つ以上抗原は表2に呈示れる自己抗原から選ばれる。
本発明のもう一つの面で、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断する方法が提供され、前記方法には、患者から得られたサンプルにおいて、表2にリストされる自己抗原のグループから選ばれる5つ以上、または好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、またはそれよりも多くを含むパネルに、さらにより一層好ましくはすべての32の自己抗原を含むパネルに対する自己抗体を検出すけることを含む。
本発明のさらにもう一つの面によると、患者において、ループスの進行または退行をモニターする方法が提供され、前記方法には、患者から得られる第1のサンプルにおいて、表2に呈示する自己抗原のグループから選ばれる一つ以上の自己抗原を結合する一つ以上の自己抗体、または表2にリストされる自己抗原のグループから選ばれる自己抗原の、5つ以上または、好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、またはそれよりも多くを含むパネルに、またはさらにより一層好ましくはすべての32を含むパネルに結合する自己抗原（抗体）を検出することが含まれる。
本発明のさらにもう一つの面によると、治療上の薬剤のループスの有効性をモニターする方法が提供され、それには、患者から得られた第1のサンプルにおいて、表2における自己抗原からなるグループから選ばれる一つ以上の自己抗原に、または表2にリストされる自己抗原のグループから選ばれる5つ以上、好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31またはそれより多くを含むパネルに、またはさらにより一層好ましくは、すべての32を含むパネルに結合する抗原に、結合する一つ以上の自己抗体の存在を検出することが含まれる。
本発明のさらにもう一つの面によると、ループスを患う患者が治療上の薬剤での処置に反応するかどうかを予測する方法が提供され、それには、表2に呈示する自己抗原からなるグループから選ばれる一つ以上の自己抗原に結合する一つ以上の自己抗体、または表2にリストされるそれらの自己抗原から選ばれる自己抗原の、5つ以上、または好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、またはそれよりも多くを含むパネルに、または好ましくはすべての32の自己抗原を含むパネルに結合する自己抗体の存在または不存在を検出することが含まれる。
上記に説明したように、35および32のバイオマーカーの組み合わせたセットは、45のバイオマーカーを生産し、それらはループスを検出するのに有用であることが見出された。これらのバイオマーカーを下記の表3で示す。
したがって、本発明によれば、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断する方法が提供され、前記方法には、前記患者から採取されたサンプルにおいて、一つ以上の自己抗原を結合する一つ以上の自己抗体を検出することを含み、そこでは、前記一つ以上自己抗体の存在、または前記一つ以上の自己抗体の濃度における増加は、患者がループスを患うか、またはそれを発達させる傾向が与えられることを示し、前記一つ以上抗原は表3に呈示する自己抗原から選ばれる。
本発明のもう一つの面では、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断する方法が提供され、前記方法には、前記患者から得られたサンプルにおいて、表3にリストされるそれらの自己抗原からなるグループから選ばれる自己抗原の、5つ以上、好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、またはそれよりも多くを含むパネルに、さらにより一層好ましくはすべての45を含むパネルに対する自己抗体を検出することが含まれる。
本発明のさらにもう一つの面によると、患者におけるループスの進行および退行をモニターする方法が提供され、前記方法には、患者から得られる第1のサンプルにおいて、表2に呈示する自己抗原のグループから選ばれる一つ以上、または表3にリストする自己抗原から選ばれる自己抗原の、5つ以上、好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、または45またはそれよりも多くを含むパネルと結合する自己抗原に結合する一つ以上の自己抗体を検出することが含まれる。
本発明のさらにもう一つの面によると、治療上の薬剤のループスの有効性をモニターする方法が提供され、それには、患者から得られた第1のサンプルにおいて、表3での自己抗原からなるグループから選ばれる一つ以上の自己抗原と、または表3にリストされる自己抗原から選ばれる、5つ以上、好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、またはそれよりも多くを含むパネルに、またはさらにより一層好ましくはすべての45を含むパネルに結合する抗原と結合する一つ以上の自己抗体の存在を検出することが含まれる。
本発明のさらにもう一つの面によると、ループスを患う患者が、治療上の薬剤での処置に反応するかどうかを予測する方法が提供され、それには、表2に呈示する自己抗原からなるグループより選ばれる一つ以上の自己抗原と、または表3にリストされるそれらの自己抗原から選ばれる一つ以上の自己抗原の、5つ以上、好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44またはそれよりも多くを含むパネルに、または好ましくは、すべての45を含むパネルに結合する自己抗体を結合する一つ以上の自己抗体の存在または不存在を検出することが含まれる。
表2の32のバイオマーカーのセットによる表1のセットの35のバイオマーカーの比較は、共通のバイオマーカーの一群または共通したバイオマーカーを明らかにする。
