JP4684993B2 - グルコースデヒドロゲナーゼおよびその産生 - Google Patents
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Description
スクリーニングの間に、sPQQGDHを形成するアシネトバクター・カルコアセティカス属が12株発見された。Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)による新規株の分類により、部分的16S rDNA 配列において、アシネトバクター・カルコアセティカス標準株と99.8% 相同性が見られた。しかし、観察されたD-マレートの利用およびL-フェニルアセテートの破壊無能力はその標準株とは異なっている。この特性は、発見された12株すべてで見られる。
新しく発見されたすべてのsPQQGDHのヌクレオチド配列は、アシネトバクター LMD 79.41およびアシネトバクター JCM 6841 および NCIMB 11517由来の酵素の配列とは明らかに異なっている。
アミノ酸として、21位にNを、41にSを、47にLを、121にVまたはAを、149にAを、213にSを、244にIを、320にGを、391にSを、452にSを、474にRを、480にQをを有するすべてのsPQQGDHは本発明によるものである。
16位にH、18にL、20にF、40にG、48にI、61にA、111にT、154にD、190にE、293にA、311にS、314にA、324にL、333にM、339にS、355にG、366にD、417にN、そして418にAがあり得る。
実施例 1: sPQQGDHを産生する新規株の探索
土壌サンプルを、生理食塩水 (0.9% NaCl)に懸濁し、アリコートを、唯一の炭素源であるグルコネートと共に栄養培地を含む寒天プレートにストリーキングした。該培地は、以下の組成を有していた:
sPQQGDHを調査するための株を、8 lのNB培地(Oxoid)中に培養した。その培地には、0.1% グルコースが含まれており、30℃で20時間培養した。その細胞を回収し(4500 × g, 40 分, 4℃)し、0.9% 生理食塩水で洗浄し、150-200 mlの10 mM MOPS、pH 8.0で処理した。その細胞は超音波で破砕した。細胞-フリーの抽出物を300 mlのTSKゲルCM-Toyopearl 650M (Tosoh Corp.)にロードし、3-4 カラム体積の10 mM MOPS、pH 8.0で洗浄した。溶出は、3-4-倍のカラム体積で0-0.3 M NaCl勾配により行った。活性フラクションをプールし、透析チューブ中へ移し、水吸収剤として高い粘性のカルボキシルメチルセルロースを加えることにより濃縮した。その濃縮サンプルは、3.5 体積の10 mM K-MOPS、pH 6.8に再懸濁し、再びCM Toyopearl カラムで精製した。カラムの平衡化および洗浄は、10 mM K-MOPS、pH 6.8で行い、溶出は、0-0.3 M NaCl勾配で行った。活性フラクションをプールし、上記のように濃縮した。それらを、熱安定性測定の出発物質とした。
熱安定性は、精製酵素を50、60および70℃で60 分間インキュベーションすることにより測定した。そのインキュベーションは、1 mM CaCl2、0.1% Triton X-100、0.1% BSAおよび5μM PQQの存在する50 mM Pipes、pH 6.5で行った。そのインキュベーション後、サンプルを氷上で冷却し、残存活性を測定した。それは、元の活性のパーセンテージで表した。
本明細書記載の新規の株由来のsPQQGDH 遺伝子をクローニングするために、合成オリゴヌクレオチドを用いてPCRでゲノムDNAの完全コード配列の増幅を最初に試みた。しかしながら、これに使用したプライマーであって、公表されたsPQQGDH 配列(X15871; LMD 79.41)由来の該プライマーでは、PCR産物を得られなかった。というのは、本発明のsPQQGDH配列は、特に、シグナルペプチドの領域および終止コドンの近傍において野生型とは非常に異なっているからである。この理由のため、PCRでの使用によりコード配列の断片を増幅することを目的とし、野生型配列の両鎖由来の種々のプライマーを使用した。幾つかのこれらのプライマーの組合せにより、実施例3に記載の株から、その断片の単離が可能であった。市販のキットを、PCR 反応すべてに用い、それは、通常、RocheのPCR master kitであり、製造者指示書に従い行った。プライマー、
GDH-fwd P1 (5'-CCA GAT AAT CAA ATT TGG TTA AC-3')および
GDH-rev P7 (5'-CAT CAC GAT AAC GGT TYT TGC-3')を用い、約 1200 bpの大きさの断片を単離できた。次いで、得られたDNA片を配列決定した。各遺伝子の完全配列を得るためにインバースPCRを行った(Sambrook and Russell: Molecluar Cloning - A Laboratory Manual. CSHL Press (2001), p. 8.81)。本発明のケースでの、この目的のために用いたプライマーは、GDH 遺伝子の未知の部分を更なるPCRで合成できるように、断片の端にそれぞれ位置していた。そのPCR 反応は、制限エンドヌクレアーゼ EcoRIおよびBglIIで切断した各株のゲノムDNAに対して行い、次いで、T4 リガーゼで再環化した。用いたプライマーは、
GDH-3Mid (5'-GGGATATGACCTACATTTGCTGGC-3') および
GDH-5Mid (5'-TGTCCATCAGCRTCATTTACAAYCTCAG-3')であり、GDH 遺伝子の3'末端(GDH-3Mid)および5'末端(GDH-5Mid)の方向にそれぞれ定方向DNA合成(directed DNA synthesis)を開始した。この方法で得られたアンプリコンでは、今まで、ベクター pCR2.1中にクローニングし、その後、配列決定することにより明らかとなるコード配列部分は見つかっていなかった。この度、完全に利用可能となったDNA 配列を新たに用い、プライマーを開発した。そのプライマーにより、開始コドンから終止コドンまでのコード配列を定方向にクローニングすることができた。IBAの指示に従いベクター pASK-IBA3中へのクローニングが可能な場合に、該プライマーを選択した。この目的のため、BsaI 切断部位は、コード配列の直前(5'-結合プライマー中)および直後(3' 結合プライマー中)に位置し、それによって、BsaI 開裂ベクター pASK-IBA3中へのBsaI-切断PCR産物の直接のライゲーションが可能となる。使用した5' プライマーは、
GDH-U3(5'-TGGTAGGTCTCAAATGAATAAACATTTATTGGCTAAAATTAC-3')であり、使用した3' プライマーは、
GDH-L3(5'-ATGGTAGGTCTCAGCGCTCTGAGCTTTATATGTAAACCTAATCAAAG-3'; クローン PT15由来のGDH用)および
GDH-L4(5'-ATGGTAGGTCTCAGCGCTCTGAGCTTTATATGTAAATCTAATCAGAG-3'; その他すべてのクローン用)であった。得られたプラスミドはpA13 Xと称する。“X”に、ゲノムDNAが単離されたクローンの株番号を代入する。比較目的で、野生型株 LMD79.41由来のsPQQGDH 遺伝子を同じ方法でクローニングした。しかし、これに使用したプライマーは、公表された配列から得た。このプラスミドをpAI3-wtと名付けた。
前培養物を以下の通り調製した。0.1 mlのグリセロールストックのDH5α::pAI3-KOZ65 細胞を、2 mlのLB培地(50 μg/ml アンピシリン)に加え、37℃、225 rpmで一夜で撹拌した。本培養として、1 lのTB培地(50 μg/ml アンピシリン)に、十分に増殖した前培養物を接種した。該培養物は、ODが約 1に到達するまで37℃、225 rpmで撹拌した。次いで、その本培養物に、アンヒドロテトラサイクリン(AHT)ストック溶液で誘導をかけた。そのインデューサーは、この目的のためにDMFに溶かしておいた。該培養物におけるAHTの最終濃度は0.2 μg/mlであり、誘導は27℃、225 rpmで24 時間行った。その後、本培養物のODは4.2となった。
実施例 5の11.2 mlの上清を、陽イオン交換体 (Toyopearl CM-650M、TOSOH BIOSEP GmbH)のクロマトグラフィーにより4℃で分離した。カラムベッドが約 130 mlであるXK 50/20 カラム(Amersham Pharmacia Biotech)を、この目的に用いる; 流速は8 ml/分であった。カラムは10 カラム体積の10 mM K MOPS、pH 8.0 + 1 mM CaCl2で平衡化し、その後、サンプルをロードした。そのカラムを4 カラム体積の10mM K-MOPS、pH 8.0 + 1mM CaCl2で洗浄し、次いで、それを、10 mM K-MOPS、pH 8.0(各場合1 mM CaCl2を含む)における0から0.4 N NaClまでの直線状の塩勾配で溶出させ、フラクション中の溶出液を回収した。カラムの再生は、3 カラム体積の1 N NaCl + 1mM CaCl2で行う。
20 mM トリス/HCl、pH 7.5(2% グルコース含有)中、
0.2 mM PMS (H2O中のフェナジンメトサルフェート)
+ 0.22 mM NTB (H2O中のニトロテトラゾリウムブルー)
+ 3 μM PQQ Na 塩(DMSO中)。
アッセイは以下の通り行った: 各場合において、90 μlのサンプルをマイクロタイタープレートに導入し、110 μlの呈色溶液をそれぞれに加えた; その呈色反応は通常1分後に観察され得る。その結果に基づき、オンラインUVクロマトグラムおよび活性アッセイにおいて、活性フラクションを合わせ、そのプールを濃縮した。濃縮は好適には限外濾過 (30 000 MWCO)により行う。タンパク質決定および定量的活性アッセイを続けて行う(実施例9参照)。
LMD79.41 (プラスミド pAI3-wt)由来の組み換えsPQQGDHとKOZ65 (プラスミド pAI3-KOZ65)由来のsPQQGDHとの熱安定性の比較のため、株W3110::pAI3-wt および W3110::pAI3-KOZ65を、200 mlのTB培地(100 μg/ml アンピシリン含有)中で培養した。その培養物のOD600 が3に到達した後、細菌を遠心分離(4600 rpm、10秒)し、そのペレットを、いずれの場合も25 mlの新しいTB培地(100 μg/ml アンピシリン含有) に入れた。誘導のために濃度2 μg/ml のAHTを加え、細胞を22℃、6時間撹拌した。次いで、改めて細胞をペレットとし、そのペレットを、更に処理するまで-80℃で保存した。凍結した細胞を、いずれの場合も25 mlのMOPS 緩衝液(10 mM MOPS pH 8、2.5 mM CaCl2、0.05% Triton X-100)で再懸濁し、懸濁液が明らかに透明となるまで超音波処理で破砕した。細胞残渣は20 000 rpm、4℃、30分間で除き、上清はToyopearl CM-650 M カラム (20 ml ベッド体積)で精製した。この目的のため、サンプルをロードした後、カラムを50 mlのMOPS 緩衝液(上記参照)で洗浄し、次いで、結合タンパク質を、MOPS 緩衝液中における0から0.6 mM のNaCl勾配で溶出させた。GDH活性を有するフラクションをプールし、該プールの活性を測定した(実施例 9参照)。
その培養(fermentation)は、Braunの10リットルのスチール製の培養槽(BIOSTAT C)で行った。
作業用試薬は以下の成分からなる:
25.5 ml PIPES、2.2% Triton X-100を含む
0.9 ml グルコース
2.0 ml PMS
1.0 ml NTB
EDBおよび作業用試薬は可能ならば新しいものを作成した。
20 μlの選択サンプル希釈液をマイクロキュベット中に入れる(サンプル溶液の代わりに20 μlのEDBを加え、零値とする)、
600 μlの作業用試薬を加え、そして直ぐに、570 nmで3 分間、測定を開始する。
吸収の変化を吸光/分の変化として測定する; 1ユニットのGDHは、1分あたり0.5 μmolのホルマザンを生ずる。以下の式を適用する:
U/ml = 吸光/分の変化 × 1.54 × 希釈係数ε = 40 200 M-1cm-1
Claims (7)
- 野生型アシネトバクターLMD79.41のアミノ酸配列に変異を有する組み換え可溶性ピロロキノリンキノン依存性グルコースデヒドロゲナーゼ(sPQQGDH)であって、野生型アシネトバクターLMD79.41およびアシネトバクターJCM6841のアミノ酸配列と比較して、該野生型アシネトバクターLMD79.41のアミノ酸配列のうち下記のアミノ酸:
i)21位がN;
ii)41位がS;
iii)47位がL;
iv)121位がVまたはA;
v)149位がA;
vi)213位がS;
vii)244位がI;
viii)320位がG;
ix)391位がS;
x)452位がS;
xi)474位がR;および
xii)480位がQ;
に置換されている、ここに、アミノ酸位置のナンバリングがアシネトバクターJCM6841株由来のsPQQGDHにおけるナンバリングに基づいている、組み換えsPQQGDH。 - 野生型アシネトバクターLMD79.41のアミノ酸配列のうち少なくとも1つの下記のアミノ酸:
i)16位がH;
ii)18位がL;
iii)20位がF;
iv)40位がG;
v)48位がI;
vi)61位がA;
vii)111位がT;
viii)154位がD;
ix)190位がE;
x)293位がA;
xi)311位がS;
xii)314位がA;
xiii)324位がL;
xiv)333位がM;
xv)339位がS;
xvi)355位がG;
xvii)366位がD;
xviii)417位がN;または
xix)418位がA;
に置換されている、請求項1記載の組み換えsPQQGDH。 - 配列番号12に示される組み換えsPQQGDH。
- 組み換えsPQQGDHを発現する微生物を培養し、次いで、組み換えsPQQGDHを単離することを特徴とする、請求項1または2記載の組み換えsPQQGDHを調製する方法。
- 組み換えsPQQGDHを発現する微生物を培養し、次いで、組み換えsPQQGDHを単離することを特徴とする、請求項3記載の組み換えsPQQGDHを調製する方法。
- 請求項1または2記載の組み換えsPQQGDHを1つまたはそれ以上含む、グルコースの検出用試薬。
- 請求項3記載の組み換えsPQQGDHを1つまたはそれ以上含む、グルコースの検出用試薬。
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