JP6282598B2 - 免疫原性wt1ペプチド及びその使用方法 - Google Patents

免疫原性wt1ペプチド及びその使用方法 Download PDF

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Description

(政府支援)
本発明は、米国国立衛生研究所の認可番号CA23766、CA59350及びCA08748による支援を受けてなされたものである。米国政府は、本発明において一定の権利を有する。
(技術分野)
本発明は、WT1ペプチド、該WT1ペプチドを含む組成物、該WT1ペプチドを含むワクチン、及び、WT1発現癌を治療するか、WT1発現癌の発生率を減少させるかまたはWT1発現癌細胞に対する免疫応答を誘導する方法であって、該WT1ペプチドを投与するステップを含む方法を提供する。
新生児1万人当たり1人に発生する小児腎芽細胞腫であるウィルムス腫瘍(Wilms tumor:WT)は、ここ数年間、精力的な臨床及び基礎研究の対象となってきた。この腫瘍は、胎児に発生し、通常は出生後5年以内に検出される。この腫瘍は、一側性または両側性であり得る。WTは、発達中の腎臓の凝集した後腎間葉細胞が適切に分化しなかった場合に発生する。WTの病因にウィルムス腫瘍1(WT1)腫瘍抑制遺伝子が関わっていることから、遺伝子変化が腫瘍成長及び腫瘍発生に対して大きく影響することが示された。
ウィルムス腫瘍タンパク質1(WT1)は、正常な個体発生時に、胎児の腎臓、睾丸及び卵巣などに発現するジンクフィンガー転写因子である。成人の場合は、WT1は、造血幹細胞、筋上皮前駆細胞、腎臓有足細胞、及び、睾丸及び卵巣内のある細胞において低レベルで発現する。最近では、WT1は、あるタイプの白血病において過剰発現することが実証されており、このことは、WT1は、様々な癌に対する免疫療法のための魅力的な標的であることを示唆している。
本発明は、免疫原性ペプチドを含む、ペプチド、組成物、免疫原性組成物、例えばワクチン、及び、WT1発現癌を治療するか、WT1発現癌の発生率を減少させるか、またはWT1発現癌に対する免疫応答を誘導する方法であって、免疫原性ペプチドを投与するステップを含む方法を提供する。
一実施形態では、本発明は、単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスI分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスII分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。
一実施形態では、本発明は、単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列またはその断片を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスI分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスII分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。
別の実施形態では、本発明は、組成物であって、(a)抗原提示細胞と、(b)配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドとを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、組成物であって、(a)抗原提示細胞と、(b)配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するHLAクラスI結合性ペプチドとを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、組成物であって、(a)抗原提示細胞と、(b)配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するHLAクラスII結合性ペプチドとを含む組成物を提供する。
別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスI結合性ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスII結合性ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスI結合性ペプチドと、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスII結合性ペプチドとを含むワクチンを提供する。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌細胞を有する対象を治療する方法であって、本発明のWT1ペプチドまたはワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、WT1発現癌細胞を有する前記対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌細胞の発生率または再発率を減少させる方法であって、本発明のWT1ペプチドまたはワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、前記対象におけるWT1発現癌細胞の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、WT1タンパク質に特異的なCTLの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のWT1ペプチドまたは組成物をリンパ球集団に接触させるステップを含み、それよって、WT1タンパク質に特異的なCTLの形成及び増殖を誘導するようにした方法を提供する。この方法は、インビトロ、エクスビボまたはインビボで実施することができる。インビトロまたはエクスビボで実施する場合、前記CTLはその後、治療効果をもたらすために患者に注入することができる。
別の実施形態では、本発明は、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物をリンパ球集団に接触させるステップを含み、それによって、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導するようにした方法を提供する。この方法は、インビトロ、エクスビボまたはインビボで実施することができる。インビトロまたはエクスビボで実施する場合、前記CTLはその後、治療効果をもたらすために患者に注入することができる。
別の実施形態では、本発明は、対象における抗癌免疫応答を誘導する方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、対象における抗中皮腫免疫応答を誘起するようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。別の実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。
別の実施形態では、本発明は、癌を有する対象を治療する方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、中皮腫を有する対象を治療するようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。別の実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。
別の実施形態では、本発明は、対象における癌の発生率または再発率を減少させる方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、対象における癌の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。別の実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。
別の実施形態では、前記癌は、WT1発現癌である。一実施形態では、WT1発現癌は、急性骨髄性白血病(acute myelogenous leukemia:AML)である。別の実施形態では、WT1発現癌は、骨髄異形成症候群(myelodysplastic syndrome:MDS)に関連するものである。別の実施形態では、WT1発現癌は、MDSである。別の実施形態では、WT1発現癌は、非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer:NSCLC)である。別の実施形態では、WT1発現癌は、ウィルムス腫瘍である。別の実施形態では、WT1発現癌は、白血病である。別の実施形態では、WT1発現癌は、血液癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、リンパ腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、線維形成性小円形細胞腫瘍である。別の実施形態では、WT1発現癌は、中皮腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、悪性中皮腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、胃癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、結腸癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肺癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、乳癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、胚細胞腫瘍である。別の実施形態では、WT1発現癌は、卵巣癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、子宮癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、甲状腺癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肝細胞癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、甲状腺癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肝臓癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、腎臓癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、カポジ肉腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肉腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、その他の癌腫または肉腫である。
別の実施形態では、WT1発現癌は、固形癌である。別の実施形態では、固形癌は、WT1発現癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、骨髄異形成症候群(myelodysplastic syndrome:MDS)に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer:NSCLC)に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、肺癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、乳癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、結腸直腸癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、前立腺癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、卵巣癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、腎臓癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、膵臓癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、脳腫瘍に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、消化管癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、皮膚癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、メラノーマに関連するものである。
別の実施形態では、本発明は、本発明の単離されたペプチドと、少なくとも1つの追加的なWT1ペプチドとを含む組成物を提供する。特定の実施形態では、少なくとも2種類の本発明の単離されたペプチドを含む組成物が提供される。特定の実施形態では、少なくとも3種類または少なくとも4種類の本発明の単離されたペプチドを含む組成物が提供される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンである。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌を有する対象を治療する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物を前記対象に投与するステップを含み、それによって、WT1発現癌を有する対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌の発生率または再発率を減少させる方法であって、本発明のペプチドまたは組成物を前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるWT1発現癌の発生率またはその再発率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、WT1タンパク質に特異的なCTLの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物をリンパ球集団に接触させるステップを含み、それによって、WT1タンパク質に特異的なCTLの形成及び増殖を誘導するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物をリンパ球集団に接触させるステップを含み、それによって、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、HLA分子に結合するための親和力を増加させる少なくとも1つのアミノ酸変化を有するペプチドに関連するものである。
本出願は、2012年1月13日に出願された米国仮出願第61/586,177号及び2012年5月15日に出願された米国仮出願第61/647,207号に基づく優先権を主張するものであり、前記両出願の内容全体は参照により本明細書に援用されるものとする。
上記した本発明の特徴、利点及び目的、その他について明らかにし、かつ細部まで理解できるように、本発明のより詳細な説明を簡単に要約する。詳細については、本発明の特定の実施形態を参照されたい。それらは添付の図面に示されており、これらの図面は明細書の一部をなす。しかし、添付の図面は、本発明の好適実施形態を示しているものであり、したがって、本発明の範囲を限定するものを考えるべきではないことに留意されたい。
ペンタデカペプチド生成されたWT1のトータルプールを搭載した自己APCでの刺激による、健常ドナー(n=56)のPBMCから生成したCTLのWT1に特異的な応答を示す。 ペンタデカペプチド生成されたWT1のトータルプールを搭載した自己APCでの刺激による、健常ドナー(n=56)のPBMCから生成したCTLのWT1に特異的な応答を示す。 ペンタデカペプチド生成されたWT1のトータルプールを搭載した自己APCでの刺激による、健常ドナー(n=56)のPBMCから生成したCTLのWT1に特異的な応答を示す。 ペンタデカペプチド生成されたWT1のトータルプールを搭載した自己APCでの刺激による、健常ドナー(n=56)のPBMCから生成したCTLのWT1に特異的な応答を示す。 WT1タンパク質の配列全体に及ぶ重複したペンタデカペプチドのトータルプールの生成及びエピトープマッピングのための方法を示す。 WT1タンパク質の配列全体に及ぶ重複したペンタデカペプチドのトータルプールの生成及びエピトープマッピングのための方法を示す。 WT1タンパク質の配列全体に及ぶ重複したペンタデカペプチドのトータルプールの生成及びエピトープマッピングのための方法を示す。 WT1タンパク質の配列全体に及ぶ重複したペンタデカペプチドのトータルプールの生成及びエピトープマッピングのための方法を示す。 WT1タンパク質の配列全体に及ぶ重複したペンタデカペプチドのトータルプールの生成及びエピトープマッピングのための方法を示す。 自己CAMに搭載された重複15−merのWT1トータルプールとの同時培養から40日後の、WT1 CTLにおけるWT1タンパク質由来の同一免疫優性ペプチド配列に対する、HLAクラスI及びIIの両者に拘束されるWT1特異的T細胞応答を示す。 自己CAMに搭載された重複15−merのWT1トータルプールとの同時培養から40日後の、WT1 CTLにおけるWT1タンパク質由来の同一免疫優性ペプチド配列に対する、HLAクラスI及びIIの両者に拘束されるWT1特異的T細胞応答を示す。 自己CAMに搭載された重複15−merのWT1トータルプールとの同時培養から40日後の、WT1 CTLにおけるWT1タンパク質由来の同一免疫優性ペプチド配列に対する、HLAクラスI及びIIの両者に拘束されるWT1特異的T細胞応答を示す。 自己CAMに搭載された重複15−merのWT1トータルプールとの同時培養から40日後の、WT1 CTLにおけるWT1タンパク質由来の同一免疫優性ペプチド配列に対する、HLAクラスI及びIIの両者に拘束されるWT1特異的T細胞応答を示す。 WT1の模式図を示す。 WT1の模式図を示す。 8人の健常A0201+ドナーにおいてA0201−AAPCに搭載された混合A0201エピトープを用いた結果を示す。
本発明は、免疫原性ペプチド、免疫原性ペプチドを含む組成物、及び免疫原性ペプチドを含むワクチンを提供する。また、本発明は、WT1発現癌を治療するか、WT1発現癌の発生率を減少させるか、またはWT1発現癌細胞に対する免疫応答を誘導する方法であって、1以上の免疫原性ペプチドを投与するステップを含む方法を提供する。
本発明は、WT1ペプチドを提供する。また、本発明は、WT1発現癌を治療するか、WT1発現癌の発生率を減少させるか、またはWT1発現癌細胞に対する免疫応答を誘導する方法であって、免疫原性ペプチドを投与するステップを含む方法を提供する。
本発明のペプチドが得られるWT1分子は、別の実施形態では、下記の配列を有する。
1 SRQRPHPGAL RNPTACPLPH FPPSLPPTHS PTHPPRAGTA AQAPGPRRLL
51 AAILDFLLLQ DPASTCVPEP ASQHTLRSGP GCLQQPEQQG VRDPGGIWAK
101 LGAAEASAER LQGRRSRGAS GSEPQQMGSD VRDLNALLPA VPSLGGGGGC
151 ALPVSGAAQW APVLDFAPPG ASAYGSLGGP APPPAPPPPP PPPPHSFIKQ
201 EPSWGGAEPH EEQCLSAFTV HFSGQFTGTA GACRYGPFGP PPPSQASSGQ
251 ARMFPNAPYL PSCLESQPAI RNQGYSTVTF DGTPSYGHTP SHHAAQFPNH
301 SFKHEDPMGQ QGSLGEQQYS VPPPVYGCHT PTDSCTGSQA LLLRTPYSSD
351 NLYQMTSQLE CMTWNQMNLG ATLKGVAAGS SSSVKWTEGQ SNHSTGYESD
401 NHTTPILCGA QYRIHTHGVF RGIQDVRRVP GVAPTLVRSA SETSEKRPFM
451 CAYPGCNKRY FKLSHLQMHS RKHTGEKPYQ CDFKDCERRF SRSDQLKRHQ
501 RRHTGVKPFQ CKTCQRKFSR SDHLKTHTRT HTGKTSEKPF SCRWPSCQKK
551 FARSDELVRH HNMHQRNMTK LQLAL (SEQ ID NO:194)

WT1タンパク質の上記の配列は、ゲスラーら(Gessler et al.)(37)により公表された配列であり、575個のアミノ酸を含んでおり、かつ、WT116の(エクソン5+,KTS+)アイソフォームでは欠損しているN末端における最初の126個のアミノ酸を含んでいる。
別の実施形態では、WT1の配列は、次のとおりである。
MGSDVRDLNALLPAVPSLGGGGGCALPVSGAAQWAPVLDFAPPGASAYGSLGGPAPPPAPP
PPPPPPPHSFIKQEPSWGGAEPHEEQCLSAFTVHFSGQFTGTAGACRYGPFGPPPPSQASSGQA
RMFPNAPYLPSCLESQPAIRNQGYSTVTFDGTPSYGHTPSHHAAQFPNHSFKHEDPMGQQGS
LGEQQYSVPPPVYGCHTPTDSCTGSQALLLRTPYSSDNLYQMTSQLECMTWNQMNLGATLK
GVAAGSSSSVKWTEGQSNHSTGYESDNHTTPILCGAQYRIHTHGVFRGIQDVRRVPGVAPTL
VRSASETSEKRPFMCAYPGCNKRYFKLSHLQMHSRKHTGEKPYQCDFKDCERRFSRSDQLK
RHQRRHTGVKPFQCKTCQRKFSRSDHLKTHTRTHTGKTSEKPFSCRWPSCQKKFARSDELVR HHNMHQRNMTKLQLAL(GenBankアクセス番号:AY245105;SEQ ID NO:195)。
別の実施形態では、WT1分子は、次の配列を有する。
AAEASAERLQGRRSRGASGSEPQQMGSDVRDLNALLPAVPSLGGGGGCALPVSGAAQWAP
VLDFAPPGASAYGSLGGPAPPPAPPPPPPPPPHSFIKQEPSWGGAEPHEEQCLSAFTVHFSGQF
TGTAGACRYGPFGPPPPSQASSGQARMFPNAPYLPSCLESQPAIRNQGYSTVTFDGTPSYGHT
PSHHAAQFPNHSFKHEDPMGQQGSLGEQQYSVPPPVYGCHTPTDSCTGSQALLLRTPYSSDN
LYQMTSQLECMTWNQMNLGATLKGHSTGYESDNHTTPILCGAQYRIHTHGVFRGIQDVRRV
PGVAPTLVRSASETSEKRPFMCAYPGCNKRYFKLSHLQMHSRKHTGEKPYQCDFKDCERRF
SRSDQLKRHQRRHTGVKPFQCKTCQRKFSRSDHLKTHTRTHTGEKPFSCRWPSCQKKFARS DELVRHHNMHQRNMTKLQLAL(GenBankアクセス番号:NM_000378;SEQ ID NO:196)。
別の実施形態では、WT1分子は、次の配列を有する。
MQDPASTCVPEPASQHTLRSGPGCLQQPEQQGVRDPGGIWAKLGAAEASAERLQGRRSRGA
SGSEPQQMGSDVRDLNALLPAVPSLGGGGGCALPVSGAAQWAPVLDFAPPGASAYGSLGGP
APPPAPPPPPPPPPHSFIKQEPSWGGAEPHEEQCLSAFTVHFSGQFTGTAGACRYGPFGPPPPSQ
ASSGQARMFPNAPYLPSCLESQPAIRNQGYSTVTFDGTPSYGHTPSHHAAQFPNHSFKHEDP
MGQQGSLGEQQYSVPPPVYGCHTPTDSCTGSQALLLRTPYSSDNLYQMTSQLECMTWNQM
NLGATLKGVAAGSSSSVKWTEGQSNHSTGYESDNHTTPILCGAQYRIHTHGVFRGIQDVRRV
PGVAPTLVRSASETSEKRPFMCAYPGCNKRYFKLSHLQMHSRKHTGEKPYQCDFKDCERRF
SRSDQLKRHQRRHTGVKPFQCKTCQRKFSRSDHLKTHTRTHTGEKPFSCRWPSCQKKFARS DELVRHHNMHQRNMTKLQLAL(GenBankアクセス番号:NP_077742;SEQ ID No:197)。
別の実施形態では、WT1タンパク質は、GenBankアクセス番号:NM_024426に記載されている配列を有する。別の実施形態では、WT1タンパク質は、GenBankアクセス番号:NM_024425、NM_024424、NM_000378、S95530、Dl3624、D12496、D12497、またはX77549の内の1つに記載されている配列を有するかまたは含む。別の実施形態では、WT1タンパク質は、当該技術分野で公知の他の任意のWT1配列を有する。本発明は、免疫原性ペプチドを含む、ペプチド、組成物、免疫原性組成物、例えばワクチン、及び、WT1発現癌を治療するか、WT1発現癌の発生率を減少させるか、またはWT1発現癌に対する免疫応答を誘導する方法であって、免疫原性ペプチドを投与するステップを含む方法を提供する。
一実施形態では、本発明は、単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスI分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスII分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。別の実施形態では、前記HLAクラスIペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドであり、前記HLAクラスIIペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドである。
一実施形態では、本発明は、単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:1〜53または43〜XXXからなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列またはその断片を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスI分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。一実施形態では、本発明は、HLAクラスII分子結合性の単離されたWT1ペプチドであって、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸(AA)配列を有するペプチドを提供する。別の実施形態では、前記HLAクラスI結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドであり、前記HLAクラスII結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、本発明は、組成物であって、(a)抗原提示細胞と、(b)配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドとを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、組成物であって、(a)抗原提示細胞と、(b)配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するHLAクラスI結合性ペプチドとを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明は、組成物であって、(a)抗原提示細胞と、(b)配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するHLAクラスII結合性ペプチドとを含む組成物を提供する。別の実施形態では、前記HLAクラスI結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドであり、前記HLAクラスII結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスI結合性ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスII結合性ペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、ワクチンであって、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスI結合性ペプチドと、配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する1以上のHLAクラスII結合性ペプチドとを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、前記HLAクラスI結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドであり、前記HLAクラスII結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌細胞を有する対象を治療する方法であって、本発明のWT1ペプチドまたはワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、WT1発現癌細胞を有する前記対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌細胞の発生率または再発率を減少させる方法であって、本発明のWT1ペプチドまたはワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、前記対象におけるWT1発現癌細胞の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象における抗癌免疫応答を誘導する方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、対象における抗中皮腫免疫応答を誘起するようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。別の実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。
別の実施形態では、本発明は、癌を有する対象を治療する方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、中皮腫を有する対象を治療するようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドである。別の実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。別の実施形態では、前記HLAクラスI結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドであり、前記HLAクラスII結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、本発明は、対象における癌の発生率または再発率を減少させる方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、対象における癌の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドである。別の実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。別の実施形態では、前記HLAクラスI結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドであり、前記HLAクラスII結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌を有する対象を治療する方法であって、本発明のペプチドまたはワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、WT1発現癌を有する対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌の発生率または再発率を減少させる方法であって、本発明のペプチドまたはワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるWT1発現癌の発生率またはその再発率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象における抗癌免疫応答を誘導する方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を対象に接触させるステップを含み、それにより、対象における抗中皮腫免疫応答を誘導するようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるペプチドである。別の実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174及び180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドからなるかまたは該ペプチドを含む。別の実施形態では、前記HLAクラスI結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドであり、前記HLAクラスII結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、本発明は、癌を有する対象を治療する方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を対象に投与するステップを含み、それにより、中皮腫を有する対象を治療するようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、本発明は、対象における、癌の発生率または再発率を減少させる方法であって、(a)WT1タンパク質、(b)WTタンパク質の断片、(c)WT1タンパク質をコードするヌクレオチド分子、または(d)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を対象に投与するステップを含み、それにより、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。一実施形態では、前記WT1タンパク質の断片は、配列番号SEQ ID NO:1〜160、162〜185、190、191、及び193からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドである。
別の実施形態では、前記癌は、WT1発現癌である。一実施形態では、WT1発現癌は、急性骨髄性白血病(acute myelogenous leukemia:AML)である。別の実施形態では、WT1発現癌は、骨髄異形成症候群(myelodysplastic syndrome:MDS)に関連するものである。別の実施形態では、WT1発現癌は、MDSである。別の実施形態では、WT1発現癌は、非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer:NSCLC)である。別の実施形態では、WT1発現癌は、ウィルムス腫瘍である。別の実施形態では、WT1発現癌は、白血病である。別の実施形態では、WT1発現癌は、血液癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、リンパ腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、線維形成性小円形細胞腫瘍である。別の実施形態では、WT1発現癌は、中皮腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、悪性中皮腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、胃癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、結腸癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肺癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、乳癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、胚細胞腫瘍である。別の実施形態では、WT1発現癌は、卵巣癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、子宮癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、甲状腺癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肝細胞癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、甲状腺癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肝臓癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、腎臓癌である。別の実施形態では、WT1発現癌は、カポジ肉腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、肉腫である。別の実施形態では、WT1発現癌は、その他の癌腫または肉腫である。
別の実施形態では、WT1発現癌は、固形癌である。別の実施形態では、固形癌は、WT1発現癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、骨髄異形成症候群(myelodysplastic syndrome:MDS)に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer:NSCLC)に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、肺癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、乳癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、結腸直腸癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、前立腺癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、卵巣癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、腎臓癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、膵臓癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、脳腫瘍に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、消化管癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、皮膚癌に関連するものである。別の実施形態では、固形癌は、メラノーマに関連するものである。
別の実施形態では、本発明は、本発明の単離されたペプチドと、少なくとも1つの追加的なWT1ペプチドとを含む組成物を提供する。特定の実施形態では、少なくとも2種類の本発明の単離されたペプチドを含む組成物が提供される。特定の実施形態では、少なくとも3種類または少なくとも4種類の本発明の単離されたペプチドを含む組成物が提供される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンである。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌を有する対象を治療する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物を前記対象に投与するステップを含み、それによって、WT1発現癌を有する対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌の発生率または再発率を減少させる方法であって、本発明のペプチドまたは組成物を対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるWT1発現癌の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、WT1タンパク質に特異的なCTLの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物をリンパ球集団に接触させるステップを含み、それによって、WT1タンパク質に特異的なCTLの形成及び増殖を誘導するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物をリンパ球集団に接触させるステップを含み、それによって、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、HLA分子に結合するための親和力を増加させる少なくとも1つのアミノ酸変化を有するペプチドに関連するものである。
本発明の方法及び組成物の別の実施形態における「ペプチド」は、AAサブユニットがペプチド結合によって連結された化合物を意味する。別の実施形態では、ペプチドは、AAアナログを含む。別の実施形態では、ペプチドは、ペプチド模倣物質(peptidomimetric)を含む。本発明の方法及び組成物のペプチドに含まれ得る様々なAAアナログ及びペプチド模倣物質としては、下記に列挙するものがある。前記サブユニットは、別の実施形態では、ペプチド結合によって連結されている。別の実施形態では、前記サブユニットは、他の種類の結合(エステル結合、エーテル結合など)によって連結されている。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
本発明の未改変ペプチド(上記及び下記に記載のもの)は、本明細書では「WT1ペプチド」と総称する。「WT1ペプチド」に関して以下に列挙する各実施例は、本発明の未改変WT1ペプチド、HLAクラスIヘテロクリティックペプチド、及びクラスIIヘテロクリティックペプチドに適用される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のWT1ペプチドは、HLAクラスI分子またはHLAクラスII分子に結合する。別の実施形態では、本発明のWT1ペプチドは、HLAクラスI分子及びHLAクラスII分子の両方に結合する。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、HLA−DRB分子である。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、HLA−DRA分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DQA1分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DQB1分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DPA1分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DPB1分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DMA分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DMB分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DOA分子である。別の実施形態では、HLA分子は、HLA−DOB分子である。別の実施形態では、HLA分子は、当該技術分野で公知の他の任意のHLAクラスII分子である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のペプチド内にその結合モチーフが含まれるかまたは本発明のペプチドを含むHLAクラスI分子は、HLA−A分子である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA−B分子である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA−C分子である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA−A0201分子である。別の実施形態では、分子は、HLA A1である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA A2である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA A2.1である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA A3である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLAA3.2である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA A11である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA A24である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA B7である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA B27である。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、HLA B8である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のHLAクラスI分子結合性WT1ペプチドは、HLAクラスI分子のスーパーファミリーに結合する。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、A2スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、A3スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、A24スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、B7スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、B27スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、B44スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、C1スーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、C4スーパーファミリーである。別の実施形態では前記スーパーファミリーは、当該技術分野で公知の他の任意のスーパーファミリーである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、HLA分子は、A0101、A0201、A0203、A2402、A6901、B0702、A3101、B3501、B3503、B3508、B3802、B3801、B3901、B4001、B4402、B4701、B5701、C0401、C1701、DRB0101、DRB0402、DRB0402、DRB0401、またはDRB1104分子である。別の実施形態では、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、及び183、或いは配列番号SEQ ID NO:149、156、173、174、及び180のペプチドは、表1または表2において各ペプチドについて記載されているHLAクラスIまたはクラスII分子に結合する。別の実施形態では、HLAクラスI結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:142、143、144、145、146、147、148、150、及び151からなる群より選択されるアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有し、HLAクラスII結合性ペプチドは、配列番号SEQ ID NO:149のアミノ酸配列からなるかまたは該配列を有し、前記両ペプチドは、表1または表2において各ペプチドについて記載されている1以上のHLA分子に結合する。一実施形態では、特定のペプチドは、1以上のHLA対立遺伝子(アレル)に結合することができる。
別の実施形態では、本発明のペプチドの修飾が提供される。一実施形態では、前記修飾は、少なくとも1つのヘテロクリティックアミノ酸変化(変異または突然変異とも呼ばれる)またはアンカー残基の変異を含む(下記参照)。本発明の修飾されたペプチドのHLAクラスI分子結合モチーフは、HLAクラスI分子に対する親和力が、非変異対照ペプチドよりも大きい。別の実施形態では、点変異により、変異した単離されたWT1ペプチドのHLAクラスI分子に対する親和力が増大する。別の実施形態では、親和力の増大は、変異した単離されたWT1ペプチドが由来する、非変異の単離されたWT1ペプチドの(同一のHLAクラスI分子に対する)親和力に対するものである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のWT1ペプチドは、HLA分子に対して親和力を示すように設計されている。別の実施形態では、本明細書に記載したように、前記親和力は高親和力である。
別の実施形態において主要組織適合複合体(major histocompatibility complex:MHC)として知られるHLA分子は、ペプチドと結合してそれらを免疫細胞に提示する。したがって、別の実施形態では、ペプチドの免疫原性は、部分的には、HLA分子に対する親和力によって決定される。HLAクラスI分子は、CD8分子(一般的に、細胞傷害性Tリンパ球(cytotoxic T lymphocyte:CTL)に存在する)と相互作用する。HLAクラスII分子は、CD4分子(一般的に、ヘルパーTリンパ球に存在する)と相互作用する。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、免疫原性を有する。別の実施形態では、「免疫原性」は、免疫応答を促進若しくは誘起する能力、または免疫応答に関与する能力を意味する。別の実施形態では、誘起される免疫応答は、細胞性免疫応答である。別の実施形態では、前記免疫応答は、細胞性免疫応答及び体液性免疫応答の組み合わせである。
別の実施形態では、T細胞は、MHC分子−ペプチド複合体と結合すると活性化され、増殖し、そのペプチドを含むタンパク質を発現する細胞を溶解するように誘導される。T細胞は、通常、最初は「プロフェッショナルな」抗原提示細胞(antigen presenting cell:APC、例えば樹枝細胞、単球、及びマクロファージ)によって活性化される。APCは、アネルギーまたはアポトーシスとは対照的に、T細胞の活性化を促進する副刺激分子を提示する。別の実施形態では、前記応答はヘテロクリティックなので、CTLは、本発明のペプチドと相同的なAA配列を有するタンパク質を発現する腫瘍細胞、またはT細胞を最初に刺激するのに使用されたペプチドとは異なるペプチドを溶解する。
別の実施形態では、T細胞は、本発明のペプチドと接触すると、エフェクター及び/または記憶T細胞に分化する。その後、エフェクターまたはT細胞が同じペプチドと接触すると、或いは別の実施形態において本発明のペプチドに関連するペプチドと接触すると、より速いかつ強力な免疫応答が誘導される。このような応答は、別の実施形態では、ペプチドに曝されたT細胞集団の増殖の程度を測定することによって評価することができる。別の実施形態では、前記応答は、以下に列挙する方法のいずれかにより測定することができる。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のペプチドは、高い親和力でHLAクラスII分子と結合する。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、本明細書で記載したHLAクラスII分子のいずれかである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のペプチドの誘導体は、高親和力でHLAクラスI分子と結合する。別の実施形態では、HLAクラスI分子は、本明細書に列挙したHLAクラスI分子のいずれかである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のペプチドは高親和力でHLAクラスII分子と結合し、元のペプチドに由来する或るペプチドは高親和力でHLAクラスI分子と結合する。
別の実施形態では、「親和力」は、MHCタンパク質への標準ペプチドの結合を50%阻害するのに必要なペプチドの濃度を意味する。別の実施形態では、「高親和力」は、標準ペプチドの結合を50%阻害するのに約500ナノモル(nM)以下の濃度のペプチドが必要である親和力を意味する。別の実施形態では、約400nM以下のペプチドが必要である。別の実施形態では、結合親和力は、300nMである。別の実施形態では、結合親和力は、200nMである。別の実施形態では、結合親和力は、150nMである。別の実施形態では、結合親和力は、100nMである。別の実施形態では、結合親和力は、80nMである。別の実施形態では、結合親和力は、60nMである。別の実施形態では、結合親和力は、40nMである。別の実施形態では、結合親和力は、30nMである。別の実施形態では、結合親和力は、20nMである。別の実施形態では、結合親和力は、15nMである。別の実施形態では、結合親和力は、10nMである。別の実施形態では、結合親和力は、8nMである。別の実施形態では、結合親和力は、6nMである。別の実施形態では、結合親和力は、4nMである。別の実施形態では、結合親和力は、3nMである。別の実施形態では、結合親和力は、2nMである。別の実施形態では、結合親和力は、1.5nMである。別の実施形態では、結合親和力は、1nMである。別の実施形態では、結合親和力は、0.8nMである。別の実施形態では、結合親和力は、0.6nMである。別の実施形態では、結合親和力は、0.5nMである。別の実施形態では、結合親和力は、0.4nMである。別の実施形態では、結合親和力は、0.3nMである。別の実施形態では、結合親和力は、0.3nM未満である。
別の実施形態では、「親和力」は、MHC分子への結合力の測定値を意味する。別の実施形態では、親和力は、競合結合親和力を測定する、当該技術分野で公知の方法によって測定される。別の実施形態では、相対的な結合親和力を測定する、当該技術分野で公知の方法によって、測定される。別の実施形態では、前記方法は、競合結合分析。別の実施形態では、前記方法は、放射免疫分析(Radioimmunoassay:RIA)である。別の実施形態では、前記方法は、BiaCore分析である。別の実施形態では、前記方法は、当該技術分野で公知の他の任意の方法である。別の実施形態では、前記方法は、既知の親和力を有する標準タンパク質のIC50値に対するIC50値を算出する。
親和力の各種類及び親和力の各測定方法は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、「高親和力」は、0.5〜500nMのIC50値を意味する。別の実施形態では、IC50値は、1〜300nMである。別の実施形態では、IC50値は、1.5〜200nMである。別の実施形態では、IC50値は、2〜100nMである。別の実施形態では、IC50値は、3〜100nMである。別の実施形態では、IC50値は、4〜100nMである。別の実施形態では、IC50値は、6〜100nMである。別の実施形態では、IC50値は、10〜100nMである。別の実施形態では、IC50値は、30〜100nMである。別の実施形態では、IC50値は、3〜80nMである。別の実施形態では、IC50値は、4〜60nMである。別の実施形態では、IC50値は、5〜50nMである。別の実施形態では、IC50値は、6〜50nMである。別の実施形態では、IC50値は、8〜50nMである。別の実施形態では、IC50値は、10〜50nMである。別の実施形態では、IC50値は、20〜50nMである。別の実施形態では、IC50値は、6〜40nMである。別の実施形態では、IC50値は、8〜30nMである。別の実施形態では、IC50値は、10〜25nMである。別の実施形態では、IC50値は、15〜25nMである。親和力の各値及び各範囲は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のペプチドは、HLA分子のスーパーファミリーに結合する。HLA分子のスーパーファミリーは、非常に類似するまたは同一の結合モチーフを有する。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、HLAクラスIスーパーファミリーである。別の実施形態では、前記スーパーファミリーは、HLAクラスIIスーパーファミリーである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
「HLA結合ペプチド」、「HLAクラスI分子結合ペプチド」、及び「HLAクラスII分子結合ペプチド」という用語は、別の実施形態では、測定可能な親和力でHLA分子と結合するペプチドを意味する。別の実施形態では、前記用語は、高親和力でHLA分子と結合するペプチドを意味する。別の実施形態では、前記用語は、T前駆細胞を活性化するのに十分な親和力でHLA分子に結合するペプチドを意味する。別の実施形態では、前記用語は、T細胞により認識されるのに十分な親和力でHLA分子と結合するペプチドを意味する。HLA分子は、別の実施形態では、本明細書で列挙したHLA分子の任意のものである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
「ヘテロクリティックペプチド」は、別の実施形態では、それが由来する元のペプチド(例えば、アンカー残基変異を含まないペプチド)を認識する免疫応答を生成するペプチドを意味する。別の実施形態では、「元のペプチド」は、本発明のペプチドを意味する。例えば、YMFPNAPYL(SEQ ID No:6)は、RMFPNAPYL(SEQ ID No:5)の1番目の残基をチロシンに変異させることによって作製される(実施例)。別の実施形態では、「ヘテロクリティック」ペプチドは、それが由来する元のペプチドを認識するペプチドを意味し、ヘテロクリティックペプチドのワクチン接種により生成される免疫応答の大きさは、元のペプチドのワクチン接種によって生成される免疫応答よりも大きい。別の実施形態では、「ヘテロクリティック」免疫応答は、改良されたペプチドが由来する元のペプチド(例えば、アンカー残基変異を含まないペプチド)を認識する免疫応答を意味する。別の実施形態では、「ヘテロクリティック」免疫応答は、ヘテロクリティックペプチドのワクチン接種によってヘテロクリティックペプチドが由来する元のペプチドを認識する免疫応答を意味し、ヘテロクリティックペプチドのワクチン接種により生成される免疫応答の大きさは、元のペプチドのワクチン接種によって生成される免疫応答よりも大きい。別の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドのワクチン接種によって生成される免疫応答の大きさは、元のペプチドのワクチン接種によって生成される免疫応答と実質的に等しい。別の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドのワクチン接種によって生成される免疫応答の大きさは、元のペプチドのワクチン接種によって生成される免疫応答よりも小さい。別の実施形態では、本発明のヘテロクリティックペプチドは、HLAクラスIヘテロクリティックペプチドである。HLAクラスI及びクラスII残基を同定する方法、残基を変異させることによってHLA結合を改良する方法は、当該技術分野で公知であり、下記に列挙した。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態は、本発明のヘテロクリティックペプチドが誘導する免疫応答の大きさは、該ヘテロクリティックペプチドが由来するWT1ペプチド(「天然ペプチド」)による免疫応答と比較して少なくとも2倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して3倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して5倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して7倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して10倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して15倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して20倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して30倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して50倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して100倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して150倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して200倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して300倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して500倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して1000倍である。別の実施形態では、前記大きさは、天然ペプチドによる免疫応答と比較して1000倍以上である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、本発明の単離されたWT1ペプチドに由来するHLAクラスIIヘテロクリティックペプチドを提供する。別の実施形態では、WT1ペプチドに由来するヘテロクリティックペプチドを作製する方法は、HLAクラスII分子に対するペプチドの結合力を高める変異を導入するステップを含む。別の実施形態では、WT1ペプチドに由来するヘテロクリティックペプチドを作製する方法は、HLAクラスI分子に対するペプチドの結合力を高める変異を導入するステップを含む。別の実施形態では、前記変異は、HLAクラスIIアンカー残基に存在する。別の実施形態では、本発明のヘテロクリティック・クラスIIペプチドは、本明細書で例示されているように、HLAクラスIヘテロクリティックペプチドの同定及び検査に使用される方法と同じ方法で同定及び検査される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のペプチドにおけるHLAクラスII分子結合部位は、HLAクラスIIモチーフアンカー残基の変異により形成されるかまたは向上させられる。別の実施形態では、改変されるアンカー残基は、P1部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P2部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P6部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P9部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P1、P2、P6、及びP9部位から選択される。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P3部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P4部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P5部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P6部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P8部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P10部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P11部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P12部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P13部位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、HLAクラスII分子結合ペプチドにおける公知の他の任意のアンカー残基である。別の実施形態では、P1、P2、P6、及びP9以外の残基は、第2のアンカー残基として機能する。したがって、それらを変異させると、HLAクラスII分子結合を向上させることができる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドは、アンカーモチーフを形成する変異を導入することによって作製される。「アンカーモチーフ」または「アンカー残基」は、別の実施形態では、HLA結合配列における特定部位の好ましい1つの残基または残基のセットを意味する。
別の実施形態では、HLA結合配列は、HLAクラスII結合配列である。別の実施形態では、HLA結合配列は、HLAクラスI結合配列である。別の実施形態では、アンカーモチーフに相当する部位は、HLA分子に結合するときに重要な役割を果たす部位である。別の実施形態では、アンカー残基は、第1のアンカーモチーフである。別の実施形態では、アンカー残基は、第2のアンカーモチーフである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
MHCクラスIIのエピトープを予測する方法は、当該技術分野で公知である。別の実施形態では、MHCクラスIIエピトープは、TEPITOPE((Meister GE, Roberts CG et al., Vaccine 1995 13: 581-91)を用いて予測される。別の実施形態では、MHCクラスIIエピトープは、EpiMatrix(De Groot AS, Jesdale BM et al., AIDS Res Hum Retroviruses 1997 13: 529-3 1)を用いて予測される。別の実施形態では、MHCクラスIIエピトープは、予測手法(Predict Method)(Yu K, Petrovsky Net al., Mol Med. 2002 8: 137- 48)を用いて予測される。別の実施形態では、MHCクラスIIエピトープは、SYFPEITHIエピトープ予測アルゴリズム(実施例)を用いて予測される。別の実施形態では、MHCクラスIIエピトープは、Rankpepを用いて予測される。別の実施形態では、MHCクラスIIエピトープは、当該技術分野で公知の他の任意の方法を用いて予測される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチド(例えば、HLA−DR結合ペプチド)の場合は、改変されるアンカー残基は、P1位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P2位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P6位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P9位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、P3位、P4位、P5位、P6位、P8位、P10位、P11位、P12位、またはP13位に存在する。別の実施形態では、アンカー残基は、HLAクラスII分子結合ペプチドの、当該技術分野で公知の他のアンカー残基である。別の実施形態では、P1、P2、P6、及びP9以外の残基は、第2のアンカー残基として機能する。したがって、それらを変異させると、HLAクラスII分子との結合を向上させることができる。別の実施形態では、上記の残基の任意の組み合わせを変異させる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のWT1ペプチドは、2つの別個のHLAクラスII分子と結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、3つの別個のHLAクラスII分子と結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、4つの別個のHLAクラスII分子と結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、5つの別個のHLAクラスII分子と結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、6つの別個のHLAクラスII分子と結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、6つ以上の別個のHLAクラスII分子と結合する。
別の実施形態では、本発明のWT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、所定の1つのHLAクラスII遺伝子座に存在する2つ以上の別個の対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、1つの遺伝子座に存在する3つの別個の対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、1つの遺伝子座に存在する4つの別個の対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、1つの遺伝子座に存在する5つの別個の対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、1つの遺伝子座に存在する6つの別個の対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLAクラスII分子は、1つの遺伝子座に存在する6つ以上の別個の対立遺伝子によってコードされる。
別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、2つの別個の遺伝子座に存在するHLAクラスII遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、2つ以上の別個の遺伝子座に存在するHLAクラスII遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、3つの別個の遺伝子座に存在するHLAクラスII遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、3つ以上の別個の遺伝子座に存在するHLAクラスII遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、4つの別個の遺伝子座に存在するHLAクラスII遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、4つ以上の別個の遺伝子座に存在するHLAクラスII遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、前記遺伝子座は、HLA−DRBの遺伝子座から選択される。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DRA結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DQA1結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DQB1結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DPA1結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DPB1結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DMA結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DMB結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DOA結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、HLA−DOB結合ペプチドである。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドは、当該技術分野で公知の他の任意のHLAクラスII分子と結合する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のWT1ペプチドは、2つの別個のHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、3つの別個のHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、4つの別個のHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、5つの別個のHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、6つの別個のHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、6つ以上の別個のHLA−DRB分子に結合する。
別の実施形態では、本発明のWT1ペプチドは、2つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされるHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、HLA−DRB分子は、3つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLA−DRB分子は、4つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLA−DRB分子は、5つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLA−DRB分子は、6つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされる。別の実施形態では、HLA−DRB分子は、6つ以上の別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のWT1ペプチドは、DRB101、DRB301、DRB401,DRB701,DRB1101、及びDRB1501から選択される2つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされるHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、WT1ペプチドは、DRB101、DRB301、DRB401,DRB701,DRB1101、及びDRB1501から選択される3つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされるHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、WT1ペプチドは、DRB101、DRB301、DRB401,DRB701,DRB1101、及びDRB1501から選択される4つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされるHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、WT1ペプチドは、DRB101、DRB301、DRB401,DRB701,DRB1101、及びDRB1501から選択される5つの別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされるHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、WT1ペプチドは、DRB101、DRB301、DRB401,DRB701,DRB1101、及びDRB1501の各HLA−DRB対立遺伝子によってコードされるHLA−DRB分子に結合する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、本発明の2つの別個のWT1ペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本発明の2つの別個のWT1ペプチドは、両方とも改変されていない。別の実施形態では、一方のWT1ペプチドは改変されておらず、他方のWT1ペプチドはヘテロクリティックである。別の実施形態では、両方のWT1ペプチドは、ヘテロクリティックである。
別の実施形態では、前記組成物は、本発明の3つの別個のWT1ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、本発明の4つの別個のWT1ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、本発明の5つの別個のWT1ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、本発明の5つ以上の別個のWT1ペプチドを含む。
別の実施形態では、前記組成物における2つのWT1ペプチドは、改変されていない。別の実施形態では、前記組成物における2つのWT1ペプチドは、ヘテロクリティックである。別の実施形態では、前記組成物における2つのWT1ペプチドは、改変されておらず、他の2つのWT1ペプチドは、ヘテロクリティックである。別の実施形態では、前記組成物における2つ以上のWT1ペプチドは、改変されていない。別の実施形態では、前記組成物における2つ以上のWT1ペプチドは、ヘテロクリティックである。別の実施形態では、前記組成物における2つ以上のWT1ペプチドは、改変されておらず、他の2つ以上のWT1ペプチドは、ヘテロクリティックである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の組成物における別のWT1ペプチドの1つは、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193に記載の配列セットから選択された配列を有する。別の実施形態では、前記別のWT1ペプチドの2つは、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193に記載の配列セットから選択された配列を有する。別の実施形態では、前記別のWT1ペプチドの3つは、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193に記載の配列セットから選択された配列を有する。
別の実施形態では、当該技術分野で公知の他の任意の免疫原性WT1ペプチドが、別のWT1ペプチドとして使用される。別の実施形態では、当該技術分野で公知の免疫原性WT1ペプチドの任意の組み合わせが使用される。他のWTペプチドの非限定的なソースには、WO2005053618、WO2007047764、及びWO2007120673が含まれる。
別のWT1ペプチドの各々及びそれらの組み合わせの各々は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の組成物は、本発明の単離された同じWT1ペプチドに由来する2つのHLAクラスIIヘテロクリティックペプチドを含む。別の実施形態では、2つのHLAクラスIIヘテロクリティックペプチドは、HLAクラスII分子に結合する別個のアンカー残基に変異を有する。別の実施形態では、2つのHLAクラスIIヘテロクリティックペプチドは、HLAクラスII分子に結合する同一のアンカー残基に互いに異なる変異を有する。別の実施形態では、2つのHLAクラスIIヘテロクリティックペプチドは、本発明の単離された別個のWT1ペプチドに由来する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の2つのWT1ペプチド、または本発明の2つのHLAクラスIIヘテロクリティックペプチドに相当するWT1ペプチドは、互いに重複する。別の実施形態では、前記ペプチドの重複部分は、少なくとも7アミノ酸(AA)である。別の実施形態では、前記重複部分は、8AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、9AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、10AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、11AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、12AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、13AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、14AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、15AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、16AAである。別の実施形態では、前記重複部分は、16以上のAAである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の組成物におけるペプチドは、2つの別個のHLAクラスII分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、3つの別個のHLAクラスII分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、4つの別個のHLAクラスII分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、5つの別個のHLAクラスII分子に結合する。別の実施形態では、前記ペプチドは、5つ以上の別個のHLAクラスII分子に結合する。別の実施形態では、本発明の組成物におけるペプチドは、同一のHLAクラスII分子に結合する。
別の実施形態では、本発明の組成物における各WT1ペプチドは、HLAクラスII分子セットに結合する。別の実施形態は、各WT1ペプチドは、別個のHLAクラスII分子セットに結合する。別の実施形態は、本発明の組成物におけるWT1ペプチドは、同一のHLAクラスII分子セットに結合する。別の実施形態では、2つのWT1ペプチドが、重複する別個のHLAクラスII分子セットに結合する。別の実施形態では、2つ以上のWT1ペプチドが同一のHLAクラスII分子セットに結合し、別のWT1ペプチドが別個のHLAクラスII分子セットに結合する。別の実施形態では、2つ以上のWT1ペプチドが重複するHLAクラスII分子セットに結合し、別のWT1ペプチドが別個のHLAクラスII分子セットに結合する。
別の実施形態では、本発明の組成物における2つ以上のWT1ペプチドのそれぞれが、1つ以上のHLA−DRB分子に結合する。別の実施形態では、本発明の組成物におけるペプチドが結合する4つ以上のHLA−DRBは、互いに異なる。別の実施形態では、前記HLA−DRB分子は、別個のHLA−DRB対立遺伝子によってコードされている。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の組成物におけるWT1ペプチドが結合する2つ以上のHLAクラスII分子は、HLA−DRB分子である。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合する3つ以上のHLAクラスII分子は、HLA−DRB分子である。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、本明細書に記載の任意のHLAクラスII分子であり得る。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、所定の1つの遺伝子座に存在する2つ以上の別個のHLAクラスII対立遺伝子にコードされている。別の実施形態では、WT1ペプチドが結合するHLAクラスII分子は、2つ以上の別個の遺伝子座に存在するHLAクラスII遺伝子にコードされている。
上記の各組成物は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、「HLAクラスII分子セット」は、特定の遺伝子座に存在する別個の対立遺伝子によってコードされた複数のHLAクラスII分子を意味する。別の実施形態では、この用語は、特定の結合特異性を有する複数のHLAクラスII分子を意味する。別の実施形態では、この用語は、特定のペプチド共通配列を有する複数のHLAクラスII分子を意味する。別の実施形態では、この用語は、複数のHLAクラスII分子のスーパーファミリーを意味する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、HLAクラスII分子に結合する本発明の未改変のWT1ペプチドと、HLAクラスI分子に結合する第2のWT1ペプチドとを含む組成物を提供する。別の実施形態では、前記組成物は、HLAクラスI分子に結合するWT1ペプチドに加えて、HLAクラスII分子に結合する1つ以上の本発明のWT1ペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、HLAクラスII分子に結合するWT1ペプチドに加えて、HLAクラスI分子に結合する1つ以上のWT1ペプチドを含む。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、HLAクラスI分子に結合するWT1ペプチドのAA配列は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された配列を含む。別の実施形態では、HLAクラスI分子に結合するWT1ペプチドのAA配列は、対立遺伝子にコードされたSEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択されたものである。各可能な実施形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、HLAクラスI分子結合性WT1ペプチドは、HLAクラス1ヘテロクリティックペプチドである。別の実施形態では、本明細書中でさらに説明するように、HLAクラスI分子結合性WT1ペプチドは、それのHLAクラスI分子に結合するアンカー残基に変異を有する。本明細書に記載するように、HLA−A0201及びHLA−A0301との結合が増大すると予測されるヘテロクリティックペプチドを作製するために、WT1由来ペプチドのHLAアンカー残基を改変した。結合が増大すると予測されるペプチドはまた、HLAクラスI分子との結合の強化、及び免疫原性の増大を示した。
別の実施形態では、MHCとの結合を高める変異は、HLAクラス1ヘテロクリティックペプチドの1位に存在する残基に導入される。別の実施形態では、前記残基は、チロシンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、グリシンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、スレオニンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、フェニルアラニンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、当該技術分野で公知の他の任意の残基に変換される。別の実施形態では、1位の残基を(例えば、チロシンに)置換することにより、2位に存在するアンカー残基の結合が安定化される。
別の実施形態では、変異は、HLAクラスIヘテロクリティックペプチドの2位の残基に導入される。別の実施形態では、前記残基は、ロイシンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、バリンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、イソロイシンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、メチオニンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、当該技術分野で公知の他の任意の残基に変換される。
別の実施形態では、変異は、HLAクラスIヘテロクリティックペプチドの6位の残基に導入される。別の実施形態では、前記残基は、バリンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、システインに変換される。別の実施形態では、前記残基は、グルタミンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、ヒスチジンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、当該技術分野で公知の他の任意の残基に変換される。
別の実施形態では、変異は、HLAクラスIヘテロクリティックペプチドの9位の残基に導入される。別の実施形態では、前記変異により、前記ペプチドのC末端の残基が変換される。別の実施形態では、前記残基は、バリンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、スレオニンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、イソロイシンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、ロイシンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、アラニンに変換される。別の実施形態では、前記残基は、システインに変換される。別の実施形態では、当該技術分野で公知の他の任意の残基に変換される。
別の実施形態では、点変異は、第1のアンカー残基に導入される。別の実施形態では、HLAクラスI分子に結合する第1のアンカー残基は、2位及び9位に存在する。別の実施形態では、点変異は、第2のアンカー残基に存在する。別の実施形態では、HLAクラスI分子に結合する第2のアンカー残基は、1位及び8位に存在する。別の実施形態では、HLAクラスI分子に結合する第2のアンカー残基は、1位、3位、6位、7位、及び8位に存在する。別の実施形態では、点変異は、4位、5位、及び8位から選択された位置に導入される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、点変異は、HLAクラスI結合モチーフの1位、2位、8位、及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。別の実施形態では、点変異は、1位、3位、6位、及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。別の実施形態では、点変異は、1位、2位、6位、及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。別の実施形態では、点変異は、1位、6位、及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。別の実施形態では、点変異は、1位、2位、及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。別の実施形態では、点変異は、1位、3位、及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。別の実施形態では、点変異は、2位及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。別の実施形態では、点変異は、6位及び9位から選択された位置に存在する1つ以上の残基に導入される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
上記のアンカー残基及び置換の各々は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、HLAクラスI分子に結合するWT1ペプチドの長さは、9AAである。別の実施形態では、HLAクラスI分子に結合するWT1ペプチドの長さは、10AAである。本明細書に記載したように、9〜10AAの天然ペプチド及びヘテロクリティックペプチドは、HLAクラスI分子と実質的に結合し、サイトカイン分泌及びCTLによる細胞溶解を誘起する。
別の実施形態では、HLAクラスI分子結合性WT1ペプチドが結合するHLAクラスI分子は、HLA−A分子である。別の実施形態では、前記HLAクラスI分子は、HLA−A2分子である。別の実施形態では、前記HLAクラスI分子は、HLA−A3分子である。別の実施形態では、前記HLAクラスI分子は、HLA−A11分子である。別の実施形態では、前記HLAクラスI分子は、HLA−B8分子である。別の実施形態では、前記HLAクラスI分子は、HLA−0201分子である。別の実施形態では、前記HLAクラスI分子は、当該技術分野で公知の他の任意のHLAクラスI分子である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のWT1ペプチドの長さは、8〜30AAである。別の実施形態では、前記ペプチドの長さは、9〜11AAである。別の実施形態では、前記ペプチドの長さは、7〜25AAである、または別の実施形態では8〜11AAである、または別の実施形態では8〜15AAである、または別の実施形態では9〜20AAである、または別の実施形態では9〜18AAである、または別の実施形態では9〜15AAである、または別の実施形態では8〜12AAである、または別の実施形態では9〜11である。別の実施形態では、前記ペプチドの長さは、8AAである、または別の実施形態では9AAである、または別の実施形態では10AAである、または別の実施形態では12AAである、または別の実施形態では25AAである、または別の実施形態ではそれらの間の任意の長さである。別の実施形態では、前記ペプチドの長さは、さらに長く、例えば50AAまたは100AA以上である。この実施形態では、細胞により、ペプチドを長さが7〜25AAになるように処理する。この実施形態では、細胞により、ペプチドを長さが9〜11AAになるように処理する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、前記ペプチドの長さは、15〜23AAである。別の実施形態では、前記長さは、15〜24AAである。別の実施形態では、前記長さは、15〜25AAである。別の実施形態では、前記長さは、15〜26AAである。別の実施形態では、前記長さは、15〜27AAである。別の実施形態では、前記長さは、15〜28AAである。別の実施形態では、前記長さは、14〜30AAである。別の実施形態では、前記長さは、14〜29AAである。別の実施形態では、前記長さは、14〜28AAである。別の実施形態では、前記長さは、14〜26AAである。別の実施形態では、前記長さは、14〜24AAである。別の実施形態では、前記長さは、14〜22AAである。別の実施形態では、前記長さは、14〜20AAである。別の実施形態では、前記長さは、16〜30AAである。別の実施形態では、前記長さは、16〜28AAである。別の実施形態では、前記長さは、16〜26AAである。別の実施形態では、前記長さは、16〜24AAである。別の実施形態では、前記長さは、16〜22AAである。別の実施形態では、前記長さは、18〜30AAである。別の実施形態では、前記長さは、18〜28AAである。別の実施形態では、前記長さは、18〜26AAである。別の実施形態では、前記長さは、18〜24AAである。別の実施形態では、前記長さは、18〜22AAである。別の実施形態では、前記長さは、18〜20AAである。別の実施形態では、前記長さは、20〜30AAである。別の実施形態では、前記長さは、20〜28AAである。別の実施形態では、前記長さは、20〜26AAである。別の実施形態では、前記長さは、20〜24AAである。別の実施形態では、前記長さは、22〜30AAである。別の実施形態では、前記長さは、22〜28AAである。別の実施形態では、前記長さは、22〜26AAである。別の実施形態では、前記長さは、24〜30AAである。別の実施形態では、前記長さは、24〜28AAである。別の実施形態では、前記長さは、24〜26AAである。
上記のペプチド、ペプチドの長さ、及びペプチドの種類の各々は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のペプチドには、HLA分子に対する親和力及びTCR特異性を変化させることなく、当該技術分野で公知の方法で少しの改変がなされる。HLAクラスI結合ペプチドの場合、「少しの改変」は、別の実施形態では、例えば、1つのAAの挿入、削除、若しくは置換、または2位〜9位の残基間以外での1つ〜3つのAAの挿入、削除若しくは追加を意味する。本明細書に記載のコンピュータアルゴリズムがペプチドのMHCクラスI分子への結合能力の予測に有用であるが、前記アルゴリズムの予測精度は60〜80%である。そのため、MHCクラスI分子結合親和力を最終的に求める前に、ペプチドを実験的に評価する必要がある。したがって、本発明のペプチドは、前記アルゴリズムによってMHCクラスI分子に対する結合親和力が強いと予測されるペプチドに限定されない。各改変は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、実施例に列挙した本発明のペプチドは、アンカー残基を、MHCクラス1に好適なアンカー残基(別の実施形態では、本明細書に列記した任意のアンカー残基)に変異させることによって、さらに改変される。別の実施形態では、MHCクラス1に好適なアンカー残基を有する本発明のペプチドは、前記アンカー残基を、その位置において、別のMHCクラス1に好適なアンカー残基に変異させることによって、さらに改変される。前記別の好ましい残基は、別の実施形態では、本明細書に列記した任意の好適な残基であり得る。
別の実施形態では、さらに改変されるアンカー残基は、1位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、2位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、3位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、4位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、5位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、6位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、7位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、8位に存在する。別の実施形態では、前記アンカー残基は、9位に存在する。HLAクラスI結合ペプチドの場合、2及び9位以外の残基が第2のアンカー残基として機能することができるので、それらを変異させることにより、MHCクラスI分子への結合を向上させることができる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のペプチドは、実施例に列記したペプチドに対して、長さが異なる変異体である。別の実施形態では、前記長さが異なる変異体は、実施例に記載のペプチドよりも1アミノ酸(AA)短い。別の実施形態では、前記長さが異なる変異体は、実施例に記載のペプチドよりも2AA短い。別の実施形態では、実施例に列記したペプチドよりも2AA以上短い。別の実施形態では、前記短いペプチドは、N末端で短縮されている。別の実施形態では、前記短いペプチドは、C末端で短縮されている。別の実施形態では、前記短縮ペプチドは、N末端及びC末端の両方で短縮されている。別の実施形態では、当該技術分野で公知のように、HLA分子に対する親和力を変えることなく、ペプチドを短縮することができる。
上記の各短縮ペプチドは、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、前記長さが異なる変異体は、実施例に列記した本発明のペプチドよりも長い。別の実施形態では、前記長いペプチドは、N末端で延長されている。別の実施形態では、当該技術分野で公知のように、HLA分子に対する親和力を変えることなく、ペプチドを延長することができる。このようなペプチドは、したがって、実施例に列記したペプチドの均等物である。別の実施形態では、N末端で延長したペプチドは、1残基分延長されている。別の実施形態では、N末端で延長したペプチドは、2残基分延長されている。別の実施形態では、N末端で延長したペプチドは、3残基分延長されている。別の実施形態では、N末端で延長したペプチドは、3残基分以上延長されている。
別の実施形態では、前記のより長いペプチドは、C末端で延長されている。別の実施形態では、当該技術分野で公知のように、HLA分子に対する親和力を変えることなく、ペプチドをこのように延長することができる。このようなペプチドは、したがって、実施例に列記したペプチドの均等物である。別の実施形態では、C末端で延長したペプチドは、1残基分延長されている。別の実施形態では、C末端で延長したペプチドは、2残基分延長されている。別の実施形態では、C末端で延長したペプチドは、3残基分延長されている。別の実施形態では、C末端で延長したペプチドは、3残基分以上延長されている。
別の実施形態では、延長されたペプチドは、周囲のWT1配列にしたがって、N末端及びC末端の両方で延長されている。
上記の延長されたペプチドの各々は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の短縮ペプチドは、第2の残基及びC末端残基において、HLAアンカー残基(例えば、HLAクラスIアンカー残基)を保持し、本発明の実施例に列挙したペプチドよりも介在残基の数が小さい(例えば、5)。別の実施形態では、HLA分子に対する親和力を変えることなく、ペプチドにこのような変異を導入することができる。
別の実施形態では、このような短縮ペプチドは、上記の或る配列の介在残基を削除することによって設計される。別の実施形態では、HLAアンカー残基は、第2及び第8の残基に保持されている。別の実施形態では、HLAアンカー残基は、第1及び第8の残基に保持されている。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の延長されたペプチドは、第2の残基及びC末端残基において、HLAアンカー残基(例えば、HLAクラスIアンカー残基)を保持し、本発明の実施例に列挙したペプチドよりも介在残基の数が大きい(例えば、7または8)。別の実施形態では、このような延長ペプチドは、上記の或る配列の2つの介在残基間に1以上の残基を追加することによって設計される。HLAに対する親和力を変えることなく、HLA結合ペプチドの介在配列から残基を除去したり、前記介在配列間に残基を追加したりできることは、当該技術分野で公知である。このようなペプチドは、したがって、実施例に列記したペプチドの均等物である。別の実施形態では、HLAアンカー残基は、第2及び第9の残基に保持される。別の実施形態では、HLAアンカー残基は、第1及び第8の残基に保持される。別の実施形態では、HLAアンカー残基は、6つの介在残基によって互いに分離された2つの残基に保持される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
「断片」は、別の実施形態では、11AA以上の長さを有するペプチドを意味する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、12AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、13AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、14AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、15AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、17AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、18AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、19AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、22AA以上の長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、8〜12AAの長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、約8〜12AAの長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、16〜19AAの長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、約16〜19AAの長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、10〜25AAの長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、約10〜25AAの長さを有する。別の実施形態では、本発明のペプチド断片は、他の任意の長さを有する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
「WT1タンパク質の断片」は、別の実施形態では、本明細書に記載された「断片」の定義のいずれかを意味する。各可能な定義は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、実施例に列挙したペプチドに対して相同である。「相同性」、「相同」などの用語は、任意のタンパク質またはペプチドを言及する場合において、候補配列のアミノ酸残基が、対応する天然型ペプチドのアミノ酸残基配列と一致する割合(パーセント)を意味する(必要に応じて、相同の最大パーセントを実現するために、配列のアライメントを行い、ギャップを導入した後の。なお、保存的置換は、配列同一性の一部とは考えない)。アライメントのための方法及びプログラムは、当該技術分野で公知である。
別の実施形態では、「相同性」という用語は、任意の核酸配列を言及する場合は、同様に、候補配列のヌクレオチドが、対応する天然型核酸配列のヌクレオチドと一致する割合(パーセント)を意味する。
相同性は、別の実施形態では、配列アライメントのためのコンピュータアルゴリズムや当該技術分野で公知の方法によって評価することができる。別の実施形態では、核酸配列の相同性に関するコンピュータアルゴリズム分析には、例えば、BLAST、DOMAIN、BEAUTY(BLAST Enhanced Alignment Utility)、GENPEPT、及びTREMLパッケージが用いられる。
別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して70%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して72%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して75%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して78%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して80%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して82%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して83%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して85%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して87%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して88%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して90%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して92%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して93%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して95%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して96%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して97%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して98%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して99%を超える同一性を有することを意味する。別の実施形態では、「相同性」は、配列番号SEQ ID No:1〜160、162〜185、190、191、または193から選択された1つの配列に対して100%である同一性を意味する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態を意味する。別の実施形態では、相同性は、候補配列のハイブリダイゼーションにより決定される。ハイブリダイゼーションの方法は、当該技術分野で公知である(例えば、"Nucleic Acid Hybridization" Hames, B. D., and Higgins S. J., Eds. (1985)、Sambrook et al., 2001, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, N.Y.、及びAusubel et al., 1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Yを参照)。別の実施形態では、ハイブリダイゼーションの方法は、緩やかな(moderate)または厳密な(stringent)な条件下で、天然型カスパーゼペプチドをコードするDNAの相補配列に対して行われる。ハイブリダイゼーションの条件は、例えば、10〜20%のホルムアミドと、5倍のSSC(150mMのNaCl、15mMのクエン酸三ナトリウム)と、50mMのリン酸ナトリウム(pH7.6)と、5倍のデンハルト溶液と、10%の硫酸デキストランと、20μg/mlの変性剪断サケ精子DNAとを溶解させた水溶液中で、42℃で一晩インキュベートすることである。
実施例に列記されたペプチドの上記の相同物及び変異体の各々は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、本発明のペプチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、前記組成物は、医薬的に許容される担体をさらに含む。別の実施形態では、前記組成物は、アジュバントをさらに含む。別の実施形態では、前記組成物は、本発明の2つ以上のペプチドを含む。別の実施形態では、前記組成物は、下記に記載の任意の添加剤、化合物、または賦形剤を含む。別の実施形態では、前記アジュバントは、KLH、QS21、フロインド完全アジュバント、フロインド不完全アジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、BCG、またはミョウバンである。別の実施形態では、前記担体は、本明細書に列挙した任意の担体である。別の実施形態では、前記アジュバントは、本明細書に列挙した任意のアジュバントである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、本発明のペプチドを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、本発明は、抗原提示細胞(antigen-presenting cell:APC)と、本発明のペプチドとを含むワクチンを提供する。別の実施形態では、前記ワクチンは、担体をさらに含む。別の実施形態では、前記ワクチンは、アジュバントをさらに含む。別の実施形態では、前記ワクチンは、APCをさらに含む。別の実施形態では、前記ワクチンは、抗原、担体、及び/またはAPCの1つ以上の組み合わせをさらに含む。別の実施形態では、前記ワクチンは、細胞ベースの組成物である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、「ワクチン」という用語は、対象に導入したときに、特定の病気、疾患、またはそれらの症状に対して予防効果または治療効果を提供する物質または組成物を意味する。別の実施形態では、本発明は、ペプチドベースのワクチンを提供する。前記ペプチドは、サイトカインやアジュバントなどの免疫調節化合物を含む、本明細書に記載の任意の物質を含む。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のワクチンは、アジュバントをさらに含む。別の実施形態では、前記アジュバントは、モンタニドISA51(Montanide ISA 51)である。モンタニドISA51は、天然の代謝可能油及び精製乳化剤を含む。別の実施形態では、前記アジュバントは、GM−CSFである。組み換え型GM−CSFは、ヒトのタンパク質であり、別の実施形態では、酵母(S. cerevisiae)ベクターである。GM−CSFは、造血前駆細胞、APC、樹枝状細胞、及びT細胞のクローン性増殖及び分化を促進する。
別の実施形態では、前記アジュバントは、サイトカインである。別の実施形態では、前記アジュバントは、成長因子である。別の実施形態では、前記アジュバントは、細胞集団である。別の実施形態では、前記アジュバントは、QS21である。別の実施形態では、前記アジュバントは、フロインド不完全アジュバントである。別の実施形態では、前記アジュバントは、リン酸アルミニウムである。別の実施形態では、前記アジュバントは、水酸化アルミニウムである。別の実施形態では、前記アジュバントは、BCGである。別の実施形態では、前記アジュバントは、ミョウバンである。
別の実施形態では、前記アジュバントは、インターロイキンである。別の実施形態では、前記アジュバントは、ケモカインである。別の実施形態では、前記アジュバントは、当該技術分野で公知の任意の種類のアジュバントである。別の実施形態では、本発明のWT1ワクチンは、上記のアジュバントのうちの2つを含む。別の実施形態では、本発明のWT1ワクチンは、上記のアジュバントのうちの2つ以上を含む。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のワクチンまたは組成物は、本発明のWT1ペプチドの任意の実施形態及びその組み合わせを含むことができる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
本発明のペプチド、ワクチン、及び組成物に関して本明細書に記載したあらゆる実施形態が本発明の任意の方法に使用できることを理解されたい。ペプチド、ワクチン、または組成物と、方法との組み合わせは、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌を有する対象を治療する方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、WT1発現癌を有する対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、MDSを有する対象を治療する方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、MDSを有する対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌の進行を抑制または停止する方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるWT1発現癌の進行を抑制または停止するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌の発生率を減少させる方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるWT1発現癌の発生率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象における急性骨髄性白血病(AML)の発生率を減少させる方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるAMLの発生率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるWT1発現癌の再発率を減少させる方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるWT1発現癌の再発率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象におけるAMLの再発率を減少させる方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象におけるAMLの再発率を減少させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌に対する、対象のT細胞寛容を破壊する方法であって、本発明のWT1ワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、WT1発現癌に対する、対象のT細胞寛容を破壊するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌を有する対象を治療する方法であって、(a)本発明の方法によって、ドナーにおいて、悪性癌細胞を認識するヒト細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の形成及び増殖を誘導するステップと、(b)前記ヒトCTLを前記対象に注入するステップとを含み、それによって、癌を有する対象を治療するようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌を有する対象を治療する方法であって、(a)本発明の方法によって、エクスビボで、悪性癌細胞を認識するヒト細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の形成及び増殖を誘導するステップと、(b)前記ヒトCTLを前記対象に注入するステップとを含み、それによって、癌を有する対象を治療するようにした方法を提供する。前記、ヒト免疫細胞は、ドナーから取得される。
別の実施形態では、本発明は、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のペプチドまたは組成物をリンパ球集団に接触させるステップを含み、それによって、(a)WT1タンパク質に特異的なCD8リンパ球、(b)WT1タンパク質に特異的なCD4リンパ球、またはそれらの組合せの形成及び増殖を誘導するようにした方法を提供する。この方法は、インビトロ、エクスビボまたはインビボで実施することができる。インビトロまたはエクスビボで実施する場合、前記CTLはその後、治療効果をもたらすために患者に注入することができる。
エクスビボの免疫治療のための方法は、当該技術分野で公知であり、例えば、米国特許出願番号第2006/0057130号、同第2005/0221481号、同第2005/0214268号、同第2003/0175272号、同第2002/0127718号、及び米国特許第5,229,115号に記載されている(これらは、本明細書に援用されるものとする)。他の方法も当該技術分野で公知であり、例えば、「Blood dendritic cells generated with Flt3 ligand and CD40 ligand prime CD8+ T cells efficiently in cancer patients. J Immunother. 2006 Sep-Oct;29(5) :499-5 11」(Davis ID et al.)及び「The cytotoxic T cell response to peptide analogs of the HLA-A*0201-restricted MUC1 signal sequence epitope, Ml.2. Cancer Immunol Immunother. 2006 Jul 28」(Mitchell MS et al.)に記載されている。各方法は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、WT1発現癌細胞に特異的なCTLの形成及び増殖を誘導する方法であって、本発明のワクチンをリンパ球の集団に接触させるステップを含む。別の実施形態では、前記ワクチンは、本発明のペプチドに結合したAPCである。別の実施形態では、前記ワクチンは、本発明のペプチドの混合物に結合したAPCである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、対象における、WT1発現癌細胞に対するヘテロクリティック免疫応答を生成する方法であって、本発明のワクチンを前記対象に投与するステップを含み、それによって、ヘテロクリティック免疫応答を発生させるようにした方法を提供する。
別の実施形態では、本発明は、対象における抗中皮腫免疫応答を誘導する方法であって、(a)WT1タンパク質または(b)WT1タンパク質の断片を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、対象における抗中皮腫免疫応答を誘導するようにした方法を提供する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、対象における抗中皮腫免疫応答を誘導する方法であって、(a)WT1タンパク質または(b)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に接触させるステップを含み、それによって、対象における抗中皮腫免疫応答を誘導するようにした方法を提供する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、中皮腫を有する対象を治療する方法であって、(a)WT1タンパク質または(b)WT1タンパク質の断片を含む免疫原性組成物を前記対象に投与するステップを含み、それによって、中皮腫を有する対象を治療するようにした方法を提供する。別の実施形態では、中皮腫は、悪性中皮腫である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、中皮腫を有する対象を治療する方法であって、(a)WT1タンパク質または(b)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に投与するステップを含み、それによって、中皮腫を有する対象を治療するようにした方法を提供する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させる方法であって、(a)WT1タンパク質または(b)WT1タンパク質の断片を含む免疫原性組成物を前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させる方法であって、(a)WT1タンパク質または(b)WT1タンパク質の断片をコードするヌクレオチド分子を含む免疫原性組成物を前記対象に投与するステップを含み、それによって、対象における中皮腫の発生率または再発率を減少させるようにした方法を提供する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法によって誘起される免疫応答の標的細胞は、本発明のWT1ペプチドまたはそれに対応するWT1断片をHLA分子上に提示する。別の実施形態では、HLA分子は、HLAクラスI分子である。別の実施形態では、HLA分子は、当該技術分野で公知の任意のHLAクラス1サブタイプまたはHLAクラスI分子である。別の実施形態では、WT1ペプチドまたはその断片に対する免疫応答は、ヘテロクリティック免疫応答である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、前記癌は、WT1発現癌である。一実施形態では、前記WT1発現癌は、急性骨髄性白血病(acute myelogenous leukemia:AML)である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、骨髄異形成症候群(myelodysplastic syndrome:MDS)に関連するものである。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、MDSである。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer:NSCLC)である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、ウィルムス腫瘍である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、白血病である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、血液癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、リンパ腫である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、線維形成性小円形細胞腫瘍である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、中皮腫である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、悪性中皮腫である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、胃癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、結腸癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、肺癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、乳癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、胚細胞腫瘍である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、卵巣癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、子宮癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、甲状腺癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、肝細胞癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、甲状腺癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、肝臓癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、腎臓癌である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、カポジ肉腫である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、肉腫である。別の実施形態では、前記WT1発現癌は、その他の癌腫または肉腫である。
別の実施形態では、前記WT1発現癌は、固形癌である。別の実施形態では、前記固形癌は、前記WT1発現癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、骨髄異形成症候群(myelodysplastic syndrome:MDS)に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer:NSCLC)に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、肺癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、乳癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、結腸直腸癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、前立腺癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、卵巣癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、腎臓癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、膵臓癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、脳腫瘍に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、消化管癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、皮膚癌に関連するものである。別の実施形態では、前記固形癌は、メラノーマに関連するものである。
別の実施形態では、本発明の方法により治療される癌または腫瘍は、WT1を発現することが疑われる。別の実施形態では、WT1の発現は、実際の腫瘍サンプルの検査により確認されていていない。別の実施形態では、前記癌または腫瘍は、多くの場合にWT1を発現すると知られている種類である。別の実施形態では、前記の種類のものは、大抵の場合に、WT1を発現する。
WT1を発現する癌または腫瘍の各々、及びWT1を発現することが疑われる癌または腫瘍の各々は、本発明の別個の実施形態に相当する。
本発明のペプチド、ワクチン、及び組成物に関して本明細書に列記したあらゆる実施形態は、本発明の任意の方法に使用することができ、各々は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の複数のペプチドは、本発明の方法において免疫応答を促進する。
