JP6498412B2 - 新規チオフラビンt誘導体及びその利用 - Google Patents
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Description
[1]下記一般式(I)で表される化合物又はその塩。
[2]下記一般式(I)で表される化合物又はその塩を含む、グアニン四重鎖構造検出剤。
[3]下記一般式(I)で表される化合物又はその塩を、DNA有試料と混合する工程を含む、グアニン四重鎖構造の検出方法。
[4]下記一般式(I)で表される化合物又はその塩を含む、グアニン四重鎖構造を含む標的遺伝子の発現調節剤。
[5]下記一般式(I)で表される化合物又はその塩を含む、アミロイドβ検出剤。
本発明のThT誘導体は、分子プローブとして生体内外における核酸分子のノンカノニカル構造の検出とそれに基づく診断用途に使用でき、さらには、ノンカノニカル構造を改変することで遺伝子発現制御分子として医薬品などの分野に幅広く応用されることが期待される。
XはO、SまたはNHを示し、より好ましくはOである。
被検DNAとしては、ゲノムDNA又はその断片が好ましく、特に多数のゲノムDNAの断片をチップ上に固相化してDNAチップとしたものが好ましい。グアニン四重鎖構造はプロモーター領域やCpG(シトシン(C)(5'側)とグアニン(G)が1個のリン酸エステル(p)を介して結合している部分)部位を複数含む領域(CpG islandと呼ばれる)に多く含まれることが予測されていることから、ゲノムDNAのうち、プロモーターやCpG islandを含む断片だけを選択して、その中から検出操作を行うことも効率的で望ましい。
であれば、上記化合物は、種々の甘味剤又は着香剤、着色料又は色素、及び必要に応じて乳化剤又は懸濁剤と、水、エタノール、プロピレングリコール、グリセリン、又はこれらの組合せと一緒にして合せることができる。
NMRスペクトルはJNM−ECS400およびJNM−ECA600(日本電子株式会社、東京、日本)を使用して測定された。ESIマススペクトルはAPI2000質量分析計(アプライドバイオシステムズ株式会社、東京、日本)を使用して測定された。UVスペクトルはUV−1800分光光度計(株式会社島津製作所、京都、日本)を使用して測定された。蛍光スペクトルはLS−55蛍光分光光度計(株式会社パーキンエルマージャパン、神奈川、日本)を使用して測定された。CDスペクトルはJASCOJ−820分光計(日本分光株式会社、東京、日本)を使用して取得された。オリゴヌクレオチドはWK−0518サーマルサイクラー(和光純薬工業株式会社、大阪、日本)を使用してリフォールディングされた。蛍光量子収率は絶対光ルミネセンス量子収率測定システムC9920−01(浜松ホトニクス株式会社、静岡、日本)とF−7000蛍光分光光度計(株式会社日立製作所、東京、日本)を使用して測定された。蛍光寿命はC11367G蛍光寿命分光計(浜松ホトニクス株式会社、静岡、日本)を使用して測定された。
逆相高速液体クロマトグラフィー(HPLC)はHPLCシステム(日本分光株式会社、東京、日本)を使用して実施された。
2−アミノ−6−メチルベンゾチアゾール、3,4−ジヒドロ−2H−ピラン(DHP)、ブロモ酢酸メチル、p−トルエンスルホン酸ピリジニウム(PPTS)、および水素化ホウ素ナトリウム(NaBH4)は東京化成工業株式会社(東京、日本)から購入したものである。シリカゲル60、トリフルオロ酢酸(TFA)は関東化学株式会社(東京、日本)から購入したものである。アセトニトリル(MeCN)、塩化アンモニウム、ジクロロメタン(CH2Cl2)、ジエチルエーテル、リン酸水素二カリウム(K2HPO4)、リン酸水素二ナトリウム(Na2HPO4)、エタノール(EtOH)、エチレングリコール、塩酸(HCl水溶液)、塩化マグネシウム六水和物(MgCl2・6H2O)、硫酸マグネシウム七水和物、メタノール(MeOH)、塩化カリウム(KCl)、リン酸二水素カリウム(KH2PO4)、水酸化カリウム(KOH)、塩化ナトリウム(NaCl)、リン酸二水素ナトリウム二水和物(NaH2PO4・2H2O)、硫酸ナトリウム(Na2SO4)およびチオフラビンT(ThT)は和光純薬工業株式会社(大阪、日本)から購入したものである。ウシ胸腺DNA(ウシの胸腺由来のデオキシリボ核酸、XV型)、4−(ジ
メチルアミノ)ベンゾイルクロリドおよびTrizma(登録商標)塩基はSigma−Aldrich,Inc.(ミズーリ州、米国)から購入したものである。オリゴヌクレオチドは株式会社日本バイオサービス(埼玉、日本)および株式会社ジーンデザイン(大阪、日本)から購入したものである。
我々はThT中の候補置換部位として4つのメチル基に焦点を当てた。分子動態(MD)シミュレーションに基づいて、ベンゾチアゾール環上のN3位のメチル基のみがGカルテット平面と有意に重なり合うことが示唆された。したがって、我々はこの位置に置換基を導入することが異なるG4タイプを区別するための特異性を改善させることになるかもしれないと考えた。
そこで、最初に7ステップ反応により2−アミノ−6−メチルベンゾチアゾールからThT−DBとThT−HEを合成した。
した。懸濁液を冷水に注ぎ、有機層を水で洗浄し、次に硫酸ナトリウム上で乾燥させた。濾過とその後の溶媒の蒸発により黄色の粉末として化合物T2を得た(727mg、75%); 1H NMR (400 MHz, CDCl3) 6 7.09 (1H, s) 7.04-7.02 (1H, d) 6.79-6.77 (1H, d) 4.15-4.13 (2H, t) 3.99-3.96 (2H, t) 2.33 (3H, s); ESI-MS (陽イオンモード) m/z,
実測値 = 209.2, [M+]の計算値 = 209.07。
m/z, found=460.1, [M+]の計算値 =460.21。次に、T6とThT−DB(54mg)の混合物を250μLのTFA/水/MeOH(2/1/2、体積/体積/体積)中に溶解し、混合物を室温で8時間撹拌した。反応混合物を乾燥するまで蒸発させ、結果生じた残留物を、オクタデシルシリカ(ODS)ゲルカラムを装着したHPLCシステムにより精製してそれぞれ黄色の粉末としてThT−HE(2mg、T4より1.7%)およびThT−DB(6.8mg、T4より5.7%)を得た;
ThT-HE: 1H NMR (600 MHz, CDCl3) 6 8.13-8.12 (1H, d) 7.90-7.89 (2H, d) 7.73 (1H, s) 7.62-7.61 (1H, d) 6.86-6.85 (2H, d) 4.94 (2H, s) 4.37 (2H, s) 3.16 (6H, s) 2.57 (3H, s); ESI-MS (陽イオンモード) m/z, 実測値 = 313.1, [M+]の計算値= 313.14;
ThT-DB: 1H NMR (600 MHz, CDCl3) 6 8.20-8.19 (1H, d) 7.79 (1H, s) 7.70-7.69 (2H, d) 7.61-7.60 (1H, d) 7.55-7.54 (2H, d) 6.75-6.74 (2H, d) 6.53-6.52 (2H, d) 5.49 (2H, s) 4.74 (2H, s) 3.12 (6H, s) 3.04 (6H, s) 2.55 (3H, s); ESI-MS (陽イオンモード) m/z, 実測値=460.1, [M+]の計算値=460.21。
次に、様々なG4形成オリゴヌクレオチドが存在する状態でのThTとThT誘導体の蛍光特性とG4における化合物誘導性のトポロジー変化を調べた。
22mer DNA(22AG:5'-AGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG-3' (配列番号1)および
22Kit:5'-AGGGAGGGCGCTGGGAGGAGGG-3'(配列番号2))、
26mer DNA(26Tel:5'-TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTT-3'(配列番号3))、
27mer DNA(27Myc:5'-TGGGGAGGGTGGGGAGGGTGGGGA AGG-3'(配列番号4))、
20mer DNA(20Src:5'-GGGCGGCGGGCTGGGCGGGG-3'(配列番号5))、および
18mer RNA(18Ras:5'-GGGAGGGGCGGGUCUGGG-3'(配列番号6))。
テロメア領域(22AGおよび26Tel)、
c−MycP1プロモーターのヌクレアーゼ高感受性エレメント領域(27Myc)、
チロシンキナーゼをコードするプロトオンコジーンの転写開始部位の87ヌクレオチド上流域(22Kit)、
非受容体型チロシンキナーゼをコードするプロトオンコジーン(20Src)、および
ヒトNRASプロトオンコジーン転写物の5’非翻訳領域(18Ras)。
17mer DNA(ssDNA:5’-GGGTTACTACGAACTGG-3’(配列番号7))、及び
ssDNA の相補配列(cDNA:5’-CCAGTTCGTAGTAACCC-3’(配列番号8))。
ssDNAは一本鎖DNAとして使用し、cDNAはssDNAと1:1の比率で混合し、二本鎖DNA(dsDNA)として使用した。
TRS50K(50mMトリス塩酸、50mM KCl;pH7.2);
PBS150K(92mM HPO4 2-、150mM K+、15mM Na+;pH7.0);
PBS140KM(80mM HPO4 2-、2.5mM SO4 2-、140mM K+、10mM Na+、2.5mM Mg2+;pH7.4)、および
