JP5756995B2 - 新規蛍光性人工塩基 - Google Patents
新規蛍光性人工塩基 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5756995B2 JP5756995B2 JP2011535487A JP2011535487A JP5756995B2 JP 5756995 B2 JP5756995 B2 JP 5756995B2 JP 2011535487 A JP2011535487 A JP 2011535487A JP 2011535487 A JP2011535487 A JP 2011535487A JP 5756995 B2 JP5756995 B2 JP 5756995B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- group
- derivative
- nucleic acid
- artificial base
- nucleotide
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 116
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 113
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 113
- -1 2-thiazolyl Chemical group 0.000 claims description 112
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 93
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 78
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 71
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 70
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 59
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims description 50
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 claims description 47
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims description 45
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 44
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 claims description 43
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims description 41
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims description 41
- 230000010076 replication Effects 0.000 claims description 36
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 claims description 30
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 29
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims description 21
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 21
- 230000005284 excitation Effects 0.000 claims description 20
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 20
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 20
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 15
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 14
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 14
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 claims description 13
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 claims description 12
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 claims description 12
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 claims description 11
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 claims description 11
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 10
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 claims description 10
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 claims description 10
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 claims description 10
- HMFHBZSHGGEWLO-TXICZTDVSA-N beta-D-ribose Chemical group OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-TXICZTDVSA-N 0.000 claims description 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 9
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 claims description 8
- 239000005549 deoxyribonucleoside Substances 0.000 claims description 8
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 8
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 8
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 8
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 claims description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 7
- 125000000175 2-thienyl group Chemical group S1C([*])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 6
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 claims description 6
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 claims description 6
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 claims description 6
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 claims description 6
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 claims description 6
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 claims description 6
- 125000000437 thiazol-2-yl group Chemical group [H]C1=C([H])N=C(*)S1 0.000 claims description 6
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 claims description 6
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 claims description 5
- 108020004491 Antisense DNA Proteins 0.000 claims description 5
- 239000003816 antisense DNA Substances 0.000 claims description 5
- 125000000335 thiazolyl group Chemical group 0.000 claims description 5
- 125000001544 thienyl group Chemical group 0.000 claims description 5
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 claims description 4
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 claims description 4
- 108091008102 DNA aptamers Proteins 0.000 claims description 4
- 108091027757 Deoxyribozyme Proteins 0.000 claims description 4
- 108091008103 RNA aptamers Proteins 0.000 claims description 4
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 4
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 claims description 4
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims description 4
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 claims description 3
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 claims description 3
- 150000002431 hydrogen Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000000547 substituted alkyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000003821 2-(trimethylsilyl)ethoxymethyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si](C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C(OC([H])([H])[*])([H])[H] 0.000 claims description 2
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 2
- 101000794020 Homo sapiens Bromodomain-containing protein 8 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001006782 Homo sapiens Kinesin-associated protein 3 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000615355 Homo sapiens Small acidic protein Proteins 0.000 claims description 2
- WGKGADVPRVLHHZ-ZHRMCQFGSA-N N-[(1R,2R,3S)-2-hydroxy-3-phenoxazin-10-ylcyclohexyl]-4-(trifluoromethoxy)benzenesulfonamide Chemical compound O[C@H]1[C@@H](CCC[C@@H]1N1C2=CC=CC=C2OC2=C1C=CC=C2)NS(=O)(=O)C1=CC=C(OC(F)(F)F)C=C1 WGKGADVPRVLHHZ-ZHRMCQFGSA-N 0.000 claims description 2
- 108020004422 Riboswitch Proteins 0.000 claims description 2
- 241000239226 Scorpiones Species 0.000 claims description 2
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 claims description 2
- 125000005440 p-toluyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1C(*)=O)C([H])([H])[H] 0.000 claims description 2
- 125000001981 tert-butyldimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([H])(C([H])([H])[H])[*]C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 claims description 2
- 125000003718 tetrahydrofuranyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000001412 tetrahydropyranyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000002088 tosyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1C([H])([H])[H])S(*)(=O)=O 0.000 claims description 2
- 238000007397 LAMP assay Methods 0.000 claims 1
- 102100021255 Small acidic protein Human genes 0.000 claims 1
- 239000002924 silencing RNA Substances 0.000 claims 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 106
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 102
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 93
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 90
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 78
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 75
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 51
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 50
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 37
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 35
- 235000019439 ethyl acetate Nutrition 0.000 description 32
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 31
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 30
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 30
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 29
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 29
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 27
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical group N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 23
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical class O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 22
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 18
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 18
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-dimethylformamide Substances CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 15
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 15
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 15
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonia chloride Chemical compound [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 108090000331 Firefly luciferases Proteins 0.000 description 14
- WQDUMFSSJAZKTM-UHFFFAOYSA-N Sodium methoxide Chemical compound [Na+].[O-]C WQDUMFSSJAZKTM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N palladium Substances [Pd] KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Substances C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- GAMYYCRTACQSBR-UHFFFAOYSA-N 4-azabenzimidazole Chemical compound C1=CC=C2NC=NC2=N1 GAMYYCRTACQSBR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 13
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 13
- MVXVYAKCVDQRLW-UHFFFAOYSA-N 1h-pyrrolo[2,3-b]pyridine Chemical compound C1=CN=C2NC=CC2=C1 MVXVYAKCVDQRLW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 12
- JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N dichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)Cl JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 11
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 10
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 10
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 10
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 10
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 10
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 9
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 9
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 9
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 9
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 9
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- MZRVEZGGRBJDDB-UHFFFAOYSA-N N-Butyllithium Chemical compound [Li]CCCC MZRVEZGGRBJDDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 8
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 8
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 8
- KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M lithium chloride Chemical compound [Li+].[Cl-] KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 8
- ZZYXNRREDYWPLN-UHFFFAOYSA-N pyridine-2,3-diamine Chemical compound NC1=CC=CN=C1N ZZYXNRREDYWPLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 7
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 7
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 6
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Natural products N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 235000019270 ammonium chloride Nutrition 0.000 description 6
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- 229960005215 dichloroacetic acid Drugs 0.000 description 6
- 238000000119 electrospray ionisation mass spectrum Methods 0.000 description 6
- WRMXOVHLRUVREB-UHFFFAOYSA-N phosphono phosphate;tributylazanium Chemical compound OP(O)(=O)OP([O-])([O-])=O.CCCC[NH+](CCCC)CCCC.CCCC[NH+](CCCC)CCCC WRMXOVHLRUVREB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 125000004545 purin-9-yl group Chemical group N1=CN=C2N(C=NC2=C1)* 0.000 description 6
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 6
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- IMFACGCPASFAPR-UHFFFAOYSA-N tributylamine Chemical compound CCCCN(CCCC)CCCC IMFACGCPASFAPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 5
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 5
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 5
