JP6738893B2 - 新規抗‐メソテリン抗体およびそれを含む組成物 - Google Patents

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Description

本発明は、メソテリン(Mesothelin、MSLN)に特異的に結合する抗体、前記抗体をコードする核酸、前記核酸を含むベクターおよび宿主細胞、前記抗体の製造方法、および前記抗体を有効成分として含む癌または腫瘍治療用薬学組成物に関する。
抗体は、固形腫瘍を含む様々な癌または腫瘍の治療において非常に効果的である。例えば、ハーセプチン(Herceptin)は乳癌の治療に、アバスチン(Avastin)は大腸癌の治療に成功的に用いられている。抗体を用いた癌または腫瘍治療法の開発の核心は、腫瘍細胞で優勢に発現(過発現)する膜表面タンパク質に対する抗体を開発することにある。
メソテリン(Mesothelin、MSLN)は、69〜71kDaの前駆体ポリペプチドであって糖タンパク質(glycoprotein)であり、細胞の表面上においてグリコホスファチジルイノシトール(GPI)‐結合タンパク質の前駆体の形態で発現される。前記前駆体は、前駆体中のフューリン(furin)部位(RPRFRR)で分割されると、40kDaのC‐末端ポリペプチドであるGPI‐結合メソテリン膜タンパク質と、細胞から遊離されるN‐末端ポリペプチドである32kDaの巨核球増強因子(megakaryocyte potentiating factor、MFP)を形成することとなる(Hassan R. et al., Clin. Cancer Res., 10(12 Pt 1):3937-3942, 2004; Chang, K. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93(1):136-40, 1996)。
メソテリンは、ヒトの膵臓細胞株であるHPC‐Y5から精製され、巨核球増強活性(megakaryocyte‐potentiating activity)を有するということが観察されており、巨核球増強因子(MFP、megakaryocyte potentiating factor)と命名された(Yamaguchi N. et al., J. Biol. Chem. 269:805-808, 1994)。
メソテリンの機能は未だに明らかではなく、メソテリン遺伝子の発現を欠乏したマウス(mouse)を作製した際に、致命的な生殖学的、血液学的、または解剖学的異常は観察されなかった(Bera, T.K. et al., Mol. Cell. Biol. 20(8):2902-2906, 2000)。
メソテリンは、腹膜、胸膜、および心膜の体腔の中皮層(mesothelial lining)の細胞表面に存在する糖タンパク質である。メソテリンは、癌/腫瘍細胞である中皮腫(mesothelioma)、卵巣癌、膵臓癌、胃癌、肺癌、および子宮内膜癌で優勢に発現(過発現)されるのに対し、正常細胞、例えば、中皮細胞ではその発現が限定されるため、腫瘍治療法の理想的な標的となることができる(Argani, P. et al., Clin. Cancer Res., 7(12):3862-8, 2001; Hassan, R., et al., Clin. Cancer Res., 10(12 Pt 1):3937, 2004)。
また、メソテリンは、卵巣癌の抗原として確認された、腫瘍細胞の表面に存在するムチン‐類似糖タンパク質であるCA125(MUC‐16)に特異的に反応(相互作用)する。すなわち、膜‐結合メソテリン(membrane bound mesothelin)に対するCA125結合は、異型(heterotype)細胞の付着(adhesion)および転移(metastasi)を媒介することができ、CA125およびメソテリンは、進行された卵巣腺癌で共‐発現されることが明らかになった(Rump, A. et al., J. Biol. Chem., 279(10):9190-8, 2004)。腹腔内皮におけるメソテリンの発現は、卵巣癌の転移形成において選好される部位と相互関連があり、メソテリン‐CA125結合は、卵巣腫瘍の腹腔転移を容易にする(Gubbels, J.A. et al., Mol. Cancer, 5(1):50, 2006)。
近年、メソテリンを発現する肺癌、卵巣癌、および膵臓癌を対象とする、抗体ベースの標的化治療法が開発されている。一例として、マウスを免疫化して生成されたmAb K1が、膜‐結合メソテリンポリペプチドに対する1次抗体として開発されている(Chang, K., et al., Int. J. Cancer, 50(3):373, 1992)。しかしながら、mAb K1抗体の低親和度および不良な内在化率により、化学的に変形されたシュードモナス(Pseudomonas)外毒素Aの切断型に連結されたmAb K1からなる免疫毒素(immunotoxin)は、臨床開発に適しないことが明らかになった(Hassan, R., et al., J. Immunother., 23(4):473, 2000]; Hassan, R., et al., Clin. Cancer Res., 10(12 Pt 1):3937, 2004)。その後、SS1‐(dsFv)‐PE38を始めとして、より親和度の高い1本鎖抗体が開発されており、これは、試験管内(in vitro)で腫瘍細胞を死滅させる能力を有するだけでなく(Hassan, R., et al., Clin. Cancer Res., 8(11):3520, 2002)、ヒトメソテリン‐発現腫瘍の齧歯類モデルにおいても効能を示した(Fan, D., et al., Mol. Cancer Ther., 1(8):595, 2002)。上記の結果によると、メソテリンは、多発性癌の免疫治療に適した標的であることが分かる。しかし、前記SS1‐(dsFv)‐PE38は、臨床試験で免疫原性が観察され、殆どの患者に対する二次投与が中断されたことがある。また、SS1‐(dsFv)‐PE38は、急速に血中から除去される傾向を示すため、融合タンパク質の形態でSS1‐(dsFv)‐PE38をペグ化することで、生体内における抗体の持続性を増加させるための試みが行われている(Filpula, D., et al., Bioconjugate Chem., 18(3):773, 2007)。
異種移植齧歯類を癌モデルとする免疫毒素癌治療法の臨床試験は、治療抗体とその齧歯類相同体との間の交差反応性の欠乏によって制限されることがある。また、齧歯類由来の抗体またはキメラ抗体で治療された患者で形成された中和性の抗‐マウスFv抗体は、用量制限毒性を引き起こしたり、治療効能を減少させたりする恐れがある。したがって、癌治療の効果を高めるためには、メソテリン抗原に対する増加された親和度、減少された解離率、齧歯類交差反応性がともに組み合わされた標的化抗体が要求される。
また、新規な抗‐メソテリン抗体の追加的な特性は、異なる癌または腫瘍細胞の細胞表面で発現されるメソテリンに対する親和度が維持されるべきであるということである。メソテリンは非常に可変的なタンパク質であって、多重部位で翻訳(translation)後、タンパク質加水分解を経るだけでなく、グリコシル化(glycosylation)される(Hassan, R., et al., Clin. Cancer Res., 10(12 Pt 1):3937, 2004)。転写変異体1(Genbank NM_005823)が、現在まで試験された腫瘍細胞株で現われた主要種を代表するとされているが、3つの異なるスプライシング変異体(splicing variant)が検出されたため、可変性は転写レベルまで拡大される(Muminova, Z.E., et al., BMC Cancer, 4:19, 2004; Hellstrom, I., et al., Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 15(5):1014, 2006)。したがって、効果的な抗‐メソテリン抗体は、異なる形態のメソテリンを発現させるグリコシル化パターンにおける可変性を含むが、個々の可変性とは独立して、異なる患者に由来の癌または腫瘍細胞の表面で発現されるメソテリンエピトープに不変的に結合すべきである。
そこで、本発明者らは、MSLNに特異的に結合する新規な抗体を製造するために鋭意努力した結果、癌細胞で過発現されるMSLNに対して高い親和力を有する前記新規な抗体を発明し、本発明による抗体の効率的な抗がん剤としての可能性を確認し、本発明を完成した。
本発明の目的は、メソテリン(Mesothelin、MSLN)に特異的に結合する新規な抗体、前記抗体をコードする核酸、前記核酸を含むベクターおよび宿主細胞、前記抗体の製造方法、および前記抗体を有効成分として含む癌または腫瘍治療用薬学組成物を提供することである。
前記目的を達成するために、本発明は、メソテリン(Mesothelin、MSLN)に特異的に結合する新規な抗体を提供する。
本発明はまた、配列番号9、15、21、27または59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1と、配列番号10、16、22、28、60、65、71、75、80、84、121、122、123または125のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2と、配列番号11、17、23、29、61、66、72、76、81、85、124または126のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3と、を含む重鎖可変領域を含有することを特徴とするメソテリン特異的抗体を提供する。
本発明はまた、配列番号12、18、24、30、62、67、70、77、86または117のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1と、配列番号13、19、25、63、68、73、78または82のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2と、配列番号14、20、26、64、69、74、79、83、87、118、119または120のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3と、を含む軽鎖可変領域を含有することを特徴とするメソテリン特異的抗体を提供する。
本発明はまた、配列番号1、3、5、7、46、48、51、53、55、57、112、113、114、115または116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号2、4、6、8、47、52、54、56、58、109、110または111のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領と、を含有することを特徴とするメソテリン特異的抗体を提供する。
本発明はまた、MSLNに対する抗体をコードする核酸;前記核酸を含むベクター;および前記ベクターが導入されている細胞を提供する。
本発明はまた、抗‐MSLN抗体を有効性分として含む癌または腫瘍治療用薬学組成物を提供する。
抗‐メソテリン(Mesothelin、MSLN)抗体のうちクローンMS502の軽鎖可変領域(VL)と重鎖可変領域(VH)の予測構造を示した図である。 軽鎖可変領域突然変異の結合力を相対比較して示した図である。 重鎖可変領域突然変異の結合力を相対比較して示した図である。 MSLNを細胞株で発現するためのベクターを示した図である。 MSLNの前駆体形態と成熟形態をSDS‐PAGE上で示した図である。 MSLNを発現する細胞株および腫瘍細胞株でのMSLNの発現量を分析して示した図である。 本発明の抗‐MSLN抗体を用いて、MSLNを発現する細胞株に対する選択的結合を分析して示した図である。 本発明の抗‐MSLN抗体を用いて、中皮腫(H226、H2052)および膵臓癌(AsPC‐1)の細胞膜への抗体結合有無を、FACSを行った後MFI値で示した図である。 本発明の抗‐MSLN抗体を用いて、MSLNを発現する腫瘍細胞に選択的に結合するかを確認した結果を示した図である。
本発明で用いられているように、用語「メソテリン」または「MSLN(Mesothelin)」は、細胞によって天然的に発現される、ヒトMSLNの任意の変異体、イソ型、および種相同体を指称する。
用語「ヒトメソテリン」は、ジェンバンク(Genbank)の受託番号NP_005814を有するヒトメソテリンの完全なアミノ酸配列のような、ヒト配列メソテリンを指称する。
本発明の一実施形態では、配列番号127で表されるメソテリンに特異的に結合するように構造的に特性化されて分離された単クローン性抗体、「クローンMI323」、「クローンMI329」、「クローンMI403」および「クローンMI407」と、「クローンMS501」、「クローンMS502」、「クローンMS503」、「クローンMS504」、「クローンMS505」および「クローンMS506」と、「クローンC2G1」、「クローンC2G4」、「クローンC3C8」、「クローン54」、「クローン56」、「クローン2‐30」、「クローン2‐73」および「クローン2‐78」と、「クローン56‐C2G4」、「クローン2‐30‐C2G4」、「クローン2‐73‐C2G4」および「クローン2‐78‐C2G4」を製造した。
各抗体の重鎖CDRおよび軽鎖CDRに対するアミノ酸配列は、下記表2、表5、表12、および表16に記載のとおりである。下記の表1、表4、表11、および表15に記載された通り、抗‐MSLN抗体は、鎖可変領域および軽鎖可変領のアミノ酸配列またはこれと相同性を有する配列を含んでもよい。
本発明の他の実施形態では、精製された抗体である「クローンMI323」、「クローンMI329」、「クローンMI403」、「クローンMS502」、「クローンC2G1」、「クローンC2G4」、「クローンC3C8」、「クローン56‐C2G4」、「クローン2‐30‐C2G4」、「クローン2‐73‐C2G4」、または「クローン2‐78‐C2G4」の組換えヒトMSLN(Recombinant human MSLN)に対する個別抗体クローンを選別するために酵素免疫測定法(Enzyme linked immunosorbent assay、ELISA)を用いており(データ図示せず)、Biacore T‐200(GE Healthcare、米国)バイオセンサを用いて定量的な結合力を測定した(実施例2‐5,実施例3‐11,実施例3‐14)。その結果、表8、表14、および表18に示されたように、やや差はあるが、前記製造された全てのクローン抗体で多少差はあるがメソテリンに対する親和度を示した。
本発明のさらに他の実施形態では、免疫および合成ライブラリから導出された抗‐MSLN抗体が、MSLNを発現する細胞に選択的に結合するかを評価するために、癌細胞株におけるMSLNの発現量を測定し、各細胞に対する抗体の結合をFACS試験により確認した。その結果、図5に示されたように、それぞれの癌細胞株から70kDaの前駆体(precursor)形態と40〜50kDaの成熟(mature)形態のMSLNの存在有無を測定し、H28、MiaPaCa‐2、BxPC‐3、Capan‐1細胞株はMSLN陰性であり、H226、H2452(H2052)、AsPC‐1はMSLN陽性であることを確認した。
また、前記MSLN発現細胞株(H226、H2452(H2052)、AsPC‐1)に対する抗‐MSLN候補抗体の選択的結合の分析を行った結果、図8および表19に示されたように、中皮腫と膵臓癌細胞株のMSLNに対するMI323、MI329、MI403、MS502候補抗体の結合程度は、やや差はあるが、何れも有意な結合力を示し、特に、MI323候補抗体は優れた結合様相を示した。
