JP6233022B2 - Hla−a*24グループの判定方法 - Google Patents
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Description
本願は、2011年12月28日に、日本に出願された特願2011−289336号に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
(1) HLA−A*24グループを判定する方法であって、
被験者のゲノムDNA中の、HLA遺伝子の開始コドンのA(アデニン)を第1番目として、(a)第211番目の塩基及び(b)第395番目の塩基のみのタイピング結果に基づいて判定することを特徴とする、HLA−A*24グループの判定方法、
(2) HLA−A*24グループを判定する方法であって、
被験者のゲノムDNA中の、HLA遺伝子の開始コドンのA(アデニン)を第1番目として、(a)第211番目の塩基と、(b)第395番目の塩基と、(c)第437番目の塩基、第441番目の塩基、第443番目の塩基、第444番目の塩基、第447番目の塩基、及び第449番目の塩基からなる群より選択される1以上の塩基とのタイピング結果に基づいて判定することを特徴とする、HLA−A*24グループの判定方法、
(3) 前記被験者のHLA型がHLA−A*24:02であるか否かを判定することを特徴とする前記(2)のHLA−A*24グループの判定方法、
(4) 少なくとも1のアリルにおいて、第211番目の塩基がC(シトシン)であり、第395番目の塩基がG(グアニン)であり、前記(c)の塩基について、第437番目の塩基を含む場合に当該塩基がCであり、第441番目の塩基を含む場合に当該塩基がT(チミン)であり、第443番目の塩基を含む場合に当該塩基がGであり、第444番目の塩基を含む場合に当該塩基がCであり、第447番目の塩基を含む場合に当該塩基がTであり、第449番目の塩基を含む場合に当該塩基がCである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*24:02であると判定することを特徴とする前記(3)のHLA−A*24グループの判定方法、
(5) 前記(a)及び(b)の塩基のタイピングを、シークエンス解析又は一塩基検出方法により行うことを特徴とする前記(1)〜(4)のいずれか一つのHLA−A*24グループの判定方法、
(6) 前記(c)の塩基のタイピングを、シークエンス解析又は一塩基検出方法により行うことを特徴とする前記(2)〜(5)のいずれか一つのHLA−A*24グループの判定方法、
(7) 前記(c)の塩基のタイピングを、配列番号7に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により、伸長産物が得られた場合に、第437番目の塩基がCであり、第441番目の塩基がTであり、第443番目の塩基がGであり、第444番目の塩基がCであり、第447番目の塩基がTであり、第449番目の塩基がCであるとタイピングすることを特徴とする前記(2)〜(5)のいずれか一つのHLA−A*24グループの判定方法、
(8) 配列番号7に示す塩基配列からなるHLA−A*24:02判定用プライマーを含むことを特徴とするHLA−A*24:02判定用キット、
を提供するものである。
つまり、前記(a)〜(c)の塩基のタイピング結果からは、HLA−A*24:02は、HLA−A*24:07、HLA−A*24:03、及びHLA−A*24:25と判別不可能であるが、その他の型のアリルとは判別可能である。
つまり、HLA判定方法を臨床検査等の医療現場に適用するためには、検査精度とコストのバランスを図ることが重要となる。
mRNA中の各塩基のタイピングは、mRNAを直接タイピングしてもよく、mRNAから逆転写反応により合成されたcDNAを用いて行ってもよい。被験者由来のゲノムDNA又はmRNAは、被験者から採取された生体試料から抽出・精製された核酸であってもよく、精製前の核酸であってもよい。さらに、被験者由来のゲノムDNA又はmRNA中の前記(a)及び(b)の塩基を含む領域又は前記(a)〜(c)の塩基を含む領域をPCR等により増幅して得られた増幅産物であってもよい。
プライマー−1〜4としては、前記(a)〜(c)の各塩基を含む目的の領域を増幅し得るプライマーであれば特に限定されるものではない。例えば、表8に示す塩基配列からなるプライマーが挙げられる。なお、前記(a)及び(b)の塩基のみをシークエンス解析法によりタイピングする場合には、前記(c)の塩基は含まず、かつ前記(b)の塩基を含む領域を増幅するPCRプライマーを用いてPCRを行い、得られた増幅産物の塩基配列を解析してもよい。
HLA−A型が[A*24:02/A*24:02]ホモタイプ、[A*24:02/A*24:08]のヘテロタイプ、[A*24:20/A*32:01]のヘテロタイプ、及び[A*32:01/A*24:04]のヘテロタイプである被験者から採取された生体試料から抽出したゲノムDNAを鋳型として、表8に示すプライマー−1及びプライマー−2を用いたPCRと、プライマー−3及びプライマー−4を用いたPCRとを行い、各PCR産物についてシークエンス解析した。
シークエンス解析の結果及び、得られたタイピング結果に基づいて判定した結果を表11に示す。表中、「判定」欄の「+」はゲノムDNAがHLA−A*24:02を含むという判定を、「−」はゲノムDNAがHLA−A*24:02を含まないという判定を、それぞれ示す。この結果、A*24:02/A*24:02]ホモタイプ、[A*24:02/A*24:08]のヘテロタイプ、及び[A*32:01/A*24:04]のヘテロタイプはいずれも正確に判定された。一方で[A*24:20/A*32:01]のヘテロタイプは、想定どおり、偽陽性となった。
プライマー−4に代えて表9に示すプライマー−5を用いた以外は、実施例1と同様にして、HLA−A型が[A*24:02/A*24:02]ホモタイプ、[A*24:02/A*24:08]のヘテロタイプ、[A*24:20/A*32:01]のヘテロタイプ、及び[A*32:01/A*24:04]のヘテロタイプである被験者から採取された生体試料から抽出したゲノムDNAを鋳型として、PCRを行った。この結果、いずれのゲノムDNAを鋳型とした場合でも、プライマー−3及びプライマー−5を用いたPCRによってPCR産物が得られた。よって、全被験者のゲノムDNAが、第437番目の塩基がCであり、第441番目の塩基がTであり、第443番目の塩基がGであり、第444番目の塩基がCであり、第447番目の塩基がTであり、第449番目の塩基がCである、とタイピングされた。各PCR産物についてシークエンス解析したところ、表12に示すように、実施例8と同様の判定結果となった。但し、[A*32:01/A*24:04]のヘテロタイプ由来のゲノムDNAを用いた場合には、実施例1では(b)の塩基はCとGの2種類がタイピングされたが、本実施例では(b)の塩基はCの1種類のみタイピングされた。
Claims (8)
- HLA−A*24グループを判定する方法であって、
被験者のゲノムDNA中の、HLA遺伝子の開始コドンのA(アデニン)を第1番目として、(a)第211番目の塩基及び(b)第395番目の塩基のみのタイピング結果に基づいて判定することを特徴とする、HLA−A*24グループの判定方法。 - HLA−A*24グループを判定する方法であって、
被験者のゲノムDNA中の、HLA遺伝子の開始コドンのA(アデニン)を第1番目として、(a)第211番目の塩基と、(b)第395番目の塩基と、(c)第437番目の塩基、第441番目の塩基、第443番目の塩基、第444番目の塩基、第447番目の塩基、及び第449番目の塩基からなる群より選択される1以上の塩基とのタイピング結果に基づいて判定することを特徴とする、HLA−A*24グループの判定方法。 - 前記被験者のHLA型がHLA−A*24:02であるか否かを判定することを特徴とする請求項2に記載のHLA−A*24グループの判定方法。
- 少なくとも1のアリルにおいて、第211番目の塩基がC(シトシン)であり、第395番目の塩基がG(グアニン)であり、前記(c)の塩基について、第437番目の塩基を含む場合に当該塩基がCであり、第441番目の塩基を含む場合に当該塩基がT(チミン)であり、第443番目の塩基を含む場合に当該塩基がGであり、第444番目の塩基を含む場合に当該塩基がCであり、第447番目の塩基を含む場合に当該塩基がTであり、第449番目の塩基を含む場合に当該塩基がCである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*24:02であると判定することを特徴とする請求項3に記載のHLA−A*24グループの判定方法。
- 前記(a)及び(b)の塩基のタイピングを、シークエンス解析又は一塩基検出方法により行うことを特徴とする請求項1〜4のいずれか一項に記載のHLA−A*24グループの判定方法。
- 前記(c)の塩基のタイピングを、シークエンス解析又は一塩基検出方法により行うことを特徴とする請求項2〜5のいずれか一項に記載のHLA−A*24グループの判定方法。
- 前記(c)の塩基のタイピングを、配列番号7に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により、伸長産物が得られた場合に、第437番目の塩基がCであり、第441番目の塩基がTであり、第443番目の塩基がGであり、第444番目の塩基がCであり、第447番目の塩基がTであり、第449番目の塩基がCであるとタイピングすることを特徴とする請求項2〜5のいずれか一項に記載のHLA−A*24グループの判定方法。
- 配列番号7に示す塩基配列からなるHLA−A*24:02判定用プライマーを含むことを特徴とするHLA−A*24:02判定用キット。
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