PBS153NM(10mM HPO4 2-、146mM Cl-、153mM Na+、2.7mM K+、2.5mM Mg2+;pH7.4)。
PBS150KとPBS140KMは細胞内イオン成分と似ており、PBS153NMは典型的なリン酸生理食塩水である。
8種類のオリゴヌクレオチド(22AG、26Tel、27Myc、22Kit、20Src、18Ras、ssDNA、およびdsDNA)を21μMの濃度でそれぞれ緩衝液TRS50K、PBS150K、PBS140KM、およびPBS153NMに溶解し、サーマルサイクラーを使用して95℃で0.5分間加熱して変性し(18Rasについては40℃で)、0.5℃/分の割合で25℃まで冷却することによってリフォールディングさせた。これらの溶液を適切なオリゴヌクレオチド濃度まで希釈し、アリコット(50
μLずつ)を25℃で30分間保温し、次にそれぞれ緩衝液TRS50K、PBS150K、PBS140KM、およびPBS153NMの中の色素(ThT、ThT−DB、およびThT−HE;10.5μM)の20μLの溶液と混合した。さらに、これらの混合物を25℃で30分間保温した。色素の放射スペクトルは、415nmで励起し、450nmと600nmの間で蛍光をモニターすることにより得た。
図1にThT、ThT−DB、およびThT−HEを27MycまたはdsDNAと混合したときの結果を示し、図2−1〜2−3にThT、ThT−DB、およびThT−HEを各種緩衝液中で、各種オリゴヌクレオチドと混合したときの結果を示す。
図1より、ThTはdsDNA存在下でもかなりの蛍光を発しバックグラウンドが高いのに対し、ThT−DB、およびThT−HEはdsDNA存在下ではほとんど蛍光を発しないのでグアニン四重鎖特異性が高いことがわかった。
Kd値を図2−4〜2−6中の滴定曲線から決定し、表1に記載した。
表1の結果から、ThT−HEの標的G4への親和性は概してThTの標的G4への親和性と比べて低かったが、ThT−DBの標的G4への親和性はほぼ同等であった。
表1のとおり、結合親和性は低いにもかかわらず、27Mycと相互作用したThT−HEは26Telと相互作用したThT−HEおよび27Mycと相互作用した他の色素よりも強い相対蛍光強度を示すことができる。したがって、Kd値は必ずしも蛍光放射光と相関しなかった。
色素(3μM)とオリゴヌクレオチド(15μM)を含有する混合物(20μLずつ)を日本ジェネティクス株式会社(東京、日本)から購入した96ウェルPCRプレート・ウルトライージーカット(0.2mL/ノンスカート)に入れた。
図4中の写真は、8 mm Super Violet LED OSSV8131Aを使用する410nmの可視光の照射下でカットオフフィルター(460nm未満)を通して撮影された。0.4秒の露光時間と3.8のF値を用いた。
その結果、THTは特異性がなかったが、THT−HEは27Mycと18rasに対して強い発光を示した。ThT−DBは弱い光を放射するのみであったのでG4間の差異はThTおよびThT−HEと共に撮った写真上では目視により決定することがほとんどできなかった。しかしながら、より長い露光時間を用いると、G4とのThT−DBの放射光を観察することができた(図は示さず)。
オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチド(27Myc、dsDNA、およびウシ胸腺DNA)をそれぞれ25μMの濃度で緩衝液PBS153NMに溶解し、サーマルサイクラーを使用して95℃で0.5分間加熱して変性し、0.5℃/分の割合で25℃まで冷却することによってリフォールディングさせた。これらの溶液(2,700μLずつ)を25℃で30分間保温し、次に緩衝液PBS153NM中の色素(ThT、ThT−HE、およびThT−DB;45μM)の300μLの溶液と混合して27Myc(22.5μM)、dsDNA(22.5μM;二本鎖濃度)、またはウシ胸腺DNA(765μM;塩基濃度)に加えて色素(4.5μM)を含有する混合物(3,000μLずつ)を供給した。さらに、これらの混合物を25℃で30分間保温し、1.0cmの光路長での430nmの吸光度が0.1であるように緩衝液PBS153NMで希釈した。
緩衝液PBS153NM中で27Mycと相互作用した色素(ThT、ThT−HE、またはThT−DB)の蛍光量子収率(Φf)は、絶対光ルミネセンス量子収率測定システムC9920−01を使用して430nmで励起し、440nmと740nmの間で蛍光をモニターすることにより得られた(表3)。
なお、量子収率(Φf、すなわち、Φunk)は次の式に従って計算された:
CD測定の前に8種類のオリゴヌクレオチド(22AG、26Tel、27Myc、22Kit、20Src、18Ras、ssDNA、およびdsDNA)を21μMの濃度でそれぞれ緩衝液TRS50K、PBS150K、PBS140KMおよびPBS153NMに溶解し、サーマルサイクラーを使用して95℃で0.5分間加熱して変性し(18Rasについては40℃で)、0.5℃/分の割合で25℃まで冷却することによってリフォールディングさせた。これらの溶液(40μLずつ)を25℃で30分間保温し、次にそれぞれ緩衝液TRS50K、PBS150K、PBS140KM、およびPBS153NMの中の色素(ThTおよびThT−HEについては0、56、112、224μM、およびThT−DBについては0、56μM)の30μLの溶液と混合した。ThTおよびThT−HEの終濃度は96μMであったが、ThT−DBの終濃度はその低い水溶性のために24μMに設定した。さらに、これらの混合物を25℃で30分間保温し、分析した(図6)。
H1:Hybrid-1、H2:Hybrid-2、P:Parallel、A:Antiparallel
CD分析により、ThT類似体ならびにThTはG4においてトポロジーの変化を引き起こすことができることが示された(図6)。22AG、26Tel、および22KitについてThT−DBの添加前と添加後の間でCDスペクトル(範囲:220〜320nm)の重大な変化が存在した。例えば、22AGのトポロジーはPBS150K中でH1型からA型に変化した(図6A)。さらに、26TelのトポロジーはH2型からH1様型に変化した(図6B)。PBS153NM中では22KitのトポロジーはP型からH2様型に変化した(図6C)。同様に、PBS153NMの中にあるとき、ThT−HEは26TelのトポロジーをA様型からH1型に変えた(図6D)。これらの結果は、異なるG4の立体構造はThT、ThT−HE、およびThT−DBのN3置換基のためにそれらによって安定化され得ることを示した。生理学的塩濃度を有する緩衝液中でG4のトポロジーを変えることができる化合物は遺伝子発現制御のための魅力的な薬品候補である。
以下の手順で、ThTおよびThT−HEのAmyloid Aβ(1-42)に対する結合能を調べた。
用いたサンプル
Amyloid Aβ(1-42) H-DAE FRH DSG YEV HHQ KLV FFA EDV GSN KGA IIG LMV GGV VIA-OH(配列番号9)
Thioflavin T(ThT)
ThT-HE
用いたbuffer
リン酸緩衝液―PBS buffer(pH7.4) K+ 4.2mM、Na+ 154mM、PO4 2- 9.6mM、Cl- 140mM
実験手順
1. Amyloid Aβ(1-42)溶液の調製
Amyloid Aβ(1-42) を溶解させたリン酸緩衝液(2.8, 5.6, 14, 28 μM)をそれぞれ調製した。
2.色素溶液の調製
色素(ThT, ThT-HE)をそれぞれ溶解させたリン酸緩衝液(350μM)を調製した。
3.測定溶液の調製
30分程度静置しておいた各濃度のAmyloid Aβ(1-42)溶液(50 μL)に色素溶液(20 μL)を添加し、30分間静置後蛍光スペクトルを測定した。
測定溶液中の各成分最終濃度: Amyloid Aβ(1-42): 2, 4, 10, 20 μM、ThT, ThT-HE:
100 μM
4.蛍光スペクトル測定
蛍光スペクトル測定にはLS-55 (Perkin Elmer Japan Co., Ltd.)を用いた。435 nm で励起し、460〜660nmの間で発光を観測した。
結果を図7に示す。Amyloid Aβ(1-42)存在下で、ThT-HEはThTと同様に発光増大が観測された。
Claims (7)
- 下記一般式(I)で表される化合物又はその塩。
R2、R3、R4はそれぞれ独立して炭素数1〜5の炭化水素基を示し、
nは0〜5の整数を示し、
XはO、SまたはNHを示す。 - R1は水素、またはOおよびNから選ばれる1種類以上を含んでもよい炭化水素基を示し、
R2、R3、R4はそれぞれ独立して炭素数1〜5の炭化水素基を示し、
nは0〜5の整数を示し、
XはOを示す、請求項1に記載の化合物又はその塩。 - 一般式(I)で表される化合物が下記式(II)または(III)で表される、請求項1に記載の化合物又はその塩。
- 請求項1〜3のいずれか一項に記載の化合物又はその塩を含む、グアニン四重鎖構造検出剤。
- 請求項1〜3のいずれか一項に記載の化合物又はその塩を、DNA含有試料と混合する工程を含む、グアニン四重鎖構造の検出方法。
- 請求項1〜3のいずれか一項に記載の化合物又はその塩を含む、グアニン四重鎖構造を含む標的遺伝子の発現調節剤。
- 請求項1〜3のいずれか一項に記載の化合物又はその塩を含む、アミロイドβ検出剤。
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