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 5
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108010052090 Renilla Luciferases Proteins 0.000 description 5
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 5
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 5
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 5
- IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N chlorotrimethylsilane Chemical compound C[Si](C)(C)Cl IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 5
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 5
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 5
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 5
- 229910052763 palladium Inorganic materials 0.000 description 5
- 239000000047 product Substances 0.000 description 5
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 5
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 5
- HWCKGOZZJDHMNC-UHFFFAOYSA-M tetraethylammonium bromide Chemical compound [Br-].CC[N+](CC)(CC)CC HWCKGOZZJDHMNC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- VXBHLQIFGXDFDS-UHFFFAOYSA-N tributyl-(5-thiophen-2-ylthiophen-2-yl)stannane Chemical compound S1C([Sn](CCCC)(CCCC)CCCC)=CC=C1C1=CC=CS1 VXBHLQIFGXDFDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- BVOITXUNGDUXRW-UHFFFAOYSA-N 2-chloro-1,3,2-benzodioxaphosphinin-4-one Chemical compound C1=CC=C2OP(Cl)OC(=O)C2=C1 BVOITXUNGDUXRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- PCHGYPNRADCIKG-UHFFFAOYSA-N 4-iodo-1h-pyrrolo[2,3-b]pyridine Chemical compound IC1=CC=NC2=C1C=CN2 PCHGYPNRADCIKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 108091033380 Coding strand Proteins 0.000 description 4
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 4
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 4
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 4
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical class CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 235000010724 Wisteria floribunda Nutrition 0.000 description 4
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 4
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- NFHFRUOZVGFOOS-UHFFFAOYSA-N palladium;triphenylphosphane Chemical compound [Pd].C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 NFHFRUOZVGFOOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 4
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 4
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 4
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000005425 toluyl group Chemical group 0.000 description 4
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical class OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- AKWIAIDKXNKXDI-UHFFFAOYSA-N 1h-pyrrole-3-carboxamide Chemical compound NC(=O)C=1C=CNC=1 AKWIAIDKXNKXDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 2-aminopurine Chemical compound NC1=NC=C2N=CNC2=N1 MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 2-diethylaminoethanol Chemical compound CCN(CC)CCO BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- FTBBGQKRYUTLMP-UHFFFAOYSA-N 2-nitro-1h-pyrrole Chemical compound [O-][N+](=O)C1=CC=CN1 FTBBGQKRYUTLMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 3
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N Formic acid Chemical compound OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 3
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 3
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 3
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 3
- DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M Sodium bisulfite Chemical compound [Na+].OS([O-])=O DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 3
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 3
- GCTFWCDSFPMHHS-UHFFFAOYSA-M Tributyltin chloride Chemical compound CCCC[Sn](Cl)(CCCC)CCCC GCTFWCDSFPMHHS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- YLGXWTGNZWCQDL-ISJGIBHGSA-N [(2R,3S,5R)-5-(4-iodopyrrolo[2,3-b]pyridin-1-yl)-3-(2-methylbenzoyl)oxyoxolan-2-yl]methyl 2-methylbenzoate Chemical compound C=1(C(=CC=CC=1)C(=O)O[C@H]1C[C@@H](O[C@@H]1COC(=O)C=1C(=CC=CC=1)C)N1C=CC=2C1=NC=CC=2I)C YLGXWTGNZWCQDL-ISJGIBHGSA-N 0.000 description 3
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 3
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 3
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 3
- UAOMVDZJSHZZME-UHFFFAOYSA-N diisopropylamine Chemical compound CC(C)NC(C)C UAOMVDZJSHZZME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 235000010267 sodium hydrogen sulphite Nutrition 0.000 description 3
- 239000012064 sodium phosphate buffer Substances 0.000 description 3
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 3
- 238000013112 stability test Methods 0.000 description 3
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 3
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 3
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 3
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 3
- SDDUGTXURCFAKQ-UHFFFAOYSA-N 1-(4-iodopyrrolo[2,3-b]pyridin-1-yl)ethanone Chemical compound C1=CN=C2N(C(=O)C)C=CC2=C1I SDDUGTXURCFAKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PKUPAJQAJXVUEK-UHFFFAOYSA-N 2-phenoxyacetyl chloride Chemical compound ClC(=O)COC1=CC=CC=C1 PKUPAJQAJXVUEK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MKVJNSKLZQQXDD-UHFFFAOYSA-N 3-[[bis(propan-2-ylamino)amino]-chlorophosphanyl]oxypropanenitrile Chemical compound CC(C)NN(NC(C)C)P(Cl)OCCC#N MKVJNSKLZQQXDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LULAYUGMBFYYEX-UHFFFAOYSA-N 3-chlorobenzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC(Cl)=C1 LULAYUGMBFYYEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LOJNBPNACKZWAI-UHFFFAOYSA-N 3-nitro-1h-pyrrole Chemical compound [O-][N+](=O)C=1C=CNC=1 LOJNBPNACKZWAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- HNTZVGMWXCFCTA-UHFFFAOYSA-N 4-chloro-1h-pyrrolo[2,3-b]pyridine Chemical compound ClC1=CC=NC2=C1C=CN2 HNTZVGMWXCFCTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JXLJWVYXLXLEOY-UHFFFAOYSA-N 5-chloro-1,3,2-benzodioxaphosphinin-4-one Chemical compound O1POC(=O)C2=C1C=CC=C2Cl JXLJWVYXLXLEOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N D-mannomethylose Natural products CC1OC(O)C(O)C(O)C1O SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 description 2
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 description 2
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 description 2
- 239000012359 Methanesulfonyl chloride Substances 0.000 description 2
- 150000001204 N-oxides Chemical class 0.000 description 2
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 2
- YTPLMLYBLZKORZ-UHFFFAOYSA-N Thiophene Chemical compound C=1C=CSC=1 YTPLMLYBLZKORZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IHNHAHWGVLXCCI-FDYHWXHSSA-N [(2r,3r,4r,5s)-3,4,5-triacetyloxyoxolan-2-yl]methyl acetate Chemical compound CC(=O)OC[C@H]1O[C@@H](OC(C)=O)[C@H](OC(C)=O)[C@@H]1OC(C)=O IHNHAHWGVLXCCI-FDYHWXHSSA-N 0.000 description 2
- WETWJCDKMRHUPV-UHFFFAOYSA-N acetyl chloride Chemical compound CC(Cl)=O WETWJCDKMRHUPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012346 acetyl chloride Substances 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 2
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 244000309466 calf Species 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 2
- FOCAUTSVDIKZOP-UHFFFAOYSA-N chloroacetic acid Chemical compound OC(=O)CCl FOCAUTSVDIKZOP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940106681 chloroacetic acid Drugs 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 2
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RXKJFZQQPQGTFL-UHFFFAOYSA-N dihydroxyacetone Chemical compound OCC(=O)CO RXKJFZQQPQGTFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 2
- 238000002189 fluorescence spectrum Methods 0.000 description 2
- 238000003234 fluorescent labeling method Methods 0.000 description 2
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 2
- DRAVOWXCEBXPTN-UHFFFAOYSA-N isoguanine Chemical compound NC1=NC(=O)NC2=C1NC=N2 DRAVOWXCEBXPTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- QARBMVPHQWIHKH-UHFFFAOYSA-N methanesulfonyl chloride Chemical compound CS(Cl)(=O)=O QARBMVPHQWIHKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZGEGCLOFRBLKSE-UHFFFAOYSA-N methylene hexane Natural products CCCCCC=C ZGEGCLOFRBLKSE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 2
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 description 2
- OHDXDNUPVVYWOV-UHFFFAOYSA-N n-methyl-1-(2-naphthalen-1-ylsulfanylphenyl)methanamine Chemical compound CNCC1=CC=CC=C1SC1=CC=CC2=CC=CC=C12 OHDXDNUPVVYWOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 2
- 125000000951 phenoxy group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(O*)C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- UBQKCCHYAOITMY-UHFFFAOYSA-N pyridin-2-ol Chemical compound OC1=CC=CC=N1 UBQKCCHYAOITMY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 229940079827 sodium hydrogen sulfite Drugs 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 2
- ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N spermidine Chemical compound NCCCCNCCCN ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 description 2
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 2
- 239000010936 titanium Substances 0.000 description 2
- AVBGNFCMKJOFIN-UHFFFAOYSA-N triethylammonium acetate Chemical compound CC(O)=O.CCN(CC)CC AVBGNFCMKJOFIN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VQHFCSMJKUZXDC-JJRVBVJISA-N (2r,3s,5r)-2-(hydroxymethyl)-5-[4-(2-thiophen-2-yl-1,3-thiazol-5-yl)pyrrolo[2,3-b]pyridin-1-yl]oxolan-3-ol Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=CC(C=3SC(=NC=3)C=3SC=CC=3)=C2C=C1 VQHFCSMJKUZXDC-JJRVBVJISA-N 0.000 description 1
- QTEDMOVKOJIHKK-JJRVBVJISA-N (2r,3s,5r)-2-(hydroxymethyl)-5-[4-(5-thiophen-2-yl-1,3-thiazol-2-yl)pyrrolo[2,3-b]pyridin-1-yl]oxolan-3-ol Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=CC(C=3SC(=CN=3)C=3SC=CC=3)=C2C=C1 QTEDMOVKOJIHKK-JJRVBVJISA-N 0.000 description 1
- AKYHKWQPZHDOBW-UHFFFAOYSA-N (5-ethenyl-1-azabicyclo[2.2.2]octan-7-yl)-(6-methoxyquinolin-4-yl)methanol Chemical compound OS(O)(=O)=O.C1C(C(C2)C=C)CCN2C1C(O)C1=CC=NC2=CC=C(OC)C=C21 AKYHKWQPZHDOBW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 1
- MPXDAIBTYWGBSL-UHFFFAOYSA-N 2,4-difluoro-1-methylbenzene Chemical compound CC1=CC=C(F)C=C1F MPXDAIBTYWGBSL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KZDCMKVLEYCGQX-UDPGNSCCSA-N 2-(diethylamino)ethyl 4-aminobenzoate;(2s,5r,6r)-3,3-dimethyl-7-oxo-6-[(2-phenylacetyl)amino]-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carboxylic acid;hydrate Chemical compound O.CCN(CC)CCOC(=O)C1=CC=C(N)C=C1.N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 KZDCMKVLEYCGQX-UDPGNSCCSA-N 0.000 description 1
- XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4-hydroxypyrimidine Chemical compound NC1=NC=CC(O)=N1 XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000005019 2-aminopurines Chemical class 0.000 description 1
- RXNZFHIEDZEUQM-UHFFFAOYSA-N 2-bromo-1,3-thiazole Chemical compound BrC1=NC=CS1 RXNZFHIEDZEUQM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YPYABRHZKNRZKY-UHFFFAOYSA-N 2-cyanoethoxy-N,N-bis(propan-2-ylamino)phosphonamidous acid Chemical compound CC(C)NN(NC(C)C)P(O)OCCC#N YPYABRHZKNRZKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 description 1
- JMTMSDXUXJISAY-UHFFFAOYSA-N 2H-benzotriazol-4-ol Chemical compound OC1=CC=CC2=C1N=NN2 JMTMSDXUXJISAY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QEZRYKFDPRCYHF-UHFFFAOYSA-N 3-prop-1-ynyl-2H-isoquinolin-1-one Chemical compound C(#CC)C=1NC(=O)C2=CC=CC=C2C=1 QEZRYKFDPRCYHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 4',6-Diamino-2-phenylindol Chemical compound C1=CC(C(=N)N)=CC=C1C1=CC2=CC=C(C(N)=N)C=C2N1 FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DIRINUVNYFAWQF-UHFFFAOYSA-N 4-chloro-3-nitropyridin-2-amine Chemical compound NC1=NC=CC(Cl)=C1[N+]([O-])=O DIRINUVNYFAWQF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCXGJTGMGJOYDP-UHFFFAOYSA-N 4-methyl-1h-benzimidazole Chemical compound CC1=CC=CC2=C1N=CN2 QCXGJTGMGJOYDP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OZFPSOBLQZPIAV-UHFFFAOYSA-N 5-nitro-1h-indole Chemical compound [O-][N+](=O)C1=CC=C2NC=CC2=C1 OZFPSOBLQZPIAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YWTOYZUYOJHLLI-UHFFFAOYSA-N 6-(1,3-thiazol-2-yl)-7h-purin-2-amine Chemical compound C=12NC=NC2=NC(N)=NC=1C1=NC=CS1 YWTOYZUYOJHLLI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCHLWIPINNRBSG-UHFFFAOYSA-N 6-thiophen-2-yl-7h-purin-2-amine Chemical compound C=12NC=NC2=NC(N)=NC=1C1=CC=CS1 QCHLWIPINNRBSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WIPHNVWGXOHNEF-UHFFFAOYSA-N 7-thiophen-2-yl-1h-imidazo[4,5-b]pyridine Chemical compound C1=CSC(C=2C=3N=CNC=3N=CC=2)=C1 WIPHNVWGXOHNEF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YTBSYETUWUMLBZ-UHFFFAOYSA-N D-Erythrose Natural products OCC(O)C(O)C=O YTBSYETUWUMLBZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-CBPJZXOFSA-N D-Gulose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-CBPJZXOFSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-WHZQZERISA-N D-aldose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-WHZQZERISA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-IVMDWMLBSA-N D-allopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-IVMDWMLBSA-N 0.000 description 1
- LKDRXBCSQODPBY-JDJSBBGDSA-N D-allulose Chemical compound OCC1(O)OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O LKDRXBCSQODPBY-JDJSBBGDSA-N 0.000 description 1
- YTBSYETUWUMLBZ-IUYQGCFVSA-N D-erythrose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)C=O YTBSYETUWUMLBZ-IUYQGCFVSA-N 0.000 description 1
- MNQZXJOMYWMBOU-VKHMYHEASA-N D-glyceraldehyde Chemical compound OC[C@@H](O)C=O MNQZXJOMYWMBOU-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 1
- ZAQJHHRNXZUBTE-NQXXGFSBSA-N D-ribulose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)C(=O)CO ZAQJHHRNXZUBTE-NQXXGFSBSA-N 0.000 description 1
- ZAQJHHRNXZUBTE-UHFFFAOYSA-N D-threo-2-Pentulose Natural products OCC(O)C(O)C(=O)CO ZAQJHHRNXZUBTE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YTBSYETUWUMLBZ-QWWZWVQMSA-N D-threose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H](O)C=O YTBSYETUWUMLBZ-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 1
- ZAQJHHRNXZUBTE-WUJLRWPWSA-N D-xylulose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H](O)C(=O)CO ZAQJHHRNXZUBTE-WUJLRWPWSA-N 0.000 description 1
- 241000255581 Drosophila <fruit fly, genus> Species 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 206010056474 Erythrosis Diseases 0.000 description 1
- 239000001576 FEMA 2977 Substances 0.000 description 1
- 229930091371 Fructose Natural products 0.000 description 1
- 239000005715 Fructose Substances 0.000 description 1
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical compound OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 1
- PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N Fucose Natural products C[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 102100027930 Kinesin-associated protein 3 Human genes 0.000 description 1
- LKDRXBCSQODPBY-AMVSKUEXSA-N L-(-)-Sorbose Chemical compound OCC1(O)OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O LKDRXBCSQODPBY-AMVSKUEXSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VSOAQEOCSA-N L-altropyranose Chemical compound OC[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VSOAQEOCSA-N 0.000 description 1
- SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N L-fucopyranose Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N 0.000 description 1
- SHZGCJCMOBCMKK-JFNONXLTSA-N L-rhamnopyranose Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-JFNONXLTSA-N 0.000 description 1
- PNNNRSAQSRJVSB-UHFFFAOYSA-N L-rhamnose Natural products CC(O)C(O)C(O)C(O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UBORTCNDUKBEOP-UHFFFAOYSA-N L-xanthosine Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012097 Lipofectamine 2000 Substances 0.000 description 1
- 241001424413 Lucia Species 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 241000713869 Moloney murine leukemia virus Species 0.000 description 1
- 241000244206 Nematoda Species 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108010066717 Q beta Replicase Proteins 0.000 description 1
- 108010065868 RNA polymerase SP6 Proteins 0.000 description 1
- 102000003661 Ribonuclease III Human genes 0.000 description 1
- 108010057163 Ribonuclease III Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N Thiazole Chemical compound C1=CSC=N1 FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N Titanium Chemical compound [Ti] RTAQQCXQSZGOHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- UBORTCNDUKBEOP-HAVMAKPUSA-N Xanthosine Natural products O[C@@H]1[C@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-HAVMAKPUSA-N 0.000 description 1
- KWFNOUNKEYAIAQ-UHFFFAOYSA-N [2,2-di(propan-2-yl)hydrazinyl]phosphonous acid Chemical compound CC(C)N(C(C)C)NP(O)O KWFNOUNKEYAIAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QIUKQUCCZADOGA-YTFSRNRJSA-N [2-amino-9-[(2r,4s,5r)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]purin-6-yl] 4-methylbenzenesulfonate Chemical compound C1=CC(C)=CC=C1S(=O)(=O)OC1=NC(N)=NC2=C1N=CN2[C@@H]1O[C@H](CO[Si](C)(C)C(C)(C)C)[C@@H](O[Si](C)(C)C(C)(C)C)C1 QIUKQUCCZADOGA-YTFSRNRJSA-N 0.000 description 1
- VTTMJQACPKQTBV-UHFFFAOYSA-N [amino-[(4-cyano-2-methylbutan-2-yl)-propan-2-ylamino]oxyphosphanyl] hypochlorite Chemical compound ClOP(N)ON(C(C)C)C(C)(C)CCC#N VTTMJQACPKQTBV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-STGXQOJASA-N alpha-D-lyxopyranose Chemical compound O[C@@H]1CO[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-STGXQOJASA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 108010028263 bacteriophage T3 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- YNHIGQDRGKUECZ-UHFFFAOYSA-L bis(triphenylphosphine)palladium(ii) dichloride Chemical class [Cl-].[Cl-].[Pd+2].C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 YNHIGQDRGKUECZ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 1
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 239000008004 cell lysis buffer Substances 0.000 description 1
- LOUPRKONTZGTKE-UHFFFAOYSA-N cinchonine Natural products C1C(C(C2)C=C)CCN2C1C(O)C1=CC=NC2=CC=C(OC)C=C21 LOUPRKONTZGTKE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 229940120503 dihydroxyacetone Drugs 0.000 description 1
- 229940043279 diisopropylamine Drugs 0.000 description 1
- 125000002147 dimethylamino group Chemical group [H]C([H])([H])N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000010864 dual luciferase reporter gene assay Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- UQPHVQVXLPRNCX-UHFFFAOYSA-N erythrulose Chemical compound OCC(O)C(=O)CO UQPHVQVXLPRNCX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000002073 fluorescence micrograph Methods 0.000 description 1
- 239000003269 fluorescent indicator Substances 0.000 description 1
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 1
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 229930182470 glycoside Natural products 0.000 description 1
- XEOCKQIQXJNTER-UHFFFAOYSA-N gold palladium platinum Chemical compound [Pd].[Pd].[Pd].[Pd].[Pd].[Pt].[Pt].[Pt].[Pt].[Pt].[Pt].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au].[Au] XEOCKQIQXJNTER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 150000002386 heptoses Chemical class 0.000 description 1
- 150000002402 hexoses Chemical class 0.000 description 1
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002454 idoses Chemical class 0.000 description 1
- 238000005286 illumination Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- ZFTKWAVDJBKFCS-UHFFFAOYSA-N iodine;pyridine Chemical compound [I].C1=CC=NC=C1 ZFTKWAVDJBKFCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BJHIKXHVCXFQLS-PQLUHFTBSA-N keto-D-tagatose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C(=O)CO BJHIKXHVCXFQLS-PQLUHFTBSA-N 0.000 description 1
- 125000005524 levulinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001638 lipofection Methods 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 1
- 125000000250 methylamino group Chemical group [H]N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 1
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 1
- ZOUWOGOTHLRRLS-UHFFFAOYSA-N palladium;phosphane Chemical compound P.[Pd] ZOUWOGOTHLRRLS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002972 pentoses Chemical class 0.000 description 1
- RPGWZZNNEUHDAQ-UHFFFAOYSA-N phenylphosphine Chemical compound PC1=CC=CC=C1 RPGWZZNNEUHDAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical compound [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- YAAWASYJIRZXSZ-UHFFFAOYSA-N pyrimidine-2,4-diamine Chemical compound NC1=CC=NC(N)=N1 YAAWASYJIRZXSZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006862 quantum yield reaction Methods 0.000 description 1
- 229960003110 quinine sulfate Drugs 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001338 self-assembly Methods 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 229940063673 spermidine Drugs 0.000 description 1
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 239000013076 target substance Substances 0.000 description 1
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 1
- 150000003538 tetroses Chemical class 0.000 description 1
- 229930192474 thiophene Natural products 0.000 description 1
- 229910052719 titanium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- UKTDFYOZPFNQOQ-UHFFFAOYSA-N tributyl(thiophen-2-yl)stannane Chemical compound CCCC[Sn](CCCC)(CCCC)C1=CC=CS1 UKTDFYOZPFNQOQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SIDQVCAARIJUNV-UHFFFAOYSA-N tributyl-(2-thiophen-2-ylthiophen-3-yl)stannane Chemical compound C1=CSC(C=2SC=CC=2)=C1[Sn](CCCC)(CCCC)CCCC SIDQVCAARIJUNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WCIRSCOSKUAOLP-UHFFFAOYSA-N trimethyl-(5-thiophen-2-ylthiophen-2-yl)silane Chemical compound S1C([Si](C)(C)C)=CC=C1C1=CC=CS1 WCIRSCOSKUAOLP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OMBUNVDPYHXOQO-UHFFFAOYSA-N trimethyl-[5-(5-tributylstannylthiophen-2-yl)thiophen-2-yl]silane Chemical compound S1C([Sn](CCCC)(CCCC)CCCC)=CC=C1C1=CC=C([Si](C)(C)C)S1 OMBUNVDPYHXOQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003641 trioses Chemical class 0.000 description 1
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- UBORTCNDUKBEOP-UUOKFMHZSA-N xanthosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 UBORTCNDUKBEOP-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D471/00—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, at least one ring being a six-membered ring with one nitrogen atom, not provided for by groups C07D451/00 - C07D463/00
- C07D471/02—Heterocyclic compounds containing nitrogen atoms as the only ring hetero atoms in the condensed system, at least one ring being a six-membered ring with one nitrogen atom, not provided for by groups C07D451/00 - C07D463/00 in which the condensed system contains two hetero rings
- C07D471/04—Ortho-condensed systems
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D473/00—Heterocyclic compounds containing purine ring systems
- C07D473/26—Heterocyclic compounds containing purine ring systems with an oxygen, sulphur, or nitrogen atom directly attached in position 2 or 6, but not in both
- C07D473/32—Nitrogen atom
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/173—Purine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/23—Heterocyclic radicals containing two or more heterocyclic rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring system, not provided for in groups C07H19/14 - C07H19/22
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C09—DYES; PAINTS; POLISHES; NATURAL RESINS; ADHESIVES; COMPOSITIONS NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; APPLICATIONS OF MATERIALS NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
- C09K—MATERIALS FOR MISCELLANEOUS APPLICATIONS, NOT PROVIDED FOR ELSEWHERE
- C09K11/00—Luminescent, e.g. electroluminescent, chemiluminescent materials
- C09K11/06—Luminescent, e.g. electroluminescent, chemiluminescent materials containing organic luminescent materials
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C09—DYES; PAINTS; POLISHES; NATURAL RESINS; ADHESIVES; COMPOSITIONS NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; APPLICATIONS OF MATERIALS NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
- C09K—MATERIALS FOR MISCELLANEOUS APPLICATIONS, NOT PROVIDED FOR ELSEWHERE
- C09K2211/00—Chemical nature of organic luminescent or tenebrescent compounds
- C09K2211/10—Non-macromolecular compounds
- C09K2211/1018—Heterocyclic compounds
- C09K2211/1025—Heterocyclic compounds characterised by ligands
- C09K2211/1074—Heterocyclic compounds characterised by ligands containing more than three nitrogen atoms as heteroatoms
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Materials Engineering (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Nitrogen Condensed Heterocyclic Rings (AREA)
Description
1)強い蛍光を発する;
2)相補人工塩基との塩基対形成により、複製や転写でDNAやRNA中の特定位置に導入が可能;
3)ユニバーサル塩基としての性質を示す;
を示す新規な蛍光性人工塩基を提供することを目的とする。
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を含む化合物。
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
Rは、水素、メチル基、糖、リボース、デオキシリボースからなる群より選択され、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される、態様1に記載の化合物。
(i)7−(2,2’−ビチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dss);
(ii)7−(2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dsss);
(iii)2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)プリン−9−イル基(ss);
(iv)2−アミノ−6−(2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル)プリン−9−イル基(sss);
(v)4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsas);
(vi)4−[2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsav);及び
(vii)4−[5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dvas);
からなる群より選択される基を含む、態様1又は2に記載の化合物。
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基を有するヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。
(i)7−(2,2’−ビチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dss);
(ii)7−{2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル}イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dsss);
(iii)2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)プリン−9−イル基(ss);
(iv)2−アミノ−6−{2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル}プリン−9−イル基(sss);
(v)4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsas);
(vi)4−[2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsav);及び
(vii)4−[5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dvas);
からなる群より選択される、態様4に記載のヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を有し、そして
骨格部分がモノフォリノヌクレオチド、ロックド核酸(LNA)、およびペプチド核酸(PNA)からなる群より選択される核酸模倣体の骨格である、
前記核酸模倣体。
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を、核酸の複製反応によりDNAまたはRNA中に導入する方法であって、
式III:
[ここにおいて、Rは水素、ならびに、置換されたまたは置換されていないアルキル基、アルケニル基、およびアルキニル基からなる群より選択され、
ここにおいて置換されたアルキル基、アルケニル基、およびアルキニル基は、機能性官能基または蛍光性官能基で置換されている]
で表される塩基(以下、Pa誘導体と記載する)を有するヌクレオチドを含む核酸を鋳型鎖として用い;
複製基質として式Iの人工塩基を有するデオキシリボヌクレオシド5’−三リン酸又はリボヌクレオシド5’−三リン酸を用いて、核酸の複製反応、転写反応又は逆転写反応を行い;
それにより塩基Pa誘導体と式IIの人工塩基との塩基対を含む核酸が生成することにより、式IIの人工塩基を含むヌクレオチドがDNA又はRNA中に導入される;
前記方法。
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を、化学合成によりDNA又はRNA中に導入する方法であって、
式Iで表される人工塩基又はその誘導体を有するヌクレオシドのホスホロアミダイト誘導体を用いてDNA又はRNAを合成することを含む、前記方法。
図2は、人工塩基を有するヌクレオチドsTP、DssTP、ssTPの蛍光強度の違いを示す図である。A.はヌクレオチドの構造を示す模式図、B.は365nmで励起した場合のキュベット内での蛍光発光を示す写真、及びC.は蛍光スペクトルである。
図3は、Klenowフラグメント(exo+)を用いた複製反応によるDNA中への人工塩基Dssの取り込みを示す図である。A.は複製反応の模式図であり、B.は解析結果を示すゲル電気泳動写真である。
図4は、T7 RNAポリメラーゼを用いた転写反応によるRNA中への人工塩基ss、Dssの取り込みを示す図である。A.は転写反応および解析手順に関する模式図であり、B.は解析結果を示すゲル電気泳動写真(UVシャドウイングによる検出(左側)、および落射紫外LEDを利用した検出(右側))である。
図5は、人工塩基Dssを含むDNA断片の二本鎖DNAの熱安定性、ならびに既存のピロール−3−カルボキサミド(NP)塩基との比較を示す図である。
図6は、各種shRNAF1変異体によるホタルルシフェラーゼ遺伝子発現抑制効果の結果を示す。A.はshRNAF1の構造を示す図であり、B.は人工塩基Dssで置換した各種shRNAF1変異体によるホタルルシフェラーゼ遺伝子発現抑制効果の結果を示すグラフ、そしてC.は人工塩基ssで置換した各種shRNAF1変異体によるホタルルシフェラーゼ遺伝子発現抑制効果の結果を示すグラフ、である。
図7は、各種shRNAF1変異体(A36置換)のホタルルシフェラーゼ遺伝子発現抑制効果についてIC50の算出過程を示すグラフ(上段)、およびIC50値を示す表(下段)である。
図8は、ナイロンメンブレン上のshRNAF1変異体(U35置換)およびリボヌクレオシド5’−三リン酸の蛍光観察の結果を示す写真(A.)およびグラフ(B.)である。
図9は、電気泳動によるshRNAF1変異体(U35置換)およびリボヌクレオシド5’−三リン酸の分離およびそれらの蛍光観察の結果を示す写真(A.)およびグラフ(B.)である。グラフは、ゲル上のバンドの蛍光強度をロードした量に対してプロットしたものである。
図10は、shRNAF1 A36Dss変異体をトランスフェクション後20時間経過した細胞を示す写真である。A.は5nM(上段)または25nM(下段)でトランスフェクションした場合の、明視野での観察結果(左側)およびUV励起して観察した結果(右側)を示す写真である(倍率20倍)。B.は25nMでトランスフェクションした場合の、UV励起して観察した結果を示す写真である(倍率40倍)。
本明細書で特段に定義されない限り、本発明に関連して用いられる科学用語及び技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。
一態様において本発明は、以下の式I:
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を含む化合物を提供する。
式II:
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
Rは、水素、メチル基、糖、リボース、デオキシリボースからなる群より選択され、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表されてもよい。
(i)7−(2,2’−ビチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dss);
(ii)7−{2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル}イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dsss);
(iii)2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)プリン−9−イル基(ss);
(iv)2−アミノ−6−{2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル}プリン−9−イル基(sss);
(v)4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsas);
(vi)4−[2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsav);及び
(vii)4−[5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dvas);
からなる群より選択される基を含んでなる、前記化合物である。
一態様において本発明は、以下の式I:
[ここにおいて、
A1およびA2は、それぞれ独立してN又はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基を有するヌクレオシド、ヌクレオチド又はその誘導体を提供する。
(i)7−(2,2’−ビチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dss);
(ii)7−{2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル}イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dsss);
(iii)2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)プリン−9−イル基(ss);
(iv)2−アミノ−6−{2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル}プリン−9−イル基(sss);
(v)4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsas);
(vi)4−[2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsav);及び
(vii)4−[5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dvas);
からなる群より選択される、ヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体を提供する。
本発明はまた、本発明の人工塩基またはその誘導体を、核酸の複製反応によりDNAまたはRNA中に導入する方法であって、
式III:
ここにおいて置換されたアルキル基、アルケニル基、およびアルキニル基は、機能性官能基または蛍光性官能基で置換されている]
で表される塩基(以下、Pa誘導体と記載する)を有するヌクレオチドを含む核酸を鋳型鎖として用い;
複製基質として式Iの人工塩基を有するデオキシリボヌクレオシド5’−三リン酸又はリボヌクレオシド5’−三リン酸を用いて、核酸の複製反応、転写反応、または逆転写反応を行い;
それにより塩基Pa誘導体と式Iの人工塩基との塩基対を含む核酸が生成することにより、式Iの人工塩基を含むヌクレオチドがDNA又はRNA中に導入される;
前記方法、を提供する。
本発明はまた、本発明の人工塩基またはその誘導体を、化学合成によりDNAまたはRNA中に導入する方法であって、式Iで表される人工塩基または誘導体を有するヌクレオシドのホスホロアミダイト誘導体、H−ホスホネート誘導体、またはトリホスフェート誘導体を用いてDNA又はRNAを合成することを含む、前記方法を提供する。
本発明の人工塩基を有するヌクレオチドが組み込まれた核酸もまた、本発明により提供される。本発明の核酸は、上述した核酸の複製反応によりDNAまたはRNA中に導入する方法を用いて調製することができる。あるいは、本発明の核酸は、化学合成によって、DNA又はRNAに組み込んで調製することもできる。化学合成の例は、ホスホロアミダイト法、ホスホネート法、トリホスフェート法などによる合成が挙げられる。
本発明の人工塩基またはその誘導体を有する核酸模倣体もまた、本発明により提供される。核酸模倣体には、例えば、モルフォリノヌクレオチド、ロックド核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)およびペプチド核酸(Peptide Nucleic Acid:PNA)が含まれる。
を骨格として有する。
或いは、
[式中、mは0〜2の整数、およびpは1〜3の整数である]
或いは、
[式中、mは0〜2の整数、pは1〜3の整数、および、
Rは、水素原子、アルキル基、アルケニル基、シクロアルキル基、アリール基、アラルキル基、アシル基、スルホニル基などである]
を骨格として有する。
を骨格として有する。
本発明者らは、本発明の人工塩基が、天然型のどの塩基とも二本鎖DNA中で安定な塩基対を形成することができる、ユニバーサル塩基としての性質も示すことを見出した。
試薬及び溶媒は、標準的な供給業者から購入し、さらに精製することなく使用した。1H−NMR(300MHz、270MHz)および31P−NMR(121MHz)スペクトルは、BRUKER AV300もしくはJEOL核磁気共鳴スペクトロメーター上に記録した。合成したヌクレオシド誘導体は、分取用カラム(Waters Microbond Sphere,C18,19mm x 150mm、流速10ml/分)、ヌクレオシド5’−三リン酸は、分取用カラム(PEGASIL C8,センシュウ科学,10mm x 150mm、流速6ml/分)を用いてGilson HPLCシステムで精製を行った。エレクトロスプレイ−イオン化マススペクトル(ESI−MS)は、Waters2690 LCシステムを伴ったWaters ZMD 4000マスシステム上に記録した。蛍光スペクトルは、JASCO FP6500蛍光分光計により測定し、蛍光量子収率は、硫酸キニーネを標準にして決定した。
条件:
(a)5−トリブチルスタンニル−2,2’−ビチオフェン又は5−トリブチルスタンニル−2,2’、5’、2”−ターチオフェン、Pd(PPh3)2Cl2、DMF;
(b)Pd/C、NaBH4、ピリジン、H2O;
(c)HCOOH;
(d)NaH、2−デオキシ3,5−ジ−O−p−トルオイル−α−D−エリスロ−ペントフラノシルクロリド、CH3CN、そしてNaOMe、MeOH、CH2Cl2。
Rは2,2’−ビチエン−5−イル基又は2,2’,5’,2”−ターチエン−5−イル基である。
2,2’−ビチオフェン(830mg、5.0mmol)のTHF(50ml)溶液にn−ブチルリチウム(1.57Mのヘキサン溶液3.2ml、5.0mmol)を−78℃で加えた。この溶液を−78℃で30分撹拌した後、トリブチルスタンニルクロリド(1.5ml)を加えた。反応溶液を室温で30分間撹拌した後、水と酢酸エチルを用いて分液した。有機層を飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥した。有機層を濃縮したのち、2−アミノ−3−ニトロ−4−クロロピリジン(519mg、3.0mmol)、ジクロロビス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(105mg、0.15mmol)のDMF(18ml)溶液に加えた。この溶液を100℃で5時間撹拌したのち、酢酸エチルと水で分液した。有機層を水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥したのち、減圧下で濃縮した。4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−ニトロピリジン−2−アミン(809mg、89%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(2%酢酸エチルの塩化メチレン溶液で溶出)で精製して得た。
4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−ニトロピリジン−2−アミン:1H NMR(300MHz,DMSO−d6)δ8.19(d,1H,J=5.1Hz),7.60(dd,1H,J=1.1,5.1Hz),7.41(dd,1H,J=1.2,3.6Hz),7.35(d,1H,J=3.8Hz),7.20(d,1H,J=3.9Hz),7.14(dd,1H,J=3.6,5.1Hz),6.97(bs,1H),6.80(d,1H,J=5.1Hz).HRMS(FAB、3−NBAマトリクス)C13H10N3O2S2について(M+H)+ 計算値:304.0214、実測値:304.0172.
4−(2,2’,5’,2”−ターチエン−5−イル)−3−ニトロピリジン−2−アミン:1H NMR(300MHz,DMSO−d6)δ8.19(d,1H,J=5.0Hz),7.57(dd,1H,J=1.1,5.1Hz),7.40(m,3H),7.32(d,1H,J=3.8Hz),7.22(d,1H,J=3.9Hz),7.13(dd,1H,J=3.7,5.1Hz),6.99(bs,2H),6.80(d,1H,J=5.0Hz).
4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−ニトロピリジン−2−アミン(760mg,2.5mmol)とパラジウム(10%カーボン)のピリジン(25ml)溶液に、1M NaBH4(7.5ml)を0℃で加えた。0℃で30分間撹拌したのち、5%アンモニウムクロリド水溶液を加えた。5分間撹拌したのち、溶液をろ過した。ろ液を塩化メチレンと水で分液した後、有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥して濃縮した。4−(2,2’−ビチエン−5−イル)ピリジン−2,3−ジアミン(448mg、65%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(5%メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)で精製して得た。
4−(2,2’,5’,2”−ターチエン−5−イル)ピリジン−2,3−ジアミン:1H NMR(300MHz,DMSO−d6)δ7.55(dd,1H,J=1.1,5.1Hz),7.39−7.29(m,6H),7.12(dd,1H,J=3.6,5.1Hz),6.52(d,1H,J=5.3Hz),5.71(bs,2H),4.79(bs,2H).
4−(2,2’−ビチエン−5−イル)ピリジン−2,3−ジアミン(273mg,1.0mmol)のギ酸(3.0ml)溶液を140℃で12時間還流した。反応溶液を0℃に冷却して、28%アンモニア水(5.0ml)を加えた。この溶液を酢酸エチルと水で分液し、有機層を水で洗浄後、無水硫酸ナトリウムで乾燥して減圧下で濃縮して7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3H−イミダゾ[4,5−b]ピリジン(272mg、96%)を得た。
7−(2,2’,5’,2”−ターチエン−5−イル)−3H−イミダゾ[4,5−b]ピリジン:1H NMR(300MHz,DMSO−d6)δ13.25(bs,1H),8.51(s,1H),8.33(d,1H,J=5.2Hz),8.23(d,1H,J=4.0Hz),7.62(d,1H,J=5.3H),7.57(dd,1H,J=1.2,5.1Hz),7.50(d,1H,J=3.9Hz),7.44(d,1H,J=3.8Hz),7.40(dd,1H,J=1.2,3.6Hz),7.34(d,1H,J=3.8Hz),7.13(dd,1H,J=3.6,5.1).
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3H−イミダゾ[4,5−b]ピリジン(142mg、0.5mmol)のCH3CN(10ml)溶液に、NaH(24mg、0.6mmol、鉱物油中60%分散液)を加えた。反応溶液を室温で30分、40℃で30分撹拌したのち、2−デオキシ−3,5−ジ−O−p−トルオイル−α−D−エリスロ−ペントフラノシルクロリド(233mg、0.6mmol)を室温で加えた。この反応溶液を室温で12時間撹拌した後、酢酸エチルと水で分液し、飽和食塩水で洗浄後、無水硫酸ナトリウムで乾燥、減圧下で濃縮した。7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−3,5−ジ−O−トルオイル−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(227mg、0.36mmol)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(2% メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)で精製して得た。7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−3,5−ジ−O−トルオイル−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(227mg、0.36mmol)の塩化メチレン(3.5ml)とメタノール(3.5ml)溶液に、28% NaOCH3のメタノール溶液(208mg)を加えて、室温で30分間撹拌した。反応溶液を、酢酸エチルと飽和塩化アンモニウム水溶液で分液し、有機層を水で洗浄、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(90mg、45%、2段階収率)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(2%メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)で精製後、RP−HPLC精製により得た。
7−(2,2’,5’,2”−ターチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン:1H NMR(300MHz,DMSO−d6)δ8.77 (s, 1H), 8.36 (d, 1H, J = 5.2 Hz), 8.24 (d, 1H, J = 4.0 Hz), 7.70 (d, 1H, J = 5.2 Hz), 7.57 (dd, 1H, J = 1.1, 5.1 Hz), 7.51 (d, 1H, J = 3.9 Hz), 7.45 (d, 1H, J = 3.8 Hz), 7.40 (dd, 1H, J = 1.1, 3.6 Hz), 7.34 (d, 1H, J = 3.8 Hz), 7.13 (dd, 1H, J = 3.6, 5.1 Hz), 6.54 (t, 1H, J = 6.8 Hz), 5.34 (d, 1H, J = 2.4 Hz), 5.11 (t, 1H, J = 5.3 Hz), 4.46 (m, 1H), 3.92 (m, 1H), 3.60 (m, 2H), 2.81 (m, 1H), 2.36 (ddd, 1H, J = 3.3, 6.2, 13.2 Hz).
条件:(a)5−トリブチルスタンニル−2,2’−ビチオフェン又は5−トリブチルスタンニル−2,2’,5’,2”−ターチオフェン、Pd(PPh3)4、LiCl、ジオキサン;次いでTBAF、THF。Rは2,2’−ビチエン−5−イル基又は2,2’,5’,2”−ターチエン−5−イル基である。
2−アミノ−6−(2,2’,5’,2”−ターチエン−5−イル)−9−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)プリン(dsss):1H NMR(270MHz,DMSO−d6)δ8.44(d,1H,J=4Hz),8.37(s,1H),7.56(dd,1H,J=1.1,4.9Hz),7.49(d,1H,J=4.0Hz),7.43(d,1H,J=4.0Hz),7.39(dd,1H,J=1.0,3.6Hz),7.32(d,1H,J=4.0Hz),7.12(dd,1H,J=3.6,4.9Hz),6.56(bs,2H),6.28(t,1H,J=6.9Hz),5.29(d,1H,J=4.0Hz),4.96(t,1H,J=5.6Hz),4.38(m,1H),3.85(m,1H),3.55(m,2H),2.65(m,1H),2.28(m,1H).
Rは、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、又は5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基。
試薬および略号:
(a)mCPBA、EtOAc、次いでメタンスルホニルクロリド、DMF;
(b)NaI、CH3COCl、CH3CN;
(c)NaH、2−デオキシ−3,5−ジ−O−p−トルオイル−α−D−エリスロ−ペントフラノシルクロリド、CH3CN;
(d)ジクロロビス(トリフェニルホスフィン)パラジウム、トリブチルスタンニル誘導体、DMF;
(e)NH3、メタノール又はNaOMe、メタノール
1H−ピロロ[2,3−b]ピリジン(5.3g,45mmol)を酢酸エチル(45ml)に溶解し、酢酸エチル(30ml)に溶解したメタ−クロロ化安息香酸(14g,54mmol)溶液を0℃で撹拌しながら1時間かけて滴下して加えた。滴下後室温で3時間撹拌した後、0℃で静置した。結晶をろ過し、酢酸エチルで洗浄後、減圧下で乾燥した。これを水(30ml)に溶解後、30%K2CO3をpH10になるまで加え、室温で1時間、0℃で1時間静置した後、沈殿をろ過、エーテルで洗浄してN−オキシドを3.5g(58%)得た。N−オキシド(3.0g、22mmol)をDMF(16ml)に溶解し50℃で加熱した。メタンスルホニルクロリド(4.7ml,60mmol)のDMF(6.4ml)溶液を70℃で滴下し、この反応溶液を75℃で2時間撹拌した。反応溶液を氷に加えた後、0℃で10NのNaOHを用いて中和した。室温で1時間撹拌し生成した沈殿をろ過して水で洗浄した後、60℃で減圧乾燥して目的とする4−クロロ−1H−ピロロ[2,3−b]ピリジンを2.7g(80%)得た。4−クロロ−1H−ピロロ[2,3−b]ピリジン(2.7g、18mmol)、NaI(13g、88mmol)をアセトニトリル(28ml)に溶解し、室温で撹拌しながらCH3COCl(3.5ml、50mmol)を加えた。反応溶液を85℃で12時間加熱した。反応溶液を室温に戻した後、10%Na2CO3(28ml)、10%NaHSO3(28ml)を加えて室温で15分撹拌した。酢酸エチルを加えて分液し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥、濃縮後、シリカゲルカラムで精製して4−ヨード−1−N−アセチル−ピロロ[2,3−b]ピリジン(2.0g)ならびに4−ヨード−1H−ピロロ[2,3−b]ピリジン(2.3g)を得た。4−ヨード−1−N−アセチル−ピロロ[2,3−b]ピリジン(2.0g、7.0mmol)は、エタノール(70ml)に溶解し、メタノール中28%ナトリウムメトキシド(1.4ml、7.0mmol)を加えて1時間還流した。反応溶液を濃縮後、酢酸エチルと飽和アンモニウムクロリド水溶液で分液し、有機層を飽和アンモニウムクロリド水溶液で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥、濃縮後、先に得られた4−ヨード−1H−ピロロ[2,3−b]ピリジン(2.3g)とあわせてエタノールで再結晶して4−ヨード−1H−ピロロ[2,3−b]ピリジン(4.0g,92%)を得た。
4−ヨード−1H−ピロロ[2,3−b]ピリジン(950mg、3.9mmol)のアセトニトリル(39ml)溶液に、NaH(156mg、60%油中分散液、3.9mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、2−デオキシ−3,5−ジ−O−p−トルオイル−α−D−エリスロペントフラノシルクロリド(1.8g、1.2当量)を加えて室温で1.5時間撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと飽和アンモニウムクロリド水溶液で分液し、有機層を飽和アンモニウムクロリド水溶液と飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮し、シリカゲルカラムで精製して1−[2−デオキシ−3,5−ジ−O−(トルオイル)−β−D−リボフラノシル]−4−ヨード−ピロロ[2,3−b]ピリジンを1.8g(77%)得た。
2−トリブチルスタニル−5,2−ビチオフェン(0.3mmol)、1−[2−デオキシ−3,5−ジ−O−(トルオイル)−β−D−リボフラノシル]−4−ヨード−ピロロ[2,3−b]ピリジン(120mg,0.2mmol)、ジクロロビストリフェニルフォスフィンパラジウム(7mg)のDMF(2ml)の溶液を100℃で1時間撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと水で分液し、飽和食塩水で洗浄、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮してシリカゲルカラムにより精製して、1−[2−デオキシ−3,5−ジ−O−(トルオイル)−β−D−リボフラノシル]−4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジンを得た。これを、塩化メチレン(10ml)とメタノール(2ml)に溶解し、28%ナトリウムメチラート(0.12ml)を加えて室温で30分撹拌した。シリカゲルカラムならびにHPLCにより精製して1−[2−デオキシ−β−D−リボフラノシル]−4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジン(dDsas、54mg、68%)を得た。
2−ブロモチアゾール(0.9ml、10mmol)、ジクロロビストリフェニルフォスフィンパラジウム(350mg)のDMF(50ml)の溶液に2−トリブチルスタンニルチオフェン(3.5ml、11mmol)を加え、90℃で3時間撹拌した。反応溶液を濃縮し、酢酸エチルと水で分液後、飽和食塩水で有機層を洗浄、無水硫酸ナトリウムで乾燥した。有機層を濃縮後シリカゲルカラムで精製して2,2’−チエニルチアゾール(1.4g,87%)で得た。2,2’−チエニルチアゾール(251mg、1.5mmol)のTHF(15ml)の溶液を−78℃に冷却し、n−ブチルリチウム(0.96ml,1.5mmol,1.57Mヘキサン溶液)を加え、−78℃で30分間撹拌した。これにトリメチルシリルクロリド(1.5mmol、0.19ml)を加えて−78℃で30分間撹拌した。さらにn−ブチルリチウム(0.96ml、1.5mmol、1.57Mヘキサン溶液)を加え、−78℃で30分間撹拌した後、トリブチルスタンニルクロリド(0.45ml、1.6mmol)を加えて室温で30分撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと水で分液し、飽和食塩水で洗浄、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮してシリカゲルカラムにより精製して、2−トリブチルスタンニル−5−(5’−トリメチルシリル−2−チエニル)チオフェン(735mg)を得た。1−[2−デオキシ−3,5−ジ−O−(トルオイル)−β−D−リボフラノシル]−4−ヨード−ピロロ[2,3−b]ピリジン(298mg、0.5mmol)、ジクロロビストリフェニルフォスフィンパラジウム(18mg、0.025mmol)のDMF(5ml)の溶液に、2−トリブチルスタンニル−5−(5’−トリメチルシリル−2−チエニル)チオフェン(397mg,0.75mmol)を加え、100℃で1時間撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと水で分液し、飽和食塩水で洗浄、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮してシリカゲルカラムにより精製して、1−[2−デオキシ−3,5−ジ−O−(トルオイル)−β−D−リボフラノシル]−4−(2−(5−(5’−トリメチルシリル−2−チエニル)チオフェン)−ピロロ[2,3−b]ピリジン(335mg)を得た。これを、塩化メチレン(5ml)とメタノール(5ml)に溶解し、28%ナトリウムメチラート(290mg,1.5mmol)を加えて室温で30分撹拌した。反応溶液にアンモニウムクロリド(80mg)を加えて濃縮した後、シリカゲルカラムならびにHPLCにより精製して1−[2−デオキシ−β−D−リボフラノシル]−4−[2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル]−ピロロ[2,3−b]ピリジン(dDsav,112mg)ならびに、1−[2−デオキシ−β−D−リボフラノシル]−4−[2−(2−チエニル)チアゾール−5−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン(dDv’as、26mg)を得た。
dDv’as: 1H NMR(300MHz、DMSO−d6)δ 8.51(s,1H),8.30(d,1H,J=5.1Hz),7.93(d,1H,J=3.8Hz),7.79(m,2H),7.47(d,1H,J=5.1Hz),7.22(dd,1H,J=4.0,4.9Hz),7.94(d,1H,J=3.8Hz),6.75(dd,1H,J=6.2,7.9Hz),5.27(d,1H,J=4.1Hz),4.99(t,1H,J=5.6Hz),3.38(m,1H),3.59(m,2H),2.57(m,1H),2.24(m,1H).
5−(2−チエニル)チアゾール(0.4mmol)のジエチルエーテル溶液を−78℃に冷却し、n−ブチルリチウム(0.4mmol、1.57M ヘキサン溶液)を加えて−78℃で30分間撹拌した。トリブチルスタニルクロリドを加えた後、室温で30分間撹拌し、反応溶液を酢酸エチルと水で分液した。有機層を飽和食塩水で洗浄濃縮後、1−[2−デオキシ−3,5−ジ−O−(トルオイル)−β−D−リボフラノシル]−4−ヨード−ピロロ[2,3−b]ピリジン(120mg、0.2mmol)、クロロビストリフェニルフォスフィンパラジウム(5% mol)、DMF(2ml)を加えて100℃で1時間撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと水で分液し、飽和食塩水と水で洗浄、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮した。シリカゲルカラムで精製後、ナトリウムメトキシド(1.6ml)を加えて室温で30分間撹拌し、シリカゲルカラムで精製後、HPLCで精製してdDvasヌクレオシド(34mg)得た。
条件:
(a)DMTr−Cl、dDssについてピリジン、トリメチルシリルクロリド、フェノキシアセチルクロリド、ヒドロキシベンゾトアゾール、ピリジン、CH3CN、次いでDMTr−Cl、ピリジン
(b)2−シアノエチル N,N−ジイソプロピルアミノクロロホスホロアミダイト、ジイソプロピルアミン、THF。
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(dDss)(262mg、0.66mmol)をピリジンで3回共沸乾燥した後、ピリジン(7.0ml)に溶解させ4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(367mg、0.79mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、酢酸エチルと5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液した。有機層を飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−5−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−β−D−リボフラノシル)イミダゾ [4,5−b]ピリジン(408mg、89%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(1%メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)で精製して得た。
HRMS(FAB、3−NBAマトリクス)C40H35N3O5S2Naについて (M+Na)+ 計算値:724.1916、実測値:724.1978
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−5−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(203mg、0.29mmol)は、ピリジンで3回、THFで3回共沸乾燥した。このジイソプロピルエチルアミン(76μl、0.43mmol)とTHF(1.5ml)を加えて、最後に2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピルアミノクロロホスホロアミダイト(78μl、0.35mmol)を加えて室温で1時間撹拌した。反応溶液にメタノール(50μl)を加え、EtOAc:TEA(20:1、v/v、20ml)で希釈した。5%炭酸水素ナトリウム水溶液と飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、有機層を減圧下で濃縮した。7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−5−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン 2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピルアミノホスホロアミダイト(260mg、99%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(2%トリエチルアミンを含む塩化メチレンとヘキサン2:3の溶液で溶出)で精製して得た。
31P NMR(121MHz、CDCl3)δ 149.47および149.29(ジアステレオ異性体).
HRMS(FAB、3−NBAマトリクス)C49H52N5O6S2PNaについて(M+Na)+ 計算値:924.2994、実測値:924.3328.
2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)プリン(ss)(208mg、0.5mmol)をピリジンで3回共沸した後、ピリジン(2.5ml)に溶解し、トリメチルシリルクロリド(476μl、3.8mmol)を加えて室温で30分撹拌した(溶液A)。1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(122mg、0.9mmol)をピリジンで3回共沸した後、ピリジン(0.25ml)とアセトニトリル(0.25ml)に溶解し、この溶液を0℃に冷却して、フェノキシアセチルクロリド(104μl,0.75mmol)を加えて5分間撹拌した(溶液B)。溶液Bに溶液Aを0℃で加え、室温で12時間撹拌した。反応溶液を0℃に冷却し、14%アンモニア水溶液(0.5ml)を加えて10分撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと水で分液し、有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後濃縮した。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)プリン(246mg、89%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(5%メタノールの塩化メチレンで溶出)で精製して得た。
2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)プリン(240mg、0.44mmol)をピリジンで共沸乾燥した後、ピリジン(4.4ml)に溶解させ4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(163mg、0.48mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、酢酸エチルと5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液した。有機層を飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(2−デオキシ−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−リボフラノシル)プリン(314mg、84%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(5%メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)で精製して得た。
2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(2−デオキシ−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−リボフラノシル)プリン(310mg、0.36mmol)は、ピリジンで3回、THFで3回共沸乾燥した。このジイソプロピルエチルアミン(95μl、0.55mmol)とTHF(1.8ml)を加えて、最後に2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピルアミノクロロホスホロアミダイト(98μl、0.44mmol)を加えて室温で1時間撹拌した。反応溶液にメタノール(50μl)を加え、EtOAc:TEA(20:1、v/v、20ml)で希釈した。5%炭酸水素ナトリウム水溶液と飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、有機層を減圧下で濃縮した。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(2−デオキシ−5−O−ジメトキシトリチル−β−D−リボフラノシル)プリン 2−シアノエチル−N,N−ジイソプロピルアミノホスホロアミダイト(370mg、97%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(2%トリエチルアミンを含む塩化メチレンとヘキサン2:3の溶液で溶出)で精製して得た。
31P NMR(121MHz、CDCl3)δ 149.57.
