JP6148428B2 - コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション - Google Patents
コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション Download PDFInfo
- Publication number
- JP6148428B2 JP6148428B2 JP2008547548A JP2008547548A JP6148428B2 JP 6148428 B2 JP6148428 B2 JP 6148428B2 JP 2008547548 A JP2008547548 A JP 2008547548A JP 2008547548 A JP2008547548 A JP 2008547548A JP 6148428 B2 JP6148428 B2 JP 6148428B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sample
- particle
- nucleic acid
- label
- particles
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 title claims description 52
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 title description 5
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 262
- 239000002245 particle Substances 0.000 claims description 213
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 119
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 88
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 86
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 60
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 40
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 37
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 37
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 30
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 30
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 30
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 29
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 27
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 claims description 21
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 20
- 239000013074 reference sample Substances 0.000 claims description 20
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 19
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 18
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 18
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 17
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 16
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 15
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 claims description 12
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 12
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 claims description 11
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 10
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims description 9
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims description 9
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 claims description 8
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 claims description 6
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 5
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 claims description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 3
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 claims description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 claims 3
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 claims 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 claims 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 claims 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 49
- 210000004436 artificial bacterial chromosome Anatomy 0.000 description 35
- FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 3-(dimethylamino)propyliminomethylidene-ethylazanium;chloride Chemical compound Cl.CCN=C=NCCCN(C)C FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 19
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 16
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 14
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 13
- QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M (4z)-1-(3-methylbutyl)-4-[[1-(3-methylbutyl)quinolin-1-ium-4-yl]methylidene]quinoline;iodide Chemical compound [I-].C12=CC=CC=C2N(CCC(C)C)C=CC1=CC1=CC=[N+](CCC(C)C)C2=CC=CC=C12 QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 9
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 9
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 9
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 9
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 9
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 8
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 8
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 8
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 8
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 8
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 8
- UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 2,4-dinitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 101100384865 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) cot-1 gene Proteins 0.000 description 7
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 7
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 7
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 7
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 7
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 7
- LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide Chemical compound CCN=C=NCCCN(C)C LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 6
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 6
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 6
- 208000024191 minimally invasive lung adenocarcinoma Diseases 0.000 description 6
- 239000000047 product Substances 0.000 description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 5
- 239000007987 MES buffer Substances 0.000 description 5
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 5
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 5
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 5
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 5
- -1 mRNA Chemical class 0.000 description 5
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 5
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 5
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 5
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 239000011888 foil Substances 0.000 description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 4
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 4
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 4
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 4
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 4
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 3
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101000987017 Homo sapiens Tumor protein p53-inducible protein 11 Proteins 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 3
- 102100027873 Tumor protein p53-inducible protein 11 Human genes 0.000 description 3
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 3
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 3
- 238000007837 multiplex assay Methods 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 3
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 3
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 3
- 238000003260 vortexing Methods 0.000 description 3
- YOOSAIJKYCBPFW-UHFFFAOYSA-N 3-[4-(3-aminopropoxy)butoxy]propan-1-amine Chemical compound NCCCOCCCCOCCCN YOOSAIJKYCBPFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 2
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 2
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 2
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 2
- 150000001615 biotins Chemical class 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 2
- 230000009274 differential gene expression Effects 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100021986 Apoptosis-stimulating of p53 protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 102100023932 Bcl-2-like protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 102100024967 Caspase recruitment domain-containing protein 14 Human genes 0.000 description 1
- 102100024974 Caspase recruitment domain-containing protein 8 Human genes 0.000 description 1
- 102100038918 Caspase-6 Human genes 0.000 description 1
- 241000700199 Cavia porcellus Species 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000032170 Congenital Abnormalities Diseases 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 1
- 102100038252 Cyclin-G1 Human genes 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 102100038023 DNA fragmentation factor subunit beta Human genes 0.000 description 1
- 102100031149 Deoxyribonuclease gamma Human genes 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 102100029782 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I Human genes 0.000 description 1
- 101710109054 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I Proteins 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 102100035129 Forkhead box protein K2 Human genes 0.000 description 1
- 101710088031 Forkhead box protein K2 Proteins 0.000 description 1
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 1
- 208000032612 Glial tumor Diseases 0.000 description 1
- 206010018338 Glioma Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000752711 Homo sapiens Apoptosis-stimulating of p53 protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000904691 Homo sapiens Bcl-2-like protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000761167 Homo sapiens Caspase recruitment domain-containing protein 14 Proteins 0.000 description 1
- 101000761247 Homo sapiens Caspase recruitment domain-containing protein 8 Proteins 0.000 description 1
- 101000741087 Homo sapiens Caspase-6 Proteins 0.000 description 1
- 101000884191 Homo sapiens Cyclin-G1 Proteins 0.000 description 1
- 101000950965 Homo sapiens DNA fragmentation factor subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 101000845618 Homo sapiens Deoxyribonuclease gamma Proteins 0.000 description 1
- 101000840572 Homo sapiens Insulin-like growth factor-binding protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000840566 Homo sapiens Insulin-like growth factor-binding protein 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000693844 Homo sapiens Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit Proteins 0.000 description 1