尚、MSLNに対して優れた結合様相を示すMI323候補抗体とBiacore K(Koff/Kon)値のパターンが異なるMS502、MS502候補抗体から作製された重鎖可変領域突然変異2‐78‐C2G4候補抗体が、MSLNを発現する腫瘍細胞に選択的に結合するかを、MSLN過発現MiaPaCa‐MSLN#2細胞とMSLNを発現しないMiaPaCa‐2で評価した結果、図9に示されたように、MI323、MS502、2‐78‐C2G4候補抗体は、MiaPaCa‐2に比べてMSLN過発現MiaPaCa‐MSLN#2細胞で優れた結合様相を示した。
したがって、一観点において、本発明は、メソテリン(Mesothelin、MSLN)、好ましくは配列番号127で表されるメソテリンに特異的に結合する抗体に関する。
本発明によるメソテリンに特異的に結合する抗体は、配列番号9、15、21、27または59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1と、配列番号10、16、22、28、60、65、71、75、80、84、121、122、123または125のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2と、配列番号11、17、23、29、61、66、72、76、81、85、124または126のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3と、を含む重鎖可変領域を含有することを特徴としてもよい。
本発明によるメソテリンに特異的に結合する抗体は、配列番号12、18、24、30、62、67、70、77、86または117のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1と、配列番号13、19、25、63、68、73、78または82のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2と、配列番号14、20、26、64、69、74、79、83、87、118、119または120のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3と、を含む軽鎖可変領域を含有することを特徴としてもよい。
本発明において、メソテリンに特異的に結合する抗体は、配列番号1、3、5、7、46、48、51、53、55、57、112、113、114、115または116のアミノ酸配列と80%以上の相同性、好ましくは90%以上の相同性、さらに好ましくは100%以上の相同性を有する配列を含む重鎖可変領域を含有することを特徴としてもよく、前記体は、配列番号2、4、6、8、47、52、54、56、58、109、110または111のアミノ酸配列と80%以上の相同性、好ましくは90%以上の相同性、さらに好ましくは100%以上の相同性を有する配列を含む軽鎖可変領を含有することを特徴としてもよい。
本発明において、メソテリンに特異的に結合する抗体は、配列番号1、3、5、7、46、48、51、53、55、57、112、113、114、115または116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号2、4、6、8、47、52、54、56、58、109、110または111のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、を含有することを特徴としてもよく、前記体は、ヒト単クローン抗体であることを特徴としてもよいが、これに制限されるものではない。
前記抗体は、保存的置換によって抗体のアミノ酸配列が置換されることができる。ここで、用語「保存的置換」とは、1またはそれ以上のアミノ酸を該当ポリペプチドの生物学的または生化学的機能の損失を引き起こさない類似の生化学的特性を有するアミノ酸で置き換えることを含むポリペプチドの変形を指称する。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基を類似の側鎖を有するアミノ酸残基で代替させる置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当業者に規定されている。例えば、これらのファミリーとしては、塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電性極性側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、ベータ−分岐した側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を有するアミノ酸が挙げられる。本発明の抗体が保存的アミノ酸置換をもって活性を保持し続けることができると予想される。
核酸およびポリペプチドにおいて、用語「実質的相同性」とは、2種の核酸または2種のポリペプチドまたはこれらの指定された配列が最適に整列および比較される際に、適切なヌクレオチドまたはアミノ酸の挿入または欠失を有すると、ヌクレオチドまたはアミノ酸の少なくとも約80%、通常はヌクレオチドまたはアミノ酸の少なくとも約85%、好ましくは約90%、91%、92%、93%、94%または95%、さらに好ましくは少なくとも約96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%または99.5%が同一であることを意味する。代案的に、断片が選択的なハイブリダイズ条件の下でその鎖の相補体とハイブリダイズされる場合、核酸に対する実質的相同性が存在する。本発明は、本願で言及された特定核酸配列およびアミノ酸配列に対して実質的相同性を有する核酸配列およびポリペプチド配列を含む。
本発明による抗体は、例えば、表2、表5、表12、および表16に記載の重鎖(V)CDR1、2、および3の配列と軽鎖(V)CDR1、2および3の配列は、構造的に類似の重鎖(V)および軽鎖(V)配列が混合されて、重鎖(V)/軽鎖(V)対のCDR1、2および3で配置されて形成されることができる。
本発明で用いられているように、用語「抗体」または「抗体組成物」は、単一分子組成の抗体分子の製剤を指称する。ここで、単クローン抗体組成物は、特定エピトープに対して単一結合特異性及び親和度を示す。したがって、用語「ヒト単クローン性抗体」とは、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列(human germline immunoglobulin sequences)に由来の可変および不変領域を有する、単一結合特異性を示す抗体を指称する。本発明のヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基(例えば、試験管内(in vitro)におけるランダムまたは部位特異的な突然変異の誘発、または生体内(in vivo)における体細胞突然変異によって導入された突然変異)を含んでもよい。
本明細書で使われる用語「抗体」とは、免疫学的に特定の抗原と反応性を有する免疫グロブリン分子として、抗原を特異的に認識する受容体の役割をするタンパク質分子を意味し、多クローン性抗体(polyclonal antibody)および単クローン性抗体(monoclonal antibody)と、全長抗体および抗体断片を全て含んでもよい。また、前記抗体はキメラ性抗体(例えば、ヒト化マウス抗体)および二価(bivalent)または二重特異性分子、(例えば、二重特異性抗体)、ジアボディ、トリアボデ及びテトラボディを含んでもよい。
全長抗体は、2つの全体の長さの軽鎖および2つの全体の長さの重鎖を有する構造であり、それぞれの軽鎖は、重鎖とジスルフィド結合で連結されている。前記全長抗体は、IgA、IgD、IgE、IgM、およびIgGを含み、IgGは亜型(subtype)として、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4を含む。前記抗体断片は、抗原結合能力を有する断片を意味し、Fab、Fab’、F(ab’)及びscFvを含む。
前記Fabは、軽鎖及び重鎖の可変領域と軽鎖の不変領域及び重鎖の一番目の不変領域(CH1ドメイン)を有する構造で一つの抗原結合部位を有する。Fab’は、重鎖CH1ドメインのC末端に一つ以上のシステイン残基を含むヒンジ領域(hinge region)を有する点でFabと差がある。F(ab’)2抗体は、Fab’のヒンジ領域のシステイン残基がジスルフィド結合をなして生成される。
前記Fv(variable fragment)は、重鎖可変部位及び軽鎖可変部位だけを有している最小の抗体断片を意味する。二本鎖Fv(dsFv)は、ジスルフィド結合で重鎖可変部位と軽鎖可変部位が連結されていて、一本鎖Fv(scFv)は一般にペプチドリンカーを介して重鎖の可変領域と軽鎖の可変領域が共有結合で連結されている。このような抗体断片は、タンパク質加水分解酵素を利用して得ることができて(例えば、全抗体をパパインで制限切断してFabを得ることができて、ペプシンで切断すると、F(ab’)2断片を得ることができる)、遺伝子組み換え技術(例えば、抗体の重鎖またはこれの可変領域をコードするDNA及び軽鎖またはこれの可変領域をコードするDNAを鋳型にして、プライマー対を利用してPCR(polymerase chain reaction)法によって増幅させて、ペプチドリンカーをコードするDNAと両末端がそれぞれ重鎖またはこれの可変領域及び軽鎖またはこれの可変領域と連結されるようにするプライマー対を組み合わせて増幅)を介して製作することができる。
免疫グロブリンは、重鎖および軽鎖を持ち、それぞれの重鎖および軽鎖は、不変領域と可変領域(前記部位は、ドメインとしても知られている)を含む。軽鎖および重鎖の可変領域は、相補性決定領域(complementarity−determining region、以下「CDR」と称する)と呼ばれる3つの多変可能な領域と4つの構造領域(framework region)を含む。前記CDRは、主に抗原のエピトープ(epitope)に結合する役割を果たす。それぞれの鎖のCDRは、典型的にN−末端から始まって順次CDR1、CDR2、CDR3と呼ばれて、また、特定のCDRが位置している鎖によって識別することができる。
本明細書で使用する「単クローン抗体(単一クローン抗体、monoclonal antibody)」とは、実質的に同じ抗体集団から収得した単一分子組成の抗体分子を意味し、特定エピトープに対して単一結合特異性及び親和度を示すことができる。
本願で使用される用語「ヒト化抗体」とは、ヒト免疫グロブリンから由来する分子であって、相補性決定領域、及びフレームワーク領域を含んだ抗体を構成するすべてのアミノ酸配列全体がヒトの免疫グロブリンから構成されていることを意味する。ヒト化抗体は、通常的にヒトの疾病治療に使用するための少なくとも3つ以上の潜在的な長所を有している。第一に、それはヒト免疫体系とより良好に相互作用し、例えば、補体?依存性細胞傷害性(complement−dependent cytotoxicity,CDC)または抗体−依存性細胞性細胞傷害性(antibody−dependent cellmediated cytotoxicity,ADCC)によって目的細胞をより効率的に標的を破壊することができる。第二に、ヒト免疫体系は、前記抗体を外来のものとして認識しない。第三に、ヒト循環系内の半減期が天然発生抗体と類似して、より少ない量をより少ない頻度で投与することができる。
本願で使用される用語「MSLNに特異的に結合する抗体」、すなわち「クローンMI323」、「クローンMI329」、「クローンMI403」および「クローンMI407」と、「クローンMS501」、「クローンMS502」、「クローンMS503」、「クローンMS504」、「クローンMS505」および「クローンMS506」と、「クローンC2G1」、「クローンC2G4」、「クローンC3C8」、「クローン54」、「クローン56」、「クローン2‐30」、「クローン2‐73」および「クローン2‐78」と、「クローン56‐C2G4」、「クローン2‐30‐C2G4」、「クローン2‐73‐C2G4」および「クローン2‐78‐C2G4」とは、MSLNに結合してMSLNの生物学的活性の抑制を招く抗体を意味して、抗−MSLN抗体と混用して使用することができる。
ここで、「クローンMI323」、「クローンMI329」、「クローンMI403」および「クローンMI407」は、マウスに組換えヒトMSLNを免疫(immunization)した後収得した抗体であり、「クローンMS501」、「クローンMS502」、「クローンMS503」、「クローンMS504」、「クローンMS505」および「クローンMS506」は、scFvライブラリーからのファージディスプレイから収得した抗体であり、「クローンC2G1」、「クローンC2G4」、「クローンC3C8」、「クローン54」、「クローン56」、「クローン2‐30」、「クローン2‐73」および「クローン2‐78」は、表9に示された通り、「クローンMS502」に突然変異(mutation)を導入した抗体であり、「クローン56‐C2G4」、「クローン2‐30‐C2G4」、「クローン2‐73‐C2G4」および「クローン2‐78‐C2G4」は、導入された突然変異抗体間の組み合わせで製造した抗体である。
前記MSLNに対する抗体のK(平衡解離定数、equilibrium dissociation constant)は、例えば、
(1)クローンMI323の場合、1.8x1−8M以下、好ましくは1.8x10−9M以下、より好ましくは1.8x10−10M以下であってもよく、
(2)クローンMI329の場合、3.5x1−9M以下、好ましくは3.5x10−10M以下、より好ましくは3.5x10−11M以下であってもよく、
(3)クローンMI403の場合、4.5x1−8M以下、好ましくは4.5x10−9M以下、より好ましくは4.5x10−10M以下であってもよく、
(4)クローンMS502の場合、2.3x1−8M以下、好ましくは2.3x10−9M以下、より好ましくは2.3x10−10M以下であってもよく(表8参照)、
(5)クローンC2G1の場合、9.39x1−9M以下、好ましくは9.39x10−10M以下、より好ましくは9.39x10−11M以下であってもよく、
(6)クローンC2G4の場合、4.32x1−9M以下、好ましくは4.32x10−10M以下、より好ましくは4.32x10−11M以下であってもよく、
(7)クローンC3C8の場合、1.22x1−8M以下、好ましくは1.22x10−9M以下、より好ましくは1.22x10−10M以下であってもよく、
(8)クローン56の場合、1.25x1−8M以下、好ましくは1.25x10−9M以下、より好ましくは1.25x10−10M以下であってもよく、
(9)クローン2‐30の場合、1.66x1−8M以下、好ましくは1.66x10−9M以下、より好ましくは1.66x10−10M以下であってもよく、
(10)クローン2‐78の場合、1.63x1−9M以下、好ましくは1.63x10−10M以下、より好ましくは1.63x10−11M以下であってもよく、
(11)クローン56‐C2G4の場合、1.63x1−8M以下、好ましくは1.63x10−9M以下、より好ましくは1.63x10−10M以下であってもよく、
(12)クローン2‐30‐C2G4の場合、2.34x1−8M以下、好ましくは2.34x10−9M以下、より好ましくは2.34x10−10M以下であってもよく、
(13)クローン2‐73‐C2G4の場合、1.65x1−8M以下、好ましくは1.65x10−9M以下、より好ましくは1.65x10−10M以下であってもよく、
(14)クローン2‐78‐C2G4の場合、3.72x10−9M以下、好ましくは3.72x10−10M以下、より好ましくは3.72x10−11M以下であってもよい(表18参照)。
本発明のさらに他の実施形態では、ヒトMSLNに結合する免疫ライブラリに由来のマウス(mouse)の重鎖可変領域(heavy chain variable region)と軽鎖可変領域(light chain variable region)の遺伝子を把握した後、重鎖可変領域の遺伝子は、ヒト免疫グロブリンタイプ1の重鎖不変領域(IgG1 heavy chain constant region)の遺伝子と連結し、軽鎖可変領域の遺伝子は、ヒトカッパ軽鎖不変領域(kappa light chain constant region)と連結してから、これらをそれぞれ動物細胞用タンパク質発現ベクターに挿入してベクターを作製した後、これらをExpi293FTM細胞株に形質移入(transfection)し、培養することで抗体を生産した後、これをプロテインA(protein A)で精製することにより、抗体を製造した(実施例1‐3)。
本発明のさらに他の実施形態では、ヒトMSLNに結合する合成scFvライブラリに由来のマウス(mouse)の重鎖可変領域(heavy chain variable region)と軽鎖可変領域(light chain variable region)の遺伝子を把握した後、重鎖可変領域の遺伝子は、ヒト免疫グロブリンタイプ1の重鎖不変領域(IgG1 heavy chain constant region)の遺伝子と連結し、軽鎖可変領域の遺伝子は、ヒトカッパ軽鎖不変領域(kappa light chain constant region)と連結してから、これらをそれぞれ動物細胞用タンパク質発現ベクターに挿入してベクターを作製した後、これらをExpi293FTM細胞株に形質移入(transfection)し、培養することで抗体を生産した後、これをプロテインA(protein A)で精製することにより、抗体を製造した(実施例2‐4、実施例3‐10、実施例3‐12、実施例3‐13)。
したがって、他の観点において、本発明は、前記抗体をコードする核酸に関する。本明細書で使用される「核酸」とは、細胞、細胞溶解物(lysate)中に存在したり、または、部分的に精製された形態または、実質的に純粋な形態で存在する場合もある。核酸は、アルカリ/SDS処理、CsClバンド化(banding)、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動及び当業界に広く知られたその他のものを含む標準技術によって他の細胞成分またはその他汚染物質、例えば他の細胞の核酸またはタンパク質から精製されて出る場合「単離」されるか、「実質的に純粋になる」ものである。本発明の核酸は、例えばDNAまたはRNAであってもよく、イントロン配列を含んでも含まなくでもよい。
また他の観点において、本発明は、前記核酸を含むベクターに関する。抗体またはその抗体断片の発現のために、部分的であるか全長である軽鎖及び重鎖をコードするDNAを標準分子生物学技術(例えば、PCR増幅または目的抗体を発現するハイブリドーマを使用したcDNAクローニング)で収得することができて、DNAが転写及び翻訳制御配列に「作動するように結合」されて発現ベクター内に挿入されることができる。
本明細書で使用される「作動するように結合」とは、ベクター内の転写及び翻訳制御配列が抗体遺伝子の転写及び翻訳を調節する意図的機能をするように抗体遺伝子がベクター内にライゲーションされることを意味することができる。発現ベクター及び発現制御配列は、使用される発現用宿主細胞と相溶性があるように選択される。抗体の軽鎖遺伝子及び抗体の重鎖遺伝子は、別個のベクター内に挿入されるか、二つの遺伝子共に同じ発現ベクター内に挿入される。抗体は標準方法(例えば、抗体遺伝子断片及びベクター上の相補性制限酵素部位のライゲーション、または制限酵素部位が全く存在しない場合、平滑(blunt)末端ライゲーション)で発現ベクター内に挿入される。場合により、前記組み換え発現ベクターは、宿主細胞からの抗体鎖の分泌を容易にする信号ペプチドをコードすることができる。抗体鎖遺伝子は、信号ペプチドがフレームに合うように抗体鎖遺伝子のアミノ末端に結合されるようにベクター内にクローニングできる。信号ペプチドは、免疫グロブリンと信号ペプチドまたは、異種性信号ペプチド(すなわち、免疫グロブリンの他タンパク質由来の信号ペプチド)であり得る。また、前記組み換え発現ベクターは、宿主細胞で抗体鎖遺伝子の発現を制御する調節配列を有する。「調節配列」とは、抗体鎖遺伝子の転写または翻訳を制御するプロモーター、インハンサー及びその他発現制御要素(例えば、ポリアデニル化信号)を含むことができる。当業者は、形質転換させる宿主細胞の選択、タンパク質の発現水準などのような因子に応じて調節配列を異なるように選択して、発現ベクターのデザインが変わる可能性があることを認識することができる。
本発明はまた、前記核酸または前記ベクターを含む宿主細胞を含むことができる。前記核酸または前記ベクターは、宿主細胞に形質移入またはトランスフェクションされる。「形質移入」または「トランスフェクション」させるために、原核または真核宿主細胞内に外因性DNAを導入するには通常使用される様々な技術、例えば電気泳動法、リン酸カルシウム沈殿法、DEAE−デキストラントランスフェクションまたはリポフェクション(lipofection)などを使用することができる。本発明に係る抗体は、哺乳類細胞への適用の可能性を考慮して、真核細胞、好ましくは哺乳類宿主細胞で発現することができる。前記抗体の発現に適した哺乳類宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(Chinese Hamster Ovary,CHO)細胞(例えば、DHFR選抜可能なマーカーと共に使用されるdhfr− CHO細胞を含む)、NSO骨髄腫細胞、COS細胞またはSP2細胞などを例示することができる。
また他の観点において、本発明は、宿主細胞を培養して抗体を発現させる工程を含む抗体の製造方法に関する。前記抗体遺伝子をコードする組み換え発現ベクターが、哺乳類宿主細胞内に導入される場合、抗体は、宿主細胞で抗体が発現するようにするのに十分な期間の間、または、さらに好ましくは宿主細胞が培養される培養培地内に抗体が分泌されるようにするのに十分な期間の間宿主細胞を培養することによって製造されることができる。
場合により、発現した抗体は、宿主細胞から分離して均一に精製することができる。前記抗体の分離または精製は、通常のタンパク質で使用されている分離、精製方法、例えばクロマトグラフィーによって実行されることができる。前記クロマトグラフィーは、例えば、プロテインAカラム、プロテインGカラムを含む親和性クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーまたは疏水性クロマトグラフィーを含むことができる。前記クロマトグラフィー以外に、追加でろ過、超ろ過、塩析、透析などを組み合わせることによって抗体を分離、精製することができる。
また他の観点において、本発明は、抗体を有効性分として含む癌または腫瘍治療用薬学組成物に関する。
用語「癌」または「腫瘍」は、典型的に調節されない細胞の成長/増殖を特徴とする哺乳動物の生理学的状態を指称または説明する。癌の例は、癌腫、リンパ腫(例えば、ホジキン病および非−ホジキンリンパ腫)、膠芽細胞腫、肉腫、および白血病などを含むが、これに限定されない。このような癌のより詳細な例には、扁平上皮細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌腫、肺扁平上皮癌腫、腹膜癌、肝細胞癌、胃腸癌、膵臓癌、神経膠腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝腫瘍、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌腫、唾液腺癌腫、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝癌腫、白血病、および他のリンパ球増殖性障害、および様々な類型の頭頸部癌が含まれる。本発明で、前記癌は、好ましくはメソテリン‐陽性癌であり、膵臓癌、卵巣癌、肺癌、胃腸癌、子宮内膜癌、および中皮腫で構成された群から選択されることを特徴としてもよい。
本発明は、治療有効量の抗‐MSLN抗体および薬学的に許容される担体を含む薬学組成物を提供する。「薬学的に許容される担体」とは、製剤を製剤化または安定化させることを助けるために活性成分に追加できる物質であって、患者に有意な有害毒性効果を引き起こさない。
前記担体は、患者を刺激せずに投与化合物の生物学的活性および特性を阻害しない担体または希釈剤をいう。液状溶液に製剤化される組成物において許容される薬学的担体としては、滅菌および生体に適したものであって、生理食塩水、滅菌水、リンゲル液、緩衝食塩水、アルブミン注射溶液、デキストロース溶液、マルトデキストリン溶液、グリセロール、エタノール、およびこれらの成分のうち1成分以上を混合して使用することができ、必要に応じて、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤などの他の通常の添加剤を添加してもよい。また、希釈剤、分散剤、界面活性剤、結合剤、及び潤滑剤を付加的に添加して水溶液、懸濁液、乳濁液などのような注射用剤形、丸薬、カプセル、顆粒または錠剤に製剤化することができる。他の担体は、例えば、文献[Remington's Pharmaceutical Sciences (E. W. Martin)]に記載されている。このような組成物は、治療有効量の1種以上の抗‐MSLN抗体を含む。
薬学的に許容される担体は、滅菌注射可能な溶液剤または分散液剤を即時投与用(extemporaneous)に製造するための滅菌水溶液または分散液および滅菌粉末を含む。製薬活性物質のためのこのような媒質および作用剤の使用は、当業界に公知されている。組成物は、好ましくは、非経口注射用として製剤化される。組成物は、溶液剤、マイクロエマルション剤、リポソーム剤、または高い薬物濃度に適したその他の要求される構造物として製剤化されることができる。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど)、並びにこれらの好適な混合物を含有する溶媒または分散媒質であってもよい。一部の場合において、組成物中に、等張化剤、例えば、糖、ポリアルコール、例えば、マンニトール、ソルビトール、または塩化ナトリウムを含ませてもよい。滅菌注射可能な溶液剤は、必要量の活性化合物を、必要に応じて前記記載の成分の1種またはこれらの組み合わせ物とともに、好適な溶媒中に組み込んだ後、滅菌マイクロ濾過を行うことで製造されることができる。一般に、分散液剤は、活性化合物を、基本的な分散媒質および上記に記載のものからのその他の必要な成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことで製造される。滅菌注射可能な溶液剤を製造するための滅菌粉末の場合、一部の製造方法は、活性成分、および任意の追加の所望の成分の粉末を、予め滅菌‐濾過したその溶液から生成する真空乾燥および冷凍‐乾燥(凍結乾燥)である。
薬学組成物は、苦しむ患者の重症度によって変わり得る投与量および頻度で、経口または非経口投与されることができる。組成物は、必要に応じて、ボーラス(bolus)としてまたは連続注入によって患者に投与されることができる。例えば、Fab断片として提示される本発明の抗体のボーラス投与の量は、0.0025〜100mg/kg体重、0.025〜0.25mg/kg、0.010〜0.10mg/kg、または0.10〜0.50mg/kgであってもよい。連続注入の場合、Fab断片として提示される本発明の抗体は、0.001〜100mg/kg体重/分、0.0125〜1.25mg/kg/分、0.010〜0.75mg/kg/分、0.010〜1.0mg/kg/分、または0.10〜0.50mg/kg/分で、1時間〜24時間、1時間〜12時間、2時間〜12時間、6時間〜12時間、2時間〜8時間、または1時間〜2時間投与されることができる。全長抗体(完全不変領域を有する)として提示される本発明の抗体を投与する場合、その投与量は、約1〜10mg/kg体重、2〜8mg/kg、または5〜6mg/kgであってもよい。このような全長抗体は、典型的に、30分〜35分の時間に持続注入することで投与する。投与頻度は状態の重症度によって変わる。頻度は、1週当たり3回〜毎1週または2週毎に1回の範囲であってもよい。
さらに、組成物は、皮下注射を介して患者に投与することができる。例えば、10〜10.0mgの投与量の抗‐MSLN抗体が毎週、隔週または毎月皮下注射を介して患者に投与されることができる。
本発明で用いられているように、「治療有効量」とは、医学的治療に適用可能な合理的な受益/危険の割合で疾患を治療するのに十分な量を意味し、抗‐MSLN抗体の組み合わせ物の量を意味する。正確な量は、治療組成物の成分および物理的特徴、意図された患者集団、個々の患者の考慮事項などを含んで決定されるが、これに制限されずに多くの因子によって変わり得て、当業者が容易に決定することができる。これらの要因を完全に考慮すると、副作用なしに最大効果を得るのに十分な最小量を投与することが重要で、この服用量は、当該分野の専門家によって容易に決定されることができる。
本発明の薬剤学的組成物の服用量は、特に限定されないが、患者の健康状態及び体重、疾患の重症度、薬剤の種類、投与経路及び投与時間を含んだ多様な要因により変わる。組成物は一日に1回量または、多数回容量でラット、ネズミ、家畜、ヒトなどを含む哺乳類内に典型的に許された経路、例えば、経口に、直腸に、静脈に(intravenously)、皮下に(subcutaneously)、子宮内に(intrauterinely)または脳血管内に(intracerebrovascularly)投与されてもよい。
以下、本発明を実施例を挙げて詳述する。これらの実施例は単に本発明をより具体的に説明するためのものであり、本発明の範囲がこれらの実施例に制限されないことは当業者において通常の知識を有する者にとって自明である。
実施例1:免疫ライブラリからの抗‐MSLN抗体の製造方法
癌細胞の表面で過発現するMSLN(Mesothelin)に対する抗体を用いて、抗がん剤を作製しようとした。
1‐1:抗‐MSLN抗体の選別
マウス(mouse)に組換えヒトMSLNを免疫化(immunization)した後、脾臓(spleen)を摘出してBリンパ球を抽出し、これから全RNA(total RNA)を分離してから、cDNAを合成した。前記合成したcDNAからのマウス(mouse)の種々の抗体遺伝子をPCR(Polymerase Chain Reaction)によりクローニングし、これをpComb3X phagemidに挿入して、様々な配列の抗体断片をディスプレイする抗体ライブラリを作製した。抗体ライブラリからヒトMSLNに特異的に結合する抗体を探すために、MSLNが固定された磁気ビーズ(magnetic bead)と抗体ライブラリを交ぜ、標的抗原に結合するクローンを分離して培養した。その後、酵素免疫測定法(ELISA:Enzyme linked immunosorbent assay)により、標的抗原(ヒトMSLN)に特異的に結合するクローン(MI323、MI329、MI403、MI407)を個別的に確認し、塩基配列分析により、抗体遺伝子配列およびそれによるアミノ酸配列を把握した。
その結果、表1に示されたように、ヒトMSLNに特異的に結合するクローンが選別され、これらのアミノ酸配列を確認した。
表2は、表1のクローン抗体のCDRアミノ酸配列をKabat numberingを基準として表記したものである。
1‐2:MI323、MI329、MI403、MI407クローン抗体のIgG遺伝子クローニング
前記MI323、MI329、MI403、MI407クローン抗体の重鎖可変領域をコードする遺伝子が含有されたpComb3X phagemidを抽出した後、これを鋳型(template)にして、Accupower Pfu PCR premix(Bioneer)を用いて、NotIが含まれた順方向プライマー(表3:配列番号31〜34)とApaIが含まれた逆方向プライマー(表3:配列番号35)でPCRを行った。PCRの条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。その後、分離した遺伝子をNotI、ApaI制限酵素で37℃で12時間以上反応させた後、制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%のアガロースゲルから分離した。ヒト免疫グロブリンタイプ1の重鎖不変領域(IgG1 heavy chain constant region)遺伝子が入っているpcIWプラスミドベクターも同様の方法により切断し、アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligase(Cat.No.M0203S、New England BioLabs(NEB))を用いて、前記分離されたMI323、MI329、MI403、MI407の重鎖可変領域遺伝子を、ヒト重鎖不変領域が入っている線形pcIWベクターのNotI、ApaIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、カルベニシリン(carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養した。次に、単コロニー(single colonies)を選んで培養した後、プラスミドミニキット(Cat.No.27405、QIAGEN)を用いてプラスミドを分離し、それをDNAシーケンシングにより確認した。
前記MI323、MI329、MI403、MI407クローン抗体の軽鎖可変領域をコードする遺伝子が含有されたpComb3X phagemidを抽出した後、これを鋳型(template)にして、MI323、MI329、MI403、MI407クローン抗体の軽鎖可変領域をAccupower Pfu PCR premix(Bioneer)を用いて、NotIが含まれた順方向プライマー(表3:配列番号36、38、40、42)と逆方向プライマー(表3:配列番号37、39、41、43)でPCRを行った。また、ヒト抗体のカッパー軽鎖不変領域(kappa light chain constant region)に対して、順方向プライマー(表3:配列番号44)とHindIIIが含まれた逆方向プライマー(表3:配列番号45)でPCRを行った。PCRの条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。その後、各軽鎖可変領域と軽鎖不変領域を交ぜ、重なりPCR(overlapping PCR)を行い、軽鎖領域(light chain region)を発現する遺伝子をクローニングした。条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。分離した遺伝子をNotI、HindIII制限酵素で37℃で12時間以上反応させた後、制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%のアガロースゲルから分離した。pcIWプラスミドベクターも同様の方法により切断し、アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligase(Cat.No.M0203S、New England BioLabs(NEB))を用いて、前記分離されたMI323、MI329、MI403、MI407の軽鎖可変領域遺伝子を、線形pcIWベクターのNotI、HindIIIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、カルベニシリン(carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養した。次に、単コロニー(single colonies)を選んで培養した後、プラスミドミニキット(Cat.No.27405、QIAGEN)を用いてプラスミドを分離し、それをDNAシーケンシングにより確認した。
1‐3:MI323、MI329、MI403、MI407クローン抗体のIgG生産および精製
マウス免疫反応により得られた抗‐MSLN抗体であるMI323、MI329、MI403、MI407クローンを生産および精製するために、形質移入(transfection)の一日前に、Expi293FTM細胞を2.0×10細胞/mLの濃度で接種した。24時間培養(37℃、8%CO、125rpm)後、Expi293TMExpression培地(Cat.No.A1435101、Gibco)を添加して、細胞数2.5×10細胞/mLの濃度(生存率(viability)=95%)で30mLを準備した。30μgのDNA(pcIW‐anti‐MSLN heavy chain:15μg、pcIW‐anti‐MSLN light chain:15μg)を、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)に希釈し、常温で5分間反応させた。ExpiFectamineTM293試薬(Cat.No.A14524、Gibco)80μLを、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)1.5mLに混合した後、常温で5分間反応させた。5分間反応後、それぞれ希釈したDNAとExpiFectamineTM293試薬1.5mLをよく混合して常温で20〜30分間反応させた。DNAとExpiFectamineTM293試薬の混合液3mLをExpi293FTM細胞に処理した。16〜18時間懸濁培養した後(37℃、8%CO、125rpm)、150μLのExpiFectamineTM293 Enhancer 1(Cat.No.A14524、Gibco)と1.5mLのExpiFectamineTM293 Enhancer 2(Cat.No.A14524、Gibco)を添加し、5日間懸濁培養した。培養が終わると、4000rpmで20分間遠心分離して細胞破片(cell debris)を除去した後、上澄み液を0.22μmのフィルターに通過させて準備した。各30mLの培養液当たりにプロテインAレジン(Protein A resin)であるMabSelect Xtra(Cat.No.17‐5269‐02、Gibco)を100μLずつ準備し、1000rpmで2分間遠心分離して貯蔵溶液を除去した後、プロテインAバインディング緩衝液(Cat.No.21007、Pierce)400μLずつ3回洗浄した。前記準備された培養液にプロテインAレジン(protein A resin)を入れて室温で30分間回転反応させた。Pierce spin column‐snap cap(Cat.No.69725、Thermo)に培養液とレジン(resin)の混合物を入れ、QIAvac 24 Plus vacuum manifold(Cat.No.19413、Qiagen)を用いて、カラムにレジン(resin)のみを残した。プロテインAバインディング緩衝液5mLを入れてレジン(resin)を洗浄した後、プロテインA溶出緩衝液(Protein A elution buffer)(Cat.No.21009、Pierce)200μLを入れて再懸濁(resuspension)し、室温で2分間反応させた後、1000rpmで1分間遠心分離して溶出した。各溶出液(eluate)には1.5MのTris‐HCl(pH9.0)2.5μLを入れて中和させた。溶出は4〜6回にわたって行い、各分画(fraction)はNanodrop 200C(Thermo scientific)を用いて定量した。タンパク質が検出された分画(fraction)は集めてZeba Spin Desalting Columns、7K MWCO、5mL(Cat.No.0089892、Pierce)を用いてPBS(Phosphate‐Buffered Saline)緩衝液に緩衝液を交換した後、還元および非還元の条件でタンパク質電気泳動(SDS‐PAGE)を行って最終的に濃度を定量するとともに、抗体の状態を検証し、4℃に保管した。
実施例2:ファージディスプレイ合成scFvライブラリからの抗‐MSLN抗体の製造方法
2‐1:ファージディスプレイ(phage display)を用いた抗‐ヒトMSLN scFv抗体の選別
1次パニング(panning)では、1013以上のライブラリーストック(library stock)1mLを、MSLNがコーティングされたSolid phase polystyrene tube(Cat.No.444202,Nunc)にて37℃、2時間反応させた。これと同時に、XL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)10μLをSB10ml/テトラサイクリン(tetracycline)10μLに接種(inoculation)させ、OD600で0.8〜1.0となるように育てた。37℃、2時間反応させたものを5mlの0.05%Tween20/PBSで4回洗浄し、2次パニングからは、パニングの回数が増加するにつれて0.05%Tween20/PBSの洗浄回数を増加させた。その後、1%のBSA/0.1Mのグリシン(pH2.0)で常温で10分間培養してファージミド(phagemid)を精製した。精製したファージミドを50mLのチューブに移し、2MのTris70μLで中和させた。XL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)9mLを処理し、1mLは洗浄されたチューブに処理した。常温で30分間感染させた後、SB10mL、テトラサイクリン(tetracycline)20μL、カルベニシリン(carbenicillin)10μLを添加し、37℃、220rpmで1時間懸濁培養させた。その後、VCS M13ヘルパーファージ(helper phage)1mL(1011pfu)を処理してから、1時間37℃、220rpmで懸濁培養した後、SB80mL、カナマイシン(kanamycin)100μL、カルベニシリン(carbenicillin)100μLを処理し、37℃、220rpmで12時間以上培養した。12時間以上培養したものを、3500rpm、4℃、10分間遠心分離した後、上澄み液を新しいチューブに移し、20mLの20%PEG/15%NaClを添加してよく混合した後、氷で30分間反応させた。その後、8000rpm、4℃、30分で上澄み液を捨て、ペレット(pellet)を集めて2mlの1%BSA/PBSで再懸濁させてから、15000rpm、4℃、10分間遠心分離させた。この際、集まったペレットは捨て、上澄み液2mLのうち1mLは−20℃に保管し、1mLは次のパニングに用いた。
2‐2:ELISA方式の個別クローン確保
ファージディスプレイ合成scFvライブラリから最終増幅集団の単コロニーを採取した後、SB/カルベニシリン(carbenicillin)1.5mLに、OD600で0.8〜1.0程度まで37℃、220rpmで培養した後、1mMのIPTG、30℃、200rpmで12時間以上培養させた。この反応物を5500rpm、5分間遠心分離した後、それぞれの上澄み液のみを、MSLN抗原が敷かれているELISAプレートに添加し、2時間常温で反応させた。その後、PBST(1XPBS、0.05%tween20)で4回洗浄した後、HRP/Anti‐hFab‐HRP conjugateを1%BSA/1XPBSで1/5000に希釈したものを添加し、常温で1時間反応させた。その後、さらにPBST(1XPBS、0.05%tween20)で4回洗浄した後、TMB溶液を添加し、5〜10分間反応させてから、TMB stop溶液を添加した。その後、TECAN sunriseを用いて450nmの測定波長でその値を読み取り、高いO.D値を有するクローンを個別クローンとして確保した。
その結果、表4に示されたように、ヒトMSLNに特異的に結合するクローンが選別され、これらのアミノ酸配列を確認した。
表5は、表4のクローン抗体のCDRアミノ酸配列をKabat numberingを基準として表記したものである。
2‐3:抗‐メソテリン抗体のIgG遺伝子クローニング
確保されたMS501、MS502、MS503、MS504、MS505、MS50クローン抗体の軽鎖可変領域をコードする遺伝子が含有されたpComb3X phagemidを抽出した後、これを鋳型(template)にして、MS501、MS502、MS503、MS504、MS505、MS506クローン抗体の軽鎖可変領域をAccupower Pfu PCR premix(Bioneer)を用いて、NotIが含まれた順方向プライマー(表6:配列番号86)と逆方向プライマー(表6:配列番号87)でPCRを行った。また、ヒト抗体のカッパー軽鎖不変領域(kappa light chain constant region)に対して、順方向プライマー(表6:配列番号88)と逆方向プライマー(表6:配列番号89)でPCRを行った。PCRの条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。その後、各軽鎖可変領域と軽鎖不変領域を交ぜ、重なりPCR(overlapping PCR)を行い、軽鎖領域(light chain region)を発現する遺伝子をクローニングした。条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。分離した遺伝子をNotI、HindIII制限酵素で37℃で12時間以上反応させた後、制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%のアガロースゲルから分離した。pcIWプラスミドベクターも同様の方法により切断し、アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligase(Cat.No.M0203S、New England BioLabs(NEB))を用いて、前記分離されたMS501、MS502、MS503、MS504、MS505およびMS506の軽鎖可変領域遺伝子を、線形pcIWベクターのNotI、HindIIIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、カルベニシリン(carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養した。次に、単コロニー(single colonies)を選んで培養した後、プラスミドミニキット(Cat.No.27405、QIAGEN)を用いてプラスミドを分離し、それをDNAシーケンシングにより確認した。
前記MS501、MS502、MS503、MS504、MS505、MS506クローン抗体の重鎖可変領域をコードする遺伝子が含有されたpComb3X phagemidを抽出した後、これを鋳型(template)にして、Accupower Pfu PCR premix(Bioneer)を用いて、NotIが含まれた順方向プライマー(表6:配列番号90)とApaIが含まれた逆方向プライマー(表6:配列番号91)でPCRを行った。PCRの条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。その後、分離した遺伝子をNotI、ApaI制限酵素で37℃で12時間以上反応させた後、制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%のアガロースゲルから分離した。ヒト免疫グロブリンタイプ1の重鎖不変領域(IgG1 heavy chain constant region)遺伝子が入っているpcIWプラスミドベクターも同様の方法により切断し、アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligase(Cat.No.M0203S、New England BioLabs(NEB))を用いて、前記分離されたMS501、MS502、MS503、MS504、MS505、MS506の重鎖可変領域遺伝子を、ヒト重鎖不変領域が入っている線形pcIWベクターのNotI、ApaIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、カルベニシリン(carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養した。次に、単コロニー(single colonies)を選んで培養した後、プラスミドミニキット(Cat.No.27405、QIAGEN)を用いてプラスミドを分離し、それをDNAシーケンシングにより確認した。
2‐4:MS501、MS502、MS503、MS504、MS505、MS506クローン抗体のIgGの生産および精製
ファージディスプレイscFvライブラリから得られたMS501、MS502、MS503、MS504、MS505、MS506クローン抗体を生産および精製するために、形質移入(transfection)の一日前に、Expi293FTM細胞を2.5×10細胞/mLの濃度で接種した。24時間培養(37℃、8%CO、125rpm)後、Expi293TMExpression培地(Cat.No.A1435101、Gibco)を添加して、細胞数2.5×10細胞/mLの濃度(生存率(viability)=95%)で30mLを準備した。30μgのDNA(pcIW‐MS502重鎖可変領域:15μg、pcIW‐anti‐MSLN軽鎖可変領域突然変異:15μg)を、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)に希釈し、常温で5分間反応させた。ExpiFectamineTM293試薬(Cat.No.A14524、Gibco)80μLを、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)1.5mLに混合した後、常温で5分間反応させた。5分間反応後、それぞれ希釈したDNAとExpiFectamineTM293試薬1.5mLをよく混合して常温で20〜30分間反応させた。DNAとExpiFectamineTM293試薬の混合液3mLをExpi293FTM細胞に処理した。16〜18時間懸濁培養した後(37℃、8%CO、125rpm)、150μLのExpiFectamineTM293 Enhancer 1(Cat.No.A14524、Gibco)と1.5mLのExpiFectamineTM293 Enhancer 2(Cat.No.A14524、Gibco)を添加し、5日間懸濁培養した。培養が終わると、4000rpmで20分間遠心分離して細胞破片(cell debris)を除去した後、上澄み液を0.22μmのフィルターに通過させて準備した。各30mLの培養液当たりにプロテインAレジン(Protein A resin)であるMabSelect Xtra(Cat.No.17‐5269‐02、Gibco)を100μLずつ準備し、1000rpmで2分間遠心分離して貯蔵溶液を除去した後、プロテインAバインディング緩衝液(Cat.No.21007、Pierce)400μLずつ3回洗浄した。前記準備された培養液にプロテインAレジン(protein A resin)を入れて室温で30分間回転反応させた。Pierce spin column‐snap cap(Cat.No.69725、Thermo)に培養液とレジン(resin)の混合物を入れ、QIAvac 24 Plus vacuum manifold(Cat.No.19413、Qiagen)を用いて、カラムにレジン(resin)のみを残した。プロテインAバインディング緩衝液5mLを入れてレジン(resin)を洗浄した後、プロテインA溶出緩衝液(Protein A elution buffer)(Cat.No.21009、Pierce)200μLを入れて再懸濁(resuspension)し、室温で2分間反応させた後、1000rpmで1分間遠心分離して溶出した。各溶出液(eluate)には1.5MのTris‐HCl(pH9.0)2.5μLを入れて中和させた。溶出は4〜6回にわたって行い、各分画(fraction)はNanodrop 200C(Thermo scientific)を用いて定量した。タンパク質が検出された分画(fraction)は集めてZeba Spin Desalting Columns、7K MWCO、5mL(Cat.No.0089892、Pierce)を用いてPBS(Phosphate‐Buffered Saline)緩衝液に緩衝液を交換した後、還元および非還元の条件でタンパク質電気泳動(SDS‐PAGE)を行って最終的に濃度を定量するとともに、抗体の状態を検証し、4℃に保管した。
2‐5:抗‐MSLN抗体の抗原に対する定量的な結合力の測定
精製された抗‐MSLN抗体であるMI323、MI329、MI403、MS502クローン抗体の組換えヒトMSLN(Recombinant human Mesothelin)に対する定量的な結合力(親和度(Affinity))を、Biacore T‐200(GE Healthcare、米国)バイオセンサを用いて測定した。HEK293細胞から精製されたMSLN(Cat.No.3265‐MS、R&D systems、米国)を、アミン‐カルボキシル反応を用いてCM5チップ(GE Healthcare、米国)に200Rmaxとなるように固定させた後、HBS‐EP緩衝液(10mMのHEPES、pH7.4、150mMのNaCl、3mMのEDTA、0.005%の界面活性剤P20)に順に希釈したクローンC2G1、クローンC2G4、またはクローンC3C8抗体を、0.078nM〜5nMの濃度範囲で結合(association)120秒、解離(dissociation)1800秒間30μL/分の流速で流した。10mMのグリシン‐HCl(pH1.5)を30秒間30μL/分の流速で流すことで、MSLNに結合された抗体の解離を誘導した(表7)。Biacore T‐200 evaluation softwareを用いて、親和度を運動速度定数(KonおよびKoff)と平衡解離定数(K)として収得した(表8)。
実施例3:MS502クローン親和性成熟(affinity maturation)抗体の製造方法
3‐1:MS502クローン親和性成熟(affinity maturation)ライブラリの設計
抗‐メソテリンMS502クローンのアミノ酸配列をSwiss modelのホームページ(http://swissmodel.expasy.org/)に接続して入力した後、鋳型(template)配列を探した。相同性配列に基づいて50個の配列を探した後、各配列を鋳型として指定してモデリング(modeling)を行った。QMEAN4値(Cβ、all atom、solvation、torsion)を基準として50個程度の配列を順位毎に並べ、QMEAN4値以外にも、配列のidentityとresolutionを考慮して鋳型を選定した。重鎖可変領域は3g6a.1.B、軽鎖可変領域は3qhz.1.B(LCDR1、2)と4o5l.1.A(LCDR3)が選定された。選定された鋳型をベースとして得られたMS502構造をpymolプログラムで分析し、CDRののうち突出したアミノ酸を基準としてパラトープ(paratope)を選定した(図1参照)。このうち、VL CDR2 Y49、Y50、K53の場合、TyrとLysが一般的に結合に肯定的な効果を示すアミノ酸であるため、パラトープと予想されるが、突然変異候補アミノ酸から除外させた。突然変異の導入は、既存の配列を50%保存した後、Tyr、Ser、Glyの割合を高め、親水性(hydrophilic)、疎水性(hydrophobic)、正電荷(positive charge)、負電荷(negative charge)の割合が均一に含まれるように(表9)、handmix primer(IDT、米国)を用いてヌクレオチド(nucleotide)配列を調節して設計した。重鎖可変領域は、CDR1、2、3の全てに突然変異が導入されるため、それぞれ3つの断片(fragment)に分けて断片PCR(fragment PCR)を行った後、オーバーラッピングPCR(overlapping PCR)を行うことで、ライブラリが構築されるように設計した。軽鎖可変領域は、CDR1、3のみに突然変異(mutation)が導入されるため、それぞれ2つの断片に分けて断片PCRを行った後、オーバーラッピングPCRを行うことで、ライブラリが構築されるように設計した。突然変異の導入によるライブラリの理論的な大きさは、重鎖可変領域は5.83×1010、軽鎖可変領域は2.16×10であった。
3‐2:軽鎖可変領域ライブラリの構築
ライブラリに突然変異を導入するために、先ず、軽鎖可変領域を2つに分けて断片PCR(fragment PCR)を行った。軽鎖可変領域の断片(fragment)1番は、抗‐メソテリンMS502クローンの軽鎖可変領域遺伝子配列を鋳型にして順方向プライマー(表10:配列番号93)、逆方向プライマー(表10:配列番号94)を添加し、軽鎖可変領域の断片2番は、抗‐メソテリンMS502クローンの軽鎖可変領域遺伝子配列を鋳型にして順方向プライマー(表10:配列番号95)、逆方向プライマー(表10:配列番号96)を添加した後、それぞれの断片をPrimerstar polymerase premix(Takara)を用いてPCRを行った。PCRの条件としては、98℃で2分間露出後、98℃で10秒、60℃で15秒、72℃で20秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、それをゲル抽出キット(QIAquick Gel Extraction Kit、CAT.NO.28706、QIAGEN)を用いてそれぞれ分離した。軽鎖不変領域は、軽鎖ラムダ領域を鋳型にして順方向プライマー(表10:配列番号97)、逆方向プライマー(表10:配列番号98)を添加した後、それぞれの断片をPrimestar polymerase premixを用いてPCRを行った。PCRの条件としては、98℃で2分間露出後、98℃で10秒、60℃で15秒、72℃で30秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、それをゲル抽出キットを用いて分離した。確保された軽鎖可変領域の断片(fragment)1、2と、軽鎖不変領域を1:1:1のモル比となるようにして鋳型にし、順方向プライマー(表10:配列番号92)、逆方向プライマー(表10:配列番号98)を添加した後、それぞれの断片をPrimestar polymerase premixを用いてPCRを行った。PCRの条件としては、98℃で2分間露出後、98℃で20秒、60℃で30秒、72℃で60秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、それをゲル抽出キットを用いて分離した後、軽鎖可変‐不変領域の親和性成熟(affinity maturation)遺伝子を確保した。確保された遺伝子をNruIとXbaI(NEB)制限酵素で37℃で4時間反応させた。制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligase(Cat.No.M0203S、NEB)を用いて、前記分離された遺伝子を、MS502重鎖可変‐不変領域が入っている線形pComb3xベクターのNruI、XbaIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐competent cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、LB培地300mLで1時間、37℃、220rpmで培養した後、カルベニシリン(carbenicillin)150μL、テトラサイクリン(tetracycline)300μLを処理した後、37℃、220rpmで1時間振盪培養した。これに、VCS M13ヘルパーファージ4.5mL(1011pfu)を処理した後、37℃、220rpmで1時間振盪培養した。その後、カナマイシン(kanamycin)300μL、カルベニシリン(carbenicillin)300μLを処理し、37℃、220rpmで一晩培養した。翌日、培養した細胞を4000rpmで20分間遠心分離した後、上澄み液を新しい容器に移した。ファージ(phage)を沈殿させるために、5XのPEG/NaClを1Xとなるように上澄み液に添加した後、氷で30分以上放置した。沈殿させたファージを8000rpmで30分間遠心分離した。上澄み液を捨て、沈殿されたファージを10mLのPBSで再懸濁(re‐suspension)した。細胞破片(cell debris)を除去するために、10mLのPBSで溶かしたファージを14,000rpmで10分間遠心分離して上澄み液を分離した後、4℃に保管した。ライブラリの大きさは、形質転換1時間後に培養液100μLを採取し、段階的希釈方式によりカルベニシリン(Carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養してから、コロニーカウンティング(colony counting)によって確認した。
3‐3:重鎖可変領域ライブラリの構築
ライブラリに突然変異を導入するために、先ず、重鎖可変領域を3つに分けて断片PCR(fragment PCR)を行った。重鎖可変領域の断片(fragment)1番は、抗‐メソテリンMS502クローンの重鎖可変領域遺伝子配列を鋳型にして順方向プライマー(表10:配列番号99)、逆方向プライマー(表10:配列番号100)を添加し、重鎖可変領域の断片2番は、抗‐メソテリンMS502クローンの重鎖可変領域遺伝子配列を鋳型にして順方向プライマー(表10:配列番号101)、逆方向プライマー(表10:配列番号102)を添加し、重鎖可変領域の断片3番は、抗‐メソテリンMS502クローンの重鎖可変領域遺伝子配列を鋳型にして順方向プライマー(表10:配列番号103)、逆方向プライマー(表10:配列番号104)を添加した後、それぞれの断片をPrimerstar polymerase premix(Takara)を用いてPCRを行った。PCRの条件としては、98℃で2分間露出後、98℃で10秒、60℃で15秒、72℃で20秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、それをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。確保された重鎖可変領域の断片(fragment)1、2、3を1:1:1のモル比となるようにして鋳型にし、順方向プライマー(表10:配列番号99)、逆方向プライマー(表10:配列番号106)を添加した後、それぞれの断片をPrimestar polymerase premixを用いてPCRを行った。PCRの条件としては、98℃で2分間露出後、98℃で20秒、60℃で30秒、72℃で60秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、それをゲル抽出キットを用いて分離した後、重鎖可変‐不変領域の親和性成熟(affinity maturation)遺伝子を確保した。確保された遺伝子をXhoIとApaI(NEB)制限酵素で37℃で4時間反応させた。制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligase(Cat.No.M0203S、NEB)を用いて、前記分離された遺伝子を、MS502軽鎖可変‐不変領域が入っている線形pComb3xベクターのXhoI、ApaIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐competent cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、LB培地300mLで1時間、37℃、220rpmで培養した後、カルベニシリン(carbenicillin)150μL、テトラサイクリン(tetracycline)300μLを処理した後、37℃、220rpmで1時間懸濁培養した。これに、VCS M13ヘルパーファージ4.5mL(1011pfu)を処理した後、37℃、220rpmで1時間振盪培養した。その後、カナマイシン(kanamycin)300μL、カルベニシリン(carbenicillin)300μLを処理し、37℃、220rpmで一晩培養した。翌日、培養した細胞を4000rpmで20分間遠心分離した後、上澄み液を新しい容器に移した。ファージ(phage)を沈殿させるために、5XのPEG/NaClを1Xとなるように上澄み液に添加した後、氷で30分以上放置した。沈殿させたファージを8000rpmで30分間遠心分離した。上澄み液を捨て、沈殿されたファージを10mLのPBSで再懸濁(re‐suspension)した。細胞破片(cell debris)を除去するために、10mLのPBSで溶かしたファージを14,000rpmで10分間遠心分離して上澄み液を分離した後、4℃に保管した。ライブラリの大きさは、形質転換1時間後に培養液100μLを採取し、段階的希釈方式によりカルベニシリン(Carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養してから、コロニーカウンティング(colony counting)によって確認した。
表10において、Xコドン(codon)は、それぞれのACGTを特定の割合で調節したdegenerative codonであって、翻訳(translation)されるアミノ酸の割合を調節可能とする。一例として、配列番号102のNX1X2コドンの場合、Nは、A、C、G、Tがランダムな割合でコードされ、X1は、A10%、C10%、G70%、T10%、X2は、A10%、C70%、G10%、T10%の割合でコードされる。これは、逆方向プライマーで設計されたものであるため、純方向に変換するとX2X1Nコドンとなり、X2は、A10%、C70%、G10%、T10%、X1は、A10%、C10%、G70%、T10%の割合でコードされる。結果として、これは、重鎖可変領域CDR1 Kabat番号を基準として31番を、Tyr7%、Ser8%、Gly1%、His7%、Asp7%、Phe1%、Thr7%、Asn49%、Ala1%、Val1%、Leu1%、Ile7%、Pro1%、Cys1%のアミノ酸に翻訳(translation)されるようにする。
3‐4:軽鎖可変領域突然変異抗体の選別
Solid phase polystyrene tube(Cat.No.444202,Nunc)に、組換えヒトタンパク質MSLN1mLを1μg/mLの濃度で入れ、4℃で12時間以上コーティングしたチューブを0.05%のPBST5mLで3回洗浄した。MSLNがコーティングされたイムノチューブ(Immuno tube)に5mlの1%BSA/PBSを入れ、常温で2時間ブロッキング(blocking)した。イムノチューブのブロッキング(blocking)緩衝液を除去した後、軽鎖可変領域ファージライブラリをチューブに処理して常温で2時間反応させた。その後、PBST5mLで4回洗浄した。イムノチューブに1mLのグリシン(pH2.0)溶出緩衝液を処理し、常温で10分間反応させて上澄み液を収得した後、溶出(Elution)したファージに1.5MのTris‐Cl(pH8.8)100μLを添加して中和させた。約2時間培養した(OD600=0.8〜1.0)XL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)10mLに、中和させたファージを処理した。常温で30分間感染(infection)させた後、感染されたXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)10mLに、SB10mL、テトラサイクリン(tetracycline)(50mg/ml)20μL、カルベニシリン(carbenicillin)(100mg/mL)10μLを添加し、37℃で1時間振盪培養(200rpm)した。VCSM13ヘルパーファージ(>1011pfu/ml)1mLを処理した後、37℃で1時間振盪培養(200rpm)した。1時間培養後、SB80mL、カナマイシン(kanamycin)100μL、カルベニシリン(carbenicillin)(100mg/mL)100μLを処理し、37℃で一晩培養(200rpm)した。一晩培養したライブラリは4000rpmで15分間遠心分離して上澄み液のみを分離し、5XのPEG/NaCl緩衝液を1Xで入れて混合してから、氷で30分間放置した。8000rpmで30分間遠心分離して上澄み液を除去し、ペレット(pellet)を2mlの1%BSA/PBSで再懸濁した後、12000rpmで10分間遠心分離して上澄み液のみを取って次のパニングに使用した。前記過程を4回繰り返して行った。
3‐5:重鎖可変領域突然変異抗体の選別
Streptavidin microbead(Miltenyl biotec 130‐048‐101)50μLの上澄み液を除去した後、PBS1mlを入れて3回洗浄した。ビーズ(Bead)に、1%のBSAが含まれたPBS1mLを入れ、常温で2時間回転(rotation)してブロッキング(blocking)させた。50nMのMSLNを500μLのPBSに入れた後、MS502 VH rational library phage500μLを混合し、常温で1時間回転して反応させた。ビーズのブロッキング(blocking)緩衝液を除去した後、MSLNとファージが混合された溶液をビーズに処理して常温で15分間反応させた。その後、PBST1mLで6回洗浄した。beadに1mLのグリシン(pH2.0)溶出緩衝液を処理し、常温で10分間反応させて上澄み液を収得した後、溶出(Elution)したファージに1.5MのTris‐Cl(pH8.8)100μLを添加して中和させた。約2〜2.5時間培養した(OD600=0.8〜1.0)XL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)10mLに、中和させたファージを処理した。常温で30分間感染(infection)させた後、感染されたXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)10mLに、SB10mL、テトラサイクリン(tetracycline)(50mg/ml)20μL、カルベニシリン(carbenicillin)(100mg/mL)10μLを添加し、37℃で1時間振盪培養(200rpm)した。VCSM13ヘルパーファージ(>1011pfu/ml)1mLを処理した後、37℃で1時間懸濁培養(200rpm)した。1時間培養後、SB80mL、カナマイシン(kanamycin)100μL、カルベニシリン(carbenicillin)(100mg/mL)100μLを処理し、37℃で一晩培養(200rpm)した。一晩培養したライブラリは4000rpmで15分間遠心分離して上澄み液のみを分離し、5XのPEG/NaCl緩衝液を1Xで入れて混合してから、氷で30分間放置した。8000rpmで30分間遠心分離して上澄み液を除去し、ペレット(pellet)を2mlの1%BSA/PBSで再懸濁した後、12000rpmで10分間遠心分離して上澄み液のみを取って次のパニングに使用した。MSLNに対して、MS502 VH rational library phageを用いてビーズパニングを総3次まで行った。2、3次パニングの結果、output titerが増加したことから、MSLNに対する抗体が増幅されたことが確認された。
3‐6:ELISA方式の個別クローンの確保
軽鎖/重鎖可変領域のそれぞれのライブラリの最終増幅集団の単コロニーを採取した後、SB/カルベニシリン(carbenicillin)1.5mLに、OD600で0.8〜1.0程度まで37℃、220rpmで培養した後、1mMのIPTG、30℃、200rpmで12時間以上培養させた。この反応物を5500rpm、5分間遠心分離した後、それぞれの上澄み液のみを、MSLN抗原が敷かれているELISAプレートに添加し、2時間常温で反応させてから、PBST(1XPBS、0.05%tween20)で4回洗浄した。その後、HRP/Anti‐hFab‐HRP conjugateを1%BSA/1XPBSで1/5000に希釈したものを添加した後、1時間常温で反応させた。その後、さらにPBST(1XPBS、0.05%tween20)で4回洗浄した後、TMB溶液を添加し、5〜10分間放置してからTMB stop溶液を添加した。その後、TECAN sunriseを用いて、450nmの測定波長でその値を読み取り、高いO.D値を有するクローンを個別クローンとして確保した。
その結果、表11に示されたように、ヒトMSLNに特異的に結合するクローンが選別され、これらのアミノ酸配列を確認した。
表12は、表11のクローン抗体のCDRアミノ酸配列をKabat numberingを基準として表記したものである。
3‐7:SPRを用いた個別クローンの結合力の相対比較および選定
実施例3‐3で実施したELISA方式の個別クローンの確認で確保された個別クローンの培養液を用いて結合力を比較測定するために、先ず、Biacore Series S CM5 Chip(GE healthcare)に、ヒトMSLNをアセテート緩衝液(pH4.0)に1μg/mlに溶かし、流速10μL/分で流して、1000Ruとなるように固定した。実施例3‐6で発現したFab上澄み液(supernatant)をpH7.4のHBS‐EP緩衝液に1/10に希釈し、流速30μL/分で結合(association)120秒、解離(dissociation)180秒で流して、バインディング(binding)分析を行った。再生(Regeneration)は、10mMのグリシン‐HCl(pH1.5)緩衝液で30秒間行った。ELISAとSPRバインディングデータを比較分析し、軽鎖可変領域および重鎖可変領域の最終クローンを選定した。
その結果、図2および図3に示されたように、軽鎖可変領域突然変異および重鎖可変領域突然変異の結合力を相対比較し、最終クローンとして、軽鎖可変領域ではC2G1、C2G4、C3C8を選定し、重鎖可変領域では56、2‐30、2‐58、2‐73、2‐78を選定した。
3‐8:クローンMS502軽鎖可変領域突然変異抗体のIgG遺伝子クローニング
確保された軽鎖可変領域C2G1、C2G4、C3C8遺伝子を鋳型にして、それぞれをPrimeSTAR HS DNA重合酵素(Cat.No.R010B;Takara)を用いて、NotIが含まれた順方向プライマー(表6:配列番号86)と逆方向プライマー(表6:配列番号87)でPCRを行った。また、ヒト抗体のカッパー軽鎖不変領域(kappa light chain constant region)に対して、順方向プライマー(表6:配列番号88)と逆方向プライマー(表6:配列番号89)でPCRを行った。PCRの条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。その後、各軽鎖可変領域と軽鎖不変領域を交ぜ、重なりPCR(overlapping PCR)を行い、軽鎖領域(light chain region)を発現する遺伝子をクローニングした。条件としては、94℃で10分間露出後、94℃で15秒、56℃で30秒、72℃で90秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で10分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。分離した遺伝子をNotI、HindIII制限酵素で37℃で12時間以上反応させた後、制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%のアガロースゲルから分離した。pcIWプラスミドベクターも同様の方法により切断し、アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligase(Cat.No.M0203S、New England BioLabs(NEB))を用いて、前記分離されたMS501、MS502、MS503、MS504、MS505およびMS506の軽鎖可変領域遺伝子を、線形pcIWベクターのNotI、HindIIIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、カルベニシリン(carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養した。次に、単コロニー(single colonies)を選んで培養した後、プラスミドミニキット(Cat.No.27405、QIAGEN)を用いてプラスミドを分離し、それをDNAシーケンシングにより確認した。
3‐9:クローンMS502重鎖可変領域突然変異抗体のIgG遺伝子クローニング
重鎖可変領域56、2‐30、2‐58、2‐73、2‐78遺伝子を鋳型にして、それぞれをPrimeSTAR HS DNA重合酵素(Cat.No.R010B;Takara)を用いて、NotIが含まれた順方向プライマー(表6:配列番号90)とApaIが含まれた逆方向プライマー(表6:配列番号91)でPCRを行った。PCRの条件としては、98℃で2分間露出後、98℃で10秒、58℃で10秒、72℃で30秒間の露出を30回繰り返した後、72℃で5分間反応させた。前記増幅された遺伝子を、1%のアガロースゲルで予想した大きさのDNAバンドを確認し、これをゲル抽出キットを用いてそれぞれ分離した。その後、分離した遺伝子をKpnIとApaI制限酵素で37℃で4時間以上反応させた後、制限酵素で反応させた遺伝子をさらに1%のアガロースゲルから分離した。pcIWプラスミドベクターも同様の方法により切断し、アガロースゲルから分離した。T4 DNA Ligaseを用いて、前記分離された遺伝子を、ヒト重鎖不変領域が入っている線形pcIWベクターのNotI、ApaIサイトに挿入した。前記ライゲーション(ligation)反応物をXL1‐Blueバクテリア(Electroporation‐Competent Cells;Cat.No.200228、Stratagene)に形質転換させた後、カルベニシリン(carbenicillin)が含まれたLBプレート(Cat.No.LN004CA、NaraeBiotech)に塗抹した後、37℃で12時間以上培養した。次に、単コロニー(single colonies)を選んで培養した後、プラスミドミニキット(Cat.No.27405、QIAGEN)を用いてプラスミドを分離し、それをDNAシーケンシングにより確認した。
3‐10:クローンMS502軽鎖可変領域突然変異抗体のIgGの生産および精製
軽鎖可変領域突然変異抗体C2G1、C2G4、C3C8を生産および精製するために、形質移入(transfection)の一日前に、Expi293FTM細胞を2.5×10細胞/mLの濃度で接種した。24時間培養(37℃、8%CO、125rpm)後、Expi293TMExpression培地(Cat.No.A1435101、Gibco)を添加して、細胞数2.5×10細胞/mLの濃度(生存率(viability)=95%)で30mLを準備した。30μgのDNA(pcIW‐MS502重鎖可変領域:15μg、pcIW‐anti‐MSLN軽鎖可変領域突然変異:15μg)を、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)に希釈し、常温で5分間反応させた。ExpiFectamineTM293試薬(Cat.No.A14524、Gibco)80μLを、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)1.5mLに混合した後、常温で5分間反応させた。5分間反応後、それぞれ希釈したDNAとExpiFectamineTM293試薬1.5mLをよく混合して常温で20〜30分間反応させた。DNAとExpiFectamineTM293試薬の混合液3mLをExpi293FTM細胞に処理した。16〜18時間懸濁培養した後(37℃、8%CO、125rpm)、150μLのExpiFectamineTM293 Enhancer 1(Cat.No.A14524、Gibco)と1.5mLのExpiFectamineTM293 Enhancer 2(Cat.No.A14524、Gibco)を添加し、5日間懸濁培養した。培養が終わると、4000rpmで20分間遠心分離して細胞破片(cell debris)を除去した後、上澄み液を0.22μmのフィルターに通過させて準備した。各30mLの培養液当たりにプロテインAレジン(Protein A resin)であるMabSelect Xtra(Cat.No.17‐5269‐02、Gibco)を100μLずつ準備し、1000rpmで2分間遠心分離して貯蔵溶液を除去した後、プロテインAバインディング緩衝液(Cat.No.21007、Pierce)400μLずつ3回洗浄した。前記準備された培養液にプロテインAレジン(protein A resin)を入れて室温で30分間回転反応させた。Pierce spin column‐snap cap(Cat.No.69725、Thermo)に培養液とレジン(resin)の混合物を入れ、QIAvac 24 Plus vacuum manifold(Cat.No.19413、Qiagen)を用いて、カラムにレジン(resin)のみを残した。プロテインAバインディング緩衝液5mLを入れてレジン(resin)を洗浄した後、プロテインA溶出緩衝液(Protein A elution buffer)(Cat.No.21009、Pierce)200μLを入れて再懸濁(resuspension)し、室温で2分間反応させた後、1000rpmで1分間遠心分離して溶出した。各溶出液(eluate)には1.5MのTris‐HCl(pH9.0)2.5μLを入れて中和させた。溶出は4〜6回にわたって行い、各分画(fraction)はNanodrop 200C(Thermo scientific)を用いて定量した。タンパク質が検出された分画(fraction)は集めてZeba Spin Desalting Columns、7K MWCO、5mL(Cat.No.0089892、Pierce)を用いてPBS(Phosphate‐Buffered Saline)緩衝液に緩衝液を交換した後、還元および非還元の条件でタンパク質電気泳動(SDS‐PAGE)を行って最終的に濃度を定量するとともに、抗体の状態を検証し、4℃に保管した。
3‐11:MSLN抗原に対するMS502軽鎖可変領域突然変異抗体の定量的な結合力の測定
精製された抗‐MSLN抗体であるMS502クローン軽鎖可変領域突然変異抗体C2G1、C2G4、C3C8の組換えヒトMSLN(Recombinant human Mesothelin)に対する定量的な結合力(親和度(Affinity))を、Biacore T‐200(GE Healthcare、米国)バイオセンサを用いて測定した。HEK293細胞から精製されたMSLN(Cat.No.3265‐MS、R&D systems、米国)を、アミン‐カルボキシル反応を用いてCM5チップ(GE Healthcare、Cat.No.BR‐1005‐30)に200Rmaxとなるように固定させた後、HBS‐EP緩衝液(10mMのHEPES、pH7.4、150mMのNaCl、3mMのEDTA、0.005%の界面活性剤P20)に順に希釈したクローンC2G1、クローンC2G4、またはクローンC3C8抗体を、0.078nM〜5nMの濃度範囲で結合(association)120秒、解離(dissociation)1800秒間30μL/分の流速で流した。10mMのグリシン‐HCl(pH1.5)を30秒間30μL/分の流速で流すことで、MSLNに結合された抗体の解離を誘導した(表13)。Biacore T‐200 evaluation softwareを用いて、親和度を運動速度定数(KonおよびKoff)と平衡解離定数(K)として収得した(表14)。
3‐12:クローンMS502重鎖可変領域突然変異抗体のIgGの生産および精製
重鎖可変領域突然変異抗体クローン56、2‐30、2‐58、2‐73、2‐78を生産および精製するために、形質移入(transfection)の一日前に、Expi293FTM細胞を2.5×10細胞/mLの濃度で接種した。24時間培養(37℃、8%CO、125rpm)後、Expi293TMExpression培地(Cat.No.A1435101、Gibco)を添加して、細胞数2.5×10細胞/mLの濃度(生存率(viability)=95%)で30mLを準備した。30μgのDNA(pcIW‐MS502重鎖可変領域突然変異:15μg、pcIW‐MS502軽鎖可変領域:15μg)を、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)に希釈し、常温で5分間反応させた。ExpiFectamineTM293試薬(Cat.No.A14524、Gibco)80μLを、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)1.5mLに混合した後、常温で5分間反応させた。5分間反応後、それぞれ希釈したDNAとExpiFectamineTM293試薬1.5mLをよく混合して常温で20〜30分間反応させた。DNAとExpiFectamineTM293試薬の混合液3mLをExpi293FTM細胞に処理した。16〜18時間懸濁培養した後(37℃、8%CO、125rpm)、150μLのExpiFectamineTM293 Enhancer 1(Cat.No.A14524、Gibco)と1.5mLのExpiFectamineTM293 Enhancer 2(Cat.No.A14524、Gibco)を添加し、5日間懸濁培養した。培養が終わると、4000rpmで20分間遠心分離して細胞破片(cell debris)を除去した後、上澄み液を0.22μmのフィルターに通過させて準備した。各30mLの培養液当たりにプロテインAレジン(Protein A resin)であるMabSelect Xtra(Cat.No.17‐5269‐02、Gibco)を100μLずつ準備し、1000rpmで2分間遠心分離して貯蔵溶液を除去した後、プロテインAバインディング緩衝液(Cat.No.21007、Pierce)400μLずつ3回洗浄した。前記準備された培養液にプロテインAレジン(protein A resin)を入れて室温で30分間回転反応させた。Pierce spin column‐snap cap(Cat.No.69725、Thermo)に培養液とレジン(resin)の混合物を入れ、QIAvac 24 Plus vacuum manifold(Cat.No.19413、Qiagen)を用いて、カラムにレジン(resin)のみを残した。プロテインAバインディング緩衝液5mLを入れてレジン(resin)を洗浄した後、プロテインA溶出緩衝液(Protein A elution buffer)(Cat.No.21009、Pierce)200μLを入れて再懸濁(resuspension)し、室温で2分間反応させた後、1000rpmで1分間遠心分離して溶出した。各溶出液(eluate)には1.5MのTris‐HCl(pH9.0)2.5μLを入れて中和させた。溶出は4〜6回にわたって行い、各分画(fraction)はNanodrop 200C(Thermo scientific)を用いて定量した。タンパク質が検出された分画(fraction)は集めてZeba Spin Desalting Columns、7K MWCO、5mL(Cat.No.0089892、Pierce)を用いてPBS(Phosphate‐Buffered Saline)緩衝液に緩衝液を交換した後、還元および非還元の条件でタンパク質電気泳動(SDS‐PAGE)を行って最終的に濃度を定量するとともに、抗体の状態を検証し、4℃に保管した。
3‐13:クローンMS502の最終軽鎖可変領域突然変異C2G4クローンと組み合わせた重鎖可変領域突然変異抗体のIgGの生産および精製
軽鎖可変領域突然変異のうち、親和度の測定で最も優れた値を有するC2G4クローンを軽鎖可変領域の最終クローンとして選定して固定し、これに、重鎖可変領域突然変異抗体クローン56、2‐30、2‐58、2‐73、2‐78を組み合わせて生産および精製するために、形質移入(transfection)の一日前に、Expi293FTM細胞を2.5×10細胞/mLの濃度で接種した。24時間培養(37℃、8%CO、125rpm)後、Expi293TMExpression培地(Cat.No.A1435101、Gibco)を添加して、細胞数2.5×10細胞/mLの濃度(生存率(viability)=95%)で30mLを準備した。30μgのDNA(pcIW‐MS502重鎖可変領域突然変異抗体:15μg、pcIW‐軽鎖可変領域突然変異C2G4:15μg)を、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)に希釈し、常温で5分間反応させた。ExpiFectamineTM293試薬(Cat.No.A14524、Gibco)80μLを、全体積が1.5mLとなるようにOptiProTMSEM培地(Cat.No.12309019、Gibco)1.5mLに混合した後、常温で5分間反応させた。5分間反応後、それぞれ希釈したDNAとExpiFectamineTM293試薬1.5mLをよく混合して常温で20〜30分間反応させた。DNAとExpiFectamineTM293試薬の混合液3mLをExpi293FTM細胞に処理した。16〜18時間懸濁培養した後(37℃、8%CO、125rpm)、150μLのExpiFectamineTM293 Enhancer 1(Cat.No.A14524、Gibco)と1.5mLのExpiFectamineTM293 Enhancer 2(Cat.No.A14524、Gibco)を添加し、5日間懸濁培養した。培養が終わると、4000rpmで20分間遠心分離して細胞破片(cell debris)を除去した後、上澄み液を0.22μmのフィルターに通過させて準備した。各30mLの培養液当たりにプロテインAレジン(Protein A resin)であるMabSelect Xtra(Cat.No.17‐5269‐02、Gibco)を100μLずつ準備し、1000rpmで2分間遠心分離して貯蔵溶液を除去した後、プロテインAバインディング緩衝液(Cat.No.21007、Pierce)400μLずつ3回洗浄した。前記準備された培養液にプロテインAレジン(protein A resin)を入れて室温で30分間回転反応させた。Pierce spin column‐snap cap(Cat.No.69725、Thermo)に培養液とレジン(resin)の混合物を入れ、QIAvac 24 Plus vacuum manifold(Cat.No.19413、Qiagen)を用いて、カラムにレジン(resin)のみを残した。プロテインAバインディング緩衝液5mLを入れてレジン(resin)を洗浄した後、プロテインA溶出緩衝液(Protein A elution buffer)(Cat.No.21009、Pierce)200μLを入れて再懸濁(resuspension)し、室温で2分間反応させた後、1000rpmで1分間遠心分離して溶出した。各溶出液(eluate)には1.5MのTris‐HCl(pH9.0)2.5μLを入れて中和させた。溶出は4〜6回にわたって行い、各分画(fraction)はNanodrop 200C(Thermo scientific)を用いて定量した。タンパク質が検出された分画(fraction)は集めてZeba Spin Desalting Columns、7K MWCO、5mL(Cat.No.0089892、Pierce)を用いてPBS(Phosphate‐Buffered Saline)緩衝液に緩衝液を交換した後、還元および非還元の条件でタンパク質電気泳動(SDS‐PAGE)を行って最終的に濃度を定量するとともに、抗体の状態を検証し、4℃に保管した。
3‐14:MSLN抗原に対するMS502重鎖可変領域突然変異抗体、およびC2G4と重鎖可変領域突然変異抗体の組み合わせの定量的な結合力の測定
精製された抗‐MSLN抗体であるMS502クローン重鎖可変領域突然変異抗体クローン56、2‐30、2‐73、2‐78と、これをC2G4軽鎖可変領域と組み合わせた抗体56‐C2G4、2‐30‐C2G4、2‐73‐C2G4、2‐78‐C2G4のそれぞれの組換えヒトMSLN(Recombinant human Mesothelin)に対する定量的な結合力(親和度(Affinity))を、Biacore T‐200(GE Healthcare、米国)バイオセンサを用いて測定した。HEK293細胞から精製されたMSLN(Cat.No.3265‐MS、R&D systems、米国)を、アミン‐カルボキシル反応を用いてCM5チップ(GE Healthcare、Cat.No.BR‐1005‐30)に200Rmaxとなるように固定させた後、HBS‐EP緩衝液(10mMのHEPES、pH7.4、150mMのNaCl、3mMのEDTA、0.005%の界面活性剤P20)に順に希釈したクローン56、クローン2‐30、クローン2‐73、クローン2‐78、クローン56‐C2G4、クローン2‐30‐C2G4、クローン2‐73‐C2G4、クローン2‐78‐C2G4抗体を、0.078nM〜5nMの濃度範囲で結合(association)120秒、解離(dissociation)1800秒間30μL/分の流速で流した。10mMのグリシン‐HCl(pH1.5)を30秒間30μL/分の流速で流すことで、MSLNに結合された抗体の解離を誘導した(表17)。Biacore T‐200 evaluation softwareを用いて、親和度を運動速度定数(KonおよびKoff)と平衡解離定数(K)として収得した(表18)。
実施例4:MSLN発現癌細胞に対する抗‐MSLN抗体の結合に対するFACS分析
免疫および合成ライブラリから導出された抗‐MSLN抗体が、MSLNを発現する細胞に選択的に結合するかを評価するために、癌細胞株におけるMSLNの発現量を測定し、各細胞に対する抗体の結合をFACS試験により確認した。
4‐1:MSLN発現細胞株の作製