共通のバイオマーカーを表4に呈示し、その一方、非共通のバイオマーカー、または各々の分析方法論に独特のそれらのバイオマーカーを表5に呈示する。
他の具体化において、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断することに有用な方法を提供し、それには、患者からのサンプルを、そのサンプルでの、または自己抗原のパネルで、それに表3から選ばれる少なくとも10の自己抗原が含まれるものでの自己抗体の存在、不存在または調節されたレベルを検出するために、自己抗原のパネルに対してテストすることが含まれる。他の具体化において、少なくとも10の自己抗原は、表1から、または表2から選ぶことができる。好ましくは、パネルは少なくとも20の自己抗原を含む。随意に、パネルは11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30またはそれよりも多くの自己抗原を含むことができる。
ループスの診断に有用な自己抗原のパネルは、表1において、または表2で、または表3で呈示する自己抗原を含むことができる。若干の具体化において、パネルは最高で5つまでの削除されたか、または置き換えられた自己抗原をもつことがあり、または随意に、最高で6、7、8、9または10またはそれよりも多くの削除されたか、または置き換えられた自己抗原は必須の特異性を提供し、そして方法の選択性が保持される。
バイオマーカーの臨床的に役に立つパネルによって、病気が、偽陽性および偽陰性を最小にして、正確に検出させられるのに十分大きく、その一方で実際的であるのに十分小さくもなければならないことが予期される。
具体化において、本発明の方法は、表4にリストされる自己抗原を含む自己抗原のパネルを用いる。そのような方法は、表5の自己抗原からなるグループから選ばれる1つ以上の追加的な自己抗原を含むパネルを用いることができる。
本発明の方法では、少なくとも2つの自己抗体の存在または増加したレベルを検出することは、診断に有用な情報を提供する。随意に、少なくとも3、好ましくは少なくとも4、およびより一層好ましくは少なくとも5の自己抗体の増加したレベルの存在を検出することは、診断に有用な情報を提供する。
バイオマーカーのパネルおよびパネルを引き出すのに用いられるサンプルの状態の間の関係を分析することによって、パネルにおいてタンパク質に向けられる自動体（auto-bodies）の、存在、不存在または調節されたレベル、およびループスの存在、不存在、進行または退行の間の数学的な関係を引き出すことは可能である。試験される素朴なサンプル（naive samples）へのこの数学的な関係の適用は、ループスの診断、進行または退行に有用な情報を引き出すのに用いることができる。
そのような数学的な関係を引き出すことが可能でない場合、パネルでのタンパク質に向けられる自己抗体の存在、不存在または調節されたレベル、およびループスの存在、不存在、進行または退行の間の統計的な関係を引き出すことは可能である。試験される素朴なサンプルへのこの統計的な関係の適用は、ループスの診断、進行または退行に有用な情報を引き出すのに用いることができる。
本発明で異なる面によって、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられ、または前駆症状性のループスをもつ患者を診断するのに用いられる診断用キットが提供され、前記キットには、ZMAT2（ジンクフィンガー、マトリンタイプ２）；BANK1（アンキリン反復を伴うＢ細胞スキャホールドタンパク質1）；BPY2IP1（MAP1Sタンパク質）；CEBPG〔CCAAT/エンハンサー結合タンパク質（C/EBP）、ガンマ〕；E1B-AP5（E1B-55kDa関連タンパク質5）；FUS〔融合｛悪性脂肪肉腫においてt（12；16）に関与する｝〕；HAGH（ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ）；HMG20B（高移動度グループ20B）；HOXB6（ホメオボックスB6、転写変異体2）；KRT8（ケラチン8）；LIN28〔リン-28相同体（エレガント線虫）〕；NDUFV3〔NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）フラボタンパク質3、10kDa〕；PABPC1〔ポリ(A)結合タンパク質、サイトプラスミック1〕；PHLDA1（プレクストリン相同性様ドメイン、ファミリーA、メンバー1）；PIAS2（Msx相互作用性ジンクフィンガー、転写変異体アルファ）；RAB11FIP3〔RAB11ファミリー相互作用性タンパク質3（クラスII）〕；RAN（RAN、メンバーRASガン遺伝子ファミリー）；RARA（レチノイン酸受容体アルファ）；RBMS1（RNA結合性モティーフ、単鎖相互作用性タンパク質1、転写変異体）；RDBP（RD RNA結合タンパク質）；RNF 12（リングフィンガータンパク質12、転写変異体1）；RUFY1（RUNおよびFYVEドメイン含有1）；SMN1（運動ニューロン1、テロメリックの生存）；SRPK1（SFRSプロテインキナーゼ1）；SSNA1（シェーグレン症候群核内自己抗原1）；STAU〔スタウフェン、RNA結合タンパク質（ショウジョウバエ）、転写変異体T3〕；STK11_〔セリン/スレオニンキナーゼ11（ポイツ-ジェガーズ症候群）〕；TOM1〔myb1の標的（チキン）〕；TXNL2（チオレドキシン様、クローンMGC：12349）；TXNRD1（チオレドキシン還元酵素1、転写変異体5）；またはZNF38（ジンクフィンガータンパク質38）からなるグループより選ばれる一つ以上の自己抗原を含み、一つ以上の自己抗原は基材（サブストレート）上に固定化される。
1つの具体化において、一つ以上の自己抗原には、ZMAT2が含まれる。
