KR20240009925A - 암 치료에 있어서 수술전후기의 선천적 면역 프라이밍 - Google Patents

암 치료에 있어서 수술전후기의 선천적 면역 프라이밍 Download PDF

Info

Publication number
KR20240009925A
KR20240009925A KR1020237036339A KR20237036339A KR20240009925A KR 20240009925 A KR20240009925 A KR 20240009925A KR 1020237036339 A KR1020237036339 A KR 1020237036339A KR 20237036339 A KR20237036339 A KR 20237036339A KR 20240009925 A KR20240009925 A KR 20240009925A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
cancer
target tissue
mammalian
surgery
spp
Prior art date
Application number
KR1020237036339A
Other languages
English (en)
Inventor
해롤드 데이비드 군
쉬린 캘리언
마이클 알렉스 앤더 케네디
레베카 앤 크로퍼드 아우어
크리스티아노 테인스 데 소우자
팅 팅 앨리스 라우
Original Assignee
큐 바이올로직스 인코포레이티드
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 큐 바이올로직스 인코포레이티드 filed Critical 큐 바이올로직스 인코포레이티드
Publication of KR20240009925A publication Critical patent/KR20240009925A/ko

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
    • A61K35/74—Bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02—Bacterial antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/30—Macromolecular organic or inorganic compounds, e.g. inorganic polyphosphates
    • A61K47/34—Macromolecular compounds obtained otherwise than by reactions only involving carbon-to-carbon unsaturated bonds, e.g. polyesters, polyamino acids, polysiloxanes, polyphosphazines, copolymers of polyalkylene glycol or poloxamers
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/30—Macromolecular organic or inorganic compounds, e.g. inorganic polyphosphates
    • A61K47/36—Polysaccharides; Derivatives thereof, e.g. gums, starch, alginate, dextrin, hyaluronic acid, chitosan, inulin, agar or pectin
    • A61K47/38—Cellulose; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/04—Antineoplastic agents specific for metastasis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/52—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells
    • A61K2039/521—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells inactivated (killed)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/52—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells
    • A61K2039/522—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells avirulent or attenuated
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/52—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells
    • A61K2039/523—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells expressing foreign proteins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/545—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the dose, timing or administration schedule
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/572—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 cytotoxic response
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/575—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 humoral response
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/58—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation
    • A61K2039/585—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation wherein the target is cancer

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Inorganic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Medicines Containing Plant Substances (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

수술전후기 기간 동안 면역 조절장애를 개선하기 위해 PRR 리간드의 특정 레퍼토리를 사용하는 것과 관련된 치료 방식이 제공된다. 실제로, 수술 후 표적화된 면역 반응을 촉진하기 위해 선천적 면역 체계 신호가 수술전후기 기간에 유발된다. 따라서 대상체는 수술전후기 기간 동안 고형 종양을 제거하도록 대상체를 치료하기 위해 특정 표적 조직에 맞춤화된 면역원성 제제로 치료될 수 있으며, 여기서 표적 조직은 종양의 부위 또는 암의 특징적인 전이 부위이다.

