JP6767374B2 - 赤血球溶解溶液 - Google Patents
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Description
血液中のRNAを検出するための市販のアッセイが存在するが、このようなアッセイにおいて検出されるRNAは、通常、細胞外形態で存在する(例えば、血液中のHIVまたはHCV粒子)。赤血球内からのRNAまたは他の標的分子の検出は、より困難だがやりがいがある。溶解によって放出される多くの非標的分子、特に、ヌクレアーゼまたはプロテアーゼは標的分子を分解し得るので、溶解に使用される試薬は、その後の加工処理を妨げ得る。
テトラデシルトリメチルアンモニウムオキサレート(TDTMAO)は、血液の輸送、貯蔵および加工処理のために一般に使用される(米国特許第6,602,718号および同第6,617,170号)。この四級アミンは、例えば、PAXgeneTM Blood RNA System(BD Biosciences)の中に含まれ、細胞に浸透し、細胞内標的RNAを安定化することによって働く。そのRNAは、次いで、後に、標準的技術を使用して、全血の成分から精製および分析され得る。細胞を溶解し、グアニジニウム塩を使用してRNaseを阻害するための方法もまた、公知である(Chomczynskiら (1987) Anal. Biochem. 162, 156−159)。
ヒトバベシア症は、赤血球のダニ媒介性赤血球内感染から生じる新興感染症である。Babesia microtiは、米国におけるバベシア症の最も一般的な原因であり、北東部の州および北中西部の州では、広く流行している。この種は、米国での輸血感染性バベシア症(TTB)の症例の大部分に関係付けられており、現在、FDAに最も多く報告されている輸血感染性疾患である。2005〜2010年の間に、FDAに報告された輸血関連死のうちの3.6%は、TTBが原因であった。しかし、この因子が米国の血液供給に与えるリスクにも拘わらず、今日までにBabesiaの血液スクリーニングのためにFDAが認可した検査は存在しない。
本発明は、塩化アンモニウム、ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および抗凝固薬を含む試薬を提供する。一部の実施形態では、前記試薬は、緩衝剤をさらに含む。一部の実施形態では、前記緩衝剤は、重炭酸ナトリウムである。一部の実施形態では、前記緩衝剤のpHは、7〜8または7.2〜7.6である。一部の実施形態では、前記抗凝固薬は、EDTA、ヘパリン、またはシトレートである。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
塩化アンモニウム、ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および抗凝固薬を含む試薬。
(項目2)
緩衝剤をさらに含む、項目1に記載の試薬。
(項目3)
前記緩衝剤は、重炭酸ナトリウムである、項目2に記載の試薬。
(項目4)
前記緩衝剤のpHは、7〜8である、項目2または項目3に記載の試薬。
(項目5)
前記抗凝固薬は、EDTA、ヘパリン、またはシトレートである、先行する項目のいずれか1項に記載の試薬。
(項目6)
塩化アンモニウムの濃度は、100〜500mMである、項目1〜5のいずれか1項に記載の試薬。
(項目7)
塩化アンモニウムの濃度は、200〜300mMである、項目1〜6のいずれか1項に記載の試薬。
(項目8)
塩化アンモニウムの濃度は、250mMである、項目1〜7のいずれか1項に記載の試薬。
(項目9)
LLSの濃度は、4〜15%(v/v)である、項目1〜8のいずれか1項に記載の試薬。
(項目10)
LLSの濃度は、5〜8%(v/v)である、項目1〜9のいずれか1項に記載の試薬。
(項目11)
LLSの濃度は、5%(v/v)である、項目1〜10のいずれか1項に記載の試薬。
(項目12)
重炭酸ナトリウムの濃度は、5〜30mMである、項目3〜11のいずれか1項に記載の試薬。
(項目13)
重炭酸ナトリウムの濃度は、10〜20mMである、項目3〜12のいずれか1項に記載の試薬。
(項目14)
重炭酸ナトリウムの濃度は、14mMである、項目3〜13のいずれか1項に記載の試薬。
(項目15)
前記緩衝剤のpHは、7.2〜7.6である、項目3〜14のいずれか1項に記載の試薬。
(項目16)
塩化アンモニウムの濃度は、250mMであり、LLSの濃度は、5%(v/v)であり、重炭酸ナトリウムの濃度は、14mMであり、pHは、7.2〜7.6である、項目3〜15のいずれか1項に記載の試薬。
(項目17)
前記試薬は、赤血球または赤血球に由来する生成物と混合される、項目1〜16のいずれか1項に記載の試薬。
(項目18)
前記試薬は、全血と混合される、項目1〜16のいずれか1項に記載の試薬。
(項目19)
前記試薬は、3:1(v/v)の比で全血と混合される、項目18に記載の試薬。
(項目20)
前記全血は、ヒト全血、非ヒト全血、またはこれらの混合物である、項目18または項目19に記載の試薬。
(項目21)
赤血球に由来する標的を分析する方法であって、該方法は、
(a)赤血球と、塩化アンモニウムおよびアニオン性界面活性剤を含む試薬とを接触させる工程であって、該試薬は、該赤血球を溶解し、かつ該赤血球から放出された標的の分解を阻害するために有効である、工程;ならびに
(b)該赤血球から放出された該標的を分析する工程、
を包含する方法。
(項目22)
前記標的は、病原体由来の標的である、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記標的は、RNAである、項目21または項目22に記載の方法。
(項目24)
前記赤血球のうちの少なくとも50%は、5分またはそれ未満で溶解される、項目21〜23のいずれか1項に記載の方法。
(項目25)
溶解された赤血球のパーセンテージは、溶解された白血球のパーセンテージより高い、項目21〜24のいずれか1項に記載の方法。
(項目26)
前記試薬は、項目1〜20のいずれかに定義されるとおりである、項目21〜25のいずれか1項に記載の方法。
(項目27)
前記標的を分析する工程は、前記放出された標的と、捕捉プローブおよび固定化プローブとを接触させる工程を包含し、該捕捉プローブは、該標的に相補的な第1のセグメントおよび該固定化プローブに相補的な第2のセグメントを有し、ここで該標的は、該捕捉プローブに結合し、そしてここで該結合された捕捉プローブは、該固定化プローブに結合する、項目21〜26のいずれか1項に記載の方法。
(項目28)
前記標的の転写媒介性増幅を行う工程および該得られた増幅生成物を検出プローブで検出する工程をさらに包含する、項目27に記載の方法。
(項目29)
前記試薬を、前記赤血球から放出された前記標的から分離するための遠心分離工程なしで行われる、項目21〜28のいずれか1項に記載の方法。
(項目30)
前記標的は、Babesia属の病原性生物に由来する18S rRNAである、項目21〜29のいずれか1項に記載の方法。
