JP2023068095A - 標的組織における自然免疫応答の治療的誘発 - Google Patents

標的組織における自然免疫応答の治療的誘発 Download PDF

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Abstract

Figure 2023068095000001
【課題】本発明は、パターン認識受容体（ＰＲＲ）アゴニストのパターンが、哺乳類病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現するように哺乳類ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーを提示する治療組成物を提供する。
【解決手段】ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーは、哺乳類宿主の標的組織に常在する自然免疫細胞に対して組み合わさって提示されるように治療媒体において一緒に製剤化され得、こうした媒体は、免疫応答が調節されるようにＰＲＲアゴニストを標的組織に送達することに適したものである。
【選択図】図２

Description

微生物成分などの免疫原を含む調製物に関して技術革新が生じており、こうした技術革新については、医学的及び獣医学な科学の領域において開示されている。こうした調製物は、医学的な目的で製剤化され、治療におけるこうした調製物の使用方法が提供されている。
免疫学的な調節異常は、免疫応答と免疫寛容との間のバランスが崩れた状態であり、アレルギー性及び自己免疫性の疾患における主因であるというだけでなく、多種多様な病態において根本的な機構的役割も果たしていることが認識されつつあり、こうした病態には、がん（Ｍｉｌｌｓ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ；７６（３）；１－４を参照のこと）、代謝疾患（肥満、糖尿病）、変性疾患（アルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、骨粗鬆症）、呼吸器及び循環器の疾患（Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｂａｌａｎｃｉｎｇ，１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ：Ｔｈｅ Ｆｕｔｕｒｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ，２０１６，Ｂｏｒａｓｃｈｉ ａｎｄ Ｐｅｎｔｏｎ－Ｒｏｌ Ｅｄｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓを参照のこと）が含まれる。
脊椎動物では、免疫学的な調節の重要局面において自然免疫系及び適応免疫系の活性が協調して生じる。この協調した活性は、免疫細胞内の代謝的、酵素的、及び分子遺伝学的な変化を伴うことで、細胞、サイトカイン、及びケモカインのコミュニケーション経路の精巧な系を編成し、これによって、こうした補体系の異なる成分の協調した活性を媒介する（Ｉｗａｓａｋｉ ＆ Ｍａｄｚｈｉｔｏｖ，２０１５，Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １６：３４３－３５３、ＷＯ０２０９７４８、ＷＯ０３０５１３０５、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４，ＢＢＡ－Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １８４３：１１ ２５６３－２５８２を参照のこと）。この協調した活性の局面は、自然免疫系のパターン認識受容体（ＰＲＲ）のリガンドをワクチンアジュバントとして使用することで適応免疫応答が改善され得るという認識の基礎をなすものである（Ｍａｉｓｏｎｎｅｕｖｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４，ＰＮＡＳ １１１（３４），１２２９４－９、ＷＯ２００７０３５３６８を参照のこと）。
免疫記憶は、Ｂ細胞及びＴ細胞の受容体による特異的抗原の認識を伴うものであり、適応免疫系において長く認められる主要な特性であると共に、ワクチン効力の基礎である（Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｆｏｃｕｓ ｏｎ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｍｅｍｏｒｙ：Ｊｕｎｅ ２０１１，Ｖｏｌｕｍｅ １２ Ｎｏ ６ ｐｐ４６１－５７５を参照のこと）。自然免疫記憶が認識されたのはより最近になってからのことであり、免疫系におけるその特徴はあまり理解されていない（Ｎｅｔｅａ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １６，６７５－６７９、及びＢｏｒｄｏｎ，２０１４，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １４，７１３を参照のこと）。
非リンパ組織には、多種多様な自然免疫細胞及び適応免疫細胞が常在すると理解されており、それらは組織ホメオスタシスにおいて多様な役割を有している（Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｆｏｃｕｓ ｏｎ ｔｉｓｓｕｅ－ｒｅｓｉｄｅｎｔ ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ，Ｏｃｔｏｂｅｒ ２０１３，Ｖｏｌｕｍｅ １４ Ｎｏ １０ ｐｐ９７７－１１００を参照のこと）。このホメオスタシスの複雑性は、組織に常在する免疫細胞の発生が、組織に常在しない同様の免疫細胞の発生とは異なる場合でさえあり得るという知見において確認することができる（Ｉｔａｌｉａｎｉ ａｎｄ Ｂｏｒａｓｃｈｉ，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｏｃｔｏｂｅｒ ２０１４，Ｖｏｌ ５，ａｒｔｉｃｌｅ ５１４）。
哺乳類パターン認識受容体（ＰＲＲ）アゴニストの人工レパートリーとなる免疫調節性または免疫原性の組成物が提供される。ＰＲＲアゴニストレパートリーは、微生物病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を事実上それが再現するように選択され、こうした微生物病原体は、より具体的には、選択される標的組織において病原性の病原体である。ＰＲＲアゴニストシグネチャーは、標的組織において病原性ではない微生物のＰＲＲアゴニストシグネチャーとはそれが異なるという意味において異なっており、野生型病原体の天然のＰＲＲアゴニストシグネチャーとはそれが異なるという意味においても異なるものである。そして、ＰＲＲアゴニストのこの異なる人工レパートリーは、治療媒体においてＰＲＲアゴニストが一緒に提示されるように製剤化され得、例えば、ＰＲＲアゴニストレパートリーが組み合わさって提示され得るように製剤化される。治療媒体は、例えば、組換え微生物、微生物細胞の細胞画分、微粒子、またはリポソームであり得る。組成物は、例えば、少なくとも最小数の異なる哺乳類ＰＲＲに対する微生物アゴニストを含み得、異なる哺乳類ＰＲＲの数は、例えば、少なくとも５であり、このことは、さらに詳細に本明細書に記載される。そして、媒体は、哺乳類宿主などの宿主の標的組織に常在する自然免疫細胞にＰＲＲアゴニストレパートリーが提示されるように、例えば、全身性に送達され得る。治療媒体は、例えば、宿主において全身性に分布する間に複数のＰＲＲアゴニストの近接性が維持されるようにＰＲＲアゴニストの人工レパートリーを集合させ得る。この種の組成物は、新生物疾患及び自己免疫疾患を含む、免疫調節異常によって特徴付けられる多種多様な疾患の治療に使用され得る。
この技術革新の態様は、哺乳類宿主の標的組織における免疫調節異常の治療方法における免疫原性組成物の使用を含み、組成物は、哺乳類ＰＲＲの前述の人工レパートリーを含む。ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーは、哺乳類宿主への投与後に組み合わさって提示されるように治療媒体において一緒に製剤化され得る。組成物は、例えば、選択数の異なる哺乳類ＰＲＲに対するアゴニストである、微生物性哺乳類病原体の成分を含み得るものであり、異なる哺乳類ＰＲＲの数は、以下により詳細に議論され、例えば、少なくとも５である。組成物は、例えば、標的組織における自然免疫応答を調節するための使用に適し得る。治療媒体は、例えば、組換え微生物、組換え微生物の細胞画分、微生物細胞の細胞画分、微粒子、またはリポソームを含み得、それぞれが、ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーを一緒に構成するＰＲＲアゴニストを与える、微生物性哺乳類病原体の成分を含む。組換え微生物は、例えば、ＰＲＲアゴニストの少なくとも１つの成分をコードする組換え遺伝子を含み得る。選択的な態様では、治療媒体は、例えば、組換え微生物の全死滅細胞または全弱毒化細胞を含み得る。あるいは、微生物性哺乳類病原体の細胞画分が使用され得、こうした細胞画分は、例えば、細菌の外膜画分、細菌の内膜画分、微生物細胞成分の勾配遠心分離から得られるペレット、または染色体ＤＮＡである。治療媒体は、例えば、ＰＲＲアゴニストを標的組織に送達するための使用を目的として製剤化され得る。
選択的な実施形態では、ＰＲＲ及び対応するＰＲＲアゴニストは、例えば、以下の表に記載のものからなる群から選択され得る：
Figure 2023068095000002
Figure 2023068095000003
治療媒体は、例えば、ＧＭＣＳＦ、ビタミンＤ、ＮＯＨＡ、アルファ１アンチトリプシン、グルタチオン、イソプレノイド、またはα－ガラクトシルセラミドのうちの１つまたは複数などの、追加の治療部分を含み得る。代替の実施形態では、治療媒体は、がん抗原などの抗原をさらに含む。あるいは、治療媒体は、微生物性哺乳類病原体の成分ではないＰＲＲアゴニストなどの異種ＰＲＲアゴニストをさらに含み得る。
哺乳類宿主またはヒト患者などの、治療の対象は、例えば、がんまたは炎症性障害などの、標的組織における免疫調節異常によって特徴付けられる疾患または病状に苦しんでいる対象であり得る。
組成物は、例えば、ＰＤ１、ＰＤＬ１、ＩＰ－１０、ＭＩＧ、ＲＡＮＴＥＳ、好中球、Ｌｙ６Ｃ単球、及びＮＫＧ２Ｄのうちの１つまたは複数などのバイオマーカーの調節に有効な量で使用することに適し得る。選択的な実施形態では、組成物は、例えば、標的組織に存在する細胞におけるＰＤ１及び／またはＰＤＬ１の発現の下方調節に有効な量で使用することに適し得る。したがって、組成物は、例えば、自然免疫応答を調節する併用剤として、宿主における適応免疫応答を調節するための使用に適し得る。
治療媒体は、標的組織ではない投与部位に対する投与を目的とし、こうした部位は、例えば、皮膚、皮下組織、気道であり得る。投与は、腸内または非腸内への投与でありあり得る。治療媒体は、局所的な投与部位に対する投与後にＰＲＲアゴニストが全身性に分布するように製剤化され得る。治療媒体は、投与期間にわたって複数の用量で投与され得るものであり、投与期間は、例えば、少なくとも２週間であるか、または本明細書に開示されるか、もしくは当該技術分野において知られる他の多種多様な投与レジメンのいずれかであり得る。
選択的な実施形態では、本発明に従って治療されるヒト患者は、例えば、免疫抑制状態もしくは免疫無防備状態であり得るか、または老人患者もしくは小児患者であり得る。
本明細書に記載の治療用途は、対応する治療方法に反映されており、逆もまたは同様である。
本発明の１つの態様に従った部位特異的免疫療法（ＳＳＩ）の模式的タイムラインであり、－３１日目のＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＫＰＮ）の全死滅細胞ＳＳＩの気管内（ＩＴ）注入、及び－１０日目に開始するＳＳＩまたは生理食塩水（プラセボ）の１日おきの皮下（ＳＱ）注射（０日目にルイス肺癌（ＬＬＣ）が静脈内（ＩＶ）投与される）、その後に行う１８日目の屠殺（ｓａｃ）が示される。 マウスがんモデルにおける代替のＳＳＩ製剤の治療効力を示すグラフである。 ＳＳＩ介在性の抗腫瘍効力のマウス事前感染モデルを示す模式的なタイムラインである。 マウスルイス肺癌（ＬＬＣ）がんモデルにおける事前感染の後のＳＳＩの抗がん効力を示すグラフである。 マウスＢ１６皮膚癌モデルにおける代替のＳＳＩ治療について腫瘍体積を経時的に示す折れ線グラフである。本明細書では、１０Ｘ ＱＢＳＡＵ及び１Ｘ ＱＢＳＡＵは、それぞれＱＢＳＡＵＲ及びＱＢＳＡＵとして示される。 マウスＢ１６皮膚癌モデルにおける代替のＳＳＩ治療について７日目の腫瘍体積を示す棒グラフである。 マウスＢ１６皮膚癌モデルにおける代替のＳＳＩ治療について８日目の腫瘍体積を示す棒グラフである。 マウスＢ１６皮膚癌モデルにおける代替のＳＳＩ治療について１０日目の腫瘍体積を示す棒グラフである。 マウスＢ１６皮膚癌モデルにおける代替のＳＳＩ治療について１２日目の腫瘍体積を示す棒グラフである。 マウスＢ１６皮膚癌モデルにおける代替のＳＳＩ治療について１４日目の腫瘍体積を示す棒グラフである。 ＳＳＩの投与スケジュールを示す模式図（上のパネル）、及びマウスがんモデルにおけるＳＳＩの治療効力を示す棒グラフ（下のパネル）である。 マウスがんモデルにおけるさまざまなＳＳＩ合剤の効力を示すチャートである。 マウスがんモデルにおけるさまざまなＳＳＩ合剤の効力を示す代替の棒グラフ図である。 大腸炎モデルの代替モデル動物におけるＳＳＩ治療の効力を示す一連のグラフであり、Ｙ軸の対数目盛りは、ＩＦＮ－ガンマ（Ａ）及びＩＬ－１７Ａ（Ｂ）の相対発現レベルを示す。 大腸炎モデルの代替モデル動物におけるＳＳＩ治療の効力を示す一連のグラフであり、ＩＬ－１７Ａ発現の累積データ（Ｃ）、ならびにＱＢＫＰＮと比較して、ＱＢＥＣＯがＩＬ－１８の遺伝子発現を増加させる効力が結腸組織に部位特異的であるという証拠（Ｄ）を示す。 大腸炎モデルの代替モデル動物におけるＳＳＩ治療の効力を示す一連のグラフであり、マイクロバイオーム（Ａ）が示される。 大腸炎モデルの代替モデル動物におけるＳＳＩ治療の効力を示す一連のグラフであり、マイクロバイオーム（Ｂ）ならびに組織学（Ｃ）が示される。 マウス喘息／アレルギーモデルにおけるＳＳＩの効力を示す棒グラフである。 マウス喘息／アレルギーモデルにおけるＳＳＩの効力を示す２つの棒グラフを含み、Ａ）好酸球の数、Ｂ）リンパ球の数が示される。 マウス喘息／アレルギーモデルにおけるＳＳＩの効力を示す２つの棒グラフを含み、Ａ）ＩＬ－４の濃度、及びＢ）ＩＬ－５の濃度が示される。 ＳＳＩの３回目の皮下注射から２４時間後の臓器（心臓、肺、及び脾臓）において測定したＣｙ５．５標識ＫＰＮ ＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ）のエクスビボのイメージングの結果を示す棒グラフである。 生理食塩水またはチリダニ（ＨＤＭ）に対する曝露、及びプラセボまたはＱＢＫＰＮのいずれかで治療した後のＨＤＭ特異的ＩｇＥ応答を示す棒グラフである。 動物モデルに由来する喘息に対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す一連の棒グラフ（Ａ～Ｅ）であり、具体的には、プラセボまたはＱＢＫＰＮ ＳＳＩで治療した生理食塩水曝露マウスまたはＨＤＭ曝露マウスにおけるＢＡＬ細胞の数及び差異が示される。 動物モデルに由来する喘息に対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す２つの棒グラフを含み、具体的には、好酸球増加症と関連する血清（Ａ）及びＢＡＬ（Ｂ）のメディエーターが示される。 動物モデルに由来する喘息に対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す一連の棒グラフであり、具体的には、ＨＤＭ曝露及びＱＢＰＫＮ治療の後の肺におけるＴｈ１（Ａ）ならびにＴｈ２（Ｂ及びＣ）の遺伝子発現が示される。 動物モデルに由来する喘息に対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す一連の棒グラフであり、具体的には、ＢＡＬ液におけるＴｈ１介在性（Ａ～Ｃ）及びＴｈ２介在性（Ｄ～Ｆ）のサイトカインのレベルに対するＨＤＭ曝露及びＱＢＫＰＮ治療の作用が示される。 動物モデルに由来する喘息に対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示すグラフであり、具体的には、部分正規化された全サイトカインプロファイルを示すＢＡＬサイトカインの主成分分析（ＰＣＡ）が示される。 動物モデルに由来する喘息に対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す棒グラフであり、具体的には、ＨＤＭ曝露及びＱＢＰＫＮ治療の後に気道杯細胞を定量化したものが示される。 図２７Ａは、動物モデルに由来するＣＯＰＤに対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す棒グラフであり、具体的には、ＢＡＬ細胞の差異が示される。 図２７Ｂは、このデータを反映したものであり、タバコ煙曝露によって肺において誘導されるマクロファージ及びリンパ球の増加がＫＰＮ ＳＳＩ介入治療によって減弱したが、総細胞または好中球の増加は減弱しなかったことが示される。図２７Ｂは、フィルター処理済空気曝露群またはタバコ煙曝露群におけるプラセボ及びＫＰＮ ＳＳＩによる治療の後のＢＡＬ細胞の数及び差異を示す：（ａ）ＢＡＬ総細胞、（ｂ）リンパ球、（ｃ）マクロファージ、及び（ｄ）好中球。＊ｐ＜０．０５（これらの群と比較対照との比較）、＃ｐ＜０．０５（ＫＢ群と比較プラセボ対照との比較）。データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウスの数９～１０）である。 図２８Ａは、タバコ煙曝露誘導性のＴｈ１に偏った肺の炎症応答（下記のもの）の増加がＫＰＮ ＳＳＩ介入治療によって減弱したことを示すデータを示す。フィルター処理済空気曝露群またはタバコ煙曝露群においてプラセボ及びＫＢによる治療の後にＢＡＬ上清液を分析した。（ａ）ＩＦＮγ、（ｂ）ＣＸＣＬ９、（ｃ）ＣＸＣＬ１０、（ｄ）ＣＣＬ５、（ｅ）ＩＬ－６、（ｆ）Ｇ－ＣＳＦ、（ｇ）ＣＸＣＬ１、（ｈ）ＩＬ－１７。＊ｐ＜０．０５（これらの群と比較対照との比較）、＃ｐ＜０．０５（ＫＰＮ ＳＳＩ群と比較プラセボ対照との比較）。データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウスの数１０）である。 図２８Ｂは、タバコ煙曝露誘導性の血清免疫メディエーター（下記のもの）の変化がＫＰＮ ＳＳＩ介入治療によって異なって調節されることを示すデータを示す。フィルター処理済空気曝露群またはタバコ煙曝露群においてプラセボ及びＫＰＮによる治療の後に血清を分析した：（ａ）ＶＥＧＦ、（ｂ）ＩＬ－１β、（ｃ）ＣＣＬ２、（ｄ）ＣＸＣＬ９、（ｅ）ＣＸＣＬ１０、及び（ｆ）ＣＣＬ５。＊ｐ＜０．０５（これらの群と比較対照との比較）、＃ｐ＜０．０５（ＫＢ群と比較プラセボ対照との比較）。データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウスの数９～１０）である。 図２８Ｃは、血液及び肺のＬｙ６ＣＨＩ単球及び好中球（下記のもの）がＫＰＮ ＳＳＩ介入治療によって増加したことを示すデータを示す。フィルター処理済空気曝露群またはタバコ煙曝露群においてプラセボ及びＫＢによる治療の後に、血液（ａ～ｂ）及び肺（ｃ～ｄ）におけるＬｙ６ＣＨＩ単球及び好中球をフローサイトメトリーによって分析した。＊ｐ＜０．０５（これらの群と比較対照との比較）。＃ｐ＜０．０５（ＫＢ群と比較プラセボ対照との比較）。データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウスの数１０）である。 図２８Ｄは、動物モデルに由来するＣＯＰＤに対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す一連の棒グラフ（Ａ～Ｃ）であり、具体的には、肺における選択遺伝子の発現プロファイルが示される。 動物モデルに由来するＣＯＰＤに対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す一連の棒グラフ（Ａ～Ｇ）であり、具体的には、選択ＢＡＬサイトカインの発現プロファイルが示される。 動物モデルに由来するＣＯＰＤに対する抗炎症性ＳＳＩ治療の側面を示す一連の棒グラフ（Ａ～Ｃ）であり、具体的には、血清サイトカインの発現プロファイルが示される。 Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｖａｒｉｉｃｏｌａ ＳＳＩを使用することで、肺への転移のＢ１６メラノーマモデルにおいて腫瘍量が減少することを示す棒グラフである。 ＣＤ２５陽性細胞が存在しない状態でＱＢＫＰＮ ＳＳＩが肺小結節の低減に効力を及ぼすことを示す棒グラフである。 図３３Ａは、肺への転移のＢ１６メラノーマモデルにおいて投与したＫＰＮ ＳＳＩ製剤（ＱＢＫＰＮ）と関連するデルタＣｔ（サイクル閾値）値を示す棒グラフであり、ＫＰＮ ＳＳＩは段階希釈したもの（１０ｘ、１００ｘ、及び１０００ｘ）を投与した。デルタＣｔ値は、試料における標的核酸の量に逆比例する。示されるように、ＳＳＩの希釈が進むにつれて腫瘍量が増加した。 図３３Ｂは、ＫＰＮ ＳＳＩの用量依存的な類似作用を示す棒グラフであり、肺におけるＢ１６腫瘍小結節の数によって測定したものである。図３３Ｃは、さまざまな投薬レジメンから治療作用が得られることを示す棒グラフであり、こうしたレジメンの注射間隔は、１～７日までとさまざまであり、それらのすべてにおいて治療作用が得られた。 ２つの棒グラフを含み、肺への転移のＢ１６メラノーマモデルにおいてＲａｅ－１を発現する細胞の比率が腫瘍量と逆相関しており（Ａ）、このことがＮＫＧ２Ｄの発現に依存する（Ｂ）ことが示される。 ルイス肺癌（ＬＬＣ）－ＲＦＰモデルにおいて肺の腫瘍小結節を低減する著しく強化された作用がＱＢＫＰＮ ＳＳＩから得られたことを示す棒グラフである。 ＬＬＣ接種後の１５日目に、肺におけるＬＬＣ－ＲＦＰ細胞の数が同時に減少することを示す棒グラフである。 ＭＣ３８結腸癌モデルにおいてＱＢＫＰＮまたはＱＢＳＡＵのいずれかから得られたものと比較して高い生存優位性がＱＢＥＣＯ ＳＳＩから得られたことを示す折れ線グラフである。 ＱＢＫＰＮ ＳＳＩで治療したマウスでは、皮膚及び肺に腫瘍を有するモデルにおいて肺特異的にＲａｅ－１発現の上昇が示されたが、１０Ｘ ＱＢＳＡＵで治療したマウスではこの上昇が生じなかったことを示す棒グラフである。 皮膚及び肺に腫瘍を有するモデルにおいて、プラセボで治療したマウスと比較して、ＱＢＫＰＮで治療したマウスの肺ではＰＤ－１の発現が減少したことを示す棒グラフである。 皮膚及び肺にＢ１６腫瘍を有するモデルにおいて、１０Ｘ ＱＢＳＡＵでマウスを治療すると、プラセボ対照と比較して皮膚腫瘍量が減少したが、ＱＢＫＰＮでの治療ではこの減少は生じなかったことを示す棒グラフである。 静脈内（ＩＶ）ＳＳＩ治療と皮下（ＳＱ）ＳＳＩ治療との両方で、Ｂ１６肺転移モデルにおいて治療効果が得られることを示す棒グラフである。 Ｂ１６肺癌モデルにおけるがんの治療及び予防におけるＱＢＫＰＮの効力に基づく試験設計を一例として示す模式的タイムラインである。 ４つの棒グラフを含み、Ｂ１６肺癌モデルにおけるがんの治療及び予防におけるＱＢＫＰＮの効力が示される。 Ｂ１６肺癌モデルにおけるがんの治療及び予防におけるＱＢＫＰＮの効力の側面を示す棒グラフである。 骨髄系細胞集団、具体的には好中球が関与する検出可能な治療作用がＳＳＩ治療によってどのくらい早く生じるかという側面を示す棒グラフである。 骨髄系細胞集団、具体的にはＬｙ６Ｃ単球が関与する検出可能な治療作用がＳＳＩ治療によってどのくらい早く生じるかという側面を示す棒グラフである。 用量依存的かつ部位特異的な効力を含めて、Ｂ１６メラノーマモデルの肺における代替の細胞画分の効力を示す一連のグラフである。図４７Ａ（ｉ）は、１Ｘ ＫＰＮ外膜画分と０．０１Ｘ ＫＰＮ外膜画分との両方が用量依存的な様式で有効である（１Ｘ画分は、全死滅細胞製剤と同等の効力を有していた）ことが示される。 用量依存的かつ部位特異的な効力を含めて、Ｂ１６メラノーマモデルの肺における代替の細胞画分の効力を示す一連のグラフである。図４７Ａ（ｉｉ）は、１Ｘ ＫＰＮ外膜画分と０．０１Ｘ ＫＰＮ外膜画分との両方が用量依存的な様式で有効である（１Ｘ画分は、全死滅細胞製剤と同等の効力を有していた）ことは、１Ｘ ＤＮＡ画分及び４Ｘ ＤＮＡ画分にも当てはまったことが示される。 用量依存的かつ部位特異的な効力を含めて、Ｂ１６メラノーマモデルの肺における代替の細胞画分の効力を示す一連のグラフである。図４７Ａ（ｉｉｉ）は、内膜画分では、用量依存的な傾向が示されたものの、この傾向には強い統計学的有意性は存在しなかったことが示される。図４７Ｂは、外膜ＳＳＩを１０回注射した後の結果を示す棒グラフであり、外膜画分によってＲａｅ－１の発現が用量依存的な様式で上昇したことが示される。 用量依存的かつ部位特異的な効力を含めて、Ｂ１６メラノーマモデルの肺における代替の細胞画分の効力を示す一連のグラフである。図４７Ｃは、２つの棒グラフを含み、ＱＢＫＰＮ ＳＳＩ、プラセボ、またはさまざまな濃度のＯＭ画分（０．０１Ｘ、１Ｘ、１０Ｘ、もしくは２０Ｘ）を４回注射した後に、腫瘍移植の２日前に収集した血液における血中の好中球数及び単球数がＯＭ用量依存的に上昇したことが示される。 用量依存的かつ部位特異的な効力を含めて、Ｂ１６メラノーマモデルの肺における代替の細胞画分の効力を示す一連のグラフである。図４７Ｄは、Ｂ１６肺癌モデルにおいて、Ｅ．ｃｏｌｉ画分と比較してＫＰＮ画分が部位特異的な効力を有することを示す列散布図である。 ２４時間の死滅アッセイにおいて高用量（１／２０希釈、１／２００希釈）のＱＢＫＰＮ ＳＳＩによって、ＮＣＩ－Ｈ３５８癌細胞の死が増加することを示す棒グラフである。 ２４時間の細胞死滅アッセイにおいて代替用量（１／２０希釈、１／２００希釈）のＫＰＮ ＳＳＩによって、γδＴ細胞介在性のＮＣＩ－Ｈ３５８癌細胞の死滅が増加することを示す棒グラフである。 ２４時間の細胞死滅アッセイにおいて１／２００希釈及び１／２０００希釈のＫＰＮ ＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ）によって、γδＴ細胞介在性のがん細胞溶解の誘導におけるゾレドロネートの作用が増強されたことを示す棒グラフである。 ＭＣ－３８結腸癌モデルにおけるＱＢＥＣＯ ＳＳＩの治療効力を示す折れ線グラフである。 ＮＫＧ２Ｄノックアウトマウスを使用するＭＣ－３８結腸癌モデルにおいてＮＫＧ２Ｄの発現がＱＢＥＣＯの効力と相関することを示す折れ線グラフである。 好中球減少症モデル系における治療概要の模式図である。 好中球減少症モデルにおけるフローサイトメトリーの結果を示す一連の４つのグラフであり、生存するＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋細胞に対するゲートを実施し、肺試料に由来する特定の細胞集団の数を数えたものを示す。 ２つの列散布図を含み、好中球減少症モデルの肺試料における好中球の比率（Ａ）及び数（Ｂ）が示される。 ２つの図を含み、好中球減少症モデルの脾臓試料における好中球の比率（Ａ）及び数（Ｂ）が示される。 新生物患者集団及び新生物発生前患者集団に分けた肺癌患者に由来する血液試料において記載の特徴を有する細胞の比率を示す棒グラフであり、新生物発生前患者と比較して新生物患者集団ではＰＤＬ１及びＰＤ１の発現が上昇していることが示される。 新生物患者集団及び新生物発生前患者集団に分けた肺癌患者に由来する血液試料において記載の特徴を有する細胞の相対数を示す棒グラフであり、新生物発生前患者と比較して新生物患者集団ではＰＤＬ１及びＰＤ１の発現が上昇していることが示される。 ２つの棒グラフを含み、１週目の４日目（Ｗ１Ｄ４）、１週目の５日目（Ｗ１Ｄ５）、２週目（Ｗ２）、４週目（Ｗ４）、１２週目（Ｗ１２）、及び１６週目（Ｗ１６）に、２人の患者（患者０１－００１（パネルＡ）及び患者０１－００２（パネルＢ））の新生物肺癌におけるＰＤ－Ｌ１発現がＳＳＩ介在性に減少したことが示される。 ２つの棒グラフを含み、２人の新生物肺癌患者（患者０１－００１（パネルＡ）及び患者０１－００２（パネルＢ））においてＰＤ－１の発現がＳＳＩ介在性に減少したことが示される。 ２つの棒グラフを含み、２人の新生物肺癌患者（患者０１－００１（パネルＡ）及び患者０１－００２（パネルＢ））においてＭ１マクロファージの比率が増加したことが示される。 ２つの棒グラフを含み、ＱＢＫＰＮをさまざまな用量で投与したＢ１６接種マウスの肺における（Ａ）ＧｚｍＡ、ＧｚｍＢ、Ｐｒｆ１、及び（Ｂ）ＴｙｒのＲＴ－ｑＰＣＲの倍数変化が示される。データ点は、平均値＋／－ＳＤである。有意性は、一元配置チューキー多重比較ＡＮＯＶＡ検定を使用して計算した。＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、及び＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。 ＱＢＥＣＯまたはＱＢＫＰＮによる刺激後のＨＥＫ細胞におけるパターン認識受容体の活性化を示す３つの棒グラフを含み、それぞれ、Ａ）Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）の活性化（ＮＫ－κＢの活性化により測定）、Ｂ）ＮＯＤ２及びＣ型レクチン受容体（ＣＴＬ）（ＮＫ－κＢの活性化によって測定）、及びＣ）ＲＬＲ（Ｒｉｇ－１様受容体）（ＩＲＦ３の活性化によって測定）が示される。 ＰＲＲレパートリーのフィンガープリントの棒グラフであり、このグラフでは、負の対照データを差し引いた後、１／１０希釈データからＱＢＥＣＯ ＳＳＩ及びＱＢＫＰＮ ＳＳＩについてのＰＲＲフィンガープリントを構築した。棒は、順番に、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＮＯＤ１、ＮＯＤ２、デクチン１ａ、デクチン１ｂ、及びＭｉｎｃｌｅを示す。ＲＩＧ－１及びＭＤＡ５は示されていない。正の対照は、それぞれのＰＲＲに特異的なものである（すなわち、ＴＬＲ４についてはＬＰＳ）。 ＰＲＲフィンガープリントのレーダーグラフであり、このグラフでは、負の対照データを差し引いた後、１／１０希釈データからＱＢＥＣＯ ＳＳＩ及びＱＢＫＰＮ ＳＳＩについてのＰＲＲフィンガープリントを構築し、レーダーグラフにプロットした。 プラセボ、ＱＢＫＰＮ、または狂犬病ワクチンで治療した後の７日目の血液における好中球レベルを示す棒グラフである。好中球レベルは、フローサイトメトリーによって測定し、総ＣＤ４５＋細胞に占める好中球（Ｌｙ６Ｇ＋）の割合として評価した。Ｎ＝４～５（群当たりのマウス数）。＊は、プラセボとの比較でＰ＜０．０５であることを示し、スチューデントｔ検定によって評価したものである。平均値±標準偏差が示される。ＱＢＫＰＮは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ由来の細菌ＳＳＩである。狂犬病は、Ｉｍｒａｂ ３ＴＦ狂犬病ワクチンであり、このワクチンは、死滅した狂犬病ウイルスを含むものである。 プラセボ、ＱＢＫＰＮ、または狂犬病ワクチンで治療した後の７日目の血液におけるＬｙ６ＣＨＩ単球レベルを示す棒グラフである。Ｌｙ６ＣＨＩ単球レベルは、フローサイトメトリーによって測定し、総ＣＤ４５＋細胞に占めるＬｙ６ＣＨＩ単球（Ｌｙ６ＣＨＩＬｙ６Ｇ－）の割合として評価した。Ｎ＝４～５（群当たりのマウス数）。＊は、プラセボとの比較でＰ＜０．０５であることを示し、スチューデントｔ検定によって評価したものである。平均値±標準偏差が示される。ＱＢＫＰＮは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ由来の細菌ＳＳＩである。狂犬病は、Ｉｍｒａｂ ３ＴＦ狂犬病ワクチンであり、このワクチンは、死滅した狂犬病ウイルスを含むものである。Ｆｅｌ－Ｏ－Ｖａｃは、ネコの鼻気管炎－カリシウイルス感染症－汎白血球減少症のワクチンであり、このワクチンは、これら３つの死滅ウイルスを含むものである。Ｎｏｂｉｖａｃは、イヌインフルエンザＨ３Ｈ８型であり、これは、死滅インフルエンザＨ３Ｈ８型を含むものである。 ＱＢＫＰＮを使用してがん抗原を増強することで、メラノーマ関連抗原であるｇｐ１００の作用が増強されることを示す列散布図である。ｇｐ１００と組み合わせたＱＢＫＰＮ ＳＳＩの抗腫瘍効力が、ＣｐＧをアジュバントとして加えたＯＶＡを含めて、無関係の対照抗原であるＯＶＡ（ＳＩＩＮＦＥＫＬ）と比較されている。 Ｂ１６メラノーマを負荷したマウスにおける表面転移様腫瘍小結節を示す列散布図であり、追加のＰＲＲアゴニストであるＳＴＩＮＧアゴニスト２’２’－ｃＧＭＡＰで微生物ＳＳＩ ＱＢＫＰＮを増強すると、その効力が増進するという証拠が示される。 Ｂ１６メラノーマを負荷したマウスの血漿における治療誘導性のＩＦＮ－γのレベルを示す列散布図であり、微生物ＳＳＩ ＱＢＫＰＮをＳＴＩＮＧアゴニストで増強すると、ＩＦＮ－γのレベルが増進するという証拠が示される。 図７１Ａは、リスクスコアの対数分布を示すバイオリン図であり、１１２のＩＢＤ ＳＮＰに基づくリスクスコアを使用し、すべてのＣＤ対象について最後に記録された応答が比較されている（Ｐ値２．４３０Ｅ－０５）。図７１Ｂは、リスクスコアの対数分布を示すバイオリン図であり、３つのＩＢＤ ＳＮＰに基づくリスクスコアを使用し、すべてのＣＤ対象について最後に記録された応答が比較されている（Ｐ値：１．３８５Ｅ－０４）。 リスクスコアの対数分布を示すバイオリン図であり、８４のＩＢＤ ＳＮＰに基づくリスクスコアを使用し、すべてのＵＣ対象ついて最後に記録された応答が比較されている（Ｐ値：１．２５５Ｅ－０２）。 リスクスコアの対数分布を示すバイオリン図であり、１１２のＩＢＤ ＳＮＰに基づくリスクスコアを使用し、すべてのＣＤ及びＵＣ対象について最後に記録された応答が比較されている（Ｐ値：８．１８４Ｅ－０７）。 ＱＢＥＣＯで治療した患者とプラセボで治療した患者とにおける血清ＩＬ－１８のレベル変化を比較したものを示すグラフである。 ＱＢＥＣＯ治療での血清免疫サイトカインの変化が臨床的応答と関連することを示す一連の４つのグラフである。 ＱＢＥＣＯに対する患者応答によってエオタキシン－１、ＩＬ－１０、及びＩＬ－１２ｐ４０のベースラインレベルを示す一連の３つグラフである。 マウスＤＳＳ大腸炎モデルおける体重の経時変化を示すグラフである。 マウスＤＳＳ大腸炎モデルにおける疾患活動指数の経時変化を示すグラフである。 マウスＤＳＳ大腸炎モデルにおけるＦＩＴＣ－デキストランアッセイの経時変化を示すグラフである。 疾患を有さないマウスにおける血中好中球レベルを経時的に示すグラフであり、最初にＱＢＥＣＯ ＳＳＩ治療を行った場合、または行わなかった場合のものが示される（平均値＋／－ＳＥＭ、ｎ＝１０（群当たりのマウス数））。 疾患を有さないマウスにおける血中サイトカインレベルを経時的に示す一連の３つのグラフであり、最初にＱＢＥＣＯ ＳＳＩ治療を行った場合、または行わなかった場合のものが示される（平均値＋／－ＳＥＭ、ｎ＝１０（群当たりのマウス数））。 ＱＢＫＰＮの薬物動態を示すグラフであり、ＱＢＫＰＮ ＳＳＩを蛍光標識し、疾患を有さないマウスに皮下注射したものが示される。４８時間にわたって異なる時点でマウスの採血を行い、血中細胞数を定量化した。 ６つの棒グラフを含み、肺組織におけるＣＸＣＬ１０（ＩＰ－１０）、ＣＣＬ２（ＭＣＰ－１）、及びＣＣＲ２の遺伝子発現が示される。プラセボ、ＱＢＫＰＮ、またはＱＢＥＣＯで１日おきに１０日間マウスを治療した後、尾静脈注射を介して肺にＢ１６Ｆ１０腫瘍を移植した。腫瘍を移植した後、１日おきの治療を継続した。５日目（Ａ、Ｃ、Ｅ）または１７日目（Ｂ、Ｄ、Ｆ）にマウスを安楽死させた。
下記の詳細な説明では、本発明の実施の際に多種多様な改変及び変更を実施するために使用され得る実験手順と共に、特定の実施形態を基にしてさまざまな例が示される。
明確化を目的として、さまざまな専門用語が、一般に理解される意味を有すると理解されるものと合致するように本明細書で使用されており、このことは、以下に示される定義に反映されている。
一般的な定義
「免疫原」は、生物の免疫系によって免疫応答を誘発する能力を有する分子、またはこうした分子を含む組成物を指す。「抗原」は、免疫応答の産物に結合する能力を有する分子を指す。
「病原」体は、微生物（細菌またはウイルスなど）などの物体であり、こうしたものは、天然の宿主に感染を引き起こすことが知られており、この意味において、「病原性」は、「天然に病原性」であることを意味するために本発明との関連において使用される。多種多様な微生物が、組織への微生物の人工接種などの人工的な条件下で感染を引き起こす能力を有し得るものの、天然に感染を引き起こす微生物の範囲は必然的に限られており、医療によってよく確立されている。
「感染」は、病原体（例えば、細菌などの微生物）による侵入を体またはその一部が受けている状況または状態であり、こうした病原体は、有利な条件下では、増殖して傷害性の作用を与える（Ｔａｂｅｒ’ｓ Ｃｙｃｌｏｐｅｄｉｃ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，１４ｔｈ Ｅｄ．，Ｃ．Ｌ．Ｔｈｏｍａｓ，Ｅｄ．，Ｆ．Ａ．Ｄａｖｉｓ Ｃｏｍｐａｎｙ，ＰＡ，ＵＳＡ）。感染は、常に臨床的に顕性であるとは限らならい可能性があり、局所的な細胞損傷のみが生じ得るものである。感染は、無症状に留まり得、体の防御機構が有効であれば一時的なものに留まり得る。感染は、局所的に広がることで、急性、亜急性、または慢性の臨床的な感染または病状として臨床的に顕性となり得る。病原体がリンパまたは血管にアクセスするようになると、局所感染は全身性にもなり得る。感染は、通常、炎症によって達成されるが、炎症は、感染を伴わずに生じ得る。
「炎症」は、損傷に対する特徴的な組織反応（腫れ、発赤、熱、疼痛を特徴とする）であり、生体組織が損傷すると、そこで生じる連続的な変化を伴う。一方がもう一方から生じ得るものの、感染と炎症とは異なる状態である（前出のＴａｂｅｒ’ｓ Ｃｙｃｌｏｐｅｄｉｃ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ）。したがって、（炎症は、典型的には、病原性の細菌またはウイルスによる感染に起因するものであるが）炎症は、感染を伴わずに生じ得、感染は、炎症を伴わずに生じ得る。炎症は、下記の症状によって特徴付けられる：発赤（ｒｅｄｎｅｓｓ）（発赤（ｒｕｂｏｒ））、熱（ｈｅａｔ）（熱（ｃａｌｏｒ））、腫れ（腫瘍）、疼痛（有痛性）。こうした症状が組み合わさることで炎症が皮膚で局所的に可視化されて顕性となる可能性があり、これは、具体的には、投与部位における発赤である。
本発明の代替の態様に従ってさまざまな対象が治療またはアッセイまたは試料採取され得る。本明細書で使用される「対象」は、動物であり、例えば、脊椎動物または哺乳類である。したがって、対象は、患者であり得、例えば、免疫調節異常に苦しんでいるヒトである。対象は、実験動物でもあり得、例えば、免疫調節異常の動物モデルである。いくつかの実施形態では、「対象」及び「患者」という用語は、互換的に使用され得るものであり、ヒト、非ヒト哺乳類、非ヒト霊長類、ラット、マウス、またはイヌを含み得る。健康な対象は、がんもしくは免疫機能障害などの疾患に苦しんでいないヒトであるか、またはこうした疾患を有すると疑われないヒトであるか、あるいは慢性の障害または病状に苦しんでいないヒトであり得る。「健康な対象」は、免疫無防備状態ではない対象でもあり得る。免疫無防備状態は、免疫系が異常または不完全な様式で機能する任意の病状が意図される。免疫無防備状態は、疾患、ある特定の薬物療法、または出生時に見られる病状に起因し得る。免疫無防備状態の対象は、乳児、高齢者、及び広範な薬物療法または放射線療法を受けている個体の中に見られる頻度が高くあり得る。
対象に由来する「試料」は、任意の関連する生物学的材料を含み得、こうした生物学的材料には、例えば、患者から採取された細胞、組織、または体液の試料が含まれる。例えば、試料には、好都合には、皮膚、頬、血液、糞便、毛髪、または尿の試料が含まれ得る。診断方法及び予測方法において使用するための試料核酸は、例えば、対象の選択された細胞型または組織から得ることができる。例えば、対象の体液（例えば、血液）は、既知の手法によって得ることができる。あるいは、核酸の試験は、乾燥試料（例えば、毛髪または皮膚）に対して実施することができる。
「多型」という用語は、ゲノム配列などの生物学的配列内の位置を指し、こうした位置は、集団内で変動する。多型は、異なる「対立遺伝子」から構成される。「遺伝子型」という用語は、例えば、細胞、組織試料、または個体のゲノムにおける特定の対立遺伝子を指す。多型の位置は、例えば、ゲノム内のその位置によって同定されるか、またはゲノム遺伝子座を反映する配列（タンパク質など）内のその位置によって同定され得る。このことは、例えば、指定の位置に見られる異なるアミノ酸または塩基を特徴付ける形態において与えられ得る。二倍体ゲノムについては、遺伝子型は、典型的には、少なくとも２つの対立遺伝子から構成され、こうした対立遺伝子は、同一（ホモ接合型）または異なる（ヘテロ接合型）ものであり得る。個々の多型は、典型的には、例えば、ＮＣＢＩウェブサイトで利用可能なヌクレオチド配列多様性の一塩基多型データベース（ｄｂＳＮＰ）において、当該技術分野に特有の識別子（「参照ＳＮＰ」、「ｒｅｆＳＮＰ」、または「ｒｓ番号」など）が割り当てられる。
多型、対立遺伝子、または遺伝子型の特徴付けは、非常に多種多様な方法のいずれによっても実施され得る。こうした方法は、例えば、核酸（ゲノムＤＮＡなど）のハイブリダイゼーション、標識、クローニング、配列決定、及び／または増幅をさまざまな形で含み得るものであり、例えば、ＰＣＲ、ＬＣＲ、ｘＭＡＰ、インベーダーアッセイ、質量分析、パイロシークエンシング、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、選択的プライマー伸長、またはプローブが使用される。この関連では、「プローブ」という用語は、天然に生じるか、もしくは組換えの一本鎖もしくは二本鎖の核酸、または化学的に合成された核酸を含む。プローブは、例えば、多型領域を含む核酸への選択的ハイブリダイゼーションに適した長さのポリヌクレオチドであり得る。標識されたプローブを、多型の増幅と併せて使用することもできる。例えば、点変異、一塩基多型（ＳＮＰ）、及び／または短鎖縦列反復配列（ＳＴＲ）を特徴付けるために、ＤＮＡマイクロアレイ技術（ＤＮＡチップまたは遺伝子チップと称されることもある）が、例えば、ゲノムの特徴付けに使用され得る。例えば、対立遺伝子変異体に特異的にハイブリダイズする能力を有するいくつかのプローブが、リソグラフィーを含む、さまざまなプロセスによって固相支持体に結合され得る。追加の方法には、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＭ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、及びクロマチン免疫沈降（ＣｈｉＰ）が含まれる。対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーションでは、例えば、多型部位と重なり、その多型領域の周辺ヌクレオチドを含む数が約５、あるいは１０、あるいは２０、あるいは２５、あるいは３０であるプローブが利用され得る。あるいは、対象に由来するＤＮＡにおける特定の対立遺伝子の存在は、場合によっては、制限酵素分析によって特徴付けることができる。同様に、「ミスマッチ切断」アッセイとして説明され得る手法を使用し、切断物質（ヌクレアーゼ、ヒドロキシルアミン、または四酸化オスミウムなど）から保護されるかということに着目することで、ＲＮＡ／ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二本鎖におけるミスマッチ塩基を検出することができる。電気泳動移動度の変化を利用することで、対立遺伝子変異体の特徴付けが実施され得、例えば、一本鎖高次構造多型が検出され得る。
本明細書に記載の方法の多くは、例えば、少なくとも１つのプローブもしくはプライマー核酸、または１つもしくは複数の本明細書に記載の組成物を含むキット、及びそのキットの使用説明を使用して実施され得る。キットは、例えば、オリゴヌクレオチドが多型領域に「特異的」となるようにその多型領域またはその多型領域の隣接領域に特異的にハイブリダイズする能力を有するプローブまたはプライマーを少なくとも１つ含み得る。キットは、特定のアッセイの実施に必要な試薬もまた、少なくとも１つ含み得る。キットは、例えば、対象の遺伝子型または生物学的マーカーのプロファイルを決定するための正の対照、負の対照、配列決定マーカー、または抗体も含み得る。
「免疫応答」は、限定はされないが、哺乳類における下記の応答の１つまたは複数を含む：抗体、好中球、単球、マクロファージ（本明細書に記載のＭ１様マクロファージとＭ２様マクロファージとの両方を含む）、Ｂ細胞、またはＴ細胞（ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラー細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ガンマ－デルタ（γδ）Ｔ細胞を含む）の誘導または活性化（免疫原性組成物における１つまたは複数の免疫原によってその組成物の投与後に生じる誘導または活性化など）。したがって、組成物に対する免疫応答では、一般に、その組成物に対する細胞及び／または抗体介在性の応答が宿主動物において生じる。いくつかの実施形態では、免疫応答は、免疫調節異常、または免疫調節異常によって特徴付けられる疾患の進行の鈍化または停止ももたらすことになるものである。したがって、免疫応答は、細胞性免疫反応及び／または液性免疫応答の１つまたは両方を含み得るものであり、適応応答または自然免疫応答であり得る。
「免疫調節異常」は、不適切に調節される免疫応答であり、こうした免疫応答は、不適切に制限される免疫応答または不適切に強固な免疫応答などである。免疫調節異常は、例えば、自己免疫性、炎症性、もしくは変性の疾患（関節リウマチ、クローン病、炎症性腸疾患、多発性硬化症、神経変性疾患、もしくはアレルギーなど）、またはがんなどの新生物疾患、または病原体に対する宿主防御と関連し得る。炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、免疫調節異常の症状が類似していること、及び病因が不確定であることによって一般に特徴付けられる、結腸及び小腸の炎症状態の一群に対して高頻度で付与される名称である。ＩＢＤの主要なサブタイプは、クローン病及び潰瘍性大腸炎として臨床的に認識されている。クローン病及び潰瘍性大腸炎に加えて、ＩＢＤには、下記のいずれか１つとして認識される病状も含まれ得る：コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、便流変更性大腸炎、ベーチェット症候群、または分類不能の大腸炎。こうした病状の間の差異は、消化管（ＧＩＴ）における炎症性変化の位置及び性質に主に関係している。例えば、クローン病は、一般に、口腔～肛門までの消化管のいずれの部分にも潜在的に影響を及ぼすものであると認識されており、ほとんどの場合、回腸終端部及び結腸において消化管の再発寛解型の肉芽腫性炎症が生じることを特徴とする。対照的に、潰瘍性大腸炎は、一般に、結腸及び直腸に限定されるものとして認識される。こうした炎症状態が症状を示し得る消化管のさまざまな領域には、小腸（十二指腸、空腸、及び回腸という３つの部分を有する）、大腸（盲腸、結腸（上行結腸、横行結腸、下行結腸、及びＳ状結腸曲を含む）、ならびに直腸という３つの部分を有する）、ならびに肛門を含む、腸（ｂｏｗｅｌ）または腸（ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ）が含まれる。
「部位特異的免疫療法」（ＳＳＩ）は、臓器または組織などの、１つまたは複数の解剖学的部位における免疫状態の側面または免疫系生理機能を治療的または予防的に変えることに有効な免疫調節治療である。場合によっては、例えば、ＳＳＩは、免疫調節異常の寛解、または免疫調節異常によって特徴付けられる病状の治療に適し得る。
「がん」または「新生物」は、生理学的機能を果たさない任意の不要な細胞増殖である。一般に、がん細胞は、その正常な細胞分裂制御から解き放たれており、すなわち、細胞環境において通常の生化学的及び物理的な影響によってその増殖が調節されない細胞である。したがって、「がん」は、異常な無制御の細胞増殖によって特徴付けられる疾患に対する一般的な用語である。ほとんどの場合、がん細胞は、増殖の結果、悪性のクローン細胞を形成する。「新生物」または「腫瘍」である塊または細胞塊は、一般に、周囲の正常組織に浸潤またはそれを破壊する能力を有する。本明細書で使用される「悪性腫瘍」は、その異常増殖を有する生物に有害作用を与える任意の細胞型または組織の異常増殖が意図される。「悪性腫瘍」または「がん」という用語は、技術的には良性であるが、悪性化するリスクを伴う細胞増殖を含む。がん細胞は、「転移」として知られるプロセスにおいて、リンパ系または血流を介してその元の部位から体の他の部分に拡散し得る。多くのがんは、治療に抵抗性であり、致死的であることが判明する。がんまたは新生物の例には、限定はされないが、本明細書に記載されるか、または当業者に知られる、さまざまな臓器及び組織においてがん化及び不死化した細胞、腫瘍、癌腫が含まれる。
ほとんどのがんは、３つの広い組織学的分類に属する：優勢ながんであって、臓器、腺、または体の他の構造（例えば、皮膚、子宮、肺、乳房、前立腺、胃、腸）の外表面または内表面を覆う上皮細胞または細胞のがんであり、転移する傾向を有する癌腫、結合組織または支持組織（例えば、骨、軟骨、腱、靱帯、脂肪、筋肉）に由来する癌腫、ならびに骨髄及びリンパ組織に由来する血液腫瘍。癌腫は、腺癌（乳房、肺、結腸、前立腺、もしくは膀胱などの、分泌能力を有する臓器または腺に一般に生じる）であり得るか、または扁平上皮癌（扁平上皮に由来し、体のほとんどの領域で一般に生じる）であり得る。肉腫は、骨肉腫もしくは骨原性肉腫（骨）、軟骨肉腫（軟骨）、平滑筋肉腫（平滑筋）、横紋筋肉腫（骨格筋）、中皮肉腫もしくは中皮腫（体腔の内膜）、線維肉腫（線維組織）、血管肉腫もしくは血管内皮腫（血管）、脂肪肉腫（脂肪組織）、神経膠腫もしくは星状細胞腫（脳に見られる神経原性結合組織）、粘液肉腫（原始胎生結合組織）、または間葉性もしくは中胚葉性の混合腫瘍（混合性結合組織型）であり得る。血液腫瘍は、骨髄腫（骨髄の形質細胞に由来する）、白血病（「液状がん（ｌｉｑｕｉｄ ｃａｎｃｅｒ）」であり得、骨髄のがんであり、骨髄性白血病もしくは顆粒球白血病（骨髄系及び顆粒球性の白血球）、リンパ性白血病、リンパ球性白血病、またはリンパ芽球性白血病（リンパ系及びリンパ球系の血液細胞）、あるいは真性多血症または赤血病（さまざまな血液細胞産物が存在するが、赤血球が多く見られる）であり得る）、あるいはリンパ腫（固形腫瘍であり得、リンパ系の腺または節に生じ、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫であり得る）であり得る。さらに、腺扁平上皮癌、中胚葉性混合腫瘍、癌肉腫、または奇形癌腫などの混合型のがんも存在する。
原発部位に基づいて命名されるがんは、組織学的分類と関連し得る。例えば、肺癌は、一般に、小細胞肺癌または非小細胞肺癌（扁平上皮癌、腺癌、または大細胞癌であり得る）であり、皮膚癌は、一般に、基底細胞癌、扁平上皮癌、またはメラノーマである。リンパ腫は、頭部、頸部、及び胸部と関連するリンパ節、ならびに腹部リンパ節、または腋窩リンパ節もしくは鼠径リンパ節に生じ得る。がんの型及びステージの同定及び分類は、例えば、国立がん研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）の監視疫学遠隔成績（ＳＥＥＲ）プログラムによって提供される情報を使用することによって実施され得、この機関は、米国におけるがんの発症率及び生存率に関する情報の権威ある提供源であり、世界中で認識されている。ＳＥＥＲプログラムでは、現在、集団ベースの１４のがん登録簿及び３つの追加の登録簿に由来するがんの発症率及び生存率のデータが収集及び公開されており、こうした登録簿によって米国人口の約２６パーセントをカバーしている。このプログラムでは、患者人口統計、原発腫瘍部位、形態、診断ステージ、初回治療、及び生命状態の経過観察に関するデータが日常的に収集されており、このプログラムは、診断時点のがんのステージ、及びそれぞれのステージ内での生存率を含む集団ベースの情報を扱う米国で唯一の包括的情報源である。ＳＥＥＲデータベースには、インサイチュかつ浸潤性のがんの症例情報が３００万超含まれており、ＳＥＥＲがカバーする地域内では、約１７０，０００の症例が毎年新たに追加される。ＳＥＥＲプログラムの発症率及び生存率のデータは、特定のがん部位及びステージについての標準生存率を入手するために使用され得る。例えば、最適な比較群を確保するために、データベースから特定の基準が選択され得、こうした基準には、診断日及び正確なステージ（例えば、本明細書に例示される肺癌の場合では、年数は、遡及的検討の期間と一致するように選択され、肺癌のステージは、３Ｂ及び４が選択された。また同様に、本明細書に例示される結腸癌の場合では、年数は、遡及的検討の期間と一致するように選択され、結腸癌のステージは、４が選択された）が含まれる。
がんは、その起源臓器、すなわち「原発部位」に基づいても命名され得るものであり、例えば、乳房、脳、肺、肝臓、皮膚、前立腺、精巣、膀胱、結腸及び直腸、子宮頸部、子宮などのがんである。原発部位とは異なる体の別の部分にがんが転移したとしても、この命名は変わらない。本発明に関しては、治療は、がんの部位を対象としており、がんの型は対象としておらず、その結果、肺において症候性であるか、または病原学的に肺に位置するいずれかの型のがんならば、例えば、肺におけるこの局在化に基づいて治療されることになる。
ＰＲＲリガンド
本発明の態様は、ＰＲＲリガンドの使用に関する。ＰＲＲリガンドは、例えば、市販されており、例えば、弱毒化または死滅した組換え細菌の調製物として広く利用可能であり得、こうしたものは、例えば、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、及びＴＬＲ５に対するリガンドであり得る。病原体関連分子パターン（ＰＡＭＰ）の組成物は、ＰＲＲによって認識されるＰＡＭＰを含み得、こうしたＰＲＲには、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、ＮＯＤ様受容体（ＮＬＲ）、ＲＩＧ－Ｉ様受容体（ＲＬＲ）、Ｃ型レクチン受容体（ＣＬＲ）（デクチン－１を含む）、細胞質ゾル内ｄｓＤＮＡセンサー（ＣＤＳ）、及びインフラマソームの形成に関与するＮＬＲが含まれる。
Ｔｏｌｌ様受容体２（ＴＬＲ２）は、グラム陽性細菌及びグラム陰性細菌、ならびにマイコプラズマ及び酵母を含む、幅広い群の種を象徴する多様な微生物分子の認識に関与する。ＴＬＲ２は、グラム陽性細菌に由来するペプチドグリカン、リポテイコ酸、及びリポタンパク質、マイコバクテリアに由来するリポアラビノマンナン、ならびに酵母の細胞壁に由来するザイモサンなどの細胞壁成分を認識する。Ｔｏｌｌ様受容体３（ＴＬＲ３）は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を認識する。細菌リポ多糖（ＬＰＳ）は、Ｔｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ４）によって認識され、この受容体は、ＬＰＳ結合タンパク質（ＬＢＰ）、ＣＤ１４、及び骨髄系分化タンパク質２（ｍｙｅｌｏｉｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ２）（ＭＤ－２）という少なくとも３つの異なる細胞外タンパク質と相互作用することでシグナル伝達カスケードを誘導し、これによってＮＦ－κＢの活性化及び炎症促進性サイトカインの産生が生じる。ＬＰＳは、一般に、リピドＡという糖質脂質部分によって細菌外膜に固定された多糖領域からなり、リピドＡは、ＬＰＳの免疫刺激活性の大部分を担っている。特に活性な形態のリピドＡは、６つの脂肪性アシル基を含み、これは、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ株またはＳａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種の株である病原性細菌に見られ得る。Ｔｏｌｌ様受容体５（ＴＬＲ５）は、グラム陽性細菌とグラム陰性細菌との両方に由来するフラゲリンを認識する。Ｔｏｌｌ様受容体７（ＴＬＲ７）及びＴＬＲ８は、一本鎖ＲＮＡ、合成小分子（イミダゾキノリンなど）、及びヌクレオシド類似体を認識する。Ｔｏｌｌ様受容体９（ＴＬＲ９）は、微生物に広く存在するが、脊椎動物のゲノムＤＮＡには存在しない特定の非メチル化ＣｐＧモチーフを認識する。
ＮＬＲは、ペプチドグリカン（ＰＧＮ）の認識に関与する細胞内パターン認識受容体であるＮＯＤ１（ＣＡＲＤ４）及びＮＯＤ２（ＣＡＲＤ１５）を含む、少なくとも２２の細胞質内自然免疫センサーのファミリーである。こうした受容体は、ＰＧＮに含まれる特定のモチーフを検出する。ＮＯＤ１は、ある特定のグラム陽性細菌に加えて、グラム陰性細菌のＰＧＮに主に見られるジアミノピメリン酸（ＤＡＰ）含有ムロペプチド（具体的には、ｄ－Ｇｌｕ－メソ－ＤＡＰジペプチド（「ｉＥ－ＤＡＰ」ジペプチド））を感知する。ＮＯＤ２は、ほとんどすべての細菌ＰＧＮに見られるムラミルジペプチド（ＭＤＰ）構造を認識する。
ＲＩＧ－Ｉ様受容体（ＲＬＲ）、具体的には、ＲＩＧ－Ｉ及びＭＤＡ－５は、ウイルスＲＮＡ種を検出する。
ＣＬＲリガンドには、デクチン－１及びＭｉｎｃｌｅ（マクロファージ誘導性Ｃ型レクチン）のアゴニストが含まれる。デクチン－１は、β－グルカンに特異的な受容体であり、β－グルカンは、真菌の細胞壁に見られるグルコースポリマーである。Ｍｉｎｃｌｅは、損傷細胞、真菌成分、酵母成分、及びマイコバクテリアの成分などの多種多様なリガンドを認識するマルチタスク危険シグナル受容体である。
細胞質ゾル内ＤＮＡセンサー（ＣＤＳ）は、病原体に由来する細胞内ＤＮＡに結合するものであり、特定のＤＮＡの認識に状況的選択性を示し得るＣＤＳが複数存在する。
サイクリックジヌクレオチド（ＣＤＮ）及びキサンテノン誘導体（ＤＭＸＡＡなど）は、ＳＴＩＮＧ（インターフェロン遺伝子刺激因子）に結合及び活性化する。
インフラマソームは、成熟ＩＬ－１βの産生に関与する多タンパク質複合体であり、成熟ＩＬ－１βの産生は、具体的には、プロＩＬ－１β及びプロＩＬ－１８が切断されて活性かつ分泌可能な形態となることによってなされる。インフラマソームは、ＮＬＲＰ１、ＮＬＲＰ３、ＮＬＲＣ４、及びＡＩＭ２というサブタイプに別れ得、こうしたサブタイプは、多種多様な微生物分子、危険シグナル、及び結晶物質によって活性化される。
Figure 2023068095000004
Figure 2023068095000005
したがって、本発明の態様は、選択された微生物病原体に由来するＰＲＲアゴニストの使用を含む。例えば、ペプチドグリカン（ＰＧＮ）は、ＮＯＤ１／ＮＯＤ２アゴニストとして使用するために、選択された標的組織または標的臓器において病原性である細菌または細菌株から得てよい。同様に、細胞壁成分は、ＴＬＲ２アゴニストとして使用するために、選択された標的組織または標的臓器において病原性である細菌または細菌株から得てよい。同様に、二本鎖ＤＮＡ、具体的には反復二本鎖ＤＮＡを含めて、ＤＮＡは、ＤＡＩ、ＬＲＲＦＩＰ１、ＲＩＧ１、ＴＬＲ９、ＡＩＭ２、または細胞質ゾル内ＤＮＡセンサー（ＣＤＳ）のアゴニストとして使用するために、選択された標的組織または標的臓器において病原性である細菌または細菌株などの微生物病原体から得てよい。ベータ－グルカンペプチドは、デクチン－１アゴニストとして使用するために、選択された標的組織または標的臓器において病原性である真菌または酵母から得てよい。サイクリックジヌクレオチドは、ＳＴＩＮＧアゴニストとして使用するために、選択された標的組織または標的臓器において病原性の微生物病原体から得てよい。
本発明の態様は、異なるＰＲＲアゴニストシグネチャーを有する組成物を含み、こうしたＰＲＲアゴニストシグネチャーは、ＰＲＲアゴニストの選択収集物が異なるように治療媒体に一緒に収集されたＰＲＲアゴニストのレパートリーを含意する。この関連における「治療媒体」は、例えば、医薬的に許容可能な粒子または小胞にＰＲＲアゴニストを統合し、保持する製剤であり、組換え微生物などである。例えば、こうしたＰＲＲアゴニストシグネチャーは、参照ＰＲＲアゴニストシグネチャーとは異なり得るものであり、例えば、標的組織において病原性ではない微生物に存在すると想定されるＰＲＲアゴニストの収集物とは異なる。こうしたＰＲＲシグネチャーは、微生物性哺乳類病原体の天然のＰＲＲアゴニストシグネチャーとはそれが異なるという意味においても異なり得るものであり、こうした微生物性哺乳類病原体は、例えば、その病原体の野生型ＰＲＲアゴニストシグネチャーに通常ならなるであろうものを改変する遺伝子を組換え発現することによって改変される。ＰＲＲアゴニストシグネチャーの独自性を決定する目的では、ＰＲＲアゴニストのレベルまたは種類が、直接測定され得るか、または例えば、ＰＲＲアゴニスト／受容体結合の結果による細胞のシグナル伝達経路の活性化または阻害を決定することによって測定され得る。
組換えの実施形態
本発明のさまざまな遺伝子及び核酸配列は、組換え配列であり得る。「組換え」という用語は、何かが組換えられていることを意味し、その結果、核酸コンストラクトに関してそれが実施されるとき、この用語は、分子生物学的手法によって共連結または産生した核酸配列から構成される分子を指す。したがって、核酸「コンストラクト」は、組換え核酸であり、こうした組換え核酸は、一般に、相互機能可能な構成成分シークエンサーを統合することによって調製されている。「組換え」という用語は、タンパク質またはポリペプチドに関して使用されるとき、分子生物学的手法によって創出された組換え核酸コンストラクトを使用して発現されるタンパク質またはポリペプチド分子を指す。「組換え」という用語は、遺伝子組成物または生物もしくは細胞に関して使用されるとき、親ゲノムでは生じなかった対立遺伝子の新たな組み合わせを指す。組換え核酸コンストラクトは、天然ではそれが連結されない核酸配列、または天然では異なる位置にそれが連結される核酸配列に連結されるヌクレオチド配列、またはこうした核酸配列に連結されるように操作されたヌクレオチド配列を含み得る。したがって、「組換え」としての核酸コンストラクトに対する言及は、その核酸分子が、遺伝子操作の使用、すなわちヒト介入処理によって操作されていることを示す（結果的に、その核酸分子は、人為的起源のものとなる）。例えば、組換え核酸コンストラクトは、形質転換によって宿主細胞に導入され得る。そのような組換え核酸コンストラクトは、同一の宿主細胞種または異なる宿主細胞種に由来する配列を含み得るものであり、こうした配列は、単離され、宿主種の細胞に再導入されている。組換え核酸コンストラクト配列は、宿主細胞の元の形質転換の結果として、あるいはその後に生じる組換え及び／または修復事象の結果として、宿主細胞ゲノムに組み込まれた状態となり得る。
本発明の組換えコンストラクトは、必要に応じて、例えば、形質転換植物における遺伝子の発現または抑制を媒介するために、さまざまな機能的な分子要素またはゲノム要素を含み得る。この関連では、「ＤＮＡ調節配列」、「制御要素」、及び「調節要素」は、遺伝子発現を調節するプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、ターミネーター、及びタンパク質分解シグナルなどの、転写及び翻訳の制御配列を指すと共に、例えば、ヒストンのメチル化またはアセチル化（例えば、ヒストンメチルトランスフェラーゼまたはヒストンアセチルトランスフェラーゼ）に関与することで転写状況及び遺伝子発現に差異が生じる立体構造変化を引き起こすエピジェネティックな調節シグナルを指す。本開示との関連では、「プロモーター」は、そのプロモーターが遺伝子に機能可能なように連結されると、その遺伝子の転写誘導に十分な配列を意味する。したがって、プロモーターは、ＲＮＡポリメラーゼの結合、及び転写の開始を生じさせるＤＮＡ配列を含む遺伝子の一部である。プロモーター配列は、普遍的ではないものの、通常は、遺伝子の５’側の非コード領域に位置する。プロモーター及び遺伝子は、そのプロモーターによって媒介される遺伝子発現が可能になるようにそのような配列が機能的に連結されるとき、「機能可能なように連結される」。したがって、「機能可能なように連結される」という用語は、ＤＮＡセグメントが、それによって意図される目的のためにそれが協調して機能するように配置されることを示し、意図されるこうした目的は、転写がプロモーターにおいて開始し、遺伝子のコードセグメントを通過して進行し、その遺伝子のターミネーター部分に到達することなどである。遺伝子発現は、場合によっては、適切な分子（転写活性化タンパク質など）がプロモーターに結合すると生じ得る。発現は、遺伝子のコード配列の情報が転写によってｍＲＮＡに変換された後、翻訳によってポリペプチド（タンパク質）に変換されるプロセスであり、その結果、そのタンパク質が発現したと言われる。遺伝子または核酸が、特定の宿主細胞において適切な条件下で発現する能力を有するのであれば、この用語が本明細書で使用されるように、それは「発現可能」である。
本明細書で使用される「単離された」核酸またはポリヌクレオチドは、その元の環境（例えば、それが天然に生じるのであればその天然の環境）から取り出された成分を指す。単離された核酸またはポリペプチドが、それと元々関連する細胞成分または生物学的成分を含む割合は、約５０％未満、約７５％未満、約９０％未満、約９９．９％未満、または５０～９９．９％の間の任意の整数値未満であり得る。ＰＣＲを使用することで、残りの細胞成分とそれが十分に（例えばゲルで）区別可能なように増幅されたポリヌクレオチドは、例えば、それによって「単離される」。本発明のポリヌクレオチドは、「実質的に純粋」であり得、すなわち、精製手法を使用して高度な単離が達成されている。
生物学的分子との関連では、「内在性」は、天然に見られ、及び／または所与の生物もしくは細胞によって産生される核酸などの分子を指す。「内在性」分子は、「天然」分子も指し得る。逆に、生物学的分子との関連では、「外来性」は、通常または天然に見られず、及び／または天然において所与の生物もしくは細胞によって産生されない核酸などの分子を指す。
核酸配列またはアミノ酸配列を説明するために本明細書で使用される「異種」という用語は、例えば、形質転換によって特定の宿主細胞に人工的に導入されたＤＮＡ配列などの分子または分子の一部を指す。異種ＤＮＡ配列は、例えば、形質転換によって宿主細胞に導入され得る。そのような異種分子は、宿主細胞に由来する配列を含み得る。異種ＤＮＡ配列は、宿主細胞の元の形質転換の結果として、またはその後に生じる組換え事象の結果として、宿主細胞ゲノムに組み込まれた状態となり得る。
本開示のさまざまな態様は、他の配列と相同的な核酸配列またはアミノ酸配列を包含する。アミノ酸配列または核酸配列は、２つの配列が実質的に同一であり、それらの配列の機能活性が保存されているのであれば、用語が本明細書で使用されるように、別の配列と「相同的」である（本明細書で使用されるように、配列の保存または同一性からは、進化的関連性は推測されない）。核酸配列は、それらが実質的に同一のアミノ酸配列をコードするのであれば、それらの核酸配列自体が実質的に同一でないとしても、例えば、遺伝コードの縮重の結果として、相同的にもなり得る。
生物学的配列に関する「実質的相同性」または「実質的同一性」は、代替の表現として、７０％超、７１％超、７２％超、７３％超、７４％超、７５％超、７６％超、７７％超、７８％超、７９％超、８０％超、８１％超、８２％超、８３％超、８４％超、８５％超、８６％超、８７％超、８８％超、８９％超、９０％超、９１％超、９２％超、９３％超、９４％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、または９９％～１００％の配列同一性の相同性が意図される。相同性は、示される内容に応じて、核酸配列またはアミノ酸配列を指し得る。代替の実施形態では、配列同一性は、例えば、少なくとも７５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％であり得る。同一性を比較するための最適な配列アライメントは、ｔｈｅ ｌｏｃａｌ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｏｆ Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９８１）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ ２：４８２、ｔｈｅ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｏｆ Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３、ｔｈｅ ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４などのさまざまなアルゴリズム、ならびにこうしたアルゴリズムをコンピュータに実装したもの（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．，Ｕ．Ｓ．Ａ．におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡなど）を使用して実施され得る。配列同一性は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用しても決定され得、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０において説明されている（公開デフォルト設定を使用して決定され得る）。ＢＬＡＳＴ解析を実施するためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）を介してそのインターネットサイトで利用可能であり得る。ＢＬＡＳＴアルゴリズムでは、データベース配列における同一の長さの文字列とアライメントをとったときに何らかの正の値の閾値スコアＴと一致またはそれを満たす長さＷの短い文字列を問い合わせ配列において同定することによってスコア付けの高い配列ペア（ＨＳＰ）が最初に同定される。Ｔは、近接文字列スコア閾値と称される。最初の近接文字列ヒットは、より長いＨＳＰを発見するための検索を開始するためのシードとして働く。文字列ヒットは、累積アライメントスコアが増加し得る限り、それぞれの配列に沿って両方向に延長される。下記のパラメータが満されると、それぞれの方向の文字列ヒット延長は停止される：累積アライメントスコアが、その最大達成値から数量Ｘ分低下すること、１つもしくは複数の負のスコア付け残基アライメントの蓄積に起因して累積スコアがゼロ以下に到達すること、またはいずれかの配列の末端に到達すること。アライメントの感度及びスピードは、ＢＬＡＳＴアルゴリズムのパラメータであるＷ、Ｔ、及びＸによって決定される。ＢＬＡＳＴプログラムでは、１１の文字列長（Ｗ）、ＢＬＯＳＵＭ６２スコア付けマトリックス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１０９１５－１０９１９）、５０のアライメント（Ｂ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝４、及び両方の鎖の比較がデフォルトとして使用され得る。ＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用した２つの配列間の統計学的類似性尺度の１つは、最小合計確率（Ｐ（Ｎ））であり、これは、２つのヌクレオチド配列またはアミノ酸配列の間で偶然の一致が生じ得る確率の指標となるものある。代替の実施形態では、試験配列の比較において最小合計確率が約１未満、約０．１未満、約０．０１未満、または約０．００１未満であるならば、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列は、実質的に同一であると考えられる。
２つのアミノ酸配列が実質的に同一であるということの代替の指標は、一方のペプチドが抗体と特異的かつ免疫学的に反応し、その抗体が、もう一方のペプチドに対しても特異的な免疫反応性を有するということである。抗体がペプチドに優先的に結合し、試料に存在する他のタンパク質に顕著な量で結合しないのであれば、その抗体は、そのペプチドに対する特異的な免疫反応性を有しており、その結果、そのペプチドに対するその抗体の優先的な結合は、免疫アッセイにおいて検出可能であり、他のペプチドに対する非特異的な結合とは区別可能である。ペプチドに対する抗体の特異的な免疫反応性は、タンパク質との特異的な免疫反応性を有するモノクローナル抗体を選択するための固相ＥＬＩＳＡ免疫アッセイなどの、さまざまな免疫アッセイ形式を使用して評価され得る（Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照のこと）。
２つの核酸配列が実質的に同一であるということの代替の指標は、中程度の厳密条件下または厳密条件下で２つの配列が互いにハイブリダイズするということである。フィルターに結合した配列に対する中程度の厳密条件下でのハイブリダイゼーションは、例えば、０．５ＭのＮａＨＰＯ４、７％のドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１ｍＭのＥＤＴＡにおいて６５℃で実施され、洗浄は０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳにおいて４２℃で実施され得る（Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ），１９８９，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１，Ｇｒｅｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．，ａｎｄ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ａｔ ｐ．２．１０．３を参照のこと）。あるいは、フィルターに結合した配列に対する厳密条件下でのハイブリダイゼーションは、例えば、０．５ＭのＮａＨＰＯ４、７％のＳＤＳ、１ｍＭのＥＤＴＡにおいて６５℃で実施され、洗浄は、０．１×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳにおいて６８℃で実施され得る（前出のＡｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ），１９８９を参照のこと）。ハイブリダイゼーション条件は、目的配列に応じて既知の方法に従って改変され得る（Ｔｉｊｓｓｅｎ，１９９３，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ－Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｐａｒｔ Ｉ，Ｃｈａｐｔｅｒ ２ “Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｐｒｏｂｅ ａｓｓａｙｓ”，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．を参照のこと）。一般に、厳密条件は、定義されたイオン強度及びｐＨにおいて特定配列に対する熱融点を約５℃下回るように選択される。「厳密（低度、中程度）条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド」という用語は、１つの鎖のみが別のポリヌクレオチドの相補鎖にハイブリダイズすることになるものの、一本鎖ポリヌクレオチドと二本鎖ポリヌクレオチドとの両方を包含することが意図される。特定の溶液における洗浄は、数分～数日の時間範囲で実施され得るものであり、当業者であれば、結合配列における相同性のレベル間差異が判別されるように適切な洗浄時間を容易に選択するであろう。
そのペプチドの生物学的機能を実質的に改変することなく、ポリペプチドの構造にいくつかの改変及び変更を施すことで、生物学的に同等のポリペプチドを得ることができることが当該技術分野においてよく知られている。本明細書で使用される「保存型アミノ酸置換」という用語は、ペプチドにおける所与の位置で１つのアミノ酸を別のアミノ酸に置換することを指し、こうした置換は、認識可能な機能消失または機能獲得を全く伴うことなく実施することでき、その結果、生物学的に同等なポリペプチドが得られる。そのような変更を実施する場合、同様のアミノ酸残基の置換は、側鎖置換基の相対的類似性（例えば、そのサイズ、電荷、疎水性、親水性、及び同様のもの）に基づいて実施することができ、日常的な試験によってペプチドの機能に対するそのような置換の作用がアッセイされ得る。逆に、本明細書で使用される「非保存型アミノ酸置換」という用語は、ペプチドにおける所与の位置で１つのアミノ酸を別のアミノ酸に置換することを指し、こうした置換では、そのペプチドに認識可能な機能消失または機能獲得が生じることで、生物学的に同等ではないポリペプチドが得られる。
いくつかの実施形態では、保存型アミノ酸置換は、アミノ酸残基が同様の親水性値（例えば、±２．０の値以内）を有する別のアミノ酸に置換されるように実施され得、下記の親水性値がアミノ酸残基に割り当てられている（米国特許第４，５５４，１０１号に詳細に記載される）：Ａｒｇ（＋３．０）、Ｌｙｓ（＋３．０）、Ａｓｐ（＋３．０）、Ｇｌｕ（＋３．０）、Ｓｅｒ（＋０．３）、Ａｓｎ（＋０．２）、Ｇｌｎ（＋０．２）、Ｇｌｙ（０）、Ｐｒｏ（－０．５）、Ｔｈｒ（－０．４）、Ａｌａ（－０．５）、Ｈｉｓ（－０．５）、Ｃｙｓ（－１．０）、Ｍｅｔ（－１．３）、Ｖａｌ（－１．５）、Ｌｅｕ（－１．８）、Ｉｌｅ（－１．８）、Ｔｙｒ（－２．３）、Ｐｈｅ（－２．５）、及びＴｒｐ（－３．４）。非保存型アミノ酸置換は、残基の親水性値が顕著に異なるように実施され得、例えば、残基の親水性値が２．０超異なるように実施される。
代替の実施形態では、保存型アミノ酸置換は、アミノ酸残基が同様の疎水性親水性指数（例えば、±２．０の値以内）を有する別のアミノ酸に置換されるように実施され得る。そのような実施形態では、下記のように、その疎水性及び電荷特徴に基づいて疎水性親水性指数がそれぞれのアミノ酸残基に割り当てられ得る：Ｉｌｅ（＋４．５）、Ｖａｌ（＋４．２）、Ｌｅｕ（＋３．８）、Ｐｈｅ（＋２．８）、Ｃｙｓ（＋２．５）、Ｍｅｔ（＋１．９）、Ａｌａ（＋１．８）、Ｇｌｙ（－０．４）、Ｔｈｒ（－０．７）、Ｓｅｒ（－０．８）、Ｔｒｐ（－０．９）、Ｔｙｒ（－１．３）、Ｐｒｏ（－１．６）、Ｈｉｓ（－３．２）、Ｇｌｕ（－３．５）、Ｇｌｎ（－３．５）、Ａｓｐ（－３．５）、Ａｓｎ（－３．５）、Ｌｙｓ（－３．９）、及びＡｒｇ（－４．５）。非保存型アミノ酸置換は、残基の疎水性親水性指数が顕著に異なるように実施され得、例えば、残基の疎水性親水性指数が２．０超異なるように実施される。
代替の実施形態では、保存型アミノ酸置換は、アミノ酸残基が同一のクラスの別のアミノ酸に置換されるように実施され得、アミノ酸は、下記のように、非極性クラス、酸性クラス、塩基性クラス、及び中性クラスに分類される：非極性：Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ、酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、塩基性：Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、中性：Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｔｙｒ。非保存型アミノ酸置換は、残基が同一のクラスに属さないように実施され得、例えば、塩基性アミノ酸が中性または非極性のアミノ酸に置換されるように実施される。
微生物
ほとんどの動物には、細菌などの微生物がある程度定着しており、こうした微生物は、宿主動物と相利共生関係または片利共生関係で存在する。したがって、通常は無害な細菌の種が健康な動物には多く見られ、こうした種は、通常、特定の臓器及び組織の表面に局在する。こうした微生物コミュニティーは、マイクロバイオームと呼ばれるもののメンバーとして体の正常機能に役立つことが多い。Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉなどの、一般に無害な微生物は、健康な対象において感染を引き起こし得るものであり、その結果は、穏和な感染から死に至るものにまで及ぶ。微生物が病原性（すなわち、感染を引き起こす）か否かは、特定の宿主細胞、組織、もしくは臓器への侵入経路及びアクセス経路、微生物の固有病原性、潜在的感染部位に存在する微生物の量、または宿主動物の健康などの因子に依存する。したがって、通常は無害な微生物は、感染に有利な条件が生じると病原性になり得るものであり、ほとんどの病原性微生物でさえ、一般に、感染を引き起こすには特定の状況を必要とする。したがって、正常フローラのメンバーである微生物種は、内在性フローラにおけるその正常な生態学的役割を超えてそれが活動すると病原体となり得る。例えば、内在性種は、例えば、近接拡散によって、解剖学的に近接した領域においてその生態学的適所の外側で感染を引き起こし得る。これが生じると、こうした通常は無害な内在性細菌が病原性となる。
特定の微生物種は、通常であれば健康な対象の特定の細胞、組織、または臓器において感染を引き起こすことが知られている。体の特定の臓器及び組織において一般に感染を引き起こす細菌及びウイルスの例は以下に記載されており、こうした例は、例えば、下記の刊行物によって代表される領域における知見に基づいて、通常であれば健康な生物のさまざまな臓器及び組織において感染を引き起こすか、または感染を一般に引き起こす感染性または病原性の細菌を認識及び同定する（そして、それぞれの細菌種に関する感染の相対頻度を認識する）ことが当業者であればできるであろうという意味において、限定されるものではない：Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐａｔｒｉｃｋ Ｍｕｒｒａｙ，Ｅｄ．，２００３，ＡＳＭ Ｐｒｅｓｓ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＤＣ，ＵＳＡ、Ｍａｎｄｅｌｌ，Ｄｏｕｇｌａｓ，ａｎｄ Ｂｅｎｎｅｔｔ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ５ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇ．Ｌ．Ｍａｎｄｅｌｌ，Ｊ．Ｅ．Ｂｅｎｎｅｔｔ，Ｒ．Ｄｏｌｉｎ，Ｅｄｓ．，２０００，Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ，ＵＳＡ（これらの文献はすべて、参照によって本明細書に組み込まれる）。
皮膚の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、ベータ溶血性連鎖球菌のＡ群、Ｂ群、Ｃ群、もしくはＧ群、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｔｈｅｒｉａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ、またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、あるいはウイルス病原体：麻疹、風疹、水痘帯状疱疹、エコーウイルス、コクサッキーウイルス、アデノウイルス、ワクシニア、単純ヘルペス、またはパルボＢ１９。
軟部組織（例えば、脂肪及び筋肉）の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、もしくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の他の種、またはウイルス病原体：インフルエンザ、もしくはコクサッキーウイルス。
乳房の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、またはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ。
頭部及び頸部のリンパ節の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはウイルス病原体：エプスタイン・バー、サイトメガロウイルス、アデノウイルス、麻疹、風疹、単純ヘルペス、コクサッキーウイルス、もしくは水痘帯状疱疹。
腕／腋窩のリンパ節の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはウイルス病原体：麻疹、風疹、エプスタイン・バー、サイトメガロウイルス、アデノウイルス、もしくは水痘帯状疱疹。
縦隔のリンパ節の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：緑色連鎖球菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、もしくはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはウイルス病原体：麻疹、風疹、エプスタイン・バー、サイトメガロウイルス、水痘帯状疱疹、もしくはアデノウイルス。
肺門リンパ節の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、もしくはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはウイルス病原体：インフルエンザ、アデノウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、パラインフルエンザ、呼吸器多核体ウイルス、ヒトメタニューモウイルス、もしくはコクサッキーウイルス。
腹腔内リンパ節の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、もしくはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはウイルス病原体：麻疹、風疹、エプスタイン・バー、サイトメガロウイルス、水痘帯状疱疹、アデノウイルス、インフルエンザ、もしくはコクサッキーウイルス。
脚／鼠径部のリンパ節の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはウイルス病原体：麻疹、風疹、エプスタイン・バー、サイトメガロウイルス、もしくは単純ヘルペス。
血液の感染（すなわち、敗血症）は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ｐｒｏｔｅｕｓ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、もしくはＢ群の連鎖球菌、またはウイルス病原体：麻疹、風疹、水痘帯状疱疹、エコーウイルス、コクサッキーウイルス、アデノウイルス、エプスタイン・バー、単純ヘルペス、もしくはサイトメガロウイルス。
骨の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、連鎖球菌の他の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ｐｒｏｔｅｕｓ属の種、もしくはＳｅｒｒａｔｉａ属の種、またはウイルス病原体：パルボウイルスＢ１９、風疹、もしくはＢ型肝炎。
関節の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、連鎖球菌の他の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ｐｒｏｔｅｕｓ属の種、Ｓｅｒｒａｔｉａ属の種、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａ、ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｈｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ、またはウイルス病原体：パルボウイルスＢ１９、風疹、Ｂ型肝炎、または真菌病原体：Ｓｃｅｄｏｓｐｏｒｉｕｍ ｐｒｏｌｉｆｉｃａｎｓ。
髄膜の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、もしくはＬｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、またはウイルス病原体：エコーウイルス、コクサッキーウイルス、他のエンテロウイルス、もしくはムンプス。
脳の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種（Ｓ．ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｓ．ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ、Ｓ．ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓを含む）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属の種、Ｐｒｏｔｅｕｓ属の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、もしくはＢｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、またはウイルス病原体：コクサッキーウイルス、エコーウイルス、ポリオウイルス、他のエンテロウイルス、ムンプス、単純ヘルペス、水痘帯状疱疹、フラビウイルス、もしくはブニヤウイルス。
脊髄の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、もしくはＢｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、またはウイルス病原体：コクサッキーウイルス、エコーウイルス、ポリオウイルス、他のエンテロウイルス、ムンプス、単純ヘルペス、水痘帯状疱疹、フラビウイルス、もしくはブニヤウイルス。
眼／眼窩の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｌｌｅｒｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、もしくはＴｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはウイルス病原体：アデノウイルス、単純ヘルペス、水痘帯状疱疹、もしくはサイトメガロウイルス。
唾液腺の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、緑色連鎖球菌（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｎｇｕｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、もしくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、または他の口腔内嫌気性菌、あるいはウイルス病原体：ムンプス、インフルエンザ、エンテロウイルス、または狂犬病。
口腔の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃｕｓ、嫌気性連鎖球菌、緑色連鎖球菌、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ属の種、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、もしくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、または他の口腔内嫌気性菌、あるいはウイルス病原体：単純ヘルペス、コクサッキーウイルス、またはエプスタイン・バー。
扁桃腺の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＣ群もしくはＧ群のＢ－溶血性連鎖球菌、あるいはウイルス病原体：ライノウイルス、インフルエンザ、コロナウイルス、アデノウイルス、パラインフルエンザ、呼吸器多核体ウイルス、または単純ヘルペス。
洞の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、α－連鎖球菌、嫌気性細菌（例えば、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属の種）、もしくはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、またはウイルス病原体：ライノウイルス、インフルエンザ、アデノウイルス、もしくはパラインフルエンザ。
上咽頭の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＣ群もしくはＧ群のＢ－溶血性連鎖球菌、あるいはウイルス病原体：ライノウイルス、インフルエンザ、コロナウイルス、アデノウイルス、パラインフルエンザ、呼吸器多核体ウイルス、または単純ヘルペス。
甲状腺の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはウイルス病原体：ムンプス、もしくはインフルエンザ。
喉頭の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはウイルス病原体：ライノウイルス、インフルエンザ、パラインフルエンザ、アデノウイルス、コロナウイルス、もしくはヒトメタニューモウイルス。
気管の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはウイルス病原体：パラインフルエンザ、インフルエンザ、呼吸器多核体ウイルス、もしくはアデノウイルス。
気管支の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、もしくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、またはウイルス病原体：インフルエンザ、アデノウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、パラインフルエンザ、呼吸器多核体ウイルス、ヒトメタニューモウイルス、もしくはコクサッキーウイルス。
肺の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、もしくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ、またはウイルス病原体：インフルエンザ、アデノウイルス、呼吸器多核体ウイルス、もしくはパラインフルエンザ。
胸膜の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、もしくはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはウイルス病原体：インフルエンザ、アデノウイルス、呼吸器多核体ウイルス、もしくはパラインフルエンザ。
縦隔の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：緑色連鎖球菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、もしくはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはウイルス病原体：麻疹、風疹、エプスタイン・バー、もしくはサイトメガロウイルス。
心臓の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種（Ｓ．ｍｉｔｉｏｒ、Ｓ．ｂｏｖｉｓ、Ｓ．ｓａｎｇｕｉｓ、Ｓ．ｍｕｔａｎｓ、Ｓ．ａｎｇｉｎｏｓｕｓを含む）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｔｈｅｒｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、もしくはＳａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種、またはウイルス病原体：エンテロウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、ポリオウイルス、アデノウイルス、ムンプス、麻疹、もしくはインフルエンザ。
食道の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ属の種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、またはウイルス病原体：サイトメガロウイルス、単純ヘルペス、もしくは水痘帯状疱疹。
胃の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓもしくはＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ、またはウイルス病原体：サイトメガロウイルス、単純ヘルペス、エプスタイン・バー、ロタウイルス、ノロウイルス、もしくはアデノウイルス。
小腸の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｄｉｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、もしくはＳｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、またはウイルス病原体：アデノウイルス、アストロウイルス、カリシウイルス、ノロウイルス、ロタウイルス、もしくはサイトメガロウイルス。
結腸／直腸の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｄｉｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、もしくはＳｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、またはウイルス病原体：アデノウイルス、アストロウイルス、カリシウイルス、ノロウイルス、ロタウイルス、もしくはサイトメガロウイルス。
肛門の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、嫌気性連鎖球菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、もしくはＴｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはウイルス病原体：単純ヘルペス。
会陰の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、嫌気性連鎖球菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の種、もしくはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、またはウイルス病原体：単純ヘルペス。
肝臓の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（ａｎｇｉｎｏｓｕｓ群）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、他の緑色連鎖球菌、もしくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、またはウイルス病原体：Ａ型肝炎、エプスタイン・バー、単純ヘルペス、ムンプス、風疹、麻疹、水痘帯状疱疹、コクサッキーウイルス、もしくはアデノウイルス。
胆嚢の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、腸球菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の種、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｄｉｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、またはＳｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ。
胆道の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、腸球菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の種、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｄｉｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、もしくはＳｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、またはウイルス病原体：Ａ型肝炎、エプスタイン・バー、単純ヘルペス、ムンプス、風疹、麻疹、水痘帯状疱疹、コクサッキーウイルス、もしくはアデノウイルス。
膵臓の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｌ属の種、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ属の種、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒｏｓｉｓ属の種、もしくはＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ属の種、またはウイルス病原体：ムンプス、コクサッキーウイルス、Ｂ型肝炎、サイトメガロウイルス、単純ヘルペス２型、もしくは水痘帯状疱疹。
脾臓の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、もしくはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、またはウイルス病原体：エプスタイン・バー、サイトメガロウイルス、アデノウイルス、麻疹、風疹、コクサッキーウイルス、もしくは水痘帯状疱疹。
副腎の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、もしくはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、またはウイルス病原体：水痘帯状疱疹。
腎臓の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｔｉａ属の種、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、もしくはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、またはウイルス病原体：ＢＫウイルス、もしくはムンプス。
尿管の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｔｉａ属の種、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ属の種、またはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種。
膀胱の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｔｉａ属の種、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、もしくはＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｊｅｋｅｕｍ、またはウイルス病原体：アデノウイルス、もしくはサイトメガロウイルス。
腹膜の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｐｒｏｔｅｕｓ属の種、腸球菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の種。
後腹膜領域の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、またはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ。
前立腺の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ属の種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の種、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、もしくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、またはウイルス病原体：単純ヘルペス。
精巣の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、もしくはＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｄｉｔｉｓ、またはウイルス病原体：ムンプス、コクサッキーウイルス、もしくはリンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス。
陰茎の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、もしくはＴｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはウイルス病原体：単純ヘルペス。
卵巣／付属器の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｇａｒｄｅｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属の種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ。
子宮の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｇａｒｄｅｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属の種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の種、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ。
子宮頸部の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、もしくはＴｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはウイルス病原体：単純ヘルペス。
腟の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｇａｒｄｅｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属の種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の種、ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｉ属の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ Ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、もしくはＴｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはウイルス病原体：単純ヘルペス。
外陰部の感染は、一般に、下記の細菌種によって引き起こされる：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、もしくはＴｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはウイルス病原体：単純ヘルペス。
細菌種は、分類実施上は、同様の株の集団（これは、一般に、同定可能な生理学的差異を有するが、通常は形態学的な差異は有さず、共通の祖先を有すると推定される群を指し、細菌の表面抗原に対する血清学的手法を使用して同定され得る）として分類される。したがって、それぞれの細菌種（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、多数の株（または血清型）を有し、こうした株（または血清型）は、感染を引き起こすその能力が異なるか、または特定の臓器／部位において感染を引き起こすその能力が異なり得る。例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅには少なくとも９０の血清型が存在するが、ヒトにおいて肺炎球菌疾患の原因となる頻度が最も高いのは、血清型１型、血清型３型、血清型４型、血清型７型、血清型８型、及び血清型１２型である。
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉのある特定の株は、腸管外病原性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥｘＰＥＣ）と称され、尿路感染、または新生児髄膜炎などの他の腸管外感染を引き起こす可能性がより高い一方で、腸管毒素原性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＴＥＣ）、腸管病原性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＰＥＣ）、腸管出血性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＨＥＣ）、志賀毒素産生Ｅ．ｃｏｌｉ（ＳＴＥＣ）、腸管凝集性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＡＥＣ）、腸管侵入性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＩＥＣ）、及びびまん性付着Ｅ．ｃｏｌｉ（ＤＡＥＣ）を含めて、他の株は、胃腸管感染／下痢を引き起こす可能性がより高い。ＥｘＰＥＣ株のサブカテゴリーの中でさえ、特定の病原性因子（例えば、１型線毛の産生）が、ある特定の株の膀胱感染誘発能力の向上を可能にする一方で、他の病原性因子（例えば、Ｐ線毛の産生）が、他の株の腎臓感染誘発能力の向上を可能にする。本発明によれば、膀胱癌における免疫調節異常を標的とする製剤向けには、膀胱において感染を引き起こす可能性がより高いＥｘＰＥＣ株（複数可）が選択され得る一方で、腎癌における免疫調節異常を標的とする製剤向けには、腎臓において感染を引き起こす可能性がより高いＥｘＰＥＣ株（複数可）が選択され得る。同様に、結腸における免疫調節異常を治療する製剤向けには、Ｅ．ｃｏｌｉのＥＴＥＣ株、ＥＰＥＣ株、ＥＨＥＣ株、ＳＴＥＣ株、ＥＡＥＣ株、ＥＩＥＣ株、またはＤＡＥＣ株（すなわち、結腸感染を引き起こす株）うちの１つまたは複数が選択され得る。
同様に、特定のウイルスにはサブタイプが多数存在し得る。例えば、インフルエンザウイルスには、Ａ型インフルエンザ、Ｂ型インフルエンザ、及びＣ型インフルエンザという３つの型が存在し、こうした型は、疫学、宿主範囲、及び臨床的特徴が異なる。例えば、Ａ型インフルエンザは、ウイルス性肺感染と関連する可能性がより高い一方で、Ｂ型インフルエンザは、筋炎（すなわち、筋肉感染）と関連する可能性がより高い。さらに、これら３つの型のインフルエンザウイルスのそれぞれが多数のサブタイプを有し、こうしたサブタイプもまた、疫学、宿主範囲、及び臨床的特徴が異なり得る。本発明によれば、肺における免疫調節異常を標的とするには、肺感染と関連することが最も一般的なＡ型インフルエンザサブタイプが選択され得る一方で、筋肉／軟部組織における免疫調節異常を治療するためには、筋炎と関連することが最も一般的なＢ型インフルエンザ株が選択され得る。
いくつかの病理学的組織状態と関連する特定のマイクロバイオータが存在しており、こうしたマイクロバイオータは、例えば、特定の腫瘍のマイクロバイオータである。例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＰｒｏｖｉｄｅｎｃｉａは、結腸直腸癌と関連している。
本発明の組成物は、特定の組織または臓器において病原性の病原性微生物種（細菌、ウイルス、または真菌）の免疫原を含み、こうした組成物では、免疫原は、標的組織において病原性の微生物性哺乳類病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現する哺乳類ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーの形態で提供される。選択的な実施形態では、ＰＲＲアゴニストシグネチャーの部分は、標的組織において病原性ではない微生物の参照ＰＲＲアゴニストシグネチャーとは異なることと、微生物性哺乳類病原体の天然のＰＲＲアゴニストシグネチャーとは異なることとの両方の意味において異なる。哺乳類ＰＲＲアゴニストのこの異なる人工レパートリーは、哺乳類宿主の標的組織に常在する自然免疫細胞に対して組み合わさって提示されるように治療媒体において一緒に製剤化される。
製剤及び治療媒体
本発明の組成物は、例えば、ヒトなどの哺乳類に対する投与に適した形態のリポソーム、アジュバント、または医薬的に許容可能な任意の担体（「治療媒体」）の存在下で、単独で提供されるか、または他の化合物（例えば、核酸分子、小分子、ペプチド、もしくはペプチド類似体）と組み合わせて提供され得る。本明細書で使用される「医薬的に許容可能な担体」または「賦形剤」は、生理学的に適合する溶剤、分散媒体、コーティング、抗細菌剤及び抗真菌、等張剤及び吸収遅延剤、ならびに同様のもののいずれかまたはすべてを含む。担体は、皮下、皮内、静脈内、非経口、腹腔内、筋肉内、舌下、吸入、腫瘍内、または経口の投与を含めて、任意の適切な形態の投与に適し得る。医薬的に許容可能な担体には、無菌の水性溶液または水性懸濁液、及び無菌の注射用溶液または注射用懸濁液を即時調製するための無菌粉末が含まれる。医薬的に活性な物質のためのそのような媒体及び薬剤の使用は、当該技術分野においてよく知られている。通常の媒体または薬剤のいずれかが活性化合物（すなわち、本発明の特定の細菌、細菌抗原、またはその組成物）と適合しない場合を除き、本発明の医薬組成物におけるその使用が企図される。組成物には追加の活性化合物も組み込まれ得る。
本発明の態様は、ナノ粒子（ＮＰ）製剤の使用を含む。例えば、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）は、エッセンス空ウイルス粒子の形態であり、この空ウイルス粒子は、インタクトなタンパク質外被を含み、いくつかの実施形態では、膜エンベロープを含む。一般に、ＶＬＰは、遺伝子材料を欠いている。ＶＬＰの生成は、例えば、哺乳類、トリ、昆虫、植物、酵母、または細菌の細胞においてウイルスタンパク質を発現させることによって行われ得る。あるいは、完全に合成のＶＬＰが生成され得る。代替のナノ粒子製剤は、エマルション、リポソームアルギン酸、キトサン、及びポリラクチド－グリコリドコポリマー（ＰＬＧＡ）のＮＰである。免疫応答を誘導するための使用に適し得るＮＰ／ＴＬＲリガンド調製物の例は、ＴＬＲ２に対するリガンド（Ｐａｍ（３）Ｃｙｓ）、ＴＬＲ９に対するリガンド（ポリＩ：Ｃ）、ＴＬＲ４に対するリガンド（３－Ｏ－デスアシル－４ ０－モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ））、ＴＬＲ７に対するリガンド（９－ベンジル－８－ヒドロキシアデニン）、ＴＬＲ７／８に対するリガンド（レシキモド、Ｒ８４８）、及びＴＬＲ９に対するリガンド（ＣｐＧＤＮＡ）である。
選択される合剤に加えて、所望の免疫応答を増強するために多種多様なアジュバントが使用され得る（Ｌｅｖａｓｔ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｖａｃｃｉｎｅｓ，２，２９７－３２２を参照のこと）。
本発明によるＰＲＲリガンドでの治療は、より伝統的な治療及び現存の治療と組み合わせられ得る。例えば、がんについては、こうした治療には、化学療法、放射線療法、手術などが含まれ得、またはこうした治療は、免疫系を刺激する治療、炎症を低減する治療、もしくは栄養素、ビタミン、及びサプリメントなどの、別の形で対象に有利な治療と併用され得る。例えば、ビタミンＡ、ビタミンＤ、ビタミンＥ、ビタミンＣ、ビタミンＢ複合体、セレン、亜鉛、コエンザイムＱ１０、ベータカロテン、魚油、クルクミン、緑茶、ブロメライン、レスベラトロール、亜麻仁（ｇｒｏｕｎｄ ｆｌａｘｓｅｅｄ）、ニンニク、リコピン、マリアアザミ、メラトニン、他の抗酸化物質、シメチジン、インドメタシン、またはＣＯＸ－２阻害剤（例えば、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（商標）［セレコキシブ］もしくはＶｉｏｘｘ（商標）［ロフェコキシブ］）もまた、対象に投与され得る。
対象に対する化合物の投与に適した製剤または組成物を得るために、通常の薬務が採られ得る。例えば、非経口、静脈内、皮内、皮下、筋肉内、頭蓋内、眼窩内、点眼、脳室内、関節内、脊髄内、くも膜下腔内、大槽内、腹腔内、鼻腔内、吸入、エアロゾル、局所、腫瘍内、舌下、または経口の投与などの代替の投与経路が採られ得る。治療製剤は、溶液または懸濁液の形態であり得、経口投与については、製剤は、錠剤またはカプセルの形態であり得、鼻腔内製剤については、粉末、点鼻薬、またはエアロゾルの形態であり得、舌下製剤については、ドロップ、エアロゾル、または錠剤の形態であり得る。
製剤調製方法は、当該技術分野においてよく知られており、こうした方法は、例えば、“Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ”（２０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ），ｅｄ．Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ，２０００，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡに見られる。非経口投与のための製剤は、例えば、賦形剤、無菌水もしくは生理食塩水、ポリエチレングリコールなどのポリアルキレングリコール、植物起源の油、または水素化ナフタレンを含み得る。化合物の放出を制御するためには、生体適合性かつ生分解性のラクチドポリマー、ラクチド／グリコリドコポリマー、またはポリオキシエチレン－ポリオキシプロピレンコポリマーが使用され得る。他の潜在的に有用な非経口送達系には、エチレン－ビニルアセテートコポリマー粒子、浸透圧ポンプ、植込み型の注入系、及びリポソームが含まれる。吸入のための製剤は、例えば、ラクトースなどの賦形剤を含み得るか、または例えば、ポリオキシエチレン－９－ラウリルエーテル、グリコレート、及びデオキシコーレートを含む水性溶液であり得るか、または点鼻薬の形態での投与もしくはゲルとしての投与のための油性溶液であり得る。治療組成物または予防組成物については、がんの進行もしくは転移の停止もしくは鈍化に有効な量、または障害に応じて対象の生存率を（例えば、ＳＥＥＲデータベースから得られる予後と比較して）増加させるのに有効な量で、病原性細菌種が個体に投与される。
医薬組成物または医薬製剤は、薬物の投与に使用される方法に応じてさまざまな方法で包装され得る。例えば、製造物品または包装物品は、適切な形態で医薬製剤がそこに収まった容器を含み得る。適切な容器には、例えば、ボトル（プラスチック及びガラス）、小袋、アンプル、プラスチックバッグ、金属シリンダー、ならびにバイアルなどの材料が含まれ得る。容器は、無菌のアクセスポートを有し得、例えば、容器は、静脈内用溶液バッグ、または皮下注射針によって貫通可能なストッパーを有するバイアルであり得る。パッケージまたは容器は、例えば、パッケージに含まれるバイアルに適合する複数用量バイアルアダプターなどの、パッケージまたは容器の内容物へのアクセス制御に適した不正開封防止機構または多目的機構も含み得る。容器またはパッケージは、ラベルを含み得、こうしたラベルは、例えば、容器の内容物を説明するラベルであり、例えば、そこに存在する医薬組成物を特定する薬物ラベル及び／または投与様式もしくは投与経路を特定する薬物ラベルである。ラベルは、適切な警告も含み得、こうした警告は、例えば、容器もしくはパッケージの保管条件を特定する警告、または治療様式の禁忌もしくは有害作用を示す警告である。したがって、製造物品は、医薬組成物、または医薬組成物の使用促進に適した付属物を含む「キット」の形態をとり得る。キットは、ラベルまたは添付文書を含み得、「添付文書」という用語は、治療製造物の商業用パッケージに慣習的に含まれ、そのような治療製造物の使用に関する指示、用法、用量、投与、禁忌、及び／または警告についての情報を含む説明を指すために使用される。キットは、医薬組成物の使用と関連する付属物をさらに含み得、こうした付属物には、緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジが含まれる。キットは、例えば、多くの単位用量を含めて、選択される剤形の医薬組成物の送達にも適し得る。そのようなキットは、用量が使用されることになる治療スケジュールの意図されるタイミングを物理的に指示または記載して指示する形態の記憶補助または記憶機構を含み得る。
「コンパニオン診断」は、医薬治療または医薬組成物と関連し得る。コンパニオン診断は、典型的には、特定の患者に対する治療の適用可能性を決定するために、診断試験の形態で診断情報または予後情報を提供することによって、関連する治療を促進するアッセイである。ポイント・オブ・ケアコンパニオン診断は、例えば、医薬製剤の提供と併せて診断組成物及び／または製造物品を提供することを含み得、こうしたものは、例えば、キットの一部として提供される。あるいは、コンパニオン診断は、対象の治療を監視するためのアッセイ、または意図される治療の治療効力を予測するためのアッセイとして、別々に提供され得る。コンパニオン診断は、例えば、イメージングツールなどの医療機器の形態をとるか、またはそのような機器（例えば、インビトロのアッセイを実施するためのもの）によって実施されるプロセスの形態をとり得、こうしたものによって、対応する薬物または生物学的製造物の安全及び有効な使用と関連する情報が得られる。コンパニオン診断は、治療効力についての診断情報もしくは予後情報、または望ましくない副作用もしくはリスクの根拠が提供されるように、本明細書に開示の治療と併用され得る。特定の治療とのコンパニオン診断の併用は、例えば、診断機器のラベル及び／または対応する治療製造物のラベルに存在する説明において規定され得る。コンパニオン診断試験の型には、例えば、遺伝子ＳＳＩ応答マーカーなどの遺伝子パターンをスクリーニングする試験の形態のスクリーニング及び検出、疾患の将来経過予測に役立つか、もしくは治療に対する患者の応答を示す生化学的ＳＳＩ応答マーカーに対するアッセイなどの予測及びセラノスティクス、例えば、処方される治療の有効性及び適切な投薬を評価するための監視、または患者の疾患再発リスクを分析する再発試験が含まれ得る。
本発明による組成物の「有効量」は、治療的に有効な量または予防的に有効な量を含む。「治療的に有効な量」は、免疫調節異常の低減または除去などの所望の治療結果の達成に必要な用量及び期間において有効な量を指す。組成物の治療的に有効な量は、個体の病状、年齢、性別、及び重量、ならびに個体において所望の応答を誘発する化合物の能力などの因子に応じて変わり得る。投与レジメンは、最適な治療応答が得られるように調整され得る。治療的に有効な量は、治療的に有利な作用が、組成物の任意の毒性作用または有害作用を上回るものでもあり得る。「予防的に有効な量」は、免疫調節異常の寛解などの所望の予防結果の達成に必要な用量及び期間において有効な量を指す。典型的には、予防用量は、がんの早期ステージの前または早期ステージに対象において使用され、その結果、予防的に有効な量は、治療的に有効な量より少なくあり得る。
任意の特定の対象について、治療のタイミング及び用量は、個体の必要性、及び組成物を投与する者またはその投与を監督する者の専門的な判断に従って、期間の経過と共に調整され得る（例えば、タイミングは、毎日、１日おき、毎週、毎月であり得る）。例えば、皮下投与または皮内投与との関連では、組成物は、１日おきに投与され得る。約０．０５ｍｌの初回用量が皮下投与され、その後、注射部位において適切な皮膚反応（例えば、注射部位において視認可能な発赤が生じる直径１インチ～２インチの遅延型反応）が達成されるまで、１日おきに０．０１～０．０２ｍｌ増やして投与され得る。この適切な免疫反応が達成されると、この投薬が維持用量として継続される。維持用量は、注射部位において視認可能な所望の皮膚反応（炎症）が達成されるように、時々調整され得る。投薬は、例えば、少なくとも１週間、２週間、２ヶ月、６ヶ月、１年、２年、３年、４年、または５年以上などの投与期間にわたって実施され得る。
経口投薬は、例えば、１日当たり４回、毎日、または毎週からの範囲であり得る。投薬は、例えば、少なくとも１週間、２週間、２ヶ月、６ヶ月、１年、２年、３年、４年、または５年以上などの投与期間にわたって実施され得る。いくつかの実施形態では、本発明は、同時または連続的に、舌下に投与されるか、もしくは吸入によって投与されるか、または１つもしくは複数の上皮組織に投与（すなわち、皮内注射もしくは皮下注射によって皮膚に投与、吸入によって肺上皮に投与、経口摂取によって胃腸管粘膜に投与、舌下投与によって口腔粘膜に投与）される組成物を含み得る。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、上皮組織において免疫応答を誘発するように投与される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の上皮投与経路は、腫瘍内投与、筋肉内投与、または静脈内投与などの、１つまたは複数の追加の投与経路と組み合わせられ得る。
免疫原性製剤の場合では、免疫原性的に有効な量の本発明の組成物が、単独で提供されるか、または例えば、免疫学的アジュバントなどの他の化合物と組み合わせて提供され得る。組成物は、例えば、免疫原性を増進させるために、ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニンなどの担体分子と連結された化合物を含み得る。免疫原性組成物は、所望の免疫応答を誘発する材料を含む組成物である。免疫原性組成物は、限定はされないが、免疫系のメモリーＢ細胞、メモリーＴ細胞、好中球、単球、またはマクロファージを選択、活性化、または増殖させ得る。
注射によって投与するための死滅組換え細菌を含む抗原性組成物は、下記のように調製され得る。細菌は、適切な培地で増殖し、生理食塩水で洗浄され得る。その後、細菌は、遠心分離され、生理食塩水に再懸濁された後、熱での死滅処理が実施され得る。懸濁液は、顕微鏡で直接数を数えることによって標準化され、必要な量で混合された後、適切な容器に保管され得、その安全性、有効期間、及び無菌性が、承認された様式で試験され得る。病原性細菌種及び／またはその抗原に加えて、ヒトに対する投与に適した死滅細菌ワクチンは、０．４％のフェノール保存剤及び／または０．９％の塩化ナトリウムを含み得る。細菌ワクチンは、痕跡量のブレインハートインフュージョン（ウシ）、ペプトン、酵母抽出物、寒天、ヒツジ血液、デキストロース、リン酸ナトリウム、及び／または他の培地成分も含み得る。
選択的な実施形態では、薬物は、１時間～１ヶ月の間の投与間隔で与えられる連続用量で、少なくとも１週間の投与期間にわたって投与部位に投与され得る。任意選択で、薬物は、皮内または皮下に投与され得る。任意選択で、薬物は、投与部位における視認可能な局所的炎症性免疫応答の誘発にそれぞれの用量が有効となる用量で投与され得る。任意選択で、薬物は、投与部位において視認可能な局所的炎症が１～４８時間以内に生じるように投与され得る。しかしながら、視認可能な局所的炎症性免疫応答は、免疫応答が開始しているからといって、すべての状況において必ずしも存在し得るとは限らない。免疫応答の開始を監視することができる方法は他にも存在する。例えば、免疫反応が生じている対象に由来する免疫細胞のプロファイル（及び特徴付けにおける相対変化）を、免疫反応が生じていない対象に由来するものと比較することができる。
別の態様では、特定の臓器または組織における免疫機能障害に対する治療を受けている個体における治療レジメンの効力監視方法が提供される。こうした方法では、個体が一定期間の治療レジメンに供された後、特定の臓器または組織から得られた治療後免疫試料における免疫応答の特徴が測定される。
いくつかの実施形態では、本発明の免疫原性組成物を製剤化するために、ＧＩＴの特定の領域の内在性フローラのメンバーである細菌に由来するＰＲＲアゴニストが使用され得る。それぞれの種が内在性フローラの一部を形成し得る生物学的領域と併せて、多くの細菌種が表３の横列に記載される。例えば、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ属の種は、典型的には、口腔の内在性フローラのメンバーである。
Figure 2023068095000006
Figure 2023068095000007
Figure 2023068095000008
Figure 2023068095000009
Figure 2023068095000010
Figure 2023068095000011
Figure 2023068095000012
Figure 2023068095000013
Figure 2023068095000014
細菌などの内在性微生物フローラは、近接拡散または菌血症性拡散のいずれかを介して、病態形成のために組織にアクセスすることができる。有利な条件下では、内在性生物は、病原性となり、局所的に侵入し、近接拡散によって隣接する組織及び臓器に拡散し得る。皮膚、口腔、及び結腸の内在性細菌フローラは、菌血症性拡散が生じやすいことでも知られる種である。それ故に、特定の内在性フローラドメインのメンバーである細菌は、こうした細菌が拡散し得る組織または臓器において感染を引き起こし得る。したがって、本発明の１つの態様は、内在性微生物病原体が拡散して感染を引き起こし得るＧＩＴの領域に局在する症状を有する免疫調節異常を治療するために、当該内在性細菌に由来するＰＲＲアゴニストを使用することを含む。表２の縦列には、内在性フローラのドメインが記載される。表４の横列には、免疫調節異常が症候性であるか、または病原学的に局在し得るＧＩＴの領域が記載される。したがって、本発明の１つの態様は、内在性微生物病原体が拡散して感染を引き起こし得るＧＩＴの領域において症候性であるか、または病原学的にそこに局在する免疫調節異常を治療するための免疫原性組成物を製剤化するために、当該病原体に由来するＰＲＲアゴニストを使用することを含む。したがって、代替の実施形態では、表２の第１縦列に記載の領域において症候性の免疫調節異常は、表２の第１横列に記載され、その該当横列にＸまたはチェックマークで示される内在性フローラドメインの１つまたは複数の内在性フローラのメンバーである微生物性哺乳類病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現する哺乳類ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーを含む免疫原性組成物で治療され得る。
Figure 2023068095000015
表１及び表２の情報を組み合わせたものに従えば、表２の縦列１に示されるＧＩＴの特定の領域において顕在化する免疫調節異常は、表１の対応する細菌種の１つである微生物性哺乳類病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現する哺乳類ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーを含む抗原性組成物で治療され得、結果的に、表２の縦列の見出しは、表１の細菌種で置き換えても有効である。
いくつかの実施形態では、ＰＲＲアゴニストは、外来性の細菌病原体に由来し得る。例えば、表５に記載の生物に由来するＰＲＲアゴニストは、表５の該当生物と共に記載されるＧＩＴの領域において症候性の免疫調節異常を治療するためのＰＲＲアゴニストの人工レパートリーにおいて使用され得る。いくつかの実施形態では、内在性微生物種と外来性微生物種との両方に由来するＰＲＲアゴニストが併用され得る。
Figure 2023068095000016
Figure 2023068095000017
いくつかの実施形態では、本発明において使用するためのＰＲＲアゴニストは、ウイルス病原体に由来し得る。表６では、ウイルス病原体のリストが例示され、それぞれのウイルス種がその部位に対する病原体であると報告される組織及び臓器の部位と併せて示される。したがって、本発明の１つの態様は、表６のウイルスの名称の隣に示されるＧＩＴの領域において症候性の免疫調節異常を治療するために、名前を挙げたウイルスに由来するＰＲＲアゴニストの免疫原性組成物を利用することを含む。
Figure 2023068095000018
いくつかの実施形態では、本発明の免疫原性組成物において使用するためのＰＲＲアゴニストの起源となる病原体は、治療されることになる免疫調節異常が症候性であるＧＩＴの領域における急性感染症の一般的な病因であり得る。表７は、この種の細菌病原体及びウイルス病原体を示し、それらが一般に感染を引き起こすＧＩＴの領域と併せて示される。したがって、選択的な実施形態では、表７の第１縦列に示されるＧＩＴの領域において症候性の免疫調節異常は、表７の第２縦列に記載の病原性生物のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現する哺乳類ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーを含む免疫原性組成物で治療され得る。
Figure 2023068095000019
ヒトは、さまざまな原生動物及び蠕虫を含めて、幅広い範囲の胃腸管寄生生物に対する宿主であり、こうした胃腸管寄生生物は、本発明の目的としてのＧＩＴの病原体を構成するものである（Ｓｃｈａｆｅｒ，Ｔ．Ｗ．，Ｓｋｏｐｉｃ，Ａ．Ｐａｒａｓｉｔｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ．Ｃｕｒｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ ２００６；８：３１２－２０、Ｊｅｒｎｉｇａｎ，Ｊ．，Ｇｕｅｒｒａｎｔ，Ｒ．Ｌ．，Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｒ．Ｄ．Ｐａｒａｓｉｔｉｃ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ．Ｇｕｔ １９９４；３５：２８９－９３、Ｓｌｅｉｓｅｎｇｅｒ ＆ Ｆｏｒｄｔｒａｎ’ｓ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ａｎｄ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ．８ｔｈ ｅｄ．２００６；Ｇａｒｃｉａ，Ｌ．Ｓ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｍｅｄｉｃａｌ ｐａｒａｓｉｔｏｌｏｇｙ．５ｔｈ ｅｄ．２００７）。したがって、本発明の組成物は、さまざまな原生動物のＰＲＲアゴニストを含み得るものであり、こうした原生動物には、例えば、Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｈｏｍｉｎｕｓ、Ｉｓｏｓｐｏｒａ ｂｅｌｌｉ、Ｓａｒｃｏｃｙｓｔｉｓ属の種、Ｃｏｃｃｉｄｉａｎ様体（Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ属の種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｙｔｏｚｏｏｎ ｂｉｅｎｅｕｓｉ、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｄｉｓｐａｒ、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｃｏｌｉ、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈａｒｔｍａｎｎｉ、Ｅｎｄｏｌｉｍａｘ ｎａｎａ、Ｉｏｄａｍｏｅｂａ ｂｕｔｓｃｈｌｉｉ、Ｄｉｅｎｔａｍｅｏｂａ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｕｓ、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ ｃａｙｅｔａｎｅｎｓｉｓ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｃｒｕｚｉ、Ｃｈｉｌｏｍａｓｔｉｘ ｍｅｓｎｉｌｉ、Ｐｅｎｔａｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ ｃｏｌｉが含まれる。同様に、本発明の組成物は、さまざまな蠕虫の抗原成分を含み得るものであり、こうした蠕虫には、例えば、条虫（サナダムシ）、Ｔａｅｎｉａ ｓａｇｉｎａｔａ、Ｔａｅｎｉａ ｓｏｌｉｕｍ、Ｄｉｐｈｙｌｌｏｂｏｔｈｒｉｕｍ属の種、Ｈｙｍｅｎｏｌｅｐｉｓ ｎａｎａ、Ｈｙｍｅｎｏｌｅｐｉｓ ｄｉｍｉｎｕｔａ、Ｄｉｐｙｌｉｄｉｕｍ ｃａｎｉｎｕｍ、線形動物（回虫）、Ａｓｃａｒｉｓ ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ、Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ、Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ、Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｄｕｏｄｅｎａｌｅ、Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ ｃａｎｉｎｕｍ、Ｔｉｃｈｕｒｉｓ ｔｒｉｃｈｉｕｒａ、Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ ｐｈｉｌｉｐｐｉｎｅｎｓｉｓ、Ｔｒｉｃｈｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ属の種、Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ属の種、Ｎｅｃａｔｏｒ ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ、アニサキス及び関連種、Ａｎｇｉｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ ｃｏｓｔａｒｉｃｅｎｓｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂｉｕｓ ｖｅｒｍｉｃｕｌａｒｉｓ、吸虫（Ｔｒｅｍａｔｏｄｅ）（吸虫（ｆｌｕｋｅ））、Ｆａｓｃｉｏｌｏｐｓｉｓ ｂｕｓｋｉ、Ｈｅｔｅｒｏｐｈｙｅｓ属の種、Ｅｃｈｉｎｏｓｔｏｍａ属の種、Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ、Ｏｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ属の種、Ｆａｓｃｉｏｌａ属の種、Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ ｙｏｋｏｇａｗｉ、Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｍａｎｓｏｎｉ、Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｊａｐｏｎｉｃｕｍ、Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｍｅｋｏｎｇｉ、Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｉｎｔｅｒｃａｌａｔｕｍ、Ｅｃｈｉｎｏｓｔｏｍａ属の種、及びＰａｒａｇｏｎｉｍｕｓ属の種が含まれる。
前述の内容によれば、さまざまな態様において、本発明は、微生物病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現する哺乳類ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーの製剤で免疫調節異常を治療することを含み得、こうした微生物病原体は、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ属の種、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ属の種、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ属の種、Ａｎａｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ ｆｕｒｃｏｓｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｙｄｒｏｇｅｎａｌｉｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｅｖｏｔｉｉ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ属の種、Ｂａｃｉｌｌｕｓ属の種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｅｎｔｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉａ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｎｃｉｓｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｕｒｖｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｇｒａｃｉｌｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｈｏｗａｅ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ ｏｃｈｒａｃｅａ、Ｃｅｄｅｃｅａ属の種、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｋｏｓｅｒｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の種、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ ｐｉｇｒａ、Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ属の種、Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｅｒｏｇｅｎｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃｌｏａｃａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｅｒｇｏｖｉａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓａｋａｚａｋｉｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｔａｙｌｏｒａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｈｅｒｍａｎｎｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｖｕｌｎｅｒｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｎｉｄｉａｆｏｒｍａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｅｃｒｏｐｈｏｒｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｓｓｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｒｉｕｍ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｇｅｍｅｌｌａ ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｇｌｏｂｉｃａｔｅｌｌａ属の種、Ｈａｆｎｉａ ａｌｖｅｉ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌｅｃｌｅｒｃｉａ ａｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｔａ、Ｌｅｍｉｎｏｒｅｌｌａ属の種、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉ、Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ ｍｕｌｔｉａｃｉｄｕｓ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｃｕｒｉｓｉｉ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍｏｅｌｌｅｒｅｌｌａ ｗｉｓｃｏｎｓｅｎｓｉｓ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ ｍｏｒｇａｎｉｉ、Ｐａｎｔｏｅａ ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎａｅｒｏｂｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｐｅｎｎｅｒｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｒｉｓ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ ｒｅｔｔｇｅｒｉ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ ｓｔｕａｒｔｉｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｒｅｔｏｒｔａｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ ｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ ｏｄｏｒｉｆｅｒａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｃ群＋Ｇ群の連鎖球菌、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ ｄｅｘｔｒｉｎｏｓｏｌｖｅｎｓ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ属の種、Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａ ｐｒａｅａｃｕｔａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ属の種、Ａｅｒｏｂａｃｔｅｒ属の種、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ属の他の種、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｒｅｃｕｒｒｅｎｔｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ属の種、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｆｅｔｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｕｔｏｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｍａｎｇｅｎｏｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ、Ｅｄｗａｒｓｉｅｌｌａ ｔａｒｄａ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ属の種、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属の種、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ、Ｓｐｉｒｉｌｌｕｍ属の他の種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｚｏｏｅｐｉｄｅｍｉｃｕｓ、Ｔｒｏｐｈｅｒｙｍａ ｗｈｉｐｐｌｅｉ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ ｆｌｕｖｉａｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｆｕｒｎｉｓｓｉｉ、Ｖｉｂｒｉｏ ｈｏｌｌｉｓａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、単純ヘルペスウイルス（１型及び２型）、サイトメガロウイルス、アデノウイルス、オルトレオウイルス、ロタウイルス、アルファウイルス、コロナウイルス、トロウイルス、ヒトメタニューモウイルス、水疱性口内炎ウイルス、マチュポウイルス、フニンウイルス、ポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、ノロウイルス及び他のカリシウイルス、アストロウイルス、ピコビルナウイルス、またはＥ型肝炎ウイルスである。
代替の態様では、本発明は、一般的な小腸病原体及び大腸病原体である微生物性哺乳類病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現する哺乳類ＰＲＲアゴニストの人工レパートリーの製剤で免疫調節異常を治療することを含み得、こうした病原体は、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｄｉｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、アデノウイルス、アストロウイルス、カリシウイルス、ノロウイルス、ロタウイルス、及びサイトメガロウイルスである。
選択的な実施形態では、本発明は、生物に対する患者の曝露歴を評価するための診断段階を含む。例えば、診断段階は、選択病原体に対する曝露の病歴の入手、及び／または選択病原体に対する患者の免疫応答の評価を含み得る。例えば、患者の血清において選択病原体に対する抗体を検出するために、血清学的試験が実施され得る。本発明のこの態様との関連では、選択患者に対する免疫原性組成物において使用するために選択病原体の抗原決定基が選択され得、この選択は、例えば、その病原体の抗原決定基に対する抗体がその患者の血清に存在するという理由から、その患者がその病原体に対する１回または複数回の曝露歴（複数可）を有するという診断指標に基づいて実施される。
追加の選択的な実施形態では、本発明は、選択される免疫原性組成物での治療に対する患者の免疫学的応答を評価するための診断段階を含む。例えば、診断段階は、その免疫原性組成物の免疫学的決定基に対する患者の免疫応答を評価することを含み得、この評価は、例えば、そうした免疫原性決定基に対する抗体を検出するための血清学的試験を使用して実施される。本発明のこの態様との関連では、選択される免疫原性組成物での治療は、その組成物の免疫原性決定基に対して活性な免疫学的応答が存在することが評価によって示されるのであれば継続され得、その免疫原性組成物の免疫原性決定基に対して十分に活性な免疫学的応答が存在しないことが評価によって示されるのであれば、治療が打ち切られ得、異なる免疫原性組成物での代替治療が開始され得る。
本発明の製剤の免疫調節特性は、病理学的な免疫調節異常によって特徴付けられるさまざまな疾患の治療において使用するために利用することができ、こうした場合、例えば、細菌病原体、ウイルス病原体、及び真菌病原体を含めて、当該免疫調節異常が症候性または顕性の組織または臓器において病原性の内在性病原体または外来性病原体に由来するＰＲＲアゴニストが使用される。表８では、免疫調節異常によって特徴付けられる疾患が記載され、こうした疾患は、本発明の代替の態様に従って治療され得る。
Figure 2023068095000020
Figure 2023068095000021
Figure 2023068095000022
Figure 2023068095000023
Figure 2023068095000024
Figure 2023068095000025
上の表に示されるように、関節炎は、慢性の炎症性疾患である。具体的には、関節炎は、１つまたは複数の関節の炎症を説明するものとして理解される。関節炎、または関節炎症状を有する病状には多くの型が存在し、こうしたものには、（限定はされないが）下記のものが含まれる：強直性脊椎炎、ベーチェット病、エーラース・ダンロス症候群、家族性地中海熱、線維筋痛症、第五病、巨細胞性動脈炎、痛風、ヘモクロマトーシス、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、周期性発熱を伴う高グロブリンＤ血症、炎症性腸疾患関節炎（Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ）（クローン病及び潰瘍性大腸炎を含む）、若年性関節リウマチ、若年性脊椎関節症、ライム病、マルファン症候群、変形性関節症、偽痛風、乾癬性関節炎、反応性関節炎（ライター症候群）、関節リウマチ、サルコイドーシス、強皮症、ＳＥＡ症候群（血清陰性、腱付着部症、関節症）、シェーグレン症候群、スチル病、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、ＴＮＦ受容体関連周期性症候群、ならびにウェゲナー肉芽腫症（及び他の血管炎症候群）。
スクリーニング
患者は、例えば、一次配列解析またはエピジェネティック変化の解析によって、遺伝性障害などの自然免疫の障害について有利にスクリーニングされ得る。例えば、ＴＬＲの遺伝子（ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ９）、シグナル伝達タンパク質の遺伝子（ＭｙＤ８８、Ｍａｌ、ＩＲＡＫ１、ＩＲＡＫ４、ＮＥＭＯ、ＩκＢα、ＩＲＦ５）、ＮＬＲの遺伝子（ＮＯＤ２、ＮＡＬＰ１、ＮＡＬＰ３）、ならびに他のもの（ＣＤ１４、ＵＮＣ９３Ｂ）などの、自然免疫に関与する遺伝子産物と関連するさまざまな遺伝性障害が同定されている（Ｍｏｇｅｎｓｅｎ Ｔ．，２００９，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ，Ｖｏｌ．２２，Ｎｏ．２，ｐ．２４０－２７３を参照のこと）。ＴＬＲシグナル伝達またはＮＦ－κＢ活性化が損なわれることと関連するメンデル性の原発性免疫不全症を有すると同定された患者は、例えば、実施形態によっては、その恩恵にあずかり得ないか、またはその病状に適した手法が必要となり得る。自然（ｉｎｎａｔｅ）シグナル伝達経路の構成要素をコードする遺伝子に多型を有する患者もまた、例えば、ＴＩＲドメイン含有アダプター誘導性インターフェロンベータ（ＴＲＩＦ）をコードする遺伝子に変異を有することが、ＳＳＩでの治療の前に同定され得る。
微生物は、自然免疫系から逃れるためのさまざまな戦略を有しており（Ｍｏｇｅｎｓｅｎ Ｔ．，２００９，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ，Ｖｏｌ．２２，Ｎｏ．２，ｐ．２４０－２７３）、したがって、本発明の実施形態は、誘発される自然応答に対するそのような戦略の抑制作用を回避することに適し得る。選択的な実施形態では、ＴＬＲシグナル伝達を妨害する病原性因子を欠いた組換え微生物が提供され、こうした組換え微生物は、ＴＩＲドメイン含有タンパク質を欠いた組換えＥ．ｃｏｌｉなどである（Ｃｉｒｌ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１４：３９９－４０６）。グラム陰性細菌製剤は、ＴＬＲによって認識されない型のＬＰＳではなく、ＴＬＲ４などのＴＬＲによって認識されるＬＰＳを有利に含み得る（Ｈｏｒｎｅｆ，Ｍ．Ｗ．ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３：１０３３－１０４０）。同様に、細菌製剤は、ＴＬＲを活性化しないものではなく、ＴＬＲ５などのＴＬＲを活性化するクラスのフラゲリンを有利に含み得る（Ａｎｄｅｒｓｅｎ－Ｎｉｓｓｅｎ，Ｅ．ｅｔ ａｌ．，２００５，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：９２４７－９２５２）。いくつかの実施形態では、誘発される自然応答の重要な構成要素をタンパク質分解によって分解するペプチダーゼを除外することが有利であり得、除外されるこうしたペプチダーゼは、ＩκＢ及びＮＦ－κＢをタンパク質分解によって分解するＬｅｉｓｈｍａｎｉａ ｍｅｘｉｃａｎａの無鞭毛型特異的システインペプチダーゼなどである（Ｃａｍｅｒｏｎ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７３：３２９７－３３０４）。代替の実施形態では、こうした望ましくない成分は、例えば、成分が除去されるように微生物調製物を洗浄または分画するための適切な製造段階によって製剤から除去され得る。
患者は、例えば、ＰＲＲ遺伝子における多型を同定することによって遺伝子型が同定され得る（ＷＯ２００９００３９０５を参照のこと）。炎症及び免疫と関連する疾患及び障害と関連する遺伝子は、例えば、スクリーニングの対象となり得るものであり、こうしたものは、ＡＩＤＳ（ＫＩＲ３ＤＬ１、ＮＫＡＴ３、ＮＫＢ１、ＡＭＢ１１、ＫＩＲ３ＤＳ１、ＩＦＮガンマ、ＣＸＣＬ１２、ＳＤＦ１）、自己免疫性リンパ球増殖性症候群（ＴＮＦＲＳＦ６、ＡＰＴ１、ＦＡＳ、ＣＤ９５、ＡＬＰＳ１Ａ）、複合免疫不全症（ＩＬ２ＲＧ、ＳＣＩＤＸ１、ＳＣＩＤＸ、ＩＭＤ４）、ＨＩＶ－１（ＣＣＬ５、ＳＣＹＡ５、Ｄ１７Ｓ１３６Ｅ、ＴＣＰ２２８）、ＨＩＶ感受性またはＨＩＶ感染（ＩＬ１０、ＣＳＩＦ、ＣＭＫＢＲ２、ＣＣＲ２、ＣＭＫＢＲ５、ＣＣＣＫＲ５（ＣＣＲ５））、免疫不全症（ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＡＩＣＤＡ、ＡＩＤ、ＨＩＧＭ２、ＴＮＦＲＳＦ５、ＣＤ４０、ＵＮＧ、ＤＧＵ、ＨＩＧＭ４、ＴＮＦＳＦ５、ＣＤ４０ＬＧ、ＨＩＧＭ１、ＩＧＭ、ＦＯＸＰ３、ＩＰＥＸ、ＡＩＩＤ、ＸＰＩＤ、ＰＩＤＸ、ＴＮＦＲＳＦ１４Ｂ、ＴＡＣＩ）、炎症（ＩＬ－１０、ＩＬ－１（ＩＬ－１ａ、ＩＬ－１ｂ）、ＩＬ－１３、ＩＬ－１７（ＩＬ－１７ａ（ＣＴＬＡ８）、ＩＬ－１７ｂ、ＩＬ－１７ｃ、ＩＬ－１７ｄ、ＩＬ－１７ｆ）、ＩＩ－２３、Ｃｘ３ｃｒ１、ｐｔｐｎ２２、ＴＮＦａ、ＩＢＤについてはＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、ＩＬ－６、ＩＬ－１２（ＩＬ－１２ａ、ＩＬ－１２ｂ）、ＣＴＬＡ４、Ｃｘ３ｃｌ１）、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）（ＪＡＫ３、ＪＡＫＬ、ＤＣＬＲＥ１Ｃ、ＡＲＴＥＭＩＳ、ＳＣＩＤＡ、ＲＡＧ１、ＲＡＧ２、ＡＤＡ、ＰＴＰＲＣ、ＣＤ４５、ＬＣＡ、ＩＬ７Ｒ、ＣＤ３Ｄ、Ｔ３Ｄ、ＩＬ２ＲＧ、ＳＣＩＤＸ１、ＳＣＩＤＸ、ＩＭＤ４）などである。あるいは、選択されるシグナル伝達経路に関与する遺伝子が、例えば、スクリーニングされる結果、例えば、ＳＳＩ治療に対する感受性がより高い患者またはより低い患者が同定され得、こうしたシグナル伝達経路は、ＧＭ－ＣＳＦシグナル伝達（ＬＹＮ、ＥＬＫ１、ＭＡＰＫ１、ＰＴＰＮ１１、ＡＫＴ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＣＡＭＫ２Ａ、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３Ｃ３、ＧＮＢ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１、ＭＡＰＫ３、ＥＴＳ１、ＫＲＡＳ、ＲＵＮＸ１、ＰＩＭ１、ＰＩＫ３Ｃ２Ａ、ＲＡＦ１、ＭＡＰ２Ｋ２、ＡＫＴ１、ＪＡＫ２、ＰＩＫ３Ｒ１、ＳＴＡＴ３、ＭＡＰ２Ｋ１、ＣＣＮＤ１、ＡＫＴ３、ＳＴＡＴ１）、ＩＬ－１０シグナル伝達（ＴＲＡＦ６、ＣＣＲ１、ＥＬＫ１、ＩＫＢＫＢ、ＳＰ１、ＦＯＳ、ＮＦＫＢ２、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＭＡＰＫ８、ＭＡＰＫ１３、ＲＥＬＡ、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦ、ＩＫＢＫＧ、ＲＥＬＢ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＪＡＫ１、ＣＨＵＫ、ＳＴＡＴ３、ＮＦＫＢ１、ＪＵＮ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ６）、Ｔｏｌｌ様受容体シグナル伝達（ＩＲＡＫ１、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＭＹＤ８８、ＴＲＡＦ６、ＰＰＡＲＡ、ＥＬＫ１、ＩＫＢＫＢ、ＦＯＳ、ＮＦＫＢ２、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＭＡＰＫ８、ＭＡＰＫ１３、ＲＥＬＡ、ＴＬＲ４、ＭＡＰＫ１４、ＩＫＢＫＧ、ＲＥＬＢ、ＭＡＰ３Ｋ７、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＴＬＲ２、ＪＵＮ）などである。
さらに、患者は、例えば、炎症性障害と関連するゲノムの非コード領域に位置するＳＮＰの遺伝子型が同定され得、こうしたＳＮＰは、公的に利用可能なＧＷＡＳデータセットを介して同定されるＳＮＰなどであり、例えば、免疫機能関連の遺伝子発現において調節的な役割を担う配列と関連するゲノム領域におけるＳＮＰである。
代替の実施形態
本発明のさまざまな実施形態が本明細書に開示されるが、当業者の通常の一般知見に従って本発明の範囲内で適合化及び改変が多くなされ得る。そのような改変には、実質的に同一の方法で同一の結果を達成するために、本発明の態様のいずれかを既知の同等形態で置き換えることが含まれる。数的範囲は、範囲を定義する数を含んでおり、それぞれの範囲に含まれる数及び分数をすべて含む。「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という言葉は、オープンエンド用語として本明細書で使用され、「含むが、限定はされない（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ，ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」という語句と実質的に等価であり、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」という言葉は、同様の意味を有する。「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」及び「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」などの用語は、明示的に記載されていない要素を許容するが、先行技術分野において見られる要素、または本発明の基礎的もしくは新規の特徴に影響する要素は除外するものである。本明細書で使用される「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」という単数形は、文脈上明確に示されない限り、複数の参照対象を含む。したがって、例えば、「もの」に対する参照は、複数のそのようなものを含む。本明細書での参考文献の引用は、そのような参考文献が本発明に対する先行技術であるということを承認するものではない。限定はされないが、特許及び特許出願を含めて、本明細書に引用されるあらゆる優先権文書（複数可）及びすべての刊行物は、それぞれの個々の刊行物が参照によって本明細書に組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同様に、かつ本明細書に完全に示された場合と同様に、参照によって本明細書に組み込まれる。本発明は、本明細書の前述の部分に実質的に記載され、実施例及び図面と関連する実施形態及び変更形態をすべて含む。本明細書では、すべての実施形態について、いずれかの特定の有用性を確約することは全く意図されない。
本明細書で使用される「約（ａｂｏｕｔ）」または「約（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」という用語は、パラメータ、量、時間的期間、及び同様のものなどの測定可能な値に関するとき、特定の値から＋／－２０％以内の変動、好ましくは、特定の値から＋／－１０％以内の変動、より好ましくは、特定の値から＋／－５％以内の変動、さらにより好ましくは、特定の値から＋／－１％以内の変動を包含することが意図されるが、但し、そのような変動が開示の発明の実施に適切であることが条件である。「約（ａｂｏｕｔ）」または「約（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」という修飾語がつく値は、その値自体もまた、具体的かつ好ましいものとして開示されると理解されることになる。
本明細書に引用される参考文献はすべて、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。具体的には、本明細書で具体的に言及されるすべての参考文献の教示内容は、本明細書に引用される文書において引用されるすべての文書と併せて、参照によって組み込まれる。
組換えＤＮＡ技術の一般原理を示す標準的な参考文献には、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ．，ｖｏｌ．１－３，ｅｄ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２（定期的に更新される）（“Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．１９９２”）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙシリーズ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）、Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ：Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，１９９０、ＰＣＲ ２：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ ａｎｄ Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ ｅｄｓ．（１９９５）、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ｅｄｓ．（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、及びＡｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．（１９８７）が含まれる。微生物学の一般原理は、例えば、Ｄａｖｉｓ，Ｂ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｈａｒｐｅｒ ＆ Ｒｏｗ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．（１９８０）に示される。
本明細書を通じて、「１つの実施形態」または「実施形態」に対する参照は、その実施形態と関連して記載される特定の特性、構造、または特徴が、本発明の実施形態の少なくとも１つに含まれることを意味する。したがって、本明細書を通じてさまざまな箇所に存在する「１つの実施形態では」または「実施形態では」という語句の記載は、そのすべてが必ずしも同一の実施形態を指すものではないが、その場合もあり得る。さらに、当業者であれば本開示から明らかであろうが、特定の特性、構造、または特徴は、１つまたは複数の実施形態において任意の適切な様式で組み合わせられ得るものである。さらに、当業者であれば理解するであろうが、本明細書に記載の実施形態のいくつかは、他の実施形態に含まれる特性のいくつかを含むが、そこに含まれる他の特性は含まない一方で、異なる実施形態の特性を組み合わせることは、本発明の範囲に含まれることが意図され、異なる実施形態を形成する。例えば、添付の特許請求の範囲では、請求される実施形態はいずれも、任意の組み合わせで使用することができる。
本発明のこの説明では、本明細書の一部を形成する添付の図面に対する参照がなされ、こうした図面は、本発明がそれで実施され得る特定の実施形態のみを例示する形で示される。実施形態は他にも利用され得、本発明の範囲を逸脱することなく、構造的または論理的な変更がなされ得ると理解されることになる。したがって、説明は、限定的な意味で解釈されることにはならず、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によって定義される。
好ましい説明記載（特性）及び実施形態は、相反する明白な記載がない限り、他の特性または実施形態のいずれとも組み合わせられ得る。具体的には、好ましいまたは有利であると示される特性はいずれも、好ましいまたは有利であると示される他の１つもしくは複数の特性または説明記載のいずれかと組み合わせられ得る。
いくつかの実施形態では、本発明は、医学的または外科的な治療を伴う段階を除外する。同様に、いくつかの実施形態では、本発明は、天然起源の実施形態に対する請求権を放棄し、その結果、本発明の態様は、人為的起源の組成物のみに関する。さらに、本発明の選択的な態様では、製造物、製造物の調製プロセス、または製造物の使用方法で既知のものに対する請求権は、本明細書では放棄される。
一般的な記号及び略語：
SSI ：部位特異的免疫調節剤
MC-38：マウス結腸腺癌細胞株
PD1 ：プログラム細胞死1
OD ：光学濃度
IP ：腹腔内
SC ：皮下
SOP ：標準操作プロトコール
RPM ：1分当たりの回転数
EDTA ：エチレンジアミン四酢酸
ANOVA：分散分析
Ly6G ：リンパ球抗原6複合体、G遺伝子座
(Lymphocyte antigen 6 complex, locus G)
Ly6C ：リンパ球抗原6複合体、C遺伝子座
(Lymphocyte antigen 6 complex, locus C)
CD45 ：表面抗原分類45
SD ：標準偏差
NA ：値なし、利用不可、存在せず
Rae1 ：リボ核酸輸送1
CD3 ：表面抗原分類3
CD11b：表面抗原分類分子11B
KO ：ノックアウト
PBS ：リン酸緩衝生理食塩水
NKG2D：ナチュラルキラー群2、メンバーD
G ：グラム
μM ：マイクロメートル
μL ：マイクロリットル
hr ：時間
min ：分
QBECO：Escherishia coli全死滅細胞SSI
QBKPN：Klebsiella pneumoniae系統群(phylogroup)III(K.variicolaとしても知られる)全死滅細胞SSI
QBSAU：Staphylococcus aureus全死滅細胞SSI
実施例１：組換え微生物
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ及びＢｒｕｃｅｌｌａ ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓの病原性因子のファミリーは、ＴＩＲドメイン含有タンパク質と呼ばれており、ＭｙＤ８８への直接的な結合を介してＴＬＲシグナル伝達を妨害し、これによって自然免疫を抑制し、細菌病原性を増加させる。したがって、本発明の態様では、ＴＩＲドメイン含有タンパク質の発現を欠いた組換え細菌、または病原体に対する宿主自然免疫応答を妨害する他の病原性因子の発現を欠いた組換え細菌が提供される。
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ
選択的な実施形態では、組成物は、組換えＳ．ａｕｒｅｕｓ株から調製され得る。例えば、下記の対立遺伝子を有するか、またはそれに対する同一性が少なくとも９９％である相同配列を有する配列型ＳＴ－２９１の株である：ａｒｃｃ－３、ａｒｏｅ－３７、ｇｌｐｆ－１９、ｇｍｋ－２、ｐｔａ－２０、ｔｐｉ－２６、及びｙｑｉｌ－３２（Ｌａｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２，Ｏ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｏｂｉｏｌ ５０（４）：１３５５－１３６１）。株は、下記のクラスの抗生物質に対する耐性遺伝子を完全に欠き得るものである：アミノグリコシド、ベータ－ラクタム、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、ＭＬＳ－マクロライド、リンコサミド及びストレプトグラミンＢ、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、ならびに糖ペプチド。あるいは、株は、ｂｌａＺベータ－ラクタム耐性遺伝子（受入番号ＡＰ００４８３２）などの、１つまたは複数の耐性遺伝子を有し得る。同様に、株は、１つまたは複数の病原性因子遺伝子（Ｃｏｓｅｎｔｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３，ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（１０）：ｅ７７３０２）を含む場合も含まない場合もあり得、こうした病原性因子遺伝子は、例えば、選択されるデータベース配列（以下の表の受入番号によって特定されるもの）に対して少なくとも９０％、９５％、９９％、または１００％の同一性を有する。［ロイコトキシンを欠く株であり、具体的には、自然免疫系を標的とする株を想起されたい］
Figure 2023068095000026
Figure 2023068095000027
Figure 2023068095000028
Figure 2023068095000029
Figure 2023068095000030
組換え株は、１つまたは複数のプラスミド（Ｃａｒａｔｔｏｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ａｎｔｉｍｏｃｒｏｂｉａｌ Ａｇｅｎｔｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ５８（７）：３８９５－３９０３）を含み得、こうしたプラスミドは、例えば、プラスミドｒｅｐ５（受入番号ＮＣ００５０１１）またはプラスミドｒｅｐ１６（受入番号ＣＰ００２１１５．１）に対して９０％、９５％、９９％、または１００％の同一性を有する。
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種
選択的な実施形態では、組成物は、組換えＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ株（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅまたはＫ．ｖａｒｉｉｃｏｌａ（以前はＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅとして同定された）など）から調製され得る。例えば、下記の対立遺伝子を有するか、またはそれに対する同一性が少なくとも９９％である相同配列を有する配列型の株である：ｇａｐａ１６、ｉｎｆｂ２４、ｍｄｈ３０、ｐｇｉ４０、ｐｈｏｅ９２、ｒｐｏｂ１７、ｔｏｎｂ６７。株は、下記のクラスの抗生物質に対する耐性遺伝子を完全に欠き得るものである：アミノグリコシド、ベータ－ラクタム、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、ＭＬＳ－マクロライド、リンコサミド及びストレプトグラミンＢ、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、ならびに糖ペプチド。あるいは、株は、ｂｌａＬＥＮ２４ベータ－ラクタム耐性遺伝子（受入番号ＡＭ８５０９１４）などの１つまたは複数の耐性遺伝子を有し得る。同様に、株は、以下の表（Ｌｅｔｉｃｉａ ｅｔ ａｌ．，２０１４，ＢＭＣ Ｂｉｏｌｏｇｙ １２：４１を参照のこと）に示される病原性因子を１つまたは複数含む場合も含まない場合もあり得る。
Figure 2023068095000031
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ．（前立腺）
選択的な実施形態では、組成物は、前立腺の免疫機能障害の治療に特に適した組換えＥ．ｃｏｌｉ株から調製され得る。例えば、下記の対立遺伝子を有するか、またはそれに対する同一性が少なくとも９９％である相同配列を有する配列型の株である：ａｄｋ－３７、ｆｕｍｃ－３８、ｇｙｒｂ－１９、ｉｃｄ－３７、ｍｄｈ－１５１、ｐｕｒａ－１１、ｒｅｃａ－２６（配列型１２３１）。株は、下記のクラスの抗生物質に対する耐性遺伝子を完全に欠き得るものである：アミノグリコシド、ベータ－ラクタム、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、ＭＬＳ－マクロライド、リンコサミド及びストレプトグラミンＢ、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、ならびに糖ペプチド。同様に、株は、１つまたは複数の病原性因子遺伝子を含む場合も含まない場合もあり得、こうした病原性因子遺伝子は、例えば、選択されるデータベース配列（以下の表の受入番号によって特定されるもの）に対して少なくとも９０％、９５％、９９％、または１００％の同一性を有する。株は、ｓｔｘホロ毒素病原性因子も欠き得る。
Figure 2023068095000032
Ｅ．ｃｏｌｉ株の血清型は、例えば、Ｏ１８ａｃ：Ｈ７であり得、例えば、Ｈ型血清型遺伝子ｆｌｉＣ（受入番号ＡＦ２２８４９２）、ならびにＯ型血清型遺伝子であるｗｚｘ（受入番号ＧＵ２９９７９３）及びｗｚｙ（受入番号ＧＵ２９９７９３）が存在するものである。
組換え株は、１つまたは複数のプラスミドを含み得、こうしたプラスミドは、例えば、プラスミドＩｎｃＦＩＢ（受入番号ＡＰ００１９１８）、及び／またはプラスミドＩｎｃＦＩＩ（２９）（受入番号ＣＰ００３０３５）、及び／またはプラスミドＣｏｌＲＮＡＩ（受入番号ＤＱ２９８０１９）、及び／またはプラスミドＣｏｌ１５６（受入番号ＮＣ００９７８１）に対して９０％、９５％、９９％、または１００％の同一性を有する。
組換えＥ．ｃｏｌｉは、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ ＵＴ１８９（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００６，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０３：５９７７－８２を参照のこと）に対して少なくとも８０％、９０％、または９５％の配列同一性を有するＥ．ｃｏｌｉ株であるか、またはそれに由来し得る。
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ．（結腸）
選択的な実施形態では、組成物は、結腸の免疫機能障害の治療に特に適した組換えＥ．ｃｏｌｉ株から調製され得る。例えば、下記の対立遺伝子を有するか、またはそれに対する同一性が少なくとも９９％である相同配列を有する配列型の株である：ａｄｋ－７６、ｆｕｍｃ－４３、ｇｙｒｂ－９、ｉｃｄ－３６、ｍｄｈ－４０４、ｐｕｒａ－１４、ｒｅｃａ－１０（配列型ＳＴ－５２９２）。株は、下記のクラスの抗生物質に対する耐性遺伝子を完全に欠き得るものである：アミノグリコシド、ベータ－ラクタム、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、ＭＬＳ－マクロライド、リンコサミド及びストレプトグラミンＢ、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、ならびに糖ペプチド。あるいは、株は、ｓｔｒＢアミノグリコシド耐性遺伝子もしくはｓｔｒＡアミノグリコシド耐性遺伝子（受入番号Ｍ９６３９２もしくは受入番号ＡＦ３２１５５１）、及び／またはｓｕｌ１スルホンアミド耐性遺伝子（受入番号ＡＹ２２４１８５）、及び／またはｓｕｌ２スルホンアミド耐性遺伝子（受入番号ＧＱ４２１４６６）、及び／またはｄｆｒＡ５トリメトプリム耐性（受入番号Ｘ１２８６８）などの、１つまたは複数の耐性遺伝子を有し得る。同様に、株は、１つまたは複数の病原性因子遺伝子を含む場合も含まない場合もあり得、こうした病原性因子遺伝子は、例えば、選択されるデータベース配列（以下の表の受入番号によって特定されるもの）に対して少なくとも９０％、９５％、９９％、または１００％の同一性を有する。株は、ｓｔｘホロ毒素病原性因子遺伝子ｓｔｘ１（受入番号Ｍ１９４３７）に対する同一性が少なくとも９５％または９９％または１００％である遺伝子も有し得る。
Figure 2023068095000033
Ｅ．ｃｏｌｉ株の血清型は、例えば、Ｏ１１７：Ｈ７であり得、例えば、Ｈ型血清型遺伝子ｆｌｉＣ（受入番号ＡＦ２２８４９２）、及びＯ型血清型遺伝子ｗｚｘ（受入番号ＥＵ６９４０９６）が存在するものである。
組換え株は、以下の表に示されるプラスミドの１つまたは複数を含み得る。
Figure 2023068095000034
組換えＥ．ｃｏｌｉ（結腸）は、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ ＳＥ１５または任意のＯ１１７：Ｈ７血清型Ｅ．ｃｏｌｉに対して少なくとも８０％、９０％、または９５％の配列同一性を有するＥ．ｃｏｌｉ株であるか、またはそれに由来し得る。
実施例２：最小ＳＳＩ製剤
この実施例では、ＴＬＲアゴニスト及び微生物抗原を含む最小ＳＳＩ製剤の適度な効力が示される。この実施例では、ＴＬＲアゴニストは、ＴＬＲ２／６アゴニストであるジアシル化リポタンパク質（ＩｎＶｉｖｏｇｅｎ Ｐａｍ２ＣＳＫ４）、及びＴＬＲ４アゴニスト（ＬＰＳ、Ｓｉｇｍａ Ｌ１５１９）である。微生物抗原は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＣＵＳＡＢＩＯ ＣＳＢ－ＥＰ３４０５８７ＫＢＧ）に由来する組換え外膜タンパク質Ａ（ｏｍｐＡ）を使用した。これらの成分をリポソーム媒体において一緒に製剤化し、図１に示される治療タイムラインに従ってＳＳＩ治療のマウスモデルに投与した。図２に示されるように、ＴＬＲのみのリポソームの活性は、ＴＬＲ＋Ａｇリポソームコンストラクトと同程度ではなく、このことは、代替の免疫原性経路が関与することでＳＳＩ作用が増強され得ることを示している。このデータとの関連では、これらの最小製剤の抗原成分がＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えで発現させたものであり、製造者によって提供されたその純度が＞９０％（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）であることから、追加のＰＲＲアゴニストを含めて、追加の自然免疫原として働く追加の細菌成分をこれらの抗原調製物が含むという特徴が付随することに留意することが重要である。
実施例３：ＳＳＩは、ＭｙＤ８８－／－マウスにおいて抗腫瘍活性を媒介する
自然免疫防御における病原体の認識及び炎症のシグナル伝達には、ＭｙＤ８８依存性経路及びＭｙＤ８８非依存性経路（Ｍｏｇｅｎｓｅｎ，２００９，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ，２２（２）：２４０）を含めて、多くの経路が関与する。この実施例では、市販系統のＭｙＤ８８－／－マウスのＢ１６メラノーマモデルを使用することで、Ｂ６マウス（ＭｙＤ８８ノックアウト以外は遺伝子的に一致するもの）と比較して、ＭｙＤ８８マウスにおいてＢ１６腫瘍量が増進することが観測された。このことは、ＭｙＤ８８ノックアウト体は、疾患制御能力が本質的に低いという趣旨の文献報告と一致する。ＳＳＩ治療のモデルでは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ＳＳＩ（「ＫＰＮ ＳＳＩ」）を用いると、野生型Ｂ６マウスとＭｙＤ８８－ノックアウトマウスとの両方において、ＫＰＮ ＳＳＩでの治療後に腫瘍量の有意な減少が観測された。これは、ＳＳＩが少なくとも部分的にはＭｙＤ８８非依存的な様式で働き得るという証拠であり、このことは、古典的なＴＬＲシグナル伝達であると一般に考えられるものの域を超えて代替のＰＲＲシグナル伝達経路がこのＳＳＩ介在性の自然免疫応答に関与することを示している。このことは、ＫＰＮ ＳＳＩ及びＥＣＯ ＳＳＩで処理した培養細胞においてＮＯＤ様受容体であるＮＬＲＰ３が上方調節されるという別の観測例と一致する。あるいは、いくつかの実施形態では、ＳＳＩは、ＴＬＲの下流の、ＭｙＤ８８以外のアダプター（ＴＲＩＦなど）を介して古典的なＴＬＲシグナルを媒介し得る。さらに、追加の試験では、ＳＳＩ治療がＭｙＤ８８シグナル伝達経路に関与し得ることが示されている。まとめると、こうした結果は、ＳＳＩ治療が強固かつ多様なＰＲＲシグナル伝達経路に関与し得るという証拠となるものである。
実施例４：関連株に対する事前曝露は、ＳＳＩの効力を増強する
この実施例においては、いくつかの実施形態では、微生物病原体に対して生物を事前曝露すると、その後のＳＳＩの効力が増強されることが示される。
図３に示される治療タイムラインに従って治療したＳＳＩ治療の動物モデルでは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを事前感染させると、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の１種である異なる株を使用するＫＰＮ ＳＳＩの効力が増強された一方で、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを事前感染させると、ＫＰＮ ＳＳＩの効力を誘導することに失敗した（肺のがんのモデルにおけるもの）。図４に示されるように、少なくとも密接に関連する病原体に対して生物を事前曝露することがＳＳＩ応答には必要であるか、またはこの事前曝露からＳＳＩ応答が恩恵を受け得ることが結果によって示されている。このことは、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅについての試験は陰性であるが、研究動物コロニーに一般に見られる株であるＫ．ｏｘｙｔｏｃａを保有し得るコロニーに由来するマウスではＫＰＮ ＳＳＩ活性が見られるという別の観測と一致しており、このことは、場合によっては、Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａに対する事前曝露が、ＫＰＮ ＳＳＩに対する応答性の誘導に適していることを示している。Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｓ（ＪＡＸ）から入手したマウスと、Ｔａｃｏｎｉｃ（ＴＡＣ）から入手したマウスとを比較すると、これらのマウスの事前曝露において差異が存在することが図４において明らかであり、このことは、事前感染を行わない場合でさえ、ＪＡＸ起源のマウスにおいてＱＢＫＰＮが誘発したものと同一の治療効力をＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＳＰＮ）が誘発しなかったことを示している。ＴＡＣ起源のマウスでは、ＱＢＫＰＮが効力を示すには事前感染が必要であった。
実施例５：死滅Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる治療は、マウスメラノーマモデルの腫瘍量を低減する．
この実施例では、熱で死滅させたＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＳＳＩを使用することで、転移様Ｂ１６メラノーマにおいてＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ介在性の抗がん効力が生じることが示される。ＫＰＮ ＳＳＩを皮下注射すると、腫瘍量が有意に減少した。さらに、熱で死滅させたＥ．ｃｏｌｉ（ＥＣＯ ＳＳＩ）またはＳｔａｐｈ．ａｕｒｅｕｓ（ＳＡＵ ＳＳＩ）での皮下治療は、肺腫瘍モデルにおいて治療作用を有さなかった。このことは、肺特異的病原体を使用する皮下免疫誘導が肺特異的抗腫瘍応答を活性化することを示している。Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する事前曝露の作用を示すために、ＫＰＮ ＳＳＩを皮下注射する前に、気管内感染を介してマウスを生存Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに曝露した。Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する事前曝露を行うと、肺における転移様Ｂ１６メラノーマに対するＫＰＮ ＳＳＩ誘導性の抗腫瘍免疫及び制御が有意に増進した。曝露されたマウスにおける抗腫瘍効力は、肺への単球及び好中球の流入と相関したが、肺へのＴ細胞の流入とは相関しなかった。まとめると、こうしたデータは、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する事前曝露を行うと、いくつかの実施形態では、腫瘍細胞溶解を媒介する組織特異的免疫記憶（例えば、自然免疫記憶）が誘導され得ることを示している。
実施例６：皮膚癌モデルにおける部位特異性
この実施例では、マウス皮膚癌モデルにおけるＳ．ａｕｒｅｕｓ ＳＳＩの部位特異性が示される。この実施例では、約１００，０００個のＢ１６メラノーマ細胞を体積１００ｕｌでＣ５７ＢＬ／６マウスの右側腹部に０日目に注射したＢ１６皮膚腫瘍モデルにおいて、濃縮Ｓ．ａｕｒｅｕｓ ＳＳＩ（１０Ｘ ＱＢＳＡＵ（本明細書では「ＱＢＳＡＵＲ」と命名される）、ならびにＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の１種のＳＳＩ、Ｅ．ｃｏｌｉ ＳＳＩ、及びプラセボを使用した。ＳＳＩ治療は－１０日目に開始し、＋１２日目まで継続した。７日目に腫瘍体積の監視を開始し、エンドポイントは、１４日目到達時点とした。図５～１０に示される腫瘍体積の結果では、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ ＳＳＩ製剤の部位特異性が非常に明確に示される。
実施例７：ＳＳＩを使用すると、がん抗原応答が増強される
この実施例では、形質転換したがん細胞が発現するモデルがん抗原（この場合はＯＶＡ（またはニワトリオボアルブミン））とＳＳＩ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種のＳＳＩ（「ＫＰＮ ＳＳＩ」と略される）など）を組み合わせたときの作用が示され、この場合では、Ｂ１６メラノーマ動物モデルにおける作用が示される。ＯＶＡは、哺乳類または細菌には自然に生じず、ＣＤ４関連エピトープ及びＣＤ８関連エピトープを有することが知られており、Ｃ５７Ｂｌ／６マウスにおいて免疫原性である。この実施例では、細胞質ＯＶＡタンパク質を発現するようにＢ１６細胞に遺伝子導入することで、腫瘍のＭＨＣにおいてＯＶＡエピトープを提示させ、それによってメラノーマをＯＶＡ特異的にＴ細胞に認識させた。いくつかの試験では、全タンパク質を使用し、そのタンパク質が宿主免疫系によるプロセシングを受けて関連抗原となることが明らかとなった。他の試験では、精製ＯＶＡ抗原（ＳＩＩＮＦＥＬＫ（クラスＩ拘束性ＣＤ８特異的抗原））を使用した。いくつかの試験では、読み取り系としてＯＴ１細胞（Ｔ細胞受容体を介してＳＩＩＮＦＥＫＬを特異的に認識する遺伝子導入ＣＤ８細胞）も使用した。
得られたデータは、モデルがん抗原をＳＳＩと組み合わせると効力が増進するという証拠を示している。１つの結果では、ＰＢＳ＋ＯＶＡと比較すると、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の種のＳＳＩ＋ＯＶＡを使用した治療と関連して腫瘍小結節数の減少が見られた（メラノーマ特異的遺伝子であるＴｙｒｐ１の写真的評価及び定量的ＰＣＲによる評価を実施した）。このことと一致して、肺におけるＯＶＡ特異的ＣＤ８Ｔ細胞の比率がＫＰＮ ＳＳＩ＋ＯＶＡによって増加した。同様に、有効な抗腫瘍免疫と関連する遺伝子（グランザイムＢ及びＩＦＮ－ガンマ）の発現が、ＰＢＳ＋ＯＶＡと比較してＫＰＮ ＳＳＩ＋ＯＶＡによって増加した。同一の試験では、肺癌モデルにおける生存率のデータが示されており、対照と比較してＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の１種のＳＳＩ＋ＯＶＡにおいて生存率の向上が示され、Ｅ．ｃｏｌｉ ＳＳＩ＋ＯＶＡでは生存率が大幅に改善することが示された。
代替の試験では、エピトープ拡散（ｅｐｉｔｏｐｅ ｓｐｒｅａｄｉｎｇ）のプロセスがＳＳＩによって誘導または増進することが観測された（図１１を参照のこと。背景については、Ｖａｎｄｅｒｌｕｇｔ ＆ Ｍｉｌｌｅｒ，２００２，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２，８５－９５を参照のこと）。この試験では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属の１種のＳＳＩでマウスを治療した後、Ｂ１６メラノーマ（静脈内注射）を負荷した。５日後、メラノーマにおける天然のがん抗原に特異的なＴＣＲ遺伝子導入細胞（Ｐｍｅｌ Ｔ細胞）をマウスに養子移入した。リンパ節からＴ細胞が放出されることを防ぐために、ＦＴＹ－７２０（フィンゴリモド）でもマウスを処理し、腫瘍の流入領域リンパから細胞を回収できるようにした。回収したｐｍｅｌ Ｔ細胞の活性状況を評価し、流入領域リンパ節における活性化（すなわち、抗原曝露を受けた）Ｔ細胞の比率がＳＳＩによって増進することが明らかとなった。このことは、自己抗原及び外来性に投与されるがん抗原を含めて、免疫原性がん抗原のプロセシング及び提示を増強することにＳＳＩが適し得るという証拠を与えるものである。
実施例８：成分製剤
この実施例は、代替のＳＳＩの製剤化を目的とする微生物調製物の分画に関する。代替の実施形態では、画分は、例えば、細菌外膜（例えば、グラム陰性種に由来のもの）、細菌内膜、勾配遠心分離のペレット（例えば、スクロース勾配に由来するもの）、染色体ＤＮＡ、カプセル糖タンパク質画分、またはペプチドグリカンゴーストなどのペプチドグリカン画分から調製され得る。代替の実施形態では、操作された生物または組換え生物がＳＳＩにおいて使用され得、こうした生物では、特定の細胞画分と関連する経路に関与する遺伝子が改変されており、具体的には、前述の画分の組成の決定に関与する遺伝子が改変されている。
細胞画分調製物については、細菌は、例えば、増殖後に熱不活化され得る。細胞画分は、例えば、無菌生理食塩水＋０．４％のフェノールに再懸濁され得る。内膜は、例えば、２段階のスクロース密度勾配を使用して収集され得、こうした収集法は、例えば、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ １２５：３０９－３２８，１９８６において説明されている。２５０ｍｌの細胞を培養した後に得られる細菌ペレットは、２０％のスクロース、１０ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣＩ（ｐＨ８．０）、及び５０ｕｇ／ｍｌのＤＮａｓｅ１に再懸濁され得る。細胞は、２３℃で１０分間インキュベートされ得る。その後、細胞は、氷上に置かれ、Ｆｒｅｎｃｈ ｐｒｅｓｓｕｒｅ ｃｅｌｌを１５，０００ｐｓｉで使用することによって２回可溶化され得る。未破壊の細胞は、５，０００ｘ ｇの遠心分離を４℃で１０分間行うことによって除去され得る。上清は、２段階のスクロース勾配（６０％及び７０％）の上に重層され、ＳＷ２８スイング型バケットローターにおいて２３，０００ｒｐｍ、温度４℃で１８時間遠心分離され得る。内膜は、２０％スクロースと６０％スクロースとの間の接点から収集され得る。スクロースは、無菌蒸留水で２０％未満に希釈され得、膜は、超遠心機において４１，０００ｒｐｍの超遠心分離を４℃で１時間行うことによってペレット状にされ得る。内膜は、無菌水で１回洗浄された後、無菌生理食塩水＋０．４％のフェノールに再懸濁され得る。粗外膜調製物は、６０％のスクロース勾配段階と７０％のスクロース勾配段階との接点からも収集され得る。
染色体ＤＮＡ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのもの）は、Ｑｉａｇｅｎ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ ｍｉｄｉキットを使用して調製され得る。それぞれの株に由来する１５ｍｌまたは４０ｍｌのブロス培養から細胞が収集され得る。その後、製造者のプロトコールに従って全ＤＮＡが精製され得る。
成分製剤の効力は、Ｂ１６肺癌モデルにおいてＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＫＰＮ）の外膜画分を用いて実証し、その際、静脈内注射によって腫瘍細胞を接種する１０日前に１日おきのＳＳＩの注射を開始した。全死滅細胞ＫＰＮ（ＱＢＫＰＮ）、１Ｘ外膜（ＯＭ）画分（全細胞製剤の外膜濃縮物にほぼ相当する外膜濃縮物を含む）、及び０．０１Ｘ希釈の外膜画分という３つのＳＳＩを比較した。図４７Ａに示されるように、１Ｘ ＫＰＮ外膜画分と０．０１Ｘ ＫＰＮ外膜画分との両方（ｉ）が、肺のＢ１６メラノーマモデルにおいて用量依存的な様式で有効であり（１Ｘ画分は、全死滅細胞製剤と同等の効力を有していた）、このことは、１Ｘ ＤＮＡ画分及び４Ｘ ＤＮＡ画分（ｉｉ）にも当てはまったが、内膜画分（ｉｉｉ）では、用量依存的な傾向が示されたものの、この傾向には強い統計学的有意性は存在しなかった。
図４７Ｂに示されるように、外膜ＳＳＩを１０回注射した後に、１Ｘ外膜画分によって用量依存的な作用でＲａｅ－１の発現が上昇した。
注目すべきは、腫瘍細胞を接種する前の動物では、膜画分の濃度が高くなると病態が生じたということである。具体的には、マウスにおいて１０Ｘ外膜画分及び２０Ｘ外膜画分によって強い毒性が誘発され、このことは、健康状態の悪化（例えば、劇的な体重減少、歩き方、円背姿勢、眼の病状）を伴って血液への自然細胞（単球及び好中球）の動員が高度に上昇したことによって証明された。同様に、いくつかの実施形態では、濃縮全細胞調製物は、毒性を誘発しなかった。図４７Ｃでは、ＳＳＩまたはプラセボを４回注射した後、腫瘍移植の２日前に収集した血液においては、血中の好中球数及び単球数が上昇していたことが示される。
図４７Ｄに示されるように、Ｂ１６肺癌モデルにおいて、Ｅ．ｃｏｌｉ画分と比較してＫＰＮ画分が部位特異的かつ優先的に肺において活性を示している。具体的には、プラセボ対照と比較して、全ＱＢＫＰＮは、肺腫瘍量の低減において有効であった。全死滅Ｅ．ｃｏｌｉ製剤（ＱＢＥＣＯ）は、ＱＢＫＰＮほど有効ではなかった。ＱＢＫＰＮ画分（ＯＭ単独またはＤＮＡ単独）は有効であった。組み合わせると（ＯＭ＋ＤＮＡ）、ＱＢＫＰＮ画分は、全ＱＢＫＰＮとほぼ同じくらい有効であった。ＱＢＥＣＯ画分（ＯＭ、ＤＮＡ、またはＯＭ＋ＤＮＡ）は、ＱＢＫＰＮ画分と同じほどの効力は示さなかった。まとめると、こうしたことは、ＱＢＫＰＮ画分と関連して部位特異性が生じることを示しており、具体的には、ＤＮＡ（４ｘ）とＯＭ（１ｘ）とを組み合わせた画分と関連して部位特異性が生じることを示している。
実施例９：合剤及び同時投与
この実施例では、ＳＳＩが追加の治療成分と合剤化または同時投与される実施形態が示される。
１つのクラスの追加治療成分は、自然免疫細胞を活性化または動員するための分子または組成物を含み、こうしたものには、
－ ＧＭＣＳＦ（具体的には、がんを対象とする）（例えば、好中球の産生を相乗的に漸増及び促進し、ＳＳＩ誘導性の自然免疫応答を増強する量のもの）
－ ビタミンＤ（ＩＢＤなどの炎症性疾患、及びがんを対象とする）（例えば、単球の分化及び活性化に有効であり、自然免疫機能の調節において役割を担う量のもの）
が含まれる。
代替の実施形態では、ＳＳＩと併用されるビタミンＤは、例えば、ビタミンＤ３、ビタミンＤ２、またはカルシトリオール（１，２５－ジヒドロキシコレカルシフェロール）のうちの１つまたは複数であり得る。いくつかの実施形態では、ビタミンＤ３及び／またはビタミンＤ２は、例えば、ＳＳＩ及びビタミンＤの投与部位に対して有効量のカルシトリオールを局所的に与えることに有効な用量で局所的に投与され得る。例えば、ビタミンＤ前駆体（Ｄ３及び／またはＤ２）は、投与部位に局在する単球及び／またはマクロファージ（ＣＹＰ２７Ｂ１を発現する）によってカルシトリオール活性形態に変換されると局所的に有効となる量で投与され得る。代替の実施形態では、カルシトリオールは、ＳＳＩの投与部位で局所的に有効な用量で投与され得、この用量は、例えば、他の全身作用に必要な用量と比較して少ない用量であり得る。
合剤または同時投与のための追加のクラスの治療成分は、免疫抑制を軽減する分子または組成物を含む：
－ ＮＯＨＡ（Ｎ（オメガ）－ヒドロキシ－ノル－Ｌ－アルギニン）（アルギナーゼ阻害剤）－アルギナーゼは、免疫活性化に必要なアルギニンを分解する。ＮＯＨＡは、例えば、遊離のアルギニンを利用可能にすることによる免疫抑制の軽減に有効な量で使用され得る。
－ アルファ１アンチトリプシン－例えば、プロテアーゼを分泌する好中球によって媒介される免疫抑制の軽減に有効な量のもの。
合剤または同時投与のための追加のクラスの治療成分は、ストレス下で酸化的損傷を阻止し、免疫機能を改善する分子または組成物を含む：
－ グルタチオン及び他の抗酸化物質、具体的には、線維性疾患（ＩＢＤなど）を対象とする。
合剤または同時投与のための追加のクラスの治療成分は、自然細胞傷害性リンパ球のための共刺激分子（例えば、抗がん治療を対象とする）を含む：
－ リン酸化抗原（イソペンテニルピロリン酸などのイソプレノイド分子）－抗がん応答において中心的な役割を担うヒト末梢血Ｖγ９Ｖδ２ Ｔ細胞によって認識されるものであり、例えば、固形がんと液状がんとの両方を標的とするためにＮＫ細胞と協調して働く単球の活性化及び分化に有効な量のものである。例示の実施形態では、ゾレドロネートとの合剤または同時投与において、ヒト末梢血Ｖγ９Ｖδ２ Ｔ細胞に存在する活性化マーカー（例えば、ＣＤ２５及びＣＤ６９）をＳＳＩが増加させることが明らかとなっている。
－ Ｉ型ＮＫＴ細胞によって認識される糖脂質分子（合成α－ガラクトシルセラミドなど）
表１８ならびに図１２及び図１３に示されるように、ＬＬＣモデル使用し、ＳＳＩ合剤が抗がん作用を改善することがインビボで実証されており、その際、ＧＭＣＳＦとの合剤、及びビタミンＤ（Ｄ３）との合剤の能力が最も高く、ＮＯＨＡ（アルギナーゼ阻害剤）との合剤、及びアルファ１－アンチトリプシンとの合剤がその後に続くことが示されている。
Figure 2023068095000035
実施例１０：大腸炎動物モデル、抗炎症効力
この実施例では、クローン病及び潰瘍性大腸炎と関連して根底に存在する免疫系異常及び慢性細菌感染を模倣するマウス自然発症大腸炎モデル（Ｍｕｃ２ノックアウト「ＫＯ」マウス）から得られた結果が示される。ＩＢＤ患者は、典型的には、通常は保護的なその結腸粘膜バリアにおいて構造異常及び／または機能異常を示す。粘液バリアは、消化管において微生物及び内腔抗原が上皮表面と接触することを阻止する杯細胞由来ムチン（Ｍｕｃ２）の放出に依存する度合いが高い。Ｍｕｃ２ノックアウトマウスは、離乳直後（１ヶ月齢）は健康であるが、加齢に伴って進行性の下痢及び孤発性の直腸脱を発症する。結腸組織の組織学的解析では、陰窩の過形成、陰窩の膿瘍、炎症細胞の浸潤、及び粘膜下浮腫が確認される。したがって、Ｍｕｃ２ノックアウトマウスは、異常な胃腸管粘膜バリアを有しており、しばらくすると大腸炎を自然発症し、この大腸炎は、ヒトにおける潰瘍性大腸炎と似ている。このモデルにおいては、若年（２ヶ月齢）のＭｕｃ２ノックアウトマウスでは大腸炎の重症度が低く、加齢（３ヶ月齢）Ｍｕｃ２ノックアウトマウスでは大腸炎の重症度が増している。
この動物モデルから得られた結果は、図１４Ａ、図１４Ｂ、及び図１４Ｃに示されており、結腸における炎症促進性マーカーがＥ．ｃｏｌｉ ＳＳＩ（ＱＢＥＣＯ）によって減少することを示す（ｑＰＣＲ遺伝子発現データを使用したもの）。図１４Ｄでは、ＱＢＫＰＮと比較して、結腸においてＩＬ－１８の遺伝子発現を部位特異的に増加させる活性をＱＢＥＣＯが有することが示される。ＩＦＮ－ガンマの発現データでは、大腸炎のステージによってＳＳＩの効力がどのように影響を受け得るのかが具体的に示される（高齢マウスと若年マウスとの発現データの比較）。ＩＬ１７Ａのデータは、活性化したＴ細胞によって産生されるサイトカイン（ＩＢＤの炎症マーカー）に関するものであり、Ｅ．ｃｏｌｉ ＳＳＩ治療の後に、この炎症マーカーが有意に減少することを示す。したがって、ＱＢＥＣＯ治療は、浸潤、完全性、過形成、及び浮腫を含めて、病理組織学スコアのすべての要素を実質的に改善した。結腸組織におけるＴリンパ球の浸潤は、患者及びマウスモデルにおけるＩＢＤの顕著な特徴であり、ＱＢＥＣＯ治療ではこの浸潤が顕著に減少した。したがって、この実施例は、適応免疫系の過剰応答が実質的に弱まるようにする目的も含めて、ＩＢＤモデルにおける疾患重症度を有意に低減するために、ＱＢＥＣＯなどのＳＳＩを使用し得ることを示している。
ＱＢＥＣＯが胃腸管マイクロバイオームに対して好影響を有することも示された。腸のマイクロバイオームにおける細菌種が変化すると、ＩＢＤ患者（及びマウスモデル）において有害（「不健康な」細菌）または治療的（「健康な」細菌）のいずれかになり得る。ＩＢＤにおいては、健康な免疫環境を促進し、症状を改善し得る細菌（例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属の種）もいれば、有害作用を有し得る細菌（例えば、γ－プロテオバクテリア）もいる。我々は、ＱＢＥＣＯ ＳＳＩ治療の前後の腸のマイクロバイオームを解析した。図１５Ａ及び図１５Ｂに示されるように、ＱＢＥＣＯ ＳＳＩによって、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（健康な細菌種）の相対比率が増加し、ガンマ－プロテオバクテリア（不健康な細菌種）の相対比率が減少することで、Ｍｕｃ２マウスの結腸における腸内菌共生バランス失調が改善した。図１５Ｃに示されるように、ＭＵＣ２自然発症大腸炎マウスの結腸における組織学的炎症／損傷スコア（浸潤、完全性、過形成、及び浮腫）のすべての側面もまた、ＱＢＥＣＯ ＳＳＩによって減少した。こうした結果は、ＱＢＥＣＯなどの、ＧＩ病原体に由来する製剤を使用するＳＳＩ治療が、胃腸管マイクロバイオームに対して治療作用を有することを示している。したがって、本発明の態様は、ＩＢＤにおける腸内菌共生バランス失調を治療するためのＳＳＩ（Ｅ．ｃｏｌｉに由来するＳＳＩなど）の使用を含む。
まとめると、ＱＢＥＣＯ治療は、全体的な組織学的スコアを有意に改善し、結腸組織におけるＴ細胞の浸潤を低減した。さらに、結腸におけるにおける炎症促進性メディエーター（ＩＬ－１７Ａ）及び血清における炎症促進性メディエーター（ＫＣ）の減少が観測された。ＱＢＥＣＯ治療は、患部組織における制御性Ｔ細胞マーカー（ＦｏｘＰ３）及び抗炎症性増殖因子（ＴＧＦ－β）の発現に影響を与えなかった。さらに、ＳＳＩで治療したマウスでは、抗微生物レクチンであるＲｅｇＩＩＩ－β及びＲｅｇＩＩＩ－γのレベルが減少することが実証された。ＱＢＥＣＯによってもたらされた抗微生物レクチンの変化によって、腸マイクロバイオームの調節が可能になり、その結果、ガンマ－プロテオバクテリアが減少し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓが有意に増加した。
実施例１１：喘息／アレルギーにおけるＳＳＩの効力
この実施例では、喘息／アレルギーの治療におけるＳＳＩ治療（ＫＰＮ ＳＳＩ）の効力を示す動物モデルのデータが示される。図１６に示されるように、ＫＰＮ ＳＳＩは、喘息マウスにおけるＢＡＬ総細胞数を低減する。図１７に示されるように、ＫＰＮ ＳＳＩは、ＢＡＬにおける好酸球及びリンパ球の数を低減する：Ａ）好酸球、Ｂ）リンパ球。図１８に示されるように、ＫＰＮ ＳＳＩは、ＢＡＬ上清におけるＴＨ２サイトカインを低減する：Ａ）ＩＬ－４、Ｂ）ＩＬ－５。
実施例１２：皮下投与されたＳＳＩの全身性分布
この実施例では、シアニン色素（Ｃｙ５．５）で標識した全死滅ＫＰＮ細胞、ならびにインビボでの背側及び腹側の光学的全身イメージングを使用し、マウスモデルに皮下投与したＫＰＮ ＳＳＩの全身性分布が示される。最初の注射の後、イメージング（１時間、３時間、６時間、２４時間、及び４７時間の時点）によって、ＳＳＩが全身性に分布したことが明らかとなり、その濃度は、注射部位が最も高かった。最初の注射の後、ＳＳＩは、約２４時間以内に循環から除去された。その後の注射は、別の注射部位に対して実施し、イメージング（１時間、３時間、６時間、及び２４時間の時点）によって全身性の分布が生じたことが明らかとなり、最も高い濃度が見られた部位は、新たな注射部位に加えて、驚くべきことに、前の注射部位であった。このことは、局所的に投与された製剤が全身性に分散した後、ＳＳＩが炎症部位に優先的に送達／保持されることを示している。血液試料を顕微鏡で評価したところ、血中で検出されたＣｙ５．５蛍光が遊離色素ではないことが確認された。図１９に示されるように、２４時間後の臓器におけるＳＳＩの分布によって、心臓及び脾臓と比較して、ＫＰＮ ＳＳＩが肺に優先的に蓄積することが示された。
実施例１３：外科的な創傷治療
この実施例では、ＳＳＩの局所製剤が創傷に対する投与のために製剤化され、こうした創傷は、例えば、外科的創傷、部分層熱傷（ｐａｒｔｉａｌ－ｔｈｉｃｋｎｅｓｓ ｂｕｒｎ）、裂創、慢性創傷、または血管性潰瘍（ｖａｓｃｕｌａｒ ｕｌｃｅｒ）である。局所ＳＳＩ製剤は、例えば、皮膚病原体である微生物に由来するＰＰＲアゴニストを含み、軟膏またはゲルに製剤化され得る。
実施例１４：ＩＢＤにおける治療応答の持続性
この実施例では、ＳＳＩを定期的に投薬しながらクローン病の治療が長期にわたって実施され、この治療が有効であり得ることが示される。具体的には、中程度～重度のクローン病を有する成人を含む第１相／第２相の無作為化プラセボ対照二重盲検臨床試験において、クローン病活動指数（ＣＤＡＩ，Ｂｅｓｔ ｅｔ ａｌ．，１９７６，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ７０（３）：４３９－４４４）が治療の１６週目まで平均して低下し、８週目と比較して治療の１６週目に、より有意に低下した。より具体的には、ＳＳＩで治療した患者のＣＤＡＩスコアの平均減少値は、８週目までのものが約８０ポイントであり、１６週目までのＣＤＡＩスコアの平均減少値は、約１２０ポイントであった。このことは、ＳＳＩ治療の１６週間を通して臨床的な改善が継続したことを示している。
この実施例では、全死滅Ｅ．ｃｏｌｉ ＳＳＩ調製物を１日おきに皮下注射によって投与して使用した。用量は、投与部位における視認可能な局所的炎症性免疫応答（注射部位において視認可能な発赤が生じる直径１インチ～２インチの遅延型反応）の誘発にそれぞれの用量が有効となるように用量を調整することによって患者に個別化した。
したがって、本発明の態様は、全投与期間にわたる治療効果の向上に適した投与間隔及び投与期間で、長期間にわたってＳＳＩを使用することを含み、こうした治療効果の向上は、少なくとも１６週間の期間にわたってクローン病患者のＣＤＡＩスコアの減少が進むことなどである。
実施例１５：肺炎症－喘息
この実施例では、マウスのチリダニ（ＨＤＭ）誘導性喘息モデルにおけるＳＳＩ（ＫＰＮ ＳＳＩ）の治療効力が示され、喘息性炎症の治療におけるＳＳＩの使用について根底に存在する基本機構が例示される。この実施例では、ＢＡＬＢ／ｃマウスの鼻腔内にＨＤＭを２週間曝露した。ＨＤＭ曝露前の１週間、及び２週間の曝露期間を通じて、ＫＰＮ ＳＳＩまたはプラセボのいずれかでマウスを皮下処理した。最後の曝露から２４時間後、肺の炎症細胞浸潤物、遺伝子発現、サイトカインレベル、杯細胞化生を分析すると共に、血清のアレルゲン特異的血清ＩｇＥレベルを分析した。
方法
動物
６～８週齢の雌性マウス（ＢＡＬＢ／ｃ）をＪａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）から購入した。群当たり１０匹としてマウスを使用した。試験期間の間、１２：１２時間の明／暗サイクルを使用し、病原体が存在せず、環境的に制御された特定条件下でマウスを飼育した。
アレルゲン曝露プロトコール
イソフルラン麻酔下で、生理食塩水（３５μＬ）またはチリダニ（ＨＤＭ，Ｄｅｒｍａｔｏｐｈａｇｏｉｄｅｓ ｐｔｅｒｏｎｙｓｓｉｍｕｓ，Ｇｒｅｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｌｅｎｏｉｒ，ＮＣ）（３５μＬの生理食塩水に２５μｇを含めたもの）をマウスの鼻腔内に曝露した。ＨＤＭまたは生理食塩水の鼻腔曝露は、１週目に５日連続で実施し、２週目に４日連続で実施した（実験日：１～５、８～１１、図１）。最後の曝露から２４時間後にマウスを安楽死させた。
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ介入治療の方針
ＫＰＮ ＳＳＩは、患者感染を単離起源とするＫｌｅｂｓｉｅｌｌａに由来し、最終ＯＤ６００が５．０となるように０．４％のフェノールを保存剤として含有する生理食塩水に全熱死滅細胞を懸濁したものを使用した。プラセボは、０．４％のフェノールを含有する生理食塩水とした。実験の－７日目、－５日目、－３日目にＫＢまたはプラセボを予防的に投与し、実験の１日目、３日目、５日目、８日目、１０日目に治療を継続した。腹部の右下及び左下ならびに胸部の右上及び左下の皮膚の交互近接部位に３０μＬのプラセボまたはＫＢを皮下注射した。
採血、気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）、及びＢＡＬ細胞の差異のサイトスピン（ｃｙｔｏｓｐｉｎ）による分析
ＢＡＬ細胞差異の計数は、細胞形態及びライト・ギムザ染色に照らしてサイトスピン（ｃｙｔｏｓｐｉｎ）を調べることによって実施した。マウス当たり合計１００個の細胞を、盲検化された観察者によって識別した。
ＥＬＩＳＡによるＨＤＭ特異的免疫グロブリンの定量化
９６ウェルプレートにＨＤＭをコートし（２．５ｕｇ／ウェル）、４℃で一晩インキュベートした。５％のＦＢＳを含むＰＢＳでブロッキングした後、無希釈の血清を添加し、４℃で一晩インキュベートした。洗浄した後、ビオチン抗マウスＩｇＥ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ－Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ，ＵＳＡ）を添加し、３７℃で１時間インキュベートした。ストレプトアビジン－ＨＲＰ／ＴＭＢ基質を使用することでレベルを可視化し、４５０ｎｍにおける吸光度を記録した。
遺伝子発現
ＴｉｓｓｕｅＬｙｓｅｒ ＬＴ（Ｑｉａｇｅｎ－Ｔｏｒｏｎｔｏ，Ｏｎｔａｒｉｏ，Ｃａｎａｄａ）でホモジナイズすることによって右肺組織を可溶化し、ＰｕｒｅＬｉｎｋ ＲＮＡ Ｍｉｎｉキット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ－Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用してＲＮＡの単離を実施した。ｃＤＮＡの合成には、ｉＳｃｒｉｐｔ ｃＤＮＡ合成キット－１７０－８８９１（Ｂｉｏｒａｄ）を使用した。ＩＬ－４（Ｍｎ００４４５２５９＿ｍ１）、ＩＬ－１３（Ｍｎ００４３４２０４＿ｍ１）、及びＩＦＮ－γ（Ｍｎ０１１６８１３４＿ｍ１）に対するＴａｑｍａｎプローブと共にＴａｑＭａｎ Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用し、ＳｔｅｐＯｎｅＰＬｕｓ ＲＴ－ＰＣＲ装置（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ－Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）で定量的ＲＴ－ＰＣＲを行うことによって遺伝子発現を調べた。
ＢＡＬ及び血清の試料のサイトカイン及びケモカインの分析
製造者のプロトコールに従って、Ｍｉｌｌｉｐｌｅｘマウスサイトカイン／ケモカインキット（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｓｔ．Ｃｈａｒｌｅｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）を使用し、３１のサイトカイン／ケモカイン／増殖因子バイオマーカーを同時に定量化した。このマルチプレックスな定量化は、Ｂｉｏ－Ｐｌｅｘ（商標）２００システム（Ｂｉｏ－Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用することによって実施した。この３１－ｐｌｅｘは、エオタキシン、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ－１α、ＩＬ－１β、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２（ｐ４０）、ＩＬ－１２（ｐ７０）、ＩＬ－１３、ＩＬ－１５、ＩＬ－１７、ＩＰ－１０、ＫＣ、ＬＩＦ、ＭＣＰ－１、Ｍ－ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ－１α、ＭＩＰ－１β、ＭＩＰ－２、ＲＡＮＴＥＳ、ＴＮＦα、及びＶＥＧＦからなるもので行った。こうしたマーカーのアッセイ感度範囲は、０．１～３３．３ｐｇ／ｍＬである。このマルチプレックスな定量化におけるＬ－１３のレベルは、主に検出限界を下回っていたため、ＢＡＬ液におけるＩＬ－１３のタンパク質レベルは、ＥＬＩＳＡ（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）によって測定した。
組織学
肺を解剖し、１０％のホルマリンを５ｍＬ用いて膨張させた。組織をパラフィン包埋し、３μｍの切片とした。粘液を含有する杯細胞を定量化するために、切片を過ヨウ素酸－シッフで染色した。Ａｐｅｒｉｏ Ｓｌｉｄｅｓｃａｎｎｅｒ（Ｖｉｓｔａ，ＣＡ）（バージョン１１．１．２．７６０）を使用し、染色切片を６０Ｘの拡大率でスキャンした。Ａｐｅｒｉｏ Ｉｍａｇｅ Ｓｃｏｐｅソフトウェアを使用し、肺気道の断面様式でのカラーセグメンテーションによって、陽性に染色されたピクセルを同定することで、基底膜長（μＭ）に正規化した強い陽性ピクセル（過ヨウ素酸－シッフ）の数を示した。
データ解析
データは、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍを使用して解析し、平均値±ＳＤとして示される。多群比較は、一元配置ＡＮＯＶＡの後にシダック（Ｓｉｄａｋ）事後検定を行うことによって実施した。生理食塩水－プラセボと生理食塩水－Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａとの比較、生理食塩水－プラセボとＨＤＭ－プラセボとの比較、生理食塩水－ＫｌｅｂｓｉｅｌｌａとＨＤＭ－Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａとの比較、ＨＤＭ－プラセボとＨＤＭ－Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａとの比較という４つの組み合わせで実験群を比較した。統計解析を目的とし、標準の最小値を下回った値はいずれも、標準の最小値の半分の値として記録した。ＩＬ－１３ＥＬＩＳＡのデータを含めるか、またはそれを含めずに、ＢＡＬのマルチプレックスデータの主成分分析（ＰＣＡ）を実施した。ｐｒｃｏｍｐコマンドを使用し、Ｒ（バージョン３．２．４）においてＰＣＡを完成させた（Ｒ Ｃｏｒｅ Ｔｅａｍ（２０１６）Ｒ：Ａ ｌａｎｇｕａｇｅ ａｎｄ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｆｏｒ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ．Ｒ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ，Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒｉａ．ＵＲＬ ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．Ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／）。
結果
図２０は、生理食塩水またはＨＤＭに対する曝露、及びプラセボまたはＱＢＫＰＮのいずれかで治療した後のＨＤＭ特異的ＩｇＥ応答を示すグラフである。＊Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理マウスと、その適切な対照との比較（ＨＤＭ プラセボと生理食塩水 プラセボとの比較、及びＨＤＭ ＱＢＫＰＮと生理食塩水 ＱＢＫＰＮとの比較））。
図２１は、生理食塩水またはＨＤＭに曝露したプラセボ治療マウスまたはＱＢＫＰＮ治療マウスにおけるＢＡＬ細胞の数及び差異を示す一連のグラフである：Ａ）ＢＡＬ総細胞、Ｂ）ＢＡＬ好中球、Ｃ）ＢＡＬリンパ球、Ｄ）ＢＡＬマクロファージ、パネル（Ｅ）ＢＡＬ好酸球。データは、平均値±ＳＥＭ（群当たりのマウス数１０）（＊＝ｐ＜０．０５）である。データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウス数１０）である。＊Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理マウスと、その適切な対照との比較）。＃Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理ＱＢＫＰＮ治療マウスと、ＨＤＭ処理プラセボ治療マウスとの比較）。
図２２は、２つのグラフを含み、好酸球増加症と関連するＢＡＬ及び血清のメディエーターが示される：血清のＩＬ－５（Ａ）及びＢＡＬのエオタキシン（Ｂ）。データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウス数１０）（＊＝ｐ＜０．０５）（ＨＤＭ処理マウスと、その適切な対照との比較）＃Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理ＱＢＫＰＮ治療マウスと、ＨＤＭ処理プラセボ治療マウスとの比較）。
図２３は、ＨＤＭ曝露及びＱＢＰＫＮ治療の後の肺におけるＴｈ１及びＴｈ２の遺伝子発現を示す一連のグラフである：Ａ）Ｔｈ－１介在性応答（ＩＦＮ－γサイトカインの遺伝子発現）、Ｂ）Ｔｈ－２介在性応答（ＩＬ－４サイトカインの遺伝子発現）、及びＣ）ＩＬ－１３サイトカインの遺伝子発現（データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウス数１０）である。＊Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理マウスと、その適切な対照との比較））。
図２４は、ＢＡＬ液におけるＴｈ１介在性及びＴｈ２介在性のサイトカインレベルに対するＨＤＭ曝露及びＱＢＫＰＮ治療の作用を示す一連の棒グラフである：Ａ）ＩＦＮ－γサイトカインレベル、Ｂ）ＩＬ－２サイトカインレベル、Ｃ）ＴＮＦ－αサイトカインレベル、Ｄ）ＩＬ－４サイトカインレベル、Ｅ）ＩＬ－５サイトカインレベル、Ｆ）ＩＬ－１３サイトカインレベル（データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウス数１０）である。＊Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理マウスと、その適切な対照との比較））。
図２５は、部分正規化された全サイトカインプロファイルを示すＢＡＬサイトカインの主成分分析（ＰＣＡ）を示すグラフである。これは、すべてのマルチプレックスデータに基づく主成分分析（ＰＣＡ）を使用し、全ＢＡＬサイトカインプロファイルの群間変化の実例を示すものである。第１の主成分（ＰＣ１）に基づき、異なる実験群が別々にクラスター化された。プラセボ治療マウスの中では、生理食塩水曝露マウスは、ＨＤＭ曝露マウスとは別々にクラスター化された。生理食塩水対照からのＨＤＭ曝露マウスの分離度は、ＫＢ治療によって最小化した。生理食塩水対照群の中では、ＫＢ治療マウスとプラセボ治療マウスとは同様であり、このことは、それらが一緒にクラスター化されることによって示されている。異なる群へとマウスを最良に区分しているのはＰＣ１であると思われたため、ＰＣ１への寄与が最も大きいサイトカインを同定した。ＰＣ１を決定付けた上位５つのサイトカインは、ＬＩＦ（白血病抑制因子、８．２％）、ＩＬ－５（８．２％）、エオタキシン（８．１％）、ＩＬ－４（７．５％）、及びＣＸＣＬ１０（７．３％）であった。ＥＬＩＳＡによって測定した喘息マーカー（ＩＬ－１３）を追加して主成分分析を完成させたところ、同様のクラスター化が得られ、ＰＣ１を決定づけた上位５つのサイトカインは、ＩＬ－５（７．３％）、エオタキシン（７．２％）、ＬＩＦ（白血病抑制因子、７．２％）、ＩＬ－４（６．８％）、及びＩＬ－１３（６．７％）であった。
図２６は、ＨＤＭ曝露及びＱＢＰＫＮ治療の後に気道杯細胞を定量化したものを示す棒グラフである。杯細胞の定量化は、強い陽性ピクセル／基底膜長の数として示した。データは、平均値±ＳＤ（群当たりのマウス数１０）である。＊Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理マウスと、その適切な対照との比較）。＃Ｐ＜０．０５（ＨＤＭ処理ＱＢＫＰＮ治療マウスと、ＨＤＭ処理プラセボ治療マウスとの比較）。
Figure 2023068095000036
Figure 2023068095000037
Figure 2023068095000038
Figure 2023068095000039
この実施例に示されるように、喘息ＱＢＫＰＮ ＳＳＩでは、ＢＡＬの総細胞、好中球、リンパ球、マクロファージ、及び好酸球が減少し、血清ＩＬ－５及びＢＡＬエオタキシンを含む、好酸球増加症のメディエーターが減少し、ＢＡＬにおけるＴｈ２サイトカイン（ＩＬ－４及びＩＬ－５）が減少し、杯細胞過形成が減少する。具体的には、まとめると、この実施例では、ＨＤＭ曝露マウスは、杯細胞過形成、アレルゲン特異的血清ＩｇＥの上昇、気道好酸球増加症、ならびにＴＨ２サイトカイン（ＩＬ－４、ＩＬ－１３、及びＩＬ－５を含む）の同時増加を含めて、実験的なアレルギー性喘息の古典的な症状を発症することが示された。ＨＤＭ介在性の気道好酸球増加症、ＢＡＬ総細胞数、気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）ＴＨ２サイトカイン産生、及び杯細胞化生が、ＫＰＮ ＳＳＩでの治療によって減弱した。この実施例は、ＴＨ２に偏った気道炎症応答及び関連する杯細胞化生のＨＤＭによる誘導が、ＫＰＮ ＳＳＩでの治療によって減弱したことを実証するものである。したがって、本発明の態様では、例えば、アレルゲン誘導性のＴＨ２に偏った気道炎症応答及び／または関連杯細胞化生を減弱させるためのアレルギー性気道疾患の治療として、微生物性生物製剤（細菌肺病原体に由来する組成物など）での治療（皮下治療など）が提供される。したがって、こうした結果は、生物製剤でのＳＳＩ治療が、アレルゲン特異的ＩｇＥの調節とは無関係のプロセスにおいて、気道好酸球増加症を促進する重要分子要素のうちの２つを同時に標的とする能力を有していることを示している。具体的には、ＨＤＭ誘導性のＴＨ２に偏ったアレルギー性気道炎症、及び／または気道好酸球増加症、及び／または杯細胞の粘液含量の減弱に有効な用量及び期間でＫＰＮ ＳＳＩが投与され得、これは、例えば、アレルゲン特異的ＩｇＥのレベル調節とは無関係であり得る。
実施例１６：肺炎症－ＣＯＰＤ
この実施例では、ＣＯＰＤのマウスモデル（短期（３週間）の喫煙モデル）における抗炎症性効力が示される。このモデルでは、マウスは、１日おきに３回（１週目の月曜日、水曜日、及び金曜日）、事前に治療（プラセボまたはＫＰＮ ＳＳＩを用いる）される。その後、平日の１日おき（月曜日、水曜日、及び金曜日）に治療（プラセボまたはＫＰＮ ＳＳＩ）を継続しながら、８～２５日目にかけてマウスを煙に曝露した（空気またはタバコ煙に対する曝露を、最初の２週間は平日５日連続で実施し、３週目は平日４日連続で実施した）（週末は、治療または曝露はなし）。２６日目に、最後の空気／タバコ煙曝露から２４時間後にマウスを安楽死させ、試料を収集した。
簡潔に記載すると、タバコ煙曝露（Ｋｅｎｔｕｃｋｙの研究グレードのタバコ）は、鼻のみが曝露を受けるプレキシガラスチャンバーにマウスを入れ込むことによって実施し、その際、主チャンバーから鼻が確実に届くようにした。喫煙装置にタバコを入れ、ライターで火をつけ、ドラフト内で吸引排気した。喫煙装置内の２０ｃｃシリンジを煙で満たし、自動バルブを回転させた後、鼻のみが曝露を受けるチャンバーに煙を注入した。喫を吸ったり吐いたりするサイクルのそれぞれにかける時間は１．５分とした。合計４５分の曝露の間に、それぞれのマウスに１日当たり３本のタバコを喫煙させた。対照の空気曝露マウスは、煙に対する曝露は行わずに同様の時間拘束した。煙に曝露する手順を通じて、及び煙曝露後の３０分間、動物を監視した。
熱で死滅させたＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ株（患者感染を起源とする）は、下記のように投与した。ＫＰＮ ＳＳＩまたはプラセボ媒体（０．４％のフェノールを含有する生理食塩水）を１日おきに３回、予防的に投与し、喫煙実施期間を通じてこのレジメンを治療的に継続した。３０μＬのプラセボまたはＫＰＮ ＳＳＩを用いて、右下腹部、左下腹部、右上胸部、及び左上胸部に皮下注射し、この皮下注射は、それぞれの注射についてこれらの注射部位を時計回りに循環させて実施した。
サイトスピン（Ｃｙｔｏｓｐｉｎ）を実施し、形態及びライト・ギムザ染色に基づいて評価した。その後、調製したサイトスピン（ｃｙｔｏｓｐｉｎ）スライドを使用し、ＢＡＬ細胞の差異を数え、その際、マウス当たり１００個の細胞を盲検様式で数えて使用した。
ＢＡＬ及び血清の試料の免疫メディエータープロファイリングは、下記のように実施した。Ｂｉｏ－Ｐｌｅ（商標）２００システム（Ｂｉｏ－Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用し、製造者のプロトコール（Ｅｖｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｃｏｒｐ，Ｃａｌｇａｒｙ，ＡＢ，Ｃａｎａｄａ）に従って３１のサイトカイン／ケモカイン／増殖因子マルチプレックスキットを使用し、ＢＡＬ及び血清における可溶性メディエーターの分析を実施した。実施した３１－ｐｌｅｘアッセイは、下記のメディエーターを含むものである：エオタキシン、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ－１α、ＩＬ－１β、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２（ｐ４０）、ＩＬ－１２（ｐ７０）、ＩＬ－１３、ＩＬ－１５、ＩＬ－１７、ＩＰ－１０（ＣＸＣＬ１０）、ＫＣ（ＣＸＣＬ１）、ＬＩＦ、ＭＣＰ－１（ＣＣＬ２）、Ｍ－ＣＳＦ、ＭＩＧ（ＣＸＣＬ９）、ＭＩＰ－１α（ＣＣＬ３）、ＭＩＰ－１β（ＣＣＬ４）、ＭＩＰ－２（ＣＸＣＬ２）、ＲＡＮＴＥＳ（ＣＣＬ５）、ＴＮＦα、及びＶＥＧＦ。こうしたマーカーのアッセイ感度範囲は、０．１～３３．３ｐｇ／ｍＬである。
血中のＬｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージ及び好中球のフローサイトメトリー分析は、下記のように実施した。凝固を防ぐために、ＥＤＴＡがコートされたチューブ（ＢＤ Ｍｉｃｒｏｔａｉｎｅｒ）に血液を収集し、染色実施まで氷上で保管した。赤血球の溶解（ＢＤ溶解緩衝液）前にＣＤ１１ｂ－ＦＩＴＣ、Ｌｙ６Ｇ－ＰＥ、ＣＤ１１ｃ－ＰｅｒＣＰＣｙ５．５、及びＬｙ６Ｃ－ＡＰＣで血液を染色した。フローサイトメトリーは、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）で実施した。解析はＦｌｏｗＪｏ Ｖ１０．１で完了させた。好中球は、Ｌｙ６Ｇ＋ＣＤ１１ｂ＋細胞として定義した。Ｌｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージは、Ｌｙ６ＣＨＩＬｙ６Ｇ－ＣＤ１１ｂ＋細胞として定義した。
データ解析は、下記のように実施した。ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ６ソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用することで、結果の統計解析を実施した。データは、平均値±ＳＤとして示される。選択群の比較を行う際には、一元配置ＡＮＯＶＡ解析の後に、シダック（Ｓｉｄａｋ）事後検定を使用する多重比較を実施した。空気－プラセボと空気－ＫＢとの比較、空気－プラセボとタバコ煙－プラセボとの比較、空気－ＫＢとタバコ煙－ＫＢとの比較、タバコ煙－プラセボとタバコ煙－ＫＢとの比較という４つの組み合わせで実験群を比較した。
体重及び臨床スコア（例えば、円背姿勢、他の動物との交流、活動レベル）を使用することで、ＫＰＮの治療実施下または治療非実施下でフィルター処理済空気またはタバコ煙に曝露したマウスの健康全般を監視した。体重は、それぞれの動物の開始時の重量に正規化した。プラセボまたはＫＰＮで治療した空気曝露群に体重変化は記録されなかった（ｐ＞０．０５）。しかしながら、タバコ喫煙曝露マウスでは、顕著な体重減少（ｐ＜０．０５）が生じ、この有害作用はＫＰＮ治療によって元に戻らなかった（ｐ＞０．０５）。いずれの群についても臨床スコアの変化は観測されなかった。
気道肺炎症を評価するために、ＢＡＬの総細胞数及び細胞差異を分析した。図２７Ａは、ＢＡＬ細胞の差異を示す棒グラフであり、リンパ球集団及びマクロファージ集団が減少することによって、煙曝露後にＢＡＬ総細胞数がＱＢＫＰＮによって減少することが示される。プラセボで治療した動物では、タバコ煙曝露によってＢＡＬにおける総細胞数の上昇が誘導され、この上昇は、ＫＰＮ介入治療によって減弱しなかった（図２７Ｂ（ａ）、ｐ＜０．０５）。タバコ煙曝露によって誘導されたＢＡＬ総細胞の増加は、リンパ球、マクロファージ、及び好中球に起因するものであったが（図２７Ｂ（ｂ）～（ｄ）、ｐ＜０．０５）、好酸球には起因しなかった（ｐ＞０．０５、データ未掲載）。タバコ煙曝露群におけるリンパ球及びマクロファージの増加は、ＫＰＮ介入治療によって減弱したが（ｐ＜０．０５）、マクロファージは、空気＋ＫＰＮと比較して上昇したままであった（図２７Ｂ（ｂ）～（ｃ））。好中球のタバコ煙誘導性の増加に対してＰＮ介入治療が影響を与えることはなかった（図２７Ｂ（ｄ））。
マウスタバコ煙曝露モデルでは、ＴＨ１に偏った炎症応答が生じることが以前の報告によって示されている。この実施例は、タバコ煙曝露誘導性のＴＨ１に偏った肺の炎症応答がＫＰＮ ＳＳＩ介入治療によって減弱したことを示しており、このことは、ＴＨ１メディエーター及び非ＴＨ１メディエーターを誘導した３１のサイトカイン、ケモカイン、及び増殖因子のマルチプレックス分析によって証明された。ＢＡＬ液において測定した３１のメディエーターのうちの１５（４６．７％）のメディエーターがタバコ煙曝露によって誘導され、こうして誘導された１５のメディエーターには、ＩＦＮγ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ５、ＩＬ－６、ＩＬ－１７、Ｇ－ＣＳＦ、ＣＸＣＬ１、ＬＩＦ、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＴＮＦα、エオタキシン、及びＶＥＧＦが含まれていた（ｐ＜０．０５）。１０の試料のうちの４つの試料においてタバコ煙曝露に伴ってＩＬ－１７が上昇し、上昇したその値は、このメディエーターの検出レベルに近づいた（０．６４ｐｇ／ｍｌ）。ＩＦＮγ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ５、ＩＬ－６、Ｇ－ＣＳＦ、及びＩＬ－１７のタバコ煙誘導性の増加は、ＫＰＮ介入治療によって減弱しており（図２８Ａ）、これらのメディエーターはすべて、ＴＨ１に偏った炎症応答と関連するものである。測定したメディエーターのいずれについても、空気に曝露した動物に対してＫＰＮ ＳＳＩ介入治療が影響を与えることはなかった。
血清免疫メディエーターのタンパク質発現プロファイルは、タバコ煙曝露によってそれが受ける影響は最小限のものであったが、ＫＰＮ介入治療によって増強されるものであり、このことは、４つの実験群に由来する血清に対して３１のメディエーターの同一のマルチプレックスアッセイを適用することによって証明された。タバコ煙曝露によってＶＥＧＦのみの増加が誘導され、こうして増加したＶＥＧＦのレベルは、空気曝露対照と比較して上昇していた（図２８Ｂ（ａ）、ｐ＜０．０５）。血清ＶＥＧＦのタバコ煙曝露誘導性の上昇は、ＫＰＮ ＳＳＩ介入治療によって元に戻らなかった。空気に曝露した動物におけるＫＰＮ介入治療によって、空気＋プラセボと比較して減少したメディエーターは１つ（ＩＬ１２ｐ４０）のみであった一方で、ＩＬ－１β、ＣＣＬ２、ＣＸＣＬ９、及びＣＸＣＬ１０のレベル（図２８Ｂ（ｂ）～（ｄ）ｐ＜０．０５）は増加した。煙に曝露したマウスでは、タバコ煙＋プラセボ群と比較してＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、及びＣＣＬ５のレベルがＫＰＮ介入治療によって増加した。まとめると、こうした血清データは、タバコ煙誘導性の肺炎症の局所的な抑制に効果的となるように実施され得るＳＳＩ介入治療によって、タバコ煙曝露とは無関係に全身性の影響が誘導されたことを示している。
このＣＯＰＤモデルにおける全身性の細胞性免疫反応を示すために、フローサイトメトリーを使用することで、タバコ煙曝露及びＫＰＮ介入治療の後の血液におけるＬｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージ、炎症性単球集団、及び好中球のレベルを評価した。タバコ煙曝露では、血中のＬｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージまたは好中球の増加は誘導されなかった（図２８Ｃ（ａ）～（ｂ））。驚くべきことに、ＫＰＮ ＳＳＩ介入治療によって、タバコ煙曝露群では血中のＬｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージ及び好中球が増加し（ｐ＜０．０５）、空気に曝露した動物では好中球が増加した。全身性のＬｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージ及び好中球におけるこの増加は、肺組織における局所的な同様の増加パターンと相関しており（図２８Ｃ（ｃ）～（ｄ））、ＫＢによってこうした細胞型の増加が誘導された場合、この増加は、タバコ煙曝露によってさらに増幅された（ｐ＜０．０５）。
図２８Ｄは、肺における選択遺伝子の発現プロファイルの３つの棒グラフを含み、煙曝露後の肺組織において３つの重要な炎症性サイトカイン遺伝子（ＩＬ－６、ＩＬ－１ベータ、及びＩＬ－１７Ａ）の発現がＱＢＫＰＮによって減少することが示される。
図２９は、６つの棒グラフと共に、選択ＢＡＬサイトカインの発現プロファイルを示し、ＱＢＫＰＮによって、ＣＯＰＤモデルにおいてＧ－ＣＳＦ、ＩＬ－６、及びＩＰ－１０が有意に減少し、ＩＬ－４、ＫＣ、ＭＩＧ、ＴＮＦアルファに低下傾向が生じたことが示される。
図３０は、血清サイトカインの発現プロファイルを示し、ＳＳＩの効力について多くのマーカーが同定されており、具体的には、ＩＰ－１０、ＭＩＧ、及びＲＡＮＴＥＳの血清レベルの上昇が同定されている。したがって、こうした血清マーカーは、ＳＳＩの効力に対するバイオマーカーとして使用され得、例えば、特定のＳＳＩに対するレスポンダーもしくは非レスポンダーの同定に使用されるか、または用量調整プロトコールにおける有効な投薬のマーカーとして使用され得る。
この実施例は、ＣＯＰＤモデルにおいて炎症性環境の多くのマーカーがＱＢＫＰＮ ＳＳＩによって減少したことを示しており、具体的には、ＢＡＬ総細胞、リンパ球、及びマクロファージの減少と、ＣＯＰＤでは通常は上昇するサイトカイン（ＩＬ－６、ＩＬ－１ベータ、及びＩＬ－１７Ａを含む）の遺伝子発現の減少と、ＣＯＰＤのＢＡＬにおける重要なサイトカイン（ＩＬ－６、ＩＰ－１０、及びＧ－ＣＳＦを含む）のレベルの減少と、を示している。より具体的には、こうした結果は、タバコ煙誘導性のＴＨ１に偏った肺炎症及びＢＡＬ細胞型がＫＰＮ治療によって減弱したことを示している。空気に曝露した対照動物及びタバコ煙に曝露した実験動物において、免疫メディエーターの産生を含む全身性の免疫応答、ならびに単球及び好中球の流動がＫＰＮ ＳＳＩによって誘導されており、これは、Ｌｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージ及び好中球の増加を伴う局所的肺環境に酷似していた。したがって、この実施例は、免疫応答を広く抑制するのではなく、免疫応答のある特定の側面を増進する微生物成分での介入治療が、タバコ煙曝露と関連するＣＯＰＤ病態形成の経過を変えるために使用し得ることを示している。
ＣＯＰＤには、喘息及び炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を含めて、他の炎症性疾患と関連する経路が根底に多く存在する。ＩＢＤとＣＯＰＤとは、マイクロバイオームの変化、免疫機能障害、上皮細胞機能の変化、及び慢性炎症を含めて、共通の所見を共有している。呼吸器マイクロバイオームの変化、及び免疫機能障害を含めて、喘息とＩＢＤとの間にもまた顕著な重複が存在する。全体を通じて、ＣＯＰＤと、ＳＳＩから恩恵を受ける他の炎症性疾患との間に類似性が存在することは、本明細書に証明されるように、微生物製造物または合成製剤などの、ＰＲＲアゴニストのレパートリーで免疫応答の側面を増進させることを、ＣＯＰＤに対する治療手法として利用し得ることを示している。
タバコ煙曝露誘導性の急性炎症のこの実施例では、ＢＡＬにおいてＩＦＮ－γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ－５、ＩＬ－６、Ｇ－ＣＳＦ、及びＩＬ－１７が上昇し、この上昇がＫＰＮ治療で減弱するということを我々は観測している。ＴＨ１に偏った炎症性メディエーターがこうして減少することは、ＢＡＬのリンパ球及びマクロファージの量がＫＰＮ治療で減弱することと同時に、肺のマクロファージ及びリンパ球の動員が減少することと関連していた。興味深いことに、空気に曝露した動物と、タバコ煙に曝露した動物との両方においてＴＨ１に偏ったケモカインシグネチャー（ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ－５）がＫＰＮによって全身性に誘導されたことは、感染において見られることと類似している。実際、肺でＴＨ１炎症が減弱されたことと並行して、Ｌｙ６ＣＨＩ単球／マクロファージ及び好中球の増加を伴う全身性の免疫活性化がＫＰＮ治療によって誘導された。したがって、この実施例は、ＴＨ１に偏った免疫細胞の流動及び動員を全身性に生じさせるが、ＢＡＬにおいては局所的に低減することに適し得る免疫応答の側面をＫＰＮ ＳＳＩが活発に刺激することを示している。
この実施例は、炎症促進性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１β）、ならびに血中の炎症性の単球（Ｌｙ６ＣＨＩとして定義される）及び好中球がＫＰＮ ＳＳＩの投与によって全身性に増加したことを示しており、この全身性の増加は、急性感染症で見られる応答と類似している。我々は、肺組織において炎症性の単球及び好中球が増加することをフローサイトメトリーによってさらに同定した。肺炎症の実施例（実施例１５及び実施例１６）では、対照マウス（ＣＯＰＤ試験では空気曝露であり、喘息試験では生理食塩水曝露）において、ＱＢＫＰＮ ＳＳＩによって血清のサイトカインレベルが増加している。したがって、こうしたものは、効力に対するバイオマーカーとして利用可能であり、具体的には、ＱＢＫＰＮ ＳＳＩで治療した対照マウスにおいて、喘息の例とＣＯＰＤの例との両方で増加したＩＰ－１０（ＣＸＣＬ１０）が、効力に対するバイオマーカーとして利用可能である。
実施例１７：Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｖａｒｉｉｃｏｌａ ＳＳＩ
肺への転移のマウスＢ１６メラノーマモデルにおいて、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ系統群ＩＩＩ（Ｋ．ｖａｒｉｃｏｌｌａ）の全死滅細胞を製剤化したＳＳＩは、図３１（図中ではＫ．ｖａｒｉｉｃｏｌａは「ＱＢＫＰＮ」として示される）に示されるように、腫瘍量の低減において有効であった。
実施例１８：ＣＤ２５の枯渇
ＣＤ２５は、活性化Ｔ細胞、活性化Ｂ細胞、Ｔｒｅｇ及び休止記憶Ｔ細胞（適応免疫に関与する細胞）に発現する。この実施例では、抗ＣＤ２５抗体を利用し、ＣＤ２５陽性細胞が存在しない状態でＱＢＫＰＮ ＳＳＩが肺小結節の低減に効力を有することが示され、このことは、図３２に示される。このことは、Ｂ１６メラノーマモデル（Ｂ１６メラノーマ細胞を負荷したマウスにＳＳＩを静脈内注射して予防的に投与し、Ｂ１６の注射から１８日後に腫瘍病巣の数を数えた）においてＳＳＩの効力の側面がＣＤ２５陽性適応免疫細胞とは無関係であることを示している。したがって、本発明の態様は、ＣＤ２５＋細胞に依存しない免疫応答（例えば、自然免疫応答）の調節に関する。
実施例１９：用量依存性及びＲａｅ－１の発現
肺への転移のマウスＢ１６メラノーマモデルでは、ＫＰＮ ＳＳＩの希釈に伴ってその効力は次第に減少した（腫瘍量は、Ｔｒｐ－１の発現をＱＰＣＲで定量化することによって測定した）。図３３Ａは、ＫＰＮ ＳＳＩ製剤（ＱＢＫＰＮ）、及び段階希釈したＫＰＮ ＳＳＩ（１０ｘ、１００ｘ、及び１０００ｘ）と関連するＣｔ（サイクル閾値）値（Ｂ１６の負荷から５日目のもの）を示す。したがって、Ｃｔ値は、蛍光シグナルが閾値を超える（すなわち、バックグラウンドレベルを上回る）ために必要なＰＣＲのサイクル数を示す。デルタＣｔ値は、ハウスキーピング遺伝子のＣｔ値を考慮に入れたものであり、したがって、そのレベルは、試料における標的核酸の量に逆比例する。示されるように、ＳＳＩの希釈が進むにつれて腫瘍量が増加した。図３３Ｂに示されるように、この用量依存性は、肺におけるＢ１６腫瘍小結節の数のアッセイにも反映されている。図３３Ｃは、さまざまな投薬レジメンから治療作用が得られることを示す棒グラフであり、こうしたレジメンの注射間隔は、１～７日までとさまざまであり、それらのすべてにおいて治療作用が得られた。
図３４に示される追加の分析では、Ｒａｅ－１を発現する細胞の比率が腫瘍量と逆相関することが示され、これによって、ＳＳＩが用量依存的な様式で標的組織のＲａｅ－１の発現を増加させるという事実が証明された。Ｒａｅ－１シグナルが増加すれば、ＮＫ細胞などの自然リンパ球系細胞に存在するＮＫＧ２Ｄ（以下を参照のこと）受容体を介する免疫刺激が促進され、これによってがん細胞の死滅が増加し、この実施例で証明された腫瘍量の減少が生じると想定される。実際、高用量のＳＳＩはＲａｅ－１発現を誘導し、このことによってがん量が減少した。
図３４（Ｂ）に示されるように、ＮＫＧ２Ｄ（ナチュラルキラー群２、メンバーＤ）ノックアウトマウスでは、Ｂ１６肺転移モデルにおけるＱＢＫＰＮの治療効力は抑止された。このことは、治療的ＳＳＩ応答のさまざまな側面においてＮＫＧ２Ｄシグナル伝達が重要な役割を担っていることを示しており、これは、標的組織においてＲａｅ－１の発現が増加するという証拠の有意性を強化するものである。
実施例２０：部位特異性
肺
赤色蛍光タンパク質（ＬＬＣ－ＲＦＰ）を発現するマウスルイス肺癌において、ＫＰＮ ＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ）の効力をＥ．ｃｏｌｉ（ＱＢＥＣＯ）ＳＳＩ及びＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（ＱＢＳＡＵ）ＳＳＩと比較した（ＫＰＮはマウスにおける肺の病原体であるが、ＥＣＯ及びＳＡＵはそうではない）。図３５に示されるように、肺における腫瘍小結節を低減する著しく強化された作用がＱＢＫＰＮから得られた。図３６に示されるように、ＬＬＣ接種後の１５日目に、肺におけるＬＬＣ－ＲＦＰ細胞の数が同時に減少した。
代替のデータでは、ＱＢＫＰＮでの免疫浸潤物とＱＢＥＣＯでの免疫浸潤物とは、いくつかの系では早期時点では同等であり得るが、ＱＢＥＣＯと比較してＱＢＫＰＮでは７日目に好中球レベルが増進する（フローデータ）ことが示されている。また、遺伝子アレイ解析では、ＱＢＥＣＯと比較して、ＱＢＫＰＮにおいて自然浸潤物の長期持続性が証明されている（約７２時間）。こうしたデータは、ＱＢＫＰＮとＱＢＥＣＯとの比較に応じて、肺において進行中の免疫応答が異なることをさらに示している。
結腸
ＭＣ３８結腸癌モデルでは、図３７に示されるように、ＱＢＫＰＮまたは１０Ｘ濃縮ＱＢＳＡＵ（ＱＢＳＡＵＲ）のいずれから得られたものと比較しても高い生存優位性がＱＢＥＣＯから得られた。
皮膚
Ｂ１６メラノーマモデルにおいて、１００，０００個のＢ１６メラノーマ細胞を、体積１００μｌでＣ５７ＢＬ／６マウスの右側腹部に０日目に注射した。ＳＳＩ治療は－１０日目に開始し、＋１２日目まで継続した。７日目に腫瘍体積の監視を開始し、エンドポイントは、１４日目到達時点とした。図５に示されるように、皮膚におけるＢ１６腫瘍体積の低減において、ＱＢＫＰＮまたはＱＢＥＣＯのいずれと比較しても、１０Ｘ濃縮ＱＢＳＡＵまたはＱＢＳＡＵＲがはるかに有効であった。
皮膚及び肺
Ｂ１６メラノーマモデルを使用し、静脈内投与による肺腫瘍の移植、及び背側への皮下注射による皮膚腫瘍の移植を行い、その結果、皮膚に位置するがんと、肺に位置するがんとの両方をそれぞれの動物が有するようにした。この試験では、１日おき（－８日目、－６日目、－４日目、及び－２日目）にプラセボ（３０μｌ）、ＱＢＫＰＮ（３０μｌ（ＯＤ６００値４．９１））、または１０Ｘ ＱＢＳＡＵ（３０μｌ（ＯＤ６００値８．６）を実験群のマウス（Ｎ＝５／群）に皮下注射してから、静脈内注射と皮下注射との両方でＢ１６メラノーマ細胞（１ｘ１０５個の細胞／１００μｌ／マウス）を移植した。４つの対照群のマウス（Ｎ＝５／群）に対して、－８日目、－６日目、－４日目、及び－２日目にＱＢＫＰＮまたは１０Ｘ ＱＢＳＡＵのいずれかを皮下注射し、これらの対照マウスのうちの２つの群には、０日目に静脈内注射（ＱＢＫＰＮ 単一がんの正の対照）、または皮下注射（１０Ｘ ＱＵＳＡＵ単一がんの正の対照）のいずれかでＢ１６腫瘍を接種して単一がんの正の対照とし、一方、これらの対照マウスのうちの２つの群には、いずれの腫瘍接種も行わずに負の対照とした。ＳＳＩ治療またはプラセボ対照のいずれかを１日おきに連続的にマウスに皮下投与で与え、腫瘍移植後の５日目に実験を終了するまでこの投与を継続した。５日目に、肺及び皮膚における腫瘍量を数えた。
ＱＢＫＰＮで治療したマウスでは、肺特異的にＲａｅ－１発現が上昇し（図３８）、肺への単球及び好中球の動員が生じたが、こうしたことは１０Ｘ ＱＢＳＡＵでは生じなかった。プラセボで治療した同一モデルのマウスと比較して、ＱＢＫＰＮで治療したマウスの肺ではＰＤ－１の発現も減少した（図３９）。対照的に、肺におけるＰＤ－Ｌ１の発現には、群間差異は存在しなかった。皮膚及び肺にＢ１６腫瘍を有するモデルにおいて、１０Ｘ ＱＢＳＡＵでマウスを治療すると、プラセボ対照と比較して皮膚腫瘍量が減少したが、ＱＢＫＰＮでの治療ではこの減少は生じなかった（図４０）。
したがって、ＱＢＫＰＮは、皮膚腫瘍と肺腫瘍との両方を有する動物において、Ｒａｅ－１の発現を上昇させ、単球及び好中球を動員することによって肺に部位特異性を示した。同様に、１０Ｘ ＱＢＳＡＵは、こうした動物の皮膚腫瘍を低減することによって部位特異的な効力を示した。
実施例２１：投薬経路及びスケジュール
静脈内ＳＳＩと皮下ＳＳＩとの比較
この実施例では、Ｂ１６肺転移モデルにおいて静脈内注射または皮下注射のいずれかでＫＰＮ ＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ）を投与した。０日目にＢ１６細胞を静脈内投与して腫瘍を移植した。１日目、３日目、５日目、及び７日目にＫＰＮ ＳＳＩを投与した（静脈内注射または皮下注射）。９日目にエンドポイント到達とし、腫瘍数を測定した。図４１に示されるように、両方の投与経路で治療効果が得られている。
予防スケジュールと治療スケジュールとの比較
この実施例では、がん細胞の負荷前（予防）または負荷後（治療）のいずれかでＳＳＩ治療をスケジューリングしたものを比較した。この実施例では、効力と関連する免疫関連要因も示され、具体的には、マクロファージのＭ１／Ｍ２比率が示される。図４２は、試験設計の模式図であり、Ｂ１６肺癌モデルにおいてＱＢＫＰＮの効力を治療レジメンと予防レジメンとで比較することに基づくものである。図４３に示されるように、予防レジメンでは治療効果がより早く得られた一方で、治療レジメンでは１７日目までに非常に強い効力傾向が示されている。予防レジメンと治療レジメンとの両方の効力が、肺のＭ１／Ｍ２マクロファージの比率に共通して認められる効力関連要因に反映されており、これは、代替Ｍ２マーカーであるＣＤ２０６で示され、治療群については１０日目のもの、予防群については１７日目のものが図４４に示される。
早期時点の血液分析
この実施例では、骨髄系細胞集団が関与する検出可能な治療作用がＳＳＩ治療によってどのくらい早く生じるかという側面が示され、治療バイオマーカーの例が提供される。図４５に示されるように、ＱＢＫＰＮ ＳＳＩ及びＱＢＥＣＯ ＳＳＩについて、すべての時点で好中球が増加しており、注射後３時間以内でさえ有意な増加が見られる。図４６に示されるように、３時間と７時間との両方でＬｙ６ＣＨＩＬｙ６Ｇ＋ＣＤ１１ｂ＋細胞（Ｌｙ６Ｃ単球）が有意に増加し、この増加は、２４時間付近までには減少してプラセボレベルに戻るという減少傾向を伴うものであった。したがって、ＳＳＩ治療によって誘発される細胞性免疫反応は、数時間以内に迅速に生じ、その後、数日以内に消散することによって特徴付けられ得る。この細胞応答パターンは、数日単位の間隔で反復投与を行う投薬スケジュールを支持するものであり、こうした投薬スケジュールは、例えば、１日ごと、２日ごと、３日ごと、４日ごと、５日ごと、６日ごと、または７日ごとに１回の投与を行うものである。
実施例２２：ＳＳＩの細胞傷害性
この実施例では、高用量のＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ）が、がん細胞死の増加を直接誘発できることが示される。ＮＣＩ－Ｈ３５８細胞（ヒト肺細胞株）を、段階希釈したＱＢＫＰＮと共にインビトロで２４時間インキュベートした。細胞傷害性アッセイ試料に存在する死滅／死細胞の同定に使用される赤色の生／死生存率色素（ｌｉｖｅ／ｄｅａｄ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ｄｙｅ）である７－ＡＡＤ（７－アミノアクチノマイシンＤ）と共に、カルボキシフルオセインスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）標識アッセイ（標的細胞を標識するための緑色蛍光細胞染色色素）を使用して効力を評価した。図４８には、この２４時間の死滅アッセイにおいて高用量（１／２０希釈、１／２００希釈）のＱＢＫＰＮによってＮＣＩ－Ｈ３５８癌細胞の死が増加することが示される。同一のアッセイを使用することで、２４時間の死滅アッセイにおいて、同様の用量（１／２０希釈、１／２００希釈）のＫＰＮ ＳＳＩによってγδＴ細胞介在性のＮＣＩ－Ｈ３５８癌細胞の死滅が増加することも示され、このことは、図４９に示される。さらに、図５０に示されるように、１／２００希釈及び１／２０００希釈のＫＰＮ ＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ）によって、γδＴ細胞介在性のがん細胞溶解の誘導におけるゾレドロネートの作用が強化された。
この実施例に示されるように、選択的な実施形態では、ＳＳＩは、がん性組織に直接投与することができ、例えば、がんを外科的に切除した部位に直接投与することができる。例えば、ＱＢＳＡＵなどのＳＳＩは、皮膚のメラノーマに局所的に適用されるか、または皮膚のメラノーマを外科的に切除した部位に適用され得る。
実施例２３：ＭＣ－３８腹腔内注射モデルのＮＫＧ２Ｄノックアウトマウス
この実施例では、ＳＳＩに対する治療応答の媒介にＮＫＧ２Ｄ受容体が関与することが示される。このことは、ＭＣ－３８細胞（原発性のマウス結腸癌に由来するマウス腺癌細胞株）の腹腔内注射を行った後のマウスの生存試験において示された。腫瘍細胞を腸に移植するために腫瘍細胞を腹腔内注射し、ＭＣ－３８細胞結腸癌モデルを創出した。野生型マウス（Ｃ５７ＢＬ／６マウス）及びＮＫＧ２Ｄノックアウトマウス（Ｃ５７ＢＬ／６バックグラウンドを有するもの）においてＱＢＥＣＯ治療をプラセボと比較した。ＭＣ－３８を注射する前に、ＱＢＥＣＯまたはプラセボのいずれかで、野生型マウス及びＮＫＧ２Ｄマウス（群当たり１０匹）を１日おきに１０日間治療した。生存試験を通じて１日おきの治療を継続した。
図５１に示されるように、この試験では、ＭＣ－３８結腸癌モデルにおけるＱＢＥＣＯの治療効力が確認されており、プラセボ治療と比較して野生型マウスではＱＢＥＣＯ治療で生存率が統計学的に有意に増加したことが示される。図５２に示されるように、ＱＢＥＣＯまたはプラセボのいずれかで治療したＮＫＧ２Ｄノックアウトマウスの間で生存率に統計学的差異が存在しないことから、ＮＫＧ２Ｄの発現はＱＢＥＣＯの効力と相関している。免疫表現型検査では、ＮＫＧ２ＤノックアウトマウスにおいてＮＫＧ２Ｄ陽性細胞のレベルが減少していることが確認された。興味深いことに、野生型マウス内では、それぞれの時点で、ＱＢＥＣＯによってＮＫＧ２Ｄが減少した（ＳＳＩの効力に対するバイオマーカーとしてのＮＫＧ２Ｄ発現の用途を示すものである）。プラセボと比較して、ＱＢＥＣＯで治療した野生型マウスとＮＫＧ２Ｄノックアウトマウスとの両方において、－９日目までに好中球が特徴的に増加し、－１日目までに単球が特徴的に増加することも免疫表現型検査によって示された。ＱＢＥＣＯでの治療後にＰＤＬ１＋もまた増加し、ＱＢＥＣＯは、実験を通じて血中のＰＤＬ１＋細胞の増加を引き起こしており、こうしたことは、－９日目及び－１日目に野生型マウスにおいて有意性を伴って生じており、ＮＫＧ２Ｄノックアウトマウスでは弱まったパターンで同様の現象が生じた。野生型マウスの場合、腫瘍を有さないマウスでは血中のＰＤ１＋細胞がＱＢＥＣＯによって増加した（－９日目、－１日目）一方で、腫瘍を有するマウスではＱＢＥＣＯによってＰＤ１＋細胞の増加が初期に誘導されたが、この増加は、生き残る間にＱＢＥＣＯによって血中ＰＤ１＋細胞が減少するという傾向が続く中で１１日目までに弱まった。ＮＫＧ２Ｄノックアウトマウスは、この傾向に従うが、その程度は低く、有意性は存在しない。まとめると、このデータは、ＰＤ１及びＰＤＬ１が、ＳＳＩの効力を示すバイオマーカーとして使用し得ることを示している。
実施例２４：好中球減少症の治療
この実施例では、マウスモデルにおいて好中球減少症を治療するためのＳＳＩの使用が示される。図５３の治療概要に示されるように、ＳＳＩ治療（ＱＢＫＰＮ）及び好中球枯渇性（抗Ｌｙ６Ｇ）モノクローナル抗体に対する好中球集団の応答を脾臓（マウスでは循環を代表するものである）及び肺において評価した。記載のマウスにおいて、－１０日目～＋１０日に１日おきにＳＳＩ治療を実施した。ＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ）は、ＯＤ５．０の用量を含む０．０３ｍｌの溶液として交互部位に皮下注射した。記載のマウスにおいて、－１日目～＋１１日目に２日おきに抗Ｌｙ６Ｇ処理を実施した。抗体（Ｂｉｏ－Ｘ－Ｃｅｌクローン１Ａ８）は、２００μｇ／マウスの用量で腹腔内注射した。０日目にＢ１６メラノーマ（２００，０００個細胞／マウス）をすべてのマウスに静脈内注射した。＋１２日目にマウスを屠殺した。脾臓及び肺から単一細胞浮遊液を調製した。モノクローナル抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）及びＭｉｌｔｅｎｙｉ ＭａｃｓＱｕａｎｔサイトメーターを使用し、フローサイトメトリーによって好中球集団（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ－ｈｉ Ｌｙ６Ｃ－中等度）を評価し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して解析した。図５４には、肺由来の代表的な染色データが示され、このデータは、肺試料から得られており、生存するＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋細胞に対するゲートを行ったものである。肺（図５５Ａ、生存ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋細胞の％が示される）及び脾臓（図５６Ａ）における好中球の比率は、サイトメトリーの一次データから計算した。肺（図５５Ｂ）及び脾臓（図５６Ｂ）における好中球（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋Ｌｙ６Ｃ＋細胞）の数は、細胞の比率に全細胞型を掛けることによって計算した。
肺と脾臓との両方において、ＱＢＫＰＮ治療によって好中球の比率が有意に増加した（図５５Ａ及び図５６Ａ）。ＱＢＫＰＮ治療によって脾臓における好中球の数が有意に増加した（図５６Ｂ）。こうしたデータは、ＱＢＫＰＮ ＳＳＩが循環好中球の比率及び数の増大を誘導することを示している。
抗Ｌｙ６Ｇモノクローナル抗体でマウスの並行コホートを処理した。ＱＢＫＰＮ治療を行わない場合、抗Ｌｙ６Ｇは、比率と数との両方に関して肺及び脾臓における好中球を完全に枯渇させた（図５５及び図５６）。しかしながら、ＱＢＫＰＮで治療したマウスでは、抗Ｌｙ６Ｇモノクローナルで処理したにもかかわらず、肺（図５５）及び脾臓（図５６）における好中球集団は、高レベルで残存した。好中球は、蛍光で標識した抗Ｌｙ６Ｇ抗体を使用して検出したため（抗原の発現を示す）、データは、ＱＢＫＰＮ治療が抗Ｌｙ６Ｇ介在性の枯渇に対して好中球を抵抗性にしたわけではないことを示す。したがって、こうしたデータは、好中球減少症のモデルにおいてＱＢＫＰＮ ＳＳＩが好中球コンパートメントの増殖を誘導することを示している。
がんの治療に使用される化学療法薬物を含めて、多くの一般的な治療では、骨髄機能が抑制され、好中球数が低減する結果、好中球減少症が引き起こされる。したがって、本明細書に示されるように、ＳＳＩは、好中球数が回復するように投与し得るものである。この種のＳＳＩ治療には有用な治療効果が追加で存在する。好中球減少症の治療に加えて、根底に存在する疾患の治療との関連では、標的組織において病原性の微生物病原体のＰＲＲアゴニストシグネチャーの異なる部分を再現するＰＲＲアゴニストシグネチャーを有する標的化ＳＳＩを選択することで、標的組織において自然免疫機能が部位特異的に回復する。これは、例えば、抗がん免疫応答、またはＳＳＩによって媒介される抗炎症性免疫応答（好中球減少症の治療作用に加えて追加で生じる）を伴い得る。
化学療法は、一般に、骨髄抑制を生じさせるものであり、それと最も臨床的に関連する要素は、化学療法の２～１０日後の間に生じる好中球減少症である。これは、化学療法の用量及びスケジュールを維持する能力を妨害し、好中球減少性敗血症のリスクを生じさせるものであることから、その臨床的意義は重大である。したがって、ＳＳＩは、好中球減少症に対する予防または治療として、骨髄抑制性化学療法を受けている患者に投与され得るものであり、例えば、化学療法のサイクル間に１日おきに投与される。
実施例２５：患者におけるＰＤ１マーカー及びＰＤＬ１マーカー
この実施例では、新生物疾患におけるＰＤ１及びＰＤＬ１の発現を下方調節するように作用するＳＳＩの効力を示す臨床データが示される。このことは、ＳＳＩ効力のマーカーとしてＰＤ１及びＰＤＬ１が使用されることも示しており、実施例２３におけるＮＫＧ２Ｄマウスモデルのデータを補強するものである。ＰＤ１（Ｔ細胞に発現する）及びそのリガンドであるＰＤ－Ｌ１がＴ細胞活性化の阻止及び病理学的な免疫抑制の媒介において役割を担うという知見を考慮すると、このことは有意義なことである。
ＫＰＮ ＳＳＩの肺癌臨床試験では、新生物発生前及び新生物という２つの異なる疾患群で６人の患者が参加した（６人の患者のうちの２人は新生物患者であった）。この実施例では、血液試料をフローサイトメトリーによって分析して得られたデータが示される。
表２１に示されるように、２人の新生物患者では、新生物発生前患者と比較してＰＤＬ１及びＰＤ１の発現が上昇していた。このことは、異なる細胞集団の割合として図５７の棒グラフに示され、図５８では、記載の特徴を有する細胞の相対数として示される。新生物患者（０１－００１及び０１－００２）は、新生物発生前患者と比較して、高いレベルでＰＤ１及びＰＤＬ１を発現しており、Ｍ１マクロファージのレベルは低い。
Figure 2023068095000040
ＳＳＩ治療を行うと、新生物患者では、ＰＤ１及びＰＤＬ１の発現が有意に減少し、Ｍ１（ＣＤ４５＋ＣＤ１４＋ＨＬＡ－ＤＲ＋ＣＤ８６＋）マクロファージ細胞の割合が有意に増加することが示された。図５９は、１日おきのＳＳＩ治療過程の間、１週目の４日目（Ｗ１Ｄ４）、１週目の５日目（Ｗ１Ｄ５）、２週目（Ｗ２）、４週目（Ｗ４）、１２週目（Ｗ１２）、及び１６週目（Ｗ１６）に、患者０１－００１（パネルＡ）及び患者０１－００２（パネルＢ）においてＰＤ－Ｌ１の発現が減少したことを示す。図６０は、これらの時点でこれらの患者においてＰＤ－１発現が減少したことを示す。図６１は、これらの時点でこれらの患者においてＭ１マクロファージの比率が増加したことを示す。示されるように、ＳＳＩ治療では、期間の経過に伴って、ＣＤ４５＋細胞（すべての白血球）でのＰＤＬ１の発現は減少し、ＣＤ３＋細胞（リンパ球）におけるＰＤ１の発現は減少し、血中のＭ１マクロファージ（ＣＤ４５＋ＣＤ１４＋ＨＬＡ－ＤＲ＋ＣＤ８６＋）は増加している。これらの患者では、１２週目（Ｗ１２）にＳＳＩ治療を中止しており、相対的なＭ２マクロファージ集団（ＣＤ１４＋ＣＤ１６３＋）は、一般に、治療を休止するまで減少し、その後にリバウンドすることがアッセイによって示された。
実施例２６：グランザイム及びパーフォリンの発現
この実施例では、Ｂ１６メラノーママウス肺モデルにおけるＳＳＩ用量と、腫瘍量と、グランザイムＡ、グランザイムＢ、及びパーフォリンの発現と、の間の関係性が示され、効果的なＳＳＩ治療では、腫瘍量の減少を伴いながらグランザイム及びパーフォリンのレベルが上昇するという証拠が示される。
Ｂ１６メラノーマ細胞をマウスに静脈内注射することでマウス肺癌モデルを得た。５つの群のマウス（ｎ＝５）の皮下に下記のものを注射した：プラセボ（生理食塩水）、１ｘＱＢＫＰＮ、１／５０ｘＱＢＫＰＮ、１／５００ｘＱＢＫＰＮ、または１／５０００ｘＱＢＫＰＮ（１ｘＫＰＮ ＳＳＩの一連の希釈物）。腫瘍接種前の１０日間、１日おきにＳＳＩを予防的に投与した。腫瘍の注射から１４日後にマウスを安楽死させるまで、ＳＳＩを１日おきにマウスに連続的に注射した。右肺下大静脈葉（ｒｉｇｈｔ ｌｕｎｇ ｐｏｓｔ－ｃａｖａｌ ｌｏｂｅ）を除去し、ＲＮＡｌａｔｅｒ（登録商標）に保管した。
小型ビーズミル（Ｑｉａｇｅｎ、カタログ番号８５６００）によって、溶解緩衝液においてマウスの右肺下大静脈葉全体をホモジナイズした。ＰｕｒｅＬｉｎｋ（登録商標）ＲＮＡ Ｍｉｎｉキット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号１２１８３０１８Ａ）を使用し、すべてのホモジナイズ物のＲＮＡを抽出した。Ｎａｎｏｄｒｏｐ（商標）分光光度計を使用することで、ＲＮＡの濃度及び純度を定量化した。ｉＳｃｒｉｐｔ ｃＤＮＡ合成キット（Ｂｉｏ－Ｒａｄ、カタログ番号１７０－８８９１）を使用し、１マイクログラムのＲＮＡを逆転写してｃＤＮＡとした。定量的ＰＣＲについては、反応プレートの各ウェルに５０ナノグラムのｃＤＮＡをロードした。ｃＤＮＡに加えて、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号４４４４５５４）、及びＴａｑＭａｎ（登録商標）遺伝子発現アッセイプローブをウェルに含めた。試料のグランザイムＡ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｍｍ０１３０４４５２＿ｍ１）、グランザイムＢ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｍｍ００４４２８３７＿ｍ１）、パーフォリン（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｍｍ００８１２５１２＿ｍ１）、チロシナーゼ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｍｍ００４９５８１７＿ｍ１）、及びＧＡＰＤＨ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｍｍ９９９９９９１５＿ｇ１）（ハウスキーピング遺伝子として）を定量化した。目的遺伝子（ＧＯＩ）については、２つ技術的反復検体をプレートに添加し、ハウスキーピング遺伝子については単一検体とした。
遺伝子発現の倍数変化の計算には、ｄｄＣｔ法を使用した。ＧＯＩについては技術的反復検体を平均化し、生物学的反復検体については、９５％信頼区間でＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７．００でＲＯＵＴ法を使用し、異常値の検定を行った。ＧｚｍＢ：１／５００ｘ－３及びＰｒｆ１：１／５００ｘ－３については、さらなる解析から技術的異常値を除外した。ｄＣｔ値は、Ｃｔ，ＧＯＩからＣｔ，ＧＡＰＤＨを差し引くことによって計算した。ｄｄＣｔ値は、試料のｄＣｔからプラセボ群の平均ｄＣｔを差し引くことによって計算した。倍数変化は、底を２としてｄｄＣｔの負の指数をとることによって計算した（２－ｄｄＣｔ）。それぞれの治療群の平均倍数変化は、９５％信頼区間で一元配置チューキー多重比較ＡＮＯＶＡ検定を使用し、その有意性を解析した。
図６２は、前述のアッセイの結果を示しており、ＱＢＫＰＮをさまざまな用量で投与し、１４日目に安楽死させたＢ１６接種マウスの肺における（Ａ）ＧｚｍＡ、ＧｚｍＢ、Ｐｒｆ１、及び（Ｂ）ＴｙｒのＲＴ－ｑＰＣＲの倍数変化が示される。Ｔａｑｍａｎ（登録商標）遺伝子発現アッセイは、マウスの右肺下大静脈葉から単離した５０ｎｇのｃＤＮＡに対して実施した。値は、ＧＡＰＤＨに正規化し、プラセボ群の遺伝子発現と比較した。プラセボ群は、生理食塩水を注射したマウスである。データ点は、平均値＋／－ＳＤである。ＧｚｍＢ－１／５００Ｘ及びＰｒｆ１－１／５００Ｘを除き、データ点はすべてｎ＝５であり、ＧｚｍＢ－１／５００Ｘ及びＰｒｆ１－１／５００Ｘは、ｄＣｔの異常値を除外してｎ＝４としたものである。有意性は、一元配置チューキー多重比較ＡＮＯＶＡ検定を使用して計算した。＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、及び＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。
この実施例の１つの態様によれば、ＳＳＩは、グランザイムＡ、グランザイムＢ、及びパーフォリンなどの、１つまたは複数のグランザイムまたはパーフォリンの発現増加を媒介するように、標的の臓器または組織において有効な投与レジメンで製剤化及び投与され得る。
実施例２７：異なるＰＲＲを刺激する異なるＳＳＩ
この実施例では、ＱＢＥＣＯ ＳＳＩとＱＢＫＰＮ ＳＳＩとの両方が複数のＰＲＲを活性化し、ＱＢＥＣＯ及びＱＢＫＰＮはそれぞれ、異なるＰＲＲを活性化することが示され、それぞれのＳＳＩについて、異なるＰＲＲレパートリーフィンガープリントが同定されている。
この実施例のこのデータは、単一のＰＲＲを有する細胞株においてＱＢＫＰＮ及びＱＢＥＣＯによるＰＲＲの活性化をアッセイして得たものである。使用した細胞株は、単一のヒトＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及びＴＬＲ９）、ＮＯＤ様受容体（ＮＯＤ１及びＮＯＤ２）、Ｃ型レクチン（デクチン１ａ、デクチン１ｂ、及びＭｉｎｃｌｅ）、またはＲｉｇ－１様受容体（ＲＩＧ－１及びＭＤＡ５）を発現するＨＥＫ２９３細胞株である。
図６３に示されるように、２つのＴＬＲ（ＴＬＲ２及びＴＬＲ４）が、ＱＢＥＣＯとＱＢＫＰＮとの両方によって高度に活性化された。１つのＴＬＲ（ＴＬＲ５）は、ＱＢＫＰＮのみによって高度に活性化された。１つのＰＲＲ（ＮＯＤ２）は、ＱＢＥＣＯ及びＱＢＫＰＮのいずれによっても中程度に活性化された。４つ（ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９）は、ＱＢＥＣＯのみによって中程度に活性化された一方で、２つ（デクチン１ａ、デクチン１ｂ）は、ＱＢＫＰＮのみによって中程度に活性化された。ＮＯＤ１、Ｍｉｎｃｌｅ、ＲＩＧ－１、及びＭＤＡ５は、ＱＢＥＣＯまたはＱＢＫＰＮのいずれによっても活性化されなかった。
ＴＬＲ２及びＴＬＲ４は、細胞膜に局在化しており、それぞれリポタンパク質及びＬＰＳを主に認識する。ＴＬＲ５は、フラゲリンに応答する細胞膜受容体である。ＲＮＡ／ＤＮＡを認識するＴＬＲの中で、ＴＬＲ３は、ＱＢＥＣＯによって若干活性化されたにすぎなかった（ＱＢＫＰＮでは活性化は生じなかった）。ＴＬＲ３は、主として、ウイルスＲＮＡに対するｄｓＲＮＡ受容体である。ＴＬＲ７及びＴＬＲ８は、エンドリソソームに位置し、これらのＴＬＲもまた、ＲＮＡ（細菌及びウイルスのもの）を認識するものであり、ＱＢＥＣＯのみによって活性化された。最後に、ＴＬＲ９は、ＣｐＧ－ＤＮＡを認識し、エンドリソソームに位置するものであり、このＴＬＲもまた、ＱＢＥＣＯのみによって活性化された。この状況を鑑みると、ＨＥＫ細胞が細菌をエンドリソソームに高度に取り込むという知見が存在しないことが関係している。したがって、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及びＴＬＲ９をＱＢＫＰＮが活性化しなかったことは、これらの受容体とＤＮＡ／ＲＮＡとが相互作用しなかったことに起因するものであり得る。Ｎｏｄ様受容体（ＮＬＲ）は、細胞質受容体である。ＮＯＤ１は、ＱＢＥＣＯまたはＱＢＫＰＮのいずれによっても活性化されなかったが、ＮＯＤ２（ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）を認識する）は、ＱＢＥＣＯとＱＢＫＰＮとの両方によって活性化された。その他の細胞質受容体であるＲＩＧ－１及びＭＤＡ５は、それぞれ短鎖のｄｓＲＮＡ及び長鎖のｄｓＲＮＡを認識するものであり、これらの受容体は、活性化されなかった。Ｃ型レクチン受容体（ＣＬＲ）は、細胞膜に位置し、糖質を主に認識する。Ｍｉｎｃｌｅは、ＱＢＫＰＮまたはＱＢＥＣＯのいずれによっても増加しなかった。デクチン１ａ及びデクチン１ｂは、主として、ベータ－グルカンに対する真菌受容体であるが、細菌の糖質もまた判別することができる。
棒グラフ（図６４）またはレーダーグラフ（図６５）のいずれかとしてグラフに描いても、全体的なＰＲＲレパートリーフィンガープリントが出現する。こうした結果はすべて、関連ＳＳＩの１／１０希釈物から得られており、吸光度値から負の対照が差し引かれている。
実施例２８：ウイルスＳＳＩ
この実施例では、ウイルスＳＳＩが誘導する免疫変化が細菌ＳＳＩのものと類似していることが示され、このことは、７日間のウイルスＳＳＩ治療の後の血中の免疫関連要因をＱＢＫＰＮ ＳＳＩ治療のものと比較することによって証明された。プラセボ、ＱＢＫＰＮ、または３つのウイルスＳＳＩモデル（狂犬病ワクチン、ネコの鼻気管炎－カリシウイルス感染症－汎白血球減少症のワクチン、及びイヌインフルエンザワクチン）でマウスを治療した。３０μＬの治療物を１日おきに皮下注射した。４回目のＳＳＩ注射（７日目）から２４時間後をエンドポイントとした。エンドポイント時点で血液を収集し、フローサイトメトリー用に染色することで、ＣＤ４５＋細胞に占める割合として血中の好中球及びＬｙ６ＣＨＩ単球の数を決定した。
図６６に示されるように、プラセボと比較すると、狂犬病ワクチン（死滅狂犬病ウイルス）によって、ＱＢＫＰＮ治療で見られるレベルと同等のレベルまで好中球レベルが増加した。図６７に示されるように、狂犬病ワクチン、Ｆｅｌ－Ｏ－Ｖａｃ（ネコの鼻気管炎－カリシウイルス感染症－汎白血球減少症のウイルス）、及びＮｏｂｉｖａｃ（イヌインフルエンザＨ３Ｈ８型ウイルス）での治療のすべてで、ＱＢＫＰＮ治療と同等のＬｙ６ＣＨＩ単球の増加が同様に生じた。
このデータは、ウイルス組成物から得られたＳＳＩが、細菌組成物から得られたＳＳＩと同様の免疫応答を誘導することを示している。ウイルスＳＳＩによって、ＱＢＫＰＮで生じるものと同等の応答が血中の好中球及びＬｙ６ＣＨＩ単球のレベルに生じることが実証されている。
実施例２９：がん抗原による増強
この実施例では、ＳＳＩをがん抗原と併用すると免疫応答が増強されることが示される。以下により詳細に示されるように、肺を標的とするＳＳＩ ＱＢＫＰＮは、腫瘍量の低減を媒介し、メラノーマ関連抗原（ｇｐ１００）との併用療法において使用されると、腫瘍量をさらに低減した。この作用は、がん抗原の使用に特異的であり、このことは、無関係な（免疫原性であるが、腫瘍とは関連しない）抗原が腫瘍量に影響を与えなかったという事実によって証明された。ＳＳＩがん抗原併用療法は、合剤化組成物としても、ＳＳＩと抗原との別々の注射としても、それらの両方で有効であった。このことは、免疫原性がん抗原に対する免疫応答を誘導するためのアジュバントとしてのＳＳＩの用途を証明するものである。
メラノーマ特異的抗原であるｇｐ１００と組み合わせたＱＢＫＰＮ ＳＳＩの抗腫瘍効力を、Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓが入手起源のＣ５７Ｂｌ／６マウスにおいて無関係な対照抗原であるＯＶＡ（ＳＩＩＮＦＥＫＬとも呼ばれる）と比較した。およそ－３１日目に、マウスにＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを感染（２．５ｘ１０５個細胞／マウス、イソフルランで麻酔をかけた後、経口滴下注入によって感染）させた後、休ませた。５～７日以内に、すべてのマウスがＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの負荷から完全回復した。－１０日目に、何匹かのマウスにＱＢＫＰＮ ＳＳＩの皮下注射を開始し、－１０日目から＋１２日目まで１日おきにマウスへの注射を行った。注射は、ＯＤが５．０の懸濁液０．０３ｍｌ用量で（本明細書の実施例に記載の典型的なプロトコールに従って）注射部位を循環して実施した。
－１０日目、－６日目、及び－４日目に、何匹かのマウスは、ＳＳＩとの同時混合、または離れた部位（項部）への皮下注射のいずれかで、記載の抗原及び／またはアジュバントでも治療した。ペプチドワクチンは、メラノーマ特異的抗原であるｇｐ１００２５－３３（ＫＶＰＲＮＱＤＷＬ、１００μｇ／マウス）、またはＯＶＡに由来する免疫原性対照抗原（ＯＶＡ２５７－２６４、ＳＩＩＮＦＥＫＬ、１００μｇ／マウス）からなるものを使用した。アジュバントは、市販のＣｐＧ（ＯＤＮ １５８５ ＶａｃｃｉＧｒａｄｅ、３０μｇ／マウス（皮下注射））からなるものを使用した。０日目に、Ｂ１６メラノーマ（３ｘ１０５個細胞／マウス（静脈内注射））をマウスに負荷した。＋１４日目に、マウスを屠殺し、表面転移の数を数え、脾臓及び血液を収集した。脾細胞は、それぞれの群内でプールした。ｇｐ１００２５－３３、ＯＶＡ２５７－２６４、または対照ペプチド（インフルエンザＮＰ３６６－３７４）（ペプチドはすべて１０μｇ／ｍｌ）と共に脾細胞（１ｘ１０６個細胞／ウェル）を５日間培養した後、免疫原性の読み取り項目として上清のＩＦＮ－γを（特異的ＥＬＩＳＡによって）評価した。血液は、ヘパリン含有チューブに収集した後、遠心分離することで細胞を除去した。ＥＬＩＳＡ（ＲＮＤ Ｓｙｓｔｅｍｓ ＤｕｏＳｅｔＤＹ４８５、検出限界３１．２ｐｇ／ｍｌ）は、製造者のプロトコールに従って実施した。すべての試料に対して技術的反復検体（ｎ＝３）でＥＬＩＳＡを実施することで、それぞれの培養条件（再刺激した脾細胞）または動物（血清分析）についてのサイトカイン値を得た。サイトカインデータは、群平均値＋／－標準偏差として報告される。統計学的差異は、独立Ｔ検定（ＧｒａｐｈＰａｄ ＰＲＩＳＭ）によって評価した。
図６８に示されるように、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに事前曝露したマウスのＱＢＫＰＮ治療では、肺における転移様Ｂ１６メラノーマが有意（ｐ＜０．０００１）に減少した。マウス系においてアジュバントを伴わないワクチンに対する応答が相対的に不足していたことと一致して、アジュバントを伴わないがん抗原（ｇｐ１００）の投与は、有意な作用を有さなかった。アジュバント（ＣｐＧ）を伴うがん抗原の投与では、腫瘍量が減少したが（ｐ＝０．００２３）、その程度は、ＳＳＩ単独と比較して低かった。ＱＢＫＰＮ ＳＳＩをｇｐ１００（腫瘍関連抗原）と組み合わせると、ＱＢＫＰＮ単独と比較して有意（ｐ＜０．０５）に抗腫瘍効力が増進した。合剤として使用したＳＳＩ／抗原の組み合わせと、別々の注射として使用したＳＳＩ／抗原の組み合わせと、を比較すると、それらの間の抗腫瘍効力に統計学的差異は存在しなかった。ＳＳＩを非特異的抗原（ＯＶＡ）と組み合わせると、ＱＢＫＰＮ ＳＳＩ単独のレベルを超えて抗腫瘍効力が増進することはなかった。
こうしたデータは、がんワクチンの効力を誘導／増進するためのアジュバントとしてＱＢＫＰＮ ＳＳＩが作用し得、このアジュバント作用が、合剤または別々の投与のいずれとしても利用し得ることを示している。こうした結果は、抗がん作用においてＳＳＩ（単独または抗原と組み合わせたもの）が、アジュバントを伴う抗原（ｇｐ１００＋ＣｐＧ）よりも優れていたことを証明するものである。このことと一致して、ＳＳＩ治療では、抗原を併用してもしなくても、ＩＦＮ－γの循環レベルが増進した。
実施例３０：ＳＴＩＮＧアゴニスト及びＳＳＩ
この実施例では、追加のＰＲＲアゴニスト（この場合はＳＴＩＮＧアゴニスト）で微生物ＳＳＩを増強すると、その効力が増進することが示される。こうした製剤は、微生物ＰＲＲアゴニストレパートリーが１つまたは複数の追加の異種ＰＲＲアゴニストで増強されたクラスの人工ＰＲＲアゴニストレパートリーを構成するものである。
ＳＴＩＮＧアゴニストである２’２’－ｃＧＭＡＰ（ｉｎＶｉｖｏＧｅｎ）と組み合わせたＱＢＫＰＮ ＳＳＩの抗腫瘍効力は、下記のように、Ｃ５７Ｂｌ／６マウスにおいて証明された。およそ－３１日目に、イソフルランで麻酔をかけた後、経口滴下注入によってＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（２．５ｘ１０５個細胞／マウス）をマウスに感染させた後、休ませた。５～７日以内に、すべてのマウスがＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの負荷から完全回復した。－１０日目に、何匹かのマウスにＱＢＫＰＮ ＳＳＩの皮下注射を開始し、－１０日目から＋１２日目まで１日おきにマウスへの注射を行った。注射は、ＯＤが５．０の懸濁液０．０３ｍｌ用量で注射部位を循環して実施した。－１０日目、－６日目、及び－４日目に、何匹かのマウスは、ＳＳＩとの同時混合、または離れた部位（項部）への皮下注射のいずれかで、ＳＴＩＮＧアゴニスト（２０μｌの生理食塩水に含めて行う１０μｇ／マウスの皮下注射）でも治療した。０日目に、腫瘍細胞（２．０ｘ１０５個細胞／マウス）の単一細胞浮遊液を尾静脈（静脈内）注射することによってＢ１６メラノーマをマウスに負荷した。＋１４日目に、ＥＬＩＳＡ用に血漿を収集した後、マウスを屠殺し、視認可能な転移の数を数え、記録した。血清は、ヘパリン含有チューブに収集した後、遠心分離することで細胞を除去した。ＥＬＩＳＡ（ＲＮＤ Ｓｙｓｔｅｍｓ ＤｕｏＳｅｔ ＤＹ４８５、検出限界３１．２ｐｇ／ｍｌ）は、製造者のプロトコールに従って実施した。すべての血漿試料に対して技術的反復検体（ｎ＝３）でＥＬＩＳＡを実施することで、それぞれの動物についてのサイトカイン値を得た。サイトカインデータは、群平均値＋／－標準偏差（マウス（ｎ＝７）／群）として報告される。統計学的差異は、独立Ｔ検定（ＧｒａｐｈＰａｄ ＰＲＩＳＭ）によって評価した。
図６９に示されるように、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに事前曝露したマウスのＱＢＫＰＮ治療では、肺における転移様Ｂ１６メラノーマが有意（ｐ＜０．０００１）に減少した。ＳＴＩＮＧアゴニスト単独の投与でもまた、腫瘍量が減少した（ｐ＝０．００３８）。ＳＳＩとＳＴＩＮＧアゴニストとを組み合わせると、腫瘍量がさらに減少し、無治療（ｐ＜０．０００１）、ＳＳＩ単独（ｐ＝０．０２０６）、またはＳＴＩＮＧアゴニスト単独（ｐ＝０．０００６）と比較して、ＳＳＩとアゴニストとを同時注射した後に腫瘍小結節の数が有意に減少した（図１）。同様に、ＳＳＩとＳＴＩＮＧアゴニストとでの同時治療（別々の注射部位）では、無治療（ｐ＜０．０００１）またはアゴニスト単独（ｐ＝００１６）と比較して、腫瘍量が減少した。
図７０に示されるように、ＳＳＩ治療とＳＴＩＮＧアゴニスト治療との両方で、ＩＦＮ－γの循環レベルが増進した（それぞれｐ＜０．０００１及びｐ＝０．００３８）。ＳＳＩとＳＴＩＮＧアゴニストとを組み合わせると、ＳＴＩＮＧアゴニストによる治療は１８日間行わなれていなかったにもかかわらず、サイトカインレベルはさらに増加した。併用治療後のサイトカインレベルは、単一の薬剤での治療と比較して統計学的に高かった。腫瘍量と血漿ＩＦＮ－γのレベルとの間には有意な逆相関が存在した。まとめると、このデータは、ＳＴＩＮＧアゴニストとＳＳＩとを使用する併用療法が有効であることを示している。
実施例３１：ＳＳＩ治療応答に対する遺伝子マーカー
この実施例では、ＳＳＩ治療での治療を受けているＩＢＤ対象の遺伝子解析が示され、ＳＳＩ治療に適した患者集団を同定するために、ＩＢＤと関連する遺伝子マーカーを使用することが示される。この実施例では、Ｉｎｆｉｎｉｕｍ Ｏｍｎｉ２．５－８ビーズチップでの遺伝子型判定に従って、ＩＢＤを有する４８人の対象、及び約２４０万の一塩基多型（ＳＮＰ）を解析の対象とした。こうした遺伝子解析に使用した評価項目はさまざまであり、臨床的応答に加えて、疾患活性の対象マーカーを使用するものも含めた。標準的な品質管理手法（コール頻度、マイナー対立遺伝子頻度、及びハーディ・ワインベルグ平衡試験を含む）に従い、合計１，２７１，６５５のＳＮＰが解析に利用可能であった。１１３の既知のＩＢＤ遺伝子座がチップに示され、品質管理を通過した。試験対象の中には、３１のクローン病（ＣＤ）症例及び１２の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）症例が含まれていた。
多くのＩＢＤ関連ＳＮＰは、名目有意性としてｐ＝０．０５を使用すると、ＩＢＤ症例におけるＳＳＩ治療の転帰と関連しており、こうした関連は、例えば、以下のものである：
ＣＤ表現型とＩＢＤ関連ＳＮＰ
・ＣＤにおいて最後に記録される応答（応答ありと応答なしとの比較）－ＦＡＳＬＧ、ＴＮＦＳＦ１８遺伝子に付随するＳＮＰは、関連が最上位であった（ｐ＝０．００３３）。
・同一のＦＡＳＬＧ、ＴＮＦＳＦ１８遺伝子座もまた、ＣＤ症例におけるＣＤＡＩの低下と関連していた（ｐ＝０．０１８）。
・ＣＤにおけるカルプロテクチンの低下は、以下の４つの遺伝子座に付随する多くのＳＮＰと関連していた：
○ＮＥＸＮ、ＦＵＢＰ１、ＤＮＡＪＢ４、ＧＩＰＣ２、ＭＧＣ２７３８２、
○ＡＴＦ４、ＴＡＢ１、
○ＩＬ２３Ｒ、
○ＩＬ８、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ３、ＰＦ４、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ２（すべてｐ＜０．０５）。
・ＣＲＰの８週間の低下は、ＮＯＴＣＨ２に付随するＳＮＰと関連していた（ｐ＝０．００２）。
ＵＣ表現型とＩＢＤ関連ＳＮＰ
・１６週間のメイヨースコア（Ｍａｙｏ ｓｃｏｒｅ）の低下は、以下のものに付随するＳＮＰと関連していた：
○ＨＮＦ４Ａ
○ＩＲＦＩ
○ＧＰＲ１２
○ｎｄ ＦＯＸＯ１（すべてｐ＜０．０５）
・ＨＮＦ４Ａ及びＧＰＲ１２もまた、１６週間の治療の後のＵＣにおけるＣＲＰの低下と関連している。
ＩＢＤ表現型とＩＢＤ関連ＳＮＰ
すべてのＩＢＤ症例における最終応答を総合すると、ＦＡＳＬＧ、ＴＮＦＳＦ１８が存在する遺伝子座に付随するＳＮＰとの関連性（ｐ＝０．０２）に加えて、ＪＡＫ２が存在する遺伝子座に付随するＳＮＰとの関連性（ｐ＝０．０４）も示された。
上記の表現型に対して、すべてＳＮＰをチップ横断的に解析したところ、表２２に要約される多くの関連性が明らかとなった：
Figure 2023068095000041
ＩＢＤと関連することが知られるすべてのＳＮＰに基づく累積的遺伝子－リスクスコア（ＧＲＳ；Ｊｏｓｔｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（１０）：ｅ７６３２８を参照のこと）を使用することで、図７１Ａに示されるように、ＳＳＩ治療に対するＣＤレスポンダーでは、１１２のＩＢＤ関連ＳＮＰ（以下に記載のもの）から得られたＧＲＳが非レスポンダーと比較して高いという高度に有意な関連性が存在することが同定された（ｐ＝２．４３ｘ１０－５）。こうしたＳＮＰの中で生ｐ値が０．０５未満の３つ（ｒｓ９２８６８７９、ｒｓ７５１７８１０、ｒｓ１７３９１６９４）のみを使用してもまた、図７１Ｂに示されるように、ＣＤレスポンダーとの有意な関連性（Ｐ値：１．３８５Ｅ－０４）が存在することが証明された。同様に、図７２に示されるように、非レスポンダーと比較して、ＵＣレスポンダーではＧＲＳが高く観測されるという関連性が存在しており（ｐ＝０．０１２）、これによって、上に要約したＣＤ表現型及びＧＲＳの知見の独立した検証が得られた。ＩＢＤと関連する遺伝子座の圧倒的大部分がＣＤとＵＣとの間で共有されていることを考慮すると、こうしたデータをすべてのＩＢＤ症例における累積的ＧＲＳとして統合することは妥当なことである。症例数は少ないものの、図７３に示されるように、ＧＲＳと、最終経過観察時の応答との間には非常に有意な関連性が存在する（ｐ＝８．１８ｘ１０－７）。
ＣＤ患者集団、ＵＣ患者集団、及びＩＢＤとして統合した患者集団において、累積的ＧＲＳと最終報告応答とに顕著な関連性が存在することは、ＩＢＤと関連する遺伝子マーカーが遺伝的に豊富に存在するＩＢＤ個体は、ＳＳＩに応答する可能性がより高いことを示している。さらに、こうした遺伝子変異の大部分が他の免疫介在性疾患と関連しているため、このことは、ＳＳＩで治療が行われるとき、ＩＢＤ以外の他の患者コホートにまでこの手法を拡張し得ることを示している。こうした知見は、ＳＳＩ治療に対して応答する可能性がより高いＩＢＤ対象などの対象を同定することが可能なことを示している。したがって、本発明の態様は、ＳＳＩ治療と関連するコンパニオン診断遺伝子試験アッセイの提供を含む。そのようなアッセイにおいて使用され得るＳＮＰ及び遺伝子座は、以下に示されるものである。
・２４３のＩＢＤ感受性ＳＮＰのリスト：ｒｓ１７４８１９５、ｒｓ３４８５６８６８、ｒｓ１１５８３０４３、ｒｓ６０２５、ｒｓ１０７９８０６９、ｒｓ７５５５０８２、ｒｓ１１６８１５２５、ｒｓ４６６４３０４、ｒｓ３１１６４９４、ｒｓ７５５６８９７、ｒｓ１１１７８１２０３、ｒｓ３５３２０４３９、ｒｓ１１３０１００８１、ｒｓ６１６５９７、ｒｓ７２４０１６、ｒｓ２０７３５０５、ｒｓ４６９２３８６、ｒｓ６８５６６１６、ｒｓ２１８９２３４、ｒｓ３９５１５７、ｒｓ４７０３８５５、ｒｓ５６４３４９、ｒｓ７７７３３２４、ｒｓ１３２０４０４８、ｒｓ７７５８０８０、ｒｓ１０７７７７３、ｒｓ２５３８４７０、ｒｓ１７０５７０５１、ｒｓ７０１１５０７、ｒｓ３７４０４１５、ｒｓ７９５４５６７、ｒｓ６５３１７８、ｒｓ１１０６４８８１、ｒｓ９５２５６２５、ｒｓ３８５３８２４、ｒｓ１７７３６５８９、ｒｓ９３１９９４３、ｒｓ７２３６４９２、ｒｓ７２７５６３、ｒｓ１７３９１６９４、ｒｓ６６７９６７７、ｒｓ３８９７４７８、ｒｓ９２８６８７９、ｒｓ１７２８９１８、ｒｓ１０８６５３３１、ｒｓ６７１６７５３、ｒｓ１２９９４９９７、ｒｓ６８３７３３５、ｒｓ１３１２６５０５、ｒｓ１００６５６３７、ｒｓ７７０２３３１、ｒｓ１７６９５０９２、ｒｓ１２６６３３５６、ｒｓ９２６４９４２、ｒｓ９４９１６９７、ｒｓ１３２０４７４２、ｒｓ２１２３８８、ｒｓ１０４８６４８３、ｒｓ８６４７４５、ｒｓ７０１５６３０、ｒｓ６６５１２５２、ｒｓ３７６４１４７、ｒｓ１６９６７１０３、ｒｓ２０６６８４７、ｒｓ２９４５４１２、ｒｓ２０２４０９２、ｒｓ４８０２３０７、ｒｓ５１６２４６、ｒｓ２２８４５５３、ｒｓ１０７９７４３２、ｒｓ６４２６８３３、ｒｓ２８１６９５８、ｒｓ１０１６８８３、ｒｓ１７２２９２８５、ｒｓ９８４７７１０、ｒｓ３７７４９５９、ｒｓ１１７３９６６３、ｒｓ２５４５６０、ｒｓ６９２７０２２、ｒｓ７９８５０２、ｒｓ４７２２６７２、ｒｓ４３８０８７４、ｒｓ４７２８１４２、ｒｓ４８３９０５、ｒｓ５６１７２２、ｒｓ２８３７４７１５、ｒｓ１１１５０５８９、ｒｓ１７２８７８５、ｒｓ７２１００８６、ｒｓ１１２６５１０、ｒｓ６０８８７６５、ｒｓ６０１７３４２、ｒｓ１２１０３、ｒｓ３５６７５６６６、ｒｓ１２５６８９３０、ｒｓ１１２０９０２６、ｒｓ２６５１２４４、ｒｓ４８４５６０４、ｒｓ６７０５２３、ｒｓ４６５６９５８、ｒｓ１８０１２７４、ｒｓ２４８８３８９、ｒｓ７５５４５１１、ｒｓ３０２４５０５、ｒｓ６５４５８００、ｒｓ９２５２５５、ｒｓ１０４９５９０３、ｒｓ７６０８９１０、ｒｓ６７４０４６２、ｒｓ９１７９９７、ｒｓ２１１１４８５、ｒｓ１５１７３５２、ｒｓ２３８２８１７、ｒｓ３７４９１７１、ｒｓ４２５６１５９、ｒｓ３１９７９９９、ｒｓ２４７２６４９、ｒｓ７６５７７４６、ｒｓ２９３００４７、ｒｓ１１７４２５７０、ｒｓ１３６３９０７、ｒｓ４８３６５１９、ｒｓ２１８８９６２、ｒｓ６８６３４１１、ｒｓ１１７４１８６１、ｒｓ６８７１６２６、ｒｓ１２６５４８１２、ｒｓ１７１１９、ｒｓ９３５８３７２、ｒｓ１８４７４７２、ｒｓ６５６８４２１、ｒｓ３８５１２２８、ｒｓ６９２０２２０、ｒｓ１２１９９７７５、ｒｓ１８１９３３３、ｒｓ１４５６８９６、ｒｓ９２９７１４５、ｒｓ１７３４９０７、ｒｓ３８９０４、ｒｓ９２１７２０、ｒｓ１９９１８６６、ｒｓ１０７５８６６９、ｒｓ４７４３８２０、ｒｓ４２４６９０５、ｒｓ１０７８１４９９、ｒｓ１２７２２５１５、ｒｓ１０４２０５８、ｒｓ１１０１００６７、ｒｓ２７９０２１６、ｒｓ１０７６１６５９、ｒｓ２２２７５６４、ｒｓ１２５０５４６、ｒｓ６５８６０３０、ｒｓ７９１１２６４、ｒｓ４４０９７６４、ｒｓ９０７６１１、ｒｓ１０８９６７９４、ｒｓ１１２３０５６３、ｒｓ４２４６２１５、ｒｓ５５９９２８、ｒｓ２２３１８８４、ｒｓ２１５５２１９、ｒｓ６５９２３６２、ｒｓ６３０９２３、ｒｓ１１６１２５０８、ｒｓ１１５６４２５８、ｒｓ１１１６８２４９、ｒｓ７１３４５９９、ｒｓ１７０８５００７、ｒｓ９４１８２３、ｒｓ９５５７１９５、ｒｓ１９４７４９、ｒｓ４８９９５５４、ｒｓ８００５１６１、ｒｓ１７２９３６３２、ｒｓ７４９５１３２、ｒｓ５２９８６６、ｒｓ７４０４０９５、ｒｓ２６５２８、ｒｓ１０５２１３１８、ｒｓ３０９１３１６、ｒｓ１２９４６５１０、ｒｓ１２９４２５４７、ｒｓ１２９２０５３、ｒｓ１８９３２１７、ｒｓ７２４０００４、ｒｓ７２７０８８、ｒｓ１１８７９１９１、ｒｓ１７６９４１０８、ｒｓ１１６７２９８３、ｒｓ６１４２６１８、ｒｓ４９１１２５９、ｒｓ１５６９７２３、ｒｓ９１３６７８、ｒｓ２５９９６４、ｒｓ６０６２５０４、ｒｓ２８２３２８６、ｒｓ２８３６８７８、ｒｓ７２８２４９０、ｒｓ２２６６９５９、ｒｓ２４１２９７０、ｒｓ２４１３５８３、ｒｓ２６４１３４８、ｒｓ７５１７８１０、ｒｓ１２６０３２６、ｒｓ７４３８７０４、ｒｓ１００６１４６９、ｒｓ２５０３３２２、ｒｓ５７４３２８９、ｒｓ６６６７６０５、ｒｓ１４４００８８、ｒｓ３７７４９３７、ｒｓ４７７５１５、ｒｓ１１８２１８８、ｒｓ１７７８０２５６、ｒｓ１１０８３８４０、ｒｓ３７６６６０６、ｒｓ１３４０７９１３、ｒｓ６７０８４１３、ｒｓ２４５７９９６、ｒｓ１００５１７２２、ｒｓ４９７６６４６、ｒｓ７７４６０８２、ｒｓ３８９１１、ｒｓ１３２７７２３７、ｒｓ２２２７５５１、ｒｓ７０９７６５６、ｒｓ１２７７８６４２、ｒｓ１１２２９５５５、ｒｓ１７４５３７、ｒｓ５６８６１７、ｒｓ２２２６６２８、ｒｓ５６６４１６、ｒｓ１１０５４９３５、ｒｓ３７４２１３０、ｒｓ１５６９３２８、ｒｓ２３６１７５５、ｒｓ３０９１３１５、ｒｓ１６５４６４４、ｒｓ４２４３９７１、ｒｓ６０８７９９０、ｒｓ６０７４０２２、ｒｓ５７６３７６７。
・図７１ＡのＧＲＳを一緒に生成した１１２のＳＮＰのサブセット：ｒｓ１００６５６３７、ｒｓ１０１６８８３、ｒｓ１０４２０５８、ｒｓ１０５２１３１８、ｒｓ１０７５８６６９、ｒｓ１０７７７７３、ｒｓ１０７８１４９９、ｒｓ１０８６５３３１、ｒｓ１０８９６７９４、ｒｓ１１０５４９３５、ｒｓ１１０８３８４０、ｒｓ１１１５０５８９、ｒｓ１１１６８２４９、ｒｓ１１２０９０２６、ｒｓ１１５８３０４３、ｒｓ１１６７２９８３、ｒｓ１１７３９６６３、ｒｓ１１７４２５７０、ｒｓ１１８２１８８、ｒｓ１２６０３２６、ｒｓ１２７７８６４２、ｒｓ１３２０４０４８、ｒｓ１３２７７２３７、ｒｓ１５１７３５２、ｒｓ１５６９７２３、ｒｓ１６５４６４４、ｒｓ１７０８５００７、ｒｓ１７１１９、ｒｓ１７２２９２８５、ｒｓ１７２８９１８、ｒｓ１７３４９０７、ｒｓ１７３９１６９４、ｒｓ１７４８１９５、ｒｓ１７７８０２５６、ｒｓ１８０１２７４、ｒｓ１８４７４７２、ｒｓ１８９３２１７、ｒｓ１９４７４９、ｒｓ２０２４０９２、ｒｓ２１１１４８５、ｒｓ２１２３８８、ｒｓ２１５５２１９、ｒｓ２１８８９６２、ｒｓ２１８９２３４、ｒｓ２２２７５５１、ｒｓ２２３１８８４、ｒｓ２４１３５８３、ｒｓ２４７２６４９、ｒｓ２６４１３４８、ｒｓ２６５１２４４、ｒｓ２６５２８、ｒｓ２８１６９５８、ｒｓ２８２３２８６、ｒｓ２８３６８７８、ｒｓ２９３００４７、ｒｓ３０２４５０５、ｒｓ３５３２０４３９、ｒｓ３７４２１３０、ｒｓ３７６４１４７、ｒｓ３７６６６０６、ｒｓ３８９０４、ｒｓ３９５１５７、ｒｓ４２４３９７１、ｒｓ４４０９７６４、ｒｓ４６９２３８６、ｒｓ４７２８１４２、ｒｓ４７７５１５、ｒｓ４８０２３０７、ｒｓ４８３６５１９、ｒｓ４８３９０５、ｒｓ４９７６６４６、ｒｓ５１６２４６、ｒｓ５５９９２８、ｒｓ５６４３４９、ｒｓ５６６４１６、ｒｓ５６８６１７、ｒｓ６０１７３４２、ｒｓ６０８８７６５、ｒｓ６１６５９７、ｒｓ６４２６８３３、ｒｓ６６５１２５２、ｒｓ６６６７６０５、ｒｓ６８５６６１６、ｒｓ６８６３４１１、ｒｓ６９２０２２０、ｒｓ７０９７６５６、ｒｓ７１３４５９９、ｒｓ７２１００８６、ｒｓ７２３６４９２、ｒｓ７２４０００４、ｒｓ７２４０１６、ｒｓ７２８２４９０、ｒｓ７４９５１３２、ｒｓ７５１７８１０、ｒｓ７７０２３３１、ｒｓ７７５８０８０、ｒｓ８６４７４５、ｒｓ９１７９９７、ｒｓ９２１７２０、ｒｓ９２５２５５、ｒｓ９２６４９４２、ｒｓ９２８６８７９、ｒｓ９２９７１４５、ｒｓ９３１９９４３、ｒｓ９４１８２３、ｒｓ９４９１６９７、ｒｓ９８４７７１０、ｒｓ１２１９９７７５、ｒｓ１２６５４８１２、ｒｓ１２９２０５３、ｒｓ２２２７５６４、ｒｓ３１９７９９９、ｒｓ６０７４０２２。
前述の１１２のＳＮＰのサブセットでは、表２３Ａ及び表２３Ｂに示されるように、ＳＳＩ治療に対する応答との関連性がさまざまな程度で示され、こうした関連性によって、それぞれのＳＮＰに対する関連対立遺伝子、及びその対立遺伝子とＳＳＩ応答との関連性を反映するオッズ比が明らかにされている。表２３Ａでは、１を超えるオッズ比は、示される対立遺伝子がＳＳＩ治療に対する応答と正に関連することが示され、１未満のオッズ比は、代替の対立遺伝子がＳＳＩ治療に対する応答と正に関連しており、この表に示される対立遺伝子はＳＳＩ治療に対する応答と負に関連することが示される。表２３Ｂでは、表２３Ａでは負のオッズ比が、その代替の対立遺伝子に対する正のオッズ比に変換されており、その結果、すべてのオッズ比が１を超え、応答対立遺伝子は、ＳＳＩ治療に対する応答と関連する対立遺伝子である。
Figure 2023068095000042
Figure 2023068095000043
Figure 2023068095000044
Figure 2023068095000045
Figure 2023068095000046
Figure 2023068095000047
前述の１１２のＳＮＰのサブセットの中で、多くのものが特定の臨床効力マーカーと個別に関連しており、そして、こうしたＳＮＰは、遺伝子と空間的に関連しており、その結果、表２４に示されるように、こうした遺伝子と関連する代替のマーカー（ＳＮＰなど）もまた、ＳＳＩ効力のマーカーとして役立ち得るものである。
Figure 2023068095000048
前述のＩＢＤ関連ＳＮＰは、遺伝子と空間的に関連しており（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．４７．９（Ｓｅｐｔ．２０１５）：ｐ９７９）、その結果、表２５に示されるように、こうした遺伝子と関連する代替のマーカー（ＳＮＰなど）もまた、ＳＳＩ効力のマーカーとして役立ち得るものである：
Figure 2023068095000049
Figure 2023068095000050
前述のＩＢＤ関連ＳＮＰは、遺伝子と空間的に関連しており（Ｊｏｓｔｉｎｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０１２；４９１：１１９－１２４）、その結果、表２６に示されるように、こうした遺伝子と関連する代替のマーカー（ＳＮＰなど）もまた、ＳＳＩ効力のマーカーとして役立ち得るものである：
Figure 2023068095000051
前述のＩＢＤ関連ＳＮＰは、遺伝子と空間的に関連しており（Ｊｏｓｔｉｎｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０１２；４９１：１１９－１２４）、その結果、表２７ａに示されるように、こうした遺伝子と関連する代替のマーカー（ＳＮＰなど）もまた、ＳＳＩ効力のマーカーとして役立ち得るものである：
Figure 2023068095000052
Figure 2023068095000053
遺伝子座のペアの間の相関係数は、ｒ二乗（ｒ２）という用語によって反映され得るものであり、これは、代替の遺伝子マーカーが同様の診断情報または予後情報を与える程度の尺度として使用され得る。ｒ２の値の範囲は、０～１である（２つのマーカーが同一の情報を与えるときに１となり、それらが完全平衡にあるときに０となる）。慣習的に、ｒ２＞０．８のマーカーは、連鎖不平衡が高いと考えられ得、その結果、こうしたマーカーは、同様の診断情報または予後情報を与え得る。したがって、本明細書に記載のアッセイの態様は、上記のマーカーと連鎖不平衡にあり、例えば、ｒ２＞０．７、ｒ２＞０．８、ｒ２＞０．９、またはｒ２＞０．９５であるマーカーの使用を含む。さらに、関連情報を与えるマーカーは、ゲノムにおける物理的近接性によって特徴付けられ得るものであり、こうしたマーカーは、例えば、互いに１Ｍｂｐ以内（例えば、互いに５０Ｋｂ以内、６０Ｋｂ以内、７０Ｋｂ以内、８０Ｋｂ以内、９０Ｋｂ以内、１００Ｋｂ以内、２００Ｋｂ以内、３００Ｋｂ以内、４００Ｋｂ以内、または５００Ｋｂ以内）に存在する。
前述の内容によれば、「遺伝子ＳＳＩ応答マーカー」は、遺伝子バイオマーカーを意味し、それが存在することは、ＳＳＩでの治療に応答する確率と相関する。遺伝子ＳＳＩ応答マーカーの例は、この実施例に開示されており、ＩＢＤ患者におけるＳＳＩに対する応答との相関を証明するものである。遺伝子ＳＳＩ応答マーカーは、幅広い範囲のゲノムアッセイによって検出され得るものであり、例えば、特定のゲノム対立遺伝子と関連するタンパク質アイソフォームなどの、ゲノムの転写産物または翻訳産物を調べるアッセイによっても検出され得る。同様に、ＳＳＩ治療に対する応答の生化学的指標を与える「生化学的ＳＳＩ応答マーカー」が本明細書に開示されており、こうしたものには、例えば、細胞集団の時間的変化もしくは特定の変化、または生物学的に関連する分子の存在量もしくは濃度が含まれる。生化学的ＳＳＩ応答マーカー及び遺伝子ＳＳＩ応答マーカーは、ＳＳＩ治療との関連では、例えば、一般的なＩＢＤ、またはクローン病及び潰瘍性大腸炎などのＩＢＤの特定の形態に対する診断指標または予後指標として使用され得る。遺伝子ＳＳＩ応答マーカーの例は、表２７ｂ、ならびに表２３～２６に示される。
Figure 2023068095000054
実施例３２：ＰＲＲ受容体標的
この実施例では、代替のＳＳＩの標的となるＰＲＲ受容体の解析が示される。
表２８：選択ＳＳＩ（ＱＢＫＰＮ、ＱＢＥＣＯ、及びＱＢＳＡＵを含む）によって刺激されるＰＲＲのリスト。ＰＲＲが「任意選択」である場合、これは、実施形態によっては、該当ＰＲＲに対するアゴニストを含むように設計され得ることを示す。
Figure 2023068095000055
Figure 2023068095000056
Figure 2023068095000057
Figure 2023068095000058
Figure 2023068095000059
したがって、選択的な実施形態では、標的組織の微生物病原体に由来する微生物ＰＲＲアゴニストを使用し、ＰＲＲの選択サブセットを標的とするＳＳＩ治療が提供される。例えば、標的組織において自然応答を誘発するための使用を目的として、少なくとも選択数の異なるＰＲＲに対する微生物アゴニストを含む免疫原性組成物が提供され、こうしたＰＲＲアゴニストは、標的組織において選択的に病原性を有する単一種の微生物に由来する微生物成分である。アゴニストが標的とする異なるＰＲＲの数は、例えば、５～２５の数であるか、または少なくともその範囲内の整数であり得、例えば、少なくとも５、少なくとも６などである。異なるＰＲＲは、例えば、表２８、表２９、及び／または表３０に示されるＰＲＲから選択され得る。
実施例３３：ＳＳＩ治療のサイトカインマーカー
この実施例では、ＳＳＩ治療のさまざまな側面を示すサイトカインマーカーの指標が提供される。このデータは、６８人の患者を含む無作為化プラセボ対照試験において、ＱＢＥＣＯでのＳＳＩ治療を受けているクローン病患者のコホートに由来する４２のサイトカイン／ケモカインをベースライン、４週目、８週目、１６週目、及び２４週目の時点で解析したものを反映している。
ＱＢＥＣＯ曝露に伴うサイトカイン変化
ＱＢＥＣＯ曝露によって、８週と１６週との両方の時点でＩＬ－１８及びＩＰ－１０が増加した。ＩＬ－１８の血清レベルは、８週目の時点で、ＱＢＥＣＯで治療した患者と、プラセボで治療した患者とを比較すると、最も有意な差があることが示された（中央変化値２４ｐｇ／ｍＬ、補正ｐ＝０．０２５６）（図７４）。ＩＬ－１８のこの増加は、１６週目の時点でも明らかであった。有意差が示された第２の血清バイオマーカーは、ＩＦＮγ誘導性タンパク質１０（ＩＰ－１０（ＣＸＣＬ１０としても知られる））であり、これは、ＱＢＥＣＯに曝露した患者において、８週目（中央変化値７ｐｇ／ｍＬ、補正ｐ＝０．０３６）と、１６週目（中央変化値２２ｐｇ／ｍＬ、補正ｐ＝０．０１５１）との両方の時点でより大きく増加した。
血管内皮増殖因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）は、８週目になった時点でＱＢＥＣＯ群において幾分かの増加を示したが（中央変化値１４ｐｇ／ｍＬ、補正ｐ＝０．０４８３）、この差は、１６週目の治療終了時点で失われた。ベースラインから８週間のＱＢＥＣＯ曝露にかけて、多くの他の免疫因子が強い増加傾向を示し、こうした免疫因子には、顆粒球コロニー刺激因子（ＧＣＳＦ）、ＩＦＮγ、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－６、ＩＬ－７、及びトランスフォーミング増殖因子－α（ＴＧＦα）が含まれていた。
１６週目の後に患者の治療をすべて終了し、２４週目に再び患者を評価したところ、上昇したままの血清免疫因子はなく、このことは、ＱＢＥＣＯに対する免疫応答性を治療中に評価するためには、こうしたバイオマーカーが最も役立つことを示している。
臨床的応答と関連する血清バイオマーカーサイトカインの濃度変化
経時的な免疫変化のいずれかが臨床転帰と関連したのかどうかということを評価するために、ＱＢＥＣＯ曝露患者（Ｎ＝４２、ＱＢＥＣＯへと最初に無作為化した患者と、８週目にプラセボから切り替えた患者とを含む）において副次的解析を実施した。非レスポンダーと比較して、臨床的な応答及び寛解を示した患者の中でのＩｌ－１８の増加は少なかった。非レスポンダーと比較して、臨床的な応答及び寛解を示した患者の中でのＩＰ－１０の増加は少なかった。非レスポンダーと比較して、レスポンダーでは、ＩＦＮγ、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１７Ａ、及びＴＧＦαが有意差を伴って経時的に増加することが示された。具体的には、８週目の時点で、非レスポンダーと比較して、ＱＢＥＣＯに対する臨床的応答が生じた患者では、ＩＦＮγ、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１７Ａ、及びＴＧＦαが経時的に大きく増加した（補正ｐ＝０．０３４４）（図７５）。
臨床的応答と関連するベースライン血清免疫因子
エオタキシン１が少ないことは、ＱＢＥＣＯ治療に応答して寛解が生じることを予測するバイオマーカーであった。具体的には、エオタキシン－１（Ｃ－Ｃケモカイン１１）のベースライン血清レベルは、臨床的寛解と最も強い関連性（補正ｐ＝０．００１６）を有しており、ベースラインのレベルがより高い患者は、ＱＢＥＣＯ治療で８週目までに臨床的寛解に至る可能性は低かった（図７６）。多重比較について補正した後には統計学的有意性を得るには至らなかったものの、ベースラインのＩＬ－１０及びＩＬ－１２ｐ４０がより高い患者もまた、８週目までにＱＢＥＣＯ治療に対する臨床的応答が生じる可能性は低かった（図７６）。
Ｒｅｍｉｃａｄｅ（商標）またはＨｕｍｅｒａ（商標）などのＴＮＦα阻害剤に対する曝露歴を有する患者は、８週間のＱＢＥＣＯ治療の後に臨床的寛解または臨床的応答が生じる可能性が低かったことが試験結果によって示されている。このことが、免疫機能障害が重症化し得る群の治療をより難しくしており、生じ得るこの重症化は、こうした免疫抑制剤に対する当該群の曝露歴、及び／または当該群の病状の性質に起因するものである。臨床転帰と関連する免疫因子の平均ベースライン血清レベルを、ＴＮＦα阻害剤に対する曝露歴によって層別化すると、このことを支持する証拠が得られる。ＱＢＥＣＯに対する患者応答と逆相関するベースライン血清免疫因子（エオタキシン－１、ＩＬ－１０、及びＩＬ－１２ｐ４０）は、抗ＴＮＦα治療に対する曝露歴を有する患者では、曝露歴を有さない患者と比較して高かった（表３１）。
Figure 2023068095000060
抗ＴＮＦαにナイーブな患者における高い応答率及び寛解率
抗ＴＮＦαにナイーブな患者では、８週間のＱＢＥＣＯ ＳＳＩでの治療の結果、プラセボ対照の２７％と比較して、６４％という統計学的に有意な応答率が得られた（ｐ＝０．０４１）。８週間の治療の後の臨床的寛解率もまた、５０％という優れたものであり、プラセボの寛解率である２３％と比較して２倍を超えるものであった（ｐ＝０．１６）。臨床的な応答率及び寛解率は、標準的なクローン病活動指数（ＣＤＡＩ）を使用して評価し、７０ポイント以上のＣＤＡＩの減少（応答）及び１５０ポイント以下のＣＤＡＩスコアの減少（寛解）として定義した。抗ＴＮＦαにナイーブな患者には、例えば、免疫抑制剤であるＲｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）、Ｈｕｍｉｒａ（登録商標）、Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）、及びＳｉｍｐｏｎｉ（登録商標）での治療歴を有さない患者が含まれる。ＴＮＦα阻害剤での治療歴を有し、１６週間のＳＳＩ治療を完了した患者の４０％が寛解しており、このことは、より困難なこの患者群が、治療期間を長くすればＱＢＥＣＯ ＳＳＩに応答し得ることを示している。
８週間の治療によって患者がＱＢＥＣＯに応答する可能性を評価するための複合予測モデルの構築
正規化ロジスティック回帰モデル化手法は、応答との関連性が最も強い変数を同時に選択し、それらの変数に最適に重み付けを行うことで予測スコアを得る手法であり、この手法を使用することで、ベースラインバイオマーカー尺度（すなわち、サイトカイン、ケモカイン、及び増殖因子を含む４２の免疫因子）と、ベースライン臨床特徴及びベースライン人口統計特徴と、の両方を含めて複合予測モデルを構築した。後者に利用可能な変数として、登録年、無作為化時の年齢、診断時の年齢、診断から無作為化までの期間、性別、人種（コーカサス人種であるか否か）、場所（バンクーバーであるか否か）、抗ＴＮＦα治療歴、クローン病活動指数（ＣＤＡＩ）のベースラインスコア、便中カルプロテクチンのベースラインレベル、及びＣ反応性タンパク質のベースラインレベルを含めた。
モデル適合において生じる潜在的な過大推定に対する補正を行うために、「楽観補正（ｏｐｔｉｍｉｓｍ－ａｄｊｕｓｔｅｄ）」受診者動作特性曲線下面積（ＡＵＲＯＣ）を作成した。したがって、この「楽観補正（ｏｐｔｉｍｉｓｍ－ａｄｊｕｓｔｅｄ）」ＡＵＲＯＣは、将来の独自データに対して、より容易かつ確実に適用することができる。
この実施例の解析に示されるように、ベースライン血清エオタキシン－１が高いことは、８週間のＱＢＥＣＯ治療の後の臨床的応答に対する最も強い負のバイオマーカー予測変数であり、作成したすべてのモデルにこれを含めた。臨床／人口統計変数の中で、性別（女性の方がＱＢＥＣＯ治療に応答する可能性が高かった）及び抗ＴＮＦα治療歴（曝露歴を有する者の方がＱＢＥＣＯに応答する可能性が低かった）が最も強い予測変数であった。表３２は、作成した異なるモデルを要約したものである。典型的な商業的バイオマーカー標準では、予測モデルの実用化には、ＡＵＲＯＣ＞７であることが必要である。楽観補正を行った後、このデータから得られた複合モデルでは、下記の変数を含めた予測値がこのレベルを達成した：性別、ＴＮＦα治療歴、ならびにエオタキシン－１、ＧＲＯα（ＣＸＣＬ１（好中球ケモカイン）とも呼ばれる）、ＩＬ－１０、ＰＤＧＦ ＡＡ、及びＲＡＮＴＥＳ（ＣＣＬ５（活性化Ｔ細胞、好酸球、好塩基球に対するケモカイン）とも呼ばれる）のベースラインレベル。あるいは、エオタキシン、ＧＲＯα、ＩＬ１０、ＰＤＧＦ ＡＡ、ＲＡＮＴＥＳ、性別、及び抗ＴＮＦα歴を使用して予測モデルを作成しても、高い信頼性で応答を予測し得る。
Figure 2023068095000061
解析
ＱＢＥＣＯ曝露に伴うサイトカイン変化：ＩＬ－１８（補正ｐ＝０．０１１（８週時点）及び０．０６７（１６週時点））ならびにＩＰ－１０（補正ｐ＝０．０３６（８週時点）及び０．０１５（１６週時点））では、ＱＢＥＣＯに対する曝露に伴って、実質的かつ統計学的に有意な増加が生じることが実証された。これら２つのサイトカインは、８週目の時点で、臨床的なレスポンダーと非レスポンダーとの比較（両方について補正ｐ＝０．０３２８）、ならびに臨床的寛解が生じた者と臨床的寛解が生じなかった者との比較（両方について補正ｐ＝０．０３６８）を行うと、有意に異なる経過をたどることも実証された。さらに、ＩＬ－１８は、ＱＢＥＣＯに無作為化された者とプラセボに無作為化された者との比較を行うと、有意に異なる経過をたどることが実証された（補正ｐ＝０．０２５６）。
転帰とのサイトカインの関連性：
エオタキシン－１のベースライン濃度は、ＱＢＥＣＯに曝露した対象の中で臨床転帰との関連性が最も強く、エオタキシン－１のベースライン濃度がより高い対象は、８週間のＱＢＥＣＯ曝露の後に臨床的寛解を達成する可能性がより高かった（補正ｐ＝０．００１６）。
複合バイオマーカー：
エオタキシン－１、ＧＲＯ－α、ＩＬ－１０、ＰＤＧＦ ＡＡ、及びＲＡＮＴＥＳのベースライン濃度に、性別及び抗ＴＮＦＡα曝露歴という臨床変数を組み合わせることで、有意に良好な８週間の臨床転帰の予測が得られた（応答については、楽観補正ＡＵＲＯＣ＝０．７０、９５％信頼区間［０．５９、０．８１］、寛解については、楽観補正ＡＵＲＯＣ＝０．７１、９５％信頼区間［０．６０、０．８２］）。このモデルでは、プラセボ群の対象に対する何らかの観察可能な予測能力を有していた（応答については、ＡＵＲＯＣ＝０．６７、９５％信頼区間［０．４５、０．８９］、寛解については、ＡＵＲＯＣ＝０．７０［０．４７，０．９３］）。
概要
ＱＢＥＣＯ ＳＳＩ治療は、ある特定のサイトカイン（ＩＬ－１８及びＩＰ－１０）を経時的に増加させることによって生物学的応答を誘発する。驚くべきことに、ＱＢＥＣＯ治療の後に両方のサイトカインが増加するが、レスポンダーである患者における増加は少なかった。したがって、投薬などの治療プロトコールを調整することでこの結果を達成し得る。
ＩＦＮｇ、ＩＬ－１２Ｐ７０、ＩＬ－１７Ａ、及びＴＧＦａは、非レスポンダーと比較して、レスポンダーでより増加した。したがって、投薬などの治療プロトコールを調整することでこの結果を達成し得る。ＴＧＦａは、例えば、粘膜治癒のマーカーとして使用し得る。
エオタキシン１のレベルが低いことは、患者がＳＳＩ治療により適していることの指標として使用し得る。
結論として：
・ベースラインから治療の８週目及び１６週目にかけての血清ＩＬ－１８の増加は、ＱＢＥＣＯ曝露／活性に対する（評価した４２のバイオマーカーの中で）最良のバイオマーカーであった。
・８週間のＱＢＥＣＯ治療の後に続くＩＦＮγ、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１７Ａ、及びＴＧＦαの血清レベルの上昇は、臨床的応答と関連していた。
・エオタキシン－１（ならびに程度は低いが、ＩＬ－１０及びＩＬ－１２ｐ４０）のベースラインレベルがより高いクローン病患者は、８週間の治療の後にＱＢＥＣＯに対する臨床的な応答または寛解が生じる可能性が低く、抗ＴＮＦα治療歴があると、こうした因子のレベルが高まり易くなり得、抗ＴＮＦαにナイーブな患者は、ＱＢＥＣＯ ＳＳＩ治療に適した異なるクローン病患者集団となる。
・ベースライン血清バイオマーカー及び臨床／人口統計データを含む複合モデルは、楽観補正の実施後（ＡＵＲＯＣ≧７）に、８週間のＱＢＥＣＯ治療に対する患者の応答可能性を予測することができると想定され、最終モデルの変数は、性別、抗ＴＮＦα治療歴、ならびにエオタキシン－１、ＧＲＯα、ＩＬ－１０、ＰＤＧＦ ＡＡ、及びＲＡＮＴＥＳのベースライン血清レベルを含む。
このバイオマーカー解析は、クローン病の個別化治療を提供することができる実行可能な予測複合モデルの作成を示す。このバイオマーカー解析は、単独で有用であるか、または本明細書に例示される遺伝子解析と組み合わせることで有用であり得、当該遺伝子解析では、遺伝子スコアの導出に基づき、レスポンダーと非レスポンダーとが有意に層別化されることが示された。
実施例３４：ＤＳＳ大腸炎モデル
この実施例では、化学的に誘導される大腸炎のマウスモデルから得られた結果が示され、このマウスモデルは、ＱＢＥＣＯ ＳＳＩ治療の効力を評価するために使用した。デキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）を含む飲料水をマウスに投与することでヒトの潰瘍性大腸炎を模倣する大腸炎を誘導した。この疾患モデルでは、マウスの１つのコホートは、ＤＳＳに７日間曝露し、第２のコホートは、ＤＳＳに７日間曝露した後、水に３日間曝露した。ＤＳＳ曝露の前の１０日間、マウスに対してＳＳＩの注射を１日おきに行った。ＤＳＳ曝露の間、１日おきのＳＳＩ注射を継続した。示されるように、ＱＢＥＣＯでのＳＳＩ治療では、体重減少の限定（図７７）、疾患重症度の低減（図７８）、及び粘膜バリア機能の維持（図７９）によって疾患重症度が寛解することが結果によって示されている。このモデルにおけるＱＢＥＣＯ ＳＳＩ治療の薬力学は、疾患を有さず、ＱＢＥＣＯまたはプラセボで治療したマウスにおける血中好中球（図８０）及び血中サイトカイン（図８１）のレベルによって示されており、ＱＢＫＰＮの薬物動態（図８２）を使用することで、ＱＢＥＣＯを含めて、ＳＳＩの薬物動態を一般にモデル化した（ＱＢＫＰＮ ＳＳＩは、蛍光標識してから、疾患を有さないマウスに皮下注射し、マウスは、４８時間にわたって異なる時点で採血した）。
実施例３５：組織バイオマーカー
この実施例では、マウスがんモデルから得られた結果が示され、ＳＳＩ治療に対する組織特異的バイオマーカーの応答が示される。図８３に示されるように、肺組織における遺伝子発現は、組織特異的なＳＳＩ応答がＣＸＣＬ１０（ＩＰ－１０）、ＣＣＬ２（ＭＣＰ－１）、及びＣＣＲ２に生じることを証明している。この実施例では、プラセボ、ＱＢＫＰＮ、またはＱＢＥＣＯで１日おきに１０日間マウスを治療した後、尾静脈注射を介して肺にＢ１６Ｆ１０腫瘍を移植した。腫瘍を移植した後、１日おきの治療を継続した。５日目（Ａ、Ｃ、Ｅ）または１７日目（Ｂ、Ｄ、Ｆ）にマウスを安楽死させた。したがって、代替の実施形態では、ＣＸＣＬ１０（ＩＰ－１０）、ＣＣＬ２（ＭＣＰ－１）、及び／またはＣＣＲ２は、例えば、生検組織試料アッセイにおいて、生化学的ＳＳＩ応答マーカーとして使用し得る。

Claims (73)

  1. 哺乳類宿主の標的組織における免疫調節異常を治療するための免疫原性組成物の使用であって、
    前記組成物が、前記標的組織において病原性の微生物性哺乳類病原体の哺乳類パターン認識受容体（ＰＲＲ）アゴニストシグネチャーの異なる部分を再現するＰＲＲアゴニストの人工レパートリーを含み、前記ＰＲＲアゴニストシグネチャーの前記異なる部分が、前記微生物性哺乳類病原体の天然のＰＲＲアゴニストシグネチャーのいずれとも異なり、哺乳類ＰＲＲアゴニストの前記人工レパートリーが、哺乳類宿主への投与後に組み合わさって提示されるように治療媒体において一緒に製剤化され、前記組成物が、少なくとも５つの異なる哺乳類ＰＲＲに対するアゴニストである、前記微生物性哺乳類病原体の成分を含み、前記組成物が、前記標的組織における自然免疫応答を調節するための使用を目的とする、前記使用。
  2. 前記治療媒体が、組換え微生物、前記組換え微生物の細胞画分、微生物細胞の細胞画分、微粒子、またはリポソームを含み、それぞれが、ＰＲＲアゴニストの前記人工レパートリーを一緒に構成する前記ＰＲＲアゴニストを与える、前記微生物性哺乳類病原体の成分を含む、請求項１に記載の使用。
  3. 前記組換え微生物が、前記ＰＲＲアゴニストの少なくとも１つの成分をコードする組換え遺伝子を含む、請求項２に記載の使用。
  4. 前記治療媒体が、前記組換え微生物の全死滅細胞または全弱毒化細胞を含む、請求項２または請求項３に記載の使用。
  5. 前記微生物細胞の前記細胞画分が、前記微生物性哺乳類病原体の単離細胞画分を含む、請求項２に記載の使用。
  6. 前記単離細胞画分が、細菌の外膜画分、細菌の内膜画分、微生物細胞成分の勾配遠心分離から得られるペレット、または染色体ＤＮＡのうちの１つまたは複数である、請求項５に記載の組成物。
  7. 前記ＰＲＲ及び前記対応するＰＲＲアゴニストが、以下の表に記載のものからなる群から選択される、請求項１～６のいずれか１項に記載の使用。
    Figure 2023068095000062
    Figure 2023068095000063
  8. 前記標的組織及び前記対応する微生物性哺乳類病原体が、以下の表に記載のものからなる群から選択される、請求項１～７のいずれか１項に記載の使用。
    Figure 2023068095000064
    Figure 2023068095000065
    Figure 2023068095000066
    Figure 2023068095000067
    Figure 2023068095000068
    Figure 2023068095000069
    Figure 2023068095000070
  9. 前記治療媒体が、ＧＭＣＳＦ、ビタミンＤ、ＮＯＨＡ、アルファ１アンチトリプシン、グルタチオン、イソプレノイド、またはα－ガラクトシルセラミドのうちの１つまたは複数をさらに含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の使用。
  10. 前記治療媒体が、前記ＰＲＲアゴニストを前記標的組織に送達するための使用を目的として製剤化される、請求項１～９のいずれか１項に記載の使用。
  11. 前記哺乳類宿主が、前記標的組織における前記免疫調節異常によって特徴付けられる疾患または病状に苦しんでいる、請求項１～１０のいずれか１項に記載の使用。
  12. 前記疾患が、がんまたは炎症性障害である、請求項１１に記載の使用。
  13. 前記疾患または病状が、尋常性ざ瘡、急性散在性脳脊髄炎、急性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、アレルギー、円形脱毛症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、自己免疫性貧血、溶血性貧血、悪性貧血、強直性脊椎炎、抗ＧＢＭ／ＴＢＭ腎炎、抗リン脂質抗体症候群、抗合成酵素症候群、側頭動脈炎（「巨細胞性動脈炎」としても知られる）、若年性関節炎、乾癬性関節炎、反応性関節炎（ライター症候群、ｒｅａ）、関節リウマチ、喘息、粥状動脈硬化、アトピー性アレルギー、アトピー性皮膚炎、自己免疫性腸疾患、自己免疫性再生不良性貧血、バロー病／バロー同心円性硬化症、バーター症候群、ベーチェット症候群、ベルジェ病、ビッカースタッフ脳炎、ブラウ症候群、慢性気管支炎、水疱性類天疱瘡、滑液包炎、自己免疫性心筋症、キャッスルマン病、セリアック病、慢性疲労症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性再発性多発性骨髄炎、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、原発性胆汁性肝硬変、コーガン症候群、寒冷凝集素症、大腸炎、補体第２成分欠損、混合性結合組織病、未分化結合組織病、ＣＯＰＤ（慢性閉塞性肺疾患）、頭部動脈炎、クレスト症候群、クリオグロブリン血症、クッシング症候群、皮膚白血球破砕性血管炎、間質性膀胱炎、涙腺炎、デゴス病、ダーカム病、皮膚炎、疱疹状皮膚炎、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、腎性尿崩症、１型糖尿病、びまん性皮膚全身性硬化症、円板状エリテマトーデス、憩室炎、ドレスラー症候群、月経困難症（生理痛／疼痛）、湿疹、子宮内膜症、腱付着部炎関連関節炎、好酸球性筋膜炎、好酸球性胃腸炎、後天性表皮水疱症、結節性紅斑、本態性混合型クリオグロブリン血症、エヴァンス症候群、進行性骨化性線維異形成症、線維筋痛症、線維性肺胞炎、萎縮性胃炎、胃腸類天疱瘡、巨細胞性動脈炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、急性痛風、関節炎痛風、グレーブス病、ギラン・バレー症候群（ＧＢＳ）、溶血性貧血、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、自己免疫性溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、自己免疫性肝炎、ウイルス性肝炎、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性炎症性脱髄疾患、特発性肺線維症、Ｉｇａ腎症、イレウス（腸閉塞）、封入体筋炎、炎症性腸疾患、クローン病、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、炎症性脱髄性多発神経炎、自己免疫性内耳疾患、間質性膀胱炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、若年性特発性関節炎、若年性関節リウマチ、川崎病、腎結石、ランバート・イートン筋無力症症候群、白血球破壊性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、線状ｉｇａ病（ＬＡＤ）、ルー・ゲーリック病（筋萎縮性側索硬化症とも称される）、ルポイド肝炎、ループス、エリテマトーデス、自己免疫性リンパ球増殖性症候群、マジード症候群、メニエール病、髄膜炎、顕微鏡的多発血管炎、ミラー・フィッシャー症候群、モルフェア、ムッハ・ハーベルマン病、多発性硬化症、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、封入体筋炎、腎炎、ネフローゼ症候群、視神経脊髄炎（デビック病とも称される）、神経性筋強直症、好中球減少症、骨髄抑制性化学療法によって引き起こされる好中球減少症、眼部瘢痕性類天疱瘡、眼炎症（眼の前部の急性及び慢性の無菌性炎症）、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、オード甲状腺炎（Ｏｒｄ ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、変形性関節症、骨パジェット病、回帰性リウマチ、自己免疫性膵炎、ＰＡＮＤＡＳ（連鎖球菌と関連する小児自己免疫性精神神経障害）、傍腫瘍性小脳変性症、パーキンソン病、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、パリー・ロンベルグ症候群、毛様体扁平部炎、パーソネージ・ターナー症候群、骨盤内炎症性疾患、天疱瘡、尋常性天疱瘡、非リウマチ性心膜炎、自己免疫性末梢神経障害、静脈周囲性脳脊髄炎（Ｐｅｒｉｖｅｎｏｕｓ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ）、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発動脈炎、再発性多発性軟骨炎、自己免疫性多内分泌腺症候群、リウマチ性多発筋痛症、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、原発性硬化性胆管炎、進行性炎症性神経障害、慢性前立腺炎、偽痛風、乾癬、乾癬、赤芽球癆、壊疽性膿皮症、ラスムッセン脳炎、レイノー現象、ライター症候群、下肢静止不能症候群、未熟児網膜症、後腹膜線維症、リウマチ熱、アレルギー性鼻炎、サルコイドーシス、シュミット症候群、シュニッツラー症候群、強膜炎、強皮症、全身性硬化症、シェーグレン症候群、脊椎関節症、スチル病、亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）、スザック症候群、スイート症候群、シデナム舞踏病、交感性眼炎、高安動脈炎、顎関節症（ＴＭＪＤもしくはＴＭＤ）、またはＴＭＪ症候群、自己免疫性血小板減少性紫斑病、特発性血小板減少性紫斑病、トロサ・ハント症候群、移植片拒絶、横断性脊髄炎、未分化脊椎関節症、蕁麻疹、自己免疫性ぶどう膜炎、非リウマチ性弁膜症、血管炎、白斑、及び／またはウェゲナー肉芽腫症である、請求項１１に記載の使用。
  14. 前記組成物が、ＰＤ１、ＰＤＬ１、ＩＰ－１０、ＭＩＧ、ＲＡＮＴＥＳ、好中球、Ｌｙ６Ｃ単球、及びＮＫＧ２Ｄからなる群から選択されるバイオマーカーの調節に有効な量で使用することを目的とする、請求項１～１３のいずれか１項に記載の使用。
  15. 前記組成物が、前記標的組織に存在する細胞におけるＰＤ１及び／またはＰＤＬ１の発現の下方調節に有効な量で使用することを目的とする、請求項１２に記載の使用。
  16. 前記治療媒体が、がん抗原をさらに含む、請求項１２または請求項１５に記載の使用。
  17. 前記治療媒体が、前記微生物性哺乳類病原体の成分ではない異種ＰＲＲアゴニストをさらに含む、請求項１～１６のいずれか１項に記載の使用。
  18. 前記組成物が、前記宿主における適応免疫応答を調節するための使用を目的とする、請求項１～１５のいずれか１項に記載の使用。
  19. 前記治療媒体が、前記標的組織ではない投与部位に対する投与を目的とする、請求項１～１８のいずれか１項に記載の使用。
  20. 前記投与部位が、皮膚または皮下組織である、請求項１９に記載の使用。
  21. 前記投与部位が、腸内である、請求項１９に記載の使用。
  22. 前記投与部位が、非腸内である、請求項１９に記載の使用。
  23. 前記投与部位が、気道である、請求項１９に記載の使用。
  24. 前記治療媒体が、投与後に前記ＰＲＲアゴニストが全身性に分布するように製剤化される、請求項１～２３のいずれか１項に記載の使用。
  25. 前記治療媒体が、投与期間にわたって複数の用量で投与され、前記投与期間が、少なくとも２週間である、請求項１～２４のいずれか１項に記載の使用。
  26. 前記用量が、毎日または１日おきに皮下投与される、請求項２５に記載の使用。
  27. 前記宿主が、ヒト患者である、請求項１～２６のいずれか１項に記載の使用。
  28. 前記患者が、免疫抑制状態または免疫無防備状態である、請求項２７に記載の使用。
  29. 前記患者が、老人患者である、請求項２７または請求項２８に記載の使用。
  30. 前記患者が、小児患者である、請求項２７または請求項２８に記載の使用。
  31. 宿主における免疫調節異常の治療方法であって、本明細書に記載の使用を目的として、請求項１～３０のいずれか１項に定義される治療媒体を前記宿主に有効量で投与することを含む、前記方法。
  32. Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｖａｒｉｃｏｌａの細胞、細胞断片、または細胞構成成分を含む、医薬調製物。
  33. 前記Ｋ．ｖａｒｉｉｃｏｌａが、Ｋ．ｖａｒｉｉｃｏｌａの病原性株である、請求項３２に記載の医薬調製物。
  34. 医薬における使用を目的とする、請求項３２または請求項３３に記載の調製物。
  35. 免疫調節異常によって特徴付けられる病状の治療における使用、または治療的免疫応答の増強における使用を目的とする、請求項３２～３４のいずれか１項に記載の調製物。
  36. 対象における好中球減少症の治療方法であって、請求項１～７のいずれか１項に定義される治療媒体を前記対象に有効量で投与することを含む、前記方法。
  37. 前記好中球減少症が、骨髄抑制性化学療法によって引き起こされる、請求項３６に記載の方法。
  38. 対象の特定の臓器または組織におけるがんに対する骨髄抑制性化学療法によって引き起こされる好中球減少症の治療における使用を目的とする、１つもしくは複数の病原性微生物種の死滅微生物調製物もしくは弱毒化微生物調製物、または前記微生物種の成分を含む細胞壁抽出物、細胞膜抽出物、全細胞抽出物、もしくはＰＲＲアゴニスト製剤であって、前記調製物、細胞壁抽出物、細胞膜抽出物、全細胞抽出物、またはＰＲＲアゴニスト製剤が、前記対象において免疫応答を誘発し、前記病原性微生物種が、健康な対象の前記対応する特定の臓器または組織において病原性である、前記調製物、細胞壁抽出物、細胞膜抽出物、全細胞抽出物、またはＰＲＲアゴニスト製剤。
  39. 前記がんが、請求項８に記載の標的組織に位置し、前記病原性微生物種が、請求項８に記載の対応する微生物性哺乳類病原体である、請求項３８に記載の調製物。
  40. 前記がんが、腎臓に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｔｉａ属の種、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ属の種、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓから選択されるか、または
    前記がんが、肺に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、及びＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａから選択されるか、または
    前記がんが、骨に位置し、前記病原性細菌種が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓであるか、または
    前記がんが、結腸に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、及びＳｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉから選択されるか、または
    前記がんが、前立腺に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅから選択されるか、または
    前記がんが、皮膚に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ、及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａから選択されるか、または
    前記がんが、口腔に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃｕｓ、嫌気性連鎖球菌、緑色連鎖球菌、及びＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ属の種から選択されるか、または
    前記がんが、精巣に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、及びＳｔａｐｈｙｌｏｃｃｏｃｕｓ ａｕｒｅｕｓから選択されるか、または
    前記がんが、子宮に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、及びＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓから選択されるか、または
    前記がんが、卵巣に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、及びＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓから選択されるか、または
    前記がんが、腟に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉから選択されるか、または
    前記がんが、乳房に位置し、前記病原性細菌種が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｃｏｃｕｓ ａｕｒｅｕｓであるか、または
    前記がんが、胆嚢に位置し、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、及びＳｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉから選択されるか、または
    前記がんが、膀胱に位置し、前記病原性細菌種が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉであるか、または
    前記がんが、頭部もしくは頸部と関連するリンパ腫であり、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｔｈｅｒｉａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃｕｓ、嫌気性連鎖球菌、緑色連鎖球菌、及びＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ属の種から選択されるか、または
    前記がんが、胸部と関連するリンパ腫であり、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、及びＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａから選択されるか、または
    前記がんが、腹腔と関連するリンパ腫であり、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｌｆｉｃｉｌｅ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｔｉａ属の種、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ属の種、及びＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓから選択されるか、または
    前記がんが、腋窩もしくは鼠径部と関連するリンパ腫であり、前記１つもしくは複数の病原性細菌種が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ、及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａから選択される、
    請求項３８に記載の調製物。
  41. ＰＲＲアゴニストを含む抗原性製剤での治療から哺乳類対象が恩恵を受ける可能性の高さの程度予測方法であって、前記方法が、診断ＳＮＰであるゲノム多型、または前記診断ＳＮＰと遺伝子連鎖不平衡にあるゲノム多型について、前記患者から単離された試料をスクリーニングすることを含み、前記診断ＳＮＰが応答対立遺伝子を含むのであれば、前記対象が前記治療から恩恵を受ける可能性が高く、前記診断ＳＮＰ及び前記対応する応答対立遺伝子が、以下の表に記載のもののうちの１つまたは複数である、前記方法。
    Figure 2023068095000071
    Figure 2023068095000072
    Figure 2023068095000073
  42. 前記対象が、ヒト患者である、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記患者が、免疫調節異常によって特徴付けられる疾患を有する、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記患者が、ＩＢＤを有する、請求項４２に記載の方法。
  45. 前記ＩＢＤが、クローン病である、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記ＩＢＤが、潰瘍性大腸炎である、請求項４４に記載の方法。
  47. 前記ＩＢＤが、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、便流変更性大腸炎、ベーチェット症候群、または分類不能の大腸炎である、請求項４４に記載の方法。
  48. ＰＲＲアゴニストを含む抗原性製剤での前記治療が、部位特異的免疫療法（ＳＳＩ）である、請求項４１～４７のいずれか１項に記載の方法。
  49. 前記ＳＳＩが、前記対象の特定の臓器または組織における免疫機能障害の治療における使用を目的とする、１つもしくは複数の病原性微生物種の死滅微生物調製物もしくは弱毒化微生物調製物、または前記微生物種の成分を含む細胞壁抽出物、細胞膜抽出物、全細胞抽出物、もしくはＰＲＲアゴニスト製剤の使用を含み、前記調製物、細胞壁抽出物、細胞膜抽出物、全細胞抽出物、またはＰＲＲアゴニスト製剤が、前記対象において免疫応答を誘発し、前記病原性微生物種が、健康な対象の前記対応する特定の臓器または組織において病原性である、請求項４８に記載の方法。
  50. 前記免疫機能障害が、請求項８に記載の標的組織に位置し、前記病原性微生物種が、請求項８に記載の対応する微生物性哺乳類病原体であり、任意選択で、前記免疫機能障害が、ＩＢＤ、またはクローン病もしくは潰瘍性大腸炎であり、前記病原性微生物種が、Ｅ．ｃｏｌｉである、請求項４９に記載の方法。
  51. 前記抗原性製剤が、請求項１～７のいずれか１項に定義される治療媒体を含む、請求項４１～４８のいずれか１項に記載の方法。
  52. 前記ゲノム多型が、前記診断ＳＮＰの１Ｍｂｐ以内、または５００Ｋｂｐ以内、または１００ｋｂｐ以内に存在する、請求項４１～５１のいずれか１項に記載の方法。
  53. 前記対象が、前記応答対立遺伝子のホモ接合体である、請求項４１～５２のいずれか１項に記載の方法。
  54. 前記患者が、前記応答対立遺伝子のヘテロ接合体である、請求項４１～５２のいずれか１項に記載の方法。
  55. 前記ゲノム多型が、０．８超または０．９超のｒ二乗値を伴って前記診断ＳＮＰと連鎖不平衡にある、請求項４１～５４のいずれか１項に記載の方法。
  56. ＩＢＤと関連する１つまたは複数のＳＮＰと関連する遺伝子マーカーについて前記宿主を試験することをさらに含む、請求項１～３０のいずれか１項に記載の使用。
  57. 前記ＳＮＰが、ｒｓ１７４８１９５、ｒｓ３４８５６８６８、ｒｓ１１５８３０４３、ｒｓ６０２５、ｒｓ１０７９８０６９、ｒｓ７５５５０８２、ｒｓ１１６８１５２５、ｒｓ４６６４３０４、ｒｓ３１１６４９４、ｒｓ７５５６８９７、ｒｓ１１１７８１２０３、ｒｓ３５３２０４３９、ｒｓ１１３０１００８１、ｒｓ６１６５９７、ｒｓ７２４０１６、ｒｓ２０７３５０５、ｒｓ４６９２３８６、ｒｓ６８５６６１６、ｒｓ２１８９２３４、ｒｓ３９５１５７、ｒｓ４７０３８５５、ｒｓ５６４３４９、ｒｓ７７７３３２４、ｒｓ１３２０４０４８、ｒｓ７７５８０８０、ｒｓ１０７７７７３、ｒｓ２５３８４７０、ｒｓ１７０５７０５１、ｒｓ７０１１５０７、ｒｓ３７４０４１５、ｒｓ７９５４５６７、ｒｓ６５３１７８、ｒｓ１１０６４８８１、ｒｓ９５２５６２５、ｒｓ３８５３８２４、ｒｓ１７７３６５８９、ｒｓ９３１９９４３、ｒｓ７２３６４９２、ｒｓ７２７５６３、ｒｓ１７３９１６９４、ｒｓ６６７９６７７、ｒｓ３８９７４７８、ｒｓ９２８６８７９、ｒｓ１７２８９１８、ｒｓ１０８６５３３１、ｒｓ６７１６７５３、ｒｓ１２９９４９９７、ｒｓ６８３７３３５、ｒｓ１３１２６５０５、ｒｓ１００６５６３７、ｒｓ７７０２３３１、ｒｓ１７６９５０９２、ｒｓ１２６６３３５６、ｒｓ９２６４９４２、ｒｓ９４９１６９７、ｒｓ１３２０４７４２、ｒｓ２１２３８８、ｒｓ１０４８６４８３、ｒｓ８６４７４５、ｒｓ７０１５６３０、ｒｓ６６５１２５２、ｒｓ３７６４１４７、ｒｓ１６９６７１０３、ｒｓ２０６６８４７、ｒｓ２９４５４１２、ｒｓ２０２４０９２、ｒｓ４８０２３０７、ｒｓ５１６２４６、ｒｓ２２８４５５３、ｒｓ１０７９７４３２、ｒｓ６４２６８３３、ｒｓ２８１６９５８、ｒｓ１０１６８８３、ｒｓ１７２２９２８５、ｒｓ９８４７７１０、ｒｓ３７７４９５９、ｒｓ１１７３９６６３、ｒｓ２５４５６０、ｒｓ６９２７０２２、ｒｓ７９８５０２、ｒｓ４７２２６７２、ｒｓ４３８０８７４、ｒｓ４７２８１４２、ｒｓ４８３９０５、ｒｓ５６１７２２、ｒｓ２８３７４７１５、ｒｓ１１１５０５８９、ｒｓ１７２８７８５、ｒｓ７２１００８６、ｒｓ１１２６５１０、ｒｓ６０８８７６５、ｒｓ６０１７３４２、ｒｓ１２１０３、ｒｓ３５６７５６６６、ｒｓ１２５６８９３０、ｒｓ１１２０９０２６、ｒｓ２６５１２４４、ｒｓ４８４５６０４、ｒｓ６７０５２３、ｒｓ４６５６９５８、ｒｓ１８０１２７４、ｒｓ２４８８３８９、ｒｓ７５５４５１１、ｒｓ３０２４５０５、ｒｓ６５４５８００、ｒｓ９２５２５５、ｒｓ１０４９５９０３、ｒｓ７６０８９１０、ｒｓ６７４０４６２、ｒｓ９１７９９７、ｒｓ２１１１４８５、ｒｓ１５１７３５２、ｒｓ２３８２８１７、ｒｓ３７４９１７１、ｒｓ４２５６１５９、ｒｓ３１９７９９９、ｒｓ２４７２６４９、ｒｓ７６５７７４６、ｒｓ２９３００４７、ｒｓ１１７４２５７０、ｒｓ１３６３９０７、ｒｓ４８３６５１９、ｒｓ２１８８９６２、ｒｓ６８６３４１１、ｒｓ１１７４１８６１、ｒｓ６８７１６２６、ｒｓ１２６５４８１２、ｒｓ１７１１９、ｒｓ９３５８３７２、ｒｓ１８４７４７２、ｒｓ６５６８４２１、ｒｓ３８５１２２８、ｒｓ６９２０２２０、ｒｓ１２１９９７７５、ｒｓ１８１９３３３、ｒｓ１４５６８９６、ｒｓ９２９７１４５、ｒｓ１７３４９０７、ｒｓ３８９０４、ｒｓ９２１７２０、ｒｓ１９９１８６６、ｒｓ１０７５８６６９、ｒｓ４７４３８２０、ｒｓ４２４６９０５、ｒｓ１０７８１４９９、ｒｓ１２７２２５１５、ｒｓ１０４２０５８、ｒｓ１１０１００６７、ｒｓ２７９０２１６、ｒｓ１０７６１６５９、ｒｓ２２２７５６４、ｒｓ１２５０５４６、ｒｓ６５８６０３０、ｒｓ７９１１２６４、ｒｓ４４０９７６４、ｒｓ９０７６１１、ｒｓ１０８９６７９４、ｒｓ１１２３０５６３、ｒｓ４２４６２１５、ｒｓ５５９９２８、ｒｓ２２３１８８４、ｒｓ２１５５２１９、ｒｓ６５９２３６２、ｒｓ６３０９２３、ｒｓ１１６１２５０８、ｒｓ１１５６４２５８、ｒｓ１１１６８２４９、ｒｓ７１３４５９９、ｒｓ１７０８５００７、ｒｓ９４１８２３、ｒｓ９５５７１９５、ｒｓ１９４７４９、ｒｓ４８９９５５４、ｒｓ８００５１６１、ｒｓ１７２９３６３２、ｒｓ７４９５１３２、ｒｓ５２９８６６、ｒｓ７４０４０９５、ｒｓ２６５２８、ｒｓ１０５２１３１８、ｒｓ３０９１３１６、ｒｓ１２９４６５１０、ｒｓ１２９４２５４７、ｒｓ１２９２０５３、ｒｓ１８９３２１７、ｒｓ７２４０００４、ｒｓ７２７０８８、ｒｓ１１８７９１９１、ｒｓ１７６９４１０８、ｒｓ１１６７２９８３、ｒｓ６１４２６１８、ｒｓ４９１１２５９、ｒｓ１５６９７２３、ｒｓ９１３６７８、ｒｓ２５９９６４、ｒｓ６０６２５０４、ｒｓ２８２３２８６、ｒｓ２８３６８７８、ｒｓ７２８２４９０、ｒｓ２２６６９５９、ｒｓ２４１２９７０、ｒｓ２４１３５８３、ｒｓ２６４１３４８、ｒｓ７５１７８１０、ｒｓ１２６０３２６、ｒｓ７４３８７０４、ｒｓ１００６１４６９、ｒｓ２５０３３２２、ｒｓ５７４３２８９、ｒｓ６６６７６０５、ｒｓ１４４００８８、ｒｓ３７７４９３７、ｒｓ４７７５１５、ｒｓ１１８２１８８、ｒｓ１７７８０２５６、ｒｓ１１０８３８４０、ｒｓ３７６６６０６、ｒｓ１３４０７９１３、ｒｓ６７０８４１３、ｒｓ２４５７９９６、ｒｓ１００５１７２２、ｒｓ４９７６６４６、ｒｓ７７４６０８２、ｒｓ３８９１１、ｒｓ１３２７７２３７、ｒｓ２２２７５５１、ｒｓ７０９７６５６、ｒｓ１２７７８６４２、ｒｓ１１２２９５５５、ｒｓ１７４５３７、ｒｓ５６８６１７、ｒｓ２２２６６２８、ｒｓ５６６４１６、ｒｓ１１０５４９３５、ｒｓ３７４２１３０、ｒｓ１５６９３２８、ｒｓ２３６１７５５、ｒｓ３０９１３１５、ｒｓ１６５４６４４、ｒｓ４２４３９７１、ｒｓ６０８７９９０、ｒｓ６０７４０２２、ｒｓ５７６３７６７のうちの１つまたは複数である、請求項５６に記載の使用。
  58. 免疫機能障害を有する対象の治療方法であって、請求項４１～５５のいずれか１項に記載の方法の実施、またはその結果の要求と、前記対象が前記治療から恩恵を受ける可能性が高いのであれば、有効量の前記抗原性製剤の投与と、を含む、前記方法。
  59. 前記患者が、抗ＴＮＦαにナイーブな患者である、請求項５８に記載の方法。
  60. 請求項４１～５５のいずれか１項に記載の方法を含む診断アッセイの結果の要求を含む、診断的スクリーニング方法または保険適応範囲スクリーニング方法。
  61. 対象を治療するためのＰＲＲアゴニストを含む抗原性製剤の使用であって、請求項４１～５７のいずれか１項に記載の方法によって前記対象が前記治療から恩恵を受ける可能性が高いことが治療前に判明する、前記使用。
  62. ＰＲＲアゴニストを含む抗原性製剤で治療するための対象の同定方法、または前記治療からの対象の除外方法であって、請求項４１～５７のいずれか１項に記載の方法によって前記対象が前記治療から恩恵を受ける可能性が高いかどうかを決定することを含む、前記方法。
  63. ＰＲＲアゴニストを含む抗原性製剤での治療から哺乳類対象が恩恵を受ける可能性の高さの程度予測における使用を目的とするキットであって、前記キットが、診断ＳＮＰであるゲノム多型、または前記診断ＳＮＰと遺伝子連鎖不平衡にあるゲノム多型について、前記患者から単離された試料をスクリーニングするための物質を含み、前記診断ＳＮＰが応答対立遺伝子を含むのであれば、前記対象が前記治療から恩恵を受ける可能性が高く、前記診断ＳＮＰ及び前記対応する応答対立遺伝子が、請求項４１に記載のものである、前記キット。
  64. スクリーニングのための前記物質が、前記ゲノム多型に特異的なプローブまたはプライマーである、請求項６３に記載のキット。
  65. 前記ＳＳＩが、Ｅ．ｃｏｌｉに由来するＰＲＲアゴニストの製剤を含む、請求項４８に記載の方法。
  66. 前記診断ＳＮＰ、前記対応する応答対立遺伝子、及び前記ゲノム多型のゲノム位置が、以下の表に記載のもののうちの１つまたは複数である、請求項４１～６５のいずれか１項に記載の方法。
    Figure 2023068095000074
  67. 前記対象が、クローン病を有し、前記診断ＳＮＰ、前記対応する応答対立遺伝子、及び前記ゲノム多型のゲノム位置が、以下の表に記載のもののうちの１つまたは複数である、請求項４１～６５のいずれか１項に記載の方法。
    Figure 2023068095000075
  68. 前記対象が、潰瘍性大腸炎を有し、前記診断ＳＮＰ、前記対応する応答対立遺伝子、及び前記ゲノム多型のゲノム位置が、以下の表に記載のもののうちの１つまたは複数である、請求項４１～６５のいずれか１項に記載の方法。
    Figure 2023068095000076
  69. 炎症性腸疾患を有するヒト患者のＳＳＩ治療の効力の、インビトロの決定方法であって、治療を受けている前記患者に由来する試料におけるＩＬ－１８、ＩＰ－１０、ＩＦＮガンマ、ＩＬ－１２Ｐ７０、ＩＬ－１７Ａ、及びＴＧＦアルファのうちの１つまたは複数のレベルをインビトロで決定することを含む、前記方法。
  70. 前記ＳＳＩが、Ｅ．ｃｏｌｉに由来するＰＲＲアゴニストを含む製剤での治療を含む、請求項６９に記載の方法。
  71. ＰＲＲアゴニストを含む抗原性製剤での治療から哺乳類対象が恩恵を受ける可能性の高さの程度予測方法であって、前記方法が、エオタキシン１、ＧＲＯα、ＩＬ－１０、ＰＤＧＦ ＡＡ、及びＲＡＮＴＥＳのうちの１つまたは複数のレベルについて、前記患者から単離された試料をスクリーニングすることを含む、前記方法。
  72. エオタキシン１のレベルが所定の閾値レベルを下回るのであれば、前記対象が前記治療から恩恵を受ける可能性が高い、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記抗原性製剤が、請求項１～１０のいずれか１項に定義される治療媒体を含む、請求項７１または請求項７２に記載の方法。
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