JP6819848B2 - miRNA発現量の比較解析方法及び装置 - Google Patents
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Description
(1) 複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析する方法であって、
複数の前記検体について、標的miRNAの発現量の測定及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定を同時に行なう、測定工程;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値から代表値を取得する、代表値取得工程;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、代表値取得工程で取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得工程;及び
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正工程
を含む、前記方法。
(2) 前記補正工程では、
(a)前記補正係数取得工程において、前記代表値から前記基準値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値から補正係数を減算すること、
(b)前記補正係数取得工程において、前記基準値から前記代表値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を加算すること、
(c)前記補正係数取得工程において、前記代表値を前記基準値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値を補正係数で除算すること、又は
(d)前記補正係数取得工程において、前記基準値を前記代表値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を乗算すること、
により前記補正を行なう、(1)に記載の方法。
(3) 前記基準値は、補正用内因性miRNA発現量に関して任意に定められた固定数値、又は、前記複数の検体から任意に選択された第1の検体について取得された補正用内因性miRNA発現量の代表値である、(1)又は(2)に記載の方法。
(4) 前記測定工程が、支持体上に固定化された複数の標的miRNAを捕捉するための核酸プローブ及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブと、標識物質で標識された血清検体又は血漿検体由来の核酸試料とを接触させてハイブリダイゼーションを行ない、標的miRNA及び前記1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量をそれぞれシグナル強度測定値として得ることを含む、(1)ないし(3)のいずれか1項に記載の方法。
(5) 前記代表値が、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNA発現量の測定値から算出された、対数値で表された平均値又は中央値である、(1)ないし(4)のいずれか1項に記載の方法。
(6) 複数のヒト血清検体又は複数のヒト血漿検体における標的miRNAの発現量を比較解析するmiRNA発現解析装置であって、
複数の前記検体について測定された、標的miRNAの発現量の測定値及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値を記憶する記憶手段;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値から代表値を取得する、代表値取得手段;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、前記代表値取得手段によって取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得手段;
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正手段;及び
補正済みの標的miRNA発現量により、少なくとも2つの検体の間で標的miRNA発現量を対比した結果を出力する出力手段
を含む、前記装置。
(7) 前記補正手段は、
(a)前記補正係数取得手段において、前記代表値から前記基準値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値から補正係数を減算すること、
(b)前記補正係数取得手段において、前記基準値から前記代表値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を加算すること、
(c)前記補正係数取得手段において、前記代表値を前記基準値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値を補正係数で除算すること、又は
(d)前記補正係数取得手段において、前記基準値を前記代表値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を乗算すること、
により前記補正を行う、(6)に記載の装置。
(8) 前記記憶手段に記憶される、複数の各検体に含まれる標的miRNAの発現量の測定値及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値は、支持体上に固定化された複数の標的miRNAを捕捉するためのプローブ及び前記1又は複数の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブと、標識物質で標識されたヒト血清検体又はヒト血漿検体由来の核酸試料とを接触させてハイブリダイゼーションを行ない、標的miRNA及び前記1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量をシグナル強度測定値としてそれぞれ測定された値である、(6)又は(7)に記載の装置。