条件:
(a)無水酢酸、ピリジン、次いでジクロロ酢酸、CH2Cl2
(b)クロロ−1,3,2−ベンゾジオキサホスホリン−4−オン、ジオキサン、ピリジン、トリ−n−ブチルアミン、ビス(トリブチルアンモニウム)ピロホスフェート、I2、H2O、28%NH4OH
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−5−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(195mg、0.28mmol)をピリジンで3回共沸乾燥したのち、ピリジン(2.8ml)に溶解し、無水酢酸(105μl、1.1mmol)を加えて室温で12時間撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液し、有機層を飽和食塩水で洗浄、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。残渣をトルエンで共沸乾燥した後、塩化メチレン(28ml)に溶解させ、ジクロロ酢酸(280μl)を0℃で加えて15分撹拌した。反応溶液に5%炭酸水素ナトリウムを加えて分液した後、有機層を5%炭酸水素ナトリウム水溶液ならびに飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−3−O−アセチル−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(115mg、93%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(1%メタノールの塩化メチレンで溶出)で精製して得た。
HRMS(FAB、3−NBAマトリクス)C21H20N3O4S2について(M+H)+ 計算値:442.0895、実測値:442.0869.
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−3−O−アセチル−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(44mg、0.1mmol)を、ピリジンで共沸乾燥した後、ピリジン(100μl)とジオキサン(100μl)に溶解させ、2−クロロ−1,3,2−ベンゾジオキサホスホリン−4−オンの1Mジオキサン溶液(110μl、0.11mmol)を加えて10分撹拌した。この溶液にトリブチルアミン(100μl)とビス(トリブチルアンモニウム)ピロフォスフェートの0.5M DMF溶液(300μl、0.15mmol)を加えて室温で10分撹拌した。1% ヨウ素のピリジン/水(98:2、v/v、2.0ml)を加えて15分撹拌した後、亜硫酸水素ナトリウムの5%水溶液(150μl)を加えた。水(5.0ml)を加えて、30分撹拌した後、28%アンモニア水(20ml)を加えて室温で4時間撹拌した。反応溶液を減圧下で濃縮した後、7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン 5’−三リン酸(33μmol、33%)は、DEAE Sephadex(A−25)カラムクロマトグラフィー(50mMから1.0M TEAB溶液で溶出)ならびにC18−HPLC (0%から50% アセトニトリルの100mM TEAAにより溶出)により精製して得た。
31P NMR(121MHz、D2O)δ −9.71(d,1P,J=19.8Hz),−10.72(d,1P,J=19.8Hz),−22.54(t,1P,J=20.0Hz).
10mM リン酸ナトリウムバッファー(pH7.0)中のUV−visスペクトルデータ、λmax=264nm(ε9900)、368nm(ε31400).
ESI−MS(C19H20N3O12S2P3);計算値:637.96(M−H)−、実測値:637.87(M−H)−.
条件:
(a)テトラ−O−アセチル−β−D−リボフラノース、クロロ酢酸
(b)(i)DMTrCl、ピリジン;(ii)無水酢酸、ピリジン、次いでジクロロ酢酸、CH2Cl2;
(c)2−クロロ−4H−1,3,2−ベンゾジオキサホスホリン−4−オン、ジオキサン、ピリジン、トリ−n−ブチルアミン、ビス(トリ−n−ブチルアンモニウム)ピロホスフェート、DMF、次いでI2/ピリジン/H2O
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3H−イミダゾ[4,5−b]ピリジン(566mg、2.0mmol)とテトラ−O−アセチル−β−D−リボフラノース(700mg、2.2mmol)およびクロロ酢酸(12mg)を200℃で10分間溶融させた。冷却した後、塩化メチレンとメタノール(1:1、v/v、16ml)に溶解させ、28%ナトリウムメトキシドのメタノール溶液(2.0ml)を加えて室温で30分撹拌した。反応溶液を減圧下で濃縮した後、7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(190mg、23%)を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(5%メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)ならびにC18−HPLCで精製して得た。
13C NMR(75MHz,DMSO−d6)δ 147.25,144.04,143.94,140.10,136.09,135.43,131.58,130.89,130.03,128.57,126.27,124.78,124.57,113.60,87.83,85.57,73.49,79.41,61.41.
HRMS(FAB、3−NBAマトリクス)C19H18N3O4S2について(M+H)+ 計算値:416.0739、実測値:416.0755. ESI−MS(C19H17N3O4S2); 計算値:416.07(M+H)+、実測値:415.86(M+H)+.
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(166mg、0.4mmol)をピリジンで3回共沸乾燥した後、ピリジン(4.0ml)に溶解させ、4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(162mg、0.48mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、酢酸エチルと5%炭酸水素ナトリウムで分液し、有機層を水ならびに飽和食塩水で洗浄し、減圧下で濃縮した。ジメトキシトリチル体は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(1%メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)で精製した後、ピリジンで3回共沸乾燥した。これに、ピリジン(4ml)を加え、無水酢酸(151μl、1.6mmol)を加えて室温で12時間撹拌した。反応溶液は、酢酸エチルと5%炭酸水素ナトリウムで分液し、有機層を水ならびに飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。トルエンで共沸乾燥した後、塩化メチレン(40ml)に溶解させ、ジクロロ酢酸(400μl)を0℃で加えて15分撹拌した。反応溶液に5%炭酸水素ナトリウムを加えて分液した後、有機層を5%炭酸水素ナトリウム水溶液ならびに飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(2,3−ジ−O−アセチル−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(178mg、89%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(0.5%メタノールの塩化メチレンで溶出)で精製して得た。
HRMS(FAB、3−NBAマトリクス)C23H22N3O6S2について(M+H)+ 計算値:500.0950、実測値:500.0929.
7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(3−O−アセチル−β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン(50mg、0.1mmol)を、ピリジンで共沸乾燥した後、ピリジン(100μl)とジオキサン(100μl)に溶解させ、2−クロロ−1,3,2−ベンゾジオキサホスホリン−4−オンの1Mジオキサン溶液(110μl、0.11mmol)を加えて10分撹拌した。この溶液にトリブチルアミン(100μl)とビス(トリブチルアンモニウム)ピロフォスフェートの0.5M DMF溶液(300μl、0.15mmol)を加えて室温で10分撹拌した。1%ヨウ素のピリジン/水(98:2、v/v、2.0ml)を加えて15分撹拌した後、亜硫酸水素ナトリウムの5%水溶液(150μl)を加えた。水(5.0ml)を加えて、30分撹拌した後、28%アンモニア水(20ml)を加えて室温で4時間撹拌した。反応溶液を減圧下で濃縮した後、7−(2,2’−ビチエン−5−イル)−3−(β−D−リボフラノシル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン 5’−三リン酸(26μmol、26%)は、DEAE Sephadex(A−25)カラムクロマトグラフィー(50mMから1.0M TEAB溶液ならびに10%アセトニトリルの1M TEAB溶液で溶出)ならびにC18−HPLC(0%から50%アセトニトリルの100mM TEAAにより溶出)により精製して得た。
31P NMR(121MHz、D2O)δ −9.56(d,1P,J=19.7Hz),−10.69(d,1P,J=20.0Hz),−22.44(t,1P,J=20.0Hz).
10mM リン酸ナトリウムバッファー(pH7.0)中でのUV−visスペクトルデータ、λmax=264nm(ε10100)、368nm(ε31800).
ESI−MS(C19H20N3O13S2P3);計算値:653.96(M−H)−、実測値:653.99(M−H)−
(a)5−トリブチルスタンニル−2,2’−ビチオフェン、Pd(PPh3)4、LiCl、ジオキサン、次いでTBAF、THF
(b)トリメチルシリルクロリド、フェノキシアセチルクロリド、ヒドロキシベンゾトリアゾール、ピリジン、CH3CN、次いでDMTr−Cl、ピリジン
(c)無水酢酸、ピリジン
(d)ジクロロ酢酸、CH2Cl2
(e)クロロ−1,3,2−ベンゾジオキサホスホリン−4−オン、ジオキサン、ピリジン、トリ−n−ブチルアミン、ビス(トリブチルアンモニウム)ピロホスフェート、I2、H2O、28%NH4OH
6−O−トシル−2’,3’,5’−トリ−O−ter−ブチルジメチルシリル−グアノシン(780mg、1.0mmol)、テトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(58mg、0.05mmol)、リチウムクロリド(84mg、2.0mmol)、および5−トリブチルスタンニル−2,2’−ビチオフェン(5.0mmol)のジオキサン溶液を120℃で5時間還流した。反応溶液を酢酸エチルと水で分液し、有機層を水で洗浄後、無水硫酸ナトリウムで乾燥して減圧下で濃縮した。2’,3’,5’−トリ−O−ter−ブチルジメチルシリル−2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(β−D−リボフラノシル)プリンは、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(塩化メチレンで溶出)で精製した。2’,3’,5’−トリ−O−ter−ブチルジメチルシリル−2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(β−D−リボフラノシル)プリンのTHF(5.5ml)溶液に、1MテトラブチルアンモニウムフルオリドのTHF溶液(4.5ml)を加えて、室温で30分撹拌した。反応溶液を濃縮後、2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(β−D−リボフラノシル)プリン(391mg、90%、2段階収率)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィーおよびRP−HPLC精製により得た。
2−アミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(β−D−リボフラノシル)プリン(216mg、0.5mmol)をピリジンで3回共沸した後、ピリジン(2.5ml)に溶解し、トリメチルシリルクロリド(635μl、5.0mmol)を加えて室温で30分撹拌した(溶液A)。1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(122mg、0.9mmol)をピリジンで3回共沸した後、ピリジン(0.25ml)とアセトニトリル(0.25ml)に溶解し、この溶液を0℃に冷却して、フェノキシアセチルクロリド(104μl、0.75mmol)を加えて5分間撹拌した(溶液B)。溶液Bに溶液Aを0℃で加え、室温で12時間撹拌した。反応溶液を0℃に冷却し、14%アンモニア水溶液(0.5ml)を加えて10分撹拌した。反応溶液を酢酸エチルと水で分液し、有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥後濃縮した。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(β−D−リボフラノシル)プリン(230mg、81%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(5%メタノールの塩化メチレンで溶出)で精製して得た。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(β−D−リボフラノシル)プリン(230mg、0.4mmol)をピリジンで共沸乾燥した後、ピリジン(4.0ml)に溶解させ4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(152mg、0.44mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、酢酸エチルと5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液した。有機層を飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(5−O−ジメトキシトリチル−β−D−リボフラノシル)プリン(228mg、65%)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(1%メタノールの塩化メチレン溶液で溶出)で精製して得た。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(5−O−ジメトキシトリチル−β−D−リボフラノシル)プリン(228mg、0.26mmol)をピリジンで3回共沸乾燥した後、ピリジン(2.6ml)に溶解させ、無水酢酸(99μl、1.0mmol)を加えて室温で12時間撹拌した。反応溶液は、酢酸エチルと5%炭酸水素ナトリウムで分液し、有機層を水ならびに飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。トルエンで共沸乾燥した後、塩化メチレン(26ml)に溶解させ、ジクロロ酢酸(260μl)を0℃で加えて15分撹拌した。反応溶液に5%炭酸水素ナトリウムを加えて分液した後、有機層を5%炭酸水素ナトリウム水溶液ならびに飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で濃縮した。2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(2’,3’−ジ−O−アセチル−β−D−リボフラノシル)プリン(134mg、79%、2段階収率)は、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(0.5%メタノールの塩化メチレンで溶出)で精製して得た。
2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−1−(2’,3’−ジ−O−アセチル−β−D−リボフラノシル)プリン(65mg、0.1mmol) を、ピリジンで共沸乾燥した後、ピリジン(100μl)とジオキサン(300μl)に溶解させ、2−クロロ−1,3,2−ベンゾジオキサホスホリン−4−オンの1Mジオキサン溶液(110μl、0.11mmol)を加えて10分撹拌した。この溶液にトリブチルアミン(100μl)とビス(トリブチルアンモニウム)ピロフォスフェートの0.5M DMF溶液(300μl,0.15mmol)を加えて室温で10分撹拌した。1% ヨウ素のピリジン/水(98:2、v/v、2.0ml)を加えて15分撹拌した後、 亜硫酸水素ナトリウムの5%水溶液(150μl)を加えた。水(5.0ml)を加えて、30分撹拌した後、28%アンモニア水(20ml)を加えて55℃で3時間撹拌した。反応溶液を減圧下で濃縮した後、2−フェノキシアセチルアミノ−6−(2,2’−ビチエン−5−イル)−9−(β−D−リボフラノシル)プリン 5’−三リン酸(27.6μmol、27%)は、DEAE Sephadex(A−25)カラムクロマトグラフィー(50mMから1.0M TEAB溶液ならびに10%アセトニトリルの1M TEAB溶液で溶出)ならびにC18−HPLCにより精製して得た。
31P NMR(121MHz、D2O)δ −9.28(d,1P,J=19.4Hz),−10.70(d,1P,J=19.7Hz),−22.41(t,1P,J=20.0Hz).
10mMリン酸ナトリウムバッファー(pH7.0)中のUV−visスペクトルデータ、λmax=388nm(ε32500).
ESI−MS(C18H20N5O13S2P3);計算値:669.97(M−H)−、実測値:669.39(M−H)−.
人工塩基ss、sss、Dss、Dsss、Dsas、Dsav、またはDvasを有するヌクレオシドについて、蛍光特性を評価した。公知の人工塩基である2−アミノプリン、s(2−アミノ−6−(2−チエニル)プリン−9−イル基)、v(2−アミノ−6−(2−チアゾリル)プリン−9−イル基)、Ds(7−(2−チエニル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基)を有するヌクレオシドの蛍光特性も併せて評価し、比較した。それぞれのデオキシリボヌクレオシド誘導体の構造を図1に示し、またそれらの蛍光特性を表1に示す。
複製による蛍光性人工塩基基質のDNAへの取り込みの例として、Klenowフラグメント(exo+)を用いた複製によるDNA中へのDssの取り込み実験を行った。
転写による蛍光性人工塩基基質のRNAへの取り込みの例として、T7 RNAポリメラーゼを用いた転写によるRNA中へのss及びDssの取り込み実験を行った。
12−mer DNAの中央にDssを有するヌクレオチドを導入し、その相補鎖の同じ位置に天然型塩基を組み込み、それぞれの二本鎖DNAの熱安定性を測定した。Dssを含むそれぞれの二本鎖DNAの熱安定性は、Shimadzu UV−2450分光光度計で測定し、IgorProソフトウエア(WaveMetrics)を用いて一次微分法によりTm値を算出した。5μMの二本鎖DNA(鎖長12塩基対)を、100mM塩化ナトリウム、10mMリン酸ナトリウム(pH7.0)、0.1mM EDTA中で、260nmの吸光度の温度変化を測定した。その結果を図5(左側)に示す。
本実施例では、人工塩基対Dss−Paあるいはss−Paを利用したT7 RNAポリメラーゼによる転写により、蛍光性人工塩基(Dss、あるいはss)を含む52−merのshRNA(shRNAF1)を調製した。shRNAF1(配列番号10)は、ホタルルシフェラーゼのmRNAをターゲットとしたRNA干渉実験用のshRNA(short hairpin RNA)である。図6AにshRNAF1の二次構造を示した。蛍光性人工塩基の導入箇所は、転写産物のパッセンジャー鎖中の10番目、12番目、16番目、20番目、21番目、そしてガイド鎖中の34−41番目であり、それぞれDss、あるいはssのいずれかを導入した。目的とする人工塩基を含むshRNA産物は、電気泳動において、蛍光性人工塩基がとりこまれていない産物由来のバンドと比べて移動度が異なること、UV(波長365nm)照射により人工塩基由来の蛍光をそのバンドで観察できること、を利用して確認できた。
ホタルルシフェラーゼのmRNAをターゲットとしたRNA干渉実験用として、位置選択的に蛍光性人工塩基Dssあるいはssを部位特異的に導入したshRNA(shRNAF1、全長52−mer)を転写で得るための鋳型DNAを調製した。化学合成によりPaを含む2本のDNA鎖(667nMの69−merのコード鎖と非コード鎖)を、10mM NaCl−10mM Tris−HCl(pH7.6)緩衝液にて95℃で加熱し、その後4℃まで徐冷してアニーリングすることにより、鋳型DNAを調製した。
T7転写はEpicentre Biotechnologies社のAmpliscribe T7−Flash Transcription Kitを用いて、200nM 鋳型DNA、2mM 天然型NTPs、0.1mM DssTPまたは0.1mM ssTPの存在下、37℃で2時間反応した。反応後の溶液をマイクロコンYM−3(ミリポア社)を用いてTE緩衝液に交換することで脱塩処理した後、15%ポリアクリルアミド−7M尿素ゲルを用いて電気泳動を行い、目的とする全長のshRNAを精製した。
本実施例では、T7転写とゲル精製により調製した種々のshRNAを、そのターゲットとなるレポーター遺伝子(ホタルルシフェラーゼ)ならびにコントロールとしてレニラルシフェラーゼの遺伝子を含むプラスミドと共にリポフェクション法によりHeLa細胞に導入し、ルシフェラーゼの発光から、その遺伝子発現が抑制されているかを調べた。その結果を図6に示す。
HeLa細胞の培養は、二酸化炭素濃度5%、培養温度37℃の条件下で、10% 仔ウシ血清(FBS、JRH BIOSCIENCES)を含むMEM培地(Minimum Essential Medium Eagle、シグマ社)に抗生物質(ペニシリン最終濃度100U/mL、ストレプトマイシン 100μg/mL)を添加したものを用いて行った。
1穴あたり1.5×104個(培養液100μl)のHeLa細胞を96穴プレートに撒き、抗生物質を含まない10% 仔ウシ血清含有MEM培地で24時間培養した。トランスフェクションは、リポフェクタミン2000試薬(インビトロジェン、1穴あたり0.5μl)とホタルルシフェラーゼ遺伝子をコードするプラスミド(プロメガ社製pGL3−control、1穴あたり200ng)と、レニラルシフェラーゼ遺伝子をコードするプラスミド(プロメガ社製pGL4.74[hRluc/TK]、1穴あたり200ng)とPBS中でアニーリング処理した各種shRNA(1穴あたり75fmol)をOPTI−MEM培地(インビトロジェン)中で混合した溶液(50μl)を添加することで行った。shRNAの最終濃度は0.5nMである。22時間培養後に、2種類のルシフェラーゼタンパク質の発光量をそれぞれ調べた。
shRNAのターゲットとなるホタルルシフェラーゼのタンパク質発現の抑制効果は、プロメガ製品のデュアルルシフェラーゼレポーターアッセイ試薬を用いて、ホタルルシフェラーゼ、レニラルシフェラーゼの発光定量により解析した。具体的には、トランスフェクション後の細胞を1穴あたり100μlのPBSで2回洗浄したのち、20μlの細胞溶解用緩衝液を加えて25℃で30分間静かに攪拌しながら細胞を溶解した。この溶液に、100μlのLARII試薬を加えて混合後、LAS4000(富士フィルム)を用いてホタルルシフェラーゼの発光を検出(露光時間:120秒)後、Stop&Glo試薬を100μl加えて、レニラルシフェラーゼの発光を検出(露光時間:200秒)し、それぞれの発光の強さをScienceLab 2005 MultiGauge(富士フィルム)で定量した。それぞれの検出において、バックグラウンドはトランスフェクションを行わなかった場合の発光量であり、それぞれのルシフェラーゼの発光量からそのバックグラウンドを差し引いた後、ターゲットとするホタルルシフェラーゼの発光量を、共発現させたコントロールとなるレニラルシフェラーゼの発光量で割ることによって規格化した。shRNA非存在下での値を100%として、種々のshRNA存在下でのターゲットとするホタルルシフェラーゼの相対活性を算出した。
shRNAF1の36番目に人工塩基Dss、あるいはssを導入した場合での抑制効果とWTの抑制効果について、異なるshRNA濃度で遺伝子発現抑制を解析することにより、IC50を算出した。IC50値はカレイダグラフ(Albeck Software)を用いて、計算式 y=100×M1/(M0+M1)に当てはめて、最小二乗法によるデータフィッティングにより算出した。その結果を図7に示した。図中に示した式のy(%)は、shRNA存在下でのターゲットとするルシフェラーゼの相対活性(実施例2参照)、M0(nM)はshRNA濃度、IC50値はM1(nM)に相当する。shRNAF1のA36をDssあるいはssに置換した場合のIC50値は、いずれも置換されていないshRNAF1と同程度の約0.02nMであった。
shRNAに導入した人工塩基Dssやssは長波長側のUV励起によって青色の蛍光を発する特性をもっている。そこで人工塩基Dss、あるいはssの蛍光を利用したshRNAの検出を、従来の蛍光性人工塩基sと比較して行った。
shRNAF1のA36をDssで置換したshRNAF1 A36DssをHeLa細胞に5nMまたは25nMでトランスフェクションして20時間インキュベートした後、培地をPBSに交換して蛍光顕微鏡(ニコン ECLIPSE−Ti 蛍光倒立顕微鏡、落射蛍光用フィルタブロックUV−1A filter)で観察した。図10に、その結果を示す蛍光顕微鏡写真を示す。UV励起によって観察された蛍光は、明視野で観察した細胞と重なっており、トランスフェクションにより細胞内に導入されたshRNAに含まれるDssの蛍光が観測できた。本実験により、数十nM量のshRNAを用いたトランスフェクションで細胞内での蛍光を観察可能であることが明らかになった。
配列番号2: DNA複製のためのプライマー
配列番号3: 複製されたDNA
配列番号4: T7転写のためのテンプレートDNA
配列番号5: T7転写のためのプライマー
配列番号6: 転写されたRNA
配列番号7: 熱安定性試験のためのDNA
配列番号8: 熱安定性試験のためのDNA
配列番号9: 熱安定性試験のためのDNA
配列番号10: ホタルルシフェラーゼmRNAを標的としたshRNA
[配列表]
Claims (17)
- 人工塩基またはその誘導体を含む化合物であって、式I:
A1は、N又はCHであり、
A2はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を含み、
ここで、人工塩基の誘導体は、当該人工塩基のR 1 のアミノ基がフェノキシアセチル基、イソブチリル基、又はジメチルホルムアミジル基で保護された誘導体であるか、R2に含まれるチエニル基又はチアゾリル基が、メチル基、アミノ基、水酸基、チオール基によってさらに置換された誘導体であり、
そして全体として式II:
Rは、水素、メチル基、糖、リボース、デオキシリボースからなる群より選択される]
で表される、前記化合物。 - 以下:
(i)7−(2,2’−ビチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dss);
(ii)7−(2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dsss);
(iii)4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsas);
(iv)4−[2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsav);及び
(v)4−[5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dvas);
からなる群より選択される基を含む、請求項1記載の化合物。 - 人工塩基を有するヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体であって、人工塩基が式I:
A1は、N又はCHであり、
A2はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表されるものであり、
ここで、人工塩基を有するヌクレオシド又はヌクレオチドの誘導体は、ヌクレオシド又はヌクレオチドのホスホロアミダイト誘導体又はH−ホスホネート誘導体、ヌクレオシド又はヌクレオチドのアミノ基がフェノキシアセチル基、イソブチリル基、またはジメチルホルムアミジル基で保護された誘導体、ヌクレオシド又はヌクレオチドのヒドロキシル基がアセチル基、tert−ブチルジメチルシリル基、トシル基、p−トルオイル基、4,4’−ジメトキシトリチル基、トリイソプロピルシリルオキシメチル基、テトラヒドロピラニル基、テトラヒドロフラニル基、2−(トリメチルシリル)エトキシメチル基で保護された誘導体である、
前記ヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。 - 式Iで表される人工塩基が、以下:
(i)7−(2,2’−ビチエン−5−イル)イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dss);
(ii)7−{2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル}イミダゾ[4,5−b]ピリジン−3−イル基(Dsss);
(iii)4−(2,2’−ビチエン−5−イル)−ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsas);
(iv)4−[2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dsav);及び
(v)4−[5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル]ピロロ[2,3−b]ピリジン−1−イル基(Dvas);
からなる群より選択される、請求項3に記載のヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。 - ヌクレオシドまたはヌクレオチドが、糖部分としてβ−D−リボフラノシルまたは2−デオキシ−β−D−リボフラノシルを含む、請求項3又は4に記載のヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。
- ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオシド5’−三リン酸またはリボヌクレオシド5’−三リン酸である、請求項3ないし5のいずれか1項に記載のヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。
- ホスホロアミダイト誘導体である、請求項3ないし5のいずれか1項に記載のヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。
- 200nm以上の励起波長で蛍光を発する、請求項3ないし5のいずれか1項に記載のヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。
- ユニバーサル塩基として使用される、請求項3ないし5のいずれか1項に記載のヌクレオシド、ヌクレオチド又はそれらの誘導体。
- 請求項3ないし5のいずれか1項に記載のヌクレオチドが組み込まれた核酸。
- 200nm以上の励起波長で蛍光を発する、請求項10に記載の核酸。
- 核酸が、アンチセンスDNA、アンチセンスRNA、リボザイム、デオキシリボザイム、siRNA又はshRNAなどのRNA干渉誘導性核酸、microRNA、抗microRNA核酸分子、デコイ核酸、DNAアプタマー、およびRNAアプタマーからなる群より選択される機能性核酸である、請求項10又は11に記載の核酸。
- 核酸が、LAMP法、SDA法、SMAP法、NASBA法、ICAN法、UCAN法、TMA法、Padlock Probe法、RCA法、bDNA法、PALSAR法、Invader法、TRC法、CPT法、およびPlexor法からなる群より選択される核酸増幅法に用いる増幅反応用プライマーである、請求項10又は11に記載の核酸。
- 核酸が、モレキュラー・ビーコン、Taqmanプローブ、Scorpion-basedプローブ、およびRiboswitchからなる群より選択される標的核酸検出用プローブである、請求項10又は11に記載の核酸。
- 核酸模倣体であって、塩基部分に式I:
A1は、N又はCHであり、
A2はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を有し、
ここで、人工塩基の誘導体は、当該人工塩基のアミノ基がフェノキシアセチル基、イソブチリル基、又はジメチルホルムアミジル基で保護された誘導体であるか、R2に含まれるチエニル基又はチアゾリル基が、メチル基、アミノ基、水酸基、チオール基によってさらに置換された誘導体であり、そして
骨格部分がモノフォリノヌクレオチド、ロックド核酸(LNA)、およびペプチド核酸(PNA)からなる群より選択される核酸模倣体の骨格である、
前記核酸模倣体。 - 式I:
A1は、N又はCHであり、
A2はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を、核酸の複製反応によりDNAまたはRNA中に導入する方法であって、
式III:
ここにおいて置換されたアルキル基、アルケニル基、およびアルキニル基は、機能性官能基または蛍光性官能基で置換されている]
で表される塩基(以下、Pa誘導体と記載する)を有するヌクレオチドを含む核酸を鋳型鎖として用い;
複製基質として式Iの人工塩基を有するデオキシリボヌクレオシド5’−三リン酸又はリボヌクレオシド5’−三リン酸を用いて、核酸の複製反応、転写反応又は逆転写反応を行い;
それにより塩基Pa誘導体と式Iの人工塩基との塩基対を含む核酸が生成することにより、式Iの人工塩基を含むヌクレオチドがDNA又はRNA中に導入される;
ここで、式Iで表される人工塩基の誘導体は、当該人工塩基のアミノ基がフェノキシアセチル基、イソブチリル基、又はジメチルホルムアミジル基で保護された誘導体であるか、R2に含まれるチエニル基又はチアゾリル基が、メチル基、アミノ基、水酸基、チオール基によってさらに置換された誘導体である、
前記方法。 - 式I:
A1は、N又はCHであり、
A2はCHであり、
R1は、水素又はアミノ基であり、
R2は、2,2’−ビチエン−5−イル基、2−(2−チアゾリル)チエン−5−イル基、5−(2−チエニル)チアゾール−2−イル基、及び2,2’,5’,2’’−ターチエン−5−イル基からなる群より選択される置換基である]
で表される人工塩基又はその誘導体を、化学合成によりDNA又はRNA中に導入する方法であって、
式Iで表される人工塩基又はその誘導体を有するヌクレオシドのホスホロアミダイト誘導体を用いてDNA又はRNAを合成することを含む、
ここで、式Iで表される人工塩基の誘導体は、当該人工塩基のアミノ基がフェノキシアセチル基、イソブチリル基、又はジメチルホルムアミジル基で保護された誘導体であるか、R2に含まれるチエニル基又はチアゾリル基が、メチル基、アミノ基、水酸基、チオール基によってさらに置換された誘導体である、
前記方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2011535487A JP5756995B2 (ja) | 2009-10-06 | 2010-10-06 | 新規蛍光性人工塩基 |
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009232776 | 2009-10-06 | ||
JP2009232776 | 2009-10-06 | ||
PCT/JP2010/067989 WO2011043491A1 (ja) | 2009-10-06 | 2010-10-06 | 新規蛍光性人工塩基 |
JP2011535487A JP5756995B2 (ja) | 2009-10-06 | 2010-10-06 | 新規蛍光性人工塩基 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2011043491A1 JPWO2011043491A1 (ja) | 2013-03-04 |
JP5756995B2 true JP5756995B2 (ja) | 2015-07-29 |
Family
ID=43856936
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011535487A Expired - Fee Related JP5756995B2 (ja) | 2009-10-06 | 2010-10-06 | 新規蛍光性人工塩基 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US8686130B2 (ja) |
EP (1) | EP2487180B1 (ja) |
JP (1) | JP5756995B2 (ja) |
CN (1) | CN102884071A (ja) |
HK (1) | HK1174641A1 (ja) |
WO (1) | WO2011043491A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2562255A4 (en) | 2010-04-21 | 2013-10-30 | Riken | NUCLEIC ACID BASIC ANALOG WITH EXTINGUISHING PROPERTIES AND FLUORESCENCE AND APPLICATION THEREOF |
CN103958683A (zh) * | 2011-12-28 | 2014-07-30 | 希森美康株式会社 | 与肾上腺皮质刺激激素结合的分子及其应用 |
WO2016057500A1 (en) | 2014-10-06 | 2016-04-14 | Merck Patent Gmbh | Heteroaryl compounds as btk inhibitors and uses thereof |
CN106699827A (zh) * | 2016-12-21 | 2017-05-24 | 江南大学 | 一种扩展型荧光核苷类似物及其制备方法 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007015557A1 (ja) * | 2005-08-04 | 2007-02-08 | Riken | 新規人工塩基対及びその利用 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5438131A (en) * | 1992-09-16 | 1995-08-01 | Bergstrom; Donald E. | 3-nitropyrrole nucleoside |
US5780233A (en) * | 1996-06-06 | 1998-07-14 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Artificial mismatch hybridization |
AU7847798A (en) * | 1996-12-13 | 1998-07-03 | Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, The | Fluorescent nucleotide analog hairpin formation for detection of nuclei c acid hybridization |
JP4956802B2 (ja) * | 2003-09-10 | 2012-06-20 | 独立行政法人理化学研究所 | 非天然型塩基を有するヌクレオシド又はヌクレオチド及びその利用 |
-
2010
- 2010-10-06 JP JP2011535487A patent/JP5756995B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2010-10-06 EP EP10822158.1A patent/EP2487180B1/en active Active
- 2010-10-06 CN CN2010800553692A patent/CN102884071A/zh active Pending
- 2010-10-06 WO PCT/JP2010/067989 patent/WO2011043491A1/ja active Application Filing
- 2010-10-06 US US13/500,303 patent/US8686130B2/en active Active
-
2013
- 2013-02-05 HK HK13101612.1A patent/HK1174641A1/xx not_active IP Right Cessation
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007015557A1 (ja) * | 2005-08-04 | 2007-02-08 | Riken | 新規人工塩基対及びその利用 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
JPN6014027068; FUJIWARA, T., et al.: Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 11(16), 2001, p. 2221-2223 * |
JPN6014027069; HIRAO, I., et al.: Nature Methods 3(9), 2006, p. 729-735 * |
JPN6014027070; NAIR, V., et al.: Journal of Organic Chemistry 47(23), 1982, p. 4520-4524 * |
JPN7014001968; KIMOTO, M., et al.: Nucleic Acids Research 35(16), 2007, p. 5360-5369 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JPWO2011043491A1 (ja) | 2013-03-04 |
EP2487180B1 (en) | 2014-12-03 |
WO2011043491A1 (ja) | 2011-04-14 |
HK1174641A1 (en) | 2013-06-14 |
EP2487180A4 (en) | 2013-03-27 |
EP2487180A1 (en) | 2012-08-15 |
US8686130B2 (en) | 2014-04-01 |
US20120245340A1 (en) | 2012-09-27 |
CN102884071A (zh) | 2013-01-16 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US8895712B2 (en) | Artificial base pair capable of forming specific base pair | |
KR101404374B1 (ko) | 핵산의 복제방법 및 신규한 인공 염기쌍 | |
Matarazzo et al. | Fluorescent adenosine analogs: a comprehensive survey | |
US20100092971A1 (en) | Compound having structure derived from mononucleoside or mononucleotide, nucleic acid, labeling substance, and method and kit for detection of nucleic acid | |
US20080038745A1 (en) | Nucleotide analogs with six-membered rings | |
CA2215176C (en) | C-nucleoside derivatives and their use in the detection of nucleic acids | |
JP2005015395A (ja) | 新規ピリミドピリミジンヌクレオシドとその構造類縁体 | |
JP5756995B2 (ja) | 新規蛍光性人工塩基 | |
Suzuki et al. | Synthesis of 8-aza-3, 7-dideaza-2′-deoxyadenosines possessing a new adenosine skeleton as an environmentally sensitive fluorescent nucleoside for monitoring the DNA minor groove | |
JP5975524B2 (ja) | 化合物、核酸、核酸の製造方法および核酸を製造するためのキット | |
Yanagi et al. | A fluorescent 3, 7-bis-(naphthalen-1-ylethynylated)-2′-deoxyadenosine analogue reports thymidine in complementary DNA by a large emission Stokes shift | |
CN112533998B (zh) | 磺酰罗丹明亚磷酰胺染料 | |
JP2003034697A (ja) | 蛍光ヌクレオチド及びそれを用いた標識法 | |
Cooke et al. | Solid-phase synthesis of terminal oligonucleotide–phosphoramidate conjugates | |
JP6491486B2 (ja) | 8−アザ−3,7−ジデアザアデニンヌクレオシド誘導体、8−アザ−3,7−ジデアザアデニンヌクレオチド誘導体及びポリヌクレオチド誘導体ならびにプローブ | |
JP2003034695A (ja) | 蛍光ヌクレオチド及びそれを用いた標識法 | |
JP6709999B2 (ja) | 化合物、プローブ、縮合物及びシトシンの検出方法 | |
JP5017639B2 (ja) | ヌクレオシド誘導体 | |
Kuba | Novel fluorescent nucleotides for metabolic labelling and for the construction of DNA probes | |
Seidu-Larry | Studies on the chemical biology of natural and chemical ribonucleotide modifications | |
JP2001163895A (ja) | 蛍光ヌクレオチド | |
JP2004166522A (ja) | ポリヌクレオチド誘導体及びその利用 | |
EP1466919A1 (en) | Nucleotide analogs with six membered rings | |
Seidu-Larry | Zur Erlangung der Doktorwürde der Naturwissenschaftlich–Mathematischen Gesamtfakultät der Ruprecht-Karls-Universität | |
DE102004009977A1 (de) | Fluoreszierende Ethenonucleoside und Oligonucleotide mit hoher Stabilität |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130614 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20130614 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20130617 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140630 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140826 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20150204 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150311 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20150406 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20150501 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5756995 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313117 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
S531 | Written request for registration of change of domicile |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313531 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |