JP5247729B2

JP5247729B2 - 前立腺癌、又は前立腺癌に対する体液性免疫応答を同定するための方法、及び組成物

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Publication number: JP5247729B2
Application number: JP2009551755A
Authority: JP
Inventors: ジョオススカリン; ハルドイングトホマス; ングイエンミンフ; イー．コプリブニカルカトフリン
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Priority date: 2007-03-02
Filing date: 2008-03-03
Publication date: 2013-07-24
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Description

（1. 発明の分野）
本発明は、前立腺癌マーカー、このようなマーカーを含む組成物、このようなマーカーに特異的な免疫グロブリン、並びに前立腺癌に対する免疫応答を評価するためのこのようなマーカー、及び／又は免疫グロブリンを使用する方法に関する。マーカーに対する免疫応答は、好ましくは免疫応答が前立腺癌の予防、前立腺癌の治療、及び／又は前立腺癌と関連する少なくとも1つの症候の寛解と関連した前立腺癌細胞に対する免疫応答、特に体液性免疫応答に関連がある。

（2. 背景）
免疫系は、多種多様な癌の病原性において重要な役割を果たす。癌が進行するときは、免疫系が十分に反応することができないか、又は適切に反応することができず、癌細胞が増殖することができると広く考えられる。現在、化学療法、外科手術、放射線療法、及び細胞療法を含む癌のための標準的医療は、有効性、及び毒性に関し、明らかに限界を有している。現在まで、これらのアプローチは、癌のタイプ、患者の一般的健康、診断時の病期、その他に依存して成功の程度は様々であった。標準的な医療と組み合わせて癌に対して特異的な免疫応答の処置を組み合わせた改善されたストラテジーは、有効性が増強され、かつ毒性が減少された手段を提供するであろう。

癌治療に対する1つの治療アプローチには、ワクチン部位において局所的にサイトカインを発現する遺伝子改変腫瘍細胞の使用を含む。それぞれGolumbeck PTらの文献、Science 254：13-716、1991；Gansbacher Bらの文献、J. Exp. Med. 172：1217-1224, 1990；Fearon ERらの文献、Cell 60：397-403、1990；Gansbacher Bらの文献、Cancer Res. 50：7820-25, 1990；Teng Mらの文献、PNAS 88：3535-3539、1991；Columbo MPらの文献、J. exp. Med. 174：1291-1298, 1991；Aokiらの文献、Proc Natl Acad sci USA. 89（9）：3850-4, 1992；Porgador Aらの文献、Nat Immun. 13（2-3）：113-30, 1994；DranoffGらの文献、PNAS 90：3539-3543、1993；Lee C Tらの文献、Human Gene Therapy 8：187-193、1997；Nagai Eらの文献、Cancer Immunol. Immunother. 47：2-80、1998、及びChang Aらの文献、Human Gene Therapy 11：839-850（2000）に記載されているように、IL-4、IL-2、TNF-α、G-CSF、IL-7、IL-6、及びGM-CSFを含む種々の免疫調節性サイトカインを使用して、腫瘍モデルにおいて活性が証明されている。抗腫瘍免疫を増大するためのワクチンとしての自己癌細胞の使用が、しばらくの間探索されてきた。例えば、癌の生物学的療法（Biologic Therapy of Cancer）、Devitaら（編）J. Lippincot社、pp 87-199、1991のOettgenらの文献、「癌免疫療法の歴史（The History of Cancer Immunotherapy）」；Armstrong T D、及びJaffee E Mの文献、Surg Oncol Clin N Am. 11（3）：681-96, 2002；並びにBodey Bらの文献、Anticancer Res 20（4）：2665-76, 2000）を参照されたい。

GM-CSFを分泌する自己、又は同種間の腫瘍細胞ワクチンを使用するいくつかの第I／II相ヒト治験が行われてきた（Simonsらの文献、Cancer Res 1999 59：5160-8；Soifferらの文献、Proc Natl Acad sci USA 1998 95：13141-6；Simonsらの文献、Cancer Res 1997 57：1537-46；Jaffeeらの文献、J Clin Oncol 2001 19：145-56；Salgiaらの文献、J Clin Oncol 2003 21：624-30；Soifferらの文献、J Clin Oncol 2003 21：3343-50；Nemunaitisらの文献、J Natl Cancer Inst. 2004 2月18日96（4）：326-31；Borello、及びPardollの文献、Growth Factor子Rev. 13（2）：185-93, 2002；及びThomasらの文献、J. Exp. Med. 200（3）297 306、2004）。

患者に対する遺伝子改変したGM-CSFを発現する癌細胞の投与は、免疫応答を生じて、前立腺、及びその他の癌に対する予備的な臨床的有効性が、第I／II相臨床治験において証明された。しかし、このような療法がこのような療法の有効性をモニターするために、及びこのような療法の有効性を増加させるために有効な可能性があるかどうかを予測するための改善された方法、及び組成物に対する需要は、残ったままである。これらの、及びその他の需要が本発明によって提供される。

（3. 要旨）
本発明は、前立腺癌マーカー、このようなマーカーを含む組成物、このようなマーカーに特異的な免疫グロブリン、並びに前立腺癌に対して免疫応答を評価するためにこのようなマーカー、及び／又は免疫グロブリンを使用する方法を提供する。マーカーに対する免疫応答は、好ましくは免疫応答が前立腺癌の予防、前立腺癌の治療、及び／又は前立腺癌と関連する少なくとも1つの症候の寛解と関連した前立腺癌細胞に対する免疫応答、特に体液性免疫応答に関連がある。

従って、第一の態様において、本発明は、対象が前立腺癌で苦しめられているかどうかを同定するための方法であって、表1、2、3、4、7、又は9において同定される抗原に対する免疫応答を検出することを含み、該免疫応答の検出は、該対象が前立腺癌で苦しめられていることを示す、前記方法を提供する。

特定の実施態様において、対象は、哺乳類である。特定の実施態様において、対象は、ヒトである。特定の実施態様において、免疫応答は、体液性免疫応答である。特定の実施態様において、免疫応答は、細胞性免疫応答である。

特定の実施態様において、免疫応答は、表1において同定される抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表2において同定される抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表3において同定される抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表4において同定される抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表7において同定される抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表9において同定される抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表1の抗原の2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15個に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表2の抗原の2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15個に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表3の抗原の2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15個に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表4の抗原の2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15個に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表7の抗原の2、3、4、5、6、7、8、又は9個に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表9の抗原の2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15個に対して検出される。

特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24クラスI組織適合性抗原A-24α鎖前駆体（HLA-A24）、ユビキチンチオエステラーゼOTUB2（OUTB2）、タンパク質FLJ14668（FLJ14668）、ニューロナチン（NNAT）、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、NNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、カルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びOUTB2に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はOUTB2に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、及びFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、又はFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、及びNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、又はNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、及びNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、又はNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、NNAT、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、NNAT、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、OUTB2、FLJ14668、NNAT、及びカルジオリピンから選択される任意の3つの抗原に対して検出される。

別の態様において、本発明は、対象が、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応する可能性が高いかどうかを決定するための方法であって、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答を検出することを含み、該免疫応答の検出は、該対象が前記前立腺癌療法に反応する可能性が高いことを示す、前記方法を提供する。特定の実施態様において、前立腺癌療法は、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での療法以外であることができ；このような実施態様において、前立腺癌療法は、限定されないが当業者に公知の任意の癌免疫療法であることができる。

特定の実施態様において、対象は、哺乳類である。特定の実施態様において、対象は、ヒトである。特定の実施態様において、癌細胞は、自己由来である。特定の実施態様において、癌細胞は、同種間である。特定の実施態様において、癌細胞は、LnCaP細胞、又はPC3細胞である。

特定の実施態様において、免疫応答は、表1に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表2に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表3に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表4に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表5に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表6に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表7に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表9に収載された抗原に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、又はより多くの抗原に対して検出される。

特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、OUTB2、FLJ14668、ニューロナチン（NNAT）、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、NNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、カルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びOUTB2に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はOUTB2に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、及びFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、又はFLJ14668に対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、及びNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、又はNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、OUTB2、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、及びNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、又はNNATに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、FLJ14668、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、NNAT、及びカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、NNAT、又はカルジオリピンに対して検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、HLA-A24、OUTB2、FLJ14668、NNAT、及びカルジオリピンから選択される任意の3つの抗原に対して検出される。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、及び機能への影響の増加、サイトカイン反応、前立腺特異的抗原（PSA）の濃度の減少、PSA倍加時間の勾配の減少、PSA倍加時間の増加、骨スキャンによって測定される転移の減少、進行までの時間の増加、Halabiノモグラムと比較した生存時間の増加、ICTPの血清濃度の減少、又は血清C反応性タンパク質の濃度の減少によって測定される。Halabiノモグラムの記述については、Halabiらの文献、2003 J Clin Oncol 21：1232-7を参照されたい。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカー、例えば前立腺特異的抗原（PSA）の血清濃度の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、全体の生存時間の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、無進行生存の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍サイズの減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、骨転移マーカー反応の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、微小残存病変への影響の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応によって測定される。

特定の実施態様において、免疫応答は、体液性免疫応答である。特定の実施態様において、免疫応答は、細胞性免疫応答である。

別の態様において、本発明は、対象が、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応する可能性が高いかどうかを決定するためのコンピュータ実行方法であって、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載した抗原に対する免疫応答が検出されるかどうかを示すデータをコンピュータメモリに入力すること、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答と前記療法に反応する可能性との間の相関をコンピュータメモリに入力すること、並びに該対象が前記療法に反応する可能性が高いかどうかを決定することを含む、前記方法を提供する。

特定の実施態様において、対象は、哺乳類である。特定の実施態様において、対象は、ヒトである。

特定の実施態様において、癌細胞は、自己由来である。特定の実施態様において、癌細胞は、同種間である。特定の実施態様において、癌細胞は、LnCaP細胞、又はPC3細胞である。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、循環T細胞及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応、前立腺特異的抗原（PSA）の濃度の減少、PSA倍加時間の勾配の減少、PSA倍加時間の増加、骨スキャンによって測定される転移の減少、進行までの時間の増加、Halabiノモグラムと比較した生存時間の増加、ICTPの血清濃度の減少、又は血清C反応性タンパク質の濃度の減少によって測定される。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、全体の生存時間の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、無進行生存の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍サイズの減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、骨転移マーカー反応の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、微小残存病変への影響の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応によって測定される。

別の態様において、本発明は、対象が、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応するかどうかを決定するための方法であって、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物の有効量を投与すること、並びに表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答を検出することを含み、該免疫応答の検出は、該対象が前記前立腺癌療法に反応することを示す、前記方法を提供する。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導を増加、自己腫瘍、若しくは候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、又は循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応によって測定される。

更に別の態様において、本発明は、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応する対象かどうかを決定するためのコンピュータ実行方法であって、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物の有効量を投与すること、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答が検出されるかどうかを示すデータをコンピュータメモリに入力すること、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答と前記療法に対する反応性との間の相関をコンピュータメモリに入力すること、及び該対象が前記療法に反応するかどうかを決定することを含む、前記方法を提供する。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍、若しくは候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、又は循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応によって測定される。

更に別の態様において、本発明は、対象が、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応するかどうかを決定するための方法であって、第1の時にて表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対して免疫応答を検出すること、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物の有効量を投与すること、及び後の第2の時にて表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答を検出することを含み、先の第1の時と比較した後の第2の時に検出された免疫応答の増大は、該対象が前記前立腺癌療法に反応することを示す、前記方法を提供する。

特定の実施態様において、免疫応答は、表1に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表2に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表3に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表4に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表5に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表6に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表7に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表9に収載された抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表1、2、3、4、5、6、7、若しくは9に収載された1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、又はより多くの抗原に対して、第1、及び第2の時にて検出される。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応、PSAの濃度の減少、PSA倍加時間の勾配の減少、PSA倍加時間の増加、骨スキャンによって測定される転移の減少、進行までの時間の増加、Halabiノモグラムと比較した生存時間の増加、ICTPの血清濃度の減少、又は血清C反応性タンパク質の濃度の減少によって測定される。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、全体の生存時間の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、無進行生存の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍サイズの減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、骨転移マーカー反応の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、微小残存病変への影響の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、PSAの濃度の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、PSA倍加時間の勾配の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、PSA倍加時間の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、骨スキャンによって測定される転移の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、進行までの時間の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、Halabiノモグラムと比較した生存時間の増加によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、ICTPの血清濃度の減少によって測定される。特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、血清C反応性タンパク質の濃度の減少によって測定される。

特定の実施態様において、第1、及び第2の時にて検出される免疫応答は、体液性免疫応答である。特定の実施態様において、第1、及び第2の時にて検出される免疫応答は、細胞性免疫応答である。

更に別の態様において、本発明は、対象が、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応するかどうかを決定するためのコンピュータ実行方法であって、増殖不能化され、、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物の有効量を投与すること、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答が前記投与工程より前の第1の時に、及び前記投与工程後の第2の時間にて検出されるかどうかを示すデータをコンピュータメモリに入力すること、前記先の第1の時と比較して前記後の第2の時における表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答の増大と前記療法に対する反応性との間の相関をコンピュータメモリに入力すること、並びに該対象が前記療法に反応するかどうかを決定することを含む、前記方法を提供する。

特定の実施態様において、免疫応答は、表1に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表2に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表3に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表4に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表5に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表6に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表7に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表9に収載された抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、又はより多くの抗原に対して、前記第1の時、及び前記第2の時にて検出される。

特定の実施態様において、癌療法に対する反応性は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖能不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応、PSAの濃度の減少、PSA倍加時間の勾配の減少、PSA倍加時間の増加、骨スキャンによって測定される転移の減少、進行までの時間の増加、Halabiノモグラムと比較した生存時間が増加、ICTPの血清濃度の減少、又は血清C反応性タンパク質の濃度の減少によって測定される。

更にもう一つ態様において、本発明は、本発明の方法を実施するためのコンピュータ実行可能な説明書と共に埋め込まれたコンピュータ可読媒体を提供する。

更に別の態様において、本発明は、本発明の方法を実施するために構成されたコンピュータシステムを提供する。

（4. 図面の簡単な説明）
Oncomineデータベースに由来する前立腺癌疾患グレードの増加に伴うPNPOの発現パターンを示す。図1において、クラス1：正常前立腺（n=41）、クラス2：前立腺癌（n=62）、クラス3：リンパ節転移（n=9）、P値：1.25E-5、及び相関=0.408。

Oncomineデータベースに由来する前立腺癌疾患グレードの増加に伴うFLNBの発現パターンを示す。図2において、クラス1：前立腺癌腫（n=59）、クラス2：転移性前立腺癌（n=20）、及びP値：4.6E-7。

図3Aは、ホルモン不応性前立腺癌である化学療法未処置の患者におけるG-9803第二相GVAX免疫療法臨床試験のための治験デザインを示す（n=55）。治験には、低用量GVAX免疫療法で治療した、PSAが上昇している患者、並びに低、及び高投与量GVAX免疫療法で治療した転移患者を登録した。

図3Bは、ホルモン不応性前立腺癌（HRPC）である化学療法未処置の患者におけるG-0010第二相GVAX免疫療法臨床試験のための治験デザインを示す（n=80）。治験には、低、中、及び高投与量GVAX免疫療法で治療した転移患者を登録した。

図4Aは、pKCCMVHLA-A2402Flagのプラスミドマップを示す。

図4Bは、前立腺癌のためのGVAX免疫療法で治療した免疫陽性G-0010患者からのワクチン接種後血清でプローブしたHLA-A24の代表ブロットを示す。血清は、1：500に希釈した。

図4Cは、HLA-A24 Ab誘導の、GVAX免疫療法後のG-0010患者の生存との相関を示す。MST =生存期間の中央値。

図5Aは、前立腺癌のためのGVAX免疫療法後のG-0010患者におけるOUTB2抗体価の誘導倍数を示す。

図5Bは、OUTB2 Ab誘導の、GVAX免疫療法後のG-9803患者の生存との相関を示す。MST =生存期間の中央値。

図6Aは、pKCCMVHLA-A2402Flagのプラスミドマップを示す。

図6Bは、前立腺癌のためのGVAX免疫療法後のG-0010患者におけるFLJ 14668抗体価の誘導倍数を示す。

図6Cは、G-0010患者における破傷風トキソイドIgG/IgM抗体の倍-誘導を示す。

図6Dは、FLJ14668 Ab誘導のGVAX免疫療法後のG-0010患者における生存との相関を示す。MST =生存期間の中央値。

図6Eは、G-0010におけるFLJ14668抗体陽性、及び陰性患者集団において予測される生存と実際の生存の比較を示す。

図6Fは、G-0010 FLJ14668抗体用量反応を示す。

図7Aは、pKCCMV-NNATFlagのプラスミドマップを示す。

図7Bは、G-0010患者におけるNNAT IgG/IgM抗体の誘導倍数を示す。

図7Cは、NNAT Ab免疫応答とG-0010における生存との関連を示す。

図8Aは、G-0010患者におけるカルジオリピンIgG/IgM抗体の倍-誘導を示す。

図8Bは、カルジオリピンAb免疫応答とG-0010における生存との関連を示す。

HLA-A24、及び／又はFLJ14668免疫応答とG-0010における生存との関連を示す。

NNAT、及び／又はカルジオリピン免疫応答とG-0010における生存との関連を示す。

FLJ14668、及び／又はHLA-A24、及び／又はカルジオリピン免疫応答とG-0010における生存との関連を示す。

図12Aは、HLA-A24、及び／又はOUTB2 Ab誘導の、GVAX免疫療法後のG-9803転移性ホルモン不応性前立腺癌（HRPC）患者における生存との相関を示す。MST =生存期間の中央値。

図12Bは、HLA-A24、及び／又はOUTB2 Ab誘導の、GVAX免疫療法後のG-9803 PSAが上昇しているHPRC患者における生存との相関を示す。MST =生存期間の中央値。

図12Cは、HLA-A24、及び／又はOUTB2 Ab誘導の、GVAX免疫療法後のG-0010転移性HPRC患者における生存との相関を示す。MST =生存期間の中央値。

図13Aは、G-0010患者におけるHLA-A24、FLJ14668、及びOUTB2抗体誘導に対するGVAX免疫療法服用レベルの効果を示す。

図13Bは、G-0010患者におけるHLA-A24抗体誘導に対する患者あたりのGVAXワクチン接種の回数の効果を示す。

図13Cは、G-0010患者におけるOUTB2抗体誘導に対する患者あたりのGVAXワクチン接種の回数の効果を示す。

図13Dは、G-0010患者におけるFLJ14668抗体誘導に対する患者あたりのGVAXワクチン接種の回数の効果を示す。

（5. 発明の詳細な説明）
本発明は、前立腺癌マーカー、このようなマーカーを含む組成物、このようなマーカーに特異的な免疫グロブリン、並びに前立腺癌に対して免疫応答を評価するためにこのようなマーカー、及び／又は免疫グロブリンを使用する方法を提供する。マーカー、組成物、免疫グロブリン、及び方法は、例えば、好ましくは免疫応答が前立腺癌の予防、前立腺癌の治療、及び／又は前立腺癌と関連する少なくとも1つの症候の寛解と関連した前立腺癌細胞に対する免疫応答、特に体液性免疫応答を評価するために有用である。

任意の特定の理論、又は作用機序に拘束されることは意図しないが、サイトカインを発現する遺伝子改変された腫瘍細胞での療法によって誘導される免疫応答の一つの態様は、遺伝子改変された腫瘍細胞、及び／又は対象を苦しめている腫瘍由来の細胞によって発現される特定のポリペプチドに対する免疫応答であると考えられる。また、この免疫応答は、例えば前立腺癌を治療するためのこの療法の有効性において重要な役割を果たすと考えられる。

（5.1 定義）
「サイトカイン」という用語、又は文法上の同義語は、本明細書において、リンホカイン、モノカイン、その他を含む免疫系の細胞のホルモンの一般的種類を意味する。定義には、局所的に作用し、かつ血液中で循環せず、そして、本発明に使用したときに、個体の免疫応答の変化を生じるであろうホルモンが含むが、限定されない。本明細書に使用される「サイトカイン」、又は「サイトカイン類」という用語は、免疫系の細胞に影響を及ぼす生体分子の一般的種類をいう。定義には、局所的に作用するか、又は血液中で循環し得るし、そして本発明の、組成物、又は方法に使用したときに、癌に対する個体の免疫応答を調節し、又は調整するのに役に立つ生体分子を含むが、限定されないことを意味する。本発明を実施する際に使用するための例示的なサイトカインには、インターフェロンα（IFN-α）、IFN-β、及びIFN-γ、インターロイキン（例えばIL-1〜IL-29、特にIL-2、IL-7、IL-12、IL-15、及びIL-18）、腫瘍壊死因子（例えば、TNF-α、及びTNF-β）、エリスロポエチン（EPO）、MIP3a、ICAM、マクロファージコロニー刺激因子（M-CSF）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）、及び顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）を含むが、限定されない。

本明細書に使用される「癌」、「癌細胞」、「新生細胞」、「新形成」、「腫瘍」、及び「腫瘍細胞」（互換的に使用される）という用語は、相対的に自律的な成長を示し、その結果、これらが細胞増殖の制御の有意な喪失によって特徴づけられる異常増殖表現型、又は異常細胞状態を示す細胞をいう。腫瘍細胞は、過形成細胞、インビトロ、若しくはインビボにおける増殖の接触阻害の欠如を示す細胞、インビボで転移ができない細胞、又はインビボで転移ができる細胞であってもよい。新生細胞は、悪性、又は良性であることができる。癌細胞が異常な細胞状態を有するものと考えられる。「腫瘍細胞」は、原発腫瘍に由来しても、又は腫瘍転移に由来してもよい。「腫瘍細胞」は、患者から最近単離されたか（「原発腫瘍細胞」）、又は長期のインビトロ培養の産物であってもよい。

「原発腫瘍細胞」という用語は、当該技術分野における意味に従って使用される。原発腫瘍細胞は、哺乳類の腫瘍から単離され、かつインビトロで広く培養されていない癌細胞である。

「腫瘍細胞由来の抗原」、及び「腫瘍抗原」、及び「腫瘍細胞抗原」という用語は、本明細書において互換的に使用してもよく、任意のタンパク質、ペプチド、炭水化物、又は免疫応答を誘発することができる腫瘍細胞に由来し、若しくは腫瘍細胞によって発現されるその他の成分をいう。定義には、腫瘍細胞全体、腫瘍細胞断片、腫瘍細胞から採取される原形質膜、腫瘍細胞の細胞表面、若しくは膜から精製されるタンパク質、腫瘍細胞の細胞表面と関連する独特の炭化水素部分、又は細胞にいてベクターから発現される腫瘍抗原を含むが、限定されないことが意味される。また、定義には、利用するために細胞の特別な処理が必要である細胞の表面由来の抗原を含む。

本明細書に使用される「遺伝子改変された腫瘍細胞」という用語は、導入遺伝子を発現するように遺伝子改変されており、かつ癌治療法の一部として患者に投与される細胞の集団を含む組成物をいう。遺伝子改変された腫瘍細胞ワクチンには、治療を受けている患者にとって「自己由来」、若しくは「同種間」である腫瘍細胞、又は患者から採取した腫瘍細胞と共に混合された「傍観者細胞」を含む。一般に、遺伝子改変された腫瘍細胞は、患者を苦しめている腫瘍細胞と同じ一般的なタイプのものであり、例えば、患者が転移性の前立腺癌で苦しめられている場合、遺伝子改変された腫瘍細胞は、また転移性の前立腺癌細胞である。GM-CSFを発現する遺伝子改変された腫瘍細胞ワクチンは、本明細書において「GVAX」（登録商標）と称し得る。サイトカイン、例えばGM-CSFを発現するように遺伝子改変され、続いて癌の治療のために患者へ再び投与される、自己、及び同種間の癌細胞は、そのそれぞれが参照により本明細書に明確に組み込まれる、米国特許第5,637,483号、第5,904,920号、第6,277,368号、及び第6,350,445号に記述されている。膵癌の治療のためのGM-CSFを発現する遺伝子改変された癌細胞、又は「サイトカインを発現する細胞ワクチン」の形態は、その両方が参照により本明細書に明確に組み込まれる米国特許第6,033,674号、及び5,985,290号に記述されている。一般的な免疫調節性サイトカインを発現する傍観者株化細胞は、参照により本明細書に明確に組み込まれる米国特許第6,464,973号に記述されている。

本明細書に使用される「発現の増強」という用語は、天然に存在する細胞、又はそれが由来する親細胞によって産生されるであろうよりも高い特定のタンパク質のレベルを生じる細胞をいう。細胞は、GM-CSFなどのサイトカインの発現を増加させるために遺伝子改変させてもよい。サイトカインの発現は、ゲノム配列のプロモーター領域を遺伝子改変すること、又はサイトカインの産生を増大するように細胞のシグナリング経路を遺伝的に変化させることなど、当該技術分野において公知の任意の方法を使用して増加してもよい。また、細胞は、サイトカイン、又はこれらの免疫原性断片をコードするベクターで形質導入することができる。

「全身免疫応答」という用語、又は文法上の同義語は、本明細書において、局在化していないが、全体として個体に影響を及ぼし、従って、同じ刺激に対して特異的にその後の反応をさせる免疫応答を意味する。

本明細書に使用される「増殖能がない」、又は「不活性化された」という用語は、有糸分裂の複数ラウンドを受けることができないが、なおもサイトカイン、又は腫瘍抗原などのタンパク質を発現する能力を保持する細胞をいう。これは、当業者に公知の多くの方法によって達成してもよい。本発明の実施態様には、さらなる増殖から細胞の少なくとも約95%、少なくとも約99%、又は実質的に100%を阻害する治療を含むが、限定されない。一つの実施態様において、細胞は、哺乳類に対する投与の前に約50〜約200ラド/分、又は約120〜約140ラド/分の用量にて照射を受ける。典型的には、照射を使用するときに、必要とされるレベルは、2,500ラド、5,000ラド、10,000ラド、15,000ラド、又は20,000ラドである。本発明のいくつかの実施態様において、細胞は、生存可能な細胞数に対して標準化したときに、事前照射を受けたレベルの少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約50%、又は少なくとも約100%である割合で、照射の2日後にβ-フィラミン、又はこれらの免疫原性の断片を生じる。本発明の一つの実施態様において、細胞は、対象に対する投与前の照射により、増殖能がなくされる。

「個体」、「対象」という用語、又はその文法上の同義語は、任意の1つの個々の哺乳類を意味する。

「確立された腫瘍の反転」という用語、又は文法上の同義語は、本明細書において、既存の腫瘍の抑制、退行、又は部分的、若しくは完全な消失を意味する。定義には、既存の腫瘍のサイズ、能力、又は増殖速度の任意の減退を含むことが意味される。

本明細書に使用される「治療」、「治療的使用」、又は「医薬の使用」という用語は、疾病状態、若しくは症候を直し、又はその他に、疾患、若しくはその他の望ましくない症候のいかなるものも、進行を予防し、妨げ、遅延し、若しくは逆転させる、特許請求の範囲の組成物の任意の、又は全ての使用をいうものとする。

「投与される」という用語は、本発明の細胞、例えば癌ワクチンを哺乳類に導入する任意の方法をいう。これには、皮内、非経口的、筋肉内、皮下、腹腔内、鼻腔内、静脈内（留置カテーテルによるものを含む）、腫瘍内、求心性リンパ管を介して、又は患者の状態からみて適切である別の経路によるものを含むが、限定されない。本発明の組成物は、任意の部位にて対象に投与してもよい。例えば、これらは、原発腫瘍から「遠位」、又は「遠く離れている」部位に送達することができる。

本明細書に使用される「免疫応答の増加」という用語は、特異的な免疫活性化の検出可能な増大（例えば、B細胞、及び／又はT細胞反応の増大）が検出可能であることを意味する。免疫応答の増加の例は、本発明のサイトカインを発現する細胞ワクチンの投与前に、検出されないか、又は低レベルで検出される抗原を結合する抗体の量の増大である。もう1つの例は、細胞性免疫応答の増加である。細胞性免疫応答には、T細胞が関与し、インビトロ（例えば、クロム放出アッセイによって測定される）、又はインビボで観察することができる。免疫応答の増加は、典型的には、免疫細胞の特異的集団の増大を伴う。

「腫瘍の増殖を遅延させている」という用語は、腫瘍の増殖速度を遅らせること、腫瘍サイズ、若しくは腫瘍細胞数の増大の阻害、又は腫瘍細胞数、腫瘍サイズ、若しくは腫瘍の数の減少を意味する。

「腫瘍成長を阻害する」という用語は、腫瘍質量、腫瘍容積、腫瘍細胞の量、又は腫瘍の増殖速度の任意の測定可能な減少をいう。腫瘍質量の測定可能な減少は、当業者に公知の多くの方法によって検出することができる。これらには、摂食可能な腫瘍の直接測定、（例えば、血液中に存在する）腫瘍細胞の計数、腫瘍抗原、例えば前立腺特異的抗原（PSA）、αフェトプロテイン（AFP）の測定、及び種々の可視化技術（例えば、MRI、X線体軸断層写真、及びX線）を含む。腫瘍増殖速度の減少は、典型的には癌である哺乳類に関して、より長い生存時間と相関する。

「治療上有効量」という用語、又は文法上の同義語は、本明細書において、個体の免疫応答を、刺激、又は抑制のいずれかによって調節するために十分な、薬剤、例えば本発明のサイトカインを発現する細胞ワクチンの量をいう。この量は、異なる個体、異なる腫瘍型、及び異なる製剤のために異なってもよい。「治療上有効量」は、「改善された治療結果」を生じる、当業者にルーチンで使用される手順を使用して決定される。

本明細書に使用される「改善された治療結果」、及び「治療有効性の増強」という用語は、癌に関して、癌細胞、若しくは固形腫瘍の増殖の緩徐化、若しくは減退、又は癌細胞の総数、若しくは総腫瘍量の減少をいう。従って、「改善された治療結果」、又は「治療有効性の増強」は、平均余命の増大、又は生活の質の改善を含む任意の臨床的に許容し得る基準に従った患者の状態の改善を意味する（更に本明細書に記述したとおり）。

「核酸」という用語は、一本鎖、又は二本鎖形態のいずれかの、デオキシリボヌクレオチド、若しくはリボヌクレオチド、及びその重合体（「ポリヌクレオチド」）をいう。具体的に限定されない限り、本用語には、参照核酸と同じ結合特性を有し、かつ天然に存在するヌクレオチドと同様の様式で代謝される天然のヌクレオチドの公知の類似体を含む核酸を包含する。特に明記しない限り、特定の核酸分子／ポリヌクレオチドには、また暗示的にその保存的に改変された変異体（例えば、縮重コドン置換）、及び相補配列並びに明確に示された配列を包含する。具体的には、縮重コドン置換は、1つ以上の選択したコドン（又は全て）の第3の位置が混合基、及び／又はデオキシイノシン残基で置換された配列を産生することによって達成してもよい（Batzerらの文献、Nucleic Acid Res. 19：5081（1991）；Ohtsukaらの文献、J. Biol. Chem. 260：2605-2608（1985）；Rossoliniらの文献、Mol. Cell. Probes 8：91-98（1994））。ヌクレオチドは、以下の標準的な略語により、それらの塩基によって示される：アデニン（A）、シトシン（C）、チミン（T）、及びグアニン（G）。

サザン、及びノーザンハイブリダイゼーションなどの核酸ハイブリダイゼーション実験の状況における「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」、及び「ストリンジェントな洗浄条件」は、配列依存的であり、かつ異なる環境パラメーター下では異なる。より長い配列は、より高い温度にてハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションに対する広範なガイドは、Tijssenの文献（1993）Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Acid Probes第1部第2章「ハイブリダイゼーションの原理、及び核酸プローブアッセイ法のストラテジーの概要（Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays）」Elsevier、New Yorkにおいて見いだされる。一般に、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション、及び洗浄条件は、定義されたイオン強度、及びpHにて特異的な配列についての熱融点（T_m）よりも約5℃〜20℃（好ましくは5℃）低いように選択される。典型的には、高度にストリンジェントな条件下で、プローブは、その標的部分列にハイブリダイズするが、その他のいかなる無関係な配列にもハイブリダイズしないであろう。

T_mは、標的配列の50%が完全にマッチしたプローブにハイブリダイズする温度（定義されたイオン強度、及びpH下で）である。非常にストリンジェントな条件は、特定のプローブについてのT_mと同じであるように選択される。サザン、又はノーザンブロットにおけるフィルタ上に100を超える相補残基を有する相補核酸のハイブリダイゼーションのためのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例は、42℃にて1mgのヘパリンを含む50%のホルムアミドであり、ハイブリダイゼーションは一晩実施される。高度にストリンジェントな洗浄条件の例は、72℃にて約15分間の0.15MのNaClである。ストリンジェントな洗浄条件の例は、65℃にて15分間の0.2×SSC洗浄液である（SSC緩衝液の記述については、下のSambrookを参照されたい）。たいてい、高ストリンジェンシーの洗浄では、バックグランドプローブシグナルを除去するために、低ストリンジェンシーの洗浄を先に行う。100を超えるヌクレオチドの二重鎖のための中程度のストリンジェンシーの洗浄例は、例えば、45℃にて15分間の1×SSCである。例えば100を超えるヌクレオチドの二重鎖のための低ストリンジェンシーの洗浄例は、40℃にて15分間の4-6×SSCである。短いプローブ（例えば、約10〜50ヌクレオチド）については、ストリンジェントな条件は、典型的にはpH 7.0〜8.3にて約1.0M Naイオン未満、典型的には約0.01〜1.0MのNaイオン濃度（又はその他の塩）の塩濃度を含み、温度は、典型的には少なくとも約30℃である。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドなどの不安定化薬の添加によっても達成することができる。一般に、特定のハイブリダイゼーションアッセイにおいて無関係なプローブについて観察されるものよりも2×（又はより高い）の信号雑音比は、特異的なハイブリダイゼーションの検出を示す。

2つ以上の核酸、又はタンパク質配列の状況において「同一の」、又はパーセント「同一性」という用語は、最大の対応に対して比較し、及び整列させたときに、本明細書に記述した配列比較アルゴリズムを使用するか、又は目視検査によって測定すると、同じであるか、又は同じであるアミノ酸残基、若しくはヌクレオチドの特定の割合を有する2つ以上の配列、又は部分列をいう。

配列比較のためには、典型的には、1つの配列が、試験配列を比較するための参照配列として作用する。配列比較アルゴリズムを使用するときは、試験配列、及び参照配列をコンピュータに入力し、部分列座標を必要に応じて指定して、配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムにより、指定されたプログラムパラメーターに基づいて、参照配列と比較した試験配列に対するパーセント配列同一性を算出する。

比較のための配列の最適な整列は、例えば、Smith、及びWatermanの文献、Adv. Appl. Math. 2:482（1981）の局部的相同性アルゴリズムによって、Needleman、及びWunschの文献、J. Mol. Biol. 48: 443（1970）の相同性整列アルゴリズムによって、Pearson、及びLipmanの文献、Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444（1988）の類似方法の検索によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実施実施態様（Wisconsin Genetics Software Package、Genetics Computer Group、575 Science Dr.、Madison、Wis.のGAP、BESTFIT、FASTA、及びTFASTA）によって、National Center for Biotechnology Informationを介して一般公開されているソフトウェアでのBLASTアルゴリズム、Altschulらの文献、J. Mol. Acad. Sci. USAによって、又は目視検査（一般に、下のAusubelらの文献を参照されたい）によって行うことができる。本発明の目的を達成するために、比較のための配列の最適な整列は、最も好ましくはSmith、及びWatermanの文献、Adv. Appl. Math. 2: 482（1981）の局部的相同性アルゴリズムによって行われる。

本明細書に使用される、「ペプチド」は、ペプチド結合を介して共に連結された約8〜約12の間のアミノ酸を含むアミノ酸重合体をいう。本発明に従ったペプチドは、ペプチドがMHC I受容体（例えばHLA-A2受容体）を結合して、T細胞受容体、MHC I受容体、及びペプチドと三元複合体を形成する能力を保持する限り、8〜12アミノ酸のものを越えて、さらなる原子を含むことができる。

「保存的置換」とは、アミノ酸のポリペプチドにおける、機能的に同等のアミノ酸との置換をいう。以下の6つの基は、互いに対して保存的置換であるアミノ酸をそれぞれ含む：
アラニン（A）、セリン（S）、及びスレオニン（T）
アスパラギン酸（D）、及びグルタミン酸（E）
アスパラギン（N）、及びグルタミン（Q）
アルギニン（R）、及びリジン（K）
イソロイシン（I）、ロイシン（L）、メチオニン（M）、及びバリン（V）
フェニルアラニン（F）、チロシン（Y）、及びトリプトファン（W）。

本明細書に使用される「約」という用語は、特に明記しない限り、本用語によって修飾される値の上下の10%を上回らない値をいう。例えば、「約5μg/kg」という用語は、4.5μg/kg〜5.5μg/kgの範囲を意味する。別の例として、「約1時間」は、48分〜72分までの範囲を意味する。「約」という用語が整数でなければならない値を修飾し、かつ上下10%の値も整数ではない場合、修飾される値は、最も近い整数に端数をなくすべきである。例えば、「約12アミノ酸」は、11〜13アミノ酸の範囲を意味する。

本明細書に使用される「生理学的条件」という用語は、ヒト血清において通常観察される塩濃度をいう。当業者であれば、生理学的条件は、ヒト血清において見いだされる全てのイオンの正確な比率を反映させる必要がなく、むしろ、かなりの調整をナトリウム、カリウム、カルシウム、クロライド、及びその他のイオンの正確な濃度に行うことができ、一方で、溶液の全体のイオン強度は、定数のままであることを認識するであろう。

（5.2 GM-CSFを発現する増殖能がない腫瘍細胞での療法に関連した抗原）
後述するように、特定の態様において、本発明は、サイトカイン、例えばGM-CSFを発現する増殖能がない腫瘍細胞での治療に対する反応性の可能性に関連した抗原に対する免疫応答を評価することを含む方法を提供する。一部の実施態様において、本療法は、対象に対して改善された治療結果、例えば患者の血清におけるPSAのレベルの減少、癌に関連した疼痛の減少、又は転移の減少、平均余命の増大、若しくは生活の質の改善を含むが、限定されない任意の臨床的に許容し得る基準に従った患者の状態の改善を生じることが予測される。抗原は、対象に対して天然の細胞によって内因的に発現されてもよく、又は例えば投与された操作された腫瘍細胞によって対象に対して外因的に提供されてもよい。下記の解説では、このような抗原の例を簡単に記述する。

HLAクラスI組織適合抗原、A-24α鎖前駆体（別名、MHCクラスI抗原A*24、Aw-24、A-9）は、第6染色体（Entrez Gene cytogenetic band 6p21.3）上でコードされる365アミノ酸（配列番号：1）の40689Daタンパク質である。代表的なヌクレオチド配列HLA-A2402を示してある（配列番号：2）。HLA-A24は、HLAクラスI重鎖パラログに属する（N'guyenらの文献、1985；Littleらの文献、1992）。このクラスI分子は、重鎖、及び軽鎖からなるヘテロ二量体（β-2ミクログロブリン）である。重鎖は、単一パスI型膜タンパク質として、膜にアンカーされる。HLA-A24は、小胞体内腔に由来するペプチドを提示することによって、免疫系において中心的役割を果たす。以下のA-24の対立遺伝子が、知られている：A*2401、A*2402、A*2403、A*2406、A*2408（A9HH）、A*2410（A*24JV）、A*2413（A*24YM）、及びA*2414（A*24SA）。対立遺伝子A*2402は、全ての主要な人種群において表される。対立遺伝子A*2406、及び対立遺伝子A*2413は、オーストラリアの土着民集団において見いだされる。対立遺伝子A*2414は、南米家系の個体において見いだされる。N'Guyen C、Sodoyer R、Trucy J、Strachan T、Jordan BRの文献。HLA-AW24遺伝子：配列、環境、及びHLA-A2、及びHLA-A3遺伝子との比較。Immunogenetics. 1985；21（5）：479- 89. PMID：2987115、及びLittle AM, Madrigal JA, Parham P.捕らえにくい第3のHLA-A9分子：HLA-A9.3の分子的定義。Immunogenetics. 1992；35（l）：41-5. PMID：1729171を参照されたい。

FLNB（別名、フィラミンβ、アクチン結合タンパク質278、AOI、FH1、SCT、TAP、LRS1、TABP、FLN1L、ABP-278、DKFZp686O033、DKFZp686A1668）は、第3染色体（3p14.3）にてコードされる2602アミノ酸の278195Daタンパク質（配列番号：3）フィラミンBをコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001457（配列番号：4）。細胞膜成分をアクチン細胞骨格に接続するように機能して、アクチンフィラメントの直交する枝分れ、及び対する膜糖タンパク質に対するフィラメントの連結を促進し得る（Popowiczらの文献、2006；Feng、及びWalshの文献、2004；Robertsonの文献、2004）。種々の膜貫通タンパク質をアクチン細胞骨格にアンカーする。FLNAとの相互作用により、室帯域から皮質プレートへ神経芽細胞遊走させ得る。アイソフォームの種々の相互作用、及び局在化は、筋管形態、及び筋形成に影響を及ぼす。FBLP1、FLNA、FLNC、GP1BA、INPPL1、ITGB1A、PSEN1、FOLH1、PSEN2、MYOT、及びMYOZ1と相互作用する。細胞質では、膜結合局在。Popowicz GM、Schleicher M、Noegel AA、Holak Ta、フィラミン：細胞骨格の乱交雑の形成体（Filamins: promiscuous organizers of the cytoskeleton）。Trends Biochem Sci. 2006 Jul;31（7）: 411- 9. Epub 2006 Jun 16. PMID: 16781869、及びFeng Y, Walsh CA. フィラミンの多くの顔：細胞運動性、及びシグナリングのための多用途の分子足場（The many faces of filamin: a versatile molecular scaffold for cell motility and signaling）。Nat Cell Biol. 2004 Nov;6（11）: 1034-8. PMID: 15516996、及びRobertson SP. フィラミンAの分子病理学：多様な表現型、多くの機能（Molecular pathology of filamin A: diverse phenotypes, many functions）。Clin Dysmorphol. 2004 Jul;13（3）: 123-31. PMID: 15194946.を参照されたい。

NSFL1（別名、MGC3347；UBXD10；p97補因子p47）は、370アミノ酸の40573Daタンパク質、NSFL1（p97）補因子（p47）をコードする（配列番号：5）。遺伝子は、染色体20（20p13）にてコードされる。代表的なヌクレオチド配列NM_016143（配列番号：6）。N-エチルマレイミド感受性因子（NSF）、及びバロシン（valosin）含有タンパク質（VCP；p97）は、輸送小胞／標的膜融合、及び膜コンパートメントとの間の融合に関与することが知られている2つのATPaseである。NSFL1Cによってコードされるタンパク質の三量体は、サイトゾルのp97の六量体に結合し、p97を媒介した有糸分裂ゴルジ断片からのゴルジ槽の再成長に必要とされる（Brudererらの文献、2004；Meyerらの文献、1998；Kondoらの文献、1997）。VCPのATPase活性を減少させる（Yeらの文献、2001）。inVCPを媒介した移行性小胞体（tER）の形成において役割を果たし得る。間期細胞において主に核細胞下の局在化核。太糸期精母細胞における性染色体の軸方向要素に結合。Bruderer RM、Brasseur C、Meyer HH。AAA ATPase p97/VCPは、共通の二連を結合するメカニズムを介して、その代わりのコファクターであるUfd1-Npl4、及びp47と相互作用する（The AAA ATPase p97/VCP interacts with its alternative co-factors, Ufd1-Npl4 and p47, through a common bipartite binding mechanism）。J Biol Chem. 2004 Nov 26; 279（48）: 49609-16. Epub 2004 Sep 15. PMID: 15371428、及びYe Y, Meyer HH, Rapoport TA. AAA ATPase Cdc48/p97、及びそのパートナーは、ERからサイトゾルへタンパク質を輸送する（The AAA ATPase Cdc48/p97 and its partners tansport proteins from the ER into the cytosol）。Nature. 2001 Dec 6;414（6864）: 652-6. PMID: 11740563、及びMeyer HH, Kondo H, Warren G. p47コファクターは、膜融合タンパク質であるp97のATPase活性を調節する（The p47 co-factor regulates the ATPase activity of the membrane fusion protein, p97）。FEBS Lett. 1998 Oct 23;437（3）: 255-7. PMID: 9824302 、及びKondo H, Rabouille C, Newman R, Levine TP, Pappin D, Freemont P, Warren G. p47は、p97を媒介した膜融合のための補因子である（p47 is a cofactor for p97-mediated membrane fusion）。Nature. 1997 JuI 3;388（6637）: 75-8. PMID: 9214505を参照されたい。

PNPO（別名、FLJ10535；PDXPO；PNPO）は、261アミノ酸の29988Daタンパク質であるピリドキサミン5'-ホスフェート酸化酵素をコードする（配列番号：7）。遺伝子は、染色体17（17q21.32）にてコードされる。NM_018129からの代表的なヌクレオチド配列（配列番号：8）。ビタミンB6、又はピリドキサール5'-ホスフェート（PLP）は、神経伝達物質、酵素コファクター、及びステロイド-受容体相互作用のモジュレーターの合成を含む正常な細胞機能のために重要である。ビタミンB6合成における律速酵素は、PNP、及びPMPをピリドキサール5'-ホスフェート（PLP）に酸化させるPNPOである（Kangらの文献、2004）。細胞質局在化においてホモ二量体として機能する。PNPO活性の非存在が、新生物／癌性細胞において注目された（Ngoらの文献、1998）。Kang JH、Hong ML、Kim DW、Park J、Kang TC、Won MH、Baek NI、Moon BJ、Choi SY、Kwon OSの文献。ヒトピリドキシン5'-ホスフェートオキシダーゼのゲノム組成、組織分布、及び欠失突然変異（Genomic organization, tissue distribution and deletion mutation of human pyridoxine 5'- phosphate oxidase）。Eur J Biochem. 2004 Jun;271（12）:2452-61。PMID: 15182361、及びNgo EO, LePage GR, Thanassi JW, Meisler N, Nutter LM.の文献、新生細胞におけるピリドキシン-5'-リン酸オキシダーゼ（PNPO）活性の非存在：PNPO cDNAの単離、特性付け、及び発現（Absence of pyridoxine-5'- phosphate oxidase（PNPO）activity in neoplastic cells: isolation, characterization, and expression of PNPO cDNA）。Biochemistry. 1998 May 26;37（21）:7741-8. PMID: 9601034を参照されたい。

SVH（別名、MGC3195、PNAS-112）は、343アミノ酸の37540Daタンパク質である肝臓癌形成に関与する特異的スプライス変異体をコードする（配列番号：9）。遺伝子は、染色体7上で（7q22.1）コードされる。NM_031905からの代表的なヌクレオチド配列（配列番号：10）。肝細胞癌においてアップレギュレートされる新規遺伝子SVHは、Huangらの文献、（2003）によって同定され、SVH転写物のコード領域における選択的スプライシングによって生じる変異体SVH-A、-B、-C、及び-Dを含む4つのアルマジロリピートをコードすることが見いだされた。タンパク質スプライス変異体は、小胞体に局在化されるようである。遺伝子は、ALEX1、ALEX2、及びALEX3遺伝子に対して有意な類似性を有する。注目すべきは、ALEX1、及びALEX2の発現は、ヒト肺、前立腺、結腸、膵臓、及び卵巣悪性腫瘍において、並びに異なるヒト癌腫から確立された株化細胞においても失われるか、又は有意に減少されることが報告されたが（Kurochkinらの文献、2001）、SVHの機能、及び結合パートナーは、現在未知である。Huang R、Xing Z、Luan Z、Wu T、Wu X、Hu Gの文献。新規ヒトアルマジロリピートタンパク質であるSVHの特異的スプライス変異体は、肝細胞癌においてアップレギュレートされる（A specific splicing variant of SVH, a novel human armadillo repeat protein, is up-regulated in hepatocellular carcinomas）。Cancer Res. 2003 JuI 1;63（13）:3775-82 、及びKurochkin I. V.、Yonemitsu N.、Funahashi S. I.、Nomura H.の文献、新規ヒトアルマジロリピートタンパク質であるALEX1は、正常組織、及び癌腫において差動的に発現される（ALEX1, a novel human armadillo repeat protein that is expressed differentially in normal tissues and carcinomas）。Biochem. Biophys. Res. Commun.、280: 340-347, 2001。を参照されたい。

HSPA8（別名、CPN60、GROEL、HSP60、HSP65、SPG13、HuCHA60）は、染色体2（2q33.1）にて573アミノ酸の61055Daタンパク質である熱ショック60kDaタンパク質1（配列番号：11）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_002156（配列番号：12）。この遺伝子は、シャペロニンファミリーのメンバーをコードする。コードされたミトコンドリアタンパク質は、自然免疫系においてシグナリング分子として機能し得る（Zanin-Zhorovらの文献、2006）。このタンパク質は、ミトコンドリアにおける新たに移入されたタンパク質の折りたたみ、及び構築のために必須である。また、誤った折り畳みを防止して、ミトコンドリアのマトリックスにおいてストレス状態下で産生される折り畳まれていないポリペプチドの再折りたたみ、及び適当な構築を促進し得る（Jindalらの文献、1989；Vennerらの文献、1990）。この遺伝子に関連する突然変異は、常染色体劣性痙性対麻痺13を生じさせる。Zanin-Zhorov、A.、Cahalon,L.、TaI5G.、Margalit,R.、Lider,O.、及びCohen,I. Rの文献。熱ショックタンパク質60は、自然TLR2シグナリングを介して、CD4+ CD25+抑制性T細胞機能を増強する（Heat shock protein 60 enhances CD4+ CD25+ regulatory T cell function via innate TLR2 signaling）。J. Clin. Invest. 116（7）, 2022- 2032（2006）PMID: 16767222並びにVenner,T.J.、Singh,B.、及びGupta,R.S.の文献、ヒト、及びチャイニーズハムスターhsp60（シャペロニン）遺伝子ファミリーのヌクレオチド配列、及び新規の構造的特色（Nucleotide sequences and novel structural features of human and Chinese hamster hsp60（chaperonin）gene families）DNA Cell Biol. 9（8）, 545-552（1990）PMID: 1980192 並びにJindal,S.、Dudani,A.K.、Singh,B.、Harley,C.B.、及びGupta,R.S.の文献、細菌、及び植物シャペロニンに対して、並びに65キロダルトンのミコバクテリア抗原に対して相同的なヒトミトコンドリアタンパク質の一次構造（Primary structure of a human mitochondrial protein homologous to the bacterial and plant chaperonins and to the 65-kilodalton mycobacterial antigen）Mol. Cell. Biol. 9（5）, 2279-2283（1989）PMID:2568584を参照されたい。

YTHDC2（別名、DKFZp564A186、FLJ10053、FLJ2194）は、染色体5（5q22.2）にて1430アミノ酸の160363Daタンパク質であるYTHドメイン含有2（配列番号：13）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_022828（配列番号：14）。遺伝子機能は、現在未知である。タンパク質機能解析では、アンキリンリピート（アンキリンリピートは、非常に多様なタンパク質のファミリーにおいてタンパク質-タンパク質相互作用を媒介する）、ヘリカーゼスーパーファミリーC末端ドメイン（このドメインは、多種多様なヘリカーゼ、及びヘリカーゼ関連タンパク質において見いだされ；全てのヘリカーゼは、異なる方向極性で核酸二重鎖を巻き戻す能力を共有する）を示す。

CCT5（別名、CCTE、KIAA0098、CCT-イプシロン、TCP-1-イプシロン；CCT5）は、染色体5上の（5p15.2）、59671Daの541アミノ酸であるシャペロニン含有TCP1、サブユニット5（配列番号：15）である。代表的なヌクレオチド配列NM_012073（配列番号：16）。この遺伝子は、TCP1環複合体としても知られるシャペロニン含有TCP1複合体（CCT）のメンバーである分子シャペロンをコードする（TRiC；Kubotaらの文献、1994）。この複合体は、それぞれ8つの異なるタンパク質を含む2つの同一の積み重ねられた環からなる（Roobolらの文献、1995；Liouらの文献、1997）。折り畳まれていないポリペプチドは、複合体の中心の空洞に入り、ATP依存的な様式で折り畳まれる。複合体は、アクチン、及びチューブリンを含む種々のタンパク質を折り畳む。Liou、A.K.、及びWillison, K. R.の文献、CCT5微複合体のサブユニット組成物からのCCT（シャペロニン含有TCP1）におけるサブユニット配向の解明（Elucidation of the subunit orientation in CCT（chaperonin containing TCP1）from the subunit composition of CCT5 micro- complexes）EMBO J. 16（14）, 431 1-4316（1997）PMID:9250675並びにRoobol, A.、Holmes,F.E.、Hayes,N.V.、Baines,A.J.、及びCarden,M.J.の文献、細胞質シャペロニン複合体は、インビトロにおいて発生する神経突起に入り、かつ単一細胞内でサブユニット組成が異なる（Cytoplasmic chaperonin complexes enter neurites developing in vitro and differ in subunit composition within single cells）J. Cell. Sci. 108（PT 4）, 1477-1488（1995）PMID:7615668並びにKubota, H.、Hynes,G.、Carne,A.、Ashworth,A.、及びWillison,K.の文献、TCP-1含有シャペロニンの多岐にわたるサブユニットをコードする6つのTcp-1-関連遺伝子の同定（Identification of six Tcp-1- related genes encoding divergent subunits of the TCP-1 -containing chaperonin）Curr. Biol. 4（2）, 89-99（1994）を参照されたい。

KIAA0196（別名、SPG8、MGC111053推定タンパク質LOC9897）は、第8染色体上に（8p22）コードされる1159アミノ酸の134286Daタンパク質である、ストラムペリン（Strumpellin）をコードする（配列番号：17）。代表的なヌクレオチド配列NM_014846（配列番号：18）。遺伝子機能は、現在未知である。ストラムペリンは、最近、遺伝性痙性対麻痺（HSP）、及び進行性の上部運動神経変性疾患と関連していた（Valdmanisらの文献、2007）。Valdmanis PN、Meijer IA、Reynolds A、Lei A、Macleod P、Schlesinger D、Zatz M、Reid E、Dion PA、Drapeau P、Rouleau GA.の文献、 SPG8座位におけるKIAAO196遺伝子における突然変異は、遺伝性痙性対麻痺を生じさせる（Mutations in the KIAAO196 Gene at the SPG8 Locus Cause Hereditary Spastic Paraplegia. Am J Hum Genet. 2007 Jan;80（l）: 152-61. Epub 2006 Dec 1. PMID: 17160902）を参照されたい。

INADL（別名、Cipp、PATJ、FLJ26982）は、染色体1上の（1p31.3）1801アミノ酸の196386Daタンパク質である、INAD様タンパク質（配列番号：19）をコードする。参照ヌクレオチド配列NM_176878（配列番号：20）。この遺伝子は、複数のPDZドメインをもつタンパク質をコードする。PDZドメインは、タンパク質-タンパク質相互作用を媒介し、複数のPDZドメインをもつタンパク質は、原形質膜にて多量体の複合体を組織することが多い（Kurschnerらの文献、1998；Vaccaroらの文献、2001）。INADLは、膜結合し、タンパク質は、密着結合に、及び上皮細胞の頂端膜に局在化する（Michelらの文献、2005）。ショウジョウバエ（Drosophila）における同様のタンパク質は、光受容体における多量体のシグナリング複合体のいくつかのメンバーを繋ぎ止める足場タンパク質である。選択的スプライシングにより、異なるアイソフォームをコードする4つの転写物変異体を生じる。Michel,D.、Arsanto, J. P.、Massey-Harroche, D.、Beclin, C、Wijnholds J.、及びLe Bivic, A.の文献、PATJは、ヒト腸管細胞における密着結合の尖端、及び横向きの成分を接続し、かつ安定化する（PATJ connects and stabilizes apical and lateral components of tight junctions in human intestinal cells）J. Cell. Sci. 118（PT 17）, 4049-4057（2005）PMID:16129888並びにKurschner, C, Mermelstein, P. G.、Holden, W. T.、及びSurmeier, D. J.の文献、CIPP, 新規の多価PDZドメインタンパク質であるCIPPは、Kir4.0ファミリーメンバー、NMDA受容体サブユニット、ニューレキシン、及びニューロリギン（neuroligins）と選択的に相互作用する（a novel multivalent PDZ domain protein, selectively interacts with Kir4.0 family members, NMDA receptor subunits, neurexins, and neuroligins）Mol. Cell. Neurosci. 11（3）, 161-172（1998）PMID: 9647694並びにVaccaro,P.、Brannetti, B.、Montecchi-Palazzi, L.、Philipp, S.、Helmer Citterich, M.、Cesareni,G.、及びDente,L. キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）由来のINADに対して相同性をもつヒトタンパク質である、ESfADLの複数のPDZドメインの異なる結合特異性（Distinct binding specificity of the multiple PDZ domains of ESfADL, a human protein with homology to INAD from Drosophila melanogaster）J. Biol. Chem. 276（45）, 42122-42130（2001）を参照されたい。

TPRは、染色体1上に（Entrez Gene cytogenetic band：1q25）、2349アミノ酸の265601Daタンパク質である、核タンパク質TPR（配列番号：21）をコードする。参照ヌクレオチド配列NM_003292（配列番号：22）。この遺伝子は、核孔複合体（NPC）の内部表面に付着した核内フィラメントを形成する大きなコイルドコイルタンパク質をコードする。本タンパク質は、NPCのいくつかの成分と直接相互作用する（Haseらの文献、2003；Krullらの文献、2004）。これは、mRNA、及びいくつかのタンパク質の核外移行のために必要とされる。いくつかの異なるキナーゼ遺伝子とこの遺伝子の5'末端の発癌性の融合が、いくつかの新形成において生じる（Gonzatti-Hacesらの文献、1988）。Hase,M.E.、及びCordes,V.C.の文献、nup153との直接の相互作用は、核孔複合体の周辺におけるTprの結合を媒介する（Direct interaction with nupl53 mediates binding of Tpr to the periphery of the nuclear pore complex）Mol. Biol. Cell 14（5）, 1923-1940（2003）PMID:12802065並びにKrull, S.、Thyberg,J.、Bjorkroth,B.、Rackwitz,H.R. 、及びCordes,V.C. 核孔複合体コア構造の成分としてのヌクレオポリン、及び核バスケットの構築的エレメントとしてのTpr（Nucleoporins as components of the nuclear pore complex core structure and Tpr as the architectural element of the nuclear basket）Mol.Biol. Cell 15（9）, 4261-4277（2004）PMID: 15229283並びにGonzatti-Haces,M.、Seth,A.、Park,M.、Copeland,T.、Oroszlan,S.、及びVande Woude,G.F.の文献、TPR-MET発癌遺伝子p65、及びMETプロトオンコジーンπ40タンパク質-チロシンキナーゼの特性付け（Characterization of the TPR-MET oncogene p65 and the MET protooncogene pi 40 protein-tyrosine kinases）Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85（1）, 21-25（1988）. PMID:3277171を参照されたい。

SAS10（別名、荷電アミノ酸リッチなロイシンジッパー1）は、染色体4上の（Entrez Gene cytogenetic band：4q13.3）において、479アミノ酸の54558Daタンパク質である、サムシングアバウトサイレンシングタンパク質10（Something about silensing protein10）（配列番号：23）である。参照ヌクレオチド配列NM_020368（配列番号：24）。タンパク質の機能は、未知であり、類似性により、これは、サイレンスされたクロマチンの構造の変化による遺伝子サイレンシングにおいて役割を有するようであり、発達中の脳において役割を果たすであろう（Kamakakaらの文献、1998；Peterらの文献、2003）。Peters NT、Rohrbach JA、Zalewski BA、Byrkett CM、Vaughn JC.の文献、 sas-10アンチセンスリードスルーmRNA転写物によるショウジョウバエ（Drosophila）4f-rnp発現のRNAエディティング、及び制御（RNA editing and regulation of Drosophila 4f-rnp expression by sas-10 antisense readthrough mRNA transcripts）。RNA. 2003 Jun;9（6）:698-710. PMID: 12756328、及びKamakaka RT, Rine J. Sas10pによるサッカロミセス属（Saccharomyces）におけるサイレンシングの Sir、及びサイレンサ非依存的破壊（Sir- and silencer-independent disruption of silencing in Saccharomyces by Sas10p）。Genetics. 1998 Jun;149（2）:903-14 PMID:9611201を参照されたい。

ECH1（別名、EC 5.3.3、HPXEL、デルタ3,5-デルタ2,4-ジエノイル-CoAイソメラーゼ、ミトコンドリア性前駆体、エノイル補酵素Aヒドラターゼ1ペルオキシソーム）は、染色体19上に（Entrez Gene cytogenetic band：19q13.1）、328アミノ酸の35816Daタンパク質（ミトコンドリア性のデルタ（3,5）-デルタ（2,4）-ジエノイル-CoAイソメラーゼ）（配列番号：25）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001398（配列番号：26）。このタンパク質は、ヒドラターゼ／イソメラーゼスーパーファミリーのメンバーである。遺伝子産物は、いくつかの種のエノイル-コエンザイムA（CoA）ヒドラターゼに対して、特にこれらのタンパク質に特徴的な保存されたドメイン内で、高い配列類似性を示す。コードされるタンパク質は、C末端のペルオキシソームのターゲティング配列を含み、ペルオキシソームに局在化される。ラット相同分子種は、ペルオキシソーム、及びミトコンドリアの両方のマトリックスに局在化され、3-トランス、5-シス-ジエノイル-CoAを2-トランス、4-トランス-ジエノイル-CoAに異性化することができ、それがデルタ3,5-デルタ2,4-ジエノイル-CoAイソメラーゼであることを示す。この酵素は、脂肪酸β酸化経路の補助工程において機能する（Filppulaらの文献、1998）。Filppula,S.A.、Yagi,A.I、Kilpelainen,S.H.、Novikov,D.、FitzPatrick,D.R.、Vihinen,M.、VaIIe D.、及びHiltunen,J.K.の文献、ラット肝臓由来のデルタ3,5-デルタ2,4-ジエノイル-CoAイソメラーゼ。分子の特徴付け（Delta3,5-delta2,4-dienoyl-CoA isomerase from rat liver. Molecular characterization.）。J. Biol. Chem. 273（1）, 349-355（1998）.PMID 9417087を参照されたい。

HSPA8（別名：LAP1、HSC54、HSC70、HSC71、HSP71、HSP73、NIP71、HSPA10、MGC29929）は、第11染色体上で（Entrez Gene cytogenetic band：11q24.1）、646アミノ酸の70898Daタンパク質である熱ショック同族71kDaタンパク質（配列番号：27）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_006597/153201（配列番号：28）。この遺伝子は、熱ショック同族タンパク質をコードする。このタンパク質は、新生ポリペプチドに結合して正確な折りたたみを促進する。また、これは、細胞を介した膜成分の輸送の間にクラスリン被覆小胞の分解においてATPaseとして機能する（Dworniczakらの文献、1987；DeLuca Flathertyらの文献、1990）。2つの選択的にスプライスされた変異体が、現在までに特徴づけられている。HSPH1/HSP105と相互作用する（類似性による）。PACRGと相互作用する。細胞質において見いだされる。熱ショックにより、細胞質から核まで、及び特に核小体まで迅速に転位置する。Dworniczak,B.、及びMirault,M.E.の文献、71kd熱ショック「同族」タンパク質をコードするヒト遺伝子の構造、及び発現（Structure and expression of a human gene coding for a 71 kd heat shock 'cognate' protein）。Nucleic Acids Res. 15（13）, 5181-5197（1987）PMID: 3037489、並びにDeLuca-Flaherty,C, McKay,D.B.、Parham,P.、及びHill B.L.の文献、脱コートタンパク質（hsc70）は、ATP加水分解を刺激するために、クラスリン軽鎖LCaの高次構造的に不安定なドメインに結合する（Uncoating protein（hsc70）binds a conformationally labile domain of clathrin light chain LCa to stimulate ATP hydrolysis）。Cell 62（5）, 875-887（1990）. PMID: 1975516を参照されたい。

MUT（別名、EC 5.4.99.2、MCM、メチルマロニル-CoAイソメラーゼ）は、第6染色体上で（Entrez Gene cytogenetic band：6p21）、750アミノ酸の83120Daタンパク質（ミトコンドリア性のメチルマロニル-CoAムターゼ）（配列番号：29）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_000255（配列番号：30）。タンパク質は、ミトコンドリアマトリックスに位置する。MUTは、メチルマロニル-CoAのスクシニル-CoAへの異性化を触媒するビタミンB12依存的酵素である（Padovaniらの文献、2006）。MUTの欠損は、メチルマロニル-CoAムターゼ欠損（MMA）[MIM：251000］によるメチルマロン酸尿症の原因である。MMAは、有機酸代謝の致命的障害であることが多い。Padovai,D.、Labunska,T. 、及び Banerjee,R.の文献、 Gタンパク質シャペロンであるMeaBとB12依存的メチルマロニル-CoAムターゼとの間の相互作用のエネルギー論（Energetics of interaction between the G-protein chaperone, MeaB, and B12-dependent methylmalonyl-CoA mutase）。J. Biol. Chem. 281（26）, 17838-17844（2006）. PMID: 16641088を参照されたい。

LSM3（別名：SMX4、USS2、YLR438C）は、第3染色体上で（Entrez Gene cytogenetic band：3p25.1）、U6 snRNA関連Sm様タンパク質である101アミノ酸の11714Daタンパク質をコードする（配列番号：31）。代表的なヌクレオチド配列NM_014463（配列番号：32）。LSM3は、ループとして折り畳まれた長さが不定のリンカーによって分離された2つの領域からなるSm配列モチーフを含むSm様タンパク質のメンバーである。Sm様タンパク質は、プレmRNAスプライシングのために重要であるtri-snRNP粒子に存在する安定なヘテロマーを形成すると考えられる（Achselらの文献、1999）。Achsel,T.、Brahms,H.、Kastner,B.、Bachi,A.、Wilm,M.、及びLuhrmann,R.の文献、ヒトSm様タンパク質のドーナッツ型ヘテロマーは、U6 snRNAの3'-末端に結合し、これによりインビトロでのU4/U6二本鎖形成を促進する（A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3'-end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro）。EMBO J. 18（20）, 5789-5802（1999）. PMID 10523320を参照されたい。

DLAT（別名：DLTA、PDCE2、PDC-E2614）は、第11染色体上で（Entrez Gene cytogenetic band：11q23.1）、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体のジヒドロリポイルリジン残基アセチルトランスフェラーゼ成分である、614アミノ酸の65781Daタンパク質をコードする（配列番号：33）。代表的なヌクレオチド配列NM_001931（配列番号：34）。DLAT遺伝子は、内部ミトコンドリア膜の哺乳動物ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体（PDC）のE2サブユニットである、ジヒドロリポアミドアセチルトランスフェラーゼをコードする。ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体は、ピルベートのアセチル-CoA、及びCO（2）への全体の変換を触媒する。これは、3つの酵素成分：ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（E1）、ジヒドロリポアミドアセチルトランスフェラーゼ（E2）、及びリポアミドデヒドロゲナーゼ（E3；Hiromasaらの文献、2004）の複数のコピーを含む。Hiromasa,Y.、Fujisawa,T.、Aso,Y.、及びRoche,T. E.の文献、E2、及びE2プラスE3結合タンパク質、及びこれらのE1、及びE3成分を結合する能力によって形成される哺乳動物ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体のコアの組織化（Organization of the cores of the mammalian pyruvate dehydrogenase complex formed by E2 and E2 plus the E3- binding protein and their capacities to bind the E1 and E3 components）。J. Biol. Chem.279（8）, 6921-6933（2004）. PMID: 14638692を参照されたい。

HYPK（別名：HSPC 136、4F5rel、FAM2C、h4F5rel）は、染色体15上で（Entrez Gene cytogenetic band：15q15.3）、129アミノ酸のK14776Daタンパク質ハンチンチン相互作用タンパク質Kをコードする（配列番号：35）。代表的なヌクレオチド配列NM_016400（配列番号：36）。遺伝子／タンパク質の機能は、未知である。ハンチンチンとの相互作用（Faberらの文献、1998）、及び脊髄筋肉萎縮症に関する候補修飾遺伝子としての関連（Scharfらの文献、1998）が、HYPKについて示唆されている。Faber PW、Barnes GT、Srinidhi J、Chen J、Gusella JF、Macdonald ME.の文献、ハンチンチンは、WWドメインタンパク質のファミリーと相互作用する（Huntingtin interacts with a family of WW domain proteins）。Hum Mol Genet. 1998 Sep;7（9）: 1463-74 PMID: 9700202、及びScharf JM, Endrizzi MG, Wetter A, Huang S, Thompson TG, Zerres K, Dietrich WF, Wirth B, Kunkel LM.の文献、比較ゲノム科学による脊髄筋肉萎縮症に関する候補修飾遺伝子の同定（Identification of a candidate modifying gene for spinal muscular atrophy by comparative genomics）。Nat Genet. 1998 Sep;20（l）:83-6. PMID: 9731538を参照されたい。

NME1（別名、AWD、GAAD、NM23、NDPKA、NM23-H1）は、染色体17上で（Entrez Gene cytogenetic band：17q21.3）、152アミノ酸の17149Daタンパク質であるヌクレオシド二リン酸キナーゼA（配列番号：37）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_000269/198175（配列番号：38）。このタンパク質は、ヌクレオシド二リン酸キナーゼ遺伝子ファミリーのメンバーであり、ヌクレオシド二リン酸のリン酸化に関与する。この遺伝子（NME1）は、高転移性細胞におけるそのmRNA転写物レベルの減少によって同定された（Rosengardらの文献、1989）。ヌクレオシド二リン酸キナーゼ（NDK）は、「A」（この遺伝子によってコードされる）、及び「B」（NME2によってコードされる）アイソフォームで構成される六量体として存在する（Gillesらの文献、1991）。異なるアイソフォームをコードする2つの転写物変異体は、この遺伝子（従って、NM_000269/198175）について見いだされている。この遺伝子と隣接した下流の遺伝子（NME2）との同時転写により、個々の遺伝子産物と同一性を共有する配列で構成される融合タンパク質をコードする天然に存在する転写物（NME1-NME2）を産生する。Gilles,A.M.、Presecan,E.、Vonica,A.、及びLascu,I.の文献、ヒト赤血球由来のヌクレオシド二リン酸エステルキナーゼ。六量体酵素の異種性の原因となる2つのポリペプチド鎖の構造的特性付け（Nucleoside diphosphate kinase from human erythrocytes. Structural characterization of the two polypeptide chains responsible for heterogeneity of the hexameric enzyme）。J. Biol.Chem. 266（14）, 8784-8789（1991）. PMID 1851158並びにRosengard,A.M.、Krutzsch,H.C, Shearn,A.、Biggs,J.R.、Barker,E.、Margulies,I.M.、King,C.R.、Liotta,L.A.、及びSteeg,P.S.の文献、腫瘍転移、及び異常なショウジョウバエ（Drosophila）発生におけるNm23/Awdタンパク質の減少（Reduced Nm23/Awd protein in tumor metastasis and aberrant Drosophila development）。Nature 342（6246）, 177-180（1989）. PMID 2509941.を参照されたい。

KIAA0310（別名、RP11-413M3.10）は、染色体9上で（Entrez Gene cytogenetic band：9q34.3）、2179アミノ酸の233517Daタンパク質である、SEC 16相同体Aをコードする（配列番号：39）。代表的なヌクレオチド配列XM_946064）（配列番号：40）。機能、位置、又は相互作用のためのパートナーを概説する刊行物はない-未知。

EIF3S9（別名、PRT1、eIF3b、EIF3-ETA、EIF3-P110、EIF3-P116、MGC104664、MGC131875）は、染色体7上で（Entrez Gene cytogenetic band：7p22.2）、814アミノ酸の92492Daタンパク質である真核生物翻訳開始因子3サブユニットBをコードする（配列番号：41）。代表的なヌクレオチド配列NM_001037283（配列番号：42）。EIF3S9は、eIF3哺乳動物転写因子（少なくとも12個の異なるサブユニットで構成される）の1つのサブユニットであるタンパク質をコードする。eIF-3は、35から170kDaまで質量が変動するサブユニットからなる哺乳動物翻訳開始因子のうちで最も大きい（Chaudhuriらの文献、1997）。eIF3は、翻訳開始の早期工程において40Sリボソームに結合し、メチオニル-tRNAi、及びmRNAの結合を促進する。また、eIF3は、リボソームサブユニット抗会合因子として機能する（Asanoらの文献、1997；Methotらの文献、1997）。Chaudhuri,J.、Chakrabarti,A.、及びMaitra,U.の文献、哺乳動物翻訳開始因子3（eIF3）の生化学的特性付け（Biochemical characterization of mammalian translation initiation factor 3（eIF3））を参照されたい。分子クローニングにより、p110サブユニットがサッカロマイセス・セレビジエ（Saccharomyces cerevisiae）タンパク質Prt1の哺乳動物相同体であることが明らかになる。J. Biol. Chem. 272（49）, 30975-30983（1997）PMID 9388245、並びにMethot, N.、Rom,E.、Olsen,H.、及びSonenberg,N.の文献、酵母Prt1タンパク質のヒト相同体は、真核生物開始因子3複合体の不可欠な部分であり、p170と相互作用する J. Biol. Chem. 272（2）, 1110-1116（1997）PMID 8995410、並びにAsano,K.、Kinzy,T.G.、Merrick,W.C.、及びHershey,J.W.の文献、真核生物翻訳開始因子eIF3の保存、及び多様性（Conservation and diversity of eukaryotic translation initiation factor eIF3）。J. Biol. Chem. 272（2）, 1101-1109（1997）. PMID 8995409。

ACAT2（別名ACTL EC 2.3.1.9 アセチルCoAトランスフェラーゼ様タンパク質アセチル-CoAアセチルトランスフェラーゼ、サイトゾルアセトアセチル-CoAチオラーゼ）は、第6染色体上で（Entrez Gene cytogenetic band：6q25.3-q26）、41351Daの397アミノ酸である、アセチル-補酵素Aアセチルトランスフェラーゼ2（配列番号：43）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_005891（配列番号：44）。アセチル-補酵素Aアセチルトランスフェラーゼ2は、脂質代謝に関与する酵素である（Liuらの文献、2005；Anらの文献2006）。報告されたACAT2欠損患者は、重篤な精神遅滞、及び低緊張を示した（Bennetらの文献、1984）。ACAT2遺伝子は、マウス、及びヒトの両方においてTCP1遺伝子の3'領域との相補オーバーラップを示す。これらの遺伝子は、DNAの反対鎖上に、並びに反対の転写配向でコードされる。An S.、Cho,K.H.、Lee,W.S.、LeeJ.O.、Paik,Y.K.、及びJeong, T.S.の文献、アシル-CoAの触媒機能におけるヒスチジン残基のための重要な役割：コレステロールアシルトランスフェラーゼ触媒作用法：ACAT1とACAT2との間の触媒相違のための証拠（A critical role for the histidine residues in the catalytic function of acyl-CoA:cholesterol acyltransferase catalysis: evidence for catalytic difference between ACAT1 and ACAT2）。Lett. 580（11）, 2741-2749（2006）PMID 16647063、並びにLiu,J.、Chang,C.C, Westover,E.J.、Covey,D.F.、及びChang,T.Y.の文献、インビトロ、及び無処置の細胞での、種々のステロール使用することによるアシル-CoA：コレステロールアシルトランスフェラーゼ（ACAT）のアロステリズムの調査（Investigating the allosterism of acyl-CoA：cholesterol acyltransferase（ACAT）by using various sterols: in vitro and intact cell studies）Biochem. J. 391（PT 2）, 389-397（2005）PMID 15992359、並びにBennett,M.J.、Hosking,G.P.、Smith,M.F.、Gray,R.G.、及びMiddleton,B.の文献、精神遅滞と関連した、サイトゾルアセトアセチル-CoAチオラーゼの欠損患者についての生化学的研究（Biochemical investigations on a patient with a defect in cytosolic acetoacetyl-CoA thiolase, associated with mental retardation）. J. Inherit. Metab. Dis. 7（3）, 125-128（1984）. PMID 6150136を参照されたい。

PSMD2（別名、S2、P97、TRAP2、MGC14274）は、第3染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：3q27.1）、908アミノ酸の100200Daタンパク質である、26Sプロテアソーム非ATPase調節サブユニット2（配列番号：45）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_002808（配列番号：46）。PSMD2は、ユビキチン結合タンパク質のATP感受性の分解に関与する26プロテアソームの調節サブユニットとして作用する（Couxらの文献、1996）。修飾されたプロテアソームであるイムノプロテアソームの必須の機能は、クラスI MHCペプチドのプロセシングである。プロテアソーム機能における関与に加えて、これは、腫瘍壊死因子1型受容体と相互作用したので、このサブユニットは、TNFシグナリング経路にも関与し得る。（Tsurumiらの文献、1996；Song、及びDormer 1995）。Tsurumi,C、Shimizu,Y.、Saeki,M.、Kato,S.、Demartino,G.N.、Slaughter,C.A.、Fujimuro,M.、Yokosawa,H.、Yamasaki,M.、Hendil,K.B.、Toh-e,A.、Tanahashi,N.、及びTanaka,K.の文献、1型腫瘍壊死因子受容体関連タンパク質-2/5 5.11と同じポリペプチドである、26Sプロテアソームのp97サブユニットのcDNAクローニング、及び機能解析（cDNA cloning and functional analysis of the p97 subunit of the 26S proteasome, a polypeptide identical to the type- 1 tumor-necrosis- factor-receptor-associated protein-2/5 5.11）Eur. J. Biochem. 239（3）, 912-921（1996）PMID: 8774743、並びにCoux,O.、Tanaka,K.、及びGoldberg,A.L.の文献、20S、及び26Sプロテアソームの構造、及び機能（Structure and functions of the 20S and 26S proteasomes）Annu. Rev. Biochem. 65, 801-847（1996）PMID: 8811196、並びにSong,H.Y.、及びDonner,D.B.の文献、ヒト2型腫瘍壊死因子受容体の細胞質ドメインとRINGフィンガータンパク質の会合（Association of a RING finger protein with the cytoplasmic domain of the human type-2 tumor necrosis factor receptor）Biochem. J. 309（PT 3）, 825-829（1995）. PMID: 7639698を参照されたい。

KNTC2（別名： HEC、HEC1）は、染色体18上で（Ensembl Cytogenetic band：18p11.32）、642アミノ酸の73913Daである、動原体関連2（配列番号：47）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_006101（配列番号：48）。KNTC2によってコードされるタンパク質は、紡錐体チェックポイントシグナリングに関与するいくつかのタンパク質の1つである（Ciferriらの文献、2005）。このサーベイランスメカニズムは、整列されていない染色体を検出すること、及び染色体の適当な双極性付着が達成されるまで前中期停止を生じさせることによって細胞分裂の間の染色体の正確な分離を保証する（DeLucaらの文献、2006）。26Sプロテアソームの調節サブユニットと相互作用する（Chenらの文献、1997）。DeLucaJ.G.、Gall,W.E.、Ciferri,C、Cimini D.、Musacchio,A.、及びSalmon,E.D.の文献、動原体微小管動的、及び付着安定性は、Heelによって調節される（Kinetochore microtubule dynamics and attachment stability are regulated by Heel）Cell 127（5）, 969-982（2006）17129782、並びにCiferri,C, De Luca,J.、Monzani,S.、Ferrari,K.J.、Ristic,D.、Wyman,C, Stark,H.、Kilmartin,J.、Salmon,E.D.、及びMusacchio,A.の文献、外側動原体の重要な成分である、ヒトndc80-hec1複合体の構造（Architecture of the human ndc80-hec1 complex, a critical constituent of the outer kinetochore）J. Biol. Chem. 280（32）, 29088-29095（2005）PMID: 15961401、並びにChen,Y.、Sharp,Z.D. 、及び Lee,W.H.の文献、HECは、26Sプロテアソームの第7調節サブユニットに結合して、有糸分裂のサイクリンのタンパク質分解を調整する（HEC binds to the seventh regulatory subunit of the 26 S proteasome and modulates the proteolysis of mitotic cyclins J. Biol. Chem. 272（38）, 24081-24087（1997）.PMID:9295362を参照されたい。

ICF45（別名、tRNA-ヒスチジングアニリルトランスフェラーゼ1様（THG1L）、FLJ11601、FLJ20546）は、染色体5上で（Ensembl Cytogenetic band：5q33.3）、173アミノ酸の20157Daタンパク質である、間期細胞質病巣タンパク質45（配列番号：49）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_017872（配列番号：50）。ICF45は、高度に保存されたタンパク質であり、これは、細胞周期依存的様式で発現され、細胞周期進行、及び細胞増殖に関与するようである（Guoらの文献、2004）。機能／活性は、現在未知。Guo,D.、Hu,K.、Lei,Y.、Wang,Y.、Ma,T.、及びHe, D.の文献、細胞周期制御に関与する新規細胞質タンパク質ICF45の同定、及び特性付け（Identification and characterization of a novel cytoplasm protein ICF45 that is involved in cell cycle regulation）J. Biol. Chem. 279（51）, 53498-53505（2004）. PMID: 15459185を参照されたい。

RIF1（別名RAP1相互作用因子相同体（酵母）、FLJ12870、DKFZp781N1478）は、染色体2上で（Ensembl Cytogenetic band：2q23.3）、2472アミノ酸の274466Daタンパク質である、RAP1相互作用因子相同体（配列番号：51）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_018151（配列番号：52）。核において見いだされる。キャップされていないか、又は異常なテロメアに対し、及びDNA二重鎖破壊部に対して、ATM-、及びTP53BP1-依存的な局在化を示す（Xu、及びBlackburn 2004；Silvermanらの文献、2004）。正常なテロメア構造と会合しない。アナフェイズの間に紡錘体の中間帯の微小管に、及びテロフェイズにおいて凝縮された染色体に局在化する。発現は、細胞周期の後期G2/S期にピークに達する。S期（間期-S期チェックポイント）の間の、DNA損傷に応答した細胞周期進行のチェックポイントを媒介した停止のために必要とされる。Xu L.、及びBlackburn,E.H.の文献、ヒトRif1タンパク質は、異常なテロメアに結合して、後期中間帯微小管に沿って整列させる（Human Rif1 protein binds aberrant telomeres and aligns along anaphase midzone microtubules）。J. Cell Biol. 167（5）, 819-830（2004）.PMID: 15583028、並びにSilverman,J.、Takai,H.、Buonomo,S.B.、Eisenhaber,F.、及びde Lange,T.の文献、酵母テロメアのタンパク質相同分子種である、ヒトRif1は、ATM、及び53BP1によって調節され、S期チェックポイントにおいて機能する（Human Rif1 , ortholog of a yeast telomeric protein, is regulated by ATM and 53BP1 and functions in the S-phase checkpoint. Genes Dev. 18（17）, 2108-2119（2004）. PMID: 15342490を参照されたい。

MPHOSPH10（別名U3小核小体リボ核タンパク質、MPP10、MPP10P）は、染色体2上で（Ensembl Cytogenetic band：2p13.3）、681アミノ酸の78864Daタンパク質である、M期リンタンパク質10（配列番号：53）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_005791（配列番号：54）。この遺伝子は、有糸分裂の間にリン酸化されるタンパク質をコードする。本タンパク質は、間期の間に核小体に、及びM期の間に染色体に局在化される。本タンパク質は、rRNAプロセシングに関与する、U3小核小体のリボ核タンパク複合体の一部であると考えられる（Westendorfらの文献、1998）。IMP3、IMP4、及びMPHOSPH10を含むヘテロ三量体の複合体の成分（Grannemanらの文献、.2003）。Granneman,S.、Gallagher,J.E.、Vogelzangs,J.、Horstman,W.、van Venrooij,WJ.、Baserga,S.J.、及びPruijn,G. J.の文献、ヒトImp3、及びImp4タンパク質は、60-80Sリボ核タンパク複合体のU3 snoRNAと相互作用するだけである、hMpp10と三元複合体を形成する（The human Imp3 and Imp4 proteins form a ternary complex with hMpp10, which only interacts with the U3 snoRNA in 60-80S ribonucleoprotein complexes）。Nucleic Acids Res. 31（7）, 1877-1887（2003）. PMID: 12655004、並びにWestendorf,J.M.、Konstantinov,K.N.、Wormsley,S.、Shu,M.D.、Matsumoto-Taniura,N.、Pirollet,F.、Klier,F.G.、Gerace,L.、及びBaserga,S.J.の文献、M期リンタンパク質10は、ヒトU3小核小体リボ核タンパク成分である（M phase phosphoprotein 10 is a human U3 small nucleolar ribonucleoprotein component. Mol. Biol. Cell 9（2）, 437-449（1998）. PMID: 9450966を参照されたい。

TAOK3（別名、DPK、JIK、MAP3K18、FLJ31808、DKFZp666H245）は、第12染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：12q24.23）、898アミノ酸の105406Daタンパク質である、TAOキナーゼ3（配列番号：55）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_016281（配列番号：56）。細胞質に位置する。また、末梢細胞膜に局在化される。Junキナーゼの基礎活性を阻害する（Tassiらの文献、1999）。上皮細胞成長因子（EGF）によってネガティブに調節される（Zhangらの文献、2000）。Zhang,W.、Chen,T.、Wan,T.、He5L.、Li N.、Yuan,Z.、及びCao,X.の文献、ERK1/ERK2、及びJNK/SAPK経路を活性化する新規樹状細胞由来プロテインキナーゼである、DPKのクローニング（Cloning of DPK, a novel dendritic cell-derived protein kinase activating the ERK1/ERK2 and JNK/SAPK pathways. Biochem. Biophys. Res. Commun. 274（3）, 872-879（2000）.PMID: 10924369、並びにTassi,E.、Biesova,Z.、Di Fiore,P.P.、Gutkind,J.S.、及びWong,W.T.の文献、JNKを阻害し、かつ上皮細胞成長因子によってネガティブに調節されるSTE20キナーゼファミリーの新規のメンバーである、ヒトJIK（Human JIK, a novel member of the STE20 kinase family that inhibits JNK and is negatively regulated by epidermal growth factor）J. Biol. Chem. 274（47）, 33287-33295（1999）. PMID: 10559204を参照されたい。

UBTF（別名、UBF、NOR-90）は、染色体17上で（Ensembl Cytogenetic band：17q21.31）、89406Daの764アミノ酸タンパク質である、核小体転写因子1（配列番号：57）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_014233）（配列番号：58）。上流結合因子（UBF）は、SL1（TBPの複合体）、及び複数のTBP関連因子、又は「TAF類」と共に、18S、5.8S、及び28SリボソームRNAの発現のために必要にされる転写因子である。94、及び97kDの2つのUBFポリペプチドが、ヒトにおいて存在する（Bellらの文献、1988；Voitらの文献、1995）。UBFは、DNA結合ドメイン、及びトランス活性化ドメインの両方をもつ核小体リンタンパク質である。ヒトrRNAプロモーターのコア、及び上流の調節領域に結合する配列特異的DNAは、いくつかのHMGボックスを介して媒介される（Jantzenらの文献、1990）。Bell,S.P.、Learned,R.M.、Jantzen,H.M.、及びTjian, R.の文献、転写因子UBF1と、及びSL1との間に機能的協同作用により、ヒトリボソームRNA合成を媒介する（Functional cooperativity between transcription factors UBF1 and SL1 mediates human ribosomal RNA synthesis）。Science 241（4870）, 1192-1 197（1988）. PMID: 3413483、並びにJantzen,H.M.、Admon,A.、Bell,S.P.、及びTjian,R. 核小体転写因子hUBFは、HMG蛋白質に対して相同性をもつDNA-結合モチーフを含む（Nucleolar transcription factor hUBF contains a DNA-binding motif with homology to HMG proteins. Nature 344（6269）, 830-836（1990）. PMID: 2330041、並びにVoit,R.、Kuhn,A.、Sander,E.E.、及びGrummt,I.の文献、哺乳動物リボソームの遺伝子転写の活性化には、核小体転写因子UBFのリン酸化が必要である（Activation of mammalian ribosomal gene transcription requires phosphorylation of the nucleolar transcription factor UBF. Nucleic Acids Res. 23（14）, 2593-2599（1995）. PMID:7651819を参照されたい。

JARID1A（別名、RBP2、RBBP2）は、第12染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：12p13.33）、195816Daの1722アミノ酸タンパク質である、ヒストンデメチラーゼJARID1A（配列番号：59）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001042603（配列番号：60）。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、遍在的に発現される核タンパク質である。これは、細胞増殖を調節する網膜芽細胞腫タンパク質に対して、いくつかのその他のタンパク質と共に、直接結合する（Fattaeyらの文献、1993；Defeoらの文献、1991）。このタンパク質は、赤血球形成において、及びT細胞白血病誘発において明確に機能するロムボチン（Rhombotin）-2とも相互作用する（Maoらの文献、1997）。ロムボチン-2は、コードされたタンパク質の活性に直接影響を及ぼすか、又はこのタンパク質に結合することによって網膜芽細胞腫タンパク質の機能を間接的に調整し得ると考とえられる。異なるアイソフォームをコードする選択的スプライスされた転写物変異体が、この遺伝子について見いだされている。Fattaey, A.R.、Helin,K.、Dembski,M.S.、Dyson,N.、Harlow,E.、Vuocolo,G.A.、Hanobik,M.G.、Haskell,K.M.、Oliff,A.、Defeo-Jones,D.らの文献、網膜芽細胞腫結合タンパク質RBP1、及びRBP2の特徴づけ（Characterization of the retinoblastoma binding proteins RBP1 and RBP2. Oncogene 8（11）, 3149-3156（1993）. PMID: 8414517、並びにDefeo-Jones, D.、Huang, P.S.、Jones, R.E.、Haskell, K.M.、Vuocolo,G.A.、Hanobik,M.G.、Huber,H.E.、及びOliff,A.の文献、網膜芽細胞腫遺伝子産物に結合する細胞のタンパク質のためのcDNAのクローニング（Cloning of cDNAs for cellular proteins that bind to the retinoblastoma gene product）。Nature 352（6332）, 251-254（1991）. PMID: 1857421、並びにMao, S.、Neale, G.A.、及びGoorha, R.M.の文献、T細胞発癌遺伝子ロムボチン-2は、網膜芽細胞腫結合タンパク質2と相互作用する（T-cell oncogene rhombotin-2 interacts with retinoblastoma-binding protein 2）。Oncogene 14（13）, 1531-1539（1997）. PMID: 9129143を参照されたい。

ROCK 2（別名、KIAA0619）は、染色体2上で（Ensembl Cytogenetic band：2p25.1）、1388アミノ酸の160913Daタンパク質である、Rho関連プロテインキナーゼ2（配列番号：61）をコードする遺伝子である。代表的なヌクレオチド配列NM_004850（配列番号：62）。ROCK2は、多数の重要なシグナリングタンパク質をリン酸化するタンパク質セリン／スレオニンキナーゼであり、これによりアクチン細胞骨格の構築を調節する。これは、ストレスファイバーの、及び接着斑複合体の形成を促進する（Sekoらの文献、2003；Traugerらの文献、2002；Witkeらの文献、1998）。また、細胞質分裂、平滑筋収縮、及びc-fos血清応答エレメントの活性化を調節する。ROCK1のアイソザイムであるこのタンパク質は、小GTPase Rhoのための標的である。Seko,T.、Ito,M.、Kureishi,Y.、Okamoto,R.、Moriki,N.、Onishi,K.、Isaka,N.、Hartshorne,D.J.、及びNakano,T.の文献、血管平滑筋における高血圧症の重要な成分としての、RhoAの活性化、及びミオシンホスファターゼの阻害（Activation of RhoA and inhibition of myosin phosphatase as important components in hypertension in vascular smooth muscle）。Circ. Res. 92（4）, 411-418（2003）. PMID: 12600888、並びにWitke,W.、Podtelejnikov,A.V.、Di Nardo,A.、SutherlandJ.D.、Gurniak,C.B.、Dotti,C.、及びMann,M.の文献、マウスにおいて、脳プロフィリンI、及びプロフィリンIIは、エンドサイトーシスの経路、及びアクチン集合の制御因子と会合する（In mouse brain profilin I and profilin II associate with regulators of the endocytic pathway and actin assembly）。EMBO J. 17（4）, 967-976（1998）. PMID: 9463375、並びにTraugerJ.W.、Lin,F.F.、Turner,M.S.、Stephens,J. 、及びLoGrasso,P.V.の文献、ヒトRho-Kinase II（ROCK-II）に関する反応速度機構（Kinetic mechanism for human Rho-Kinase II（ROCK-II））。Biochemistry 41（28）, 8948-8953（2002）. PMID: 12102637を参照されたい。

GOLGB1（別名、ゴルジ自己抗原、ゴルジン（golgin）サブファミリーb、マクロゴルジン（macrogolgin）（膜貫通シグナルを有する）、1GCP、GCP372、GIANTIN）は、第3染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：3q13.33）、3259アミノ酸の376077Daタンパク質である、ゴルジンサブファミリーBメンバー1（配列番号：63）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_004487（配列番号：64）。GOLGB1産物は、単一パスI型膜タンパク質として、ゴルジ体膜と会合する（Linstedtらの文献、1993；Sohdaらの文献、1994）。これは、ゴルジ複合体の大槽間連結橋を形成するのに関与し得るジスルフィド連結されたホモ二量体である（Sonnichsenらの文献、1998）。タンパク質は、リューマチ患者における自己抗体、及びHIV感染症の標的である（Seeligらの文献、1994）。Seelig,H.P.、Schranz,P.、Schroter,H.、Wiemann,C.、及びRenz,M.の文献、マクロゴルジン（Macrogolgin）--リウマチ病、及びHIV感染症患者における抗体の標的としての新たな376 kDゴルジ複合体外膜タンパク質（Macrogolgin--a new 376 kD Golgi complex outer membrane protein as target of antibodies in patients with rheumatic diseases and HIV infections. J. Autoimmun. 7（1）, 67-91（1994）. PMID: 8198703,並びにLinstedt,A.D.、及びHauri,H.P.の文献、少なくとも350kDaの細胞質ドメインを含む新規の保存されたゴルジ膜タンパク質であるジャイアンチン（Giantin, a novel conserved Golgi membrane protein containing a cytoplasmic domain of at least 350 kDa）。Mol. Biol. Cell 4（7）, 679-693（1993）. PMID: 7691276、並びにSonnichsen,B.、Lowe,M.、LevineJ.、Jamsa,E.、Dirac-Svejstrup,B.、及びWarren,G.の文献、COPIベシクルをゴルジ膜にドッキングさせる際のジャイアンチンの役割（A role for giantin in docking COPI vesicles to Golgi membranes）。J. Cell Biol. 140（5）, 1013-1021（1998）. PMID: 9490716、並びにSohda,M.、Misumi,Y.、Fujiwara,T.、Nishioka,M.、及びIkehara,Y.の文献、ゴルジ複合体に局在化されるヒト372kDAタンパク質の分子クローニング、及び配列分析（Molecular cloning and sequence analysis of a human 372-kDA protein localized in the Golgi complex）。Biochem. Biophys. Res. Commun. 205（2）, 1399-1408（1994）を参照されたい。

PGAM5（別名、BCL-XL-結合タンパク質v68、MGC5352、BXLBv68、MGC5352）は、第12染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：12q24.33）、255アミノ酸の28006Daタンパク質である、ホスホグリセリン酸ムターゼファミリーメンバー5（配列番号：65）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_138575（配列番号：66）。PGAM5は、ホスホグリセリン酸ムターゼスーパーファミリーのメンバーである。ヒトにおいて、ホスホグリセリン酸ムターゼスーパーファミリーは、進化的に保存されたPGAMドメイン（pfam00300）の存在によって定義される少なくとも10個の異なるタンパク質をコードする遺伝子からなる。PGAM5遺伝子は、選択的スプライシングによって生じる2つのタンパク質アイソフォーム、PGAM5-L、及びPGAM5-Sをコードする。両方のPGAM5アイソフォームは、〜100アミノ酸のN末端領域を含み、これには、KeapIに対する結合のために必要とされる保存されたNXESGEモチーフ、及びBCI-X_Lに結合するC末端ホスホグリセリン酸ムターゼ（PGAM）ドメインを含む。T細胞受容体シグナリングの制御、及び受容体チロシンキナーゼのエンドサイトーシスにおいて役割を有するであろう（Hammondらの文献、2001；Loらの文献、2006）。Hammond,P.W.、Alpin,J.、Rise,C.E.、Wright,M.、及びKreider,B. L.の文献、組織特異的mRNAディスプレイライブラリーの混合物由来のBCL-X（L）-結合タンパク質のインビトロでの選択、及び特性付け（In vitro selection and characterization of Bcl-X（L）-binding proteins from a mix of tissue-specific mRNA display libraries）。J. Biol. Chem. 276（24）, 20898- 20906（2001）. PMID: 11283018,並びにLo,S.C.、及びHannink,M.の文献、PGAM5, BcI-XL-相互作用するタンパク質は、レドックス調節されるKeap1依存的ユビキチンリガーゼ複合体のための新規の基質である（a BcI-XL- interacting Protein, Is a Novel Substrate for the Redox-regulated Keap1 -dependent Ubiquitin Ligase Complex. J. Biol. Chem. 281（49）, 37893-37903（2006）. PMID:17046835を参照されたい。

MRPL32（別名、L32mt、HSPC283、MRP-L32、bMRP-59b）は、染色体7上で（Ensembl Cytogenetic band：7pl4.1）、188アミノ酸の21405Daタンパク質である、ミトコンドリアリボソームタンパク質L32（配列番号：67）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_031903（配列番号：68）。MRPL32は、核内遺伝子によってコードされる哺乳動物ミトコンドリアのリボソームタンパク質のメンバーであり、ミトコンドリア内でのタンパク質合成を補助する。ミトコンドリアリボソーム（マイトリボソーム：mitoribosomes）は、小さな28Sサブユニット、及び大きな39Sサブユニットからなる。この遺伝子は、L32リボソームタンパク質ファミリーに属する39Sサブユニットタンパク質をコードする（Suzukiらの文献、2001；Kocらの文献、2001）。Suzuki,T.、Terasaki,M.、Takemoto-Hori,C、Hanada,T.、Ueda,T.、Wada,A.、及びWatanabe, K.の文献、哺乳動物ミトコンドリアリボソームにおけるタンパク質による、rRNAの欠損の構造補償。哺乳動物ミトコンドリアからの大きなリボゾームサブユニットのタンパク質成分の系統解析（Structural compensation for the deficit of rRNA with proteins in the mammalian mitochondrial ribosome. Systematic analysis of protein components of the large ribosomal subunit from mammalian mitochondria）。J. Biol. Chem. 276（24）, 21724-21736（2001）. PMID: 11279069,並びにKoc,E.C, Burkhart,W.、Blackburn,K.、Moyer,M.B.、Schlatzer,D.M.、Moseley,A.、及びSpremulli,L.L.の文献、哺乳動物ミトコンドリアのリボソームの大サブユニット。リボソームタンパク質提示の補完の解析。（The large subunit of the mammalian mitochondrial ribosome. Analysis of the complement of ribosomal proteins present. J. Biol. Chem. 276（47）, 43958- 43969（2001）. PMID: 11551941を参照されたい。

KIF15（別名、HKLP2、KNSL7、FLJ25667、NY-BR-62）は、第3染色体上で（DaEnsembl Cytogenetic band：3p21.31）、1388アミノ酸の160160Daタンパク質である、キネシンファミリーメンバー15（配列番号：69）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_020242（配列番号：70）。KIF 15は、そのKi-67（Sueishiらの文献、2000）との相互作用によって同定されるXklp2（アフリカツメガエルキネシン様タンパク質2）のヒト相同体である。Xklp2は、アフリカツメガエル卵抽出物における有糸分裂の間の中心体分離、及び紡錐体二極性の維持に必要とされることが報告されているプラス方向へのキネシン様モーターである。Sueishi,M.、Takagi,M.、及びYoneda,Y.の文献、Ki-67抗原の二又端会合ドメインは、新規キネシン様タンパク質Hklp2と相互作用する（The forkhead-associated domain of Ki-67 antigen interacts with the novel kinesin-like protein Hklp2）。J. Biol. Chem. 275（37）, 28888-28892（2000）. PMID: 10878014を参照されたい。

CENPF（別名、ミトシン（mitosin）、CENF、hcp-1、PRO 1779）は、染色体1上で（Ensembl Cytogenetic band：1q41）、3210アミノ酸の367594Daタンパク質である、セントロメアタンパク質F（配列番号：71）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_O16343（配列番号：72）。CENPFに由来するタンパク質は、動原体-動原体複合体と会合する。タンパク質は、間期のG2期の間の核マトリックスの成分である。G2後半に、タンパク質は、動原体と会合して、早期後期を通じてこの会合を維持する（Liaoらの文献、1995）。これは、それぞれ後期アナフェイズ、及びテロフェイズにおいて、紡錐体中間帯、及び細胞内ブリッジに局在化され、その後分解されると考えられる。このタンパク質の局在化は、それが有糸分裂の間に、染色体分離の役割を果たし得ることを示唆する（Fengらの文献、2006；Bomontらの文献、2005）。これは、ホモ二量体、又はヘテロ二量体を形成すると考えられる。Feng,J.、Huang,H.、及びYen,T.J.の文献、CENP-Fは、動原体付着のために必須であり、かつ有糸分裂のチェックポイント遅延期間に影響を及ぼす新規の微小管結合タンパク質である（CENP-F is a novel microtubule-binding protein that is essential for kinetochore attachments and affects the duration of the mitotic checkpoint delay）。Chromosoma 115（4）, 320-329（2006）.PMID: 16601978,並びにBomont,P.、Maddox,P.、Shah,J.V.、Desai,A.B.及びCleveland,D.W.の文献、動原体関連タンパク質CENP-Fの枯渇した動原体における不安定な微小管捕獲（Unstable microtubule capture at kinetochores depleted of the centromere-associated protein CENP-F）。EMBO J. 24（22）, 3927-3939（2005）. PMID: 16252009,並びにLiao,H.、Winkfein,R.J.、Mack,G.、RattnerJ.B.、及びYen,T.J.の文献、CENP-Fは、後期G2にて動原体上に構築する核マトリックスのタンパク質であり、有糸分裂後に迅速に分解される（CENP-F is a protein of the nuclear matrix that assembles onto kinetochores at late G2 and is rapidly degraded after mitosis）。J. Cell Biol. 130（3）, 507-518（1995）. PMID: 7542657を参照されたい。

膜結合リングフィンガー（C3HC4）6（別名、TEB4、RNF 176、KIAA0597、MARCH-VI）は、染色体5上でコードされる（Ensembl Cytogenetic band：5p15.2）、635アミノ酸の72136Daタンパク質をコードする（配列番号：73）。代表的なヌクレオチド配列NM_005885（配列番号：74）。MARCH6は、酵母サッカロマイセス・セレビジエ（Saccharomyces cerevisiae）、ER局在E3リガーゼDoa10のヒト相同性をコードする。Doa10は、E3のRINGファミリーのメンバーであるマルチスパニング膜タンパク質である。Doa10は、酵母ERストレス応答、及びERAD経路の中心的成分であると考えられる（Kreftらの文献、.2006；Barteeらの文献、2004）。Kreft,S.G.、Wang,L.、及びHochstrasser,M.の文献、酵母小胞体局在化ユビキチンリガーゼDoa10の膜形態、及びそのヒト相同分子種TEB4（MARCH-VI）との比較（Membrane topology of the yeast endoplasmic reticulum-localized ubiquitin ligase Doa10 and comparison with its human ortholog TEB4（MARCH-VI））。J. Biol. Chem. 281（8）, 4646-4653（2006）. PMID: 16373356,並びにBartee,E.、Mansouri,M.、Hovey Nerenberg,B.T.、Gouveia,K.、及びFruh,K.の文献、ヒトユビキチンリガーゼによる主要組織適合複合体クラスIのダウンレギュレーションは、ウイルス免疫回避タンパク質に関連した（Downregulation of major histocompatibility complex class I by human ubiquitin ligases related to viral immune evasion proteins. J. Virol. 78（3）, 1109-1120（2004）. PMID: 14722266を参照されたい。

CCDC46（別名、FLJ39610、MGC33887）は、染色体17上で（Ensembl Cytogenetic band：17q24.1）、955アミノ酸の112749Daタンパク質である、コイルドコイルドメイン含有46（配列番号：75）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_145036（配列番号：76）。この遺伝子は、フィラメント、ミオシン尾部、及びATPaseドメインをもつタンパク質をコードする。この遺伝子の相同分子種が、マウス、ラット、及びチンパンジーに存在する。選択的転写スプライスバリアントは、異なるアイソフォームをコードして特徴づけられている（Harringtonらの文献、2001）。Harrington,J.J.、Sherf,B.、Rundlett,S.、Jackson,P.D.、Perry,R.、Cain,S.らの文献、遺伝子発現のランダムな活性化を使用する、ゲノム全体タンパク質発現ライブラリーの作製（Creation of genome-wide protein expression libraries using random activation of gene expression）。Nat. Biotechnol. 19（5）, 440-445（2001）. PMID: 11329013を参照されたい。

RSN（別名、CLIP、CYLN1、CLIP170、CLIP-170、MGC131604）は、第12染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：12q24.31）、1427アミノ酸の160990Daタンパク質である、レスチン（Restin）（配列番号：77）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_198240（配列番号：78）。レスチンは、エンドサイトーシス小胞を微小管に連結する中間フィラメント会合タンパク質のようである。CLIP-170は、間期におけるいくつかの微小管依存的プロセスに関与する、微小管「プラス方向トラッキング」タンパク質である。有糸分裂の発生時に、CLIP-170は、動原体に局在化されるが、しかし、中期には、もはやそれは動原体にて検出することができない（Pierreらの文献、1992；1994）。細胞質、及び細胞骨格において見いだされる。レスチンは、ホジキン患者のリード-スターンバーグ細胞において有意に過剰発現される（Bilbeらの文献、1992）。Pierre,P.、ScheelJ.、Rickard,J.E.、及びKreis,T. E.の文献、CLIP-170は、エンドサイトーシス小胞を微小管に連結する（CLIP-170 links endocytic vesicles to microtubules）。Cell 70（6）, 887-900（1992）. PMID: 1356075,並びにBilbe,G.、Delabie,J.、BruggenJ.、Richener,H.、Asselbergs,F.A.、Cerletti,N.、Sorg,C, Odink,K.、Tarcsay,L.、Wiesendanger,W.らの文献、レスチン：ホジキン病のリードシュテルンベルク細胞において高度に発現される新規中間フィラメント会合タンパク質（Restin: a novel intermediate filament-associated protein highly expressed in the Reed-Sternberg cells of Hodgkin's disease）。EMBO J. 11（6）, 2103-2113（1992）. PMID: 1600942,並びにPierre,P.、Pepperkok,R.、及びKreis,T.E.の文献、インビボでのCLIP-170の2つの機能的ドメインの分子特徴付け（Molecular characterization of two functional domains of CLIP-170 in vivo J. Cell.Sci. 107（PT 7）, 1909-1920（1994）. PMID: 798315を参照されたい。

CCDC18（別名、dJ717I23.1、RP4-717I23.1）は、染色体1上で（Ensembl Cytogenetic band：1p22.1）、362アミノ酸の41278Daタンパク質である、コイルドコイルドメイン含有18（配列番号：79）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_206886（配列番号：80）。CCDC18は、現在機能、及び役割に関して未知である（Leungらの文献、1996）。Leung E, Print CG, Parry DA, Closey DN, Lockhart PJ, Skinner SJ, Batchelor

DC, Krissansen GW.の文献、代わりのC末端をもつ新規キネクチン（kinectin）スプライスバリアントのクローニング：マウスキネクチンの構造、分布、及び進化（Cloning of novel kinectin splice variants with alternative C-termini: structure, distribution and evolution of mouse kinectin）。Immunol Cell Biol. 1996 Oct;74（5）:421-33を参照されたい。

ACAA1（別名、ペルオキシソーム3-オキソアシル-コエンザイムAチオラーゼ）；同義語：ACAA、THIO、PTHIO）は、第3染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：3p22.3）、424アミノ酸の44929Daタンパク質である、アセチル-補酵素Aアシルトランスフェラーゼ1（配列番号：81）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001607（配列番号：82）。アセチル-補酵素Aアシルトランスフェラーゼ（ACAA1）は、Acyl-CoA +アセチルCoA = CoA + 3-オキソアシル-CoAを触媒するペルオキシソームのβ酸化系において機能する酵素である。ACAA1発現は、ペルオキシソームβ酸化系のその他の二酵素と並行して、種々の脂質低下化合物によって（転写レベルで）著しく誘導される。この酵素欠損は、仮性ツェルウェガー症候群を引き起こす（Schramらの文献、1987）。Schram,A.W.、Goldfischer,S.、van Roermund,C.W.、Brouwer-Kelder,E.M.、Collins、J.、Hashimoto,T.、Heymans,H.S.、van den Bosch,H.、Schutgens,R.B.、Tager,J.M.らの文献、ヒトペルオキシソーム3-オキソアシル-コエンザイムAチオラーゼ欠損（Human peroxisomal 3-oxoacyl-coenzyme A thiolase deficiency）。Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.84（8）, 2494-2496（1987）. PMID: 2882519を参照されたい。

OTUB2（別名： OTUドメイン、ユビキチンアルデヒド結合2、OUTB2、OTB2、OTU2、MGC3102、FLJ21916、C14orf137）は、第14染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：14q32.13）、234アミノ酸の27213Daタンパク質である、ユビキチンチオエステラーゼOTUB2（配列番号：83）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_023112（配列番号：84）。OUTB2は、システインプロテアーゼを脱ユビキチン化するオツバイン（otubain）ファミリーに属する（これは、卵巣腫瘍（OTU）タンパク質スーパーファミリーに属する。オツバインは、ユビキチンタンパク質結合の際に正確にタンパク質を切断して、インビトロにおいてタンパク質から抱合されたユビキチンを除去することができ、従って、分解を妨げることによって、タンパク質代謝回転のレベルでの重要な調節の役割を果たし得る（Balakirevらの文献、2003）。Balakirev,M.Y.、Tcherniuk,S.O.、Jaquinod,M.、及びChroboczek, J.の文献、オツバイン：ユビキチン経路におけるシステインプロテアーゼの新たなファミリー（Otubains: a new family of cysteine proteases in the ubiquitin pathway）。EMBO Rep. 4（5）, 517-522（2003）を参照されたい。

FLJ14668（別名、配列類似性136,メンバーAをもつファミリー、タンパク質FAM136A、仮定的タンパク質LOC84908）は、染色体2上で（Ensembl Cytogenetic band：2p13.3）、138アミノ酸の配列類似性136,メンバーA（NP_116211）をもつファミリーと命名された15641Daタンパク質（配列番号：85）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_032822（配列番号：86）。FLJ14668のためのタンパク質配列は、snRNPの「共通タンパク質」成分である、ヒトSm Gタンパク質と最も類似する。最も高い相同性の領域は、Sm基のタンパク質メンバーを特徴づけるSm 1、及び2モチーフ内であり、従って、LOC84908は、いくらかの機能的類似性を有すると考えられるが、機能、及び役割は、現在未知である（Lehner、及びSanderson 2004：Simpsonらの文献、2000）。Lehner,B.、及びSanderson,C. M.の文献、ヒトmRNA分解のためのタンパク相互作用フレームワーク（A protein interaction framework for human mRNA degradation）。Genome Res. 14（7）, 1315-1323（2004）. PMID: 15231747,並びにSimpson,J.C, Wellenreuther,R.、Poustka,A.、Pepperkok,R.、及びWiemann,S.の文献、大規模cDNAシーケンシングによって同定される新規タンパク質の系統的細胞小器官局在化（Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing）。EMBO Rep. 1（3）, 287-292（2000）を参照されたい。

HIGD2A（別名、MGC2198）は、染色体5上で（Ensembl Cytogenetic band：5q35.2）、106アミノ酸の11529Daタンパク質（配列番号：87）である、HIG1ドメインファミリー、メンバー2A（参照NP_620175）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_138820（配列番号：88）。現在の機能、及び役割は、未知である。潜在的には、マルチパス膜タンパク質をコードする（Strausbergらの文献、2002）。Strausbergらの文献、15,000を超える全長ヒト、及びマウスcDNA配列の産生、及び初期解析（Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences）。Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99（26）, 16899- 16903（2002）. PMID: 12477932を参照されたい。

LOC51240（別名、ORM1（S. cerevisiae）様2（ORMDL2）、MST095,HSPC160、MSTP095、adoplin-2）は、第12染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：12q13.2）、ORMDL2（NP_054901）と命名された153アミノ酸の17363Daタンパク質である、ORM1様2（配列番号：89）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_014182（配列番号：90）。LOC51240/ORMDL2は、ヒト（ORMDL1、ORMDL2、及びORMDL3）において3つの遺伝子を含む新規遺伝子ファミリーに属し、酵母、微胞子虫、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、尾索類、及び脊椎動物の相同体をもつ。ヒト遺伝子は、成人、及び胎児の組織において遍在性に発現される。ORMDL遺伝子は、小胞体（ER）にアンカーされる膜貫通タンパク質をコードする。細胞下局在、及び酵母突然変異体の特異的な薬剤に対する反応は、ERにおけるタンパク質の折畳みにおけるORMDLの関与を指摘する（Hjelmqvistらの文献、2002）。Hjelmqvist,L.、Tuson,M.、Marfany,G.、Herrero,E.、Balcells,S.、及びGonzalez-Duarte,R.の文献、ORMDLタンパク質は、小胞体膜タンパク質の保存された新たなファミリーである（ORMDL proteins are a conserved new family of endoplasmic reticulum membrane proteins）。Genome Biol. 3（6）, RESEARCH0027（2002）. PMID:12093374を参照されたい。

NNAT（別名、Peg5、MGC1439）は、ニューロナチンα（9237Da、81アミノ酸、配列番号：91）、及びβ（6022Da、54アミノ酸、配列番号：92）の2つの異なるアイソフォームをコードする。β（又は#2）変異体は、α（又は#1）変異体と比較して、オルターナティブなインフレームのエキソンを欠いており、アイソフォームαと比較してより短いアイソフォームを生じる。NNATは、染色体20においてコードされる（Ensembl Cytogenetic band：20q11.23）。代表的なヌクレオチド配列NM_005386（転写物変異体1；配列番号：93）、及びNM_181689（転写物変異体2；配列番号：94）。ニューロナチンは、脳発生の間のイオンチャネルの制御に関与しているであろうプロテオリピドである（Duo、及びJoseph 1996a）。また、コードされるタンパク質は、神経系の構造の形成、及び維持において、特に、後脳、及び下垂体の発生におけるセグメント同一性、並びに全体の構造の成熟、又は維持においても役割を担っているであろう（Usuiらの文献、1997）。この遺伝子は、BLCAP遺伝子のイントロン内に見いだされるが、反対鎖にでは見いだされない。この遺伝子は、インプリントされ、父系性対立遺伝子のみから発現されるが、一方で、BLCAPは、インプリントされない。18-24週間目の胎児の脳において豊富。出生後に、その発現は、減少し、最小レベルのみが、成人期に存在する（Duo、及びJoseph 1996b）。Usui,H.、Morii,K.、Tanaka,R.、Tamura,T.、Washiyama,K.、Ichikawa,T.、及びKumanishi,T.の文献、ヒトニューロナチンのcDNAクローニング、及びmRNA発現解析。ヒト脳下垂体、及び下垂体腺腫における高度発現（cDNA cloning and mRNA expression analysis of the human neuronatin. High level expression in human pituitary gland and pituitary adenomas）。J. Mol. Neurosci. 9（1）, 55-60（1997）. PMID: 9356927、並びにDou,D.、及びJoseph,R.の文献、ヒトニューロナチン遺伝子のクローニング、及びその染色体-20q 11.2-12への局在化：推定タンパク質は、新規「プロテオリピド1」である（Cloning of human neuronatin gene and its localization to chromosome-20q 11.2-12: the deduced protein is a novel 'proteolipid 1）。Brain Res. 723（1-2）, 8-22（1996a）. PMID:8813377、並びにDou,D.及びJoseph,R.の文献、ヒトニューロナチン遺伝子の構造、及び組織（Structure and organization of the human neuronatin gene）。Genomics 33（2）, 292-297（1996b）. PMID: 8660979）を参照されたい。

Cd52（別名、CDW52 CAMPATH-1抗原前駆体、ケンブリッジ病態1抗原、精巣上分泌タンパク質E5）は、染色体1上で（Ensembl Cytogenetic band：1p36.11）、CD52抗原（NP_001794）と命名された6614Daタンパク質（配列番号：95）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001803（配列番号：96）。CD52は、ヒトGPIアンカー抗原であり、免疫系、及び生殖器系の一部のみにおいて発現される（Valentinらの文献、1992；Watanabeらの文献、2006）。精細胞は、精巣上体の体、及び尾内を通過するときに、精巣上体の分泌によって抗原を得る。12アミノ酸のみからなるCD52のペプチドバックボーンは、一般に、GPI-アンカー、及び特に第3のアスパラギンにて生じるN-グリコシル化などの翻訳後修飾のための足場程度に考慮される（Erminiらの文献、2005）。後修飾は、特に生殖器系において、高度に不均一であり、多くの異なる糖型を生じさせ、その幾つかは組織特異的である。また、特有のO-グリカンを含む糖型は、生殖系、及び免疫系において見いだされる。Ermini,L.、Secciani,F.、La Sala,G.B.、Sabatini,L.、Fineschi,D.、HaIe5G.、及びRosati,F.の文献、ヒトGPIアンカーされた抗原CD52の異なる糖型は、白血球、及び精子膜の脂質微小ドメインと会合する（Different glycoforms of the human GPI-anchored antigen CD52 associate differently with lipid microdomains in leukocytes and sperm membranes）。Biochem. Biophys.Res. Commun. 338（2）, 1275-1283（2005）. PMID: 16266689、並びにValentin,H.、Gelin,C, Coulombel,L.、Zoccola,D.、MorizetJ.、及びBernard,A.の文献、血液細胞上のCDW52分子の分布、及びT細胞活性化におけるその関与の特性付け（The distribution of the CDW52 molecule on blood cells and characterization of its involvement in T cell activation）。Transplantation 54（1）, 97-104（1992）. PMID: 1352921、並びにWatanabe,T.、Masuyama,J.、Sohma,Y.、Inazawa,H.、Horie,K.、Kojima,K.、Uemura,Y.、Aoki,Y.、Kaga,S.、Minota,S.、Tanaka,T.、Yamaguchi,Y.、Kobayashi,T.、及びSerizawa,I.の文献、CD52は、CD4+抑制性T細胞の誘導のための新規の同時刺激の分子である（CD52 is a novel costimulatory molecule for induction of CD4+ regulatory T cells）。Clin.Immunol. 120（3）, 247-259（2006）. PMID: 16797237を参照されたい。

ORMDL3は、染色体17上で（Ensembl Cytogenetic band：17q21.1）、153アミノ酸の17495Daタンパク質である、ORM1様タンパク質3（NP_644809）（配列番号：97）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_139280（配列番号：98）。ORMDL3は、ヒトの3つの遺伝子（ORMDL1、ORMDL2、及びORMDL3）を含む新規の遺伝子ファミリーに属し、酵母、微胞子虫、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、尾索類、及び脊椎動物の相同体をもつ。ヒト遺伝子は、成人、及び胎児の組織において、遍在性に発現される。ORMDL遺伝子は、小胞体（ER）にアンカーされる膜貫通タンパク質をコードする。細胞下局在、及び酵母突然変異体の特異的な薬剤に対する反応は、ERにおけるタンパク質の折畳みにおけるORMDLの関与を指摘する（Hjelmqvistらの文献、2002）。Hjelmqvist,L.、Tuson,M.、Marfany,G.、Herrero,E.、Balcells,S.、及びGonzalez-Duarte,R.の文献、ORMDLタンパク質は、小胞体膜タンパク質の保存された新たなファミリーである（ORMDL proteins are a conserved new family of endoplasmic reticulum membrane proteins）。Genome Biol. 3（6）, RESEARCH0027（2002）. PMID:12093374を参照されたい。

MAP3k11（別名、MLK3、PTK1、SPRK、MLK-3、MGC171）は、第11染色体上で（Ensembl Cytogenetic band：11q13.1）、847アミノ酸（配列番号：99）の92688Daタンパク質である、分裂促進因子で活性化されるプロテインキナーゼ11（MAP3K11）（参照タンパク質配列NP_002410）をコードする。参照核酸配列NM_002419（配列番号：100）。MAP3k11は、セリン／スレオニンキナーゼファミリーのメンバーである。このキナーゼは、SH3ドメイン、及びロイシンジッパー基本モチーフを含む。このキナーゼは、優先してMAPK8/JNKキナーゼを活性化し、JNKシグナリング経路のポジティブ制御因子として機能する（Galloらの文献、1994）。このキナーゼは、IκBキナーゼα、及びβを直接リン酸化し、及び活性化することができ、RhoファミリーGTPase、及びCDC42によって媒介されるNF-κBの転写活性に関与することが見いだされている。血清で刺激される細胞増殖のために、並びに分裂促進因子、及びMAPK 14（p38）MAPK3（ERK）、及びMAPK8のサイトカイン活性化のために必要とされる。分裂促進因子で刺激されるリン酸化における役割、及びBRAFの活性化を果たすが、BRAFを直接リン酸化しない（Chadee、及びKyriakis 2004）。細胞周期の間に微小管組織に影響を及ぼす（Chaらの文献、2006）。Chadee,D.N.、及びKyriakis,J.M.の文献、MLK3は、B-Raf、ERK、及び細胞増殖の分裂促進因子活性化のために必要とされる（MLK3 is required for mitogen activation of B-Raf, ERK and cell proliferation）。Nat. Cell Biol. 6（8）, 770-776（2004）. PMID: 15258589、並びにGallo,K.A.、Mark M.R.、Scadden,D.T.、Wang,Z.、Gu,Q.、及びGodowski,P.J.の文献、セリン／スレオニンキナーゼ活性をもつ新規のsrc-相同性3ドメイン含有プロリンリッチキナーゼである、SPRKの同定、及び特性付け（Identification and characterization of SPRK, a novel src-homology 3 domain-containing proline-rich kinase with serine/threonine kinase activity）。J. Biol. Chem. 269（21）, 15092-15100（1994）、並びにCha,H.、Dangi,S.、Machamer,C.E.、及びShapiro,P.の文献、G2期の間の混合系統キナーゼ（MLK）活性の阻害は、HeLa細胞における微小管形成、及び有糸分裂の進行を崩壊させる（Inhibition of mixed- lineage kinase（MLK）activity during G2-phase disrupts microtubule formation and mitotic progression in HeLa cells）。Cell. Signal. 18（1）, 93-104（2006）を参照されたい。

UBXD8遺伝子（別名、KIAA0887、ETEA）は、染色体5上で（Ensembl Cytogenetic band：5q35.2）、445アミノ酸の52623Daタンパク質（配列番号：101）である、UBXドメイン含有8（NP_055428）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_014613（配列番号：102）。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、正常な個体と比較して、アトピー性皮膚炎（AD）患者の末梢血において高度に発現される。これは、AD患者のT細胞、及び好酸球において観察されるアポトーシスに対する耐性を調節する役割を果たし得る（Imaiらの文献、2002）。Imai,Y.、Nakada,A.、Hashida,R.、Sugita,Y.、Tanaka,T.、Tsujimoto,G.、Matsumoto,K.、Akasawa,A.、Saito,H.、及びOshida,T.の文献、アトピー性皮膚炎患者の血液細胞由来の高度に発現されたETEA遺伝子のクローニング、及び特性付け（Cloning and characterization of the highly expressed ETEA gene from blood cells of atopic dermatitis patients）。Biochem. Biophys. Res. Commun. 297（5）, 1282-1290（2002）. PMID: 12372427を参照されたい。

レクチン、ガラクトシド-結合、可溶性、8（ガレクチン8）（別名LGALS8、Gal-8、PCTA1、PCTA-1、Po66-CBP）は、染色体1q43（Ensembl Cytogenetic band）において、316アミノ酸の35539Daタンパク質である、ガレクチン-8(代表的なタンパク質配列NP_006490.3（配列番号：103））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_006499（配列番号：104）。ガレクチンは、保存された炭水化物認識ドメインをもつβ-ガラクトシド-結合動物レクチンである（Carlssonらの文献、2007）。ガレクチンは、発生、分化、細胞-細胞接着、細胞マトリックス相互作用、成長調節、アポトーシス、及びRNAスプライシングを含む多くの必須機能に関係していた。LGALS8は、細胞において広く発現し、インテグリン様細胞相互作用に関与するようである（Caramoらの文献、2006）。異なるアイソフォームをコードする選択的スプライスされた転写物変異体が同定されている。Carlsson、S.、Oberg、C.T.、Carlsson、M.C.、Sundin、A.、Nilsson、U.J.、Smith、D.、Cummings、R.D.、Almkvist、J.、Karlsson、A.、及びLefflerH.の文献、溶液中の、及び細胞表面における、リガンドに対する、ガレクチン-8、及びその炭水化物認識ドメインの親和性（Affinity of galectin-8 and its carbohydrate recognition domains for ligands in solution and at the cell surface）。Glycobiology 17（6）, 663-676（2007）;並びにCmxczmo, C.、Pardo, E.、Oyanadel, C.、Bravo-Zehnder, M.、 Bull, P.、Caceres, M.、Martinez, J.、Massardo, L.、acobelli, S.、Gonzalez, A. Soza, A.の文献、Galectin-8は、特異的βインテグリンを結合して、Jurkat T細胞における非対称膜状仮足によって強調される分極伝播を誘導する（Galectin-8 binds specific betal integrins and induces polarized spreading highlighted by asymmetric lamellipodia in Jurkat T cells）。Exp. Cell Res. 312（4）, 374-386（2006））を参照されたい。

カルジオリピン（ビスホスファチジルグリセロール）は、内側ミトコンドリア膜の重要な成分であり、それは、総脂質の約20%を構成する。これは、典型的には心臓、及び骨格筋の代謝的に活性な細胞に存在する。これは、また特定の細菌膜においても観察された。これは、絶縁体として役立ち、電子伝達鎖にとって重要なタンパク質複合体の活性を安定化する。また、抗-カルジオリピン抗体は、マラリア、及び結核を含む多数の条件において増加し得る（McNeilらの文献、1990）。McNeil, H.P.、Simpson、R.J.、Chesterman、C.N.、Krilis, S.A.の文献、抗-リン脂質抗体は、凝固の脂質-結合阻害剤を含む複合抗原：β2-糖タンパク質I（アポリポタンパク質H）に向けられる（Anti-phospholipid antibodies are directed against a complex antigen that includes a lipid-binding inhibitor of coagulation: beta 2- glycoprotein I（apolipoprotein H））。Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87（11）: 4120（1990）を参照されたい

ORMDL1（別名、DKFZp686G141）は、染色体2q32.2上で（Ensembl Cytogenetic band）、153アミノ酸の17371Daタンパク質である、ORM1様タンパク質1（代表的なタンパク質配列NP_057551.1（配列番号：105））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_016467.3（配列番号：106）。ORMDL1は、ヒト（ORMDL1、ORMDL2、及びORMDL3）において3つの遺伝子を含む新規遺伝子ファミリーに属し、酵母、微胞子虫、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、尾索類、及び脊椎動物の相同体をもつ。ヒト遺伝子は、成人、及び胎児の組織において、遍在性に発現される。ORMDL1遺伝子は、小胞体（ER）にアンカーされる膜貫通タンパク質をコードする。細胞下局在、及び酵母突然変異体の特異的な薬剤に対する反応は、ERにおけるタンパク質の折畳みにおけるORMDLの関与を指摘する（Hjelmqvistらの文献、2002）。Hjelmqvist,L.、Tuson,M.、Marfany,G.、Herrero,E.、Balcells,S.、及びGonzalez-Duarte,R. ORMDLタンパク質は、小胞体膜タンパク質の保存された新たなファミリーである（ORMDL proteins are a conserved new family of endoplasmic reticulum membrane proteins）。Genome Biol. 3（6）, RESEARCH0027（2002）. PMID:12093374を参照されたい。

TARP（別名、CD3G、TCRG、TCRGC1、TCRGC2）は、染色体7p15-p14上で（Entrez Gene cytogenetic band）、111アミノ酸の12847Daタンパク質である、TARPタンパク質（代表的なタンパク質配列NP_001003799（配列番号：107））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001003799.1（配列番号：108）。いくつかの非リンパ系の組織において、再編成されていないT細胞受容体γ（TRGγ）座位が発現される。生じる転写物は、TRGγ遺伝子セグメントのサブセットを含み、リンパ組織において発現されるTRGγ転写物よりも短い（Pelicciらの文献、1987；Krangelらの文献、1987）。上流のORFは、異なる読み枠を使用し、新規タンパク質TARPをコードする。生じるタンパク質は、外側ミトコンドリア膜に局在化し、前立腺において選択的に発現されるようである（Maedaらの文献、2004）。Maeda, H.、Nagata、S.、Wolfgang, CD.、Bratthauer, G.L.、Bera、T.K.、及びPastan,I.の文献、前立腺特異的タンパク質である、T細胞受容体ガンマ鎖互生読み枠タンパク質（TARP）は、ミトコンドリアに局在化する（The T cell receptor gamma chain alternate reading frame protein（TARP）, a prostate-specific protein localized in mitochondria）。J. Biol. Chem.279（23）, 24561-24568（2004）; Pelicci, P.G.、Subar, M.、Weiss, A.、Dalla-Favera, R.、及びLittman, D.R.ヒトT-γ定常域遺伝子の分子多様性（Molecular diversity of the human T-gamma constant region genes）。Science 237（4818）, 1051-1055（1987）;並びにKrangel, M.S.、Band, H.、Hata, S.、McLean, J.、及びBrenner, M.B.の文献、異なるCガンマ遺伝子によってコードされる構造的に多岐にわたるヒトT細胞受容体γタンパク質（Structurally divergent human T cell receptor gamma proteins encoded by distinct C gamma genes）。Science 237（4810）, 64-67（1987）を参照されたい。

SERINC2（別名、TDE2、TDE2L、FKSG84、PRO0899、MGC90340）は、染色体1p35.2においてコードされる（Ensembl Cytogenetic band）、456アミノ酸の50781Daタンパク質である、セリン結合者2（代表的なタンパク質配列NP_849196.2（配列番号：109））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_178865（配列番号：110）。SERINC2は、セリンを膜に組み込んで、セリンで誘導される脂質ホスファチジルセリン、及びスフィンゴ脂質の合成を促進する真核生物の膜タンパク質のファミリーに属する（Playerらの文献、2003；Inuzukaらの文献、2005）。Player、A.、Gillespie、J.、Fujii、T.、Fukuoka、J.、Dracheva、T.、Meerzaman、D.、Hong、K.M.、Curran、J.、Attoh、G.、Travis、W.、及びJen, J.の文献、TDE2遺伝子の同定、及び肺非小細胞癌におけるその発現（Identification of TDE2 gene and its expression in non-small cell lung cancer）。Int. J. Cancer 107（2）, 238-243（2003）;並びにInuzuka, M.、Hayakawa, M.、Ingi, T.の文献、活性で調節されるタンパク質ファミリーであるSERINCは、セリンを膜脂質合成に組み込む（SERINC, an activity-regulated protein family, incorporates serine into membrane lipid synthesis）。J Biol Chem.（2005）Oct 21; 280（42）:35776-83を参照されたい。

SSR3（別名、TRAPG、SSRγ）は、染色体3q25.31上で（Ensembl Cytogenetic band）、185アミノ酸の21080Daタンパク質である、トランスロコン関連タンパク質サブユニットγ（代表的なタンパク質配列NP_O09O38.1（配列番号：111））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_007107（配列番号：112）。シグナル配列受容体（SSR）は、ER膜を横切るタンパク質転位置に関連するグリコシル化された小胞体（ER）膜受容体である（Wangらの文献、1999）。SSRは、4つの膜タンパク質／サブユニット：α、β、γ、及びδで構成される（Hartmannらの文献、1993）。最初の2つは、グリコシル化されたサブユニットであり、後の2つは、非グリコシル化サブユニットである。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、γサブユニットであり、4回膜を超えることが予想される。Wang、L.、及びDobberstein, B.の文献、小胞体の膜を超えるタンパク質の転位置に関与するオリゴマー複合体（Oligomeric complexes involved in translocation of proteins across the membrane of the endoplasmic reticulum）。FEBS Lett. 457（3）, 316-322（1999）;並びにHartmann, E.、Gorlich, D.、Kostka, S.、Otto, A.、Kraft, R.、Knespel, S.、Burger, E.、Rapoport, T.A.、及びPrehn, S.の文献、小胞体における膜タンパク質の四量体複合体（A tetrameric complex of membrane proteins in the endoplasmic reticulum）。Eur. J. Biochem. 214（2）, 375-381（1993）を参照されたい。

RPS6KA2（別名、RSK、HU-2、RSK3、p90-RSK3、pp90RSK3、MAPKAPK1C、S6K-α、S6K-α2）は、染色体6q27上で（Ensembl Cytogenetic band）、731アミノ酸の83239Daタンパク質である、リボソームタンパク質S6キナーゼα-2（代表的なタンパク質配列NP_066958.2（配列番号：113））である。代表的なヌクレオチド配列NM_021135（配列番号：114）。この遺伝子は、セリン／スレオニンキナーゼのRSK（リボソームのS6キナーゼ）ファミリーのメンバーをコードする。このキナーゼは、2つの同一でないキナーゼ触媒ドメインを含み、分裂促進因子で活性化されるキナーゼ（MAPK）シグナリング経路（Xingらの文献、1996）のメンバーを含種々の基質をリン酸化する。このタンパク質の活性は、細胞増殖、及び分化の制御に関係していた（Wongらの文献、1996；Zhaoらの文献、1995）。異なるアイソフォームをコードする選択的転写スプライスバリアントが特徴づけられた。Xing、J.、Ginty、D.D.、及びGreenberg, M.E.の文献、成長因子で調節されるCREBキナーゼであるRSK2による遺伝子活性化に対するRAS-MAPK経路の連関（Coupling of the RAS- MAPK pathway to gene activation by RSK2, a growth factor-regulated CREB kinase）。Science 273（5277）, 959-963（1996）; Wong, E.V.、Schaefer, A.W.、Landreth, G.、及びLemmon, V.の文献、細胞接着分子L1によって媒介される神経突起成長におけるp90rskの関与（Involvement of p90rsk in neurite outgrowth mediated by the cell adhesion molecule L1）。J. Biol. Chem. 271（30）, 18217-18223（1996）;並びにZhao, Y.、Bjorbaek, C , Weremowicz, S.、Morton, CC.、及びMoller, D.E.の文献、RSK3は、独特のN末端の配列をもつ新規pp90rskアイソフォームをコードする：成長因子刺激されるキナーゼ機能、及び核転位置（RSK3 encodes a novel pp90rsk isoform with a unique N-terminal sequence: growth factor-stimulated kinase function and nuclear translocation）。Mol. Cell. Biol. 15（8）, 4353-4363（1995）を参照されたい。

LGALS3（別名、GAL3、MAC2、CBP35、GALBP、GALIG、LGALS2）は、染色体14q22.3上で（Ensembl Cytogenetic band）、250アミノ酸の26188アミノ酸タンパク質である、ガレクチン-3（代表的なタンパク質配列NP_002297（配列番号：115））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_002306（配列番号：116）。ガレクチンは、動物進化の全体にわたって高度に保存されたβ-ガラクトシド-結合タンパク質のファミリーであり、これは、異なる細胞下コンパートメントに存在する（Razらの文献、1991）。これらのタンパク質は、細胞接着、遊走、増殖、及びアポトーシスなどのいくつかの生物学的プロセスを調整する。最近の証拠では、ガレクチンがECM糖タンパク質と相互作用することができ、胸腺微小環境内の細胞間相互作用を調整することができることを示す（Mini-Osorioらの文献、2007；Yuらの文献、2007）。Mina-Osorio、P.、Soto-Cruz、I.、及びOrtega, E.の文献、単球のCD13を媒介したホモタイプ凝集におけるガレクチン-3の役割（A role for galectin-3 in CD13-mediated homotypic aggregation of monocytes）。Biochem.Biophys. Res. Commun. 353（3）, 605-610（2007）; Yu, L.G.、Andrews, N.、Zhao, Q.、McKean, D.、Williams, J.F.、Connor, L.J.、Gerasimenko, O.V.、Hilkens, J.、Hirabayashi, J.、Kasai, K.、及びRhodes, J.M.の文献、癌関連MUC1上のThomsen-Friedenreich二糖とのガレクチン-3相互作用は、癌細胞内皮細胞性接着の増加を生じさせる（Galectin-3 interaction with Thomsen- Friedenreich disaccharide on cancer-associated MUC1 causes increased cancer cell endothelial adhesion）。J. Biol. Chem. 282（1）, 773-781（2007）;並びにRaz, A.、Carmi, P.、Raz, T.、Hogan, V.、Mohamed, A.、及びWolman, S.R.の文献、ヒトガラクトシド-結合タンパク質の分子クローニング、及び染色体マッピング（Molecular cloning and chromosomal mapping of a human galactoside-binding protein. Cancer Res. 5 1（8）, 2173-2178（1991）を参照されたい。

SELS（別名：VIMP、ADO15、SBBI8,SEPS1、AD-O15、MGC2553、MGC 104346）は、染色体15q26.3上で（Ensembl Cytogenetic band）、189アミノ酸の21116Daタンパク質である、セレノプロテイン S（代表的なアミノ酸配列NP_982298.1；配列番号：117）である。代表的なヌクレオチド配列NM_203472（配列番号：118）。SELSは、ERからサイトゾルへの誤って折り畳まれたタンパク質の転移において関与して、誤って折り畳まれた小胞体管腔タンパク質の分解プロセスに関与し、これらは、ユビキチン依存的様式でプロテアソームによって破壊される（Yeらの文献、2005）。SELSは、誤って折り畳まれたタンパク質のサイトゾルへのレトロ転位置を媒介するDERL1とATPase複合体VCPとの間にリンカーとして役立つことによって作用し得るし、これは、転位置、及びユビキチン結合を媒介して、これがVCPのための受容体として役に立つDERL1との膜複合体を形成することを示唆する（Lilleyらの文献、2005）。Ye, Y.、Shibata, Y.、Kikkert, M.、van Voorden, S.、Wiertz, E.、及びRapoport, T.A.の文献、就任論文：小胞体膜におけるレトロ転位置の部位に対するp97 ATPaseユビキチンリガーゼの漸増（Inaugural Article: Recruitment of the p97 ATPase and ubiquitin ligases to the site of retrotranslocation at the endoplasmic reticulum membrane）。Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102（40）, 14132-14138（2005）;並びにLilley, B.N.、及びPloegh, H.L.の文献、小胞体膜からの誤って折り畳まれたタンパク質の転位、ユビキチン化、及び抽出に関連したマルチタンパク質複合体（Multiprotein complexes that link dislocation, ubiquitination, and extraction of misfolded proteins from the endoplasmic reticulum membrane）。Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 102（40）, 14296-14301（2005）を参照されたい。

C14orf147（別名、MGC24447、LOC 171546）は、染色体14q13.1上で（Ensembl Cytogenetic band）、68アミノ酸の8207Daタンパク質である、UPF0445タンパク質C14orf147（代表的なタンパク質配列NP_612145.2（配列番号：119））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_138288（配列番号：120）。C14orf147は、UPF0445ファミリーのタンパク質に属する。配列解析では、マルチパス膜タンパク質として膜局在化する可能性を示す。Strausberg, R.L.らの文献、哺乳動物遺伝子収集プログラムチーム。15,000を超える全長ヒト、及びマウスcDNA配列の酸性、及び初期解析（Mammalian Gene Collection Program Team. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences）。Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99（26）: 16899-903を参照されたい。

類似したCG10671様（別名、MGC46490）は、染色体14q11.2上で（Ensembl Cytogenetic band）、2つのタンパク質をコードし、一方は、32207Da（代表的なタンパク質配列A5D6W6-1Prot/TrEMBL（配列番号：121））、及び292アミノ酸；及び他方は、10778Da（代表的なタンパク質配列Q8IUQ7 UniProt/TrEMBL（配列番号：122））、及び96アミノ酸である。代表的なヌクレオチド配列NM_203402.1（配列番号：123）。Strausberg, R.L.らの文献、哺乳動物遺伝子収集プログラムチーム。15,000を超える全長ヒト、及びマウスcDNA配列の酸性、及び初期解析（Mammalian Gene Collection Program Team. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences）。Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99（26）: 16899-903を参照されたい。

CAV3（別名、VIP21、LGMD1C、VIP-21,MGC126100、MGC126101、MGC 126129）は、染色体3p25.3においてコードされる（Ensembl Cytogenetic band）、151アミノ酸の17259Daタンパク質（カベオリン3）（代表的なタンパク質配列NP_001225.1（配列番号：124））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001234（配列番号：125）。CAV3は、カベオリンファミリーメンバーをコードし、これは、多く細胞タイプにおいて見いだされるカベオラ原形質膜の成分として機能する。カベオリンタンパク質は、特定のカベオリン相互作用分子を組織し、及び濃縮するための足場タンパク質であることが提唱されている（Scherer、及びListanti 1997；Liらの文献、1995）。この遺伝子において同定された突然変異は、タンパク質オリゴマー形成、又は細胞内ルーティング（routing）との干渉を引き起こし、カベオラ形成を崩壊させて、Limb-Girdletype筋ジストロフィー1C型（LGMD-IC）、高CK血症、又は波紋筋肉疾患（RMD）を生じる。選択的スプライシングが、この座位のためにについて同定されており、差動的にスプライスされたイントロンを包含、又は排除する。加えて、転写物は、複数のpolyA部位を利用して、2つの潜在的翻訳開始部位を含む（Tangらの文献、1996）。Scherer、P.E.、及びLisanti, M.P.の文献、分化した骨格筋管におけるカベオリン-3とホスホフルクトキナーゼ-Mの会合。細胞外グルコース、及び細胞内代謝産物による動的制御（Association of phosphofructokinase-M with caveolin-3 in differentiated skeletal myotubes. Dynamic regulation by extracellular glucose and intracellular metabolites）。J. Biol. Chem. 272（33）, 20698-20705（1997）; Tang, Z.、Scherer, P.E.、Okamoto, T.、Song, K.、Chu, C , Kohtz, D.S.、Nishimoto, L, Lodish, H.F.、及びLisanti, M.P.の文献、筋肉において主に発現されるカベオリン遺伝子ファミリーの新規メンバーである、カベオリン-3の分子クローニング（Molecular cloning of caveolin-3, a novel member of the caveolin gene family expressed predominantly in muscle）。J. Biol. Chem. 271（4）, 2255-2261（1996）; and Li S.、Okamoto, T.、Chun, M.、Sargiacomo, M.、Casanova, J.E.、Hansen, S.H.、Nishimoto, I.、及びLisanti, M.P.の文献、ヘテロ三量体のGタンパク質とカベオリンとの間の調節された相互作用についての証拠（Evidence for a regulated interaction between heterotrimeric G proteins and caveolin. J. Biol. Chem. 270（26）, 15693-15701（1995）を参照されたい。

CYB561D2（別名、101F6、TSP10）は、染色体3p21.31上で（Ensembl Cytogenetic band）、222アミノ酸の23974Daタンパク質である、チトクロームb-561ドメイン含有2（代表的なアミノ酸配列NP_008953.1；配列番号：126）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_007022（配列番号：127）。非共有結合的に（類似性によって）2つのヘム基に結合する。配列解析では、マルチパス膜タンパク質として膜局在化する可能性を示す（Townsleyらの文献、1997；Lerman、及びMinna 2000）。Lerman、M.I.、及びMinna, J.D.の文献、ヒト染色体3p21.3における630kbの肺癌ホモ接合性欠失領域：常在性候補腫瘍抑制遺伝子の同定、及び評価（The 630-kb lung cancer homozygous deletion region on human chromosome 3p21.3: identification and evaluation of the resident candidate tumor suppressor genes. The International Lung Cancer Chromosome 3p21.3）。Tumor Suppressor Gene Consortium.Cancer Res. 60（21）, 6 116-6133（2000）;並びにTownsley, F.M.、Aristarkhov, A.、Beck, S.、Hershko, A.、及びRuderman, J.V.の文献、ドミナントネガティブサイクリン選択的ユビキチン担体タンパク質E2-C/UbcH10は、中期における細胞を遮断する（Dominant-negative cyclin-selective ubiquitin carrier protein E2-C/UbcH10 blocks cells in metaphase）。Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.94（6）, 2362-2367（1997）を参照されたい。

ORMDL2（別名、MST095,HSPC 160、MSTP095、アドプリン(adoplin)-2）は、染色体12q13.2上で（Ensembl Cytogenetic band）、153アミノ酸の17363Daタンパク質である、ORM-1様2（代表的なアミノ酸配列NP_054901.1（配列番号：128））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_014182（配列番号：129）。ORMDL2は、ヒトの3つの遺伝子（ORMDL1、ORMDL2、及びORMDL3）を含む新規の遺伝子ファミリーに属し、酵母、微胞子虫、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、尾索類、及び脊椎動物の相同体をもつ。ヒト遺伝子は、成人、及び胎児の組織において、遍在性に発現される。ORMDL遺伝子は、小胞体（ER）にアンカーされる膜貫通タンパク質をコードする。細胞下局在、及び酵母突然変異体の特異的な薬剤に対する反応は、ERにおけるタンパク質の折畳みにおけるORMDLの関与を指摘する（Hjelmqvistらの文献、2002）。Hjelmqvist,L.、Tuson,M.、Marfany,G.、Herrero,E.、Balcells,S.、及びGonzalez-Duarte,R.の文献、ORMDLタンパク質は、小胞体膜タンパク質の保存された新たなファミリーである（ORMDL proteins are a conserved new family of endoplasmic reticulum membrane proteins）。Genome Biol. 3（6）, RESEARCH0027（2002）. PMID:12093374を参照されたい。

SPCS1（別名、SPC1、SPC12、HSPC033、YJROlOC-A）は、染色体3p21.1上で（Ensembl Cytogenetic band）、102アミノ酸の11805Daタンパク質であるシグナルペプチターゼ複合体サブユニット1相同体（代表的なアミノ酸配列NP_054760.2；（配列番号：130））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_014041；（配列番号：131）。SPCS1は、類似性によって、これらが小胞体内腔に転位置されるときに、新生タンパク質からシグナルペプチドを除去するミクロソームシグナルペプチターゼ複合体の成分であるようである。ミクロソームシグナルペプチターゼ複合体は、5つのメンバー：SEC11A、SEC11C 、SPCS1、SPCS2、及びSPCS3からなる。類似性によって、これは、ミクロゾーム膜のマルチパス膜タンパク質であるようである（Kalies、及びHaitmann 1996）。Kalies、K.U.、及びHartmann, E.の文献、哺乳動物シグナルペプチターゼ複合体の12、及び25kDaのサブユニットの膜形態（Membrane topology of the 12- and the 25-kDa subunits of the mammalian signal peptidase complex）。J. Biol. Chem. 271（7）, 3925- 3929（1996）を参照されたい。

C21orf51は、染色体21q22.11上の（Ensembl Cytogenetic band）、58アミノ酸の6886Daタンパク質である、特徴のないタンパク質C21orf51（代表的なアミノ酸配列NP_478062.1；（配列番号：132）である。代表的なヌクレオチド配列NM_058182（配列番号：133）。心臓、脾臓、肝臓、胃、筋肉、肺、精巣、皮膚、PBL、及び骨髄において発現する（Adamsらの文献、1995；Reymondらの文献、2001；Gardinerらの文献、2002）。Gardiner, K.、Slavov, D.、Bechtel, L.、及びDavisson, M.の文献、ダウン症候群への関連についてのヒト染色体21の注釈：遺伝子構造、及び発現解析（Annotation of human chromosome 21 for relevance to Down syndrome: gene structure and expression analysis）。Genomics 79（6）, 833-843（2002）; Reymond, A.、Friedli, M.、Henrichsen, CN. , Chapot, F.、Deutsch, S.、Ucla, C , Rossier, C , Lyle, R.、Guipponi, M.、及びAntonarakis, S.E.の文献、PREDs、及びオープンリーディングフレームからcDNA単離まで：ヒト染色体21転写マップを再訪問する（From PREDs and open reading frames to cDNA isolation: revisiting the human chromosome 21 transcription map）。Genomics 78（1-2）, 46-54（2001）;並びにAdams, M.D.、Kerlavage, A.R.、Fleischmann, R.D.、Fuldner, R.A.、BuIt, CJ. , Lee, N.H.、Kirkness, E.F.、Weinstock, K.G.、Gocayne, J.D.、White, O.らの文献、83,000,000個のcDNA配列のヌクレオチドに基づいたヒト遺伝子多様性、及び発現パターンの初期評価（Initial assessment of human gene diversity and expression patterns based upon 83 million nucleotides of cDNA sequence. Nature 377（6547 SUPPL）, 3-174（1995）を参照されたい。

KLHDC7B（別名、MGC16635）は、染色体22q 13.33においてコードされる（Ensembl Cytogenetic band）、495アミノ酸の53295Daタンパク質である、kelchドメイン含有7B（代表的なアミノ酸配列NP_612442.1（配列番号：134））をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_138433（配列番号：135）。

NRP1（別名NRP、CD304、VEGF165R、DKFZp781F1414、DKFZp686A03134）は、染色体10p11.22においてコードされる（Ensembl Cytogenetic band）、103120Da、923アミノ酸である、タンパク質ニューロピリン-1（代表的なアミノ酸配列NP_001019799；配列番号：136）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001024628（配列番号：137）。NRP1は、血管内皮成長因子のためのチロシンキナーゼ受容体（VEGF；MIM 192240）、及びセマホリン（SEMA3Aを参照されたい；MIM 603961）ファミリーメンバーの両方のに対する膜結合型の補助受容体である（Chenらの文献、1998）。NRP1は、血管形成、軸索誘導、細胞生存、遊走、及び浸潤において多用途の役割を果たす（Panらの文献、2007；Sokerらの文献、1998）。Pan,Q.、Chathery,Y.、Wu,Y.、Rathore,N.、Tong,R.K.、Peale,F.、Bagri,A.、Tessier- Lavigne,M.、Koch,A.W.、及びWatts,R.J.の文献、Neuropilin-1は、VEGF121に結合し、内皮細胞遊走、及び出芽を調節する（Neuropilin-1 binds to VEGF121 and regulates endothelial cell migration and sprouting）、 J. Biol. Chem. 282（33）, 24049-24056（2007）; Chen,H.、He Z.、Bagri,A.、及びTessier-Lavigne,M.の文献、交感神経性軸索の基礎をなすセマホリン-ニューロピリン相互作用反応は、クラスIIIセマホリンと反応する（Semaphorin-neuropilin interactions underlying sympathetic axon responses to class III semaphorins, Neuron 21（6）, 1283-1290（1998）;並びにSoker, S.、Takashima,S.、Miao,H.Q.、Neufeld,G.、及びKlagsbrun,M.の文献、ニューロピリン-1は、血管内皮成長因子、のためのアイソフォーム特異的受容体として、内皮細胞性、及び腫瘍細胞によって発現される（Neuropilin-1 is expressed by endothelial and tumor cells as an isoform- specific receptor for vascular endothelial growth factor）、 Cell 92（6）, 735-745（1998）を参照されたい。

Nrp2（別名NP2、NPN2、PRO2714、MGC126574、VEGF165R2）は、染色体2q33.3においてコードされる（Ensembl Cytogenetic band）、104831Da、931アミノ酸である、タンパク質ニューロピリン-2（代表的なアミノ酸配列NP_003863；配列番号：138）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_003872.2（配列番号：139）。この遺伝子は、受容体タンパク質のニューロピリンファミリーのメンバーをコードする（Chenらの文献、1997）。コードされる膜貫通タンパク質は、SEMA3Cタンパク質｛semaドメイン、免疫グロブリンドメイン（Ig）、短い塩基性ドメイン、分泌される（セマホリン）3C｝、及びSEMA3Fタンパク質｛semaドメイン、免疫グロブリンドメイン（Ig）、短い塩基性ドメイン、分泌される（セマホリン）3F｝に結合して、血管内皮成長因子（VEGF）と相互作用する。このタンパク質は、心臓血管疾患発症、及び軸索誘導において役割を果たし得る（Gigerらの文献、1998；Takahashiらの文献、1998；Chenらの文献、1998）。異なるアイソフォームをコードする複数の転写物変異体がこの遺伝子について同定された。Chen,H.、He,Z.、Bagri,A.、及びTessier- Lavigne,M.の文献、交感神経性軸索の基礎をなすセマホリン-ニューロピリン相互作用は、クラスIIIセマホリンと反応する（Semaphorin-neuropilin interactions underlying sympathetic axon responses to class III semaphorins）、 Neuron 21（6）, 1283-1290（1998）; Giger,R.J.、Urquhart,E.R.、Gillespie,S.K.、Levengood,D.V.、Ginty,D.D.、及びKolodkin, A.L.の文献、ニューロピリン-2は、セマホリン IVのための受容体である：受容体機能、及び特異性の構造的な基礎に対する洞察（Neuropilin-2 is a receptor for semaphorin IV: insight into the structural basis of receptor function and specificity）、 Neuron 21（5）, 1079-1092（1998）; TakahashiJ.、Nakamura,F.、Jin,Z.、Kalb,R.G.、及びStrittmatter,S.M.の文献、セマホリン A、及びEは、ニューロピリン-1のアンタゴニスト、及びニューロピリン-2受容体（Nat）のアゴニストとして作用する（Semaphorins A and E act as antagonists of neuropilin-1 and agonists of neuropilin-2 receptors, Nat. Neurosci. 1（6）, 487-493（1998）;並びにChen,H.、Chedotal,A.、He,Z.、Goodman,C.S.、及びTessier-Lavigne, M.の文献、ニューロピリンファミリーの新規メンバーであるニューロピリン-2は、セマホリンSema E、及びSema IVのための高親和性受容体であるが、Sema IIIのための高親和性受容体ではない（Neuropilin-2, a novel member of the neuropilin family, is a high affinity receptor for the semaphorins Sema E and Sema IV but not Sema III, Neuron 19（3）, 547-559（1997）を参照されたい。

C11orf24（別名、DM4E3、UNQ1872/PRO4315）は、染色体11q13.2上で（Ensembl Cytogenetic band）、46101Da、449アミノ酸である、タンパク質仮定タンパク質LOC53838（代表的なタンパク質配列NP_071733.1；配列番号：140）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_022338（配列番号：141）。第11染色体のIDDM4領域をシーケンスすること、続くデータベース解析によって、Twellsらの文献、（2001）は、C11ORF24をクローン化した。ノーザンブロット解析は、心臓、胎盤、肝臓、膵臓、及び結腸における1.9kbの転写物の高発現を検出した。低レベルは脳、肺、骨格筋、腎臓、脾臓、前立腺、精巣、卵巣、及び小腸において検出され、非常に低レベルは、胸腺、及び白血球において検出された。LOC53838は、1型膜タンパク質であると思われる（予測）。Twells, R. C. J.; Metzker, M. L.; Brown, S. D.; Cox, R.; Garey, C ; Hammond, H.; Hey, P. J.; Levy, E.; Nakagawa, Y.; Philips, M. S.; Todd, J. A.; Hess, J. F.の文献、染色体11q13上のIDDM4のための400kbの候補領域の配列、及び遺伝子特性付け（The sequence and gene characterization of a 400-kb candidate region for IDDM4 on chromosome 11ql 3, Genomics 72: 231-242, 2001を参照されたい。

COMMD2（別名、HSPC042,MGC57611）は、染色体3q25.1上で（Ensembl Cytogenetic band）、22745Da199、アミノ酸タンパク質である、COMMドメイン含有2（代表的なタンパク質配列NP_057178.2；配列番号：142）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_016094（配列番号：143）。COMMD2は、タンパク質-タンパク質相互作用のためにインターフェイスとして機能する、COMM（銅代謝遺伝子MURR1）ドメインと称される保存された、独特のモチーフの存在下によって定義されるタンパク質のCOMMファミリーに属する（Bursteinらの文献、2005）。相同的MURR1タンパク質は、自然免疫、及び適応免疫、アポトーシス、細胞周期制御、及び発癌に影響を及ぼす多面的な機能をもつ転写因子である、核因子κB（NF-kappaB）を阻害する多機能タンパクである。Burstein,E.、HobergJ.E.、Wilkinson,A.S.、Rumble,J.M.、Csomos,R.A.、Komarck,C.M.、Maine,G.N.、WilkinsonJ.C、Mayo,M.W.、Duckett,C.S.の文献、MURR1の構造的、及び機能的な相同体の新規ファミリーである、COMMDタンパク質（COMMD proteins, a novel family of structural and functional homologs of MURR1）、J. Biol. Chem. 280（23）22222-22232（2005）を参照されたい。

DLD（別名、E3、LAD、DLDH、GCSL、PHE3）は、染色体7q31.1上で（Ensembl Cytogenetic band）、54150Da、509アミノ酸タンパク質である、ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ（代表的なタンパク質配列NP_000099.2；配列番号：144）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_0OO108（配列番号：145）。この遺伝子は、ミトコンドリアのグリシン分解系のLタンパク質をコードする。Lタンパク質は、ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼとも称され、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体、アルファケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体、及び分枝鎖α-ケト酸デヒドロゲナーゼ複合体の成分でもある（Ponsらの文献、1988；Kumeらの文献、1991；Ciszakらの文献、2006）。この遺伝子の突然変異は、E3欠損楓糖尿症、及びリポアミドデヒドロゲナーゼ欠損患者において同定された。Pons,G.、Raefsky-Estrin,C、Carothers,D.J.、Pepin,R.A.、Javed,A.A.、Jesse,B.W.、Ganapathi,M.K.、Samols,D.、Patel,M.S.の文献、ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ成分ヒトα-ケト酸デヒドロゲナーゼ複合体のクローニング、及びcDNA配列（Cloning and cDNA sequence of the dihydrolipoamide dehydrogenase component human alpha-ketoacid dehydrogenase complexes）、 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85（5）, 1422-1426（1988）; Kume,A.、Koyata,H.、Sakakibara,T.、Ishiguro,Y.、Kure,S.、Hiraga,K.の文献、グリシン分解系。ニワトリ、及びヒトグリシンデカルボキシラーゼcDNAの分子クローニング、及び推定タンパク質構造に関与するいくつかの特徴（The glycine cleavage system. Molecular cloning of the chicken and human glycine decarboxylase cDNAs and some characteristics involved in the deduced protein structures）、 J. Biol.Chem. 266（5）, 3323-3329（1991）;並びにCiszak,E.M.、Makal,A.、Hong,Y.S.、Vettaikkorumakankauv,A.K.、Korotchkina,L.G.、及びPatel,M.S.の文献、ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ-結合タンパク質は、どのようにヒトピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体においてジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼに結合するか（How dihydrolipoamide dehydrogenase-binding protein binds dihydrolipoamide dehydrogenase in the human pyruvate dehydrogenase complex）、 J. Biol. Chem. 281（1）, 648-655（2006）を参照されたい。

OTUD4（別名、HIN1、DUBA6、HSHINl、KIAA1046、DKFZp434I072）は、染色体4q31.21上で（Ensembl Cytogenetic band）、124045Da1114、アミノ酸タンパク質である、OTUドメイン含有4タンパク質（代表的なアミノ酸配列NP_955356；配列番号：146）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_199324（配列番号：147）。OTUドメイン含有4タンパク質は、Gタンパク質結合受容体1ファミリーメンバーとして細胞膜に局在化される推定上の匂い物質受容体である。

ZCCHC9（別名、DKFZp761J139）は、30477Da、染色体5q14.1の上（Ensembl Cytogenetic band）、271アミノ酸であり、タンパク質Znフィンガー、CCHCドメイン含有9（代表的なアミノ酸配列NP_115656.1；配列番号：148）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_032280（配列番号：149）。タンパク質Znフィンガー、CCHCドメイン含有9の機能、及び相互作用パートナーは、現在未知のである。

LOC283871（別名、MGC4692）は、染色体16p13.3上で（Ensembl Cytogenetic band）、33875Da、321アミノ酸タンパク質である、仮定タンパク質LOC283871（代表的なアミノ酸配列NP_001035830；配列番号：150）をコードする。代表的なヌクレオチド配列NM_001042371（配列番号：151）。タンパク質仮定タンパク質LOC283871の機能、及び相互作用パートナーは、未知で現在ある。

（5.3 抗原を使用する方法）
本発明に従って、本発明の抗原は、癌細胞に対する免疫応答が対象において誘導されていたかどうかを決定するための方法、対象における前立腺癌の症候を治療し、予防し、又は寛解させるために有効な免疫応答が対象において誘導されたかどうかを決定するための方法、前立腺癌で苦しめられている対象がGM-CSFを産生する遺伝子改変された腫瘍細胞での治療に反応する可能性が高いかどうかを決定するための方法、及びその必要のある対象の前立腺癌の症候を治療し、又は寛解させるためにGM-CSFを発現する遺伝子改変された腫瘍細胞での前立腺癌療法の有効性を評価するための方法を含む、種々の方法における使用を見いだす。

特定の実施態様において、癌細胞は、前立腺癌細胞である。

別の態様において、本発明は、対象における前立腺癌の症候を治療し、予防し、又は寛解させるために有効な免疫応答が対象において誘導されていたかどうかを決定するための方法であって、表1、2、3、4、5、又は6に収載された抗原に対して免疫応答を検出すること、前立腺癌の症候を治療し、予防し、又は寛解させるために有効な免疫応答が対象において誘導されていたことを示す前記抗原を検出することを含む、前記方法を提供する。特定の実施態様において、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、75、80、85、90、95、100、105、110、又はより多くの抗原に対する免疫応答が検出される。

特定の実施態様において、誘導された免疫応答は、対象における前立腺癌を予防するために有効である。特定の実施態様において、誘導された免疫応答は、対象における前立腺癌を治療するために有効である。特定の実施態様において、誘導された免疫応答は、対象における前立腺癌の症候を寛解させるために有効である。特定の実施態様において、寛解される前立腺癌の症候は、対象の血清における前立腺特異的抗原（PSA）レベル、癌に関連した疼痛、及び転移のレベルの減少からなる群から選択される。特定の実施態様において、免疫応答は、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、循環T細胞、及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応を生じるために有効である。

免疫応答を検出するための当業者に公知の任意の方法を、本発明に従って使用することができる。特定の実施態様において、免疫応答は、ウエスタンブロットによって検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、ELISAによって検出される。特定の実施態様において、免疫応答は、タンパクアレイ解析によって検出される。

（5.4 反応する可能性、又は反応性と免疫応答の相関）
免疫応答の臨床データセットを臨床結果データと共に使用して、免疫応答を、癌療法に反応する可能性と、又は癌療法に対する反応性と相関させることができる。

限定されないが、当該技術分野において公知の任意の方法を使用して、癌療法、例えばGVAX（登録商標）療法などの、例えば細胞に基づいた癌免疫療法が投与される対象の免疫応答を評価することができる。例えば、このような免疫応答は、ウエスタンブロットによって、ELISAによって、タンパクアレイ解析等によって評価することができる。

同様に、当該技術分野において公知の任意の方法を使用して、免疫応答が、癌療法に対する反応性と相関されるかどうかを決定することができる。典型的には、P値を使用して、相関の統計的有意性が決定され、そうすると、P値がより小さいほど、測定は、より有意である。好ましくは、P値は、0.05（又は5%）未満であろう。より好ましくは、P値は、0.01未満だろう。p値は、当業者に公知の任意の手段によって算出することができる。免疫応答を癌療法に対する反応性と相関する目的のためには、P値は、FisherのExact Testを使用して算出することができる。例えば、David Freedman, Robert Pisani & Roger Purvesの文献、1980, STATISTICS, W. W. Norton, New Yorkを参照されたい。p値は、Student対、及び／又は不対t検定、並びに母数によらないクラスカルワリス検定（Statview5.0ソフトウェア、SAS、Cary、NC）を使用して算出してもよい。

典型的には、免疫応答は、対象から得られる生体試料から測定される。対象からの生体試料には、例えば、及び限定されないが、血液、血漿、血清、尿、唾液、組織スワブ等を含む。

（5.5 アルゴリズムを構築する）
一つの態様において、本発明は、免疫応答データを癌療法、例えばGVAX（登録商標）療法などの、細胞に基づいた癌免疫療法に対する反応性と相関するアルゴリズムを構築する方法を提供する。一つの実施態様において、アルゴリズムを構築する方法は、免疫応答データを癌療法、例えばGVAX（登録商標）療法などの、細胞に基づいた癌免疫療法に対する反応性と相関する規則、又は規則群を作成することを含む。

一つの実施態様において、対象のセットにおけるそれぞれの対象について免疫応答データ、及び臨床結果データを含むデータセットが集められる。当該技術分野において公知の任意の方法を使用して免疫応答データを収集することができる。このようなデータを収集する方法の例は、上記のとおりである。当該技術分野において公知の任意の方法を使用して、臨床結果データを収集することができる。

一部の実施態様において、データセットには、本明細書に記述したような、1つ以上の抗原に対して免疫応答を含む。一部の実施態様において、データセットには、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、75、80、85、90、95、100、105、110、又はより多くの抗原に対する免疫応答を含む。

一部の実施態様において、臨床結果データは、対象の血清における前立腺特異的抗原（PSA）レベル、癌に関連する疼痛、及び／又は転移のレベルに関する情報を含む。特定の実施態様において、一部の実施態様において、臨床結果データには、腫瘍特異的マーカー、例えばPSAの血清濃度、全体の生存時間、無進行生存、腫瘍サイズ、骨転移マーカー反応、微小残存病変に対する影響、微小残存病変への影響、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導、自己腫瘍、又は候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導、並びに／又は循環T細胞、及び樹状の細胞の数、表現型、及び機能への影響、サイトカイン反応に関する情報を含む。

データセットにおける免疫応答、及び臨床結果データは、当該技術分野において公知の任意の方法で表すること、又は構成することができる。一つの実施態様において、データは、グラフの形態で示される。別の実施態様において、データセットにおける免疫応答、及び臨床結果データは、チャートの形態で示される。

一つの態様において、データセットにおける臨床結果データと免疫応答を相関するアルゴリズムが公式化される。一つの実施態様において、臨床結果カットオフポイントが定義される。一部の実施態様において、臨床結果カットオフポイントは、参照対象と比較して決定され、カットオフポイントは、対象が癌療法に応答すると定義される値以上、又は以下、及びウイルス、又はウイルス集団が癌療法に非応答性であると定義される値以下、又は以上である。当業者であれば、いくつかの臨床的指標、例えば生存時間については、臨床的指標の増大が反応性を示すが、一方で、その他の臨床指標、例えば、腫瘍サイズ、又は腫瘍マーカーについては、臨床指標の増大が非応答性を示すことを認識するであろう。

別の実施態様において、上、又は下の臨床カットオフポイントは、免疫応答性のレベルを定義したものである。一つの実施態様において、免疫応答がある抗原の数、及び／又は免疫応答が生じる抗原に対する抗体の濃度が、臨床結果データと相関される。免疫応答カットオフポイントは、その抗原の数よりも多くに対して免疫応答を有するか、又はデータセットにおけるカットオフ濃度よりも高い抗体の濃度である最も多くの対象が治療に対して免疫学的に応答する（IR-R）、及びその数未満である最も多くの対象が免疫学的に応答性ではない（IR-N）ように選択することができる。定義上、適切なように、臨床結果カットオフより多くの、又は未満臨床結果データをもつデータセットの対象は、臨床的に癌治療法に応答性であり（「CL-R」）、かつ適切なように、臨床的結果カットオフよりも少ない、又は多いデータの対象は、治療に臨床的に非応答性である（「CL-N」）。従って、一つの実施態様において、臨床的に、及び免疫学的に応答性（「IR-R、CL-R」）か、又は免疫学的に応答性かつ臨床的に非応答性（「IR-N、CL-N」）のいずれかであるデータセットの対象で最も大きな割合を生じる免疫応答カットオフポイントが選択される。

この単純なアルゴリズムは、データセットにおける免疫応答と臨床結果データの間との関係に有用な近似を提供することができると共に、ほとんどの場合、有意な数の、臨床的に非応答性であるが免疫学的に応答性の（「CL-N、IR-R」）、又は免疫学的に非応答性であるが、臨床的に応答性の（「CL-R、IR-N」）の対象があるだろう。これらの逆の結果は、アルゴリズムの不正確性の測度である。従って、一部の実施態様において、アルゴリズムは、データセットにおける逆向きの結果の割合を減少させるように、更に修正される。

別の実施態様において、逆向きの結果の割合は、データセットにおいて観察される1つ以上の抗原に対する免疫応答に、差動的に重量値を割り当てることによって減少される。この工程を含まないアルゴリズムでは、データセットにおけるそれぞれの免疫応答が全体の臨床結果に同程度に寄与することが想定される。多くの場合、これは、真ではないだろう。例えば、ほとんどいつも癌治療法に対する反応性と相関されるデータセットの抗原があるかもしれない。すなわち、抗原に対して免疫応答を有するほぼすべての対象が、これらの対象が1つ、又は2つの総抗原のみに対して免疫応答を有する場合でさえも、臨床的に応答性である。一つの実施態様において、このような抗原に対する免疫応答は、「重み付けられ」、例えば、スコアを増加して割り当てる。例えば、免疫応答には、2、3、4、5、6、7、8、又はそれ以上の重み付けを割り当てることができる。例えば、2の重み付けが割り当てられた免疫応答は、対象における2つの免疫応答として計算に入れることができる。また、微小な重み付け値を割り当てることもできる。特定の実施態様において、免疫応答が臨床結果とわずかに関連するときに、ゼロ〜1の間の値を割り当てることができる。別の実施態様において、0未満の値を割り当てることができ、この場合、免疫応答は、抗ウイルス治療に対するネガティブな臨床結果と関連する。

当業者であれば、増加した重み付けを特定の免疫応答に割り当てることに関したトレードオフがあることを認識するであろう。免疫応答の重み付けが増加するにつれ、IR-Rの数、CL-N逆向きの結果が増加されるであろう。従って、あまりに大きすぎる免疫応答に対する重み付けを割り当てると、アルゴリズムの全体の不一致を増加させてしまうであろう。従って、一つの実施態様において、重み付けは、IR-N、CL-R結果の減少を、IR-R、CL-N結果の増大とバランスをとって免疫応答に割り当てられる。

別の実施態様において、また、データセットにおいて互いに異なる免疫応答の相互作用も、アルゴリズムの考慮に入れられる。例えば、2つ以上の免疫応答が相乗的に挙動すること、すなわち、対象における免疫応答の一致は、他方のものから独立したそれぞれの免疫応答の効果に基づいて予測されるであろうよりも臨床結果に有意に寄与することが見いだされかもしれない。或いは、対象における2つ以上の免疫応答の一致は、それが独立して生じるときにそれぞれの免疫応答によって抵抗性にされる寄与から予想されるであろうよりも有意に臨床結果に寄与しないことが見いだされるかもしれない。また、2つ以上の免疫応答は、独立した免疫応答としてよりも、共により頻繁に生じることが見いだされるかもしれない。従って、一つの実施態様において、共に生じる免疫応答は、共に重み付けされる。例えば、免疫応答の一方のみに1以上の重み付けを割り当てて、他方の免疫応答、又は免疫応答群には、IR-R、CL-N逆向き結果の数の増大を回避するために、ゼロの重量を割り当てる。

別の態様において、免疫応答カットオフポイント使用して、誘導される抗体の濃度を、並びに免疫応答がデータセットにおいて誘導される抗原を、臨床結果と相関することによって臨床結果カットオフポイントを定義することができる。

一つの実施態様において、アルゴリズムは、誘導される抗体の一定濃度のために必要とされるその要素を構築する。

例えば、論議した方法を使用して、アルゴリズムは、任意の望まれる結果を達成するようにデザインすることができる。一つの実施態様において、アルゴリズムは、全体の一致（IR-R、CL-R、及びIR-Nの割合の合計、CL-N群、又は100-（IR-N、CL-R + IR-R、CL-N群の割合）を最大にするようにデザインされる。一部の実施態様において、全体の一致は、75%、80%、85%、90%、又は95%を超える。一つの実施態様において、アルゴリズムは、IR-R、CL-N結果の割合を最小化するようにデザインされる。別の実施態様において、アルゴリズムは、IR-N、CL-R結果の割合を最小化するようにデザインされる。別の実施態様において、アルゴリズムは、IR-R、CL-R結果の割合を最大にするようにデザインされる。別の実施態様において、アルゴリズムは、IR-N、CL-N結果の割合を最大にするようにデザインされる。

アルゴリズムの構築の間の任意の時点で、又はそれが構築された後で、第2のデータセットについて更に試験することができる。一つの実施態様において、第2のデータセットは、データセットに含まれない対象からなり、すなわち、第2のデータセットは、ナイーブデータセットである。別の実施態様において、第2のデータセットは、データセットにあった1つ以上の対象、及びデータセットにはなかった1つ以上の対象を含む。第2のデータセット、特にナイーブデータセットにアルゴリズムを使用することにより、アルゴリズムの予測能力を評価することができる。従って、一つの実施態様において、アルゴリズムの正確さは、第2のデータセットを使用して評価され、アルゴリズムの規則を上記の通りに修飾してその正確さを改善させる。別の実施態様において、反復アプローチを使用してアルゴリズムを作製し、これにより所望の正確さのレベルが達成されるまで繰り返しアルゴリズムを試験して、次いで修飾する。

（5.6 対象の反応性を予測するアルゴリズムを使用する）
別の態様において、本発明は、また、対象の免疫応答に基づいて抗ウイルス治療に対する対象の反応性を予測するために、本発明のアルゴリズムを使用するための方法を提供する。一つの実施態様において、本方法は、対象、又は対象の派生体において、癌療法に対する反応性と関連する1つ以上の抗原に対する免疫応答の有無を検出すること、検出された免疫応答に対してアルゴリズムの規則を適用することを含み、該アルゴリズムの規則を満たす対象は、治療に対して応答性、又は部分的に応答性であり、かつ該アルゴリズムの規則を満たさない被検体は、治療に対して非応答性である。

別の実施態様において、本方法は、対象、又は対象の派生体において、癌療法に対する反応性と関連する1つ以上の抗原に対する免疫応答の有無を検出すること、検出された突然変異に対してアルゴリズムの規則を適用することを含み、免疫応答カットオフスコアと同じか、又は大きいスコアは、治療に対して応答性、又は部分的に応答性の対象を示し、免疫応答カットオフスコア未満のスコアは該対象が治療に非応答性であることを示す。

更に別の実施態様において、本方法は、対象、又は対象の派生体において、癌療法に対する反応性と関連する1つ以上の抗原に対する免疫応答の有無を検出すること、検出された免疫応答に対してアルゴリズムの規則を適用することを含み、ゼロ未満のスコアは、該対象が癌治療法に反応する可能性が高くないことを示す。

（5.7 サイトカインを発現する細胞を含む免疫原性組成物）
本発明は、部分的には、サイトカイン、例えばGM-CSFを発現するように遺伝子改変された細胞による癌療法の有効性に関する方法に関する。サイトカインを発現するように遺伝子改変された細胞での癌療法は、以下に広範に記載してある。

一つの態様において、対象において前立腺癌を治療する方法は、癌のために治療的処置の一部として対象に遺伝子改変されたサイトカイン発現する細胞を投与することを含む。本方法は、サイトカイン、例えばGM-CSFを産生するように腫瘍細胞の第1の集団を遺伝子改変すること（形質導入すること）、及び対象に対して腫瘍細胞単独、又は腫瘍細胞の第2の集団と組み合わせて第1の集団を投与することによって実施することができる。腫瘍細胞は、同じ個体（自己）由来、異なる個体（同種間）由来、又は傍観者細胞（更に、後述する）由来の腫瘍細胞でもよい。典型的には、腫瘍細胞は、治療される腫瘍、又は癌と同じタイプの腫瘍株由来であり、例えば、改変される細胞は、前立腺、又は前立腺癌細胞であり、かつ患者は、前立腺癌を有する。

典型的には、遺伝子改変された腫瘍細胞は、投与より前に増殖能がなくされる。一つの実施態様において、哺乳類は、遺伝子改変されたサイトカインを発現する腫瘍細胞と同じタイプの前立腺腫瘍細胞を有するヒトである。好ましい実施態様において、改善される治療結果は、遺伝子改変されたサイトカインを発現する腫瘍細胞の対象への投与後に明白に示される。当業者に公知の前立腺癌患者のための改善された治療結果の任意の種々のパラメーターを使用して、遺伝子改変されたサイトカイン発現する腫瘍細胞療法の有効性、例えばPSAの血清レベルの減少を評価してもよい。

更にもう一つ態様において、本方法は、前立腺癌患者において全身性免疫応答を刺激するために有効であり、増殖能がない遺伝子改変されたサイトカインを発現する細胞の治療上有効量を対象に対して投与することを含む。腫瘍に対する全身性免疫応答は、腫瘍退縮を生じ、又は腫瘍の成長を阻害するであろう。一部の実施態様において、前立腺癌は、転移性前立腺癌である。一部の実施態様において、前立腺癌は、ホルモン療法に対して不応性である。一部の実施態様において、原発性前立腺腫瘍は、例えば切除、又は廃棄によって治療され、原発性前立腺癌の転移、本明細書に記述したような免疫療法によって治療される。

好ましい実施態様において、ウイルス、又は非ウイルスベクターを利用して、エキソビボでヒト腫瘍細胞にヒトGM-CSF導入遺伝子（コード配列）を送達する。形質導入後、細胞には、照射を受けさせて、増殖能をなくす。次いで、増殖能がないGM-CSFを発現する腫瘍細胞を患者（例えば、皮内、又は皮下の経路によって）に投与して、これにより癌ワクチンとして機能させる。ヒト腫瘍細胞は、原発性腫瘍細胞でも、又は腫瘍株に由来してもよい。

一般に、遺伝子改変された腫瘍細胞には、1つ以上の自己腫瘍細胞、同種間腫瘍細胞、及び腫瘍株（すなわち、傍観者細胞）を含む。腫瘍細胞は、インビトロで、エキソビボで、又はインビボで形質導入してもよい。サイトカイン、例えばGM-CSFを発現するように遺伝子改変され、続いて癌の治療のために患者へ再投与された自己、及び同種間の癌細胞は、参照により明白に本明細書に組み込まれる、米国特許第5,637,483号、第5,904,920号、及び第6,350,445号に記述されている。膵癌の治療のための、GM-CSFを発現する遺伝子改変された腫瘍細胞、又は「サイトカインを発現する細胞ワクチン」（「GVAX」（登録商標））の形態は、参照により明白に本明細書に組み込まれる、米国特許第6,033,674号、及び第5,985,290号に記述されている。一般的な免疫調節性の遺伝子改変された傍観者株化細胞は、参照により明白に本明細書に組み込まれる、米国特許第6,464,973号に記述されている。

細胞ワクチンがDU145、PC-3、及びLNCaPからなる群から選択される1つ以上の前立腺腫瘍株を含むGVAX（登録商標）の同種間の形態は、参照により明白に本明細書に組み込まれる、WO/0026676に記述されている。LNCaPは、PSAを産生する前立腺腫瘍株であり、一方で、PC-3、及びDU-145は、PSAを産生しない前立腺腫瘍株である（Pang S.らの文献、Hum Gene Ther. 1995年11月；6（11）：1417-1426）。

GM-CSFを発現する細胞ワクチン（GVAX（登録商標））を使用する臨床試験により、前立腺癌、メラノーマ、肺癌、膵癌、腎癌、及び多発性骨髄腫の治療を試みた。GVAX（登録商標）細胞ワクチンを使用する多数の臨床試験は、最も特筆すべきはメラノーマ、及び前立腺、腎臓、及び膵臓癌腫において記述されている（Simons J Wらの文献、Cancer Res. 1999; 59:5160-5168; Simons J Wらの文献、Cancer Res 1997; 57:1537-1546; Soiffer Rらの文献、Proc. Natl. Acad. Sci USA 1998; 95:13141-13146; Jaffeeらの文献、J Clin Oncol 2001; 19:145-156; Salgiaらの文献、J Clin Oncol 2003 21:624-30; Soifferらの文献、J Clin Oncol 2003 21:3343-50; Nemunaitisらの文献、J Natl Cancer Inst. 2004 Feb. 18 96（4）:326-31）。

例証として、1つのアプローチにおいて、GM-CSFを発現する遺伝子改変された腫瘍細胞は、同種間、又は傍観者株化細胞として提供され、1つ以上のさらなる癌治療薬が治療計画に含まれる。別のアプローチにおいて、1つ以上のさらなる導入遺伝子が同種間、又は傍観者株化細胞によって発現されると共に、サイトカイン（すなわちGM-CSF）も、自己、又は同種間の細胞によって発現される。GM-CSFコード配列は、ウイルス、又は非ウイルスベクター、及び当業者によって一般に使用されるルーチン方法を使用して腫瘍細胞に導入される。GM-CSFのための好ましいコード配列は、Huebner K.らの文献、Science 230（4731）：1282-5,1985に記述されたゲノム配列であるが、一部の場合、GM-CSFのcDNA形態には、本方法を実践する際の有用性を見いだす（Cantrellらの文献、Proc. Natl. Acad. Sci.、82、6250-6254、1985）。

遺伝子改変された腫瘍細胞は、投与前に凍結保存することができる。好ましくは、遺伝子改変された腫瘍細胞は、患者に対する投与の前に約50〜約200ラド/分、更により好ましくは、約120から〜約140ラド/分の用量にて照射を受ける。好ましくは、細胞は、細胞の実質的に100%をさらなる増殖から阻害するために十分な全量で照射を受ける。従って、望ましくは、細胞は、約10,000〜20,000ラドまでの総用量で、至適には、約15,000ラドで照射を受ける。典型的には、サイトカイン（例えば、GM-CSF）を産生する細胞の複数回の投与により、治療の経過において対象に送達される。特定の治療の経過に依存して、複数回の注射を単一の時点にて与えて、治療を種々の時間間隔で繰り返してもよい。例えば、最初の治療、又は「初回刺激」治療には、1回以上の「ブースタ」治療を続けてもよい。このような「初回刺激」、及び「ブースタ」治療は、典型的には同じ投与経路によって、及び／又はほぼ同じ部位に送達される。複数回の用量が投与されるときは、最初の免疫化用量は、その後の免疫化用量よりも高くてもよい。例えば、5×10⁶の初回刺激用量には、10⁶〜3×10⁶個のGM-CSF産生細胞の数回のブースタ用量を続けてもよい。

サイトカイン産生細胞の単回注射は、典型的には約10⁶〜10⁸細胞の間、例えば1×10⁶、2×10⁶、3×10⁶、4×10⁶、5×10⁶、6×10⁶、7×10⁶、8×10⁶、9×10⁶、10⁷、2×10⁷、5×10⁷、又は10⁸もの細胞である。一つの実施態様において、単位投与量あたり、10⁶〜10⁸個のサイトカイン産生細胞である。従って、サイトカイン産生細胞の数は、例えば所与のサイトカインを産生する細胞ワクチンによって産生されるサイトカインのレベルに従って調整してもよい。

一部の実施態様において、サイトカイン産生細胞は、100万細胞あたり24時間あたり少なくとも500ngのGM-CSFを産生することができる用量で投与される。最適な細胞投薬量、及び比率の決定は、本明細書に提供した開示を考慮して、ルーチン試験、及び当業者の技術の範囲内の事項である。

本明細書に記述した方法に従って前立腺癌患者を治療する際に、主治医は、サイトカインを発現する腫瘍細胞ワクチンの低用量を投与して、患者の反応を観察してもよい。治療結果の改善が明らかになるまで、サイトカインを発現する腫瘍細胞ワクチンのより大用量を投与してもよい。

本発明のサイトカインを産生する細胞は、細胞を調製する際に使用される大部分のさらなる成分を除去するために処理される。特に、培養液におけるウシ胎児血清、ウシ血清成分、又はその他の生物学的補充物が除去される。一つの実施態様において、細胞は、適切な薬理学的に適合性の賦形剤内で、繰り返し穏やかに遠心分離することなどにより、洗浄される。適合性の賦形剤には、種々の細胞培地、生理的に適合性の緩衝液、例えばホスフェート、若しくはヘペスを伴う、又は伴わない等張性生理食塩水、及びデキストロース、生理的に適合性のイオン、又はアミノ酸、特にその他の免疫原性成分を欠いたものなどの栄養素を含む。また、アルブミン、及び血漿分画製剤、及び不活性糊料などの輸送試薬を使用してもよい。

（5.7.1. 自己細胞）
それぞれの患者の腫瘍は、別の患者からの組織学的に同様のMHCがマッチした腫瘍細胞上で見いだされるものとは異なることができる腫瘍抗原の独特のセットを発現するので、自己の遺伝子改変されたGM-CSFを発現する細胞の使用は、利点を提供する。例えば、Kawakamiらの文献、J. Immunol.、148、638-643（1992）；Darrowらの文献、J. Immunol.、142、3329-3335（1989）；及びHornらの文献、J. Immunother.、10、153-164（1991）を参照されたい。対照的に、MHCがマッチした腫瘍細胞は、患者が遺伝子改変された腫瘍細胞産生のために彼らの腫瘍の試料を得るために外科手術を行う必要がないという利点を提供する。

一つの好ましい態様において、前立腺癌を治療する方法には：（a）前立腺腫瘍を有する哺乳動物対象から腫瘍細胞を得ること；（b）腫瘍細胞を遺伝子改変して、改変されていない腫瘍細胞と比較して、それらがGM-CSFの増加したレベルを産生することができるようにすること；（c）改変された腫瘍細胞の増殖能をなくすこと；及び（d）腫瘍細胞が得られた哺乳動物対象に、又は腫瘍細胞が得られた哺乳類と同じMHC型をもつ哺乳類に遺伝子改変された腫瘍細胞を再投与することを含む。投与された腫瘍細胞は、宿主に対して自己由来、及びMHCがマッチする。好ましくは、組成物は、哺乳動物対象に対して皮内、皮下、又は腫瘍内に投与される。

場合によっては、単一の自己腫瘍細胞は、GM-CSF単独、又はGM-CSFプラス1つ以上のさらなる導入遺伝子を発現してもよい。その他の場合には、GM-CSF、及び1つ以上のさらなる導入遺伝子は、異なる自己腫瘍細胞によって発現されてもよい。本発明の一つの態様において、自己腫瘍細胞は、その発現のために必要なプロモーター、及び発現／制御配列に機能的に連結された、GM-CSFをコードする核酸配列を含むベクターの導入によって改変される。別の態様において、同じ自己腫瘍細胞、又は第2の自己腫瘍細胞は、その発現のために必要なプロモーター、及び発現／制御配列に機能的に連結された少なくとも1つのさらなる導入遺伝子をコードする核酸配列を含むベクターの導入によって改変することができる。1つ以上の導入遺伝子をコードする核酸配列は、同じ、又は異なるベクターを使用して、同じ、又は異なる自己腫瘍細胞に導入することができる。導入遺伝子をコードする核酸配列は、プロモーターに機能的に連結された選択可能マーカー配列を更に含んでいても、又は更に含まなくてもよい。望ましくは、自己腫瘍細胞は、高レベルのGM-CSFを発現する。

（5.7.2. 同種間細胞）
研究者は、Jaffeeらの文献、Seminars in Oncology、22、81-91（1995）によって概説されるように、腫瘍ワクチンとしての自己、及びMHCがマッチした細胞に代わるものを探求してきた。初期の腫瘍ワクチンストラテジーは、ワクチン接種細胞が、それらのMHCクラスI、及びII分子上に腫瘍抗原を提示する抗原提示細胞（APC）として機能して、免疫系のT細胞アームを直接活性化することに基づいていた。Huangらの文献（Science、264、961-965、1994）の結果は、ワクチン接種細胞よりも、むしろ宿主のその専門のAPCがGM-CSFなどのサイトカイン（類）を分泌することによって免疫系のT細胞アームを刺激して、その結果、骨髄由来APCが腫瘍の領域に補充されることを示す。骨髄由来APCは、プロセシングのために腫瘍の全細胞タンパク質を取り込み、次いで、これらのMHCクラスI、及びII分子上に抗原ペプチドを提示することにより、免疫系のCD4+、及びCD8+ T細胞アームの両方を刺激して、全身性腫瘍特異的抗腫瘍免疫応答を生じる。理論によって拘束されないが、これらの結果は、抗癌性免疫応答を誘発するために自己由来、又はMHCがマッチした細胞を使用することが必要、又は最適ではないであろうこと、並びに同種間（同じ種の遺伝的に異なる個体由来の）MHC遺伝子の移植により、腫瘍免疫原性を増強することができることを示唆する。より具体的には、特定の場合において、同種間MHCクラスI分子を発現する腫瘍の拒絶反応は、その後の改変されていない親腫瘍での曝露に対する全身性免疫応答の増強を生じた。例えば、Jaffeeらの文献、上記、及びHuangらの文献、上記を参照されたい。

本明細書に使用される「腫瘍株」は、最初に腫瘍に由来する細胞を含む。このような細胞は、典型的には培養において無限の増殖を示す。一つの態様において、前立腺癌を治療するための方法には：（a）腫瘍株を得ること；（b）腫瘍株を遺伝子改変して、改変されていない腫瘍株と比較してサイトカイン、例えばGM-CSFのレベルを増加して産生することができる細胞にすること；（c）改変された腫瘍株の増殖能をなくさせること；及び（d）腫瘍株を該腫瘍株が得られたものと同じ腫瘍のタイプのものである少なくとも1つの腫瘍を有する哺乳動物対象（宿主）に投与すること；を含む。一部の実施態様において、投与される腫瘍株は、同種間であり、かつ宿主に対してMHCがマッチしていない。このような同種間株は、それらを前もって調製すること、特徴づけること、分かっている数の導入遺伝子（例えば、GM-CSF）を発現する細胞を含むバイアルに分注すること、及び十分に特徴づけられた細胞を患者に投与するために利用できるように貯蔵すること（すなわち、凍結すること）ができるという利点を提供する。遺伝子改変された同種間細胞の産生のための方法は、例えば参照により明白に本明細書に組み込まれる、WO00/72686号に記述されている。

遺伝子改変されたGM-CSFを発現する同種間細胞を調製するための1つのアプローチにおいて、GM-CSFをコードする核酸配列（導入遺伝子）単独で、又は1つ、若しくは複数のさらなる導入遺伝子のための配列をコードする核酸と組み合わせて、同種間腫瘍株である（すなわち、治療される個体以外の個体に由来する）株化細胞に導入される。別のアプローチにおいて、GM-CSFをコードする核酸配列（導入遺伝子）単独で、又は1つ、若しくは複数のさらなる導入遺伝子のための配列をコードする核酸と組み合わせて、別々の同種間腫瘍株に導入される。更に別のアプローチにおいて、2つ以上の異なる遺伝子改変された同種間のGM-CSFを発現する株化細胞（例えば、LNCAP、及びPC-3）は、典型的には1：1の比で組み合わせて投与される。一般に、細胞、又は細胞の集団は、治療される腫瘍、又は癌、例えば前立腺癌と同じタイプの腫瘍株に由来する。導入遺伝子をコードする核酸配列は、同じか、又は異なるベクターを使用して、同じか、又は異なる同種間腫瘍細胞に導入してもよい。導入遺伝子をコードする核酸配列は、プロモーターに機能的に連結された選択可能マーカー配列を更に含んでいても、又は更に含まなくてもよい。望ましくは、同種間株化細胞は、高レベルのGM-CSFを発現する。

別の態様において、同種間株化細胞を発現する1つ以上の遺伝子改変されたGM-CSFは、抗原に対する患者の免疫応答がGM-CSF、例えばGM-CSFを発現するように遺伝子改変された同種間、又は傍観者細胞の存在下において増加するように、抗原に曝露することができる。このような曝露は、エキソビボで、又はインビボで起こってもよい。好ましい実施態様において、抗原は、上に広範に記述したように、フィラミン-Bから得られるアミノ酸配列を含むペプチドである。そのような場合、組成物は、典型的には照射によって増殖能をなくすことができ、この場合、同種間細胞を組織培養プレートにまいて、更に本明細書に記述したように、Cs供与源を使用して室温で照射を受けさせる。本発明の同種間細胞ワクチン組成物は、同種間細胞プラスその他の細胞、すなわち遺伝子改変されていても、若しくはされていなくてもよい、同種間細胞、自己細胞、又は傍観者細胞の種々のタイプを含んでいてもよい。遺伝子改変された場合、種々のタイプの同種間細胞、自己細胞、又は傍観者細胞はGM-CSF、又は別の導入遺伝子を発現してもよい。所与の投与の際の同種間細胞のその他の細胞に対する比は、組み合わせに依存して変化するであろう。

任意の適切な投与の経路を使用して、同種間株化細胞組成物を患者に導入することができ、好ましくは、組成物は、皮内、皮下、又は腫瘍内に投与される。

本発明の実施の際の同種間株化細胞の使用は、自己癌抗原と共に癌患者に対する遺伝子改変されたGM-CSFを発現する株化細胞の投与を介して、GM-CSFのパラ分泌産生により、腫瘍に対する有効な免疫応答を生じるという治療的な利点を提供する。これにより、それぞれの患者のために自己腫瘍細胞を培養して、形質導入する必要が無くなる。

（5.7.3. 傍観者細胞）
一つのさらなる態様において、少なくとも1つの導入遺伝子を発現する一般的な免疫調節性の遺伝子改変された導入遺伝子を発現する傍観者細胞は、本明細書に記述した免疫療法に使用することができる。同じ一般的な傍観者株化細胞は、複数の導入遺伝子を発現してもよく、又は個々の導入遺伝子を異なる一般的な傍観者株化細胞によって発現してもよい。一般的な傍観者株化細胞には、天然に主要組織適合性クラスI（MHC-I）抗原、及び主要組織適合性クラスII（MHC-II）抗原を欠いているか、又はそれらがMHC-I抗原、及びMHC-II抗原を欠くように改変された細胞を含む。一つの態様において、一般的な傍観者株化細胞は、ベクターがその発現のために必要なプロモーター、及び発現制御配列に作動可能に連結された導入遺伝子、例えばGM-CSFなどのサイトカインをコードする核酸配列を含むベクターの導入によって改変することができる。別の態様において、同じ一般的な傍観者株化細胞、又は第2の一般的な傍観者株化細胞を、その発現のために必要なプロモーター、及び発現制御配列に機能的に連結された少なくとも1つのさらなる導入遺伝子をコードする核酸配列を含むベクターの導入によって改変される。導入遺伝子をコードする核酸配列は、同じか、又は異なるベクターを使用して、同じか、又は異なる一般的な傍観者株化細胞に導入してもよい。導入遺伝子をコードする核酸配列は、プロモーターに機能的に連結された選択可能マーカー配列を更に含んでいても、又は更に含まなくてもよい。抗腫瘍免疫応答を刺激する導入遺伝子の任意の組み合わせを使用することができる。一般的な傍観者株化細胞は、好ましくは定義された、すなわち無血清培地において、好ましくは懸濁液として増殖する。

好ましい一般的な傍観者株化細胞の例は、K562（ATCC CCL-243；Lozzioらの文献、Blood 45（3）：321-334（1975）；Kleinらの文献、Int. J. Cancer 18：421-431（1976））である。ヒト傍観者株化細胞の産生の詳細な説明は、例えば参照により明白に本明細書に組み込まれる、米国特許第6,464,973号に記述されている。

望ましくは、一般的な傍観者株化細胞は、高レベルの導入遺伝子、例えばGM-CSFなどのサイトカインを発現する。

本方法において、1つ以上の一般的な傍観者株化細胞は、例えば自己腫瘍細胞によって提供される自己癌抗原と共にインキュベートすることができ（これは、共に一般的な傍観者株化細胞組成物を含む）、次いで一般的な傍観者株化細胞組成物を患者に投与することができる。任意の適切な投与経路を使用して、一般的な傍観者株化細胞組成物を患者に導入することができる。好ましくは、組成物は、皮内、皮下、又は腫瘍内に投与される。

典型的には、自己癌抗原は、治療される癌の細胞（すなわち、自己癌細胞）によって提供することができる。そのような場合、組成物は、典型的には照射によって増殖能をなくすことができ、この場合、傍観者細胞、及び癌細胞を、上に詳述したように、組織培養プレートにまいて、Cs供与源を使用して室温で照射を受けさせる。

所与の投与の際の傍観者細胞の自己癌細胞に対する比は、組み合わせに依存して変化するであろう。GM-CSFを産生する傍観者細胞に関して、所与の投与の際の傍観者細胞の自己癌細胞に対する比は、GM-CSFの治療的に有効なレベルが産生されるようなものであるべきである。GM-CSF閾値に加えて、傍観者細胞の自己癌細胞に対する比は、1：1よりも大きいべきではない。傍観者細胞の腫瘍細胞、又は腫瘍抗原に対する適切な比は、当該技術分野において公知のルーチン方法を使用して決定することができる。

本発明を実施する際の傍観者株化細胞の使用は、自己癌抗原と共に、癌患者に対するサイトカインを発現する傍観者株化細胞、及び少なくとも1つのさらなる癌治療薬（同じか、又は異なる細胞によって発現される）の投与を介して、免疫調節性サイトカインのパラ分泌産生により、腫瘍に対する有効な免疫応答を生じるという治療的な利点を提供する。これにより、それぞれの患者のために自己腫瘍細胞を培養して、形質導入する必要が無くなる。

典型的には、約3500ラドの最小用量は、細胞を不活性化して、その増殖能をなくすために十分であるが、約30,000ラドの用量までの用量が許容し得る。いくつかの実施態様において、細胞は、哺乳類に対する投与の前に約50〜約200ラド/分、又は約120〜約140ラド/分の用量にて照射を受ける。典型的には、照射を使用するときに、必要とされるレベルは2,500ラド、5,000ラド、10,000ラド、15,000ラド、又は20,000ラドである。一つの実施態様において、約10,000ラドの用量が、細胞を不活性化して、増殖能をなくすために使用される。照射は、細胞の増殖能をなくすための1つの方法であるが、複数ラウンドの細胞分裂ができない細胞を生じるが、導入遺伝子（例えば、サイトカイン）を発現する能力を保持するその他の不活性化の方法（例えば、マイトマイシンC、シクロヘキシミド、及び概念的に類似の薬剤での治療、又は細胞による自殺遺伝子の組み込み）も本発明に含まれるものと理解される。

（5.7.4. サイトカイン）
「サイトカイン」、又は文法上の同義語には、局所的に作用し、かつ血液中に循環せず、かつ本発明に従って使用したときに、個体の免疫応答の変化を生じるであろうホルモンを含むが、限定されない。また、個体の免疫応答の変化を生じる接着分子、又はアクセサリー分子も、サイトカインの定義に含まれる。従って、サイトカインの例には、IL-1（a、又はP）、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12、GM-CSF、M-CSF、G-CSF、LIF、LT、TGF-P、γ-IFN、a-EFN、P-IFN、TNF-α、BCGF、CD2、又はICAMを含むが、限定されない。上述したサイトカインの記述、並びにその他の適用できる免疫調節薬は、「サイトカイン、及びサイトカイン受容体（Cytokines and Cytokine Receptors）」A. S. Hamblin, D. Male（編）, Oxford University Press, New York, N.Y.（1993））、又は「サイトカイン、及びそれらの受容体のガイドブック（Guidebook to Cytokines and Their Receptors）」N. A. Nicola（編）, Oxford University Press, New York, N.Y.（1995））において見いだされるであろう。ヒトにおける治療的使用が想定される場合、サイトカインは、好ましくはタンパク質のヒト形態と実質的に同じであるか、又はヒト配列に由来する（すなわち、ヒト起源のもの）であろう。好ましい実施態様において、導入遺伝子は、GM-CSFなどのサイトカインである。

加えて、所与のサイトカインのヒト形態に対して実質的構造相同性、及び／又はアミノ酸配列同一性をもつその他の哺乳類のサイトカインも、ヒト免疫系に対して同様の活性を示すことが証明されたときに、有用であろう。同様に、任意の特定のサイトカインに実質的に類似するが、タンパク質配列の保存的変化を有するタンパク質も使用することができる。従って、タンパク質配列における保存的置換は、タンパク質分子の機能的能力を妨げることなく可能であろうし、従って、本発明においてサイトカインとして機能するが、現在公知の配列とわずかに異なるアミノ酸配列を有するタンパク質を作製することができる。このような保存的置換は、典型的には以下の群内の置換を含む：グリシン、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リジン、アルギニン；及びフェニルアラニン、チロシン。

顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）は、線維芽細胞、内皮細胞、T細胞、及びマクロファージによって産生されるサイトカインである。このサイトカインは、顆粒球、及びマクロファージ系統の造血細胞の増殖を誘導することが示されている。加えて、これはまた、免疫系の主要な抗原提示細胞（APC）である樹状細胞の抗原プロセシング、及び提示機能を活性化する。動物モデル実験からの結果は、GM-CSF産生細胞が親の非形質導入細胞に対して免疫応答を誘導することができることをもっともらしく示している。

GM-CSFは、強い抗腫瘍反応を刺激することができる樹状細胞（DC）のサブクラスの抗原提示能を増大させる（Gassonらの文献、Blood 1991年3月15日；77（6）：1131-45；Machらの文献、Cancer Res. 2000年6月15日；60（12）：3239-46；Mach、及びDranoffの文献、Curr Opin Immunol.2000年10月；12（5）：571-5において概説）。例えばBoon、及びOldの文献、Curr Opin Immunol. 1997 Oct. 1; 9（5）: 681-3）を参照されたい。流入領域リンパ節におけるT細胞に対する腫瘍抗原エピトープの提示は、腫瘍転移に対する全身性免疫応答が生じることを予想させる。また、GM-CSFを発現する照射を受けた腫瘍細胞は、腫瘍曝露に対する強力なワクチンとして機能することが示された。遺伝子改変された細胞によって送達される特定のサイトカインの高濃度の局在化により、腫瘍退縮を引き起こすことが見いだされた（Abeらの文献、J. Cane. Res. Clin. Oncol. 121：587-592（1995）；Gansbacherらの文献、Cancer Res. 50：7820-7825（1990）；Formiらの文献、Cancer、及びMet. Reviews 7：289-309（1988））。PCT公報WO200072686は、種々のサイトカインを発現する腫瘍細胞を記述する。

一つの実施態様において、細胞免疫原性組成物には、ワクチンの細胞における発現のための調節エレメントに機能的に連結されたGM-CSFコード配列を含む。GM-CSFコード配列は、マウス、又はヒトGM-CSFをコードしてもよく、ゲノムDNA（配列番号：152；その全体が参照として本明細書に組み込まれる、米国特許公報第 2006/0057127号において配列番号：1として開示される）、又はcDNA（配列番号：153；その全体が参照として本明細書に組み込まれる、米国特許公報第2006/0057127号において配列番号：2として開示される）の形態であってもよい。cDNAの場合、GM-CSFのためのコード配列は、翻訳前にスプライスアウトされるイントロンの配列を含まない。対照的に、ゲノムGM-CSFについては、コード配列には、翻訳前にスプライスアウトされる少なくとも1つの天然のGM-CSFイントロンを含む。一つの実施態様において、GM-CSFコード配列は、配列番号：154（その全体が参照として本明細書に組み込まれる、米国特許公報第 2006/0057127号において配列番号：3として開示される）として示されるアミノ酸配列をコードする。GM-CSFコード配列のその他の例は、Genbankアクセッション番号：AF373868、AC034228、AC034216、M 10663、及びNM000758において見いだされる。

GM-CSFコード配列は、ストリンジェントな条件下で配列番号：152、又は配列番号：153に示された配列にハイブリダイズする全長相補物（complement）であることができる。その配列が複合混合物（例えば、細胞の合計）DNA、又はRNAにあるときに、「ハイブリダイズする」という句は、ストリンジェントな条件下で特定のヌクレオチド配列に対して分子が結合すること、デュプレキシング（duplexing）、又はハイブリダイズすることをいう。「実質的に結合する」とは、プローブ核酸と標的核酸との間の相補ハイブリダイゼーションをいい、所望の標的核酸配列の検出を達成するようにハイブリダイゼーション培地のストリンジェンシーを減少させることによって適応することができる軽微なミスマッチを包含する。

従って、これは、GM-CSFなどのサイトカインのためのコード配列がその全長にわたって天然のGM-CSFコード配列に対して少なくとも80、85、87、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%、又はより多くの%同一性を有することができることになる。例えば、GM-CSFコード配列は、最大の対応について比較し、及び整列させたときに、配列比較アルゴリズム（上記の通り）、又は目視検査によって測定すると、配列番号：152、又は配列番号：153として示される配列に対して少なくとも80、85、87、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%、又はより多くの配列同一性を有することができる。一つの実施態様において、少なくとも約50ヌクレオチドの長さである配列の領域にわたって、所与の%配列同一性を示す。別の実施態様において、少なくとも約100ヌクレオチドの長さである配列の領域にわたって、所与の%配列同一性を示す。別の実施態様において、少なくとも約200ヌクレオチドの長さである配列の領域にわたって、所与の%配列同一性を示す。別の実施態様において、配列の全長にわたって所与の%配列同一性を示す。好ましくは、GM-CSFは、標準的GM-CSF活性を有し、例えばGM-CSF受容体に結合することができる。

一部の実施態様において、GM-CSFなどのサイトカインのためのアミノ酸配列は、最大の対応について比較し、及び整列させたときに、配列番号：154として示した配列に対して少なくとも80、85、87、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%、又はより多くの配列同一性を有する。

（6. 実施例）
本発明は、以下の実施例を参照することによって記述され、これは、実例として提供してあり、本発明をいずれの様式に限定することも意図されない。当該技術分野の標準的な周知技術、又は下記に具体的に記述した技術が利用される。本発明の方法、及び組成物は、種々の実施態様の形態で組み込まれることができ、そのいくつかのみを本明細書に開示してあることが明らかであろう。その他の実施態様が存在し、かつ本発明の精神から逸脱しないことは、当業者には明らかであろう。従って、記述した実施態様は、例証であり、限定として解釈されるべきでない。

GM-CSFを発現する遺伝子改変された腫瘍細胞を作製するために有用な組換えウイルスベクターを産生するための例示的な方法、癌療法、特に前立腺癌療法におけるGM-CSFを発現する遺伝子改変された腫瘍細胞を使用するための方法は、その全体が参照により組み込まれる、米国特許出願公開第2006/0057127号に広範に記述されており、下記では再現されないであろう。前立腺癌の治療のための臨床試験において評価された、及び評価されているそのような療法は、GVAX（登録商標）療法である。

6.1 実施例1：細胞に基づいた前立腺癌免疫療法後の宿主抗体反応のタンパク質標的の同定
本実施例は、上記の通りにGM-CSFを備えた同種間癌免疫療法後の宿主抗体反応のタンパク質標的の同定を記述する。

高投与量の細胞に基づいた癌免疫療法（例えば、500,000,000細胞、続いて2週毎に300,000,000細胞）で治療した患者[n=19］は、生存期間中央値（MST）の増大を示す。中央値の生存は、いまだこの高用量群に到達しておらず、最終的な生存期間中央値は、これらの患者についての現在の追跡期間中央時間に基づくと、29.1月を下回らないであろう。加えて、高用量群の細胞に基づいた癌免疫療法に対して統計学的に有意に増加した抗体反応が、免疫化後に収集した患者の血清を使用するウエスタンブロット分析によって定まる免疫療法に由来する抗原に対する検出可能な抗体と共に、存在した。

細胞に基づいた前立腺癌免疫療法に対する体液性患者免疫応答を評価して、どの抗原が療法後の患者の免疫系によって特異的に認識され得るかを具体的に同定した。2つの異なる方法：i）遺伝子発現ライブラリー（SEREX）の血清学的解析、及びii）定義された前立腺癌抗原スクリーニングを使用して、この反応を患者の血清を使用して特徴づけた。これらの2つの技術から、免疫化後に特異的に誘導され、又は増大される、免疫療法に由来するタンパク質に対する複数の抗体反応が同定された。

6.1.1. 遺伝子発現ライブラリーの血清学的解析（SEREX）
SEREXは、癌患者の自己抗体レパートリーによって認識される腫瘍抗原を系統学にクローンニングすることができる（Sahinらの文献、1995；McNeelらの文献、2000；Wangらの文献、2005；Dunphyらの文献、2005；Qinらの文献、2006）。cDNA発現ライブラリーは、GVAX（登録商標）免疫療法を含むように使用される腫瘍株（GM-CSFを分泌するように改変されたPC-3、及びLNCaP前立腺癌株化細胞）から構築し、λファージベクターにパックして、大腸菌（E. Coli）において組換えで発現させた。次いで、細菌の溶解感染の間に発現された組換えタンパク質をニトロセルロース膜上にブロットして、高力価のIgG抗体と反応性のクローンの同定のために希釈した患者の血清でプローブした。

この手順を、細胞に基づいた前立腺癌免疫療法で治療した8人の患者に対して行った。これらの患者は、生存優位性に基づいて、SEREX解析のための優先順位をつけた。生存優位性は、個々の患者の生存時間を、患者の予想される生存と比較することによって決定した。予想される生存は、PSA、ECOG実行状態、Gleasonスコア合計、アルカリホスファターゼ、ヘモグロビン、LDH、及び臓器の転移性疾患の存在／非存在を含む7つの予後の変数に基づいて、公開された、確認されたノモグラムを使用して算出した（Halabiらの文献、2003）。これらの8人の患者のSEREX解析から、免疫療法後に患者の血清に対して反応性の複数のLNCaP/PC-3由来細胞タンパク質クローンが同定された。次いで、SEREXスクリーンについてポジティブヒットを免疫療法前の血清に対してスクリーンして、これらのタンパク質に対する抗体反応が免疫療法後に増大され、又は誘導されたかどうかを決定した。

例えば、患者1から、92個の個々のタンパク質のもとの一覧からの24個のタンパク質（26%）は、GVAX（登録商標）免疫療法によって誘導された抗体反応を有する。反応の残り（68タンパク質）は、力価の増大を示さなかった。患者2については、合計47からの18個の個々のタンパク質が（38%）、免疫療法後に誘導された抗体価を有した。患者3については、抗体反応の14/38（37%）が、免疫療法後に誘導された。下記の表1は、SEREXによってスクリーニングした全ての8人の患者についての、誘導された抗体ヒット（合計143タンパク質）の編集した一覧を提供する。

6.1.2. 誘導される自己抗体反応の拡張解析
自己抗体反応が8人の患者から観察された143タンパク質の編集した一覧を使用して、より大きな患者のコホートから試料（合計で14まで）をスクリーニングして、抗体反応の頻度、及び選択性を決定した。143タンパク質のそれぞれの代表的ファージクローンを免疫療法前、及び後の患者血清に対してスクリーニングした。クローンを最初に単離した全ての8人の患者についての結果を下記の表2、及び3に示してある。

患者血清のこの拡張スクリーンからの結果は、多数のタンパク質について、自己抗体が免疫療法後に相対的に高い頻度で誘導されることを示す。解釈のために、これらの抗原を、下記の表2、及び3に示したように2つの分類にグループ化した。提示目的のために別々にグループ化したが、両群の遺伝子（新規、及び誘導された）は、患者における臨床的利益の重要なマーカーとして役立つであろう。

新規抗原（表2）は、今までにスクリーニングしたいずれの患者においても療法前に検出可能ではないが、免疫療法後に（スクリーニングした14人の患者のうち）少なくとも2人に示される抗体反応であった。反応は、絶対的である（オン／オフ）。

「誘導された」抗原（表3）は、患者の一部において療法前に検出可能であり、かつ力価が療法後に少なくとも2人の患者において増加する抗体反応であった（既存の抗体反応の増強）。

従って、細胞に基づいた前立腺癌免疫療法で治療される患者では、多数の自己抗体反応が、相対的に高頻度で誘導される（FLNB、SVH、HSPD1、MPHOSPH10その他）。

6.1.3. 抗原のクローンニング、及び特徴付け
以下の一覧は、上位20の最も多頻度の抗体反応を同定する（新規、及び誘導された遺伝子一覧の両方から）：

全長遺伝子は、哺乳動物に基づいた発現系（例えば、レンチウイルス発現プラスミド）にクローン化し、FLAG-タグをC末端に付加して検出、及び精製を助ける。これらの高頻度ヒットの20個のタンパク質に対する抗体反応を全ての利用可能な治験から決定して（G98-03、G0010、VITAL-1/2）、抗体反応の誘導を生存に相関して調べる。これらの反応は、単独で、又は後述する定義された抗原反応でグループ化したかのいずれかで、免疫療法治療の代用マーカー、有効性サイン（efficacy signature）を提供するための患者の生存データとの相関、臨床試験モニタリング（生物マーカー）、及びロット引き渡し（産物特性付け、比較マーカー）のための細胞特性付けマーカーのアッセイ開発を含む多数の適用のために使用される。

上で同定された抗原のいくらかを、後述の様に、クローン化して特徴づけた。

6.1.3. 1 クローニング、タンパク質産生、及び細胞に基づいた前立腺癌免疫療法を投与した患者におけるFLNBに対する抗体反応
FLNBは、タンパク質産生のために、C末端Flagタグと共に、レンチウイルスプラスミドベクターにクローン化した。プラスミドを産生するために、C末端Flagタグ配列（インフレームで）に付着したFLNBの3'末端を含むFLNB中間体を最初にクローン化した。このクローンを産生するために、PCR断片を、フォワードプライマー（5'-actacctgatcagtgtcaaa-3'）、及びリバースプライマー（5'-gtaatctccggaaggcactgtgacatgaaaag-3'）を使用して、Invitrogen（クローンCSODK001YE14）、及びHigh Fidelity Expand PCRキット（Roche）から得られたFLNB鋳型を使用して産生した。生じるPCR産物を、Qiagen PCR Purificationキットによって精製し、BspE1で消化して、次いでSma1、及びBspE1で事前に消化した親レンチウイルスプラスミドベクターpKCCMVp53flagに連結した。全長FLNB Flagタグベクターを産生するために、以下の断片を共に連結した：pKCCMVGFPからのAge1からSail断片、Invitrogen FLNBクローンCSODKOOlYE14からのBspE1からBel1断片、及び上記のFLNB中間体からのBel1からSai1断片。pKCCMVFLNBflagと呼ばれるベクター構築物を完全に配列決定した。

FLNBを発現するために、Flagタグを付けたFLNBを哺乳動物細胞において産生して、親和性精製を使用して精製した。簡単には、トランスフェクションの24時間前に、10枚の75cm²プレートに5×10⁶細胞/プレートHEK293細胞で播種した。24時間後、細胞を10μg/プレートのpKCCMVFLNBflagをリン酸カルシウムトランスフェクションキット（Clontech）を使用してトランスフェクトした。形質移入3日後の細胞を細胞溶解緩衝液（+プロテアーゼ阻害剤）で溶解し、FLNBタンパク質を、製造説明書に従って抗-Flag M2アフィニティーカラム（Sigma）を使用して精製した。

フィラミンBに対する患者抗体のウエスタンブロット分析のために、150ngの精製したフィラミンBを還元条件下でTris-グリシンゲル（Invitrogen）上で分離して、ニトロセルロース膜へ移した。次いで、ブロットをTBS中の3%の脱脂乾燥乳で一晩ブロックして、1：500希釈の療法後の患者血清と共に3時間インキュベートした。次いで、ブロットをTBST中で洗浄して、西洋ワサビペルオキシダーゼ抱合IgG/IgM特異的ロバ抗ヒト二次抗体と共に1時間半インキュベートした。TBST洗浄後、ブロットをECL増強化学発光系（Pierce）で処理した後に、免疫応答性バンドを写真フィルム（Kodak）の曝露によって視覚化した。予測される分子量の280kDa泳動の患者1、3、4、及び5免疫応答性バンドが療法後血清資料中で観察されたが、免疫応答性は、療法前試料にはなかった。

また、FLNBに対する患者の抗体をELISAでもモニターした。そうするために、96ウェルプレートを、炭酸水素塩緩衝液（コーティング緩衝液）中で一晩、250ng/ウェルの精製したFLNBでコートした。翌日、ウェルをPBSTで洗浄して、次いでPBST中の1%のBSAを使用して室温で3時間ブロックした。ブロッキングに続いて、ウェルをPBST中で洗浄し、血清をPBST + 1% BSAに希釈した濃度（1：100-10,000）の範囲にて添加した。血清添加の1時間30分後、プレートを洗浄して、次いでPBSTに1：10,000にて希釈したロバ抗ヒトIgG IgM HRP-抱合二次抗体（Jackson）と共に室温で1時間インキュベートした。次いで、プレートを洗浄して、結合した二次抗体を、TBM（KPL）を使用して検出した。次いで、プレートを450nmにて読み込んだ。FLNB抗体反応の誘導を決定するために、療法後O.D.値を療法前O.Dで割って誘導倍数を決定した。誘導倍数レベル＞2を有意であるとみなした。患者1、3、4、及び5では、O.D.の有意な増大倍数を後／前比によって観察することができる。破傷風トキソイドに対するIgG/IgM抗体の比較において、集団の大部分が積極的にワクチン接種したタンパク質は、治療後に不変であり（前／後比＜2）、力価の増大がFLNB特異的であることを示している。療法後のFLNBに対する患者抗体産生を示す結果は、ウエスタンブロット、及びELISA解析についてと一致する（すなわち、患者1、3、4、及び5は、ポジティブであった）。

6.1.3.2 クローニング、タンパク質産生、及び免疫療法後のPNPOに対する抗体反応
PNPOを、C末端Flagタグと共に、SEREX解析から同定したPNPOクローンを使用して、レンチウイルスプラスミドベクターにクローン化し、pKCCMVPNPOflagを産生した。PNPO-flagは、フォワードプライマー（5'-gcctacccacaggagattcc）、及びリバースプライマー（5'-gtaatctccggaaggtgcaagtctctcataga）を使用して、s DNA PCR鋳型としてSEREXで同定されたPNPOクローンを使用して、遺伝子の3'末端にFlagタグを付着するPCRによってクローン化した。PCR産物は、Qiagen PCR精製キットによって精製し、Apa1、及びBspE1で消化して、親ベクターpKCCMVp53flagdR1の同一の部位に連結した。次いで、pKCCMVPNPOflagと呼ばれるベクター構築物を配列確認した。

Flagタグを付けたPNPOを哺乳動物細胞において産生して、親和性精製を使用して精製した。簡単には、トランスフェクションの24時間前に、10枚の75cm²プレートに5×10e6細胞/プレートHEK293細胞で播種した。24時間後、細胞を10μg/プレートのpKCCMVPNPOflagをリン酸カルシウムトランスフェクションキット（Clontech）を使用してトランスフェクトした。形質移入3日後の細胞を細胞溶解緩衝液（+プロテアーゼ阻害剤）で溶解し、PNPOタンパク質を、製造説明書に従って抗-Flag M2アフィニティーカラム（Sigma）を使用して精製した。

PNPOに対する患者抗体のウエスタン解析のために、150ngの精製したPNPOを還元条件下でTris-グリシンゲル（Invitrogen）上で分離して、ニトロセルロース膜へ移した。次いで、ブロットをTBS中の3%の脱脂乾燥乳で一晩ブロックして、1：500希釈の療法後の患者血清と共に3時間インキュベートした。次いで、ブロットをTBST中で洗浄して、西洋ワサビペルオキシダーゼ抱合IgG/IgM特異的ロバ抗ヒト二次抗体と共に1時間半インキュベートした。TBST洗浄後、ブロットをECL増強化学発光系（Pierce）で処理した後に、免疫応答性バンドを写真フィルム（Kodak）の曝露によって視覚化した。患者1、2、3、及び5からの試料では、PNPOの予想される分子量の30kDaの泳動の免疫応答性バンドを療法後の血清資料において観察することができる。免疫応答性は、療法前試料にはなかった。

96ウェルプレートを、炭酸水素塩緩衝液（コーティング緩衝液）中で一晩、250ng/ウェルの精製したPNPOでコートした。翌日、ウェルをPBSTで洗浄して、次いでPBST中の1%のBSAを使用して室温で3時間ブロックした。ブロッキングに続いて、ウェルをPBST中で洗浄し、血清をPBST + 1% BSAに希釈した濃度（1：100-10,000）の範囲にて添加した。血清添加の1時間30分後、プレートを洗浄して、次いでPBSTに1：10,000にて希釈したロバ抗ヒトIgG IgM HRP-抱合二次抗体（Jackson）と共に室温で1時間インキュベートした。次いで、プレートを洗浄して、結合した二次抗体を、TBM（KPL）を使用して検出した。次いで、プレートを450nmにて読み込んだ。PNPO抗体反応の誘導を決定するために、療法後O.D.値を療法前O.Dで割って誘導倍数を決定した。誘導倍数レベル＞2を有意であるとみなした。患者1、2、3、及び5では、O.D.の有意な増大倍数を後／前比によって観察することができる。破傷風トキソイドに対するIgG/IgM抗体の比較において、集団の大部分が積極的にワクチン接種したタンパク質は、治療後に不変であった（前／後比＜2）。これは、力価の増大がPNPO特異的であったことを示した。療法後のPNPOに対する患者抗体産生を示す結果は、ウエスタンブロット、及びELISA解析についてと一致する（すなわち、患者1、2、3、及び5は、両アッセイについてポジティブであった）。

6.1.3.3 クローニング、タンパク質産生、及びNSFL1Cに対する抗体反応
NSFL1Cは、C末端Flagタグと共に、SEREX解析から同定されたNSFL1Cクローンを使用して、レンチウイルスベクターにクローン化し、pKCCMVNSFL1Cflagを産生した。pKCCMVNSFL1Cflagは、NSFL1C遺伝子の3'末端にFlagタグを、及び該遺伝子の5'末端にATG開始コドンを付着するPCRによってクローン化した。このPCR産物を産生するために、フォワードプライマー（5'-gggcccgaattcatggcggcggagcgacaggaggcgctg）、及びリバースプライマー（5'-gtaatctccggatgttaaccgctgcacgatga）を、DNA PCR鋳型としてSEREXで同定されたNSFL1Cのクローン、及びHigh Fidelity Expand PCRキットと共に使用した。PCR産物をQiagen PCR Purification Kitによって精製し、EcoR1、及びBspE1で消化して、親のベクターpKCCMVp53flagdR1の同一の部位に連結した。生じるベクター構築物pKCCMVNSFL1Cflagを配列確認した。

Flagタグを付けたNSFL1Cを哺乳動物細胞において産生して、親和性精製を使用して精製した。簡単には、トランスフェクションの24時間前に、10枚の75cm²プレートに5×10e6細胞/プレートHEK293細胞で播種した。24時間後、細胞を10μg/プレートのpKCCMVNSFL1Cflagをリン酸カルシウムトランスフェクションキット（Clontech）を使用してトランスフェクトした。形質移入3日後の細胞を細胞溶解緩衝液（+プロテアーゼ阻害剤）で溶解し、NSFL1Cタンパク質を、製造説明書に従って抗-Flag M2アフィニティーカラム（Sigma）を使用して精製した。

NSFL1Cに対する患者抗体のウエスタン解析のために、150ngの精製したNSFL1Cを還元条件下でTris-グリシンゲル（Invitrogen）上で分離して、ニトロセルロース膜へ移した。次いで、ブロットをTBS中の3%の脱脂乾燥乳で一晩ブロックして、1：500希釈の療法後の患者血清と共に3時間インキュベートした。次いで、ブロットをTBST中で洗浄して、西洋ワサビペルオキシダーゼ抱合IgG/IgM特異的ロバ抗ヒト二次抗体と共に1時間半インキュベートした。TBST洗浄後、ブロットをECL増強化学発光系（Pierce）で処理した後に、免疫応答性バンドを写真フィルム（Kodak）の曝露によって視覚化した。患者1、3、及び4からの試料では、NSFL1Cの予想されるサイズと連関した40kDaにて免疫応答性バンドを療法後の血清資料において観察することができる。免疫応答性は、療法前試料にはなかった。

また、NSFL1Cに対する患免疫応答をELISAでもモニターした。そうするために、96ウェルプレートを、炭酸水素塩緩衝液（コーティング緩衝液）中で一晩、250ng/ウェルの精製したNSFL1Cでコートした。翌日、ウェルをPBSTで洗浄して、次いでPBST中の1%のBSAを使用して室温で3時間ブロックした。ブロッキングに続いて、ウェルをPBST中で洗浄し、血清をPBST + 1% BSAに希釈した濃度（1：100-10,000）の範囲にて添加した。血清添加の1時間30分後、プレートを洗浄して、次いでPBSTに1：10,000にて希釈したロバ抗ヒトIgG IgM HRP-抱合二次抗体（Jackson）と共に室温で1時間インキュベートした。次いで、プレートを洗浄して、結合した二次抗体を、TBM（KPL）を使用して検出した。次いで、プレートを450nmにて読み込んだ。NSFL1C抗体反応の誘導を決定するために、療法後O.D.値を療法前O.Dで割って誘導倍数を決定した。誘導倍数レベル＞2を有意であるとみなした。患者1、3、及び4では、O.D.の有意な増大倍数を後／前比によって観察することができる。破傷風トキソイドに対するIgG/IgM抗体の比較において、集団の大部分が積極的にワクチン接種したタンパク質は、治療後に不変であり（前／後比＜2）、力価の増大がNSFL1C特異的なであることを示している。療法後のNSFL1Cに対する患者抗体産生を示す結果は、ウエスタンブロット、及びELISA解析についてと一致する（すなわち、患者1、3、及び4は、ELISA、及びウエスタン解析の両方についてポジティブであった）。

6.1.4.遺伝子の発現レベル
RNA発現レベルを調べることにより、前立腺癌進行における高頻度ヒットのいくつかの役割を予備的に調べられた。例えば、図1、及び2は、それぞれPNPO、及びFLNBの発現パターンを、Oncomineデータベース（www.oncomine.com）に由来する前立腺癌疾患等級の増加と共に示す。PNPO、及びFLNBの両方の発現は、前立腺癌疾患進行によって誘導され、腫瘍関連抗原としてのこれらの潜在的役割で結びつく。密接に関連したファミリーメンバーであるフィラミンA（ABP280）の発現は、比較のために、疾患進行と共に選択的にダウンレギュレートされる（Varamballyらの文献、2005）。

6.2 実施例2：定義された前立腺癌スクリーニング
本実施例は、前立腺癌抗原に対する体液性免疫応答を評価するようにデザインされた実験の結果を記述する。これらの実験では、前立腺癌と関連し、かつ免疫応答との相互作用が以前に証明された20遺伝子の選択を評価のために選択した。遺伝子は、下記の表5に記載してある。この一覧には、以下を含む：

これらの候補の全てをプラスミド発現系にクローン化し、FLAG-タグに基づいた免疫親和性精製を使用して組換えタンパク質を発現した。タンパク質産生に続いて、患者の血清をウエスタンブロット、及び／又は、ELISA形式での両方で評価して、抗体反応性について候補を免疫スクリーニングした。単独療法治験から患者をスクリーニングして、自己抗体反応と関連する5つの抗原が、下記の表6にて説明したように同定された。

6.2.1.抗原のクローニング、及び特徴付け
血清における抗体反応と相関したタンパク質の同定後、抗原標的を、細胞に基づいた前立腺癌免疫療法が投与された患者から収集した末梢血単核細胞（PBMC）を使用して、細胞性免疫応答（T細胞）について更に特徴づけた。

6.2.1.1 IFN-γアッセイにおける細胞障害性Tリンパ球の活性化を検出
本実施例は、MHCI受容体上に提示された適切な抗原、例えばフィラミン-Bペプチドに対する曝露に応答したCTLによるIFN-γ発現をモニターすることによって細胞障害性Tリンパ球（CTL）の活性化を検出するための例示的な方法を提供する。

最初に、末梢血液単球細胞（PBMC）を、フィラミン-Bペプチドに対する細胞性免疫応答が評価される対象から単離して、CD8+細胞を蛍光標示式細胞分取（FACS）によって単離する。次いで、CD8+細胞を、例えば上記の通りに産生した評価されるフィラミン-Bペプチドを添加したT2細胞と共に、かつCTL集団を拡大するための適切なサイトカインの存在下において、インキュベートする。

CTLによるIFN-γ放出は、IFN-γELISAキット（PBL-Biomedical Laboratory Piscataway、NJ）を使用して測定する。簡潔には、標準としての精製したIFN-γ、又はCTL-T2共培養から培養上清を、モノクローナル抗-ヒトIFN-γ捕捉抗体でプレコートした96ウェルプレートのウェルに移し、24℃にて密室において1時間インキュベートする。PBS/0.05% Tween 20でプレートを洗浄して、ビオチン抗ヒトIFN-γ抗体をウェルに添加し、24℃にて1時間インキュベートする。ウェルを洗浄し、次いでストレプトアビジン西洋ワサビペルオキシダーゼ抱合体、及びTMB基質溶液で共にインキュベーションすることによって発色させる。停止液をそれぞれのウェルに添加して、吸光度をSpectraMAX Plusプレートリーダー（Stratagene、La Jolla、CA）で450nmにて決定する。CTL培養液上清に存在するサイトカインの量をIFN-γ標準曲線に基づいて算出する。

6.2.1.2 増殖アッセイにおいて細胞障害性Tリンパ球の活性化を検出する
本実施例は、MHCI受容体上に提示された適切な抗原、例えばフィラミン-Bペプチドに対する曝露に応答したCTL増殖によって細胞障害性Tリンパ球（CTL）の活性化を検出するための例示的な方法を提供する。

最初に、末梢血液単球細胞（PBMC）を、フィラミン-Bペプチドに対する細胞性免疫応答が評価される対象から単離して、CD8+細胞を蛍光標示式細胞分取（FACS）によって単離する。次いで、CD8+細胞を、例えば上記の通りに産生した評価されるフィラミン-Bペプチドを添加したT2細胞と共に、インキュベートする。

次に、試料を12時間インキュベートして、次いで20μlの3H-チミジンをそれぞれのウェルに添加して、試料を更に12時間インキュベートする。細胞を収集して、プレートをβカウンターにおいて読み込んで、取り込まれない3H-チミジンの量を決定する。

6.2.1.3 エフェクターアッセイにおいて細胞障害性Tリンパ球の活性化を検出する
本実施例は、MHCI受容体上に提示された適切な抗原、例えばフィラミン-Bペプチドを提示する細胞の溶解をモニターすることによって細胞障害性Tリンパ球（CTL）の活性化を検出するために例示的な方法を提供する。

CTLの細胞毒性活性は、標準的な⁵¹Cr放出アッセイで測定される。エフェクター細胞（CTL）を、⁵¹Cr標識した標的細胞と共に、種々のエフェクター：標的細胞比にて96ウェルU-底マイクロタイタープレートに播種する（5×10³/ウェル）。プレートを37℃、5%のCO₂にて、4時間インキュベートする。⁵¹Cr放出は、Beckman LS6500液体シンチレーションカウンタ（Beckman Coulter、Brea、CA）を使用して、100μl上清において測定する。パーセント特異的細胞溶解は、[（実験的放出-自発放出）/（最大放出-自発放出）］として算出する。最大放出は、洗浄剤で放出される標的細胞カウントから得られ、標的細胞からの自発放出は、エフェクター細胞の非存在下で計数する。

6.3 タンパク質マイクロアレイを使用する療法後の自己抗体検出
SEREX、及び定義された前立腺腫瘍関連抗原スクリーニングに加えて、第3の技術（タンパク質マイクロアレイを使用して自己抗体検出）を使用して、免疫療法後の患者の抗体価における療法に関連した増大を決定した。タンパク質マイクロアレイは、自己抗原生物マーカーを同定するために血清試料をプロファイリングするための、定義されたタンパク質含有量を研究者に提供する新たなツールである（Casianoらの文献、2006；Bradfordらの文献、2006；Qinらの文献、2006）。Invitrogenのプロトアレイ（登録商標）ヒトタンパク質マイクロアレイ（バージョン4）は、ガラススライド上に固定された8,000以上の精製ヒトタンパク質を含む。療法前、及び療法後の患者の血清試料からの血清でタンパク質マイクロアレイをプローブすることにより、潜在的抗原である免疫原性タンパク質の同定ができる。

6.3.1. プロトアレイ解析によって同定される免疫応答生物マーカー：セット1
免疫応答バイオマーカープロファイリング（Immune Response Biomarker Profiling）は、7人：3人の患者の療法前、及び療法後血清試料、並びに比較のための1人の正常血清ドナーの血清試料についてInvitrogenによって行った。ProtoArray（登録商標）ヒトタンパク質マイクロアレイ上のタンパク質に対する血清抗体の反応性を調査した。比較は、治療前、及び治療後の3人の個々の前立腺癌患者からの血清間で行った。それぞれの患者については療法前に前立腺癌試料と比較して、治療後の試料において高いシグナル（画素強度）を示す、多数のタンパク質が同定された。多数のマーカーは、個々の患者に独特であったが、研究に含まれる複数の患者間で共有された、いくつかの候補自己抗原が同定された。これらは、下記に収載したタンパク質を含んだ：

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの2人がタンパク質OUTB2（swiss-prot Q96DC9）についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、力価の14.1、及び7.7倍の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人がFLJ14668（NP_116211）に由来するタンパク質産物についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、力価の36.2、5.2、及び7.7倍の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人が遺伝子HIGD2A（NP_620175）のタンパク質産物についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、3.5、2.2、及び2.1倍の抗体価の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人が遺伝子LOC51240（NP_054901）のタンパク質産物についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、5.2、4.7、及び6.4倍の抗体価の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人が遺伝子ニューロナチン（NP_005377（アイソフォームA/NP_859017（アイソフォームB））のタンパク質産物についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、8.0、2.3、及び2.6倍の抗体価の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人が遺伝子CD52（NP_001794）のタンパク質産物についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、4.1、2.4、及び3.1倍の抗体価の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人が遺伝子ORMDL3のタンパク質産物ORM1-様3（NP_644809）についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、5.6、1.7、及び2.5倍の抗体価の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人が遺伝子MAP3K11のタンパク質産物分裂促進因子活性化されるプロテインキナーゼキナーゼキナーゼ11（NP_002410）についてポジティブであることを示した。患者は、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、7.7、1.7、及び3.0倍の抗体価の増大を示した。

タンパク質アレイ解析では、3人の患者のうちの3人が遺伝子UBXD8のタンパク質産物UBXドメイン含有8（NP_055428）についてポジティブであることを示した。患者は、クローン1について、正常血清試料における低いバックグラウンドシグナルと比較して、5.9、2.5、及び2.3倍の増大を、並びに別のクローンについて、3.0、1.8、及び1.6倍の抗体価の増大を示した。

6.3.2. プロトアレイ解析によって同定される免疫応答生物マーカー：セット2
免疫応答バイオマーカープロファイリング（Immune Response Biomarker Profiling）は、10人の患者（G-0010からの8人の患者、及びG-9803からの2人、後述する）に対して、Pre-GVAX、及びPost-GVAX血清試料について、Invitrogenによって行った。患者は、予測される生存（Halabiノモグラム）を実際の（表8）ものと比較したときの、これらの改善された臨床結果に基づいて、ProtoArray解析を選択した。

+は、実際の生存がいまだ到達されていないことを示す。

比較は、10人の個々のGVAX患者からの血清間で行い、結果をM-統計学を使用して比較して、有意なP値を生じるGVAX前、及び後の集団間の差動的シグナルを決定した。ProtoArrayによって定まる、抗体価（p=＜0.05）の有意な増大を示したタンパク質を表9に示してある。

6.4前立腺癌のためのG-9803、及びG-0010 GVAX免疫療法治験における臨床反応とSEREX、及びプロトアレイ抗原反応の関連
G-9803（n=55患者）、及びG-0010（n=80患者）は、ホルモン不応性の前立腺癌である化学療法ナイーブな患者における第二相GVAX免疫療法治験である（HRPC；図3A、及び3B）。

G-9803研究（図3A）には、2つの異なるHRPC患者集団、及び2つの服用レベルを含んだ。HRPC患者集団に関して、G-9803は、PSA-上昇、及び転移性患者を記載した。PSAのみの群の患者は、PSAレベルの増加を有したが、ネガティブな骨スキャンを有した。転移性群の患者は、明白な転移性疾患（ポジティブな骨スキャン、双方向測定可能な疾患、又は両方）を有した。全ての患者には、500×10⁶の初回抗原刺激量を受けさせた（PC3、及びLNCaP株化細胞のそれぞれからの250×10⁶細胞）。PSAのみの群の患者、及び転移性群の最初の24人の患者は、100,000,000細胞（50,000,000個のそれぞれの株化細胞）の低用量（LD）ブーストを受けさせた。用量限定毒性は、この服用レベルでは見られなかったので、300×10⁶細胞（150×10⁶個のそれぞれの株化細胞）の高用量（HD）を転移性群の10人のさらなる患者に与えた。それぞれの細胞タイプを、6月の間2週毎に反対側の肢に皮内注射した。

G-0010研究には、転移性HRPC患者（図3B）のみを登録した。G-0010研究には、4つの用量レベルを含んだ：
・用量レベル1：それぞれのワクチン接種は、用量あたり合計100×10⁶細胞について、合計50×10⁶細胞を送達するためのPC-3細胞の2回の皮内注射、及び50×10⁶を送達するためのLNCaP細胞の2回の皮内注射からなった。
・用量レベル2：それぞれのワクチン接種は、用量あたり合計200×10⁶細胞について、合計100×10⁶細胞を送達するためのPC-3細胞の3回の皮内注射、及び100×10⁶細胞を送達するためのLNCaP細胞の3回の皮内注射からなった。
・用量レベル3：それぞれのワクチン接種は、用量あたり合計300×10⁶細胞について、150×10⁶細胞を送達するためのPC-3細胞の6回までの皮内注射、及び150×10⁶を送達するためのLNCaP細胞の6回までの皮内注射からなった。
・用量レベル4：主要なワクチン接種は、用量あたり合計500×10⁶細胞について、250×10⁶細胞を送達するためのPC-3細胞の10回までの皮内注射、及び250×10⁶細胞を送達するためのLNCaP細胞の10回までのの皮内注射からなった。ブーストワクチン接種は、用量あたり合計300×10⁶細胞について、150×10⁶細胞を送達するためのPC-3細胞の6回までの皮内注射、及び150×10⁶細胞を送達するためのLNCaP細胞の6回までの皮内注射からなった。

Kaplan-Meyer指標解析を使用してG98-03、及びG-0010患者生存でのSEREXの誘導とProtoArrayで同定した抗体との間の関係を決定した。実施例の平均として、HLA-A24、OUTB2、FLJ14668、NNAT、及びカルジオリピンについての結果を示してある。

6.4.1. G-0010治験からのGVAX治療した前立腺患者における生存に対するHLA-A24 Ab反応の関連
6.4.1.1 HLA-A24のためのクローニングストラテジー
HLA-A24は、C末端Flagタグと共に、購入したHLA-A2402プラスミドクローン（International Histocompatability Working Group）を使用して、レンチウイルスプラスミドベクターにクローン化し、pKCCMVHLA-A24Flag（図4A）を産生した。。簡潔には、HLA-A2402Flagを、フォワードプライマー（5'-atatggatccatggccgtcatggcgccccg）、及びリバースプライマー（5'-aatctccggacactttacaagctgtgagag）を使用して、s DNA PCR鋳型としてHLA-A2402プラスミドクローンを使用して、遺伝子の3'末端にFlagタグを付着するPCRによってクローン化した。PCR産物をRocheゲル抽出キットによって精製して、BamHI、及びBspE1で消化して、親ベクターpKCCMVNYESO1flagの同一の部位に連結した。pKCCMVHLA-A2402Flagと呼ばれるベクター構築物を配列確認した。配列番号155、及び156は、それぞれHLA-A2402Flagアミノ酸、及びヌクレオチド配列を表す。

6.4.1.2 HLA-A2402Flagタンパク質産生
Flagタグを付けたHLA-A24を哺乳動物細胞において産生して、親和性精製を使用して精製した。簡単には、トランスフェクションの24時間前に、10枚の75cm²プレートに5×10e6細胞/プレートHEK293細胞で播種した。24時間後、細胞を10μg/プレートのpKCCMVHLA-A2402Flagをリン酸カルシウムトランスフェクションキット（Clontech）を使用してトランスフェクトした。形質移入3日後の細胞を細胞溶解緩衝液（+プロテアーゼ阻害剤）で溶解し、HLA-A2402Flagタンパク質を、製造説明書に従って抗-Flag M2アフィニティーカラム（Sigma）を使用して精製した。

6.4.1.3 ウエスタンブロットを使用するHLA-A24に対するGVAX治療した患者の抗体の解析
HLA-A24に対する患者抗体のウエスタン解析のためには、200ngの精製したHLA-A24を還元条件下でTris-グリシンゲル（Invitrogen）上で分離して、ニトロセルロース膜へ移した。次いで、ブロットをTBS中の3%の脱脂乾燥乳で一晩ブロックして、GVAX療法後のG-0010患者（n=65）血清の1：500希釈と共に3時間インキュベートした。次いで、ブロットをTBST中で洗浄して、西洋ワサビペルオキシダーゼ抱合IgG/IgM特異的ロバ抗ヒト二次抗体と共に1時間半インキュベートした。TBST洗浄後、ブロットをECL増強化学発光系（Pierce）で処理した後に、免疫応答性バンドを写真フィルム（Kodak）の曝露によって視覚化した。図4Bに示したように、患者104、302、307、及び437において、HLA- A24Flagの予測される分子量の45kDa泳動の免疫応答性バンドを、GVAX後の血清試料において観察することができる。前立腺癌（HLA-A1、及びA2）のためのGVAX免疫療法に存在するさらなるHLA‐A対立遺伝子（HLA-A24に関して産生される）に対する免疫応答性は、試験した65人の患者の1人である患者437においてのみ観察された。HRP連結抗FLAGモノクローナル抗体での免疫染色は、全てのHLA‐Aタンパク質の同量の添加を証明する。免疫応答性は、GVAX療法前の試料（データ示さず）にはなかった。また、ドセタキセル（タキソテール）化学療法の完全過程（9サイクル）を受けた25人のHRPC患者を、治療過程にわたる（タキソテール前、及び後）HLA-A24免疫応答性についてウエスタンブロット分析によって評価した。どの患者も、療法過程を通じて、前立腺癌治療した患者のためにGVAX免疫療法に対するHLA-A24抗体誘導の特異性を示す反応を誘導しなかった。

6.4.1.4 HLA-A24免疫応答と生存との関連
HLA-A24 Ab反応の生存との関連を、前立腺癌治験のための第2相G-0010 GVAX免疫療法からの患者において調べた。患者は、予後因子、及び用量群について調整した、ウエスタンブロット免疫応答性、及びCox回帰モデルを使用して解析される生存との潜在的な関連に応じて、HLA-A24抗体ポジティブ、又はネガティブを記録した（図4C）。全ての評価可能なG-0010ptsからのデータは、PC-3由来HLA-A24に対するAbの誘導が生存と関連することを証明する。HLA-A24ハプロタイプネガティブptsのなかで、HLA-A24 Ab-ポジティブpts（n=30）は、43m生存の中央値、対Ab-ネガティブpts（n=28）における18mを有した、HR=O.53、p=0.04。Halabiで予測される生存を制御した後に、抗体なしのものと比較して、HLA-A24抗体でのこれらの患者におけるハザード比（HR）の47%の減少を示す。

6.4.2. 前立腺癌のためのGVAX 免疫療法で治療したHRPC患者における生存に対するOUTB2 Ab 反応の関連
抗体価を決定するためにELISAに基づいたアッセイを使用して、G-9803、及びG-0010からの患者をGVAX免疫療法後のOUTB2抗体価誘導について評価した。精製したOUTB2タンパク質（200ng）をELISAプレート上にコートして、Superblock緩衝液で2時間ブロックした。次いで、GVAX免疫療法前、及び後の両方の患者血清をプレートに室温で3時間添加した。インキュベーション後、結合した抗体を、ロバ抗ヒトIgG-HRP抱合二次抗体を1：10,000希釈にて使用して検出した。OUTB2に対して誘導された抗体価をGVAX後の試料のウェルO.D.をGVAX前のO.D.で割ることによって決定して誘導倍数を提供した。誘導倍数が＞2倍の患者は、生存率分析に関してポジティブとみなした。G-0010患者におけるOUTB 2抗体誘導の例を図5Aに示してある。次いで、これらのOUTB2に対して誘導されたAb反応患者の生存をG-0010、及びG-9803におけるOUTB2ネガティブ患者と比較した。生存優位性は、両治験において観察された。代表的な生存率分析は、G-9803 PSAが上昇したHRPC患者において示される。図5Bに示したように、OUTB2に対する抗体の誘導は、G-9803患者において26.7月よりも長い生存と関連する。また、G-9803のPSAが上昇する集団における生存との相関も統計学的に有意である（p=0.0266）。

6.4.3. G-0010治験からのGVAX治療した前立腺患者における生存に対するFLJ14668 Ab反応の関連
6.4.3.1 FLJ14668のためのクローニングストラテジー
FLJ14668は、C末端Flagタグと共に、購入した合成的に構築されたFLJ14468Flagプラスミドクローン（GeneArt）を使用して、レンチウイルスプラスミドベクターにクローン化し、pKCCMV-FLJ14668Flag（図6A）を産生した。簡潔には、FLJ14668Flag導入遺伝子をEcoRI、及びSalI制限酵素を使用して親のプラスミドから削除して、親ベクターpKCCMVp53flagdR1の同一の部位に連結した。生じるベクター構築物（pKCCMV-FLJ14668Flag）を配列確認した。配列番号157、及び158は、それぞれFLJ14668Flagアミノ酸、及びヌクレオチド配列を表す。

6.4.3.2 FLJ14668Flagタンパク質産生
Flagタグを付けたFLJ14668を哺乳動物細胞において産生して、親和性精製を使用して精製した。簡単には、トランスフェクションの24時間前に、10枚の75cm²プレートに5×10e6細胞/プレートHEK293細胞で播種した。24時間後、細胞を10μg/プレートのpKCCMV-FLJ14668Flagをリン酸カルシウムトランスフェクションキット（Clontech）を使用してトランスフェクトした。形質移入3日後の細胞を細胞溶解緩衝液（+プロテアーゼ阻害剤）で溶解し、FLJ14668Flagタンパク質を、製造説明書に従って抗-Flag M2アフィニティーカラム（Sigma）を使用して精製した。

6.4.3.3 ELISAを使用するFLJ14668に対するGVAX治療した患者の抗体の解析
96ウェルプレートを、炭酸水素緩衝液（コーティング緩衝液）中の250ng/ウェルの精製したFLJ14668で一晩コートした。翌日、ウェルをPBSTで洗浄して、次いでPBST中の1%のBSAを使用して室温で3時間ブロックした。ブロッキングに続いて、ウェルをPBST中で洗浄し、血清をPBST + 1% BSA中の1：100希釈にて添加した。血清添加の1時間30分後、プレートを洗浄して、次いでPBSTに1：10,000にて希釈したロバ抗ヒトIgG IgM HRP-抱合二次抗体（Jackson）と共に室温で1時間インキュベートした。次いで、プレートを洗浄して、結合した二次抗体を、TBM（KPL）を使用して検出した。次いで、プレートを450nmにて読み込んだ。FLJ14668抗体反応の誘導を決定するために、療法後O.D.値を療法前O.Dで割って誘導倍数を決定した（図6B）。誘導倍数レベル＞2を有意であるとみなした（正常対照によって定まる）。破傷風トキソイドに対するIgG/IgM抗体の比較において、集団の大部分が積極的にワクチン接種したタンパク質は、治療後に不変であり（前／後比＜2）、力価の増大がFLJ14668特異的であることを示している（図6C）。また、ドセタキセル（タキソテール）化学療法の完全過程（9サイクル）を受けた25人のHRPC患者を、治療過程にわたる（タキソテール前、及び後）FLJ14668免疫応答性についてELISAによって評価した。どの患者も、療法過程を通じて、前立腺癌治療した患者のためにGVAX免疫療法に対するFLJ14668抗体誘導の特異性を示す反応を誘導しなかった。

6.4.3.4 FLJ14668Flag免疫応答とG-0010における生存との関連
FLJ14668 Ab反応の生存との関連を、前立腺癌治験のための第2相G-0010 GVAX免疫療法からの患者において調べた。患者は、予後因子、及び用量群について調整した、抗体価＞2倍の誘導倍数、及びCox回帰モデルを使用して解析される生存との潜在的な関連に応じて、FLJ14668抗体ポジティブ、又はネガティブを記録した（図6D）。全ての評価可能なG-0010ptsからのデータは、FLJ14668に対するAbの誘導が生存と著しく関連することを証明する。FLJ14668タンパク質（n=34）に対する抗体反応の誘導がある患者は、抗体ネガティブpts（n=31）における21mに対し、43mの生存期間の中央値を有した、p=0.002。

FLJ14668抗体での患者は、これらの患者抗体ネガティブと比較して、66%の危険率（HR）の減少があった。また、FLJ14668抗体ポジティブ、及びネガティブアームにおける患者の生存を、用量レベルによって、G-0010において予測される生存（Halabiノモグラムによって定まる）と比較した（図6E）。結果は、生存がこれらの患者と比較してFLJ14668血清転換において予測される以上に有意に増加した全ての3つのG-0010用量群において、FLJ14668力価の増大が観察されなかったことを示す。更にまた、患者FLJ14668抗体ポジティブの比率は、低、中、及び高G-0010用量群と比較して、用量応答性であった（図6F）。

6.4.4. G-0010治験からのGVAX治療した前立腺の患者における生存に対するニューロナチン（NNAT）Ab反応の関連
6.4.4.1 NNATのためのクローニングストラテジー
NNATは、C末端Flagタグと共に、購入した合成的に構築したNNATFlagプラスミドクローン（GeneArt）を使用して、レンチウイルスプラスミドベクターにクローン化し、pKCCMV-NNATFlagを産生した。（図7A）。簡潔には、NNATFlag導入遺伝子をEcoRI、及びSalI制限酵素を使用して、親プラスミドから削除して、親ベクターpKCCMVp53flagdR1の同一の部位に連結した。生じるベクター構築物（pKCCMV-NNATFlag）を配列確認した。配列番号159、及び160は、それぞれNNATFlagアミノ酸、及びヌクレオチド配列を表す。

6.4.4.2 NNATFlagタンパク質産生
Flagタグを付けたNNATを哺乳動物細胞において産生して、親和性精製を使用して精製した。簡単には、トランスフェクションの24時間前に、10枚の75cm²プレートに5×10e6細胞/プレートHEK293細胞で播種した。24時間後、細胞を10μg/プレートのpKCCMV-NNATFlagをリン酸カルシウムトランスフェクションキット（Clontech）を使用してトランスフェクトした。形質移入3日後の細胞を細胞溶解緩衝液（+プロテアーゼ阻害剤）で溶解し、NNATFlagタンパク質を、製造説明書に従って抗-Flag M2アフィニティーカラム（Sigma）を使用して精製した。

6.4.4.3 ELISAを使用するNNATに対するGVAX治療した患者の抗体の解析
96ウェルプレートを、炭酸水素緩衝液（コーティング緩衝液）中の400ng/ウェルの精製したNNATで一晩コートした。翌日、ウェルをPBSTで洗浄して、次いでPBST中の1%のBSAを使用して室温で3時間ブロックした。ブロッキングに続いて、ウェルをPBST中で洗浄し、血清をPBST + 1% BSA中の1：100希釈にて添加した。血清添加の1時間30分後、プレートを洗浄して、次いでPBSTに1：10,000にて希釈したロバ抗ヒトIgG IgM HRP-抱合二次抗体（Jackson）と共に室温で1時間インキュベートした。次いで、プレートを洗浄して、結合した二次抗体を、TBM（KPL）を使用して検出した。次いで、プレートを450nmにて読み込んだ。NNAT抗体反応の誘導を決定するために、療法後O.D.値を療法前O.Dで割って誘導倍数を決定した（図7B）。誘導倍数レベル＞2を有意であるとみなした（正常対照によって定まる）。また、ドセタキセル（タキソテール）化学療法の完全過程（9サイクル）を受けた25人のHRPC患者を、治療過程にわたる（タキソテール前、及び後）NNAT免疫応答性についてELISAによって評価した。どの患者も、療法過程を通じて、前立腺癌治療した患者のためにGVAX免疫療法に対するNNAT抗体誘導の特異性を示す反応を誘導しなかった。

6.4.4.4 NNATFlag免疫応答とG-0010における生存との関連
NNAT Ab反応の生存との関連を、前立腺癌治験のための第2相G-0010 GVAX免疫療法からの患者において調べた。患者は、予後因子、及び用量群について調整した、抗体価＞2倍の誘導倍数、及びCox回帰モデルを使用して解析される生存との潜在的な関連に応じて、NNAT抗体ポジティブ、又はネガティブを記録した（図7C）。全ての評価可能なG-0010ptsからのデータは、NNATに対するAbの誘導が生存と著しく関連することを証明する。NNATタンパク質（n=48）に対する抗体反応の誘導がある患者は、抗体ネガティブpts（n=17）における10mに対して、34mの生存期間の中央値を有した、p=＜0.001。

NNAT抗体患者は、これらの患者抗体ネガティブと比較して、ハザード比（HR）の69%の減少を有した。

6.4.5. G-0010治験からのGVAX治療した前立腺の患者におけるカルジオリピンに対する抗体反応
6.4.5.1 ELISAを使用するカルジオリピンに対するGVAX治療した患者抗体の解析
カルジオリピンに対する抗体の誘導は、市販のキット（BioQuant）を使用して評価した。簡潔には、PBST中に1：100にて希釈した患者血清を、精製したカルジオリピン抗原でコートしたウェルに添加した。血清添加の1時間30分後、プレートを3×PBST洗浄して、次いで酵素抱合二次抗体と共に室温で1時間インキュベートした。次いで、プレートを洗浄して、TBMを使用して結合した二次抗体を検出した。次いで、プレートを450nmにて読み込んだ。カルジオリピン抗体反応の誘導を決定するために、GVAX後のO.D値をGVAX前のO.Dによって割って、誘導倍数を決定した（図8A）。誘導倍数レベル＞2を有意であるとみなした（正常対照によって定まる）。また、ドセタキセル（タキソテール）化学療法の完全過程（9サイクル）を受けた25人のHRPC患者を、治療過程にわたる（タキソテール前、及び後）カルジオリピン抗体価の増大についてELISAによって評価した。どの患者も、療法過程を通じて、前立腺癌治療した患者のためにGVAX免疫療法に対するカルジオリピン抗体誘導の特異性を示す反応を誘導しなかった。

6.4.5.2 NNATFlag免疫応答とG-0010における生存との関連
カルジオリピンAb反応の生存との関連を、前立腺癌治験のための第2相G-0010 GVAX免疫療法からの患者において調べた。患者は、予後因子、及び用量群について調整した、抗体価＞2倍の誘導倍数、及びCox回帰モデルを使用して解析される生存との潜在的な関連に応じて、カルジオリピン抗体ポジティブ、又はネガティブを記録した（図8B）。全ての評価可能なG-0010ptsからのデータは、カルジオリピンに対するAbの誘導が生存と著しく関連することを証明する。カルジオリピンタンパク質（n=40）に対する抗体反応の誘導がある患者は、抗体ネガティブpts（n=24）における15mに対して、38mの生存期間の中央値を有した、p=0.03。カルジオリピン抗体価の増大がある患者は、これらの増大なしと比較して、ハザード比（HR）の53%の減少を有した。

6.4.6. G-0010治験からのGVAX治療した前立腺の患者におけるHLA-A24、及び／又はFLJ14668に対する抗体反応
生存と単一の抗原／抗体解析に加えて、また、臨床反応と免疫応答の関連を更に定義するために、抗原を共にグループ化することができる。図9は、G-0010患者における生存とHLA-A24、及び／又はFLJ14668抗体ポジティブであることの関連を証明する。HLA-A24、及び／又はFLJ14668に対する抗体反応の誘導がある患者（n=41）は、両抗原に対する抗体に対してネガティブである患者（n=24）における14.2mに対し、43.5mの生存期間の中央値を有した、p=＜0.001。いずれかの抗原に対する抗体がある患者は、両抗原に対してネガティブな患者抗体と比較して、ハザード比（HR）の55%の減少を有した。

6.4.7. G-0010治験からのGVAX治療した前立腺の患者におけるHLA-A24、及び／又はFLJ14668に対する抗体反応
生存と単一の抗原／抗体解析に加えて、また、臨床反応と免疫応答の関連を更に定義するために、抗原を共にグループ化することができる。図10は、G-0010患者における生存とHLA-A24、及び／又はFLJ14668抗体ポジティブであることの関連を証明する。HLA-A24、及び／又はFLJ14668に対する抗体反応の誘導がある患者（n=41）は、両抗原に対する抗体に対してネガティブである患者（n=24）における14.2mに対して、43.5mの生存期間の中央値を有した、p=＜0.001。いずれかの抗原に対する抗体がある患者は、両抗原に対してネガティブな患者抗体と比較して、ハザード比（HR）の55%の減少を有した。

6.4.8. G-0010治験からのGVAX治療した前立腺の患者におけるFLJ14668、及び／又はHLA-A24、及び／又はカルジオリピンに対する抗体反応
生存と単一、及び二重の抗体解析に加えて、また、臨床反応と免疫応答の関連を更に定義するために、3つの抗原を共にグループ化することができる。図11は、G-0010患者における生存とFLJ14668、及び／又はHLA-A24、及び／又はカルジオリピン抗体ポジティブであることの関連を証明する。FLJ14668、及び／又はHLA-A24、及び／又はカルジオリピンに対する抗体反応の誘導がある患者（n=47）は、全ての3つの抗原に対する抗体についてネガティブな患者（n=19）における11.4mに対し、34.8mの生存期間の中央値を有した、p=＜0.0001。いずれかの抗原に対する抗体がある患者は、全ての3つの抗原に対してネガティブな患者抗体と比較して、ハザード比（HR）の68%の減少を有した。

6.4.9. HLA-A24、及びOUTB2抗体反応の組み合わせは、前立腺癌治験（G-0010、及びG-9803）に関して、複数のGVAX免疫療法全体の患者の生存との相関を提供する
次いで、HLA-A24、及びOUTB2に対する抗体反応を共にグループ化し（これらの生存との相関は、単一の抗原として与えられる）、これらが組み合わせとしてG-0010、及びG-9803の臨床結果を予測する能力を観察した。OUTB2、及び／又はHLA-A24抗体誘導ポジティブであった患者の生存を、両方の反応についてネガティブな患者と比較した。図12A-12Cに示したように、HLA-A24、及び／又はOUTB2に対する抗体の誘導は、G-9803転移性HRPC患者（MSTの18月増大、p=0.0107、図12A）、G-9803 PSA-上昇HRPC患者（MSTの27.3月増大、p=0.0103、図12B）、及びG-0010転移性HRPC患者（MSTの20.1月増大、p＜0.0001、図12C）において統計学的により長い生存時間と関連する。

6.4.10. HLA-A24、OUTB2、又はFLJ14668免疫応答性の誘導は、G-9803、及びG-0010において、用量、及び治療数依存的である
本発明者らは、HLA-A24、OUTB2、及びFLJ14668に対する抗体反応の頻度による、G-0010治験におけるGVAX免疫療法用量レベルの影響を調べた（図13A）。調べた全ての抗原については、用量レベルの増加と共に、反応する患者の割合の段階的な増大があった。また、G-0010研究において抗体ポジティブ対抗体ネガティブアームにおいて受けた治療の平均数をHLA-A24、OUTB2、及びFLJ14668について比較した（図13B〜13d）。平均して、抗体ネガティブな患者は、それぞれHLA-A24、OUTB2、及びFLJ14668について5.93、5.6、5.16の治療を受けた。比較として、抗体反応が誘導された患者は、それぞれHLA-A24、OUTB2、及びFLJ14668について9.23、9.62、及び9.44の治療を受けた（全ての抗原についてp＜0.01）。

参照文献
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Bradford TJ, Wang X, Chinnaiyan AM. 癌イムノミクス：前立腺癌の早期発見における自己抗体サインを使用（Cancer immunomics: using autoantibody signatures in the early detection of prostate cancer）。Urol Oncol. 2006 May-Jun;24（3）:237-42. PMID: 16678056。

Qin S, Qiu W, Ehrlich JR, Ferdinand AS, Richie JP, O'leary MP, Lee ML, Liu BC. 抗原-自己抗体プロファイリングの研究のための「逆捕獲」自己抗体マイクロアレイの開発（Development of a "reverse capture" autoantibody microarray for studies of antigen-autoantibody profiling）。Proteomics. 2006 Apr 5;。

Wang X, Yu J, Sreekumar A, Varambally S, Shen R, Giacherio D, Mehra R, Montie JE, Pienta KJ, Sanda MG, Kantoff PW, Rubin MA, Wei JT, Ghosh D, Chinnaiyan AM. 前立腺癌における自己抗体サイン（Autoantibody signatures in prostate cancer）。N Engl J Med. 2005 Sep 22;353（12）:1224-35。

Dunphy EJ, McNeel DG. flt3リガンドで治療した前立腺癌である対象において誘発される抗原特異的IgG（Antigen-specific IgG elicited in subjects with prostate cancer treated withflt3 ligand）。J Immunother. 2005 May-Jun;28（3）:268-75。

McNeel DG, Nguyen LD, Storer BE, Vessella R, Lange PH, Disis ML. 前立腺癌関連抗原に対する抗体免疫は、前立腺癌患者の血清において検出することができる（Antibody immunity to prostate cancer associated antigens can be detected in the serum of patients with prostate cancer）。J Urol. 2000 Nov; 164（5）: 1825-9。

Sahin U, Tureci O, Schmitt H, Cochlovius B, Johannes T, Schmits R, Stenner F, Luo G, Schobert I, Pfreundschuh M. ヒト新生物は、自己宿主において複数の特異的免疫応答を誘発する（Human neoplasms elicit multiple specific immune responses in the autologous host）。Proc Natl Acad Sci U S A. 1995 Dec 5;92（25）:1 1810-3。

Varambally S, Yu J, Laxman B, Rhodes DR, Mehra R, Tomlins SA, Shah RB, Chandran U, Monzon FA, Becich MJ, Wei JT, Pienta KJ, Ghosh D, Rubin MA, Chinnaiyan AM. 前立腺癌の組込みのゲノム、及びプロテオミック解析は、転移進行のサインを明らかにする（Integrative genomic and proteomic analysis of prostate cancer reveals signatures of metastatic progression）。Cancer Cell. 2005 Nov;8（5）:393-406.

Halabiらの文献、Prognostic model for predicting survival in men with HRPC: Journal of Clinical Oncology, 2003; 21（7）: 1232-7。

多くの具体例を提供したが、上記記述は、本発明を限定するよりはむしろ、例証することが意図される。本発明の多くのバリエーションが、この明細書の見直すことにより、当業者には明らかとなるであろう。従って、本発明の範囲は、上記の記述に関して決定されるべきでなく、その代わりに添付の請求の範囲に関して、これらの均等物の全範囲とともに決定されるべきである。

本出願において引用したアクセッション番号、刊行物、及び特許文献によって参照される全ての配列は、あたかも個々の刊行物、又は特許文献がそのように個々に表示したのと同じ程度に、全ての目的のためにこれらの全体が参照により組み込まれる。これらの文書の引用は、任意の特定の参照文献が本発明に対する「従来技術」であることを認めるものではない。

Claims

対象が、増殖不能化され、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応する可能性が高いかどうかを決定するためのデータの取得方法であって、
（i）有効量の該組成物を投与した該対象から得られたサンプルを提供すること；及び
(ii)該組成物を投与された後、該対象において、HLA-A24クラスI組織適合性抗原A-24α鎖前駆体（HLA-A24）、ユビキチンチオエステラーゼOTUB2（OUTB2）、タンパク質FLJ14668（FLJ14668）、ニューロナチン（NNAT）、及びカルジオリピンからなる群から選択される抗原に対する免疫応答が、少なくとも２倍に増加したか否かを検出するためのデータを得ることを含み、該免疫応答の検出は、該対象が前記前立腺癌療法に反応する可能性が高いことを示す、前記方法。
前記対象が哺乳類である、請求項1記載の方法。
前記対象がヒトである、請求項1記載の方法。
前記癌細胞が自己由来である、請求項1記載の方法。
前記癌細胞が同種間である、請求項1記載の方法。
前記癌細胞がLnCaP細胞、又はPC3細胞である、請求項1記載の方法。
表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答を検出することを更に含み、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する前記免疫応答を検出することは、該対象が前記前立腺癌療法に反応する可能性が高いことを示す、請求項1記載の方法。
免疫応答がHLA-A24に対して検出される、請求項1記載の方法。
免疫応答がOUTB2に対して検出される、請求項1記載の方法。
免疫応答がFLJ14668に対して検出される、請求項1記載の方法。
免疫応答がNNATに対して検出される、請求項1記載の方法。
免疫応答がカルジオリピンに対して検出される、請求項1記載の方法。
前記癌療法に対する反応性が、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍若しくは候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、循環T細胞及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応、前立腺特異的抗原（PSA）の濃度の減少、PSA倍加時間の勾配の減少、PSA倍加時間の増加、骨スキャンによって測定される転移の減少、進行までの時間の増加、Halabiノモグラムと比較した生存時間の増加、ICTPの血清濃度の減少、又は血清C反応性タンパク質の濃度の減少によって測定される、請求項1記載の方法。
前記免疫応答が体液性免疫応答である、請求項1記載の方法。
対象が、増殖不能化され、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応するかどうかを決定するためのデータを取得する方法であって、増殖不能化され、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物の有効量を投与された対象から得たサンプルを提供すること；並びにHLA-A24、OUTB2、FLJ14668、NNAT、及びカルジオリピンからなる群から選択される抗原に対する免疫応答が少なくとも２倍に増加していることを検出するためのデータを得ることを含み、該免疫応答の検出は、該対象が前記前立腺癌療法に反応することを示す、前記方法。
前記対象が哺乳類である、請求項15記載の方法。
前記対象がヒトである、請求項15記載の方法。
前記癌細胞が自己由来である、請求項15記載の方法。
前記癌細胞が同種間である、請求項15記載の方法。
前記癌細胞がLnCaP細胞、又はPC3細胞である、請求項15記載の方法。
表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答を検出することを更に含み、表1、2、3、4、5、6、7、又は9に収載された抗原に対する免疫応答の検出は、該対象が前記前立腺癌療法に反応することを示す、請求項15記載の方法。
免疫応答がHLA-A24に対して検出される、請求項15記載の方法。
免疫応答がOUTB2に対して検出される、請求項15記載の方法。
免疫応答がFLJ14668に対して検出される、請求項15記載の方法。
免疫応答がNNATに対して検出される、請求項15記載の方法。
免疫応答がカルジオリピンに対して検出される、請求項15記載の方法。
癌療法に対する反応性が、腫瘍特異的マーカーの血清濃度の減少、全体の生存時間の増加、無進行生存の増加、腫瘍サイズの減少、骨転移マーカー反応の減少、微小残存病変への影響の増加、増殖不能化された癌細胞に対する抗体反応の誘導の増加、自己腫瘍の注射に対する遅延型過敏（DTH）反応の誘導の増加、自己腫瘍若しくは候補腫瘍関連抗原に対するT細胞反応の誘導の増加、循環T細胞及び樹状細胞の数、表現型、並びに機能への影響の増加、サイトカイン反応、PSAの濃度の減少、PSA倍加時間の勾配の減少、PSA倍加時間の増加、骨スキャンによって測定される転移の減少、進行までの時間の増加、Halabiノモグラムと比較した生存時間の増加、ICTPの血清濃度の減少、又は血清C反応性タンパク質の濃度の減少によって測定される、請求項15記載の方法。
前記免疫応答が体液性免疫応答である、請求項15記載の方法。
対象が、増殖不能化され、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物での前立腺癌療法に反応するかどうかを決定するためのデータを取得する方法であって、
（i）増殖不能化され、かつGM-CSFを発現するように遺伝子操作された癌細胞を含む組成物を投与する前に、対象から得られたサンプルを提供すること；
(ii)(i)で提供されたサンプルを用い、該対象における、HLA-A24、OUTB2、FLJ14668、NNAT、及びカルジオリピンからなる群から選択される抗原に対する免疫応答を検出するための第1回目のデータを取得すること；
(iii)有効量の該組成物を投与した対象から得られたサンプルを提供すること；及び
(iv）(iii)で提供されたサンプルを用い、該対象における、HLA-A24、OUTB2、FLJ14668、NNAT、及びカルジオリピンからなる群から選択される抗原に対する免疫応答を検出するための第2回目のデータを取得することを含み；
第1回目のデータと比較した、第2回目のデータで示された免疫応答の増大は、該対象が前記前立腺癌療法に反応することを示す、前記方法。