JP4663331B2 - Dnaマイクロアレイの保存方法及びバイオアッセイ用キット - Google Patents
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2)塩化ナトリウム 100mmol/L
DNAマイクロアレイは、その核酸プローブが上述の電解質溶液に接触させた状態で保存される。上述の通り、核酸プローブは経時的に劣化が進行するため、接触させておく期間は、DNAマイクロアレイを製造してから、それをアッセイに供するまでが好ましい。また、接触は、DNAマイクロアレイに固定されている核酸プローブが電解質溶液と十分に接触していればよい。よって電解質溶液は、核酸プローブが固定された領域又はマイクロアレイ全体に満たされている状態が好ましい。
(1)DNAマイクロアレイの調製
<核酸プローブの調製>
核酸プローブとしては、以下に記載した配列情報(配列番号1〜29)をもつ5‘末端ビニル化核酸(65mer)を用いた。これら核酸は、以下の方法により合成した。
gaaggagttgcaagacattgccaacccaatcatgtctaagttgtaccaagctggtggtgctccag
配列番号2(YDR012W)
tgctatcagaccagctggccaagctactcaaaagcgtactcacgttttgaagaagaacccattga
配列番号3(YDR418W)
ggtagaactttggcttccgttactaaggaaattttgggtactgctcaatctgtcggttgtcgtgt
配列番号4(YKL217W)
gcttccacgattgagacacagttagctgatagatacccattagaaagagatgcctctggtgctgt
配列番号5(YKR097W)
tggttcttcctacgtatctggtggtaaacgttgcccattgaagtacacaagggccattctggatt
配列番号6(YLR249W)
gtctacgtcgaacacgacattgatggtactcactctgacacttccgtcttggatttcgttttcga
配列番号7(YLR377C)
cggtcaacgatcgcggagagagaatcttggatttggtgccaagtcatatccatgacaaatcttct
配列番号8(YML028W)
ttgggcccaatcaacattccattgttggctgacaccaaccactctttgtccagagactatggtgt
配列番号9(YNL209W)
acttcaaggctgaattcaagaagaagactggtttggacatctccgacgatgccagagctttgaga
配列番号10(YOL039W)
gtcggtatcgaaatcgaagacgaaaaggtttcctccgttttgtccgctttggaaggtaagtctgt
配列番号11(M12481)
tccatgacaactttggtatcgtggaaggactcatgaccacagtccatgccatcactgccacccag
配列番号12(M29618)agcgtcctggctccagttggaacactttcctgagatgcacttacttctcagcttctgcgatcaga
配列番号13(NM008084) gacatttccctgcaggattacattgcagtgaaggagaagtatgccaagtacctccctcacagtgc
配列番号14(NM009093) gcttctaggcggactatgacttagttgcgttacaccctttcttgacaaaacctaacttgcgcaga
配列番号15(NM010863)
aagcccgcctccaccaactcagatgacgtccgtgatgagaaggtcaaggtgttgaaatgcatctc
配列番号16(NM011296) gctacacatatagcccgtaaagctgtggaattggacttggttcctgggaggagccccatctctgt
配列番号17(NM011341) gacctttcatacagggcagccacaccttgtccctgtaccacctcttcctgaatacggaggaaaag
配列番号18(NM013556)
tcgtgtgtccgtggaaccagtcctagccgcgtgtgacagtcttgcattctgtttgtctcgtgggg
配列番号19(NM013614)
tgtttgtggacctggagcccactgtggtcgatgaagtgcgcacaggaacctataggcagctcttc
配列番号20(NM015799)ctatgccaacacagtgttgtctggtggtaccaccatgtacccaggcattgctgacaggatgcaga
配列番号21(M33197) agtttgctgacaccatcaagcagctgcagcagaatacatacactcctcgtgaggctggatctcaa
配列番号22(U03090) cgtggatctgacgtgccgcctggagaaacctgccaagtatgatgacatcaagaaggtggtgaagc
配列番号23(U14970) gccagtgcttccggcagtacgcgaaggacataggcttcattaagttggactaagcgaccttgaat
配列番号24(X00351) ctcaaggagggttcagaagcggctagtaaaggggactttctcttcagcagtgaccacctgattga
配列番号25(X03674) aggatgtgaaggatgggaagtacagccaggttctggccaacggtctagacaacaagctgcgtgag
配列番号26(X59268) caagtacagtgagttcttcaccggcagcaagctcatggactatgcccgcaacgtgcatgaagagt
配列番号27(X60221) gacttgctcgagatgtcatgaaggagatgggaggccatcacattgtggccctctgtgtgctcaag
配列番号28(AF016365) tttgggatgtctttgtgagagtagggttggcaccaatgcagtatggaaggctaggagatgggggg
配列番号29(AF005392) tgcaatgctggtgcgccatattttctcagtgtggttgtcatgccgttgcttacccagaaagcggt
<中空繊維束薄片の製造>
図2に示す配列固定器具を利用して中空繊維束を製造した。なお、図中のx、y、zは直交の3次元軸であり、x軸は繊維の長手方向と一致する。
(2)標識ラベル化cDNA溶液(検体液)の調製
次にハイブリダイゼーションに用いる標的核酸分子を含む、検体液の調製を以下の手順に従って行った。なお、本手順はマイクロアレイ1枚に対する調製量である。
Buffer 10μlに溶解した後、Cy3 Monofunctional reactive dye (アマシャムバイオサイエンス社製)10μlを加えて30分間静置した。
(3)DNAマイクロアレイの保存試験1
SSC溶液で保存したマイクロアレイの熱安定性の評価を行った。
次に(3)で保存したDNAマイクロアレイを、以下の手順でハイブリダイゼーション操作を行った。
まず、洗浄バッファー液として、2×SSC/0.2% SDS溶液20mlを2セットおよび2×SSC溶液20mlを1セット円筒ケースにそれぞれ入れ、45℃に設定した恒温槽に入れ、45℃に保温しておいた。次にインキュベーターからハイブリパックを取り出し、マイクロアレイを取り出し、先の操作であらかじめ45℃にしておいた2×SSC・0.2% SDS溶液20mlの入った円筒ケースに浸漬させ、45℃に保温して20分間静置した。
洗浄を施した各条件のマイクロアレイ3枚を、それぞれ水を入れたシャーレに完全に浸漬させて、固定し、冷却CCDカメラ蛍光顕微鏡でハイブリダイゼーションシグナルを検出した。結果を図3(a)(b)及び表5に示した。
SSC溶液で保存したマイクロアレイの熱安定性の評価を比較するために対象として、純水を滅菌処理した滅菌水を保存液として用いた以外は実施例1と同様の操作を行なった。結果を図4(a)(b)及び表6に示した。
21・・・・多孔板
31・・・・中空繊維
41・・・・板状物
配列番号2:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号3:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号4:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号5:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号6:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号7:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号8:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号9:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号10:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号11:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号12:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号13:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号14:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号15:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
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配列番号26:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号27:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号28:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
配列番号29:5’-O-アミノヘキシル化合成DNA
Claims (2)
- 複数の貫通孔を有し、それらの貫通孔にゲルが保持されており、ゲルには核酸プローブが保持されているDNAマイクロアレイに配置されている核酸プローブを、SSC溶液に接触させることを含むDNAマイクロアレイの保存方法。
- DNAマイクロアレイを含むキットであって、
複数の貫通孔を有し、それらの貫通孔にゲルが保持されており、ゲルには核酸プローブが保持されているDNAマイクロアレイと、SSC溶液と、それらを封入する容器を含み、容器内では、前記DNAマイクロアレイに配置されている核酸プローブがSSC溶液に接触するように、マイクロアレイが配置されているバイオアッセイ用キット。
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