(9) 複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析するために、1又は複数のコンピューターに、
複数の各ヒト血清検体又は各ヒト血漿検体について、標的miRNAの発現量の測定及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定を同時に行なう、測定工程;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の各測定値から代表値を取得する、代表値取得工程;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、代表値取得工程で取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得工程;及び
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正工程
を実行させるためのプログラム。
(10) 複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析するために、1又は複数のコンピューターを、
複数の各ヒト血清検体又は各ヒト血漿検体に含まれる標的miRNAの発現量の測定値及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値を記憶する記憶手段;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値から代表値を取得する、代表値取得手段;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、前記代表値取得手段によって取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得手段;
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正手段;及び
補正済みの標的miRNA発現量により、少なくとも2つの検体の間で標的miRNA発現量を対比した結果を出力する出力手段
として機能させるためのプログラム。
(11) (9)又は(10)に記載のプログラムを記録した、コンピューター読み取り可能な記録媒体。
(12) 複数の標的miRNAを捕捉するためのプローブ及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブが固定化された支持体を含むチップの、(1)ないし(5)のいずれか1項に記載の方法により複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析するためのチップとしての使用。
本発明の比較解析方法では、検体中の複数種類の標的miRNAの発現量の測定と同時に、1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定も行なう。補正用内因性miRNAの発現量は、後述する通り、標的miRNAの発現量を補正するための補正係数の算出に使用される。複数のmiRNAの発現量の同時測定は、例えば、対象のmiRNAに特異的に結合するプローブを支持体上に固定化した、マイクロアレイ等のアレイチップを用いたハイブリダイゼーションアッセイにより行なうことができる。本発明においては、複数の標的miRNA捕捉プローブと1又は複数の補正用内因性miRNA捕捉プローブとが固定化された支持体を含むアレイチップを用いればよい。
本発明の解析方法では、次いで、各検体について、補正用内因性miRNAの発現量の測定値から代表値、好ましくは対数値で表された代表値を取得する(代表値取得工程)。本発明における「対数値」とは、底が2の対数に変換された値を意味する。
補正係数取得工程−1は、補正用内因性miRNAの代表値と基準値との差を利用する方法である。本工程には、下記の1−1.基準検体取得法、又は1−2.固定数値補正法を適用し得る。
miRNAの検出対象とする複数の体液検体の中から任意に1検体(第1の検体)を選択し、これを「基準検体」とする。残りの1又はそれ以上の検体(第2以降の検体)が、「補正される検体」となる。
−(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値) ・・・式1
c1-1’=(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値)
−(基準検体の補正用内因性miRNAの代表値(基準値)) ・・・式1’
nは、支持体上の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域の総数、
Ajは、基準検体における、j番目(1≦j≦n)の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域からのシグナル測定値、
Xjは、第2の検体における、j番目(1≦j≦n)の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域からのシグナル測定値、
である。
補正用内因性miRNAの代表値について、すべての検体において一定の数値をとるものとあらかじめ仮定する方法である。すなわち、固定した数値と、各検体由来の補正用内因性miRNAの代表値との差を得て、この差を補正係数として利用する。当該方法では、この固定した数値を「基準値」として用いる。補正係数は、補正される検体の数だけ取得されることになる。なお、この場合、1−1.に示した「基準検体」は存在しないので、miRNAの検出対象とする複数の検体すべてが、「補正される検体」となる。
−(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値) ・・・式3
r1-2'=(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値)
−(固定数値(基準値)) ・・・式3’
αは基準値、
nは、支持体上の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域の総数、
Yjは、検体における、j番目(1≦j≦n)の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域からのシグナル測定値、
である。
補正係数取得工程−2は、補正用内因性miRNAの代表値と基準値との比を利用する方法である。本工程には、下記の2−1.基準検体取得法、又は2−2.固定数値補正法を適用し得る。
miRNAの検出対象とする複数の検体の中から任意に1検体(第1の検体)を選択し、これを「基準検体」とする。残りの第2以降の検体が、「補正される検体」となる。
/(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値) ・・・式5
c2-1'=(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値)
/(基準検体の補正用内因性miRNAの代表値(基準値)) ・・・式5’
nは、支持体上の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域の総数、
Ajは、基準検体における、j番目(1≦j≦n)の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域からのシグナル測定値、
Xjは、第2の検体における、j番目(1≦j≦n)の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域からのシグナル測定値、
である。
補正用内因性miRNAの代表値について、すべての検体において一定の数値をとるものとあらかじめ仮定する方法である。すなわち、固定した数値に対する、各検体由来の補正用内因性miRNAの代表値の比を得て、この比を補正係数として利用する。当該方法では、この固定した数値を「基準値」として用いる。補正係数は、補正される検体の数だけ取得されることになる。なお、この場合、2−1.に示した「基準検体」は存在しないので、miRNAの検出対象とする複数の検体すべてが、「補正される検体」となる。
/(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値) ・・・式7
r2-2'=(補正される検体の補正用内因性miRNAの代表値)
/(固定数値(基準値)) ・・・式7’
αは固定数値、
nは、支持体上の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域の総数、
Yjは、検体における、j番目(1≦j≦n)の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブ固定化領域からのシグナル測定値、
である。
補正工程−1は、補正係数取得工程−1で得られた補正係数を用いて標的miRNAの発現量の補正を行なう方法であり、標的miRNAの発現量に補正係数を加算又は該発現量から補正係数を減算することによって補正を行なう。本工程には、補正係数取得工程−1の基準検体取得法と固定数値補正法にそれぞれ対応した2通りの補正方法がある。
第2以降の検体における標的miRNAの発現量の補正は、第2以降の検体のための補正係数をそれぞれ用いて実施する。つまり、第2の検体について標的miRNAの発現量を補正する場合には、第2の検体のための補正係数(c21-1又はc21-1’)を使用し、第3の検体について標的miRNA発現量を補正する場合には、第3の検体のための補正係数(c31-1又はc31-1’)を使用する。
標的miRNA発現量の補正は、代表値と固定数値(基準値)との差によって得られた補正係数をそれぞれ用いて実施する。つまり、ある検体について標的miRNA発現量を補正する場合には、その検体のための補正係数(r1-2又はr1-2’)を使用する。
補正工程−2は、補正係数取得工程−2で得られた補正係数を用いて標的miRNAの発現量の補正を行なう方法であり、標的miRNAの発現量を補正係数で除算、又は該発現量に補正係数を乗算することによって補正を行なう。本工程にも、補正係数取得工程−2の基準検体取得法と固定数値補正法にそれぞれ対応した2通りの補正方法がある。
第2以降の検体における標的miRNAの発現量の補正は、第2以降の検体のための補正係数をそれぞれ用いて実施する。つまり、第2の検体について標的miRNAの発現量を補正する場合には、第2の検体のための補正係数(c22-1又はc22-1’)を使用し、第3の検体について標的miRNA発現量を補正する場合には、第3の検体のための補正係数(c32-1又はc32-1’)を使用する。
標的miRNA発現量の補正は、固定数値(基準値)との比によって得られた補正係数をそれぞれ用いて実施する。つまり、ある検体について標的miRNA発現量を補正する場合には、その検体のための補正係数(r2-2又はr2-2’)を使用する。
補正済みの標的miRNA発現量により、複数の体液検体間で標的miRNA発現量を対比する。基準検体取得法により補正が実施される場合には、基準検体とした第1の検体の標的miRNA発現量は補正を受けていないため、例えば第1の検体と第2の検体との間の対比は、補正されていない第1の検体の標的miRNA発現量と、補正済みの第2の検体の標的miRNA発現量との間での対比となるが、対比する検体のうちの少なくとも1つは必ず補正された検体となる。従って、「補正済みの標的miRNA発現量により、複数の体液検体間で標的miRNA発現量を対比する」という語には、補正されていない基準検体と補正された他の検体との間で対比する態様も包含される。
複数の体液検体について測定された、標的miRNAの発現量の測定値及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値を記憶する記憶手段;
各体液検体について、1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値から、代表値、好ましくは対数値で表された代表値を取得する、代表値取得手段;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、前記代表値取得手段によって取得された各体液検体の代表値との差又は比を、各体液検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得手段;
前記補正係数取得手段によって取得された各補正係数を用いて、当該各体液検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正手段;及び
補正済みの標的miRNA発現量により、少なくとも2つの体液検体の間で標的miRNA発現量を対比した結果を出力する出力手段
を含む。
複数の検体のそれぞれについて、同時に測定された複数の標的miRNAの発現量及び1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値を記憶する記憶手段と;
各体液検体について、補正用内因性miRNAの発現量の測定値から、代表値、好ましくは対数値で表された代表値を取得する、代表値取得手段と;
任意に選択された第1の検体を基準検体とし、基準検体の補正用内因性miRNAの代表値を基準値として、当該基準値と残りの第2以降の検体の補正用内因性miRNA代表値との差又は比を、当該第2以降の検体のための補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得手段と;
補正係数取得手段によって取得された第2以降の検体のための補正係数をそれぞれ用いて、第2以降の検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正手段と;
補正済みの標的miRNA発現量により、少なくとも2つの体液検体の間で標的miRNA発現量を対比した結果を出力する出力手段
を含む。
複数の体液検体のそれぞれについて、同時に測定された複数の標的miRNAの発現量及び1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値を記憶する記憶手段と;
各検体について、補正用内因性miRNAの発現量の測定値から、代表値、好ましくは対数値で表された代表値を取得する、代表値取得手段と;
固定数値を基準値として、当該基準値と各検体の補正用内因性miRNAの代表値との差又は比を、当該検体のための補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得手段と;
補正係数取得手段によって取得された各検体のための補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正手段と;
補正済みの標的miRNA発現量により、少なくとも2つの体液検体の間で標的miRNA発現量を対比した結果を出力する出力手段と
を含む。
以下の過程により、本発明で用いる補正用内因性miRNAを選択した。
東レ株式会社製の"3D-Gene" human miRNA oligo chip(miRBase release 20対応)を用いて以下の実験を行なった。
検体RNAとして、健常ヒト血清157検体より、"3D-Gene" RNA extraction reagent from liquid sample kitを用いて抽出したRNAを用いた。得られた検体RNAを、"3D-Gene" miRNA labeling kit(東レ社)を用いて標識した。標識した検体RNAは、"3D-Gene" miRNA chip(東レ社)の標準プロトコールに従い、ハイブリダイゼーションと洗浄を行った。反応済みのDNAマイクロアレイは、マイクロアレイスキャナー(東レ社)を用いて蛍光シグナルを検出した。スキャナーの設定は、レーザー出力100%、フォトマルチプライヤーの電圧設定をAUTO設定にした。
DNAマイクロアレイから得られたmiRNAのシグナル値を、底が2の対数に変換し、RNA抽出及び標識時に添加した外部標準核酸による実験誤差補正を行った。
得られた実験誤差補正済みの全157検体のmiRNAシグナル値について、geNorm法による検体間最少変動miRNAの抽出を行った。GeNorm法は、Vandesompeleらによって提唱された定量RT-PCR法における内因性ハウスキーピング遺伝子(リファレンス遺伝子)の探索法である(Genome Biology 2002, 3:research0034-research0034.11)。対象とする検体に特有の内因性ハウスキーピング遺伝子であるmRNAを選抜する方法として用いられる。具体的には同一の検体における、すべての検出対象の遺伝子のシグナル値について、2つの遺伝子のシグナル値の比を総当たりで計算する。次に、すべての遺伝子の組合せで得られた比の値(A)について検体間での標準誤差を計算する。次に、特定の遺伝子について、他の遺伝子との関係で得られた標準誤差(V)の総和(M)を計算する。このM値が小さい遺伝子が、すぐれた内因性ハウスキーピング遺伝子とされる。
選択した補正用内因性miRNAをそれぞれ単独で用いて、複数の体液検体の標的RNAの発現量補正を行った。
東レ株式会社製の"3D-Gene" human miRNA oligo chip(miRBase release 20対応、東レ社)を用いて以下の実験を行なった。
ヒト血清を採血、血清分離後に下記2種の条件に静置し、血清に含まれるRNAの品質を変化させた。2種の条件を以下に示す。1:血清分離後6時間室温に静置し、RNA抽出を行う。2:血清分離後24時間25℃に静置し、RNA抽出を行う。それぞれの条件で作成された血清から"3D-Gene" RNA extraction reagent from liquid sample kit RNAを用いて全RNAを抽出し、検体RNAとした。
DNAマイクロアレイから得られたmiRNAのシグナル値を、底が2の対数に変換したシグナル値の分布(すなわち未補正の発現量シグナル値)を図4Aに示す。これに対して、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAのシグナル値と、あらかじめ別に設定した固定数値である基準値によって補正された、補正済みシグナル値の分布を図4B〜Kに示す。図中、Day-0(破線)が条件1の検体RNAであり、Day-1_25℃(実線)が条件2の検体RNAである。
実施例2に示すように、配列番号1〜10の補正用内因性miRNAは、それぞれ単独でも十分な標的miRNAの発現量の補正効果を持つが、さらにこれらを組み合わせることによって、実験の不備等による一部の補正用内因性miRNAデータの損失が起こった場合によっても、これを補完できることが想定される。そこで、複数の補正用内因性miRNAを組み合わせて用いて標的miRNAの発現量の補正を行ない、補正の効果を確認した。検体は実施例2と同様のものを用いた。
実施例3に示すように、配列番号1〜10の補正用内因性miRNAは、これらを組み合わせることによっても補正に有用である。この補正効果について、配列番号1〜10のいずれを組み合わせても同様の効果を示すことを確認した。検体は実施例2と同様のものを用いた。
実施例1の検討を行ったとき、血清RNAから得られた検体RNAをそれぞれ、"3D-Gene" miRNA labeling kit(東レ社)を用いて標識するステップにおいて、外部から添加する基準物質として2種の合成RNA配列(それぞれ20 mer、スパイクコントロール1及びスパイクコントロール2と称する)を添加した。これらの合成RNA配列は、血清由来のmiRNAと同様に蛍光標識され、"3D-Gene" human miRNA oligo chip(東レ社)によってシグナル量が検出された。そこで、スパイクコントロール1及びスパイクコントロール2のそれぞれ8点、計16点のスポットから得られたシグナル値を底が2の対数に変換し、その中央値を得て、代表値とした。この代表値と、あらかじめ設定した固定数値(基準値)の比をとり(基準値/各検体の代表値)、各検体用の補正係数を得た。この補正係数を、各検体のすべてのmiRNAシグナル値に乗算することによって補正を行った。補正前のシグナル値の分布を図6Aに、補正後のシグナル値の分布を図6Bに示す。標識時に外部より添加されたスパイクコントロールによる補正では、検体中の標的miRNAのシグナル値は十分に補正されていないことが示された。
これまで先行例によってmiRNAの発現量補正用として示されている、let-7d-5p、let-7g-5p、let-7i-5p、miR-16、miR-31、miR-223の、実施例2における発現量を表2に示す。has-miR-16-5p以外は、得られたシグナル値を底が2の対数に変換した場合、0〜5の範囲のシグナルしか示さず、発現量が十分でないという理由で、全miRNAの発現量を補正するための基準には適していなかった。また、hsa-miR-16-5pで補正した場合の補正シグナル値の分布を図7に示す。hsa-miR-16-5pの発現量による補正では、検体中の標的miRNAのシグナル値は十分に補正されていないことが示された。
110 入力部
120 表示部
130 出力部
140 記憶部
150 制御部
160 変換部
170 解析部
Claims (12)
- 複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析する方法であって、
複数の前記検体について、標的miRNAの発現量の測定及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定を同時に行なう、測定工程;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値から代表値を取得する、代表値取得工程;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、代表値取得工程で取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得工程;及び
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正工程
を含む、前記方法。 - 前記補正工程では、
(a)前記補正係数取得工程において、前記代表値から前記基準値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値から補正係数を減算すること、
(b)前記補正係数取得工程において、前記基準値から前記代表値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を加算すること、
(c)前記補正係数取得工程において、前記代表値を前記基準値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値を補正係数で除算すること、又は
(d)前記補正係数取得工程において、前記基準値を前記代表値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を乗算すること、
により前記補正を行なう、請求項1に記載の方法。 - 前記基準値は、補正用内因性miRNA発現量に関して任意に定められた固定数値、又は、前記複数の検体から任意に選択された第1の検体について取得された補正用内因性miRNA発現量の代表値である、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記測定工程が、支持体上に固定化された複数の標的miRNAを捕捉するための核酸プローブ及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブと、標識物質で標識された血清検体又は血漿検体由来の核酸試料とを接触させてハイブリダイゼーションを行ない、標的miRNA及び前記1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量をそれぞれシグナル強度測定値として得ることを含む、請求項1ないし3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記代表値が、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNA発現量の測定値から算出された、対数値で表された平均値又は中央値である、請求項1ないし4のいずれか1項に記載の方法。
- 複数のヒト血清検体又は複数のヒト血漿検体における標的miRNAの発現量を比較解析するmiRNA発現解析装置であって、
複数の前記検体について測定された、標的miRNAの発現量の測定値及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値を記憶する記憶手段;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値から代表値を取得する、代表値取得手段;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、前記代表値取得手段によって取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得手段;
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正手段;及び
補正済みの標的miRNA発現量により、少なくとも2つの検体の間で標的miRNA発現量を対比した結果を出力する出力手段
を含む、前記装置。 - 前記補正手段は、
(a)前記補正係数取得手段において、前記代表値から前記基準値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値から補正係数を減算すること、
(b)前記補正係数取得手段において、前記基準値から前記代表値を減算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を加算すること、
(c)前記補正係数取得手段において、前記代表値を前記基準値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値を補正係数で除算すること、又は
(d)前記補正係数取得手段において、前記基準値を前記代表値で除算した値を補正係数として取得する場合、標的miRNAの発現量の測定値に補正係数を乗算すること、
により前記補正を行う、請求項6に記載の装置。 - 前記記憶手段に記憶される、複数の各検体に含まれる標的miRNAの発現量の測定値及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値は、支持体上に固定化された複数の標的miRNAを捕捉するためのプローブ及び前記1又は複数の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブと、標識物質で標識されたヒト血清検体又はヒト血漿検体由来の核酸試料とを接触させてハイブリダイゼーションを行ない、標的miRNA及び前記1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量をシグナル強度測定値としてそれぞれ測定された値である、請求項6又は7に記載の装置。
- 複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析するために、1又は複数のコンピューターに、
複数の各ヒト血清検体又は各ヒト血漿検体について、標的miRNAの発現量の測定及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定を同時に行なう、測定工程;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の各測定値から代表値を取得する、代表値取得工程;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、代表値取得工程で取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得工程;及び
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正工程
を実行させるためのプログラム。 - 複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析するために、1又は複数のコンピューターを、
複数の各ヒト血清検体又は各ヒト血漿検体に含まれる標的miRNAの発現量の測定値及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値を記憶する記憶手段;
各検体について、配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAの発現量の測定値から代表値を取得する、代表値取得手段;
補正用内因性miRNAの発現量に関して任意に設定された基準値と、前記代表値取得手段によって取得された各検体の代表値との差又は比を、各検体のための標的miRNA発現量の補正係数としてそれぞれ取得する、補正係数取得手段;
各検体に対して取得された補正係数をそれぞれ用いて、各検体において測定された標的miRNAの発現量を補正する、補正手段;及び
補正済みの標的miRNA発現量により、少なくとも2つの検体の間で標的miRNA発現量を対比した結果を出力する出力手段
として機能させるためのプログラム。 - 請求項9又は10に記載のプログラムを記録した、コンピューター読み取り可能な記録媒体。
- 複数の標的miRNAを捕捉するためのプローブ及び配列番号1〜10に示す補正用内因性miRNAから選択される1又は複数の補正用内因性miRNAを捕捉するためのプローブが固定化された支持体を含むチップの、請求項1ないし6のいずれか1項に記載の方法により複数のヒト血清検体間又は複数のヒト血漿検体間で標的miRNAの発現量を比較解析するためのチップとしての使用。
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