JP5344389B2 - ヒラメのエドワジェラ症感受性判別法 - Google Patents
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Description
従来、ヒラメ、タイ等の魚類のエドワジェラ症に対して有効な不活化ワクチンが開発されている(特許文献1及び特許文献2参照)。
また、特許文献3には、特定の遺伝子マーカーを用いてヒラメのリンホシスチス病耐性を判別する方法が記載されている。
しかし、遺伝的にエドワジェラ症に対するヒラメの感受性を判別する方法は、未だ開発されていない。
そして、これらエドワジェラ症に対する感受性の異なる2系統から雑種第一代(F1:KP-CB)を作出した。その後、F1(KP-CB)を用いて1対1交配を行ない、雑種第二代(F2:KP-CBCB)を作出した。
作出したF2(KP−CBCB)、F1(KP-CB)及びその両親(KP-C、KP-B)に対してDNAマーカーを用いたQTL解析を行った。
F2による解析の結果、発明者らは、既に見出していたヒラメの遺伝子連鎖地図{M.M.Coimbra、東京水産大学博士学位論文(2001);Aquaculture(2003)}と照らし合わせることで、ヒラメエドワジェラ症の感受性に関与するマーカー座として、このヒラメ遺伝子連鎖地図における遺伝子連鎖群(LG)4のマーカー座Poli1506TUFが明らかになった。
そして、LG4のマーカー座Poli1506TUFに関する特定のプライマーを用いて、ヒラメ由来の核酸を鋳型とした核酸増幅反応法を行い、得られた増幅産物を解析することにより、エドワジェラ症に罹り易い個体を判別することができる。
また、このマーカーにより、エドワジェラ症に耐病性を有するヒラメを判定できる可能性もある。
以下、本発明の実施例について詳細に説明する。
このF2;KP−CBCB(n=109、平均体長13.2cm)を供試魚として、エドワジェラ症の原因菌E.tardaによる感染試験を行なった。供試魚を菌数8×106/mlの水槽に10分間浸漬し、各個体の表現型データを得た。この結果、生存魚は17尾、死亡魚は92尾であった。
これら供試魚に対し、次のようにPCRプライマーを用いてPCR法を行い、得られたPCR産物にゲル電気泳動法を施し、その遺伝子型を確認した。
尾鰭を1cm角の大きさで採取し、100mM NaCl、20mM Tris−HCl(pH8.0)、100mM EDTA、1.0%SDS、100μg/ml Proteinase Kを含む消化溶液を600μL加え、37℃で一晩静置した。
さらに、フェノール/クロロホルム(1:1)抽出を1回行った後、エタノール沈殿にて染色体DNAを析出させた。回収したDNAは70%エタノールで洗浄、乾燥後、TE溶液(0.01M Tris−HCl pH7.4、2.5mM EDTA pH8.0)50μLに溶解した。
F:5’−TCT AGT GTT TGA GCA GAT AGG AAG GG−3’(配列番号1)
R:5’−CTC TTA GTG GCA CTC CAT CAC ACT G−3’(配列番号2)
の一組のプライマーを合成し、
0.07pmol Fプライマーと[γ-33P]ATP、T4polynucleotide kinaseによって標識した0.32pmol Rプライマー、0.2mM each dNTP、2.0
mM MgCl2、1%BSA、0.25 U Ex Taq DNA polymerase(TakaraBio)、50ngのテンプレートDNAを含む12μlの溶液で、Gene Amp PCR system 9600 thermal cycler(Perkin−Elmer)にて、PCR法を行った。
イマーのRI標識用液組成(100サンプル分)を表2に示す。
反応後、等量のLoading dye(95% formamide,10mD EDTA,0.05% bromophenol blue and xylene cyanol)とよく攪拌し、PCR産物を熱変性によって1本鎖にし、6%アクリルアミドゲルにて電気泳動を行なった。
その後、1時間乾燥させたゲルを、Imaging Plate(IP)に3〜12時間感光させ、放射線の感光像が記憶されたIPをBio-imaging Analyzer(BAS1000、Fuji Photo Films)で読み取り、コンピュータで映像化した。
その結果を図1及び図2に示す。
その結果、表3から明らかなように、142bpのみバンドのある群では、生存魚が4尾、死亡魚が8尾であるのに対し、148bp及び151bpにバンドのある群では、生存魚が3尾、死亡魚が38尾であった。
即ち、148bp及び151bpの両方にバンドが確認されなかった群の死亡率は66.7%であり、148bp及び151bpにバンドが確認された群の死亡率は92.7%であって、死亡率の違いは明らかであった。
マイクロサテライトを含むPCRプライマーは、1つの遺伝子座を位置づけることができるとともに、同種内のその多型性により各個体間では多くのバンドを検出する(DNAMakers:Protocols,Applications,and Overview,GUSTAVO CAETANO-ANOLLES PETER M.GRESSHOFF)。
よって、この実施例で示されるバンドのサイズは、これに限定されるものではない。
また、核酸増幅反応法としてはLAMP法なども用いることができる。さらに、増幅産物の解析方法としては質量分析法やキャピラリ電気泳動法なども用いることができる。
Claims (1)
- 5’−TCT AGT GTT TGA GCA GAT AGG AAG GG−3’(配列番号1)の内、連続する少なくとも10個の塩基から成るオリゴヌクレオチド部分、及び、5’−CTC TTA GTG GCA CTC CAT CAC ACT G−3’(配列番号2)の内、連続する少なくとも10個の塩基から成るオリゴヌクレオチド部分をプライマーとして、ヒラメ由来の核酸を鋳型とした核酸増幅反応法を行ない、得られた増幅産物を解析することにより、ヒラメのエドワジェラ症に対する感受性を判別することを特徴とする、ヒラメのエドワジェラ症感受性判別法。
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