(項目31)
前記病原性生物は、種Babesia microtiのものである、項目30に記載の方法。
(項目32)
検出限界は、全血1mLあたりBabesia microti 18S rRNAの少なくとも2×10 3 コピーである、項目31に記載の方法。
配列番号1は、非T7プライマーの核酸配列を示す。
病原体とは、ヒトおよび他の動物における疾患の原因となる、ウイルス、細菌、原生動物、真菌、および他の微生物を包含する。
(I.一般)
本発明は、赤血球を溶解することによってRNAまたは他の標的を分析に適切な形態で放出するための溶解試薬を提供する。この溶解試薬は、少なくとも塩化アンモニウムおよびアニオン性界面活性剤を含み、そして抗凝固薬を含み得る。上記試薬は、赤血球を溶解し、放出された標的を溶解物中での分解から保護するように働き、その標的の分析のためのその後の工程(例えば、標的捕捉、増幅、検出、および/または配列決定)と適合性である。好ましくは、上記溶解試薬は、サンプル(例えば、全血)中の赤血球を、存在する白血球または他の細胞と比較して優先的に溶解して、他の細胞タイプの溶解物に由来する汚染を低減しかつ均質なサンプルを生成する。上記溶解試薬は、赤血球に感染する病原体由来のRNA(BabesiaおよびPlasmodium speciesのような寄生生物が挙げられる)の分析に特に適している。
本発明の溶解試薬は、少なくとも塩化アンモニウムおよびアニオン性界面活性剤、ならびに好ましくは、抗凝固薬を含む。塩化アンモニウム(ACL)は、溶解因子として作用する。全血において、塩化アンモニウムは、赤血球を、白血球よりも優先的に溶解し、従って、サンプルの汚染および検出アッセイの工程の妨害を低減する。塩化アンモニウムに関する例示的濃度範囲としては、100〜1000mM、100〜800mM、100〜500mM、150〜300mM、200〜300mM、240〜260mM、または250mMが挙げられる。
赤血球は、任意の利用可能な供給源(例えば、全血または赤血球を含むその任意の画分(例えば、ペレット化赤血球))から得られ得る。全血は、ヒト全血、非ヒト全血、またはこれらの組み合わせであり得る。
本発明の溶解試薬によって赤血球から放出される標的としては、内因性もしくは病原性の核酸(例えば、DNAもしくはRNA)、粒子全体、病原性のウイルスもしくは生物に由来するタンパク質、ならびに/または抗体、脂質および炭水化物が挙げられ得る。病原体由来RNA標的が好ましい。種々のタイプのRNAが検出され得る。このRNAは、リボソームRNA(rRNA)、メッセンジャーRNA(mRNA)、または異種の核RNA(hnRNA)であり得る。病原体の好ましい標的は、リボソームRNA、特に、18S rRNA、5S rRNA、5.8S rRNA、または28S rRNAである。
赤血球の溶解から放出される標的分子は、分析に供される。標的分子は、分析の前に、溶解試薬から(遠心分離または他の方法によって)分離されてもよいし、分離されなくてもよい。分離工程の省略は、そのアッセイを行うにあたって、効率的な作業フローを容易にし得る。アッセイのタイプは、標的に依存する。
核酸標的の分析はしばしば、捕捉、増幅および検出の工程を伴う。あるいは、増幅法および検出法は、事前の標的捕捉なしで行われ得る。好ましくは、増幅、ならびに検出および標的捕捉(行われる場合)は、標的分子を溶解試薬から分離することなく起こる。従って、プロセス全体は、1つの容器中で行われ得る。
例示的な標的捕捉アッセイは、以下のとおりに1またはこれより多くの捕捉プローブ、固定化プローブ、サンプル、および適切な媒体を使用して行われて、標的核酸への標的捕捉オリゴマーの、および固定化プローブへの標的捕捉オリゴマーのハイブリダイゼーションを可能にし得る。標的サンプルは、上記アッセイを行う前に(例えば、65℃から95℃へと)加熱されて、2本鎖形態にあるあらゆる核酸を変性し得る。その成分は、任意の順序で混合され得る。例えば、上記標的捕捉オリゴマーは、上記サンプルに加えられ得、上記固定化プローブを加える前に上記サンプル中の標的核酸とハイブリダイズされ得る。しかし、自動化アッセイに関しては、上記標的捕捉オリゴマーおよび固定化プローブを、同時または実質的に同時に供給することによって、加える工程の回数を最小限にすることが好ましい。この場合には、ハイブリダイゼーションの順序は標的捕捉オリゴマーと標的核酸との間で二重鎖を形成し得るが、捕捉プローブの第1のステムセグメントと第2のステムセグメントとの間で、および標的捕捉オリゴマーと固定化プローブとの間で形成する二重鎖の融解温度を超える条件下で第1のハイブリダイゼーションを行い、次いで、低減したストリンジェンシー、好ましくは、第1のステムセグメントと第2のステムセグメントとの間で、および標的捕捉オリゴマーと固定化プローブとの間で形成される二重鎖の融解温度未満の条件下で第2のハイブリダイゼーションを行うことによって、制御され得る。ストリンジェンシーは、アッセイミックスの温度を低下させることによって低減され得る。より高温では、標的結合部位は、標的核酸と二重鎖を形成する。より低い温度では、標的核酸に結合しなかった捕捉プローブの第1のおよび第2のステムセグメントが、互いと二重鎖を形成し、そして標的核酸に結合した捕捉プローブの第1のステムセグメントは、固定化プローブと二重鎖を形成する。例えば、より高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、60℃でまたは60℃付近で行われ得、より低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、室温または25℃へと冷却させることによって行われ得る。ストリンジェンシーはまた、塩濃度を低下させるか、またはカオトロピック溶媒を加えるかもしくはその濃度を増大させることによって、低減され得る。いくつかの方法では、全ての工程(2本鎖標的を変性させる、より高温での最初の変性工程を除くことはあり得る)が、等温で行われ得る。
核酸標的は、転写媒介性増幅(TMA)、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、核酸配列ベースの増幅、リガーゼ連鎖反応または他の増幅法のような方法を使用して増幅され得る。増幅された標的RNA生成物の検出は、増幅の間に(リアルタイムで)または増幅後に(エンドポイントで)行われ得る。
TMAは、以前に記載されている(例えば、米国特許第5,399,491号、同第5,554,516号、同第5,824,518号、および同第7,833,716号;そしてまた、例えば、F. Gonzales and S. McDonough. Applications of Transcription−Mediated Amplification to Quantification of Gene Sequences. Gene Amplification. 1998 Ed. Francois Ferre, Birkhauser, Boston. PP. 189−204)。TMAでは、増幅されるべき配列を含む標的核酸は、1本鎖核酸(例えば、ssRNAまたはssDNA)として提供される。2本鎖核酸(例えば、dsDNA)を1本鎖核酸へと変換する任意の従来の方法が、使用され得る。プロモータープライマーは、上記標的核酸へとその標的配列において特異的に結合し、逆転写酵素(RT)は、テンプレートとして上記標的鎖を使用して上記プロモータープライマーの3’末端を伸長して、cDNAコピーを作りだし、RNA:cDNA二重鎖を生じる。RNase活性(例えば、RT酵素のRNase H)は、RNA:cDNA二重鎖のRNAを消化し、第2のプライマーが、上記プロモーター−プライマー末端から下流にある、このcDNA中のその標的配列に特異的に結合する。次いで、RTは、テンプレートとしてそのcDNAを使用して第2のプライマーの3’末端を伸長して、機能的プロモーター配列を含むdsDNAを作り出すことによって、新たなDNA鎖を合成する。機能的プロモーターに対して特異的なRNAポリメラーゼは、転写を開始して、最初の標的鎖に相補的な約100〜1000個のRNA転写物(増幅されたコピーまたはアンプリコン)を生成する。この第2のプライマーは、各アンプリコン中のその標的配列に特異的に結合し、RTは、このアンプリコンRNAテンプレートからcDNAを作り出して、RNA:cDNA二重鎖を生成する。RNaseは、上記アンプリコンRNAを、RNA:cDNA二重鎖から消化し、このプロモータープライマーの標的特異的配列は、その新たに合成されたDNA中のその相補的配列に結合し、RTは、上記プロモータープライマーの3’末端および上記cDNAの3’末端を伸長して、RNAポリメラーゼが結合し、その標的鎖に相補的なさらなるアンプリコンを転写する機能的プロモーターを含むdsDNAを作り出す。反応の間にこれら工程を反復して使用する自動触媒サイクルは、その最初の標的配列の約10億倍の増幅を生じる。必要に応じて、アンプリコンは、上記アンプリコン中に含まれる配列に特異的に結合するプローブを使用することによって増幅の間(リアルタイム検出)に、または反応のエンドポイント(エンドポイント検出)で、検出され得る。その結合したプローブから生じるシグナルの検出は、上記サンプル中の標的核酸の存在を示す。
あるいは、PCR増幅(例えば、逆転写酵素またはリアルタイムPCR)が、増幅のために使用され得る。PCRは、標的核酸を捕捉複合体から事前に放出してまたは放出せずに、行われ得る。このPCR反応は、捕捉工程と同じ容器(例えば、微量遠心チューブ)の中で行われ得る。このPCR反応は、解離のための約95℃(例えば、90〜99℃)という高温から、アニーリングのための約60℃という低温(例えば、40〜75℃、または50〜70℃または55〜64℃)の間でのサーモサイクリングを含む。代表的には、完全サーモサイクルの数は、少なくとも10、20、30または40である。PCR増幅は、1またはこれより多くのプライマー対を使用して行われる。PCR増幅に使用されるプライマー対は、配列決定されることが望まれる領域に隣接する標的核酸の対抗する鎖に相補的な2つのプライマーを含む。ウイルスゲノムの大部分(例えば、50、75または99%より多く)を配列決定するために、プライマーは、好ましくは、ウイルスゲノムの末端の近くに位置する。関連分子(例えば、患者サンプル中に存在する同じウイルスの変異形態)の増幅のために、プライマーは、好ましくは、その集団の大部分のメンバーに存在する可能性が高い標的核酸の保存された領域に相補的である。PCR増幅は、以下に記載される:PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification (H.A. Erlich編, Freeman Press, NY, NY, 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innisら編, Academic Press, San Diego, CA, 1990); Mattilaら, Nucleic Acids Res. 19, 4967 (1991); Eckertら, PCR Methods and Applications 1, 17 (1991); PCR(McPhersonら編, IRL Press, Oxford);および米国特許第4,683,202号。
核酸標的の検出は、捕捉後にかつ任意の公知の方法を使用することによって、増幅の間(リアルタイム)または増幅後(エンドポイント)のいずれかで行われ得る。RNAの増幅生成物はしばしば、RT−PCRから生じるDNA、またはTMAから生じるRNAコピーの形態にある。増幅された核酸は、液相中で検出され得るか、またはそれらをマトリクス中でまたはマトリクス上で濃縮し、上記核酸と関連した標識(例えば、臭化エチジウムのようなインターカレーティング剤)を検出することによって検出され得る。いくつかの検出法は、増幅された生成物中の配列に相補的なプローブを使用してプローブ:生成物複合体の存在を検出するか、またはプローブの複合体を使用して、増幅された生成物から検出されるシグナルを増幅する(例えば、米国特許第5,424,413号、同第5,451,503号および同第5,849,481号)。他の検出法は、シグナル生成が標的配列の存在に結び付いているプローブを使用する。なぜならシグナルの変化は、分子ビーコン、分子トーチ、またはハイブリダイゼーションスイッチプローブ(例えば、米国特許第5,118,801号、同第5,210,015号、同第5,312,728号、同第5,538,848号、同第5,541,308号、同第5,656,207号、同第5,658,737号、同第5,925,517号、同第6,150,097号、同第6,361,945号、同第6,534,274号、同第6,835,542号、および同第6,849,412号;ならびに米国公開番号2006/0194240 A1)におけるように、上記標識されたプローブが増幅された生成物に結合する場合にのみ生じるからである。このようなプローブは、代表的には、このプローブの一方の末端に付着された標識(例えば、発蛍光団)、およびこのプローブが、増幅された生成物にハイブリダイズされていないことを示すあるコンホメーションにある(「閉じている」)ときの標識からのシグナル生成を阻害するが、プローブがそのコンホメーションを(「開いている」へと)変化させる増幅された生成物にハイブリダイズしているときに検出可能なシグナルが生成されるようにこのプローブの別の位置に付着される相互作用化合物(例えば、クエンチャー)を使用する。この増幅された生成物と特異的に会合する直接的にまたは間接的に標識されたプローブからのシグナルの検出は、増幅された標的核酸の存在を示す。
増幅後に、標的核酸は、定性的もしくは定量的な検出をされるとともに、または定性的もしくは定量的な検出をされる代わりに、配列決定され得る。精製は、望ましい場合、シリカカラム(例えば、Qiagen重力流カラム)上で行われ得る。この標的核酸は、カラムに結合し、ここでこの標的核酸は、洗浄され得、次いで溶離され得る。あるいは、精製は、核酸プローブベースの精製システム(例えば、米国特許第6,110,678号もしくは同第8,034,554号、US 2013/0209992もしくはUS 2009/0286249、またはWO 2012/037531もしくはWO 2013/116774)を使用して行われ得る。その増幅された標的DNAはまた、アダプターの付着によって、いくつかの配列決定形式に適合させられ得る。その増幅されたDNAは、ヌクレオチド(通常は、ホモポリマー)のクレノウ媒介性付加によってテール付加され得、続いて、その付加されたテールに相補的なオリゴヌクレオチドにアニールされ得、ライゲーションされ得る。使用される配列決定プラットフォームに依存して、特別なアダプターが、配列決定前にテンプレートにライゲーションされる。例えば、SMRTベルアダプターは、Pacific Biosciences’ PacBio RS配列決定機での配列決定のために、サンプルテンプレートにライゲーションされる(例えば、Traversら Nucl. Acids Res. (2010) 38 (15): e159を参照のこと)。
抗体、タンパク質、粒子および他の標的は、免疫沈降、ウェスタンブロッティング、ELISA、ラジオイムノアッセイ、競合アッセイおよび免疫測定アッセイ(immunometric assay)のような形式によって検出され得る。Harlow & Lane, Antibodies: A Laboratory Manual (CSHP NY, 1988); 米国特許第3,791,932号;同第3,839,153号;同第3,850,752号;同第3,879,262号;同第4,034,074号、同第3,791,932号;同第3,817,837号;同第3,839,153号;同第3,850,752号;同第3,850,578号;同第3,853,987号;同第3,867,517号;同第3,879,262号;同第3,901,654号;同第3,935,074号;同第3,984,533号;同第3,996,345号;同第4,034,074号;および同第4,098,876号を参照のこと。サンドイッチアッセイは、好ましい形式である(米国特許第4,376,110号、同第4,486,530号、同第5,914,241号、および同第5,965,375号を参照のこと)。
本発明の方法は、赤血球に由来する標的の高感度の検出を提供し得る。病原体由来RNA標的に関しては、感度は、ある体積の全血に存在する病原体RNAコピーの最小数として表され得る。全血の体積は、溶解試薬と直接接触され得るものであるか、または血液画分(例えば、ペレット化赤血球)を調製するために使用され得るものであり、この血液画分は、翻って、この溶解試薬と接触させられる。好ましくは、上記方法は、全血中の病原性RNAの存在を、1寄生生物に等しい2×103コピーのRNA/1mL 全血もしくはこれより良好、2×103コピー/5mL 全血もしくはこれより良好、2×103コピー/10mL 全血もしくはこれより良好、2×103コピー/50mL 全血もしくはこれより良好、または2×103コピー/100mL 全血もしくはこれより良好な感度で検出する。いくつかの方法では、溶解したサンプル中の病原体RNAの範囲は、2×103〜2×107コピー/1mL サンプルの間で変動する。
本実施例の目的は、溶解試薬であって、ヒト全血中の赤血球を有効に溶解し、この溶解したサンプル中のBabesia由来rRNAを安定化し、そしてRNAseの活性を阻害する溶解試薬を特定することであった。磁性ビーズを使用するGen−ProbeのTarget Capture Technologyと適合性であるためには、上記溶解試薬は、好ましくは、効率的標的捕捉のために均質な溶解物を生じるべきである。
緩衝化ACL溶液中のLLSの必要性を、本実施例において試験した。LLSを、緩衝化ACL溶液中に、0%(コントロール)、1%、2%、3%、および5%という濃度で含めた。ヒト全血に、1×10−7〜1×10−9の範囲に及ぶ希釈において、Babesia感染ハムスター血液を添加した。添加された全血サンプルを、上記緩衝化ACL/LLS溶液の各々で溶解した。Babesia 18S rRNAを、上記のようにProcleix TCRおよびTMAによる増幅を使用して、各サンプル中で検出した。図5に示されるように、LLSの濃度の低下は、Babesia 18S rRNAの検出のより大きな変動性を生じる。これは、おそらくTMAによる増幅の前に、Babesia 18S rRNA標的を安定化するために存在するLLSの不十分な量に起因する。
緩衝化ACLおよび5% LLSを使用して、ヒト全血におけるBabesiaの検出感度を調べた。ヒト全血に、1×10−4〜1×10−11の希釈において、Babesia感染ハムスター血液を添加した。血液サンプルを、緩衝化ACLおよび5% LLSの溶解試薬で溶解した。Babesia 18S rRNAを、上記のようにProcleix TCRおよびTMAによる増幅を使用して、各サンプルにおいて検出した。図6Aに示されるように、Babesia 18S rRNAは、この溶解試薬およびアッセイプロコトルを使用した場合に、1×10−8〜1×10−9という希薄さの希釈において、ヒト全血中で検出できた。
本実施例の目的は、上記方法において使用するための、全血 対 溶解試薬の最適比を決定することであった。ヒト全血に、1×10−4〜1×10−11の範囲に及ぶ希釈において、Babesia感染ハムスター血液を添加した。次いで、上記サンプルを、1:2または1:3(血液:試薬)の比において、緩衝化ACLおよび5% LLSの溶解試薬で溶解した。Babesia 18S rRNAを、 上記のようにProcleix TCRおよびTMAによる増幅を使用して各サンプルにおいて検出した。図7に示されるように、1:3(血液:試薬)の比は、1×10−9という希薄さでの感度で、ヒト全血中の低濃度のBabesiaを検出するのに優れていた。対照的に、1:2(血液:試薬)の比を使用する場合には、検出感度は低下した。
Babesia検出アッセイの再現性を、ドナー血液の複数サンプルにわたって決定した。この実験では、ヒト全血を、6名の異なるドナー患者から集めた。各サンプルに、1×10−6〜1×10−12の間の希釈においてBabesia感染ハムスター血液を添加した。次いで、サンプルを、緩衝化ACLおよび5% LLSという溶解試薬で溶解した。Babesia 18S rRNAを、上記のようにProcleix TCRおよびTMAによる増幅を使用して、各サンプル中で検出した。図8で示されるように、このプロトコルでの溶解試薬の使用は、1×10−6および1×10−8という希薄さの希釈において、Babesia 18S rRNAの検出に関して異なるドナーサンプル間で優れた再現性を生じた。