MSLN陰性細胞株であると確認されたMiaPaCa‐2膵臓癌細胞に、MSLN発現ユニットとハイグロマイシン(Hygromycin)抵抗遺伝子を有するプラスミド(pCMV/MSLN)を、jetPEI(polyethyleneimine) transfection system(Polyplus、101‐40)を用いて細胞内に伝達した(図4)。細胞培養液を、48時間後にハイグロマイシンB(Hygromycin B)(200μg/mL)を含んでいる培養液に交換した。3日毎に培養液を交換しながら、ハイグロマイシン(Hygromycin)に対して抵抗性を示すコロニーを10個獲得し、それぞれのMSLN発現量をウエスタンブロット法により確認した。膵臓癌細胞株4種(MiaPaCa‐2、BxPC‐3、Capan‐1、AsPC‐1)および中皮腫細胞株2種(H28、H2452)に対しても、抗‐MSLN抗体(#133489、Abcam)を用いてウエスタンブロット法により細胞内のMSLN発現量を確認した。培養されている細胞にTryple Express溶液を加えて剥離させた後、15mLのチューブに入れて2000rpmで3分間常温で遠心分離して培養液を除去し、1xSDS‐PAGE試料緩衝液(50mMのTris(pH6.8)、2%のSDS、100mMのDTT(dithiothreitol)、0.1%のBPB(bromophenol blue)、10%のグリセロール)100μLで懸濁し、5分間加熱した。遠心分離により上澄み液を回収し、4‐12%のSDS‐PAGEで20mAで約2時間電気泳動し、分離されたタンパク質をPVDF膜に移すために、トランスファーユニットを用いて300mAにて、Tris‐グリシン緩衝液(39mMのグリシン、48mMのTris、0.037%のSDS、20%メタノール)で約90分間電気泳動した。タンパク質が移されたPVDF膜に、TBSブロッキング溶液(blocking solution)を用いて常温で一時間ブロッキングした。1次抗体として抗‐MSLN抗体(#133489、Abcam)を5%スキムミルク/1xTBST緩衝液に1:2,000に希釈し、常温で1時間程度反応させた後、1xTBST緩衝液で5分ずつ6回洗浄した。2次抗体として抗マウスHRP(KPL、MA、USA)を5%スキムミルク/1xTBST緩衝液に1:20,000に希釈し、30分間反応させた後、1xTBST緩衝液で5分ずつ6回洗浄し、発色反応液(ECL、Amersham、UK)でMSLNタンパク質バンドを検証した。
その結果、図5に示されたように、それぞれの癌細胞株から70kDaの前駆体(precursor)形態と40〜50kDaの成熟(mature)形態のMSLNの存在有無を測定したところ、H28、MiaPaCa‐2、BxPC‐3、Capan‐1細胞株はMSLN陰性であり、H226、H2452(H2052)、AsPC‐1はMSLN陽性であることが確認された。
4‐2:MSLN発現細胞株および腫瘍細胞株におけるMSLN発現量の分析
MSLNを人為的に発現させた細胞株であるMiaPaCa‐MSLNに対して、細胞の表面に存在するMSLNをFACS試験により測定した。培養容器で培養している分析すべき細胞をTryple Express溶液を加えて剥離させた後、50mLのチューブに入れて2000rpmで3分間常温で遠心分離して培養液を捨て、PBSで1回洗浄した。FACS緩衝液で懸濁した後、丸底チューブに移して2000rpmで3分間常温で遠心分離した。上澄み液を捨て、FACS緩衝液で細胞の密度が4x10個/mLとなるようによく溶いた。そして、4℃で候補抗体1μgを添加した。1時間後にFACS緩衝液で2回洗浄し、ヤギ由来の抗‐ヒトIgG抗体(FITC接合)を試料当たり1μLを入れ、4℃で30分間結合させた。2000rpmで3分間遠心分離して細胞を回収した後、固定緩衝液(Fixation buffer)500μLを入れ、細胞を再懸濁させ、FACS caliburで測定した(図6)。
4‐3:抗‐MSLN抗体のMSLN発現細胞株に対する選択的結合の分析
MSLNを過発現させた細胞株(MiaPaCa‐MSLN #2)に抗‐MSLN抗体が選択的に結合するかを、FACS試験により測定した。前記実施例4‐2で記述した方法により抗‐MSLN候補抗体を標識させた後、FACS caliburで測定した(図7)。
結合力に優れたMI323、MI329、MI403、MS502候補抗体が、中皮腫(H226、H2052)および膵臓癌(AsPC‐1)の細胞膜MSLNにも良好に結合するかを、FACS試験により測定してMFI値で比較した。
その結果、図8および表19に示されたように、中皮腫と膵臓癌細胞株のMSLNに対するMI323、MI329、MI403、MS502候補抗体の結合程度は、やや差はあるが、何れも有意な結合力を示し、特に、MI323候補抗体は優れた結合様相を示した。
尚、MSLNに対して優れた結合様相を示すMI323候補抗体とBiacore K(Koff/Kon)値のパターンが異なるMS502、MS502候補抗体から作製された重鎖可変領域突然変異2‐78‐C2G4候補抗体が、MSLNを発現する腫瘍細胞に選択的に結合するかをMSLN過発現MiaPaCa‐MSLN #2細胞とMSLNを発現しないMiaPaCa‐2で評価した。
その結果、図9に示されたように、MI323、MS502、2‐78‐C2G4候補抗体は、MiaPaCa‐2に比べてMSLN過発現MiaPaCa‐MSLN #2細胞で優れた結合様相を示した。
本発明によるメソテリンに特異的に結合する抗体は、抗原に対する高い親和度(affinity)および特異性(specificity)により、癌または腫瘍疾患の治療または診断に効果的に使用されることができる。
以上、本発明の内容の特定の部分を詳述したが、当業界における通常の知識を持った者にとって、このような具体的な記述は単なる好適な実施態様に過ぎず、これにより本発明の範囲が制限されることはないという点は明らかである。よって、本発明の実質的な範囲は特許請求の範囲とこれらの等価物により定義されると言える。

Claims (8)

  1. 列番号15のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号16のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号17のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号18のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号19のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号20のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域
    列番号59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号65のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号66のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号117のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号68のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号118のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域;
    配列番号59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号65のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号66のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号67のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号68のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号119のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域
    列番号59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号65のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号67のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号68のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号69のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域
    列番号59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号65のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号67のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号68のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号119のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域;
    配列番号59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号60のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号61のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号62のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号63のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号64のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域;
    配列番号59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号65のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号66のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号67のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号68のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号69のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域;
    配列番号59のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号71のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号72のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号62のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号73のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号74のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域;又は
    配列番号9のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、配列番号10のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、及び配列番号11のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含む重鎖可変領域、並びに配列番号12のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、配列番号13のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、及び配列番号14のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む軽鎖可変領域;
    を含有することを特徴とするメソテリン特異的抗体。
  2. 配列番号1、3、46、48、51、または116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含有することを特徴とする請求項1に記載のメソテリン特異的抗体。
  3. 配列番号2、4、47、49、5、109、または110のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含有することを特徴とする請求項1に記載のメソテリン特異的抗体。
  4. 配列番号1のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号2のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域;
    配列番号3のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号4のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    列番号46のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号47のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域;
    配列番号48のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号49のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    列番号51のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号52のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    列番号48のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域;
    配列番号48のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号110のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号49のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域;又は
    列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号110のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域;
    を含有することを特徴とする請求項1に記載のメソテリン特異的抗体。
  5. 請求項1〜4のいずれかに記載の抗体をコードする核酸。
  6. 請求項5に記載の核酸を含むベクター。
  7. 請求項6に記載のベクターを含む宿主細胞。
  8. 請求項7に記載の宿主細胞を培養して抗体を発現させるステップを含む請求項1〜4のいずれかに記載の抗体の製造方法。
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