一つ以上の上記自己抗原に加え、キットは、自己抗原BANK1（アンキリン反復を伴うB細胞スキャホールドタンパク質1）；IFI16（インターフェロン、ガンマ誘導タンパク質16）；PSME3〔プロテアソーム（プロソーム、マクロペイン）アクチベーターサブユニット3（PA28ガンマ；Ki）、transc〕；RALBP1（Ra1A結合タンパク質1）；およびSSA2〔シェーグレン症候群抗原A2（60kDa、リボヌクレオタンパク質自己抗原SS-A/Ro）〕の一つ以上を含むことができる。
あるいはまた、前記たキットは、表1にリストされる自己抗原から選ばれる自己抗原の、5つ以上、好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34またはそれよりも多くを含むパネル、さらにより一層好ましくはすべての35を含むパネルが含まれ、そして自己抗原は自基材上で固定化される。
本発明の別の面に従えば、診断用キットは、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられるか、または前駆症状性（pre-symptomatic、発症前）のループスをもつ患者を診断することでの使用に提供し、前記キットは表2の自己抗原のグループから選ばれる一つ以上の自己抗原を含む。
あるいはまた、前記キットは、表2にリストされる自己抗原から選ばれる自己抗原の、5つ以上、好ましくは6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31またはそれより多くを含むパネル、さらにより一層好ましくはすべての32を含むパネルを包含することができ、自己抗原は基材上に固定化される。
本発明の別の面に従い、診断用キットは、ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられるか、または前駆症状性ループスをもつ患者を診断することにおける使用のために提供され、前記キットは表3の自己抗原のグループから選ばれる1つ以上の自己抗原を含む。
代わりに、前記キットは、表3にリストされる自己抗原から選ばれる自己抗原の、5つ以上、好ましくは、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44またはそれよりも多くを含むパネル、さらにより一層好ましくはすべての45を含むパネルを包含することができ、自己抗原は基材上で固定化される。
若干の具体化において、前記基材は、ストリップ、スライド、ビーズまたはマイクロタイタープレートのウェルまたは、Surface Plasmon Resonance（表面プラズモン共鳴）〔ビアコア（Biacore）〕または平面導波路技術を用いる用途のための「チップ」を包含することができる。適切には、基材は、ケアの時点での使用のために診断用キットで広く使われる種類の処分可能なテスト細条（ストリップ）を含むことができる。
自己抗原のパネルは、アドレス可能なアレイの形態で前記基材上に運ぶことができる。前記アレイはマイクロアレイであってよい。パネルの自己抗原は、アレイ上で存在するタンパク質の総数の少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、40%、50%、典型的に少なくとも70%または80%で構成することができる。たとえば、パネルの自己抗原は、アレイ上でタンパク質の総数の85%よりも多く、90%または95%を構成することができる。
あるいはまた、前記診断用キットは、アレイの形態で基材上に運ばれる自己抗原の前記パネルを含むことができ、アレイは一つ以上の他のタンパク質またはポリペプチド、そして前記アレイを用いて実行する試験の結果を自動的に分析するための手段を含み、前記分析手段には、前記一つ以上の他のタンパク質またはポリペプチドからの結果が、分析の間に盲検される（blinded）コンピュータで読取り可能な指示が含まれる。
前記パネルを形成する自己抗原（および随意の一つ以上の他のタンパク質またはポリペプチド）に加え、アレイは一つ以上のコントロールのタンパク質またはポリペプチドをさらに含むことができる。適切には、アレイは自己抗原またはコントロールの一つ以上の複製、好ましくは各々の自己抗原および各々のコントロールの複製を含むことができる。
有利には、アレイは、正しく折られた自己抗原のアレイを含み、それらは、WO-A-01/57198号またはWO-A-02/27327号によって明らかにされる方法に従って調製されてよく、たとえば、その内容は参照することによってここに組み込まれる。好ましくは、アレイはタグを介して前記基材に付着する正しく折られたタグ付けられた自己抗原のアレイを含み、そのアレイは、たとえば、WO 03/064656号またはWO-A-2004/046730号によって明らかにされる方法に従って調製することができ、その内容はまた参照することによってもここに組み込む。
前記キットはさらに、特異的に免疫グロブリンと結合する抗ヒト免疫グロブリン抗体または他のタンパク質を含むことができ、そして抗ヒト免疫グロブリン抗体または免疫グロブリン結合タンパク質を検出するための手段を含むことができる。
前記検出手段は、比色または蛍光アッセイを含むことができ、またはラベルフリーの方法、たとえば、表面プラズモン共鳴、質量分析または平担（面）導波路技術のようなものを利用することができる。
抗ヒト免疫グロブリン抗体は、抗ヒトIgM抗体、抗ヒトIgG抗体、抗ヒトIgA抗体、抗ヒトIgE抗体またはそのような抗ヒト抗体のうちの2つ以上の任意の組合せであることができ、好ましくは、抗ヒト免疫グロブリン抗体は抗ヒトIgG抗体である。あるいはまた、または追加的に、特異的に抗体を結合するタンパク質がキットに含まれる。好ましくは、このタンパク質は、プロテインAまたはプロテインG、またはその組換え形態である。
本発明のさらにもう一つの面によると、表1、2、3または4で示すように前記のグループから選ばれる一つ以上の自己抗原の、または抗原性断片またはその抗原性エピトープまたは自己抗原をコード化している核酸またはその断片またはエピトープの、ループスの処置または予防のためのワクチンの製造における活性な薬剤としての使用を提供する。そのような活性な薬剤を用いる免疫化は、ループスにおいて前記抗原の異常な発現を予防することができる。1種の具体化において、ワクチンはZMAT2を、随意に表1、2、3または4において特定される一つ以上のさらなる抗原と組み合わせて含む。
前記活性な薬剤は、方法に従う製薬上の組成物において調剤され、この技術においてよく知られている。前記組成物はさらに、薬学的に許容可能なビヒクルをさらに含むことができる。前記ビヒクルは、一つ以上の賦形剤、キャリヤー、バッファ、スタビライザー（安定剤）またはこの技術での熟練者（当業者）によく知られている他の材料を含むことができる。そのような材料は毒性がない必要があり、そして活性な薬剤の有効性に干渉してはならない。キャリヤーまたは他の材料の正確な性質は、例は、経口、静脈内、皮膚または皮下、鼻、筋肉内、腹膜内またはパッチルートの投与のルートに依存するかもしれない。
経口投与のための製薬上の組成物は、タブレット、カプセル、粉体または液体形態であることができる。タブレットには、固形キャリヤー、たとえば、ゼラチンまたはアジュバントのようなものが含まれる。液状の製薬上の組成物には、一般に液状キャリヤー、たとえば、水、石油、動物性または植物性の油、鉱油または合成油のようなものが含まれる。生理学的塩類溶液、ブドウ糖または他の糖類溶液またはグリコール、たとえば、エチレングリコール、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコールのようなものが含まれうる。
静脈内、皮膚、皮下注射、または苦痛の部位での注射のために、活性成分は、発熱物質を含まないで、適切なpH、等張性および安定性をもつ非経口的に許容可能な水溶液の形態である。この技術の関連した技能の者は、たとえば、等張性ビヒクル、たとえば、Sodium Chloride Injection（塩化ナトリウム注射）、リンゲルの注射、乳酸リンゲル注射のようなものを用いる適切な溶液をうまく調製することができる。必要に応じて、防腐剤（保存料）、スタビライザー、バッファ、酸化防止剤および/または他の添加剤を含めることができる。
それがポリペプチド、ペプチドまたは核酸分子、個体に与えられる本発明に従う他の製薬上有用な化合物であるかどうかにかかわらず、投与は好ましくは「予防上効果的な量」または「治療上効果的な量」においてであり（場合によっては、しかし、予防は治療と考えられるかもしれない）、これが個体に利益を示すのに十分である。投与される実際の量、および投与の率（速度）および時間的経過は処置されるものの性質およびひどさに依存する。処置の処方、例は、投薬量、その他についての決定は、一般開業医および他の医者の責任の範囲内であり、典型的には、処置される障害、個々の患者の状態、配送の部位、投与の方法および開業医に知られている他の要因が考慮される。技術の例および上記のプロトコルは、REMINGTON’S PHARMACEUTICAL SCIENCES（レミントンのファーマシューティカルサイエンシーズ）、第16版、Osol（オソル）, A.（編）、1980に見出すことができる。
あるいはまた、システム、たとえば、抗体または細胞の特定のリガンドのようなものを目標とすることを用いて、ターゲティング療法を、より一層特異的に活性な薬剤を一定のタイプの細胞に届けるのに用いることができる。ターゲティングは、様々な理由にとって望ましいことがあり、たとえば、薬剤が受け入れ難いほど有毒である場合、またはそれがさもなければあまりに高い投薬量を必要とする場合、またはそれがさもなければ標的細胞に入ることができない場合である。
直接これらの薬剤を投与する代わりに、それらを標的細胞において、細胞中へ導入されたコード化遺伝子からの発現によって生産することができ、例は、ウイルスベクターである（VDEPT技術の変形物-下記参照）。ベクターは処理される特定の細胞に標的化されることができ、またはそれは調整要素を含むことができ、それは標的細胞によって多少選択的にスイッチを入れられる。
あるいはまた、処置される細胞において生産され、または標的化される活性化薬剤による活性型への転換のために、薬剤は前駆体の形態で投与することができた。この種のアプローチは、時々ADEPTまたはVDEPTとして知られ、前者は、細胞特異抗体への活用によって細胞に対し活性化薬剤を標的とすることが関与し、その一方で後者は活性化薬剤、例は、ウイルスベクターにおいてコード化DNAからの発現により、ベクターでのワクチンまたは融合タンパク質を生産することに関与する（たとえば、欧州特許出願公開第EP-A-415731号明細書およびWO 90/07936号を参照）。
本発明でのワクチンはまた、一つ以上のアジュバント化合物、すなわち免疫原性反応または抗原またはワクチンの免疫原性を増やす化合物または化合物群を含む。本発明で有用なアジュバント化合物には、完全フロイントアジュバント（CFA）、不完全フロイントアジュバント（IFA）；モンタニド（Montanide）ISA〔不完全セピック（seppic）アジュバント〕；リビ（Ribi）アジュバントシステム（RAS）；タイターマックス（TiterMax）；シンテックスアジュバント製剤（Syntex Adjuvant Formulation）（SAF）；アルミニウム塩アジュバント；ニトロセルロース吸着抗原；カプセル化され、またはエントラップド抗原；免疫刺激複合体（ISCOMs）；およびGerbuRアジュバントが含まれる。
以下は、本発明の具体化の添付図面に関する例としてだけの説明である。
図面において、図1は血清における自己抗体の検出のための方法を例示するカートゥーンである。
例
例
例1：ループスについての診断上の患者血清での自己抗体バイオマーカーを発見するための抗原のマイクロアレイ