実験を行って、ヒト全血中のBabesia寄生生物の安定性を経時的に決定した。寄生生物安定性を決定するために、ヒト全血に、1×10−2〜1×10−9の範囲に及ぶ希釈において、Babesia感染ハムスター血液を添加した。分析する前に、サンプルの一方の群を、添加後に25℃で5日間貯蔵した。別の群を、ヒト全血に添加したその同じ日に分析した。添加した全血サンプルを、緩衝化ACLおよび5% LLSという溶解試薬を使用して溶解した。Babesia 18S rRNAを、上記のようにProcleix TCRおよびTMAによる増幅を使用して各サンプル中で検出した。図9で示されるように、感度の顕著な喪失が、25℃で5日間の貯蔵後に、特に1×10−7および1×10−8の希釈において、観察された。
Claims (32)
- 塩化アンモニウム、ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および抗凝固薬を含む、赤血球を溶解するための試薬であって、該抗凝固薬がヘパリンまたはカルシウムキレート化剤である、試薬。
- 緩衝剤をさらに含む、請求項1に記載の試薬。
- 前記緩衝剤は、重炭酸ナトリウムである、請求項2に記載の試薬。
- 前記緩衝剤のpHは、7〜8である、請求項2または請求項3に記載の試薬。
- 前記抗凝固薬は、EDTA、ヘパリン、またはシトレートである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の試薬。
- 塩化アンモニウムの濃度は、100〜500mMである、請求項1〜5のいずれか1項に記載の試薬。
- 塩化アンモニウムの濃度は、200〜300mMである、請求項1〜6のいずれか1項に記載の試薬。
- 塩化アンモニウムの濃度は、250mMである、請求項1〜7のいずれか1項に記載の試薬。
- LLSの濃度は、4〜15%(v/v)である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の試薬。
- LLSの濃度は、5〜8%(v/v)である、請求項1〜9のいずれか1項に記載の試薬。
- LLSの濃度は、5%(v/v)である、請求項1〜10のいずれか1項に記載の試薬。
- 重炭酸ナトリウムの濃度は、5〜30mMである、請求項3〜11のいずれか1項に記載の試薬。
- 重炭酸ナトリウムの濃度は、10〜20mMである、請求項3〜12のいずれか1項に記載の試薬。
- 重炭酸ナトリウムの濃度は、14mMである、請求項3〜13のいずれか1項に記載の試薬。
- 前記緩衝剤のpHは、7.2〜7.6である、請求項3〜14のいずれか1項に記載の試薬。
- 塩化アンモニウムの濃度は、250mMであり、LLSの濃度は、5%(v/v)であり、重炭酸ナトリウムの濃度は、14mMであり、pHは、7.2〜7.6である、請求項3〜15のいずれか1項に記載の試薬。
- 前記試薬は、赤血球と混合されることを特徴とする、請求項1〜16のいずれか1項に記載の試薬。
- 前記試薬は、全血と混合されることを特徴とする、請求項1〜16のいずれか1項に記載の試薬。
- 前記試薬は、3:1(v/v)の比で全血と混合されることを特徴とする、請求項18に記載の試薬。
- 前記全血は、ヒト全血、非ヒト全血、またはこれらの混合物である、請求項18または請求項19に記載の試薬。
- 赤血球に由来する標的を分析する方法であって、該方法は、
(a)赤血球と、塩化アンモニウムおよびラウリル硫酸リチウム(LLS)を含む試薬とを接触させる工程であって、該試薬は、該赤血球を溶解し、かつ該赤血球から放出された標的の分解を阻害するために有効である、工程;ならびに
(b)該赤血球から放出された該標的を分析する工程、
を包含する方法。 - 前記標的は、病原体由来の標的である、請求項21に記載の方法。
- 前記標的は、RNAである、請求項21または請求項22に記載の方法。
- 前記赤血球のうちの少なくとも50%は、5分またはそれ未満で溶解される、請求項21〜23のいずれか1項に記載の方法。
- 溶解された赤血球のパーセンテージは、溶解された白血球のパーセンテージより高い、請求項21〜24のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試薬は、請求項1〜20のいずれかに定義されるとおりである、請求項21〜25のいずれか1項に記載の方法。
- 前記標的を分析する工程は、前記放出された標的と、捕捉プローブおよび固定化プローブとを接触させる工程を包含し、該捕捉プローブは、該標的に相補的な第1のセグメントおよび該固定化プローブに相補的な第2のセグメントを有し、ここで該標的は、該捕捉プローブに結合し、そしてここで該結合された捕捉プローブは、該固定化プローブに結合する、請求項21〜26のいずれか1項に記載の方法。
- 前記標的の転写媒介性増幅を行う工程および該得られた増幅生成物を検出プローブで検出する工程をさらに包含する、請求項27に記載の方法。
- 前記試薬を、前記赤血球から放出された前記標的から分離するための遠心分離工程なしで行われる、請求項21〜28のいずれか1項に記載の方法。
- 前記標的は、Babesia属の病原性生物に由来する18S rRNAである、請求項21〜29のいずれか1項に記載の方法。
- 前記病原性生物は、種Babesia microtiのものである、請求項30に記載の方法。
- 検出限界は、全血1mLあたりBabesia microti 18S rRNAの少なくとも2×103コピーである、請求項31に記載の方法。
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US3817837A (en) | 1971-05-14 | 1974-06-18 | Syva Corp | Enzyme amplification assay |
US3901654A (en) | 1971-06-21 | 1975-08-26 | Biological Developments | Receptor assays of biologically active compounds employing biologically specific receptors |
US3853987A (en) | 1971-09-01 | 1974-12-10 | W Dreyer | Immunological reagent and radioimmuno assay |
US3867517A (en) | 1971-12-21 | 1975-02-18 | Abbott Lab | Direct radioimmunoassay for antigens and their antibodies |
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US3850578A (en) | 1973-03-12 | 1974-11-26 | H Mcconnell | Process for assaying for biologically active molecules |
US3935074A (en) | 1973-12-17 | 1976-01-27 | Syva Company | Antibody steric hindrance immunoassay with two antibodies |