本明細書に開示した方法によって、当業者は、別のWT1由来ペプチドを設計することができる。また、本発明の方法によって、別のHLA分子に結合するペプチドの設計が可能となる。また、本発明の方法によって、本発明の複数のWT1由来ペプチドを組み合わせたワクチンの設計が可能となる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のワクチンには、様々なHLAクラスII対立遺伝子を有するWT1特異的CD4T細胞を活性化または誘起するという利点がある。別の実施形態では、ワクチンには、人口のかなり大きな割合において、WT1特異的CD4T細胞を活性化または誘起するという利点がある(例えば、別個の実施形態では、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または95%よりも大きい割合で)。別の実施形態では、ワクチンには、特定の人口のかなり大きな割合(例えば、米国の白色人種)において、WT1特異的CD4T細胞を活性化または誘起するという利点がある。
別の実施形態では、本発明の方法は、対象がすでに有している免疫応答を向上させる。別の実施形態では、本発明の方法は、ペプチド、組成物、またはワクチンを2回以上投与するステップを含む。別の実施形態では、ペプチドの組成、濃度、またはそれらの組み合わせは様々である。別の実施形態では、ペプチドは、関心のある抗原に対する免疫応答をまだ開始していない対象において、前記抗原に対する免疫応答を開始する。別の実施形態では、誘起されたCTLは、APCまたは癌細胞上のペプチドの提示に応答して増殖する。別の実施形態では、免疫応答の調節は、免疫機構の体液性部分及び細胞性部分(それぞれ、Th2及びTh1Tヘルパー細胞が関与する)の一方または両方を含む。
別の実施形態では、腫瘍の成長に影響を及ぼす本発明の方法によって、(1)腫瘍細胞の分化が直接抑制される、または(2)免疫細胞が腫瘍細胞溶解をもたらす、またはその両方が起き、その結果、腫瘍細胞の拡大が抑制される。
当業者は、公知の様々な方法に基づいて、これらの2つの機構の一方による腫瘍の成長の抑制を容易に評価することができる。別の実施形態では、腫瘍抑制は、腫瘍の実際の大きさを所定期間にわたって測定することで評価される。別の実施形態では、腫瘍の抑制は、当該技術分野で公知の方法を用いて腫瘍の大きさを(所定期間にわたって)推定することで評価される。より具体的には、腫瘍の大きさは、様々な放射線画像撮像方法(例えば、単光子陽電子放出コンピュータ断層撮影(「"Nuclear Medicine in Clinical Oncology," Winkler, C. (ed.) Springer-Verlag, New York, 1986」を参照))を用いて推定することができる。このような方法には、様々な造影剤(例えば、従来の造影剤(例えばクエン酸ガリウム−67(67Ga))、並びに代謝画像、リセプター画像、または免疫画像用の特別な試薬(例えば、腫瘍マーカーに特異的な放射性標識モノクローナル抗体))が使用される。加えて、超音波法などの非放射性方法(「"Ultrasonic Differential Diagnosis of Tumors", Kossoff and Fukuda, (eds.), Igaku-Shoin, New York, 1984」を参照)を用いて、腫瘍の大きさを推定することもできる。
腫瘍抑制の評価のための上記したインビボ方法に加えて、様々なインビトロの方法を用いて、インビボでの腫瘍抑制を予測することができる。代表的な例として、例えば、51Cr放出アッセイ(実施例)、腫瘍依存性リンパ球増殖(loannides, et aL, J. Immunol. 146(5):1700- 1707, 1991)、腫瘍特異的抗体のインビトロでの生成(Herlyn, et al., J. Immunol. Meth. 73:157- 167, 1984)、インビトロでの細胞性(例えば、CTL、ヘルパーT細胞)または体液性(例えば、抗体)の細胞増殖抑制(Gazit, et al., Cancer Immunol Irnn-iunother 35:135-144, 1992)、細胞前駆体の頻度の評価(Vose, mt. J. Cancer 30:135-142 (1982)などによる、リンパ球媒介性腫瘍細胞溶解活性の評価が挙げられる。
別の実施形態では、腫瘍の成長を抑制する方法を用いると、本発明のペプチドを接触させなかった場合、または本発明のペプチドに曝さなかった場合と比べると、腫瘍の成長は抑制される。腫瘍細胞の成長は、当該技術分野で公知の任意の方法で評価することができ、そのような方法としては、これに限定しないが、例えば、腫瘍の大きさの計測、Hチミジン組み込み分析を用いての腫瘍細胞の増殖の測定、または腫瘍細胞の数のカウントが挙げられる。腫瘍細胞の成長を「抑制する」とは、別の実施形態では、腫瘍の成長を遅らせる、遅延させる、若しくは停止する、または腫瘍を縮小させることを意味する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
本発明の方法及び組成物の別の実施形態では、WT1発現が測定される。別の実施形態では、WT1の転写産物発現が測定される。別の実施形態では、腫瘍におけるWT1タンパク質レベルが測定される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
免疫応答の存在及び大きさを評価する方法は、当該技術分野で公知である。別の実施形態では、リンパ球の増殖分析が用いられ、T細胞による放射性物質(例えば、Hチミジン)の取り込みを測定して、細胞の増殖を評価する。別の実施形態では、T細胞の増殖は、インターロイキン−2(IL−2)生成、Ca2+流出、または染料(3−(4,5−ジメチルチアゾール−2−イル)−2,5−ジフェニル−テトラゾリウムなど)の取り込みを測定することによって評価される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、CTLの活性化は、当該技術分野で公知の方法(例えば、細胞増殖、サイトカイン生成の検出など)によって評価される。リガンドでパルスされた標的細胞に接触したときにT細胞が分泌するサイトカインの種類及び量を分析することにより、T細胞の機能活性を評価することができる。ELISAまたはELISPOT分析によって、サイトカイン生成の速度及び全量を求めることができる(Fujihashi K. et al. (1993) J. Immunol. Meth. 160:181; Tanguay S. and Killion J. J. (1994) Lymphokine Cytokine Res. 13:259)。
別の実施形態では、CTL活性は、51Cr放出アッセイによって求めることができる。ペプチドでパルスした51Cr標識標的細胞の抗原特異的T細胞の溶解を、対照ペプチドでパルスした標的細胞と比較することができる。別の実施形態では、本発明のペプチドによってT細胞を刺激し、MHCにおいて天然ペプチドを発現する標的細胞の溶解を求めることができる。別の実施形態では、溶解の挙動、並びに特定の時点(例えば、4時間)における全ての標的の溶解を用いて、リガンドの性能を評価する(Ware C. F. et al. (1983) J Immunol 131: 1312)。
HLA分子に対するペプチドの親和力を求める方法は、当該技術分野で公知である。別の実施形態では、親和力は、TAP安定性分析により求められる。
別の実施形態では、親和力は、競合型ラジオイムノ分析によって求められる。別の実施形態では、次のプロトコルが使用される。標的細胞を1%のウシ血清アルブミン(BSA、Fisher Chemicals, Fairlawn, NJ)含有PBSで2回洗浄する。細胞を氷上で10/mlになるように再懸濁する。3mg/mlのベータ2マイクログロブリンを含むリン酸クエン酸塩緩衝液を用いて、細胞表面に結合している天然のペプチドを、0℃で2分間剥ぎ取る。沈殿物を、3mg/mlのベータ2マイクログロブリン及び30mg/mlのデオキシリボヌクレアーゼを含有するPBS/1%BSAで5×10細胞/mlになるように再懸濁する。次に、200mlのアリコートを、HLAに特異的なペプチドの存在下または非存在下で、20℃で10分間インキュベートし、その後、125I標識のペプチと共に30分間、20℃でインキュベートする。PBS/2%BSAで2回洗浄し、PBSで1回洗浄した後に、結合した全125I量を測定する。相対的親和力は、検査するペプチドの濃度を公知の結合ペプチドの濃度と比較することによって求める。
別の実施形態では、生細胞(例えば、SKLY−16細胞)表面上のHLAに対するペプチドの結合の特異性分析を行い、ペプチドが適切なHLA分子に結合することを確認し、さらに特異性を特徴付ける。この分析には、別の実施形態では、同種または異種のHLA分子に結合すると知られている過剰な非標識ペプチドとの競合分析が含まれ、同種または異種のHLAを発現する標的細胞が使用される。この分析は、別の実施形態では、生きている新鮮な、または0.25%のパラホルムアルデヒドで固定された、ヒトPBMC、リンパ球細胞株、及び特定のHLAタイプのEBV形質転換T細胞株に対して行われる。特定の細胞のMHC分子に結合することが分かったペプチドの相対的な親和力は、上述したように、関連するHLA分子に対して高親和力を示すことが分かっている125I標識のペプチド(例えば、チロシナーゼ、またはHBVペプチド配列)に対する競合分析を行うことによって分析される。別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のHLAクラスII結合ペプチドは、HLAクラスII分子の結合に必要な最低限の長さ(別の実施形態では、12AA)よりも長い。別の実施形態では、HLAクラスII結合ペプチドの長さを増大させると、ペプチドは、1つ以上のHLAクラスII分子と結合できるようになる。別の実施形態では、前記長さを増大させると、ペプチドは、結合モチーフが未知であるHLAクラスII分子と結合できるようになる。別の実施形態では、前記長さを増大させると、ペプチドは、HLAクラスI分子と結合できるようになる。別の実施形態では、HLAクラスI分子の結合モチーフは既知である。別の実施形態では、HLAクラスI分子の結合モチーフは既知ではない。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物に使用されるペプチドは、非古典的なアミノ酸を含む。この非古典的アミノ酸の例として、1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン−3−カルボン酸塩(Kazmierski et al. (1991) J. Am Chem. Soc. 113:2275-2283)、(2S、3S)−メチル−フェニルアラニン、(2S、3R)−メチルフェニルアラニン、(2R、3S)−メチルフェニルアラニン、及び(2R、3R)−メチルフェニルアラニン(Kazmierski and Hruby (1991) Tetrahedron Lett. 32(41): 5769- 5772)、2−アミノテトラヒドロナフタレン−2−カルボキシル酸(Landis (1989) Ph.D. Thesis, University of Arizona)、ヒドロキシ1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン−3−カルボキシル酸塩(Miyake et al. (1984) J. TakedaRes. Labs. 43:53-76)、ヒスチジンイソキノリンカルボキシル酸(Zechel et al. (1991) Tnt. J. Pep. Protein Res. 38(2):131-138)、及びHIC(ヒツジン環状尿素)((Dharanipragada et al.(1993) Tnt. J. Pep. Protein Res. 42(1):68-77))及び((1992) Acta. Crst., Crystal Struc. Conmi. 48(IV):1239-124))が挙げられる。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、AA類似体またはペプチド模倣体(別の実施形態では、特定の二次構造を誘導または促進する)を含む。そのようなペプチドとして、ジペプチド類似体を誘導するβターンであるLL−Acp(LL−3−アミノ−2−ピペリドン−6−カルボキシル酸)、(Kemp et al. (1985) J. Org. Chem. 50:5834-5838)、類似体を誘導するβシート(Kemp et al. (1988) Tetrahedron Lett. 29:5081-5082)、類似体を誘導するβターン(Kemp et al. (1988) Tetrahedron Left. 29:5057-5060)、類似体を誘導するアルファへリックス(Kemp et al. (1988) Tetrahedron Left. 29:5057-5060)、類似体を誘導するガンマターン(Kemp et al. (1989) J. Org. Chem. 54:109:115)、参照文献「Nagai and Sato (1985) Tetrahedron Left. 26:647-650」及び「DiMaio et al. (1989) J. Chem. Soc. Perkin Trans. p. 1687」に記載の類似体、Gly−Alaターン類似体(Kahn et al. (1989) Tetrahedron Lett. 30:2317)、アミド結合アイソスター(amide bond isostere)(Jones et al. (1988) Tetrahedron Left. 29(3 1):3853-3856)、テトラゾール(Zabrocki et al. (1988) J. Am. Chem. Soc. 110:5875-5880)、DTC(Samanen et al. (1990) Tnt. J. Protein Pep. Res. 35:501:509)、及び「Olson et al.(1990) J. Am. Chem. Sci. 112:323-333 and Garveyet al. (1990) J. Org. Chem. 55(3) :936-940」に記載の類似体がある。ベータターン及びベータバルジ(beta bulge)の配座固定された模倣体、並びにそのそれらを含むペプチドは、1995年8月8日にKahnに付与された米国特許第5,440,013号に記載されている。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、下記に記載の他の様々な分子に結合する(共有結合または非共有結合である(複合))。別の実施形態では、前記分子の種類は、目的に応じて異なる。別の実施形態では、ペプチドは、高分子担体(例えば、免疫原性担体)に共有結合または非共有結合している。前記高分子担体としては、これに限定されないが、例えば、天然及び合成ポリマー、タンパク質、多糖類、ポリペプチド(アミノ酸)、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、及び脂質がある。別の実施形態では、本発明のペプチドは、基質に結合している。別の実施形態では、リポソームに導入されるように、脂肪酸と結合している(米国特許第5,837,249号)。別の実施形態では、本発明のペプチドは、固体担体(solid support)(当該技術分野では、様々な種類のものが知られている)と結合している。別の実施形態では、担体、基質、脂肪酸、または固体担体へのペプチドの結合は、免疫応答の誘起を増大させる働きをする。
別の実施形態では、前記担体は、チログロブリン、アルブミン(例えば、ヒト血清アルブミン)、破傷風トキソイド、ポリアミノ酸(ポリリシン、ポリグルタミン酸など)、インフルエンザタンパク質、B型肝炎ウイルスのコアタンパク質、キーホールリンペットヘモシアニン、または別の担体タンパク質若しくは担体ペプチド、B型肝炎ウイルスの遺伝子組み換え型ワクチン、またはAPCである。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、「アミノ酸」(AA)という用語は、天然型、または別の実施形態では、非天然型つまり合成AAを意味し、別の実施形態では、グリシン、D光学異性体、L光学異性体、AA類似体、ペプチド模倣体、及びそれらの組み合わせが含まれ得る。
別の実施形態では、「癌」または「腫瘍」は、同じ意味で使用され、悪性形質転換を経て宿主の生物に対して病的細胞となった細胞を意味する。原発性癌細胞(悪性形質転換部位の付近から得られた細胞)は、確立された技術(とりわけ、組織学的検査)によって容易に非ガン性細胞から区別することができる。本明細書で使用される癌細胞の定義は、原発性癌細胞だけでなく、癌原細胞に由来するあらゆる細胞を含む。これには、転位癌細胞、並びに、癌細胞由来のインビトロ培養細胞及び細胞株が含まれる。別の実施形態では、腫瘍は、腫瘍塊に基づいて検出することができ(例えば、CATスキャン、磁気共鳴映像法(magnetic resonance imaging:MRI)、X線検査、超音波検査、または触診法などの手法を用いて)、別の実施形態では、生化学的または免疫学的検査によって同定される(後者は、別の実施形態と同様に癌細胞を検出するのに使用される)。
ペプチドを合成する方法は、当該技術分野で公知である。別の実施形態では、本発明のペプチドは、適切な固相合成法(solid-state synthetic procedure)を用いて合成される(例えば、「Steward and Young, Solid Phase Peptide Synthesis, Freemantle, San Francisco, Calif. (1968)」、「Merrifield (1967) Recent Progress in Hormone Res 23: 451」を参照)。これらのペプチドの活性は、別の実施形態では、本明細書に記載の分析方法を用いて検査される。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、クロマトグラフィー(例えば、イオン交換クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、及びサイジングカラム(sizing column)クロマトグラフィー)、遠心分離法、溶解度差を利用した方法、またはタンパク質精製のための他の任意の標準的な方法を用いて精製される。別の実施形態では、免疫親和性クロマトグラフィーが用いられ、エピトープは、ペプチドまたは本発明の関連ペプチドに対して持ち上げられかつ固定支持体に固定された抗体を含む親和性カラムに結合させることで単離される。
別の実施形態では、ペプチドを適切な親和性カラムに通過させるだけで容易に精製できるようにするために、ヘキサHis(Invitrogen)、マルトース結合ドメイン(New England Biolabs)、インフルエンザコート配列(Kolodziej et al. (1991) Meth. Enzymol. 194:508-509)、グラチオン−S−トランスフェラーゼなどの親和性タグを本発明のペプチドに結合させる。別の実施形態では、単離されたペプチドは、タンパク質分解、磁気共鳴、及びX線結晶学的技法を用いて、物理的に特徴付けることができる。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、公知の方法(当業者ならば、理解できるであろう)を用いて、インビトロ翻訳によって作製される。別の実施形態では、ペプチドは、翻訳中または翻訳後に個別に修飾される(例えば、リン酸化、グリコシル化、架橋結合、アシル化、タンパク質分解的切断、または抗体分子、膜分子若しくは他のリガンドに結合させること(Ferguson et al. (1988) Ann. Rev. Biochem. 57:285-320)によって)。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、検出可能な標識をさらに有する。前記標識は、別の実施形態では蛍光性であり、別の実施形態では発光性であり、別の実施形態では放射能性であり、別の実施形態では高電子密度性である。別の実施形態では、検出可能な標識には、例えば、緑色蛍光タンパク質(green fluorescent protein:GFP)、DSレッド(赤色蛍光タンパク質)、分泌型アルカリホスファターゼ(secreted alkaline phosphatase:SEAP)、ベータガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、32P、125I及び14C、フルオレセイン及びその誘導体、ローダミン及びその誘導体、ダンシル及びウンベリフェロン、ルシフェリン、または当業者に周知な他の標識が含まれる。前記標識は、用いられる免疫分析法の種類に応じて選択される。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、別の実施形態では担体として働く基質に結合している。別の実施形態では、ペプチドを基質に結合させることにより、免疫応答の誘起を増大させることができる。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、本明細書に記載されているように、カルボジイミドなどの架橋剤によって他の分子と結合している。カルボジイミドの例としては、1−シクロヘキシル−3−(2モルフォリニル−(4−エチル)カルボジイミド(CMC)、1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド(EDC)、及び1−エチル−3−(4−アゾニア−44−ジメチルペンチル)カルボジイミドがある。
別の実施形態では、前記架橋剤には、臭化シアン、グルタルアルデヒド、及び無水コハク酸が含まれる。一般的に、ホモ二官能性アルデヒド、ホモ二官能性エポキシド、ホモ二官能性イミドエステル、ホモ二官能性イミドエステル、ホモ二官能性ヒドロキシスクシンイミドエステル、ホモ二官能性マレイミド、ホモ二官能性ハロゲン化アルキル、ホモ二官能性ピリジルジスルフィド、ホモ二官能性ハロゲン化アリール、ホモ二官能性ヒドラジド、ホモ二官能性ジアゾニウム誘導体、及びホモ二官能性光反応性化合物などのホモ二官能性物質を使用することができる。別の実施形態では、ヘテロ二官能性化合物、例えば、アミン反応性基と反応性基とを有する化合物、アミン反応性基と光反応性基とを有する化合物、及びカルボニル反応性機とスルフヒドリル反応性基とを有する化合物などの使用も考えられる。
別の実施形態では、ホモ二官能性架橋剤として、二官能性N−ヒドロキシイミドエステル(ジチオビス(スクシンイミジルプロパネート)、ジスクシンイミジルスベレート、及び酒石酸ジスクシンイミジル)、二官能性イミドエステル(ジメチルアジピイミデート、ジメチルピメリミデート、及びジメチルスベリミデート)、二官能性スルフヒドリル反応性架橋剤(1,4−ジ−[3´−(2´−ピリジルジチオ)プロピオンアミド]ブタン、ビスマレイミドヘキサン、及びビス−Nマレイミド1,8−オクタン)、ハロゲン化アリール(1,5ジフルオロ−2,4−ジニトロベンゼン、及び4、4´ジフルオロ−3,3´ジニトロフェニルスルホン)、二官能性アルデヒド(ホルムアルデヒド、マロンジアルデヒド、グルタルアルデヒド、及びアジパルデヒド)、二官能性エポキシド(1,4ブタンジオールジグリシジルエーテルなど)、二官能性ヒドラジド(アジピン酸ヒドラジド、カルボヒドラジド、及びコハク酸ジヒドラジド)、二官能性ジアゾニウム(o−トリジン、ジアゾ化及びビスジアゾ化ベンジジン)、二官能性ハロゲン化アルキル(N1N´エチレン−ヘキサメチレン−ビス(ヨードアセトアミド)、ウンデカメチレン−ビス(ヨードアセトアミド)、並びにハロゲン化ベンジル及びハロゲン化マスタード(halomustard)(それぞれa1a´−ジヨード−p−キシレンスルホン酸、及びトリス(2−クロロエチル)アミンなど)がある。
別の実施形態では、ペプチドを別の分子に連結するのに使用されるヘテロ二官能性架橋剤には、これに限定しないが、例えば、SMCC(スクシンイミジル−4−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート)、MBS(m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル)、SIAB(N−スクシンイミジル(4−ヨードアセチル)アミノベンゾエート、SMPB(スクシンイミジル−4−(p−マレイミドフェニル)ブチレート、GMBS(N−(ガンマ−マレイミドブチリルオキシ)スクシンイミドエステル)、MPBH(4−(4−N−マレイミドフェニル)酪酸ヒドラジド)、M2C2H(4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシル−ヒドラジド)、SMPT(スクシンイミジルオキシカルボニル−α−メチル−α−(2−ピリジルジチオ)トルエン)、及びSPDP(N−スクシンイミジル3−(2−ピリジルジチオ)プロピオネートが含まれる。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、イオン相互作用、吸着的相互作用、または生体特異性相互作用による、単量体の非共有結合として形成されている。大きな正電荷または負電荷で荷電した分子を有するペプチドの複合体は、別の実施形態では、低イオン強度の環境下(脱イオン水など)で塩橋を形成することにより実現することができる。別の実施形態では、ポリ−(L−グルタミン酸)またはポリ(L−リシン)(それぞれ大きな負電荷及び正電荷を有する)などの荷電したポリマーを使用することにより、大きな複合体を作製することができる。別の実施形態では、ペプチドを微粒子ラテックスビーズなどの表面または他の疎水性ポリマーに吸着させることにより、架橋したタンパク質または別の実施形態では化学的に重合したタンパク質を効果的に模倣する非共有的に結合したペプチド−超抗原複合体を形成することができる。別の実施形態では、ペプチドは、他の分子間の生体特異的な相互作用によって、非共有的に結合している。例えば、ビオチンの、アビジンまたはストレプトアビジン或いはその誘導体などのタンパク質に対する強力な親和力を利用することによって、ペプチド複合体を形成することができる。この態様または別の実施形態では、ペプチドは、一般的なビオチン化剤(D−ビオチン(NHS−ビオチン)のN−ヒドロキシスクシンイミジルエステルなど(アミン基と反応する))を使用することにより、ビオチン基を有するように修飾することができる。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、担体に結合している。別の実施形態では、前記担体は、KLHである。別の実施形態では、前記担体は、当該技術分野で公知の他の任意の担体であり、例えば、例えばチログロブリン、ヒト血清アルブミンなどのアルブミン、破傷風トキソイド、ポリリシン及びポリグルタミン酸などのポリアミノ酸、インフルエンザ、B型肝炎ウイルスのコアタンパク質、B型肝炎の遺伝子組換え型ワクチンなどが挙げられる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のペプチドは、P3CSSなどの脂質に結合している。別の実施形態では、本発明のペプチドは、ビーズ(bead)に結合している。
別の実施形態では、本発明の組成物は、免疫調節化合物をさらに含む。別の実施形態では、前記免疫調節化合物は、サイトカイン、ケモカイン、免疫機構の補助要素若しくは接着分子の発現を促進する補完的な要素、それらの受容体、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、前記免疫調節化合物は、インターロイキン(例えば、インターロイキン1〜15)、インターフェロンアルファ、インターフェロンベータ、インターフェロンガンマ、腫瘍壊死因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(granulocyte-macrophage colony stimulating factor:GM−CSF)、マクロファージコロニー刺激因子(macrophage colony stimulating factor:M−CSF)、顆粒球コロニー刺激因子(granulocyte colony stimulating factor:G−CSF)、好中球活性化タンパク質(neutrophil activating protein:NAP)などのケモカイン、マクロファージ化学誘因物質及び活性化因子(macrophage chemoattractant and activating factor:MCAF)、RANTES、マクロファージ炎症性ペプチドMIP−1a及びMIP−1b、補体、またはそれらの組み合わせである。別の実施形態では、前記免疫調節化合物は、OX40、OX40L(gp34)、リンフォタクチン、CD40、CD40L、B7.1、B7.2、TRAP、ICAM−1、2若しくは3、サイトカイン受容体、またはそれらの組み合わせの発現を誘導または促進する。
別の実施形態では、前記免疫調節化合物は、免疫応答に関わる副刺激物質の発現を誘導または促進する。前記副刺激物質には、いくつかの実施形態では、CD40若しくはそのリガンド、CD28、CTLA−4若しくはB7分子が含まれる。別の実施形態では、前記免疫調節化合物は、熱安定抗原(heat stable antigen:HSA)(Liu Y. et al. (1992) J. Exp. Med. 175:437-445), chondroitin sulfate-modified MHC invariant chain (Ti- CS) (Naujokas M. F. et al. (1993) Cell 74:257-26)、コンドロイチン硫酸で修飾されたMHC不変鎖(Ii−CS)(Naujokas M. F. et al. (1993) Cell 74:257-268)、または細胞内接着分子1(ICAM−1)(Van R. H. (1992) Cell 71:1065-1068)(別の実施形態では、T細胞上の同種リガンドと相互作用することで副刺激を補助する)の発現を誘導または促進する。
別の実施形態では、本発明の組成物は、水、分散媒、細胞培養液、等張剤などの溶媒を含む。別の実施形態では、前記溶媒は、約7.0のpHを有する等張緩衝水溶液である。別の実施形態では、本発明の組成物は、水、リン酸緩衝生理食塩水、または生理食塩水などの希釈剤を含む。別の実施形態では、本発明の組成物は、プロピルエチレングリコール、ポリエチレングリコール、及び植物油などの非水性溶媒を含む。
別の実施形態では、本発明の組成物は、当業者に公知の様々な方法で投与することができるように製剤されている。例えば、本発明の組成物は、非経口投与、静脈投与、皮下投与、皮内投与、粘膜内投与、局所投与、経口投与、または吸入投与される。
別の実施形態では、本発明のペプチドを含むワクチンは、細胞集団をさらに含む。別の実施形態では、前記細胞集団は、リンパ球、単球、マクロファージ、樹枝状細胞、内皮細胞、幹細胞、またはそれらの組み合わせを含む。前記細胞は、別の実施形態では、互いに対する自己細胞、同系細胞、または同種異系細胞である。別の実施形態では、前記細胞集団は、本発明のペプチドを含む。別の実施形態では、前記細胞集団は、ペプチドを取り込む。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の細胞集団は、例えば、末梢血、白血球血液製剤、アフェレーシス血液製剤、末梢リンパ節、腸管関連リンパ系組織、脾臓、胸腺、臍帯血、腸間膜リンパ節、肝臓、免疫傷害部位(sites of immunologic lesions)、関節液、膵臓、脳脊髄液、腫瘍標本、肉芽腫組織、またはそのような細胞が得られる他の細胞源などのインビボの細胞源から得られる。別の実施形態では、本発明の細胞集団は、ヒトから得られる。前記ヒトは、胎児、新生児、子供、または成人である。別の実施形態では、本発明の細胞集団は、例えば、ブタ若しくはサル、または関心のある他の動物などから得られる。別の実施形態では、本発明の細胞集団は、正常な対象から得られる。別の実施形態では、本発明の細胞集団は、疾患を有する対象から得られる。別の実施形態では、本発明の細胞集団は、関心のある疾患が疑われる対象から得られる。
別の実施形態では、本発明の細胞集団は、親和性ベースの分離方法によって分離される。親和性ベースの分離方法として、別の実施形態では、磁気分離(抗体で被覆された磁性ビーズを使用して)、親和性クロマトグラフィー、モノクローナル抗体に結合した若しくはモノクローナル抗体と共に使用される細胞毒性剤(例えば、補体及び細胞毒素)、プレートなどの固体マトリックスに結合した抗体による「パニング」(panning)、または従来の他の方法がある。別の実施形態では、分離方法には、蛍光活性化細胞分類の利用が含まれる。別の実施形態では、本発明の細胞集団の分離を可能にする如何なる方法を使用することができ、その方法は本発明の一部と見なされる。
別の実施形態では、前記樹枝状細胞は、様々なリンパ系組織及び非リンパ系組織で見られる形態的に同様の様々な細胞集団から得られる(Steinman (1991) Ann. Rev. Immunol. 9:271-296)。別の実施形態では、本発明に使用される樹枝状細胞は、骨髄から単離される。別の実施形態では、前記樹枝状細胞は、骨髄から単離される。別の実施形態では、前記樹枝状細胞は、骨髄前駆細胞に由来する。別の実施形態では、前記樹枝状細胞は、末梢血から単離される/由来する。別の実施形態では、前記樹枝状細胞は、細胞株に由来する、または細胞株である。
別の実施形態では、本明細書に記載されている細胞集団は、哺乳動物(マウス、サル、またはヒトなど)の白血球画分から単離される(例えば、国際公開公報第WO96/23060号を参照)。白血球画分は、別の実施形態では、哺乳動物の末梢血から単離される。
樹枝状細胞の単離方法は、当該技術分野で公知である。別の実施形態では、樹枝状細胞を単離する方法は、(a)ロイコフォレーシス(leukophoresis)などの当該技術分野で公知の方法で哺乳動物から白血球画分を得るステップと、(b)対流遠心エルトリエーションによって、ステップ(a)の白血球画分を4つ以上の副画分に分離するステップと、(c)ステップ(b)の1つ以上の画分の単球をカルシウムイオノフォア、GM−CSF、及びIL−13、またはGM−CSF、及びIL−4に接触させることで前記単球が樹枝状細胞に変換するのを促進するステップと、(d)ステップ(c)の樹枝状細胞の濃縮画分を同定するステップと、(e)ステップ(d)の濃縮画分を回収する(好ましくは、約4℃で)ステップとを含む。
別の実施形態では、前記樹枝状細胞の濃縮画分は、蛍光活性化細胞分類によって同定され、HLA−DR、HLA−DQ、またはB7.2の内の少なくとも1つのマーカーの同定、及び、CD3、CD14、CD16、56、57、及びCD19、20が同時に欠失していることの確認がなされる。
別の実施形態では、前記細胞集団は、リンパ球(別の実施形態では、T細胞であり、別の実施形態では、B細胞である)を含む。T細胞には、別の実施形態では、NK細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性細胞(CTL)、TIL、ナイーブT細胞、またはそれらの組み合わせが含まれる。初代細胞、細胞株、クローンなどであるT細胞は、本発明の一部と見なされることを理解されたい。別の実施形態では、前記T細胞は、CTL若しくはCTL細胞株、CTLクローン、または腫瘍、炎症、若しくは他の浸潤物から単離されたCTLである。
別の実施形態では、造血幹細胞または初期前駆細胞は、本発明に使用される細胞集団を含む。別の実施形態では、そのような細胞集団は、ロイコフォレーシスによって単離される。別の実施形態では、ロイコフォレーシスは、サイトカイン投与後に、骨髄、末梢血(PB)、または新生児の臍帯血に対して行われる。別の実施形態では、幹細胞または前駆細胞は、CD34として知られる表面抗原マーカーの表面発現が見られ、表面系統抗原マーカーであるLinの発現が見られないことを特徴とする。
別の実施形態では、対象には、本発明のペプチド、組成物、またはワクチンが、骨髄細胞と共に投与される。別の実施形態では、骨髄細胞と共の投与は、対象における癌を抑制、抑止または治療するために、治療の一部分として、放射線照射の後に実施される。
別の実施形態では、「細胞を接触させる」または「細胞集団を接触させる」という表現は、曝す方法を意味し、別の実施形態では、直接的または間接的に行われる。別の実施形態では、このような接触には、当該技術分野で公知の任意の方法による細胞の直接注入(例えばマイクロインジェクション)が含まれる。また、別の実施形態では、細胞への供給は、間接的であり、例えば、細胞を取り囲む培養液へ供給することにより行われるか、または当該技術分野で公知の任意の経路を介して対象に投与することにより行われる。
別の実施形態では、本発明の方法におけるCTL生成は、インビボにおいて実施され、インビトロで本発明のペプチドに接触させた抗原提示細胞を対象に導入することにより達成される(例えば、「Paglia et al. (1996) J. Exp. Med. 183:317- 322」を参照)。
別の実施形態では、本発明の方法及び組成物のペプチドは、APCに送達される。別の実施形態では、免疫応答の誘起、腫瘍の治療、または腫瘍の成長若しくは再発抑制のために、ペプチドでパルスしたAPCが対象に投与される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態を表す。
別の実施形態では、ペプチドは、該ペプチドをコードするcDNAの形態でAPCに送達される。別の実施形態では、「抗原提示細胞」(APC)という用語は、必要なMHC/副刺激分子(T細胞に提示抗原を効果的に認識させる)を発現する樹枝状細胞(DC)、単球/マクロファージ、Bリンパ球、または他の種類の細胞を意味する。別の実施形態では、前記APCは、癌細胞である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態を表す。
別の実施形態では、前記CTLは、2つ以上のAPC集団に接触させられる。別の実施形態では、前記2つ以上のAPC集団は、互いに異なるペプチドを提示する。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態を表す。
別の実施形態では、APC(例えば、DC)のサイトゾルで抗原を発現させる方法によって、APCにペプチドを送達する。APCで抗原を発現させる方法は、当該技術分野で公知である。別の実施形態では、この方法には、(1)本発明のペプチドをコードする裸のDNAをAPCに導入する方法、(2)本発明のペプチドを発現する組み換え型ベクターをAPCに感染させる方法、(3)リポソームを用いて本発明のペプチドをAPCのサイトゾルに導入する方法が含まれる(「Boczkowski D. et al. (1996) J. Exp. Med. 184:465-472」、「Rouse et al. (1994) J. Virol. 68:5685-5689; and Nair et al. (1992) J. Bxp. Med. 175:609-612」を参照)。
別の実施形態では、本明細書に例示されているように、ヒト細胞株174×CEM.T2(以下、T2と呼ぶ)に由来し、かつ内因性ペプチドが細胞表面のMHCクラスI分子と結合することを制限する変異を抗原処理経路に有しているフォスターAPC(Zweerink et al. (1993) J. Immunol. 150:1763-1771)が使用される。
別の実施形態では、本明細書に記載されているように、対象は、発現される天然型タンパク質とは異なる本発明のペプチド、または前記ペプチドを含む組成物/細胞集団に曝される。その後、宿主において天然型のタンパク質/抗原との免疫交差反応が生じる。
別の実施形態では、本発明の方法及び実施形態における対象は、ヒトである。別の実施形態では、対象は、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、モルモット、ウマ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、ネコ、イヌ、サル、またはエープなどの動物である。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明のペプチド、ワクチン、及び組成物は、腫瘍細胞を溶解させる免疫応答を誘起する。
別の実施形態では、本明細書に記載の任意の方法が、インビトロでCTLを誘起するのに使用される。別の実施形態では、CTLは、エクスビボで誘起される。別の実施形態では、CTLは、インビトロで誘起される。誘起されたCTLは、別の実施形態では、対象に投与され、それによって、本発明のペプチド、ペプチドを含む発現産物、またはその相同体に関連する疾患が治療される。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明の方法は、本発明のペプチドをコードする遺伝子配列の導入を含み、それには、例えば1つ以上の核酸送達方法が使用される。本発明の核酸は、別の実施形態では、DNA、RNA、及びDNAとRNAとの混合物を含む、またはDNA、RNA、及びDNAを非核酸要素と共に含む。別の実施形態では、本発明の方法は、本発明のペプチドをコードする核酸を含むベクターを対象に投与するステップを含む(Tindle, R. W. et al. Virology (1994) 200:54)。別の実施形態では、本発明の方法は、ペプチドをコードする裸のDNAを対象に投与するステップ、または別の実施形態では、本発明の2つ以上のペプチドを対象に投与するステップを含む(Nabel, et al. PNAS-USA (1990) 90: 11307)。別の実施形態では、複数のエピトープ、アナログベースの癌ワクチンが使用される(Fikes et al., Design of multi- epitope, analogue-based cancer vaccines. Expert Opin Biol Ther. 2003 Sep;3(6):985-93)。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
核酸は、当該技術分野で公知の任意の方法で対象に投与することができる。この投与方法には、非経口投与若しくは静脈内投与、または別の実施形態では、遺伝子銃による投与が含まれる。別の実施形態では、核酸は、組成物に含まれた状態で投与される。別の実施形態では、前記組成物は、本明細書に記載の任意の実施形態に相当する。
本発明の方法で使用されるベクターは、本発明のペプチドの発現を促進する、または可能にする任意のベクターである。ベクターとして、いくつかの実施形態では、ワクシニア若しくは鶏痘などの弱毒化ウイルス(米国特許第4,722,848号に記載(参照により、本明細書に含まれる))がある。別の実施形態では、ベクターとしてBCG(Bacille Calmette Guerin)(「Nature 351:456-460 (1991)」(Stover et al.)に記載されている)がある。本明細書の記載内容から、本発明のペプチドの治療用投与及び予防接種に有用な他の様々なベクター(例えば、チフス菌(Salmonella typhi)のベクターなど)が当業者に明らかになるであろう。
別の実施形態では、ベクターは、本明細書に記載のように、免疫調節因子をさらにコードする。別の実施形態では、本発明のペプチドをコードするベクターを対象に投与すると同時に、またはその前に、またはその後に、免疫調節因子をコードする他のベクターが対象に投与される。
別の実施形態では、本発明のペプチド、組成物、及びワクチンは、他の抗癌化合物及び化学療法薬(癌抗原代替(alternate cancer antigen)標的にするモノクローナル抗体、または別の実施形態では、本発明のペプチドが由来するペプチド若しくはその一部分に相当するAA配列から成るエピトープを標的にするモノクローナル抗体など)と共に対象に投与される、または本発明の方法で使用される。
本発明では、様々な範囲の投与量の実施形態が考えられる。別の実施形態では、投与量は20μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は10μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は30μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は40μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は60μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は80μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は100μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は150μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は200μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は300μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は400μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は600μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は800μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は1000μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は1500μgペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は2000μgペプチド/日である。
別の実施形態では、投与量は、10μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、30μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、40μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、60μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、80μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、100μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、150μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、200μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、300μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、400μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、600μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、800μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、1000μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、1500μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、2000μgペプチド/投与である。
別の実施形態では、投与量は、10〜20μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、20〜30μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、30〜60μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、40〜80μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、50〜100μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、50〜150μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、100〜200μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、200〜300μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、300〜400μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、400〜600μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、500〜800μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、800〜1000μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、1000〜1500μgペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、1500〜2000μgペプチド/投与である。
別の実施形態では、1回の投与当たりまたは1日当たりのペプチドの全量は、上記の量の1つである。別の実施形態では、1回の投与当たりの全ペプチド投与量は、上記の量の1つである。
各可能な形態は、本発明の別個の実施形態を示す。
本発明では、様々な範囲の投与量の実施形態が考えられる。別の実施形態では、投与量は20mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は10mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は30mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は40mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は60mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は80mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は100mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は150mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は200mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は300mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は400mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は600mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は800mg/ペプチド/日である。別の実施形態では、投与量は1000mg/ペプチド/日である。
別の実施形態では、投与量は、10mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、30mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、40mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、60mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、80mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、100mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、150mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、200mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、300mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、400mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、600mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、800mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、1000mg/ペプチド/投与である。
別の実施形態では、投与量は、10〜20mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、20〜30mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、20〜40mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、30〜60mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、40〜80mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、50〜100mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、50〜150mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、100〜200mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、200〜300mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、300〜400mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、400〜600mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、500〜800mg/ペプチド/投与である。別の実施形態では、投与量は、800〜1000mg/ペプチド/投与である。
別の実施形態では、1回の投与当たりまたは1日当たりのペプチドの全量は、上記の量の1つである。別の実施形態では、1回の投与当たりの全ペプチド投与量は、上記の量の1つである。
上記の各投与量は、本発明の別個の実施形態に相当する。
別の実施形態では、本発明は、本発明のペプチド、組成物、またはワクチンを含むキットを提供する。別の実施形態では、前記キットは、ラベルまたは添付文書をさらに含む。別の実施形態では、前記キットは、遅延型過敏反応試験法を用いてWT1特異的CD4応答を検出するために使用される。別の実施形態では、前記キットは、本明細書で列挙した他の任意の方法のために用いられる。別の実施形態では、前記キットは、当該分野で公知の他の任意の方法のために用いられる。各可能な形態は、本発明の別個の実施形態に相当する。
悪性細胞によってユニークにまたは特異的に発現する抗原の中で、WT1は、最も有望なものの1つと考えられている(47)。しかしながら、既に特定され報告された免疫原性WT1ペプチド抗原の数は非常に限られており、その大部分は、HLA対立遺伝子A0201、A2402及びDRB10401により提示されるペプチドの組に限定されている。以下に示す例に見られるように、感作のために自家APC上にロードされるWT1アミノ酸配列にわたってオーバーラップした15量体ペプチドからなるプールを用いて、WT1ペプチド特異的IFNγ+、CD4+及びCD8T細胞応答を41/56(78%)の通常ドナーの血液から発生させ、その後、それらの応答を誘起するエピトープ及びそれらを提示するHLA対立遺伝子を特定した。上述した42個のWT1ペプチド抗原のうち、これまでは1つを除いて特定されていなかった。新たに特定された免疫原性ペプチドは、クラスIのHLA対立遺伝子により提示される36個のペプチドと、クラスIIのHLA対立遺伝子により提示される5個のペプチドを含む。クラスIのHLA対立遺伝子により提示されたペプチドのうちの、2〜4個の別個のHLA対立遺伝子によって提示することができる10個の9量体エピトープが特定された。また、識別可能なCD4+IFNγ+及びCD8+IFNγ+T細胞を共誘導する、オーバーラップした11量体配列及び9量体配列が、4つのペンタデカペプチド内に特定された。オーバーラップ配列が同一の15量体に含まれる場合に、提示HLA対立遺伝子の両方またはクラスI及びクラスII提示HLA対立遺伝子の両方が遺伝された個体(患者)において、2以上の対立遺伝子によって提示されるエピトープが、増強されたWT1特異性応答を誘起できるか否か或いはどの程度の応答を誘起できるかは、容易に決定することができる。しかしながら、そのようなペプチドをWT1ワクチンに含ませることにより、特にHLA−A0201またはA2402が遺伝されていない患者たちにおける、ワクチンの適用性を著しく広げることができる。
実施例に示すように、クラスIHLA対立遺伝子により提示されるペプチドは、ペプチドがロードされた自己APC及び同種APC(T細胞の拘束性HLA対立遺伝子を、それぞれ試験された培養物中に50/51(99%)及び48/51(94%)の割合で共有する(表1、2))を溶解することができたIFNγ+CD8+T細胞を誘起した。さらに重要なことに、試験可能な36個のHLA拘束性WT1ペプチド特異的T細胞株のうち、29個のエピトープ(クラスII対立遺伝子により提示される2/4エピトープ及びクラスI対立遺伝子により提示される27/32エピトープを含む)に対して特異的なT細胞株もまた、T細胞の拘束HLA対立遺伝子を共有するWT+1白血病芽細胞を溶解することができた。HLA拘束型WT1エピトープに対して特異的なT細胞が、同一の白血病患者に由来する同種PHA芽(表3A)を溶解できないこと、そして、それに加えて、WT1ペプチドをロードした自己EBVBLCLによって感作したT細胞の白血病細胞破壊(leukemocidal)反応を自己EBVBLCLのみ(表3B)によって感作した同一のT細胞のアリコットと比較した場合の相違は、白血病細胞破壊(leukemocidal)活性がWT1ペプチド特異的でありアロ反応性T細胞を混入した結果ではないことを示している。したがって、これらのデータは、特定されたWT1免疫原性ペプチドの29/36(80%)を、WT1+白血病細胞によって、WT1エピトープ特異的T細胞の認識及び細胞溶解に適切な濃度で処理し提示できることを示す。
図4に、WT1タンパク質のマップを示す。図4Cに、HLAクラスI及びII対立遺伝子により提示された全ての以前に報告された抗原性エピトープの所在を示す。図4Dは、その報告において特定された免疫原性ペプチドの位置を示す。図から明らかなように、以前の報告で、クラスI HLA対立遺伝子により提示されるとされた11個のエピトープ、及びクラスII HLA対立遺伝子により提示されるとされた10個のエピトープは、主に、エクソン1、7及び10によりコードされた配列に集まっており、WT1ペプチドプールにより感作された通常のT細胞によって認識されるエピトープは、主に、最初の5つのエクソンによりコードされた配列に集まっている。したがって、新しいエピトープのうちの26個は、エクソン5における17個のアミノ酸配列(AA配列250〜266)、またはジンクフィンガー3及び4間に3個のアミノ酸配列(400−410KTS)を含むかまたは含まないスプライス変異体から生成されたWT1の4つの主要なアイソフォームの各々に含まれる。エピトープは広く分布しているが、エクソン1におけるRNA認識ドメイン及びエクソン5におけるスプライシングされた17aaセグメントに近位する活性化ドメイン(AA配列181〜250)(図4F)において、エピトープの集団が検出された。後者の領域は、複数のドナーによって最も頻繁に認識されたエピトープも含んでいた(図4E)。興味深いことに、9つの新しく特定されたエピトープは、ゲスラーら(37)により最初に報告された、WT1の(エクソン5+,KTS+)アイソフォームのエクソン1についてのセントロメアであり、エクソン1(1.50)のAUGイニシエータの上流に位置するCUGコドンで開始されるWT1の長いアイソフォームを含むWT1遺伝子セグメントによってコードされる、126個のアミノ酸配列のN末端にマップされる。驚くべきことに、この配列において同定されたエピトープのそれぞれが、WT1及びT細胞の規制HLA対立遺伝子を共発現する白血病性芽球に対して細胞溶解性であるIFNγ+T細胞を誘起する。
特定の腫瘍により特異的に発現されるWT1、NY−ESO−1、HER2/neu及びMAGEなどの複数の「自己」タンパク質のうちで、WT1及びMART−1のみが健常ドナーにおいて応答を誘起することが分かっている(31、32、51〜54)。対照的に、これらのタンパク質の各々に特異的なT細胞が、これらを過剰発現させる腫瘍を有する患者の一定割合において記録されている(55)。特に、白血病、骨髄腫、乳癌、前立腺癌及び他の固形癌を有する患者において、WT1のRMF、CMTペプチドに対して特異的なT細胞が検出されている(31、32、56〜61)。卵巣癌を有する患者の50〜60%における本研究で特定されたいくつかのWT1エピトープに対する応答は文書にまとめられている。腫瘍を有するホストにおいて応答を誘起したNY−ESO−1及びHER2/neuなどのタンパク質における潜在的な免疫原性を有するエピトープの数が大きいことを考慮すると(62)、特定される免疫原性WT1ペプチドの数は、健常ドナーにおけるWT1応答の発生の違いの主要因となるほどの大幅な違いはない。さらに、Pospori et al(63)は、HLA−A0201により提示されるWT1ペプチドに特異的な形質導入されたTCRを発現するHSCが、HLA−A0201トランスジェニックマウスの胸腺で除去されておらず、機能的なメモリーT細胞を生成することを示した。しかしながら、この「自己」許容限度の欠如の根拠は不明ではあるが、レズバニら(Rezvani et al)(31)の研究及び本明細書のデータ(図1A)は、健康なドナーの血液中におけるWT1特異的T細胞の頻度は低いことを示している。これは、一部には、通常の個体におけるWT1発現のレベルが低く、WT1を発現する組織分布が限定されていることを反映しているのかもしれない(18−20)。最近、レズバニら(64)は、WT1ペプチドで繰り返しワクチン接種を受けた患者においてT細胞のWT1に対する応答が低下することも示し、これらの応答が高度に規制されることを示唆している。レヘら(Lehe et al)(65)も、最近、高濃度のIL−2の存在下でT細胞をDRB10402により提示されるWT1ペプチドで感作すると、CD8+WT1特異的T細胞の応答を抑制することが可能なCD25+FOX P3+GITR+CD127−制御性T細胞の生成を優先的に誘起することを示している。
ここで用いられた培養条件の下で、WT1ペプチドプールが加えられた自家DC及びEBVBLCLは、41/56の健常ドナー(73%)からCD8+及びCD4+IFNγ+WT1ペプチド特異的T細胞の生成を優先的に誘導した。各ドナーは、WT1のうちの1〜3種のエピトープしか認識しなかったが、これらのエピトープの80%に特異的なT細胞が、T細胞の提示HLA対立遺伝子を共有しているWT1+白血病細胞を認識することができたという事実は、異常発現WT1の代謝回転及び処理は高く、これらの白血病細胞により発現したHLA対立遺伝子を抑制することにより複数の別個のWT1エピトープの同時提示が可能となったということを示唆している。これらのエピトープの特定は、養子細胞療法のための強力な殺腫瘍WT1特異的T細胞のインビトロ生成のためにも、インビボでWT1を発現するクローン原性腫瘍細胞の根絶のためにT細胞応答を刺激するためにより広く適用可能なワクチンの作製のためにも有用である。
一実施形態では、エクソン1より上流側のWT1タンパク質の配列内の(SEQ ID NO:194の最初の126個のアミノ酸の中の)ペプチドは、これまで免疫原性エピトープの未解明部位であったため、本明細書における目的のために有用なペプチドである。
≪実施例1:WT1由来の合成ペプチドアナログによるHLA−A0201及び−A0301の結合≫
<材料及び方法>
米国カリフォルニア州のジーンメッド・シンセシス社(Genemed Synthesis Inc)にてペプチドをフルオレニルメチルオキシカルボニル基の化学反応及び固相合成で合成し、高圧液体クロマトグラフィー(high pressure liquid chromatography:HPLC)で精製した。HPLC分析でペプチドの性質を評価し、マトリックス支援レーザー脱離質量分析法で期待分子量を測定した。ペプチドは無菌状態にあり、その純度は>90%であった。ペプチドをDMSOに溶解し、pH7.4のPBSまたは生理食塩水で希釈して、濃度が5mg/mlになるようにした。このペプチド溶液を−80℃で保存した。インビトロの実験には、無関係の対照ペプチドであるHLA A24コンセンサスを使用した。
ペプチド配列分析:
2つのデータベースを使用してペプチド配列分析を行った。第1のデータベースは、Bioinformatics & Molecular Analysis Section(米国ワシントンDCの国立衛生研究所)のソフトウエア(「Parker KC et al, Scheme for ranking potential HLA-A2 binding peptides based on independent binding of individual peptide side-chains. J Immunol 152: 163-175, 1994」を参照)であり、HLAクラスI分子からの予想解離半減期係数に基づいて9−merまたは10-merペプチドにランク付けをする。第2のデータベースは、SYFPEITHI予想ソフトウエアであり、H.G.ラメンゼーら(Rammensee HG et al.)の論文(「SYFPEITHI: database for MHC ligands and peptide motifs. Immunogenetics 50: 213-219, 1999」)に記載されている。インビトロの実験のために使用された無関係の対照ペプチドは、クラスIIに対しては、RAS(TEYKLVVVGAPGVGKSALTIQ、SEQ ID No:49)またはCML b2a2(VHSIPLTINKEEALQRPVASDFE、SEQ ID No:50)であり、クラスIに対しては、HIV pol(ILKEPVHGV、SEQ ID No:51)またはCML F(YLKALQRPY、SEQ ID No:52)であった。
細胞株:
細胞株は、RPMI1640培地に5%のウシ胎仔血清(FCS)、ペニシリン、ストレプトマイシン、2mMのグルタミン、2−メルカプトエタノールを添加した培地で、37℃、5%のCOを含む加湿空気下で培養した。T2は、TAP1及びTAP2を欠失したヒトの細胞株なので、サイトゾルタンパク質由来のペプチドを提示することができない。Raji細胞は、高レベルのTAP発現を示すヒトのバーキットリンパ腫細胞である。
実験に使用したヒトの中皮腫細胞株には、肉腫細胞(VAMT、H2373、H28)、類上皮細胞(H2452)、及び2相型中皮腫細胞(JMN、MSTO及びH−MesolA)が含まれる。細胞株の入手先は、次のとおりである。H−MesolA:メリーランド州ベセスダの国立癌研究所(NCI)、JMN及びVAMT:メモリアル・スローン・ケタリング癌センター(MSKCC)のSirotnak医師、H−2452及びH2373:ミシガン州デトロイトのウェイン州立大学カルマノス癌研究所のPass医師、H28及びMSTO:バージニア州マナサスのアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション(ATCC)。細胞株は、提供者が推薦した培地にて、5%のCOを含む加湿インキュベータで培養した。
中皮腫細胞株であるMeso11、Meso34、Meso37、Meso47、及びMeso56を、M Gregoire医師(フランス国ナントの生物学研究所(Institute of Biology))から取得し、RPMI1640(Life Technologies)に10%のウシ胎仔血清(FCS)、1%のペニシリン−ストレプトマイシン、1%のL−グルタミンを添加した培地で培養した。全ての細胞は、MSKCCの細胞免疫部門(Department of Cellular Immunology)でHLAタイピングを行った。メラノーマ細胞株であるMewo(WT1、A201)は、ATCCから取得した。SKRC−52腎細胞癌は、ラドウィック癌研究所(Ludwig Institute)のL. Oldから取得した。白血病細胞株は、RPMI1640に10%のFCS1、1%のペニシリン−ストレプトマイシン、2mMのグルタミン、2−メルカプトエタノールを添加した培地で、37℃、5%のCO下で培養した。Ph白血病であるLAMA81、BV173及び697は、全てWT1及びA0201であり、HJ Stauss医師(ユニバーシティ・カレッジ・ロンドン)から提供された。SKLY−16はヒトB細胞リンパ腫(WT1、A0201)であり、K562、RwLeu4、及びHL60(全てWT1)は、ATCCから取得した。
HLA−A0201分子のペプチド結合及び安定性に関するT2アッセイ:
T2細胞(TAP、HLA−A0201)を、細胞数1×10cell/mlの濃度で、FCS不含RPMI培地に5μg/mlのヒトβ2m(Sigma, St Louis, MO)を添加した培地で、陽性基準チロシナーゼペプチドまたは被験ペプチドのいずれかの存在下または非存在下(陰性対照)で、様々な最終濃度(50、10、1、及び0.1μg/ml)において、27℃で1晩インキュベートした。T2細胞を、5μg/mlのブレフェルジンA(シグマ社)と共に4時間インキュベートした後に、飽和濃度の抗HLA−A2.1(BB7.2)のモノクローナル抗体を用いて30分間、4℃で標識し、その後2回洗浄した。次に細胞を、飽和濃度のFITC融合ヤギIgGF(ab´)2抗マウスIg(Caltag, San Francisco, CA)を用いて30分間、4℃でインキュベートし、その後2回洗浄し、1%のパラホルムアルデヒド含有PBSで固定し、FACS Calibur(登録商標)フローサイトメーター(Becton Dickinson, Immunocytometry Systems, San Jose, CA)で分析した。
それぞれのペプチドの濃度に関して観察された平均蛍光強度(mean intensity of fluorescence:MIF)を(ペプチド非存在下でのMIFで除算後)、ペプチド結合の指標として使用し、「蛍光インデックス」として表した。安定アッセイを同様に行った。時間0におけるペプチド結合の最初の評価を行った後に、細胞をRPMI完全培地で洗浄することにより結合していないペプチドを除去し、0.5μg/mlのブレフェルジンAが常に存在する状態で2、4、6、または8時間インキュベートした。
安定なペプチド−HLA−A2.1複合体の数を、免疫蛍光法によって上記の如く推定した。複合体の半減期は、時間=0でのMIF値が50%減少するのに必要な時間の推定値である。
WT1ペプチド
本発明のペプチド配列(SEQ ID NO:1;図2A)をデザインするために、ゲスラーらの論文(37)に記載のWT1タンパク質の配列を用いた。この配列は、575アミノ酸を含み、N末端における最初の126アミノ酸を欠損しているWT116の(エクソン5+,KTS+)アイソフォームを含む。この配列全体に及ぶ141個のペンタデカペプチドは、各々が次のペプチドに11aaずつ重複(オーバラップ)しており、インビトロゲン社(Invitrogen)(Baltimore, MD)によって、有効な配列、純度95%、無菌性、及び内毒素(エンドトキシン)の非存在からなる仕様に合わせて合成されたものである。これら141個の15−merを等量ずつ混合し、各ペプチドが0.35mcg/mlの濃度で含まれるペプチドのトータルプール(total pool)を作製した。このプールをT細胞感作に用いた。応答を誘発するペプチドを同定するために、12個のペンタデカペプチド(4.17mcg/ml/ペプチド)を含むサブプールを確立して、各ペプチドが2つの互いに重複したサブプールにのみ含まれるようなマッピングマトリックス(mapping matrix)を作成した(図2B)。
WT1特異的T細胞の生成
メモリアル・スローン・ケタリング癌センター(New York, NY)の治験審査委員会により承認されたプロトコルに従って、56人の同意した健常ドナーから末梢血を採取した。全てのドナーに対して、HLA−A、B、C、DR、DQ座について標準的な方法により高解像度でタイピングを行った。
サイトカインにより活性化された単球(CAM)を、抗原提示細胞(APC)として用い、既出(32)の如く生成した。簡単に説明すると、末梢血単球をプラスチックへの付着によって分離し、1%の自己血清を含むRPMI1640で培養した。0日目、2日目、4日目に、最終濃度がそれぞれ2000U/ml及び1000U/mlになるように、GM−CSF(Berlex, Montville, NJ)及びインターロイキン−4(IL−4)(R&D Systems, Minneapolis, MN)を加えた。5日目、これらの細胞を、同量のGM−CSF及びIL−4とともに、TNFα(10ng/ml)、インターロイキン−6(IL−6)(1000IU/ml)、IL1β(400IU/ml)、PGE2(25mM−3)(R&D Systems, Minneapolis, MN)でさらに処理した。培養7日目に収集したCAMは、FACS解析によるところの、CD83、CD80、CD86並びにHLAクラスI及びII対立遺伝子(アレル)を発現した。
本実験において、WT1ペプチド搭載APC及び対照APCとして、または指定された標的として、EBV−BLCLも用いた。EBV−BLCLは、既出の如く、末梢血単核細胞(PBMC)にEBV株B95.8(38,39)を感染させることによって生成した。アシクロビルの存在下で、RPMI1640(Gemini)に10%のウシ胎仔血清(Gemini)を加えた培地で、EBV形質転換BLCL(EBV−BLCL)を培養した。
WT1特異的T細胞の感作及び増殖
WT1特異的CTLを生成するために、フィコール・ハイパック(Ficoll-Hypaque)密度勾配遠心分離法によってPBMCを単離した。既出(32)の如く、単球をプラスチックへの付着によって除去し、NK細胞を、免疫磁性CD56事前コーティング済みマイクロビーズ(Miltenyi Biotech Inc, MA)への吸収によって除去した。濃縮されたT細胞分画を、血清不含培地内で、WT1ペンタデカペプチドのトータルプールを予め搭載した自己CAMまたはEBV−BLCLでR/S比(レスポンダ:スティミュレータ)=20:1で3時間刺激し、3000cGyを照射した。イッセル培地(Yssel's medium)に5%のABヒト血清を添加した培地(YH5、Gemini)でT細胞を培養し、自己WT1トータルプールを搭載したCAMまたはEBV−BLCLで1週間に1回再刺激し、インターロイキン−2(IL−2)(Collaborative Biomedical Products, Bedford, MA)を2〜3日毎に10〜50U/ml与えた。
細胞標的-白血病細胞
24個の原発性白血病細胞及び1個の白血病細胞株の特徴付けを、WT1の発現に関して、既出(32,38)の如くマウス坑ヒトWT1モノクローナル抗体(Neomarkers, Fremont, CA)を用いた細胞内FACS染色により行った。WT1+白血病細胞には、11個の初代AML、3つの初代ALL及び1つのB細胞前駆体ALL細胞株から得られた芽球細胞が含まれていた。10個のWT1白血病細胞を対照として用いた。10個のうち、3つはB細胞前駆体、7つはAMLであった。
全てのEBV BLCL及び白血病細胞に対して、HLA A、B、C、DR、DQの各対立遺伝子について標準的な方法により高解像度でタイピングを行った。
T細胞応答の評価
WT1特異的T細胞によるIFNγの産生
自己PBMCに搭載されたWT1トータルプール、WT1サブプールまたは単一WT1の15−merまたは9−mer WT1ペプチドでの二次刺激に応答してIFNγを産生するT細胞の割合及び表現型(CD4及びCD8)を、既出(38,40)の如く、細胞内IFNγを含むT細胞のFACS解析によって測定した。
免疫原性エピトープのマッピング
WT1トータルプールで35〜42日間刺激したT細胞のアリコートを洗浄し、WT1ペンタデカペプチドの各サブプールのうちの1つを搭載した自己PBMCで一晩再刺激した。各サブプールに対するT細胞応答を、既出(41)の如く細胞内IFNγを有するT細胞のFACS解析によって定量した。次に、マッピンググリッド(mapping grid)(図2B)を用いて、T細胞応答を誘発する2つのサブプールにより唯一共有される特異的WT1 15−merを同定した。その後、これらの15−mer、及び15−mer内の9−merまたは11−mer配列を、該配列の免疫原性を確認し、応答を誘発する15−mer内の免疫原性エピトープを明らかにするための第2の単一ペプチドスティミュレータ(刺激因子)として分析した。
細胞傷害性
非修飾であるかまたはトータルプールを搭載しているかのいずれかであるHLAマッチ及びミスマッチCAM標的のパネル、T細胞応答を誘発するWT1の同定された15−mer、あるいは9−merまたは11−merエピトープに対して、感作T細胞のWT1に特異的かつHLA拘束性の細胞傷害性を、既出(32)の如く標準的なCr51放出アッセイにて測定した。それに加えて、既出(41)の如く、ペプチドを予め搭載した同種異系CAMのパネル(各々が、応答性のWT1特異的T細胞に発現した1つのHLA対立遺伝子を共有する)に対する感作T細胞の細胞傷害性を測定することによって、各免疫原性エピトープを提示する拘束性HLA対立遺伝子を同定した。この細胞傷害性分析Cr51アッセイにおいて、既出(32)の如く、拘束性HLA対立遺伝子を発現するWT1−及びWT1+白血病細胞株または原発性白血病細胞に対するWT1エピトープ特異的CTLの細胞傷害性も評価した。
同定された免疫優性WT1由来エピトープの免疫原性
互いに異なる個人において同定されたWT1ペプチドエピトープの免疫原性を推定するために、新たに同定されるWT1エピトープを提示するものとして前もって同定した一連のよく見られるHLA対立遺伝子(すなわち、HLA−A0201、A0301、A2402、B0702)のうちの1つを発現する健常ドナーのグループのPBMCから分離した濃縮T細胞を、インビトロで、当該HLA対立遺伝子を発現しかつ予め同定したWT1エピトープまたは無関係のペプチドを搭載した人工抗原提示細胞(AAPC)(42)で感作した。AAPCのパネルは、次の1つのHLA対立遺伝子、すなわち、HLA A0201、A0101、A0301、A2402、B0702またはB0801のうちの1つを発現する複数のAAPCを含み、これらは、既出(42)の如く生成されたものである。IL2の存在下でT細胞をペプチド搭載AAPCとともに同時培養して35日後に、CTLを、感作ペプチドまたは無関係のペプチドを搭載した自己PBMCで一晩二次的に刺激し、それらのIFNγ応答を調べた。これらの応答は、刺激性WT1由来ペプチドを搭載した自己PBMCでの二次刺激に応答してIFNγを産生するT細胞の割合が、PBMC単独でインキュベートされたIFNγT細胞のバックグラウンド割合を2倍以上超えた場合に、陽性として記録した。
≪実施例2:ペンタデカペプチドのWT1トータルプールに対する健常ドナーの応答≫
最初に、41人の健常ドナーのPBMCにおけるWT1特異的IFNγ+T細胞の出現頻度を測定した。これらの頻度は、0.01〜1.82%の範囲内にあり、41人の個人のうち10人のみにおいて自己PBMC単独で刺激したT細胞で検出されたIFNγ+T細胞のバックグラウンドを超えていた(図1A)。56人の健常ドナーから得られたT細胞を、35〜42日間にわたり、WT1ペンタデカペプチドのトータルプールを搭載した自己CAMを用いてインビトロで感作すると、41/56の事例(73%)で、IFNγ+T細胞が著しく増殖した(図1A)。WT1ペプチドプールでの二次刺激に応答してIFNγを産生した41人のドナーのうち38人から得られたT細胞を含む38/56のドナーから生成されたT細胞は、WT1トータルプールを搭載した自己PHA芽球に対する細胞傷害性も示した(図1B)。
HLA−A0201対立遺伝子への結合が予測される既に報告されているWT1エピトープのうちの1つである126−134RMFPNAPYL(SEQ ID NO:21;RMF)(43)の能力を、自己CAMに搭載された場合にHLA−A0201+健常ドナー(n=14)におけるWT1反応性T細胞を刺激するためのWT1ペンタデカペプチドのトータルプールと比較した。RMFペプチドで最初に感作したIFNγ+T細胞の出現頻度の増加が9/14のドナーにおいて検出され、そのうちの7人は、プールされたペプチドでの二次刺激にも応答した(図1C)。対照的に、RMFにも応答する6つのCTLラインを含めて、WT1ペプチドプールで最初に感作した12/14のCTLラインは、WT1トータルプールでの二次刺激後に、IFNγ+T細胞の出現頻度が高かった。トータルプールで感作したT細胞によって認識されたWT1のエピトープ(下記参照)をマッピングし、12/14のドナーにおけるRMF以外のエピトープを同定した。これらのエピトープに対する応答の大きさは、RMFペプチドに対するものよりもずっと大きかった(図1C)。RMFで最初に感作した4/14のCTLラインのみが、RMF搭載自己PHA芽球に対する細胞傷害性を示し、そのうちの3つは、WT1プールを搭載した自己PHA芽球を溶解させることもできた(図1D)。対照的に、RMFペプチド搭載芽球を溶解させた3/14を含む、WT1ペプチドのプールで感作した10/14のCTLは、WT1トータルプールを搭載したPHA芽球に対する傷害性を示した(図1D)。このように、HLA A0201+ドナーの高い割合において、WT1トータルプールでのT細胞の刺激は、RMFペプチドと結合する1つのHLA A0201での刺激よりも、一貫してWT1特異的T細胞の応答を誘発する。
図1の詳細な説明。ペンタデカペプチドから生成されたWT1のトータルプールを搭載した自己APCでの刺激による、健常ドナー(n=56)のPBMCから生成したCTLのWT1に特異的な応答:
A.PBMC単独(バックグラウンドとして)、WT1タンパク質の配列全体に及ぶペンタデカペプチドのトータルプールで一晩共インキュベートしたPBMC(PBMC+WT1プール)、及びWT1ペプチド搭載PBMCで一晩共インキュベートした予め生成しておいたWT1特異的T細胞におけるIFNγの産生;
B.WT1−(自己PHA刺激芽球)標的及びWT1+(WT1ペンタデカペプチドのトータルプールを搭載した自己PHA刺激芽球)標的に対する、WT1トータルプールでの、エフェクタ:スティミュレータ比=50:1での刺激によってインビトロで生成したWT1特異的CTLの細胞傷害性;
C.異なるレスポンダ細胞(キラー細胞)集団(末梢血由来PBMC、自己CAMに搭載されたRMFペプチドでインビトロで感作した予め生成したCTL、及びWT1 15−merのトータルプールで感作した予め生成したCTL)において、非修飾であるかまたは下記のうちの1つ(RMFペプチド、WT1トータルプールで感作したCTLにおいてエピトープマッピング法によって同定したWT1の優性エピトープ、141個のペンタデカペプチドからなるWT1トータルプール)を搭載した自己PBMCで一晩二次刺激後に、FACS染色によって測定されたIFNγ応答;
D.RMF 9−merを搭載した自己CAMまたはWT1 15−merのトータルプールでの感作によってインビトロで生成したWT1特異的T細胞の細胞傷害性。自己WT1陰性標的(PHA活性化芽球)に対して、及び同標的にRMFペプチド、WT1 15−merのトータルプールまたは同T細胞株に関して同定された優性WT1エピトープを搭載したものに対して、T細胞の細胞傷害性を評価した。
≪実施例3:WT1反応性T細胞によって認識されるWT1タンパク質の免疫原性エピトープの同定≫
プールされたペプチドでの感作によって生成されるWT1 CTLは、エピトープ特異的でありかつHLA拘束性を示す。
重複したWT1ペンタデカペプチドのトータルプールでインビトロで感作したT細胞によって認識されたエピトープ(図2A)を、任意の1つの15−merが唯2つの互いに交差するサブプールによって共有されるように形成されたWT1 15−merのサブプールのマッピンググリッドに応答するIFNγ+T細胞を定量することによって同定した(図2B)。図2Cの代表的な実施例に示すように、ペンタデカペプチド#75を共有するサブプール#3及び#19に応答して、著しく増加した数のIFNγ+T細胞が選択的に生成される。その後、T細胞を、互いに隣接しかつ各々がペプチド#75に11aa重複している15−merで刺激した。図に示すように、ペプチド#75に応答してIFNγ+T細胞が選択的に生成される(図2D)。新たに同定された免疫原性WT1エピトープは、174−182HSFKHEDPMである。その後、これらのT細胞の細胞傷害性を、非修飾であるかまたはこのペプチドを搭載した同種異系CAM(各CAMは、複数の被験CTLにより発現された1つのHLA対立遺伝子を共有する)のパネルに対して評価した。図2Eに示すように、T細胞は、ペプチド搭載自己標的及びHLA−B3501対立遺伝子を発現する標的を選択的に溶解させたが、T細胞ドナーに受け継がれた他のHLA対立遺伝子を共有するペプチド搭載標的を溶解させなかった。これらのT細胞はまた、HLA−B3501対立遺伝子を共発現するWT1+BALL細胞を溶解させた。
図2の詳細な説明。WT1タンパク質の配列全体に及ぶ互いに重複したペンタデカペプチドのトータルプールの生成及びエピトープマッピングのための方法:
A.575アミノ酸からなるWT1タンパク質の配列及び11アミノ酸が重複したペンタデカペプチドの原理を示している。タンパク質全体に及ぶように、全部で141個のペンタデカペプチドが必要である。ゲスラーら論文(37)に記載の575アミノ酸の配列を用いた。この配列は、N末端に追加の126アミノ酸を含む。最長の、最も高頻度で記述されるWT1アイソフォームDとともに用いられるWT1配列内におけるアミノ酸の配列番号をマッチさせるために、最長アイソフォームDにおいて記述される最初の126アミノ酸に負の値を割り振り、次の449アミノ酸に正の値を割り振った;
B.各々が最大で12個のWT1由来ペンタデカペプチドを含む24個のサブプールからなるマッピンググリッド。各ペプチドは、2つの互いに交差するサブプール内に唯一含まれる:例えば、ペプチド75は、サブプール3及び19により唯一共有されている;
C.自己PBMC搭載されたWT1ペンタデカペプチドのサブプールでの一晩の二次刺激に応答してWT1で感作したCTLによるIFNγの産生。1つの共通のペンタデカペプチド#75を含むサブプール#3及び#19に対する優勢応答が観察される;
D.この図の2Cにおいて決定された分析により、最も高い応答を誘発するサブプール内に含まれる1つのペンタデカペプチドでの一晩の二次刺激に反応して、WT1 CTLによりIFNγが産生されることは、ペンタデカペプチド#75内に優性免疫原性配列が含まれていることの立証となる;
E.WT1 CTLドナーによって発現された1つのHLA対立遺伝子にマッチする同種異系CAMまたはPHA芽球のパネルに対するCr51放出アッセイにより同定されたペプチド#75に応答するWT1特異的T細胞のHLA拘束性。これらは、グラフのx軸に沿って示されている。上記アッセイに用いたCAMまたはPHA芽球は、非修飾(灰色の棒グラフ)またはWT1優性エピトープ搭載(黒色の棒グラフ)である。WT1 CTLのWT1に特異的な細胞傷害性は、B3501 HLA対立遺伝子によって拘束される。
T細胞応答を誘発するWT1ペプチドのマッピングが、異なるクラスI及びII HLA対立遺伝子によって提示される免疫原性エピトープの多様性を同定する。
他の40人の応答する健常ドナーから得られたT細胞によって応答を誘発するWT1エピトープをマッピングするため及び最終的には同定するために、同じ方法を用いた。これらのドナーのうち、8人(19%)は排他的に1つのWT1ペプチドのみに応答するが、18人(43%)は2つのペプチド、16人(39%)は3つのペプチドにそれぞれ応答する。1つ以上のWT1ペプチドに対する応答を誘発する培養物においては、サブプールに対するIFNγ+T細胞応答のパターンは、潜在的免疫原性ペプチドの最初の分離を可能にするのに十分に特徴的であった。その後、T細胞応答を引き起こす特異的ペプチドを確認するべく、各候補ペプチドを個々に評価した。
同定したWT1の免疫原性ペプチド及びそれらを提示するHLA対立遺伝子を表1に示す。T細胞応答を誘発するWT1ペプチド42個のうち、41個が新たに同定されたものであり、これらのWT1ペプチドのうちのただ1つ、すなわち、HLA−A0201により提示された126−134RMFPNAPYL九量体だけは、既出でありかつこの対立遺伝子により提示されたときに免疫原性を示していた(43)。ペプチド91、235−249CMTWNQMNLGATLKGは、本治験においてHLA DRB1 0402拘束性CD4+T細胞応答を誘発したエピトープを含むが、235−243CMT九量体も含み、該九量体は、HLA A0201及びHLA A2402より提示されることが知られている(29)。クラスI HLA対立遺伝子により提示されるペプチドのうちの26個に関しては、1つの提示HLA対立遺伝子が、最初に治験を行ったドナーにおいて同定された。しかし、これらのペプチドに応答するT細胞のHLA拘束性を別のドナーで調べたところ、これらのペプチドのうちの10個は、2つまたは3つの異なるクラスI HLA対立遺伝子により提示された場合にT細胞応答を誘発することができることが分かった。1つの配列(238−246WNQMNLGATペプチド)は、異なるドナーにおいて4つの特徴的なHLAクラスI対立遺伝子のうちの任意の1つによって提示されたときに、強いIFNγ+CD8+T細胞応答を誘発した。
表1.WT1タンパク質の配列全体に及ぶ互いに重複したペンタデカペプチドのプールを用いて、T細胞応答についてのIFNγ産生アッセイによって同定されたWT1由来免疫原性エピトープ。影付きの行は、2つ以上のHLA対立遺伝子によって提示され得るペプチドを表している。太字のペプチド配列は、実施例5で検証されるものを表しており、その結果は表3に示す。
Figure 0006282598
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Figure 0006282598
*-コンピュータアルゴリズムによって前もって予測されたかまたは文献に記載されているエピトープ
**-自己WT1ペプチド搭載APCに対して細胞毒性を示すが白血病細胞に対しては細胞毒性を示さないT細胞
***-一方の対立遺伝子を他方の対立遺伝子なしに受け継いでいる標的がないため、どちらかの対立遺伝子にHLA拘束性を与えることができない。
このエピトープマッピング方法を用いて、HLAクラスII対立遺伝子によって拘束されるCD4+T細胞応答を刺激する5つの新たな11−merペプチドを同定した。これらの各エピトープに応答して生成されたCD4+T細胞は、高レベルのIFNγ+T細胞を発現した。これら5つのペプチドエピトープのうちの3つに応答するCD4+T細胞は、ペプチド搭載PHA芽球及び、拘束性クラスII HLA対立遺伝子を選択的に共有する非修飾WT1+白血病芽球に対する特異的細胞傷害性も示した。
56人の被験ドナーのうち4人において、WT1 15−merの全プールで感作したT細胞のエピトープマッピングが、CD4+及びCD8+Tの両方の細胞応答を誘発する特異的15−mer(15−merペプチド#20、41、91、112)を同定した。これらの応答を誘発する配列の微細マッピングが、配列内にHLAクラスI拘束性CD8+T細胞応答を誘発する9−merも含まれるようなHLAクラスII拘束性CD4+T細胞応答を刺激する4つの11−merを同定した。これらの二重刺激ペプチドの一方の代表例を図3に示す。この場合、ペプチド41は、CD4+及びCD8+の両方のIFNγ+T細胞応答を誘発することが分かった(図3A)。CD4+IFNγ+T細胞応答を誘発するペプチド41内での11−merの精細マッピング(図3A)は、CD4+及びCD8+の両方のIFNγ+T細胞応答を引き起こす最も免疫原性が高い配列として38−48LDFAPPGASAYペプチドを示唆する。著しく、ペプチド41感作T細胞は、9aa配列(38−46LDFAPPGAS)または11aa配列(38−48LDFAPPGASAY)のいずれかで感作したPHA芽球を溶解させたが、36−46PVLDFAPPGASまたは37−47VLDFAPPGASA 11−merを搭載したPHA芽球を溶解させなかった。それに続いて、培養物におけるT細胞のHLA拘束性(図3D)を調べて明らかになったことは、クラスIIHLA拘束性T細胞は、LDF 11−merを搭載している場合にのみ対立遺伝子DRB1 0402及びDQB1 0302を共有する複数の標的に対して選択的に細胞傷害性を示すが、HLA A0201によって拘束されるT細胞は、11−merまたは9−merのいずれかのLDFペプチドを搭載した標的を溶解させることができるということである。この場合、DRB1 0402またはDQB1 0302が拘束性のクラスII HLA対立遺伝子であるか否かを確認することはできなかった。その理由は、他の対立遺伝子を発現せずに1つの対立遺伝子を発現する細胞がパネルにおいて得られなかったためである。
図3の詳細な説明。HLAクラスI及びII拘束性のWT1特異的T細胞は、自己CAMに搭載された互いに重複した15−merのWT1トータルプールで感作したWT1 CTLにおいて、WT1タンパク質に由来する同じ免疫優性ペプチドの15−merに応答する。
A.同一優性WT1由来15−mer#41での一晩の二次刺激に応答して、CD8+及びCD4+WT1特異的T細胞によるIFNgの産生;
B.ペプチド#41(LDF−LDFAAPGAS)に特有であるかまたは、互いに隣接しかつ重複する15−mer#40(PVL-PVLDFAPPG、VLD-VLDFAPPGA)及び#42(DFA-DFAPPGASA)内に含まれるかのいずれかである9−merのパネルを搭載した自己PBMCでの一晩の二次刺激の後の、IFNgの産生による、ペンタデカペプチド#41内でのアミノ酸の免疫原性配列の同定。15−mer#41,LDF内で唯一提示される9−merのみがIFNg応答を誘発する;
C.標準的なCr51放出アッセイにてE:T比=25:1で決定された11−mer LDF及び11−mer LDF内に含まれる9−mer LDFの両方に対して、ペプチド#41内に含まれかつ自己PHA刺激芽球に搭載された9−mer及び11−merのパネルに対するWT1 CTLのペプチドに特異的な細胞傷害性が観察される;
D.WT1 CTLの細胞傷害性のHLA拘束性:HLA−A0201拘束性T細胞は、11−merまたは9−merのいずれかが搭載されている標的を溶解させるが、HLA DRB10402拘束性T細胞は、11−merが搭載されている標的のみを溶解させる。
≪実施例4:新たに同定したWT1エピトープに対して生成されたT細胞は、WT1+白血病に対する細胞傷害性を示す≫
WT1ペプチド特異性を確立し、WT1ペプチドのプールに応答するIFNγ+T細胞のHLA拘束性を調べた時点で、非修飾及びペプチド搭載の自己PHA芽球、同定したペプチドを搭載した一連の同種異系PHA芽球、及びWT1に特異的なT細胞の拘束性HLA対立遺伝子を共発現するWT1タンパク質を発現する原発性急性白血病細胞芽球に対する上記T細胞の細胞傷害性を調べた。後者の検査に関しては、拘束性対立遺伝子を発現しないWT1+白血病細胞及び拘束性対立遺伝子を共有するWT1−細胞が対照として機能した。結果を表1及び表2にまとめる。
表1に見られるように、同定したペプチド搭載自己APCでの二次刺激の後にIFNγ+CD8+T細胞を生成する51個の培養物のうち、50個は、標的とされたペプチドが搭載されている自己PHA芽球に対する有意な特異的細胞傷害性も示した。これらのうち、48個の培養物はまた、応答性T細胞の拘束性HLA対立遺伝子を共有する同種異系ペプチド搭載PHA芽球またはDCを溶解させた。クラスII HLA対立遺伝子により提示される3/5の同定した11−merペプチドに応答するCD4+IFNγ+T細胞は、ペプチド搭載自己及びHLA共有同種異系クラスII+標的も溶解させた。
ペプチド搭載標的に対してエピトープ特異的細胞傷害性を示すT細胞培養物のうち、36個について、T細胞の拘束性HLA対立遺伝子を共発現するWT1+白血病細胞に対する細胞傷害性を調べることができた。これら36個のうちの27個が、WT1+白血病細胞に対するHLA拘束性細胞傷害性を示した(表2)。5つのペプチド、すなわち、6−15RDL、46−54SAY、58−66PAP、225−233NLY、及び436−445NMH(HLA A0201により提示される)に特異的なT細胞は、HLA−A0201WT1+白血病細胞を溶解させることができなかった。しかし、46−54SAYペプチドに特異的なHLA B4001拘束性T細胞は、このHLA対立遺伝子を共発現するWT1+白血病細胞を溶解させることができた。同様に、HLA A0201、B4001またはA2402を共発現するNMHペプチドが搭載されている標的を溶解させるNMHペプチドに特異的なHLA拘束性T細胞株は、HLA B4001対立遺伝子を発現させるWT1+白血病細胞のみを溶解させることができた。
表2.WT1タンパク質の配列全体に及ぶ重複したペンタデカペプチドのプールを用いて、T細胞応答についてのIFNγ産生アッセイにより同定されたWT1由来免疫原性エピトープ。太字の配列は、実施例5で説明する被験ペプチドを示しており、結果を表3に示す。
Figure 0006282598
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*-既に報告されているエピトープ;
**-自己WT1ペプチド搭載APCに対して細胞毒性を示すが白血病細胞に対しては細胞毒性を示さないT細胞。
T細胞を拘束する対立遺伝子を共有する同種異系WT1+白血病細胞に対して観察されるWT1ペプチド特異的T細胞の細胞傷害性は、T細胞株に同種反応性T細胞が存在することを示すものではないということを確認するために、これらのHLA拘束性WT1ペプチド特異的T細胞株のうちの13個について、同一の白血病患者から培養したWT1+白血病細胞及びWT1−PHA芽球に対する細胞傷害性を調べた。表3aに示すように、WT1特異的T細胞は、WT1+白血病細胞を溶解させたが、同じ患者のPHA芽球を溶解させなかった。
表3a.WT1タンパク質の配列全体に及ぶ重複したペンタデカペプチドのプールを用いて、T細胞応答についてのIFNγ産生アッセイにより同定し、かつWT1陽性原発性白血病細胞及び同じ起源のPHA芽球に対して調べた、WT1由来免疫原性エピトープ特異的T細胞の細胞傷害性
Figure 0006282598
*-コンピュータアルゴリズムによって前もって予測されたかまたは文献に記載されているエピトープ
**-白血病サンプルは、不死化白血病細胞株によって、またはWT1+白血病患者から得られた原発性白血病細胞によって提示された。
***-PHA芽球は、WT1+原発性白血病と同じ患者に由来するPBMCから生成された。
本治験のために白血病芽球を提供した全ての患者からPHA芽球を入手できたわけではない。それでもなお、これらの結果は、WT1特異的T細胞の細胞傷害性が、コンタミネーションがある同種反応性に起因するものではないという証拠を提供する。第2の、より包括的であるがより直接的ではない一連の証拠は、WT1ペプチドプール搭載または非修飾のいずれかの自己EBVBLCLに対する、これらの原発性白血病に対する、インビトロで同時期に感作された35人のドナーに由来するT細胞の応答の一対比較によって得られる。表3bに示すように、WT1ペプチドプールで感作したT細胞を搭載したEBVBLCLは、35の事例のうちの25の事例において、T細胞を拘束するHLA対立遺伝子を共有するWT1+白血病細胞を溶解させた。対照的に、自己EBVBLCL単独で感作したT細胞は常に、同じWT1+白血病標的を溶解させることができなかった。
表3b.自己EBV BLCL、またはプールされたWT1ペプチドを搭載したEBV BLCLのいずれかで感作された健常ドナーから得られた、明らかになったエピトープに特異的でありかつHLA拘束性を示すT細胞の、T細胞を拘束するHLA対立遺伝子を共有する原発性WT1+白血病に対する白血病活性(Leukemocidal activity)
Figure 0006282598
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*-コンピュータアルゴリズムによって前もって予測されたかまたは文献に記載されているエピトープ
≪実施例5:新たに同定されたWT1エピトープの免疫原性≫
1人のドナーにおける応答のマッピングにより同定されたペプチドが、同じ提示HLA対立遺伝子を有する個人の高い割合において免疫原性も示すことを確認するために、これらのエピトープが、HLA対立遺伝子を発現する6〜12人の個人からなる群において、適切に拘束されたT細胞応答を誘発することができるか否かを判定した。この目的のために、各ドナーから得られたT細胞を、人工抗原提示細胞(AAPC)のパネルであって各々が1つのHLA対立遺伝子、具体的には、A0201、A0301、A2402またはB0702を発現するAAPCのパネル(42)に搭載した同定したエピトープで感作した。表4に示すように、HLA−A0201によって提示される同定された9つのペプチドの全てが、HLA−A0201+個人の或る割合で、WT1に特異的なIFNγ+T細胞応答を刺激することができた。既に報告されている、HLA−A0201対立遺伝子によって提示される126−134RMFPNAPYLペプチドは、被験HLA−A0201+健常ドナーの5/12(42%)において応答を誘発した。比較すると、他の8つの被験ペプチドのうちの5つが、同じHLA−A0201+ドナーの50〜75%においてWT1ペプチドに特異的な応答を誘発した。HLA−B0702対立遺伝子によって提示される2つのWT1エピトープもまた、被験個人のそれぞれ50%及び63%において、WT1に特異的なT細胞応答を誘発した(表4)。被験ペプチドの全てが、それらのペプチドを提示するHLA対立遺伝子を有する少なくとも2人の追加ドナーにおいて、特異的な応答を誘発した。
表4.1つのHLA対立遺伝子を発現するAAPCに搭載された同定済みのWT1ペプチドに応答する健常ドナーの割合
Figure 0006282598
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≪実施例6:プールされたWT1 15−merに対する応答をマッピングすることにより同定したペプチドに対する応答と、結合アルゴリズムによって免疫原性を示すことが予測される既に報告されているWT1ペプチドに対する応答との比較≫
マッピング方法によって同定される個々のWT1ペプチドに対する健常ドナーのT細胞による一次応答を、既出(44,45)の結合アルゴリズムを用いて、提示HLA対立遺伝子への結合指数がより高いと予想されるフランキング配列を含む他のWT1ペプチドに対する応答と比較した。上表4に示したように、8/12のマッピング済みエピトープの予測結合指数は、HLA A0201により提示された、最も研究されたWT1ペプチドであるRMFの予測結合指数よりも幾分低いだけであった。しかし、それらの解離時間は著しく低下していた。それにもかかわらず、健常ドナーの高い割合において、これらのペプチドの各々に対するT細胞応答が誘発された。
5つの例において、マッピングされたペプチド特異性(すなわち、(−99)−(−91)THS、(−22)−(−19)KLG、22−31GGC、126−134RMF及び(−125)−(−117)RQR)は、刺激15−mer内で結合アルゴリズムによって予測される提示HLA対立遺伝子について最も高い親和性を有するペプチドと同じであった。最も高い結合指数を有すると予想された配列とマッピングされた配列とが異なっていた例では、個々のマッピングされたペプチドに応答したドナーの割合は、より高い親和性を有すると予想される隣接エピトープに応答して生成されたものと同じかまたはそれより大きかった。例えば、被験HLA A0201ドナーのうちの8/12(67%)において38−46LDFペプチドに対するIFNγ+T細胞応答が生じたが、予想され既に報告(46)されているエピトープ37-45VLDFAPPGAに対する応答はなかった。同様に、HLA A2402+ドナーのうち、4/6のドナー(60%)が239−248NQMNLGATLペプチドに応答したが、この対立遺伝子により提示されることが既に報告(29)されている235−243CMTWNQMNLペプチドに応答したのは1/6のドナーのみであった。
マトリックスマッピングにより同定されたHLA A0201によって提示されたペプチドを、より高い予想結合指数を有するフランキングペプチドと直接比較するために、等濃度で混合したペプチドを、HLA A0201+AAPCに搭載し、HLA A0201+健常ドナーのうちの8人から得られたT細胞を感作するのに使用した。感作の35日後、T細胞を洗浄し、個々のペプチドを搭載した放射線照射自己PBMCのアリコートで24時間二次的に再刺激した。その後、応答するIFNγ+T細胞をFACSによって定量した。その結果(図5に示す)から、22〜31GGCペプチドは、最も低い結合指数及び最も短い予測解離時間を有しているが、7/8のドナーにおいて強いIFNγ+T細胞応答を誘発したことが明らかになった。さらに、3/8のドナーが6−15RDL、10−18ALL及び7−15DLNペプチドに応答したが、応答マッピングによって同定された6−15RDLペプチドは、より多くの数のIFNγ+T細胞を生じさせた。(−75)−(−67)AILDFLLLQとフランキング(−78)−(−70)LLAAILDFL配列との比較において、AILペプチドは、より優れた応答を、より高い割合のドナー(6/8vs.3/8のドナー)において誘発した。同様に、マッピングした38−46LDFAPPGASペプチドと既に報告されている37−45VLDFAPPGAペプチド(46)との比較において、LDFペプチドは8人のドナーのうちの5人において強い応答を誘発したが、VLDペプチドはこれらのドナーのうちの2人のみにおいて低い応答を誘発した。
図5の詳細な説明。インビトロ応答のエピトープマッピングによって同定された9−merペプチドと、同一15−mer内のペプチドまたは互いに隣接する重複15−merペプチド(より高い結合親和性及び免疫原性を有すると予想される)との等モル混合物に対するIFNγ+T細胞応答。
A.エピトープマッピングスタディにおいてHLA A0201+ドナーが応答した6−15RDL及び22−31GGCペプチドを含むアミノ酸+2から+31に及ぶ九量体の混合物に対する応答。
B.インビトロでマッピングされた(−75)−(−67)AILDFLLLQエピトープ及びより高い結合親和性を有すると予測されるフランキングペプチド(−78)−(−70)LLAAILDFLに対する応答。
C.インビトロでマッピングされた38−46LDFAPPGASエピトープ及びより高い結合親和性を有すると予測される重複37−45VLDFAPPGAに対する応答。
図5は、WT1タンパク質のマップを示している。図5Cは、HLAクラスI及びII対立遺伝子によって提示される全ての既に報告されている抗原性エピトープの局在性を明確にし、図5Dは、本報告において同定された免疫原性ペプチドの位置を示している。図に示すように、クラスIにより提示されることが既に報告されている11個のエピトープ及びクラスII HLA対立遺伝子により提示される10個のエピトープは、主としてエクソン1、7及び10によってコードされる配列においてクラスタ化されるが、WT1ペプチドプールで感作した正常なT細胞によって認識されたエピトープは、主として最初の5つのエクソンによってコードされる配列においてクラスタ化される。よって、新たなエピトープのうちの26個が、ジンクフィンガー3、4間でエクソン5または3つのアミノ酸配列(400−410KTS)において17アミノ酸配列(aa250〜266)を含むかまたは含まないスプライスバリアントから得られたWT1の4つの主要なアイソフォームの各々に含まれる。エピトープは広く分散されているが、エピトープのクラスタは、エクソン1のRNA認識ドメイン及びエクソン5のスプライシングされた17aaセグメントの近位にある活性化ドメイン(aa181〜250)において検出された(図5F)。後者の領域には、複数のドナーによって最も高頻度で認識されたエピトープも含まれていた(図5E)。新たに同定された9つのエピトープは、WT1の(エクソン5,KTS)アイソフォームのエクソン1のセントロメア側に位置しかつエクソン1に関してAUG開始コドンの上流にあるWT1のCUGコドンから開始する長いアイソフォームを含むような、ゲスラーらの論文37に最初に掲載されたWT1遺伝子の或るセグメントによってコードされるN末端における126アミノ酸配列に位置する50。著しく、この配列において同定されたエピトープの各々は、WT1及びT細胞の拘束性HLA対立遺伝子を共発現する白血病芽球に対して細胞傷害性を示すIFNγT細胞を生じさせる。
≪実施例7:卵巣癌におけるペプチドの阻害効果≫
卵巣癌の治療における本明細書に記載のペプチドの有用性を2つの治験で評価した。第1の治験では、T細胞を、NOD/SCIDマウスに注入する前に、様々な投与量でSKOV3−A2卵巣癌細胞とともにプレインキュベートすることによって、異なるWT1ペプチドに特異的なT細胞の卵巣腫瘍の生着への阻害効果を評価した。以下の免疫優性エピトープに特異的なT細胞培養液を、上記した方法を用いて作製した。A0201拘束性WT1ペプチドLKTHTTRTHT(SEQ ID NO:182)に特異的なT細胞;A0301拘束性WT1ペプチドRQRPHPGAL(SEQ ID NO:142)に特異的なT細胞及びA0201拘束性WT1ペプチドHFPPSLPPT(SEQ ID NO:145)T細胞。調べたT細胞と腫瘍細胞との比率は、50:1、10:1、5:1及び対照(T細胞なし)であった。腫瘍の注入に続いて、腫瘍量を生物発光イメージングによってモニタリングした。各投与量において3つ全てのT細胞株に関して、対照と比較して、時間とともに腫瘍量の顕著な減少が見られた。さらに、腫瘍細胞をWT1ペプチド特異的T細胞とともにプレインキュベートすることで、マウスの生存期間が延びた。対照群では、腫瘍注入後70日目までに全マウスが死亡した。生存期間の増加(生存率の上昇)は、T細胞:腫瘍細胞の投与量(用量)と用量反応関係があることを示しており、全てのT細胞株では50:1の投与量で96日目に何匹かの動物が尚も生存しており、LKTHTTRTHT特異的T細胞株では10:1の投与量で同様であった。
第2の実験では、予め確立しておいた卵巣癌SKOV3−A2異種移植片を有するNOD/SCIDマウスに対して、WT1ペプチドに特異的なT細胞を静脈内投与した。評価したT細胞株は、A0201拘束性WT1ペプチドLKTHTTRTHT(SEQ ID NO:182)に特異的なT細胞及びA0301拘束性WT1ペプチドRQRPHPGAL(SEQ ID NO:142)に特異的なT細胞であった。腫瘍量を生物発光法によってモニタリングし、腫瘍浸潤をヒトCD3+細胞によって評価し、生存期間を記録した。どちらの場合も、WT1特異的T細胞は、対照と比べて腫瘍量を減少させ、ヒトCD3+細胞による腫瘍浸潤を増加させ、かつ生存期間を増加させた。
≪実施例8:白血病患者のT細胞によるエピトープの認識≫
血縁者または非血縁者である健常ドナーからの同種骨髄移植後に再発した患者の養子療法において、上記したWT1由来ペンタデカペプチドの全プールで感作した移植ドナー由来T細胞を用いて第1相(フェーズI)臨床試験を行った。HLA拘束性対立遺伝子及び対応する免疫優性WT1エピトープは、次のとおりである。A0201,SEQ ID NO:147;A0203,SEQ ID NO:176及び183;B3503及びC0401,SEQ ID NO:161及び169;A6901,SEQ ID NO:177;A0201,SEQ ID NO:182;B4701及びDRB 0102,SEQ ID NO:148及び149;A3101,SEQ ID NO:145;B4402,SEQ ID NO:158及び166;B3503,SEQ ID NO:146及び162;DRB 1104,SEQ ID NO:149。用いたWT1に特異的なT細胞を生じさせる免疫優性エピトープの幾つかは、エクソン1より上流の遺伝子のN末端領域内のエピトープ、すなわち、SEQ ID NO:145、147、148及び149に向けられていたことに留意されたい。ドナーのうちの2人がPGCLQQPEQQG,SEQ ID NO:149に応答し、2人の治療患者はともに養子移植後にWT1+白血病細胞が一時的に排除されていた。
≪実施例9:ペンタデカペプチド≫
以下のペンタデカペプチドを合成した。H2NはペプチドのN末端、−COOHはC末端を指す。
表5.ペンタデカペプチドの配列
SEQ ID NO:1.H2N−SRQRP HPGAL RNPTA−COOH
SEQ ID NO:2.H2N−PHPGA LRNPT ACPLP−COOH
SEQ ID NO:3.H2N−ALRNP TACPL PHFPP−COOH
SEQ ID NO:4.H2N−PTACP LPHFP PSLPP−COOH
SEQ ID NO:5.H2N−PLPHF PPSLP PTHSP−COOH
SEQ ID NO:6.H2N−FPPSL PPTHS PTHPP−COOH
SEQ ID NO:7.H2N−LPPTH SPTHP PRAGT−COOH
SEQ ID NO:8.H2N−HSPTH PPRAG TAAQA−COOH
SEQ ID NO:9.H2N−HPPRA GTAAQ APGPR−COOH
SEQ ID NO:10.H2N−AGTAA QAPGP RRLLA−COOH
SEQ ID NO:11.H2N−AQAPG PRRLL AAILD−COOH
SEQ ID NO:12.H2N−GPRRL LAAIL DFLLL−COOH
SEQ ID NO:13.H2N−LLAAI LDFLL LQDPA−COOH
SEQ ID NO:14.H2N−ILDFL LLQDP ASTCV−COOH
SEQ ID NO:15.H2N−LLLQD PASTC VPEPA−COOH
SEQ ID NO:16.H2N−DPAST CVPEP ASQHT−COOH
SEQ ID NO:17.H2N−TCVPE PASQH TLRSG−COOH
SEQ ID NO:18.H2N−EPASQ HTLRS GPGCL−COOH
SEQ ID NO:19.H2N−QHTLR SGPGC LQQPE−COOH
SEQ ID NO:20.H2N−RSGPG CLQQP EQQGV−COOH
SEQ ID NO:21.H2N−GCLQQ PEQQG VRDPG−COOH
SEQ ID NO:22.H2N−QPEQQ GVRDP GGIWA−COOH
SEQ ID NO:23.H2N−QGVRD PGGIW AKLGA−COOH
SEQ ID NO:24.H2N−DPGGI WAKLG AAEAS−COOH
SEQ ID NO:25.H2N−IWAKL GAAEA SAERL−COOH
SEQ ID NO:26.H2N−LGAAE ASAER LQGRR−COOH
SEQ ID NO:27.H2N−EASAE RLQGR RSRGA−COOH
SEQ ID NO:28.H2N−ERLQG RRSRG ASGSE−COOH
SEQ ID NO:29.H2N−GRRSR GASGS EPQQM−COOH
SEQ ID NO:30.H2N−RGASG SEPQQ MGSDV−COOH
SEQ ID NO:31.H2N−GSEPQ QMGSD VRDLN−COOH
SEQ ID NO:32.H2N−QQMGS DVRDL NALLP−COOH
SEQ ID NO:33.H2N−SDVRD LNALL PAVPS−COOH
SEQ ID NO:34.H2N−DLNAL LPAVP SLGGG−COOH
SEQ ID NO:35.H2N−LLPAV PSLGG GGGCA−COOH
SEQ ID NO:36.H2N−VPSLG GGGGC ALPVS−COOH
SEQ ID NO:37.H2N−GGGGG CALPV SGAAQ−COOH
SEQ ID NO:38.H2N−GCALP VSGAA QWAPV−COOH
SEQ ID NO:39.H2N−PVSGA AQWAP VLDFA−COOH
SEQ ID NO:40.H2N−AAQWA PVLDF APPGA−COOH
SEQ ID NO:41.H2N−APVLD FAPPG ASAYG−COOH
SEQ ID NO:42.H2N−DFAPP GASAY GSLGG−COOH
SEQ ID NO:43.H2N−PGASA YGSLG GPAPP−COOH
SEQ ID NO:44.H2N−AYGSL GGPAP PPAPP−COOH
SEQ ID NO:45.H2N−LGGPA PPPAP PPPPP−COOH
SEQ ID NO:46.H2N−APPPA PPPPP PPPPH−COOH
SEQ ID NO:47.H2N−APPPP PPPPP HSFIK−COOH
SEQ ID NO:48.H2N−PPPPP PHSFI KQEPS−COOH
SEQ ID NO:49.H2N−PPHSF IKQEP SWGGA−COOH
SEQ ID NO:50.H2N−FIKQE PSWGG AEPHE−COOH
SEQ ID NO:51.H2N−EPSWG GAEPH EEQCL−COOH
SEQ ID NO:52.H2N−GGAEP HEEQC LSAFT−COOH
SEQ ID NO:53.H2N−PHEEQ CLSAF TVHFS−COOH
SEQ ID NO:54.H2N−QCLSA FTVHF SGQFT−COOH
SEQ ID NO:55.H2N−AFTVH FSGQF TGTAG−COOH
SEQ ID NO:56.H2N−HFSGQ FTGTA GACRY−COOH
SEQ ID NO:57.H2N−QFTGT AGACR YGPFG−COOH
SEQ ID NO:58.H2N−TAGAC RYGPF GPPPP−COOH
SEQ ID NO:59.H2N−CRYGP FGPPP PSQAS−COOH
SEQ ID NO:60.H2N−PFGPP PPSQA SSGQA−COOH
SEQ ID NO:61.H2N−PPPSQ ASSGQ ARMFP−COOH
SEQ ID NO:62.H2N−QASSG QARMF PNAPY−COOH
SEQ ID NO:63.H2N−GQARM FPNAP YLPSC−COOH
SEQ ID NO:64.H2N−MFPNA PYLPS CLESQ−COOH
SEQ ID NO:65.H2N−APYLP SCLES QPAIR−COOH
SEQ ID NO:66.H2N−PSCLE SQPAI RNQGY−COOH
SEQ ID NO:67.H2N−ESQPA IRNQG YSTVT−COOH
SEQ ID NO:68.H2N−AIRNQ GYSTV TFDGT−COOH
SEQ ID NO:69.H2N−QGYST VTFDG TPSYG−COOH
SEQ ID NO:70.H2N−TVTFD GTPSY GHTPS−COOH
SEQ ID NO:71.H2N−DGTPS YGHTP SHHAA−COOH
SEQ ID NO:72.H2N−SYGHT PSHHA AQFPN−COOH
SEQ ID NO:73.H2N−TPSHH AAQFP NHSFK−COOH
SEQ ID NO:74.H2N−HAAQF PNHSF KHEDP−COOH
SEQ ID NO:75.H2N−FPNHS FKHED PMGQQ−COOH
SEQ ID NO:76.H2N−SFKHE DPMGQ QGSLG−COOH
SEQ ID NO:77.H2N−EDPMG QQGSL GEQQY−COOH
SEQ ID NO:78.H2N−GQQGS LGEQQ YSVPP−COOH
SEQ ID NO:79.H2N−SLGEQ QYSVP PPVYG−COOH
SEQ ID NO:80.H2N−QQYSV PPPVY GCHTP−COOH
SEQ ID NO:81.H2N−VPPPV YGCHT PTDSC−COOH
SEQ ID NO:82.H2N−VYGCH TPTDS CTGSQ−COOH
SEQ ID NO:83.H2N−HTPTD SCTGS QALLL−COOH
SEQ ID NO:84.H2N−DSCTG SQALL LRTPY−COOH
SEQ ID NO:85.H2N−GSQAL LLRTP YSSDN−COOH
SEQ ID NO:86.H2N−LLLRT PYSSD NLYQM−COOH
SEQ ID NO:87.H2N−TPYSS DNLYQ MTSQL−COOH
SEQ ID NO:88.H2N−SDNLY QMTSQ LECMT−COOH
SEQ ID NO:89.H2N−YQMTS QLECM TWNQM−COOH
SEQ ID NO:90.H2N−SQLEC MTWNQ MNLGA−COOH
SEQ ID NO:91.H2N−CMTWN QMNLG ATLKG−COOH
SEQ ID NO:92.H2N−NQMNL GATLK GVAAG−COOH
SEQ ID NO:93.H2N−LGATL KGVAA GSSSS−COOH
SEQ ID NO:94.H2N−LKGVA AGSSS SVKWT−COOH
SEQ ID NO:95.H2N−AAGSS SSVKW TEGQS−COOH
SEQ ID NO:96.H2N−SSSVK WTEGQ SNHST−COOH
SEQ ID NO:97.H2N−KWTEG QSNHS TGYES−COOH
SEQ ID NO:98.H2N−GQSNH STGYE SDNHT−COOH
SEQ ID NO:99.H2N−HSTGY ESDNH TTPIL−COOH
SEQ ID NO:100.H2N−YESDN HTTPI LCGAQ−COOH
SEQ ID NO:101.H2N−NHTTP ILCGA QYRIH−COOH
SEQ ID NO:102.H2N−PILCG AQYRI HTHGV−COOH
SEQ ID NO:103.H2N−GAQYR IHTHG VFRGI−COOH
SEQ ID NO:104.H2N−RIHTH GVFRG IQDVR−COOH
SEQ ID NO:105.H2N−HGVFR GIQDV RRVPG−COOH
SEQ ID NO:106.H2N−RGIQD VRRVP GVAPT−COOH
SEQ ID NO:107.H2N−DVRRV PGVAP TLVRS−COOH
SEQ ID NO:108.H2N−VPGVA PTLVR SASET−COOH
SEQ ID NO:109.H2N−APTLV RSASE TSEKR−COOH
SEQ ID NO:110.H2N−VRSAS ETSEK RPFMC−COOH
SEQ ID NO:111.H2N−SETSE KRPFM CAYPG−COOH
SEQ ID NO:112.H2N−EKRPF MCAYP GCNKR−COOH
SEQ ID NO:113.H2N−FMCAY PGCNK RYFKL−COOH
SEQ ID NO:114.H2N−YPGCN KRYFK LSHLQ−COOH
SEQ ID NO:115.H2N−NKRYF KLSHL QMHSR−COOH
SEQ ID NO:116.H2N−FKLSH LQMHS RKHTG−COOH
SEQ ID NO:117.H2N−HLQMH SRKHT GEKPY−COOH
SEQ ID NO:118.H2N−HSRKH TGEKP YQCDF−COOH
SEQ ID NO:119.H2N−HTGEK PYQCD FKDCE−COOH
SEQ ID NO:120.H2N−KPYQC DFKDC ERRFS−COOH
SEQ ID NO:121.H2N−CDFKD CERRF SRSDQ−COOH
SEQ ID NO:122.H2N−DCERR FSRSD QLKRH−COOH
SEQ ID NO:123.H2N−RFSRS DQLKR HQRRH−COOH
SEQ ID NO:124.H2N−SDQLK RHQRR HTGVK−COOH
SEQ ID NO:125.H2N−KRHQR RHTGV KPFQC−COOH
SEQ ID NO:126.H2N−RRHTG VKPFQ CKTCQ−COOH
SEQ ID NO:127.H2N−GVKPF QCKTC QRKFS−COOH
SEQ ID NO:128.H2N−FQCKT CQRKF SRSDH−COOH
SEQ ID NO:129.H2N−TCQRK FSRSD HLKTH−COOH
SEQ ID NO:130.H2N−KFSRS DHLKT HTRTH−COOH
SEQ ID NO:131.H2N−SDHLK THTRT HTGKT−COOH
SEQ ID NO:132.H2N−KTHTR THTGK TSEKP−COOH
SEQ ID NO:133.H2N−RTHTG KTSEK PFSCR−COOH
SEQ ID NO:134.H2N−GKTSE KPFSC RWPSC−COOH
SEQ ID NO:135.H2N−EKPFS CRWPS CQKKF−COOH
SEQ ID NO:136.H2N−SCRWP SCQKK FARSD−COOH
SEQ ID NO:137.H2N−PSCQK KFARS DELVR−COOH
SEQ ID NO:138.H2N−KKFAR SDELV RHHNM−COOH
SEQ ID NO:139.H2N−RSDEL VRHHN MHQRN−COOH
SEQ ID NO:140.H2N−LVRHH NMHQR NMTKL−COOH
SEQ ID NO:141.H2N−HNMHQ RNMTK LQLAL−COOH
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Claims (19)

  1. 単離されたWT1ペプチドであって、
    前記WT1ペプチドは、WT1タンパク質のエクソン1より上流側の最初の126個のアミノ酸からなる配列内のペプチドであり、前記最初の126個のアミノ酸からなる配列は、SEQ ID NO:194の1番目から126番目までのアミノ酸からなる配列であり、前記WT1ペプチドは、SEQ ID NO:194の1番目から60番目までのアミノ酸からなる配列内か、またはSEQ ID NO:194の80番目から90番目までのアミノ酸からなる配列内に位置し、
    前記WT1ペプチドは、
    AILDFLLLQ(SEQ ID NO:147)、RQRPHPGAL(SEQ ID NO:142)、GALRNPTAC(SEQ ID NO:143)、THSPTHPPR(SEQ ID NO:146)、PGCLQQPEQQG(SEQ ID NO:149)、PLPHFPPSL(SEQ ID NO:144)、HFPPSLPPT(SEQ ID NO:145)、LLAAILDFL(SEQ ID NO:184)、及びALRNPTACPL(SEQ ID NO:191)からなる群より選択されるアミノ酸配列からなることを特徴とするペプチド。
  2. 医薬組成物であって、
    請求項1に記載の単離されたWT1ペプチドと、
    薬学的に許容される担体、媒体または賦形剤とを含むことを特徴とする医薬組成物。
  3. ワクチンであって、
    (a)請求項1に記載の1以上の単離されたWT1ペプチドと、
    (b)アジュバントまたは担体とを含むことを特徴とするワクチン。
  4. 請求項に記載のワクチンであって、
    前記アジュバントが、QS21、フロインド不完全アジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、BCG、ミョウバン、成長因子、サイトカイン、ケモカイン、インターロイキン、Montanide、またはGM−SFであることを特徴とするワクチン。
  5. ワクチンであって、
    (a)請求項1に記載の単離されたWT1ペプチドと、
    (b)抗原提示細胞とを含むことを特徴とするワクチン。
  6. 請求項に記載のワクチンであって、
    前記抗原提示細胞が、樹枝状細胞、単球、マクロファージ、サイトカインにより活性化された単球、またはEBV形質転換Bリンパ芽球様細胞(EBV−BLCL)であることを特徴とするワクチン。
  7. 請求項に記載のワクチンであって、
    前記抗原提示細胞が、細胞株に由来する前記樹枝状細胞であることを特徴とするワクチン。
  8. 請求項3〜6のいずれかに記載のワクチンであって、
    リンパ球、単球、マクロファージ、樹枝状細胞、内皮細胞、幹細胞、またはそれらの組み合わせを含む細胞集団を更に含み、
    前記細胞集団は、自己細胞、同系細胞、または同種異系細胞であることを特徴とするワクチン。
  9. 請求項に記載のワクチンであって、
    前記細胞集団は、末梢血、白血球血液製剤、アフェレーシス血液製剤、末梢リンパ節、腸管関連リンパ系組織、脾臓、胸腺、臍帯血、腸間膜リンパ節、肝臓、免疫傷害部位、膵臓、脳脊髄液、腫瘍標本、または肉芽腫組織から得られたものであること特徴とするワクチン。
  10. インビトロまたはエクスビボでWT1に特異的な細胞障害性Tリンパ球(CTL)、WT1に特異的なCD8+リンパ球、WT1に特異的なCD4+リンパ球、またはそれらの組み合わせの形成及び増殖を誘導する方法であって、
    1以上のペプチドでリンパ球細胞集団を刺激するステップを含み、
    それによって、WT1に特異的なリンパ球の形成及び増殖を誘導するようにしたことを特徴とし、
    前記1以上のペプチドは、WT1タンパク質のエクソン1より上流側の最初の126個のアミノ酸からなる配列内のWT1ペプチドから選択され、前記最初の126個のアミノ酸からなる配列は、SEQ ID NO:194の1番目から126番目までのアミノ酸からなる配列であり、前記WT1ペプチドは、SEQ ID NO:194の1番目から60番目までのアミノ酸からなる配列内か、またはSEQ ID NO:194の80番目から90番目までのアミノ酸からなる配列内に位置し、
    前記WT1ペプチドは、SEQ ID NO:147、142、143、144、145、146、149184、及び191から選択されたアミノ酸配列からなることを特徴とする方法。
  11. 請求項10に記載の方法であって、
    前記刺激するステップが、
    前記1以上のペプチドと、アジュバント、担体、または抗原提示細胞を組み合わせてリンパ球細胞集団を刺激するステップを含むことを特徴とする方法。
  12. 請求項8または9に記載のワクチンであって、
    前記細胞集団が、ヒトまたはドナーから得られたものであることを特徴とするワクチン。
  13. 請求項10または11に記載の方法であって、
    前記細胞集団が、ヒトまたはドナーから得られたものであることを特徴とする方法。
  14. 請求項3〜9及び12のいずれかに記載のワクチンであって、
    WT1発現癌を有する対象を治療するために使用されるか、または前記対象におけるWT1発現癌の発生率若しくは再発率を減少させるために使用されることを特徴とするワクチン。
  15. WT1発現癌を有する対象を治療するための医薬、または前記対象におけるWT1発現癌の発生率若しくは再発率を減少させるための医薬を製造するための、請求項10または11に記載の方法によって得られるWT1に特異的な細胞障害性Tリンパ球(CTL)、WT1に特異的なCD8+リンパ球、またはWT1に特異的なCD4+リンパ球の使用。
  16. 請求項14に記載のワクチンであって、
    前記WT1発現癌が、白血病、線維形成性小円形細胞腫瘍、胃癌、結腸癌、肺癌、乳癌、胚細胞腫瘍、卵巣癌、子宮癌、甲状腺癌、肝臓癌、腎臓癌、カポジ肉腫、肉腫、肝細胞癌、ウィルムス腫瘍、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、非小細胞肺癌(NSCLC)、または中皮腫であることを特徴とするワクチン。
  17. 請求項15に記載のリンパ球の使用であって、
    前記WT1発現癌が、白血病、線維形成性小円形細胞腫瘍、胃癌、結腸癌、肺癌、乳癌、胚細胞腫瘍、卵巣癌、子宮癌、甲状腺癌、肝臓癌、腎臓癌、カポジ肉腫、肉腫、肝細胞癌、ウィルムス腫瘍、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、非小細胞肺癌(NSCLC)、または中皮腫であることを特徴とする使用。
  18. 請求項11に記載の方法であって、
    前記アジュバントが用いられ、
    前記アジュバントが、QS21、フロインド不完全アジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、BCG、ミョウバン、成長因子、サイトカイン、ケモカイン、インターロイキン、Montanide、またはGM−SFであることを特徴とする方法。
  19. 請求項11に記載の方法であって、
    前記抗原提示細胞が用いられ、
    前記抗原提示細胞が、樹枝状細胞、単球、マクロファージ、サイトカインにより活性化された単球、またはEBV形質転換Bリンパ芽球様細胞(EBV−BLCL)であることを特徴とする方法。
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