Description

암 치료에 있어서 수술전후기의 선천적 면역 프라이밍
[0001] 미생물 성분과 같은 선천적 면역원을 함유하는 조직 특이적 제제를 이용한 신보조 및/또는 보조 치료와 함께 수술을 이용하는 것과 관련된, 암 치료를 포함한 의학 분야에서의 혁신이 개시된다.
[0002] 척추동물에서, 면역학적 조절의 중요한 측면은 선천성 면역계와 적응성 면역계의 공동 활성을 포함한다. 이러한 공동 활동에는 면역 세포 내의 대사, 효소 및 분자 유전적 변화, 이러한 보완 시스템의 서로 다른 구성 요소의 조정된 활동을 중재하는 세포, 사이토카인 및 케모카인 통신 경로의 정교한 시스템을 조율이 포함된다(Iwasaki & Madzhitov, 2015, Nature Immunology 16 참조). :343-353; WO0209748; WO03051305; Turner et al., 2014, BBA-Molecular Cell Research 1843:11 2563-2582 참조). 이러한 조율된 활동의 한 측면은 선천성 면역계의 패턴 인식 수용체(PRR)의 리간드가 적응 면역 반응을 개선하기 위해 백신 보조제로 사용될 수 있다는 인식의 기초가 되며(Maisonneuve et al., 2014, PNAS 111(34), 12294-9; WO2007035368 참조), PRR 리간드의 특정 레퍼토리는 표적 조직에서 치료적 면역 반응을 유발하는 부위 특이적 면역조절제로서 함께 제형화될 수 있다(WO2017185180 참조).
[0003] B 세포 및 T 세포 수용체에 의한 특정 항원의 인식을 수반하는 면역학적 기억은 적응성 면역계의 오랫동안 인식되어 온 핵심 특징이며, 백신 효능의 기초이다(Nature Immunology, Focus onimmunological memory: June 2011, Volume 12 No. 6 pp461-575 참조). 선천적 면역 기억은 면역 체계의 특징으로 보다 최근에 인식되었지만 그만큼 잘 이해되지 못하고 있다(Netea et al., 2015, Nature Immunology 16, 675-679; 및 Bordon, 2014, Nature Reviews Immunology 14, 713 참조)
[0004] 면역 체계는 대수술에 복잡한 방식으로 반응하며, 이 반응은 1차 암 수술과 관련하여 특히 중요하다(Matzner et al., Nat Rev Clin Oncol. 2020 May;17(5):313-326. doi: 10.1038/s41571-019-0319-9. Epub 2020 Feb 17 참조). 수술과 관련된 잠재적인 합병증을 고려하여 수술 전 및 보조 암 치료법은 일반적으로 수술 직전 기간 동안에는 기피된다.
발명의 개요
[0005] 개시된 치료 방식의 측면은 대상체에 있어서 수술전후기의 면역 조절장애를 치료하기 위해 유효량의 면역원성 조성물을 사용하는 것을 포함한다. 치료에는 수술전후기 암 치료가 포함되며, 여기서 면역원성 조성물은 수술전후기 동안 수술 전 및/또는 후에 투여된다. 따라서 암 치료는 암이 표적 조직에서 종양을 형성하고/하거나 암이 표적 조직으로 전이될 가능성을 특징으로 하며, 종양을 제거하기 위해 수술이 수행되는 포유동물 대상체에서의 신보조(neoadjuvant) 또는 보조(adjuvant) 치료를 포함할 수 있다. 수술전후기의 기간은 예를 들어 수술일 전 및/또는 후로 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 이상, 또는 대안적으로 수술일 전 및/또는 후로 2주, 1주, 6일, 5일, 4일, 3일, 2일 또는 1일 이내일 있다.
[0006] 면역원성 조성물은 예를 들어 표적 조직에서 병원성인 병원체와 같은 미생물성 포유동물 병원체(microbial mammalian pathogen)의 PRR 작용제 시그니처의 적어도 일부를 요약하는 포유동물 패턴 인식 수용체(PRR) 리간드의 인공 레퍼토리를 포함할 수 있다. 포유동물 PRR 리간드의 레퍼토리는 포유동물 대상체에게 투여한 후 조합된 제시를 위한 치료 비히클에서 함께 제형화될 수 있다. 조성물은 다수의 포유동물 PRR, 예를 들어 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개의 별개의 포유동물 PRR에 대한 리간드인 미생물성 포유동물 병원체의 성분을 포함할 수 있다. 면역원성 조성물은 표적 조직에서 면역 반응, 예를 들어 잔여 질환을 치료하고 이에 따라 암을 치료하는 데 효과적인 면역 반응(예를 들어 표적 조직에서 선천적 면역 반응을 조절함으로써)을 조절하도록 적응되고 투여될 수 있다.
[0007] 조성물은 수술 전후 기간에 CD69 발현을 증가시키고; CD96의 발현을 감소시키고; MHCII의 발현을 증가시키고; 골수 생성을 증가시키며; 호중구 세포 수를 증가시키고; 면역 세포에서 CCR2 케모카인 수용체 발현을 증가시키며; 및/또는 FNγ 발현을 증가시킨다. 따라서 현장 진료(Point of Care) 테스트를 사용하여 수술 전후 면역 반응의 전술한 측면을 포함하여 수술 전후 면역 반응을 모니터링할 수 있다.
[0008] 본원에 언급된 치료 용도는 상응하는 치료 방법에 반영되며, 그 반대도 마찬가지이다.
[0009] 본 발명의 구현은 다음 특징 중 하나 이상을 포함할 수 있다. PRR 리간드가 PRR 작용제인 용도. 면역원성 조성물이 표적 조직에서 선천적 면역 반응을 조절하는 용도. 포유동물 패턴 인식 수용체의 레퍼토리가 인공 레퍼토리이고 PRR 작용제 시그니처의 부분이 미생물성 포유동물 병원체의 임의의 천연 PRR 리간드 시그니처와 다른 별개의 부분인 용도. 대상체가 쥐, 고양이, 개, 말, 설치류 또는 인간인 용도. 치료 비히클이 미생물 세포, 재조합 미생물 세포, 재조합 미생물 세포의 세포 분획, 미생물 세포의 세포 분획, 박테리아 외막 분획, 박테리아 내막 분획, 미생물 세포 성분, 미생물 염색체 DNA, 미세입자 또는 리포솜의 구배 원심분리로부터의 펠렛(PRR 작용제의 레퍼토리를 함께 구성하는 PRR 작용제를 제공하는 미생물의 포유동물 병원체의 성분들을 각각 포함함)을 포함하는 용도, 재조합 미생물이 PRR 작용제 중 적어도 하나의 성분을 인코딩하는 재조합 유전자를 포함하는 용도. 치료 비히클이 사멸되거나 약독화된 전체 미생물 세포 또는 재조합 미생물 세포를 포함하는 용도.
[0010] 암이 표적 조직에서 종양을 형성하고/하거나 암이 표적 조직으로 전이될 가능성을 특징으로 하는, 포유동물 대상체에서 암을 치료하기 위한 유효량으로 사용하기 위한 SSI 제제를 포함하는 SSI 전달 시스템이 제공된다. 전달 시스템은 치료 조성물이, 수술일에 수술 상처를 남기는 종양의 수술적 제거와 함께 배치되도록 사용될 수 있다. 치료 조성물은 표적 조직에 병원성을 갖는 미생물성 포유동물 병원체의 PRR 리간드, 또는 완전히 사멸되거나 약독화된 세포를 포함할 수 있다. 전달 시스템은 조성물의 방출을 중재함으로써 잔여 질환을 치료하고 이에 따라 암을 치료하는 데 효과적인 표적 조직의 면역 반응을 조절하기 위해 수술 상처에 적용되는 수술일에 사용하도록 조정될 수 있다. 전달 시스템은 포유동물 병원체 또는 PRR 리간드를 둘러싸는 단계적 방출 매트릭스를 포함할 수 있으며, 단계적 방출 매트릭스는 수술일에 전달 시스템을 수술 상처에 적용한 후 복수의 연속적인 시간적으로 분리된 투여 단계에서 매트릭스로부터 항원을 방출하도록 구성될 수 있고, 수술전후기 기간 동안 각 투여 단계에서 치료적으로 유효한 항원 분취량이 방출되도록 할 수 있다. 단계적 방출 매트릭스는 예를 들어 폴리무수물 및/또는 폴리(오르토 에스테르)와 같은 표면 침식 폴리머, 또는 Pluronic F-127과 복합된 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트로 구성될 수 있다.
[0011] 도 1은 수술을 받은 마우스의 각 치료 범주에 대해 오른쪽 열에 마우스의 암 전이 모델의 결과를 보여주는 데이터 플롯으로, 수술 3일 후에 정량화된 폐 전이의 총 수를 나타낸다.
[0012] 도 2는 수술을 받은 마우스의 각 치료 범주에 대해 오른쪽 열에 마우스의 암 전이 모델의 결과를 보여주는 데이터 플롯으로, 수술 3일 후에, CD69를 발현하는 세포에 의해 정량화된 비장 내 NK 세포 활성화를 보여준다.
[0013] 도 3은 각 치료 범주에 대해 오른쪽 열에 수술을 받은 마우스를 사용한 쥐과 암 전이 모델의 결과를 보여주는 데이터 플롯으로, 수술 3일 후에, CD96을 발현하는 세포에 의해 정량화된 비장 내 NK 세포 활성화를 보여준다.
[0014] 도 4는 각 치료 범주에 대해 오른쪽 열에 수술을 받은 마우스를 사용한 쥐과 암 전이 모델의 결과를 보여주는 데이터 플롯으로, 수술 3일 후에, MHCII를 발현하는 세포에 의해 정량화된 비장의 단핵구/대식세포 활성화를 보여준다.
[0015] 도 5는 각 치료 범주에 대해 오른쪽 열에 수술을 받은 마우스를 사용한 쥐과 암 전이 모델의 결과를 보여주는 데이터 플롯으로, 수술 3일 후에, 생존 세포 %로서 정량화된 비장 유래 호중구 세포 수(CD11b+ Ly6G+)를 나타낸다.
[0016] 도 6은 각 치료 범주에 대해 오른쪽 열에 수술을 받은 마우스를 사용한 쥐과 암 전이 모델의 결과를 보여주는 데이터 플롯으로, 수술 3일 후에 측정된 비장 단핵구/대식세포 CCR2 수용체 발현을 도시한다.
[0017] 도 7은 각 치료 범주에 대해 오른쪽 열에 수술을 받은 마우스를 사용한 쥐과 암 전이 모델의 결과를 보여주는 데이터 플롯이다. 면역 활성화는 수술 후 1일째에 전혈을 사이토카인 칵테일로 12시간 동안 자극하고 IFNγ 수준을 측정하여 정량화하였다.
[0018] 도 8은 QBECO SSI 치료에 의한 종양 부담(간의 %)의 극적인 감소를 보여주는, 수술전후기의 쥐 간 전이 모델로부터의 결과를 보여주는 데이터 플롯이다.
상세한 설명
[0019] 다음의 상세한 설명에서는, 본 발명의 실시에 있어서 매우 다양한 수정 및 변화를 구현하는데 사용될 수 있는 실험 절차와 함께 특정 구현예의 다양한 예가 제시된다. 명확성을 기하기 위해, 본 명세서에서는 다양한 기술 용어를 흔히 이해되는 의미로 사용하였으며, 이하에 그 정의를 제시하였다.
[0020] "면역원"은 유기체의 면역 체계에 의해 면역 반응을 유도할 수 있는 분자 또는 분자를 포함하는 조성물을 의미한다. "항원"은 면역 반응의 산물에 결합할 수 있는 분자를 의미한다.
[0021] "병원성" 제제는 자연적으로 숙주에 감염을 일으키는 것으로 알려진 미생물, 예를 들어 박테리아 또는 바이러스와 같은 제제이고, 이러한 의미에서 "병원성"은 본 발명의 맥락에서 "자연적으로 병원성"을 의미한다. 다양한 미생물이 조직에 미생물을 인공적으로 접종하는 등 인공적인 조건에서 감염을 일으킬 수 있지만, 자연적으로 감염을 일으키는 미생물의 범위는 반드시 제한되어 있으며 의료 행위에 의해 잘 확립되어 있다.
[0022] "감염"은 신체 또는 신체의 일부가 병원성 물질(예컨대 박테리아와 같은 미생물)에 의해 침입하여 유리한 조건에서 증식하여 해로운 효과를 생성하는 상태 또는 병태이다(Taber's Cyclopedic Medical Dictionary, 14th Ed., C.L. Thomas, Ed., F.A. Davis Company, PA, USA). 감염은 임상적으로 항상 명백하게 나타나는 것은 아니며 국소적인 세포 손상만 초래할 수 있다. 신체의 방어 메커니즘이 효과적인 경우 감염은 무증상으로 남아 일시적일 수 있다. 감염은 국소적으로 확산되어 급성, 아급성 또는 만성 임상 감염이나 질병 상태로 임상적으로 명백해질 수 있다. 병원체가 림프관이나 혈관에 접근하면 국소 감염이 전신화될 수도 있다. 감염은 대개 염증을 동반하지만, 감염 없이 염증이 발생할 수도 있다.
[0023] "염증"은 손상에 대한 특징적인 조직 반응(부기, 발적, 열 및 통증으로 표시됨)이며, 손상되었을 때 살아있는 조직에서 발생하는 연속적인 변화를 포함한다. 감염과 염증은 다른 상태이지만, 하나가 다른 것에서 발생할 수도 있다(Taber's Cyclopedic Medical Dictionary, 위 참조). 따라서 감염 없이 염증이 발생할 수 있고, 염증 없이 감염이 발생할 수 있다(염증은 일반적으로 병원성 박테리아나 바이러스에 의한 감염으로 인해 발생하지만). 염증은 다음과 같은 증상을 특징으로 한다: 발적(홍반), 발열(칼로리), 부기(종양), 통증(아픔). 이러한 증상의 조합으로 인해 피부에 국소적으로 눈에 띄는 염증이 나타날 수 있으며, 특히 투여 부위의 발적이 나타날 수 있다.
[0024] 본 발명의 대안적인 측면에 따라 다양한 대상체를 치료하거나 분석하거나 샘플링할 수 있다. 본원에서 사용된 "대상체"는 동물, 예를 들어 척추동물 또는 포유동물이다. 따라서, 대상체는 암, 증식성 세포 장애 또는 감염성 질환(예컨대 지속적인 바이러스 감염 또는 기회 진균 감염, 특히 면역 저하 환자에 있어서)과 같은 치료가 가능한 질병 또는 장애를 앓고 있는 환자, 예를 들어 인간일 수 있다. 대상체는 실험 동물, 예를 들어 면역 조절장애의 동물 모델일 수도 있다. 일부 구현예에서, 용어 "대상체" 및 "환자"는 상호교환적으로 사용될 수 있으며, 인간, 인간이 아닌 포유동물, 인간이 아닌 영장류, 래트, 마우스, 고양이 또는 개를 포함할 수 있다. 건강한 대상체는 암이나 면역 기능 장애와 같은 질병을 앓고 있지 않거나 질병을 앓고 있는 것으로 의심되지 않는 인간이거나 또는 만성 장애 또는 병태를 앓고 있지 않은 인간일 수 있다. "건강한 대상체"는 면역이 저하되지 않은 대상체일 수도 있다. 면역 저하란 면역 체계가 비정상적이거나 불완전한 방식으로 기능하는 모든 상태를 의미한다. 면역 손상은 질병, 특정 약물 또는 출생 시 존재하는 상태로 인해 발생할 수 있다. 면역 저하 환자는 유아, 노인, 광범위한 약물이나 방사선 치료를 받는 개인에게서 더 자주 발견될 수 있다.
[0025] 대상체의 "샘플"에는 환자로부터 채취한 세포, 조직 또는 체액 샘플을 비롯한 모든 관련 생물학적 물질이 포함될 수 있다. 예를 들어, 샘플에는 피부, 볼, 혈액, 대변, 머리카락 또는 소변 샘플이 편리하게 포함될 수 있다. 진단 및 예후 방법에 사용하기 위한 샘플 핵산은 예를 들어 대상체의 선택된 세포 유형 또는 조직으로부터 얻을 수 있다. 예를 들어, 대상체의 체액(예컨대 혈액)은 알려진 기술을 통해 얻을 수 있다. 대안적으로, 건조 샘플(예컨대 모발 또는 피부)에 대해 핵산 테스트를 수행할 수도 있다.
[0026] 본 명세서에 기술된 많은 방법은 예를 들어 적어도 하나의 프로브 또는 프라이머 핵산, 또는 본 명세서에 기술된 조성물 중 하나 이상 및 키트 사용 지침을 포함하는 키트를 사용하여 수행될 수 있다. 키트는 예를 들어 다형성 영역에 또는 다형성 영역에 인접하여 특이적으로 혼성화할 수 있는 적어도 하나의 프로브 또는 프라이머를 포함하여 올리고뉴클레오타이드가 다형성 영역에 "특이적"이 되도록 할 수 있다. 키트에는 특정 분석을 수행하는 데 필요한 최소한 하나의 시약이 포함될 수도 있다. 키트에는 예를 들어 대상체의 유전자형이나 생물학적 마커 프로필을 결정하기 위한 양성 대조군, 음성 대조군, 서열 분석 마커 또는 항체가 포함될 수도 있다.
[0027] "면역 반응"은 포유동물에서 다음 반응 중 하나 이상을 포함하지만 이에 국한되지는 않는다: 사이토카인 및 케모카인과 같은 세포성 면역조절제의 유도, 항체, 호중구, 단핵구, 대식세포(본 명세서에 기술된 M1-유사 대식세포 및 M2-유사 대식세포 포함), B 세포, 또는 T 세포(헬퍼 T 세포, 자연 살해 세포, 세포독성 T 세포, 감마-델타(γδ) T 세포 포함)의 유도 또는 활성화, 예를 들어 면역원성 조성물 투여 후 그 조성물 내의 하나 이상의 면역원에 의한 유도 또는 활성화. 따라서 조성물에 대한 면역 반응은 일반적으로 숙주 동물에서 조성물에 대한 세포 및/또는 항체 매개 반응의 발생을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역 반응은 또한 면역 조절장애, 또는 면역 조절장애를 특징으로 하는 질병의 진행을 늦추거나 중단시키는 결과를 낳는다. 따라서 면역 반응은 세포성 면역 반응 및/또는 체액성 면역 반응 중 하나 또는 둘 다를 포함할 수 있고 적응 반응 또는 선천성 면역 반응일 수 있다.
[0028] "면역 조절장애"는 부적절하게 억제되거나 부적절하게 강력한 면역 반응과 같이 부적절하게 조절되는 면역 반응이다. 면역 조절장애는 예를 들어 암과 같은 종양성 질환과 관련될 수 있다.
[0029] "부위 특이적 면역요법"(SSI)은 장기 또는 조직과 같은 해부학적 부위 또는 부위들에서 면역 상태 또는 면역계 생리학의 양상을 치료적으로 또는 예방적으로 변경하는데 효과적인 면역조절 치료법이다. 예를 들어, 어떤 경우에는 SSI가 면역 조절장애를 개선하거나 면역 조절장애가 특징인 상태를 치료하기 위해 적용될 수 있다.
[0030] "암" 또는 "신생물"은 생리학적 기능을 제공하지 않는 세포의 임의의 원치 않는 성장이다. 일반적으로 암세포는 정상적인 세포 분열 조절에서 벗어난 것이다. 즉, 세포 환경의 일반적인 생화학적, 물리적 영향에 의해 성장이 조절되지 않는 세포이다. 따라서 "암"은 비정상적으로 조절되지 않는 세포 성장을 특징으로 하는 질병의 일반적인 용어이다. 대부분의 경우 암세포는 증식하여 악성 클론 세포를 형성한다. 덩어리 또는 세포 덩어리, 즉 "신생물" 또는 "종양"은 일반적으로 주변 정상 조직에 침입하여 파괴할 수 있다. 본원에서 사용된 "악성종양"은 비정상적인 성장을 보이는 유기체에 해로운 영향을 미치는 임의의 세포 유형 또는 조직의 비정상적인 성장을 의미한다. "악성종양" 또는 "암"이라는 용어에는 기술적으로는 양성이지만 악성이 될 위험이 있는 세포 성장이 포함된다. 암세포는 "전이"라고 알려진 과정을 통해 림프계나 혈류를 통해 원래 부위에서 신체의 다른 부위로 퍼질 수 있다. 많은 암은 치료가 어렵고 치명적이다. 암 또는 신생물의 예에는 본원에 기재되거나 당업자에게 공지된 바와 같은 다양한 기관 및 조직의 형질전환 및 불멸화 세포, 종양, 암종이 포함되나 이에 국한되지 않는다.
[0031] 대부분의 암은 조직학적으로 크게 3가지, 즉: 가장 흔한 암이자 상피 세포의 암 또는 장기, 샘(glands) 또는 기타 체조직 (예컨대 피부, 자궁, 폐, 유방, 전립선, 위장, 창자)의 내외부 표면을 커버하는 세포의 암이면서, 전이하는 경향이 있는 암spp.; 연결 또는 지지 조직 (예컨대, 뼈, 연골, 힘줄, 인대, 지방, 근육)으로부터 유래된 육spp.; 및 골수 및 림프 조직으로부터 유래된 혈액 종양으로 분류된다. 암종은 선암spp.(유방, 폐, 결장, 전립선 또는 방광과 같이 분비 가능한 장기 또는 샘(glands)에서 일반적으로 일어난다)일 수 있고 또는 편평세포 암종 (편평상피에 기원하며 일반적으로 신체 대부분에서 일어난다)일 수도 있다. 육종은 골육종 또는 골원성 육종 (뼈), 연골육spp.(연골), 평활근육spp.(평활근), 횡문근육종 (골격근), 중피육종 또는 메조쎌리오마 (체강의 막 라이닝), 섬유육종 (섬유 조직), 혈관육종 또는 혈관내피spp.(혈관), 지방육종 (지방 조직), 신경아교종 또는 별아교세포종 (뇌에서 발견되는 신경성 연결조직), 점액육spp.(원시 배아 연결조직), 또는 중간엽 또는 혼합 중배엽 종양 (혼합 연결조직 유형)일 수 있다. 혈액 종양은 골수의 세포질 세포에 기원하는 골수spp.; "액체암"일 수 있고 골수의 암이며 골수기원 또는 과립구성 백혈병, 림프모구백혈병 (림프계 및 림프구 혈액 세포)일 수 있는 백혈병 또는 진성적혈구증가증 또는 적혈증(다양한 적혈구 생성물, 그러나 적혈구가 우세함); 또는 고형 종양일 수 있고 림프계통의 선(glands) 또는 절(nodes)에서 발병하며, 호지킨 또는 비호지킨 림프종일 수 있는 림프종이다. 이에 더해, 선 편평상피 암종, 혼합형 중배엽 종양, 암육종 또는 기형암종 역시도 존재한다.
[0032] 원발 부위에 기초하여 명명된 암들은 조직학적 분류와 연관될 수 있다. 예컨대, 폐암은 일반적으로 소세포 폐암 또는 비소세포 폐암이며, 이들은 편평세포 암종, 선암종 또는 대형세포 암종일 수 있다; 피부암은 일반적으로 기저 세포암, 편평세포암 또는 흑색종이다. 림프종은 머리, 목, 흉부와 연관된 림프절 뿐만 아니라, 복부 림프절 또는 액와 또는 서혜부 림프절에서 일어날 수 있다. 암의 종류와 진행기를 동정 및 분류하는 것은 예컨대 국립암센터(National Cancer Institute)의 Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program에 의해 제공되는 정보를 이용하여 수행할 수 있으며, 이것은 미국의 암 발병 및 생존에 대한 권위있는 정보원이며 전세계적으로 인정받고 있는 프로그램이다. SEER Program은 현재 14종의 인구-기반 암 레지스트리로 및 미국 인구의 약 26 퍼센트를 커버하는 보조 레지스트리로부터의 암 발병 및 생존 데이터를 수집 및 공표하고 있다. 이 프로그램은 환자 인구학, 원발 종양 부위, 모폴로지, 진단이 이루어진 진행기수, 최초의 치료 코스 및 바이탈 상태의 팔로우-업에 대한 데이터를 일상적으로 수집하며, 진단이 이루어진 암의 진행 단계와 각 진행 단계에서의 생존률을 포함하는, 미국내의 유일한 인구-기반 정보의 포괄적인 소스이다. 3백만명 이상에 대한 인 시투 정보와 침습성 암 사례가 SEER 데이터베이스에 포함되며 매년 약 170,000건의 새로운 사례가 SEER가 포괄하는 분야에 추가되고 있다. SEER Program의 발생 및 생존 데이터는 특정 암 부위 및 진행 단계의 표준 생존에 억세스하는데 이용될 수 있다. 예컨대, 최적의 비교 그룹을 확실히 하기 위해, 진단일과 정확한 진행단계를 비롯하여, 데이터베이스로부터 특이적인 기준들을 선택할 수 있다 (예컨대, 폐암의 경우, 타임-프레임을 소급적으로 맷치하기 위해 년도를 선택하고, 폐암 3B기 또는 4기를 선택하며; 예컨대 결장암의 경우, 타임-프레임을 소급적으로 맷치하기 위해 년도를 선택하고 결장암 4기를 선택하였다).
[0033] 암은 또한 이들이 기원한 장기, 즉 "원발 부위"에 따라 명명할 수도 있으며, 유방암, 뇌암, 폐암, 간암, 피부암, 전립선암, 고환암, 방광암, 결장암 및 직장암, 자궁경부암, 자궁암 등이 그 예이다. 이러한 명명은 원발 부위와 다른 신체 부위로 암이 전이된 경우에도 유지된다. 본 발명의 경우, 치료는 암의 부위에 관한 것이지 암의 종류에 관한 것이 아니므로, 예컨대, 폐에 증상이 있거나 병인학적으로 위치하는 모든 유형의 암은 폐의 국소화를 기준으로 치료된다.
[0034] 본 발명의 측면은 PRR 리간드의 사용에 관한 것이다. PRR 리간드는 예를 들어 TLR2, TLR4 및 TLR5에 대한 리간드일 수 있는 약독화되거나 사멸된 재조합 박테리아의 널리 이용 가능한 제제에서 상업적으로 이용가능할 수 있다. 병원체 관련 분자 패턴(PAMP)의 조성에는 Toll 유사 수용체(TLR), NOD 유사 수용체(NLR), RIG-I 유사 수용체(RLR), Dectin-1을 비롯한 C형 수용체(CLR), 세포질 dsDNA 센서(CDS) 및 염증복합체 형성에 관여하는 NLR이 포함될 수 있다.
[0035] 톨-유사 수용체 2(TLR2)는 그람 양성 및 그람 음성 박테리아뿐만 아니라 마이코플라스마 및 효모를 포함하는 광범위한 종 그룹을 나타내는 광범위한 미생물 분자의 인식에 관여한다. TLR2는 그람 양성 박테리아의 펩티도글리칸, 리포테이코산 및 지단백질, 마이코박테리아의 리포아라비노만난, 효모 세포벽의 자이모산과 같은 세포벽 구성 요소를 인식한다. Toll 유사 수용체 3(TLR3)은 이중 가닥 RNA(dsRNA)를 인식한다. 박테리아 지질다당류(LPS)는 적어도 세 가지 다른 세포외 단백질인 LPS 결합 단백질(LBP), CD14 및 골수 분화 단백질 2(MD-2)와 상호작용하는 Toll 유사 수용체 4(TLR4)에 의해 인식되어, NF-κB의 활성화 및 전염증성 사이토카인의 생성으로 이어지는 신호전달 캐스케이드를 유도한다. LPS는 일반적으로 LPS의 면역자극 활성을 담당하는 탄수화물 지질 부분인 지질 A에 의해 박테리아 외막에 고정된 다당류 영역으로 구성된다. 특히 활성 형태의 지질 A는 6개의 지방 아실기를 함유하며, 예를 들어 대장균(Escherichia coli) 또는 살모넬라(Salmonella) 종의 계통인 병원성 박테리아에서 발견될 수 있다. Toll 유사 수용체 5(TLR5)는 그람 양성균과 그람 음성균 모두에서 플라젤린을 인식한다. Toll 유사 수용체 7(TLR7)과 TLR8은 단일 가닥 RNA와 이미다조퀴놀린 및 뉴클레오사이드 유사체와 같은 작은 합성 분자를 인식한다. Toll 유사 수용체 9(TLR9)는 미생물 DNA에는 널리 퍼져 있으나 척추동물 게놈 DNA에서는 그렇지 않은, 특정 비메틸화 CpG 모티프를 인식한다.
[0036] NLR은 펩티도글리칸(PGN)의 인식에 관여하는 세포내 패턴 인식 수용체인 NOD1(CARD4) 및 NOD2(CARD15)를 포함하는 적어도 22개의 세포질 선천 면역 센서 계열이다. 이 수용체는 PGN 내의 특정 모티프를 감지한다. NOD1은 그람 음성 박테리아뿐만 아니라 특정 그람 양성 박테리아의 PGN에서 주로 발견되는 디아미노피멜라틴산(DAP) 함유 무로펩티드(구체적으로 d-Glu-meso-DAP 디펩티드 "iE-DAP" 디펩티드)를 감지한다. NOD2는 거의 모든 박테리아 PGN에서 발견되는 MDP(무라밀 디펩티드) 구조를 인식한다.
[0037] RIG-I-유사 수용체(RLR), 특히 RIG-I 및 MDA-5는 바이러스 RNA 종을 감지한다.
[0038] CLR 리간드는 Dectin-1 및 Mincle(대식세포 유도성 C형 렉틴) 작용제를 포함한다. 덱틴-1은 곰팡이의 세포벽에서 발견되는 포도당 폴리머인 베타글루칸에 대한 특정 수용체이다. Mincle은 손상된 세포, 곰팡이 성분, 효모 성분 및 마이코박테리아 성분과 같은 다양한 리간드를 인식하는 다중 작업 위험 신호 수용체이다.
[0039] 세포질 DNA 센서(CDS)는 병원체의 세포내 DNA에 결합하며, 특정 DNA 인식에 대한 맥락적 선호도를 표시할 수 있는 다중 CDS가 있다.
[0040] CDN(환형 디뉴클레오타이드) 및 DMXAA와 같은 잔테논 유도체는 STING(인터페론 유전자의 STimulator)에 결합하여 활성화한다.
[0041] 인플라마솜은 특히 pro-IL-1β 및 pro-IL-18을 활성 및 분비 가능한 형태로 절단함으로써 성숙한 IL-1β의 생산에 관여하는 다중 단백질 복합체이다. 인플라마솜은 NLRP1, NLRP3, NLRC4 및 AIM2 하위 유형으로 분리될 수 있으며, 이는 다양한 미생물 분자, 위험 신호 및 결정질 물질에 의해 활성화된다.
[0042] 따라서 본 발명의 측면은 선택된 미생물 병원체로부터 유래된 PRR 작용제를 사용하는 것을 포함한다. 예를 들어, 펩티도글리칸(PGN)은 NOD1/NOD2 작용제로 사용하기 위해 선택된 표적 조직 또는 기관에 병원성을 갖는 박테리아 또는 박테리아 균주로부터 얻을 수 있다. 마찬가지로, 세포벽 성분은 TLR2 작용제로서 사용하기 위해 선택된 표적 조직 또는 기관에 병원성을 갖는 박테리아 또는 박테리아 균주로부터 얻어질 수 있다. 유사하게, 이중 가닥 DNA, 특히 반복성 이중 가닥 DNA를 포함한 DNA는 DAI, LRRFIP1, RIG1, TLR9, AIM2 또는 세포질 DNA 센서(CDS) 작용제로 사용하기 위해 선택된 표적 조직 또는 장기에서 병원성을 나타내는 박테리아 또는 박테리아 균주와 같은 미생물 병원체로부터 얻을 수 있다. 베타-글루칸 펩타이드는 Dectin-1 작용제로 사용하기 위해 선택된 표적 조직 또는 기관에 병원성을 갖는 진균 또는 효모로부터 얻을 수 있다. STING 작용제로서 사용하기 위해, 선택된 표적 조직 또는 기관에 병원성을 갖는 미생물 병원체로부터 고리형 디뉴클레오타이드를 얻을 수 있다.
[0043] 본 발명의 측면은 치료 비히클에서 함께 수집되는 PRR 작용제의 레퍼토리를 암시하는 별개의(distinct) PRR 작용제 시그니처를 갖는 조성물을 포함하므로 선택된 PRR 작용제 집합이 구별된다. 이러한 맥락에서 "치료 비히클"은 예를 들어 재조합 미생물과 같은 약학적으로 허용되는 입자 또는 소포에 PRR 작용제를 응집시키고 보유하는 제제이다. 예를 들어, PRR 작용제 시그니처는 참조 PRR 작용제 시그니처와 다를 수 있으며, 예를 들어 표적 조직에서 병원성이 없는 미생물에 존재하는 PRR 작용제 컬렉션과 다를 수 있다. PRR 시그니처는 또한 미생물성 포유동물 병원체의 천연 PRR 작용제 시그니처와 다르다는 점에서, 예컨대 그렇지 않으면 야생형 PRR 작용제 시그니처가 될 것을 변경하는 유전자의 재조합 발현에 의해 변경되는 점에서 구별될 수 있다. PRR 작용제 시그니처의 특수성(distinctiveness)을 결정하기 위한 목적으로, PRR 작용제의 수준 또는 종류는 직접 측정될 수 있거나, 예를 들어 PRR 작용제/수용체 결합에 따른 세포 내 신호 전달 경로의 활성화 또는 억제를 결정함으로써 측정될 수 있다.
[0044] 본 발명의 다양한 유전자 및 핵산 서열은 재조합 서열일 수 있다. "재조합"이라는 용어는 어떤 것이 재조합되었음을 의미하므로, 핵산 구성물과 관련될 경우 이 용어는 함께 연결되거나 분자 생물학적 기술에 의해 생산되는 핵산 서열로 구성된 분자를 의미한다. 따라서 핵산 "구조물"은 일반적으로 상호 운용 가능한 구성 요소 시퀀서를 집합시켜 만들어진 재조합 핵산이다. 단백질 또는 폴리펩티드와 관련하여 만들어진 용어 "재조합"은 분자 생물학적 기술에 의해 생성된 재조합 핵산 구성물을 사용하여 발현되는 단백질 또는 폴리펩티드 분자를 의미한다. 유전적 구성이나 유기체 또는 세포와 관련하여 만들어진 용어 "재조합"은 부모 게놈에서는 발생하지 않은 대립유전자의 새로운 조합을 의미한다. 재조합 핵산 구조물은 자연적으로 결찰되지 않거나 자연의 다른 위치에 결찰되는 핵산 서열에 결찰되거나 결찰되도록 조작되는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 그러므로 핵산 구조물을 "재조합"이라고 지칭하는 것은 그 핵산 분자가 유전 공학을 사용하여, 즉 인간 개입에 의해 조작되었음을 나타낸다(따라서 인위적임). 재조합 핵산 구조물은 예를 들어 형질전환에 의해 숙주 세포 내로 도입될 수 있다. 이러한 재조합 핵산 구조물은 동일한 숙주 세포 종 또는 다른 숙주 세포 종으로부터 유래된 서열을 포함할 수 있으며, 이는 분리되어 숙주 종의 세포 내로 재도입된다. 재조합 핵산 구조물 서열은 숙주 세포의 원래 형질전환의 결과로 또는 후속 재조합 및/또는 복구 사건의 결과로 숙주 세포 게놈에 통합될 수 있다.
[0045] 본 발명의 재조합 구조물은 예를 들어 형질전환 식물에서 유전자 발현 또는 억제를 매개하는데 필요한 다양한 기능적 분자 또는 게놈 성분을 포함할 수 있다. 이러한 맥락에서, "DNA 조절 서열", "제어 요소" 및 "조절 요소"는, 유전자 발현을 조절하는 프로모터, 인핸서, 폴리아데닐화 신호, 터미네이터 및 단백질 분해 신호 뿐만 아니라, 전사 환경 및 유전자 발현 차이의 구조 변화를 일으키는, 예를 들어 히스톤의 메틸화 또는 아세틸화(예컨대 히스톤 메틸트랜스퍼라제 또는 아세틸트랜스퍼라제)와 관련된 후성유전적 조절 신호와 같은 전사 및 번역 제어 서열을 의미한다. 본 개시내용의 맥락에서, "프로모터"라 함은 프로모터가 유전자에 작동가능하게 연결될 때 유전자의 전사를 지시하기에 충분한 서열을 의미한다. 따라서 프로모터는 RNA 중합효소의 결합과 전사 개시를 제공하는 DNA 서열을 포함하는 유전자의 일부이다. 프로모터 서열은 보편적이지는 않지만 일반적으로 유전자의 5' 비암호화 영역에 위치한다. 프로모터와 유전자는 프로모터에 의해 매개되는 유전자 발현을 허용하도록 이러한 서열이 기능적으로 연결될 때 "작동가능하게 연결"된다. 따라서 "작동가능하게 연결된"이라는 용어는 프로모터에서 전사를 개시하여 유전자의 코딩 세그먼트를 통해 유전자의 터미네이터 부분까지 진행되는 것과 같은 의도된 목적을 위해 함께 기능하도록 DNA 세그먼트가 배열된다는 것을 의미한다. 유전자 발현은 적절한 분자(예컨대 전사 활성화 단백질)가 프로모터에 결합될 때 일부 경우에 발생할 수 있다. 발현은 유전자의 코딩 서열 정보가 전사에 의해 mRNA로 변환되고 이어서 번역에 의해 폴리펩티드(단백질)로 변환되는 과정이며, 그 결과 단백질이 발현된다고 한다. 본 명세서에 사용된 용어로서, 유전자 또는 핵산은 특정 숙주 세포에서 적절한 조건 하에 발현될 수 있다면 "발현 가능"하다.
[0046] 본 명세서에 사용된 "단리된" 핵산 또는 폴리뉴클레오타이드는 원래 환경(예를 들어, 자연적으로 발생하는 경우 자연 환경)으로부터 제거된 성분을 의미한다. 분리된 핵산 또는 폴리펩티드는 원래 연관된 세포 또는 생물학적 성분을 약 50% 미만, 약 75% 미만, 약 90% 미만, 약 99.9% 미만 또는 50~99.9% 사이의 임의의 정수 값 미만으로 함유할 수 있다. 나머지 세포 구성요소와 충분히 구별될 수 있도록(예를 들어 겔에서) PCR을 사용하여 증폭된 폴리뉴클레오타이드는 "단리"된 것이다. 본 발명의 폴리뉴클레오타이드는 "실질적으로 순수"할 수 있으며, 즉 정제 기술을 사용하여 달성되는 바와 같이, 높은 수준으로 단리될 수 있다.
[0047] 생물학적 분자와 관련하여 "내인성"은 주어진 유기체 또는 세포에서 자연적으로 발견되고/되거나 생성되는 핵산과 같은 분자를 의미한다. "내인성" 분자는 "천연" 분자로도 지칭될 수 있다. 반대로, 생물학적 분자의 맥락에서 "외인성"은 자연의 주어진 유기체 또는 세포에서 일반적으로 또는 자연적으로 발견되지 않거나 생성되지 않는 분자, 예컨대 핵산을 의미한다.
[0048] 핵산 또는 아미노산 서열을 기술하기 위해 본원에서 사용되는 용어 "이종"은 예를 들어 형질전환에 의해 특정 숙주 세포에 인공적으로 도입되는 DNA 서열과 같은 분자 또는 분자의 일부를 지칭한다. 이종 DNA 서열은 예를 들어 형질전환에 의해 숙주 세포 내로 도입될 수 있다. 이러한 이종 분자는 숙주 세포로부터 유래된 서열을 포함할 수 있다. 이종 DNA 서열은 숙주 세포의 원래 형질전환의 결과로 또는 후속 재조합 사건의 결과로 숙주 세포 게놈에 통합될 수 있다.
[0049] 본 개시내용의 다양한 측면은 다른 서열과 상동성인 핵산 또는 아미노산 서열을 포함한다. 본 명세서에 사용된 용어로서, 아미노산 또는 핵산 서열은 두 서열이 실질적으로 동일하고 서열의 기능적 활성이 보존되는 경우 그 다른 서열에 대해 "상동성"이다(본 명세서에 사용된 바와 같이, 서열 보존 또는 동일성은 진화론적 의미를 추론하지 않음). 또한, 핵산 서열은 예를 들어 유전자 코드의 축퇴의 결과로 인해 핵산 서열 자체가 실질적으로 동일하지 않더라도 실질적으로 동일한 아미노산 서열을 코딩하는 경우 상동성일 수 있다.
[0050] 본 발명의 대안적인 측면에 사용하기 위한 PRR 리간드는 미생물로부터 유래될 수 있다. 보다 구체적으로, PRR 리간드의 공급원인 미생물은 관심 표적 조직에 병원성을 가질 수 있다. 미생물을 병원체로 특성화하는 것은, 대부분의 동물이 숙주 동물과 공생 또는 공생 관계에 존재하는 박테리아와 같은 미생물에 의해 어느 정도 콜로니화된다는 점에서 미묘하다. 따라서 일반적으로 무해한 많은 종의 박테리아가 건강한 동물에서 발견되며 일반적으로 특정 장기 및 조직의 표면에 국한되어 있다. 종종 이러한 미생물 군집은 마이크로바이옴이라 불리는 것의 구성원으로서 신체의 정상적인 기능을 돕는다. 대장균(Escherichia coli)과 같이 일반적으로 무해한 미생물이 건강한 대상체에게 감염을 일으킬 수 있으며 그 결과는 경미한 감염에서 사망까지 다양하다. 어떤 미생물이 병원성인지 (즉, 감염을 일으키는지)의 여부는 특정 숙주 세포, 조직 또는 장기에 대한 유입 경로 및 접근방식; 미생물의 선천적 발병력; 잠재적 감염 부위에 존재하는 미생물 양; 또는 숙주 동물의 건강에 의존한다. 따라서, 보통은 무해한 미생물들도 감염되기 쉬운 조건하에서 병원성이 될 수 있으며, 가장 발병력이 큰 미생물이라 할지라도 감염을 일으키는데는 특이 환경을 필요로 한다. 따라서, 정상적인 미생물총의 일원인 미생물 종들은 내인성 미생물 총에서의 그들의 정상적인 생태학적 역할을 넘어선 경우 병원성이 될 수 있다. 예컨대, 내인성 종들은 예컨대 접촉성 확산에 의해, 해부학적 근접 영역에서 그들의 생태학적 기생위치 외부에서 감염을 일으킬 수 있다. 이것이 일어나면, 이들 보통은 무해한 내인성 박테리아들은 병원성이다.
[0051] 특정한 미생물종은 달리 건강한 대상자의 특정 세포, 조직 또는 장기에서 감염을 일으키는 것으로 알려져 있다. 특정한 신체 장기 및 조직에서 감염을 흔히 일으키는 박테리아 및 바이러스의 예를 이하에 리스트로 만들어 놓았다; 이들 예들로 한정되는 것이 아니며, 당업자들은 예컨대 문헌 [Manual of Clinical Microbiology 8th Edition, Patrick Murray, Ed., 2003, ASM Press　American Society for Microbiology, Washington DC, USA; Mandell, Douglas, 및 Bennett's Principles 및 Practice of Infectious Diseases 5th Edition, G. L. Mandell, J.E. Bennett, R. Dolin, Eds., 2000, Churchill Livingstone, Philadelphia, PA, USA-이들 문헌은 모두 본 발명에 참고 병합되었다]에 설명된 바와 같이 당해 분야의 지식에 기초하여 건강한 유기체의 다양한 장기와 조직에서 감염 또는 흔히 감염을 일으키는 감염성 또는 병원성 박테리아들을 쉽게 인식 및 동정 (및 각 박테리아 종에 의한 상대적 감염 빈도를 인식)할 수 있을 것이다.
[0052] 피부 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 베타a 용혈성 스트렙토코쿠스 그룹 A, B, C 또는 G, 코리네박테리움 디프테리아, 코리네박테리움 울세란스, 또는 슈도모나스 아에루지노사; 또는 바이러스성 병원체: 홍역, 풍진, 바리셀라-조스터, 에코바이러스, 콕사키바이러스, 아데노바이러스, 백시니아, 헤르페스 심플렉스, 또는 파르보 B19.
[0053] 연조직(예컨대, 지방 및 근육)의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 스타필로코쿠스 아우레우스, 클로스트리듐 퍼프린젠스, 또는 기타 클로스트리듐 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 인플루엔자, 또는 콕사키바이러스.
[0054] 유방의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 또는 스트렙토코쿠스 파이로제네스.
[0055] 두경부의 림프절의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 또는 스트렙토코쿠스 파이로제네스; 또는 바이러스성 병원체: 엡스타인-바, 시토메갈로바이러스, 아데노바이러스, 홍역, 풍진, 헤르페스 심플렉스, 콕사키바이러스, 또는 바리셀라-조스터.
[0056] 팔/액와부의 림프절의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 또는 스트렙토코쿠스 파이로제네스; 또는 바이러스성 병원체: 홍역, 풍진, 엡스타인-바, 시토메갈로바이러스, 아데노바이러스, 또는 바리셀라-조스터.
[0057] 종격 림프절의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 비리단스 스트렙토코쿠스, 펩토코쿠스 spp., 펩토스트렙토코쿠스 spp., 박테로이데스 spp., 푸소박테리움 spp., 또는 미코박테리움 투베르쿨로시스; 또는 바이러스성 병원체: 홍역, 풍진, 엡스타인-바, 시토메갈로바이러스, 바리셀라-조스터, 또는 아데노바이러스.
[0058] 허파문 림프절의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 모락셀라 카타랄리스, 마이코플라즈마 뉴모니에, 클렙시엘라 뉴모니에, 헤모필루스 인플루엔자, 클라미도필라 뉴모니에, 보르데텔라 퍼투시스 또는 미코박테리움 투베르쿨로시스; 또는 바이러스성 병원체: 인플루엔자, 아데노바이러스, 리노바이러스, 코로나바이러스, 파라인플루엔자, 호흡기세포 융합바이러스, 인간 폐렴후바이러스, 또는 콕사키바이러스.
[0059] 복부내 림프절의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 예르시니아 엔테로콜리티카, 예르시니아 슈도투베르쿨로시스, 살모넬라 spp., 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 에스케리치아 콜라이, 스타필로코쿠스 아우레우스, 또는 미코박테리움 투베르쿨로시스; 또는 바이러스성 병원체: 홍역, 풍진, 엡스타인-바, 시토메갈로바이러스, 바리셀라-조스터, 아데노바이러스, 인플루엔자, 또는 콕사키바이러스.
[0060] 다리/서혜부의 림프절의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 또는 스트렙토코쿠스 파이로제네스; 또는 바이러스성 병원체: 홍역, 풍진, 엡스타인-바, 시토메갈로바이러스, 또는 헤르페스 심플렉스.
[0061] 혈액의 감염 (즉, 패혈증)은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 코아귤라제-음성 스타필로코쿠스, 엔테로코쿠스 spp., 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 엔테로박터 spp., 프로테우스 spp., 슈도모나스 아에루지노사, 박테로이데스 프라길리스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 또는 그룹 B 스트렙토코쿠스; 또는 바이러스성 병원체: 홍역, 풍진, 바리셀라-조스터, 에코바이러스, 콕사키바이러스, 아데노바이러스, 엡스타인-바, 헤르페스 심플렉스, 또는 시토메갈로바이러스.
[0062] 뼈의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 코아귤라제-음성 스타필로코쿠스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 스트렙토코쿠스 아갈락티아에, 기타 스트렙토코쿠스 spp., 에스케리치아 콜라이, 슈도모나스 spp., 엔테로박터 spp., 프로테우스 spp., 또는 세라티아 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 파르보바이러스 B19, 풍진, 또는 B형 간염.
[0063] 관절의 감염은 일반적으로 다음과 같은 박테리아 종에 의해 발생한다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 코아귤란스-음성 스타필로코치, 스트렙토코쿠스 피오게네스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 스트렙토코쿠스 아갈락티에, 기타 스트렙토코치 spp., 에스케리치아 콜라이, 슈도모나스 spp., 엔테로박터 spp., 프로테우스 spp., 세라티아 spp., 네이세리아 고노레아, 살모넬라 종, 미코박테리움 투베르쿨로시스, 헤모필러스 인플루엔자; 또는 바이러스 병원체; 파보바이러스 B19, 풍진, B형 간염; 또는 진균 병원체: 세도스포리움 프로리피칸스.
[0064] 수막의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 헤모필루스 인플루엔자, 네이세리아 메닝기티디스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 스트렙토코쿠스 아갈락티아에, 또는 리스테리아 모노시토제네스; 또는 바이러스성 병원체: 에코바이러스, 콕사키바이러스, 기타 엔테로바이러스, 또는 유행성이하선염.
[0065] 뇌의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 spp. (S. 안지노수스, S. 콘스텔라투스, S. 인터메디우스를 포함), 스타필로코쿠스 아우레우스, 박테로이데스 spp., 프레보텔라 spp., 프로테우스 spp., 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 슈도모나스 spp., 엔테로박터 spp., 또는 보렐리아 부르그도르페리; 또는 바이러스성 병원체: 콕사키바이러스, 에코바이러스, 폴리오바이러스, 기타 엔테로바이러스, 유행성이하선염, 헤르페스 심플렉스, 바리셀라-조스터, 플라비바이러스, 또는 분야바이러스.
[0066] 척수의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 헤모필루스 인플루엔자, 네이세리아 메닝기티디스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 스트렙토코쿠스 아갈락티아에, 리스테리아 모노시토제네스, 또는 보렐리아 부르그도르페리; 또는 바이러스성 병원체: 콕사키바이러스, 에코바이러스, 폴리오바이러스, 기타 엔테로바이러스, 유행성이하선염, 헤르페스 심플렉스, 바리셀라-조스터, 플라비바이러스, 또는 분야바이러스.
[0067] 눈/안와의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 스트렙토코쿠스 밀레리, 에스케리치아 콜라이, 바실러스 세레우스, 클라미디아 트라코마티스, 헤모필루스 인플루엔자, 슈도모나스 spp., 클렙시엘라 spp., 또는 트레포네마 팔리둠; 또는 바이러스성 병원체: 아데노바이러스, 헤르페스 심플렉스, 바리셀라-조스터, 또는 시토메갈로바이러스.
[0068] 침샘의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 비리단스 스트렙토코쿠스 (예컨대, 스트렙토코쿠스 살리바리우스, 스트렙토코쿠스 생귀스, 스트렙토코쿠스 뮤탄스), 펩토스트렙토코쿠스 spp., 또는 박테로이데스 spp., 또는 기타 구내 혐기균; 또는 바이러스성 병원체: 유행성이하선염, 인플루엔자, 엔테로바이러스, 또는 광견병.
[0069] 입의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 프레보텔라 멜라니노제니쿠스, 혐기성 스트렙토코쿠스, 비리단스 스트렙토코쿠스, 악티노마이세스 spp., 펩토스트렙토코쿠스 spp., 또는 박테로이데스 spp., 또는 기타 구내 혐기균; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스, 콕사키바이러스, 또는 엡스타인-바.
[0070] 편도의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 또는 그룹 C 또는 G B-용혈성 스트렙토코쿠스; 또는 바이러스성 병원체: 리노바이러스, 인플루엔자, 코로나바이러스, 아데노바이러스, 파라인플루엔자, 호흡기세포 융합바이러스, 또는 헤르페스 심플렉스.
[0071] 부비강의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 헤모필루스 인플루엔자, 모락셀라 카타랄리스, α-스트렙토코쿠스, 혐기성 박테리아 (예컨대, 프레보텔라 spp.), 또는 스타필로코쿠스 아우레우스; 또는 바이러스성 병원체: 리노바이러스, 인플루엔자, 아데노바이러스, 또는 파라인플루엔자.
[0072] 비인두의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 또는 그룹 C 또는 G B-용혈성 스트렙토코쿠스; 또는 바이러스성 병원체: 리노바이러스, 인플루엔자, 코로나바이러스, 아데노바이러스, 파라인플루엔자, 호흡기세포 융합바이러스, 또는 헤르페스 심플렉스.
[0073] 갑상선의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 또는 스트렙토코쿠스 뉴모니에; 또는 바이러스성 병원체: 유행성이하선염, 또는 인플루엔자.
[0074] 후두의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 마이코플라즈마 뉴모니에, 클라미도필라 뉴모니에, 또는 스트렙토코쿠스 파이로제네스; 또는 바이러스성 병원체: 리노바이러스, 인플루엔자, 파라인플루엔자, 아데노바이러스, 코로나 바이러스, 또는 인간 폐렴후바이러스.
[0075] 기관의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 마이코플라즈마 뉴모니에; 또는 바이러스성 병원체: 파라인플루엔자, 인플루엔자, 호흡기세포 융합바이러스, 또는 아데노바이러스.
[0076] 기관지의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 마이코플라즈마 뉴모니에, 클라미도필라 뉴모니에, 보르데텔라 퍼투시스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 또는 헤모필루스 인플루엔자; 또는 바이러스성 병원체: 인플루엔자, 아데노바이러스, 리노바이러스, 코로나바이러스, 파라인플루엔자, 호흡기세포 융합바이러스, 인간 폐렴후바이러스, 또는 콕사키바이러스.
[0077] 폐의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 모락셀라 카타랄리스, 마이코플라즈마 뉴모니에, 클렙시엘라 뉴모니에, 또는 헤모필루스 인플루엔자; 또는 바이러스성 병원체: 인플루엔자, 아데노바이러스, 호흡기세포 융합바이러스, 또는 파라인플루엔자.
[0078] 흉막의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 스트렙토코쿠스 뉴모니에, 헤모필루스 인플루엔자, 박테로이데스 프라길리스, 프레보텔라 spp., 푸소박테리움 누클레아툼, 펩토스트렙토코쿠스 spp., 또는 미코박테리움 투베르쿨로시스; 또는 바이러스성 병원체: 인플루엔자, 아데노바이러스, 호흡기세포 융합바이러스, 또는 파라인플루엔자.
[0079] 종격의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 비리단스 스트렙토코쿠스, 펩토코쿠스 spp., 펩토스트렙토코쿠스 spp., 박테로이데스 spp., 푸소박테리움 spp., 또는 미코박테리움 투베르쿨로시스; 또는 바이러스성 병원체: 홍역, 풍진, 엡스타인-바, 또는 시토메갈로바이러스.
[0080] 심장의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 spp. (including S. mitior, S. 보비스, S. 생귀스, S. 뮤탄스, S. 안지노수스), 엔테로코쿠스 spp., 스타필로코쿠스 spp., 코리네박테리움 디프테리아, 클로스트리듐 퍼프린젠스, 네이세리아 메닝기티디스, 또는 살모넬라 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 엔테로바이러스, 콕사키바이러스, 에코바이러스, 폴리오바이러스, 아데노바이러스, 유행성이하선염, 홍역, 또는 인플루엔자.
[0081] 식도의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 악티노마이세스 spp., 미코박테리움 아비움, 미코박테리움 투베르쿨로시스, 또는 스트렙토코쿠스 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 시토메갈로바이러스, 헤르페스 심플렉스, 또는 바리셀라-조스터.
[0082] 위장의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 파이로제네스 또는 헬리코박터 파일로리; 또는 바이러스성 병원체: 시토메갈로바이러스, 헤르페스 심플렉스, 엡스타인-바, 로타바이러스, 노로바이러스, 또는 아데노바이러스.
[0083] 소장의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클로스트리듐 디피실, 박테로이데스 프라길리스, 박테로이데스 불가투스, 박테로이데스 테타이오타오미크론, 클로스트리듐 퍼프린젠스, 살모넬라 엔테리디티스, 예르시니아 엔테로콜리티카, 또는 시겔라 플렉스네리; 또는 바이러스성 병원체: 아데노바이러스, 아스트로바이러스, 칼리시바이러스, 노로바이러스, 로타바이러스, 또는 시토메갈로바이러스.
[0084] 결장/직장의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클로스트리듐 디피실, 박테로이데스 프라길리스, 박테로이데스 불가투스, 박테로이데스 테타이오타오미크론, 클로스트리듐 퍼프린젠스, 살모넬라 엔테리디티스, 예르시니아 엔테로콜리티카, 또는 시겔라 플렉스네리; 또는 바이러스성 병원체: 아데노바이러스, 아스트로바이러스, 칼리시바이러스, 노로바이러스, 로타바이러스, 또는 시토메갈로바이러스.
[0085] 항문의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 박테로이데스 spp., 푸소박테리움 spp., 혐기성 스트렙토코쿠스, 클로스트리듐 spp., 에스케리치아 콜라이, 엔테로박터 spp., 슈도모나스 아에루지노사, 또는 트레포네마 팔리둠; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스.
[0086] 회음의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 엔테로코쿠스 spp., 박테로이데스 spp., 푸소박테리움 spp., 클로스트리듐 spp., 슈도모나스 아에루지노사, 혐기성 스트렙토코쿠스, 클로스트리듐 spp., 또는 엔테로박터 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스.
[0087] 간의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 스트렙토코쿠스 (안지노수스 그룹), 엔테로코쿠스, spp. 기타 비리단스 스트렙토코쿠스, 또는 박테로이데스 spp.; 또는 바이러스성 병원체: A형 간염, 엡스타인-바, 헤르페스 심플렉스, 유행성이하선염, 풍진, 홍역, 바리셀라-조스터, 콕사키바이러스, 또는 아데노바이러스.
[0088] 담낭의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 엔테로박터 spp., 엔테로코쿠스, 박테로이데스 spp., 푸소박테리움 spp., 클로스트리듐 spp., 살모넬라 엔테리디티스, 예르시니아 엔테로콜리티카, 또는 시겔라 플렉스네리.
[0089] 담도의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 엔테로박터 spp., 엔테로코쿠스, 박테로이데스 spp., 푸소박테리움 spp., 클로스트리듐 spp., 살모넬라 엔테리디티스, 예르시니아 엔테로콜리티카, 또는 시겔라 플렉스네리; 또는 바이러스성 병원체: A형 간염, 엡스타인-바, 헤르페스 심플렉스, 유행성이하선염, 풍진, 홍역, 바리셀라-조스터, 콕사키 바이러스, 또는 아데노바이러스.
[0090] 췌장의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 엔테로코쿠스 spp., 슈도모나스 spp., 스타필로코쿠스 spp., 마이코플라즈마 spp., 살모넬라 타이피, 렙토스피로시스 spp., 또는 레지오넬라 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 유행성이하선염, 콕사키바이러스, B형 간염, 시토메갈로바이러스, 헤르페스 심플렉스 2, 또는 바리셀라-조스터.
[0091] 비장의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 spp., 스타필로코쿠스 spp., 살모넬라 spp., 슈도모나스 spp., 에스케리치아 콜라이, 또는 엔테로코쿠스 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 엡스타인-바, 시토메갈로바이러스, 아데노바이러스, 홍역, 풍진, 콕사키바이러스, 또는 바리셀라-조스터.
[0092] 부신의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스트렙토코쿠스 spp., 스타필로코쿠스 spp., 살모넬라 spp., 슈도모나스 spp., 에스케리치아 콜라이, 또는 엔테로코쿠스 spp.; 또는 바이러스성 병원체: 바리셀라-조스터.
[0093] 신장의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 프로테우스 미라빌리스, 프로테우스 불가투스, 프로비덴티아 spp., 모르가넬라 spp., 엔테로코쿠스 파에칼리스, 또는 슈도모나스 아에루지노사; 또는 바이러스성 병원체: BK 바이러스, 또는 유행성이하선염.
[0094] 요관의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 프로테우스 미라빌리스, 프로테우스 불가투스, 프로비덴티아 spp., 모르가넬라 spp., 또는 엔테로코쿠스 spp.
[0095] 방광의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 프로테우스 미라빌리스, 프로테우스 불가투스, 프로비덴티아 spp., 모르가넬라 spp., 엔테로코쿠스 파에칼리스, 또는 코리네박테리움 제케움; 또는 바이러스성 병원체: 아데노바이러스, 또는 시토메갈로바이러스.
[0096] 복막의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 스트렙토코쿠스 뉴모니아, 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 프로테우스 spp., 엔테로코쿠스, 박테로이데스 프라길리스, 프레보텔라 멜라니노제니카, 펩토코쿠스 spp., 펩토스트렙토코쿠스 spp., 푸소박테리움 spp., 또는 클로스트리듐 spp.
[0097] 후복막부의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 또는 스타필로코쿠스 아우레우스.
[0098] 전립선의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 spp., 엔테로박터 spp., 프로테우스 미라빌리스, 엔테로코쿠스 spp., 슈도모나스 spp., 코리네박테리움 spp., 또는 네이세리아 고노로에아에; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스.
[0099] 고환의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라 뉴모니에, 슈도모나스 아에루지노사, 스타필로코쿠스 spp., 스트렙토코쿠스 spp., 또는 살모넬라 엔테리디티스; 또는 바이러스성 병원체: 유행성이하선염, 콕사키바이러스, 또는 림프구성 백락수막염 바이러스.
[00100] 음경의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 네이세리아 고노로에아에, 또는 트레포네마 팔리둠; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스.
[00101] 난소/부속기의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 네이세리아 고노로에아에, 클라미디아 트라코마티스, 가르데네렐라 바기날리스, 프레보텔라 spp., 박테로이데스 spp., 펩토코쿠스 spp. 스트렙토코쿠스 spp., 또는 에스케리치아 콜라이.
[00102] 자궁의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 네이세리아 고노로에아에, 클라미디아 트라코마티스, 가르데네렐라 바기날리스, 프레보텔라 spp., 박테로이데스 spp., 펩토코쿠스 spp., 스트렙토코쿠스 spp., 또는 에스케리치아 콜라이.
[00103] 자궁경부의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 네이세리아 고노로에아에, 클라미디아 트라코마티스, 또는 트레포네마 팔리둠; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스.
[00104] 질의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 가르데네렐라 바기날리스, 프레보텔라 spp., 박테로이데스 spp., 펩토코쿠스 spp., 에스케리치아 콜라이, 네이세리아 고노로에아에, 클라미디아 트라코마티스, 또는 트레포네마 팔리둠; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스.
[00105] 음문의 감염은 다음의 박테리아 종에 의해 흔히 일어난다: 스타필로코쿠스 아우레우스, 스트렙토코쿠스 파이로제네스, 또는 트레포네마 팔리둠; 또는 바이러스성 병원체: 헤르페스 심플렉스.
[00106] 박테리아 종은 유사한 균주들의 집합체로서 운영상 분류된다(일반적으로 식별 가능한 생리학적 차이가 있지만 일반적으로 형태학적 차이는 없는 것으로 추정되는 공통 조상 그룹을 말하며, 박테리아 표면 항원에 대한 혈청학적 기술을 사용하여 식별할 수 있음). 따라서, 각각의 박테리아 종 (예컨대, 스트렙토코쿠스 뉴모니에)에는 특정 장기/부위에서 감염을 일으킬 수 있는 능력에 차이가 날 수 있는 수많은 균주들(또는 혈청형)이 있다. 예를 들어, 스트렙토코쿠스 뉴모니에의 혈청은 적어도 90가지가 있으나, 혈청형 1, 3, 4, 7, 8, 및 12가 인간의 폐렴구균성 질환에 가장 흔히 책임이 있다.
[00107] 장외 병원성 E. 콜라이 (ExPEC)라고 칭해지는 에스케리치아 콜라이의 특정 균주들은 요로 감염 또는 신생아 뇌막염과 같은 기타 장외 감염을 더 잘 일으키는 반면, 장내 독성 E. 콜라이 (ETEC), 장내 병원성 E. 콜라이 (EPEC), 장출혈성 E. 콜라이 (EHEC), 시가 독소-생성 E. 콜라이 (STEC), 장내 응집성 E. 콜라이 (EAEC), 장내 침습성 E. 콜라이 (EIEC) 및 확산 부착성 E. 콜라이 (DAEC)는 위장관 감염/설사를 더 잘 일으킨다. ExPEC 균주의 하부 카테고리 가운데서도, 특정한 독력 인자 (예컨대 1형술 (type-1 fimbriae) 의 생산)는 특정 균주로 하여금 방광 감염을 더 잘 일으키게 만드는 반면, 다른 독력 인자 (예컨대 P술 생산)는 다른 균주로 하여금 신장의 감염을 더 잘 일으키게 할 수 있다. 본 발명에 따라, 방광의 감염을 더 잘 일으키는 ExPEC 균주(들)은 방광암에서 면역 조절장애를 표적화하기 위한 조성물에 선택하는 반면, 신장 감염을 더 잘 일으키는 ExPEC 균주(들)은 신장암에서 면역 조절장애를 표적화시키기 위한 포뮬레이션으로선택할 수 있다. 마찬가지로, E. 콜라이 의 ETEC, EPEC, EHEC, STEC, EAEC, EIEC 또는 DAEC 균주들 중 1종 이상 (즉, 결장 감염을 일으키는 균주)은 결장에서 면역 조절장애 치료용 포뮬레이션에 용으로 선택할 수 있다.
[00108] 마찬가지로, 특이적인 바이러스의 서브타입도 수없이 많을 수 있다. 예를 들어, 인플루엔자 바이러스에는 인플루엔자 A, 인플루엔자 B 및 인플루엔자 C의 3가지 인플루엔자 유형이 있는데, 이들은 역학적, 숙주 범위 및 임상적 특성면에서 서로 다르다. 예컨대, 인플루엔자 A는 바이러스성 폐 감염에 더 연관되어 있는 반면, 인플루엔자 B는 근염(즉, 근육 감염)과 보다 연관되어 있다. 뿐만 아니라, 이들 3종의 인플루엔자들 각각에는 다시 수많은 서브타입이 있고, 이들 역시 역학적, 숙주 범위 및 임상적 특성을 서로 달리한다. 본 발명에 따라, 폐에서 면역 조절장애를 표적화하기 위해 폐 감염과 가장 흔히 관련된 인플루엔자 A 서브타입을 선택할 수 있는 반면, 근육/연조직에서 면역 조절장애를 치료하는데는 근염과 가장 흔히 연관된 인플루엔자 B 균주를 선택할 수 있을 것이다.
[00109] 일부 병리학적 조직 상태와 관련된 특정 미생물군, 예를 들어 특정 종양의 미생물군이 있다. 예를 들어, 푸소박테리움(Fusobacterium)과 프로비덴시아(Providencia)는 대장암과 관련이 있다.
[00110] 본 발명의 조성물은 특정 조직 또는 장기에서 병원성인 병원성 미생물 종(박테리아, 바이러스 또는 진균)의 면역원을 포함하는데, 여기서 이들 면역원은 표적 조직에서 병원성을 나타내는 미생물성 포유동물 병원체의 PRR 작용제 시그니처의 별개 부분을 요약하는 포유동물 PRR 작용제의 인공 레퍼토리 형태로 제공된다. 선택된 구현예에서, PRR 작용제 시그니처 부분은 그것이 표적 조직에서 병원성이 아닌 미생물의 참조 PRR 작용제 시그니처와 상이하다는 점과; 미생물성 포유동물 병원체의 천연 PRR 작용제 시그니처와는 다르다는 점 두 가지 모두에서 구별된다. 포유동물 PRR 작용제의 이러한 특징적인 인공 레퍼토리는 포유동물 숙주의 표적 조직에 상주하는 선천적 면역 세포에 대한 결합된 제시를 위한 치료 비히클에서 함께 제형된다.
[00111] 본 발명의 조성물은 포유동물 예컨대 인간에게 투여하기에 적합한 형태로 단독으로 또는 리포좀, 아쥬반트, 또는 기타 약학적으로 허용가능한 담체(치료용 비히클)의 존재 하에 다른 화합물(예컨대 핵산 분자, 소형 분자, 펩타이드, 또는 펩타이드 유사체)와 조합하여 제공될 수 있다. 본 발명에서 "약학적으로 허용가능한 담체" 또는 "부형제"에는 생리학적으로 상용가능한 모든 용매, 분산 매질, 코팅, 항균제 및 항진균제, 등장화제 및 흡수 지연제 등이 포함된다. 담체는 피하, 피내 , 정맥내, 비경구, 복강내, 근육내, 설하, 흡입, 종양내 또는 경구 투여를 비롯한 적절한 투여 경로에 알맞는 것일 수 있다. 약학적으로 허용가능한 담체는 멸균 주사용액 또는 분산액 및 멸균 주사용액 또는 분산액의 즉석 조제를 위한 멸균 분말을 포함한다. 약학적 활성 물질에 사용되기 위한 이러한 매질 및 물질의 사용은 본 발명이 속한 분야에 잘 알려져 있다. 통상적인 매질이나 물질이 활성 화합물 (예컨대 본 발명의 특정 박테리아, 박테리아성 항원 또는 이들의 조합)과 상용성이 없는 경우를 제외하고, 본 발명의 약학적 조성물에 이들을 사용할 수 있다. 보조 활성 화합물 역시도 조성물에 혼입될 수 있다.
[00112] 본 발명의 측면은 나노입자(NP) 제제의 사용을 포함한다. 예를 들어, 바이러스 유사 입자(VLP)는 본질적으로 온전한 단백질 외피 및 일부 구현예에서는 막 외피를 갖는 빈 바이러스 입자이다. 일반적으로 VLP에는 유전 물질이 부족하다. VLP의 생산은 예를 들어 포유동물, 조류, 곤충, 식물, 효모 또는 박테리아 세포에서 바이러스 단백질의 발현에 의해 이루어질 수 있다. 대안적으로, 완전 합성 VLP가 생산될 수도 있다. 대체 나노입자 제제 에멀젼, 리포솜 알지네이트, 키토산 및 폴리락타이드-코글리콜라이드(PLGA) NP. 면역 반응을 유도하는데 사용하기 위해 개조될 수 있는 NP/TLR 리간드 제제의 예는 TLR2 (Pam(3)Cys), TLR9 (Poly I: C), TLR4 (3-O-데아실-4-O-모노포스포릴 지질 A(MPL)), TLR7(9-벤질-8-하이드록시아데닌), TLR7/8(레시퀴모드, R848) 및 TLR9(CpG DNA)에 대한 리간드이다
[00113] 선택된 복합제형에 더하여, 원하는 면역 반응을 강화하기 위해 다양한 보조제를 사용할 수 있다(Levast et al., 2014, Vaccines, 2, 297-322 참조).
[00114] 본 발명에 따른 PRR 리간드를 이용한 치료는 보다 전통적이고 기존 치료법과 조합될 수 있다. 예를 들어, 암의 경우 화학 요법, 방사선 요법, 수술 등이 포함될 수 있으며, 면역 체계를 자극하고 염증을 줄이거나 영양소, 비타민 및 보충제와 같이 대상체에게 혜택을 주는 치료법이 포함될 수 있다. 예컨대, 비타민 A, 비타민 D, 비타민 E, 비타민 C, 비타민 B 복합체, 셀레늄, 아연, 코엔자임 Q10, β 카로틴, 어유, 커커민, 녹차, 브로멜라인, 레스베라트롤, 아마씨, 마늘, 라이코펜, 큰엉겅퀴, 멜라토닌, 기타 항산화제, 시메티딘, 인도메타신 또는 COX-2 저해제 (예컨대, CelebrexTM [셀레콕시브] 또는 VioxxTM [로페콕시브]) 역시도 대상자에게 투여될 수 있다.
[00115] 통상적인 약학적 실무를 이용하여 대상자에게 화합물을 투여하기 위한 적절한 포뮬레이션 또는 조성물을 제공할 수 있다. 대안적인 투여경로의 예로는 예컨대, 비경구, 정맥내, 피내 , 피하, 근육내, 두개내, 안와내, 안구내, 심실(뇌실)내, 관절낭내, 척주내, 경막내, 수조내, 복강내, 비내, 흡입, 에어로졸, 국소, 종양내, 설하 또는 경구 투여를 들 수 있다. 치료용 포뮬레이션은 액상 용액 또는 현탁액 형태일 수 있다; 경구 투여의 경우, 포뮬레이션은 정제 또는 캡슐의 형태일 수 있고; 비내용 포뮬레이션의 경우, 분말, 비내용 드롭스 또는 에어로졸일 수 있으며; 설하용 포뮬레이션의 경우, 드롭스, 에어로졸 또는 정제일 수 있다.
[00116] 포뮬레이션을 제조하기 위한 공지 방법은 예컨대 "Remington's Pharmaceutical Sciences" (제20판), ed. A. Gennaro, 2000, Mack Publishing Company, Easton, PA에서 찾아볼 수 있다. 비경구 투여용 포뮬레이션은 예컨대 부형제, 멸균수, 또는 염수, 폴리에틸렌 글리콜과 같은 폴리알킬렌 글리콜, 식물 기원의 오일, 수소첨가된 나프탈렌을 포함할 수 있다. 생체적합성, 생물분해성 락티드 폴리머, 락티드/글리콜리드 코폴리머, 또는 폴리옥시에틸렌-폴리옥시프로필렌 코폴리머를 이용하여 화합물의 방출성을 제어할 수 있다. 그 밖에 잠재적으로 유용한 비경구용 전달계는 예컨대 에틸렌-비닐 아세테이트 코폴리머 입자, 삼투압 펌프, 이식가능한 관주 시스템, 및 리포좀을 포함할 수 있다. 흡입용 포뮬레이션은 부형제, 예컨대 락토스를 함유할 수 있으며 또는 예컨대 폴리옥시에틸렌-9-라우릴 에테르, 글리콜레이트 및 데옥시콜레이트를 함유하는 수용액일 수 있고, 또는 코에 사용하기 위한 드롭서 또는 겔의 형태로 투여되기 위한 오일리한 용액일 수 있다. 치료용 또는 예방용 조성물의 경우, 질병에 따라, 병원성 박테리아 종을 암의 진행 또는 전이를 중단 또는 둔화시키는데 효과적인 양, 또는 대상자의 생존능을 증가시키는데 효과적인 양으로 (예컨대 SEER 데이터베이스로부터 유래하는 예후에 상대적으로) 투여할 수 있다.
[00117] 키토산, 알기네이트, 젤라틴, 폴리(락트산-코-글리콜산)(PLGA), 폴리(락트산)(PLA), 폴리(ε-카프로락톤)(PCL), 폴리(β-아미노 에스테르)(PBAE) 및 폴리(메틸 메타크릴레이트)(PMMA)을 포함하는 생분해성 폴리머 물질은 항원 및 면역조절 치료제의 단계적 전달을 위해 사용될 수 있다(Lu et al., 2021). 마찬가지로, 미리 결정된 시간적 순서로 하나 이상의 치료제를 전달할 수 있는 생침식성 시스템이 개발되었다(Sundararaj et al., 2014). 폴리무수물과 폴리(오르토 에스테르)는 이러한 방식으로 치료제의 제어된 전달을 위해 사용되는 표면 침식 폴리머의 예이다. 유사하게, 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트(CAP) 및 Pluronic F-127(P)은 비양성자성 용매에서 혼합될 때 수소 결합을 통해 결합하여 치료 조성물의 방출을 중재할 수 있는 매트릭스를 제공한다. CAP 대 플루로닉 비율은 침식 속도를 조절하여 치료 방출 시기를 조절하도록 조정될 수 있다. 따라서 이러한 시스템은 다수의 연속적인 시간적으로 분리된 투약 단계에서 매트릭스로부터 포유동물 병원체를 방출하도록 적합화된, 간헐적 단계적 방출을 위해 약독화되거나 사멸된 포유동물 병원체와 같은 치료제를 수용하는 단계적 방출 매트릭스에 제공될 수 있으며, 예를 들어, 수술일에 수술 상처에 전달 시스템을 적용한 후, 수술 전후기 기간, 예컨대 수술일로부터 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개월 이내의 기간 동안 각 투여 단계에서 치료적으로 효과적인 포유동물 병원체의 분획물이 방출된다.
[00118] 약학적 조성물 또는 제제는 약물 투여에 사용되는 방법에 따라 다양한 방식으로 패키지될 수 있다. 예를 들어, 제조 물품 또는 패키지은 적절한 형태의 약제학적 제형이 내부에 침착된 용기를 포함할 수 있다. 적합한 용기에는 예를 들어 병(플라스틱 및 유리), 봉지, 앰플, 플라스틱 백, 금속 실린더 및 약병과 같은 재료가 포함될 수 있다. 용기는 멸균 접근 포트를 가질 수 있으며, 예를 들어 용기는 정맥내 용액 백 또는 피하 주사 바늘로 뚫을 수 있는 마개를 갖는 바이알일 수 있다. 패키지 또는 용기는 또한 패키지 또는 용기의 내용물에 대한 접근을 제어하도록 구성된 변조 방지 또는 다용도 메커니즘, 예를 들어 패키지에 포함된 약병에 일치하는 다중 용량 약병 어댑터를 포함할 수 있다. 용기 또는 패키지는 라벨, 예를 들어 용기의 내용물을 설명하는 라벨, 예를 들어 그 안의 약학적 조성물을 식별하고/하거나 투여 모드 또는 경로를 지정하는 약물 라벨을 포함할 수 있다. 라벨에는 용기나 패키지의 보관 조건을 지정하거나 치료 방식의 금기 사항이나 부작용을 명시하는 등 적절한 경고가 포함될 수도 있다. 따라서 제조 물품은 약학적 조성물의 사용을 용이하게 하도록 개조된 약학적 조성물 또는 부속품을 포함하는 "키트"의 형태를 취할 수 있다. 키트에는 라벨 또는 패키지 삽입물이 포함될 수 있으며, 여기서 "패키지 삽입물"이라는 용어는 치료 제품의 상업용 패키지에 관례적으로 포함된 지침을 지칭하는 데 사용되며 이는 그러한 치료 제품의 사용에 관한 적응증, 용법, 복용량, 투여, 금기 사항 및/또는 경고에 대한 정보를 포함한다. 키트에는 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 주사기를 포함하여 약학 조성물의 사용과 관련된 액세서리가 추가로 포함될 수 있다. 키트는 또한 예를 들어 다수의 단위 투여량을 포함하는 약학적 조성물의 선택된 투여 형태의 전달에 적합할 수 있다. 이러한 키트에는 복용량이 사용될 치료 일정의 의도된 시기를 물리적으로 또는 서면으로 표시하는 형태의 기억 보조 장치 또는 메커니즘이 포함될 수 있다.
[00119] "동반 진단(companion diagnostic)"은 약학적 치료 또는 조성물과 연관될 수 있다. 동반 진단은 일반적으로 특정 환자에 대한 치료 적용 가능성을 결정하기 위한 진단 테스트의 형태로 진단 또는 예후 정보를 제공함으로써 관련 치료를 촉진하는 분석법이다. 현장 동반 진단은 예를 들어 키트의 일부로서 약제학적 제제를 제공하는 것과 함께 진단 조성물 및/또는 제조품을 제공하는 것을 포함할 수 있다. 대안적으로, 동반 진단은 대상체의 치료를 모니터링하거나 의도된 치료의 치료 효능을 예측하기 위한 분석법으로 별도로 제공될 수 있다. 동반 진단은 예를 들어 영상 도구와 같은 의료 기기의 형태를 취할 수도 있고, 해당 의약품 또는 생물학적 제품의 안전하고 효과적인 사용과 관련된 정보를 제공하는 시험관내 분석 수행을 위해 그러한 기기에 의해 수행되는 프로세스의 형태를 취할 수도 있다. 동반 진단은 치료 효능에 대한 진단 또는 예후 정보 또는 바람직하지 않은 부작용 또는 위험의 증거를 제공하기 위해 본원에 개시된 치료법과 함께 사용될 수 있다. 특정 치료제와 동반 진단제의 사용은 지침, 예컨대 진단 장치의 라벨링 및/또는 해당 치료제의 라벨링에 규정될 수 있다. 동반 진단 테스트의 유형에는 예를 들어 다음이 포함될 수 있다: 유전적 SSI 반응 마커와 같은 유전적 패턴을 선별하는 테스트 형태의 선별 및 검출; 질병의 향후 경과를 예측하거나 치료에 대한 환자의 반응을 나타내는 데 도움이 되는 생화학적 SSI 반응 마커에 대한 분석과 같은 예후 및 치료진단; 예를 들어 처방된 치료법의 효과와 적절한 투여량을 평가하기 위한 모니터링; 또는 질병 재발에 대한 환자의 위험을 분석하는 검사.
[00120] 본 발명에 따른 조성물의 "유효량"은 치료 유효량 또는 예방 유효량을 포함한다. "치료 유효량"은 면역 조절장애의 감소 또는 제거와 같은 원하는 치료 결과를 달성하는 데 필요한 투여량 및 기간 동안 효과적인 양을 의미한다. 조성물의 치료 유효량은 개인의 질병 상태, 연령, 성별 및 체중, 그리고 개인에서 원하는 반응을 이끌어내는 화합물의 능력과 같은 요인에 따라 달라질 수 있다. 최적의 치료 반응을 제공하기 위해 투여량 요법을 조정할 수 있다. 치료 유효량은 또한 조성물의 임의의 독성 또는 해로운 효과보다 치료적으로 유익한 효과가 더 큰 양일 수 있다. "예방 유효량"은 면역 조절장애의 개선과 같은 원하는 예방적 결과를 달성하는데 필요한 투여량 및 기간 동안 효과적인 양을 의미한다. 전형적으로, 예방적 용량은 암 이전 또는 초기 단계의 대상체에게 사용되므로, 예방적 유효량은 치료적 유효량보다 적을 수 있다.
[00121] 임의의 특정 대상체에 있어서, 치료 시기와 용량은 개인의 필요와 조성물을 투여하거나 투여를 감독하는 사람의 전문적 판단에 따라 경시적으로(예컨대 시기는 매일, 격일, 매주, 매월 등이 될 수 있다) 조정가능하다. 예컨대, 피하 또는 피내 투여 관점에서, 조성물은 격일로 투여될 수 있다. 약 0.05 ml의 초기 투여량을 피하 투여한 다음, 주사 부위에 적절한 피부 반응이 나타날 때가지 격일로 0.01-0.02 ml씩 투여한다 (예컨대, 1 인치 내지 2 인치 직경은 주사 부위에서 육안관찰가능한 발적 반응을 지연시켰다). 이 적절한 면역반응이 달성되면, 이 투여량을 유지 투여량으로서 유지한다. 유지 투여량은 주사 부위에서 목적하는 육안관찰가능한 피부 반응(염증)이 얻어지도록 때때로 조절하기도 한다. 투여는 예컨대 1 주일, 2 주일, 2 개월, 6 개월, 1, 2, 3, 4, 또는 5년 또는 그 이상의 기간 동안 지속될 수 있다. 경구 투여는 예컨대 1일 4회로 매일 또는 매주 투여될 수 있다. 투여는 예컨대 적어도 예컨대 of 적어도 1 주일, 2 주일, 2 개월, 6 개월, 1, 2, 3, 4, 또는 5년 또는 그 이상의 투여 기간 동안 지속될 수 있다.
[00122] 몇몇 구현예에서, 본 발명은 동시에 또는 순차적으로 설하 또는 흡입에 의해 투여되거나, 또는 1종 이상의 상피 조직 (즉, 피내 또는 피하 주사에 의한 피부; 흡입에 의한 폐 상피; 경구 섭취에 의한 위장관 점막; 설하 투여에 의한 구내 점막)으로 투여되는 조성물을 포함할 수 있다. 따라서, 몇몇 구현예에서, 본 발명의 조성물은 상피 조직에서 면역반응을 일으키도록 투여된다. 몇몇 구현예에서, 1종 이상의 상피 투여 경로를 종양내, 근육내 또는 정맥내 투여와 같은 1종 이상으다른 투여 경로와 병용할 수 있다.
[00123] 면역원성 제제의 경우, 본 발명의 조성물의 면역학적 유효량은 단독으로 또는 다른 화합물, 예를 들어 면역학적 보조제와 함께 제공될 수 있다. 조성물은 예를 들어 면역원성을 강화하기 위해 소 혈청 알부민 또는 키홀 림펫 헤모시아닌과 같은 담체 분자와 연결된 화합물을 포함할 수 있다. 면역원성 조성물은 원하는 면역 반응을 유도하는 물질을 포함하는 조성물이다. 면역원성 조성물은 면역계의 기억 B 세포, T 세포, 호중구, 단핵구 또는 대식세포를 제한 없이 선택, 활성화 또는 확장할 수 있다.
[00124] 주사 투여를 위한 죽은 재조합 박테리아를 포함하는 항원성 조성물은 다음과 같이 제조될 수 있다. 박테리아는 적합한 배지에서 성장할 수 있으며 생리식염수로 세척할 수 있다. 그런 다음 박테리아를 원심분리하고 식염수에 재현탁시킨 후 열을 가하면 죽일 수 있다. 현탁액은 직접 현미경 계수로 표준화하고 필요한 양으로 혼합한 후 적절한 용기에 보관하여 승인된 방식으로 안전성, 유효 기간 및 무균성을 테스트할 수 있다. 병원성 박테리아 종 및/또는 이의 항원 이외에, 인간에게 투여하기에 적합한 사멸 박테리아 백신은 0.4% 페놀 보존제 및/또는 0.9% 염화나트륨을 포함할 수 있다. 박테리아 백신은 또한 미량의 뇌 심장 주입(쇠고기), 펩톤, 효모 추출물, 한천, 양 혈액, 포도당, 인산나트륨 및/또는 기타 배지 성분을 포함할 수 있다.
[00125] 선택된 구현예에서, 약제는 적어도 1주의 투여 기간에 걸쳐 1시간 내지 1개월의 투여 간격으로 제공되는 연속 투여량으로 투여 부위에 투여될 수 있다. 선택적으로, 약제는 피내 또는 피하로 투여될 수 있다. 선택적으로, 약제는 각 용량이 투여 부위에서 가시적인 국소 염증성 면역 반응을 유발하는데 효과적이도록 용량으로 투여될 수 있다. 선택적으로, 투여 부위에 가시적인 국소 염증이 1 내지 48시간 이내에 발생하도록 약제를 투여할 수 있다. 그러나 눈에 보이는 국소 염증성 면역 반응은 면역 반응이 시작되었음에도 불구하고 모든 상황에서 항상 나타나는 것은 아니다. 면역 반응의 증가를 모니터링할 수 있는 다른 방법이 있다. 예를 들어, 면역 반응을 겪고 있는 대상체의 면역 세포 프로필(및 특성화의 상대적인 변화)을 면역 반응을 겪고 있지 않은 대상체의 그것과 비교할 수 있다.
[00126] 다른 측면에서, 특정 장기 또는 조직의 면역 기능 장애에 대해 치료를 받고 있는 개체에서 치료 요법의 효능을 모니터링하는 방법이 제공된다. 이 방법은 개인이 일정 기간 동안 치료 요법을 받은 후 특정 기관이나 조직에서 얻은 치료 후 면역 샘플에서 면역 반응의 특성을 측정하는 것을 포함한다.
[00127] 일부 구현예에서, GIT의 특정 영역의 내인성 플로라의 구성원인 박테리아로부터 유래된 PRR 작용제는 본 발명의 면역원성 조성물을 제제화하는데 사용될 수 있다. 표 3의 행에는 다양한 박테리아 종과 해당하는 각각 종이 내인성 플로라의 일부를 형성할 수 있는 생물학적 영역이 나열되어 있다. 예를 들어, 아비오트로피아 spp.는 일반적으로 구강의 내인성 플로라의 구성원이다.
[00128] 박테리아와 같은 내인성 미생물 플로라는 연속 확산 또는 박테리아 확산을 통해 조직에 접근하여 병을 일으킬 수 있다. 유리한 조건에서 내인성 유기체는 병원성을 띠고 국소적으로 침입하여 인접한 조직 및 기관으로 연속 확산되어 퍼질 수 있다. 피부, 구강 및 결장의 내인성 박테리아 플로라는 박테리아 확산에도 쉽게 영향을 받는 것으로 이해되는 종이다. 따라서 특정 내인성 식물상 영역의 구성원인 박테리아는 박테리아는 이러한 박테리아가 퍼질 수 있는 조직이나 장기에 감염을 일으킬 수 있다. 따라서, 본 발명의 한 측면은 내인성 박테리아가 확산되어 감염을 유발할 수 있는 GIT 영역에 국한된 증상을 갖는 면역 조절장애를 치료하기 위해 내인성 미생물 병원체로부터 유래된 PRR 작용제를 사용하는 것을 포함한다. 표 2의 열에는 내인성 플로라의 도메인이 나열되어 있다. 표 4의 행에는 면역 조절장애가 증상이 있거나 병인학적으로 발생할 수 있는 GIT 영역이 나열되어 있다. 따라서, 본 발명의 한 측면은 병원체가 확산되어 감염을 일으킬 수 있는 GIT 영역에 증상이 있거나 병인적으로 위치한 면역 조절장애를 치료하기 위한 면역원성 조성물을 제제화하기 위해 내인성 미생물 병원체로부터 유래된 PRR 작용제의 사용을 포함한다. 따라서, 대안적인 구현예에서, 표 2의 첫 번째 열에 열거된 영역에서 증상이 있는 면역 조절장애는 표 2의 첫 번째 행에 나열되어 있고 해당 행에 X 또는 체크 표시로 표시된 하나 이상의 내인성 플로라 도메인의 구성원인 미생물성 포유동물 병원체의 PRR 작용제 시그니처의 별개 부분(distinct portion)을 요약하는 포유동물 PRR 작용제의 인공 레퍼토리를 포함하는 면역원성 조성물로 치료될 수 있다.
[00129] 표 1 및 2의 종합 정보에 따르면, 표 2의 첫 번째 열에 제시된 GIT의 특정 영역에서 나타나는 면역 조절장애는 표 1의 상응하는 박테리아 종 중 하나인 미생물성 포유동물 병원체의 PRR 작용제 시그니처의 별개 부분을 요약하는 포유동물 PRR 작용제의 인공 레퍼토리를 포함하는 항원 조성물로 치료될 수 있으므로, 표 2의 열의 제목은 사실상 표 1의 박테리아 종으로 대체된다.
[00130] 일부 구현예에서, PRR 작용제는 외인성 박테리아 병원체로부터 유래될 수 있다. 예를 들어, 표 5에 나열된 유기체로부터 유래된 PRR 작용제는 표 5에 관련 유기체와 함께 나열된 GIT 영역에서 증상이 나타나는 면역 조절장애를 치료하기 위해 PRR 작용제의 인공 레퍼토리에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 내인성 및 외인성 미생물 종 모두에서 유래된 PRR 작용제는 조합하여 사용될 수 있다.
[00131] 일부 구현예에서, 본 발명에 사용하기 위한 PRR 작용제는 바이러스 병원체로부터 유래될 수 있다. 표 6은 각 바이러스 종이 병원체인 것으로 보고된 조직 및 기관 부위와 함께 바이러스 병원체의 예시적인 목록을 제공한다. 따라서, 본 발명의 한 측면은 표 6에서 바이러스 이름에 인접하여 확인된 GIT 영역에서 증상이 나타나는 면역 조절장애를 치료하기 위해, 명명된 바이러스로부터 유래된 PRR 작용제의 면역원성 조성물을 이용하는 것을 포함한다.
[00132] 일부 구현예에서, 본 발명의 면역원성 조성물에 사용하기 위해 PRR 작용제가 유래되는 병원체는 치료할 면역 조절장애가 증상을 나타내는 GIT 영역에서 급성 감염의 일반적인 원인이 되는 것일 수 있다. 표 7에는 이러한 종류의 박테리아 및 바이러스 병원체와 이들이 일반적으로 감염을 일으키는 GIT 영역이 나와 있다. 따라서, 선택된 구현예에서, 표 7의 첫 번째 열에서 확인된 GIT의 영역에서 증상이 있는 면역 조절장애는 표 7의 두 번째 열에 나열된 병원성 유기체의 작용제 시그니처의 별개 부분을 요약하는 포유동물 PRR 작용제의 인공 레퍼토리를 포함하는 면역원성 조성물로 치료될 수 있다.
[00133] 인간은 본 발명의 목적 상 GIT의 병원체를 구성하기도 하는 다양한 원생동물 및 기생충을 비롯한 광범한 위장관내 기생충의 숙주이다 (Schafer, T.W., Skopic, A. Parasites of the small intestine. Curr Gastroenterol Reports 2006;8:312-20; Jernigan, J., Guerrant, R.L., Pearson, R.D. Parasitic infections of the small intestine. Gut 1994;35:289-93; Sleisenger & Fordtran's Gastrointestinal and liver disease. 8th ed. 2006; Garcia, L.S. Diagnostic medical parasitology. 5th ed. 2007). 본 발명의 조성물은 따라서 다양한 원생동물의 PRR 작용제를 포함할 수 있으며, 여기에는 예컨대: 지아르디아 람빌라, 크립토스포리듐 파르붐, 크립토스포리듐 호미누스, 이소스포라 벨리, 사르코시스티스 종, 콕시디안 유사체 (시클로스포라 종), 엔테로시토조안 비에네우시, 엔타메바 히스톨리카, 엔타메바 디스파, 엔타메바 콜라이, 엔타메바 하르트만니, 엔돌리막스 나나, 로다메바 부에칠리, 디엔타메바 프라길리스, 블라스토시스티스 호미누스, 시클로스포라 카에타넨시스, 미크로스포리디아, 트리파노소마 크루치, 킬로마스틱스 메스닐리, 펜타트리코모나스 호미니스, 발란티디움 콜라이가 포함된다. 마찬가지로, 본 발명의 조성물은 다양한 기생충의 항원성 성분들을 포함할 수 있으며, 이의 예로는: 세스토데스 (총충), 타에니아 사기나타, 타에니아 솔리움, 디필로보트리움 종, 히메놀레피스 나나, 히메놀레피스 디미누타, 디필리듐 카니눔, 네마토데스 (회충), A아스카리스 룸브리코이데스, 스트롱길로이데스 스테르코랄리스, 네카토르 아메리카누스, 안실로스토마 듀오데날레, 안실로스토마 카니늄, 티추리스 트리추라, 카필라리아 필리피넨시스, 트리코스트롱길루스 종, 트리치넬라 종, 네카토르 아메리카누스, 아니사키스 및 관련 종, 안지오스트롱길루스 코스타리센시스, 엔테로비우스 베르미쿨라리스, 트레마토데스 (흡충), 파시올롭시스 부스키, 헤테로피에스 종, 에키노스토마 종, 클로노르치스 시넨시스, 오피스토르치스 종, 파시올라 종, 메타고니무스 요코가위, 쉬스토조마 만소니, 쉬스토조마 자포니쿰, 쉬스토조마 메콩기, 쉬스토조마 인터칼라툼, 에치노스토마 종 및 파라고니무스 종을 들 수 있다.
[00134] 전술한 내용에 따라, 다양한 측면에서, 본 발명은 다음과 같은 미생물 병원체의 PRR 작용제 시그니처의 별개 부분을 요약하는 포유동물 PRR 작용제의 인공 레퍼토리 제제를 이용하여 면역 조절장애를 치료하는 것을 포함할 수 있다: 아시다미노코쿠스 퍼멘탄스; 아시네토박터 spp.; 악티노바쿨룸 spp.; 악티노마이세스 spp.; 아에로모나스 spp.; 아나에로하브두스 푸르코수; 아나에로코쿠스 하이드로게날리스; 아나에로코쿠스 락톨리티쿠; 아나에로코쿠스 프레보티; 아토포비움 spp.; 바실러스spp.; 박테로이데스 카카에; 박테로이데스 디스타소니스; 박테로이데스 에게르티이; 박테로이데스 프라길리스; 박테로이데스 메르다에; 박테로이데스 오바투스; 박테로이데스 스플란치니쿠스; 박테로이데스 테타이오타오마이크론; 박테로이데스 불가투스; 비피도박테리움 유살리스; 비피도박테리움 비피덤; 비피도박테리움 브레베; 비피도박테리움 카테눌라툼; 비피도박테리움 덴티움; 비피도박테리움 롱검; 빌로필라 워즈워시아; 부르크홀데리아 세파시아; 부티리비브리오 피브리솔벤스; 캄필로박터 컨시서스; 캄필로박터 커브스; 캄필로박터 그라실리스; 캄필로박터 제주니; 캄필로박터 렉투스; 캄필로박터 쇼와; 카프노사이토파가 오크라케아; 세데세아 spp.; 시트로박터 프룬디이; 시트로박터 코세리; 클로스트리듐 spp.; 데설포모나스 피그라; 디스고노모나스 spp.; 에이케넬라 코로덴스; 엔테로박터 에어로제네스; 엔테로박터클로아카에; 엔테로박터 게르고비아에; 엔테로박터 사카자키; 엔테로박터 타일로라에; 엔테로코쿠스 spp.; 대장균; 에스케리치아 페르구소니; 에스케리치아 헤르마니이; 에스케리치아 불네리스; 유박테리움 spp.; 파인골디아 마그누스; 푸소박테리움 고니디아포르만스; 푸소박테리움 모르티페룸; 푸소박테리움 나비폼; 푸소박테리움 네크로포룸; 푸소박테리움 뉴클레아툼; 푸소박테리움 루시이; 푸소박테리움 바리움; 가드네렐라 바지날리스; 게멜라 모르빌로룸; 글로비카텔라 spp.; 하프니아 알베이; 헬리코박터spp.; 클렙시엘라 spp.; 락토바실러스 아시도필루스; 락토바실러스 퍼멘텀; 락토바실러스 루테; 락토바실러스 살리바리우스; 레클레르시아 아데카르복실라타; 레미노렐라 spp.; 메가스파에라 엘스데니이; 미츠오켈라 멀티아시두스; 모빌룬쿠스 쿠리시이; 모빌룬쿠스 물리에리스; 모엘레렐라 위스콘센시스; 모르가넬라 모르가니; 판토에아 아글로머란스; 페디오코쿠스 spp.; 펩토니필루스 아사카로리티쿠스; 펩토스트렙토코쿠스 아나에로부스; 펩토스트렙토코쿠스 프로덕투스; 포르피로모나스 아사카롤리티카; 프로테우스 미라빌리스; 프로테우스 펜네리; 프로테우스 불가리스; 프로비덴시아 레트게리; 프로비덴시아 스튜어티; 슈도모나스 에어루지노사; 레토르타모나스 엔테리스; 루미노코쿠스 프로듀스; 세라티아 리퀴파시엔스; 세라티아 마르세센스; 세라티아 오도리페라; 스트렙토코쿠스 아갈락티아; 스트렙토코쿠스 앙기노수스; 스트렙토코쿠스 보비스; 스트렙토코쿠스 콘스텔라투스; 스트렙토코쿠스 인터메디우스; 그룹 C + G 스트렙토코쿠스; 숙시니비브리오 덱스트리노솔벤스; 수테렐라 spp.; 티시에렐라 프라에아쿠타; 베일로넬라 spp.; 에어로박터 spp.; 탄저균; 바실루스 세레우스; 기타 바실러스 spp.; 보렐리아 레쿠렌티스; 브루셀라 spp.; 캄필로박터콜라이; 캄필로박터 페투스; 캄필로박터 제주니; 캄필로박터 가래; 클로스트리듐 비퍼멘탄스; 클로스트리듐 보툴리눔; 클로스트리듐 디피실리; 클로스트리듐 인돌리스; 클로스트리듐 만제놀리; 클로스트리듐 퍼프린젠스; 클로스트리듐 소르델리이; 클로스트리듐 스포로제네스; 클로스트리듐 서브터미널; 에드워시엘라 타르다; 프란시셀라 툴라렌시스; 리스테리아 모노사이토게네스; 마이코박테리움 보비스; 마이코박테리움 투베르쿨로시스; 페디오코쿠스 spp.; 플레시오모나스 시겔로이데스; 리케차 리케차; 살모넬라 spp.; 시겔라보디이; 시겔라 디센테리에; 시겔라 플렉스네리; 시겔라 소네이; 기타 스피릴룸 spp.; 스트렙토코쿠스 주에피데미쿠스; 트로페리마 위플레이; 비브리오 콜레라; 비브리오 플루비알리스; 비브리오 퍼니시이; 비브리오 홀리새; 비브리오 파라헤몰리티쿠스; 예르시니아 엔테로콜리티카; 예르시니아 슈도투베르쿨로시스; 헤르페스 심플렉스 바이러스(1 및 2); 시토메갈로바이러스; 아데노바이러스; 오르소레오바이러스; 로타바이러스; 알파바이러스; 코로나바이러스; 토로바이러스; 인간 메타뉴모바이러스; 수포성 구내염 바이러스; 마추포 바이러스; 준인바이러스; 소아마비바이러스; 콕사키바이러스; 에코바이러스; A형 간염 바이러스; 노로바이러스 및 기타 칼리시바이러스; 아스트로바이러스; 피코비르나바이러스; 또는 E형 간염 바이러스.
[00135] 대안적인 측면에서, 본 발명은 일반적인 소장 및 대장 병원체(예컨대 에스케리치아 콜라이, 클로스트리듐 다피실레, 박테로이데스 프라길리스, 박테로이데스 불가투스, 박테로이데스 테타이오타오마이크론, 클로스트리듐 퍼프린젠스, 살모넬라 엔테리디티스, 예르시니아 엔테로콜리티카, 시겔라 플렉스네리; 아데노바이러스, 아스트로바이러스, 칼리시바이러스, 노로바이러스, 로타바이러스 및 시토메갈로바이러스)인 미생물성 포유동물 병원체의 PRR 작용제 시그니처의 별개 부분을 요약하는 포유동물 PRR 작용제의 인공 레퍼토리 제제로 면역 조절장애를 치료하는 것을 포함할 수 있다.
[00136] 선택된 구현예에서, 환자의 과거의 생물체에 대한 노출을 알아내기 위한 진단 단계를 포함한다. 예컨대, 이 진단 단계는 선택된 병원체에 대한 노출에 관한 노출 이력을 수집하는 단계 및/또는 선택된 병워대한 환자의 면역 반응을 평가하는 단겔함할 수 있다. 예컨대, 환자의 혈청 중 선택된 병원체에 대한 항체 존재를 검색하기 위해 혈청학 테스트를 실시할 수 있다 본 발명의 이 측면과 관련하여, 예컨대 환자의 혈청에 그 병원체의 항원결정기에 대한 항체가 존재할 경우, 환자가 그 병원체에 대해 앞서 1회 이상 노출된 것으로 하는 진단 지시에 기초해서 선택된 환자에 대한 면역학적 조성물에 이용하도록, 병원체의 항원 결정기들을 선택할 수 있다.
[00137] 또 다른 선택된 구현예에서, 본 발명은 선택된 면역원성 조성물을 이용한 치료에 대한 환자의 면역학적 반응을 평가하기 위한 진단 단계를 포함한다. 예컨대, 진단 단계는 예컨대 그 면역학적 결정기들에 대한 항체를 검출하기 위한 혈청학 테스트를 이용하여, 그 면역원성 조성물의 항원 결정기들에 대한 환자의 면역 반응을 평가하는 것을 포함할 수 있다. 본 발명의 이 측면과 관련하여, 만일 평가 결과 그 조성물의 면역원성 결정기에 대하여 면역학적 반응이 있는 것으로 지시되면 선택된 면역원성 조성물을 이용한 치료를 지속할 수 있고, 만일 평가 결과 그 조성물의 면역원성 결정기에 대하여 충분히 활성적인 면역학적 반응이 부재하는 것으로 지시될 경우에는, 백신 치료를 중단하고, 다른 면역원성 조성물을 이용한 다른 치료법을 개시할 수 있을 것이다.
[00138] 일부 구현예에서, 미생물 병원체에 대한 유기체의 사전 노출은 후속 SSI 효능을 강화하는 데 사용될 수 있다. 예를 들어, K. 뉴모니에에 대한 사전 노출은 일부 구현예에서 특히 세포독성 입양 면역 세포 요법과 조합하여 종양 세포용해를 촉진하는 조직 특이적 면역학적 기억, 예를 들어 선천적 면역학적 기억을 유도할 수 있다.
[00139] SSI 및 입양 세포 치료는 예를 들어 암 항원 반응을 강화하는 추가 성분과 결합될 수 있다. 예를 들어 암 항원은 SSI와 혼합될 수 있다. 입양 면역 세포 치료법은 SSI와 혼합된 항원을 표적으로 삼을 수 있다.
[00140] 미생물 성분은 박테리아 외막(예를 들어 그람 음성 종 유래); 박테리아 내막; 구배 원심분리의 펠릿(예를 들어 수크로스 구배로부터); 염색체 DNA; 피막 당단백질 분획; 또는 펩티도글리칸 고스트와 같은 펩티도글리칸 분획물과 같은 미생물 분획으로부터 유래된 PRR 리간드를 함유하는 SSI로서 제제화될 수 있다. 대안적 구현예에서, 조작된 유기체 또는 재조합 유기체는 특정 세포 분획과 관련된 경로에 관련된 유전자, 특히 전술한 분획의 조성을 결정하는 데 관련된 유전자가 변형된 SSI에 사용될 수 있다.
[00141] 세포 분획 제제의 경우, 박테리아는 예를 들어 성장하여 열 불활성화될 수 있다. 세포 분획은 예를 들어 멸균 식염수 + 0.4% 페놀에 재현탁될 수 있다. 내막은 예를 들어 Methods in Enzymology, Vol 125:309-328, 1986에 설명된 대로 2단계 수크로스 밀도 구배를 사용하여 수집할 수 있다. 250ml의 세포 배양 후 얻은 박테리아 펠렛은 20% 수크로스, 10mM Tris-HCl pH 8.0 및 50ug/ml DNase 1에 재현탁될 수 있다. 세포를 23℃에서 10분 동안 배양할 수 있다. 그런 다음 세포를 얼음 위에 놓고 프랑스 압력 셀을 통해 15,000psi에서 두 번 용해할 수 있다;. 손상되지 않은 세포는 4℃에서 10분간 5,000 x g로 원심분리하여 제거할 수 있다. 상청액을 2단계 수크로스 구배(60% 및 70%)로 계층화하고 SW28 스윙 버킷 로터에서 23,000rpm으로 4℃의 온도에서 18시간 동안 원심분리할 수 있다. 내막은 20%와 60% 수크로스 사이의 접합부에서 수집될 수 있다. 수크로스는 멸균 증류수를 사용하여 20% 미만으로 희석될 수 있으며, 막은 4℃에서 1시간 동안 41,000rpm의 초원심분리기에서 펠렛화될 수 있다. 내막을 멸균수로 한 번 세척한 후 멸균 식염수 + 0.4% 페놀에 재현탁할 수 있다. 원유 외막 제제는 60%와 70% 수크로스 그라데이션 단계 사이의 접합부에서 수집될 수도 있다.
[00142] 예를 들어 클렙시엘라 뉴모니에에 대한 염색체 DNA는 Qiagen Blood and Tissue midi 키트를 사용하여 준비할 수 있다. 각 균주의 15 또는 40 ml의 배양액에서 세포를 수확할 수 있다. 그런 다음 전체 DNA를 정제하기 위한 제조업체의 프로토콜을 따를 수 있다.
[00143] SSI는 추가적인 치료 성분과 공동제형화되거나 공동투여될 수 있다. 추가 치료 성분의 한 부류는 선천성 면역 세포를 활성화하거나 모집하기 위한 분자 또는 조성물로 구성되며, 여기에는 다음이 포함된다:
- 예컨대 호중구 생성을 상승적으로 모집 및 촉진하고 SSI로 유발된 선천적 면역 반응을 강화하는 양의 GMCSF.
- 예를 들어 단핵구를 분화 및 활성화하고 선천적 면역 기능을 조절하는 역할을 하는 데 효과적인 양의 비타민 D. 대안적인 구현예에서, SSI와 함께 사용되는 비타민 D는 예를 들어 비타민 D3, D2 또는 칼시트리올(1,25-디하이드록시콜레칼시페롤) 중 하나 이상일 수 있다. 일부 구현예에서, 비타민 D3 및/또는 D2는 예를 들어 SSI 및 비타민 D 투여 부위에서 국소적으로 유효한 양의 칼시트리올을 제공하는데 효과적인 복용량으로 국소적으로 제공될 수 있다. 예를 들어, 비타민 D 전구체(D3 및/또는 D2)는 투여 부위에서 국소 단핵구 및/또는 대식세포(CYP27B1 발현)에 의해 칼시트리올 활성 형태로 전환되면 국소적으로 유효한 양으로 투여될 수 있다. 대안적인 구현예에서, 칼시트리올은 SSI 투여 부위에 국소적으로 효과적인 용량으로 투여될 수 있으며, 이는 예를 들어 다른 전신 효과에 필요한 용량보다 적은 용량일 수 있다.
[00144] 공동제형화 또는 공동투여를 위한 추가 부류의 치료 성분은 면역억제를 완화시키는 분자 또는 조성물을 포함한다:
- 아르기나제 억제제인 NOHA(N(오메가)-하이드록시-노르-L-아르기닌)-아르기나제는 면역 활성화에 필요한 아르기닌을 분해한다. 예를 들어, NOHA는 유리 아르기닌을 이용 가능하게 함으로써 면역 억제를 완화하는데 효과적인 양으로 사용될 수 있다.
- 예를 들어 프로테아제를 분비하는 호중구에 의해 매개되는 면역 억제를 완화하는 데 효과적인 양의 알파1 항트립신.
[00145] 공동제형화 또는 공동투여를 위한 추가 부류의 치료 성분은 산화적 손상을 예방하고 스트레스 하에서 면역 기능을 향상시키는 분자 또는 조성물을 포함한다:
- 글루타치온 및 기타 항산화제.
[00146] 공동제형화 또는 공동투여를 위한 추가 부류의 치료 성분은 선천성 세포독성 림프구에 대한 공동자극 분자를 포함한다(예를 들어 항암 치료용):
- 예컨대, NK 세포와 협력하여 고형암과 액체암 두 가지 모두를 표적으로 하는 단핵구를 활성화 및 분화시키는데 효과적인 양의, 항암 반응에 있어 중추적 역할을 하는 인간 말초 혈액 Vγ9Vδ2 T 세포에 의해 인식되는, 포스포-항원(이소펜테닐 파이로포스페이트와 같은 이소프레노이드 분자). 예시적 구현예에서, 졸레드로네이트와 공동제형화 또는 공동투여 시 SSI는 인간 말초 혈액 Vγ9Vδ2 T 세포에서 활성화 마커, 예를 들어 CD25 및 CD69를 증가시키는 것으로 밝혀졌다.
- I형 NKT 세포에 의해 인식되는 당지질 분자(예컨대 합성 α-갈락토실세라마이드).
[00147] SSI는 예를 들어 전신 분포를 위해 투여될 수 있다. 완전히 사멸된 KPN 세포로 표지된 시아닌 염료(Cy5.5)와 광학 생체내 등 및 복부 전신 영상을 사용하여 쥐 모델에 피하 투여된 KPN SSI는, 새로운 주사 부위에서, 그리고 놀랍게도 이전 주사 부위에서 최고 농도의 전신 분포를 나타내었다. 이는 국소 투여 제제가 전신적으로 분산된 후 염증 부위에 SSI가 우선적으로 전달/보유된다는 사실을 보여준다. 24시간 후 장기 내 SSI 분포는 심장 및 비장에 비해 폐에 KPN SSI가 우선적으로 축적됨을 보여주었다.
[00148] 선택된 구현예에서, SSI는 암성 조직, 예를 들어 암의 수술적 절제 부위에 직접 투여될 수 있다. 예를 들어, SSI는 피부의 흑색종이나 피부 흑색종의 외과적 절제 부위에 국소적으로 적용될 수 있다.
[00149] 임상 데이터는 종양성 질환에서 PD1 및 PDL1 발현을 하향 조절하는 역할을 하는 SSI의 효능을 보여주었다. 따라서 PD1과 PDL1은 SSI 효능의 지표로 활용될 수 있다. 또한, SSI는 표적 기관 또는 조직에서 그랜자임 A, 그랜자임 B 및 퍼포린과 같은 하나 이상의 그랜자임 또는 퍼포린의 발현 증가를 중재하는데 효과적인 투여량 요법으로 제제화되고 투여될 수 있다.
[00150] 다양한 PRR 수용체가 대체 SSI에 대한 표적으로 사용될 수 있다.
따라서, 선택된 구현예에서, 표적 조직의 미생물 병원체로부터 유래된 미생물 PRR 작용제를 사용하여 PRR의 선택된 서브세트를 표적으로 하는 SSI 치료법이 제공된다. 예를 들어, 표적 조직에서 선천적 반응을 유도하기 위해 사용하기 위해 적어도 선택된 수의 별개의 PRR에 대한 미생물 작용제를 포함하는 면역원성 조성물이 제공되며, 여기서 PRR 작용제는 표적 조직에서 선택적으로 병원성을 띠는 단일 종의 미생물로부터의 미생물 성분이다. 작용제에 의해 표적화되는 별개의 PRR의 수는 예를 들어 5 내지 25 또는 적어도 해당 정수 범위 내의 수, 예를 들어 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 등일 수 있다. 별개의 PRR은 예를 들어 표 8, 9 및/또는 10에 제시된 PRR로부터 선택될 수 있다.
[00151] 본 발명의 다양한 구현예들을 기재하였으나, 당업자들에게 일반적인 지식 수준에서 본 발명의 범위를 다양하게 적응 및 변형하는 것이 가능하다. 이러한 변형에는 실질적으로 동일한 방식으로 동일한 결과를 달성하기 위해 본 발명의 어떤 측면을 공지의 등가물로 치환하는 것이 포함된다. 수치 범위에는 그 범위를 정하는 숫자가 포함된다. 본 발명에서 "포함하는(comprising)"이라는 용어는 열린 표현이며, 실질적으로 "비롯한, 비제한적인"이라는 표현과 동등하고, "포함하다"라는 표현은 이에 대응하는 의미이다. 본 발명에서, 단수 관사 "a", "an", 및 "the"는 달리 명백히 언급하지 않는 한, 복수 형태도 포괄하는 것이다. 따라서, 예컨대 "a thing"이라는 표현에는 그러한 thing이 두개 이상 포괄되는 것이다. 본 발명에 나타낸 인용문헌들은 그러한 인용문헌이 본 발명의 종래기술이 된다고 인정하는 것은 아니다. 본 발명에 인용된 모든 선행 문헌(들) 및 비제한적인 예로서 특허 및 특허출원을 비롯한 모든 간행물, 그리고 그러한 문헌과 간행물에 인용된 모든 문헌들은 이들 각각의 간행물이 개별적으로 그리고 특정적으로 전적으로 본 발명의 내용에 참조 병합된 것으로 표시된 것처럼, 참조 병합된 것이다. 본 발명은 실시예 및 도면을 참조하여 본 명세서에 실질적으로 설명된 바와 같은 모든 구현예와 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 의학적 또는 외과적 치료를 수반하는 단계를 제외한다.
실시예
SSI는 수술 후 면역억제/전이를 개선한다.
[00153] 다음 실시예에 예시된 바와 같이, 쥐의 폐암 및 결장암/간암 전이 모델에서, 수술 전후 SSI 치료는 전이를 현저히 감소시키고 수술 후 면역 억제를 완화시켰다. 예시적인 데이터는 다중 면역 경로(MHCII, CD96, CD69, IFNγ)의 치료 조절과 중요한 다중 선천성 면역 세포(NK 세포, 단핵구 및 호중구)의 모집을 보여준다.
SSI 치료는 수술 후 폐 전이를 감소시킨다
[00154] 마우스를 i.v. 종양 주사 +/- 수술(개복술 및 신장절제술) 전 8일 동안 매 2일마다, 그리고 i.v. 종양 주사 후 1일에 QBKPN 또는 비히클(위약)로 전처리하였다. 폐 전이의 총 수는 수술 후 3일에 정량화하였다. 도 1에서 볼 수 있듯이 QBKPN SSI 치료는 수술 유무에 관계없이 폐 전이를 실질적으로 감소시켰다.
QBKPN은 NK 세포 활성화를 증가시킨다.
[00155] 마우스를 i.v. 종양 주사 +/- 수술(개복술 및 신장절제술) 전 8일 동안 매 2일마다, 그리고 i.v. 종양 주사 후 1일에 QBKPN 또는 비히클(위약)로 전처리하였다. 비장의 NK 세포 활성화는 수술 후 3일에 CD69를 발현하는 세포에 의해 정량화하였다. 도 2에서 볼 수 있듯이 QBKPN 처리는 CD69 발현으로 측정한 바와 같이 NK 세포 활성화를 증가시킨다.
QBKPN은 NK 세포 억제를 감소시킨다
[00156] 마우스를 i.v. 종양 주사 +/- 수술(개복술 및 신장절제술) 전 8일 동안 매 2일마다, 그리고 i.v. 종양 주사 후 1일에 QBKPN 또는 비히클(위약)로 전처리하였다. 비장의 NK 세포 활성화는 수술 후 3일에 CD96을 발현하는 세포에 의해 정량화하였다. 도 3에서 볼 수 있듯이 QBKPN 처리는 NK 세포 체크포인트 억제제인 CD96의 발현을 감소시켜 NK 세포 억제, 즉 NK 세포 활성화를 감소시킨다.
QBKPN은 단핵구/대식세포 활성화를 증가시킨다
[00157] 마우스를 i.v. 종양 주사 +/- 수술(개복술 및 신장절제술) 전 8일 동안 매 2일마다, 그리고 i.v. 종양 주사 후 1일에 QBKPN 또는 비히클(위약)로 전처리하였다. 비장의 단핵구/대식세포 활성화를 수술 후 3일에 MHCII를 발현하는 세포에 의해 정량화하였다. 도 4에 도시된 바와 같이, QBKPN 치료는 MHCII 발현의 증가로 측정된 바와 같이 면역 감시 및 M1 단핵구/대식세포 분극(활성화)을 향상시킨다.
QBKPN은 호중구를 증가시킨다
[00158] 마우스를 i.v. 종양 주사 +/- 수술(개복술 및 신장절제술) 전 8일 동안 매 2일마다, 그리고 i.v. 종양 주사 후 1일에 QBKPN 또는 비히클(위약)로 전처리하였다. 비장의 호중구 세포 수(CD11b+ Ly6G+)를 수술 후 3일 동안 살아있는 세포의 %로 정량화하였다. 도 5에 도시된 바와 같이 QBKPN 치료는 골수 생성(SSI 요법에서 단핵구 수 증가와도 연관되는 골수 생성을 나타내는 호중구 수)을 증가시킨다.
QBKPN은 면역 세포 모집을 증가시킨다
[00159] 마우스를 i.v. 종양 주사 +/- 수술(개복술 및 신장절제술) 전 8일 동안 매 2일마다, 그리고 i.v. 종양 주사 후 1일에 QBKPN 또는 비히클(위약)로 전처리하였다. 비장 단핵구/대식세포 CCR2 수용체 발현이 수술 후 3일에 측정되었다. 도 6에 도시된 바와 같이, QBKPN 치료는 면역 세포에서 CCR2 케모카인 수용체 발현을 상향 조절한다. 이전 데이터는 QBKPN이 폐-특이적 케모카인 방출을 증가시켜 CCR2를 발현하는 활성화된 면역 세포를 폐로 모집한다는 사실을 입증하였다.
QBKPN은 면역 활성화를 증가시킨다
[00160] 마우스를 i.v. 종양 주사 +/- 수술(개복술 및 신장절제술) 전 8일 동안 매 2일마다, 그리고 i.v. 종양 주사 후 1일에 QBKPN 또는 비히클(위약)로 전처리하였다. 수술 후 1일째에 전혈을 사이토카인 칵테일로 12시간 동안 자극하고 IFNγ 수준을 측정함으로써 면역 활성화를 정량화하였다. 도 7에 도시된 바와 같이 QBKPN 치료는 IFNγ 방출로 측정된 면역 활성화를 증가시켜 수술 후 면역 억제를 완화시킨다.
QBECO는 대장암에서 수술전후기 간 전이를 억제한다
[00161] 이 쥐 모델에서, 모든 동물은 종양 접종 행위로서 수술을 받았다. 문맥을 통해 종양 세포를 주입하는 행위에는 상당한 해부학적 조작과 수술 시간이 수반되는 상당한 수술적 스트레스를 수반하는 개복술이 포함된다. 암컷 C57Bl/6 마우스에 비히클(PBS) 또는 SSI QBECO를 10^6 세포/20uL 농도로 문맥을 통해 MC38-GFP 종양 세포 이식일을 제외하고 2일마다 4회 피하 주사하여 주입하였다. 종양 세포 이식 후 1일째, 마우스에게 이틀에 한 번씩 비히클이나 SSI를 7회 용량으로 계속 투여하였다. 마지막 치료 주사 2일 후에 마우스를 희생시켰다.
[00162] 동물을 문맥을 통해 관류시킨 다음 간을 절제하고 파라핀 포매 전 48시간 동안 10% 포르말린에 고정시켰다. 간 당 10개의 섹션을 100 um 간격으로 얻었다. 각 절편을 4 um 두께로 자르고 헤마톡실린 및 에오신(H&E) 염색을 수행하였다.
[00163] 간 영상을 Zeiss AxioScan으로 스캔하고 FIJI ImageJ 소프트웨어를 사용하여 처리하였다. 종양 부담은 각 간의 모든 섹션에서 종양 면적(um^2)의 합을 모든 섹션의 총 간 면적(um^2)의 합으로 나누어 백분율로 표시하여 계산하였다.
[00164] 통계적 유의성은 Mann-Whitney 테스트를 사용하여 결정되었으며, 여기서 별표 *는 p<0.05를 나타낸다. 개별 데이터 포인트를 box & whisker 그래프로 나타내고, 휘스커는 최소부터 최대 포인트까지 표시된다. 도 8은 수술전후기 간 전이의 이 모델에서 종양 부담(간의 %)을 줄이는 데 있어 QBECO의 놀라운 효능을 보여주는 결과를 나타낸다.
SSI는 수술전후기 NK 세포 기능을 조절한다
[00165] 암컷 C57Bl/6 마우스에 비히클(PBS) 또는 SSI를 수술 당일(개복술 및 신장절제술)까지 이틀에 한 번씩 6회 용량으로 피하 주사하였다. 수술 하루 후에 마우스를 희생시켰다.
[00166] 면역조절 효과를 NKVue(NK 세포에 의한 IFNg 생산)에 의해 다음과 같이 분석하였다. 헤파린 코팅된 튜브에 전혈을 채취하기 위해 심장 천자를 수행하였다. 직후, 혈액을 Promoca(NKVue 분석과 함께 사용되는 독점 NK 자극 혼합물)와 함께 37℃에서 12시간 동안 배양하였다. 인큐베이션이 끝나면 상층액(혈장)을 수집하고 ELISA(자극 시리즈)를 실행할 때까지 -80℃에서 동결시켰다. 또한 자극되지 않은 일련의 혈장 역시도, 마우스에서 제거한 직후 혈액을 스핀 아웃시켜 수득하였다. 두 시리즈 모두의 NK 세포에 의한 IFNg 생산을 NKVue ELISA 키트를 사용하여 측정하였다.
[00167] 면역조절 효과를 또한 다음과 같이 NK 세포독성 분석에서 분석하였다. NK 세포를 EasySep 마우스 NK 세포 분리 키트(StemCell)를 사용하여 비장에서 분리하였다. 표적 세포(Yac-1)를 세포 추적 바이올렛(CTV)으로 표지한 후 27:1(NK 세포 대 Yac-1), 9:1, 3:1 및 1:1의 비율로 NK 세포와 함께 인큐베이션하여 NK 세포의 세포독성 능력을 조사하였다. 세포를 37℃에서 4시간 동안 배양하였다. 그 후, 세포를 생존 염료(BioLegend의 Zombie NIR)로 염색하고 다음날 BD Fortessa에서 분석하기 위해 1% PFA로 고정하였다.
[00168] 수술전후기의 QBSAU 치료와 관련된 NK Vue 분석 결과, 비히클로 처리된 마우스의 대조군 그룹에서의 NK 세포 마비(최소 IFN-감마 생산)와 대조적으로, QBSAU 치료가 수술 후 기간 동안 NK 세포 기능을 복구(IFN-감마 생산에 의해 측정되는 바와 같음)시킨 것으로 입증되었다. 이 데이터는 다른 SSI의 치료 작용 메커니즘과 공통적으로 치료적 면역조절 효과를 이끌어내는 QBSAU SSI 치료의 효능을 반영한다. NK 세포독성 분석에서 입증된 면역조절 효과는 다양한 SSI, QBECO/QBSAU/QBKPN을 사용해도 유사하였다.
[00169] 따라서 이 데이터는 QBECO 및 QBKPN 외에도 다양한 SSI가, 예를 들어 QBKPN 및 QBECO에서 입증된 것처럼 수술전후기 전이를 감소시킴으로써 잔여 질환을 치료하고 그에 따라 암을 치료하는데 효과적인 방식으로, 표적 조직의 면역 반응을 조절하여 유사한 수술전후기 치료 효과를 갖는 능력이 있음을 보여준다.
[00170] 이전의 전임상 연구 결과, NK 세포가 SSI 효능에 중요한 역할을 하고 SSI가 NK 세포를 '훈련'시켜 감염성 및 비감염성 위협(예컨대 암)에 대한 NK 세포 IFN-감마 반응을 증가시키는 것을 포함하여 NK 세포 기능을 향상시킨다는 사실이 입증되었다. NK 세포 자극(예컨대 NK Vue 분석에서) 시 IFN-감마 생산으로 측정된 이러한 SSI 유도된 NK 세포 기능의 '훈련'은, 수술전후기 전이의 SSI 유도된 감소에 주요 역할을 하는 것으로 여겨지는데, 이는 SSI 치료가 없으면 NK 세포 기능은 수술 후 기간에 '마비'되지만(NK Vue 분석에서 최소한의 IFN-감마 생성으로) SSI 치료가 있는 경우 NK 세포 기능이 치료적으로 조절되어(IFN-감마 생산의 회복으로 측정되는 바와 같이), 전이성 병변의 NK 세포 제거/개선을 가능하게 하기 때문이다.
대장암의 간 전이 치료를 위한 QBECO
[00171] 이는 진단으로서 순환 종양 DNA(ctDNA)의 사용을 포함하는, 원발성 결장암 수술 후 간 전이를 치료하기 위한 예시적인 프로토콜이다. 원발성 결장암 종양을 제거하는 수술은 대개 완치 효과가 있다. 그러나 일부 환자에서는 잔존질환이 간으로 전이되는 형태로 진행되기도 한다. 이들 중 일부의 경우, 간에 위치한 전이성 결장암 종양을 절제하기 위한 선택 사항으로 수술이 사용된다. 수술 후 면역 억제로 인해 이러한 환자는 수술 중 또는 수술 후 잔여 암세포가 추가로 전이되거나 성장할 위험이 있을 수 있다. 대장균 기반 SSI인 QBECO는 수술전후기에 잔여 암세포나 전이를 예방하거나 제거하기 위해 사용될 수 있다. 이 SSI 치료법의 유용한 보조 방법은 ctDNA를 모니터링하는 것인데, 이는 특히 액체 생검에서 간 수술 후 예를 들어 1, 2, 3주 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 개월 동안 ctDNA가 검출되는 경우 잔여 질환의 존재가 표시되기 때문이다(Cescon, D.W., Bratman, S., Chan, S.M. et al. Circulating tumor DNA and liquid biopsy in oncology. Nat Cancer 1, 276-290 (2020) DOI 10.1038/s4318-020-0043-5; Daniel Andersson, Helena Kristiansson, Mikael Kubista & Anders Stahlberg (2021) Ultrasensitive circulating tumor DNA analysis enables precision medicine: experimental workflow considerations, Expert Review of Molecular Diagnostics, DOI: 10.1080/14737159.2021.1889371).
[00172] 이전 결장암 수술 유무에 관계없이 간 전이가 있는 환자는 간 종양 제거 수술 예정일 이전에 QBECO로 치료될 수 있다. 치료는 예를 들어 수술 전 1, 2, 3주 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 동안, 및/또는 수술 후 1, 2, 3주 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개월 동안 격일로 수행될 수 있다. 이 수술전후기 기간 동안 액체 생검을 통해 ctDNA를 모니터링하여 잔여 질환의 예후 지표를 제공할 수 있다.
[00173] 수술 전후 SSI 치료법에 사용될 수 있는 다른 분석에는 훈련된 선천성 면역에 대한 면역 분석, NK Vue™ 분석 및 대사가 포함된다.
참고문헌
[00174] Lachmann G, von Haefen C, Kurth J, Yuerek F, Spies C. Innate immunity recovers earlier than acquired immunity during severe postoperative immunosuppression. Int J Med Sci 2018; 15(1):1-9. doi:10.7150/ijms.21433).
[00175] Bartal I, Melamed R, Greenfeld K, Atzil S, Glasner A, Domankevich V. et al. Immune perturbations in patients along the perioperative period: alterations in cell surface markers and leukocyte subtypes before and after surgery. Brain, behavior, and immunity. 2010;24:376-86
[00176] Goldfarb Y, Sorski L, Benish M, Levi B, Melamed R, Ben-Eliyahu S. Improving postoperative immune status and resistance to cancer metastasis: a combined perioperative approach of immunostimulation and prevention of excessive surgical stress responses. Annals of surgery. 2011;253:798-810.
[00177] Levi B, Matzner P, Goldfarb Y, Sorski L, Shaashua L, Melamed R, Rosenne E, Page GG, Ben-Eliyahu S. Stress impairs the efficacy of immune stimulation by CpG-C: Potential neuroendocrine mediating mechanisms and significance to tumor metastasis and the perioperative period. Brain Behav Immun. 2016 Aug; 56:209-220. doi: 10.1016/j.bbi.2016.02.025. Epub 2016 Mar 2.
[00178] Benish M, Bartal I, Goldfarb Y, Levi B, Avraham R, Raz A, Ben-Eliyahu S. perioperative use of beta-blockers and COX-2 inhibitors may improve immune competence and reduce the risk of tumor metastasis. Ann Surg Oncol. 2008 Jul;15(7):2042-52. doi: 10.1245/s10434-008-9890-5. Epub 2008 Apr 9.
[00179] Matzner P, Sandbank E, Neeman E, Zmora O, Gottumukkala V, Ben-Eliyahu S. Harnessing cancer immunotherapy during the unexploited immediate perioperative period. Nat Rev Clin Oncol. 2020 May;17(5):313-326. doi: 10.1038/s41571-019-0319-9. Epub 2020 Feb 17.
[00180] Sundararaj SC, Thomas MV, Dziubla TD, Puleo DA. Bioerodible system for sequential release of multiple drugs. Acta Biomater. 2014;10(1):115-125.
[00181] Han Lu, Peng Ke, Qiu Li-Ying, Li Meng, Ruan Jing-Hua, He Li-Li, Yuan Zhi-Xiang. Hitchhiking on Controlled-Release Drug Delivery Systems: Opportunities and Challenges for Cancer Vaccines. Frontiers in Pharmacology, 2021, vol 12.

Claims (35)

  1. 포유동물 대상체에서 암을 치료하기 위한 유효량의 면역원성 조성물의 용도로서,
    암은 표적 조직에서 종양을 형성하고/하거나 암은 표적 조직으로 전이될 가능성이 있는 것을 특징으로 하며;
    조성물은 수술일에 종양의 외과적 제거와 조합 사용하기 위한 것이고;
    조성물은 표적 조직에서 병원성인 미생물성 포유동물 병원체의 PRR 작용제 시그니처의 적어도 일부를 요약하는 포유동물 패턴 인식 수용체(PRR) 리간드의 레퍼토리를 포함하되, 여기서 포유동물 PRR 리간드의 레퍼토리는 포유동물 대상체에게 투여된 후 조합된 제시를 위해 치료 비히클에 함께 제형화되고, 조성물은 적어도 5개의 별개의 포유동물 PRR에 대한 리간드인 미생물 병원체의 성분을 포함하며;
    면역원성 조성물은 잔여 질환을 치료하고 그에 따라 암을 치료하는 데 효과적인, 표적 조직의 면역 반응을 조절하기 위해 수술일로부터 1개월 이내인 수술전후기 기간 동안 사용하기 위한 것인, 용도.
  2. 포유동물 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 상기 암은 표적 조직에서 종양을 형성하고/하거나 암은 표적 조직으로 전이될 가능성이 있는 것을 특징으로 하고, 대상체는 수술일에 종양의 수술적 제거를 받으며, 상기 치료는:
    수술일로부터 1개월 이내인 수술전후기 기간 동안 대상체에게 유효량의 면역원성 조성물을 투여하는 단계를 포함하되;
    여기서 조성물은 표적 조직에서 병원성인 미생물성 포유동물 병원체의 PRR 작용제 시그니처의 적어도 일부를 요약하는 포유동물 패턴 인식 수용체(PRR) 리간드의 인공 레퍼토리를 포함하고, 여기서 포유동물 PRR 리간드의 레퍼토리는 포유동물 대상체에게 투여된 후 조합된 제시를 위해 치료 비히클에 함께 제형화되며, 조성물은 적어도 5개의 별개의 포유동물 PRR에 대한 리간드인 미생물 병원체의 성분을 포함하고;
    면역원성 조성물은 잔여 질환을 치료하고 그에 따라 암을 치료하는 데 효과적인, 표적 조직에서 면역 반응을 조절하도록 투여되는 것인, 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, PRR 리간드는 PRR 작용제인 용도 또는 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 면역원성 조성물은 표적 조직에서 선천성 면역 반응을 조절하는 것인 용도 또는 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 포유동물 패턴 인식 수용체의 레퍼토리는 인공 레퍼토리이고 PRR 작용제 시그니처 부분은 미생물성 포유동물 병원체의 임의의 천연 PRR 리간드 시그니처와는 다른 별개의 부분인 용도 또는 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 종양은 표적 조직으로부터 제거되는 용도 또는 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 마우스, 고양이, 개, 말, 설치류 또는 인간인 용도 또는 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 비히클은 미생물 세포, 재조합 미생물 세포, 재조합 미생물 세포의 세포 분획, 미생물 세포의 세포 분획, 박테리아 외막 분획, 박테리아 내막 분획, 미생물 세포 성분의 구배 원심분리로부터 얻은 펠릿, 미생물 염색체 DNA, 미세입자 또는 리포솜을 포함하되, 이들 각각은 PRR 작용제의 레퍼토리를 함께 구성하는 PRR 작용제를 제공하는 미생물성 포유동물 병원체의 성분을 포함하는 것인, 용도 또는 방법.
  9. 제8항에 있어서, 재조합 미생물은 PRR 작용제 중 적어도 하나의 성분을 인코딩하는 재조합 유전자를 포함하는 용도 또는 방법.
  10. 제8항 또는 제9항에 있어서, 치료 비히클은 완전히 사멸되거나 약독화된 미생물 세포 또는 재조합 미생물 세포를 포함하는 용도 또는 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, PRR 및 상응하는 PRR 리간드는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 용도 또는 방법:

  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 조직 및 상응하는 미생물성 포유동물 병원체는다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 용도 또는 방법:








  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물은 MHCII, CD96, CD69, IFNγ로 이루어진 군으로부터 선택되는 바이오마커를 수술전후기 기간 동안 조절하는데 효과적인 양으로 투여하여 사용하기 위한 것인 용도 또는 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물은 수술전후기 기간 동안 바이오마커를: CD69의 발현 증가; CD96의 발현 감소; MHCII의 발현 증가; 골수생성 증가; 호중구 및/또는 단핵구 세포 수의 증가; 면역 세포에서 CCR2 케모카인 수용체 발현의 발현 증가; 및/또는 FNγ 발현 증가를 시키는데 유효한 양으로 투여하여 사용하기 위한 것인 용도 또는 방법.
  15. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물은 PD1, PDL1, IP-10, MIG, RANTES, 호중구, Ly6C 단핵구 및 NKG2D로 이루어진 군으로부터 선택되는 바이오마커를 조절하는데 유효한 양으로 사용되는 것인 용도 또는 방법.
  16. 제15항에 있어서, 조성물은 표적 조직에 존재하는 세포에서 PD1 및/또는 PDL1 발현을 하향조절하는데 효과적인 양으로 사용하기 위한 것인 용도 또는 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물은: 상향조절된 세포독성 과립(퍼포린, 그랜자임 A & B); 상향조절된 NKG2D; 상향조절된 케모카인 CXCL9 & CXCL10(IP-10); 상향조절된 IL-18; 상향조절된 IL-1B; 상향조절된 GM-CSF; 상향조절된 NKG2D 리간드; 증가된 iNOS 발현(M1 대식세포 분극을 나타냄); 상향조절된 CD86(인간 M1 단핵구); 상향조절된 GCSF; 상향조절된 IL-2; 상향조절된 IL-3; 상향조절된 IL-6; 상향조절된 IL-7; 상향조절된 IL-12(p70); 상향조절된 IL-13; 상향조절된 IL-15; 상향조절된 CXCL1; 상향조절된 M-CSF; 상향조절된 TNFα; 하향조절된 PD-1; 및/또는 하향조절된 PDL1; 하향조절된 CD163(인간 M2 단핵구)가 달성되도록 바이오마커를 조절하기 위해 수술전후기 기간에 유효한 양으로 투여하여 사용하기 위한 것인 용도 또는 방법.
  18. 제13항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커에 대해 환자로부터의 샘플을 분석하는 단계, 선택적으로 수술전후기 기간 동안 분석하는 단계를 추가로 포함하는 용도 또는 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서:
    TLA-4, KIR(킬러 억제 수용체), CD43, 아르기나제, IDO, TGFβ, CD155, 골수 억제 세포(MDSC), Treg 세포(IL-10) 가용성(절단된) MICA/B 및/또는 가용성 CD95인 면역 억제 바이오마커에 대해 환자 샘플을 분석함으로써 면역 억제를 모니터링하는 단계; 및/또는
    인간 세포에서 발현되는 MICA/B 및 관련 NKG2D 리간드, gd T 세포의 활성화, T-bet 발현, IL-15, 훈련된 선천성 면역과 관련된 후생적 변화, 및/또는 면역 대사 변화(당분해 > 산화적 인산화)인 면역 활성화 바이오마커에 대해 환자 샘플을 분석함으로서 면역 활성화를 모니터링하는 단계
    에 의해, 환자에서 면역 반응을 모니터링하는 것을 더 포함하는 용도 또는 방법.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 비히클은 표적 조직이 아닌 투여 부위에 투여하기 위한 것인 용도 또는 방법.
  21. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물은 수술 후 면역 억제를 개선하도록 면역 반응을 조절하기 위해 수술전후기 기간에 유효한 양으로 투여하여 사용하기 위한 것인 용도 또는 방법.
  22. 제21항에 있어서, 투여 부위는 피부 또는 피하 조직인 용도 또는 방법.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 비히클은 투여 후 PRR 작용제의 전신 분포를 위해 제제화되는 용도 또는 방법.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 비히클은 투여 기간에 걸쳐 다수의 용량으로 투여되고, 투여 기간은 선택적으로 수술일 전후로 적어도 2주, 선택적으로 적어도 1주인 용도 또는 방법.
  25. 제24항에 있어서, 용량은 수술일 전후로 매일 또는 격일로 피하 투여되는 용도 또는 방법.
  26. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 비히클은 완전히 사멸되거나 약독화된 클렙시엘라 뉴모네아를 포함하고 표적 조직은 폐, 뇌, 췌장, 전립선, 고환 또는 간을 포함하는 것인 용도 또는 방법.
  27. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 비히클은 완전히 사멸되거나 약독화된 대장균을 포함하고 표적 조직은 결장, 장, 직장, 췌장, 신장, 방광, 전립선, 고환, 난소 또는 간을 포함하는 것인 용도 또는 방법.
  28. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 비히클은 완전히 사멸되거나 약독화된 스타필로코쿠스 아우레우스를 포함하고 표적 조직은 피부, 뼈, 뇌 또는 유방을 포함하는 것인 용도 또는 방법.
  29. 포유동물 대상체에서 암을 치료하기 위한 유효량의 면역원성 조성물의 용도로서:
    암은 표적 조직에서 종양을 형성하고/하거나 암은 표적 조직으로 전이될 가능성이 있는 것을 특징으로 하고;
    조성물은 수술일에 종양의 외과적 제거와 조합하여 사용하기 위한 것이며;
    조성물은 표적 조직에서 병원성인 완전히 사멸되거나 약독화된 미생물상 포유동물 병원체를 포함하며;
    면역원성 조성물은 잔여 질환을 치료하고 그에 따라 암을 치료하는 데 효과적인, 표적 조직의 면역 반응을 조절하기 위해 수술일로부터 1개월 이내인 수술전후기 기간 동안 사용하기 위한 것인, 용도.
  30. 포유동물 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 상기 암은 표적 조직에서 종양을 형성하고/하거나 암은 표적 조직으로 전이될 가능성이 있는 것을 특징으로 하고, 대상체는 수술일에 종양의 수술적 제거를 받으며, 상기 치료는:
    수술일로부터 1개월 이내인 수술전후기 기간 동안 대상체에게 유효량의 면역원성 조성물을 투여하는 단계를 포함하되;
    여기서 조성물은 표적 조직에서 병원성인 완전히 사멸되거나 약독화된 미생물성 포유동물 병원체를 포함하고;
    면역원성 조성물은 잔여 질환을 치료하고 그에 따라 암을 치료하는 데 효과적인, 표적 조직에서 면역 반응을 조절하도록 투여되는 것인, 방법.
  31. 포유동물 대상체에서 암을 치료하기 위한 유효량으로 사용하기 위한 SSI 제제를 포함하는 SSI 전달 시스템으로서:
    암은 표적 조직에서 종양을 형성하고/하거나 암은 표적 조직으로 전이될 가능성이 있는 것을 특징으로 하고;
    조성물은 수술일에 종양의 수술적 제거와 조합하여 사용하기 위한 것으로서, 여기서 수술적 제거는 수술 상처를 남기며;
    조성물은 표적 조직에서 병원성인 완전히 사멸되거나 약독화된 미생물성 포유류 병원체를 포함하고;
    전달 시스템은 조성물의 방출을 중재함으로써 잔여 질환을 치료하고 이에 따라 암을 치료하는 데 효과적인 표적 조직의 면역 반응을 조절하도록, 수술일에 수술 상처에 적용되는 것인, SSI 전달 시스템.
  32. 제31항에 있어서, 전달 시스템은 포유동물 병원체를 둘러싸는 단계적 방출 매트릭스를 포함하고, 상기 단계적 방출 매트릭스는 전달 시스템이 수술일에 수술 상처에 적용된 후, 다수의 연속적인 시간적으로 분리된 투여 단계로 매트릭스로부터 포유동물 병원체를 방출하도록 구성되되, 수술일로부터 2개월 이내인 수술전후기 기간 동안 각 투여 단계에서 포유동물 병원체의 치료적으로 효과적인 분취량이 방출되는 것인, 전달 시스템.
  33. 제31항 또는 제32항에 있어서, 단계적 방출 매트릭스는 표면 침식 폴리머를 포함하는 전달 시스템.
  34. 제33항에 있어서, 표면 침식 폴리머는 폴리무수물 및/또는 폴리(오르토 에스테르)를 포함하는 전달 시스템.
  35. 제33항에 있어서, 표면 침식 폴리머는 Pluronic F-127과 복합화된 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트를 포함하는 전달 시스템.
KR1020237036339A 2021-03-24 2022-03-23 암 치료에 있어서 수술전후기의 선천적 면역 프라이밍 KR20240009925A (ko)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202163165539P 2021-03-24 2021-03-24
US63/165,539 2021-03-24
PCT/CA2022/050437 WO2022198322A1 (en) 2021-03-24 2022-03-23 Perioperative innate immune priming in cancer therapy

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20240009925A true KR20240009925A (ko) 2024-01-23

Family

ID=83395199

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020237036339A KR20240009925A (ko) 2021-03-24 2022-03-23 암 치료에 있어서 수술전후기의 선천적 면역 프라이밍

Country Status (8)

Country Link
US (1) US20240091277A1 (ko)
EP (1) EP4313176A1 (ko)
JP (1) JP2024510510A (ko)
KR (1) KR20240009925A (ko)
CN (1) CN117980009A (ko)
AU (1) AU2022246300A1 (ko)
CA (1) CA3212380A1 (ko)
WO (1) WO2022198322A1 (ko)

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5122367A (en) * 1989-03-31 1992-06-16 Massachusetts Institute Of Technology Polyanhydride bioerodible controlled release implants for administration of stabilized growth hormone
US11226340B2 (en) * 2016-04-26 2022-01-18 Qu Biologics Inc. Therapeutically triggering an innate immune response in a target tissue

Also Published As

Publication number Publication date
EP4313176A1 (en) 2024-02-07
AU2022246300A1 (en) 2023-09-28
CA3212380A1 (en) 2022-09-29
JP2024510510A (ja) 2024-03-07
US20240091277A1 (en) 2024-03-21
CN117980009A (zh) 2024-05-03
WO2022198322A1 (en) 2022-09-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20220236284A1 (en) Therapeutically Triggering an Innate Immune Response in a Target Tissue
AU2005251397B2 (en) Bacterial compositions for the treatment of cancer
JP2019070040A (ja) 免疫原性抗炎症組成物
US11801259B2 (en) Methods and compositions for treating cancers using antisense
KR20160079122A (ko) 화학요법에 대한 반응성의 마커로서의 미생물총 조성물, 및 암 치료의 효능을 개선하기 위한 미생물 조정제 (프리-, 프로- 또는 신바이오틱스)의 용도
US20210052645A1 (en) Innate Targeting of Adoptive Cellular Therapies
JP2018111695A (ja) がんの治療のためのワクチン及びワクチン有効性を増強するための組成物
CN117838845A (zh) 用于治疗癌症的药物组合物
KR20240009925A (ko) 암 치료에 있어서 수술전후기의 선천적 면역 프라이밍
WO2013030670A2 (en) Tissue targeted fusobacterium antigenic activation of the immune response to treat intestinal cancers
Marsay Evaluation of immune correlates to TB vaccines