US3996345A (en) | 1974-08-12 | 1976-12-07 | Syva Company | Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays |
US4034074A (en) | 1974-09-19 | 1977-07-05 | The Board Of Trustees Of Leland Stanford Junior University | Universal reagent 2-site immunoradiometric assay using labelled anti (IgG) |
US3984533A (en) | 1975-11-13 | 1976-10-05 | General Electric Company | Electrophoretic method of detecting antigen-antibody reaction |
US4098876A (en) | 1976-10-26 | 1978-07-04 | Corning Glass Works | Reverse sandwich immunoassay |
FR2422956A1 (fr) | 1978-04-13 | 1979-11-09 | Pasteur Institut | Procede de detection et de caracterisation d'un acide nucleique ou d'une sequence de celui-ci, et reactif enzymatique pour la mise en oeuvre de ce procede |
US4486530A (en) | 1980-08-04 | 1984-12-04 | Hybritech Incorporated | Immunometric assays using monoclonal antibodies |
US4376110A (en) | 1980-08-04 | 1983-03-08 | Hybritech, Incorporated | Immunometric assays using monoclonal antibodies |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US5541308A (en) | 1986-11-24 | 1996-07-30 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms |
US4935342A (en) | 1986-12-01 | 1990-06-19 | Syngene, Inc. | Method of isolating and purifying nucleic acids from biological samples |
US5639604A (en) | 1987-09-21 | 1997-06-17 | Gen-Probe Incorporated | Homogeneous protection assay |
US5283174A (en) | 1987-09-21 | 1994-02-01 | Gen-Probe, Incorporated | Homogenous protection assay |
US5585481A (en) | 1987-09-21 | 1996-12-17 | Gen-Probe Incorporated | Linking reagents for nucleotide probes |
US5185439A (en) | 1987-10-05 | 1993-02-09 | Gen-Probe Incorporated | Acridinium ester labelling and purification of nucleotide probes |
US4843155A (en) | 1987-11-19 | 1989-06-27 | Piotr Chomczynski | Product and process for isolating RNA |
US5118801A (en) | 1988-09-30 | 1992-06-02 | The Public Health Research Institute | Nucleic acid process containing improved molecular switch |
US5656207A (en) | 1989-06-24 | 1997-08-12 | Gen Probe Incorporated | Detecting or quantifying multiple analytes using labelling techniques |
CA2020958C (en) | 1989-07-11 | 2005-01-11 | Daniel L. Kacian | Nucleic acid sequence amplification methods |
US5302509A (en) | 1989-08-14 | 1994-04-12 | Beckman Instruments, Inc. | Method for sequencing polynucleotides |
US5378825A (en) | 1990-07-27 | 1995-01-03 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Backbone modified oligonucleotide analogs |
US5849481A (en) | 1990-07-27 | 1998-12-15 | Chiron Corporation | Nucleic acid hybridization assays employing large comb-type branched polynucleotides |
US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
DK0618925T4 (da) | 1991-12-24 | 2012-07-09 | Isis Pharmaceuticals Inc | Antisense-oligonukleotider |
US5424413A (en) | 1992-01-22 | 1995-06-13 | Gen-Probe Incorporated | Branched nucleic acid probes |
US5346994A (en) | 1992-01-28 | 1994-09-13 | Piotr Chomczynski | Shelf-stable product and process for isolating RNA, DNA and proteins |
KR100249110B1 (ko) | 1992-05-06 | 2000-04-01 | 다니엘 엘. 캐시앙 | 핵산 서열 증폭 방법, 이에 이용되는 조성물 및 키트 |
US5914241A (en) | 1993-01-19 | 1999-06-22 | Biosite Diagnostics, Inc. | Assays and kits for detecting analytes in the presence of cross-reacting substances |
US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
WO1995032305A1 (en) | 1994-05-19 | 1995-11-30 | Dako A/S | Pna probes for detection of neisseria gonorrhoeae and chlamydia trachomatis |
DE69535240T2 (de) | 1994-10-28 | 2007-06-06 | Gen-Probe Inc., San Diego | Zusammensetzungen und Verfahren für die gleichzeitige Detektion und Quantifizierung von einer Mehrheit spezifischer Nuklein Säure Sequenzen |
US5731148A (en) | 1995-06-07 | 1998-03-24 | Gen-Probe Incorporated | Adduct protection assay |
US5945515A (en) | 1995-07-31 | 1999-08-31 | Chomczynski; Piotr | Product and process for isolating DNA, RNA and proteins |
US5973137A (en) * | 1996-02-13 | 1999-10-26 | Gentra Systems, Inc. | Low pH RNA isolation reagents, method, and kit |
JP3898228B2 (ja) | 1996-04-12 | 2007-03-28 | ザ パブリック ヘルス リサーチ インスティチュート オブ ザ シティー オブ ニューヨーク インク | 検出プローブ、キット及びアッセイ |
US5965375A (en) | 1997-04-04 | 1999-10-12 | Biosite Diagnostics | Diagnostic tests and kits for Clostridium difficile |
EP0975807B1 (en) | 1997-05-02 | 2006-09-27 | Gen-Probe Incorporated | Two-step hybridization and capture of a polynucleotide |
US6111096A (en) * | 1997-10-31 | 2000-08-29 | Bbi Bioseq, Inc. | Nucleic acid isolation and purification |
ATE396279T1 (de) | 1998-02-02 | 2008-06-15 | Qiagen North American Holdings | Verfahren zur isolierung, amplifizierung und charakterisierung von dns |
US6780591B2 (en) | 1998-05-01 | 2004-08-24 | Arizona Board Of Regents | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules |
ATE440963T1 (de) | 1998-07-02 | 2009-09-15 | Gen Probe Inc | Molekulare fackeln |
DE19856064C2 (de) * | 1998-12-04 | 2000-11-30 | Invitek Gmbh | Universelles Verfahren zur Isolierung von DNA aus beliebigen Ausgangsmaterialien |
US6399335B1 (en) | 1999-11-16 | 2002-06-04 | Advanced Research And Technology Institute, Inc. | γ-phosphoester nucleoside triphosphates |
US6602718B1 (en) | 2000-11-08 | 2003-08-05 | Becton, Dickinson And Company | Method and device for collecting and stabilizing a biological sample |
US20020068280A1 (en) | 2000-12-06 | 2002-06-06 | Jeff Fairman | Compositions and methods for DNA purification from whole blood |
ZA200201446B (en) * | 2001-03-06 | 2002-09-02 | Akzo Nobel Nv | Babesia canis vaccine. |
US7052839B2 (en) | 2001-08-29 | 2006-05-30 | Amersham Biosciences Corp | Terminal-phosphate-labeled nucleotides and methods of use |
DK1421213T3 (da) | 2001-08-29 | 2010-06-07 | Ge Healthcare Bio Sciences | Mærkede nukleosidpolyphosphater |
US7033762B2 (en) | 2001-08-29 | 2006-04-25 | Amersham Biosciences Corp | Single nucleotide amplification and detection by polymerase |
US7247484B2 (en) * | 2002-11-01 | 2007-07-24 | Streck, Inc. | Hematology reagent and methods |
CN101384729B (zh) | 2003-02-05 | 2014-09-10 | 通用电气医疗集团生物科学公司 | 固相测序 |
US7601491B2 (en) | 2003-02-06 | 2009-10-13 | Becton, Dickinson And Company | Pretreatment method for extraction of nucleic acid from biological samples and kits therefor |
EP1529840A1 (en) * | 2003-11-04 | 2005-05-11 | Qiagen GmbH | A rapid and low cost method for isolating nucleic acid |
US20050208501A1 (en) | 2004-03-16 | 2005-09-22 | Ambion, Inc. | Process and reagents for extraction of RNA from fractionated blood leukocytes |
DK1778867T3 (da) | 2004-07-01 | 2010-08-02 | Gen Probe Inc | Fremgangsmåder og sammensætninger til detektering af nucleinsyrer i en biologisk prøve |
WO2006031544A2 (en) * | 2004-09-09 | 2006-03-23 | New England Medical Center Hospitals, Inc. | Methods for detection of pathogens in red blood cells |
CA2599013A1 (en) | 2005-02-28 | 2006-09-08 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and methods of detecting an analyte by using a nucleic acid hybridization switch probe |
DE102005040259A1 (de) * | 2005-08-24 | 2007-03-01 | Qiagen Gmbh | Verfahren zur Gewinnung von Nukleinsäuren aus Blut |
JP4956727B2 (ja) * | 2005-08-30 | 2012-06-20 | 倉敷紡績株式会社 | Rna分離精製方法 |
US7405281B2 (en) | 2005-09-29 | 2008-07-29 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor |
US7927798B2 (en) * | 2005-10-05 | 2011-04-19 | Panomics, Inc. | Detection of nucleic acids from whole blood |
JP2007132776A (ja) * | 2005-11-10 | 2007-05-31 | Kyurin Pacell:Kk | 細胞固定液およびそれを含有する容器 |
US7833716B2 (en) * | 2006-06-06 | 2010-11-16 | Gen-Probe Incorporated | Tagged oligonucleotides and their use in nucleic acid amplification methods |
US9051601B2 (en) | 2006-08-01 | 2015-06-09 | Gen-Probe Incorporated | Methods of nonspecific target capture of nucleic acids |
EP2191012A1 (en) | 2007-09-21 | 2010-06-02 | Streck, Inc. | Nucleic acid isolation in preserved whole blood |
WO2009086343A2 (en) * | 2007-12-31 | 2009-07-09 | 3M Innovative Properties Company | Microorganism-capturing compositions and methods |
US7767400B2 (en) | 2008-02-03 | 2010-08-03 | Helicos Biosciences Corporation | Paired-end reads in sequencing by synthesis |
DE102008020258A1 (de) * | 2008-04-22 | 2009-10-29 | InViTek Gesellschaft für Biotechnik & Biodesign mbH | Stabile Lysepuffermixtur zur Extraktion von Nukleinsäuren |
AU2009246363B2 (en) | 2008-05-13 | 2013-10-24 | Gen-Probe Incorporated | Inactivatable target capture oligomers for use in the selective hybridization and capture of target nucleic acid sequences |
US9938590B2 (en) | 2010-09-16 | 2018-04-10 | Gen-Probe Incorporated | Capture probes immobilizable via L-nucleotide tail |
US8409807B2 (en) * | 2010-10-22 | 2013-04-02 | T2 Biosystems, Inc. | NMR systems and methods for the rapid detection of analytes |
WO2012054588A2 (en) * | 2010-10-22 | 2012-04-26 | T2 Biosystems, Inc. | Conduit-containing devices and methods for analyte processing and detection |
AU2013205603B2 (en) | 2012-02-01 | 2016-03-17 | Gen-Probe Incorporated | Asymmetric hairpin target capture oligomers |
US9580679B2 (en) | 2012-09-21 | 2017-02-28 | California Institute Of Technology | Methods and devices for sample lysis |
BR112015032838A2 (pt) * | 2013-07-25 | 2017-11-07 | Basf Enzymes Llc | fitase |
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