JP4710283B2 - 核酸配列の増幅法および検出法 - Google Patents
核酸配列の増幅法および検出法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP4710283B2 JP4710283B2 JP2004260419A JP2004260419A JP4710283B2 JP 4710283 B2 JP4710283 B2 JP 4710283B2 JP 2004260419 A JP2004260419 A JP 2004260419A JP 2004260419 A JP2004260419 A JP 2004260419A JP 4710283 B2 JP4710283 B2 JP 4710283B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- acid sequence
- target nucleic
- sequence
- capture probe
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Lifetime
Links
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 title claims description 249
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 title claims description 202
- 230000003321 amplification Effects 0.000 title claims description 47
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 title claims description 47
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 23
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 120
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 69
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims description 50
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 48
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 claims description 46
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 32
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 31
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 claims description 30
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 claims description 30
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 24
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 24
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 24
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 20
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 claims description 18
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 12
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 claims description 10
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 9
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 9
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 claims description 8
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims description 5
- 241000186366 Mycobacterium bovis Species 0.000 claims description 4
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 2
- 241001467553 Mycobacterium africanum Species 0.000 claims description 2
- 241000186364 Mycobacterium intracellulare Species 0.000 claims description 2
- 241000187919 Mycobacterium microti Species 0.000 claims description 2
- 241000186359 Mycobacterium Species 0.000 claims 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 74
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 50
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 25
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 19
- 229960001484 edetic acid Drugs 0.000 description 19
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 19
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 18
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 17
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 16
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 12
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 12
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M Potassium chloride Chemical compound [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 12
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 11
- PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N L-N-acetyl-Cysteine Chemical compound CC(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 10
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 10
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 10
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 10
- 229960002036 phenytoin Drugs 0.000 description 10
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 9
- 241000713869 Moloney murine leukemia virus Species 0.000 description 9
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 8
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 8
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 8
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 8
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 8
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 8
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 8
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M sodium hydroxide Inorganic materials [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 7
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 7
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 7
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- CXOFVDLJLONNDW-UHFFFAOYSA-N Phenytoin Chemical group N1C(=O)NC(=O)C1(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 CXOFVDLJLONNDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 239000001103 potassium chloride Substances 0.000 description 6
- 235000011164 potassium chloride Nutrition 0.000 description 6
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 6
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 5
- 229910021538 borax Inorganic materials 0.000 description 5
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 5
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 5
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 5
- DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N ethylene glycol bis(2-aminoethyl)tetraacetic acid Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCOCCOCCN(CC(O)=O)CC(O)=O DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- WAHQBNXSPALNEA-UHFFFAOYSA-L lithium succinate Chemical compound [Li+].[Li+].[O-]C(=O)CCC([O-])=O WAHQBNXSPALNEA-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 5
- 229960004254 lithium succinate Drugs 0.000 description 5
- YFVGRULMIQXYNE-UHFFFAOYSA-M lithium;dodecyl sulfate Chemical compound [Li+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O YFVGRULMIQXYNE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 5
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 235000010339 sodium tetraborate Nutrition 0.000 description 5
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 5
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 5
- BSVBQGMMJUBVOD-UHFFFAOYSA-N trisodium borate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]B([O-])[O-] BSVBQGMMJUBVOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 3
- 241000186367 Mycobacterium avium Species 0.000 description 3
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 3
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 3
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 3
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 3
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 3
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 1-Ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide Substances CCN=C=NCCCN(C)C LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 3-(dimethylamino)propyliminomethylidene-ethylazanium;chloride Chemical compound Cl.CCN=C=NCCCN(C)C FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010065868 RNA polymerase SP6 Proteins 0.000 description 2
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 2
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 2
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 2
- 108010028263 bacteriophage T3 RNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 2
- -1 for example Substances 0.000 description 2
- BHEPBYXIRTUNPN-UHFFFAOYSA-N hydridophosphorus(.) (triplet) Chemical compound [PH] BHEPBYXIRTUNPN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 2
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 2
- 108010045069 keyhole-limpet hemocyanin Proteins 0.000 description 2
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 2
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 2
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 2
- RXNXLAHQOVLMIE-UHFFFAOYSA-N phenyl 10-methylacridin-10-ium-9-carboxylate Chemical compound C12=CC=CC=C2[N+](C)=C2C=CC=CC2=C1C(=O)OC1=CC=CC=C1 RXNXLAHQOVLMIE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UVGHPGOONBRLCX-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 6-[5-(2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanoylamino]hexanoate Chemical compound S1CC2NC(=O)NC2C1CCCCC(=O)NCCCCCC(=O)ON1C(=O)CCC1=O UVGHPGOONBRLCX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SXGZJKUKBWWHRA-UHFFFAOYSA-N 2-(N-morpholiniumyl)ethanesulfonate Chemical compound [O-]S(=O)(=O)CC[NH+]1CCOCC1 SXGZJKUKBWWHRA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MOMKYJPSVWEWPM-UHFFFAOYSA-N 4-(chloromethyl)-2-(4-methylphenyl)-1,3-thiazole Chemical compound C1=CC(C)=CC=C1C1=NC(CCl)=CS1 MOMKYJPSVWEWPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 5,5-dimethyl-2,4-dioxo-1,3-oxazolidine-3-carboxamide Chemical compound CC1(C)OC(=O)N(C(N)=O)C1=O QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004925 Acrylic resin Substances 0.000 description 1
- 229920000178 Acrylic resin Polymers 0.000 description 1
- 241000713838 Avian myeloblastosis virus Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 108010000912 Egg Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000002322 Egg Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N N-Hydroxysuccinimide Chemical compound ON1C(=O)CCC1=O NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 1
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N Silane Chemical compound [SiH4] BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 241000186983 Streptomyces avidinii Species 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000002299 affinity electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000012670 alkaline solution Substances 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 210000000628 antibody-producing cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 239000005515 coenzyme Substances 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 239000003431 cross linking reagent Substances 0.000 description 1
- 238000006114 decarboxylation reaction Methods 0.000 description 1
- PLMFYJJFUUUCRZ-UHFFFAOYSA-M decyltrimethylammonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCC[N+](C)(C)C PLMFYJJFUUUCRZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 238000003113 dilution method Methods 0.000 description 1
- 235000014103 egg white Nutrition 0.000 description 1
- 210000000969 egg white Anatomy 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000010419 fine particle Substances 0.000 description 1
- 125000002485 formyl group Chemical class [H]C(*)=O 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 108091008039 hormone receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 1
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 1
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 1
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 1
- SZVJSHCCFOBDDC-UHFFFAOYSA-N iron(II,III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]O[Fe]=O SZVJSHCCFOBDDC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 108010087904 neutravidin Proteins 0.000 description 1
- 229920000620 organic polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920005990 polystyrene resin Polymers 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000006152 selective media Substances 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 235000019983 sodium metaphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 210000004989 spleen cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 229920003002 synthetic resin Polymers 0.000 description 1
- 239000000057 synthetic resin Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000005026 transcription initiation Effects 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 1
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 1
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 1
- 150000003722 vitamin derivatives Chemical class 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
(1)(a)標的核酸配列を含有すると推定される試料、
(b)標的核酸配列の3′末端領域にアニールする相補的配列、RNAポリメラーゼ認識プロモーター配列およびビオチンとアビジンとの親和性分子ペアの一方を含有する標的核酸配列捕捉プローブ、および
(c)前記親和性分子ペアの他方を微小粒子に固定してなる担体
を接触させ、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列、標的核酸配列捕捉プローブおよび担体からなる複合体を形成させる工程、ならびに
(2)RNアーゼH活性を有する逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの存在下で、または逆転写酵素、RNアーゼHおよびRNAポリメラーゼの存在下で、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列を鋳型とする核酸配列増幅反応を実施する工程
を含む核酸配列増幅法に関する。
(1′)複合体を試料から分離する工程
が実施されることが好ましい。
(d)アビジンとビオチンとのペア、および/または
(e)抗原と抗体とのペア
であることが好ましい。
(1)(a)標的核酸配列を含有すると推定される試料、
(b)標的核酸配列の3′末端領域にアニールする相補的配列、RNAポリメラーゼ認識プロモーター配列およびビオチンとアビジンとの親和性分子ペアの一方を含有する標的核酸配列捕捉プローブ、および
(c)前記親和性分子ペアの他方を微小粒子に固定してなる担体
を接触させ、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列、標的核酸配列捕捉プローブおよび担体からなる複合体を形成させる工程、
(2)RNアーゼH活性を有する逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの存在下で、または逆転写酵素、RNアーゼHおよびRNAポリメラーゼの存在下で、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列を鋳型とする核酸配列増幅反応を実施する工程、ならびに
(3)工程(2)において増幅された核酸配列を検出する工程
を含む核酸配列検出法に関する。
(1′)複合体を試料から分離する工程
が実施されることが好ましい。
(d)アビジンとビオチンとのペア、および/または
(e)抗原と抗体とのペア
であることが好ましい。
(i)試料調製工程
本発明における試料の調製に関しては、TMA法(たとえば、特許第3241717号明細書参照)またはNASBA法(たとえば、特開平9−327298号公報)などの従来法に基づき、当業者は適宜実施することができるが、たとえば、以下のようにして行うことができる。
(ii)核酸配列の増幅工程
本発明における核酸配列の増幅は、標的核酸配列捕捉プローブを予め担体に固定する工程を含むことなく、標的核酸配列を含有する試料、標的核酸配列捕捉プローブおよび担体を接触させる点を特徴とする。本発明における核酸配列の増幅工程は、従来のTMA法またはNASBA法などに基づき実施することができ、たとえば、以下のように実施することができる。
(iii)標的核酸配列の検出工程
標的核酸配列の検出については、従来法(たとえば、ハイブリダイゼーションプロテクションアッセイ。特許第3190348号明細書参照)に基づき当業者が適宜実施することができるものである。たとえば、ハイブリダイゼーションプロテクションアッセイにより標的核酸配列の検出を行う場合は、たとえば、以下ようにして実施することができる。
本実施例では、標的核酸配列捕捉プローブおよび担体を用いて標的核酸配列を増幅し、ハイブリダイゼーションプロテクションアッセイにより標的核酸配列の検出を実施した。
標的配列含有溶液1を希釈液(50mM Tris-Cl、2mM EDTA、10mM N-アセチル-L-システイン (pH=8.0))で10倍または100倍希釈したものについて、アビジン粒子の非存在下での鋳型RNA配列(標的核酸配列)の増幅操作を以下のように実施した。
本実施例において、担体としては、実施例1に記載のアビジン粒子を使用した。
マイコバクテリウム アビウムのリボソームRNAについて、アビジン粒子の非存在下でのRNA配列(標的核酸配列)の増幅操作を以下のように実施した。
本実施例では、捕捉プローブ1に含有される核酸配列と同一の配列からなるが、ビオチンが結合されていないプライマー(「リバースプライマー1」とする)をさらに用いた。
本実施例において、担体としては、実施例1に記載のアビジン粒子を使用した。
捕捉プローブ1を予めアビジン粒子に結合させたものを用いて、鋳型RNA配列(標的核酸配列)の増幅操作を以下のように実施した。
本実施例では、洗浄工程を省略して標的核酸の増幅を行い、ついで標的核酸配列の検出を行った。
Claims (8)
- (1)(a)標的核酸配列を含有すると推定される試料、
(b)標的核酸配列の3′末端領域にアニールする相補的配列、RNAポリメラーゼ認識プロモーター配列およびビオチンとアビジンとの親和性分子ペアの一方を含有する標的核酸配列捕捉プローブ、および
(c)前記親和性分子ペアの他方を微小粒子に固定してなる担体
を接触させ、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列、標的核酸配列捕捉プローブおよび担体からなる複合体を形成させる工程、ならびに
(2)RNアーゼH活性を有する逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの存在下で、または逆転写酵素、RNアーゼHおよびRNAポリメラーゼの存在下で、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列を鋳型とする核酸配列増幅反応を実施する工程
を含む核酸配列増幅法。 - 前記工程(1)および工程(2)の間に
(1′)複合体を試料から分離する工程
を含む請求項1記載の方法。 - (1)(a)標的核酸配列を含有すると推定される試料、
(b)標的核酸配列の3′末端領域にアニールする相補的配列、RNAポリメラーゼ認識プロモーター配列およびビオチンとアビジンとの親和性分子ペアの一方を含有する標的核酸配列捕捉プローブ、および
(c)前記親和性分子ペアの他方を微小粒子に固定してなる担体
を接触させ、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列、標的核酸配列捕捉プローブおよび担体からなる複合体を形成させる工程、
(2)RNアーゼH活性を有する逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの存在下で、または逆転写酵素、RNアーゼHおよびRNAポリメラーゼの存在下で、前記標的核酸配列が存在する場合に該標的核酸配列を鋳型とする核酸配列増幅反応を実施する工程、ならびに
(3)工程(2)において増幅された核酸配列を検出する工程
を含む核酸配列検出法。 - 前記工程(1)および工程(2)の間に
(1′)複合体を試料から分離する工程
を含む請求項3記載の方法。 - 前記核酸配列がハイブリダイゼーションプロテクションアッセイにより検出される請求項3または4記載の方法。
- 標的核酸配列が、結核菌群または抗酸菌群由来の核酸配列である請求項3、4 または5記載の方法。
- 結核菌群が、少なくともマイコバクテリウム ツベルクローシス、マイコバクテリウム ボビス、マイコバクテリウム ボビス ビーシージー、マイコバクテリウム アフリカナムまたはマイコバクテリウム マイクロティを含む請求項6記載の方法。
- 抗酸菌群が、少なくともマイコバクテリウム アビウムまたはマイコバクテリウム イントラセルラレを含む請求項6記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2004260419A JP4710283B2 (ja) | 2004-09-08 | 2004-09-08 | 核酸配列の増幅法および検出法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2004260419A JP4710283B2 (ja) | 2004-09-08 | 2004-09-08 | 核酸配列の増幅法および検出法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2006075031A JP2006075031A (ja) | 2006-03-23 |
JP4710283B2 true JP4710283B2 (ja) | 2011-06-29 |
Family
ID=36155008
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2004260419A Expired - Lifetime JP4710283B2 (ja) | 2004-09-08 | 2004-09-08 | 核酸配列の増幅法および検出法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP4710283B2 (ja) |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH04501959A (ja) * | 1988-11-21 | 1992-04-09 | ダイナル・エイ・エス | 核酸プローブ |
JP2002506654A (ja) * | 1998-03-18 | 2002-03-05 | ノーベンバー・アクチェンゲゼルシャフト・ゲゼルシャフト・フュール・モレクラーレ・メディツィーン | ヌクレオチド配列を検出するための方法と装置 |
JP2003219881A (ja) * | 2002-01-29 | 2003-08-05 | Jsr Corp | 核酸捕獲用および核酸増幅用粒子ならびにこれを用いた目的遺伝子の検出方法 |
-
2004
- 2004-09-08 JP JP2004260419A patent/JP4710283B2/ja not_active Expired - Lifetime
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH04501959A (ja) * | 1988-11-21 | 1992-04-09 | ダイナル・エイ・エス | 核酸プローブ |
JP2002506654A (ja) * | 1998-03-18 | 2002-03-05 | ノーベンバー・アクチェンゲゼルシャフト・ゲゼルシャフト・フュール・モレクラーレ・メディツィーン | ヌクレオチド配列を検出するための方法と装置 |
JP2003219881A (ja) * | 2002-01-29 | 2003-08-05 | Jsr Corp | 核酸捕獲用および核酸増幅用粒子ならびにこれを用いた目的遺伝子の検出方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2006075031A (ja) | 2006-03-23 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6416356B2 (ja) | 核酸増幅のための方法および組成物 | |
JP4372837B2 (ja) | 核酸配列増幅 | |
JP3445131B2 (ja) | オリゴヌクレオチド検出プローブ | |
EP1929045B9 (en) | Methods, compositions and kits for isothermal amplification of nucleic acids | |
JP6464086B2 (ja) | 多相核酸増幅 | |
EP2521795B1 (en) | Materials and methods for isothermal nucleic acid amplification | |
JPH02501532A (ja) | 標的ポリヌクレオチド配列の選択的増幅 | |
JPH0630796A (ja) | マイコバクテリアプローブ | |
JP3134940B2 (ja) | 鳥型結核菌複合種の増幅および検出 | |
JP2012516155A (ja) | エンドポイント均一蛍光検出を用いた好熱性ヘリカーゼ依存性増幅技術 | |
JP2009538148A (ja) | 試験サンプルにおけるMycobacteriumtuberculosis複合体生物の存在を決定するためのプローブおよびキット、ならびに捕捉プローブを使用するグラム陽性桿菌または真菌の増幅方法 | |
JPH09248193A (ja) | 鳥型結核菌複合種の増幅および検出 | |
JP4710283B2 (ja) | 核酸配列の増幅法および検出法 | |
WO2020132408A2 (en) | Compositions and methods for detecting plasmodium species nucleic acid | |
JPH1057097A (ja) | Micobacterium kansasii核酸の種特異的検出に関する材料および方法 | |
WO2019068205A1 (en) | METHOD, KITS, AND COMPOSITIONS FOR AMPLIFYING NUCLEIC ACID SEQUENCES USING NICKASE-EMBEDDED MONOBRIN ROLLER-ASSISTED STRAND DISPLACEMENT AMPLIFICATION | |
JPH104984A (ja) | 鳥型結核菌複合種の増幅および検出 | |
JPH08214887A (ja) | ミコバクテリア核酸の増幅および検出 | |
WO2010061922A1 (ja) | 新規MutSタンパク質およびそれを用いた変異の判定方法 | |
JP2005160387A (ja) | 核酸の増幅法および核酸増幅用プライマーセット | |
JPH06209776A (ja) | 単純な核酸増幅方法 | |
JP4455881B2 (ja) | 結核菌(Mycobacteriumtuberculosis)のrpoB配列の検出 | |
JP2005211027A (ja) | レジオネラ属菌の標的塩基配列増幅用プライマー、レジオネラ属菌の標的塩基配列の増幅方法、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionellapnuemophila)の標的塩基配列増幅用プライマー、レジオネラ・ニューモフィラの標的塩基配列の増幅方法 | |
EP1017852A1 (en) | Obtaining nucleic acid sequences | |
WO2014106245A1 (en) | Ecf-binding agents and uses thereof |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A712 Effective date: 20060324 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20070910 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20101005 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20101206 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20110222 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20110307 |
|
S531 | Written request for registration of change of domicile |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313531 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20140401 Year of fee payment: 3 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |