JP4824684B2 - 固定液組成物 - Google Patents

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Description

本発明は、組織及び生物学的サンプルの保存のための固定液組成物に関する。組織の保存は、ルネッサンスから始まる初期解剖学研究における、屍体の保存の必要から発展した。これは部分的に、死体に香料を詰めて防腐保存する習慣、より古くは革及び食物の加工/保存を通して得られた知識を使用した。17世紀及び18世紀において、奇形体標本(monster specimen)の収集(家畜及びヒト起源の)に対し多くの賞金が与えられ、欧州中に輸送するために専門家によって調製された。これは、毒として作用しない透明で容易に入手できる液体又は溶液を必要とした。最初に、食物の保存において使用されたように、アルコールがその目的のために広範に用いられたが、19世紀に、飲料に適さず非課税のホルムアルデヒド(「ホルマリン」)が、使用のために利用されるようになり、これにより、その不都合:変色及び肌目の変化―に勝る利益が提供された。これに加えて、生物体が発生する原理が認識される以前でさえ、それは強力な抗真菌/細菌性質を有した。
ホルムアルデヒドは、特に組織学、細胞生物学及び画像特徴の連続性を要求する組織病理学の全ての知識の基礎として、臨床及び組織の研究及び生物学的サンプルの保存の頼みの綱であり続けている。
免疫細胞化学及び初期DNA研究の発展と共に、組織に及ぼすホルムアルデヒドの正確な化学的根拠がはじめて調査された。構造的な組織タンパク質とリポ-タンパク質及びグリコ-タンパク質のタンパク質部分の間の架橋の創造の傾向がすぐに確立されたにも関わらず、追加の知識が求められることはほとんどなかった。組織浸透の特徴及び動態学は残念ながら研究されなかった。環境酸素による酸化を通したこの適度に強力な還元剤(アルデヒドである)の変性速度も同様に研究されなかった。
エピトープとして機能する、3次元のタンパク質構造のマスキングをもたらす架橋は、無能の説明として受け入れられ、それらの抗原のインサイチューラベリングを用いて多くの抗原を検出した。これは、新鮮な組織抽出物の懸濁液中でも、オークターロニー技術をも、明らかに存在した。この欠点は、組織の過熱、架橋結合の破壊(抗原の修復)によって、幾つかの適用のために矯正された。他の戦略は、ホルムアルデヒドを基礎にする溶液への多様な添加によるか架橋結合形成の程度の減少に関与する。それらの中で極めて毒性なものは重金属(とりわけ水銀)塩である。組織の処理の前に不完全な架橋結合をもたらすように、ホルムアルデヒドの強度の減少も試みられた。数少ない戦略において、純粋なアルコールが凍結した切片或いは極めて少量の生検の固定液として使用された。
架橋結合形成は、現在、組織を作り上げる細胞中に存在するDNAを標的とする、日常的な診断上の目的のために得られた組織及び生物学的サンプルの分析のための、分子生物学的技術の実行に対する主要な障害として認識されている。
組織サンプルの外側の層のタンパク質の成分の初期の架橋結合のさらなる影響は、数ミリメートルのサイズを超える、即ち、臨床的に関連する生検及び特に外科的切除検体の生物学的組織サンプルのより深部への固定液のさらなる移入を邪魔する拡散バリアの創造である。
ホルムアルデヒドの緩徐な浸透は、そのような処理が固定液の浸透によって停止される前に、そのようなサンプル中に存在する多くのDNA/RNAを有用性を超えるまで変性させる。加えて、変性を増強するために、架橋結合が最終的に形成されたとき、インサイチューハイブリダイゼーション又はポリメラーゼチェーンリアクションの目的のためのプローブ及びプライマーに対してDNA/RNAをマスクする。分析のための組織及び他の生物学的サンプルからのDNAの抽出は、DNA及びRNAの巨大分子中に組み込まれたタンパク質構造とサンプル中に存在する他のタンパク質との架橋結合によって障害される。抽出時、さらなる断片化を誘導する薬剤を使用することが多く、断片は他の、ポリメラーゼチェーンリアクションに基づく調査における非常に短い断片の増幅を可能にするには短すぎることが多く、そのような調査から得られる情報のレベルを著しく減少させる。
恐らく最も重要なことに、該方法の極めて低い感度を保証し、陰性の結果が確信的に解釈できないために、そのような技術を日常的な診断において実行するのは困難である。
よって、当該分野の現在の状態は、さらなる分析的処理又は顕微鏡のスライドの作製の目的のための処理の前の、保存に基づく組織及び生物学的サンプルが、それ自体又は変化する混合物の主要成分としての何れかのホルムアルデヒドの使用に堅固に基づいている。ホルムアルデヒドの代替物として、C1-6のアルデヒドが用いられたが(多くは、ホルムアルデヒトと組み合わせて及びホルムアルデヒドに加えられて);それらは全て、等しく有害な効果をもたらす(下記参照)。
これは、日常的な診断目的及び探索目的のための改善された免疫細胞化学的な試験の迅速な実行を効果的に妨げるのみではなく、より重要なことに、完全に、日常的な診断実施におけるDNAの調査で目的にされる分子生物学的技術の効果的な導入を妨げる。
加えて、以前に言及していないが、作業場においてホルムアルデヒド溶液を大規模に使用することには重大な不利益がある。それは既知の催奇形物質であり、癌の発達に関連し、工業的なアレルギーの発達を促進するかもしれず、直接的な暴露でかなり毒性である。これは、研究室、輸送コンテナ及び組織処理装置の設計及び操作において、大規模で高価な安全処置を必要とする。
この薬剤を臨床的実行から効率的に排除することがなお現実化されるべきである。
この段階で、非架橋結合保存剤が利用できないために、分子生物学的技術を使用する生物学的(例えば、狂牛病の獣医学のCNSサンプル)サンプルの高コストで集中化された調査になる。そのようなサンプルは、未固定で輸送され、よって潜在的に感染性である。
ホルマリンを含まない代替的な固定液、即ちクリオフィクス(Kryofix)(Merck, product no 5211)が過去に開発された。これは、エタノールとポリエチレングリコールの混合物であり、クリオスタット技術での固定化が市場に出された。これは、凍結切片のみでなく、プラスチック及びパラフィン切片のためにも用いられた(M. E. Boon c.s., Path. Res. Pract. 188, 832 - 835 (1992))。