- 101000598002 Homo sapiens Interferon regulatory factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000853009 Homo sapiens Interleukin-24 Proteins 0.000 description 1
- 101001033279 Homo sapiens Interleukin-3 Proteins 0.000 description 1
- 101001027621 Homo sapiens Kinesin-like protein KIF20A Proteins 0.000 description 1
- 101000764535 Homo sapiens Lymphotoxin-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000583702 Homo sapiens Pleckstrin homology-like domain family A member 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000617546 Homo sapiens Presenilin-2 Proteins 0.000 description 1
- 101001089266 Homo sapiens Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000838456 Homo sapiens Tubulin alpha-1B chain Proteins 0.000 description 1
- 101000830568 Homo sapiens Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000597779 Homo sapiens Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 Proteins 0.000 description 1
- 101000610602 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10C Proteins 0.000 description 1
- 101000801255 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 Proteins 0.000 description 1
- 101001087422 Homo sapiens Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 Proteins 0.000 description 1
- 101000610557 Homo sapiens U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 Proteins 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 102100029224 Insulin-like growth factor-binding protein 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100029225 Insulin-like growth factor-binding protein 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100025515 Insulin-like growth factor-binding protein complex acid labile subunit Human genes 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 102100036981 Interferon regulatory factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101800003050 Interleukin-16 Proteins 0.000 description 1
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 102100036671 Interleukin-24 Human genes 0.000 description 1
- 102100039064 Interleukin-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100037694 Kinesin-like protein KIF20A Human genes 0.000 description 1
- 241000270322 Lepidosauria Species 0.000 description 1
- 101001089108 Lotus tetragonolobus Anti-H(O) lectin Proteins 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 102100026238 Lymphotoxin-alpha Human genes 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 108090000770 Neuropilin-2 Proteins 0.000 description 1
- 102000004213 Neuropilin-2 Human genes 0.000 description 1
- 241001165050 Ocala Species 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 241001504519 Papio ursinus Species 0.000 description 1
- 241000009328 Perro Species 0.000 description 1
- 102100030926 Pleckstrin homology-like domain family A member 2 Human genes 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 102100022036 Presenilin-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100026884 Pro-interleukin-16 Human genes 0.000 description 1
- 102100028772 Proline dehydrogenase 1, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 102100033729 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 Human genes 0.000 description 1
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 101001109965 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) 60S ribosomal protein L7-A Proteins 0.000 description 1
- 101001109960 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) 60S ribosomal protein L7-B Proteins 0.000 description 1
- 229910052772 Samarium Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 208000024313 Testicular Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 102100028969 Tubulin alpha-1B chain Human genes 0.000 description 1
- 102100024595 Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100035283 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 Human genes 0.000 description 1
- 102100040115 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10C Human genes 0.000 description 1
- 102100033726 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 Human genes 0.000 description 1
- 102100033014 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 Human genes 0.000 description 1
- 102100040118 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 Human genes 0.000 description 1
- 210000001766 X chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 210000002593 Y chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 210000004507 artificial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 210000001106 artificial yeast chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 239000012131 assay buffer Substances 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000003431 cross linking reagent Substances 0.000 description 1
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 239000002274 desiccant Substances 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 1
- 238000000295 emission spectrum Methods 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 238000000695 excitation spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 1
