JP6755518B2 - 血液障害の予後判断方法 - Google Patents
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Description
●慢性期
ほとんどの患者はこの病期にこの疾患であると診断される。この病期の間に白血病が徐々に進展する。症状は非常に少ないか、または全く無い。骨髄中および血液中にはまだ少数の白血球(白芽球)しかない。治療されない場合、この病期は平均して3年から4年間にわたって続く。
この病期は血液中および骨髄中の白芽球の割合の増加、ならびにBCR−ABL負荷量の増加と新しい染色体異常の出現に対応する。疲労、食欲不振、はっきりとした理由の無い高熱などの非特異的症状がさらに頻発する。治療を始めないと数か月の内にこの疾患は急性期に進展し、これを移行と呼ぶ。
白血病は慢性期から次に急性期に転化する。白芽球が骨髄に浸潤し、以後、骨髄は正確に機能することができない。短期的にはこの二次的な急性白血病の予後は非常に良くない。
(a)ある遺伝子群から選択される少なくとも1つの遺伝子亜群の遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、
前記遺伝子群が25遺伝子からなり、前記25遺伝子が配列番号1から配列番号25の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群が7遺伝子からなり、前記7遺伝子が配列番号1から配列番号7の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群の遺伝子の各々について発現レベル測定値を得る前記ステップ、
(b)前記亜群の前記遺伝子の各々についての健常試料における発現レベルに対する前記白血病生体試料における発現レベルの比率を得るため、前記亜群の前記遺伝子の各々について先行ステップで生じた値を健常生体試料から得られた前記亜群の前記遺伝子の各々によって生じる値と比較するステップ、および
(c)次の式1に従ってスコアSを決定するステップであって、
式中、iとjは、iが1から5まで変化し、jが6から7まで変化する整数である、前記ステップ
を含み、それにより
‐Sが1未満である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤を使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る約40%を超える確率が前記個体にあり、および
‐Sが1以上である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤を使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る約40%未満の確率が前記個体にある、前記方法に関する。
(a)ある遺伝子群から選択される少なくとも1つの遺伝子亜群の遺伝子に対応する相補性DNAの量を測定するステップであって、
前記遺伝子群が25遺伝子からなり、前記25遺伝子が配列番号1から配列番号25の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群が7遺伝子からなり、前記7遺伝子が配列番号1から配列番号7の核酸配列を含むか、またはそれらの核酸配列から構成される核酸分子によって特定され、
前記亜群の遺伝子の各々について発現レベル測定値を得る前記ステップ、
(b)前記亜群の前記遺伝子の各々についての健常試料における発現レベルに対する前記白血病生体試料における発現レベルの比率を得るため、前記亜群の前記遺伝子の各々について先行ステップで生じた値を健常生体試料から得られた前記亜群の前記遺伝子の各々によって生じる値と比較するステップ、および
(c)次の式1に従ってスコアSを決定するステップであって、
式中、iとjは、iが1から5まで変化し、jが6から7まで変化する整数である、前記ステップ
を含み、それにより
‐Sが1未満である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤を使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る約40%を超える確率が前記個体にあり、および
‐Sが1以上である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤を使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る約40%未満の確率が前記個体にある、前記方法に関する。
‐当業者に知られている方法に従い、患者より採取された試料、特に血液試料から核酸、好ましくはリボ核酸(RNA)を抽出し、
‐前記試料から採取され、且つ、配列番号1から配列番号7の配列を含むか、またはそれらの配列から構成される核酸の量を測定し、この測定によって前記遺伝子の各々についての発現レベル値が得られ、
‐前記遺伝子の各々について正規化された値、または比率を得るため、前記遺伝子の各々について得られた値をどんな血液疾患も無い個体の試料から採取された同一の遺伝子について得られた値と比較し、
‐上記の式1に従って前記正規化された値を合算し、その合算は次のようにまとめられ、
‐先行ステップにおいて得られるスコアSについて得られた値に基づいて予後を判定する。
