JP2022547491A - CD117/c-KITおよびCD3に結合する二重特異性結合剤 - Google Patents
CD117/c-KITおよびCD3に結合する二重特異性結合剤 Download PDFInfo
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Abstract
本発明は、少なくとも第1の結合ドメインおよび第2の結合ドメインを含み、前記第1の結合ドメインがCD117/c-KITに結合し、前記第2の結合ドメインがCD3に結合する二重特異性結合剤に関する(図1)。
Description
本出願は、CD117/c-KITおよびCD3に結合する二重特異性結合剤に関する。
二重特異性抗体は、T細胞の活性を標的細胞に対してリダイレクトすることができ、in vivoで選択的な殺生物作用を実現するための強力な抗体製品である。二重特異性抗体は、T細胞の存在下でナノモル以下の濃度で標的細胞を殺すことができる[15]。ヒトCD19抗原およびCD3抗原を同時に認識することができる1つの二重特異性抗体製品(ブリナツモマブ)は、フィラデルフィア染色体陰性の再発または難治性のB細胞前駆体急性リンパ芽球性白血病(ALL)の治療薬として販売承認を取得している[16]。ブリナツモマブは二重特異性T細胞エンゲージャー(BiTETM)であり、2つの単鎖Fv抗体フラグメントの連続融合によって生成される組換え抗体フォーマットである[17、18]。
自己再生および未成熟造血幹・前駆細胞(HSCP)は、造血において骨髄性系列およびリンパ系列を生み出す[1]。単一の造血幹細胞は、急性骨髄性白血病(AML)や骨髄異形成症候群(MDS)などの血液悪性腫瘍の原因となることもある[2、3]。これらの病態は、治療的介入によってAML細胞と前駆細胞を区別することが困難であるか、特に積極的なレジメンでは骨髄破壊のリスクがあるため、治療が難しいことがよくある。
前処置とそれに続くHSCTを特徴とする治療アプローチは、一部のAML患者にとって命を救う選択肢となる可能性がある。高用量化学療法に基づく前処置とその後の造血幹細胞移植は、がん治癒につながる可能性があるが、かなりの毒性および無視できない死亡率と関連している[4]。この治療法は、積極的な化学療法レジメンに適さない患者(例えば、高齢の患者)を除外することが多く、むしろ緩和的な設定で脱メチル化剤を投与することができる[5]。また、積極的な処置レジメンは、AML患者の骨髄抑制を長期化させ、感染症に対する感受性という点で悪影響を及ぼす可能性がある[6]。そのため、より選択的な前処置戦略や、AML細胞に対して強力な殺生物活性を持つ薬剤の発見に、多大な研究努力が注がれている[7,8]。
モノクローナル抗体によるCD117(c-Kit)の選択的標的化は、内因性HSPC(造血幹細胞および前駆細胞)を除去する戦略として提案されており、効果的でありながら穏やかな前処置を可能にする。Irving Weissmannらは、免疫不全マウス[9]と免疫能力のあるマウス[7]の両方で、c-Kit抗原に対するIgGフォーマットのモノクローナル抗体を使用してHSPCを効率的に除去できることを実証した。抗CD47抗体との組合せによって強化できるこの介入手順は、最近、炎症性疾患の潜在的な治療法として抗Kit治療抗体(AMG 191)(TAB-470CL)を使用した臨床設定に変換された。また、重症複合免疫不全症(SCID)患者の造血幹細胞移植のより穏やかな前処置アプローチを可能にする可能性もある[10]。前臨床剤であるKTN0182Aは、抗KITであるピロロベンゾジアゼピン(PBD)を含む抗体薬物コンジュゲートであり、さまざまな種類の腫瘍に対してin vitroおよびin vivoで抗腫瘍活性を示す。しかし、これまでのところ、そのような製品は市場に出回っていない。
したがって、本発明の1つの目的は、腫瘍性疾患に苦しむ患者の治療オプションを改善することである。
本発明のさらなる目的の一つは、CD117陽性疾患に罹患している患者に対するさらなる治療オプションを提供することである。
本発明のさらなる目的の1つは、急性骨髄性白血病(AML)または骨髄異形成症候群(MDS)に罹患している患者にさらなる治療オプションを提供することである。
これらおよび他の目的は、独立した請求項に記載の方法および手段によって達成される。従属請求項は、具体的な実施形態に関連する。
本発明は、少なくとも第1の結合ドメインおよび第2の結合ドメインを含む二重特異性結合剤を提供し、ここで、前記第1の結合ドメインは、CD117/c-KITに結合し、前記第2の結合ドメインは、CD3に結合する。本発明とその特徴および実施形態の一般的な利点について、以下に詳細に説明する。
本発明を詳細に説明する前に、本発明は説明されたデバイスの特定の構成要素部分に限定されず、あるいはそのようなデバイスおよび方法は変化する可能性があるので、説明された方法のプロセス工程に限定されないことを理解されたい。また、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態のみを記載する目的のためであり、限定することを意図したものではないことも理解されたい。明細書および添付の請求項において使用されるように、単数形「a」、「an」および「the」は文脈が明確に別途指示しない限り、単数形および/または複数形の参照を含むことに留意されたい。さらに、数値によって区切られるパラメータ範囲が与えられる場合、その範囲は、これらの限界値を含むものとみなされることを理解されたい。
さらに、本明細書に開示される実施形態は、互いに関連しない個々の実施形態として理解されることを意味しないことを理解されたい。一実施形態で議論される特徴は、本明細書に示される他の実施形態に関連しても開示されることを意味する。1つの場合において、特定の特徴が1つの実施形態で開示されず、別の実施形態で開示される場合、当業者は、前記特徴が前記他の実施形態で開示されることを意味しないことを必ずしも意味しないことを理解するのであろう。当業者であれば、他の実施形態についても前記特徴を開示することが本出願の主旨であるが、単に明瞭にするため、及び本明細書を管理可能な量に維持するために、これが行われていないことを理解されよう。
さらに、本明細書で参照される先行技術文献の内容は、参照により援用される。これは、特に、標準的または通常方法を開示する先行技術文献を指す。その場合、参照による援用は、十分に実施可能な開示を可能にし、長い反復を避ける目的がある。
本発明の第1の態様によれば、少なくとも第1の結合ドメインおよび第2の結合ドメインを含む二重特異性結合剤が提供され、前記第1の結合ドメインはCD117/c-KITに結合し、前記第2の結合ドメインはCD3に結合する。別の実施形態では、前記第1の結合ドメインはCD3に結合し、前記第2の結合ドメインはCD117/c-KITに結合する。
好ましくは、CD117/c-KITは、例えばUniProt識別子P10721の下で開示されるようなヒトCD117/c-KITである。
一実施形態では、CD3結合ドメインは、例えば、UniProt識別子P07766の下で開示されるように、CD3のイプシロンサブユニット、好ましくはヒトCD3に結合する。
マスト/幹細胞成長因子受容体(SCFR)は、プロトオンコジーンc-KITまたはチロシンプロテインキナーゼKITまたはCD117とも呼ばれ、ヒトではKIT遺伝子によってコードされる受容体型チロシンキナーゼタンパク質である。この遺伝子については、異なるアイソフォームをコードする複数の転写バリアントが見つかっている。KITは、1987年にドイツの生化学者Axel Ullrichによって、猫の肉腫ウイルス腫瘍遺伝子v-kitの細胞ホモログとして最初に記述された。
CD117は、造血幹細胞や他の細胞型の表面に発現するサイトカイン受容体である。この受容体の変化した形態は、いくつかのタイプのがんに関連している可能性がある。CD117は、幹細胞因子(ある種の細胞を増殖させる物質)と結合するIII型受容体チロシンキナーゼで、「steel因子」または「c-kitリガンド」とも呼ばれる。この受容体が幹細胞因子(SCF)と結合すると二量体を形成し、固有のチロシンキナーゼ活性を活性化し、次に細胞内でシグナルを伝播するシグナル伝達分子をリン酸化し活性化する[10]。活性化後、受容体はユビキチン化されて、リソソームへの輸送と最終的破壊のマークが付けられる。CD117を介したシグナル伝達は、細胞の生存、増殖、および分化において役割を果たす。例えば、CD117シグナルはメラノサイトの生存に必要であり、また、造血や配偶子形成にも関与している。
III型受容体チロシンキナーゼファミリーの他のメンバーと同様に、CD117は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、膜近傍ドメイン、および細胞内チロシンキナーゼドメインで構成されている。細胞外ドメインは5つの免疫グロブリン様ドメインからなり、プロテインキナーゼドメインは約80アミノ酸からなる親水性挿入配列で中断されている。リガンド幹細胞因子は、2番目と3番目の免疫グロブリンドメインを介して結合する。
CD(Cluster of Differentiation)分子は、特定の抗体によって認識される細胞表面のマーカーで、細胞の種類、分化の段階、活性を識別するために使用される。CD117は、骨髄中の特定の種類の造血(血液)前駆細胞を識別するために使用される重要な細胞表面マーカーである。具体的には、造血幹細胞(HSC)、多能性前駆細胞(MPP)、共通骨髄系前駆細胞(CMP)は、CD117を高レベルで発現する。共通リンパ系前駆細胞(CLP)は、CD117の低表面レベルを発現する。CD117はまた、胸腺の最も初期の胸腺細胞前駆細胞-早期T細胞系前駆細胞(ETP/DN1)およびDN2胸腺細胞は高レベルのc-Kitを発現していることを同定する。また、マウス前立腺幹細胞のマーカーでもある。また、マスト細胞、皮膚のメラノサイト、消化管のCajal間質細胞はCD117を発現している。ヒトでは、CRTH2(CD294)の発現を欠くヘルパー様自然リンパ球(ILC)でのc-kitの発現を使用して、ILC3集団をマークする。
ヒトでは、CD117/c-Kitはとりわけ造血細胞に存在し、造血の初期段階において重要な役割を担っているが、AML芽球にも発現している[11-14]。
免疫学では、CD3(cluster of differentiation 3)T細胞共受容体は、細胞傷害性T細胞(CD8+ナイーブT細胞)とTヘルパー細胞(CD4+ナイーブT細胞)の両方の活性化に役立つ。タンパク質複合体で構成され、4つの異なる鎖で構成されている。哺乳類では、複合体はCD3γ鎖、CD3δ鎖、および2つのCD3ε鎖を含む。これらの鎖は、T細胞受容体(TCR)およびζ鎖(ゼータ鎖)と結合して、Tリンパ球に活性化シグナルを生成する。TCR、ζ鎖、およびCD3分子が一緒になってTCR複合体を構成する。
CD3γ、CD3δ、およびCD3ε鎖は、単一の細胞外免疫グロブリンドメインを含む免疫グロブリンスーパーファミリーの関連性の高い細胞表面タンパク質である。
アスパラギン酸残基を含むCD3鎖の膜貫通領域は負に帯電しており、これらの鎖が正に帯電したTCR鎖と結合することを可能にする特性である。
CD3分子の細胞内テールには、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ(略してITAM)として知られる単一の保存モチーフがあり、TCRのシグナル伝達能に不可欠である。ζ鎖の細胞内テールには3つのITAMモチーフが存在する。
CD3上のITAMがリン酸化されると、CD3鎖はZAP70(zeta associated protein)と呼ばれる酵素と結合できるようになる。この酵素は、T細胞のシグナル伝達カスケードにおいて重要なキナーゼである。CD3はT細胞の活性化に必要であるため、これを標的とした薬剤(多くはモノクローナル抗体)が免疫抑制療法として研究されている(例えば、1型糖尿病やその他の自己免疫疾患に対するotelixizumab(TRX4)、臓器移植患者における急性拒絶反応を抑えるMuromonab-CD3(OKT3(登録商標)など)。
一般に、CD3と他の標的を同時に標的とする多重特異的結合剤は、現在開発中か、あるいはすでに承認されている。最初に承認された二重特異性抗体の1つは、CD3およびCD19を標的とするブリナツモマブ(商品名Blincyto(登録商標))であり、フィラデルフィア染色体陰性の再発または難治性急性リンパ芽球性白血病の二次治療として使用されている。これらのコンストラクトの基本的な考え方は、腫瘍特異的な標的を介して腫瘍細胞に結合し、CD3結合部位を介してT細胞に関与するというものである。
このように、コンセプトは興味深いが、それを臨床的に有利な薬剤にすることは、そう簡単ではない。二重特異性抗体の歴史は、失敗と失望に彩られている。
カツマキソマブ(商品名レモバブ(登録商標))は、ブリナツモマブよりさらに早く承認され、EpCAM陽性のがん患者の悪性腹水の治療に使用されていた。CD3やEpCAMと結合するが、2017年に市場から撤退した。
Xencor社のCD123xCD3抗体XmAb14045(WO2017210443)は、2019年2月に2名の患者が死亡し、臨床開発が中止となった。その他、CD19XCD3(Affimed社のAFM11、WO2013013700)、CD3xB7-H3(Macrogenics社のMGD009、US9441049B2)を標的とする製品も、J&J社のCD123xCD3二重特異性JNJ-63709178(EP3189081A1)と同様に規制プロセスから取り下げられた。
以下に示すように、本発明による二重特異性結合剤(CD117xCD3と呼ばれることもある)は、in vitroでHSPCとAML細胞の両方に対してT細胞活性を強力にリダイレクトすることが可能であることがわかった。播種性白血病のマウスモデルにおいて、CD117xCD3は骨髄へのAML生着を完全に阻害した。本製品は、造血幹細胞移植に先立ち、様々な血液疾患の患者において、抗c-Kit免疫グロブリンに代わるマイルドな前処置戦略として有利に働くものである。さらに、CD117xCD3の強力な抗白血病活性は、根絶が難しいとされるAML細胞を効率的に殺傷することに寄与する可能性がある。したがって、CD3および異なる標的を標的化する他の二重特異性抗体の有利な代替手段も提供する。
一実施形態によれば、二重特異性結合剤は、モノマーまたはヘテロマーのタンパク質またはペプチドであるか、または少なくとも1つのペプチド配列を含む。
一実施形態によれば、二重特異性結合剤は、抗体から誘導される少なくとも1つの伸張を含む。
一実施形態によれば、そのような伸張は、少なくとも1つの相補性決定領域(CDR)、好ましくは3つのCDR(CDR1~3)または6つのCDR(HCDR1~3およびLCDR1~3)の組である。
一実施形態によれば、そのような伸張は、少なくとも1つの可変抗体ドメイン、好ましくは2つの可変抗体ドメイン(重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメイン)の組においてである。
本発明の一実施形態によれば、前記第1の結合ドメインは、CD117/c-KITの細胞外ドメインに結合し、および/または前記第2の結合ドメインは、CD3のε鎖および/またはCD3のγ鎖に結合する。本発明の別の実施形態によれば、前記第2の結合ドメインは、CD117/c-KITの細胞外ドメインに結合し、および/または前記第1の結合ドメインは、CD3のε鎖および/またはCD3のγ鎖に結合する。
本発明の一実施形態によれば、二重特異性結合剤は、完全長抗体または抗体フラグメントのフォーマットであり、後者は標的結合特性を保持している。
一般的に、二重特異性抗体の多くのフォーマットが評価されてきた。レビューについては、例えば、Spiess et al(2015)[55]を参照し、その内容は、参照により本明細書に援用される。二重特異性抗体は、5つの明確な構造グループに分類される。
(i) 二重特異性IgG(BsIgG)
(ii) 抗原結合部位が追加されたIgG
(iii) 二重特異性抗体フラグメント
(iv) 二重特異性融合タンパク質、および
(v) 二重特異性抗体コンジュゲート。
(i) 二重特異性IgG(BsIgG)
(ii) 抗原結合部位が追加されたIgG
(iii) 二重特異性抗体フラグメント
(iv) 二重特異性融合タンパク質、および
(v) 二重特異性抗体コンジュゲート。
さらに、よく区別されるのが
(i) 非対称二重特異性抗体(異なる抗原への結合部分を含む異なる鎖を有するヘテロポリマー抗体)および
(ii) 対称二重特異性抗体(ヘテロポリマーまたはモノマー/単鎖抗体、異なる抗原への異なる結合部分が同じ鎖上にある場合)である。
(i) 非対称二重特異性抗体(異なる抗原への結合部分を含む異なる鎖を有するヘテロポリマー抗体)および
(ii) 対称二重特異性抗体(ヘテロポリマーまたはモノマー/単鎖抗体、異なる抗原への異なる結合部分が同じ鎖上にある場合)である。
一般に、モノマー/単鎖の構成であることが多い小型フォーマットは、血清半減期が短いため、頻繁あるいは恒常的に投与する必要があるが、サイトカインストームのような副作用が生じた場合には、直ちに治療を中断できる選択肢を提供するものである。
非対称型二重特異性抗体は、異なる鎖の翻訳後対合の際にしばしば問題を引き起こす。4種類の抗体鎖(各特異性ごとに重鎖および軽鎖)を同時に発現させると、不規則なペアリングが起こり、10種類の産物ができ、そのうちの1種類だけが正しいバリアントとなることがある。ただし、これらのミスペアリングの問題は、さまざまな技術的アプローチで対処できる(Wang et al、2018を参照)。
各フォーマットの概要については、図10を参照。これらのフォーマットはそれぞれ異なる特性や利点をもたらし、それゆえ、特に、
・ 各抗原の結合価、
・ 抗原結合部位の形状、c、
・ 鎖のペアリングの正しさ、
・ 薬物動態的半減期
・ そして場合によってはエフェクター機能
などを優先して選ぶことができる。
各フォーマットの概要については、図10を参照。これらのフォーマットはそれぞれ異なる特性や利点をもたらし、それゆえ、特に、
・ 各抗原の結合価、
・ 抗原結合部位の形状、c、
・ 鎖のペアリングの正しさ、
・ 薬物動態的半減期
・ そして場合によってはエフェクター機能
などを優先して選ぶことができる。
本発明の実施形態によれば、二重特異性結合剤は、以下からなる群から選択される少なくとも1つのフォーマットである。
・ DVD-Ig
・ ノブ・イン・ホール
・ クロスマブ
・ BiTETM
・ ナノボディ
・ ダイアボディ
・ DARTTM
・ TandAbTM、および/または
・ scDb-scFv
・ DVD-Ig
・ ノブ・イン・ホール
・ クロスマブ
・ BiTETM
・ ナノボディ
・ ダイアボディ
・ DARTTM
・ TandAbTM、および/または
・ scDb-scFv
これらのフォーマットは、当業者によく知られている(定義については、Spiess et al(2015)[55]を参照)。当業者は、本明細書に開示されるような可変ドメインおよび/またはCDRの組を使用して、日常的な手段によって上記のフォーマットを作成することができる。
本発明の一実施形態によれば、二重特異性結合剤は、BiTEのフォーマットである。
BiTEフォーマットは、本質的に、ペプチドリンカー、通常はアミノ酸配列GGGGS(「G4S」)を含むリンカーによって互いに結合された2つのscFvフォーマットされた抗体からなる。得られた単鎖の質量は約55kDである。前記BiTEは、以下のフォーマットを有することができる(可変ドメイン間のダッシュは任意のリンカーを表し、数字はCD3またはCD117のいずれかに対する親和性を表す)。
・VH1-VL1-VL2-VH2
・VL1-VH1-VH2-VL2
・VL1-VH1-VL2-VH2
・VH1-VL1-VH2-VL2
・VH1-VL1-VL2-VH2
・VL1-VH1-VH2-VL2
・VL1-VH1-VL2-VH2
・VH1-VL1-VH2-VL2
サイズが小さいため、BiTEフォーマットは患者の非常に迅速なクリアランスプロファイルに関連付けられている。ブリナツモマブは、臨床的に承認された唯一のBiTEであり、一定流量の点滴ポンプを使用することにより、28日間の持続点滴を行うことが可能である。そのため、重篤な有害事象が発生した場合には、直ちに抗体投与を中止することが可能である。
scDb-scFvはBiTEフォーマットと似ているが、第1または第2の標的の可変ドメインが重複している点が異なる(例えば以下に示す)。
・VH1-VL1-VH1-VL1-VL2-VH2
・VL1-VH1-VL1-VH1-VH2-VL2
・VL1-VH1-VL1-VH1-VL2-VH2
・VH1-VL1-VH1-VL1-VH2-VL2
・VH1-VL1-VH1-VL1-VL2-VH2
・VL1-VH1-VL1-VH1-VH2-VL2
・VL1-VH1-VL1-VH1-VL2-VH2
・VH1-VL1-VH1-VL1-VH2-VL2
TandAb(Tandem Diabody)のフォーマットは、例えば以下のようなものである。
・ VL1-VH2-VL2-VH1
・ VL2-VH1-VL1-VH2
・ VL1-VH2-VL2-VH1
・ VL2-VH1-VL1-VH2
DARTフォーマットは、2本の鎖がシステインリンカーによって互いに接続された二量体フォーマットである。
・ 鎖1:VL1-VH2
・ 鎖2:VH1-VL2
・ 鎖1:VL1-VH2
・ 鎖2:VH1-VL2
本発明の一実施形態によれば、CD117/c-KITに結合する第1の結合ドメインが、
a) 配列番号19および20に記載の、抗CD117抗体79Dの重鎖/軽鎖可変領域配列ペアに含まれる重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
b) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号1または35)、
・ HC CDR2(配列番号2または36)、
・ HC CDR3(配列番号3または37)、
・ LC CDR1(配列番号4または38)、
・ LC CDR2(配列番号5または39)、および
・ LC CDR3(配列番号6または40)、
c) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つがそれぞれの配列番号1~6または配列番号35~40に対して最大3個のアミノ酸置換を有するか、および/または
d) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つがそれぞれの配列番号1~6または配列番号35~40に対して66%以上の配列同一性を有し、
ここで、CDRは、CD117/c-KITに結合できるように、適切なタンパク質フレームワークに埋め込まれている。
a) 配列番号19および20に記載の、抗CD117抗体79Dの重鎖/軽鎖可変領域配列ペアに含まれる重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
b) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号1または35)、
・ HC CDR2(配列番号2または36)、
・ HC CDR3(配列番号3または37)、
・ LC CDR1(配列番号4または38)、
・ LC CDR2(配列番号5または39)、および
・ LC CDR3(配列番号6または40)、
c) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つがそれぞれの配列番号1~6または配列番号35~40に対して最大3個のアミノ酸置換を有するか、および/または
d) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つがそれぞれの配列番号1~6または配列番号35~40に対して66%以上の配列同一性を有し、
ここで、CDRは、CD117/c-KITに結合できるように、適切なタンパク質フレームワークに埋め込まれている。
配列番号1~6および35~40の2つの組は同じ抗体に関連するが、CDRが定義された命名法が異なる。
本明細書中で使用される、用語「CDR」または「相補性決定領域」は、両方の重鎖および軽鎖ポリペプチドの可変領域内に見出される非隣接抗原結合部位を意味することを意図している。これらの特定の領域は、Kabatら(1977), Kabatら(1991), Chothiaら(1987)およびMacCallumら,(1996)によって記載されており、定義では、互いに対して比較したときにアミノ酸残基の重複またはサブセットを含んでいる。それにもかかわらず、抗体または移植された抗体のCDRまたはそのバリアントを参照するいずれかの定義の適用は、本明細書中で定義され使用される用語の範囲内であることが意図されている。上記参照の各々によって定義されるCDRを包含するアミノ酸残基は、比較として以下の表1に示す。CDRの定義はケースごとに異なるため、この番号付けは同封の配列表に実際に開示されたCDRとは異なる可能性があることに注意すること。
本明細書中で使用する場合、抗体可変領域に関連して使用する場合の用語「フレームワーク」は、抗体の可変領域内のCDR領域外の全てのアミノ酸残基を意味するように入力する。したがって、可変領域のフレームワークは約100から120アミノ酸の長さであるが、CDR以外のアミノ酸のみを参照することを意図している。
一実施形態では、「標的Xに結合することができる」という用語は、十分な結合親和性で結合することを意味すると理解されるべきである。そのような実施形態では、それぞれの結合ドメインは、10-4以下のKDで標的に結合する。KDは、抗体とその抗原の間の平衡解離定数、koff/konの比率である。KDと親和性は反比例の関係にある。KD値は抗体の濃度(特定の実験に必要な抗体の量)に関連しているため、KD値が低いほど(濃度が低いほど)、結合ドメインの高い親和性になる。
本発明の一実施形態によれば、CD3に結合する第2の結合ドメインは、
a) 以下の配列OKT3、BlinCD3を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
b) 配列番号21および22、または配列番号23および24に記載の抗CD3抗体BlinCD3、OKT3、および[・・・]のいずれか1つの重鎖/軽鎖可変領域配列ペアに含まれる重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
c) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号7または41)、
・ HC CDR2(配列番号8または42)、
・ HC CDR3(配列番号9または43)、
・ LC CDR1(配列番号10または44)
・ LC CDR2(配列番号11または45)、および
・ LC CDR3(配列番号12または46)、
d) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号13)、
・ HC CDR2(配列番号14)、
・ HC CDR3(配列番号15)、
・ LC CDR1(配列番号16)、
・ LC CDR2(配列番号17)、および
・ LC CDR3(配列番号18)、
e) b)またはc)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号7~12または配列番号41~46または配列番号13~18に対して最大3個のアミノ酸置換を有するか、および/または
f) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号7~12または配列番号41~46または配列番号13~18に対して66%以上の配列同一性を有し、
ここで、CDRは、CD3に結合できるように適切なタンパク質フレームワークに埋め込まれている。
a) 以下の配列OKT3、BlinCD3を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
b) 配列番号21および22、または配列番号23および24に記載の抗CD3抗体BlinCD3、OKT3、および[・・・]のいずれか1つの重鎖/軽鎖可変領域配列ペアに含まれる重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
c) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号7または41)、
・ HC CDR2(配列番号8または42)、
・ HC CDR3(配列番号9または43)、
・ LC CDR1(配列番号10または44)
・ LC CDR2(配列番号11または45)、および
・ LC CDR3(配列番号12または46)、
d) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号13)、
・ HC CDR2(配列番号14)、
・ HC CDR3(配列番号15)、
・ LC CDR1(配列番号16)、
・ LC CDR2(配列番号17)、および
・ LC CDR3(配列番号18)、
e) b)またはc)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号7~12または配列番号41~46または配列番号13~18に対して最大3個のアミノ酸置換を有するか、および/または
f) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号7~12または配列番号41~46または配列番号13~18に対して66%以上の配列同一性を有し、
ここで、CDRは、CD3に結合できるように適切なタンパク質フレームワークに埋め込まれている。
配列番号7~12および41~46の2つの組は、同じ抗体に関連しているが、CDRが定義された異なる命名法にのみ関連している。
本明細書で使用する場合、79Dは、Reshetnyak et al.2013に記載されている抗CD117/c-Kit抗体であり、その内容は、参照により本明細書に援用される。
本明細書で使用される場合、OKT3は、Horn et al.2017に記載されている抗体であり、その内容は、参照により本明細書に援用される。
OKT3のINNはムロモナブ-CD3である。OKT3は米国によって承認された1985年にFDA(米国食品医薬品局)から、ヒトに対する医薬品として世界で初めて承認されたモノクローナル抗体である。Muromonab-CD3は、IgGフォーマットで提供されるマウス抗体で、CD3εを標的としている。それは、同種異系の腎臓、心臓および肝臓移植の急性の糖質コルチコイド耐性拒絶の治療のために承認されている。また、T細胞急性リンパ芽球性白血病の治療に使用することも検討されている。
本明細書で使用される場合、BlinCD3は、Drugbank、アクセッション番号DB09052、AA残基256~498に記載されている抗体であり、その内容は参照により本明細書に援用される。BlinCD3は、ヒト化によってOKT3に由来し(Dorken et al、2018)、可変ドメインで約93%の配列同一性を持っている。図11にアライメントを示す。CDRは太字で表示されている。LCDR 2と3のみが、それぞれのC末端AA残基が互いにわずかに異なる。
好ましくは、二重特異性結合剤は、最大2つのアミノ酸置換、より好ましくは最大1つのアミノ酸置換を有する。
好ましくは、CDRの少なくとも1つは、それぞれの配列番号に対して67%以上、68%以上、69%以上、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、最も好ましくは99%以上の配列同一性を有する。
本明細書で使用される場合、「%配列同一性」という用語は、以下のように理解されなければならない:比較する2つの配列は、配列間の相関が最大になるようにアライメントされる。これには、アラインメントの程度を高めるために、一方または両方の配列に「ギャップ」を挿入することが含まれる場合がある。次に、比較される各配列の全長にわたって%の同一性を決定することができ(いわゆる全体的アラインメント)、これは、特に、長さが同じか類似しているか、または長さが短く規定されている配列(いわゆる局所的アラインメント)に適している。上記文脈において、少なくとも、例えば、照会アミノ酸配列に対して95%の「配列同一性」を有するアミノ酸配列は、対象アミノ酸配列の配列が、照会アミノ酸配列の各々100アミノ酸当たり最大5個のアミノ酸変化を含み得ることを除いて、対象アミノ酸配列の配列が照会配列と同一であることを意味するよう意図されている。言い換えると、照会アミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する配列を得るためには、対象アミノ酸配列中のアミノ酸残基の5%(100個中5個)までを別のアミノ酸で挿入または置換するか、欠失させてもよい。2つ以上の配列の同一性および相同性を比較する方法は、当該技術分野において周知である。2つの配列が同一であるパーセンテージは、例えば数学的アルゴリズムを用いて決定することができる。数学的アルゴリズムの好ましい例は、BLASTまたはNBLASTプログラムおよびFASTAなどのプログラムのBLASTファミリーに統合されているが、限定するものではない。他の配列とある程度同一である配列は、これらのプログラムによって同定することができる。さらに、ウィスコンシン配列分析パッケージ、例えばプログラムBESTFITおよびGAPにおいて利用可能なプログラム9.1が、2つのポリペプチド配列間の%同一性を決定するために使用され得る。ここで言及されているのが、参照配列に対して特定の程度の配列同一性を共有するアミノ酸配列である場合、配列の相違は、好ましくは保存的アミノ酸置換によるものである。好ましくは、そのような配列は、例えば、より遅い速度であり得るが、参照配列の活性を保持する。
好ましくは、CDRの少なくとも1つは、以下を含むCDR配列修飾に対象であった。
・ 親和性成熟
・ 免疫原性の低下
・ 親和性成熟
・ 免疫原性の低下
所定の抗体の親和性がin vitro増加する過程における親和性成熟天然の対応物と同様に、in vitro親和性の成熟も変異と選択の原理に基づいている。これは、抗体、抗体フラグメントまたは抗体ミメティックのような他のペプチド分子を最適化するために首尾よく使用されている。CDR内部のランダム変異は、放射線、化学的変異原またはエラープローンPCRを用いて導入される。さらに、チェーンシャフリングによって遺伝的多様性を増加させることができる。ファージディスプレイ法のようなディスプレイ法を用いて2、3ラウンドの変異と選択を行うと、通常、低ナノモル域で親和性をもつ抗体フラグメントが生じる。原理については、Eylenstein et al.(2016)を参照のこと。その内容は、参照により本明細書に援用される。
ヒト化抗体は、マウス配列由来のCDR領域を、必要なフレームワーク復帰変異とともに、ヒト配列由来のV領域に含む。したがって、ヒト化抗体を患者に投与すると、CDR自体が免疫原性の反応を引き起こすことができる。CDRによって引き起こされる免疫原性を減少させる方法は、Hardingら(2010)に開示されており、その内容は、参照により本明細書に援用される。
本発明の一実施形態によれば、フレームワークはヒトVH/VLフレームワークである。VHはIgG形抗体の重鎖可変ドメインの略であり、VLは軽鎖可変ドメイン(カッパまたはラムダ)の略である。
本発明の1つの実施形態によれば、CD117/c-KITに結合する第1の結合ドメインは、以下のものを含む。
a) 抗体79Dの可変ドメイン
b) 重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)
・ HC VD(配列番号19)、および
・ LC VD(配列番号20)
c) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし
・ HC VDは、それぞれの配列番号19に対して80%以上の配列同一性を有するか、および/または
・ LC VDはそれぞれの配列番号20に対して80%以上の配列同一性をする、
d) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし、HC VDまたはLC VDの少なくとも1つが、それぞれの配列番号19および/または20に対して最大10個のアミノ酸置換を有する、
上記の二重特異性結合剤は、依然としてCD117/c-KITに結合することができる。
a) 抗体79Dの可変ドメイン
b) 重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)
・ HC VD(配列番号19)、および
・ LC VD(配列番号20)
c) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし
・ HC VDは、それぞれの配列番号19に対して80%以上の配列同一性を有するか、および/または
・ LC VDはそれぞれの配列番号20に対して80%以上の配列同一性をする、
d) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし、HC VDまたはLC VDの少なくとも1つが、それぞれの配列番号19および/または20に対して最大10個のアミノ酸置換を有する、
上記の二重特異性結合剤は、依然としてCD117/c-KITに結合することができる。
抗体またはその重鎖または軽鎖に関連して使用される「可変ドメイン」は、分子上に抗原結合を付与し、かつ定常領域ではない抗体の一部を意味することを意図している。この用語は、可変領域全体の結合機能の一部を維持するその機能性フラグメントを含むことを意図している。可変領域結合フラグメントには、例えば、Fab、F(ab)2、Fv、単鎖Fv(scfv)などの機能性フラグメントが含まれる。このような機能性フラグメントは当業者には周知である。したがって、ヘテロマー可変領域の機能性フラグメントを記述する際のこれらの用語の使用は、当業者に周知の定義に対応することを意図している。そのような用語は、例えば、Huston et al.、(1993)またはPluckthun and Skerra (1990)に記載されている。
本発明の一実施形態によれば、CD3に結合する第2の結合ドメインは、
a) OKT3とBlinCD3からなるグループから選択された1つの抗体の可変ドメイン
b) 重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)
・ HC VD(配列番号21または23)、および
・ LC VD(配列番号22または24)
c) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし
・ HCVDは、それぞれの配列番号21または23に対して80%以上の配列同一性を有し、および/または
・ LCDVDは、それぞれの配列番号22または24に対して80%以上の配列同一性を有する、
d) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)であって、但しHCVDまたはLCVDの少なくとも1つが、それぞれの配列番号に対して最大10個のアミノ酸置換を有する重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)であって、
上記の二重特異性結合剤は依然としてCD3に結合することができる
本発明の一実施形態によれば、CD3に結合する第2の結合ドメインは、
a) OKT3とBlinCD3からなるグループから選択された1つの抗体の可変ドメイン
b) 重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)
・ HC VD(配列番号21または23)、および
・ LC VD(配列番号22または24)
c) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし
・ HCVDは、それぞれの配列番号21または23に対して80%以上の配列同一性を有し、および/または
・ LCDVDは、それぞれの配列番号22または24に対して80%以上の配列同一性を有する、
d) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)であって、但しHCVDまたはLCVDの少なくとも1つが、それぞれの配列番号に対して最大10個のアミノ酸置換を有する重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)であって、
上記の二重特異性結合剤は依然としてCD3に結合することができる
好ましくは、可変ドメインの少なくとも1つは、それぞれの配列番号に対して、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上の配列同一性を有する。
本発明の一実施形態によれば、少なくとも1つのアミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。
「保存的アミノ酸置換」は、非保存的置換よりも抗体機能への影響が小さい。アミノ酸の分類にはいろいろな方法があるが、それらの構造とR基の全般的な化学的性質に基づいて、しばしば6つの主要な群に分類される。
一実施形態では、「保存的アミノ酸置換」とは、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基に置換されたものである。例えば、類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが当技術分野で定義されている。これらのファミリーには、以下を有するアミノ酸が含まれる。
・ 塩基性側鎖(リジン、アルギニン、ヒスチジンなど)、
・ 酸性側鎖(アスパラギン酸、グルタミン酸など)、
・ 非荷電極性側鎖(グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システインなど)、
・ 非極性側鎖(アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファンなど)、
・ β分岐側鎖(スレオニン、バリン、イソロイシンなど)、
・ 芳香族側鎖(チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジンなど)。
・ 塩基性側鎖(リジン、アルギニン、ヒスチジンなど)、
・ 酸性側鎖(アスパラギン酸、グルタミン酸など)、
・ 非荷電極性側鎖(グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システインなど)、
・ 非極性側鎖(アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファンなど)、
・ β分岐側鎖(スレオニン、バリン、イソロイシンなど)、
・ 芳香族側鎖(チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジンなど)。
他の保存されたアミノ酸置換は、ペプチドの電荷を修飾するためにアスパラギンをアスパラギン酸に置換する場合のように、アミノ酸側鎖ファミリーを横切って起こることもできる。したがって、例えば、HRドメインポリペプチド中の予測される非必須アミノ酸残基は、ファミリーを越えて同じ側鎖ファミリーまたはホモログ由来の別のアミノ酸残基(例えば、アスパラギン酸についてはアスパラギン、グルタミン酸についてはグルタミン)と置換されることが好ましい。保存的変化には、さらに、化学的に相同な非天然アミノ酸(すなわち、ロイシンの代わりに合成非天然疎水性アミノ酸、トリプトファンの代わりに合成非天然芳香族アミノ酸)の置換を含むことができる。
本発明の実施形態によれば、対応する可変重鎖領域(VH)および対応する可変軽鎖領域(VL)領域は、N末端からC末端に向かって、以下の順序で配置される。
・ VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)、
・ VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)、
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)、
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)、
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)、
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)、
・ VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)、および/または
・ VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)、
ここで、「リンカー」という用語は、例えば、配列番号32、32、または33に開示されているような、任意のポリペプチドリンカーを定義する。これらの実施形態はすべて、本明細書の他の場所で論じられているBiTEフォーマットに準拠している。
・ VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)、
・ VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)、
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)、
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)、
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)、
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)、
・ VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)、および/または
・ VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)、
ここで、「リンカー」という用語は、例えば、配列番号32、32、または33に開示されているような、任意のポリペプチドリンカーを定義する。これらの実施形態はすべて、本明細書の他の場所で論じられているBiTEフォーマットに準拠している。
そのような実施形態の例は、配列番号25、26、34、59および60のいずれかに与えられている。なお、配列によっては、Hisタグやシグナル配列が含まれる場合がある。これらの配列は、Hisタグおよび/またはシグナル配列の有無にかかわらず開示されているものとする。
本発明の実施形態によれば、対応する可変重鎖領域(VH)および対応する可変軽鎖領域(VL)領域は、N末端からC末端に向かって、以下の順序で配置される。
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)
この実施形態は、本明細書の他の場所で論じられているscDb-scFvフォーマットに準拠している。そのような実施形態の例は、配列番号61に示されている。
本発明のさらなる実施形態によれば、対応する可変重鎖領域(VH)および対応する可変軽鎖領域(VL)領域は、N末端からC末端に向かって、以下の順序で配置される。
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-VH(CD3)
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-VH(CD3)
この実施形態は、本明細書の他の場所で論じられているTandAbフォーマットに準拠している。そのような実施形態の例は、配列番号62に示されている。
本発明のさらなる実施形態によれば、対応する可変重鎖領域(VH)および対応する可変軽鎖領域(VL)領域は、N末端からC末端までの順序で、異形二量体構成で配置される。
・ 鎖1:VL(CD3)-リンカー-VH(CD117)-Cys
・ 鎖2:VL(CD117)-リンカー-VH(CD3)-Cys
・ 鎖1:VL(CD3)-リンカー-VH(CD117)-Cys
・ 鎖2:VL(CD117)-リンカー-VH(CD3)-Cys
C末端の2つのシステイン残基によってジスルフィド結合が確立されている。この実施形態は、本明細書の他の場所で論じられているDARTフォーマットに準拠している。そのような実施形態の例は、配列番号63および64に示されている。
本発明の一実施形態によれば、CD3に結合する第2結合ドメインは
a)配列番号28または29のいずれか1つに記載されているscFv様配列を含むか、または
b)配列番号28または29のいずれか1つに対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
a)配列番号28または29のいずれか1つに記載されているscFv様配列を含むか、または
b)配列番号28または29のいずれか1つに対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
好ましくは、配列は、それぞれの配列番号に対して、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上の配列同一性を有する。
本発明の一実施形態によれば、CD117/cKITに結合する第1結合ドメインは
a)配列番号27に記載のscFv様配列を含むか、または
b)配列番号27に対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
a)配列番号27に記載のscFv様配列を含むか、または
b)配列番号27に対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
好ましくは、配列は、それぞれの配列番号に対して、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上の配列同一性を有する。
本発明の1つの実施形態によれば、二重特異性結合剤は
a)配列番号25、26、34、59または60から選択される配列の少なくとも1つを含むか、または
b)配列番号25、26、34、59または60に対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
a)配列番号25、26、34、59または60から選択される配列の少なくとも1つを含むか、または
b)配列番号25、26、34、59または60に対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
なお、配列によっては、Hisタグやシグナル配列が含まれる場合がある。これらの配列は、Hisタグおよび/またはシグナル配列の有無にかかわらず開示されているものとする。同様に、それぞれの請求項によって提供される保護は、Hisタグおよび/またはシグナル配列の有無かわらず、実施形態を包含することを意図する。
好ましくは、配列は、それぞれの配列番号に対して、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上の配列同一性を有する。
本発明の一実施形態によれば、二重特異性結合剤は、以下の少なくとも1つを有する。
請求項14に記載の二重特異性結合剤と比較して、
・ SPRによって測定して、CD3に対して50%以上の標的結合親和性を有するか、および/または
・ SPRによって測定して、CD117/c-KITに対して50%以上の標的結合親和性を有する。
請求項14に記載の二重特異性結合剤と比較して、
・ SPRによって測定して、CD3に対して50%以上の標的結合親和性を有するか、および/または
・ SPRによって測定して、CD117/c-KITに対して50%以上の標的結合親和性を有する。
本明細書中で使用される場合、用語「結合親和性」は、結合相互作用の強度を意味することが意図され、したがって、実際の結合親和性ならびに見かけの結合親和性の両方を含む。実際の結合親和性は、解離速度に対する会合速度の比である。したがって、結合親和性を付与または最適化するには、結合親和性の所望のレベルを達成するためにこれらの成分のいずれかまたは両方を変更することが含まれる。見かけの親和性には、例えば、相互作用のアビディティを含むことができる。例えば、二価のヘテロマー可変領域結合フラグメントは、その価数のために改変された、または最適化された結合親和性を示すことができる。
結合剤の親和性を測定するのに適した方法は、表面プラズモン共鳴(SPR)を通してである。この方法は、表面プラズモン波が金属/液体界面で励起されたときに生じる現象に基づいている。光は試料に接していない表面の側表面に照射され、反射され、SPRは角度と波長の特定の組合せで反射光強度の低下を引き起こす。生体分子結合事象は表層での屈折率の変化を引き起こし、これはSPRシグナルの変化として検出される。結合事象は、受容体-リガンド対間の結合会合または解離のいずれかであり得る。屈折率の変化は、基本的に瞬時に測定することができ、したがって、親和性定数の個々の構成要素の決定を可能にする。より具体的には、この方法は、会合速度(kon)および解離速度(koff)の正確な測定を可能にする。
kon およびkoff を測定すると、変更された可変領域または最適化された可変領域を特定できるため、効果的である。例えば、改変された可変領域、またはそのヘテロマー結合断片は、例えば、類似の結合親和性を示す可変領域およびヘテロマー結合フラグメントと比較して、より高いkonを有するため、より有効であり得る。konが高い分子ほど、より速い速度でその標的に特異的に結合して阻害することができるので、効果の増大がもたらされる。同様に、本発明の分子は、同様の結合親和性を有する分子と比較してより低いkoff値を示すので、より効果的であり得る。koff速度が低い分子ほど効力が高くなるのは、いったん結合すると、分子の標的からの解離が遅くなるからである。そのヘテロマー可変領域結合断片を含む本発明の改変された可変領域および最適化された可変領域に言及されているが、会合および解離速度を測定するための上述の方法は、治療または診断のためのより効果的な結合剤を同定するために、本質的に任意の抗体またはそのフラグメントに適用可能である。
表面プラズモン共鳴を用いた会合および解離速度を含む親和性を測定する方法は、当業者においてよく知られており、例えば、JonssonおよびMalmquist、(1992)およびWuら(1998)に記載することができる。さらに、結合相互作用を測定するための当技術分野でよく知られている1つの装置は、Pharmacia Biosensor(スウェーデン、ウプサラ)を通じて市販されているBIAcore 2000機器である。
好ましくは、前記標的結合親和性は、二重特異性結合剤のそれと比較して、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%以上、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%以上、69%以上、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、最も好ましくは99%以上である。
本発明の別の態様によれば、上記の説明による二重特異性結合剤とCD117/c-KITおよびCD3への結合を競合させる二重特異性結合剤が提供される。
このような結合剤のフォーマットまたは構造に関しては、上記と同様の好ましい実施形態が適用される。本明細書で使用する「結合を競合する」という用語は、活性を有する第2の結合剤と同じ標的に結合する活性を有する第1の結合剤に関して使用され、ここで第2の結合剤は第1の結合剤のバリアントまたは関連もしくは非類似の結合剤である。第1の結合剤による結合の効率(例えば、動力学または熱力学)は、第2の結合剤による効率基質結合と同じであってもよいし、それ以上であってもよいし、それ以下であってもよい。例えば、基質に結合するための平衡結合定数(KD)は、2つの結合剤について異なる可能性がある。
結合に対するこのような競合は、競合結合アッセイで適切に測定することができる。そのようなアッセイは、Fincoら2011に開示されており、その内容は参照により本明細書に援用され、特許請求項の解釈のためのそれらの意味は、Dengら2018に開示されており、その内容は参照により本明細書に援用される。
本発明の別の態様によれば、上記の説明による二重特異性結合剤と本質的に同じ、または同じ、CD3およびCD117/c-KIT上のエピトープに結合する二重特異性結合剤が提供される。
この特性を試験するために、適当なエピトープ地図作成技術が利用可能であり、とりわけ、以下を含む:
・ X線共結晶解析と低温電子顕微鏡(cryo-EM)
・ アレイ-ベースのオリゴ-ペプチドスキャニング
・ 部位特異的変異誘発マッピング
・ ハイスループットショットガン変異誘発エピトープマッピング
・ 水素-重水素交換
・ 架橋結合質量分析法
この特性を試験するために、適当なエピトープ地図作成技術が利用可能であり、とりわけ、以下を含む:
・ X線共結晶解析と低温電子顕微鏡(cryo-EM)
・ アレイ-ベースのオリゴ-ペプチドスキャニング
・ 部位特異的変異誘発マッピング
・ ハイスループットショットガン変異誘発エピトープマッピング
・ 水素-重水素交換
・ 架橋結合質量分析法
これらの方法は、特に、Banikら(2010)、およびDeLisser (1999)において開示され、議論されており、その内容は、参照により本明細書に援用される。
本発明の別の態様によれば、前述の請求項のいずれか1つに記載の結合剤をコードする核酸が提供される。
コードされた結合剤の所定の配列は、そのような核酸分子が、遺伝コードの縮重のために異なる配列を有することができる。
このような核酸分子は、薬学的目的に使用することができる。このような場合、患者に投与されるのはRNA由来の分子であり、患者のタンパク質発現機構がそれぞれの結合剤を発現する。mRNAは、例えば、適当なリポソーム中で送達され得、免疫応答を回避し、および/または折りたたみおよび翻訳効率を改善するための特異的配列または修飾ウリジンヌクレオシド類のいずれかを含み、時には、それらを特定の細胞型に標的化するための5’および/または3’末端でのキャップ修飾を含む。
このような核酸分子は、発現宿主をトランスフェクトし、次いで実際の結合剤を発現させるために用いることができる。このような場合、その分子は、任意に適当なベクターに組み込まれるcDNAであり得る。
本発明の別の態様によれば、前述の請求項のいずれか1項に記載の二重特異性結合剤又は核酸と、任意に1つ以上の薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物が提供される。
本発明の別の態様によれば、(i)前述の請求項のいずれか1項に記載の二重特異性結合剤又は医薬組成物と、(ii)1つ又は複数の治療的活性化合物とを含む組合せが提供される。
本発明の別の態様によれば、
・ 腫瘍性疾患と診断されているか、
・ 腫瘍性疾患に罹患しているか、または
・ 腫瘍性疾患の発症のリスクがある
ヒトまたは動物対象の治療におけるまたはそのような状態の予防のため(医薬品の製造において)使用するための前述の請求項のいずれか1項に記載の二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せ。
・ 腫瘍性疾患と診断されているか、
・ 腫瘍性疾患に罹患しているか、または
・ 腫瘍性疾患の発症のリスクがある
ヒトまたは動物対象の治療におけるまたはそのような状態の予防のため(医薬品の製造において)使用するための前述の請求項のいずれか1項に記載の二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せ。
本発明の別の態様によれば、腫瘍性疾患を治療または予防するための方法が提供され、それを必要とする対象に、前述の請求項のいずれか1つによる有効量の二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せを投与することを含む。
好ましくは、腫瘍性疾患は、急性骨髄性白血病(AML)および骨髄異形成症候群(MDS)からなる群から選択される。
本発明の別の態様によれば、部品の治療キットが提供され、それは以下を含む:
a) 前述の請求項のいずれかによる二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せ、
b) 組成物、組成物または組合せを投与するための装置、および
c) キットの使用のための説明書。
a) 前述の請求項のいずれかによる二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せ、
b) 組成物、組成物または組合せを投与するための装置、および
c) キットの使用のための説明書。
このような実施形態は、例えば、患者による自己投与のためのペンまたは注射器、あるいは経皮適用のための絆創膏などである。
本発明は図面および前記の説明において詳細に図示および説明されてきたが、そのような図示および説明は例示または例示的であり、限定的ではないと考えられるべきであり、本発明は開示された実施形態に限定されない。開示される実施形態に対する他の変形形態は、図面、開示、及び添付の特許請求の範囲の研究から、請求される発明を実施する際に当業者によって理解され、実施され得る。特許請求の範囲において、「含む(comprising)」という語は、他の要素又はステップを排除するものではなく、不定冠詞「a(1つの)」又は「an(1つの)」は複数形を除外するものではない。特定の手段が相互に異なる従属請求項に列挙されているという単なる事実は、これらの手段の組合せを使用して利益を得ることができないことを示すものではない。特許請求の範囲のどの引用符号も、範囲を限定すると解釈するべきではない。
本明細書に開示される全てのアミノ酸配列は、N末端からC末端まで示される;本明細書に開示される全ての核酸配列は、5’->3’で示される。
材料及び方法
1.二重特異性抗体の構築
材料及び方法
1.二重特異性抗体の構築
二重特異性抗体は、抗ヒトc-Kit抗体79D[19]、(本明細書では配列番号29として示すscFv配列)、およびBlinCD3と呼ばれる抗ヒトCD3抗体OKT3[20]のヒト化バージョン(本明細書では配列番号28として示すscFv配列)から構築された。それは、VL79D-リンカー15aa-VH79D-リンカー5aa-VHBlinCD3-リンカー18aa-VLBlinCD3-His6の順序で連続オーバーラップPCRによって遺伝的に組み立てられ、哺乳類の排泄シグナル配列の下流のpcDNA3.1発現ベクターにクローン化されました。最初のステップでは、VL79D、VH79D、VHBlinCD3およびVLBlinCD3のcDNA配列が増幅された。2番目のステップでは、VL79D-リンカー15aa-VH79DおよびVHBlinCD3-リンカー18aa-VLBlinCD3フラグメントがアセンブルされ、最後のクローニングステップでは、2つのscFvコーディングフラグメントがアセンブルされて完全なコンストラクトが生成された。次に、最終フラグメントをメーカーのプロトコルに従ってHindIII-HFとNotIで消化し、発現ベクターにライゲーションした。
2.細胞株
2.細胞株
二重特異性抗体の産生には、懸濁液中のチャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO-S、Invitrogen)を使用した。懸濁液中のCHO-S細胞は、8mMウルトラグルタミンとHTサプリメントを添加したPowerCHO培地のシェーカーインキュベーター(37℃)で培養した。
HL-60細胞(CCL-240TM、ATCC(登録商標)、マナッサス、バージニア州、米国)は、10%FCSおよび1%ペニシリン/ストレプトマイシンを添加したダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)で培養した。
3.タンパク質の発現と精製
3.タンパク質の発現と精製
二重特異性抗体は、一過性の遺伝子発現によって産生された。1リットルの生産のために、4x109のCHO-S細胞をPROCHO4(Lonza)に再懸濁しました。プラスミドDNA(3200μg)と10ml 1mg/mlポリエチレンイミン(PEI)を細胞懸濁液に加えた。次に、トランスフェクトされた培養物をシェーカーインキュベーター内で31℃で6日間インキュベートした。融合タンパク質は、プロテインAアフィニティークロマトグラフィーによって細胞培養培地から精製され、次にリン酸緩衝生理食塩水(PBS)に対して透析された。
4.表面プラズモン共鳴
4.表面プラズモン共鳴
二重特異性抗体溶液をろ過し(0.22μm PVDFフィルターを使用)、BIAcore S200装置と抗原をコートしたCM5センサーチップ(GEヘルスケア)を用いてその結合特性を分析した。このチップは、メーカーのプロトコルに従ってヒトc-Kitドメイン4&5を共有結合させて調製したものである。
5.T細胞の分離
5.T細胞の分離
ヒトPBMCは、健康なドナー(Blutspendedienst Zurich, Switzerlandから提供)の過剰な緩衝液から密度勾配遠心分離(Ficoll-Paque Plus, GE Healthcare, Chicago, Illinois, USA)により濃縮された。EasySepTMビーズ(ヒトT細胞分離キット、STEMCELL Technologies、バンクーバー、カナダ)を使用してヒトT細胞をネガティブに分離した。精製したT細胞を10%DMSOを添加した90%FCSで凍結保存し、解凍するまで液体窒素で保存した。
6.健康なドナーからのAML患者細胞と骨髄細胞
6.健康なドナーからのAML患者細胞と骨髄細胞
健康な骨髄提供者とAML患者は、書面での同意を得ており、スイス・チューリッヒ州の倫理委員会により研究が承認された(2009-0062)。チューリッヒ大学病院腫瘍・血液内科(スイス・チューリッヒ)にて、寛解期にあるAML患者の末梢血サンプルを採取した。すべての骨髄由来のヒト細胞は、チューリッヒ大学病院の腫瘍内科および血液学部門のバイオバンクによって処理された。細胞の収集と凍結保存の手順は以前に説明された。骨髄穿刺液は、最初の診断検査中にAML患者から取得された。単核細胞(MNC)を密度勾配遠心で濃縮した後、ビーズベースの免疫磁選によりCD3+細胞とCD19+細胞をLDカラムで除去した(いずれもMiltenyi Biotech社)。同種移植に使用された輸血バッグや輸液システムの残骸から、BM由来の健全なHSPCを分離した。密度勾配遠心分離によるMNCの濃縮後、CD34マイクロビーズとLSカラム(ともにMilltenyi Biotech社)によりCD34+細胞の精製を行った。すべてのヒト初代細胞は、前述のように凍結培地で凍結保存された。
7.In vitro 細胞傷害性アッセイ
7.In vitro 細胞傷害性アッセイ
AML細胞株、初代骨髄細胞、AML患者サンプルに対するT細胞活性の定量化には、既報のプロトコルからフローサイトメトリー細胞傷害性アッセイを採用した。つまり、AML細胞株(CD117negative、CD117low、CD117medまたはCD117high)を、PKH26 Red Fluorescent Cell Linker Kit for General Cell Membrane Labeling(Sigma Aldrich)を用いて、製造者のプロトコルにしたがって染色を行った。標的細胞は、10% FCS、2mM GlutamaxTM、ペニシリン/ストレプトマイシン(100 U/ml/100μg/ml、すべてGibco(登録商標), Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA)添加のadvanced RPMI中でエフェクターと標的細胞の比率を10:1にしてヒトT細胞と混合し24時間培養をした。細胞傷害性試験開始前に、CAR T細胞はIL-2無添加の培地で一晩培養した。二重特異性抗体を培地で希釈し、所定の濃度で添加した。24時間後、細胞をTO-PROTM-3 Iodide(Thermo Fisher)で染色し、フローサイトメトリーで分析した。特異的殺傷力は、式によって算出した。[1-生標的細胞(サンプル)/生標的細胞(対照)]-100、前記の通り[21]。
健康な骨髄(BM)ドナーの造血細胞の特異的溶解を定量化するために、BM由来の全単核球をエフェクターと標的の比率が10:1のT細胞と48時間共培養した。共培養は解凍後すぐに開始した。
ヒトAML初代細胞に対する特異的溶解の解析のために、自己のヒトT細胞をAML患者のBM由来単核細胞とエフェクター対標的比10:1で48時間共培養した。共培養を開始する前に、単核細胞を解凍し、20%FCS、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、GlutamaxTM、50μM 2メルカプトエタノール、10ng/ml 幹細胞因子(SCF)、50ng/ml トロンボポエチン(TPO)、10ng/ml IL-6 および 10ng/ml Flt3 リガンド(すべて組換えヒトタンパク質、Peprotech(登録商標), Rocky Hill, NJ, USA)添加のIMDMで3日間培養した。
細胞は、CD3、CD117、CD45、LIVE/ DEADTM Fixable Aqua Dead Cell Stain Kit の発現を染色し、上記のようにフローサイトメトリーで解析した。
8.AMLマウスのBiTE処置
8.AMLマウスのBiTE処置
実験デザインの概略を図5Aに示す。つまり、NSGマウスに致死量以下の放射線を照射し、続いて4*106HL60-Luc-GFP細胞を静脈内注射した。翌日、4*106個のヒトT細胞を静脈内注射し、エフェクターと標的の比率を1:1にした。1日目から、治療群のマウスに25μgのCD117xCD3を18日間毎日注射しました。21日目に、マウスを犠牲にした。その大腿骨はPBSで洗浄され、骨髄細胞はさらにFACS解析のために処理された。
9.フローサイトメトリー
9.フローサイトメトリー
マウスの骨髄から単一細胞懸濁液を調製した。赤血球はRBC lysis buffer (BioLegend, San Diego, CA, USA)で溶解した。死細胞の排除には、Zombie Aqua(BioLegend)を使用した。表面抗原は蛍光標識された抗体で染色された。データはBD FACSCantoまたはBD LSRFortessa IIフローサイトメーター(いずれもBecton Dickinson, Franklin Lakes, NJ, USA)で取得した。データ解析とプレゼンテーションにはFlowJo (v10.0.7, FlowJo, LLC, Ashland, OR, USA)を使用した。
結果
1.CD117xCD3のクローニング、発現、および特徴づけ
結果
1.CD117xCD3のクローニング、発現、および特徴づけ
CD117xCD3は、可変抗体ドメインにVL-VH-VH-VL配置を選択し、BiTETMフォーマットでクローニングされ発現された[図1A、B]。c-Kit認識には79D抗体[19]を使用し、CD3標的化には、ブリナツモマブ構造内でこのscFvフラグメントがうまく使用されていることからOKT3部分を選択した[22]。BiTETM製品を構成する2つのscFvフラグメント間のリンカーには、可変抗体ドメイン間の望ましくないペアリングやTandab形成を最小限に抑えるため、短いGly4Serリンカーを選択した[23]。この融合タンパク質をpcDNA3.1由来のベクター(Invitrogen)にクローニングし、一過性遺伝子発現法によりCHO細胞で発現させた[24]。製品の完全なアミノ酸配列と追加のタンパク質の特性は、図2に記載されている。79D抗体のVHドメインはVH3ファミリーに属し、プロテインA結合が可能であるため、CD117xCD3はプロテインAクロマトグラフィーで均質に精製された[25]。SDS-PAGE電気泳動で単一のバンドが見えた[図1C]。質量分析により、単一のピークが明らかになった[図1D]。ただし、N-結合型グリコシル化の結果として、その質量(55’528 Da)は予測値(53’475 Da)よりも大きくなった[図7]。
このタンパク質がCD117xCD3の機能的特性評価を容易にしたため、c-Kitの細胞外部分の調製と品質管理を図8に示す。組換えc-Kitに対する結合特性をBIAcore解析で検証したところ、scFvフォーマットの79D抗体で以前に報告されたものと類似した動学的な会合・解離プロファイルが明らかになった[図1D][19]。ヒトT細胞上のCD3へのCD117xCD3の結合は、単離されたヒトT細胞上のFACSによってテストされた[図6]
2.CD117xCD3の生物活性
2.CD117xCD3の生物活性
CD117xCD3の殺生物性を明らかにするために、HL60を親株とするAML細胞株[26]を作成し、その表面に異なるレベルのc-Kitを発現させた。FACS手法を使用して測定した場合、セルあたりそれぞれ約8’000、25’000、115’000のc-Kitコピーを表す、3つのサブライン(HL60 c-Kit high、med、lowと呼ばれる)に注目した。[図2A、B]。エフェクター:標的細胞の比率が10:1のCD117xCD3およびヒトT細胞のさまざまな濃度の存在下で、3つの細胞株の用量依存的なin vitroでの死滅を観察することができた[図2C]。HL60 c-Kithigh細胞株は、約1.8nMに相当する100 ng/mlのBiTETMで効率的に根絶することができる。1000 ng/mlのCD117xCD3と異なるエフェクター:標的細胞比を使用して、同様の実験を繰り返した。HL60 c-Kithigh細胞とc-Kitmed細胞の両方が、エフェクター:標的比が1:1と低い場合に定量的に死滅する可能性がある一方で、c-Kit低細胞の除去には高密度のヒトT細胞が必要であることが観察された[図2D]。非形質導入HL60細胞に対する殺生物効果は無視できるほど低く、標的細胞を殺すためにc-KitとCD3抗原を同時に関与させる必要があることが確認された。
我々は最近、抗体を用いたインターロイキン2(IL2)の骨髄またはAML患者のクロロマ病巣への標的送達が、強力な抗白血病活性と関連している可能性を報告した[27,28]。このため、組換えヒトIL2存在下と非存在下で細胞殺傷実験を行った。しかし、このin vitroの環境では、IL2を加えてもCD117xCD3の細胞殺傷性は変わらなかった[図3]。
CD117xCD3の殺生物活性をより臨床に近い状況で特徴づけるために、健常人ドナーのHSPC(図4A、B)と患者由来のAML芽球(図4C、D)を用いてin vitroでの細胞殺傷実験を行った。CD117xCD3は、濃度依存的に両方のタイプの標的細胞を効率的に殺傷することができた。CD117xCD3濃度1μg/mlで完全な細胞溶解が観察されたのは、FACSによる強いCD117染色を特徴とする検体(すなわち、2/3のHSPCサンプルとAML芽球の1/3のサンプル)であった(図4)。図4Eの2次元FACSプロファイルは、自己T細胞の存在下でのCD117xCD3 BiTETMによる選択的かつ用量依存的なAML芽細胞死を示す一例である。
次に、CD117xCD3の抗白血病性をin vivoのシステムで検討した。致死量以下の照射を受けたNSGマウスは、4x106ルシフェラーゼおよびGFPを形質導入したHL60 c-Kithigh細胞の静脈内注射を受けた後、4x106ヒトT細胞を投与し、CD117xCD3を繰り返し注射した(25μg/日で18日間)[図5A]。ルシフェリンの腹腔内注射により、IVIS撮像による病勢進行のモニタリングが可能となった[29][図9]。マウスは21日目に安楽死させ、骨髄中の白血病幹細胞の存在をFACSで評価した。図5Bは、生理食塩水注射またはT細胞のみを投与したすべての対照マウスで、骨髄へのAML生着が観察されたことを示している。一方、CD117xCD3のメトロノミック投与により、AMLの生着が完全に抑制されることがわかった。生理食塩水存在下でT細胞を投与したマウスとCD117xCD3処理群では、骨髄中のヒトT細胞密度に統計的に有意な差が認められなかったことから[図5C]、BiTETM処理の結果、21日目までにT細胞が拡大されなかったことが示唆された。
ディスカッション
ディスカッション
我々は、ヒトc-Kit(造血幹細胞およびAML芽球に発現)およびCD3抗原(T細胞に発現)に結合する新規の二重特異性抗体を記載する。この抗体は、特に、様々なレベルのc-Kitを表面に発現しているAML細胞株を、T細胞の存在下で、濃度および抗原密度依存的に選択的に殺傷することができる。この二重特異性抗体は、c-Kitが陽性の健康なドナーの骨髄細胞も溶解した。In vivoでは、この抗体はc-Kit陽性細胞株のマウスの骨髄への生着を完全に阻止した。
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配列
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配列
Claims (23)
- 少なくとも第1の結合ドメインおよび第2の結合ドメインを含み、前記第1の結合ドメインがCD117/c-KITに結合し、前記第2の結合ドメインがCD3に結合する二重特異性結合剤。
- 前記第1の結合ドメインがCD117/c-KITの細胞外ドメインに結合し、および/または前記第2の結合ドメインがCD3のε鎖および/またはCD3のγ鎖に結合する、請求項1に記載の二重特異性結合剤。
- 全長抗体または抗体フラグメントのフォーマットである、前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。
- 以下からなる群から選択される少なくとも1つのフォーマットである、前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。
・ DVD-Ig
・ ノブ・イン・ホール
・ クロスマブ
・ BiTETM
・ ナノボディ
・ ダイアボディ
・ DARTTM
・ TandAbTM、および/または
・ scDb-scFv。 - CD117/c-KITに結合する第1の結合ドメインが、
a) 配列番号19および20に記載の、抗CD117抗体79Dの重鎖/軽鎖可変領域配列ペアに含まれる重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
b) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号1または35)、
・ HC CDR2(配列番号2または36)、
・ HC CDR3(配列番号3または37)、
・ LC CDR1(配列番号4または38)、
・ LC CDR2(配列番号5または39)、および
・ LC CDR3(配列番号6または40)、
c) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号1~6または配列番号35~40に対して最大3個のアミノ酸置換を有するか、および/または
d) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号1~6または配列番号35~40に対して66%以上の配列同一性を有し、
ここで、CDRは、CD117/c-KITに結合できるように、適切なタンパク質フレームワークに埋め込まれている、
前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。 - CD3に結合する第2の結合ドメインが、
a) 以下の配列OKT3、BlinCD3を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
b) 配列番号21および22、または配列番号23および24に記載の抗CD3抗体BlinCD3、OKT3、および[・・・]のいずれか1つの重鎖/軽鎖可変領域配列ペアに含まれる重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
c) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号7または41)、
・ HC CDR2(配列番号8または42)、
・ HC CDR3(配列番号9または43)、
・ LC CDR1(配列番号10または44)
・ LC CDR2(配列番号11または45)、および
・ LC CDR3(配列番号12または46)、
d) 以下の配列を含む重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)の組を含むか、
・ HC CDR1(配列番号13)、
・ HC CDR2(配列番号14)、
・ HC CDR3(配列番号15)、
・ LC CDR1(配列番号16)、
・ LC CDR2(配列番号17)、および
・ LC CDR3(配列番号18)、
e) b)またはc)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号7~12または配列番号41または配列番号13~18に対して最大3個のアミノ酸置換を有するか、および/または
f) b)の重鎖/軽鎖相補性決定領域(CDR)を含み、ただし、CDRの少なくとも1つが、それぞれの配列番号7~12または配列番号41または配列番号13~18に対して66%以上の配列同一性を有し、
ここで、CDRは、CD3に結合できるように適切なタンパク質フレームワークに埋め込まれている、
前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。 - フレームワークがヒトVH/VLフレームワークである、前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。
- CD117/c-KITに結合する第1の結合ドメインが、
a) 抗体79Dの可変ドメイン、
b) 重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)
・ HC VD(配列番号19)、および
・ LC VD(配列番号20)、
c) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし
・ HC VDは、それぞれの配列番号19に対して80%以上の配列同一性を有するか、および/または
・ LC VDは、それぞれの配列番号20に対して80%以上の配列同一性を有する、
d) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただしHC VDまたはLC VDの少なくとも1つは、それぞれの配列番号19および/または20に対して最大10個のアミノ酸置換を有する、
を含み、
上記の二重特異性結合剤は、依然としてCD117/c-KITに結合することができる、
前述の請求項のいずれか1項に記載の二重特異性結合剤。 - CD3に結合する第2の結合ドメインが、
a) OKT3およびBlinCD3からなる群から選択された1つの抗体の可変ドメイン、
b) 重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)
・ HC VD(配列番号21または23)、および
・ LC VD(配列番号22または24)、
c) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし
・ HCVDは、それぞれの配列番号21または23に対して80%以上の配列同一性を有するか、および/または
・ LCDVDは、それぞれの配列番号22または24に対して80%以上の配列同一性を有する、
d) b)の重鎖/軽鎖可変ドメイン(VD)、ただし、HCVDまたはLCVDの少なくとも1つがそれぞれの配列番号に対して最大10個のアミノ酸置換を有する、
を含み、
前記二重特異性結合剤は依然としてCD3に結合することができる、
前記請求項のいずれか1項に記載の二重特異性結合剤。 - 少なくとも1つのアミノ酸置換が保存的アミノ酸置換である、前述の請求項のいずれか1つに対する前述の請求項のいずれか1つに記載の二重特異性結合剤。
- 対応する可変重鎖領域(VH)および対応する可変軽鎖領域(VL)領域が、N末端からC末端に向かって、以下の順序で配置されている、前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。
・ VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)、
・ VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)、
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)、
・ VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)、
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)、
・ VL(CD3)-リンカー-VH(CD3)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)、
・ VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VH(CD117)-リンカー-VL(CD117)、
・ VH(CD3)-リンカー-VL(CD3)-リンカー-VL(CD117)-リンカー-VH(CD117)、
ここで、「リンカー」という用語は、任意のポリペプチドリンカーを定義する。 - CD3に結合する第2の結合ドメインが
a) 配列番号28または29のいずれか1つに記載されているscFv様配列を含むか、または
b) 配列番号28または29のいずれか1つに対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。 - CD117/cKITに結合する第1の結合ドメインが
a) 配列番号27に記載のscFv様配列を含むか、または
b) 配列番号27に対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。 - 前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤であって、
a) 配列番号25、26、34、59または60から選択される配列の少なくとも1つを含むか、または
b) 配列番号25、26、34、59または60に対して80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
二重特異性結合剤。 - 請求項14に記載の二重特異性結合剤と比較して、
・ SPRによって測定して、CD3に対して50%以上の標的結合親和性を有するか、および/または
・ SPRによって測定して、CD117/c-KITに対して50%以上の標的結合親和性を有する、
前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤。 - CD117/c-KITおよびCD3への結合について、請求項14に記載の二重特異性結合剤と競合する二重特異性結合剤。
- CD3およびCD117/c-KIT上の、請求項14に記載の二重特異性結合剤と本質的に同じまたは同じエピトープに結合する二重特異性結合剤。
- 前述の請求項のいずれか一項に記載の結合剤をコードする核酸。
- 前述の請求項のいずれか1つに記載の二重特異性結合剤または核酸、および任意選択で1つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
- (i)前述の請求項のいずれか1つに記載の二重特異性結合剤または医薬組成物、および(ii)1つまたは複数の治療的活性化合物を含む組合せ。
- ・ 腫瘍性疾患と診断されているか、
・ 腫瘍性疾患に罹患しているか、または
・ 腫瘍性疾患の発症のリスクがある
ヒトまたは動物対象の治療におけるまたはそのような状態の予防のため(医薬品の製造において)使用するための前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せ。 - 腫瘍性疾患を治療または予防するための方法であって、それを必要とする対象に、前述の請求項のいずれか1つに従って有効量の二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せを投与することを含む方法。
- 以下を含む部品の治療キット:
a) 前述の請求項のいずれか一項に記載の二重特異性結合剤、医薬組成物または組合せ、
b) 組成物、組成物または組合せを投与するための装置、および
c) キットの使用のための説明書。
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