- 238000001997 free-flow electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 238000003633 gene expression assay Methods 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 102000006602 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000001926 lymphatic effect Effects 0.000 description 1
- 230000005389 magnetism Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 208000025189 neoplasm of testis Diseases 0.000 description 1
- 230000036963 noncompetitive effect Effects 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 238000007826 nucleic acid assay Methods 0.000 description 1
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 1
- 230000003169 placental effect Effects 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 238000011176 pooling Methods 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 1
- 108020004930 proline dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- KZUNJOHGWZRPMI-UHFFFAOYSA-N samarium atom Chemical compound [Sm] KZUNJOHGWZRPMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
- 239000002002 slurry Substances 0.000 description 1
- 210000000813 small intestine Anatomy 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 201000003120 testicular cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 description 1
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 238000003828 vacuum filtration Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6841—In situ hybridisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
本願は、2005年12月23日に出願された米国出願第60/753,584号、2005年12月23日に出願された米国出願第60/753,822号、2006年2月3日に出願された米国出願第60/765,311号、および2006年2月3日に出願された米国出願第60/765,355号に対する優先権を主張する。これらの各々の内容は、本明細書中に参考として援用される。
比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)は、ゲノム量を評価する方法である。CGHは、例えば、先天性異常、遺伝性疾患および癌を分析するのに使用することができる。
本発明者らは、複数の試料を同時に評価するため、コードされた粒子を用いてゲノム量を評価する方法を発見した。いくつかの実施形態では、ゲノム量の差は、例えば、分析用DNAおよび参照DNAを単一の混合物に合わせることなく、未知の試料からのDNAおよび参照DNAを同時に評価して検出することができる。分析用DNAおよび参照DNAは、互いに別個のままである。複数の試料を、例えば、単一の標識により評価することができる。いくつかの他の実施形態では、単一の検出標識を使用して、分析用DNAおよび参照DNAを同一の混合物中で比較してゲノム量の差を検出する。分析用DNAおよび参照DNAは、例えば、異なる直接または間接標識を有することができる。該方法はまた、遺伝子発現分析のように、他の核酸、例えば、mRNAを評価するのに使用することもできる。
多重核酸アッセイは、効率的および経済的な設計特性により大幅に容易になる。本明細書に記載の通り、単一標識の検出は、大型多重アッセイを実施するのに使用することができる。該アッセイは、異なる粒子セットからの小粒子の混合物を利用する。各粒子セットは、多数のコードされた粒子、および特定のゲノム遺伝子座またはRNAなど特定の標的に対する1つの核酸ハイブリダイゼーションプローブを含有する。異なるセットからの粒子は、複数の異なる標的に対するプローブを集合的に含む混合物を提供するのに併用することができる。
核酸量、例えば、ゲノム量を評価するのに、様々な異なるタイプの粒子を使用することができる。粒子は、いかなる形(例えば、円筒形、球形など)、大きさ、組成、または生理化学的特性であってよい。粒子の大きさまたは組成は、例えば、粒子孔径を有するフィルター上でまたはいくつかの他の物理的特性、例えば、磁性により、粒子を液体から分離できるように選択することができる。
粒子は、一般に、適用に応じて、1つの特定の染色体遺伝子座または遺伝子に特異的なプローブを有する。例えば、プローブは、クローン化DNA(例えば、BACまたは酵母人工染色体または他のソースのクローン化DNA)、増幅DNA、またはオリゴヌクレオチドから調製することができる。一般に、判定可能な配列の任意の核酸源を使用することができる。プローブは、粒子に固定化される(例えば、多孔性粒子では表面、または内部および/もしくは外部表面)。
試料標識。例えば、分析用のゲノムDNAなどの試料DNAを標識するには、様々な方法を用いることができる。標識は、少なくともいくつかの修飾ヌクレオチド、例えば、ビオチン、ジゴキシゲニン、フルオレセイン、またはシアニン修飾ヌクレオチドを含むヌクレオチドによる重合により導入することができる。いくつかの実施形態では、標識は、ランダムプライミングおよび重合により導入される。他の例には、ニックトランスレーション(Roche Applied Science社、インディアナポリス IN;Invitrogen社、カールスバッド CA)および化学標識(Kreatech ULS社、アムステルダム NL)が挙げられる。一般に、ゲノムDNA試料の標識に適した任意の標識方法が使用され得る。
ハイブリダイゼーションの程度を示すシグナルは、粒子ごとに、1つまたは複数の検出可能な標識からのシグナルを評価して検出することができる。粒子は、典型的には個別に評価される。例えば、粒子は、フローサイトメーターに通すことができる。例示的フローサイトメーターには、Coulter Elite−ESPフローサイトメーター、またはBeckman Coulter,Inc.社(フラートン CA)から入手可能なFACScan(商標)フローサイトメーター、およびCytomation,Inc.社、フォートコリンズ、コロラド州から入手可能なMOFLO(商標)フローサイトメーターが挙げられる。フローサイトメトリーに加えて、微粒子を分離および分類する機器として遠心分離機を使用してもよい。適切なシステムは、米国特許第5,926,387号に記載されているシステムである。フローサイトメトリーおよび遠心分離に加えて、微粒子を分離および分類する機器としてフリーフロー電気泳動装置を使用してもよい。適切なシステムは、米国特許第4,310,408号に記載されているシステムである。粒子を、表面に置いて走査または画像化してもよい。
本明細書に記載されたゲノム評価方法は、診断学および法医学を含む、様々な適用を有する。例えば、該方法は、成人、生殖細胞、胎盤細胞、または胎児細胞のゲノム量を判定するのに使用することができる。細胞は、任意の種由来であってよいが、典型的には2倍体種または高い倍数性を有する種由来である。例えば、細胞は植物(例えば、作物)または動物(例えば、ヒトまたは家畜)由来であってよい。
この例示的レシオメトリックアッセイでは、粒子を、単一の標識により同時に複数の試料について評価するのに使用する。例えば、異なる試料は、2つの別々のマイクロプレートウェルなど、別々の容器に入れる。1つまたは複数の対照試薬は、2試料間の結果を正規化するのに各容器において使用する。
図8から10は、例示的参照アッセイの結果を示す。図8は、間接標識としてのビオチンおよびフルオレセインにより、LUMINEX(登録商標)プラットフォームで行われた10の5乗のBAC−CGHアッセイの特異度および感度を示す。アミノ酸表面に対するカルボキシル化ビーズ表面を最初に修飾し、次いで1−エチル−3−[3−ジメチルアミノプロピル]カルボジイミド塩酸塩(EDCまたはEDAC化学)を用いてBAC断片の5’末端をビーズに固定化することで、まず、5つのBACそれぞれからの断片化DNAを5セットのLUMINEXビーズに固定化した。次いで、それぞれが異なるLUMINEXビーズIDすなわち「領域」を有する、6つのビーズセットを、1つの多重ビーズセットにプールした。これらのステップを以下に詳述する。
1.LUMINEXスタンドード輸送/保管用バイアルから6つのビーズ領域(24、46、47、56、68および79)250μl(2.5×106ビーズ)を、シリコン処理した200μlピペットチップを用いて6つの別々の1.5mlエッペンドルフチューブに分注した。
1.6つのビーズ領域それぞれの0.5×106アミノビーズ(50μl)を1.5mlエッペンドルフチューブに等分し、ボルテックスし超音波処理した。
1.固定化したBACおよびCot−1対照プローブを有するビーズの6チューブそれぞれをボルテックスし超音波処理した。各ビーズチューブからのアリコートを推定ビーズ収量2,500ビーズ/μlを有する新たなチューブに等分した。
10μlのビオチンdCTP
6.5μlのKlenow(Invitrogen社、カールスバッド CA)
合計32.5μl
5.マスターミックス10μlを各チューブに添加し、10秒間遠心分離し、それぞれを37℃で2時間インキュベートした。
1.標識した試料の4つの希釈シリーズを1.5mlのマイクロ遠心分離チューブにおいて作製した。同じ標識希釈物の逆数ペアを混合して以下の8試料を形成した。
1 0.039ng + 6.25ng
2 0.078ng + 3.12ng
3 0.156ng + 1.56ng
4 0.31ng + 0.78ng
5 0.78ng + 0.31ng
6 1.56ng + 0.156ng
7 3.12ng + 0.078ng
8 6.25ng + 0.039ng