‐スコアSが1未満である場合には、メシル酸イマチニブ治療の開始から一年後に分子遺伝学的大寛解を得る少なくとも約40%の確率が前記メシル酸イマチニブ治療を受けている患者にあり、一方、
‐スコアSが1以上である場合には、予後は悪くなり、メシル酸イマチニブ治療の開始から一年後に分子遺伝学的大寛解を得る約40%未満の確率が前記メシル酸イマチニブ治療を受けている患者にある。
‐一方、定量的PCRによって測定されたBCR−ABL/ABL転写物比率がチロシンキナーゼ阻害剤を使用する6か月の治療の後に10%を超える場合、および12か月の治療の後に1%を超える場合、その治療を変更することが推奨される。
‐カタラーゼをコードする、配列番号1の配列によって表されるCAT遺伝子、
‐スーパーオキシドジスムターゼ[Cu‐Zn]をコードする、配列番号2の配列によって表されるSOD1遺伝子、
‐グルタチオンペルオキシダーゼ1をコードする、配列番号3の配列によって表されるGPX1遺伝子、および特にその変異体1であるGPX1(1)遺伝子、
‐グルタチオンペルオキシダーゼ4をコードする、配列番号4の配列によって表されるGPX4(1−2−3)遺伝子、および特にその変異体1〜3、
‐ペルオキシレドキシンをコードする、配列番号5の配列によって表されるPDRX1遺伝子、および特にその変異体1〜3、
‐スーパーオキシドジスムターゼ2をコードする、配列番号6の配列によって表されるSOD2(1−2−3)遺伝子、および
‐グルタチオンペルオキシダーゼ2をコードする、配列番号7の配列によって表されるGPX2遺伝子。
‐遺伝子GPX4(1−2−3)の発現を測定するために配列番号4の配列および/または配列番号8の配列および/または配列番号9の配列を含むか、またはそれらの配列から構成される核酸の発現を測定することができ、
‐遺伝子PRDX1の発現を測定するために配列番号5の配列および/または配列番号10の配列および/または配列番号11の配列を含むか、またはそれらの配列から構成される核酸の発現を測定することができ、そして
‐遺伝子SOD2(1−2−3)の発現を測定するために配列番号6の配列および/または配列番号12の配列および/または配列番号13の配列を含むか、またはそれらの配列から構成される核酸の発現を測定することができる。
‐スコア1i(患者)は患者より採取された試料中の遺伝子iについて測定された発現レベルであり、
‐スコア2(患者)は患者より採取された試料中のハウスキーピング遺伝子について測定された発現レベルであり、
‐スコア1i(健常者)は健康な個体より採取された試料中の遺伝子iについて測定された発現レベルであり、
‐スコア2(健常者)は健康な個体より採取された試料中のハウスキーピング遺伝子について測定された発現レベルである。
‐スコアSが1未満である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る少なくとも約40%の確率が前記個体にあり、
‐スコアSが1より大きいけれども2以下である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る40%から10%の確率が前記個体にある。
‐スコアSが1未満である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る少なくとも約40%の確率が前記個体にあり、
‐スコアSが1より大きいけれども2以下である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る40%から10%の確率が前記個体にあり、そして
‐Sが2より大きい場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る10%未満の確率が前記個体にある、前記方法に関する。
(a)ある遺伝子群から選択される少なくとも1つの遺伝子亜群の遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、
前記遺伝子群が25遺伝子からなり、前記25遺伝子が配列番号1から配列番号25の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群が7遺伝子からなり、前記7遺伝子が配列番号1から配列番号7の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群の遺伝子の各々について発現レベル測定値を得る前記ステップ、
(b)前記亜群の前記遺伝子の各々についての健常試料における発現レベルに対する前記白血病生体試料における発現レベルの比率を得るため、前記亜群の前記遺伝子の各々について先行ステップで生じた値を健常生体試料から得られた前記亜群の前記遺伝子の各々によって生じる値と比較するステップ、および
(c)次の式に従ってスコアSを決定するステップであって、
式中、iとjは、iが1から5まで変化し、jが6から7まで変化する整数である、前記ステップ
を含み、それにより
‐スコアSが1未満である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る少なくとも約40%の確率が前記個体にあり、
‐スコアSが1より大きいけれども2以下である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る40%から10%の確率が前記個体にあり、そして