クリオフィクスが固定液の代替物として過去に上手く使用されたとはいえ、現今では、組織学的な目的のためにはもはや有用ではない。クリオフィクスは、DNA/RNAの変性を十分に保護しないという欠点を有する。現在の臨床的実行において、DNA/RNAは、ほとんど全ての検体中に保存されるべきである。
米国特許第3 997 656号には、浸透を増強するための酢酸、重金属として塩化亜鉛及び通常の濃度のホルムアルデヒドから成る固定液が開示されている。DNAの保存、抽出量、及び増幅能(amplifiability)に及ぼす有害な影響の全範囲が予期されている。
米国特許出願2003/0119049 A1において開示された固定液は、細胞診断で使用されることを目的としており、浸透−保存及び抽出量はたいした問題ではない。前記固定液はホルムアルデヒド、及び恐らくグルタルアルデヒドのような架橋結合剤を含む。この固定液は、DNAの増幅に損害を与える影響を有する。
米国特許第5 679 333号に開示された固定液は、組織学−組織サンプルで使用することを目的としている。それはホルムアルデヒドを含まないが、これを架橋リンカーとして比較的強力な、他の糖を基礎とするアルデヒド:エタンジオール(ethanedial)と交換している。
米国特許第5 849 517号に開示された固定液は、緩徐な放出のホルムアルデヒドドナー物質を用いることによって、非結合ホルムアルデヒドを比較的含まない懸濁液を使用している。その目的は、放出されたとき全てのホルムアルデヒドを組織内で直ちに結合させ、それによって、研究室のスタッフを毒性効果から保護することである。この固定液は、DNAに及ぼす障害的な影響を全範囲で(保存、抽出及び増幅)示す。実際、組織障害をもたらす放出されるホルムアルデヒドの最終的な量は、水中3.6〜4%のホルムアルデヒドの通常使用される溶液に存在するより多い。
米国特許出願2002/0094577 A1に開示された固定液は、グルタルアルデヒド、ホルムアルデヒド、パラホルムアルデヒド、アセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド又はブチルアルデヒドのようなC1-C6 アルカンアル(デヒド)を0.2-4%の濃度で使用する。これは、組織浸透及び抽出量は重要な問題ではなく、それら還元的な物質の直接的な有害効果が重要である、細胞診断でのみ用いられることを意味する。
DNA保存(preservation)−保存(conservation)−変性、抽出及び増幅特異性の相互に関係のある問題に取り組む必要は、今までに取り組まれていなかった。実際に、「保存(preservation)」が従来技術の幾つかでは目的として定義されたが、還元剤の有害な影響の認識については明示されず、抽出又は増幅に取り組む言及も全くない。
従って、ホルムアルデヒド及び他の架橋結合剤を含まない組織学的固定液に対する要求はいまだに大きい。
発明の概要
本発明は、組織及び生物学的サンプルの保存のための固定液組成物を提供し、該固定液組成物は、一以上のアルカノール、200-600の分子量を有するポリエチレングリコール、固定液組成物1リットル当り濃度0.01〜0.10モルの濃度で混合された一以上の弱有機酸、及び水を含み、固定液組成物が架橋結合剤を本質的に全く含まない。
従って、本発明の固定液組成物は、溶液を形成する4つの成分を含む。
一以上のアルカノールは、1〜6の炭素原子を有する低分子量アルカノール、例えばメタノール、エタノール又はイソプロパノールが適する。好ましくはエタノール又はエタノールとメタノールの混合物が用いられる。
ポリエチレングリコールは、200〜600の分子量を有し、好ましくは、200〜300の分子量を有する。分子量は、サンプルの性質(固体組織生検、尿、頚部塗抹標本(cervical smear)、血液など)によって変化する。
一以上の弱有機酸は、適切には蟻酸、酢酸又は他のカルボン酸である。好ましくは、該酸は酢酸である。一以上の酸は、固定液組成物1リットルあたり、0.01〜0.1モルの濃度で存在し、好ましくは1リットル当り0.025〜0.05モルで存在する。用いられる具体的な酸及び濃度は相違し、前記組織自体の酸性度と緩衝作用能力に関連し、また、グリコサミノグリカンの含有量に関連する。
他の成分の量と割合は、広い範囲にわたって変化し得る。適切には本発明の固定液組成物は、10〜60体積%の量の前記一以上のアルカノール、1〜20体積%の量の前記ポリエチレングリコールを含み、該組成物のバランスが水である。好ましくは、該ポリエチレングリコールは、5〜10体積%の量で存在する。
本発明の固定液組成物は、本質的にいずれの架橋結合剤も含まない。ここで用いられる「架橋結合剤」という用語は、固定液の分野で周知の薬剤を定義する。架橋結合剤は、これらに限定されないが、C1-C6アルカナル(alkanal)及びC1-C8アルキレンジアルデヒドのようなアルデヒドを含む、還元性化合物である。それらのアルデヒドの例には、ホルムアルデヒド、グルタルアルデヒド、エタンジアール、パラホルムアルデヒド、アセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド、及びブチルアルデヒドが含まれる。「架橋結合剤」という用語は、また、架橋結合剤の事実上の前駆物質である物質も含まれる。例えば、ジアゾリジニル尿素は既知のホルムアルデヒドのドナーである。
本発明の固定液組成物は、
a.定量化できる促進的な組織/生物学的サンプルの浸透を有し、
b.元々存在するDNA/RNAの80%以上にまでに、組織/生物学的サンプル中のDNA/RNAの定量化可能に改善された安定化率を有する。サンプルのサイズに依存するが、直径1cmを超えるサンプルでその効果がある、
c.組織/生物学的サンプル中に存在するDNA/RNAを、試験条件化の室温で6ヶ月までの期間の間、80%を超える割合で長期の期間、定量可能に保存する、
d.組織/生物学的サンプルからのDNA/RNAの抽出量を、試験条件化の室温で6ヶ月までの期間の間、80%を超える割合で、定量可能に促進する、
e.試験条件化で600塩基対の増幅断片長まで、暴露され及び/又は処理された組織/生物学的サンプルからの暴露及び/又は抽出後のDNA/RNAの増幅を定量可能に保証する。
ここにおいて本発明の固定液は、他の歴史的に入手可能であるか又は同じ全体的な目的のために近年開発された液体又は溶液によっては効果的に提供されない機能性を提供する。
従って、本発明の固定液は、組織学的な固定液として特に用いられることができるが、しかし細胞診断においても用いられることができるのはもちろんである。
定義
本発明の目的のために、組織及び生物学的サンプルの保存の処理に関与する多くの別々の構成要件のプロセスが、更新されるか又は最初の(再)定義を必要としている。関係する定義は、以下の通りである:
急速初期脱水:
このプロセスにおいて、サンプル組織の水含有量は、生物学的プロセスが停止されるレベルまで急速に減少される。それらの最も重要なことは、標準的に存在するRN-asesによるmRNAの自然で急速な分解及びリソソームのプロテアーゼの放出によるDNA及びRNAを含めた細胞成分の自己分解を誘導する虚血である。この機能は、例えば果物並びに肉及び魚のタンパク質のための食物保存において用いられるエアドライプロセスの急速変形である。
この機能は、サンプルから浸透圧値の高い溶液へ、水が最初に出ていくことによって達成される。第二のある程度重なる相において、サンプル中の水の、釣り合う体積の低分子量アルコールでの置換が起こる。この段階で、タンパク質の3次元構造及び他の水依存的構造の変質を通した変性によって、全ての細胞機能がさらに停止する。このプロセスは、前記発明者及び他によって、代表的な凝固の形態として開示されている。
このプロセスは、サンプルの外部の高濃度のポリエチレングリコール(PEG)によって増強される。
PEGは、グリコサミノグリカンとのバランス及び競合作用において、水の自然の構造状態をも変化させ、これは、それらの水和状態及び3次立体配置を変化させることによって、巨大分子の不活性化をさらに加える。多くの分子の沈殿は、会合する水マントル(mantle)の静電気的な遮蔽における変化の結果起こる。
破壊的な酵素非−活性とは別に、脱水は、水溶性環境において、DNAの加水分解する傾向の非直線的な減少をもたらす。この加水分解は、認識できる/検出できる/定量できる、サンプル/検体を囲む液体区画へのDNA断片の放出をもたらすために、重要である。このDNAは、進行的に短縮する(連続的な加水分解によって)断片から成り、ゲノム情報価値のあるセグメントを含む増幅を試みることを妨げる。
低分子量アルカノールの使用には、部分的に望ましくない副作用がある。それらの化合物は、還元器の性質を有し、アルカノールの分子量及びOH−基の数及び位置に依存的な可変のK値を有する。そのようなエタノール及びメタノールは、有効な還元器であり、高すぎる濃度で、特に非コイル及び遊離のDNAがあると、破壊的である。この性質の影響は、低い酸性pHを維持するための溶液の成分を用いて調整されることが必要であり、その還元器効果は、指数関数的に減少する活性であり、DNAをそれらのマクロ分子内の還元器脆弱サイト(reductor vulnerable sites)の暴露を減少するのに有効なコイル状態に維持するのを補助する。
体積置換:
この方法において、初期に除去されるほとんどの水は、PEGによってゆっくり置換され、最初にいくらか体積が失われたサンプルを本来の次元に再び膨張させる。
この過程は、任意の固定液で生じ、一部又は全体的に持続性であり、組織構成(上皮/結合組織−ムチン/細胞質)の間の相違によって、「縮み」として知られるか又は記載される組織内の剪断力をもたらす。この現象は、その後に、増強されるか又はマスクされ、その総脱水が広範囲の、サイズ減少及び再膨張の周期性の処理に関係し、定量的な意味での性質がほとんど理解されていない処理である、組織及び細胞のパラフィンへの最終処理によって、少なくとも二次的に影響される。差動的な縮み/膨張の動力学の結果による組織切片の間隙は、前-保存虚血の期間(恐らく、遊離の水のグリコサミノグリカン関連結合における相違による)、標本組成における相違(特に(年齢に関する−下記参照)基底物質の組成)及び競合する/相乗するプロセスのそれぞれの、拡散依存性の相対的な進行の間のバランスが、拡張した拡散経路によって激しく影響されるために特に標本サイズに関連して標本の間で異なる。
固定液組成物のための最適な結果は、それ故、サンプルサイズ/スライス厚さが前に定義された限界内に調節され維持される場合のみ、ある信頼度の境界内に決定されることができる。
グリコサミノグリカン安定化:
グリコサミノグリカンは遊離の水に結合するために水環境中で迅速に加水分解し、それは細胞又は基底物質中で潜在的に破壊され、それ故進化的な理由のために、制御のためのメカニズムを生じる。しかし実質的に、ほとんどの細胞の酵素が作動し、任意の水に溶解した治療的又は生物学的成分が、組織及び細胞区画の中又はそれを通過して、その中に移動して分散する、全ての真の水溶液が効率的に排除される。細胞内輸送及び分子部分の細胞膜を貫通しての輸送のほとんどが、細胞内チャネル及び細胞間チャネルを通して促進されるが、特に基底物質自体(精細胞間のスペース)の中において、全ての輸送は水内で拡散される。グリコサミノグリカンの加水分解は、急速な過程であり、生検又は組織サンプル/器官断片の単離後は、急速に、遊離の水の量を減少させ、固定薬剤のサンプル中への継続的な移入又はサンプル内の固定液の分布の進行をますます、ゆっくりさせる。
グリコサミノグリカン加水分解は、低濃度の酸を固定液に追加することによって達成されるpHのわずかな低下によって、実質的に完全に停止される(問題の結合のK値に関して)。この酸は、低いpH条件下では激しく不安定なDNAの破壊をもたらさないのに十分低い濃度のK値を有していなければならない。弱有機酸は、組織特徴的に依存する種々の部分を用いて証明されたように、固定液の活性成分の組織浸透/移入の維持又は増強に関する要求を満たす。具体的な薬剤、酢酸は、低濃度で、実際的な適用に十分安定であり、広範な試験によって証明されたように所望の効果を有する。用いられた未解明な濃度では、酢酸それ自体は、水中で、DNAに否定的に影響するのみであるが、しかしながら、本発明の固定液の他の成分と組み合わせ、組織環境内では、そのような有害なDNAへの影響は存在しないように見られ、実際、この成分の全体的な固定液への添加は、達成された結果に決定的である。
実際の臨床的標本を用いる提唱された新規の固定液の、相対的な利点又は利益の全てではあるがほとんどの未完成の評価を妨げる、多くの困惑(confounders)が臨床的状況に存在することが、上記から証明された。
それらの最も重要ものは:
a.術中の温和な虚血時間
操作の間、特に癌の場合、器官はそれらの動脈の供給を有し、これに次いで、それらの静脈の排流がこの方法の早期に中断される。よってこれは、そのような任意の標本が最終的に体内から除去され、病理学又は実験のチームに手渡される前に、多くの時間になる。虚血温和時間(37℃)は従って、かなり変動する。
b.術後の移転冷却における変化
除去の後、標本を病理学研究所に直接輸送し、又は、かなりの時間そこに残した。しばしば、該組織は、標本のサイズと比例しない量の固定液中におかれ、これは、固定液が冷たく保存されていた場合に、室温又はそれより低い温度への冷却を損なう。標本の切断が一晩遅れた場合、任意の実質的な標本の中心は、任意の固定液によって浸透されておらず、14時間以上まで27℃以上に維持される。
c.固定液の術後の拡散における変化及びサンプル調製
固定液の浸透は、可能な限り速く、標本の表面を横切る勾配を保持することに極めて依存する。>20の標本の体積に対する溶液の体積の割合は、小さい(パンチ)皮膚生検又は肝臓及び腎臓の(貫通切断(through-cut))針生検のために容易に現実化される。乳房切除術又は結腸切除術の標本は、しかしながら、30リットル容器を必要とし、それらは一般に入手できない。>1kgの標本は、従って、300 mlほどの固定液をしばしばかけられ、固定液に浸漬されたタオル又は紙組織で覆われ、従って、液体及び活性剤成分のいずれの、任意の関連する勾配の維持に関して、非常に好ましくない状況である。緩衝されたホルムアルデヒドの使用は、バッファーの質量が、緩衝に必要な酸成分の進行性の放出を伴う虚血組織の質量によってはるかに超過されるような溶液を提供しない。
機構
本発明の目的のために、組織及び生物学的サンプルの保存の処理に関与する機構が開示される。しかしながら、本発明は、該機構の記述によって制限又は限定されると考慮されるものではない。
a.移入、液体交換プロセス、3つの動力学/4区画モデル、DNA/RNA分解
上記に提示したように、組織/生物学的サンプル中への移入は、受動的な拡散の特性によって支配される。水及び溶液の溶解成分の局所的な結合は、モデルの構成を複雑にする種々の沈下をもたらす。これはさらに、サンプルから媒体への水の代償的なシフトによって、及び、媒体からサンプルへの種々の段階において、複雑にされる。
これは、さらに複雑なことには、異なる瞬間に異なる方法で固定液の構成成分による相互作用によるそれらの特徴に影響する、異なる特徴を有する拡散特性を備えた一連の半透膜内及び半透膜を横切って効率的に生じる。
それらの膜は4つの区画を作る/分ける:
a.媒体自体
b.細胞間スペース(主として基底基質により満たされる)
c.細胞内スペース、以下に細分化される
c.1.細胞質
c.2.核内スペース。
分子生物学的目的のための標的マクロ分子が含まれるのはこの後者のスペース(c.2.)である。免疫細胞化学的目的のための標的エピトープは、区画b.及びc.1/2に渡って分配される。
これから、この問題の理論的なモデリングを試みる場合に、極めて複雑な一連のモデル計算が要求されることが容認されなければならない。それ故に我々は、一方で、種々の競合的及び相互に、少なくとも潜在的に、増強する機構の存在を認識することを選択し、他方で、一連の継続的なより複雑で経験的なアプローチにおける問題を扱うのみである。
b.固定方法に適した、DNA/RNA−組織構成物−固定液成分、保存剤間の化学的な相互作用
DNA及びRNAは、主に、研究された化学的エネルギーの保存を目標とする通常のプロセスの一部としてそれらの分子を分解する、リソソーム又は核酵素のどちらかを破壊する作用に対して、組織中で安定である。DNエース及びRNAエースは、それ自体タンパク質である。加えてDNA及びRNAは、酸化、還元及び水及び宿主の溶解した生物学的発生物又は固定液中に存在する化学物質又は薬剤による加水分解に対して脆弱である。
固定液又は保存液のストラテジーは、生物学的酵素を中和すること(脱水、冷却又は冷凍によって)或いはそれらを破壊すること(架橋、過熱)の何れかを目的とする。脱水は、乾燥の形態をとりうるが、しかし、アルコール又は他の溶媒による水の置換も同じように役立つ。塩による水の結合は、匹敵する機能を有する。それらの技術のほとんどは、食物の保存において発展してきたものであるが、組織及び生物学的サンプルの保存にも等しく適用可能である。
それらの全ての作用間のネットバランスは、固定液成分による組織の浸透に依存する。そのように、理論的なアプローチからの予測又は派生は困難である。
c.組織処理、DNA/RNA抽出/抽出量
組織処理の間、組織は、顕微鏡検査のために用意されるごく薄い切片の調製を可能にする固体パラフィンで、組織中に存在する水(その体積の70%以上)を置換するために、全ての水を除去するという単一の目的を有する代替的な液体へ連続的に浸漬される。これは、高い濃度のアルコールの混合物を必要とし、これは水と混合されることができる。それらのプロセスにおいて、溶解したDNA(断片)を含んだ、細胞及び組織のほとんどの分子含量が、組織から除去され、懸濁液中へ失われる。特にDNAに関してこのプロセスの規模を増強するのが発明者らの仕事である。
水の除去後、エタノール又は類似のアルコールは、一方でエタノールと、他方でパラフィンと混合されうる有機溶媒による同等のリンスによって除去される。後者は、有機溶媒の除去及び液体(温めた)パラフィンによる置換の最終工程を可能にする。再び、液体シフトにより、ほとんどの溶解された物質が失われる。脂肪の場合、これは望ましく、よってクロロホルム又はアセトンを用いる中間工程、脂肪溶解が用いられる。
このプロセスにおける各工程は、最小抵抗性の線及び平面に沿った切れ目及び割れ目を起こす内部の剪断力を創造する、該組織の繰り返される体積変化の影響を有する。そのような人為的結果は、多くの組織サンプル中で認められる。
処理技術を強めるマイクロ波及び減圧の使用は、組織保存、染色性(stainability)、人為的な外傷の減少及び免疫細胞化学において、恐らくほとんどが多くの溶出工程の減少及び水含有溶媒相への曝露の間の減少に基づく有益な効果を示す。
入ってくる液体と出て行く液体の間のバランスが、表面から異なる距離で決して同じ状態ではないために、これは、さらに予測不可能な事であり、経験的なアプローチによってのみ研究することができる。
d.DNA/RNA増幅/増幅能
DNAは組織及び生物学的サンプル中に存在し、分析の前に、分子生物学的技術を用いてこの成分を調査するための能力の限界を進行させる種々のプロセスによって影響され得る。
加水分解は、種々の長さのDNA断片を生じる。インサイチューハイブリダイゼーション(FISH及び他の放射性プローブを用いる)はある程度まで、極めて短い長さのDNA(6〜14塩基対)のみが残ることを必要とする。確率的な基礎において、そのような断片は、通常は入手可能であるように連続し、そのような保存サイトに結合した後に陽性信号が認識された後は、DNA損傷の程度自体が認識されなくなる。
同じことは、他のDNA鎖又は他の組織タンパク質又はヒストンタンパク質の何れかへの架橋結合についても生じる。ISHは作用をよく続け、よってこのプロセスの規模が認識できなくなる。固定液に関連するDNA保存の残存する多くの調査は、機能性の請求項に基づく評価のこの形態を用いる。
PCRは同様に、典型的に相補的な塩基対長を有するプライマーの初期結合のために、保存されたDNAの短いセグメントのみを必要とする。しかしながら、結合(attachment)サイトの間のDNAのこのセグメントの後、及び、これは、数千塩基対長さであり得、PCR処理が静止する連続的で指数関数的な増幅プロセスの基礎を形成する、完全な長さ(一つのプライマー結合サイトから他まで)の増幅産物が創造されるために、連続している必要がある(加水分解切断によって又は架橋によって)。
従って、PCR評価の必要性は、臨床的及び実験分子生物学の現在及び将来の背骨であり、ホルムアルデヒドの使用によってではなく、酸化及び特に加水分解からの保護なしの水溶液中における延長された曝露を用いる技術の使用による、より高度な標準的なDNA保存を必要とする。
新規に設計された固定液のさらなる改変の効果の任意の予測に基づく、基礎的な研究(work)がないために、経験的な研究が発明者によって選択された。それらは、種々の代替的な固定液のPCR増幅能に及ぼす影響の一連の調査を含み、本発明の固定液及びその別々の精製された構成成分は、商業的に入手可能であり、PCRの品質制御のために用いられる参照DNAとして定義される。
実施例及び実験
全体的な実験設計、一般方法及び材料:
下記に定義される実験のため、世界的な犬救出及び交換プログラムの一部として避妊される、グレーハンウド犬の精巣サンプルを、新しく、獣医学外科医のチームによる去勢の時に直ちに得て、即座に実験グループに提供した。
ほとんど全ての商業的に入手可能なPCR検出アッセイのための内部品質コントロールが、ヒトβ-グロビン遺伝子についてのプライマーを使用しているため、及び、この遺伝子が、犬とヒトの間で保存されているために、商業的に入手可能なプライマーセットをこの実験の品質コントロールとして用いた。犬における増幅産物は、ヒトでのものと正確に同じ長さである。
クリオフィクス(KryoFix)及びホルムアルデヒド(下記参照)の効果と比較した、純粋なDNAにおける本発明の固定液組成物の成分の作用の、単独及び組み合わせての副実験のため、我々は、ライトサイクラー・コントロール・キットDNA (Roche, Germany, cat.no. 2158833)からヒト参照DNAを用いた。
実施例に用いた本発明の固定液の具体的な成分は(他に指示しない限り)、以下の通りである:
10 lの溶液が混合によって製造される:
4.84 lのエタノール (100%)、4.44 lの水、0.7 lのPEG 200及び0.025 lの氷酢酸。
用いられたクリオフィクスは、以下の成分を有する:
10 lの溶液が混合によって製造される:
5.0 lのエタノール (96%)、4.3 lの水及び0.7 lのPEG 300。
用いられたホルムアルデヒド溶液は以下の成分を有する:
0.5 lの溶液が混合によって製造される:
50.0 mlのホルムアルデヒド37%
412.5 mlのバッファー pH 7.0 (Bancroftに従うバッファー : 4.5 gのNaH2PO4.2H20 及び 16.4 gのNa2HPO4.12H2O) 。
グリコサミノグリカン含量及び精子の含量における分散が予期されたために、動物実験グループを形成した:
n
a.若いオス犬 < 6月齢 60
b.青年期のオス犬 > 6ヶ月、 < 2年齢 60
c.成体のオス犬、 > 2年齢 62
各グループは、調査の目的に必要な数の動物から成る。グループは、約等しいサイズであり、合計361の精巣が、182のオス犬から調査のために入手された(3つの精巣が調査に適していなかった:2つは萎縮症、1つは腫瘍の可能性)。
各グループから精巣が区分され、その部分は:
a.後で使用するために液体窒素で急速冷凍
b.全てのベースラインのため、及び全てのT0実験のために変動する懸濁液中において、即時の実験を開始した
c.引き続く全てのT値(30分間、1時間、2時間、12時間、24時間、48時間、7日間、14日間、4週間)実験のための調査プロトコールに従って、変動する懸濁液中に配置した。
局所的に通過した時点のためのサイト実験(T-24及び48時間まで)が、最終的に抽出されたDNAを通して行われ、安定化後、引き続く比較調査、及び、抽出量/保存の定量的なDNA濃度による分析、及び、定量PCR分析による増幅の評価のために、Leiden Cytology及びPathology Laboratory (LCPL)に輸送された。
>12時間のT-値を意図されたサンプルはLCPLに輸送され、値に続いて組織内で処理された。
試薬及び設備は、結果及び所見の直接の比較性を保証するために、実験場所とLCPL研究室の間を輸送した。
全ての実験のサンプルサイズと結果の間の関係を調査する目的で、サンプルを、組織サンプルのための精巣サンプルの獲得後、直ちに源(at source)で調製した:
a.1×1×1 mm
b.2×2×2 mm
c.4×4×4 mm
全てのサンプルについて、サイズ及び原料動物のグループ年齢に加えて、サンプルの湿重量(4少数で)が、抽出液体における全DNA濃度についての計算の基礎として記録された。溶出液体(ml、2少数)の最終的な体積を用いて、全ての標本について、DNA収量/湿重量のグラムが算出され、SPSS統計学的パッケージを用いる関連の単一及び複数変量分析による引き続いての分析のために、エクセルデータファイルに記録された。
増幅調査の前に、DNAは精製され、残存している可能性のある種々の保存液体(特にホルムアルデヒド)を、濃縮DNAを繰り返し洗浄して除去し、そして、溶出液体をキアゲンマイクロカラム(QuiaGen micro-columns)を用いて変えた。
増幅調査の目的について、結果の直接的な比較を可能にするために、精製され抽出されたDNAを反応懸濁液の固定された体積中の標準含量のDNAに規格化した。
抽出されたDNAのサンプルを、DNAの融解点及び増幅方法の品質管理のためにリアルタイムライトサイクラーPCR(RealTime LightCycler PCR (Roche, Germany))によって提供される温度曲線を用いて、増幅結果の単純な比較のために連続的に希釈した。
全ての実験を、全てのサンプルの全てのサンプルサイズで全部で二回繰り返した。全ての実験(時間/サンプルサイズ/固定液−液体変形)を、6つの異なる動物から得られた別々のサンプルを用いて6倍で実行した。
材料及び方法の詳細:
プロテイナーゼK: Qiagen, Germany, cat.no. 19133
DNA精製: QIAamp DNA Mini Kit, 及び組織プロトコール(Qiagen, Germany, cat.no. 51306)-DNAのミニカラム中のシリカゲルへの結合、溶出液体エタノール
進行性エタノール勾配中抽出後洗浄されたDNA
TRIS-バッファー中最終懸濁液。
高処理技術: QIAvac 6S (Qiagen, Germany, cat.no. 19503)
二重鎖DNAの測定:SmartSpec 3000 (BioRad, USA)、260-280 nm 領域を使用、マイクロ-キュベット(Brand, Netherlands)。
PCR: SYBR-Green 1を用いる定性。
FastStart DNA Master SYBR Green 1 キット(Roche, Germany, cat.no. 2239264)
PCR mix:2 マイクロl LC-FastStart DNA Master SYBR Green (終濃度 1×), 2.4 マイクロl MgCl2 (終濃度 4mM)及び2マイクロl ベータ-グロビン・プライマーミックス(終濃度各0.5マイクロM ) PCR グレードの水を添加して18 マイクロlに拡張。標準テンプレートDNAの2 マイクロlを添加。
PCRプログラム:
1 サイクル10分、95℃。増幅サイクル、n=45 95℃(10秒), 55℃(5秒), 72℃(10秒)のサイクル。72℃の工程の終わりに、単色検出。この系列に続いて、融解曲線/開始点の評価のための、95℃(0秒), 65℃(15秒), 95℃(0 秒、転移率0.1, 連続的な色検出)の1サイクル。最終工程、40℃まで冷却。
LC-red 640プローブを用いるPCR定量
ライトサイクラー・コントロール・キットDNA及びライトサイクラー・ファーストスタート・マスター・ハイブリダイゼーション・プローブ(Roche Germany cat.no. 2158833 and 2239272)。
PCRミックス2 マイクロl LC-DNA マスター・ハイブリダイゼーション・プローブ(終濃度1×), 2.4 マイクロl MgCl2 (終濃度 4mM) 及び 2 マイクロl ベータ-グロビン プライマーミックス(終濃度各0.5マイクロM), 2 マイクロl ベータ-グロビン ハイブリダイゼーション・プローブ・ミックス, LC-red 640 標識化(終濃度 プローブ 1: 0.2 マイクロM, プローブ 2: 0.4 マイクロM) PCRグレードの水を添加して18 マイクロlの体積に拡張。これに、2 マイクロl のテンプレートDNAを添加する。
PCRプログラム:
1サイクルの30分(95℃)、45 サイクルの増幅(95℃、0秒), 55℃(10秒) 及び72℃(5秒)。55℃で単色検出。最終的に40℃まで冷却。
PCRターゲット:ヒトベータ-グロビン遺伝子のプライマー間の110bpの部分
単位複製配列のための融解点:85℃。融解点の変化は部分的損失又は組換えの結果としての単位複製配列の短縮−延長を示す。
a.液体交換、DNA/RNA安定化/分解
初期の実験から、小さいもの及び大きいものの両方の組織サンプルからのDNA抽出が、数学的に定義される逆対数曲線又は指数関数曲線に沿った曲線を生じないことが明らかになった。その代わり、生理食塩水中又は蒸留水中又は保存剤なしのPCRバッファー中で保存された組織のから得られるDNA抽出は、動物の年齢、サンプルサイズ及び環境温度の全体的な影響があるとはいえ、所期の極めて低い収量、12〜24時間の上昇した収量、24〜48時間の安定した高い収量、続いて、その後の7日〜4週間の収量の多少の急速な減少、によって特徴付けられるパターンでDNAが得られた。より小さい標本は、48時間後の収率のより急速な減少を示したが、より急速な初期上昇を示した。若い動物からの全体的な収量は、より高齢の動物のものより著しく低かった(結果は示さず)。この段階で、酸化の程度は制限されるが主に加水分解が、試験環境下における抽出のためのDNA損失の主な原因であると考えられる。
>4週間での代表的なサンプルの最終的な再分析は、全てのサンプル及び試験されたサンプルタイプで、約12〜14週間後に収量0まで低下したことを示す。
結果として、DNA/湿重量のオリジナルサンプルにおいて得られた全抽出結果及び全ての算出収量は、蒸留水、温度、若い、青年期及び老いた動物の状態、及びオリジナルサンプルサイズのグループの収量曲線にもとづいて、与えられたサンプルサイズと時点により予期される平均値の%として再度計算された。
b.DNA/RNA保存
DNAの保存を抽出量とは別に評価することは困難である。DNA断片のサイズの分布は、電気泳動ゲルで抽出の代表的な系からの副サンプルを流すことによって試験される。この段階、及び2時間までは、何れかのDNA断片が認識できたとしても極めて限定されるが、24時間後には、ほとんどの抽出されたDNAは、傷ついているか−傷のないマクロDNAコイルとしてはもはや存在せず、極めて不定のサイズの断片として存在する。これらの断片の分布は時と共により小さい断片に変化し、それらの環境下におけるDNA分解の支配的な決定要因としての加水分解の影響が再度確認される。
増幅能(下記参照)は、最も重要なパラメーターと見なされ、抽出されたDNAの電気泳動を、代表的な時点、及び、このプロジェクトで調査された全ての溶液の変異のための中間のサンプルサイズ(2x2x2 mm)に限定する。
c.組織処理、DNA/RNA抽出
調査された各時点で、及び各懸濁液変種のための組織サンプルは、過剰な保存液体(変異形)を除去するために3回洗浄され、使い捨てのメス刃による機械的減少、及び、ブレンダーを用いた組織断片を用いてホモジナイズされた。これは、続いて、洗浄PCRバッファー中に再懸濁され(2回)、プロテイナーゼKの機能に影響しないように、全ての溶液の残った残存を除去するために沈降された。この工程に続いて、各調査ポイントにつき固定された量の湿重量の組織質量、及び標準化された反応懸濁液液体体積(プロテイナーゼK濃度及びプロテイナーゼK組織質量率)の製造者の指示に従ったプロテイナーゼK溶液による組織消化が行われた。
DNA抽出のほとんどの有益な結果を図1に提示した。ここで、全てのデータは、水に対して標準化されている。これらは、成体の動物の抽出物の結果に関係し、予期されない低い結果を提示した若い動物は、細管中の成熟した精子の質量の欠如によっては説明されない。この相違は、他のパラメーターにおける変化に関連する変異の規模において支配的な、グリコサミノグリカン含量に存在すると結論付けられた。
本発明の固定液が、水と比較して>100%のDNAの収率をもたらし、一方、クリオフィクスによる収率がこの特徴を有さないことは留意されるべきである。
本発明の固定液の成分の全ての変異は単独及び組み合わせて、並びに可変濃度でのPEG単独の使用は、著しく低い収量をもたらす。酢酸のような弱有機酸の低濃度の添加が、特に重大な意味を持つ。この添加なしでは、PEG及びエタノールに基づく固定液は、クリオフィクス又はエタノール単独のいずれよりも良い結果をもたらさない。
本発明の固定液について出現する安定なプラトーは、他の固定液ではみられない、約80%の開始時収量で産出することに留意されたい。
この調査が、そのようなパラフィンブロックからの切片を用いる組織処理後に繰り返されるとき、同様の残存をもたらす。これは、該組織処理が、種々の交換内でサンプルからさらなるDNA損失を広範にはもたらさないことを示唆している。
この結果から、浸漬によって24時間固定化された後、本発明の固定液は、ホルムアルデヒドと比較して、パラフィンに包埋された組織からの5倍のDNA回復をもたらすことが示された。この相違は、7日で40×にまで広範に上昇し、28日後は、ホルムアルデヒド懸濁液中の固定化後、包埋の前後で組織サンプルからの効果的なDNAの回収はなかった。
さらなる実験を、ポリエチレングリコール、エタノール及び酢酸の割合が変化した種々の固定液で行った。その結果を表1−1〜1−3に示す。酢酸の量は、体積割合で示してあるが、請求項では、その量は、1リットルあたりのモル数で与えられていることに留意されたい。高濃度の酢酸を有する組成物の中には、本発明の範囲に包含されないものもある。
表1−1 固定液/溶液中に24時間浸漬した後の組織の湿重量に関するDNA収量、PCR等級の水中に24時間懸濁された後の抽出DNAに対して標準化した。
PEG 2%、分子量200のデータ、全ての実験は、2×2×2 mmの成体の犬の精巣の組織サンプルに基づく。
Figure 0004824684
表1−2 固定液/溶液中に24時間浸漬した後の組織の湿重量に関するDNA収量、PCR等級の水中に24時間懸濁された後の抽出DNAに対して標準化した。
PEG 7体積%、分子量200のデータ、全ての実験は、2×2×2 mmの成体の犬の精巣の組織サンプルに基づく。
Figure 0004824684
表1−3 固定液/溶液中に24時間浸漬した後の組織の湿重量に関するDNA収量、PCR等級の水中に24時間懸濁された後の抽出DNAに対して標準化した。
PEG 14%、分子量200のデータ、全ての実験は、2×2×2 mmの成体の犬の精巣の組織サンプルに基づいた。
Figure 0004824684
さらなる実験を、異なる種類のPEGを含む種々の固定液で行った。得られた結果を表2−1〜2−3に示す。表2−1及び2−3の全ての固定液及び表2−2の幾つかの固定液は、本発明の範囲の下にはない。
表2−1 固定液/溶液中に24時間浸漬した後の組織の湿重量に関するDNA収量、PCR等級の水中に24時間懸濁された後の抽出DNAに対して標準化した。
PEGの添加なし、エタノール7%の拡大容量で得られたデータ、
全ての実験は、2×2×2 mmの成体の犬の精巣の組織サンプルに基づく。
Figure 0004824684
表2−2 固定液/溶液中に24時間浸漬した後の組織の湿重量に関するDNA収量、PCR等級の水中に24時間懸濁された後の抽出DNAに対して標準化した。
PEG 7体積%、分子量600のデータ、全ての実験は、2×2×2 mmの成体の犬の精巣の組織サンプルに基づく。
Figure 0004824684
表2−3 固定液/溶液中に24時間浸漬した後の組織の湿重量に関するDNA収量、PCR等級の水中に24時間懸濁された後の抽出DNAに対して標準化した。
PEG 7体積%、分子量1600のデータ、全ての実験は、2×2×2 mmの成体の犬の精巣の組織サンプルに基づく。
Figure 0004824684
d.DNA/RNA増幅
第一に、固定液及び構成成分への参照ヒトDNAの直接的な暴露の影響を調査した。
得られた結果を図2に示す。抽出されたDNAに対する第一次の損傷が、組織インサイチューで抽出前に受けたか又は抽出後に受けたかによらず、種々の異なる方法で保存されたDNAのPCR分析の結果の間の相違に主に寄与することが明らかである。
それらの結果は、組織サンプルからのDNA抽出の分析の結果の大きさを部分的には説明するが、完全には説明しない。
この結果が、本発明の固定液の個々の成分の結果の相加効果から予測できないことは興味深い。特に、低濃度の酢酸は、一方で参照DNAを安定化させるが、混合物に低濃度で加えられた場合に、著しい予期されない相乗的な効果を有する。より高い濃度及びより低い濃度では、保存/抽出量及び増幅能における濃度と効果の間の直線性は見られなかった。
要約すると、それらの希釈実験の結果は、この特定のサンプルについての本発明の固定液の使用による増幅DNAが、クリオフィクス曝露後のものの約20×の量で存在し、また、ホルムアルデヒド曝露がさらにより有害であることを示唆した。
図3は、抽出されたDNAの標準化された量を用いた代表的な分析及び増幅方法の結果を示す(MMテキストを参照されたい)。1日目(24時間)及び7日目の一次サンプルの希釈系列を提示する。
これらの結果から、実際の抽出後、収量の相違は、参照の標準化されたヒトDNAの曝露から得られたものと比較して上昇することが明らかになった。24時間で既に、増幅産物の量について30〜40×の相違が存在する。
4×4×4 mmへのサンプルサイズの増加に伴って、曝露を延長した後でさえ、本発明の固定液についてわずかな減少が見られた。反対に、クリオフィクス及び特にホルムアルデヒドの使用により、著しい下方の結果がこの標本サイズで得られた(結果は示さず)。
さらなる実験を、PEG(MW 200)及び酢酸の割合が変化した種々の固定液を用いて行った。その結果を表3に示す。高濃度の酢酸を有する組成物は、本発明の範囲内には含まれない。
表3
増幅産物収量、産物系の希釈系からの平均、水の結果に対する標準化における酢酸変化の結果
サンプルサイズ:媒体(0.5 x 0.5 0.5 cm)、
24時間の、懸濁液中の固定液曝露
粉砕後のDNA抽出及び標準化プロテイナーゼK消化(3時間、56℃)。キアゲン抽出及びマイクロカラムDNA精製を用いた、ヒトベータグロビン遺伝子プライマーPCR系の結果。
増幅前の反応のための、抽出されたDNAの量(濃度)を標準化した後の増幅、リアルタイム・ライト・サイクラー(Roche)。
Figure 0004824684
上記提示された発見から、本発明の固定液組成物が、全てのサイズの組織標本中の標的診断的DNAの保存、抽出及び増幅に関して実証でき定量化出来る結果を与えることが明らかである。
浸透
全体的な効果の一部は、固定液薬剤の組織への増強された浸透の結果起こると思われた。これは、特に、本発明の固定液によりDNAを保定する保存剤において、小さいサンプルと比較してより大きなサンプルにおいて、明らかであり、これは他の実験された固定液ではないケースである。
保存
実験から、調査された条件下におけるDNAの保存が、80%の最大の潜在的な値を達成し、また、4週間まで安定であることが明らかであるように思われる。引き続く実験は、この効果が、6ヶ月まで維持されるという確認を与えた。
抽出
本発明の固定液が、組織−生物学的サンプルから、他の溶液のものの20〜40倍までの割合でDNA/RNAの抽出量を改善することをよく証明している。
増幅能
同様に、他の薬剤と比較して、本発明の固定液に曝露された後のDNA/RNAの上昇した増幅を証明する定量的情報がある。
これにおいて、本発明の固定液は、他の歴史的に利用可能であるか又は同じ全体的な目的のために最近開発された液体又は溶液によっては効果的に提供されない機能を提供する。
本発明の固定液組成物が、何れかの個々の結果から、又は算出に基づくモデルからは、予測されないことは、結果から明らかである。該組成物は、標本のタイプ及び実験としての品質に至適である。新規の実験に基づいてさらなる改変を用いて、より大きいか又は極めて小さいサンプルのために組成物を改変することも可能である。しかしながら、見出されたように相違の一貫性の観点から、DNA保存が全体的な目的である場合には、明らかにより急速な固定液の浸透には、本発明の固定液の使用が、極めて大きな標本のためにも、優先的に提案されると思われる。
DNA抽出の結果を示す。 DNA増幅の結果を示す。 抽出されたDNAの分析及び増幅方法の結果を示す。

Claims (8)

  1. 組織及び生物学的サンプルの保存のための固定液組成物であって、一以上のアルカノール、200〜600の分子量を有するポリエチレングリコール、固定液組成物1リットル当り0.01〜0.10モルの濃度で混合された一以上の弱有機酸、及び水を含有し、該固定液組成物がいずれの架橋結合剤をも含まないことを特徴とする固定液組成物。
  2. 請求項1に記載の固定液組成物であって、
    10〜60体積%の量の前記一以上のアルカノール、
    1〜20体積%の量の前記ポリエチレングリコールを含有し、及び、該組成物のバランスが水であることを特徴とする固定液組成物。
  3. 前記ポリエチレングリコールを5〜10体積%の量で含むことを特徴とする、請求項2に記載の固定液組成物。
  4. 前記一以上の弱有機酸が、0.025〜0.05モル/Lの濃度で混合されて存在することを特徴とする、請求項1〜3の何れか一項に記載の固定液組成物。
  5. 前記アルカノールが1〜6の炭素原子を有する、請求項1〜4の何れか一項に記載の固定液組成物。
  6. 前記アルカノールがエタノールを含む、請求項5に記載の固定液組成物。
  7. 前記ポリエチレングリコールが200〜300の分子量を有する、請求項1〜6の何れか一項に記載の固定液組成物。
  8. 前記弱有機酸が酢酸である、請求項1〜7の何れか一項に記載の固定液組成物。
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