JP6603227B2 - Ｐ９７融合タンパク質 - Google Patents

Description

関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）の下で、２０１４年２月３日に出願された米国出願第６１／９３５，２５３号の優先権を主張し、この仮出願は、その全体が参照により組み込まれる。

配列一覧
本出願に関連付けられる配列一覧は、ハードコピーの代わりにテキスト形式で提供され、ここに参照により本明細書に組み込まれる。配列一覧を含むテキストファイルの名称は、ＢＩＯＡ＿００８＿０１ＷＯ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。このテキストファイルは、約３４０ＫＢであり、２０１５年２月３日に作成され、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。

背景
技術分野
本発明の実施形態は、ｐ９７（メラノトランスフェリン）−トラスツズマブ融合タンパク質及び抗体融合タンパク質、ならびにその使用に関連する方法に関し、例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）を越えるトラスツズマブの送達を促進し、かつ／またはＣＮＳ及び末梢組織における抗体の組織浸透を向上させ、それによって中枢神経系（ＣＮＳ）の癌を含むＨＥＲ２陽性癌を治療及び／または診断する方法に関する。

関連技術の説明
脳の障害等の中枢神経系（ＣＮＳ）の多くの障害の治療または診断に対する主要な課題を象徴するのは、治療剤または診断剤を脳の特定の領域に送達する困難の克服である。その神経保護の役割において、血液脳関門（ＢＢＢ）は、潜在的に重要な多くの診断剤及び治療剤の脳への送達を阻害するように機能する。

診断及び療法において別様に有効であり得る治療用分子及び遺伝子は、十分な量でＢＢＢを越えず、末梢組織においてですら、貧弱な組織浸透しか有さない場合が多い。全ての治療用分子のうちの９５％超が、血液脳関門を越えないと報告されている。

したがって、例えば、癌、特に中枢神経系（ＣＮＳ）に転移した癌等のＣＮＳのある特定の疾患を効果的に治療するために、治療剤及び他の分子の血液脳関門を越える送達を促進する組成物及び方法に対する必要性が存在する。本発明は、これらの必要性に対処し、他の関連する利点を提供する。

本発明の実施形態は、ｐ９７配列に融合したトラスツズマブ重鎖及び／または軽鎖配列と、その間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７（メラノトランスフェリンまたはＭＴｆ）−トラスツズマブ融合タンパク質を含む。一部の実施形態において、融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含む。ある特定の実施形態において、融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含む。一部の実施形態において、融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合した切断型トラスツズマブ重鎖配列を含む。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
ｐ９７配列に融合したトラスツズマブ重鎖または軽鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７融合タンパク質。
（項目２）
配列番号８４（ＭＴｆｐ ＮＨ−ＴＺＭ）もしくは８２（ＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆ）、またはその変異型／フラグメントを含む、項目１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目３）
前記ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含む、項目１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目４）
前記ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含む、項目１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目５）
前記ｐ９７配列のＣ末端に融合した切断型トラスツズマブ重鎖配列を含む、項目４に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目６）
前記切断型トラスツズマブ重鎖配列が、前記重鎖の定常領域またはそのフラグメントから本質的になり、前記重鎖の可変領域を実質的もしくは完全に欠く、項目５に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目７）
前記切断型トラスツズマブ重鎖配列が、ＣＨ１ドメインまたはそのフラグメント、ヒンジ領域、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメインから本質的になる、項目６に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目８）
前記切断型トラスツズマブ重鎖配列が、ヒンジ領域またはそのフラグメント、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメインから本質的になる、項目６に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目９）
（ａ）配列番号３７〜４６もしくは９６〜１０９に示される重鎖アミノ酸配列、（ｂ）配列番号３７〜４６もしくは９６〜１０９に示される配列と少なくとも９０％一致する重鎖アミノ酸配列、または（ｃ）約１〜５０アミノ酸の付加、置換、挿入、もしくは欠失で配列番号３７〜４６もしくは９６〜１０９とは異なる重鎖アミノ酸配列を含む、項目１〜８のいずれかに記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１０）
配列番号３７〜４６または９６〜１０９に示されるアミノ酸配列を含む、項目９に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１１）
前記ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖配列を含む、項目１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１２）
前記ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖配列を含む、項目１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１３）
（ａ）配列番号１１０〜１２１に示される軽アミノ酸配列、（ｂ）配列番号１１０〜１２１に示される配列と少なくとも９０％一致する軽鎖アミノ酸配列、または（ｃ）約１〜５０アミノ酸の付加、置換、挿入、もしくは欠失で配列番号１１０〜１２１とは異なる軽鎖アミノ酸配列を含む、項目１または１１〜１２のいずれかに記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１４）
配列番号１１０〜１２１に示されるアミノ酸配列、またはその変異型／フラグメントを含む、項目１３に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１５）
前記ｐ９７配列が、配列番号２もしくは１４、またはその変異型／フラグメントを含む、項目１〜１４のいずれかに記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１６）
前記トラスツズマブ重鎖または軽鎖と前記ｐ９７配列との間にペプチドリンカーを含む、項目１〜１５のいずれかに記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
（項目１７）
項目１〜１６のいずれかに記載のｐ９７融合タンパク質をコードする、単離ポリヌクレオチド。
（項目１８）
宿主細胞における発現のためにコドン最適化される、項目１７に記載の前記単離ポリヌクレオチド。
（項目１９）
前記宿主細胞が、哺乳動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、または細菌細胞である、項目１８に記載の前記単離ポリヌクレオチド。
（項目２０）
項目１〜１９のいずれかに記載の単離ポリヌクレオチドを含み、前記単離ポリヌクレオチドが、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、組換え宿主細胞。
（項目２１）
１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを更に含む、項目２０に記載の前記組換え宿主細胞。
（項目２２）
１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを更に含む、項目２０に記載の前記組換え宿主細胞。
（項目２３）
１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドと、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドとを更に含む、項目２０に記載の前記組換え宿主細胞。
（項目２４）
１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、項目１〜２３のいずれかに記載のｐ９７融合タンパク質をコードする単離ポリヌクレオチドを含む、ベクター。
（項目２５）
１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを更に含む、項目２４に記載の前記ベクター。
（項目２６）
１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを更に含む、項目２４に記載の前記ベクター。
（項目２７）
１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドと、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドとを更に含む、項目２４に記載の前記ベクター。
（項目２８）
項目１〜２７のいずれかに記載のベクターを含む、組換え宿主細胞。
（項目２９）
２つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列と、項目１〜２８のいずれかに記載の１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含むｐ９７−抗体融合タンパク質であって、前記１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質が、ｐ９７配列のＮ末端またはＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３０）
２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質を含む、項目２９に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３１）
１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質及び１つの（非融合）トラスツズマブ重鎖配列を含む、項目２９に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３２）
１つまたは２つのトラスツズマブ軽鎖配列と、１つのトラスツズマブ重鎖配列と、項目１〜３１のいずれかに記載の１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、前記ｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質が、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３３）
１つの軽鎖配列しか含まず、前記トラスツズマブ重鎖が、切断型トラスツズマブ重鎖である、項目３２に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３４）
項目１〜３３のいずれかに記載の１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質と、２つのトラスツズマブ重鎖配列とを含み、前記１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質が、Ｎ末端ｐ９７配列に融合したトラスツズマブ軽鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３５）
２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質を含む、項目３４に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３６）
１つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質及び１つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列を含む、項目３４に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３７）
項目１〜３６のいずれかに記載の１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質と、項目１〜３６のいずれかに記載の１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、前記１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質が、Ｎ末端ｐ９７配列に融合したトラスツズマブ軽鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含み、かつ前記１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質が、ｐ９７配列のＮ末端またはＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３８）
２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質と、２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、前記２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質が、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、項目３７に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目３９）
重鎖及び軽鎖の２つのセットを含むｐ９７−抗体融合タンパク質であって、少なくとも１つのセットが、
ａ）配列番号８２の重鎖及び配列番号８３の軽鎖、
ｂ）配列番号８４の重鎖及び配列番号８５の軽鎖、
ｃ）配列番号８６の重鎖及び配列番号８７の軽鎖、
ｄ）配列番号８８の重鎖及び配列番号８９の軽鎖、
ｅ）配列番号９０の重鎖及び配列番号９１の軽鎖、
ｆ）配列番号９２の重鎖及び配列番号９３の軽鎖、ならびに
ｇ）配列番号９４の重鎖及び配列番号９５の軽鎖（それらのフラグメント／変異型を含む）のうちの１つ以上から選択される、前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目４０）
前記融合タンパク質が、ａ）の２つのセット、ｂ）の２つのセット、ｃ）の２つのセット、ｄ）の２つのセット、ｅ）の２つのセット、ｆ）の２つのセット、またはｇ）の２つのセットを含むホモ二量体である、項目３９に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目４１）
前記融合タンパク質が、ａ）〜ｇ）から選択される重鎖及び軽鎖の第１のセットと、（ｉ）配列番号３７〜４６、８２〜１０９、または１１０〜１２１の前記ｐ９７−トラスツズマブ重鎖及び軽鎖、ならびに（ｉｉ）配列番号２９〜３５または１２２（重鎖）及び３６または１２３（軽鎖）の前記トラスツズマブ（非融合）重鎖及び軽鎖の任意の組み合わせから選択される重鎖及び軽鎖の第２のセットとを含むヘテロ二量体である、項目３９に記載の前記ｐ９７−抗体融合タンパク質。
（項目４２）
項目１〜４１のいずれかに記載のｐ９７−抗体融合タンパク質を含む、組換え宿主細胞。
（項目４３）
前記宿主細胞が、哺乳動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、または細菌細胞である、項目１〜４２のいずれかに記載の前記組換え宿主細胞。
（項目４４）
前記哺乳動物細胞が、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはＨＥＫ−２９３細胞である、項目４３に記載の前記組換え宿主細胞。
（項目４５）
薬学的に許容される担体と、項目１〜４４のいずれかに記載のｐ９７−抗体融合タンパク質とを含む、薬学的組成物。
（項目４６）
治療を必要とする対象におけるＨＥＲ２過剰発現癌を治療するための方法であって、項目１〜４５のいずれかに記載のｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を、前記対象に投与することを含む、前記方法。
（項目４７）
前記ＨＥＲ２過剰発現癌が、前記対象のＣＮＳに転移する危険性がある、項目４６に記載の前記方法。
（項目４８）
前記ＨＥＲ２過剰発現癌が、前記対象のＣＮＳに転移している、項目４６に記載の前記方法。
（項目４９）
前記ＨＥＲ２過剰発現癌が、乳癌、卵巣癌、胃癌、または子宮癌である、項目１〜４８のいずれかに記載の前記方法。
（項目５０）
前記ＨＥＲ２過剰発現癌が、ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌である、項目４６〜４８のいずれかに記載の前記方法。
（項目５１）
前記ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌が、前記対象のＣＮＳに転移する危険性がある、項目５０に記載の前記方法。
（項目５２）
前記ＨＥＲ２過剰発現乳癌が、前記対象のＣＮＳに転移している、項目５０に記載の前記方法。
（項目５３）
前記ＨＥＲ２過剰発現癌が、ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌である、項目４６〜４８のいずれかに記載の前記方法。
（項目５４）
前記ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌が、前記対象のＣＮＳに転移する危険性がある、項目５３に記載の前記方法。
（項目５５）
前記ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌が、前記対象のＣＮＳに転移している、項目５３に記載の前記方法。
（項目５６）
前記ＨＥＲ２過剰発現癌が、ＨＥＲ２過剰発現子宮漿液性腺癌（ＵＳＣ）である、項目４６〜４８のいずれかに記載の前記方法。
（項目５７）
前記ＨＥＲ２過剰発現ＵＳＣが、前記対象のＣＮＳに転移する危険性がある、項目５６に記載の前記方法。
（項目５８）
前記ＨＥＲ２過剰発現ＵＳＣが、前記対象のＣＮＳに転移している、項目５６に記載の前記方法。
（項目５９）
ＨＥＲ２過剰発現乳癌のための補助治療剤の一部として、前記ｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を投与することを含む、項目４６〜４８のいずれかに記載の前記方法。
（項目６０）
前記補助治療剤が、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びパクリタキセルまたはドセタキセルのいずれかを含む、項目５９に記載の前記方法。
（項目６１）
前記補助治療剤が、ドセタキセル及びカルボプラチンを含む、項目５９に記載の前記方法。
（項目６２）
多様式アントラサイクリン系療法後に、単剤として、前記ｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を投与することを含む、項目５９に記載の前記方法。
（項目６３）
前記対象が、ヒトの女性である、項目１〜６２のいずれかに記載の前記方法。
（項目６４）
静脈内（ＩＶ）注入によって、前記ｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を投与することを含む、項目１〜６３のいずれかに記載の前記方法。

一部の実施形態において、切断型トラスツズマブ重鎖配列は、重鎖の定常領域またはそのフラグメントから本質的になり、重鎖の可変領域を実質的もしくは完全に欠く。ある特定の実施形態において、切断型トラスツズマブ重鎖配列は、ＣＨ１ドメインまたはそのフラグメント、ヒンジ領域、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメインから本質的になる。ある特定の実施形態において、切断型トラスツズマブ重鎖配列は、ヒンジ領域またはそのフラグメント、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメインから本質的になる。

一部の実施形態において、融合タンパク質は、（ａ）配列番号３７〜４６もしくは９６〜１０９に示される重鎖アミノ酸配列、（ｂ）配列番号３７〜４６もしくは９６〜１０９に示される配列と少なくとも９０％一致する重鎖アミノ酸配列、または（ｃ）約１〜５０アミノ酸の付加、置換、挿入、もしくは欠失で配列番号３７〜４６もしくは９６〜１０９とは異なる重鎖アミノ酸配列を含む。一部の実施形態において、融合タンパク質は、配列番号３７〜４６または９６〜１０９のうちの１つ以上で示されるアミノ酸配列を含む。

一部の実施形態において、融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖配列を含む。ある特定の実施形態において、融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖配列を含む。一部の実施形態において、融合タンパク質は、（ａ）配列番号１１０〜１２１に示される軽アミノ酸配列、（ｂ）配列番号１１０〜１２１に示される配列と少なくとも９０％一致する軽鎖アミノ酸配列、または（ｃ）約１〜５０アミノ酸の付加、置換、挿入、もしくは欠失で配列番号１１０〜１２１とは異なる軽鎖アミノ酸配列を含む。一部の実施形態において、融合タンパク質は、配列番号１１０〜１２１に示される軽鎖アミノ酸配列を含む。

特定の実施形態において、ｐ９７配列は、配列番号２（可溶性ＭＴｆ）または配列番号１４（ＭＴｆｐもしくはＭＴｆｐｅｐ）を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。

本明細書に記載されるｐ９７融合タンパク質をコードする、単離ポリヌクレオチドもまた含まれる。一部の態様において、単離ポリヌクレオチドは、宿主細胞における発現のためにコドン最適化される。一部の実施形態において、宿主細胞は、哺乳動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、または細菌細胞である。

本明細書に記載される単離ポリヌクレオチドを含み、任意選択で、この単離ポリヌクレオチドが１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、組換え宿主細胞もまた含まれる。ある特定の実施形態において、組換え宿主細胞は、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、組換え宿主細胞は、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、組換え宿主細胞は、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドと、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドとを含む。

ある特定の実施形態は、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、先行する請求項のいずれかに記載のｐ９７融合タンパク質をコードする単離ポリヌクレオチドを含むベクターに関する。一部の実施形態において、ベクターは、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、ベクターは、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、ベクターは、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される、（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドと、（非融合）トラスツズマブ重鎖配列をコードする単離ポリヌクレオチドとを含む。本明細書に記載されるような１つ以上のベクターを含む、組換え宿主細胞もまた含まれる。

一部の実施形態は、２つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列と、本明細書に記載される１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、この１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質が、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７−抗体融合タンパク質に関する（例えば、図１Ａ及び１Ｂを参照）。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質を含む（例えば、図１Ａ及び１Ｅを参照）。ある特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質及び１つの（非融合）トラスツズマブ重鎖配列を含む（例えば、図１Ｂを参照）。

１つのトラスツズマブ軽鎖配列と、１つのトラスツズマブ重鎖配列と、先行する請求項のいずれかに記載の１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、ｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質が、ｐ９７配列のＣ末端に融合した切断型トラスツズマブ重鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７−抗体融合タンパク質もまた含まれる（例えば、図１Ｃを参照）。

一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、２つのトラスツズマブ軽鎖配列と、本明細書に記載される２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、このｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む（例えば、図１Ｄを参照）。

一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、本明細書に記載される２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質と、本明細書に記載される２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、このｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含み、かつこのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む（例えば、図１Ｆを参照）。

ｐ９７−抗体融合タンパク質の具体的な例としては、重鎖及び軽鎖の２つのセットを含み、少なくとも１つのセットが、
ａ）配列番号８２の重鎖及び配列番号８３の軽鎖、
ｂ）配列番号８４の重鎖及び配列番号８５の軽鎖、
ｃ）配列番号８６の重鎖及び配列番号８７の軽鎖、
ｄ）配列番号８８の重鎖及び配列番号８９の軽鎖、
ｅ）配列番号９０の重鎖及び配列番号９１の軽鎖、
ｆ）配列番号９２の重鎖及び配列番号９３の軽鎖、ならびに
ｇ）配列番号９４の重鎖及び配列番号９５の軽鎖（前述のいずれかの、それらのフラグメント／変異型を含む）のうちの１つ以上から選択されるものが挙げられる。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、ａ）の２つのセット、ｂ）の２つのセット、ｃ）の２つのセット、ｄ）の２つのセット、ｅ）の２つのセット、ｆ）の２つのセット、またはｇ）の２つのセットを含むホモ二量体である。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、上記ａ）〜ｇ）の任意の組み合わせを含むヘテロ二量体である。特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、上記ａ）〜ｇ）から選択される重鎖及び軽鎖のセットの第１のセットと、トラスツズマブ（非融合）重鎖及び軽鎖の第２のセット、例えば、配列番号２９〜３５または１２２（重鎖）及び３６または１２３（軽鎖）とを含むヘテロ二量体である。

ある特定の実施形態は、先行する請求項のいずれかに記載のｐ９７−抗体融合タンパク質を含む、組換え宿主細胞に関する。ある特定の実施形態において、宿主細胞は、哺乳動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、または細菌細胞である。ある特定の実施形態において、哺乳動物細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはＨＥＫ−２９３細胞である。

薬学的に許容される担体と、先行する請求項のいずれかに記載のｐ９７−抗体融合タンパク質とを含む、薬学的組成物もまた含まれる。

一部の実施形態は、本明細書に記載されるｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を、治療を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるＨＥＲ２過剰発現癌を治療するための方法を含む。

ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。一部の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、対象のＣＮＳに転移している。ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、乳癌、卵巣癌、胃癌、または子宮癌である。

特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌である。ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌は、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。一部の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現乳癌は、対象のＣＮＳに転移している。

ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌である。ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌は、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌は、対象のＣＮＳに転移している。

ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、ＨＥＲ２過剰発現子宮漿液性腺癌（ＵＳＣ）である。ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現ＵＳＣは、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。ある特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現ＵＳＣは、対象のＣＮＳに転移している。

ある特定の方法は、ＨＥＲ２過剰発現乳癌のための補助治療剤の一部として、ｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を投与することを含む。ある特定の実施形態において、補助治療剤は、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びパクリタキセルまたはドセタキセルのいずれかを含む。ある特定の実施形態において、補助治療剤は、ドセタキセル及びカルボプラチンを含む。

一部の方法は、多様式アントラサイクリン系療法後に、単剤として、ｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を投与することを含む。

ある特定の実施形態において、対象は、ヒトの女性である。

ある特定の方法は、静脈内（ＩＶ）注入によって、ｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を投与することを含む。

図１Ａ〜１Ｇは、例示的ｐ９７−抗体融合タンパク質の一般構造を図示する（黒い円がｐ９７を表す）。図１Ａは、２つのトラスツズマブ軽鎖、及びそれぞれｐ９７のＮ末端に融合した２つのトラスツズマブ重鎖から構成される、ホモ二量体の抗体融合タンパク質を図示する。図１Ｂは、２つのトラスツズマブ軽鎖、１つの非融合トラスツズマブ重鎖、及びｐ９７のＮ末端に融合した１つのトラスツズマブ重鎖から構成される、ヘテロ二量体の抗体融合タンパク質を図示する。図１Ｃは、１つのトラスツズマブ軽鎖、１つの非融合トラスツズマブ重鎖、及びｐ９７のＣ末端に融合した１つのトラスツズマブ重鎖から構成される、ヘテロ二量体の抗体融合タンパク質を図示する。図１Ｄ〜１Ｅは、２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質、及び２つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖から構成される、抗体融合物を図示する。図１Ｆは、２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質、及び２つの９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質から構成される、抗体融合物を図示する。図１Ｇは、２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質、及び２つの（非融合）トラスツズマブ重鎖配列から構成される、抗体融合物を図示する。 図２Ａ〜２Ｄは、ＩｇＧ１対照と比較した、抗体融合物のＨｅｒ２への親和性を実証するオクテット分析を示す。図２ＡはヒトＩｇＧ１の結果を示し、図２ＢはＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆの結果を示し、図２ＣはＭＴｆｐ ＮＨ−ＴＺＭの結果を示し、図２ＤはＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆｐの結果を示す（実施例１を参照）。 図３Ａ〜３Ｂは、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）及びヒトＩｇＧ１ Ｆｃ対照と比較した、抗体融合物のＢＴ−４７４乳癌細胞における抗体依存性細胞介在性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）の評価を示す（実施例２を参照）。これらのデータは、ｐ９７−トラスツズマブ抗体融合物が、乳癌細胞において有意な抗体依存性細胞介在性細胞傷害活性を誘導したことを示す。