広範囲にわたるタンパク質クラスをカバーしている330の標的遺伝子についての全長読み取り枠は、バキュロウイルス移入ベクターにおいて、C末端E. coli（エシェリキア・コリ、大腸菌）BCCP-mycタグをコード化する配列を有するインフレームでクローン化し〔WO 03/064656号；Boutell（バウテル）〕、および配列確認した。組換え型バキュロウイルスを発生させ、増幅し、そして24ウェル深い井戸プレートのために適応する標準的な方法を用いる懸濁物でのSf9細胞増殖において発現した〔Whatman（ワットマン）、Maidstone（メイドストーン）、英国；Chambers（チェンバーズ）、Zhao（チャオ）〕。組換え型タンパク質発現を、ウエスタンブロット法によってタンパク質完全性およびビオチン化のために分析した。組換え型タンパク質を内部にもつ細胞を溶解し、そして溶解物はストレプトアビジンコートのガラスのスライド〔Schott（ショット）Nexterion（ネクステリオン）、Jena（イェナ）、ドイツ国〕に300μm固形ピンを備えるQArray2 Microarrayer（キューアレイ2・マイクロアレイヤー）〔Genetix（ジェネティックス）、New Milton（ニュー・ミルトン）、英国〕を用い４倍にしてスポットした。スライドを-200℃で保存した。タンパク質活性の範囲はこれらの条件の下で12ヵ月にわたり安定であると実証された。アレイ上にスポットされたタンパク質は水性環境中へ突き出、そしてガラスチップの表面から離れて向かわせ、自己抗体によって結合するためにそれらが露出される。
330のタンパク質に加えて、BCCP-mycタグ（BCCP、BCCP-myc、β-ガラクトシダーゼ-BCCP-mycとβ-ガラクトシダーゼ-BCCP）のための4つのコントロールタンパク質は、Cy3/Cy5のラベルが付いたビオチン-BSA、ビオチン化されたIgGとビオチン化されたIgMの希釈系列、ビオチン化されたmycペプチド希釈系列およびバッファだけのスポットとともに、アレイした。
例2：ループスを患う患者からの血清サンプル中の自己抗体の検出
ループスと診断される169の個体の血清サンプル（中央値47年、95%雌性）は、2つの商業上の供給源から得られた。コントロールとして、ループス（中央値50年、95%雌性）の既知の病歴のない170の個体のサンプルが得られた。これらのサンプルは、例1において記述したタンパク質アレイを用いて自己抗体の存在についてアッセイした。
血清サンプルは澄まし（脂質を含む粒子を除去するために、4℃で3分の間10-13Kのrcfで遠心分離し）、そして1×PBSにおいて、0.1%v/vのトリトン/0.1%w/vのBSAで200倍に薄め（トリトン-BSA-PBSバッファ）、そして次いでアレイに適用した。各々の薄められた血清サンプル（2.0mL）は、別々のアレイに適用して、そして穏やかな軌道の振れ（~ 50rpm）を伴い室温（RT、20℃）で2時間ディッシュにおいてインキュベーションした。アレイはそれからディッシュから慎重に取り除き、そして任意の過剰なプロービング溶液をリントのない組織上へアレイの側部をブロットすることによって取り除いた。プローブしたアレイは、急速な軌道の振れを伴う5分間の室温でのねじ式のふたを有する新しいプラスチック容器において二回新鮮なトリトン-BSA-PBSバッファ中で洗浄した。洗浄したスライドは、それから、過剰な洗浄バッファを取り除くために、リントのない組織上へブロットされ、そして、穏やかな軌道の振れを伴い、2時間室温で二次的抗体溶液（使用のちょうど前に調製した）においてインキュベーションし、および光から保護した。二次的抗体溶液は、結合した血清IgGの最適な検出を与えるためにトリトン-BSA-PBSバッファで希釈されたCy3ラベル化ラビット抗ヒトIgG抗体であった。スライドを穏やかな軌道の振れを伴うRTでの5分間の3回のトリトン-BSA-PBSバッファで洗浄し、蒸留水において短時間すすぎ（5-10秒）、そして240rcfで2分間、遠心分離にふさわしい容器において遠心分離した。アレイ上で過剰な液体を離し逃がすのを助けるために、リントのない組織（ティッシュ）は、遠心分離の間、アレイの底に置いた。
プローブされ、および乾燥したアレイは次いで、アレイによって結合した自己抗体を識別し、および自己抗体の結合性の強さを定めるために、二次的染色溶液の検出に適する励起波長を使うことができるマイクロアレイスキャナ、たとえば、Molecular Devices Genepix（モレキュラー・デバイシーズ・ジェネピックス）4000Bマイクロアレイスキャナのようなものを使ってスキャンした。マイクロアレイスキャンは、TIFF画像を、各々のタンパク質スポットに結合した蛍光の強度を定めるのに用いた各々のアレイについて生成した。
アレイ上の各々のタンパク質の特長（また、スポットまたは抗原と称される）の未加工中央値信号強さ（Raw median signal intensity）（また、相対的な蛍光単位、RFUと呼ばれる）は、GenePixプロマイクロアレイデータ分析ソフトウェアまたは類似したソフトウェアを使用して、ローカル中央値背景強さから控除されるTIFF画像から定めた。この技術で熟練した誰でも知るように、中央値蛍光、合計の蛍光のようなスポット強さの他の計測を用いることも可能である。
各々のアレイ上のすべてのタンパク質の特長の結果として生じる正味の蛍光強さはそれから、変位値標準化〔Bolstad（ボルスタット）〕方法を用いて標準化した。2名のループス患者からの血清および1つのコントロール血清についてのデータは、それらの抗原結合性信号の多くが高い背景結合によって覆い隠されるので、除外した。目下のデータに適するデータ標準化のための他の方法は、中でも、サンプルのすべての強さの第1の四分位点の生成物およびすべてのサンプルの第1の四分位点の中央値およびvsn方法〔Huber（ヒューバー）〕からなる標準化要因による正味の蛍光強さの乗算を含む。そのような標準化方法は、マイクロアレイ分析の技術において熟練した誰にも知られている。標準化された蛍光強さは次いで、各タンパク質の特長のために平均化した。
標準化した平均データを、ループスのためのバイオマーカーを選ぶのに用いた。データはトレーニング中にランダムに分け、そしてテストを10回セットした（10倍のクロス確認）。
タンパク質を選び、およびトレーニングサブセットでのデータを用いたマイクロアレイ（SAM）アルゴリズム〔チューサー（Tusher）〕の重要性分析とともにランク付けした。このタスクに適用できる類似した方法は、中でも、予測分析マイクロアレイ（PAM、Tibshirani）、MPテスト（フォックス）、折れ目変化（ウィッテン）および主成分分析法（Bessant）を含む。そのようなデータ分析方法は、マイクロアレイ分析の技術に熟練した誰にも知られている。データは、2つのクラスの対になってないもの（疾患対コントロール）として、ノンパラメトリック（非母数）テスト統計を使うことで分析した。最高スコアおよび≦30%のq値を有する各々のクロス確認折れ目において選ばれるタンパク質の特長を選定し、そしてq値≦30%を有するそれらを、大部分の10のクロス確認の繰り返しにおいて選定し、クロス確認において選定の頻度と一緒に表2で示す。
テーブル1aは、q値がクロス確認での選定頻度と一緒にSAM分析により以下≦30%であったタンパク質の特長をリストする。
テーブル1aは、q値がクロス確認での選定頻度と一緒にSAM分析により以下≦30%であったタンパク質の特長をリストする。
テーブル1aに挙げるタンパク質は、コントロールの対象体よりも、病気にかかったものからの血清にしばしば多く結合結合する。テーブル1aに挙げるタンパク質は、ループスの診断に有用なバイオマーカーと考えられる。
各々のクロス確認折れ目において選ばれるタンパク質に設定されるトレーニングの標準化されたデータは、分類アルゴリズムを構築するのに用いた。アルゴリズムは、ロジスティック回帰〔Liao（リヤオ）〕アルゴリズムを使用することに基づいて確立した。この研究のサンプルデータのために分類アルゴリズムを構築するのに用いることができる類似した方法には、中でも、PAM（Tibsbirani）、人工的ニューラルネットワーク（Bessant）、支持体ベクター機械（SVM）〔Brown（ブラウン）〕および規則化された判別分析（Guo）が含まれる。そのようなデータ分析方法は、マイクロアレイ分析の技術に熟練した誰にも知られている。構築されたアルゴリズムはそれから、ループスのための分類方法としてその有効性をチェックするために病気にかかったサンプルおよびコントロールサンプル中にテストセットのサンプルを分類するのに用いた。分類エラーの推定を得るために、平均の特異性および感度を、10倍のクロス確認を使って調べた。クロス確認の平均感度は67%で、平均特異性は85%であった。クロス確認アプローチは、分類エラーのローバストな測定値を確実にした。
例3：修飾した分析アプローチを用いてのループスを患う患者からの血清サンプル中の自己抗体の検出
例2で説明した未処理データ（169のループスおよび170のコントロールのサンプル）を、また更にデータを採掘し、ループスを示す追加的なマーカーを識別するために、修飾した分析を受けさせた。
アレイの各々のタンパク質の特長の未処理の中央値信号強さ（相対的な蛍光単位、RFU）を、アレイプロ（ArrayPro）マイクロアレイデータ分析ソフトウェアを使用してTIFF画像から定め、ローカル中央値背景強さから控除した。
すべての3つのアレイのタイプからのすべてのタンパク質の特長の結果として生じる正味の蛍光強さを、次いでvsn標準化方法（ヒューバー2002）、またはサンプルのすべての強さの第1の四分位点の生成物およびすべてのサンプルの第1の四分位点の平均、または四分位点またはローバスト四分位点方法（ボルスタット2003）からなる標準化要因による正味の蛍光強さの乗算を用いて一緒に標準化した。標準化した蛍光強さは次に、各タンパク質の特長について平均化した。
標準化した平均データを、ループスのためのバイオマーカーを選ぶのに用いた。選定したバイオマーカーに基づく分類方法の特異性および感度を推定するために、データをまず、最初にランダムに、トレーニングおよびテストセットの10回（10倍のクロス確認）に分けた。
タンパク質を選定し、MPテスト（フォックス2006）、またはマイクロアレイ（PAM、Tibshirani 2002）、重要性分析のマイクロアレイ（SAM）アルゴリズム（Tusher 2001、ヒュベール2005）、折り目変化（ウィッテン2007）、またはコントロールのデータから導き出された信頼区間に基づくカットオフ（区分）の方法を、トレーニングサブセットでのデータを使用してランク付けした。データは、2つのクラス（病気にかかった対コントロール）として分析した。
各々のクロス確認折れ目で選ばれるタンパク質に設定されるトレーニングの標準化されたデータは、分類アルゴリズムを構築するのに用いた。1よりも多くのアレイタイプ上で選ばれた同じクローンから導き出される特長は、分類アルゴリズムの構築のために入れたままにしておかれた。アルゴリズムは不利益をもたらした（penalised）ロジスティック回帰（Antoniadis 2003、Liao 2007）またはPAM（Tibshirani 2002）、またはコントロールのデータに由来した信頼区間に基づく支持体ベクター機械（SVM、ブラウン2000、Statnikov 2008）またはカットオフの方法に基づいて確立した。構築したアルゴリズムを次いで、ループスのための分類方法としてその有効性をチェックするために病気にかかったサンプルおよびコントロールのサンプル中にテストセットのサンプルを分類するのに用いた。分類エラーの推定を得るために、平均特異性および感度を、10倍のクロス確認を使って調べた。
10のクロス確認折れ目のうちの少なくとも9つにおいてSAM分析によって選ばれるタンパク質は、テーブル2aで示す。用いる分析パラメータは以下の通りであった。すなわち、q値のカットオフ≦20%および含められる高められた反応を伴うタンパク質であった。
テーブル2aは、q値がSAM分析および10倍のクロス確認選定頻度≧9による≦20%であったタンパク質の特長を挙げる。
テーブル2aは、q値がSAM分析および10倍のクロス確認選定頻度≧9による≦20%であったタンパク質の特長を挙げる。
テーブル2aに挙げたタンパク質は、コントロール対象体よりも、病気にかかったものからの血清によってしばしば多く結合される。テーブル2aに挙げたタンパク質は、ループスの診断に有用なバイオマーカーと考えられる。
SVMによる分類は、クロス確認の平均感度の74%および平均特異性の86%を与えた。
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抗原の遺伝子記号、アントレジーンID、DNA受入れ番号および配列
Claims (47)
- ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者のデータを収集する方法であって、測定容器に収容された患者からのサンプルを、自己抗原のパネルに対し、サンプルでの自己抗体の存在、その不存在または調節されたレベルを検出するために試験することを含み、自己抗原のパネルは、次の
（ａ）ＺＭＡＴ２および表２に挙げた他の３１の自己抗原、
（ｂ）（ａ）の５つまでの自己抗原が削除され、または
（ｃ）（ａ）の６、７、８、９または１０またはそれよりも多くのものまでの自己抗原が削除されたパネル
を含む、方法。 - ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者のデータを収集する方法であって、前記患者から採取されたサンプルにおいて、表２に挙げた自己抗原からなる群から選ばれる自己抗原に結合する一種またはそれよりも多くの自己抗体を検出することを含み、前記一種またはそれよりも多くの自己抗体の存在、または前記一種またはそれよりも多くの自己抗体の増加は、患者がループスを患うか、それを発達させる傾向が与えられることを示す、方法。
- ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者のデータを収集する方法であって、患者からのサンプルを、自己抗原のパネルに対し、サンプルでの自己抗体の存在、その不存在または調節されたレベルを検出するために試験することを含み、自己抗原のパネルは、表２から選ばれる少なくとも１０の自己抗原を含む、方法。
- 少なくとも２つの自己抗体の存在または増加したレベルを検出することは、診断に有用な情報を提供する、請求項１〜３のいずれか一項の方法。
- 少なくとも三つの自己抗体の増加したレベルの存在を検出することは、診断に役立つ情報を提供する、請求項４の方法。
- サンプルは体液である、請求項１〜５のいずれか一項の方法。
- 体液は、血液、血清、血しょう、唾液、リンパ液、外傷分泌、尿、糞便、粘液または脳脊髄液（ＣＳＦ）から選ばれる、請求項６の方法。
- サンプルは血清またはプラズマである、請求項７の方法。
- ループスの進行または退行をモニターするか、または疾患のフレアへの進行またはフレアから鎮静への移行をモニターする方法であって、次の
（ａ）請求項１〜８のいずれか一項の方法を実行すること、
（ｂ）第１のサンプルよりも遅い時間に患者から得られる第２のサンプルを用いてステップ（ａ）を繰り返すこと、
（ｃ）前記第１および第２のサンプルにおいて検出される自己抗体を比較すること
を含み、第１および第２のサンプルの間で検出される自己抗体のレベルにおける変化またはその存在または不存在は、ループスの進行または退行、またはフレアへの進行、またはフレアから鎮静への移行を示す、方法。 - ループスに対する治療上の薬剤の患者における有効性をモニターする方法であって、次の
（ａ）請求項１〜８のいずれか一項の方法を実行すること、
（ｂ）治療上の薬剤を投与された患者からの第２のサンプルを用いて請求項１〜８のいずれか一項の方法を実行すること、
（ｃ）前記第１および第２のサンプルにおいて検出される自己抗体を比較すること
を含み、第１および第２のサンプルにおいて検出される自己抗体のレベルにおける変化またはその存在または不存在は、ループスへの治療上の薬剤の有効性を示す、方法。 - 患者は前駆症状性である、請求項１〜１０のいずれか一項の方法。
- ループスの進行または退行をモニターするか、または疾患のフレアへの進行またはフレアから鎮静への移行をモニターする方法であって、次の
（ａ）患者からの第１のサンプルにおいて、表２より選ばれる自己抗原を結合する自己抗体の一種またはそれよりも多くの存在を検出すること
（ｂ）第１のサンプルよりも遅い時間に患者から得られる第２のサンプルにおいて、前記自己抗体を検出すること、
（ｃ）前記第１および第２のサンプルにおいて自己抗体を比較すること
を含み、
第１および第２のサンプルにおいて自己抗体のレベルにおける変化またはその存在または不存在は、ループスの進行または退行、またはフレアへの進行、またはフレアから鎮静への移行を示す、方法。 - 前記自己抗原の３またはそれよりも多くを含むパネルは、自己抗体の検出のために用いられる、請求項１２の方法。
- 変化は、自己抗原の数における増加であり、それに対し自己抗体が第１のサンプルと比較して第２のサンプルにおいて検出され、前記変化はループスがより一層ひどくなったことを示す、請求項１２又は１３の方法。
- 変化は、自己抗原の数における減少であり、それに対し自己抗体が第１のサンプルと比較して第２のサンプルにおいて検出され、前記変化はループスがそれほどひどくなくなったことを示す、請求項１２又は１３の方法。
- 変化は、第１のサンプルと比較した第２のサンプルにおける自己抗体の一種またはそれよりも多くのものの濃度における変化である、請求項１２又は１３の方法。
- 変化は、第１のサンプルと比較した第２のサンプルにおける自己抗体の一種またはそれよりも多くのものの濃度における増加であり、増加はループスがより一層ひどくなったことを示す、請求項１６の方法。
- 変化は、第１のサンプルと比較した第２のサンプルにおける自己抗体の一種またはそれよりも多くのものの濃度における減少であり、減少はループスがそれほどひどくなくなったことを示す、請求項１６の方法。
- 変化は、第１のサンプルと比較した第２のサンプルにおける自己抗体の一種またはそれよりも多くのものの濃度における増加であり、増加はループスがそれほどひどくなくなったことを示す、請求項１６の方法。
- 変化は、第１のサンプルと比較した第２のサンプルにおける自己抗体の一種またはそれよりも多くのものの濃度における減少であり、減少はループスがより一層ひどくなったことを示す、請求項１６の方法。
- ループスに対する治療上の薬剤の患者における有効性をモニターする方法であって、次の
（ａ）患者からの第１のサンプルにおいて、表２より選ばれる自己抗原を結合する自己抗体の一種またはそれよりも多くの存在を検出すること、
（ｂ）治療上の薬剤を投与された患者からの第２のサンプルにおいて、前記一種またはそれよりも多くの自己抗体を検出すること、
（ｃ）前記第１および第２のサンプルにおいて、一種またはそれよりも多くの自己抗体を比較すること
を含み、
第１および第２のサンプルにおいて自己抗体のレベルにおける変化またはその存在または不存在は、ループスに対する治療上の薬剤の有効性を示す、方法。 - 一種またはそれよりも多くの自己抗体における変化は、第１のサンプルと比較した第２のサンプルにおいて、自己抗体が検出される自己抗原の数、または自己抗体の濃度における減少であり、減少は治療上の薬剤が有効なことを示す、請求項２１の方法。
- 一種またはそれよりも多くの自己抗体における変化は、自己抗体が第１のサンプルと比較して第２のサンプルにおいて検出される自己抗原の数における増加であり、増加は治療上の薬剤が有効なことを示す、請求項２１の方法。
- 変化は自己抗体の濃度における減少である、請求項２１の方法。
- 濃度における減少は少なくとも５％である、請求項２４の方法。
- 変化は自己抗体の濃度における増加である、請求項２１の方法。
- 濃度における増加は少なくとも５％である、請求項２１の方法。
- サンプルは体液である、請求項１〜２７のいずれか一項の方法。
- 体液は、血液、血清、血しょう、唾液、リンパ液、創傷分泌、尿、糞便、粘液または脳脊髄液（ＣＳＦ）から選ばれる、請求項２８の方法。
- サンプルは血清または血しょうである、請求項２９の方法。
- ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者の診断上のキットであって、前記キットは、表２より選ばれる一種またはそれよりも多くの自己抗原を含み、
一種またはそれよりも多くの自己抗原は基材上に固定化されている、キット。 - ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者の診断上のキットであって、前記キットは、表２より選ばれる５またはそれよりも多くの自己抗原を含むパネルを含み、
自己抗原は基材上に固定化されている、キット。 - パネルは１０またはそれよりも多くの自己抗原を含む、請求項３２に従うキット。
- パネルは２０またはそれよりも多くの自己抗原を含む、請求項３３に従うキット。
- 前記基材には、細条、スライド、ビーズ、ＳＰＲまたは平担導波路チップまたはマイクロタイタープレートのウェルが含まれる、請求項３１〜３４のいずれか一項のキット。
- 自己抗原のパネルはアレイの形態で前記基材上に運ばれる、請求項３１〜３５のいずれか一項のキット。
- 自己抗原は、アレイ上でタンパク質の合計数の少なくとも５％を構成する、請求項３６のキット。
- アレイには、一種またはそれよりも多くの他のタンパク質またはポリペプチド、および前記アレイを用いて実行する試験の結果を自動的に分析するための手段を含み、前記分析手段はコンピュータで読取り可能な指示を含み、前記一種またはそれよりも多くの他のタンパク質またはポリペプチドからの結果は、分析の間盲検される、請求項３６のキット。
- アレイにはさらに、一種またはそれよりも多くのコントロールタンパク質またはポリペプチドが含まれる、請求項３６のキット。
- アレイはさらに、抗ＲＮＡまたは抗ＤＮＡ抗体についての一種またはそれよりも多くのコントロールアッセイを包含する、請求項３６のキット。
- アレイはさらに、代謝産物のための一種またはそれよりも多くのコントロールアッセイを包含する、請求項３６のキット。
- アレイは自己抗原またはコントロールの一種またはそれよりも多くの複製を含む、請求項３６又は３９のキット。
- さらに、抗ヒト免疫グロブリン抗体および前記抗ヒト免疫グロブリン抗体を検出するための手段を含む、請求項３１〜４２のいずれか一項のキット。
- 検出するための手段には、比色分析または蛍光アッセイ、または質量分析、クロマトグラフィー、ＳＰＲまたは平面導波路技術から選ばれるラベルフリーの検出方法が含まれる、請求項４３のキット。
- ループスをもつか、またはそれを発達させる傾向が与えられる患者を診断するための自己抗原のパネルであって、前記パネルは、次の
（ａ）表２に挙げる自己抗原、
（ｂ）（ａ）の５つまでの自己抗原が削除されたパネル、または
（ｃ）（ａ）の６、７、８、９または１０まで、またはより一層多くの自己抗原が削除されたパネル；
を含むか、またはこれからなる、パネル。 - 自己抗原は変異体である、請求項４５のパネル。
- サンプルにおける前記自己抗体の不存在は、患者がループスをもたないか、またはそれを発達させる傾向を与えられないことを示す陰性のデータを提供する、請求項１の方法。
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