‐Sが2より大きい場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る10%未満の確率が前記個体にある
前記方法として規定され得る。
‐スコアSが1未満である場合には、前記個体に
‐第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る少なくとも約40%の確率があり、且つ
‐第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的中寛解を得る約60%未満の確率があり、
‐スコアSが1より大きいけれども2以下である場合には、前記個体に
‐第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的中寛解を得る最大で40%の確率があり、且つ
‐第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に低反応者である最大で約25%の確率があり、
そして
‐Sが2より大きい場合には、前記個体に
‐第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的大寛解を得る10%未満の確率があり、
‐第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、1年後に分子遺伝学的中寛解を得る最大で約40%の確率があり、且つ
‐第1世代チロシンキナーゼ阻害剤で治療されていれば、低反応者である約50%以上の確率がある
上記の方法に関する。
‐配列番号32と配列番号33のオリゴヌクレオチドによって配列番号1の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号34と配列番号35のオリゴヌクレオチドによって配列番号2の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号36と配列番号37のオリゴヌクレオチドによって配列番号3の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号38と配列番号39のオリゴヌクレオチドによって配列番号4の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号40と配列番号41のオリゴヌクレオチドによって配列番号5の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号42と配列番号43のオリゴヌクレオチドによって配列番号6の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号44と配列番号45のオリゴヌクレオチドによって配列番号7の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
特に、配列番号32から配列番号45の配列を含むか、またはそれらの配列から構成されるオリゴヌクレオチドを最低でも使用することにより実施される前記亜群の前記遺伝子の発現測定によって発現レベル測定値が得られ、それにより
‐配列番号32、配列番号33および5’−tggggaag−3’のオリゴヌクレオチドによって配列番号1の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号34、配列番号35および5’−ctgctggg−3’のオリゴヌクレオチドによって配列番号2の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号36、配列番号37および5’−tgctggag−3’のオリゴヌクレオチドによって配列番号3の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号38、配列番号39および5’−ggtggtgg−3’のオリゴヌクレオチドによって配列番号4の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号40、配列番号41および5’caggagaa−3’のオリゴヌクレオチドによって配列番号5の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、
‐配列番号42、配列番号43および5’−ctgcccca−3’のオリゴヌクレオチドによって配列番号6の配列の遺伝子の発現測定が可能になり、且つ
‐配列番号44、配列番号45および5’−ctggctgg−3’のオリゴヌクレオチドによって配列番号7の配列の遺伝子の発現測定が可能になる
前記方法に関する。
‐配列番号1の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号32および33のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号2の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号34および35のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号3の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号36および37のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号4の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号38および39のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号5の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号40および41のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号6の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号42および43のオリゴヌクレオチド、および
‐配列番号7の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号44および45のオリゴヌクレオチド
を使用する前記方法に関する。
(a)ある遺伝子群から選択される少なくとも1つの遺伝子亜群の遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、
前記遺伝子群が25遺伝子からなり、前記25遺伝子が配列番号1から配列番号25の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群が7遺伝子からなり、前記7遺伝子が配列番号1から配列番号7の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群の遺伝子の各々について発現レベル測定値を得る前記ステップ、
(b)前記亜群の前記遺伝子の各々についての健常試料における発現レベルに対する前記白血病生体試料における発現レベルの比率を得るため、前記亜群の前記遺伝子の各々について先行ステップで生じた値を健常生体試料から得られた前記亜群の前記遺伝子の各々によって生じる値と比較するステップ、および
(c)次の式に従ってスコアSを決定するステップであって、
式中、iとjは、iが1から5まで変化し、jが6から7まで変化する整数である、前記ステップ
を含み、それにより
‐Sが1未満である場合には、前記個体の慢性骨髄性白血病は第1世代チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療に対して優先的に反応する可能性がある慢性骨髄性白血病であり、および
‐Sが2以上である場合には、前記個体の慢性骨髄性白血病は第2世代または後代のチロシンキナーゼ阻害剤を含む治療に対して優先的に反応する可能性がある慢性骨髄性白血病である
前記方法にも関する。
Sが1以下である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤、特にメシル酸イマチニブで治療されていれば治療開始から1年後に分子遺伝学的大奏功を得る40%を超える確率がその患者にある。したがって、メシル酸イマチニブを使用する治療が推奨され、その治療がこの患者に適切である。
Sが2以上である場合には、第1世代チロシンキナーゼ阻害剤、特にメシル酸イマチニブで治療されていれば治療開始から1年後に分子遺伝学的大奏功を得る10%未満の確率がその患者にある。したがって、この患者に別の治療を提供すること、特に第2世代または後代のチロシンキナーゼ阻害剤による治療を提供することが適切になる。
(a)最低でも配列番号32から配列番号45の配列を含むか、またはそれらの配列から構成されるオリゴヌクレオチド、具体的には配列番号32から配列番号45の配列を含むか、またはそれらの配列から構成されるオリゴヌクレオチドならびに次の配列、5’−tggggaag−3’、5’−ctgctggg−3’、5’−tgctggag−3’、5’−ggtggtgg−3’、5’−caggagaa−3’、5’−ctgcccca−3’および5’−ctggctgg−3’によって構成されるオリゴヌクレオチド、および
(b)1つ以上の健常生体試料に由来する核酸、特に1人以上の非白血病個体由来、言い換えると、白血病を患っていない1人以上の個体由来の末梢血の多形核細胞または好中球からなる1つ以上の試料に由来する核酸
を含むキットまたはパックにも関する。
(a)最低でも配列番号32から配列番号45の配列を含むか、またはそれらの配列から構成されるオリゴヌクレオチド、具体的には配列番号32から配列番号45の配列を含むか、またはそれらの配列から構成されるオリゴヌクレオチドならびに次の配列、5’−tggggaag−3’、5’−ctgctggg−3’、5’−tgctggag−3’、5’−ggtggtgg−3’、5’−caggagaa−3’、5’−ctgcccca−3’、5’−ctggctgg−3’、5’−ctggctgg−3’および5’−tggggaag−3’によって構成されるオリゴヌクレオチド、および
(b)健常生体試料に由来する核酸、特に非白血病個体の末梢血の多形核細胞または好中球からなる試料に由来する核酸
を含むことが有利である。
1.多形核血液細胞の単離
末梢血の多形核細胞はd=1.077の密度を有するフィコール上での遠心分離により単離された。
5×106細胞からRNAを抽出した。それらの細胞をPBS中で2回洗浄し、引き続いて1mLのTrizol(登録商標)(Invitrogen)を添加した。細胞を完全に溶解するようにチューブを15分間にわたって撹拌(Vortex(登録商標))した。3相を得るために200μLのクロロホルムを添加し、続いてチューブごとにチューブを45秒間のボルテックにかけ、そして4℃、12,000rpmで15分間の遠心分離にかけた。上部の水相にRNAが含まれ、中間相にタンパク質が含まれ、下相はクロロホルムとフェノールに相当した。RNAを含む上相に対して2回目のクロロホルム抽出を行った。その後、その2回目のクロロホルム抽出の上相に500μLのイソプロパノールを添加した。イソプロパノールがRNAを沈殿させるようにチューブを約10回転倒し、その後、RNAを12,000rpmで10分間にわたって遠心分離した。1mLの75%エタノールを添加し、続いて7,500rpmで5分間にわたって遠心分離してチューブの底でRNAの1回目の洗浄を行った。500μLの75%エタノールを用いて2回目の洗浄を行った。転倒させて上清をもう一回除去し、チューブを少なくとも20分間にわたってパッド上に逆さまに置いてエタノールの全てを蒸発させた。その後、RNAを40μLのDEPC水に溶解し、チューブを1時間にわたって−20℃に放置してRNAを適切に溶解させた。
NanoDrop(登録商標)分光光度計の助けを得て260nmでの吸光度を読むことによりRNA濃度を評価した。280nmでの吸光度に対して260nmでの吸光度を比較することによりRNA汚染混入を判定した。A260/A280の比率が1.9と2.1の間であったときにそのRNAに汚染混入が無いと見なした。その後、製造業者の推奨に準拠してBioanalyzerによりRNAの品質を検査した。
逆転写(RT)は一本のRNA鎖を鋳型として使用する一本のDNA鎖の合成反応である。逆転写酵素はRNA鎖のいわゆる相補性DNA鎖(cDNA)を合成するRNA依存性DNAポリメラーゼである。また、この酵素はRNAのプライマーとのハイブリダイゼーションによって作られた二重鎖領域からしかcDNAを合成することができない。
DNA量に蛍光が比例するフルオロクロームを使用して少数のサイクル数にわたってリアルタイムPCRを行った。
ΔCt=RNAのCt−基準RNAのCt。次に2−ΔΔCtの数で表される相対変動値を得るために試料1のΔCt−試料2のΔCtであるΔΔCtを計算する。
本発明者は、慢性骨髄性白血病の事例の予後不良は白血病幹細胞の頻度と関連するだろうという出発仮説を最初に立てた。白血病幹細胞は低下した活性酸素種(ROS)発生率を有する。さらに、低ROS発生率を維持するために白血病幹細胞は高いROSの無毒化代謝活性を有する必要がある。
Claims (12)
- 慢性骨髄性白血病を患う個体より採取された白血病生体試料に基づく、治療に対する前記個体の反応についてのインビトロ予後判断方法であって、
(a)ある遺伝子群から選択される少なくとも1つの遺伝子亜群の遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、
前記遺伝子群が25遺伝子からなり、前記25遺伝子が配列番号1から配列番号25の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群が7遺伝子からなり、前記7遺伝子が配列番号1から配列番号7の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群の遺伝子の各々について発現レベル測定値を得る前記ステップ、
(b)前記亜群の前記遺伝子の各々についての健常試料における発現レベルに対する前記白血病生体試料における発現レベルの比率を得るため、前記亜群の前記遺伝子の各々について先行ステップで生じた値を健常生体試料から得られた前記亜群の前記遺伝子の各々によって生じる値と比較するステップ、および
(c)次の式に従ってスコアSを決定するステップであって、
式中、iとjは、iが1から5まで変化し、jが6から7まで変化する整数である、前記ステップ
を含み、それにより
‐Sが1未満である場合には、イマチニブまたはその塩のうちの1つを使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る約40%を超える確率が前記個体にあり、および
‐Sが1以上である場合には、イマチニブまたはその塩のうちの1つを使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る約40%未満の確率が前記個体にある、前記方法。 - Sが1以上であり、且つ、2以下である場合には、イマチニブまたはその塩のうちの1つを使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る40%から10%の確率が前記個体にある、請求項1に記載のインビトロ予後判断方法。
- Sが2より大きい場合には、イマチニブまたはその塩のうちの1つを使用する治療の開始から1年後に分子遺伝学的大寛解を得る10%未満の確率が前記個体にある、請求項1または2に記載のインビトロ予後判断方法。
- 前記発現レベル測定値が、定量的測定方法、具体的には定量的PCR法を用いることによる前記亜群の前記遺伝子の発現測定により得られる、請求項1〜3のいずれか一項に記載のインビトロ予後判断方法。
- 前記発現レベル測定値が、配列番号32から配列番号45の配列を含むか、またはそれらの配列から構成されるオリゴヌクレオチドを最低でも使用することにより実施される前記亜群の前記遺伝子の発現測定によって得られる、請求項1〜4のいずれか一項に記載のインビトロ予後判断方法。
- 前記発現レベル測定値が前記亜群の前記遺伝子の発現測定により得られ、前記測定が次のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号1の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号32および33のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号2の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号34および35のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号3の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号36および37のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号4の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号38および39のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号5の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号40および41のオリゴヌクレオチド、
‐配列番号6の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号42および43のオリゴヌクレオチド、および
‐配列番号7の核酸配列を含む、またはその配列から構成される遺伝子の発現を測定するための配列番号44および45のオリゴヌクレオチド
を使用する、請求項1〜5のいずれか一項に記載のインビトロ予後判断方法。 - 慢性骨髄性白血病を患う個体のインビトロセラノスティック方法に使用するためのデータを得る方法であって、
(a)ある遺伝子群から選択される少なくとも1つの遺伝子亜群の遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、
前記遺伝子群が25遺伝子からなり、前記25遺伝子が配列番号1から配列番号25の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群が7遺伝子からなり、前記7遺伝子が配列番号1から配列番号7の核酸配列からなるか、またはそれらの核酸配列から構成されており、
前記亜群の遺伝子の各々について発現レベル測定値を得る前記ステップ、
(b)前記亜群の前記遺伝子の各々についての健常試料における発現レベルに対する前記白血病生体試料における発現レベルの比率を得るため、前記亜群の前記遺伝子の各々について先行ステップで生じた値を健常生体試料から得られた前記亜群の前記遺伝子の各々によって生じる値と比較するステップ、および
(c)次の式に従ってスコアSを決定するステップであって、
式中、iとjは、iが1から5まで変化し、jが6から7まで変化する整数である、前記ステップ
を含み、それにより
‐Sが1未満である場合には、前記個体の慢性骨髄性白血病はイマチニブまたはその塩のうちの1つを含む治療に対して優先的に反応する可能性がある慢性骨髄性白血病であり、および
‐Sが2より大きい場合には、前記個体の慢性骨髄性白血病はイマチニブまたはその塩のうちの1つを含む治療に対して優先的に反応する可能性が低い慢性骨髄性白血病である、前記インビトロセラノスティック方法に使用するためのデータを得る方法。 - (a)少なくとも配列番号32から配列番号45の配列を含むか、またはそれらの配列から構成されるオリゴヌクレオチド、および
(b)1つ以上の健常生体試料の核酸
を含む、請求項1に記載の方法を行うためのキット。 - 次の配列、5’−tggggaag−3’、5’−ctgctggg−3’、5’−tgctggag−3’、5’−ggtggtgg−3’、5’−caggagaa−3’、5’−ctgcccca−3’および5’−ctggctgg−3’によって構成されるオリゴヌクレオチドも含む、請求項8に記載のキット。
- 前記生体試料が1人以上の非白血病個体由来の末梢血の多形核細胞または好中球からなる1つ以上の試料に由来する核酸である、請求項8または9に記載のキット。
- 適切な媒体上のコンピュータープログラム製品であって、請求項1〜7のいずれか一項において規定される予後判断方法を実施するように設計されており、且つ/または前記プログラムがコンピューター上で実行されるときに前記予後判断方法を実施するためのプログラムコードの手段または命令を含む前記コンピュータープログラム製品。
- 請求項1〜7のいずれか一項において規定される予後判断方法のステップ(b)およびステップ(c)を実施するための請求項11に記載のコンピュータープログラム製品。
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