JP6385201B2 - 核酸増幅に適した試料の調製方法及び試薬キット - Google Patents
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Description
(1)生体試料等に含有する核酸の増幅反応に使用する核酸試料の調製方法であって、(a)前記生体試料に核酸抽出試薬を加える工程、(b)中和処理を行う工程、(c)遠心分離により上清を得る工程、において、(a)および/又は(b)工程にタンパク質を添加することを特徴とする、(a)から(c)工程を備える、調製方法。
(2)前記工程に、熱処理を行う工程を含む、(1)記載の調製方法。
(3)前記タンパク質が、セリシンである(1)又は(2)に記載の調製方法。
(4)前記核酸抽出試薬が、金属イオンを含む、(1)から(3)のいずれか1項に記載の調製方法。
(5)前記セリシンが、核酸増幅反応液中0.09%以下の濃度である(2)から(4)のいずれか1項に記載の調製方法。
(6)金属イオンが、鉄イオン又はアルミニウムイオンである(4)又は(5)に記載の調製方法。
(7)前記生体試料が、全血、喀痰、唾液、口腔拭い液、咽頭拭い液、鼻腔拭い液、尿、便、血清、血漿である、(1)から(6)のいずれか1項に記載の調製方法。
(8)前記生体試料等に含有する核酸の増幅反応に使用する核酸抽出キットであって、核酸抽出試薬、熱処理試薬および中和試薬のいずれかにタンパク質を含有することを特徴とする抽出キット。
(9)タンパク質が、セリシンである、(8)記載の抽出キット。
(10)核酸増幅反応液中のセリシンの濃度が、0.09%以下である(9)記載の抽出キット。
(11)前記核酸抽出試薬又は熱処理試薬に、金属イオンを含む(8)から(10)のいずれか1項に記載の抽出キット。
(12)金属イオンが、鉄イオン又はアルミニウムイオンである、(11)記載の抽出キット。
(13)前記生体試料が、全血、喀痰、唾液、口腔拭い液、咽頭拭い液、鼻腔拭い液、尿、便、血清、血漿である、(8)から(12)のいずれか1項に記載の抽出キット。
1.口腔内上皮細胞を300μLの生理食塩水に懸濁した溶液を45μL分取し、核酸増幅反応液中に13ゲノム相当となる様に調製したマイコプラズマ菌液5μLを混合し、擬似生体試料を調製した。
2.また、300μLの生理食塩水を45μL分取し、核酸増幅反応液中に13ゲノム相当となる様に調製したマイコプラズマ菌液5μLを混合し、生理食塩水試料を調製した。
3.1.5mL PCRチューブ(以下「PCRチューブ」と略す)に水酸化ナトリウム水溶液および硫酸第二鉄溶液を加えて、総量40μLになるように混和した。
4.次いで、前記擬似生体試料、あるいは生理食塩水試料を添加し、ボルテックスにて十分混和し、スピンダウンをした。ヒートブロックにて95℃で5分間加熱処理した後、氷上冷却し、スピンダウンをした。
5.スピンダウンをした後に、生理食塩水試料については5%のセリシン(TOYOBO社製)水溶液を1μL又は0.9μgのssDNA(ニッポンジーン社製)を添加した系と、セリシン又はssDNAを添加する替わりに生理食塩水を1μL添加した系を用意した。
6.次いで、Tris塩酸緩衝液(pH8.0)を添加して中和した後、ボルテックスした。
7.その後に、遠心機プチまるはちModel2816型(WAKEN社製)を用いて、25℃、2,000rpm、30秒の条件で遠心処理を行い、得られた上清を加熱処理試料とした。
8.別に、加熱処理を行わずに、同様の操作を行って得られた試料を非加熱処理試料とした。
9.上記、セリシン又はssDNAを添加する処理を行わないで核酸抽出を行った生理食塩水試料を対照1とした。
試料5μLを、Loopamp(登録商標)マイコプラズマP検出試薬キット( 栄研化学株式会社製 )から調製したLAMP反応試薬20μL( リアクションミックスMycP.と鎖置換型DNA酵素を混合した溶液 )に添加し、リアルタイム濁度測定計LA−320C( テラメックス社製 )を用い、波長650nmおける濁度(吸光度)変化を指標として、65℃、1時間LAMP反応を行った。
リアクションミックスMycP(RM MycP.) 20.0μL
鎖置換型DNA合成酵素(Bst Pol) 1.0μL
マイコプラズマP検出試薬キット
FIP:CACTCACGGGGGTCACATACGGCCCGATTAATGGCTTGTT (配列番号1)
BIP:GAAGTGCAAACGACTTACCCGGCATTAATTAAGGAGGCAATTTTGGC (配列番号2)
F3 :GGCCTTGGTGGAAAACAC(配列番号3)
B3 :AACTGTTGAGTGGGCTGG(配列番号4)
FLP:GCAAAGGTGTCGAGCAGG(配列番号5)
BLP:GTCCGACCAAAAGGCCAC(配列番号6)
図1は、セリシンの有無が核酸抽出に与える効果について試験した結果である。縦軸は、LAMP反応液の濁度(turbidity)が0.1に到達するまでの時間(分)(Tt値)を示し、横軸は、対照1、セリシンを添加して核酸の抽出を行った試料(セリシン)およびssDNAを添加して核酸の抽出を行った試料(ssDNA)を示している。
キャリアータンパク質としてはセリシンを用い、水酸化ナトリウム水溶液(以下、1液とする)、硫酸第二鉄溶液(以下、2液とする)又はTris塩酸緩衝溶液(pH8.0)(以下、3液とする)のいずれか一つに5%セリシン水溶液1μLを混和した前記水溶液を使用し、実施例1.(1)1〜4、7〜8と同様に行った。セリシンを含まない各溶液で処理した生理食塩水試料を対照2とした。
実施例1.(2)と同様に行った。
図2は、1液、2液又は3液を添加して核酸抽出し、その核酸試料を用いて核酸増幅反応を行った結果である。横軸は、対照2および1液、2液又は3液を示している。1液、2液又は3液を用いて核酸の抽出を行った場合、Tt値は、24.7〜32.7分であった。一方、対照2のTt値は、29.8〜45.2分であった。
1.約80μLのヒト全血試料(ヒト全血検体1〜5)を300μLの生理食塩水に懸濁した溶液を45μL分取し、核酸増幅反応液中に13ゲノム相当となる様に調製したマイコプラズマ菌液5μLを混合し、擬似生体試料を調製した。
2.PCRチューブに水酸化ナトリウム水溶液および硫酸第二鉄溶液を加えて、総量40μLになるように混和した。
3.次いで、前記擬似生体試料をボルテックスにて十分混和し、スピンダウンをした。ヒートブロックにて95℃で5分間加熱処理した後、氷上冷却し、スピンダウンをした。
4.スピンダウンをした後に、5%のセリシン(TOYOBO社製)水溶液1μLを添加した。
5.次いで、Tris塩酸緩衝液(pH8.0)を添加して中和した後、ボルテックスした。
6.その後に、遠心機プチまるはちModel2816型(WAKEN社製)を用いて、25℃、2,000rpm、30秒の条件で遠心処理を行い、得られた上清を加熱処理試料とした。
7.上記、セリシンを添加する替わりに生理食塩水を1μL添加した系を対照3とした。
実施例1.(2)と同様に行った。
図3はヒト全血検体からセリシンを添加して核酸抽出し、その核酸試料を用いて核酸増幅反応を行った結果である。横軸は、ヒト全血検体1から5を示している。
試料として喀痰検体1〜5を用いた以外は、実施例3(1)1〜6と同様にして実験を行った。
実施例1.(2)と同様に行った。
図4は、喀痰検体からセリシンを添加して核酸抽出し、その核酸試料を用いて核酸増幅反応を行った結果である。横軸は、喀痰検体1から5を示している。
試料として尿検体1〜5を用いた以外は、実施例3(1)1〜6と同様にして実験を行った。
実施例1.(2)と同様に行った。
図5は、尿検体からセリシンを添加して核酸抽出し、その核酸試料を用いて核酸増幅反応を行った結果である。横軸は、尿検体1から5を示している。
試料として便検体1〜3を用い、便検体を10%懸濁液とした以外は、実施例3(1)1〜6と同様にして実験を行った。
実施例1.(2)と同様に行った。
図6は、便検体からセリシンを添加して核酸抽出し、その核酸試料を用いて核酸増幅反応を行った結果である。横軸は、便検体1から3を示している。
試料として血清検体1〜3を用いた以外は、実施例3(1)1〜6と同様にして実験を行った。
実施例1.(2)と同様に行った。
図7は、血清検体からセリシンを添加して核酸抽出し、その核酸試料を用いて核酸増幅反応を行った結果である。横軸は、血清検体1から3を示している。
試料として血漿検体1〜3を用いた以外は、実施例3(1)1〜6と同様にして実験を行った。
実施例1.(2)と同様に行った。
図8は、血漿検体からセリシンを添加して核酸抽出し、その核酸試料を用いて核酸増幅反応を行った結果である。横軸は、血清検体1から3を示している。
セリシンの核酸反応液中の濃度が2段階希釈系列(0.0000036%〜0.36%)になるように調製したセリシン水溶液を用いた以外は、実施例1(1)2〜5と同様にして実験を行った。セリシンの替わりに、生理食塩水を1μL添加し、前記処理を行って得られた試料を対照3とした。
実施例1.(2)と同様に行った。
図9は、セリシンの濃度が核酸抽出に与える効果について試験した結果である。横軸は、対照3および、セリシンの濃度(0.0000036%〜0.36%)を示している。
硫酸第二鉄溶液の替わりに硫酸アルミニウム水溶液を用いた以外、実施例1(1)2〜5、7〜8と同様にして実験を行った。硫酸アルミニウムを含まない各溶液を処理したものを対照4とした。
実施例1.(2)と同様に行った。
図10は、硫酸アルミニウムの核酸抽出に与える効果について試験した結果である。横軸は、対照4および、硫酸第二鉄水溶液又は硫酸アルミニウム水溶液を添加し核酸抽出した系を示す。
キャリアータンパク質としてセリシンを用いた以外は、実施例1.(1)1〜5と同様にして実験を行った。セリシンを添加する替わりに、生理食塩水を1μL添加し、上記処理によって得られた生理食塩水試料を対照5とした。
試料5μLを以下のPCR反応液20μL を加え、以下の条件により核酸を増幅した。
2×PreMix(タカラバイオ社) 12.5μL
10mM F 2.25μL
10mM R 2.25μL
10mM プローブ 0.63μL
ROX dye 2 0.50μL
DW 1.9μL
F GTAATACTTTAGAGGCGAACG (配列番号7)
R TACTTCTCAGCATAGCTACAC (配列番号8)
FAM-CGCGATACCAACTAGCTGATATGGCGCAATCGCG-BHQ1 (配列番号9)
95 ℃ 、30sec− 50℃、30sec− 75℃、30sec を45サイクル行った。
図11は、リアルタイムPCR法による結果を示すグラフである。縦軸はサイクル数(Ct値)を示している。
Claims (9)
- 生体試料に含有する核酸の増幅反応に使用する核酸試料の調製方法であって、
(a)前記生体試料に鉄イオン又はアルミニウムイオンを含む核酸抽出試薬を加える工程、
(b)中和処理を行う工程、
(c)遠心分離により上清を得る工程、
において、(a)および/又は(b)工程にセリシンを添加することを特徴とする、(a)から(c)工程を備える、調製方法。 - 前記工程に、加熱処理を行う工程を含む、請求項1記載の調製方法。
- 前記セリシンが、核酸増幅反応液中0.36%以下の濃度である請求項1又は2に記載の調製方法。
- 前記セリシンが、核酸増幅反応液中0.09%以下の濃度である請求項1又は2に記載の調製方法。
- 前記生体試料が、全血、喀痰、唾液、口腔拭い液、咽頭拭い液、鼻腔拭い液、尿、便懸濁液、血清、血漿である、請求項1から4のいずれか1項に記載の調製方法。
- 生体試料に含有する核酸の増幅反応に使用する核酸抽出キットであって、鉄イオン又はアルミニウムイオンを含む核酸抽出試薬、熱処理試薬および中和試薬のいずれかにセリシンを含有することを特徴とする抽出キット。
- 核酸増幅反応液中の前記セリシンの濃度が、0.36%以下である請求項6記載の抽出キット。
- 核酸増幅反応液中の前記セリシンの濃度が、0.09%以下である請求項6記載の抽出キット。
- 前記生体試料が、全血、喀痰、唾液、口腔拭い液、咽頭拭い液、鼻腔拭い液、尿、便懸濁液、血清、血漿である、請求項6、7又は8に記載の抽出キット。
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