JP2023532412A - ヒト免疫グロブリンgに対するウサギ抗体 - Google Patents
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Abstract
本開示、ウサギから得られる抗ヒトIgG抗体およびその抗原結合部分ならびにその抗体および部分を使用する方法。
Description
関連出願の相互参照
本出願は、2020年6月1日に出願の米国特許出願第63/033073号の優先権を主張し、本開示は、その全体を参照によって本明細書に組み入れる。
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配列表
本出願は、その全体を参照によって本明細書に組み入れる、ASCIIフォーマットで電子的に提出された配列表を含有する。2021年5月24日に作成された前記ASCIIコピーは、022548_WO063_SL.txtと命名され、サイズ84,819バイトである。
本出願は、その全体を参照によって本明細書に組み入れる、ASCIIフォーマットで電子的に提出された配列表を含有する。2021年5月24日に作成された前記ASCIIコピーは、022548_WO063_SL.txtと命名され、サイズ84,819バイトである。
治療用モノクローナル抗体(mAb)は、近年最も成長している薬物クラスの1つになっており、がんから自己免疫性疾患まで多様な徴候の処置用として承認されている。これら治療用モノクローナル抗体の前臨床薬物動態学的特徴付けを非ヒト霊長類においてしばしば実行して、臨床試験を開始する前に有効性および安全性を証明しなければならない。カニクイザルは、治療用抗体の標的と充分なレベルの交差反応性をしばしば生じるので、そのような前臨床試験用として好ましい非ヒト霊長類である(非特許文献1)。しかしながら、カニクイザルの免疫グロブリンは、ヒト免疫グロブリンと高い配列相同性も示す。IgGのタンパク質配列の相同性レベルが高いので、血清中のヒト治療用分子をカニクイザル免疫グロブリンと区別できる高品質な試薬抗体がないことは、非ヒト霊長類の血清サンプル中にあるヒト治療用抗体の生物分析測定にとって重大な課題である(非特許文献2)。
Iwasakiら、Drug Metab Pharmacokinet.(2019年)34:55~63頁
Stubenrauchら、J Pharm Biomed Anal.(2009年)49:1003~8頁
現在のところ、前臨床試験における治療用抗体の薬物動態(PK)および薬力学(PD)の評価は、薬物特異的抗イディオタイプ抗体を利用しており、それは、開発に多くの労力および時間を要する。各薬物候補には、それ自身の抗イディオタイプ抗体が必要となる。前臨床試験においてヒトIgGに基づく全ての治療用抗体を検出できる汎用試薬の選択肢は少ない。したがって、前臨床試験の間に非ヒト霊長類においてヒトIgG由来の治療用mAbのレベルを正確に測定するには、ヒトIgGに対して普遍的に特異的であるが、サルIgGに結合しないモノクローナル抗体を開発する必要がある。
本開示は、ヒトIgGに特異的に結合する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合部分であって、抗体または部分は、配列番号27~32、配列番号33~38、配列番号39~44、配列番号45~50、配列番号51~56または配列番号57~62をそれぞれ含む重鎖相補性決定領域(CDR)1~3および軽鎖CDR1~3を含む、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分を提供する。抗体は、ウサギ抗体である、またはそのような分子から修飾することができる(例えば、マウス、ラットまたはヒトのような非ウサギ種のFcドメインを持つキメラ抗体を含む)。
一部の実施形態において、本抗体または部分は、配列番号13および19、配列番号14および20、配列番号15および21、配列番号16および22、配列番号17および23、または配列番号18および24をそれぞれ含む重鎖可変ドメイン(VH)ならびに軽鎖可変ドメイン(VL)を含む。抗体は、ウサギ抗体であることができ、またはそのような分子から修飾される。
一部の実施形態において、本抗体は、配列番号25の重鎖定常領域アミノ酸配列および/または配列番号26の軽鎖定常領域アミノ配列を含む。さらなる実施形態において、抗体は、リーダー配列を含むもしくは含まない、配列番号63および69、配列番号64および70、配列番号65および71、配列番号66および72、配列番号67および73、または配列番号68および74のアミノ酸配列をそれぞれ有する重鎖ならびに軽鎖を含む。
特定の実施形態において、本抗体または抗原結合部分は、検出可能な標識を含む。
本開示は、水性緩衝溶液中に本モノクローナル抗体または抗原結合部分を含む組成物またはキットも提供する。
他の態様において、本開示は、本モノクローナル抗体または抗原結合部分の重鎖、軽鎖もしくは両方をコードしている単離された核酸分子を提供する。一部の実施形態において、核酸分子は、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11および/または12を含む。さらなる実施形態において、核酸分子は、配列番号1および7、配列番号2および8、配列番号3および9、配列番号4および10、配列番号5および11または配列番号6および12を含む。核酸分子を含む発現構築物ならびに本モノクローナル抗体または抗原結合部分の重鎖および軽鎖をコードしているヌクレオチド配列を含む宿主細胞(例えば、哺乳動物細胞)も、本明細書に提供される。本開示は、抗体もしくは部分の重鎖および軽鎖の発現が可能な条件下で宿主細胞を培養する工程と、培養細胞または細胞培養の上清から抗体もしくは部分を単離する工程とを含む、抗体もしくはその抗原結合部分を作製する方法も提供する。
別の態様において、本開示は、サンプルを本明細書に記載される1つもしくはそれ以上のモノクローナル抗体または抗原結合部分と接触させる工程を含む、サンプル中のヒトIgGまたはその断片を検出する方法を提供する。サンプル(例えば、血液、血清もしくは血漿サンプルのような組織サンプルまたは生検サンプル)は、例えば、ヒトIgG定常領域(例えば、ヒトIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4定常領域)を含む抗体またはその断片(例えば、FabまたはF(ab’)2断片)を投与された動物から入手され得る。動物は、例えば、カニクイザルまたはアカゲザルのような非ヒト霊長類である。
本発明の他の特徴、目的および優位性は、以下の詳細な説明において明らかである。しかしながら、詳細な説明は、本発明の実施形態および態様を示すが、例示のためだけに与えられるものであり、限定するものではないことを理解すべきである。本発明の範囲にある様々な変更および修飾は、詳細な説明から当業者に明らかになろう。
本開示は、高い親和性でヒト免疫グロブリンGおよびそのFab断片に結合するが、サル(例えば、カニクイザルまたはアカゲザル)のような非ヒト霊長類のIgGに検出可能なレベルで結合しないウサギモノクローナル抗体を提供する。これらウサギ抗体は、カニクイザルまたは別の非ヒト霊長類におけるヒトIgGに基づく治療用抗体の前臨床薬学研究においてヒトIgGまたはその断片を検出するための試薬として特に有用である。例えば、これらウサギ抗体を使用して、完全ヒトIgG抗体、ヒト化IgG抗体、ヒトIgG定常領域を有するキメラ抗体、およびそのFab断片である治療用抗体を研究することができる。本ウサギ抗体は、前臨床免疫組織化学研究およびヒトIgGに基づく治療用抗体(例えば、単一特異的、二重特異的および三重特異的抗体を含めた全抗体、ならびにそのFab断片)の製造工程の開発にも使用できる。
本ウサギモノクローナル抗体は、ヒトIgG上の3つの固有のエピトープに結合し、そのエピトープは、市販のマウス抗hIgG抗体MCA5748Gによって結合されるエピトープと更に違う。ウサギモノクローナル抗体は、伝統的なマウスモノクローナル抗体に勝るいくつかの優位性を示す。これら優位性は、より高い結合親和性および特異性ならびにより多様なエピトープ認識を含む。ウサギの免疫系は、齧歯動物のそれと進化的に違っており、産生する抗体の親和性を生成し、多様化し、最適化するために異なる機序を使用する。加えて、ウサギの免疫系は、マウスにおいて免疫原性でないより小さなサイズのエピトープを認識することができ、強い免疫応答を産生する能力を維持している。したがって、本明細書に記載されるウサギ抗体は、マウス抗体よりも有利である。
ウサギ抗hIgG抗体
本開示は、ヒトIgGおよびその抗原結合部分(例えば、FabおよびF(ab’)2)に特異的に(即ち、高親和性で)結合する抗体を提供する。これら抗体は、前臨床試験において一般に使用される他の種(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類またはイヌなど)の免疫グロブリン(IgGなど)には検出可能なレベルで結合しない。
本開示は、ヒトIgGおよびその抗原結合部分(例えば、FabおよびF(ab’)2)に特異的に(即ち、高親和性で)結合する抗体を提供する。これら抗体は、前臨床試験において一般に使用される他の種(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類またはイヌなど)の免疫グロブリン(IgGなど)には検出可能なレベルで結合しない。
本明細書では、用語「親和性」は、抗原と抗体の間の誘引力の尺度のことを指す。抗原に対する抗体の内因的誘引効果は、特定の抗体-抗原相互作用の結合親和性平衡定数(KD)として一般に表される。結合親和性が高い、即ち、KD≦100nM(例えば、≦10nMまたは≦1nM)である場合、抗体は抗原に特異的に結合すると言われる。例えば、KD結合親和性定数は、例えばBiacore製のBiacore(登録商標)T200を使用する表面プラスモン共鳴(Biacore(登録商標))によって測定することができる。特定の抗体-抗原相互作用の結合親和性は、例えばGyros Protein Technologies製Gyrolab(商標)xPloreを使用する標準濃度-応答曲線によって示すこともできる。一部の実施形態において、Biacoreアッセイにおいて本抗体は、KD 2nM以下でヒトIgGおよびそこから得られるFab断片に結合するが、カニクイザルIgGに対しては検出可能な結合を示さない。
本明細書に例示される抗体は、hIgGおよびそのFab断片上の3つの違うエピトープに結合する。本明細書では、用語「エピトープ」とは、抗体または二重特異的結合分子のような関連する分子に対して特異的に結合する抗原の部分(決定因子)のことを指す。エピトープの決定因子は、一般にアミノ酸もしくは炭水化物または糖側鎖のような分子の化学的に活性な表面群からなり、特定の3次元構造特性および特定の電荷特性を一般に有する。エピトープは、「直鎖状」であることも「立体配座」であることもできる。直鎖状エピトープにおいて、タンパク質(例えば、抗原)と相互作用分子(抗体など)の間の相互作用点の全ては、タンパク質のアミノ酸一次配列に沿って線状に存在する。立体配座エピトープにおいて、相互作用点は、アミノ酸一次配列中で互いに離れたタンパク質上のアミノ酸残基の間に存在する。抗原上の所望のエピトープが決定されたら、当業者に周知の技術を使用してそのエピトープに対する抗体を生成することが可能となる。例えば、直鎖状エピトープに対する抗体は、例えば、直鎖状エピトープのアミノ酸残基を有するペプチドで動物を免疫することによって生成される。立体配座エピトープに対する抗体は、例えば、立体配座エピトープの関連するアミノ酸残基を含有するミニドメインで動物を免疫することによって生成される。また、特定のエピトープに対する抗体は、例えば、対象となる標的分子(例えば、IgGまたはFab)またはその関連する部分で動物を免疫し、エピトープへの結合に対してスクリーニングすることによって生成される。
競合アッセイ、エピトープビニングおよびアラニンスキャニングを含むが、これに限定されない当業者に公知の方法を使用することによって、抗体が、同じエピトープに結合するか本開示の抗hIgG抗体と結合を競合するか決定することができる。一部の実施形態において、本開示の抗hIgG抗体を飽和条件下でhIgGに結合させ、次いで、試験抗体がhIgGに結合する能力を測定する。試験抗体が、参照抗IgG抗体と同時にhIgGに結合できる場合、試験抗体は、参照抗IgG抗体と異なるエピトープに結合していることになる。しかしながら、試験抗体が、hIgGに同時に結合することができない場合、試験抗体は、本開示の抗IgG抗体に結合されるエピトープと同じエピトープ、重なり合うエピトープまたは隣接しているエピトープに結合する。この実験は、例えば、ELISA、RIA、BIACORE(商標)、SPR、バイオレイヤー干渉法またはフローサイトメトリーを使用して実行することができる。抗hIgG抗体が、別の抗IgG抗体と交差競合するかどうか試験するために、上記競合方法を2方向で使用する、即ち、公知の抗体が試験抗体を遮断するかどうか、およびその逆を決定することができる。競合実験は、例えば、Biacore(登録商標)T200機器を使用して実行することができる。
本明細書に開示される抗hIgG抗体の抗原結合部分は、完全抗体の代わりに使用することができる。用語「抗原結合部分」とは、抗原(例えば、ヒトIgGまたはその断片)に特異的に結合する能力を保持する抗体の1つもしくはそれ以上の部分または断片のことを指す。抗原結合部分の例には、それだけには限らないが、(i)Fab断片:VL、VH、CLおよびCH1ドメインからなる一価断片;(ii)F(ab’)2断片:ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結されている2つのFab断片を含む二価断片;(iii)VHおよびCH1ドメインからなるFd断片;(iv)抗体の1つの腕のVLおよびVHドメインからなるFv断片;(v)VHドメインからなるdAb断片;ならびに(vi)抗原に特異的に結合する能力がある単離された相補性決定領域(CDR)がある。更に、Fv断片の2つのドメイン、VLおよびVHは、別々の遺伝子にコードされているが、それらドメインは、組換え方法を使用してVLおよびVHドメインが対になって1価の分子を形成する1本のタンパク質鎖(一本鎖Fv(scFv)として公知である)とすることができる合成リンカーによって接続することができる。ダイアボディのような一本鎖抗体の他の形態も包含される。ダイアボディは二価の二重特異性抗体であり、VHおよびVLドメインが、1本のポリペプチド鎖上に発現されるが、同一鎖上の2つのドメイン間で対になるには短すぎるリンカーを使用しており、そのためドメインは別の鎖の相補的ドメインと対になることを強いられ、2つの抗原結合部位ができる。FabおよびF(ab’)2断片などの抗体部分は、全抗体のパパインもしくはペプシン消化または組換えDNA技術などの従来通りの技術を使用して全抗体から調製することができる。
本抗体は、ヒトIgGサブタイプhIgG1、hIgG2、hIgG3、およびhIgG4のうち1つ、より多く、または全てに結合する。特定の実施形態において、本抗体は前記サブタイプの全てを結合する。本明細書に記載される抗体は、ヒトIgG由来配列を含むヒト化および/またはキメラ抗体に結合できるものと理解される。
一部の実施形態において、本開示は、抗hIgGモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を提供し、その重鎖CDR1~3および軽鎖CDR1~3は、配列番号27~32、33~38、39~44、45~50、51~56または57~62をそれぞれ含む。この抗体のフレームワークは、ウサギまたは別の種(例えば、マウス、ヒトまたはラット)の抗体から得ることができる。
一部の実施形態において、本開示は、抗hIgGモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を提供し、その重鎖可変ドメイン(VH)および軽鎖可変ドメイン(VL)は、配列番号13および19、14および20、15および21、16および22、17および23、または18および24をそれぞれ含む。この抗体の定常領域は、ウサギまたは別の種(例えば、マウス、ヒトまたはラット)の抗体から得ることができる。
一部の実施形態において、本開示は:
a)配列番号13および25のアミノ酸配列を含む重鎖(HC)ならびに配列番号19および26のアミノ酸配列を含む軽鎖(LC);
b)配列番号14および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号20および26のアミノ酸配列を含むLC;
c)配列番号15および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号21および26のアミノ酸配列を含むLC;
d)配列番号16および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号22および26のアミノ酸配列を含むLC;
e)配列番号17および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号23および26のアミノ酸配列を含むLC;または
f)配列番号18および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号24および26のアミノ酸配列を含むLC
を含む抗hIgGモノクローナル抗体を提供する。
a)配列番号13および25のアミノ酸配列を含む重鎖(HC)ならびに配列番号19および26のアミノ酸配列を含む軽鎖(LC);
b)配列番号14および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号20および26のアミノ酸配列を含むLC;
c)配列番号15および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号21および26のアミノ酸配列を含むLC;
d)配列番号16および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号22および26のアミノ酸配列を含むLC;
e)配列番号17および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号23および26のアミノ酸配列を含むLC;または
f)配列番号18および25のアミノ酸配列を含むHCならびに配列番号24および26のアミノ酸配列を含むLC
を含む抗hIgGモノクローナル抗体を提供する。
一部の実施形態において、抗hIgG抗体または抗原結合部分は、配列番号13、14、15、16、17または18のアミノ酸配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一であるVHアミノ酸配列を有する。
一部の実施形態において、抗hIgG抗体または抗原結合部分は、配列番号19、20、21、22、23または24のアミノ酸配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一であるVLアミノ酸配列を有する。
一部の実施形態において、抗hIgG抗体または抗原結合部分は、配列番号13および19、14および20、15および21、16および22、17および23または18および24に対してそれぞれ少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一であるVHおよびVLアミノ酸配列を有する。
一部の実施形態において、抗hIgG抗体は、リーダー配列を含むもしくは含まない、配列番号63および69、64および70、65および71、66および72、67および73、または68および74をそれぞれ含むHCおよびLCを有する。
一部の実施形態において、本開示の抗hIgG抗体または抗原結合部分は、抗体2C5、9E6、11F9、11G5、16F5または19B1のHCDR1~3およびLCDR1~3、VHおよびVLもしくはHCおよびLCアミノ酸配列を含む。
アミノ酸番号およびCDRの割当ては、Kabat、Sequences of Proteins of Immunological Interest(国立衛生研究所、Bethesda,MD(1987年および1991年))の定義に従うことができる。上記、Zhangも参照のこと。
本開示の抗hIgG抗体または抗原結合部分は、誘導体化または別の分子(例えば、別のペプチドまたはタンパク質)に連結することができる。一般に、抗体またはその部分は、IgG結合が誘導体化または標識化によって不都合な影響を受けないように誘導体化される。例えば、本開示の抗体または抗体部分は、別の抗体または検出可能な標識もしくはタグなど1つもしくはそれ以上の他の分子的実体に(化学カップリング、遺伝子融合、非共有結合性会合または別の方法によって)機能的に連結することができる。例には、放射性同位体または放射性核種(例えば、3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I)、蛍光標識(例えば、FITC、ローダミン、ランタニド蛍光体、フィコエリトリンまたはAlexa Fluor(登録商標)色素)、酵素的標識(例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、βガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ)、化学発光マーカー、ビオチニル基、二次レポータによって認識される所定のポリペプチドエピトープ(例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ)、およびガドリニウムキレートなどの磁気薬剤があるが、これに限定されない。一部の実施形態において、標識は、潜在的な立体障害を減少させるために様々な長さのスペーサー腕によって付加される。
本開示の本抗hIgG抗体および抗原結合部分は、動物(例えば、カニクイザルまたはアカゲザルなどの非ヒト霊長類)由来サンプル中のヒトIgGもしくはFabのレベルを検出および/または測定するのに有用である。一部の実施形態において、本抗体および抗原結合部分を使用して、ヒト由来サンプル中のヒトIgGもしくはFabのレベルを検出および/または測定することができる。適切な検出および測定方法には、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、ラジオイムノアッセイおよび免疫組織学などの免疫学的方法がある。一部の実施形態において、本抗体および抗原結合部分を使用して、前臨床もしくは臨床的免疫組織化学(IHC)研究のヒト由来サンプル中のヒトIgGもしくはFabのレベルを検出および/または測定することができる。
本明細書に記載されるウサギ抗体は、違うエピトープに結合することができるので、前臨床試験における治療用モノクローナル抗体開発の必要性を満たすために、任意の宿主動物において、ヒトIgGを検出するために単独でまたは2つ1組で使用することができる。例えば、抗体16F5、11F9および11G5/19B1/2C5/9E6は、MCA5748Gのエピトープとも異なる3つの違うエピトープに結合する。したがって、2つの違うエピトープに結合する抗体から選択される1対を一緒に使用して、例えばアッセイ感度および特異性を増大させることができる。例えば、16F5は、11F9と一緒に使用することができ;16F5または11F9は、11G5、19B1、2C5または9E6と一緒に使用することができ;MCA5748Gは、16F5、11F9、11G5、19B1、2C5および9E6のいずれか1つと使用できる。対の抗体は、異なって標識される。
抗hIgG抗体の作製
本抗hIgG抗体は、対象となる抗体を産生するウサギB細胞を不死化細胞と融合して、抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を形成する周知のハイブリドーマ技術によって作製することができる。
本抗hIgG抗体は、対象となる抗体を産生するウサギB細胞を不死化細胞と融合して、抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を形成する周知のハイブリドーマ技術によって作製することができる。
別法として、本hIgG抗体またはその抗原結合部分は、抗体または部分の重鎖および軽鎖をコードしているヌクレオチド配列を含有する宿主細胞を使用して組換え技術によって作製される。したがって、本開示は、本明細書に記載される抗IgG抗体またはその抗原結合部分をコードしている核酸分子および配列も提供する。重鎖および軽鎖アミノ酸配列をコードしているヌクレオチド配列は、2つの異なるベクターでまたは同じベクターで宿主細胞に導入される。それらは、1つのプロモーターまたは2つの別々のプロモーターの転写制御下で発現される。
一部の実施形態において、本核酸分子は、(i)配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12;または(ii)配列番号13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25もしくは26をコードしているヌクレオチド配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%もしくは99%同一であるヌクレオチド配列を含む。
アミノ酸および核酸配列の文脈において、用語「パーセント配列同一性」とは、最大に対応させて整列させた場合に2つの配列内で同一である残基のことを指す。例えば、配列同一性比較の長さは、少なくとも約9ヌクレオチド、通常少なくとも約18ヌクレオチド、より通常には少なくとも約24ヌクレオチド、一般には少なくとも約28ヌクレオチド、より一般には少なくとも約32ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約36、48またはより多くのヌクレオチドの区間にわたる。アミノ酸およびヌクレオチド配列の同一性を測定するために使用できる当業者に公知の異なるアルゴリズムが多数存在する。例えば、ポリヌクレオチド配列は、Wisconsin Package Version 10.0、Genetics Computer Group(GCG)、Madison、WisconsinのプログラムであるFASTA、GapまたはBestfitを使用して比較することができる。例えば、プログラムFASTA2およびFASTA3を含めたFASTAは、問い合わせ配列と検索配列の間で最良の重なりの領域の整列化およびパーセント配列同一性を提供する(例えば、Pearson、Methods Enzymol.(1990年)183:63~98頁;Pearson、Methods Mol.Biol.(2000年)132:185~219頁;Pearson、Methods Enzymol.(1996年)266:227~58頁;およびPearson、J.Mol.Biol.(1998年)276:71~84頁を参照のこと;参照によって本明細書に組み入れる)。特に明記しない限り、特定のプログラムまたはアルゴリズムに対する初期設定のパラメータが、使用される。例えば、核酸配列間のパーセント配列同一性は、初期設定のパラメータ(単語サイズ6およびスコア行列にNOPAM因子)でFASTAを使用し、またはGCG Version 6.1に提供される初期設定のパラメータでGapを使用して決定することができ、参照によって本明細書に組み入れる。
特定の実施形態において、本開示は、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11および12からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸分子を提供する。特定の実施形態において、核酸分子は、配列番号1および7、2および8、3および9、4および10、5および11、または6および12のヌクレオチド配列を含む。
上記実施形態のいずれかにおいて、核酸分子は単離される。「単離された」または「精製された」として本明細書に参照される核酸分子は、(1)起源の供給源のゲノムDNAもしくは細胞性RNAの核酸から分離されている;および/または(2)天然に存在しない核酸である。
さらなる態様において、本開示は、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合部分の鎖の一方または両方を発現するのに適したベクターを提供する。本明細書では用語「ベクター」は、連結された別の核酸を輸送する能力がある核酸分子を意味する。一部の実施形態において、ベクターは、プラスミド、即ち、追加のDNA断片がライゲートされるDNAの環状二本鎖片である。更に、特定のベクターは、作動的に連結されている遺伝子の発現を指令する能力がある。そのようなベクターは、本明細書において「組換え発現ベクター」(または単に、「発現ベクター」)と称される。
本開示は、本明細書に記載の抗hIgG抗体またはその抗原結合部分の重鎖、軽鎖もしくは重鎖と軽鎖両方をコードする核酸分子を含むベクターを提供する。ベクターは、発現制御配列を更に含むことができる。
本明細書では用語「発現制御配列」は、ライゲートされるコード配列の発現およびプロセッシングに影響を及ぼすのに必要なポリヌクレオチド配列を意味する。発現制御配列には、適切な転写開始、終結、プロモーターおよびエンハンサー配列;スプライシングおよびポリアデニル化シグナルのような効率的なRNAプロセッシングシグナル;細胞質mRNAを安定化する配列;翻訳効率を増強させる配列(即ち、コザック共通配列);タンパク質安定性を増強させる配列;必要に応じて、タンパク質分泌を増強させる配列がある。そのような制御配列の性質は、宿主生物によって異なり;原核生物において、そのような制御配列は、プロモーター、リボソーム結合部位および転写終結配列を一般に含み;真核生物において、一般に、そのような制御配列は、プロモーターおよび転写終結配列を含む。用語「制御配列」は、最低でも、その存在が発現およびプロセッシングに必須である全ての成分を含むことが意図され、その存在が有利となる追加の成分、例えば、リーダー配列および融合パートナー配列を含むこともできる。
一部の実施形態において、本明細書に記載の核酸分子は、任意の供給源由来の重鎖定常領域をコードしているヌクレオチド配列にインフレームで接続された本明細書に記載の抗IgG抗体または抗原結合部分のVHドメインをコードしているヌクレオチド配列を含む。同様に、本明細書に記載の核酸分子は、任意の供給源由来の軽鎖定常領域をコードしているヌクレオチド配列にインフレームで接続された本明細書に記載の抗IgG抗体または抗原結合部分のVLドメインをコードしているヌクレオチド配列を含むことができる。
本開示のさらなる態様において、VHおよび/またはVLをコードしている核酸分子は、全長抗体遺伝子に「変換される」。一部の実施形態において、VHまたはVLドメインをコードしている核酸分子は、VH区分がベクター内のCH区分に作動的に連結されおよび/またはVL区分がベクター内のCL区分に作動的に連結されるように、重鎖定常(CH)もしくは軽鎖定常(CL)領域を既にコードしている発現ベクターへそれぞれ挿入されることによって全長抗体遺伝子に変換される。別の態様において、VHおよび/またはVLドメインをコードしている核酸分子は、標準的な分子生物学的技術を使用してCHおよび/またはCL領域をコードしている核酸分子にVHおよび/またはVLドメインをコードしている核酸分子を連結する、例えばライゲートすることによって全長抗体遺伝子に変換される。全長重鎖および/または軽鎖をコードしている核酸分子は、導入された細胞から次いで発現され、抗IgG抗体が単離される。
一部の実施形態において、フレームワーク領域は、得られるフレームワーク領域が、対応する生殖細胞遺伝子のアミノ酸配列を有するように突然変異される。突然変異を、例えば、抗IgG抗体の半減期を増大させるためにフレームワーク領域または定常領域内に作ることができる。例えば、PCT公開WO00/09560を参照のこと。フレームワーク領域または定常領域における突然変異は、抗体の免疫原性を改変するため、および/または別の分子に対する共有結合もしくは非共有結合の部位を提供するために作ることもできる。本開示によると、抗体は、可変ドメインのCDRもしくはフレームワーク領域の任意の1つもしくはそれ以上、または定常領域に突然変異を有することができる。
本開示は、本明細書に記載される抗体組成物および抗体ならびにその抗原結合部分を作製する方法も提供する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される抗IgG抗体または抗原結合部分の、重鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、および軽鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を含む組換え宿主細胞を準備する工程と;前記宿主細胞を、抗体または抗原結合部分の発現に適した条件で培養する工程と;得られた抗体もしくは抗原結合部分を単離する工程とを含む、本明細書に記載の抗IgG抗体または抗原結合部分を作製する方法に関する。そのような組換え宿主細胞においてそのような発現によって産生される抗体または抗原結合部分は、本明細書において「組換え」抗体または抗原結合部分と称される。本開示は、そのような宿主細胞の後代細胞、およびそれによって産生される抗体または抗原結合部分も提供する。
本明細書では用語「組換え宿主細胞」(または、単に「宿主細胞」)は、組換え発現ベクターが導入された細胞を意味する。定義により、組換え宿主細胞は、天然には存在しない。本開示は、例えば、本明細書に記載のベクターを含むことができる宿主細胞を提供する。本開示は、例えば、本明細書に記載される抗IgG抗体もしくはその抗原結合部分の重鎖もしくはその抗原結合部分をコードしているヌクレオチド配列、軽鎖もしくはその抗原結合部分をコードしているヌクレオチド配列、または両方を含む宿主細胞も提供する。「組換え宿主細胞」および「宿主細胞」が、特定の対象細胞だけでなくその細胞の後代も意味することは理解されるべきである。突然変異または環境の影響のいずれかにより、ある程度の修飾が後の世代に存在する可能性があるので、そのような後代は、実際には親細胞と同一でない場合もあるが、本明細書の用語「宿主細胞」の範囲になお含まれるものとする。
抗IgG抗体およびその抗原結合部分をコードしている核酸分子ならびにこれら核酸分子を含むベクターを使用して、適当な哺乳動物、植物、細菌または酵母宿主細胞をトランスフェクションすることができる。形質転換は、宿主細胞にポリヌクレオチドを導入するための任意の公知の方法によることができる。哺乳動物細胞への異種ポリヌクレオチドの導入方法は当業者に周知であり、デキストラン媒介性トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン媒介性トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソーム内へのポリヌクレオチドの封入、および核へのDNAの直接マイクロインジェクションがある。加えて、核酸分子は、ウイルスベクターによって哺乳動物細胞に導入される。
異なる細胞系によってまたはトランスジェニック動物において発現される抗体は、互いに異なるグリコシル化様式を有することになると思われる。しかしながら、本明細書に提供される核酸分子にコードされる、または本明細書に提供されるアミノ酸配列を含む全ての抗体は、抗体のグリコシル化状態にかかわらず、より一般には翻訳後修飾の有無にかかわらず、本開示の一部である。
本明細書において別段の規定がない限り、本開示に関連して使用される科学および技術的用語は、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。典型的な方法および材料について下に記載されるが、本明細書に記載されるものと類似または同等の方法および材料も本開示の実施または試験に使用することができる。矛盾がある場合、定義を含めて本明細書が支配することになる。一般に、本明細書に記載される細胞および組織培養、分子生物学、免疫学、細菌学、遺伝学、分析化学、有機合成化学、医薬および薬学化学、およびタンパク質および核酸化学およびハイブリダイゼーションに関連して使用される命名法ならびに技術は当業者に周知であり、一般的に使用されるものである。酵素反応および精製技術は、当業者において一般に達成されるまたは本明細書に記載される通り、製造業者の仕様に従って実行される。更に、文脈上必要とされない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。本明細書および実施形態の全体を通じて、単語「有する(have)」および「含む(comprise)」、または「有する(has)」、「有する(having)」、「含む(comprises)」、もしくは「含む(comprising)」などの変形は、記載される整数または整数の群を内包するが、他の任意の整数または整数の群を排除しないことを意味すると理解されることになる。本明細書に言及される刊行物および他の参照の全ては、その全体を参照によって組み入れる。本明細書には多くの文献が引用されるが、この引用は、これら文献のいずれかが、当業者に共通の一般的な知見の一部を形成することを承認するものではない。
本開示をよりよく理解できるように、以下の例が述べられる。これらの例は、単なる実例のためのものであり、いかなる様式でも本開示の範囲を限定するものと解釈されるべきでない。
以下の例は、ヒトIgG Fabを使用してウサギを免疫し、脾細胞を単離し、それを使用してヒトIgG特異的B細胞を選別する実験について記載する。カウンタースクリーニング剤としてカニクイザルIgGを使用してヒトIgGおよびFab特異的mAbクローンを6つ入手した。これらクローンは、より優れた結合親和性を実証し、唯一市販されているマウス起源の抗hIgG mAbクローンMCA5748Gとは異なるエピトープを標的した。これらウサギ抗hIgG mAbクローンを、Gyrolab(商標)アッセイによって評価し、カニクイザル血清の存在下で包括的薬物動態学的アッセイにおける捕捉試薬として使用するのに適していることを見出した。本明細書に記載される実験のための材料および方法は、以下の通りである。
化学物質および試薬
これら実験に使用した治療用抗体は、ヒト化治療用モノクローナル抗体IgG1(hIgG1)、ヒト化開発候補モノクローナル抗体IgG4(hIgG4)および内部研究試薬ヒトFab(hFab)であった。カニクイザルIgG(cynoIgG)を、プロテインA親和性精製によってInnovative Research(Novi、MI 48377)から購入したカニクイザル血清から精製した。マウス抗ヒトIgGモノクローナル抗体MCA5748G(Stubenrauchら、J Pharm Biomed Anal.(2009年)49:1003~8頁)を、BioRad Laboratories(Hercules、CA)から購入した。細胞培養培地およびリン酸緩衝食塩水(PBS)を、ThermoFisher Scientific(Waltham、MA)から購入した。他の全ての化学物質は、分析品質であった。
これら実験に使用した治療用抗体は、ヒト化治療用モノクローナル抗体IgG1(hIgG1)、ヒト化開発候補モノクローナル抗体IgG4(hIgG4)および内部研究試薬ヒトFab(hFab)であった。カニクイザルIgG(cynoIgG)を、プロテインA親和性精製によってInnovative Research(Novi、MI 48377)から購入したカニクイザル血清から精製した。マウス抗ヒトIgGモノクローナル抗体MCA5748G(Stubenrauchら、J Pharm Biomed Anal.(2009年)49:1003~8頁)を、BioRad Laboratories(Hercules、CA)から購入した。細胞培養培地およびリン酸緩衝食塩水(PBS)を、ThermoFisher Scientific(Waltham、MA)から購入した。他の全ての化学物質は、分析品質であった。
結合特異性を決定するためのELISA
酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を使用して、対照としてcynoIgGを使用してヒト免疫グロブリン(IgG)に対する結合について抗体クローンの特異性を評価した。ELISAを、PBS中のhIgG1、hIgG4またはcynoIgGで1時間最初にコーティングしたThermoFisher Scientific(Waltham、MA)製マイクロタイタープレート上で、室温で実行した。リン酸緩衝食塩水-ポリソルベート20(Tween 20)で3回洗浄した後、プレートをPBS/3%ウシ血清アルブミンで1時間ブロッキングした。プレートを、次いで再び洗浄し、抗ヒトIgG抗体クローンと1時間インキュベートした。もう1度の洗浄工程後、結合している抗体を、製造業者の指示に従ってSouthern Biotech(Birmingham、AL)製ホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRP)コンジュゲート抗ウサギIgG抗体によって検出した。
酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を使用して、対照としてcynoIgGを使用してヒト免疫グロブリン(IgG)に対する結合について抗体クローンの特異性を評価した。ELISAを、PBS中のhIgG1、hIgG4またはcynoIgGで1時間最初にコーティングしたThermoFisher Scientific(Waltham、MA)製マイクロタイタープレート上で、室温で実行した。リン酸緩衝食塩水-ポリソルベート20(Tween 20)で3回洗浄した後、プレートをPBS/3%ウシ血清アルブミンで1時間ブロッキングした。プレートを、次いで再び洗浄し、抗ヒトIgG抗体クローンと1時間インキュベートした。もう1度の洗浄工程後、結合している抗体を、製造業者の指示に従ってSouthern Biotech(Birmingham、AL)製ホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRP)コンジュゲート抗ウサギIgG抗体によって検出した。
結合特異性および動態を決定するためのBiacoreアッセイ
ウサギ抗ヒトIgGモノクローナル抗体の特異性を、他で記載されている第2のアッセイ系で評価した(Chuら、Sci Rep.(2015年)4:7360頁)。これらの実験を、Biacore製ストレプトアビジンまたはCM5センサチップを使用してBiacore(登録商標)T200機器(Biacore、Uppsala、Sweden)で実行した。ストレプトアビジンチップへの抗体のコーティングは、製造業者の手引書に従ってThermoFisher Scientific(Waltham、MA)製EZ-Link(商標)Amine-PEG11-Biotin試薬を使用してアミンカップリングしたビオチン化標的抗体を注入することによって達成された。CM5チップの場合には、標的抗原または抗体を、Biacore製アミンカップリングキットを使用して、標準的なアミンカップリングによってチップ表面にカップリングした。特に明記しない限り、全ての結合および動態アッセイを、HBS-EP+緩衝液(0.01M HEPES pH7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%容積/容積Surfactant P20)中で、25℃で実行した。解離定数値(KD)を、Biacore製BIAevaluationソフトウェアV4.1を使用して1:1ラングミュアフィッティングモデルを用いて算出した。
ウサギ抗ヒトIgGモノクローナル抗体の特異性を、他で記載されている第2のアッセイ系で評価した(Chuら、Sci Rep.(2015年)4:7360頁)。これらの実験を、Biacore製ストレプトアビジンまたはCM5センサチップを使用してBiacore(登録商標)T200機器(Biacore、Uppsala、Sweden)で実行した。ストレプトアビジンチップへの抗体のコーティングは、製造業者の手引書に従ってThermoFisher Scientific(Waltham、MA)製EZ-Link(商標)Amine-PEG11-Biotin試薬を使用してアミンカップリングしたビオチン化標的抗体を注入することによって達成された。CM5チップの場合には、標的抗原または抗体を、Biacore製アミンカップリングキットを使用して、標準的なアミンカップリングによってチップ表面にカップリングした。特に明記しない限り、全ての結合および動態アッセイを、HBS-EP+緩衝液(0.01M HEPES pH7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%容積/容積Surfactant P20)中で、25℃で実行した。解離定数値(KD)を、Biacore製BIAevaluationソフトウェアV4.1を使用して1:1ラングミュアフィッティングモデルを用いて算出した。
ウサギ免疫化およびB細胞クローニング
Wuら、Nat Cancer(2020年)1:86~98頁に記載されるhIgG Fabを使用して、合計5回の抗原注射で2匹のウサギを免疫した。一次注射には、完全フロイントアジュバント(CFA)を使用し、4回の追加免疫には不完全フロイントアジュバント(IFA)を使用した。CFAとIFAは両方とも、ThermoFisher Scientific(Waltham、MA)製であった。血清力価を、抗原タンパク質を使用するELISAによって監視した。より高いELISA力価を持つウサギを、脾臓摘出に選択した。
Wuら、Nat Cancer(2020年)1:86~98頁に記載されるhIgG Fabを使用して、合計5回の抗原注射で2匹のウサギを免疫した。一次注射には、完全フロイントアジュバント(CFA)を使用し、4回の追加免疫には不完全フロイントアジュバント(IFA)を使用した。CFAとIFAは両方とも、ThermoFisher Scientific(Waltham、MA)製であった。血清力価を、抗原タンパク質を使用するELISAによって監視した。より高いELISA力価を持つウサギを、脾臓摘出に選択した。
B細胞の単離のために、新しい脾細胞を脾臓から単離した。およそ1.2×108個の脾細胞を、選別前にYurogen(Worcester、MA)によってカスタマイズされた特別なB細胞培地中で終夜培養した。脾細胞を、YurogenのSMab(商標)プラットフォームを使用して処理して抗原認識B細胞を富化した。抗原選別したB細胞を、1細胞/ウェルで96ウェルプレート中に播種し、10~14日間培養した。
抗原を認識するB細胞クローンを同定し、hIgG4をコーティングした直接ELISAを使用して確認し、精製したcynoIgGを、カウンタースクリーニングのためにELISAに使用した。抗原特異的B細胞クローンを、陽性/陰性ELISAシグナル比に従ってランク付けし、選択し、IgGコード配列の重鎖および軽鎖をRT-PCRによって増幅した。重鎖および軽鎖PCR産物を組み合わせ、それを使用してHEK293F細胞を直接トランスフェクトした。その後、一過性に発現された組換えウサギIgGクローンを、ELISAならびにBiacore結合アッセイによってhIgG1、hIgG4およびhFabに対する特異的結合について更に確認した。hIgG1、hIgG4およびhFabに対する特異的結合を確認したら、選択した陽性B細胞からのPCR産物を哺乳動物発現ベクターにクローニングして、HEK293F細胞における抗体産生を拡大した。HEK293Fのトランスフェクションによって産生された組換えウサギmAbクローンを、さらなる評価のためにプロテインAクロマトグラフィーを使用して精製した。
Gyrolab(商標)アッセイ
Gyros Protein Technologies(Uppsala Sweden)製Gyrolab(商標)xPlore、Bioaffy 1000nL CD、Rexxip AおよびRexxip F緩衝液を、全ての実験に使用した(Fraleyら、Bioanalysis(2013年)5:1765~74頁)。ビオチン化捕捉抗体を、Rexxip A緩衝液で0.1~0.2μg/μLに希釈し、Bioaffy CDの微細構造内のストレプトアビジンビーズカラムに流した。標準曲線および品質管理(QC)サンプルを、様々な量のカニクイザル血清を含有するRexxip A緩衝液中に、示した範囲でhIgG4またはhFabをスパイクすることによって調製した。標準曲線サンプル、QCサンプル、模擬サンプルおよびアッセイ試薬をPCRプレートに添加し、Gyrolab(商標)機器にロードした。標準曲線、QCサンプルまたは模擬サンプルの1つの複製を、Gyros機器によって2つのCD微細構造に入れ、次いでビーズカラムに流した。Southern Biotech(Birmingham、AL)から購入したAlexa fluor 647標識ヤギ抗ヒトIgG(Fc)抗体を、Rexxip F緩衝液中に2μg/mLで検出試薬として使用した。0.01%容積/容積Tween-20を含むPBSの洗浄溶液を各行程前にカラムに流してストレプトアビジンビーズを予め濡らし、アッセイの各工程後に結合していないあらゆる試薬を洗い落とした。サンプル濃度は、1%レベルの光増倍でのデータ収集によって決定した。Gyrolab(商標)Evaluator Programを使用して、製造業者によって指示される5パラメータフィッティングおよび1/Y2重み付けで結果を分析した。
Gyros Protein Technologies(Uppsala Sweden)製Gyrolab(商標)xPlore、Bioaffy 1000nL CD、Rexxip AおよびRexxip F緩衝液を、全ての実験に使用した(Fraleyら、Bioanalysis(2013年)5:1765~74頁)。ビオチン化捕捉抗体を、Rexxip A緩衝液で0.1~0.2μg/μLに希釈し、Bioaffy CDの微細構造内のストレプトアビジンビーズカラムに流した。標準曲線および品質管理(QC)サンプルを、様々な量のカニクイザル血清を含有するRexxip A緩衝液中に、示した範囲でhIgG4またはhFabをスパイクすることによって調製した。標準曲線サンプル、QCサンプル、模擬サンプルおよびアッセイ試薬をPCRプレートに添加し、Gyrolab(商標)機器にロードした。標準曲線、QCサンプルまたは模擬サンプルの1つの複製を、Gyros機器によって2つのCD微細構造に入れ、次いでビーズカラムに流した。Southern Biotech(Birmingham、AL)から購入したAlexa fluor 647標識ヤギ抗ヒトIgG(Fc)抗体を、Rexxip F緩衝液中に2μg/mLで検出試薬として使用した。0.01%容積/容積Tween-20を含むPBSの洗浄溶液を各行程前にカラムに流してストレプトアビジンビーズを予め濡らし、アッセイの各工程後に結合していないあらゆる試薬を洗い落とした。サンプル濃度は、1%レベルの光増倍でのデータ収集によって決定した。Gyrolab(商標)Evaluator Programを使用して、製造業者によって指示される5パラメータフィッティングおよび1/Y2重み付けで結果を分析した。
ヒトIgG特異的ウサギ抗体クローンの単離
本例は、ヒトIgGとFabの両方を認識するが、カニクイザルIgGを認識しない6つのウサギ抗体クローンを、ウサギB細胞クローニング技術を使用して開発した実験について記載する。
本例は、ヒトIgGとFabの両方を認識するが、カニクイザルIgGを認識しない6つのウサギ抗体クローンを、ウサギB細胞クローニング技術を使用して開発した実験について記載する。
ウサギモノクローナル抗体の開発にハイブリドーマスクリーニングと提示方法論を使用したが、その両方が、いくつかの欠点を有しており:ハイブリドーマ技術は、細胞融合の効率が低く、提示方法は、重鎖および軽鎖の天然の同族対を消失する(Zhangら、Front Immunol.(2017年)8:494頁)。これらの問題を克服するために、単一B細胞に基づく抗体遺伝子クローン技術(または、単一B細胞クローニング)が、最近開発された(Seeberら、PLoS ONE(2014年)9:e86184頁;ZielonkaおよびKrah(編)Genotype Phenotype Coupling.Methods in Molecular Biology、第2070巻、Humana、New York、NY、2020年中のRashidianら、「Single B Cell Cloning and Production of Rabbit Monoclonal Antibodies」)。
簡潔には、単一B細胞クローニングは、(i)抗原に基づくFACS選別によって末梢血またはリンパ組織から特定の単一B細胞を単離する工程と、(ii)単一B細胞を2週間成長させ拡大する工程と、(iii)抗体特異的プライマーを用いてRT-PCRを実行して抗体遺伝子を増幅し、配列決定する工程と、(iv)発現ベクターに抗体遺伝子をクローニングし、哺乳動物細胞系(例えば、HEK293、CHO細胞)において組換えモノクローナル抗体を産生させる工程と、(v)組換えモノクローナル抗体を精製し、ELISAおよび他のin vitroアッセイによって評価する工程とからなる。
ヒトIgG1 Fabを使用してウサギを免疫し、得られた脾細胞をヒト化全IgG1分子であるビオチン化hIgG1によって選別した。合計530個の一次B細胞を、96ウェルプレート中に1個の細胞で播種し、2週間成長させた。モノクローナルウサギIgG抗体を含有するB細胞培養培地を、hIgG4、hIgG1およびcynoIgGを使用して直接ELISAによってスクリーニングした。ELISA hIgG1/cynoIgGおよびhIgG4/cynoIgGシグナル値に基づいて、hIgG1およびhIgG4 OD450>0.9とCynoIgG OD450<0.2両方を有するクローンを17個選び(表1)、その抗体コード配列をPCRによって増幅した。
これら17個のクローンのうち11個において、重鎖と軽鎖両方のPCR産物を得ることができた。各クローンの重鎖および軽鎖PCR産物を、1:1の比で組み合わせ、使用してHEK293F細胞を直接トランスフェクトした。トランスフェクトしたHEK293F細胞の細胞培養培地を、同じELISAスクリーンアッセイによって更に確認した。表2は、ELISAアッセイによって決定したhIgG1またはhIgG4対カニクイザルIgG(cynoIgG)の結合のシグナル比によって示される、全ヒトIgG(hIgG)およびFabに特異的結合するが、cynoIgGには結合しない6つのウサギ組換え抗体クローンの結合を示す。これら6つのクローンは、4.94~14.99の範囲の優れたhIgG4/cynoIgGおよびhIgG1/cynoIgG ELISAシグナル比を呈した。
これらの6つのクローンを、図1に示すようにBiacoreによってhIgG1、hIgG4、hFabおよびcynoIgGに対する直接結合について更に分析した。6つ全てのクローンが、hIgG1、hIgG4およびhFabに対して様々なレベルの結合を示したが、cynoIgGに対しては示さなかった。これらデータは、これらのクローンがヒトIgGおよびFabに特異的であるが、cynoIgGには特異的でないことを示す。
ウサギ抗hIgG抗体の配列
6つのクローンの特徴を決定するために、重鎖および軽鎖PCR産物を、DNA配列決定に供した。重鎖および軽鎖それぞれの可変領域の推定アミノ酸配列を、EMBL-EBI webベースのClustal Omegaを使用して整列させた(Sieversら、Mol Syst Biol.(2011年)7:539頁)。図2Aおよび図2Bに示すように、6つ全てのクローンが、重鎖および軽鎖両方について固有のアミノ酸配列を保有した。Clustal Omegaに基づく系統樹を構築して、相対的距離を可視化した(図2C)。特に、クローン16F5は、重鎖および軽鎖両方で他の5つのクローンと大きく分岐していた、一方クローン11F9は、重鎖において次に分岐しているクローンであるが、軽鎖では分岐していなかった。
6つのクローンの特徴を決定するために、重鎖および軽鎖PCR産物を、DNA配列決定に供した。重鎖および軽鎖それぞれの可変領域の推定アミノ酸配列を、EMBL-EBI webベースのClustal Omegaを使用して整列させた(Sieversら、Mol Syst Biol.(2011年)7:539頁)。図2Aおよび図2Bに示すように、6つ全てのクローンが、重鎖および軽鎖両方について固有のアミノ酸配列を保有した。Clustal Omegaに基づく系統樹を構築して、相対的距離を可視化した(図2C)。特に、クローン16F5は、重鎖および軽鎖両方で他の5つのクローンと大きく分岐していた、一方クローン11F9は、重鎖において次に分岐しているクローンであるが、軽鎖では分岐していなかった。
表3は、抗体2C5、9E6、11F9、11G5、16F5および19B1(配列:配列番号)をコードしているヌクレオチド配列を示す。
表4は、抗体2C5、9E6、11F9、11G5、16F5および19B1の可変ドメインの推定アミノ酸配列を示す。相補性決定領域(CDR)を太字にし、下線を引く。
表5は、6つの抗体2C5、9E6、11F9、11G5、16F5ならびに19B1の重鎖および軽鎖定常領域アミノ酸配列(それぞれCHおよびCL)を示す。
表6は、抗体2C5、9E6、11F9、11G5、16F5ならびに19B1の重鎖CDR(HCDR)および軽鎖CDR(LCDR)のアミノ酸配列を示し、CDRは、Kabat付番方式に従って定義した。配列の配列番号を、括弧内に示す。
表7は、抗体2C5、9E6、11F9、11G5、16F5および19B1の配列番号情報を示す。「nt」(ヌクレオチド)によって示した場合を除いて、表中の配列は全てアミノ酸配列である。
ウサギ抗hIgG抗体の結合親和性およびエピトープ
重鎖および軽鎖抗体コード配列を含有する増幅されたPCR産物を、発現ベクターにクローニングし、一過性トランスフェクションおよび抗体精製に使用した。アミンカップリングを使用して、マウス抗ウサギmAbをCM5チップ上に直接固定化した(Chuら、Sci Rep.(2015年)4:7360)。精製したウサギmAbクローンを次いで注入し、その後80~0nMの範囲で1:2に段階希釈したhFab、hIgG1、hIgG4およびcynoIgGを流した。
重鎖および軽鎖抗体コード配列を含有する増幅されたPCR産物を、発現ベクターにクローニングし、一過性トランスフェクションおよび抗体精製に使用した。アミンカップリングを使用して、マウス抗ウサギmAbをCM5チップ上に直接固定化した(Chuら、Sci Rep.(2015年)4:7360)。精製したウサギmAbクローンを次いで注入し、その後80~0nMの範囲で1:2に段階希釈したhFab、hIgG1、hIgG4およびcynoIgGを流した。
表8に例示した通り、全てのクローンが、hIgG1、hIgG4およびhFabに対してサブナノモルより強い結合親和性(KD)を呈したが、cynoIgGに対しては呈さなかった。しかしながら、同じ条件下で対照の市販のクローンMCA5748G(Bio-rad、Hercules、CA)は、hIgG1およびhIgG4に結合できたが、hFabおよびcynoIgGには結合できなかった。
6つのウサギ抗hIgGクローンが、唯一市販されているクローンMCA5748Gと異なるエピトープを有するかどうか決定するために、MCA5748G、19B1および11F9クローンならびにマウス抗hIgG mAb(アッセイ対照)を、ビオチン化した。これらビオチン化抗体を、ストレプトアビジンチップの異なるフローセルに次いで注入して、500~600RUの範囲に到達させ、続いて競合剤である異なるウサギmAbクローン240nMの存在下で、80~0nMの範囲で1:2に段階希釈したhIgG1抗体を流した。図3Aおよび図3Bに示す通り、MCA5748Gをチップ表面の捕捉抗体として使用した場合、競合は、クローンMAC5748G自体でのみ見られ、このことは、この市販のマウス抗hIgGクローンMAC5748Gが、本明細書に開示されるウサギ抗hIgGクローンの6つ全てと異なるエピトープを有することを示した。
ウサギ抗hIgGクローン19B1をチップ表面の捕捉抗体として使用した場合、競合は、クローン11G5、19B1、2C5および9E6で見られた。したがって、これら4つのクローンのエピトープは、同一であるが、クローン11F9および16F5とは異なった。更に、クローン11F9をチップ表面に捕捉した場合、競合は、クローン11F9自体とのみ見られ、クローン16F5では見られず、また、同じエピトープを共有している他の4つのクローンのいずれでも見られなかった。したがって、クローン16F5も、クローン11F9と異なるエピトープを有した。これらの結果は、クローン16F5および11F9それぞれが、固有のエピトープを有し、一方でクローン11G5、19B1、2C5および9E6が、同じエピトープを共有することを示した。CDR内のパラトープは、抗体結合エピトープを決定し、重鎖が、支配的な役割を演じ、6つのウサギ抗hIgGクローンのエピトープ分類は、系統樹の関係とよく相関している(図2C)。
追加のBiacore実験は、6つ全てのウサギ抗hIgGクローンが、試験した異なる10個のヒトIgGおよび2つのFabのそれぞれに結合する能力があることを示した。10個の抗体は、ヒトIgG1およびIgG4を有するものを含んだ。Fabを免疫原として使用してこれらウサギ抗hIgG mAbクローンを生成したので、その全てが、IgGのFab領域内に結合するべきである。異なるヒトIgGサブタイプ(IgG1、IgG2、IgG3およびIgG4)は、Fab領域の部分ではないFc配列によって分類されるので、ウサギ抗hIgG抗体クローンの6つ全てが、ヒトIgGの全てのサブタイプを認識できるべきである。これらのウサギ抗hIgG mAbが、前臨床試験および/または開発過程において異なるサブタイプの治療用ヒトIgG(例えば、IgG1、IgG2およびIgG4)分子の検出に使用される場合、これは大きな利点となる。
要約すると、アミノ酸配列の整列化は、本明細書で得た6つのクローン全てが、固有であり多様性があることを示した。それらは、3つの異なるエピトープ群(16F5;11F9;および11G5/19B1/2C5/9E6)に結合し、より優れた結合親和性を実証し、唯一市販されているマウス起源の抗hIgG 抗体クローンMCA5748Gとは異なるエピトープを標的した。異なる結合エピトープを持つクローンを使用して、「サンドイッチ」ELISAおよびGyrolab(商標)アッセイのような、ペアワイズヒトIgG検出アッセイを開発することができる。
Gyrolab(商標)アッセイにおけるウサギ抗体によるヒトIgGの特異的検出
ウサギ抗hIgG mAbが、サル血清の存在下でヒトIgG分子を検出できるかどうか試験するために、ビオチン化クローン16F6を、捕捉試薬として最初に使用した。Gyros Protein Technologies(Uppsala Sweden)製Gyrolab(商標)xPlore、Bioaffy 1000nL CD、Rexxip AおよびRexxip F緩衝液を、全ての実験に使用した。ビオチン化捕捉抗体を、Rexxip A緩衝液で0.1~0.2μg/μLに希釈し、Bioaffy CDの微細構造内のストレプトアビジンビーズカラムに流した。標準曲線および品質管理(QC)サンプルを、0、4%、10%および25%カニクイザル血清と混合したGyrolab(商標)Rexxip A緩衝液中に、示した範囲でhIgG4またはhFabをスパイクすることによって調製した。ヒトIgG4抗体hIgG4を使用して、アッセイマトリックスにおいて1200~0.3ng/mLの範囲で1:4希釈の標準曲線を調製した。
ウサギ抗hIgG mAbが、サル血清の存在下でヒトIgG分子を検出できるかどうか試験するために、ビオチン化クローン16F6を、捕捉試薬として最初に使用した。Gyros Protein Technologies(Uppsala Sweden)製Gyrolab(商標)xPlore、Bioaffy 1000nL CD、Rexxip AおよびRexxip F緩衝液を、全ての実験に使用した。ビオチン化捕捉抗体を、Rexxip A緩衝液で0.1~0.2μg/μLに希釈し、Bioaffy CDの微細構造内のストレプトアビジンビーズカラムに流した。標準曲線および品質管理(QC)サンプルを、0、4%、10%および25%カニクイザル血清と混合したGyrolab(商標)Rexxip A緩衝液中に、示した範囲でhIgG4またはhFabをスパイクすることによって調製した。ヒトIgG4抗体hIgG4を使用して、アッセイマトリックスにおいて1200~0.3ng/mLの範囲で1:4希釈の標準曲線を調製した。
図4Aに示すように、1200~0.3ng/mLの範囲で、いかなるマトリックス効果もカニクイザル血清濃度0~4%で観察されなかった。アッセイマトリックスが、10%および25%のカニクイザル血清を含有した場合、いくらかの僅かなバックグラウンドシグナルが、標準曲線の下半分で観察された。したがって、4%カニクイザル血清を含有するアッセイマトリックスを、同じ標準曲線を使用して3つのQC(750、40および0.6ng/mL hIgG4)で更に試験した。図4Bおよび図4Cに示すように、典型的な標準曲線が得られ、3つのQCのうち2つは、<20%バイアスと<20% CVの両方を満たしたが、高いQCは、バイアスのカットオフを0.9%だけ外れ(20.9%)、そのCVは典型的であった(4.56%)。
Gyrolab(商標)アッセイにおいて捕捉試薬として使用される他のウサギ抗hIgGクローンの適合性を更に試験した。市販のマウス抗hIgG mAb MCA5748Gクローンと同様に6つ全てのウサギ抗hIgGクローンをビオチン化し、Gyrolab(商標)アッセイにおいて類似の濃度で使用した。Gyrolab(商標)の包括的PKアッセイ捕捉試薬を対照として使用した。図5Aおよび図5Bに示すように、全抗体分子hIgG4を標準として使用した場合(同じ範囲1200~0.3ng/mL)、全ての捕捉試薬は、濃度依存的曲線を生成し、市販のクローンMCA5748Gで最も高いバックグラウンドが見られた。しかしながら、Fab抗体分子hFabを標準として使用した場合(同じ範囲1200~0.3ng/mL)、6つ全てのウサギ抗hIgG捕捉試薬が、同様に濃度依存的曲線を生成した。それに対し、市販のマウス抗hIgGクローンMAC5748Gおよび対照Gyrolab(商標)捕捉試薬は、濃度依存的曲線を作製することができなかった。
Gyrolab(商標)アッセイにおけるウサギmAbクローンのダイナミックレンジ
Gyrolab(商標)アッセイの1つの優位性は、ELISAおよびMSDのような表面ベースのアッセイプラットフォームと比較して有意により大きいダイナミックレンジを示すということである(Fraleyら、Bioanalysis(2015年)5:1765~74頁)。ヒト全抗体hIgG4を再び使用して、表9に示すように5000~0.32ng/mLの範囲で1:5希釈の線形の6点アッセイ標準を調製した。
Gyrolab(商標)アッセイの1つの優位性は、ELISAおよびMSDのような表面ベースのアッセイプラットフォームと比較して有意により大きいダイナミックレンジを示すということである(Fraleyら、Bioanalysis(2015年)5:1765~74頁)。ヒト全抗体hIgG4を再び使用して、表9に示すように5000~0.32ng/mLの範囲で1:5希釈の線形の6点アッセイ標準を調製した。
類似のGyrolab(商標)アッセイ手順を実行し、データを次いで抽出し、比較した。上限(5000ng/mL)において、Gyrolab(商標)捕捉ならびにウサギmAbクローン9E6、2C5および19B1は全て許容可能なバイアス(<20)および100より大きいシグナル対ノイズ比を有した。3つのウサギ抗hIgGクローンは、Gyrolab(商標)捕捉より優れたシグナル対ノイズ比を示した。5000ng/mLの高い終点において、クローン11G5は許容可能な平均バイアスを有したが、そのシグナル対ノイズ比は低く(63.3%)、それは比較的高いブランクシグナルレベル(7.4)に起因した。同じ理由から、市販のmAbクローンMCA5748も、上限でシグナル対ノイズ比は非常に悪かった(24.0)。
これらデータは、クローン9E6、2C5および19B1が、Gyrolab(商標)捕捉試薬と比較した場合により優れたシグナル対ノイズ比で類似のダイナミックレンジを示すことを示唆した。クローン9E6、2C5および19B1による検出のダイナミックレンジは、市販のマウス抗hIgGクローンMCA5748Gより有意に優れていた。クローン16F5および11F9は、0~1000ng/mLにおいて平均バイアス<20%でよく機能したが、5000ng/mLデータ点においては機能しなかった。このことは、これら2つのクローンが、他の4つのクローンとは異なる結合エピトープを保有するという事実による可能性がある。
したがって最初のGyrolab(商標)アッセイにおいて、捕捉試薬としてクローン16F5を使用して本実験を実行した場合、濃度依存的アッセイ曲線が、カニクイザル血清を最高25%含有するアッセイマトリックスで生成された。アッセイは、4%カニクイザル血清を含有するアッセイマトリックスで、0.30~1200ng/mLの範囲で良く機能した。拡張したGyrolab(商標)評価アッセイにおいて、6つ全てのウサギmAbクローンが、全ヒトIgGとFab分子両方の検出のための捕捉試薬として機能を果たす能力を実証した。しかしながら、2つの対照捕捉試薬、Gyros捕捉試薬および市販のクローンMCA5748Gは、全ヒトIgGしか検出できず、Fab分子は検出できなかった。
表10に要約した通り、カニクイザルIgGに結合せずに全ヒトIgG分子とFab分子両方に結合できるウサギ抗ヒトIgG mAbクローンを6つ開発した。これら6つのクローンは、3つの異なるエピトープ群に属し、市販のクローンMCA5748Gとは異なった。これらクローンのそれぞれを、Gyrolab(商標)アッセイにおいてヒトIgGおよびFabを検出するために試験し、そのうちの3つは、より大きいダイナミックレンジおよびシグナル対ノイズ比を呈した。
PandAアッセイのための包括的陽性対照としてのウサギ抗ヒトIgGモノクローナル抗体クローンの使用
ウサギポリクローナル抗薬物抗体(pAb)は、抗薬物抗体(ADA)検出のための成績対照として一般に使用される。しかし、pAbの生成には時間を要し、実験動物を繰り返し使用する必要がある。更に、pAbは、対照として低い感度をしばしば示す。本実施例は、PandAアッセイにおいて、組換えにより作製された2つのウサギ抗ヒトIgG mAb、2C5および11G5と陽性対照としての市販のマウス抗Fc mAb(JDC-10;Southern Biotechカタログ番号9040-01)とを比較する研究について記載する。
ウサギポリクローナル抗薬物抗体(pAb)は、抗薬物抗体(ADA)検出のための成績対照として一般に使用される。しかし、pAbの生成には時間を要し、実験動物を繰り返し使用する必要がある。更に、pAbは、対照として低い感度をしばしば示す。本実施例は、PandAアッセイにおいて、組換えにより作製された2つのウサギ抗ヒトIgG mAb、2C5および11G5と陽性対照としての市販のマウス抗Fc mAb(JDC-10;Southern Biotechカタログ番号9040-01)とを比較する研究について記載する。
2C5および11G5をJDC-10とともにサル血漿プール中に5μg/mL、1μg/mL、0.75μg/mL、0.5μg/mLおよび0μg/mLでそれぞれ希釈した。
希釈した抗体を含有する血漿サンプルを、過剰な薬物(ヒトIgG4アイソタイプのモノクローナル抗体;10~50μg/mL)を含有するアッセイ緩衝液(300mM酢酸、2% BSA)に1:5に最初に希釈し、ポリプロピレンプレート中で、450rpmで、37℃で1時間インキュベートして、薬物とサンプル中の添加した抗体の間で複合体を形成させた。その後、各サンプルにホウ酸塩(pH8.0)中の3% PEGを添加し、2~8℃で終夜インキュベートした。各サンプルにおけるPEG緩衝液の終濃度は、1.5%であった。
翌日、プレートを4000rpmで20分間遠心分離して、ペレット内に複合体を沈殿させた。ペレットを、ホウ酸塩(pH8.0)中の1.5% PEGで再懸濁し、4000rpmで20分間、2回目の遠心分離をした。洗浄サイクルを3回繰り返した。最後の遠心分離後、各サンプルを、300mM酢酸100μL中に懸濁し、1:10(サンプル20μL+酢酸180μL)に更に希釈して、最終サンプル希釈1:50にした。希釈したサンプルを、MSD High Bindプレートのウェルにウェル当たり25μLで複製して添加し、450rpmで振盪しながら、24℃で1時間インキュベートした。
インキュベーション後、プレートを、1×プレート洗浄緩衝液で洗浄し、振盪しながらPBS中の3%ミルクを用いて24℃で1時間ブロッキングした。プレートを、次いで洗浄し、100ng/mLスルホ-TAG-Drugをサンプルに添加し、振盪しながら24℃で1時間インキュベートした。最終のインキュベーション後、プレートをPBS中の0.05% Tweenで洗浄した。読み取り緩衝液T 2×を次いで添加し、プレートを、Sector PR2400によって読み取った。各サンプルにおいて電気化学発光(ECL)シグナルは、抗薬物抗体に比例した。
図6Aおよび表11に示すように、2つのウサギ抗hIgGクローン2C5および11G5は、市販の抗Fc mAbクローンJDC-10と比較してより大きいダイナミックレンジおよび感度を実証した。
クローン2C5および11G5も成績対照としての機能を果たし、ヒト、ラット、サルならびにマウスの血漿および血清マトリックスにおいて試験した。このデータは、2C5(図6B)と11G5(図6C)の両方が、ヒト、サル、マウスおよびラット血清を区別することができ、2C5が、11G5より高感度であることを示す(表12)。ヒトマトリックスにおいて、バックグラウンドは、予想通り両方のクローンで増大した。
上記の結果は、組換えにより作製されたウサギ抗ヒトIgG mAbが、前臨床アッセイ、特にPandAフォーマット(例えば、サル、ラットおよびマウスマトリックス)のための優れた包括的陽性対照となることを実証した。これら抗体は、血漿と血清両方のマトリックスにおいてよく機能した。ウサギIgG mAbのダイナミックレンジおよびアッセイ感度は改善された。
Claims (20)
- ヒトIgGに特異的に結合する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合部分であって、
前記抗体または部分は、
配列番号27~32、
配列番号33~38、
配列番号39~44、
配列番号45~50、
配列番号51~56または
配列番号57~62
をそれぞれ含む重鎖相補性決定領域(CDR)1~3および軽鎖CDR1~3を含む、前記モノクローナル抗体またはその抗原結合部分。 - 前記抗体または部分は、
配列番号13および19、
配列番号14および20、
配列番号15および21、
配列番号16および22、
配列番号17および23、または
配列番号18および24
をそれぞれ含む重鎖可変ドメイン(VH)ならびに軽鎖可変ドメイン(VL)を含む、請求項1に記載のモノクローナル抗体または抗原結合部分。 - 前記抗体は、ウサギIgG抗体である、請求項1または2に記載のモノクローナル抗体。
- 配列番号25の重鎖定常領域アミノ酸配列および/または配列番号26の軽鎖定常領域アミノ配列を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載のモノクローナル抗体。
- リーダー配列を含むもしくは含まない、
配列番号63および69、
配列番号64および70、
配列番号65および71、
配列番号66および72、
配列番号67および73、または
配列番号68および74
のアミノ酸配列をそれぞれ有する重鎖ならびに軽鎖を含む、請求項1に記載のモノクローナル抗体。 - 検出可能な標識を更に含む、請求項1~5のいずれか1項に記載のモノクローナル抗体または抗原結合部分。
- 水性緩衝溶液中に請求項1~6のいずれか1項に記載のモノクローナル抗体または抗原結合部分を含む、組成物またはキット。
- 請求項1~6のいずれか1項に記載のモノクローナル抗体または抗原結合部分の前記重鎖、前記軽鎖もしくは両方をコードしている単離された核酸分子。
- 配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11および/または12を含む、請求項8に記載の核酸分子。
- 配列番号1および7、
配列番号2および8、
配列番号3および9、
配列番号4および10、
配列番号5および11、または
配列番号6および12
を含む、請求項9に記載の核酸分子。 - 請求項8~10のいずれか1項に記載の核酸分子を含む発現構築物。
- 請求項1~6のいずれか1項に記載のモノクローナル抗体または抗原結合部分の重鎖および軽鎖をコードしているヌクレオチド配列を含む宿主細胞。
- 前記宿主細胞は、哺乳動物細胞である、請求項12に記載の宿主細胞。
- 抗体もしくは部分の重鎖および軽鎖の発現が可能な条件下で請求項13に記載の宿主細胞を培養する工程と、培養細胞または細胞培養の上清から前記抗体もしくは部分を単離する工程とを含む、抗体もしくはその抗原結合部分を作製する方法。
- サンプルを請求項1~6のいずれか1項に記載の1つもしくはそれ以上のモノクローナル抗体または抗原結合部分と接触させる工程を含む、サンプル中のヒトIgGまたはその断片を検出する方法。
- 前記サンプルは、ヒトIgG定常領域を含む抗体またはその断片を投与された動物から入手される、請求項15に記載の方法
- 前記ヒトIgG定常領域は、ヒトIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4定常領域である、請求項15または16に記載の方法。
- 前記動物は、ヒトIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4定常領域を含む抗体のFabもしくはF(ab’)2断片を投与される、請求項15または16に記載の方法。
- 前記サンプルは、組織サンプル、場合により血液、血清または血漿サンプルである、請求項15~18のいずれか1項に記載の方法。
- 前記動物は、非ヒト霊長類、場合によりカニクイザルまたはアカゲザルである、請求項15~19のいずれか1項に記載の方法。
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