JP2024502157A - 樹状細胞活性化キメラ抗原受容体及びその使用 - Google Patents
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Abstract
免疫抑制性腫瘍環境において、樹状細胞(DC)を活性化するためのキメラ抗原受容体(CAR)を提供する。CARを含む組成物、CARをコードするポリヌクレオチド、CARをコードするポリヌクレオチドを含むベクター、CARを含む操作細胞、及びCARを用いる方法もまた提供する。【選択図】図1A
Description
[関連出願の相互参照]
本出願は、2021年1月8日に出願された中国特許出願第202110022268.5号に対する優先権を主張し、この中国特許出願の全開示は、引用することにより本明細書の一部をなす。
本出願は、2021年1月8日に出願された中国特許出願第202110022268.5号に対する優先権を主張し、この中国特許出願の全開示は、引用することにより本明細書の一部をなす。
発明の分野
本開示は、一般的に、細胞療法の分野に関する。特に、本開示は、免疫抑制性腫瘍微小環境において、樹状細胞(DC)を活性化するための組成物及び方法に関する。
本開示は、一般的に、細胞療法の分野に関する。特に、本開示は、免疫抑制性腫瘍微小環境において、樹状細胞(DC)を活性化するための組成物及び方法に関する。
自然免疫系及び適応免疫系の間の重要なリンクとして、樹状細胞(DC)は、T細胞依存免疫(非特許文献1及び非特許文献2)を、特に腫瘍特異的免疫反応(非特許文献3)において活性化する、主な抗原提示細胞(APC)である。以前の研究によって、腫瘍浸潤樹状細胞(TIDC)は、通常、T細胞の浸潤及び活性化を抑制する免疫抑制性腫瘍微小環境又は腫瘍免疫抑制性微小環境(TIME)において、未成熟又は機能不全表現型を示すことが明らかになってきている(非特許文献4)。
TIDCの異常な振る舞いをレスキューするため、多くのシグナル伝達経路、例えば樹状細胞上のPD-L1及びPD-L2のsiRNAサイレンシングが同定されてきているが、その臨床適用において、大きな進展は達成されてきていない(非特許文献5、非特許文献6、及び非特許文献7)。
したがって、TIMEにおいて樹状細胞(例えば腫瘍浸潤性樹状細胞)を活性化するための新規方法を開発する必要がある。
R. M. Steinman, Decisions about dendritic cells: past, present, and future. Annu. Rev. Immunol. 30, 1-22 (2012)
S. Puhr et al., Dendritic cell development-History, advances, and open questions. Semin. Immunol. 27, 388-396 (2015)
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J. M. Tran Janco et al., Tumor-infiltrating dendritic cells in cancer pathogenesis. J. Immunol. 194, 2985-2991 (2015)
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一つの態様において、本開示は、キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドであって、CARが(1)細胞外抗原結合ドメイン、(2)膜貫通ドメイン及び(3)細胞内シグナル伝達ドメインを含み、CARが免疫抑制性腫瘍微小環境において、樹状細胞を活性化可能である、ポリヌクレオチドを提供する。
或る特定の実施の形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、1)免疫阻害分子を発現し、及び/又は2)免疫刺激性サイトカインが不十分である、腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む。
或る特定の実施の形態において、免疫阻害分子は、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択される。
或る特定の実施の形態において、免疫阻害分子はCTLA-4及び/又はPD-L1である。
或る特定の実施の形態において、免疫刺激性サイトカインは、TNF-α、IFN-β、IFN-γ、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12、IL-18、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子及びそれらの組み合わせから選択される。
或る特定の実施の形態において、腫瘍は、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む。
或る特定の実施の形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、養子細胞療法の単独療法(例えばCAR-T単独療法)に対して劣った反応性を有する腫瘍を含む。
或る特定の実施の形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、RIG-1、NLRP10、DEC-205、BDCA-2、CD86、4-1BBL、OX40L、CD40、IFNAR、TLR4、TNFR(例えばTNFR2)、CD80、CD40L、CD367(DCIR)、CD207(Langerin)、CD371(DCAL-2、CLEC12a)、CD204、CD36、IFNγR、デクチン-1及びFcγR、又はその組み合わせからなる群から選択される樹状細胞活性化受容体の細胞質ドメインを含む。
或る特定の実施の形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、デクチン-1の細胞質ドメイン及びFcγRの細胞質ドメインを含む。
或る特定の実施の形態において、デクチン-1の細胞質ドメイン及びFcγRの細胞質ドメインはタンデムに連結されている。
或る特定の実施の形態において、デクチン-1の細胞質ドメインは、配列番号1に示されるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施の形態において、FcγRの細胞質ドメインは、配列番号2に示されるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施の形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号3に示されるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施の形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号4に示される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施の形態において、細胞外抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片(scFv)を含む。
或る特定の実施の形態において、scFvは、腫瘍表面マーカー(例えば固形腫瘍表面マーカー)に特異的である。
或る特定の実施の形態において、腫瘍表面マーカーは、EphA2、CD19、CD70、CD133、CD147、CD171、DLL3、EGFRvIII、メソテリン、ガングリオシドGD2、FAP(線維芽細胞活性化タンパク質)、FBP(葉酸結合タンパク質)、ルイスY、クローディン18.2、IL13Rα2、HER2、MDC1、PMSA(前立腺膜特異的抗原)、ROR1、B7-H3、CAIX、CD133、CD171、CEA、GPC3、MUC1、NKG2Dからなる群から選択される。
或る特定の実施の形態において、CARはシグナルペプチドを更に含む。
或る特定の実施の形態において、シグナルペプチドはCD8αのシグナルペプチドを含む。
或る特定の実施の形態において、CD8αのシグナルペプチドは、配列番号5に示される配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施の形態において、膜貫通ドメインはCD8αの膜貫通ドメインを含む。
或る特定の実施の形態において、CD8αの膜貫通ドメインは、配列番号6に示される配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施の形態において、細胞外抗原結合ドメインは、ヒンジ領域によって、膜貫通ドメインに連結される。
或る特定の実施の形態において、ヒンジ領域はCD8αのヒンジ領域を含む。
或る特定の実施の形態において、CD8αのヒンジ領域は、配列番号7に示される配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施の形態において、本明細書に提供されるポリヌクレオチドはDNA又はRNAである。
別の態様において、本開示は、本明細書に提供されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを提供する。
別の態様において、本開示は、本明細書に提供されるポリヌクレオチドを含むベクターであって、CARをコードするポリヌクレオチドが、CARの発現のための少なくとも1つの制御ポリヌクレオチド要素に機能的に連結される、ベクターを提供する。
或る特定の実施の形態において、ベクターは、プラスミドベクター、ウイルスベクター、トランスポゾン、部位特異的挿入ベクター、又は自殺発現ベクターである。
或る特定の実施の形態において、ウイルスベクターは、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、又はAAVベクターである。
或る特定の実施の形態において、ウイルスベクターはレンチウイルスベクターである。
別の態様において、本開示は、本明細書に提供されるポリペプチドを含む操作細胞を提供する。
或る特定の実施の形態において、操作細胞(engineered cell)は、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞である。
或る特定の実施の形態において、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞は、末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又は人工多能性幹細胞に由来する。
別の態様において、本開示は、本明細書に提供される操作細胞を産生する方法であって、本明細書に提供されるベクターを、本明細書に提供されるポリヌクレオチドの発現に適した条件下で、出発細胞に導入することを含む、方法を提供する。
或る特定の実施の形態において、出発細胞は樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞である。
或る特定の実施の形態において、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞は、末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又は人工多能性幹細胞に由来する。
別の態様において、本開示は、本明細書に提供される方法によって、ex vivoで産生される細胞の集団を提供する。
或る特定の実施の形態において、細胞の集団の少なくとも70%が、本明細書に提供されるポリペプチドを検出可能なレベルで発現する。
別の態様において、本開示は、(i)本明細書に提供されるポリヌクレオチド、又は本明細書に提供されるポリペプチド、又は本明細書に提供されるベクター、又は本明細書に提供される操作細胞の集団、又は本明細書に提供される細胞の集団と、(ii)医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物を提供する。
別の態様において、本開示は、治療の必要がある被験体において、癌を治療する際の養子細胞療法の有効性を改善する方法であって、本明細書に提供される医薬組成物を療法的有効量、投与することを含む、方法を提供する。
或る特定の実施の形態において、養子細胞療法は、改変免疫細胞の養子移入を含む。
或る特定の実施の形態において、医薬組成物は、改変免疫細胞の集団を更に含む。
或る特定の実施の形態において、上記方法は、改変免疫細胞の集団を含む医薬組成物を投与することを更に含む。
或る特定の実施の形態において、改変免疫細胞は、細胞表面上で合成受容体(例えばCAR又はTCR)の発現を有する。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球である。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導型キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は自己又は同種である。
或る特定の実施の形態において、癌は、副腎癌、骨癌、脳癌、乳癌、結腸直腸癌、食道癌、眼癌、胃癌、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、細気管支肺胞細胞肺癌、中皮腫、頭頸部癌、扁平上皮癌、黒色腫、口腔癌、卵巣癌、子宮頸癌、陰茎癌、前立腺癌、膵臓癌、皮膚癌、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌からなる群から選択される固形癌である。
或る特定の実施の形態において、癌は、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、節外性NK/T細胞リンパ腫、HHV8関連原発性滲出性リンパ腫、形質芽球性リンパ腫、原発性CNSリンパ腫、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫、T細胞/組織球リッチB細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、多発性骨髄腫(MM)からなる群から選択される血液学的悪性疾患である。
別の態様において、本開示は、免疫抑制性微小環境において、免疫細胞の増殖を誘導し、免疫細胞の生存を延長させ、及び/又は免疫細胞からの免疫刺激性サイトカインの発現及び/又は分泌を増加させる方法であって、免疫抑制性微小環境を、本明細書に提供される操作細胞と接触させることを含む、方法を提供する。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球である。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導型キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は自己又は同種である。
或る特定の実施の形態において、免疫抑制性微小環境は、免疫抑制性腫瘍微小環境である。
或る特定の実施の形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、免疫阻害分子を発現する、腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む。
或る特定の実施の形態において、免疫阻害分子は、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択される。
或る特定の実施の形態において、免疫阻害分子はCTLA-4及び/又はPD-L1である。
或る特定の実施の形態において、腫瘍は、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む。
或る特定の実施の形態において、免疫刺激性サイトカインは、TNF-α、IFN-β、IFN-γ、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12、IL-18及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子の1つ以上である。
別の態様において、本開示は、治療が必要な被験体において、疾患又は病的状態を治療する方法であって、本明細書に提供される医薬組成物を療法的有効量、投与することを含む、方法を提供する。
或る特定の実施の形態において、本明細書に提供される方法は、第二の作用物質を投与することを更に含む。
或る特定の実施の形態において、第二の療法は、改変免疫細胞の集団である。
或る特定の実施の形態において、第二の療法はCAR-T療法である。
或る特定の実施の形態において、疾患は癌を含む。
別の態様において、本開示は、樹状細胞を活性化可能なCARを選択する方法であって、
(a)免疫抑制性腫瘍微小環境を含む非ヒト動物を準備することと、
(b)非ヒト動物に、候補CARを発現する樹状細胞を投与することと、
(c)参照樹状細胞と比較した際の、免疫抑制性腫瘍微小環境への浸潤の改善、生存率の改善、及び免疫細胞の活性化を誘導する際の機能の増進から選択される樹状細胞活性化に関するマーカーを検出することと、
(d)樹状細胞を活性化可能なCARとして候補CARを選択することと、
を含む、方法を提供する。
(a)免疫抑制性腫瘍微小環境を含む非ヒト動物を準備することと、
(b)非ヒト動物に、候補CARを発現する樹状細胞を投与することと、
(c)参照樹状細胞と比較した際の、免疫抑制性腫瘍微小環境への浸潤の改善、生存率の改善、及び免疫細胞の活性化を誘導する際の機能の増進から選択される樹状細胞活性化に関するマーカーを検出することと、
(d)樹状細胞を活性化可能なCARとして候補CARを選択することと、
を含む、方法を提供する。
或る特定の実施の形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は臨床的に適切(clinically relevant)である。
或る特定の実施の形態において、非ヒト動物は、ヒト胎性脾臓及び自己ヒト造血幹細胞(例えばヒトCD34+造血幹細胞)を含む。
或る特定の実施の形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、免疫阻害分子を発現する腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む。
或る特定の実施の形態において、免疫阻害分子は、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択される。
或る特定の実施の形態において、免疫阻害分子はCTLA-4及び/又はPD-L1である。
或る特定の実施の形態において、腫瘍は、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球である。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導型キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は自己又は同種である。
或る特定の実施の形態において、免疫細胞は、改変免疫細胞(例えばCAR-T細胞)又は天然免疫細胞である。
或る特定の実施の形態において、改変免疫細胞(例えばCAR-T細胞)は、候補CARを発現する樹状細胞と組み合わせて投与される。
或る特定の実施の形態において、非ヒト動物は齧歯類、例えばラット又はマウスである。
本明細書に組み込まれる、付随する図面は、明細書の一部を形成する。この書面の明細書とともに、図面は、本開示の原理を説明し、関連する技術分野(複数の場合もある)の当業者が本開示を作製し、使用することを可能にするように更に働く。
本開示をより詳細に記載する前に、本開示は記載される特定の実施形態に限定されず、こうしたものとして、当然のことながら多様であり得ることが理解されるものとする。本明細書で用いられる用語は、特定の実施形態を記載する目的のためのみのものであり、限定することは意図されず、これは本開示の範囲が、付随する特許請求の範囲によってのみ限定されるためであることも理解されるものとする。
別に定義しない限り、本明細書に用いられる全ての技術的及び科学的用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似又は同等の任意の方法及び材料もまた、本開示の実施又は試験に用いられ得るが、好ましい方法及び材料をここに記載する。
本明細書に引用される全ての刊行物及び特許は、各個々の刊行物又は特許が具体的にかつ個々に引用することにより本明細書の一部をなすと示され、該刊行物が引用されるものと関連する方法及び/又は材料を開示し記載するために、引用することにより本明細書の一部をなすかのように、引用することにより本明細書の一部をなす。いかなる刊行物の引用も、出願日前のその開示に関してであり、本開示が以前の開示によりこうした刊行物に先行するよう権利を与えられないことを認めるものではない。さらに、提供される刊行物の日付は実際の刊行日と異なることがあり、独立に確認される必要があり得る。
本開示を読んだ際に、当業者には明らかであるように、本明細書に記載され、例示される個々の実施形態は各々、別個の構成要素及び特徴を有し、これらは、本開示の範囲又は趣旨から逸脱することなく、他のいくつかの実施形態のいずれかの特徴と容易に区別可能であり、又は組み合わせ可能である。列挙されるいかなる方法も、列挙される事象の順序で、又は論理的に可能な任意の他の順序で実行され得る。
定義
読者を補助するため、以下の定義を提供する。別に定義されない限り、本明細書に用いられる、当該技術分野の全ての用語、表記法及び他の科学的又は医学的用語又は命名法は、当業者によって一般的に理解される意味を有すると意図される。いくつかの場合、一般的に理解される意味を持つ用語は、明確さのため及び/又は容易な参照のため、本明細書に定義され、本明細書におけるこうした定義の包含は、当該技術分野に一般的に理解されるような用語の定義を越える実質的な相違を示すとは必ずしも見なされないものとする。
読者を補助するため、以下の定義を提供する。別に定義されない限り、本明細書に用いられる、当該技術分野の全ての用語、表記法及び他の科学的又は医学的用語又は命名法は、当業者によって一般的に理解される意味を有すると意図される。いくつかの場合、一般的に理解される意味を持つ用語は、明確さのため及び/又は容易な参照のため、本明細書に定義され、本明細書におけるこうした定義の包含は、当該技術分野に一般的に理解されるような用語の定義を越える実質的な相違を示すとは必ずしも見なされないものとする。
本明細書において使用される場合、単数形「a」、「an」及び「the」には、文脈上明確に別に示さない限り、複数の参照物が含まれる。
本開示において、「含む(comprises)」、「含まれる(comprised)」、「含んでいる(comprising)」、「含有する(contains)」、「含有している(containing)」等の用語は、米国特許法に起因する意味を有し、これらは包含的、すなわちオープンエンド形式であり、更なる列挙されていない要素又は方法工程を排除しない。「本質的にからなっている(consisting essentially of)」及び「本質的にからなる(consists essentially of)」等の用語は、米国特許法に起因する意味を有し、これらは、請求される発明の基本的及び新規の特性に実質的に影響を及ぼさない更なる成分又は工程の包含を許容する。用語「からなる(consists of)」及び「からなっている(consisting of)」は、米国特許法に起因する意味を有し、すなわちこれらの用語はクローズドエンド形式である。
一連の列挙される数値がある、本出願中の全ての場合、いかなる列挙される数値も、数値範囲の上限又は下限であり得ることが理解されるものとする。本発明が、全てのこうした数値範囲、すなわち数値の上限及び数値の下限の組み合わせを有する範囲を含み、上限及び下限各々の数値が本明細書に列挙されるいかなる数値であってもよいことが更に理解されるものとする。本明細書に提供される範囲は、範囲内の全ての値を含むと理解される。例えば、1~10は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、及び10の値全て、並びに適切な場合、小数値を含むと理解される。同様に、「少なくとも」によって区切られた範囲は、提供されるような下限値及び全てのより高い数値を含むよう理解される。
本明細書において使用される場合、「約」は、平均の3標準偏差以内又は特定の技術範囲における許容標準範囲内を含むと理解される。或る特定の実施形態において、約は、0.5以下の変動と理解される。
本明細書において、用語「CAR」は、用語「キメラ抗原受容体」と交換可能に使用可能であり、操作受容体若しくは合成受容体又はそれらをコードするポリヌクレオチドを指す。操作受容体又は合成受容体は、互いに連結された、又は互いに対して機能的に連結された、抗原結合ドメインを含む細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、及び/又は細胞内シグナル伝達ドメイン、任意選択でシグナルペプチドを含む。最も一般的なCARは、例えば、CD3-ζ膜貫通及びエンドドメインに融合した、モノクローナル抗体由来の一本鎖可変断片(scFv)である。こうしたCARは、scFvのその標的への特異的結合に反応して、ζシグナルの伝達を生じる。CARを調製する方法は、公的に入手可能である(例えば、各々その全体が引用することにより本明細書の一部をなす、Grupp et al., N Engl J Med., 368:1509-1518, 2013、Park et al., Trends Biotechnol., 29:550-557, 2011、Haso et al., (2013) Blood, 121, 1165-1174、Han et al., J. Hematol Oncol. 6:47, 2013、国際公開第2012/079000号、米国特許出願公開第2012/0213783号、及び国際公開第2013/059593号を参照されたい)。
用語「キメラ抗原受容体T細胞」は、用語「CAR-T細胞」と交換可能に用いられ、、T細胞表面上にCARを発現するよう生物学的方法(例えば遺伝子操作)を通じて操作されているT細胞又はその集団を指す。CAR-T細胞は、TヘルパーCD4+及び/又はTエフェクターCD8+細胞であってもよい。CAR-Tは、表面抗原を同定し、免疫反応を開始し得る。
「抗原」は、免疫反応を誘発する分子を指す。この免疫反応は、体液性、若しくは細胞媒介性反応のいずれでも、又は両方であってもよい。当業者は、実質的に全てのタンパク質又はペプチドを含む任意の巨大分子が、抗原として働き得ることを理解するであろう。本開示が抗原誘発免疫反応として作用する療法抗体を含むことが容易に明らかである。
「抗体」は、抗原と結合する免疫グロブリン(Ig)ファミリーのポリペプチドを指す。例えばIgG型の天然存在「抗体」は、ジスルフィド結合によって相互連結された、少なくとも2つの重(H)鎖及び2つの軽(L)鎖を含む四量体である。各重鎖は、重鎖可変領域(本明細書において、VHと略される)及び重鎖定常領域で構成される。重鎖定常領域は、3つのドメインCH1、CH2及びCH3で構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域(本明細書において、VLと略される)及び軽鎖定常領域で構成される。軽鎖定常領域は、1つのドメイン(本明細書において、CLと略される)で構成される。VH領域及びVL領域は、相補性決定領域(CDR)(LCDR1、LCDR2及びLCDR3を含む軽鎖CDR、HCDR1、HCDR2、HCDR3を含む重鎖CDR)と称される超可変性領域に更に細分することができ、これらの間に、より保存されたフレームワーク領域(FR)と称される領域が存在する。本明細書に開示の抗体に関するCDR境界は、Kabat、IMGT、Chothia又はAl-Lazikaniの慣例によって定義又は同定され得る(Al-Lazikani, B., Chothia, C., Lesk, A. M., J. Mol. Biol., 273(4), 927 (1997)、Chothia, C. et al., J Mol Biol. Dec 5;186(3):651-63 (1985)、Chothia, C. and Lesk, A.M., J.Mol.Biol., 196,901 (1987)、Chothia, C. et al., Nature. Dec 21-28;342(6252):877-83 (1989)、Kabat E.A. et al., National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)、Marie-Paule Lefranc et al, Developmental and Comparative Immunology, 27: 55-77 (2003)、Marie-Paule Lefranc et al, Immunome Research, 1(3), (2005)、Marie-Paule Lefranc, Molecular Biology of B cells (second edition), chapter 26, 481-514, (2015))。各VH及びVLは、以下の順序にアミノ末端からカルボキシ末端に配置される、3つのCDR及び4つのFRで構成される:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。
本明細書において使用される場合、「抗原結合ドメイン」は、1つ以上のCDRを含むインタクトな(intact)抗体の部分から形成される抗体断片、又は抗原に結合可能であるが、インタクトな天然抗体構造を含まない任意の他の抗体断片を指す。抗原結合ドメインの例としては、限定なしに、ダイアボディ、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv断片、ジスルフィド安定化Fv断片(dsFv)、(dsFv)2、二重特異性dsFv(dsFv-dsFv’)、ジスルフィド安定化ダイアボディ(dsダイアボディ)、一本鎖抗体分子(scFv)、一本鎖Fv-Fc抗体(scFv-Fc)、scFv二量体(二価ダイアボディ)、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ラクダ化(camelized)単一ドメイン抗体、ナノボディ、ドメイン抗体、及び二価ドメイン抗体が挙げられる。抗原結合ドメインは、親抗体が結合するものと同じ抗原に結合可能である。
「自己」細胞は、後に再導入される同じ被験体に由来する任意の細胞を指す。
「同種」細胞は、同じ種の異なる被験体由来の任意の細胞を指す。
免疫細胞の文脈において用いられる「エフェクター細胞」は、刺激に反応して活性化されてエフェクター機能を実行可能な細胞を指す。エフェクター細胞には、限定なしに、NK細胞、細胞傷害性T細胞及びヘルパーT細胞が含まれ得る。
「有効量」又は「療法的有効量」は、所望の生物学的結果を達成するために有効な、細胞、組成物、配合物又は本明細書に記載されるような任意の材料の量を指す。こうした結果には、限定なしに、特定のBCRを発現するB細胞及びそこから産生される抗体の除去が含まれ得る。
ポリペプチド又はポリヌクレオチドの文脈における「同一性」又は「配列同一性」の百分率は、比較ウィンドウに渡って、2つの最適に整列された配列を比較することによって決定され、ここで、比較ウィンドウ中のポリヌクレオチド又はポリペプチド配列の部分は、2つの配列の最適整列のため、参照配列(付加又は欠失を含まない)と比較した際、付加又は欠失(すなわちギャップ)を含んでもよい。百分率は、両方の配列中で同一の核酸塩基又はアミノ酸残基が存在する位置の数を決定して、マッチした位置の数を得ることと、マッチした位置の数を、比較ウィンドウ中の位置の総数で割ることと、結果に100を乗じて配列同一性の百分率を得ることとによって計算される。
用語「保存的置換」は、本明細書においてアミノ酸配列に関して使用される場合、アミノ酸残基を、類似の物理化学特性を持つ側鎖を有する異なるアミノ酸残基で置換することを指す。例えば、保存的置換は、疎水性側鎖を持つアミノ酸残基(例えばMet、Ala、Val、Leu、及びIle)間で、中性親水性側鎖を持つ残基(例えばCys、Ser、Thr、Asn及びGln)間で、酸性側鎖を持つ残基(例えばAsp、Glu)間で、塩基性側鎖を持つアミノ酸(例えばHis、Lys、及びArg)間で、又は芳香族側鎖を持つ残基(例えばTrp、Tyr、及びPhe)間で、行われ得る。当該技術分野に知られるように、保存的置換は、通常、タンパク質コンホメーション構造の有意な変化を引き起こさず、したがって、タンパク質の生物学的活性を保持し得る。
用語「機能型」は、本明細書において使用される場合、アミノ酸配列又は化学構造に相違を有するにもかかわらず、親分子の実質的な生物学的活性を保持する、親分子の異なる型(例えば変異体、断片、融合体、誘導体及び模倣体)を指す。表現「実質的な生物学的活性を保持する」は、本明細書において使用される場合、親分子の生物学的活性の少なくとも一部(例えば約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%以上)又は全てを示すことを意味する。親ポリペプチドの機能型には、天然存在変異体型及び組換え法又は化学合成によって得られるもの等の非天然存在型の両方が含まれ得る。機能型は、非天然アミノ酸残基を含有してもよい。
本明細書において使用される場合、用語「機能的に連結される」は、2つ以上のポリヌクレオチド配列間の機能的関係を指す。融合タンパク質、例えば本開示のCARのポリペプチド鎖をコードするポリヌクレオチドの文脈において、この用語は、2つ以上のポリヌクレオチド配列が、これらのセグメントによってコードされるアミノ酸配列がインフレームのままであるように、連結されることを意味する。転写又は翻訳制御の文脈において、この用語は、コード配列に対する制御配列の機能的関係、例えば転写を調節するような、コード配列に対して正しい位置及び配向でのプロモーターを指す。
本明細書において使用される場合、用語「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、ヌクレオチド鎖を指す。これらはまた、合成及び/又は非天然存在核酸分子(例えばヌクレオチド類似体又は修飾主鎖残基若しくは連結を含む)も指す。この用語はまた、一本鎖又は二本鎖型いずれかのデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドオリゴヌクレオチドも指す。この用語は、天然ヌクレオチドの類似体を含有する核酸を含む。この用語はまた、合成主鎖を持つ核酸様構造も含む。別に示さない限り、特定のポリヌクレオチド配列はまた、暗に、保存的に修飾されたその変異体(例えば縮重コドン置換)、アレル、オルソログ、SNP、及び相補性配列、並びに明らかに示される配列を含む。特に、1つ以上の選択される(又は全ての)コドンの第3位が混合塩基及び/又はデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することによって、縮重コドン置換が達成されてもよい(Batzer et al., Nucleic Acid Res. 19:5081 (1991)、Ohtsuka et al., J. Biol. Chem. 260:2605-2608 (1985)、及びRossolini et al., Mol. Cell. Probes 8:91-98 (1994)を参照されたい)。
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書において交換可能に用いられ、アミノ酸残基のポリマーを指す。この用語はまた、1つ以上のアミノ酸残基が、対応する天然存在アミノ酸の人工的化学模倣体であるアミノ酸ポリマー、並びに天然存在アミノ酸ポリマー及び非天然存在アミノ酸ポリマーにも当てはまる。或る特定の実施形態において、ポリペプチドには、天然ペプチド、組換えペプチド、合成ペプチド、又はその組み合わせが含まれる。
本明細書において使用される場合、用語「一本鎖可変断片」は、用語「scFv」と交換可能に用いられ、互いに直接、又はペプチドリンカー配列を通じて連結された、軽鎖可変領域及び重鎖可変領域からなる操作抗体を指す(Huston JS et al. Proc Natl Acad Sci USA, 85:5879(1988))。
本明細書において使用される場合、用語「TCR」は、用語「T細胞受容体」又は用語「TCR複合体」と交換可能に使用可能であり、天然(又は内因性)TCR又は操作TCRを指す。TCRは、MHC分子に結合するペプチドとしての抗原の断片を認識する際に関与する、T細胞表面上のタンパク質複合体を指す。
用語「ベクター」は、本明細書において使用される場合、タンパク質をコードするポリヌクレオチドが、そのタンパク質の発現をもたらすように機能的に挿入され得るビヒクルを指す。ベクターを用いて、ベクターが所持する遺伝要素の発現を宿主細胞内でもたらすように、宿主細胞を形質転換、形質導入、又はトランスフェクトし得る。ベクターの例には、プラスミド、ファージミド、コスミド、人工染色体、例えば酵母人工染色体(YAC)、細菌人工染色体(BAC)、又はP1由来人工染色体(PAC)、バクテリオファージ、例えばλファージ又はM13ファージ、及び動物ウイルスが含まれる。ベクターとして用いられる動物ウイルスのカテゴリーには、レトロウイルス(レンチウイルスを含む)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス(例えば単純ヘルペスウイルス)、ポックスウイルス、バキュロウイルス、パピローマウイルス、及びパポバウイルス(例えばSV40)が含まれる。ベクターは、発現を制御するための多様な要素を含有してもよく、これには、プロモーター配列、転写開始配列、エンハンサー配列、選択可能要素、及びレポーター遺伝子が含まれる。さらに、ベクターは、複製起点を含有してもよい。ベクターにはまた、細胞内への進入を補助する物質が含まれてもよく、これには、限定されるわけではないが、ウイルス粒子、リポソーム、又はタンパク質コーティングが含まれる。ベクターは、発現ベクター又はクローニングベクターであってもよい。本開示は、融合ポリペプチドをコードする本明細書に提供される核酸配列、この核酸配列に機能的に連結された少なくとも1つのプロモーター(例えば、SV40、CMV、EF-1α)、及び少なくとも1つの選択マーカーを含有するベクター(例えば発現ベクター)を提供する。ベクターの例としては、限定されるわけではないが、レトロウイルス(レンチウイルスを含む)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス(例えば単純ヘルペスウイルス)、ポックスウイルス、バキュロウイルス、パピローマウイルス、パポバウイルス(例えばSV40)、λファージ、及びM13ファージ、プラスミドpcDNA3.3、pMD18-T、pOptivec、pCMV、pEGFP、pIRES、pQD-Hyg-GSeu、pALTER、pBAD、pcDNA、pCal、pL、pET、pGEMEX、pGEX、pCI、pEGFT、pSV2、pFUSE、pVITRO、pVIVO、pMAL、pMONO、pSELECT、pUNO、pDUO、Psg5L、pBABE、pWPXL、pBI、p15TV-L、pPro18、pTD、pRS10、pLexA、pACT2.2、pCMV-SCRIPT(商標)、pCDM8、pCDNA1.1/amp、pcDNA3.1、pRc/RSV、PCR 2.1、pEF-1、pFB、pSG5、pXT1、pCDEF3、pSVSPORT、pEF-Bos等が挙げられる。
語句「宿主細胞」は、本明細書において使用される場合、外因性ポリヌクレオチド及び/又はベクターが導入されている細胞を指す。
用語「医薬的に許容され得る」は、示される担体、ビヒクル、希釈剤、賦形剤(複数の場合もある)及び/又は塩が、一般的に、配合物を構成する他の成分と、化学的及び/又は物理的に適合し、かつそのレシピエントに生理学的に適合することを示す。
用語「被験体」又は「個体」又は「動物」又は「患者」は、本明細書において使用される場合、疾患又は障害の診断、予後決定、軽減、防止及び/又は治療が必要な、ヒト又は哺乳動物若しくは霊長類を含む非ヒト動物を指す。哺乳動物被験体には、ヒト、家庭動物、農場動物、及び動物園、スポーツ、又はペット動物、例えばイヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ブタ、ウシ、クマ等が含まれる。
本明細書において使用される場合、病態を「治療する」又はその「治療」の用語には、病態の防止若しくは軽減、病態の発生若しくは展開速度の緩徐、病態の展開リスクの減少、病態と関連する症状の展開の防止若しくは遅延、病態と関連する症状の減少若しくは終結、病態の完全若しくは部分的退行の生成、病態の治癒、又はそのいくつかの組み合わせが含まれる。
樹状細胞(DC)活性化キメラ抗原受容体(CAR)
本開示は、免疫抑制性腫瘍微小環境又は腫瘍免疫抑制性微小環境(TIME)において、樹状細胞(DC)を活性化可能なキメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチド(例えばDNA又はRNA)を提供する。用語「免疫抑制性腫瘍微小環境」及び用語「TIME」は交換可能に使用可能であり、高密度細胞外マトリックスとともに、腫瘍免疫監視及び免疫療法を抑制する可能性がある、例えば腫瘍細胞、腫瘍浸潤性免疫細胞、腫瘍関連線維芽細胞、内皮細胞、並びに多様な走化性及び炎症性又は免疫刺激性サイトカインを有する微小環境を指す(F. R. Balkwill et al., The tumor microenvironment at a glance. J. Cell Sci. 125, 5591-5596 (2012)、M. Binnewies et al., Understanding the tumor immune microenvironment (TIME) for effective therapy. Nat Med. 24, 541-550 (2018)、M. A.-M. Alireza Labani-Motlagh et al., The Tumor Microenvironment: A Milieu Hindering and Obstructing Antitumor Immune Responses. Front. Immunol. 11, 940 (2020)及びL. Hui et al., Tumor microenvironment: Sanctuary of the devil. Cancer Lett. 368, 7-13 (2015))。
本開示は、免疫抑制性腫瘍微小環境又は腫瘍免疫抑制性微小環境(TIME)において、樹状細胞(DC)を活性化可能なキメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチド(例えばDNA又はRNA)を提供する。用語「免疫抑制性腫瘍微小環境」及び用語「TIME」は交換可能に使用可能であり、高密度細胞外マトリックスとともに、腫瘍免疫監視及び免疫療法を抑制する可能性がある、例えば腫瘍細胞、腫瘍浸潤性免疫細胞、腫瘍関連線維芽細胞、内皮細胞、並びに多様な走化性及び炎症性又は免疫刺激性サイトカインを有する微小環境を指す(F. R. Balkwill et al., The tumor microenvironment at a glance. J. Cell Sci. 125, 5591-5596 (2012)、M. Binnewies et al., Understanding the tumor immune microenvironment (TIME) for effective therapy. Nat Med. 24, 541-550 (2018)、M. A.-M. Alireza Labani-Motlagh et al., The Tumor Microenvironment: A Milieu Hindering and Obstructing Antitumor Immune Responses. Front. Immunol. 11, 940 (2020)及びL. Hui et al., Tumor microenvironment: Sanctuary of the devil. Cancer Lett. 368, 7-13 (2015))。
或る特定の実施形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境又はTIMEは、免疫阻害分子を発現する固形腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む。免疫阻害分子は、PD-1、TIM3、TIGIT、LAG3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択され得る。或る特定の実施形態において、免疫阻害分子はCTLA-4及び/又はPD-L1である。本明細書において使用される場合、免疫阻害分子に関する「発現している」又は「発現する」の用語は、免疫阻害分子を、参照レベルよりも、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも9倍、少なくとも10倍、少なくとも15倍、少なくとも20倍、少なくとも25倍、少なくとも30倍、少なくとも35倍、少なくとも40倍、少なくとも60倍、少なくとも80倍、少なくとも100倍、少なくとも120倍、少なくとも150倍、少なくとも200倍、少なくとも300倍、少なくとも400倍、少なくとも500倍、少なくとも600倍、少なくとも700倍、少なくとも800倍、少なくとも900倍又は少なくとも1000倍高いレベルで発現することを指す。免疫阻害分子の発現に関する用語「参照レベル」は、免疫不全動物モデル(例えばNSGマウス)において、野生型腫瘍細胞(例えば野生型A549細胞)によって形成される腫瘍中の免疫阻害分子の発現レベルを指す。
「CTLA-4」は、細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(Cytotoxic T-Lymphocyte-Associated protein 4)を略したものであり、CD152としても知られ、より詳細な説明は、例えばKolar et al., (January 1, 2009) CTLA-4 (CD152) controls homeostasis and suppressive capacity of regulatory T cells in mice. Arthritis Rheum. 60 (1): 123-32に見出され得る。「PD-L1」はプログラム細胞死リガンド1(programmed death-ligand 1)を略したものであり、表面抗原分類274(CD274)又はB7ホモログ1(B7-H1)としても知られ、より詳細な説明は、例えばDong H et al., B7-H1, a third member of the B7 family, co-stimulates T-cell proliferation and interleukin-10 secretion. Nature Medicine. 5 (12): 1365-9, 1999に見出され得る。
CTLA-4及びPD-L1は、T細胞活性を制限することにより、末梢性免疫寛容を維持する際に非常に重要な免疫阻害分子である。CTLA-4は、CD80及びCD86に、CD28よりもより高いアフィニティで結合し、これらは、T細胞を活性化するための主な共刺激経路である。PD-L1は、T細胞表面上に発現されるPD-1に結合し、T細胞活性を阻害する。PD-L1は、T細胞アネルギーを維持し、自己免疫を防止する際に中心的な役割を果たす(Walker LSK et al., The enemy within: keeping self-reactive T cells at bay in the periphery. Nat Rev Immunol. 2002; 2:11-19.、Fife BT et al., Control of peripheral T-cell tolerance and autoimmunity via the CTLA-4 and PD-1 pathways. Immunological Reviews. 2008; 224:166-182.、及びKeir ME et al., PD-1 and Its Ligands in Tolerance and Immunity. Annual Review of Immunology. 2008; 26:677-704.)。
或る特定の実施形態において、TIME内の腫瘍は、CTLA-4-イムノグロブリン融合タンパク質(CTLA4-Ig)及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む。CTLA4-Igは、T細胞媒介性免疫反応を阻害するために開発されてきている(Walker LSK et al., The enemy within: keeping self-reactive T cells at bay in the periphery. Nat Rev Immunol. 2002; 2:11-19.)。本明細書において使用される場合、CTLA4-Igに関する「発現している」又は「発現する」の用語は、CTLA4-Igを、参照レベルよりも、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも9倍、少なくとも10倍、少なくとも15倍、少なくとも20倍、少なくとも25倍、少なくとも30倍、少なくとも35倍、少なくとも40倍、少なくとも60倍、少なくとも80倍、少なくとも100倍、少なくとも120倍、少なくとも150倍、少なくとも200倍、少なくとも300倍、少なくとも400倍、少なくとも500倍、少なくとも600倍、少なくとも700倍、少なくとも800倍、少なくとも900倍又は少なくとも1000倍高いレベルで発現することを指す。CTLA4-Igの発現に関する用語「参照レベル」は、野生型腫瘍細胞(例えば野生型A549細胞)におけるCTLA4-Igの発現レベルを指す。本明細書において使用される場合、PD-L1に関する「発現している」又は「発現する」の用語は、PD-L1を、参照レベルよりも、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも9倍、少なくとも10倍、少なくとも15倍、少なくとも20倍、少なくとも25倍、少なくとも30倍、少なくとも35倍、少なくとも40倍、少なくとも60倍、少なくとも80倍、少なくとも100倍、少なくとも120倍、少なくとも150倍、少なくとも200倍、少なくとも300倍、少なくとも400倍、少なくとも500倍、少なくとも600倍、少なくとも700倍、少なくとも800倍、少なくとも900倍又は少なくとも1000倍高いレベルで発現することを指す。PD-L1の発現に関する用語「参照レベル」は、野生型腫瘍細胞(例えば野生型A549細胞)におけるPD-L1の発現レベルを指す。
或る特定の実施形態において、CTLA-4-Igは、配列番号8に示されるアミノ酸配列、又は配列番号8の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号8に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。或る特定の実施形態において、PD-L1は、配列番号9に示されるアミノ酸配列、又は配列番号9の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号9に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、養子細胞療法の単独療法(例えばCAR-T単独療法)に対して劣った反応性を有する腫瘍を含む。本明細書において使用される場合、かつ本明細書全体で、用語「劣った反応性」は、療法効果がないことが知られる対照治療と比較した際、療法(例えばCAR-T療法)の同程度の療法効果(例えば20%未満、15%未満、10%未満、5%未満、4%未満、3%未満又は2%未満のより優れた療法効果、好ましくは10%未満のより優れた療法効果)によって検出され得る、反応性の非存在又は減少を指す。
樹状細胞は、ナイーブT細胞をプライミングし、メモリー反応を再活性化することが可能なプロフェッショナル抗原提示細胞である。癌において、樹状細胞は、T細胞(例えば細胞傷害性CD8+ T細胞)を、腫瘍関連抗原(TAA)又はネオ抗原の交差提示を通じて活性化して、より強い抗腫瘍反応を誘発可能である。DCの活性化は、限定なしに、DCの活性化状態及び/又は免疫細胞(例えばT細胞、マクロファージ)の活性化状態を含む多様なパラメータを測定することによってアッセイ可能であり、これは、DC活性化マーカー(例えばCD80、CD86及びMHC-II、CD83、CD54、CMRF-44、CMRF-56、III型INF、IL-12、CXCL9/10、IRF8)の発現レベル、免疫細胞(例えばT細胞)の生存及び/又は細胞傷害性、免疫細胞(例えばT細胞)からの免疫刺激性サイトカイン(例えば、TNF-α、IFN-β、IFN-γ、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12、IL-18及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子)の発現(及び/又は分泌)、免疫細胞(例えばT細胞)からの免疫阻害分子(例えば、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、KIR、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)、及びSIGLEC9(CD329))の発現レベル、及び/又は抗炎症マクロファージ(例えばM2マクロファージ)に関するマーカー、例えばCD206及びCD163の発現レベルによって示され得る。
或る特定の実施形態において、樹状細胞の活性化は、樹状細胞の参照状態(例えば不活性化状態)と比較した際の、DC活性化マーカー(例えばCD80、CD86及び/又はMHC-II、CD83、CD54、CMRF-44、CMRF-56、III型INF、IL-12、CXCL9/10、IRF8)の発現レベル増加、免疫細胞(例えばT細胞(例えばCD8+ T細胞)、DC)の生存増加、免疫細胞(例えばT細胞)からの免疫刺激性サイトカイン(例えば、TNF-α、IFN-β、IFN-γ、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12、IL-18及び/又は顆粒球マクロファージコロニー刺激因子)の発現(及び/又は分泌)増加、免疫細胞(例えばT細胞)からの免疫阻害分子(例えば、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、KIR、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)、及びSIGLEC9(CD329))の発現減少、及び/又は抗炎症マクロファージ(例えばM2マクロファージ)に関するマーカー(例えばCD206及びCD163)の発現レベル減少を含む。
或る特定の実施形態において、本明細書に提供されるDC活性化CARは、(1)細胞外抗原結合ドメイン、(2)膜貫通ドメイン及び(3)細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
(1)細胞外抗原結合ドメイン
いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは、ヒト若しくはヒト化抗体又はその抗体断片を含む。用語「ヒト抗体」は、分子全体がヒト起源であるか、又は抗体若しくは免疫グロブリンのヒト型に同一のアミノ酸配列からなる抗体を指す。用語「ヒト化抗体」は、非ヒト免疫グロブリン由来の配列(例えばCDR配列)を含有する抗体を指す。ヒト若しくはヒト化抗体又はその断片は、多様な方法で、例えば組換え方法論を通じて、又はヒト重鎖及び/又は軽鎖コード遺伝子由来の抗体を発現するように遺伝子修飾されているマウスの関心対象の抗原での免疫を通じて、調製され得る。
いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは、ヒト若しくはヒト化抗体又はその抗体断片を含む。用語「ヒト抗体」は、分子全体がヒト起源であるか、又は抗体若しくは免疫グロブリンのヒト型に同一のアミノ酸配列からなる抗体を指す。用語「ヒト化抗体」は、非ヒト免疫グロブリン由来の配列(例えばCDR配列)を含有する抗体を指す。ヒト若しくはヒト化抗体又はその断片は、多様な方法で、例えば組換え方法論を通じて、又はヒト重鎖及び/又は軽鎖コード遺伝子由来の抗体を発現するように遺伝子修飾されているマウスの関心対象の抗原での免疫を通じて、調製され得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるCARの細胞外抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片(scFv)、Fv、Fab、(Fab)2、scFv、ナノボディ、非共有若しくは共有結合リガンド/受容体ドメイン、又は抗原結合ドメインとして機能することが当該技術分野で知られる任意の別のスキャフォールドを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるCARの細胞外抗原結合ドメインは、scFvである。scFvは、腫瘍表面マーカー、例えば固形腫瘍表面マーカーに特異的であってもよい。或る特定の実施形態において、腫瘍表面マーカーは、EphA2、CD19、CD70、CD117、CD133、CD147、CD171、DLL3、EGFRvIII、VGFR2、メソテリン、ガングリオシドGD2、FAP(線維芽細胞活性化タンパク質)、FBP(葉酸結合タンパク質)、LMP1、ルイスY、クローディン18.2、IL13Rα2、HER2、MDC1、PMSA(前立腺膜特異的抗原)、ROR1、ROR2、B7-H3、CAIX、CD133、CD171、CEA、GPC3、MUC1、MUC16、MAGE-A1、MAGE-A4、TROP2、EpCAM、NKG2D、重要な正常組織より腫瘍細胞表面上でより高く濃縮されることが見出されている他のタンパク質、及びその組み合わせからなる群から選択される。細胞外抗原結合ドメインはまた、TIMEを炎症促進状態に変換することから利益を得る可能性がある疾患に関する非腫瘍マーカー、例えば感染性疾患のマーカーに特異的であってもよい。
いくつかの実施形態において、scFvはEphA2に特異的である。或る特定の実施形態において、scFvは、そのVL領域とVH領域との間に、少なくとも0、1、2、3、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50又はそれより多いアミノ酸残基のペプチドリンカーを含む。リンカー配列は、任意の天然存在アミノ酸を含んでもよい。或る特定の実施形態において、ペプチドリンカーは、配列番号57(GGGGSGGGGSGGGGS)を含むアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、scFvは、可変重鎖(VH)領域及び可変軽鎖(VL)領域を含む。いくつかの実施形態において、VHは、配列番号10に示される配列、又は配列番号10の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号10に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を有する重鎖CDR1(HCDR1)と、配列番号11に示される配列、又は配列番号11の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号11に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を有するCDR2と、配列番号12に示される配列、又は配列番号12の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号12に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を有するCDR3とを含む。いくつかの実施形態において、VL領域は、配列番号13に示される配列、又は配列番号13の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号13に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を有する軽鎖CDR1(LCDR1)と、配列番号14に示される配列、又は配列番号14の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号14に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を有するCDR2と、配列番号15に示される配列、又は配列番号15の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号15に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を有するCDR3とを含む。
或る特定の実施形態において、scFvは、1)配列番号10に示される配列を含むHCDR1、配列番号11に示される配列を含むHCDR2、配列番号12に示される配列を含むHCDR3を含むVHと、2)配列番号13に示される配列を含むLCDR1、配列番号14に示される配列を含むLCDR2、配列番号15に示される配列を含むLCDR3を含むVLとを含む。
いくつかの実施形態において、scFvはVH及びVLを含む。或る特定の実施形態において、VHは、配列番号16に示されるアミノ酸配列、又は配列番号16の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号16に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。或る特定の実施形態において、VLは、配列番号17に示されるアミノ酸配列、又は配列番号17の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号17に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。いくつかの実施形態において、scFvは、配列番号16に示される配列を含むVHと、配列番号17に示される配列を含むVLとを含む。
いくつかの実施形態において、scFvは、配列番号18に示されるアミノ酸配列を含む。
本開示は、EphA2特異的scFvを発現するCAR-DCが、免疫抑制環境において、肺腫瘍体積を有意に減少させ得ることの検証に成功した。しかし、本明細書に提供されるCAR-DCが、肺癌を治療するためにのみ使用され得ると理解してはならない。当業者は、関心対象の疾患に応じて、多様な疾患、例えば癌、感染性疾患、又は免疫疾患に関する同定されるマーカーの現在の知識を考慮して、任意の疾患マーカーに特異的な適切な細胞外抗原結合ドメインを選択して、本明細書に提供されるCARを構築してもよいことを認識するであろう。多様な疾患マーカーには、限定されるわけではないが、上述のものが含まれる。
(2)膜貫通ドメイン
本明細書に記載のCARの膜貫通ドメインは、限定されるわけではないが、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD8、CD9、CD11a(CD18、ITGAL、LFA-l)、CD11b、CD11c、CD11d、CD16、CD19、CD22、CD27、CD28、CD29、CD33、CD37、CD40、CD45、CD49a、CD49d、CD49f、CD64、CD80、CD84、CD86、CD96(Tactile)、CD100(SEMA4D)、CD103、CD134、CD137(4-1BB)、CD150(IPO-3、SLAMF1、SLAM)、CD154、CD160(BY55)、CD162(SELPLG)、CD226(DNAM1)、CD229(Ly9)、CD244(2B4、SLAMF4)、CD278(ICOS)、CEACAM1、CRT AM、GITR、HYEM(LIGHTR)、IA4、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA1、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAM、ITGAX、ITGB1、ITGB2、ITGB7、KIR、LTBR、OX40、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、PAG/Cbp、PSGL1、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAMF7、T細胞受容体のα、β又はζ鎖、TNFR2、VLA1、及びVLA-6を含む任意の膜結合型又は膜貫通タンパク質に由来してもよい。
本明細書に記載のCARの膜貫通ドメインは、限定されるわけではないが、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD8、CD9、CD11a(CD18、ITGAL、LFA-l)、CD11b、CD11c、CD11d、CD16、CD19、CD22、CD27、CD28、CD29、CD33、CD37、CD40、CD45、CD49a、CD49d、CD49f、CD64、CD80、CD84、CD86、CD96(Tactile)、CD100(SEMA4D)、CD103、CD134、CD137(4-1BB)、CD150(IPO-3、SLAMF1、SLAM)、CD154、CD160(BY55)、CD162(SELPLG)、CD226(DNAM1)、CD229(Ly9)、CD244(2B4、SLAMF4)、CD278(ICOS)、CEACAM1、CRT AM、GITR、HYEM(LIGHTR)、IA4、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA1、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAM、ITGAX、ITGB1、ITGB2、ITGB7、KIR、LTBR、OX40、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、PAG/Cbp、PSGL1、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAMF7、T細胞受容体のα、β又はζ鎖、TNFR2、VLA1、及びVLA-6を含む任意の膜結合型又は膜貫通タンパク質に由来してもよい。
1つの実施形態において、本明細書に記載のCARは、CD8αの膜貫通ドメインを含む。或る特定の実施形態において、CD8αの膜貫通ドメインは、配列番号6の配列、又は配列番号6の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号6に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施形態において、本明細書に記載のCARの膜貫通ドメインは、合成であり、例えば主に疎水性の残基、例えばロイシン及びバリンを含む。或る特定の実施形態において、本明細書に記載のCARの膜貫通ドメインは、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限にするため、同じ又は異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへの結合を回避するように修飾されるか又は設計される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載のCARは、CARの細胞外ドメインと膜貫通ドメインとの間に連結を形成する、ヒンジ領域を更に含む。ヒンジ及び/又は膜貫通ドメインは、CARの細胞外抗原結合ドメインの細胞表面提示を提供する。
ヒンジ領域は、限定されるわけではないが、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD8、CD9、CD11a(CD18、ITGAL、LFA-l)、CD11b、CD11c、CD11d、CD16、CD19、CD22、CD27、CD28、CD29、CD33、CD37、CD40、CD45、CD49a、CD49d、CD49f、CD64、CD80、CD84、CD86、CD96(Tactile)、CD100(SEMA4D)、CD103、CD134、CD137(4-1BB)、CD150(IPO-3、SLAMF1、SLAM)、CD154、CD160(BY55)、CD162(SELPLG)、CD226(DNAM1)、CD229(Ly9)、CD244(2B4、SLAMF4)、CD278(ICOS)、CEACAM1、CRT AM、GITR、HYEM(LIGHTR)、IA4、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA1、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAM、ITGAX、ITGB1、ITGB2、ITGB7、KIR、LTBR、OX40、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、PAG/Cbp、PSGL1、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAMF7、T細胞受容体のα、β又はζ鎖、TNFR2、VLA1、及びVLA-6を含む任意の膜結合型又は膜貫通タンパク質に由来してもよい。
いくつかの実施形態において、ヒンジ領域は、CD8αのヒンジ領域、ヒト免疫グロブリン(Ig)のヒンジ領域、又はグリシン-セリンリッチ配列を含む。
いくつかの実施形態において、CARは、CD8αのヒンジ領域を含む。或る特定の実施形態において、ヒンジ領域は、配列番号7の配列、又は配列番号7の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号7に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。
(3)細胞内シグナル伝達ドメイン
本明細書に記載のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、CARが置かれている免疫細胞(例えば樹状細胞)の正常エフェクター機能の少なくとも1つの活性化に関与する。免疫細胞の文脈で用いられる用語「エフェクター機能」は、細胞の特殊化機能、例えば食作用活性、細胞溶解活性又はヘルパー活性を指す。或る特定の実施形態において、本明細書に記載のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫抑制性腫瘍微小環境において樹状細胞を活性化する(成熟を含む)ことが可能である。DCの活性化は、多様な刺激に反応して、多くの細胞表面受容体、例えばTLR4(A. Iwasaki et al., Toll-like receptor control of the adaptive immune responses. Nat. Immunol. 5, 987-995 (2004).)、TNFR(L. M. Sedger et al., From mediators of cell death and inflammation to therapeutic giants - past, present and future. Cytokine Growth Factor Rev. 25, 453-472 (2014).)、IFNγR(M. Z. Jianping Pan et al., Interferon-γ is an autocrine mediator for dendritic cell maturation. Immunol. Lett. 94, 141-151 (2004).)、デクチン-1(T. S. Helen S. et al., Differential utilization of CARD9 by Dectin-1 in macrophages and dendritic cells. J Immunol. 182, 1146-1154 (2009))及びFcγR(M. Guilliams et al., The function of Fcγ receptors in dendritic cells and macrophages. Nat. Rev. Immunol. 14, 94-108 (2014).、T. H. Flinsenberg, Fc receptor antigen targeting potentiates cross-presentation by human blood and lymphoid tissue BDCA-3 dendritic cells. Blood 120, 26 (2012).)によって誘導されてもよい。これらのDC活性化受容体は、細胞質ドメイン中に1つ以上の免疫受容体チロシンに基づく活性化モチーフ(ITAM)を有し、これは、活性化シグナルカスケードを誘発して、DCを活性化する。本明細書において使用される場合、用語「細胞質ドメイン」は、細胞質内部にあるタンパク質の全長ドメイン、又はその任意の断片、例えば全長ドメインの少なくとも1%、少なくとも2%、少なくとも3%、少なくとも4%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、又は少なくとも95%の長さを有する断片を指す。
本明細書に記載のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、CARが置かれている免疫細胞(例えば樹状細胞)の正常エフェクター機能の少なくとも1つの活性化に関与する。免疫細胞の文脈で用いられる用語「エフェクター機能」は、細胞の特殊化機能、例えば食作用活性、細胞溶解活性又はヘルパー活性を指す。或る特定の実施形態において、本明細書に記載のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫抑制性腫瘍微小環境において樹状細胞を活性化する(成熟を含む)ことが可能である。DCの活性化は、多様な刺激に反応して、多くの細胞表面受容体、例えばTLR4(A. Iwasaki et al., Toll-like receptor control of the adaptive immune responses. Nat. Immunol. 5, 987-995 (2004).)、TNFR(L. M. Sedger et al., From mediators of cell death and inflammation to therapeutic giants - past, present and future. Cytokine Growth Factor Rev. 25, 453-472 (2014).)、IFNγR(M. Z. Jianping Pan et al., Interferon-γ is an autocrine mediator for dendritic cell maturation. Immunol. Lett. 94, 141-151 (2004).)、デクチン-1(T. S. Helen S. et al., Differential utilization of CARD9 by Dectin-1 in macrophages and dendritic cells. J Immunol. 182, 1146-1154 (2009))及びFcγR(M. Guilliams et al., The function of Fcγ receptors in dendritic cells and macrophages. Nat. Rev. Immunol. 14, 94-108 (2014).、T. H. Flinsenberg, Fc receptor antigen targeting potentiates cross-presentation by human blood and lymphoid tissue BDCA-3 dendritic cells. Blood 120, 26 (2012).)によって誘導されてもよい。これらのDC活性化受容体は、細胞質ドメイン中に1つ以上の免疫受容体チロシンに基づく活性化モチーフ(ITAM)を有し、これは、活性化シグナルカスケードを誘発して、DCを活性化する。本明細書において使用される場合、用語「細胞質ドメイン」は、細胞質内部にあるタンパク質の全長ドメイン、又はその任意の断片、例えば全長ドメインの少なくとも1%、少なくとも2%、少なくとも3%、少なくとも4%、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、又は少なくとも95%の長さを有する断片を指す。
本明細書に記載のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、RIG-1、NLRP10、DEC-205、BDCA-2、CD86、4-1BBL、OX40L、CD40、IFNAR、TLR4、TNFR(例えば、TNFR2)、IFNγR、デクチン-1、及びFcγR、又はそれらの組み合わせからなる群から選択される樹状細胞活性化受容体の細胞質ドメインを含んでもよい。或る特定の実施形態において、本明細書に記載のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、デクチン-1の細胞質ドメイン及びFcγRの細胞質ドメインを含む。
或る特定の実施形態において、デクチン-1の細胞質ドメイン及びFcγRの細胞質ドメインは、タンデムに連結される。或る特定の実施形態において、デクチン-1の細胞質ドメインをコードするポリヌクレオチドは、FcγRの細胞質ドメインをコードするポリヌクレオチドの上流である。或る特定の実施形態において、デクチン-1の細胞質ドメインをコードするポリヌクレオチドは、FcγRの細胞質ドメインをコードするポリヌクレオチドの下流である。
デクチン-1の細胞質ドメインは、配列番号1に示されるアミノ酸配列、又は配列番号1の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号1に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含み得る。或る特定の実施形態において、デクチン-1の細胞質ドメインは、配列番号58に示されるアミノ酸配列、又は配列番号58の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号58に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。或る特定の実施形態において、デクチン-1の細胞質ドメインは、配列番号58に示されるアミノ酸配列を含む。
FcγRの細胞質ドメインは、配列番号2に示されるアミノ酸配列、又は配列番号2の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号2に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含み得る。或る特定の実施形態において、FcγRの細胞質ドメインは、配列番号59及び/又は配列番号60に示されるアミノ酸配列、又は配列番号59及び/又は配列番号60の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号59及び/又は配列番号60に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含み得る。或る特定の実施形態において、FcγRの細胞質ドメインは、配列番号59及び/又は配列番号60に示されるアミノ酸配列を含み得る。
或る特定の実施形態において、本明細書に記載されるCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号3に示されるアミノ酸配列、又は配列番号3の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号3に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。
或る特定の実施形態において、本明細書に記載のCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号4に示される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列、又は配列番号4の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号4に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列を含む。
(4)共刺激シグナル伝達ドメイン
いくつかの実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激シグナル伝達ドメインを更に含む。
いくつかの実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激シグナル伝達ドメインを更に含む。
いくつかの実施形態において、共刺激シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内ドメインに由来する。
共刺激分子の例には、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、CD2、CD4、CD8α、CD8β、CD7、CD11a、CD11b、CD11c、CD11d、CD18、CD19、CD27、CD28、CD29、CD30、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD83、CD84、CD96(Tactile)、CD100(SEMA4D)、CD103、CD127、CD137(4-1BB)、CD150(SLAM、SLAMF1、IPO-3)、CD160(BY55)、CD162(SELPLG)、CD226(DNAM1)、CD229(Ly9)、CD244(SLAMF4、2B4)、CEACAM1、CRTAM、CDS、OX40、PD-l、ICOS、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-l、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB1、ITGB2、ITGB7、LAT、LFA-l、LIGHT、LTBR、NKG2C、NKG2D、NKp44、NKp30、NKp46、NKp80(KLRF1)、PAG/Cbp、PSGL1、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAMF7、SLP-76、TNFR2、TRANCE/RANKL、VLA1、VLA-6、その任意の誘導体、変異体又は断片、同じ機能能力を有する共刺激分子の任意の合成配列、及びその任意の組み合わせが含まれる。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるCARの共刺激シグナル伝達ドメインは、共刺激分子CD137(4-1BB)、CD28、OX40又はICOSの細胞内ドメインを含む。
他の領域
いくつかの実施形態において、CARは、シグナルペプチドを更に含む。いくつかの実施形態において、シグナルペプチドは、CD8αのシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態において、CD8αのシグナルペプチドは、配列番号5の配列、又は配列番号5の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号5に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。
いくつかの実施形態において、CARは、シグナルペプチドを更に含む。いくつかの実施形態において、シグナルペプチドは、CD8αのシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態において、CD8αのシグナルペプチドは、配列番号5の配列、又は配列番号5の実質的な生物学的活性を保持しながら、配列番号5に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、若しくは99%の同一性を有する配列、又はこれに対する1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ若しくは10の保存的置換を有する配列、又はその任意の機能型を含む。
ヒト固形腫瘍は、免疫療法を回避するため、複雑で不均一なTIMEを発展させる。現在の免疫療法(例えばCAR-T細胞療法)は、固形腫瘍には有効ではない。腫瘍浸潤性免疫抑制DCは、TIMEに有意に寄与する。上述のようなDC活性化CARは、TIMEを破壊し、TIMEを炎症状態に変換し、操作免疫細胞(例えばCAR-T細胞)の細胞傷害性及び生存を増進し、操作免疫細胞(例えばCAR-T細胞)の有効性を有意に促進して、TIMEを伴う固形腫瘍を除去することができる。
ベクター
別の態様において、本開示は、本明細書に記載されるようなCARをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。CARをコードするポリヌクレオチドを、当該技術分野に知られる異なるタイプのベクター、例えばプラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、動物ウイルス由来のウイルスベクター、コスミド、トランスポゾン、部位特異的挿入ベクター(例えばCRISPR、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALEN)、in vitro転写RNA、又は自殺発現ベクター内に挿入してもよい。いくつかの実施形態において、ベクターはDNA又はRNAである。
別の態様において、本開示は、本明細書に記載されるようなCARをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。CARをコードするポリヌクレオチドを、当該技術分野に知られる異なるタイプのベクター、例えばプラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、動物ウイルス由来のウイルスベクター、コスミド、トランスポゾン、部位特異的挿入ベクター(例えばCRISPR、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALEN)、in vitro転写RNA、又は自殺発現ベクター内に挿入してもよい。いくつかの実施形態において、ベクターはDNA又はRNAである。
いくつかの実施形態において、ベクターは発現DNAベクター(例えばプラスミド、ウイルス)である。発現DNAベクターを一過性に細胞に導入すると、CARのmRNAが宿主細胞において転写される。DNAベクター及びmRNAは細胞分裂とともに希釈されるため、CARの発現は永続的ではないと考えられる。1つの実施形態において、CARの一過性発現の形として、DNAベクターを細胞に導入してもよい。
いくつかの実施形態において、ベクターはウイルスベクターである。ウイルスベクターは、例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、ヘルペスウイルス、及びレンチウイルス由来であってもよい。有用なウイルスベクターは、一般的に、少なくとも1つの生物において機能性である複製起点、プロモーター、制限エンドヌクレアーゼ部位、及び1つ以上の選択可能マーカーを含有する。いくつかの実施形態において、ベクターはレンチウイルスベクターである。レンチウイルスベクターは、非増殖細胞ゲノム内に、CARをコードするポリヌクレオチドを長期間安定して組み込むために特に有用であり、宿主細胞、例えば宿主T細胞において、CARの安定発現を生じる。いくつかの実施形態において、ベクターは、Addgeneのレンチ-Cas9ベクターである。
いくつかの実施形態において、ベクターはRNA(例えばmRNA)である。RNAは細胞分裂とともに希釈されるため、RNAの発現は永続的ではないと考えられる。1つの実施形態において、一過性発現の形として、in vitro転写RNA CARを細胞に導入してもよい。
いくつかの実施形態において、ベクターはトランスポゾンに基づく発現ベクターである。トランスポゾンは、ゲノム内での位置を変化させ得るDNA配列である。トランスポゾン系において、CARをコードするポリヌクレオチドには、トランスポゾンの移動を媒介するトランスポザーゼによって認識可能な末端反復配列が隣接する。トランスポザーゼは、CARと同じベクター上にコードされ、又は別個のベクター上にコードされて、タンパク質として同時送達されてもよい。トランスポゾン系の限定されない例としては、Sleeping Beauty、Piggyback、Frog Prince、及びPrince Charmingが挙げられる。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、CARの発現のためのベクター中の少なくとも1つの制御ポリヌクレオチド要素に機能性に連結される。典型的なベクターは、多様な制御ポリヌクレオチド要素、例えば挿入されるポリヌクレオチドの発現を制御する要素(例えば転写及び翻訳ターミネーター、開始配列、及びプロモーター)、宿主細胞におけるベクターの複製を制御する要素(例えば複製起点)、及びベクターの宿主ゲノム内への組込みを制御する要素(例えばトランスポゾンの末端反復配列)を含有する。CARをコードするポリヌクレオチドをプロモーターに動作可能に連結し、この構築物をベクター内に取り込むことによって、CARの発現を達成してもよい。構成的プロモーター(例えばCMVプロモーター、SV40プロモーター、及びMMTVプロモーター)又は誘導性プロモーター(例えばメタロチオネイン(metallothionine)プロモーター、グルココルチコイドプロモーター、及びプロゲステロンプロモーター)の両方が本開示のために意図される。いくつかの実施形態において、ベクターは発現ベクターであり、発現ベクターは、発現のために十分なシス作用要素を含み、発現のための他の要素は、宿主細胞によって又はin vitro発現系において供給されてもよい。
CARの発現を評価するため、ベクターはまた、ベクターが導入される細胞の同定及び選択のため、選択可能マーカー遺伝子又はレポーター遺伝子又はその両方を含んでもよい。有用な選択可能マーカーには、例えば、抗生物質耐性遺伝子、例えばネオ等が含まれる。有用なレポーターには、例えば、ルシフェラーゼ、β-ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、分泌型アルカリホスファターゼ、又は緑色蛍光タンパク質遺伝子が含まれる。
安定性及び/又は翻訳効率を促進する能力を持つ化学構造もまた、RNA中で用いられてもよい。トランスフェクションに使用するRNAを生成する方法は、特別に設計されたプライマー、その後のポリA付加を伴うテンプレートのin vitro転写(IVT)を伴い、3’及び5’非翻訳配列(「UTR」)、5’キャップ及び/又は内部リボソーム進入部位(IRES)、発現しようとする核酸、及び典型的には長さ50塩基~2000塩基のポリAテールを含有する構築物を産生してもよい。こうして産生されたRNAは、異なる種類の細胞を効率的にトランスフェクトし得る。
RNAは、異なる多くの方法のいずれを用いて標的細胞内に導入されてもよく、例えば利用可能な方法には、限定されるわけではないが、エレクトロポレーション又はGene Pulser II(BioRad、コロラド州デンバー)、Multiporator(Eppendort、独国ハンブルグ)、リポフェクションを用いた陽イオン性リポソーム媒介性トランスフェクション、ポリマー被包、ペプチド媒介性トランスフェクション、又は微粒子銃粒子送達系、例えば「遺伝子銃(gene guns)」が含まれる。
当該技術分野に知られる任意の方法によって、例えば物理的、化学的又は生物学的手段によって、宿主細胞、例えば哺乳動物細胞内に、ベクターを導入してもよい。宿主細胞内にポリヌクレオチドを導入する物理的方法には、リン酸カルシウム沈殿、リポフェクション、微粒子銃(particle bombardment)、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション等が含まれる。生物学的方法には、遺伝子を哺乳動物、例えばヒト細胞に挿入するためのウイルスベクター、特にレトロウイルスベクターの使用が含まれる。化学的手段には、コロイド分散系、例えば巨大分子複合体、ナノカプセル、マイクロスフェア、ビーズ、並びに水中油エマルジョン、ミセル、混合ミセル、及びリポソームを含む脂質に基づく系が含まれる。
細胞
1つの態様において、本開示は、本明細書に記載されるようなCARを含むか又は発現する操作細胞を提供する。いくつかの実施形態において、操作細胞は、CARをコードするポリヌクレオチド、又はCARポリヌクレオチドを含むベクターを含む。本明細書に提供される操作細胞は、1つ以上(例えば1つ、2つ、3つ、又はそれより多い)CARを含むか又は発現してもよい。1つ以上のCARは同じであっても又は異なってもよい。或る特定の実施形態において、操作細胞は、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞である。用語「樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞」は、本明細書において使用される場合、天然又は改変樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞を指す。
1つの態様において、本開示は、本明細書に記載されるようなCARを含むか又は発現する操作細胞を提供する。いくつかの実施形態において、操作細胞は、CARをコードするポリヌクレオチド、又はCARポリヌクレオチドを含むベクターを含む。本明細書に提供される操作細胞は、1つ以上(例えば1つ、2つ、3つ、又はそれより多い)CARを含むか又は発現してもよい。1つ以上のCARは同じであっても又は異なってもよい。或る特定の実施形態において、操作細胞は、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞である。用語「樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞」は、本明細書において使用される場合、天然又は改変樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞を指す。
細胞供給源
本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)は、任意の供給源から得られ得る。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)は、被験体、例えばヒト被験体から単離される免疫細胞由来である。いくつかの実施形態において、免疫細胞は、関心対象の被験体、例えば特定の疾患若しくは病態を有すると推測される被験体、特定の疾患若しくは病態に対する素因を有すると推測される被験体、特定の疾患若しくは病態のための治療を受ける予定である、受けている、若しくは受けたことがある被験体、健康な志願者若しくは健康なドナーである被験体から、又は血液バンクから得られる。いくつかの実施形態において、免疫細胞は、免疫療法、例えばCAR-T療法に対して劣った反応性を有する癌被験体から得られる。
本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)は、任意の供給源から得られ得る。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)は、被験体、例えばヒト被験体から単離される免疫細胞由来である。いくつかの実施形態において、免疫細胞は、関心対象の被験体、例えば特定の疾患若しくは病態を有すると推測される被験体、特定の疾患若しくは病態に対する素因を有すると推測される被験体、特定の疾患若しくは病態のための治療を受ける予定である、受けている、若しくは受けたことがある被験体、健康な志願者若しくは健康なドナーである被験体から、又は血液バンクから得られる。いくつかの実施形態において、免疫細胞は、免疫療法、例えばCAR-T療法に対して劣った反応性を有する癌被験体から得られる。
細胞は、関心対象の被験体に対して自己又は同種であってもよい。同種ドナー細胞は、ヒト白血球抗原(HLA)適合性でなくてもよく、したがって、同種細胞は、免疫原性を減少させるように処理されてもよい。
免疫細胞を、被験体中に存在する任意の位置から収集してもよく、これには限定されるわけではないが、血液、臍帯血、脾臓、胸腺、リンパ節、胸水、脾臓組織、腫瘍及び骨髄が含まれる。単離免疫細胞を直接用いてもよいし、又はこれらを或る程度の期間、例えば凍結によって保存してもよい。
いくつかの実施形態において、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞を操作することによって、操作細胞を得る。樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞は、当業者に知られる任意のいくつかの技術、例えばアフェレーシスを用いて、被験体から収集された血液から得られてもよい。いくつかの実施形態において、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞は、末梢血細胞(例えば末梢血単核細胞、例えば単球)、骨髄細胞、胚性幹細胞、又は人工多能性幹細胞(iPSC)に由来する。
以前に記載された方法を用いて、樹状細胞の存在をチェックしてもよい。例えば、免疫化学、免疫表現型決定、フローサイトメトリー、Elispotsアッセイ、古典的四量体染色、及び細胞内サイトカイン染色等の技術を用いて検出可能な、CD11c、CD80、CD86、MHC/HLA分子、及び/又はCCR7分子の発現を測定することによって、樹状細胞を同定してもよい。
CAR-DCを産生する方法
別の態様において、本開示は、本明細書に記載されるようなCARを発現する操作細胞を作製する方法を提供する。当該技術分野に知られるCAR-T細胞を生成する多くの手段を、CAR-DCにも適用してもよい。CAR-T細胞を生成する方法は、例えば、Zhang et al., Engineering CAR-T cells, Biomarker Research (2017) 5:22に記載されている。いくつかの実施形態において、方法は、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを、このポリヌクレオチドの発現に適した条件下で、出発細胞に導入することを含む。本明細書に提供される方法は、出発細胞(すなわち供給源由来の細胞)を得る工程と、この出発細胞を培養する工程(拡大することを含み、任意選択で成熟させることを含む)と、この細胞を遺伝子修飾する工程とから選択される1つ以上の工程を含んでもよい。出発細胞は、上述のような、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞であってもよい。
別の態様において、本開示は、本明細書に記載されるようなCARを発現する操作細胞を作製する方法を提供する。当該技術分野に知られるCAR-T細胞を生成する多くの手段を、CAR-DCにも適用してもよい。CAR-T細胞を生成する方法は、例えば、Zhang et al., Engineering CAR-T cells, Biomarker Research (2017) 5:22に記載されている。いくつかの実施形態において、方法は、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを、このポリヌクレオチドの発現に適した条件下で、出発細胞に導入することを含む。本明細書に提供される方法は、出発細胞(すなわち供給源由来の細胞)を得る工程と、この出発細胞を培養する工程(拡大することを含み、任意選択で成熟させることを含む)と、この細胞を遺伝子修飾する工程とから選択される1つ以上の工程を含んでもよい。出発細胞は、上述のような、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞であってもよい。
DC又はその前駆体若しくは前駆細胞の遺伝子修飾は、実質的に均質なDC集団を、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドで形質導入することによって達成され得る。或る特定の実施形態において、DC内に本明細書に提供されるポリヌクレオチドを導入するため、レトロウイルスベクター(例えばレンチウイルスベクター)を使用する。例えば、本明細書に提供されるポリヌクレオチドをレンチウイルスベクター内にクローニングしてもよく、内因性プロモーターから、レンチウイルス長末端反復配列から、又は関心対象の標的細胞型に特異的なプロモーターから、発現を駆動してもよい。ウイルスベクターを送達するための一般的な送達法には、限定されるわけではないが、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、遺伝子銃、及びマグネトフェクションが含まれる。現在開示されるCARの配置は、任意の内因性遺伝子の遺伝子座で行われてもよい。
DC又はその前駆体若しくは前駆細胞の遺伝子修飾のため、非ウイルスアプローチを使用してもよい。例えば、核酸をリポフェクション(Ono et al., Neuroscience Letters 17:259, 1990、Feigner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:7413, 1987、Staubinger et al., Methods in Enzymology 101:512, 1983、Brigham et al., Am. J. Med. Sci. 298:278, 1989)、シアロオロソムコイドポリリジンコンジュゲーション(Wu et al., Journal of Biological Chemistry 263:14621, 1988、Wu et al., Journal of Biological Chemistry 264:16985, 1989)の存在下で投与することによって、又は外科的条件下でのマイクロインジェクションによって(Wolff et al., Science 247:1465, 1990)、核酸分子をDC又はその前駆体若しくは前駆細胞内に導入してもよい。遺伝子導入のための他の非ウイルス手段には、リン酸カルシウム、DEAEデキストラン、エレクトロポレーション、及びプロトプラスト融合を用いたin vitroトランスフェクションが含まれる。リポソームはまた、細胞内へのDNAの送達に潜在的に有益であり得る。被験体の罹患組織内への正常遺伝子の移植はまた、培養可能な細胞タイプ(例えば自己又は異種初代細胞又はその子孫)内に正常核酸をex vivoで導入し、その後、細胞(又はその子孫)を標的化組織内に注入するか、又は全身性に注入することによって、達成され得る。組換え受容体もまた、トランスポザーゼ又は標的化ヌクレアーゼ(例えばジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、又はTALEヌクレアーゼ、CRISPR)を用いて、導き出されるか又は得られ得る。
或る特定の実施形態において、本明細書に提供される操作細胞は、投与前に、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドを、DC内にトランスフェクトすることによって調製される。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される操作細胞は、DCの前駆体又は前駆細胞を、例えばウイルスベクターを通じて、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトし、その後、トランスフェクトされた細胞をDCに分化させることによって作製され得る。本明細書に提供される操作細胞は、細胞表面上にてCARの発現の改善を示す。DCの前駆体又は前駆細胞は、末梢血細胞(例えば末梢血単核細胞、例えば単球、例えばTHP-1細胞、末梢単球)、骨髄細胞に由来してもよい。DCの前駆体又は前駆細胞はまた、胚性幹細胞、又は人工多能性幹細胞(iPSC)であってもよい。
別の態様において、本開示はまた、上述のような方法によって、ex vivoで産生された細胞集団も提供する。或る特定の実施形態において、細胞集団の少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%又は少なくとも95%が、本明細書に提供されるCARポリペプチドを検出可能なレベルで発現する。或る特定の実施形態において、細胞集団の少なくとも85%が、本明細書に提供されるCARポリペプチドを検出可能なレベルで発現する。
DC活性化CARを選択する方法
別の態様において、本開示はまた、DCを活性化可能なCARを選択する方法も提供する。本明細書に提供される方法は、免疫抑制性腫瘍微小環境を含む非ヒト動物を準備することを含む。或る特定の実施形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、臨床的に適切である。本明細書において使用される場合、免疫抑制性腫瘍微小環境又はTIMEに関する用語「臨床的に適切」は、以下の特徴の1つ以上で特徴づけられる免疫抑制性腫瘍微小環境を指す。1)低酸素及び酸性、2)負の免疫制御細胞、例えば制御性T細胞、免疫抑制性DC細胞、腫瘍関連マクロファージ及び腫瘍関連線維芽細胞の濃縮、3)免疫抑制性分子、例えばPD-1、TIM3、TIGIT、LAG3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、及びCD47の過剰発現、並びに4)腫瘍浸潤性免疫細胞(例えば免疫エフェクター細胞)の活性抑制可能。
別の態様において、本開示はまた、DCを活性化可能なCARを選択する方法も提供する。本明細書に提供される方法は、免疫抑制性腫瘍微小環境を含む非ヒト動物を準備することを含む。或る特定の実施形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、臨床的に適切である。本明細書において使用される場合、免疫抑制性腫瘍微小環境又はTIMEに関する用語「臨床的に適切」は、以下の特徴の1つ以上で特徴づけられる免疫抑制性腫瘍微小環境を指す。1)低酸素及び酸性、2)負の免疫制御細胞、例えば制御性T細胞、免疫抑制性DC細胞、腫瘍関連マクロファージ及び腫瘍関連線維芽細胞の濃縮、3)免疫抑制性分子、例えばPD-1、TIM3、TIGIT、LAG3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、及びCD47の過剰発現、並びに4)腫瘍浸潤性免疫細胞(例えば免疫エフェクター細胞)の活性抑制可能。
或る特定の実施形態において、非ヒト動物(例えばマウス)モデルは、ヒト胎児胸腺及び自己ヒト造血幹細胞(例えば自己ヒトCD34+造血幹細胞、例えば自己ヒト胎性肝臓CD34+造血幹細胞)を含む。用語「自己」は、本明細書において使用される場合、ヒト造血幹細胞及びヒト胎性胸腺が同じ胎性供給源から生じていることを指し得る。或る特定の実施形態において、非ヒト動物(例えばマウス)モデルに、約1×105~約5×105自己ヒト造血幹細胞(例えば自己ヒトCD34+造血幹細胞、例えば自己ヒト胎性肝臓CD34+造血幹細胞)を注入する。或る特定の実施形態において、非ヒト動物(例えばマウス)モデルは、ヒトリンパ造血細胞、例えばT細胞(例えばCD3+ T細胞)、B細胞(例えばCD19+ B細胞)及び任意選択で樹状細胞(DC)であって、ヒト胸腺環境内部で自己ヒト白血球抗原(HLA)の存在下、正常ヒトT細胞成熟を可能にするものを含む、持続性ヒト免疫系を含む。或る特定の実施形態において、非ヒト動物は齧歯類、例えばラット又はマウスである。
或る特定の実施形態において、非ヒト動物は、免疫抑制性微小環境、例えば免疫抑制性腫瘍微小環境を含む。或る特定の実施形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、免疫阻害分子を発現する腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む。免疫阻害分子は、PD-1、TIM3、TIGIT、LAG3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択され得る。或る特定の実施形態において、免疫阻害分子は、CTLA-4及び/又はPD-L1である。或る特定の実施形態において、腫瘍は、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む。
本明細書に提供される方法は、更に、候補CARを発現している樹状細胞を、上述の非ヒト動物に投与することと、参照DCと比較した際、例えば免疫抑制性腫瘍微小環境への浸潤改善、生存率改善、及び/又は免疫細胞(例えばT細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球)の活性化誘導における機能増進を含む、樹状細胞活性化に関するマーカーを検出することと、DCを活性化可能なCARとして候補CARを選択することとを含む。或る特定の実施形態において、免疫細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導型キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である。或る特定の実施形態において、免疫細胞は自己又は同種である。或る特定の実施形態において、免疫細胞は改変免疫細胞(例えばCAR-T細胞)又はナイーブ免疫細胞である。或る特定の実施形態において、改変免疫細胞(例えばCAR-T細胞)は、候補CARを発現する樹状細胞と組み合わせて投与される。
臨床的に適切なTIMEを伴う非ヒト動物に関与するDC活性化CARを選択する方法は、より臨床的に適切なDC活性化CAR又はCAR-DCを提供する。言い換えると、本明細書に提供される方法によって選択されるDC活性化CAR又はCAR-DCは、動物モデルにおいてDCを活性化可能であるだけでなく、慣用的な動物モデルと比較した際、ヒト患者においては腫瘍微小環境の複雑性及び不均一性が増加しているため、慣用的な動物モデルによってはこれまでほとんど達成不能であった臨床設定下でも、DCを活性化すると予期され得る。
医薬組成物
別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドと医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCARポリペプチドと医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドを送達するベクターと医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)集団と医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。本明細書において使用される場合、用語「医薬組成物」は、医薬使用のために配合された組成物を指す。
別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドと医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCARポリペプチドと医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCARをコードするポリヌクレオチドを送達するベクターと医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)集団と医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物も提供する。本明細書において使用される場合、用語「医薬組成物」は、医薬使用のために配合された組成物を指す。
用語「医薬的に許容され得る」は、指定される担体、ビヒクル、希釈剤、賦形剤(複数の場合もある)、及び/又は塩が、一般的に、配合物を構成する他の成分と、化学的及び/又は物理的に適合し、かつそのレシピエントに生理学的に適合することを示す。
「医薬的に許容され得る媒体」は、生物学的に許容可能であり、被験体に対して非毒性である、活性成分以外の医薬配合物中の成分を指す。本明細書に開示される医薬組成物中で使用される医薬的に許容され得る媒体には、例えば、医薬的に許容され得る液体、ゲル、若しくは固形担体、水性若しくは非水性ビヒクル、抗微生物剤、緩衝剤、酸化防止剤、等張剤、懸濁/分散剤、封鎖若しくはキレート剤、希釈剤、アジュバント、賦形剤、若しくは非毒性補助物質、又はその多様な組み合わせが含まれ得る。
本開示の医薬組成物は、当該技術分野に知られる多様な技術を用いて調製され得る。例えば、Remington, The Science And Practice of Pharmacy (21st ed. 2005)を参照されたい。簡潔には、操作細胞又はその集団を、使用又は保存前に、適切な媒体と混合する。適切な医薬的に許容され得る媒体は、一般的に、1)医薬組成物の被験体への投与、2)医薬組成物の送達可能な調製物へのプロセシング、及び/又は3)投与前の医薬組成物の保存を補助する、不活性物質を含む。或る特定の実施形態において、医薬的に許容され得る媒体は、配合物の型、コンシステンシー、粘性、pH、薬物動態、及び/又は溶解性を安定化させるか、最適化するか、又は改変し得る作用物質を含む。こうした作用物質には、限定なしに、緩衝剤、湿潤剤、乳化剤、希釈剤、被包剤、及び皮膚浸透増進剤、例えば生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、アルギニン、スクロース、水、グリセロール、エタノール、ソルビトール、デキストラン、カルボキシメチルセルロースナトリウム、及びその組み合わせが含まれる。
例示的な医薬的に許容され得る媒体には、糖(例えばラクトース、グルコース及びスクロース)、デンプン(例えばコーンスターチ及びジャガイモデンプン)、セルロース及びその誘導体(例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、微結晶セルロース及び酢酸セルロース)、粉末化トラガカント、麦芽、ゼラチン、滑沢剤(例えばステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウム及びタルク)、賦形剤(例えばココアバター及び座薬ワックス)、油(例えばピーナツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、コーン油及び大豆油、グリコール(例えばプロピレングリコール)、ポリオール(例えばグリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコール(PEG))、エステル(例えばオレイン酸エチル及びラウリン酸エチル)、寒天、緩衝剤(例えば水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム)、アルギン酸、発熱物質不含水、等張性生理食塩水、リンゲル溶液、エチルアルコール、pH緩衝溶液、ポリエステル、ポリカーボネート、ポリ無水物、充填剤(bulking agents)(例えばポリペプチド及びアミノ酸)、血清アルコール(例えばエタノール)、(無菌)リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液及び医薬配合物中で用いられる他の非毒性適合物質が含まれる。
抗原に対する免疫反応を誘導及び/又は増進するため、及び/又は新生物、病原体感染、又は感染性疾患を治療及び/又は防止するため、本明細書に提供される医薬組成物を、被験体に全身性に又は直接投与してもよい。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される医薬組成物は、関心対象の腫瘍又は臓器内に直接注射される。他の実施形態において、本明細書に提供される医薬組成物は、例えば循環系(例えば腫瘍血管系)内への投与によって、関心対象の臓器に間接的に投与される。
本明細書に提供される医薬組成物は、少なくとも約1×105、約2×105、約3×105、約4×105又は約5×105の操作細胞(例えばCAR-DC)集団を含み得る。当業者は、多様な既知の方法、例えば蛍光活性化細胞ソーティング(FACS)を用いて、集団中の本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)の割合を容易に決定可能である。集団中の、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)の割合(「純度」とも称される)の適切な範囲は、約50%~約55%、約55%~約60%、約60%~約65%、約65%~約70%、約70%~約75%、約75%~約80%、約80%~約85%、約85%~約90%、約90%~約95%、又は約95%~約100%であってもよい。
或る特定の実施形態において、レシピエントには、少なくとも1×103細胞/kg体重、少なくとも5×103細胞/kg体重、少なくとも1×104細胞/kg体重、少なくとも5×104細胞/kg体重、少なくとも1×105細胞/kg体重、少なくとも5×105細胞/kg体重、少なくとも1×106細胞/kg体重、少なくとも5×106細胞/kg体重、少なくとも1×107細胞/kg体重、少なくとも5×107細胞/kg体重、少なくとも1×108細胞/kg体重、少なくとも2×108細胞/kg体重、少なくとも3×108細胞/kg体重、少なくとも4×108細胞/kg体重、少なくとも5×108細胞/kg体重、又は少なくとも6×108細胞/kg体重が投与される。当業者は、本明細書に提供される医薬組成物の投薬量は、レシピエントの多様な要因、例えばサイズ、年齢、性別、体重、及び状態に基づいて決定され得ることを理解する。投薬量は、本開示及び当該技術分野における知識から、当業者によって容易に決定され得る。当業者は、組成物中の、本開示の方法で投与されるべき本明細書に提供される操作細胞の数、並びに任意選択の添加剤、ビヒクル、媒体及び/又は担体の量を容易に決定可能である。典型的には、添加剤は、あるとすれば、リン酸緩衝生理食塩水中、0.001%~50%(重量)溶液の量で存在し、活性成分(例えば本明細書に提供される改変/組換え細胞)は、マイクログラムからミリグラムの桁、例えば約0.0001~約5重量%、好ましくは約0.0001重量%~約1重量%、更により好ましくは約0.0001重量%~約0.05重量%又は約0.001重量%~約20重量%、好ましくは約0.01重量%~約10重量%、更により好ましくは約0.05重量%~約5重量%で存在する。或る特定の投薬量の毒性を、例えば適切な動物モデル(例えばマウス)において、致死用量(LD)及びLD50を決定することによって、決定することが好ましい。適切な反応を誘発する、組成物(複数の場合もある)投与のタイミングを決定することもまた好ましい。こうした決定は、当業者の知識及び本開示によるものであり、過度の実験を必要としない。
本明細書に提供される医薬組成物は、例えば注射(例えば全身注射、局所注射、静脈内注射、リンパ内注射)又はカテーテルによって投与され得る。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される医薬組成物は、皮下、皮内、腫瘍内、髄内、又は腹腔内に投与され得る。1つの実施形態において、本開示の細胞組成物は、好ましくは、静脈内注射によって投与される。投与は自己又は異種であってもよい。例えば、1つの被験体由来の出発細胞を改変することによって、操作細胞(例えばCAR-DC)を得て、同じ被験体又は異なる被験体に投与してもよい。本明細書に提供される医薬組成物は、投与のための単位投薬注射可能型(例えば溶液、懸濁物、エマルジョン)で配合されてもよい。本明細書に提供される医薬組成物の投与は、単一事象として、又は治療の時間経過に渡って、例えば毎日、毎週、2週に一度、若しくは毎月、行われてもよい。本明細書に提供される医薬組成物は、別の作用物質、例えば化学療法剤、別の型の免疫療法(例えばCAR-T療法)、又は放射線療法と組み合わせて(例えばこれらの前に、後に、又はこれらと同時に)投与されてもよい。同時投与は、各々が、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)、及び別の作用物質、例えば化学療法剤、別の型の免疫療法(例えばCAR-T療法)、又は放射線療法を含有する別個の組成物の投与を通じて行われてもよい。同時投与は、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)、及び別の作用物質、例えば化学療法剤、別の型の免疫療法(例えばCAR-T療法)、又は放射線療法を含有する1つの組成物の投与を通じて行われてもよい。
キット
別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)を含むキットも提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCAR-DCを生成する際に使用される、本明細書に提供されるポリペプチド、本明細書に提供されるポリヌクレオチド又は発現ベクターを含むキットも提供する。
別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)を含むキットも提供する。別の態様において、本開示はまた、本明細書に提供されるCAR-DCを生成する際に使用される、本明細書に提供されるポリペプチド、本明細書に提供されるポリヌクレオチド又は発現ベクターを含むキットも提供する。
いくつかの実施形態において、本開示のキットは、キットの使用のための書面の使用説明書を含む。或る特定の実施形態において、使用説明書には、臨床研究、使用上の注意、警告、及び/又は参考文献の少なくとも1つが含まれる。使用説明書は、容器(存在する場合)上に直接印刷されていてもよいし、又は容器中に、若しくは容器に適用されるラベルとして容器とともに、若しくは別個のシート、パンフレット、カード若しくはフォルダーとして、提供されてもよい。適切な容器には、例えば、ボトル、シリンジ、バイアル、及び試験管が含まれる。容器は、多様な材料、例えばプラスチック又はガラスから形成されてもよい。或る特定の実施形態において、容器は、本明細書に提供される医薬組成物を保持し、無菌アクセスポートを有する。
或る特定の実施形態において、キットは、上述のような医薬的に許容され得る媒体を含む第二の容器を更に含む。或る特定の実施形態において、キットは、商業的に望ましいか又はユーザーフレンドリーな他の物質、例えば他の希釈剤、緩衝剤、針、フィルター、シリンジ、及び使用の説明書を含む添付文書を更に含む。
使用法
本開示はまた、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)の多様な使用も提供する。
本開示はまた、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)の多様な使用も提供する。
一般的使用
1つの態様において、本開示は、患者において疾患又は病的状態を治療する方法であって、患者に本明細書に提供される操作細胞を療法的有効量、投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、疾患又は病的状態を治療する方法は、被験体から単離された細胞(例えば末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞)から単離されたか若しくはこうした細胞に由来する、又はiPSCに由来する、DCを準備することと、DCを操作して本明細書に提供されるようなCARを発現させることと、操作細胞(例えばCAR-DC)を被験体に戻して注入することとを含む。いくつかの実施形態において、疾患又は病的状態を治療する方法は、DCの前駆体又は前駆細胞(例えば末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又はiPSC)を準備することと、この前駆体又は前駆細胞を分化させ、操作して、本明細書に提供されるようなCARを発現させることと、分化し操作された細胞(例えばCAR-DC)を被験体に戻して注入することとを含む。いくつかの実施形態において、疾患又は病的状態を治療する方法は、DCの前駆体又は前駆細胞(例えば末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又はiPSC)を準備することと、この前駆体又は前駆細胞を操作して、本明細書に提供されるようなCARを発現させることと、操作された前駆体又は前駆細胞を、本明細書に提供されるようなCARを発現するDCに分化させることと、本明細書に提供されるようなCARを発現するDC(例えばCAR-DC)を被験体に戻して注入することとを含む。
1つの態様において、本開示は、患者において疾患又は病的状態を治療する方法であって、患者に本明細書に提供される操作細胞を療法的有効量、投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、疾患又は病的状態を治療する方法は、被験体から単離された細胞(例えば末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞)から単離されたか若しくはこうした細胞に由来する、又はiPSCに由来する、DCを準備することと、DCを操作して本明細書に提供されるようなCARを発現させることと、操作細胞(例えばCAR-DC)を被験体に戻して注入することとを含む。いくつかの実施形態において、疾患又は病的状態を治療する方法は、DCの前駆体又は前駆細胞(例えば末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又はiPSC)を準備することと、この前駆体又は前駆細胞を分化させ、操作して、本明細書に提供されるようなCARを発現させることと、分化し操作された細胞(例えばCAR-DC)を被験体に戻して注入することとを含む。いくつかの実施形態において、疾患又は病的状態を治療する方法は、DCの前駆体又は前駆細胞(例えば末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又はiPSC)を準備することと、この前駆体又は前駆細胞を操作して、本明細書に提供されるようなCARを発現させることと、操作された前駆体又は前駆細胞を、本明細書に提供されるようなCARを発現するDCに分化させることと、本明細書に提供されるようなCARを発現するDC(例えばCAR-DC)を被験体に戻して注入することとを含む。
いくつかの実施形態において、疾患は癌である。
いくつかの実施形態において、癌は、副腎癌、骨癌、脳癌、乳癌、結腸直腸癌、食道癌、眼癌、胃癌、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、細気管支肺胞細胞肺癌、中皮腫、頭頸部癌、扁平上皮癌、黒色腫、口腔癌、卵巣癌、子宮頸癌、陰茎癌、前立腺癌、膵臓癌、皮膚癌、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌からなる群から選択される固形癌である。いくつかの実施形態において、癌は、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、節外性NK/T細胞リンパ腫、HHV8関連原発性滲出性リンパ腫、形質芽球性リンパ腫、原発性CNSリンパ腫、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫、T細胞/組織球リッチB細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、多発性骨髄腫(MM)からなる群から選択される、血液学的悪性疾患である。
いくつかの実施形態において、癌を有する被験体は、癌療法(例えば免疫療法)に対する反応性が劣っている。
用語「免疫療法」は、本明細書において使用される場合、癌等の疾患に対して戦うように免疫系を刺激するか、又は一般的な方式で免疫系をブーストする療法タイプを指す。免疫療法には、直接又は間接的に抗腫瘍効果を媒介し、必ずしもインタクトな宿主免疫系に依存しない、確立された腫瘍免疫反応性を持つ作用物質(例えばエフェクター細胞)を送達することによる受動免疫療法(例えば抗体療法又はCAR-T細胞療法)が含まれる。免疫療法には更に、治療が、免疫反応修飾剤の投与を伴い、疾患細胞に対して反応するように内因性宿主免疫系をin vivo刺激することに頼る、能動免疫療法が含まれ得る。
免疫療法の例としては、限定なしに、チェックポイント調節剤、養子細胞移入、サイトカイン、腫瘍溶解性ウイルス及び療法ワクチンが挙げられる。
チェックポイント調節剤は、癌細胞が免疫系の攻撃を回避する能力に干渉し、免疫系が腫瘍に対してより強く反応するよう援助し得る。免疫チェックポイント分子は、共刺激シグナルを媒介して、免疫反応を増大し得るか、又は共阻害シグナルを媒介して、免疫反応を抑制し得る。チェックポイント調節剤の例としては、限定なしに、PD-1、PD-L1、PD-L2、CTLA-4、TIM-3、LAG3、A2AR、CD160、2B4、TGF β、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、OX40、CD2、CD27、CD28、CD30、CD40、CD47、CD122、ICAM-1、IDO、NKG2C、SLAMF7、SIGLEC7、NKp80、CD160、B7-H3、LFA-1、1COS、4-1BB、GITR、BAFFR、HVEM、CD7、LIGHT、IL-2、IL-7、IL-15、IL-21、CD3、CD16及びCD83の調節剤が挙げられる。或る特定の実施形態において、免疫チェックポイント調節剤は、PD-1/PD-L1軸阻害剤を含む。
養子細胞移入は、T細胞が癌と戦う天然の能力をブーストするよう試みる治療である。この治療において、患者からT細胞を採取し、in vitroで拡大し、活性化する。或る特定の実施形態において、T細胞をin vitroでCAR-T細胞へと改変する。癌に対して最も活性であるT細胞又はCAR-T細胞を、大容量で、2週間~8週間、in vitroで培養する。この期間中、患者は体の免疫を減少させる化学療法及び放射線療法等の治療を受ける。これらの治療後、in vitro培養したT細胞又はCAR-T細胞を患者に戻す。或る特定の実施形態において、免疫療法はCAR-T療法である。
TIMEの破壊
1つの態様において、本開示は、本明細書で提供されるCAR-DC又はその集団を用いて、TIMEを破壊する(例えばTIMEを炎症状態に変換する)方法を提供する。
1つの態様において、本開示は、本明細書で提供されるCAR-DC又はその集団を用いて、TIMEを破壊する(例えばTIMEを炎症状態に変換する)方法を提供する。
別の態様において、本開示はまた、免疫抑制性微小環境において、免疫細胞増殖を誘導し、免疫細胞の生存を延長させ、及び/又は免疫細胞からの免疫刺激性サイトカインの発現及び/又は分泌を増加させる方法も提供する。免疫刺激性サイトカインは、TNF-α、IFN-β、IFN-γ、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12、IL-18及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子の1つ以上であってもよい。方法は、免疫抑制性微小環境を、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)と接触させることを含む。免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球であってもよい。或る特定の実施形態において、免疫細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導性キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である。或る特定の実施形態において、免疫細胞は、非改変免疫細胞である。或る特定の実施形態において、免疫細胞は改変免疫細胞である。非改変又は改変免疫細胞は、自己又は同種であってもよい。或る特定の実施形態において、改変免疫細胞はCAR-T細胞である。或る特定の実施形態において、CAR-T細胞は、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)と同じ供給源(例えば被験体の末梢血)に由来する。
或る特定の実施形態において、免疫抑制性微小環境は、免疫抑制性腫瘍微小環境である。免疫抑制性腫瘍微小環境は、「樹状細胞(DC)-活性化キメラ抗原受容体(CAR)」と題されるセクションに記載されている。或る特定の実施形態において、免疫抑制性腫瘍微小環境は、例えばPD-1、TIM3、TIGIT、LAG3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、及びCD47からなる群から選択される免疫阻害分子を発現する、腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む。或る特定の実施形態において、免疫阻害分子は、CTLA-4及び/又はPD-L1である。或る特定の実施形態において、腫瘍は、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む。
養子細胞療法(例えばCAR-T療法)の有効性改善
別の態様において、本開示は、治療が必要な被験体において、癌を治療する際の養子細胞療法の有効性を改善する方法を提供する。方法は、本明細書に提供される医薬組成物を療法的有効量、投与することを含む。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される方法は、改変免疫細胞集団を含む医薬組成物を投与することを更に含む。
別の態様において、本開示は、治療が必要な被験体において、癌を治療する際の養子細胞療法の有効性を改善する方法を提供する。方法は、本明細書に提供される医薬組成物を療法的有効量、投与することを含む。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される方法は、改変免疫細胞集団を含む医薬組成物を投与することを更に含む。
養子細胞療法は、改変免疫細胞、例えば細胞表面上に合成受容体(例えばCAR又はTCR)を発現する免疫細胞の養子移入を含む。改変免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球であってもよい。或る特定の実施形態において、免疫細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導性キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である。改変免疫細胞は、自己又は同種であってもよい。或る特定の実施形態において、改変免疫細胞はCAR-T細胞である。或る特定の実施形態において、CAR-T細胞は、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)と同じ供給源(例えば被験体の末梢血)に由来する。
いくつかの実施形態において、癌は、上述のような固形腫瘍、又は血液学的悪性疾患である。
いくつかの実施形態において、癌を有する被験体は、上述のような癌療法(例えば免疫療法)に対して反応性が劣っている。
併用療法
別の態様において、本開示は、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)と第二の作用物質とを用いた併用療法を提供する。
別の態様において、本開示は、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)と第二の作用物質とを用いた併用療法を提供する。
或る特定の実施形態において、第二の作用物質は、上述のような改変免疫細胞、例えばCAR-T細胞の集団である。或る特定の実施形態において、CAR-T細胞は、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)と同じ供給源(例えば被験体の末梢血)に由来する。或る特定の実施形態において、併用療法において提供される操作細胞(例えばCAR-DC)及びCAR-T細胞の比は、約1:1~1:10の範囲である。
或る特定の実施形態において、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)及びCAR-T細胞は、同じ医薬組成物中にある。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)及びCAR-T細胞は、2つの別個の医薬組成物中にある。或る特定の実施形態において、本明細書に提供される操作細胞(例えばCAR-DC)は、CAR-T細胞の投与前、投与と同時又は投与後に、治療の必要がある被験体に投与される。
或る特定の実施形態において、第二の作用物質は、免疫抑制経路を阻害する作用物質であり、これには、限定されるわけではないが、TGF-β、インターロイキン10(IL-10)、アデノシン、VEGF、インドールアミン2,3ジオキシゲナーゼ1(IDO1)、インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ2(IDO2)、トリプトファン2-3-ジオキシゲナーゼ(TDO)、乳酸塩、低酸素、アルギナーゼ、及びプロスタグランジンE2の阻害剤が含まれる。第二の作用物質はまた、T細胞チェックポイント阻害剤であってもよく、これには、限定されるわけではないが、抗CTLA4抗体(例えばイピリムマブ)、抗PD1抗体(例えばニボルマブ、ペムブロリズマブ、セミプリマブ)、抗PD-L1抗体(例えばアテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ)、抗PD-L2抗体、抗BTLA抗体、抗LAG3抗体、抗TIM3抗体、抗VISTA抗体、抗TIGIT抗体、及び抗KIR抗体が含まれる。
或る特定の実施形態において、第二の作用物質はT細胞アゴニストであり、これには限定されるわけではないが、CD28、ICOS、OX-40、CD27、4-1BB、CD137、GITR、及びHVEMを刺激する抗体が含まれる。或る特定の実施形態において、第二の作用物質は療法性腫瘍溶解性ウイルスであり、これには、限定されるわけではないが、ラブドウイルス、レトロウイルス、パラミクソウイルス、ピコルナウイルス、レオウイルス、パルボウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、及びポックスウイルスが含まれる。
或る特定の実施形態において、第二の作用物質は、免疫刺激剤、例えばtoll様受容体アゴニストであり、これには、限定されるわけではないが、TLR3、TLR4、TLR7及びTLR9アゴニストが含まれる。或る特定の実施形態において、第二の作用物質は、インターフェロン遺伝子刺激剤(STING)アゴニスト、例えば環状GMP-AMPシンターゼ(cGAS)である。
或る特定の実施形態において、限定されるわけではないが、樹状細胞又はT細胞増殖及び持続性を増進させ、限定されるわけではないが、Flt3L、IL-2、IL-7、及びIL-15又はその類似体を含む、サイトカインでの処理、又はCAR-DC内部からのこうしたサイトカインの発現を含む、任意の数の適切な治療方式と組み合わせて、例えばこうした治療の前、こうした治療と同時、又はこうした治療後に、治療が必要な被験体に、本明細書に提供されるCAR-DC又はCAR-DC集団を投与する。
いくつかの実施形態において、治療法は、操作細胞の投与と関連する副作用を減少させるか又は軽減する作用物質を投与することを更に含む。例示的な副作用としては、サイトカイン放出症候群(CRS)、及び血球貪食性リンパ組織球症(HLH、マクロファージ活性化症候群(MAS)とも称される)が挙げられる。或る特定の実施形態において、副作用を治療するために投与する作用物質は、可溶性因子、例えばIFN-γ、IFN-α、IL-2及びIL-6を中和する作用物質を含む。例示的な作用物質としては、限定なしに、TNF-αの阻害剤(例えばエタネルセプト)及びIL-6の阻害剤(例えばトシリズマブ)が挙げられる。
本開示は、特定の実施形態(このうちいくつかは好ましい実施形態である)に関連して特に示され記載されてきたが、当業者には、本明細書に開示されるような本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく、型及び詳細に多様な変化を行ってもよいことが理解されるはずである。
実施例1
DCを特異的に活性化するCARの生成
T細胞及びDCを活性化する際に関与する経路が別個であるため、本発明者らは、CAR-T細胞の典型的なCAR分子は、DCを活性化することができないと推測した(図1A、図8A及び図8B)。したがって、本発明者らは、TLR4、TNFR2、デクチン-1及びFcγR等のDC活性化経路を取り込む新規CARを評価した。本発明者らはまず、サイトカインカクテルで機能性DCに分化可能であるヒト単球性白血病細胞株であるTHP-1細胞由来のDC(C. Berges et al., A cell line model for the differentiation of human dendritic cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 333, 896-907 (2005))において、抗ヒトCD19 scFv並びにTLR4、TNFR2、デクチン-1、及びFcγRの細胞内活性化ドメインからなるCAR構造を試験した。TLR4又はTNFR2テールを持つCARはDCを効率的に活性化することができず、TLR4又はTNFRテールのみによって与えられる刺激シグナルは、DC活性化には十分でないことが示された(図8A及び図8B)。THP-1細胞における、デクチン1及びFcRγの細胞質テールのタンデム融合を含む抗ヒトCD19 scFvからなるCARの発現は、CARDF-DCと示される、DCへの分化に影響を及ぼさなかった(図1B及び図1C)。CARDF-DC及び対照THP-1由来DCをH460-CD19に曝露すると(図1F)、CARDF-DCは、対照DCと比較して、より高いレベルの共刺激分子(CD80及びCD86)を発現した(図1D)。さらに、CARDF-DCは、対照DCよりも、同種T細胞のよりロバストな増殖を誘導可能であった(図1E)。CARDF-DCが、CAR-T細胞の機能を活性化可能であるかどうかを調べるため、第二世代抗CD19 CAR-T細胞を、CARDF-DC又は対照DCの存在下で、H460-CD19腫瘍細胞と培養した(図1A及び図1G)。CAR-T細胞は、対照DCよりもCARDF-DCの存在下で、CD19+ H460腫瘍細胞に対するより高い細胞傷害性を与えた(図1H)。さらに、CARDF-DCは、対照DCと比較した際、CAR-T細胞におけるより高い発現レベルのIFN-γ、及び腫瘍細胞による乳酸デヒドロゲナーゼ(LDH)の放出を誘導した(図1I及び図1J)。これらのデータは、CARDFがDCの活性を増進させて、CAR-T細胞を活性化し得ることを示す。
DCを特異的に活性化するCARの生成
T細胞及びDCを活性化する際に関与する経路が別個であるため、本発明者らは、CAR-T細胞の典型的なCAR分子は、DCを活性化することができないと推測した(図1A、図8A及び図8B)。したがって、本発明者らは、TLR4、TNFR2、デクチン-1及びFcγR等のDC活性化経路を取り込む新規CARを評価した。本発明者らはまず、サイトカインカクテルで機能性DCに分化可能であるヒト単球性白血病細胞株であるTHP-1細胞由来のDC(C. Berges et al., A cell line model for the differentiation of human dendritic cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 333, 896-907 (2005))において、抗ヒトCD19 scFv並びにTLR4、TNFR2、デクチン-1、及びFcγRの細胞内活性化ドメインからなるCAR構造を試験した。TLR4又はTNFR2テールを持つCARはDCを効率的に活性化することができず、TLR4又はTNFRテールのみによって与えられる刺激シグナルは、DC活性化には十分でないことが示された(図8A及び図8B)。THP-1細胞における、デクチン1及びFcRγの細胞質テールのタンデム融合を含む抗ヒトCD19 scFvからなるCARの発現は、CARDF-DCと示される、DCへの分化に影響を及ぼさなかった(図1B及び図1C)。CARDF-DC及び対照THP-1由来DCをH460-CD19に曝露すると(図1F)、CARDF-DCは、対照DCと比較して、より高いレベルの共刺激分子(CD80及びCD86)を発現した(図1D)。さらに、CARDF-DCは、対照DCよりも、同種T細胞のよりロバストな増殖を誘導可能であった(図1E)。CARDF-DCが、CAR-T細胞の機能を活性化可能であるかどうかを調べるため、第二世代抗CD19 CAR-T細胞を、CARDF-DC又は対照DCの存在下で、H460-CD19腫瘍細胞と培養した(図1A及び図1G)。CAR-T細胞は、対照DCよりもCARDF-DCの存在下で、CD19+ H460腫瘍細胞に対するより高い細胞傷害性を与えた(図1H)。さらに、CARDF-DCは、対照DCと比較した際、CAR-T細胞におけるより高い発現レベルのIFN-γ、及び腫瘍細胞による乳酸デヒドロゲナーゼ(LDH)の放出を誘導した(図1I及び図1J)。これらのデータは、CARDFがDCの活性を増進させて、CAR-T細胞を活性化し得ることを示す。
実施例2
CARDFは、正常末梢単球由来のDCを活性化し得る
THP-1細胞由来のDCにおけるCARDFの知見を確認するため、本発明者らは、臨床適用のためのDCの一般的な供給源である末梢単球由来の正常DC(Mo-DC)に対するCARDF発現の影響を調べた(J. Constantino et al., Antitumor dendritic cell-based vaccines: lessons from 20 years of clinical trials and future perspectives. Transl. Res. 168, 74-95 (2016))。健康なドナーのPBMCから精製した単球を、CARDFを発現するレンチウイルスで形質導入し、DCに分化するよう誘導した(図2A)。CARDFの発現は、Mo-DCの分化及び成熟に影響を及ぼさず、DCマーカーであるCD11C、CD80、CD86、HLA-ABC、及びHLA-DRは対照DCと匹敵する表面発現レベルであった(図2B)。非操作固形腫瘍に特異的でない抗CD19 scFv CARを用いる代わりに、本発明者らは、固形腫瘍の多くのタイプによって高発現されるEphA2に関する抗体scFvを用いた(図9A)(J. Wykosky et al., The EphA2 receptor and ephrinA1 ligand in solid tumors: function and therapeutic targeting. Mol. Cancer Res. 6, 1795-1806 (2008)、J. M. Brannan et al., EphA2 in the early pathogenesis and progression of non-small cell lung cancer. Cancer Prev. Res. 2, 1039-1049 (2009)、V. M. Youngblood et al., The Ephrin-A1/EPHA2 Signaling Axis Regulates Glutamine Metabolism in HER2-Positive Breast Cancer. Cancer Res. 76, 1825-1836 (2016)、M. Tandon et al., Emerging strategies for EphA2 receptor targeting for cancer therapeutics. Expert Opin Ther Targets. 15, 31-51 (2011))。抗EphA2 CARDF-DCがCD3+ T細胞の拡大を増進し得るかどうかを評価するため、本発明者らは、CFSF標識T細胞を、EphA2を発現するヒト肺癌A549細胞に48時間あらかじめ曝露されているCARDF Mo-DC又は対照Mo-DCと培養した。CARDF-DCは、対照Mo-DCよりもよりロバストにT細胞増殖を誘導可能であった(図2C)。要約すると、本発明者らの知見は、CARDFが、腫瘍抗原の刺激に反応して、Mo-DCを活性化可能であることを示す。
CARDFは、正常末梢単球由来のDCを活性化し得る
THP-1細胞由来のDCにおけるCARDFの知見を確認するため、本発明者らは、臨床適用のためのDCの一般的な供給源である末梢単球由来の正常DC(Mo-DC)に対するCARDF発現の影響を調べた(J. Constantino et al., Antitumor dendritic cell-based vaccines: lessons from 20 years of clinical trials and future perspectives. Transl. Res. 168, 74-95 (2016))。健康なドナーのPBMCから精製した単球を、CARDFを発現するレンチウイルスで形質導入し、DCに分化するよう誘導した(図2A)。CARDFの発現は、Mo-DCの分化及び成熟に影響を及ぼさず、DCマーカーであるCD11C、CD80、CD86、HLA-ABC、及びHLA-DRは対照DCと匹敵する表面発現レベルであった(図2B)。非操作固形腫瘍に特異的でない抗CD19 scFv CARを用いる代わりに、本発明者らは、固形腫瘍の多くのタイプによって高発現されるEphA2に関する抗体scFvを用いた(図9A)(J. Wykosky et al., The EphA2 receptor and ephrinA1 ligand in solid tumors: function and therapeutic targeting. Mol. Cancer Res. 6, 1795-1806 (2008)、J. M. Brannan et al., EphA2 in the early pathogenesis and progression of non-small cell lung cancer. Cancer Prev. Res. 2, 1039-1049 (2009)、V. M. Youngblood et al., The Ephrin-A1/EPHA2 Signaling Axis Regulates Glutamine Metabolism in HER2-Positive Breast Cancer. Cancer Res. 76, 1825-1836 (2016)、M. Tandon et al., Emerging strategies for EphA2 receptor targeting for cancer therapeutics. Expert Opin Ther Targets. 15, 31-51 (2011))。抗EphA2 CARDF-DCがCD3+ T細胞の拡大を増進し得るかどうかを評価するため、本発明者らは、CFSF標識T細胞を、EphA2を発現するヒト肺癌A549細胞に48時間あらかじめ曝露されているCARDF Mo-DC又は対照Mo-DCと培養した。CARDF-DCは、対照Mo-DCよりもよりロバストにT細胞増殖を誘導可能であった(図2C)。要約すると、本発明者らの知見は、CARDFが、腫瘍抗原の刺激に反応して、Mo-DCを活性化可能であることを示す。
エフェクターT細胞を抑制し、腫瘍増殖を促進するため、以前の知見は、TIME内の免疫抑制性TIDCが固形腫瘍表面上のPD-L1及びCTLA4の発現によって誘導され得ることを示している(非特許文献4、C. Fu et al., Dendritic Cells and CD8 T Cell Immunity in Tumor Microenvironment. Front Immunol. 9, 3059 (2018)、C. Pfirschke et al., Tumor Microenvironment: No Effector T Cells without Dendritic Cells. Cancer cell 31, 614-615 (2017)、R. A. Belderbos et al., Enhancing Dendritic Cell Therapy in Solid Tumors with Immunomodulating Conventional Treatment. Mol. Ther. Oncolytics 13, 67-81 (2019))。CTLA4-Ig及びPD-L1を発現する腫瘍細胞に反応したMo-DCの活性化状態を評価するため、本発明者らは、以前に記載されるように、HPRT遺伝子座内に発現カセットをノックインすることによって、CTLA4-Ig及びPD-L1を過剰発現するヒト肺癌細胞A549(A549-CP)を構築した(Rong Z et al., An Effective Approach to Prevent Immune Rejection of Human ESC-Derived Allografts. Cell Stem Cell 14, 121-130 (2014))。対照A549細胞と比較して、CPの発現は、A549-CP腫瘍細胞においてはるかに高かった(図2D)。CARDF-DC又は対照Mo-DCをA549-CP細胞と48時間共培養した際、CARDF-DCは、対照Mo-DCよりもはるかにより高いレベルのCD80、HLA-ABC及びHLA-DRを発現した(図2E)。CARDF-DC及び対照Mo-DCをA549-CPに48時間あらかじめ曝露した際、CARDF-DCは、対照Mo-DCよりもよりロバストにT細胞を活性化可能であった(図2F)。したがって、CARDFは、腫瘍細胞誘導性免疫抑制に抵抗するようにDCを活性化して、T細胞を有効に活性化し得る。
実施例3
CARDF-DCは、in vitroで、CAR-T細胞の細胞傷害性を活性化する
本発明者らのCARDF-DCが、腫瘍細胞に対するCAR-T細胞の細胞傷害性を増加させるかどうかを調べるため、本発明者らは、Mo-DCと同じドナー由来のT細胞を用いて、抗EphA2 CAR-T細胞を産生した。CAR-T細胞表面上のCAR、並びにA549及びA549-CP腫瘍細胞表面上のEphA2の発現を確認した(図3A及び図3B、図9B)。対照Mo-DC又はCARDF-DCによって活性化されるCAR-T細胞の細胞傷害活性を調べるため、A549及びA549-CP細胞をCAR-T細胞及びDCと共培養した。対照Mo-DCと比較した際、CARDF-DCは、A549細胞に対するCAR-T細胞の細胞傷害活性を有意に増加させた(図3C)。A549-CP細胞に向かうCAR-T細胞の細胞溶解活性は、A549細胞のものと比較した際、減少しており、CPの発現がCAR-T細胞の細胞溶解活性を抑制したことが示された。対照的に、腫瘍細胞におけるCPの発現による、CAR-T細胞の細胞溶解活性の阻害は、CARDF-DCによって逆転された(図3C)。この知見と一致して、対照Mo-DCと比較した際、CARDF-DC及びCAR-T細胞の共培養は、CAR-T細胞によるIL-2、IFN-γ及びTNF-αの発現を増加させ(図3D)、IFN-γ+CAR-T細胞の割合並びに上清中のIFN-γ及びLDHのレベルを増加させた(図3E~図3G)。したがって、CARDF-DCは、CP媒介性免疫抑制に抵抗して、CAR-T細胞の細胞溶解活性を活性化し得る。
CARDF-DCは、in vitroで、CAR-T細胞の細胞傷害性を活性化する
本発明者らのCARDF-DCが、腫瘍細胞に対するCAR-T細胞の細胞傷害性を増加させるかどうかを調べるため、本発明者らは、Mo-DCと同じドナー由来のT細胞を用いて、抗EphA2 CAR-T細胞を産生した。CAR-T細胞表面上のCAR、並びにA549及びA549-CP腫瘍細胞表面上のEphA2の発現を確認した(図3A及び図3B、図9B)。対照Mo-DC又はCARDF-DCによって活性化されるCAR-T細胞の細胞傷害活性を調べるため、A549及びA549-CP細胞をCAR-T細胞及びDCと共培養した。対照Mo-DCと比較した際、CARDF-DCは、A549細胞に対するCAR-T細胞の細胞傷害活性を有意に増加させた(図3C)。A549-CP細胞に向かうCAR-T細胞の細胞溶解活性は、A549細胞のものと比較した際、減少しており、CPの発現がCAR-T細胞の細胞溶解活性を抑制したことが示された。対照的に、腫瘍細胞におけるCPの発現による、CAR-T細胞の細胞溶解活性の阻害は、CARDF-DCによって逆転された(図3C)。この知見と一致して、対照Mo-DCと比較した際、CARDF-DC及びCAR-T細胞の共培養は、CAR-T細胞によるIL-2、IFN-γ及びTNF-αの発現を増加させ(図3D)、IFN-γ+CAR-T細胞の割合並びに上清中のIFN-γ及びLDHのレベルを増加させた(図3E~図3G)。したがって、CARDF-DCは、CP媒介性免疫抑制に抵抗して、CAR-T細胞の細胞溶解活性を活性化し得る。
実施例4
CARDF-DCは、in vivoで、TIMEに抵抗し、CAR-T細胞の抗腫瘍活性を活性化する
in vivoでのCAR-T細胞に対するCARDF-DCの影響を調べるため、本発明者らは、それぞれ、A549-WT及びA549-CP腫瘍細胞を、免疫不全NOD/SCID/IL-2γ-/-(NSG)マウスに皮下注射した。腫瘍が触診可能なサイズに到達したら、1×107のCAR-T細胞及び5×106の対照Mo-DC又はCARDF-DCを、それぞれ、静脈内注入した(図4A)。A549腫瘍とは対照的に、A549-CP腫瘍は、臨床的に適切なTIMEを発展させた(図4B)。CAR-T細胞は、TIMEを伴う固形腫瘍において、迅速に疲弊するという以前の知見(J. L.-M. Chen et al., NR4A transcription factors limit CAR T cell function in solid tumours. Nature 567, 530-534 (2019)、J. Li et al., Chimeric antigen receptor T cell (CAR-T) immunotherapy for solid tumors: lessons learned and strategies for moving forward. J Hematol Oncol. 11, 22 (2018))と一致して、CAR-T細胞は、A549-WT腫瘍を有効に除去したが、A549-CP腫瘍を除去しなかった(図4C)。CARDF-DCと組み合わされたCAR-T細胞は、CAR-T細胞治療のみと比較して、A549-CP腫瘍負荷を効率的に減少させた(図4C及び図4D)。さらに、CARDF-DCは、in vivoで、CD8+ T細胞を含むT細胞の生存を有意に延長させ、DC自体の生存及び活性化を促進した(図4E及び図4F)。さらに、本発明者らはまた、CARDF-DC治療群の腫瘍において、CD11C及びCD80のより高い発現レベルを検出し(図4E)、CARDF-DCが、対照Mo-DCよりも、CP過剰発現腫瘍においてよりよく浸潤するか又はより長く生存し得ることが示唆された。要約すると、これらのデータは、CARDF-DCがTIMEに抵抗して、CAR-T細胞の生存及び活性を促進し、固形腫瘍を抑制することを示唆する。
CARDF-DCは、in vivoで、TIMEに抵抗し、CAR-T細胞の抗腫瘍活性を活性化する
in vivoでのCAR-T細胞に対するCARDF-DCの影響を調べるため、本発明者らは、それぞれ、A549-WT及びA549-CP腫瘍細胞を、免疫不全NOD/SCID/IL-2γ-/-(NSG)マウスに皮下注射した。腫瘍が触診可能なサイズに到達したら、1×107のCAR-T細胞及び5×106の対照Mo-DC又はCARDF-DCを、それぞれ、静脈内注入した(図4A)。A549腫瘍とは対照的に、A549-CP腫瘍は、臨床的に適切なTIMEを発展させた(図4B)。CAR-T細胞は、TIMEを伴う固形腫瘍において、迅速に疲弊するという以前の知見(J. L.-M. Chen et al., NR4A transcription factors limit CAR T cell function in solid tumours. Nature 567, 530-534 (2019)、J. Li et al., Chimeric antigen receptor T cell (CAR-T) immunotherapy for solid tumors: lessons learned and strategies for moving forward. J Hematol Oncol. 11, 22 (2018))と一致して、CAR-T細胞は、A549-WT腫瘍を有効に除去したが、A549-CP腫瘍を除去しなかった(図4C)。CARDF-DCと組み合わされたCAR-T細胞は、CAR-T細胞治療のみと比較して、A549-CP腫瘍負荷を効率的に減少させた(図4C及び図4D)。さらに、CARDF-DCは、in vivoで、CD8+ T細胞を含むT細胞の生存を有意に延長させ、DC自体の生存及び活性化を促進した(図4E及び図4F)。さらに、本発明者らはまた、CARDF-DC治療群の腫瘍において、CD11C及びCD80のより高い発現レベルを検出し(図4E)、CARDF-DCが、対照Mo-DCよりも、CP過剰発現腫瘍においてよりよく浸潤するか又はより長く生存し得ることが示唆された。要約すると、これらのデータは、CARDF-DCがTIMEに抵抗して、CAR-T細胞の生存及び活性を促進し、固形腫瘍を抑制することを示唆する。
実施例5
CARDF-DCは、TIMEを逆転させて、CAR-T細胞を活性化し、Hu-マウスにおいて固形腫瘍を除去する
免疫系と腫瘍との間の相互作用は、TIMEの形成において重要な役割を果たす(M. Binnewies et al., Understanding the tumor immune microenvironment (TIME) for effective therapy. Nat Med. 24, 541-550 (2018))。したがって、本発明者らは、以前に記載されるような、免疫系ヒト化マウスにおいて、ヒト固形腫瘍が臨床的に適切なTIMEを発展させるHuSモデルを使用して(Q. Li, et al., Developing Covalent Protein Drugs via Proximity-Enabled Reactive Therapeutics. Cell 182, 85-97.e16 (2020))、固形腫瘍のTIMEを逆転させる際のCARDF-DCの活性を更に評価した(図5A)。CARDF-DC及びCAR-T細胞は、HuSモデルを確立するため、ヒト肺腫瘍を接種するためにも用いた同じドナーの組織で確立されたHu-マウスの骨髄細胞及びT細胞由来であった。したがって、HuSマウスにおけるCARDF-DC、CAR-T細胞及び免疫系は、全て同じドナー由来であった。予期されるように、対照Mo-DCを伴う又は伴わないCAR-T細胞は、HuSマウスにおいて形成される臨床的に適切なTIMEを発展させたヒト肺腫瘍を抑制することができなかった(図5B~図5E)。対照的に、CAR-T細胞をCARDF-DCと組み合わせると、Hu-マウスの同じバッチにおいて形成されるヒト肺腫瘍の成長が効率的に抑制された(図5C~図5E)。したがって、CARDF-DCは、臨床的に適切なTIMEに抵抗して、CAR-T細胞の抗腫瘍活性を活性化可能であった。
CARDF-DCは、TIMEを逆転させて、CAR-T細胞を活性化し、Hu-マウスにおいて固形腫瘍を除去する
免疫系と腫瘍との間の相互作用は、TIMEの形成において重要な役割を果たす(M. Binnewies et al., Understanding the tumor immune microenvironment (TIME) for effective therapy. Nat Med. 24, 541-550 (2018))。したがって、本発明者らは、以前に記載されるような、免疫系ヒト化マウスにおいて、ヒト固形腫瘍が臨床的に適切なTIMEを発展させるHuSモデルを使用して(Q. Li, et al., Developing Covalent Protein Drugs via Proximity-Enabled Reactive Therapeutics. Cell 182, 85-97.e16 (2020))、固形腫瘍のTIMEを逆転させる際のCARDF-DCの活性を更に評価した(図5A)。CARDF-DC及びCAR-T細胞は、HuSモデルを確立するため、ヒト肺腫瘍を接種するためにも用いた同じドナーの組織で確立されたHu-マウスの骨髄細胞及びT細胞由来であった。したがって、HuSマウスにおけるCARDF-DC、CAR-T細胞及び免疫系は、全て同じドナー由来であった。予期されるように、対照Mo-DCを伴う又は伴わないCAR-T細胞は、HuSマウスにおいて形成される臨床的に適切なTIMEを発展させたヒト肺腫瘍を抑制することができなかった(図5B~図5E)。対照的に、CAR-T細胞をCARDF-DCと組み合わせると、Hu-マウスの同じバッチにおいて形成されるヒト肺腫瘍の成長が効率的に抑制された(図5C~図5E)。したがって、CARDF-DCは、臨床的に適切なTIMEに抵抗して、CAR-T細胞の抗腫瘍活性を活性化可能であった。
CARDF-DCが、T細胞を活性化するため、固形腫瘍のTIMEを炎症促進状態に向かって変換可能であるという仮説を試験するため、本発明者らは、末梢及び腫瘍において、T細胞の活性化状態を調べた。CARDF-DCは、脾臓においてIFN-γ+T細胞の割合を増加させ(図6A)、脾臓T細胞における阻害性表面受容体PD-1及びTIM-3の発現を減少させた(図6B及び図6E)。さらに、CARDF-DCは、脾臓DCにおいて、DC活性化マーカーCD86及びMHC-IIの発現を増加させた(図6C)。したがって、CARDF-DCは、全身免疫系を活性化するようであった。CARDF-DCが固形腫瘍のTIMEを炎症促進状態に向けて変換可能であるという知見の裏付けとして、CARDF-DCは、TNF-α、IL-2、CD86、IL-12Bの腫瘍内発現を増加させ(図6D)、免疫チェックポイント分子PD-1、TIM-3、TGF-β(図6F)及びM2マクロファージマーカーCD206、CD163(図6G)の発現を減少させた。これらのデータは、CARDF-DCが、TIMEを炎症促進状態に向けて逆転させ、固形腫瘍に対する免疫を活性化し得ることを示す。
実施例6
CARDF-DCは、異なるTIMEにおいて、均一なT細胞活性化活性を有する
固形腫瘍は、TIMEの背景において不均一性である(V. Thorsson et al., The Immune Landscape of Cancer. Immunity 48, 812-830 e814 (2018))。CARDF-DCが、異なる固形腫瘍のTIMEを炎症促進状態に向けて逆転し得るという仮説を試験するため、本発明者らは、PD-L1をより高いレベルで発現し、同様にHu-マウスにおいて臨床的に適切なTIMEを形成する別のヒト肺癌細胞株H460を使用した(図7A及び図7B)。この腫瘍細胞は、EphA2を発現することが確認された(図7C)。Hu-マウスにおいて、A549によって形成される肺腫瘍における知見と一致して、CARDF-DCは、CAR-T細胞の抗腫瘍活性を効率的にレスキューし、HuS-マウスにおいてH460細胞によって形成される固形腫瘍を抑制した(図7D~図7F)。CARDF-DCは、対照DCよりも、H460腫瘍により効率的に浸潤するか又は距離長く生存可能であった(図7G)。したがって、これらのデータは、CARDF-DCの、固形腫瘍の不均一なTIMEにおいて免疫抑制を逆転させる、均一なT細胞活性化能を明らかにした。
CARDF-DCは、異なるTIMEにおいて、均一なT細胞活性化活性を有する
固形腫瘍は、TIMEの背景において不均一性である(V. Thorsson et al., The Immune Landscape of Cancer. Immunity 48, 812-830 e814 (2018))。CARDF-DCが、異なる固形腫瘍のTIMEを炎症促進状態に向けて逆転し得るという仮説を試験するため、本発明者らは、PD-L1をより高いレベルで発現し、同様にHu-マウスにおいて臨床的に適切なTIMEを形成する別のヒト肺癌細胞株H460を使用した(図7A及び図7B)。この腫瘍細胞は、EphA2を発現することが確認された(図7C)。Hu-マウスにおいて、A549によって形成される肺腫瘍における知見と一致して、CARDF-DCは、CAR-T細胞の抗腫瘍活性を効率的にレスキューし、HuS-マウスにおいてH460細胞によって形成される固形腫瘍を抑制した(図7D~図7F)。CARDF-DCは、対照DCよりも、H460腫瘍により効率的に浸潤するか又は距離長く生存可能であった(図7G)。したがって、これらのデータは、CARDF-DCの、固形腫瘍の不均一なTIMEにおいて免疫抑制を逆転させる、均一なT細胞活性化能を明らかにした。
実施例7
考察
血液悪性疾患を治療するCAR-T細胞療法の傑出した有効性にもかかわらず、固形腫瘍の免疫療法は、免疫抑制性微小環境(TIME)が存在するため、困難なままである。したがって、固形腫瘍の免疫療法の有効性を改善するため、TIMEを破壊する戦略を発展させることが非常に重要である。免疫抑制性TIDCが、細胞傷害性T細胞機能を抑制し、免疫抑制性制御T細胞を促進することによって、TIME確立に重要な役割を果たすことは十分に確立されている(非特許文献4)。この目的を達成するため、本発明者らは、DCが腫瘍細胞を特異的に標的化し、TIMEと遭遇した後も活性化されたままであることを可能にする、CAR-DC戦略を発展させた。この背景において、本発明者らは、T細胞の標準CARが、DCがTIMEと遭遇した後、DCを活性化することができないことを示す。DCを特異的に活性化するため、本発明者らは、多様なDC活性化ドメインで構成される細胞内ドメインを持つDC活性化CAR分子を設計した。多様な組み合わせのDC活性化ドメインを持つCARを試験した後、本発明者らは、デクチン1及びFcRγの細胞質テールのタンデム連結が、TIMEと遭遇した後のDCを有効に活性化し得ることを発見した。
考察
血液悪性疾患を治療するCAR-T細胞療法の傑出した有効性にもかかわらず、固形腫瘍の免疫療法は、免疫抑制性微小環境(TIME)が存在するため、困難なままである。したがって、固形腫瘍の免疫療法の有効性を改善するため、TIMEを破壊する戦略を発展させることが非常に重要である。免疫抑制性TIDCが、細胞傷害性T細胞機能を抑制し、免疫抑制性制御T細胞を促進することによって、TIME確立に重要な役割を果たすことは十分に確立されている(非特許文献4)。この目的を達成するため、本発明者らは、DCが腫瘍細胞を特異的に標的化し、TIMEと遭遇した後も活性化されたままであることを可能にする、CAR-DC戦略を発展させた。この背景において、本発明者らは、T細胞の標準CARが、DCがTIMEと遭遇した後、DCを活性化することができないことを示す。DCを特異的に活性化するため、本発明者らは、多様なDC活性化ドメインで構成される細胞内ドメインを持つDC活性化CAR分子を設計した。多様な組み合わせのDC活性化ドメインを持つCARを試験した後、本発明者らは、デクチン1及びFcRγの細胞質テールのタンデム連結が、TIMEと遭遇した後のDCを有効に活性化し得ることを発見した。
腫瘍免疫療法研究に関する重要なボトルネックの1つは、免疫療法の有効性を評価する臨床的に適切なin vivoモデルがないことである(P. S. Hegde et al., Top 10 Challenges in Cancer Immunotherapy. Immunity 52, 17-35 (2020))。例えば、免疫不全マウスにおいて確立された固形腫瘍は、TIMEを発展させることができず、このモデルにおいて、CAR-T細胞による固形腫瘍の効率的な除去を可能にする。このボトルネックを解決するため、本発明者らは、臨床的に適切なTIMEを伴うヒト固形腫瘍を生じる2つのヒト化マウスモデルを開発した。第一に、免疫不全マウスにおけるCTLA4-Ig/PD-L1過剰発現ヒト腫瘍細胞による固形腫瘍の形成は、免疫抑制性微小環境を発展させた。第二に、固形腫瘍のTIMEの不均一性を反復するため、免疫系ヒト化マウスにおけるヒト腫瘍細胞による固形腫瘍の形成は、臨床的に適切なTIMEを発展させた。これらのモデルを用いて、本発明者らは、ヒトCAR-DCが、CAR-T細胞を促進して、臨床的に適切なTIMEを宿する固形腫瘍を抑制することを立証する。この背景において、これは、CAR-DCが、TIMEを炎症促進状態に逆転させて、CAR-T細胞の抗腫瘍活性を活性化して、固形腫瘍を抑制可能であることを示す最初の報告である。
固形腫瘍の不均一性を考慮すると、CAR-DCが、多様なタイプのヒト固形腫瘍のTIMEを逆転させ得るかどうかを調べることが重要であろう。さらに、この戦略の1つの潜在的な限界は、複数回の化学療法又は放射線療法後、癌患者に、十分で健康なDCが残っていない可能性があることである。この問題は、患者の人工多能性幹細胞から機能性DCを得る、近年の進歩によって軽減され得る(D. Todorova et al., hESC-derived immune suppressive dendritic cells induce immune tolerance of parental hESC-derived allografts. EBioMedicine 62, 103120 (2020)、S. Senju et al., Generation of dendritic cells and macrophages from human induced pluripotent stem cells aiming at cell therapy. Gene Ther. 18, 874-883 (2011)、S. Sontag et al., Modelling IRF8 Deficient Human Hematopoiesis and Dendritic Cell Development with Engineered iPS Cells. Stem cells 35, 898-908 (2017))。CAR-DCが、免疫抑制性TIMEを炎症促進状態に逆転させる能力に基づいて、CAR-DCと他の免疫療法との組み合わせを試験して、悪性固形腫瘍を治療することに関心が持たれるであろう。例えば、CAR-DCは、固形腫瘍のごく一部にしか有効でない、ナチュラルキラー細胞及び免疫チェックポイント阻害剤、例えば抗PD1抗体の抗腫瘍活性を促進し得る(T. Walzer et al., Natural-killer cells and dendritic cells: "l'union fait la force". Blood 106, 2252-2258 (2005)、E. Mamessier et al., Human breast cancer cells enhance self tolerance by promoting evasion from NK cell antitumor immunity. J. Clin. Invest. 121, 3609-3622 (2011)、K. Foley et al., Current progress in immunotherapy for pancreatic cancer. Cancer lett. 381, 244-251 (2016)、J. S. O'Donnell et al., Resistance to PD1/PDL1 checkpoint inhibition. Cancer Treat. Rev. 52, 71-81 (2017)67-70)。本明細書で用いられる臨床的に適切なTIMEを伴う新規ヒト化固形腫瘍モデルは、これらの併用免疫療法の有効性を評価するための理想的なプラットフォームを提供するであろう。要約すると、CAR-DCアプローチは、悪性固形腫瘍の免疫療法の転帰を決定づけるTIMEを克服する、有望で潜在的に普遍的な戦略に相当する。
実施例8
材料及び方法
研究設計
示される結果は、標準偏差を伴う平均値である。独立実験反復の数を、図の凡例に示す。腫瘍増殖のin vivo実験に関しては、治療、並びに測定、例えば腫瘍重量及び体積測定、RT-qPCRアッセイ、フローサイトメトリー分析、又はELISA測定前に、動物を盲検的に治療群に分けた。一次データをデータファイルS1に含める。
材料及び方法
研究設計
示される結果は、標準偏差を伴う平均値である。独立実験反復の数を、図の凡例に示す。腫瘍増殖のin vivo実験に関しては、治療、並びに測定、例えば腫瘍重量及び体積測定、RT-qPCRアッセイ、フローサイトメトリー分析、又はELISA測定前に、動物を盲検的に治療群に分けた。一次データをデータファイルS1に含める。
動物研究
NOD/SCID/IL-2γ-/-(NSG)マウスを、Nanjing Model biology Companyより購入した。この研究で使用されるNSGマウス及びHu-マウスを、病原体不含隔離動物施設中で維持した。全ての動物研究は、施設動物飼育及び使用委員会(IACUC)によって認可された。
NOD/SCID/IL-2γ-/-(NSG)マウスを、Nanjing Model biology Companyより購入した。この研究で使用されるNSGマウス及びHu-マウスを、病原体不含隔離動物施設中で維持した。全ての動物研究は、施設動物飼育及び使用委員会(IACUC)によって認可された。
キメラ抗原受容体(CAR)を含有するレンチウイルスベクターの構築
第二世代CAR抗CD19及び抗EphA2の構造は、CD8リーダー配列及びscFv、CD8膜貫通ドメイン、並びに4-1BB及びCD3ζ細胞内ドメインで構成される。DC CARを生成するため、TLR4(NM_138554.5)、TNFR2(NM_001066.3)並びにデクチン1(NM_197947)、FcRγ(NM_004106)の細胞質内配列を増幅して、第二世代CAR内の4-1BB及びCD3ζ細胞内ドメインの領域を置換した。全ての配列を最適化し、IGene company(広州)によって合成した。次いで、Cas9領域を置換することによって、発現カセットをレンチ-Cas9ベクター(Addgene)内にクローニングした。
第二世代CAR抗CD19及び抗EphA2の構造は、CD8リーダー配列及びscFv、CD8膜貫通ドメイン、並びに4-1BB及びCD3ζ細胞内ドメインで構成される。DC CARを生成するため、TLR4(NM_138554.5)、TNFR2(NM_001066.3)並びにデクチン1(NM_197947)、FcRγ(NM_004106)の細胞質内配列を増幅して、第二世代CAR内の4-1BB及びCD3ζ細胞内ドメインの領域を置換した。全ての配列を最適化し、IGene company(広州)によって合成した。次いで、Cas9領域を置換することによって、発現カセットをレンチ-Cas9ベクター(Addgene)内にクローニングした。
初代細胞及び細胞株培養
PBMC(LDEBIOカタログ番号1501)から単離した単球より、DCを生成した。簡潔には、単球を、抗CD14マイクロビーズ(Miltenyi Biotechカタログ番号130-050-201)及びautoMACS Pro分離装置によって単離した。次いで、単球を、10%FBS(Gibco)、100単位/mlペニシリン及び100μg/mlストレプトマイシン(Thermo Fisher Scientific)を補充したRPMI1640(Corning)中、GM-CSF(100ng/ml、PeproTechカタログ番号300-03)及びIL-4(100ng/ml、PeproTechカタログ番号200-04)と5日間~6日間培養して、未成熟DCを生成した。サイトカインを2日~3日ごとに補充した。DCの成熟をTNF-α(10ng/ml、PeproTechカタログ番号300-01A)及びLPS(3μg/ml、Sigma-Aldrichカタログ番号L4391)で24時間行った。
PBMC(LDEBIOカタログ番号1501)から単離した単球より、DCを生成した。簡潔には、単球を、抗CD14マイクロビーズ(Miltenyi Biotechカタログ番号130-050-201)及びautoMACS Pro分離装置によって単離した。次いで、単球を、10%FBS(Gibco)、100単位/mlペニシリン及び100μg/mlストレプトマイシン(Thermo Fisher Scientific)を補充したRPMI1640(Corning)中、GM-CSF(100ng/ml、PeproTechカタログ番号300-03)及びIL-4(100ng/ml、PeproTechカタログ番号200-04)と5日間~6日間培養して、未成熟DCを生成した。サイトカインを2日~3日ごとに補充した。DCの成熟をTNF-α(10ng/ml、PeproTechカタログ番号300-01A)及びLPS(3μg/ml、Sigma-Aldrichカタログ番号L4391)で24時間行った。
初代T細胞を、末梢血単核細胞から抗CD3マイクロビーズ(Miltenyi Biotechカタログ番号130-050-101)によって単離し、10%FBS、2mM L-グルタミン(Thermo Fisher Scientific)、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、2-メルカプトエタノール(25μM、Gibco)及び100U/mlヒトIL-2(PeproTechカタログ番号AF-200-02-500)を補ったRPMI1640中で維持した。
A549(カタログ番号ATCC(商標)CCL-185(商標))及びH460(カタログ番号ATCC(商標)HTB-177(商標))をATCC(バージニア州マナッサス)より購入した。本発明者らが以前に記載した(60)ように、A549-CP構築を行った。レンチウイルスを用いて、H460表面上にヒトCD19を過剰発現させることによって、H460-CD19を構築した。THP-1細胞株(カタログ番号ATCC(商標)TIB-202(商標))は、慢性骨髄性白血病患者から樹立された白血病細胞株である。上記細胞を全て、10%FBS、2mM L-グルタミン、1%ペニシリン-ストレプトマイシン、及び25μM 2-メルカプトエタノールを補ったRPMI1640中で培養した。293FT細胞(Thermo scientificカタログ番号R70007)を、10%FBS及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補ったダルベッコ改変イーグル培地(DMEM、Thermo Fisher Scientific)中で培養した。細胞が完全集密に到達した際、適切な比率で、0.25%トリプシン-EDTA(Thermo Fisher Scientific)を用いて、上記細胞株を継代した。全ての細胞を、5%CO2を含む暗所加湿37℃インキュベーター中でインキュベートした。
Mo-DCの形質導入
ヒト単球を、形質導入前に、24ウェル超低付着組織培養プレートに、1ウェル当たり2~5×105細胞/400μL分化培地(100ng/ml GM-CSF及び100ng/ml IL-4を補充したRPMI1640完全培地)の密度で移した。レンチウイルス量をqPCRレンチウイルス力価決定(力価)キット(ABMカタログ番号LV900-iC)によって計算した。力価決定されたレンチウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 100を用いて、形質導入を行った。異なる培地中、適切な体積のウイルス濃縮物と、6μg/ml硫酸プロタミン(Sigma-Aldrichカタログ番号1578612-2)を混合して、1ウェル当たり500μlの総体積を達成した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に500μlの分化培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、培地の大部分を吸引し、細胞をPBSで2回洗浄し、分化培地中で更に培養した。5日目に、Mo-DCを将来の共培養実験のために収集するか、又はTNF-α(10ng/ml、PeproTech)及びLPS(3μg/ml、Sigma-Aldrich)によって24時間~48時間直接成熟させた。
ヒト単球を、形質導入前に、24ウェル超低付着組織培養プレートに、1ウェル当たり2~5×105細胞/400μL分化培地(100ng/ml GM-CSF及び100ng/ml IL-4を補充したRPMI1640完全培地)の密度で移した。レンチウイルス量をqPCRレンチウイルス力価決定(力価)キット(ABMカタログ番号LV900-iC)によって計算した。力価決定されたレンチウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 100を用いて、形質導入を行った。異なる培地中、適切な体積のウイルス濃縮物と、6μg/ml硫酸プロタミン(Sigma-Aldrichカタログ番号1578612-2)を混合して、1ウェル当たり500μlの総体積を達成した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に500μlの分化培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、培地の大部分を吸引し、細胞をPBSで2回洗浄し、分化培地中で更に培養した。5日目に、Mo-DCを将来の共培養実験のために収集するか、又はTNF-α(10ng/ml、PeproTech)及びLPS(3μg/ml、Sigma-Aldrich)によって24時間~48時間直接成熟させた。
iPSCの形質導入
本開示の操作細胞(例えばCAR-DC)はまた、ヒト人工多能性幹細胞(hiPSC)に本明細書に提供されるウイルスベクター(例えばレンチウイルスベクター)をトランスフェクトして、安定なCAR発現細胞株(例えばCARDF-hiPSC)を調製することによって調製してもよい。hiPSCは、不死性に増殖して、多様な組織細胞に分化する能力を有し、疾患の細胞療法において大きな潜在能力を有する。本開示において好ましくは、OP9間質細胞栄養法(Nat Protoc. 2011 March; 6(3): 296-313. doi: 10.1038/nprot. 2010.184)が用いられて、hiPSCのDCへの分化が誘導される。本開示において、hiPSC由来の分化細胞の最初の数は、好ましくは1×106~1.5×106であり、最初の培地は、好ましくは、20%ウシ胎児血清及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補充したMEM-αの完全培地である。DC細胞分化の全プロセスは、好ましくは、約31日~38日を要する。本開示のCARDF-hiPSCを大規模に分化に誘導して、均一なCARDF-DCを産生し得る。hiPSC由来のCARDF-DCは、上述のように、TIMEを破壊し、TIMEを炎症状態に変換し、DCを免疫抑制性腫瘍微小環境において活性化することを可能にする等の機能を有すると予期される。
本開示の操作細胞(例えばCAR-DC)はまた、ヒト人工多能性幹細胞(hiPSC)に本明細書に提供されるウイルスベクター(例えばレンチウイルスベクター)をトランスフェクトして、安定なCAR発現細胞株(例えばCARDF-hiPSC)を調製することによって調製してもよい。hiPSCは、不死性に増殖して、多様な組織細胞に分化する能力を有し、疾患の細胞療法において大きな潜在能力を有する。本開示において好ましくは、OP9間質細胞栄養法(Nat Protoc. 2011 March; 6(3): 296-313. doi: 10.1038/nprot. 2010.184)が用いられて、hiPSCのDCへの分化が誘導される。本開示において、hiPSC由来の分化細胞の最初の数は、好ましくは1×106~1.5×106であり、最初の培地は、好ましくは、20%ウシ胎児血清及び1%ペニシリン-ストレプトマイシンを補充したMEM-αの完全培地である。DC細胞分化の全プロセスは、好ましくは、約31日~38日を要する。本開示のCARDF-hiPSCを大規模に分化に誘導して、均一なCARDF-DCを産生し得る。hiPSC由来のCARDF-DCは、上述のように、TIMEを破壊し、TIMEを炎症状態に変換し、DCを免疫抑制性腫瘍微小環境において活性化することを可能にする等の機能を有すると予期される。
CAR-T細胞の調製
初代CD3+ T細胞をPBMCから単離し、製造者の指示に従って、ヒトT細胞活性化キットで活性化した。簡潔には、12ウェルプレートを3μg/mL PBS希釈抗CD3抗体(BDカタログ番号555329、RRID:AB_395736)で4℃にて一晩コーティングし、翌日、プレートをPBSで2回洗浄し、次いで、T細胞を融解し、T細胞培地中、1μg/mL抗CD28抗体(BDカタログ番号555725、RRID:AB_396068)とともにプレート内に移した。活性化は2日間続き、3日目、活性化T細胞を採取し、示すT-CAR構築物を発現するレンチウイルスに感染させた。簡潔には、形質導入前に、T細胞を1ウェル当たり5×105細胞/400μL T細胞培地の密度で24ウェル組織培養プレートに移した。力価決定されたウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 10を用いて、形質導入を行った。適切な体積のウイルス濃縮物を10μg/mlポリブレン(Sigma-Aldrichカタログ番号TR-1003-G)と培地中で混合して、1ウェル当たり500μlの総体積を達成した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に500μlの培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、細胞を収集し、PBSで2回洗浄し、T細胞培地中に再懸濁し、増殖のため、培養を続けた。殺細胞アッセイ日(活性化のほぼ10日後)、細胞を収集し、フローサイトメトリーによって分析し、血球計数器を用いて、細胞カウントを得た。
初代CD3+ T細胞をPBMCから単離し、製造者の指示に従って、ヒトT細胞活性化キットで活性化した。簡潔には、12ウェルプレートを3μg/mL PBS希釈抗CD3抗体(BDカタログ番号555329、RRID:AB_395736)で4℃にて一晩コーティングし、翌日、プレートをPBSで2回洗浄し、次いで、T細胞を融解し、T細胞培地中、1μg/mL抗CD28抗体(BDカタログ番号555725、RRID:AB_396068)とともにプレート内に移した。活性化は2日間続き、3日目、活性化T細胞を採取し、示すT-CAR構築物を発現するレンチウイルスに感染させた。簡潔には、形質導入前に、T細胞を1ウェル当たり5×105細胞/400μL T細胞培地の密度で24ウェル組織培養プレートに移した。力価決定されたウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 10を用いて、形質導入を行った。適切な体積のウイルス濃縮物を10μg/mlポリブレン(Sigma-Aldrichカタログ番号TR-1003-G)と培地中で混合して、1ウェル当たり500μlの総体積を達成した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に500μlの培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、細胞を収集し、PBSで2回洗浄し、T細胞培地中に再懸濁し、増殖のため、培養を続けた。殺細胞アッセイ日(活性化のほぼ10日後)、細胞を収集し、フローサイトメトリーによって分析し、血球計数器を用いて、細胞カウントを得た。
in vitro T細胞増殖アッセイ
初代CD3+ T細胞を、製造者の指示に従って、CellTrace-CFSE(Life Technologiesカタログ番号65-0850-84)で染色した。実験において、DCを癌標的(H460-CD19細胞、A549細胞又はA549-CP細胞)と、1:1比、48ウェルプレート中で、48時間プレインキュベートし、次いで、初代T細胞(DC:T細胞=1:5)を共培養に添加した。他の実験において、DC及びT細胞を同時に癌標的とインキュベートした(第0日)。特に示さない限り、標的:DC:T細胞=1:1:5の比を各細胞共培養条件で行った。生存CD3+ T細胞をゲート処理することによって、フローサイトメトリーを用いて増殖を分析した。
初代CD3+ T細胞を、製造者の指示に従って、CellTrace-CFSE(Life Technologiesカタログ番号65-0850-84)で染色した。実験において、DCを癌標的(H460-CD19細胞、A549細胞又はA549-CP細胞)と、1:1比、48ウェルプレート中で、48時間プレインキュベートし、次いで、初代T細胞(DC:T細胞=1:5)を共培養に添加した。他の実験において、DC及びT細胞を同時に癌標的とインキュベートした(第0日)。特に示さない限り、標的:DC:T細胞=1:1:5の比を各細胞共培養条件で行った。生存CD3+ T細胞をゲート処理することによって、フローサイトメトリーを用いて増殖を分析した。
in vitro DC及び腫瘍細胞共培養アッセイ
1×106のH460-CD19細胞、A549細胞又はA549-CP細胞を、THP-1又は単球由来の1×106の偽DC又はCAR-DCと、6ウェルプレート中、共培養し、共培養の48時間後、細胞を0.25%トリプシン-EDTAで37℃にて5分間処理し、PBSで洗浄し、次いで細胞を直接、蛍光色素コンジュゲート化抗体CD11C、CD80、CD86、HLA-ABC、HLA-DRで染色し、フローサイトメトリーによって分析した。
1×106のH460-CD19細胞、A549細胞又はA549-CP細胞を、THP-1又は単球由来の1×106の偽DC又はCAR-DCと、6ウェルプレート中、共培養し、共培養の48時間後、細胞を0.25%トリプシン-EDTAで37℃にて5分間処理し、PBSで洗浄し、次いで細胞を直接、蛍光色素コンジュゲート化抗体CD11C、CD80、CD86、HLA-ABC、HLA-DRで染色し、フローサイトメトリーによって分析した。
in vitro殺細胞アッセイ
CD19標的
およそ1×104のH460細胞及び1×104のH460-CD19細胞(標的細胞)を、48ウェルプレートの各ウェル中、200μl RPMI1640完全培地中でプレーティングし、100μl RPMI1640培地中の2×104のWT-DC又はCARDF-DC(刺激細胞)を対応するウェルに添加し、100μl RPMI1640培地中の105のCAR-T細胞(エフェクター細胞)を対応するウェルに添加した。続けて、足りないウェルには、400μlまで培地を補った。24時間インキュベートした後、残った細胞をフローサイトメトリーのために収集し、培養上清を続くアッセイのために収集した。各ウェルに関して、特異的細胞溶解パーセントを以下のように計算した。特異的溶解%=(%CD19(腫瘍細胞のみ)-%CD19(殺細胞群))/CD19%(腫瘍細胞のみ)×100%。
CD19標的
およそ1×104のH460細胞及び1×104のH460-CD19細胞(標的細胞)を、48ウェルプレートの各ウェル中、200μl RPMI1640完全培地中でプレーティングし、100μl RPMI1640培地中の2×104のWT-DC又はCARDF-DC(刺激細胞)を対応するウェルに添加し、100μl RPMI1640培地中の105のCAR-T細胞(エフェクター細胞)を対応するウェルに添加した。続けて、足りないウェルには、400μlまで培地を補った。24時間インキュベートした後、残った細胞をフローサイトメトリーのために収集し、培養上清を続くアッセイのために収集した。各ウェルに関して、特異的細胞溶解パーセントを以下のように計算した。特異的溶解%=(%CD19(腫瘍細胞のみ)-%CD19(殺細胞群))/CD19%(腫瘍細胞のみ)×100%。
EphA2標的
およそ2×104のA549細胞又は2×104のA549-CP細胞(標的細胞)を、48ウェルプレートの各ウェル中、200μl RPMI1640完全培地中でプレーティングし、100μl RPMI1640培地中の2×104の偽DC又はCAR-DC(刺激細胞)を対応するウェルに添加し、100μl RPMI1640培地中の1×105のCAR-T細胞(エフェクター細胞)を対応するウェルに添加した。続けて、足りないウェルには、400μlまで培地を補った。12時間、24時間、インキュベートした後、残った細胞をフローサイトメトリーのために収集し、培養上清を続くアッセイのために収集した。
およそ2×104のA549細胞又は2×104のA549-CP細胞(標的細胞)を、48ウェルプレートの各ウェル中、200μl RPMI1640完全培地中でプレーティングし、100μl RPMI1640培地中の2×104の偽DC又はCAR-DC(刺激細胞)を対応するウェルに添加し、100μl RPMI1640培地中の1×105のCAR-T細胞(エフェクター細胞)を対応するウェルに添加した。続けて、足りないウェルには、400μlまで培地を補った。12時間、24時間、インキュベートした後、残った細胞をフローサイトメトリーのために収集し、培養上清を続くアッセイのために収集した。
IFN-γ染色
A549-CP腫瘍細胞のin vitro殺細胞アッセイ後、残った細胞を収集し、製造者の指示に従って、細胞内染色キット(BD Biosciences)を用いて染色した。簡潔には、200μl固定/透過処理緩衝液で、氷上で20分間、細胞を固定及び透過処理し、次いで1×洗浄緩衝液で2回洗浄した。細胞をIFN-γ-BV650、CD3-V450、CD8-PEで、洗浄緩衝液中、4℃で30分間染色し、次いで、1×洗浄緩衝液で2回洗浄した後、フローサイトメトリー分析した。
A549-CP腫瘍細胞のin vitro殺細胞アッセイ後、残った細胞を収集し、製造者の指示に従って、細胞内染色キット(BD Biosciences)を用いて染色した。簡潔には、200μl固定/透過処理緩衝液で、氷上で20分間、細胞を固定及び透過処理し、次いで1×洗浄緩衝液で2回洗浄した。細胞をIFN-γ-BV650、CD3-V450、CD8-PEで、洗浄緩衝液中、4℃で30分間染色し、次いで、1×洗浄緩衝液で2回洗浄した後、フローサイトメトリー分析した。
IFN-γ及びLDHアッセイ
in vitro殺細胞アッセイからの培養上清を収集し、製造者の指示に従って、ELISAキット(Invitrogenカタログ番号88-7316-76)によってサイトカインIFN-γレベルに関して試験し、CytoTox96(商標)非放射性細胞傷害性アッセイ(Promegaカタログ番号G1780)によってLDHレベルに関して試験した。上清を、予備実験に従って、1:50又は1:100に希釈した。
in vitro殺細胞アッセイからの培養上清を収集し、製造者の指示に従って、ELISAキット(Invitrogenカタログ番号88-7316-76)によってサイトカインIFN-γレベルに関して試験し、CytoTox96(商標)非放射性細胞傷害性アッセイ(Promegaカタログ番号G1780)によってLDHレベルに関して試験した。上清を、予備実験に従って、1:50又は1:100に希釈した。
NSGマウス研究における腫瘍異種移植モデル
100μlのPBS中の1.5×106細胞を、6週齢NSGマウスの両脇腹内に皮下注射することによって、A549WT腫瘍モデル及びA549-CP腫瘍モデルを生成した。実験において、T細胞及びDCを、500μlのPBS中、5×106のDC及び1×107のCAR-T細胞の静脈内注射によって、腫瘍曝露5日後及び14日後に注入した。ノギス測定によって腫瘍体積を決定し、以下の式を用いて計算した。体積(mm3)=1/2×D×d2、式中、Dはより長く、dはより短い腫瘍軸である。マウスを安楽死させ、全ての腫瘍を収集し、重量測定し、写真撮影した。加えて、マウス脾臓及び血液を収集し、分離し、単一細胞にプロセシングし、示す蛍光色素コンジュゲート化抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。
100μlのPBS中の1.5×106細胞を、6週齢NSGマウスの両脇腹内に皮下注射することによって、A549WT腫瘍モデル及びA549-CP腫瘍モデルを生成した。実験において、T細胞及びDCを、500μlのPBS中、5×106のDC及び1×107のCAR-T細胞の静脈内注射によって、腫瘍曝露5日後及び14日後に注入した。ノギス測定によって腫瘍体積を決定し、以下の式を用いて計算した。体積(mm3)=1/2×D×d2、式中、Dはより長く、dはより短い腫瘍軸である。マウスを安楽死させ、全ての腫瘍を収集し、重量測定し、写真撮影した。加えて、マウス脾臓及び血液を収集し、分離し、単一細胞にプロセシングし、示す蛍光色素コンジュゲート化抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。
Hu-マウス研究における腫瘍異種移植モデル
Hu-マウス生成の詳細な説明は、例えば、Rong Z et al., An Effective Approach to Prevent Immune Rejection of Human ESC-Derived Allografts. Cell Stem Cell 14, 121-130 (2014)に見られ得る。Hu-マウス由来DCの生成は、公表されたプロトコルに従って、骨髄細胞から分化させた。簡潔には、Hu-マウスの大腿骨及び脛骨を、滅菌したハサミで取り除き、70%アルコールに3分間浸し、氷冷PBSで2回洗浄した。次いで、無菌シリンジ(26ゲージ針)を用いて、骨髄細胞をフラッシングした。骨髄細胞を再懸濁し、70μmナイロンメッシュを通過させ、次いで赤血球をLyse緩衝液(BD Bioscience)で溶解した。残った細胞をPBSで2回洗浄し、計数し、20ng/mlヒトGM-CSF及び5ng/mlヒトIL-4を補充した完全RPMI-1640培地で、1×106細胞/mlに調整した。3mlの細胞懸濁物を6ウェルプレートの各ウェル内に移した。プレートを穏やかに回旋させ、培地の半分を吸引し、GM-CSF及びIL-4を含有する新鮮な培地を添加することによって、培地を2日ごとに交換した。培養9日後、細胞を収集し、洗浄し、抗ヒトCD11C抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。CARDF形質導入のため、形質導入前に、未成熟BM-DCを、1ウェル当たり50×105~10×105細胞/ml分化培地(20ng/ml GM-CSF及び5ng/ml IL-4を補充したRPMI1640完全培地)の密度で、6ウェル組織培養プレートに移した。力価決定されたレンチウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 100を用いて、形質導入を行った。分化培地中、ウイルス濃縮物を6μg/ml硫酸プロタミンと混合した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に1mlの分化培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、培地の大部分を吸引し、細胞をPBSで2回洗浄し、使用するまで分化培地中で更に培養した。
Hu-マウス生成の詳細な説明は、例えば、Rong Z et al., An Effective Approach to Prevent Immune Rejection of Human ESC-Derived Allografts. Cell Stem Cell 14, 121-130 (2014)に見られ得る。Hu-マウス由来DCの生成は、公表されたプロトコルに従って、骨髄細胞から分化させた。簡潔には、Hu-マウスの大腿骨及び脛骨を、滅菌したハサミで取り除き、70%アルコールに3分間浸し、氷冷PBSで2回洗浄した。次いで、無菌シリンジ(26ゲージ針)を用いて、骨髄細胞をフラッシングした。骨髄細胞を再懸濁し、70μmナイロンメッシュを通過させ、次いで赤血球をLyse緩衝液(BD Bioscience)で溶解した。残った細胞をPBSで2回洗浄し、計数し、20ng/mlヒトGM-CSF及び5ng/mlヒトIL-4を補充した完全RPMI-1640培地で、1×106細胞/mlに調整した。3mlの細胞懸濁物を6ウェルプレートの各ウェル内に移した。プレートを穏やかに回旋させ、培地の半分を吸引し、GM-CSF及びIL-4を含有する新鮮な培地を添加することによって、培地を2日ごとに交換した。培養9日後、細胞を収集し、洗浄し、抗ヒトCD11C抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。CARDF形質導入のため、形質導入前に、未成熟BM-DCを、1ウェル当たり50×105~10×105細胞/ml分化培地(20ng/ml GM-CSF及び5ng/ml IL-4を補充したRPMI1640完全培地)の密度で、6ウェル組織培養プレートに移した。力価決定されたレンチウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 100を用いて、形質導入を行った。分化培地中、ウイルス濃縮物を6μg/ml硫酸プロタミンと混合した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に1mlの分化培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、培地の大部分を吸引し、細胞をPBSで2回洗浄し、使用するまで分化培地中で更に培養した。
Hu-マウス由来のT細胞の生成を、脾臓細胞から単離した。簡潔には、Hu-マウスの脾臓を滅菌ピンセットで取り除き、氷冷PBS中に3分間浸し、次いで、シリンジの底を用いて、70μmナイロンメッシュ表面上ですりつぶした。単一細胞を、メッシュを通じてフラッシングし、PBSで洗浄した。次いで、赤血球を溶解した。抗ヒトCD3磁気マイクロビーズによって、T細胞を分離し、次いで、100U/mlヒトIL-2を補ったRPMI1640完全培地中に維持した。CAR-T細胞を上述のように調製した。
Matrigelを補ったPBS 100μl中の1.5×106のA549細胞を、Hu-マウスの両脇腹内に皮下接種した。8日後、腫瘍担持Hu-マウスを、4つのコホートにランダムに分配した。実験において、400μlのPBS中の3×106のDC及び1×107のCAR-T細胞の尾静脈内注射を通じて、DC及びT細胞を注入した。Matrigelを補ったPBS 100μl中の2×106のH460細胞を、Hu-マウスの両脇腹内に皮下接種した。13日後、腫瘍担持Hu-マウスを、4つのコホートにランダムに分配した。実験において、400μlのPBS中の3×106のDC及び1×107のCAR-T細胞の尾静脈内注射を通じて、DC及びT細胞を注入した。ノギス測定によって腫瘍体積を決定し、以下の式を用いて計算した。体積(mm3)=1/2×D×d2、式中、Dはより長く、dはより短い腫瘍軸である。マウスを安楽死させた際、腫瘍、脾臓、骨髄及び血液を分析のために収集した。
腫瘍組織消化及び染色
1匹のHu-マウスに移植した、採取した対の腫瘍を混合し、パッチに切断し、組織消化酵素溶液(20μM HEPES(GIBCO)を含む培地199(GIBCO)中、DNアーゼI(STEM CELLカタログ番号07900)100クニッツ単位、リベラーゼTM TM(Sigmaカタログ番号LIBTM-RO)8ウンシュ単位(8U/mL)及びリベラーゼTM TH(Sigmaカタログ番号LIBTH-RO)(8U/mL))を用いて解離させた。37℃、150rpmで1.5時間振盪した後、10%FBSを含有する5mL RPMI-1640を添加することによって、消化を停止した。続いて、40μm細胞ストレーナー(Corning)を通じて懸濁物を濾過し、得た細胞をフローサイトメトリー分析のため、抗体染色に供した。
1匹のHu-マウスに移植した、採取した対の腫瘍を混合し、パッチに切断し、組織消化酵素溶液(20μM HEPES(GIBCO)を含む培地199(GIBCO)中、DNアーゼI(STEM CELLカタログ番号07900)100クニッツ単位、リベラーゼTM TM(Sigmaカタログ番号LIBTM-RO)8ウンシュ単位(8U/mL)及びリベラーゼTM TH(Sigmaカタログ番号LIBTH-RO)(8U/mL))を用いて解離させた。37℃、150rpmで1.5時間振盪した後、10%FBSを含有する5mL RPMI-1640を添加することによって、消化を停止した。続いて、40μm細胞ストレーナー(Corning)を通じて懸濁物を濾過し、得た細胞をフローサイトメトリー分析のため、抗体染色に供した。
フローサイトメトリー分析
全てのフローサイトメトリー分析を、LSR Fortessa(BD Biosciences)によって行った。FlowJoソフトウェア(Tree Star、オハイオ州アシュランド)を用いて、フローデータを分析した。適切なサンプルゲート処理が詳細なデータ図に提供されている。蛍光色素コンジュゲート化抗体APC-CD45、PE-CD11C、FITC-CD80、BV605-CD86、PE-cy7-CD83、APC-HLA-ABC、BV510-HLA-DR、V450-CD3、PE-cy7-CD3、BV421-TIM-3、PE-PD-1、PE-CD8、BV650-IFNγ、BV421-IFNγ、FITC-PDL1、Percp-cy5.5-CD19、PE-cy5-ストレプトアビジン、APC-ストレプトアビジンをBD Sciencesから購入し、FITC-TIM-3をMiltenyi Biotechから購入し、ビオチン-プロテインLをGenScriptから購入し、PE-EphA2をBioLegendから購入した。樹状細胞染色アッセイのため、製造者の指示に従って、FcRブロッキング試薬(Miltenyi Biotech)を用いた。表面マーカー染色のため、細胞を遠沈し、製造者の指示に従って、FACS緩衝液(PBS+1%FBS+2mM EDTA)中、希釈した抗体で、4℃で30分間染色し、次いでPBSで2回洗浄し、フローサイトメトリーによって直ちに分析した。プロテインL染色は、製造者の指示に従って、二次抗体染色を必要とした。抗体の詳細に関しては図10Aを参照されたい。
全てのフローサイトメトリー分析を、LSR Fortessa(BD Biosciences)によって行った。FlowJoソフトウェア(Tree Star、オハイオ州アシュランド)を用いて、フローデータを分析した。適切なサンプルゲート処理が詳細なデータ図に提供されている。蛍光色素コンジュゲート化抗体APC-CD45、PE-CD11C、FITC-CD80、BV605-CD86、PE-cy7-CD83、APC-HLA-ABC、BV510-HLA-DR、V450-CD3、PE-cy7-CD3、BV421-TIM-3、PE-PD-1、PE-CD8、BV650-IFNγ、BV421-IFNγ、FITC-PDL1、Percp-cy5.5-CD19、PE-cy5-ストレプトアビジン、APC-ストレプトアビジンをBD Sciencesから購入し、FITC-TIM-3をMiltenyi Biotechから購入し、ビオチン-プロテインLをGenScriptから購入し、PE-EphA2をBioLegendから購入した。樹状細胞染色アッセイのため、製造者の指示に従って、FcRブロッキング試薬(Miltenyi Biotech)を用いた。表面マーカー染色のため、細胞を遠沈し、製造者の指示に従って、FACS緩衝液(PBS+1%FBS+2mM EDTA)中、希釈した抗体で、4℃で30分間染色し、次いでPBSで2回洗浄し、フローサイトメトリーによって直ちに分析した。プロテインL染色は、製造者の指示に従って、二次抗体染色を必要とした。抗体の詳細に関しては図10Aを参照されたい。
統計分析
Prism7(GraphPad Software)によって必要とされるように、ウェルチ補正を伴う独立両側t検定、チューキーの多重比較検定を伴う一元配置ANOVA、二元配置ANOVA後のチューキーの多重比較検定を含む、適切な統計比較を用いて統計分析を行った。データを平均±SDとして示した。P≦0.05を統計的に有意と見なした。
Prism7(GraphPad Software)によって必要とされるように、ウェルチ補正を伴う独立両側t検定、チューキーの多重比較検定を伴う一元配置ANOVA、二元配置ANOVA後のチューキーの多重比較検定を含む、適切な統計比較を用いて統計分析を行った。データを平均±SDとして示した。P≦0.05を統計的に有意と見なした。
実施例9
補足材料
材料及び方法:
THP-1細胞形質導入及びDCへの分化
THP-1細胞を、形質導入前に、1ウェル当たり5×105細胞/400μL RPMI1640完全培地の密度で24ウェル組織培養プレートに移した。力価決定されたレンチウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 10を用いて、形質導入を行った。RPMI1640完全培地中、適切な体積のウイルス濃縮物を6μg/ml硫酸プロタミンと混合して、1ウェル当たり500μlの総体積を達成した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に500μlの培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、培養培地の大部分を吸引し、細胞をPBSで2回洗浄し、更に培養した。3日目に、細胞を収集し、フローサイトメトリーによって、形質導入効率を分析した。
補足材料
材料及び方法:
THP-1細胞形質導入及びDCへの分化
THP-1細胞を、形質導入前に、1ウェル当たり5×105細胞/400μL RPMI1640完全培地の密度で24ウェル組織培養プレートに移した。力価決定されたレンチウイルスストックを37℃で融解することによって、MOI 10を用いて、形質導入を行った。RPMI1640完全培地中、適切な体積のウイルス濃縮物を6μg/ml硫酸プロタミンと混合して、1ウェル当たり500μlの総体積を達成した。37℃で12時間のインキュベーション後、更に500μlの培地を各ウェルに添加した。形質導入24時間後、培養培地の大部分を吸引し、細胞をPBSで2回洗浄し、更に培養した。3日目に、細胞を収集し、フローサイトメトリーによって、形質導入効率を分析した。
THP-1又はCAR+ THP-1細胞を採取し、2×105細胞/mlの密度でRPMI1640完全培地中に再懸濁し、次いで、それぞれ3mlの細胞懸濁物を6ウェルプレートの1つのウェルに移した。組換えヒトGM-CSF(100ng/ml)及び組換えヒトIL-4(100ng/ml)を培養培地に含めて、DC分化を刺激した。2日又は3日ごとに、培養培地を新鮮なサイトカイン補充培地に交換した。サイトカイン存在下でのDC分化は、更なる実験前に、少なくとも7日間~10日間続いた。
レンチウイルス産生
レンチウイルスパッケージングのためのプラスミドDNAを、製造者の指示に従って、NucleoBond Xtra Midi EFキット(Takara Bioカタログ番号740420.50)で精製した。僅かに修飾を加えて、Addgeneのレンチウイルス産生プロトコルに従って、PEIパッケージング法を行った。簡潔には、293FTパッケージング細胞を15cmディッシュに1:3の希釈比でプレーティングし、翌日、集密度が90%に到達した際、トランスフェクションの1時間前に培地を交換し、2つのパッケージングプラスミドpsPAX2(Addgeneカタログ番号12260)及びpMD2.G(Addgeneカタログ番号12259)を標的プラスミドとともに、1mg/ml PEIを含むOpti-MEM(Gibco)中、1:3~1:4のDNA:PEI比で希釈した。室温で20分間のインキュベーション後、プラスミド混合物を細胞に穏やかに添加し、トランスフェクション8時間後、培地を完全DMEM培地で置き換えた。製造者の指示に従って、Lenti-X concentrator(Takara Bioカタログ番号631232)を用いて、レンチウイルス粒子をトランスフェクションの48時間~72時間後に採取した。簡潔には、収集した培地を1500gで15分間遠心分離し、上清を1/3体積のLenti-X Concentratorと4℃で一晩インキュベートした。3000rpm、4℃で45分間遠心分離した後、ウイルスペレットを0.6ml~0.8mlの冷PBSに再懸濁し、アリコートし、-80℃で保存した。
レンチウイルスパッケージングのためのプラスミドDNAを、製造者の指示に従って、NucleoBond Xtra Midi EFキット(Takara Bioカタログ番号740420.50)で精製した。僅かに修飾を加えて、Addgeneのレンチウイルス産生プロトコルに従って、PEIパッケージング法を行った。簡潔には、293FTパッケージング細胞を15cmディッシュに1:3の希釈比でプレーティングし、翌日、集密度が90%に到達した際、トランスフェクションの1時間前に培地を交換し、2つのパッケージングプラスミドpsPAX2(Addgeneカタログ番号12260)及びpMD2.G(Addgeneカタログ番号12259)を標的プラスミドとともに、1mg/ml PEIを含むOpti-MEM(Gibco)中、1:3~1:4のDNA:PEI比で希釈した。室温で20分間のインキュベーション後、プラスミド混合物を細胞に穏やかに添加し、トランスフェクション8時間後、培地を完全DMEM培地で置き換えた。製造者の指示に従って、Lenti-X concentrator(Takara Bioカタログ番号631232)を用いて、レンチウイルス粒子をトランスフェクションの48時間~72時間後に採取した。簡潔には、収集した培地を1500gで15分間遠心分離し、上清を1/3体積のLenti-X Concentratorと4℃で一晩インキュベートした。3000rpm、4℃で45分間遠心分離した後、ウイルスペレットを0.6ml~0.8mlの冷PBSに再懸濁し、アリコートし、-80℃で保存した。
定量的PCR分析
先に記載されるように、Trizol試薬(TaKaRa)を用いて、細胞又は腫瘍組織から総RNAを抽出した。製造者の指示に従って、PrimeScript RT試薬キット(TaKaRaカタログ番号RR047A)を用いて、1μg総RNAからcDNAを合成した。製造者の指示に従って、TB Green試薬(TaKaRaカタログ番号RR820A)とともにStepOnePlusリアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems)及びRocheシステム(Lifescience)を用いて、リアルタイムPCR分析を行った。プライマー配列を図10Bに示す。
先に記載されるように、Trizol試薬(TaKaRa)を用いて、細胞又は腫瘍組織から総RNAを抽出した。製造者の指示に従って、PrimeScript RT試薬キット(TaKaRaカタログ番号RR047A)を用いて、1μg総RNAからcDNAを合成した。製造者の指示に従って、TB Green試薬(TaKaRaカタログ番号RR820A)とともにStepOnePlusリアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems)及びRocheシステム(Lifescience)を用いて、リアルタイムPCR分析を行った。プライマー配列を図10Bに示す。
表1 本開示で言及される配列
Claims (78)
- キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドであって、前記CARが(1)細胞外抗原結合ドメイン、(2)膜貫通ドメイン及び(3)細胞内シグナル伝達ドメインを含み、前記CARが免疫抑制性腫瘍微小環境において、樹状細胞を活性化可能である、ポリヌクレオチド。
- 前記免疫抑制性腫瘍微小環境が、1)免疫阻害分子を発現し、及び/又は2)免疫刺激性サイトカインが不十分である、腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 前記免疫阻害分子が、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択される、請求項2に記載のポリヌクレオチド。
- 前記免疫阻害分子がCTLA-4及び/又はPD-L1である、請求項3に記載のポリヌクレオチド。
- 前記免疫刺激性サイトカインが、TNF-α、IFN-β、IFN-γ、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12、IL-18、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子及びそれらの組み合わせから選択される、請求項2に記載のポリヌクレオチド。
- 前記腫瘍が、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む、請求項2に記載のポリヌクレオチド。
- 前記免疫抑制性腫瘍微小環境が、養子細胞療法の単独療法(例えばCAR-T単独療法)に対して劣った反応性を有する腫瘍を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、RIG-1、NLRP10、DEC-205、BDCA-2、CD86、4-1BBL、OX40L、CD40、IFNAR、TLR4、TNFR(例えばTNFR2)、CD80、CD40L、CD367(DCIR)、CD207(Langerin)、CD371(DCAL-2、CLEC12a)、CD204、CD36、IFNγR、デクチン-1及びFcγR、又はその組み合わせからなる群から選択される樹状細胞活性化受容体の細胞質ドメインを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、デクチン-1の細胞質ドメイン及びFcγRの細胞質ドメインを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- デクチン-1の前記細胞質ドメイン及びFcγRの前記細胞質ドメインがタンデムに連結されている、請求項9に記載のポリヌクレオチド。
- デクチン-1の前記細胞質ドメインが、配列番号1に示されるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む、請求項10に記載のポリヌクレオチド。
- FcγRの前記細胞質ドメインが、配列番号2に示されるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む、請求項10又は11に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、配列番号3に示されるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む、請求項1~12のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、配列番号4に示される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列、又はその任意の機能型を含む、請求項1~13のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞外抗原結合ドメインが、一本鎖可変断片(scFv)を含む、請求項1~14のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記scFvが、腫瘍表面マーカー(例えば固形腫瘍表面マーカー)に特異的である、請求項15に記載のポリヌクレオチド。
- 前記腫瘍表面マーカーが、EphA2、CD19、CD70、CD133、CD147、CD171、DLL3、EGFRvIII、メソテリン、ガングリオシドGD2、FAP(線維芽細胞活性化タンパク質)、FBP(葉酸結合タンパク質)、ルイスY、クローディン18.2、IL13Rα2、HER2、MDC1、PMSA(前立腺膜特異的抗原)、ROR1、B7-H3、CAIX、CD133、CD171、CEA、GPC3、MUC1、NKG2Dからなる群から選択される、請求項16に記載のポリヌクレオチド。
- 前記CARがシグナルペプチドを更に含む、請求項1~17のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記シグナルペプチドがCD8αのシグナルペプチドを含む、請求項18に記載のポリヌクレオチド。
- CD8αの前記シグナルペプチドが、配列番号5に示される配列、又はその任意の機能型を含む、請求項19に記載のポリヌクレオチド。
- 前記膜貫通ドメインがCD8αの膜貫通ドメインを含む、請求項1~20のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- CD8αの前記膜貫通ドメインが、配列番号6に示される配列、又はその任意の機能型を含む、請求項21に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞外抗原結合ドメインが、ヒンジ領域によって、膜貫通ドメインに連結される、請求項1~22のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ヒンジ領域がCD8αのヒンジ領域を含む、請求項23に記載のポリヌクレオチド。
- CD8αの前記ヒンジ領域が、配列番号7に示される配列、又はその任意の機能型を含む、請求項24に記載のポリヌクレオチド。
- DNA又はRNAである、請求項1~25のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項1~26のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド。
- 前記CARをコードする前記ポリヌクレオチドが、前記CARの発現のための少なくとも1つの制御ポリヌクレオチド要素に動作可能に連結される、請求項1~26のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 前記ベクターが、プラスミドベクター、ウイルスベクター、トランスポゾン、部位特異的挿入ベクター、又は自殺発現ベクターである、請求項28に記載のベクター。
- 前記ウイルスベクターが、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、又はAAVベクターである、請求項29に記載のベクター。
- 前記ウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、請求項30に記載のベクター。
- 請求項27に記載のポリペプチドを含む操作細胞。
- 前記操作細胞が、樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞である、請求項32に記載の操作細胞。
- 前記樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞が、末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又は人工多能性幹細胞に由来する、請求項32又は33に記載の操作細胞。
- 請求項32~34のいずれか一項に記載の操作細胞を産生する方法であって、請求項28~31のいずれか一項に記載のベクターを、請求項1~26のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドの発現に適した条件下で、出発細胞に導入することを含む、方法。
- 前記出発細胞が樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞である、請求項35に記載の方法。
- 前記樹状細胞又はその前駆体若しくは前駆細胞が、末梢血細胞、骨髄細胞、胚性幹細胞、又は人工多能性幹細胞に由来する、請求項36に記載の方法。
- 請求項35~37のいずれか一項に記載の方法によって、ex vivoで産生される細胞の集団。
- 細胞の前記集団の少なくとも70%が、請求項27に記載のポリペプチドを検出可能なレベルで発現する、請求項38に記載の細胞の集団。
- (i)請求項1~26のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、又は請求項27に記載のポリペプチド、又は請求項28~31のいずれか一項に記載のベクター、又は請求項32~34のいずれか一項に記載の操作細胞の集団、又は請求項38若しくは39に記載の細胞の集団と、(ii)医薬的に許容され得る媒体とを含む医薬組成物。
- 治療の必要がある被験体において、癌を治療する際の養子細胞療法の有効性を改善する方法であって、請求項40に記載の医薬組成物を療法的有効量、投与することを含む、方法。
- 前記養子細胞療法が、改変免疫細胞の養子移入を含む、請求項41に記載の方法。
- 前記医薬組成物が、改変免疫細胞の集団を更に含む、請求項41又は42に記載の方法。
- 前記方法が、改変免疫細胞の集団を含む医薬組成物を投与することを更に含む、請求項41又は42に記載の方法。
- 前記改変免疫細胞が、細胞表面上で合成受容体(例えばCAR又はTCR)の発現を有する、請求項42~44のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球である、請求項42~45のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫細胞が、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導型キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である、請求項46に記載の方法。
- 前記免疫細胞が自己又は同種である、請求項42~47のいずれか一項に記載の方法。
- 前記癌が、副腎癌、骨癌、脳癌、乳癌、結腸直腸癌、食道癌、眼癌、胃癌、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、細気管支肺胞細胞肺癌、中皮腫、頭頸部癌、扁平上皮癌、黒色腫、口腔癌、卵巣癌、子宮頸癌、陰茎癌、前立腺癌、膵臓癌、皮膚癌、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌からなる群から選択される固形癌である、請求項41~48のいずれか一項に記載の方法。
- 前記癌が、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、節外性NK/T細胞リンパ腫、HHV8関連原発性滲出性リンパ腫、形質芽球性リンパ腫、原発性CNSリンパ腫、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫、T細胞/組織球リッチB細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、多発性骨髄腫(MM)からなる群から選択される血液学的悪性疾患である、請求項41~48のいずれか一項に記載の方法。
- 免疫抑制性微小環境において、免疫細胞の増殖を誘導し、免疫細胞の生存を延長させ、及び/又は免疫細胞からの免疫刺激性サイトカインの発現及び/又は分泌を増加させる方法であって、前記免疫抑制性微小環境を、請求項32~34のいずれか一項に記載の操作細胞と接触させることを含む、方法。
- 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球である、請求項51に記載の方法。
- 前記免疫細胞が、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導型キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である、請求項52に記載の方法。
- 前記免疫細胞が自己又は同種である、請求項51~53のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫抑制性微小環境が、免疫抑制性腫瘍微小環境である、請求項51~54のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫抑制性腫瘍微小環境が、免疫阻害分子を発現する腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む、請求項55に記載の方法。
- 前記免疫阻害分子が、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択される、請求項56に記載の方法。
- 前記免疫阻害分子がCTLA-4及び/又はPD-L1である、請求項57に記載の方法。
- 前記腫瘍が、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む、請求項56に記載の方法。
- 前記免疫刺激性サイトカインが、TNF-α、IFN-β、IFN-γ、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12、IL-18及び顆粒球マクロファージコロニー刺激因子の1つ以上である、請求項51~59のいずれか一項に記載の方法。
- 治療が必要な被験体において、疾患又は病的状態を治療する方法であって、請求項40に記載の医薬組成物を療法的有効量、投与することを含む、方法。
- 第二の作用物質を投与することを更に含む、請求項61に記載の方法。
- 前記第二の療法が、改変免疫細胞の集団である、請求項62に記載の方法。
- 前記第二の療法がCAR-T療法である、請求項63に記載の方法。
- 前記疾患が癌を含む、請求項61に記載の方法。
- 樹状細胞を活性化可能なCARを選択する方法であって、
(a)免疫抑制性腫瘍微小環境を含む非ヒト動物を準備することと、
(b)前記非ヒト動物に、候補CARを発現する樹状細胞を投与することと、
(c)参照樹状細胞と比較した際の、前記免疫抑制性腫瘍微小環境への浸潤の改善、生存率の改善、及び免疫細胞の活性化を誘導する際の機能の増進から選択される樹状細胞活性化に関するマーカーを検出することと、
(d)樹状細胞を活性化可能なCARとして前記候補CARを選択することと、
を含む、方法。 - 前記免疫抑制性腫瘍微小環境が臨床的に適切(clinically relevant)である、請求項66に記載の方法。
- 前記非ヒト動物が、ヒト胎性脾臓及び自己ヒト造血幹細胞(例えばヒトCD34+造血幹細胞)を含む、請求項66又は67に記載の方法。
- 前記免疫抑制性腫瘍微小環境が、免疫阻害分子を発現する腫瘍及び/又は腫瘍浸潤性免疫細胞を含む、請求項66に記載の方法。
- 前記免疫阻害分子が、PD-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、A2AR、BTLA(CD272)、CTLA-4(CD152)、IDO1、IDO2、TDO、NOX2、VISTA、SIGLEC7(CD328)、PVR(CD155)及びSIGLEC9(CD329)、PD-L1、PD-L2、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、PVR(CD155)、HLAクラスI、シアロ糖タンパク質、CD112、CD113、ガレクチン9、CD24、並びにCD47からなる群から選択される、請求項69に記載の方法。
- 前記免疫阻害分子がCTLA-4及び/又はPD-L1である、請求項70に記載の方法。
- 前記腫瘍が、CTLA4-Ig及び/又はPD-L1を発現する細胞を含む、請求項69に記載の方法。
- 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ細胞、好酸球又は好中球である、請求項66~72のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫細胞が、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、細胞傷害性T細胞、ターミナルエフェクターT細胞、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、ナチュラルキラーT細胞、γδ T細胞、サイトカイン誘導型キラー(CIK)T細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群から選択されるT細胞である、請求項73に記載の方法。
- 前記免疫細胞が自己又は同種である、請求項66~74のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫細胞が、改変免疫細胞(例えばCAR-T細胞)又は天然免疫細胞である、請求項66~75のいずれか一項に記載の方法。
- 前記改変免疫細胞(例えばCAR-T細胞)が、前記候補CARを発現する前記樹状細胞と組み合わせて投与される、請求項76に記載の方法。
- 前記非ヒト動物が齧歯類、例えばラット又はマウスである、請求項66又は77に記載の方法。
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