JP2024517409A - 抗体薬物結合体及びその作成方法 - Google Patents

抗体薬物結合体及びその作成方法 Download PDF

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ヴュルシュ，クノ
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ロブレス，エウセビオ マンチャド
バンティン，キャスリン
ガブリエル，ドリス
フェスラー，ボリス
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Abstract

本願は、ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタを産生する微生物及び方法並びにＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタに結合した抗ＰＭＥＬ１７抗体又は抗原結合フラグメントの抗体薬物結合体を作成する方法を開示する。本開示はまた、ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタに結合した抗ＰＭＥＬ１７抗体又は抗原結合フラグメントの抗体薬物結合体を含む製剤及びその製剤を使用して癌を処置又は予防する方法にも関する。

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０２１年４月１６日に出願された米国仮特許出願第６３／１７６，０４６号明細書、及び２０２１年１０月８日に出願された米国仮特許出願第６３／２５４，０３１号明細書の利益を主張する。前述の出願の内容は、本明細書によって全体として参照により援用される。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、参照によって全体として本明細書に組み込まれる配列表を含有する。前記ＡＳＣＩＩコピーは、２０２２年４月１５日に作成され、Ｎ２０６７－７１７９ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、２３９，０７１バイトのサイズである。
ブドウ膜黒色腫（ＵＭ）は、発生率が１００万人当たりの症例数６～１０例及び米国における年間の新規症例数２５００～３０００例という、黒色腫全体の３～５％を占めるまれな悪性腫瘍である。局所病勢コントロール率が優れているにもかかわらず（５年ＯＳＲは７０％）、最大５０％の患者が転移性疾患を発症することになる（肝臓６０％、肺２５％；ＯＳ中央値は１３ヵ月、２年ＯＳＲは８％）。実に転移性疾患を発症する患者には、利用可能な実証済みの標準治療はない。転移性ＵＭ患者のアウトカムを改善するため、特別に承認を得た治療及び専用の疾患管理戦略に対する医学的必要性は高い。
ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１の発癌突然変異は、ブドウ膜黒色腫の顕著な特徴的突然変異である。ＧＮＡＱ／１１レベルの低減は、細胞増殖の阻害及びアポトーシスにつながる。この阻害効果は、ＧＮＡＱ／１１活性を阻害する抗体薬物結合体の標的化した送達により実現することができる。近年の進歩にもかかわらず、抗体薬物結合体に関する新規の生物学的材料、製造方法、及び製剤の開発がなおも必要とされている。
本開示は、少なくとも一部には、デプシペプチド、例えば、化合物（Ａ１）を高い力価及び／又は単離収率で産生する遺伝子操作された微生物（例えば、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ））を提供する。一部の実施形態において、この微生物は、デプシペプチドの生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に作動可能に連結された非天然プロモータを含む。一部の実施形態において、デプシペプチドの単離を妨げる天然産物のＢＧＣが破壊される。本明細書に記載の微生物を使用してデプシペプチド、例えば、化合物（Ａ１）を産生する方法もまた記載される。本明細書に記載の方法によって産生されるデプシペプチド、例えば、化合物（Ａ１）を使用して、抗体薬物結合体（例えば、本明細書に記載の抗体薬物結合体）を、例えば、本明細書に記載の方法に従い産生することができる。
本開示はまた、少なくとも一部には、部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法も提供する。一部の実施形態において、本方法は、抗体又はその抗原結合フラグメント中の１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を還元することにより、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供することを含む。一部の実施形態において、本方法は、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを、部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生するのに十分な酸化条件下に保存することを含む。また本明細書には、本明細書に記載の部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法を使用する抗体薬物結合体（例えば、本明細書に記載の抗体薬物結合体）の作成方法も記載される。本明細書に記載の方法によって作成される抗体薬物結合体は、本明細書に記載の製剤に製剤化することができる。
本開示はまた、少なくとも一部には、抗体薬物結合体（例えば、本明細書に記載の抗体薬物結合体）の製剤も提供する。一部の実施形態において、本製剤は、本明細書に記載の抗体薬物結合体と、緩衝剤と、安定化剤と、界面活性剤とを含み、約４．５～約６．５のｐＨを有する。一部の実施形態において、本製剤は、凍結乾燥製剤である。本明細書に記載の製剤は、障害、例えば、癌の処置又は予防に使用することができる。一部の実施形態において、癌はＰＭＥＬ１７を発現し、及び／又はＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子に突然変異を含有する。一部の実施形態において、癌は、癌腫（例えば、肝細胞癌）、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫（例えば、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又は粘膜黒色腫）、又はその転移性癌である。
操作された微生物及び化合物の産生方法
ある態様において、本開示は、式（Ａ１）の構造を有する化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、非天然プロモータに作動可能に連結されているヌクレオチド配列を含む核酸を含む、微生物を特徴とする。
一部の実施形態において、本微生物は、この化合物を天然に産生する微生物の遺伝子操作された形態である。一部の実施形態において、微生物は、細菌である。一部の実施形態において、微生物は、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）である。一部の実施形態において、微生物は、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）である。一部の実施形態において、微生物は、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）である。一部の実施形態において、微生物は、単離微生物である。一部の実施形態において、微生物は、合成微生物である。
一部の実施形態において、核酸は微生物の染色体上にあり、例えば、天然に染色体上に位置するか、又は染色体に安定に組み込まれている。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に位置する。一部の実施形態において、ＢＧＣは、化合物（Ａ１）－ＢＧＣである。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）－ＢＧＣは、図１に示される遺伝子構成を有する。
一部の実施形態において、ＢＧＣは、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、ＢＧＣは、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びｆｒｓＨ、又はそのホモログを含む。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログに位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む領域に位置する。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む。
一部の実施形態において、核酸は、配列番号３１７のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約１００、約９０、約８０、約７０、約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を使用した（例えば、プロモータ交換のための）相同組換えイベントの結果として生じるヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態において、核酸は、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
特定の実施形態において、非天然プロモータは、同じ微生物からのものである。他の実施形態において、非天然プロモータは、異なる微生物からのものである。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、ｒｂｓプロモータ、Ｊ２３１１９プロモータ、ｐＬｐｐプロモータ、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータ、ＥｒｍＥ＊プロモータ、又はＰｅｍ７プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、又はｒｂｓプロモータを含む。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｖｉｏＰプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｎｐｔＩＩプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｒｂｓプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、Ｊ２３１１９プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｐＬｐｐプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、Ｐｅｍ７プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＥｒｍＥ＊プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、又はＦｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）の転写を制御する。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの転写を制御する。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＦｒｓＡ、又はそのホモログのコード領域の上流、例えば、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの全部のコード領域の上流に挿入される。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、非リボソームペプチド合成酵素（ＮＲＰＳ）又はその機能性フラグメントである。一部の実施形態において、ＮＲＰＳは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログである。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、ＭｂｔＨ様タンパク質又はその機能性フラグメントである。一部の実施形態において、ＭｂｔＨ様タンパク質は、ＦｒｓＢ又はそのホモログである。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、リンゴ酸デヒドロゲナーゼである。一部の実施形態において、リンゴ酸デヒドロゲナーゼは、ＦｒｓＣ又はそのホモログである。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、ヒドロキシラーゼである。一部の実施形態において、ヒドロキシラーゼは、ＦｒｓＨ又はそのホモログである。
一部の実施形態において、核酸は、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドは、複数のＮＲＰＳ、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、複数のＮＲＰＳは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログのうちの２つ以上（例えば、３、４つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドは、ＮＲＰＳ、ＭｂｔＨ様タンパク質、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、及びヒドロキシラーゼ、又はその機能性フラグメントを含む。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む。
一部の実施形態において、微生物は、化合物の力価の増加を呈する。一部の実施形態において、化合物の産生を許容する条件下で培養したとき、化合物の力価は、参照微生物、例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣに非天然プロモータを含まない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して少なくとも約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、又は約１０倍に増加する。一部の実施形態において、化合物の力価は、化合物の産生を許容する条件下で培養したとき、参照微生物、例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣに非天然プロモータを含まない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して少なくとも約１００ｍｇ／Ｌ、約２００ｍｇ／Ｌ、約３００ｍｇ／Ｌ、約４００ｍｇ／Ｌ、約５００ｍｇ／Ｌ、約６００ｍｇ／Ｌ、約７００ｍｇ／Ｌ、約８００ｍｇ／Ｌ、約９００ｍｇ／Ｌ、又は約１０００ｍｇ／Ｌ増加する。
一部の実施形態において、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣは改変されており、例えば、破壊されている。一部の実施形態において、天然産物は、ビオラセイン、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣの少なくとも一部分は欠失させる。一部の実施形態において、ビオラセイン－ＢＧＣは改変されており、例えば、破壊されている。一部の実施形態において、化合物Ｊ－ＢＧＣは改変されており、例えば、破壊されている。一部の実施形態において、化合物Ｊ－ＢＧＣは、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、及び化合物Ｄの産生に関連する。一部の実施形態において、ビオラセイン－ＢＧＣ及び化合物Ｊ－ＢＧＣの両方が改変されており、例えば、破壊されている。一部の実施形態において、天然産物の産生は、例えば、少なくとも約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約１００％減少する。
一部の実施形態において、微生物は、化合物の単離収率の増加を呈する。一部の実施形態において、化合物の単離収率は、参照微生物、例えば、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又はそれ以上増加する。
一部の実施形態において、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣは改変されておらず、例えば、破壊されていない。
別の態様において、本開示は、式（Ａ１）の構造を有する化合物を産生する微生物を特徴とし、ここで化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣは改変されている。
一部の実施形態において、天然産物は、ビオラセイン、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣの少なくとも一部分は欠失させる。一部の実施形態において、ビオラセイン－ＢＧＣは改変されており、例えば、破壊されている。一部の実施形態において、化合物Ｊ－ＢＧＣは改変されており、例えば、破壊されている。一部の実施形態において、化合物Ｊ－ＢＧＣは、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、及び化合物Ｄの産生に関連する。一部の実施形態において、ビオラセイン－ＢＧＣ及び化合物Ｊ－ＢＧＣの両方が改変されており、例えば、破壊されている。一部の実施形態において、天然産物の産生は、例えば、少なくとも約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は１００％減少する。
一部の実施形態において、微生物は、化合物の単離収率の増加を呈する。一部の実施形態において、化合物の単離収率は、参照微生物、例えば、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又はそれ以上増加する。
別の態様において、本開示は、式（Ａ１）の構造を有する化合物を産生する方法であって、本明細書に記載の微生物を化合物の発現を許容する条件下で培養すること（例えば、発酵させること）を含み、それによって化合物を産生する方法を特徴とする。
一部の実施形態において、微生物は、約５０Ｌ～約５００Ｌ規模、例えば、約５０Ｌ、約１００Ｌ、約１５０Ｌ、約２００Ｌ、約２５０Ｌ、約３００Ｌ、約３５０Ｌ、約４００Ｌ、約４５０Ｌ、又は約５００Ｌ規模で培養する（例えば、発酵させる）。一部の実施形態において、微生物は、約１，０００Ｌ～約２０，０００Ｌ規模、例えば、約１，０００Ｌ～約１０，０００Ｌ又は約１０，０００Ｌ～約２０，０００Ｌ、例えば、約１，０００Ｌ、約２，０００Ｌ、約５，０００Ｌ、約７，５００Ｌ、約１０，０００Ｌ、約１５，０００Ｌ、又は約２０，０００Ｌ規模で培養する（例えば、発酵させる）。
一部の実施形態において、培養すると（例えば、発酵させると）、少なくとも約２００ｍＬの化合物、例えば、少なくとも約２５０ｍｇ／ｍＬ、約３００ｍｇ／Ｌ、約４００ｍｇ／Ｌ、約５００ｍｇ／Ｌ、約６００ｍｇ／Ｌ、約７００ｍｇ／Ｌ、約８００ｍｇ／Ｌ、約９００ｍｇ／Ｌ、約１０００ｍｇ／Ｌ、約１１００ｍｇ／Ｌ、約１２００ｍｇ／Ｌ、約１３００ｍｇ／Ｌ、約１４００ｍｇ／Ｌ、約１５００ｍｇ／Ｌ、約１６００ｍｇ／Ｌ、約１７００ｍｇ／Ｌ、約１８００ｍｇ／Ｌ、約１９００ｍｇ／Ｌ、又は約２０００ｍｇ／Ｌの化合物の力価が生み出される。
一部の実施形態において、本方法は、化合物を、例えば、本明細書に記載の方法により決定したとき、例えば、少なくとも約９０％、例えば、少なくとも約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の純度にまで単離することを更に含む。
別の態様において、本開示は、式（Ａ１）の構造を有する化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、非天然プロモータに作動可能に連結されているヌクレオチド配列を含む核酸を特徴とする。
一部の実施形態において、核酸は微生物の染色体上にあり、例えば、天然に染色体上に位置するか、又は染色体に安定に組み込まれている。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に位置する。一部の実施形態において、ＢＧＣは、化合物（Ａ１）－ＢＧＣである。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）－ＢＧＣは、図１に示される遺伝子構成を有する。
一部の実施形態において、ＢＧＣは、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、ＢＧＣは、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びｆｒｓＨ、又はそのホモログを含む。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログに位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログを含む領域に位置する。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む領域に位置する。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログのコード配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む。
一部の実施形態において、核酸は、配列番号３１７のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約１００、約９０、約８０、約７０、約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態において、核酸は、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
特定の実施形態において、非天然プロモータは、同じ微生物からのものである。他の実施形態において、非天然プロモータは、異なる微生物からのものである。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、ｒｂｓプロモータ、Ｊ２３１１９プロモータ、ｐＬｐｐプロモータ、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータ、ＥｒｍＥ＊プロモータ、又はＰｅｍ７プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、又はｒｂｓプロモータを含む。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｖｉｏＰプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｎｐｔＩＩプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｒｂｓプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、Ｊ２３１１９プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｐＬｐｐプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、Ｐｅｍ７プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＥｒｍＥ＊プロモータを含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するか、又はそれと約６０、約５０、約４０、約３０、約２０、約１５、約１０、約５、又は約２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、非天然プロモータは、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、又はＦｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）の転写を制御する。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの転写を制御する。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ＦｒｓＡ、又はそのホモログのコード領域の上流、例えば、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの全部のコード領域の上流に挿入される。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、非リボソームペプチド合成酵素（ＮＲＰＳ）又はその機能性フラグメントである。一部の実施形態において、ＮＲＰＳは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログである。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、ＭｂｔＨ様タンパク質又はその機能性フラグメントである。一部の実施形態において、ＭｂｔＨ様タンパク質は、ＦｒｓＢ又はそのホモログである。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、リンゴ酸デヒドロゲナーゼである。一部の実施形態において、リンゴ酸デヒドロゲナーゼは、ＦｒｓＣ又はそのホモログである。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連するポリペプチドは、ヒドロキシラーゼである。一部の実施形態において、ヒドロキシラーゼは、ＦｒｓＨ又はそのホモログである。
一部の実施形態において、核酸は、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドは、複数のＮＲＰＳ、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、複数のＮＲＰＳは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログのうちの２つ以上（例えば、３、４つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドは、ＮＲＰＳ、ＭｂｔＨ様タンパク質、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、及びヒドロキシラーゼ、又はその機能性フラグメントを含む。
一部の実施形態において、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドは、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む。
別の態様において、本開示は、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を特徴とする。
一部の実施形態において、核酸は、単離核酸である。一部の実施形態において、核酸は、天然に存在しない核酸である。一部の実施形態において、核酸は、合成核酸である。一部の実施形態において、核酸は、突然変異、例えば、欠失を含む。
一部の実施形態において、核酸は、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態において、ヌクレオチド配列は、ＢＧＣからのものである。一部の実施形態において、ＢＧＣは、化合物Ｊ－ＢＧＣである。一部の実施形態において、化合物Ｊ－ＢＧＣは、図１に示される遺伝子構成を有する。
一部の実施形態において、ヌクレオチド配列は、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、又はｄｉｓ４、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、ＢＧＣは、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、及びｄｉｓ４、又はそのホモログを含む。
一部の実施形態において、核酸は、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約７５％、例えば、少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
別の態様において、本開示は、本明細書に記載の核酸を含むベクターを特徴とする。別の態様において、本開示は、本明細書に記載の核酸又は本明細書に記載のベクターを含む細胞を特徴とする。
別の態様において、本開示は、細胞を操作する方法であって、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を改変することを含み、それによって細胞を操作する方法を特徴とする。
一部の実施形態において、細胞は、式（Ａ１）の構造を有する化合物を天然に産生する微生物である。一部の実施形態において、微生物は、細菌、例えば、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）である。一部の実施形態において、微生物は、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）である。
一部の実施形態において、ヌクレオチド配列は破壊され、例えば、ヌクレオチド配列の少なくとも一部分が欠失している。
一部の実施形態において、核酸は、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）の産生は、例えば、少なくとも約５０％、例えば、少なくとも約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約１００％減少する。
一部の実施形態において、ヌクレオチド配列は、ＢＧＣからのものである。一部の実施形態において、ＢＧＣは、化合物Ｊ－ＢＧＣである。一部の実施形態において、化合物Ｊ－ＢＧＣは、図１に示される遺伝子構成を有する。一部の実施形態において、ヌクレオチド配列は、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、又はｄｉｓ４、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む。一部の実施形態において、ＢＧＣは、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、及びｄｉｓ４、又はそのホモログを含む。一部の実施形態において、核酸は、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
一部の実施形態において、改変により、化合物の単離収率が増加する。一部の実施形態において、化合物の単離収率は、参照微生物、例えば、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又はそれ以上増加する。
部分的再酸化及び抗体薬物結合体の作成方法
別の態様において、本開示は、部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法であって、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供すること；及び１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを酸化条件下に保存することを含み、それによって部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法を特徴とする。
一部の実施形態において、本方法は、１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供することを更に含む。一部の実施形態において、１つ以上のキャッピングされたシステイン残基は、抗体又はその抗原結合フラグメントの定常ドメイン重鎖に位置する。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、キャッピングされたシステイン残基を４つ含む。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、キャッピングされたシステイン残基を２つ含む。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントの各ＣＨ１領域に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む。一部の実施形態において、キャッピングされたシステイン残基は、操作された表面露出型のシステイン残基である。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域の残基１５２（ＥＵナンバリング）に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む。一部の実施形態において、１つ以上のキャッピングされたシステイン残基は、システイン又はグルタチオンでキャッピングされている。
一部の実施形態において、本方法は、１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を還元することにより、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供することを更に含む。一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基は、抗体又はその抗原結合フラグメントの定常ドメイン重鎖に位置する。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、デキャッピングされたシステイン残基を４つ含む。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、デキャッピングされたシステイン残基を２つ含む。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントの各ＣＨ１領域に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む。一部の実施形態において、デキャッピングされたシステイン残基は、操作された表面露出型のシステイン残基である。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域の残基１５２（ＥＵナンバリング）に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む。
一部の実施形態において、本方法は、１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と接触させることにより１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を還元することを含み、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又は抗原結合フラグメントを提供する。
一部の実施形態において、還元洗浄緩衝液は、約５ｍＭ～約５０ｍＭのシステイン、例えば、約１０ｍＭ～約４０ｍＭ、約２０ｍＭ～約３０ｍＭ、約５ｍＭ～約１５ｍＭ、約５ｍＭ～約２５ｍＭ、約５ｍＭ～約３５ｍＭ、約５ｍＭ～約４５ｍＭ、約４０ｍＭ～約５０ｍＭ、約３０ｍＭ～約５０ｍＭ、約２０ｍＭ～約５０ｍＭ、約１０ｍＭ～約５０ｍＭ、約１０ｍＭ～約２０ｍＭ、約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、約２５ｍＭ～約３５ｍＭ、約３０ｍＭ～約４０ｍＭ、又は約３５ｍＭ～約４５ｍＭ、例えば、約１０ｍＭ、約１２ｍＭ、約１４ｍＭ、約１６ｍＭ、約２０ｍＭ、約２５ｍＭ、又は約３０ｍＭを含む。一部の実施形態において、還元洗浄緩衝液は、約５ｍＭ～約１５ｍＭのシステイン、例えば、約１０ｍＭのシステインを含む。
一部の実施形態において、還元洗浄緩衝液は、約６．０～約７．５、例えば、約６．５～約７．２又は約６．８～約７．０のｐＨを有する。一部の実施形態において、還元洗浄緩衝液は、約６．８～約７．０、例えば、約６．９のｐＨを有する。
一部の実施形態において、１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と接触させることは、カラム（例えば、カチオン交換クロマトグラフィカラム）で実施される。
一部の実施形態において、本方法は、還元洗浄緩衝液と接触させた後に溶出液中にある１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを回収することを更に含む。一部の実施形態において、溶出液は、約５．５～約６．０、例えば、約５．８のｐＨを有する。一部の実施形態において、溶出液中の１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントの濃度は、約５ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、例えば、約８ｇ／Ｌ～約２０ｇ／Ｌ、約１０ｇ／Ｌ～約１８ｇ／Ｌ、約１２ｇ／Ｌ～約１５ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ～約２０ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ～約１５ｇ／Ｌ、約５ｇ／Ｌ～約１０ｇ／Ｌ、約２０ｇ／Ｌ～約２５ｇ／Ｌ、約１５ｇ／Ｌ～約２５ｇ／Ｌ、約１０ｇ／Ｌ～約２５ｇ／Ｌ、約１０ｇ／Ｌ～約２０ｇ／Ｌ、約１３ｇ／Ｌ～約１４ｇ／Ｌ、約１２ｇ／Ｌ～約１５ｇ／Ｌ、例えば、約５ｇ／Ｌ、約６ｇ／Ｌ、約７ｇ／Ｌ、約８ｇ／Ｌ、約９ｇ／Ｌ、約１０ｇ／Ｌ、約１１ｇ／Ｌ、約１２ｇ／Ｌ、約１３ｇ／Ｌ、約１３．５ｇ／Ｌ、約１４ｇ／Ｌ、約１５ｇ／Ｌ、約１６ｇ／Ｌ、約１７ｇ／Ｌ、約１８ｇ／Ｌ、約１９ｇ／Ｌ、約２０ｇ／Ｌ、約２１ｇ／Ｌ、約２２ｇ／Ｌ、約２３ｇ／Ｌ、約２４ｇ／Ｌ、又は約２５ｇ／Ｌである。
一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、溶出液中に撹拌しながら保存される。一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、溶出液中に撹拌せずに保存される。
一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、最大約５０％～約７０％容積まで充填された容器に、例えば、約１２時間～約９６時間、例えば、約１２時間～約８４時間、約２４時間～約８４時間、約３６時間～約７２時間、約４８時間～約６０時間、約２４時間～約７２時間、約２４時間～約６０時間、約２４時間～約４８時間、約２４時間～約３６時間、約７２時間～約８４時間、約６０時間～約８４時間、約４８時間～約８４時間、約３６時間～約８４時間、約１２時間～約３６時間、約２４時間～約４８時間、約３６時間～約６０時間、約４８時間～約７２時間、又は約７２時間～約９６時間、例えば、約１２時間、約２４時間、約３６時間、約４８時間、約６０時間、約７２時間、約８４時間、又は約９６時間保存される。一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、最大約６０％まで充填された容器に保存される。一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、約４８時間～約７２時間、例えば、撹拌せずに保存される。一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、約１２時間～約３６時間、例えば、約２４時間、例えば、撹拌しながら保存される。
一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、室温で保存される。一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、約２℃～約８℃（例えば約４℃）で、例えば、少なくとも４８時間（例えば、少なくとも約４８時間～約９６時間）保存される。
一部の実施形態において、１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントは、空気層で覆って保存される。
一部の実施形態において、本方法は、部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを精製することを更に含む。
一部の実施形態において、本方法は、リンカー－薬物部分（例えば、本明細書に記載のリンカー－薬物部分）を部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントと結合させることにより抗体薬物結合体（例えば、本明細書に記載の抗体薬物結合体）を産生することを更に含む。
一部の実施形態において、本方法は、以下の式（Ｂ）：
Ｒ８－ＬＢ－（Ｄ）ｎ（Ｂ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ｒ８は、反応性基であり；
ＬＢは、開裂性又は非開裂性リンカーであり、及び
ｎは、１、２、３又は４である）
のリンカー－薬物部分を予備形成することを更に含む。
一部の実施形態において、Ｄは、本明細書に記載のＧＮＡＱインヒビタである。一部の実施形態において、Ｄは、本明細書に記載のＧＮＡ１１インヒビタである。一部の実施形態において、Ｄは、本明細書に記載のＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタである。一部の実施形態において、Ｒは、本明細書に記載の反応性基である。一部の実施形態において、ＬＢは、本明細書に記載の開裂性リンカーである。一部の実施形態において、ＬＢは、本明細書に記載の非開裂性リンカーである。
一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＰＭＥＬ１７に結合する。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、本明細書に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントである。
一部の実施形態において、本方法は、抗体薬物結合体を精製することを更に含む。
一部の実施形態において、本方法の結果、少なくとも約７５％、例えば、少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、又は約９５％のオンサイトカップリング、例えば、重鎖１本当たり１つのリンカー－薬物部分（「ＨＣ１」）が生じる。一部の実施形態において、本方法の結果、約２５％未満、例えば、少なくとも約２０％、約１５％、約１０％、又は約５％のオフサイトカップリング、例えば、軽鎖１本当たり１つのリンカー－薬物部分（「ＬＣ１」）及び／又は重鎖１本当たり２つのリンカー－薬物部分（「ＨＣ２」）が生じる。一部の実施形態において、本方法の結果、例えば、非還元ＣＥ－ＳＤＳにより決定したとき、少なくとも約７０％、例えば、少なくとも約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、又は約９５％の純度が生じる。
別の態様において、本開示は、抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体を産生する方法であって、
１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と共に提供することであって、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又は抗原結合フラグメントを提供すること；
１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はそのフラグメントを酸化条件下に保存することであって、それによって部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生すること；及び
リンカー－薬物部分を部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントに結合させること、を含み、それによって抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体を産生する方法において、
抗体又はその抗原結合フラグメントがＰＭＥＬ１７に結合し；及び
以下の式（Ｂ）のリンカー－薬物部分：
Ｒ８－ＬＢ－（Ｄ）ｎ（Ｂ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ｒ８は、反応性基であり；
ＬＢは、開裂性又は非開裂性リンカーであり、及び
ｎは、１、２、３又は４である）、方法を特徴とする。
抗体薬物結合体の製剤
別の態様において、本開示は、抗体薬物結合体と、緩衝剤と、安定化剤と、界面活性剤とを含む製剤であって、４．５～６．５のｐＨを有する製剤を特徴とし、ここで抗体薬物結合体は、式（Ｃ）
Ａｂ－（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）ｙ（Ｃ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
ＬＡは、リンカーであり；
ｎは、１、２、３又は４であり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）を含む。
ある実施形態において、Ｄは、本明細書に記載のＧＮＡＱインヒビタ、例えば、本明細書に記載のＧＮＡ１１インヒビタ又は本明細書に記載のＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタである。
ある実施形態において、抗体薬物結合体は、約５ｍｇ／ｍＬ～約３０ｍｇ／ｍＬ、例えば、約１０ｍｇ～約３０ｍｇ、約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、約１８ｍｇ／ｍＬ～約２２ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ～約２０ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、約２５ｍｇ～約３０ｍｇ／ｍＬ、約２０ｍｇ／ｍＬ～約３０ｍｇ／ｍＬ、約５ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、又は約１８ｍｇ／ｍＬ～約２２ｍｇ／ｍＬ、例えば、約５ｍｇ／ｍＬ、約６ｍｇ／ｍＬ、約７ｍｇ／ｍＬ、約８ｍｇ／ｍＬ、約９ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ、約１１ｍｇ／ｍＬ、約１２ｍｇ／ｍＬ、約１３ｍｇ／ｍＬ、約１４ｍｇ／ｍＬ、約１５ｍｇ／ｍＬ、約１６ｍｇ／ｍＬ、約１７ｍｇ／ｍＬ、約１８ｍｇ／ｍＬ、約１９ｍｇ／ｍＬ、約２０ｍｇ／ｍＬ、約２１ｍｇ／ｍＬ、約２２ｍｇ／ｍＬ、約２３ｍｇ／ｍＬ、約２４ｍｇ／ｍＬ、又は約２５ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する。
ある実施形態において、抗体薬物結合体は、約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、例えば、約２０ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する。
ある実施形態において、緩衝剤は、ヒスチジンを含む。ある実施形態において、緩衝剤は、コハク酸塩を含む。ある実施形態において、緩衝剤は、約５ｍＭ～約５０ｍＭ、例えば、約１０ｍＭ～約４０ｎＭ、約１５ｍＭ～約３５ｍＭ、約２０ｍＭ～約３０ｍＭ、約５ｍＭ～約４０ｍＭ、約５ｍＭ～約３０ｍＭ、約５ｍＭ～約２０ｍＭ、約５ｍＭ～約１５ｍＭ、約５ｍＭ～約１０ｍＭ、約４０ｍＭ～約５０ｍＭ、約３５ｍＭ～約５０ｍＭ、約３０ｍＭ～約５０ｍＭ、約２５ｍＭ～約５０ｍＭ、約２０ｍＭ～約５０ｍＭ、約１５ｍＭ～約５０ｍＭ、約１０ｍＭ～約５０ｍＭ、約１０ｍＭ～約２０ｍＭ、約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、約２５ｍＭ～約３５ｍＭ、約３０ｍＭ～約４０ｍＭ、又は約３５ｍＭ～約４５ｍＭ、例えば、約５ｍＭ、約１０ｍＭ、約１５ｍＭ、約２０ｍＭ、約２５ｍＭ、約３０ｍＭ、約３５ｍＭ、約４０ｍＭ、約４５ｍＭ、又は約５０ｍＭの濃度で存在する。ある実施形態において、緩衝剤は、約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、例えば、約２０ｍＭの濃度で存在する。
ある実施形態において、安定化剤は、スクロースを含む。ある実施形態において、安定化剤は、トレハロースを含む。ある実施形態において、安定化剤は、約１００ｍＭ～約５００ｍＭ、例えば、約１５０ｍＭ～約４５０ｍＭ、約２００ｍＭ～約４００ｍＭ、約２５０ｍＭ～約３５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約４５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約４００ｍＭ、約１００ｍＭ～約３５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約３００ｍＭ、約１００ｍＭ～約２５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約２００ｍＭ、約１００ｍＭ～約１５０ｍＭ、約４５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約４００ｍＭ～約５００ｍＭ、約３５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約３００ｍＭ～約５００ｍＭ、約２５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約２００ｍＭ～約５００ｍＭ、約１５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約１５０ｍＭ～約２５０ｍＭ、約２００ｍＭ～約２５０ｍＭ、約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、約３００ｍＭ～約４００ｍＭ、又は約３５０ｍＭ～約４５０ｍＭ、例えば、約１００ｍＭ、約１５０ｍＭ、約２００ｍＭ、約２４０ｍＭ、約２５０ｍＭ、約３００ｍＭ、約３５０ｍＭ、約４００ｍＭ、約４５０ｍＭ、又は約５００ｍＭの濃度で存在する。ある実施形態において、安定化剤及びは、約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、例えば、約２４０ｍＭの濃度で存在する。
ある実施形態において、界面活性剤は、ポリソルベート２０を含む。ある実施形態において、界面活性剤は、ポリソルベート８０を含む。ある実施形態において、界面活性剤は、約０．０１％～約０．０６％、例えば、約０．０２％～約０．０５％、約０．０３％～約０．０４％、約０．０１％～約０．０５％、約０．０１％～約０．０４％、約０．０１％～約０．０３％、約０．０１％～約０．０２％、約０．０５％～約０．０６％、約０．０４％～約０．０６％、約０．０３％～約０．０６％、約０．０２％～約０．０６％、約０．０２％～約０．０４％、約０．０３％～約０．０５％、例えば、約０．０１％、約０．０２％、約０．０３％、約０．０４％、約０．０５％、又は約０．０６％の濃度で存在する。ある実施形態において、界面活性剤は、約０．０１％～約０．０３％、例えば、約０．０２％の濃度で存在する。
ある実施形態において、製剤は、約４．７～約５．３、約５．０～約６．０、約５．２～約５．８、約５．４～約５．６、約５．２～約６．０、約５．４～約６．０、約５．６～約６．０、約５．８～約６．０、約５～約５．８、約５～約５．６．０、約５～約５．４、約５～約５．２、約４．８～約５．２、約５．１～約５．３、約５．２～約５．４、約５．３～約５．５、約５．５～約５．７、約５．６～約５．８、約５．７～約５．９、約４．９～約５．５、約５．５～約６．１、又は約５．７～約６．３、例えば、約４．５、約４．６、約４．７、約４．８、約４．９、約５、約５．１、約５．２、約５．３、約５．４、約５．５、約５．６、約５．７、約５．８、約５．９、約６．０、約６．１、約６．２、約６．３、約６．４、又は約６．５のｐＨを有する。ある実施形態において、製剤は、約５．０～約５．６、例えば、約５．３のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．０～約５．６のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．０～約５．６のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．３のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．３のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約４．７～約５．３のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約４．７～約５．３のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．０のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．０のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０４％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０４％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約５ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約５ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．７～約６．３のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．７～約６．３のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約６．０のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約６．０のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤又はポリソルベートを約０．０１％～約０．０３％を含み、ここで製剤は、約４．９～約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約４．９～約５．５のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．２のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．２のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．５～約６．１のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．５～約６．１のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロース又はトレハロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．８のｐＨを有する。
別の態様において、本開示は、凍結乾燥製剤であって、本明細書に記載の製剤から凍結乾燥されている凍結乾燥製剤を特徴とする。
ある実施形態において、約５ｍＬ～約５．５ｍＬの製剤が凍結乾燥される。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤のＤは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍安定性が高い。ある実施形態において、凍結乾燥製剤中で開環構造を有するＤの割合は、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分の１である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤は、約８０ｍｇ～約１２０ｍｇ（例えば、約１０７ｍｇ）の抗体薬物結合体を含む。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の単量体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、少なくとも約９５％、例えば、少なくとも約９６％、９７％、９８％、又は９９％である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤のフラグメントレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、約３％未満、例えば、約２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の凝集体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、約３％未満、例えば、約２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の分解レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、約２％未満、例えば、約１．５％、１％、又は０．５％未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の１０μｍ以上の粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３００粒子／ｍｌ未満、例えば、約２８０粒子／ｍＬ未満、約２６０粒子／ｍＬ未満、約２４０粒子／ｍＬ未満、約２２０粒子／ｍＬ未満、約２００粒子／ｍＬ未満、約１８０粒子／ｍＬ未満、約１６０粒子／ｍＬ未満、約１４０粒子／ｍＬ未満、１２０粒子／ｍＬ、約１００粒子／ｍＬ未満、８０粒子／ｍＬ、６０粒子／ｍＬ、４０粒子／ｍＬ、２０粒子／ｍＬ、又は１０粒子／ｍＬである。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の１０μｍより大きい粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３倍を超えて増加せず、例えば、約２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の２５μｍより大きい粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３倍を超えて増加せず、例えば、約２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の２５μｍより大きい粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約２０粒子／ｍＬ未満、例えば、約１５粒子／ｍＬ、１０粒子／ｍＬ、５粒子／ｍＬ、又は２粒子／ｍＬ未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の不純物レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、約１５％未満、例えば、約１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、又は１％未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の不純物レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、２０％を超えて増加せず、例えば、約１５％、１０％、５％、２％、又は１％を超えて増加しない。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の中性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、キャピラリーゾーン電気泳動法（ＣＺＥ）により決定したとき、約５０％より高く、例えば、約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、又は９０％より高い。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の中性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約２０％を超えて低下せず、例えば、約１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の酸性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約３０％未満、例えば、約２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の酸性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約５０％を超えて増加せず、例えば、約４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の塩基性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約３０％未満、例えば、約２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の塩基性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約５０％を超えて増加せず、例えば、約４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤の効力は、約５℃、２５℃、又は４０℃で約８週間の保存後に、例えば、生物活性アッセイにより決定したとき、約２５％を超えて低下せず、例えば、約２０％、１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤のオスモル濃度は、約２００ｍＯｓｍ／Ｌ～４００ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ～２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ～３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は３２０ｍＯｓｍ／Ｌ～３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は４００ｍＯｓｍ／Ｌである。
別の態様において、本開示は、液体製剤であって、本明細書に記載の凍結乾燥製剤から再構成される液体製剤を特徴とする。
別の態様において、本開示は、本明細書に記載の凍結乾燥製剤を含む容器を特徴とする。
ある実施形態において、容器は、バイアル、例えば、２５Ｒガラスバイアルである。ある実施形態において、容器は栓及びキャップ（例えば、フリップオフアルミニウムキャップ）を更に含む。
処置方法
別の態様において、本開示は、癌を処置する方法であって、それを必要としている対象に、本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）、又は本明細書に記載の製剤を１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与することを含み、それによって癌を処置する方法を特徴とする。
ある実施形態において、ＡＤＣは、２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。ある実施形態において、ＡＤＣは、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。ある実施形態において、ＡＤＣは、週１回、２週間に１回、又は４週間に１回投与される。ある実施形態において、ＡＤＣは、２週間に１回投与される。ある実施形態において、ＡＤＣは、静脈内投与される。
ある実施形態において、対象は、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある。ある実施形態において、対象は、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない。
ある実施形態において、癌はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又は黒色腫はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又は両方の突然変異を含有する。ある実施形態において、癌は黒色腫である。ある実施形態において、癌は、悪性黒色腫、ブドウ膜黒色腫、眼黒色腫、眼癌、眼新生物、皮膚黒色腫、又は粘膜黒色腫である。
ある実施形態において、ＡＤＣは、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及びｙは、１、２、３、又は４である）を有する。ある実施形態において、ｙは、２である。
ある実施形態において、Ａｂは、
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含む。
ある実施形態において、Ａｂは、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。ある実施形態において、Ａｂは、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
ある実施形態において、Ａｂは、Ｎ－グリコシル化部位を含む重鎖アミノ酸配列を含む。ある実施形態において、Ｎ－グリコシル化部位は、Ａｓｎ３０６に位置する。
ある実施形態において、本方法は、１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを更に含む。ある実施形態において、１つ以上のバイオマーカーは、プレメラノソームタンパク質１７（ＰＭＥＬ１７）、リン酸化ＥＲＫ（ｐＥＲＫ）、分化クラスター８（ＣＤ８）、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、二重特異性ホスファターゼ６（ＤＵＳＰ６）、Ｒａｓグアニル放出タンパク質３（ＲＡＳＧＲＰ３）、又はこれらの任意の組合せから選択される。
ある実施形態において、１つ以上のバイオマーカーの発現は、対象からのサンプルにおいて決定される。ある実施形態において、サンプルは、ＡＤＣの投与前、投与中、及び／又は投与後に対象から入手される。ある実施形態において、サンプルは、腫瘍サンプルである。例えば、腫瘍サンプルは、アーカイブ組織ブロックであってもよく、又は針生検により入手されてもよい。ある実施形態において、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡ発現が決定される。ある実施形態において、１つ以上のバイオマーカーのタンパク質発現が決定される。ある実施形態において、本方法は、次世代ＤＮＡシーケンシングによるか、全トランスクリプトーム解析を実施することによるか、１つ以上の免疫及び癌関連遺伝子の発現を決定することによるか、又はこれらの組合せにより、１つ以上の癌関連遺伝子を検出することを更に含む。
ある実施形態において、本方法は、対象からのサンプル中のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を評価することを更に含む。ある実施形態において、サンプルは、ＡＤＣの投与前、投与中、及び／又は投与後に対象から入手される。ある実施形態において、サンプルは、血液サンプルである。ある実施形態において、セルフリーＤＮＡを評価することにより、ドライバー突然変異状態、予測薬力学、腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）、又は耐性マーカーのうちの１つ以上が決定される。
ある態様において、本開示は、対象（例えば、本明細書に記載の対象）の疾患（例えば、本明細書に記載の疾患）の処置（例えば、本明細書に記載の処置）を評価する方法であって、本明細書に記載の方法に従い１つ以上のバイオマーカーの発現を決定すること、及び／又は対象からのサンプル（例えば、本明細書に記載のサンプル）中のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を評価することを含む方法を特徴とする。
ある態様において、本開示は、対象（例えば、本明細書に記載の対象）の疾患（例えば、本明細書に記載の疾患）の進行を評価する方法であって、本明細書に記載の方法に従い１つ以上のバイオマーカーの発現を決定すること、及び／又は対象からのサンプル（例えば、本明細書に記載のサンプル）中のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を評価することを含む方法を特徴とする。
ある態様において、本開示は、対象（例えば、本明細書に記載の対象）の疾患（例えば、本明細書に記載の疾患）に対する処置（例えば、本明細書に記載の処置）を選択する方法であって、本明細書に記載の方法に従い１つ以上のバイオマーカーの発現を決定すること、及び／又は対象からのサンプル（例えば、本明細書に記載のサンプル）中のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を評価することを含む方法を特徴とする。
ある態様において、本開示は、疾患（例えば、本明細書に記載の疾患）に対する処置（例えば、本明細書に記載の処置）に対象（例えば、本明細書に記載の対象）を選択する方法であって、本明細書に記載の方法に従い１つ以上のバイオマーカーの発現を決定すること、及び／又は対象からのサンプル（例えば、本明細書に記載のサンプル）中のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を評価することを含む方法を特徴とする。
他の実施形態
本明細書に記載の態様及び実施形態は、以下の実施形態のいずれかを含み得る。
一部の実施形態において、ＰＭＥＬ１７を結合する抗体又はその抗原結合フラグメントは、
（ａ）配列番号１、４、５又は７の重鎖ＣＤＲ１（相補性決定領域１）、配列番号２、６又は８の重鎖ＣＤＲ２（相補性決定領域２）、及び配列番号３又は９の重鎖ＣＤＲ３（相補性決定領域３）を含む重鎖可変領域；及び配列番号１４、１７又は２０の軽鎖ＣＤＲ１（相補性決定領域１）、配列番号１５又は１８の軽鎖ＣＤＲ２（相補性決定領域２）、及び配列番号１６又は１９の軽鎖ＣＤＲ３（相補性決定領域３）を含む軽鎖可変領域；
（ｂ）配列番号３３、３６、３７又は３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４、３８又は４０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号３５又は４１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４６、４９又は５２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号４８又は５１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５、７、５７又は６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８、６１又は６２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号５９又は６３の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号６８、７１又は７４の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号６９又は７２の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号７０又は７３の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｄ）配列番号７９、８２、８３又は８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０、８４又は８６の重鎖ＣＤＲ２；配列番号８１又は８７の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号９２、９５又は９８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号９３又は９６の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号９４又は９７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｅ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１０５又は１１１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７又は１１８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｆ）配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１２５又は１３１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１３８又は１４１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｇ）配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１４７又は１４８の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１５５又は１５７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｈ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１６３又は１６４の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１６９又は１７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｉ）配列番号１７５、１７８、１７９又は１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６、１８０又は１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１７７又は１８３の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１８８又は１８９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｊ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１９４又は１９５の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２又は５０；及び配列番号２００又は２０１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｋ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２０８又は２１４の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２１９又は２２０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｌ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２２５又は２２６の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１又は２３２の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｍ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７又は２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域を含む重鎖可変領域；及び配列番号２４３、２４５又は２４７のＬＣＤＲ１、配列番号４７又は５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４又は２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｎ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２又は２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域を含む重鎖可変領域；及び配列番号１５３、１５６又は１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０又は１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８又は２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｏ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｐ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｑ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｒ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｓ）配列番号３３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｔ）配列番号３６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｕ）配列番号３７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号５１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｖ）配列番号３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号４０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号４１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｗ）配列番号５７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｘ）配列番号６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｙ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７１の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７３の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｚ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ａａ）配列番号７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂｂ）配列番号８２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃｃ）配列番号８３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９５の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｄｄ）配列番号８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｅｅ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｆｆ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｇｇ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｈｈ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１１１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１ 配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｉｉ）配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｊｊ）配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｋｋ）配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１４１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｌｌ）配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１３１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｍｍ）配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｎｎ）配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｏｏ）配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｐｐ）配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｑｑ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｒｒ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｓｓ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｔｔ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｕｕ）配列番号１７５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｖｖ）配列番号１７８の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｗｗ）配列番号１７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｘｘ）配列番号１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１８３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｙｙ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｚｚ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
（ａａａ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２０１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂｂｂ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃｃｃ）配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｄｄｄ）配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｅｅｅ）配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２２０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｆｆｆ）配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｇｇｇ）配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｈｈｈ）配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｉｉｉ）配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３２の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｊｊｊ）配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２６の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｋｋｋ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｌｌｌ）配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｍｍｍ）配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４５のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｎｎｎ）配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；及び配列番号２４７のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｏｏｏ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｐｐｐ）配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｑｑｑ）配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５６のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；又は
（ｒｒｒ）配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；及び配列番号１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
を含む。
一部の実施形態において、ＰＭＥＬ１７を結合する抗体又はその抗原結合フラグメントは、
（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｃ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｄ）配列番号４２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号５３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｅ）配列番号６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｆ）配列番号８８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号９９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｇ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１１９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｈ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１４３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｉ）配列番号１４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｊ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１７１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｋ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１９０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｌ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｍ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｎ）配列番号２２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２３３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｏ）配列番号２３９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２４８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；又は
（ｐ）配列番号２５４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２６０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）
を含む。
一部の実施形態において、ＰＭＥＬ１７を結合する抗体又はその抗原結合フラグメントは、
（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｂ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｄ）配列番号４４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号７７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｆ）配列番号９０のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｇ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｈ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１４５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｉ）配列番号１５１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｊ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１７３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｋ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１９２のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｌ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２０４のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｍ）配列番号２１７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２２３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｎ）配列番号２２９のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｏ）配列番号２４１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２５０のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｐ）配列番号２５６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２６２のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｑ）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｒ）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｓ）配列番号３１５のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖
を含む。
一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、１つ以上のシステイン置換を含む。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントの重鎖のＥ１５２Ｃ、Ｓ３７５Ｃ、又はＥ１５２Ｃ及びＳ３７５Ｃの両方から選択される１つ以上のシステイン置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる。一部の実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、抗体又はその抗原結合フラグメントの重鎖のＥ１５２Ｃ置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる。
一部の実施形態において、抗体分子は、モノクローナル抗体である。一部の実施形態において、抗体分子は、単離抗体である。一部の実施形態において、抗体分子は、合成抗体である。一部の実施形態において、抗体分子は、操作された抗体である。
一部の実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、本明細書に記載の核酸によってコードされる。一部の実施形態において、核酸は、配列番号１３、２４、２８、３２、４５、５６、６７、７８、９１、１０２、１１５、１２２、１３５、１４６、１５２、１６２、１６８、１７４、１８７、１９３、１９９、２０５、２１８、２２４、２３０、２３６、２４２、２５１、２５７、２６３、３１９、又は３２０のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、核酸は、ベクター、例えば、本明細書に記載のベクターに存在する。一部の実施形態において、核酸又はベクターは、宿主細胞、例えば、本明細書に記載の宿主細胞に存在する。
一部の実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、宿主細胞を培養すること、及び細胞培養物から抗体又は抗原結合フラグメントを回収することを含む方法によって産生される。一部の実施形態において、細胞培養物から抗体を回収することは、細胞を除去し、培養物を濾過するステップ；培養物を親和性クロマトグラフィによって精製するステップ；ｐＨを３．４～３．６に調整することによってあらゆるウイルスを不活性化させて、次いでｐＨを５．８～６．２に再調整し、培養物を濾過するステップ；培養物をカチオン交換クロマトグラフィによって精製し、培養物のオンカラム還元を実施するステップ；培養物に対してアニオン交換クロマトグラフィを実施するステップ；ウイルスをナノ濾過によって除去するステップ；抗体を含有する培養物を濾過するステップ；及び精製された抗体を得るステップを含む。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、本明細書に記載の方法によって作成される抗体薬物結合体である。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、式（Ｃ）
Ａｂ－（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）ｙ（Ｃ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
ＬＡは、リンカーであり；
ｎは、１、２、３又は４であり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を含む。
一部の実施形態において、前記ｎは１である。一部の実施形態において、前記ｙは約１～約４である。一部の実施形態において、前記リンカーは、開裂性リンカー又は非開裂性リンカーである。一部の実施形態において、リンカーは、ＶａｌＣｉｔペプチドリンカーを含む。一部において
一部の実施形態において、前記薬物部分は、ＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタである。
一部の実施形態において、Ｄは、
である。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、以下の構造、
を有する。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、以下の式（Ｃ－２）：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、抗体薬物結合体と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物中に存在する。一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、本明細書に記載の製剤中に存在する。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体又は製剤は、医薬品として使用される。
一部の実施形態において、本抗体薬物結合体又は製剤は、癌の処置又は予防を必要とする患者における癌を処置し、又は予防する方法であって、前記患者に抗体薬物結合体又は製剤を投与することを含み、癌はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又は癌は、ＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、若しくはその両方の突然変異を含有する方法において使用される。一部の実施形態において、癌は、癌腫（例えば、肝細胞癌）、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫（例えば、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又は粘膜黒色腫）、又はその転移性癌である。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体又は製剤は、患者に１つ以上の追加の治療化合物との組合せで投与される。
一部の実施形態において、１つ以上の追加の治療化合物は、標準治療の化学療法薬、ＭＤＭ２インヒビタ、ＭＲＣ２インヒビタ、ＰＫＣインヒビタ、ＭＡＰＫインヒビタ、共刺激分子、又はチェックポイントインヒビタから選択される。
一部の実施形態において、共刺激分子は、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、ＳＴＩＮＧ、又はＣＤ８３リガンドのアゴニストから選択される。
一部の実施形態において、チェックポイントインヒビタは、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／又はＴＧＦＲベータのインヒビタから選択される。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）（７６９７４ｂｐ）における化合物（Ａ１）（ｆｒｓＡ～Ｈ）及び化合物Ｊ（ｄｉｓ１～４）のＢＧＣを含有する遺伝子構成及び転移因子を示す。 プロモータ交換に用いられる挿入戦略のスキームを示す。 野生型と比較した破壊突然変異体における化合物Ｊの産生を示す。 化合物ＪのＭＳ／ＭＳスペクトルを示す。 化合物Ｆ５のＭＳ／ＭＳスペクトルを示す。 化合物Ｆ３のＭＳ／ＭＳスペクトルを示す。 化合物ＤのＭＳ／ＭＳスペクトルを示す。 化合物Ｊ生合成の概略図を示す。当図は、配列番号３２４のとおりの「Ｓｅｒ Ｖａｌ Ｈｉｓ Ｖａｌ Ｌｅｕ Ｖａｌ」を開示する。 例示的オンサイト及びオフサイド（ｏｆｆ－ｓｉｄｅ）結合体を示す。 化合物（Ａ１）－ＢＧＣの構成（白色：ＮＲＰＳ遺伝子、黒色：修飾用酵素をコードする遺伝子）及び交換されたプロモータの表現を示す。 野生型と比較した変化倍数を含めた、異なるＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ交換突然変異体からの化合物（Ａ１）の力価の棒グラフを示す。 Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）野生型及びＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＰ突然変異体の培養抽出物のＨＰＬＣ－ＭＳ抽出イオンクロマトグラム（ＥＩＣ）１００２．５３５～１００２．５４５Ｄａを示す。 化合物（Ａ１）の３つの新規類似体が明らかとなる、Ｌ－Ｍｅｔを供給したＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＰ突然変異体の培養抽出物のＨＰＬＣ－ＭＳ ＥＩＣ １０２０．４９～１０２０．５０Ｄａを示す。 ヒト血漿中５μｇ／ｍＬ及び３７℃で８時間インキュベートした後のｍ／ｚ１００２．５２～１００２．５７における化合物（Ａ１）（下）及び更に１００ｎｇの化合物５（終濃度６μｇ／ｍＬ）でスパイクした同じサンプルのＨＰＬＣ－ＭＳ抽出イオンクロマトグラム（ＥＩＣ）を示す。 化合物（Ａ１）をヒト血漿中５μｇ／ｍＬの及び３７℃で２４時間インキュベートした後の化合物（Ａ１）及び５の絶対定量化及び画分を示す。 化合物（Ａ１）及び２～８がＧｑ又はＧ１１突然変異体ブドウ膜黒色腫（ＵＭ）細胞株及びＧｑ又はＧ１１野生型皮膚黒色腫細胞株の増殖に及ぼす効果を示す。構成的に活性なＧｑ又はＧ１１突然変異体によって駆動されるＵＭ細胞株の成長は、９２．１及びＭＰ４１細胞株についてはｎＭ以下のＧＩ５０の化合物（Ａ１）によって阻害された一方、皮膚黒色腫細胞株であって、ホモ接合ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ突然変異を内包するＡ３７５、及びヘテロ接合ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を内包するＳＫ－ＭＥＬ－３０の成長は、化合物（Ａ１）の影響を受けなかった。 化合物９～１５がＧｑ又はＧ１１突然変異体ＵＭ細胞株及びＧｑ又はＧ１１野生型皮膚黒色腫細胞株の増殖に及ぼす効果を示す。構成的に活性なＧｑ又はＧ１１突然変異体によって駆動されるＵＭ細胞株の成長は、９２．１及びＭＰ４１細胞株についてはｎＭ以下のＧＩ５０の化合物（Ａ１）によって阻害された一方、皮膚黒色腫細胞株であって、ホモ接合ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ突然変異を内包するＡ３７５、及びヘテロ接合ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を内包するＳＫ－ＭＥＬ－３０の成長は、化合物（Ａ１）の影響を受けなかった。 例示的ＡＤＣ製剤のＳＥＣデータを示す。 例示的ＡＤＣ製剤の光遮蔽データを示す。 例示的ＡＤＣ製剤のキャピラリー電気泳動分析を示す。 例示的ＡＤＣ製剤のキャピラリーゾーン電気泳動（ＣＺＥ）分析を示す。 例示的凍結乾燥ＡＤＣ製剤の分析を示す。 ｐＨ及び（ＣＺＥ）を用いたペイロードの開環データを示す。 ２ヵ月の保存期間後の例示的ＡＤＣ製剤の効力減衰データを示す。 カニクイザルにおいて３ｍｇ／ｋｇの化合物（Ｅ）を単回ｉ．ｖ．投与した後の全抗体（ｔｍＡｂ）、活性ＡＤＣ（ｔＡＤＣａ）、及び不活性ＡＤＣ（ｔＡＤＣｉ）の平均曝露プロファイルを示す。
本開示は、少なくとも一部には、ある種の微生物（例えば、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ））を遺伝子操作すると、ある種のデプシペプチド（例えば、化合物（Ａ１））の産生量を増加させることができるという発見に基づいている。化合物（Ａ１）は、マンリョウ（Ａ．ｃｒｅｎａｔａ）の葉から単離し得るが、量が極めて少なく、及び基質が複雑であるため、薬剤開発努力及び商業生産を可能にするのに十分な量の化合物（Ａ１）を入手できないこともある。本明細書に記載の遺伝子操作された微生物（例えば、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ））、核酸、及び方法は、十分な量の原薬前駆体の入手が可能となるような、力価が上昇し及び／又は単離収率が増加した化合物（Ａ１）を作り出すための開発可能な製造ルートを提供する。
本開示はまた、少なくとも一部には、より高い過還元を標的とすること、及びロバストな部分的再酸化ステップを設計することにより、抗体純度を損なうことなく操作されたシステイン残基の効率的なデキャッピング及び所望の薬物対抗体比を実現し得るという発見にも基づいている。鎖内ジスルフィド架橋の過還元及び開環は、望ましくないオフサイトカップリングにつながり得る。一部の実施形態では、固有のＬＣ－ＨＣ不安定性が原因で、過還元が起こり易くなり得る。理論によって拘束されることを望むものではないが、一部の実施形態では、オフサイト結合を最小限に抑えて高いインビボ有効性を実現し、リンカーペイロードの放出を減少させるためには、開環した鎖内ジスルフィド架橋の効率的な部分的再酸化が重要であると考えられる。部分的再酸化ステップに関して評価することのできる因子としては、限定はされないが、以下のうちの１つ以上が挙げられる：容器の幾何学的形状の差異、決まったヘッドスペース（例えば、６０％）の有無、混合（例えば、１００ｒｐｍ）の有無、又は室温か、それとも低温室か。一部の実施形態において、ＧＭＰ製造工程の中に本明細書に記載の部分的再酸化ステップを加えることにより、最終原薬の純度を、例えば非還元ＣＥ ＳＤＳにより決定したとき、約９５％にまで増加させることができる。特定の実施形態において、約２の薬物対抗体比が実現する。他の実施形態において、約４の薬物対抗体比が実現する。
定義
特に明記しない限り、本明細書で使用されるとおりの以下の用語及び語句は、以下の意味を有することが意図される。
本明細書で使用されるとき、単数形「ある（ａ）」又は「ある（ａｎ）」には、特に指示がない限り、複数形への言及が含まれる。
用語「又は」は、本明細書では、文脈上特に明らかに指示されない限り、用語「及び／又は」を意味して使用され、及びそれと同義的に使用される。
「約」及び「近似的に」は、概して、測定の性質又は精度を所与として、測定される分量について許容できる誤差の程度を意味するものとする。例示的誤差の程度は、所与の値又は値の範囲から２０パーセント（％）以内、典型的には、１０％以内、及びより典型的には、５％以内である。
用語「生合成遺伝子クラスター」又は「ＢＧＣ」は、同義的に、一緒になって代謝産物の産生のための生合成経路をコードする局所的にクラスター化した２つ以上の遺伝子の一群を指す。一部の実施形態において、この代謝産物は、当該代謝産物を産生する生物の正常な成長、発達、又は生殖には直接関わることのない二次的な又は特殊化した代謝産物である。
用語「アルキル」は、特定数の炭素原子を有する一価飽和炭化水素鎖を指す。例えば、Ｃ１～Ｃ６アルキルは、１から６つの炭素原子を有するアルキル基を指す。アルキル基は、直鎖でも分枝鎖でもよい。代表的な分枝鎖アルキル基は、１、２、又は３つの分枝鎖を有する。アルキル基の例として、以下に限定されないが、メチル、エチル、プロピル（ｎ－プロピル及びイソプロピル）、ブチル（ｎ－ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、及びｔ－ブチル）、ペンチル（ｎ－ペンチル、イソペンチル、及びネオペンチル）、及びヘキシルが挙げられる。
本明細書中で用いられる「開裂性」は、２つの部分を共有結合的連結によって連結するが、生理学的関連条件下で分解して部分間の共有結合的連結を切断する結合基又はリンカー成分を指し、典型的には、開裂性結合基は、インビボで細胞外側の場合よりも細胞内環境中で急速に切断され、ペイロードの放出の、標的化された細胞内側での優先的な発生を引き起こす。開裂は、酵素的でも非酵素的でもよいが、一般に抗体から抗体を分解せずにペイロードを放出する。開裂は、ペイロードに付着している結合基若しくはリンカー成分の一部の部分を残し得、又はそれは、結合基のいかなる残基も有さないペイロードを放出し得る。
本明細書中で用いられる「非開裂性」は、生理学的条件下での分解に特に感受性でない結合基又はリンカー成分を指し、例えば、これは少なくとも結合体の抗体又は抗原結合フラグメント部分と同程度に安定的である。そのような結合基は、「安定的」と称されることがあり、抗体又は抗原結合フラグメントがそれ自体少なくとも部分的に分解されるまでそれらが抗体又は抗原結合フラグメントに連結されたペイロードを保持するために分解に十分に耐性であること、すなわち、抗体又は抗原結合フラグメントの分解がインビボでの結合基の開裂に先行することを意味する。安定的又は非開裂性結合基を有するＡＤＣの抗体部分の分解は、インビボで送達されるペイロード又は薬物部分に付着している抗体からの結合基の一部又は全部、例えば、１つ以上のアミノ酸基を残し得る。
用語「抗体」は、対応する抗原に非共有結合的に可逆的に、且つ特異的に結合し得る免疫グロブリンファミリのポリペプチドを指す。例えば、天然に存在するＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合によって相互に連結される少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む四量体である。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書中でＶＨと省略した）及び重鎖定常領域で構成される。重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３で構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書中でＶＬと省略した）及び軽鎖定常領域で構成される。軽鎖定常領域は、１つのドメイン、ＣＬで構成される。ＶＨ領域及びＶＬ領域はさらに、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変性の領域に再分割され得、より保存されている、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる領域が散在する。ＶＨ及びＶＬはそれぞれ、アミノ末端からカルボキシル末端まで以下の順序で配置される３つのＣＤＲ及び４つのＦＲで構成される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、及びＦＲ４。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。抗体の定常領域は、免疫グロブリンの、宿主の組織又は因子への結合を媒介し得る（免疫系の種々の細胞（例えばエフェクタ細胞）及び古典的補体系の第１の成分（Ｃ１ｑ）が挙げられる）。
用語「抗体」は、以下に限定されないが、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、及び抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例として、例えば、本開示の抗体に対する抗Ｉｄ抗体）を含む。抗体は、任意のアイソタイプ／クラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹ）、又はサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）のものであり得る。
「相補性決定ドメイン」又は「相補性決定領域」（「ＣＤＲ」）は、互換的に、ＶＬ及びＶＨの超可変領域を指す。ＣＤＲは、抗体鎖の標的タンパク質結合部位であり、これは、そのような標的タンパク質に対する特異性を保有する。３つのＣＤＲ（Ｎ末端から順に番号を付けられる、ＣＤＲ１～３）が、ヒトの各ＶＬ又はＶＨ中に存在し、可変ドメインの約１５～２０％を構成する。ＣＤＲは、構造的に、標的タンパク質のエピトープと相補的であるので、結合特異性を直接担う。ＶＬ又はＶＨの残りの範囲、いわゆるフレームワーク領域は、アミノ酸配列においてあまり変異を示さない（Ｋｕｂｙ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ ｅｄ．，Ｃｈａｐｔｅｒ ４．Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２０００）。
ＣＤＲ及びフレームワーク領域の位置は、当該技術分野における種々の周知の定義、例えば、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、国際ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓデータベース（ＩＭＧＴ）（ワールドワイドウェブ上ではｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／）、及びＡｂＭ（例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２９：２０５－２０６（２００１）；Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１－９１７（１９８７）；Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３４２：８７７－８８３（１９８９）；Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：７９９－８１７（１９９２）；Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２７３：９２７－７４８（１９９７）参照）を用いて判定され得る。抗原結合部位の定義は、以下にも記載されている：Ｒｕｉｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２８：２１９－２２１（２０００）；及びＬｅｆｒａｎｃ，Ｍ．Ｐ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２９：２０７－２０９（２００１）；ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２６２：７３２－７４５（１９９６）；及びＭａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８６：９２６８－９２７２（１９８９）；Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２０３：１２１－１５３（１９９１）；及びＲｅｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ Ｍ．Ｊ．Ｅ．（ｅｄ．），Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１４１－１７２（１９９６）。
軽鎖及び重鎖は双方とも、構造的相同領域及び機能的相同領域に分割される。用語「定常」及び「可変」は、機能的に用いられる。この点に関して、軽（ＶＬ）鎖部分及び重（ＶＨ）鎖部分の双方の可変ドメインが、抗原認識及び特異性を決定することは勿論である。逆に、軽鎖（ＣＬ）及び重鎖（ＣＨ１、ＣＨ２、又はＣＨ３）の定常ドメインは、重要な生物学的特性、例えば、分泌、経胎盤運動能、Ｆｃ受容体結合、補体結合などを付与する。表記規則によって、定常領域ドメインのナンバリングは、抗体の抗原結合部位又はアミノ末端から遠位になるにつれ、増大する。Ｎ末端は可変領域であり、Ｃ末端では定常領域である；ＣＨ３ドメイン及びＣＬドメインはそれぞれ、実際に、重鎖及び軽鎖のカルボキシ末端ドメインを含む。
本明細書中で用いられる用語「抗原結合フラグメント」は、抗原のエピトープと特異的に（例えば、結合、立体障害、安定化／不安定化、空間分布によって）相互作用する能力を保持する抗体の１つ以上の部分を指す。結合フラグメントの例として、以下に限定されないが、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ラクダ抗体、ジスルフィド架橋Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、及びＣＨ１ドメインからなる一価のフラグメント；Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ヒンジ領域にてジスルフィド架橋によって結合される２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント；ＶＨドメイン及びＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント；抗体のシングルアームのＶＬドメイン及びＶＨドメインからなるＦｖフラグメント；ＶＨドメインからなるｄＡｂフラグメント（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４－５４６，１９８９）；並びに単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、又は抗体の他のエピトープ結合フラグメント。
さらに、Ｆｖフラグメントの２つのドメイン、ＶＬ及びＶＨは、別々の遺伝子によってコードされるが、組換え方法を用いて、合成リンカーによって結合され得、これは、２つのドメインを、ＶＬ領域及びＶＨ領域が対形成して、一価の分子を形成する単一のタンパク質鎖として製造することを可能にする（単一鎖Ｆｖ（「ｓｃＦｖ」）として知られている；例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３－４２６，１９８８；及びＨｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８５：５８７９－５８８３，１９８８参照）。そのような単鎖抗体もまた、用語「抗原結合フラグメント」内に包含されることが意図される。これらの抗原結合フラグメントは、当業者に知られている従来の技術を用いて得られ、そして当該フラグメントは、無傷の抗体であるのと同じ様式で、実用性の有無に関してスクリーニングされる。
抗原結合フラグメントはまた、単一のドメイン抗体、マキシボディ、ミニボディ、単一のドメイン抗体、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ｖ－ＮＡＲ、及びビス－ｓｃＦｖ中に組み込まれてもよい（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ ａｎｄ Ｈｕｄｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２３：１１２６－１１３６，２００５参照）。抗原結合フラグメントは、ポリペプチドに基づくスカフォールド、例えばフィブロネクチンＩＩＩ型（Ｆｎ３）中に融合（ｇｒａｆｔｅｄ）されてよい（米国特許第６，７０３，１９９号明細書（フィブロネクチンポリペプチドモノボディを記載）参照）。
抗原結合フラグメントは、一対のタンデムＦｖセグメント（ＶＨ－ＣＨ１－ＶＨ－ＣＨ１）を含む単鎖分子中に組み込まれてよく、これは、相補的軽鎖ポリペプチドと一緒になって、一対の抗原結合領域を形成する（Ｚａｐａｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．８：１０５７－１０６２，１９９５；及び米国特許第５，６４１，８７０号明細書）。
本明細書中で用いられる用語「モノクローナル抗体」又は「モノクローナル抗体組成物」は、ポリペプチドを指し、実質的に同じアミノ酸配列を有し、又は同じ遺伝的源に由来する抗体及び抗原結合フラグメントが挙げられる。当該用語はまた、単一の分子組成の抗体分子の調製物を含む。モノクローナル抗体組成物は、特定のエピトープに対して単一の結合特異性及び親和性を示す。
本明細書中で用いられる用語「ヒト抗体」は、フレームワーク及びＣＤＲ領域の双方が、ヒト起源の配列に由来する可変領域を有する抗体を含む。さらに、抗体が定常領域を含有するならば、定常領域もまた、例えば、ヒト生殖細胞系配列、若しくはヒト生殖細胞系配列の突然変異バージョン、又は、例えばＫｎａｐｐｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９６：５７－８６，２０００に記載されている、ヒトフレームワーク配列分析に由来する抗体含有コンセンサスフレームワーク配列のようなヒト配列に由来する。親和性成熟のため又は製造／ペイロード結合目的のために１つ以上のＣＤＲが突然変異されたヒト配列に由来する抗体も含まれる。Ｋｉｌｐａｔｒｉｃｋ ｅｔ ａｌ．，“Ｒａｐｉｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｍａｔｕｒｅｄ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｕｓｉｎｇ ＲＩＭＭＳ，”Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ．１９９７ Ａｕｇ；１６（４）：３８１－９参照。
本開示のヒト抗体は、ヒト配列によってコードされないアミノ酸残基（例えば、インビトロでのランダム若しくは部位特異的な突然変異誘発によって、又はインビボでの体細胞突然変異によって導入される突然変異、或いは安定性又は製造を促進する保存的置換）を含み得る。
本明細書中で用いられる用語「認識する」は、抗体又はその抗原結合フラグメントが、そのエピトープを見つけ出してそれと相互作用する（例えば結合する）ことを指し、当該エピトープは、直鎖状であるか立体配座的であるかは問わない。用語「エピトープ」は、本開示の抗体又は抗原結合フラグメントが特異的に結合する抗原上の部位を指す。エピトープは、隣接アミノ酸、又はタンパク質の三次折畳みによって並べられる非隣接アミノ酸の双方から形成され得る。隣接アミノ酸から形成されるエピトープは、典型的に、変性溶媒への曝露直後に保持されるが、三次折畳みによって形成されるエピトープは、典型的に、変性溶媒による処理直後に失われる。エピトープは典型的に、特有の空間的立体配座において少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個のアミノ酸を含む。エピトープの空間的立体配座を判定する方法として、当該技術における技術、例えば、Ｘ線結晶解析及び二次元核磁気共鳴（例えば、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．６６，Ｇ．Ｅ．Ｍｏｒｒｉｓ，Ｅｄ．（１９９６）参照）が挙げられる。「パラトープ」は、抗原のエピトープを認識する抗体の部分である。
用語「親和性」は、単一の抗原部位での抗体と抗原との相互作用の強度を指す。各抗原部位内で、抗体「アーム」の可変領域は、抗原と、多数の部位にて、弱い非共有結合力を介して相互作用する；相互作用が多いほど、親和性は強い。
用語「単離された抗体」は、抗原特異性が異なる他の抗体が実質的にない抗体を指す。しかしながら、ある抗原に特異的に結合する単離された抗体は、他の抗原への交差反応性を有する場合がある。さらに、単離された抗体は、他の細胞の物質及び／又は化学物質が実質的にない場合もある。
用語「対応するヒト生殖細胞系の配列」は、ヒト生殖細胞系の免疫グロブリン可変領域配列によってコードされる他の全ての知られている可変領域のアミノ酸配列との比較において判定された、参照可変領域のアミノ酸配列又はサブ配列との最も高いアミノ酸配列同一性を共有する、ヒト可変領域のアミノ酸配列又はサブ配列をコードする核酸配列を指す。対応するヒト生殖細胞系の配列はまた、評価された他の全ての可変領域アミノ酸配列との比較において、参照可変領域のアミノ酸配列又はサブ配列とのアミノ酸配列同一性が最も高い、ヒト可変領域のアミノ酸配列又はサブ配列を指し得る。対応するヒト生殖細胞系の配列は、フレームワーク領域のみ、相補性決定領域のみ、フレームワーク及び相補性決定領域、可変セグメント（先で定義される）、又は可変領域を含む配列若しくはサブ配列の他の組合せであってよい。配列同一性が、本明細書中に記載される方法を用いて判定され得、例えば、当該技術において知られているＢＬＡＳＴ、ＡＬＩＧＮ、又は別のアラインメントアルゴリズムを用いて２つの配列をアラインするものがある。対応するヒト生殖細胞系の核酸配列又はアミノ酸配列は、参照可変領域の核酸配列又はアミノ酸配列との配列同一性が、少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％であり得る。対応するヒト生殖細胞系配列は、例えば、公的に利用可能な国際ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓデータベース（ＩＭＧＴ）（ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／におけるワールドワイドウェブ上）及びＶ－ｂａｓｅ（ｖｂａｓｅ．ｍｒｃ－ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋにおけるワールドワイドウェブ上）を介して決定することができる。
抗原（例えばタンパク質）と、抗体、抗体フラグメント、又は抗体由来の結合剤との相互作用を説明する文脈において用いられる場合のフレーズ「特異的に結合する」又は「選択的に結合する」は、タンパク質及び他の生物製剤の不均一集団における、例えば、生体サンプル、例えば、血液、血清、血漿、又は組織サンプルにおける、抗原の存在で決定的となる結合反応を指す。ゆえに、指定された特定の免疫アッセイ条件下で、特定の結合特異性を有する抗体又は結合剤は、特定の抗原に、バックグラウンドの少なくとも２倍結合し、実質的に、サンプル中に存在する他の抗原に多量に結合しない。一実施形態において、指定された免疫アッセイ条件下で、特定の結合特異性を有する抗体又は結合剤は、特定の抗原に、バックグラウンドの少なくとも１０倍結合し、実質的に、サンプル中に存在する他の抗原に多量に結合しない。そのような条件下での抗体又は結合剤への特異的な結合は、抗体又は剤が、その、特定のタンパク質に対する特異性について、選択されていることを必要とする場合がある。所望され、又は適切であるならば、この選択は、分子と交差反応する抗体を、他の種（例えば、マウス又はラット）又は他のサブタイプから取り去ることによって、達成され得る。これ以外にも、一部の実施形態において、特定の所望の分子と交差反応する抗体又は抗体フラグメントが選択される。
種々の免疫アッセイフォーマットが、特定のタンパク質と特異的に免疫反応性である抗体を選択するのに用いられてよい。例えば、固相ＥＬＩＳＡ免疫アッセイが、タンパク質と特異的に免疫反応性である抗体を選択するのにルーチン的に用いられる（特異的な免疫反応性を判定するのに用いられ得る免疫アッセイのフォーマット及び条件の説明について、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９９８）参照）。典型的には、特異的な、又は選択的な結合反応が、シグナルを、バックグラウンドシグナルの少なくとも２倍、より典型的にはバックグラウンドの少なくとも１０～１００倍生じさせることとなる。
用語「平衡解離定数（Ｋｄ、Ｍ）」は、会合速度定数（ｋａ、ｔｉｍｅ－１、Ｍ－１）で割った解離速度定数（ｋｄ、ｔｉｍｅ－１）を指す。平衡解離定数は、当該技術において知られているあらゆる方法を用いて測定され得る。本開示の抗体は通常、平衡解離定数が約１０－７又は１０－８Ｍ未満、例えば約１０－９Ｍ又は１０－１０Ｍ未満、一部の実施形態では、約１０－１１Ｍ、１０－１２Ｍ、又は１０－１３Ｍ未満となるであろう。
用語「バイオアベイラビリティ」は、患者に投与される薬物の所定の量の全身的アベイラビリティ（すなわち血液／血漿レベル）を指す。バイオアベイラビリティは、投与された剤形から全身循環系に達する薬物の時間（速度）及び総量（程度）の双方の測定値を示す絶対値である。
本明細書中で用いられるフレーズ「から本質的になる」は、方法又は組成物中に含まれる活性薬剤の属又は種、及び当該方法又は組成物の使用目的について不活性のあらゆる賦形剤を指す。一部の実施形態において、語句「～から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」は、本開示の抗体薬物結合体以外の１つ以上の追加的な活性薬剤が含まれることを明示的に除外する。一部の実施形態において、語句「～から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」は、本開示の抗体薬物結合体以外の１つ以上の追加的な活性薬剤及び第２の共投与される薬剤が含まれることを明示的に除外する。
用語「アミノ酸」は、天然に存在するアミノ酸、合成アミノ酸、及び非天然のアミノ酸、並びにアミノ酸類似体、及び天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸模擬物を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝的コードによってコードされるアミノ酸、並びに後に修飾されたアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ－カルボキシグルタマート、及びＯ－ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的な化学構造を有する化合物、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、及びＲ基に結合したα－炭素、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾されたＲ基（例えばノルロイシン）又は修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的な化学構造を保持する。アミノ酸模擬物は、アミノ酸の一般的な化学構造と異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様に機能する化合物を指す。
用語「保存的に修飾された変異体」は、アミノ酸配列及び核酸配列の双方に用いられる。特定の核酸配列に関して、保存的に修飾された変異体は、同じ、若しくは本質的に同じアミノ酸配列をコードする核酸を、又は、核酸がアミノ酸配列をコードしない場合、本質的に同じ配列を指す。遺伝的コードの縮重によって、多数の機能的に同じ核酸が、所定のいずれかのタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、及びＧＣＵは全て、アミノ酸アラニンをコードする。ゆえに、コドンによってアラニンが特定される全ての位置にて、コドンは、記載される対応するコドンのいずれかに変更され得、コードされるポリペプチドを変更することはない。そのような核酸変異は「サイレント変異」であり、これは、保存的に修飾された変異の一種である。また、ポリペプチドをコードする本明細書中の全ての核酸配列が、核酸の全ての可能なサイレント変異を記載する。当業者であれば、核酸中の各コドン（通常メチオニンの唯一のコドンであるＡＵＧ、及び通常トリプトファンの唯一のコドンであるＴＧＧ以外）が、機能的に同じ分子を産するように修飾され得ることを認識するであろう。したがって、ポリペプチドをコードする核酸の各サイレント変異が、記載される各配列内に潜在する。
ポリペプチド配列について、「保存的に修飾された変異体」は、化学的に類似するアミノ酸でアミノ酸を置換する、ポリペプチド配列に対する個々の置換、欠失、又は付加を含む。機能的に類似するアミノ酸を提供する保存的置換の表が、当該技術において周知である。そのような保存的に修飾された変異体は、本開示の多型の変異体、異種間相同体、及び対立遺伝子にも加えられ、これらを排除しない。以下の８つの群が、互いに保存的置換であるアミノ酸を含有する：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；及び８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４）参照）。一部の実施形態において、用語「保存的配列修飾」は、アミノ酸配列を含有する抗体の結合特性に大きく影響を及ぼさないか、又はこれを大きく変更しないアミノ酸修飾を指すのに用いられる。
本明細書中で用いられる用語「最適化された」は、産生細胞又は産生生物、通常真核細胞、例えば、酵母細胞、ピキア（Ｐｉｃｈｉａ）属細胞、真菌細胞、トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）属細胞、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）、又はヒト細胞において好まれるコドンを用いてアミノ酸配列をコードするように変更されたヌクレオチド配列を指す。最適化されたヌクレオチド配列は、「親」配列としても知られている出発ヌクレオチド配列によって元々コードされるアミノ酸配列を完全に、又は可能な限り保持するように操作されている。
２つ以上の核酸配列又はポリペプチド配列の文脈における用語「同じパーセント」又は「パーセント同一性」は、２つ以上の配列又はサブ配列が同じである程度を指す。２つの配列は、比較される領域にわたってアミノ酸又はヌクレオチドの配列が同じであるならば、「同じである」。２つの配列は、比較ウィンドウ、又は指定された領域上で、以下の配列比較アルゴリズムの１つを用いて、又は手動のアラインメント及び視覚による検査によって測定されて、最大一致について比較且つアラインされた場合に、アミノ酸残基又はヌクレオチドの特定のパーセンテージが同じである（すなわち、特定の領域にわたって、又は、特定されない場合には、配列全体にわたって、６０％の同一性、場合によっては６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％の同一性）ならば、「実質的に同じである」。場合によっては、同一性は、長さが少なくとも約３０ヌクレオチド（又は１０アミノ酸）である領域、より好ましくは長さが１００～５００ヌクレオチド又は１０００ヌクレオチド以上（又は２０、５０、２００アミノ酸以上）である領域にわたって存在する。
配列比較について、典型的には、１つの配列が、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを用いて、試験配列及び参照配列がコンピュータに入力されて、必要に応じて、サブ配列座標（ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅ）が指定されて、配列アルゴリズムプログラムパラメータが指定される。デフォルトのプログラムパラメータが用いられてもよいし、代替パラメータが指定されてもよい。次に、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列のパーセント配列同一性を算出する。
本明細書中で用いられる「比較ウィンドウ」は、２つの配列が最適にアラインされた後に、配列が、同じ数の隣接位置の参照配列と比較され得る、２０～６００、通常約５０～約２００、さらに通常約１００～約１５０からなる群から選択される隣接位置の数のいずれか１つのセグメントへの言及を含む。比較のための配列アラインメント方法が、当該技術において周知である。比較のための最適な配列アラインメントが、例えば、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２ｃ（１９７０）の局所的相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性検索方法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化されたインプリメンテーション（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩにおける、ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）によって、又は手動アラインメント及び視覚による検査（例えば、Ｂｒｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００３参照）によって行われ得る。
パーセント配列同一性及び配列類似性を判定するのに適したアルゴリズムの２つの例として、ＢＬＡＳＴアルゴリズム及びＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムがあり、これらはそれぞれ、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－３４０２，１９７７；及びＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０，１９９０に記載されている。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアが、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎから一般に入手可能である。このアルゴリズムは、最初に、高いスコアリング配列対（ＨＳＰ）を、クエリ配列中の長さＷのショートワードを特定することによって特定することを包含し、これは、データベース配列において同じ長さのワードとアラインされた場合に、一部の正の値の閾値スコアＴにマッチし、又はこれを満たすものである。Ｔは、近隣ワードスコア閾値と呼ばれる（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，前掲）。これらの最初の近隣ワードヒットは、これを含有するより長いＨＳＰを見出すための検索を開始させるシードとして機能する。ワードヒットは、累積アラインメントスコアが増大し得る限り、各配列に沿って両方向に延長される。累積スコアが、ヌクレオチド配列について、パラメータＭ（一対のマッチング残基についての報酬スコア；常に＞０）及びＮ（ミスマッチング残基についてのペナルティスコア；常に＜０）を用いて算出される。アミノ酸配列について、スコアリングマトリックスが、累積スコアを算出するのに用いられる。各方向におけるワードヒットの延長は、次の場合に停止する：累積アラインメントスコアが、その最大達成値から量Ｘ落ちた場合；累積スコアが、１つ以上の負の値のスコアリング残基アラインメントの蓄積に起因して、ゼロ以下になった場合；又はいずれかの配列の端部に達した場合。ＢＬＡＳＴアルゴリズムのパラメータＷ、Ｔ、及びＸは、アラインメントの感度及び速度を判定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列用）は、デフォルトとして、１１のワード長（Ｗ）、１０の予想（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝－４、及び双方の鎖の比較を用いる。アミノ酸配列について、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして３のワード長、及び１０の予想（Ｅ）、並びにＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１０９１５参照）は、５０のアラインメント（Ｂ）、１０の予想（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝－４、及び双方の鎖の比較を用いる。
ＢＬＡＳＴアルゴリズムはまた、２つの配列間の類似性の統計学的分析を実行する（例えば、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５８７３－５７８７，１９９３参照）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムによって提供される類似性の一尺度が、最小和確率（Ｐ（Ｎ））であり、これは、２つのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列間のマッチが偶然によって起こるであろう確率の指標を提供する。例えば、核酸は、参照核酸に対する試験核酸の比較において最小和確率が約０．２未満、より好ましくは約０．０１未満、最も好ましくは約０．００１未満であれば、参照配列に類似すると考える。
２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性はまた、Ｅ．Ｍｅｙｅｒｓ ａｎｄ Ｗ．Ｍｉｌｌｅｒ，Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．４：１１－１７（１９８８）のアルゴリズムを用いて（これは、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている）、ＰＡＭ１２０加重残留表（ｗｅｉｇｈｔ ｒｅｓｉｄｕｅ ｔａｂｌｅ）、１２のギャップ長ペナルティ、及び４のギャップペナルティを用いて判定され得る。加えて、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４－４５３（１９７０）アルゴリズムを用いて（これは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍから入手可能）において、ＧＡＰプログラムに組み込まれている）、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックス又はＰＡＭ２５０マトリックス、並びに１６、１４、１２、１０、８、６、又は４のギャップ加重及び１、２、３、４、５、又は６の長さ加重を用いて判定され得る。
先で注目された配列同一性のパーセンテージ以外の、２つの核酸配列又はポリペプチドが実質的に同じであることの別の指標として、第１の核酸によってコードされるポリペプチドが、下記のように、免疫学的に、第２の核酸によってコードされるポリペプチドに対して高められた抗体と交差反応性であることがある。ゆえに、ポリペプチドは典型的に、第２のポリペプチドと、例えば、２つのペプチドが保存的置換によってのみ異なる場合、実質的に同じである。２つの核酸配列が実質的に同じであることの別の指標として、下記のように、２つの分子又はそれらの相補体が、ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることがある。２つの核酸配列が実質的に同じであることのさらに別の指標として、配列を増幅させるのに同じプライマーが用いられ得ることがある。
用語「核酸」は、本明細書中で、用語「ポリヌクレオチド」と互換的に用いられ、一本鎖の形態又は二本鎖の形態のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド、及びそれらのポリマーを指す。当該用語は、知られているヌクレオチド類似体又は修飾された骨格残基若しくは結合を含有する核酸を包含し、これらは、合成核酸、天然に存在する核酸、及び天然に存在しない核酸であり、参照核酸と類似の結合特性を有し、そして参照ヌクレオチドと類似の様式で代謝される。そのような類似体の例として、限定されないが、ホスホロチオアート、ホスホロアミダート、メチルホスホナート、キラルメチルホスホナート、２－Ｏ－メチルリボヌクレオチド、ペプチド核酸（ＰＮＡ）が挙げられる。
特に明記されない限り、特定の核酸配列はまた、暗に、その保存的に修飾された変異体（例えば縮重コドン置換）及び相補配列、並びに明示的に示される配列を包含する。具体的には、以下で詳述されるように、縮重コドン置換は、１つ以上の選択された（又は全ての）コドンの第３の位置が、混合塩基及び／又はデオキシイノシン残基で置換されている配列を生じさせることによって、達成され得る（Ｂａｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１９：５０８１；Ｏｈｔｓｕｋａ ｅｔ ａｌ．，（１９８５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０：２６０５－２６０８；及びＲｏｓｓｏｌｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ ８：９１－９８）。
核酸の文脈における用語「作動可能に結合される」は、２つ以上のポリヌクレオチド（例えばＤＮＡ）セグメント間の機能的関係を指す。典型例として、転写調節配列の、転写される配列との機能的関係を指す。例えば、プロモータ又はエンハンサ配列は、適切な宿主細胞又は他の発現系において、コード配列の転写を刺激又は調節するならば、コード配列に作動可能に結合されている。通常、転写される配列に作動可能に結合されるプロモータ転写調節配列は、転写される配列に物理的に隣接している、すなわちシス作用性である。しかしながら、一部の転写調節配列、例えばエンハンサは、転写を増強するコード配列に物理的に隣接する必要もないし、それに近接して位置決めされる必要もない。
用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを指すのに、本明細書中で互換的に用いられる。当該用語は、１つ以上のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工化学模擬物であるアミノ酸ポリマーに、そして天然に存在するアミノ酸ポリマー及び天然に存在しないアミノ酸ポリマーに用いられる。特に明記されない限り、特定のポリペプチド配列はまた、暗に、その保存的に修飾された変異体を包含する。
本明細書中で用いられる用語「抗体薬物結合体」又は「免疫結合体」は、抗体又はその抗原結合フラグメントと、別の剤、例えば、化学療法剤、毒素、免疫療法剤、イメージングプローブなどとの結合を指す。結合は、共有結合、又は非共有結合的相互作用、例えば、静電力を介するものであり得る。当該技術分野において公知の種々のリンカーを、抗体薬物結合体を形成するために使用することができる。さらに、抗体薬物結合体は、免疫結合体をコードするポリヌクレオチドから発現させることができる融合タンパク質の形態で提供することができる。本明細書中で用いられる「融合タンパク質」は、別個のタンパク質（例として、ぺプチド及びポリペプチド）を最初にコードした２つ以上の遺伝子又は遺伝子フラグメントの結合を介して作出されるタンパク質を指す。融合遺伝子の翻訳は、元のタンパク質のそれぞれに由来する機能的特性を有する単一タンパク質をもたらす。
用語「対象」は、ヒト及び非ヒト動物を含む。非ヒト動物として、全ての脊椎動物、例えば哺乳類及び非哺乳類、例えば非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ニワトリ、両生類、及び爬虫類が挙げられる。示される場合以外は、用語「患者」又は「対象」は、本明細書中で互換的に用いられる。
本明細書中で用いられる用語「細胞毒素」、又は「細胞毒性剤」は、細胞の成長及び増殖に有害であり、細胞又は悪性腫瘍を引き下げ、阻害し、又は破壊するように作用し得る任意の剤を指す。
本明細書中で用いられる用語「抗癌剤」は、細胞増殖障害、例えば、癌を処置し、又は予防するために用いることができる任意の剤、例として、以下に限定されないが、細胞毒性剤、化学療法剤、放射線療法及び放射線療法剤、標的化抗癌剤、及び免疫療法剤を指す。
本明細書中で用いられる用語「薬物部分」又は「ペイロード」は、本開示の抗体又は抗原結合フラグメントに結合される化学的部分を指し、それとして、任意の治療又は診断剤、例えば、抗癌、抗炎症、抗感染（例えば、抗真菌、抗菌、抗寄生虫、抗ウイルス）、又は麻酔剤を挙げることができる。例えば、薬物部分は、抗癌剤、例えば、細胞毒素であり得る。特定の実施形態において、薬物部分は、標的インヒビタ化合物である。さらに、ペイロードは、生物物理学的プローブ、蛍光標識、スピンラベル、赤外プローブ、親和性プローブ、キレータ、分光プローブ、放射性プローブ、脂質分子、ポリエチレングリコール、ポリマー、スピンラベル、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、ぺプチド、表面、抗体、抗体フラグメント、ナノ粒子、量子ドット、リポソーム、ＰＬＧＡ粒子、糖又は多糖であり得る。
一部の実施形態において、薬物部分又はペイロードは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）である。一部の実施形態において、ＧＮＡＱ／１１インヒビタは、ＩＰ３のＧＮＡＱ／１１媒介産生を阻害し、及び／又はＧＮＡＱ／１１シグナリングに依存的な細胞（すなわち、ＧＮＡＱ／１１突然変異ブドウ膜黒色腫細胞）中で用量応答抗増殖効果を示す分子である。一部の実施形態において、ＧＮＡＱ／１１インヒビタは、ＧＮＡＱ／１１を不活性ＧＤＰ結合状態で安定化させ、ＧＤＰ放出を防止し、又は活性ＧＴＰ結合状態に結合し、下流エフェクタとのＧＮＡＱ／１１相互作用を防止する化合物である。一部の実施形態において、ＧＮＡＱ／１１インヒビタは、突然変異ＧＮＡＱ及び／又はＧＮＡ１１、例えば、Ｑ２０９Ｌ／Ｐ突然変異を含むものを阻害することによって機能する。そのような薬物部分を標的化部分と適合性のリンカーに付着させる方法は、当該技術分野において公知の方法とともに本開示に挙げられる。例えば、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，（２００９）Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，ｖｏｌ．５２５，４４５－４５７参照。
ＧＮＡＱ（グアニンヌクレオチド結合タンパク質Ｇ（ｑ）サブユニットアルファ、ＣＭＣ１、Ｇ－ＡＬＰＨＡ－ｑ、ＧＡＱ、ＳＷＳ、及びＧタンパク質サブユニットアルファｑとしても公知）及びＧＮＡ１１（グアニンヌクレオチド結合タンパク質サブユニットアルファ－１１、ＦＢＨ、ＦＢＨ２、ＦＨＨ２、ＧＮＡ－１１、ＨＨＣ２、ＨＹＰＯＣ２、及びＧタンパク質サブユニットアルファ１１としても公知）は、Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）の下流で作用するヘテロ三量体Ｇタンパク質のαサブユニットを構成する密接に関連するＧＴＰアーゼである。αサブユニットは、グアノシン二リン酸（ＧＤＰ）をグアノシン三リン酸（ＧＴＰ）と交換することによってＧタンパク質の活性化のためのスイッチとして作用し、区別される下流エフェクタの活性化をもたらす。活性化は、固有のＧＴＰアーゼ活性によって終結される。それというのも、ＧＴＰがＧＤＰに加水分解されるためである（Ｖａｎ Ｒａａｍｓｄｏｎｋ ｅｔ ａｌ．，２０１０，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．；３６３（２３）：２１９１－９）。Ｇｑタンパク質カスケードの古典的活性化は、リン脂質ホスファチジルイノシトール４，５－二リン酸を加水分解して２つの強力なセカンドメッセンジャー：Ｄ－ミオ－イノシトール１，４，５－三リン酸（ＩＰ３）及びジアシルグリセロール（ＤＡＧ）を放出させるホスホリパーゼＣ－β（ＰＬＣ－β）を介して生じる。細胞内Ｃａ２＋の一過的増大後、ＩＰ３は、ＩＰ２、ＩＰ１、及びミオ－イノシトールに急速に変換される。他方、ＤＡＧは、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）を活性化させ、ＲＡＦ、ＭＥＫ、及びＥＲＫのリン酸化のカスケードをもたらし、それが核にトランスロケートして細胞増殖及び生存を調節する（Ｋｒａｎｔｚ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｃｌｉｎ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．；１１：２７９－２８９）。
ヒトＧＮＡＱの例示的アミノ酸及びヌクレオチド配列は、ＧｅｎＢａｎｋに、それぞれアクセッション番号ＮＰ＿００２０６３及びＮＭ＿００２０７２で公開されている。ヒトＧＮＡＱの例示的アミノ酸及びヌクレオチド配列はまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレットにも、それぞれ配列番号２６８及び２６９として記載されている。
ヒトＧＮＡ１１の例示的アミノ酸及びヌクレオチド配列は、ＧｅｎＢａｎｋに、それぞれアクセッション番号ＮＰ＿００２０５８及びＮＭ＿００２０６７で公開されている。ヒトＧＮＡ１１の例示的アミノ酸及びヌクレオチド配列はまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレットにも、それぞれ配列番号２７０及び２７１として記載されている。
「腫瘍」は、新生物細胞成長及び増殖を指し、悪性か良性かを問わず、全ての前癌性及び癌性細胞及び組織を指す。
用語「抗腫瘍活性」は、腫瘍細胞増殖の速度、生存、又は転移活性の引き下げを意味する。例えば、抗腫瘍活性は、治療の間に生じる異常細胞の成長速度の降下又は腫瘍サイズの安定性若しくは引き下げ、又は治療なしの対照と比較して長い、治療に起因する生存期間によって示すことができる。そのような活性は、承認されたインビトロ又はインビボ腫瘍モデル、例として、以下に限定されないが、ゼノグラフトモデル、アログラフトモデル、ＭＭＴＶモデル、及び抗腫瘍活性を調査するための当該技術分野において公知の他の公知のモデルを用いて評価することができる。
用語「悪性腫瘍」は、非良性腫瘍又は癌を指す。本明細書で使用されるとき、用語「癌」には、調節が解除された又は無制御な細胞成長を特徴とする悪性腫瘍が含まれる。例示的癌としては、限定はされないが、癌腫（例えば、肝細胞癌）、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、及び黒色腫（例えば、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又は粘膜黒色腫）が挙げられる。
用語「癌」は、原発性悪性腫瘍（例えば、細胞が最初の腫瘍の部位以外の対象の身体中の部位に移動しなかったもの）及び続発性悪性腫瘍（例えば、最初の腫瘍の部位と異なる続発性部位への腫瘍細胞の移動である転移から生じるもの）を含む。
用語「ＰＭＥＬ１７」（プレメラノソームタンパク質（ＰＭＥＬ）、Ｄ１２Ｓ５３Ｅ、ＭＥ２０、ＭＥ２０－Ｍ、ＭＥ２０Ｍ、Ｐ１、Ｐ１００、ｇｐ１００、ＳＩ、ＳＩＬ、及び銀遺伝子座タンパク質相同体（ｓｉｌｖｅｒ ｌｏｃｕｓ ｐｒｏｔｅｉｎ ｈｏｍｏｌｏｇ）（ＳＩＬＶ）とも称される）は、メラニン細胞によって産生され、メラニン合成に関与するＩ型１回膜貫通タンパク質を指す。ヒトＰＭＥＬ１７の例示的アミノ酸及び核酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋにおいて以下のアクセッション番号：ＮＰ＿００８８５９、ＮＰ＿００１３０７０５０、ＮＰ＿００１３０７０５１、ＮＰ＿００１１８６９８２、ＮＰ＿００１１８６９８３（アミノ酸配列）、及びＮＭ＿００６９２８、ＮＭ＿００１２０００５３、ＮＭ＿００１２０００５４、ＮＭ＿００１３２０１２１、ＮＭ＿００１３２０１２２（ヌクレオチド配列）で公開されている。ヒトＰＭＥＬ１７の例示的アミノ酸及びヌクレオチド配列はまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレットにも、配列番号２７２～２７６（アミノ酸配列）及び配列番号２７７～２８１（ヌクレオチド配列）として記載されている。本明細書で使用されるとき、用語「ＰＭＥＬ１７」は、まとめて、ＰＭＥＬ１７タンパク質の天然に存在するあらゆるアイソフォーム、又はその変異体を指して使用される。
用語「変異体」は、参照ポリペプチドと実質的に同一のアミノ酸配列を有し、又は実質的に同一のヌクレオチド配列によってコードされ、参照ポリペプチドの１つ以上の活性を有し得るポリペプチドを指す。例えば、変異体は、参照ポリペプチドと約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上の配列同一性を有する一方、参照ポリペプチドの１つ以上の活性を保持し得る。
本明細書中で用いられる、いずれかの疾患又は障害を「処置する」、「処置すること」、又はその「処置」という用語は、一実施形態において、疾患又は障害を改善すること（すなわち、疾患の進行、又はその臨床病徴の少なくとも１つを遅らせ、抑制し、又は軽減すること）を指す。別の実施形態において、「処置する」、「処置すること」、又は「処置」は、患者によって識別され得ないものを含む少なくとも１つの物理的パラメータを軽減又は改善することを指す。さらに別の実施形態において、「処置する」、「処置すること」、又は「処置」は、物理的に（例えば、識別できる病徴の安定化）、生理的に（例えば、物理的パラメータの安定化）、又は両方で、疾患又は障害を調節することを指す。
本明細書中で用いられる、いずれかの疾患又は障害を「予防する」、「予防すること」、「予防」という用語は、疾患又は障害の予防的な処置、又は疾患又は障害の進行を遅延させることを指す。
用語「治療的に許容可能な量」又は「治療的に有効な用量」は、互換的に、所望の結果（すなわち、腫瘍サイズの引下げ、腫瘍増殖の阻害、転移の予防、ウイルス、細菌、真菌、又は寄生虫感染の阻害又は予防）をもたらすのに十分な量を指す。一部の実施形態において、治療的に許容可能な量は、不所望の副作用を誘導も引起しもしない。一部の実施形態において、治療的に許容可能な量は、副作用を誘導し、又は引き起こすが、患者の病態の観点で医療提供者によって許容可能な副作用のみを誘導し、又は引き起こす。治療的に許容可能な量は、最初に低い用量を投与してから、当該用量を、所望の効果が達成されるまで段々に増大させることによって、決定され得る。本開示の分子の「予防的に有効な投薬量」、及び「治療的に有効な投薬量」はそれぞれ、病徴、例として、癌関連病徴の発症を予防することができるか、又は病徴の重症度を軽減することができる。
用語「同時投与」は、個人の血液中での２つの活性剤の同時の存在を指す。活性剤は、同時に送達されても、順次送達されてもよい。
用語「阻害」、「インヒビタ」、「結合アンタゴニスト」又は「アンタゴニスト」には、所与の分子のある種のパラメータ、例えば、活性の減少が含まれる。例えば、所与の分子の活性の少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％又はそれ以上の阻害がこの用語に含まれる。このように、阻害は１００％でなくてもよい。
用語「活性化」、「アクチベータ」、又は「アゴニスト」には、所与の分子のある種のパラメータ、例えば、活性の増加が含まれる。例えば、所与の分子の活性の少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％又はそれ以上の増加がこの用語に含まれる。
クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）
クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）は、グラム陰性桿菌の属である。現在、この属の中では１１種が公知であり、それらは、Ｃ．アルカニボランス（Ｃ．ａｌｋａｎｉｖｏｒａｎｓ）、Ｃ．アマゾネンス（Ｃ．ａｍａｚｏｎｅｎｓｅ）、Ｃ．アクアチカム（Ｃ．ａｑｕａｔｉｃｕｍ）、Ｃ．ヘモリチカム（Ｃ．ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、Ｃ．フラグミティス（Ｃ．ｐｈｒａｇｍｉｔｉｓ）、Ｃ．ピスシナエ（Ｃ．ｐｉｓｃｉｎａｅ）、Ｃ．シュードビオラセウム（Ｃ．ｐｓｅｕｄｏｖｉｏｌａｃｅｕｍ）、Ｃ．リゾリザエ（Ｃ．ｒｈｉｚｏｒｙｚａｅ）、Ｃ．サブツガエ（Ｃ．ｓｕｂｔｓｕｇａｅ）、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）、及びＣ．ビオラセウム（Ｃ．ｖｉｏｌａｃｅｕｍ）である。
一部の実施形態において、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）は、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）である。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）は、クランベリーの木の土壤から単離され（Ｓｏｂｙ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．；６３（５）：１８４０－６）、ＤＳＭＺ及びＡＴＣＣの両方の株コレクションに寄託された（クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）。この株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号は、ＪＮ１２０８６９である。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０のドラフトゲノムは、Ｖｏｅｉｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎｎｏｕｎｃ ３，ｅ００４７７－１５により公開された（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＮＺ＿ＪＺＪＬ００００００００）。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）は栄養寒天上で容易に成長し、２８℃で２日間インキュベートすると、ビオラセインの産生に起因して暗紫色の金属光沢を持つ特有の滑らかな低凸状コロニーを作る。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）は健康成人ヒトにいかなる疾患も引き起こさないものと見られ、研究室の職員及び環境に危害を及ぼす可能性は最小限である。
本明細書に記載の微生物には、例えば、デプシペプチド、例えば化合物（Ａ１）を天然に産生する突然変異体形態のＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、化合物（Ａ１）の力価を増加させる突然変異を含む。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、化合物（Ａ１）の単離収率を増加させる突然変異を含む。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、化合物（Ａ１）の力価を増加させる突然変異と化合物（Ａ１）の単離収率を増加させる突然変異とを含む。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、プロモータ挿入突然変異（例えば、本明細書に記載のプロモータ挿入突然変異）を含む。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、破壊突然変異（例えば、本明細書に記載の破壊突然変異）を含む。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、複数の破壊突然変異（例えば、本明細書に記載の複数の破壊突然変異）を含む。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、プロモータ挿入突然変異（例えば、本明細書に記載のプロモータ挿入突然変異）と破壊突然変異（例えば、本明細書に記載の破壊突然変異）とを含む。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、プロモータ挿入突然変異（例えば、本明細書に記載のプロモータ挿入突然変異）及び複数の破壊突然変異（例えば、本明細書に記載の複数の破壊突然変異）を含む。
プロモータ挿入突然変異体
一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、同一の又は同様の条件下で培養したとき、参照Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）と比較して化合物（Ａ１）の力価の増加を呈する。例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣの上流にある天然プロモータを非天然プロモータ、例えば、より強力な非天然プロモータに改変する、例えば、置き換えることができる。理論によって拘束されることを望むものではないが、化合物（Ａ１）－ＢＧＣは単一のオペロンを含有すると考えられ、その転写は、単一のプロモータによってドライブされるものと見られる。
非天然プロモータは、天然では化合物（Ａ１）－ＢＧＣに作動可能に連結されていない、且つそのように作動可能に連結されると、化合物（Ａ１）－ＢＧＣの転写活性を増加させる任意のプロモータ配列であってよい。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）からのもの、例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣ以外のＢＧＣの発現を制御するプロモータ、例えば、ｖｉｏＰプロモータである。他の実施形態において、非天然プロモータは、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）からのものでない。一部の実施形態において、非天然プロモータは、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）からのものである。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、構成的プロモータである。一部の実施形態において、非天然プロモータは、誘導性プロモータである。一部の実施形態において、プロモータ、例えば、ｖｉｏＰプロモータは、ホモセリンラクトン類の産生によって誘導される。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ビオラセインプロモータである。一部の実施形態において、非天然プロモータは、リボソームプロモータである。一部の実施形態において、非天然プロモータは、トランスポゾンに位置する。
特定の実施形態において、非天然プロモータは、天然に存在するプロモータである。他の実施形態において、非天然プロモータは、合成プロモータである。他の実施形態において、非天然プロモータは、コンセンサスプロモータ、例えば、一群の関連する天然に存在するプロモータのコンセンサス配列を含むものである。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｖｉｏＰプロモータである。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｎｐｔＩＩプロモータである。一部の実施形態において、非天然プロモータは、ｒｂｓプロモータである。
他の非天然プロモータとしては、限定はされないが、Ｊ２３１１９プロモータ（例えば、ｐａｒｔｓ．ｉｇｅｍ．ｏｒｇに記載されるとおり）、ｐＬｐｐプロモータ（例えば、ｐａｒｔｓ．ｉｇｅｍ．ｏｒｇに記載されるとおり）、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータ（例えば、Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ａｐｐ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ７４（４）：１０６４－７５に記載されるとおり）、Ｅｒｍｅ＊プロモータ（例えば、Ｂｉｂｂ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ １４（３）：５３３－４５に記載されるとおり）、又はＰｅｍ７プロモータ（例えば、Ｚｏｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（２０１５）ＡＣＳ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｂｉｏｌｏｇｙ ４：１３４１－５１に記載されるとおり）が挙げられる。
一部の実施形態において、非天然プロモータは、表１に記載されるプロモータである。一部の実施形態において、異種プロモータは、表１に記載されるヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。一部の実施形態において、異種プロモータは、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はそれと少なくとも約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％の同一性を有する配列、又はその機能性フラグメントを含む。
例えば、株クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＰ－ｆｒｓＡは、株クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０から、化合物（Ａ１）－ＢＧＣの前へのプロモータｖｉｏＰの挿入により翻訳融合体が作り出されることによって生成される突然変異体である。プロモータｖｉｏＰは、この株の固有のビオラセインＢＧＣから抽出された。プロモータｖｉｏＰのヌクレオチド配列は、表１に示す。この突然変異体の生成については、実施例１に記載する。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）からのビオラセインプロモータとＣ．ビオラセウム（Ｃ．ｖｉｏｌａｃｅｕｍ）からのそれとは、同じ本質的に同じ機能及び約８２％の配列同一性（ｉｄｅｎｔｉｆｙ）。Ｃ．ビオラセウム（Ｃ．ｖｉｏｌａｃｅｕｍ）からのｖｉｏＰプロモータについては、例えば、Ｍｏｒｏｈｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｂｉｏｓｃｉｅ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．；７４（１０），２１１６－２１１９及びＺｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ；９０：１９６３－１９７１に記載されている。
別の例として、株クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｎｐｔＩＩ－ｆｒｓＡは、株クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０から、化合物（Ａ１）－ＢＧＣの前へのプロモータｎｐｔＩＩの挿入により翻訳融合体が作り出されることによって生成される突然変異体である。プロモータｎｐｔＩＩは、構成的プロモータである。プロモータｎｐｔＩＩのヌクレオチド配列は、表１に示す。この突然変異体の生成については、実施例１に記載する。
更に別の例として、株クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｒｂｓ－ｆｒｓＡは、株クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０から、化合物（Ａ１）－ＢＧＣの前へのプロモータｒｂｓの挿入により翻訳融合体が作り出されることによって生成される突然変異体である。リボソームプロモータｒｂｓは、構成的プロモータである。プロモータｒｂｓのヌクレオチド配列は、表１に示す。この突然変異体の生成については、実施例１に記載する。
なおも別の例として、プロモータｖｉｏＰ、ｎｐｔＩＩ又はｒｂｓは、プロモータＪ２３１１９、ＰＳ１２ｂｕｒｋ、Ｅｒｍｅ＊、又はｐＬｐｐに置き換えることができる。プロモータＪ２３１１９は、合成プロモータである。プロモータＪ２３１１９のヌクレオチド配列は、表１に示す。プロモータＰＳ１２ｂｕｒｋは、バークホルデリア・タイランデンシス（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｔｈａｉｌａｎｄｅｎｓｉｓ）からのリボソームプロモータである。プロモータＰＳ１２ｂｕｒｋのヌクレオチド配列は、表１に示す。プロモータＰＳ１２ｂｕｒｋはまた、Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ａｐｐ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ７４（４）：１０６４－７５）にも記載される。ＰＳ１２ｂｕｒｋはまた、Ｓ１２ｂｕｒｋとしても公知であり得る。プロモータＥｒｍＥ＊は、サッカロポリスポラ・エリスラエア（Ｓａｃｃｈａｒｏｐｏｌｙｓｐｏｒａ ｅｒｙｔｈｒａｅａ）からの２３Ｓ ｒＲＮＡメチラーゼプロモータである。プロモータＥｒｍＥ＊のヌクレオチド配列は、表１に示す。プロモータＥｒｍＥ＊はまた、Ｂｉｂｂ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ １４（３）：５３３－４５にも記載され、記載される。プロモータｐＬｐｐは、合成プロモータである。プロモータｐＬｐｐのヌクレオチド配列は、表１に示す。プロモータｐＬｐｐはまた、ｐａｒｔｓ．ｉｇｅｍ．ｏｒｇにも記載される。ｐＬｐｐはまた、Ｐｌｐｐとしても公知であり得る。
一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ挿入突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、同一の条件下で培養したとき、参照Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣにプロモータ挿入突然変異を有しないＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）又は野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の力価と比較して少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍に増加する。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ挿入突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の化合物（Ａ１）の力価と比較して少なくとも約３倍、例えば、少なくとも約３．５倍に増加する。
一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ挿入突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、同一の条件下で培養したとき、参照Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣにプロモータ挿入突然変異を有しないＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）又は野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の力価と比較して少なくとも約１００ｍｇ／Ｌ、約２００ｍｇ／Ｌ、約３００ｍｇ／Ｌ、約４００ｍｇ／Ｌ、約５００ｍｇ／Ｌ、約６００ｍｇ／Ｌ、約７００ｍｇ／Ｌ、約８００ｍｇ／Ｌ、約９００ｍｇ／Ｌ、又は約１０００ｍｇ／Ｌ増加する。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ挿入突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、例えば、野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の化合物（Ａ１）の力価と比較して、約３００ｍｇ／Ｌ以下から少なくとも約６００ｍｇ／Ｌ又は少なくとも約８００ｍｇ／Ｌまで増加する。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ挿入突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、少なくとも約２００ｍｇ／Ｌ、約２５０ｍｇ／Ｌ、約３００ｍｇ／Ｌ、約３５０ｍｇ／Ｌ、約４００ｍｇ／Ｌ、約４５０ｍｇ／Ｌ、約５００ｍｇ／Ｌ、約５５０ｍｇ／Ｌ、約６００ｍｇ／Ｌ、約６５０ｍｇ／Ｌ、約７００ｍｇ／Ｌ、約７５０ｍｇ／Ｌ、約８００ｍｇ／Ｌ、約８５０ｍｇ／Ｌ、約９００ｍｇ／Ｌ、約９５０ｍｇ／Ｌ、約１０００ｍｇ／Ｌ、約１１００ｍｇ／Ｌ、約１２００ｍｇ／Ｌ、約１３００ｍｇ／Ｌ、約１４００ｍｇ／Ｌ、約１５００ｍｇ／Ｌ、約１６００ｍｇ／Ｌ、約１７００ｍｇ／Ｌ、約１８００ｍｇ／Ｌ、約１９００ｍｇ／Ｌ、又は約２０００ｍｇ／Ｌである。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、少なくとも約８００ｍｇ／Ｌ、例えば、約８００ｍｇ／Ｌ～約８５０ｍｇ／Ｌである。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ挿入突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、例えば、動物成分不含の培地で培養したとき、少なくとも約６００ｍｇ／Ｌ、例えば、約６００ｍｇ／Ｌ～約６５０ｍｇ／Ｌである。
本明細書に記載のＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）プロモータ挿入突然変異体は、化合物（Ａ１）の小規模（例えば、研究規模）又は大規模（例えば、生産規模）での産生に使用することができる。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）は発酵槽又はバイオリアクターで産生される。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）は、約５０Ｌ～約２５０Ｌ、例えば、約５０Ｌ～約１００Ｌ、約１００Ｌ～約１５０Ｌ、又は約１５０Ｌ～約２５０Ｌ、例えば、約５０Ｌ、約１００Ｌ、約１５０Ｌ、約２００Ｌ、又は約２５０Ｌの発酵容積で産生される。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）は、約１，０００Ｌ～約２０，０００Ｌ、例えば、約１，０００Ｌ～約１０，０００Ｌ又は約１０，０００Ｌ～約２０，０００Ｌ、例えば、約１，０００Ｌ、約２，０００Ｌ、約５，０００Ｌ、約７，５００Ｌ、約１０，０００Ｌ、約１５，０００Ｌ、又は約２０，０００Ｌの発酵容積で産生される。
破壊突然変異体
或いは、又は組合せで、一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体は、同一の条件下で培養したとき、野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）と比較して化合物（Ａ１）の単離収率の増加を呈する。例えば、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）によって産生される別の天然産物のレベル又は活性が減少してもよく、例えば、かかる天然産物のＢＧＣが破壊されてもよい。理論によって拘束されることを望むものではないが、化合物（Ａ１）及びその類似体に加えて、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）は少なくとも２つの追加的な天然産物クラスを産生し、それらは化合物（Ａ１）の精製をある程度妨げると考えられる。それらはビオラセインクラス及び環状リポデプシペプチドのクラスに属し、化合物Ｊが最も豊富に現れる。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）の単離収率は、化合物（Ａ１）の精製を妨げる副産物の複雑さを低下させると増加し得る。
一部の実施形態において、ビオラセインのＢＧＣは改変され、例えば、破壊されるか、又はビオラセイン－ＢＧＣの１つ以上の遺伝子がノックアウトされる。一部の実施形態において、ビオラセインのレベル又は活性を低減し、例えば、消失させる。
ビオラセインは、ほとんどのクロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉａ）に共通する、この属名の由来とも言ってよい、ビスインドール構造の紫色の色素である。ビオラセインは、以下の化学構造を有する。
その生合成については解明されており、それぞれのＢＧＣが、例えば、Ａｕｇｕｓｔ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．；２（４）：５１３－５１９に記載されている。抽出過程では、発酵ブロス中に存在する多量のビオラセインは、蒸発ステップのたびに沈殿して、続く可溶化に時間及び労力を要するため、厄介である。したがって、最初の精製ステップとしてサイズ排除クロマトグラフィを導入してビオラセインを除去し、更なる沈殿を回避することができる。
一部の実施形態において、化合物ＪのＢＧＣは改変され、例えば、破壊されるか、又は化合物Ｊ－ＢＧＣの１つ以上の遺伝子がノックアウトされる。例えば、化合物Ｊ－ＢＧＣ（例えば、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのいずれか１、２、３つ、又は全て）からの１つ以上の（例えば、２、３、４つ、又はそれ以上の）化合物の産生を低減し、例えば、消失させる。一部の実施形態において、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、及び化合物Ｄの産生を低減し、例えば、消失させる。
一部の実施形態において、化合物Ｊのレベル又は活性を低減し、例えば、消失させる。一部の実施形態において、化合物ＪのＢＧＣは改変され、例えば、破壊されるか、又は化合物Ｊ－ＢＧＣの１つ以上の遺伝子がノックアウトされる。
化合物Ｊは、以下の化学構造を有する。
化合物Ｊ（生合成配列：Ｎ－アシル－Ｓｅｒ－Ｖａｌ－Ｈｉｓ－Ｖａｌ－Ｌｅｕ－Ｖａｌ（配列番号３１８）の環状ヘキサデプシペプチド）のレトロ生合成分析により、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のシーケンシングされたゲノムからそのＢＧＣを同定することが可能となった。サイズ排除クロマトグラフィを行うと、化合物Ｊクラスのメンバーが化合物（Ａ１）リッチ画分に共溶出し、そのため分取ＨＰＬＣによる更なる精製のための可溶化時に極めて高い粘度（ほぼゲル様）が生じて、カラムへの注入の妨げとなる。結果的に、典型的には画分を更に希釈する必要があり、各ランで処理される化合物の量が制限される。
一部の実施形態において、化合物Ｆ５のレベル又は活性を低減し、例えば、消失させる。
化合物Ｆ５は、以下の化学構造を有する。
化合物Ｆ５は、配列Ｎ－（Ｚ）－デカ－３－エノイル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３２１）の線状リポペプチドである。化合物Ｊと比較して、１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間のラクトンが加水分解されている。
一部の実施形態において、化合物Ｆ３のレベル又は活性を低減し、例えば、消失させる。
化合物Ｆ３は、以下の化学構造を有する。
化合物Ｆ３は、配列Ｎ－オクタノイル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３２２）の環状リポデプシペプチドである。１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間にヘキサペプチドラクトン環が形成される。
一部の実施形態において、化合物Ｄのレベル又は活性を低減し、例えば、消失させる。
化合物Ｄは、以下の化学構造を有する。
化合物Ｄは、配列Ｎ－オクタニル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３２３）の線状リポペプチドである。化合物Ｆ３と比較して１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間のラクトンが加水分解されている。
一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体は、２つ以上の（例えば、３又は４つの）破壊突然変異を有する。例えば、ビオラセイン－ＢＧＣ及び化合物Ｊ－ＢＧＣの両方を改変し、例えば、破壊することができる。
一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体の化合物（Ａ１）の単離収率は、同一の条件下で培養したとき、参照Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、破壊突然変異を有しないＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）又は野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の単離収率と比較して少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、又は約９０％、又は少なくとも約１、約２、約３、約４、又は約５倍増加する。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体の化合物（Ａ１）の単離収率は、少なくとも約６０％、例えば、約６５％～約７０％である。一部の実施形態において、野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の化合物（Ａ１）の単離収率は、約３５％～約４５％、例えば、約４０％である。
一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、同一の条件下で培養したとき、参照Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、破壊突然変異を有しないＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）又は野生型Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の力価と比較して約５０％、約４０％、約３５％、約３０％、約２５％、約２０％、約１５％、又は約１０％を超えて異ならない。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、少なくとも約２００ｍｇ／Ｌ、約２５０ｍｇ／Ｌ、約３００ｍｇ／Ｌ、約３５０ｍｇ／Ｌ、約４００ｍｇ／Ｌ、約４５０ｍｇ／Ｌ、約５００ｍｇ／Ｌ、約５５０ｍｇ／Ｌ、約６００ｍｇ／Ｌ、約６５０ｍｇ／Ｌ、約７００ｍｇ／Ｌ、約７５０ｍｇ／Ｌ、約８００ｍｇ／Ｌ、約８５０ｍｇ／Ｌ、約９００ｍｇ／Ｌ、約９５０ｍｇ／Ｌ、約１０００ｍｇ／Ｌ、約１１００ｍｇ／Ｌ、約１２００ｍｇ／Ｌ、約１３００ｍｇ／Ｌ、約１４００ｍｇ／Ｌ、約１５００ｍｇ／Ｌ、約１６００ｍｇ／Ｌ、約１７００ｍｇ／Ｌ、約１８００ｍｇ／Ｌ、約１９００ｍｇ／Ｌ、又は約２０００ｍｇ／Ｌである。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、少なくとも約８００ｍｇ／Ｌ、例えば、約８００ｍｇ／Ｌ～約８５０ｍｇ／Ｌである。一部の実施形態において、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体の化合物（Ａ１）の力価は、例えば、動物成分不含の培地で培養したとき、少なくとも約６００ｍｇ／Ｌ、例えば、約６００ｍｇ／Ｌ～約６５０ｍｇ／Ｌである。
本明細書に記載のＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）破壊突然変異体は、化合物（Ａ１）の小規模（例えば、研究規模）又は大規模（例えば、生産規模）での産生に使用することができる。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）は発酵槽又はバイオリアクターで産生される。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）は、約５０Ｌ～約２５０Ｌ、例えば、約５０Ｌ～約１００Ｌ、約１００Ｌ～約１５０Ｌ、又は約１５０Ｌ～約２５０Ｌ、例えば、約５０Ｌ、約１００Ｌ、約１５０Ｌ、約２００Ｌ、又は約２５０Ｌの発酵容積で産生される。一部の実施形態において、化合物（Ａ１）は、約１，０００Ｌ～約２０，０００Ｌ、例えば、約１，０００Ｌ～約１０，０００Ｌ又は約１０，０００Ｌ～約２０，０００Ｌ、例えば、約１，０００Ｌ、約２，０００Ｌ、約５，０００Ｌ、約７，５００Ｌ、約１０，０００Ｌ、約１５，０００Ｌ、又は約２０，０００Ｌの発酵容積で産生される。
化合物（Ａ１）の生合成
デプシペプチド、化合物（Ａ１）については、Ｆｕｊｉｏｋａ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．；５３（１２）２８２０－２８２５に記載されている。これは、マンリョウ（Ａｒｄｉｓｉａ ｃｒｅｎａｔａ）の全植物体のメタノール抽出物から単離された。ほぼ２０年後、化合物（Ａ１）が実際には、植物マンリョウ（Ａｒｄｉｓｉａ ｃｒｅｎａｔａ）の厳密に偏性の細菌内部共生体、カンディダトゥス・バークホルデリア・クレナタ（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｒｅｎａｔａ）によって産生されることが発見された（Ｃａｒｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．；１８（８）：２５０７－２２；化合物（Ａ１）の生合成に関与する生合成遺伝子をコードする生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）のＤＮＡ配列についてＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＬＧＴＧ０１０００６４３．１）。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）における異種発現による化合物（Ａ１）生合成について、例えば、Ｃｒｕｅｓｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．；５７，８３６－８４０に記載されている。
本明細書の実施例１に記載するとおり、配列データベースからの細菌ゲノム及びＰａｃＢｉｏシーケンシング技術で実施されたシーケンシング作業からの細菌ゲノムに関するゲノムマイニング作業において、Ｂ．クレナタ（Ｂ．ｃｒｅｎａｔａ）からの化合物（Ａ１）－ＢＧＣの翻訳されたアミノ酸配列が問い合わせ配列として使用された。翻訳されたアミノ酸配列中で相同性が極めて高い、且つタンパク質機能が同一の予測であるクラスターが、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のシーケンシングされたゲノムに発見された。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）が化合物（Ａ１）－ＢＧＣを内包しているという知識があったため、ｆｒｓＣ及びｆｒｓＨについて、その既発表のドラフトゲノム（Ｖｏｅｉｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎｎｏｕｎｃ ３，ｅ００４７７－１５）から意味のあるＢＬＡＳＴヒットを読み出すことが可能であったが、完全長遺伝子ｆｒｓＡ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧについては読み出せなかった。同様の手法で、Ｈｅｒｍｅｓ ｅｔ ａｌ（２０２１）により、Ａ１の産生者としてのＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の同定につながった。しかしながら、クラスターは６コンティグにわたって広がり、化合物（Ａ１）－ＢＧＣ全体の配列（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＭＴ８７６５４５）を入手するには、広範なＰＣＲベースのギャップ閉鎖を実施する必要があった。本明細書の実施例１で生成された配列は、高度な同一性のひと続きの反復配列に関してＰａｃＢｉｏシーケンシングが有利であることを実証している。追加的な大型ＮＲＰＳ及び幾つかの転移因子をコードする上流及び下流領域を含めた、完全な化合物（Ａ１）－ＢＧＣを同定することができた（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９）。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）（７６９７４ｂｐ）における化合物（Ａ１）（ｆｒｓＡ～Ｈ）及び化合物Ｊ（ｄｉｓ１～４）のＢＧＣを含有する転移因子上の遺伝子構成を図１に示す。化合物（Ａ１）－ＢＧＣ及びＮＲＰＳ Ａを含有するゲノム領域の構成を表２－１に更に示す。
化合物（Ａ１）の生合成についてはまた、限定はされないが、完全化合物（Ａ１）－ＢＧＣを含め、例えば、Ｐｉｓｔｏｒｉｕｓ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ｖａｃｃｉｎｉｉ ＤＳＭ ２５１５０ ｆｏｒ Ｉｍｐｒｏｖｅｄ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ＦＲ９００３５９．ＣｈｅｍＲｘｉｖ．Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ：Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｏｐｅｎ Ｅｎｇａｇｅ；２０２１（これは全体として参照により援用される）にも開示されている。
細胞培養及び発酵
本明細書に記載の微生物は、化合物（Ａ１）の産生を許容する条件下で培養することができる。一般に、最適化し得る条件には、炭素源の種類及び量、窒素源の種類及び量、炭素対窒素比、酸素レベル、成長温度、ｐＨ、バイオマス産生相の長さ、標的産物蓄積相の長さ、及び細胞回収のタイミングが含まれる。
培養培地は、概して好適な炭素源を含有する。炭素源としては、限定はされないが、単糖類（例えば、グルコース、フルクトース、キシロース）、二糖類（例えば、ラクトース、スクロース）、オリゴ糖類、多糖類（例えば、デンプン、セルロース、ヘミセルロース、他のリグノセルロース系材料又はこれらの混合物）、糖アルコール類（例えば、グリセロール）、及び再生可能原料（例えば、チーズホエー透過液、コーンスティープリカー、シュガービート廃糖蜜、大麦モルト）を挙げることができる。炭素源はまた、以下の非限定的な例のうちの１つ以上から選択することもできる：線状又は分枝状アルカン類（例えば、ヘキサン）、線状又は分枝状アルコール類（例えば、ヘキサノール）、脂肪酸（例えば、約１０炭素～約２２炭素）、脂肪酸のエステル類、モノグリセリド類、ジグリセリド類、トリグリセリド類、リン脂質、並びに植物油（例えば、大豆油）及び動物性脂肪を含めた様々な市販の脂肪酸供給源。炭素源には、そこから主要な生化学的中間体への代謝的変換が起こり得るような一炭素源（例えば、二酸化炭素、メタノール、ホルムアルデヒド、ギ酸塩及び炭素含有アミン類）が含まれ得る。利用される炭素の供給源は、幅広い炭素含有供給源を包含することができ、１つ又は複数の操作された微生物の選択によってのみ制限されることになることが予想される。許容できる成長培地の非限定的な例としては、ルリアブロス（ＬＢ）寒天、キング培地Ｂ（ＫＭＢ）寒天、トリプシン大豆培地、酵母エキスマンニトール培地（ＹＥＭ）、グリセロール酵母エキス（ＧＹＥＡ）、酵母エキス－ペプトン－グリセロール（ＹＰＧ）、ペプトン酵母エキスグルコース（ＰＹＧ）マッコンキー寒天、又は麦芽エキス寒天、又はフラスコであって、トリプトソイブロス、ＬＢブロス、ＹＥＭブロス、ＫＭＢブロス、ＧＹＥＡブロス、ＹＰＧブロス、ＰＹＧブロス等などの好適な液体培地が入ったフラスコ内が挙げられる。
窒素は、無機相（例えば、（ＮＨ４）２ＳＯ４）又は有機相（例えば、尿素又はグルタミン酸塩）から供給されてもよい。適切な炭素源及び窒素源に加えて、培養培地はまた、好適なミネラル、塩、補因子、緩衝液、ビタミン、金属イオン（例えば、Ｍｎ２＋、Ｃｏ２＋、Ｚｎ２＋、Ｍｇ２＋）及びその他の、微生物の培養に好適な成分も含有することができる。必要に応じて、培養物に他の化学物質が加えられてもよい。かかる化学物質の非限定的な例としては、トリプトンペプトン、炭酸カルシウム、プロピオン酸、プロピオン酸ナトリウム、Ｌ－イソロイシン、Ｌ－バリン、Ｌ－フェニルアラニン、Ｌ－フェニル酪酸、Ｌ－フェニル乳酸、塩化ナトリウム、グリセロール、Ｂａｃｔｏソイトン、Ｂａｃｔｏペプトン、Ｂａｃｔｏソイトンペプトン、Ｂａｃｔｏ酵母エキス、大豆ペプトンＦ、大豆ペプトンパパイン消化物、野菜ペプトン、野菜酵母エキス、ソラマメペプトン、カゼインペプトン、ＨＥＰＥＳ、硫酸アンモニウム、硫酸マグネシウム、ソイアミン（ｓｏｙａｍｉｎｅ）、Ａｍｉｃａｓｅ（登録商標）、Ｔｕｂｅｒｍｉｎｅ（登録商標）、大豆タンパク質、塩のない酵母エキス、Ｐｈａｒｍａｍｅｄｉａ（登録商標）、ジャガイモデンプン、Ｌ－フェニル乳酸塩、及びＬ－フェニルピルビン酸塩が挙げられる。
微生物は時に、複合培地（例えば、酵母エキス－ペプトン－デキストロースブロス（ＹＰＤ））で培養されることもある。培養培地は、一部の実施形態では、よく見られる商業的に調製された培地、例えば、ＬＢ培地である。他の限定又は合成成長培地が当該技術分野において公知であり、それらもまた使用し得る。
微生物は、固体、半固体又は液体培地上で、又はその中で培養し得る。一部の実施形態において、プレートに接着している細胞から培地が排液される。特定の実施形態において、液体細胞混合物は、当該技術分野において公知のとおり、細胞をペレット化するのに十分な、しかし細胞を破壊せず、且つ培地の抽出を可能にするような速度で遠心される。次に細胞は新鮮培地に再懸濁されてもよい。目的の産物は、培養培地から当該技術分野において公知の方法に従い精製されてもよい。特定の実施形態において、培養された微生物から標的産物が抽出される。微生物細胞は、細胞膜を剪断するのに十分な速度で遠心することによって濃縮されてもよい。一部の実施形態において、細胞は、物理的に破壊されるか（例えば、剪断力、音波処理）又は化学的に破壊されてもよい（例えば、デタージェント又は他の溶解剤との接触）。遠心又は当該技術分野において公知の他の方法による相分離が行われてもよく、標的産物が公知の方法により単離されてもよい。
発酵条件としては、微生物を（例えば、静止状態又は増殖状態で）維持するのに好適な任意の培養条件を挙げることができる。例えば、発酵条件には、限定なしに、温度、酸素含量、栄養素含量（例えば、グルコース含量）、ｐＨ、撹拌レベル（例えば、毎分回転数）、ガス流速（例えば、空気、酸素、窒素ガス）、酸化還元電位、細胞密度（例えば、光学濃度）、細胞生存度などを含め、幾つかのパラメータが含まれ得る。発酵条件の変更（例えば、発酵条件の切り換え）は、１つ以上の発酵パラメータの改変、修正又はシフトである。例えば、発酵条件は、温度を増加又は低下させること、ｐＨを増加又は低下させること（例えば、酸、塩基又は二酸化炭素を加える又は取り除くこと）、酸素含量を増加又は低下させること（例えば、空気、酸素、二酸化炭素、窒素を導入すること）、空気圧を増加又は低下させること（例えば、空気、酸素、二酸化炭素、窒素を導入することによる）、撹拌を増加又は低下させること、及び／又は栄養素（例えば、１つ以上の糖類又は糖の供給源、バイオマス、ビタミンなど）を加える又は取り除くこと、培養物とフラスコとの容積比を増加又は低下させること、又は前述の組合せにより変更し得る。発酵条件の例は、本明細書に記載される。好気的条件は、多くの場合に、約５０％より高い溶存酸素（例えば、約５２％、約５４％、約５６％、約５８％、約６０％、約６２％、約６４％、約６６％、約６８％、約７０％、約７２％、約７４％、約７６％、約７８％、約８０％、約８２％、約８４％、約８６％、約８８％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％、又は前述のいずれか１つより高い割合）を含む。嫌気的条件は、多くの場合に、約５０％より低い溶存酸素（例えば、約１％、約２％、約４％、約６％、約８％、約１０％、約１２％、約１４％、約１６％、約１８％、約２０％、約２２％、約２４％、約２６％、約２８％、約３０％、約３２％、約３４％、約３６％、約３８％、約４０％、約４２％、約４４％、約４６％、約４８％、又は前述のいずれか１つより低い割合）を含む。
目的の産物の産生には、種々の発酵方法を適用し得る。一部の実施形態において、組換え微生物宿主からの標的産物の産生は、例えば、バッチ、フェドバッチ又は連続発酵法を用いて行われる。
バッチ発酵法は、多くの場合に、プロセスの開始時に培地組成が固定されていて、プロセスの最中に、ｐＨ及び酸素レベルの維持に必要な分を超えた更なる追加に供されることのない閉じたシステムである。培養プロセスの開始時、培地に所望の生物が接種され、培地に追加の供給源（例えば、炭素及び窒素源）を加えることなく成長又は代謝活性が起こることが可能にされる。バッチ法では、培養が終了する時点まで、システムの代謝産物及びバイオマス組成が常に変化する。典型的なバッチ法では、細胞は静止誘導期から高増殖対数期及び最後に定常期へと進み、そこで成長速度が減速し、又は停止する。定常期の細胞は、未処理のままであれば、最終的には死滅することになる。
標準的なバッチ法の変形例が、フェドバッチ法であり、ここでは発酵プロセスの経過中、常に発酵槽に炭素源が加えられる。フェドバッチ法は、カタボライト抑制が細胞の代謝を阻害しがちであるとき、又はいかなる時点においても培地中の炭素源の量が抑制されていることが望ましい場合に有用である。フェドバッチシステムにおける炭素源濃度の測定は、ｐＨ、溶存酸素及び廃ガス（例えば、ＣＯ２）の分圧など、測定可能な要因の変化に基づき推定し得る。バッチ及びフェドバッチ培養方法は、当該技術分野において公知である。かかる方法の例については、Ｔｈｏｍａｓ Ｄ．Ｂｒｏｃｋ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ａ Ｔｅｘｔｂｏｏｋ ｏｆ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，２．ｓｕｐ．ｎｄ ｅｄ．，（１９８９）Ｓｉｎａｕｅｒ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，Ｍａｓｓ．及びＤｅｓｈｐａｎｄｅ，Ｍｕｋｕｎｄ Ｖ．，Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，３６：２２７（１９９２）を参照することができる。
連続発酵法では、多くの場合に、バイオリアクターに決められた培地を連続的に加えながら、同時に産物回収のため等量の培養容積を取り除く。連続培養は、概して、増殖対数期の細胞を一定の細胞密度に維持する。連続又は半連続培養方法によれば、細胞成長又は最終産物濃度に影響を及ぼす要因を１つ又は幾つでも調節することが可能になる。例えば、ある手法では、炭素源を制限し、他の全てのパラメータが代謝を抑えることが可能になる。一部のシステムでは、一方で培地の濁度によって測定される細胞濃度を一定に保ちながら、成長に影響を及ぼす幾つもの要因を連続的に変化させてもよい。連続システムでは、多くの場合に定常状態成長が維持され、ひいては多くの場合に細胞成長率が培養物の抜き取りによる細胞の損失と均衡する。連続培養法のための栄養素及び成長因子を調節する方法、並びに産物形成速度を最大化するための技法は公知であり、Ｂｒｏｃｋ，前掲により、種々の方法が詳説されている。
目的の産物は、標的産物を含有する培養した微生物の体内に提供されてもよく、培養した微生物は、新鮮なまま供給されるか、又は液体培地中に凍結されるか、又は乾燥されてもよい。新鮮な又は凍結された微生物は、適切な防湿容器に収容されてもよく、必要に応じてその容器もまた温度制御されてもよい。目的の産物は、時に実質的にセルフリーの培養培地に提供されることもある。一部の実施形態において、目的の産物は、実質的に純粋な形態で提供される（例えば、純度５０％以上、純度６０％以上、純度７０％以上、純度８０％以上、純度９０％以上、純度９５％以上、純度９９％以上又は純度９９．５％以上）。一部の実施形態において、目的の産物は、幾つもの下流産物のいずれか１つとなるように修飾されてもよい。
薬物部分（Ｄ）
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ、又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）である。一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、ＧＮＡＱインヒビタである。一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、ＧＮＡ１１インヒビタである。一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、ＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）である。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、式（Ａ）の構造
を有する化合物であり、式中、Ｒｏは、メチル又はエチルであり、Ｒｉは、メチル又はｉ－プロピルであり、及びＲ２は、メチル又はエチルである。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造、
を有する化合物（Ａ１）である。
化合物（Ａ１）の合成については、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）の実施例３にもまた記載されている。
化合物（Ａ１）の代謝安定性及びＰＫ特性については、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）のそれぞれ実施例８及び９にもまた記載されている。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、式（Ａｂ）の構造
を有する化合物であり、式中、Ｒｏは、メチル又はエチルであり、Ｒｉ、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、ｉ－プロピル、又はメチルチオメチルであり、及びＲ２は、メチル又はエチルである。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造
を有する化合物（Ａｂ１）である。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造
を有する化合物（Ａｂ２）である。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造
を有する化合物（Ａｂ３）である。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、式（Ａｃ）の構造
を有する化合物であり、式中、Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり、及びＲ２は、メチル又はエチルである。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造、
を有する化合物（Ａｃ１）である。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造、
を有する化合物（Ａｃ２）である。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造、
を有する化合物（Ａｃ３）である。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、以下の構造、
を有する化合物（Ａｃ４）であり、
式中Ｒ１は、メチル又は＝ＣＨ２であり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、Ｒ３は、メチル、エチル、又はイソプロピルであり、及びＲ４は、Ｈ、Ｎ－Ａｃ－Ｈｌｅ、又はＮ－Ｐｒ－Ｈｌｅである。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体の薬物部分（Ｄ）は、化合物（Ａ１）及び例えば、実施例３に開示されるとおりの２～１５のいずれかである。
リンカー－薬物部分（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）から選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡＱインヒビタから選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に付着している１つ以上の薬物部分を含み、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡ１１インヒビタから選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）から選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は、開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）から選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は、開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡＱインヒビタから選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は、開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡ１１インヒビタから選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は、開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立してＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）から選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は非開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立して、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）から選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は非開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立して、ＧＮＡＱインヒビタから選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は非開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立して、ＧＮＡ１１インヒビタから選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、リンカー（ＬＡ）に共有結合的に付着している１つ以上の薬物部分を含み、リンカー（ＬＡ）は非開裂性リンカーであり、１つ以上の薬物部分は、それぞれ独立して、ＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）から選択される。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））のリンカー（ＬＡ）は、以下の式：
（式中、
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｙ１は、
であり、式中、Ｙ１の＊は、Ｘ２への付着点を示し、Ｙ１の＊＊は、他の付着点を示し；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり、及び
Ｌ２は、結合又はリンカーである）
を有する。
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体のリンカー－薬物部分、（（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）））は、以下の式：
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｙ１は、
であり、式中、Ｙ１の＊は、Ｘ２への付着点を示し、Ｙ１の＊＊は、Ｄへの付着点を示し；
Ｌ１は、二価ぺプチドリンカーであり、
Ｌ２は、結合又はリンカーである）
を有する。
リンカー－薬物化合物（ＬＢ－（Ｄ）ｎ）
一部の実施形態において、本開示のリンカー－薬物は、式（Ｂ）の構造、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩
Ｒ８－ＬＢ－（Ｄ）ｎ （Ｂ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ｒ８は、反応性基であり；
ＬＢは、開裂性リンカー又は非開裂性リンカーであり、
ｎは、１、２、３又は４である）
を有する化合物である。
一部の実施形態において、式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ｒ８は、反応性基であり；
ＬＢは、自己犠牲スペーサ、ホスフェート基、カルボネート基及び二価ぺプチドリンカーから選択される１つ以上のリンカー成分を含む開裂性リンカーであり、
ｎは、１、２、３又は４である、
式（Ｂ）の構造、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩を有する本開示のリンカー－薬物。
一部の実施形態において、本開示のリンカー－薬物は、式（Ｂ－１）の構造、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ｒ８は、反応性基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｙ１は、
であり、式中、Ｙ１の＊は、Ｘ２への付着点を示し、Ｙ１の＊＊は、Ｄへの付着点を示し；
Ｌ１は、二価ぺプチドリンカーであり、
Ｌ２は、結合又はリンカーである）
を有する化合物である。
本開示のリンカー－薬物化合物の特定の実施形態及び例は、追加の列挙実施形態の以下のリストに提供される。それぞれの実施形態において特定される特徴部を他の特定の特徴部と組み合わせて本開示のさらなる実施形態を提供することができることが認識される。
実施形態１．式中、Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタである、式（Ｂ）若しくは式（Ｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態２．式中、Ｄは、ＧＮＡ１１インヒビタである、式（Ｂ）若しくは式（Ｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態３．式中、Ｄは、ＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタである、式（Ｂ）若しくは式（Ｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態４．式中、Ｄは、
（式中、Ｒ０は、メチル又はエチルであり、Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び＊＊＊は、ＬＢ又はＹ１への付着点を示す）
である、式（Ｂ）若しくは式（Ｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態４ａ．式中、Ｄは、
（式中、Ｒ０は、メチル又はエチルであり、Ｒ１、Ｒｓ、Ｒｔは、それぞれ独立して、メチル、イソプロピル、又はメチルチオメチルであり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び＊＊＊は、ＬＢ又はＹ１への付着点を示す）
である、式（Ｂｂ）若しくは式（Ｂｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態４ｂ．式中、Ｄは、
（式中、Ｒ０は、メチル又はエチルであり、Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び＊＊＊は、ＬＢ又はＹ１への付着点を示す）
である、式（Ｂｃ）若しくは式（Ｂｃ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態５．式中、Ｄは、
（式中、＊＊＊は、ＬＢ又はＹ１への付着点を示す）
である、式（Ｂ）若しくは式（Ｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態６．式（Ｂ－２）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂ）若しくは式（Ｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態６ａ．式（Ｂｂ－２）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、メチルチオメチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂｂ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂｂ）若しくは式（Ｂｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態６ｂ．式（Ｂｃ－２）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂｃ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂｃ）若しくは式（Ｂｃ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態７．式（Ｂ－２ａ）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂ）、式（Ｂ－１）若しくは式（Ｂ－２）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態８．式（Ｂ－３）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂ）若しくは式（Ｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態８ａ．式（Ｂｂ－３）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、メチルチオメチル、又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂｂ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂｂ）若しくは式（Ｂｂ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態８ｂ．式（Ｂｃ－３）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂｃ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂｃ）若しくは式（Ｂｃ－１）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態９．式（Ｂ－３ａ）の構造、又はその薬学的に許容可能な塩：
（式中、
Ｘ２、Ｌ１、Ｌ２及びＲ８は、上記の式（Ｂ－１）の化合物において定義されるとおりである）
を有する、式（Ｂ）、式（Ｂ－１）若しくは式（Ｂ－３）の化合物、又はその立体異性体若しくは薬学的に許容可能な塩。
実施形態１０．式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ｘ２は、
から選択される自己犠牲スペーサであり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、
基への付着点、又は
基への付着点を示し；
Ｌ１は、２から４つのアミノ酸残基を含む二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、リンカーであり、
Ｒ８は、
、－Ｎ３、－ＯＮＨ２、－ＮＲ４Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ＝ＣＨ２、ＳＨ、－ＳＳＲ１３、－Ｓ（＝Ｏ）２（ＣＨ＝ＣＨ２）、－ＮＲ４Ｓ（＝Ｏ）２（ＣＨ＝ＣＨ２）、－ＮＲ４Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｂｒ、－ＮＲ４Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｉ、－ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｂｒ、－ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｉ、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨＮＨ２、
から選択され、式中、
それぞれのＲ４は、Ｈ及びＣ１～Ｃ６アルキルから独立して選択され；
それぞれのＲ５は、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、及び－ＯＨから独立して選択され；
それぞれのＲ６は、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、－ＮＨ２、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－Ｎ（ＣＨ３）２、－ＣＮ、－ＮＯ２及び－ＯＨから独立して選択され、
及び
それぞれのＲ７は、Ｈ、Ｃ１～６アルキル、フルオロ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジルオキシ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジル、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルコキシ及び－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルキルから独立して選択される、
実施形態６の式（Ｂ－２）、実施形態８の式（Ｂ－３）の化合物、又はその薬学的に許容可能な塩。
実施形態１１．式中、Ｘ２は、
から選択される自己犠牲スペーサであり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、Ｙ１への付着点、
基への付着点、又は
基への付着点を示す、実施形態１から１０のいずれか１つの化合物。
実施形態１２．式中、Ｘ２は、
であり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、Ｙ１への付着点、
基への付着点、又は
基への付着点を示す、実施形態１から１１のいずれか１つの化合物。
実施形態１３．式中、Ｌ１は、２から４つのアミノ酸残基を含む二価ぺプチドリンカーである、実施形態１から１２のいずれか１つの化合物。
実施形態１４．式中、Ｌ１は、バリン、シトルリン、リジン、イソロイシン、フェニルアラニン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アラニン、ロイシン、トリプトファン、及びチロシンから選択されるアミノ酸残基を含む二価ぺプチドリンカーである、実施形態１～１２のいずれか１つの化合物。
実施形態１５．式中、Ｌ１は、少なくとも１つのバリン（Ｖａｌ）又はシトルリン（Ｃｉｔ）残基を含む二価ぺプチドリンカーである、実施形態１から１２のいずれか１つの化合物。
実施形態１６．式中、Ｌ１は、ＶａｌＣｉｔ、ＰｈｅＬｙｓ、ＶａｌＡｌａ及びＶａｌＬｙｓから選択される二価ジぺプチドリンカーである、実施形態１から１２のいずれか１つの化合物。
実施形態１７．式中、Ｌ１は、
から選択される二価ジぺプチドリンカーであり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示す、実施形態１から１２のいずれか１つの化合物。
実施形態１８．式中、Ｌ１は、ＶａｌＣｉｔである、実施形態１から１２のいずれか１つの化合物。
実施形態１９．式中、Ｌ１は、
であり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示す、実施形態１から１２のいずれか１つの化合物。
実施形態２０．式中、Ｌ２は、リンカーである、実施形態１から１９のいずれか１つの化合物。
実施形態２１．式中、Ｌ２は、
－＊Ｃ（＝Ｏ）（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－（ＣＨ２）ｍ－、－＊（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍＣ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐＣＨ２）ｍＣ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（ＣＨ２）ｍＣ（Ｒ３）２ ＊＊－、及び－＊（ＣＨ２）ｍＣ（Ｒ３）２ＳＳ（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－から選択されるリンカーであり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｒ８への付着点を示し；
式中、
それぞれのＲ３は、独立してＨ及びＣ１～Ｃ６アルキルから選択され；
それぞれのｍは、独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９及び１０から選択され、
それぞれのｐは、独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３及び１４から選択される、実施形態１から１９のいずれか１つの化合物。
実施形態２２．式中、Ｌ２は、－＊Ｃ（＝Ｏ）（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－又は－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－であり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｒ８への付着点を示し、
式中、それぞれのｍは、独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０から選択され、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４である、実施形態１から１９のいずれか１つの化合物。
実施形態２３．式中、Ｌ２は、
であり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｒ８への付着点を示す、実施形態１から１９のいずれか１つの化合物。
実施形態２４．式中、Ｒ８は、
、－Ｎ３、－ＯＮＨ２、－ＮＲ４Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ＝ＣＨ２、ＳＨ、－ＳＳＲ１３、－Ｓ（＝Ｏ）２（ＣＨ＝ＣＨ２）、－ＮＲ４Ｓ（＝Ｏ）２（ＣＨ＝ＣＨ２）、－ＮＲ４Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｂｒ、－ＮＲ４Ｃ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｉ、－ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｂｒ、－ＮＨＣ（＝Ｏ）ＣＨ２Ｉ、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨＮＨ２、
であり、式中、
それぞれのＲ４は、Ｈ及びＣ１～Ｃ６アルキルから独立して選択され；
それぞれのＲ５は、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、及び－ＯＨから独立して選択され；
それぞれのＲ６は、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、－ＮＨ２、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－Ｎ（ＣＨ３）２、－ＣＮ、－ＮＯ２及び－ＯＨから独立して選択され、
及び
それぞれのＲ７は、Ｈ、Ｃ１～６アルキル、フルオロ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジルオキシ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジル、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルコキシ及び－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルキルから独立して選択される、
実施形態１～２３のいずれか１つの化合物。
実施形態２５．式中、Ｒ８は、
である、実施形態１～２３のいずれか１つの化合物。
実施形態２６．式中、Ｒ８は、
である、実施形態１～２３のいずれか１つの化合物。
実施形態２７．式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ｘ２は、
であり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、
基への付着点を示し；
Ｌ１は、
であり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示し；
Ｌ２は、
であり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｒ８への付着点を示し、
及び
Ｒ８は、
である、実施形態６の式（Ｂ－２）の化合物、又はその薬学的に許容可能な塩。
実施形態２８．式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ｘ２は、
であり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、
基への付着点を示し；
Ｌ１は、
であり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示し；
Ｌ２は、
であり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｒ８への付着点を示し、
及び
Ｒ８は、
である、実施形態８の式（Ｂ－３）の化合物、又はその薬学的に許容可能な塩。
実施形態２９．式（Ｂ）、式（Ｂ－１）又は式（Ｂ－２）の化合物であって、
である化合物。
実施形態３０．式（Ｂ）、式（Ｂ－１）又は式（Ｂ－２）の化合物であって、
である化合物。
実施形態３１．式（Ｂ）、式（Ｂ－１）若しくは式（Ｂ－３）の化合物であって、
である化合物。
実施形態３２．式（Ｂ）、式（Ｂ－１）若しくは式（Ｂ－３）の化合物であって、
である化合物。
例示的リンカー－薬物化合物の合成についてはまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）の実施例１にも記載される。
抗体薬物結合体
一部の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体は、式（Ｃ）の結合体：
Ａｂ－（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）ｙ （Ｃ）
（式中、
Ｄは、薬物部分であり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
ＬＡは、リンカーであり；
ｎは、１、２、３又は４であり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
であり、
ここで、リンカー－薬物部分（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）は抗体又はその抗原結合フラグメントに共有結合的に付着している。
一部の実施形態において、式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
ＬＡは、自己犠牲スペーサ、ホスフェート基、カルボネート基及び二価ぺプチドリンカーから選択される１つ以上のリンカー成分を含む開裂性リンカーであり；
ｎは、１、２、３又は４であり、
ｙは、１、２、３又は４であり、
リンカー－薬物部分（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）は、抗体又はその抗原結合フラグメントに共有結合的に付着している、式（Ｃ）の構造を有する本開示の抗体薬物結合体。
一部の実施形態において、式（Ｃ）の抗体薬物結合体は、式（Ｃ－１）：
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｙ１は、
であり、式中、Ｙ１の＊は、Ｘ２への付着点を示し、Ｙ１の＊＊は、Ｄへの付着点を示し；
Ｌ１は、二価ぺプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、
ｙは、１、２、３又は４である）
の結合体である。
式（Ｃ）の結合体において、１つ以上のリンカー－薬物部分（ＬＢ－（Ｄ）ｎ）は、抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂに共有結合的に付着させることができ、それによって１つ以上の薬物部分Ｄを抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂにリンカーＬＡを介して共有結合的に付着させる。ＬＡは、抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂを、１つ以上の薬物部分Ｄに結合し得る任意の化学的部分である。１つ以上の薬物部分Ｄが抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂに共有結合している式（Ｃ）の結合体は、同じ又は異なる１つ以上の反応性官能基を有する二官能性又は多官能性リンカー試薬を用いて形成することができる。二官能性又は多官能性リンカー試薬の反応性官能基の１つを用いて抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂ上の基、例として、チオール又はアミン（例えば、システイン、Ｎ末端又はアミノ酸側鎖、例えば、リジン）と反応させてリンカーＬＡの一端部との共有結合を形成する。二官能性又は多官能性リンカー試薬のそのような反応性官能基として、以下に限定されないが、マレイミド、チオール及びＮＨＳエステルが挙げられる。二官能性又は多官能性リンカー試薬の１つ又は複数の他の反応性官能基は、１つ以上の薬物部分ＤをリンカーＬＡに共有結合的に付着させるために用いられる。
一部の実施形態において、ＬＡは、開裂性リンカーである。一部の実施形態において、ＬＡは、非開裂性リンカーである。一部の実施形態において、ＬＡは、酸不安定性リンカー、光不安定性リンカー、ペプチダーゼ開裂性リンカー、エステラーゼ開裂性リンカー、グリコシダーゼ開裂性リンカー、ホスホジエステラーゼ開裂性リンカー、ジスルフィド結合還元性リンカー、親水性リンカー、又はジカルボン酸ベースリンカーである。
一部の実施形態において、ＬＡは、自己犠牲スペーサ、ホスフェート基、カルボネート基及び二価ぺプチドリンカーから選択される１つ以上のリンカー成分を含む開裂性リンカーである。
一部の実施形態において、ＬＡは、自己犠牲スペーサ、ホスフェート基、カルボネート基、二価ぺプチドリンカー及び二価結合基から選択される１つ以上のリンカー成分を含む開裂性リンカーである。
一部の実施形態において、ＬＡは、自己犠牲スペーサ、ホスフェート基及び二価ぺプチドリンカーから選択される１つ以上のリンカー成分を含む開裂性リンカーである。
一部の実施形態において、ＬＡは、自己犠牲スペーサ、ホスフェート基、二価ぺプチドリンカー及び二価結合基から選択される１つ以上のリンカー成分を含む開裂性リンカーである。
一部の実施形態において、リンカー（ＬＡ）は、以下の式：
（式中、
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｙ１は、
であり、式中、Ｙ１の＊は、Ｘ２への付着点を示し、及びＹ１の＊＊は、他の付着点を示し；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり、及び
Ｌ２は、結合又はリンカーである）
を有する。
一部の実施形態において、リンカー（ＬＡ）は、以下の式：
（式中、
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｙ１は、
であり、式中、Ｙ１の＊は、Ｘ２への付着点を示し；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり、及び
Ｌ２は、結合又はリンカーである）
を有する。
一部の実施形態において、リンカー（ＬＡ）は、以下の式：
（式中、
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｙ１は、
であり、式中、Ｙ１の＊は、Ｘ２への付着点を示し；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり、及び
Ｌ２は、結合又はリンカーである）
を有する。
薬物抗体比は特定の結合体分子についての正確な整数値（例えば、式（Ｃ）のｎ及びｙの積を有する一方、典型的には結合ステップと関連するある程度の不均一性に起因して多くの分子を含有するサンプルを記載するために用いられる場合、値は平均値であることが多いことが理解される。結合体のサンプルについての平均負荷は、本明細書において薬物抗体比、又は「ＤＡＲ」と称される。一部の実施形態において、ＤＡＲは、約１から約５であり、典型的には約１、２、３、又は４である。一部の実施形態において、重量基準でサンプルの少なくとも５０％は、平均ＤＡＲプラス又はマイナス２を有する化合物であり、好ましくは、サンプルの少なくとも５０％は、平均ＤＡＲプラス又はマイナス１を含有する結合体である。一部の実施形態において、ＤＡＲが約２である結合体が挙げられる。一部の実施形態において、「約ｙ」のＤＡＲは、ＤＡＲについての測定値が式（Ｉ）のｎ及びｙの積の２０％以内であることを意味する。一部の実施形態において、「約ｎ」のＤＡＲは、ＤＡＲについての測定値が式（ＩＩ）のｎの２０％以内であることを意味する。
一部の実施形態において、式（Ｃ）の結合体中の薬物と抗体との平均モル比（すなわち、ｎ及びｙの積の平均値、薬物抗体比（ＤＡＲ）としても公知）は、約１から約１０、約１から約６（例えば、０．９、１．０、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３．０、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４．０、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５．０、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、又は６．０）、約１から約５，約１．５から約４．５、又は約２から約４である。
本開示によって提供される一部の実施形態において、結合体は、実質的に高い純度を有し、以下の特徴部の１つ以上を有する：（ａ）結合体種の約９０％超（例えば、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％以上、又は約１００％）、好ましくは、約９５％超が単量体であること、（ｂ）結合体調製物中の非結合体リンカーレベルが約１０％未満（例えば、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％、約１％、又は約０％以下）（総リンカーに対する）であること、（ｃ）結合体種の１０％未満が架橋していること（例えば、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％、約１％、又は約０％以下）、（ｄ）結合体調製物中の遊離薬物（ＡＤＰ誘導血小板凝集インヒビタ、例えば、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ、又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１インヒビタ）レベルが約２％未満（例えば、約１．５％、約１．４％、約１．３％、約１．２％、約１．１％、約１．０％、約０．９％、約０．８％、約０．７％、約０．６％、約０．５％、約０．４％、約０．３％、約０．２％、約０．１％、又は約０％以下）（総薬物に対するｍｏｌ／ｍｏｌ）であること。
本開示の抗体薬物結合体の特定の実施形態及び例は、以下の追加の列挙実施形態のリストに提供される。それぞれの実施形態において特定される特徴部を他の特定の特徴部と組み合わせて本開示のさらなる実施形態を提供することができることが認識される。
実施形態３３．式中、Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタである、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態３４．式中、Ｄは、ＧＮＡ１１インヒビタである、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態３５．式中、Ｄは、ＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタである、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態３６．式中、Ｄは、
（式中、Ｒ０は、メチル又はエチルであり、Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び＊＊＊は、ＬＡ又はＹ１への付着点を示す）、
である、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態３６ａ．式中、Ｄは、
（式中、Ｒ０は、メチル又はエチルであり、Ｒ１、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、メチルチオメチル、又はイソプロピルであり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び＊＊＊は、ＬＡ又はＹ１への付着点を示す）
である、式（Ｃｂ）又は式（Ｃｂ－１）の結合体。
実施形態３６ｂ．式中、Ｄは、
（式中、Ｒ０は、メチル又はエチルであり、Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、及び＊＊＊は、ＬＡ又はＹ１への付着点を示す）
である、式（Ｃｃ）又は式（Ｃｃ－１）の結合体。
実施形態３７．式中、Ｄは、
（式中、＊＊＊は、ＬＡ又はＹ１への付着点を示す）
である、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態３８．式（Ｃ－２）の構造：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態３８ａ．式（Ｃｂ－２）の構造：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、メチルチオメチル、又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃｂ）又は式（Ｃｂ－１）の結合体。
実施形態３８ｂ．式（Ｃｃ－２）の構造：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃｃ）又は式（Ｃｃ－１）の結合体。
実施形態３９．式（Ｃ－２ａ）の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態４０．式（Ｃ－３）の構造：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態４０ａ．式（Ｃｂ－３）の構造：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、メチルチオメチル、又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃｂ）又は式（Ｃｂ－１）の結合体。
実施形態４０ｂ．式（Ｃｃ－３）の構造：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃｃ）又は式（Ｃｃ－１）の結合体。
実施形態４１．式（Ｃ－３ａ）の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、式（Ｃ）又は式（Ｃ－１）の結合体。
実施形態４２．式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ２は、
から選択される自己犠牲スペーサであり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、
基への付着点、又は
基への付着点を示し；
Ｌ１は、２から４つのアミノ酸残基を含む二価ぺプチドリンカーであり；
Ｌ２は、リンカーであり；
Ｘ１は、
、＊＊－から選択される二価結合基であり、式中、Ｘ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｘ１の＊＊は、Ａｂへの付着点を示し；
式中、
それぞれのＲ４は、独立してＨ及びＣ１～Ｃ６アルキルから選択され；
それぞれのＲ５は、独立してＨ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、及び－ＯＨから選択され；
それぞれのＲ６は、独立してＨ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、－ＮＨ２、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－Ｎ（ＣＨ３）２、－ＣＮ、－ＮＯ２及び－ＯＨから選択され、
それぞれのＲ７は、独立してＨ、Ｃ１～６アルキル、フルオロ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジルオキシ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジル、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルコキシ及び－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルキルから選択され、
ｙは、１、２、３又は４である、
実施形態５４の式（Ｃ－２）の結合体又は実施形態５８の式（Ｃ－３）の結合体。
実施形態４３．式中、Ｘ２は、
から選択される自己犠牲スペーサであり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、Ｙ１への付着点、又は
基への付着点、又は
基への付着点を示す、実施形態３８から４２のいずれか１つの結合体。
実施形態４４．式中、Ｘ２は、
であり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、Ｙ１への付着点、又は
基への付着点、又は
基への付着点を示す、実施形態３８から４３のいずれか１つの結合体。
実施形態４５．式中、Ｌ１は、２から４つのアミノ酸残基を含む二価ぺプチドリンカーである、実施形態３８から４４のいずれか１つの結合体。
実施形態４６．式中、Ｌ１は、バリン、シトルリン、リジン、イソロイシン、フェニルアラニン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アラニン、ロイシン、トリプトファン、及びチロシンから選択されるアミノ酸残基を含む二価ぺプチドリンカーである、実施形態３８から４５のいずれか１つの結合体。
実施形態４７．式中、Ｌ１は、少なくとも１つのバリン（Ｖａｌ）又はシトルリン（Ｃｉｔ）残基を含む二価ぺプチドリンカーである、実施形態３８～４４のいずれか１つの結合体。
実施形態４８．式中、Ｌ１は、ＶａｌＣｉｔ、ＰｈｅＬｙｓ、ＶａｌＡｌａ及びＶａｌＬｙｓから選択される二価ジぺプチドリンカーである、実施形態３８から４４のいずれか１つの結合体。
実施形態４９．式中、Ｌ１は、
から選択される二価ジぺプチドリンカーであり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示す、実施形態３８から４４のいずれか１つの結合体。
実施形態５０．式中、Ｌ１は、ＶａｌＣｉｔである、実施形態３８から４４のいずれか１つの結合体。
実施形態５１．式中、
Ｌ１は、
であり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示す、実施形態３８から４４のいずれか１つの結合体。
実施形態５２．式中、Ｌ２は、リンカーである、実施形態３８から５１のいずれか１つの結合体。
実施形態５３．式中、Ｌ２は、
－＊Ｃ（＝Ｏ）（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－（ＣＨ２）ｍ－、－＊（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍＣ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊＊（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐＣＨ２）ｍＣ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－、－＊（ＣＨ２）ｍＣ（Ｒ３）２ ＊＊－、及び－＊（ＣＨ２）ｍＣ（Ｒ３）２ＳＳ（ＣＨ２）ｍＮＨＣ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－から選択されるリンカーであり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｘ１への付着点を示し；
式中、
それぞれのＲ３は、独立してＨ及びＣ１～Ｃ６アルキルから選択され；
それぞれのｍは、独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９及び１０から選択され、
それぞれのｐは、独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３及び１４から選択される、実施形態３８から５１のいずれか１つの結合体。
実施形態５４．式中、Ｌ２は、－＊Ｃ（＝Ｏ）（（ＣＨ２）ｍＯ）ｐ（ＣＨ２）ｍ ＊＊－又は－＊Ｃ（＝Ｏ）（ＣＨ２）ｍ ＊＊－であり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｘ１への付着点を示し、
式中、それぞれのｍは、独立して１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０から選択され、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４である、実施形態３８から５１のいずれか１つの結合体。
実施形態５５．式中、Ｌ２は、
であり、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｘ１への付着点を示す、実施形態３８から５１のいずれか１つの結合体。
実施形態５６．式中、Ｘ１は、
、＊＊－から選択される二価結合基であり、式中、Ｘ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｘ１の＊＊は、Ａｂへの付着点を示し；
式中、
それぞれのＲ４は、独立してＨ及びＣ１～Ｃ６アルキルから選択され；
それぞれのＲ５は、独立してＨ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、及び－ＯＨから選択され；
それぞれのＲ６は、独立してＨ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｆ、Ｃｌ、－ＮＨ２、－ＯＣＨ３、－ＯＣＨ２ＣＨ３、－Ｎ（ＣＨ３）２、－ＣＮ、－ＮＯ２及び－ＯＨから選択され、
それぞれのＲ７は、独立してＨ、Ｃ１～６アルキル、フルオロ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジルオキシ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているベンジル、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルコキシ及び－Ｃ（＝Ｏ）ＯＨによって置換されているＣ１～４アルキルから選択される、
実施形態３８から５５のいずれか１つの結合体。
実施形態５７．式中、Ｘ１は、
（式中、Ｘ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｘ１の＊＊は、Ａｂへの付着点を示す）
から選択される二価結合基である、実施形態３８～５５のいずれか１つの結合体。
実施形態５８．式中、Ｘ１は、
（式中、Ｘ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｘ１の＊＊は、Ａｂへの付着点を示す）
から選択される二価結合基である、実施形態３８～５５のいずれか１つの結合体。
実施形態５９．式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ｘ１は、
から選択される二価結合基であり、式中、Ｘ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｘ１の＊＊は、Ａｂへの付着点を示し、
Ｘ２は、
であり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、
基への付着点を示し；
Ｌ１は、
であり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示し；
Ｌ２は、
であり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｒ８への付着点を示し、
及び
ｙは、１、２、３又は４である、
実施形態３８の式（Ｃ－２）の結合体。
実施形態６０．式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ｘ１は、
から選択される二価結合基であり、式中、Ｘ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｘ１の＊＊は、Ａｂへの付着点を示し、
Ｘ２は、
であり、式中、Ｘ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｘ２の＊＊は、
基への付着点を示し；
Ｌ１は、
であり、式中、Ｌ１の＊は、Ｌ２への付着点を示し、Ｌ１の＊＊は、Ｘ２への付着点を示し；
Ｌ２は、
であり、式中、Ｌ２の＊は、Ｌ１への付着点を示し、Ｌ２の＊＊は、Ｒ８への付着点を示し、
及び
ｙは、１、２、３又は４である、
実施形態４０の式（Ｃ－３）の結合体。
実施形態６１．構造：
（式中、
ｙは、２又は４であり、及び
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントである）
を有する式（Ｃ）、式（Ｃ－１）又は式（Ｃ－２）の結合体。
実施形態６２．構造：
（式中、
ｙは、２又は４であり、及び
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントである）
を有する式（Ｃ）、式（Ｃ－１）又は式（Ｃ－２）の結合体。
実施形態６３．構造：
（式中、
ｙは、２又は４であり、及び
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントである）
を有する式（Ｃ）、式（Ｃ－１）又は式（Ｃ－３）の結合体。
実施形態６４．構造：
（式中、
ｙは、２又は４であり、及び
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントである）
を有する式（Ｃ）、式（Ｃ－１）又は式（Ｃ－３）の結合体。
実施形態６５．構造：
（式中、
ｙは、２であり；及び
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントである）
を有する化合物（Ｅ）の結合体。
さらに、本開示の抗体、抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）又は機能的等価物は、所与の生物学的応答を改変する薬物部分に結合させることができる。薬物部分は、古典的化学療法剤に限定されると解釈すべきでない。例えば、薬物部分は、所望の生物学的活性を有するタンパク質、ぺプチド、又はポリペプチドであり得る。そのようなタンパク質として、例えば、毒素、例えば、アブリン、リシンＡ、緑膿菌外毒素、コレラ毒素、又はジフテリア毒素、タンパク質、例えば、腫瘍壊死因子、α－インターフェロン、β－インターフェロン、神経成長因子、血小板由来成長因子、組織プラスミノーゲン活性化因子、サイトカイン、アポトーシス剤、抗血管新生剤、又は生物学的応答改変剤、例えば、リンホカインなどを挙げることができる。
一実施形態において、本開示の抗体、抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）又は機能的等価物は、薬物部分、例えば、細胞毒素、薬物（例えば、免疫抑制剤）又は放射性毒素に結合される。細胞毒素の例として、以下に限定されないが、タキサン（例えば、国際公開第０１／３８３１８号パンフレット及びＰＣＴ／ＵＳ０３／０２６７５号明細書参照）、ＤＮＡアルキル化剤（例えば、ＣＣ－１０６５類似体）、アントラサイクリン、チューブリシン類似体、デュオカルマイシン類似体、アウリスタチンＥ、アウリスタチンＦ、メイタンシノイド、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）、及び反応性ポリエチレングリコール部分を含む細胞毒性剤（例えば、Ｓａｓｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔ．（Ｔｏｋｙｏ），５３，８７９－８５（２０００）、Ｓｕｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，８，２１７５－８４（２０００）、Ｉｃｈｉｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｎｔｉｂｉｏｔ．（Ｔｏｋｙｏ），４４，１０４５－５３（１９９１）、Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ（２００３）（印刷公開前の電子公開）、米国特許第５，４７５，０９２号明細書、同第６，３４０，７０１号明細書、同第６，３７２，７３８号明細書、及び同第６，４３６，９３１号明細書、米国特許出願公開第２００１／００３６９２３Ａ１号明細書、係属中の米国特許出願第１０／０２４，２９０号明細書及び同第１０／１１６，０５３号明細書、及び国際公開第０１／４９６９８号パンフレット参照）、タキソン、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド（ｔｅｎｏｐｏｓｉｄｅ）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ｔ．コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１－デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、及びピューロマイシン並びにそれらの類似体又は相同体が挙げられる。治療剤として、例えば、代謝拮抗物質（例えば、メトトレキサート、６－メルカプトプリン、６－チオグアニン、シタラビン、５－フルオロウラシル デカルバジン（ｄｅｃａｒｂａｚｉｎｅ））、アブレート剤（ａｂｌａｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ）（例えば、メクロレタミン、チオテパ クロラムブシル、メイファラン（ｍｅｉｐｈａｌａｎ）、カルムスチン（ＢＳＮＵ）及びロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、及びシス－ジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ） シスプラチン、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（旧名ダウノマイシン）及びドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（旧名アクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、及びアントラマイシン（ＡＭＣ））、及び抗有糸分裂剤（例えば、ビンクリスチン及びビンブラスチン）（例えば、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓの米国特許出願公開第２００９０３０４７２１号明細書参照）も挙げられる。
本開示の抗体、抗体フラグメント（抗原結合フラグメント）又は機能的等価物に結合させることができる細胞毒素の他の例として、デュオカルマイシン、カリケアミシン、メイタンシン及びアウリスタチン、及びそれらの誘導体が挙げられる。
種々のタイプの細胞毒素、リンカー及び治療剤を抗体に結合させる方法は当該技術分野において公知であり、例えば、Ｓａｉｔｏ ｅｔ ａｌ．，（２００３） Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．５５：１９９－２１５；Ｔｒａｉｌ ｅｔ ａｌ．，（２００３）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．５２：３２８－３３７；Ｐａｙｎｅ，（２００３）Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ３：２０７－２１２；Ａｌｌｅｎ，（２００２）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ ２：７５０－７６３；Ｐａｓｔａｎ ａｎｄ Ｋｒｅｉｔｍａｎ，（２００２） Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．Ｄｒｕｇｓ ３：１０８９－１０９１；Ｓｅｎｔｅｒ ａｎｄ Ｓｐｒｉｎｇｅｒ，（２００１）Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．５３：２４７－２６４参照。
本開示の抗体、抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）又は機能的等価物は、放射性同位体に結合させて放射性免疫結合体とも称される細胞毒性放射性医薬を生成することもできる。診断又は治療的使用のために抗体に結合させることができる放射性同位体の例として、以下に限定されないが、ヨウ素－１３１、インジウム－１１１、イットリウム－９０、及びルテチウム－１７７が挙げられる。放射性免疫結合体を調製する方法は、当該技術分野において確立されている。放射性免疫結合体の例は、市販されており、例として、Ｚｅｖａｌｉｎ（商標）（ＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）及びＢｅｘｘａｒ（商標）（Ｃｏｒｉｘａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）であり、同様の方法を用いて本開示の抗体を用いて放射性免疫結合体を調製することができる。特定の実施形態において、大環状キレータは、リンカー分子を介して抗体に付着させることができる１，４，７，１０－テトラアザシクロドデカン－Ｎ，Ｎ’，Ｎ’’，Ｎ’’’－テトラ酢酸（ＤＯＴＡ）である。そのようなリンカー分子は、一般に当該技術分野において公知であり、それぞれ参照によって全体として組み込まれるＤｅｎａｒｄｏ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４（１０）：２４８３－９０；Ｐｅｔｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．１０（４）：５５３－７；及びＺｉｍｍｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．２６（８）：９４３－５０に記載されている。
本開示の抗体、抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）又は機能的等価物は、異種タンパク質又はポリペプチドに（又はそのフラグメント、好ましくは、少なくとも約１０個、少なくとも約２０個、少なくとも約３０個、少なくとも約４０個、少なくとも約５０個、少なくとも約６０個、少なくとも約７０個、少なくとも約８０個、少なくとも約９０個又は少なくとも約１００個のアミノ酸のポリペプチドに）結合させて融合タンパク質を生成することもできる。特に、本開示は、本明細書に記載の抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）（例えば、Ｆａｂフラグメント、Ｆｄフラグメント、Ｆｖフラグメント，Ｆ（ａｂ）２フラグメント、ＶＨドメイン、ＶＨ ＣＤＲ、ＶＬドメイン又はＶＬ ＣＤＲ）及び異種タンパク質、ポリペプチド、又はぺプチドを含む融合タンパク質を提供する。
追加の融合タンパク質は、遺伝子シャッフリング、モチーフシャッフリング、エキソンシャッフリング、及び／又はコドンシャッフリング（まとめて「ＤＮＡシャッフリング」と称される）の技術を介して生成することができる。ＤＮＡシャッフリングを使用して本開示の抗体又はそのフラグメントの活性を変更することができる（例えば、より高い親和性及びより低い解離速度を有する抗体又はそのフラグメント）。一般に、米国特許第５，６０５，７９３号明細書、同第５，８１１，２３８号明細書、同第５，８３０，７２１号明細書、同第５，８３４，２５２号明細書、及び同第５，８３７，４５８号明細書；Ｐａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．８：７２４－３３；Ｈａｒａｙａｍａ，（１９９８）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６（２）：７６－８２；Ｈａｎｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８７：２６５－７６；及びＬｏｒｅｎｚｏ ａｎｄ Ｂｌａｓｃｏ，（１９９８）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２４（２）：３０８－３１３（それらの特許及び刊行物のそれぞれは参照によって全体として本明細書に組み込まれる）参照。抗体若しくはそのフラグメント、又はコードされる抗体若しくはそのフラグメントは、組換え前にエラープローンＰＣＲ、ランダムヌクレオチド挿入又は他の方法によりランダム突然変異誘発に供することによって変更することができる。抗原に特異的に結合する抗体又はそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドは、１つ以上の異種分子の１つ以上の成分、モチーフ、セクション、部分、ドメイン、フラグメントなどと組み換えることができる。
さらに、本開示の抗体、抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）又は機能的等価物は、マーカー配列、例えば、ぺプチドに結合させて精製を容易にすることができる。好ましい実施形態において、マーカーアミノ酸配列は、ヘキサヒスチジンぺプチド（配列番号２６７）、例えば、とりわけｐＱＥベクター（ＱＩＡＧＥＮ，Ｉｎｃ．，９２５９ Ｅｔｏｎ Ａｖｅｎｕｅ，Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ，ＣＡ，９１３１１）に提供されるタグであり、それらの多くは市販されている。Ｇｅｎｔｚ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：８２１－８２４に記載の通り、例えば、ヘキサヒスチジン（配列番号２６７）は、融合タンパク質の簡便な精製を提供する。精製に有用な他のぺプチドタグとして、以下に限定されないが、インフルエンザヘマグルチニンタンパク質に由来するエピトープに対応するヘマグルチニン（「ＨＡ」）タグ（Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８４）Ｃｅｌｌ ３７：７６７）、及び「ＦＬＡＧ」タグ（Ａ．Ｅｉｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ４９：４５５－４６５，２００１）が挙げられる。本開示によれば、抗体又は抗原結合フラグメントは、腫瘍浸透ぺプチドに結合させてそれらの有効性を増強させることもできる。
他の実施形態において、本開示の抗体、抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）又は機能的等価物は、診断又は検出剤に結合される。そのような免疫結合体は、臨床試験手順の一部としての疾患及び／又は障害の発症、発生、進行及び／又は重症度の監視又は予後診断、例えば、特定の治療の有効性の決定に有用であり得る。そのような診断及び検出は、抗体を検出可能物質、例として、以下に限定されないが、種々の酵素、例えば、以下に限定されないが、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ－ガラクトシダーゼ、又はアセチルコリンエステラーゼ；人工基、例えば、以下に限定されないが、ストレプトアビジン／ビオチン及びアビジン／ビオチン；蛍光材料、例えば、以下に限定されないが、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ３５０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４０５、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４３０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５００、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５１４、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５４６、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５５５、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５６８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５９４、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６１０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６３３、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６４７、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６６０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６８０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ７００、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ７５０、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、塩化ダンシル又はフィコエリスリン；発光材料、例えば、以下に限定されないが、ルミノール；生体発光材料、例えば、以下に限定されないが、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、及びエクオリン；放射性材料、例えば、以下に限定されないが、ヨウ素（１３１Ｉ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、及び１２１Ｉ、）、炭素（１４Ｃ）、硫黄（３５Ｓ）、トリチウム（３Ｈ）、インジウム（１１５Ｉｎ、１１３Ｉｎ、１１２Ｉｎ、及び１１１Ｉｎ、）、テクネチウム（９９Ｔｃ）、タリウム（２０１Ｔｉ）、ガリウム（６８Ｇａ、６７Ｇａ）、パラジウム（１０３Ｐｄ）、モリブデン（９９Ｍｏ）、キセノン（１３３Ｘｅ）、フッ素（１８Ｆ）、１５３Ｓｍ、１７７Ｌｕ、１５９Ｇｄ、１４９Ｐｍ、１４０Ｌａ、１７５Ｙｂ、１６６Ｈｏ、９０Ｙ、４７Ｓｃ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、１４２Ｐｒ、１０５Ｒｈ、９７Ｒｕ、６８Ｇｅ、５７Ｃｏ、６５Ｚｎ、８５Ｓｒ、３２Ｐ、１５３Ｇｄ、１６９Ｙｂ、５１Ｃｒ、５４Ｍｎ、７５Ｓｅ、６４Ｃｕ、１１３Ｓｎ、及び１１７Ｓｎ；並びに種々の陽電子放出断層撮影を用いる陽電子放出金属、並びに非放射性常磁性金属イオンに結合させることによって達成することができる。
本開示の抗体、抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）又は機能的等価物は、免疫アッセイ又は標的抗原の精製に特に有用な固体支持体に付着させることもできる。そのような固体支持体として、以下に限定されないが、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル又はポリプロピレンが挙げられる。
３．ＡＤＣの結合及び調製
式（Ｃ）、式（Ｃ－１）及び式（Ｃ－２）の抗体薬物結合体を作製する方法
式（Ｃ）の結合体の形成のための一般的な反応スキームを、以下のスキーム１に示す。
（式中、ＲＧ１は、リンカー－薬物化合物に付着している適合性反応性基Ｒ８と反応する抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂ上の反応性基、例にすぎないが、チオール、アミン又はケトンであり、それによって抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂを１つ以上のリンカー－薬物部分に共有結合させる。ＲＧ１及びＲ８基のそのような反応の非限定的な例は、チオール（ＲＧ１）と反応してスクシンイミド環を生じさせるマレイミド（Ｒ８）、又はケトン（ＲＧ１）と反応してオキシムを生じさせるヒドロキシルアミン（Ｒ８）である）
一実施形態において、Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ、又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）であり、Ｌａは、ＲＧ１及びＲ８が反応する場合に形成される二価結合基をさらに含むリンカーであり、ｎは、１、２、３又は４であり、ｙは、１、２、３又は４である。
式（Ｃ－１）の結合体の形成のための一般的な反応スキームを、以下のスキーム２に示す。
（式中、ＲＧ１は、リンカー－薬物部分に付着している適合性反応性基Ｒ８と反応する抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂ上の反応性基、例にすぎないが、チオール、アミン又はケトンであり、それによって抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂを１つ以上のリンカー－薬物部分に共有結合させる。ＲＧ１及びＲ８基のそのような反応の非限定的な例は、チオール（ＲＧ１）と反応してスクシンイミド環を生じさせるマレイミド（Ｒ８）、又はケトン（ＲＧ１）と反応してオキシムを生じさせるヒドロキシルアミン（Ｒ８）である）
一実施形態において、Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ、又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタ）であり、Ｘ１は、ＲＧ１及びＲ８が反応する場合に形成される二価結合基（例えば、スクシンイミド環又はオキシム）であり、Ｙ１は、ホスフェート基であり、Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり、Ｌ１は、二価ぺプチドリンカーであり、Ｌ２は、結合又はリンカーであり、ｙは、１、２、３又は４である。
式（Ｃ－２）の結合体の形成のための一般的な反応スキームを、以下のスキーム３に示す。
（式中、ＲＧ１は、リンカー－薬物部分に付着している適合性反応性基Ｒ８と反応する抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂ上の反応性基、例にすぎないが、チオール、アミン、又はケトンであり、それによって抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂを１つ以上のリンカー－薬物部分に共有結合させる。ＲＧ１及びＲ８基のそのような反応の非限定的な例は、チオール（ＲＧ１）と反応してスクシンイミド環を生じさせるマレイミド（Ｒ８）、又はケトン（ＲＧ１）と反応してオキシムを生じさせるヒドロキシルアミン（Ｒ８）である）。
ここで、Ｒ０は、メチルであり、Ｒ１は、イソプロピルであり、Ｒ２は、エチルであり、Ｘ１は、ＲＧ１及びＲ８が反応する場合に形成される二価結合基（例えばスクシンイミド環又はオキシム）であり、Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり、Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり、Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及びｙは、１、２、３又は４である。
式（Ｃ－２）の結合体の形成のための一般的な反応スキームを、以下のスキーム４に示す。
（式中、ＲＧ１は、リンカー－薬物部分に付着している適合性反応性基Ｒ８と反応する抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂ上の反応性基、例にすぎないが、チオール、アミン又はケトンであり、それによって抗体又はその抗原結合フラグメントＡｂを１つ以上のリンカー－薬物部分に共有結合させる。ＲＧ１及びＲ８基のそのような反応の非限定的な例は、チオール（ＲＧ１）と反応してスクシンイミド環を生じさせるマレイミド（Ｒ８）、又はケトン（ＲＧ１）と反応してオキシムを生じさせるヒドロキシルアミン（Ｒ８）である）。
ここで、Ｒ０は、メチル又はエチルであり、Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり、Ｒ２は、メチル又はエチルであり、Ｘ１は、ＲＧ１及びＲ８が反応する場合に形成される二価結合基（例えば、スクシンイミド環又はオキシム）であり、Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり、Ｌ１は、二価ぺプチドリンカーであり、Ｌ２は、結合又はリンカーであり、ｙは、１、２、３又は４である。
操作システイン抗体残基のための結合の方法
本開示の結合体は、例えば、部位特異的突然変異誘発によって抗体中に操作されたシステイン残基を用いて調製することができる。そのような部位特異的結合体は、均一であり、向上された特性を有する（Ｊｕｎｕｔｕｌａ ＪＲ，Ｒａａｂ Ｈ，Ｃｌａｒｋ Ｓ，Ｂｈａｋｔａ Ｓ，Ｌｅｉｐｏｌｄ ＤＤ，Ｗｅｉｒ Ｓ，Ｃｈｅｎ Ｙ，Ｓｉｍｐｓｏｎ Ｍ，Ｔｓａｉ ＳＰ，Ｄｅｎｎｉｓ ＭＳ，Ｌｕ Ｙ，Ｍｅｎｇ ＹＧ，Ｎｇ Ｃ，Ｙａｎｇ Ｊ，Ｌｅｅ ＣＣ，Ｄｕｅｎａｓ Ｅ，Ｇｏｒｒｅｌｌ Ｊ，Ｋａｔｔａ Ｖ，Ｋｉｍ Ａ，ＭｃＤｏｒｍａｎ Ｋ，Ｆｌａｇｅｌｌａ Ｋ，Ｖｅｎｏｏｋ Ｒ，Ｒｏｓｓ Ｓ，Ｓｐｅｎｃｅｒ ＳＤ，Ｌｅｅ Ｗｏｎｇ Ｗ，Ｌｏｗｍａｎ ＨＢ，Ｖａｎｄｌｅｎ Ｒ，Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ ＭＸ，Ｓｃｈｅｌｌｅｒ ＲＨ，Ｐｏｌａｋｉｓ Ｐ，Ｍａｌｌｅｔ Ｗ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６：９２５－９３２）。
哺乳類細胞中で発現される抗体中の操作システインはそれらの生合成の間にアダクト（ジスルフィド）、例えば、グルタチオン（ＧＳＨ）及び／又はシステインによって修飾されているため（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．２００９）、最初に発現される生成物中の操作システイン残基はチオール反応性試薬、例えば、マレイミド又はブロモ－若しくはヨード－アセトアミド基と非反応性である。ペイロードを操作システインに発現後に結合させるため、グルタチオン又はシステインアダクトを、それらのジスルフィドアダクトを還元することによって除去する必要があり、それは一般に発現タンパク質中の天然ジスルフィドを還元することも伴う。アダクト化操作システインの脱保護は、最初に抗体を還元剤、例えば、ジチオトレイトール（ＤＴＴ）、ＴＣＥＰ又は還元システインに曝露させることとそれに続く、機能的抗体構造を回復及び／又は安定化させるための抗体の全ての天然ジスルフィド結合の再酸化を可能とする手順によって達成することができる。
いくつかの方法を使用して抗体薬物結合体の調製のために操作システイン残基を有する抗体を還元し、再酸化することができる。高濃度のＣｕＳＯ４を用いる文献に既に記載の再酸化プロトコルに従う試みは、タンパク質沈殿をもたらした（Ｊｕｎｕｔｕｌａ ＪＲ，Ｒａａｂ Ｈ，Ｃｌａｒｋ Ｓ，Ｂｈａｋｔａ Ｓ，Ｌｅｉｐｏｌｄ ＤＤ，Ｗｅｉｒ Ｓ，Ｃｈｅｎ Ｙ，Ｓｉｍｐｓｏｎ Ｍ，Ｔｓａｉ ＳＰ，Ｄｅｎｎｉｓ ＭＳ，Ｌｕ Ｙ，Ｍｅｎｇ ＹＧ，Ｎｇ Ｃ，Ｙａｎｇ Ｊ，Ｌｅｅ ＣＣ，Ｄｕｅｎａｓ Ｅ，Ｇｏｒｒｅｌｌ Ｊ，Ｋａｔｔａ Ｖ，Ｋｉｍ Ａ，ＭｃＤｏｒｍａｎ Ｋ，Ｆｌａｇｅｌｌａ Ｋ，Ｖｅｎｏｏｋ Ｒ，Ｒｏｓｓ Ｓ，Ｓｐｅｎｃｅｒ ＳＤ，Ｌｅｅ Ｗｏｎｇ Ｗ，Ｌｏｗｍａｎ ＨＢ，Ｖａｎｄｌｅｎ Ｒ，Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ ＭＸ，Ｓｃｈｅｌｌｅｒ ＲＨ，Ｐｏｌａｋｉｓ Ｐ，Ｍａｌｌｅｔ Ｗ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２６：９２５）。本発明者らは、還元及び抗体再酸化のいくつかの異なる方法を用いて抗体薬物結合体を良好に調製し、得た。
以下は、抗体薬物結合体の調製のために操作システイン残基を有する抗体を還元し、再酸化する方法である。フレッシュに調製したＤＴＴを精製Ｃｙｓ突然変異抗体に１０ｍＭの最終濃度まで添加する。ＤＴＴと室温において１時間インキュベートした後、混合物を４℃においてＰＢＳに対して３日間透析し、毎日バッファ交換してＤＴＴを除去し、抗体の天然ジスルフィド結合を再酸化した。代替方法は、脱塩カラム、例えば、ＰＢＳによって平衡化されたＳｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－２５を介して還元試薬を除去することである。タンパク質を完全に還元したら、１ｍＭの酸化型アスコルベート（デヒドロアスコルビン酸）を場合によって脱塩サンプルに添加し、再酸化インキュベーションを２０～２４時間実施する。
別の例示的な方法において、操作Ｃｙｓ残基の脱保護は、完全に還元されたシステインを２０ｍＭの濃度においてプロテインＡ－Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ樹脂に結合している抗体に添加することによって達成される。Ｃｙｓアダクトの還元は、室温におけるおおよそ３０～６０分間のインキュベーションによって達成され、次いで樹脂を５０ベッドのＰＢＳによって樹脂を洗浄することによって還元剤が急速に除去される。還元抗体の再酸化は、洗浄スラリーを室温において促進剤としての５０～２０００ｎＭのＣｕＣｌ２の添加あり又はなしでインキュベートすることによって達成される。硫酸銅の使用を除き、本明細書における実施例は本明細書に記載のプロトコルのそれぞれを用い、結果は同様である。再酸化は鎖内ジスルフィドを回復させる一方、透析、脱塩又はプロテインＡクロマトグラフィは還元剤並びにシステイン及び抗体の操作システインに最初に連結されたグルタチオンを除去する。典型的には、ＨＰＬＣ逆相クロマトグラフィを用いて再酸化プロセスを監視する。抗体を８０℃に加熱したＰＬＲＰ－Ｓカラム（４０００Å、５０ｍｍ×２．１ｍｍ、Ａｇｉｌｅｎｔ）上にロードし、１．５ｍＬ／分における０．１％のＴＦＡを含有する水中の３０～４５％のＣＨ３ＣＮの線形勾配並びに２１５、２５４、及び２８０ｎｍにおけるピーク検出を用いて溶出させる。
再酸化後、抗体をリンカー－薬物化合物、例として、式（Ｂ）、式（Ｂ－１）、式（Ｂ－２）又は式（Ｂ－３）の化合物に結合させる（スキーム１－４参照）。例として、式（Ｂ）、式（Ｂ－１）、式（Ｂ－２）又は式（Ｂ－３）の化合物を再酸化Ｃｙｓ突然変異抗体に、ＰＢＳバッファ（ｐＨ７．２）中で抗体に対して５～１０モル当量において添加する。インキュベーションを１～２時間実施する。結合プロセスを、非結合体抗体から結合体抗体を分離し得る逆相ＨＰＬＣによって監視する。結合反応混合物を８０℃に加熱したＰＲＬＰ－Ｓカラム（４０００Å、５０ｍｍ×２．１ｍｍ、Ａｇｉｌｅｎｔ）上で分析し、カラムの溶出を０．１％のＴＦＡを含有する水中３０～６０％のアセトニトリルの線形勾配によって１．５ｍｌ／分の流量において実施する。カラムからのタンパク質の溶出を２８０ｎｍ、２５４ｎｍ及び２１５ｎｍにおいて監視する。
或いは、プロテインＡ樹脂に結合している抗体について、抗体を再酸化したら、樹脂を１０カラム容量のＰＢＳによって洗浄し、次いで樹脂を等容量のＰＢＳ中で再懸濁させ、８倍過剰の式（Ｂ）、式（Ｂ－１）、式（Ｂ－２）又は式（Ｂ－３）の化合物（ＤＭＳＯ中）を添加し、室温において２時間インキュベートする。次いで、樹脂を５０カラム容量のＰＢＳによって洗浄し、得られる抗体薬物結合体をプロテインＡ樹脂から溶出させ、１／１０容量の１ＭのトリスｐＨ９．０によって中和し、適切なバッファ中でバッファ交換して分取サイズ排除クロマトグラフィ（必要な場合）を実施する。
免疫結合体は、一般に薬物抗体比（ＤＡＲ）と称される、抗体結合部分に対する薬物部分の平均負荷に関しても特徴付けられる。ＤＡＲ値を、例えば、還元及び脱グリコシル化サンプルについてのＬＣ－ＭＳデータから推定する。ＬＣ／ＭＳは、ＡＤＣ中の抗体に付着しているペイロード（薬物部分）の平均分子数の定量を可能とする。ＨＰＬＣは抗体を軽鎖及び重鎖に分離し、また重鎖（ＨＣ）及び軽鎖（ＬＣ）を鎖ごとのリンカー－ペイロード群の数に従って分離する。質量分析データは、混合物中の成分種、例えば、ＬＣ、ＬＣ＋１、ＬＣ＋２、ＨＣ、ＨＣ＋１、ＨＣ＋２などの同定を可能とする。ＬＣ及びＨＣ鎖の平均負荷から、ＡＤＣについての平均ＤＡＲを計算することができる。所与の免疫結合体サンプルについてのＤＡＲは、２つの軽鎖及び２つの重鎖を含有する四量体抗体に付着している薬物（ペイロード）分子の平均数を表す。
本出願の本文全体にわたり、本明細書の本文と配列表との間に矛盾がある場合、本明細書の本文が優先されるものとする。
抗ＰＭＥＬ１７抗体の生成については、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）の実施例２にも記載されている。
本開示の他の抗体として、アミノ酸、又はアミノ酸をコードする核酸が突然変異しているが、表２に記載される配列と少なくとも約６０、約７０、約８０、約９０、又は約９５パーセントの同一性を有するものが挙げられる。一部の実施形態において、これは、表２に記載される配列中に示される可変領域と比較した場合に、約１、約２、約３、約４、又は約５つのアミノ酸が可変領域内で突然変異している突然変異アミノ酸配列を含む一方、表２に示す抗体と実質的に同じ治療活性を保持する。
これらの抗体のそれぞれは、ＰＭＥＬ１７に結合することができるので、ＶＨ、ＶＬ、全長軽鎖、及び全長重鎖の配列（アミノ酸配列、及びアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列）は、他の本開示のＰＭＥＬ１７－結合抗体を生じさせるように「混合且つマッチ」され得る。そのような「混合且つマッチ」されたＰＭＥＬ１７－結合抗体は、当該技術において知られている結合アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ及び実施例の項において記載される他のアッセイ）を用いて試験され得る。これらの鎖が混合且つマッチされる場合、特定のＶＨ／ＶＬ対由来のＶＨ配列が、構造的に類似するＶＨ配列で置換されるべきである。同様に、特定の全長重鎖／全長軽鎖対由来の全長重鎖配列が、構造的に類似する全長重鎖配列で置換されるべきである。同様に、特定のＶＨ／ＶＬ対由来のＶＬ配列が、構造的に類似するＶＬ配列で置換されるべきである。同様に、特定の全長重鎖／全長軽鎖対由来の全長軽鎖配列が、構造的に類似する全長軽鎖配列で置換されるべきである。したがって、一部の実施形態において、本開示は：配列番号１０、４２、６４、８８、１１２、１３２、１４９、１６５、１８４、１９６、２１５、２２７、２３９又は２５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；並びに配列番号２１、２５、２９、５３、７５、９９、１１９、１４３、１５９、１７１、１９０、２０２、２２１、２３３、２４８又は２６０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する単離された抗体又は抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂ又はＦａｂ’）を提供し；当該抗体は、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する。
一部の実施形態において、本開示は、（ｉ）配列番号１２、４４、６６、９０、１１４、１３４、１５１、１６７、１８６、１９８、２１７、２２９、２４１、２５６又は３１５からなる群から選択される哺乳類発現系の細胞中での発現のために最適化されたアミノ酸配列を含む全長重鎖；及び配列番号２３、２７、３１、５５、７７、１０１、１２１、１４５、１６１、１７３、１９２、２０４、２２３、２３５、２５０又は２６２からなる群から選択される哺乳類の細胞中での発現のために最適化されたアミノ酸配列を含む全長軽鎖を有する単離モノクローナル抗体；又は（ｉｉ）その抗原結合部分を含む機能タンパク質を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、表２に記載される重鎖及び軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３、又はそれらの組合せを含むＰＭＥＬ１７－結合抗体を提供する。抗体のＶＨ ＣＤＲ１のアミノ酸配列は、例えば、配列番号１、４、５、７、３３、３６、３７、３９、５７、６０、７９、８２、８３、８５、１０３、１０６、１０７、１０９、１２３、１２６、１２７、１２９、１７５、１７８、１７９、１８１、２０６、２０９、２１０、及び２１２に示される。抗体のＶＨ ＣＤＲ２のアミノ酸配列は、例えば、配列番号２、６、８、３４、３８、４０、５８、６１、６２、８０、８４、８６、１０４、１０８、１１０、１２４、１２８、１３０、１７６、１８０、１８２、２０７、２１１、及び２１３に示される。抗体のＶＨ ＣＤＲ３のアミノ酸配列は、例えば、配列番号３、９、３５、４１、５９、６３、８１、８７、１０５、１１１、１２５、１３１、１４７、１４８、１６３、１６４、１７７、１８３、１９４、１９５、２０８、２１４、２２５、２２６、２３７、２３８、２５２、及び２５３に示される。抗体のＶＬ ＣＤＲ１のアミノ酸配列は、例えば、配列番号１４、１７、２０、４６、４９、５２、６８、７１、７４、９２、９５、９８、１１６、１３６、１３９、１４２、１５３、１５６、１５８、２４３、２４５、及び２４７に示される。抗体のＶＬ ＣＤＲ２のアミノ酸配列は、例えば、配列番号１５、１８、４７、５０、６９、７２、９３、９６、１３７、１４０、及び１５４に示される。抗体のＶＬ ＣＤＲ３のアミノ酸配列は、例えば、配列番号１６、１９、４８、５１、７０、７３、９４、９７、１１７、１１８、１３８、１４１、１５５、１５７、１６９、１７０１８８、１８９、２００、２０１、２１９、２２０、２３１、２３２、２４４、２４６、２５８、及び２５９に示される。
これらの抗体はそれぞれ、ＰＭＥＬ１７に結合することができ、そしてその抗原－結合特異性が主に、ＣＤＲ１、２、及び３の領域によって提供されるならば、ＶＨ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３の配列、並びにＶＬ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３の配列は、「混合且つマッチ」され得る（すなわち、様々な抗体由来のＣＤＲが混合且つマッチされ得る）。そのような「混合且つマッチ」されたＰＭＥＬ１７－結合抗体は、当該技術において知られている結合アッセイ、及び実施例において記載されているアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）を用いて試験され得る。ＶＨ ＣＤＲ配列が混合且つマッチされる場合、特定のＶＨ配列由来のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及び／又はＣＤＲ３の配列は、構造的に類似するＣＤＲ配列で置換されるべきである。同様に、ＶＬ ＣＤＲ配列が混合且つマッチされる場合、特定のＶＬ配列由来のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及び／又はＣＤＲ３の配列は、構造的に類似するＣＤＲ配列で置換されるべきである。１つ以上のＶＨ及び／又はＶＬのＣＤＲ領域の配列を、本開示のモノクローナル抗体について、本明細書中で示されるＣＤＲ配列由来の構造的に類似する配列で置換することによって、新規のＶＨ配列及びＶＬ配列が生じ得ることは、当業者に容易に明らかとなろう。
したがって、一部の実施形態において、本開示は、配列番号１、４、５、７、３３、３６、３７、３９、５７、６０、７９、８２、８３、８５、１０３、１０６、１０７、１０９、１２３、１２６、１２７、１２９、１７５、１７８、１７９、１８１、２０６、２０９、２１０、及び２１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１；配列番号２、６、８、３４、３８、４０、５８、６１、６２、８０、８４、８６、１０４、１０８、１１０、１２４、１２８、１３０、１７６、１８０、１８２、２０７、２１１、及び２１３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２；配列番号３、９、３５、４１、５９、６３、８１、８７、１０５、１１１、１２５、１３１、１４７、１４８、１６３、１６４、１７７、１８３、１９４、１９５、２０８、２１４、２２５、２２６、２３７、２３８、２５２、及び２５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３；配列番号１４、１７、２０、４６、４９、５２、６８、７１、７４、９２、９５、９８、１１６、１３６、１３９、１４２、１５３、１５６、１５８、２４３、２４５、及び２４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１５、１８、４７、５０、６９、７２、９３、９６、１３７、１４０、及び１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２；並びに配列番号１６、１９、４８、５１、７０、７３、９４、９７、１１７、１１８、１３８、１４１、１５５、１５７、１６９、１７０、１８８、１８９、２００、２０１、２１９、２２０、２３１、２３２、２４４、２４６、２５８、及び２５９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む単離されたモノクローナル抗体又はその抗原結合領域を提供し；当該抗体は、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１、４、５又は７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２、６又は８の重鎖ＣＤＲ２；配列番号３又は９の重鎖ＣＤＲ３；配列番号１４、１７又は２０の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１５又は１８の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１６又は１９の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号３３、３６、３７又は３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４、３８又は４０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号３５又は４１の重鎖ＣＤＲ３；配列番号４６、４９又は５２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号４８又は５１の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号５、７、５７又は６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８、６１又は６２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号５９又は６３の重鎖ＣＤＲ３；配列番号６８、７１又は７４の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号６９又は７２の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号７０又は７３の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号７９、８２、８３又は８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０、８４又は８６の重鎖ＣＤＲ２；配列番号８１又は８７の重鎖ＣＤＲ３；配列番号９２、９５又は９８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号９３又は９６の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号９４又は９７の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１０５又は１１１の重鎖ＣＤＲ３；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７又は１１８の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１２５又は１３１の重鎖ＣＤＲ３；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１３８又は１４１の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１４７又は１４８の重鎖ＣＤＲ３；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１５５又は１５７の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１６３又は１６４の重鎖ＣＤＲ３；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１６９又は１７０の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１７５、１７８、１７９又は１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６、１８０又は１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１７７又は１８３の重鎖ＣＤＲ３；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１８８又は１８９の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１９４又は１９５の重鎖ＣＤＲ３；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２００又は２０１の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２０８又は２１４の重鎖ＣＤＲ３；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２１９又は２２０の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２２５又は２２６の重鎖ＣＤＲ３；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１又は２３２の軽鎖ＣＤＲ３を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７又は２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；並びに配列番号２４３、２４５又は２４７のＬＣＤＲ１、配列番号４７又は５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４又は２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２又は２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；並びに配列番号１５３、１５６又は１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０又は１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８又は２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号３３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号３６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号３７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号５１の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号４０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号４１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号５７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７１の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７３の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号８２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号８３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９５の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９７の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１８の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１１１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１ 配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１４１の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１３１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５７の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１７０の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号１７５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１７８の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１８３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２０１の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２２０の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３２の軽鎖ＣＤＲ３；又は
配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２６の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、並びに配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、並びに配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、並びに配列番号２４５のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；又は
配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；並びに配列番号２４７のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、
配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、並びに配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、並びに配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、並びに配列番号１５６のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；又は
配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；並びに配列番号１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
から選択されるＣＤＲ配列を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号４２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号５３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号８８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号９９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１１９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１４３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１７１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１８４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１９０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１９６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２１５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２３３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２３９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２４８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２５４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２６０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号４４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号６６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号７７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号９０のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１１４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１３４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１４５のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１５１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１７３のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１８６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１９２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号１９８のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２０４のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２１７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２２３を含むアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２２９のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３５のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２４１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２５０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２５６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２６２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
具体的な実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、配列番号３１５のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
特定の実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体は、表２に記載される抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）である。
一部の実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、ＩｇＧ１／λアイソタイプサブクラスに属する。Ｎ－グリコシル化部位は、抗体又はフラグメントの重鎖上のＡｓｎ３０６に位置する。一部の実施形態において、ＰＭＥＬ１７に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、重鎖のＡｓｎ３０６に位置するＮ－グリコシル化部位を含む。抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）の重鎖は両方とも、Ａｓｎ３０６でタンパク質骨格に連結したオリゴ糖鎖を含む。
１．エピトープ及び同じエピトープに結合する抗体の同定
本開示はまた、表２に記載の抗ＰＭＥＬ１７抗体と同じエピトープに特異的に結合し、又は表２に記載の抗体と交差競合する抗体及び抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）を提供する。したがって、追加の抗体及び抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥを介するＰＭＥＬ１７結合アッセイ又は結合を測定する技術分野の当業者に公知のアッセイにおける本開示の他の抗体と交差競合する（例えば、その結合を統計的に有意に競合阻害する）それらの能力に基づき同定することができる。本開示の抗体及び抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）のＰＭＥＬ１７（例えば、ヒトＰＭＥＬ１７）への結合を阻害する試験抗体の能力は、試験抗体がＰＭＥＬ１７への結合についてその抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）と競合し得ること；そのような抗体は、非限定的な理論に従って、競合する抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）と同じ、又は関連する（例えば、構造的に類似する、又は空間的に近位の）、ＰＭＥＬ１７上のエピトープに結合し得ることを実証する。特定の実施形態において、表２に示す抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）と同じＰＭＥＬ１７上のエピトープに結合する抗体は、ヒト又はヒト化モノクローナル抗体である。そのようなヒト又はヒト化モノクローナル抗体は、本明細書中で記載されるように調製且つ単離され得る。
２．Ｆｃ領域のフレームワークのさらなる変更
本開示の免疫結合体は、抗体の特性を向上させるような、ＶＨ及び／又はＶＬ内のフレームワーク残基の修飾をさらに含む、修飾された抗体又はその抗原結合フラグメントを含む。一部の実施形態において、フレームワーク修飾は、抗体の免疫原性を低下させるようになされる。例えば、一アプローチとして、１つ以上のフレームワーク残基を、対応する生殖細胞系配列に「復帰突然変異させる」ものがある。より具体的には、体細胞突然変異を受けた抗体は、抗体が由来する生殖細胞系配列と異なるフレームワーク残基を含有し得る。そのような残基は、抗体フレームワーク配列を抗体が由来する生殖細胞系配列と比較することによって、特定され得る。フレームワーク領域配列を、それらの生殖細胞系の構成に戻すため、体細胞突然変異を、例えば、部位特異的突然変異誘発によって生殖細胞系配列に「復帰突然変異」させることができる。そのような「復帰突然変異」した抗体も、本開示に包含されることが意図される。
別のタイプのフレームワーク修飾は、フレームワーク領域内の、又は１つ以上のＣＤＲ領域内の、１つ以上の残基を突然変異させて、Ｔ細胞エピトープを除去することによって、抗体の潜在的免疫原性を引き下げることを包含する。このアプローチは、「脱免疫化」とも呼ばれ、Ｃａｒｒらによる米国特許出願公開第２００３／０１５３０４３号明細書にさらに詳細に記載されている。
フレームワーク又はＣＤＲ領域内になされる修飾に加えて、又はその代わりに、本開示の抗体は、典型的には、抗体の１つ以上の機能的特性、例えば、血清半減期、補体固定、Ｆｃ受容体結合、及び／又は抗原依存的細胞毒性（ＡＤＣＣ）を変更するためのＦｃ領域内の修飾を含むように操作され得る。さらに、本開示の抗体は、ここでも抗体の１つ以上の機能的特性を変更するように、化学的に修飾されてもよい（例えば、１つ以上の化学部分が、抗体に取り付けられてよい）し、そのグリコシル化を変更するように修飾されてもよい。これらの実施形態のそれぞれが、以下でさらに詳細に説明される。
一部の実施形態において、ＣＨ１のヒンジ領域は、ヒンジ領域中のシステイン残基の数が、変更、例えば増減されるように修飾される。このアプローチは、Ｂｏｄｍｅｒ ｅｔ ａｌ．による米国特許第５，６７７，４２５号明細書においてさらに記載されている。ＣＨ１のヒンジ領域中のシステイン残基の数は、例えば、軽鎖及び重鎖のアセンブリを促進して、又は抗体の安定性を増大させ、若しくは低下させるように、変更される。
一部の実施形態において、本明細書に開示の抗体又は抗体フラグメントは、薬物部分への結合のための部位としての改変又は操作アミノ酸残基、例えば、１つ以上のシステイン残基を含む（Ｊｕｎｕｔｕｌａ ＪＲ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２００８，２６：９２５－９３２）。一実施形態において、本開示は、本明細書に記載の位置におけるシステインによる１つ以上のアミノ酸の置換を含む改変抗体又は抗体フラグメントを提供する。システイン置換のための部位は、抗体又は抗体フラグメントの定常領域中に存在し、ゆえに種々の抗体又は抗体フラグメントに適用可能であり、部位は、安定的な均一の結合体を提供するように選択される。改変抗体又はフラグメントは、１、２つ以上のシステイン置換を有し得、それらの置換は、本明細書に記載の他の改変及び結合法との組合せで用いることができる。抗体の特定の位置におけるシステインを挿入する方法は、当該技術分野において公知である、例えば、Ｌｙｏｎｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．，３：７０３－７０８、国際公開第２０１１／００５４８１号パンフレット、国際公開第２０１４／１２４３１６号パンフレット、国際公開第２０１５／１３８６１５号パンフレット参照。特定の実施形態において、改変抗体は、抗体の重鎖の１１７、１１９、１２１、１２４、１３９、１５２、１５３、１５５、１５７、１６４、１６９、１７１、１７４、１８９、１９１、１９５、１９７、２０５、２０７、２４６、２５８、２６９、２７４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９３、３２０、３２２、３２６、３３３、３３４、３３５、３３７、３４４、３５５、３６０、３７５、３８２、３９０、３９２、３９８、４００及び４２２位から選択されるその定常領域上のシステインによる１つ以上のアミノ酸の置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる。一部の実施形態において、改変抗体又は抗体フラグメントは、抗体又は抗体フラグメントの軽鎖の１０７、１０８、１０９、１１４、１２９、１４２、１４３、１４５、１５２、１５４、１５６、１５９、１６１、１６５、１６８、１６９、１７０、１８２、１８３、１９７、１９９、及び２０３位から選択されるその定常領域上のシステインによる１つ以上のアミノ酸の置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされ、軽鎖は、ヒトカッパ軽鎖である。特定の実施形態において、改変抗体又はその抗体フラグメントは、その定常領域上のシステインによる２つ以上のアミノ酸の置換の組合せを含み、組合せは、抗体重鎖の３７５位、抗体重鎖の１５２位、抗体重鎖の３６０位、又は抗体軽鎖の１０７位における置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる。特定の実施形態において、改変抗体又はその抗体フラグメントは、その定常領域上のシステインによる１つのアミノ酸の置換を含み、置換は、抗体重鎖の３７５位、抗体重鎖の１５２位、抗体重鎖の３６０位、抗体軽鎖の１０７位、抗体軽鎖の１６５位又は抗体軽鎖の１５９位であり、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされ、軽鎖はカッパ鎖である。特定の実施形態において、改変抗体又はその抗体フラグメントは、その定常領域上のシステインによる２つのアミノ酸の置換の組合せを含み、組合せは、抗体重鎖の３７５位及び抗体重鎖の１５２位における置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる。特定の実施形態において、改変抗体又はその抗体フラグメントは、抗体重鎖の３６０位におけるシステインによる１つのアミノ酸の置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる。他の特定の実施形態において、改変抗体又はその抗体フラグメントは、抗体軽鎖の１０７位におけるシステインによる１つのアミノ酸の置換を含み、位置は、ＥＵ体系に従ってナンバリングされ、軽鎖はカッパ鎖である。
追加の実施形態において、本開示の免疫結合体において有用な抗体又は抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）として、改変又は操作抗体、例えば、１つ以上の他の反応性アミノ酸（システイン以外）、例として、Ｐｃｌ、ピロリシン、ぺプチドタグ（例えば、Ｓ６、Ａ１及びｙｂｂＲタグ）、及び非天然アミノ酸を、天然配列の少なくとも１つのアミノ酸に代えて導入するように改変され、ゆえに相補的反応性を有する薬物部分又はリンカー－薬物部分への結合のための抗体又は抗原結合フラグメント上の反応性部位を提供する抗体が挙げられる。例えば、抗体又は抗体フラグメントは、Ｐｃｌ又はピロリシン（Ｗ．Ｏｕ，ｅｔ ａｌ．，（２０１１）ＰＮＡＳ １０８（２６），１０４３７－１０４４２；国際公開第２０１４／１２４２５８号パンフレット）又は非天然アミノ酸（Ｊ．Ｙ．Ａｘｕｐ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１０９（２０１２），ｐｐ．１６１０１－１６１０６；概説については、Ｃ．Ｃ．Ｌｉｕ ａｎｄ Ｐ．Ｇ．Ｓｃｈｕｌｔｚ（２０１０）Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｂｉｏｃｈｅｍ ７９，４１３－４４４；Ｃ．Ｈ．Ｋｉｍ，ｅｔ ａｌ．，（２０１３）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．１７，４１２－４１９参照）を薬物への結合のための部位として取り込むように改変することができる。同様に、酵素的結合法のためのぺプチドタグを抗体中に導入することができる（Ｓｔｒｏｐ Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．２０１３，２０（２）：１６１－７；Ｒａｂｕｋａ Ｄ．，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．２０１０ Ｄｅｃ；１４（６）：７９０－６；Ｒａｂｕｋａ Ｄ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ．２０１２，７（６）：１０５２－６７）。１つの他の例は、補酵素Ａ類似体の結合のための、４’－ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ（ＰＰＴアーゼ）の使用である（国際公開第２０１３／１８４５１４号パンフレット）、及び（Ｇｒｕｅｎｅｗａｌｄ ｅｔ ａｌ．，（２０１５）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．２６（１２），２５５４－６２）。そのような改変又は操作抗体をペイロード又はリンカー－ペイロード組合せと結合させる方法は、当該技術分野において公知である。
別の実施形態において、抗体のＦｃヒンジ領域は、抗体の生物学的半減期を低下させるように突然変異される。より具体的には、抗体が天然Ｆｃ－ヒンジドメインのブドウ球菌プロテインＡ（ＳｐＡ）結合と比べて損傷したＳｐＡ結合を有するように、１つ以上のアミノ酸突然変異がＦｃ－ヒンジフラグメントのＣＨ２－ＣＨ３ドメイン界面領域中に導入される。このアプローチは、米国特許第６，１６５，７４５号明細書にさらに詳細に記載されている。
さらに他の実施形態において、Ｆｃ領域は、抗体のエフェクタ機能を変更するために少なくとも１つのアミノ酸残基を異なるアミノ酸残基で置換することによって変更される。例えば、抗体がエフェクタリガンドについて変更された親和性を有するが、親抗体の抗原結合能を保持するように、１つ以上のアミノ酸が異なるアミノ酸残基で置換され得る。親和性が変更されるエフェクタリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体又は補体のＣ１成分であり得る。このアプローチは、例えば、米国特許第５，６２４，８２１号明細書及び同第５，６４８，２６０号明細書に記載されている。
別の実施形態において、抗体が変更されたＣ１ｑ結合及び／又は引き下げられ、若しくは停止された補体依存的細胞毒性（ＣＤＣ）を有するように、アミノ酸残基から選択される１つ以上のアミノ酸が、異なるアミノ酸残基で置換され得る。このアプローチは、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号明細書に記載されている。
別の実施形態において、１つ以上のアミノ酸残基は、補体を固定する抗体の能力を変更させるように変更される。このアプローチは、例えば、国際公開第９４／２９３５１号パンフレットに記載されている。アロタイプアミノ酸残基として、以下に限定されないが、Ｊｅｆｆｅｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，ＭＡｂｓ．１：３３２－３３８（２００９）によって記載される通り、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、及びＩｇＧ３のサブクラスの重鎖の定常領域並びにカッパアイソタイプの軽鎖の定常領域が挙げられる。
そのような突然変異を含有する抗体融合タンパク質複合体は、抗体依存的細胞毒性（ＡＤＣＣ）又は補体依存的細胞毒性（ＣＤＣ）の引き下げを媒介し、又は媒介しない。一部の実施形態において、ＩｇＧ１定常領域のアミノ酸残基Ｌ２３４及びＬ２３５は、Ａ２３４及びＡ２３５に置換される。一部の実施形態において、ＩｇＧ１定常領域のアミノ酸残基Ｎ２６７は、Ａ２６７に置換される。一部の実施形態において、ＩｇＧ１定常領域のアミノ酸残基Ｄ２６５及びＰ３２９は、Ａ２６５及びＡ３２９に置換される。他の抗体Ｆｃサイレンシング突然変異を用いることもできる。
別の実施形態において、１つ以上のアミノ酸残基は、補体を固定する抗体の能力を変更するように変更される。このアプローチは、例えば、Ｂｏｄｍｅｒらによる国際公開第９４／２９３５１号パンフレットに記載されている。具体的な実施形態において、本開示の抗体又はその抗原結合フラグメントの１つ以上のアミノ酸は、１つ以上のアロタイプアミノ酸残基で置換される。アロタイプアミノ酸残基として、以下に限定されないが、Ｊｅｆｆｅｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，ＭＡｂｓ．１：３３２－３３８（２００９）によって記載される通り、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、及びＩｇＧ３のサブクラスの重鎖の定常領域並びにカッパアイソタイプの軽鎖の定常領域も挙げられる。
さらに別の実施形態において、抗体のグリコシル化が修飾される。例えば、非グリコシル化抗体を製造することができる（すなわち、抗体は、グリコシル化を欠く）。グリコシル化は、例えば、「抗原」についての抗体の親和性を増大させるように変更され得る。そのような炭水化物修飾は、例えば、抗体配列内の１つ以上のグリコシル化部位を変更することによって達成され得る。例えば、１つ以上の可変領域フレームワークグリコシル化部位を排除する１つ以上のアミノ酸置換をなしてそれによってその部位におけるグリコシル化を排除することができる。そのような非グリコシル化は、抗原についての抗体の親和性を増大させ得る。そのようなアプローチは、例えば、米国特許第５，７１４，３５０号明細書及び同第６，３５０，８６１号明細書に記載されている。
一部の実施形態において、抗体は、その生物学的半減期を増大させるように修飾される。種々のアプローチが可能である。例えば、米国特許第６，２７７，３７５号明細書に記載の通り、以下の突然変異の１つ以上：Ｔ２５２Ｌ、Ｔ２５４Ｓ、Ｔ２５６Ｆが導入され得る。これ以外にも、生物学的半減期を増大させるため、抗体は、米国特許第５，８６９，０４６号明細書及び同第６，１２１，０２２号明細書に記載の通り、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２ドメインの２つのループから取られたサルベージ受容体結合エピトープを含有するようにＣＨ１又はＣＬ領域内で変更され得る。
３．抗ＰＭＥＬ１７抗体の生成
抗ＰＭＥＬ１７抗体及びその抗体フラグメント（例えば、抗原結合フラグメント）は、当該技術において知られているあらゆる手段によって生成され得、以下に限定されないが、組換え発現、化学合成、及び抗体四量体の酵素的消化が挙げられ、ここで、全長モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ生成又は組換え生成によって得られ得る。組換え発現は、当該技術において知られている適切なあらゆる宿主細胞、例えば、哺乳類宿主細胞、細菌宿主細胞、酵母宿主細胞、昆虫宿主細胞などに由来し得る。
本開示はさらに、本明細書中に記載される抗体をコードするポリヌクレオチド、例えば、本明細書中に記載される、相補性決定領域を含む重鎖又は軽鎖の可変領域又は可変セグメントをコードするポリヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１１、４３、６５、８９、１１３、１３３、１５０、１６６、１８５、１９７、２１６、２２８、２４０、及び２５５からなる群から選択されるポリヌクレオチドと少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の核酸配列同一性を有する。一部の実施形態において、軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２２、２６、３０、５４、７６、１００、１２０、１４４、１６０、１７２、１９１、２０３、２２２、２３４、２４９、及び２６１のポリヌクレオチドと少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の核酸配列同一性を有する。
一部の実施形態において、重鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１３、４５、６７、９１、１１５、１３５、１５２、１６８、１８７、１９９、２１８、２３０、２４２、２５７、３１９、及び３２０のポリヌクレオチドと少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の核酸配列同一性を有する。一部の実施形態において、軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２４、２８、３２、５６、７８、１０２、１２２、１４６、１６２、１７４、１９３、２０５、２２４、２３６、２５１、及び２６３のポリヌクレオチドと少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の核酸配列同一性を有する。
本開示のポリヌクレオチドは、抗ＰＭＥＬ１７抗体の可変領域配列のみをコードし得る。これらはまた、抗体の可変領域及び定常領域の双方をコードし得る。ポリヌクレオチド配列の一部は、例示のマウス抗ＰＭＥＬ１７抗体の１つの重鎖及び軽鎖の双方の可変領域を含むポリペプチドをコードする。一部の他のポリヌクレオチドは、それぞれマウス抗体の１つの重鎖及び軽鎖の可変領域と実質的に同じ２つのポリペプチドセグメントをコードする。
ポリヌクレオチド配列は、抗ＰＭＥＬ１７抗体又はその結合フラグメントをコードする既存の配列（例えば、下記の実施例に示すような配列）のデノボ固相ＤＮＡ合成によって、又はＰＣＲ突然変異誘発によって生成され得る。核酸の直接的化学合成が、当該技術において知られている方法によって達成され得、例えば、Ｎａｒａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：９０，１９７９のホスホトリエステル法；Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：１０９，１９７９のホスホジエステル法；Ｂｅａｕｃａｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａ．Ｌｅｔｔ．，２２：１８５９，１９８１のジエチルホスホロアミダイト法；及び米国特許第４，４５８，０６６号明細書の固体支持法がある。ＰＣＲによるポリヌクレオチド配列への突然変異の導入は、例えば、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ（Ｅｄ．），Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，ＮＹ，１９９２；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．（Ｅｄ．），Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，１９９０；Ｍａｔｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：９６７，１９９１；及びＥｃｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ １：１７，１９９１に記載されるようにして実行され得る。
また、本開示において提供されるのが、上述の抗ＰＭＥＬ１７抗体を生成するための発現ベクター及び宿主細胞である。種々の発現ベクターを使用して、抗ＰＭＥＬ１７抗体の鎖又はその結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドを発現させることができる。ウイルスベースの発現ベクター及び非ウイルス発現ベクターの双方が、哺乳類宿主細胞において抗体を生成するのに用いられ得る。非ウイルスベクター及び非ウイルス系として、プラスミド又はエピソームベクター（典型的には、タンパク質又はＲＮＡを発現するための発現カセットを有する）及びヒト人工染色体が挙げられる（例えば、Ｈａｒｒｉｎｇｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．１５：３４５，１９９７参照）。例えば、哺乳類（例えばヒト）細胞における抗ＰＭＥＬ１７ポリヌクレオチド及びポリペプチドの発現に有用な非ウイルスベクターとして、ｐＴｈｉｏＨｉｓ Ａ，Ｂ ＆ Ｃ、ｐｃＤＮＡ（商標）３．１／Ｈｉｓ、ｐＥＢＶＨｉｓ Ａ，Ｂ ＆ Ｃ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、ＭＰＳＶベクター、及び他のタンパク質を発現させるための当該技術において知られている多数の他のベクターが挙げられる。有用なウイルスベクターとして、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルスに基づくベクター、ＳＶ４０、パピローマウイルス、ＨＢＰエプスタインバールウイルスに基づくベクター、ワクシニアウイルスベクター、及びセムリキ森林ウイルス（ＳＦＶ）が挙げられる。Ｂｒｅｎｔ ｅｔ ａｌ．、前掲；Ｓｍｉｔｈ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４９：８０７，１９９５；及びＲｏｓｅｎｆｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ６８：１４３，１９９２参照。
発現ベクターの選択は、ベクターが発現されることとなる意図される宿主細胞に依存する。典型例として、発現ベクターは、抗ＰＭＥＬ１７抗体の鎖又はフラグメントをコードするポリヌクレオチドに作動可能に結合されているプロモータ及び他の調節配列（例えばエンハンサ）を含有する。一部の実施形態において、誘導プロモータを使用して、挿入された配列の発現を、誘導条件下以外では防止する。誘導プロモータとして、例えば、アラビノース、ｌａｃＺ、メタロチオネインプロモータ、又はヒートショックプロモータが挙げられる。形質転換された生物の培養体は、非誘導条件下で、集団を、発現産物が宿主細胞によってより良好に許容されるコード配列について偏らせることなく、増殖し得る。また、プロモータに加えて、他の調節要素が、抗ＰＭＥＬ１７抗体又はフラグメントの効率的な発現に必要とされてよく、又は所望されてよい。当該要素として、典型的に、ＡＴＧ開始コドン及び隣接するリボソーム結合部位又は他の配列が挙げられる。加えて、発現の効率が、使用される細胞系に適したエンハンサの包含によって増強され得る（例えば、Ｓｃｈａｒｆ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．２０：１２５，１９９４；及びＢｉｔｔｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１５３：５１６，１９８７参照）。例えば、ＳＶ４０エンハンサ又はＣＭＶエンハンサを用いて、哺乳類宿主細胞における発現を増大させることができる。
発現ベクターはまた、挿入された抗ＰＭＥＬ１７抗体配列によってコードされるポリペプチドとの融合タンパク質を形成するように、分泌シグナル配列位置を提供し得る。多くの場合、挿入される抗ＰＭＥＬ１７抗体配列は、ベクター内に含まれる前に、シグナル配列に結合される。また、抗ＰＭＥＬ１７抗体の軽鎖及び重鎖の可変ドメインをコードする配列を受け入れるのに用いられることとなるベクターは時折、定常領域又はその部分をコードする。そのようなベクターは、定常領域との融合タンパク質として可変領域を発現することによって、無傷の抗体又はそのフラグメントを生成し得る。典型的に、そのような定常領域はヒトである。
抗ＰＭＥＬ１７抗体の鎖を保有且つ発現させるための宿主細胞は、原核生物であっても真核生物であってもよい。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）は、本開示のポリヌクレオチドをクローニングして発現させるのに有用な一原核生物宿主である。使用に適した他の微生物宿主として、桿菌、例えば枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、並びに他の腸内細菌科（ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、例えばサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）属、セラチア（Ｓｅｒｒａｔｉａ）属、及び種々のシュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）属の種が挙げられる。これらの原核生物宿主において、当業者であれば発現ベクターを構築することもでき、これは典型的に、宿主細胞と適合する発現制御配列（例えば複製起点）を含有する。加えて、任意の数の種々の周知のプロモータが存在することとなり、例えば、ラクトースプロモータ系、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモータ系、ベータ－ラクタマーゼプロモータ系、又はファージラムダ由来のプロモータ系がある。プロモータは典型的に、場合によってはオペレータ配列と共に、発現を制御し、そしてリボソーム結合部位配列等を有しており、転写及び翻訳を開始して完了させる。また、他の微生物、例えば酵母を使用して、本開示の抗ＰＭＥＬ１７ポリペプチドを発現させることもできる。バキュロウイルスベクターと組み合わせた昆虫細胞を用いることもできる。
一部の好ましい実施形態において、哺乳類宿主細胞を用いて、本開示の抗ＰＭＥＬ１７ポリペプチドを発現させて生成することができる。例えば、哺乳類宿主細胞は、内因性の免疫グロブリン遺伝子を発現するハイブリドーマ細胞株（例えば、実施例に記載されている骨髄腫ハイブリドーマクローン）であってもよいし、外因性の発現ベクター（例えば、下記に例示するＳＰ２／０骨髄腫細胞）を保有する哺乳類の細胞株であってもよい。これらとして、死に至る標準的な、又は不死の標準的若しくは異常な、あらゆる動物細胞又はヒト細胞が挙げられる。例えば、無傷の免疫グロブリンを分泌することができる適切ないくつかの宿主細胞株が開発されており、ＣＨＯ細胞株、種々のＣｏｓ細胞株、ＨｅＬａ細胞、骨髄腫細胞株、形質転換されたＢ細胞、及びハイブリドーマが挙げられる。ポリペプチドを発現させるための哺乳類組織細胞培養の使用が、概して、例えば、Ｗｉｎｎａｃｋｅｒ，Ｆｒｏｍ Ｇｅｎｅｓ ｔｏ Ｃｌｏｎｅｓ，ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎ．Ｙ．，Ｎ．Ｙ．，１９８７において考察されている。哺乳類宿主細胞用の発現ベクターは、発現制御配列、例えば、複製起点、プロモータ、及びエンハンサ（例えば、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．８９：４９－６８，１９８６参照）、並びに必須のプロセシング情報部位、例えば、リボソーム結合部位、ＲＮＡスプライス部位、ポリアデニル化部位、及び転写ターミネータ配列を含み得る。これらの発現ベクターは、通常、哺乳類の遺伝子に、又は哺乳類のウイルスに由来するプロモータを含有する。適切なプロモータは、構成的であり得、細胞型特異的であり得、ステージ特異的であり得、且つ／又は調整可能若しくは調節可能であり得る。有用なプロモータとして、以下に限定されないが、メタロチオネインプロモータ、構成的アデノウイルス主要後期プロモータ、デキサメタゾン誘導ＭＭＴＶプロモータ、ＳＶ４０プロモータ、ＭＲＰ ｐｏｌＩＩＩプロモータ、構成的ＭＰＳＶプロモータ、テトラサイクリン誘導ＣＭＶプロモータ（例えばヒト即初期ＣＭＶプロモータ）、構成的ＣＭＶプロモータ、及び当該技術において知られているプロモータ－エンハンサの組合せが挙げられる。
対象となるポリヌクレオチド配列を含有する発現ベクターを導入する方法は、細胞宿主の型に応じて変わる。例えば、塩化カルシウム形質移入が、原核細胞に一般的に利用されるが、リン酸カルシウム処理又は電気穿孔法が、他の細胞宿主に用いられ得る（概して、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ ｅｄ．参照）。他の方法として、例えば、電気穿孔法、リン酸カルシウム処理、リポソーム媒介形質転換、注射及びマイクロインジェクション、バリスティック法、ウイロゾーム、免疫リポソーム、ポリカチオン：核酸結合体、裸のＤＮＡ、人工ビリオン、ヘルペスウイルス構造タンパク質ＶＰ２２への融合（Ｅｌｌｉｏｔ ａｎｄ Ｏ’Ｈａｒｅ，Ｃｅｌｌ ８８：２２３，１９９７）、剤によるＤＮＡ吸収増強（ａｇｅｎｔ－ｅｎｈａｎｃｅｄ ｕｐｔａｋｅ ｏｆ ＤＮＡ）、並びにイクスビボ形質導入が挙げられる。多くの場合、組換えタンパク質の長期的多収産生のために、安定した発現が所望されることとなる。例えば、抗ＰＭＥＬ１７抗体の鎖又はその結合フラグメントを安定して発現する細胞株が、ウイルスの複製起点又は内因性の発現要素を含有する本開示の発現ベクター及び選択マーカー遺伝子を用いて、調製され得る。ベクターの導入後、細胞を、富化培地中で１～２日間増殖させてから、選択培地にスイッチすることができる。選択マーカーの目的は、選択に対する耐性を付与することであり、そしてその存在により、選択培地において、導入された配列を首尾よく発現する細胞の成長が可能となる。耐性を示す、安定して形質移入された細胞が、細胞型に適した組織培養技術を用いて増殖され得る。
抗ＰＭＥＬ抗体薬物結合体の産生方法についてはまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）の実施例４にも記載されている。例示的ＡＤＣのＰＫ特性についてはまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）の実施例１８にも記載されている。緩衝液、マウス、ラット、及びヒト血漿中での抗ＰＭＥＬ１７－ＧＮＡＱ／１１ｉ ＡＤＣのインビトロ安定性並びにマウスにおける抗ＰＭＥＬ１７－ＧＮＡＱ／１１ｉ ＡＤＣのインビボ安定性についてはまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）の実施例１９にも記載されている。
治療的使用
本開示の抗体薬物結合体又は製剤は、種々の用途、例として、以下に限定されないが、癌、例えば、固形腫瘍又はヘム悪性腫瘍（ｈｅｍｅ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ）の処置又は予防において有用である。特定の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体又は製剤は、腫瘍成長の阻害、分化の誘導、腫瘍容積の引き下げ、及び／又は腫瘍形成の引き下げに有用である。使用の方法は、インビトロ、エクスビボ、又はインビボ方法であり得る。
一部の実施形態において、本開示は、疾患を処置又は予防する方法であって、本開示の抗体薬物結合体又は製剤を患者に投与することを含む方法を提供する。本開示はまた、患者の疾患を処置又は予防するための本開示の抗体薬物結合体又は製剤の使用も提供する。一部の実施形態において、本開示は、患者の疾患の処置又は予防における使用のための本開示の抗体薬物結合体又は製剤を提供する。更なる実施形態において、本開示は、患者の疾患の処置又は予防のための医薬品の製造における本開示の抗体薬物結合体又は製剤の使用を提供する。
特定の実施形態において、本開示の抗体薬物結合体又は製剤で処置される疾患は、癌である。特定の実施形態において、癌は、本開示の抗体薬物結合体が結合するＰＭＥＬ１７発現細胞を特徴とする。特定の実施形態において、癌は、健常患者と比べたＰＭＥＬ１７の発現の増加を特徴とする。一部の実施形態において、ＰＭＥＬ１７の発現は、ＰＭＥＬ１７ ＲＮＡの増加によって測定し得る。他の実施形態において、癌は、ＰＭＥＬ１７のＤＮＡコピー数の増加を特徴とする。当業者には、ＰＭＥＬ１７発現レベルの他の測定又は決定方法が公知である。特定の実施形態において、癌は、ＧＮＡＱ及び／又はＧＮＡ１１遺伝子における突然変異、例えば、Ｑ２０９又はＲ１８３に影響を及ぼす活性化型突然変異を特徴とする。処置及び／又は予防することのできる疾患の例としては、限定はされないが、癌腫（例えば、肝細胞癌）、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫（例えば、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又は粘膜黒色腫）、又はその転移性癌が挙げられる。一部の実施形態において、疾患は、黒色腫である。一部の実施形態において、黒色腫は、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有する非ブドウ膜黒色腫である。理論によって拘束されることを望むものではないが、一部の実施形態において、ＧＮＡＱ／１１突然変異を内包する非ブドウ膜黒色腫は、他の突然変異（例えば、ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳ）を内包する黒色腫と比べてブドウ膜黒色腫との生物学的関連性が一層高いものであり得ると考えられる。一部の実施形態において、黒色腫は、ＢＲＡＦ突然変異、ＮＲＡＳ突然変異、又はその両方を内包しない。一部の実施形態において、黒色腫は、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有する粘膜黒色腫である。
本開示は、癌を処置又は予防する方法であって、治療有効量の本開示の抗体薬物結合体又は製剤を投与することを含む方法を提供する。特定の実施形態において、癌は、癌腫、肝細胞癌、肉腫、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、粘膜黒色腫、又はその転移性癌など、固形癌である。特定の実施形態において、対象は、ヒトである。特定の実施形態において、癌は、抵抗性癌及び／又は再発性癌である。
特定の実施形態において、本開示は、腫瘍成長を阻害する方法であって、対象に治療有効量の本開示の抗体薬物結合体又は製剤を投与することを含む方法を提供する。特定の実施形態において、腫瘍は、癌腫、肝細胞癌、肉腫、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、粘膜黒色腫、又はその転移性癌など、固形癌のものである。特定の実施形態において、対象は、ヒトである。特定の実施形態において、対象は腫瘍を有するか、又は腫瘍が除去されている。
特定の実施形態において、腫瘍は、抗体薬物結合体が結合するＰＭＥＬ１７を発現する。特定の実施形態において、腫瘍はヒトＰＭＥＬ１７を過剰発現する。特定の実施形態において、腫瘍はＰＭＥＬ１７遺伝子のコピー数の増加を呈する。特定の実施形態において、腫瘍は、ＧＮＡＱ及び／又はＧＮＡ１１遺伝子における突然変異、例えば、Ｑ２０９又はＲ１８３に影響を及ぼす活性化型突然変異を特徴とする。
本開示はまた、本開示の抗体薬物結合体又は製剤による処置に患者を選択する方法であって、治療有効量の前記抗体薬物結合体又は製剤を投与することを含む方法も提供する。本開示の一部の実施形態において、本方法は、ＰＭＥＬ１７の発現を測定することによって患者を選択することを含む。本開示の一部の実施形態において、本方法は、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子に突然変異、例えば、Ｑ２０９又はＲ１８３に影響を及ぼす活性化型突然変異を同定することによって患者を選択することを含む。特定の実施形態において、本方法は、患者のＰＭＥＬ１７発現レベルを測定すること、並びにＧＮＡＱ及び／又はＧＮＡ１１遺伝子を検出することを含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載の方法のいずれかの対象又は患者は、本開示の抗体薬物結合体又は製剤の投与前に、二重特異性ｇｐ１００ペプチド－ＨＬＡ指向型ＣＤ３ Ｔ細胞エンゲイジャー、例えば、テベンタフスプで処置されたことがある。他の実施形態において、本明細書に記載の方法のいずれかの対象又は患者は、本開示の抗体薬物結合体又は製剤の投与前に、二重特異性ｇｐ１００ペプチド－ＨＬＡ指向型ＣＤ３ Ｔ細胞エンゲイジャー、例えば、テベンタフスプで処置されたことがない。
一部の実施形態において、本明細書に記載の方法のいずれかの対象又は患者はブドウ膜黒色腫（例えば、転移性ブドウ膜黒色腫）を有し、本開示の抗体薬物結合体又は製剤の投与前に、二重特異性ｇｐ１００ペプチド－ＨＬＡ指向型ＣＤ３ Ｔ細胞エンゲイジャー、例えば、テベンタフスプで処置されたことがある。一部の実施形態において、本明細書に記載の方法のいずれかの対象又は患者はブドウ膜黒色腫（例えば、転移性ブドウ膜黒色腫）を有し、本開示の抗体薬物結合体又は製剤の投与前に、二重特異性ｇｐ１００ペプチド－ＨＬＡ指向型ＣＤ３ Ｔ細胞エンゲイジャー、例えば、テベンタフスプで処置されことがない。理論によって拘束されることを望むものではないが、一部の実施形態において、ある種のテベンタフスプ処置患者は、ＰＭＥＬ１７発現が最大５０％に至るまで低下していると考えられる。
疾患の処置又は予防のため、本開示の抗体薬物結合体又は製剤の適切な投薬量は、種々の因子、例えば、処置すべき疾患のタイプ、疾患の重症度及び過程、疾患の応答性、前治療、患者の病歴などに依存する。抗体薬物結合体又は製剤は、１回又は数日間から数ヵ月まで続く一連の処置にわたり、又は治癒が現れるまで、若しくは疾患状態の縮小（例えば、腫瘍サイズの減少）が達成されるまで投与され得る。最適な投与スケジュールは、患者の体内の薬物蓄積の測定値から計算され得、抗体薬物結合体又は製剤の相対的な効力に応じて変動する。処置する医師は、測定された滞留時間及び体液又は組織中の薬物の濃度に基づき、投与についての反復割合を推定することができる。
本明細書に記載の方法は、対象又は患者からのサンプルにおいて１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを更に含み得る。かかる方法において使用することのできる例示的バイオマーカーとしては、限定はされないが、プレメラノソームタンパク質１７（ＰＭＥＬ１７）、リン酸化ＥＲＫ（ｐＥＲＫ）、分化クラスター８（ＣＤ８）、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、二重特異性ホスファターゼ６（ＤＵＳＰ６）、Ｒａｓグアニル放出タンパク質３（ＲＡＳＧＲＰ３）、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。
一部の実施形態において、サンプルは、腫瘍サンプルである。一部の実施形態において、サンプルは、腫瘍に隣接する組織からのサンプルである。一部の実施形態において、サンプルは、体液サンプル、例えば、血液、髄液等である。一部の実施形態において、サンプルは、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む。一部の実施形態において、サンプルは、参照として使用されることになる非罹患組織である。
一部の実施形態において、バイオマーカーは、当該技術分野において公知の方法により測定される。例えば、バイオマーカーの発現は、対象又は患者からの組織又は体液サンプルからの核酸サンプルの定量化により測定及び／又はモニタすることができる。典型的な定量化方法には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リアルタイムＰＣＲ、サザンブロッティング、ノーザンブロッティング、インサイチュハイブリダイゼーション、ＤＮＡシーケンシング、及び／又は全トランスクリプトーム解析が含まれる。別の例において、バイオマーカーの発現は、１つ以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを、ウエスタンブロッティング、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、及び／又は質量分析法などの技法によって測定することにより測定及び／又はモニタすることができる。
本明細書に記載のＧＮＡＱ／１１インヒビタ及び本明細書に記載の抗体薬物結合体のインビトロ及びインビボ抗癌活性についてはまた、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット（これは全体として参照により援用される）の実施例にも記載されている。
癌の処置又は診断方法
特定の例では、本開示の抗体薬物結合体又は製剤は、癌を処置する方法において使用される。
一態様において、本開示は、癌性腫瘍の成長を阻害又は低減するような、本明細書に記載のＡＤＣ、又は本明細書に記載のＡＤＣを含む製剤を使用した対象のインビボでの処置に関する。
特定の実施形態において、ＡＤＣ又は製剤は、本明細書に開示される投薬量レジメンに従い投与又は使用される。特定の実施形態において、本ＡＤＣ又は製剤は、癌又はその症状の処置に有効な量で投与される。
本明細書に記載のＡＤＣ又は製剤は、単独で使用して癌性腫瘍の成長を阻害することができる。或いは、本明細書に記載のＡＤＣ又は製剤は、本明細書に記載の第２の治療剤又はモダリティとの組合せで使用することができる。ＡＤＣ又は製剤、及び第２の治療剤又はモダリティは、いずれの順番でも、又は同時に投与することができる。
それに応じて、一態様において、本開示は、対象の腫瘍細胞の成長を阻害する方法であって、対象に治療有効量の本明細書に記載のＡＤＣ又は製剤を、例えば、本明細書に記載の投薬量レジメンに従い投与することを含む方法を提供する。ある実施形態において、ＡＤＣは、本明細書に記載の製剤の形態で投与される。
別の態様において、対象を処置する方法、例えば、対象の過剰増殖病態又は障害（例えば、癌又はその転移性病変）を低減又は改善する方法が提供される。本方法は、対象に本明細書に記載のＡＤＣ、又は本明細書に記載のＡＤＣを含む製剤を、本明細書に開示される投薬量レジメンに従い投与することを含む。
特定の実施形態において、癌はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又は黒色腫はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又は両方の突然変異を含有する。例示的癌としては、限定はされないが、固形腫瘍、血液癌、軟部組織腫瘍、及び転移性病変が挙げられる。ある実施形態において、癌は黒色腫である。特定の実施形態において、黒色腫は、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又は粘膜黒色腫である。特定の実施形態において、癌は、癌腫、肉腫、白血病、又はリンパ腫である。ある実施形態において、癌腫は、肝細胞癌である。特定の実施形態において、癌は、眼癌又は新生物である。一部の実施形態において、癌は、ＭＳＩ－ｈｉｇｈ癌である。一部の実施形態において、癌は、転移性癌である。他の実施形態において、癌は、進行癌である。他の実施形態において、癌は、再発性又は難治性癌である。
本明細書に開示される方法、ＡＤＣ、組成物、及び製剤は、前述の癌に関連する転移性病変の処置に有用である。
一部の実施形態において、ＡＤＣは、１ｍｇ／ｋｇ～２０ｍｇ／ｋｇ（例えば、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇ又は２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で、例えば、週１回、２週間に１回、又は４週間に１回静脈内投与される。一部の実施形態において、ＡＤＣは、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で）、例えば、週１回、２週間に１回、又は４週間に１回静脈内投与される。
ある実施形態において、対象は、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある。ある実施形態において、対象は、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない。
一部の実施形態において、本方法は、対象からのサンプルにおいて１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを更に含む。かかる方法を用いると、本明細書に記載のＡＤＣ又は製剤を含む癌処置を評価し（例えば、モニタし）、本明細書に記載の疾患（例えば、本明細書に記載の疾患の進行）を評価し（例えば、モニタし）、癌を有する対象のために本明細書に記載のＡＤＣ又は製剤を含む処置を選択し、及び／又は本明細書に記載のＡＤＣ又は製剤を含む癌処置に対象を選択することができる。一部の実施形態において、１つ以上のバイオマーカーの発現の決定に基づき、処置を開始し、継続し、又は中止することができる。
例示的バイオマーカーとしては、限定はされないが、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。例示的サンプルとしては、限定はされないが、腫瘍サンプル、腫瘍隣接組織、体液（例えば、血液、血清、髄液、又は尿）が挙げられる。一部の実施形態において、サンプルは、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む。一部の実施形態において、サンプルは、参照として使用されることになる非罹患組織である。バイオマーカーは、当該技術分野において公知の方法により、例えば、サンプル中の核酸及び／又はタンパク質レベルを測定することによって測定し得る。
併用療法
特定の例において、本開示の抗体薬物結合体又は製剤は、他の治療的処置、例えば外科手術及び放射線治療、治療剤、例えば、他の抗癌剤、抗アレルギー剤、制吐剤（又は鎮吐薬）、鎮痛剤、細胞保護剤及びそれらの組合せと併用される。
一実施形態において、本開示の抗体薬物結合体又は製剤は、医薬組合せ製剤、又は併用療法としての投与レジメンにおいて、抗癌特性を有する第２の化合物と組み合わせられる。医薬組合せ製剤又は投与レジメンの第２の化合物は、組合せの抗体又は免疫結合体に対する補完的活性をそれらが互いに有害な影響を与えないように有し得る。例えば、本開示の抗体薬物結合体又は製剤は、以下に限定されないが、化学療法剤、免疫調節剤、チロシンキナーゼインヒビタ、ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１下流シグナリング経路インヒビタ、ＩＡＰインヒビタ、Ｂｃｌ２インヒビタ、Ｍｃｌ１インヒビタ、及び他のＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１インヒビタとの組合せで投与することができる。
本明細書中で用いられる用語「医薬的組合せ」は、一投薬量単位形態の固定された組合せ、又は併用投与用の非固定組合せ若しくはパーツのキットを指し、２つ以上の治療薬は、同時に独立して、又はある時間間隔内で別々に投与され得、とりわけ当該時間間隔により、組合せパートナーは、協働的な効果、例えば相乗効果を示し得る。
用語「併用療法」は、本開示に記載される治療の症状又は障害を処置又は予防するための、２つ以上の治療薬の投与を指す。そのような投与は、実質的に同時の、例えば、活性成分の比率が固定されている単一のカプセルでの、当該治療薬の同時投与を包含する。これ以外にも、そのような投与は、各活性成分について複数回の、又は別々のコンテナ（例えば、カプセル、粉末、及び液体）での同時投与を包含する。粉末及び／又は液体が、投与前に所望の用量に再構成されても希釈されてもよい。加えて、そのような投与はまた、各タイプの治療薬の、おおよそ同時での、又は異なる時点での、逐次的な使用を包含する。いずれにせよ、処置レジメンは、本明細書中に記載される症状又は障害を処置又は予防する際に、薬物組合せの有益な効果を提供することとなる。
併用療法は、「相乗効果」を提供し得、且つ「相乗効果的」であること、すなわち、活性成分が一緒に用いられる場合に達成される効果が、化合物を別々に用いることに由来する効果の和よりも大きいことを立証し得る。活性成分が：（１）同時調合されて、組み合わされた、ユニット投薬量の製剤で同時に投与若しくは送達され；（２）交互に、若しくは別々の製剤として同時に送達され；又は（３）他の何らかのレジメンによる場合に、相乗効果が達成され得る。交互療法で送達される場合、化合物が、例えば別々のシリンジでの異なる注射によって、順次投与又は送達される場合に、相乗効果が達成され得る。一般に、交互療法の間、各活性成分の有効な投薬量が順次、すなわち連続的に投与されるが、併用療法において、２つ以上の活性成分の有効な投薬量が、一緒に投与される。
併用療法における使用に検討される一般的な化学療法剤として、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、ブレオマイシン硫酸塩（Ｂｌｅｎｏｘａｎｅ（登録商標））、ブスルファン（Ｍｙｌｅｒａｎ（登録商標））、ブスルファン注射剤（Ｂｕｓｕｌｆｅｘ（登録商標））、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、Ｎ４－ペントキシカルボニル－５－ジオキサ－５－フルオロシチジン、カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ（登録商標））、カルムスチン（ＢｉＣＮＵ（登録商標））、クロラムブシル（Ｌｅｕｋｅｒａｎ（登録商標））、シスプラチン（Ｐｌａｔｉｎｏｌ（登録商標））、クラドリビン（Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ（登録商標））、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）又はＮｅｏｓａｒ（登録商標））、シタラビン、シトシンアラビノシド（Ｃｙｔｏｓａｒ－Ｕ（登録商標））、シタラビンリポソーム注射剤（ＤｅｐｏＣｙｔ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ－Ｄｏｍｅ（登録商標））、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ、Ｃｏｓｍｅｇａｎ）、ダウノルビシン塩酸塩（Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ（登録商標））、ダウノルビシンクエン酸塩リポソーム注射剤（ＤａｕｎｏＸｏｍｅ（登録商標））、デキサメタゾン、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標））、ドキソルビシン塩酸塩（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）、Ｒｕｂｅｘ（登録商標））、エトポシド（Ｖｅｐｅｓｉｄ（登録商標））、フルダラビンリン酸塩（Ｆｌｕｄａｒａ（登録商標））、５－フルオロウラシル（Ａｄｒｕｃｉｌ（登録商標）、Ｅｆｕｄｅｘ（登録商標））、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、テザシチビン（ｔｅｚａｃｉｔｉｂｉｎｅ）、ゲムシタビン（ジフルオロデオキシシチジン）、ヒドロキシ尿素（Ｈｙｄｒｅａ（登録商標））、イダルビシン（Ｉｄａｍｙｃｉｎ（登録商標））、イホスファミド（ＩＦＥＸ（登録商標））、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（登録商標））、Ｌ－アスパラギナーゼ（ＥＬＳＰＡＲ（登録商標））、ロイコボリンカルシウム、メルファラン（Ａｌｋｅｒａｎ（登録商標））、６－メルカプトプリン（Ｐｕｒｉｎｅｔｈｏｌ（登録商標））、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ（登録商標））、ミトキサントロン（Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ（登録商標））、マイロターグ、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、ｐｈｏｅｎｉｘ（イットリウム９０／ＭＸ－ＤＴＰＡ）、ペントスタチン、カルムスチンインプラントを有するポリフェプロサン２０（Ｇｌｉａｄｅｌ（登録商標））、タモキシフェンクエン酸塩（Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標））、テニポシド（Ｖｕｍｏｎ（登録商標））、６－チオグアニン、チオテパ、チラパザミン（Ｔｉｒａｚｏｎｅ（登録商標））、注射用トポテカン塩酸塩（Ｈｙｃａｍｐｔｉｎ（登録商標））、ビンブラスチン（Ｖｅｌｂａｎ（登録商標））、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ（登録商標））、及びビノレルビン（Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ（登録商標））、及びペメトレキセドが挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、癌の処置又は予防を必要とする対象に本開示の抗体薬物結合体を１つ以上のＭＤＭ２インヒビタ、ＰＫＣインヒビタ、ＰＲＣ２インヒビタ、ＭＡＰＫインヒビタ、ＧＰＣＲインヒビタ、チロシンキナーゼインヒビタ、例として、以下に限定されないが、ＢＴＫインヒビタ、ＥＧＦＲインヒビタ、Ｈｅｒ２インヒビタ、Ｈｅｒ３インヒビタ、ＩＧＦＲインヒビタ、及びＭｅｔインヒビタとの組合せで投与することによって癌を処置し、又は予防する方法を提供する。
例えば、ＭＤＭ２インヒビタとして、以下に限定されないが、ＲＧ７１１２（ＲＯ５０４５３３７）；ＲＧ７３８８（ＲＯ５５０３７８１、イダサヌトリン）；ＭＩ－７７３０１（ＳＡＲ４０５８３８）；ＭＫ－８２４２（ＳＣＨ－９００２４２）；ＡＭＧ２３２；ＣＧＭ０９７；ＤＳ３０３２ｂ；ＨＤＭ２０１；及びＡＬＲＮ－６９２４が挙げられる。
例えば、ＰＫＣインヒビタとして、以下に限定されないが、バラノール；リルゾール；スタウロスポリン；エンザスタウリン；δＶ１－１（ＫＡＩ－９８０３又はデルカセルチブ）；εＶ１－２（ＫＡＩ－１６７８）；アプリノカルセン；ミドスタウリン（ＰＫＣ４１２）；ＵＣＮ－０１（７－ヒドロキシ－スタウロスポリン）；ロットレリン（５，７，ジヒドロキシ－２，２－ジメチル－６－（２，４，６－トリヒドロキシ－３－メチル－５－アセチルベンジル）－８－シンナモイル－１，２－クロメン）；及びブリオスタチン１が挙げられる。
例えば、ＰＲＣ２インヒビタとして、以下に限定されないが、ＥＩ１；ＥＰＺ０１１９８９；ＥＰＺ００５６８７；テトラメチルピペリジニルベンズアミド；ＵＮＣ１９９９；及びＧＳＫ１２６が挙げられる。
例えば、ＭＡＰＫインヒビタとして、以下に限定されないが、ベムラフェニブ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ）；ダブラフェニブ（Ｔａｆｉｎｌａｒ）；エンコラフェニブ（Ｂｒａｆｔｏｖｉ）；トラメチニブ（Ｍｅｋｉｎｉｓｔ）；コビメチニブ（Ｃｏｔｅｌｌｉｃ）；ビニメチニブ（Ｍｅｋｔｏｖｉ）；及びウリキセルチニブが挙げられる。
例えば、チロシンキナーゼインヒビタとして、以下に限定されないが、イブルチニブ（ＰＣＩ－３２７６５）；エルロチニブ塩酸塩（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））；リニファニブ（Ｎ－［４－（３－アミノ－１Ｈ－インダゾール－４－イル）フェニル］－Ｎ’－（２－フルオロ－５－メチルフェニル）尿素、ＡＢＴ８６９としても公知であり、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈから入手可能）；スニチニブリンゴ酸塩（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））；ボスチニブ（４－［（２，４－ジクロロ－５－メトキシフェニル）アミノ］－６－メトキシ－７－［３－（４－メチルプロピル－１－イル）プロポキシ］キノリン－３－カルボニトリル、ＳＫＩ－６０６としても公知であり、米国特許第６，７８０，９９６号明細書に記載されている）；ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（登録商標））；パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））；ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））；ザクティマ（ＺＤ６４７４）；及びイマチニブ又はイマチニブメシル酸塩（Ｇｉｌｖｅｃ（登録商標）及びＧｌｅｅｖｅｃ（登録商標））が挙げられる。
上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）インヒビタとして、以下に限定されないが、エルロチニブ塩酸塩（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））；Ｎ－［４－［（３－クロロ－４－フルオロフェニル）アミノ］－７－［［（３’’Ｓ’’）－テトラヒドロ－３－フラニル］オキシ］－６－キナゾリニル］－４（ジメチルアミノ）－２－ブテンアミド、Ｔｏｖｏｋ（登録商標））；バンデタニブ（Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標））；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））；（３Ｒ，４Ｒ）－４－アミノ－１－（（４－（（３－メトキシフェニル）アミノ）ピロロ［２，１－ｆ］［１，２，４］トリアジン－５－イル）メチル）ピペリジン－３－オール（ＢＭＳ６９０５１４）；カネルチニブ二塩酸塩（ＣＩ－１０３３）；６－［４－［（４－エチル－１－ピペラジニル）メチル］フェニル］－Ｎ－［（１Ｒ）－１－フェニルエチル］－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン－４－アミン（ＡＥＥ７８８、ＣＡＳ４９７８３９－６２－０）；ムブリチニブ（ＴＡＫ１６５）；ペリチニブ（ＥＫＢ５６９）；アファチニブ（ＢＩＢＷ２９９２）；ネラチニブ（ＨＫＩ－２７２）；Ｎ－［４－［［１－［（３－フルオロフェニル）メチル］－１Ｈ－インダゾール－５－イル］アミノ］－５－メチルピロロ［２，１－ｆ］［１，２，４］トリアジン－６－イル］－カルバミン酸、（３Ｓ）－３－モルホリニルメチルエステル（ＢＭＳ５９９６２６）；Ｎ－（３，４－ジクロロ－２－フルオロフェニル）－６－メトキシ－７－［［（３ａα，５β，６ａα）－オクタヒドロ－２－メチルシクロペンタ［ｃ］ピロール－５－イル］メトキシ］－４－キナゾリンアミン（ＸＬ６４７、ＣＡＳ７８１６１３－２３－８）；及び４－［４－［［（１Ｒ）－１－フェニルエチル］アミノ］－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン－６－イル］－フェノール（ＰＫＩ１６６、ＣＡＳ１８７７２４－６１－４）が挙げられる。
ＥＧＦＲ抗体として、以下に限定されないが、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））；パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（登録商標））；マツズマブ（ＥＭＤ－７２０００）；；ニモツズマブ（ｈＲ３）；ザルツムマブ；ＴｈｅｒａＣＩＭ ｈ－Ｒ３；ＭＤＸ０４４７（ＣＡＳ３３９１５１－９６－１）；及びｃｈ８０６（ｍＡｂ－８０６、ＣＡＳ９４６４１４－０９－１）が挙げられる。
ヒト上皮成長因子受容体２（Ｈｅｒ２受容体）（Ｎｅｕ、ＥｒｂＢ－２、ＣＤ３４０、又はｐ１８５としても公知）インヒビタとして、以下に限定されないが、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））；ペルツズマブ（Ｏｍｎｉｔａｒｇ（登録商標））；トラスツズマブエムタンシン（Ｋａｄｃｙｌａ（登録商標））；ネラチニブ（ＨＫＩ－２７２、（２Ｅ）－Ｎ－［４－［［３－クロロ－４－［（ピリジン－２－イル）メトキシ］フェニル］アミノ］－３－シアノ－７－エトキシキノリン－６－イル］－４－（ジメチルアミノ）ブト－２－エンアミド、国際公開第０５／０２８４４３号パンフレットに記載されている）；ラパチニブ又はラパチニブ二トシル酸塩（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））；（３Ｒ，４Ｒ）－４－アミノ－１－（（４－（（３－メトキシフェニル）アミノ）ピロロ［２，１－ｆ］［１，２，４］トリアジン－５－イル）メチル）ピペリジン－３－オール（ＢＭＳ６９０５１４）；（２Ｅ）－Ｎ－［４－［（３－クロロ－４－フルオロフェニル）アミノ］－７－［［（３Ｓ）－テトラヒドロ－３－フラニル］オキシ］－６－キナゾリニル］－４－（ジメチルアミノ）－２－ブテンアミド（ＢＩＢＷ－２９９２、ＣＡＳ８５０１４０－７２－６）；Ｎ－［４－［［１－［（３－フルオロフェニル）メチル］－１Ｈ－インダゾール－５－イル］アミノ］－５－メチルピロロ［２，１－ｆ］［１，２，４］トリアジン－６－イル］－カルバミン酸、（３Ｓ）－３－モルホリニルメチルエステル（ＢＭＳ５９９６２６、ＣＡＳ７１４９７１－０９－２）；カネルチニブ二塩酸塩（ＰＤ１８３８０５又はＣＩ－１０３３）；及びＮ－（３，４－ジクロロ－２－フルオロフェニル）－６－メトキシ－７－［［（３ａα，５β，６ａα）－オクタヒドロ－２－メチルシクロペンタ［ｃ］ピロール－５－イル］メトキシ］－４－キナゾリンアミン（ＸＬ６４７、ＣＡＳ７８１６１３－２３－８）が挙げられる。
Ｈｅｒ３インヒビタとして、以下に限定されないが、ＬＪＭ７１６、ＭＭ－１２１、ＡＭＧ－８８８、ＲＧ７１１６、ＲＥＧＮ－１４００、ＡＶ－２０３、ＭＰ－ＲＭ－１、ＭＭ－１１１、及びＭＥＨＤ－７９４５Ａが挙げられる。
ＭＥＴインヒビタとして、以下に限定されないが、カボザンチニブ（ＸＬ１８４、ＣＡＳ８４９２１７－６８－１）；フォレチニブ（ＧＳＫ１３６３０８９、旧名ＸＬ８８０、ＣＡＳ８４９２１７－６４－７）；チバンチニブ（ＡＲＱ１９７、ＣＡＳ１０００８７３－９８－２）；１－（２－ヒドロキシ－２－メチルプロピル）－Ｎ－（５－（７－メトキシキノリン－４－イルオキシ）ピリジン－２－イル）－５－メチル－３－オキソ－２－フェニル－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＡＭＧ４５８）；クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標）、ＰＦ－０２３４１０６６）；（３Ｚ）－５－（２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インドール－１－イルスルホニル）－３－（｛３，５－ジメチル－４－［（４－メチルピペラジン－１－イル）カルボニル］－１Ｈ－ピロール－２－イル｝メチレン）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－インドール－２－オン（ＳＵ１１２７１）；（３Ｚ）－Ｎ－（３－クロロフェニル）－３－（｛３，５－ジメチル－４－［（４－メチルピペラジン－１－イル）カルボニル］－１Ｈ－ピロール－２－イル｝メチレン）－Ｎ－メチル－２－オキソインドリン－５－スルホンアミド（ＳＵ１１２７４）；（３Ｚ）－Ｎ－（３－クロロフェニル）－３－｛［３，５－ジメチル－４－（３－モルホリン－４－イルプロピル）－１Ｈ－ピロール－２－イル］メチレン｝－Ｎ－メチル－２－オキソインドリン－５－スルホンアミド（ＳＵ１１６０６）；６－［ジフルオロ［６－（１－メチル－１Ｈ－ピラゾール－４－イル）－１，２，４－トリアゾロ［４，３－ｂ］ピリダジン－３－イル］メチル］－キノリン（ＪＮＪ３８８７７６０５、ＣＡＳ９４３５４０－７５－８）；２－［４－［１－（キノリン－６－イルメチル）－１Ｈ－［１，２，３］トリアゾロ［４，５－ｂ］ピラジン－６－イル］－１Ｈ－ピラゾール－１－イル］エタノール（ＰＦ０４２１７９０３、ＣＡＳ９５６９０５－２７－４）；Ｎ－（（２Ｒ）－１，４－ジオキサン－２－イルメチル）－Ｎ－メチル－Ｎ’－［３－（１－メチル－１Ｈ－ピラゾール－４－イル）－５－オキソ－５Ｈ－ベンゾ［４，５］シクロペンタ［１，２－ｂ］ピリジン－７－イル］スルファミド（ＭＫ２４６１、ＣＡＳ９１７８７９－３９－１）；６－［［６－（１－メチル－１Ｈ－ピラゾール－４－イル）－１，２，４－トリアゾロ［４，３－ｂ］ピリダジン－３－イル］チオ］－キノリン（ＳＧＸ５２３、ＣＡＳ１０２２１５０－５７－７）；及び（３Ｚ）－５－［［（２，６－ジクロロフェニル）メチル］スルホニル］－３－［［３，５－ジメチル－４－［［（２Ｒ）－２－（１－ピロリジニルメチル）－１－ピロリジニル］カルボニル］－１Ｈ－ピロール－２－イル］メチレン］－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－インドール－２－オン（ＰＨＡ６６５７５２、ＣＡＳ４７７５７５－５６－７）が挙げられる。
ＩＧＦ１Ｒインヒビタとして、以下に限定されないが、ＢＭＳ－７５４８０７、ＸＬ－２２８、ＯＳＩ－９０６、ＧＳＫ０９０４５２９Ａ、Ａ－９２８６０５、ＡＸＬ１７１７、ＫＷ－２４５０、ＭＫ０６４６、ＡＭＧ４７９、ＩＭＣＡ１２、ＭＥＤＩ－５７３、及びＢＩ８３６８４５が挙げられる。概説については、例えば、Ｙｅｅ，ＪＮＣＩ，１０４；９７５（２０１２）参照。
一部の実施形態において、本開示は、癌の処置又は予防を必要とする対象に本開示の抗体薬物結合体又は製剤を１つ以上のＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１下流シグナリング経路インヒビタ、例として、以下に限定されないが、β－アレスチンインヒビタ、ＧＲＫインヒビタ、ＭＡＰＫインヒビタ、ＰＩ３Ｋインヒビタ、ＪＡＫインヒビタなどとの組合せで投与することによって癌を処置し、又は予防する方法を提供する。
例えば、ホスホイノシチド３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）インヒビタとして、以下に限定されないが、イデラリシブ（Ｚｙｄｅｌｉｇ、ＧＳ－１１０１、Ｃａｌ－１０１）、４－［２－（１Ｈ－インダゾール－４－イル）－６－［［４－（メチルスルホニル）ピペラジン－１－イル］メチル］チエノ［３，２－ｄ］ピリミジン－４－イル］モルホリン（ＧＤＣ０９４１としても公知であり、国際公開第０９／０３６０８２号パンフレット及び国際公開第０９／０５５７３０号パンフレットに記載されている）；２－メチル－２－［４－［３－メチル－２－オキソ－８－（キノリン－３－イル）－２，３－ジヒドロイミダゾ［４，５－ｃ］キノリン－１－イル］フェニル］プロピオンニトリル（ＢＥＺ２３５又はＮＶＰ－ＢＥＺ２３５としても公知であり、国際公開第０６／１２２８０６号パンフレットに記載されている）；４－（トリフルオロメチル）－５－（２，６－ジモルホリノピリミジン－４－イル）ピリジン－２－アミン（ＢＫＭ１２０又はＮＶＰ－ＢＫＭ１２０としても公知であり、国際公開第２００７／０８４７８６号パンフレットに記載されている）；トザセルチブ（ＶＸ６８０又はＭＫ－０４５７、ＣＡＳ６３９０８９－５４－６）；（５Ｚ）－５－［［４－（４－ピリジニル）－６－キノリニル］メチレン］－２，４－チアゾリジンジオン（ＧＳＫ１０５９６１５、ＣＡＳ９５８８５２－０１－２）；（１Ｅ，４Ｓ，４ａＲ，５Ｒ，６ａＳ，９ａＲ）－５－（アセチルオキシ）－１－［（ジ－２－プロペニルアミノ）メチレン］－４，４ａ，５，６，６ａ，８，９，９ａ－オクタヒドロ－１１－ヒドロキシ－４－（メトキシメチル）－４ａ，６ａ－ジメチル－シクロペンタ［５，６］ナフト［１，２－ｃ］ピラン－２，７，１０（１Ｈ）－トリオン（ＰＸ８６６、ＣＡＳ５０２６３２－６６－８）；及び８－フェニル－２－（モルホリン－４－イル）－クロメン－４－オン（ＬＹ２９４００２、ＣＡＳ１５４４４７－３６－６）。
一部の実施形態において、本開示は、癌の処置又は予防を必要とする対象に本開示の抗体薬物結合体又は製剤を１つ以上のアポトーシス促進剤、例として、以下に限定されないが、ＩＡＰインヒビタ、Ｂｃｌ２インヒビタ、ＭＣｌ１インヒビタ、Ｔｒａｉｌ剤、Ｃｈｋインヒビタとの組合せで投与することによって癌を処置し、又は予防する方法を提供する。
例えば、ＩＡＰインヒビタとして、以下に限定されないが、ＬＣＬ１６１、ＧＤＣ－０９１７、ＡＥＧ－３５１５６、ＡＴ４０６、及びＴＬ３２７１１が挙げられる。ＩＡＰインヒビタの他の例として、以下に限定されないが、全て参照によって本明細書に組み込まれる国際公開第０４／００５２８４号パンフレット、国際公開第０４／００７５２９号パンフレット、国際公開第０５／０９７７９１号パンフレット、国際公開第０５／０６９８９４号パンフレット、国際公開第０５／０６９８８８号パンフレット、国際公開第０５／０９４８１８号パンフレット、米国特許出願公開第２００６／００１４７００号明細書、米国特許出願公開第２００６／００２５３４７号明細書、国際公開第０６／０６９０６３号パンフレット、国際公開第０６／０１０１１８号パンフレット、国際公開第０６／０１７２９５号パンフレット、及び国際公開第０８／１３４６７９号パンフレットに開示のものが挙げられる。
ＢＣＬ－２インヒビタとして、以下に限定されないが、ベネトクラックス（ＧＤＣ－０１９９、ＡＢＴ－１９９、ＲＧ７６０１としても公知）；４－［４－［［２－（４－クロロフェニル）－５，５－ジメチル－１－シクロヘキセン－１－イル］メチル］－１－ピペラジニル］－Ｎ－［［４－［［（１Ｒ）－３－（４－モルホリニル）－１－［（フェニルチオ）メチル］プロピル］アミノ］－３－［（トリフルオロメチル）スルホニル］フェニル］スルホニル］ベンズアミド（ＡＢＴ－２６３としても公知であり、国際公開第０９／１５５３８６号パンフレットに記載されている）；テトロカルシンＡ；アンチマイシン；ゴシポール（（－）ＢＬ－１９３）；オバトクラックス；エチル－２－アミノ－６－シクロペンチル－４－（１－シアノ－２－エトキシ－２－オキソエチル）－４Ｈクロモン－３－カルボキシレート（ＨＡ１４－１）；オブリメルセン（Ｇ３１３９、Ｇｅｎａｓｅｎｓｅ（登録商標））；Ｂａｋ ＢＨ３ぺプチド；（－）－ゴシポール酢酸（ＡＴ－１０１）；４－［４－［（４’－クロロ［１，１’－ビフェニル］－２－イル）メチル］－１－ピペラジニル］－Ｎ－［［４－［［（１Ｒ）－３－（ジメチルアミノ）－１－［（フェニルチオ）メチル］プロピル］アミノ］－３－ニトロフェニル］スルホニル］－ベンズアミド（ＡＢＴ－７３７、ＣＡＳ８５２８０８－０４－９）；及びナビトクラックス（ＡＢＴ－２６３、ＣＡＳ９２３５６４－５１－６）が挙げられる。
アポトーシス促進受容体アゴニスト（ＰＡＲＡ）、例として、ＤＲ４（ＴＲＡＩＬＲ１）及びＤＲ５（ＴＲＡＩＬＲ２）、例として、以下に限定されないが、デュラネルミン（ＡＭＧ－９５１、ＲｈＡｐｏ２Ｌ／ＴＲＡＩＬ）；マパツムマブ（ＨＲＳ－ＥＴＲ１、ＣＡＳ６５８０５２－０９－６）；レキサツムマブ（ＨＧＳ－ＥＴＲ２、ＣＡＳ８４５８１６－０２－６）；Ａｐｏｍａｂ（Ａｐｏｍａｂ（登録商標））；コナツムマブ（ＡＭＧ６５５、ＣＡＳ８９６７３１－８２－１）；及びティガツズマブ（ＣＳ１００８、ＣＡＳ９４６４１５－３４－５、Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏから入手可能）。
チェックポイントキナーゼ（ＣＨＫ）インヒビタとして、以下に限定されないが、７－ヒドロキシスタウロスポリン（ＵＣＮ－０１）；６－ブロモ－３－（１－メチル－１Ｈ－ピラゾール－４－イル）－５－（３Ｒ）－３－ピペリジニル－ピラゾロ［１，５－ａ］ピリミジン－７－アミン（ＳＣＨ９００７７６、ＣＡＳ８９１４９４－６３－６）；５－（３－フルオロフェニル）－３－ウレイドチオフェン－２－カルボン酸Ｎ－［（Ｓ）－ピペリジン－３－イル］アミド（ＡＺＤ７７６２、ＣＡＳ８６０３５２－０１－８）；４－［（（３Ｓ）－１－アザビシクロ［２．２．２］オクト－３－イル）アミノ］－３－（１Ｈ－ベンズイミダゾール－２－イル）－６－クロロキノリン－２（１Ｈ）－オン（ＣＨＩＲ１２４、ＣＡＳ４０５１６８－５８－３）；７－アミノダクチノマイシン（７－ＡＡＤ）、イソグラヌラチミド、デブロモヒメニアルジシン；Ｎ－［５－ブロモ－４－メチル－２－［（２Ｓ）－２－モルホリニルメトキシ］－フェニル］－Ｎ’－（５－メチル－２－ピラジニル）尿素（ＬＹ２６０３６１８、ＣＡＳ９１１２２２－４５－２）；スルホラファン（ＣＡＳ４４７８－９３－７、４－メチルスルフィニルブチルイソチオシアネート）；９，１０，１１，１２－テトラヒドロ－９，１２－エポキシ－１Ｈ－ジインドロ［１，２，３－ｆｇ：３’，２’，１’－ｋｌ］ピロロ［３，４－ｉ］［１，６］ベンゾジアゾシン－１，３（２Ｈ）－ジオン（ＳＢ－２１８０７８、ＣＡＳ１３５８９７－０６－２）；及びＴＡＴ－Ｓ２１６Ａ（ＹＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲＬＹＲＳＰＡＭＰＥＮＬ（配列番号２８２））、及びＣＢＰ５０１（（ｄ－Ｂｐａ）ｓｗｓ（ｄ－Ｐｈｅ－Ｆ５）（ｄ－Ｃｈａ）ｒｒｒｑｒｒ）が挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、癌の処置又は予防を必要とする対象に本開示の抗体薬物結合体又は製剤を１つ以上の免疫調節剤（例えば、共刺激分子の活性化因子又は免疫チェックポイント分子のインヒビタの１つ以上）との組合せで投与することによって癌を処置し、又は予防する方法を提供する。
特定の実施形態において、免疫調節剤は、共刺激分子の活性化因子である。一実施形態において、共刺激分子のアゴニストは、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、ＳＴＩＮＧ、又はＣＤ８３リガンドのアゴニスト（例えば、アゴニスト抗体若しくはその抗原結合フラグメント、又は可溶性融合物）から選択される。
特定の実施形態において、免疫調節剤は、免疫チェックポイント分子のインヒビタである。一実施形態において、免疫調節剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／又はＴＧＦＲベータのインヒビタである。一実施形態において、免疫チェックポイント分子のインヒビタは、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３又はＣＴＬＡ４、又はそれらの任意の組合せを阻害する。用語「阻害」又は「インヒビタ」は、特定のパラメータ、例えば、所与の分子の活性の引き下げ、例えば、免疫チェックポイントインヒビタを含む。例えば、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％以上の活性、例えば、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１活性の阻害が、この用語によって含まれる。ゆえに阻害は１００％である必要はない。
阻害分子の阻害は、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はタンパク質レベルにおいて実施することができる。一部の実施形態において、阻害核酸（例えば、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ又はｓｈＲＮＡ）を用いて阻害分子の発現を阻害することができる。他の実施形態において、阻害シグナルのインヒビタは、ポリペプチド、例えば、可溶性リガンド（例えば、ＰＤ－１－Ｉｇ又はＣＴＬＡ－４ Ｉｇ）、又は阻害分子に結合する抗体若しくはその抗原結合フラグメント；例えば、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／若しくはＴＧＦＲベータ、又はそれらの組合せに結合する抗体又はそのフラグメント（本明細書において「抗体分子」とも称される）である。
一部の実施形態において、抗体分子は、完全抗体又はそのフラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、又は単一鎖Ｆｖフラグメント（ｓｃＦｖ））である。さらに他の実施形態において、抗体分子は、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、及びＩｇＥの重鎖定常領域から選択される重鎖定常領域（Ｆｃ）；特に、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４の重鎖定常領域から選択されるもの、より特定すると、ＩｇＧ１又はＩｇＧ４（例えば、ヒトＩｇＧ１又はＩｇＧ４）の重鎖定常領域から選択されるものを有する。一実施形態において、重鎖定常領域は、ヒトＩｇＧ１又はヒトＩｇＧ４である。一実施形態において、定常領域は、変更され、例えば、抗体分子の特性を改変するため（例えば、Ｆｃ受容体結合、抗体グリコシル化、システイン残基の数、エフェクタ細胞機能、又は補体機能の１つ以上を増大させ、又は低下させるため）に突然変異される。
特定の実施形態において、抗体分子は、二重特異的又は多重特異的抗体分子の形態である。一部の実施形態において、二重特異的抗体分子は、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１に対する第１の結合特異性及び第２の結合特異性、例えば、ＴＩＭ－３、ＬＡＧ－３、又はＰＤ－Ｌ２に対する第２の結合特異性を有する。一部の実施形態において、二重特異的抗体分子は、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１及びＴＩＭ－３に結合する。一部の実施形態において、二重特異的抗体分子は、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１及びＬＡＧ－３に結合する。一部の実施形態において、二重特異的抗体分子は、ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１に結合する。一部の実施形態において、二重特異的抗体分子は、ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ２に結合する。一部の実施形態において、二重特異的抗体分子は、ＴＩＭ－３及びＬＡＧ－３に結合する。上記分子の任意の組合せは、多重特異的抗体分子、例えば、ＰＤ－１又はＰＤ－１に対する第１の結合特異性、並びにＴＩＭ－３、ＬＡＧ－３、又はＰＤ－Ｌ２の２つ以上に対する第２及び第３の結合特異性を含む三重特異的抗体において作製することができる。
特定の実施形態において、免疫調節剤は、ＰＤ－１、例えば、ヒトＰＤ－１のインヒビタである。別の実施形態において、免疫調節剤は、ＰＤ－Ｌ１、例えば、ヒトＰＤ－Ｌ１のインヒビタである。一実施形態において、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１のインヒビタは、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１に対する抗体分子である。ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１インヒビタは、単独で、又は他の免疫調節剤との組合せで、例えば、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３又はＣＴＬＡ４のインヒビタとの組合せで投与することができる。一部の実施形態において、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１のインヒビタ、例えば、抗ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１抗体分子は、ＬＡＧ－３インヒビタ、例えば、抗ＬＡＧ－３抗体分子との組合せで投与される。別の実施形態において、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１のインヒビタ、例えば、抗ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１抗体分子は、ＴＩＭ－３インヒビタ、例えば、抗ＴＩＭ－３抗体分子との組合せで投与される。一部の実施形態において、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１のインヒビタ、例えば、抗ＰＤ－１抗体分子は、ＬＡＧ－３インヒビタ、例えば、抗ＬＡＧ－３抗体分子、及びＴＩＭ－３インヒビタ、例えば、抗ＴＩＭ－３抗体分子との組合せで投与される。免疫調節剤と、ＰＤ－１インヒビタ（例えば、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／又はＴＧＦＲの１つ以上）との他の組合せも、本開示の範囲内である。当該技術分野において公知の又は本明細書に開示の抗体分子のいずれも、チェックポイント分子のインヒビタの上記組合せにおいて用いることができる。
一部の実施形態において、ＰＤ－１インヒビタは、ニボルマブ、ペムブロリズマブ又はピジリズマブから選択される抗ＰＤ－１抗体である。一部の実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブである。ニボルマブについての代替名称として、ＭＤＸ－１１０６、ＭＤＸ－１１０６－０４、ＯＮＯ－４５３８、又はＢＭＳ－９３６５５８が挙げられる。一部の実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブ（ＣＡＳ登録番号：９４６４１４－９４－４）である。ニボルマブは、ＰＤ１を特異的に遮断する完全ヒトＩｇＧ４モノクローナル抗体である。ニボルマブ（クローン５Ｃ４）及びＰＤ１に特異的に結合する他のヒトモノクローナル抗体は、米国特許第８，００８，４４９号明細書及びＰＣＴ国際公開第２００６／１２１１６８号パンフレットに開示されている。
他の実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ペムブロリズマブである。ペムブロリズマブ（商品名ＫＥＹＴＲＵＤＡ、旧名ラムブロリズマブ、Ｍｅｒｃｋ３７４５、ＭＫ－３４７５又はＳＣＨ－９００４７５としても公知）は、ＰＤ１に結合するヒト化ＩｇＧ４モノクローナル抗体である。ペムブロリズマブは、例えば、Ｈａｍｉｄ，Ｏ．ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６９（２）：１３４－４４、国際公開第２００９／１１４３３５号パンフレット、及び米国特許第８，３５４，５０９号明細書に開示されている。
一部の実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ピディリズマブである。ピディリズマブ（ＣＴ－０１１；Ｃｕｒｅ Ｔｅｃｈ）は、ＰＤ１に結合するヒト化ＩｇＧ１ｋモノクローナル抗体である。ピディリズマブ及び他のヒト化抗ＰＤ－１モノクローナル抗体は、国際公開第２００９／１０１６１１号パンフレットに開示されている。他の抗ＰＤ１抗体は、米国特許第８，６０９，０８９号明細書、米国特許出願公開第２０１００２８３３０号明細書、及び／又は米国特許出願公開第２０１２０１１４６４９号明細書に開示されている。他の抗ＰＤ１抗体として、ＡＭＰ５１４（Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）が挙げられる。
一部の実施形態において、ＰＤ－１インヒビタは、スパルタリズマブとしても公知のＰＤＲ００１、又は国際公開第２０１５／１１２９００号パンフレットに開示の任意の他の抗ＰＤ－１抗体である。
一部の実施形態において、ＰＤ－１インヒビタは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合しているＰＤ－Ｌｌ又はＰＤ－Ｌ２の細胞外又はＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシンである。一部の実施形態において、ＰＤ－１インヒビタは、ＡＭＰ－２２４である。
一部の実施形態において、ＰＤ－Ｌｌインヒビタは、抗ＰＤ－Ｌｌ抗体である。一部の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌｌインヒビタは、例えば、国際公開第２０１３／０１７９１７４号パンフレットに開示され、それに開示される配列（又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば、特定の配列と少なくとも８５％、９０％、９５％以上同一の配列）を有するＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ－４７３６、又はＭＤＸ－１１０５ＭＳＢ－００１０７１８Ｃ（Ａ０９－２４６－２とも称される）から選択される。
一部の実施形態において、ＰＤ－Ｌ１インヒビタは、ＭＤＸ－１１０５である。ＢＭＳ－９３６５５９としても公知のＭＤＸ－１１０５は、国際公開第２００７／００５８７４号パンフレットに記載の抗ＰＤ－Ｌｌ抗体である。
一部の実施形態において、ＰＤ－Ｌ１インヒビタは、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０である。ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０抗体は、国際公開第２０１０／０７７６３４号パンフレット（重鎖及び軽鎖可変領域配列はそれぞれ配列番号２０及び２１に示される）に記載の抗ＰＤ－Ｌｌである。
一部の実施形態において、ＰＤ－Ｌ１インヒビタは、ＭＤＰＬ３２８０Ａ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）である。ＭＤＰＬ３２８０Ａは、ＰＤ－Ｌ１に結合するヒトＦｃ最適化ＩｇＧ１モノクローナル抗体である。ＭＤＰＬ３２８０Ａ及びＰＤ－Ｌ１に対する他のヒトモノクローナル抗体は、米国特許第７，９４３，７４３号明細書及び米国特許出願公開第２０１２００３９９０６号明細書に開示されている。
一部の実施形態において、ＰＤ－Ｌ２インヒビタは、ＡＭＰ－２２４である。ＡＭＰ－２２４は、ＰＤ１とＢ７－Ｈ１との相互作用を遮断するＰＤ－Ｌ２ Ｆｃ融合可溶性受容体である（Ｂ７－ＤＣＩｇ；Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ；例えば、国際公開第２０１０／０２７８２７号パンフレット及び国際公開第２０１１／０６６３４２号パンフレットに開示）。
一部の実施形態において、ＬＡＧ－３インヒビタは、抗ＬＡＧ－３抗体分子である。一実施形態において、ＬＡＧ－３インヒビタは、ＢＭＳ－９８６０１６である。一実施形態において、ＬＡＧ－３インヒビタは、ＬＡＧ５２５又は国際公開第２０１５／１３８９２０号パンフレットに開示の任意の抗ＬＡＧ３抗体である。
一部の実施形態において、ＴＩＭ－３インヒビタは、抗ＴＩＭ３抗体分子である。一実施形態において、ＴＩＭ－３インヒビタは、ＭＢＧ４５３又は国際公開第２０１５／１１７００２号パンフレットに開示の任意の抗ＴＩＭ３抗体である。
医薬組成物及び製剤
免疫結合体（例えば、本明細書に記載の方法によって作成される免疫結合体）を含む医薬組成物又は無菌組成物を調製するため、本開示の免疫結合体が薬学的に許容可能な担体又は賦形剤と混合される。組成物は、加えて、ＰＭＥＬ１７発現癌（限定はされないが、癌腫（例えば、肝細胞癌）、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫（例えば、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又は粘膜黒色腫を含む）、又はその転移性癌の処置又は予防に好適な１つ以上の他の治療剤を含有し得る。
特定の実施形態において、本開示の免疫結合体又は医薬組成物は、本明細書に記載の対象への投与に好適な製剤（例えば、用量製剤又は剤形）に製剤化することができる。
一部の実施形態において、製剤は、液体製剤である。他の実施形態において、製剤は、再構成された又は乾燥させた製剤、例えば、凍結乾燥製剤から再構成された又は乾燥させた製剤である。他の実施形態において、製剤は、凍結乾燥させた又は乾燥させた製剤である。
一部の実施形態において、製剤は、本明細書に記載の抗体薬物結合体（例えば、本明細書に記載の方法によって作成される抗体薬物結合体）、緩衝剤、安定化剤、及び界面活性剤を含み、ここで製剤は、４．５～６．５のｐＨを有する。
一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、約５ｍｇ／ｍＬ～約３０ｍｇ／ｍＬ、例えば、約１０ｍｇ～約３０ｍｇ、約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、約１８ｍｇ／ｍＬ～約２２ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ～約２０ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、約２５ｍｇ～約３０ｍｇ／ｍＬ、約２０ｍｇ／ｍＬ～約３０ｍｇ／ｍＬ、約５ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、又は約１８ｍｇ／ｍＬ～約２２ｍｇ／ｍＬ、例えば、約５ｍｇ／ｍＬ、約６ｍｇ／ｍＬ、約７ｍｇ／ｍＬ、約８ｍｇ／ｍＬ、約９ｍｇ／ｍＬ、約１０ｍｇ／ｍＬ、約１１ｍｇ／ｍＬ、約１２ｍｇ／ｍＬ、約１３ｍｇ／ｍＬ、約１４ｍｇ／ｍＬ、約１５ｍｇ／ｍＬ、約１６ｍｇ／ｍＬ、約１７ｍｇ／ｍＬ、約１８ｍｇ／ｍＬ、約１９ｍｇ／ｍＬ、約２０ｍｇ／ｍＬ、約２１ｍｇ／ｍＬ、約２２ｍｇ／ｍＬ、約２３ｍｇ／ｍＬ、約２４ｍｇ／ｍＬ、又は約２５ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する。一部の実施形態において、抗体薬物結合体は、約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、例えば、約２０ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する。
一部の実施形態において、緩衝剤は、ヒスチジンを含む。一部の実施形態において、緩衝剤は、コハク酸塩を含む。一部の実施形態において、緩衝剤は、約５ｍＭ～約５０ｍＭ、例えば、約１０ｍＭ～約４０ｎＭ、約１５ｍＭ～約３５ｍＭ、約２０ｍＭ～約３０ｍＭ、約５ｍＭ～約４０ｍＭ、約５ｍＭ～約３０ｍＭ、約５ｍＭ～約２０ｍＭ、約５ｍＭ～約１５ｍＭ、約５ｍＭ～約１０ｍＭ、約４０ｍＭ～約５０ｍＭ、約３５ｍＭ～約５０ｍＭ、約３０ｍＭ～約５０ｍＭ、約２５ｍＭ～約５０ｍＭ、約２０ｍＭ～約５０ｍＭ、約１５ｍＭ～約５０ｍＭ、約１０ｍＭ～約５０ｍＭ、約１０ｍＭ～約２０ｍＭ、約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、約２５ｍＭ～約３５ｍＭ、約３０ｍＭ～約４０ｍＭ、又は約３５ｍＭ～約４５ｍＭ、例えば、約５ｍＭ、約１０ｍＭ、約１５ｍＭ、約２０ｍＭ、約２５ｍＭ、約３０ｍＭ、約３５ｍＭ、約４０ｍＭ、約４５ｍＭ、又は約５０ｍＭの濃度で存在する。一部の実施形態において、緩衝剤は、約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、例えば、約２０ｍＭの濃度で存在する。
一部の実施形態において、安定化剤は、スクロースを含む。一部の実施形態において、安定化剤は、トレハロースを含む。一部の実施形態において、安定化剤は、約１００ｍＭ～約５００ｍＭ、例えば、約１５０ｍＭ～約４５０ｍＭ、約２００ｍＭ～約４００ｍＭ、約２５０ｍＭ～約３５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約４５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約４００ｍＭ、約１００ｍＭ～約３５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約３００ｍＭ、約１００ｍＭ～約２５０ｍＭ、約１００ｍＭ～約２００ｍＭ、約１００ｍＭ～約１５０ｍＭ、約４５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約４００ｍＭ～約５００ｍＭ、約３５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約３００ｍＭ～約５００ｍＭ、約２５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約２００ｍＭ～約５００ｍＭ、約１５０ｍＭ～約５００ｍＭ、約１５０ｍＭ～約２５０ｍＭ、約２００ｍＭ～約２５０ｍＭ、約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、約３００ｍＭ～約４００ｍＭ、又は約３５０ｍＭ～約４５０ｍＭ、例えば、約１００ｍＭ、約１５０ｍＭ、約２００ｍＭ、約２４０ｍＭ、約２５０ｍＭ、約３００ｍＭ、約３５０ｍＭ、約４００ｍＭ、約４５０ｍＭ、又は約５００ｍＭの濃度で存在する。一部の実施形態において、安定化剤及びは、約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、例えば、約２４０ｍＭの濃度で存在する。
一部の実施形態において、界面活性剤は、ポリソルベート２０を含む。一部の実施形態において、界面活性剤は、約０．０１％～約０．０６％、例えば、約０．０２％～約０．０５％、約０．０３％～約０．０４％、約０．０１％～約０．０５％、約０．０１％～約０．０４％、約０．０１％～約０．０３％、約０．０１％～約０．０２％、約０．０５％～約０．０６％、約０．０４％～約０．０６％、約０．０３％～約０．０６％、約０．０２％～約０．０６％、約０．０２％～約０．０４％、約０．０３％～約０．０５％、例えば、約０．０１％、約０．０２％、約０．０３％、約０．０４％、約０．０５％、又は約０．０６％の濃度で存在する。一部の実施形態において、界面活性剤は、約０．０１％～約０．０３％、例えば、約０．０２％の濃度で存在する。
一部の実施形態において、製剤は、約４．７～約５．３、約５．０～約６．０、約５．２～約５．８、約５．４～約５．６、約５．２～約６．０、約５．４～約６．０、約５．６～約６．０、約５．８～約６．０、約５～約５．８、約５～約５．６．０、約５～約５．４、約５～約５．２、約４．８～約５．２、約５．１～約５．３、約５．２～約５．４、約５．３～約５．５、約５．５～約５．７、約５．６～約５．８、約５．７～約５．９、約４．９～約５．５、約５．５～約６．１、又は約５．７～約６．３、例えば、約４．５、約４．６、約４．７、約４．８、約４．９、約５、約５．１、約５．２、約５．３、約５．４、約５．５、約５．６、約５．７、約５．８、約５．９、約６．０、約６．１、約６．２、約６．３、約６．４、又は約６．５のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、約５．０～約５．６、例えば、約５．３のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．０～約５．６のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．３のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．０～約５．６のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．３のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約４．７～約５．３のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．０のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約４．７～約５．３のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．０のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０４％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０４％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約５ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約５ｍｇ／ｍＬ～約１５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０３％～約０．０５％含み、ここで製剤は、約５．２～約５．８のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．５のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．７～約６．３のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約６．０のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．７～約６．３のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約６．０のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約４．９～約５．５のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．２のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約４．９～約５．５のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．２のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．５～約６．１のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．８のｐＨを有する。
一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約１５ｍｇ／ｍＬ～約２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約１５ｍＭ～約２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２００ｍＭ～約３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０１％～約０．０３％含み、ここで製剤は、約５．５～約６．１のｐＨを有する。一部の実施形態において、製剤は、抗体薬物結合体を約２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を約２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を約２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を約０．０２％含み、ここで製剤は、約５．８のｐＨを有する。
ある実施形態において、製剤は、実施例４、例えば、表２７に記載される形成（ｆｏｒｍａｔｉｏｎ）である。ある実施形態において、製剤（ｆｏｒｍｕａｔｉｏｎ）は、２０ｍｇ／ｍＬの抗体薬物結合体、２０ｍＭヒスチジン、２４０ｍＭスクロース、０．０２％ポリソルベートを含み、ｐＨ５．０である。ある実施形態において、製剤（ｆｏｒｍｕａｔｉｏｎ）は、２０ｍｇ／ｍＬの抗体薬物結合体、２０ｍＭヒスチジン、２４０ｍＭスクロース、０．０２％ポリソルベートを含み、ｐＨ５．５である。ある実施形態において、製剤（ｆｏｒｍｕａｔｉｏｎ）は、２０ｍｇ／ｍＬの抗体薬物結合体、２０ｍＭヒスチジン、２４０ｍＭスクロース、０．０４％ポリソルベートを含み、ｐＨ５．５である。ある実施形態において、製剤（ｆｏｒｍｕａｔｉｏｎ）は、１０ｍｇ／ｍＬの抗体薬物結合体、２０ｍＭヒスチジン、２４０ｍＭスクロース、０．０２％ポリソルベートを含み、ｐＨ５．５である。ある実施形態において、製剤（ｆｏｒｍｕａｔｉｏｎ）は、２０ｍｇ／ｍＬの抗体薬物結合体、２０ｍＭヒスチジン、２４０ｍＭスクロース、０．０２％ポリソルベートを含み、ｐＨ６．０である。ある実施形態において、製剤（ｆｏｒｍｕａｔｉｏｎ）は、２０ｍｇ／ｍＬの抗体薬物結合体、２０ｍＭヒスチジン、２４０ｍＭスクロース、０．０２％ポリソルベートを含み、ｐＨ５．２である。ある実施形態において、製剤（ｆｏｒｍｕａｔｉｏｎ）は、２０ｍｇ／ｍＬの抗体薬物結合体、２０ｍＭヒスチジン、２４０ｍＭスクロース、０．０２％ポリソルベートを含み、ｐＨ５．８である。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中のＤは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、参照製剤（例えば、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤）と比較して安定性が少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍高い。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の開環構造を有するＤの割合は、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、参照製剤（例えば、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤）と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分の１である。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）は、約８０ｍｇ～約１２０ｍｇ（例えば、約１０７ｍｇ）の抗体薬物結合体を含む。一部の実施形態において、約５ｍＬ～約５．５ｍＬの製剤が凍結乾燥される。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の単量体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、少なくとも約９５％、例えば、少なくとも約９６％、９７％、９８％、又は９９％である。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中のフラグメントレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、約３％未満、例えば、約２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の凝集体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、約３％未満、例えば、約２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の分解レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、約２％未満、例えば、約１．５％、１％、又は０．５％未満である。
ある実施形態において、凍結乾燥製剤中の１０μｍ以上の粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３００粒子／ｍｌ未満、例えば、約２８０粒子／ｍＬ未満、約２６０粒子／ｍＬ未満、約２４０粒子／ｍＬ未満、約２２０粒子／ｍＬ未満、約２００粒子／ｍＬ未満、約１８０粒子／ｍＬ未満、約１６０粒子（ｐａｒｉｃｌｅｓ）／ｍＬ未満、約１４０粒子／ｍＬ未満、１２０粒子／ｍＬ、約１００粒子／ｍＬ未満、８０粒子／ｍＬ、６０粒子／ｍＬ、４０粒子／ｍＬ、２０粒子／ｍＬ、又は１０粒子／ｍＬである。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の１０μｍより大きい粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３倍を超えて増加せず、例えば、約２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の２５μｍより大きい粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３倍を超えて増加せず、例えば、約２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の２５μｍより大きい粒子のレベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約２０粒子／ｍＬ未満、例えば、約１５粒子／ｍＬ、１０粒子／ｍＬ、５粒子／ｍＬ、又は２粒子／ｍＬ未満である。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の不純物レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、約１５％未満、例えば、約１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、又は１％未満である。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の不純物レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、２０％を超えて増加せず、例えば、約１５％、１０％、５％、２％、又は１％を超えて増加しない。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の中性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、キャピラリーゾーン電気泳動法（ＣＺＥ）により決定したとき、約５０％より高く、例えば、約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、又は９０％より高い。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の中性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約２０％を超えて低下せず、例えば、約１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の酸性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約３０％未満、例えば、約２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の酸性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約５０％を超えて増加せず、例えば、約４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の塩基性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約０、約４、又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約３０％未満、例えば、約２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である。一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）中の塩基性変異体レベルは、約５℃、２５℃、又は４０℃で約４週間又は約８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、約５０％を超えて増加せず、例えば、約４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）の効力は、約５℃、２５℃、又は４０℃で約８週間の保存後に、例えば、生物活性アッセイにより決定したとき、約２５％を超えて低下せず、例えば、約２０％、１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない。
一部の実施形態において、製剤（例えば、凍結乾燥製剤）のオスモル濃度は、約２００ｍＯｓｍ／Ｌ～４００ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ～２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ～３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は３２０ｍＯｓｍ／Ｌ～３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は４００ｍＯｓｍ／Ｌである。
一部の実施形態において、製剤は、容器に存在する。一部の実施形態において、容器は、バイアル、例えば、２５Ｒガラスバイアルである。一部の実施形態において、容器は栓及びキャップ（例えば、フリップオフアルミニウムキャップ）を更に含む。一部の実施形態において、製剤は、例えば、両方ともＵＳＰクラスＶＩに準拠している、高密度ポリエチレン（ＨＤＰＥ）ねじ式閉鎖具を備えたポリエチレンテレフタレート（ＰＥＴ）ボトルに保存される。一部の実施形態において、容器（例えば、ボトル）及び／又は閉鎖具は、充填前にガンマ線で滅菌される。一部の実施形態において、容器（例えば、ボトル）は、ＵＳＰに従い非パイロジェニックであると決定される。
特定の実施形態において、製剤は、インビボでの適切な分布を確実にする。例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）は、多くの高度に親水性の化合物を排除する。本開示の治療化合物がＢＢＢを通過することを確実にするためには（必要であれば）、それを例えばリポソーム中に製剤化することができる。リポソームの製造方法については、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号明細書；同第５，３７４，５４８号明細書；及び同第５，３９９，３３１号明細書を参照のこと。リポソームは、特異的な細胞又は器官へと選択的に輸送し、ひいては標的薬物送達を増強する１つ以上の部分を含み得る（例えば、Ｒａｎａｄｅ，（１９８９）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２９：６８５を参照のこと）。例示的ターゲティング部分としては、葉酸塩又はビオチン（例えば、Ｌｏｗ ｅｔ ａｌ．に対する米国特許第５，４１６，０１６号明細書を参照のこと）；マンノシド（Ｕｍｅｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１５３：１０３８）；抗体（Ｂｌｏｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３５７：１４０；Ｏｗａｉｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．３９：１８０）；サーファクタントプロテインＡ受容体（Ｂｒｉｓｃｏｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．１２３３：１３４）；ｐ１２０（Ｓｃｈｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：９０９０）が挙げられ；また、Ｋ．Ｋｅｉｎａｎｅｎ；Ｍ．Ｌ．Ｌａｕｋｋａｎｅｎ（１９９４）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３４６：１２３；Ｊ．Ｊ．Ｋｉｌｌｉｏｎ；Ｉ．Ｊ．Ｆｉｄｌｅｒ（１９９４）Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２７３も参照のこと。
治療薬及び診断薬の製剤が、例えば凍結乾燥された粉末、スラリー、水溶液、ローション、又は懸濁液の形態の、生理的に許容可能なキャリア、賦形剤、又は安定化剤と混合することによって、調製され得る（例えば、Ｈａｒｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ＭｃＧｒａｗ－Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，２００１；Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，２０００；Ａｖｉｓ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ，１９９３；Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：ｔａｂｌｅｔｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ，１９９０；Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ，１９９０；Ｗｅｉｎｅｒ ａｎｄ Ｋｏｔｋｏｓｋｉｅ，Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔ Ｔｏｘｉｃｉｔｙ ａｎｄ Ｓａｆｅｔｙ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，２０００参照）。
治療薬についての投与レジメンの選択は、いくつかの因子に依存し、実体の血清又は組織の回転率、病徴のレベル、実体の免疫原性及び生体マトリックス内での標的細胞のアクセシビリティが挙げられる。特定の実施形態において、投与レジメンは、患者に送達される治療薬の量を、副作用の許容可能なレベルに合わせて最大にする。したがって、送達される生物製剤の量は、特定の実体、及び処置されることとなる症状の重症度に部分的に依存する。抗体、サイトカイン、及び小分子の適切な用量を選択するガイダンスが入手可能である（例えば、Ｗａｗｒｚｙｎｃｚａｋ，Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｂｉｏｓ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂ．Ｌｔｄ，Ｏｘｆｏｒｄｓｈｉｒｅ，ＵＫ，１９９６；Ｋｒｅｓｉｎａ（ｅｄ．），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ａｎｄ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９９１；Ｂａｃｈ（ｅｄ．），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９９３；Ｂａｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４８：６０１－６０８，２００３；Ｍｉｌｇｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４１：１９６６－１９７３，１９９９；Ｓｌａｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４４：７８３－７９２，２００１；Ｂｅｎｉａｍｉｎｏｖｉｔｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４２：６１３－６１９，２０００；Ｇｈｏｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４８：２４－３２，２００３；Ｌｉｐｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４３：１５９４－１６０２，２０００参照）。
適切な用量の決定は、例えば、当該技術において知られている、又は推測される、処置若しくは予防に影響を及ぼす、又は処置若しくは予防に影響を及ぼすと予測されるパラメータ又は因子を用いて、臨床医によってなされる。通常、用量は、適量よりも幾分少ない量から始めて、その後、所望の、又は最適な効果が達成されるまで、あらゆる負の副作用に対して、小さな増分で増やされる。重要な診断尺度として、例えば、注入反応の、病徴の尺度が挙げられる。重要な診断尺度として、例えば、炎症の症状のもの又は産生される炎症性サイトカインのレベルが挙げられる。
本開示の医薬組成物中の活性成分の実際の投薬量レベルは、特定の患者、組成物、及び投与様式にとって所望される治療反応を、患者に有毒であることなく達成するのに有効である活性成分の量を得るように変わり得る。選択される投薬量レベルは、種々の薬物動態因子、例として、使用される本開示の特定の組成物、又はそのエステル、塩若しくはアミドの活性、投与経路、投与時間、使用されている特定の化合物の排泄速度、処置の時間、用いられる特定の組成物との組合せで使用される他の薬物、化合物及び／又は材料、年齢、性別、体重、病態、全身健康状態及び治療されている患者の既往歴、並びに医学分野において公知の同様の因子に依存する。
本開示の免疫結合体を含む組成物は、連続注入によって、或いは、例えば、１日、１週の間隔での、又は１週あたり１～７回の、２週間に１回の、３週間に１回の、４週間に１回の、５週間に１回の、６週間に１回の、７週間に１回の、８週間に１回の、投与によって提供され得る。用量は、静脈内、皮下、局所、経口、鼻腔、直腸、筋肉内、脳内で、又は吸入によって提供され得る。具体的な用量プロトコルは、不所望な大きな副作用を回避する最大用量又は用量頻度を包含するものである。
本開示の免疫結合体について、患者に投与される投薬量は、約０．０００１ｍｇ／患者の体重ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇであってよい。投薬量は、約０．０００１ｍｇ／患者の体重ｋｇ～約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１ｍｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１ｍｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１ｍｇ／ｋｇ～約５ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１～約２ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１～約１ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１ｍｇ／ｋｇ～約０．７５ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１ｍｇ／ｋｇ～約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１ｍｇ／ｋｇ～約０．２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１～約０．１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０００１～約０．０１ｍｇ／ｋｇ、約０．００１～約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１～約０．２５ｍｇ／ｋｇ、又は約０．０１～約０．１０ｍｇ／ｋｇであってよい。本開示の免疫結合体の投薬量は、患者の体重キログラム（ｋｇ）に、投与されることとなる用量ｍｇ／ｋｇを乗じて算出され得る。
一部の実施形態において、投薬量は、約１ｍｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ、例えば、約２ｍｇ／ｋｇ～約１６ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ～約１２ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ～約８ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ～約１２ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ～約８ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ～約４ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ～約２ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ～約１６ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ～約１６ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ～約１６ｍｇ／ｋｇ、約１２ｍｇ／ｋｇ～約１６ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ～３ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ～５ｍｇ／ｋｇ、約７ｍｇ／ｋｇ～９ｍｇ／ｋｇ、約１１ｍｇ／ｋｇ～１３ｍｇ／ｋｇ、又は約１５ｍｇ／ｋｇ～約１６ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約２ｍｇ／ｋｇ～約１５ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約１ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約１２ｍｇ／ｋｇ、又は約１６ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約１ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約２ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約４ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約８ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約１２ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、投薬量は、約１６ｍｇ／ｋｇである。
本開示の免疫結合体の服用が繰り返されてもよく、投与は、１日１回未満、少なくとも約１日、約２日、約３日、約５日、約１０日、約１５日、約３０日、約４５日、約２ヵ月、約７５日、約３ヵ月、約４ヵ月、約５ヵ月、又は少なくとも約６ヵ月区切られてよい。一部の実施形態において、本開示の免疫結合体は、週２回、週１回、２週間ごとに１回、３週間ごとに１回、４週間ごとに１回、又はそれよりも低頻度で与えることができる。具体的な実施形態において、本開示の免疫結合体の投与は、２週間ごとに繰り返される。
一部の実施形態において、本開示の免疫結合体は、約２ｍｇ／ｋｇ～約１５ｍｇ／ｋｇの投薬量で２週間に１回静脈内投与される。一部の実施形態において、本開示の免疫結合体は、約１ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約１２ｍｇ／ｋｇ、又は約１６ｍｇ／ｋｇの投薬量で２週間に１回静脈内投与される。一部の実施形態において、本開示の免疫結合体は、約２ｍｇ／ｋｇ～約１５ｍｇ／ｋｇの投薬量で週１回静脈内投与される。一部の実施形態において、本開示の免疫結合体は、約１ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約１２ｍｇ／ｋｇ、又は約１６ｍｇ／ｋｇの投薬量で週１回静脈内投与される。一部の実施形態において、本開示の免疫結合体は、約２ｍｇ／ｋｇ～約１５ｍｇ／ｋｇの投薬量で４週間に１回静脈内投与される。一部の実施形態において、本開示の免疫結合体は、約１ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、約８ｍｇ／ｋｇ、約１２ｍｇ／ｋｇ、又は約１６ｍｇ／ｋｇの投薬量で４週間に１回静脈内投与される。
特定の患者に有効な量は、処置されることとなる症状、患者の総合的な健康、投与の方法、経路及び用量、並びに副作用の重症度等の要因に応じて変わり得る（例えば、Ｍａｙｎａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ａ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ ＳＯＰｓ ｆｏｒ Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｉｎｔｅｒｐｈａｒｍ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，１９９６；Ｄｅｎｔ，Ｇｏｏｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ａｎｄ Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｕｒｃｈ Ｐｕｂｌ．，Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ，２００１参照）。
投与経路は、例えば、局所塗布又は皮膚塗布、皮下注射又は皮下注入、静脈内、腹腔内、脳内、筋肉内、眼内、動脈内、脳脊髄内、病巣内投与によってもよいし、持続的放出系又はインプラントによってもよい（例えば、Ｓｉｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ ２２：５４７－５５６，１９８３；Ｌａｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｍａｔｅｒ．Ｒｅｓ．１５：１６７－２７７，１９８１；Ｌａｎｇｅｒ，Ｃｈｅｍ．Ｔｅｃｈ．１２：９８－１０５，１９８２；Ｅｐｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：３６８８－３６９２，１９８５；Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４０３０－４０３４，１９８０；米国特許第６，３５０，４６６号明細書及び米国特許第６，３１６，０２４号明細書参照）。必要な場合、組成物はまた、可溶化剤若しくは局所的麻酔薬、例えば注射部位の痛みを和らげるリドカイン、又は双方を含んでもよい。加えて、肺投与も使用され得、例えば、インヘラ又はネブライザの使用、及びエアロゾル化剤での調合によるものがある。例えば、米国特許第６，０１９，９６８号明細書、米国特許第５，９８５，３２０号明細書、米国特許第５，９８５，３０９号明細書、米国特許第５，９３４，２７２号明細書、米国特許第５，８７４，０６４号明細書、米国特許第５，８５５，９１３号明細書、米国特許第５，２９０，５４０号明細書、及び米国特許第４，８８０，０７８号明細書；並びに国際公開第９２／１９２４４号パンフレット、国際公開第９７／３２５７２号パンフレット、国際公開第９７／４４０１３号パンフレット、国際公開第９８／３１３４６号パンフレット、及び国際公開第９９／６６９０３号パンフレット参照（これらの出願はそれぞれ、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）。
本開示の組成物はまた、当該技術分野において知られている種々の方法の１つ以上を用いる１つ以上の投与経路を介して投与され得る。当業者によって認識される通り、投与経路及び／又は方式は、所望の結果に応じて変動する。選択される本開示の免疫結合体についての投与経路として、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊髄又は他の非経口投与経路、例えば、注射若しくは注入によるものが挙げられる。非経口投与は、通常、注射による腸内及び局所投与以外の投与方式を表し得、それとして、以下に限定されないが、静脈内、筋肉内、動脈内、鞘内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外及び胸骨内注射及び注入が挙げられる。これ以外にも、本開示の組成物は、非経口経路、例えば、局所、表皮又は粘膜の投与経路を介して、例えば、鼻腔内、経口、膣、直腸、舌下又は局所投与され得る。一実施形態において、本開示の免疫結合体は、注入によって投与される。別の実施形態において、本開示の免疫結合体は、皮下投与される。
本開示の免疫結合体が制御放出又は持続的放出系で投与される場合、ポンプを用いて制御放出又は持続的放出を達成することができる（Ｌａｎｇｅｒ，前掲；Ｓｅｆｔｏｎ，ＣＲＣ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｆ Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．１４：２０，１９８７；Ｂｕｃｈｗａｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｕｒｇｅｒｙ ８８：５０７，１９８０；Ｓａｕｄｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３２１：５７４，１９８９参照）。ポリマー材料を用いて本開示の治療薬の制御放出又は持続的放出を達成することができる（例えば、Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，Ｌａｎｇｅｒ ａｎｄ Ｗｉｓｅ（ｅｄｓ．），ＣＲＣ Ｐｒｅｓ．，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，１９７４；Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ Ｂｉｏａｖａｉｌａｂｉｌｉｔｙ，Ｄｒｕｇ Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ，Ｓｍｏｌｅｎ ａｎｄ Ｂａｌｌ（ｅｄｓ．），Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８４；Ｒａｎｇｅｒ ａｎｄ Ｐｅｐｐａｓ，Ｊ．Ｍａｃｒｏｍｏｌ．Ｓｃｉ．Ｒｅｖ．Ｍａｃｒｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．２３：６１，１９８３参照；Ｌｅｖｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２８：１９０，１９８５；Ｄｕｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．２５：３５１，１９８９；Ｈｏｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．７ １：１０５，１９８９；米国特許第５，６７９，３７７号明細書；米国特許第５，９１６，５９７号明細書；米国特許第５，９１２，０１５号明細書；米国特許第５，９８９，４６３号明細書；米国特許第５，１２８，３２６号明細書；国際公開第９９／１５１５４号パンフレット；及び国際公開第９９／２０２５３号パンフレットも参照。持続的放出製剤中で用いられるポリマーの例として、以下に限定されないが、ポリ（２－ヒドロキシエチルメタクリレート）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（アクリル酸）、ポリ（エチレン－ｃｏ－酢酸ビニル）、ポリ（メタクリル酸）、ポリグリコリド（ＰＬＧ）、ポリ無水物、ポリ（Ｎ－ビニルピロリドン）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリアクリルアミド、ポリ（エチレングリコール）、ポリラクチド（ＰＬＡ）、ポリ（ラクチド－ｃｏ－グリコリド）（ＰＬＧＡ）、及びポリオルトエステルが挙げられる。一実施形態において、持続的放出製剤中で用いられるポリマーは、不活性であり、溶出性不純物を含まず、貯蔵時に安定的であり、無菌であり、且つ生分解性である。制御放出又は持続的放出系は、予防又は治療標的に近接して配置され得、したがって、わずかな全身用量のみを要求する（例えば、Ｇｏｏｄｓｏｎ，ｉｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，前掲，ｖｏｌ．２，ｐｐ．１１５－１３８，１９８４参照）。
制御放出系は、Ｌａｎｇｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：１５２７－１５３３，１９９０）による概説に考察されている。当業者に知られている任意の技術を用いて１つ以上の本開示の免疫結合体を含む持続的放出製剤を産生することができる。例えば、米国特許第４，５２６，９３８号明細書、国際公開第９１／０５５４８号パンフレット、国際公開第９６／２０６９８号パンフレット、Ｎｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｒａｄｉｏｔｈｅｒａｐｙ ＆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ３９：１７９－１８９，１９９６；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＰＤＡ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ５０：３７２－３９７，１９９５；Ｃｌｅｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏ．Ｉｎｔ’ｌ．Ｓｙｍｐ．Ｃｏｎｔｒｏｌ．Ｒｅｌ．Ｂｉｏａｃｔ．Ｍａｔｅｒ．２４：８５３－８５４，１９９７；及びＬａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｉｎｔ’ｌ．Ｓｙｍｐ．Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌ．Ｂｉｏａｃｔ．Ｍａｔｅｒ．２４：７５９－７６０，１９９７参照（これらの出願はそれぞれ、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）。
本開示の免疫結合体が局所投与される場合、それらは、軟膏剤、クリーム剤、経皮パッチ、ローション剤、ゲル剤、噴霧剤、エアロゾル剤、液剤、乳剤の形態、又は当業者に周知の他の形態で配合され得る。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄ Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，１９ｔｈ ｅｄ．，Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．（１９９５）参照。噴霧不可能な局所剤形のため、局所適用と適合性のキャリア又は１つ以上の賦形剤を含み、一部の例において、水よりも大きい動的粘度を有する粘性半固体又は固体形態が典型的に用いられる。好適な製剤として、以下に限定されないが、液剤、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、軟膏剤、散剤、リニメント剤、膏薬などが挙げられ、それらは所望により、滅菌され、又は種々の特性、例えば、浸透圧などに影響を与えるために助剤（例えば、保存剤、安定剤、湿潤剤、緩衝剤、又は塩）と混合される。他の好適な局所剤形として、一部の例において、固体又は液体不活性キャリアと組み合わせられる活性成分が加圧揮発物質（例えば、ガス状噴射剤、例えば、ｆｒｅｏｎ）との混合物中で、又はスクイーズボトル中でパッケージングされた噴霧可能なエアロゾル調製物が挙げられる。所望により、保湿剤又はヒューメクタントも医薬組成物及び剤形に添加され得る。そのような追加の成分の例は、当該技術分野において周知である。
免疫結合体を含む組成物が鼻腔内投与される場合、それは、エアロゾル形態、噴霧剤、ミスト剤で、又は滴剤の形態で配合され得る。特に、本開示による使用のための予防又は治療薬は、好適な噴射剤（例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素又は他の好適なガス）の使用によって、加圧パック又はネブライザからのエアロゾル噴霧提供物の形態で簡便に送達され得る。加圧エアロゾルの場合、投薬量単位は、計量された量を送達するための弁を提供することによって決定することができる。化合物及び好適な粉末基剤、例えば、ラクトース又はデンプンの粉末混合物を含有する、インヘラ又は吸入器における使用のためのカプセル剤及びカートリッジ剤（例えば、ゼラチンから構成される）が配合され得る。
第２の治療薬、例えば、サイトカイン、ステロイド、化学療法剤、抗生物質、又は放射線との同時投与又は同時処置方法が、当該技術分野において知られている（例えば、Ｈａｒｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，（ｅｄｓ．）（２００１）Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，１０ｔｈ ｅｄ．，ＭｃＧｒａｗ－Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．；Ｐｏｏｌｅ ａｎｄ Ｐｅｔｅｒｓｏｎ（ｅｄｓ．）（２００１）Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｆｏｒ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａ．，Ｐａ．；Ｃｈａｂｎｅｒ ａｎｄ Ｌｏｎｇｏ（ｅｄｓ．）（２００１）Ｃａｎｃｅｒ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａ．，Ｐａ．参照）。有効な量の治療薬が、病徴を少なくとも１０％；少なくとも２０％；少なくとも約３０％；少なくとも４０％、又は少なくとも５０％低下させ得る。
本開示の免疫結合体と組み合わせて施され得る追加的な治療（例えば、予防又は治療薬）が、本開示の免疫結合体から５分未満離れて、３０分未満離れて、１時間離れて、約１時間離れて、約１～約２時間離れて、約２時間～約３時間離れて、約３時間～約４時間離れて、約４時間～約５時間離れて、約５時間～約６時間離れて、約６時間～約７時間離れて、約７時間～約８時間離れて、約８時間～約９時間離れて、約９時間～約１０時間離れて、約１０時間～約１１時間離れて、約１１時間～約１２時間離れて、約１２時間～１８時間離れて、１８時間～２４時間離れて、２４時間～３６時間離れて、３６時間～４８時間離れて、４８時間～５２時間離れて、５２時間～６０時間離れて、６０時間～７２時間離れて、７２時間～８４時間離れて、８４時間～９６時間離れて、又は９６時間～１２０時間離れて施されてよい。２つ以上の治療が、１回の同じ患者来院中に施されてよい。
本開示は、医薬組成物の投与プロトコルであって、それを必要とする対象への、本開示の免疫結合体を単独で、又は他の治療と組み合わせて含む、投与プロトコルを提供する。本開示の併用療法の治療（予防又は治療薬）は、対象に、同時に施されてもよいし、順次施されてもよい。本開示の併用療法の治療（予防又は治療薬）はまた、周期的に施されてもよい。サイクリング治療は、第１の治療（第１の予防又は治療薬）をしばらくの間施してから、第２の治療（第２の予防又は治療薬）をしばらくの間施し、そしてこの逐次的な施しを繰り返して（すなわちサイクル）、治療（例えば剤）の１つに対する耐性の発達を低下させて、治療（例えば剤）の１つの副作用を回避し、若しくは和らげ、且つ／又は治療の有効性を向上させることを包含する。
本開示の併用療法の治療（予防又は治療薬）は、対象に同時に施されてよい。
用語「同時に」は、正確に同時に治療を施すことに限られず、むしろ、本開示の抗体薬物結合体が他の治療と一緒に作用して、普通に施されるよりも利益が増すような順序で、且つ時間間隔内で、本開示の抗体又はそのフラグメントを含む医薬組成物が対象に投与されることを意味する。例えば、各療法は、同時に、又は異なる時点にてあらゆる順序で順次、対象に施されてよい；しかしながら、同時に施されないならば、所望の治療効果又は予防効果をもたらすほど十分に近い時間で施されるべきである。各療法は、対象に別々に、あらゆる適切な形態で、且つあらゆる適切な経路によって投与され得る。種々の実施形態において、治療（予防又は治療薬）は、５分未満離れて、１５分未満離れて、３０分未満離れて、１時間未満離れて、約１時間離れて、約１時間～約２時間離れて、約２時間～約３時間離れて、約３時間～約４時間離れて、約４時間～約５時間離れて、約５時間～約６時間離れて、約６時間～約７時間離れて、約７時間～約８時間離れて、約８時間～約９時間離れて、約９時間～約１０時間離れて、約１０時間～約１１時間離れて、約１１時間～約１２時間離れて、２４時間離れて、４８時間離れて、７２時間離れて、又は１週離れて、対象に投与される。他の実施形態において、２つ以上の治療（予防又は治療薬）が、同じ患者来院中に施される。
併用療法の予防又は治療薬は、対象に、同じ医薬組成物で施されてよい。これ以外にも、併用療法の予防又は治療薬は、対象に、別個の医薬組成物で同時に投与されてもよい。予防又は治療剤は、同じ又は異なる投与経路によって対象に投与することができる。併用療法の予防又は治療剤は、同じ医薬組成物中で対象に投与することができる。或いは、併用療法の予防又は治療剤は、別個の医薬組成物中で対象に同時に投与することができる。予防又は治療剤は、同じ又は異なる投与経路によって対象に投与することができる。
本開示はまた、以下の列挙実施形態も含む。
列挙実施形態
１．式（Ａ１）の構造を有する化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、非天然プロモータに作動可能に連結されているヌクレオチド配列を含む核酸を含む、微生物。
２．化合物を天然に産生する微生物の遺伝子操作された形態である、実施形態１の微生物。
３．細菌、例えば、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）である、実施形態１又は２のいずれかの微生物。
４．クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）である、実施形態１～３のいずれかの微生物。
５．単離微生物又は合成微生物である、実施形態１～４のいずれかの微生物。
６．核酸が微生物の染色体上に位置し、例えば、天然に染色体上に位置するか、又は染色体に安定に組み込まれている、実施形態１～５のいずれかの微生物。
７．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に位置する、実施形態１～６のいずれかの微生物。
８．ＢＧＣが、例えば図１に示される、化合物（Ａ１）－ＢＧＣである、実施形態１～７のいずれかの微生物。
９．ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）を含む、実施形態１～８のいずれかの微生物。
１０．ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びｆｒｓＨ、又はそのホモログを含む、実施形態１～９のいずれかの微生物。
１１．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログに位置する、実施形態１～１０のいずれかの微生物。
１２．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１１のいずれかの微生物。
１３．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１２のいずれかの微生物。
１４．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１３のいずれかの微生物。
１５．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１４のいずれかの微生物。
１６．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１５のいずれかの微生物。
１７．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１６のいずれかの微生物。
１８．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１７のいずれかの微生物。
１９．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１～１８のいずれかの微生物。
２０．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～１９のいずれかの微生物。
２１．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２０のいずれかの微生物。
２２．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２１のいずれかの微生物。
２３．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２２のいずれかの微生物。
２４．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２３のいずれかの微生物。
２５．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２４のいずれかの微生物。
２６．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２５のいずれかの微生物。
２７．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２６のいずれかの微生物。
２８．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１～２７のいずれかの微生物。
２９．核酸が、配列番号３１０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を使用した（例えば、プロモータ交換のための）相同組換えイベントの結果として生じるヌクレオチド配列を含む、実施形態１～２８のいずれかの微生物。
３０．核酸が、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態１～２９のいずれかの微生物。
３１．非天然プロモータが、同じ微生物からのものである、実施形態１～３０のいずれかの微生物。
３２．非天然プロモータが、異なる微生物からのものである、実施形態１～３１のいずれかの微生物。
３３．非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、ｒｂｓプロモータ、Ｊ２３１１９プロモータ、ｐＬｐｐプロモータ、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータ、Ｐｅｍ７、又はＥｒｍＥ＊プロモータを含み、任意選択で、非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、又はｒｂｓプロモータを含む、実施形態１～３２のいずれかの微生物。
３４．非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～３３のいずれかの微生物。
３５．非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～３４のいずれかの微生物。
３６．非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータを含む、実施形態１～３５のいずれかの微生物。
３７．非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～３６のいずれかの微生物。
３８．非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～３７のいずれかの微生物。
３９．非天然プロモータが、ｎｐｔＩＩプロモータを含む、実施形態１～３８のいずれかの微生物。
４０．非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～３９のいずれかの微生物。
４１．非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～４０のいずれかの微生物。
４２．非天然プロモータが、ｒｂｓプロモータを含む、実施形態１～４１のいずれかの微生物。
４３．非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～４２のいずれかの微生物。
４４．非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～４３のいずれかの微生物。
４５．非天然プロモータが、Ｊ２３１１９プロモータを含む、実施形態１～４４のいずれかの微生物。
４６．非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～４５のいずれかの微生物。
４７．非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～４６のいずれかの微生物。
４８．非天然プロモータが、ｐＬｐｐプロモータを含む、実施形態１～４７のいずれかの微生物。
４９．非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～４８のいずれかの微生物。
５０．非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～４９のいずれかの微生物。
５１．非天然プロモータが、Ｐｅｍ７プロモータを含む、実施形態１～５０のいずれかの微生物。
５２．非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～５１のいずれかの微生物。
５３．非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～５２のいずれかの微生物。
５４．非天然プロモータが、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータを含む、実施形態１～５３のいずれかの微生物。
５５．非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～５４のいずれかの微生物。
５６．非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～５５のいずれかの微生物。
５７．非天然プロモータが、ＥｒｍＥ＊プロモータを含む、実施形態１～５６のいずれかの微生物。
５８．非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１～５７のいずれかの微生物。
５９．非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１～５８のいずれかの微生物。
６０．非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、又はＦｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）の転写を制御する、実施形態１～５９のいずれかの微生物。
６１．非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの転写を制御する、実施形態１～６０のいずれかの微生物。
６２．非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、又はそのホモログのコード領域の上流、例えば、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの全部のコード領域の上流に挿入される、実施形態１～６１のいずれかの微生物。
６３．化合物の産生に関連するポリペプチドが、非リボソームペプチド合成酵素（ＮＲＰＳ）又はその機能性フラグメントである、実施形態１～６２のいずれかの微生物。
６４．ＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログである、実施形態１～６３のいずれかの微生物。
６５．化合物の産生に関連するポリペプチドが、ＭｂｔＨ様タンパク質又はその機能性フラグメントである、実施形態１～６４のいずれかの微生物。
６６．ＭｂｔＨ様タンパク質が、ＦｒｓＢ又はそのホモログである、実施形態１～６５のいずれかの微生物。
６７．化合物の産生に関連するポリペプチドが、リンゴ酸デヒドロゲナーゼである、実施形態１～６６のいずれかの微生物。
６８．リンゴ酸デヒドロゲナーゼが、ＦｒｓＣ又はそのホモログである、実施形態１～６７のいずれかの微生物。
６９．化合物の産生に関連するポリペプチドが、ヒドロキシラーゼである、実施形態１～６８のいずれかの微生物。
７０．ヒドロキシラーゼが、ＦｒｓＨ又はそのホモログである、実施形態１～６９のいずれかの微生物。
７１．核酸が、化合物の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、実施形態１～７０のいずれかの微生物。
７２．化合物の産生に関連する複数のポリペプチドが、複数のＮＲＰＳ、又はその機能性フラグメントを含む、実施形態１～７１のいずれかの微生物。
７３．複数のＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログのうちの２つ以上（例えば、３、４つ、又は全部）を含む、実施形態１～７２のいずれかの微生物。
７４．化合物の産生に関連する複数のポリペプチドが、ＮＲＰＳ、ＭｂｔＨ様タンパク質、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、及びヒドロキシラーゼ、又はその機能性フラグメントを含む、実施形態１～７３のいずれかの微生物。
７５．化合物の産生に関連する複数のポリペプチドが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む、実施形態１～７４のいずれかの微生物。
７６．微生物が、化合物の力価の増加を呈する、実施形態１～７５のいずれかの微生物。
７７．化合物の力価が、化合物の産生を許容する条件下で培養したとき、参照微生物、例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣに非天然プロモータを含まない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍に増加する、実施形態１～７６のいずれかの微生物。
７８．化合物の力価が、化合物の産生を許容する条件下で培養したとき、参照微生物、例えば、化合物（Ａ１）－ＢＧＣに非天然プロモータを含まない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して少なくとも約１００ｍｇ／Ｌ、２００ｍｇ／Ｌ、３００ｍｇ／Ｌ、４００ｍｇ／Ｌ、５００ｍｇ／Ｌ、６００ｍｇ／Ｌ、７００ｍｇ／Ｌ、８００ｍｇ／Ｌ、９００ｍｇ／Ｌ、又は１０００ｍｇ／Ｌ増加する、実施形態１～７７のいずれかの微生物。
７９．化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、実施形態１～７８のいずれかの微生物。
８０．天然産物が、ビオラセイン、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、実施形態１～７９のいずれかの微生物。
８１．化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣの少なくとも一部分が欠失している、実施形態１～８０のいずれかの微生物。
８２．ビオラセイン－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、実施形態１～８１のいずれかの微生物。
８３．化合物Ｊ－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、実施形態１～８２のいずれかの微生物。
８４．化合物Ｊ－ＢＧＣが、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、及び化合物Ｄの産生に関連する、実施形態１～８３のいずれかの微生物。
８５．ビオラセイン－ＢＧＣ及び化合物Ｊ－ＢＧＣの両方が改変されている、例えば、破壊されている、実施形態１～８４のいずれかの微生物。
８６．天然産物の産生が、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％減少する、実施形態１～８５のいずれかの微生物。
８７．微生物が、化合物の単離収率の増加を呈する、実施形態１～８６のいずれかの微生物。
８８．化合物の単離収率が、参照微生物、例えば、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又はそれ以上増加する、実施形態１～８７のいずれかの微生物。
８９．化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、例えば、破壊されていない、実施形態１～８８のいずれかの微生物。
９０．式（Ａ１）の構造を有する化合物を産生する微生物であって、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されている、微生物。
９１．天然産物が、ビオラセイン、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、実施形態９０の微生物。
９２．化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣの少なくとも一部分が欠失している、実施形態９０又は９１のいずれかの微生物。
９３．ビオラセイン－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、実施形態９０～９２のいずれかの微生物。
９４．化合物Ｊ－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、実施形態９０～９３のいずれかの微生物。
９５．化合物Ｊ－ＢＧＣが、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、及び化合物Ｄの産生に関連する、実施形態９０～９４のいずれかの微生物。
９６．ビオラセイン－ＢＧＣ及び化合物Ｊ－ＢＧＣの両方が改変されている、例えば、破壊されている、実施形態９０～９５のいずれかの微生物。
９７．天然産物の産生が、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％減少する、実施形態９０～９６のいずれかの微生物。
９８．微生物が、化合物の単離収率の増加を呈する、実施形態９０～９７のいずれかの微生物。
９９．化合物の単離収率が、参照微生物、例えば、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又はそれ以上増加する、実施形態９０～９８のいずれかの微生物。
１００．式（Ａ１）の構造を有する化合物を産生する方法であって、化合物の発現を許容する条件下で実施形態１～８４のいずれかの微生物を培養すること（例えば、発酵させること）を含み、それによって化合物を産生する方法。
１０１．微生物を５０Ｌ～５００Ｌ規模、例えば、５０Ｌ、１００Ｌ、１５０Ｌ、２００Ｌ、２５０Ｌ、３００Ｌ、３５０Ｌ、４００Ｌ、４５０Ｌ、又は５００Ｌ規模で培養する（例えば、発酵させる）、実施形態１００の方法。
１０２．微生物を１，０００Ｌ～２０，０００Ｌ規模、例えば、１，０００Ｌ～１０，０００Ｌ又は１０，０００Ｌ～２０，０００Ｌ、例えば、１，０００Ｌ、２，０００Ｌ、５，０００Ｌ、７，５００Ｌ、１０，０００Ｌ、１５，０００Ｌ、又は２０，０００Ｌ規模で培養する（例えば、発酵させる）、実施形態１００の方法。
１０３．培養すると（例えば、発酵させると）、少なくとも２００ｍＬの化合物、例えば、少なくとも２５０ｍｇ／ｍＬ、３００ｍｇ／Ｌ、４００ｍｇ／Ｌ、５００ｍｇ／Ｌ、６００ｍｇ／Ｌ、７００ｍｇ／Ｌ、８００ｍｇ／Ｌ、９００ｍｇ／Ｌ、１０００ｍｇ／Ｌ、１１００ｍｇ／Ｌ、１２００ｍｇ／Ｌ、１３００ｍｇ／Ｌ、１４００ｍｇ／Ｌ、１５００ｍｇ／Ｌ、１６００ｍｇ／Ｌ、１７００ｍｇ／Ｌ、１８００ｍｇ／Ｌ、１９００ｍｇ／Ｌ、又は２０００ｍｇ／Ｌの化合物の力価が生み出される、実施形態１００～１０２のいずれかの方法。
１０４．例えば、本明細書に記載の方法により決定したとき、化合物を、例えば、少なくとも９０％、例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の純度にまで単離することを更に含む、実施形態１００～１０３のいずれかの方法。
１０５．式（Ａ１）の構造を有する化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、非天然プロモータに作動可能に連結されているヌクレオチド配列を含む核酸。
１０６．微生物の染色体上に位置し、例えば、天然に染色体上に位置するか、又は染色体に安定に組み込まれている、実施形態１０５の核酸。
１０７．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に位置する、実施形態１０５又は１０６のいずれかの核酸。
１０８．ＢＧＣが、化合物（Ａ１）－ＢＧＣである、実施形態１０５～１０７のいずれかの核酸。
１０９．化合物（Ａ１）－ＢＧＣが、図１に示される遺伝子構成を有する、実施形態１０５～１０８のいずれかの核酸。
１１０．ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）を含む、実施形態１０５～１０９のいずれかの核酸。
１１１．ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びｆｒｓＨ、又はそのホモログを含む、実施形態１０５～１１０のいずれかの核酸。
１１２．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログに位置する、実施形態１０５～１１１のいずれかの核酸。
１１３．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１２のいずれかの核酸。
１１４．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１３のいずれかの核酸。
１１５．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１４のいずれかの核酸。
１１６．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１５のいずれかの核酸。
１１７．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１６のいずれかの核酸。
１１８．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１７のいずれかの核酸。
１１９．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１８のいずれかの核酸。
１２０．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む領域に位置する、実施形態１０５～１１９のいずれかの核酸。
１２１．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２０のいずれかの核酸。
１２２．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２１のいずれかの核酸。
１２３．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２２のいずれかの核酸。
１２４．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２３のいずれかの核酸。
１２５．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２４のいずれかの核酸。
１２６．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２５のいずれかの核酸。
１２７．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２６のいずれかの核酸。
１２８．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２７のいずれかの核酸。
１２９．化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、実施形態１０５～１２８のいずれかの核酸。
１３０．配列番号３１０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を使用した（例えば、プロモータ交換のための）相同組換えイベントの結果として生じるヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１２９のいずれかの核酸。
１３１．ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１３０のいずれかの核酸。
１３２．非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、ｒｂｓプロモータ、Ｊ２３１１９プロモータ、ｐＬｐｐプロモータ、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータ、Ｐｅｍ７、又はＥｒｍＥ＊プロモータを含み、任意選択で、非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、又はｒｂｓプロモータを含む、実施形態１０５～１３１のいずれかの核酸。
１３３．非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１３２のいずれかの核酸。
１３４．非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１３３のいずれかの核酸。
１３５．非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータを含む、実施形態１０５～１３４のいずれかの核酸。
１３６．非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１３５のいずれかの核酸。
１３７．非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１３６のいずれかの核酸。
１３８．非天然プロモータが、ｎｐｔＩＩプロモータを含む、実施形態１０５～１３７のいずれかの核酸。
１３９．非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１３８のいずれかの核酸。
１４０．非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１３９のいずれかの核酸。
１４１．非天然プロモータが、ｒｂｓプロモータを含む、実施形態１０５～１４０のいずれかの核酸。
１４２．非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１４１のいずれかの核酸。
１４３．非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１４２のいずれかの核酸。
１４４．非天然プロモータが、Ｊ２３１１９プロモータを含む、実施形態１０５～１４３のいずれかの核酸。
１４５．非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１４４のいずれかの核酸。
１４６．非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１４５のいずれかの核酸。
１４７．非天然プロモータが、ｐＬｐｐプロモータを含む、実施形態１０５～１４６のいずれかの核酸。
１４８．非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１４７のいずれかの核酸。
１４９．非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１４８のいずれかの核酸。
１５０．非天然プロモータが、Ｐｅｍ７プロモータを含む、実施形態１０５～１４９のいずれかの核酸。
１５１．非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１５０のいずれかの核酸。
１５２．非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１５１のいずれかの核酸。
１５３．非天然プロモータが、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータを含む、実施形態１０５～１５２のいずれかの核酸。
１５４．非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１５３のいずれかの核酸。
１５５．非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１５４のいずれかの核酸。
１５６．非天然プロモータが、ＥｒｍＥ＊プロモータを含む、実施形態１０５～１５５のいずれかの核酸。
１５７．非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１５６のいずれかの核酸。
１５８．非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、実施形態１０５～１５７のいずれかの核酸。
１５９．非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、又はＦｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）の転写を制御する、実施形態１０５～１５８のいずれかの核酸。
１６０．非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの転写を制御する、実施形態１０５～１５９のいずれかの核酸。
１６１．非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、又はそのホモログのコード領域の上流、例えば、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの全部のコード領域の上流に挿入される、実施形態１０５～１６０のいずれかの核酸。
１６２．化合物の産生に関連するポリペプチドが、非リボソームペプチド合成酵素（ＮＲＰＳ）又はその機能性フラグメントである、実施形態１０５～１６１のいずれかの核酸。
１６３．ＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログである、実施形態１０５～１６２のいずれかの核酸。
１６４．化合物の産生に関連するポリペプチドが、ＭｂｔＨ様タンパク質又はその機能性フラグメントである、実施形態１０５～１６３のいずれかの核酸。
１６５．ＭｂｔＨ様タンパク質が、ＦｒｓＢ又はそのホモログである、実施形態１０５～１６４のいずれかの核酸。
１６６．化合物の産生に関連するポリペプチドが、リンゴ酸デヒドロゲナーゼである、実施形態１０５～１６５のいずれかの核酸。
１６７．リンゴ酸デヒドロゲナーゼが、ＦｒｓＣ又はそのホモログである、実施形態１０５～１６６のいずれかの核酸。
１６８．化合物の産生に関連するポリペプチドが、ヒドロキシラーゼである、実施形態１０５～１６７のいずれかの核酸。
１６９．ヒドロキシラーゼが、ＦｒｓＨ又はそのホモログである、実施形態１０５～１６８のいずれかの核酸。
１７０．化合物の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、実施形態１０５～１６９のいずれかの核酸。
１７１．化合物の産生に関連する複数のポリペプチドが、複数のＮＲＰＳ、又はその機能性フラグメントを含む、実施形態１０５～１７０のいずれかの核酸。
１７２．複数のＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログのうちの２つ以上（例えば、３、４つ、又は全部）を含む、実施形態１０５～１７１のいずれかの核酸。
１７３．化合物の産生に関連する複数のポリペプチドが、ＮＲＰＳ、ＭｂｔＨ様タンパク質、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、及びヒドロキシラーゼ、又はその機能性フラグメントを含む、実施形態１０５～１７２のいずれかの核酸。
１７４．化合物の産生に関連する複数のポリペプチドが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む、実施形態１０５～１７３のいずれかの核酸。
１７５．化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
１７６．単離核酸、天然に存在しない核酸、又は合成核酸である、実施形態１７５の核酸。
１７７．突然変異、例えば、欠失を含む、実施形態１７５又は１７６のいずれかの核酸。
１７８．化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、実施形態１７５～１７７のいずれかの核酸。
１７９．ヌクレオチド配列が、ＢＧＣからのものである、実施形態１７５～１７８のいずれかの核酸。
１８０．ＢＧＣが、化合物Ｊ－ＢＧＣである、実施形態１７５～１７９のいずれかの核酸。
１８１．化合物Ｊ－ＢＧＣが、図１に示される遺伝子構成を有する、実施形態１７５～１８０のいずれかの核酸。
１８２．ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、又はｄｉｓ４、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、実施形態１７５～１８１のいずれかの核酸。
１８３．ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、及びｄｉｓ４、又はそのホモログを含む、実施形態１７５～１８２のいずれかの核酸。
１８４．ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態１７５～１８３のいずれかの核酸。
１８５．実施形態１０５～１８４のいずれかの核酸を含むベクター。
１８６．実施形態１０５～１８４のいずれかの核酸又は実施形態１８５のベクターを含む細胞。
１８７．細胞を操作する方法であって、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を改変することを含み、それによって細胞を操作する方法。
１８８．細胞が、式（Ａ１）の構造を有する化合物を天然に産生する微生物である、実施形態１８７の方法。
１８９．微生物が、細菌、例えば、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）である、実施形態１８７又は１８８のいずれかの方法。
１９０．微生物が、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）である、実施形態１８７～１８９のいずれかの方法。
１９１．ヌクレオチド配列が破壊されていて、例えば、ヌクレオチド配列の少なくとも一部分が欠失している、実施形態１８７～１９０のいずれかの方法。
１９２．核酸が、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、実施形態１８７～１９１のいずれかの方法。
１９３．化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）の産生が、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％減少する、実施形態１８７～１９２のいずれかの方法。
１９４．ヌクレオチド配列が、ＢＧＣからのものである、実施形態１８７～１９３のいずれかの方法。
１９５．ＢＧＣが、化合物Ｊ－ＢＧＣである、実施形態１９４の方法。
１９６．化合物Ｊ－ＢＧＣが、図１に示される遺伝子構成を有する、実施形態１９５の方法。
１９７．ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、又はｄｉｓ４、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、実施形態１８７～１９６のいずれかの方法。
１９８．ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、及びｄｉｓ４、又はそのホモログを含む、実施形態１８７～１９７のいずれかの方法。
１９９．核酸が、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態１８７～１９８のいずれかの方法。
２００．改変により、化合物の単離収率が増加する、実施形態１８７～１９９のいずれかの方法。
２０１．化合物の単離収率が、参照微生物、例えば、化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又はそれ以上増加する、実施形態１８７～２００のいずれかの方法。
２０２．部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法であって、１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供すること；１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を還元することであって、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供すること；及び１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを酸化条件下に保存することを含み、それによって部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法。
２０３．１つ以上のキャッピングされたシステイン残基が、抗体又はその抗原結合断片の定常ドメイン重鎖に位置する、実施形態２０２の方法。
２０４．抗体又はその抗原結合フラグメントが、キャッピングされたシステイン残基を４つ含む、実施形態２０２又は２０３のいずれかの方法。
２０５．抗体又はその抗原結合フラグメントが、キャッピングされたシステイン残基を２つ含む、実施形態２０２～２０４のいずれかの方法。
２０６．抗体又はその抗原結合フラグメントが、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む、実施形態２０２～２０５のいずれかの方法。
２０７．抗体又はその抗原結合フラグメントが、抗体又はその抗原結合フラグメントの各ＣＨ１領域に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む、実施形態２０２～２０６のいずれかの方法。
２０８．キャッピングされたシステイン残基が、操作された表面露出型のシステイン残基である、実施形態２０２～２０７のいずれかの方法。
２０９．抗体又はその抗原結合フラグメントが、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域の残基１５２（ＥＵナンバリング）に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む、実施形態２０２～２０８のいずれかの方法。
２１０．１つ以上のキャッピングされたシステイン残基が、システイン又はグルタチオンでキャッピングされている、実施形態２０２～２０９のいずれかの方法。
２１１．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基が、抗体又はその抗原結合断片の定常ドメイン重鎖に位置する、実施形態２０２～２１０のいずれかの方法。
２１２．抗体又はその抗原結合フラグメントが、デキャッピングされたシステイン残基を４つ含む、実施形態２０２～２１１のいずれかの方法。
２１３．抗体又はその抗原結合フラグメントが、デキャッピングされたシステイン残基を２つ含む、実施形態２０２～２１２のいずれかの方法。
２１４．抗体又はその抗原結合フラグメントが、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む、実施形態２０２～２１３のいずれかの方法。
２１５．抗体又はその抗原結合フラグメントが、抗体又はその抗原結合フラグメントの各ＣＨ１領域に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む、実施形態２０２～２１４のいずれかの方法。
２１６．デキャッピングされたシステイン残基が、操作された表面露出型のシステイン残基である、実施形態２０２～２１５のいずれかの方法。
２１７．抗体又はその抗原結合フラグメントが、抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域の残基１５２（ＥＵナンバリング）に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む、実施形態２０２～２１６のいずれかの方法。
２１８．１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と接触させることにより１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を還元することを含み、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又は抗原結合フラグメントを提供する、実施形態２０２～２１７のいずれかの方法。
２１９．還元洗浄緩衝液が、５ｍＭ～５０ｍＭのシステイン、例えば、１０ｍＭ～４０ｍＭ、２０ｍＭ～３０ｍＭ、５ｍＭ～１５ｍＭ、５ｍＭ～２５ｍＭ、５ｍＭ～３５ｍＭ、５ｍＭ～４５ｍＭ、４０ｍＭ～５０ｍＭ、３０ｍＭ～５０ｍＭ、２０ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～２０ｍＭ、１５ｍＭ～２５ｍＭ、２５ｍＭ～３５ｍＭ、３０ｍＭ～４０ｍＭ、又は３５ｍＭ～４５ｍＭ、例えば、１０ｍＭ、１２ｍＭ、１４ｍＭ、１６ｍＭ、２０ｍＭ、２５ｍＭ、又は３０ｍＭを含む、実施形態２０２～２１８のいずれかの方法。
２２０．還元洗浄緩衝液が、５ｍＭ～１５ｍＭのシステイン、例えば、１０ｍＭのシステインを含む、実施形態２０２～２１９のいずれかの方法。
２２１．還元洗浄緩衝液が、６．０～７．５、例えば、６．５～７．２又は６．８～７．０のｐＨを有する、実施形態２０２～２２０のいずれかの方法。
２２２．還元洗浄緩衝液が、６．８～７．０、例えば、６．９のｐＨを有する、実施形態２０２～２２１のいずれかの方法。
２２３．１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と接触させることが、カラム（例えば、カチオン交換クロマトグラフィカラム）で実施される、実施形態２０２～２２２のいずれかの方法。
２２４．還元洗浄緩衝液と接触させた後に溶出液中にある１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを回収することを更に含む、実施形態２０２～２２３のいずれかの方法。
２２５．溶出液が、５．５～６．０、例えば、５．８のｐＨを有する、実施形態２０２～２２４のいずれかの方法。
２２６．溶出液中の１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントの濃度が、５ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、例えば、８ｇ／Ｌ～２０ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ～１８ｇ／Ｌ、１２ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ～２０ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ～１０ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、１５ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ～２０ｇ／Ｌ、１３ｇ／Ｌ～１４ｇ／Ｌ、１２ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌ、例えば、例えば、５ｇ／Ｌ、６ｇ／Ｌ、７ｇ／Ｌ、８ｇ／Ｌ、９ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、１１ｇ／Ｌ、１２ｇ／Ｌ、１３ｇ／Ｌ、１３．５ｇ／Ｌ、１４ｇ／Ｌ、１５ｇ／Ｌ、１６ｇ／Ｌ、１７ｇ／Ｌ、１８ｇ／Ｌ、１９ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、２１ｇ／Ｌ、２２ｇ／Ｌ、２３ｇ／Ｌ、２４ｇ／Ｌ、又は２５ｇ／Ｌである、実施形態２０２～２２５のいずれかの方法。
２２７．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、溶出液中に撹拌しながら保存される、実施形態２０２～２２６のいずれかの方法。
２２８．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、溶出液中に撹拌せずに保存される、実施形態２０２～２２７のいずれかの方法。
２２９．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、最大５０％～７０％容積まで充填された容器に、例えば、１２時間～９６時間、例えば、１２時間～８４時間、２４時間～８４時間、３６時間～７２時間、４８時間～６０時間、２４時間～７２時間、２４時間～６０時間、２４時間～４８時間、２４時間～３６時間、７２時間～８４時間、６０時間～８４時間、４８時間～８４時間、３６時間～８４時間、１２時間～３６時間、２４時間～４８時間、３６時間～６０時間、４８時間～７２時間、又は７２時間～９６時間、例えば、１２時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、又は９６時間保存される、実施形態２０２～２２８のいずれかの方法。
２３０．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、最大６０％まで充填された容器に保存される、実施形態２０２～２２９のいずれかの方法。
２３１．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが４８時間～７２時間、例えば、撹拌せずに保存される、実施形態２０２～２３０のいずれかの方法。
２３２．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが１２時間～３６時間、例えば、２４時間、例えば、撹拌しながら保存される、実施形態２０２～２３１のいずれかの方法。
２３３．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、室温で保存される、実施形態２０２～２３２のいずれかの方法。
２３４．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、２℃～８℃（例えば、４℃）で、例えば、少なくとも４８時間（例えば、４８時間～９６時間）保存される、実施形態２０２～２３３のいずれかの方法。
２３５．１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、空気層で覆って保存される、実施形態２０２～２３４のいずれかの方法。
２３６．部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを精製することを更に含む、実施形態２０２～２３５のいずれかの方法。
２３７．リンカー－薬物部分（例えば、本明細書に記載のリンカー－薬物部分）を部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントと結合させることにより抗体薬物結合体（例えば、本明細書に記載の抗体薬物結合体）を産生することを更に含む、実施形態２０２～２３６のいずれかの方法。
２３８．以下の式（Ｂ）：
Ｒ８－ＬＢ－（Ｄ）ｎ（Ｂ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ（例えば、本明細書に記載のＧＮＡＱインヒビタ）、ＧＮＡ１１インヒビタ（例えば、本明細書に記載のＧＮＡ１１インヒビタ）、又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（例えば、本明細書に記載のＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ）であり；
Ｒ８は、反応性基（例えば、本明細書に記載の反応性基）であり；
ＬＢは、開裂性又は非開裂性リンカー（例えば、本明細書に記載の開裂性リンカー又は本明細書に記載の非開裂性リンカー）であり、及び
ｎは、１、２、３又は４である）
のリンカー－薬物部分を予備形成することを更に含む、実施形態２０２～２３７のいずれかの方法；
２３９．抗体薬物結合体を精製することを更に含む、実施形態２０２～２３８のいずれかの方法。
２４０．方法の結果、少なくとも７５％、例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、又は９５％のオンサイトカップリング、例えば、重鎖１本当たり１つのリンカー－薬物部分（「ＨＣ１」）が生じる、実施形態２０２～２３９のいずれかの方法。
２４１．方法の結果、２５％未満、例えば、少なくとも２０％、１５％、１０％、又は５％のオフサイトカップリング、例えば、軽鎖１本当たり１つのリンカー－薬物部分（「ＬＣ１」）及び／又は重鎖１本当たり２つのリンカー－薬物部分（「ＨＣ２」）が生じる、実施形態２０２～２４０のいずれかの方法。
２４２．方法の結果、例えば、非還元ＣＥ－ＳＤＳにより決定したとき、純度が少なくとも７０％、例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％になる、実施形態２０２～２４１のいずれかの方法。
２４３．抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体を産生する方法であって、
１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と接触させることであって、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又は抗原結合フラグメントを提供すること；
１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はそのフラグメントを酸化条件下に保存することであって、それによって部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生すること；及び
リンカー－薬物部分を部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントに結合させること
を含み、
それによって抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体を産生する方法において、
抗体又はその抗原結合フラグメントが、ＰＭＥＬ１７に結合する；及び
以下の式（Ｂ）のリンカー－薬物部分：
Ｒ８－ＬＢ－（Ｄ）ｎ（Ｂ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
Ｒ８は、反応性基であり；
ＬＢは、開裂性又は非開裂性リンカーであり、及び
ｎは、１、２、３又は４である）、方法。
２４４．抗体薬物結合体と、緩衝剤と、安定化剤と、界面活性剤とを含む製剤であって、
製剤が、４．５～６．５のｐＨを有し；及び
抗体薬物結合体が、式（Ｃ）
Ａｂ－（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）ｙ（Ｃ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（例えば、本明細書に記載のＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ）であり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメント（例えば、本明細書に記載のヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
ＬＡは、リンカー（例えば、本明細書に記載のリンカー）であり；
ｎは、１、２、３又は４であり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を含む、製剤。
２４５．抗体薬物結合体が、５ｍｇ／ｍＬ～３０ｍｇ／ｍＬ、例えば、１０ｍｇ～３０ｍｇ、１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、１８ｍｇ／ｍＬ～２２ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ～２０ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬ、２５ｍｇ～３０ｍｇ／ｍＬ、２０ｍｇ／ｍＬ～３０ｍｇ／ｍＬ、５ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬ、１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、又は１８ｍｇ／ｍＬ～２２ｍｇ／ｍＬ、例えば、５ｍｇ／ｍＬ、６ｍｇ／ｍＬ、７ｍｇ／ｍＬ、８ｍｇ／ｍＬ、９ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ、１１ｍｇ／ｍＬ、１２ｍｇ／ｍＬ、１３ｍｇ／ｍＬ、１４ｍｇ／ｍＬ、１５ｍｇ／ｍＬ、１６ｍｇ／ｍＬ、１７ｍｇ／ｍＬ、１８ｍｇ／ｍＬ、１９ｍｇ／ｍＬ、２０ｍｇ／ｍＬ、２１ｍｇ／ｍＬ、２２ｍｇ／ｍＬ、２３ｍｇ／ｍＬ、２４ｍｇ／ｍＬ、又は２５ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する、実施形態２４４の製剤。
２４６．抗体薬物結合体が、１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、例えば、２０ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する、実施形態２４４又は２４５のいずれかの製剤。
２４７．緩衝剤が、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む、実施形態２４４～２４６のいずれかの製剤。
２４８．緩衝剤が、５ｍＭ～５０ｍＭ、例えば、１０ｍＭ～４０ｎＭ、１５ｍＭ～３５ｍＭ、２０ｍＭ～３０ｍＭ、５ｍＭ～４０ｍＭ、５ｍＭ～３０ｍＭ、５ｍＭ～２０ｍＭ、５ｍＭ～１５ｍＭ、５ｍＭ～１０ｍＭ、４０ｍＭ～５０ｍＭ、３５ｍＭ～５０ｍＭ、３０ｍＭ～５０ｍＭ、２５ｍＭ～５０ｍＭ、２０ｍＭ～５０ｍＭ、１５ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～２０ｍＭ、１５ｍＭ～２５ｍＭ、２５ｍＭ～３５ｍＭ、３０ｍＭ～４０ｍＭ、又は３５ｍＭ～４５ｍＭ、例えば、５ｍＭ、１０ｍＭ、１５ｍＭ、２０ｍＭ、２５ｍＭ、３０ｍＭ、３５ｍＭ、４０ｍＭ、４５ｍＭ、又は５０ｍＭの濃度で存在する、実施形態２４４～２４７のいずれかの製剤。
２４９．緩衝剤が、１５ｍＭ～２５ｍＭ、例えば、２０ｍＭの濃度で存在する、実施形態２４４～２４８のいずれかの製剤。
２５０．安定化剤が、スクロース又はトレハロースを含む、実施形態２４４～２４９のいずれかの製剤。
２５１．安定化剤が、１００ｍＭ～５００ｍＭ、例えば、１５０ｍＭ～４５０ｍＭ、２００ｍＭ～４００ｍＭ、２５０ｍＭ～３５０ｍＭ、１００ｍＭ～４５０ｍＭ、１００ｍＭ～４００ｍＭ、１００ｍＭ～３５０ｍＭ、１００ｍＭ～３００ｍＭ、１００ｍＭ～２５０ｍＭ、１００ｍＭ～２００ｍＭ、１００ｍＭ～１５０ｍＭ、４５０ｍＭ～５００ｍＭ、４００ｍＭ～５００ｍＭ、３５０ｍＭ～５００ｍＭ、３００ｍＭ～５００ｍＭ、２５０ｍＭ～５００ｍＭ、２００ｍＭ～５００ｍＭ、１５０ｍＭ～５００ｍＭ、１５０ｍＭ～２５０ｍＭ、２００ｍＭ～２５０ｍＭ、２００ｍＭ～３００ｍＭ、３００ｍＭ～４００ｍＭ、又は３５０ｍＭ～４５０ｍＭ、例えば、１００ｍＭ、１５０ｍＭ、２００ｍＭ、２４０ｍＭ、２５０ｍＭ、３００ｍＭ、３５０ｍＭ、４００ｍＭ、４５０ｍＭ、又は５００ｍＭの濃度で存在する、実施形態２４４～２５０のいずれかの製剤。
２５２．安定化剤及びが、２００ｍＭ～３００ｍＭ、例えば、２４０ｍＭの濃度で存在する、実施形態２４４～２５１のいずれかの製剤。
２５３．界面活性剤が、ポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む、実施形態２４４～２５２のいずれかの製剤。
２５４．界面活性剤が、０．０１％～０．０６％、例えば、０．０２％～０．０５％、０．０３％～０．０４％、０．０１％～０．０５％、０．０１％～０．０４％、０．０１％～０．０３％、０．０１％～０．０２％、０．０５％～０．０６％、０．０４％～０．０６％、０．０３％～０．０６％、０．０２％～０．０６％、０．０２％～０．０４％、０．０３％～０．０５％、例えば、０．０１％、０．０２％、０．０３％、０．０４％、０．０５％、又は０．０６％の濃度で存在する、実施形態２４４～２５３のいずれかの製剤。
２５５．界面活性剤が、０．０１％～０．０５％、例えば、０．０２％の濃度で存在する、実施形態２４４～２５４のいずれかの製剤。
２５６．４．７～５．３、５．０～６．０、５．２～５．８、５．４～５．６、５．２～６．０、５．４～６．０、５．６～６．０、５．８～６．０、５～５．８、５～５．６．０、５～５．４、５～５．２、４．８～５．２、５．１～５．３、５．２～５．４、５．３～５．５、５．５～５．７、５．６～５．８、５．７～５．９、４．９～５．５、５．５～６．１、又は５．７～６．３、例えば、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、又は６．５のｐＨを有する、実施形態２４４～２５５のいずれかの製剤。
２５７．５．０～５．６、例えば、５．３のｐＨを有する、実施形態２４４～２５６のいずれかの製剤。
２５８．抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、製剤が、５．０～５．６のｐＨを有する、実施形態２４４～２５７のいずれかの製剤。
２５９．抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、製剤が、５．３のｐＨを有する、実施形態２４４～２５８のいずれかの製剤。
２６０．抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、製剤が、４．７～５．３のｐＨを有する、実施形態２４４～２５９のいずれかの製剤。
２６１．抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、製剤が、５．０のｐＨを有する、実施形態２４４～２６０のいずれかの製剤。
２６２．抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、製剤が、５．２～５．８のｐＨを有する、実施形態２４４～２６１のいずれかの製剤。
２６３．抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、製剤が、５．５のｐＨを有する、実施形態２４４～２６２のいずれかの製剤。
２６４．抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０３％～０．０５％含み、製剤が、５．２～５．８のｐＨを有する、実施形態２４４～２６３のいずれかの製剤。
２６５．抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０４％含み、製剤が、５．５のｐＨを有する、実施形態２４４～２６４のいずれかの製剤。
２６６．抗体薬物結合体を５ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、製剤が、５．２～５．８のｐＨを有する、実施形態２４４～２６５のいずれかの製剤。
２６７．抗体薬物結合体を１０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、製剤が、５．５のｐＨを有する、実施形態２４４～２６６のいずれかの製剤。
２６８．抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、製剤が、５．７～６．３のｐＨを有する、実施形態２４４～２６７のいずれかの製剤。
２６９．抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、製剤が、６．０のｐＨを有する、実施形態２４４～２６８のいずれかの製剤。
２７０．抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、製剤が、４．９～５．５のｐＨを有する、実施形態２４４～２６９のいずれかの製剤。
２７１．抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、製剤が、５．２のｐＨを有する、実施形態２４４～２７０のいずれかの製剤。
２７２．抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、製剤が、５．５～６．１のｐＨを有する、実施形態２４４～２７１のいずれかの製剤。
２７３．抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、製剤が、５．８のｐＨを有する、実施形態２４４～２７２のいずれかの製剤。
２７４．凍結乾燥製剤であって、実施形態２４４～２７３のいずれかの製剤から凍結乾燥されている凍結乾燥製剤。
２７５．５ｍＬ～５．５ｍＬの製剤が凍結乾燥される、実施形態２７４の凍結乾燥製剤。
２７６．Ｄの安定性が、５℃又は２５℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍高い、実施形態２７４又は２７５のいずれかの凍結乾燥製剤。
２７７．Ｄの安定性が、４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍高い、実施形態２７４～２７６のいずれかの凍結乾燥製剤。
２７８．開環構造を有するＤの割合が、５℃又は２５℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分の１である、実施形態２７４～２７７のいずれかの凍結乾燥製剤。
２７９．開環構造を有するＤの割合が、４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分の１である、実施形態２７４～２７８のいずれかの凍結乾燥製剤。
２８０．８０ｍｇ～１２０ｍｇ（例えば、１０７ｍｇ）の抗体薬物結合体を含む、実施形態２７４～２７９のいずれかの凍結乾燥製剤。
２８１．液体製剤であって、実施形態２７４～２８０のいずれかの凍結乾燥製剤から再構成される液体製剤。
２８２．製剤中の単量体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、少なくとも９５％、例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、又は９９％である、実施形態２４４～２８１のいずれかの製剤。
２８３．製剤中のフラグメントレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、３％未満、例えば、２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である、実施形態２４４～２８２のいずれかの製剤。
２８４．製剤中の凝集体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、３％未満、例えば、２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である、実施形態２４４～２８３のいずれかの製剤。
２８５．分解レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、２％未満、例えば、１．５％、１％、又は０．５％未満である、実施形態２４４～２８４のいずれかの製剤。
２８６．製剤中の１０μｍ以上の粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３００粒子／ｍｌ未満、例えば、約２８０粒子／ｍＬ未満、約２６０粒子／ｍＬ未満、約２４０粒子／ｍＬ未満、約２２０粒子／ｍＬ未満、約２００粒子／ｍＬ未満、約１８０粒子／ｍＬ未満、約１６０粒子（ｐａｒｉｃｌｅｓ）／ｍＬ未満、約１４０粒子／ｍＬ未満、約１２０粒子／ｍＬ未満、１００粒子／ｍＬ未満、８０粒子／ｍＬ、６０粒子／ｍＬ、４０粒子／ｍＬ、２０粒子／ｍＬ、又は１０粒子／ｍＬである、実施形態２４４～２８５のいずれかの製剤。
２８７．製剤中の１０μｍ以上の粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、３倍を超えて増加せず、例えば、２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない、実施形態２４４～２８６のいずれかの製剤。
２８８．製剤中の２５μｍより大きい粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、３倍を超えて増加せず、例えば、２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない、実施形態２４４～２８７のいずれかの製剤。
２８９．製剤中の２５μｍより大きい粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、２０粒子／ｍＬ未満、例えば、１５粒子／ｍＬ、１０粒子／ｍＬ、５粒子／ｍＬ、又は２粒子／ｍＬ未満である、実施形態２４４～２８８のいずれかの製剤。
２９０．不純物レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、１５％未満、例えば、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、又は１％未満である、実施形態２４４～２８９のいずれかの製剤。
２９１．不純物レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、２０％を超えて増加せず、例えば、１５％、１０％、５％、２％、又は１％を超えて増加しない、実施形態２４４～２９０のいずれかの製剤。
２９２．中性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、キャピラリーゾーン電気泳動法（ＣＺＥ）により決定したとき、５０％より高く、例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、又は９０％より高い、実施形態２４４～２９１のいずれかの製剤。
２９３．中性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、２０％を超えて低下せず、例えば、１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない、実施形態２４４～２９２のいずれかの製剤。
２９４．酸性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、３０％未満、例えば、２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である、実施形態２４４～２９３のいずれかの製剤。
２９５．酸性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、５０％を超えて増加せず、例えば、４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない、実施形態２４４～２９４のいずれかの製剤。
２９６．塩基性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、３０％未満、例えば、２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である、実施形態２４４～２９５のいずれかの製剤。
２９７．塩基性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、５０％を超えて増加せず、例えば、４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない、実施形態２４４～２９６のいずれかの製剤。
２９８．効力が、５℃、２５℃、又は４０℃で８週間の保存後に、例えば、生物活性アッセイにより決定したとき、２５％を超えて低下せず、例えば、２０％、１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない、実施形態２４４～２９７のいずれかの製剤。
２９９．製剤のオスモル濃度が、２００ｍＯｓｍ／Ｌ～４００ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ～２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ～３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は３２０ｍＯｓｍ／Ｌ～３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は４００ｍＯｓｍ／Ｌである、実施形態２４４～２９８のいずれかの製剤。
３００．実施形態２７４～２９９のいずれかの凍結乾燥製剤を含む容器。
３０１．バイアル、例えば、２０Ｒガラスバイアル又は２５Ｒガラスバイアルである、実施形態３００の容器。
３０２．栓及びキャップ（例えば、フリップオフアルミニウムキャップ）を更に含む、実施形態３００又は３０１のいずれかの容器。
３０３．癌の処置又は予防を必要としている対象の癌を処置し、又は予防する方法であって、対象に、実施形態２４４～２９９のいずれかの製剤を投与することを含む方法において、癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又は癌が、ＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、若しくはその両方の突然変異を含有する、方法。
３０４．癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、実施形態３０３の方法。
３０５．癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、実施形態３０４の方法。
３０６．黒色腫が、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、粘膜黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又はその転移性病変である、実施形態３０４の方法。
３０７．製剤が、１つ以上の追加の治療化合物との組合せで患者に投与される、実施形態３０３～３０６のいずれかの方法。
３０８．前記１つ以上の追加の治療化合物は、標準治療の化学療法薬、ＭＤＭ２インヒビタ、ＭＲＣ２インヒビタ、ＰＫＣインヒビタ、ＭＡＰＫインヒビタ、共刺激分子、又はチェックポイントインヒビタから選択される、実施形態３０３～３０７に記載の方法。
３０９．前記共刺激分子は、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、ＳＴＩＮＧ、又はＣＤ８３リガンドのアゴニストから選択される、実施形態３０８に記載の方法。
３１０．前記チェックポイントインヒビタは、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／又はＴＧＦＲベータのインヒビタから選択される、実施形態３０９に記載の方法。
３１１．癌の処置又は予防を必要としている対象の癌を処置し、又は予防する方法であって、対象に、実施形態２４４～２９９のいずれかの製剤を投与することを含む方法において、癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又は癌が、ＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、若しくはその両方の突然変異を含有する、方法における使用のための、実施形態２４４～２９９のいずれかの製剤。
３１２．癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性病変である、実施形態３１１の使用のための製剤。
３１３．癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、実施形態３１２の使用のための製剤。
３１４．黒色腫が、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、粘膜黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又はその転移性病変である、実施形態３１２の使用のための製剤。
３１５．製剤が、１つ以上の追加の治療化合物との組合せで患者に投与される、実施形態３１１～３１４のいずれかの使用のための製剤。
３１６．１つ以上の追加の治療化合物が、化学療法的標準治療、ＭＤＭ２インヒビタ、ＭＲＣ２インヒビタ、ＰＫＣインヒビタ、ＭＡＰＫインヒビタ、共刺激分子、又はチェックポイントインヒビタから選択される、実施形態３１１～３１５のいずれかの使用のための製剤。
３１７．共刺激分子が、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、ＳＴＩＮＧ、又はＣＤ８３リガンドのアゴニストから選択される、実施形態３１１～３１６のいずれかの使用のための製剤。
３１８．チェックポイントインヒビタが、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／又はＴＧＦＲβのインヒビタから選択される、実施形態３１１～３１７のいずれかの使用のための製剤。
３１９．ＰＭＥＬ１７を結合する抗体又はその抗原結合フラグメントが、
（ａ）配列番号１、４、５又は７の重鎖ＣＤＲ１（相補性決定領域１）、配列番号２、６又は８の重鎖ＣＤＲ２（相補性決定領域２）、及び配列番号３又は９の重鎖ＣＤＲ３（相補性決定領域３）を含む重鎖可変領域；及び配列番号１４、１７又は２０の軽鎖ＣＤＲ１（相補性決定領域１）、配列番号１５又は１８の軽鎖ＣＤＲ２（相補性決定領域２）、及び配列番号１６又は１９の軽鎖ＣＤＲ３（相補性決定領域３）を含む軽鎖可変領域；
（ｂ）配列番号３３、３６、３７又は３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４、３８又は４０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号３５又は４１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４６、４９又は５２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号４８又は５１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５、７、５７又は６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８、６１又は６２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号５９又は６３の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号６８、７１又は７４の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号６９又は７２の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号７０又は７３の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｄ）配列番号７９、８２、８３又は８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０、８４又は８６の重鎖ＣＤＲ２；配列番号８１又は８７の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号９２、９５又は９８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号９３又は９６の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号９４又は９７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｅ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１０５又は１１１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７又は１１８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｆ）配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１２５又は１３１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１３８又は１４１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｇ）配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１４７又は１４８の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１５５又は１５７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｈ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１６３又は１６４の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１６９又は１７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｉ）配列番号１７５、１７８、１７９又は１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６、１８０又は１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１７７又は１８３の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１８８又は１８９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｊ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１９４又は１９５の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２又は５０；及び配列番号２００又は２０１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｋ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２０８又は２１４の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２１９又は２２０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｌ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２２５又は２２６の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１又は２３２の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｍ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７又は２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域を含む重鎖可変領域；及び配列番号２４３、２４５又は２４７のＬＣＤＲ１、配列番号４７又は５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４又は２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｎ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２又は２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域を含む重鎖可変領域；及び配列番号１５３、１５６又は１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０又は１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８又は２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｏ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｐ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｑ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｒ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｓ）配列番号３３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｔ）配列番号３６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｕ）配列番号３７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号５１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｖ）配列番号３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号４０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号４１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｗ）配列番号５７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｘ）配列番号６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｙ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７１の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７３の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｚ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ａａ）配列番号７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂｂ）配列番号８２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃｃ）配列番号８３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９５の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｄｄ）配列番号８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｅｅ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｆｆ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｇｇ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｈｈ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１１１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１ 配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｉｉ）配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｊｊ）配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｋｋ）配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１４１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｌｌ）配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１３１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｍｍ）配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｎｎ）配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｏｏ）配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５７の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｐｐ）配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｑｑ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｒｒ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｓｓ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１７０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｔｔ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｕｕ）配列番号１７５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｖｖ）配列番号１７８の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｗｗ）配列番号１７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｘｘ）配列番号１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１８３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｙｙ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｚｚ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
（ａａａ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２０１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂｂｂ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃｃｃ）配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｄｄｄ）配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｅｅｅ）配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２２０の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｆｆｆ）配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｇｇｇ）配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｈｈｈ）配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｉｉｉ）配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３２の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｊｊｊ）配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２６の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｋｋｋ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｌｌｌ）配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｍｍｍ）配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４５のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｎｎｎ）配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；及び配列番号２４７のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｏｏｏ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｐｐｐ）配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｑｑｑ）配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５６のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；又は
（ｒｒｒ）配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；及び配列番号１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
を含む、実施形態２０２～２４３のいずれかの方法、実施形態２４４～２９９のいずれかの製剤、実施形態３００～３０２のいずれかの容器、実施形態３０３～３１０のいずれかの方法、又は実施形態３１１～３１８のいずれかの使用のための製剤。
３２０．ＰＭＥＬ１７を結合する抗体又はその抗原結合フラグメントが、
（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｃ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｄ）配列番号４２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号５３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｅ）配列番号６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｆ）配列番号８８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号９９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｇ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１１９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｈ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１４３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｉ）配列番号１４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｊ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１７１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｋ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１９０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｌ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｍ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｎ）配列番号２２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２３３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
（ｏ）配列番号２３９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２４８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；又は
（ｐ）配列番号２５４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２６０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、実施形態２０２～２４３又は３１９のいずれかの方法、実施形態２４４～２９９又は３１９のいずれかの製剤、実施形態３００～３０２又は３１９のいずれかの容器、実施形態３０３～３１０又は３１９のいずれかの方法、又は実施形態３１１～３１９のいずれかの使用のための製剤。
３２１．ＰＭＥＬ１７を結合する抗体又はその抗原結合フラグメントが、
（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｂ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｄ）配列番号４４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号７７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｆ）配列番号９０のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｇ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｈ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１４５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｉ）配列番号１５１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｊ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１７３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｋ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１９２のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｌ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２０４のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｍ）配列番号２１７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２２３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｎ）配列番号２２９のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｏ）配列番号２４１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２５０のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｐ）配列番号２５６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２６２のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｑ）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
（ｒ）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は
（ｓ）配列番号３１５のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖
を含む、実施形態２０２～２４３、３１９、又は３２０のいずれかの方法、実施形態２４４～２９９、３１９、又は３２０のいずれかの製剤、実施形態３００～３０２、３１９、又は３２０のいずれかの容器、実施形態３０３～３１０、３１９、又は３２０のいずれかの方法、又は実施形態３１１～３２０のいずれかの使用のための製剤。
３２２．抗体又はその抗原結合フラグメントが、１つ以上のシステイン置換を含む、実施形態２０２～２４３又は３１９～３２１のいずれかの方法、実施形態２４４～２９９又は３１９～３２１のいずれかの製剤、実施形態３００～３０２又は３１９～３２１のいずれかの容器、実施形態３０３～３１０又は３１９～３２１のいずれかの方法、又は実施形態３１１～３２１のいずれかの使用のための製剤。
３２３．抗体又はその抗原結合フラグメントが、抗体又はその抗原結合フラグメントの重鎖のＥ１５２Ｃ、Ｓ３７５Ｃ、又はＥ１５２Ｃ及びＳ３７５Ｃの両方から選択される１つ以上のシステイン置換を含み、位置が、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる、実施形態２０２～２４３又は３１９～３２２のいずれかの方法、実施形態２４４～２９９又は３１９～３２２のいずれかの製剤、実施形態３００～３０２又は３１９～３２２のいずれかの容器、実施形態３０３～３１０又は３１９～３２２のいずれかの方法、又は実施形態３１１～３２２のいずれかの使用のための製剤。
３２４．抗体が、モノクローナル抗体、単離抗体、合成抗体、又は操作された抗体である、実施形態２０２～２４３又は３１９～３２３のいずれかの方法、実施形態２４４～２９９又は３１９～３２３のいずれかの製剤、実施形態３００～３０２又は３１９～３２３のいずれかの容器、実施形態３０３～３１０又は３１９～３２３のいずれかの方法、又は実施形態３１１～３２３のいずれかの使用のための製剤。
３２５．抗体薬物結合体が、式（Ｃ）
Ａｂ－（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）ｙ （Ｃ）
（式中、
Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ（例えば、本明細書に記載のＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタ）であり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメント（例えば、本明細書に記載のヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメント）であり；
ＬＡは、リンカー（例えば、本明細書に記載のリンカー）であり；
ｎは、１、２、３又は４であり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を含む、実施形態２３７～２４３又は３１９～３２４のいずれかの方法、実施形態２４４～２９９又は３１９～３２４のいずれかの製剤、実施形態３００～３０２又は３１９～３２４のいずれかの容器、実施形態３０３～３１０又は３１９～３２４のいずれかの方法、又は実施形態３１１～３２４のいずれかの使用のための製剤。
３２６．前記ｎが１である、実施形態３２５の方法又は製剤。
３２７．前記ｙが２である、実施形態３２５又は３２６のいずれかの方法又は製剤。
３２８．前記リンカーが、開裂性リンカー又は非開裂性リンカーである、実施形態３２５～３２７のいずれかの方法又は製剤。
３２９．前記リンカーが、ＶａｌＣｉｔペプチドリンカーを含む、実施形態３２５～３２８のいずれかの方法又は製剤。
３３０．前記薬物部分が、ＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタである、実施形態３２５～３２９のいずれかの方法又は製剤。
３３１．Ｄが、
である、実施形態３２５～３３０のいずれかの方法又は製剤。
３３２．Ｄが、化合物（Ａ１）又は化合物２～１５のいずれかである、実施形態３２５～３３１のいずれかの方法又は製剤。
３３３．抗体薬物結合体が、以下の構造
を有する、実施形態３２５～３３１のいずれかの方法又は製剤。
３３４．抗体薬物結合体が、以下の式（Ｃ－２）：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、実施形態３２５～３３０のいずれかの方法又は製剤。
３３５．抗体薬物結合体が、以下の式（Ｃｂ－２）：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、メチルチオメチル、又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、実施形態３２５～３３０のいずれかの方法又は製剤。
３３６．抗体薬物結合体が、以下の式（Ｃｃ－２）：
（式中、
Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
Ｘ１は、二価結合基であり；
Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
ｙは、１、２、３又は４である）
を有する、実施形態３２５～３３０のいずれかの方法又は製剤。
３３７．癌を処置する方法であって、それを必要としている対象に、本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を、例えば、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で、例えば、２週間に１回静脈内投与することを含む方法において、任意選択でＡＤＣが、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含み；
ｙは、２である）
を有し；及び
癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
それによって癌を治療する、方法。
３３８．ＡＤＣが、２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、実施形態３３７の方法。
３３９．ＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、実施形態３３７の方法。
３４０．癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、実施形態３３７～３３９のいずれかの方法。
３４１．癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、実施形態３４０の方法。
３４２．黒色腫が、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、粘膜黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又はその転移性病変である、実施形態３４０の方法。
３４３．対象が、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある、実施形態３３７～３４２のいずれかの方法。
３４４．対象が、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない、実施形態３３７～３４２のいずれかの方法。
３４５．Ａｂが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、実施形態３３７～３４４のいずれかの方法。
３４６．Ａｂが、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、実施形態３３７～３４５のいずれかの方法。
３４７．重鎖が、Ａｓｎ３０６に位置するＮ－グリコシル化部位を含む、実施形態３４６の方法。
３４８．対象からのサンプルにおいて、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上の（例えば、２、３、４、５、又は６つの）バイオマーカーの発現を決定することを更に含む、実施形態３３７～３４７のいずれかの方法。
３４９．サンプルが、ＡＤＣの投与前、投与中及び／又は投与後に対象から入手される、実施形態３４８の方法。
３５０．サンプルが、腫瘍サンプル、腫瘍隣接組織サンプル、又は体液サンプル（例えば、血液、血清、髄液、又は尿）である、実施形態３４８又は３４９の方法。
３５１．対象の癌の処置用医薬品（ｍｅｄｉａｃａｍｅｎｔ）の製造における本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）の使用であって、任意選択でＡＤＣが、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含み；
ｙは、２である）
を有し；及び
癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、任意選択でＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で、例えば、２週間に１回、静脈内投与される、使用。
３５２．ＡＤＣが、２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、実施形態３５１の使用。
３５３．ＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、実施形態３５１の使用。
３５４．癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、実施形態３５１～３５３のいずれかの使用。
３５５．癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、実施形態３５４の使用。
３５６．黒色腫が、悪性黒色腫、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、粘膜黒色腫、又はその転移性病変である、実施形態３５４のいずれかの使用。
３５７．対象が、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある、実施形態３５１～３５６のいずれかの使用。
３５８．対象が、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない、実施形態３５１～３５６のいずれかの使用。
３５９．Ａｂが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、実施形態３５１～３５８のいずれかの使用。
３６０．Ａｂが、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、実施形態３５１～３５９のいずれかの使用。
３６１．重鎖が、Ａｓｎ３０６に位置するＮ－グリコシル化部位を含む、実施形態３６０の使用。
３６２．使用が、対象からのサンプルにおいて、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上の（例えば、２、３、４、５、又は６つの）バイオマーカーの発現を決定することを更に含む、実施形態３５１～３６１のいずれかの使用。
３６３．サンプルが、ＡＤＣの投与前、投与中及び／又は投与後に対象から入手される、実施形態３６２の使用。
３６４．サンプルが、腫瘍サンプル、腫瘍隣接組織サンプル、又は体液サンプル（例えば、血液、血清、髄液、又は尿）である、実施形態３６２又は３６３の使用。
３６５．対象の癌を処置する方法における使用のための本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）であって、任意選択でＡＤＣが、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含み；
ｙは、２である）
を有し；及び
癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、任意選択でＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で、例えば、２週間に１回、静脈内投与される、ＡＤＣ。
３６６．２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、実施形態３６５の使用のためのＡＤＣ。
３６７．１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、実施形態３６５の使用のためのＡＤＣ。
３６８．癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、実施形態３５５～３６７のいずれかの使用のためのＡＤＣ。
３６９．癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、実施形態３６８の使用のためのＡＤＣ。
３７０．黒色腫が、悪性黒色腫、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、粘膜黒色腫、又はその転移性病変である、実施形態３６８のいずれかの使用のためのＡＤＣ。
３７１．対象が、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある、実施形態３６５～３７０のいずれかの使用のためのＡＤＣ。
３７２．対象が、ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない、実施形態３６５～３７０のいずれかの使用のためのＡＤＣ。
３７３．Ａｂが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、実施形態３６５～３７２のいずれかの使用のためのＡＤＣ。
３７４．Ａｂが、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、実施形態３６５～３７３のいずれかの使用のためのＡＤＣ。
３７５．重鎖が、Ａｓｎ３０６に位置するＮ－グリコシル化部位を含む、実施形態３７４の使用のためのＡＤＣ。
３７６．使用が、対象からのサンプルにおいて、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上の（例えば、２、３、４、５、又は６つの）バイオマーカーの発現を決定することを更に含む、実施形態３６５～３７５のいずれかの使用のためのＡＤＣ。
３７７．サンプルが、ＡＤＣの投与前、投与中及び／又は投与後に対象から入手される、実施形態３７６の使用のためのＡＤＣ。
３７８．サンプルが、腫瘍サンプル、腫瘍隣接組織サンプル、又は体液サンプル（例えば、血液、血清、髄液、又は尿）である、実施形態３７６又は３７７の使用のためのＡＤＣ。
３７９．対象の癌に対する処置を評価する方法であって、対象からのサンプルにおいて、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上の（例えば、２、３、４、５、又は６つの）バイオマーカーの発現を決定することを含み、処置が、対象に、本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を、例えば、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で、例えば、２週間に１回、静脈内投与することを含み、任意選択でＡＤＣが、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含み；
ｙは、２である）
を有し；及び
癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
それによって対象の癌に対する治療を評価する方法。
３８０．対象の癌の進行を評価する方法であって、対象からのサンプルにおいて、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上の（例えば、２、３、４、５、又は６つの）バイオマーカーの発現を決定することを含み、対象が、本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を、例えば、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で、例えば、２週間に１回、静脈内に受けたことがあるか、それを受けているところであるか、又はそれを受けることになり、任意選択でＡＤＣが、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含み；
ｙは、２である）
を有し；及び
癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
それによって対象の癌の進行を評価する方法。
３８１．癌を有する対象に対する処置を選択する方法であって、対象からのサンプルにおいて、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上の（例えば、２、３、４、５、又は６つの）バイオマーカーの発現を決定することを含む方法において、処置が、対象に本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を、例えば、本明細書に記載の用量で（例えば、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で）、例えば、２週間に１回、静脈内投与することを含み、任意選択でＡＤＣが、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含み；
ｙは、２である）
を有し；及び
癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
それによって癌を有する対象に対する処置を選択する、方法。
３８２．癌に対する処置に対象を選択する方法であって、対象からのサンプルにおいて、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上の（例えば、２、３、４、５、又は６つの）バイオマーカーの発現を決定することを含む方法において、処置が、対象に本明細書に記載の抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を、例えば、本明細書に記載の用量で（例えば、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で）、例えば、２週間に１回、静脈内投与することを含み、任意選択でＡＤＣが、以下の構造：
（式中、
Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
（ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
（ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
（ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
を含み；
ｙは、２である）
を有し；及び
癌がＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
それによって癌の処置に対象を選択する、方法。
以下の例は、本開示の一部の実施形態を更に例示するために提供され、しかし本開示の範囲を限定する意図はない；その例示的性質により、当業者に公知の他の手順、方法論、又は技法が代わりに用いられてもよいことは理解されるであろう。
実施例１：クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）の遺伝子操作並びに化合物（Ａ１）の発酵産生及び単離
化合物（Ａ１）を産生するための代替的でスケール
調整可能な方法を同定するため、ゲノム配列データベースからの細菌ゲノム及びシーケンシング作業から生成されるゲノム配列に関するゲノムマイニング作業を開始した。カンディダトゥス・Ｂ．クレナタ（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｂ．ｃｒｅｎａｔａ）からの化合物（Ａ１）－ＢＧＣの翻訳されたアミノ酸配列を問い合わせ配列として使用した。翻訳されたアミノ酸配列中で相同性が極めて高い、且つタンパク質機能が同一の予測であるクラスターが、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０のゲノムに発見された。
化合物（Ａ１）の産生方法
クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０－化合物（Ａ１）の細菌産生株
株の起源
細菌株クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）、別名Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）は、ドイツ微生物及び細胞培養コレクションＤＳＭＺから入手した。
形態学的特徴
クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）は、グラム陰性桿菌の属である。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）は、ＡＢ寒天上で容易に成長し、２８℃で２日間インキュベートすると、ビオラセインの産生に起因して暗紫色の金属光沢を持つ特有の滑らかな低凸状コロニーを作る。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０のゲノムシーケンシング
細胞を１２ｍＬ ＬＢ中２００ｒｐｍで３０℃にて一晩成長させた。遠心後、上清を除去し、細胞ペレットを４．５ｍＬ ＳＥＴ緩衝液（２．４２ｇ／Ｌトリス－（ヒドロキシメチル）－アミノメタン、９．３１ｇ／Ｌ ＮａＥＤＴＡ、４．３８ｇ／Ｌ ＮａＣｌ）に再懸濁した。サンプルをガラスホモジナイザーを使用してホモジナイズし、５ｍＬフェノールを加えた。続いて、サンプルを２分間激しく振盪し、４℃にて１２０００×ｇで３０分間遠心した。上清を新しいチューブに移し替え、２回目のフェノール抽出を繰り返した。その後、５ｍＬクロロホルムを加え、サンプルを１分間激しく振盪した後、続いて４℃にて１２０００×ｇで３０分間遠心した。上相を新しいチューブに移し替えた。２回目のクロロホルム抽出ステップに続き、５μＬ／ｍＬ ＲＮＡアーゼＡを加え、サンプルを３７℃で９０分間インキュベートした。続いてサンプル容積の２倍に相当するイソプロパノールを加え、滑らかに混合した。ループ接種により、イソプロパノール混合物からゲノムＤＮＡを慎重に取り出し、５００μＬ ７０％エタノールが入ったエッペンドルフ試験管に移し替えた。１２０００×ｇで１０分間遠心した後、上清を廃棄し、５００μＬ ７０％エタノールに入れ替えた。２回目の洗浄ステップに続き、上清を再び廃棄し、ペレットを風乾させた後、それを５０μＬの１０ｍＭトリス－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）に溶解させた。
ＰａｃＢｉｏのＳｅｑｕｅｌシステムでＳＭＲＴ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅ，Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ（単一分子、リアルタイム））リンク バージョン：４．０．０．１９０１５９を使用してゲノムシーケンシングを実施した。バインディングキットとしてＳｅｑｕｅｌ（商標）バインディングキット２．０を適用し、Ｓｅｑｕｅｌ（商標）シーケンシングプレート２．０をシーケンシングキットプレートとして利用した。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ゲノムのデノボアセンブリを階層的ゲノムアセンブリ法ＨＧＡＰ バージョン４を用いて行った（Ｃｈｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ；１０（６）：５６３－９）。このアセンブリの結果、ゲノムサイズが５０９１６１４ｂｐ及び平均カバレッジが４３４．０の１つの閉じたコンティグが得られた。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ゲノムにおいてオープンリーディングフレームを同定するため、３つの遺伝子予測プログラムＣｒｉｔｉｃａ（Ｂａｄｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｅｖｏｌ １６（４）：５１２－２４）、Ｇｌｉｍｍｅｒ（Ｋｅｌｌｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ４０（１））及びＰｒｏｄｉｇａｌ（Ｈｙａｔｔ ｅｔ ａｌ．（２０１０）ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １１：１１９）を適用した。その後、ａｎｔｉＳＭＡＳＨ ５．０を使用して二次代謝産物生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に関してゲノムを分析した（Ｂｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２；４７（Ｗ１）：Ｗ８１－Ｗ８７）。
ゲノムマイニングによるＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０における化合物（Ａ１）－ＢＧＣの同定
Ｂ．クレナタ（Ｂ．ｃｒｅｎａｔａ）からの化合物（Ａ１）－ＢＧＣの翻訳されたアミノ酸配列を、配列データベースからの細菌ゲノム及びＰａｃＢｉｏシーケンシング技術で実施したシーケンシング作業からの細菌ゲノムに関するゲノムマイニング作業における問い合わせ配列として使用した。翻訳されたアミノ酸配列中で相同性が極めて高い、且つタンパク質機能が同一の予測であるクラスターが、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のシーケンシングされたゲノムに発見された。この例で生成された配列は、高度な同一性のある一続きの反復配列に関してＰａｃＢｉｏシーケンシングが有利であることを実証している。追加的な大型のＮＲＰＳ及び幾つかの転移因子をコードする上流及び下流領域を含め、完全な化合物（Ａ１）－ＢＧＣを同定することができた（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９）。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）（７６９７４ｂｐ）における化合物（Ａ１）（ｆｒｓＡ～Ｈ）及び化合物Ｊ（ｄｉｓ１～４）のＢＧＣを含有する転移因子上の遺伝子構成を図１に示す。化合物（Ａ１）－ＢＧＣとＮＲＰＳ Ａとを含有するゲノム領域の構成を表３に更に示す。
培養条件
使用した培養培地の容積に対する振盪フラスコの総容積の比は、４～５の間であった。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の－８０℃アンプルを解凍し、２５ｍＬ ＬＢ（表４）培地への前培養物の接種に使用した。前培養物は、２００ｒｐｍで５０ｍｍ振幅としたオービタルシェーカー上にて２８℃で１２～１６時間培養した。２５ｍＬ ＬＢ培地中の本培養物に１％の前培養物を接種し、２００ｒｐｍで５０ｍｍ振幅としたオービタルシェーカー上にて２４℃で７２時間インキュベートした。培養は全て、トリプリケートで実施した。回収に伴い、培養ブロスを凍結し、少なくとも２４時間は－２０℃に保った。
分析的方法
ＨＰＬＣ－ＵＶ－ＭＳ分析用のサンプル調製
５ｍＬの凍結融解した培養ブロスを１５ｍＬコニカル遠心管に移し替え、５ｍＬアセトニトリルと共に徹底的に混合した。この混合物に２ｇの硫酸マグネシウム及び０．５ｇの酢酸ナトリウムを加え、激しく振盪した。この混合物を４．０００ｒｐｍで１０分間遠心することにより、相分離を得た。４ｍＬの有機層を試験管に移し替え、真空下で溶媒を除去した。得られた残渣を４００μＬのＤＭＳＯに溶解させて、室温で１０分間振盪した。４．０００ｒｐｍで１０分間遠心した後、溶液のアリコートをＨＰＬＣバイアルに移し替えた。これによってサンプルは１０倍濃縮される。
サンプル分析
ＢＥＨ Ｃ１８カラム（１．７μＭ、２．１×１００ｍｍカラム＋２．１×１０ｍｍプレカラム；Ｗａｔｅｒｓ ＡＧ）を使用してサンプルを分析した。流速は０．９ｍＬ／分であった。カラムオーブンは６０℃に設定した。溶媒組成及びグラジエントを表６に提供する。２２０ｎｍの波長の吸収を主要なリードアウトとして使用した。ＭＳ及びＣＡＤシグナルを同時に記録した。
Ａ１の定量化をＵＶにより、外部標準で生成した検量線（２２０ｎｍでのＵＶピーク面積に基づく）を使用して実施した（１０、５０、１００、２００、４００μｇ／ｍＬ化合物（Ａ１））。サンプル及び標準の両方とも、注入量は１μＬであった。
ゲノム組込みによるＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体の生成
以下の節は、安定ゲノム組込みによって生成されるＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の突然変異体の生成について記載する。例示的Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）突然変異体を表７に示す。例示的プロモータ配列を表８に示す。プロモータ交換に用いる挿入戦略のスキームを図２に示す。
遺伝子構築物の生成
いずれかのビオラセイン、ｒｂｓ又はｎｐｔＩＩプロモータ及びＡ１生合成遺伝子ｆｒｓＡの最初の１２００ｂｐを含有する合成ＤＮＡをＧｅｎｅｗｉｚに注文し、ｐＵＣ５７骨格にクローニングしたものが届いた。全てのプラスミドｐＵＣ５７プロモータプラスミドを大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＸＬ１ Ｂｌｕｅに形質転換し、５０μｇ／ｍＬカナマイシンを含有するＬＢ寒天（表５）に播いた。プレートを３７℃で一晩インキュベートし、翌日、５０μｇ／ｍＬカナマイシンを含有する５０ｍＬ ＬＢ培地（表４）にループを接種し、３７℃及び２００ｒｐｍで一晩インキュベートした。Ｑｉａｇｅｎ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｐｌｕｓミディキットを使用して、３つ全てのｐＵＣ５７プロモータプラスミドのミディプレップを実施した。ｐＵＣ５７プロモータプラスミドをＮｏｔＩ及びＸｂａＩで消化して、それぞれのプロモータ－ｆｒｓＡフラグメントを切り出した。続いて、内部結合ベクターである予めＮｏｔＩ及びＸｂａＩ消化したｐＡｐｒａプラスミドに、精製したそれぞれのプロモータ－ｆｒｓＡフラグメント（Ｍａｃｈｅｒｅｙ ＮａｇｅｌからのＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎゲル及びＰＣＲクリーンアップキット）をＲｏｃｈｅからのＲａｐｉｄ ＤＮＡライゲーションキットを使用してクローニングした。このライゲーション混合物を大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＸＬ１ Ｂｌｕｅ細胞に形質転換し、１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含有するＬＢ寒天に播いた。単一クローンが現れるまでプレートを３７℃で一晩インキュベートした。１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含有するＬＢ培地で単一クローンを３７℃で一晩培養した。翌日、ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ ｐｌａｓｍｉｄ Ｅａｓｙ Ｐｕｒｅキット（Ｍａｃｈｅｒｅｙ Ｎａｇｅｌ）を使用してプラスミドを単離し、ｐＡｐｒａ－プロモータ－ｆｒｓＡ構築物をシーケンシング又は制限消化により確かめた。Ｊ２３１１９、Ｐｌｐｐ、ＰＳ１２ｂｕｒｋ、又はＥｒｍＥ＊プロモータを含有するプロモータ構築物については、プロモータ配列並びにｆｒｓＡの最初の１２００ｂｐは、Ｇｅｎｅｗｉｚ又はＧｅｎｓｃｒｉｐｔのいずれかによって合成的に生成され、それぞれの合成会社によってｐＡｐｒａ骨格に直接挿入された。ビオラセイン－ＢＧＣにおけるｖｉｏＢ遺伝子の不活性化については、人工の終止コドンを含有する１００４ｂｐ長の合成挿入物をＧｅｎｅｗｉｚに注文し、これはプラスミドｐＡｐｒａにクローニングされた。ｐＡｐｒａ＿ｖｉｏＢ＿ＫＯのミディプレップは、Ｑｉａｇｅｎ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｐｌｕｓミディキットを使用して生成した。ｐＰｈｏｔｏ＿ｖｉｏＢ＿ＫＯは、ｐＡｐｒａ＿ｖｉｏＢ＿ＫＯのＸｂａＩ及びＮｄｅＩ消化と、続くＸｂａＩ及びＮｄｅＩで予め切り出されたｐＰｈｏｔｏ骨格（内部ベクター骨格）への精製した挿入物のライゲーションによって生成した。このライゲーション混合物を大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＸＬ１ Ｂｌｕｅ細胞に形質転換し、５０μｇ／ｍＬクロラムフェニコールを含有するＬＢ寒天に播いた。単一クローンが現れるまでプレートを３７℃で一晩インキュベートした。５０μｇ／ｍＬクロラムフェニコールを含有するＬＢ培地で単一クローンを３７℃で一晩培養した。翌日、ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ ｐｌａｓｍｉｄ Ｅａｓｙ Ｐｕｒｅキット（Ｍａｃｈｅｒｅｙ Ｎａｇｅｌ）を使用してプラスミドを単離し、ＸｂａＩ及びＮｄｅＩでの対照消化により確かめた。化合物Ｊ－ＢＧＣの破壊については、人工の終止コドンを持つ１０５３ｂｐ長合成挿入物を注文し、ＧｅｎｅｗｉｚによってプラスミドｐＵＣ５７にクローニングされた。プラスミドｐＵＣ５７－ＫＯ＿ｄｉｓを大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＸＬ１ Ｂｌｕｅに形質転換し、５０μｇ／ｍＬカナマイシンを含有するＬＢ寒天に播いた。プレートを３７℃で一晩インキュベートし、翌日、５０μｇ／ｍＬカナマイシンを含有する５０ｍＬ ＬＢ培地にループを接種し、３７℃及び２００ｒｐｍで一晩インキュベートした。ｐＵＣ５７－ＫＯ＿ｄｉｓのミディプレップは、Ｑｉａｇｅｎ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｐｌｕｓミディキットを使用して生成した。ｐＵＣ５７－ＫＯ＿ｄｉｓをＸｂａＩ及びＥｃｏＲＶで消化してＫＯ＿ｄｉｓフラグメントを得た。続いて、精製したＫＯ＿ｄｉｓフラグメント（ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎゲル及びＭａｃｈｅｒｅｙ ＮａｇｅｌからのＰＣＲクリーンアップキット）を、ＥｃｏＲＶ及びＸｂａＩで予め消化したｐＡｐｒａプラスミドに、ＲｏｃｈｅからのＲａｐｉｄ ＤＮＡライゲーションキットを使用してクローニングした。ライゲーション混合物を大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＸＬ１ Ｂｌｕｅ細胞に形質転換し、１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含有するＬＢ寒天に播いた。単一クローンが現れるまでプレートを３７℃で一晩インキュベートした。１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含有するＬＢ培地で単一クローンを３７℃で一晩培養した。ＸｂａＩ及びＥｃｏＲＶを使用した制限消化により、正しいクローンの確認を行った。
エレクトロコンピテント大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＳＴ１８の調製
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＳＴ１８のループを使用して、５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸（栄養要求性突然変異体の成長に絶対に必要な補足）を補足した１０ｍＬのＬＢ培地を接種し、培養物のインキュベーションを３７℃２００ｒｐｍで一晩行った。翌日、２ｍＬの一晩培養物を使用して、５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸を補足した２５０ｍＬのＬＢ培地を接種し、ＯＤ６００が０．４～０．６になるまで３７℃２００ｒｐｍでインキュベートした。培養物を氷水浴に速やかに１５～３０分間移し、時折かき混ぜて安定した冷却を確実にした。次に培養物を氷冷５０ｍＬチューブに移し、細胞を２５００ｇ及び４℃で１５分間遠心し、５０ｍＬの氷冷滅菌再蒸留水に再懸濁した。洗浄ステップを２回目に繰り返した後、各ペレットを２５ｍＬの氷冷滅菌再蒸留水に再懸濁した。洗浄ステップを３回目に繰り返した後、各ペレットを１０ｍＬの氷冷滅菌１０％グリセロールに再懸濁し、チューブをプールした。細胞を２５００ｇ及び４℃で１５分間遠心し、５００μＬの氷冷滅菌１０％グリセロールに穏やかにかき混ぜることによって再懸濁し、５０μＬのアリコートを調製して－８０℃に保存した。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＳＴ１８との結合
エレクトロコンピテント大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＳＴ１８を、ｐＡｐｒａ－ｖｉｏＰ－ｆｒｓＡ、ｐＡｐｒａ－ｎｐｔＩＩ－ｆｒｓＡ、ｐＡｐｒａ－ｒｂｓ－ｆｒｓＡ、ｐＡｐｒａ－ｖｉｏＢ－ＫＯ及びｐＡｐｒａ－ｄｉｓ－ＫＯで形質転換した。電気穿孔条件：１．５ｋＶ、２００Ω及び２５μＦ、０．１ｃｍ電気穿孔キュベット内。５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸を含有するＬＢ培地における回収を３７℃で１時間行った。その後、５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸及び１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含有するＬＢ寒天上に細胞を播き、３７℃で一晩インキュベートした。対応する構築物を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＳＴ１８のループを使用して、５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸及び１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを補足した２ｍＬ ＬＢ培地を接種した。インキュベーションを３７℃で２００ｒｐｍで一晩行った。並行して、２ｍＬ ＬＢ培地にＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）を接種し、２８℃及び２００ｒｐｍで一晩インキュベートした。翌日、５－アミノレブリン酸及び１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含む２５ｍＬのＬＢ培地に５００μＬの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）一晩培養物を接種し、ＯＤ６００が０．６～０．８になるまで３７℃及び２００ｒｐｍで培養した。同時に、２５ｍＬのＬＢ培地に５００μＬのＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）一晩培養物を接種し、ＯＤ６００が０．６～０．８になるまで２８℃及び２００ｒｐｍで培養した。細胞を１０００ｇで１０分間遠心し、１０ｍＬ ＬＢ培地に再懸濁した。洗浄ステップを２回目に繰り返した後、各ペレットを１ｍＬ ＬＢ培地に再懸濁した。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）及びＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）を１：３の比で混合し、５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸を含有するＬＢ寒天プレートにスポッティングした。３７℃で２時間の初期インキュベーションの後、プレートを２８℃に移し替え、一晩インキュベートした。翌日、スポットを１ｍＬ ＬＢ培地に再懸濁した。１：１００希釈物を作成し、１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含有するＬＢ寒天プレートに２００μＬの希釈したサンプル並びに無希釈のサンプルを広げた。単一クローンが現れるまでプレートを２８℃でインキュベートした（１～２日）。
接合完了体（ｅｘｃｏｎｊｕｇａｎｔ）の遺伝子型及び表現型の確認
１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを補足したＬＢ寒天プレートに単一の接合完了体をストリークし、２８℃で一晩インキュベートした。それぞれのプロモータ構築物が正しく組み込まれたことをＰＣＲにより確認した。この目的で、少量の細胞塊を１０μｌの水中に移し替えた。サンプルを９５℃で１０分間沸騰させて、対応する確認用プライマーを含むＰＣＲホットスタートマスターミックス反応液に２μＬを適用した（表９）。正しい接合完了体は、適切なサイズのバンドを示し、一方、野生型及び偽陽性クローンはＰＣＲ産物を示さなかった。例えば、正しい接合完了体は、確認用プライマーｖｉｏＰｃｏｎｔｆｗｄ又はｎｐｔＩＩＫＯｎｔｆｗｄ及びＰｒｏｍｏＫＯｎｔｒｅｖでｖｉｏＰ組込みについて１６３８ｂｐ及びｎｐｔＩＩ組込みについて１４８２ｂｐにバンドを示した。ｒｂｓプロモータの組込みは、プライマーＡｐｒａｆｗｄ及びＡｐｒａｒｅｖを使用したアプラマイシン耐性カセットの増幅により確かめた。ｖｉｏＢのノックアウト並びに化合物Ｊ－ＢＧＣの破壊もまたＰＣＲにより確かめた。正しいｖｉｏＢ ＫＯ突然変異体については、プライマーｖｉｏＢＫＯｆｗｄ及びｐＡｐｒａＫＯｎｔｒｅｖについて１２８７ｂｐ及びプライマーｐＡｐｒａＫＯｎｔｆｗｄ及びｖｉｏＢＫＯｒｅｖについて１１２６ｂｐのＰＣＲバンドが得られた。正しいｄｉｓ ＫＯ突然変異体については、プライマーＡｐｒａｆｗｄ及びＡｐｒａｒｅｖによって５６０ｂｐのＰＣＲ産物が生じた。正しい遺伝子型を示す接合完了体を、１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含有する３ｍＬ ＬＢ培地に接種し、培養を２８℃及び２００ｒｐｍで一晩行った。クライオバイアル（ｃｙｒｏｖｉａｌ）の調製のため、１ｍＬの一晩培養物を０．５ｍＬ ６０％グリセロールと混合し、－８０℃で保存した。表現型対照については、２５ｍＬのＬＢに一晩培養物の１％を接種し、２００ｒｐｍ及び２４℃で４８時間培養した。回収次第、培養ブロスを１：１比のメタノールで抽出した。１０００ｒｐｍで３０分間振盪した後、サンプルを１１０００ｇで２分間遠心し、１５０μＬの上清をＨＰＬＣ－ＭＳにより分析して化合物（Ａ１）の力価を分析した。
二重突然変異体ｖｉｏ Ｂ ＫＯ＋ｄｉｓ ＫＯの生成
第１のステップでは、ｐＰｈｏｔｏ＿ｖｉｏＢ＿ＫＯを上記に記載のとおりＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）に結合させて、５０μｇ／ｍＬクロラムフェニコールを含有するＬＢ寒天上で選択した。正しい接合完了体をプライマーｖｉｏＢＫＯｆｗｄ及びｐＰｈｏｔｏ＿ＫＯｎｔｒｅｖを使用したＰＣＲにより確認すると、１３５１ｂｐ ＰＣＲ産物が得られた。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＢ ＫＯを使用して５０μｇ／ｍＬクロラムフェニコールを含む２ｍＬ ＬＢ培地を接種し、２８℃及び２００ｒｐｍで一晩インキュベートした。並行してｐＡｐｒａ＿ＫＯ＿ｄｉｓを含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＳＴ１８のループを使用して、５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸及び１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを補足した２ｍＬ ＬＢ培地を接種した。翌日、５－アミノレブリン酸及び１００μｇ／ｍＬアプラマイシンを含む２５ｍＬのＬＢ培地に５００μＬの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）一晩培養物を接種し、ＯＤ６００が０．６～０．８になるまで３７℃及び２００ｒｐｍで培養した。同時に、５０μｇ／ｍＬクロラムフェニコールを含む２５ｍＬのＬＢ培地に５００μＬのＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）一晩培養物を接種し、ＯＤ６００が０．６～０．８になるまで２８℃及び２００ｒｐｍで培養した。細胞を１０００ｇで１０分間遠心し、１０ｍＬ ＬＢ培地に再懸濁した。洗浄ステップを２回目に繰り返した後、各ペレットを１ｍＬ ＬＢ培地に再懸濁した。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）及びＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）を１：３の比で混合し、５０μｇ／ｍＬ ５－アミノレブリン酸を含有するＬＢ寒天プレートにスポッティングした。３７℃で２時間の初期インキュベーション後、プレートを２８℃に移し替え、一晩インキュベートした。翌日、スポットを１ｍＬ ＬＢ培地に再懸濁した。１：１００希釈物を作成し、１００μｇ／ｍＬアプラマイシン及び５０μｇ／ｍＬクロラムフェニコールを含有するＬＢ寒天プレートに２００μＬの希釈したサンプル並びに無希釈のサンプルを広げた。単一クローンが現れるまでプレートを２８℃でインキュベートした（１～２日）。上記に記載されるとおりのプライマーｐＡｐｒａｆｗｄ及びｐＡｐｒａｒｅｖを使用したＰＣＲにより、二重突然変異体を確認した。
突然変異体の確認に使用したプライマーを表９に示す。プロモータ交換のための相同なｆｒｓＡフラグメントの配列を表１０に示す。
結果
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）によるＡ１の産生の確認
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の培養と、続く抽出及びＨＰＬＣ－ＨＲＭＳ分析により、化合物（Ａ１）の産生が確認された。培養ブロスから化合物（Ａ１）を単離し、１Ｄ－及び２Ｄ－ＮＭＲ実験によって徹底的に特徴付けた。シグナル及び観察された相関は全て、文献に報告されるもの（Ｒｅｈｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ Ｎａｔ Ｐｒｏｄ．；８１（７）：１６２８－１６３５）並びに過去にマンリョウ（Ａｒｄｉｓｉａ ｃｒｅｎａｔａ）の葉から単離された参照材料と極めて良好に一致している。
プロモータ挿入突然変異体
化合物（Ａ１）の力価を高めるため、化合物（Ａ１）－ＢＧＣの上流にある天然プロモータを異なるプロモータに置き換えた。このクラスターは単一のオペロンからなり、その転写は単一のプロモータによってドライブされるものと見られるため、この戦略は有望であった。これに関連して、幾つかの異なるプロモータ（ＥｒｍＥ＊、Ｊ２３１１９、ｎｐｔＩＩ、ｐｌｐｐ、ＰＳ１２ｂｕｒｋ、ｒｂｓ、及びｖｉｏＰ）を調べた。ｖｉｏＰを除いて、これらは全て構成的プロモータである。リボソームプロモータｒｂｓ（Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のゲノム配列から抽出された配列）、及びプロモータｎｐｔＩＩ（ネオマイシン耐性カセットからのもの）は、構成的プロモータである。プロモータｖｉｏＰは、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のビオラセイン－ＢＧＣから抽出された。このプロモータは、Ｍｏｒｏｈｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｂｉｏｓｃｉｅ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．；７４（１０），２１１６－２１１９）により記載されるとおり、クオラムセンシングに関与するＮ－アシルホモセリンラクトン類（Ｎ－ＡＨＬ）を介して調節される。これらのプロモータ挿入が化合物（Ａ１）の力価に及ぼす影響について、遺伝的に確認された突然変異体をトリプリケートで培養することにより分析した。
ｒｂｓ、ｎｐｔＩＩ、及びＰＳ１２ｂｕｒｋ突然変異体のＡ１力価は野生型を下回った一方、ｖｉｏＰ、ＥｒｍＥ＊、ｐｌｐｐ、及びＪ２３１１９プロモータの挿入は、それぞれ、化合物（Ａ１）の力価の４倍を超える増加につながった（表１１）。
ビオラセイン破壊突然変異体
化合物（Ａ１）及びその類似体に加えて、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）は、ほとんどのクロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉａ）に共通する、この属名の由来とも言ってよい、ビスインドール構造の紫色の色素であるビオラセイン及びデゾキシビオラセインを産生する。その生合成は解明されており、それぞれのＢＧＣが、Ａｕｇｕｓｔ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．；２（４）：５１３－５１９）により発表されている。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）によるビオラセイン産生量の多さは、抽出及び精製過程で、蒸発のたびに難溶性残渣が形成されるため厄介であった。化合物（Ａ１）の精製を容易にするため、遺伝子ｖｉｏＢのノックアウトを実施した。
得られた突然変異体は、紫色を呈しないことにより明らかに、ビオラセイン産生を欠いていた。化合物（Ａ１）の力価及びその単離収率は、野生型株と同等であった。
化合物Ｊ破壊突然変異体
加えて、新規環状リポデプシペプチドクラスのビオラセインが、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の培養抽出物に発見された。単離及び構造解析（下記参照）により、いずれも配列Ｎ－アシル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３１８）の６アミノ酸で構成されている２つの環状リポデプシペプチド並びに２つの線状リポデプシペプチドが明らかになった。環状化合物は、１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間に形成されるヘキサペプチドラクトン環を特徴とする。
これらの化合物は、化合物（Ａ１）の精製過程で問題を引き起こすものであった。分取ＨＰＬＣによる化合物（Ａ１）の精製のための濃縮画分の調製時、これらのリポペプチドの存在に起因して、極めて高い粘度（ほぼゲル様）の溶液が得られた。これによってサンプル注入が妨げられ、更なる希釈が必要となった。そのため、１回のラン当たりの化合物（Ａ１）の処理量が制限された。
化合物Ｊの形成に関与するｄｉｓ－ＢＧＣの不活性化突然変異体を生成した。この突然変異体は、このクラスの全てのメンバーの産生を欠いていることが示された（図３）。
この突然変異体は、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）野生型と同等の化合物（Ａ１）力価を生じた。この突然変異体の培養抽出物からの化合物（Ａ１）の精製は、野生型株の抽出物と比較して、単離収率の改善を呈した（６８％対４０％）。
二重突然変異体
化学的バックグラウンドの複雑性を更に一層低減するため、化合物Ｊ及びビオラセイン－ＢＧＣの両方の二重突然変異体を生成した。この二重突然変異体では、両方の二次代謝産物クラスの産生が消失した。化合物（Ａ１）の力価は、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）野生型と同等であった。化合物（Ａ１）の単離収率は、化合物Ｊ破壊突然変異体について得られるものと同等であった。
化合物Ｊの構造解析
化合物Ｊは、配列Ｎ－（Ｚ）－デカ－３－エノイル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３２１）の環状リポデプシペプチドである。１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間にヘキサペプチドラクトン環が形成される。
ＨＲ－ＭＳ及びＨＲ－ＭＳ／ＭＳ
ＭＳ及びＭＳ／ＭＳスペクトルは、Ｂｒｕｋｅｒ ＤａｌｔｏｎｉｃｓのｍａＸｉｓ ４Ｇ ＱＴＯＦ質量分析計においてポジティブイオン化モードで記録している。スペクトルの右上に、フラグメンテーションエネルギーを提供する。化合物Ｊは、非晶質の白色の粉末として精製された。ＨＲ－ＥＳＩＭＳデータによれば、ＲＤＢＥ＝１２でＣ４０Ｈ６６Ｎ８Ｏ８の分子式が指示された。
ＮＭＲ
化合物Ｊの１Ｈ－及び１３Ｃ－ＮＭＲスペクトルは、ＤＭＳＯ－ｄ６中６００ＭＨｚで記録している。化合物Ｊの１Ｈ ＮＭＲスペクトルの分析、並びにＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルによれば、６つのアミド水素（δＨ ７．１９、７．８２、７．８８、７．９６、８．０８、８．４３）、２つのオレフィンメチン水素（δＨ ５．４７、５．４８）、及び２つの芳香族水素（δＨ ６．８５、７．５４）の存在が指示された。更には、δＨ ３．９～４．５に６つのα－アミノメチン水素シグナルが検出されたことから（３．９５、２回４．１７、４．２４、４．３３、４．４８）、化合物Ｊがその構造に６アミノ酸単位を含有したことが示唆される。１３Ｃ ＮＭＲスペクトルには、７つのカルボニル炭素原子に対応するシグナルが観察されたとともに（δＣ １６８．７、１７０．６、１７０．９、１７１．０、１７１．４、１７１．６、１７２．５）、５つのｓｐ２炭素原子も観察されており（δＣ １１８．０、１２２．７、１２９．２、１３２．０、１３４．９）、これらは合わせて化合物Ｊの１２個の二重結合等価物のうち１０個を説明する。これは、化合物Ｊが二環状化合物であることを指示している。更に、１個の酸素結合炭素原子（δＣ ６２．６）及びアミノ酸のα位にある６個の炭素原子（δＣ ５１．３、５２．３、５４．３、５７．２、５７．９、５８．３）に対応する炭素シグナルが検出された。全ての１結合１Ｈ－１３Ｃ相関を、１Ｈ及び１３Ｃ ＮＭＲ分光学的データと共にＨＳＱＣ ＮＭＲスペクトルの解釈によって割り当てた（表１２、図４）。
化合物Ｊの化学構造及び原子番号を以下に示す。
ＣＯＳＹ及びＨＭＢＣ ＮＭＲデータのコンビナトリアル分析（図５）により、化合物Ｊが４つの共通のアミノ酸（ヒスチジン、ロイシン、セリン、バリン）を持つことが明らかになった。更に、これにより、デカ－３－エノイル単位の存在が同定された。６－Ｃ（δＣ ２７．１）の炭素シフトを、１２－ＣＨ２（δＨ ２．９６、３．０６）と６－ＣＨ２（δＨ ２．００）との間に観察されたＲＯＥＳＹ相関と組み合わせると、二重結合の幾何学的配置はＺと同定された。
続いてアミノ酸単位間の結び付きを３結合１Ｈ－１３Ｃカップリングを通じて解明した（図５）。１８－ＣＨ（δＨ ４．１７）／Ｃ－１４（δＣ １６８．７），２５－ＣＨ（δＨ ４．３３）／Ｃ－１９（δＣ １７１．０），３１－ＣＨ（δＨ ３．９５）／Ｃ－２６（δＣ １７１．６），３８－ＣＨ（δＨ ４．２４）／Ｃ－３３（δＣ １７０．９），４３－ＣＨ（δＨ ４．１７）／Ｃ－３９（δＣ １７２．５）。１６－ＣＨ２（δＨ ４．１８、４．３８）／Ｃ－４４（δＣ １７０．６）のカップリングにより、大環状構造が確立された。この配列を更にクロスチェックし、アミド水素とアミノ酸単位のα－水素との間のＲＯＥＳＹ相関によって確認した。
１３－ＣＨ（δＨ ４．４８）のＣ－２（δＣ １７１．４）とのＨＭＢＣ相関及び１－ＮＨ（δＨ ８．０８）と１２－ＣＨ２（δＨ ２．９６及び３．０６）との間のＲＯＥＳＹ相関により、（Ｚ）－デカ－３－エン酸単位が１－ＮＨに結び付いていることが分かった。
化合物Ｊの鍵となる相関を以下に示す。
化合物Ｆ５の構造解析
化合物Ｆ５は、配列Ｎ－（Ｚ）－デカ－３－エノイル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３２１）の線状リポペプチドである。化合物Ｊと比較して、１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間のラクトンが加水分解されている。
ＨＲ－ＭＳ及びＨＲ－ＭＳ／ＭＳ
ＭＳ及びＭＳ／ＭＳスペクトルは、Ｂｒｕｋｅｒ ＤａｌｔｏｎｉｃｓのｍａＸｉｓ ４Ｇ ＱＴＯＦ質量分析計においてポジティブイオン化モードで記録している。スペクトルの右上に、フラグメンテーションエネルギーを提供する。化合物Ｆ５は、非晶質の白色の粉末として精製された。ＨＲ－ＥＳＩＭＳデータによれば、ＲＤＢＥ＝１１でＣ４０Ｈ６８Ｎ８Ｏ９の分子式が指示された。
ＮＭＲ
化合物Ｆ５の１Ｈ－及び１３Ｃ－ＮＭＲスペクトルは、ＤＭＳＯ－ｄ６中６００ＭＨｚで記録している。化合物Ｆ５及び化合物ＪのＮＭＲデータは類似していた（表１３）。最も大きな違いは、ＨＭＢＣにおいて１３－ＣＨ２の４１－Ｃとの相関の欠落（図５）及び化合物Ｊについての１６－ＣＨ２（δＨ ４．１８及び４．３８）と比較した１３－ＣＨ２（δＨ ３．４９及び３．５５）のシフトの差であった。これらの観察を、１１という観察された不飽和数とを組み合わせると、化合物Ｆ５は線状リポペプチドであることが指示された。
化合物Ｆ５の化学構造及び原子番号のナンバリングを以下に示す。
化合物Ｆ５の鍵となる相関を以下に示す。
化合物Ｆ３の構造解析
化合物Ｆ３は、配列Ｎ－オクタノイル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３２２）の環状リポデプシペプチドである。１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間にヘキサペプチドラクトン環が形成される。
ＨＲ－ＭＳ及びＨＲ－ＭＳ／ＭＳ
ＭＳ及びＭＳ／ＭＳスペクトルは、Ｂｒｕｋｅｒ ＤａｌｔｏｎｉｃｓのｍａＸｉｓ ４Ｇ ＱＴＯＦ質量分析計においてポジティブイオン化モードで記録している。スペクトルの右上に、フラグメンテーションエネルギーを提供する。化合物Ｆ３は、非晶質の白色の粉末として精製された。ＨＲ－ＥＳＩＭＳデータによれば、ＲＤＢＥ＝１１でＣ３８Ｈ６４Ｎ８Ｏ８の分子式が指示された。
ＮＭＲ
化合物Ｆ３の１Ｈ－及び１３Ｃ－ＮＭＲスペクトルは、ＤＭＳＯ－ｄ６中６００ＭＨｚで記録している。化合物Ｆ３及び化合物ＪのＮＭＲデータは類似していた（表１４；図６）。化合物Ｆ３についての１１という不飽和数及び化合物Ｊと比較して無くなっている２つのオレフィンメチン水素（δＨ ５．４７、５．４８）により、化合物Ｆ３ではデセノイル側鎖の代わりにオクタニルであることが明らかになった。ＨＭＢＣにおいて１３－ＣＨ２から４１－Ｃへの観察されたＨＭＢＣ相関を、１１という観察された不飽和数と組み合わせると、化合物Ｆ３は環状リポデプシペプチドであることが指示された。
化合物Ｆ３の化学構造及び原子番号のナンバリングを以下に示す。
化合物Ｄの構造解析
化合物Ｄは、配列Ｎ－オクタニル－１Ｓｅｒ－２Ｖａｌ－３Ｈｉｓ－４Ｖａｌ－５Ｌｅｕ－６Ｖａｌ（配列番号３２３）の線状リポペプチドである。化合物Ｆ３と比較して１Ｓｅｒヒドロキシル基と６ＶａｌのＣ末端カルボキシル基との間のラクトンが加水分解されている。
ＨＲ－ＭＳ及びＨＲ－ＭＳ／ＭＳ
ＭＳ及びＭＳ／ＭＳスペクトルは、Ｂｒｕｋｅｒ ＤａｌｔｏｎｉｃｓのｍａＸｉｓ ４Ｇ ＱＴＯＦ質量分析計においてポジティブイオン化モードで記録している。スペクトルの右上に、フラグメンテーションエネルギーを提供する。化合物Ｄは、非晶質の白色の粉末として精製された。ＨＲ－ＥＳＩＭＳデータによれば、ＲＤＢＥ＝１０でＣ３８Ｈ６６Ｎ８Ｏ９の分子式が指示された。
ＮＭＲ
化合物Ｄの１Ｈ－及び１３Ｃ－ＮＭＲスペクトルは、ＤＭＳＯ－ｄ６中６００ＭＨｚで記録している。化合物Ｄ及び化合物Ｆ３のＮＭＲデータは類似していた（表１５；図７）。最も大きな違いは、ＨＭＢＣにおける１３－ＣＨ２の４１－Ｃとの相関の欠落及び化合物Ｆ３についての１３－ＣＨ２（δＨ ４．１９及び４．３８）と比較した１３－ＣＨ２（δＨ ３．５０及び３．５６）のシフトの差であった。これらの観察を、１０という観察された不飽和数と組み合わせると、化合物Ｄは線状リポペプチドであることが指示された。
化合物Ｄの化学構造及び原子番号のナンバリングを以下に示す。
化合物Ｊ及び関連する類似体の生合成
化合物Ｊ（生合成配列：Ｎ－アシル－Ｓｅｒ－Ｖａｌ－Ｈｉｓ－Ｖａｌ－Ｌｅｕ－Ｖａｌ（配列番号３１８）の環状ヘキサデプシペプチド）のレトロ生合成分析により、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の内部でシーケンシングしたゲノムから、そのＢＧＣを簡単明瞭に同定することが可能となった。このＢＧＣは、Ａ１－ＢＧＣの直接下流に位置する。化合物Ｊ－ＢＧＣは、４つの遺伝子、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、ｄｉｓ４からなる。これらの推定タンパク質産物は、モジュラー構成を備える典型的な非リボソームペプチドシンテターゼ（ＮＲＰＳ）酵素である。遺伝子ｄｉｓ２及びｄｉｓ３は、ｄｉｓ１の部分配列の遺伝子重複に相当する。化合物Ｊ及び関連する類似体の生合成について、ｄｉｓ２及びｄｉｓ３によってコードされる酵素には機能がない。化合物Ｊのアセンブリラインには、合計で６個のモジュール及び２０個のドメインが含まれる。推定結合ポケットの構成成分、いわゆるシュタッヘルハウス（Ｓｔａｃｈｅｌｈａｕｓ）コード（Ｓｔａｃｈｅｌｈａｕｓ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．；６（８）：４９３－５０５）に従い各アデニル化（Ａ）ドメインの基質特異性を予測した。予測されたアミノ酸と観察されたアミノ酸とはほぼ完全に一致した（表１６）。Ｄｉｓ１の３番目のＡドメインについてのみ、予測されたＴｙｒの代わりにＨｉｓの取込みが観察される。
Ｄｉｓ１のＮ末端に位置するＣドメインは、Ｓｅｒを活性化した脂肪酸部分でＮ－アシル化するものと思われる。Ｄｉｓ４のＣ末端におけるチオエステラーゼ（ＴＥ）ドメインは、オフローディング及び最終産物の分子内環化を触媒する（図８）。
実施例２：抗体薬物結合体の部分的再酸化及び産生方法
抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体の産生条件をスクリーニングして、薬物対抗体比及び％オンサイトカップリングを最適化した。抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体のオンスケールでの産生が、還元洗浄ステップと、続く部分的再酸化ステップによりもたらされた。還元洗浄では、操作されたシステイン残基のデキャッピングがもたらされたが、これが、薬物が抗体にカップリングする際の空いている部位を提供する。還元洗浄ステップにおける過還元（例えば、標的システイン残基並びに鎖内ジスルフィド架橋の両方の還元）は、部分的再酸化ステップを通じて修正したが、この結果、オフターゲットシステイン残基が再びキャッピングされる（例えば、鎖内ジスルフィド架橋が再形成される）ことになる。この過還元－再酸化過程では、図９に示されるとおり、薬物が抗体にオンサイト（ＨＣ１）又はオフサイト（ＬＣ１又はＨＣ２）で結合する可能性がある。
抗体をＲＭＰプロテインＡ樹脂（ＧＥ）と共にＰＢＳ中１０ｍｇ Ａｂに対して１ｍｌ樹脂の比で適切なサイズの使い捨てカラムにおいて混合しながら１５分間インキュベートした。システインＨＣｌを加え、撹拌しながら室温で３０分間インキュベートすることにより、反応性のシステインを脱ブロック化させた。薬物対抗体比及び％オンサイトカップリングが最適となるように、システインＨＣｌ濃度及びｐＨを調節した。ｐＨ６のシステインＨＣｌ洗浄液の濃度は、１０から３０ｍＭまで様々であった（即ち、１０、１２、１４、１６、２０、２５、及び３０ｍＭ）。緩衝液ｐＨは、６．９５～７．２５の範囲にわたって様々であった。条件は、サロゲートリンカーを抗体にカップリングし、サロゲート対抗体比（ＳＡＲ）を測定することによって評価した。真空マニホールドにおいて樹脂を４カラム容量のＰＢＳで速やかに洗浄した。次に、２５０ｎＭ ＣｕＣｌ２を含有する等容積のＰＢＳに樹脂を再懸濁した。時点を取ることにより抗体鎖間ジスルフィドの再形成をモニタした。各時点で、２５μＬの樹脂スラリーを取り出し、本明細書に記載の２０ｍＭの化合物（Ｂ１）又は化合物（Ｂ２）１μＬを加え、チューブを数回軽く叩いた。樹脂をスピンダウンし、上清を取り出し、次に５０μＬ抗体溶出緩衝液（Ｔｈｅｒｍｏ）で溶出させた。樹脂をペレット化し、Ａｇｉｌｅｎｔ ＰＬＲＰ－Ｓ ４０００Ａ ５ｕｍ、４．６×５０ｍｍカラム（緩衝液Ａは水、０．１％ＴＦＡであり、緩衝液Ｂはアセトニトリル、０．１％ＴＦＡであり、カラムは８０℃に保持、流速１．５ｍｌ／分）を使用した逆相クロマトグラフィにより上清を分析した。試験した各組の条件について、サンプルは、ＳＡＲの測定前に、室温で３日間経過させて再酸化させた。このスクリーニングからの結果の選択を表１７に要約する。
再酸化ステップを最適にするため調節した条件は、容器の幾何学的形状、ヘッドスペース量、混合量、温度、ｐＨ及び抗体濃度であった。ｐＨを上昇させて、抗体濃度を低下させると、再酸化が加速することが観察された。更なる開発のため、ｐＨ５．８及びタンパク質濃度１３．５ｇ／ＬにおいてＣＥＣ溶出液で再酸化を実施した。再酸化は、ビーカー（即ち、円筒形の容器）並びに三角フラスコ（即ち、円錐状の容器）の両方で実施して、容器形状が再酸化過程に与える影響を決定した。ヘッドスペースの影響を評価するため、再酸化ステップを６０％ヘッドスペースの容器並びにヘッドスペースのない容器で実施した。混合の影響を評価するため、再酸化ステップを撹拌なし及び１００ｒｐｍの撹拌速度の両方について実施した。容器の幾何学的形状、ヘッドスペース、又は混合の変化に伴う再酸化への影響は観察されなかった。再酸化を室温（即ち、２５℃）及び低温室内の両方で実施した；温度が下がると、再酸化は減速した。薬物－抗体結合体の産生のため、ＣＥＣ溶出液を最高６０％の空気層で覆われた槽内に４８～７２時間保持して再酸化をもたらした。再酸化ステップ後のオンサイトからオフサイトへのカップリングの改善及び純度を観察した。
要約すれば、再酸化を５日間評価した。再酸化は４８時間後に行った。この小規模実験では、ヘッドスペース、容器の幾何学的形状又は混合の明らかな影響は検出することができなかったが、混合は混濁度の増加につながる可能性があった。低温室では、再酸化速度がはるかに遅くなることが観察された。スケール調整効果及び緩衝液調製が溶存酸素に及ぼす効果は完全には除外できなかったため、以下の再酸化ステップが提案された：ＣＥＣ溶出液を槽内に最大限充填して４８時間～３日間保持すること。６０％空気層で覆うこと。撹拌は大規模での再酸化に有益である可能性がある。
抗体がその鎖間ジスルフィド結合を再形成したことが決定され次第、樹脂を１０カラム容量のＰＢＳで洗浄し、樹脂を等容積のＰＢＳに再懸濁し、８当量のＤＭＳＯ中リンカー－ペイロード（２０ｍＭ）を加え、次に室温で２時間インキュベートした。次に樹脂を５０カラム容量のＰＢＳで洗浄した。プロテインＡ樹脂から抗体溶出緩衝液でＡＤＣを溶出させて、１０分の１の容積の１Ｍトリス ｐＨ９．０で中和した。次にＡＤＣをＰＢＳ又は他の好適な緩衝液で緩衝液交換し、必要に応じて、分取用サイズ排除クロマトグラフィによる凝集体の除去を実施した（Ｓ２００ Ｉｎｃｒｅａｓｅ；ＧＥ）。以下の分析を実施した－分析的ＳＥＣによるパーセント単量体率の決定、質量スペクトル法によるＤＡＲの決定、ＬＡＬ検査によるエンドトキシン負荷の決定、及びタンパク質濃度は抗体の消衰係数及び分子量を利用してＡ２８０により決定した。
過還元ステップの標的化と、続く専用のロバストな再酸化ステップにより、操作されたシステインが効率的にデキャッピングされ、標的部位に薬物－抗体結合体が高純度でもたらされた。
実施例３：化合物（Ａ１）及び類似体の単離及び分析
化合物（Ａ１）アセンブリラインの天然プロモータの交換における種々のプロモータを特徴付けたところ、化合物（Ａ１）の産生が大幅に増加した過剰発現突然変異体が得られた。これにより、存在量が少ない新規化合物（Ａ１）類似体の単離及び構造解析が可能になった。更に、Ｇαｑ／１１突然変異を内包するブドウ膜黒色腫細胞株に対する１５個のクロモデプシンの抗増殖活性を調べ、血漿中に形成される化合物（Ａ１）の主要代謝産物を特徴付けた。
実施例１に記載されるとおり、ゲノムマイニング手法により、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＭＷＵ２０５（本明細書では時にＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）と称されることもある）が、化合物（Ａ１）の産生株と同定された。ＬＢ培地で培養したときのＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）培養ブロス中の化合物（Ａ１）の力価は５～１０ｍｇ／Ｌの範囲であったが、これは効率的な生物工学的産生の必要条件を満たさなかった。このように、遺伝子操作によってＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の産生を改善する手法を調べた。化合物（Ａ１）－ＢＧＣは、単一のオペロンに構成された８個の遺伝子ｆｒｓＡ～Ｈを含む。ＢＧＣは追加の調節遺伝子を欠いているため、ｆｒｓＡの上流の天然プロモータを代替のプロモータに交換することが考えられた。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）をドナーとしての大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）と結合させるプロトコルを確立し、相同組換えがドライブするゲノム組込みによって所望のプロモータ交換突然変異体が生成されるように遺伝子構築物を設計した。これに関連して、６個の異なるプロモータ（ＥｒｍＥ＊、Ｊ２３１１９、ｎｐｔＩＩ、Ｐｌｐｐ、ｒｂｓ、及びｖｉｏＰ）を調べた（図１０Ａ）。ｖｉｏＰを除いては、これらは全て構成的プロモータであった。リボソームｒｂｓプロモータの配列は、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のゲノム配列から抽出した。クオラムセンシングに関与するＮ－アシルホモセリンラクトン類を介して調節されるｖｉｏＰプロモータは、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のビオラセインＢＧＣから抽出した。遺伝的に確認された突然変異体をトリプリケートで培養することにより、プロモータ挿入が化合物（Ａ１）力価に与える影響を分析した。ｒｂｓ並びにｎｐｔＩＩ突然変異体の化合物（Ａ１）力価は野生型を下回ったが、ｖｉｏＰ、Ｊ２３１１９、Ｐｌｐｐ及びＥｒｍＥ＊プロモータを挿入すると、ＦＲ力価は４．４倍～最大８．４倍の範囲で増加することになった（図１０Ｂ）。この帰結により、化合物（Ａ１）の産生についての、スケール調整可能で持続可能な、且つ費用対効果の高い生物工学的プロセスを確立するための株の更なる最適化が可能となる。
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＰ突然変異体の培養抽出物から化合物（Ａ１）を単離したところ、＋１８Ｄａの質量差のある３つの化合物が濃縮画分中に極めて少ない存在量で検出された。これらの化合物が加水分解された化合物（Ａ１）に対応するかもしれないという当初の仮定は、ＨＲ－ＥＳＩＭＳデータにより、誤りであることが証明された（式：Ｃ４９Ｈ７８Ｎ７Ｏ１６＋；計算値［Ｍ＋Ｈ］＋＝１０２０．５５００；実測値［Ｍ＋Ｈ］＋＝１０２０．４９４８ Δ＝５４．０９ｐｐｍ）。これらの３つの化合物の分子式は、ＨＲ ＥＳＩＭＳにより、Ｃ４８Ｈ７４Ｎ７Ｏ１５Ｓ＋と確立された（計算値［Ｍ＋Ｈ］＋＝１０２０．４９５８；Δ＝０．９８ｐｐｍ）。しかしながら、これらの化合物の存在量は、単離するには少な過ぎた。分子中の硫黄の存在は、システイン（Ｃｙｓ）又はメチオニン（Ｍｅｔ）のいずれかの取込みから生じる疑いがあった。実際、培養ブロスにＬ ＣｙｓでなくＬ－Ｍｅｔを供給すると、これらの化合物の存在量は増加した（図１１Ｂ）。続いてＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＰ突然変異体をＬ－Ｍｅｔの供給との組合せでバイオリアクターにおいて５０Ｌ規模で培養することにより、３つの化合物のいずれも、広範な１Ｄ及び２Ｄ ＮＭＲ実験（１Ｈ、１３Ｃ、１Ｈ １Ｈ ＣＯＳＹ、１Ｈ－１Ｈ ＲＯＥＳＹ、１Ｈ－１３Ｃ ＨＳＱＣ、１Ｈ－１３Ｃ ＨＭＢＣ）による構造割当て（以下に示す）に十分な量で単離することが可能になった。２～４及び（Ａ１）の１Ｈ及び１３Ｃ化学シフトの比較では、８個の残基中５個（Ａｌａ、Ｎメチルデヒドロアラニン（Ｎ Ｍｅ Ｄｈａ）、３－フェニル乳酸（Ｐｌａ）、Ｎ，Ｏ－Ｍｅ２－Ｔｈｒ、Ｎ－Ｍｅ－Ａｌａ；補遺情報を参照）について極めて良好な一致が示された。化合物２～４の主な違いは、それぞれ、化合物（Ａ１）の構造内でのその位置に応じてＮアセチル化又はＮプロピオニル化によって更に修飾される３個のヒドロキシロイシン（Ｈｌｅ）残基中１個でスポッティングされた。化合物２について、Ｎアセチルヒドロキシロイシン（Ｎ Ａｃ－Ｈｌｅ）残基のシフトは化合物（Ａ１）と大幅に異なった一方、Ｎプロピオニルヒドロキシロイシン（Ｎ Ｐｒ Ｈｌｅ）及びＨｌｅ残基のシフトは化合物（Ａ１）と良好に一致していた。２についての１Ｄ及び２Ｄ ＮＭＲスペクトルの評価により、Ｎ Ａｃ Ｈｌｅ残基がＮアセチルヒドロキシメチオニン（Ｎ－Ａｃ－Ｈｍｅ）残基に置き換わっていることが明らかになった。
化合物（Ａ１）及び類似体化合物２～７の構造を以下に示す。
Ｎ－Ａｃ－Ｈｍｅ残基内の予想されるＣＯＳＹ及びＨＭＢＣ相関が観察され、Ｐｌａ残基のα位からＮ－Ａｃ－Ｈｍｅカルボニルへの、及びＮ－Ａｃ－Ｈｍｅ β位からＮ，Ｏ－Ｍｅ２－Ｔｈｒ残基のカルボニルへのＨＭＢＣに観察された３結合１Ｈ－１３Ｃカップリングにより、他の残基との結び付きが確立された。化合物３については、Ｎ，Ｏ－Ｍｅ２－Ｔｈｒ残基のα位からＨｍｅカルボニルへの、Ｈｍｅ α位からＮ－Ｍｅ－Ａｌａ残基のカルボニルへの、及びＨｍｅ β位からＮ－Ｐｒ－Ｈｌｅ側鎖のカルボニルへのＨＭＢＣ相関により確認されるとおり（上記に示される）、（Ａ１）においてヒドロキシメチオニン（Ｈｍｅ）残基がＨｌｅ残基に置き換わる。化合物４では、Ｈｌｅ残基のβ位からＮ－Ｐｒ－Ｈｍｅカルボニルへの、及びＮ－Ｐｒ－Ｈｍｅ α位からプロピオニルのカルボニルへのＨＭＢＣ相関により確立されるとおり、Ｎ－Ｐｒ－Ｈｌｅ側鎖がＮ－プロピオニルヒドロキシルメチオニン（Ｎ－Ｐｒ－Ｈｍｅ）に置き換えられている。化合物２～４の構成は化合物（Ａ１）の構成と、それらが同じ生合成アセンブリラインから生まれてくるため、同一であると見なされる。唯一Ｈｌｅ残基がＨｍｅに置き換わっているだけの３個全ての可能な化合物（Ａ１）類似体の存在は、Ｎ－アセチル化又はＮ－プロピオニル化による修飾を含め、（Ａ１）の生合成アセンブリラインにおいて顕著な柔軟性を現わす。当初の生合成の相違は、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ又はＦｒｓＧのそれぞれアデニル化（Ａ）ドメインによるＬ－Ｌｅｕの代わりのＬ－Ｍｅｔの選択及び活性化と、続くそれぞれの下流チオール化（Ｔ）ドメインのプライミングである。非ヘム二鉄モノオキシゲナーゼＦｒｓＨは、Ｔドメインテザー型Ｌ－Ｌｅｕのβ－ヒドロキシル化を触媒することが実証されており、それはまた、明らかに、Ｌ－Ｍｅｔのβ－ヒドロキシル化も触媒することができる。ＦｒｓＡ及びＦｒｓＤの縮合（Ｃ）ドメインは、明らかに、それぞれＮ－プロピオニル化及びＮ－アセチル化の触媒のため、Ｔドメインテザー型Ｈｍｅを受け入れることができる。更に、このアセンブリにおける当該のＣドメインは、Ｈｍｅ残基と様々な（デプシ）ペプチド中間体との縮合を触媒可能であるものと見られる。Ｌ－Ｍｅｔは、それがＬ－Ｌｅｕとの適切な立体化学的類似性との組合せでβ－ヒドロキシル化の可能性を提供するため、下流生合成カスケードの異なる入り口点における「共通因子」であるように見える。この柔軟性、特にＣドメインの柔軟性は、アセンブリラインの遺伝子操作による化合物（Ａ１）の更なる類似体の生成に有望である。
加えて、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＰ突然変異体の培養抽出物の分析により、ＨＰＬＣにおいてより短い保持時間で溶出した、（Ａ１）と完全に同一の質量の第２のピークが明らかになった（図１１Ａ）。Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）ｖｉｏＰ突然変異体によって産生される（Ａ１）の力価が高い結果として、化合物５の産生も同様に増加し、そのため、その類似体化合物６と共に、その単離及び続く構造解析が可能である。更には、化合物１０の異性体（化合物７）が、クロモバクテリウム属種（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）ＱＳ３６６６の培養抽出物から単離された。広範な１Ｄ及び２Ｄ ＮＭＲ実験からのデータの評価により、これらの異性体、化合物５～７の構造が、それぞれ、化合物（Ａ１）、８、及び化合物１０から、Ｎ－Ａｃ－Ｈｌｅ（ＹＭではＮ－Ａｃ－Ｔｈｒ）残基の脱水との組合せでの、Ｎ，Ｏ－Ｍｅ２－Ｔｈｒ残基とＮ－Ａｃ－Ｈｌｅ（ＹＭではＮ－Ａｃ－Ｔｈｒ）残基との間の大環状ラクトンの正式の加水分解により生じる線状デプシペプチドとして明らかになった。これは、Ｎ－Ａｃ－Ｈｌｅ及びＮ－Ａｃ－Ｔｈｒ残基中のそれぞれのα－及びβ－メチン基についての１Ｈ及び１３Ｃシグナルの消失によって推定された。それぞれの１３Ｃシグナルのオレフィン範囲への付随するシフト（化合物５についてδＣ １２４．８及び１４４．０）によれば、二重結合及びそれに応じた化合物５及び６におけるＮ－アセチルデヒドロロイシン（Ｎ－Ａｃ－Ｄｈｌ）残基、及び化合物７におけるＮ－アセチルデヒドロブチリン（Ｎ－Ａｃ－Ｄｈｂ）残基の存在が指示された。化合物５及び６の二重結合配置は、イソプロピル基の第三級炭素とＮ－Ａｃ－ＤｈｌのＮＨとの間の強力なＮＯＥとの組合せでのオレフィンプロトンとイソプロピル基の第三級炭素におけるプロトンとの間の強力なＮＯＥに起因して、Ｚと確立された。化合物７は、類似のＮＯＥを示した。加えて、化合物５の線状の構成が、４－ブロモフェナシルブロミドによる誘導体化及び得られた産物のＨＲ－ＭＳ／ＭＳスペクトルの解釈により裏付けられた。培養抽出物中に化合物５の水和した類似体は検出されなかったため、化合物Ａ１からの化合物５の形成はＥ１ｃＢ脱離機構によって起こるものと見られると仮定された。同位体標識実験がこの仮説を更に裏付けている。化合物（Ａ１）をアルカリ性１８Ｏ水で処理すると、化合物５が１８Ｏを取り込むことなく形成される。しかしながら、加水分解－脱水の手順では、予想される産物は、加水分解時に化合物５のカルボン酸官能基に１８Ｏを取り込んでいるはずであり、１６Ｏ－ヒドロキシ基が脱離しているはずである（観察されなかった）。培養抽出物からの単離の代わりに、化合物（Ａ１）、８、又は１０をＤＭＳＯ中のトリエチルアミンで処理することにより、化合物５～７を良好な収率で入手可能であり得る。大環状ラクトンのいずれかとのＮ－Ｐｒ－Ｈｌｅ側鎖のヒドロキシルのエステル転移反応から生じる２つの可能性のある構造が提案された。
また、マウス、サル及びヒト血漿においても化合物（Ａ１）の安定性を調べた。化合物（Ａ１）を８時間インキュベートした後のヒト血漿サンプル中の化合物５の更なる参照材料をスパイクすることにより、形成された化合物（Ａ１）異性体が、代わりに化合物５に対応することを明白に実証することができた（図１２Ａ）。更に、化合物１をヒト血漿中で最長２４時間までインキュベートした後に、化合物（Ａ１）及び５の絶対定量化を実施した。２４時間インキュベートした後の化合物（Ａ１）及び５の合わせた画分は、展開した化合物（Ａ１）濃度が約９０％を占め（図１２Ｂ）、これによって化合物５が、ヒト血漿中に形成された主要代謝産物であることが指示された。マウス及びサル血漿を使用しても、極めて類似した結果が得られた。
化合物（Ａ１）クラスから１１個及び化合物１０クラスから４個の、本明細書に示される１５個のクロモデプシンを、４つの癌細胞株に対する細胞増殖アッセイで特徴付けた。化合物（Ａ１）、２～６、８、９、及び１２を、Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の培養ブロスから単離した。化合物１０及び１１は、化合物（Ａ１）から、化合物１０について先述したとおり調製した。化合物７、及び１３～１５は、クロモバクテリウム属種（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）ＱＳ３６６６の培養ブロスから単離した。成人における最も一般的な眼癌であるブドウ膜黒色腫は、遺伝的には、再発性ホットスポットＱ２０９及びＲ１８３におけるＧαｑ及びＧα１１の発癌性機能獲得型突然変異によって定義される。両方の突然変異とも、ＧＴＰアーゼ活性を鈍らせるため、タンパク質がＧＴＰ結合型の活性なコンホメーションをとることにつながる。化合物（Ａ１）は、構成的に活性なＧαｑ／１１を不活性なＧＤＰ結合型Ｇαβγヘテロ三量体に捕捉することにより、これらのオンコプロテインを阻害する。化合物（Ａ１）に応答して、Ｇαｑ／１１突然変異体ブドウ膜黒色腫細胞は細胞周期を停止し、メラニン形成細胞分化及びアポトーシスを起こす。化合物（Ａ１）の全身投与では、Ｇαｑ突然変異体ブドウ膜黒色腫異種移植片の成長が良好に忍容される用量で選択的に阻害されたが、ＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）駆動型腫瘍には効果がなかった。試験パネル中のこれらの癌細胞株のうちの２つ、９２．１及びＭＰ４１は、それぞれ、ヘテロ接合性のＧＮＡＱ Ｑ２０９Ｌ又はＧＮＡ１１ Ｑ２０９Ｌ突然変異を内包するブドウ膜黒色腫細胞株であった。他の２つの細胞株、Ａ３７５及びＳＫ ＭＥＬ ３０は、ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１に発癌突然変異のない、しかし、それぞれ、ホモ接合性のＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ又はヘテロ接合性のＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を内包する皮膚黒色腫細胞であった。このデータセットは、ブドウ膜黒色腫細胞株に対する抗増殖活性という文脈で化合物（Ａ１）及び類似体の包括的な編成に相当する。
化合物８～１５の構造を以下に示す。
効力で順位付けした、９２．１（ＧＮＡＱ Ｑ２０９Ｌ）、ＭＰ４１（ＧＮＡ１１ Ｑ２０９Ｌ）、Ａ３７５及びＳＫ－ＭＥＬ－３０（両方ともＧＮＡＱ／１１野生型）細胞株における細胞増殖の阻害に関する試験した化合物の成長阻害（ＧＩ）５０値を表１９に示す。
ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１突然変異細胞株に対するクロモデプシンの選択的抗増殖プロファイルは、ＧＮＡＱ／ＧＮＡ１１シグナル伝達と無関係なＡ３７５及びＳＫ ＭＥＬ ３０細胞株に対する活性がないことにより確認される。９２．１及びＭＰ４１細胞株を使用した効力の順位付けは、先のＳＡＲ研究と良好に一致している。化合物（Ａ１）は、ｎＭ以下の範囲の優れた効力を持つ最も強力な化合物である。化合物８、９及び１１では、効力は２～３分の１に失われる。興味深いことに、新規に同定された類似体化合物４は、活性の低さが２分の１に過ぎず、約１５分の１である化合物２及び３と対照的である。これらの知見は、Ｖｏｓｓ ｅｔ ａｌ．の最近の報告と一致しており、結合反応速度及び標的タンパク質上での長い滞留時間という文脈で、化合物２及び３で変化する残基における化合物（Ａ１）の「親油性アンカー」の重要性を強調するものである。化合物４の効力が保持されるというのは、可能性のある足場の合成又は生合成修飾に有望な出口ベクターであることを指示している。化合物１０は、（Ａ１）と比較して効力が約２５～３０分の１であり、一方、化合物１４は約１０分の１に下がるに過ぎない。化合物（Ａ１）クラス（化合物（Ａ１）及び８）及び化合物１０クラス（化合物１０及び１４）のメンバーのマッチ分子対分析では、Ｒ４におけるＮ－プロピオニル基の寄与の低下と比較して、Ｒ３におけるイソプロピル基による決定的な効力寄与が強調される。化合物１２の化合物（Ａ１）コア構造は、成長阻害に関して化合物（Ａ１）と比較して３．０００倍を超える変化を呈する。注目すべきことに、この変化倍数は、動的質量再分布に基づくリアルタイム生細胞表現型バイオセンシングを用いたＧαｑタンパク質の阻害に関して報告されているもの（１６倍の変化）と比較して大幅に高い。化合物１０コア構造化合物１５はＧＩ５０値が１０μＭ超であり、試験した最も高い用量で幾らかの抗増殖活性が観察される。線状化デプシペプチド化合物５～７はいかなる抗増殖活性も欠いている。この実験セットアップでは、化合物の細胞透過性が、観察された抗増殖効力に寄与する決定的因子であった。従って、低エフラックスＭＣＤＫアッセイで全ての化合物を特徴付け、その露出した極性表面積（ＥＰＳＡ）を決定することにより、その受動的細胞透過性を評価した。ＮアシルＨｌｅ側鎖を特徴とする大環状クロモデプシンは全て、その％吸収率（％ＦＡ；平均約６０％ＦＡ±２０％）及びＥＰＳＡ値に関して同様の結果を示す。Ｎ－アシル－Ｈｌｅ側鎖を欠いているコア構造である化合物１２及び１５は、％ＦＡの約５分の１への低下及びＥＰＳＡの僅かな変化を呈し、一方、線状化した化合物５～７は％ＦＡの１０分の１を超える低下及びＥＰＳＡの２倍を超える変化を示し、これにより、これらの化合物の受動的細胞透過性が激減した可能性が極めて高いことが指示される。Ｇαｑ／１１タンパク質に対する化合物１２及び１５の結合親和性及び反応速度の偏りのない評価には、例えば精製タンパク質による表面プラズモン共鳴のような実験セットアップが必要になるであろう。
要約すれば、化合物（Ａ１）の産生が増加した突然変異体を生じさせるＣ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）の遺伝子操作の成功により、更なる株及び方法を開発して、化合物（Ａ１）のスケール調整可能な産生に向けた持続可能な高収率の生物工学的方法を確立することが可能になる。このような過剰産生の突然変異体により、５つの新規クロモデプシンの単離及び構造の特徴付けが可能になったため、この生合成アセンブリラインの柔軟性に関して有望な洞察を得ることが許され、ヒト血漿中に形成された化合物（Ａ１）の主要代謝産物の構造割当てが可能になった。更に、細胞増殖アッセイにおける１５個のクロモデプシンの包括的ＳＡＲが、Ｇαｑ／１１突然変異を内包する癌細胞株に対するその優れた効力及び選択性を裏打ちしている。
補遺情報
実験手順
細菌株及び培養条件、クローニング及び結合、調査下のプロモータの配列は、本明細書においてここに、例えば、実施例１に記載される。
化合物単離及び分析手順
化合物単離：５０Ｌ培養ブロスを５０Ｌ酢酸エチルで抽出した。酢酸エチル層を分離し、蒸発乾固させた。この粗抽出物を３０Ｌメタノール／水（９／１）に溶解させて、各３０Ｌシクロヘキサンで３回抽出した。メタノール／水層を、水のみが残るまで蒸発させた。次にこれを２５Ｌ酢酸エチルで抽出した。酢酸エチル層を蒸発乾固させた。脱脂した抽出物を４００ｍＬメタノールに溶解させて、セファデックス（Ｓｅｐｈａｄｅｘ）ＬＨ２０が充填されたカラム（長さ２５ｃｍ、直径１２．５ｃｍ）でのメタノールを溶離液としたＳＥＣにより分画した。各２００ｍＬの画分を収集し、収集された画分をクロモデプシン又はバルヒデプシンの存在に関してＵＰＬＣ－ＵＶ－ＭＳにより分析した。リッチ画分をプールし、蒸発乾固させた。濃縮画分をメタノールに溶解させて、Ｓｕｎｆｉｒｅ Ｃ１８カラム、３０×１５０ｍｍ、５μｍ粒径；溶離液Ａ：０．１％ギ酸の脱イオン水、溶離液Ｂ：０．１％ギ酸のメタノール；流速６０ｍＬ／分；グラジエント：６５％Ｂから８５％Ｂまで１５分での分取ＨＰＬＣにより更に精製した。分画は、質量分析法によって引き起こされた。リッチ画分をプールし、蒸発乾固させた。必要であれば２回目の分取ＨＰＬＣ精製を実施して、純度が９５％超の化合物を得た。
ＬＣ－ＵＶ－ＭＳ測定：測定は、フォトダイオードアレイ及び荷電エアロゾル検出器を備えたＶａｎｑｕｉｓｈ ＵＨＰＬＣ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で実施した。ＵＨＰＬＣをＯｒｂｉｔｒａｐ ＩＤ－Ｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）質量分析計に結合した。ＭＳスペクトルは６０．０００の質量分解能で記録し、ＭＳ／ＭＳスペクトルは１５．０００の質量分解能で記録した。スペクトルはＦｒｅｅＳｔｙｌｅ（商標）１．５ソフトウェア（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で処理した。化合物（Ａ１）の定量化はＣｈｒｏｍｅｌｅｏｎ（商標）７．３で評価した。
ＬＣ－ＵＶ－ＭＳ分析用のサンプル調製：５ｍＬの凍結融解した培養ブロスを１５ｍＬコニカル遠心管に移し替え、５ｍＬ ＣＨ３ＣＮと共に徹底的に混合した。この混合物に２ｇの硫酸マグネシウム及び０．５ｇの酢酸ナトリウムを加え、激しく振盪した。この混合物を４．０００ｒｐｍで１０分間遠心することにより、相分離を得た。４ｍＬの有機層を試験管に移し替え、真空下で溶媒を除去した。得られた残渣を４００μＬのＤＭＳＯに溶解させて、室温で１０分間振盪した。４．０００ｒｐｍで１０分間遠心した後、溶液のアリコートをＨＰＬＣバイアルに移し替えた。これによってサンプルは１０倍濃縮される。ＬＣ方法：ＢＥＨ Ｃ１８カラム（１．７μＭ、２．１×１００ｍｍカラム＋２．１×１０ｍｍプレカラム；Ｗａｔｅｒｓ ＡＧ）を使用して、サンプルを０．９ｍＬ／分の流速及び６０℃のカラム温度で分析した。出発条件は、０．０２％ギ酸を含有する９５％Ｈ２Ｏ及び０．０１４％ギ酸を含有する５％ＣＨ３ＣＮであった。０．２分後にグラジエントが始まり、１００％ＣＨ３ＣＮにまで６分で直線的に増加させた。ＰＤＡ－、ＭＳ－、及びＣＡＤ－シグナルを同時に記録した。化合物（Ａ１）の定量化を２２０ｎｍのＵＶにより、１０、５０、１００、２００、及び４００μｇ／ｍＬ化合物（Ａ１）の外部標準で検量線を作成して実施した。サンプル及び標準の両方とも、注入量は１μＬであった。
ＬＣ方法：ＢＥＨ Ｃ１８カラム（１．７μＭ、２．１×１００ｍｍカラム＋２．１×１０ｍｍプレカラム；Ｗａｔｅｒｓ ＡＧ）を使用して、０．９ｍＬ／分の流速及び６０℃のカラム温度でサンプルを分析した。出発条件は、０．０２％ギ酸を含有する９５％Ｈ２Ｏ及び０．０１４％ギ酸を含有する５％ＣＨ３ＣＮであった。０．２分後にグラジエントが始まり、１００％ＣＨ３ＣＮにまで６分で直線的に増加させた。ＰＤＡ－、ＭＳ－、及びＣＡＤ－シグナルを同時に記録した。ＦＲの定量化を２２０ｎｍのＵＶにより、１０、５０、１００、２００、及び４００μｇ／ｍＬ ＦＲの外部標準で検量線を作成して実施した。サンプル及び標準の両方とも、注入量は１μＬであった。
ＮＭＲ測定：Ｂｒｕｋｅｒ Ｕｌｔｒａｓｈｉｅｌｄ ６００ Ｐｌｕｓ ＮＭＲ分光計を６００ＭＨｚ（１Ｈ）及び１５０ＭＨｚ（１３Ｃ）で動作させてＮＭＲ実験を実施した。ＮＭＲスペクトルは、Ｂｒｕｋｅｒ Ｔｏｐｓｐｉｎ（バージョン３．５）及びＭｅｓｔＲｅＮｏｖａ（バージョン１４．２）を使用して処理した。スペクトルの参照は、ＤＭＳＯ－ｄ６についてδＨ／Ｃ ２．５０／３９．５２及びＣＤ３ＣＮについてδＨ／Ｃ １．９４／１．３２の共鳴の残留溶媒シグナルとした。
合成手順
化合物１０及び１１の調製：化合物（Ａ１）（２０ｍｇ、０．２０ｍｍｏｌ）及びギ酸アンモニウム（１２．６ｍｇ、０．２ｍｍｏｌ）を１ｍＬメタノールに溶解させた。パラジウム炭素（８．５ｍｇ、０．００８０ｍｍｏｌ）を加え、反応混合物を５０℃で１時間撹拌した。セライトでろ過することにより反応を停止させ、蒸発乾固させた。得られた残渣を分取ＨＰＬＣにより精製して、７及び８を９５％超の純度並びにそれぞれ約２０％及び１５％の単離収率で得た。
５～７の調製：化合物（Ａ１）、８、又は１０（５０ｍｇ、約０．０５ｍｍｏｌ）を２ｍＬ ＤＭＳＯに溶解させた。トリエチルアミン（７０μＬ、０．５ｍｍｏｌ）を加え、反応混合物を１００℃で４時間撹拌した。１００ｍＬの水を注入することにより反応をクエンチし、次に酢酸エチルで２回抽出した。有機相をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させて、蒸発乾固させた。得られた残渣を分取ＨＰＬＣにより精製して、５～７を９５％超の純度及び約４０％の単離収率で得た。
４－ブロモフェナシルブロミドによる化合物５の誘導体化：化合物５（２ｍｇ、２μｍｏｌ）を１ｍＬアセトニトリルに溶解させた。４ブロモフェナシルブロミド（０．６６ｍｇ、２．４μｍｏｌ）及びＮ－エチル－Ｎ－イソプロピルプロパン－２－アミン（０．３１ｍｇ、２．４μｍｏｌ）を加え、反応混合物を２０℃で３０分間撹拌した。１０ｍＬの水を加えることにより反応をクエンチすると、産物の沈殿につながり、それを遠心及びアセトニトリル中への溶解によって回収した。この粗反応産物をＬＣ－ＭＳ／ＭＳ実験に使用して、補足的な分析方法により５が線状配列である証拠を提供した。
細胞増殖アッセイ
クロモデプシン（化合物（Ａ１）及び２～１５）による細胞増殖アッセイ：細胞株の説明：９２．１－ブドウ膜黒色腫細胞株、原発腫瘍由来、ヘテロ接合性のＧＮＡＱ Ｑ２０９Ｌ突然変異を内包する。Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈから購入。ＭＰ４１（ＣＲＬ－３２９７）－ブドウ膜黒色腫細胞株、原発腫瘍由来、ヘテロ接合性のＧＮＡ１１ Ｑ２０９Ｌ突然変異を内包する。ＡＴＣＣから購入。Ａ３７５－皮膚黒色腫細胞株、ホモ接合性のＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ突然変異を内包する。出所：癌細胞株エンサイクロペディア（Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ：ＣＣＬＥ）。ＳＫ－ＭＥＬ－３０－皮膚黒色腫細胞株、ヘテロ接合性のＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を内包する。出所：ＣＣＬＥ。
細胞を９６ウェルプレートにおいて１００μＬの総容積中３７℃、５％ＣＯ２及び９５％相対湿度で培養した。細胞株は全て、Ａ３７５、ＤＭＥＭ培地（ＤＭＥＭ高グルコース（４．５ｇ／Ｌ）、Ｂｉｏｃｏｎｃｅｐｔ、参照１－２６Ｆ０１－Ｉ）を除いては、ＲＰＭＩ培地（ＲＰＭＩ １６４０、Ｌ－グルタミン不含、Ｂｉｏｃｏｎｃｅｐｔ参照１－４１Ｆ０１－Ｉ）で培養し、１０％ＦＣＳ（Ｂｉｏｃｏｎｃｅｐｔ、参照２－０１Ｆ３０－Ｉ）を補足した。前夜に９６ウェルプレートの各ウェルに２～３０００細胞を播種した後、それらを化合物で処理した（濃度範囲：１／３段階希釈で２６０ｎＭ～０．０３６ｎＭ；７については、濃度範囲は１／３段階希釈で１００００ｎＭから１．５２ｎＭにまで増加させた）。処理から９６時間後、各ウェル１０ｕｌのレサズリンを加えることにより細胞生存度を測定した。結果はＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ９．０．１を使用して分析し、プロットした。
細胞透過性の評価
ＭＤＣＫ低エフラックス単層による細胞ベースのｔｒａｎｓｗｅｌｌアッセイ：低エフラックス輸送体活性のＭＤＣＫ細胞サブクローン（ＭＤＣＫ－ＬＥ）において化合物（Ａ１）及び２～１５を試験することにより、その受動的透過性を決定した。先述のとおりの医薬品開発業務受託機関でインキュベーションが実施された。
超臨界流体クロマトグラフィによるＥＳＡＰＳＡの決定：化合物（Ａ１）及び２～１５を超臨界流体クロマトグラフィ（ＳＦＣ）により試験して、これらのＥＳＡＰＳＡ値を決定した。Ｃｈｉｒｅｘ ３０１４カラム（５μＭ、３×１００ｍｍカラム、１００Å細孔径；Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘを使用してサンプルを分析した。出発条件は、２０ｍＭギ酸アンモニウムを含有する５％メタノール及び９５％ｓｃＣＯ２であった。グラジエントは、２０ｍＭギ酸アンモニウムを含有する６０％メタノールまで４．５分で直線的に増加させた。
血漿インキュベーション及び定量化
血漿インキュベーション及びサンプル調製：化合物（Ａ１）をＰＢＳ中５．００μｇ／ｍＬでスパイクし、雌雄混合のマウス（ＣＤ－１）、カニクイザル及びヒト血漿をプールした。サンプルをＴｈｅｒｍｏｍｉｘｅｒ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）で３７℃にて６５０ｒｐｍで振盪しながらインキュベートした。０、０．５、１、２、４、８及び２４時間のインキュベーション後に、各インキュベーションチューブから５０μＬのアリコート（ｎ＝３）を抜き取った。５０μＬのサンプルを、６２．５ｎｇ／ｍＬの汎用内部標準グリベンクラミド及びワルファリンを両方とも含有する２００μＬのアセトニトリルでクエンチした。サンプルを短時間ボルテックスし、４０００ｒｐｍ及び４℃で２０分間遠心した。２００μＬの上清を清浄な８００μＬ ９６ウェルサンプル収集プレートに移した。
ＬＣ－ＭＳ／ＭＳによる定量化：ＡＢ Ｓｃｉｅｘ ＱＴＲＡＰ ６５００に結合したＳｈｉｍａｄｚｕ Ｎｅｘｅｒａ ＵＰＬＣでＳＲＭ取得モード（３μＬ注入）を用いてＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析を行った。ＡＣＥ ３ Ｃ１８－ＰＦＰ（３μＭ、２．１×５０ｍｍカラム）を使用して６５℃のカラム温度でサンプルを分析した。出発条件は、０．１％ギ酸を含有する９７％Ｈ２Ｏ及び０．１％ギ酸を含有する３％ＣＨ３ＣＮであった。ＭＳ－ＭＲＭにより（ポジティブモードでのエレクトロスプレー、イオンスプレー電圧：５０００Ｖ、ソース温度：５００℃、カーテンガス：２５ｐｓｉｇ、ネブライザーガス：６０ｐｓｉｇ、ターボイオンスプレーガス：４０ｐｓｉｇ、質量範囲：低、分解能Ｑ１／Ｑ３：ユニット、コリジョンガス：中、ドウェルタイム：１２ｍｓｅｃ）、化合物（Ａ１）及び５の定量化を実施した。それぞれ、１０．０、５．００、２．５０、１．００、０．５００、０．１００、０．０５０及び０．０１０μｇ／ｍＬの濃度の化合物（Ａ１）及び５の校正標準で別個の検量線を作成した。ピーク積分及び定量化はＡＢ Ｓｃｉｅｘ Ａｎａｌｙｓｔソフトウェア（ｖ．１．７）でＡｎａｌｙｓｔ Ｃｌａｓｓｉｃアルゴリズムを用いて行った。
ＦＲの血漿インキュベーションに対する５のスパイク：ヒト血漿中３７℃で８時間インキュベートした後に調製したサンプルを１００ｎｇの５（終濃度６μｇ／ｍＬ）でスパイクした。スパイク前及び後のサンプルをＢＥＨ Ｃ１８カラム（１．７μＭ、２．１×１００ｍｍカラム；Ｗａｔｅｒｓ ＡＧ）を０．５ｍＬ／分の流速及び４０℃のカラム温度で使用して分析した。出発条件は、０．１％ギ酸を含有する７０％水及び０．１％ギ酸を含有する３０％ＣＨ３ＣＮであった。０．５分後にグラジエントが始まり、９９％ＣＨ３ＣＮにまで１．５分で直線的に増加させた。ＬＣ－ＭＳ分析は、Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｎａｐｔ Ｇ２－Ｓｉ ＱＴＯＦに結合したＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ Ｉ－Ｃｌａｓｓ ＵＰＬＣでＭＳｅ取得モード（５μＬ注入）を用いて行った。
結果
Ｃ．ワクチニイ（Ｃ．ｖａｃｃｉｎｉｉ）のプロモータ挿入突然変異体の特徴付け
化合物（Ａ１）の産生に対する最も強力な正の効果は、プロモータｅｒｍＥ＊及びｐｌｐｐについて観察され、続いてＪ２３１１９及びｖｉｏＰであった。プロモータｎｐｔｌｌ及びｒｂｓでは、野生型対照と比較して低い力価の化合物（Ａ１）が生じた。
化合物２～４の構造解析
化合物（Ａ１）及び２の化学構造及び原子番号のナンバリングを炭素原子番号の割当て及び残基と共に以下に示す。
化合物３及び４の化学構造及び原子番号のナンバリングを炭素原子番号の割当て及び残基と共に以下に示す。
化合物５及び７の化学構造及び原子番号のナンバリングを炭素原子番号の割当て及び残基と共に以下に示す。
２～４の生合成案
クロモデプシンが細胞増殖に及ぼす効果
試験した化合物がＧｑ又はＧ１１突然変異体ＵＭ細胞株及びＧｑ又はＧ１１野生型皮膚黒色腫細胞株の増殖に及ぼす効果を図１３Ａ～図１３Ｂに示す。
受動的細胞透過性の評価
ヒト血漿インキュベーションにおける化合物（Ａ１）及び５の定量化
実施例４：抗体薬物結合体の製剤の開発
例示的ＰＭＥＬ１７抗体－薬物（ＧＮＡＱ及び／又はＧＮＡ１１インヒビタ）結合体の７つの異なる製剤を試験した（表２７）。
製剤化次第、それらの製剤を異なる保存条件に供して安定性を決定した。バイアル中凍結乾燥物（ＬＹＶＩ）研究では、製剤化したＡＤＣを５±３℃、２５±２℃、又は４０±２℃で０、１、２、又は４ヵ月間にわたって試験した（表２８）。バイアル中液体（ＬＩＶＩ）研究では、製剤を５±３℃、２５±２℃／６０±５％相対湿度（ＲＨ）、又は４０±２℃／７５±５％ＲＨで０又は１ヵ月間にわたって試験した（表２９）。
分析
次に、製剤を様々な保存条件において０、１ヵ月、２ヵ月、又は４ヵ月後にサイズ排除クロマトグラフィ（ＳＥＣ）を用いて分析した。０ヵ月～４ヵ月の間、２％未満の単量体含量の分解が観察され、ＡＤＣの凝集が主要な分解機構の１つであったと決定された（図１４）。サンプルはまた光遮蔽法を用いても分析し、サブビジブル粒子の増加が検出された。この分析によれば、時間の経過に伴うサブビジブル粒子の大きな増加はなかったことが見出された（図１５）。キャピラリー電気泳動法により、ＰＭＥＬ１７抗体から発生した不純物が示された（図１６）。キャピラリーゾーン電気泳動法を用いると、種々の製剤に高レベルの荷電変異体があったことが分かったとともに（図１７）、ＬＩＶＩについては、キャピラリーゾーン電気泳動法は、より低いｐＨと相関する（図１９）。
ＬＹＶＩでは、ペイロードの加水分解による開環を通じた分解が防止されることにより、ペイロードの安定化が可能になること（図１８）、ＬＩＶＩでは、開環が高いｐＨと相関すること（図１９）が分かった。
製剤をアッセイして、２ヵ月の保存期間後の効力を試験した。このアッセイによれば、製剤Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３、及びＦ５について、２ヵ月後に効力の減衰はなかったことが指示された（図２０）。
２０Ｒトップラインバイアルを使用してＡＤＣ凍結乾燥サイクル実現可能性試験を実施した。
実施例５：カニクイザルにおける化合物（Ｅ）の評価
例示的ＡＤＣ、化合物（Ｅ）をカニクイザルに３～７５ｍｇ／ｋｇの用量範囲で単回投与又は反復投与のいずれかとして静脈内投与した。全抗体（ｔｍＡｂ）レベルを測定した；ｔｍＡｂ曝露量は時間の経過に伴い減少し、消失半減期はほぼ１００時間であった。全活性ＡＤＣ（ｔＡＣＤａ；少なくとも１つの活性ペイロードを担持しているＡＤＣ）への曝露量は、半減期が約４０時間と、より速く減少した一方、全不活性ＡＤＣ（ｔＡＣＤｉ；少なくとも１つの不活性なペイロードを担持しているＡＤＣ）は増加して投与の約７２時間後に最大になり、その後、それはｔｍＡｂとほぼ並行して減少した（図２１）。ｔＡＣＤａ及びｔＡＣＤｉの曝露プロファイルは、パパイン遊離アッセイ（ＰＲＡ）により測定した結合した活性及び不活性ペイロードの濃度－時間プロファイルと一致した。
化合物（Ｅ）は、３～７５ｍｇ／ｋｇの間では、ほぼ用量比例的な曝露を示した。ｔｍＡｂ及びｔＡＤＣｉについて、３回のＱ２Ｗ投与後にごく軽微な蓄積が観察され（１．０～１．４）、一方、ｔＡＤＣａは蓄積しなかった。全てのサンプルにおいて、遊離活性ペイロードの血漿曝露量は、７５ｍｇ／ｋｇという試験した最も高い化合物（Ｅ）用量であっても、極めて低いレベル（１ｎｇ／ｍＬ未満）でしか検出されなかった。血漿安定性のインビトロ評価と一致した所見であった。標的の媒介による薬物の配分は観察されなかった。
カニクイザルでの６週間の非ＧＬＰ用量設定（ＤＲＦ）研究（４用量）及びピボタルＧＬＰ準拠１３週間毒性研究（７用量）の両方において、化合物（Ｅ）の非臨床安全性プロファイルを評価した。全ての生存中観察並びに多くの臨床的及び解剖学的病変観察を、化合物（Ａ１）の薬理学（Ｇｑ／１１タンパク質阻害）に関係付けることができる。所見は全て、重症度の点で最小限乃至軽度であり、試験した全ての用量レベルで３週間の回復期間のうちに完全又は部分的な可逆性を示した；従って、最も高い非重篤毒性用量（ＨＮＳＴＤ）を、７５ｍｇ／ｋｇ Ｑ２Ｗの試験した最も高い用量に設定した。
複数のＡＤＣの２つの後向き分析から、カニクイザルにおけるＢＳＡ基準の換算ＨＮＳＴＤの６分の１を用いて出発用量を選択すると、第１相試験における有効用量漸増での安全性評価の許容できる均衡が概して得られたことが見出された。この手法ではまた、治療量以下の用量レベルで患者を処置することも回避され、ＭＴＤを効率的に決定することが可能になる。上記に基づき、化合物（Ｅ）の出発用量を７５ｍｇ／ｋｇのＢＳＡ換算（ＨＮＳＴＤ）により、安全係数６を適用して計算したところ、４ｍｇ／ｋｇの出発用量が求まった。
４ｍｇ／ｋｇでの予測されるヒトＰＫに基づいた、提案される出発用量（４ｍｇ／ｋｇ Ｑ２Ｗ）及び予測される有効用量範囲（２～１５ｍｇ／ｋｇ Ｑ２Ｗ）と比べたカニクイザルにおけるＨＮＳＴＤで実現される曝露マージンを表３０に示す。
曝露量は、カニクイザルでは定常状態曝露量を表し（７１日目の平均値）、ヒトでは予測される定常状態曝露量を表す。ヒトの予測される半減期は、化合物（Ｅ）全ｍＡｂについて１６０時間、及び結合した活性ペイロードについて約４４時間である。
予測されるヒトＰＫ及び腫瘍成長阻害の計算モデルに基づけば、Ｑ２Ｗ投与の２～１５ｍｇ／ｋｇの間で実現する曝露量は、患者において抗腫瘍活性を実現するものと予測される。これらの用量設定レジメンを、実施例５に記載する研究に選択した。例えば、新たに出てくる臨床データに基づき、より多い、又はより少ない用量設定レジメン（例えば、ＱＷ又はＱ４Ｗ）が用いられてもよい。
実施例６：転移性ブドウ膜黒色腫（ＭＵＭ）及び他のＧＮＡＱ／１１突然変異体黒色腫の患者における化合物（Ｅ）の研究
本実施例は、転移性ブドウ膜黒色腫（ＭＵＭ）及び他のＧＮＡＱ／１１突然変異体黒色腫の患者における例示的ＡＤＣ、化合物（Ｅ）の第Ｉ／ＩＩ相試験について記載する。本研究の目的は、ＭＵＭ及びその他のＧＮＡＱ／１１突然変異を内包する黒色腫を持つ患者において単剤としての化合物（Ｅ）の安全性、忍容性、及び抗腫瘍活性を特徴付けることである。
目的及び評価項目
第Ｉ相の主要目的は、単剤としての化合物（Ｅ）の安全性及び忍容性を特徴付けること、並びに追加的な研究のためＭＴＤ及び／又はＲＤ及びレジメンを同定することである。主要目的の評価項目は、最初の２８日間の治療における用量制限毒性（ＤＬＴ）の発生率及び重症度、並びに臨床検査値、心電図（ＥＣＧ）、及びバイタルサインの変化を含め、有害事象（ＡＥ）及び重篤有害事象（ＳＡＥ）の発生率及び重症度を決定するものである。評価項目としての忍容性は、休薬、減量、及び中止の頻度を見ることにより決定される。
第Ｉ相の副次的目的は、１）単剤としての化合物（Ｅ）の薬物動態を特徴付けること；２）単剤としての化合物（Ｅ）の免疫原性を評価すること；及び３）単剤としての化合物（Ｅ）の予備的抗腫瘍活性を評価することである。副次的目的の評価項目は、全ｍＡｂ、結合した活性及び不活性ペイロード、及び非結合活性ペイロードのＰＫパラメータ（例えば、ＡＵＣ、Ｃｍａｘ、ＣＬ、及び半減期）を決定する。抗薬物抗体（ＡＤＡ）の有病率及び発生率、並びにＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従う最良総合効果（ＢＯＲ）及び全奏効率（ＯＲＲ）が、第Ｉ相の副次的目的（ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｏｂｊｅｃｔｉｏｎｓ）の評価項目として決定される。ＯＲＲは、研究処置の開始から、ＰＤ、死亡、新規治療の開始、同意の撤回、又は研究終了のいずれか早い方までに記録される、ＲＥＣＩＳＴ１．１による中央評価に従うときの、確定した完全奏効（ＣＲ）又は確定した部分奏効（ＰＲ）のいずれかのＢＯＲを有する患者の比率として定義される。
本研究の第ＩＩ相の主要目的は、ＲＥＣＩＳＴ１．１によるＯＲＲを評価項目として、単剤としての化合物（Ｅ）の抗腫瘍活性を評価することである。
第ＩＩ相の副次的目的は、１）単剤としての化合物（Ｅ）の抗腫瘍活性を更に評価すること；２）単剤としての化合物（Ｅ）の全生存を評価すること；３）単剤としての化合物（Ｅ）の安全性及び忍容性を更に特徴付けること；及び４）単剤としての化合物（Ｅ）の薬物動態を更に特徴付けることである。これらの目的は、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従い奏効期間（ＤｏＲ）、無増悪生存（ＰＦＳ）及びＤＣＲを決定することにより評価される。全生存もまた決定される。安全性評価項目には、臨床検査値、ＥＣＧ、及びバイタルサインの変化を含め、ＡＥ及びＳＡＥの発生率及び重症度が含まれる。忍容性評価項目は、休薬、減量、及び中止の頻度を見ることにより決定される。ＰＫパラメータには、全ｍＡｂ、結合した活性及び不活性ペイロード、及び未結合の活性ペイロード（例えば、ＡＵＣ、Ｃｍａｘ、ＣＬ、及び半減期）が含まれる。
第Ｉ相の探索的目的は、単剤としての化合物（Ｅ）の予備的な抗腫瘍活性を評価することである。第Ｉ／ＩＩ相の探索的目的は、１）腫瘍におけるＡＤＣ標的の存在を評価すること；２）腫瘍における薬力学及びＰＫ／ＰＤ関係を評価すること、及び腫瘍における標的阻害の程度を定量化すること；３）化合物（Ｅ）の薬力学（ＰＤ）効果を評価すること；４）単剤としての化合物（Ｅ）の免疫調節効果を特徴付けること；５）腫瘍及びｃｆＤＮＡにおける有効性及び／又は抵抗性の可能性のある予測的マーカーと比べたセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）の全般的な特徴及び予後マーカーを評価すること；及び６）腫瘍における処置後のトランスクリプトームプロファイルの変化を評価すること（例えば、疾患応答、モニタリング、及び腫瘍の抵抗性についてのＧＮＡＱ／１１遺伝子発現シグネチャを定義することである。探索的目的（ｅｘｐｌｏｒａｔｏｒｙ ｏｂｊｅｃｔｉｏｎｓ ）の評価項目には、ＲＥＳＣＩＳＴ ｖ１．１に従うＰＦＳ及びＯＳの評価；腫瘍におけるＰＭＥＬタンパク質発現並びにベースライン時、処置中、及び処置終了時の変化；化合物（Ｅ）に関連する化合物の曝露量及び／又は由来するＰＫパラメータの間の相関の決定；及びバイオマーカー（例えば、ベースライン時、処置中、及び処置終了時における腫瘍のＤＵＳＰ６及びＲＡＳＧＲＰ３ ｍＲＮＡ及びｐＥＲＫタンパク質発現）の変化；腫瘍組織におけるＰＤマーカーのベースラインからの変化（例えば、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、及びｐＥＲＫ）；及び腫瘍サンプルにおける免疫細胞マーカーのベースラインからの変化（例えば、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１）が含まれる。癌関連遺伝子のベースライン及びベースライン後の遺伝子変化及び／又はｃｆＤＮＡレベルのベースラインからの変化、並びにＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従う抗腫瘍評価項目及び腫瘍サンプルにおける遺伝子発現プロファイルのベースラインからの変化もまた観察される。
研究デザイン
本研究には、第Ｉ相、用量漸増パートと、続く第ＩＩ相パートとの２パートがある。用量漸増は、ＭＵＭ及びその他のＧＮＡＱ／１１突然変異を内包する黒色腫の成人患者で行う。用量漸増パートで最大耐量（ＭＴＤ）及び／又は推奨用量（ＲＤ）が決定されると、本研究は第ＩＩ相パートに続き得る。第ＩＩ相パートは、２群のＭＵＭ患者、テベンタフスプ処置歴あり群及びテベンタフスプ未経験群で行う。ＭＵＭに加えて、非ブドウ膜ＧＮＡＱ／１１突然変異体黒色腫を有する第３の患者群もまた探索してもよい。
本研究の漸増パートは、ＭＵＭ及びその他のＧＮＡＱ／１１突然変異を内包する黒色腫を有する患者で行う。用量漸増の決定は全て、過量投与制御を伴う漸増（ＥＷＯＣ）の原理に従う適応ベイズロジスティック回帰モデル（ＢＬＲＭ）が指針となる。用量漸増の間、ＭＴＤを定義するには、最低でも約１４例の患者が必要となり得る。１つ又は複数のＲＤとは、更なる探索のための推奨されるレジメン、１つ又は複数の用量及び１つ又は複数のスケジュールを指す。研究処置の安全性（用量－ＤＬＴ関係を含む）及び忍容性を評価し、ＰＫ、ＰＤ、及び予備的抗腫瘍活性を含め、利用可能な全てのデータのレビューに基づいて、第ＩＩ相パートで用いる１つ又は複数の用量及び１つ又は複数のスケジュールを含めた１つ又は複数のレジメンを同定する。
初めに、化合物（Ｅ）単剤を２週間毎（Ｑ２Ｗ）に２８日間サイクルで投与する。本研究中、予備的ＰＫ、ＰＤ、安全性及び有効性所見を含め、利用可能な非臨床及び臨床データによる裏付けがある場合には、新たに出てくるデータに基づき別の用量設定レジメン（例えば、より低頻度又はより高頻度での投与）が実施されてもよい。ＭＴＤ／１つ又は複数のＲＤが同定されると、本研究は、決められた患者集団における単剤としての化合物（Ｅ）の抗腫瘍活性を評価するための第ＩＩ相パートに続き、本研究処置の安全性、ＰＫ、及びＰＤが更に特徴付けられる。登録には、テベンタフスプ処置歴あり群及びテベンタフスプ未経験群の両方が含まれる。登録にはまた、探索するのであれば、非ブドウ膜ＧＮＡＱ／１１突然変異体黒色腫群も含まれてよい。
研究対象集団
本研究に組み入れるには、患者は以下の基準を全て満たさなければならない：
１．用量漸増研究のインフォームドコンセント時に年齢１８歳以上である。第ＩＩ相については、インフォームドコンセント時に年齢１２歳以上の患者。患者は体重が最低でも４０ｋｇなければならない。
２．年齢１８歳以上の患者についてＥＣＯＧパフォーマンスステータス１以下；年齢１６歳以上１８歳未満の患者についてカルノフスキー・パフォーマンス・ステータス７０以上；年齢１２歳以上１６歳未満の患者についてランスキーパフォーマンスステータス７０以上
３．登録時に測定可能な疾患、少なくとも１つの寸法（記録される最も長い直径）が従来技術により２０ｍｍ超又はＣＴスキャンにより１０ｍｍ超として正確に測定することのできる１つ病変がある。
４．患者は、処置を行う施設独自のガイドライン及び要件に従う研究上要求される生検を行うのに適していて、且つそれを行う意思がなければならない。
用量漸増研究（第Ｉ相）における全ての患者について：
１．ＭＵＭ患者：組織学的又は細胞学的に確定された転移性疾患を伴うブドウ膜黒色腫。患者は、処置未経験であるか、又は過去に何ラインかの処置を受けていて、直近の療法中に進行しているかのいずれかでなければならない。
２．非ＭＵＭ患者：組織学的又は細胞学的に確定された転移性疾患を伴う進行皮膚又は粘膜黒色腫であって、標準療法後に進行したもの、又は満足のいく代替療法のない、且つ各施設データに基づくＧＮＡＱ／１１突然変異のエビデンスがあるもの。
第ＩＩ相に参加する患者について：
１．テベンタフスプ未経験群：標準療法後に進行した、又は満足のいく代替療法のない、組織学的又は細胞学的に確定された転移性疾患を伴うブドウ膜黒色腫の診断。
２．テベンタフスプ前処置歴あり群：組織学的又は細胞学的に確定された転移性疾患を伴うブドウ膜黒色腫の診断。患者は過去にテベンタフスプによる処置を受けたことがあり、進行していなければならない。
３．非ＭＵＭ患者：標準療法後に進行した、又は満足のいく代替療法のない、組織学的又は細胞学的に確定された転移性疾患を伴う、各施設データに基づくＧＮＡＱ／１１突然変異を内包する皮膚又は粘膜黒色腫の診断がある患者。
以下の基準のいずれかを満たす患者は、本研究に組み入れるのは適格でない：
１．本研究で処置されるもの以外の悪性疾患。
２．活動性脳転移、即ち、症候性脳転移又は既知の軟膜疾患。
３．生検の妨げとなり得る活動性出血又は出血性素因又は重大な凝血異常（家族性を含む）若しくは長期全身性抗凝固療法を必要とする医学的状態のエビデンス。
４．治験責任医師の意見によれば、重篤なインフュージョンリアクションのリスクを増加させ得るような、ＡＤＣ又はモノクローナル抗体に対するアナフィラキシー反応又は他の重度の過敏症／インフュージョンリアクションの既往歴。
５．研究処置の初回投与前における定められた時間枠の中での以下の抗癌療法のいずれかによる処置：
ａ．フルオロピリミジン療法について２週間以内
ｂ．研究処置の初回投与前の放射線療法について４週間以内又は２週間以内の緩和のための限局照射法。
ｃ．化学療法又は生物学的療法（モノクローナル抗体を含む）又は連続若しくは間欠小分子治療薬又は任意の他の治験薬について４週間以内又は５半減期以内（いずれか短い方）。
ｄ．ニトロソウレア及びマイトマイシンＣなど、遅延性の主毒性を伴う細胞傷害性薬剤について６週間以内。
ｅ．ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、又はＰＤ－Ｌ１アンタゴニストなど、免疫腫瘍学的療法について４週間以内。
ｆ．テベンタフスプ処置について４週間以内
６．処置を必要とするうっ血性心不全などの臨床的に重大な及び／又はコントロールされていない心疾患（ＮＹＨＡグレード２以上）又は医学的処置にもかかわらず臨床的に重大な不整脈。
他の組入れ／除外基準が適用されてもよい。
研究処置
化合物（Ｅ）は、バイアルに入った１００ｍｇ凍結乾燥物（注入用溶液用の粉末）として提供する。出発用量は４ｍｇ／ｋｇで、２週間毎に１回（Ｑ２Ｗ）静脈内投与される。表３１は、出発用量及び本研究で評価される用量レベルについて記載する。
薬物動態
本研究の用量漸増及び第ＩＩ相パートの全ての患者から、血清、血漿、及び血液中の化合物（Ｅ）の単回投与及び定常状態ＰＫを特徴付けるため、血液サンプル系列を収集する。加えて、残りの血漿／血清／血液サンプルを探索的ＰＫ及び／又はバイオマーカー分析に使用し得る可能性がある。これには、十分なサンプルが残っている場合に、残りの血清、血漿、及び血液サンプルをタンパク質結合分析、代謝産物プロファイリング、探索的バイオマーカー分析、タンパク質結合、又は他のアッセイに用いることが含まれ得る。
バリデートされたリガンド結合アッセイでヒト血清中の化合物（Ｅ）の（全抗体としての）濃度を決定する。パパインとのインキュベーションと、続く液体クロマトグラフィ－タンデム質量分析法（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）分析を用いるバリデートされたアッセイで、結合した活性及び不活性リン酸化ペイロードの濃度を分析する。バリデートされたＬＣ－ＭＳ／ＭＳアッセイで、血中における未結合の濃度を決定する。バリデートされたリガンド結合アッセイで抗薬物抗体を分析する。
バイオマーカー
バイオマーカー分析を用いて研究療法効果を分子及び細胞レベルで調べるとともに、マーカーの変化がどのように曝露量及び臨床アウトカムに関係し得るかを決定する。加えて、可能性のある有効性の予測的マーカー、並びに抵抗性の機構について調べてもよい。例示的バイオマーカーを表３２に記載する。
新たに入手された処置前及び処置中腫瘍サンプル対が必要であり、スクリーニング時、処置中及び疾患進行時（任意選択）に収集する。腫瘍組織において、幾つかの免疫チェックポイント標的の状態、標的調節及び細胞集団を分析し得る。限定はされないが、ＰＭＥＬ１７及びｐＥＲＫを含めた、バイオマーカーの発現及び局在については、ＩＨＣによるか、又は好適と見なされる追加的な技法を用いて測定し得る。ｍＲＮＡにおけるＤＵＳＰ６及びＲＡＳＧＲＰ３の発現に関して腫瘍標本を調べる。腫瘍において癌関連遺伝子のシーケンシングを実施し得る。腫瘍は、スクリーニング時、処置中、及び処置終了時にシーケンシングし得る。処置中及び処置終了時に血液を採取して、ｃｆＤＮＡの配列解析を可能にする。この分析は、種々の時点での腫瘍及びｃｆＤＮＡにおける新たに現れる、既存の、及び抵抗性の突然変異の存在並びに潜在的な腫瘍突然変異負荷を探索し、臨床応答及び腫瘍抵抗性の発生とのそれらの関係を調べるものである。研究中、残りのバイオマーカー及び／又はＰＫサンプルがあれば、上記に指定したバイオマーカーに加えて探索的バイオマーカー研究を行ってもよい。
他の例が、国際公開第２０２０／１２８６１２号パンフレット及び米国特許出願公開第２０２０／０１９７５２８号明細書（これらは全体として参照により援用される）に記載される。
参照による援用
本明細書において言及される全ての刊行物、特許、特許出願、及びアクセッション番号は、各個別の刊行物又は特許が参照によって援用されることが具体的且つ個別的に指示されたものとして本明細書によって全体として参照により援用される。
均等物
本発明は、具体的な態様を参照して開示されているが、当業者が、本発明の真の趣旨及び範囲から逸脱することなく、本発明の他の態様及び変形例を想定し得ることは明らかである。添付の特許請求の範囲は、かかる態様及びその均等変形例の全てを含むと解釈されることが意図される。

Claims (382)

  1. 式（Ａ１）の構造を有する化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、非天然プロモータに作動可能に連結されているヌクレオチド配列を含む核酸を含む、微生物。
  2. 前記化合物を天然に産生する微生物の遺伝子操作された形態である、請求項１に記載の微生物。
  3. 細菌、例えば、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）である、請求項１又は２に記載の微生物。
  4. クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）である、請求項１～３のいずれか一項に記載の微生物。
  5. 単離微生物又は合成微生物である、請求項１～４のいずれか一項に記載の微生物。
  6. 前記核酸が前記微生物の染色体上に位置し、例えば、天然に前記染色体上に位置するか、又は前記染色体に安定に組み込まれている、請求項１～５のいずれか一項に記載の微生物。
  7. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に位置する、請求項１～６のいずれか一項に記載の微生物。
  8. 前記ＢＧＣが、例えば図１に示される、化合物（Ａ１）－ＢＧＣである、請求項１～７のいずれか一項に記載の微生物。
  9. 前記ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の微生物。
  10. 前記ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びｆｒｓＨ、又はそのホモログを含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の微生物。
  11. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログに位置する、請求項１～１０のいずれか一項に記載の微生物。
  12. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１１のいずれか一項に記載の微生物。
  13. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１２のいずれか一項に記載の微生物。
  14. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１３のいずれか一項に記載の微生物。
  15. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１４のいずれか一項に記載の微生物。
  16. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１５のいずれか一項に記載の微生物。
  17. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１６のいずれか一項に記載の微生物。
  18. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１７のいずれか一項に記載の微生物。
  19. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１～１８のいずれか一項に記載の微生物。
  20. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の微生物。
  21. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物。
  22. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載の微生物。
  23. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２２のいずれか一項に記載の微生物。
  24. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２３のいずれか一項に記載の微生物。
  25. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２４のいずれか一項に記載の微生物。
  26. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載の微生物。
  27. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２６のいずれか一項に記載の微生物。
  28. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１～２７のいずれか一項に記載の微生物。
  29. 前記核酸が、配列番号３１７のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を使用した（例えば、プロモータ交換のための）相同組換えイベントの結果として生じるヌクレオチド配列を含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の微生物。
  30. 前記核酸が、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１～２９のいずれか一項に記載の微生物。
  31. 前記非天然プロモータが、同じ微生物からのものである、請求項１～３０のいずれか一項に記載の微生物。
  32. 前記非天然プロモータが、異なる微生物からのものである、請求項１～３０のいずれか一項に記載の微生物。
  33. 前記非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、ｒｂｓプロモータ、Ｊ２３１１９プロモータ、ｐＬｐｐプロモータ、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータ、Ｐｅｍ７、又はＥｒｍＥ＊プロモータを含み、任意選択で、前記非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、又はｒｂｓプロモータを含む、請求項１～３２のいずれか一項に記載の微生物。
  34. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３３のいずれか一項に記載の微生物。
  35. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３４のいずれか一項に記載の微生物。
  36. 前記非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  37. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３６のいずれか一項に記載の微生物。
  38. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３７のいずれか一項に記載の微生物。
  39. 前記非天然プロモータが、ｎｐｔＩＩプロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  40. 前記非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３５又は３９のいずれか一項に記載の微生物。
  41. 前記非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３５、３９、又は４０のいずれか一項に記載の微生物。
  42. 前記非天然プロモータが、ｒｂｓプロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  43. 前記非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３５又は４２のいずれか一項に記載の微生物。
  44. 前記非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３５、４２、又は４３のいずれか一項に記載の微生物。
  45. 前記非天然プロモータが、Ｊ２３１１９プロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  46. 前記非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３５又は４５のいずれか一項に記載の微生物。
  47. 前記非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３５、４５、又は４６のいずれか一項に記載の微生物。
  48. 前記非天然プロモータが、ｐＬｐｐプロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  49. 前記非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３５又は４８のいずれか一項に記載の微生物。
  50. 前記非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３５、４８又は４９のいずれか一項に記載の微生物。
  51. 前記非天然プロモータが、Ｐｅｍ７プロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  52. 前記非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３５又は５１のいずれか一項に記載の微生物。
  53. 前記非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３５、５１、又は５２のいずれか一項に記載の微生物。
  54. 前記非天然プロモータが、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  55. 前記非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３５又は５４のいずれか一項に記載の微生物。
  56. 前記非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３５、５４、又は５５のいずれか一項に記載の微生物。
  57. 前記非天然プロモータが、ＥｒｍＥ＊プロモータを含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の微生物。
  58. 前記非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１～３５又は５７のいずれか一項に記載の微生物。
  59. 前記非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１～３５、５７、又は５８のいずれか一項に記載の微生物。
  60. 前記非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、又はＦｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）の転写を制御する、請求項１～５９のいずれか一項に記載の微生物。
  61. 前記非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの転写を制御する、請求項１～６０のいずれか一項に記載の微生物。
  62. 前記非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、又はそのホモログの前記コード領域の上流、例えば、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの全部の前記コード領域の上流に挿入される、請求項１～６１のいずれか一項に記載の微生物。
  63. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、非リボソームペプチド合成酵素（ＮＲＰＳ）又はその機能性フラグメントである、請求項１～６２のいずれか一項に記載の微生物。
  64. 前記ＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログである、請求項１～６３のいずれか一項に記載の微生物。
  65. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、ＭｂｔＨ様タンパク質又はその機能性フラグメントである、請求項１～６４のいずれか一項に記載の微生物。
  66. 前記ＭｂｔＨ様タンパク質が、ＦｒｓＢ又はそのホモログである、請求項１～６５のいずれか一項に記載の微生物。
  67. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、リンゴ酸デヒドロゲナーゼである、請求項１～６６のいずれか一項に記載の微生物。
  68. 前記リンゴ酸デヒドロゲナーゼが、ＦｒｓＣ又はそのホモログである、請求項１～６７のいずれか一項に記載の微生物。
  69. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、ヒドロキシラーゼである、請求項１～６８のいずれか一項に記載の微生物。
  70. 前記ヒドロキシラーゼが、ＦｒｓＨ又はそのホモログである、請求項１～６９のいずれか一項に記載の微生物。
  71. 前記核酸が、前記化合物の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、請求項１～７０のいずれか一項に記載の微生物。
  72. 前記化合物の産生に関連する前記複数のポリペプチドが、複数のＮＲＰＳ、又はその機能性フラグメントを含む、請求項１～７１のいずれか一項に記載の微生物。
  73. 前記複数のＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログのうちの２つ以上（例えば、３、４つ、又は全部）を含む、請求項１～７２のいずれか一項に記載の微生物。
  74. 前記化合物の産生に関連する前記複数のポリペプチドが、ＮＲＰＳ、ＭｂｔＨ様タンパク質、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、及びヒドロキシラーゼ、又はその機能性フラグメントを含む、請求項１～７３のいずれか一項に記載の微生物。
  75. 前記化合物の産生に関連する前記複数のポリペプチドが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む、請求項１～７４のいずれか一項に記載の微生物。
  76. 前記微生物が、前記化合物の力価の増加を呈する、請求項１～７５のいずれか一項に記載の微生物。
  77. 前記化合物の力価が、前記化合物の産生を許容する条件下で培養したとき、参照微生物、例えば、前記化合物（Ａ１）－ＢＧＣに前記非天然プロモータを含まない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍に増加する、請求項１～７６のいずれか一項に記載の微生物。
  78. 前記化合物の力価が、前記化合物の産生を許容する条件下で培養したとき、参照微生物、例えば、前記化合物（Ａ１）－ＢＧＣに前記非天然プロモータを含まない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して少なくとも約１００ｍｇ／Ｌ、２００ｍｇ／Ｌ、３００ｍｇ／Ｌ、４００ｍｇ／Ｌ、５００ｍｇ／Ｌ、６００ｍｇ／Ｌ、７００ｍｇ／Ｌ、８００ｍｇ／Ｌ、９００ｍｇ／Ｌ、又は１０００ｍｇ／Ｌ増加する、請求項１～７７のいずれか一項に記載の微生物。
  79. 前記化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、請求項１～７８のいずれか一項に記載の微生物。
  80. 前記天然産物が、ビオラセイン、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、請求項１～７９のいずれか一項に記載の微生物。
  81. 前記化合物の単離を妨げる前記天然産物のＢＧＣの少なくとも一部分が欠失している、請求項１～８０のいずれか一項に記載の微生物。
  82. 前記ビオラセイン－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、請求項１～８１のいずれか一項に記載の微生物。
  83. 前記化合物Ｊ－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、請求項１～８２のいずれか一項に記載の微生物。
  84. 前記化合物Ｊ－ＢＧＣが、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、及び化合物Ｄの産生に関連する、請求項１～８３のいずれか一項に記載の微生物。
  85. 前記ビオラセイン－ＢＧＣ及び前記化合物Ｊ－ＢＧＣの両方が改変されている、例えば、破壊されている、請求項１～８４のいずれか一項に記載の微生物。
  86. 前記天然産物の産生が、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％減少する、請求項１～８５のいずれか一項に記載の微生物。
  87. 前記微生物が、前記化合物の単離収率の増加を呈する、請求項１～８６のいずれか一項に記載の微生物。
  88. 前記化合物の単離収率が、参照微生物、例えば、前記化合物の単離を妨げる前記天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又はそれ以上増加する、請求項１～８７のいずれか一項に記載の微生物。
  89. 前記化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されていない、例えば、破壊されていない、請求項１～８８のいずれか一項に記載の微生物。
  90. 式（Ａ１）の構造を有する化合物を産生する微生物であって、前記化合物の単離を妨げる天然産物のＢＧＣが改変されている、微生物。
  91. 前記天然産物が、ビオラセイン、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、請求項９０に記載の微生物。
  92. 前記化合物の単離を妨げる前記天然産物のＢＧＣの少なくとも一部分が欠失している、請求項９０又は９１に記載の微生物。
  93. 前記ビオラセイン－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、請求項９０～９２のいずれか一項に記載の微生物。
  94. 前記化合物Ｊ－ＢＧＣが改変されている、例えば、破壊されている、請求項９０～９３のいずれか一項に記載の微生物。
  95. 前記化合物Ｊ－ＢＧＣが、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、及び化合物Ｄの産生に関連する、請求項９０～９４のいずれか一項に記載の微生物。
  96. 前記ビオラセイン－ＢＧＣ及び前記化合物Ｊ－ＢＧＣの両方が改変されている、例えば、破壊されている、請求項９０～９５のいずれか一項に記載の微生物。
  97. 前記天然産物の産生が、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％減少する、請求項９０～９６のいずれか一項に記載の微生物。
  98. 前記化合物の単離収率の増加を呈する、請求項９０～９７のいずれか一項に記載の微生物。
  99. 前記化合物の単離収率が、参照微生物、例えば、前記化合物の単離を妨げる前記天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又はそれ以上増加する、請求項９０～９８のいずれか一項に記載の微生物。
  100. 式（Ａ１）の構造を有する化合物を産生する方法であって、
    前記化合物の発現を許容する条件下で請求項１～９９のいずれか一項に記載の微生物を培養すること（例えば、発酵させること）
    を含み、
    それによって前記化合物を産生する方法。
  101. 前記微生物を５０Ｌ～５００Ｌ規模、例えば、５０Ｌ、１００Ｌ、１５０Ｌ、２００Ｌ、２５０Ｌ、３００Ｌ、３５０Ｌ、４００Ｌ、４５０Ｌ、又は５００Ｌ規模で培養する（例えば、発酵させる）、請求項１００に記載の方法。
  102. 前記微生物を１，０００Ｌ～２０，０００Ｌ規模、例えば、１，０００Ｌ～１０，０００Ｌ又は１０，０００Ｌ～２０，０００Ｌ、例えば、１，０００Ｌ、２，０００Ｌ、５，０００Ｌ、７，５００Ｌ、１０，０００Ｌ、１５，０００Ｌ、又は２０，０００Ｌ規模で培養する（例えば、発酵させる）、請求項１００に記載の方法。
  103. 培養すると（例えば、発酵させると）、少なくとも２００ｍＬの前記化合物、例えば、少なくとも２５０ｍｇ／ｍＬ、３００ｍｇ／Ｌ、４００ｍｇ／Ｌ、５００ｍｇ／Ｌ、６００ｍｇ／Ｌ、７００ｍｇ／Ｌ、８００ｍｇ／Ｌ、９００ｍｇ／Ｌ、１０００ｍｇ／Ｌ、１１００ｍｇ／Ｌ、１２００ｍｇ／Ｌ、１３００ｍｇ／Ｌ、１４００ｍｇ／Ｌ、１５００ｍｇ／Ｌ、１６００ｍｇ／Ｌ、１７００ｍｇ／Ｌ、１８００ｍｇ／Ｌ、１９００ｍｇ／Ｌ、又は２０００ｍｇ／Ｌの前記化合物の力価が生み出される、請求項１００～１０２のいずれか一項に記載の方法。
  104. 例えば、本明細書に記載の方法により決定したとき、前記化合物を、例えば、少なくとも９０％、例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の純度にまで単離することを更に含む、請求項１００～１０３のいずれか一項に記載の方法。
  105. 式（Ａ１）の構造を有する化合物の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、非天然プロモータに作動可能に連結されているヌクレオチド配列を含む核酸。
  106. 前記核酸が前記微生物の染色体上に位置し、例えば、天然に前記染色体上に位置するか、又は前記染色体に安定に組み込まれている、請求項１０５に記載の核酸。
  107. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）に位置する、請求項１０５又は１０６に記載の核酸。
  108. 前記ＢＧＣが、化合物（Ａ１）－ＢＧＣである、請求項１０５～１０７のいずれか一項に記載の核酸。
  109. 前記化合物（Ａ１）－ＢＧＣが、図１に示される遺伝子構成を有する、請求項１０５～１０８のいずれか一項に記載の核酸。
  110. 前記ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、又はｆｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）を含む、請求項１０５～１０９のいずれか一項に記載の核酸。
  111. 前記ＢＧＣが、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びｆｒｓＨ、又はそのホモログを含む、請求項１０５～１１０のいずれか一項に記載の核酸。
  112. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログに位置する、請求項１０５～１１１のいずれか一項に記載の核酸。
  113. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１２のいずれか一項に記載の核酸。
  114. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１３のいずれか一項に記載の核酸。
  115. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１４のいずれか一項に記載の核酸。
  116. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１５のいずれか一項に記載の核酸。
  117. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１６のいずれか一項に記載の核酸。
  118. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１７のいずれか一項に記載の核酸。
  119. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１８のいずれか一項に記載の核酸。
  120. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む領域に位置する、請求項１０５～１１９のいずれか一項に記載の核酸。
  121. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、ｆｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２０のいずれか一項に記載の核酸。
  122. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２１のいずれか一項に記載の核酸。
  123. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ及びｆｒｓＢ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２２のいずれか一項に記載の核酸。
  124. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、及びｆｒｓＣ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２３のいずれか一項に記載の核酸。
  125. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、及びｆｒｓＤ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２４のいずれか一項に記載の核酸。
  126. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、及びｆｒｓＥ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２５のいずれか一項に記載の核酸。
  127. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、及びｆｒｓＦ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２６のいずれか一項に記載の核酸。
  128. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、及びｆｒｓＧ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２７のいずれか一項に記載の核酸。
  129. 前記化合物の産生に関連するポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列が、ｆｒｓＡ、ｆｒｓＢ、ｆｒｓＣ、ｆｒｓＤ、ｆｒｓＥ、ｆｒｓＦ、ｆｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログのコード配列を含む、請求項１０５～１２８のいずれか一項に記載の核酸。
  130. 配列番号３１７のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を使用した（例えば、プロモータ交換のための）相同組換えイベントの結果として生じるヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１２９のいずれか一項に記載の核酸。
  131. ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３０のいずれか一項に記載の核酸。
  132. 前記非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、ｒｂｓプロモータ、Ｊ２３１１９プロモータ、ｐＬｐｐプロモータ、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータ、Ｐｅｍ７、又はＥｒｍＥ＊プロモータを含み、任意選択で、前記非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータ、ｎｐｔＩＩプロモータ、又はｒｂｓプロモータを含む、請求項１０５～１３１のいずれか一項に記載の核酸。
  133. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３２のいずれか一項に記載の核酸。
  134. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４～２６６、２６８～２７１、又は３１６のうちのいずれかのヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３３のいずれか一項に記載の核酸。
  135. 前記非天然プロモータが、ｖｉｏＰプロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  136. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３５のいずれか一項に記載の核酸。
  137. 前記非天然プロモータが、配列番号２６４のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３６のいずれか一項に記載の核酸。
  138. 前記非天然プロモータが、ｎｐｔＩＩプロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  139. 前記非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３４又は１３８のいずれか一項に記載の核酸。
  140. 前記非天然プロモータが、配列番号２６５のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３４、１３８、又は１３９のいずれか一項に記載の核酸。
  141. 前記非天然プロモータが、ｒｂｓプロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  142. 前記非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３４又は１４１のいずれか一項に記載の核酸。
  143. 前記非天然プロモータが、配列番号２６６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３４、１４１又は１４２のいずれか一項に記載の核酸。
  144. 前記非天然プロモータが、Ｊ２３１１９プロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  145. 前記非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３４又は１４４のいずれか一項に記載の核酸。
  146. 前記非天然プロモータが、配列番号３１６のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３４、１４４、又は１４５のいずれか一項に記載の核酸。
  147. 前記非天然プロモータが、ｐＬｐｐプロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  148. 前記非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３４又は１４７のいずれか一項に記載の核酸。
  149. 前記非天然プロモータが、配列番号２６８のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３４、１４７、又は１４８のいずれか一項に記載の核酸。
  150. 前記非天然プロモータが、Ｐｅｍ７プロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  151. 前記非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３４又は１５０のいずれか一項に記載の核酸。
  152. 前記非天然プロモータが、配列番号２６９のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３４、１５０、又は１５１のいずれか一項に記載の核酸。
  153. 前記非天然プロモータが、ＰＳ１２ｂｕｒｋプロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  154. 前記非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３４又は１５３のいずれか一項に記載の核酸。
  155. 前記非天然プロモータが、配列番号２７０のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３４、１５３、又は１５４のいずれか一項に記載の核酸。
  156. 前記非天然プロモータが、ＥｒｍＥ＊プロモータを含む、請求項１０５～１３４のいずれか一項に記載の核酸。
  157. 前記非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するか、又はそれと６０、５０、４０、３０、２０、１５、１０、５、又は２ヌクレオチドを超えて異ならないヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１３４又は１５６のいずれか一項に記載の核酸。
  158. 前記非天然プロモータが、配列番号２７１のヌクレオチド配列、又はその機能性フラグメントを含むか、又はそれからなる、請求項１０５～１３４、１５６、又は１５７のいずれか一項に記載の核酸。
  159. 前記非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、又はＦｒｓＨ、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７つ、又は全部）の転写を制御する、請求項１０５～１５８のいずれか一項に記載の核酸。
  160. 前記非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの転写を制御する、請求項１０５～１５９のいずれか一項に記載の核酸。
  161. 前記非天然プロモータが、ＦｒｓＡ、又はそのホモログの前記コード領域の上流、例えば、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログの全部の前記コード領域の上流に挿入される、請求項１０５～１６０のいずれか一項に記載の核酸。
  162. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、非リボソームペプチド合成酵素（ＮＲＰＳ）又はその機能性フラグメントである、請求項１０５～１６１のいずれか一項に記載の核酸。
  163. 前記ＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログである、請求項１０５～１６２のいずれか一項に記載の核酸。
  164. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、ＭｂｔＨ様タンパク質又はその機能性フラグメントである、請求項１０５～１６３のいずれか一項に記載の核酸。
  165. 前記ＭｂｔＨ様タンパク質が、ＦｒｓＢ又はそのホモログである、請求項１０５～１６４のいずれか一項に記載の核酸。
  166. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、リンゴ酸デヒドロゲナーゼである、請求項１０５～１６５のいずれか一項に記載の核酸。
  167. 前記リンゴ酸デヒドロゲナーゼが、ＦｒｓＣ又はそのホモログである、請求項１０５～１６６のいずれか一項に記載の核酸。
  168. 前記化合物の産生に関連する前記ポリペプチドが、ヒドロキシラーゼである、請求項１０５～１６７のいずれか一項に記載の核酸。
  169. ヒドロキシラーゼが、ＦｒｓＨ又はそのホモログである、請求項１０５～１６８のいずれか一項に記載の核酸。
  170. 前記化合物の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、請求項１０５～１６９のいずれか一項に記載の核酸。
  171. 前記化合物の産生に関連する前記複数のポリペプチドが、複数のＮＲＰＳ、又はその機能性フラグメントを含む、請求項１０５～１７０のいずれか一項に記載の核酸。
  172. 前記複数のＮＲＰＳが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、又はＦｒｓＧ、又はそのホモログのうちの２つ以上（例えば、３、４つ、又は全部）を含む、請求項１０５～１７１のいずれか一項に記載の核酸。
  173. 前記化合物の産生に関連する前記複数のポリペプチドが、ＮＲＰＳ、ＭｂｔＨ様タンパク質、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、及びヒドロキシラーゼ、又はその機能性フラグメントを含む、請求項１０５～１７２のいずれか一項に記載の核酸。
  174. 前記化合物の産生に関連する前記複数のポリペプチドが、ＦｒｓＡ、ＦｒｓＢ、ＦｒｓＣ、ＦｒｓＤ、ＦｒｓＥ、ＦｒｓＦ、ＦｒｓＧ、及びＦｒｓＨ、又はそのホモログを含む、請求項１０５～１７３のいずれか一項に記載の核酸。
  175. 化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
  176. 単離核酸、天然に存在しない核酸、又は合成核酸である、請求項１７５に記載の核酸。
  177. 突然変異、例えば、欠失を含む、請求項１７５又は１７６に記載の核酸。
  178. 化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、請求項１７５～１７７のいずれか一項に記載の核酸。
  179. 前記ヌクレオチド配列が、ＢＧＣからのものである、請求項１７５～１７８のいずれか一項に記載の核酸。
  180. 前記ＢＧＣが、化合物Ｊ－ＢＧＣである、請求項１７９に記載の核酸。
  181. 前記化合物Ｊ－ＢＧＣが、図１に示される遺伝子構成を有する、請求項１８０に記載の核酸。
  182. 前記ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、又はｄｉｓ４、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、請求項１７５～１８１のいずれか一項に記載の核酸。
  183. 前記ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、及びｄｉｓ４、又はそのホモログを含む、請求項１７５～１８２のいずれか一項に記載の核酸。
  184. ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１７５～１８３のいずれか一項に記載の核酸。
  185. 請求項１０５～１８４のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
  186. 請求項１０５～１８４のいずれか一項に記載の核酸又は請求項１８５に記載のベクターを含む細胞。
  187. 細胞を操作する方法であって、
    化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を改変すること
    を含み、
    それによって前記細胞を操作する方法。
  188. 前記細胞が、式（Ａ１）の構造を有する化合物を天然に産生する微生物である、請求項１８７に記載の方法。
  189. 前記微生物が、細菌、例えば、クロモバクテリウム属（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）である、請求項１８７又は１８８に記載の方法。
  190. 前記微生物が、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）、例えば、クロモバクテリウム・ワクチニイ（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｃｃｉｎｉｉ）ＤＳＭ ２５１５０（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２３１４、＝ＮＲＲＬ Ｂ－５０８４０、＝ＭＷＵ２０５）である、請求項１８７～１８９のいずれか一項に記載の方法。
  191. 前記ヌクレオチド配列が破壊されていて、例えば、前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分が欠失している、請求項１８７～１９０のいずれか一項に記載の方法。
  192. 前記核酸が、化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上の産生に関連する複数のポリペプチドをコードする複数のヌクレオチド配列を含む、請求項１８７～１９１のいずれか一項に記載の方法。
  193. 化合物Ｊ、化合物Ｆ５、化合物Ｆ３、又は化合物Ｄのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）の産生が、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％減少する、請求項１８７～１９２のいずれか一項に記載の方法。
  194. 前記ヌクレオチド配列が、ＢＧＣからのものである、請求項１８７～１９３のいずれか一項に記載の方法。
  195. 前記ＢＧＣが、化合物Ｊ－ＢＧＣである、請求項１９４に記載の方法。
  196. 前記化合物Ｊ－ＢＧＣが、図１に示される遺伝子構成を有する、請求項１９５に記載の方法。
  197. 前記ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、又はｄｉｓ４、又はそのホモログのうちの１つ以上（例えば、２、３つ、又は全部）を含む、請求項１８７～１９６のいずれか一項に記載の方法。
  198. 前記ヌクレオチド配列が、ｄｉｓ１、ｄｉｓ２、ｄｉｓ３、及びｄｉｓ４、又はそのホモログを含む、請求項１８７～１９７のいずれか一項に記載の方法。
  199. 前記核酸が、ヌクレオチド配列に関連するＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＢａｎｋＩｔ２４３７９６１ ＢＳｅｑ＃１ ＭＷ７３２７１９、又はその機能性フラグメント、又はそれと少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１８７～１９８のいずれか一項に記載の方法。
  200. 前記改変により、前記化合物の単離収率が増加する、請求項１８７～１９９のいずれか一項に記載の方法。
  201. 前記化合物の単離収率が、参照微生物、例えば、前記化合物の単離を妨げる前記天然産物のＢＧＣが改変されていない、他の点では同一の微生物（例えば、野生型）と比較して、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又はそれ以上増加する、請求項１８７～２００のいずれか一項に記載の方法。
  202. 部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法であって、
    １つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供すること；
    前記１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を還元することであって、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを提供すること；及び
    前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを酸化条件下に保存すること
    を含み、
    それによって前記部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生する方法。
  203. 前記１つ以上のキャッピングされたシステイン残基が、前記抗体又はその抗原結合断片の前記定常ドメイン重鎖に位置する、請求項２０２に記載の方法。
  204. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、キャッピングされたシステイン残基を４つ含む、請求項２０２又は２０３に記載の方法。
  205. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、キャッピングされたシステイン残基を２つ含む、請求項２０２～２０４のいずれか一項に記載の方法。
  206. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む、請求項２０２～２０５のいずれか一項に記載の方法。
  207. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記抗体又はその抗原結合フラグメントの各ＣＨ１領域に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む、請求項２０２～２０６のいずれか一項に記載の方法。
  208. 前記キャッピングされたシステイン残基が、操作された表面露出型のシステイン残基である、請求項２０２～２０７のいずれか一項に記載の方法。
  209. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記抗体又はその抗原結合フラグメントの前記ＣＨ１領域の残基１５２（ＥＵナンバリング）に位置するキャッピングされたシステイン残基を含む、請求項２０２～２０８のいずれか一項に記載の方法。
  210. 前記１つ以上のキャッピングされたシステイン残基が、システイン又はグルタチオンでキャッピングされている、請求項２０２～２０９のいずれか一項に記載の方法。
  211. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基が、前記抗体又はその抗原結合断片の前記定常ドメイン重鎖に位置する、請求項２０２～２１０のいずれか一項に記載の方法。
  212. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、デキャッピングされたシステイン残基を４つ含む、請求項２０２～２１１のいずれか一項に記載の方法。
  213. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、デキャッピングされたシステイン残基を２つ含む、請求項２０２～２１２のいずれか一項に記載の方法。
  214. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記抗体又はその抗原結合フラグメントのＣＨ１領域に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む、請求項２０２～２１３のいずれか一項に記載の方法。
  215. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記抗体又はその抗原結合フラグメントの各ＣＨ１領域に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む、請求項２０２～２１４のいずれか一項に記載の方法。
  216. 前記デキャッピングされたシステイン残基が、操作された表面露出型のシステイン残基である、請求項２０２～２１５のいずれか一項に記載の方法。
  217. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記抗体又はその抗原結合フラグメントの前記ＣＨ１領域の残基１５２（ＥＵナンバリング）に位置するデキャッピングされたシステイン残基を含む、請求項２０２～２１６のいずれか一項に記載の方法。
  218. １つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む前記抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と接触させることにより前記１つ以上のキャッピングされたシステイン残基を還元することを含み、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又は抗原結合フラグメントを提供する、請求項２０２～２１７のいずれか一項に記載の方法。
  219. 前記還元洗浄緩衝液が、５ｍＭ～５０ｍＭのシステイン、例えば、１０ｍＭ～４０ｍＭ、２０ｍＭ～３０ｍＭ、５ｍＭ～１５ｍＭ、５ｍＭ～２５ｍＭ、５ｍＭ～３５ｍＭ、５ｍＭ～４５ｍＭ、４０ｍＭ～５０ｍＭ、３０ｍＭ～５０ｍＭ、２０ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～２０ｍＭ、１５ｍＭ～２５ｍＭ、２５ｍＭ～３５ｍＭ、３０ｍＭ～４０ｍＭ、又は３５ｍＭ～４５ｍＭ、例えば、１０ｍＭ、１２ｍＭ、１４ｍＭ、１６ｍＭ、２０ｍＭ、２５ｍＭ、又は３０ｍＭを含む、請求項２０２～２１８のいずれか一項に記載の方法。
  220. 前記還元洗浄緩衝液が、５ｍＭ～１５ｍＭのシステイン、例えば、１０ｍＭのシステインを含む、請求項２０２～２１９のいずれか一項に記載の方法。
  221. 前記還元洗浄緩衝液が、６．０～７．５、例えば、６．５～７．２又は６．８～７．０のｐＨを有する、請求項２０２～２２０のいずれか一項に記載の方法。
  222. 前記還元洗浄緩衝液が、６．８～７．０、例えば、６．９のｐＨを有する、請求項２０２～２２１のいずれか一項に記載の方法。
  223. １つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む前記抗体又はその抗原結合フラグメントを前記還元洗浄緩衝液と接触させることが、カラム（例えば、カチオン交換クロマトグラフィカラム）で実施される、請求項２０２～２２２のいずれか一項に記載の方法。
  224. 前記還元洗浄緩衝液と接触させた後に溶出液中にある前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを回収することを更に含む、請求項２０２～２２３のいずれか一項に記載の方法。
  225. 前記溶出液が、５．５～６．０、例えば、５．８のｐＨを有する、請求項２０２～２２４のいずれか一項に記載の方法。
  226. 前記溶出液中の前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントの濃度が、５ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、例えば、８ｇ／Ｌ～２０ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ～１８ｇ／Ｌ、１２ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ～２０ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ～１０ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、１５ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ～２５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ～２０ｇ／Ｌ、１３ｇ／Ｌ～１４ｇ／Ｌ、１２ｇ／Ｌ～１５ｇ／Ｌ、例えば、例えば、５ｇ／Ｌ、６ｇ／Ｌ、７ｇ／Ｌ、８ｇ／Ｌ、９ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、１１ｇ／Ｌ、１２ｇ／Ｌ、１３ｇ／Ｌ、１３．５ｇ／Ｌ、１４ｇ／Ｌ、１５ｇ／Ｌ、１６ｇ／Ｌ、１７ｇ／Ｌ、１８ｇ／Ｌ、１９ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、２１ｇ／Ｌ、２２ｇ／Ｌ、２３ｇ／Ｌ、２４ｇ／Ｌ、又は２５ｇ／Ｌである、請求項２０２～２２５のいずれか一項に記載の方法。
  227. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記溶出液中に撹拌しながら保存される、請求項２０２～２２６のいずれか一項に記載の方法。
  228. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記溶出液中に撹拌せずに保存される、請求項２０２～２２７のいずれか一項に記載の方法。
  229. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、最大５０％～７０％容積まで充填された容器に、例えば、１２時間～９６時間、例えば、１２時間～８４時間、２４時間～８４時間、３６時間～７２時間、４８時間～６０時間、２４時間～７２時間、２４時間～６０時間、２４時間～４８時間、２４時間～３６時間、７２時間～８４時間、６０時間～８４時間、４８時間～８４時間、３６時間～８４時間、１２時間～３６時間、２４時間～４８時間、３６時間～６０時間、４８時間～７２時間、又は７２時間～９６時間、例えば、１２時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、又は９６時間保存される、請求項２０２～２２８のいずれか一項に記載の方法。
  230. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記最大６０％まで充填された容器に保存される、請求項２０２～２２９のいずれか一項に記載の方法。
  231. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが４８時間～７２時間、例えば、撹拌せずに保存される、請求項２０２～２３０のいずれか一項に記載の方法。
  232. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが１２時間～３６時間、例えば、２４時間、例えば、撹拌しながら保存される、請求項２０２～２３１のいずれか一項に記載の方法。
  233. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、室温で保存される、請求項２０２～２３２のいずれか一項に記載の方法。
  234. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、２℃～８℃（例えば、４℃）で、例えば、少なくとも４８時間（例えば、４８時間～９６時間）保存される、請求項２０２～２３３のいずれか一項に記載の方法。
  235. 前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントが、空気層で覆って保存される、請求項２０２～２３４のいずれか一項に記載の方法。
  236. 前記部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを精製することを更に含む、請求項２０２～２３５のいずれか一項に記載の方法。
  237. リンカー－薬物部分（例えば、本明細書に記載のリンカー－薬物部分）を前記部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントと結合させることにより抗体薬物結合体（例えば、本明細書に記載の抗体薬物結合体）を産生することを更に含む、請求項２０２～２３６のいずれか一項に記載の方法。
  238. 以下の式（Ｂ）：
    Ｒ８－ＬＢ－（Ｄ）ｎ（Ｂ）
    （式中、
    Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
    Ｒ８は、反応性基であり；
    ＬＢは、開裂性又は非開裂性リンカーであり、及び
    ｎは、１、２、３又は４である）；
    のリンカー－薬物部分を予備形成することを更に含む、請求項２０２～２３７のいずれか一項に記載の方法。
  239. 前記抗体薬物結合体を精製することを更に含む、請求項２０２～２３８のいずれか一項に記載の方法。
  240. 前記方法の結果、少なくとも７５％、例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、又は９５％のオンサイトカップリング、例えば、重鎖１本当たり１つのリンカー－薬物部分（「ＨＣ１」）が生じる、請求項２０２～２３９のいずれか一項に記載の方法。
  241. 前記方法の結果、２５％未満、例えば、少なくとも２０％、１５％、１０％、又は５％のオフサイトカップリング、例えば、軽鎖１本当たり１つのリンカー－薬物部分（「ＬＣ１」）及び／又は重鎖１本当たり２つのリンカー－薬物部分（「ＨＣ２」）が生じる、請求項２０２～２４０のいずれか一項に記載の方法。
  242. 前記方法の結果、例えば、非還元ＣＥ－ＳＤＳにより決定したとき、純度が少なくとも７０％、例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％になる、請求項２０２～２４１のいずれか一項に記載の方法。
  243. 抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体を産生する方法であって、
    １つ以上のキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はその抗原結合フラグメントを還元洗浄緩衝液と接触させることであって、それによって１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又は抗原結合フラグメントを提供すること；
    前記１つ以上のデキャッピングされたシステイン残基を含む抗体又はそのフラグメントを酸化条件下に保存することであって、それによって部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントを産生すること；及び
    リンカー－薬物部分を前記部分的に再酸化された抗体又はその抗原結合フラグメントに結合させること
    を含み、
    それによって前記抗ＰＭＥＬ１７抗体薬物結合体を産生する方法において、
    前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、ＰＭＥＬ１７に結合し；及び
    以下の式（Ｂ）の前記リンカー－薬物部分：
    Ｒ８－ＬＢ－（Ｄ）ｎ（Ｂ）
    （式中、
    Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
    Ｒ８は、反応性基であり；
    ＬＢは、開裂性又は非開裂性リンカーであり、及び
    ｎは、１、２、３又は４である）、方法。
  244. 抗体薬物結合体と、緩衝剤と、安定化剤と、界面活性剤とを含む製剤であって、
    前記製剤が、４．５～６．５のｐＨを有し；及び
    前記抗体薬物結合体が、式（Ｃ）
    Ａｂ－（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）ｙ（Ｃ）
    （式中、
    Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
    ＬＡは、リンカーであり；
    ｎは、１、２、３又は４であり、及び
    ｙは、１、２、３又は４である）
    を含む、製剤。
  245. 抗体薬物結合体が、５ｍｇ／ｍＬ～３０ｍｇ／ｍＬ、例えば、１０ｍｇ～３０ｍｇ、１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、１８ｍｇ／ｍＬ～２２ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ～２０ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬ、２５ｍｇ～３０ｍｇ／ｍＬ、２０ｍｇ／ｍＬ～３０ｍｇ／ｍＬ、５ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬ、１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、又は１８ｍｇ／ｍＬ～２２ｍｇ／ｍＬ、例えば、５ｍｇ／ｍＬ、６ｍｇ／ｍＬ、７ｍｇ／ｍＬ、８ｍｇ／ｍＬ、９ｍｇ／ｍＬ、１０ｍｇ／ｍＬ、１１ｍｇ／ｍＬ、１２ｍｇ／ｍＬ、１３ｍｇ／ｍＬ、１４ｍｇ／ｍＬ、１５ｍｇ／ｍＬ、１６ｍｇ／ｍＬ、１７ｍｇ／ｍＬ、１８ｍｇ／ｍＬ、１９ｍｇ／ｍＬ、２０ｍｇ／ｍＬ、２１ｍｇ／ｍＬ、２２ｍｇ／ｍＬ、２３ｍｇ／ｍＬ、２４ｍｇ／ｍＬ、又は２５ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する、請求項２４４に記載の製剤。
  246. 前記抗体薬物結合体が、１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、例えば、２０ｍｇ／ｍＬの濃度で存在する、請求項２４４又は２４５に記載の製剤。
  247. 前記緩衝剤が、ヒスチジン又はコハク酸塩を含む、請求項２４４～２４６のいずれか一項に記載の製剤。
  248. 前記緩衝剤が、５ｍＭ～５０ｍＭ、例えば、１０ｍＭ～４０ｎＭ、１５ｍＭ～３５ｍＭ、２０ｍＭ～３０ｍＭ、５ｍＭ～４０ｍＭ、５ｍＭ～３０ｍＭ、５ｍＭ～２０ｍＭ、５ｍＭ～１５ｍＭ、５ｍＭ～１０ｍＭ、４０ｍＭ～５０ｍＭ、３５ｍＭ～５０ｍＭ、３０ｍＭ～５０ｍＭ、２５ｍＭ～５０ｍＭ、２０ｍＭ～５０ｍＭ、１５ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～５０ｍＭ、１０ｍＭ～２０ｍＭ、１５ｍＭ～２５ｍＭ、２５ｍＭ～３５ｍＭ、３０ｍＭ～４０ｍＭ、又は３５ｍＭ～４５ｍＭ、例えば、５ｍＭ、１０ｍＭ、１５ｍＭ、２０ｍＭ、２５ｍＭ、３０ｍＭ、３５ｍＭ、４０ｍＭ、４５ｍＭ、又は５０ｍＭの濃度で存在する、請求項２４４～２４７のいずれか一項に記載の製剤。
  249. 前記緩衝剤が、１５ｍＭ～２５ｍＭ、例えば、２０ｍＭの濃度で存在する、請求項２４４～２４８のいずれか一項に記載の製剤。
  250. 前記安定化剤が、スクロース又はトレハロースを含む、請求項２４４～２４９のいずれか一項に記載の製剤。
  251. 前記安定化剤が、１００ｍＭ～５００ｍＭ、例えば、１５０ｍＭ～４５０ｍＭ、２００ｍＭ～４００ｍＭ、２５０ｍＭ～３５０ｍＭ、１００ｍＭ～４５０ｍＭ、１００ｍＭ～４００ｍＭ、１００ｍＭ～３５０ｍＭ、１００ｍＭ～３００ｍＭ、１００ｍＭ～２５０ｍＭ、１００ｍＭ～２００ｍＭ、１００ｍＭ～１５０ｍＭ、４５０ｍＭ～５００ｍＭ、４００ｍＭ～５００ｍＭ、３５０ｍＭ～５００ｍＭ、３００ｍＭ～５００ｍＭ、２５０ｍＭ～５００ｍＭ、２００ｍＭ～５００ｍＭ、１５０ｍＭ～５００ｍＭ、１５０ｍＭ～２５０ｍＭ、２００ｍＭ～２５０ｍＭ、２００ｍＭ～３００ｍＭ、３００ｍＭ～４００ｍＭ、又は３５０ｍＭ～４５０ｍＭ、例えば、１００ｍＭ、１５０ｍＭ、２００ｍＭ、２４０ｍＭ、２５０ｍＭ、３００ｍＭ、３５０ｍＭ、４００ｍＭ、４５０ｍＭ、又は５００ｍＭの濃度で存在する、請求項２４４～２５０のいずれか一項に記載の製剤。
  252. 前記安定化剤及びが、２００ｍＭ～３００ｍＭ、例えば、２４０ｍＭの濃度で存在する、請求項２４４～２５１のいずれか一項に記載の製剤。
  253. 前記界面活性剤が、ポリソルベート２０又はポリソルベート８０を含む、請求項２４４～２５２のいずれか一項に記載の製剤。
  254. 前記界面活性剤が、０．０１％～０．０６％、例えば、０．０２％～０．０５％、０．０３％～０．０４％、０．０１％～０．０５％、０．０１％～０．０４％、０．０１％～０．０３％、０．０１％～０．０２％、０．０５％～０．０６％、０．０４％～０．０６％、０．０３％～０．０６％、０．０２％～０．０６％、０．０２％～０．０４％、０．０３％～０．０５％、例えば、０．０１％、０．０２％、０．０３％、０．０４％、０．０５％、又は０．０６％の濃度で存在する、請求項２４４～２５３のいずれか一項に記載の製剤。
  255. 前記界面活性剤が、０．０１％～０．０５％、例えば、０．０２％の濃度で存在する、請求項２４４～２５４のいずれか一項に記載の製剤。
  256. 前記製剤が、４．７～５．３、５．０～６．０、５．２～５．８、５．４～５．６、５．２～６．０、５．４～６．０、５．６～６．０、５．８～６．０、５～５．８、５～５．６．０、５～５．４、５～５．２、４．８～５．２、５．１～５．３、５．２～５．４、５．３～５．５、５．５～５．７、５．６～５．８、５．７～５．９、４．９～５．５、５．５～６．１、又は５．７～６．３、例えば、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、又は６．５のｐＨを有する、請求項２４４～２５５のいずれか一項に記載の製剤。
  257. 前記製剤が、５．０～５．６、例えば、５．３のｐＨを有する、請求項２４４～２５６のいずれか一項に記載の製剤。
  258. 前記抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、前記製剤が、５．０～５．６のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  259. 前記抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、前記製剤が、５．３のｐＨを有する、請求項２５８に記載の製剤。
  260. 前記抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、前記製剤が、４．７～５．３のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  261. 前記抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、前記製剤が、５．０のｐＨを有する、請求項２６０に記載の製剤。
  262. 前記抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、前記製剤が、５．２～５．８のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  263. 前記抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、前記製剤が、５．５のｐＨを有する、請求項２６２に記載の製剤。
  264. 前記抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０３％～０．０５％含み、前記製剤が、５．２～５．８のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  265. 前記抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０４％含み、前記製剤が、５．５のｐＨを有する、請求項２６４に記載の製剤。
  266. 前記抗体薬物結合体を５ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、前記製剤が、５．２～５．８のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  267. 前記抗体薬物結合体を１０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、前記製剤が、５．５のｐＨを有する、請求項２６６に記載の製剤。
  268. 前記抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、前記製剤が、５．７～６．３のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  269. 前記抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、前記製剤が、６．０のｐＨを有する、請求項２６８に記載の製剤。
  270. 前記抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、前記製剤が、４．９～５．５のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  271. 前記抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、前記製剤が、５．２のｐＨを有する、請求項２７０に記載の製剤。
  272. 前記抗体薬物結合体を１５ｍｇ／ｍＬ～２５ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を１５ｍＭ～２５ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２００ｍＭ～３００ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０１％～０．０３％含み、前記製剤が、５．５～６．１のｐＨを有する、請求項２４４～２５７のいずれか一項に記載の製剤。
  273. 前記抗体薬物結合体を２０ｍｇ／ｍＬ、ヒスチジンを含む緩衝剤を２０ｍＭ、スクロースを含む安定化剤を２４０ｍＭ、及びポリソルベート２０を含む界面活性剤を０．０２％含み、前記製剤が、５．８のｐＨを有する、請求項２７２に記載の製剤。
  274. 凍結乾燥製剤であって、請求項２４４～２７３のいずれか一項に記載の製剤から凍結乾燥されている凍結乾燥製剤。
  275. ５ｍＬ～５．５ｍＬの前記製剤が凍結乾燥される、請求項２７４に記載の凍結乾燥製剤。
  276. Ｄの安定性が、５℃又は２５℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍高い、請求項２７４又は２７５に記載の凍結乾燥製剤。
  277. Ｄの安定性が、４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍高い、請求項２７４～２７６のいずれか一項に記載の凍結乾燥製剤。
  278. 開環構造を有するＤの割合が、５℃又は２５℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分の１である、請求項２７４～２７７のいずれか一項に記載の凍結乾燥製剤。
  279. 開環構造を有するＤの割合が、４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、凍結乾燥されていない、他の点では同一の製剤と比較して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０分の１である、請求項２７４～２７８のいずれか一項に記載の凍結乾燥製剤。
  280. ８０ｍｇ～１２０ｍｇ（例えば、１０７ｍｇ）の前記抗体薬物結合体を含む、請求項２７４～２７９のいずれか一項に記載の凍結乾燥製剤。
  281. 液体製剤であって、請求項２７４～２８０のいずれか一項に記載の凍結乾燥製剤から再構成される液体製剤。
  282. 前記製剤中の単量体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、少なくとも９５％、例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、又は９９％である、請求項２４４～２８１のいずれか一項に記載の製剤。
  283. 前記製剤中のフラグメントレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、３％未満、例えば、２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である、請求項２４４～２８２のいずれか一項に記載の製剤。
  284. 前記製剤中の凝集体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、３％未満、例えば、２．５％、２％、１．５％、１％、又は０．５％未満である、請求項２４４～２８３のいずれか一項に記載の製剤。
  285. 分解レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＳＥＣにより決定したとき、２％未満、例えば、１．５％、１％、又は０．５％未満である、請求項２４４～２８４のいずれか一項に記載の製剤。
  286. 前記製剤中の１０μｍ以上の粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、約３００粒子／ｍｌ未満、例えば、約２８０粒子／ｍＬ未満、約２６０粒子／ｍＬ未満、約２４０粒子／ｍＬ未満、約２２０粒子／ｍＬ未満、約２００粒子／ｍＬ未満、約１８０粒子／ｍＬ未満、約１６０粒子／ｍＬ未満、約１４０粒子／ｍＬ未満、約１２０粒子／ｍＬ未満、１００粒子／ｍＬ未満、８０粒子／ｍＬ、６０粒子／ｍＬ、４０粒子／ｍＬ、２０粒子／ｍＬ、又は１０粒子／ｍＬである、請求項２４４～２８５のいずれか一項に記載の製剤。
  287. 前記製剤中の１０μｍ以上の粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、３倍を超えて増加せず、例えば、２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない、請求項２４４～２８６のいずれか一項に記載の製剤。
  288. 前記製剤中の２５μｍより大きい粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、３倍を超えて増加せず、例えば、２．５、２、１．５、１、又は０．５倍を超えて増加しない、請求項２４４～２８７のいずれか一項に記載の製剤。
  289. 前記製剤中の２５μｍより大きい粒子のレベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、光遮蔽法により決定したとき、２０粒子／ｍＬ未満、例えば、１５粒子／ｍＬ、１０粒子／ｍＬ、５粒子／ｍＬ、又は２粒子／ｍＬ未満である、請求項２４４～２８８のいずれか一項に記載の製剤。
  290. 不純物レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、１５％未満、例えば、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、又は１％未満である、請求項２４４～２８９のいずれか一項に記載の製剤。
  291. 不純物レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、キャピラリー電気泳動法により決定したとき、２０％を超えて増加せず、例えば、１５％、１０％、５％、２％、又は１％を超えて増加しない、請求項２４４～２９０のいずれか一項に記載の製剤。
  292. 中性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、キャピラリーゾーン電気泳動法（ＣＺＥ）により決定したとき、５０％より高く、例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、又は９０％より高い、請求項２４４～２９１のいずれか一項に記載の製剤。
  293. 中性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、２０％を超えて低下せず、例えば、１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない、請求項２４４～２９２のいずれか一項に記載の製剤。
  294. 酸性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、３０％未満、例えば、２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である、請求項２４４～２９３のいずれか一項に記載の製剤。
  295. 酸性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、５０％を超えて増加せず、例えば、４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない、請求項２４４～２９４のいずれか一項に記載の製剤。
  296. 塩基性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で０、４、又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、３０％未満、例えば、２５％、２０％、１５％、５％、又は２％未満である、請求項２４４～２９５のいずれか一項に記載の製剤。
  297. 塩基性変異体レベルが、５℃、２５℃、又は４０℃で４週間又は８週間の保存後に、例えば、ＣＺＥにより決定したとき、５０％を超えて増加せず、例えば、４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％を超えて増加しない、請求項２４４～２９６のいずれか一項に記載の製剤。
  298. 効力が、５℃、２５℃、又は４０℃で８週間の保存後に、例えば、生物活性アッセイにより決定したとき、２５％を超えて低下せず、例えば、２０％、１５％、１０％、５％、又は２％を超えて低下しない、請求項２４４～２９７のいずれか一項に記載の製剤。
  299. 前記製剤のオスモル濃度が、２００ｍＯｓｍ／Ｌ～４００ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ～３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ～２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ～２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ～２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ～３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ～３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ～３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は３２０ｍＯｓｍ／Ｌ～３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、例えば、２００ｍＯｓｍ／Ｌ、２５０ｍＯｓｍ／Ｌ、２６０ｍＯｓｍ／Ｌ、２７０ｍＯｓｍ／Ｌ、２８０ｍＯｓｍ／Ｌ、２９０ｍＯｓｍ／Ｌ、３００ｍＯｓｍ／Ｌ、３１０ｍＯｓｍ／Ｌ、３２０ｍＯｓｍ／Ｌ、３３０ｍＯｓｍ／Ｌ、３４０ｍＯｓｍ／Ｌ、３５０ｍＯｓｍ／Ｌ、又は４００ｍＯｓｍ／Ｌである、請求項２４４～２９８のいずれか一項に記載の製剤。
  300. 請求項２７４～２９９のいずれか一項に記載の凍結乾燥製剤を含む容器。
  301. バイアル、例えば、２０Ｒガラスバイアル又は２５Ｒガラスバイアルである、請求項３００に記載の容器。
  302. 栓及びキャップ（例えば、フリップオフアルミニウムキャップ）を更に含む、請求項３００又は３０１に記載の容器。
  303. 癌の処置又は予防を必要としている対象の癌を処置し、又は予防する方法であって、前記対象に、請求項２４４～２９９のいずれか一項に記載の製剤を投与することを含む方法において、前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有し、又は前記癌が、ＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、若しくはその両方の突然変異を含有する、方法。
  304. 前記癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、請求項３０３に記載の方法。
  305. 前記癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、請求項３０４に記載の方法。
  306. 前記黒色腫が、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、粘膜黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又はその転移性病変である、請求項３０４に記載の方法。
  307. 前記製剤が、１つ以上の追加の治療化合物との組合せで前記患者に投与される、請求項３０３～３０６のいずれか一項に記載の方法。
  308. 前記１つ以上の追加の治療化合物が、化学療法的標準治療、ＭＤＭ２インヒビタ、ＭＲＣ２インヒビタ、ＰＫＣインヒビタ、ＭＡＰＫインヒビタ、共刺激分子、又はチェックポイントインヒビタから選択される、請求項３０３～３０７のいずれか一項に記載の方法。
  309. 前記共刺激分子が、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、ＳＴＩＮＧ、又はＣＤ８３リガンドのアゴニストから選択される、請求項３０８に記載の方法。
  310. 前記チェックポイントインヒビタが、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／又はＴＧＦＲβのインヒビタから選択される、請求項３０９に記載の方法。
  311. 癌の処置又は予防を必要としている対象の癌を処置し、又は予防する方法であって、前記対象に、請求項２４４～２９９のいずれか一項に記載の製剤を投与することを含む方法において、前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又は前記癌が、ＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、若しくはその両方の突然変異を含有する、方法における使用のための、請求項２４４～２９９のいずれか一項に記載の製剤。
  312. 前記癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性病変である、請求項３１１に記載の使用のための製剤。
  313. 前記癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、請求項３１２に記載の使用のための製剤。
  314. 前記黒色腫が、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、粘膜黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又はその転移性病変である、請求項３１２に記載の使用のための製剤。
  315. １つ以上の追加の治療化合物との組合せで前記患者に投与される、請求項３１１～３１４のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  316. 前記１つ以上の追加の治療化合物が、化学療法的標準治療、ＭＤＭ２インヒビタ、ＭＲＣ２インヒビタ、ＰＫＣインヒビタ、ＭＡＰＫインヒビタ、共刺激分子、又はチェックポイントインヒビタから選択される、請求項３１１～３１５のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  317. 前記共刺激分子が、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、ＳＴＩＮＧ、又はＣＤ８３リガンドのアゴニストから選択される、請求項３１１～３１６のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  318. 前記チェックポイントインヒビタが、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４及び／又はＴＧＦＲβのインヒビタから選択される、請求項３１１～３１７のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  319. ＰＭＥＬ１７を結合する前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、：
    （ａ）配列番号１、４、５又は７の重鎖ＣＤＲ１（相補性決定領域１）、配列番号２、６又は８の重鎖ＣＤＲ２（相補性決定領域２）、及び配列番号３又は９の重鎖ＣＤＲ３（相補性決定領域３）を含む重鎖可変領域；及び配列番号１４、１７又は２０の軽鎖ＣＤＲ１（相補性決定領域１）、配列番号１５又は１８の軽鎖ＣＤＲ２（相補性決定領域２）、及び配列番号１６又は１９の軽鎖ＣＤＲ３（相補性決定領域３）を含む軽鎖可変領域；
    （ｂ）配列番号３３、３６、３７又は３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４、３８又は４０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号３５又は４１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４６、４９又は５２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号４８又は５１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５、７、５７又は６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８、６１又は６２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号５９又は６３の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号６８、７１又は７４の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号６９又は７２の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号７０又は７３の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｄ）配列番号７９、８２、８３又は８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０、８４又は８６の重鎖ＣＤＲ２；配列番号８１又は８７の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号９２、９５又は９８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号９３又は９６の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号９４又は９７の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｅ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１０５又は１１１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７又は１１８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｆ）配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１２５又は１３１の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１３８又は１４１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｇ）配列番号１２３、１２６、１２７又は１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４、１２８又は１３０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１４７又は１４８の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１５５又は１５７の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｈ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１６３又は１６４の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１６９又は１７０の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｉ）配列番号１７５、１７８、１７９又は１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６、１８０又は１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１７７又は１８３の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７又は５０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１８８又は１８９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｊ）配列番号１０３、１０６、１０７又は１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４、１０８又は１１０の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１９４又は１９５の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号４９、５２又は１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２又は５０；及び配列番号２００又は２０１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｋ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２０８又は２１４の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１５３、１５６又は１５８の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号５０又は１５４の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２１９又は２２０の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｌ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３の重鎖ＣＤＲ２；配列番号２２５又は２２６の重鎖ＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；配列番号１３６、１３９又は１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１３７又は１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１又は２３２の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｍ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７又は２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域を含む重鎖可変領域；及び配列番号２４３、２４５又は２４７のＬＣＤＲ１、配列番号４７又は５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４又は２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｎ）配列番号２０６、２０９、２１０又は２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２０７、２１１又は２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２又は２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域を含む重鎖可変領域；及び配列番号１５３、１５６又は１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０又は１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８又は２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｏ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｐ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｑ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｒ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｓ）配列番号３３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｔ）配列番号３６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｕ）配列番号３７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号５１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｖ）配列番号３９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号４０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号４１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号４８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｗ）配列番号５７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｘ）配列番号６０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号５８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号６８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号６９の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｙ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号５９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７１の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７３の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｚ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号７４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号７２の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号７０の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ａａ）配列番号７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂｂ）配列番号８２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９３の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃｃ）配列番号８３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９５の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９７の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｄｄ）配列番号８５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号８７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号９８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号９６の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９４の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｅｅ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｆｆ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｇｇ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１０５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｈｈ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１１１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１ 配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１１７の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｉｉ）配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｊｊ）配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｋｋ）配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１４１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｌｌ）配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１３１の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１３８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｍｍ）配列番号１２３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｎｎ）配列番号１２６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｏｏ）配列番号１２７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１２８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５７の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｐｐ）配列番号１２９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１３０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１４８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５５の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｑｑ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｒｒ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｓｓ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１７０の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｔｔ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１６４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｕｕ）配列番号１７５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｖｖ）配列番号１７８の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１７６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｗｗ）配列番号１７９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１７７の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｘｘ）配列番号１８１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１８２の重鎖ＣＤＲ２；配列番号１８３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１８８の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｙｙ）配列番号１０３の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｚｚ）配列番号１０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０４の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１１６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号４７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ａａａ）配列番号１０７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１０８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号４９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２０１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂｂｂ）配列番号１０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１０の重鎖ＣＤＲ２、配列番号１９５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号５２の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２００の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃｃｃ）配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｄｄｄ）配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５３の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５４の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｅｅｅ）配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２０８の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２２０の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｆｆｆ）配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１４の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１５８の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号５０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２１９の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｇｇｇ）配列番号２０６の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｈｈｈ）配列番号２０９の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０７の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３６の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１３７の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｉｉｉ）配列番号２１０の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１１の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２５の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３９の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２３２の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｊｊｊ）配列番号２１２の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２１３の重鎖ＣＤＲ２、配列番号２２６の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４２の軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１４０の軽鎖ＣＤＲ２；及び配列番号２３１の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｋｋｋ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｌｌｌ）配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４３のＬＣＤＲ１、配列番号４７のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｍｍｍ）配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３７のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号２４５のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｎｎｎ）配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２３８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；及び配列番号２４７のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２４４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｏｏｏ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｐｐｐ）配列番号２０９のＨＣＤＲ１、配列番号２０７のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５３のＬＣＤＲ１、配列番号１５４のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｑｑｑ）配列番号２１０のＨＣＤＲ１、配列番号２１１のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域、及び配列番号１５６のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；又は
    （ｒｒｒ）配列番号２１２のＨＣＤＲ１、配列番号２１３のＨＣＤＲ２、及び配列番号２５３のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域；及び配列番号１５８のＬＣＤＲ１、配列番号５０のＬＣＤＲ２、及び配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項２０２～２４３のいずれか一項に記載の方法、請求項２４４～２９９のいずれか一項に記載の製剤、請求項３００～３０２のいずれか一項に記載の容器、請求項３０３～３１０のいずれか一項に記載の方法、又は請求項３１１～３１８のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  320. ＰＭＥＬ１７を結合する前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、
    （ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｃ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｄ）配列番号４２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号５３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｅ）配列番号６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｆ）配列番号８８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号９９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｇ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１１９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｈ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１４３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｉ）配列番号１４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｊ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１７１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｋ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号１９０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｌ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｍ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２２１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｎ）配列番号２２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２３３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
    （ｏ）配列番号２３９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２４８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；又は
    （ｐ）配列番号２５４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、及び配列番号２６０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、請求項２０２～２４３又は３１９のいずれか一項に記載の方法、請求項２４４～２９９又は３１９のいずれか一項に記載の製剤、請求項３００～３０２又は３１９のいずれか一項に記載の容器、請求項３０３～３１０又は３１９のいずれか一項に記載の方法、又は請求項３１１～３１９のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  321. ＰＭＥＬ１７を結合する前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、
    （ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｂ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｄ）配列番号４４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号７７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｆ）配列番号９０のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｇ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｈ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１４５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｉ）配列番号１５１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｊ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１７３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｋ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１９２のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｌ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２０４のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｍ）配列番号２１７のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２２３のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｎ）配列番号２２９のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２３５のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｏ）配列番号２４１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２５０のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｐ）配列番号２５６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２６２のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｑ）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖；
    （ｒ）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は
    （ｓ）配列番号３１５のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含む軽鎖
    を含む、請求項２０２～２４３、３１９、又は３２０のいずれか一項に記載の方法、請求項２４４～２９９、３１９、又は３２０のいずれか一項に記載の製剤、請求項３００～３０２、３１９、又は３２０のいずれか一項に記載の容器、請求項３０３～３１０、３１９、又は３２０のいずれか一項に記載の方法、又は請求項３１１～３２０のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  322. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、１つ以上のシステイン置換を含む、請求項２０２～２４３又は３１９～３２１のいずれか一項に記載の方法、請求項２４４～２９９又は３１９～３２１のいずれか一項に記載の製剤、請求項３００～３０２又は３１９～３２１のいずれか一項に記載の容器、請求項３０３～３１０又は３１９～３２１のいずれか一項に記載の方法、又は請求項３１１～３２１のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  323. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、前記抗体又はその抗原結合フラグメントの前記重鎖のＥ１５２Ｃ、Ｓ３７５Ｃ、又はＥ１５２Ｃ及びＳ３７５Ｃの両方から選択される１つ以上のシステイン置換を含み、位置が、ＥＵ体系に従ってナンバリングされる、請求項２０２～２４３又は３１９～３２２のいずれか一項に記載の方法、請求項２４４～２９９又は３１９～３２２のいずれか一項に記載の製剤、請求項３００～３０２又は３１９～３２２のいずれか一項に記載の容器、請求項３０３～３１０又は３１９～３２２のいずれか一項に記載の方法、又は請求項３１１～３２２のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  324. 前記抗体が、モノクローナル抗体、単離抗体、合成抗体、又は操作された抗体である、請求項２０２～２４３又は３１９～３２３のいずれか一項に記載の方法、請求項２４４～２９９又は３１９～３２３のいずれか一項に記載の製剤、請求項３００～３０２又は３１９～３２３のいずれか一項に記載の容器、請求項３０３～３１０又は３１９～３２３のいずれか一項に記載の方法、又は請求項３１１～３２３のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  325. 前記抗体薬物結合体が、式（Ｃ）
    Ａｂ－（ＬＡ－（Ｄ）ｎ）ｙ（Ｃ）
    （式中、
    Ｄは、ＧＮＡＱインヒビタ、ＧＮＡ１１インヒビタ又はＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタであり；
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
    ＬＡは、リンカーであり；
    ｎは、１、２、３又は４であり、及び
    ｙは、１、２、３又は４である）
    を含む、請求項２３７～２４３又は３１９～３２４のいずれか一項に記載の方法、請求項２４４～２９９又は３１９～３２４のいずれか一項に記載の製剤、請求項３００～３０２又は３１９～３２４のいずれか一項に記載の容器、請求項３０３～３１０又は３１９～３２４のいずれか一項に記載の方法、又は請求項３１１～３２４のいずれか一項に記載の使用のための製剤。
  326. 前記ｎが１である、請求項３２５に記載の方法又は製剤。
  327. 前記ｙが２である、請求項３２５又は３２６に記載の方法又は製剤。
  328. 前記リンカーが、開裂性リンカー又は非開裂性リンカーである、請求項３２５～３２７のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  329. 前記リンカーが、ＶａｌＣｉｔペプチドリンカーを含む、請求項３２５～３２８のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  330. 前記薬物部分が、ＧＮＡＱ及びＧＮＡ１１のインヒビタである、請求項３２５～３２９のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  331. Ｄが、
    である、請求項３２５～３３０のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  332. Ｄが、化合物（Ａ１）又は化合物２～１５のいずれかである、請求項３２５～３３０のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  333. 前記抗体薬物結合体が、以下の構造
    を有する、請求項３２５～３３０のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  334. 前記抗体薬物結合体が、
    以下の式（Ｃ－２）：
    （式中、
    Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
    Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
    Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
    Ｘ１は、二価結合基であり；
    Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
    Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
    Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
    ｙは、１、２、３又は４である）
    を有する、請求項３２５～３３０のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  335. 前記抗体薬物結合体が、以下の式（Ｃｂ－２）：
    （式中、
    Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
    Ｒ１、Ｒｓ、及びＲｔは、それぞれ独立して、メチル、メチルチオメチル、又はイソプロピルであり；
    Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
    Ｘ１は、二価結合基であり；
    Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
    Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
    Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
    ｙは、１、２、３又は４である）
    を有する、請求項３２５～３３０のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  336. 前記抗体薬物結合体が、以下の式（Ｃｃ－２）：
    （式中、
    Ｒ０は、メチル又はエチルであり；
    Ｒ１は、メチル又はイソプロピルであり；
    Ｒ２は、メチル又はエチルであり；
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり；
    Ｘ１は、二価結合基であり；
    Ｘ２は、自己犠牲スペーサであり；
    Ｌ１は、二価ペプチドリンカーであり；
    Ｌ２は、結合又はリンカーであり、及び
    ｙは、１、２、３又は４である）
    を有する、請求項３２５～３３０のいずれか一項に記載の方法又は製剤。
  337. 癌を処置する方法であって、それを必要としている対象に抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与することを含む方法において、前記ＡＤＣが、以下の構造：
    （式中、
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
    （ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
    （ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
    を含み；
    ｙは、２である）
    を有し；及び
    前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
    それによって前記癌を処置する方法。
  338. 前記ＡＤＣが、２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、請求項３３７に記載の方法。
  339. 前記ＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、請求項３３７に記載の方法。
  340. 前記癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、請求項３３７～３３９のいずれか一項に記載の方法。
  341. 前記癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、請求項３４０に記載の方法。
  342. 前記黒色腫が、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、悪性黒色腫、眼黒色腫、粘膜黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、又はその転移性病変である、請求項３４０に記載の方法。
  343. 前記対象が、前記ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある、請求項３３７～３４２のいずれか一項に記載の方法。
  344. 前記対象が、前記ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない、請求項３３７～３４２のいずれか一項に記載の方法。
  345. 前記Ａｂが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、請求項３３７～３４４のいずれか一項に記載の方法。
  346. 前記Ａｂが、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項３３７～３４５のいずれか一項に記載の方法。
  347. 前記重鎖が、Ａｓｎ３０６に位置するＮ－グリコシル化部位を含む、請求項３４６に記載の方法。
  348. 前記方法が、前記対象からのサンプルにおける、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを更に含む、請求項３３７～３４７のいずれか一項に記載の方法。
  349. 前記サンプルが、前記ＡＤＣの投与前、投与中及び／又は投与後に前記対象から入手される、請求項３４８に記載の方法。
  350. 前記サンプルが、腫瘍サンプル、腫瘍隣接組織サンプル、又は体液サンプル（例えば、血液、血清、髄液、又は尿）である、請求項３４８又は３４９に記載の方法。
  351. 対象の癌の処置用医薬品の製造における抗体薬物結合体（ＡＤＣ）の使用であって、前記ＡＤＣが、以下の構造：
    （式中、
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
    （ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
    （ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
    を含み；
    ｙは、２である）
    を有し；
    前記ＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与され、及び
    前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有する、使用。
  352. 前記ＡＤＣが、２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、請求項３５１に記載の使用。
  353. 前記ＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、請求項３５１に記載の使用。
  354. 前記癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、請求項３５１～３５３のいずれか一項に記載の使用。
  355. 前記癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、請求項３５４に記載の使用。
  356. 前記黒色腫が、悪性黒色腫、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、粘膜黒色腫、又はその転移性病変である、請求項３５４に記載の使用。
  357. 前記対象が、前記ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある、請求項３５１～３５６のいずれか一項に記載の使用。
  358. 前記対象が、前記ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない、請求項３５１～３５６のいずれか一項に記載の使用。
  359. 前記Ａｂが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、請求項３５１～３５８のいずれか一項に記載の使用。
  360. 前記Ａｂが、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項３５１～３５９のいずれか一項に記載の使用。
  361. 前記重鎖が、Ａｓｎ３０６に位置するＮ－グリコシル化部位を含む、請求項３６０に記載の使用。
  362. 前記使用が、前記対象からのサンプルにおける、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを更に含む、請求項３５１～３６１のいずれか一項に記載の使用。
  363. 前記サンプルが、前記ＡＤＣの投与前、投与中及び／又は投与後に前記対象から入手される、請求項３６２に記載の使用。
  364. 前記サンプルが、腫瘍サンプル、腫瘍隣接組織サンプル、又は体液サンプル（例えば、血液、血清、髄液、又は尿）である、請求項３６２又は３６３に記載の使用。
  365. 対象の癌を処置する方法における使用のための抗体薬物結合体（ＡＤＣ）であって、以下の構造：
    （式中、
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
    （ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
    （ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
    を含み；
    ｙは、２である）
    を有し；
    前記ＡＤＣが、１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与され、及び
    前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有する、使用のためのＡＤＣ。
  366. ２ｍｇ／ｋｇ～１５ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、請求項３６５に記載の使用のためのＡＤＣ。
  367. １ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、又は１６ｍｇ／ｋｇの用量で２週間に１回静脈内投与される、請求項３６５に記載の使用のためのＡＤＣ。
  368. 前記癌が、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫、眼癌、眼新生物、黒色腫、又はその転移性癌である、請求項３５５～３６７のいずれか一項に記載の使用のためのＡＤＣ。
  369. 前記癌腫が、肝細胞癌、又はその転移性病変である、請求項３６８に記載の使用のためのＡＤＣ。
  370. 前記黒色腫が、悪性黒色腫、ブドウ膜黒色腫、非ブドウ膜黒色腫、眼黒色腫、皮下黒色腫、皮膚黒色腫、粘膜黒色腫、又はその転移性病変である、請求項３６８に記載の使用のためのＡＤＣ。
  371. 前記対象が、前記ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがある、請求項３６５～３７０のいずれか一項に記載の使用のためのＡＤＣ。
  372. 前記対象が、前記ＡＤＣの投与より前にテベンタフスプで治療されたことがない、請求項３６５～３７０のいずれか一項に記載の使用のためのＡＤＣ。
  373. 前記Ａｂが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、請求項３６５～３７２のいずれか一項に記載の使用のためのＡＤＣ。
  374. 前記Ａｂが、配列番号２８３のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項３６５～３７３のいずれか一項に記載の使用のためのＡＤＣ。
  375. 前記重鎖が、Ａｓｎ３０６に位置するＮ－グリコシル化部位を含む、請求項３７４に記載の使用のためのＡＤＣ。
  376. 前記使用が、前記対象からのサンプルにおける、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを更に含む、請求項３６５～３７５のいずれか一項に記載の使用のためのＡＤＣ。
  377. 前記サンプルが、前記ＡＤＣの投与前、投与中及び／又は投与後に前記対象から入手される、請求項３７６に記載の使用のためのＡＤＣ。
  378. 前記サンプルが、腫瘍サンプル、腫瘍隣接組織サンプル、又は体液サンプル（例えば、血液、血清、髄液、又は尿）である、請求項３７６又は３７７に記載の使用のためのＡＤＣ。
  379. 対象の癌に対する処置を評価する方法であって、前記対象からのサンプルにおける、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを含み、前記処置が、前記対象に抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与することを含み、前記ＡＤＣが、以下の構造：
    （式中、
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
    （ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
    （ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
    を含み；
    ｙは、２である）
    を有し；及び
    前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
    それによって前記対象の前記癌に対する前記治療を評価する方法。
  380. 対象の癌の進行を評価する方法であって、前記対象からのサンプルにおける、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを含み、前記対象が、抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で受けたことがあるか、それを受けているところであるか、又はそれを受けることになり、前記ＡＤＣが、以下の構造：
    （式中、
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
    （ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
    （ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
    を含み；
    ｙは、２である）
    を有し；及び
    前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
    それによって前記対象の前記癌の進行を評価する方法。
  381. 癌を有する対象に対する処置を選択する方法であって、前記対象からのサンプルにおける、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを含み、前記処置が、前記対象に抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与することを含み、前記ＡＤＣが、以下の構造：
    （式中、
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
    （ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
    （ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
    を含み；
    ｙは、２である）
    を有し；及び
    前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
    それによって前記癌を有する前記対象に対する前記処置を選択する方法。
  382. 癌に対する処置に対象を選択する方法であって、前記対象からのサンプルにおける、ＰＭＥＬ１７、ｐＥＲＫ、ＣＤ８、ＰＤ－Ｌ１、ＤＵＳＰ６、ＲＡＳＧＲＰ３、又はこれらの任意の組合せから選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を決定することを含み、前記処置が、前記対象に抗体薬物結合体（ＡＤＣ）を１ｍｇ／ｋｇ～１６ｍｇ／ｋｇの用量で投与することを含み、前記ＡＤＣが、以下の構造：
    （式中、
    Ａｂは、ヒトＰＭＥＬ１７タンパク質に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、及び
    （ａ）配列番号１の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｂ）配列番号４の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１４の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１５の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３；
    （ｃ）配列番号５の重鎖ＣＤＲ１、配列番号６の重鎖ＣＤＲ２、配列番号３の重鎖ＣＤＲ３、配列番号１７の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１９の軽鎖ＣＤＲ３；又は
    （ｄ）配列番号７の重鎖ＣＤＲ１、配列番号８の重鎖ＣＤＲ２、配列番号９の重鎖ＣＤＲ３、配列番号２０の軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１８の軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１６の軽鎖ＣＤＲ３
    を含み；
    ｙは、２である）
    を有し；及び
    前記癌がＰＭＥＬ１７を発現し、前記ＧＮＡＱ又はＧＮＡ１１遺伝子の突然変異を含有するか、又はＰＭＥＬ１７を発現し、ＧＮＡＱ、ＧＮＡ１１、又はその両方の突然変異を含有し、
    それによって前記癌の前記処置に前記対象を選択する方法。
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