2.標識した試料の容量をSpeedVac(商標)(Kendro Laboratory Products社、ThermoElectron Corp社、アッシュビル NC)で凍結乾燥(dry down)した。上記のように調製した加温した多重ビーズミックス10μlを添加した。ピペットで混合し、ヒーターブロックで98℃にて2分間変性させた。
図10は、間接標識ゲノムDNA試料に関する、上述した同一の多重ビーズセットを用いた、10の5乗のCGHアッセイの結果を示す。ゲノムDNA試料(ヒトゲノムDNA:男性;Promega Corporation社、マジソン WI)を2つのアリコートに分けた。一方のアリコートをフルオレセインで間接標識し、他方は、上述のBioPrime(商標)を用いてビオチンで間接標識して2つの間接標識試料を作製した。2つの間接標識試料を次いで混合し、多重ビーズセットに対して共に競合アッセイした。間接標識による競合アッセイ後、ビーズセットを分け、一方のアリコートを抗フルオレセイン−フィコエリトリンで二次標識し、他方はストレプトアビジン−フィコエリトリンで二次標識した。これらの二次標識ビーズセットのそれぞれを、次いでLUMINEX xMAP 200(商標)システムで読み取った。結果のデータは、再び、図10の「同一対同一」散布図としてフォーマットする。図9に示した意図的に構築された希釈シリーズと同様、ゲノムDNAの分割した試料からのデータは、図の対角線にピタリと一致する。
本発明の別の態様を説明する例示的アッセイでは、合成の70−merアミン修飾オリゴヌクレオチドプローブ(Operon Biotechnologies社、ハンツビル AL)をLuminex多重ビーズに固定化し、参照およびテスト試料が同じウェルにない場合は単色アッセイを実施した。この実験は17個の異なるプローブを利用した。このうち4個は、下の表に詳述の通り、XおよびY染色体上の遺伝子座を表す5つのオリゴヌクレオチドをプールまたは組み合わせたセットであった。この多重プローブセットにより、男性および女性のDNAを区別する実証アッセイを実施した。
多重示差的遺伝子発現は、一般に、2つのフルオロフォアアッセイにより、プリントマイクロアレイで実施される。このタイプのアッセイでは、2つのRNA試料(参照およびテストする試料)が、標識されたヌクレオチドの存在下で逆転写酵素によりcDNAに酵素的に転換される。cDNA産物は、故に蛍光標識されたヌクレオチド画分を有し、これにより光学的に検出することができる。各試料は、2つの異なるフルオロフォア(典型的にはシアニン3およびシアニン5)により別々に標識され、標識された試料はプールされ、マイクロアレイに競合的にハイブリダイズされる。蛍光走査装置で検出された、マイクロアレイの各要素での2つの色素の比は、故にそれぞれの試料のアッセイされたRNA配列それぞれの相対濃度を示す。
Claims (39)
- 複数のゲノムDNA試料を同時に評価する方法であって、
複数のDNA試料を提供することであって、該複数のDNA試料のうちの少なくとも1つが、検討する各ゲノム遺伝子座に対する既知のコピー数を含む参照試料であり、該複数のDNA試料のうちの少なくとも1つが、未知の試料からのゲノムDNA試料であることと、
粒子混合物を提供することであって、該粒子混合物は、異なる粒子セットからの粒子を含み、ここで、各粒子セットは、多数のコードされた粒子を含有し、1つのセット内の各粒子が(i)同一のコードおよび(ii)特定のゲノム遺伝子座に対する核酸ハイブリダイゼーションプローブを含有し、異なる粒子セットの各々が、異なるゲノム遺伝子座に対して特異的であり、その結果、該粒子混合物は、複数の異なるゲノム遺伝子座に対するプローブを集合的に含み、各々の核酸ハイブリダイゼーションプローブがクローン化BAC核酸を使用して作製されることと、
該未知の試料からの該少なくとも1つのゲノムDNA試料と、該少なくとも1つの参照DNA試料を検出可能な標識で標識することと、
ハイブリダイゼーション条件下で該粒子混合物の一部分に該標識された試料の各々を、該一部分を撹拌することにより接触させることと、
各々の撹拌された一部分の該粒子を該撹拌された一部分の液体から分離し、分離された粒子混合物を提供することと、
(i)該コードされた粒子のコードおよび(ii)該検出可能な標識をモニタリングすることにより該分離された粒子混合物のそれぞれの一部分中の粒子に対する該標識されたゲノムDNA試料の各々および該標識された参照ゲノムDNA試料のハイブリダイゼーションを評価することであって、ここで、該検出可能な標識のモニタリングからのシグナルは、検討する各ゲノム遺伝子座のコピー数を示すことと
を含む方法。 - 単一の検出可能な標識が使用される、請求項1に記載の方法。
- 前記検出可能な標識が分光法により検出できる、請求項1に記載の方法。
- 前記検出可能な標識がフィコエリトリンを含む、請求項3に記載の方法。
- 前記クローン化BAC核酸がヒトゲノムDNAセグメントを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記クローン化BAC核酸がヒト以外のゲノムDNAセグメントを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸ハイブリダイゼーションプローブが、特定の染色体遺伝子座に特異的なオリゴヌクレオチドのコレクションを含む、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも20個の異なる粒子セットが、少なくとも20個の異なるゲノム遺伝子座を評価するのに使用される、請求項1に記載の方法。
- 複数のDNA試料のうち少なくとも1つの試料が、検討する各ゲノム遺伝子座を既知のコピー数で有する参照試料であり、前記方法が、該参照試料のモニタリングからのシグナルを他の試料からのシグナルと比較して、該試料の検討する各ゲノム遺伝子座のコピー数を判定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 各試料が第1の間接標識で標識され、および各試料が第2の間接標識で標識された参照DNAと合わせられる、請求項1に記載の方法。
- 前記参照DNAが、検討する各ゲノム遺伝子座を既知のコピー数で有する参照源からのゲノムDNAである、請求項10に記載の方法。
- 前記第1の間接標識がフルオレセインであり、前記第2の間接標識がビオチンである、請求項10に記載の方法。
- 前記評価することが、(i)前記試料の第1の一部分に、単一の標識、および前記第1の間接標識を結合する薬剤を含む第1部分を結合することと、(ii)該試料の第2の一部分に、単一の標識、および前記第2の間接標識を結合する薬剤を含む第2部分を結合することとを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1部分が、ストレプトアビジンおよびフィコエリトリンを含み、前記第2部分が、抗フルオレセインおよびフィコエリトリンを含む、請求項13に記載の方法。
- 各試料が、マルチコンパートメントデバイスの異なるコンパートメント中にある、請求項1に記載の方法。
- 各試料が、マルチウェルプレートの異なるウェル中にある、請求項15に記載の方法。
- 少なくとも100個の粒子が、各ゲノム試料の異なる粒子セットの各々から評価される、請求項1に記載の方法。
- 複数の異なる染色体遺伝子座でのヘテロ接合性が検出できる、請求項1に記載の方法。
- 染色体増幅が検出できる、請求項1に記載の方法。
- 染色体のヘテロ接合性欠失が検出できる、請求項1に記載の方法。
- 染色体のホモ接合性欠失が検出できる、請求項1に記載の方法。
- ハイブリダイゼーション条件下での接触後、前記粒子がポリメラーゼに接触しない、請求項1に記載の方法。
- ハイブリダイゼーション条件下での接触後、前記粒子が酵素に接触しない、請求項1に記載の方法。
- 請求項1に記載の方法であって、標識されていない追加のゲノムDNA試料を用いることをさらに含み、そして、該方法が、標識プローブを該標識されていないゲノム試料にハイブリダイズすることをさらに含み、ここで、前記ゲノム遺伝子座が該試料に存在する場合、試料核酸鎖への該標識プローブのハイブリダイゼーションおよび該粒子に結合した該核酸ハイブリダイゼーションプローブへの該試料核酸鎖のハイブリダイゼーションにより形成された複合体によって該標識プローブが該粒子に固定化されるように、粒子に結合した前記核酸ハイブリダイゼーションプローブの各々について、1つの標識プローブが同一のゲノム遺伝子座の遺伝的連鎖部位にハイブリダイズする、方法。
- 前記標識プローブが、前記粒子に結合した前記核酸プローブに対して前記ゲノムDNA試料がハイブリダイズするのと同時にハイブリダイズされる、請求項24に記載の方法。
- 前記標識プローブが、前記粒子に結合した前記核酸プローブに対して前記ゲノムDNA試料がハイブリダイズした後にハイブリダイズされる、請求項24に記載の方法。
- 1つのソースからのゲノムDNAを間接標識で標識してゲノムDNA試料を提供することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 1つのソースからのゲノムDNAを前記単一の標識で標識してゲノムDNA試料を提供することをさらに含む、請求項2に記載の方法。
- 前記ゲノムDNA試料のすべてが前記単一の標識で標識される、請求項2に記載の方法。
- 未知のゲノム含量を有するゲノムDNA試料のすべてが同一の間接標識で標識される、請求項1に記載の方法。
- ゲノムDNA試料の大部分が同一の間接標識で標識される、請求項1に記載の方法。
- ハイブリダイゼーションを評価する前に前記粒子を攪拌することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記粒子が、ホログラフ的にコードされるか、または前記単一の検出標識のスペクトルと分離可能なスペクトルを有する蛍光色素によりコードされる、請求項2に記載の方法。
- 前記粒子が常磁性ビーズである、請求項1に記載の方法。
- 単一の検出可能な標識を用いて複数のゲノムDNAを同時に評価方する法であって、
少なくとも1つの参照DNA試料および複数のゲノムDNA試料を提供することであって、ここで該試料の各々が同一の検出可能な標識で標識されており、該複数のゲノムDNA試料が未知の試料由来であることと、
粒子混合物を提供することであって、該粒子混合物は、異なる粒子セットからの粒子を含み、ここで、各粒子セットは、多数のコードされた粒子を含有し、1つのセット内の各粒子が(i)同一のコードおよび(ii)特定のゲノム遺伝子座に対する核酸ハイブリダイゼーションプローブを含有し、異なる粒子セットの各々が、異なるゲノム遺伝子座に対して特異的であり、その結果、該粒子混合物は、複数の異なるゲノム遺伝子座に対するプローブを集合的に含み、各々の核酸ハイブリダイゼーションプローブがクローン化BAC核酸を使用して作製されることと、
ハイブリダイゼーション条件下で該粒子混合物の一部分に該標識されている試料のそれぞれを接触させることであって、各試料は別々の容器において、該別々の容器中の該一部分を撹拌することにより該粒子混合物に接触することと、
別々の容器の各々について、各々の撹拌された一部分の該粒子を該撹拌された一部分の液体から分離し、分離された粒子混合物を提供することと、
