JP5328010B2 - ノロウイルスの簡易高感度検出法 - Google Patents
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Description
「ノロウイルスの検出法について」 食安監発第1105001号 平成15年11月5日付 [非特許文献1]の別添資料である表題「ノロウイルスの検出法」の文献
工程1 貝類の中腸腺を取り出し、リン酸緩衝液にて10倍乳剤にして、ポリエチレングリコール6000で濃縮する。
工程2 QIAamp Viral RNA Mini キット(キアゲン社)によるノロウイルスRNAを抽出する。
工程3 逆転写反応によりRNAからcDNAを合成する。
工程4 1回目のPCR実施によりノロウイルス遺伝子を増幅する。
工程5 2回目のPCR実施によりノロウイルス遺伝子を増幅する。
工程6 電気泳動を行う。
工程7 ハイブリダイゼーションにより、ノロウイルス遺伝子を同定する。
であり、工程3〜工程6のノロウイルス遺伝子を増幅するのに要する時間が約7〜8時間で、さらに工程7のノロウイルス遺伝子を同定するまでに要する時間を加えると、工程3のノロウイルス遺伝子増幅開始から工程7の判定結果判明までに要する時間は約16〜18時間要する。したがって、迅速に食品中のノロウイルス検査を完了できないという問題があった。
また、本発明において「感度」なる用語は、ノロウイルスを検出できる程度までにノロウイルス遺伝子を増幅できる能力を意味する。
食品試料を準備し(1)、RNAを抽出する(2)。そして、NASBA法(A)による核酸を1次増幅させる。該1次増幅のフローは、まず1本のマイクロチューブを準備する(3)。そして、NASBA反応液、ノロウイルスの遺伝子グループであるジェノグループI(GI)とジェノグループII(GII)遺伝子検出用プライマー、試料から抽出したRNAを添加し(4)、所定の温度で加温後(5)、NASBA酵素液を添加し(6)、さらに所定の温度で加温すると(7)、増幅産物(8)ができる。
5 × PrimeScript buffer 4μl
PrimeScript RT Enzyme Mixl 1μl
Oligo dT Primer(50μM) 1μl
Random 6 mer(100μM) 1μl
RNase free water 3μl
抽出RNA 10μl 計 20μl
図3と図4より、RT−LAMP法単独では検査結果は陰性でカキの中のノロウイルスを検出することはできなかったが、RT−LAMP法の前の工程でNASBA法を行ったNASBA−RT−LAMP法では、RT−nested PCR法と同等のノロウイルス遺伝子検出のための感度であることが得られた。
RT−LAMP法に使用する試薬は、Loopamp RNA増幅試薬キット(栄研化学株式会社)を使用する。
(GI用試薬)
試薬 用量
2 × Reaction Mix.(RM) 12.5μL
RTmate 2.5μL
Enzyme Mix.(EM) 1.0μL
Distilled Water(DW) 5.3μL
(GII用試薬)
試薬 用量
2 × Reaction Mix.(RM) 12.5μL
RTmate 2.5μL
Enzyme Mix.(EM) 1.0μL
Distilled Water(DW) 4.3μL
G2F3N5は1マイクロチューブ当り各0.04μL、G1B31T7、G2B31T7は1マイクロチューブ当り各0.1μLで1マイクロチューブ当り合計0.64μLを添加した。
RT−LAMP法に使用する試薬は、Loopamp RNA増幅試薬キット(RT−LAMP)(栄研化学株式会社)を使用した。
B RT−LAMP法
1 食品試料の準備
2 RNAの抽出工程
3 GI用とGII用を同じマイクロチューブにする工程
4 NASBA反応液、プライマー、試料から抽出したRNAの添加工程
5 65°Cで5分、41°Cで5分加温
6 NASBA酵素液の添加工程
7 41°Cで90分加温の工程
8 1次増幅産物
9 GI用とGII用に別々のマイクロチューブの準備工程
10 試薬、プライマー、NASBA増幅産物の添加工程
11 62°Cで90分加温の工程
12 2次増幅産物
13 目視判定又は濁度測定の工程
Claims (4)
- 試料中に微量に存在するノロウイルス遺伝子を特異的に増幅するための方法であって,試料中より抽出されたRNAから所定の温度下で核酸を増幅できる第1の方法であるNASBA法による相補的な1本鎖核酸を得る工程と、第1の方法であるNASBA法による増幅産物を所定の温度下で核酸を増幅できる第2の方法であるRT−LAMP法により,さらに核酸を増幅する工程と、を含む工程からなることを特徴とするノロウイルス遺伝子検出法。
- NASBA法を用いる工程において、大別されるノロウイルスの遺伝子グループであるジェノグループI(GI)とジェノグループII(GII)の遺伝子を同時に同じマイクロチューブで増幅することを特徴とする請求項1に記載のノロウイルス遺伝子検出法。
- RT−LAMP法を用いる工程において、ノロウイルスが増幅されたか否かを、核酸増幅工程で生じる白濁を目視で判定すること又は濁度を測定することを特徴とする請求項1に記載のノロウイルス遺伝子検出法。
- 試料から得た微量のRNAを鋳型にして,NASBA法を用いて増幅産物として相補的な1本鎖RNAを得る工程と、得られた増幅産物を鋳型として,RT−LAMP法を用いて多量のDNAを得る工程と,を含む工程からなるノロウイルス遺伝子検出法。
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