本発明の実践は、具体的に別様に示されない限り、分子生物学の従来の方法、及び当該技術分野内の組換えＤＮＡ技法を採用し、これらの多くは例証目的で下に記載される。そのような技法は文献において詳細に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３^ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，２０００）、ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｖｏｌ．Ｉ ＆ ＩＩ（Ｄ．Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．）、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｎ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｐ．Ｈｅｒｄｅｗｉｊｎ，ｅｄ．，２００４）、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，１９８５）、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：Ｍｏｄｅｒｎ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｂｕｚｄｉｎ ａｎｄ Ｌｕｋｙａｎｏｖ，ｅｄｓ．，２００９）、Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，１９８４）、Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８６）、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｒ．Ｉ．（２００５）Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ，ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ，５^ｔｈ Ｅｄ．Ｈｏｂｏｋｅｎ ＮＪ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ、Ｂ．Ｐｅｒｂａｌ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ（３^ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ ２０１０）、Ｆａｒｒｅｌｌ，Ｒ．，ＲＮＡ Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ（３^ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ ２００５）を参照されたい。

本明細書に引用される全ての公開公報、特許、及び特許出願は、ここに参照によりそれらの全体が組み込まれる。

定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものに類似または同等の任意の方法及び材料を本発明の実践または試験において使用することができるが、好ましい方法及び材料を記載する。本発明の目的に関して、以下の用語を下に定義する。

「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」という冠詞は、１つまたは１つを上回る（すなわち、少なくとも１つの）その冠詞の文法上の目的語を指すように、本明細書において使用される。例として、「１つの要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」とは、１つの要素または１つを上回る要素を意味する。

「約」は、基準の量（ｑｕａｎｔｉｔｙ）、水準、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量（ａｍｏｕｎｔ）、重量、または長さに対して３０、２５、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１％の大きさで異なる、量（ｑｕａｎｔｉｔｙ）、水準、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量（ａｍｏｕｎｔ）、重量、または長さを意味する。

本明細書で使用する場合、用語「アミノ酸」は、天然型及び非天然型のアミノ酸の両方、ならびにアミノ酸類似体及び模倣物を意味するように意図される。天然型アミノ酸としては、タンパク質生合成中に活用される２０種類のＬ−アミノ酸、ならびに例えば４−ヒドロキシプロリン、ヒドロキシリジン、デスモシン、イソデスモシン、ホモシステイン、シトルリン、及びオルニチン等の他のものが挙げられる。非天然型アミノ酸としては、例えば、Ｄ−アミノ酸、ノルロイシン、ノルバリン、ｐ−フルオロフェニルアラニン、エチオニン等が挙げられ、これらは当業者には既知である。アミノ酸類似体としては、天然型アミノ酸及び非天然型アミノ酸の変性形態が挙げられる。そのような変性は、例えば、アミノ酸における化学基及び部分の置換または置き換え、あるいはアミノ酸の誘導体化によるものを含み得る。アミノ酸模倣物としては、例えば、基準アミノ酸の電荷及び電荷間隔特性等の性質と機能的に類似する性質を提示する有機構造物が挙げられる。例えば、アルギニン（ＡｒｇまたはＲ）を模倣する有機構造物は、天然型Ａｒｇアミノ酸の側鎖のｅ−アミノ基と類似する分子空間内に位置し、それと同程度の可動性を有する正電荷部分を有することになる。模倣物はまた、アミノ酸またはアミノ酸官能基の最適な間隔及び電荷相互作用を維持するような、拘束された構造物も含む。どのような構造物が機能的に等価なアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣物を構成するかは、当業者ならば既知であるか、決定することができる。

本明細書を通じて、文脈が別様に要求しない限り、語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、及び「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、明言されたステップもしくは要素、またはステップもしくは要素の群の包含を示唆するが、任意の他のステップもしくは要素、またはステップもしくは要素の群の除外は示唆しないように理解される。「からなる」は、語句「からなる」の後に続くものを含み、それに限定されることを意味する。したがって、語句「からなる」は、列挙された要素が必要である、あるいは必須であり、他の要素は存在してはならないことを示す。「から本質的になる」は、その語句の後に列挙される任意の要素を含み、それらの列挙された要素に関する本開示内で特定された活性または作用に干渉しない、あるいは寄与しない他の要素に限定されることを意味する。したがって、語句「から本質的になる」は、列挙された要素が必要である、あるいは必須であることを示すが、他の要素は任意選択であり、それらが、列挙された要素の活性または作用に実質的に影響を及ぼすか否かに応じて、存在してもよいか、あるいは存在してはならないことを示す。

用語「抱合体」は、薬剤または他の分子、例えば生物学的に活性な分子の、ｐ９７ポリペプチドまたはｐ９７配列への共有結合もしくはリンケージまたは非共有結合もしくはリンケージの結果として形成される実体を指すことを意図する。抱合体ポリペプチドの一例は、「融合タンパク質」または「融合ポリペプチド」、すなわち、元々別個のポリペプチドをコードしていた２つ以上のコード配列の接合を通じて形成されたポリペプチドであり、接合されたコード配列の翻訳は、それら別個のポリペプチドのそれぞれに由来する機能性を典型的には伴う、単一の融合ポリペプチドを結果としてもたらす。用語「抗体融合」及び「抗体融合タンパク質」は、本明細書において交換可能に使用されて、本明細書に記載される少なくとも１つの融合タンパク質を含む抗体または抗体様分子を指す。

本明細書で使用する場合、用語「機能」及び「機能性」等は、生物学的、酵素的、または治療上の機能を指す。

「相同性」は、一致するアミノ酸の百分率数、または保存的置換を構築するアミノ酸の百分率数を指す。相同性は、ＧＡＰ（Ｄｅｖｅｒａｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．１２，３８７−３９５，１９８４）等の配列比較プログラムを用いて決定することができ、この文献は参照により本明細書に組み込まれる。このようにして、本明細書に引用される配列に対して、類似の長さまたは実質的に異なる長さの配列を、アライメントへのギャップの挿入で比較することができ、そのようなギャップは、例えばＧＡＰで使用される比較アルゴリズムによって決定される。

「単離された」は、ある材料がその天然状態において通常付随する構成要素を、実質的または本質的に含まない材料を意味する。例えば、「単離ペプチド」または「単離ポリペプチド」等は、本明細書で使用する場合、その天然の細胞環境から、ならびに細胞の他の構成要素との会合からのペプチドまたはポリペプチドのインビトロ単離及び／または精製を含み、すなわち、それはインビボ物質と有意には会合していない。

用語「リンケージ」、「リンカー」、「リンカー部分」、または「Ｌ」は、本明細書において、ｐ９７ポリペプチドを目的の薬剤から分離するため、または例えば２つ以上の薬剤が結合してｐ９７抱合体を形成している場合に、第１の薬剤を別の薬剤から分離するために使用することができるリンカーを指すように使用される。リンカーは、生理学的に安定であってもよく、酵素的に分解可能なリンカー等の解放可能なリンカー（例えば、タンパク質切断可能なリンカー）を含んでもよい。ある特定の態様において、リンカーは、例えば、ｐ９７融合タンパク質の一部としてのペプチドリンカーであってもよい。一部の態様において、リンカーは、非ペプチドリンカーまたは非タンパク質性リンカーであってもよい。一部の態様において、リンカーは、ナノ粒子等の粒子であってもよい。

用語「調整する」及び「改変する」は、典型的には、統計学的に有意な、あるいは生理学的に有意な量または程度で、対照に対して「増加させる」、「増進する」、または「刺激する」、ならびに「減少させる」、「低減する」ことを含む。「増加された」、「刺激された」、または「増進された」量は、典型的には「統計学的に有意な」量であり、組成物無し（例えば、本発明の融合タンパク質または抗体融合物の不在）、または対照組成物、試料、もしくは試験対象によって生成された量の１．１、１．２、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０倍以上（例えば５００、１０００倍）（１を上回る全ての整数及びその中間の小数点を含む、例えば１．５、１．６、１．７、１．８等）の増加を含み得る。「減少された」または「低減された」量は、典型的には「統計学的に有意な」量であり、組成物無しまたは対照組成物によって生成された量の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の減少を含み得、その間の全ての整数が含まれる。非限定的一例として、対照は、血液脳関門を越える輸送／送達の量もしくは速度、中枢神経系組織への分散の速度及び／もしくは水準、ならびに／または薬剤／抗体単独と比較した、ｐ９７融合タンパク質または抗体融合物の、血漿、中枢神経系組織、もしくは任意の他の全身性もしくは末梢非中枢神経系組織でのＣ_ｍａｘ等の活性を比較することができる。比較及び「統計学的に有意な」量の他の例が、本明細書に記載される。

ある特定の実施形態において、組成物中の任意の所与の薬剤（例えば、融合タンパク質または抗体融合物等のｐ９７抱合体）の「純度」は、具体的に定義され得る。例えば、ある特定の組成物は、例えば、決して限定するものではないが、化合物を分離、同定、及び定量化するために生化学及び分析化学において頻繁に使用されるカラムクロマトグラフィーの周知の形態である、高圧液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によって測定される際、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％（その間の全ての小数を含む）純粋な薬剤を含み得る。

用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書において交換可能に使用されて、アミノ酸残基のポリマー、ならびにそれらの変異型及び合成類似体を指す。したがって、これらの用語は、１つ以上のアミノ酸残基が、対応する天然型アミノ酸の化学類似体等の合成非天然型アミノ酸であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然型アミノ酸ポリマーに適用される。本明細書に記載されるポリペプチドは、特定の長さの生成物に限定されず、したがって、ペプチド、オリゴペプチド、及びタンパク質がポリペプチドの定義内に含まれ、そのような用語は、具体的に別様に示されない限り、本明細書において交換可能に使用され得る。本明細書に記載されるポリペプチドはまた、グリコシル化、アセチル化、リン酸化等の発現後修飾、ならびに天然型及び非天然型の両方の、当分野において既知の他の修飾も含み得る。ポリペプチドは完全なタンパク質であってもよく、あるいはその部分配列、フラグメント、変異型、または誘導体であってもよい。

「生理学的に切断可能」または「加水分解性」または「分解可能な」結合とは、生理学的条件下で水と反応する（すなわち、加水分解される）結合である。結合の水中での加水分解の傾向は、２つの中心原子を接続するリンケージの一般型だけでなく、これらの中心原子に付着する置換基にも依存することになる。適切な、加水分解的に不安定または脆弱なリンケージとしては、限定されるものではないが、カルボン酸エステル、リン酸エステル、酸無水物、アセタール、ケタール、アシルオキシアルキルエーテル、イミン、オルトエステル、チオエステル、チオールエステル、炭酸塩、ならびにヒドラゾン、ペプチド、及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。

「解放可能なリンカー」としては、限定されるものではないが、生理学的に切断可能なリンカー及び酵素的に分解可能なリンカーが挙げられる。したがって、「解放可能なリンカー」とは、自然発生的な加水分解、または生理学的条件下での、ある他の機序（例えば、酵素触媒、酸触媒、塩基触媒等）による切断のいずれかを受け得るリンカーである。例えば、「解放可能なリンカー」は、駆動力としてプロトン（例えば、イオン化可能な水素原子、Ｈα）の塩基抽出を有する、脱離反応を伴い得る。本明細書の目的に関して、「解放可能なリンカー」は「分解可能なリンカー」と同義である。「酵素的に分解可能なリンケージ」としては、リンケージ、例えば、１つ以上の酵素、例えばペプチダーゼまたはプロテアーゼによる分解を受けるアミノ酸配列が挙げられる。特定の実施形態において、解放可能なリンカーは、ｐＨ７．４、２５℃、例えば生理学的ｐＨ、人体の温度（例えば、インビボ）において、約３０分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約１２時間、約１８時間、約２４時間、約３６時間、約４８時間、約７２時間、または約９６時間以下の半減期を有する。

用語「基準配列」は、別の配列が比較される核酸コード配列またはアミノ酸配列を一般的には指す。本明細書に記載される全てのポリペプチド及びポリヌクレオチド配列は、名称で記載されるもの及び配列一覧に記載されるものを含んで、基準配列として含まれる。

用語「配列同一性」または、例えば、「と５０％一致する配列」を含むことは、本明細書で使用する場合、比較の窓において、各ヌクレオチドベースで、あるいは各アミノ酸ベースで配列が一致する程度を指す。したがって、「配列同一性の百分率」は、比較の窓において最適にアライメントされた２つの配列を比較し、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）または同一のアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ、及びＭｅｔ）が両方の配列において発生する位置の数を決定して一致する位置の数を得て、この一致する位置の数を比較の窓内の位置の総数（すなわち、窓のサイズ）で割り、この結果に１００を乗じて配列同一性の百分率を得ることにより算出できる。典型的には、ポリペプチド変異型が基準ポリペプチドの少なくとも１つの生物学的活性を維持する場合、本明細書に記載される基準配列（例えば、配列一覧を参照）のうちのいずれかと少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するヌクレオチド及びポリペプチドが含まれる。

２つ以上のポリヌクレオチドまたはポリペプチド間の配列の関係性を説明するために使用される用語としては、「基準配列」、「比較窓」、「配列同一性」、「配列同一性の百分率」、及び「実質的同一性」が挙げられる。「基準配列」とは、ヌクレオチド及びアミノ酸残基を包含する、長さが少なくとも１２であるが、多くの場合１５〜１８であり、しばしば少なくとも２５のモノマー単位である。２つのポリヌクレオチドはそれぞれ、（１）２つのポリヌクレオチド間で類似する配列（すなわち、完全なポリヌクレオチド配列のうちの一部分のみ）、及び（２）２つのポリヌクレオチド間で相違する配列を含む場合があるため、２つ（以上）のポリヌクレオチド間での配列比較は、典型的には、２つのポリヌクレオチドの配列を「比較窓」において比較して、局所領域の配列類似性を特定及び比較することで行われる。「比較窓」は、少なくとも６個、通常は約５０〜約１００個、より通常には約１００〜約１５０個の隣接する位置の概念上のセグメントを指し、ここで、配列は、同じ数の隣接する位置の基準配列と、２つの配列を最適にアライメントした後に比較される。比較窓は、２つの配列の最適なアライメントのために、基準配列（付加または欠失を含まない）と比較して、約２０％以下の付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含んでもよい。比較窓をアライメントするための配列の最適なアライメントは、アルゴリズムのコンピュータ処理実行（ｔｈｅ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ Ｒｅｌｅａｓｅ ７．０，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ，ＵＳＡのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）、または検査、及び選択される様々な方法のいずれかによって生成される最適なアライメント（すなわち、比較窓において最も高い相同性％をもたらすアライメント）によって実行され得る。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９，１９９７によって開示されるような、プログラムのＢＬＡＳＴファミリーを参照してもよい。配列分析の詳細な考察は、“Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，”Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ，１９９４−１９９８，Ｃｈａｐｔｅｒ １５のＵｎｉｔ １９．３において見出すことができる。

「統計学的に有意」とは、その結果が偶然に起こった可能性が低いことを意味する。統計的有意性は、当分野において既知の任意の方法で決定することができる。一般的に使用される有意性の尺度としてはｐ値が挙げられ、これは、帰無仮説が真であった場合は、観察された事象が起こる頻度または可能性である。得られたｐ値が有意水準よりも小さい場合、帰無仮説は棄却される。単純な場合においては、有意水準は、０．０５以下のｐ値で定義される。

用語「溶解度」は、タンパク質が液体溶媒中に溶解し、均質な溶液を形成する特性を指す。溶解度は、典型的には、溶媒の単位体積当たりの溶質の質量（溶質ｇ／溶媒ｋｇ、ｇ／ｄＬ（１００ｍＬ）、ｍｇ／ｍｌ等）、容量モル濃度、重量モル濃度、モル分率、または他の類似する種類の濃度のいずれかによって、濃度として表される。溶媒の体積当たりの溶解可能な溶質の最大平衡量が、温度、圧力、ｐＨ、及び溶媒の性質を含む特定の条件下における、その溶質のその溶媒中での溶解度である。ある特定の実施形態において、溶解度は、生理学的ｐＨまたは他のｐＨ、例えばｐＨ５．０、ｐＨ６．０、ｐＨ７．０、またはｐＨ７．４において測定される。ある特定の実施形態において、溶解度は、水、またはＰＢＳもしくはＮａＣｌ（ＮａＰを伴う、あるいは伴わない）等の生理学的緩衝液で測定される。特定の実施形態において、溶解度は、比較的低いｐＨ（例えば、ｐＨ６．０）、及び比較的高い塩分（例えば、５００ｍＭのＮａＣｌ及び１０ｍＭのＮａＰ）において測定される。ある特定の実施形態において、溶解度は、血液または漿液等の生物学的流体（溶媒）で測定される。ある特定の実施形態において、温度は、ほぼ室温（例えば、約２０、２１、２２、２３、２４、２５℃）またはほぼ体温（約３７℃）であることができる。ある特定の実施形態において、ｐ９７ポリペプチドまたは抱合体は、室温または約３７℃において、少なくとも約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、または３０ｍｇ／ｍｌの溶解度を有する。

「対象」は、本明細書で使用する場合、本発明のｐ９７融合タンパク質または関連する抗体融合物で治療または診断できる症状を呈するか、あるいは症状を呈する危険性がある任意の動物を含む。好適な対象（患者）としては、実験動物（マウス、ラット、ウサギ、またはモルモット等）、家畜動物、及び飼育動物またはペット（ネコまたはイヌ等）が挙げられる。非ヒト霊長類、ならびに好ましくはヒト患者が含まれる。

「実質的に」または「本質的に」は、ほぼ全体またはほぼ完全、例えば、ある所与の量の９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上を意味する。

「実質的に含まない」は、所与の量のほぼ完全な不在または完全な不在、例えば、ある所与の量の約１０％未満、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％以下を指す。例えば、ある特定の組成物は、細胞タンパク質、膜、核酸、エンドトキシン、または他の汚染物質を「実質的に含まない」場合がある。

「治療」または「治療する」は、本明細書で使用する場合、疾患または病態の症状または病理に対する任意の望ましい効果を含み、治療されている疾患または病態の１つ以上の測定可能なマーカーにおける極小の変化または改善ですら含み得る。「治療」または「治療する」は、疾患もしくは病態、または関連付けられるそれらの症状の、完全な根絶または治癒を必ずしも示さない。この治療を受ける対象は、治療を必要とする任意の対象である。臨床的改善の例示的マーカーは、当業者には明らかであろう。

用語「野生型」は、遺伝子または遺伝子産物を指し、これは、天然源から単離されたときにその遺伝子または遺伝子産物の特性を有する。野生型遺伝子または遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）は、集団内で最も頻繁に観察されるものであり、したがって遺伝子の任意に設計された「通常」または「野生型」の形態である。

融合タンパク質
本発明の実施形態は、概して、ヒトｐ９７（メラノトランスフェリン、ＭＴｆ）ポリペプチド配列、トラスツズマブ配列、またはそれらの抗原結合フラグメントを含む融合タンパク質、そのような融合タンパク質を含む抗体（すなわち、抗体融合物）、融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、融合タンパク質／抗体を生成する宿主細胞及び方法、ならびに関連する組成物及びその使用方法に関する。例示的なｐ９７ポリペプチド配列及びトラスツズマブ配列が下に記載される。ｐ９７ポリペプチド配列をトラスツズマブ配列に連結するための例示的方法、及びそのためのリンカーペプチド等の構成要素もまた記載される。

ｐ９７配列．ある特定の実施形態において、本発明の組成物及び／または融合タンパク質において使用されるｐ９７ポリペプチド配列は、下の表１に提供されるヒトｐ９７基準配列を含むか、それから本質的になるか、あるいはそれからなる。その基準配列の変異型及びフラグメントもまた含まれる。

一部の実施形態において、ｐ９７ポリペプチド配列は、表１のヒトｐ９７配列またはそのフラグメントと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性または相同性をその長さと共に有する配列を含む。

特定の実施形態において、ｐ９７ポリペプチド配列は、表１のヒトｐ９７配列のフラグメントを含む。ある特定の実施形態において、ｐ９７ポリペプチドのフラグメントは、長さが約、少なくとも約、または最大約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００。７００、７１０、７２０、７３０個以上のアミノ酸であり、その間の全ての整数及び範囲が含まれ、このフラグメントは、ｐ９７基準配列の配列の全てまたは一部を含み得る。

ある特定の実施形態において、ｐ９７ポリペプチドのフラグメントは、長さが約５〜７００、５〜６００、５〜５００、５〜４００、５〜３００、５〜２００、５〜１００、５〜５０、５〜４０、５〜３０、５〜２５、５〜２０、５〜１５、５〜１０、１０〜７００、１０〜６００、１０〜５００、１０〜４００、１０〜３００、１０〜２００、１０〜１００、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１０〜１５、２０〜７００、２０〜６００、２０〜５００、２０〜４００、２０〜３００、２０〜２００、２０〜１００、２０〜５０、２０〜４０、２０〜３０、２０〜２５、３０〜７００、３０〜６００、３０〜５００、３０〜４００、３０〜３００、３０〜２００、３０〜１００、３０〜５０、３０〜４０、４０〜７００、４０〜６００、４０〜５００、４０〜４００、４０〜３００、４０〜２００、４０〜１００、４０〜５０、５０〜７００、５０〜６００、５０〜５００、５０〜４００、５０〜３００、５０〜２００、５０〜１００、６０〜７００、６０〜６００、６０〜５００、６０〜４００、６０〜３００、６０〜２００、６０〜１００、６０〜７０、７０〜７００、７０〜６００、７０〜５００、７０〜４００、７０〜３００、７０〜２００、７０〜１００、７０〜８０、８０〜７００、８０〜６００、８０〜５００、８０〜４００、８０〜３００、８０〜２００、８０〜１００、８０〜９０、９０〜７００、９０〜６００、９０〜５００、９０〜４００、９０〜３００、９０〜２００、９０〜１００、１００〜７００、１００〜６００、１００〜５００、１００〜４００、１００〜３００、１００〜２５０、１００〜２００、１００〜１５０、２００〜７００、２００〜６００、２００〜５００、２００〜４００、２００〜３００、または２００〜２５０アミノ酸であり、ｐ９７基準配列の配列の全てまたは一部を含む。

ある特定の実施形態において、目的のｐ９７ポリペプチド配列は、ｐ９７アミノ酸配列、部分配列、及び／または血液脳関門を越えて、中枢神経系（ＣＮＳ）内に目的の薬剤を輸送するのに有効なｐ９７の変異型を含む。特定の実施形態において、変異型またはフラグメントは、ヒトｐ９７のＮローブ（配列番号１の残基２０〜３６１）を含む。特定の態様において、変異型またはフラグメントは、インタクトかつ機能性のＦｅ^３＋結合部位を含む。

一部の実施形態において、ｐ９７ポリペプチド配列は、ｐ９７ポリペプチドの可溶性形態（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔ Ｅｘｐ Ｐｕｒｉｆ．３４：２８−４８，２００４）、またはそのフラグメントもしくは変異型である。一部の態様において、可溶性ｐ９７ポリペプチドには、疎水性ドメイン（配列番号１の残基７１０〜７３８）の全てまたは一部の欠失が、単独で、あるいはシグナルペプチド（配列番号１の残基１〜１９）の全てまたは一部の欠失と共にある。特定の態様において、可溶性ｐ９７ポリペプチドは、配列番号２（配列番号１の残基２０〜７１１）（その変異型及びフラグメントを含む）を含むか、あるいはそれからなる。

一部の実施形態において、ｐ９７ポリペプチドは、配列ＤＳＳＨＡＦＴＬＤＥＬＲ（配列番号１４またはＭＴｆｐ）（その変異型及びフラグメントを含む）を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。一部の実施形態において、ＤＳＳＨＡＦＴＬＤＥＬＲ（配列番号１４）ペプチドは、Ｃ末端チロシン（Ｙ）を含む。

ある特定の実施形態、例えば、リポソームを用いる実施形態においては、ｐ９７ポリペプチド配列は、ｐ９７ポリペプチドの脂溶性形態である。例えば、ある特定のこれらの実施形態及び関連する実施形態は、疎水性ドメインの全てまたは一部を、任意選択でシグナルペプチドと共に、あるいはそれを伴わずに含む、ｐ９７ポリペプチドを含む。

ある特定の他の実施形態において、ｐ９７フラグメントまたは変異型は、ｐ９７受容体であるＬＲＰ１受容体及び／またはＬＲＰ１Ｂ受容体に対して特異的に結合可能である。

基準ｐ９７ポリペプチド及び他の基準ポリペプチドの変異型及びフラグメントについては、下においてより詳細に記載される。

トラスツズマブ配列．ある特定の実施形態において、本発明の融合タンパク質において使用されるトラスツズマブ抗体配列は、下の表２に例証されるトラスツズマブ軽鎖及び／または重鎖配列（複数可）を含むか、それから本質的になるか、あるいはそれからなる。

本明細書に記載されるトラスツズマブ重鎖及び軽鎖配列の抗原結合変異型及びフラグメントもまた含まれる。ある特定の実施形態において、トラスツズマブ抗体、その抗原結合フラグメント、または関連する融合タンパク質もしくは抗体融合物は、Ｈｅｒ２／ｎｅｕまたはそのエピトープもしくはフラグメントに特異的に結合する。

特定の実施形態において、トラスツズマブ重鎖フラグメント（複数可）、例えば重鎖フラグメントのＦｃ領域は、例えばノブインツーホール（ｋｎｏｂｓ−ｉｎｔｏ−ｈｏｌｅｓ）（ＫｉＨ）技法（例えば、Ｋｌｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ．４：６，６５３−６６３，２０１２を参照）または米国出願第２０１２／０１４９８７６号に記載されるもの等の他の技法を用いることで、好ましい連鎖結合を増加させるように修飾される。一例として、ヘテロ二量体の抗体融合物（例えば、１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合物及び１つの通常のトラスツズマブ重鎖を含む抗体、例えば図１Ｂ及び１Ｃを参照）の形成を増加するために、重鎖のうちの１つは、「ノブ」を生成するようなアミノ酸修飾を有することができ、他方の重鎖は、「ホール」を形成するようなアミノ酸修飾を有することができる。トラスツズマブ重鎖配列に対するＫｉＨ修飾の具体的な非限定的例が、上の表２に例証される。別の例として、１つの重鎖フラグメントは、Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｄ３９９Ｒ、Ｄ３９９（例えば、Ｄ３９９Ｒ、Ｄ３９９Ｗ、Ｄ３９９Ｙ、Ｄ３９９Ｋ）、Ｓ４００（例えば、Ｓ４００Ｅ、Ｓ４００Ｄ、Ｓ４００Ｒ、Ｓ４００Ｋ）、Ｆ４０５（例えば、Ｆ４０５１、Ｆ４０５Ｍ、Ｆ４０５Ｔ、Ｆ４０５Ｓ、Ｆ４０５Ｖ、Ｆ４０５Ｗ）、Ｙ４０７Ａ、Ｙ４０７１、Ｙ４０７Ｖのうちの１つ以上（それらの組み合わせを含む）から選択されるアミノ酸修飾を有するＣＨ３ドメインを含み得、他方は、Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｖ、Ｔ３６６Ｉ、Ｔ３６６Ｌ、Ｔ３６６Ｍ、Ｎ３９０（例えば、Ｎ３９０Ｒ、Ｎ３９０Ｋ、Ｎ３９０Ｄ）、Ｋ３９２（例えば、Ｋ３９２Ｖ、Ｋ３９２Ｍ、Ｋ３９２Ｒ、Ｋ３９２Ｌ、Ｋ３９２Ｆ、Ｋ３９２Ｅ）、Ｆ４０５（例えば、Ｆ４０５１、Ｆ４０５Ｍ、Ｆ４０５Ｔ、Ｆ４０５Ｓ、Ｆ４０５Ｖ、Ｆ４０５Ｗ）、Ｋ４０９Ｆ、Ｋ４０９Ｗ、及びＴ４１１（例えば、Ｔ４１１Ｎ、Ｔ４１１Ｒ、Ｔ４１１Ｑ、Ｔ４１１Ｋ、Ｔ４１１Ｄ、Ｔ４１１Ｅ、Ｔ４１１Ｗ）のうちの１つ以上（それらの組み合わせを含む）から選択されるアミノ酸修飾を有するＣＨ３ドメインを含み得る。（米国出願第２０１２／０１４９８７６号を参照、この出願はここにその全体が参照により組み込まれる）。

用語「抗原結合フラグメント」は、本明細書で使用する場合、目的の抗原に結合する免疫グロブリン重鎖及び／または軽鎖の少なくとも１つのＣＤＲを含むポリペプチドフラグメントを指す。この点において、本明細書に記載される抗体の抗原結合フラグメントは、治療上のまたは診断の標的に結合する抗体からの、ＶＨ及びＶＬ配列の１、２、３、４、５、または６つ全てのＣＤＲを含み得る。

用語「抗原」は、抗体等の選択的結合剤によって結合され得、加えて、その抗原のエピトープに結合可能な抗体を生成するために動物において使用され得る分子または分子の一部を指す。抗原は、１つ以上のエピトープを有し得る。

用語「エピトープ」は、免疫グロブリンまたはＴ細胞受容体に対する特異的結合が可能な、任意の決定因子、好ましくはポリペプチド決定因子を含む。エピトープは、抗体が結合する、抗原の領域である。ある特定の実施形態において、エピトープ決定因子は、アミノ酸等の分子の化学活性表面分類、糖側鎖、ホスホリル、またはスルホニルを含み、ある特定の実施形態においては、特定の三次元構造特性及び／または特定の電荷特性を有し得る。エピトープは、抗原の一次構造に対して隣接的または非隣接的であり得る。

抗体、その抗原結合フラグメントは、それが特定の細胞または物質と、それが代替的な細胞または物質と反応または会合するよりも、より頻繁に、より迅速に、より長い期間、かつ／またはより大きい親和性をもって反応または会合する場合、「特異的結合」または「優先結合」を提示すると言われる。抗体は、それが他の物質に結合するよりも、より大きな親和性、結合活性をもって、より容易に、かつ／またはより長い期間で結合する場合、標的と「特異的に結合する」、あるいは「優先的に結合する」。例えば、特定のエピトープと特異的または優先的に結合する抗体は、それが他のエピトープに結合するよりも、より大きな親和性、結合活性をもって、より容易に、かつ／またはより長い期間でその特定のエピトープに結合する抗体である。この定義を読むことで、例えば、第１の標的と特異的または優先的に結合する抗体（または部分もしくはエピトープ）は、第２の標的に対して特異的または優先的に結合する場合もあり、結合しない場合もあることもまた理解される。したがって、「特異的結合」または「優先結合」は、（含むことはできるが、）排他的結合を必ずしも必要とはしない。概して、しかし必ずしもそうではないが、結合への言及は優先結合を意味する。

免疫学的結合は概して、例えば、例証であって限定ではないが、静電気性、イオン性、親水性、及び／または疎水性の引力または斥力、立体的力、水素結合、ファンデルワールス力、ならびに他の相互作用に起因する、免疫グロブリン分子とその免疫グロブリンが特異的な抗原との間で発生する種類の非共有結合性の相互作用を指す。免疫学的結合相互作用の強度または親和性は、相互作用の解離定数（Ｋ_ｄ）に関して表すことができ、より小さいＫ_ｄは、より大きい親和性を表す。選択されるポリペプチドの免疫学的結合特性は、当分野において周知の方法を用いて定量化できる。そのような方法の１つは、抗原結合部位／抗原の複合体形成及び解離の速度を測定することを必然的に伴い、ここで、それらの速度は、複合体パートナーの濃度、相互作用の親和性、及び両方向の速度に等しく影響を及ぼす幾何パラメータに依存する。したがって、「オンレート定数」（Ｋ_ｏｎ）及び「オフレート定数」（Ｋ_ｏｆｆ）の両方を、濃度ならびに会合及び解離の実際の速度の計算によって決定することができる。Ｋ_ｏｆｆ／Ｋ_ｏｎの比は、親和性に関係しない全てのパラメータの相殺を可能にし、したがって解離定数Ｋ_ｄと等しい。

トラスツズマブ等のタンパク質、その抗原結合フラグメント、ならびに関連する融合タンパク質及び抗体融合物の免疫学的結合特性は、当分野において周知の方法を用いて定量化することができる（Ｄａｖｉｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５９：４３９−４７３，１９９０を参照）。一部の実施形態において、タンパク質は、平衡解離定数が約≦１０^−７または１０^−８Ｍであるとき、抗原またはそのエピトープに特異的に結合すると言われる。一部の実施形態において、タンパク質の平衡解離定数は、約≦１０^−９Ｍまたは≦１０^−１０Ｍである場合がある。ある特定の例証的実施形態において、タンパク質は、（そのタンパク質が特異的に結合する）本明細書に記載される抗原または標的に関して、少なくとも約０．０１、０．０５、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、または５０ｎＭの親和性（Ｋ_ｄ）を有する。

ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるような抗体及びそれらの抗原結合フラグメントは、ＣＤＲに支持を提供し、互いに対するＣＤＲの空間関係を画定する重鎖及び軽鎖のフレームワーク領域（ＦＲ）セット間にそれぞれ挿入される、重鎖及び軽鎖のＣＤＲセットを含む。本明細書で使用する場合、用語「ＣＤＲセット」は、重鎖または軽鎖Ｖ領域の３つの超可変領域を指す。重鎖または軽鎖のＮ末端から進んで、これらの領域は、それぞれ、「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、及び「ＣＤＲ３」と示される。それ故に、抗原結合部位は、重鎖及び軽鎖Ｖ領域のそれぞれからのＣＤＲセットを含むことで、６つのＣＤＲを含む。単一のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、またはＣＤＲ３）を含むポリペプチドは、本明細書において、「分子認識単位」と称される。いくつかの抗原−抗体複合体の結晶解析によって、ＣＤＲのアミノ酸残基は結合した抗原と広範囲で接触を形成し、最も広範な抗原との接触は重鎖ＣＤＲ３によるものであることが実証されている。したがって、分子認識単位は、抗原結合部位の特異性を主に担う。

本明細書で使用する場合、用語「ＦＲセット」は、重鎖または軽鎖Ｖ領域のＣＤＲセットのＣＤＲの枠組を作る４つの隣接するアミノ酸配列を指す。一部のＦＲ残基は結合した抗原と接触する場合があるが、ＦＲはＶ領域を抗原結合部位、特にＣＤＲに直接隣接するＦＲ残基へと折り畳むことを主に担う。ＦＲ内では、ある特定のアミノ残基及びある特定の構造的特色は、非常に高度に保存される。この点において、全てのＶ領域配列は、大体９０アミノ酸残基の内部ジスルフィドループを含む。Ｖ領域が結合部位へと折り畳まれるとき、ＣＤＲは、抗原結合表面を形成する突出したループモチーフとして広げられる。正確なＣＤＲアミノ酸配列に関わらず、ある特定の「正準的な」構造へと折り畳まれるＣＤＲループの形状に影響する、ＦＲの保存された構造的領域が存在することが一般的に認識される。更に、ある特定のＦＲ残基は、抗体の重鎖及び軽鎖の相互作用を安定化する非共有結合性のドメイン間接触に関与することが既知である。

免疫グロブリン可変ドメインの構造及び場所は、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ．ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ．１９８７、及びその最新版への参照によって決定することができる。

「モノクローナル抗体」は、均質な抗体集団を指し、モノクローナル抗体は、エピトープの選択的結合に関与するアミノ酸（天然型及び非天然型）で構成される。モノクローナル抗体は高度に特異的であり、単一のエピトープを対象とする。用語「モノクローナル抗体」は、インタクトなモノクローナル抗体及び完全長のモノクローナル抗体のみならず、それらのフラグメント（Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆｖ等）、一本鎖（ＳｃＦｖ）、それらの変異型、抗原結合部分を含む融合タンパク質、ヒト化モノクローナル抗体、キメラモノクローナル抗体、ならびにエピトープと結合するのに必要とされる特異性及び能力の抗原結合フラグメント（エピトープ認識部位）を含む免疫グロブリン分子の任意の他の修飾された構成を包括する。抗体の源または抗体が作製される様式（例えば、ハイブリドーマ、ファージ選択、組換え発現、遺伝子導入動物による）に関して限定されることは意図しない。この用語は、「抗体」の定義の元に上に記載された、免疫グロブリン全体ならびにフラグメント等を含む。

タンパク質分解酵素であるパパインは、ＩｇＧ分子を優先的に切断していくつかのフラグメントを生み出し、これらのうちの２つ（Ｆ（ａｂ）フラグメント）はそれぞれ、インタクトな抗原結合部位を含む共有結合性のヘテロ二量体を含む。酵素ペプシンは、ＩｇＧ分子を切断していくつかのフラグメントを提供することができ、これらのフラグメントには、両方の抗原結合部位を含むＦ（ａｂ’）_２フラグメントが含まれる。本発明のある特定の実施形態による使用のためのＦｖフラグメントは、ＩｇＭの優先的タンパク質切断によって、ならびに時によれば、ＩｇＧまたはＩｇＡ免疫グロブリン分子の優先的タンパク質切断によって生成することができる。しかしながら、Ｆｖフラグメントは、より一般的には当分野において既知の組換え技法を用いて誘導される。Ｆｖフラグメントは、天然抗体分子の抗原認識及び結合能力の多くを保持する抗原結合部位を含む、非共有結合性のＶ_Ｈ：：Ｖ_Ｌヘテロ二量体を含む。Ｉｎｂａｒ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．６９：２６５９−２６６２，１９７２、Ｈｏｃｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．１５：２７０６−２７１０，１９７６、及びＥｈｒｌｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９：４０９１−４０９６，１９８０を参照されたい。

ある特定の実施形態において、一本鎖ＦｖまたはｓｃＦＶ抗体が企図される。例えば、κ体（Ｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．１０：９４９−５７，１９９７）、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）（Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ １３：５３０５−９，１９９４）、二特異性抗体（Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ９０：６４４４−８，１９９３）、またはジャヌシン（Ｊａｎｕｓｉｎ）（Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ １０：３６５５−５９，１９９１及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ Ｓｕｐｐｌ．７：５１−５２，１９９２）は、所望の特異性を有する抗体の選択に関する本出願の教示に従って、標準的な分子生物学の技法を用いて調製することができる。

一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ポリペプチドは、ペプチドをコードするリンカーによって連結される、Ｖ_Ｈをコードする遺伝子及びＶ_Ｌをコードする遺伝子を含む遺伝子融合から発現される、共有結合的に連結したＶ_Ｈ：：Ｖ_Ｌヘテロ二量体である。Ｈｕｓｔｏｎら（ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８５（１６）：５８７９−５８８３，１９８８）。抗体のＶ領域からの、自然には凝集しているが化学的には分離している軽ポリペプチド鎖及び重ポリペプチド鎖を、抗原結合部位の構造に実質的には類似する三次元構造へと折り畳まれることになるｓＦｖ分子へと変換するために、化学構造を識別するためのいくつかの方法が説明されている。例えば、Ｈｕｓｔｏｎらへの米国特許第５，０９１，５１３号及び同第５，１３２，４０５号、ならびにＬａｄｎｅｒらへの米国特許第４，９４６，７７８号を参照されたい。

ある特定の実施形態において、抗体またはその抗原結合フラグメントはヒト化される。これらの実施形態は、組換え技法を用いて一般的には調製され、非ヒト種からの免疫グロブリンに由来する抗原結合部位と、ヒト免疫グロブリンの構造及び／または配列に基づく、分子の残りの免疫グロブリン構造とを有する、キメラ分子を指す。抗原結合部位は、定常ドメイン上に融合した完全な可変ドメイン、または可変ドメイン内の適切なフレームワーク領域上にグラフトされたＣＤＲのみのいずれを含んでもよい。エピトープ結合部位は、野生型であっても、１つ以上のアミノ酸置換で修飾されてもよい。これは、ヒト個体における免疫原としての定常領域を排除するが、異物の可変領域への免疫応答の可能性は残る（ＬｏＢｕｇｌｉｏ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８６：４２２０−４２２４，１９８９、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８６：１００２９−１００３３，１９８８、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．３３２：３２３−３２７，１９８８）。抗体のヒト化のための例証的方法としては、米国特許第７，４６２，６９７号に記載される方法が挙げられる。

別の手法は、ヒト由来の定常領域を提供することだけでなく、可変領域をヒト形態に可能な限り近付けて再形成するようにそれらを修飾することにも焦点を当てている。重鎖及び軽鎖両方の可変領域は、問題のエピトープに応じて異なり、結合能力を決定する３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含み、これらのＣＤＲには、所与の種において相対的に保存的であり、推定的にはＣＤＲのための足場を提供する４つのフレームワーク領域（ＦＲ）が隣接する。非ヒト抗体を特定のエピトープに関して調製するとき、可変領域は、修飾されるヒト抗体中に存在するＦＲ上に非ヒト抗体由来のＣＤＲをグラフトすることによって「再形成」または「ヒト化」することができる。様々な抗体に対するこの手法の適用は、Ｓａｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：８５１−８５６，１９９３、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２７，１９８８、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４−１５３６，１９８８、Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．４：７７３−３７８３，１９９１、Ｍａｅｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ ２：１２４−１３４，１９９１、Ｇｏｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８８：４１８１−４１８５，１９９１、Ｔｅｍｐｅｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：２６６−２７１，１９９１、Ｃｏ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８８：２８６９−２８７３，１９９１、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８９：４２８５−４２８９，１９９２、及びＣｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：１１４９−１１５４，１９９２で報告されている。一部の実施形態において、ヒト化抗体は、全てのＣＤＲ配列を保存する（例えば、マウス抗体からの６つのＣＤＲを全て含む、ヒト化マウス抗体）。他の実施形態において、ヒト化抗体は、元々の抗体に関して改変した１つ以上のＣＤＲ（１、２、３、４、５、６つ）を有し、これらのＣＤＲはまた、元々の抗体からの１つ以上のＣＤＲ「由来の」１つ以上のＣＤＲとも称される。

リンカー．上述されるように、ある特定の融合タンパク質は、ペプチドリンカーを含む、１つ以上のリンカー基を用いてもよい。そのようなリンカーは、安定したリンカーまたは解放可能なリンカーであり得る。

例えば、ポリペプチド−ポリペプチド抱合体に関して、ペプチドリンカーは、各ポリペプチドがその二次構造及び三次構造へと折り畳まれることを確実にするのに十分な距離で、構成要素を分離し得る。そのようなペプチドリンカー配列は、本明細書に記載され、当分野において周知の標準的な技法を用いて融合タンパク質に組み込むことができる。好適なペプチドリンカー配列は、以下の因子：（１）それらの配列の、柔軟で拡張された立体構造をとる能力、（２）それらの配列の、第１及び第２のポリペプチド上の機能性エピトープと相互作用し得る二次構造をとる能力の欠如、ならびに（３）ポリペプチドの機能性エピトープと反応し得る疎水性または荷電残基の欠如に基づいて選択され得る。リンカーとして有用に用いることができるアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ ４０：３９−４６，１９８５、Ｍｕｒｐｈｙ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：８２５８−８２６２，１９８６、米国特許第４，９３５，２３３号、及び米国特許第４，７５１，１８０号において開示されるものが挙げられる。

ある特定の例証的実施形態において、ペプチドリンカーは、約１〜５アミノ酸、５〜１０アミノ酸、５〜２５アミノ酸、５〜５０アミノ酸、１０〜２５アミノ酸、１０〜５０アミノ酸、１０〜１００アミノ酸、または任意の介在する範囲のアミノ酸である。他の例証的実施形態において、ペプチドリンカーは、長さが、約１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０以上のアミノ酸を含む。特定のリンカーは、約１〜２００アミノ酸、１〜１５０アミノ酸、１〜１００アミノ酸、１〜９０アミノ酸、１〜８０アミノ酸、１〜７０アミノ酸、１〜６０アミノ酸、１〜５０アミノ酸、１〜４０アミノ酸、１〜３０アミノ酸、１〜２０アミノ酸、１〜１０アミノ酸、１〜５アミノ酸、１〜４アミノ酸、１〜３アミノ酸の全体的なアミノ酸長、または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、６０、７０、８０、９０、１００個以上のアミノ酸を有し得る。

ペプチドリンカーは、本明細書の他の場所に記載され、当分野において既知の、任意の１つ以上の天然型アミノ酸、非天然型アミノ酸、アミノ酸類似体、及び／またはアミノ酸模倣物を用いてもよい。リンカーとして有用に用いることができる、ある特定のアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ ４０：３９−４６，１９８５、Ｍｕｒｐｈｙ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８３：８２５８−８２６２，１９８６、米国特許第４，９３５，２３３号、及び米国特許第４，７５１，１８０号において開示されるものが挙げられる。特定のペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、及び／またはＡｓｎ残基を含む。他のＴｈｒ及びＡｌａ等のほぼ中性のアミノ酸もまた、所望される場合、ペプチドリンカー配列において用いることができる。

ある特定の例示的リンカーは、以下のような、［Ｇ］_ｘ、［Ｓ］_ｘ、［Ｎ］_ｘ、［ＧＳ］_ｘ、［ＧＧＳ］_ｘ、［ＧＳＳ］_ｘ、［ＧＳＧＳ］_ｘ（配列番号４７）、［ＧＧＳＧ］_ｘ（配列番号４８）、［ＧＧＧＳ］_ｘ（配列番号４９）、［ＧＧＧＧＳ］_ｘ（配列番号５０）、［ＧＮ］_ｘ、［ＧＧＮ］_ｘ、［ＧＮＮ］_ｘ、［ＧＮＧＮ］_ｘ（配列番号５１）、［ＧＧＮＧ］_ｘ（配列番号５２）、［ＧＧＧＮ］_ｘ（配列番号５３）、［ＧＧＧＧＮ］_ｘ（配列番号５４）リンカーであって、_ｘが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０以上である、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、及び／またはＡｓｎを含むリンカーを含む。これら及び関連するアミノ酸の他の組み合わせは、当業者には明らかであろう。特定の実施形態において、リンカーは、［ＧＧＧＧＳ］_３（配列番号５５）配列、またはＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号５５）を含むか、あるいはそれからなる。

特定の実施形態において、リンカー配列は、３つのグリシン残基を含むＧｌｙ３リンカー配列を含む。特定の実施形態において、柔軟なリンカーは、ＤＮＡ結合部位及びペプチド自体の両方をモデル化可能なコンピュータプログラム（Ｄｅｓｊａｒｌａｉｓ ＆ Ｂｅｒｇ，ＰＮＡＳ．９０：２２５６−２２６０，１９９３、及びＰＮＡＳ．９１：１１０９９−１１１０３，１９９４）、またはファージディスプレイ法を用いて合理的に設計することができる。

ペプチドリンカーは、生理学的に安定であってもよく、生理学的に分解可能であるか、あるいは酵素的に分解可能なリンカー等の解放可能なリンカー（例えば、タンパク質切断可能なリンカー）を含んでもよい。ある特定の実施形態において、１つ以上の解放可能なリンカーは、より短い半減期と、より迅速な抱合体の除去を結果としてもたらし得る。これら及び関連する実施形態は、例えば、血流中のｐ９７抱合体の溶解度及び血液循環寿命を増進しながら、一方で、リンカーの分解後にｐ９７配列を実質的に含まない血流中への（あるいはＢＢＢを越えて）薬剤の送達も行うために使用することができる。これらの態様は、ポリペプチドまたは他の薬剤が、ｐ９７配列に対して永続的に抱合したとき低減された活性を示す場合に特に有用である。本明細書に提供されるリンカーを使用することで、そのような抗体は、抱合形態のときでもそれらの治療上の活性を維持することができる。これら及び他の方法で、ｐ９７抱合体の特性は、生物活性と抗体の循環半減期とで経時的にバランスを取るように、より効果的に適合させることができる。

本発明の特定の実施形態における使用にとって好適な、酵素的に分解可能なリンケージとしては、限定されるものではないが、トロンビン、キモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カリクレイン、またはサブスチリシン（ｓｕｂｓｔｉｌｉｓｉｎ）等のセリンプロテアーゼによって切断されるアミノ酸配列が挙げられる。トロンビン切断可能なアミノ酸配列の例証的例としては、限定されるものではないが、−Ｇｌｙ−Ａｒｇ−Ｇｌｙ−Ａｓｐ−（配列番号５６）、−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ａｒｇ−、−Ｇｌｙ−Ａｒｇ−Ｇｌｙ−Ａｓｐ−Ａｓｎ−Ｐｒｏ−（配列番号５７）、−Ｇｌｙ−Ａｒｇ−Ｇｌｙ−Ａｓｐ−Ｓｅｒ−（配列番号５８）、−Ｇｌｙ−Ａｒｇ−Ｇｌｙ−Ａｓｐ−Ｓｅｒ−Ｐｒｏ−Ｌｙｓ−（配列番号５９）、−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ａｒｇ−、−Ｖａｌ−Ｐｒｏ−Ａｒｇ−、及び−Ｐｈｅ−Ｖａｌ−Ａｒｇ−が挙げられる。エラスターゼ切断可能なアミノ酸配列の例証的例としては、限定されるものではないが、−Ａｌａ−Ａｌａ−Ａｌａ−、−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−（配列番号６０）、−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−（配列番号６１）、−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｐｈｅ−（配列番号６２）、−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ａｌａ−（配列番号６３）、及び−Ａｌａ−Ｔｙｒ−Ｌｅｕ−Ｖａｌ−（配列番号６４）が挙げられる。

本発明の特定の実施形態における使用にとって好適な、酵素的に分解可能なリンケージとしてはまた、コラゲナーゼ、ストロメライシン、及びゼラチナーゼ等のマトリックスメタロプロテアーゼによって切断され得るアミノ酸配列が挙げられる。マトリックスメタロプロテアーゼ切断可能なアミノ酸配列の例証的例としては、限定されるものではないが、−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｙ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｚ−（配列番号６５）、−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−、Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｚ−（配列番号６６）、−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｉｌｅ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｚ−（配列番号６７）、及び−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｚ−（配列番号６８）であって、Ｙ及びＺがアミノ酸であるものが挙げられる。コラゲナーゼ切断可能なアミノ酸配列の例証的例としては、限定されるものではないが、−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｄ−Ａｒｇ−Ｚ−（配列番号６９）、−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−Ｚ−（配列番号７０）、−Ｐｒｏ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−Ｉｌｅ−Ａｌａ−Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−（配列番号７１）、−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−Ｃｙｓ（Ｍｅ）−Ｈｉｓ−（配列番号７２）、−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｔｙｒ−Ａｌａ−（配列番号７３）、−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−Ｌｅｕ−Ｔｒｐ−Ａｌａ−Ａｒｇ−（配列番号７４）、及び−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−Ｔｙｒ−Ｔｒｐ−Ａｌａ−Ａｒｇ−（配列番号７５）であって、Ｚがアミノ酸であるものが挙げられる。ストロメライシン切断可能なアミノ酸配列の例証的例は、−Ｐｒｏ−Ｔｙｒ−Ａｌａ−Ｔｙｒ−Ｔｙｒ−Ｍｅｔ−Ａｒｇ−（配列番号７６）であり、ゼラチナーゼ切断可能なアミノ酸配列の例は、−Ｐｒｏ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−Ｍｅｔ−Ｔｙｒ−Ｓｅｒ−Ａｒｇ−（配列番号７７）である。

本発明の特定の実施形態における使用にとって好適な、酵素的に分解可能なリンケージとしてはまた、例えば、−Ａｓｐ−Ｌｙｓ−Ｐｒｏ−、−Ｇｌｙ−Ａｓｐ−Ｌｙｓ−Ｐｒｏ−（配列番号７８）、及び−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ−Ａｓｐ−Ｌｙｓ−Ｐｒｏ−（配列番号７９）等のアンジオテンシン変換酵素によって切断され得るアミノ酸配列が挙げられる。

本発明の特定の実施形態における使用にとって好適な、酵素的に分解可能なリンケージとしてはまた、例えば、−Ｖａｌ−Ｃｉｔ−、−Ａｌａ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−Ｌｅｕ−（配列番号８０）、−Ｇｌｙ−Ｐｈｅ−Ｌｅｕ−Ｇｌｙ−（配列番号８１）、及び−Ｐｈｅ−Ｌｙｓ−等のカテプシンＢによって分解され得るアミノ酸配列が挙げられる。

一部の実施形態において、リンカーは、１２５（配列番号１２４）（そのフラグメント及び変異型を含む）を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。

しかしながら、ある特定の実施形態においては、任意の１つ以上の非ペプチドまたはペプチドリンカーが、任意選択である。例えば、リンカー配列は、機能性ドメインを分離し、立体障害を防止するのに使用できる非本質的なＮ末端及び／またはＣ末端アミノ酸領域を第１及び第２のポリペプチドが有する場合、融合たんぱく質において必要でない場合がある。

融合タンパク質及び抗体融合物ある特定の実施形態は、トラスツズマブ重鎖または軽鎖配列等のトラスツズマブポリペプチド配列と融合したｐ９７ポリペプチド配列を含む融合タンパク質、及びそれを含む抗体融合物に関する。「抗体融合物」は、１つ以上のｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質と、任意選択で、１つ以上の非融合トラスツズマブ配列、すなわちトラスツズマブ軽鎖もしくは重鎖配列、またはｐ９７配列と融合していないその変異型／フラグメントとを含む、抗体または抗体様免疫グロブリン分子を指す。一部の事例において、抗体融合物は、本明細書に記載される軽／重鎖配列及び／または融合タンパク質配列のうちのいずれかから個々に選択される、２つの軽鎖配列及び２つの重鎖配列を含む。一部の事例において、抗体融合物は、本明細書に記載される軽／重鎖配列及び／または融合タンパク質配列のうちのいずれかから個々に選択される、１つの軽鎖配列及び２つの重鎖配列を含む。

ｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質の具体的な非限定的例が、下の表３、ならびに表Ｅ１に例証される（実施例を参照）。

ある特定の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。特定の実施形態において、ｐ９７配列は、例えば配列番号２またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなるヒト可溶性ｐ９７である。一部の実施形態において、ｐ９７配列は、配列番号１４またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなる。一部の実施形態において、トラスツズマブ重鎖配列は、配列番号２９〜３５もしくは１２２、またはその変異型／フラグメントから選択される。任意選択で、融合タンパク質は、ｐ９７配列とトラスツズマブ配列との間にペプチドリンカーを含む。特定の実施形態において、リンカーは、（ＧＧＧＧＳ）_２もしくは（ＧＧＧＧＳ）_３リンカー、またはＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫ（配列番号１２４）リンカーである。特定の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、配列番号３７（可溶性ｐ９７のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖）またはその変異型／フラグメントを含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。特定の実施形態において、リンカーは（ＧＧＧＧＳ）_３リンカーであり、融合タンパク質は、任意選択で、配列番号３８（可溶性ヒトｐ９７のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖であり、（ＧＧＧＧＳ）_３リンカーによって分離される）またはその変異型／フラグメントを含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。他の組み合わせは、当業者には明らかであろう。

一部の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。特定の実施形態において、ｐ９７配列は、例えば配列番号２またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなるヒト可溶性ｐ９７である。一部の実施形態において、ｐ９７配列は、配列番号１４またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなる。一部の実施形態において、トラスツズマブ重鎖配列は、配列番号２９〜３５もしくは１２２、またはその変異型／フラグメントから選択される。一部の実施形態において、トラスツズマブ重鎖配列は、配列番号３１〜３３もしくは３４、またはその変異型／フラグメントのポリペプチドを含む切断型配列である。特定の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、配列番号３９、４１、４３、もしくは４５（可溶性ヒトｐ９７のＣ末端に融合した切断型トラスツズマブ重鎖）またはその変異型／フラグメントを含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。任意選択で、融合タンパク質は、ｐ９７配列とトラスツズマブ配列との間にペプチドリンカーを含む。特定の実施形態において、リンカーは、（ＧＧＧＧＳ）_２もしくは（ＧＧＧＧＳ）_３リンカー、またはＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫ（配列番号１２４）リンカーである。特定の実施形態において、リンカーは（ＧＧＧＧＳ）_３リンカーであり、融合タンパク質は、任意選択で、配列番号４０、４２、４４、もしくは４６（可溶性ヒトｐ９７のＣ末端に融合した切断型トラスツズマブ重鎖であり、（ＧＧＧＧＳ）_３リンカーによって分離される）またはその変異型／フラグメントを含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。

一部の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質は、配列番号３７〜４６及び９６〜１０９、またはその変異型／フラグメントから選択されるポリペプチド配列を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。。

他の組み合わせは、当業者には明らかであろう。

ｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質もまた含まれる。ｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質の具体的な非限定的例が、下の表４、ならびに表Ｅ１に例証される（実施例を参照）。

一部の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖配列を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。特定の実施形態において、ｐ９７配列は、例えば配列番号２またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなるヒト可溶性ｐ９７である。一部の実施形態において、ｐ９７配列は、配列番号１４またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなる。一部の実施形態において、トラスツズマブ軽鎖配列は、配列番号３６もしくは１２３、またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなる。特定の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、配列番号１１０〜１１５（ｐ９７ｐｅｐのＮ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖）から選択される配列、またはその変異型／フラグメントを含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。任意選択で、融合タンパク質は、例えば、配列番号１１１〜１１２または１１４〜１１５に例証されるように、ｐ９７とトラスツズマブ配列との間にペプチドリンカーを含む。特定の実施形態において、リンカーは、（ＧＧＧＧＳ）_２もしくは（ＧＧＧＧＳ）_３リンカー、またはＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫ（配列番号１２４）リンカーである。他の組み合わせは、当業者には明らかであろう。

一部の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖配列を含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。特定の実施形態において、ｐ９７配列は、例えば配列番号２またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなるヒト可溶性ｐ９７である。一部の実施形態において、ｐ９７配列は、配列番号１４またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなる。一部の実施形態において、トラスツズマブ軽鎖配列は、配列番号３６もしくは１２３、またはその変異型／フラグメントを含むか、あるいはそれからなる。特定の実施形態において、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質は、配列番号１１６〜１２１（ｐ９７ｐのＣ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖）またはその変異型／フラグメントを含むか、それからなるか、あるいはそれから本質的になる。任意選択で、融合タンパク質は、例えば、配列番号１１７〜１１８及び１２０〜１２１に例証されるように、ｐ９７配列とトラスツズマブ配列との間にペプチドリンカーを含む。特定の実施形態において、リンカーは、（ＧＧＧＧＳ）_２もしくは（ＧＧＧＧＳ）_３リンカー、またはＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫＥＡＡＡＫ（配列番号１２４）リンカーである。他の組み合わせは、当業者には明らかであろう。

本明細書に記載される１つ以上のｐ９７−トラスツズマブ重鎖または軽鎖融合タンパク質を含む、ｐ９７−抗体融合タンパク質もまた含まれる。特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、２つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖配列と、本明細書に記載される１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、この１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、同一のｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質を含むホモ二量体の抗体融合物を含む、２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質を含む（例えば、図１Ａ及び１Ｅを参照）。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質を含む（例えば、図１Ｂを参照）。

一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、１つまたは２つのトラスツズマブ軽鎖配列と、１つのトラスツズマブ重鎖配列と、本明細書に記載される１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、ｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、１つのトラスツズマブ軽鎖配列と、１つのトラスツズマブ重鎖配列と、切断型トラスツズマブ重鎖を有する１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含む（例えば、図１Ｃを参照）。

一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、２つのトラスツズマブ軽鎖配列と、本明細書に記載される２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、このｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む（例えば、図１Ｄを参照）。

一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、本明細書に記載される２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質と、本明細書に記載される２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質とを含み、このｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含み、かつこのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む（例えば、図１Ｆを参照）。

一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、本明細書に記載される１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質と、２つのトラスツズマブ重鎖配列とを含み、この１つまたは２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質は、ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ軽鎖と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、本明細書に記載される２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質を含む（例えば、図１Ｇを参照）。

特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、重鎖及び軽鎖の１つまたは２つのセットを含み、このセットは、以下、
ａ）配列番号８２の重鎖及び配列番号８３の軽鎖、
ｂ）配列番号８４の重鎖及び配列番号８５の軽鎖、
ｃ）配列番号８６の重鎖及び配列番号８７の軽鎖、
ｄ）配列番号８８の重鎖及び配列番号８９の軽鎖、
ｅ）配列番号９０の重鎖及び配列番号９１の軽鎖、
ｆ）配列番号９２の重鎖及び配列番号９３の軽鎖、
ｇ）配列番号９４の重鎖及び配列番号９５の軽鎖、
（それらのフラグメント／変異型を含む）のうちの１つ以上から選択される。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、ａ）の２つのセット、ｂ）の２つのセット、ｃ）の２つのセット、ｄ）の２つのセット、ｅ）の２つのセット、ｆ）の２つのセット、またはｇ）の２つのセットを含むホモ二量体である。特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、上記のａ）〜ｇ）から選択される重鎖及び軽鎖のセットのうちの第１のセット、本明細書に記載されるｐ９７−トラスツズマブ重鎖もしくは軽鎖の任意の組み合わせで構成される重鎖及び軽鎖の第２のセット（例えば、上記のａ）〜ｇ）、配列番号３７〜４６、９６〜１０９、及び１１０〜１２１）、ならびに／またはトラスツズマブ（非融合）重鎖及び軽鎖のうちのいずれか（例えば、配列番号２９〜３５もしくは１２２（重鎖）及び３６もしくは１２３（軽鎖））を含むヘテロ二量体である。

ｐ９７−抗体融合物の非限定的例が、図１Ａ〜１Ｇに図示される。図１Ａは、２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質、及び２つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖から構成される、抗体融合物を図示する。図１Ｂは、１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質、１つの（非融合）トラスツズマブ重鎖、及び２つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖から構成される、抗体融合物を図示する。図１Ｃは、１つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質（切断型トラスツズマブ重鎖を有する）、１つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖、及び１つの（非融合）トラスツズマブ重鎖から構成される、抗体融合タンパク質を図示する。図１Ｄ及び１Ｅは、２つのｐ９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質、及び２つの（非融合）トラスツズマブ軽鎖から構成される、抗体融合物を図示する。図１Ｆは、２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質、及び２つの９７−トラスツズマブ重鎖融合タンパク質から構成される、抗体融合物を図示する。図１Ｇは、２つのｐ９７−トラスツズマブ軽鎖融合タンパク質、及び２つの（非融合）トラスツズマブ重鎖配列から構成される、抗体融合物を図示する。本明細書に記載される抗体融合物のいずれにおいても、軽鎖／重鎖の第１のセットは、軽鎖／重鎖の第２のセットと同一であっても異なっていてもよい。

一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、例えば、重鎖及び／または軽鎖の２つの同一のセットで構成されるホモ二量体であるが、重鎖及び／または軽鎖のうちの少なくとも一方は、ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質である。一部の実施形態において、ｐ９７−抗体融合物は、例えば、重鎖及び／または軽鎖の第１のセットと、重鎖／軽鎖の第２のセットとで構成されるヘテロ二量体であり、この第１のセットは、少なくとも１つの重鎖及び／または軽鎖ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質を含み、第２のセットは、トラスツズマブのみの重鎖及び／または軽鎖配列を含む。

他の組み合わせは、当業者には明らかであろう。したがって、本明細書に記載されるｐ９７配列のうちのいずれかを、本明細書に記載されるトラスツズマブ配列のうちのいずれかと組み合わせて、所望のｐ９７−トラスツズマブ軽鎖または重鎖融合タンパク質を生成することができ、任意のそのような融合タンパク質を、同一のもしくは異なる融合タンパク質（複数可）、またはトラスツズマブ重鎖もしくは軽鎖配列のうちのいずれかと組み合わせて、所望の抗体融合物を生成することができる。

ある特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、ヒトＨＥＲ２／ｎｅｕ受容体に対して特異的に結合する。特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、ヒトＨＥＲ２／ｎｅｕ受容体の細胞外セグメントのドメインＩＶに対して特異的に結合する（Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．４２１：７５６−７６０，２００３を参照）。特定の実施形態において、ｐ９７−抗体融合タンパク質は、ＨＥＲ２／ｎｅｕ受容体アンタゴニストである。

本明細書に記載される融合タンパク質及び抗体融合物の機能性は、例えば、親和性／結合アッセイ（例えば、表面プラズモン共鳴、競合阻害アッセイ）、インビトロまたはインビボモデルを用いた、細胞傷害性アッセイ、細胞生存率アッセイ、細胞増殖もしくは分化アッセイ、癌細胞及び／もしくは腫瘍成長阻害を含む、当業者に既知の様々な方法を用いて評価することができる。例えば、本明細書に記載される融合タンパク質は、血液脳関門を越える輸送の速度を含む、受容体内在化への効果、インビトロ及びインビボ有効性等について試験することができる。そのようなアッセイは、当業者に既知の確立したプロトコル（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌ．Ａｓｓｏｃ．Ｉｎｃ．＆ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ，ＮＹ）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ：Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ａｄａ Ｍ． Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ，Ｄａｖｉｄ Ｈ．Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，Ｅｔｈａｎ Ｍ．Ｓｈｅｖａｃｈ，Ｗａｒｒｅｎ Ｓｔｒｏｂｅｒ ２００１ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ，ＮＹ）を参照、または市販のキットを用いて実行し得る。

変異型配列．ある特定の実施形態は、名称で記載されるか、あるいは配列識別子への参照で記載されるかに関わらず、ｐ９７配列及びトラスツズマブ配列を含む（例えば、配列一覧を参照）、本明細書に記載される基準ポリペプチド及びポリヌクレオチド配列の変異型を含む。これらのポリペプチドの野生型配列または最も普及している配列は当分野において既知であり、本明細書に記載される変異型及びフラグメントに対する比較として使用することができる。

「変異型」配列は、本明細書において使用される用語としては、本明細書に開示される基準配列とは１つ以上の置換、欠失（例えば、トランケーション）、付加、及び／または挿入によって異なるポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列を指す。したがって、ある特定の変異型は、本明細書に記載される基準配列のフラグメントを含む。変異型ポリペプチドは生物学的に活性であり、すなわち、それらは、基準ポリペプチドの酵素活性または結合活性を保有し続けている。そのような変異型は、例えば、遺伝的多型性及び／または人間による操作の結果としてもたらされ得る。

多くの事例において、生物学的に活性な変異型は、１つ以上の保存的置換を含むことになる。「保存的置換」は、ペプチド化学の分野の当業者が、ポリペプチドの二次構造及び疎水性親水性の性質が実質的に変化しないと予期するような、あるアミノ酸による類似の特性を有する別のアミノ酸との置換である。上に記載されるように、修飾は、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの構造内において行ってもよく、望ましい特性をもつ変異型または誘導体ポリペプチドをコードする機能分子を得ることができる。本発明のポリペプチドの等価物、または更に改善された変異型もしくは部分を作製するためにポリペプチドのアミノ酸配列を改変することが所望されるとき、当業者ならば、典型的には、下の表Ａに従ってコード化ＤＮＡ配列のコドンのうちの１つ以上を変更することになる。

例えば、ある特定のアミノ酸は、例えば、抗体の抗原結合領域または基材分子上の結合部位等の構造との相互作用的結合能の明らかな損失を伴わずに、タンパク質構造内で他のアミノ酸と置換することができる。タンパク質の生物学的機能活性を画定するのはそのタンパク質の相互作用的能力及び性質であるため、ある特定のアミノ酸配列の置換を、タンパク質構造、及び当然その基礎をなすＤＮＡコード配列において行うことができ、それでも、同様の特性を持つタンパク質を得ることができる。したがって、開示される組成物のペプチド配列、または該ペプチドをそれらの有用性の明らかな損失を伴わずにコードする、対応するＤＮＡ配列において、様々な変更を行い得ることが企図される。

そのような変更を行う際、アミノ酸の疎水性親水性指標を考慮してもよい。相互作用の生物学的機能をタンパク質に与える際の、アミノ酸の疎水性親水性指標の重要性は、当分野において一般的に理解されている（Ｋｙｔｅ ＆ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，１９８２、参照により本明細書に組み込まれる）。アミノ酸の相対的な疎水性親水性特性が、結果として得られるタンパク質の二次構造に寄与し、ひいてはそのタンパク質の他の分子、例えば、酵素、基材、受容体、ＤＮＡ、抗体、抗原等との相互作用を画定することが認められている。各アミノ酸は、その疎水性及び電荷特性に基づく疎水性親水性指標を割り当てられている（Ｋｙｔｅ ＆ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，１９８２）。それらの値は、イソロイシン（＋４．５）、バリン（＋４．２）、ロイシン（＋３．８）、フェニルアラニン（＋２．８）、システイン（＋２．５）、メチオニン（＋１．９）、アラニン（＋１．８）、グリシン（−０．４）、トレオニン（−０．７）、セリン（−０．８）、トリプトファン（−０．９）、チロシン（−１．３）、プロリン（−１．６）、ヒスチジン（−３．２）、グルタメート（−３．５）、グルタミン（−３．５）、アスパルテート（−３．５）、アスパラギン（−３．５）、リジン（−３．９）、及びアルギニン（−４．５）である。ある特定のアミノ酸は、類似の疎水性親水性指標またはスコアを有する他のアミノ酸で置換してもよく、それでも類似の生物学的活性をもつタンパク質を結果としてもたらす、すなわちそれでも生物学的に機能性が等価であるタンパク質を得られることが、当分野において既知である。そのような変更を行う際、その疎水性親水性指標が±２以内であるアミノ酸の置換が好ましく、±１以内のものが特に好ましく、±０．５以内のものが更に一層、特に好ましい。

類似するアミノ酸の置換は、親水性ベースでも有効に行えることがまた、当分野において理解されている。米国特許第４，５５４，１０１号（その全体が参照により本明細書に明確に組み込まれる）は、タンパク質の最大の局所平均親水性は、その隣接するアミノ酸の親水性によって決定されるが、そのタンパク質の生物学的特性と相関関係にあると述べている。米国特許第４，５５４，１０１号に詳述されているように、以下の親水性値、アルギニン（＋３．０）、リジン（＋３．０）、アスパルテート（＋３．０±１）、グルタメート（＋３．０±１）、セリン（＋０．３）、アスパラギン（＋０．２）、グルタミン（＋０．２）、グリシン（０）、スレオニン（−０．４）、プロリン（−０．５±１）、アラニン（−０．５）、ヒスチジン（−０．５）、システイン（−１．０）、メチオニン（−１．３）、バリン（−１．５）、ロイシン（−１．８）、イソロイシン（−１．８）、チロシン（−２．３）、フェニルアラニン（−２．５）、及びトリプトファン（−３．４）がアミノ酸残基に割り当てられている。アミノ酸は、類似する親水性値を有する別のアミノ酸と置換することができ、それでも、生物学的に等価であり、具体的には、免疫学的に等価であるタンパク質を得られることが理解されている。そのような変更の際、その親水性値が±２以内であるアミノ酸の置換が好ましく、±１以内のものが特に好ましく、±０．５以内のものが更に一層、特に好ましい。

それ故に、上に概説されるように、アミノ酸置換は概して、アミノ酸側鎖置換基の相対的な類似性、例えばそれらの疎水性、親水性、電荷、サイズ等に基づく。様々な前述の特性を考慮した例示的な置換が当業者には周知であり、アルギニン及びリジン、グルタメート及びアスパルテート、セリン及びトレオニン、グルタミン及びアスパラギン、ならびにバリン、ロイシン、及びイソロイシンが挙げられる。

アミノ酸置換は更に、残基の極性、電荷、溶解度、疎水性、親水性、及び／または両親媒性における類似性に基づいて行われてもよい。例えば、負に荷電したアミノ酸としてはアスパラギン酸及びグルタミン酸が挙げられ、正に荷電したアミノ酸としてはリジン及びアルギニンが挙げられ、類似の親水性値を有する、無電荷の極性頭基をもつアミノ酸としてはロイシン、イソロイシン、及びバリン、グリシン及びアラニン、アスパラギン及びグルタミン、ならびにセリン、トレオニン、フェニルアラニン、及びチロシンが挙げられる。保存的変更を表し得るアミノ酸の他の群としては、（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ、（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ、（３）ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ、（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈｉｓ、及び（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓが挙げられる。

変異型はまた、あるいは代替的に、非保存的変更を含み得る。好ましい実施形態において、変異型ポリペプチドは、天然配列または基準並列とは、約１０、９、８、７、６、５、４、３、２個より少ないアミノ酸、またはたった１個のアミノ酸の置換、欠失、または付加によって異なる。変異型はまた（あるいは代替的に）、例えば、ポリペプチドの免疫原性、二次構造、酵素活性、及び／または疎水性親水性の性質に最小限の影響しか与えないアミノ酸の欠失または付加によって修飾され得る。

ある特定の実施形態において、ポリペプチド配列は、長さが約、少なくとも約、または最大約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００。７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００。８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、１０００個以上の隣接するアミノ酸であり、その間の全ての整数が含まれ、このポリペプチド配列は、基準配列（例えば、配列一覧を参照）の全てまたは一部を含み得る。

他の特定の実施形態において、ポリペプチド配列は、約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００。８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、１０００個以上の隣接するアミノ酸、またはそれ以下のアミノ酸からなり、その間の全ての整数が含まれ、このポリペプチド配列は、基準配列（例えば、配列一覧を参照）の全てまたは一部を含み得る。

更なる他の特定の実施形態において、ポリペプチド配列は、約１０〜１０００、１０〜９００、１０〜８００、１０〜７００、１０〜６００、１０〜５００、１０〜４００、１０〜３００、１０〜２００、１０〜１００、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２０、２０〜１０００、２０〜９００、２０〜８００、２０〜７００、２０〜６００、２０〜５００、２０〜４００、２０〜３００、２０〜２００、２０〜１００、２０〜５０、２０〜４０、２０〜３０、５０〜１０００、５０〜９００、５０〜８００、５０〜７００、５０〜６００、５０〜５００、５０〜４００、５０〜３００、５０〜２００、５０〜１００、１００〜１０００、１００〜９００、１００〜８００、１００〜７００、１００〜６００、１００〜５００、１００〜４００、１００〜３００、１００〜２００、２００〜１０００、２００〜９００、２００〜８００、２００〜７００、２００〜６００、２００〜５００、２００〜４００、または２００〜３００個の隣接するアミノ酸であり、その間の全ての範囲が含まれ、基準配列の配列の全てまたは一部を含む。ある特定の実施形態において、任意の基準ポリペプチドのＣ末端またはＮ末端領域は、切断型ポリペプチドが、基準ポリペプチドの結合特性及び／または活性を保持する限り、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、または８００個以上のアミノ酸で切断されるか、あるいは約１０〜５０、２０〜５０、５０〜１００、１００〜１５０、１５０〜２００、２００〜２５０、２５０〜３００、３００〜３５０、３５０〜４００、４００〜４５０、４５０〜５００、５００〜５５０、５５０〜６００、６００〜６５０、６５０〜７００、７００〜７５０、７５０〜８００個以上のアミノ酸で切断されてもよく、その間の全ての整数及び範囲（例えば、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５）が含まれる。典型的には、生物学的に活性であるフラグメントは、それが由来する生物学的に活性である基準ポリペプチドの活性の約１％、約５％、約１０％、約２５％、または約５０％以上を有する。

一般的に、変異型は、基準ポリペプチド配列に対して、少なくとも約３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の類似性または配列同一性もしくは配列相同性を示すことになる。また、天然または親配列とは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００個のアミノ酸（その間の全ての整数及び範囲を含む）の付加（例えば、Ｃ末端付加、Ｎ末端付加、両方）、欠失、トランケーション、挿入、または置換（例えば、保存的置換）によって異なるが、親配列または基準ポリペプチド配列の特性または活性を保持する配列が、企図される。

一部の実施形態において、変異型ポリペプチドは、少なくとも１個であるが、５０、４０、３０、２０、１５、１０、８、６、５、４、３、または２個未満のアミノ酸残基で基準配列とは異なる。他の実施形態において、変異型ポリペプチドは、残基の少なくとも１％であるが、２０％、１５％、１０％、または５％未満で基準配列とは異なる。（この比較がアライメントを必要とする場合は、配列は最大の類似性を有するようにアライメントされなければならない。欠失もしくは挿入に由来する「ループ」アウトされた配列またはミスマッチは、差異とみなされる。）

配列間での配列類似性または配列同一性（これらの用語は、本明細書において交換可能に使用される）の計算は、以下のように行われる。２つのアミノ酸配列または２つの核酸配列の同一性パーセントを決定するためには、これらの配列は最適な比較目的のためにアライメントされる（例えば、最適なアライメントのために、第１及び第２のアミノ酸配列または核酸配列のうちの一方または両方にギャップを導入することができ、非相同配列は、比較目的のために無視することができる）。ある特定の実施形態において、比較目的のためにアライメントされる基準配列の長さは、基準配列の長さの少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、６０％、更により好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。その後、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが比較される。第１の配列中のある位置が、第２の配列中の対応する位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドと同一のもので占められている場合、その位置において分子は同一である。

２つの配列間での同一性パーセントは、２つの配列の最適なアライメントのために導入されるべきギャップの数及び各ギャップの長さを考慮に入れた、それらの配列によって共有される同一の位置の数の関数である。

配列の比較、及び２つの配列間での同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを用いて実現することができる。好ましい実施形態において、２つのアミノ酸配列間での同一性パーセントは、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ならびに１６、１４、１２、１０、８、６、または４のギャップ重量及び１、２、３、４、５、または６の長さ重量を用いる、ＧＣＧソフトウェアパッケージのＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４−４５３，１９７０）アルゴリズムを用いて決定される。更に別の好ましい実施形態においては、２つのヌクレオチド配列間での同一性パーセントは、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックス、ならびに４０、５０、６０、７０、または８０のギャップ重量及び１、２、３、４、５、または６の長さ重量を用いる、ＧＣＧソフトウェアパッケージのＧＡＰプログラムを用いて決定される。パラメータの特に好ましいセット（及び別様に特定されない限り、使用されるべきもの）は、１２のギャップペナルティ、４のギャップ伸長ペナルティ、及び５のフレームシフトギャップペナルティを伴う、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２スコアリングマトリックスである。

２つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列間での同一性パーセントは、ＰＡＭ１２０重量残基表、１２のギャップ長ペナルティ、及び４のギャップペナルティを用いる、ＡＬＩＧＮプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ ２．０）に組み込まれているＥ．Ｍｅｙｅｒｓ及びＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（Ｃａｂｉｏｓ．４：１１−１７，１９８９）のアルゴリズムを用いて決定することができる。

本明細書に記載される核酸及びタンパク質配列は、公衆データベースに対して検索を行って、例えば他のファミリーメンバーまたは関連する配列を特定するための、「問い合わせ配列」として使用することができる。そのような検索は、ＡｌｔｓｃｈｕｌらのＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ ２．０）（１９９０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，２１５：４０３−１０）を用いて行うことができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２で行って、本発明の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を獲得することができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３で行って、本発明のタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を獲得することができる。比較目的のためのギャップ付きアライメントを得るためには、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９９７）に記載されているように、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを活用することができる。ＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを活用する際は、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ及びＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用することができる。

一実施形態において、上述されるように、ポリヌクレオチド及び／またはポリペプチドは、ＢＬＡＳＴアライメントツールを用いて評価することができる。局所アライメントは、単純に、１対の配列セグメントからなり、配列の各々からの１つが比較される。Ｓｍｉｔｈ−ＷａｔｅｒｍａｎまたはＳｅｌｌｅｒｓアルゴリズムの修正形は、高スコアリングセグメント対（ＨＳＰ）と呼ばれる、伸長またはトリミングによって改善することができないスコアをもつ全てのセグメント対を見付ける。ＢＬＡＳＴアライメントの結果は、ＢＬＡＳＴスコアが偶然のみから予期され得る可能性を示す統計的尺度を含む。

生スコア、Ｓは、各アライメントした配列に関連付けられるギャップ及び置換の数から計算され、より高い類似性スコアは、より有意なアライメントを示す。置換スコアは、ルックアップテーブルで得られる（ＰＡＭ，ＢＬＯＳＵＭを参照）。

ギャップスコアは、典型的には、ギャップ開始ペナルティＧ及びギャップ伸長ペナルティＬの合計として計算される。長さｎのギャップに関しては、ギャップコストはＧ＋Ｌｎである。ギャップコスト、Ｇ、及びＬの選択は経験的なものであるが、Ｇについては高い値（１０〜１５）、例えば１１、及びＬについては低い値（１〜２）、例えば１を選択することが慣習的である。

ビットスコアＳ’は、生アライメントスコアＳから誘導され、ここでは、使用されるスコアリングシステムの統計学的性質が考慮されている。ビットスコアはスコアリングシステムに関して正規化されるため、異なる検索によるアライメントスコアを比較するのに使用することができる。用語「ビットスコア」及び「類似性スコア」は、交換可能に使用される。ビットスコアは、アライメントがいかに良好であるかの指標を提供し、スコアが高ければ高いほど、アライメントは良好である。

Ｅ値、または期待値は、類似のスコアをもつある配列がデータベース内で偶然発生する可能性について説明する。Ｅ値は、データベース検索において偶然発生することが予期されるＳと同等またはそれより良好なスコアをもつ異なるアライメントの数の予測である。Ｅ値が小さければ小さいほど、そのアライメントはより有意である。例えば、ｅ^−１１７のＥ値を有するアライメントは、類似のスコアをもつ配列が単に偶然によって発生する可能性が非常に低いことを意味する。加えて、ランダムな一対のアミノ酸をアライメントする場合の期待されるスコアは負である必要があり、さもなければ、長いアライメントは、アライメントされたそれらのセグメントが関連しているか否かとは独立して高いスコアを有しやすくなる。加えて、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、適切な置換マトリックス、ヌクレオチド、またはアミノ酸を使用し、ギャップ付きアライメントについては、ギャップ挿入及び伸長ペナルティを使用する。例えば、ＢＬＡＳＴアライメント及びポリペプチド配列の比較は、典型的には、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックス、１１のギャップ存在ペナルティ、及び１のギャップ伸長ペナルティを用いて行われる。

一実施形態において、配列類似性スコアは、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックス、１１のギャップ存在ペナルティ、及び１のギャップ伸長ペナルティを用いて行われるＢＬＡＳＴ分析から報告される。

特定の実施形態において、本明細書に提供される配列同一性／類似性スコアは、ＧＡＰ Ｖｅｒｓｉｏｎ １０（ＧＣＧ，Ａｃｃｅｌｒｙｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）を用いて得られる値を指し、これは以下のパラメータを用いる：ヌクレオチド配列の同一性％及び類似性％に関しては、５０のギャップ重量及び３の長さ重量、ならびにｎｗｓｇａｐｄｎａ．ｃｍｐスコアリングマトリックスを用いる；アミノ酸配列の同一性％及び類似性％に関しては、８のギャップ重量及び２の長さ重量、ならびにＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを用いる（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８９：１０９１５−１０９１９，１９９２）。ＧＡＰは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈのアルゴリズム（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３−４５３，１９７０）を使用して、マッチの数を最大化しギャップの数を最小化する、２つの完全な配列のアライメントを見付ける。

特定の一実施形態において、変異型ポリペプチドは、少なくとも約５０、６０、７０、８０、９０、１００、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、１０００以上のＢＬＡＳＴビットスコアまたは配列類似性スコアを生み出すように、基準ポリペプチド配列（例えば、配列一覧を参照）と最適にアライメントされ得るアミノ酸配列を含み、その間の全ての整数及び範囲が含まれ、ＢＬＡＳＴアライメントは、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックス、１１のギャップ存在ペナルティ、及び１のギャップ伸長ペナルティを使用した。

上述されるように、基準ポリペプチドは、アミノ酸置換、欠失、トランケーション、付加、及び挿入を含む様々な方法で改変され得る。そのような操作の方法は、当分野において一般的に既知である。例えば、基準ポリペプチドのアミノ酸配列変異型は、ＤＮＡの変異によって調製することができる。変異誘発及びヌクレオチド配列改変のための方法は、当分野において周知である。例えば、Ｋｕｎｋｅｌ（ＰＮＡＳ ＵＳＡ．８２：４８８−４９２，１９８５）、Ｋｕｎｋｅｌ ｅｔ ａｌ．，（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５４：３６７−３８２，１９８７）、米国特許第４，８７３，１９２号、Ｗａｔｓｏｎ，Ｊ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．，（“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅ，”Ｆｏｕｒｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．，１９８７）、及びこれらに引用されている参考文献を参照されたい。目的のタンパク質の生物学的活性に影響を及ぼさない適切なアミノ酸置換に関する指導については、Ｄａｙｈｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，（１９７８）Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（Ｎａｔｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｆｏｕｎｄ．，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．）のモデルにおいて見出すことができる。

そのような修正によって作製されるコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするための方法、及び選択された特性を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための方法については、当分野において既知である。そのような方法は、基準ポリペプチドのコンビナトリアル変異誘発によって生成される遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングのために適合可能である。一例として、ライブラリー内の機能的変異体の頻度を増進する技法、再帰的アンサンブル変異誘発（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ ｅｎｓｅｍｂｌｅ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ：ＲＥＭ）を、スクリーニングアッセイと組み合わせて、ポリペプチド変異型を特定するために使用することができる（Ａｒｋｉｎ ａｎｄ Ｙｏｕｒｖａｎ，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８９：７８１１−７８１５，１９９２；Ｄｅｌｇｒａｖｅ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．６：３２７−３３１，１９９３）。

ポリヌクレオチド、宿主細胞、及び生成方法．ある特定の実施形態は、本明細書に記載される融合タンパク質及び抗体融合物をコードするポリヌクレオチド、ならびにそのようなポリヌクレオチドを含むベクターに関し、ここでは、例えば、そのポリヌクレオチドは、１つ以上の調節エレメントと作動可能に連結される。そのようなポリヌクレオチド、ベクター、融合タンパク質、及び抗体融合物を含む組換え宿主細胞、ならびに前述の組換え生成方法もまた含まれる。

融合タンパク質及び抗体融合物は、標準的技法を用いて調製することができる。しかしながら、融合タンパク質は、本明細書に記載され、当分野において既知であるように、発現系において組換えタンパク質として発現されることが好ましい。融合タンパク質は、任意の所望の配置で存在する、ｐ９７配列の１つまたは複数のコピー、及びトラスツズマブ配列の１つまたは複数のコピーを含むことができる。

ポリヌクレオチド及び融合ポリヌクレオチドは、ｐ９７ポリペプチド配列をコードする核酸の１つまたは複数のコピーを含むことができ、かつ／あるいはトラスツズマブ配列をコードする核酸の１つまたは複数のコピーを含んでもよい。

融合タンパク質に関しては、ｐ９７ポリペプチド配列、目的のトラスツズマブ配列、及び任意選択でペプチドリンカー構成要素をコードするＤＮＡ配列は、別個に組み立てられてもよく、その後、適切な発現ベクターへと結合される。１つのポリペプチド構成要素をコードするＤＮＡ配列の３’端は、配列のリーディングフレームがインフレームであるように、ペプチドリンカーを伴って、あるいは伴わずに、その他のポリペプチド構成要素（複数可）をコードするＤＮＡ配列の５’端に結合され得る。結合されたＤＮＡ配列は、好適な転写及び／または翻訳調節エレメントと作動可能に連結される。ＤＮＡの発現を担う調節エレメントは、第１のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５’にのみ通常位置する。同様に、翻訳を終わらせるのに必要な停止コドン及び転写終結シグナルは、大部分のＣ末端ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列に対して３’にのみ存在する。これが、両方の構成要素ポリペプチドの生物学的活性を保持する単一の融合ポリペプチドへの翻訳を可能にする。

類似の技法、主に、プロモーター、停止コドン、及び転写終結シグナル等の調節エレメントの配置が、非融合タンパク質、例えば本明細書に記載される融合タンパク質を含む抗体の生成のための非融合トラスツズマブ配列の組換え生成に対して適用可能である。

プロモーター配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化配列、エンハンサー配列、マーカー遺伝子、及び他の配列を適切に含む、適切な調節配列を含む好適なベクターを、選択または構築することができる。ベクターは、適切に、プラスミド、ウイルス性、例えばファージ、またはファージミドであり得る。更なる詳細に関しては、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ：２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓを参照されたい。核酸の操作、例えば核酸構築物の調製、変異誘発、配列決定、ＤＮＡの細胞への導入及び遺伝子発現、ならびにタンパク質の分析に関する多くの既知の技法及びプロトコルは、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９２及びこれに続く最新版において詳細に記載されている。

当業者によって理解されるように、非天然型コドンを保有する、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を生成することが、一部の事例においては有利であり得る。例えば、特定の原核宿主または真核宿主に好ましいコドンを、タンパク質発現の速度を増加させるように、あるいは天然型配列から生成される転写物の半減期よりも長い半減期等の望ましい特性を有する組換えＲＮＡ転写物を生成するように、選択することができる。そのようなポリヌクレオチドは一般的に「コドン最適化」されたと称される。本明細書に記載されるポリヌクレオチドのいずれも、コドン最適化形態で活用され得る。ある特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、大腸菌等の特定の細菌、またはサッカロマイセスセレヴィシエ等の酵母菌における使用のためにコドン最適化され得る（例えば、Ｂｕｒｇｅｓｓ−Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒ Ｐｕｒｉｆ．５９：９４−１０２，２００８を参照）。

例示的ポリヌクレオチド配列が、下の表５に提供される。

したがって、ある特定の実施形態において、本明細書に記載される融合タンパク質もしくは抗体融合物、またはその一部をコードするポリヌクレオチドは、表５の１つ以上のポリヌクレオチド配列（例えば、配列番号１２５〜１３８）またはそれらのフラグメント／変異型を含む。

一部の実施形態において、対象のｐ９７ポリペプチド、トラスツズマブポリペプチド（例えば、軽鎖ポリペプチド、重鎖ポリペプチド）、及び／またはｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質をコードする１つ以上の核酸またはベクターが、宿主細胞に直接導入され、その細胞は、コードされたポリペプチド（複数可）の発現を誘導するのに十分な条件下においてインキュベートされる。それ故に、ある特定の関連する実施形態によれば、本明細書に記載される１つ以上の融合タンパク質を、任意選択で、抗体の他の（非融合）構成要素と共にコードするポリヌクレオチドまたは融合ポリヌクレオチドを含み、かつ追加的な異種のポリヌクレオチド配列を任意選択で含む組換え宿主細胞が提供される。

宿主細胞における融合タンパク質または抗体融合物の発現は、適切な条件下で、（ポリヌクレオチド（複数可）を含む）組換え宿主細胞を培養することで達成できる。発現による生成後、ポリペプチド（複数可）、融合タンパク質、及び／または抗体融合物は、任意の好適な技法を用いて単離及び／または精製され、その後所望に応じて使用され得る。用語「宿主細胞」は、本明細書に記載されるポリペプチドのうちの１つ以上をコードする核酸配列を導入されているか、あるいはそれに導入させることが可能であり、かつ本明細書に記載される任意のポリペプチドをコードする遺伝子等の選択された目的の遺伝子を更に発現するか、あるいは発現可能である細胞を指す。この用語は、選択された遺伝子が存在する限り、子孫が元々の親と形態学的にあるいは体質的に同一であるか否かに関わらず、親細胞の子孫を含む。宿主細胞は、ある特定の特性、例えば、非天然アミノ酸をポリペプチド内に組み込むことができるアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（複数可）の発現に関して選択されてもよい。

様々な異なる宿主細胞におけるタンパク質のクローニング及び発現のための系は周知である。好適な宿主細胞としては、哺乳動物細胞、細菌、酵母菌、及びバキュロウイルス系が挙げられる。異種のポリペプチドの発現のための、当分野において利用可能な哺乳動物細胞株としては、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＨｅＬａ細胞、ベビーハムスター腎臓細胞、ＨＥＫ−２９３細胞、ＮＳＯマウスメラノーマ細胞、及び多くの他のものが挙げられる。有用な哺乳動物宿主細胞株の追加的な例としては、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）、ヒト胚腎臓株（懸濁培養液中での成長のためにサブクローニングされた２９３または２９３細胞、Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ．３６：５９（１９７７））、ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ １０）、マウスセルトリ細胞（ＴＭ４、Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．２３：２４３−２５１（１９８０））、サル腎臓細胞（ＣＶ１ ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）、アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６、ＡＴＣＣ ＣＲＬ−１５８７）、ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ２）、イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ３４）、バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ ３Ａ、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １４４２）、ヒト肺細胞（Ｗ１３８、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７５）、ヒト肝臓細胞（Ｈｅｐ Ｇ２、ＨＢ ８０６５）、マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ ０６０５６２、ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１）、ＴＲ１細胞（Ｍａｔｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．３８３：４４−６８（１９８２））、ＭＲＣ ５細胞、ＦＳ４細胞、及びヒト肝臓癌株（Ｈｅｐ Ｇ２）が挙げられる。他の有用な哺乳動物宿主細胞株としては、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ７７：４２１６（１９８０））、ならびにＮＳＯ及びＳｐ２／０等の骨髄腫細胞株を含む、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞が挙げられる。抗体生成にとって好適なある特定の哺乳動物宿主細胞株の概説については、例えば、Ｙａｚａｋｉ ａｎｄ Ｗｕ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３），ｐｐ．２５５−２６８を参照されたい。ある特定の好ましい哺乳動物細胞発現系としては、ＣＨＯ及びＨＥＫ２９３−細胞系発現系が挙げられる。哺乳動物発現系は、当分野において既知の他のものの中でも、例えばＴ型培養瓶、ローラボトル、もしくは細胞ファクトリー内の付着細胞株、または例えば１Ｌ及び５Ｌスピナー、５Ｌ、１４Ｌ、４０Ｌ、１００Ｌ、及び２００Ｌ撹拌タンクバイオリアクター、もしくは２０／５０Ｌ及び１００／２００ＬのＷＡＶＥバイオリアクター内の懸濁培養液を活用することができる。

一般的で好ましい細菌宿主は大腸菌である。大腸菌等の原核細胞におけるタンパク質の発現は、当分野において良好に確立されている。概説については、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ａ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．９：５４５−５５１（１９９１）を参照されたい。培養中の真核細胞における発現もまた、ポリペプチドの組換え生成のための選択肢として当業者には利用可能である（Ｒｅｆ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．４：５７３−５７６，１９９３、及びＴｒｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．６：５５３−５６０，１９９５を参照）。特定の実施形態において、タンパク質発現は、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ（例えば、ｐＥＴベクターシリーズ）で制御することができる。これら及び関連する実施形態は、発現宿主系統ＢＬ２１（ＤＥ３）、Ｔ７媒介発現を支持し、ｌｏｎ及びｏｍｐＴプロテアーゼにおいて不十分なＢＬ２１の λＤＥ３溶原菌を、向上された標的タンパク質の安定性のために活用してもよい。Ｒｏｓｅｔｔａ（商標）（ＤＥ３）及びＲｏｓｅｔｔａ ２（ＤＥ３）系統等の、大腸菌において滅多に使用されないｔＲＮＡをコードするプラスミドを担持する発現宿主系統もまた含まれる。細胞溶解及び試料の取り扱いはまた、Ｂｅｎｚｏｎａｓｅ（登録商標）ヌクレアーゼ及びＢｕｇＢｕｓｔｅｒ（登録商標）タンパク質抽出試薬等の試薬を用いることで改善することができる。細胞培養に関しては、自己誘導培地が、ハイスループット発現系を含む、多くの発現系の効率性を向上させ得る。この種類の培地（例えば、Ｏｖｅｒｎｉｇｈｔ Ｅｘｐｒｅｓｓ（商標）自己誘導系）は、漸進的に、ＩＰＴＧ等の人工誘導剤の添加を伴わずに代謝シフトを通じてタンパク質発現を誘発する。特定の実施形態は、ヘキサヒスチジンタグ（Ｈｉｓ・Ｔａｇ（登録商標）融合物等）を採用し、その後固定化金属アフィニティクロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）精製または関連する技法が続く。しかしながら、ある特定の態様においては、臨床グレードのタンパク質は、アフィニティタグまたはその使用を伴わずに大腸菌封入体から単離することができる（例えば、Ｓｈｉｍｐ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒ Ｐｕｒｉｆ．５０：５８−６７，２００６を参照）。更なる例として、低温での大腸菌におけるタンパク質の過剰発現はそれらの溶解度及び安定性を向上させるため、ある特定の実施形態は、低温ショック誘導大腸菌高収率生成系を採用してもよい（例えば、Ｑｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．２２：８７７−８８２，２００４を参照）。

加えて、宿主細胞系統は、挿入された配列の発現を調整するその能力、または発現されたタンパク質を所望の様式で処理するその能力に関して選択されてもよい。そのようなポリペプチドの修飾としては、限定されるものではないが、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、及びアシル化等の翻訳後修飾が挙げられる。タンパク質の「プレプロ」形態を切断する翻訳後処理もまた、正確な挿入、折り畳み、及び／または機能を促進するために使用され得る。細菌細胞に加えて、そのような翻訳後活性のために、特定の細胞機構及び特性機序を有するかあるいはそれらを欠きさえする、酵母菌、ＣＨＯ、ＨｅＬａ、ＭＤＣＫ、ＨＥＫ２９３、及びＷ１３８等の異なる宿主細胞が、目的の融合タンパク質または抗体融合物の正確な修飾及び処理を確実にするために選択され得る。

長期的には、組換えタンパク質の高収率生成、安定発現が、一般的には好ましい。例えば、目的のポリヌクレオチドを安定的に発現する細胞株は、ウイルス性起源の複製エレメント及び／または内因性発現エレメントを含み得る発現ベクターと、同一のまたは別個のベクター上の選択可能なマーカー遺伝子とを用いることで、転換することができる。ベクターの導入後、細胞は、富化培地において約１〜２日間成長させ、その後それらの細胞を選択培地に切り替えてもよい。選択可能なマーカーの目的は、選択に対する耐性を付与することであり、その存在は、導入された配列を成功裡に発現する細胞の成長及び回収を可能にする。安定的に形質転換された細胞の耐性クローンは、細胞の種類にとって適切な組織培養技法を用いて増殖させ得る。一過性導入または一過性感染等の一過性生成もまた採用することができる。一過性生成にとって好適な、例示的な哺乳動物発現系としては、ＨＥＫ２９３及びＣＨＯに基づく系が挙げられる。

目的のポリヌクレオチド配列で形質転換された宿主細胞は、タンパク質の発現及び細胞培養物からのその回収にとって好適な条件下で培養され得る。ある特定の実施形態は、血清を含まない細胞発現系を活用する。例としては、血清を含まない培地で成長可能なＨＥＫ２９３細胞及びＣＨＯ細胞が挙げられる（例えば、Ｒｏｓｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒ．Ｐｕｒｉｆ．４０：２３７−４３，２００５、及び米国特許第６，２１０，９２２号を参照）。

組換え細胞によって生成されたタンパク質（複数可）は、当分野において既知の様々な技法に従って生成及び特徴付けることができる。タンパク質生成の実行及びタンパク質純度の分析のための例示的システムとしては、高速タンパク質液体クロマトグラフィー（ＦＰＬＣ）（例えば、ＡＫＴＡ及びＢｉｏ−Ｒａｄ ＦＰＬＣシステム）、高圧液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）（例えば、Ｂｅｃｋｍａｎ及びＷａｔｅｒｓ ＨＰＬＣ）が挙げられる。精製の例示的化学作用としては、当分野において既知の他のものの中でも、イオン交換クロマトグラフィー（例えば、Ｑ、Ｓ）、サイズ排除クロマトグラフィー、塩勾配、親和性精製（例えば、Ｎｉ、Ｃｏ、ＦＬＡＧ、マルトース、グルタチオン、タンパク質Ａ／Ｇ）、ゲル濾過、逆相セラミックＨｙｐｅｒＤ（登録商標）イオン交換クロマトグラフィー、及び疎水性相互作用カラム（ＨＩＣ）が挙げられる。典型的には、タンパク質組成物の純度を測定するために、生成または精製処理の任意の工程中に活用され得る、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ（例えば、クーマシー、銀染色）、免疫ブロット、Ｂｒａｄｆｏｒｄ、及びＥＬＩＳＡ等の分析方法もまた含まれる。

組換え生成されたタンパク質、例えば抗体を濃縮する方法もまた含まれる。例としては凍結乾燥が挙げられ、この方法は、溶液が目的のタンパク質以外に可溶性の構成要素をほとんど含まない場合に典型的に採用される。凍結乾燥は多くの場合ＨＰＬＣランの後に行われ、混合物から大部分または全ての揮発性構成要素を除去することができる。限外濾過技法もまた含まれ、この方法は典型的には、１つ以上の選択性透過膜を用いてタンパク質溶液を濃縮する。これらの膜は水及び低分子を通過させ、タンパク質を保持し、溶液は、他の技法の中でもとりわけ、機械式ポンプ、ガス圧力、または遠心分離によって膜に対して押し付けられ得る。

ある特定の実施形態において、融合タンパク質または抗体融合タンパク質は、当分野における通例の技法に従って測定した際、少なくとも約９０％の純度を有する。ある特定の実施形態において、診断用組成物またはある特定の治療用組成物等の融合タンパク質または抗体融合物は、少なくとも約９５％の純度を有する。特定の実施形態において、治療用組成物または薬学的組成物等の融合タンパク質または抗体融合物は、少なくとも約９７％または９８％または９９％の純度を有する。他の実施形態において、基準試薬または研究試薬として使用される場合等の融合タンパク質または抗体融合物は、より低い純度のものであり得、少なくとも約５０％、６０％、７０％、または８０％の純度を有してもよい。純度は全体として、あるいは他のタンパク質等の選択された構成要素に対して、例えばタンパク質ベースの純度として測定することができる。

ある特定の実施形態において、上述されるように、本明細書に記載される組成物は、例えば、エンドトキシンを約９５％含まない、好ましくはエンドトキシンを約９９％含まない、より好ましくはエンドトキシンを約９９．９９％含まない等、エンドトキシンをほぼ実質的に含まない。エンドトキシンの存在は、本明細書に記載されるように、当分野における通例の技法に従って検出できる。特定の実施形態において、融合タンパク質または抗体融合物は、血清を実質的に含まない培地において、哺乳動物細胞またはヒト細胞等の真核細胞から作製される。

薬学的組成物を使用する方法
ある特定の実施形態は、本明細書に記載されるｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質及び／または関連する抗体融合タンパク質を使用する方法に関する。そのような方法の例としては、治療方法及び診断方法が挙げられ、後者としては例えば、中枢神経系の医用画像診断等、ある特定の器官／組織の医用画像診断が挙げられる。特定の実施形態は、中枢神経系（ＣＮＳ）の障害もしくは病態、またはＣＮＳ構成要素を有する障害もしくは病態の治療及び／または診断の方法を含む。本明細書に記載されるｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質及び／または関連する抗体融合タンパク質を含む薬学的組成物もまた含まれる。

したがって、ある特定の実施形態は、本明細書に記載されるｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質または抗体融合タンパク質を投与することを含む、治療を必要とする対象を治療する方法を含む。特定の実施形態において、本方法は、本明細書に記載される１つ以上のｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質（例えば、抗体または抗体様分子の少なくとも１つの構成要素）、及び任意選択で他の非融合抗体構成要素（例えば、非融合軽鎖（複数可）、非融合重鎖（複数可））を含む、ｐ９７−抗体融合タンパク質を投与することを含む。本明細書に記載されるｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質または抗体融合物を対象に投与することを含む、対象の神経系（例えば、中枢神経系組織）にそのような分子を送達する方法もまた含まれる。

一部の実施形態において、本方法は、例えばトラスツズマブ抗体（またはその抗原結合フラグメント）を単独で含む組成物による送達と比較して、対象の中枢神経系組織へのトラスツズマブ抗体（またはその抗原結合フラグメント）の送達の速度及び／または量を増加させる。ある特定の実施形態において、本方法は、例えばトラスツズマブ抗体（またはその抗原結合フラグメント）を単独で含む組成物による分散と比較して、対象の心臓組織へのトラスツズマブ抗体（またはその抗原結合フラグメント）の分散を低減し、それによってトラスツズマブと関連付けられる心毒性を低減する。

一部の事例において、対象は、中枢神経系（ＣＮＳ）と関連付けられるかあるいはＣＮＳ構成要素を有する疾患、障害、または病態を有し、ここで、末梢組織と比較して増加した、血液脳関門を越えるトラスツズマブ抗体（またはその抗原結合フラグメント）のＣＮＳ組織への送達が、例えば、ＣＮＳ内の抗体の組織濃度を増加させることによって、かつ／あるいは末梢組織／器官への抗体の曝露と関連付けられる副作用を低減することによって、治療を改善することができる。

ある特定の実施形態は、様々な癌の治療を含む。「癌」は概して、細胞のある群が、非制御成長（すなわち、通常の限界を超える分裂）、浸潤（隣接する組織への侵入及びそれらの破壊）、ならびに／または転移（すなわち、リンパもしくは血液を介した体内の他の場所への拡散）のうちの１つ以上を示す、疾患または病態の部類に関する。癌は、これらの悪性の特性によって、自己制御されており典型的には浸潤または転移しない良性の癌とは異なる。中枢神経系（ＣＮＳ）の癌、または脳癌等の神経癌が含まれる。

一部の事例において、神経癌は、転移性脳癌である。脳に転移し得る癌の例としては、限定されるものではないが、乳癌、肺癌、泌尿生殖器癌、消化管癌（例えば、結腸直腸癌、膵臓癌腫）、骨肉腫、メラノーマ、頭頸部癌、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、及びリンパ腫が挙げられる。したがって、ある特定の実施形態は、治療有効量の（例えば、投与後に、統計学的に有意な様式で、すなわち、当業者に既知である適切な対照と比較して、癌の転移を阻害、予防、または遅延させる量の）本明細書に記載される融合タンパク質を患者に投与することによって癌の転移を治療、阻害、または予防するための方法を含む。特定の実施形態において、対象は、当分野において既知の他の癌の中でもとりわけ、上記の癌のうちの１つ以上を含む、中枢神経系に転移する危険性があるが未だ転移していない癌を有する。

一部の態様において、対象は、Ｈｅｒ２／ｎｅｕの発現と関連付けられる癌を有する。特定の態様において、対象は、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ発現またはＨｅｒ２／ｎｅｕ過剰発現癌を有する。それ故に、ある特定の実施形態は、（本明細書に記載される）（例えば、治療有効量の）ｐ９７−抗体融合タンパク質またはそれを含む薬学的組成物を対象に投与することを含む、治療を必要とする対象におけるＨＥＲ２過剰発現癌の治療のための方法を含む。一部の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。特定の実施形態において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、対象のＣＮＳに転移している。一部の態様において、抗体融合物は、統計学的に有意な様式で（すなわち、当業者に既知である適切な対照と比較して）癌の進行及び／または転移を阻害、予防、または遅延させる量で投与される。ＣＮＳの組織への進行及び／または転移を阻害、予防、または遅延させる量、ならびにＣＮＳの組織内での進行及び／または転移を阻害、予防、または遅延させる量が含まれる。

ある特定の態様において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、乳癌、卵巣癌、胃癌、または子宮癌である。特定の態様において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、転移性乳癌、転移性卵巣癌、転移性胃癌、または子宮癌の転移性形態もしくは侵攻性形態である。

一部の態様において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌等のＨＥＲ２過剰発現乳癌である。ある特定の事例において、ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌は、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。ある特定の事例において、ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌は、対象のＣＮＳに既に転移している。一部の事例において、ｐ９７−抗体融合物は、ＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌の一次治療のために、パクリタキセルと共に投与される。特定の事例において、ｐ９７−抗体融合物は、転移性疾患のために１つ以上の化学療法レジメンを受けている患者におけるＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌の治療のために、単剤として投与される。

ある特定の実施形態は、ＨＥＲ２過剰発現乳癌のための補助治療剤の一部として、ｐ９７−抗体融合物または薬学的組成物を投与することを含む。一部の態様において、補助治療剤は、ドキソルビシン、シクロホスファミド、及びパクリタキセルまたはドセタキセルのいずれかを含む。一部の態様において、補助治療剤は、ドセタキセル及びカルボプラチンを含む。ある特定の態様は、多様式アントラサイクリン系療法後に、単剤として、ｐ９７−抗体融合物または薬学的組成物を投与することを含む。

一部の態様において、ＨＥＲ２過剰発現癌は、ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌である。一部の事例において、ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌は、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。ある特定の事例において、ＨＥＲ２過剰発現転移性胃腺癌または胃食道接合部腺癌は、対象のＣＮＳに既に転移している。一部の事例において、ｐ９７−抗体融合物は、任意選択で、対象または患者が転移性疾患のための前治療を受けていない場合、シスプラチン及びカペシタビンまたは５−フルオロウラシルと共に投与される。

ある特定の態様において、ＨＥＲ２過剰発現子宮癌は、ＨＥＲ２過剰発現子宮漿液性腺癌（ＵＳＣ）である（例えば、Ｓａｎｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｇｙｎａｅｃｏｌ Ｏｂｓｔｅｔ．１０２：１２８−３１，２００８を参照）。子宮漿液性乳頭状癌（ＵＰＳＣ）及び子宮漿液性腺癌としても知られるＵＳＣは、閉経後の女性において典型的に起こる、子宮内膜癌の一形態である。一部の事例において、ＨＥＲ２過剰発現ＵＳＣは、対象のＣＮＳに転移する危険性がある。ある特定の事例において、ＨＥＲ２過剰発現ＵＳＣは、対象のＣＮＳに既に転移している。

本明細書に記載される疾患または病態のうちの１つ以上をもつ患者を特定するための方法は、当分野において既知である。

（ａ）検出可能な実体と抱合する本明細書に記載される融合タンパク質または抗体融合物を含む組成物を対象に投与することと、（ｂ）対象、器官、または組織内の検出可能な実体を可視化することとを含む、対象内の器官または組織構成要素を画像化するための方法もまた含まれる。

特定の実施形態において、器官または組織の区画は、中枢神経系（例えば、脳、脳幹、脊髄）を含む。特定の実施形態において、器官または組織の区画は、脳はまたその一部、例えば脳の実質組織を含む。

様々な方法を、対象、器官、または組織内の検出可能な実態を可視化するために採用できる。例示的な非侵襲的方法としては、Ｘ線ＣＴスキャン、陽電子放出断層撮影法（ＰＥＴ）、または単光子放射型コンピュータ断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）を用いるかに関わらず、Ｘ線透視法及び投影Ｘ線写真、ＣＴスキャンまたはＣＡＴスキャン（コンピュータ断層撮影（ＣＴ）またはコンピュータ体軸断層撮影（ＣＡＴ））等のＸ線撮影、ならびにある特定の種類の磁気共鳴画像化（ＭＲＩ）、特に造影剤を活用するものが挙げられ、それらの組合せも含まれる。

単に例としてであるが、ＰＥＴは、陽電子放射造影剤または^１８Ｆ等の放射性同位体によって行うことができ、ＳＰＥＣＴは、γ線放射造影剤または^２０１ＴＩ、^９９ｍＴＣ、^１２３Ｉ、及び^６７Ｇａ等の放射性同位体によって行うことができ、ＭＲＩは、造影剤または^３Ｈ、^１３Ｃ、^１９Ｆ、^１７Ｏ、^２３Ｎａ、^３１Ｐ、及び^１２９Ｘｅ、及びＧｄ（ガドリジニウム（ｇａｄｏｌｉｄｉｎｉｕｍ）、キレート化有機Ｇｄ（ＩＩＩ）錯体）等の放射性同位体によって行うことができる。これらの例示的な造影剤または放射性同位体のうちの任意の１つ以上を、ｐ９７ポリペプチドと抱合させるか、あるいは別様にそれに組み込み、画像化目的のために対象に投与することができる。例えば、ｐ９７ポリペプチドは、これらの放射性同位体のうちの１つ以上で直接標識するか、これらの放射性同位元素の造影剤のうちの１つ以上を含む分子（例えば、小分子）、または本明細書に記載される任意の他のものと抱合することができる。

インビボでの使用、例えばヒトの疾患の治療、医用画像診断、または試験のために、本明細書に記載される融合タンパク質または抗体融合物は概して、投与前に、薬学的組成物に組み込まれる。薬学的組成物は、本明細書に記載される融合タンパク質または抗体融合物のうちの１つ以上を、生理学的に許容されるか、薬学的に許容されるか、あるいは医薬品グレードである担体または賦形剤と共に含む。

薬学的組成物を調製するために、有効量または所望量の１つ以上の融合タンパク質または抗体融合物を、投与の特定の形態にとって好適であるように、当業者に既知の任意の薬学的担体（複数可）または賦形剤と共に混合する。薬学的担体は、液体、半液体、または固体であってもよい。非経口、皮内、皮下、または局所適用のために使用される溶液または懸濁液は、例えば、無菌希釈剤（水等）、食塩水（例えばリン酸緩衝生理食塩水、ＰＢＳ）、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、または他の合成溶媒；抗菌剤（ベンジルアルコール及びメチルパラベン等）；酸化防止剤（アスコルビン酸及び亜硫酸水素ナトリウム）及びキレート剤（エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ））；緩衝剤（酢酸塩、クエン酸塩、及びリン酸塩等）を含んでもよい。静脈内に投与される（例えば、静脈内注入によって）場合、好適な担体としては、生理食塩水またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、ならびにグルコース、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、及びそれらの混合物等の増粘剤及び可溶化剤を含有する溶液が挙げられる。

本明細書に記載される融合タンパク質または抗体融合物の、純粋な形態での投与または適切な薬学的組成物中での投与は、類似の有用性を提供する薬剤の投与の許容される形態のうちのいずれかを介して実行することができる。薬学的組成物は、融合タンパク質または抗体融合物含有組成物を、適切な生理学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤と組み合わせることによって調製することができ、錠剤、カプセル剤、散剤、顆粒剤、軟膏、溶剤、坐薬、注射、吸入剤、ゲル、ミクロスフェア、及びエアロゾル等の、固体、半固体、液体、またはガス状形態の調製物へと配合され得る。加えて、他の薬学的活性成分（本明細書の他の場所に記載されるような他の小分子を含む）及び／または塩、緩衝剤、及び安定化剤等の好適な賦形剤が組成物内に存在してもよいが、存在しなくともよい。

投与は、経口、非経口、経鼻、静脈内、皮内、皮下、または局所投与を含む、様々な異なる経路で達成され得る。投与の好ましい形態は、治療または予防する病態の性質に依存する。特定の実施形態は、静脈内注入による投与を含む。

担体としては、例えば、用いられる投与量及び濃度においてそれに曝露される細胞または哺乳動物に対して無毒性である、薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤が挙げられる。多くの場合、生理学的に許容される担体は、ｐＨ緩衝水溶液である。生理学的に許容される担体の例としては、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸等の緩衝剤；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、もしくはリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；マンニトールもしくはソルビトール等の糖アルコール；ナトリウム等の塩形成対イオン；ならびに／またはポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ（商標））ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、及びポロキサマー（ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標））等の非イオン性界面活性剤等が挙げられる。

ある特定の態様において、融合タンパク質または抗体融合物は、粒子、例えばナノ粒子、ビーズ、脂質製剤、脂質粒子、またはリポソーム、例えば免疫リポソームと結合するか、その内部に封入される。融合タンパク質または抗体融合物は、例えばコアセルベーション技法または界面重合によって調製されるマイクロカプセル（例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセル、及びポリ−（メチルメタシレート（ｍｅｔｈｙｌｍｅｔｈａｃｙｌａｔｅ））マイクロカプセル）内に、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、微乳濁液、ナノ粒子、及びナノカプセル）内に、あるいはマクロエマルション内に封入され得る。そのような技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｌｏ，Ａ．，Ｅｄ．，（１９８０）に開示されている。粒子（複数可）またはリポソームは更に、細胞傷害性薬物等の他の治療剤または診断剤を含み得る。

正確な投与量及び治療期間は、治療される疾患の関数であり、既知の試験プロトコルを用いることで経験的に決定されるか、あるいは当分野において既知のモデル系内で組成物を試験して、そこから補外することによって決定され得る。対照臨床試験もまた行われてもよい。投与量もまた、緩和されるべき病態の重症度によって異なり得る。薬学的組成物は概して、望ましくない副作用を最小化する一方で、治療上有用な効果を及ぼすように配合及び投与される。組成物は１回で投与されてもよく、あるいは時間の間隔を空けて投与されるように、いくつかのより小さい用量へと分割されてもよい。任意の特定の対象に対して、具体的な投与レジメンは、個々の必要性に応じて経時的に調整されてもよい。

したがって、これら及び関連する薬学的組成物を投与する典型的な経路は、限定されるものではないが、経口、局所、経皮、吸入、非経口、舌下、口腔、直腸、経膣、及び鼻腔内を含む。用語、非経口は、本明細書で使用する場合、皮下注射、静脈内、筋肉内、胸骨内注射、または注入技法を含む。本発明のある特定の実施形態による薬学的組成物は、その中に含有される活性成分が、患者への組成物の投与の際に生物学的に利用可能であることを可能にするように配合される。対象または患者に投与される組成物は、例えば、錠剤が単回投与単位であり得る場合、及び本明細書に記載されるエアロゾル形態の抱合体の容器が複数の投与単位を保持し得る場合、１つ以上の投与単位の形態をとってもよい。そのような剤形を調製する実際の方法は、当業者にとっては既知であるか、あるいは明白であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０００）を参照されたい。投与される組成物は典型的には、目的の疾患または病態の治療のために、治療有効量の本明細書に記載される融合タンパク質または抗体融合物を含有することになる。

薬学的組成物は、固体または液体の形態であり得る。一実施形態において、組成物が例えば錠剤形態または散剤形態であるように、担体（複数可）は粒子性である。担体は、組成物が例えば吸入投与において有用な、例えば経口油、注射可能な液体、またはエアロゾルである場合、液体であり得る。経口投与が意図される場合、薬学的組成物は、固体または液体形態のいずれかであることが好ましいが、ここで、半固体、半液体、懸濁液、及びゲル形態は、本明細書において固体または液体のいずれかとしてみなされる形態の中に含まれる。

経口投与のための固体組成物として、薬学的組成物は、散剤、顆粒剤、圧縮錠剤、丸薬、カプセル剤、チューインガム、ウエハ等へと製剤化され得る。そのような固体組成物は典型的には、１つ以上の不活性希釈剤または食用担体を含有することになる。加えて、以下のうちの１つ以上が存在してもよい：カルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、微結晶セルロース、トラガントガム、またはゼラチン等の結合剤；デンプン、ラクトース、またはデキストリン等の賦形剤、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、コーンスターチ等の崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｘ等の滑沢剤、コロイド状二酸化シリコン等の流動促進剤；スクロースまたはサッカリン等の甘味剤；ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香味料等の香味剤；及び着色剤。薬学的組成物がカプセル、例えばゼラチンカプセルの形態である場合、薬学的組成物は上記の種類の材料に加えて、ポリエチレングリコールまたは油等の液体担体を含有し得る。

薬学的組成物は、液体の形態、例えばエリキシル剤、シロップ剤、溶剤、乳剤、または懸濁剤の形態であり得る。液体は、２つの例としては、経口投与のため、または注射による送達のためであり得る。経口投与が意図される場合、好ましい組成物は、存在する化合物に加えて、甘味剤、保存剤、染料／着色剤、及び風味増強剤のうちの１つ以上を含有する。注射によって投与されることが意図される組成物においては、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散剤、懸濁剤、緩衝剤、安定化剤、及び等張化剤のうちの１つ以上が含まれ得る。

液体薬学的組成物は、それらが溶剤、懸濁剤、または他の類似の形態であるかに関わらず、以下の補助剤のうちの１つ以上を含み得る：注射用蒸留水、食塩水、好ましくは生理食塩水、リンガー液、等張食塩水、溶媒もしくは懸濁媒体として機能し得る合成モノグリセリドもしくはジグリセリド等の不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、または他の溶媒；ベンジルアルコールまたはメチルパラベン等の抗菌剤；アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム等の酸化防止剤；エチレンジアミンテトラ酢酸等のキレート剤；酢酸塩、クエン酸塩、またはリン酸塩等の緩衝剤、及び塩化ナトリウムまたはデキストロース等の張性の調整のための薬剤。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチックで作製されたアンプル、使い捨てシリンジ、または多人数用バイアル内に密閉することができる。生理食塩水が好ましい補助剤である。注射可能な薬学的組成物は、無菌であることが好ましい。

非経口または経口投与のいずれかが意図される液体薬学的組成物は、好適な投与量が得られるような、ある量の融合タンパク質または抗体融合物を含有すべきである。典型的には、この量は、組成物中少なくとも０．０１％の目的の薬剤である。経口投与が意図される場合、この量は、組成物の０．１〜約７０重量％になるように変動し得る。ある特定の経口薬学的組成物は、約４％〜約７５％の目的の薬剤を含有する。ある特定の実施形態において、本発明による薬学的組成物及び調製物は、非経口投与単位が、希釈前に、０．０１〜１０重量％の目的の薬剤を含有するように調製される。

薬学的組成物は局所投与が意図されてもよく、この場合、担体は、溶剤、乳剤、軟膏、またはゲル基剤を好適に含み得る。この基剤は、例えば、以下のうちの１つ以上を含み得る：ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール、蜜蝋、鉱物油、水及びアルコール等の希釈剤、ならびに乳化剤及び安定化剤。増粘剤が、局所投与用の薬学的組成物中に存在してもよい。経皮投与が意図される場合、組成物は、経皮パッチまたはイオン導入器を含み得る。

薬学的組成物は例えば坐薬の形態で直腸投与が意図されてもよく、これは直腸内で溶解し薬物を放出することになる。直腸投与用の組成物は、好適な非刺激性賦形剤として、油性基剤を含有してもよい。そのような基剤としては、限定されるものではないが、ラノリン、カカオバター、及びポリエチレングリコールが挙げられる。

薬学的組成物は、固体または液体投与単位の物理的形態を修正する、様々な材料を含み得る。例えば、組成物は、活性成分の周囲にコーティングシェルを形成する材料を含み得る。コーティングシェルを形成する材料は典型的には不活性であり、例えば、砂糖、シェラック、及び他の腸溶コーティング剤から選択され得る。あるいは、活性成分は、ゼラチンカプセル内に包み込まれてもよい。固体または液体形態の薬学的組成物は、抱合体または薬剤に結合する薬剤を含み、それによって化合物の送達を促進し得る。この能力で作動し得る好適な薬剤としては、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体、１つ以上のタンパク質、またはリポソームが挙げられる。

薬学的組成物は、エアロゾルとして投与することができる投与単位から本質的になってもよい。用語、エアロゾルは、コロイド状性質のシステムから圧力パッケージからなるシステムまで多岐に亘る、様々なシステムを意味する。送達は、液化ガスまたは圧縮ガスによって、あるいは活性成分を送出する好適なポンプシステムによって行われ得る。エアロゾルは、活性成分（複数可）を送達するために、単相、二相性、または三相性システムで送達され得る。エアロゾルの送達は、必要な容器、アクティベータ、弁、サブ容器等を含み、これらが一緒になってキットを形成し得る。当業者ならば、余計な実験無しに、好ましいエアロゾルを決定できる。

本明細書に記載される組成物は、融合タンパク質または抗体融合物が体から迅速に排除されないように保護する、徐放性製剤またはコーティング等の担体と共に調製されてもよい。そのような担体としては、限定されるものではないが、移植及びマイクロカプセル封入送達システム、ならびにエチレン酢酸ビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、ポリオルトエステル、ポリ乳酸、及び当業者に既知の他のもの等の生分解性の生体適合性ポリマーが挙げられる。

薬学的組成物は、製薬分野において周知の手法で調製することができる。例えば、注射による投与が意図される薬学的組成物は、塩、緩衝剤、及び／または安定化剤のうちの１つ以上を、溶液を形成するように無菌蒸留水と共に含み得る。界面活性剤が、均質な溶液または懸濁液の形成を促進するために添加されてもよい。界面活性剤は、水性送達系における抱合体の溶解または均質な懸濁を促進するように、抱合体と非共有結合的に相互作用する化合物である。

組成物は、治療有効量で投与され得るが、この治療有効量は、採用される特定の化合物の活性；化合物の代謝安定性及び反応の長さ；患者の年齢、体重、一般の健康状態、性別、食事；投与の形態及び時間；排泄の速度；薬物の組み合わせ；特定の障害または病態の重症度；ならびに療法を受ける対象を含む、様々な因子に依存して変動することになる。一般的に、治療的に有効な１日用量は（７０ｋｇの哺乳動物に関して）、約０．００１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、約０．０７ｍｇ）〜約１００ｍｇ／ｋｇ（すなわち、約７．０ｇ）、好ましくは、治療有効量は（７０ｋｇの哺乳動物に関して）、約０．０１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、約０．７ｍｇ）〜約５０ｍｇ／ｋｇ（すなわち、約３．５ｇ）、より好ましくは、治療有効量は（７０ｋｇの哺乳動物に関して）、約１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、約７０ｍｇ）〜約２５ｍｇ／ｋｇ（すなわち、１．７５ｇ）である。

本明細書に記載される組成物は、本明細書に記載されるように、１つ以上の他の治療剤の投与と同時に、その前に、あるいはその後に投与されてもよい。例えば、一実施形態において、抱合体は抗炎症剤と共に投与される。抗炎症剤または抗炎症薬としては、限定されるものではないが、ステロイド及びグルココルチコイド（ベタメタゾン、ブデソニド、デキサメタゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾロン、プレドニゾン、トリアムシノロンを含む）、アスピリン、イブプロフェン、ナプロキセン、メトトレキサート、スルファサラジン、レフルノミド、抗ＴＮＦ薬品、シクロホスファミド、及びミコフェノール酸を含む非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤＳ）が挙げられる。

ある特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は、任意の数の化学療法剤及び細胞傷害性薬物と併せて投与されてもよい。化学療法剤または細胞傷害性薬物の例としては、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（商標））等のアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン等のスルホン酸アルキル；ベンゾドーパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、及びウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）等のアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチロロメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含む、エチレンイミン及びメチルアメラミン；クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノブエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード等のナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン等のニトロソウレア（ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）；アクラノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、ケラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン等の抗生物質；メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）等の代謝拮抗薬；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート等の葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン等のプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５−ＦＵ等のピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン等のアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン等の抗副腎剤；フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）等の葉酸補液；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトラキサート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デフォファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルチン；ジアジクオン；エルフォルミチン（ｅｌｆｏｒｍｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ．ＲＴＭ．；ラゾキサン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２′，２′′−トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン及びカルボプラチン等の白金類似体；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；キセロダ；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ ２０００；ジフルオロメチルオミチン（ｄｉｆｌｕｏｒｏｍｅｔｈｙｌｏｍｉｔｈｉｎｅ）（ＤＭＦＯ）；Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（商標）（ベキサロテン）、Ｐａｎｒｅｔｉｎ（商標）（アリトレチノイン）等のレチノイン酸誘導体；ＯＮＴＡＫ（商標）（デニロイキンジフチトクス）；エスペラミシン；カペシタビン；ならびに上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が挙げられる。例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害性４（５）−イミダゾール、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、及びトレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ）を含む抗エストロゲン薬、ならびにフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、及びゴセレリン等の抗アンドロゲン薬等の、腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように振る舞う抗ホルモン剤、及び上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体もまたこの定義内に含まれる。

そのような併用療法としては、本発明の化合物（すなわち、融合タンパク質、抗体融合タンパク質）及び１つ以上の追加的な活性剤を含有する単一の薬学的投与製剤の投与、ならびに本発明の抱合体を含む組成物と、それぞれ別個の薬学的投与製剤である活性剤との投与が挙げられ得る。例えば、本明細書に記載される融合タンパク質または抗体融合物、及び他の活性剤は、錠剤またはカプセル等の単一の経口投与組成物として患者に対して一緒に投与することができ、あるいは各薬剤は、別個の経口投与製剤として投与することができる。同様に、本明細書に記載される融合タンパク質または抗体融合物、及び他の活性剤は、食塩水中または他の生理学的に許容される溶液中等の単一の非経口投与組成物として患者に対して一緒に投与することができ、あるいは各薬剤は、別個の非経口投与製剤として投与することができる。別個の投与製剤が使用される場合、融合タンパク質または抗体融合物を含む組成物と、１つ以上の追加的な活性剤とは、本質的に同じ時間に、すなわち同時に投与することができ、あるいは別個に交互のタイミングで、すなわち順次かつ任意の順番で投与することができ、併用療法は、全てのこれらのレジメンを含むものと理解される。

本明細書に記載される様々な実施形態を組み合わせて、更なる実施形態を生み出すことができる。本明細書において言及され、かつ／または出願データシートに列挙される米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、海外の特許、海外の特許出願、及び非特許刊行物の全ては、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。実施形態の態様は、尚も更なる実施形態を生み出すために様々な特許、出願、及び刊行物の概念を採用することが必要な場合、修正することができる。

これら及び他の変更を、上に詳述された説明の観点から行うことができる。概して、以下の請求項において、使用される用語は、本明細書及び特許請求の範囲において開示される特定の実施形態に特許請求の範囲を限定するものとして解釈されるべきではなく、全ての可能な実施形態と、そのような請求項が権利を与えられる等価物の全範囲とを含むように解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は本開示によって限定されない。

実施例１
ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質のヒトＨｅｒ２／Ｎｅｕへの結合
ヒトｐ９７（ＭＴｆ）−トラスツズマブ融合構築物を調製し、活性について試験した。ＭＴｆ−トラスツズマブ融合構築物のアミノ酸配列を、下の表Ｅ１に示す。

ＭＴｆ−トラスツズマブ融合構築物のＨｉｓ標識ヒトＨｅｒ２／Ｎｅｕタンパク質（Ｈｅｒ２−Ｈｉｓ）への結合を測定するために、インビトロ結合アッセイを行った。Ｈｅｒ２−Ｈｉｓをｐｅｎｔａ−Ｈｉｓバイオセンサー上に２０μｇ／ｍＬの濃度で装填し、ＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆ、ＭＴｆｐ ＮＨ−ＴＺＭ、及びＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆｐ融合タンパク質（表Ｅ１を参照）、及び異なる濃度のヒトＩｇＧ１対照に浸漬した。

図２Ａ〜２Ｄのオクテット分析及び表Ｅ２（下）の結果は、ＭＴｆ−トラスツズマブ融合物のＨｅｒ２に対する親和性を実証する。

ＭＴｆ−トラスツズマブ融合タンパク質は、平衡解離定数（Ｋ_Ｄ）、会合速度定数（Ｋ_ｏｎ）、及び解離速度定数（Ｋ_ｏｆｆ）によって示されるように、ヒトＨｅｒ２に対する強い結合を実証した。

実施例２
ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質のＡＤＣＣ細胞致死活性
ＭＴｆ−トラスツズマブ融合構築物を、それぞれ正の対照及び負の対照としてのＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）（トラスツズマブ）及びヒトＩｇＧ１ Ｆｃと比較した、ＢＴ−４７４乳癌細胞における抗体依存性細胞介在性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）について試験した。

ＢＴ−４７４細胞をＡＴＣＣから購入し、１．５ｇ／Ｌの重炭酸ナトリウム及び１０％ウシ胎仔血清で補充したＨｙｂｒｉ−Ｃａｒｅ培地で成長させた。ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、Ｈｉｓｔｏｐａｑｕｅ遠心分離で新たに単離し、約３０：１の比でカルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）標識標的ＢＴ−４７４細胞とともにインキュベートした。

試験試料を、効果細胞：標的細胞の混合物と共に、１０の異なる濃度で（最大１００μｇ／ｍＬ）４時間インキュベートした。負の対照は、効果細胞：標的細胞を単に無抗体対照として、ならびに１００μｇ／ｍＬのＩｇＧ Ｆｃを含んだ。各処理を二重に行った。４時間の共インキュベーションの後、細胞をヨウ化プロピジウム（ＰＩ）で染色し、流動細胞計測法（ＦＡＣＳ）で分析した。ＰＩ／ＣＦＳＥ＋細胞の百分率を、細胞傷害性の指標として定量化した。用量反応曲線は、１０の異なる濃度全てに関してデータ点の平均±範囲をプロットすることで作成し、ＥＣ_５０を計算した。結果を図３Ａ〜３Ｂに示す。

図３Ａは、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）及びヒトＩｇＧ１ Ｆｃと比較した、ＴＺＭ／ＭＴｆ融合物のＢＴ−４７４乳癌細胞におけるＡＤＣＣ評価を示す。ここで、ＴＺＭ／ＭＴｆホモ二量体融合物は、０．２μｇ／ｍＬのＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）のＡＤＣＣと比較して、０．６μｇ／ｍＬのＥＣ_５０をもつＡＤＣＣを誘導した。

図３Ｂは、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）及びヒトＩｇＧ１ Ｆｃと比較した、ＬＣ−ＭＴｆｐ／Ｆｃ−ＭＴｆｐ、ＬＣ−ＭＴｆｐ／Ｆｃ、及びＬＣ／Ｆｃ−ＭＴｆｐ融合物のＢＴ−４７４乳癌細胞におけるＡＤＣＣ評価を示す。ＬＣ−ＭＴｆｐ／Ｆｃ−ＭＴｆｐ、ＬＣ−ＭＴｆｐ／Ｆｃ、及びＬＣ／Ｆｃ−ＭＴｆｐは、それぞれ、０．２１６μｇ／ｍＬ、０．１７１μｇ／ｍＬ、及び１．０２５μｇ／ｍＬのＥＣ_５０をもつＡＤＣＣを誘導した。これらのデータは、ＭＴｆ−トラスツズマブ融合構築物が、乳癌細胞において有意な抗体依存性細胞介在性細胞傷害活性を誘導することを示す。

実施例３
ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質のインビボ抗腫瘍効率
ｐ９７−トラスツズマブ融合タンパク質を、ヒトＢＴ−４７４乳腺腫瘍細胞を頭蓋内注射されたマウスにおける抗腫瘍効率及び生存への影響について試験する。具体的には、融合構築物、ＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆ及びＭＴｆｐ ＮＨ−ＴＺＭを、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）（トラスツズマブ、ＡＭＭ：５６２１０３７，ＲＯＣＨＥ）と比較して試験する。

試験化合物．ＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆ及びＭＴｆｐ ＮＨ−ＴＺＭ構築物の原液をＰＢＳで希釈し、それぞれ、６０ｍｇ／ｋｇ及び３０ｍｇ／ｋｇで投与する（３０ｍｇ／ｋｇのＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）の等価用量）。Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）は、以下のように調製する：１５０ｍｇのＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）を含有する１つのバイアルを、ＮａＣｌ０．９％（Ａｇｕｅｔｔａｎｔ，Ｌｙｏｎ，Ｆｒａｎｃｅ）中に２０ｍｇ／ｍＬの最終濃度まで希釈する。原液は研究の期間中、４℃で保存する。マウスへの投与の各日に、原液を、ＮａＣｌ０．９％中に３ｍｇ／ｍＬの最終濃度に達するまで希釈する。Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）は、３０ｍｇ／ｋｇで投与する。

全ての化合物を、１０ｍＬ／ｋｇ／ｉｎｊの用量体積で（すなわち、２０ｇの重さの１匹のマウスの場合、２００μＬの試験物質が投与される）、マウスの尾静脈に静脈内注射（ＩＶ、ボーラス）によって投与する。

癌細胞株．ＢＴ−４７４細胞株は、ＡＴＣＣから購入する。ＢＴ−４７４細胞株は元々は、６０歳の白人女性患者の胸の、固形浸潤性乳管癌から単離された（Ｌａｓｆａｒｇｕｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．６１：９６７−７８，１９７８）。腫瘍細胞は、３７℃の加湿雰囲気下（５％ＣＯ２、９５％空気）において単分子層として成長させる。培養培地は、２ｍＭのＬグルタミン（ｒｅｆ：ＢＥ１２−６０４Ｆ，Ｌｏｎｚａ，Ｖｅｒｖｉｅｒｓ，Ｂｅｌｇｉｕｍ）及び１０％ウシ胎仔血清（ｒｅｆ：３３０２，Ｌｏｎｚａ）で補充されたＤＭＥＭを含有する。細胞は、プラスチックフラスコに付着する。実験使用のために、腫瘍細胞を、カルシウムまたはマグネシウムを伴わないハンクス培地（ｒｅｆ：ＢＥ１０−５４３Ｆ，Ｌｏｎｚａ）において、トリプシン−バーゼン（ｒｅｆ：ＢＥ０２−００７Ｅ，Ｌｏｎｚａ）による５分間の処理で培養フラスコから引き離し、完全な培養培地の添加によって中和する。細胞を血球計数器で数え、それらの生存率を、０．２５％トリパンブルー排除アッセイで評価する。

動物．５〜６週齢の６１匹の健康な雌のＢａｌｂ／Ｃ ｎｕ／ｎｕ（ＣＢｙＪ．Ｃｇ−Ｆｏｘｎ１ｎｕ／Ｊ）マウスを、ＣＨＡＲＬＥＳ ＲＩＶＥＲ（Ｌ’Ａｒｂｒｅｓｌｅｓ）から入手する。動物は、制御された環境条件下の収容室内に維持される：温度２２±２℃、湿度５５±１０％、光周期（１２時間明／１２時間暗）、ＨＥＰＡで濾過された空気、循環を伴わない１時間当たり１５回の空気交換。

動物のエンクロージャは、以下に記載されるように、ベッド用材料、食物及び水、環境及び社会的エンリッチメント（群飼）を伴う無菌かつ十分な空間を提供する：頂部フィルタポリカーボネートＥｕｒｏｓｔａｎｄａｒｄ Ｔｙｐｅ ＩＩＩまたはＩＶケージ、コーンコブ寝具（ｒｅｆ：ＬＡＢ ＣＯＢ １２，ＳＥＲＬＡＢ，Ｆｒａｎｃｅ）、２５ｋＧｙ照射餌（Ｓｓｎｉｆｆ（登録商標）Ｓｏｅｓｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、免疫不全齧歯類のための完全食ＮＭ Ｅｘｔｒｕｄａｔｅ、免疫担当性齧歯類のための完全食Ｒ／Ｍ−Ｈ Ｅｘｔｒｕｄａｔｅ、（２．５μｇ／ｍＬのエストラジオールで補充された）０．２μｍで濾過された無菌水、環境エンリッチメント（ＳＩＺＺＬＥ−ｄｒｉ ｋｒａｆｔ−Ｄ２０００４ ＳＥＲＬＡＢ，Ｆｒａｎｃｅ）。

ＢＴ−４７４腫瘍の誘導．腫瘍細胞の定位的注射のために、マウスは、０．９％ＮａＣｌ溶液中、７０ｍｇ／ｋｇのケタミン（Ｋｅｔａｍｉｎｅ５００（登録商標）、Ｒｅｆ ０４３ＫＥＴ２０４，Ｃｅｎｔｒａｖｅｔ，Ｆｒａｎｃｅ）及び５ｍｇ／ｋｇのキシラジン（Ｒｏｍｐｕｎ（登録商標）、Ｒｅｆ ００２ＲＯＭ００１，Ｃｅｎｔｒａｖｅｔ，Ｆｒａｎｃｅ）の１０ｍＬ／ｋｇ／ｉｎｊの腹腔内注射によって麻酔をかける。腫瘍は、５２匹の雌の動物の２μＬのＲＰＭＩ１６４０中、１×１０^５のＢＴ−４７４細胞の定位的注射によって誘導する。ＢＴ−４７４腫瘍細胞移植を、γ線源（２Ｇｙ、^６０Ｃｏ、ＢｉｏＭｅｐ，Ｂｒｅｔｅｎｉeｒｅｓ，Ｆｒａｎｃｅ）による体全体の照射後２４〜７２時間後に行われる。

腫瘍細胞懸濁液を、０．５μＬ／分の速度で右大脳半球の尾状核に注射する。注射終了の５分後、針を毎分１ｍｍずつ緩徐に抜き取る。カルプロフェン（用量：５ｍｇ／ｋｇ）を手術終了時及び手術の２４時間後に皮下注射する。腫瘍細胞移植の日を、０日目（Ｄ_０）とみなす。

治療スケジュール．治療は５日目（Ｄ_５）に開始する。５２匹のうち４０匹の動物を、それらの個々の体重に応じて、Ｖｉｖｏ ｍａｎａｇｅｒ（登録商標）ソフトウェア（Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｅｓ，Ｃｏｕｔｅｒｎｏｎ，Ｆｒａｎｃｅ）を用いて、各１０匹ずつの４つのグループへと無作為化する。統計試験（分散分析）を行って、グループ間での均質性について試験する。治療スケジュールは以下の通りである。
・グループ１のマウスは、６週間連続して週２回、ビヒクルのＩＶ投与を受ける。
・グループ２のマウスは、６週間連続して週２回、３０ｍｇ／ｋｇのＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）と等価用量の、ＴＺＭ ＨＣ−ＭＴｆのＩＶ投与を受ける。
・グループ３のマウスは、６週間連続して週２回、３０ｍｇ／ｋｇのＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）と等価用量の、ＭＴｆｐ ＮＨ−ＴＺＭのＩＶ投与を受ける。
・グループ４のマウスは、６週間連続して週２回、３０ｍｇ／ｋｇのＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）のＩＶ投与を受ける。

治療スケジュールが、下の表Ｅ３に提供される。

モニタリング．動物の体重の測定値、臨床記録及び死亡率の記録、及び治療を含む、全ての研究データは、スケジュールが決定され、Ｖｉｖｏ Ｍａｎａｇｅｒ（登録商標）データベース（Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｅｓ，Ｄｉｊｏｎ，Ｆｒａｎｃｅ）上に記録される。生存率及び行動は、毎日記録する。体重は週２回測定する。

いかの人道的エンドポイントを測定する（Ｗｏｒｋｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ．１０２：１５５５−７７，２０１０）。
・疼痛、苦しみ、または苦痛の兆候：疼痛姿勢、疼痛顔面、行動
・３日間連続で残存する２０％の体重減少
・不良な体調、るいそう、悪液質、脱水症状
・外部刺激に対する自発的応答の長期に亘る欠如
・急速な呼吸困難、貧血、著しい出血
・神経性の兆候：周回、痙攣、麻痺
・体温の持続的低下
・腹部膨満

死体解剖（肉眼検査）を、実験中死亡した全ての動物に対して、ならびに可能な場合は全ての安楽死させる瀕死の動物、あるいは死んだ状態で見つかった動物に対して行う。

以下の健康の評価基準は、Ｖｉｖｏ ｍａｎａｇｅｒ（登録商標）ソフトウェア（Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｅｓ，Ｃｏｕｔｅｒｎｏｎ，Ｆｒａｎｃｅ）を用いて決定する。
・動物の個々の体重及び平均体重
・平均体重変化（ＭＢＷＣ）：治療される動物の平均重量変化のパーセント（Ｂ日目の重量−Ａ日目の重量／Ａ日目の重量）を計算する。ＭＢＷＣを計算する時間間隔は、体重曲線と体重測定の日にちの関数として選択される。

磁気共鳴画像化（ＭＲＩ）．画像化実験を、能動遮蔽型勾配系を備え付けられた４．７Ｔ水平磁石（ＰｈａｒｍａＳｃａｎ，Ｂｒｕｋｅｒ Ｂｉｏｓｐｉｎ ＧｍｂＨ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で行う。画像分析については、Ｐｈａｒｍａｓｃａｎ内のボリュームコイル内を摺動する、専用のマウス体クレードル（内径３８ｍｍ）にマウスをうつ伏せに置き、画像をＰａｒａＶｉｓｉｏｎ（ＰＶ５．１，Ｂｒｕｋｅｒ Ｂｉｏｓｐｉｎ）で得る。

全ての画像取得中、マウスは、ノーズピースを介する空気の混合物中のイソフルラン（Ｍｉｎｅｒｖｅ，Ｂｏｎｄｏｕｆｌｅ，Ｆｒａｎｃｅ）を用いて継続的に麻酔する。動物の体温は、暖気流によって、生理学的水準内に維持する。呼吸速度は、マウスの腹部にテープで貼り付けた圧力センサを用いて継続的に監視する。生理信号は、ＭＲＩワークステーションに隣接して配置され、光ファイバーケーブル（ＳＡ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ，ＵＳＡ）でセンサと接続されたラップトップを介して監視する。

造影剤、ガドペンテト酸ジメグルミン（Ｇｄ−ＤＴＰＡ，Ｍａｇｎｅｖｉｓｔ，Ｂａｙｅｒ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を、マウスの尾静脈を介して０．４ｍｍｏｌ／ｋｇで静脈内（ＩＶ）に注射する。

画像をワークステーションに転送して、ＩｍａｇｅＪの下で分析する（４）。関心領域（ＲＯＩ）を解剖学的画像上に手作業で描写する。腫瘍体積を、ＲＯＩボクセルの数をボクセルの体積で乗ずることによってＲＯＩから算出する（単位：ｍｍ^３）。単位ｍｍ^３の腫瘍体積を、各時間点において、かつ各動物について集計する。

試料収集．全てのマウスを、最後の治療の１４日後に安楽死させる。深いガス麻酔の下での心臓内採血を、終結手順において使用する。グループ当たり１０匹の動物から、ほぼ２００μＬの血液を、凝固活性化因子を伴う採血管内に収集する。サンプリングの３０分後、１３００ｇで１０分間、管を室温で遠心分離して、血清を得る。血清試料は、分析まで８０℃のプロピレン管に保存する。終結の直後に、各動物の脳、心臓、肺、肝臓、及び腎臓から試料を収集、秤量し、分析のために保存する。

有効性パラメータ．治療有効性を、ＭＲＩで測定した、対照動物と比較した際の、治療した動物の腫瘍体積に対する試験物質の効果に関して評価する（下を参照）。有効性パラメータは、対照に対する、治療されたものの生存パーセントとして表す（Ｔ／Ｃ％）。Ｔは試験物質で治療した動物の生存期間の中央値であり、Ｃはビヒクルで治療した対象動物の生存期間の中央値である。生存システムは、Ｔ／Ｃパーセントが１２５％を超えた場合、成功度を示すものとする（７）。Ｔ／Ｃ％は以下のように表される。

生存曲線を描写し、生存期間の平均及び中央値を計算する。

統計試験．統計的分析は、Ｖｉｖｏ ｍａｎａｇｅｒ（登録商標）ソフトウェア（Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｅｓ，Ｃｏｕｔｅｒｎｏｎ，Ｆｒａｎｃｅ）を用いて行う。平均体重、ＭＢＷＣ、平均腫瘍体積Ｖの統計的分析をＡＮＯＶＡを用いて行い、ペアワイズ試験を、ＡＮＯＶＡの結果が有意である場合、ボンフェローニ／ダン補正を用いて行う。対数順位検定（カプラン・マイヤー）を使用して、生存曲線を比較する。０．０５未満のｐ値を有意とみなす。

Claims (11)

1. ｐ９７配列のＮ末端またはＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列と、それらの間の任意選択のリンカーとを含む、ｐ９７融合タンパク質であって、前記ｐ９７配列が、アミノ酸配列ＤＳＳＨＡＦＴＬＤＥＬＲ（配列番号１４）またはアミノ酸配列ＤＳＳＨＡＦＴＬＤＥＬＲＹからなる、前記ｐ９７融合タンパク質。
2. 配列番号８４（ＭＴｆｐ ＮＨ−ＴＺＭ）を含む、請求項１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
3. 前記ｐ９７配列のＮ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含む、請求項１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
4. 前記ｐ９７配列のＣ末端に融合したトラスツズマブ重鎖配列を含む、請求項１に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
5. 前記ｐ９７配列のＣ末端に融合した切断型トラスツズマブ重鎖配列を含む、請求項４に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
6. 前記ｐ９７融合タンパク質が、１つまたは２つのトラスツズマブ軽鎖配列と、１つのトラスツズマブ重鎖配列と、前記ｐ９７配列のＣ末端に融合した１つの切断型トラスツズマブ重鎖配列とを含み、前記１つの切断型トラスツズマブ重鎖配列が、前記重鎖の定常領域またはそのフラグメントから本質的になり、前記重鎖の可変領域を実質的もしくは完全に欠く、請求項５に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
7. 前記１つの切断型トラスツズマブ重鎖配列が、ＣＨ１ドメインまたはそのフラグメント、ヒンジ領域、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメインから本質的になる、請求項６に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
8. 前記１つの切断型トラスツズマブ重鎖配列が、ヒンジ領域またはそのフラグメント、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメインから本質的になる、請求項６に記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
9. （ａ）配列番号９８〜１０９に示される重鎖アミノ酸配列、（ｂ）配列番号９８〜１０９に示される配列と少なくとも９０％一致する重鎖アミノ酸配列、または（ｃ）約１〜５０アミノ酸の付加、置換、挿入、もしくは欠失で配列番号９８〜１０９とは異なる重鎖アミノ酸配列を含む、請求項１〜８のいずれかに記載の前記ｐ９７融合タンパク質。
10. 薬学的に許容される担体と、請求項１〜９のいずれかに記載のｐ９７−抗体融合タンパク質とを含む、薬学的組成物。
11. 請求項１０に記載のｐ９７−抗体融合タンパク質または薬学的組成物を含む組成物であって、治療を必要とする対象におけるＨＥＲ２過剰発現癌を治療するための、前記組成物。