JP5062730B2 - 改良耐熱性セルラーゼ - Google Patents
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Description
項1.耐熱性セルラーゼ触媒ドメインと、少なくとも1つの耐熱性セルロース結合ドメインとからなる、改良耐熱性セルラーゼ。
項2.耐熱性セルラーゼ触媒ドメインと、少なくとも1つの耐熱性セルロース結合ドメインとが、リンカーによって結合されている、項1記載の改良耐熱性セルラーゼ。
項3.耐熱性セルロース結合ドメインが、以下の(a)又は(b)のポリペプチドである、項1または2に記載の改良耐熱性セルラーゼ:
(a)配列番号1で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、または
(b)配列番号1において、1又は2以上のアミノ酸が欠失、付加又は置換されたアミノ酸
配列からなり、かつセルロース結合活性を有するポリペプチド。
項4.耐熱性セルロース結合ドメインが、サーモコッカス属またはパイロコッカス属由来のものである、項1〜3のいずれかに記載の改良耐熱性セルラーゼ。
項5.耐熱性セルロース結合ドメインが1つ以上、触媒ドメインのN末端側、C末端側、またはその両方に結合している、項1〜4のいずれかに記載の改良耐熱性セルラーゼ。
項6.リンカーが少なくとも1つのアミノ酸からなる、項2〜4のいずれかに記載の改良耐熱性セルラーゼ。
項7.耐熱性セルラーゼ触媒ドメインがパイロコッカスホリコシ(Pyrococcus horikoshii)由来のものである項1〜6のいずれかに記載の改良耐熱性セルラーゼ。
項8.以下の(c)又は(d)のポリペプチド:
(c)配列番号1および配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチド
(d)配列番号1および2において、1又は2以上のアミノ酸残基が欠失、付加又は置換されたアミノ酸配列を有し、かつ、耐熱性セルラーゼ活性を有するポリペプチド。
項9.以下の(e)又は(f)のポリペプチド:
(e)配列番号3のアミノ酸配列からなるポリペプチド
(f)配列番号3において、1又は2以上のアミノ酸残基が欠失、付加又は置換されたアミノ酸配列からなり、かつ、耐熱性セルラーゼ活性を有するポリペプチド。
項10.以下の(g)又は(h)のポリヌクレオチド:
(g)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド。
(h)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ耐熱性セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
項11.項10に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
項12.項11に記載のベクターを保持する形質転換体。
項13.項12に記載の形質転換体を培養し、培養物から耐熱性セルラーゼを回収する耐熱性セルラーゼの製造方法。
項14.項8または9に記載のポリペプチドをコードするDNA。
項15.項1〜7のいずれかに記載の耐熱性セルラーゼを用いる、セルロースの分解方法。
セルラーゼを用いることにより、地球上のバイオマスの大部分をしめるセルロースを有効利用することが可能となる。また、セルロースを分解して得られるグルコースは発酵法と組み合わせることでエタノール生産の原料として活用することもできる。
本発明の改良耐熱性セルラーゼは、耐熱性セルラーゼ触媒ドメインと少なくとも1つの耐熱性のセルロース結合ドメインとを含む融合タンパク質である。
本発明において、耐熱性セルロース結合ドメインは、熱安定性が高く、セルロースに高い親和性を持つものであればよく、特に限定はされない。
キチナーゼのキチン結合ドメインを、セルロース結合ドメインに変換する方法を用いて得ることができる。
イン2(ChBD2)キチン結合面にある二つの酸性残基(E279とD281)を他のアミノ酸に置
換する方法などが挙げられる。
置換にはGlnがより好ましく、Aspの置換にはAsnがより好ましい。
古細菌由来のキチナーゼのキチン結合ドメインに好適に適用できるが、他の微生物、植物、動物由来のキチナーゼのキチン結合ドメインにも同様に適用できる。
Acids Res., 12, 9441 (1984))などの遺伝子工学的手法、リン酸トリエステル法やリン酸アミダイト法などの化学合成手段(例えばDNA合成機を使用する)(J. Am. Chem. Soc., 89, 4801(1967);同 91, 3350 (1969);Science, 150, 178 (1968);Tetrahedron Lett.,22, 1859 (1981))などが挙げられる。コドンの選択は、宿主のコドンユーセージを考慮して決定できる。
本発明の改良耐熱性セルラーゼの構成要素となる耐熱性セルラーゼ触媒ドメインは、耐熱性セルラーゼ由来の触媒活性領域であれば、特に限定はされないが、例えばパイロコッカス属、アエロパイラム属、スフォロバス属、サーモプラズマ属、サーモプロテウス属、バチルス属、シネココッカス属、サーマス属等の好熱性菌に由来する耐熱性セルラーゼの触媒領域が挙げられる。
ノ酸を特にそのC末端側から削除して得られる領域であることが好ましい。削除するアミ
ノ酸数が多すぎるとセルラーゼ活性が低下し、少なすぎると発現量向上効果が見られないが、上記範囲であればこのような問題は生じない。
他の生物種から選抜することができる。また、例えば配列番号2に示すセルラーゼ遺伝子の塩基配列から適当なプライマーを設計して、他生物の染色体DNAライブラリーを鋳型と
したPCRにより得ることができる。
耐熱性セルラーゼ結合ドメインは、耐熱性セルラーゼ触媒ドメインのN末端側に存在し
ていてもよく、又は、C側に存在していてもよい。
(融合セルラーゼ)
本発明の融合セルラーゼは、定法に則りPCR法を用いセルラーゼと耐熱性セルロース結
合ドメインをコードするDNA断片を増幅し、2つの遺伝子を結合することにより構築でき
る。
(c)配列番号1および配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチド
(d)配列番号1および2において、1又は2以上のアミノ酸残基が欠失、付加又は置換されたアミノ酸配列を有し、かつ、耐熱性セルラーゼ活性を有するポリペプチド。
(e)配列番号3のアミノ酸配列からなるポリペプチド
(f)配列番号3において、1又は2以上のアミノ酸残基が欠失、付加又は置換されたアミノ酸配列からなり、かつ、耐熱性セルラーゼ活性を有するポリペプチド。
により変異を導入し、その変異体のコードするタンパク質を回収することにより得られる。
本発明の融合セルラーゼ遺伝子は、以下の(g)又は(h)のポリヌクレオチドからなる。
(g)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド。
(h)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ耐熱性セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
ルムアミドを含む4×SSC中37℃一夜の条件下においてハイブリダイズし、2×SSC中55℃での30分間の洗浄によりそのDNAから脱離しない条件が挙げられる。
本発明のベクターは、上記(g)又は(h)のポリヌクレオチド(ここではDNA)が挿
入された組み換えベクターである。ベクターとしては公知の細菌用、酵母用、動物細胞用等のものを広く使用できる。公知のベクターとしては、大腸菌ベクターのpBR322、pUC19
、pKK233-2、pET11aなど、バチルス用ベクターとしてはpUB110、pC197、pE194、pTHT15、pBD16など、酵母用ベクターとしてはYip5、Yrp17、Yep24など、動物細胞用としてはpUC18、pUC19、M13mp18などが挙げられる。
本発明の形質転換体は、本発明の組み換えベクターを保持する形質転換体である。宿主は、ベクターに適したものを使用すればよい。目的タンパク質の生産量が多い点で、バチルス属細菌(例えばバチルスズブティリス、バチルスブレビス)、大腸菌、酵母、カビなどが好ましい。形質転換方法は当業者に周知である。
本発明の融合セルラーゼの製造方法は、上記本発明の形質転換体を培養し、培養物から融合セルラーゼを回収する方法である。
本発明は、本発明の改良耐熱性セルラーゼを用いて、セルロースを分解する方法を含む。本発明のセルラーゼによれば、例えば、不溶性高分子基質である結晶性セルロースを効率よく分解することができる。
1.セルロースを70℃以上で本発明の耐熱性セルラーゼで二糖類以上に分解する工程、および
2.その後、適切なエンドグルカナーゼで分解して、グルコース、二糖類、またはオリゴ糖にする工程、などが含まれる。
(融合耐熱性セルラーゼ遺伝子)
まず、耐熱性セルロース結合ドメインを含む発現プラスミドを以下のようにして構築した。
キチン結合ドメインと推定されるポリペプチド(当該遺伝子中アミノ酸番号では258番
のスレオニンから358番のイソロイシンに対応)を大腸菌内で大量に発現させるために、PreScission Protease認識配列をコードする塩基配列を含む合成DNAを用いPCR法により増幅した(Mine S et al., “Crystallization and X-ray diffraction analysis of a catalytic domain of hyperthermophilic chitinase from Pyrococcus furiosus.” Acta Crystallograph Sect F Struct Biol Cryst Commun.62, 791-3 (2006))。発現ベクターへの
組み込みはLICクローニングキット(NOVAGEN社)を用い大腸菌(XL-1Blue)(NOVAGEN社
)に形質転換し、ChBD発現ベクターを作成した。形質転換体は、(0.05 mg/ml アンピシ
リン)を含むLB寒天プレート上でのコロニー形成を指標に選択した。形質転換体からChBD遺伝子含有プラスミドをアルカリ法で抽出した。
こうして得られたChBD2発現ベクターを鋳型として、図1aに示す合成DNA(配列番号5
および6)を用い、変異体の作成を行った(図1b)。
変異体作成はQuick change mutagenesis kit (STARATAGENE社)を用いた。
むPCRプライマー5'-GGAGGAGGATCCTCTCTAGAGGTAAAGGTAAACG(配列番号7)および5'-GCAGCCGGATCCTCATGTCCATATGTCAATTACTTGTCCGTTTATTTC(配列番号8)(下線部がBamHI認識
サイト)を用い、遺伝子増幅を行った。増幅遺伝子をBamHIで分解し、耐熱性セルロース結合ドメイン(配列番号1)をコードするDNA断片を耐熱性融合セルラーゼの発現ベクターに組み込む断片とした。
次いで、膜貫通領域を欠く耐熱性セルラーゼの触媒ドメイン(配列番号2)をコードするDNAを含む発現プラスミド(Ando, S. et al. (2002) Appl Environ Microbiol. Vol.68, p.430-433)を制限酵素BamHIで分解し、セルフライゲーションを防ぐため、フォスフ
ァターゼ(タカラバイオ(株))処理を行い5'末端の脱リン酸化を行った。融合セルラーゼの発現系を構築するため、上記、耐熱性セルロース結合ドメインをコードするDNA断片と本ベクターを混合しライゲーションキット(タカラバイオ(株))を用いライゲーションを行った(16℃、30分間)。ライゲーション反応後、反応液10μlを50μlのコンピテントセル(DH5α)に形質転換した。形質転換は定法に則りヒートショック法でおこなった。また、作
製した融合セルラーゼの発現ベクターの精製はミニプレップキット(キアゲン社)を用いて精製を行った。
構築した融合酵素のドメイン構成を図2に、アミノ酸配列を配列表の配列番号3に示す
。
(融合セルラーゼ遺伝子を含有する形質転換体の作製)
1.5ml容チューブ内に、大腸菌(E. coli)Rosetta(DE3)株(Novagen社製)のコンピテ
ントセル0.04ml(2,000,0000cfu/mg)と、融合セルラーゼ遺伝子含有プラスミドDNA溶液0.003ml(プラスミドDNA 8.4ng)を加え氷中に30分間放置した後、42℃で30秒間ヒー
トショックを与えた。次いで、チューブ内にSOCmedium を0.25ml加え、37℃で1時間
振とう培養した。次いで、アンピシリンを含むLB寒天プレートに塗布し、37℃で一晩培養することにより形質転換体を得た。
(融合セルラーゼの精製)
得られた形質転換体を、アンピシリンを含むLB培地に接種し、600nmにおける吸光度が0.5に達するまで、37℃で培養した後、融合セルラーゼの発現量を高めるためにIPTG(Isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside)を加えさらに19時間培養した。培養液を8,000rpmで10min遠心分離することにより集菌した。集菌した菌体10gに、BugBuster溶液(NOVAGEN社
)100mlを加え、菌体を90Wの出力で30分間超音波破砕した。破砕した菌液を 20,000gで30分間遠心分離し、上清を採取した。上清を30分間、85℃で加熱後、再び20,000gで30分間
遠心分離し、上清を採取した。上清に硫安を最終濃度80%(W/V)になるように加え、4℃で30分攪拌後、20,000gで30分間遠心分離し、沈殿を20mM Tris-Cl pH8.0に縣濁し、20mM
Tris−Cl、25mM NaCl(pH8.5)に一晩透析し、20mM Tris−Cl、25mM NaCl(pH8.5)緩衝液で平衡化した陰イオン交換樹脂のHiTrapQ(アマシャム バイオサイエンス社)
カラムに透析サンプルを添加し、イオン交換クロマトグラフィーを行った。目的タンパク質を含む分画を再び、Hiload75pgゲルろ過カラム(アマシャム バイオサイエンス社)を
用い、更に精製をおこなった。目的タンパク質を含む分画にはSDS−ポリアクリルアミド
ゲル電気泳動により単一バンドを与える均一標品が含まれていた。蛋白質の濃度は280nm
の吸収から算出した。
また、活性の比較対象として触媒ドメインのみからなるセルラーゼ(配列番号2でしめ
したもの。以下、野生型と呼ぶ)もNovagen社のpET11aに組み込み、融合セルラーゼと全く同様の方法により精製をおこなった。
(融合セルラーゼおよび野生型の活性比較測定)
1.不溶性高分子基質「結晶性セルロース(アビセル)」に対する活性比較
不溶性高分子基質「結晶性セルロース」に対する融合セルラーゼと野生型セルラーゼの活性比較を行った。反応溶液1.5ml(0.5%のアビセル、50mM 酢酸 pH5.6又は0.5%のアビ
セル、50mM Tris-Cl pH 8.5)を170μl添加し、70℃、30分反応をおこなった。活性の比較は遊離した還元糖の遊離量をソモギーネルソン法(試薬は和光純薬)で定量し、一分間あたりに遊離する還元糖の量で比較を行った。野生型の活性を100としたときの融合セルラ
ーゼの活性を図2A,Bに示す。
(結果)
図3が示すように耐熱性セルロース結合ドメインと融合したセルラーゼは野生型に比べ約3〜4割程度の活性増強が見られた。この活性増強は弱酸性、弱アルカリでも同程度に見られるため、耐熱性結合ドメインの付与効果は広い範囲のpHで安定して活性増強をもたらすことができる。
本融合セルラーゼの利用が想定される、廃棄バイオマスの例として新聞紙、トイレットペーパーを基質として、本酵素がどの程度有効であるかを調べた。反応溶液1.5ml(1%の新
聞紙 又はトイレットペーパー、50mM 酢酸 pH5.6)を170μl添加し、85℃、一晩、反応をおこなった。活性の比較は遊離した還元糖の遊離量をソモギーネルソン法(試薬は和光
純薬)で定量し、1分間あたりに遊離する還元糖の量で比較を行った。野生型の活性を100としたときの融合セルラーゼの活性を図4A,Bに示す。
(結果)
市販の木質系のバイオマス(例えば、紙など)にはヘミセルロースやリグニン或いは接着剤などの不純物が混ざっている。そのためこれらの不純物の割合により、研究用の結晶性セルロースとは表面の形状が大きく異なっている。従って本酵素が利用される可能性のある市販のセルロースを含むバイオマス(例えば、紙質等)で本酵素の有効性を示すことは、有意義であると考えられる。図4A,Bに示すように融合酵素は野生型に比べ、新聞紙、トイレットペーパーの場合共に、およそ1.5倍の活性増強を示した。これは研究用の高純
度の結晶性セルロース(アビセル)の場合に比べより強い活性増強である。おそらくセルロース結合ドメインを付与することにより、少々の不純物が混ざっていても、基質(セルロース)表面に触媒ドメインを優先的に吸着させることで活性を増強していると考えられる。
(融合セルラーゼおよび野生型における水溶性高分子基質「carboxy methyl cellulose(CMC)」に対する活性比較)
水溶性高分子基質に対する融合セルラーゼと野生型セルラーゼの活性比較をおこなった。反応溶液1.5ml(0.5%のCMC、50mM 酢酸 pH5.6)に各セルラーゼ(濃度1.0μM)を17μl添加し、70℃、30分反応をおこなった。活性の比較は遊離した還元糖の遊離量をソモギーネルソン法(試薬は和光純薬)で定量し、一分間あたりに遊離する還元糖の量で比較を行った。野生型の活性を100としたときの融合セルラーゼの活性を図5に示す。
(結果)
融合セルラーゼの耐熱性セルロース結合ドメインは本来、不溶性である結晶性セルロースに強い親和性を持つ。そのため水溶性の基質に対して効果は少ないと予想された。本考察の通り、図4に示すように野生型と融合セルラーゼの活性の差は1割程度であり、水溶
性の基質に対し耐熱性セルロース結合ドメインはさして効果がないといえる。むしろ、わずかながら融合セルラーゼは野生型に比べ活性が低下していることから、耐熱性セルロース結合ドメインは水溶性基質に対しわずかながらもマイナスの効果がある可能性がある。
Claims (6)
- 耐熱性セルラーゼ触媒ドメインと、少なくとも1つの耐熱性セルロース結合ドメインとが、リンカーによって結合されている、請求項1記載の改良耐熱性セルラーゼ。
- 耐熱性セルロース結合ドメインが1つ以上、触媒ドメインのN末端側、C末端側、またはその両方に結合している、請求項1〜2のいずれかに記載の改良耐熱性セルラーゼ。
- リンカーが少なくとも1つのアミノ酸からなる、請求項2〜3のいずれかに記載の改良耐熱性セルラーゼ。
- 耐熱性セルラーゼ触媒ドメインがパイロコッカスホリコシ(Pyrococcus horikoshii)由来のものである請求項1〜4のいずれかに記載の改良耐熱性セルラーゼ。
- 請求項1〜5のいずれかに記載の耐熱性セルラーゼを用いる、セルロースの分解方法。
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