JP2023529314A - Dnaのメチル化を保存するための組成物および方法 - Google Patents
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Abstract
本開示は、一定期間にわたりDNAメチル化パターンを保存するための保存溶液のための方法を提供する。本開示は、そのような保存溶液中で保存されるメチル化DNAを使用する方法も提供する。一部の実施形態では、本開示は、メチル化DNA配列を含む生体試料;およびメタノールとtris(ヒドロキシメチル)アミノメタン(tris)を含む保存溶液を含む組成物であって、メチル化DNA配列のメチル化パターンが保存される、組成物を提供する。
Description
関連出願
本出願は、2020年5月27日に出願された米国仮特許出願第63/030,407号、および2021年4月8日に出願された米国仮特許出願第63/172,279号に基づく優先権の利益を主張しており、その出願は、参照により本明細書に完全に組み込まれている。
本出願は、2020年5月27日に出願された米国仮特許出願第63/030,407号、および2021年4月8日に出願された米国仮特許出願第63/172,279号に基づく優先権の利益を主張しており、その出願は、参照により本明細書に完全に組み込まれている。
資金
本発明は、国立衛生研究所により与えられた助成金CA152756の下での政府支援を受けて行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。
本発明は、国立衛生研究所により与えられた助成金CA152756の下での政府支援を受けて行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。
背景
シトシンメチル化は、真核生物のゲノムのDNAにおいて「第5の塩基」であると称されることが多い。DNAシトシンメチル化の変更されたパターンは、付随物、バイオマーカー、および時には様々な異形成、新生物およびがんを含む複数のヒト疾患状態の原因となる要素として認識される。しかし、DNAポリヌクレオチド配列は長期間室温で安定である一方で、メチル化パターンは、長期間室温で保存された場合、元のメチル化パターンから逸脱する傾向がより高い。このように、DNAメチル化パターンを長期間保存するための新たな保存条件に対する必要性が存在する。
シトシンメチル化は、真核生物のゲノムのDNAにおいて「第5の塩基」であると称されることが多い。DNAシトシンメチル化の変更されたパターンは、付随物、バイオマーカー、および時には様々な異形成、新生物およびがんを含む複数のヒト疾患状態の原因となる要素として認識される。しかし、DNAポリヌクレオチド配列は長期間室温で安定である一方で、メチル化パターンは、長期間室温で保存された場合、元のメチル化パターンから逸脱する傾向がより高い。このように、DNAメチル化パターンを長期間保存するための新たな保存条件に対する必要性が存在する。
開示の概要
一部の実施形態では、本開示は、メチル化DNA配列を含む生体試料;およびメタノールとtris(ヒドロキシメチル)アミノメタン(tris)を含む保存溶液を含む組成物であって、メチル化DNA配列のメチル化パターンが保存される、組成物を提供する。特定の実施形態では、trisは、7.0~9.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.0~8.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.5~8.5のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.5~8.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、1mM~250mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、1mM~100mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、5mM~50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、5mM~20mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、20mM~250mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、20mM~100mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、30mM~70mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、30mM~50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、10mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、保存溶液は、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)をさらに含む。特定の実施形態では、BHTは、1~500ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、20~200ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、25~100ppmの量で存在する。一部の実施形態では、本開示は、生体試料および保存溶液を含む組成物であって、生体試料は、メチル化DNA配列を含み、保存溶液は、メタノールおよびBHTを含み、組成物は、生体試料のメチル化パターンを保存する、組成物を提供する。特定の実施形態では、BHTは、1~500ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、20~200ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、25~100ppmの量で存在する。一部の実施形態では、メチル化パターンは、少なくとも2週間保存される。一部の実施形態では、メチル化パターンは、少なくとも3週間保存される。一部の実施形態では、メチル化パターンが室温で保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも60%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも65%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも70%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも75%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも80%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも85%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも90%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも95%保存される。一部の実施形態では、試料がヒト生体試料である。一部の実施形態では、生体試料は、胃腸管、気道消化管、気道、尿生殖器管、または体液のいずれかに由来する試料である。特定のこのような実施形態では、体液は、血液、尿、痰、唾液、便、胆汁、膵液、鼻汁、涙、精液、膣分泌物、脳脊髄液、胸膜液、腹水、胃液、心膜液、汗、リンパ液、嚢胞液、膵嚢胞液、滑液、関節液、月経液、子宮内膜洗浄液、胸部吸込物、または羊水のうちのいずれかである。一部の実施形態では、生体試料は、食道、胃、結腸、小腸、膵臓、肝臓、口腔、中咽頭、気管、気管支樹、肺、または乳房のいずれかに由来する試料である。一部の実施形態では、生体試料が食道生体試料である。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%から100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液がtrisおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%から100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的に
なる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された3
5~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、メタノールは、過酸化物を含まないかまたは0.001%未満もしくはそれに等しいレベルの過酸化物を含む。一部の実施形態では、水は、蒸留、または限外濾過、または逆浸透によって精製されている。一部の実施形態では、水がDNAseおよび/またはRNAse活性を有さない。一部の実施形態では、メチル化DNA配列は、ビメンチン、CCNA1、Up10、Up35-1、Up35-2、FER1L4、VAV3、DOCK10、ADCY1、BMP3、CD1D、ELMO1、ELOVL2、LRRC4、NDRG4、SFMBT2、ST8SIA1、TSPYL5、ZNF568、ZNF569、ZNF610、ZNF671、ZNF682、CDKN2A、DIO3、およびHUNK遺伝子のヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、メチル化DNA配列は、配列番号1~45のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、室温(23℃)で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、4℃で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-30℃から50℃の間の範囲の温度で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-30℃から30℃の間の範囲の温度で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-10℃から30℃の間の範囲の温度で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。
一部の実施形態では、本開示は、メチル化DNA配列を含む生体試料;およびメタノールとtris(ヒドロキシメチル)アミノメタン(tris)を含む保存溶液を含む組成物であって、メチル化DNA配列のメチル化パターンが保存される、組成物を提供する。特定の実施形態では、trisは、7.0~9.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.0~8.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.5~8.5のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.5~8.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、1mM~250mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、1mM~100mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、5mM~50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、5mM~20mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、20mM~250mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、20mM~100mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、30mM~70mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、30mM~50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、10mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、保存溶液は、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)をさらに含む。特定の実施形態では、BHTは、1~500ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、20~200ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、25~100ppmの量で存在する。一部の実施形態では、本開示は、生体試料および保存溶液を含む組成物であって、生体試料は、メチル化DNA配列を含み、保存溶液は、メタノールおよびBHTを含み、組成物は、生体試料のメチル化パターンを保存する、組成物を提供する。特定の実施形態では、BHTは、1~500ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、20~200ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、25~100ppmの量で存在する。一部の実施形態では、メチル化パターンは、少なくとも2週間保存される。一部の実施形態では、メチル化パターンは、少なくとも3週間保存される。一部の実施形態では、メチル化パターンが室温で保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも60%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも65%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも70%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも75%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも80%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも85%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも90%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも95%保存される。一部の実施形態では、試料がヒト生体試料である。一部の実施形態では、生体試料は、胃腸管、気道消化管、気道、尿生殖器管、または体液のいずれかに由来する試料である。特定のこのような実施形態では、体液は、血液、尿、痰、唾液、便、胆汁、膵液、鼻汁、涙、精液、膣分泌物、脳脊髄液、胸膜液、腹水、胃液、心膜液、汗、リンパ液、嚢胞液、膵嚢胞液、滑液、関節液、月経液、子宮内膜洗浄液、胸部吸込物、または羊水のうちのいずれかである。一部の実施形態では、生体試料は、食道、胃、結腸、小腸、膵臓、肝臓、口腔、中咽頭、気管、気管支樹、肺、または乳房のいずれかに由来する試料である。一部の実施形態では、生体試料が食道生体試料である。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%から100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液がtrisおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%から100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的に
なる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された3
5~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、メタノールは、過酸化物を含まないかまたは0.001%未満もしくはそれに等しいレベルの過酸化物を含む。一部の実施形態では、水は、蒸留、または限外濾過、または逆浸透によって精製されている。一部の実施形態では、水がDNAseおよび/またはRNAse活性を有さない。一部の実施形態では、メチル化DNA配列は、ビメンチン、CCNA1、Up10、Up35-1、Up35-2、FER1L4、VAV3、DOCK10、ADCY1、BMP3、CD1D、ELMO1、ELOVL2、LRRC4、NDRG4、SFMBT2、ST8SIA1、TSPYL5、ZNF568、ZNF569、ZNF610、ZNF671、ZNF682、CDKN2A、DIO3、およびHUNK遺伝子のヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、メチル化DNA配列は、配列番号1~45のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるポリヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、室温(23℃)で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、4℃で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-30℃から50℃の間の範囲の温度で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-30℃から30℃の間の範囲の温度で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-10℃から30℃の間の範囲の温度で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。
一部の実施形態では、本開示は、生体試料中のメチル化DNA分子のメチル化パターンを保存する方法であって、生体試料を保存溶液で処置するステップを含み、保存溶液がメタノールおよびtrisを含む、方法を提供する。特定の実施形態では、trisは、7.0~9.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.0~8.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.5~8.5のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、7.5~8.0のpHを有する。特定の実施形態では、trisは、1mM~250mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、1mM~100mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、5mM~50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、5mM~20mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、20mM~250mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、20mM~100mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、30mM~70mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、30mM~50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、10mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、trisは、50mMの濃度で存在する。特定の実施形態では、保存溶液は、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)をさらに含む。特定の実施形態では、BHTは、1~500ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、20~200ppmの量で存在する。特定の実施形態では、BHTは、25~100ppmの量で存在する。一部の実施形態では、本開示は、生体試料中のメチル化DNA分子のメチル化パターンを保存する方法であって、生体試料を保存溶液で処置するステップを含み、保存溶液がメタノールおよびBHTを含む、方法を提供する。特定のこのような実施形態では、BHTは、1~500ppmの量で存在する。ある特定の実施形態では、BHTは、20~200ppmの量で存在する。ある特定の実施形態では、BHTは、25~100ppmの量で存在する。一部の実施形態では、メチル化パターンが室温で保存される。一部の実施形態では、メチル化パターンが少なくとも2週間保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも60%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも65%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも70%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも75%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも80%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも85%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも90%保存される。一部の実施形態では、保存溶液中の生体試料のメチル化パターンは、保存前の生体試料におけるメチル化パターンと比較して、少なくとも95%保存される。一部の実施形態では、生体試料が保存溶液中に保存される。一部の実施形態では、試料がヒトの組織または体液に由来する。一部の実施形態では、試料は、胃腸管、気道消化管、気道、尿生殖器管、または体液のいずれかに由来する。特定のこのような実施形態では、体液は、血液、尿、痰、唾液、便、胆汁、膵液、鼻汁、涙、精液、膣分泌物、脳脊髄液、胸膜液、腹水、胃液、心膜液、汗、リンパ液、嚢胞液、膵嚢胞液、滑液、関節液、月経液、子宮内膜洗浄液、胸部吸込物、または羊水のうちのいずれかである。一部の実施形態では、試料は、食道、胃、結腸、小腸、膵臓、肝臓、口腔、中咽頭、気管、気管支樹、肺、または乳房のいずれかに由来する。一部の実施形態では、試料が食道試料である。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%から100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液がtrisおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%から100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~8
0%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、
BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、メタノールは、過酸化物を含まないかまたは0.001%未満もしくはそれに等しいレベルの過酸化物を含む。一部の実施形態では、水は、蒸留、または限外濾過、または逆浸透によって精製されている。一部の実施形態では、水がDNAseおよび/またはRNAse活性を有さない。一部の実施形態では、本開示は、DNA/RNA Shieldで処置および/または保存される生体試料のDNAメチル化パターンを保存する方法を提供する。一部の実施形態では、DNAメチル化のパターンは、ビメンチン遺伝子の差次的にメチル化されたドメインまたはCCNA1遺伝子の差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる。一部の実施形態では、ビメンチンの差次的にメチル化されたドメインは、chr10:17,270,838-17,271,717に対応する配列番号1~5、または配列番号18のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体および/もしくは断片を含む。一部の実施形態では、ビメンチンの差次的にメチル化されたドメインは、配列番号1~5のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、CCNA1の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号6または7と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、DNAメチル化のパターンは、Up10、Up35-1および/またはUp35-2ヌクレオチド配列の差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる。一部の実施形態では、Up10の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号8~11のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、Up35-1の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号12~15のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、Up35-2の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号12~13および16~17のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド配列、相補体、または断片は、長さが少なくとも20ヌクレオチドである。一部の実施形態では、DNAメチル化のパターンは、ビメンチン、CCNA1、FER1L4、VAV3、DOCK10、ADCY1、BMP3、CD1D、ELMO1、ELOVL2、LRRC4、NDRG4、SFMBT2、ST8SIA1、TSPYL5、ZNF568、ZNF569、ZNF610、ZNF671、ZNF682、CDKN2A、DIO3、および/もしくはHUNK遺伝子のヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含むDNA分子と関連する差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる。一部の実施形態では、差次的にメチル化されたドメインは、遺伝子座標:
によって特定されるヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含むDNA分子と関連する。一部の実施形態では、ADCY1の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号19と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、BMP3の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号20もしくは21と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、CD1Dの差次的にメチル化されたドメインは、配列番号22と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、CDKN2Aの差次的にメチル化されたドメインは、配列番号23もしくは24と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、DIO3の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号25と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、DOCK10の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号26と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ELMO1の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号27と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ELOV12の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号28と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、FER1L4の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号29と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、HUNKの差次的にメチル化されたドメインは、配列番号30と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、LRRC4の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号31と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、NDRG4の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号32と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、SFMBT2の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号33、34、35もしくは36のいずれか一つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ST8S1A1の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号37と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、TSPYL5の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号38と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、VAV3の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号39と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ZNF568の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号40もしくは41と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ZNF569の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号42と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ZNF610の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号43と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ZNF671の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号44と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ZNF682の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号45と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、そのようなヌクレオチド配列、相補体、またはそのような断片は、長さが少なくとも20ヌクレオチドである。一部の実施形態では、DNAメチル化のパターンは、DNAの、シトシン塩基をウラシルに変換する亜硫酸水素塩化合物による処理を含むステップによってアッセイされる。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、室温(23℃)で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、4℃で保存された場合に、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-30℃から50℃の間の範囲の温度で、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-30℃から30℃の間の範囲の温度で、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-20℃から50℃の間の範囲の温度で、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-20℃から30℃の間の範囲の温度で、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間
保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-10℃から30℃の間の範囲の温度で、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。
0%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10%~100%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~95%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された10~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された15~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された20~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された25~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~90%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~85%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された30~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~80%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~75%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された35~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、
BHTおよび水と混合された30~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~70%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~65%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~60%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された40~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された45~55%のメタノールからなる。一部の実施形態では、保存溶液は、tris、BHTおよび水と混合された50%のメタノールからなる。一部の実施形態では、メタノールは、過酸化物を含まないかまたは0.001%未満もしくはそれに等しいレベルの過酸化物を含む。一部の実施形態では、水は、蒸留、または限外濾過、または逆浸透によって精製されている。一部の実施形態では、水がDNAseおよび/またはRNAse活性を有さない。一部の実施形態では、本開示は、DNA/RNA Shieldで処置および/または保存される生体試料のDNAメチル化パターンを保存する方法を提供する。一部の実施形態では、DNAメチル化のパターンは、ビメンチン遺伝子の差次的にメチル化されたドメインまたはCCNA1遺伝子の差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる。一部の実施形態では、ビメンチンの差次的にメチル化されたドメインは、chr10:17,270,838-17,271,717に対応する配列番号1~5、または配列番号18のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体および/もしくは断片を含む。一部の実施形態では、ビメンチンの差次的にメチル化されたドメインは、配列番号1~5のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、CCNA1の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号6または7と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、DNAメチル化のパターンは、Up10、Up35-1および/またはUp35-2ヌクレオチド配列の差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる。一部の実施形態では、Up10の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号8~11のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、Up35-1の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号12~15のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、Up35-2の差次的にメチル化されたドメインは、配列番号12~13および16~17のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド配列、相補体、または断片は、長さが少なくとも20ヌクレオチドである。一部の実施形態では、DNAメチル化のパターンは、ビメンチン、CCNA1、FER1L4、VAV3、DOCK10、ADCY1、BMP3、CD1D、ELMO1、ELOVL2、LRRC4、NDRG4、SFMBT2、ST8SIA1、TSPYL5、ZNF568、ZNF569、ZNF610、ZNF671、ZNF682、CDKN2A、DIO3、および/もしくはHUNK遺伝子のヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含むDNA分子と関連する差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる。一部の実施形態では、差次的にメチル化されたドメインは、遺伝子座標:
保存される。一部の実施形態では、メチル化DNAパターンは、-10℃から30℃の間の範囲の温度で、組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される。
本発明は、DNAメチル化アッセイの正確さを増加させる方法であって、対象から試料を得るステップと;試料を保存溶液(例えば、本明細書に開示された保存溶液)で処置するステップと;試料をアッセイして目的の核酸配列におけるDNAメチル化パターンを決定するステップとを含み、保存溶液による処置がメチル化アッセイの正確さを増加させる、方法をさらに提供する。前述の方法の特定のこのような実施形態では、誤診の割合が低減される。ある特定の実施形態では、試料は食道試料である。ある特定のこのような実施形態では、試料は、食道を、細胞ブラシまたはバルーンと接触させることにより得られる。ある特定の実施形態では、目的の核酸配列は、ビメンチン遺伝子またはCCNA1遺伝子、またはその断片である。
発明の詳細な説明
一般に、新生物は、染色体不安定性、マイクロサテライト不安定性、およびCpGアイランドメチル化形質(CIMP)と呼ばれる少なくとも3つの異なる経路のうちの1つを通じて発症する可能性がある。一部の重複はあるが、これらの経路は幾分異なる生物学的挙動を呈する傾向がある。腫瘍または異形成発症の経路、関与する標的遺伝子、および遺伝子不安定性の根底にある機構を理解することにより、異なるタイプの新生物または異形成を検出し処置する戦略を実行することが可能である。
一般に、新生物は、染色体不安定性、マイクロサテライト不安定性、およびCpGアイランドメチル化形質(CIMP)と呼ばれる少なくとも3つの異なる経路のうちの1つを通じて発症する可能性がある。一部の重複はあるが、これらの経路は幾分異なる生物学的挙動を呈する傾向がある。腫瘍または異形成発症の経路、関与する標的遺伝子、および遺伝子不安定性の根底にある機構を理解することにより、異なるタイプの新生物または異形成を検出し処置する戦略を実行することが可能である。
ある特定の標的遺伝子は、その標的遺伝子の5’隣接またはプロモーター領域でのCpGアイランドの差次的メチル化によりサイレンシングまたは不活化されることがある。CpGアイランドはDNA配列中のシトシン-グアノシン残基のクラスターであり、この残基は、本発明者らのゲノム中の約半分の遺伝子の5’隣接領域またはプロモーター領域で顕著に表される。本開示は、ある特定の保存溶液が、他の溶液と比較して試料中のDNAメチル化パターンを驚くほどに保存するという認識に少なくとも部分的に基づく。
A.定義
便宜上、明細書、実施例、および添付されている特許請求の範囲で用いられるある特定の用語がここに集められている。他に定義されていなければ、本明細書で使用される専門用語および科学用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。
便宜上、明細書、実施例、および添付されている特許請求の範囲で用いられるある特定の用語がここに集められている。他に定義されていなければ、本明細書で使用される専門用語および科学用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。
本明細書に記載されている方法および材料に類似するかまたは等価である方法および材料を本発明の実行または試験において使用することが可能であるが、適切な方法および材料は下に記載されている。材料、方法および実施例は説明的なものにすぎず、限定的であることを意図していない。本明細書で言及される公報、特許および他の文書はすべて参照によりその全体が組み込まれる。
本明細書に記載されている本発明のそれぞれの実施形態は、単独でとってもよく、本発明の1つまたは複数の他の実施形態と組み合わせてとってもよい。
本明細書全体を通じて、単語「含む(comprise)」または「含む(comprises)」もしくは「含む(comprising)」などの変形は、述べられている整数または整数の群を含むが、他のいかなる整数または整数の群も排除しないことを意味すると理解される。
冠詞「1つの(a)」および「1つの(an)」は、本明細書では、冠詞の文法的目的語の1つまたは1つよりも多く(すなわち、少なくとも1つ)を指すために使用される。例として、「1つの要素(an element)」とは1つの要素または1つよりも多い要素を意味する。
用語「約」または「およそ」は、当業者によって決定された特定の値の許容される誤差範囲内(その値が測定または決定される方法に部分的に依存することになる)、すなわち測定系の限界を意味する。例えば、「約」は、当技術分野で実践されるごとに、1または1を超える標準偏差以内を意味し得る。代わりに、「約」は、所与の値を最大20%、最大15%、最大10%、最大5%、もしくは最大1%を超えるかまたはそれを下回る範囲を意味し得る。
用語「アデノーマ」は、本明細書では、上皮組織の任意の前がん性新生物または良性腫瘍、例えば、胃腸管、膵臓、および/または膀胱の前がん性新生物を記述するために使用される。
本明細書の用語「血液由来画分」とは、全血の成分(単数または複数)を指す。全血は液体部分(すなわち、血漿)および固体部分(すなわち、血液細胞)を含む。血液の液体および固体部分はそれぞれ複数の成分、例えば、血漿中の異なるタンパク質または固体部分中の異なる細胞型で構成されている。これらの成分の1つまたはこれらの成分のいずれかの混合物は、そのような画分が全血で見出される1つまたは複数の成分を失っている限り、血液由来画分である。
用語「食道」は、口腔の背部から、縦隔の後部を下に通過して横隔膜を通って胃にまでまたがる消化器系の上部を包含することが意図されている。
用語「食道がん」は、本明細書では、食道の任意のがん性新生物を指すために使用される。
本明細書で使用される「バレット食道」とは、食道の下部の細胞の異常な変化(化生)を指す。バレットは食道での腸上皮化生の所見により特徴付けられる。
食道の「擦過物」は、本明細書で言及されるように、当技術分野で公知のあらゆる手段を使用して得ることができる。一部の実施形態では、擦過物は、食道を、ブラシ、細胞ブラシ、スポンジ、バルーン、または食道と接触して食道試料を得るあらゆるその他のデバイスもしくは物質と接触させることにより得られる。
「細胞」、「宿主細胞」または「組換え宿主細胞」は、本明細書では互換的に使用される用語である。このような用語は、特定の対象細胞に加えて、そのような細胞の後代または生じ得る後代も指すと理解される。突然変異または環境の影響のためにある特定の改変が次の世代で起こることがあるので、そのような後代は、実際には親細胞と同一ではない場合があるが、それでも本明細書で使用される用語の範囲内に含まれる。
用語「化合物」、「試験化合物」、「薬剤」、および「分子」は、本明細書では互換的に使用され、ペプチド、核酸、炭水化物、小有機分子、天然産物抽出ライブラリー、および任意の他の分子(化学物質、金属、および有機金属化合物を含むがこれらに限定されない)を含むがこれらに限定されないことが意図されている。
本明細書の用語「化合物変換DNA」は、DNA中の非メチル化C塩基を異なるヌクレオチド塩基に変換する化学化合物で処理されているまたはこれと反応させているDNAを指す。例えば、1つのそのような化合物は亜硫酸水素ナトリウムであり、これは非メチル化CをUに変換する。変換感受性シトシンを含有するDNAが亜硫酸水素ナトリウムで処理される場合、化合物変換DNAはCに代わってUを含有することになる。亜硫酸水素ナトリウムで処理されるDNAがメチルシトシンのみを含有する場合、化合物変換DNAはメチルシトシンに代わってウラシルを含有することはない。
本明細書で使用される用語「脱メチル化剤」とは、薬剤で処理するとメチル化により発現停止されていた標的遺伝子の活性および/または遺伝子発現を回復させる薬剤を指す。そのような薬剤の例は、5-アザシチジンおよび5-アザ-2’-デオキシシチジンを限定せずに含む。
用語「検出」は、本明細書では、生体試料中のマーカー、またはマーカーの変化(例えば、マーカーのメチル化状態の変化などの)を観察する任意のプロセスを指すために使用され、マーカーまたはマーカーの変化が実際に検出されるかどうかは関係がない。他の実施形態では、たとえマーカーが存在しないまたは感度のレベルより下であると判定されようとも、マーカーまたはマーカーの変化について試料を探索する行為が「検出」である。検出は定量的、半定量的または非定量的観察でもよい。
用語「差次的にメチル化されたヌクレオチド配列」または「差次的にメチル化されたドメイン」は、がん組織もしくは細胞株ではメチル化されているが正常組織もしくは細胞株ではメチル化されていないことが分かっているゲノム遺伝子座/標的遺伝子の領域を指すか、または正常組織もしくは細胞株においてメチル化されているよりもがん組織もしくは細胞株においてメチル化されている程度が低いことが分かっているゲノム遺伝子座/標的遺伝子の領域を指す。
本明細書で使用される用語「新生物」とは、組織の異常な成長を指す。本明細書で使用される場合、用語「新生物」はがん性および非がん性腫瘍、ならびにバレット食道(本明細書では化生と呼ばれる場合もある)および異形成のあるバレット食道を指すために使用してもよい。一部の実施形態では、異形成のあるバレット食道は高悪性度の異形成のあるバレット食道である。一部の実施形態では、異形成のあるバレット食道は低悪性度の異形成のあるバレット食道である。一部の実施形態では、新生物はがん(例えば、食道腺癌)である。
「胃腸新生物」とは、上部および下部胃腸管の新生物を指す。当技術分野で一般に理解されるように、上部胃腸管は食道、胃、および十二指腸を含み、下部胃腸管は小腸の残りの部分および大腸のすべてを含む。
用語「健康な」、「正常な」、および「非新生物の」は、本明細書では互換的に使用されて、新生物などの疾患状態を欠く(少なくとも検出限界まで)対象または特定の細胞もしくは組織を指す。
「相同性」または「同一性」または「類似性」とは、2つのペプチド間のまたは2つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性および同一性はそれぞれ、比較を目的に整列させてもよいそれぞれの配列での位置を比較することにより判定することが可能である。比較される配列中の等価の位置が同じ塩基またはアミノ酸により占められている場合、分子はその位置で同一であり、等価な部位が同じまたは類似するアミノ酸残基(例えば、立体的および/または電子的性質が類似している)により占められる場合、分子はその位置で相同である(類似している)と呼ぶことが可能である。相同性/類似性または同一性の百分率としての表現とは、比較される配列により共有される位置での同一のまたは類似するアミノ酸の数の関数を指す。「関係のない」または「非相同性」である配列は、一部の実施形態では、本発明の配列と40%未満の同一性、特定の実施形態では、25%未満の同一性を共有する。2つの配列を比較する際に、残基(アミノ酸または核酸)が存在しないことまたは余分な残基が存在することも同一性および相同性/類似性を減らす。
用語「相同性」は、類似する機能またはモチーフを有する遺伝子またはタンパク質を同定するために使用される配列類似性の数学的基礎の比較を記述する。本発明の核酸およびタンパク質配列は、公表されているデータベースに対して検索を実施して、例えば、他のファミリーのメンバー、関連する配列または相同体を同定するための「クエリー配列」として使用してもよい。そのような検索は、Altschulら、(1990年)J Mol. Biol.215巻:403~10頁のNBLASTおよびXBLASTプログラム(バージョン2.0)を使用して実施することが可能である。本発明の核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得るために、BLASTヌクレオチド検索をNBLASTプログラム、スコア=100、ワード長=12を用いて実施することが可能である。本発明のタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を得るために、BLASTタンパク質検索をXBLASTプログラム、スコア=50、ワード長=3を用いて実施することが可能である。比較目的でギャップドアライメントを得るため、Altschulら、(1997年)Nucleic Acids Res.25巻(17号):3389~3402頁に記載される通りにギャップドBLASTを利用することが可能である。BLASTおよびギャップドBLASTプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム(例えば、XBLASTおよびBLAST)のデフォルトパラメーターを使用することが可能である。www.ncbi.nlm.nih.gov.を参照されたい。
本明細書で使用される場合、「同一性」は、配列マッチングを最大にするように、すなわち、ギャップおよび挿入を考慮に入れて配列を整列させた場合、2つまたはそれよりも多い配列において対応する位置での同一のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の百分率を意味する。同一性は、(Computational Molecular Biology、Lesk, A. M.編、Oxford University Press、New York、1988年;Biocomputing: Informatics and Genome Projects、Smith, D. W.編、Academic Press、New York、1993年;Computer Analysis of Sequence Data、第I部、Griffin, A. M.、およびGriffin, H. G.編、Humana Press、New Jersey、1994年;Sequence Analysis in Molecular Biology、von Heinje, G.、Academic Press、1987年;ならびにSequence Analysis Primer、Gribskov, M.およびDevereux, J.編、M Stockton Press、New York、1991年;ならびにCarillo, H.、およびLipman, D.、SIAM J. Applied Math.、48巻:1073頁、1988年)に記載される方法を含むがこれらに限定されない公知の方法により容易に計算することが可能である。同一性を判定する方法は、試験されている配列間に最大の合致を与えるように設計されている。さらに、同一性を判定する方法は、公に利用可能なコンピュータプログラムに体系化されている。2つの配列間の同一性を判定するコンピュータプログラム法は、GCGプログラムパッケージ(Devereux, J.ら、Nucleic Acids Research 12巻(1号):387頁(1984年))、BLASTP、BLASTN、およびFASTA(Altschul, S. F.ら、J. Molec. Biol. 215巻:403~410頁(1990年)およびAltschulら、Nuc. Acids Res.25巻:3389~3402頁(1997年))を含むがこれらに限定されない。BLAST XプログラムはNCBIおよび他の出典から公に利用可能である(BLAST Manual、Altschul, S.ら、NCBI NLM NIH Bethesda、Md.20894;Altschul, S.ら、J. Mol. Biol. 215巻:403~410頁(1990年))。周知のスミスウォターマンアルゴリズムを使用して同一性を判定してもよい。
用語「含む(including)」は、語句「含むが限定されない」を意味するように本明細書では使用され、この語句と互換的に使用される。
DNAまたはRNAなどの核酸に関して本明細書で使用される用語「単離された」とは、天然には存在しない形態の分子を指す。さらに、「単離された核酸」は、断片として天然には存在しておらず、天然の状態で見出されないと予想される核酸断片を含むことが意図されている。
本明細書の用語「メチル化特異的PCR」(「MSP」)とは、化合物変換鋳型配列の増幅が実施されるポリメラーゼ連鎖反応を指す。2セットのプライマーがMSPにおいて使用するために設計される。それぞれのセットのプライマーはフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む。一部の実施形態では、1セットのプライマーは、メチル化特異的プライマーと呼ばれ、DNA内のCpGジヌクレオチドのC塩基がメチル化されていれば化合物変換鋳型配列を増幅させることになる。一部の実施形態では、別のセットのプライマーは、非メチル化特異的プライマーまたは非メチル化配列のためのプライマーなどと呼ばれ、DNA内のCpGジヌクレオチドのC塩基がメチル化されていなければ化合物変換鋳型配列を増幅させることになる。
本明細書で使用される場合、用語「核酸」とは、デオキシリボ核酸(DNA)、および、必要に応じて、リボ核酸(RNA)などのポリヌクレオチドを指す。この用語は、等価物として、ヌクレオチドアナログから作られるRNAまたはDNAのアナログ、ならびに記載されている実施形態に適用可能である場合は、一本鎖(センスまたはアンチセンスなどの)および二本鎖ポリヌクレオチドを含むとも理解されるべきである。
2つのDNA領域間の関係を記述する場合の「作動可能に連結している」とは、2つのDNA領域が互いに機能的に関係していることを意味するだけである。例えば、プロモーターまたは他の転写調節配列は、それがコード配列の転写を制御している場合にはコード配列に作動可能に連結している。
用語「または」は、本明細書では、文脈が他の方法で明白に示していなければ、用語「および/または」を意味するように使用され、この用語と互換的に使用される。
用語「タンパク質」および「ポリペプチド」は、本明細書では互換的に使用される。
「試料」は、分子マーカーもしくは、例えば、メチル化状態などの分子マーカーの変化の検出のために得たもしくは調製した任意の材料、または分子マーカーもしくは分子マーカーの変化の検出を目的に検出試薬もしくは検出デバイスと接触させる任意の材料を含む。
本明細書で使用される場合、「試料を得ること」は、アッセイを受ける対象から試料を直接回収すること、または(例えば、本明細書中に記載される保存溶液のいずれかにおいて)保存され後になってアッセイを受ける対象から試料を直接回収することを含む。代わりに、試料は第2当事者を介して得てもよい。すなわち、試料は、その試料を回収した、または他の方法でその試料を得た別の個人から、例えば、発送を介して得てもよい。
「保存溶液」は、一定の期間を通してDNA分子におけるメチル化パターンを保存する任意の溶液である。保存溶液は、「保存剤」と本明細書において称されてもよい。
「対象」とは、目的の任意の生物、一般的には、マウスなどの哺乳動物対象、特定の実施形態では、ヒト対象である。
本明細書で使用される場合、用語「特異的にハイブリダイズする」とは、一部の実施形態では、本発明の核酸プローブ/プライマーが、標的遺伝子以外の細胞内核酸(例えば、mRNAまたはゲノムDNA)への15%未満、10%未満、または5%未満のバックグランドハイブリダイゼーションを有するように、標的配列の少なくとも12、15、20、25、30、35、40、45、50もしくは100連続するヌクレオチド、またはそれと相補的な配列、またはその天然に存在する突然変異体にハイブリダイズする能力を指す。種々のハイブリダイゼーション条件を使用して特定のハイブリダイゼーションを検出してもよく、厳密性は主にハイブリダイゼーションアッセイの洗浄段階により判定される。一般に、高温および低塩分濃度は高厳密性を与え、低温および高塩分濃度は低厳密性を与える。低厳密性ハイブリダイゼーションは、例えば、50℃、約2.0×SSCでの洗浄により達成され、高厳密性は50℃、約0.2×SSCで達成される。厳密性についてのさらなる説明は本明細書中で提供される。
ポリペプチドに適用される場合、用語「実質的な配列同一性」とは、2つのペプチド配列が、例えば、デフォルトギャップを使用するプログラムGAPまたはBESTFITにより最適に整列される場合、少なくとも90パーセント配列同一性、一部の実施形態では、少なくとも95パーセント配列同一性、または少なくとも99パーセント配列同一性またはそれよりも多くを共有することを意味する。一部の実施形態では、同一ではない残基位置が保存的アミノ酸置換により異なる。例えば、電荷または極性などの類似する化学的特性を有するアミノ酸の置換はタンパク質の特性に影響を及ぼす可能性はない。例は、アスパラギンの代わりのグルタミンまたはアスパラギン酸の代わりのグルタミン酸を含む。
本明細書で使用される用語「Up10」とは、配列番号8の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列を指す。本明細書で使用される用語「Up10」とは、配列番号9の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。本明細書で使用される用語「Up10」とは、配列番号10の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。本明細書で使用される用語「Up10」とは、配列番号11の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。
本明細書で使用される用語「Up35-1」とは、配列番号12の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列を指す。本明細書で使用される用語「Up35-1」とは、配列番号13の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。本明細書で使用される用語「Up35-1」とは、配列番号14の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。本明細書で使用される用語「Up35-1」とは、配列番号15の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。
本明細書で使用される用語「Up35-2」とは、配列番号12の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列を指す。本明細書で使用される用語「Up35-2」とは、配列番号13の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。本明細書で使用される用語「Up35-2」とは、配列番号16の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。本明細書で使用される用語「Up35-2」とは、配列番号17の配列に対して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一性の配列またはその断片もしくは逆相補体を含むヌクレオチド配列も指す。
B.保存溶液
一部の実施形態では、本開示は、細胞試料中のDNAメチル化パターンを保存するための保存溶液を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、細胞試料中のDNAメチル化パターンを保存するための保存溶液を提供する。
一部の実施形態では、溶液は有機溶媒を含む。一部の実施形態では、有機溶媒は、メタノール、エタノール、イソプロパノール、またはクロロホルムのいずれか1つまたはその組合せである。一部の実施形態では、保存溶液はメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液はエタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液はイソプロパノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液はクロロホルムを含む。一部の実施形態では、保存溶液は水で希釈される。一部の実施形態では、保存溶液は、本明細書中に開示される有機溶媒のいずれかおよび水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または97%の有機溶媒を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%または3%未満の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに95%の有機溶媒および5%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約90%の有機溶媒および約10%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約85%の有機溶媒および約15%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約80%の有機溶媒および約20%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約75%の有機溶媒および約25%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約70%の有機溶媒および30%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約65%の有機溶媒および約35%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約60%の有機溶媒および約40%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約55%の有機溶媒および約45%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約50%の有機溶媒および約50%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約45%の有機溶媒および約55%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約40%の有機溶媒および約60%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約35%の有機溶媒および約65%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約30%の有機溶媒および約70%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約25%の有機溶媒および約75%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約20%の有機溶媒および約80%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約15%の有機溶媒および約85%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約10%の有機溶媒および約90%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに95%の有機溶媒および5%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約90%の有機溶媒および約10%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約85%の有機溶媒および約15%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約80%の有機溶媒および約20%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約75%の有機溶媒および約25%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約70%の有機溶媒および30%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約65%の有機溶媒および約35%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約60%の有機溶媒および約40%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約55%の有機溶媒および約45%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約50%の有機溶媒および約50%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約45%の有機溶媒および約55%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約40%の有機溶媒および約60%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約35%の有機溶媒および約65%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約30%の有機溶媒および約70%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約25%の有機溶媒および約75%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約20%の有機溶媒および約80%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約15%の有機溶媒および約85%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約10%の有機溶媒および約90%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに95%の有機溶媒および5%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約90%の有機溶媒および約10%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約85%の有機溶媒および約15%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約80%の有機溶媒および約20%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約75%の有機溶媒および約25%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約70%の有機溶媒および30%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約65%の有機溶媒および約35%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約60%の有機溶媒および約40%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約55%の有機溶媒および約45%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約50%の有機溶媒および約50%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約45%の有機溶媒および約55%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約40%の有機溶媒および約60%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約35%の有機溶媒および約65%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約30%の有機溶媒および約70%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約25%の有機溶媒および約75%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約20%の有機溶媒および約80%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約15%の有機溶媒および約85%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに約10%の有機溶媒および約90%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに10~90%の有機溶媒を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに20~80%の有機溶媒を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに25~75%の有機溶媒を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに30~70%の有機溶媒を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに35~65%の有機溶媒を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに40~60%の有機溶媒を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに45~55%の有機溶媒を含む。前述のある特定の実施形態では、保存溶液は、エチレンジアミン四酢酸(EDTA)を含まない。
一部の実施形態では、保存溶液はtrisおよび/またはBHT、ならびにメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液はメタノールベースの緩衝剤である。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに100%のメタノールを含む。一部の実施形態では、メタノールは過酸化物を含まない。一部の実施形態では、メタノールはPeroxide-Free/Sequencing methanol(Fisher BioReagents)である。一部の実施形態では、メタノールは超純水メタノールである。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHTと、メタノールと別の液体との混合物を含む。一部の実施形態では、他の液体は水である。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または97%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、または3%未満の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、95%のメタノールおよび5%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約90%のメタノールおよび約10%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約85%のメタノールおよび約15%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約80%のメタノールおよび約20%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約75%のメタノールおよび約25%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約70%のメタノールおよび30%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約65%のメタノールおよび約35%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約60%のメタノールおよび約40%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約55%のメタノールおよび約45%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約50%のメタノールおよび約50%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約45%のメタノールおよび約55%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約40%のメタノールおよび約60%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約35%のメタノールおよび約65%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約30%のメタノールおよび約70%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約25%のメタノールおよび約75%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約20%のメタノールおよび約80%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約15%のメタノールおよび約85%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約10%のメタノールおよび約90%の水を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、95%のメタノールおよび5%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約90%のメタノールおよび約10%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約85%のメタノールおよび約15%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約80%のメタノールおよび約20%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約75%のメタノールおよび約25%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約70%のメタノールおよび30%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約65%のメタノールおよび約35%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約60%のメタノールおよび約40%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約55%のメタノールおよび約45%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約50%のメタノールおよび約50%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約45%のメタノールおよび約55%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約40%のメタノールおよび約60%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約35%のメタノールおよび約65%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約30%のメタノールおよび約70%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約25%のメタノールおよび約75%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約20%のメタノールおよび約80%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約15%のメタノールおよび約85%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約10%のメタノールおよび約90%の水から本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、95%のメタノールおよび5%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約90%のメタノールおよび約10%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約85%のメタノールおよび約15%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約80%のメタノールおよび約20%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約75%のメタノールおよび約25%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約70%のメタノールおよび30%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約65%のメタノールおよび約35%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約60%のメタノールおよび約40%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約55%のメタノールおよび約45%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約50%のメタノールおよび約50%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約45%のメタノールおよび約55%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約40%のメタノールおよび約60%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約35%のメタノールおよび約65%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約30%のメタノールおよび約70%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約25%のメタノールおよび約75%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約20%のメタノールおよび約80%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約15%のメタノールおよび約85%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、約10%のメタノールおよび約90%の水からなる。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに10~90%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに20~80%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに25~75%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに30~70%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに35~65%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに40~60%のメタノールを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、trisおよび/またはBHT、ならびに45~55%のメタノールを含む。一部の実施形態では、水は蒸留によって精製されている。一部の実施形態では、水は限外濾過によって精製されている。一部の実施形態では、水は逆浸透によって精製されている。一部の実施形態では、水はDNaseおよび/またはDNase活性を有さない。一部の実施形態では、水はRNaseおよび/またはRNase活性を有さない。一部の実施形態では、水はUltraPure(商標) DNase/RNase-Free Distilled Water(ThermoFischer Invitrogen)である。前述のある特定の実施形態では、保存溶液は、EDTAを含まない。
ある特定の実施形態では、trisは、約1mM~約250mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約100mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約90mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約80mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約70mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約60mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約50mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約40mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約30mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM~約20mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約5mM~約20mMの濃度で保存溶液中に存在する。ある特定の実施形態では、trisは、約5mM~約50mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約10mM~約20mMの濃度で保存溶液中に存在する。ある特定の実施形態では、trisは、約20mM~約250mMの濃度で保存溶液中に存在する。ある特定の実施形態では、trisは、約20mM~約100mMの濃度で保存溶液中に存在する。ある特定の実施形態では、trisは、約30mM~約70mMの濃度で保存溶液中に存在する。ある特定の実施形態では、trisは、約30mM~約50mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約1mM、約2mM、約3mM、約4mM、約5mM、約6mM、約7mM、約8mM、約9mM、約10mM、約11mM、約12mM、約13mM、約14mM、約15mM、約16mM、約17mM、約18mM、約19mM、または約20mMの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、trisは、約10mMの濃度で保存溶液中に存在する。ある特定の実施形態では、trisは、約15mM、約20mM、約25mM、約30mM、約35mM、約40mM、約45mM、約50mM、約55mM、約60mM、約65mM、約70mM、または約75mMの濃度で保存溶液中に存在する。ある特定の実施形態では、trisは、約50mMの濃度で保存溶液中に存在する。
一部の実施形態では、BHTは、約1ppm(例えば、mg/mL)~約500ppm(例えば、mg/mL)の濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約1ppm~約450ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約1ppm~約400ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約1ppm~約350ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約1ppm~約300ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約1ppm~約250ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約1ppm~約200ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約1ppm~約150ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約10ppm~約200ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約20ppm~約200ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約20ppm~約150ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約20ppm~約125ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約20ppm~約100ppmの濃度で保存溶液中に存在する。一部の実施形態では、BHTは、約25ppm~約100ppmの濃度で保存溶液中に存在する。
一部の実施形態では、保存溶液は洗浄剤を含む。一部の実施形態では、保存溶液はカオトロピック試薬を含む。一部の実施形態では、カオトロピック試薬は尿素を含む。一部の実施形態では、カオトロピック試薬はグアニジンである。
一部の実施形態では、保存溶液は金属イオン(例えば、カルシウム、鉄、マグネシウム、または亜鉛)を含まない。一部の実施形態では、保存溶液はカルシウムを含まない。一部の実施形態では、保存溶液はマグネシウムを含まない。一部の実施形態では、保存溶液は亜鉛を含まない。一部の実施形態では、保存溶液は鉄を含まない。
一部の実施形態では、保存溶液は中性pHである。一部の実施形態では、保存溶液は酸性pHではない。一部の実施形態では、保存溶液は5~9の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は5.5を超えるpHを有する。一部の実施形態では、保存溶液は6~9の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は7~9の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は7~8の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は7.4~7.5の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は6~8の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は6.2~7.8の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は6.5~7.5の間のpHである。一部の実施形態では、保存溶液は6.8~7.2の間のpHである。一部の実施形態では、pHは7.0である。一部の実施形態では、pHは7.1である。一部の実施形態では、pHは7.2である。一部の実施形態では、pHは7.3である。一部の実施形態では、pHは7.4である。一部の実施形態では、pHは7.5である。一部の実施形態では、pHは7.6である。一部の実施形態では、pHは8.0である。一部の実施形態では、保存溶液は生理学的pHである。
一部の実施形態では、保存溶液は過酸化物を含まない。一部の実施形態では、保存溶液は、0.1%、0.05%、0.01%、0.005%または0.001%未満の過酸化物を含む。
一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれかは、生体試料中の標的DNA配列/標的遺伝子におけるメチル化パターンを、室温(23℃)で、少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ
月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存することが可能である。一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれかは、生体試料中の標的DNA配列/標的遺伝子におけるDNAメチル化パターンを、4℃で、少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存することが可能である。一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれかは、生体試料中の標的DNA配列/標的遺伝子におけるDNAメチル化パターンを、-10℃で、少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存することが可能である。ある特定の実施形態では、保存溶液は、50℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、45℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、40℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、37℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、35℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、30℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、25℃未満の温度で維持される。
月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存することが可能である。一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれかは、生体試料中の標的DNA配列/標的遺伝子におけるDNAメチル化パターンを、4℃で、少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存することが可能である。一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれかは、生体試料中の標的DNA配列/標的遺伝子におけるDNAメチル化パターンを、-10℃で、少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存することが可能である。ある特定の実施形態では、保存溶液は、50℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、45℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、40℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、37℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、35℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、30℃未満の温度で維持される。ある特定の実施形態では、保存溶液は、25℃未満の温度で維持される。
一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれかは、対象から得た生体試料中の標的DNA配列/標的遺伝子におけるDNAメチル化パターンを保存する。一部の実施形態では、生体試料中の標的DNA配列/標的遺伝子の複製の少なくとも75%、80%、85%、90%、95%または100%の標的DNA配列/標的遺伝子において保存されたメチル化パターンは、参照標的DNA配列と関連するメチル化パターン(例えば、参照の差次的にメチル化されたドメイン)と比べた場合、本明細書中に開示される保存溶液のいずれか中で、一定期間(例えば、21日間)後に、同じかまたはほとんど同じメチル化パターンを有する。一部の実施形態では、一定期間保存溶液中に保存される標的DNA配列/標的遺伝子は、一定期間(例えば、21日間)保存溶液中に保存されていたDNA分子の標的配列が参照標的DNA配列のメチル化パターン(例えば、参照の差次的にメチル化されたドメイン)と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または100%同じであるメチル化パターンを有する場合、参照標的DNA分子のほとんど同じメチル化パターンを有すると考えられる。一部の実施形態では、参照標的DNA分子または参照標的DNA配列は、メチル化パターンが参照細胞(例えば、健康な対照細胞)に対して以前に決定されたDNA分子/配列である。一部の実施形態では、参照標的DNA分子または参照標的DNA配列は、メチル化パターンが、対象からの試料の単離後に試料中で決定されたDNA分子/配列である。一部の実施形態では、参照標的DNA配列のメチル化パターンは、対象から参照標的DNA配列を含む試料を得た後に、1時間、2時間、4時間、6時間、12時間、18時間、または1日を超える間の参照標的DNA配列の保存前に、決定される。好ましい実施形態では、参照標的DNA配列/分子は、保存される標的DNA配列/分子が比較される細胞型と同じ細胞型(例えば、食道新生物細胞)に由来する。
一部の実施形態では、保存溶液中に保存されたDNA分子の差次的にメチル化されたドメインのメチル化パターンは、参照DNA分子の参照の差次的にメチル化されたドメインにおいてメチル化されることが公知のCpGの少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%が、一定期間(例えば、21日間)後に保存されたDNA分子の差次的にメチル化されたドメインにおいてメチル化されている場合に、保存されると考えられる。一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれか中で一定期間(例えば、21日間)保存された試料中のDNA分子の少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、または100%が、保存されたメチル化パターンを有する。
C.標的遺伝子
一部の実施形態では、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかを使用して、本明細書中に開示される標的遺伝子のいずれかのメチル化パターンを保存することができる。本明細書で使用される用語「標的遺伝子」は、特定の遺伝子、ならびにその相補体および/または断片と関連する全ての非コードおよびコード領域を含む。例えば、用語「標的遺伝子」は、いずれかの特定の遺伝子のコード領域の上流の調節配列を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、目的の特定の遺伝子(例えば、ビメンチンまたはCCNA1)のプロモーター、リプレッサー、エンハンサー、サイレンサー、イントロン、およびエクソンを含む。特定の実施形態では、標的遺伝子は、CpGアイランドが本発明者らのゲノム中の約半分の遺伝子の5’隣接領域またはプロモーター領域で顕著に表されるため、その標的遺伝子の5’隣接またはプロモーター領域を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子のメチル化パターンは、目的の特定の遺伝子の断片に対して、例えば、その標的遺伝子の5’隣接またはプロモーター領域の一部に対して決定されるにすぎない。特定の実施形態では、用語「標的遺伝子」とは、遺伝子の差次的にメチル化されたドメインを指す。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかを使用して、本明細書中に開示される標的遺伝子のいずれかのメチル化パターンを保存することができる。本明細書で使用される用語「標的遺伝子」は、特定の遺伝子、ならびにその相補体および/または断片と関連する全ての非コードおよびコード領域を含む。例えば、用語「標的遺伝子」は、いずれかの特定の遺伝子のコード領域の上流の調節配列を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、目的の特定の遺伝子(例えば、ビメンチンまたはCCNA1)のプロモーター、リプレッサー、エンハンサー、サイレンサー、イントロン、およびエクソンを含む。特定の実施形態では、標的遺伝子は、CpGアイランドが本発明者らのゲノム中の約半分の遺伝子の5’隣接領域またはプロモーター領域で顕著に表されるため、その標的遺伝子の5’隣接またはプロモーター領域を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子のメチル化パターンは、目的の特定の遺伝子の断片に対して、例えば、その標的遺伝子の5’隣接またはプロモーター領域の一部に対して決定されるにすぎない。特定の実施形態では、用語「標的遺伝子」とは、遺伝子の差次的にメチル化されたドメインを指す。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、ビメンチン、CCNA1、FER1L4、VAV3、DOCK10、ADCY1、BMP3、CD1D、ELMO1、ELOVL2、LRRC4、NDRG4、SFMBT2、ST8SIA1、TSPYL5、ZNF568、ZNF569、ZNF610、ZNF671、ZNF682、CDKN2A、DIO3、HUNK、Up35-1、Up35-2もしくはUp10、またはその断片および/もしくは相補体のいずれか1つまたは複数である。一部の実施形態では、標的遺伝子は、差次的メチル化を、例えば、これらに限定されないが、食道の異形成または新生物のような組織の異形成または新生物を識別または検出するために使用することができる遺伝子であってもよい。他のゲノムの遺伝子座の差次的にメチル化されたドメイン(DMR)の例を表1に表す:
一部の実施形態では、標的遺伝子は、表1に開示されるヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、ビメンチン遺伝子の少なくとも一部を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号1のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号2のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号3のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号4のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号5のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号18のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、米国特許第9,580,754号(その特許は参照により本明細書に完全に組み込まれている)に開示されるビメンチンヌクレオチド配列のいずれか1つのヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、Hg19座標:chr10:17,270,838~17,271,347に対応するヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるビメンチンヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、Hg19座標:chr10:17,270,838~17,271,717に対応するヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるビメンチンヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、Hg19座標:chr10:17271442~17271547に対応するヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるビメンチンヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号5のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるビメンチンヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、Hg19座標chr13:37005805~37006194に対応するヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるCCNA1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、Hg19座標chr13:37005856~37006031に対応するヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるCCNA1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号6のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるCCNA1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号7のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるCCNA1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp10ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号9のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp10ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号10のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp10ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は配列番号11のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp10ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号12のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号13のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号14のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号15のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号12のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号13のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号16のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号17のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるUp35-2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号19のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるADCY1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号20のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるBMP3ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号21のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるBMP3ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号22のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるCD1Dヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号23のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるCDKN2Aヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号24のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるCDKN2Aヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号25のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるDIO3ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号26のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるDOCK10ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号27のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるELMO1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号28のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるELOVL2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号29のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるFER1L4ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号30のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるHUNKヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号31のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるLRRC4ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号32のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるNDRG4ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号33のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるSFMBT2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、列番号34のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるSFMBT2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号35のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるSFMBT2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号36のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるSFMBT2ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号37のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるST8S1A1ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号38のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるTSPYL5ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号39のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるVAV3ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号40のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるZNF568ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号41のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるZNF568ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号42のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるZNF569ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号43のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるZNF610ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号44のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるZNF671ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、標的遺伝子は、配列番号45のヌクレオチド配列と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるZNF682ヌクレオチド配列、またはその断片および/もしくは相補体を含む。
一部の実施形態では、本明細書中に開示される標的遺伝子断片のいずれかは、長さが少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、250、300、350、400、450、500、550、600、700、800、900、または1000ヌクレオチドである。特定の実施形態では、断片は、長さが少なくとも20ヌクレオチドである。一部の実施形態では、本明細書中に開示される標的遺伝子断片のいずれかは、長さが10~1000ヌクレオチドの間、10~500ヌクレオチドの間、10~250ヌクレオチドの間、10~200ヌクレオチドの間、10~150ヌクレオチドの間、10~100ヌクレオチドの間、10~50ヌクレオチドの間、10~25ヌクレオチドの間、10~20ヌクレオチドの間、25~50ヌクレオチドの間、50~75ヌクレオチドの間、25~100ヌクレオチドの間、50~100ヌクレオチドの間、50~150ヌクレオチドの間、100~200ヌクレオチドの間、50~250ヌクレオチドの間、または100~250ヌクレオチドの間である。
D.生体試料
一部の実施形態では、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかは、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを保存する際に使用するためのものである。試料は、事実上目的の任意の生体材料、例えば対象からとられる細胞の集合であってよい。例えば、試料は、対象からの体液試料、対象からの組織試料、対象からの固体もしくは半固体の試料、対象に由来する材料の一次細胞培養もしくは組織培養、細胞系からの細胞、または細胞もしくは組織培養からの培地もしくは他の細胞外材料、または異種移植(第2の対象、例えば免疫不全マウスにおいて培養された、第1の対象、例えばヒトからのがんの試料を意味する)であってよい。本明細書で用いる用語「試料」は、対象から直接的に得られる生体材料(一次試料と記載されることがある)、ならびに一次試料の任意の操作された形態または部分を包含するものである。試料は、生体材料を外因性液体と接触させ、接触させた生体材料の一部分を含有する洗浄液の生成をもたらすことによって得ることもできる。さらに、用語「試料」は、それが1つまたは複数の添加剤、例えば保存剤、キレーター、抗凝固因子等と混合された後の一次試料を包含するものである。一部の実施形態では、試料は、細胞擦過および/またはバルーンによって得られる。一部の実施形態では、試料は、対象の胃食道接合部から得られる。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかは、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを保存する際に使用するためのものである。試料は、事実上目的の任意の生体材料、例えば対象からとられる細胞の集合であってよい。例えば、試料は、対象からの体液試料、対象からの組織試料、対象からの固体もしくは半固体の試料、対象に由来する材料の一次細胞培養もしくは組織培養、細胞系からの細胞、または細胞もしくは組織培養からの培地もしくは他の細胞外材料、または異種移植(第2の対象、例えば免疫不全マウスにおいて培養された、第1の対象、例えばヒトからのがんの試料を意味する)であってよい。本明細書で用いる用語「試料」は、対象から直接的に得られる生体材料(一次試料と記載されることがある)、ならびに一次試料の任意の操作された形態または部分を包含するものである。試料は、生体材料を外因性液体と接触させ、接触させた生体材料の一部分を含有する洗浄液の生成をもたらすことによって得ることもできる。さらに、用語「試料」は、それが1つまたは複数の添加剤、例えば保存剤、キレーター、抗凝固因子等と混合された後の一次試料を包含するものである。一部の実施形態では、試料は、細胞擦過および/またはバルーンによって得られる。一部の実施形態では、試料は、対象の胃食道接合部から得られる。
ある特定の実施形態では、体液試料は血液試料である。この場合には、用語「試料」は、患者から直接的に得られる血液だけでなく、血液の画分、例えば血漿、血清、細胞画分(例えば、血小板、赤血球およびリンパ球)、タンパク質調製物、核酸調製物等も包含するものである。一部の実施形態では、体液は、胃に由来することができ、例えば、胃分泌、酸逆流または嘔吐であってよい。他の実施形態では、体液は、膵臓または膀胱によって分泌される液であってよい。他の実施形態では、体液は、唾液、唾または食道洗液であってよい。ある特定の実施形態では、組織試料は、胃腸管の粘膜からとられる生検である。他の実施形態では、組織試料は、例えば対象の食道からの擦過物である。
一部の実施形態では、生体試料は、胃腸管、気道消化管、気道、尿生殖器管、または体液のいずれかに由来する試料である。ある特定のこのような実施形態では、体液は、血液、尿、痰、唾液、便、胆汁、膵液、鼻汁、涙、精液、膣分泌物、脳脊髄液、胸膜液、腹水、胃液、心膜液、汗、リンパ液、嚢胞液、膵嚢胞液、滑液、関節液、月経液、子宮内膜洗浄液(endometrial washing)、胸部吸込物(breast aspirate)、または羊水のうちのいずれかである。一部の実施形態では、生体試料は、食道、胃、結腸、小腸、膵臓、肝臓、口腔、中咽頭、気管、気管支樹、肺、または乳房のいずれかに由来する試料である。
一部の実施形態では、生体試料は、対象由来の細胞、組織、または器官の少なくとも一部である。一部の実施形態では、試料は胃腸管由来の組織試料である。一部の実施形態では、試料は上部胃腸管由来の組織試料である。一部の実施形態では、試料は下部胃腸管由来の組織試料である。一部の実施形態では、試料は食道由来の細胞または組織試料である。一部の実施形態では、試料は胃由来の細胞または組織試料である。一部の実施形態では、試料は腸由来の細胞または組織試料である。一部の実施形態では、試料は結腸由来の細胞または組織試料である。
一部の実施形態では、試料は、以下の細胞型:膀胱(urinary bladder)、膵臓上皮、膵α細胞、膵β細胞、膵臓内皮、骨髄リンパ芽球、骨髄Bリンパ芽球、骨髄マクロファージ、骨髄赤芽球、骨髄樹状、骨髄脂肪細胞、骨髄骨細胞、骨髄軟骨細胞、前骨髄芽球、骨髄巨核芽球、膀胱(bladder)、脳Bリンパ球、脳神経膠、ニューロン、脳星状細胞、神経外胚葉、脳マクロファージ、脳ミクログリア、脳上皮、心筋細胞、皮質ニューロン、脳線維芽細胞、乳房上皮、結腸上皮、結腸Bリンパ球、食道上皮、乳腺上皮、乳腺筋上皮、乳腺線維芽細胞、結腸腸細胞、子宮頚部上皮、卵巣上皮、卵巣線維芽細胞、乳房管上皮、舌上皮、扁桃樹状、扁桃Bリンパ球、末梢血リンパ芽球、末梢血Tリンパ芽球、末梢血皮膚Tリンパ球、末梢血ナチュラルキラー、末梢血Bリンパ芽球、末梢血単球、末梢血骨髄芽球、末梢血単芽球、末梢血前骨髄芽球、末梢血マクロファージ、末梢血好塩基球、肝臓内皮、肝臓マスト、肝臓上皮、肝臓Bリンパ球、脾臓内皮、脾臓上皮、脾臓Bリンパ球、肝細胞、肝臓Alexander、肝臓線維芽細胞、肺上皮、気管支上皮、肺線維芽細胞、肺Bリンパ球、肺Schwann、肺扁平上皮、肺マクロファージ、肺骨芽細胞、神経内分泌、肺胞、胃上皮、および胃線維芽細胞のいずれか1つまたは複数の細胞を含む。
一部の実施形態では、試料は、1つまたは複数の新生細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、1つまたは複数の異形成細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、1つまたは複数のがん細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、1つまたは複数のがん細胞を含み、がん細胞は、以下のがんのいずれか1つまたは複数に関連する:急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、副腎皮質癌腫、小児副腎皮質癌、AIDS関連がん、カポジ肉腫(軟部組織肉腫)、AIDS関連リンパ腫(リンパ腫)、CNS原発リンパ腫(リンパ腫)、肛門がん、虫垂がん、消化管カルチノイド腫瘍、星状細胞腫、脳がん、非定型奇形腫様/横紋筋肉腫様腫瘍、皮膚がん、基底細胞癌、胆管がん、膀胱がん、小児膀胱がん、骨がん、ユーイング肉腫および骨肉腫および悪性線維性組織球腫、脳腫瘍、乳がん、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カルチノイド腫瘍、噴門がん、CNS原発リンパ腫、子宮頸がん、胆管細胞癌、胆管がん、脊索腫、慢性リンパ球性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄増殖性腫瘍、結腸がん、結腸直腸がん、頭蓋咽頭腫、皮膚T細胞リンパ腫、非浸潤性乳管癌(DCIS)、子宮内膜がん、子宮がん、上衣腫、食道がん、鼻腔神経芽細胞腫、頭頚部がん、ユーイング肉腫、骨がん、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、眼のがん、小児眼内黒色腫、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、卵管がん、骨の線維性組織球腫、悪性腫瘍、および骨肉腫、胆嚢がん、胃がん、消化管カルチノイド腫瘍、卵巣がん、精巣がん、妊娠性絨毛性疾患、ヘアリー細胞白血病、頭頚部がん、心臓腫瘍、肝臓がん、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、眼内黒色腫、島細胞腫瘍、膵神経内分泌腫瘍、カポジ肉腫、軟部組織肉腫、腎がん、ランゲルハンス細胞組織球症、咽頭がん、白血病、口唇および口腔がん、肺がん(非小細胞および小細胞)、リンパ腫、男性乳がん、骨の悪性線維性組織球腫および骨肉腫。黒色腫、皮膚がん、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性がん、潜在性原発の転移性扁平頚部がん、NUT遺伝子変化を有する正中線路癌、口腔がん(mouth cancer)、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫/形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成/骨髄増殖性腫瘍、骨髄性白血病(myelogenous leukemia)、慢性(CML)、骨髄性白血病(myeloid leukemia)、急性(AML)、骨髄増殖性腫瘍、鼻腔および副鼻腔がん、上咽頭がん、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、口腔がん、口唇および口腔がんならびに中咽頭がん、骨肉腫および骨の悪性線維性組織球腫、卵巣がん、膵臓がん、乳頭腫、傍神経節腫、副鼻腔および鼻腔がん、副甲状腺がん、陰茎がん、咽頭がん、褐色細胞腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、妊娠および乳がん、中枢神経系(CNS)原発リンパ腫、原発腹膜がん、前立腺がん、直腸がん、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺がん、肉腫、小児横紋筋肉腫、小児血管腫瘍、ユーイング肉腫、カポジ肉腫、骨肉腫、軟部組織肉腫、子宮肉腫、セザリー症候群、小細胞肺がん、小腸がん、軟部組織肉腫、皮膚の扁平細胞癌、潜在性原発の転移性扁平頚部がん、胃がん、T細胞リンパ腫、精巣がん、咽頭がん、上咽頭がん、中咽頭がん、下咽頭がん、胸腺腫および胸腺癌、甲状腺がん、腎盂および尿管の移行上皮がん、尿道がん、子宮がん、子宮内膜がん、子宮肉腫、膣がん、外陰がん、および/またはウィルムス腫瘍。特定の実施形態では、試料は、1つまたは複数の食道がん細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、1つまたは複数の結腸がん細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、1つまたは複数のバレット食道細胞を含む。
一部の実施形態では、試料は、本明細書中に開示される新生物のいずれか(例えば、食道腺癌)、本明細書中に開示されるがんのいずれか、または本明細書中に開示される異形成のいずれか(例えば、バレット食道)を有することが疑われる対象由来の細胞および/または組織を含む。この代わりに、対象はルーチンのスクリーニングを受けていてもよく、そのような異形成または新生物を有することが必ずしも疑われていなくてもよい。
対象は、一部の実施形態では、ヒト対象である。他の実施形態では、対象は非ヒト動物である。
ある特定の実施形態では、生体材料の別個の部分を得ることなく、生物体において本明細書に記載されるバイオマーカー(例えば、DNAメチル化またはタンパク質発現レベル)を直接的に検出することが可能であるかもしれない。このような場合には、用語「試料」は、検出工程に含まれる試薬またはデバイスと接触させた生体材料の部分を包含するものである。
ある特定の実施形態では、目的の標的遺伝子を含むDNAは、体液試料から得られる。体液の例は、血液、唾液、唾または食道洗液である。他の体液を使用することもできる。それらは対象から容易に得ることができ、複数の疾患についてスクリーニングするために使用することができるので、血液または血液由来の画分は特に有益であり得る。血液由来の画分は、血液、血清、血漿または他の画分を含むことができる。例えば、細胞画分は、5mlの全血を室温および重力の800倍で10分の間遠心分離することにより、「バフィーコート」(すなわち、白血球強化血液部分)として調製することができる。赤血球は最も急速に沈殿し、遠心管の中に一番下の画分として存在する。バフィーコートは、赤血球の上に薄いクリーム状の白色の層として存在する。血液の血漿部分は、バフィーコートの上の層を形成する。血液からの画分は、様々な他の方法で単離することもできる。1つの方法は、細胞の特定のサイズまたは密度について強化するために遠心分離で使用した勾配から1つまたは複数の画分をとることによる。
一部の実施形態では、DNAは試料から単離される。一部の実施形態では、用語「生体試料」または「試料」は、対象由来の細胞試料または組織試料または体液試料または便試料から単離されるDNAを指すために使用される。そのような試料からのDNAの単離の手順は、当業者に周知である。一般的に、そのようなDNA単離手順は、例えば、試料中に存在する任意の細胞の洗浄剤を使用した溶解を含む。細胞溶解の後、タンパク質は、一般的に様々なプロテアーゼを使用してDNAから取り出される。RNAは、RNaseを使用して取り出される。DNAは、次に一般的にフェノールで抽出され、アルコール中で沈殿させられ、水溶液に溶解される。
E.使用方法
一部の実施形態では、本開示は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかにおいて、本明細書中に開示される標的遺伝子のいずれか(またはその断片)のDNAメチル化パターンを保存する方法を提供する。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかに投与するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかと混合するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかで処置するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれか中で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-30℃から50℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-20℃から40℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-10℃から30℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、0℃から25℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、4℃から25℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-10℃から10℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、15℃から25℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、室温で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、23℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、40℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、50℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、4℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-10℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-30℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-30℃から50℃の間の範囲の温度で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかにおいて、本明細書中に開示される標的遺伝子のいずれか(またはその断片)のDNAメチル化パターンを保存する方法を提供する。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかに投与するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかと混合するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれかで処置するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、本明細書中に開示される生体試料のいずれかを、本明細書に記載されている保存溶液のいずれか中で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-30℃から50℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-20℃から40℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-10℃から30℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、0℃から25℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、4℃から25℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-10℃から10℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、15℃から25℃の範囲の温度で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、室温で保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、23℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、40℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、50℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、4℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-10℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-30℃で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、試料を保存溶液中に、-30℃から50℃の間の範囲の温度で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存するステップを含む。
一部の実施形態では、保存試料は、容器内に保存される。一部の実施形態では、容器はバイアルである。一部の実施形態では、容器はガラス製である。一部の実施形態では、容器はプラスチック製である。一部の実施形態では、容器はポリプロピレン製である。一部の実施形態では、容器はポリスチレン製である。一部の実施形態では、容器は、少なくとも5ml、10ml、15ml、20ml、25ml、30ml、35ml、40ml、50ml、75mlまたは100mlの体積を保持することが可能である。一部の実施形態では、容器は遠心バイアルである。一部の実施形態では、試料がバルーンによって収集される場合(例えば、食道試料を得る場合)、遠心バイアルは、バルーンおよびバイアルに添加された試料を完全に覆うことが可能である。一部の実施形態では、試料がバルーンによって収集される場合(例えば、食道試料を得る場合)、遠心バイアルは、60%~70%満たされたバルーンおよびバイアルに添加された試料を完全に覆うことが可能である。特定の実施形態では、遠心バイアルは、自立式の30mlポリプロピレン管(例えば、Evergreen Scientificを参照されたい)である。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書中に開示される容器のいずれか、および本明細書中に開示される保存溶液のいずれかを含むキットを提供する。一部の実施形態では、キットは、容器および保存溶液を使用するための使用説明書をさらに含む。一部の実施形態では、キットは、対象から試料を得るための機器(例えば、バルーン)をさらに含む。特定の実施形態では、キットは、trisおよび/またはBHTならびに50:50のメタノール:水を含む保存溶液を含む。さらなる実施形態では、キットは、trisおよび/またはBHTならびに50:50のメタノール:水を含む保存溶液を含み、キットは、30mlのポリプロピレン遠心バイアルである容器をさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書中に開示される試料のいずれかが、本明細書中に開示される保存溶液のいずれかを含む本明細書中に開示される容器のいずれかに添加されると、その後、容器はパッケージ内に配置される。一部の実施形態では、パッケージは封筒または箱である。一部の実施形態では、箱は段ボール箱である。一部の実施形態では、パッケージは宛名シールを含む。一部の実施形態では、箱は、試料を分析するために別の場所に輸送される。
一部の実施形態では、本明細書に記載されている保存溶液のいずれか中に保存された試料のいずれかは、本明細書中に開示される方法のいずれかにおいて使用することができる。一部の実施形態では、メチル化DNAを含む試料は、差次的にメチル化されたヌクレオチド配列を検出するためのアッセイにおいて使用することができる。ある特定の実施形態では、本出願は、差次的にメチル化されたヌクレオチド配列(例えば、ビメンチンおよび/またはCCNA1)を検出するためのアッセイを提供する。したがって、一部の実施形態では、差次的にメチル化されたヌクレオチド配列は、そのメチル化状態においては、本明細書に記載されている様々な方法および本出願の教示を考慮すれば当業者の視野の中に十分ある方法を使用した検出のための標的の役割をすることができる。
ある特定の態様では、メチル化ヌクレオチド配列(例えば、ビメンチンおよび/またはCCNA1)を検出するためのそのような方法は、メチル化C(すなわち、5mC)ではなく非メチル化Cを異なるヌクレオチド塩基に変換する化合物によるゲノムDNAの処理に基づく。1つのそのような化合物は、5mCではなくCをUに変換する亜硫酸水素ナトリウム(本明細書では単に「亜硫酸水素塩」とも呼ばれる)である。DNAの亜硫酸水素塩処理のための方法が、当技術分野で公知である(Hermanら、1996年、Proc Natl Acad Sci USA、93巻:9821~6頁;HermanおよびBaylin、1998年、Current Protocols in Human Genetics、N. E. A. Dracopoli編、John Wiley & Sons、2巻:10.6.1~10.6.10;米国特許第5,786,146号)。例示すると、非メチル化Cヌクレオチドを含有するDNA分子を亜硫酸水素ナトリウムで処理して化合物変換DNAになるとき、そのDNAの配列が変化する(C→U)。変換されたヌクレオチド配列におけるUの検出は、非メチル化Cを示す。
化合物変換ヌクレオチド配列に存在する異なるヌクレオチド塩基(例えば、U)は、様々な方法でその後検出することができる。特定の実施形態では、本開示は、「メチル化感受性PCR」(MSP)を使用して化合物変換DNA配列中のUを検出する方法を提供する(例えば、Hermanら、1996年、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、93巻:9821~9826頁;米国特許第6,265,171号;米国特許第6,017,704号;米国特許第6,200,756号を参照)。MSPでは、DNAの中のCpGジヌクレオチドにおけるC塩基がメチル化されるならば、1セットのプライマー(すなわち、フォワードおよびリバースプライマーを含む)が化合物変換鋳型配列を増幅する。このプライマーセットは、「メチル化特異的プライマー」と呼ばれる。5’隣接配列の中のCpGジヌクレオチドにおけるC塩基がメチル化されないならば、別のプライマーセットが化合物変換鋳型配列を増幅する。このプライマーセットは、「非メチル化特異的プライマー」と呼ばれる。
MSPでは、反応は、対象の試料からの化合物変換DNAを使用する。メチル化DNAのためのアッセイでは、メチル化特異的プライマーが使用される。DNAの標的配列のCpGジヌクレオチドの中のCがメチル化される場合には、ポリメラーゼの存在下でメチル化特異的プライマーが化合物変換鋳型配列を増幅し、MSP生成物が生成される。DNAの標的配列のCpGジヌクレオチドの中のCがメチル化されない場合には、ポリメラーゼの存在下でメチル化特異的プライマーは化合物変換鋳型配列を増幅せず、MSP生成物は生成されない。一部の実施形態では、本明細書に開示される亜硫酸水素塩で変換されたメチル化配列のいずれも、特定の適応症のためのマーカーとして使用される。
一部の実施形態では、非メチル化DNAの検出のために対照反応を実行することも、有益である。反応は、対象の試料からの化合物変換DNAを使用し、非メチル化特異的プライマーが使用される。DNAの標的配列のCpGジヌクレオチドの中のCがメチル化されない場合には、ポリメラーゼの存在下で非メチル化特異的プライマーが化合物変換鋳型配列を増幅し、MSP生成物が生成される。DNAの標的配列のCpGジヌクレオチドの中のCがメチル化される場合には、ポリメラーゼの存在下で非メチル化特異的プライマーは化合物変換鋳型配列を増幅せず、MSP生成物は生成されない。生体試料は、メチル化特異的プライマーによるシグナルを生成する新生物細胞と、非メチル化特異的プライマーによるシグナルを生成する正常な細胞性エレメントの両方の混合物をしばしば含有することに留意する。非メチル化特異的シグナルは対照反応としてしばしば有用であるが、この場合、メチル化特異的プライマーを使用した反応に由来する陽性シグナルによって示される通りに新生物の不在を暗示していない。
MSP反応のためのプライマーは、化合物変換鋳型配列に由来する。本明細書において、「由来する」は、プライマーの配列が、MSP反応においてプライマーが化合物変換鋳型配列を増幅するように選択されることを意味する。各プライマーは、長さが少なくとも8ヌクレオチドである一本鎖DNA断片を含む。一部の実施形態では、プライマーは長さが50ヌクレオチド未満であり、または、一部の実施形態では、長さが15から35ヌクレオチドである。化合物変換鋳型配列は、亜硫酸水素ナトリウムで処理される二本鎖DNAのワトソン鎖またはクリック鎖であってよいので、プライマー配列はワトソンまたはクリックの化合物変換鋳型配列のいずれがMSPにおいて増幅させるために選択されるかに依存する。ワトソンまたはクリック鎖のいずれかを、増幅させるために選択することができる。
化合物変換鋳型配列、したがってMSP反応の生成物は、一部の実施形態では、長さが20から3000ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが20から200ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが20から100ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが30から200ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが50から1000ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが50から100ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが50から200ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが50から500ヌクレオチドの間である。他の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが80から150ヌクレオチドの間である。一部の実施形態では、MSP反応の生成物は、長さが少なくとも20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240または250ヌクレオチドである。一部の実施形態では、メチル化特異的プライマーは、非メチル化特異的プライマーによって生成されたMSP生成物と異なる長さのMSP生成物をもたらす。
MSP生成物が反応アッセイにおいて生成されたかどうか判定するために、様々な方法を使用することができる。MSP生成物が反応において生成されたかどうか判定する1つの方法は、アガロースゲル電気泳動によって反応の一部を分析することである。例えば、0.6から2.0%のアガロースの水平アガロースゲルを作製し、MSP反応混合物の一部を、アガロースゲルを通して電気泳動にかける。電気泳動の後、アガロースゲルを臭化エチジウムで染色する。紫外線で照射の間にゲルを眺めるとき、MSP生成物は可視的である。標準化サイズのマーカーとの比較によって、MSP生成物が正しい予想サイズであるかどうか判定される。
生成物がMSP反応において作製されるかどうか判定するために、他の方法を使用することができる。1つのそのような方法は、「リアルタイムPCR」と呼ばれる。リアルタイムPCRは、蛍光計(すなわち、蛍光を測定する機器)を組み込むサーマルサイクラー(すなわち、PCR反応が起こるために必要な温度変化を提供する機器)を利用する。リアルタイムPCR反応混合物は、生成物へのその組込みを数量化することができ、その数量化が鋳型におけるその配列のコピー数を示す試薬も含有する。1つのそのような試薬は、二本鎖DNAに優先的に結合し、その蛍光が二本鎖DNAの結合によって大いに強化される、SYBRグリーンI(Molecular Probes,Inc.;Eugene、Oregon)と呼ばれる蛍光色素である。PCR反応をSYBRグリーンIの存在下で実行するとき、結果として生じるDNA生成物はSYBRグリーンIおよび蛍光に結合する。蛍光が検出され、蛍光計で数量化される。そのような技術は、PCR反応における生成物の量の数量化のために特に有益である。さらに、PCR反応からの生成物は、TaqManプローブおよび分子ビーコンを含む生成物にハイブリダイズする様々なプローブを用いて、「リアルタイムPCR」において定量化することができる。定量化は絶対ベースであってよいか、または構成的にメチル化されたDNA標準に相対的であってよいか、または非メチル化DNA標準に相対的であってもよい。1つの場合には、メチル化由来生成物対非メチル化由来生成物の比を構築することができる。
本開示によるDNAのメチル化を検出するための方法はMSPに限定されず、DNAメチル化を検出するための任意のアッセイを包含することができる。DNAのメチル化を検出する別の例示的方法は、「メチル化感受性」制限エンドヌクレアーゼを使用することによる。そのような方法は、対象から単離されたゲノムDNAをメチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼで処理し、制限エンドヌクレアーゼ処理DNAを次にPCR反応における鋳型として使用することを含む。本明細書では、認識配列の中のC塩基がメチル化されていないならば、メチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼはDNAの中の特異的配列を認識し、切断する。制限エンドヌクレアーゼの認識配列の中のC塩基がメチル化されているならば、DNAは切断されない。そのようなメチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼの例には、HpaII、SmaI、SacII、EagI、BstUIおよびBssHIIが限定されずに含まれる。この技術では、メチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼのための認識配列は、鋳型DNAの中の、PCR反応のために使用されるフォワードおよびリバースプライマーの間に位置する。メチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼ認識配列の中のC塩基がメチル化されていない場合には、エンドヌクレアーゼはDNA鋳型を切断し、DNAがPCR反応において鋳型として使用されるときにPCR生成物は形成されない。メチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼ認識配列の中のC塩基がメチル化される場合には、エンドヌクレアーゼはDNA鋳型を切断せず、DNAがPCR反応において鋳型として使用されるときにPCR生成物が形成される。したがって、C塩基のメチル化は、PCR生成物の不在または存在によって判定することができる(Kaneら、1997年、Cancer Res、57巻:808~11頁)。特定の実施形態では、この技術において、亜硫酸水素ナトリウムは使用されない。
DNAのメチル化を検出するさらに別の例示的方法は、改変MSPと呼ばれ、この方法は、化合物変換鋳型配列がCpGジヌクレオチドまたはUpGジヌクレオチドを含有するかどうかによって、MSP反応の生成物が制限エンドヌクレアーゼによる消化に感受性であるように設計され、選択されるプライマーを利用する。
DNAのメチル化を検出するためのさらに他の方法には、MS-SnuPE方法が含まれる。この方法は、化合物変換鋳型がCpGジヌクレオチドまたはUpGジヌクレオチドを含有するかどうかによって使用されるプライマーが生成物を生成する、プライマー伸長反応における鋳型として化合物変換DNAを使用する(例えば、Gonzalgoら、1997年、Nucleic Acids Res.、25巻:2529~31頁を参照)。
DNAのメチル化を検出する別の例示的な方法は、COBRA(すなわち、組み合わせた亜硫酸水素塩制限分析)と呼ばれる。この方法はDNAメチル化検出のために日常的に使用され、当技術分野で周知である(例えば、Xiongら、1997年、Nucleic Acids Res、25巻:2532~4頁を参照)。この技術では、認識配列の中のC塩基がメチル化されているならば、メチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼはDNAの中の特異的配列を認識し、切断する。制限エンドヌクレアーゼの認識配列の中のC塩基がメチル化されていないならば、DNAは切断されない。一部の実施形態では、本方法はメチル化感受性の制限エンドヌクレアーゼを利用する。
DNAのメチル化を検出する別の例示的な方法は、メチル化鋳型に由来する配列にハイブリダイズするプローブを含むアレイへの、化合物変換DNAのハイブリダイゼーションを必要とする。
DNAのメチル化を検出する別の例示的な方法は、メチル化DNAに結合する抗体またはメチル化DNAに結合する他のタンパク質によるメチル化DNAの沈殿、および、次に、沈殿中のDNA配列の検出を含む。DNAの検出は、PCRに基づく方法によって、アレイへのハイブリダイゼーションによって、または当業者に公知である他の方法によって実行することができる。
DNAのメチル化を検出する別の例示的方法は、亜硫酸水素塩で変換されたDNAに関して実行される定量的対立遺伝子特異的リアルタイム標的およびシグナル増幅(QuARTS)(例えば、Zou et al., 2012, Clin. Chem., 58:375-83を参照されたい)によるものである。
DNAのメチル化を検出する別の例示的方法は、メチル化によって改変されたDNA塩基を直接的に検出することができる単一分子リアルタイムシーケンシング(SMRT)およびDNAのナノポアベースのシーケンシング(例えば、Beaulerier et al., Nat Rev Genet, 2019, 20:157-172.を参照されたい)によるものである。SMRTは、一部の例では、Pacific Biosciences(PacBio)によって製造された機器(例えば、https://www.pacb.com/smrt-science/smrt-sequencing/epigenetics/を参照されたい)で実行することができる。
メチル化DNAを検出する別の例示的な方法は、メチル化および非メチル化鋳型に由来する変換されたDNAを増幅するメチル化に無関係なPCRプライマーを使用した、亜硫酸水素塩で変換されたDNAの標的領域の増幅を含む亜硫酸水素塩配列決定である。メチル化に無関係なプライマーは、メチル化に無関係でありかつ亜硫酸水素塩に特異的であるように、すなわち亜硫酸水素塩で変換された標的DNAだけを増幅し、非変換標的配列を増幅しないように、しばしば設計される。一部の実施形態では、増幅されたDNAは、次に、元の鋳型の中の各シトシン塩基を、メチル化の存在(シトシンの保持)またはメチル化の不在(チミジンへの変換)について各DNA配列リードの中で評価することを可能にする次世代配列決定方法によって特徴付けることができる。チミジンに変換されることに対してシトシンがシトシンとして保存されるDNAリードのパーセントによって、元の鋳型における各シトシン塩基のメチル化のパーセントを次に計算することができる。同様に、個々のDNAリードにおいて領域をメチル化または非メチル化として評価するための規則を判定し(すなわち、領域を「メチル化された」に分類する領域中のメチル化のためのカットオフを判定し)、次に、その領域がメチル化されたことが認められるDNAリードのパーセントを判定することによって、目的領域にわたるメチル化のパーセントを評価することができる。
ある特定の実施形態では、本開示は、化合物変換鋳型配列がCpGジヌクレオチドまたはUpGジヌクレオチドを含有するかを判定するために、MSP反応からもたらされる生成物を直接的に配列決定することを含む方法を提供する。PCR生成物を直接的に配列決定することなどの分子生物学技術は、当技術分野で周知である。
一部の実施形態では、DNAのメチル化は、全DNAの百分率として測定することができる。高レベルのメチル化は、1~100%のメチル化、例えば、1%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%または100%のメチル化であってよい。低レベルのメチル化は、0%~0.99%のメチル化、例えば、0%、0.1%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%であってよい。少なくとも一部の正常組織、例えば、正常な食道試料は、いかなる検出可能なメチル化も有しないかもしれない。
一部の実施形態では、本明細書中に開示される保存溶液のいずれか中で保存されたメチル化DNAは、例えば、腫瘍サプレッサー遺伝子として機能することができるポリペプチドをコードしてもよい。したがって、本出願は、試料中のそのようなポリペプチドを検出するための方法をさらに提供する。一部の実施形態では、本開示は、患者が疾患状態を有するかまたは有しないかを判定するためにそのようなポリペプチドをアッセイすることによる検出方法を提供する。さらに、そのような疾患状態は、そのようなポリペプチドの低下したレベルによって特徴付けることができる。ある特定の実施形態では、本開示は、そのようなポリペプチドを検出することによって患者ががんを有する可能性があるかまたはないかを判定するための方法を提供する。さらなる実施形態では、本開示は、患者が再発を起こしているかどうかを判定するための、または患者のがんが処置に応答しているかどうかを判定するための方法を提供する。
必要に応じて、そのような方法は、試料中のタンパク質の定量的測定を得ることを含む。この明細書を考慮すると、当業者は、タンパク質の存在を検出し、必要に応じて定量化するために用いることができる広範囲の技術を認識する。一部の実施形態では、タンパク質は抗体で検出される。多くの実施形態では、抗体に基づく検出アッセイは、対応するエピトープを有するタンパク質に抗体が結合する機会を有するように、試料および抗体を接触させることを含む。多くの実施形態では、抗体に基づく検出アッセイは、抗体-エピトープ複合体の存在を検出し、それによって対応するエピトープを有するタンパク質の存在の検出を達成するための系も一般的に含む。抗体は、酵素結合免疫吸着検定法(ELISA)、免疫沈降、ウエスタンブロットを含む、様々な検出技術において使用することができる。タンパク質を同定するための抗体非依存性技術を用いることもできる。例えば、質量分析は、特に液体クロマトグラフィーと一緒に、試料中の多数のタンパク質の検出および数量化を許す。タンパク質を同定するために二次元ゲル電気泳動を使用することもでき、質量分析または他の検出技術、例えばN末端タンパク質配列決定と併用することができる。目的のタンパク質のための特異的結合を有するRNAアプタマーを生成して、検出試薬として使用することもできる。試料は、用いる検出系と一貫している方法で一般的に調製するべきである。例えば、タンパク質検出系において使用される試料は、プロテアーゼの不在下で一般的に調製するべきである。同様に、核酸検出系において使用される試料は、ヌクレアーゼの不在下で一般的に調製するべきである。多くの場合には、抗体に基づく検出系で使用するための試料は、実質的な調製ステップに付されない。例えば、唾液および血液がそうであるように、尿を直接的に使用することができるが、ある特定の実施形態では、血液は、血漿および血清などの画分に分離される。
ある特定の実施形態では、本開示の方法は、本明細書に開示される保存溶液のいずれかにおいて保存される試料のいずれかにおいて、mRNAなどの発現される核酸の存在を検出することを含む。必要に応じて、本方法は、試料中の発現される核酸の定量的測定を得ることを含む。この明細書を考慮すると、当業者は、核酸の存在を検出し、必要に応じて定量化するために用いることができる広範囲の技術を認識する。核酸検出系は、試料の精製された核酸画分を調製し、その試料を直接検出アッセイまたは増幅工程とそれに続く検出アッセイに付すことを一般的に含む。増幅は、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写酵素(RT)および共役RT-PCRによって達成することができる。核酸の検出は、目的の核酸にハイブリダイズするプローブによって精製された核酸画分を探索することによって一般的に達成され、多くの場合には、検出は増幅を同様に含む。ノーザンブロット、ドットブロット、マイクロアレイ、定量的PCRおよび定量的RT-PCRの全ては、試料中の核酸を検出するための周知の方法である。
ある特定の実施形態では、本開示は、本明細書中に開示される保存試料のいずれか中で保存された試料のいずれかに由来する核酸のいずれかに特異的に結合する核酸プローブを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書中に開示される保存試料のいずれか中で保存された試料のいずれかに由来するDNA(必要に応じて、亜硫酸水素塩などの試薬で前処理されてもよい)から増幅された核酸に特異的に結合する核酸プローブを提供する。そのようなプローブは、例えば、蛍光性部分、放射性核種、酵素または親和性タグ、例えばビオチン部分で標識されてもよい。例えば、TaqMan(登録商標)系は、プローブが溶液中に遊離しているときに蛍光性シグナルがクエンチされ、プローブがより大きな核酸に組み込まれるときに明るいような方法で標識される核酸プローブを用いる。
がんを検出および/または診断するために、メチル化DNA(例えば、本明細書に記載されている保存溶液のいずれか中で保存されたメチル化DNA)、またはメチル化DNAのアンプリコン(または、例えば、亜硫酸水素塩で前処理されたDNAのアンプリコン)に向けられるモノクローナル抗体を使用した免疫シンチグラフィを使用することができる。例えば、99テクネチウム、111インジウム、125ヨウ素で標識されたメチル化された標的遺伝子(またはその亜硫酸水素塩で変換されたアンプリコン)に対するモノクローナル抗体を、そのような画像化のために効果的に使用することができる。当業者に明らかであるように、投与される放射性同位体の量は放射性同位体に依存する。当業者は、活性部分として使用される所与の放射性核種の比活性およびエネルギーに基づいて、投与される画像化剤の量を容易に製剤化することができる。一般的に、画像化剤の1用量につき0.1~100ミリキューリー、1~10ミリキューリーまたはしばしば2~5ミリキューリーが投与される。したがって、放射性部分にコンジュゲートされる標的化部分を含む画像化剤として有益な本発明による組成物は、0.1~100ミリキューリー、一部の実施形態では1~10ミリキューリー、一部の実施形態では2~5ミリキューリー、一部の実施形態では1~5ミリキューリーを含む。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される標的遺伝子、またはその断片もしくは相補体のいずれかのメチル化状態を検出するのに有益なデバイスを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される標的遺伝子、またはその断片もしくは相補体のメチル化状態を検出するのに有益な構成要素を含むキットを提供する。一部の実施形態では、キットは、対象から食道試料を収集するための嚥下可能なバルーンを含む。一部の実施形態では、キットは、本明細書に完全に組み込まれる、公開された米国出願2016/317132に開示される嚥下可能なバルーンデバイスのいずれかを含む。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載される標的遺伝子のいずれかを増幅するためのプライマー、および本明細書に開示される方法のいずれかを実行するための説明書を含むキットを提供する。一部の実施形態では、キットは亜硫酸水素塩をさらに含む。一部の実施形態では、キットは、対象から試料を収集するのに好適な物体をさらに含む(例えば、ブラシおよびまたはバルーン)。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に開示される治療剤のいずれか、および本明細書に開示される治療方法のいずれかを実行するための説明書を含むキットを提供する。
様々なアッセイフォーマットを使用することができるが、本開示に照らして、本明細書に明示的に記載されないものが、それにもかかわらず当技術分野の通常の技術の範囲内にあると考えられる。アッセイフォーマットは、そのような状態をタンパク質発現レベル、ヌクレオチド配列のメチル化状態、腫瘍抑制活性で近似させることができ、多くの異なる形態で生成することができる。多くの実施形態では、本開示は、無細胞系を含むアッセイおよびインタクトな細胞を利用する細胞に基づくアッセイを提供する。
一部の実施形態では、本開示は、対象からの試料中の標的遺伝子が参照標的遺伝子よりもメチル化されているかどうかを判定することによって、新生物(例えば、食道がん)または異形成(例えば、バレット食道)を有する対象を診断する方法を提供する。一部の実施形態では、対象は、標的遺伝子が参照標的遺伝子と比較して、少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%または100%多くメチル化されている場合、新生物または異形成を有することが判定される。一部の実施形態では、参照標的遺伝子は、健康な対照対象に由来する。
一部の実施形態では、本開示は、内視鏡などの処置または診断手法を受ける対象を選択するための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、食道異形成(例えば、バレット食道)または新生物(例えば、食道がん)を保有するリスクの増加した対象を同定することによって、内視鏡を受ける対象を選択するための方法を提供する。
診断に加えて、異形成または新生物(例えば、上部胃腸管の)を有することが知られていない対象からの試料中のマーカーのアッセイは、対象にとって予後診断であり得る(すなわち、疾患の可能な経過を示す)。実例を示すと、上部胃腸管の異形成または新生物を起こす素因を有する対象は、メチル化ヌクレオチド配列を有する可能性がある。対象からの試料中のメチル化された標的遺伝子(例えば、ビメンチンおよび/またはCCNA1)のアッセイは、例えば対象の上部胃腸管の新生物または異形成に対して特に有効である特定の療法または複数の療法を選択するために、または有効でない可能性がある療法を除外するために使用することもできる。
がんを有するかまたは有していたことが知られている対象からの試料中のメチル化された標的遺伝子(例えば、ビメンチンおよび/またはCCNA1)のアッセイも、有益である。例えば、本方法は、ある特定の対象のために療法が有効であるかどうかを同定するために使用することができる。1つまたは複数の試料を以下の療法の前におよびその後に同じ対象からとり、本明細書中に開示される保存溶液のいずれか中に保存し、標的遺伝子のメチル化パターンをアッセイする。療法の前にとられた試料において標的遺伝子がメチル化されており、療法の後に存在しない(または、より低いレベルである)との知見は、療法が有効で、変更する必要がないことを示している可能性がある。療法の前にとられた試料および療法の後にとられた試料において標的遺伝子がメチル化されている場合には、対象においてがんが低減される可能性を増加させるために療法を変更することが望ましいかもしれない。したがって、本方法は、療法への患者の応答を判定するために使用される、より侵襲性の手法を実行する必要性を不要にすることができる。
進行がん患者では、療法の後にがんは頻繁に再発する。この場合および他の場合には、本発明のアッセイは、本明細書中に開示される標的遺伝子のいずれかに位置する遺伝子のサイレンシングに関連するがんの状態を経時的にモニタリングするのに有益である。一部の実施形態では、がんが進行している対象では、第1の試料をとるときに一部または全ての試料においてDNAメチル化がなく、その後、第2の試料をとるときに1つまたは複数の試料において出現することがある。一部の実施形態では、がんが退行している対象では、第1の試料をとるときにDNAメチル化が1つまたはいくつかの試料に存在し、その後、第2の試料をとるときにこれらの試料の一部または全部において存在しないことがある。
本明細書に記載の方法は、正確さおよびDNAメチル化アッセイの正確さの増加を助ける。ある特定の実施形態では、本発明は、DNAメチル化アッセイの正確さを増加させる方法であって、対象から試料を得るステップと;試料を保存溶液(例えば、本明細書に開示された保存溶液)で処置するステップと;試料をアッセイして目的の核酸配列におけるDNAメチル化パターンを決定するステップとを含み、保存溶液による処置がメチル化アッセイの正確さを増加させる、方法を提供する。前述の方法のある特定の実施形態では、誤診の割合が低減される。ある特定の実施形態では、試料は食道試料である。特定のこのような実施形態では、試料は、食道を、細胞ブラシまたはバルーンと接触させることにより得られる。前述の方法のある特定の実施形態では、目的の核酸配列は、ビメンチン遺伝子またはCCNA1遺伝子、またはその断片である。
例示
本発明をここで一般的に説明したが、さらに以下の実施例を参照してより容易に理解される。しかしながらこのような実施例は、本発明のある特定の態様および実施形態を単に例示するために記載され、本発明を限定するものではない。
本発明をここで一般的に説明したが、さらに以下の実施例を参照してより容易に理解される。しかしながらこのような実施例は、本発明のある特定の態様および実施形態を単に例示するために記載され、本発明を限定するものではない。
(実施例1)
これらの研究は、Moinova et al. Science translational medicine. 2018;10(424)の公開された研究において特定されているビメンチン(VIM)遺伝子座およびCCNA1(CCNA1)遺伝子座におけるDNAメチル化のアッセイに関する。H1975(非小肺がん細胞系、完全にメチル化陰性のVIMおよびCCNA1、ATCC(登録商標)CRL-5908(商標)から入手可能)およびSKGT4(食道がん細胞系、完全にメチル化陽性のVIMおよびCCNA1、Sigmaから入手可能、カタログ番号11012001-1VL、ECACCに由来する)を使用して、標的量のメチル化細胞および非メチル化細胞を含有する開始ミックスを作成した。両細胞系を、推奨される細胞培養ガイドラインに従って、10%のFBSを補充したRPMI培地中で成長させた。
これらの研究は、Moinova et al. Science translational medicine. 2018;10(424)の公開された研究において特定されているビメンチン(VIM)遺伝子座およびCCNA1(CCNA1)遺伝子座におけるDNAメチル化のアッセイに関する。H1975(非小肺がん細胞系、完全にメチル化陰性のVIMおよびCCNA1、ATCC(登録商標)CRL-5908(商標)から入手可能)およびSKGT4(食道がん細胞系、完全にメチル化陽性のVIMおよびCCNA1、Sigmaから入手可能、カタログ番号11012001-1VL、ECACCに由来する)を使用して、標的量のメチル化細胞および非メチル化細胞を含有する開始ミックスを作成した。両細胞系を、推奨される細胞培養ガイドラインに従って、10%のFBSを補充したRPMI培地中で成長させた。
実験0日目に、細胞をTripLE Express酵素(ThermoFisher Scientific、カタログ番号12604013)を用いて回収し、スピンダウンさせてトリプシンを除去し、計数し、標準的な成長培地中で1×106細胞/mlとなるように再懸濁させた。1%のメチル細胞系ミックスを作成するために、1部の1×106細胞/mlのSKGT4細胞を99部の1×106細胞/mlのH1975と混合させた。0.5%のメチルミックスを作製するために、1%のミックスを、等体積の1%のミックスと1×106細胞/mlのH1975非メチル化細胞系とを混合することによって、1:2に希釈した。純粋なH1975は0%のメチル細胞系に相当する。
実験ごとに個々の試料を作成するために、2mlの細胞ミックス(合計2×106個の細胞)を、各実験の実験計画に従って、15mlまたは50mlのコニカルチューブ中にアリコートした。15mlのコニカルチューブを小体積の緩衝剤固定に使用し、50mlのコニカルチューブを大体積の実験に使用した(実験概要を参照されたい)。2つの独立した複製を各実験の各条件に対して使用した。
細胞アリコートを1200rpmで3分間スピンダウンさせた。培地を除去した後、細胞を固定緩衝剤中に再懸濁させた(各実験において使用した緩衝剤体積については実験概要を参照されたい)。一部の実験では、医療用シリコーンバルーンを、バルーンを細胞を含む緩衝剤中に落とすことによって、細胞と緩衝剤とのミックスに添加した。次いで、試料を、表示した温度で表示した期間(実験概要を参照されたい)、それぞれの緩衝剤中でインキュベートした。
所要のインキュベーション時間後に、細胞をスピンダウンさせ、固定緩衝剤を除去し、細胞ペレットを、20μlのProteinase Kを含む180μlの緩衝剤ATL中に再懸濁させた。DNeasy Blood and Tissueキット(Qiagen、カタログ番号/ID:69506)を使用して、DNA抽出を行った。
細胞を溶解した固定緩衝剤(DNA/RNA shield)の場合には、プロテイナーゼKをスピンステップなしで溶解緩衝剤に直接添加した。プロテイナーゼK、およびその後のキット試薬(緩衝剤ALおよびエタノール)の量を比例的に増加させ、非溶解保存剤と共に使用される200μlの緩衝剤ATLと比較して、5倍多くの固定溶解緩衝剤が存在するという事実を説明した。
使用される保存剤にかかわらず、カラム洗浄ステップとDNA溶出ステップは同一であった。DNAを100μlのキットの溶出緩衝剤中でカラムから溶出させた。1μlのDNAを使用し、Qubitを使用してDNA濃度を定量した。
PCRごとに50ngの出発DNAインプットを目的として亜硫酸水素変換を設定した。例えば、VIMに対して4回の複製PCR、およびCCNAに対して4回の複製PCRを行う場合、亜硫酸水素変換におけるDNAの総量は50×8=400ngのDNAであった。
Moinova et al.に公開された方法の通りに、亜硫酸水素変換、PCR、ライブラリー調製、および配列決定を実施した。
試験した緩衝剤調製物:
NAP緩衝剤(Preservation of RNA and DNA from mammal samples under field conditions. Camacho-Sanchez M1,Burraco P,Gomez-Mestre I,Leonard JA. Mol Ecol Resour.2013 Jul;13(4):663-73. doi: 10.1111/1755-0998.12108. Epub 2013 Apr 26)
NAP緩衝剤(Preservation of RNA and DNA from mammal samples under field conditions. Camacho-Sanchez M1,Burraco P,Gomez-Mestre I,Leonard JA. Mol Ecol Resour.2013 Jul;13(4):663-73. doi: 10.1111/1755-0998.12108. Epub 2013 Apr 26)
NAP緩衝剤は、0.019Mのエチレンジアミン四酢酸(EDTA)二水素二ナトリウム二水和物、0.018Mのクエン酸ナトリウム三ナトリウム塩二水和物(sodium citrate trisodium salt dihydrate)、3.8Mの硫酸アンモニウムからなり、H2SO4でpH5.2に調整した。
EDTA、クエン酸ナトリウム三ナトリウム塩二水和物、および硫酸アンモニウムならびにおよそ700mLの水をメスフラスコ中で組み合わせることによって、NAP緩衝剤を調製した。溶液を、硫酸アンモニウムが完全に溶解するまで、およそ1時間、低熱から中熱で撹拌した。次いで、溶液を室温に冷却し、次いで、H2SO4(約200~400μlを必要とし、pHを測定しながら滴下添加する)でpHを5.2に調整し、濾過し、室温で保存するか、または冷蔵で保った。
50%のメタノール
500mlの過酸化物を含まないメタノールと500mlのUltraPure DNAse/RNaseを含まない蒸留水を合わせた。
500mlの過酸化物を含まないメタノールと500mlのUltraPure DNAse/RNaseを含まない蒸留水を合わせた。
50%のメタノール/16mMのEDTA
500mlの過酸化物を含まないメタノールと32mMのEDTA 500mlを合わせた。
500mlの過酸化物を含まないメタノールと32mMのEDTA 500mlを合わせた。
32mMのEDTAを作製するために、0.5MのEDTA 32ml(324504-500ML EDTA、500mMの溶液、pH8.0、ULTROL Grade-CAS 60-00-4-Calbiochem)をUltraPureというDNAse/RNaseを含まない蒸留水で500mlに希釈した。
50%のメタノール/TE(10mMのtris、1mMのEDTA)
500mlの過酸化物を含まないメタノール;50mlの20×TE(pH7.5、DNase/RNaseを含まない);および450mlのUltraPureというDNAse/RNaseを含まない蒸留水を合わせた。最終条件:50%のメタノール、10mMのtris、1mMのEDTA、pH7.4
500mlの過酸化物を含まないメタノール;50mlの20×TE(pH7.5、DNase/RNaseを含まない);および450mlのUltraPureというDNAse/RNaseを含まない蒸留水を合わせた。最終条件:50%のメタノール、10mMのtris、1mMのEDTA、pH7.4
50%のメタノール/TE/プラス25mg/LのBHT
100mlを作製するために、25μlのBHTストックを50%のメタノール/TE 100ml(上記を参照されたい)に添加した。
100mlを作製するために、25μlのBHTストックを50%のメタノール/TE 100ml(上記を参照されたい)に添加した。
1gのBHT(Sigma カタログ番号B1378-100G)を100%のメタノール10mlに溶解させることによって、100g/LのBHTストックを調製した。4℃で保存した。
50%のメタノール/TE/プラス100mg/LのBHT
100mlを作製するために、100μlのBHTストックを50%のメタノール/TE 100ml(上記を参照されたい)に添加した。
100mlを作製するために、100μlのBHTストックを50%のメタノール/TE 100ml(上記を参照されたい)に添加した。
1gのBHT(Sigma カタログ番号B1378-100G)を100%のメタノール 10mlに溶解させることによって、100g/LのBHTストックを調製した。4℃で保存した。
50%のメタノール/10mMのTris
500mlの過酸化物を含まないメタノール;1MのTris 10ml(pH8、DNase/RNaseを含まない、ThermoFisher Scientific カタログ番号AM9855G);および490mlのUltraPureというDNAse/RNaseを含まない蒸留水を合わせた。調製後に緩衝剤のpHをチェックし、それが7.5より高いが8.0以下であることを確認した。室温で保存した。
500mlの過酸化物を含まないメタノール;1MのTris 10ml(pH8、DNase/RNaseを含まない、ThermoFisher Scientific カタログ番号AM9855G);および490mlのUltraPureというDNAse/RNaseを含まない蒸留水を合わせた。調製後に緩衝剤のpHをチェックし、それが7.5より高いが8.0以下であることを確認した。室温で保存した。
50%のメタノール/10mMのTris/プラス25mg/LのBHT
100mlを作製するために、25μlのBHTストックを50%のメタノール/10mMのTris 100ml(上記を参照されたい)に添加した。調製後に緩衝剤のpHをチェックし、それが7.5より高いが8.0以下であることを確認した。室温で保存した。
100mlを作製するために、25μlのBHTストックを50%のメタノール/10mMのTris 100ml(上記を参照されたい)に添加した。調製後に緩衝剤のpHをチェックし、それが7.5より高いが8.0以下であることを確認した。室温で保存した。
1gのBHT(Sigma カタログ番号B1378-100G)を100%のメタノール 10mlに溶解させることによって、100g/LのBHTストックを調製した。4℃で保存した。
50%のメタノール/10mMのTris/プラス100mg/LのBHT
100mlを作製するために、100μlのBHTストックを50%のメタノール/10mMのTris 100ml(上記を参照されたい)に添加した。調製後に緩衝剤のpHをチェックし、それが7.5より高いが8.0以下であることを確認した。室温で保存した。
100mlを作製するために、100μlのBHTストックを50%のメタノール/10mMのTris 100ml(上記を参照されたい)に添加した。調製後に緩衝剤のpHをチェックし、それが7.5より高いが8.0以下であることを確認した。室温で保存した。
1gのBHT(Sigma カタログ番号B1378-100G)を100%のメタノール 10mlに溶解させることによって、100g/LのBHTストックを調製した。4℃で保存した。
図1は、表示した保存剤中で固定された試料から回収したDNA量を提供する。この図は、実験D、E、およびFにおいて処理された試料由来のngでの総DNA収量の概要である。0日の時点(白抜きの記号)、および21日の時点(黒塗りの記号)で採取した試料に関して、実験D(丸)、実験E(三角)および実験F(菱形)に関する値を示す。この図では、50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT25は、50%のメタノール/10mMのTris+25mg/LのBHTであり;50%のMeOH-EDTAは、50%のメタノール/16mMのEDTAであり;50%のMeOH-TEは、50%のメタノール/TEであり;50%のMeOH-TE BHT100は、50%のメタノール/TE+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH-TE BHT25は、50%のメタノール/TE+25mg/LのBHTであり;凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;NAPは、上記のようなNucleic Acid Preservation緩衝剤を指し;NAP洗浄とは、DNA抽出のための緩衝剤ATLを添加する前にPBSで洗浄した、NAP緩衝剤中で固定された細胞を指し;Shieldは、Zymo ResearchからのDNA/RNA shield緩衝剤を指す。
図1のデータは、凍結細胞からと比較して、21日間のインキュベーション後に細胞から回収されるDNA量が少ないために、NAP緩衝剤が作用していないことを示す。TEを含有するメタノール緩衝剤も、21日後のDNA回収量が低下した。メタノール/Tris緩衝剤中で21日間インキュベートした細胞は、DNA収量に関して凍結細胞に最も近かった。BHTの緩衝剤への添加は、使用した濃度にかかわらず、DNA収量への効果を有さないようであった。Shield緩衝剤中でインキュベートした細胞は、凍結細胞よりも低いDNA収量を有した。
図2および3は、実験Dからの様々な緩衝剤中で固定された細胞におけるメチル化レベルアッセイの結果を提供する。VIMおよびCCNA1のメチル化の結果は、それぞれ、図2および3に示される。これらの図では、ミックス比は、それぞれ、0%(白抜きの丸)、0.5%(四角)および1%(黒塗りの丸)のメチル化された細胞系を含むインプット細胞系ミックスを指す。メチル化シグナルの出力(フラクション)はY軸上に示されているが、X軸には様々な緩衝剤が表示されている。図2および3では、50%のMeは、50%のメタノールであり;50%のMe-EDTAは、50%のメタノール/16mMのEDTAであり;凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;NAPは、上記のNucleic Acid Preservation緩衝剤を指し;NAP洗浄とは、DNA抽出のための緩衝剤ATLを添加する前にPBSで洗浄した、NAP緩衝剤中で固定された細胞を指し;Shieldは、Zymo ResearchからのDNA/RNA shield緩衝剤を指す。
図2および3のデータは、緩衝剤中でのインキュベーションの21日目に、凍結された細胞に対して緩衝剤中でインキュベートされた細胞においてメチル化シグナルが多少増加し、この増加が、分析されたマーカーおよび使用された緩衝剤に応じて変化したことを示す。VIM(図2)では、50%のメタノールが凍結(保存剤なし)試料に最も近い働きをした。EDTAの50%のメタノールへの追加によって、緩衝剤中で21日間インキュベートした細胞において人為的なVimのメチル化が増加した。
図4および5は、実験Eからの様々な緩衝剤中で固定された細胞におけるメチル化レベルアッセイの結果を提供する。VIMおよびCCNA1のメチル化の結果は、それぞれ、図4および5に示される。これらの図では、ミックス比は、それぞれ、0%(白抜きの丸)、0.5%(四角)および1%(黒塗りの丸)のメチル化された細胞系を含むインプット細胞系ミックスを指す。メチル化シグナルの出力(フラクション)はY軸上に示されているが、X軸には様々な緩衝剤が表示されている。図4および5では、50%のMeは、50%のメタノールであり;50%のMe-TEは、50%のメタノール/TEであり;50%のMe-TE BHT100は、50%のメタノール/TE+100mg/LのBHTであり;50%のMe-TE BHT25は、50%のメタノール/TE+25mg/LのBHTであり;凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指す。
図4および5のデータは、21日目に、メチル化シグナルが多少増加し、この増加が、分析されたマーカーおよび使用された緩衝剤に応じて変化したことを示す。VIM(図4)では、50%のメタノールおよびメタノール-TE緩衝剤は、凍結試料中で観察されたアウトプットよりも高いシグナルをもたらす。CCNA1(図5)では、TEを含んだ緩衝剤はすべて、シグナルに関して特に有害な作用を示し、これは、これらの緩衝剤配合物において見られる特に低いDNA収量に関連している(図1参照)。図5では、trisおよびEDTAを含む50%のメタノール中でインキュベートした21日目の試料のCCNA1に関するデータの非存在、ならびにtrisおよびEDTAおよび100mg/LのBHTを含む50%のメタノール中でインキュベートした21日目の試料に関するデータの低減は、いずれの場合も、これらの緩衝剤条件下でインキュベートした試料から得られたCCNA1に対して整列させたリードの顕著な低減を反映している。
図6および7は、実験Fからの様々な緩衝剤中で固定された細胞におけるメチル化レベルアッセイの結果を提供する。VIMおよびCCNA1のメチル化の結果は、それぞれ、図6および7に示される。これらの図では、ミックス比は、それぞれ、0%(白抜きの丸)、0.5%(四角)および1%(黒塗りの丸)のメチル化された細胞系を含むインプット細胞系ミックスを指す。メチル化シグナルの出力(フラクション)はY軸上に示されているが、X軸には様々な緩衝剤が表示されている。図6および7では、50%のMeは、50%のメタノールであり;50%のMe-TEは、50%のメタノール/TEであり;50%のMe-TE BHT100は、50%のメタノール/TE+100mg/LのBHTであり;50%のMe-TE BHT25は、50%のメタノール/TE+25mg/LのBHTであり;50%のMe-Trisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMe-Tris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMe-Tris BHT25は、50%のメタノール/10mMのTris+25mg/LのBHTであり;凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指す。
図6および7のデータは、21日目に、BHTを含むかまたは含まない50%のMeOH-Tris緩衝剤が、VIM(図6)およびCCNA1(図7)の両方に関して、DNAメチル化の忠実度を維持する際に凍結試料に最も近い働きをした。BHTの存在は、メチル化シグナルの大きさに影響を及ぼさないようであったが、その変動を減少させた可能性がある。このデータによって、EDTAを含有する(すなわち、TEを含有する)すべての緩衝剤がDNAメチル化のより大きな増加を示したことが確認された。これらの結果は、実験DおよびEにおいても見られた(図2~5)。
図8および9は、実験D、E、およびFからの様々な緩衝剤中で固定された細胞におけるメチル化レベルアッセイの結果を提供する。VIMおよびCCNA1のメチル化の結果は、それぞれ、図8および9に示される。これらの図における結果は、メタノールを、実験D、E、およびFからのメタノール-TEを含有する緩衝剤と比較するためのデータを特異的に抽出し、比較を容易にするために同じグラフ上にこれらを並べて表示する。これらの図では、ミックス比は、それぞれ、0%(白抜きの丸)、0.5%(四角)および1%(黒塗りの丸)のメチル化された細胞系を含むインプット細胞系ミックスを指す。メチル化シグナルの出力(フラクション)はY軸上に示されているが、X軸には様々な緩衝剤が表示されている。図8および9では、50%のMeは、50%のメタノールであり;50%のMe-TEは、50%のメタノール/TEであり;50%のMe-Trisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指す。
図8および9のデータは、EDTAを含む(すなわち、TEを含有する)すべての緩衝剤が21日間のインキュベーション後に細胞のメチル化のより大きな増加を示すという所見を強調する。
図10および11は、実験EおよびFからの様々な緩衝剤中で固定された細胞におけるメチル化レベルアッセイの結果を提供する。VIMおよびCCNA1のメチル化の結果は、それぞれ、図10および11に示される。これらの図における結果は、メタノールを、実験EおよびFからのメタノール-TEを含有する緩衝剤と比較するためのデータを特異的に抽出し、比較を容易にするために同じグラフ上にこれらを並べて表示する。これらの図では、ミックス比は、それぞれ、0%(白抜きの丸)、0.5%(四角)および1%(黒塗りの丸)のメチル化された細胞系を含むインプット細胞系ミックスを指す。メチル化シグナルの出力(フラクション)はY軸上に示されているが、X軸には様々な緩衝剤が表示されている。図10および11では、50%のMeは、50%のメタノールであり;50%のMe-TEは、50%のメタノール/TEであり;50%のMe-TE BHT100は、50%のメタノール/TE+100mg/LのBHTであり;50%のMe-TE BHT25は、50%のメタノール/TE+25mg/LのBHTであり;凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指す。
図10および11のデータは、EDTAを含む(すなわち、TEを含有する)すべての緩衝剤が21日間のインキュベーション後にDNAメチル化のより大きな増加をもたらし、高濃度または低濃度のいずれかでBHTを添加しても、メチル化シグナルのEDTAに関連する増加を妨害しないという所見を強調する。
上記および図1~10において示されたデータは、様々な緩衝剤中で21日間インキュベートした試料におけるDNA収量が、BHTを含むか含まないかにかかわらず、EDTAを含まない、メタノールとTrisから構成される配合物により最大化されることを示す。さらに、DNAメチル化のマークは、BHTを含むか含まないかにかかわらず、EDTAを含まない、メタノールとTrisから構成される緩衝剤配合物と共に室温で21日間インキュベートした試料中で完全に保存された。改良された緩衝剤製剤は、輸送および保存中の生体試料中のDNAおよびDNAメチル化のマークの安定性を増加させ、それによって、DNAメチル化を測定することに基づくバイオマーカーアッセイの正確性を改善することができる。
図12は、実験Gで処理した試料からのngでの総DNA収量の概要を提供する。ngでのDNA量をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験で試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は0日目の時点で採取した試料を示し、一方、四角は表示した緩衝剤中での21日間のインキュベーション後に処理したDNAをマークするために使用される。図12では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し、50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT25は、50%のメタノール/10mMのTris+25mg/LのBHTである。
図12は、Tris緩衝剤を添加せずに50%のメタノール中で固定された細胞、または保存緩衝剤を添加せずに凍結した細胞中と比較して、メタノール/Tris含有緩衝剤中で、21日間のインキュベーション後に改善されたDNA収量を示す。BHTのメタノール/Tris製剤への添加は、BHTを含まないメタノール/Tris製剤に対する緩衝剤特性を変更しない。
図13は、実験Hで処理した試料からのngでの総DNA収量の概要を提供する。ngでのDNA量をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験で試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は0日目の時点で採取した試料を示し、一方、三角は表示した緩衝剤中での21日間のインキュベーション後に処理したDNAをマークするために使用され、菱形は表示した緩衝剤中で22日間のインキュベーション後に採取した試料を示す。白抜きの三角および菱形は、緩衝剤のみと共に、それぞれ、21または22日間インキュベートした細胞を指すが、黒塗りの三角および菱形は、医療用シリコーンバルーンの存在下で緩衝剤中でインキュベートした試料を示す。図13では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し、MeOHは、50%のメタノールであり;MeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;MeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのチューブ中で行った。
図13は、Tris緩衝剤を添加せずに50%のメタノール中で固定された細胞、または保存緩衝剤を添加せずに凍結した細胞中と比較して、メタノール/Tris含有緩衝剤中で21日間のインキュベーション後に増加したDNA収量を示す。この実験は、医療用シリコーンバルーンを細胞と緩衝剤との混合物中に添加することのDNA収量への効果がなかったことをさらに示す。DNA収量の可変性は、実験手順の変更、およびバルーンを覆うために必要とされる、より多量な体積の緩衝剤を収容するためのより大きなチューブへの切替えに起因する可能性が高かった。さらなる実験は、大きな体積の取扱いに起因する可変性を低下させる技法を対象とした。
図14は、実験Iで処理した試料からのngでの総DNA収量の概要を提供する。ngでのDNA量をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験で試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は0日目の時点で採取した試料を示し、一方、四角は表示した緩衝剤中での3日間のインキュベーション後に処理したDNAをマークするために使用される。図14では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し、MeOHは、50%のメタノールであり;MeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;MeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのチューブ中で行った。
図14は、Tris緩衝剤を添加せずに50%のメタノール中で固定された細胞、または保存緩衝剤を添加せずに凍結した細胞中と比較して、メタノール/Tris含有緩衝剤中で、3日間のみのインキュベーション後にDNA収量の増加が得られたことを示す。本研究の可変性は、実験Hで開始したより大きい緩衝剤体積中でインキュベートした試料の取扱いのやっかいな性質を反映する傾向にある。
図15は、実験A~Iで処理した試料からの総DNA収量の概要を提供する。DNA量は、各実験における凍結試料の0日目の時点での中央値に対して正規化し、Y軸上に表示し、一方、X軸は様々な実験において試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は0日目の時点で採取した試料を示し;白抜きの四角は表示した緩衝剤中で3日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当し;黒塗りの丸は表示した緩衝剤中で7日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当し;黒塗りの三角は表示した緩衝剤中で14日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当し;黒塗りの菱形は表示した緩衝剤中で21日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当する。この図では、40%のMeOHは、40%のメタノールであり;50%のMeOHは、50%のメタノールであり;60%のMeOHは、60%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT25は、50%のメタノール/10mMのTris+25mg/LのBHTであり;50%のMeOH-EDTAは、50%のメタノール/16mMのEDTAであり;50%のMeOH-TEは、50%のメタノール/TEであり;50%のMeOH-TE BHT100は、50%のメタノール/TE+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH-TE BHT25は、50%のメタノール/TE+25mg/LのBHTであり;凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;Cytolytは、市販の固定剤CytoLyt(Hologicから)を指し;Cytolyt 4degは、室温の代わりに4℃のCytoLyt中でインキュベートした細胞を指し;Shieldは、Zymo ResearchからのDNA/RNA shield緩衝剤を指す。
図15は、Tris緩衝剤を添加せずに50%のメタノール中で固定された細胞、または保存緩衝剤を添加せずに凍結した細胞中と比較して、複数の実験において、メタノール/Tris含有緩衝剤中で、21日間のインキュベーション後のDNA収量の増加に対する再現可能な傾向を示し、単独、またはTrisとの組合せのいずれかでEDTAを含有するすべての緩衝剤中でのDNA回収量の減少も示す。
上記データは、BHTを含むかまたは含まないかにかかわらず、メタノールとtrisを含有する緩衝剤が、3~21日間これらの緩衝剤中で細胞をインキュベートすることによって決定した場合に、メタノールと水のみの緩衝剤と比較して、DNA収量を増加させることを実証した。これらの効果は、3日間程度の短いインキュベーションにおいて明らかである。医療用シリコーンバルーンを緩衝剤中に添加することによってDNA収量は変更されない。
図16および17は、実験Gにおいてライブラリーを配列決定した後に得られる整列させたリードの合計を提供する。図16および17それぞれのVIMまたはCCNA1遺伝子座に対して整列させたリードの数をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験において試験した緩衝剤を示す。丸は、0%のメチル細胞系インプットを有する試料を示す。四角は、0.5%のメチル化細胞系を有するインプット試料を示し、三角は、1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示す。白抜きの記号は、0日目の時点で採取した試料を示し、一方、黒塗りの記号は、表示した緩衝剤中での21日間のインキュベーション後に処理した試料をマークするために使用される。10000リード(臨床アッセイにおいて診断に役立つと考えられる試料に必要とされる最小数)に相当する参照線が、可視化を容易にするためにグラフを横切って引かれている。この図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し、50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT25は、50%のメタノール/10mMのTris+25mg/LのBHTである。
図17は、TrisまたはTrisとBHTを補充した50%のメタノール緩衝剤中ではなく、50%のメタノール緩衝剤(赤色の矢印)中で21日間固定された細胞において特異的にCCNA1マーカーに関する分析可能なリードの予期せぬ損失を示す。このタイプの損失は、50%のメタノール中で固定された細胞を研究する一部ではあるがすべてではない実験においてそうであるように、確率的要素のものを有する。
図18および19は、実験Gにおいて、それぞれVIMおよびCCNAに関するメチル化レベルアッセイの結果を提供する。メチル化シグナル(フラクション)をY軸上にプロットする。丸は、0%のメチル細胞系インプットを有する試料を示す。四角は、0.5%のメチル化細胞系を有するインプット試料を示し、三角は、1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示す。白抜きの記号は、0日目の時点で採取した試料を示し、一方、黒塗りの記号は、表示した緩衝剤中での21日間のインキュベーション後に処理した試料をマークするために使用される。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT25は、50%のメタノール/10mMのTris+25mg/LのBHTである。
図18は、BHTをさらに添加するかまたは添加しないかにかかわらず、10mMのTrisを補充した緩衝剤中ではなく、50%のメタノール緩衝剤中での21日間のインキュベーション後にVIMメチル化シグナルの顕著な人為的増加を示す。図19は、21日目の50%のメタノール緩衝剤中でのCCNA1メチル化が幅広い可変性を示し、いくつかの試料は顕著なメチル化の増加を示し、その他は完全なシグナルの崩壊を示し、これは、図16および17において観察される分析のリードの数が非常に少ないことに起因すると考えられ、結果として「全か無かの」効果を有することを示す。
まとめると、実験Gは、DNA収量が、50%のメタノールのみの中でインキュベートした細胞と比較して、BHTを含むかまたは含まないかにかかわらず、50%のメタノールとTris中でインキュベートした細胞においてかなり増加するという以前の研究の結果を再現した。50%のメタノールのみの緩衝剤中での細胞のインキュベーションによって、21日目までにVIMに対するDNAメチル化の人為的な増加が生じる。これは、BHTの添加を含むかまたは含まないかにかかわらず、50%のメタノールとtrisを含有する緩衝剤中で妨げられる。さらに、50%のメタノール中での細胞のインキュベーションは、CCNA1、特にメチル化されたCCNA1に関して得ることができるDNA配列決定リードの顕著な低減に関連した。小さな試料のリードにおいてメチル化されたDNAリードを捕捉するための障害の発生と一致して、これは、人為的に増加したCCNA1 DNAメチル化を示すか、またはいずれのCCNA1 DNAメチル化もほとんど示さないかのいずれかとして試料をアッセイする「全か無かの」現象に関連した。これは、BHTの添加を含むかまたは含まないかにかかわらず、50%のメタノールとTrisを含有する緩衝剤中で妨げられる。最後に、50%のメタノールと10nMのTris、または50%のメタノールと10mMのTrisと25mg/LのBHT、または50%のメタノールと10mMのTrisと100mg/LのBHTを含有する緩衝剤はすべて、本質的に同じ挙動であった。
図20および21は、実験Hにおいてライブラリーを配列決定した後に得られる整列させたリードの合計を提供する。図20および21それぞれのVIMまたはCCNA1遺伝子座に対して整列させたリードの数をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験において試験した緩衝剤を示す。アスタリスクは、0日目の0%のメチル細胞系インプットを有する試料を示す。黒塗りの三角はまた、0日目の1%のメチル化細胞系を有するインプット試料を示し;白抜きの丸は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、21日目に0%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;白抜きの四角は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、21日目に0.5%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;白抜きの菱形は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、21日目に1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの丸は、インキュベーション中にバルーンを添加して、21日目に0%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの四角は、インキュベーション中にバルーンを添加して、21日目に0.5%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの菱形は、インキュベーション中にバルーンを添加して、21日目に1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示す。10000リード(臨床アッセイにおいて診断に役立つと考えられる試料に必要とされる最小数)に相当する参照線が、可視化を容易にするためにグラフを横切って引かれている。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT25は、50%のメタノール/10mMのTris+25mg/LのBHTである。
図21は、TrisおよびまたはBHTを補充した50%のメタノール緩衝剤中ではなく、50%のメタノール緩衝剤(赤色の矢印)中で21日間固定された細胞において特異的にCCNA1マーカーに関する分析可能なDNAリードの予期せぬ損失を示す。これは、50%のメタノール中で固定された細胞を分析する実験Gにおいて認められたのと同様の損失を再現した。これらの試料の反復PCR増幅および分析に関して、DNAリードの損失を50%のメタノール中でインキュベートした試料について再度明らかにした(図24を参照されたい)。
図22および23は、実験Hにおいて、それぞれVIMおよびCCNAに関するメチル化レベルアッセイの結果を提供する。メチル化シグナル(フラクション)をY軸上にプロットする。アスタリスクは、0日目に0%のメチル細胞系インプットを有する試料を示す。黒塗りの三角はまた、0日目の1%のメチル化細胞系を有するインプット試料を示し;白抜きの丸は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、21日目に0%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;白抜きの四角は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、21日目に0.5%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;白抜きの菱形は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、21日目に1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの丸は、インキュベーション中にバルーンを添加して、21日目に0%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの四角は、インキュベーション中にバルーンを添加して、21日目に0.5%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの菱形は、インキュベーション中にバルーンを添加して、21日目に1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示す。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのチューブ中で行った。
図22および23は、これらの試料における可変性の顕著な増加と一緒に、50%のメタノール緩衝剤(赤色の矢印)中での21日間のインキュベーション後に、それぞれ、VIMおよびCCNA1のメチル化シグナルの人為的な増加を示す。両方の効果は、10mMのTrisを補充した緩衝剤中ではほとんど明らかではなかった。この実験では、BHTの存在は、21日の時点でのメチル化シグナルを、凍結試料において観察されるものにさらにより近付けた。インキュベーション中のバルーンの存在は、メチル化シグナルへの効果を有さなかった。
図24は、実験HにおいてCCNAについてアッセイした反復された50%のメタノール試料に対するメチル化レベルアッセイの結果を提供する。メチル化シグナル(フラクション)をY軸上にプロットする。丸は、実験Hからの元々増幅の不十分な試料におけるCCNA1アッセイの最初の試みを示す。四角は、同じ試料の亜硫酸水素塩処理およびPCRの独立した繰返しを示す。この図では、50%のMeOHは、50%のメタノールである。
図24は、50%のメタノール緩衝剤中でインキュベートしたいくつかの試料におけるCCNA1アッセイの大きな可変性および失敗が異なる日に実施された独立したアッセイにおいて繰り返されたことを示す。よって、これは、最初の試み中に起こった何らかの実験台の要因に起因するものではなかった。
実験Hからの上記データは、50%のメタノールのみの緩衝剤中でのインキュベーションが、Trisを含有する50%のメタノール(BHTを含むかまたは含まないかにかかわらず)中でインキュベートした試料と比較して、はるかに少ないDNA収量をもたらしたことを実証する。さらに、50%のメタノールのみの緩衝剤中でのインキュベーションは、Trisを含有する50%のメタノール(BHTを含むかまたは含まないかにかかわらず)中でインキュベートした試料と比較して、CCNA1 DNAメチル化のアッセイのはるかに高い可変性をもたらした。さらに、50%のメタノールとtrisと25mg/LのBHTを含む緩衝剤は、50%のメタノールと100mg/LのBHTを含む緩衝剤と同様に実施した。最後に、医療用シリコーンバルーンをインキュベーション緩衝剤中に添加しても、DNA収量にもDNAメチル化のアッセイにも効果は観察されなかった。
図25および26は、実験Iにおいてライブラリーを配列決定した後に得られる整列させたリードの合計を提供する。図25および26それぞれのVIMまたはCCNA1遺伝子座に対して整列させたリードの数をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験において試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は0日目に0%のメチル細胞系インプットを有する試料を示す。白抜きの四角は0日目に0.5%のメチル化細胞系を有するインプット試料を示し;白抜きの三角はまた、0日目に1%のメチル化細胞系を有するインプット試料を示し;黒塗りの丸は3日目に0%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの四角は3日目に0.5%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの三角は3日目に1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示す。10000リード(臨床アッセイにおいて診断に役立つと考えられる試料に必要とされる最小数)に相当する参照線が、可視化を容易にするためにグラフを横切って引かれている。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのコニカルチューブ中で行った。
図26は、Trisを補充した50%のメタノール緩衝剤(BHTを添加したかまたは添加していないかにかかわらず)中ではなく、50%のメタノール緩衝剤(赤色の矢印)中で3日間固定された細胞において特異的にCCNA1マーカーに関する分析可能なリードの減少を示す。これは、21日間固定された細胞において、実験Hで認められた効果を再現した。しかし、これは、50%のメタノール中で固定された細胞を分析するすべての実験において見られた訳ではないため、効果についての確率的要素が存在した。
図27は、実験Jにおいて表示した保存剤中で固定された試料から回収したDNA量を示す。この図は、実験Jにおいて処理された試料からの総DNA収量の概要である。この実験は、インキュベーション中にシリコーンバルーンを添加したか添加していないかにかかわらず、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのコニカルチューブ中で行った。ngでのDNA量をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験で試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は0日目の時点で採取した試料を示し;白抜きの四角は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、表示した緩衝剤中で3日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当し;黒塗りの四角は、バルーンの存在下で、表示した緩衝剤中で3日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当し;白抜きの三角は、インキュベーション中にバルーンを添加せずに、表示した緩衝剤中で21日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当し;黒塗りの三角は、バルーンの存在下で、表示した緩衝剤中で21日間のインキュベーション後に処理したDNAに相当する。この図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;MeOHは、50%のメタノールであり;MeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;MeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。
図27は、50%のメタノール緩衝剤中のDNA回収量が、再度、0日目と比較して、3日目、および21日目においてより低かったことを示す(実験HおよびIの3日目と21日目に観察されたのと同じ効果)。メタノールとTrisを含有する緩衝剤中で固定された細胞からのDNA収量は、0日目と比較して増加した。
図28は、実験Kにおいて表示した保存剤中で固定された試料から回収したDNA量を示す。この図は、実験Kにおいて処理された試料からの総DNA収量の概要である。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのコニカルチューブ中で行った。この実験では、細胞をある範囲の温度で1週間異なる緩衝剤中でインキュベートし、その後、乾燥剤中で、室温でさらに2週間、合計22日間緩衝剤中でインキュベーションを続けた。試料の半分がインキュベーション中に緩衝剤に添加された医療用シリコーンバルーンを有するが、他の半分はバルーンを添加されなかった。室温でおよそ1時間緩衝剤中でインキュベートした試料の0日目の時点を比較のために使用する。ngでのDNA量をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験で試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は、いずれの保存緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞を示す。白抜きの四角は、バルーンを用いずに、50%のメタノール/10mMのTris緩衝剤中でインキュベートした試料に相当し;黒塗りの四角は、バルーンの存在下で50%のメタノール/10mMのTris緩衝剤中でインキュベートした試料に相当し;白抜きの三角は、バルーンを用いずに、100mg/LのBHT緩衝剤を含む50%のメタノール/10mMのTris中でインキュベートした試料に相当し;黒塗りの三角は、バルーンの存在下で、100mg/LのBHT緩衝剤を含む50%のメタノール/10mMのTris中でインキュベートした試料に相当する。インキュベーション温度は、X軸上に示される。-80℃は、保存緩衝剤を添加せずに細胞ペレットを冷凍する標準的なコンパレーター条件を指す(白抜きの丸)。室温(RT)は、室温でインキュベートした試料を示す。
図28は、-80℃で凍結した細胞ペレットからのDNA回収量と比較して、-20℃~50℃の範囲のすべての温度にわたり、50%のメタノールとTrisまたは50%のメタノールとTrisとBHTのいずれか中でインキュベートした細胞においてDNA収量が増強され、増強の大きさは、細胞が第1週中にインキュベートされた温度が増加するにつれて増加することを示す。さらなる観察は、BHTを添加するかまたは添加しないかにかかわらず、50%のメタノールとTrisを含有する緩衝剤が、-20℃~+50℃の範囲の温度にわたり1週間のインキュベーション後に光学的に透明なままであることである。
図29および30は、実験Jにおいてライブラリーを配列決定した後に得られる整列させたリードの合計を提供する。図29および30それぞれのVIMまたはCCNA1遺伝子座に対して整列させたリードの数をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験において試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は、0日目の試料を示す。白抜きの四角は、バルーンを用いずに3日間インキュベートした試料を示し;黒塗りの四角は、バルーンの存在下での3日間のインキュベーション後の試料を示す。白抜きの三角は、追加のバルーンを用いずに21日間インキュベートした試料を示し;黒塗りの四角は、バルーンを用いて21日間のインキュベートした試料を示す。10000リード(臨床アッセイにおいて診断に役立つと考えられる試料に必要とされる最小数)に相当する参照線が、可視化を容易にするためにグラフを横切って引かれている。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのコニカルチューブ中で行った。
図30は、Trisを補充した50%のメタノール緩衝剤(BHTを添加したかまたは添加していないかにかかわらず)中ではなく、50%のメタノール緩衝剤(赤色の矢印)中で3日間または21日間固定された細胞において特異的にCCNA1マーカーに関する分析可能なリードの減少を示す。これは、21日間固定された細胞において実験Hで、および3日間固定された細胞において実験Iで認められた効果を再現した。50%のメタノール中で固定された試料も21日目の分析可能なVIMリードの減少を示すが、3日目には示さない(図29)。しかし、これは、50%のメタノール中で固定された細胞を分析するすべての実験において見られた訳ではないため、効果についての確率的要素が存在した。
図31および32は、実験Jにおいて、それぞれVIMおよびCCNAに関するメチル化レベルアッセイの結果を提供する。メチル化シグナル(フラクション)をY軸上にプロットする。白抜きの丸は、0%のメチル細胞系インプットを有する試料を示す。白抜きの四角は、0.5%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示し;黒塗りの菱形は、1%のメチル化細胞系インプットを有する試料を示す。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOHは、50%のメタノールであり;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのチューブ中で行った。
図31および32は、これらの試料における可変性の顕著な増加と一緒に、50%のメタノール緩衝剤(赤色の矢印)中での3および21日間のインキュベーション後に、それぞれ、VIMおよびCCNA1のメチル化シグナルの人為的な増加を示す。両方の効果は、10mMのTrisを補充した緩衝剤中ではほとんど明らかではなかった。この実験では、BHTの存在は、3および21日の時点でのCCNA1に関するメチル化シグナルを、凍結試料において観察されるものにさらにより近付けた。インキュベーション中のバルーンの存在は、メチル化シグナルへの効果を有さなかった。
まとめると、実験Jは、非緩衝の50%のメタノールが、3日間程度の短い細胞とのインキュベーションにおけるDNA収量の損失に関連したことを示す。この効果は、Trisの添加により実質的に妨げられる。実験Jは、非緩衝の50%のメタノールが、3日間程度の短い細胞とのインキュベーションにおけるVimおよびCCNA1遺伝子座でのDNAメチル化の人為的な増加を生じたことを示す。この効果は、Trisの添加により実質的に妨げられ、TrisとBHTの両方の添加によりさらなる改善が認められる。
図33および34は、実験Kにおいてライブラリーを配列決定した後に得られる整列させたリードの合計を提供する。図33および34それぞれのVIMまたはCCNA1遺伝子座に対して整列させたリードの数をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験において試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は、0日目の試料を示す。白抜きの四角は、-20℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。黒塗りの菱形は、4℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。白抜きの三角は、室温で21日間インキュベートした試料を示す。逆さまの黒塗りの三角は、37℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。黒塗りの星型は、50℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。黒塗りの四角は、保存緩衝剤を添加せずに、-80℃で3週間保った急速冷凍した試料を示す。10000リード(臨床アッセイにおいて診断に役立つと考えられる試料に必要とされる最小数)に相当する参照線が、可視化を容易にするためにグラフを横切って引かれている。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのコニカルチューブ中で行った。
図33および34は、Trisを補充した50%のメタノール緩衝剤(BHTを添加したかまたは添加していないかにかかわらず)中で、21日間後のVIMまたはCCNA1マーカーに関する分析可能なリードについて明らかな変動を示さない。これは、室温でのインキュベーションによる実験HおよびJで認められた効果を再現し、異なる温度でのインキュベーションが、急速凍結した試料と比較して、緩衝メタノール中での細胞のインキュベーション後に、VIMまたはCCNAに関する分析可能なリードの数に関して明らかな効果を示さなかったことを示した。あるいは、実験Jと比較して記載すると、実験Kの結果は、Trisの50%のメタノールへの添加によって、メタノールベースの緩衝剤中でインキュベートした細胞試料から調製したDNAの亜硫酸水素塩配列決定アッセイにおけるリード数の崩壊が保護され、この保護は、50℃程度の高温で緩衝剤中でインキュベートした細胞まで拡大することを示す。
図35および36は、実験Kにおいて、それぞれVIMおよびCCNAに関するメチル化レベルアッセイの結果を提供する。メチル化シグナル(フラクション)をY軸上にプロットする。白抜きの丸は、0日目の試料を示す。白抜きの四角は、-20℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。黒塗りの菱形は、4℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。白抜きの三角は、室温で21日間インキュベートした試料を示し、逆さまの黒塗りの三角は、37℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。黒塗りの星型は、50℃で7日間インキュベートし、その後室温で2週間のインキュベーションを行った試料を示す。黒塗りの四角は、保存緩衝剤を添加せずに、-80℃で3週間保った急速冷凍した試料を示す。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;50%のMeOH/10mMのTrisは、50%のメタノール/10mMのTrisであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのチューブ中で行った。
図35および36は、急速冷凍された試料と比較して、Tris、またはTris-BHTを補充した50%のメタノール緩衝剤中での37℃および50℃でのインキュベーション後に、それぞれ、VIMおよびCCNA1のメチル化シグナルの人為的な増加を示す。インキュベーション中のバルーンの存在は、メチル化シグナルへの効果を有さなかった。
図37は、実験Lにおいて30%~70%にまたがる範囲(30%、40%、50%、60%、70%)で10mMのTris、100mg/LのBHTおよびメタノールを含有する表示した保存剤中で固定された試料から回収されたDNA量を示す。この図は、実験Lにおいて処理された試料からの総DNA収量の概要である。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのコニカルチューブ中で行った。この実験では、様々な緩衝剤中の細胞を、表示した緩衝剤中で1時間(0日目)、3日間、または21日間インキュベートした。凍結された保存剤なしの対照をのぞき、3日目と21日目の試料のすべては、インキュベーション中に緩衝剤に添加された医療用シリコーンバルーンを有した。室温でおよそ1時間緩衝剤中でインキュベートした試料の0日目の時点を比較のために使用する。ngでのDNA量をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験で試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は、1時間(0日目)インキュベートした細胞を示す。白抜きの四角は、3日間インキュベートした試料に相当する。黒塗りの丸は、21日間インキュベートした試料に相当する。
図37は、-80℃で凍結した細胞ペレットからのDNA回収量と比較して、DNA収量は一定範囲のメタノール濃度でインキュベートした細胞において増強され、すべてのメタノール緩衝剤中で21日間に匹敵する収量であった。30%のメタノール中では、21日目に増加が観察されたが、3日間のインキュベーション後には観察されなかった。40%および50%のメタノールでは、DNA回収量の時間に依存する増加が存在し、3日後に収量が増加し、21日後にはさらに増加した。60%またはそれより高い割合のメタノール濃度では、DNA回収の収量は、わずか1時間程度のインキュベーション(0日目の条件)後に増加したが、その後、インキュベーション期間がより長くなるとわずかに減少したようであった。
図38および39は、実験Lにおいてライブラリーを配列決定した後に得られる整列させたリードの合計を提供する。図38および39それぞれのVIMまたはCCNA1遺伝子座に対して整列させたリードの数をY軸上に表示し、一方、X軸はこの実験において試験した緩衝剤を示す。白抜きの丸は、0日目の試料を示す。白抜きの四角は、3日間インキュベートした試料を示す。黒塗りの丸は、21日間インキュベートした試料を示す。10000リード(臨床アッセイにおいて診断に役立つと考えられる試料に必要とされる最小数)に相当する参照線が、可視化を容易にするためにグラフを横切って引かれている。これらの図では、凍結とは、いずれの緩衝剤も添加せずに-80℃で凍結された細胞ペレットを指し;30%のMeOH/10mMのTris BHT100は、30%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;40%のMeOH/10mMのTris BHT100は、40%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;50%のMeOH/10mMのTris BHT100は、50%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;60%のMeOH/10mMのTris BHT100は、60%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTであり;70%のMeOH/10mMのTris BHT100は、70%のメタノール/10mMのTris+100mg/LのBHTである。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのコニカルチューブ中で行った。
図38および39は、メタノール濃度を30~50%の範囲で保った場合に、TrisおよびBHTを補充したメタノール緩衝剤中で3または21日後のVIMまたはCCNA1マーカーに関する分析可能なリードについて明らかな変動を示さない。60または70%のより高いメタノール濃度では、可変性は増加し、分析可能なリードの数は穏やかに減少する。
図40および41は、実験Lにおいて、それぞれVIMおよびCCNAに関するメチル化レベルアッセイの結果を提供する。メチル化シグナル(フラクション)をY軸上にプロットする。白抜きの丸は、30%のMeOH/10mMのTris+100mg/LのBHT中で固定された試料を示す。白抜きの四角は、40%のMeOH/10mMのTris+100mg/LのBHT中で固定された試料を示す。黒塗りの丸は、50%のMeOH/10mMのTris+100mg/LのBHT中で固定された試料を示す。白抜きの菱形は、60%のMeOH/10mMのTris+100mg/LのBHT中で固定された試料を示す。黒塗りの菱形は、70%のMeOH/10mMのTris+100mg/LのBHT中で固定された試料を示す。白抜きの三角は、保存緩衝剤を添加せずに-80℃で保ったことを示す。この実験は、より多くの20mL体積の緩衝剤中で固定された細胞を含む50mLのチューブ中で行った。凍結された保存剤なしの対照をのぞき、3日目と21日目の試料のすべては、インキュベーション中に緩衝剤に添加された医療用シリコーンバルーンを有した。
図40および41は、メチル化シグナルが、3または21日間のインキュベーション後に、30%~70%のメタノール濃度の範囲にわたり、TrisおよびBHTから構成されるメタノールベースの緩衝剤中で安定なままであることを示す。
まとめると、実験Lは、上記実験と比較して、細胞をBHTを含むTris緩衝メタノール中でインキュベートした場合に、Tris緩衝メタノールが、DNA収量の改善およびDNAメチル化マークの保存に関連し、これらの効果が30%~70%のメタノール濃度にまたがる緩衝剤中で観察されることを実証する。
Claims (104)
- メチル化DNA配列を含む生体試料;および
メタノールとtris(ヒドロキシメチル)アミノメタン(tris)を含む保存溶液を含む組成物であって、
前記メチル化DNA配列のメチル化パターンが保存される、組成物。 - 前記trisが、7.0~9.0のpHを有する、請求項1に記載の組成物。
- 前記trisが、7.5~8.5のpHを有する、請求項1に記載の組成物。
- 前記trisが、7.5~8.0のpHを有する、請求項1に記載の組成物。
- 前記trisが、1mM~250mMの濃度で存在する、請求項1から4のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記trisが、1mM~100mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、5mM~50mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、5mM~20mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、20mM~250mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、20mM~100mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、30mM~70mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、30mM~50mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、10mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記trisが、50mMの濃度で存在する、請求項5に記載の組成物。
- 前記保存溶液が、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)をさらに含む、請求項1から14のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記BHTが、1~500ppmの量で存在する、請求項15に記載の組成物。
- 前記BHTが、20~200ppmの量で存在する、請求項16に記載の組成物。
- 前記BHTが、25~100ppmの量で存在する、請求項16に記載の組成物。
- 生体試料および保存溶液を含む組成物であって、前記生体試料が、メチル化DNA配列を含み、前記保存溶液が、メタノールおよびBHTを含み、前記組成物が、前記生体試料のメチル化パターンを保存する、組成物。
- 前記BHTが、1~500ppmの量で存在する、請求項19に記載の組成物。
- 前記BHTが、20~200ppmの量で存在する、請求項19に記載の組成物。
- 前記BHTが、25~100ppmの量で存在する、請求項19に記載の組成物。
- エチレンジアミン四酢酸(EDTA)を含まない、請求項1から22のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化パターンが、少なくとも2週間保存される、請求項1から23のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化パターンが、少なくとも3週間保存される、請求項1から23のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化パターンが室温で保存される、請求項1から25のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記保存溶液中の前記生体試料の前記メチル化パターンが、保存前の前記生体試料における前記メチル化パターンと比較して、少なくとも65%保存される、請求項1から26のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記試料がヒト生体試料である、請求項1から27のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記生体試料が、胃腸管、気道消化管、気道、尿生殖器管、または体液のいずれかに由来する試料である、請求項1から28のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記体液が、血液、尿、痰、唾液、便、胆汁、膵液、鼻汁、涙、精液、膣分泌物、脳脊髄液、胸膜液、腹水、胃液、心膜液、汗、リンパ液、嚢胞液、膵嚢胞液、滑液、関節液、月経液、子宮内膜洗浄液、胸部吸込物、または羊水のうちのいずれかである、請求項29に記載の組成物。
- 前記生体試料が、食道、胃、結腸、小腸、膵臓、肝臓、口腔、中咽頭、気管、気管支樹、肺、または乳房のいずれかに由来する試料である、請求項1から28のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記生体試料が食道生体試料である、請求項31に記載の組成物。
- 前記メタノールが100%メタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、水と混合された10%から100%のメタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、水と混合された10~90%のメタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、水と混合された20~90%のメタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、水と混合された30~90%のメタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、水と混合された30~80%のメタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、水と混合された30~70%のメタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、水と混合された40~60%のメタノールを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メタノールが、過酸化物を含まないかまたは0.001%未満もしくはそれに等しいレベルの過酸化物を含む、請求項33から40のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記水が、蒸留、または限外濾過、または逆浸透によって精製される、請求項34から41のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記水が、DNAseおよび/またはRNAse活性を有さない、請求項34から42のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化DNA配列が、ビメンチンもしくはCCNA1遺伝子のヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるポリヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含む、請求項1から43のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化DNAパターンが、室温(23℃)で保存された場合に、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項1から44のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化DNAパターンが、4℃で保存された場合に、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項1から44のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化DNAパターンが、-30℃から50℃の間の範囲の温度で保存された場合に、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項1から44のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化DNAパターンが、-30℃から30℃の間の範囲の温度で保存された場合に、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項1から44のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記メチル化DNAパターンが、-10℃から30℃の間の範囲の温度で保存された場合に、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項1から44のいずれか一項に記載の組成物。
- 生体試料中のメチル化DNA分子のメチル化パターンを保存する方法であって、前記生体試料を保存溶液で処置するステップを含み、前記保存溶液がメタノールおよびtrisを含み、前記メチル化パターンが室温で保存される、方法。
- 前記trisが、7.0~9.0のpHを有する、請求項50に記載の方法。
- 前記trisが、7.5~8.5のpHを有する、請求項50に記載の方法。
- 前記trisが、7.5~8.0のpHを有する、請求項50に記載の方法。
- 前記trisが、1mM~250mMの濃度で存在する、請求項50から53のいずれか一項に記載の方法。
- 前記trisが、1mM~100mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、5mM~50mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、5mM~20mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、20mM~250mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、20mM~100mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、30mM~70mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、30mM~50mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、10mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記trisが、50mMの濃度で存在する、請求項54に記載の方法。
- 前記保存溶液が、BHTをさらに含む、請求項50から63のいずれか一項に記載の方法。
- 前記BHTが、1~500ppmの量で存在する、請求項64に記載の方法。
- 前記BHTが、20~200ppmの量で存在する、請求項64に記載の方法。
- 前記BHTが、25~100ppmの量で存在する、請求項64に記載の方法。
- 生体試料中のメチル化DNA分子のメチル化パターンを保存する方法であって、前記生体試料を保存溶液で処置するステップを含み、前記保存溶液がメタノールおよびBTHを含み、前記メチル化パターンが室温で保存される、方法。
- 前記BHTが、1~500ppmの量で存在する、請求項68に記載の方法。
- 前記BHTが、20~200ppmの量で存在する、請求項68に記載の方法。
- 前記BHTが、25~100ppmの量で存在する、請求項68に記載の方法。
- 前記保存溶液が、EDTAを含まない、請求項50から71のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化パターンが、少なくとも2週間保存される、請求項50から72のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化パターンが、少なくとも3週間保存される、請求項73に記載の方法。
- 前記保存溶液中の前記生体試料の前記メチル化パターンが、保存前の前記生体試料における前記メチル化パターンと比較して、少なくとも65%保存される、請求項50から74のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生体試料が前記保存溶液中で保存される、請求項50から75のいずれか一項に記載の方法。
- 前記試料がヒト組織または体液に由来する、請求項50から76のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生体試料が、胃腸管、気道消化管、気道、尿生殖器管、または体液のいずれかに由来する試料である、請求項50から77のいずれか一項に記載の方法。
- 前記体液が、血液、尿、痰、唾液、便、胆汁、膵液、鼻汁、涙、精液、膣分泌物、脳脊髄液、胸膜液、腹水、胃液、心膜液、汗、リンパ液、嚢胞液、膵嚢胞液、滑液、関節液、月経液、子宮内膜洗浄液、胸部吸込物、または羊水のうちのいずれかである、請求項78に記載の方法。
- 前記生体試料が、食道、胃、結腸、小腸、膵臓、肝臓、口腔、中咽頭、気管、気管支樹、肺、または乳房のいずれかに由来する試料である、請求項50から77のいずれか一項に記載の方法。
- 前記試料が食道試料である、請求項50に記載の方法。
- 前記メタノールが100%メタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、水と混合された10%から100%のメタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、水と混合された10~90%のメタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、水と混合された20~90%のメタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、水と混合された30~90%のメタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、水と混合された30~80%のメタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、水と混合された30~70%のメタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、水と混合された40~60%のメタノールを含む、請求項50から81のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メタノールが、過酸化物を含まないかまたは0.001%未満もしくはそれに等しいレベルの過酸化物を含む、請求項50から89のいずれか一項に記載の方法。
- 前記水が、蒸留、または限外濾過、または逆浸透によって精製される、請求項83から90のいずれか一項に記載の方法。
- 前記水が、DNAseおよび/またはRNAse活性を有さない、請求項83から90のいずれか一項に記載の方法。
- DNAメチル化の前記パターンが、ビメンチン遺伝子の差次的にメチル化されたドメインまたはCCNA1遺伝子の差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる、請求項50から92のいずれか一項に記載の方法。
- ビメンチンの前記差次的にメチル化されたドメインが、配列番号1~5もしくは配列番号18のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列またはその相補体および/もしくは断片を含む、請求項93に記載の方法。
- ビメンチンの前記差次的にメチル化されたドメインが、配列番号1~5のいずれか1つと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む、請求項93に記載の方法。
- CCNA1の前記差次的にメチル化されたドメインが、配列番号6または7と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、その相補体、またはその断片を含む、請求項93に記載の方法。
- 前記ヌクレオチド配列、前記相補体、または前記断片が、少なくとも20ヌクレオチド長である、請求項94から96のいずれか一項に記載の方法。
- DNAメチル化の前記パターンが、前記ビメンチンもしくはCCNA1遺伝子の前記ヌクレオチド配列のいずれかと少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列、またはそのいずれかの断片および/もしくは相補体を含むDNA分子と関連する差次的にメチル化されたドメイン内でアッセイされる、請求項50から92のいずれか一項に記載の方法。
- DNAメチル化の前記パターンが、前記DNAの、シトシン塩基をウラシルに変換する亜硫酸水素塩化合物による処理を含むステップによってアッセイされる、請求項50から98のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化DNAパターンが、室温(23℃)で保存された場合に、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項50から99のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化DNAパターンが、4℃で保存された場合に、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項50から99のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化DNAパターンが、-30℃から50℃の間の範囲の温度で、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項50から99のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化DNAパターンが、-30℃から30℃の間の範囲の温度で、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項50から99のいずれか一項に記載の方法。
- 前記メチル化DNAパターンが、-10℃から30℃の間の範囲の温度で、前記組成物中で少なくとも1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、10時間、12時間、16時間、20時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、10日、2週間、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、18カ月または2年の間保存される、請求項50から99のいずれか一項に記載の方法。
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