該検出可能な標識をモニタリングすることにより該各々の分離された粒子混合物のそれぞれの一部分中の粒子に対する標識されている各試料のハイブリダイゼーションを評価することであって、ここで、該検出可能な標識のモニタリングからのシグナルは、検討する各ゲノム遺伝子座のコピー数を示すことと
を含む方法。 - 単一の検出可能な標識を用いて複数の核酸試料を同時に評価する方法であって、
第1の間接標識で標識された少なくとも1つの参照核酸試料、および各テスト試料が第2の間接標識で標識され、少なくとも1つのテスト試料が未知の試料由来である、複数のテスト核酸試料を提供することと、
粒子混合物を提供することであって、該粒子混合物は、異なる粒子セットからの粒子を含み、ここで、各粒子セットは、多数のコードされた粒子を含有し、1つのセット内の各粒子が(i)同一のコードおよび(ii)特定の標的に対する核酸ハイブリダイゼーションプローブを含有し、異なる粒子セットの各々が、異なる標的に対して特異的であり、その結果、該粒子混合物は、複数の異なる標的に対するプローブを集合的に含み、各々の核酸ハイブリダイゼーションプローブがクローン化BAC核酸を使用して作製されることと、
ハイブリダイゼーション条件下で該粒子混合物の一部分に該テスト試料の各々および参照試料を接触させることであって、ここで、各テスト試料は、別々の容器中で該粒子混合物および該参照試料に接触することであって、該接触することが該粒子混合物および該標識された試料を撹拌することにより行われることと、
各テスト試料の第1の一部分に、該単一の検出可能な標識、および該第1の間接標識を結合する薬剤を含む第1部分を結合することと、
各テスト試料の第2の一部分に、該単一の検出可能な標識、および該第2の間接標識を結合する薬剤を含む第2部分を結合することと、
該第1の一部分における該接触させた粒子混合物の該粒子を、該接触させた粒子混合物の液体から分離し、分離された第1の一部分を提供することと、
該第2の一部分における該接触させた粒子混合物の該粒子を、該接触させた粒子混合物の液体から分離し、分離された第2の一部分を提供することと、
該別々の容器における該参照試料の該粒子を、該別々の容器における液体から分離し、分離された参照試料を提供することと、
該試料の該分離された第1の一部分における該単一の検出可能な標識をモニタリングし、該試料の該分離された第2の一部分における該単一の検出可能な標識をモニタリングすることにより各テスト試料を評価することであって、ここで、該単一の検出可能な標識のモニタリングからのシグナルは、各標的のコピー数を示すことと、
各テスト試料について、該分離された第1の一部分における該単一の検出可能な標識からのシグナルを、該分離された第2の一部分における該単一の検出可能な標識からのシグナルと比較して、該分離された参照試料に対する該テスト試料中のプローブのコピー数の指標を得ることと
を含む方法。 - 各々の核酸ハイブリダイゼーションプローブが前記クローン化BAC核酸を超音波処理するかまたは断片化することによって作製される、請求項1に記載の方法。
- 各々の核酸ハイブリダイゼーションプローブが前記クローン化BAC核酸を超音波処理するかまたは断片化することによって作製される、請求項35に記載の方法。
- 各々の核酸ハイブリダイゼーションプローブが前記クローン化BAC核酸を超音波処理するかまたは断片化することによって作製される、請求項36に記載の方法。
Applications Claiming Priority (9)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US75358405P | 2005-12-23 | 2005-12-23 | |
US75382205P | 2005-12-23 | 2005-12-23 | |
US60/753,584 | 2005-12-23 | ||
US60/753,822 | 2005-12-23 | ||
US76535506P | 2006-02-03 | 2006-02-03 | |
US76531106P | 2006-02-03 | 2006-02-03 | |
US60/765,311 | 2006-02-03 | ||
US60/765,355 | 2006-02-03 | ||
PCT/US2006/048801 WO2007075894A2 (en) | 2005-12-23 | 2006-12-22 | Comparative genomic hybridization on encoded multiplex particles |
Related Child Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2012219508A Division JP2012254099A (ja) | 2005-12-23 | 2012-10-01 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
JP2016085005A Division JP2016136967A (ja) | 2005-12-23 | 2016-04-21 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009521221A JP2009521221A (ja) | 2009-06-04 |
JP2009521221A5 JP2009521221A5 (ja) | 2009-09-10 |
JP6148428B2 true JP6148428B2 (ja) | 2017-06-14 |
Family
ID=38218614
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008547548A Active JP6148428B2 (ja) | 2005-12-23 | 2006-12-22 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
JP2012219508A Withdrawn JP2012254099A (ja) | 2005-12-23 | 2012-10-01 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
JP2015082211A Pending JP2015128453A (ja) | 2005-12-23 | 2015-04-14 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
JP2016085005A Pending JP2016136967A (ja) | 2005-12-23 | 2016-04-21 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
Family Applications After (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2012219508A Withdrawn JP2012254099A (ja) | 2005-12-23 | 2012-10-01 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
JP2015082211A Pending JP2015128453A (ja) | 2005-12-23 | 2015-04-14 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
JP2016085005A Pending JP2016136967A (ja) | 2005-12-23 | 2016-04-21 | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20070166739A1 (ja) |
EP (2) | EP2508622B1 (ja) |
JP (4) | JP6148428B2 (ja) |
CN (1) | CN101384732B (ja) |
AU (1) | AU2006331607B2 (ja) |
BR (1) | BRPI0620420B1 (ja) |
CA (1) | CA2634447C (ja) |
MX (1) | MX2008008079A (ja) |
WO (1) | WO2007075894A2 (ja) |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7709544B2 (en) | 2005-10-25 | 2010-05-04 | Massachusetts Institute Of Technology | Microstructure synthesis by flow lithography and polymerization |
US20090104613A1 (en) * | 2005-12-23 | 2009-04-23 | Perkinelmer Las, Inc. | Methods and compositions relating to multiplexed genomic gain and loss assays |
US7932037B2 (en) * | 2007-12-05 | 2011-04-26 | Perkinelmer Health Sciences, Inc. | DNA assays using amplicon probes on encoded particles |
US20100009373A1 (en) * | 2005-12-23 | 2010-01-14 | Perkinelmer Health Sciences, Inc. | Methods and compositions relating to multiplex genomic gain and loss assays |
JP5560039B2 (ja) * | 2006-10-05 | 2014-07-23 | マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー | ハイスループット分析のための多機能のコード化された粒子 |
JP5504587B2 (ja) * | 2008-05-27 | 2014-05-28 | 東レ株式会社 | 分析用チップ |
KR101932628B1 (ko) | 2010-06-07 | 2018-12-27 | 파이어플라이 바이오웍스, 인코포레이티드 | 후혼성 표지화 및 범용 코드화에 의한 핵산 검출 및 정량화 |
US9568425B2 (en) * | 2011-02-01 | 2017-02-14 | Dna Medicine Institute, Inc. | Multicoded analytical nanostrips |
JPWO2013069749A1 (ja) * | 2011-11-10 | 2015-04-02 | 興和株式会社 | 生物由来の生理活性物質の測定方法 |
US11391735B2 (en) * | 2017-09-06 | 2022-07-19 | AimPlex Biosciences, Inc. | Methods for improving the dynamic range of biological assays |
