JP6181742B2 - Hevアッセイ - Google Patents
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Description
(a)その生物学的試料中に存在する核酸を単離し;
(b)工程(a)において単離された核酸を1種類の非縮重順方向プライマーおよび少なくとも1種類の非縮重逆方向プライマーを用いて増幅し、ここでその順方向および逆方向プライマーはHEVの遺伝子型1、2、3、および4を増幅することができ、
ここでその順方向プライマーの核酸配列はSeq ID NO:6を含み、かつ1種類以上の逆方向プライマーの核酸配列はSEQ ID NO:7〜14から選択される配列を含む。
(a)その生物学的試料中に存在する核酸を単離し;
(b)工程(a)において単離された核酸を1種類の非縮重順方向プライマーおよび少なくとも1種類の非縮重逆方向プライマーを用いて増幅し、ここでその順方向および逆方向プライマーはHEVの遺伝子型1、2、3、および4を増幅することができ、
ここでその順方向プライマーの核酸配列はSeq ID NO:6を含み、かつ1種類以上の逆方向プライマーの核酸配列はSEQ ID NO:7〜14から選択される配列を含む。
1つの特定の態様において、その核酸は固相への結合により単離される。
本発明は、以下の工程を含む、生物学的試料中に存在する場合にHEVの遺伝子型1、2、3および/または4を同時に検出する方法にも関する:
(a)その試料中に存在する核酸を単離し;
(b)工程(a)において単離された核酸を1種類の非縮重順方向プライマーおよび少なくとも1種類の非縮重逆方向プライマーを用いて増幅し、ここでその順方向および逆方向プライマーはHEVの遺伝子型1、2、3、および4を増幅することができ、
ここでその順方向プライマーの核酸配列はSeq ID NO:6を含み、1種類以上の逆方向プライマーの核酸配列はSEQ ID NO:7〜14から選択される配列を含み、
そして
(c)工程(b)において得られた増幅された核酸を、その生物学的試料中のHEVの遺伝子型1、2、3および/または4の少なくとも1つの存在の指標として検出する。
用語“核酸を単離すること”は、溶解として知られる核酸の細胞またはウイルス粒子からの放出の後その核酸の濃縮(enrichment)を行うことに関する。そのような単離は増幅に関するその標的核酸のプライマーへの利用可能性を増大させ、その試料中に存在し得るその後の増幅反応の可能性のある阻害物質も除去する。1つの具体的な態様において、前記の核酸は固相への結合により単離される。核酸を結合させるための1つの有用な手順は、カオトロピック塩溶液中での核酸の例えば磁性粒子のような結合粒子のガラス表面への選択的結合およびその核酸の混入物質、例えばアガロース、タンパク質または細胞破壊片からの分離を伴う。一部の態様において、その粒子のガラスは国際公開第96/41811号において記載されているゲルゾルプロセスを用いて形成され、次いで乾燥および圧縮される。
ここで前記の工程(c)における接触は以下の工程を含む:
その増幅された標的核酸およびそのプローブの間の結合生成物を、その生物学的試料中のHEVの遺伝子型1、2、3および/または4の少なくとも1つの存在の指標として検出する。
1つの具体的な観点において、そのプローブはSEQ ID NO:15〜19もしくは25またはそれらの相補配列から選択される核酸配列を有する。これらのプローブのHEV遺伝子型の検出における性能を表4において示す。1つの具体的な態様において、そのプローブはSEQ ID NO:15〜18から選択される核酸配列を有する。さらなる具体的な態様において、そのプローブはSEQ ID NO:15および18から選択される核酸配列を有する。
Armored RNAをHEVのGT1、GT2、GT3およびGT4に関して当該技術で既知の方法により調製し、鋳型として用いた。
それぞれの試料(850ul)を3重(triplicate)の分析のためにピペットでディープウェルプレート中に入れた。試料を含有するそれぞれのウェルに、50ulの内部対照核酸を添加した。定性的対照の役目を果たす対照RNA(IC/QS)を添加した(300個のarmored粒子/試料)。
それぞれの対照核酸を以下の緩衝液中で保管した:
増幅に関して、50ulの総体積での以下の濃度の2種類の溶液R1およびR2を用いた:
R1:16.73mM MnOAc、pH6.1、および0.09%アジ化ナトリウムpH7.0。
以下のPCRプロフィールを用いた:
Claims (13)
- 生物学的試料中に存在する場合にHEVの遺伝子型1、2、3および/または4を同時に増幅するための方法であって、以下の工程:
(a)該生物学的試料中に存在する核酸を単離し;
(b)工程(a)において単離された核酸を1種類の非縮重順方向プライマーおよび2種類の非縮重逆方向プライマーの混合物を用いて増幅し、ここで該順方向および逆方向プライマーはHEVの遺伝子型1、2、3、および4を増幅することができる;
を含み、ここで該順方向プライマーの核酸配列はSEQ ID NO:6を含み、そして該逆方向プライマーの混合物の核酸配列はSEQ ID NO:13およびSEQ ID NO:14を含む、前記方法。 - 順方向プライマーの核酸配列がSEQ ID NO:6からなり、2種類の逆方向プライマーの混合物の核酸配列がSEQ ID NO:13およびSEQ ID NO:14からなる、請求項1に記載の方法。
- 前記の核酸が固相への結合により単離される、請求項1または2に記載の方法。
- さらに増幅された核酸をプローブと該プローブの該増幅された核酸への結合に十分な条件下で接触させることを含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- プローブが核酸配列SEQ ID NO:15〜19もしくは25またはそれらの相補配列の少なくとも22〜35個の連続したヌクレオチドを含む、請求項4に記載の方法。
- プローブの核酸配列がSEQ ID NO:15〜19もしくは25またはそれらの相補配列から選択される配列からなる、請求項4または5に記載の方法。
- プローブの核酸配列がSEQ ID NO:15〜18または25から選択される配列からなる、請求項6に記載の方法。
- 前記のプローブが該プローブの5’末端に連結された蛍光体およびクエンチャーを含み、蛍光体およびクエンチャーの間の間隔が少なくとも9ヌクレオチドを含む、請求項5〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 順方向プライマーおよび2種類の逆方向プライマーの混合物を含むプライマーのセットであって、該順方向プライマーの核酸配列がSEQ ID NO:6を含み、該逆方向プライマーの混合物の核酸配列がSEQ ID NO:13およびSEQ ID NO:14を含む、前記プライマーのセット。
- オリゴヌクレオチドのセットであって、前記のセットが請求項9に記載のプライマーのセットおよび1種類のプローブからなり、前記のプローブが核酸配列SEQ ID NO:15〜19もしくは25またはそれらの相補配列の少なくとも20個の連続したヌクレオチドを含む、前記オリゴヌクレオチドのセット。
- 前記のプローブが該プローブの5’末端に連結された蛍光体およびクエンチャーを含み、蛍光体およびクエンチャーの間の間隔が少なくとも9ヌクレオチドを含む、請求項10に記載のオリゴヌクレオチドのセット。
- 生物学的試料中に存在する場合に遺伝子型1、2、3および/または4を同時に検出するための、請求項9〜11のいずれか1項に記載のプライマーまたはオリゴヌクレオチドのセットの使用。
- 鋳型依存性DNAポリメラーゼ、ヌクレオチドおよび請求項9〜11のいずれか1項に記載のプライマーまたはオリゴヌクレオチドのセットを含むキット。
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