JP2024023438A - 多重特異性結合タンパク質及びその改善 - Google Patents
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Abstract
【課題】多重特異性結合タンパク質及びその改善の提供。【解決手段】本発明は、一本鎖可変フラグメント(scFv)抗体、多重特異性結合タンパク質、そのようなタンパク質を含む医薬組成物、ならびにがんの治療を含むそのようなタンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法の改善を提供する。一態様では、本発明は、ヒンジ配列を介して抗体定常ドメインに連結されている一本鎖可変フラグメント(scFv)の改善を提供する。いくつかの実施形態では、このヒンジは、アミノ酸Ala-Serを含む。【選択図】図1
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関連出願の相互参照
本出願は、2018年5月28日に出願された米国仮特許出願第62/677,137号の利益及び優先権を主張し、その開示は、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、2018年5月28日に出願された米国仮特許出願第62/677,137号の利益及び優先権を主張し、その開示は、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。2019年5月28日に作成された上記のASCIIコピーは、DFY-049WO_SL_ST25.txtという名前で、サイズは340,101バイトである。
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。2019年5月28日に作成された上記のASCIIコピーは、DFY-049WO_SL_ST25.txtという名前で、サイズは340,101バイトである。
発明の分野
本発明は、一本鎖可変フラグメント(scFv)抗体及び多重特異性結合タンパク質、そのようなタンパク質を含む医薬組成物、ならびにがんの治療を含む、そのようなタンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法の改善を提供する。
本発明は、一本鎖可変フラグメント(scFv)抗体及び多重特異性結合タンパク質、そのようなタンパク質を含む医薬組成物、ならびにがんの治療を含む、そのようなタンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法の改善を提供する。
がんは、この疾患を治療するために文献で報告されている相当な研究努力及び科学的進歩にもかかわらず、重大な健康問題であり続けている。最も頻繁に診断されるがんの一部としては、前立腺癌、乳癌、及び肺癌が挙げられる。前立腺癌は、男性において最も一般的ながんの形態である。乳癌は、依然として女性における死亡の最多の原因である。これらのがんに対する現在の治療オプションは、全ての患者にとって有効なわけではないか、及び/または実質的な有害な副作用を有する場合がある。他の種類のがんもまた、既存の治療オプションを使用して治療することは課題のままである。
がん免疫療法は、特異性が高く、かつ患者自身の免疫系を使用してがん細胞の破壊を促進し得るので望ましい。二重特異的T細胞係合剤などの融合タンパク質は、腫瘍細胞及びT細胞に結合して腫瘍細胞の破壊を促進する、文献に記載されているがん免疫療法である。特定の腫瘍関連抗原及び特定の免疫細胞に結合する抗体が文献に記載されている。例えば、WO2016/134371及びWO2015/095412を参照されたい。
ナチュラルキラー(NK)細胞は、先天性免疫系の構成要素であり、循環リンパ球のおよそ15%を占める。NK細胞は、事実上全ての組織に浸潤し、事前の感作を必要とせずに腫瘍細胞を効率的に殺滅するそれらの能力によって元々特徴付けられた。活性化したNK細胞は、細胞傷害性T細胞と同様の手段によって、すなわち、パーフォリン及びグランザイムを含有する細胞溶解性顆粒を介して及び死受容体経路を介して標的細胞を殺滅する。活性化したNK細胞はまた、標的組織への他の白血球の動員を促進するIFN-γ及びケモカインなどの炎症性サイトカインを分泌する。
NK細胞は、それらの表面上の様々な活性化及び阻害受容体を介してシグナルに反応する。例えば、NK細胞が健康な自己細胞に遭遇した場合、それらの活性は、キラー細胞免疫グロブリン様受容体(KIR)の活性化を介して阻害される。代替的に、NK細胞が外来細胞またはがん細胞に遭遇した場合、それらの細胞は、それらの活性化受容体(例えば、NKG2D、NCR、DNAM1)を介して活性化される。NK細胞はまた、それらの表面上のCD16受容体を介していくつかの免疫グロブリンの定常領域によって活性化される。NK細胞の活性化に対する全体的な感受性は、刺激性及び阻害性シグナルの合計に依存する。NKG2Dは、本質的に全てのナチュラルキラー細胞によって発現されるII型膜貫通タンパク質であり、NKG2Dは活性化受容体として機能する。NKG2Dは、共刺激受容体として機能するT細胞にも見られる。NKG2Dを介してNK細胞機能を調節する能力は、悪性腫瘍を含むさまざまな治療状況で有用である。
NK細胞は、それらの表面上の様々な活性化及び阻害受容体を介してシグナルに反応する。例えば、NK細胞が健康な自己細胞に遭遇した場合、それらの活性は、キラー細胞免疫グロブリン様受容体(KIR)の活性化を介して阻害される。代替的に、NK細胞が外来細胞またはがん細胞に遭遇した場合、それらの細胞は、それらの活性化受容体(例えば、NKG2D、NCR、DNAM1)を介して活性化される。NK細胞はまた、それらの表面上のCD16受容体を介していくつかの免疫グロブリンの定常領域によって活性化される。NK細胞の活性化に対する全体的な感受性は、刺激性及び阻害性シグナルの合計に依存する。NKG2Dは、本質的に全てのナチュラルキラー細胞によって発現されるII型膜貫通タンパク質であり、NKG2Dは活性化受容体として機能する。NKG2Dは、共刺激受容体として機能するT細胞にも見られる。NKG2Dを介してNK細胞機能を調節する能力は、悪性腫瘍を含むさまざまな治療状況で有用である。
一態様では、本発明は、ヒンジ配列を介して抗体定常ドメインに連結されている一本鎖可変フラグメント(scFv)の改善を提供する。いくつかの実施形態では、このヒンジは、アミノ酸Ala-Serを含む。いくつかの他の実施形態では、このヒンジは、アミノ酸Ala-Ser及びThr-Lys-Glyを含む。このscFvは、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態では、このscFvは、NKG2Dまたは腫瘍関連抗原に結合する。このヒンジ配列は、標的抗原への結合の可塑性を提供する。
scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する。例えば、ジスルフィド架橋は、重鎖可変ドメインのC44残基と軽鎖可変ドメインのC100残基との間に形成され得る。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、(G4S)4(配列番号427)などの可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結されている。scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのN末端に配置されている。scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのC末端に配置されている。
いくつかの実施形態では、scFvに連結された抗体定常ドメインは、CD16に結合し得る。いくつかの実施形態では、抗体定常ドメインは、IgG抗体、例えば、ヒトIgG1抗体のCH2ドメイン及びCH3ドメインを含む。いくつかの実施形態では、突然変異が抗体定常ドメインに導入されて、別の抗体定常ドメインとのヘテロ二量体化が可能になる。例えば、抗体定常ドメインがヒトIgG1の定常ドメインに由来する場合、その抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択された1つ以上の位置で異なる。いくつかの実施形態では、抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eからなる群より選択される1つ以上の置換によって異なる。
別の態様では、本発明は、上記の抗体定常領域に連結されたscFvを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、このタンパク質は、抗体定常ドメインに連結されたscFvを含む第1の抗原結合部位と、ここに記載されるFabまたはscFvフォーマットをとり得る第2の抗原結合部位と、この第2の抗原結合部位に連結された第2の抗体定常ドメインとを含む。いくつかの実施形態では、このタンパク質は多重特異性であり、第1の抗原結合部位はNKG2Dに結合し、第2の抗原結合部位は腫瘍関連抗原に結合し、そして抗体定常領域はCD16に結合する。
いくつかの他の実施形態では、このタンパク質は多重特異性であり、この第1の抗原結合部位は腫瘍関連抗原に結合し、この第2の抗原結合部位はNKG2Dに結合し、かつ抗体定常領域はCD16に結合する。scFvに連結された抗体定常領域は、二次抗体定常領域とヘテロ二量体化し得る。これらの実施形態における多重特異性結合タンパク質は、ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体に対して、ならびにがん細胞上の腫瘍関連抗原に対して結合する。そのようなタンパク質は、複数の種類のNK活性化受容体と係合し得、かつNKG2Dに対する天然リガンドの結合を阻害し得る。所定の実施形態では、このタンパク質は、ヒトのNK細胞を作動し得る。いくつかの実施形態では、そのタンパク質は、ヒトにおいて、ならびに/またはげっ歯類及び/またはカニクイザルなどの他の種において、NK細胞を作動し得る。
別の態様において、本発明は、多重特異性結合タンパク質を提供し、そしてこのタンパク質は、腫瘍関連抗原に結合する第1の抗原結合部位と、第1の抗原結合部位と同じ腫瘍関連抗原に結合する第2の抗原結合部位と、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位と、CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する第4の抗原結合部位を含む。この抗原結合部位のいずれか1つは、上記のようなFabまたはscFvのいずれかの形態をとり得る。ここで提供される多重特異性結合タンパク質は、腫瘍関連抗原の二価の係合を提供し、それによってがん細胞表面上の腫瘍関連抗原を安定化し、NK細胞によるがん細胞に対する細胞毒性を増強する。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質による腫瘍関連抗原の二価係合は、がん細胞への多重特異性結合タンパク質のより強い結合を付与し、それにより、がん細胞に対する、特に低レベルの腫瘍関連抗原を発現するがん細胞に対する、NK細胞のより強い細胞毒性応答を促進する。
いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインの一部を組み込み、この抗体Fcドメインは、ヒンジ及びCH2ドメイン及び/またはヒトIgG抗体のアミノ酸配列234-332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。変異をこの抗体定常ドメインに導入して、別の抗体定常ドメインとのヘテロ二量体化を可能にしてもよい。例えば、抗体定常ドメインがヒトIgG1の定常ドメインに由来する場合、その抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eからなる群より選択される1つ以上の置換によって異なる。
上記の腫瘍関連抗原結合部位は、任意の腫瘍関連抗原、例えば、ANO1、BCMA、EpCAM、CAIX、CEA、CCR4、CD2、CD123、CD133、CD19、CD20、CD22、CD25、CD30、CD33、CD37、CD38、CD40、CD52、CD70、CLAUDIN-18.2、DLL3、EGFR/ERBB1、GD2、IGF1R、HER2、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSMA、メソセリン、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、TROP2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、PD1、5T4、GPNMB、FR-アルファ、PAPP-A、FLT3、GPC3、CXCR4、ROR1、ROR2、HLA-E、PD-L1、VLA4、CD44、CD13、CD15、CD47、CLL1、CD81、CD23、CD79a、CD79b、CD80、CRLF2、SLAMF7、CD138、CA125、NaPi2b、ネクチン4、ADAM8、ADAM9、SLC44A4、CA19-9、LILRB1、LILRB2、LILRB3、LILRB4、LILRB5、LILRA1、LILRA2、LILRA3、LILRA4、LILRA5、及びLILRA6、CCR8、CD7、CTLA4、CX3CR1、ENTPD1、HAVCR2、IL-1R2、PDCD1LG2、TIGIT、TNFRSF4、TNFRSF8、TNFRSF9、NT5E、TNFRSF18、MUC1、P-カドヘリン、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、Axl、erbB-3、EDNRB、Tyrp1、CD14、CD163、CSF3R、Siglec-9、ITGAM、VISTA、B7-H4(VTCN1)、CCR1、LRRC25、PTAFR、SIRPB1、TLR2、TLR4、CD300LB、ATP1A3、CCR5、MUC1(またはMUC1-C)、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STERAP1、CDCP1、PTK7、AXL、EDNRB、OLR1、及びTYRP1に結合する部位であり得る。
別の態様において、本発明は、以下を含むタンパク質を提供する:(a)NKG2Dに結合する抗原結合部位、(b)抗原結合T細胞受容体(TCR)フラグメント、及び(c)CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する追加の抗原結合部位。所定の実施形態では、このタンパク質は、腫瘍関連抗原(TAA)に結合する抗原結合TCRフラグメントを含む多重特異性結合タンパク質である。
所定の実施形態では、抗原結合部位はFabフラグメントであり、この抗原結合TCRフラグメントは一本鎖TCR(scTCR)フラグメントである。所定の実施形態では、scTCRフラグメントは、Ala-Serを含むヒンジを介して抗体定常領域のポリペプチド鎖に連結されている。所定の実施形態では、ヒンジは、アミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む。
所定の実施形態では、抗原結合部位はscFvであり、抗原結合TCRフラグメントは細胞外TCRフラグメントである。所定の実施形態では、scFvは、Ala-Serを含むヒンジを介して抗体定常領域のポリペプチド鎖に連結されている。所定の実施形態では、ヒンジは、アミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む。
所定の実施形態では、抗原結合部位はFabフラグメントであり、かつ抗原結合TCRフラグメントは細胞外TCRフラグメントである。
所定の実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、抗原結合TCRフラグメントと同じ抗原に結合する追加の抗原結合TCRフラグメントをさらに含む。所定の実施形態では、抗原結合部位は、scFvであり、抗原結合TCRフラグメント及び追加の抗原結合TCRフラグメントは、細胞外TCRフラグメントである。所定の実施形態では、抗原結合部位はscFvであり、抗原結合TCRフラグメント及び追加の抗原結合TCRフラグメントはscTCRフラグメントである。
scFvを含む多重特異性結合タンパク質の所定の実施形態では、scFvは、可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結された重鎖可変ドメインを含む。所定の実施形態では、可塑性リンカーは、(G4S)4を含む。所定の実施形態では、scFvは、軽鎖可変ドメインのN末端またはC末端に配置された重鎖可変ドメインを含む。
所定の実施形態では、抗原結合部位は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含み、ここで、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する。所定の実施形態では、ジスルフィド架橋は、重鎖可変ドメインの位置44のCysと軽鎖可変ドメインの位置100のCysとの間に形成され、これらの位置は、Kabat番号付けの下で定義される。所定の実施形態では、そのようなジスルフィド架橋を含む抗原結合部位は、scFvである。
所定の実施形態では、抗原結合部位は、ヒトにおいてNKG2Dに結合する。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)によって提示される腫瘍関連抗原由来のペプチドに結合する。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号425のアミノ酸配列を有するELAVL4ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号351に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号352に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号351と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号353)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号352と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β配列(配列番号354)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号349に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号350に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号426のアミノ酸配列を有するインスリンペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号357に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号358に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号357と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号359)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号358と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β配列(配列番号360)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号355に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号356に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号340のアミノ酸配列を有するTERTペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号363に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号364に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号363と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号365)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号364と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号366)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号361に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号362に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A*02によって提示される配列番号341のアミノ酸配列を有するERBB2ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号430に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号431に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号430と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号367)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号431と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号368)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号428に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号429に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A*02によって提示される配列番号342のアミノ酸配列を有するWT1ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号434に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号435に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号434と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号369)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号435と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号370)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号432に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号433に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A*02によって提示される配列番号342のアミノ酸配列を有するWT1ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号438に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号439に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号438と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号371)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号439と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号372)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号436に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号437に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A1によって提示される配列番号343のアミノ酸配列を有するMAGE-A3ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号375に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号376に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号375と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号377)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号376と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号378)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号373に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号374に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号344のアミノ酸配列を有するMART1ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号381に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号382に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号381と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号383)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号382と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β配列(配列番号384)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号379に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号380に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号346のアミノ酸配列を有するBIRC5ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号442に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号443に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号442と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号389)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号443と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β配列(配列番号390)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号440に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号441に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号346のアミノ酸配列を有するBIRC5ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号444に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号445に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号444と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号391)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号445と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β配列(配列番号392)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号385に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号386に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号395に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号396に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号395と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号397)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号396と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号398)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号393に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号394に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号401に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号402に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号401と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメイン及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号403)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号402と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号404)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号399に示されるアルファ鎖アミノ酸配列、及び配列番号400に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号407に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号408に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号407と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号409)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号408と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号410)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号405に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号406に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号413に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号414に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号413と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号415)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号414と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号416)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号411に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号412に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号418に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号414に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号418と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号415)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号414と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号416)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号417に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号412に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号421に関連するアルファ鎖可変ドメイン及び配列番号422に関連するベータ鎖可変ドメインを含む。例えば、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号421と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアルファ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのアルファ鎖可変ドメインのCDR3α配列(配列番号423)と同一のアミノ酸配列を組み込む。同様に、所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号422と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるベータ鎖可変ドメインを含むか、及び/またはこのベータ鎖可変ドメインのCDR3β(配列番号424)と同一のアミノ酸配列を組み込む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号419に示されるアルファ鎖アミノ酸配列及び配列番号420に示されるベータ鎖アミノ酸配列を含む。
所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、HLA-A2によって提示される配列番号345のアミノ酸配列を有するSXX2ペプチドに結合する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号387に示されるCDR3α配列を組み込んだアルファ鎖可変ドメインを含む。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、配列番号388に示されるCDR3β配列を組み込んだベータ鎖可変ドメインを含む。
所定の実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、CD16に結合するのに十分な抗体定常領域またはその一部を含み、ここで、CD16に結合するのに十分な抗体定常領域またはその部分は、ヒトIgG1抗体のヒンジ及びCH2ドメインを含む。所定の実施形態では、CD16に結合するのに十分な抗体定常領域またはその部分は、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。変異をこの抗体定常ドメインに導入して、別の抗体定常ドメインとのヘテロ二量体化を可能にしてもよい。例えば、抗体定常ドメインがヒトIgG1の定常ドメインに由来する場合、その抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択された1つ以上の位置で異なる。いくつかの実施形態では、抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eからなる群より選択される1つ以上の置換によって異なる。
NKG2Dに結合する抗原結合部位(「NKG2D結合部位」とも呼ばれる)を含む前述のポリペプチドまたはタンパク質のいずれか1つの所定の実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号1と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一のアミノ酸配列を有すること、及び/または配列番号1のCDR1(配列番号3または配列番号307)、CDR2(配列番号4)、及びCDR3(配列番号5または配列番号308)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込むことなどによって、配列番号1に関連する重鎖可変ドメインを組み込み得る。配列番号1に関連する重鎖可変ドメインは、様々な軽鎖可変ドメインと結合して、NKG2D結合部位を形成し得る。例えば、配列番号1に関連する重鎖可変ドメインを組み込むNKG2D結合部位は、配列番号2、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、及び43に関連する配列のいずれか1つから選択される軽鎖可変ドメインをさらに組み込んでもよい。例えば、NKG2D結合部位は、配列番号1と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一のアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号2、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、及び43から選択される配列のいずれか1つと少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一のアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを組み込む。
あるいは、NKG2D結合部位は、配列番号44に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号48に関連する軽鎖可変ドメインを組み込んでもよい。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号44と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号44のCDR1(配列番号45または配列番号309)、CDR2(配列番号46)、及びCDR3(配列番号47または配列番号310)の配列と同一であるアミノ酸配列を組み込んでもよい。同様に、第2の抗原結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号48と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号48のCDR1(配列番号49)、CDR2(配列番号50)、及びCDR3(配列番号51)の配列と同一であるアミノ酸配列を組み込んでもよい。
他の実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号52に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号56に関連する軽鎖可変ドメインを組み込んでもよい。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号52と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号52のCDR1(配列番号53または配列番号311)、CDR2(配列番号54)、及びCDR3(配列番号55または配列番号312)の配列と同一のアミノ酸配列を組みんでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号56と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号56のCDR1(配列番号57)、CDR2(配列番号58)、及びCDR3(配列番号59)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
あるいは、NKG2D結合部位は、それぞれ、配列番号60に対して、少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を有すること、及び配列番号61に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を有することなどによって、配列番号60に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号61に関連する軽鎖可変ドメインを組み込んでもよい。
別の実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号62に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号66に関連する軽鎖可変ドメインを組み込んでもよく、例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号62と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号62のCDR1(配列番号63)、CDR2(配列番号64)、及びCDR3(配列番号65)配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号66と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号66のCDR1(配列番号67)、CDR2(配列番号68)、及びCDR3(配列番号69)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
NKG2D結合部位は、いくつかの実施形態では、配列番号70に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号74に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号70と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号70のCDR1(配列番号71または配列番号313)、CDR2(配列番号72)、及びCDR3(配列番号73または配列番号314)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号74と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号74のCDR1(配列番号75)、CDR2(配列番号76)、及びCDR3(配列番号77)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号78に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号82に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号78と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号78のCDR1(配列番号79または配列番号315)、CDR2(配列番号80)、及びCDR3(配列番号81または配列番号316)の配列と同一のアミノ酸配列を組みんでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号82と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号82のCDR1(配列番号83)、CDR2(配列番号84)、及びCDR3(配列番号85)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号86に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号90に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号86と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番86のCDR1(配列番号87または配列番号317)、CDR2(配列番号88)、及びCDR3(配列番号89または配列番号318)の配列と同一のアミノ酸配列を組みんでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号90と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号90のCDR1(配列番号91)、CDR2(配列番号92)、及びCDR3(配列番号93)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号94に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号98に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号94と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番94のCDR1(配列番号95または配列番号319)、CDR2(配列番号96)、及びCDR3(配列番号97または配列番号320)の配列と同一のアミノ酸配列を組みんでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号98と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号98のCDR1(配列番号99)、CDR2(配列番号100)、及びCDR3(配列番号101)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号102に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号106に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号102と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号102のCDR1(配列番号103または配列番号313)、CDR2(配列番号104)、及びCDR3(配列番号105または配列番号321)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号106と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号106のCDR1(配列番号107)、CDR2(配列番号108)、及びCDR3(配列番号109)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号322に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号98に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号322と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番322のCDR1(配列番号95または配列番号319)、CDR2(配列番号96)、及びCDR3(配列番号323または配列番号324)の配列と同一のアミノ酸配列を組みんでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号98と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号98のCDR1(配列番号99)、CDR2(配列番号100)、及びCDR3(配列番号101)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号325に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号98に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号325と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番325のCDR1(配列番号95または配列番号319)、CDR2(配列番号96)、及びCDR3(配列番号326または配列番号327)の配列と同一のアミノ酸配列を組みんでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号98と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号98のCDR1(配列番号99)、CDR2(配列番号100)、及びCDR3(配列番号101)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号328に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号98に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号328と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番328のCDR1(配列番号95または配列番号319)、CDR2(配列番号96)、及びCDR3(配列番号329または配列番号330)の配列と同一のアミノ酸配列を組みんでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号98と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号98のCDR1(配列番号99)、CDR2(配列番号100)、及びCDR3(配列番号101)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号331に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号98に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号331と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号331のCDR1(配列番号95または配列番号319)、CDR2(配列番号96)、及びCDR3(配列番号332または配列番号333)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号98と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号98のCDR1(配列番号99)、CDR2(配列番号100)、及びCDR3(配列番号101)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号334に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号98に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号334と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号334のCDR1(配列番号95または配列番号319)、CDR2(配列番号96)、及びCDR3(配列番号335または配列番号336)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号98と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号98のCDR1(配列番号99)、CDR2(配列番号100)、及びCDR3(配列番号101)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、配列番号337に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号98に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。例えば、NKG2D結合部位の重鎖可変ドメインは、配列番号337と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号337のCDR1(配列番号95または配列番号319)、CDR2(配列番号96)、及びCDR3(配列番号338または配列番号339)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。同様に、NKG2D結合部位の軽鎖可変ドメインは、配列番号98と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であってもよいし、及び/または配列番号98のCDR1(配列番号99)、CDR2(配列番号100)、及びCDR3(配列番号101)の配列と同一のアミノ酸配列を組み込んでもよい。
いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、それぞれ、配列番号110と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一及び配列番号111と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一のアミノ酸配列を有することなどにより、配列番号110に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号111に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。いくつかの実施形態では、NKG2D結合部位は、それぞれ、配列番号112と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一及び配列番号113と少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一のアミノ酸配列を有することなどにより、配列番号112に関連する重鎖可変ドメイン及び配列番号113に関連する軽鎖可変ドメインを組み込み得る。
本明細書に記載のタンパク質のいずれか1つを含む製剤、そのタンパク質を発現する1つ以上の核酸を含む細胞、及びそのタンパク質を使用して腫瘍細胞死を増強する方法も提供される。
本発明の別の態様は、患者におけるがんを治療する方法を提供する。この方法は、それを必要とする患者に、治療的有効量の本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を投与することを含む。治療すべきがんとしては、急性骨髄性白血病、急性骨髄単球性白血病、B細胞リンパ腫、膀胱癌、乳癌、大腸癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、食道癌、ユーイング肉腫、濾胞性リンパ腫、胃癌、消化管癌、消化管間質性腫瘍、膠芽腫、頭頸部癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、腎細胞癌、神経芽腫、非小細胞肺癌、神経内分泌腫瘍、卵巣癌、及び膵臓癌、前立腺癌、肉腫、小細胞肺癌、T細胞リンパ腫、精巣癌、胸腺癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、骨髄由来のサプレッサー細胞によって浸潤されたがん、T調節性細胞に浸潤されたがん、細胞外マトリックス沈着を伴うがん、高レベルの反応性間質を伴うがん、及び血管新生を伴うがんが挙げられ得る。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
Ala-Serを含むヒンジを介して抗体定常ドメインに連結された一本鎖可変フラグメント(scFv)を含むポリペプチドであって、前記scFvは、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む前記ポリペプチド。
(項目2)
前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
前記ジスルフィド架橋が、前記重鎖可変ドメイン由来のC44と前記軽鎖可変ドメイン由来のC100との間に形成される、項目2に記載のポリペプチド。
(項目4)
前記重鎖可変ドメインが、可塑性リンカーを介して前記軽鎖可変ドメインに連結されている、項目1~3のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目5)
前記可塑性リンカーが(G4S)4を含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目6)
前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのN末端またはC末端に位置する、項目1~5のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目7)
前記ヒンジがアミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む、項目1~6のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目8)
前記抗体定常ドメインが、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインまたはその一部を含む、項目1~7のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目9)
前記抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のCH2及びCH3ドメインを含む、項目8に記載のポリペプチド。
(項目10)
前記抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目9に記載のポリペプチド。
(項目11)
前記抗体定常ドメインが、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目10に記載のポリペプチド。
(項目12)
前記抗体定常ドメインが、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eからなる群より選択される1つ以上の置換によって異なる、項目11に記載のポリペプチド。
(項目13)
前記scFvがNKG2Dまたは腫瘍関連抗原に結合する、項目1~12のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目14)
前記scFvがNKG2Dに結合し、かつ前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、配列番号94、配列番号1、配列番号44、配列番号52、配列番号60、配列番号62、配列番号70、配列番号78、配列番号86、配列番号102、配列番号322、配列番号325、配列番号328、配列番号331、配列番号334、及び配列番号337から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、項目13に記載のポリペプチド。
(項目15)
前記重鎖可変ドメインが配列番号94と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目16)
前記重鎖可変ドメインが配列番号322と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目17)
前記重鎖可変ドメインが配列番号325と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目18)
前記重鎖可変ドメインが配列番号328と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目19)
前記重鎖可変ドメインが配列番号331と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目20)
前記重鎖可変ドメインが配列番号334と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目21)
前記重鎖可変ドメインが配列番号337と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目22)
前記重鎖可変ドメインが配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号48と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目23)
前記重鎖可変ドメインが配列番号52と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号56と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目24)
前記重鎖可変ドメインが配列番号60と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目25)
前記重鎖可変ドメインが配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号66と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目26)
前記重鎖可変ドメインが配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号74と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目27)
前記重鎖可変ドメインが配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目28)
前記重鎖可変ドメインが配列番号86と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号90と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目29)
前記重鎖可変ドメインが配列番号102と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号106と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目30)
前記scFvがNKG2Dに結合し、かつ前記重鎖可変ドメインが配列番号110と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号111と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目13に記載のポリペプチド。
(項目31)
前記scFvがNKG2Dに結合し、かつ前記重鎖可変ドメインが配列番号112と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号113と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目13に記載のポリペプチド。
(項目32)
項目13に記載のポリペプチドであって、前記scFvが腫瘍関連抗原に結合し、前記腫瘍関連抗原が、ANO1、BCMA、EpCAM、CAIX、CEA、CCR4、CD2、CD123、CD133、CD19、CD20、CD22、CD25、CD30、CD33、CD37、CD38、CD40、CD52、CD70、CLAUDIN-18.2、DLL3、EGFR/ERBB1、GD2、IGF1R、HER2、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSMA、メソセリン、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、TROP2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、PD1、5T4、GPNMB、FR-アルファ、PAPP-A、FLT3、GPC3、CXCR4、ROR1、ROR2、HLA-E、PD-L1、VLA4、CD44、CD13、CD15、CD47、CLL1、CD81、CD23、CD79a、CD79b、CD80、CRLF2、SLAMF7、CD138、CA125、NaPi2b、ネクチン4、ADAM8、ADAM9、SLC44A4、CA19-9、LILRB1、LILRB2、LILRB3、LILRB4、LILRB5、LILRA1、LILRA2、LILRA3、LILRA4、LILRA5、及びLILRA6、CCR8、CD7、CTLA4、CX3CR1、ENTPD1、HAVCR2、IL-1R2、PDCD1LG2、TIGIT、TNFRSF4、TNFRSF8、TNFRSF9、GEM、NT5E、TNFRSF18、MUC1、P-カドヘリン、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、Axl、erbB-3、EDNRB、Tyrp1、CD14、CD163、CSF3 R、Siglec-9、ITGAM、VISTA、B7-H4(VTCN1)、CCR1、LRRC25、PTAFR、SIRPB1、TLR2、TLR4、CD300LB、ATP1A3、CCR5、MUC1(またはMUC1-C)、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、AXL、EDNRB、OLR1、及びTYRP1からなる群より選択される、前記ポリペプチド。
(項目33)
先行項目のいずれか1つに記載のscFvを含むタンパク質。
(項目34)
以下を含むタンパク質であって:
(a)項目1~32のいずれか1項に記載のポリペプチドを含む、第1の抗原結合部位と;
(b)第2の抗原結合部位と;
(c)第2の抗体定常ドメインと、を含む前記タンパク質。
(項目35)
前記第1の抗原結合部位がNKG2Dに結合し、かつ前記第2の抗原結合部位が腫瘍関連抗原に結合する、項目34に記載のタンパク質。
(項目36)
前記第1の抗原結合部位が腫瘍関連抗原に結合し、かつ前記第2の抗原結合部位がNKG2Dに結合する、項目34に記載のタンパク質。
(項目37)
前記第2の抗原結合部位がscFvまたはFabを含む、項目34~36のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目38)
前記第2の抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のヒンジ及びCH2ドメインを含む、項目34~37のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目39)
前記第2の抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目34~38のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目40)
前記第2の抗体定常ドメインが、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目39に記載のタンパク質。
(項目41)
以下を含むタンパク質であって:
(a) 腫瘍関連抗原と結合する第1の抗原結合部位と;
(b) 前記第1の抗原結合部位と同じ腫瘍関連抗原に結合する第2の抗原結合部位と;
(c) NKG2Dと結合する第3の抗原結合部位と;
(d) CD16と結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16
に結合する第4の抗原結合部位と、を含む前記タンパク質。
(項目42)
前記第1の抗原結合部位が、scFvまたはFabを含む、項目41に記載のタンパク質。
(項目43)
前記第2の抗原結合部位がscFvまたはFabを含む、項目41または42に記載のタンパク質。
(項目44)
前記第3の抗原結合部位がscFvまたはFabを含む、項目41~43のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目45)
前記腫瘍関連抗原が、ANO1、BCMA、EpCAM、CAIX、CEA、CCR4、CD2、CD123、CD133、CD19、CD20、CD22、CD25、CD30、CD33、CD37、CD38、CD40、CD52、CD70、CLAUDIN-18.2、DLL3、EGFR/ERBB1、GD2、IGF1R、HER2、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSMA、メソセリン、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、TROP2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、PD1、5T4、GPNMB、FR-アルファ、PAPP-A、FLT3、GPC3、CXCR4、ROR1、ROR2、HLA-E、PD-L1、VLA4、CD44、CD13、CD15、CD47、CLL1、CD81、CD23、CD79a、CD79b、CD80、CRLF2、SLAMF7、CD138、CA125、NaPi2b、ネクチン4、ADAM8、ADAM9、SLC44A4、CA19-9、LILRB1、LILRB2、LILRB3、LILRB4、LILRB5、LILRA1、LILRA2、LILRA3、LILRA4、LILRA5、及びLILRA6、CCR8、CD7、CTLA4、CX3CR1、ENTPD1、HAVCR2、IL-1R2、PDCD1LG2、TIGIT、TNFRSF4、TNFSF8、TNFRSF9、GEM、NT5E、TNFRSF18、MUC1、P-カドヘリン、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、Axl、erbB-3、EDNRB、Tyrp1、CD14、CD163、CSF3R、Siglec-9、ITGAM、VISTA、B7-H4(VTCN1)、CCR1、LRRC25、PTAFR、SIRPB1、TLR2、TLR4、CD300LB、ATP1A3、CCR5、MUC1(またはMUC1-C)、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STERAP1、CDCP1、PTK7、AXL、EDNRB、OLR1、及びTYRP1からなる群より選択される、項目41~44のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目46)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号94、配列番号1、配列番号44、配列番号52、配列番号60、配列番号62、配列番号70、配列番号78、配列番号86、配列番号102、配列番号322、配列番号325、配列番号328、配列番号331、配列番号334、及び配列番号337から選択される配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、項目41~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目47)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号94と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目48)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号322と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目49)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号325と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目50)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号328と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目51)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号331と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目52)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号334と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目53)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号337と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目54)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号48と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目55)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号52と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号56と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目56)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号60と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目57)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号66と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目58)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号74と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目59)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目60)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号86と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号90と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目61)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号102と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号106と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目62)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号110と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号111と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目41~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目63)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号112と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号113と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目41~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目64)
CD16に結合するのに十分な抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のヒンジ及びCH2ドメインを含む、項目41~63のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目65)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、項目64に記載のタンパク質。
(項目66)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目65に記載のタンパク質。
(項目67)
以下を含むタンパク質であって:
(a)NKG2Dに結合する抗原結合部位と、
(b)抗原結合T細胞受容体(TCR)フラグメントと、
(c)CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する追加の抗原結合部位と、を含む前記タンパク質。
(項目68)
前記抗原結合部位がFabフラグメントであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメントが一本鎖TCR(scTCR)フラグメントである、項目67に記載のタンパク質。
(項目69)
前記scTCRフラグメントが、Ala-Serを含むヒンジを介して前記抗体定常領域のポリペプチド鎖に連結されている、項目68に記載のタンパク質。
(項目70)
前記抗原結合部位がscFvであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメントが細胞外TCRフラグメントである、項目67に記載のタンパク質。
(項目71)
前記scFvが、Ala-Serを含むヒンジを介して前記抗体定常領域のポリペプチド鎖に連結されている、項目70に記載のタンパク質。
(項目72)
前記ヒンジがアミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む、項目69または71に記載のタンパク質。
(項目73)
前記抗原結合部位がFabフラグメントであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメントが細胞外TCRフラグメントである、項目67に記載のタンパク質。
(項目74)
前記抗原結合TCRフラグメントと同じ抗原に結合する追加の抗原結合TCRフラグメントをさらに含む、項目67に記載のタンパク質。
(項目75)
前記抗原結合部位がscFvであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメント及び前記追加の抗原結合TCRフラグメントが細胞外TCRフラグメントである、項目74に記載のタンパク質。
(項目76)
前記抗原結合部位がscFvであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメント及び前記追加の抗原結合TCRフラグメントがscTCRフラグメントである、項目74に記載のタンパク質。
(項目77)
前記scFvが、可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結された重鎖可変ドメインを含む、項目70~72及び75~76のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目78)
前記可塑性リンカーが(G4S)4を含む、項目77に記載のタンパク質。
(項目79)
前記scFvが、軽鎖可変ドメインの前記N末端または前記C末端に位置する重鎖可変ドメインを含む、項目70~72及び75~78のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目80)
前記抗原結合部位が重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含み、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、項目67~79のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目81)
前記ジスルフィド架橋が、Kabat番号付けの下で定義される位置で、前記重鎖可変ドメインの位置44のCysと前記軽鎖可変ドメインの位置100のCysとの間に形成される、項目80に記載のタンパク質。
(項目82)
前記抗原結合部位がヒトのNKG2Dに結合する、項目67~81のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目83)
前記抗原結合部位が、配列番号94、配列番号1、配列番号44、配列番号52、配列番号60、配列番号62、配列番号70、配列番号78、配列番号86、配列番号102、配列番号322、配列番号325、配列番号328、配列番号331、配列番号334、及び配列番号337から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一である重鎖可変ドメインを含む、項目67~82のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目84)
前記抗原結合部位が、配列番号94と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目85)
前記抗原結合部位が、配列番号322と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目86)
前記抗原結合部位が、配列番号325と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目87)
前記抗原結合部位が、配列番号328と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目88)
前記抗原結合部位が、配列番号331と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目89)
前記抗原結合部位が、配列番号334と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目90)
前記抗原結合部位が、配列番号337と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目91)
前記抗原結合部位が、配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号48と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目92)
前記抗原結合部位が、配列番号52と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号56と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目93)
前記抗原結合部位が、配列番号60と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目94)
前記抗原結合部位が、配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号66と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目95)
前記抗原結合部位が、配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号74と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目96)
前記抗原結合部位が、配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目97)
前記抗原結合部位が、配列番号86と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号90と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目98)
前記抗原結合部位が、配列番号102と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号106と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目99)
前記抗原結合部位が、配列番号110と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号111と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目67~82のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目100)
前記抗原結合部位が、配列番号112と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号113と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目67~82のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目101)
前記抗原結合TCRフラグメントが、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)によって提示される腫瘍関連抗原由来のペプチドに結合する、項目67~100のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目102)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号425のアミノ酸配列を有するELAVL4ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号351と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメイン、及び配列番号352と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目103)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号426のアミノ酸配列を有するインスリンペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号357と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号358と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目104)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号340のアミノ酸配列を有するTERTペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号363と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号364と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目105)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02によって提示される配列番号341のアミノ酸配列を有するERBB2ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号430と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号431と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目106)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02によって提示される配列番号342のアミノ酸配列を有するWT1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号434と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号435と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目107)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02によって提示される配列番号342のアミノ酸配列を有するWT1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号438と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号439と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目108)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A1によって提示される配列番号343のアミノ酸配列を有するMAGE-A3ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号375と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号376と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目109)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号344のアミノ酸配列を有するMART1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号381と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号382と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目110)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号346のアミノ酸配列を有するBIRC5ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号442と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号443と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目111)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号346のアミノ酸配列を有するBIRC5ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号444と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号445と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目112)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号395と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号396と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目113)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号401と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号402と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目114)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号407と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号408と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目115)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号413と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号414と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目116)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号418と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号414と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目117)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号421と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号422と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目118)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号345のアミノ酸配列を有するSSX2ペプチドに結合する、項目101に記載のタンパク質。(項目119)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のヒンジ及びCH2ドメインを含む、項目67~118のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目120)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目119に記載のタンパク質。
(項目121)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目120に記載のタンパク質。
(項目122)
項目33~121のいずれか1項によるタンパク質と、薬学的に許容される担体と、を含む、製剤。
(項目123)
項目33~121のいずれか1項に記載のタンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む細胞。
(項目124)
腫瘍細胞死を増強する方法であって、腫瘍及びナチュラルキラー細胞を項目33~121のいずれか1項に記載のタンパク質に曝すことを含む、方法。
(項目125)
項目33~121のいずれか1項に記載のタンパク質または項目122に記載の製剤を患者に投与することを含む、がんを治療する方法。
(項目126)
前記がんが、急性骨髄性白血病、急性骨髄単球性白血病、B細胞リンパ腫、膀胱癌、乳癌、大腸癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、食道癌、ユーイング肉腫、濾胞性リンパ腫、胃癌、消化管癌、消化管間質性腫瘍、膠芽腫、頭頸部癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、腎細胞癌、神経芽腫、非小細胞肺癌、神経内分泌腫瘍、卵巣癌、及び膵臓癌、前立腺癌、肉腫、小細胞肺癌、T細胞リンパ腫、精巣癌、胸腺癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、骨髄由来のサプレッサー細胞によって浸潤されたがん、細胞外マトリックス沈着を伴うがん、高レベルの反応性間質を伴うがん、及び血管新生を伴うがんからなる群より選択される、項目125に記載の方法。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
Ala-Serを含むヒンジを介して抗体定常ドメインに連結された一本鎖可変フラグメント(scFv)を含むポリペプチドであって、前記scFvは、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む前記ポリペプチド。
(項目2)
前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
前記ジスルフィド架橋が、前記重鎖可変ドメイン由来のC44と前記軽鎖可変ドメイン由来のC100との間に形成される、項目2に記載のポリペプチド。
(項目4)
前記重鎖可変ドメインが、可塑性リンカーを介して前記軽鎖可変ドメインに連結されている、項目1~3のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目5)
前記可塑性リンカーが(G4S)4を含む、項目4に記載のポリペプチド。
(項目6)
前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインのN末端またはC末端に位置する、項目1~5のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目7)
前記ヒンジがアミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む、項目1~6のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目8)
前記抗体定常ドメインが、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインまたはその一部を含む、項目1~7のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目9)
前記抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のCH2及びCH3ドメインを含む、項目8に記載のポリペプチド。
(項目10)
前記抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目9に記載のポリペプチド。
(項目11)
前記抗体定常ドメインが、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目10に記載のポリペプチド。
(項目12)
前記抗体定常ドメインが、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eからなる群より選択される1つ以上の置換によって異なる、項目11に記載のポリペプチド。
(項目13)
前記scFvがNKG2Dまたは腫瘍関連抗原に結合する、項目1~12のいずれか1項に記載のポリペプチド。
(項目14)
前記scFvがNKG2Dに結合し、かつ前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、配列番号94、配列番号1、配列番号44、配列番号52、配列番号60、配列番号62、配列番号70、配列番号78、配列番号86、配列番号102、配列番号322、配列番号325、配列番号328、配列番号331、配列番号334、及び配列番号337から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、項目13に記載のポリペプチド。
(項目15)
前記重鎖可変ドメインが配列番号94と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目16)
前記重鎖可変ドメインが配列番号322と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目17)
前記重鎖可変ドメインが配列番号325と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目18)
前記重鎖可変ドメインが配列番号328と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目19)
前記重鎖可変ドメインが配列番号331と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目20)
前記重鎖可変ドメインが配列番号334と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目21)
前記重鎖可変ドメインが配列番号337と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目22)
前記重鎖可変ドメインが配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号48と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目23)
前記重鎖可変ドメインが配列番号52と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号56と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目24)
前記重鎖可変ドメインが配列番号60と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目25)
前記重鎖可変ドメインが配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号66と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目26)
前記重鎖可変ドメインが配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号74と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目27)
前記重鎖可変ドメインが配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目28)
前記重鎖可変ドメインが配列番号86と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号90と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目29)
前記重鎖可変ドメインが配列番号102と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号106と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目14に記載のポリペプチド。
(項目30)
前記scFvがNKG2Dに結合し、かつ前記重鎖可変ドメインが配列番号110と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号111と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目13に記載のポリペプチド。
(項目31)
前記scFvがNKG2Dに結合し、かつ前記重鎖可変ドメインが配列番号112と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記軽鎖可変ドメインが配列番号113と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目13に記載のポリペプチド。
(項目32)
項目13に記載のポリペプチドであって、前記scFvが腫瘍関連抗原に結合し、前記腫瘍関連抗原が、ANO1、BCMA、EpCAM、CAIX、CEA、CCR4、CD2、CD123、CD133、CD19、CD20、CD22、CD25、CD30、CD33、CD37、CD38、CD40、CD52、CD70、CLAUDIN-18.2、DLL3、EGFR/ERBB1、GD2、IGF1R、HER2、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSMA、メソセリン、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、TROP2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、PD1、5T4、GPNMB、FR-アルファ、PAPP-A、FLT3、GPC3、CXCR4、ROR1、ROR2、HLA-E、PD-L1、VLA4、CD44、CD13、CD15、CD47、CLL1、CD81、CD23、CD79a、CD79b、CD80、CRLF2、SLAMF7、CD138、CA125、NaPi2b、ネクチン4、ADAM8、ADAM9、SLC44A4、CA19-9、LILRB1、LILRB2、LILRB3、LILRB4、LILRB5、LILRA1、LILRA2、LILRA3、LILRA4、LILRA5、及びLILRA6、CCR8、CD7、CTLA4、CX3CR1、ENTPD1、HAVCR2、IL-1R2、PDCD1LG2、TIGIT、TNFRSF4、TNFRSF8、TNFRSF9、GEM、NT5E、TNFRSF18、MUC1、P-カドヘリン、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、Axl、erbB-3、EDNRB、Tyrp1、CD14、CD163、CSF3 R、Siglec-9、ITGAM、VISTA、B7-H4(VTCN1)、CCR1、LRRC25、PTAFR、SIRPB1、TLR2、TLR4、CD300LB、ATP1A3、CCR5、MUC1(またはMUC1-C)、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、AXL、EDNRB、OLR1、及びTYRP1からなる群より選択される、前記ポリペプチド。
(項目33)
先行項目のいずれか1つに記載のscFvを含むタンパク質。
(項目34)
以下を含むタンパク質であって:
(a)項目1~32のいずれか1項に記載のポリペプチドを含む、第1の抗原結合部位と;
(b)第2の抗原結合部位と;
(c)第2の抗体定常ドメインと、を含む前記タンパク質。
(項目35)
前記第1の抗原結合部位がNKG2Dに結合し、かつ前記第2の抗原結合部位が腫瘍関連抗原に結合する、項目34に記載のタンパク質。
(項目36)
前記第1の抗原結合部位が腫瘍関連抗原に結合し、かつ前記第2の抗原結合部位がNKG2Dに結合する、項目34に記載のタンパク質。
(項目37)
前記第2の抗原結合部位がscFvまたはFabを含む、項目34~36のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目38)
前記第2の抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のヒンジ及びCH2ドメインを含む、項目34~37のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目39)
前記第2の抗体定常ドメインが、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目34~38のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目40)
前記第2の抗体定常ドメインが、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目39に記載のタンパク質。
(項目41)
以下を含むタンパク質であって:
(a) 腫瘍関連抗原と結合する第1の抗原結合部位と;
(b) 前記第1の抗原結合部位と同じ腫瘍関連抗原に結合する第2の抗原結合部位と;
(c) NKG2Dと結合する第3の抗原結合部位と;
(d) CD16と結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16
に結合する第4の抗原結合部位と、を含む前記タンパク質。
(項目42)
前記第1の抗原結合部位が、scFvまたはFabを含む、項目41に記載のタンパク質。
(項目43)
前記第2の抗原結合部位がscFvまたはFabを含む、項目41または42に記載のタンパク質。
(項目44)
前記第3の抗原結合部位がscFvまたはFabを含む、項目41~43のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目45)
前記腫瘍関連抗原が、ANO1、BCMA、EpCAM、CAIX、CEA、CCR4、CD2、CD123、CD133、CD19、CD20、CD22、CD25、CD30、CD33、CD37、CD38、CD40、CD52、CD70、CLAUDIN-18.2、DLL3、EGFR/ERBB1、GD2、IGF1R、HER2、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSMA、メソセリン、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、TROP2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、PD1、5T4、GPNMB、FR-アルファ、PAPP-A、FLT3、GPC3、CXCR4、ROR1、ROR2、HLA-E、PD-L1、VLA4、CD44、CD13、CD15、CD47、CLL1、CD81、CD23、CD79a、CD79b、CD80、CRLF2、SLAMF7、CD138、CA125、NaPi2b、ネクチン4、ADAM8、ADAM9、SLC44A4、CA19-9、LILRB1、LILRB2、LILRB3、LILRB4、LILRB5、LILRA1、LILRA2、LILRA3、LILRA4、LILRA5、及びLILRA6、CCR8、CD7、CTLA4、CX3CR1、ENTPD1、HAVCR2、IL-1R2、PDCD1LG2、TIGIT、TNFRSF4、TNFSF8、TNFRSF9、GEM、NT5E、TNFRSF18、MUC1、P-カドヘリン、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、Axl、erbB-3、EDNRB、Tyrp1、CD14、CD163、CSF3R、Siglec-9、ITGAM、VISTA、B7-H4(VTCN1)、CCR1、LRRC25、PTAFR、SIRPB1、TLR2、TLR4、CD300LB、ATP1A3、CCR5、MUC1(またはMUC1-C)、プレキシン-A1、TNFRSF10B、STERAP1、CDCP1、PTK7、AXL、EDNRB、OLR1、及びTYRP1からなる群より選択される、項目41~44のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目46)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号94、配列番号1、配列番号44、配列番号52、配列番号60、配列番号62、配列番号70、配列番号78、配列番号86、配列番号102、配列番号322、配列番号325、配列番号328、配列番号331、配列番号334、及び配列番号337から選択される配列と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、項目41~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目47)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号94と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目48)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号322と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目49)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号325と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目50)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号328と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目51)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号331と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目52)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号334と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目53)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号337と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目54)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号48と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目55)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号52と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号56と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目56)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号60と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目57)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号66と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目58)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号74と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目59)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目60)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号86と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号90と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目61)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号102と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号106と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目46に記載のタンパク質。
(項目62)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号110と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号111と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目41~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目63)
前記第3の抗原結合部位が、配列番号112と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号113と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目41~45のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目64)
CD16に結合するのに十分な抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のヒンジ及びCH2ドメインを含む、項目41~63のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目65)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、項目64に記載のタンパク質。
(項目66)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目65に記載のタンパク質。
(項目67)
以下を含むタンパク質であって:
(a)NKG2Dに結合する抗原結合部位と、
(b)抗原結合T細胞受容体(TCR)フラグメントと、
(c)CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する追加の抗原結合部位と、を含む前記タンパク質。
(項目68)
前記抗原結合部位がFabフラグメントであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメントが一本鎖TCR(scTCR)フラグメントである、項目67に記載のタンパク質。
(項目69)
前記scTCRフラグメントが、Ala-Serを含むヒンジを介して前記抗体定常領域のポリペプチド鎖に連結されている、項目68に記載のタンパク質。
(項目70)
前記抗原結合部位がscFvであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメントが細胞外TCRフラグメントである、項目67に記載のタンパク質。
(項目71)
前記scFvが、Ala-Serを含むヒンジを介して前記抗体定常領域のポリペプチド鎖に連結されている、項目70に記載のタンパク質。
(項目72)
前記ヒンジがアミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む、項目69または71に記載のタンパク質。
(項目73)
前記抗原結合部位がFabフラグメントであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメントが細胞外TCRフラグメントである、項目67に記載のタンパク質。
(項目74)
前記抗原結合TCRフラグメントと同じ抗原に結合する追加の抗原結合TCRフラグメントをさらに含む、項目67に記載のタンパク質。
(項目75)
前記抗原結合部位がscFvであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメント及び前記追加の抗原結合TCRフラグメントが細胞外TCRフラグメントである、項目74に記載のタンパク質。
(項目76)
前記抗原結合部位がscFvであり、かつ前記抗原結合TCRフラグメント及び前記追加の抗原結合TCRフラグメントがscTCRフラグメントである、項目74に記載のタンパク質。
(項目77)
前記scFvが、可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結された重鎖可変ドメインを含む、項目70~72及び75~76のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目78)
前記可塑性リンカーが(G4S)4を含む、項目77に記載のタンパク質。
(項目79)
前記scFvが、軽鎖可変ドメインの前記N末端または前記C末端に位置する重鎖可変ドメインを含む、項目70~72及び75~78のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目80)
前記抗原結合部位が重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含み、前記重鎖可変ドメインが前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、項目67~79のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目81)
前記ジスルフィド架橋が、Kabat番号付けの下で定義される位置で、前記重鎖可変ドメインの位置44のCysと前記軽鎖可変ドメインの位置100のCysとの間に形成される、項目80に記載のタンパク質。
(項目82)
前記抗原結合部位がヒトのNKG2Dに結合する、項目67~81のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目83)
前記抗原結合部位が、配列番号94、配列番号1、配列番号44、配列番号52、配列番号60、配列番号62、配列番号70、配列番号78、配列番号86、配列番号102、配列番号322、配列番号325、配列番号328、配列番号331、配列番号334、及び配列番号337から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%同一である重鎖可変ドメインを含む、項目67~82のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目84)
前記抗原結合部位が、配列番号94と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目85)
前記抗原結合部位が、配列番号322と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目86)
前記抗原結合部位が、配列番号325と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目87)
前記抗原結合部位が、配列番号328と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目88)
前記抗原結合部位が、配列番号331と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目89)
前記抗原結合部位が、配列番号334と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目90)
前記抗原結合部位が、配列番号337と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目91)
前記抗原結合部位が、配列番号44と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号48と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目92)
前記抗原結合部位が、配列番号52と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号56と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目93)
前記抗原結合部位が、配列番号60と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号61と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目94)
前記抗原結合部位が、配列番号62と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号66と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目95)
前記抗原結合部位が、配列番号70と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号74と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目96)
前記抗原結合部位が、配列番号78と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号82と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目97)
前記抗原結合部位が、配列番号86と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号90と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目98)
前記抗原結合部位が、配列番号102と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号106と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目83に記載のタンパク質。
(項目99)
前記抗原結合部位が、配列番号110と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号111と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目67~82のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目100)
前記抗原結合部位が、配列番号112と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号113と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、項目67~82のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目101)
前記抗原結合TCRフラグメントが、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)によって提示される腫瘍関連抗原由来のペプチドに結合する、項目67~100のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目102)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号425のアミノ酸配列を有するELAVL4ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号351と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメイン、及び配列番号352と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目103)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号426のアミノ酸配列を有するインスリンペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号357と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号358と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目104)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号340のアミノ酸配列を有するTERTペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号363と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号364と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目105)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02によって提示される配列番号341のアミノ酸配列を有するERBB2ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号430と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号431と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目106)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02によって提示される配列番号342のアミノ酸配列を有するWT1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号434と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号435と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目107)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A*02によって提示される配列番号342のアミノ酸配列を有するWT1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号438と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号439と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目108)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A1によって提示される配列番号343のアミノ酸配列を有するMAGE-A3ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号375と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号376と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目109)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号344のアミノ酸配列を有するMART1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号381と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号382と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目110)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号346のアミノ酸配列を有するBIRC5ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号442と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号443と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目111)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号346のアミノ酸配列を有するBIRC5ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号444と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号445と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目112)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号395と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号396と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目113)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号401と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号402と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目114)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号407と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号408と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目115)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号413と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号414と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目116)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号418と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号414と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目117)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドに結合し、前記抗原結合TCRフラグメントが、配列番号421と少なくとも90%同一であるアルファ鎖可変ドメインと、配列番号422と少なくとも90%同一であるベータ鎖可変ドメインとを含む、項目101に記載のタンパク質。
(項目118)
前記抗原結合TCRフラグメントが、HLA-A2によって提示される配列番号345のアミノ酸配列を有するSSX2ペプチドに結合する、項目101に記載のタンパク質。(項目119)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のヒンジ及びCH2ドメインを含む、項目67~118のいずれか1項に記載のタンパク質。
(項目120)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、項目119に記載のタンパク質。
(項目121)
CD16に結合するのに十分な前記抗体定常領域またはその部分が、前記ヒトIgG1のFcドメインと少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置で異なる、項目120に記載のタンパク質。
(項目122)
項目33~121のいずれか1項によるタンパク質と、薬学的に許容される担体と、を含む、製剤。
(項目123)
項目33~121のいずれか1項に記載のタンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む細胞。
(項目124)
腫瘍細胞死を増強する方法であって、腫瘍及びナチュラルキラー細胞を項目33~121のいずれか1項に記載のタンパク質に曝すことを含む、方法。
(項目125)
項目33~121のいずれか1項に記載のタンパク質または項目122に記載の製剤を患者に投与することを含む、がんを治療する方法。
(項目126)
前記がんが、急性骨髄性白血病、急性骨髄単球性白血病、B細胞リンパ腫、膀胱癌、乳癌、大腸癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、食道癌、ユーイング肉腫、濾胞性リンパ腫、胃癌、消化管癌、消化管間質性腫瘍、膠芽腫、頭頸部癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、腎細胞癌、神経芽腫、非小細胞肺癌、神経内分泌腫瘍、卵巣癌、及び膵臓癌、前立腺癌、肉腫、小細胞肺癌、T細胞リンパ腫、精巣癌、胸腺癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、骨髄由来のサプレッサー細胞によって浸潤されたがん、細胞外マトリックス沈着を伴うがん、高レベルの反応性間質を伴うがん、及び血管新生を伴うがんからなる群より選択される、項目125に記載の方法。
本発明は、ヒンジ配列を介して抗体定常ドメインに連結されている一本鎖可変フラグメント(scFv)の改善を提供する。このヒンジ配列は、抗原に結合するscFvの可塑性を提供する。本発明はまた、1つ以上のscFvを含む多重特異性結合タンパク質を提供し、ここで、この多重特異性結合タンパク質は、ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体、ならびに腫瘍関連抗原に結合する。本発明はまた、同じ腫瘍関連抗原に結合する2つの腫瘍関連抗原結合部位を含み、かつナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体に結合する、多重特異性結合タンパク質も提供する。そのような多重特異性結合タンパク質を含む医薬組成物、ならびにがんの治療などの目的のための、そのような多重特異性結合タンパク質及び医薬組成物を使用する治療方法も提供される。本発明の様々な態様を以下のセクションにおいて記載するが、1つの特定のセクションに記載された本発明の態様は、任意の特定のセクションに限定されるものではない。
本発明の理解を容易にするために、多数の用語及び語句を以下に定義する。
本明細書で使用される用語「ある、1つの(a)」及び「ある、1つの(an)」は、文脈が不適切でない限り、「1つ以上」を意味し、複数を含む。
本明細書で使用される場合、「対象」及び「患者」という用語は、本明細書に記載の方法及び組成物によって治療される生物体を指す。そのような生物体としては好ましくは、哺乳動物(例えば、マウス、サル、ウマ、ウシ、ブタ、イヌ、ネコなど)が含まれるがこれらに限定されず、より好ましくは、ヒトが含まれる。
本明細書で使用される場合、「抗原結合部位」という用語は、抗原結合に関与する免疫グロブリン分子の部分を指す。ヒト抗体において、抗原結合部位は、重鎖(「H」)及び軽鎖(「L」)のN末端可変(「V」)領域のアミノ酸残基によって形成される。重鎖及び軽鎖のV領域内の3つの高度に相違するストレッチは、「超可変領域」と称され、これは「フレームワーク領域」、または「FR」として知られているより保存された隣接のストレッチの間に挟まれている。よって、用語「FR」は、免疫グロブリンにおける超可変領域の間にそれらに隣接して天然に見られるアミノ酸配列を指す。ヒト抗体分子において、軽鎖の3つの超可変領域及び重鎖の3つの超可変領域は、三次元空間で互いに相対的に配置されて抗原結合表面を形成する。抗原結合表面は、結合した抗原の三次元表面に対して相補的であり、重鎖及び軽鎖の各々の3つの超可変領域は、「相補性決定領域」、または「CDR」と称される。ラクダ及び軟骨魚類などの所定の動物では、抗原結合部位は、「単一ドメイン抗体」を提供する単一抗体鎖によって形成される。抗原結合部位は、インタクトな抗体において、抗原結合表面を保持する抗体の抗原結合フラグメントにおいて、またはscFvなどの組換えポリペプチドにおいて、単一ポリペプチド中で重鎖可変ドメインを軽鎖可変ドメインに連結するためのペプチドリンカーを使用して、存在し得る。
本明細書で使用される場合、「抗原結合T細胞受容体フラグメント」及び「抗原結合TCRフラグメント」という用語は、交換可能に使用され、同族抗原に結合するT細胞受容体(TCR)の一部を指す。ヒトαβTCRでは、抗原結合TCRフラグメントは、アルファ鎖可変ドメイン(Vα)及びベータ鎖可変ドメイン(Vβ)を含み、それぞれが3つの相補性決定領域(CDR)を含む。CDR3α及びCDR3βという名前の超可変ループは、抗原ペプチドを結合するための中心的な位置を占める。生殖細胞系列にコードされたCDR1α、CDR2α、CDR1β、及びCDR2βループは、抗原ペプチドを提示するMHCと最も接触する。ヒトγδTCRでは、抗原結合TCRフラグメントは、ガンマ鎖可変ドメイン(Vγ)及びデルタ鎖可変ドメイン(Vδ)を含み、それぞれが3つのCDRを含む。ヒトγδTCRは、MHC又はMHC関連分子(例えば、CD1、内皮プロテインC受容体(EPCR)、またはMHCクラスIポリペプチド関連配列A(MICA))によって提示された抗原(例えば、ペプチドまたは脂質)を認識する。F1-ATPaseなどの他のタンパク質もγδTCRに抗原を提示し得ることが理解されている。抗原結合TCRフラグメントは、インタクトなTCRに、ジスルフィド結合によって連結されたTCR鎖を有する操作されたTCRに、抗原結合表面を保持するインタクトであるか、もしくは操作されたTCRの抗原結合フラグメントに、または単一のポリペプチド内のペプチドリンカーによって接続されたTCRの可変ドメイン(例えば、Vα及びVβ)を有する組換えポリペプチドに存在し得る。抗原結合TCRフラグメントの非限定的な例としては、可変ドメイン(例えば、Vα及びVβ)及び定常ドメイン(例えば、Cα及びCβ)を含むが、TCRの接続領域、膜貫通領域、及び細胞質領域を欠く、本明細書で「細胞外TCRフラグメント」と呼ばれる,TCRフラグメント、ならびに本明細書で「一本鎖TCR(scTCR)フラグメント」と呼ばれる、ペプチドリンカーによって接続されたTCRの可変領域(例えば、Vα及びVβ)が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「有効量」という用語は、有益なまたは所望の結果を達成するのに十分な量の化合物(例えば、本発明の化合物)を指す。有効量とは、1回以上の投与、適用または投薬量で投与され得、特定の製剤または投与経路に限定されるものであるとは意図されていない。本明細書で使用される場合、「治療する」という用語は、任意の効果、例えば、病態、疾患、障害などの改善をもたらす、軽減、減少、調節、改良もしくは除去、またはそれらの症状の改良を含む。
本明細書で使用される場合、「医薬組成物」という用語は、活性剤と不活性または活性の担体との組み合わせであって、組成物をin vivoまたはex vivoでの診断的または治療的使用に特に好適なものとするものを指す。
本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容可能な担体」は、リン酸緩衝生理食塩水溶液、水、エマルジョン(例えば、油/水または水/油エマルジョンなど)、及び様々な種類の湿潤剤などの標準的な薬学的担体のいずれかを指す。組成物はまた、安定剤及び防腐剤を含み得る。担体、安定剤及びアジュバントの例については、例えば、Martin,Remington’s Pharmaceutical Sciences,15th Ed.,Mack Publ.Co.,Easton,PA[1975]を参照されたい。
本明細書を通して、組成物が、特定の成分を有するか、含むか、もしくはそれらから構成されるものとして記載されている場合、またはプロセス及び方法が、特定の工程を有するか、含むか、もしくはそれらから構成されるものとして記載されている場合、追加的に、記述された成分から本質的になるか、またはそれらからなる本発明の化合物があること、及び記述された処理工程から本質的になるか、またはそれらからなる本発明によるプロセス及び方法があることが企図されている。
一般事項として、パーセンテージを明記している組成物は、別段に明記しない限り、重量による。さらに、可変要素に定義が伴っていないのであれば、その可変要素の以前の定義が優先する。
I.タンパク質
本発明は、ヒンジ配列を介して抗体定常ドメインに連結されている一本鎖可変フラグメント(scFv)の改良を提供する。いくつかの実施形態では、このヒンジは、アミノ酸Ala-Serを含む。いくつかの他の実施形態では、このヒンジは、アミノ酸Ala-Ser及びThr-Lys-Glyを含む。このscFvは、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態では、このscFvは、NKG2Dまたは腫瘍関連抗原に結合する。ヒンジ配列は、標的抗原に結合するscFvの可塑性を提供する。
本発明は、ヒンジ配列を介して抗体定常ドメインに連結されている一本鎖可変フラグメント(scFv)の改良を提供する。いくつかの実施形態では、このヒンジは、アミノ酸Ala-Serを含む。いくつかの他の実施形態では、このヒンジは、アミノ酸Ala-Ser及びThr-Lys-Glyを含む。このscFvは、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態では、このscFvは、NKG2Dまたは腫瘍関連抗原に結合する。ヒンジ配列は、標的抗原に結合するscFvの可塑性を提供する。
scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成して、scFvの安定性を増強する。例えば、ジスルフィド架橋は、重鎖可変ドメインのC44残基と軽鎖可変ドメインのC100残基との間に形成され得る。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、可塑性リンカーを介して軽鎖可変ドメインに連結されている。任意の適切なリンカー、例えば、(G4S)4リンカーを使用してもよい。scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのN末端に配置されている。scFvのいくつかの実施形態では、重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインのC末端に配置されている。
いくつかの実施形態では、scFvに連結された抗体定常ドメインは、CD16に結合する任意の種の抗体の定常領域に由来し得る。いくつかの実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ヒトIgG1定常領域、IgG2定常領域、IgG3定常領域、またはIgG4定常領域などのヒト抗体定常領域と少なくとも90%同一である。いくつかの他の実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ウサギ、イヌ、ネコ、マウス、またはウマなどの別の哺乳動物に由来する抗体定常領域と少なくとも90%同一である。いくつかの実施形態では、抗体定常領域は、ヒンジ、CH2ドメイン、CH3ドメイン、及び任意選択でCH1ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ヒンジ、CH2ドメイン、CH3ドメイン、及び任意選択でCH1ドメインを含む抗体定常領域は、ヒトIgG1抗体に由来する。いくつかの実施形態では、抗体定常領域は、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。
Fcドメイン内では、CD16の結合は、ヒンジ領域及びCH2ドメインによって媒介される。例えば、ヒトIgG1内では、CD16との相互作用は、主に、アミノ酸残基Asp265~Glu269、Asn297~Thr299、Ala327~Ile332、Leu234~Ser239、及びCH2ドメイン内の炭水化物残基N-アセチル-D-グルコサミンに焦点が当てられている(Sondermann et al,Nature,406(6793):267-273を参照されたい)。公知のドメインに基づいて、変異は、ファージ提示ライブラリーもしくは酵母表面提示cDNAライブラリーなどを使用することによってCD16に対する結合親和性を増進または低減するように選択されてもよいし、または相互作用の公知の三次元構造に基づいて設計され得る。
いくつかの実施形態では、抗体定常ドメインは、IgG抗体、例えば、ヒトIgG1抗体のCH2ドメイン及びCH3ドメインを含む。いくつかの実施形態では、変異を抗体定常ドメインに導入して、別の抗体定常ドメインとのヘテロ二量体化を可能にする。例えば、抗体定常ドメインがヒトIgG1の定常ドメインに由来する場合、その抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、及びK439からなる群より選択された1つ以上の位置で異なる。いくつかの実施形態では、抗体定常ドメインは、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み得、かつQ347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eからなる群より選択される1つ以上の置換によって異なる。
以下に列挙されているのは、2つのポリペプチド鎖のヘテロ二量体化を可能にする変異も含む抗体定常領域に連結されたscFvの例である。例として、トラスツズマブの重鎖可変ドメイン(VH)と軽鎖可変ドメイン(VL)を含むscFvを使用する。各配列は、ヘテロ二量体化変異を含むVL-(G4S)4-VH-ヒンジ(AS)-Fcを表す(下線付き)。VL及びVHには、44VH-100VL SS架橋(下線付き)が含まれており、任意の腫瘍標的化抗体またはNKG2D結合抗体に由来し得る。Ala-Ser(AS、下線付き)は、可塑性と最適な形状とのバランスをとるために、エルボーヒンジ領域の配列に含まれている。所定の実施形態では、追加の配列Thr-Lys-Glyは、ヒンジでAS配列に追加され得る。(G4S)4リンカーは、以下の段落に列挙されている配列で下線が引かれている。
トラスツズマブ-scFv-FcA1及びトラスツズマブ-scFv-Fc B1は、優先的に対になり、ヘテロダイマーを形成する。トラスツズマブ-scFv-FcA2及びトラスツズマブ-scFv-Fc B2は、優先的に対になり、ヘテロダイマーを形成し得る。
トラスツズマブ-scFv-Fc A1
(配列番号303)
トラスツズマブ-scFv-Fc B1
(配列番号304)
トラスツズマブ-scFv-Fc A2
(配列番号305)
トラスツズマブ-scFv-Fc B2
(配列番号306)
トラスツズマブ-scFv-Fc A1
トラスツズマブ-scFv-Fc B1
トラスツズマブ-scFv-Fc A2
トラスツズマブ-scFv-Fc B2
別の態様では、本発明は、上記の抗体定常領域に連結されたscFvを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、このタンパク質は、抗体定常ドメインに連結されたscFvを含む第1の抗原結合部位、FabまたはscFvフォーマットをとり得る第2の抗原結合部位、及び第2の抗原結合部位に連結された第2の抗体定常ドメインを含む。いくつかの実施形態では、このタンパク質は多重特異性であり、第1の抗原結合部位はNKG2Dに結合し、Fabの形態の第2の抗原結合部位は腫瘍関連抗原に結合し、そして抗体定常領域は、CD16に結合する(図1Bに示すように、本明細書でF3-TriNKETと呼ばれる)。いくつかの他の実施形態では、タンパク質は多重特異性であり、ここで第1の抗原結合部位は腫瘍関連抗原に結合し、第2の抗原結合部位はFabの形態でNKG2Dに結合し、抗体定常領域はCD16に結合する(図1Aに示すように、本明細書でF3’-TriNKETと呼ばれる)。scFvに連結された抗体定常領域は、本明細書に記載のタンパク質の第2の抗原結合部位の抗体定常領域とヘテロ二量体化する。本明細書に記載のscFvを含む多重特異性結合タンパク質は、図1A~図1Cに示すように様々なフォーマットをとり得る。
多重特異性結合タンパク質は、NK細胞、γδ T細胞及びCD8+αβ T細胞を含み得るがこれらに限定されないNKG2D受容体発現細胞に結合し得る。NKG2D結合時に、多重特異性結合タンパク質は、ULBP6及びMICAなどの天然リガンドがNKG2Dに結合してNKG2D受容体を活性化することを阻止し得る。
多重特異性結合タンパク質は、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、マスト細胞、及び濾胞樹状細胞を含む白血球の表面上のFc受容体であるCD16を発現する細胞に結合する。
ナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体、ならびにがん細胞上の腫瘍関連抗原に対する結合の際、多重特異性結合タンパク質のタンパク質は、複数の種類のNK活性化受容体と結合し得、ナチュラルリガンドのNKG2Dへの結合をブロックし得る。所定の実施形態では、このタンパク質は、ヒトのNK細胞を作動し得る。いくつかの実施形態では、そのタンパク質は、ヒトにおいて、ならびにげっ歯類及びカニクイザルなどの他の種において、NK細胞を作動し得る。
本発明の所定の実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、腫瘍関連抗原に結合する第1の抗原結合部位と、第1の抗原結合部位と同じ腫瘍関連抗原に結合する第2の抗原結合部位と、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位と、CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する第4の抗原結合部位を含む。抗原結合部位のいずれか1つは、FabまたはscFvのいずれかの形態をとり得る。例示的なフォーマットが図2B~図2Cに示されている。scFvのVH-VL及びVL-VH配向の両方が、本開示の実施形態である。
所定の実施形態では、同じ腫瘍関連抗原に結合する第1の抗原結合部位または第2の抗原結合部位は、scFvであり、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位は、scFvである。所定の実施形態では、同じ腫瘍関連抗原に結合する第1の抗原結合部位及び第2の抗原結合部位は、それぞれscFvであり、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位はscFvである。所定の実施形態では、同じ腫瘍関連抗原に結合する第1の抗原結合部位または第2の抗原結合部位はFabであり、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位はscFvである。所定の実施形態では、同じ腫瘍関連抗原に結合する第1の抗原結合部位及び第2の抗原結合部位はそれぞれFabであり、かつNKG2Dに結合する第3の抗原結合部位はscFvである。所定の実施形態では、本開示のF4-TrinKETの第1の抗原結合部位及び第2の抗原結合部位は、同一のアミノ酸配列を有する。
他の実施形態では、本明細書に開示の多重特異性結合タンパク質は、腫瘍関連抗原に結合する第1の抗原結合部位と、異なる抗原に結合する第2の抗原結合部位と、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位と、CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する第4の抗原結合部位とを含む。抗原結合部位のいずれか1つは、FabまたはscFvのいずれかの形をとり得る(VH-VLまたはVL-VH配向のいずれかで)。所定の実施形態では、2つの異なる抗原に結合する第1の抗原結合部位または第2の抗原結合部位は、scFvであり、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位は、scFvである。所定の実施形態では、2つの異なる抗原に結合する第1の抗原結合部位及び第2の抗原結合部位はそれぞれscFvであり、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位はscFvである。所定の実施形態では、2つの異なる抗原に結合する第1の抗原結合部位または第2の抗原結合部位はFabであり、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位はscFvである。所定の実施形態では、2つの異なる抗原に結合する第1の抗原結合部位及び第2の抗原結合部位はそれぞれFabであり、NKG2Dに結合する第3の抗原結合部位はscFvである。
所定の実施形態では、本明細書で提供される多重特異性結合タンパク質(本明細書ではF4-TriNKETと呼ばれる)は、腫瘍関連抗原の二価係合を提供し、それにより、がん細胞表面上の腫瘍関連抗原を安定化及び維持し、NK細胞によるがん細胞に対する細胞毒性を増強する。いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質による腫瘍関連抗原の二価係合は、がん細胞への多重特異性結合タンパク質のより高い結合力を付与し、それにより、NK細胞からがん細胞へ、特に低レベルの腫瘍関連抗原を発現するがん細胞へのより強い細胞毒性応答を促進する。
本発明はまた、(a)NKG2Dに結合する抗原結合部位、(b)抗原結合TCRフラグメント、及び(c)CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する追加の抗原結合部位を含む多重特異性結合タンパク質も提供する。所定の実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、MHCによって提示される腫瘍関連抗原(TAA)由来のペプチド、例えば、ヒト白血球抗原(HLA)によって提示されるヒト腫瘍関連抗原由来のペプチドに結合する。エレメント(b)は、細胞外TCRフラグメントまたはscTCRフラグメントなどの様々なフォーマット(例えば、可溶性フォーマット)で存在し得る。エレメント(a)及び(c)は、様々なフォーマットで存在してもよく、及び/または上記に開示される様々な突然変異を含んでもよい。例えば、所定の実施形態では、エレメント(c)は、CD16に結合するのに十分な抗体定常領域またはその一部であり、この抗体定常領域またはその一部は、(i)NKG2Dに結合する抗原結合部位に連結された第1の抗体定常ドメイン、及び(ii)抗原結合TCRフラグメントに連結された第2の抗体定常ドメインを含んでおり、ここで、この第1及び第2の抗体定常ドメインはヘテロ二量体化し得る。
所定の実施形態では、抗原結合部位はFabフラグメントであり、抗原結合TCRフラグメントはscTCRフラグメントである。そのNKG2D結合部分がFabであり、そのTAA結合部分が一本鎖のペプチドリンカーによって連結された可変ドメインを含むとすると(抗体定常ドメインと連結されたscFvを含む第1の抗原結合部位を含む多重特異性結合タンパク質;Fabの形態をとる第2の抗原結合部位;及び第2の抗原結合部位に連結された第2の抗体定常ドメイン(第1の抗原結合部位が腫瘍関連抗原に結合し、第2の抗原結合部位がNKG2Dに結合し、抗体定常領域はCD16に結合する)と同様に)、この多重特異性結合タンパク質のフォーマットは、図1Aに示すように、本明細書ではF3’-TriNKETとも呼ばれる。
所定の実施形態では、抗原結合部位はscFvであり、抗原結合TCRフラグメントは細胞外TCRフラグメントである。そのNKG2D結合部分がscFvであり、そのTAA結合部分が可変ドメインと定常ドメインを含むとすると(抗体定常ドメインに結合したscFvを含む第1の抗原結合部位を含む多重特異性結合タンパク質;Fabの形態をとる第2の抗原結合部位;ならびに第2の抗原結合部位に連結された第2の抗体定常ドメイン(第1の抗原結合部位がNKG2Dに結合し、第2の抗原結合部位が腫瘍関連抗原に結合し、及びこの抗体定常領域はCD16に結合する)と同様)、この多重特異性結合タンパク質のフォーマットは、図1Bに示すように、本明細書ではF3-TriNKETとも呼ばれる。
所定の実施形態では、この抗原結合部位は、scFvであり、この抗原結合TCRフラグメントは、scTCRフラグメントである。そのようなフォーマットが図1Cに示されている。所定の実施形態では、この抗原結合部位はFabであり、この抗原結合TCRフラグメントは細胞外TCRフラグメントである。そのようなフォーマットが図2Aに示されている。
所定の実施形態では、多重特異性結合タンパク質は、抗原(例えば、MHCによって提示されるTAAペプチド)に結合する第1の抗原結合TCRフラグメント;第1の抗原結合TCRフラグメントと同じ抗原に結合する第2の抗原結合TCRフラグメント;NKG2Dに結合する抗原結合部位;CD16に結合するのに十分な抗体定常領域もしくはその一部、またはCD16に結合する第4の抗原結合部位、を含む。あるいは、第1の抗原結合TCRフラグメント及び第2の抗原結合TCRフラグメントは、同じまたは異なるMHCによって提示される2つの異なるTAAペプチドに結合し得ると考えられる。この抗原結合部位のいずれか1つは、FabまたはscFvのいずれの形態をとってもよい。第1及び第2の抗原結合TCRフラグメントは、細胞外TCRフラグメントまたはscTCRフラグメントのいずれの形態をとってもよい。抗原(例えば、MHCによって提示されるTAAペプチド)の二価の係合を提供する例示的なフォーマットは、本明細書ではF4-TriNKETと呼ばれ、図2B~図2Cに示されている。
所定の実施形態では、本開示のF4-TrinKETの第1の抗原結合TCRフラグメント及び第2の抗原結合TCRフラグメントは、同じMHCによって提示される同じTAAペプチドに結合する。所定の実施形態では、この第1の抗原結合TCRフラグメントまたは第2の抗原結合TCRフラグメントは、scFvである。所定の実施形態では、この第1の抗原結合TCRフラグメント及び第2の抗原結合TCRフラグメントは、それぞれ、scFvである。所定の実施形態では、この第1の抗原結合TCRフラグメントまたは第2の抗原結合TCRフラグメントは、Fabである。所定の実施形態では、この第1の抗原結合TCRフラグメント及び第2の抗原結合TCRフラグメントは、それぞれFabである。
ここに示す抗原結合性TCRフラグメントを有するF4-TriNKETは、抗原(例えば、MHCによって提示されるTAAペプチド)の二価の係合を提供し、それによりがん細胞の表面上のTAAペプチドを安定化し、維持し、かつNK細胞によるがん細胞に対する細胞傷害性を増強する。いくつかの実施形態では、多重特異性結合タンパク質によるTAAペプチドの二価係合は、がん細胞への多重特異性結合タンパク質のより高い結合力を付与し、それにより、NK細胞からがん細胞、特に低レベルのTAAペプチドを提示するがん細胞へのより強い細胞毒性応答を促進する。
本発明のタンパク質がscFvを含む場合、VHは、VLのC末端またはN末端のいずれかに配置され得ることが理解される。同様に、本発明のタンパク質がscTCRフラグメントを含む場合、Vαは、VβのC末端またはN末端のいずれに配置されてもよい。
F3/F3’及びF4-TriNKETに組み込み得るNKG2D結合部位及び腫瘍関連抗原結合部位または抗原結合TCRフラグメントの例示的な配列を本明細書に列挙する。
NKG2D結合部位
表1は、NKG2Dに組み合わさって結合し得る、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのペプチド配列を列挙している。別段示されない限り、表1に提供されるCDR配列は、Kabatの下で決定されている。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは、Fabフォーマットで配置される。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは一緒に融合され、scFvを形成する。
表1は、NKG2Dに組み合わさって結合し得る、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのペプチド配列を列挙している。別段示されない限り、表1に提供されるCDR配列は、Kabatの下で決定されている。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは、Fabフォーマットで配置される。いくつかの実施形態では、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは一緒に融合され、scFvを形成する。
NKG2D結合ドメインは、NKG2Dへの結合親和性が異なり得るが、それでも、それらは全てがヒトNKG2D及びNK細胞を活性化する。
代替的に、配列番号110によって示される重鎖可変ドメインは、米国特許第9,273,136号に示されるように、NKG2Dに結合し得る抗原結合部位を形成するために配列番号111によって示される軽鎖可変ドメインと対を形成し得る。
配列番号110
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAFIRYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDRGLGDGTYFDYWGQGTTVTVSS
配列番号111
QSALTQPASVSGSPGQSITISCSGSSSNIGNNAVNWYQQLPGKAPKLLIYYDDLLPSGVSDRFSGSKSGTSAFLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLNGPVFGGGTKLTVL
配列番号110
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAFIRYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDRGLGDGTYFDYWGQGTTVTVSS
配列番号111
QSALTQPASVSGSPGQSITISCSGSSSNIGNNAVNWYQQLPGKAPKLLIYYDDLLPSGVSDRFSGSKSGTSAFLAISGLQSEDEADYYCAAWDDSLNGPVFGGGTKLTVL
代替的に、配列番号112に示される重鎖可変ドメインは、米国特許第7,879,985号に示されるように、NKG2Dに結合し得る抗原結合部位を形成するために配列番号113に示される軽鎖可変ドメインと対を形成し得る。
配列番号112
QVHLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSDDSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGHISYSGSANYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCANWDDAFNIWGQGTMVTVSS
配列番号113
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPWTFGQGTKVEIK
腫瘍関連抗原結合部位:
配列番号112
QVHLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSDDSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGHISYSGSANYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCANWDDAFNIWGQGTMVTVSS
配列番号113
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPWTFGQGTKVEIK
腫瘍関連抗原結合部位:
本明細書で使用される「腫瘍関連抗原」とは、がんに関連するタンパク質、糖タンパク質、ガングリオシド、炭水化物、脂質を含むがこれらに限定されない任意の抗原を意味する。そのような抗原は、悪性細胞上、または腫瘍関連血管、細胞外マトリックス、間葉間質、もしくは免疫浸潤物上などの腫瘍微小環境において発現され得る。例えば、腫瘍関連抗原としては、がん細胞で発現されるANO1、BCMA、EpCAM、CAIX、CEA、CCR4、CD2、CD123、CD133、CD19、CD20、CD22、CD25、CD30、CD33、CD37、CD38、CD40、CD52、CD70、CLAUDIN-18.2、DLL3、EGFR/ERBB1、GD2、IGF1R、HER2、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSMA、メソセリン、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、TROP2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、PD1、5T4、GPNMB、FR-アルファ、PAPP-A、FLT3、GPC3、CXCR4、ROR1、ROR2、HLA-E、PD-L1、VLA4、CD44、CD13、CD15、CD47、CLL1、CD81、CD23、CD79a、CD79b、CD80、CRLF2、SLAMF7、CD138、CA125、NaPi2b、Nectin4、ADAM8、ADAM9、SLC44A4、CA19-9、LILRB1、LILRB2、LILRB3、LILRB4、LILRB5、LILRA1、LILRA2、LILRA3、LILRA4、LILRA5、及びLILRA6、CCR8、CD7、CTLA4、CX3CR1、ENTPD1、HAVCR2、IL-1R2、PDCD1LG2、TIGIT、TNFRSF4、TNFRSF8、TNFRSF9、GEM、NT5E、TNFRSF18、MUC1、P-カドヘリン、Plexin-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、Axl、erbB-3、EDNRB、Tyrp1、CD14、CD163、CSF3R、Siglec-9、ITGAM、VISTA、B7-H4(VTCN1)、CCR1、LRRC25、PTAFR、SIRPB1、TLR2、TLR4、CD300LB、ATP1A3、CCR5、MUC1(またはMUC1-C)、Plexin-A1、TNFRSF10B、STEAP1、CDCP1、PTK7、AXL、EDNRB、OLR1、及びTYRP1が挙げられる。
腫瘍関連抗原結合部位は、任意の腫瘍関連抗原に結合するように開発され得る。いくつかの実施形態では、腫瘍関連抗原結合部位は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含み、これらは、対になって腫瘍関連抗原に結合し得る。いくつかの実施形態では、この重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは、Fabフォーマットで配置される。いくつかの実施形態では、この重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインは一緒に融合され、scFvを形成する。例示的な腫瘍関連抗原結合部位を以下に列挙する。
表2は、BCMAに組み合わさって結合し得る重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのペプチド配列を列挙している。
あるいは、BCMA結合ドメインは、以下のEM-801及びEM-901に列挙されているように、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含んでもよい。
EM-801重鎖可変ドメイン(配列番号157):
EM-801軽鎖可変ドメイン(配列番号158):
EM-901重鎖可変ドメイン(配列番号159)
EM-901軽鎖可変ドメイン(配列番号160)
EM-801重鎖可変ドメイン(配列番号157):
あるいは、BCMAに結合し得る新規の抗原結合部位は、配列番号156によって定義されるアミノ酸配列への結合についてスクリーニングすることによって特定され得る。
配列番号156
MLQMAGQCSQNEYFDSLLHACIPCQLRCSSNTPPLTCQRYCNASVTNSVKGTNAILWTCLGLSLIISLAVFVLMFLLRKINSEPLKDEFKNTGSGLLGMANIDLEKSRTGDEIILPRGLEYTVEECTCEDCIKSKPKVDSDHCFPLPAMEEGATILVTTKTNDYCKSLPAALSATEIEKSISAR
配列番号156
MLQMAGQCSQNEYFDSLLHACIPCQLRCSSNTPPLTCQRYCNASVTNSVKGTNAILWTCLGLSLIISLAVFVLMFLLRKINSEPLKDEFKNTGSGLLGMANIDLEKSRTGDEIILPRGLEYTVEECTCEDCIKSKPKVDSDHCFPLPAMEEGATILVTTKTNDYCKSLPAALSATEIEKSISAR
表3は、CD33に組み合わさって結合し得る重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのペプチド配列を列挙している。CD33結合ドメインは、CD33への結合親和性が異なってもよい。
あるいは、CD33に結合し得る新規の抗原結合部位は、配列番号273によって定義されるアミノ酸配列への結合についてスクリーニングすることによって特定され得る。
配列番号273
MPLLLLLPLLWAGALAMDPNFWLQVQESVTVQEGLCVLVPCTFFHPIPYYDKNSPVHGYWFREGAIISRDSPVATNKLDQEVQEETQGRFRLLGDPSRNNCSLSIVDARRRDNGSYFFRMERGSTKYSYKSPQLSVHVTDLTHRPKILIPGTLEPGHSKNLTCSVSWACEQGTPPIFSWLSAAPTSLGPRTTHSSVLIITPRPQDHGTNLTCQVKFAGAGVTTERTIQLNVTYVPQNPTTGIFPGDGSGKQETRAGVVHGAIGGAGVTALLALCLCLIFFIVKTHRRKAARTAVGRNDTHPTTGSASPKHQKKSKLHGPTETSSCSGAAPTVEMDEELHYASLNFHGMNPSKDTSTEYSEVRTQ
配列番号273
MPLLLLLPLLWAGALAMDPNFWLQVQESVTVQEGLCVLVPCTFFHPIPYYDKNSPVHGYWFREGAIISRDSPVATNKLDQEVQEETQGRFRLLGDPSRNNCSLSIVDARRRDNGSYFFRMERGSTKYSYKSPQLSVHVTDLTHRPKILIPGTLEPGHSKNLTCSVSWACEQGTPPIFSWLSAAPTSLGPRTTHSSVLIITPRPQDHGTNLTCQVKFAGAGVTTERTIQLNVTYVPQNPTTGIFPGDGSGKQETRAGVVHGAIGGAGVTALLALCLCLIFFIVKTHRRKAARTAVGRNDTHPTTGSASPKHQKKSKLHGPTETSSCSGAAPTVEMDEELHYASLNFHGMNPSKDTSTEYSEVRTQ
表4は、HER2に組み合わさって結合し得る重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのペプチド配列を列挙している。
あるいは、HER2に結合し得る新規な抗原結合部位は、配列番号298によって定義されるアミノ酸配列への結合についてスクリーニングすることによって特定され得る。
MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLALTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQCAAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACPYNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSANIQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLPDLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTVPWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQECVEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVGILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETELRKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCMQIAKGMSYLEDVRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFTHQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEGAGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYVNQPDVRPQPPSPREGPLPAARPAGATLERPKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQGGAAPQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV(配列番号298)。
MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLALTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQCAAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACPYNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSANIQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLPDLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTVPWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQECVEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVGILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETELRKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCMQIAKGMSYLEDVRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFTHQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEGAGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYVNQPDVRPQPPSPREGPLPAARPAGATLERPKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQGGAAPQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV(配列番号298)。
抗原結合TCRフラグメントは、MHCによって提示される腫瘍関連抗原ペプチドに結合するように開発され得る。いくつかの実施形態では、抗原結合TCRフラグメントは、アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメインを含み、これらは、MHCによって提示されるTAAペプチドに結合するために対になり得る。いくつかの実施形態では、アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメインは、細胞外TCRフラグメントフォーマットで配置される。いくつかの実施形態では、アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメインは一緒に融合され、scTCRフラグメントを形成する。
TCR標的化可能なTAAペプチドにプロセシングされ得るタンパク質の非限定的な例としては、組織分化抗原(例えば、MART-1、gp100、CEA、CD19、及びチロシナーゼ)、腫瘍生殖系列抗原(例えば、NY-ESO-1、MAGE-A1、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A12、MAGE-C2、BAGE1、GAGE1、CTAG1、CTAG2、XAGE-1B、及びSSX2)、がん細胞によって過剰発現される正常なタンパク質(例えば、hTERT、EGFR、ERBB2、WT1、MUC1、及びメソテリン)、ウイルスタンパク質(例えば、HPV、EBV、及びMCC)、及び腫瘍特異的に変異した抗原が挙げられる。例示的な腫瘍関連抗原結合部位を以下に列挙する。
表5には、TCR標的のペプチド配列ならびに対応するTCRアルファ鎖及びベータ鎖配列を列挙する。
抗体定常領域及びヘテロ二量体化
本発明に記載の抗体定常領域(Fcドメイン)は、CD16に結合する任意の種の抗体の定常領域に由来し得る。いくつかの実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ヒトIgG1定常領域、IgG2定常領域、IgG3定常領域、またはIgG4定常領域などのヒト抗体定常領域と少なくとも90%同一である。いくつかの他の実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ウサギ、イヌ、ネコ、マウス、またはウマなどの別の哺乳動物に由来する抗体定常領域と少なくとも90%同一である。いくつかの実施形態では、抗体定常領域は、ヒンジ、CH2ドメイン、CH3ドメイン、及び任意選択でCH1ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ヒンジ、CH2ドメイン、CH3ドメイン、及び任意選択でCH1ドメインを含む抗体定常領域は、ヒトIgG1抗体に由来する。いくつかの実施形態では、抗体定常領域は、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。
本発明に記載の抗体定常領域(Fcドメイン)は、CD16に結合する任意の種の抗体の定常領域に由来し得る。いくつかの実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ヒトIgG1定常領域、IgG2定常領域、IgG3定常領域、またはIgG4定常領域などのヒト抗体定常領域と少なくとも90%同一である。いくつかの他の実施形態では、定常領域のアミノ酸配列は、ウサギ、イヌ、ネコ、マウス、またはウマなどの別の哺乳動物に由来する抗体定常領域と少なくとも90%同一である。いくつかの実施形態では、抗体定常領域は、ヒンジ、CH2ドメイン、CH3ドメイン、及び任意選択でCH1ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ヒンジ、CH2ドメイン、CH3ドメイン、及び任意選択でCH1ドメインを含む抗体定常領域は、ヒトIgG1抗体に由来する。いくつかの実施形態では、抗体定常領域は、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む。
Fcドメイン内では、CD16の結合は、ヒンジ領域及びCH2ドメインによって媒介される。例えば、ヒトIgG1内では、CD16との相互作用は、主に、アミノ酸残基Asp265~Glu269、Asn297~Thr299、Ala327~Ile332、Leu234~Ser239、及びCH2ドメイン内の炭水化物残基N-アセチル-D-グルコサミンに焦点が当てられている(Sondermann et al,Nature,406(6793):267-273を参照されたい)。公知のドメインに基づいて、変異は、ファージ提示ライブラリーまたは酵母表面提示cDNAライブラリーを使用することなどによって、CD16に対する結合親和性を増進または低減するように選択されてもよいし、または相互作用の公知の三次元構造に基づいて設計されてもよい。
所定の実施形態では、ヒトIgG1定常領域のCH1に組み込まれ得る変異は、アミノ酸V125、F126、P127、T135、T139、A140、F170、P171、及び/またはV173にあり得る。所定の実施形態では、ヒトIgG1定常領域のCκに組み込まれ得る変異は、アミノ酸E123、F116、S176、V163、S174、及び/またはT164にあり得る。
ヘテロ二量体抗体重鎖のアセンブリは、同一細胞内で2つの異なる抗体重鎖配列を発現させることによって達成され得、これはヘテロ二量体のアセンブリだけでなく、各抗体重鎖のホモ二量体のアセンブリをもたらし得る。ヘテロ二量体の優先的なアセンブリを促進することは、US13/494870、US16/028850、US11/533709、US12/875015、US13/289934、US14/773418、US12/811207、US13/866756、US14/647480、及びUS14/830336に示されるように、各抗体定常領域のCH3ドメインにおいて異なる変異を組み込むことによって達成され得る。例えば、ヒトIgG1に基づいて、ならびに、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチド内のアミノ酸置換の異なる対(これらの2つの鎖が、互いに選択的にヘテロ二量体化することを可能にする)を組み込んでCH3ドメインに変異がなされ得る。以下に示されるアミノ酸置換の位置は全て、Kabatと同様にEUインデックスに従って番号付けされている。
1つのシナリオでは、第1のポリペプチドにおけるアミノ酸置換は、元のアミノ酸をアルギニン(R)、フェニルアラニン(F)、チロシン(Y)またはトリプトファン(W)から選択されるより大きなアミノ酸に置き換え、第2のポリペプチドにおける少なくとも1つのアミノ酸置換は、元のアミノ酸(複数可)をアラニン(A)、セリン(S)、スレオニン(T)、またはバリン(V)から選ばれるより小さなアミノ酸(複数可)に置き換えることで、より大きなアミノ酸置換(突起)がより小さなアミノ酸置換(空洞)の表面にフィットする。例えば、一方のポリペプチドは、T366W置換を組み込んでいてもよく、他方のポリペプチドは、T366S、L368A、及びY407Vを含む3つの置換を組み込んでいてもよい。
ヒトIgG1定常領域と比較して、例えば、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411及び/またはK439において1つ以上の変異が定常領域に組み込まれ得る。例示的な置換としては、例えば、Q347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、T350V、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、T394W、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eが挙げられる。
代替的に、アミノ酸置換は、表6に示される以下の置換のセットから選択され得る。
代替的に、アミノ酸置換は、表7に示される以下の置換のセットから選択され得る。
代替的に、アミノ酸置換は、表8に示される以下の置換のセットから選択され得る。
代替的に、各ポリペプチド鎖における少なくとも1つのアミノ酸置換は、表9から選択され得る。
代替的に、少なくとも1つのアミノ酸置換は、表10における以下の置換のセットから選択され得、ここで、第1ポリペプチドの列に示される位置(複数可)は、任意の公知の負に荷電したアミノ酸によって置き換えられ、第2のポリペプチドの列に示される位置(複数可)は、任意の既知の正に荷電したアミノ酸によって置き換えられる。
代替的に、少なくとも1つのアミノ酸置換は、表11における以下のセットから選択され得、ここで、第1ポリペプチドの列に示される位置(複数可)は、任意の既知の正に荷電したアミノ酸によって置き換えられ、第2のポリペプチドの列に示される位置(複数可)は、任意の既知の負に荷電したアミノ酸によって置き換えられる。
代替的に、アミノ酸置換は、表12に示される以下のセットから選択され得る。
代替的に、または加えて、第1または第2のポリペプチド鎖のいずれかにS354Cを導入し、対向するポリペプチド鎖にY349Cを導入して、2つのポリペプチドの界面内に人工的なジスルフィド架橋を形成することによって、ヘテロ多量体タンパク質の構造的安定性が増大され得る。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、位置T366でのIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、L368及びY407からなる群より選択される1つ以上の位置にあるIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、L368及びY407からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366位のIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、E357、K360、Q362、S364、L368、K370、T394、D401、F405、及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、E357、S364、L368、K370、T394、D401、F405及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、E357、S364、L368、K370、T394、D401、F405及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置においてIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、E357、K360、Q362、S364、L368、K370、T394、D401、F405、及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、D399、S400及びY407からなる群より選択される1つ以上の位置においてIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、N390、K392、K409及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366、N390、K392、K409及びT411からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、D399、S400及びY407からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347、Y349、K360、及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347、E357、D399及びF405からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Q347、E357、D399及びF405からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、K360、Q347及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K370、K392、K409及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、D356、E357及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、D356、E357及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K370、K392、K409及びK439からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、E356、T366及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、L351、L368、K392及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349、L351、L368、K392及びK409からなる群より選択される1つ以上の位置において、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なり、ここで、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、L351、E356、T366及びD399からなる群より選択される1つ以上の位置でIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、S354C置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、ここで抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349C置換によるIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、Y349C置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、ここで抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、S354C置換によるIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K360E及びK409Wの置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、O347R、D399V及びF405Tの置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、O347R、D399V及びF405Tの置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体の定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、K360E及びK409Wの置換により、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366Wの置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366S、T368A、及びY407Vの置換により、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366S、T368A、及びY407Vの置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、ここで、抗体の定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T366Wの置換によりIgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、L351Y、F405A、及びY407Vの置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、ここで、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、T366L、K392L、及びT394Wの置換により、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
いくつかの実施形態では、抗体定常領域の1つのポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、T366L、K392L、及びT394Wの置換によってIgG1定常領域のアミノ酸配列と異なり、ここで、抗体定常領域の他のポリペプチド鎖のアミノ酸配列は、T350V、L351Y、F405A、及びY407Vの置換により、IgG1定常領域のアミノ酸配列とは異なる。
以下に列挙されているのは、2つのポリペプチド鎖のヘテロ二量体化を可能にする定常領域の変異の例である。トラスツズマブ重鎖A1、A2、B1、及びB2にはそれぞれ、トラスツズマブの重鎖可変ドメイン(太字の配列)と、下線が引かれたアミノ酸に変異があるヒトIgG1に由来する定常領域が含まれている。トラスツズマブ重鎖A1とトラスツズマブ重鎖B1とは、優先的に対になり、ヘテロダイマーを形成し得る。トラスツズマブ重鎖A2とトラスツズマブ重鎖B2とは、優先的に対になってヘテロダイマーを形成し得る。
トラスツズマブ重鎖A
(配列番号299)。
トラスツズマブ重鎖B
(配列番号300)。
トラスツズマブ重鎖A1
トラスツズマブ重鎖B1
トラスツズマブ重鎖A
トラスツズマブ重鎖B
トラスツズマブ重鎖A1
上述のタンパク質は、当業者に周知である組換えDNA技術を使用して作製され得る。例えば、scFv、ヒンジ及び抗体定常領域を含む第1の免疫グロブリン鎖をコードする第1の核酸配列は、第1の発現ベクターにクローニングされ得;例えば、別のscFv、ヒンジ及び抗体定常領域を含むか、または抗体重鎖を含む第2の免疫グロブリン重鎖をコードする第2の核酸配列は、第2の発現ベクターにクローニングされ得;抗体軽鎖をコードする第3の核酸配列は、第3の発現ベクターにクローニングされ得る。第1、第2、及び任意選択で第3の発現ベクターは、宿主細胞に一緒に安定的にトランスフェクトされて、本明細書に記載の多量体タンパク質を生成し得る。
多重特異性結合タンパク質の最も高い収率を達成するため、第1、第2、及び第3の発現ベクターの異なる比を探索して、宿主細胞へのトランスフェクションのための最適な比を決定してもよい。トランスフェクション後、限界希釈、ELISA、FACS、顕微鏡、またはClonepixなどの当該技術分野で公知の方法を使用して細胞バンク生成のために単一クローンを単離してもよい。
クローンを、バイオリアクターのスケールアップに好適な条件下で培養し、多重特異性タンパク質の発現を維持してもよい。多重特異性結合タンパク質は、遠心分離、深層濾過、細胞溶解、ホモジナイズ、冷凍解凍、アフィニティ精製、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用交換クロマトグラフィー、及び混合モードクロマトグラフィーを含む当該技術分野で公知の方法を使用して単離及び精製してもよい。
II.治療への適用
本発明は、本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質及び/または本明細書に記載の医薬組成物を使用してがんを治療するための方法を提供する。この方法は、固形腫瘍、リンパ腫、及び白血病を含む様々ながんを治療するために使用され得る。治療されるがんの種類は望ましくは、このタンパク質が結合するがん細胞の種類と一致する。例えば、HER2を発現する乳癌などのHER2を発現するがんの治療は、望ましくは、タンパク質に結合する、本明細書に記載のタンパク質を使用して治療される。所定の実施形態では、この方法は、それを必要とする患者に、治療的有効量の本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を投与することによって、BCMAを発現する種々のがんを治療するための方法を提供する。所定の実施形態では、この方法は、それを必要とする患者に、治療的有効量の本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を投与することによって、CD33を発現する種々のがんを治療するための方法を提供する。
本発明は、本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質及び/または本明細書に記載の医薬組成物を使用してがんを治療するための方法を提供する。この方法は、固形腫瘍、リンパ腫、及び白血病を含む様々ながんを治療するために使用され得る。治療されるがんの種類は望ましくは、このタンパク質が結合するがん細胞の種類と一致する。例えば、HER2を発現する乳癌などのHER2を発現するがんの治療は、望ましくは、タンパク質に結合する、本明細書に記載のタンパク質を使用して治療される。所定の実施形態では、この方法は、それを必要とする患者に、治療的有効量の本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を投与することによって、BCMAを発現する種々のがんを治療するための方法を提供する。所定の実施形態では、この方法は、それを必要とする患者に、治療的有効量の本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を投与することによって、CD33を発現する種々のがんを治療するための方法を提供する。
従って、本発明の一態様は、がんを治療するための、治療的有効量の本明細書に記載のタンパク質を、それを必要とする患者に投与することを含む、患者のがんを治療する方法を提供する。この治療方法の追加的態様及び実施形態を以下に記載する。
この治療方法は、治療されるがんに応じて特徴付けされ得る。例えば、所定の実施形態では、このがんは固形腫瘍である。所定の他の実施形態では、このがんは、脳癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸部癌、結腸癌、大腸癌、子宮内膜癌、食道癌、白血病、肺癌、肝臓癌、黒色腫、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、直腸癌、腎臓癌、胃癌、精巣癌、または子宮癌である。さらに他の実施形態では、このがんは、血管新生性腫瘍、扁平上皮癌、腺癌、小細胞癌、黒色腫、神経芽細胞腫、肉腫(例えば、血管肉腫または軟骨肉腫)、喉頭癌、耳下腺癌、胆道癌、甲状腺癌、末端性黒子性黒色腫、光線性角化症、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、腺様嚢胞性癌、腺腫、腺肉腫、腺扁平上皮癌、肛門管癌、肛門癌、肛門直腸癌、星状腫瘍、バルトリン腺癌、基底細胞癌、胆管癌、骨癌、骨髄癌、気管支癌、気管支腺癌、カルチノイド、胆管癌、軟骨肉腫、脈絡叢絨乳頭腫/癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、明細胞癌、結合組織癌、嚢胞腺腫、消化器系癌、十二指腸癌、内分泌系癌、内胚葉洞腫瘍、子宮内膜過形成症、子宮内膜間質肉腫、類内膜腺癌、内皮細胞癌、上衣癌、上皮細胞癌、ユーイング肉腫、眼及び眼窩癌、女性生殖器癌、限局性結節性過形成症、胆嚢癌、胃前庭部癌、胃底癌、ガストリノーマ、膠芽腫、グルカゴノーマ、心臓癌、血管芽細胞腫、血管内皮腫、血管腫、肝腺腫、肝腺腫症、肝胆道癌、肝細胞癌、ホジキン病、回腸癌、インスリノーマ、上皮内新生物、上皮間扁平上皮新生物、肝内胆管癌、浸潤性扁平上皮癌、空腸癌、関節癌、カポジ肉腫、骨盤癌、大細胞癌、大腸癌、平滑筋肉腫、悪性黒子型黒色腫、リンパ腫、男性生殖器癌、悪性黒色腫、悪性中皮腫、髄芽腫、髄様上皮腫、髄膜癌、中皮癌、転移性癌、口腔癌、粘膜表皮癌、多発性骨髄腫、筋肉癌、鼻道癌、神経系癌、神経上皮性腺癌結節性黒色腫、非上皮性皮膚癌、燕麦細胞癌、希突起神経膠細胞癌、口腔癌、骨肉腫、乳頭漿液性腺癌、陰茎癌、咽頭癌、下垂体腫瘍、形質細胞腫、偽肉腫、肺芽細胞腫、直腸癌、腎細胞癌、呼吸器系癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、肉腫、漿液性癌、副鼻腔癌、皮膚癌、小細胞癌、小腸癌、平滑筋癌、軟部組織癌、ソマトスタチン分泌腫瘍、脊椎癌、扁平上皮癌、横紋筋癌、中皮下癌、表在拡大型黒色腫、T細胞白血病、舌癌、未分化癌、尿管癌、尿道癌、膀胱癌、泌尿器系癌、子宮頸癌、子宮体癌、ぶどう膜黒色腫、膣癌、いぼ状癌、ビポーマ、外陰癌、高分化癌、またはウィルムス腫瘍である。
所定の他の実施形態では、治療されるがんは、B細胞リンパ腫またはT細胞リンパ腫などの非ホジキンリンパ腫である。所定の実施形態では、非ホジキンリンパ腫は、B細胞リンパ腫、例えば、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、原発性縦隔B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯B細胞リンパ腫、節外性辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯B細胞リンパ腫、脾臓辺縁帯B細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、または原発性中枢神経系(CNS)リンパ腫である。所定の他の実施形態では、非ホジキンリンパ腫は、T細胞リンパ腫、例えば、前駆体Tリンパ芽球性リンパ腫、末梢T細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫、血管免疫芽球性T細胞リンパ腫、節外ナチュラルキラー/T細胞リンパ腫、腸症型T細胞リンパ腫、皮下脂肪織炎様T細胞リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、または末梢T細胞リンパ腫である。
所定の実施形態では、このがんは、AML、骨髄異形成症候群、慢性骨髄単球性白血病、慢性骨髄性白血病の骨髄性急性転化症、及びALLである。
所定の実施形態では、治療されるがんは、がん細胞の表面に発現した特定の抗原の存在に応じて特徴付けられ得る。所定の実施形態では、このがん細胞は、BCMAに加えて、次のうちの1つ以上を発現し得る:CD2、CD19、CD20,CD30、CD38、CD40、CD52、CD70、EGFR/ERBB1、IGF1R、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSCA、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、及びPD-L1。
所定の実施形態では、このがん細胞は、CD33に加えて、次のうちの1つ以上を発現し得る:CD2、CD19、CD20、CD30、CD38、CD40、CD52、CD70、EGFR/ERBB1、IGF1R、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、TROP2、cMET、SLAMF7、PSCA、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、及びPD-L1。
所定の実施形態では、このがん細胞は、HER2に加えて、次のうちの1つ以上を発現する:CD2、CD19、CD20、CD30、CD38、CD40、CD52、CD70、EGFR/ERBB1、IGF1R、HER3/ERBB3、HER4/ERBB4、MUC1、cMET、SLAMF7、PSCA、MICA、MICB、TRAILR1、TRAILR2、MAGE-A3、B7.1、B7.2、CTLA4、及びPD-L1。
所定の実施形態では、治療されるがんは、がん細胞の表面上のMHCによる特定のTAAペプチドの存在に応じて特徴付けられ得る。TCR標的化可能なTAAペプチドにプロセシングされ得るタンパク質の非限定的な例としては、組織分化抗原(例えば、MART-1、gp100、CEA、CD19、及びチロシナーゼ)、腫瘍生殖系列抗原(例えば、NY-ESO-1、MAGE-A1、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A12、MAGE-C2、BAGE1、GAGE1、CTAG1、CTAG2、XAGE-1B、及びSSX2)、がん細胞によって過剰発現される正常なタンパク質(例えば、hTERT、EGFR、ERBB2、WT1、MUC1、及びメソテリン)、ウイルスタンパク質(例えば、HPV、EBV、及びMCC)、及び腫瘍特異的に変異した抗原が挙げられる。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号425のアミノ酸配列を有するELAVL4ペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号426のアミノ酸配列を有するインスリンペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A*02:01:48によって提示される配列番号340のアミノ酸配列を有するhTERTペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A*02によって提示される配列番号341のアミノ酸配列を有するERBB2ペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A*02によって提示される配列番号342のアミノ酸配列を有するWT1ペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A1によって提示される配列番号343のアミノ酸配列を有するMAGE-A3ペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A2によって提示される配列番号344のアミノ酸配列を有するMART1ペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A2によって提示される配列番号346のアミノ酸配列を有するBIRC5ペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A2によって提示される配列番号347のアミノ酸配列を有するPRAMEペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A2によって提示される配列番号348のアミノ酸配列を有するNY-ESO-1ペプチドを含む。所定の実施形態では、このがん細胞は、HLA-A2によって提示される配列番号345のアミノ酸配列を有するSSX2ペプチドを含む。
III.併用療法
本発明の別の態様は、併用療法を提供する。本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、がんを治療するための追加の治療剤と組み合わせて使用され得る。
本発明の別の態様は、併用療法を提供する。本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質は、がんを治療するための追加の治療剤と組み合わせて使用され得る。
がんの治療における併用療法の一部として使用され得る例示的な治療剤として、例えば、放射線、マイトマイシン、トレチノイン、リボムスチン、ゲムシタビン、ビンクリスチン、エトポシド、クラドリビン、ミトブロニトール、メトトレキサート、ドキソルビシン、カルボクオン、ペントスタチン、ニトラクリン、ジノスタチン、セトロレリックス、レトロゾール、ラルチトレキセド、ダウノルビシン、ファドロゾール、フォテムスチン、チマルファシン、ソブゾキサン、ネダプラチン、シタラビン、ビカルタミド、ビノレルビン、ベスナリノン、アミノグルテチミド、アムサクリン、プログルミド、酢酸エリプチニウム、ケタンセリン、ドキシフルリジン、エトレチナート、イソトレチノイン、ストレプトゾシン、ニムスチン、ビンデシン、フルタミド、ドロゲニル、ブトシン、カルモフル、ラゾキサン、シゾフィラン、カルボプラチン、ミトラクトール、テガフル、イフォスファミド、プレドニムスチン、ピシバニル、レバミソール、テニポシド、インプロスルファン、エノシタビン、リスリド、オキシメトロン、タモキシフェン、プロゲステロン、メピチオスタン、エピチオスタノール、フォルメスタン、インターフェロン-アルファ、インターフェロン-2アルファ、インターフェロンベータ、インターフェロンガンマ、コロニー刺激因子-1、コロニー刺激因子-2、デニロイキン・ディフチトックス、インターロイキン-2、黄体形成ホルモン放出因子、及び同族受容体への異なる結合を示し、かつ血清半減期の増加または減少を示し得る前述の薬剤のバリエーションが挙げられる。
がんの治療における併用療法の一部として使用され得る追加のクラスの薬剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。例示的な免疫チェックポイント阻害剤としては、(i)細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4(CTLA4)、(ii)プログラム細胞死タンパク質1(PD1)、(iii)PDL1、(iv)LAG3、(v)B7-H3、(vi)B7-H4、及び(vii)TIM3のうちの1つ以上を阻害する剤が挙げられる。CTLA4阻害剤であるイピリムマブは、黒色腫の治療について米国食品医薬品局(the United States Food and Drug Administration)によって承認されている。
がんの治療における併用療法の一部として使用され得るさらに他の薬剤は、非チェックポイント標的(例えば、ハーセプチン)及び非細胞毒性剤(例えば、チロシンキナーゼ阻害剤)を標的とするモノクローナル抗体薬剤である。
抗癌剤のさらに他のカテゴリーには、例えば、(i)ALK阻害剤、ATR阻害剤、A2Aアンタゴニスト、塩基切除修復阻害剤、Bcr-Ablチロシンキナーゼ阻害剤、ブルートンのチロシンキナーゼ阻害剤、CDC7阻害剤、CHK1阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、DNA-PK阻害剤、DNA-PKとmTORの両方の阻害剤、DNMT1阻害剤、DNMT1阻害剤と2-クロロ-デオキシアデノシン、HDAC阻害剤、ヘッジホッグシグナル伝達経路阻害剤、IDO阻害剤、JAK阻害剤、mTOR阻害剤、MEK阻害剤、MELK阻害剤、MTH1阻害剤、PARP阻害剤、ホスホイノシチド3-キナーゼ阻害剤、PARP1及びDHODHの両方の阻害剤、プロテアソーム阻害剤、トポイソメラーゼII阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、VEGFR阻害剤、及びWEE1阻害剤から選択される阻害剤;(ii)OX40、CD137、CD40、GITR、CD27、HVEM、TNFRSF25、またはICOSの作動薬;ならびに(iii)IL-12、IL-15、GM-CSF、及びG-CSFから選択されるサイトカインが挙げられる。
本発明のタンパク質はまた、原発病変の外科的除去に対する補助として使用されてもよい。
多重特異性結合タンパク質及び追加の治療剤の量、ならびに投与の相対的なタイミングは、所望の併用された治療効果を達成するために選択され得る。例えば、併用療法の投与を、そのような投与を必要とする患者に行う場合、併用における治療剤、または治療剤を含む医薬組成物(複数可)は、例えば、順次に、共に、一緒に、同時になどの任意の順序で投与され得る。さらに、例えば、多重特異性結合タンパク質は、追加の治療剤(複数可)がその予防的または治療的効果を発揮する時期に投与されてもよいし、またはその逆もあり得る。
IV.医薬組成物
本開示はまた、治療有効量の本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を含む医薬組成物/製剤を特徴とする。
本開示はまた、治療有効量の本明細書に記載の多重特異性結合タンパク質を含む医薬組成物/製剤を特徴とする。
この組成物は、様々な薬物送達システムでの使用のために製剤化され得る。適切な製剤化のために、1つ以上の生理学的に許容可能な賦形剤または担体も組成物に含まれてもよい。本開示で使用するための好適な製剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Company,Philadelphia,Pa.,17th ed.,1985に見出される。薬物送達のための方法の簡易なレビューについては、例えば、Langer(Science 249:1527-1533,1990)を参照されたい。
本開示の静脈内薬物送達製剤は、バッグ、ペン、またはシリンジに含有されてもよい。所定の実施形態では、バッグは、チューブ及び/または針を含むチャンネルに接続されてもよい。所定の実施形態では、製剤は、凍結乾燥製剤であっても、または液体製剤であってもよい。所定の実施形態では、製剤は、冷凍乾燥(凍結乾燥)され、約12~60個のバイアル中に含有され得る。所定の実施形態では、製剤は、冷凍乾燥され得、45mgの冷凍乾燥製剤が1つのバイアルに含有され得る。所定の実施形態では、約40mg~約100mgの冷凍乾燥製剤が1つのバイアルに含有され得る。所定の実施形態では、静脈内薬物製剤中のタンパク質の治療用量を得るために、12個、27個、または45個のバイアルからの冷凍乾燥製剤が組み合わされる。所定の実施形態では、製剤は、液体製剤であってもよく、約250mg/バイアル~約1000mg/バイアルとして保存されてもよい。所定の実施形態では、製剤は、液体製剤であってもよく、約600mg/バイアルとして保存されてもよい。所定の実施形態では、製剤は、液体製剤であってもよく、約250mg/バイアルとして保存されてもよい。
本開示のタンパク質は、製剤を形成する緩衝溶液中に治療的有効量のタンパク質を含む液体水性薬学的製剤中に存在してもよい。
これらの組成物は、従来の滅菌技術によって滅菌されてもよいし、または滅菌濾過されてもよい。得られる水溶液は、そのまま使用するために包装されてもよいし、または凍結乾燥されてもよく、凍結乾燥された調製物は、投与前に滅菌水性担体と組み合わされる。調製物のpHは典型的には、3~11、より好ましくは5~9または6~8、最も好ましくは7~8、例えば7~7.5である。得られる固体形態の組成物は、固定量の前述の薬剤(複数可)をそれぞれ含有する複数の単回用量単位で包装され得る。固体形態の組成物はまた、変動する量のための容器に包装され得る。
所定の実施形態では、本開示は、マンニトール、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物、リン酸二水素ナトリウム二水和物、塩化ナトリウム、ポリソルベート80、水、及び水酸化ナトリウムと組み合わせて、本開示のタンパク質を含む、保存期間が延長された製剤を提供する。
所定の実施形態では、pH緩衝溶液中に本開示のタンパク質を含む水性製剤が調製される。本発明の緩衝液は、約4~約8、例えば、約4.5~約6.0、または約4.8~約5.5の範囲のpHを有してもよいし、または約5.0~約5.2のpHを有してもよい。上記のpHに対して中間的な範囲もまた、本開示の一部であることが意図されている。例えば、上記の値のいずれかの組み合わせを上限値及び/または下限値として使用した値の範囲が含まれることが意図されている。この範囲内でpHを制御する緩衝剤の例としては、酢酸塩(例えば、酢酸ナトリウム)、コハク酸塩(例えば、コハク酸ナトリウム)、グルコン酸塩、ヒスチジン、クエン酸塩及び他の有機酸緩衝液が挙げられる。
所定の実施形態では、この製剤は、約4~約8の範囲のpHを維持するためにクエン酸塩及びリン酸塩を含有する緩衝系を含む。所定の実施形態では、pH範囲は、約4.5~約6.0、または約4.8~約5.5、または約5.0~約5.2のpH範囲であり得る。所定の実施形態では、緩衝系は、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物、及び/またはリン酸二水素ナトリウム二水和物を含む。所定の実施形態では、緩衝系は、約1.3mg/mlのクエン酸(例えば、1.305mg/ml)、約0.3mg/mlのクエン酸ナトリウム(例えば、0.305mg/ml)、約1.5mg/mlのリン酸二ナトリウム二水和物(例えば、1.53mg/ml)、約0.9mg/mlのリン酸二水素ナトリウム二水和物(例えば、0.86)、及び約6.2mg/mlの塩化ナトリウム(例えば、6.165mg/ml)を含む。所定の実施形態では、緩衝系は、1~1.5mg/mlのクエン酸、0.25~0.5mg/mlのクエン酸ナトリウム、1.25~1.75mg/mlのリン酸二ナトリウム二水和物、0.7~1.1mg/mlのリン酸二水素ナトリウム二水和物、及び6.0~6.4mg/mlの塩化ナトリウムを含む。所定の実施形態では、製剤のpHは、水酸化ナトリウムで調整される。
等張化剤として作用し、かつ抗体を安定化させ得るポリオールも製剤に含まれ得る。ポリオールは、製剤の所望の等張性に関して変化し得る量で製剤に添加される。所定の実施形態では、水性製剤は、等張性であり得る。添加されるポリオールの量はまた、ポリオールの分子量に関して変化され得る。例えば、二糖類(トレハロースなど)と比較して、より少ない量の単糖類(例えば、マンニトール)を添加してもよい。所定の実施形態では、等張化剤として製剤中で使用され得るポリオールは、マンニトールである。所定の実施形態では、マンニトール濃度は、約5~約20mg/mlであり得る。所定の実施形態では、マンニトールの濃度は、約7.5~15mg/mlであり得る。所定の実施形態では、マンニトールの濃度は、約10~14mg/mlであり得る。所定の実施形態では、マンニトールの濃度は、約12mg/mlであり得る。所定の実施形態では、ポリオールソルビトールが製剤に含まれ得る。
洗浄剤または界面活性剤も製剤に添加され得る。例示的な洗浄剤としては、ポリソルベート(例えば、ポリソルベート20、80など)またはポロキサマー(例えば、ポロキサマー188)などの非イオン性の洗浄剤が挙げられる。添加される洗浄剤の量とは、製剤化された抗体の凝集を低減するか、及び/または製剤中の微粒子の形成を最小化するか、及び/または吸着を低減するような量である。所定の実施形態では、この製剤は、ポリソルベートである界面活性剤を含み得る。所定の実施形態では、製剤は、洗浄剤のポリソルベート80またはTween80を含有し得る。Tween80は、ポリオキシエチレン(20)ソルビタンモノオレエートを説明するために使用される用語である(Fiedler,Lexikon der Hifsstoffe,Editio Cantor Verlag Aulendorf,4th edi.,1996年を参照されたい)。所定の実施形態では、製剤は、約0.1mg/mL~約10mg/mL、または約0.5mg/mL~約5mg/mLのポリソルベート80を含有し得る。所定の実施形態では、約0.1%のポリソルベート80が製剤に添加されてもよい。
実施形態では、本開示のタンパク質生成物は、液体製剤として製剤化される。液体製剤は、ゴム栓で閉鎖され、かつアルミニウムクリンプシール閉鎖材で密封されたUSP/Ph EurタイプI 50Rバイアルのいずれかの中に10mg/mLの濃度で提供され得る。この栓は、USP及びPh Eurに準拠したエラストマーから作製され得る。所定の実施形態では、バイアルは、60mLの抽出可能な体積を可能にするために、61.2mLのタンパク質生成物溶液で満たされ得る。所定の実施形態では、液体製剤は、0.9%の生理食塩水で希釈され得る。
所定の実施形態では、本開示のタンパク質の液体製剤は、安定化レベルで糖と組み合わせて10mg/mLの濃度の溶液として調製され得る。所定の実施形態では、この液体製剤は、水性担体中で調製され得る。所定の実施形態では、安定化剤は、静脈内投与に望ましくないか、または好適ではない粘度をもたらし得る量を超えない量で添加され得る。所定の実施形態では、糖は、二糖類、例えば、スクロースであってもよい。所定の実施形態では、液体製剤はまた、緩衝剤、界面活性剤、及び防腐剤のうちの1つ以上を含んでもよい。
所定の実施形態では、液体製剤のpHは、薬学的に許容可能な酸及び/または塩基の添加によって設定され得る。所定の実施形態では、薬学的に許容可能な酸は、塩酸であり得る。所定の実施形態では、塩基は、水酸化ナトリウムであってもよい。
凝集に加えて、脱アミド化は、発酵、採取/細胞浄化、精製、薬物物質/薬物製品貯蔵中、及び試料分析中に起こり得るペプチド及びタンパク質の一般的な生成物の変化である。脱アミド化は、加水分解を受け得るスクシンイミド中間体を形成するタンパク質からのNH3の喪失である。スクシンイミド中間体は、親ペプチドの17ダルトンの質量減少をもたらす。その後の加水分解は、18ダルトンの質量増加をもたらす。スクシンイミド中間体の単離は、水性条件下では不安定なため困難である。このように、脱アミド化は典型的には、1ダルトンの質量増加として検出可能である。アスパラギンの脱アミド化は、アスパラギン酸またはイソアスパラギン酸のいずれかをもたらす。脱アミド化の速度に影響を与えるパラメータとしては、pH、温度、溶媒誘電率、イオン強度、一次配列、局所的ポリペプチド高次構造及び三次構造が挙げられる。ペプチド鎖におけるAsnに隣接するアミノ酸残基は、脱アミド化速度に影響を与える。タンパク質配列におけるAsnに続くGly及びSerは、脱アミド化に対してより高い感受性をもたらす。
所定の実施形態では、本開示由来のタンパク質の液体製剤は、タンパク質生成物の脱アミノ化を防止するためにpH及び湿度の条件下で保存され得る。
本明細書における目的の水性担体は、薬学的に許容可能であり(ヒトへの投与に安全であり、非毒性である)、かつ液体製剤の調製に有用なものである。例示的な担体としては、注射用滅菌水(SWFI)、注射用静菌水(BWFI)、pH緩衝液(例えば、リン酸緩衝生理食塩水)、滅菌生理食塩水、リンゲル溶液またはデキストロース溶液が挙げられる。
細菌作用を減少させるために、防腐剤が本明細書の製剤に任意選択で添加され得る。防腐剤の添加は、例えば、複数回使用(複数回用量)製剤の製造を容易にし得る。
静脈内(IV)製剤は、特定の場合、例えば、患者が病院において移植後に全ての薬物をIV経路で受けている場合に好ましい投与経路であり得る。所定の実施形態では、液体製剤は、投与前に0.9%塩化ナトリウム溶液で希釈される。所定の実施形態では、注射用に希釈された薬物製品は、等張性であり、静脈内注入による投与に好適である。
所定の実施形態では、塩または緩衝成分は、10mM~200mMの量で添加され得る。塩及び/または緩衝液は、薬学的に許容可能であり、「塩基形成」金属またはアミンを有する様々な既知の酸(無機及び有機)に由来する。所定の実施形態では、緩衝液は、リン酸緩衝液であり得る。所定の実施形態では、緩衝液は、グリシン酸塩、炭酸塩、クエン酸塩緩衝液であり得、この場合、ナトリウム、カリウムまたはアンモニウムイオンが対イオンとして機能し得る。
細菌作用を減少させるために、防腐剤が本明細書の製剤に任意選択で添加され得る。防腐剤の添加は、例えば、複数回使用(複数回用量)製剤の製造を容易にし得る。
本明細書における目的の水性担体は、薬学的に許容可能であり(ヒトへの投与に安全であり、非毒性である)、かつ液体製剤の調製に有用なものである。例示的な担体としては、注射用滅菌水(SWFI)、注射用静菌水(BWFI)、pH緩衝液(例えば、リン酸緩衝生理食塩水)、滅菌生理食塩水、リンゲル溶液またはデキストロース溶液が挙げられる。
本開示のタンパク質は、タンパク質及び凍結保護剤を含む凍結乾燥製剤中に存在し得る。凍結保護剤は、糖類、例えば、二糖類であってもよい。所定の実施形態では、凍結保護剤は、スクロースであっても、またはマルトースであってもよい。凍結乾燥製剤はまた、緩衝剤、界面活性剤、増量剤及び/または防腐剤のうちの1つ以上を含み得る。
凍結乾燥薬物製品の安定化に有用なスクロースまたはマルトースの量は、少なくとも1:2というタンパク質のスクロースまたはマルトースに対する重量比であり得る。所定の実施形態では、タンパク質のスクロースまたはマルトースに対する重量比は、1:2~1:5であり得る。
所定の実施形態では、凍結乾燥前の製剤のpHは、薬学的に許容可能な酸及び/または塩基の添加によって設定され得る。所定の実施形態では、薬学的に許容可能な酸は、塩酸であってもよい。所定の実施形態では、薬学的に許容可能な塩基は、水酸化ナトリウムであってもよい。
凍結乾燥の前に、本開示のタンパク質を含有する溶液のpHは、6~8で調整され得る。所定の実施形態では、凍結乾燥薬物製品のpH範囲は、7~8であり得る。
所定の実施形態では、塩または緩衝成分は、10mM~200mMの量で添加され得る。塩及び/または緩衝液は、薬学的に許容可能であり、「塩基形成」金属またはアミンを有する様々な既知の酸(無機及び有機)に由来する。所定の実施形態では、緩衝液は、リン酸緩衝液であってもよい。所定の実施形態では、緩衝液は、グリシン酸塩、炭酸塩、クエン酸塩緩衝液であってもよく、この場合、ナトリウム、カリウムまたはアンモニウムイオンが対イオンとして機能し得る。
所定の実施形態では、「増量剤」が添加されてもよい。「増量剤」は、凍結乾燥混合物に質量を加え、凍結乾燥ケーキの物理的構造に寄与する(例えば、開放細孔構造を維持する本質的に均一な凍結乾燥ケーキの製造を容易にする)化合物である。例示的な増量剤には、マンニトール、グリシン、ポリエチレングリコール及びソルビトールが含まれる。本発明の凍結乾燥製剤は、そのような増量剤を含有し得る。
細菌作用を減少させるために、防腐剤が本明細書の製剤に任意選択で添加され得る。防腐剤の添加は、例えば、複数回使用(複数回用量)製剤の製造を容易にし得る。
所定の実施形態では、凍結乾燥薬物製品は、水性担体中で構成され得る。本明細書における目的の水性担体は、薬学的に許容可能であり(例えば、ヒトへの投与に安全であり、非毒性である)、かつ凍結乾燥後に、液体製剤の調製に有用なものである。例示的な希釈剤としては、注射用滅菌水(SWFI)、注射用静菌水(BWFI)、pH緩衝液(例えば、リン酸緩衝生理食塩水)、滅菌生理食塩水、リンゲル溶液またはデキストロース溶液が挙げられる。
所定の実施形態では、本開示の凍結乾燥薬物製品は、注射用滅菌水、USP(SWFI)または0.9%塩化ナトリウム注射剤(USP)のいずれかで再構成される。再構成中に、凍結乾燥粉末が溶液に溶解する。
所定の実施形態では、本開示の凍結乾燥タンパク質製品は、注射用の約4.5mLの水に構成され、0.9%生理食塩水(塩化ナトリウム溶液)で希釈される。
本発明の医薬組成物中の活性成分の実際の投薬量レベルは、患者に対する毒性を伴わずに、特定の患者、組成物、及び投与様式について所望の治療反応を達成するのに有効な活性成分の量を得るように変更されてもよい。
具体的な用量は、各々の患者にとって均一な用量、例えば、50~5000mgのタンパク質であってもよい。代替的に、患者の用量は、患者のおおよその体重または表面積に対して調整され得る。適切な投薬量を決定する際の他の要因には、治療または予防すべき疾患または病態、疾患の重症度、投与経路、ならびに患者の年齢、性別及び医学的状態が含まれ得る。治療のための適切な投薬量を決定するために必要な計算のさらなる微調整は、特に本明細書に開示される投薬量情報及びアッセイに照らして、当業者によって慣習的になされ得る。投薬量はまた、適切な用量-反応データと併せて使用される投薬量を決定するための既知のアッセイの使用により決定され得る。個々の患者の投薬量は、疾患の進行をモニターしながら調整され得る。有効濃度に到達するか、またはそれを維持するために投薬量を調整する必要があるかどうかを確認するために患者における標的となり得る構築物または複合体の血中濃度が測定され得る。どの標的となり得る構築物及び/または複合体、ならびにそれらの投薬量が、所与の個体に対して最も有効である可能性が高いかを決定するために、ファーマコゲノミクスを使用してもよい(Schmitz et al.,Clinica Chimica Acta308:43-53,2001;Steimer et al.,Clinica Chimica Acta308:33-41,2001)。
一般に、体重を基準とする投薬量は、体重1kgあたり約0.01μg~約100mg、例えば、約0.01μg~約100mg/kg体重、約0.01μg~約50mg/kg体重、約0.01μg~約10mg/kg体重、約0.01μg~約1mg/kg体重、約0.01μg~約100μg/kg体重、約0.01μg~約50μg/kg体重、約0.01μg~約10μg/kg体重、約0.01μg~約1μg/kg体重、約0.01μg~約0.1μg/kg体重、約0.1μg~約100mg/kg体重、約0.1μg~約50mg/kg体重、約0.1μg~約10mg/kg体重、約0.1μg~約1mg/kg体重、約0.1μg~約100μg/kg体重、約0.1μg~約10μg/kg体重、約0.1μg~約1μg/kg体重、約1μg~約100mg/kg体重、約1μg~約50mg/kg体重、約1μg~約10mg/kg体重、約1μg~約1mg/kg体重、約1μg~約100μg/kg体重、約1μg~約50μg/kg体重、約1μg~約10μg/kg体重、約10μg~約100mg/kg体重、約10μg~約50mg/kg体重、約10μg~約10mg/kg体重、約10μg~約1mg/kg体重、約10μg~約100μg/kg体重、約10μg~約50μg/kg体重、約50μg~約100mg/kg体重、約50μg~約50mg/kg体重、約50μg~約10mg/kg体重、約50μg~約1mg/kg体重、約50μg~約100μg/kg体重、約100μg~約100mg/kg体重、約100μg~約50mg/kg体重、約100μg~約10mg/kg体重、約100μg~約1mg/kg体重、約1mg~約100mg/kg体重、約1mg~約50mg/kg体重、約1mg~約10mg/kg体重、約10mg~約100mg/kg体重、約10mg~約50mg/kg体重、約50mg~約100mg/kg体重である。
用量は、1日、1週、1か月もしくは1年ごとに1回以上、またはさらに2~20年ごとに1回で与えられてもよい。当業者は、測定された滞留時間及び体液または組織中の標的となり得る構造物または複合体の濃度に基づいて、投薬のための反復率を容易に推定し得る。本発明の投与は、静脈内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、硬膜内、髄腔内、腔内であるか、カテーテルを介した灌流によるか、または直接病巣内注射による場合がある。これは、1日に1回以上、1週に1回以上、1か月に1回以上、及び毎年1回以上投与され得る。
上記の記載は、本発明の複数の態様及び実施形態を記載している。本特許出願は特に、その態様及び実施形態の全ての組み合わせ及び変更を企図している。
ここで一般的に記載されている本発明は、単に本発明の所定の態様及び実施形態を例示する目的のためにのみ含まれる以下の実施例を参照することによってより容易に理解され、本発明を限定することは意図されていない。
実施例1-F3-TriNKET及びF3’-TriNKETの精製
F3-TriNKET及びF3’-TriNKETタンパク質の両方とも、治療用モノクローナル抗体の精製に使用されるステップに従って精製した。簡単に説明すると、精製方法には、プロテインA精製(約80~90%のモノマーを達成)とそれに続くPoros HS CIEX塩ステップ溶出(約97~99%のモノマーを達成)が含まれていた。臨床製造プロセスでは、QセファロースまたはQマスタング(フロースルーモード)(約99%のモノマーを達成するため)を使用した追加の精製ステップを追加して、全細胞タンパク質(WCP)及びCHO DNAをさらに減らしてもよい。
F3-TriNKET及びF3’-TriNKETタンパク質の両方とも、治療用モノクローナル抗体の精製に使用されるステップに従って精製した。簡単に説明すると、精製方法には、プロテインA精製(約80~90%のモノマーを達成)とそれに続くPoros HS CIEX塩ステップ溶出(約97~99%のモノマーを達成)が含まれていた。臨床製造プロセスでは、QセファロースまたはQマスタング(フロースルーモード)(約99%のモノマーを達成するため)を使用した追加の精製ステップを追加して、全細胞タンパク質(WCP)及びCHO DNAをさらに減らしてもよい。
精製されたF3’-TriNKETは、治療用モノクローナル抗体と同様に、高い熱安定性(DSC)を有する。また、F3’-TrinKETを含む変異体Fcの安定性はIgG1Fcに近い。下の表13を参照のこと。
実施例2-F3’-TriNKETは少なくとも4週間安定である
37℃で実施された加速安定性研究では、F3’-TriNKETは4週間にわたって安定であることが見出された。図3A~3Cを参照のこと。
37℃で実施された加速安定性研究では、F3’-TriNKETは4週間にわたって安定であることが見出された。図3A~3Cを参照のこと。
精製されたF3’-TriNKETは、低pH保持中も安定であった。20mg/mLの精製タンパク質をpH3.0のグリシン中で2時間インキュベートした。図4では、精製されたF3’-TrinKETが低pH保持の間、安定していたことが示される。
精製されたF3’-TriNKETは、5サイクルの冷凍解凍後も安定であった。図5A及び図5Bでは、精製されたF3’-TrinKETが、pHに関係なく、5サイクルの冷凍解凍後に安定であったことが示される(図5Aは、PBSでの冷凍解凍サイクルを示し、図5Bは、pH5.5でのクエン酸塩での冷凍解凍サイクルを示す)。
精製されたF3’-TriNKETは強制分解研究で安定であった。図6は、F3’-TrinKETが安定したままであった強制分解条件の棒グラフを示している。
実施例3-細胞に発現したヒトがん抗原に対するTriNKETの結合の評価
目的のがん抗原を発現するヒトがん細胞株を使用して、TriNKETの腫瘍抗原結合を評価した。ヒトAML細胞株Molm-13を使用して、CD33発現細胞に対するF3’-TriNKET-CD33の結合を評価した。HER2+Colo-201細胞株を使用して、HER2発現細胞に対するF3’-TriNKET-HER2の結合を評価した。F3’-TriNKET-HER2及びF3’-TriNKET-CD33を希釈し、それぞれの細胞とインキュベートした。F3’-TriNKET-HER2及びF3’-TriNKET-CD33のHER2発現細胞及びCD33発現細胞への結合は、それぞれ、フルオロフォア複合体化抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出された。細胞をフローサイトメトリーによって分析し、それぞれHER2発現細胞及びCD33発現細胞に対する結合MFIを、二次抗体対照に対して正規化し、バックグラウンド値に対する倍数を得た。
目的のがん抗原を発現するヒトがん細胞株を使用して、TriNKETの腫瘍抗原結合を評価した。ヒトAML細胞株Molm-13を使用して、CD33発現細胞に対するF3’-TriNKET-CD33の結合を評価した。HER2+Colo-201細胞株を使用して、HER2発現細胞に対するF3’-TriNKET-HER2の結合を評価した。F3’-TriNKET-HER2及びF3’-TriNKET-CD33を希釈し、それぞれの細胞とインキュベートした。F3’-TriNKET-HER2及びF3’-TriNKET-CD33のHER2発現細胞及びCD33発現細胞への結合は、それぞれ、フルオロフォア複合体化抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出された。細胞をフローサイトメトリーによって分析し、それぞれHER2発現細胞及びCD33発現細胞に対する結合MFIを、二次抗体対照に対して正規化し、バックグラウンド値に対する倍数を得た。
実施例4-初代ヒトNK細胞細胞傷害性アッセイ
密度勾配遠心分離を使用してヒト末梢血バフィーコートから、末梢血単核細胞(PBMC)を単離した。単離したPBMCを洗浄し、NK細胞の単離のために調製した。NK細胞を、磁気ビーズを用いた陰性選択技術を使用して単離し、単離されたNK細胞の純度は典型的には、>90%のCD3-CD56+であった。単離されたNK細胞を一晩休息させ、翌日に細胞傷害性アッセイにおいて使用した。
密度勾配遠心分離を使用してヒト末梢血バフィーコートから、末梢血単核細胞(PBMC)を単離した。単離したPBMCを洗浄し、NK細胞の単離のために調製した。NK細胞を、磁気ビーズを用いた陰性選択技術を使用して単離し、単離されたNK細胞の純度は典型的には、>90%のCD3-CD56+であった。単離されたNK細胞を一晩休息させ、翌日に細胞傷害性アッセイにおいて使用した。
DELFIA細胞傷害性アッセイ:
目的の標的を発現するヒトがん細胞株を培養物から採取し、細胞をPBSで洗浄し、BATDA試薬(Perkin Elmer AD0116)で標識するために106/mLで成長培地に再懸濁した。標的細胞の標識については製造者の指示に従った。標識後、細胞をPBSで3回洗浄し、0.5~1.0×105細胞/mLで培養培地に再懸濁した。バックグラウンドのウェルを調製するために、標識された細胞のアリコートを別に取り、細胞を培地から回転除去した。100μlの培地を、ペレット化された細胞が乱されるのを避けるように慎重にウェルに三重に添加した。100μlのBATDA標識細胞を、96ウェルプレートの各ウェルに添加した。ウェルを標的細胞からの自然放出のために保存し、1%Triton-Xの添加によって、標的細胞の最大溶解のためにウェルを準備した。目的の腫瘍標的に対するモノクローナル抗体またはTriNKETを培養培地に希釈し、50μlの希釈したmAbまたはTriNKETを、各ウェルに添加した。休息したか、及び/または活性化したNK細胞を、培養物から採取し、細胞を洗浄し、所望のE:T比に応じて105~2.0×106/mLで培養培地に再懸濁した。50μlのNK細胞を、プレートの各ウェルに添加し、合計200μlの培養容積とした。プレートを37℃で5%CO2を用いて2~3時間インキュベートした後、アッセイを展開した。
目的の標的を発現するヒトがん細胞株を培養物から採取し、細胞をPBSで洗浄し、BATDA試薬(Perkin Elmer AD0116)で標識するために106/mLで成長培地に再懸濁した。標的細胞の標識については製造者の指示に従った。標識後、細胞をPBSで3回洗浄し、0.5~1.0×105細胞/mLで培養培地に再懸濁した。バックグラウンドのウェルを調製するために、標識された細胞のアリコートを別に取り、細胞を培地から回転除去した。100μlの培地を、ペレット化された細胞が乱されるのを避けるように慎重にウェルに三重に添加した。100μlのBATDA標識細胞を、96ウェルプレートの各ウェルに添加した。ウェルを標的細胞からの自然放出のために保存し、1%Triton-Xの添加によって、標的細胞の最大溶解のためにウェルを準備した。目的の腫瘍標的に対するモノクローナル抗体またはTriNKETを培養培地に希釈し、50μlの希釈したmAbまたはTriNKETを、各ウェルに添加した。休息したか、及び/または活性化したNK細胞を、培養物から採取し、細胞を洗浄し、所望のE:T比に応じて105~2.0×106/mLで培養培地に再懸濁した。50μlのNK細胞を、プレートの各ウェルに添加し、合計200μlの培養容積とした。プレートを37℃で5%CO2を用いて2~3時間インキュベートした後、アッセイを展開した。
2~3時間培養した後、インキュベーターからプレートを取り出し、200gで5分間遠心分離することによって細胞をペレット化した。20μlの培養上清を、製造者から提供された清浄なマイクロプレートに移し、200μlの室温ユーロピウム溶液を、各ウェルに添加した。プレートを光から保護し、プレートシェーカー上で、250rpmで15分間インキュベートした。Victor3またはSpectraMax i3X装置のいずれかを使用してプレートを読み取った。特異的溶解%を次のように計算した:特異的溶解%=((実験放出-自然放出)/(最大放出-自然放出))*100%。
フローサイトメトリー細胞毒性アッセイ
ピューロマイシン選択後にBCMAを発現し、NucLight Green(Essen BioScience 4475)を安定して発現するように形質導入されたヒトがん細胞株を、培養物から回収し、スピンダウンし、培養培地に105/mLで再懸濁した。96ウェルプレートの各ウェルに100μlの標的細胞を加えた。BCMAに対するTriNKETを培養培地で希釈し、それぞれ50μlを複製ウェルに添加した。一晩休ませた精製ヒトNKを培養物から回収し、洗浄し、培養培地に4×105/mLで再懸濁した。2:1のE:T比では、100μlの培養培地を受け取った標的のみの対照を除いて、50μlのNK細胞を全てのウェルに添加した。このプレートを37℃で5%CO2を用いて30時間インキュベートした。
ピューロマイシン選択後にBCMAを発現し、NucLight Green(Essen BioScience 4475)を安定して発現するように形質導入されたヒトがん細胞株を、培養物から回収し、スピンダウンし、培養培地に105/mLで再懸濁した。96ウェルプレートの各ウェルに100μlの標的細胞を加えた。BCMAに対するTriNKETを培養培地で希釈し、それぞれ50μlを複製ウェルに添加した。一晩休ませた精製ヒトNKを培養物から回収し、洗浄し、培養培地に4×105/mLで再懸濁した。2:1のE:T比では、100μlの培養培地を受け取った標的のみの対照を除いて、50μlのNK細胞を全てのウェルに添加した。このプレートを37℃で5%CO2を用いて30時間インキュベートした。
共培養後、細胞を染色し、固定し、フローサイトメトリーで分析した。残りの標的細胞は、FITCチャネルの強いシフトで検出され、死んだ細胞を生存性染色で除外した。グリーンイベントの数を出力し、標的のみの対照試料との比較によって殺滅%を計算した。記録された量が同等であることを保証するために、カウントビーズを含んでいた。
実施例5-F3’TriNKETは細胞に発現した腫瘍抗原に結合する
図7は、HER2+Colo-201細胞へのF3’-TrinKET-HER2またはトラスツズマブの結合を示している。F3’-TriNKET-HER2は、バックグラウンドを超える高い最大倍数までColo-201細胞に結合するが、わずかにEC50結合値を低下させた。
図7は、HER2+Colo-201細胞へのF3’-TrinKET-HER2またはトラスツズマブの結合を示している。F3’-TriNKET-HER2は、バックグラウンドを超える高い最大倍数までColo-201細胞に結合するが、わずかにEC50結合値を低下させた。
図8は、Molm-13細胞上で発現されたCD33へのF3’-TrinKET-CD33またはCD33モノクローナル抗体の結合を示す。F3’-TriNKETは、CD33 mAbと比較してバックグラウンド及びEC50結合値を超え同様の最大倍数までMolm-13細胞に結合した。
実施例6-F3’-TriNKETは、HER2+及びCD33+標的細胞に対するNK細胞毒性を媒介する。
図9及び図10は、それぞれ、HER2低細胞株786-O及びHER2高細胞株SkBr-3に対する、F3’-TrinKET-HER2媒介細胞毒性を示している。F3’-TriNKET-HER2は、HER2低細胞株及びHER2高細胞株の両方に対するNK媒介性細胞傷害の誘導のための強力なEC50値を得た。トラスツズマブと比較して、F3’-TriNKET-HER2は、高HER2発現細胞及び低HER2発現細胞の両方で大きな最大特異的溶解及びより強力なEC50値を得た。
図9及び図10は、それぞれ、HER2低細胞株786-O及びHER2高細胞株SkBr-3に対する、F3’-TrinKET-HER2媒介細胞毒性を示している。F3’-TriNKET-HER2は、HER2低細胞株及びHER2高細胞株の両方に対するNK媒介性細胞傷害の誘導のための強力なEC50値を得た。トラスツズマブと比較して、F3’-TriNKET-HER2は、高HER2発現細胞及び低HER2発現細胞の両方で大きな最大特異的溶解及びより強力なEC50値を得た。
図11及び図12は、2つのCD33陽性ヒト細胞株、それぞれEOL-1及びTHP-1に対するF3’-TrinKET-CD33媒介細胞毒性を示している。CD33モノクローナル抗体は、EOL-1標的細胞のNK細胞溶解を増大し得るが(図11)、FcR-高THP-1細胞株に対しては効果がないことが見出された(図12)。F3’-TriNKET-CD33では、THP-1及びEOL-1の両方の標的細胞に対するNK媒介性細胞傷害の誘導に関してナノモル以下のEC50値が得られた。
実施例7-F4-TriNKETは、NK細胞毒性を媒介する
この実施例では、標的がん細胞のNK細胞殺滅の二価F4フォーマットTriNKET媒介性の増強の効力について説明する。この実施例では、標的細胞への2価のF4フォーマットTriNKETの結合について説明する。この実施例では、細胞表面でのBCMAの高い細胞表面発現の安定化及び維持における二価F4フォーマットTriNKETの効果について説明する。この実施例は、二価のF4フォーマットTriNKETのその標的への結合力が、TriNKETが標的抗原に結合する親和性を改善し、細胞表面での高レベルの標的抗原の発現及び維持を効果的に安定させることを説明する。
この実施例では、標的がん細胞のNK細胞殺滅の二価F4フォーマットTriNKET媒介性の増強の効力について説明する。この実施例では、標的細胞への2価のF4フォーマットTriNKETの結合について説明する。この実施例では、細胞表面でのBCMAの高い細胞表面発現の安定化及び維持における二価F4フォーマットTriNKETの効果について説明する。この実施例は、二価のF4フォーマットTriNKETのその標的への結合力が、TriNKETが標的抗原に結合する親和性を改善し、細胞表面での高レベルの標的抗原の発現及び維持を効果的に安定させることを説明する。
F4-TriNKETによるBCMA表面安定化
BCMA陽性KMS12-PE骨髄腫細胞を、10μg/mLのF4-TriNKETまたはモノクローナル抗体(EM-901)とインキュベートし、試料を3分の1に分割し、各試料のアリコートを氷上に20分間、37℃で2時間または37℃で24時間、置いた。インキュベーション期間後、細胞を洗浄し、結合したF4-TriNKETを、抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。染色後、細胞を固定して4℃で保存し、研究の最後に全ての試料を分析した。
BCMA陽性KMS12-PE骨髄腫細胞を、10μg/mLのF4-TriNKETまたはモノクローナル抗体(EM-901)とインキュベートし、試料を3分の1に分割し、各試料のアリコートを氷上に20分間、37℃で2時間または37℃で24時間、置いた。インキュベーション期間後、細胞を洗浄し、結合したF4-TriNKETを、抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。染色後、細胞を固定して4℃で保存し、研究の最後に全ての試料を分析した。
細胞に発現したヒトがん抗原に対するF4-TriNKETの結合の評価
BCMAを発現するヒトがん細胞株を使用して、F4-TriNKETの腫瘍抗原結合を評価した(例えば、A49-F4-TriNKET-BCMA、クローンADI-27749に由来するNKG2D結合ドメイン及びEM-901に由来するBCMA結合ドメイン)。KMS12-PE骨髄腫細胞よりも高レベルでBCMAを発現するヒト多発性骨髄腫細胞株MM.1Rを使用して、高レベルのBCMAを発現する細胞へのTriNKETの結合を評価した。F4-TriNKETを希釈し、MM.1R細胞とインキュベートした。F4-TriNKETの結合は、フルオロフォア複合体化抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。細胞をフローサイトメトリーによって分析し、細胞に発現したBCMAに対する結合MFIを二次抗体対照に対して正規化し、バックグラウンド値に対する倍数を得た。
BCMAを発現するヒトがん細胞株を使用して、F4-TriNKETの腫瘍抗原結合を評価した(例えば、A49-F4-TriNKET-BCMA、クローンADI-27749に由来するNKG2D結合ドメイン及びEM-901に由来するBCMA結合ドメイン)。KMS12-PE骨髄腫細胞よりも高レベルでBCMAを発現するヒト多発性骨髄腫細胞株MM.1Rを使用して、高レベルのBCMAを発現する細胞へのTriNKETの結合を評価した。F4-TriNKETを希釈し、MM.1R細胞とインキュベートした。F4-TriNKETの結合は、フルオロフォア複合体化抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。細胞をフローサイトメトリーによって分析し、細胞に発現したBCMAに対する結合MFIを二次抗体対照に対して正規化し、バックグラウンド値に対する倍数を得た。
初代ヒトNK細胞細胞傷害性アッセイ
密度勾配遠心分離を使用して、ヒト末梢血バフィーコートから末梢血単核細胞(PBMC)を単離した。単離したPBMCを洗浄し、NK細胞の単離のために調製した。NK細胞を、磁気ビーズを用いた陰性選択技術を使用して単離し、単離されたNK細胞の純度は典型的には、>90%のCD3-CD56+であった。単離されたNK細胞を、一晩休ませて、翌日に細胞傷害性アッセイにおいて使用した。
密度勾配遠心分離を使用して、ヒト末梢血バフィーコートから末梢血単核細胞(PBMC)を単離した。単離したPBMCを洗浄し、NK細胞の単離のために調製した。NK細胞を、磁気ビーズを用いた陰性選択技術を使用して単離し、単離されたNK細胞の純度は典型的には、>90%のCD3-CD56+であった。単離されたNK細胞を、一晩休ませて、翌日に細胞傷害性アッセイにおいて使用した。
DELFIA細胞傷害性アッセイ:目的の標的を発現するヒトがん細胞株を培養物から採取し、細胞をPBSで洗浄し、BATDA試薬(Perkin Elmer AD0116)で標識するために106/mLで増殖培地に再懸濁した。標的細胞の標識のために製造者の指示に従った。標識後、細胞をPBSで3回洗浄し、0.5~1.0×105/mLで培養培地に再懸濁した。バックグラウンドウェルを調製するために、標識された細胞のアリコートを別に取り、その細胞を培地から回転除去した。100μlの培地を、ペレット化された細胞が乱されるのを避けるように慎重にウェルに三重に添加した。100μlのBATDA標識細胞を、96ウェルプレートの各ウェルに添加した。ウェルを標的細胞からの自然放出のために保存し、1%Triton-Xの添加によって標的細胞の最大溶解のためにウェルを準備した。目的の腫瘍標的に対するモノクローナル抗体またはTriNKETを培養培地に希釈し、50μlの希釈したmAbまたはTriNKETを各ウェルに添加した。休息させるか及び/または活性化したNK細胞を、培養物から採取し、細胞を洗浄し、所望のE:T比に応じて105~2.0×106/mLで培養培地に再懸濁した。50μlのNK細胞をプレートの各ウェルに添加し、合計200μlの培養容積とした。そのプレートを37℃で5%CO2を用いて2~3時間インキュベートした後、アッセイを展開した。2~3時間培養した後、そのプレートをインキュベーターから取り出し、200gで5分間遠心分離することによって細胞をペレット化した。20μlの培養上清を製造者から提供された清浄なマイクロプレートに移し、200μlの室温ユーロピウム溶液を各ウェルに添加した。このプレートを光から保護し、プレートシェーカー上で、250rpmで15分間インキュベートした。Victor3またはSpectraMax i3X装置のいずれかを使用してそのプレートを読み取った。特異的溶解%を次のように計算した:特異的溶解%=((実験放出-自然放出)/(最大放出-自然放出))*100%。
F4-TriNKET媒介性のNK細胞毒性
BCMA陽性骨髄腫細胞のF4-TriNKET媒介性の溶解をアッセイした。図19は、休息したヒトNKエフェクター細胞によるBCMA陽性KMS12-PE骨髄腫細胞のF4-TriNKET媒介溶解を示している。図20は、休息したヒトNKエフェクター細胞によるBCMA陽性MM.1R骨髄腫細胞のF4-TriNKET媒介溶解を示している。EM-901モノクローナル抗体を両方の実験の対照として使用した。図19では、KMS12-PE細胞(低BCMA発現)を標的細胞として使用した。図20では、MM.1R(高BCMA発現)を標的細胞として使用した。高度および低度の両方のBCMA発現細胞、それぞれ、MM.1R及びKMS12-PEに対して、F4-TriNKETはナノモル以下のEC50値を有していた。BCMAモノクローナル抗体EM-901と比較して、F4-TriNKETは、両方の細胞株に対してより大きな最大特異的溶解及び効力を提供した。
BCMA陽性骨髄腫細胞のF4-TriNKET媒介性の溶解をアッセイした。図19は、休息したヒトNKエフェクター細胞によるBCMA陽性KMS12-PE骨髄腫細胞のF4-TriNKET媒介溶解を示している。図20は、休息したヒトNKエフェクター細胞によるBCMA陽性MM.1R骨髄腫細胞のF4-TriNKET媒介溶解を示している。EM-901モノクローナル抗体を両方の実験の対照として使用した。図19では、KMS12-PE細胞(低BCMA発現)を標的細胞として使用した。図20では、MM.1R(高BCMA発現)を標的細胞として使用した。高度および低度の両方のBCMA発現細胞、それぞれ、MM.1R及びKMS12-PEに対して、F4-TriNKETはナノモル以下のEC50値を有していた。BCMAモノクローナル抗体EM-901と比較して、F4-TriNKETは、両方の細胞株に対してより大きな最大特異的溶解及び効力を提供した。
図21は、F4-TriNKET(A49-F4-TriNKET-BCMA)、デュオボディ-TriNKET(A49-DB-TriNKET-BCMA)、またはBCMAモノクローナル抗体(EM-901)のMM.1R骨髄腫細胞への結合を示す。3つのタンパク質は全て、MM.1R細胞で発現したBCMAに対して用量反応方式で結合し得た。強烈な結合剤は、一価の結合剤に比べ、バックグラウンドよりもわずかに減少した最大倍数で結合し得たが、強烈な結合は、EC50結合値の改善をもたらした。
F4-TriNKETは表面のBCMAを安定化する
図22は、示された時間のインキュベーション後のF4-TrinKETまたはBCMAモノクローナル抗体(EM-901)による表面BCMAの染色を示す。BCMA mAb(EM-901)及びF4-TriNKETは両方とも、インキュベーション後に表面BCMAを迅速に安定化し得た。BCMA mAb(EM-901)及びF4-TriNKETは、24時間にわたってBCMA表面発現の増大を維持し得た。
図22は、示された時間のインキュベーション後のF4-TrinKETまたはBCMAモノクローナル抗体(EM-901)による表面BCMAの染色を示す。BCMA mAb(EM-901)及びF4-TriNKETは両方とも、インキュベーション後に表面BCMAを迅速に安定化し得た。BCMA mAb(EM-901)及びF4-TriNKETは、24時間にわたってBCMA表面発現の増大を維持し得た。
図23は、F4-TriNKETまたはBCMAモノクローナル抗体(EM-901)とのインキュベーション後のKMS12-PE細胞上の表面BCMAの安定化を示す。細胞表面でのBCMAの初期安定化は、F4-TriNKETまたはmAb(EM-901)への曝露後に急速に起こった。F4-TriNKET及びモノクローナル抗体(EM-901)によって提供される強烈な結合は、デュオボディ-TriNKETによる24時間での表面BCMA発現の低下によって示されるように、一価BCMA結合よりも長く、高表面BCMAを維持した。
F4-TriNKETは、実質的な長期細胞毒性を媒介する
フローサイトメトリー細胞毒性アッセイ:ピューロマイシン選択後にBCMAを発現し、NucLight Green(Essen BioScience 4475)を安定して発現するように形質導入されたヒトがん細胞株を培養液から回収し、スピンダウンし、培養培地に105/mLで再懸濁した。96ウェルプレートの各ウェルに100μlの標的細胞を加えた。BCMAに対するTriNKETを、培養培地で希釈し、それぞれ50μlを複製ウェルに添加した。一晩休ませた精製ヒトNKを培養物から回収し、洗浄し、培養培地に4×105/mLで再懸濁した。2:1のE:T比では、100μlの培養培地を受け取った標的のみの対照を除いて、50μlのNK細胞を全てのウェルに添加した。プレートを37℃で5%CO2を用いて30時間インキュベートした。
フローサイトメトリー細胞毒性アッセイ:ピューロマイシン選択後にBCMAを発現し、NucLight Green(Essen BioScience 4475)を安定して発現するように形質導入されたヒトがん細胞株を培養液から回収し、スピンダウンし、培養培地に105/mLで再懸濁した。96ウェルプレートの各ウェルに100μlの標的細胞を加えた。BCMAに対するTriNKETを、培養培地で希釈し、それぞれ50μlを複製ウェルに添加した。一晩休ませた精製ヒトNKを培養物から回収し、洗浄し、培養培地に4×105/mLで再懸濁した。2:1のE:T比では、100μlの培養培地を受け取った標的のみの対照を除いて、50μlのNK細胞を全てのウェルに添加した。プレートを37℃で5%CO2を用いて30時間インキュベートした。
共培養後、細胞を染色し、固定し、フローサイトメトリーで分析した。残りの標的細胞を、FITCチャネルの強いシフトで検出し、死んだ細胞を生存性染色で除外した。グリーンイベントの数をエクスポートし、標的のみの対照試料と比較して殺滅%を計算した。記録された量が同等であることを保証するために、カウントビーズを含んでいた。
F4-TriNKETは、実質的な長期細胞毒性を媒介する
図24及び図25は、30時間後のF4またはDB-TrinKETの存在下での2:1のE:T比でのBCMA陽性標的細胞株のヒトNK細胞溶解を示している。図24は、タンパク質対照の殺滅がない場合を超えるKMS12-PE細胞の殺滅(低BCMA発現)を示しているが、図25では、MM.1S細胞(より高いBCMA発現)を標的細胞として使用した。一価のデュオボディ-TriNKETと比較して、F4-TriNKETは、試験した全ての濃度で、高及び低BCMA発現細胞株の両方の殺滅の上昇を実証した。
図24及び図25は、30時間後のF4またはDB-TrinKETの存在下での2:1のE:T比でのBCMA陽性標的細胞株のヒトNK細胞溶解を示している。図24は、タンパク質対照の殺滅がない場合を超えるKMS12-PE細胞の殺滅(低BCMA発現)を示しているが、図25では、MM.1S細胞(より高いBCMA発現)を標的細胞として使用した。一価のデュオボディ-TriNKETと比較して、F4-TriNKETは、試験した全ての濃度で、高及び低BCMA発現細胞株の両方の殺滅の上昇を実証した。
参照による組み込み
本明細書で言及されている特許文献及び科学論文の各々の開示全体は、全ての目的のために参照により組み込まれる。
本明細書で言及されている特許文献及び科学論文の各々の開示全体は、全ての目的のために参照により組み込まれる。
等価物
本発明は、その趣旨または本質的特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化され得る。そのため、前述の実施形態は、本明細書に記載の本発明を限定するのではなく、あらゆる点で例示的であるとみなされるべきである。よって、本発明の範囲は、前述の記載によってではなく、添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及び均等の範囲内におさまる全ての変更は、そこに含まれることが意図されている。
本発明は、その趣旨または本質的特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化され得る。そのため、前述の実施形態は、本明細書に記載の本発明を限定するのではなく、あらゆる点で例示的であるとみなされるべきである。よって、本発明の範囲は、前述の記載によってではなく、添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及び均等の範囲内におさまる全ての変更は、そこに含まれることが意図されている。
Claims (19)
- タンパク質であって、
(a)腫瘍関連抗原に結合する一本鎖可変フラグメント(scFv)であって、重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含む、scFvと、
(b)NKG2Dに結合するFabであって、
(i)配列番号319の相補性決定領域1(CDR1)アミノ酸配列、配列番号96の相補性決定領域2(CDR2)アミノ酸配列、および配列番号339の相補性決定領域3(CDR3)アミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメイン;並びに
(ii)配列番号99のCDR1アミノ酸配列、配列番号100のCDR2アミノ酸配列、および配列番号101のCDR3アミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変ドメイン
を含む、Fabと、
(c)CD16に結合するヘテロ二量体を形成する第1の抗体定常ドメインおよび第2の抗体定常ドメインであって、ヘテロ二量体化変異を含む、第1の抗体定常ドメインおよび第2の抗体定常ドメインと
を含み、前記scFvは前記第1の抗体定常ドメインのN末端に連結され、前記Fabは前記第2の抗体定常ドメインのN末端に連結される、タンパク質。 - 前記scFvは、Ala-Serを含むヒンジを介して前記第1の抗体定常ドメインのN末端に連結される、請求項1に記載のタンパク質。
- 前記ヒンジがアミノ酸配列Thr-Lys-Glyをさらに含む、請求項2に記載のタンパク質。
- 前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、必要に応じて前記scFvの前記重鎖可変ドメイン由来のC44と前記scFvの前記軽鎖可変ドメイン由来のC100との間に、前記scFvの前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、請求項1~3のいずれか一項に記載のタンパク質。
- 前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、可塑性リンカーを介して前記scFvの前記軽鎖可変ドメインに連結されており、必要に応じて前記可塑性リンカーが(G 4 S) 4 を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のタンパク質。
- 前記scFvの前記重鎖可変ドメインが前記scFvの前記軽鎖可変ドメインのC末端に位置する、請求項1~5のいずれか一項に記載のタンパク質。
- 前記第1の抗体定常ドメインおよび前記第2の抗体定常ドメインが、それぞれ、ヒトIgG1抗体のCH2ドメインおよびCH3ドメインを含む、請求項1~6のいずれか一項に記載のタンパク質。
- 前記第1の抗体定常ドメインおよび前記第2の抗体定常ドメインが、それぞれ、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項7に記載のタンパク質。
- 前記ヘテロ二量体化変異が、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、およびK439からなる群より選択される1つ以上の位置に存在する、請求項7または8に記載のタンパク質。
- 前記ヘテロ二量体化変異が、Q347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、およびK439Eからなる群より選択される1つ以上の置換を含む、請求項9に記載のタンパク質。
- 前記ヘテロ二量体化変異が、前記第1の抗体定常ドメインにおいてQ347R、D399V、およびF405T置換を含み、かつ前記第2の抗体定常ドメインにおいてK360EおよびK409W置換を含む、請求項10に記載のタンパク質。
- 前記Fabの前記抗体重鎖可変ドメインは、それぞれ、配列番号319、96、および320;または95、96、および97のCDR1、CDR2、およびCDR3アミノ酸配列を含み、かつ
前記Fabの前記抗体軽鎖可変ドメインは、それぞれ、配列番号99、100、および101のCDR1、CDR2、およびCDR3アミノ酸配列を含み、
必要に応じて前記Fabの前記重鎖可変ドメインが配列番号94と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記Fabの前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項1~11のいずれか一項に記載のタンパク質。 - 前記Fabの前記抗体重鎖可変ドメインは、それぞれ、配列番号319、96、および324;または95、96、および323のCDR1、CDR2、およびCDR3アミノ酸配列を含み、かつ
前記Fabの前記抗体軽鎖可変ドメインは、それぞれ、配列番号99、100、および101のCDR1、CDR2、およびCDR3アミノ酸配列を含み、
必要に応じて前記Fabの前記重鎖可変ドメインが配列番号322と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、かつ前記Fabの前記軽鎖可変ドメインが配列番号98と少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、請求項1~11のいずれか一項に記載のタンパク質。 - 請求項1~13のいずれか一項に記載のタンパク質と、薬学的に許容される担体とを含む、製剤。
- 請求項1~13のいずれか一項に記載のタンパク質をコードする1つ以上の核酸を含む細胞。
- 療法における使用のための、請求項1~13のいずれか一項に記載のタンパク質を含む組成物、または請求項14に記載の製剤。
- 腫瘍細胞死の増強に使用するための、請求項1~13のいずれか一項に記載のタンパク質を含む組成物であって、前記使用は、腫瘍およびナチュラルキラー細胞を前記タンパク質に曝すことを含む、組成物。
- がんの治療に使用するための、請求項1~13のいずれか一項に記載のタンパク質を含む組成物または請求項14に記載の製剤であって、前記使用は、前記タンパク質または前記製剤を患者に投与することを含む、組成物または製剤。
- 前記がんが、急性骨髄性白血病、急性骨髄単球性白血病、B細胞リンパ腫、膀胱癌、乳癌、大腸癌、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、食道癌、ユーイング肉腫、濾胞性リンパ腫、胃癌、消化管癌、消化管間質性腫瘍、膠芽腫、頭頸部癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、腎細胞癌、神経芽腫、非小細胞肺癌、神経内分泌腫瘍、卵巣癌、及び膵臓癌、前立腺癌、肉腫、小細胞肺癌、T細胞リンパ腫、精巣癌、胸腺癌、甲状腺癌、尿路上皮癌、骨髄由来のサプレッサー細胞によって浸潤されたがん、細胞外マトリックス沈着を伴うがん、高レベルの反応性間質を伴うがん、及び血管新生を伴うがんからなる群より選択される、請求項18に記載の使用のための組成物または製剤。
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