JP6021052B2 - ノリの発育を促進する細菌を添加したノリ培養法 - Google Patents
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Description
・葉状体を得るまでに数か月という長い時間がかかり、次のサイクルを開始できるまで1年ほどかかる。
・有用な品種を得るための掛け合わせは可能であるが、受精およびさらなる減数分裂を介するため、世代間の遺伝学的均一性(ひいては品質の均一性)を確保できない。
・殻胞子の放出という自然現象に依存するため、生産量に限りがある。
・糸状体から殻胞子を得るまでの作業は相当の時間と技術が必要である。
(1)ノリの葉状体由来プロトプラストを培養して新たな葉状体を産生する培養方法であって、前記プロトプラストに培地を添加し、さらにHyphomonas科の細菌を添加して培養を行うことを特徴とする方法。
(2)Hyphomonas科の細菌がHyphomonas属である、1に記載の方法。
(3)Hyphomonas属の細菌が、SCM−2株、SNM−14株、LNM−9株、LNM−21株、LNM−24株、SNM10−3株、SNM10−6株、SNM10−12株、SNM10−13株、SNM10−16株、SNM10−19株、LNM10−4株、LNM10−16株からなる群から選択される1種以上である、2に記載の方法。
(4)Hyphomonas科の細菌がAlgimonas属である、1に記載の方法。
(5)Algimonas属の細菌が、14A−8株、14A−2−1株、14A−2−4株からなる群から選択される1種以上である、4に記載の方法。
(6)ノリがスサビノリである、1〜5のいずれかに記載の方法。
(7)培地が無菌培地である、1〜6のいずれかに記載の方法。
(8)プロトプラストが、無菌プロトプラストである、1〜7のいずれかに記載の方法。
(9)ノリの葉状体由来プロトプラストからの葉状体の発育を促進するHyphomonas属細菌である、SCM−2株、SNM−14株、LNM−9株、LNM−21株、LNM−24株、SNM10−3株、SNM10−6株、SNM10−12株、SNM10−13株、SNM10−16株、SNM10−19株、LNM10−4株、およびLNM10−16株。
(10)ノリの葉状体由来プロトプラストからの葉状体の発育を促進するAlgimonas属の細菌である、14A−8株、14A−2−1株、および14A−2−4株。
(11)以下の工程を含む、ノリ無菌プロトプラストの調製方法:
a.ノリの葉状体をクエン酸含有液で洗浄する工程
b.葉状体をプロテアーゼ溶液で処理する工程
c.葉状体をマンニトール含有液で洗浄する工程
d.葉状体を細胞壁溶解酵素溶液で処理する工程
e.細胞壁溶解により生じたプロトプラストを濾過する工程
f.プロトプラストを遠心分離する工程
g.プロトプラストをマンニトール含有液で洗浄する工程
(12)プロテアーゼがパパインである、11に記載の方法。
(13)細胞壁溶解酵素が、アガラーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼの混合物である、11または12に記載の方法。
(14)ノリがスサビノリである、11〜13のいずれかに記載の方法。
(15)無菌プロトプラストが、前記11〜14のいずれかの方法により調製された無菌プロトプラストである、8に記載の方法。
(16)以下の工程を含む、ノリ葉状体由来無菌プロトプラストから葉状体への発育を促進する細菌をスクリーニングする方法:
a.複数の培養容器において、前記プロトプラストと、スクリーニングの対象となる個々の細菌株とを分注して、共培養する工程
b.葉状体形成が生じた培養容器を特定し、その容器に適用した細菌株を特定する工程
(17)スクリーニングの対象となる細菌株が、ノリ葉状体培養液またはノリ葉状体試料由来のものを含む、16に記載の方法。
(18)スクリーニングの対象となる細菌株が、抗生物質処理されたノリ葉状体由来のものを含む、17に記載の方法。
(19)ノリがスサビノリである、16〜18のいずれかに記載の方法。
(20)無菌プロトプラストが、11〜14のいずれかの方法により調製された無菌プロトプラストである、16〜19のいずれかに記載の方法。
ノリの培養条件
モデルノリとしてスサビノリを使用した。スサビノリU−51株の葉状体を、滅菌した改変1/2SWM―III培地(希釈率が2倍である以外は上記1/10SWM−III培地と同じ)で培養した。培養条件は17℃、明暗周期:10時間明/14時間暗、光強度50μmol photons m-2S-1とし、換水は1週間おきに行った。試料採取1週間前に、培養液に抗生物質を加えない区、アンピシリン添加区(10mg/l)、およびネオマイシン添加区(10mg/l)の3つの試験区を設けた。
3つの試験区からそれぞれプロトプラストを調製するために、培養5〜6週目の複数の葉状体を用い、湿重量50〜100mgに調整した。葉状体からのプロトプラストの分離は、図1に示す方法によって行った。まず、0.5%クエン酸溶液(pH2.0〜2.3)を用いて葉状体を90〜180秒間浸漬処理し、滅菌90%海水で洗浄した。それから葉状体をカミソリで細断した。2%パパイン(pH7.5)を加え、30分振盪した後、0.7Mマンニトール海水で数回洗浄した。次に、細胞壁溶解酵素液(アガラーゼ、キシラーゼ、マンナナーゼ各1ユニット/8ml)を加え60〜90分振盪した。これらの酵素はヤクルト薬品工業から購入した。酵素処理液を20μmメッシュで濾過し、メッシュ上に残った画分を「細胞壁試料」とした。濾過画分に対して1000rpm、5分間の遠心分離を行い、得られたプロトプラストを0.7Mマンニトール海水で数回洗浄した後、最終的に0.7Mマンニトール海水を加えてプロトプラスト懸濁液(106細胞/ml)を作製した。
細菌採取のための試料として、葉状体を培養した後の(馴化)培養液、葉状体、細胞壁、およびプロトプラスト懸濁液を用いた。葉状体表面または細胞壁試料に付着した細菌を分離するためには、これらの試料にそれぞれ8mlまたは16mlの滅菌75%天然海水を加え、1分間激しく振盪し、懸濁液原液を得た。それぞれの液試料の10倍希釈液列は、滅菌75%天然海水で希釈することによって作製した。希釈液列から適当な数段階を選び、100μlをMarine agar 2216培地(Difco;Marine broth 2216に寒天を加えたもの)に平板塗抹し、20℃で2週間培養を行った。また、細胞壁およびプロトプラスト懸濁液の試料については、フィルタ捕集による培養とMPN法による増菌培養を行った。
培養液、葉状体表面、細胞壁、およびプロトプラスト懸濁液由来の細菌を培養した平板から、無作為に細菌集落を釣菌し、3回の純粋分離を行った。それぞれの分離株からゲノムDNAを以下の方法により抽出した。細菌集落を1%(v/v)Triton X−100を加えたTE緩衝液(pH8.0)200μlに懸濁し、100℃、5分間の加熱を行った。その後、クロロホルムとイソアミルアルコールの混合液(24:1 v/v)を等量加え、激しく混合した後、遠心分離(15000rpm、15分、4℃)し、上清をDNA試料とした。16S rRNA遺伝子の前半約700bpの領域の配列を決定するために、真正細菌のユニバーサルプライマー27F(5’−AGAGTTTGATCCTGGCTCAG−3’)および1492R(5’−TTACCTTGTTACGACTT−3’)を用いたPCR増幅を行った。鋳型としてのゲノムDNA試料(2μl)、27Fプライマー(0.5μM)、1492Rプライマー(0.5μM)、10×Ex Taqバッファー(1×)、dNTPミックス(各0.2mM)、Takara Ex Taq(0.5ユニット)(Takara)、および滅菌蒸留水が混合された計20μlの反応液でPCRを行った。PCR反応条件は、95℃3分でDNAを熱変性させた後、(熱変性95℃30秒→アニーリング55℃30秒→伸長反応72℃1分)というサイクルを30回繰り返し、最後に伸長反応を72℃で7分間追加する、というものであった。本プライマーセットによる増幅産物の有無は、2.0%アガロースゲルを用いた電気泳動により確認した。この増幅産物を元にして、27Fプライマーを用いたサイクル・シークエンシングにより、DNA sequencer model 3100(Applied Biosystems)にて16S rRNA遺伝子の塩基配列決定を行った。各試料につき、20の細菌の配列のアラインメントをClustal Xで作成し、MEGA5で系統解析を行った。距離行列を作成し、>98%の相同性を基準にグループ化した。さらに、それぞれの試料における代表株については、16S sRNA遺伝子塩基配列のほぼ全長を決定した。
ノリの培養液、葉状体表面、細胞壁、およびプロトプラストから得られた合計259株から選抜した菌株を、プロトプラストへの添加試験に用いた。それぞれの供試菌株は、Marine broth 2216で培養し、滅菌75%天然海水を用いて10倍希釈した。培地としては、硝酸ナトリウム100mg/lおよびリン酸水素二ナトリウム12水和物20mg/lを添加した滅菌90%海水を使用した。ウェルプレートに、培地を1ml、およびプロトプラスト(103細胞/ml)を0.1ml加え(102細胞/ウェル)、その後、約107〜108CFU/mlの菌液を10μlずつ加えた(約105〜106CFU/ウェル)。対照の細菌未接種区では、前記菌液の代わりに、滅菌75%天然海水で10倍希釈したMarine broth 2216を10μl加えた。培養は、17℃、10時間明/14時間暗という条件で6週間行った。選抜菌株については、上記の細菌接種試験を4回繰り返した。
ウェルプレート内のプロトプラストの生細胞数を倒立顕微鏡で計測し、形態に基づいて生残細胞を葉状体形成細胞、未分化細胞、不定形分裂細胞、およびカルスの4つに分類した。生残率(%)は、生残細胞数を接種細胞数で除して算出し、葉状体形成率(%)は、葉状体形成細胞数を接種細胞数で除して算出した。
プロトプラストとの6週間の混合培養後、接種細菌が再分離・培養されるかを確認するために、培養系内の細菌の再分離を行った。混合培養試験終了の6週目に、ウェルプレートから培養液をループで採取し、Marine agar 2216上で20℃で2週間、細菌を培養した。4回の再現性試験において、それぞれのウェルから得られた細菌集落のうち3個の集落を釣菌し、純粋分離を繰り返し、保存した。
再分離したHyphomonas属細菌を同定するために、本菌に特異的なPCR検出法を開発した。Hyphomonas属細菌の16S rRNA遺伝子の全長配列を、ノリから分離された他のグループに属する代表株のものと比較した。Hyphomonas属に特異的な配列領域を見出し、本領域に対応するプライマーHyphoF1(5’−TTTCACTACGGAATAGCTCTT−3’)およびHyphoR1(5’−CTCCTGGTCTCTAGACTTCC−3’)を設計した。次に、代表株のゲノムDNA(3μl)を鋳型とし、HyphoF1プライマー(0.5μM)、HyphoR1プライマー(0.5μM)、10×Ex Taqバッファー(1×)、dNTPミックス(各0.2mM)、Takara Ex Taq(0.5ユニット)(Takara)、および滅菌蒸留水が混合された計20μlの反応液でPCRを行った。PCR反応条件は、95℃3分でDNAを熱変性させた後、(熱変性95℃30秒→アニーリング55℃30秒→伸長反応72℃1分)というサイクルを30回繰り返し、最後に伸長反応を72℃で5分間追加する、というものであった。本プライマーセットによる増幅産物(489bp)の有無は、2.0%アガロースゲルを用いた電気泳動により確認した。HyphoF1−HyphoR1のプライマーセットの特異性が確認された後、Hyphomonas属の細菌を接種したウェルから再分離した菌株について、上記の特異的検出PCR法による同定を行った。
寒天包埋法において、NP寒天培地、f/2寒天培地、および1/10SWM−III寒天培地の3種類の培地を用いた。90%天然海水および1%低融点アガロース(Nacalai tesque)を基礎培地とし、NP、f/2(Guillard’s(f/2)海水栄養液、Sigma)、1/10SWM−IIIの各成分を加えた後、滅菌し、45℃で保温した。プロトプラスト懸濁液1ml(104細胞)を用い、細菌添加区では滅菌75%天然海水で10倍希釈したHyphomonas sp.LNM10−16株の菌液1ml(3.8×108CFU)を、細菌無添加区では滅菌75%天然海水で10倍希釈したMarine brothを1ml添加した。シャーレ上に加えた後、寒天培地で包埋し、17℃、10時間明/14時間暗の条件で4週間培養した。培養後、シャーレの1/4区画をセルスクレイパーで切り取り、希釈した1/5NP培養液、f/10培養液、および1/10SWM−III培養液75mlで2週間、振盪培養した。その後、10個の葉状体細胞を選抜し、NP培養液、f/2培養液、および1/2SWM−III培養液で、2週間、通気培養し(1週間に1度、全換水)、葉状体の葉長および葉幅を測定した。
ノリ由来分離細菌株の同定
ノリ葉状体由来の各試料から採取して分離し、プロトプラストへの添加試験に用いた259の細菌株を16S rRNA遺伝子の部分塩基配列によりグループ化したところ、17のグループに分けられた。さらに、代表株のほぼ全長の配列を決定し、データベース上の既知の標準株と比較した。その結果、Alpha−proteobacteriaの12グループ(グループ1〜12)、Gamma−proteobacteriaの3グループ(グループ13〜15)、Bacteroidetesの2グループ(グループ16〜17)に分けられた。Alpha−proteobacteriaのグループ1および2はMaritalea属(Hyphomicrobium科)、グループ3はHyphomonas属(Hyphomonas科)、グループ4および5はAlgimonas属(Hyphomonas科)、グループ6はAhrensia属(Rhodobacter科)、グループ7はAntarctobacter属(Rhodobacter科)、グループ8はTropicibacter属(Rhodobacter科)、グループ9はRoseovarius属(Rhodobacter科)、グループ10および11はSulfitobacter属(Rhodobacter科)、グループ12はSphingopyxis属(Sphingomonas科)に近縁であった。Gamma−proteobacteriaのグループ13はAlteromonas属(Alteromonas科)、グループ14および15はMarinobacter属(Alteromonas科)、Bacteroidetesのグループ16はKordia属(Flavobacteria科)、グループ17はPolaribacter属(Flavobacteria科)に近縁であった。
259株の分離株をプロトプラストに接種し、系統グループごとの平均葉状体形成率を算出した(図4)。細菌を接種しなかったプロトプラストでは、未分化の細胞およびカルスが観察され、葉状体形成率は0%であった。これまでに分離した計259の菌株をプロトプラストにそれぞれ接種したとろ、系統グループにより葉状体形成率が異なることがわかった。グループ2のMaritalea属、グループ13のAlteromonas属、またはグループ14のMarinobacter属を接種した場合、葉状体形成細胞は観察されなかった。これらの細菌は、ノリのプロトプラストの成長を促進しない細菌、あるいは成長促進をむしろ阻害する細菌であると考えられる。それに対して、グループ3のHyphomonas属細菌を接種したとき、葉状体形成率は3.7%であり最も高かった。同じHyphomonas科に分類されるグループ5のAlgimonas属でも比較的高い葉状体形成率1.9%が示された(図4)。
全259菌株のうち葉状体形成率が高かった株を選択し、計4回の再現性試験を行った(図5、図6)。細菌未接種区のプロトプラストの生残率および葉状体形成率はそれぞれ、3.6%および0.06%であり、最も低かった。それに対して、グループ3のHyphomonas属、グループ5のAlgimonas属の生残率はそれぞれ14.4〜24.3%、および17.4〜21.4%であり、葉状体形成率を含めた全般的な細胞分裂促進作用が高かった。グループ3のHyphomonas属細菌の葉状体形成率は2.9〜7.3%で、グループ5のAlgimonas属細菌の葉状体形成率は2.9〜3.3%で、他の菌群と比較して高い傾向が観察された。これらHyphomonas科の細菌は、葉状体形成率だけでなくプロトプラストの生残率全般を高めるという作用を有することも、例えばプロトプラスト由来細胞の保持や貯蔵や利用という観点から有用となり得る(図6)。
グループ3のHyphomonas属細菌を、スサビノリからこれまでに分離された他の16グループの菌株から区別するために、本菌の特異的検出用プライマーセットHyphoF1−HyphoR1を設計した。次に本プライマーセットの特異性を調べたところ、Hyphomonas属細菌の13株のみを特異的に増幅することができた。また、本検出法を用いて、Hyphomonas属の13株との混合培養後に再分離された計156菌株を解析したところ、これらの再分離株のほぼ全てがHyphomonas属細菌であることが確認された。
Hyphomonas sp.LNM10−16株を添加することによって、プロトプラストから葉状体まで成長させることを、3種類の寒天培地を用いて試験した。その結果、寒天培地で4週間の静置培養後の細菌無添加区では生残細胞が観察されなかったのに対して、Hyphomonas sp.LNM10−16株を添加した3つのいずれの培地においても葉状体形成細胞が観察された。その後、2週間の振盪培養後においても、細菌無添加区では生残細胞が観察されなかった(図7)。一方で、Hyphomonas sp.LNM10−16株を添加したf/10培養液、1/5NP培養液および1/10SWM−III培養液では、多くの正常分裂細胞の塊や多くの葉状体様細胞が観察され、培養液の種類に関わらず細菌添加の効果が認められた(図7)。さらに無作為に10の細胞を選抜し、2週間の通気培養を行ったところ、f/2培養液および1/2SWM−III培養液では、それぞれ、平均葉長12.9cmおよび平均葉幅1.2cm(n=10)、並びに平均葉長15.0cmおよび平均葉幅0.8cm(n=10)に成長した(図8)。すなわち、葉状体からのプロトプラスト調製からわずか8週間で新たな成熟葉状体を産生することができた。
Hyphomonas属LNM−9株およびSNM10−13株は、独立行政法人製品評価技術基盤機構(NITE)特許微生物寄託センターに寄託されている(それぞれ、受託番号NITE P−1321およびNITE P−1322)。
[当該生物材料を寄託した寄託機関の名称及び住所]
独立行政法人 製品評価技術基盤機構(NITE) 特許微生物寄託センター
郵便番号292-0818 日本国千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8
[上記寄託機関に生物材料を寄託した日付]
平成24年4月18日
[上記寄託機関が寄託について付した受託番号]
NITE P−1321 (LNM−9株について)
NITE P−1322 (SNM10−13株について)
Claims (9)
- ノリの葉状体由来プロトプラストを培養して新たな葉状体を産生する培養方法であって、前記プロトプラストに培地を添加し、さらにHyphomonas科の細菌を添加して培養を行うことを特徴とする方法。
- Hyphomonas科の細菌がHyphomonas属である、請求項1に記載の方法。
- Hyphomonas科の細菌がAlgimonas属である、請求項1に記載の方法。
- ノリがスサビノリである、請求項1〜3のいずれかに記載の方法。
- 培地が無菌培地である、請求項1〜4のいずれかに記載の方法。
- プロトプラストが、無菌プロトプラストである、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 無菌プロトプラストが、以下の工程を含む調製法により調製されたものである、請求項6に記載の方法:
1.ノリの葉状体をクエン酸含有液で洗浄する工程
2.葉状体をプロテアーゼ溶液で処理する工程
3.葉状体をマンニトール含有液で洗浄する工程
4.葉状体を細胞壁溶解酵素溶液で処理する工程
5.細胞壁溶解により生じたプロトプラストを濾過する工程
6.プロトプラストを遠心分離する工程
7.プロトプラストをマンニトール含有液で洗浄する工程 - プロテアーゼがパパインである、請求項7に記載の方法。
- 細胞壁溶解酵素が、アガラーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼの混合物である、請求項7または8に記載の方法。
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