JP5969468B2 - ｓｉＲＮＡ発現レトロウイルスベクター - Google Patents

Description

本発明は、哺乳動物細胞内でＲＮＡ干渉を誘導するｓｉＲＮＡを生成し、かつ所望の遺伝子を発現するレトロウイルスベクター、及び当該ベクターを用いた遺伝子導入細胞の生産方法、遺伝子導入細胞に関する。

ＲＮＡ干渉（ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ、ＲＮＡｉ）は、標的遺伝子のｍＲＮＡと相同な配列からなるセンスＲＮＡとこれと相補的な配列からなるアンチセンスＲＮＡとからなる二本鎖ＲＮＡ（以下、「ｄｓＲＮＡ」とする）を細胞等に導入することにより、標的遺伝子のｍＲＮＡの破壊を誘導し、標的遺伝子の発現を抑制し得る現象である。ＲＮＡ干渉は、簡易な遺伝子機能の阻害方法として、又は遺伝子治療への応用可能な方法として注目を集めている。ＲＮＡ干渉は、当初、線虫において発見された現象であるが（非特許文献１参照）、現在では、植物、原生動物、昆虫、哺乳動物などの種々の生物において観察されている。ＲＮＡ干渉による遺伝子発現の抑制は遺伝子ノックダウンと呼ばれている。

その後の研究により、ダイサーとして知られるＲＮａｓｅＩＩＩによりｄｓＲＮＡが切断されて２０塩基前後のｓｉＲＮＡ（ｓｈｏｒｔ ｉｎｔｅｒｆｅｒｉｎｇ ＲＮＡ）が生成すること、ｓｉＲＮＡは標的とするＲＮＡの切断に関与することが示された。またｓｉＲＮＡが二本鎖を形成した状態でｓｉＲＮＡの３’末端が２又は３塩基突出することが、効率的な標的ＲＮＡの切断にとって重要であることが明らかになった（非特許文献２参照）。これらのｓｉＲＮＡは、ＲＩＳＣ（ＲＮＡ ｉｎｄｕｃｅｄ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ）と呼ばれるタンパク質複合体と結合し、ｓｉＲＮＡの結合したＲＩＳＣは配列特異的に標的遺伝子のｍＲＮＡを切断する。ｓｉＲＮＡはこのようなプロセスで標的遺伝子の発現を抑制すると考えられている。

また、ステム−ループ構造を形成する一本鎖のショートヘアピン（ｓｈｏｒｔ ｈａｉｒｐｉｎ：以下、「ｓｈ」とする）ＲＮＡからｓｉＲＮＡが生成され、ＲＮＡ干渉の誘導において有効であることが報告された（非特許文献３）。この結果から、現在、ｓｈＲＮＡを発現するベクターはＲＮＡ干渉の解析及びその利用のための重要なツールとなっている。

ネイチャー（Ｎａｔｕｒｅ）、第３９１巻、第８０６−８１１頁（１９９８） ジーンズ デベロップメント（Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．）、第１５巻、第１８８−２００頁（２００１） ネイチャー バイオテクノロジー（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．）、第２３巻、第２２７−２３１頁（２００５）

本発明の目的は、細胞に外来性の遺伝子を導入して発現させ、更に細胞内でＲＮＡ干渉を誘導するＲＮＡを転写して特定の内在性遺伝子の発現を抑制するためのレトロウイルスベクターを提供することにある。

本発明者らは上記の課題を解決すべく鋭意努力した結果、導入された遺伝子の発現とＲＮＡ干渉による内在性遺伝子の発現抑制を両立できるレトロウイルスベクターを見出し、本発明を完成させた。

すなわち本発明を概説すれば、
［１］ ５’末端から順に、
（ａ）レトロウイルス由来の５’ＬＴＲ（Ｌｏｎｇ Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｒｅｐｅａｔ）配列、
（ｂ）スプライスドナー（ＳＤ）配列、
（ｃ）レトロウイルス由来のパッケージングシグナル配列（ψ）、
（ｄ）少なくとも１つのステム−ループ構造を形成し、哺乳動物細胞内でＲＮＡ干渉を誘導するＲＮＡが転写されるｓｉＲＮＡ生成配列、
（ｅ）スプライスアクセプター（ＳＡ）配列、
（ｆ）所望の遺伝子の配列、
（ｇ）レトロウイルス由来の３’ＬＴＲ配列、
の各配列の核酸を含むレトロウイルスベクター、
［２］ 所望の遺伝子がＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする遺伝子である［１］記載のレトロウイルスベクター、
［３］ 所望の遺伝子がポリシストロニックに連結したＴＣＲα鎖及びＴＣＲβ鎖をコードする遺伝子である［２］記載のレトロウイルスベクター、
［４］ ｓｉＲＮＡ生成配列が野生型ＴＣＲの定常領域をコードするｍＲＮＡに作用して発現を抑制するｓｉＲＮＡを生成する配列であり、所望の遺伝子が定常領域の塩基配列に変異を導入したＴＣＲをコードする遺伝子であり、前記変異を導入したＴＣＲをコードする遺伝子は前記ｓｉＲＮＡにより発現の抑制を受けない、［２］記載のレトロウイルスベクター、
［５］ レトロウイルスがオンコレトロウイルス又はレンチウイルスである［１］記載のレトロウイルスベクター、
［６］ ＳＡ配列がＬＴＲと異種のウイルス由来又は哺乳動物由来の配列である［１］記載のレトロウイルスベクター、
［７］ ［１］〜［６］のいずれかに記載のレトロウイルスベクターを細胞に導入する工程を含む遺伝子導入細胞の製造方法、
［８］ 細胞がＴ細胞又はＴ細胞を含有する細胞集団である［７］記載の遺伝子導入細胞の製造方法、
［９］ 請求項［１］〜［６］のいずれかに記載のレトロウイルスベクターが導入された遺伝子導入細胞、
［１０］ 細胞がＴ細胞又はＴ細胞を含有する細胞集団である［９］記載の遺伝子導入細胞、に関する。

本発明により、効率よく所望の遺伝子が発現し、かつ効率よく特定の遺伝子の発現を抑制する能力を有するレトロウイルスベクター、当該ベクターを使用する遺伝子導入細胞の製造方法、当該ベクターが導入された細胞が提供される。これらのレトロウイルスベクター、遺伝子導入細胞の製造方法及び遺伝子導入細胞は、タンパク質の製造、細胞医療による疾患の治療及びそのための研究、試験に極めて有用である。

実施例のレトロウイルスベクターの作製方法を示す図である。 実施例のレトロウイルスベクターの作製方法を示す図である。 ＴＣＲ遺伝子の発現量を示す図である。 ＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率を示す図である。 ＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー平均蛍光強度を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー陽性細胞率を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー平均蛍光強度を示す図である。 実施例で作製したレトロウイルスベクターの構造を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー陽性細胞率を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー平均蛍光強度を示す図である。 実施例のレトロウイルスベクターの作製方法を示す図である。 実施例のレトロウイルスベクターの作製方法を示す図である。 実施例で作製したレトロウイルスベクターの構造を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー陽性細胞率またはテトラマー平均蛍光強度を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー陽性細胞率またはテトラマー平均蛍光強度を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー陽性細胞率またはテトラマー平均蛍光強度を示す図である。 ウイルスのコピー数に対するテトラマー陽性細胞率またはテトラマー平均蛍光強度を示す図である。

本明細書において「ＬＴＲ（Ｌｏｎｇ Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｒｅｐｅａｔ）」とは、レトロウイルス、レトロトランスポゾンなどのプロウイルスＤＮＡの両端に繰り返されている１００〜１０００塩基対からなる配列をいう。ＬＴＲは、ウイルス遺伝子の転写、ウイルスゲノムからの逆転写、逆転写を経て合成された二本鎖ＤＮＡの宿主ＤＮＡへの組み込みに関わるＵ３、Ｒ及びＵ５の各領域から構成される。プロウイルス５’末端及び３’末端にあるＩＲ配列（ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ ｒｅｇｉｏｎ＝逆方向反復）は４〜２０塩基対の長さである。Ｕ３には転写のエンハンサー配列及びプロモーター配列が含まれる。

本明細書において「パッケージングシグナル配列」は、「プサイ（ｐｓｉ）配列」又は「ψ配列」とも表記され、ウイルス粒子の形成においてレトロウイルスＲＮＡ鎖のキャプシド形成及びウイルス粒子へのパッケージングに必要な、非コード性のシス作用性の配列を意味する。例えば、主要なスプライスドナー（ＳＤ）部位の３’側からｇａｇ開始コドンまでの領域、又はＳＤ部位の３’側からｇａｇの一部を含む領域である。

本明細書において「スプライスアクセプター（ＳＡ）配列」は、ＲＮＡ中に存在するイントロンを除去し、その前後のエキソンを再結合するＲＮＡプロセシング反応において、イントロンとエキソンの境界部位であるスプライス部位のうち、イントロンの３’末端側に存在するスプライス部位を意味する。例えば、核に存在するＲＮＡ前駆体のイントロンの３’末端にはＡＧのコンセンサス配列が存在し、ＡＧ配列の３’末端側がＳＡ配列である。反対に、「スプライスドナー（ＳＤ）配列」は、イントロンの５’末端に存在するスプライス部位を意味する。例えば、核に存在するＲＮＡ前駆体のイントロンの５’末端にＧＵのコンセンサス配列が存在し、ＧＵ配列の５’末端側がＳＤ配列である。真核細胞のｍＲＮＡ前駆体に含まれるイントロンのＳＡ配列及びＳＤ配列のコンセンサス配列の特徴は、ＧＵ−ＡＧ則と呼ばれている。コンセンサス配列に変異を導入したＳＡ配列又はＳＤ配列も、ＲＮＡプロセシング反応において機能すれば本明細書のＳＡ配列又はＳＤ配列に含まれる。

本明細書において「所望の遺伝子（ｇｅｎｅ ｏｆ ｉｎｔｅｒｅｓｔ）」とは、細胞（例えば、細胞の核ゲノムや細胞質）中に一時的もしくは永続的のいずれかで人工的に（人為的な操作により）挿入されることが望まれる外来性の遺伝子を意味する。このような遺伝子には、導入する細胞に対して完全に異種由来又は部分的に異種由来である遺伝子が含まれ、また、任意の変異を有する遺伝子も含まれる。また、その細胞が天然に有している内在性遺伝子と同一の遺伝子でありうる。ここで「天然に」とは、人為的な操作が加えられていない自然の状態であることを意味する。

本明細書において「野生型」とは、天然に存在する供給源から単離されたその遺伝子又は遺伝子産物のうち、集団において最も高頻度で観察されるものを意味する。これは、天然に存在するか、又は組換体として産生させ得る。一方、「変異型」とは、野生型遺伝子又は遺伝子産物と比較した場合に、配列及び／又は機能的特性が改変された遺伝子又は遺伝子産物を指す。変異型遺伝子は、自然に変異が生じることにより、又は人為的に遺伝子を修飾して配列を変異させることにより産生される。

本明細書において「Ｔ細胞」とは、Ｔリンパ球とも呼ばれ、免疫応答に関与するリンパ球のうち胸腺に由来する細胞を意味する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞、サプレッサーＴ細胞、制御性Ｔ細胞、ＣＴＬ、ナイーブＴ細胞、メモリーＴ細胞、α鎖とβ鎖のＴＣＲを発現するαβＴ細胞、γ鎖とδ鎖のＴＣＲを発現するγδＴ細胞が含まれる。「Ｔ細胞を含有する細胞集団」としては、血液（末梢血、臍帯血など）、骨髄液の他、これらより採取、単離、精製、誘導された末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血球系細胞、造血幹細胞、臍帯血単核球などを含む細胞集団が例示される。また、Ｔ細胞を含有する血球系細胞由来の種々の細胞集団を本発明に使用できる。これらの細胞は抗ＣＤ３抗体やＩＬ−２などのサイトカインにより生体内（イン・ビボ）や生体外（エクス・ビボ）で活性化されていても良い。これらの細胞は生体から採取されたもの、あるいは生体外での培養を経て得られたもの、例えば本発明の方法により得られたＴ細胞集団をそのままもしくは凍結保存したもののいずれも使用することができる。

本明細書において「発現の抑制」とは、ポリペプチドをコードする遺伝子からの転写及び／又は翻訳を妨げることにより、最終的なポリペプチドの生成を抑制すること、すなわち、生成物としてのポリペプチド量が減少することを意味する。従って、ポリペプチドをコードする遺伝子からの転写反応が抑制されない場合でも、転写産物（ｍＲＮＡ）が速やかに分解され、タンパク質の生成が抑制されていれば「発現の抑制」に含まれる。発現が抑制された状態は、抑制しない場合と比較して発現量が２０％以上、４０％以上、６０％以上、８０％以上又は１００％、すなわち完全に抑制された状態である。

以下、本発明を具体的に説明する。
（１）本発明のレトロウイルスベクター
本発明のレトロウイルスベクターは、５’末端から順に、
（ａ）レトロウイルス由来の５’ＬＴＲ配列、
（ｂ）ＳＤ配列、
（ｃ）レトロウイルス由来のパッケージングシグナル配列（ψ）、
（ｄ）少なくとも１つのステム−ループ構造を形成し、哺乳動物細胞内でＲＮＡ干渉を誘導するＲＮＡが転写されるｓｉＲＮＡ生成配列、
（ｅ）ＳＡ配列、
（ｆ）所望の遺伝子の配列、
（ｇ）レトロウイルス由来の３’ＬＴＲ配列、
の各配列の核酸を含む核酸構築物である。本発明は、１つのベクターを細胞に導入することにより、当該細胞における特定の遺伝子の発現抑制、及び導入された所望の遺伝子の発現を可能とする。本発明のベクターは、ｓｉＲＮＡの生成効率及び／又は所望の遺伝子の発現効率が高い。従って、変異型遺伝子の発現を抑制し野生型遺伝子を発現させるなど、細胞内で発現する遺伝子の機能を新たに導入する別の遺伝子により代替する目的で使用することができる。

レトロウイルスは一本鎖ＲＮＡウイルスであり、ウイルスゲノムには主要な要素として、その５’末端より５’ＬＴＲ配列、ＳＤ配列、パッケージングシグナル配列、ｇａｇ遺伝子、ｐｏｌ遺伝子、ＳＡ配列、ｅｎｖ遺伝子、３’ＬＴＲ配列が存在している。後述するレンチウイルスの場合にはこれらの要素に加えて複数のアクセサリー遺伝子が含まれている。このうち、レトロウイルスベクターによる遺伝子導入システムにおいて、レトロウイルスベクターに必須であるのは５’ＬＴＲ配列、パッケージングシグナル配列、３’ＬＴＲ配列である。その他のｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ等の遺伝子産物は、これらの遺伝子を保持させたパッケージング細胞より供給され得る。通常、所望の遺伝子はレトロウイルスベクターのパッケージングシグナル配列の３’側、ＳＡ配列を有する場合はパッケージングシグナル配列及びＳＡ配列の３’側に配置される。

本発明のベクターに含まれる（ａ）５’ＬＴＲ配列、（ｇ）３’ＬＴＲ配列及び（ｃ）パッケージングシグナル配列は、レトロウイルス由来の配列で哺乳動物細胞に遺伝子を導入することが可能な配列であればいずれも使用することができる。レトロウイルスは、オンコレトロウイルスとレンチウイルスのサブクラスを含み、いずれのクラスのウイルス由来の配列も本発明に使用できる。これらの配列は同一のウイルス由来の配列であってもよいが、適切なパッケージング細胞との組合せによりウイルス粒子の形成や導入細胞ゲノムへの組み込みが可能な範囲で異なるウイルス由来の配列を組み合わせて使用してもよい。

本発明で使用するＬＴＲ配列及びパッケージングシグナル配列には、例えば、オンコレトロウイルスに属するモロニーマウス白血病ウイルス（ＭＭＬＶ）、マウス胚性幹細胞ウイルス（ＭＥＳＶ）、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（ＭＰＳＶ）、脾限局巣形成ウイルス（ＳＦＦＶ）由来の配列が使用できる。オンコレトロウイルス由来のウイルスベクターは、高効率で遺伝子導入可能であるが、ベクターの導入の際に細胞が活発に細胞分裂を行っている必要がある。これらのオンコレトロウイルスベクターは多数の文献で説明されている［例えば米国特許第５，２１９，７４０号公報、米国特許第６，２０７，４５３号公報、米国特許第５，２１９，７４０号公報、バイオテクニークス（ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ）第７巻、第９８０−９９０頁（１９８９）、ヒューマン ジーン セラピー（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ）、第１巻、第５−１４頁（１９９０）、ヴイロロジー（Ｖｉｒｏｌｏｇｙ）、第１８０巻、第８４９−８５２頁（１９９１）、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、第９０巻、第８０３３−８０３７頁（１９９３）、ならびにカレント オピニオン イン ジェネティックス アンド デベロップメント（Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖｅｌｏｐ．）、第３巻、第１０２−１０９頁（１９９３）］。

また、本発明で使用するＬＴＲ配列及びパッケージングシグナル配列には、例えば、レンチウイルスに属するヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２）、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）、ヤギ関節炎脳炎ウイルス（ＣＡＥＶ）由来の配列が使用できる。レンチウイルスベクターは、遺伝子を導入する細胞の有糸分裂に関係なく核内のゲノムに遺伝子を導入ことができる。レンチウイルスベクターも多数の文献で説明されている［例えば、ジャーナル オブ ヴイロロジー（Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ）、第７２巻、第８４６３−８４７１頁（１９９８）］。スプマウイルス属（例えば、泡沫状ウイルス）のような他のレトロウイルスのグループも、分裂していない細胞に効率的に形質導入することができる。

本発明のベクターには、配列を変異させたＬＴＲ配列を使用することもできる。ＬＴＲは機能的に５’末端よりＵ３、Ｒ、Ｕ５の３つの領域に区分される。Ｕ３領域にはエンハンサー／プロモーター活性があり、宿主細胞のＲＮＡポリメラーゼＩＩによって、ウイルスゲノムは５’ＬＴＲ配列のＲ領域から３’ＬＴＲ配列のＲ領域までが転写される。３’ＬＴＲ配列及び／又は５’ＬＴＲ配列のＵ３領域を、そのＬＴＲ配列が由来するウイルス以外に由来するエンハンサー／プロモーターに置換したＬＴＲ配列も本発明に使用できる。置換する外来性のエンハンサー／プロモーターは、ウイルス又は哺乳動物由来の配列を使用することができ、構成的、誘導性又は組織特異的なエンハンサー／プロモーターが使用できる。例えばヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ） ｉｍｍｅｄｉａｔｅ ｅａｒｌｙ、モロニーマウス肉腫ウイルス（ＭＭＳＶ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、脾臓フォーカス形成ウイルス（ＳＦＦＶ）等のウイルス由来エンハンサー／プロモーターや、βアクチン、グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α−フェトプロテイン及びインスリン遺伝子の哺乳動物由来エンハンサー／プロモーターが使用できる。

本発明のベクターに含まれる（ｂ）ＳＤ配列及び（ｅ）ＳＡ配列は、使用するＬＴＲ配列又はパッケージングシグナル配列が由来するウイルスが天然に有するＳＤ配列及びＳＡ配列をそのまま使用することができる。また、外来性のＳＤ配列及びＳＡ配列、すなわち使用するＬＴＲ配列又はパッケージングシグナル配列が由来するウイルスとは異なるウイルス（すなわち、異種のウイルス）や、哺乳動物遺伝子のイントロンに由来するＳＤ配列及びＳＡ配列が使用できる。例えば、ｓｉｍｉａｎ ｖｉｒｕｓ（ＳＶ）４０の１６Ｓ ＲＮＡ、ＨＣＭＶのｉｍｍｅｄｉａｔｅ ｅａｒｌｙ ＲＮＡ、ヒトのｈＥＦ１α遺伝子由来のＳＤ配列及びＳＡ配列が使用できる［米国科学アカデミー紀要、第９５巻、第１号、第２１９−２２３頁（１９９８）］。また、コンセンサス配列に変異を導入しＳＤ配列又はＳＡ配列も本発明のベクターに使用できる。

本発明のベクターに含まれる（ｄ）のｓｉＲＮＡ生成配列は、少なくとも１つのステム−ループ構造を形成し、哺乳動物細胞内でＲＮＡ干渉を誘導し得るＲＮＡが転写される配列である。本発明におけるＲＮＡ干渉は、ベクターを導入する細胞が天然に発現する特定の内在性遺伝子の発現を選択的に抑制することを目的としている。ＲＮＡ干渉は、発現を抑制することが望まれる遺伝子（以下、標的遺伝子と記載する）から転写されるｍＲＮＡの塩基配列に相同的なＲＮＡ分子及び相補的なＲＮＡ分子がアニールしたｓｉＲＮＡにより誘導される。

本発明に使用されるｓｉＲＮＡ生成配列には、標的遺伝子から転写されるｍＲＮＡのある領域の塩基配列に相同的な配列（センス配列）と相補的な配列（アンチセンス配列）とが直列に並んで配置されている。ｓｉＲＮＡ生成配列から転写された一本のＲＮＡ鎖は、分子内でセンス配列とアンチセンス配列がアニールして二本鎖構造を形成し、形成された二本鎖ＲＮＡ部分をステム領域とし、センス配列とアンチセンス配列の間に配置される任意の配列をループ領域とするステム−ループ構造を形成する。細胞内では、このステム領域からＲＮａｓｅＩＩＩ（ダイサー）の作用によりｓｉＲＮＡが生成される。ｓｉＲＮＡ生成配列におけるステム領域に相当する部分の鎖長は、哺乳動物細胞におけるインターフェロン応答抑制の観点から、例えば１３〜２９塩基、好ましくは１５〜２５塩基、更に好ましくは１９〜２５塩基が例示される。また、ループ領域は任意の配列でよく、１〜３０塩基の鎖長の配列が例示されるが、好ましくは１〜２５塩基、更に好ましくは５〜２２塩基の配列が使用される。

ここで、本発明により細胞内で生成されるｓｉＲＮＡは標的遺伝子から転写されるｍＲＮＡの特定塩基配列に相同な配列のＲＮＡと相補的な配列のＲＮＡから構成されるが、各ＲＮＡは前記のｍＲＮＡの特定塩基配列と完全に相同もしくは相補的であることを要しない。標的遺伝子の発現抑制という機能が発揮される範囲で実質的に相同なＲＮＡ及び実質的に相補的な配列のＲＮＡからなるｓｉＲＮＡの生成配列を使用してもよい。また、本発明に使用されるｓｉＲＮＡ生成配列は、１種の遺伝子を標的とする１種類のｓｉＲＮＡを転写するものの他、１種の標的遺伝子の異なる領域の塩基配列に対応する複数のｓｉＲＮＡを転写するものや、複数の標的遺伝子に対応する複数のｓｉＲＮＡを転写するものであっても良い。例えば、本発明に使用されるｓｉＲＮＡ生成配列から生成されるｓｉＲＮＡの数は、１〜１０個、１〜６個、１〜４個、複数個又は数個である。

本発明のベクターに含まれる（ｆ）の所望の遺伝子配列は、ベクターを導入する細胞で発現させたい遺伝子配列である。当該遺伝子配列には、例えばタンパク質をコードする配列、ｔＲＮＡやｍｉＲＮＡ等の細胞内で機能するＲＮＡをコードする配列が含まれる。本発明のベクターを、配列（ｆ）を連結するための制限酵素認識配列を複数個並べた配列（マルチクローニングサイト）を配列（ｆ）の代わりにベクターに配置したベクターとして製造し、その後マルチクローニングサイトを利用して配列（ｆ）を挿入しても良い。配列（ｆ）の代わりにマルチクローニングサイトを有するベクターも本発明のベクターに含まれる。

本発明のベクターの配列（ｄ）から生成するｓｉＲＮＡが配列（ｆ）の遺伝子配列を標的として当該配列からの遺伝子発現を抑制することがある。このような現象が予想される場合、これを防ぐために、所望の遺伝子配列に変異を導入し、ｓｉＲＮＡの作用を受けない配列に改変することができる。

遺伝子上でアミノ酸を指定するコドン（３つの塩基の組み合わせ）はアミノ酸の種類ごとに１〜６種類ずつが存在することが知られている。適切なコドンの選択により、コードされるアミノ酸配列には変化を与えずに、塩基を変換（サイレント変異と呼ばれる）することができる。サイレント変異は、コドンの３番目の塩基を変換する場合が多い。所望の遺伝子が配列（ｄ）から生成されるｓｉＲＮＡに対応する標的遺伝子上の領域と同じ塩基配列を有するものであった場合、ｓｉＲＮＡはその本来の標的遺伝子、導入された所望の遺伝子の両方の発現を抑制する。所望の遺伝子にこのサイレント変異を導入してｓｉＲＮＡの配列との相同性／相補性を消失させると、ｓｉＲＮＡは所望の遺伝子から転写されるＲＮＡに作用せず、その発現の抑制が低減される。これにより、ｓｉＲＮＡが作用する領域において、所望の遺伝子とｓｉＲＮＡの標的である内在性遺伝子がコードするポリペプチドのアミノ酸配列が同一であるにも関わらず、内在性遺伝子の発現を選択的に抑制することができる。

更に、所望の遺伝子の塩基配列を変異させる別の態様として、前記ｓｉＲＮＡが作用するＲＮＡがコードするアミノ酸配列について、所望の遺伝子がコードするポリペプチドの機能を損なわない範囲において、他のアミノ酸の置換、例えば類似するアミノ酸への置換によってアミノ酸配列を変化させても良い。類似するアミノ酸とは物理化学的性質において類似したアミノ酸を意味し、例えば、芳香族アミノ酸（Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ）、脂肪族アミノ酸（Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ）、極性アミノ酸（Ｇｌｎ、Ａｓｎ）、塩基性アミノ酸（Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ）、酸性アミノ酸（Ｇｌｕ、Ａｓｐ）、水酸基を有するアミノ酸（Ｓｅｒ、Ｔｈｒ）、側鎖の小さいアミノ酸（Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｍｅｔ）などの同じグループに分類されるアミノ酸が挙げられる。このような類似アミノ酸による置換はポリペプチドの表現型に変化をもたらさない（即ち、保存的アミノ酸置換である）ことが予測される。保存的アミノ酸置換の具体例は当該技術分野で周知であり、種々の文献に記載されている（例えば、Ｂｏｗｉｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、第２４７巻、第１３０６−１３１０頁（１９９０）を参照）。所望の遺伝子にこの保存的アミノ酸置換変異を導入すると、配列（ｄ）から生成するｓｉＲＮＡが、所望の遺伝子から転写されるＲＮＡに作用せず、発現の抑制が低減される。これにより、ｓｉＲＮＡが作用する領域において、所望の遺伝子と内在性ポリペプチドのアミノ酸配列が類似するにも関わらず、内在性ポリペプチドの発現を選択的に抑制することができる。

以下、本明細書において、前記のようにサイレント変異又は保存的アミノ酸置換変異を導入した遺伝子を「コドン変換型」遺伝子と呼ぶことがある。上記の塩基配列の変換に際しては、特に本発明を限定するものではないが、使用される宿主において使用頻度の高いコドンや翻訳効率を上昇させる配列を選択して塩基配列を変換することにより、所望の遺伝子の発現効率の向上が期待される。

本発明の一態様として、本発明のベクターの所望の遺伝子はオリゴマータンパク質をコードする配列である。オリゴマータンパク質には、構造タンパク質、酵素、転写因子、レセプター、抗体が含まれる。また、本発明において、オリゴマータンパク質は細胞表面タンパク質（膜タンパク質）であってもよく、実施例に例示された抗原認識レセプター、例えばＴ細胞レセプター（Ｔ細胞受容体：ＴＣＲ）をコードする配列が所望の遺伝子として好適である。

ＴＣＲは、α鎖とβ鎖からなるヘテロダイマー（ヘテロ二量体）、γ鎖とδ鎖からなるヘテロダイマーの２種類が存在する。ＴＣＲの各鎖とも可変（Ｖ）領域、結合（Ｊ）領域、定常（Ｃ）領域からなる。ＴＣＲのＶ領域の多様性は、ＤＮＡの再編成によるＶ領域をコードする遺伝子セグメントの組み合わせと再編成結合部位のずれ、及び結合部位へのＮ配列の挿入によって生じる。α鎖とβ鎖のＶ領域には、アミノ酸配列の変異が特に高い超可変領域（ＣＤＲ）が認められる。本発明のベクターの一態様として、ＴＣＲのヘテロダイマーを構成する２つのポリペプチドをコードする遺伝子をポリシストロニックに連結した配列を所望の遺伝子とすることができる。前記２つの遺伝子は、自己切断ペプチドをコードする配列及びＩＲＥＳ（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｅｎｔｒｙ ｓｉｔｅ：内部リボソーム進入部位）配列から選択される配列を介して相互に接続させることが可能である。２つの遺伝子の順はどちらでもよく、例えば５’末端からＴＣＲα鎖−ＴＣＲβ鎖の順、又はＴＣＲβ鎖−ＴＣＲα鎖の順のポリシストロニックな配列が使用できる。

自己切断ペプチドは、ウイルスの２Ａペプチド又はそれと同等の機能を有する２Ａ様ペプチドから得ることが可能である。例えば、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）由来の２Ａペプチド（Ｆ２Ａ）、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）由来の２Ａペプチド（Ｅ２Ａ）、Ｐｏｒｃｉｎｅ ｔｅｓｃｈｏｖｉｒｕｓ（ＰＴＶ−１）由来の２Ａペプチド（Ｐ２Ａ）及びＴｈｏｓｅａ ａｓｉｇｎａ ｖｉｒｕｓ（ＴａＶ）由来の２Ａペプチド（Ｔ２Ａ）から成る群から選択することができる。例えば、配列番号７に示されるアミノ酸配列を有するＴ２Ａを使用することができる。２Ａペプチドは、エキスパート オピニオン オン バイオロジカル セラピー（Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｌ Ｔｈｅｒ）、第５巻、６２７−６３８頁（２００５）に総説されている。

ＩＲＥＳ配列は、リボソームがシストロン（タンパク質コード領域）の開始コドン、例えばＡＵＧへ直接的に進入することを促進し、それによって、遺伝子のキャップ非依存的な翻訳を開始させるエレメントをいう［トレンズ イン バイオケミカル サイエンス（Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ）、第１５巻、第１２号、第４７７−８３頁（１９９０）］。ＩＲＥＳ配列により連結された複数のシストロンを有する単一のｍＲＮＡから、複数のポリペプチドが翻訳される。

例えば、所望の抗原を認識する外来性のＴＣＲをＴ細胞に導入する場合、Ｔ細胞が天然に発現している内在性ＴＣＲと外来性ＴＣＲが競合し、外来性ＴＣＲの発現が低下する可能性がある。更に、内在性ＴＣＲと外来性ＴＣＲがミスペアリングしたＴＣＲによる移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）などの副作用が発生する可能性がある。従って、内在性ＴＣＲの発現を抑制することが重要である。内在性ＴＣＲのＶ領域は個々のＴＣＲによって異なるのに対し、Ｃ領域は個々のＴＣＲに共通の配列で同じ塩基配列の遺伝子にコードされているため、配列（ｄ）が生成するｓｉＲＮＡが標的とする配列に好適である。更に、このｓｉＲＮＡが導入した外来性ＴＣＲ遺伝子の発現を抑制するのを防ぐため、当該遺伝子におけるＣ領域をコードする塩基配列に前記のサイレント変異の導入を実施することができる。こうして、外来性ＴＣＲの発現を効率よく行うことができる。

例えば、内在性ＴＣＲの発現を抑制する場合、特に限定はされないがＴＣＲをコードする遺伝子のＣ領域のうち、内在性ＴＣＲα鎖の塩基配列ＡＧＴＡＡＧＧＡＴＴＣＴＧＡＴＧＴＧＴＡＴ（配列番号１９）を、外来性ＴＣＲα鎖では塩基配列ＡＧＣＡＡＧＧＡＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＡＣ（配列番号２０）にコドン変換すれば良い。上記２つの塩基配列がコードするアミノ酸配列は、ＳＫＤＳＤＶＹ（配列番号２１）で共通であるが、配列番号１０に記載される人工遺伝子が転写されて生成するｓｉＲＮＡにより、内在性ＴＣＲのα鎖が選択的に抑制される。コドン変換を実施例に記載する表１に例示する。

（２）本発明の遺伝子導入細胞の製造方法
本発明の遺伝子細胞の製造方法は、前記（１）に記載する本発明のレトロウイルスベクターを細胞に導入する工程を包含することを特徴とする。当該工程は体外で実施される。

本発明の方法は、哺乳動物、例えばヒト由来の細胞又はサル、マウス、ラット、ブタ、ウシ、イヌ等の非ヒト哺乳動物由来の細胞が使用できる。本発明の方法に使用される細胞に特に限定はなく、任意の細胞を使用することができる。例えば、血液（末梢血、臍帯血など）、骨髄などの体液、組織又は器官より採取、単離、精製、誘導された末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血球系細胞、造血幹細胞、臍帯血単核球、線維芽細胞、前駆脂肪細胞、肝細胞、血球細胞、皮膚角化細胞、間葉系幹細胞、造血幹細胞、脂肪幹細胞、各種癌細胞株、歯周靭帯線維芽細胞又は神経幹細胞を使用することができる。前記の細胞は生体より採取されたもの、又は細胞株として樹立されたもののどちらでもよい。製造された遺伝子導入細胞もしくは当該細胞より分化させた細胞を生体に移植することが望まれる場合には、その生体自身又は同種の生体から採取された細胞より遺伝子導入細胞を製造することが好ましい。

本発明の方法において、本発明のベクターを細胞に導入する工程は、ベクターが有しているＬＴＲ配列及びパッケージングシグナル配列に基づいて適切なパッケージング細胞を選択し、これを使用してレトロウイルス粒子を調製して実施することができる。例えばＰＧ１３（ＡＴＣＣ ＣＲＬ−１０６８６）、ＰＡ３１７（ＡＴＣＣ ＣＲＬ−９０７８）、ＧＰ＋Ｅ−８６やＧＰ＋ｅｎｖＡｍ−１２（米国特許第５，２７８，０５６号公報）、Ｐｓｉ−Ｃｒｉｐ［米国科学アカデミー紀要、第８５巻、第６４６０−６４６４頁（１９８８）］のパッケージング細胞が例示される。また、トランスフェクション効率の高い２９３細胞や２９３Ｔ細胞を用いてレトロウイルス粒子を作製することもできる。多くの種類のレトロウイルスを基に製造されたレトロウイルスベクター及び当該ベクターのパッケージングに使用可能なパッケージング細胞は、各社より広く市販されている。これらのレトロウイルスベクターから、本発明のベクターの（ａ）〜（ｇ）の配列を有するＤＮＡ断片を調製することが可能である。また、これらのパッケージング細胞を本発明の方法に使用することができる。

本発明には、当該レトロウイルスベクターのゲノムが由来するものとは異種のウイルス由来のエンベロープを有する、シュードタイプ（ｐｓｅｕｄｏｔｙｐｅｄ）パッケージングによって作製されたレトロウイルスも使用することができる。例えばＭＭＬＶ、テナガザル白血病ウイルス（ＧａＬＶ）、水泡性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、ネコ内在性ウイルス（ｆｅｌｉｎｅ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｖｉｒｕｓ）由来のエンベロープやエンベロープとして機能しうるタンパク質を有するシュードタイプレトロウイルスを使用することができる。更に、糖鎖合成に関与する酵素遺伝子などを導入したパッケージング細胞を使用し、糖鎖修飾を受けたタンパクをその表面に有するレトロウイルスベクター粒子を調製することができる。

本発明のベクターを細胞に導入する工程で、導入効率を向上させる機能性物質を用いることもできる（例えば、国際公開第９５／２６２００号パンフレット、国際公開第００／０１８３６号パンフレット）。導入効率を向上させる物質としては、ウイルスベクターに結合する活性を有する物質、例えばフィブロネクチン又はフィブロネクチンフラグメントなどの物質が挙げられる。好適には、ヘパリン結合部位を有するフィブロネクチンフラグメント、例えばレトロネクチン（ＲｅｔｒｏＮｅｃｔｉｎ、登録商標、ＣＨ−２９６、タカラバイオ社製）として市販されているフラグメントを用いることができる。また、レトロウイルスの細胞への感染効率を向上させる作用を有する合成ポリカチオンであるポリブレン、線維芽細胞増殖因子、Ｖ型コラーゲン、ポリリジン又はＤＥＡＥ−デキストランを使用することができる。

本発明の好適な態様において、前記の機能性物質は適切な固相、例えば細胞培養に使用される容器（プレート、シャーレ、フラスコもしくはバッグ等）又は担体（マイクロビーズ等）に固定化された状態で使用することができる。

（３）本発明の遺伝子導入細胞
本発明の遺伝子導入細胞は、前記（２）の製造方法により、前記（１）のレトロウイルスベクターが導入された細胞である。本発明の遺伝子導入細胞は、外来性の所望の遺伝子を発現し、特定の内在性遺伝子の発現が抑制されている。

本発明の一態様として、特定の抗原を認識する外来性ＴＣＲを導入した遺伝子導入細胞が挙げられる。外来性ＴＣＲが導入されたＴ細胞が投与される疾患としては、当該Ｔ細胞に感受性を示す疾患であればよく特に限定はないが、例えば、がん（白血病、固形腫瘍など）、肝炎や、インフルエンザ、ＨＩＶなどのウイルス、細菌、真菌が原因となる感染性疾患、例えば結核、ＭＲＳＡ、ＶＲＥ、深在性真菌症が例示される。また、本発明の細胞は、骨髄移植や放射線照射後の感染症予防、再発白血病の寛解を目的としたドナーリンパ球輸注などにも利用できる。

以下に実施例を挙げて本発明を更に具体的に説明するが、本発明は以下の実施例のみに限定されるものではない。
また、本明細書に記載の操作のうち、基本的な操作については２００１年、コールド スプリング ハーバー ラボラトリー発行、Ｔ．マニアティス（Ｔ．Ｍａｎｉａｔｉｓ）ら編集、モレキュラー クローニング：ア ラボラトリー マニュアル第３版（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ３ｒｄ ｅｄ．）に記載の方法によった。

実施例１ コドン変換型ヒトＴ細胞受容体α及びβ遺伝子の作製
国際公開第２００８／１５３０２９号パンフレット（出典明示により、本明細書の一部とする）に記載の方法に従い、コドン変換型のヒト抗ＭＡＧＥ−Ａ４ ＴＣＲα鎖遺伝子を、野生型の遺伝子の一部を変換して作製した。この遺伝子を含む核酸断片を、ｐＰＣＲ−Ｓｃｒｉｐｔ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）の制限酵素ＫｐｎＩ−ＸｈｏＩサイトにクローニングした。
同様に、コドン変換型のヒト抗ＭＡＧＥ−Ａ４ ＴＣＲβ鎖遺伝子を、野生型の遺伝子の一部を変換して作製した。この遺伝子を含む核酸断片を、ｐＰＣＲ−Ｓｃｒｉｐｔの制限酵素ＫｐｎＩ−ＸｈｏＩサイトにクローニングした。

実施例２ コドン変換型ＴＣＲ発現レトロウイルスベクターの作製
まず、ｐＭＳＣＶｎｅｏ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ社製）を鋳型に配列番号１記載の３ＭＳＣＶ５プライマー及び配列番号２記載の３ＭＳＣＶ３プライマーでＰＣＲを行い、ＭＳＣＶ３’ＬＴＲ部位を増幅し、制限酵素ＸｈｏＩとＥｃｏＲＩで切断し、ｐＭＴベクター［ジーン セラピー（Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ）、第１１巻、第９４−９９頁（２００４）に記載されているｐＭＴベクター］のＸｈｏＩ−ＥｃｏＲＩサイトにクローニングし、ｐＭＳ−ＭＣを作製した。更に、ｐＭＥＩ−５ベクター（タカラバイオ社製）を制限酵素ＭｌｕＩとＸｈｏＩにて切断し、ｐＭＳ−ＭＣのＭｌｕＩ−ＸｈｏＩサイトへ挿入し、ｐＭＳ３−ＭＣを作製した。ｐＭＳ３−ＭＣは、５’末端から順にＭＭＬＶ由来の５’ＬＴＲ、ＭＭＬＶ由来のＳＤ配列、ＭＭＬＶ由来のψ、変異を導入したヒトＥＦ１α遺伝子由来のＳＡ配列、Ｕ３領域はＭＳＣＶ由来で残りの領域はＭＭＬＶ由来の３’ＬＴＲを含む。
図１に示すように、ｐＭＳ３−ＭＣに挿入するＤＮＡ断片を調製した。コドン変換型のヒト抗ＭＡＧＥ−Ａ４ ＴＣＲα鎖をコードするＤＮＡ（図１中、ＴＣＲαと表記する）を配列番号３記載のＭＡＧＥ−ＡＦプライマー及び配列番号４記載のＭＡＧＥ−ＡＲプライマーを用いてＰＣＲにて増幅した。同様にコドン変換型のヒト抗ＭＡＧＥ−Ａ４ ＴＣＲβ鎖をコードするＤＮＡ（図１中、ＴＣＲβと表記する）を配列番号５記載のＭＡＧＥ−ＢＦプライマー及び配列番号６記載のＭＡＧＥ−ＢＲプライマーを用いてＰＣＲにて増幅した。前記の２種のＤＮＡの増幅には実施例１で作製された組換えプラスミドを鋳型に用いた。更に、配列番号７に示すＴ２Ａペプチド配列を含む人工合成遺伝子（図１中、Ｔ２Ａと表記する）を鋳型として配列番号８記載のＴ２Ａ−Ｆプライマー及び配列番号９記載のＴ２Ａ−Ｒプライマーを用いてＰＣＲにて増幅した。これらの増幅産物を、ＮｏｔＩ−ＸｈｏＩにて消化したｐＭＳ３−ＭＣベクターにＩｎ−Ｆｕｓｉｏｎ Ａｄｖａｎｔａｇｅ ＰＣＲ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｋｉｔ（クロンテック社製）を使用してクローニングし、ｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａベクターを作製した。

実施例３ コドン変換型ＴＣＲ及びｓｉＲＮＡ発現レトロウイルスベクターの作製
配列番号１０に示す人工遺伝子（図２中、ｓｉＲＮＡ生成配列と表記する）を合成した。この人工遺伝子は、４種類のステム−ループ構造を形成する一本鎖ＲＮＡを転写し、野生型ＴＣＲα及び野生型ＴＣＲβに対するｓｉＲＮＡ各２種類合計４種類を生成する。この人工合成遺伝子を鋳型とし、配列番号１１に示すｌｏｏｐ−Ｍｌｕ−Ｆプライマーと配列番号１２に示すｌｏｏｐ−Ｍｌｕ−Ｒプライマーを用いたＰＣＲを行って増幅ＤＮＡ断片を得た。図２に示すように、このＤＮＡ断片をｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２ＡａベクターのＭｌｕＩ消化物へ、Ｉｎ−Ｆｕｓｉｏｎ Ａｄｖａｎｔａｇｅ ＰＣＲ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｋｉｔ（クロンテック社製）を使用してクローニングし、ｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａベクターを作製した。

実施例４ レトロウイルス溶液の作製
プラスミドベクターｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ及びｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａにより大腸菌ＪＭ１０９をそれぞれ形質転換し、形質転換体を得た。これら形質転換体の保持するプラスミドＤＮＡをＱＩＡＧＥＮ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｍｉｄｉ Ｋｉｔ（キアゲン社製）を用いてそれぞれ精製し、トランスフェクション用ＤＮＡとして以下の操作に供した。
調製したｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ及びｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａプラスミドを２９３Ｔ細胞にそれぞれトランスフェクトした。この操作にはＲｅｔｏｒｏｖｉｒｕｓ Ｐａｃｋａｇｉｎｇ Ｋｉｔ Ｅｃｏ（タカラバイオ社製）をその製品プロトコールに従って使用した。得られた形質導入細胞より各種エコトロピックウイルスを含有する上清液を獲得し、０．４５μｍフィルター（Ｍｉｌｅｘ ＨＶ、ミリポア社製）にてろ過した。この上清を用いて、ポリブレンを使用する方法によりＰＧ１３細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ−１０６８６）細胞にエコトロピックウイルスを感染させた。得られた細胞の培養上清を回収し、０．４５μｍフィルターによりろ過し、コドン変換型ＴＣＲ発現レトロウイルス溶液（ＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）及びコドン変換型ＴＣＲ−ｓｉＲＮＡ共発現レトロウイルス溶液（Ｍｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）とした。

実施例５ ヒトＰＢＭＣへのコドン変換型ＴＣＲ及びコドン変換型ＴＣＲ−ｓｉＲＮＡ共発現レトロウイルスベクターの感染１
インフォームドコンセントの得られたヒト末梢血より分離した末梢血単核球（ＰＢＭＣ）に、実施例４で作製したコドン変換型ＴＣＲ発現レトロウイルス溶液（ＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）及びコドン変換型ＴＣＲ−ｓｉＲＮＡ共発現レトロウイルス溶液（Ｍｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）を、レトロネクチン（登録商標、タカラバイオ社製）を用いた標準的な方法で２回感染を行い、コドン変換型ＴＣＲ導入ＰＢＭＣ及びコドン変換型ＴＣＲ導入−ｓｉＲＮＡ共発現ＰＢＭＣをそれぞれ作製した。２回目のウイルス感染３日後に細胞を回収し、ＱＩＡＧＥＮ ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（キアゲン社製）にて全ＲＮＡの抽出及びＤＮａｓｅＩ処理を行った。得られた全ＲＮＡを鋳型とし、ＰｒｉｍｅＳｃｒｉｐｔ ＲＴ ｒｅａｇｅｎｔ Ｋｉｔ（Ｐｅｒｆｅｃｔ Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ）（タカラバイオ社製）を用いたｃＤＮＡ合成を行った。更に、このｃＤＮＡを鋳型とし、ＳＹＢＲ Ｐｒｅｍｉｘ Ｅｘ Ｔａｑ ＩＩ（タカラバイオ社製）及び配列番号１３、１４の野生型ＴＣＲα増幅用プライマー、配列番号１５、１６の野生型ＴＣＲβ増幅用プライマーを用いたリアルタイムＰＣＲを行い、野生型ＴＣＲα、野生型ＴＣＲβ遺伝子発現量を測定してその相対値を算出した。全ＲＮＡ量の補正は配列番号１７、１８のＧＡＰＤＨ遺伝子増幅用プライマーを用いた同様のリアルタイムＰＣＲで測定したＧＡＰＤＨ遺伝子発現量に基づいて行った。

ネガティブコントロールとしてベクターを導入しなかったＰＢＭＣを用意して前記同様に遺伝子発現量を測定し、当該細胞における野生型ＴＣＲα、野生型ＴＣＲβ遺伝子発現の相対値に対する各実験群での発現の相対値の割合を算出することによって野生型ＴＣＲ遺伝子の抑制効果を評価した。図３に結果を示す。図中、縦軸は遺伝子の発現量についてベクターを導入しなかったネガティブコントロールを１００とした時の相対値で示す。横軸は、導入したレトロウイルスを示す。図３に示されるように、コドン変換型ＴＣＲ導入ＰＢＭＣ（ＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）において、野生型ＴＣＲα及びβ遺伝子の発現は抑制されないが、コドン変換型ＴＣＲ導入−ｓｉＲＮＡ共発現ＰＢＭＣ（Ｍｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）において、野生型ＴＣＲα及びβ遺伝子発現は抑制された。

実施例６ ヒトＰＢＭＣへのコドン変換型ＴＣＲ及びコドン変換型ＴＣＲ−ｓｉＲＮＡ共発現レトロウイルスベクターの感染２
実施例５と同様に、コドン変換型ＴＣＲ導入ＰＢＭＣ及びコドン変換型ＴＣＲ導入−ｓｉＲＮＡ共発現ＰＢＭＣを作製した。２回目のウイルス感染３日後に細胞を回収し、ＨＬＡ−Ａ２４０２ ＭＡＧＥ−Ａ４ テトラマー−ＰＥ（ＭＢＬ社製）及びＦＩＴＣ標識抗Ｈｕｍａｎ ＣＤ８ 抗体（べクトンディッキンソン社製）により染色した。フローサイトメーターを使用し、染色後の細胞について、ＣＤ８陽性であって、かつテトラマー陽性である細胞の割合及びＰＥの平均蛍光強度を測定した。図４にＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率を示し、図５にＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞に由来するフィコエリスリン（ＰＥ）の平均蛍光強度を示す。横軸は、導入したレトロウイルス及び希釈率を示し、縦軸はＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率（図４）及びＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞由来のＰＥの平均蛍光強度（図５）を示す。なお、図５の平均蛍光強度はＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞における、抗ＭＡＧＥ−Ａ４ ＴＣＲの発現量を反映している。図４及び５に示されるように、コドン変換型ＴＣＲ導入−ｓｉＲＮＡ共発現ＰＢＭＣ（Ｍｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）は、野生型ＴＣＲα及びβの発現が抑制されたことにより、導入されたコドン変換型ＴＣＲのα／β複合タンパクの発現率及び発現強度の増強が見られた。

また、２回目のウイルス感染３日後に細胞を回収し、ＦａｓｔＰｕｒｅ ＤＮＡ ｋｉｔ（タカラバイオ社製）を用いてゲノムＤＮＡを抽出し、Ｐｒｏｖｉｒｕｓ Ｃｏｐｙ Ｎｕｍｂｅｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｐｒｉｍｅｒ Ｓｅｔ，Ｈｕｍａｎ（タカラバイオ社製）とＣｙｃｌｅａｖｅＰＣＲ Ｃｏｒｅ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製）を用いて、ゲノムに組み込まれたウイルスコピー数の測定を行った。図６及び図７に結果を示す。図中、横軸はウイルスコピー数を示し、縦軸は、ＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率（図６）及びＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞の平均蛍光強度（図７）を示す。図６及び図７に示すように、コドン変換型ＴＣＲ導入−ｓｉＲＮＡ共発現ＰＢＭＣ（Ｍｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）は、野生型ＴＣＲα及びβの発現が抑制されたことにより、コドン変換型ＴＣＲ導入ＰＢＭＣ（ＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ）と比べて、より低いウイルスコピー数でより高いＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率が得られ、また、前記テトラマー陽性細胞由来の蛍光の平均強度も高かった。すなわち、ｓｉＲＮＡ発現ユニットを導入した細胞においてコドン変換型ＴＣＲのα／β複合タンパク質の発現率及び発現強度の増強が見られた。

実施例７ コドン変換型ヒトＴ細胞受容体α及びβ遺伝子の作製
Ａｎ Ｊら、インターナショナル ジャーナル オブ ヘマトロジー（Ｉｎｔ．Ｊ．Ｈｅｍａｔｏｌ．）、第９３巻、第１７６−１８５頁（２０１１）（出典明示により、本明細書の一部とする）の記載に従い、腫瘍抗原ＷＴ１の２３５−２４３のペプチドを認識するＴＣＲα鎖遺伝子又はＴＣＲβ鎖遺伝子を含む核酸断片をそれぞれ調製した。ＴＣＲα鎖及びＴＣＲβ鎖をコードする遺伝子のＣ領域に対し、野生型のＴＣＲの塩基配列を、コドン変換型ＴＣＲとする表１に示すそれぞれ２個所の変異を、変異導入プライマーとＰＣＲにより導入した。野生型とコドン変換型の塩基配列がコードするアミノ酸配列は共通であるが、コドン変換型ＴＣＲの塩基配列には変異が導入されているので、実際例３記載のＤＮＡより転写される二本鎖ｓｉＲＮＡによりコドン変換型ＴＣＲの発現は抑制されない。

実施例８ コドン変換型ＴＣＲ発現レトロウイルスベクターの作製
実施例７で作製したコドン変換型のヒト抗ＷＴ１ ＴＣＲα鎖遺伝子及びＴＣＲβ鎖遺伝子を含む核酸断片を鋳型としてＰＣＲにより増幅した増幅産物、実施例２に記載するＴ２Ａペプチド配列をコードする人工遺伝子の増幅産物を、ＡｐａＩ−ＸｈｏＩにて消化した実施例２のｐＭＳ３−ＭＣベクターにＩｎ−Ｆｕｓｉｏｎ Ａｄｖａｎｔａｇｅ ＰＣＲ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｋｉｔ（クロンテック社製）を使用してクローニングし、ｐＭＳ３−ＷＴ１−ａ２Ａｂベクター（ベクターＡ）を作製した。

実施例９ コドン変換型ＴＣＲ及びｓｉＲＮＡ発現レトロウイルスベクターの作製
実施例３で合成した４種類のｓｉＲＮＡを生成する人工遺伝子の増幅産物を、図８に示すように、ｐＭＳ３−ＷＴ１−ａ２Ａｂベクター（ベクターＡ）の各部位に挿入した。すなわち、ＴＣＲ遺伝子と３’ＬＴＲの間に挿入したｐＭＳ３−ＷＴ１−ａ２Ａｂ−ｌｏｏｐ−ｓｉＴＣＲ（ベクターＢ）、ＳＡ配列とＴＣＲ遺伝子の間に挿入したｐＭＳ３−ｌｏｏｐ−ＷＴ１−ａ２Ａｂ−ｓｉＴＣＲ（ベクターＣ）、ＳＤ配列とＳＡ配列の間に挿入したｐＭｕ１−ＷＴ１−ａ２Ａｂ−ｓｉＴＣＲ（ベクターＤ、以下「ｐＭｕ１−ＷＴ１−ａ２Ａｂ」と称する場合もある）を作製した。

実施例１０ コドン変換型ＴＣＲ−ｓｉＲＮＡ共発現レトロウイルスベクターの比較
実施例８及び実施例９で調製した各ベクターから、実施例４と同様の方法でレトロウイルス溶液を作製した。実施例６と同様の方法でヒトＰＢＭＣに各ベクターを導入し、２回目のウイルス感染３日後に細胞を回収して、ＷＴ１テトラマー陽性細胞率、ＷＴ１テトラマー陽性細胞の平均蛍光強度、及びゲノムに組み込まれたウイルスコピー数の測定を行った。図９及び図１０に結果を示す。図中、横軸はウイルスコピー数を示し、縦軸は、ＷＴ１テトラマー陽性細胞率（図９）及びＷＴ１テトラマー陽性細胞の平均蛍光強度（図１０）を示す。図９及び図１０に示すように、ベクターＤが導入された細胞はベクターＡ〜Ｃが導入された細胞と比べて、より低いウイルスコピー数でより高いＷＴ１テトラマー陽性細胞率と平均蛍光強度が得られ、導入したコドン変換型抗ＴＣＲのα／β複合タンパク質の発現率及び発現強度の増強が見られた。

実施例１１ コドン変換型ＴＣＲ発現レトロウイルスベクターの作製
図１１に示すように、実施例２にて作製したｐＭＳ３−ＭＣに挿入するＤＮＡ断片を調製した。コドン変換型のヒト抗ＭＡＧＥ−Ａ４ ＴＣＲα鎖をコードするＤＮＡ（図１１中、ＴＣＲαと表記する）を配列番号３１記載のＭＡＧＥ−ＡＦ２プライマー及び配列番号３２記載のＭＡＧＥ−ＡＲ２プライマーを用いてＰＣＲにて増幅した。同様にコドン変換型のヒト抗ＭＡＧＥ−Ａ４ ＴＣＲβ鎖をコードするＤＮＡ（図１１中、ＴＣＲβと表記する）を配列番号３３記載のＭＡＧＥ−ＢＦ２プライマー及び配列番号３４記載のＭＡＧＥ−ＢＲ２プライマーを用いてＰＣＲにて増幅した。前記の２種のＤＮＡの増幅には実施例１で作製された組換えプラスミドを鋳型に用いた。更に、配列番号７に示すＴ２Ａペプチド配列を含む人工合成遺伝子（図１１中、Ｔ２Ａと表記する）を鋳型として配列番号８記載のＴ２Ａ−Ｆプライマー及び配列番号９記載のＴ２Ａ−Ｒプライマーを用いてＰＣＲにて増幅した。これらの増幅産物を、ＮｏｔＩ−ＸｈｏＩにて消化したｐＭＳ３−ＭＣベクターにＩｎ−Ｆｕｓｉｏｎ Ａｄｖａｎｔａｇｅ ＰＣＲ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｋｉｔを使用してクローニングし、ｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂベクターを作製した。

実施例１２ コドン変換型ＴＣＲ及びｓｉＲＮＡ発現レトロウイルスベクターの作製
実施例３と同様にして、ｓｉＲＮＡ生成配列を含むＤＮＡ断片を、ＭｌｕＩにて消化した実施例１１のｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂベクターへクローニングし、ｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂベクターを作製した（図１２）。

実施例１３ コドン変換型ＴＣＲ発現レトロウイルスベクターの作製
実施例７で作製したコドン変換型のヒト抗ＷＴ１ ＴＣＲα鎖遺伝子及びＴＣＲβ鎖遺伝子を含む核酸断片を鋳型としてＰＣＲにより増幅した増幅産物、実施例２に記載するＴ２Ａペプチド配列をコードする人工遺伝子の増幅産物を、ＡｐａＩ−ＸｈｏＩにて消化した実施例２のｐＭＳ３−ＭＣベクターにクローニングし、ｐＭＳ３−ＷＴ１−ｂ２Ａａベクター（ベクターＥ）を作製した（図１３）。

実施例１４ コドン変換型ＴＣＲ及びｓｉＲＮＡ発現レトロウイルスベクターの作製
実施例３で合成した４種類のｓｉＲＮＡを生成する人工遺伝子の増幅産物を、実施例１３のｐＭＳ３−ＷＴ１−ｂ２Ａａベクター（ベクターＥ）のＳＤ配列とＳＡ配列の間に挿入し、ｐＭｕ１−ＷＴ１−ｂ２Ａａ（ベクターＦ）を作製した（図１３）。

実施例１５ コドン変換型ＴＣＲ発現レトロウイルスベクター及びコドン変換型ＴＣＲ−ｓｉＲＮＡ共発現レトロウイルスベクターの比較
実施例２、３、１１、１２で調製した各ベクター(ｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ、ｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａ、ｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂ、ｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂ)を用いて実施例４と同様の方法でレトロウイルス溶液を作製した。実施例６と同様の方法でヒトＰＢＭＣに各ベクターを導入し、２回目のウイルス感染３日後に細胞を回収して、ＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率、ＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞の平均蛍光強度、及びゲノムに組み込まれたウイルスコピー数の測定を行った。図１４にｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２ＡａとｐＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂの結果を示す。図１５にｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２ＡａとｐＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂの結果を示す。図中、横軸はウイルスコピー数を示し、縦軸は、ＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率（図１４左、図１５左）及びＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞の平均蛍光強度（図１４右、１５右）を示す。図１４及び図１５に示すように、ＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａベクターが導入された細胞はＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂベクターが導入された細胞と比べて、より低いウイルスコピー数でより高いＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率と平均蛍光強度が得られ、また、Ｍｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ｂ２Ａａベクターが導入された細胞はＭｕ１−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂベクターが導入された細胞と比べて、より低いウイルスコピー数でより高いＭＡＧＥ−Ａ４テトラマー陽性細胞率と平均蛍光強度が得られ、導入したコドン変換型抗ＴＣＲのα／β複合タンパク質の発現率及び発現強度の増強が見られた。

また、実施例８、９、１３、１４で調製した各ベクター(ｐＭＳ３−ＷＴ１−ａ２Ａｂ、ｐＭｕ１−ＷＴ１−ａ２Ａｂ、ｐＭＳ３−ＷＴ１−ｂ２Ａａ、ｐＭｕ１−ＷＴ１−ｂ２Ａａ)を用いて実施例４と同様の方法でレトロウイルス溶液を作製した。実施例６と同様の方法でヒトＰＢＭＣに各ベクターを導入し、２回目のウイルス感染３日後に細胞を回収して、ＷＴ１テトラマー陽性細胞率、ＷＴ１テトラマー陽性細胞の平均蛍光強度、及びゲノムに組み込まれたウイルスコピー数の測定を行った。図１６にｐＭＳ３−ＷＴ１−ａ２ＡｂとｐＭＳ３−ＷＴ１−ｂ２Ａａの結果を示す。図１７にｐＭｕ１−ＷＴ１−ａ２ＡｂとｐＭｕ１−ＷＴ１−ｂ２Ａａの結果を示す。図中、横軸はウイルスコピー数を示し、縦軸は、ＷＴ１テトラマー陽性細胞率（図１６左、図１７左）及びＷＴ１テトラマー陽性細胞の平均蛍光強度（図１６右、図１７右）を示す。図１６及び図１７に示すように、ＭＳ３−ＷＴ１−ｂ２Ａａベクターが導入された細胞はＭＳ３−ＭＡＧＥ−Ａ４−ａ２Ａｂベクターが導入された細胞と比べて、より低いウイルスコピー数でより高いＷＴ１テトラマー陽性細胞率と平均蛍光強度が得られ、また、Ｍｕ１−ＷＴ１−ｂ２Ａａベクターが導入された細胞はＭｕ１−ＷＴ１−ａ２Ａｂベクターが導入された細胞と比べて、より低いウイルスコピー数でより高いＷＴ１テトラマー陽性細胞率と平均蛍光強度が得られ、導入したコドン変換型抗ＴＣＲのα／β複合タンパク質の発現率及び発現強度の増強が見られた。

本発明は、効率よく所望の遺伝子が発現し、かつ効率よく特定の遺伝子の発現を抑制する能力を有するレトロウイルスベクター、当該ベクターを使用する遺伝子導入細胞の製造方法、当該ベクターが導入された細胞である。これらのレトロウイルスベクター、遺伝子導入細胞の製造方法及び遺伝子導入細胞は、タンパク質の製造、細胞医療による疾患の治療及びそのための研究、試験に極めて有用である。

SEQ ID NO:1: 3MSCV5 primer
SEQ ID NO:2: 3MSCV3 primer
SEQ ID NO:3: MAGE-AF primer
SEQ ID NO:4: MAGE-AR primer
SEQ ID NO:5: MAGE-BF primer
SEQ ID NO:6: MAGE-BR primer
SEQ ID NO:7: T2A peptide coding sequence
SEQ ID NO:8: T2A-F primer
SEQ ID NO:9: T2A-R primer
SEQ ID NO:10: siRNA generating sequence for wild type TCR genes
SEQ ID NO:11: loop-Mlu-F primer
SEQ ID NO:12: Loop-Mlu-R primer
SEQ ID NO:13: wild type TCR alpha chain amplification primer F
SEQ ID NO:14: wild type TCR alpha chain amplification primer R
SEQ ID NO:15: wild type TCR beta chain amplification primer F
SEQ ID NO:16: wild type TCR beta chain amplification primer R
SEQ ID NO:17: GAPDH amplification primer F
SEQ ID NO:18: GAPDH amplification primer R
SEQ ID NO:19: A part of wild type TCR alpha chain coding sequence
SEQ ID NO:20: A part of codon modified TCR alpha chain coding sequence
SEQ ID NO:21: A part of TCR alpha chain amino acid sequence
SEQ ID NO:22: A part of wild type TCR alpha chain coding sequence
SEQ ID NO:23: A part of codon modified TCR alpha chain coding sequence
SEQ ID NO:24: A part of TCR alpha chain amino acid sequence
SEQ ID NO:25: A part of wild type TCR beta chain coding sequence
SEQ ID NO:26: A part of codon modified TCR beta chain coding sequence
SEQ ID NO:27: A part of TCR beta chain amino acid sequence
SEQ ID NO:28: A part of wild type TCR beta chain coding sequence
SEQ ID NO:29: A part of codon modified TCR beta chain coding sequence
SEQ ID NO:30: A part of TCR beta chain amino acid sequence
SEQ ID NO:31: MAGE-AF2 primer
SEQ ID NO:32: MAGE-AR2 primer
SEQ ID NO:33: MAGE-BF2 primer
SEQ ID NO:34: MAGE-BR2 primer

Claims (8)

1. ５’末端から順に、
   （ａ）レトロウイルス由来の５’ＬＴＲ（Ｌｏｎｇ Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｒｅｐｅａｔ）配列、
   （ｂ）スプライスドナー（ＳＤ）配列、
   （ｃ）レトロウイルス由来のパッケージングシグナル配列（ψ）、
   （ｄ）少なくとも１つのステム−ループ構造を形成し、哺乳動物細胞内でＲＮＡ干渉を誘導するＲＮＡが転写されるｓｉＲＮＡ生成配列、
   （ｅ）スプライスアクセプター（ＳＡ）配列、
   （ｆ）所望の遺伝子の配列、
   （ｇ）レトロウイルス由来の３’ＬＴＲ配列、
   の各配列の核酸を含むレトロウイルスベクターであって、所望の遺伝子がポリシストロニックに連結したＴＣＲα鎖及びＴＣＲβ鎖をコードする遺伝子である前記ベクター。
2. ｓｉＲＮＡ生成配列が野生型ＴＣＲの定常領域をコードするｍＲＮＡに作用して発現を抑制するｓｉＲＮＡを生成する配列であり、所望の遺伝子が定常領域の塩基配列に変異を導入したＴＣＲをコードする遺伝子であり、前記変異を導入したＴＣＲをコードする遺伝子は前記ｓｉＲＮＡにより発現の抑制を受けない、請求項１記載のレトロウイルスベクター。
3. レトロウイルスがオンコレトロウイルス又はレンチウイルスである請求項１記載のレトロウイルスベクター。
4. ＳＡ配列がＬＴＲと異種のウイルス由来又は哺乳動物由来の配列である請求項１記載のレトロウイルスベクター。
5. 請求項１〜４のいずれか１項記載のレトロウイルスベクターを細胞に導入する工程を含む遺伝子導入細胞の製造方法。
6. 細胞がＴ細胞又はＴ細胞を含有する細胞集団である請求項５記載の遺伝子導入細胞の製造方法。
7. 請求項１〜４のいずれか１項記載のレトロウイルスベクターが導入された遺伝子導入細胞。
8. 細胞がＴ細胞又はＴ細胞を含有する細胞集団である請求項７記載の遺伝子導入細胞。

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