EP4334706A1 (en) * | 2021-05-05 | 2024-03-13 | Singular Genomics Systems, Inc. | Multiomic analysis device and methods of use thereof |
Family Cites Families (40)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US508545A (en) * | 1893-11-14 | Administratrix op isaac | ||
US563535A (en) | 1896-07-07 | Paul a | ||
US4310408A (en) | 1980-02-20 | 1982-01-12 | Mcdonnell Douglas Corporation | Electrophoresis chamber |
US4499052A (en) | 1982-08-30 | 1985-02-12 | Becton, Dickinson And Company | Apparatus for distinguishing multiple subpopulations of cells |
SE458968B (sv) | 1987-06-16 | 1989-05-22 | Wallac Oy | Biospecifikt analysfoerfarande foer flera analyter i vilket ingaar partikelraekning och maerkning med fluorescerande maerksubstanser |
US5670314A (en) | 1994-02-22 | 1997-09-23 | Regents Of The University Of California | Genetic alterations that correlate with lung carcinomas |
US5830645A (en) * | 1994-12-09 | 1998-11-03 | The Regents Of The University Of California | Comparative fluorescence hybridization to nucleic acid arrays |
US5635351A (en) | 1995-03-14 | 1997-06-03 | The Regents Of The University Of California | Genetic gain and loss in gliomas |
US5926387A (en) | 1995-06-30 | 1999-07-20 | Beckman Instruments, Inc. | Ultracentrifuge operation by computer system |
US5981180A (en) | 1995-10-11 | 1999-11-09 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
AU730633B2 (en) * | 1996-05-29 | 2001-03-08 | Phillip Belgrader | Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions |
US6277563B1 (en) | 1997-01-16 | 2001-08-21 | The Regents Of The University Of California | Genetic alterations associated with cancer |
WO1998035012A2 (en) * | 1997-02-12 | 1998-08-13 | Chan Eugene Y | Methods and products for analyzing polymers |
US6048695A (en) | 1998-05-04 | 2000-04-11 | Baylor College Of Medicine | Chemically modified nucleic acids and methods for coupling nucleic acids to solid support |
US6268147B1 (en) * | 1998-11-02 | 2001-07-31 | Kenneth Loren Beattie | Nucleic acid analysis using sequence-targeted tandem hybridization |
JP3628614B2 (ja) * | 1999-03-15 | 2005-03-16 | アプレラ コーポレイション | 多重核酸検出のためのプローブ/移動度モディファイア複合体 |
ATE412184T1 (de) | 1999-08-17 | 2008-11-15 | Luminex Corp | Verfahren zur analyse einer mehrzahl von proben verschiedenen ursprungs auf einen analyten |
KR100385714B1 (ko) * | 1999-12-31 | 2003-05-27 | 에스케이케미칼주식회사 | 안정화된 이소티아졸론 용액 및 이소티아졸론의 안정화 방법 |
AU2001249386A1 (en) * | 2000-03-22 | 2001-10-03 | Quantum Dot Corporation | Methods of using semiconductor nanocrystals in bead-based nucleic acid assays |
US20020106648A1 (en) * | 2000-05-05 | 2002-08-08 | Lizardi Paul M. | Highly multiplexed reporter carrier systems |
US20030082549A1 (en) * | 2000-08-30 | 2003-05-01 | Xiangjun Liu | Method for determining alleles |
EP1456409B1 (en) * | 2001-11-28 | 2010-02-24 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Parallel polymorphism scoring by amplification and error correction |
AU2002359645A1 (en) * | 2001-12-07 | 2003-07-09 | University Of Massachusetts | Targeted genetic risk-stratification using microarrays |
CN1389539A (zh) * | 2002-06-18 | 2003-01-08 | 高明远 | 纳米微粒、微球及其生物荧光探针的制备和应用 |
US7190522B2 (en) | 2002-09-12 | 2007-03-13 | Cyvera Corporation | Chemical synthesis using diffraction grating-based encoded optical elements |
US7349158B2 (en) * | 2002-09-12 | 2008-03-25 | Cyvera Corporation | Diffraction grating-based encoded micro-particles for multiplexed experiments |
EP1535242A1 (en) | 2002-08-20 | 2005-06-01 | Cyvera Corporation | Diffraction grating-based encoded micro-particles for multiplexed experiments |
US7092160B2 (en) | 2002-09-12 | 2006-08-15 | Illumina, Inc. | Method of manufacturing of diffraction grating-based optical identification element |
EP1540592A1 (en) | 2002-09-12 | 2005-06-15 | Cyvera Corporation | Method and apparatus for labeling using diffraction grating-based encoded optical identification elements |
EP1575707A1 (en) * | 2002-09-12 | 2005-09-21 | Cyvera Corporation | Method and apparatus for aligning elongated microbeads in order to interrogate the same |
WO2004025560A1 (en) * | 2002-09-12 | 2004-03-25 | Cyvera Corporation | Assay stick comprising coded microbeads |
WO2004031408A1 (en) * | 2002-09-30 | 2004-04-15 | F.Hoffmann-La Roche Ag | Oligonucleotides for genotyping thymidylate synthase gene |
US7704687B2 (en) * | 2002-11-15 | 2010-04-27 | The Johns Hopkins University | Digital karyotyping |
US7354706B2 (en) * | 2003-09-09 | 2008-04-08 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Use of photopolymerization for amplification and detection of a molecular recognition event |
JP2007512811A (ja) * | 2003-11-10 | 2007-05-24 | インベスチゲン, インコーポレイテッド | 検出のための核酸を調製する方法 |
WO2006072033A2 (en) * | 2004-12-30 | 2006-07-06 | Perkinelmer Las, Inc. | Particle-based multiplex assay system with three or more assay reporters |
US20060228735A1 (en) * | 2005-03-31 | 2006-10-12 | Perkinelmer Las, Inc. | Multiplex assay systems |
WO2007022530A2 (en) * | 2005-08-16 | 2007-02-22 | The Children's Mercy Hospital | Quantification of microsphere suspension hybridization and uses thereof |
KR20080073321A (ko) * | 2005-11-18 | 2008-08-08 | 더 칠드런스 머시 호스피탈 | 핵산 혼성화에서 Cot-1 DNA 왜곡의 완화 |
KR101433208B1 (ko) * | 2006-12-13 | 2014-08-22 | 루미넥스 코포레이션 | 실시간으로 pcr의 다중 분석을 위한 시스템과 방법 |
-
2006
- 2006-12-22 EP EP12159372.7A patent/EP2508622B1/en active Active
- 2006-12-22 BR BRPI0620420A patent/BRPI0620420B1/pt not_active IP Right Cessation
- 2006-12-22 JP JP2008547548A patent/JP6148428B2/ja active Active
- 2006-12-22 CA CA2634447A patent/CA2634447C/en active Active
- 2006-12-22 AU AU2006331607A patent/AU2006331607B2/en active Active
- 2006-12-22 US US11/615,739 patent/US20070166739A1/en not_active Abandoned
- 2006-12-22 MX MX2008008079A patent/MX2008008079A/es active IP Right Grant
- 2006-12-22 WO PCT/US2006/048801 patent/WO2007075894A2/en active Application Filing
- 2006-12-22 CN CN200680053334.9A patent/CN101384732B/zh active Active
- 2006-12-22 EP EP06845950.2A patent/EP1969142B1/en active Active
-
2012
- 2012-10-01 JP JP2012219508A patent/JP2012254099A/ja not_active Withdrawn
-
2015
- 2015-04-14 JP JP2015082211A patent/JP2015128453A/ja active Pending
-
2016
- 2016-04-21 JP JP2016085005A patent/JP2016136967A/ja active Pending
-
2018
- 2018-12-30 US US16/236,599 patent/US20190376123A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1969142A2 (en) | 2008-09-17 |
EP1969142A4 (en) | 2010-01-06 |
US20190376123A1 (en) | 2019-12-12 |
BRPI0620420B1 (pt) | 2016-08-09 |
MX2008008079A (es) | 2008-10-22 |
EP2508622A2 (en) | 2012-10-10 |
EP2508622A3 (en) | 2013-01-09 |
CA2634447C (en) | 2018-12-18 |
BRPI0620420A2 (pt) | 2011-11-08 |
US20070166739A1 (en) | 2007-07-19 |
EP1969142B1 (en) | 2018-02-14 |
WO2007075894A2 (en) | 2007-07-05 |
JP2016136967A (ja) | 2016-08-04 |
AU2006331607A1 (en) | 2007-07-05 |
CN101384732B (zh) | 2015-11-25 |
EP2508622B1 (en) | 2016-09-14 |
CN101384732A (zh) | 2009-03-11 |
JP2012254099A (ja) | 2012-12-27 |
CA2634447A1 (en) | 2007-07-05 |
AU2006331607B2 (en) | 2012-11-29 |
JP2015128453A (ja) | 2015-07-16 |
JP2009521221A (ja) | 2009-06-04 |
WO2007075894A3 (en) | 2008-01-31 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6148428B2 (ja) | コードされた多重粒子での比較ゲノムハイブリダイゼーション | |
US7932037B2 (en) | DNA assays using amplicon probes on encoded particles | |
EP1786924A1 (en) | Method of detecting aneuploidy | |
JP4425640B2 (ja) | Dna−結合タンパク質の検出法 | |
Tanaka et al. | Development and evaluation of an automated workstation for single nucleotide polymorphism discrimination using bacterial magnetic particles | |
FI115139B (fi) | Menetelmä ja testipakkaus solu- tai kudosnäytteissä olevien polynukleotidien määrässä tapahtuvien vaihteluiden kvantitatiiviseen ja/tai vertailevaan arvioimiseen | |
US20090104613A1 (en) | Methods and compositions relating to multiplexed genomic gain and loss assays | |
AU2013201151B2 (en) | Comparative genomic hybridization on encoded multiplex particles | |
TWI564392B (zh) | 偵測生物材料的系統及方法 | |
He et al. | High-throughput SNP detection based on PCR amplification on magnetic nanoparticles using dual-color hybridization | |
AU2014203712B2 (en) | Multiplexed genomic gain and loss assays | |
CN1314495A (zh) | 聚合酶链式反应基因芯片制作方法 | |
US20130017974A1 (en) | Methods and compositions relating to multiplex genomic gain and loss assays |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20091208 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20101201 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20120402 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20120620 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20120627 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20120831 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20120907 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20121001 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20130802 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20131129 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20140121 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20140213 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20140418 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20140903 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20140908 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20150713 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20150813 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20150915 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20151001 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20160112 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160421 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20161121 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20161213 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170222 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20170519 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6148428 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S533 | Written request for registration of change of name |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |