JP2022518762A - 子宮内膜癌の検出 - Google Patents
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Abstract
本明細書で提供されるのは、子宮内膜癌（ＥＣ）スクリーニングのための技術であり、限定するものではないが、特に、子宮内膜癌及び子宮内膜癌の様々なサブタイプの存在を検出するための方法、組成物、及び関連用途である。
Description
〔技術分野〕
関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年１月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／７９６，３８４号に対する優先権を主張するものであり、この仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年１月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／７９６，３８４号に対する優先権を主張するものであり、この仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で提供されるのは、子宮内膜癌（ＥＣ）スクリーニングのための技術であり、限定するものではないが、特に、子宮内膜癌及び子宮内膜癌の様々なサブタイプの存在を検出するための方法、組成物、及び関連用途である。
〔背景技術〕
子宮内膜癌（ＥＣ）の早期検出アプローチは、ＥＣが米国及び他の多数の先進国において最も多く見られる婦人科悪性腫瘍であるという事実にもかかわらず、不足している（Ｓｉｅｇｅｌ，Ｒ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，２０１６． ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ Ｃｌｉｎ，２０１６．６６（１）：ｐ．７－３０、Ｐａｒｋｉｎ，Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｏｂａｌ ｃａｎｃｅｒ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，２００２．ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ Ｃｌｉｎ．，２００５．５５（２）：ｐ．７４－１０８を参照されたい）。低リスクの早期ＥＣは、５年全生存率（ＯＳ）が９５％を超え予後に優れているが、ステージＩＩＩまたはＩＶと診断された場合の５年ＯＳは、それぞれ６８％及び１７％であり、考えさせられるものである（Ｆｒｉｄｌｅｙ，Ｂ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ ＯＮＥ，２０１０．５（９）：ｐ．ｅ１２６９３を参照されたい）。大部分のＥＣは低グレードの類内膜組織構造であり、過形成前駆体が先行するが、より悪性度の高いグレード３の類内膜、漿液性、明細胞、及び癌肉腫の組織構造は、１０～１５％の新たに診断されるＥＣを構成し、致死性が非常に高い可能性がある（Ｆｅｌｉｘ，Ａ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃａｕｓｅｓ Ｃｏｎｔｒｏｌ，２０１０．２１（１１）：ｐ．１８５１－６、Ｍｏｏｒｅ，Ｋ．Ｎ．ａｎｄ Ａ．Ｎ．Ｆａｄｅｒ，Ｃｌｉｎ Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ，２０１１．５４（２）：ｐ．２７８－９１、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１３．４９７（７４４７）：ｐ．６７－７３、Ｈｕｓｓｅｉｎ，Ｙ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｐａｔｈｏｌ，２０１６．３５（１）：ｐ．１６－２４を参照されたい）。早期検出は、治癒の可能性を高める（Ｍａｒｉａｎｉ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２００８．１０９（１）：ｐ．１１－１８を参照されたい）。
子宮内膜癌（ＥＣ）の早期検出アプローチは、ＥＣが米国及び他の多数の先進国において最も多く見られる婦人科悪性腫瘍であるという事実にもかかわらず、不足している（Ｓｉｅｇｅｌ，Ｒ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，２０１６． ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ Ｃｌｉｎ，２０１６．６６（１）：ｐ．７－３０、Ｐａｒｋｉｎ，Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｏｂａｌ ｃａｎｃｅｒ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，２００２．ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ Ｃｌｉｎ．，２００５．５５（２）：ｐ．７４－１０８を参照されたい）。低リスクの早期ＥＣは、５年全生存率（ＯＳ）が９５％を超え予後に優れているが、ステージＩＩＩまたはＩＶと診断された場合の５年ＯＳは、それぞれ６８％及び１７％であり、考えさせられるものである（Ｆｒｉｄｌｅｙ，Ｂ．Ｌ．，ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ ＯＮＥ，２０１０．５（９）：ｐ．ｅ１２６９３を参照されたい）。大部分のＥＣは低グレードの類内膜組織構造であり、過形成前駆体が先行するが、より悪性度の高いグレード３の類内膜、漿液性、明細胞、及び癌肉腫の組織構造は、１０～１５％の新たに診断されるＥＣを構成し、致死性が非常に高い可能性がある（Ｆｅｌｉｘ，Ａ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃａｕｓｅｓ Ｃｏｎｔｒｏｌ，２０１０．２１（１１）：ｐ．１８５１－６、Ｍｏｏｒｅ，Ｋ．Ｎ．ａｎｄ Ａ．Ｎ．Ｆａｄｅｒ，Ｃｌｉｎ Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ，２０１１．５４（２）：ｐ．２７８－９１、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１３．４９７（７４４７）：ｐ．６７－７３、Ｈｕｓｓｅｉｎ，Ｙ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｐａｔｈｏｌ，２０１６．３５（１）：ｐ．１６－２４を参照されたい）。早期検出は、治癒の可能性を高める（Ｍａｒｉａｎｉ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２００８．１０９（１）：ｐ．１１－１８を参照されたい）。
ＥＣ及びＥＣの様々なサブタイプを検出するための改善された方法が必要とされている。
本発明は、これらの要求に対応する。
〔発明の概要〕
メチル化ＤＮＡは、大部分の腫瘍タイプの組織におけるバイオマーカーの有力なクラスとして研究されている。多くの場合、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼは、遺伝子発現のエピジェネティック制御として、シトシン－リン酸－グアニン（ＣｐＧ）アイランド部位でＤＮＡにメチル基を付加する。生物学的に興味深い機序において、腫瘍抑制遺伝子のプロモーター領域における後天的なメチル化事象は、発現をサイレンシングし、それにより発がんの一因となると考えられている。ＤＮＡメチル化は、ＲＮＡまたはタンパク質発現よりも、より化学的及び生物学的に安定した診断ツールである可能性がある（Ｌａｉｒｄ（２０１０）Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ １１：１９１－２０３）。さらに、散発性結腸癌などの他のがんでは、メチル化マーカーは、優れた特異性を提供し、個別のＤＮＡ突然変異であるものよりも、より広範な情報を有し、かつ感度が高い（Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｐｒｅｖ １６：２６８６－９６）。
メチル化ＤＮＡは、大部分の腫瘍タイプの組織におけるバイオマーカーの有力なクラスとして研究されている。多くの場合、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼは、遺伝子発現のエピジェネティック制御として、シトシン－リン酸－グアニン（ＣｐＧ）アイランド部位でＤＮＡにメチル基を付加する。生物学的に興味深い機序において、腫瘍抑制遺伝子のプロモーター領域における後天的なメチル化事象は、発現をサイレンシングし、それにより発がんの一因となると考えられている。ＤＮＡメチル化は、ＲＮＡまたはタンパク質発現よりも、より化学的及び生物学的に安定した診断ツールである可能性がある（Ｌａｉｒｄ（２０１０）Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ １１：１９１－２０３）。さらに、散発性結腸癌などの他のがんでは、メチル化マーカーは、優れた特異性を提供し、個別のＤＮＡ突然変異であるものよりも、より広範な情報を有し、かつ感度が高い（Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｐｒｅｖ １６：２６８６－９６）。
ＣｐＧアイランドの分析により、動物モデル及びヒト細胞株に適用される場合の重要な知見がもたらされた。例えば、Ｚｈａｎｇ及び同僚らは、同じＣｐＧアイランドの異なる一部からのアンプリコンが、異なるレベルのメチル化を有する可能性があることを見出した（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００９）ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ ５：ｅ１０００４３８）。さらに、メチル化レベルは、高度にメチル化された配列と非メチル化配列との間で二峰性に分布し、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性のバイナリースイッチ様パターンをさらに裏付けた（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００９）ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ ５：ｅ１０００４３８）。ｉｎ ｖｉｖｏのマウス組織及びｉｎ ｖｉｔｒｏの細胞株の分析により、高ＣｐＧ密度のプロモーター（ＨＣＰ、３００塩基対領域内で７％超のＣｐＧ配列を有すると定義される）の約０．３％のみがメチル化されたのに対して、低ＣｐＧ密度の領域（ＬＣＰ、３００塩基対領域内で５％未満のＣｐＧ配列を有すると定義される）は、動的組織特異的パターンにおいて高頻度でメチル化される傾向があることが実証された（Ｍｅｉｓｓｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ ４５４：７６６－７０）。ＨＣＰには、遍在性ハウスキーピング遺伝子及び高度に調節された発生遺伝子のためのプロモーターが含まれる。５０％超でメチル化されたＨＣＰ部位の中に、Ｗｎｔ２、ＮＤＲＧ２、ＳＦＲＰ２、及びＢＭＰ３などのいくつかの確立されたマーカーが存在した（Ｍｅｉｓｓｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ ４５４：７６６－７０）。
ＤＮＡメチルトランスフェラーゼによるシトシン－リン酸－グアニン（ＣｐＧ）アイランド部位でのＤＮＡのエピジェネティックメチル化は、大部分の腫瘍タイプの組織におけるバイオマーカーの有力なクラスとして研究されている。生物学的に興味深い機序において、腫瘍抑制遺伝子のプロモーター領域における後天的なメチル化事象は、発現をサイレンシングし、発がんの一因となると考えられている。ＤＮＡメチル化は、ＲＮＡまたはタンパク質発現よりも、より化学的及び生物学的に安定した診断ツールである可能性がある。さらに、散発性結腸癌などの他のがんでは、異常なメチル化マーカーは、個別のＤＮＡ突然変異であるものよりも、より広範な情報を有し、かつ感度が高く、優れた特異性を提供する。
新規メチル化マーカーを探索するためのいくつかの方法が利用可能である。ＣｐＧメチル化のマイクロアレイベースの照合は、合理的で高スループットなアプローチであるが、この方策は、既知の目的の領域、主に確立された腫瘍抑制プロモーターに偏っている。ＤＮＡメチル化のゲノムワイド解析の代替方法が、この１０年間に開発されてきた。３つの基本的なアプローチが存在する。１つ目は、特定のメチル化部位を認識する制限酵素によるＤＮＡの消化を用い、続いて定量化ステップ（メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）など）においてＤＮＡを増幅するために使用される酵素認識部位またはプライマーに限定されたメチル化データを提供する、いくつかの可能な分析技術を用いる。第２のアプローチは、メチル－シトシンまたは他のメチル化特異的結合ドメインを対象とする抗体を使用してゲノムＤＮＡのメチル化画分を濃縮し、続いてマイクロアレイ分析またはシーケンシングを行って、断片を参照ゲノムにマッピングする。このアプローチは、断片内の全てのメチル化部位の単一ヌクレオチド分解能を提供しない。第３のアプローチは、全ての非メチル化シトシンをウラシルに変換するためのＤＮＡのバイサルファイト処理から始まり、続いて制限酵素消化を行い、アダプターリガンドへの結合後に全ての断片の完全シーケンシングを行う。制限酵素の選択により、ＣｐＧ高密度領域の断片を濃縮することができ、分析中に複数の遺伝子位置にマッピングされる可能性のある冗長配列の数が低減される。
ＲＲＢＳは、中程度～高いリードカバレッジで、全てのＣｐＧアイランド及び大部分の腫瘍抑制プロモーターの８０～９０％の、単一ヌクレオチド分解能でのＣｐＧメチル化状況データをもたらす。がん症例対照研究では、これらのリードの分析により、可変メチル化領域（ＤＭＲ）が同定される。膵癌標本のこれまでのＲＲＢＳ分析により、何百ものＤＭＲが明らかとなったが、その多くは発がんとは全く関連せず、その多くはアノテーションされなかった。独立した組織試料セットに対するさらなる検証試験により、性能の点で１００％の感度及び特異性であったマーカーＣｐＧが確認された。
ＥＣは自発的に腫瘍細胞を排出し（Ｃｈｉｎ，Ａ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｏｂｓｔｅｔｒｉｃｓ ａｎｄ Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｙ，２０００．１８２（６）：ｐ．１２７８－１２８２を参照されたい）、低侵襲法によるＥＣバイオマーカーの検出は有望なアプローチであるが（Ｋｉｎｄｅ，Ｉ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２０１３．５（１６７）：ｐ．１６７ｒａ４、Ｂａｋｋｕｍ－Ｇａｍｅｚ，Ｊ．Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２０１５．１３７（１）：ｐ．１４－２２、Ｗｅｎｔｚｅｎｓｅｎ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，２０１４．１３５（８）：ｐ．１８６０－１８６８、Ｆｉｅｇｌ Ｈ，Ｇ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｐｒｅｖ，２００４．１３（５）：ｐ．８８２－８を参照されたい）、しかしながら、マーカーの最適化、収集方法の標準化、及び特異性の改善が必要である。ＤＮＡメチル化は、ＥＣ発がんにおける早期の事象であり（Ｔａｏ，Ｍ．Ｈ．ａｎｄ Ｊ．Ｌ．Ｆｒｅｕｄｅｎｈｅｉｍ，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ，２０１０．５（６）：ｐ．４９１－８を参照されたい）、ＲＡＳＳＦ１は、ＥＣに隣接する形態的に正常と見られる子宮内膜でメチル化されており（Ｆｉｅｇｌ Ｈ，Ｇ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｐｒｅｖ，２００４．１３（５）：ｐ．８８２－８、Ｐｉｊｎｅｎｂｏｒｇ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２００７．１８（３）：ｐ．４９１－４９７、Ｓｕｅｈｉｒｏ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００８．１４（１１）：ｐ．３３５４－３３６１、Ａｒａｆａ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２００８．５３（５）：ｐ．５２５－５３２を参照されたい）、ＭＬＨ１メチル化は、異型過形成で生じる（Ｓｕｅｈｉｒｏ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００８．１４（１１）：ｐ．３３５４－３３６１、Ｈｏｒｏｗｉｔｚ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２００２．８６（１）：ｐ．６２－６８、Ｘｉｏｎｇ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２００６．１０３（１）：ｐ．３２１－３２８、Ｂａｎｎｏ Ｋ，Ｙ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｏｎｃｏｌ Ｒｅｐ，２００６．１６（６）：ｐ．１１８９－９６、Ｚｉｇｈｅｌｂｏｉｍ，Ｉ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００７．１３（１０）：ｐ．２８８２－２８８９、Ｇｕｉｄａ Ｍ，Ｓ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｇｙｎａｅｃｏｌ Ｏｎｃｏｌ．，２００９．３０（３）：ｐ．２６７－７０を参照されたい）。これら及び他の遺伝子は、ＥＣにおけるメチル化として確立されており（Ｆｉｅｇｌ Ｈ，Ｇ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｐｒｅｖ，２００４．１３（５）：ｐ．８８２－８、Ｓｕｅｈｉｒｏ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００８．１４（１１）：ｐ．３３５４－３３６１、Ｚｉｇｈｅｌｂｏｉｍ，Ｉ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００７．１３（１０）：ｐ．２８８２－２８８９、Ｗｅｎｔｚｅｎｓｅｎ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，２０１４：ｐ．［出版前に電子出版］、Ｔａｏ ＭＨ，Ｆ．Ｊ．，ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｉｎ ＥＣ．Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ，２０１０．５（６）：ｐ．４９１－８、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｇｅｎｏｍｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｎａｔｕｒｅ，２０１３．４９７（７４４７）：ｐ．６７－７３、Ｈｕａｎｇ，Ｙ．－Ｗ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２０１０．１１７（２）：ｐ．２３９－２４７、Ｘｉｏｎｇ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２００５．９９（１）：ｐ．１３５－１４１、Ｓａｓａｋｉ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００１．６１（１）：ｐ．９７－１０２、Ｓａｓａｋｉ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ，２００３．２０２（１－２）：ｐ．２０１－２０７を参照されたい）、壊死性腫瘍細胞から放出される無細胞メチル化ＤＮＡは、魅力的な標的であり、唾液、血漿、腹膜液、糞便、乳頭吸引液、尿、膵液、及び膣液をはじめとする様々な体液中に検出されている（Ｂａｋｋｕｍ－Ｇａｍｅｚ，Ｊ．Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２０１５．１３７（１）：ｐ．１４－２２、Ｆｉｅｇｌ Ｈ，Ｇ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｐｒｅｖ，２００４．１３（５）：ｐ．８８２－８、Ｄｕｆｆｙ ＭＪ，Ｎ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ，２００９．４５（３）：ｐ．３３５－４６、Ａｈｌｑｕｉｓｔ，Ｄ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１２．１４２（２）：ｐ．２４８－２５６、Ｄｕｆｆｙ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ，２００９．４５（３）：ｐ．３３５－４６、Ｋｉｓｉｅｌ，Ｊ．Ｂ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１５．２１（１９）：ｐ．４４７３－４４８１を参照されたい）。
本明細書で提供されるのは、ＥＣスクリーニングのための技術であり、限定するものではないが、特に、ＥＣ及びＥＣの様々なサブタイプ（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ（ｃａｒｃｉｎｏｓａｒｃｏｍａ ＥＣ）、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）の存在を検出するための方法、組成物、及び関連用途である。
実際、実施例Ｉ、ＩＩ及びＩＩＩに記載されるように、本発明に関する実施形態を明らかにする過程中に実施された実験により、子宮内膜由来のＤＮＡのがんを非腫瘍性対照ＤＮＡと識別するための可変メチル化領域（ＤＭＲ）の新規セットが同定された。
そのような実験によって、ＥＣ組織（及びＥＣ組織の様々なサブタイプ）と良性子宮内膜組織とを区別する４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーが列挙され記載されている（表１、表８及び表２１、実施例１、２及び３を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、ＥＣ組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０（表２、実施例１を参照されたい）；
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ（表３、実施例１を参照されたい）；
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１５、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３（表２０、実施例１を参照されたい）。
・ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０（表２、実施例１を参照されたい）；
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ（表３、実施例１を参照されたい）；
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１５、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３（表２０、実施例１を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）中でＥＣを検出するための以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ（表９、実施例１を参照されたい）。
・ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ（表９、実施例１を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、明細胞ＥＣ組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２（表４、実施例１を参照されたい）；
・ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ（表１１、実施例１を参照されたい）；
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１６、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）。
・ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２（表４、実施例１を参照されたい）；
・ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ（表１１、実施例１を参照されたい）；
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１６、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）中で明細胞ＥＣを検出するための以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ。
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、癌肉腫ＥＣ組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ（表５、実施例１を参照されたい）；
・ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４（表１３、実施例１を参照されたい）；
・ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１８、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）。
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ（表５、実施例１を参照されたい）；
・ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４（表１３、実施例１を参照されたい）；
・ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１８、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）中で癌肉腫ＥＣを検出するための以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ（表１３、実施例１を参照されたい）。
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ（表１３、実施例１を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、漿液性ＥＣ組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ（表７、実施例１を参照されたい）；
・ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ（表１２、実施例１を参照されたい）；
・ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ（表１７、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ（表２４、実施例３を参照されたい）。
・ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ（表７、実施例１を参照されたい）；
・ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ（表１２、実施例１を参照されたい）；
・ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ（表１７、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ（表２４、実施例３を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）中で漿液性ＥＣを検出するための以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ（表１２、実施例１を参照されたい）。
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ（表１２、実施例１を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、類内膜ＥＣ組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ（表６、実施例１を参照されたい）；
・ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１４、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１９、実施例１を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）中で類内膜ＥＣを検出するための以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１４、実施例１を参照されたい）。
・ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ（表６、実施例１を参照されたい）；
・ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１４、実施例１を参照されたい）；ならびに
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１９、実施例１を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）中で類内膜ＥＣを検出するための以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１４、実施例１を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、類内膜ＥＣグレード１組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ（表２５、実施例３を参照されたい）。
・ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ（表２５、実施例３を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、類内膜ＥＣグレード２組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ（表２５、実施例３を参照されたい）。
・ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ（表２５、実施例３を参照されたい）。
これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、類内膜ＥＣグレード３組織と良性子宮内膜組織とを区別することができる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ（表２５、実施例３を参照されたい）。
・ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ（表２５、実施例３を参照されたい）。
本明細書に記載されるように、本技術は、ＥＣ全体及び様々なタイプのＥＣ（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）を高度に識別する、多数のメチル化ＤＮＡマーカー及びそのサブセット（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、または８つのマーカーのセット）を提供する。実験は、選択フィルターを候補マーカーに適用し、ＥＣスクリーニングまたは診断を目的とした高い特異性を提供するために、高いシグナル対ノイズ比及び低いバックグラウンドレベルをもたらすマーカーを同定した。
いくつかの実施形態では、本技術は、生体試料（例えば、子宮内膜組織試料、血液試料）中の本明細書で同定されるマーカーのうちの１つ以上の存在及びメチル化状態を評価することに関する。これらのマーカーは、本明細書において考察される、例えば、表１、表８及び表２１に示される通りの１箇所以上の可変メチル化領域（ＤＭＲ）を含む。メチル化状態は、本技術の実施形態で評価される。したがって、本明細書で提供される技術は、遺伝子のメチル化状態が測定される方法において制限されない。例えば、いくつかの実施形態では、メチル化状態は、ゲノムスキャニング法によって測定される。例えば、１つの方法は、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング（Ｋａｗａｉ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．１４：７４２１－７４２７）を含み、別の例は、メチル化感受性任意プライムＰＣＲ（Ｇｏｎｚａｌｇｏ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：５９４－５９９）を含む。いくつかの実施形態では、特定のＣｐＧ部位でのメチル化パターンの変化は、メチル化感受性制限酵素によるゲノムＤＮＡの消化と、それに続く目的領域のサザン分析（消化－サザン法）によってモニタリングされる。いくつかの実施形態では、メチル化パターンの変化を分析することは、ＰＣＲ増幅前のメチル化感受性制限酵素またはメチル化依存性制限酵素によるゲノムＤＮＡの消化を含む、ＰＣＲベースのプロセスを含む（Ｓｉｎｇｅｒ－Ｓａｍ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：６８７）。さらに、メチル化分析の出発点としてＤＮＡのバイサルファイト処理を利用する他の技術が報告されている。これらとしては、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）（Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６）ならびにバイサルファイト変換ＤＮＡから増幅されたＰＣＲ産物の制限酵素消化（Ｓａｄｒｉ ａｎｄ Ｈｏｒｎｓｂｙ（１９９６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：５０５８－５０５９、及びＸｉｏｎｇ ａｎｄ Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４）が挙げられる。ＰＣＲ技術は、遺伝子突然変異の検出（Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：１１４３－１１４７）、ならびに対立遺伝子特異的発現の定量化（Ｓｚａｂｏ ａｎｄ Ｍａｎｎ（１９９５）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．９：３０９７－３１０８、及びＳｉｎｇｅｒ－Ｓａｍ ｅｔ ａｌ．（１９９２）ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌ．１：１６０－１６３）のために開発されてきた。そのような技術は、ＰＣＲにより生成された鋳型にアニーリングし、アッセイ対象の単一ヌクレオチドの５’のすぐ隣で終結する、内部プライマーを使用する。米国特許第７，０３７，６５０号に記載されている「定量的Ｍｓ－ＳＮｕＰＥアッセイ」を使用する方法が、いくつかの実施形態において使用される。
メチル化状態を評価する際、メチル化状態は、多くの場合、特定の部位を含む試料中のＤＮＡ母集団と比較して、その特定の部位で（例えば、単一ヌクレオチドにおいて、特定の領域または遺伝子座において、比較的長い目的配列において、例えば、ＤＮＡの最大約１００ｂｐ、２００ｂｐ、５００ｂｐ、１０００ｂｐの部分配列またはそれを上回って）メチル化される個々のＤＮＡ鎖の割合またはパーセンテージとして表される。従来、非メチル化核酸の量は、較正物質を使用するＰＣＲによって判定される。次いで、既知のＤＮＡ量がバイサルファイト処理され、得られたメチル化特異的配列が、リアルタイムＰＣＲまたは他の指数関数的増幅、例えば、ＱｕＡＲＴＳアッセイ（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，３６１，７２０号、ならびに米国特許出願公開第２０１２／０１２２０８８号及び同第２０１２／０１２２１０６号により提供されるもの）のいずれかを使用して判定される。
例えば、いくつかの実施形態では、方法は、外部標準物質を使用することにより非メチル化標的の標準曲線を生成することを含む。標準曲線は、少なくとも２点から構成され、既知の定量標準物質に対する非メチル化ＤＮＡのリアルタイムＣｔ値に関する。次いで、メチル化標的の第２の標準曲線は、少なくとも２点及び外部標準物質から構成される。この第２の標準曲線は、既知の定量標準物質に対するメチル化ＤＮＡのＣｔに関する。次に、試験試料のＣｔ値が、メチル化集団及び非メチル化集団について判定され、ＤＮＡのゲノム当量が、最初の２つのステップによって生成された標準曲線から算出される。目的部位におけるメチル化のパーセンテージは、集団中のＤＮＡの総量に対するメチル化ＤＮＡ量、例えば、（メチル化ＤＮＡ数）／（メチル化ＤＮＡ数＋非メチル化ＤＮＡ数）×１００から算出される。
本明細書では、方法を実施するための組成物及びキットもまた提供される。例えば、いくつかの実施形態では、１つ以上のマーカーに特異的な試薬（例えば、プライマー、プローブ）が、単独で、またはセット（例えば、複数のマーカーを増幅するためのプライマー対のセット）で提供される。検出アッセイを実施するためのさらなる試薬（例えば、ＱｕＡＲＴＳ、ＰＣＲ、シーケンシング、バイサルファイト、または他のアッセイを実施するための酵素、緩衝液、陽性及び陰性対照）もまた提供され得る。いくつかの実施形態では、キットは、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）を含有する。いくつかの実施形態では、方法を実施するのに必要な、十分な、または有用な１つ以上の試薬を含有するキットが提供される。試薬を含有する反応混合物もまた、提供される。さらに提供されるのは、互いに、及び／または試験試料に添加して反応混合物を完成させることができる複数の試薬を含有する、マスターミックス試薬セットである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の技術は、本明細書に記載される方法によって提供される一連の算術演算または論理演算を実施するように設計されたプログラム可能な機械に関連する。例えば、本技術のいくつかの実施形態は、コンピュータソフトウェア及び／またはコンピュータハードウェアに関連する（例えば、これらに実装される）。一態様では、本技術は、メモリの形態、算術演算及び論理演算を実施するための要素、ならびにデータを読み取り、操作し、保存するための一連の命令（例えば、本明細書で提供される方法）を実行するための処理要素（例えば、マイクロプロセッサ）を含むコンピュータに関する。いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサは、全て本明細書に記載の通りの、（例えば、１箇所以上のＤＭＲ、例えば、表１、表８及び表２１に示される通りのＤＭＲ１～４９９の）メチル化状態の判定；（例えば、１箇所以上のＤＭＲ、例えば、表１、表８及び表２１に示される通りのＤＭＲ１～４９９の）メチル化状態の比較；標準曲線の生成；Ｃｔ値の判定；（例えば、１箇所以上のＤＭＲ、例えば、表１、表８及び表２１に示される通りのＤＭＲ１～４９９の）メチル化の割合、頻度、またはパーセンテージの算出；ＣｐＧアイランドの同定；アッセイまたはマーカーの特異性及び／または感度の判定；ＲＯＣ曲線及び関連するＡＵＣの算出；配列分析；のためのシステムの一部であるか、あるいは当該技術分野において公知である。
いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサまたはコンピュータは、がんの部位を予測するためのアルゴリズムにおいて、メチル化状態のデータを使用する。
いくつかの実施形態では、ソフトウェアまたはハードウェアコンポーネントは、複数のアッセイの結果を受信し、複数のアッセイの結果に基づいてがんリスクを示す単一の値の結果を判定しユーザーに報告する（例えば複数のＤＭＲ（例えば、表２、表１８及び表２６に示される通りの）メチル化状態を判定する）。関連実施形態は、例えば、複数のマーカー（例えば、表１、表８及び表２１に示される通りの複数のＤＭＲなど）のメチル化状態を判定する、複数のアッセイからの結果の数学的組み合わせ（例えば、加重組み合わせ、線形組み合わせ）に基づいてリスク因子を算出する。いくつかの実施形態では、ＤＭＲのメチル化状態は次元を規定し、かつ多次元空間における値を有する可能性があり、複数のＤＭＲのメチル化状態によって規定される座標は、例えば、ユーザーに報告するための、例えば、がんリスクに関連する結果である。
いくつかの実施形態は、記憶媒体及びメモリコンポーネントを含む。メモリコンポーネント（例えば、揮発性及び／または不揮発性メモリ）は、命令（例えば、本明細書で提供されるプロセスの実施形態）及び／またはデータ（例えば、メチル化測定値、配列、及びそれらと関連する統計的記述などのワークピース）の保存に使用される。いくつかの実施形態は、また、ＣＰＵ、グラフィックスカード、及びユーザーインターフェース（例えば、ディスプレイなどの出力デバイス及びキーボードなどの入力デバイスを含む）のうちの１つ以上を含むシステムにも関する。
本技術と関連するプログラム可能な機械は、従来の現存技術及び開発中またはまだ開発されていない技術（例えば、量子コンピュータ、化学コンピュータ、ＤＮＡコンピュータ、光コンピュータ、スピントロニクスに基づくコンピュータなど）を含む。
いくつかの実施形態では、本技術は、データを伝送するための有線（例えば、金属ケーブル、光ファイバー）または無線伝送媒体を含む。例えば、いくつかの実施形態は、ネットワーク（例えば、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、アドホックネットワーク、インターネットなど）によるデータ伝送に関する。いくつかの実施形態では、プログラム可能な機械はピアなどのネットワーク上に存在し、いくつかの実施形態では、プログラム可能な機械はクライアント／サーバ関係を有する。
いくつかの実施形態では、データは、ハードディスク、フラッシュメモリ、光学媒体、フロッピーディスクなどのコンピュータ可読記憶媒体に保存される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される技術は、共に動作して本明細書に記載の方法を実施する、複数のプログラム可能なデバイスに関連する。例えば、いくつかの実施形態では、複数のコンピュータ（例えば、ネットワークによって接続される）は、例えば、イーサネット、光ファイバーなどの従来のネットワークインターフェースによって、または無線ネットワーク技術によって、ネットワーク（プライベート、パブリック、またはインターネット）に接続される完全なコンピュータ（オンボードＣＰＵ、記憶装置、電源、ネットワークインターフェースなどを備える）に依存するクラスタコンピューティングまたはグリッドコンピューティングまたは何らかの他の分散コンピュータアーキテクチャの実装において、並行して動作し、データを収集して処理することができる。
例えば、いくつかの実施形態は、コンピュータ可読媒体を含むコンピュータを提供する。実施形態は、プロセッサに連結されるランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）を含む。プロセッサは、メモリに保存されているコンピュータ実行可能プログラム命令を実行する。そのようなプロセッサは、マイクロプロセッサ、ＡＳＩＣ、状態機械、または他のプロセッサを含み得、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣａｌｉｆｏｒｎｉａのＩｎｔｅｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ及びＳｃｈａｕｍｂｕｒｇ，ＩｌｌｉｎｏｉｓのＭｏｔｏｒｏｌａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのプロセッサなどの多数のコンピュータプロセッサのいずれかであり得る。そのようなプロセッサは、媒体、例えば、コンピュータ可読媒体を含むか、または媒体と通信することができ、この媒体は、プロセッサによって実行される場合、プロセッサに本明細書に記載のステップを実行させる命令を保存する。
コンピュータ可読媒体の実施形態としては、プロセッサにコンピュータ可読命令を与えることができる電子的、光学的、磁気的、または他の記憶デバイスまたは伝送デバイスが挙げられるが、これらに限定されない。好適な媒体の他の例としては、フロッピーディスク、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤ、磁気ディスク、メモリチップ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、ＡＳＩＣ、構成済みプロセッサ、全ての光学媒体、全ての磁気テープもしくは他の磁気媒体、またはコンピュータプロセッサが命令を読み取ることができる任意の他の媒体が挙げられるが、これらに限定されない。また、コンピュータ可読媒体の様々な他の形態は、コンピュータに命令を伝送するか、または伝達することができ、有線及び無線の両方のルーター、プライベートもしくはパブリックネットワーク、または他の伝送デバイスもしくはチャネルを含む。命令は、例えば、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、Ｖｉｓｕａｌ Ｂａｓｉｃ、Ｊａｖａ、Ｐｙｔｈｏｎ、Ｐｅｒｌ、及びＪａｖａＳｃｒｉｐｔを含む、任意の好適なコンピュータプログラミング言語からのコードを含み得る。
コンピュータは、いくつかの実施形態ではネットワークに接続されている。コンピュータはまた、いくつかの外部または内部デバイス、例えば、マウス、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤ、キーボード、ディスプレイ、または他の入力もしくは出力デバイスなども含み得る。コンピュータの例は、パーソナルコンピュータ、デジタルアシスタント、パーソナルデジタルアシスタント、携帯電話（ｃｅｌｌｕｌａｒ ｐｈｏｎｅ）、携帯電話（ｍｏｂｉｌｅ ｐｈｏｎｅ）、スマートフォン、ポケットベル、デジタルタブレット、ラップトップコンピュータ、インターネットアプライアンス、及び他のプロセッサベースのデバイスである。概して、本明細書で提供される技術の態様に関連するコンピュータは、本明細書で提供される技術を含む１つ以上のプログラムをサポートすることができる任意のオペレーティングシステム、例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｉｎｄｏｗｓ、Ｌｉｎｕｘ、ＵＮＩＸ、Ｍａｃ ＯＳ Ｘなどで動作する、任意のタイプのプロセッサベースのプラットフォームであってよい。いくつかの実施形態は、他のアプリケーションプログラム（例えば、アプリケーション）を実行するパーソナルコンピュータを含む。アプリケーションはメモリに格納することができ、これらとしては、例えば、ワードプロセッシングアプリケーション、スプレッドシートアプリケーション、電子メールアプリケーション、インスタントメッセンジャーアプリケーション、プレゼンテーションアプリケーション、インターネットブラウザアプリケーション、カレンダー／オーガナイザーアプリケーション、及びクライアントデバイスによって実行可能な任意の他のアプリケーションを挙げることができる。
本技術に関連するものとして本明細書に記載されるそのような全てのコンポーネント、コンピュータ、及びシステムは、論理的または仮想的であり得る。
したがって、本明細書で提供されるのは、対象から得られた試料中のＥＣ及び／またはＥＣの様々な形態（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）についてスクリーニングする方法に関する技術であり、本方法は、対象から得られた試料（例えば、子宮内膜組織）（例えば、血液試料）中のマーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびにマーカーのメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされたマーカーのメチル化状態と異なる場合にＥＣ及び／またはＥＣの特定の形態を有すると対象を同定することを含み、ここで、マーカーは、表１、表８及び表２１に示される通りの可変メチル化領域（ＤＭＲ）１～４９９からなる群から選択されるＤＭＲ中に塩基を含む。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象がＥＣを有することを示す：ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０（表２、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象がＥＣを有することを示す：ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ（表３、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象がＥＣを有することを示す：ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１５、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象がＥＣを有することを示す：ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３（表２０、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象がＥＣを有することを示す：ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ（表９、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が明細胞ＥＣを有することを示す：ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２（表４、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が明細胞ＥＣを有することを示す：ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ（表１１、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が明細胞ＥＣを有することを示す：ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１６、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が明細胞ＥＣを有することを示す：ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）。
対象から得られた試料が血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が明細胞ＥＣを有することを示す：ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が癌肉腫ＥＣを有することを示す：ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ（表５、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が癌肉腫ＥＣを有することを示す：ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４（表１３、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が癌肉腫ＥＣを有することを示す：ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１８、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が癌肉腫ＥＣを有することを示す：ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）。
対象から得られた試料が血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が癌肉腫ＥＣを有することを示す：ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ（表１３、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が漿液性ＥＣを有することを示す：ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ（表７、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が漿液性ＥＣを有することを示す：ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ（表１２、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が漿液性ＥＣを有することを示す：ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ（表１７、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が漿液性ＥＣを有することを示す：ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ（表２４、実施例３を参照されたい）。
対象から得られた試料が血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が漿液性ＥＣを有することを示す：ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ（表１２、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が類内膜ＥＣを有することを示す：ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ（表６、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が類内膜ＥＣを有することを示す：ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１４、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が類内膜ＥＣを有することを示す：ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１９、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が類内膜ＥＣを有することを示す：ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１４、実施例１を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が類内膜グレード１ＥＣを有することを示す：ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ（表２５、実施例３を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が類内膜グレード２ＥＣを有することを示す：ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ（表２５、実施例３を参照されたい）。
対象から得られた試料が子宮内膜組織であり、以下のマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態が、ＥＣを有しない対象においてアッセイされた１つ以上のマーカーのメチル化状態と異なるいくつかの実施形態では、対象が類内膜グレード３ＥＣを有することを示す：ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ（表２５、実施例３を参照されたい）。
本技術は、ＥＣ及び／またはＥＣの様々な形態（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）の同定及び識別に関する。いくつかの実施形態は、複数のマーカーをアッセイすることを含む方法、例えば、２つ～１１個から１００個または１２０個または４９９個のマーカーをアッセイすることを含む方法を提供する。
本技術は、評価されるメチル化状態に限定されない。いくつかの実施形態では、試料中のマーカーのメチル化状態を評価することは、１塩基のメチル化状態を判定することを含む。いくつかの実施形態では、試料中のマーカーのメチル化状態をアッセイすることは、複数の塩基におけるメチル化の程度を判定することを含む。さらに、いくつかの実施形態では、マーカーのメチル化状態は、マーカーの正常なメチル化状態と比較したマーカーのメチル化の増加を含む。いくつかの実施形態では、マーカーのメチル化状態は、マーカーの正常なメチル化状態と比較したマーカーのメチル化の低下を含む。いくつかの実施形態では、マーカーのメチル化状態は、マーカーの正常なメチル化状態と比較したマーカーのメチル化の異なるパターンを含む。
さらに、いくつかの実施形態では、マーカーは１００以下の塩基の領域であるか、マーカーは５００以下の塩基の領域であるか、マーカーは１０００以下の塩基の領域であるか、マーカーは５０００以下の塩基の領域であるか、またはいくつかの実施形態では、マーカーは１塩基である。いくつかの実施形態では、マーカーは、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する。
本技術は、試料のタイプによって限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料、組織試料（例えば、子宮内膜組織試料）、血液試料（例えば、血漿、白血球、血清、全血）、排泄物、または尿試料である。
さらに、本技術は、メチル化状態を判定するために使用される方法に限定されない。いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む。いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む。いくつかの実施形態では、本技術は、超並列シーケンシング（例えば、次世代シーケンシング）、例えば、合成によるシーケンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ－ｂｙ－ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイム（例えば、単一分子）シーケンシング、ビーズエマルジョンシーケンシング、ナノポアシーケンシングなどを使用して、メチル化状態を判定する。
本技術は、ＤＭＲを検出するための試薬を提供し、例えば、いくつかの実施形態では、配列番号１～４９９によって示される配列（表１、表８及び表２１を参照されたい）を含むオリゴヌクレオチドのセットが提供される。いくつかの実施形態では、ＤＭＲ中に塩基を有する染色体領域に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、例えば、ＤＭＲのメチル化状態に対する感度が高いオリゴヌクレオチドが提供される。
本技術は、ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０（表２、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ（表３、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１５、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３（表２０、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ（表９、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、明細胞ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２（表４、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、明細胞ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ（表１１、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、明細胞ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１６、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、明細胞ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、明細胞ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ（表１１、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、癌肉腫ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ（表５、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、癌肉腫ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４（表１３、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、癌肉腫ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１８、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、癌肉腫ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、癌肉腫ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ（表１３、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、漿液性ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ（表７、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、漿液性ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ（表１２、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、漿液性ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ（表１７、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、漿液性ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ（表２４、実施例３を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、漿液性ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ（表１２、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、類内膜ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ（表６、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、類内膜ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１４、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、類内膜ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１９、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、類内膜ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１４、実施例１を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、類内膜グレード１ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ（表２５、実施例３を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、類内膜グレード２ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ（表２５、実施例３を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
本技術は、類内膜グレード３ＥＣを同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ（表２５、実施例３を参照されたい）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
キットの実施形態、例えば、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）と、（表１、表８及び表２１の）ＤＭＲ１～４９９からなる群から選択されるＤＭＲの配列を含み、かつＥＣを有しない対象に関連するメチル化状態を有する対照核酸とを含むキットが提供される。いくつかの実施形態では、キットは、バイサルファイト試薬及び本明細書に記載のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、キットは、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）と、（表１、表８及び表２１の）ＤＭＲ１～４９９からなる群から選択されるＤＭＲの配列を含み、かつＥＣを有する対象に関連するメチル化状態を有する対照核酸とを含む。いくつかのキットの実施形態は、対象から試料（例えば、糞便試料、子宮内膜組織試料、血液試料）を得るための試料コレクター、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）、ならびに本明細書に記載のオリゴヌクレオチドを含む。
本技術は、組成物（例えば、反応混合物）の実施形態に関する。いくつかの実施形態では、ＤＭＲを含む核酸ならびにメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸と本明細書に記載のオリゴヌクレオチドとを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸とメチル化感受性制限酵素とを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸とポリメラーゼとを含む組成物を提供する。
追加の関連方法の実施形態は、対象から得られた試料（例えば、子宮内膜組織試料、血液試料、糞便試料）中のＥＣ及び／またはＥＣの様々な形態（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）についてスクリーニングするために提供され、例えば、本方法は、（表１、表８及び表２１の）ＤＭＲ１～４９９のうちの１箇所以上であるＤＭＲ中に塩基を含む試料中のマーカーのメチル化状態を判定すること、対象試料のマーカーのメチル化状態を、ＥＣ（例えば、ＥＣ、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）を有しない対象からの正常対照試料のマーカーのメチル化状態と比較すること、ならびに対象試料及び正常対照試料のメチル化状態における差の信頼区間及び／またはｐ値を判定することを含む。いくつかの実施形態では、信頼区間は、９０％、９５％、９７．５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％または９９．９９％であり、ｐ値は、０．１、０．０５、０．０２５、０．０２、０．０１、０．００５、０．００１、または０．０００１である。方法のいくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸を、メチル化特異的な形で核酸を修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）と反応させて、例えば、メチル化特異的な形で修飾された核酸を生成するステップ、メチル化特異的な形で修飾された核酸をシーケンシングし、メチル化特異的な形で修飾された核酸のヌクレオチド配列を得るステップ、メチル化特異的な形で修飾された核酸のヌクレオチド配列を、ＥＣ及び／またはＥＣの形態を有しない対象からのＤＭＲを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、２つの配列間の差を同定するステップ、ならびに差が存在する場合、対象がＥＣ（例えば、ＥＣ及び／またＥＣの形態：明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）を有すると同定するステップを提供する。
対象から得られた試料中のＥＣについてスクリーニングするためのシステムが、本技術によって提供される。システムの例示的な実施形態は、例えば、対象から得られた試料（例えば、子宮内膜組織試料、血漿試料、糞便試料）中のＥＣ及び／またはＥＣのタイプ（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）についてスクリーニングするためのシステムを含み、このシステムは、試料のメチル化状態を判定するように構成されている分析コンポーネント、試料のメチル化状態をデータベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及びＥＣ関連メチル化状態をユーザーに警告するように構成されている警告コンポーネントを含む。警告は、いくつかの実施形態では、複数のアッセイ（例えば、複数のマーカー、例えば、表１、表８及び表２１に示される通りの、例えば、ＤＭＲのメチル化状態を判定する）からの結果を受信し、値または結果を算出して複数の結果に基づいて報告するソフトウェアコンポーネントによって判定される。いくつかの実施形態は、値もしくは結果の算出及び／またはユーザー（例えば、医師、看護師、臨床医など）に報告する警告に使用するための、本明細書で提供される各ＤＭＲと関連する重み付けパラメータのデータベースを提供する。いくつかの実施形態では、複数のアッセイからの結果全てが報告され、いくつかの実施形態では、１つ以上の結果が、対象におけるがんリスクを示す複数のアッセイからの１つ以上の結果を複合したものに基づいてスコア、値、または結果を提供するために使用される。
システムのいくつかの実施形態では、試料は、ＤＭＲを含む核酸を含む。いくつかの実施形態では、システムは、核酸を単離するためのコンポーネント、試料を収集するためのコンポーネント、例えば、糞便試料を収集するためのコンポーネントなどをさらに含む。いくつかの実施形態では、システムは、ＤＭＲを含む核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、データベースは、ＥＣ及び／または特定のタイプのＥＣ（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）を有しない対象からの核酸配列を含む。さらに提供されるのは、核酸、例えば、核酸のセットであり、各核酸はＤＭＲを含む配列を有する。いくつかの実施形態では、核酸のセットであって、各核酸がＥＣ及び／または特定のタイプのＥＣを有しない対象からの配列を有する、核酸のセット。関連システムの実施形態は、記載されるような核酸のセット及び核酸のセットに関連する核酸配列のデータベースを含む。いくつかの実施形態は、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）をさらに含む。また、いくつかの実施形態は、核酸シーケンサーをさらに含む。
特定の実施形態では、ヒト患者からの試料（例えば、子宮内膜組織試料、血液試料、糞便試料）を特徴付けるための方法が、提供される。例えば、いくつかの実施形態では、そのような実施形態は、ヒト患者の試料からＤＮＡを得ること、表１、表８及び表２１の可変メチル化領域（ＤＭＲ）１～４９９からなる群から選択されるＤＭＲ中に塩基を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに１つ以上のＤＮＡメチル化マーカーのアッセイされたメチル化状態を、ＥＣ及び／または特定のタイプのＥＣ（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）を有しないヒト患者の１つ以上のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化レベル参照と比較することを含む。
そのような方法は、ヒト患者からの特定のタイプの試料に限定されない。いくつかの実施形態では、試料は、子宮内膜組織試料である。いくつかの実施形態では、試料は、血漿試料である。いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血液試料（例えば、白血球試料、血漿試料、全血試料、血清試料）、または尿試料である。
いくつかの実施形態では、そのような方法は、複数のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、２～１１個のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、１２～１２０個のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、２～４９９個のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、試料中の１つ以上のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすることを含み、１塩基のメチル化状態を判定することを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、試料中の１つ以上のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすることを含み、複数の塩基におけるメチル化の程度を判定することを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、フォワード鎖のメチル化状態をアッセイすること、またはリバース鎖のメチル化状態をアッセイすることを含む。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、１００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、５００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、１０００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、５０００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、１塩基である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する。
いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む。
いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む。いくつかの実施形態では、メチル化特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１～４９９（表１、表８及び表２１）からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０（表２、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ（表３、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１５、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３（表２０、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ（表９、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２（表４、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ（表１１、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１６、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ（表１１、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ（表５、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４（表１３、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１８、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ（表２４、実施例３を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ（表１３、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ（表７、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ（表１２、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ（表１７、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ（表２４、実施例３を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ（表１２、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ（表６、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ（表１４、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ（表１９、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ（表１４、実施例１を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ（表２５、実施例３を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ（表２５、実施例３を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ（表２５、実施例３を参照されたい）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、そのような方法は、２つのＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態を判定することを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、表１、表８及び／または表２１の行に示されるＤＮＡメチル化マーカー対のメチル化状態を判定することを含む。
特定の実施形態では、本技術は、ヒト患者から得られた試料（例えば、子宮内膜組織試料、白血球試料、血漿試料、全血試料、血清試料、糞便試料）を特徴付けるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、そのような方法は、表１、表８、または表２１のＤＭＲ１～４９９からなる群から選択されるＤＭＲ中に塩基を含む試料におけるＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態を判定すること、患者試料のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態を、ＥＣ及び／またはＥＣの特定の形態（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）を有しないヒト対象からの正常対照試料のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態と比較すること、ならびにヒト患者及び正常対照試料のメチル化状態における差の信頼区間及び／またはｐ値を判定することを含む。いくつかの実施形態では、信頼区間は、９０％、９５％、９７．５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％または９９．９９％であり、ｐ値は、０．１、０．０５、０．０２５、０．０２、０．０１、０．００５、０．００１、または０．０００１である。
特定の実施形態では、本技術は、ヒト対象から得られた試料（例えば、子宮内膜組織試料、白血球試料、血漿試料、全血試料、血清試料、糞便試料）を特徴付けるための方法を提供し、本方法は、ＤＭＲを含む核酸を、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）と反応させてメチル化特異的な形で修飾された核酸を生成すること、メチル化特異的な形で修飾された核酸をシーケンシングし、メチル化特異的な形で修飾された核酸のヌクレオチド配列を得ること、メチル化特異的な形で修飾された核酸のヌクレオチド配列を、ＥＣを有しない対象からのＤＭＲを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、２つの配列間の差を同定することを含む。
特定の実施形態では、本技術は、ヒト対象から得られた試料（例えば、子宮内膜組織試料、血漿試料、糞便試料）を特徴付けるためのシステムを提供し、このシステムは、試料のメチル化状態を判定するように構成されている分析コンポーネント、試料のメチル化状態をデータベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及びメチル化状態の組み合わせに基づいて単一値を判定し、ＥＣ関連メチル化状態をユーザーに警告するように構成されている警告コンポーネントを含む。いくつかの実施形態では、試料は、ＤＭＲを含む核酸を含む。
いくつかの実施形態では、そのようなシステムは、核酸を単離するためのコンポーネントをさらに含む。いくつかの実施形態では、そのようなシステムは、試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む。
いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血液試料（例えば、血漿試料、白血球試料、全血試料、血清試料）、または尿試料である。
いくつかの実施形態では、データベースは、ＤＭＲを含む核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、データベースは、ＥＣを有しない対象からの核酸配列を含む。
さらなる実施形態は、本明細書に含まれる教示に基づいて、関連分野の当業者には明らかとなる。
〔図面の簡単な説明〕
〔図１〕ＥＣ全体を９７％の特異性と９７％の感度でＢＥと識別し、ＡＵＣが０．９８である、交差検証した３－ＭＤＭパネルを、ｒＰＡＲＴモデリング（ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＳＦＭＢＴ２）から得た。相補性の視覚化を可能にするヒートマトリックス形式でデータをプロットした。
〔図１〕ＥＣ全体を９７％の特異性と９７％の感度でＢＥと識別し、ＡＵＣが０．９８である、交差検証した３－ＭＤＭパネルを、ｒＰＡＲＴモデリング（ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＳＦＭＢＴ２）から得た。相補性の視覚化を可能にするヒートマトリックス形式でデータをプロットした。
〔図２〕６１個のメチル化マーカーに使用されるマーカー染色体領域（例えば、ＥＣ組織と正常子宮内膜組織とを区別するメチル化領域）ならびに関連するプライマー及びプローブの情報。
〔発明を実施するための形態〕
定義
本技術の理解を促進するために、いくつかの用語及び語句が以下に定義される。さらなる定義は、詳細な説明の全体にわたって記載される。
定義
本技術の理解を促進するために、いくつかの用語及び語句が以下に定義される。さらなる定義は、詳細な説明の全体にわたって記載される。
本明細書及び特許請求の範囲全体にわたって、以下の用語は、文脈により別途明確に指示されない限り、本明細書に明示的に関連する意味を持つ。「一実施形態では」という語句は、本明細書で使用される場合、同じ実施形態を指す場合もあるが、必ずしも同じ実施形態を指すとは限らない。さらに、「別の実施形態では」という語句は、本明細書で使用される場合、異なる実施形態を指す場合もあるが、必ずしも異なる実施形態を指すとは限らない。したがって、以下に記載の通りに、本発明の様々な実施形態は、本発明の範囲または趣旨から逸脱することなく、容易に組み合わせることができる。
さらに、本明細書で使用される場合、「または」という用語は、包括的「または」演算子であり、文脈により別途明確に指示されない限り、「及び／または」という用語と同等である。「に基づく」という用語は、文脈により別途明確に指示されない限り、排他的なものではなく、記載されていない追加の因子に基づくことを可能にする。さらに、本明細書全体にわたって、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」の意味には、複数の言及物が含まれる。「中に（ｉｎ）」の意味には、「中に（ｉｎ）」及び「上に（ｏｎ）」が含まれる。
「から本質的になる」という移行句は、本出願の特許請求の範囲において使用する場合、Ｉｎ ｒｅ Ｈｅｒｚ，５３７ Ｆ．２ｄ ５４９，５５１－５２，１９０ ＵＳＰＱ ４６１，４６３（ＣＣＰＡ １９７６）に述べられているように、特許請求の範囲を、特許請求された発明の特定の物質またはステップ「及び基本的かつ新規の特徴（複数可）に実質的に影響を及ぼすことのないもの」に限定する。例えば、列挙された要素「から本質的になる」組成物は、列挙されていない混入物を、純粋な組成物、すなわち列挙された成分「からなる」組成物と比較した場合に、存在はするが、列挙された組成物の機能を変化させないようなレベルで含有する場合がある。
本明細書で使用される場合、「核酸」または「核酸分子」は、一般に任意のリボ核酸またはデオキシリボ核酸を指し、これは非修飾または修飾ＤＮＡまたはＲＮＡであってよい。「核酸」には、一本鎖及び二本鎖核酸が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用される場合、「核酸」という用語はまた、１つ以上の修飾塩基を含有する、前述のようなＤＮＡも含む。したがって、安定性または他の理由のために修飾された骨格を有するＤＮＡは、「核酸」である。「核酸」という用語は、本明細書で使用される場合、核酸のそのような化学的、酵素的、または代謝的修飾形態に加えて、ウイルスならびに細胞（例えば、単純型及び複合型細胞を含む）に特徴的なＤＮＡの化学的形態を包含する。
「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド」または「核酸」という用語は、２つ以上、好ましくは３つを超える、及び通常は１０個を超えるデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドを有する分子を指す。正確なサイズは、多くの因子に依存することになり、そして次に、オリゴヌクレオチドの最終的な機能または使用に依存する。オリゴヌクレオチドは、化学合成、ＤＮＡ複製、逆転写、またはそれらの組み合わせを含む任意の手法で生成することができる。ＤＮＡの典型的なデオキシリボヌクレオチドは、チミン、アデニン、シトシン、及びグアニンである。ＲＮＡの典型的なリボヌクレオチドは、ウラシル、アデニン、シトシン、及びグアニンである。
本明細書で使用される場合、核酸の「遺伝子座」または「領域」という用語は、核酸の小領域、例えば、染色体上の遺伝子、単一ヌクレオチド、ＣｐＧアイランドなどを指す。
「相補的な」及び「相補性」という用語は、塩基対合則によって関連付けられるヌクレオチド（例えば、１つのヌクレオチド）またはポリヌクレオチド（例えば、ヌクレオチドの配列）を指す。例えば、配列５’－Ａ－Ｇ－Ｔ－３’は、配列３’－Ｔ－Ｃ－Ａ－５’に相補的である。相補性は「部分的」であってもよく、その場合、核酸塩基の一部のみが塩基対合則に従って一致する。あるいは、核酸間で「完全な」または「全体的な」相補性が存在してもよい。核酸鎖間の相補性の程度は、核酸鎖間のハイブリダイゼーションの効率及び強度をもたらす。これは、増幅反応において、及び核酸間の結合に依存する検出方法において特に重要である。
「遺伝子」という用語は、ＲＮＡの、またはポリペプチドもしくはその前駆体の産生に必要なコード配列を含む核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）配列を指す。機能的ポリペプチドは、ポリペプチドの所望の活性または機能特性（例えば、酵素活性、リガンド結合、シグナル伝達など）が保持される限り、完全長コード配列によって、またはコード配列の任意の部分によってコードされ得る。「部分」という用語は、遺伝子に関して使用される場合、その遺伝子の断片を指す。断片は、数個のヌクレオチドから、遺伝子全体の配列から１つのヌクレオチドを除いたサイズの範囲であり得る。したがって、「遺伝子の少なくとも一部分を含むヌクレオチド」は、遺伝子の断片または遺伝子全体を含み得る。
「遺伝子」という用語はまた、構造遺伝子のコード領域を包含し、５’末端及び３’末端の両方で、例えば、いずれかの末端上で約１ｋｂの距離でコード領域に隣接して位置する配列を含み、これにより、遺伝子が完全長ｍＲＮＡ（例えば、コード配列、制御配列、構造配列及び他の配列を含む）の長さに対応する。コード領域の５’に位置し、かつｍＲＮＡ上に存在する配列は、５’非翻訳（ｎｏｎ－ｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）または５’非翻訳（ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）配列と称される。コード領域の３’または下流に位置し、かつｍＲＮＡ上に存在する配列は、３’非翻訳（ｎｏｎ－ｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）または３’非翻訳（ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）配列と称される。「遺伝子」という用語は、遺伝子のｃＤＮＡ及びゲノム形態の両方を包含する。一部の生物（例えば、真核生物）では、遺伝子のゲノム形態またはクローンは、「イントロン」または「介在領域」または「介在配列」と称される、非コード配列によって分断されるコード領域を含有する。イントロンは、核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）に転写される遺伝子のセグメントであり、イントロンは、エンハンサーなどの調節エレメントを含有し得る。イントロンは、核または一次転写物から除去または「スプライシングにより除去」され、そのため、イントロンはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）転写物中には存在しない。ｍＲＮＡは、新生ポリペプチド中でアミノ酸の配列または順序を規定するように翻訳中に機能する。
イントロンの含有に加えて、遺伝子のゲノム形態はまた、ＲＮＡ転写物上に存在する配列の５’末端及び３’末端の両方に位置する配列を含み得る。これらの配列は、「隣接」配列または領域と称される（これらの隣接配列は、ｍＲＮＡ転写物上に存在する非翻訳配列の５’または３’に位置する）。５’隣接領域は、遺伝子の転写を制御するかまたはそれに影響を及ぼすプロモーター及びエンハンサーなどの調節配列を含有し得る。３’隣接領域は、転写終結、転写後切断、及びポリアデニル化を指示する配列を含有し得る。
「野生型」という用語は、遺伝子に関して言及する場合、天然に存在する供給源から単離された遺伝子の特徴を有する遺伝子を指す。「野生型」という用語は、遺伝子産物に関して言及する場合、天然に存在する供給源から単離された遺伝子産物の特徴を有する遺伝子産物を指す。「天然に存在する」という用語は、物体に使用される場合、物体が天然に見出され得るという事実を指す。例えば、天然の供給源から単離することができ、かつ実験室で人の手により意図的に修飾されていない生物（ウイルスを含む）中に存在するポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、天然に存在する。野生型遺伝子は、多くの場合、集団中で最も高頻度で観察されるその遺伝子または対立遺伝子であり、そのため、その遺伝子の「正常」または「野生型」形態と任意に称される。対照的に、「修飾された」または「突然変異体」という用語は、遺伝子または遺伝子産物に関して言及する場合、野生型遺伝子または遺伝子産物と比較した場合に、配列及び／または機能特性に修飾（例えば、変化した特徴）を示す遺伝子または遺伝子産物をそれぞれ指す。天然に存在する突然変異体は単離することができ、これらは、それらが野生型遺伝子または遺伝子産物と比較した場合に変化した特徴を有するという事実によって同定されることに留意する。
「対立遺伝子」という用語は、遺伝子の多様性を指し、多様性としては、バリアント及び突然変異体、多型遺伝子座、ならびに一塩基多型遺伝子座、フレームシフト、及びスプライス突然変異が挙げられるが、これらに限定されない。対立遺伝子は、集団中に天然に存在する場合もあれば、または集団における任意の特定個体の寿命の間に生じる場合がある。
したがって、「バリアント」及び「突然変異体」という用語は、ヌクレオチド配列に関して使用される場合、別の、通常関連するヌクレオチド酸配列とは１つ以上のヌクレオチドで異なる核酸配列を指す。「多様性」は、２つの異なるヌクレオチド配列間の差であり、通常、一方の配列は参照配列である。
「増幅」は、鋳型特異性に関与する核酸複製の特殊な事例である。これは、非特異的鋳型複製（例えば、鋳型依存的であるが、特定の鋳型には依存しない複製）とは対照的である。鋳型特異性は、本明細書では、複製の忠実度（例えば、適切なポリヌクレオチド配列の合成）及びヌクレオチド（リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド）特異性とは区別される。鋳型特異性は、「標的」特異性の点でしばしば説明される。標的配列は、それらが他の核酸からの選別が求められるという意味において「標的」である。増幅技術は、主にこの選別のために設計されている。
核酸との関連における「増幅すること」または「増幅」という用語は、通常は少量のポリヌクレオチド（例えば、単一ポリヌクレオチド分子）から開始するポリヌクレオチド、またはポリヌクレオチドの一部分の複数コピーの生成を指し、増幅産物またはアンプリコンは、概して検出可能である。ポリヌクレオチドの増幅は、様々な化学的及び酵素的プロセスを包含する。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはリガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ、例えば、米国特許第５，４９４，８１０号を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）中の、標的または鋳型ＤＮＡ分子の１つまたは少数のコピーからの複数のＤＮＡコピーの生成が、増幅の形態である。増幅のさらなるタイプとしては、対立遺伝子特異的ＰＣＲ（例えば、米国特許第５，６３９，６１１号を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、アセンブリＰＣＲ（例えば、米国特許第５，９６５，４０８号を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ヘリカーゼ依存性増幅（例えば、米国特許第７，６６２，５９４号を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ホットスタートＰＣＲ（例えば、米国特許第５，７７３，２５８号及び同第５，３３８，６７１号を参照されたく、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、配列間特異的ＰＣＲ、逆ＰＣＲ（例えば、Ｔｒｉｇｌｉａ，ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１６：８１８６を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ライゲーション媒介ＰＣＲ（例えば、Ｇｕｉｌｆｏｙｌｅ，Ｒ．ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２５：１８５４－１８５８（１９９７）、米国特許第５，５０８，１６９号を参照されたく、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、メチル化特異的ＰＣＲ（例えば、Ｈｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．，（１９９６）ＰＮＡＳ ９３（１３）９８２１－９８２６を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ミニプライマーＰＣＲ、マルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（例えば、Ｓｃｈｏｕｔｅｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３０（１２）：ｅ５７を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、マルチプレックスＰＣＲ（例えば、Ｃｈａｍｂｅｒｌａｉｎ，ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １６（２３）１１１４１－１１１５６、Ｂａｌｌａｂｉｏ，ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ８４（６）５７１－５７３、Ｈａｙｄｅｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００８）ＢＭＣ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ９：８０を参照されたく、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ネステッドＰＣＲ、オーバーラップエクステンションＰＣＲ（例えば、Ｈｉｇｕｃｈｉ，ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １６（１５）７３５１－７３６７を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、リアルタイムＰＣＲ（例えば、Ｈｉｇｕｃｈｉ，ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：４１３－４１７、Ｈｉｇｕｃｈｉ，ｅｔ ａｌ．，（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １１：１０２６－１０３０を参照されたく、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、逆転写ＰＣＲ（例えば、Ｂｕｓｔｉｎ，Ｓ．Ａ．（２０００）Ｊ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ ２５：１６９－１９３を参照されたく、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、固相ＰＣＲ、熱非対称インターレースＰＣＲ、ならびにタッチダウンＰＣＲ（例えば、Ｄｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９１）１９（１４）４００８、Ｒｏｕｘ，Ｋ．（１９９４）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １６（５）８１２－８１４、Ｈｅｃｋｅｒ，ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２０（３）４７８－４８５を参照されたく、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）が挙げられるが、これらに限定されない。ポリヌクレオチド増幅はまた、デジタルＰＣＲを使用して行うことができる（例えば、Ｋａｌｉｎｉｎａ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２５；１９９９－２００４，（１９９７）、Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．９６；９２３６－４１，（１９９９）、国際特許公開第ＷＯ０５０２３０９１Ａ２号、米国特許出願公開第２００７０２０２５２５号を参照されたく、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
「ポリメラーゼ連鎖反応」（「ＰＣＲ」）という用語は、クローニングまたは精製することなく、ゲノムまたは他のＤＮＡもしくはＲＮＡの混合物中で標的配列のセグメント濃度を増加させるための方法を記載しているＫ．Ｂ．Ｍｕｌｌｉｓの米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、及び同第４，９６５，１８８号の方法を指す。標的配列を増幅させるためのこのプロセスは、大過剰の２つのオリゴヌクレオチドプライマーを、所望の標的配列を含有するＤＮＡ混合物に導入し、続いてＤＮＡポリメラーゼの存在下で熱サイクルを正確な順序で行うことからなる。２つのプライマーは、二本鎖標的配列のそれらの個々の鎖に相補的である。増幅をもたらすために、混合物を変性させ、次いでプライマーを標的分子内のそれらの相補的配列にアニーリングさせる。アニーリング後、プライマーを、新たな相補鎖の対を形成するようにポリメラーゼで伸長させる。変性、プライマーアニーリング、及びポリメラーゼ伸長のステップを何度も反復して（すなわち、変性、アニーリング及び伸長が１回の「サイクル」を構成し、多数の「サイクル」が存在し得る）、高濃度の、所望の標的配列の増幅セグメントを得ることができる。所望の標的配列の増幅されたセグメントの長さは、互いに対するプライマーの相対的な位置によって判定され、したがって、この長さは制御可能なパラメータである。プロセスの反復の側面から、この方法は、「ポリメラーゼ連鎖反応」（「ＰＣＲ」）と称される。標的配列の所望の増幅セグメントは、混合物中で（濃度に関して）優勢配列となることから、それらは「ＰＣＲ増幅された」と言われ、それらは「ＰＣＲ産物」または「アンプリコン」である。当業者は、「ＰＣＲ」という用語が、例えば、リアルタイムＰＣＲ、ネステッドＰＣＲ、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）、単一プライマー及び任意プライムＰＣＲなどを使用する、当初説明された方法の多くの変形を包含すると理解するであろう。
鋳型特異性は、大半の増幅技術において酵素の選択により達成される。増幅酵素は、それらが使用される条件下で、核酸の不均質混合物中で核酸の特定の配列のみを処理する酵素である。例えば、Ｑ－ベータレプリカーゼの場合、ＭＤＶ－１ ＲＮＡは、レプリカーゼの特異的鋳型である（Ｋａｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，６９：３０３８［１９７２］）。他の核酸が、この増幅酵素によって複製されることはない。同様に、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼの場合、この増幅酵素は、それ自体のプロモーターに対してストリンジェントな特異性を有する（Ｃｈａｍｂｅｒｌｉｎ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ，２２８：２２７［１９７０］）。Ｔ４ ＤＮＡリガーゼの場合、酵素は、ライゲーション結合部においてオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの基質と鋳型との間にミスマッチがある場合、２つのオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドをライゲーションすることはない（Ｗｕ ａｎｄ Ｗａｌｌａｃｅ（１９８９）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０）。最後に、耐熱性鋳型依存性ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑ及びＰｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ）は、高温で機能するそれらの能力によって、プライマーが結合しそれによりプライマーによって規定される配列に対して高度な特異性を示すことが見出され、高温によって、標的配列とのプライマーハイブリダイゼーションには有利であるが非標的配列とはハイブリダイズしない、熱力学的条件がもたらされる（Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ（ｅｄ．），ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ［１９８９］）。
本明細書で使用される場合、「核酸検出アッセイ」という用語は、目的の核酸のヌクレオチド組成を判定する任意の方法を指す。核酸検出アッセイとしては、ＤＮＡシーケンシング法、プローブハイブリダイゼーション法、構造特異的切断アッセイ（例えば、ＩＮＶＡＤＥＲアッセイ（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．）、ならびに例えば、米国特許第５，８４６，７１７号、同第５，９８５，５５７号、同第５，９９４，０６９号、同第６，００１，５６７号、同第６，０９０，５４３号、及び同第６，８７２，８１６号、Ｌｙａｍｉｃｈｅｖ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１７：２９２（１９９９）、Ｈａｌｌ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，ＵＳＡ，９７：８２７２（２０００）、ならびに米国特許第９，０９６，８９３号に記載されているものであり、これらの各々は、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる）；酵素ミスマッチ切断法（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｖａｒｉａｇｅｎｉｃｓ、米国特許第６，１１０，６８４号、同第５，９５８，６９２号、同第５，８５１，７７０号）；前述のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）；分枝ハイブリダイゼーション法（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｃｈｉｒｏｎ、米国特許第５，８４９，４８１号、同第５，７１０，２６４号、同第５，１２４，２４６号、及び同第５，６２４，８０２号）；ローリングサークル複製（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，２１０，８８４号、同第６，１８３，９６０号及び同第６，２３５，５０２号）；ＮＡＳＢＡ（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第５，４０９，８１８号）；分子ビーコン技術（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，１５０，０９７号）；Ｅセンサー技術（その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｍｏｔｏｒｏｌａ、米国特許第６，２４８，２２９号、同第６，２２１，５８３号、同第６，０１３，１７０号、及び同第６，０６３，５７３号）；サイクリングプローブ技術（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第５，４０３，７１１号、同第５，０１１，７６９号、及び同第５，６６０，９８８号）；Ｄａｄｅ Ｂｅｈｒｉｎｇシグナル増幅法（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，１２１，００１号、同第６，１１０，６７７号、同第５，９１４，２３０号、同第５，８８２，８６７号、及び同第５，７９２，６１４号）；リガーゼ連鎖反応（例えば、Ｂａｒａｎａｙ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ８８，１８９－９３（１９９１））；ならびにサンドイッチハイブリダイゼーション法（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第５，２８８，６０９号）が挙げられるが、これらに限定されない。
「増幅可能な核酸」という用語は、任意の増幅方法によって増幅することができる核酸を指す。「増幅可能な核酸」は、通常「試料鋳型」を含むことが企図される。
「試料鋳型」という用語は、「標的」（以下に定義される）の存在について分析される試料に由来する核酸を指す。対照的に、「バックグラウンド鋳型」は、試料中に存在する場合もあれば、存在しない場合もある試料鋳型以外の核酸に関して使用される。バックグラウンド鋳型は、ほとんどの場合不注意によるものである。バックグラウンド鋳型はキャリーオーバーの結果であり得るか、またはそれは、試料から精製除去されることが求められる核酸混入物の存在によるものであり得る。例えば、検出対象以外の生物からの核酸が、試験試料中にバックグラウンドとして存在する可能性がある。
「プライマー」という用語は、例えば、制限消化物からの核酸断片として天然に生じるか、または合成により生成されるかのいずれかであるオリゴヌクレオチドを指し、これは、核酸鋳型鎖に相補的なプライマー伸長産物の合成が誘導される条件下に（例えば、ヌクレオチド、及びＤＮＡポリメラーゼなどの誘導物質の存在下に、かつ好適な温度及びｐＨに）置かれる場合、合成の開始点として機能することができる。プライマーは、増幅の効率を最大にするために一本鎖であることが好ましいが、代わりに二本鎖であってもよい。二本鎖の場合、プライマーは、まずその鎖を分離するために処理され、その後伸長産物の調製に使用される。好ましくは、プライマーは、オリゴデオキシリボヌクレオチドである。プライマーは、誘導物質の存在下で伸長産物の合成をプライムするのに十分な長さでなければならない。プライマーの厳密な長さは、温度、プライマー供給源、及び方法の使用をはじめとする、多数の因子に依存することになる。
「プローブ」という用語は、精製された制限消化物と同様に天然に生じるか、または合成により、組換えにより、もしくはＰＣＲ増幅により生成されるかのいずれかであるオリゴヌクレオチド（例えば、ヌクレオチドの配列）を指し、これは目的の別のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる。プローブは、一本鎖または二本鎖であってよい。プローブは、特定の遺伝子配列の検出、同定、及び単離に有用である（例えば、「捕捉プローブ」）。本発明で使用されるいずれのプローブも、いくつかの実施形態において、任意の「レポーター分子」で標識することができ、その結果、酵素（例えば、ＥＬＩＳＡ、及び酵素ベースの組織化学アッセイ）、蛍光、放射性、ならびに発光システムを含むがこれらに限定されない任意の検出システムで検出可能であることが企図される。これは、本発明がいずれかの特定の検出システムまたは標識に限定されることを意図するものではない。
「標的」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、プローブ結合、増幅、単離、捕捉などによって他の核酸から選別されることが求められる核酸を指す。例えば、ポリメラーゼ連鎖反応に関して使用される場合、「標的」は、ポリメラーゼ連鎖反応に使用されるプライマーによって結合された核酸の領域を指す一方で、標的ＤＮＡが増幅されないアッセイに使用される場合、例えば、侵入切断アッセイのいくつかの実施形態では、標的は、プローブ及び侵入オリゴヌクレオチド（例えば、ＩＮＶＡＤＥＲオリゴヌクレオチド）が結合して侵入切断構造を形成する部位を含み、これにより、標的核酸の存在を検出することができる。「セグメント」は、標的配列内の核酸の領域として定義される。
本明細書で使用される場合、「メチル化」は、シトシンのＣ５位もしくはＮ４位でのシトシンメチル化、アデニンのＮ６位、または他のタイプの核酸メチル化を指す。ｉｎ ｖｉｔｒｏ増幅ＤＮＡは、典型的なｉｎ ｖｉｔｒｏ ＤＮＡ増幅法が増幅鋳型のメチル化パターンを保持しないため、通常メチル化されない。ただし、「非メチル化ＤＮＡ」または「メチル化ＤＮＡ」はまた、元の鋳型がメチル化されていなかった増幅ＤＮＡ、または元の鋳型がメチル化されていた増幅ＤＮＡもそれぞれ指し得る。
したがって、本明細書で使用される場合、「メチル化ヌクレオチド」または「メチル化ヌクレオチド塩基」は、ヌクレオチド塩基上のメチル部分の存在を指し、メチル部分は、認識されている典型的なヌクレオチド塩基中には存在しない。例えば、シトシンは、そのピリミジン環上にメチル部分を含有しないが、５－メチルシトシンは、そのピリミジン環の５位にメチル部分を含有する。したがって、シトシンはメチル化ヌクレオチドではなく、５－メチルシトシンはメチル化ヌクレオチドである。別の例では、チミンは、そのピリミジン環の５位にメチル部分を含有するが、チミンはＤＮＡの典型的なヌクレオチド塩基であるため、本明細書の目的において、ＤＮＡ中に存在する場合にチミンはメチル化ヌクレオチドであるとは見なされない。
本明細書で使用される場合、「メチル化核酸分子」は、１つ以上のメチル化ヌクレオチドを含有する核酸分子を指す。
本明細書で使用される場合、核酸分子の「メチル化状態」、「メチル化プロファイル」、及び「メチル化状況」は、核酸分子中の１つ以上のメチル化ヌクレオチド塩基の存在または欠如を指す。例えば、メチル化シトシンを含有する核酸分子は、メチル化されていると見なされる（例えば、核酸分子のメチル化状態は、メチル化されている）。メチル化ヌクレオチドを一切含有しない核酸分子は、メチル化されていないと見なされる。
特定の核酸配列（例えば、本明細書に記載の遺伝子マーカーまたはＤＮＡ領域）のメチル化状態は、配列中の全塩基のメチル化状態を示し得るか、または配列内における塩基のサブセットの（例えば、１つ以上のシトシンの）メチル化状態を示し得るか、またはメチル化が生じる配列内の正確な位置情報を提供しながら、もしくは提供せずに、配列内の局所的メチル化密度に関する情報を示し得る。
核酸分子中のヌクレオチド遺伝子座のメチル化状態は、核酸分子における特定の遺伝子座のメチル化ヌクレオチドの存在または欠如を指す。例えば、核酸分子中の７番目のヌクレオチドにおけるシトシンのメチル化状態は、核酸分子中の７番目のヌクレオチドに存在するヌクレオチドが５－メチルシトシンである場合に、メチル化されている。同様に、核酸分子中の７番目のヌクレオチドにおけるシトシンのメチル化状態は、核酸分子中の７番目のヌクレオチドに存在するヌクレオチドがシトシンである（かつ５－メチルシトシンではない）場合には、メチル化されていない。
メチル化状況は、任意選択的に「メチル化値」（例えば、メチル化頻度、割合、比、パーセントなどを表す）によって表すかまたは示すことができる。メチル化値は、例えば、メチル化依存性制限酵素を用いた制限消化後に存在するインタクトな核酸量を定量することによって、またはバイサルファイト反応後の増幅プロファイルを比較することによって、またはバイサルファイト処理及び未処理核酸の配列を比較することによって生成することができる。したがって、値、例えば、メチル化値は、メチル化状況を表し、これにより遺伝子座の複数のコピーにわたりメチル化状況の定量的指標として使用することができる。これは、試料中の配列のメチル化状況を閾値または参照値と比較することが望ましい場合の、特定の用途である。
本明細書で使用される場合、「メチル化頻度」または「メチル化パーセント（％）」は、分子または遺伝子座がメチル化されていない事例の数と比較した、分子または遺伝子座がメチル化されている事例の数を指す。
したがって、メチル化状態は、核酸（例えば、ゲノム配列）のメチル化の状態を表す。さらに、メチル化状態は、メチル化に関連する特定のゲノム遺伝子座における核酸セグメントの特徴を指す。そのような特徴としては、このＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基のいずれかがメチル化されるか否か、メチル化Ｃ残基（複数可）の位置、核酸の任意の特定領域全体にわたるメチル化Ｃの頻度またはパーセンテージ、及び例えば、対立遺伝子の起源の差に起因するメチル化の対立遺伝子差が挙げられるが、これらに限定されない。「メチル化状態」、「メチル化プロファイル」、及び「メチル化状況」という用語はまた、生体試料中の核酸の任意の特定領域全体にわたるメチル化Ｃまたは非メチル化Ｃの相対濃度、絶対濃度、またはパターンを指す。例えば、核酸配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）がメチル化されている場合、それは「高メチル化」または「メチル化の増加」を有すると称される場合があり、一方、ＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）がメチル化されていない場合、それは「低メチル化」または「メチル化の低下」を有すると称される場合がある。同様に、核酸配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）が、別の核酸配列（例えば、異なる領域の、または異なる個体からなどの）と比較してメチル化されている場合、その配列は、他の核酸配列と比較して高メチル化またはメチル化の増加を有すると見なされる。あるいは、ＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）が、別の核酸配列（例えば、異なる領域の、または異なる個体からなどの）と比較してメチル化されていない場合、その配列は、他の核酸配列と比較して低メチル化またはメチル化の低下を有すると見なされる。さらに、本明細書で使用される場合、「メチル化パターン」という用語は、核酸のある領域にわたるメチル化及び非メチル化ヌクレオチドの集合部位を指す。２つの核酸は、メチル化及び非メチル化ヌクレオチドの数が領域全体にわたって同じまたは類似しているがメチル化及び非メチル化ヌクレオチドの位置が異なる場合、同じまたは類似したメチル化頻度またはメチル化パーセントを有し得るが、異なるメチル化パターンを有し得る。配列は、それらがメチル化の程度（例えば、一方が他方と比較してメチル化の増加または低下を有する）、頻度、またはパターンが異なる場合、「可変メチル化」であると、または「メチル化の差」を有すると、または「異なるメチル化状態」を有すると言われる。「可変メチル化」という用語は、がん陰性試料中の核酸メチル化のレベルまたはパターンと比較した場合の、がん陽性試料中の核酸メチル化のレベルまたはパターンの差を指す。それはまた、手術後にがんが再発した患者と再発していない患者との間のレベルまたはパターンの差を指す場合もある。可変メチル化及びＤＮＡメチル化の特定のレベルまたはパターンは、例えば、正確なカットオフまたは予測特性が定義された後は、予後及び予測バイオマーカーである。
メチル化状態頻度を使用して、個体集団または単一個体に由来する試料を記述することができる。例えば、５０％のメチル化状態頻度を有するヌクレオチド遺伝子座は、５０％の事例においてメチル化されており、５０％の事例においてメチル化されていない。そのような頻度は、例えば、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域が、個体集団または核酸集合体中でメチル化される程度について記述するために使用することができる。したがって、核酸分子の第１集団またはプール中のメチル化が、核酸分子の第２集団またはプール中のメチル化とは異なる場合、第１集団またはプールのメチル化状態頻度は、第２集団またはプールのメチル化状態頻度とは異なることになる。そのような頻度はまた、例えば、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域が単一個体中でメチル化される程度を記述するために使用することができる。例えば、そのような頻度を使用して、組織試料からの細胞群がヌクレオチド遺伝子座または核酸領域でメチル化されている程度、またはメチル化されていない程度を記述することができる。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド遺伝子座」は、核酸分子中のヌクレオチドの位置を指す。メチル化ヌクレオチドのヌクレオチド遺伝子座は、核酸分子中のメチル化ヌクレオチドの位置を指す。
通常、ヒトＤＮＡのメチル化は、シトシンがグアニンの５’に位置している、隣接するグアニン及びシトシンを含むジヌクレオチド配列（ＣｐＧジヌクレオチド配列とも称される）上で生じる。ＣｐＧジヌクレオチド内のシトシンの多くはヒトゲノム中でメチル化されているが、いくつかは、ＣｐＧアイランドとして知られる特定のＣｐＧジヌクレオチドリッチゲノム領域中でメチル化されないままである（例えば、Ａｎｔｅｑｕｅｒａ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｃｅｌｌ ６２：５０３－５１４を参照されたい）。
本明細書で使用される場合、「ＣｐＧアイランド」は、全ゲノムＤＮＡと比較して増加した数のＣｐＧジヌクレオチドを含有するゲノムＤＮＡのＧ：Ｃリッチ領域を指す。ＣｐＧアイランドは、少なくとも１００、２００、またはそれを超える塩基対長であり得、この場合、領域のＧ：Ｃ含量は少なくとも５０％であり、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度の比は０．６であり、場合によっては、ＣｐＧアイランドは、少なくとも５００塩基対長であり得、この場合、領域のＧ：Ｃ含量は少なくとも５５％であり、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度の比は０．６５である。予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度は、Ｇａｒｄｉｎｅｒ－Ｇａｒｄｅｎ ｅｔ ａｌ（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：２６１－２８１で提供される方法に従って算出することができる。例えば、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度は、式Ｒ＝（Ａ×Ｂ）／（Ｃ×Ｄ）に従って算出することができ、式中、Ｒは、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度の比であり、Ａは、分析された配列中のＣｐＧジヌクレオチド数であり、Ｂは、分析された配列中のヌクレオチドの総数であり、Ｃは、分析された配列中のＣヌクレオチドの総数であり、Ｄは、分析された配列中のＧヌクレオチドの総数である。メチル化状態は通常、ＣｐＧアイランド中で、例えば、プロモーター領域で判定される。しかしながら、ヒトゲノム中の他の配列が、ＣｐＡ及びＣｐＴなどのＤＮＡメチル化の傾向があることが理解されるであろう（Ｒａｍｓａｈｏｙｅ（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９７：５２３７－５２４２、Ｓａｌｍｏｎ ａｎｄ Ｋａｙｅ（１９７０）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．２０４：３４０－３５１、Ｇｒａｆｓｔｒｏｍ（１９８５）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１３：２８２７－２８４２、Ｎｙｃｅ（１９８６）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：４３５３－４３６７、Ｗｏｏｄｃｏｃｋ（１９８７）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１４５：８８８－８９４を参照されたい）。
本明細書で使用される場合、「メチル化特異的試薬」は、核酸分子のメチル化状態に応じて核酸分子のヌクレオチドを修飾する試薬を指すか、またはメチル化特異的試薬は、核酸分子のメチル化状態を反映する形で核酸分子のヌクレオチド配列を変化させ得る化合物もしくは組成物もしくは他の薬剤を指す。核酸分子をそのような試薬で処理する方法は、核酸分子を試薬と接触させ、所望であれば追加のステップに連結させて、ヌクレオチド配列の所望の変化を達成することを含み得る。そのような方法は、非メチル化ヌクレオチド（例えば、各非メチル化シトシン）が、異なるヌクレオチドへと修飾される形で適用され得る。例えば、いくつかの実施形態では、そのような試薬は、非メチル化シトシンヌクレオチドを脱アミノ化してデオキシウラシル残基を生成することができる。そのような試薬の例には、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬が含まれるが、これらに限定されない。
メチル化特異的試薬による核酸ヌクレオチド配列の変化はまた、各メチル化ヌクレオチドが異なるヌクレオチドへと修飾される核酸分子をもたらし得る。
「メチル化アッセイ」という用語は、核酸配列内の１つ以上のＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態を判定するための任意のアッセイを指す。
「ＭＳ ＡＰ－ＰＣＲ」（メチル化感受性任意プライムポリメラーゼ連鎖反応）という用語は、ＣＧリッチプライマーを使用してゲノムを全スキャンし、ＣｐＧジヌクレオチドを含有する可能性が最も高い領域に集中することを可能にする、当該技術分野において認識されている技術を指し、Ｇｏｎｚａｌｇｏ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５７：５９４－５９９によって記載されている。
「ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」という用語は、Ｅａｄｓ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０２－２３０６によって記載されている、当該技術分野において認識されている蛍光ベースのリアルタイムＰＣＲ技術を指す。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）」という用語は、アッセイであって、増幅プライマー間のＣｐＧ位置をカバーする、または増幅プライマーによってカバーされるメチル化特異的ブロッキングプローブ（本明細書ではブロッカーとも称される）が、核酸試料のメチル化特異的選択的増幅を可能にするアッセイを指す。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」アッセイという用語は、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイを指し、これはＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイの変形であり、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイが、増幅プライマー間のＣｐＧ位置をカバーするメチル化特異的ブロッキングプローブと組み合わされる。
「Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ」（メチル化感受性単一ヌクレオチドプライマー伸長）という用語は、Ｇｏｎｚａｌｇｏ ＆ Ｊｏｎｅｓ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－２５３１によって記載されている当該技術分野において認識されているアッセイを指す。
「ＭＳＰ」（メチル化特異的ＰＣＲ）という用語は、Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６によって、及び米国特許第５，７８６，１４６号によって記載されている当該技術分野において認識されているメチル化アッセイを指す。
「ＣＯＢＲＡ」（複合バイサルファイト制限分析）という用語は、Ｘｉｏｎｇ ＆ Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４によって記載されている当該技術分野において認識されているメチル化アッセイを指す。
「ＭＣＡ」（メチル化ＣｐＧアイランド増幅）という用語は、Ｔｏｙｏｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０７－１２によって、及びＷＯ００／２６４０１Ａ１に記載されているメチル化アッセイを指す。
本明細書で使用される場合、「選択されたヌクレオチド」は、核酸分子（ＤＮＡについてはＣ、Ｇ、Ｔ、及びＡ、ＲＮＡについてはＣ、Ｇ、Ｕ、及びＡ）において通常存在する４つのヌクレオチドのうちの１つのヌクレオチドを指し、通常存在するヌクレオチドのメチル化誘導体を含み得（例えば、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、メチル化Ｃ及び非メチル化Ｃの両方が、選択されたヌクレオチドの意味に含まれる）、一方、メチル化された選択されたヌクレオチドは、メチル化された通常存在するヌクレオチドを特に指し、メチル化されていない選択されたヌクレオチドは、メチル化されていない通常存在するヌクレオチドを特に指す。
「メチル化特異的制限酵素」という用語は、その認識部位のメチル化状態に依存する核酸を選択的に消化する制限酵素を指す。認識部位がメチル化されていないかまたはヘミメチル化されている場合に特異的に切断する制限酵素（メチル化感受性酵素）の場合、認識部位が一方または両方の鎖上でメチル化されている場合、切断は行われない（または著しく低下した効率で行われる）。認識部位がメチル化されている場合に限り特異的に切断する制限酵素（メチル化依存性酵素）の場合、認識部位がメチル化されていない場合、切断は行われない（または著しく低下した効率で行われることになる）。メチル化特異的制限酵素が好ましく、その認識配列は、ＣＧジヌクレオチド（例えば、ＣＧＣＧまたはＣＣＣＧＧＧなどの認識配列）を含有する。いくつかの実施形態にさらに好ましいのは、このジヌクレオチド中のシトシンが炭素原子Ｃ５でメチル化される場合には切断しない制限酵素である。
本明細書で使用される場合、「異なるヌクレオチド」は、選択されたヌクレオチドとは化学的に異なるヌクレオチドを指し、通常、その結果、異なるヌクレオチドが、選択されたヌクレオチドとは異なるワトソン－クリック塩基対合特性を有するため、選択されたヌクレオチドに相補的な通常存在するヌクレオチドは、異なるヌクレオチドに相補的な通常存在するヌクレオチドと同じではない。例えば、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、ＵまたはＴは異なるヌクレオチドであり得、これはＣのＧに対する相補性及びＵまたはＴのＡに対する相補性によって例示される。本明細書で使用される場合、選択されたヌクレオチドに相補的な、または異なるヌクレオチドに相補的なヌクレオチドは、高ストリンジェンシー条件下で、４つの通常存在するヌクレオチドのうちの３つとの相補的ヌクレオチドの塩基対合よりも高い親和性で、選択されたヌクレオチドまたは異なるヌクレオチドと塩基対合するヌクレオチドを指す。相補性の一例は、ＤＮＡ（例えば、Ａ－Ｔ及びＣ－Ｇ）ならびにＲＮＡ（例えば、Ａ－Ｕ及びＣ－Ｇ）のワトソン－クリック塩基対合である。したがって、例えば、Ｇは、高ストリンジェンシー条件下で、ＧがＧ、Ａ、またはＴと塩基対合するよりも高い親和性でＣと塩基対合し、このため、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、Ｇは、選択されたヌクレオチドに相補的なヌクレオチドである。
本明細書で使用される場合、所与のマーカー（または共に使用されるマーカーのセット）の「感度」は、腫瘍性試料と非腫瘍性試料とを区別する閾値を超えるＤＮＡメチル化値を報告する試料のパーセンテージを指す。いくつかの実施形態では、陽性は、閾値を超えるＤＮＡメチル化値（例えば、疾患と関連する範囲）を報告する組織学的に確認された新生物形成として定義され、偽陰性は、閾値未満のＤＮＡメチル化値（例えば、疾患と関連しない範囲）を報告する組織学的に確認された新生物形成として定義される。したがって、感度の値は、既知の罹患試料から得られた所与のマーカーのＤＮＡメチル化測定値が、疾患関連測定値の範囲内にあるであろう確率を反映する。本明細書で定義される場合、算出された感度値の臨床的関連性は、所与のマーカーが臨床状態を有する対象に適用される場合、その臨床状態の存在を検出する確率の推定を表す。
本明細書で使用される場合、所与のマーカー（または共に使用されるマーカーのセット）の「特異性」は、腫瘍性試料と非腫瘍性試料とを区別する閾値未満のＤＮＡメチル化値を報告する非腫瘍性試料のパーセンテージを指す。いくつかの実施形態では、陰性は、閾値未満のＤＮＡメチル化値（例えば、疾患と関連しない範囲）を報告する組織学的に確認された非腫瘍性試料として定義され、偽陽性は、閾値を超えるＤＮＡメチル化値（例えば、疾患と関連する範囲）を報告する組織学的に確認された非腫瘍性試料として定義される。したがって、特異性の値は、既知の非腫瘍性試料から得られた所与のマーカーのＤＮＡメチル化測定値が、非疾患関連測定値の範囲内にあるであろう確率を反映する。本明細書で定義される場合、算出された特異性値の臨床的関連性は、所与のマーカーが臨床状態を有しない患者に適用される場合、その臨床状態の欠如を検出する確率の推定を表す。
「ＡＵＣ」という用語は、本明細書で使用される場合、「曲線下面積」の略称である。特に、ＡＵＣは、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線下面積を指す。ＲＯＣ曲線は、診断試験の考えられる様々なカットポイントの、偽陽性率に対する真陽性率のプロットである。ＲＯＣ曲線は、選択されたカットポイントに応じた感度と特異性との間のトレードオフを示す（感度のあらゆる上昇は、特異性の低下を伴うことになる）。ＲＯＣ曲線下面積（ＡＵＣ）は、診断試験の精度の尺度である（面積が大きいほどより良好であり、１が最適であり、ランダム試験は対角線上に位置するＲＯＣ曲線を有し、面積は０．５である。参照：Ｊ．Ｐ．Ｅｇａｎ．（１９７５）Ｓｉｇｎａｌ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ ＲＯＣ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）。
「新生物」という用語は、本明細書で使用される場合、組織のあらゆる新規の異常増殖を指す。したがって、新生物は、前悪性新生物または悪性新生物であり得る。
「新生物特異的マーカー」という用語は、本明細書で使用される場合、新生物の存在を示すために使用され得る任意の生体物質または要素を指す。生体物質の例としては、核酸、ポリペプチド、炭水化物、脂肪酸、細胞成分（例えば、細胞膜及びミトコンドリア）、ならびに全細胞が挙げられるが、これらに限定されない。場合によっては、マーカーは、特定の核酸領域（例えば、遺伝子、遺伝子内領域、特定の遺伝子座など）である。マーカーである核酸の領域は、例えば、「マーカー遺伝子」、「マーカー領域」、「マーカー配列」、「マーカー遺伝子座」などと称される場合がある。
本明細書で使用される場合、「腺腫」という用語は、腺起源の良性腫瘍を指す。これらの増殖は良性であるが、経時的にそれらは進行して悪性となるおそれがある。
「前癌性」または「前腫瘍性」という用語及びそれらの等価物は、悪性転換を経ている任意の細胞増殖性障害を指す。
新生物、腺腫、がんなどの「部位」は、新生物、腺腫、がんなどが位置している対象の身体中の組織、器官、細胞タイプ、解剖学的領域、身体部位などである。
本明細書で使用される場合、「診断」試験の適用には、対象の疾患状態（ｓｔａｔｅ）または状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の検出または同定、対象が所与の疾患または状態に罹患する可能性を判定すること、疾患または状態を有する対象が療法に応答する可能性を判定すること、疾患または状態を有する対象の予後（またはその進行もしくは後退の可能性）を判定すること、及び疾患または状態を有する対象に対する治療の効果を判定することが含まれる。例えば、診断は、新生物に罹患している対象の存在もしくは可能性、またはそのような対象が化合物（例えば、医薬、例えば、薬物）もしくは他の治療に好都合に応答する可能性を検出するために使用され得る。
「単離された」という用語は、「単離されたオリゴヌクレオチド」のように核酸に関して使用される場合、その天然源中で通常付随する少なくとも１つの混入核酸から同定され分離される核酸配列を指す。単離された核酸は、それが天然に見出されるものとは異なる形態または状況で存在する。対照的に、ＤＮＡ及びＲＮＡなどの単離されていない核酸は、それらが天然に存在する状態で見出される。単離されていない核酸の例としては、隣接する遺伝子に近接する宿主細胞染色体上で見出される所与のＤＮＡ配列（例えば、遺伝子）、ＲＮＡ配列、例えば、多数のタンパク質をコードする多数の他のｍＲＮＡとの混合物として細胞中に見出される、特定のタンパク質をコードする特定のｍＲＮＡ配列などが挙げられる。しかしながら、特定のタンパク質をコードする単離された核酸としては、例として、そのタンパク質を通常発現する細胞中のそのような核酸が挙げられ、この場合、核酸は、天然細胞の染色体位置とは異なる染色体位置に存在するか、またはさもなければ、天然に見出されるものとは異なる核酸配列に隣接している。単離された核酸またはオリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖形態で存在し得る。単離された核酸またはオリゴヌクレオチドがタンパク質を発現するために利用される場合、このオリゴヌクレオチドは、センス鎖またはコード鎖を最低限含む（すなわち、オリゴヌクレオチドは一本鎖であってよい）が、センス鎖及びアンチセンス鎖の両方を含んでもよい（すなわち、オリゴヌクレオチドは二本鎖であってもよい）。単離された核酸は、その天然の、または通常の環境からの単離後、他の核酸または分子と組み合わされ得る。例えば、単離された核酸は、宿主細胞中に存在する場合があり、それは例えば、異種発現のためにそこに配置されている。
「精製された」という用語は、核酸またはアミノ酸配列のいずれかの分子であって、これらの自然環境から除去されたか、単離されたか、または分離された分子を指す。したがって、「単離された核酸配列」は、精製された核酸配列であり得る。「実質的に精製された」分子は、それらが自然に付随している他の成分を少なくとも６０％含まず、好ましくは少なくとも７５％含まず、より好ましくは少なくとも９０％含まない。本明細書で使用される場合、「精製された」または「精製するための」という用語はまた、試料からの混入物の除去も指す。混入タンパク質の除去により、試料中の目的のポリペプチドまたは核酸のパーセントが上昇する。別の例では、組換えポリペプチドが、植物、細菌、酵母、または哺乳動物宿主細胞中で発現され、このポリペプチドが、宿主細胞タンパク質の除去により精製され、それにより組換えポリペプチドのパーセントが試料中で上昇する。
所与のポリヌクレオチド配列またはポリペプチド「を含む組成物」という用語は、所与のポリヌクレオチド配列またはポリペプチドを含有する任意の組成物を広く指す。組成物は、塩（例えば、ＮａＣｌ）、界面活性剤（例えば、ＳＤＳ）、及び他の成分（例えば、デンハルト液、粉乳、サケ精子ＤＮＡなど）を含有する水溶液を含み得る。
「試料」という用語は、その最も広義に使用される。ある意味では、試料は動物細胞または組織を指し得る。別の意味では、試料は、任意の供給源から得られた標本または培養物、ならびに生体試料及び環境試料を指す。生体試料は、植物または動物（ヒトを含む）から得ることができ、流体、固体、組織、及び気体を包含する。環境試料には、表面物質、土壌、水、及び工業試料などの環境物質が含まれる。これらの例は、本発明に適用可能な試料のタイプを限定すると解釈されるべきではない。
本明細書で使用される場合、「遠隔試料」は、いくつかの文脈で使用される場合、試料の細胞、組織、または器官の供給源ではない部位から間接的に回収される試料に関する。
本明細書で使用される場合、「患者」または「対象」という用語は、本技術によって提供される様々な試験に供される生物を指す。「対象」という用語は、動物、好ましくはヒトを含む哺乳動物を含む。好ましい実施形態では、対象は霊長類である。より一層好ましい実施形態では、対象はヒトである。さらに診断方法に関して、好ましい対象は、脊椎動物対象である。好ましい脊椎動物は温血であり、好ましい温血脊椎動物は哺乳動物である。好ましい哺乳動物は、最も好ましくはヒトである。本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒト及び動物対象の両方を含む。したがって、獣医学的な治療的使用が本明細書で提供される。したがって、本技術により、ヒトなどの哺乳動物、加えてアムールトラなどの絶滅の危機に瀕しているために重要である哺乳動物、ヒトによる消費のために農場で飼育されている動物などの経済的に重要である哺乳動物、及び／またはペットとして、もしくは動物園で飼育されている動物などのヒトにとって社会的に重要である動物などの診断が可能となる。そのような動物の例としては、ネコ及びイヌなどの肉食動物；ブタ（ｐｉｇ）、雄ブタ、及びイノシシを含むブタ（ｓｗｉｎｅ）；ウシ、雄ウシ、ヒツジ、キリン、シカ、ヤギ、バイソン、及びラクダなどの反芻動物及び／または有蹄動物；鰭脚類；ならびにウマが挙げられるが、これらに限定されない。したがって、家畜化されたブタ、反芻動物、有蹄動物、ウマ（競走馬を含む）などを含むがこれらに限定されない家畜の診断及び治療が、さらに提供される。本明細書で開示される主題は、対象の肺癌を診断するためのシステムをさらに含む。このシステムは、例えば、生体試料が回収されている対象における肺癌リスクについてスクリーニングするために、または肺癌を診断するために使用され得る、市販のキットとして提供され得る。本技術に従って提供される例示的なシステムは、本明細書に記載のマーカーのメチル化状態を評価することを含む。
本明細書で使用される場合、「キット」という用語は、物質を送達するための任意の送達システムを指す。反応アッセイとの関連において、そのような送達システムは、ある位置から別の位置への反応試薬（例えば、適切な容器中のオリゴヌクレオチド、酵素など）及び／または支持物質（例えば、緩衝液、アッセイを実施するための書面による説明書など）の保管、輸送、または送達を可能にするシステムを含む。例えば、キットには、関連する反応試薬及び／または支持物質を含有する１つ以上の封入容器（例えば、箱）が含まれる。本明細書で使用される場合、「細分化キット」という用語は、２つ以上の別個の容器を含み、その各々がキットの全構成要素の小部分を含有する、送達システムを指す。この容器は、一緒にまたは別々に目的のレシピエントに送達されてもよい。例えば、第１の容器は、アッセイで使用するための酵素を含有し得、一方で第２の容器は、オリゴヌクレオチドを含有する。「細分化キット」という用語は、連邦食品医薬品化粧品法のセクション５２０（ｅ）の下で規制される分析物特異的試薬（ＡＳＲ）を含有するキットを包含することを意図するが、これに限定されない。実際、２つ以上の別個の容器を含み、その各々がキットの全構成要素の小部分を含有する任意の送達システムが、「細分化キット」という用語に含まれる。対照的に、「複合キット」は、反応アッセイの全ての構成要素を単一容器中に（例えば、所望の構成要素の各々を収容する単一の箱中に）含有する送達システムを指す。「キット」という用語は、細分化キット及び複合キットの両方を含む。
本明細書で使用される場合、「情報」という用語は、事実またはデータの任意の集合を指す。インターネットを含むがこれに限定されないコンピュータシステム（複数可）を使用して保存または処理される情報に関して、この用語は、任意の形式（例えば、アナログ、デジタル、光学的など）で保存される任意のデータを指す。本明細書で使用される場合、「対象に関連する情報」という用語は、対象（例えば、ヒト、植物、または動物）に関する事実またはデータを指す。「ゲノム情報」という用語は、核酸配列、遺伝子、メチル化パーセンテージ、対立遺伝子頻度、ＲＮＡ発現レベル、タンパク質発現、遺伝子型に関連する表現型などを含むがこれらに限定されない、ゲノムに関する情報を指す。「対立遺伝子頻度情報」は、対立遺伝子識別情報、対立遺伝子の存在と対象（例えば、ヒト対象）の特徴との間の統計的相関、個体または集団における対立遺伝子の存在または欠如、１つ以上の特定の特徴を有する個体中に存在する対立遺伝子のパーセンテージ尤度などを含むがこれらに限定されない、対立遺伝子頻度に関する事実またはデータを指す。
詳細な説明
様々な実施形態のこの詳細な説明において、説明のために、多数の具体的な詳細が、開示される実施形態の完全な理解を提供するために記載される。しかしながら、当業者は、これらの様々な実施形態が、これらの具体的な詳細の有無にかかわらず実施され得ることを理解するであろう。他の場合では、構造及び機構は、ブロック図形式で示される。さらに、当業者は、方法が提示かつ実施される特定の順序は例示的なものであると容易に理解することができ、また、順序は変更することができるが、依然として本明細書に開示される様々な実施形態の趣旨及び範囲内であることが企図される。
様々な実施形態のこの詳細な説明において、説明のために、多数の具体的な詳細が、開示される実施形態の完全な理解を提供するために記載される。しかしながら、当業者は、これらの様々な実施形態が、これらの具体的な詳細の有無にかかわらず実施され得ることを理解するであろう。他の場合では、構造及び機構は、ブロック図形式で示される。さらに、当業者は、方法が提示かつ実施される特定の順序は例示的なものであると容易に理解することができ、また、順序は変更することができるが、依然として本明細書に開示される様々な実施形態の趣旨及び範囲内であることが企図される。
本明細書で提供されるのは、ＥＣスクリーニングのための技術であり、限定するものではないが、特に、ＥＣ及び／またはＥＣの特定の形態（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）の存在を検出するための方法、組成物、及び関連用途である。本技術が本明細書に記載される場合、使用されるセクションの見出しは構成目的のみのものであり、いかなる意味においても主題を限定すると解釈されるべきではない。
実際、実施例１、２及び３に記載されるように、本発明に関する実施形態を明らかにする過程中に実施された実験により、子宮内膜由来のＤＮＡのがんを非腫瘍性対照ＤＮＡと識別するための４９９箇所の可変メチル化領域（ＤＭＲ）の新規セットが同定された。これらの４９９個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験により、様々なタイプのＥＣと正常子宮内膜組織とを区別することができるマーカーが同定された。例えば、１）ＥＣと正常子宮内膜組織、２）明細胞ＥＣと正常子宮内膜組織、３）漿液性ＥＣと正常子宮内膜組織、４）癌肉腫ＥＣと正常子宮内膜組織、及び５）類内膜ＥＣと正常子宮内膜組織とを区別することができるＤＭＲの個々のセットが同定された。
本明細書における開示は、ある特定の例示された実施形態を指すが、これらの実施形態は例として提示されているものであり、限定のためではないと理解されるべきである。
特定の態様では、本技術は、ＥＣなどのがんを同定、判定、及び／または分類するための組成物及び方法を提供する。この方法は、対象から単離された生体試料（例えば、糞便試料、子宮内膜組織試料、血漿試料）中の少なくとも１つのメチル化マーカーのメチル化状況を判定することを含み、マーカーのメチル化状態の変化は、ＥＣの存在、クラス、または部位を示している。特定の実施形態は、ＥＣ及び様々なタイプのＥＣ（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）の診断（例えば、スクリーニング）に使用される可変メチル化領域（ＤＭＲ、例えば、ＤＭＲ１～４９９、表１、表８及び表２１を参照されたい）を含むマーカーに関する。
本明細書で提供され、表１、表８及び表２１に示されるＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ、例えば、ＤＭＲ１～４９９）を含む少なくとも１つのマーカー、マーカーの領域、またはマーカーの塩基のメチル化分析が分析される実施形態に加えて、本技術はまた、がん、特にＥＣの検出に有用なＤＭＲを含む少なくとも１つのマーカー、マーカーの領域、またはマーカーの塩基を含むマーカーのパネルも提供する。
本技術のいくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む少なくとも１つのマーカー、マーカーの領域、またはマーカーの塩基のＣｐＧメチル化状況の分析に基づく。
いくつかの実施形態では、本技術は、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）を１つ以上のメチル化アッセイと組み合わせて使用して、ＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ１～４９９、表１、表８及び表２１を参照されたい）を含む少なくとも１つのマーカー内のＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状況を判定することを可能にする。ゲノムＣｐＧジヌクレオチドは、メチル化または非メチル化され得る（あるいは、それぞれ上方メチル化（ｕｐ－ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ）及び下方メチル化（ｄｏｗｎ－ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ）として知られている）。しかしながら、本発明の方法は、遠隔試料（例えば、血液、器官排出物、または糞便）のバックグラウンド内の、不均質な性質の生体試料、例えば、低濃度の腫瘍細胞、またはそれらからの生体物質の分析に適する。したがって、そのような試料内のＣｐＧ位置のメチル化状況を分析する場合、特定のＣｐＧ位置におけるメチル化のレベル（例えば、パーセント、割合、比、比率、または程度）を判定するための定量アッセイを使用することができる。
本技術によれば、ＤＭＲを含むマーカー中のＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状況の判定は、ＥＣなどのがんの診断及び特徴付けの両方に有用である。
マーカーの組み合わせ
いくつかの実施形態では、本技術は、表１、表８及び表２１のＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ番号１～４９９）を含むマーカーの組み合わせのメチル化状態を評価することに関する。いくつかの実施形態では、複数のマーカーのメチル化状態を評価することによって、対象における新生物（例えば、ＥＣ）を同定するためのスクリーニングまたは診断の特異性及び／または感度が向上する。
いくつかの実施形態では、本技術は、表１、表８及び表２１のＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ番号１～４９９）を含むマーカーの組み合わせのメチル化状態を評価することに関する。いくつかの実施形態では、複数のマーカーのメチル化状態を評価することによって、対象における新生物（例えば、ＥＣ）を同定するためのスクリーニングまたは診断の特異性及び／または感度が向上する。
様々ながんは、例えば、予測の特異性及び感度に関する統計的技術によって同定されるように、マーカーの様々な組み合わせによって予測される。本技術は、いくつかのがんに関する予測組み合わせ及び検証された予測組み合わせを同定するための方法を提供する。
メチル化状態をアッセイするための方法
特定の実施形態では、５－メチルシトシンの存在について核酸を分析する方法は、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬によるＤＮＡの処理を含む。そのような試薬の例には、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬が含まれるが、これらに限定されない。
特定の実施形態では、５－メチルシトシンの存在について核酸を分析する方法は、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬によるＤＮＡの処理を含む。そのような試薬の例には、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬が含まれるが、これらに限定されない。
５－メチルシトシンの存在について核酸を分析するために頻繁に使用される方法は、ＤＮＡ中の５ーメチルシトシンの検出（Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８２７－３１、その全体があらゆる目的のために参照より本明細書に明示的に組み込まれる）またはそれらの多様性の検出に関する、Ｆｒｏｍｍｅｒ，ｅｔ ａｌ．によって記載されているバイサルファイト法に基づく。５－メチルシトシンをマッピングするバイサルファイト法は、シトシンが亜硫酸水素イオン（バイサルファイトとしても知られる）と反応する（ただし５－メチルシトシンは反応しない）という知見に基づく。反応は通常、以下のステップに従って実施される：最初に、シトシンが亜硫酸水素塩と反応し、スルホン化シトシンを形成する。次に、スルホン化反応中間体の自発的脱アミノ化が、スルホン化ウラシルを生じさせる。最後に、スルホン化ウラシルが、アルカリ条件下で脱スルホン化され、ウラシルを形成する。ウラシルがアデニンと塩基対合する（このため、チミンのように挙動する）のに対して、５－メチルシトシンはグアニンと塩基対合する（したがって、シトシンのように挙動する）ことから、検出が可能である。これにより、例えば、バイサルファイトゲノムシーケンシング（Ｇｒｉｇｇ Ｇ，＆ Ｃｌａｒｋ Ｓ，Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ（１９９４）１６：４３１－３６、Ｇｒｉｇｇ Ｇ，ＤＮＡ Ｓｅｑ．（１９９６）６：１８９－９８）、例えば、米国特許第５，７８６，１４６号に開示されているメチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）によって、または配列特異的プローブ切断を含むアッセイ、例えば、ＱｕＡＲＴＳフラップエンドヌクレアーゼアッセイ（例えば、Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ．（２０１０）“Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ ｍａｒｋｅｒｓ ｗｉｔｈ ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ” Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ ５６：Ａ１９９、ならびに米国特許第８，３６１，７２０号、同第８，７１５，９３７号、同第８，９１６，３４４号、及び同第９，２１２，３９２号を参照されたい）を使用することによって、メチル化シトシンと非メチル化シトシンとの識別が可能となる。
いくつかの従来技術は、分析対象のＤＮＡをアガロースマトリックスに封入し、それによりＤＮＡの拡散及び復元を防止し（バイサルファイトは一本鎖ＤＮＡのみと反応する）、高速透析により沈殿及び精製ステップを代替することを含む方法に関する（Ｏｌｅｋ Ａ，ｅｔ ａｌ．（１９９６）“Ａ ｍｏｄｉｆｉｅｄ ａｎｄ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ ｂａｓｅｄ ｃｙｔｏｓｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ” Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：５０６４－６）。したがって、メチル化状況について個々の細胞を分析し、方法の有用性及び感度を示すことが可能である。５－メチルシトシンを検出するための従来の方法の概要は、Ｒｅｉｎ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２６：２２５５により提供される。
バイサルファイト技術は通常、バイサルファイト処理後に既知の核酸の短い特定の断片を増幅し、次いでシーケンシング（Ｏｌｅｋ ＆ Ｗａｌｔｅｒ（１９９７）Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．１７：２７５－６）またはプライマー伸長反応（Ｇｏｎｚａｌｇｏ ＆ Ｊｏｎｅｓ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－３１、ＷＯ９５／００６６９、米国特許第６，２５１，５９４号）のいずれかによって産物をアッセイし、個々のシトシン位置を分析することを含む。いくつかの方法は、酵素消化を使用する（Ｘｉｏｎｇ ＆ Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－４）。ハイブリダイゼーションによる検出もまた、当該技術分野において記載されている（Ｏｌｅｋ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／２８４９８）。さらに、個々の遺伝子に関するメチル化検出のためのバイサルファイト技術の使用が記載されている（Ｇｒｉｇｇ ＆ Ｃｌａｒｋ（１９９４）Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ １６：４３１－６、Ｚｅｓｃｈｎｉｇｋ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．６：３８７－９５、Ｆｅｉｌ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２：６９５、Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｇｅｎｅ １５７：２６１－４、ＷＯ９７４６７０５、ＷＯ９５１５３７３）。
様々なメチル化アッセイ手順を、本技術によるバイサルファイト処理と併用することができる。これらのアッセイにより、核酸配列内の１つまたは複数のＣｐＧジヌクレオチド（例えば、ＣｐＧアイランド）のメチル化状態を判定することができる。そのようなアッセイは、他の技術の中でも、バイサルファイト処理核酸のシーケンシング、ＰＣＲ（配列特異的増幅に関して）、サザンブロット分析、及びメチル化特異的制限酵素、例えば、メチル化感受性またはメチル化依存性酵素の使用を含む。
例えば、ゲノムシーケンシングは、バイサルファイト処理を使用することによって、メチル化パターン及び５－メチルシトシン分布の分析用に簡略化されている（Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８２７－１８３１）。さらに、バイサルファイト変換ＤＮＡから増幅されたＰＣＲ産物の制限酵素消化は、例えば、Ｓａｄｒｉ ＆ Ｈｏｒｎｓｂｙ（１９９７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：５０５８－５０５９により記載されているような、またはＣＯＢＲＡ（複合バイサルファイト制限分析）（Ｘｉｏｎｇ ＆ Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４）として知られる方法で具体化されているような、メチル化状態の評価に使用される。
ＣＯＢＲＡ（商標）分析は、少量のゲノムＤＮＡで特定の遺伝子座におけるＤＮＡメチル化レベルを判定するのに有用な、定量メチル化アッセイである（Ｘｉｏｎｇ ＆ Ｌａｉｒｄ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４，１９９７）。簡潔に述べると、制限酵素消化は、ナトリウムバイサルファイト処理ＤＮＡのＰＣＲ産物中のメチル化依存性配列差を明らかにするために使用される。メチル化依存性配列差は、まず、Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８２７－１８３１，１９９２）により記載されている手順に従って、標準的なバイサルファイト処理によりゲノムＤＮＡ中に導入される。次いで、バイサルファイト変換ＤＮＡのＰＣＲ増幅を、目的のＣｐＧアイランドに特異的なプライマーを使用して実施し、続いて制限エンドヌクレアーゼ消化、ゲル電気泳動、及び特異的標識ハイブリダイゼーションプローブを使用した検出を行う。元のＤＮＡ試料中のメチル化レベルは、ＤＮＡメチル化レベルの広範囲にわたる直線的な定量手法で、消化されたＰＣＲ産物及び未消化のＰＣＲ産物の相対量によって表される。さらに、この技術は、顕微解剖されたパラフィン包埋組織試料から得られたＤＮＡに確実に適用され得る。
ＣＯＢＲＡ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＣＯＢＲＡ（商標）ベースのキットに見られ得るもの）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、ＤＭＲ、遺伝子の領域、マーカーの領域、バイサルファイト処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー、制限酵素及び適切な緩衝液、遺伝子ハイブリダイゼーションオリゴヌクレオチド、対照ハイブリダイゼーションオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドプローブ用のキナーゼ標識キット、及び標識ヌクレオチドを挙げることができるが、これらに限定されない。さらに、バイサルファイト変換試薬としては、ＤＮＡ変性緩衝液；スルホン化緩衝液；ＤＮＡ回収試薬またはキット（例えば、沈殿、限外濾過、アフィニティーカラム）；脱スルホン化緩衝液；及びＤＮＡ回収成分を挙げることができる。
アッセイ、例えば、「ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」（蛍光ベースリアルタイムＰＣＲ技術）（Ｅａｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０２－２３０６，１９９９）、Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）（メチル化感受性単一ヌクレオチドプライマー伸長）反応（Ｇｏｎｚａｌｇｏ ＆ Ｊｏｎｅｓ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－２５３１，１９９７）、メチル化特異的ＰＣＲ（「ＭＳＰ」、Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６，１９９６、米国特許第５，７８６，１４６号）、及びメチル化ＣｐＧアイランド増幅（「ＭＣＡ」、Ｔｏｙｏｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０７－１２，１９９９）が、単独でまたはこれらの方法のうち１つ以上と組み合わせて使用される。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）」アッセイ技術は、バイサルファイト処理ＤＮＡのメチル化特異的増幅に基づいてメチル化の差を評価する定量法である。増幅プライマー間のＣｐＧ位置をカバーする、または増幅プライマーによってカバーされるメチル化特異的ブロッキングプローブ（「ブロッカー」）は、核酸試料のメチル化特異的選択的増幅を可能にする。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」アッセイという用語は、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイを指し、これはＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイの変形であり、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイが、増幅プライマー間のＣｐＧ位置をカバーするメチル化特異的ブロッキングプローブと組み合わされる。ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）アッセイはまた、メチル化特異的増幅プライマーと組み合わせて使用することができる。
ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）ベースのキットに見られ得るもの）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、バイサルファイト処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランド、またはバイサルファイト処理ＤＮＡ配列もしくはＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー；ブロッキングオリゴヌクレオチド；最適化されたＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド；ならびにＴａｑポリメラーゼを挙げることができるが、これらに限定されない。
ＭＳＰ（メチル化特異的ＰＣＲ）により、メチル化感受性制限酵素の使用とは無関係に、ＣｐＧアイランド内のＣｐＧ部位の実質的に任意の群のメチル化状況を評価することができる（Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６，１９９６、米国特許第５，７８６，１４６号）。簡潔に述べると、ＤＮＡはナトリウムバイサルファイトによって修飾され、これは非メチル化シトシンをウラシルに変換し（ただし、メチル化シトシンは変換しない）、続いて産物が、非メチル化ＤＮＡと比べてメチル化ＤＮＡに特異的なプライマーで増幅される。ＭＳＰは、少量のＤＮＡのみを必要とし、所与のＣｐＧアイランド遺伝子座の０．１％のメチル化対立遺伝子に対して感受性があり、パラフィン包埋試料から抽出されたＤＮＡで実施することができる。ＭＳＰ分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭＳＰベースのキットに見られ得るもの）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、バイサルファイト処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するメチル化及び非メチル化ＰＣＲプライマー；最適化されたＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド、ならびに特異的プローブを挙げることができるが、これらに限定されない。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイは、ＰＣＲステップ後にさらなる操作を必要としない、蛍光ベースのリアルタイムＰＣＲ（例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標））を利用する高スループット定量メチル化アッセイである（Ｅａｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０２－２３０６，１９９９）。簡潔に述べると、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）プロセスは、標準的な手順によって、ナトリウムバイサルファイト反応中にメチル化依存性配列差の混合プールに変換されるゲノムＤＮＡの混合試料から始まる（バイサルファイトプロセスは、非メチル化シトシン残基をウラシルに変換する）。次いで、蛍光ベースのＰＣＲは、例えば、既知のＣｐＧジヌクレオチドにオーバーラップするＰＣＲプライマーを用いて「偏った」反応で実施される。配列の識別は、増幅プロセスのレベル及び蛍光検出プロセスのレベルの両方で行われる。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイは、核酸、例えば、ゲノムＤＮＡ試料中のメチル化パターンの定量試験として使用され、配列の識別は、プローブハイブリダイゼーションのレベルで行われる。定量版では、ＰＣＲ反応により、特定の推定メチル化部位にオーバーラップする蛍光プローブの存在下でメチル化特異的増幅がもたらされる。インプットＤＮＡ量に偏りのない対照は、プライマーもプローブも一切のＣｐＧジヌクレオチドに重なることのない反応によってもたらされる。あるいは、ゲノムメチル化の定性試験は、既知のメチル化部位をカバーしない対照オリゴヌクレオチド（例えば、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）及びＭＳＰ技術の蛍光ベース版）または潜在的なメチル化部位をカバーするオリゴヌクレオチドのいずれかを用いて、偏ったＰＣＲプールをプロービングすることによって行われる。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）プロセスは、任意の適切なプローブ（例えば、「ＴａｑＭａｎ（登録商標）」プローブ、Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブなど）とともに使用される。例えば、いくつかの用途では、二本鎖ゲノムＤＮＡは、ナトリウムバイサルファイトで処理され、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを使用した、例えば、ＭＳＰプライマー及び／またはＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌブロッカーオリゴヌクレオチドならびにＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを用いたＰＣＲ反応の２セットのうちの１セットに供される。ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、蛍光「レポーター」及び「クエンチャー」分子で二重標識され、ＰＣＲサイクルにおいてこのプローブがフォワードまたはリバースプライマーよりも約１０℃高い温度で融解するように、比較的高いＧＣ含量領域に特異的となるように設計されている。このことにより、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、ＰＣＲアニーリング／伸長ステップ中、十分にハイブリダイズし続けることができる。Ｔａｑポリメラーゼは、ＰＣＲ中に新規鎖を酵素的に合成するため、アニーリングしたＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブに最終的に達することになる。次いで、Ｔａｑポリメラーゼの５’から３’のエンドヌクレアーゼ活性が、リアルタイム蛍光検出システムを使用して蛍光レポーター分子の現在クエンチされていないシグナルを定量的に検出するために、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを消化して蛍光レポーター分子を放出することによりこのプローブを取り除く。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）ベースのキットに見られ得るもの）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、バイサルファイト処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー；ＴａｑＭａｎ（登録商標）またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブ；最適化されたＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド；ならびにＴａｑポリメラーゼを挙げることができるが、これらに限定されない。
ＱＭ（商標）（定量メチル化）アッセイは、ゲノムＤＮＡ試料中のメチル化パターンの代替定量試験であり、配列の識別は、プローブハイブリダイゼーションのレベルで行われる。この定量版では、ＰＣＲ反応により、特定の推定メチル化部位にオーバーラップする蛍光プローブの存在下で偏りのない増幅がもたらされる。インプットＤＮＡ量に偏りのない対照は、プライマーもプローブも一切のＣｐＧジヌクレオチドに重なることのない反応によってもたらされる。あるいは、ゲノムメチル化の定性試験は、既知のメチル化部位をカバーしない対照オリゴヌクレオチド（例えば、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）及びＭＳＰ技術の蛍光ベース版）または潜在的なメチル化部位をカバーするオリゴヌクレオチドのいずれかを用いて、偏ったＰＣＲプールをプロービングすることによって行われる。
ＱＭ（商標）プロセスは、増幅プロセスにおいて任意の好適なプローブ、例えば、「ＴａｑＭａｎ（登録商標）」プローブ、Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブとともに使用され得る。例えば、二本鎖ゲノムＤＮＡは、ナトリウムバイサルファイトで処理され、偏りのないプライマー及びＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブに供される。ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、蛍光「レポーター」及び「クエンチャー」分子で二重標識され、ＰＣＲサイクルにおいてこのプローブがフォワードまたはリバースプライマーよりも約１０℃高い温度で融解するように、比較的高いＧＣ含量領域に特異的となるように設計されている。このことにより、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、ＰＣＲアニーリング／伸長ステップ中、十分にハイブリダイズし続けることができる。Ｔａｑポリメラーゼは、ＰＣＲ中に新規鎖を酵素的に合成するため、アニーリングしたＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブに最終的に達することになる。次いで、Ｔａｑポリメラーゼの５’から３’のエンドヌクレアーゼ活性が、リアルタイム蛍光検出システムを使用して蛍光レポーター分子の現在クエンチされていないシグナルを定量的に検出するために、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを消化して蛍光レポーター分子を放出することによりこのプローブを取り除く。ＱＭ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＱＭ（商標）ベースのキットに見られ得るもの）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、バイサルファイト処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー；ＴａｑＭａｎ（登録商標）またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブ；最適化されたＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド；ならびにＴａｑポリメラーゼを挙げることができるが、これらに限定されない。
Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）技術は、ＤＮＡのバイサルファイト処理、その後の単一ヌクレオチドプライマー伸長に基づき、特定のＣｐＧ部位においてメチル化の差を評価するための定量法である（Ｇｏｎｚａｌｇｏ ＆ Ｊｏｎｅｓ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－２５３１，１９９７）。簡潔に述べると、５－メチルシトシンを変化させないまま、ゲノムＤＮＡをナトリウムバイサルファイトと反応させて非メチル化シトシンをウラシルに変換する。次いで、所望の標的配列の増幅が、バイサルファイト変換ＤＮＡに特異的なＰＣＲプライマーを使用して実施され、得られた産物は単離され、目的のＣｐＧ部位におけるメチル化分析用の鋳型として使用される。少量のＤＮＡを分析することができ（例えば、顕微解剖病理切片）、これによりＣｐＧ部位でメチル化状況を判定するための制限酵素の利用が回避される。
Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）ベースのキットに見られ得るもの）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、バイサルファイト処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー；最適化されたＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド；ゲル抽出キット；陽性対照プライマー；特定の遺伝子座に対するＭｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）プライマー；反応緩衝液（Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ反応に関する）；ならびに標識ヌクレオチドを挙げることができるが、これらに限定されない。さらに、バイサルファイト変換試薬としては、ＤＮＡ変性緩衝液；スルホン化緩衝液；ＤＮＡ回収試薬またはキット（例えば、沈殿、限外濾過、アフィニティーカラム）；脱スルホン化緩衝液；及びＤＮＡ回収成分を挙げることができる。
簡約表示（Ｒｅｄｕｃｅｄ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ）バイサルファイトシーケンシング（ＲＲＢＳ）は、全ての非メチル化シトシンをウラシルに変換するための核酸のバイサルファイト処理から始まり、続いて制限酵素消化（例えば、ＭｓｐｌなどのＣＧ配列を含む部位を認識する酵素による）を行い、アダプターリガンドへの結合後に断片の完全シーケンシングを行う。制限酵素の選択により、ＣｐＧ高密度領域の断片が濃縮され、分析中に複数の遺伝子位置にマッピングされる可能性のある冗長配列の数が低減される。したがって、ＲＲＢＳは、シーケンシングのための制限断片サブセットを選択することにより（例えば、調製用ゲル電気泳動を使用したサイズ選択により）、核酸試料の複雑性を低減させる。全ゲノムバイサルファイトシーケンシングとは対照的に、制限酵素消化によって生成される全ての断片は、少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチドのＤＮＡメチル化情報を含有する。したがって、ＲＲＢＳは、プロモーター、ＣｐＧアイランド、及びこれらの領域において高頻度の制限酵素切断部位を有する他のゲノム形質の試料を濃縮し、これにより１つ以上のゲノム遺伝子座のメチル化状態を評価するためのアッセイを提供する。
ＲＲＢＳの典型的なプロトコルは、ＭｓｐＩなどの制限酵素を用いて核酸試料を消化するステップ、オーバーハングを充填するステップ、及びＡテーリングステップ、アダプターをライゲーションするステップ、バイサルファイト変換ステップ、ならびにＰＣＲステップを含む。例えば、ｅｔ ａｌ．（２００５）“Ｇｅｎｏｍｅ－ｓｃａｌｅ ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓａｍｐｌｅｓ ａｔ ｓｉｎｇｌｅ－ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ” Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ７：１３３－６、Ｍｅｉｓｓｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５）“Ｒｅｄｕｃｅｄ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｈｉｇｈ－ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ” Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３３：５８６８－７７を参照されたい。
いくつかの実施形態では、定量的対立遺伝子特異的リアルタイム標的及びシグナル増幅（ＱｕＡＲＴＳ）アッセイは、メチル化状態を評価するために使用される。各ＱｕＡＲＴＳアッセイでは３つの反応が連続して生じ、一次反応には増幅（反応１）及び標的プローブ切断（反応２）が、二次反応にはＦＲＥＴ切断及び蛍光シグナル生成（反応３）が含まれる。標的核酸が特定のプライマーで増幅される場合、フラップ配列を有する特定の検出プローブが、アンプリコンに緩く結合する。標的結合部位における特定の侵入オリゴヌクレオチドの存在により、５’ヌクレアーゼ、例えば、ＦＥＮ－１エンドヌクレアーゼが検出プローブとフラップ配列との間を切断することによって、フラップ配列が放出される。フラップ配列は、対応するＦＲＥＴカセットの非ヘアピン部分に相補的である。したがって、フラップ配列は、ＦＲＥＴカセット上で侵入オリゴヌクレオチドとして機能し、ＦＲＥＴカセットフルオロフォアとクエンチャーとの間に切断をもたらし、蛍光シグナルを生成する。切断反応は、標的ごとに複数のプローブを切断することができ、それによりフラップごとに複数のフルオロフォアを放出して指数関数的なシグナル増幅をもたらす。ＱｕＡＲＴＳは、異なる色素を有するＦＲＥＴカセットを使用することにより、単一反応ウェル中で複数の標的を検出することができる。例えば、Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ．（２０１０）“Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ ｍａｒｋｅｒｓ ｗｉｔｈ ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ” Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ ５６：Ａ１９９、ならびに米国特許第８，３６１，７２０号、同第８，７１５，９３７号、同第８，９１６，３４４号、及び同第９，２１２，３９２号中を参照されたく、これらの各々は、あらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
「バイサルファイト試薬」という用語は、バイサルファイト、二亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、またはこれらの組み合わせを含む試薬を指し、本明細書で開示されるように、メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列と非メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列とを区別するのに有用である。該処理の方法は、当該技術分野において公知である（例えば、ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１１７１５及びＷＯ２０１３／１１６３７５、これらの各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、バイサルファイト処理は、変性溶媒、例えばこれらに限定されないが、ｎ－アルキレングリコールもしくはジエチレングリコールジメチルエーテル（ＤＭＥ）存在下で、またはジオキサンもしくはジオキサン誘導体の存在下で実施される。いくつかの実施形態では、変性溶媒は、１％～３５％（ｖ／ｖ）の濃度で使用される。いくつかの実施形態では、バイサルファイト反応は、スカベンジャー、例えば限定されないが、クロマン誘導体、例えば、６－ヒドロキシ－２，５，７，８，－テトラメチルクロマン２－カルボン酸またはトリヒドロキシ安息香酸及びそれらの誘導体、例えば、没食子酸などの存在下で実施される（ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１１７１５を参照されたく、これはその全体が参照により組み込まれる）。特定の好ましい実施形態では、バイサルファイト反応は、例えば、ＷＯ２０１３／１１６３７５に記載の通りに、亜硫酸水素アンモニウムによる処理を含む。
いくつかの実施形態では、処理されたＤＮＡの断片は、本発明によるプライマーオリゴヌクレオチドのセット（例えば、表１０、表１９及び表２０を参照されたい）ならびに増幅酵素を使用して増幅される。いくつかのＤＮＡセグメントの増幅は、１つの同じ反応容器中で同時に実施され得る。通常、増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して実施される。アンプリコンは、通常１００～２０００塩基対長である。
本方法の別の実施形態では、ＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ１～４９９、表１、表８及び表２１）を含むマーカー内の、またはその近傍のＣｐＧ位置のメチル化状況は、メチル化特異的プライマーオリゴヌクレオチドを使用して検出することができる。この技術（ＭＳＰ）は、Ｈｅｒｍａｎの米国特許第６，２６５，１７１号に記載されている。バイサルファイト処理ＤＮＡの増幅のためのメチル化状況特異的プライマーの使用により、メチル化核酸と非メチル化核酸との区別が可能になる。ＭＳＰプライマー対は、バイサルファイト処理ＣｐＧジヌクレオチドにハイブリダイズする少なくとも１つのプライマーを含有する。したがって、該プライマーの配列は、少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチドを含む。非メチル化ＤＮＡに特異的なＭＳＰプライマーは、ＣｐＧ中のＣ位の位置に「Ｔ」を含有する。
増幅によって得られた断片は、直接または間接的に検出可能な標識を保持し得る。いくつかの実施形態では、標識は、質量分析計で検出され得る典型的な質量を有する蛍光標識、放射性核種、または脱離可能な分子断片である。該標識が質量標識である場合、いくつかの実施形態は、標識アンプリコンが単一の正または負の正味電荷を有することにより、質量分析計における良好な検出性を可能にする。検出は、例えば、マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析（ＭＡＬＤＩ）によって、または電子スプレー質量分析（ＥＳＩ）を使用して、実施かつ可視化することができる。
これらのアッセイ技術に好適なＤＮＡを単離するための方法は、当該技術分野において公知である。特に、いくつかの実施形態は、全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願第１３／４７０，２５１号（“Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ”）に記載されている核酸の単離を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のマーカーは、糞便試料で実施されるＱＵＡＲＴＳアッセイに使用される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ試料を生成するための方法、特に、高度に精製された低存在量の核酸を少量（例えば、１００マイクロリットル未満、６０マイクロリットル未満）含み、ＤＮＡ試料を試験するために使用されるアッセイ（例えば、ＰＣＲ、ＩＮＶＡＤＥＲ、ＱｕＡＲＴＳアッセイなど）を阻害する物質を実質的に及び／または効果的に含まないＤＮＡ試料を生成するための方法が、提供される。そのようなＤＮＡ試料は、患者から採取した試料中に存在する遺伝子、遺伝子バリアント（例えば、対立遺伝子）、または遺伝子修飾（例えば、メチル化）の存在を定性的に検出するか、またはその活性、発現、もしくは量を定量的に測定する診断アッセイに使用される。例えば、一部のがんは、特定の突然変異対立遺伝子または特定のメチル化状態の存在と相関しており、したがって、そのような突然変異対立遺伝子またはメチル化状態の検出及び／または定量は、がんの診断及び治療において予測的価値を有する。
多くの有益な遺伝子マーカーは、試料中に極めて少量で存在し、そのようなマーカーを生成する事象の多くは稀なものである。結果として、ＰＣＲなどの高感度の検出方法でさえ、アッセイの検出閾値を満たすか、またはそれを無効にするように低存在量の標的を十分に提供するには、多量のＤＮＡを必要とする。さらに、少量であっても阻害物質の存在は、そのような少量の標的の検出を目的としたこれらのアッセイの正確度及び精度を損なう。したがって、本明細書で提供されるのは、そのようなＤＮＡ試料を生成するための、体積及び濃度の必要な管理を提供する方法である。
いくつかの実施形態では、試料は、血液、血清、白血球、血漿、または唾液を含む。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。そのような試料は、当業者には明らかとなるものなどの当該技術分野において公知の、任意数の手段によって得ることができる。無細胞または実質的に無細胞の試料は、遠心分離及び濾過を含むがこれらに限定されない、当業者に公知の様々な技術に試料を供することによって得ることができる。非侵襲的技術を使用して試料を得ることが一般的に好ましいが、組織ホモジネート、組織切片、及び生検標本などの試料を得ることが依然として好ましい場合もある。本技術は、試料を調製するため、及び試験用の核酸を提供するために使用される方法に限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、ＤＮＡは、直接的遺伝子捕捉、例えば、米国特許第８，８０８，９９０号及び同第９，１６９，５１１号に、ならびにＷＯ２０１２／１５５０７２に詳述されているものを使用して、または関連する方法によって糞便試料から、または血液から、または血漿試料から単離される。
マーカーの分析は、１つの試験試料内で追加のマーカーと別個にまたは同時に実施され得る。例えば、いくつかのマーカーは、複数の試料を効率的に処理するために、かつ診断及び／または予後のより高い精度を提供する可能性のために、１つの試験に組み合わされ得る。さらに、当業者は、同じ対象からの複数の試料を（例えば、連続的な時点で）試験する価値を認識するであろう。一連の試料のそのような試験により、マーカーのメチル化状態の経時的な変化を同定することが可能になる。メチル化状態の変化に加えて、メチル化状態の変化の欠如は、事象開始からのおおよその時間の同定、回復可能な組織の存在及び量、薬物療法の妥当性、様々な療法の有効性、ならびに将来の事象のリスクを含む対象の転帰の同定が挙げられるがこれらに限定されない、疾患状態に関する有用な情報を提供し得る。
バイオマーカーの分析は、様々な物理的形式で実施され得る。例えば、マイクロタイタープレートまたは自動化の使用は、多数の試験試料の処理を容易にするために使用され得る。あるいは、単一の試料形式は、適時に、例えば、外来搬送または緊急救命室の状況において即時の治療及び診断を容易にするために開発され得る。
本技術の実施形態は、キットの形態で提供されることが企図される。キットは、本明細書に記載の組成物、デバイス、装置など、及びキットの使用に関する説明書の実施形態を含む。そのような説明書は、試料から分析物を調製するための適切な方法、例えば、試料を回収し、その試料から核酸を調製するための方法について記載する。キットの個々の構成要素は、適切な容器及びパッケージング（例えば、バイアル、箱、ブリスターパック、アンプル、瓶、ボトル、チューブなど）に包装され、構成要素は、簡便な保存、輸送、及び／またはキットのユーザーによる使用のために適切な容器（例えば、箱（複数可））中に一緒に包装される。液体構成要素（例えば、緩衝液）は、ユーザーによって再構成される凍結乾燥形態で提供されてもよいことが理解される。キットは、キットの性能を評価、検証、及び／または保証するための対照または参照を含んでよい。例えば、試料中に存在する核酸の量をアッセイするためのキットは、既知濃度の同じまたは別の核酸を比較のために含む対照を含んでよく、いくつかの実施形態では、対照核酸に特異的な検出試薬（例えば、プライマー）を含んでよい。キットは、臨床現場での使用に、及びいくつかの実施形態では、ユーザーの自宅での使用に適している。キットの構成要素は、いくつかの実施形態では、試料から核酸溶液を調製するためのシステムの機能を提供する。いくつかの実施形態では、システムの特定の構成要素は、ユーザーによって提供される。
方法
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）明細胞ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）癌肉腫ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）漿液性ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、白血球試料、血清試料）から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣを検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣグレード１を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣグレード１を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣグレード２を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣグレード２を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣグレード３を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
１）対象から得られた核酸（例えば、子宮内膜組織から単離された、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１つのマーカー内の、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）類内膜ＥＣグレード３を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られる）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定するステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
１）試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ；
２）ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定するステップ；ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出するステップであって、この値が、試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示すステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ。
１）生体試料中のゲノムＤＮＡを、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾することができる試薬であるバイサルファイト（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬）で処理することを通じて、ヒト個体の生体試料における１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ；
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾したゲノムＤＮＡを増幅するステップ；ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が以下の群のうちの１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ。
好ましくは、そのような方法の感度は、約７０％～約１００％、または約８０％～約９０％、または約８０％～約８５％である。好ましくは、特異性は、約７０％～約１００％、または約８０％～約９０％、または約８０％～約８５％である。
ゲノムＤＮＡは、市販のキットの使用を含む、任意の手段によって単離することができる。簡潔に述べると、目的のＤＮＡが細胞膜によって被包されている場合、生体試料を酵素的、化学的または機械的手段によって破壊し溶解しなければならない。次いで、例えば、プロテイナーゼＫで消化することにより、タンパク質及び他の混入物をＤＮＡ溶液から除去することができる。次いで、ゲノムＤＮＡを溶液から回収する。これは、塩析、有機抽出、または固相支持体へのＤＮＡの結合を含む、様々な方法によって実施することができる。方法の選択は、時間、費用、及びＤＮＡの必要量を含む、いくつかの要因に影響される。腫瘍性物質または前腫瘍性物質を含む全ての臨床試料タイプ、例えば、細胞株、組織学的スライド、生検、パラフィン包埋組織、体液、糞便、乳房組織、子宮内膜組織、白血球、結腸排出物、尿、血漿、血清、全血、単離された血液細胞、血液から単離された細胞、及びこれらの組み合わせが、本方法における使用に好適である。
本技術は、試料を調製するため、及び試験用の核酸を提供するために使用される方法に限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、ＤＮＡは、直接的遺伝子捕捉、例えば、米国特許出願第６１／４８５３８６号に詳述されているものを使用して、または関連方法によって糞便試料から、または血液から、または血漿試料から単離される。
次いで、ゲノムＤＮＡ試料を、ＤＭＲ（例えば、表１、表８及び表２１に示される通りの、例えば、ＤＭＲ１～４９９）を含む少なくとも１つのマーカー内のメチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する、少なくとも１つの試薬、または一連の試薬で処理する。
いくつかの実施形態では、試薬は、５’位でメチル化されていないシトシン塩基を、ウラシル、チミン、またはハイブリダイゼーション挙動に関してシトシンとは異なる別の塩基に変換する。しかしながら、いくつかの実施形態では、試薬は、メチル化感受性制限酵素であり得る。
いくつかの実施形態では、ゲノムＤＮＡ試料を、５’位でメチル化されていないシトシン塩基が、ウラシル、チミン、またはハイブリダイゼーション挙動に関してシトシンとは異なる別の塩基に変換されるような形で処理する。いくつかの実施形態では、この処理は、バイサルファイト（亜硫酸水素塩、二亜硫酸塩）、続いてアルカリ加水分解で実施される。
次いで、処理した核酸を分析し、標的遺伝子配列（ＤＭＲ、例えば、表１、表８及び表２１に示される通りの、例えば、ＤＭＲ１～４９９から選択される少なくとも１箇所のＤＭＲを含むマーカーからの少なくとも１つの遺伝子、ゲノム配列、またはヌクレオチド）のメチル化状態を判定する。分析の方法は、本明細書に示されるもの、例えば、本明細書に記載のＱｕＡＲＴＳ及びＭＳＰを含む、当該技術分野において公知のものから選択することができる。
異常なメチル化、より具体的には、ＤＭＲ（例えば、表１、表８及び表２１に示される通りの、例えば、ＤＭＲ１～４９９）を含むマーカーの高メチル化は、ＥＣ及び／またはＥＣのタイプ（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）に関連している。
本技術は、ＥＣに関連するあらゆる試料の分析に関する。例えば、いくつかの実施形態では、試料は、患者から得られた組織及び／または体液を含む。いくつかの実施形態では、試料は、分泌物を含む。いくつかの実施形態では、試料は、血液、血清、血漿、胃分泌物、膵液、胃腸生検試料、乳房生検からの顕微解剖細胞、及び／または糞便から回収した細胞を含む。いくつかの実施形態では、試料は、子宮内膜組織を含む。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。試料には、子宮内膜、乳房、肝臓、胆管、膵臓、胃、結腸、直腸、食道、小腸、虫垂、十二指腸、ポリープ、胆嚢、肛門、及び／または腹膜からの細胞、分泌物、または組織が含まれ得る。いくつかの実施形態では、試料は、細胞液、腹水、尿、糞便、膵液、内視鏡検査中に得られた液体、血液、粘液、または唾液を含む。いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料である。いくつかの実施形態では、試料は、子宮内膜組織試料である。
そのような試料は、当業者には明らかとなるものなどの当該技術分野において公知の、任意数の手段によって得ることができる。例えば、尿及び糞便試料は、容易に入手可能であるが、血液、腹水、血清、または膵液試料は、例えば、ニードル及びシリンジを使用することによって非経口的に得ることができる。無細胞または実質的に無細胞の試料は、遠心分離及び濾過を含むがこれらに限定されない、当業者に公知の様々な技術に試料を供することによって得ることができる。非侵襲的技術を使用して試料を得ることが一般的に好ましいが、組織ホモジネート、組織切片、及び生検標本などの試料を得ることが依然として好ましい場合もある。
いくつかの実施形態では、本技術は、患者（例えば、ＥＣを有する患者、早期ＥＣを有する患者、またはＥＣを発症する可能性のある者）（例えば、１種以上の明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣを有する患者）を治療する方法に関し、本方法は、本明細書で提供される１箇所以上のＤＭＲのメチル化状態を判定すること、及びメチル化状態を判定する結果に基づいて患者に治療を施すことを含む。治療は、医薬化合物の投与、ワクチンの投与、外科手術の実施、患者のイメージング、別の試験の実施であり得る。好ましくは、該使用は、臨床スクリーニングの方法、予後評価の方法、療法の結果をモニタリングする方法、特定の治療的処置に応答する可能性が最も高い患者を同定する方法、患者または対象をイメージングする方法、ならびに薬物のスクリーニング及び開発のための方法におけるものである。
本技術のいくつかの実施形態では、対象のＥＣを診断するための方法が提供される。「診断する」及び「診断」という用語は、本明細書で使用される場合、対象が所与の疾患もしくは状態に罹患しているか否か、または将来的に所与の疾患もしくは状態を発症する可能性があるか否かを、当業者が推定し、さらに判定することができる方法を指す。当業者は多くの場合、１つ以上の診断指標、例えば、バイオマーカー（例えば、本明細書で開示されるＤＭＲ）などに基づいて診断を行い、そのメチル化状態は、状態の存在、重症度、または欠如を示している。
診断に加えて、臨床的ながん予後は、がんの攻撃性及び腫瘍再発の可能性を判定し、最も効果的な療法を計画することに関する。より正確な予後を行うことができるか、またはさらにはがんを発症する潜在的リスクを評価することができる場合、適切な療法、及び場合によっては、患者にとって比較的苛酷ではない療法を選択することができる。がんバイオマーカーの評価（例えば、メチル化状態を判定すること）は、良好な予後を有し、及び／またはがんを発症するリスクが低く、療法を必要としないかまたは限定的な療法を必要とする対象と、がんを発症するかまたはがんを再発する可能性がより高く、より強力な治療から恩恵を受ける可能性がある対象とを分けるのに有用である。
したがって、「診断を行う」または「診断する」は、本明細書で使用される場合、がんを発症するリスクを判定すること、または予後を判定することをさらに含み、これは、本明細書に開示される診断バイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）の尺度に基づいて、臨床転帰（医学的治療の有無にかかわらず）を予測すること、適切な治療（もしくは治療が効果的であるかどうか）を選択すること、または現在の治療をモニタリングし、場合により治療を変更することを可能にし得る。さらに、本明細書に開示される主題のいくつかの実施形態では、診断及び／または予後を容易にするために、経時的なバイオマーカーの複数の判定を行うことができる。バイオマーカーの時間的変化を使用して、臨床転帰を予測し、ＥＣの進行をモニタリングし、及び／またはがんを対象とする適切な療法の有効性をモニタリングすることができる。そのような実施形態では、例えば、効果的な療法の過程において経時的に、生体試料中の本明細書に開示される１つ以上のバイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）（及びモニタリングされる場合、場合により１つ以上の追加のバイオマーカー（複数可））のメチル化状態の変化を確認することが予期され得る。
本明細書で開示される主題は、いくつかの実施形態では、対象のがんの予防または治療を開始または継続するか否かを判定するための方法をさらに提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、ある期間にわたって対象から一連の生体試料を得ること、一連の生体試料を分析し、生体試料の各々において本明細書に開示される少なくとも１つのバイオマーカーのメチル化状態を判定すること、及び生体試料の各々においてバイオマーカーのうちの１つ以上のメチル化状態における任意の測定可能な変化を比較することを含む。ある期間にわたるバイオマーカーのメチル化状態におけるいずれの変化も、がんを発症するリスクを予測するため、臨床転帰を予測するため、がんの予防または療法を開始または継続するか否か、及び現在の療法ががんを効果的に治療しているか否かを判定するために使用することができる。例えば、第１の時点は、治療の開始前に選択することができ、第２の時点は、治療開始後のある時点で選択することができる。メチル化状態は、異なる時点で採取された試料の各々で測定することができ、定性的及び／または定量的な差を記録する。異なる試料からのバイオマーカーレベルのメチル化状態における変化は、対象におけるＥＣリスク、予後、治療有効性の判定、及び／またはがんの進行と相関し得る。
好ましい実施形態では、本発明の方法及び組成物は、早期での、例えば、疾患の症状が現れる前の疾患の治療または診断のためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物は、臨床病期における疾患の治療または診断のためのものである。
既に述べたように、いくつかの実施形態では、１つ以上の診断または予後バイオマーカーの複数の判定を行うことができ、マーカーの時間的変化を使用して、診断または予後を判定することができる。例えば、診断マーカーは、初回に判定することができ、２回目に再度判定することができる。そのような実施形態では、初回から２回目でのマーカーの増加は、がんの特定のタイプもしくは重症度、または所与の予後を診断し得る。同様に、初回から２回目でのマーカーの減少は、がんの特定のタイプもしくは重症度、または所与の予後を示し得る。さらに、１つ以上のマーカーの変化の程度は、がんの重症度及び将来の有害事象に関連し得る。当業者は、特定の実施形態では、同じバイオマーカーの比較測定が複数の時点で行われ得るが、所与のバイオマーカーをある時点で、及び第２のバイオマーカーを第２の時点で測定することもでき、これらのマーカーの比較により診断情報がもたらされ得ることを理解するであろう。
本明細書で使用される場合、「予後を判定する」という語句は、当業者が対象の状態の経過または転帰を予測することができる方法を指す。「予後」という用語は、１００％の精度で状態の経過または転帰を予測する能力、またはさらには所与の経過または転帰が、バイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）のメチル化状態に基づいて生じる可能性が予想通りに高い、もしくは低いことを予測する能力を指すわけではない。その代わりに、当業者は、「予後」という用語が、ある特定の経過または転帰が生じる確率、すなわち、経過または転帰が、所与の状態を呈する対象において、その状態を呈さないそれらの個体と比較した場合に生じる可能性がより高いという確率の上昇を指すと理解するであろう。例えば、状態を呈さない（例えば、１箇所以上のＤＭＲの正常なメチル化状態を有する）個体では、所与の転帰（例えば、ＥＣに罹患すること）の可能性が極めて低い場合がある。
いくつかの実施形態では、統計分析は、予後指標を有害転帰に対する素因と関連付ける。例えば、いくつかの実施形態では、がんを有しない患者から得られた正常対照試料におけるものとは異なるメチル化状態は、統計的有意性のレベルによって判定した場合、対象が、対照試料におけるメチル化状態により類似したレベルを有する対象よりも、がんに罹患する可能性が高いことを示し得る。さらに、ベースライン（例えば、「正常」）レベルからのメチル化状態の変化は、対象の予後を反映し得、メチル化状態における変化の程度は、有害事象の重症度に関連し得る。統計的有意性は、多くの場合に２つ以上の集団を比較して、信頼区間及び／またはｐ値を判定することによって判定される。例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｄｏｗｄｙ ａｎｄ Ｗｅａｒｄｅｎ，Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８３を参照されたい。本主題の例示的な信頼区間は、９０％、９５％、９７．５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％及び９９．９９％であり、一方、例示的なｐ値は、０．１、０．０５、０．０２５、０．０２、０．０１、０．００５、０．００１、及び０．０００１である。
他の実施形態では、本明細書に開示される予後または診断バイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）のメチル化状態における変化の閾値の程度を確立することができ、生体試料中のバイオマーカーのメチル化状態における変化の程度は、メチル化状態における変化の閾値の程度と単に比較される。本明細書で提供されるバイオマーカーのメチル化状態における好ましい閾値の変化は、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約５０％、約７５％、約１００％、及び約１５０％である。さらに他の実施形態では、「ノモグラム」を確立することができ、これにより予後または診断指標（バイオマーカーまたはバイオマーカーの組み合わせ）のメチル化状態が、所与の転帰に対して関連付けられる素因に直接関連する。集団平均値ではなく個々の試料測定値が参照されるため、当業者は、そのようなノモグラムを使用して、この測定値の不確実性がマーカー濃度の不確実性と同じであることを理解した上で、２つの数値を関連付けることに精通している。
いくつかの実施形態では、対照試料は生体試料と同時に分析され、それにより、生体試料から得られた結果は対照試料から得られた結果と比較され得る。さらに、標準曲線を提供することができ、標準曲線と生体試料のアッセイ結果を比較することができることが企図される。そのような標準曲線は、アッセイ単位に応じたバイオマーカーのメチル化状態、例えば、蛍光標識が使用される場合、蛍光シグナル強度を提示する。複数のドナーから採取した試料を使用して、正常組織における１つ以上のバイオマーカーの対照メチル化状態について、及び異形成を有するドナーから、またはＥＣを有するドナーから採取した組織における１つ以上のバイオマーカーの「リスクがある」レベルについて、標準曲線を得ることができる。本方法の特定の実施形態では、対象は、対象から得られた生体試料において、本明細書で提供される１箇所以上のＤＭＲの異常なメチル化状態が同定されると、異形成を有すると同定される。本方法の他の実施形態では、対象から得られた生体試料におけるそのようなバイオマーカーのうちの１つ以上の異常なメチル化状態の検出により、対象はがんを有すると同定されることになる。
マーカーの分析は、１つの試験試料内で追加のマーカーと別個にまたは同時に実施され得る。例えば、いくつかのマーカーは、複数の試料を効率的に処理するために、かつ診断及び／または予後のより高い精度を提供する可能性のために、１つの試験に組み合わされ得る。さらに、当業者は、同じ対象からの複数の試料を（例えば、連続的な時点で）試験する価値を認識するであろう。一連の試料のそのような試験により、マーカーのメチル化状態の経時的な変化を同定することが可能になる。メチル化状態の変化に加えて、メチル化状態の変化の欠如は、事象開始からのおおよその時間の同定、回復可能な組織の存在及び量、薬物療法の妥当性、様々な療法の有効性、ならびに将来の事象のリスクを含む対象の転帰の同定が挙げられるがこれらに限定されない、疾患状態に関する有用な情報を提供し得る。
バイオマーカーの分析は、様々な物理的形式で実施され得る。例えば、マイクロタイタープレートまたは自動化の使用は、多数の試験試料の処理を容易にするために使用され得る。あるいは、単一の試料形式は、適時に、例えば、外来搬送または緊急救命室の状況において即時の治療及び診断を容易にするために開発され得る。
いくつかの実施形態では、対象は、対照メチル化状態と比較した場合、試料中の少なくとも１つのバイオマーカーのメチル化状態に測定可能な差が存在する場合にＥＣを有すると診断される。逆に、生体試料中のメチル化状態に変化がないと同定される場合、対象は、ＥＣを有していないか、がんのリスクがないか、またはがんのリスクが低いと同定され得る。これに関して、がんまたはそのリスクを有する対象は、がんまたはそのリスクが低い対象からそれらを実質的に有しない対象までとは区別され得る。ＥＣを発症するリスクを有するそれらの対象は、内視鏡サーベイランスを含む、より集中的及び／または定期的なスクリーニングスケジュールに置かれ得る。他方、リスクが低い対象から実質的にリスクを有しない対象は、将来のスクリーニング、例えば、本技術に従って実施されるスクリーニングによりＥＣのリスクがそれらの対象に現れたことが示されるまで、ＥＣに関する追加試験（例えば、侵襲的手順）に供されるのを回避することができる。
前述の通り、本技術の方法の実施形態に応じて、１つ以上のバイオマーカーのメチル化状態における変化を検出することは、定性的判定であり得るか、またはそれは定量的判定であり得る。したがって、ＥＣを有するか、またはＥＣを発症するリスクがあると対象を診断するステップは、ある特定の閾値測定が行われること、例えば、生体試料中の１つ以上のバイオマーカーのメチル化状態が、所定の対照メチル化状態とは異なることを示す。本方法のいくつかの実施形態では、対照メチル化状態は、バイオマーカーの任意の検出可能なメチル化状態である。対照試料が生体試料と同時に試験される方法の他の実施形態では、所定のメチル化状態は、対照試料におけるメチル化状態である。本方法の他の実施形態では、所定のメチル化状態は、標準曲線に基づいている、及び／または標準曲線によって同定される。本方法の他の実施形態では、所定のメチル化状態は、特異的な状態または状態の範囲である。したがって、所定のメチル化状態は、当業者には明らかとなる許容可能な限度内で、実施される方法の実施形態及び所望の特異性などに一部基づいて選択され得る。
さらに診断方法に関して、好ましい対象は、脊椎動物対象である。好ましい脊椎動物は温血であり、好ましい温血脊椎動物は、哺乳動物である。好ましい哺乳動物は、最も好ましくはヒトである。本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒト及び動物対象の両方を含む。したがって、獣医学的な治療的使用が本明細書で提供される。したがって、本技術により、ヒトなどの哺乳動物、加えてアムールトラなどの絶滅の危機に瀕しているために重要である哺乳動物、ヒトによる消費のために農場で飼育されている動物などの経済的に重要である哺乳動物、及び／またはペットとして、もしくは動物園で飼育されている動物などのヒトにとって社会的に重要である動物などの診断が可能となる。そのような動物の例としては、ネコ及びイヌなどの肉食動物；ブタ（ｐｉｇ）、雄ブタ、及びイノシシを含むブタ（ｓｗｉｎｅ）；ウシ、雄ウシ、ヒツジ、キリン、シカ、ヤギ、バイソン、及びラクダなどの反芻動物及び／または有蹄動物；ならびにウマが挙げられるが、これらに限定されない。したがって、家畜化されたブタ、反芻動物、有蹄動物、ウマ（競走馬を含む）などを含むがこれらに限定されない家畜の診断及び治療が、さらに提供される。
本明細書で開示される主題は、対象におけるＥＣ及び／またはＥＣの特定の形態（例えば、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、類内膜ＥＣ、漿液性ＥＣ）を診断するためのシステムをさらに含む。このシステムは、例えば、生体試料が回収されている対象におけるＥＣリスクについてスクリーニングするために、またはＥＣ癌を診断するために使用され得る、市販のキットとして提供され得る。本技術に従って提供される例示的なシステムは、表１、表８及び表２１に示される通りのＤＭＲのメチル化状態を評価することを含む。
〔実施例〕
実施例Ｉ．
本実施例では、メチローム全体の分析選択を通じて、子宮内膜癌（ＥＣ）及びＥＣの組織学的サブタイプ（例えば、漿液性ＥＣ、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、及び類内膜ＥＣ）を検出するための新規ＤＮＡメチル化マーカーの発見及び検証について説明する。
実施例Ｉ．
本実施例では、メチローム全体の分析選択を通じて、子宮内膜癌（ＥＣ）及びＥＣの組織学的サブタイプ（例えば、漿液性ＥＣ、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、及び類内膜ＥＣ）を検出するための新規ＤＮＡメチル化マーカーの発見及び検証について説明する。
試料調製、シーケンシング、分析パイプライン、及びフィルターの独自の方法体系を利用して、ＥＣ及びＥＣの様々な組織学的サブタイプ（例えば、漿液性ＥＣ、明細胞ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、及び類内膜ＥＣ）を特定するものであり、かつ臨床試験環境において優れている可変メチル化領域（ＤＭＲ）を同定し絞り込んだ。
組織ごとの分析により、３１８箇所の高メチル化ＥＣ ＤＭＲを同定した（表１）。表２は、表１に列挙したマーカーのＥＣ対照と比較した曲線下面積及び倍率変化を示す。
このようなＥＣ ＤＭＲには、ＥＣ特異的領域、ＥＣサブタイプ特異的領域、及びより普遍的ながんの範囲を対象とした領域が含まれていた。
ＥＣと正常子宮内膜組織とを区別する上位の全体的なＤＭＲを表３に示す。明細胞ＥＣと正常子宮内膜組織とを区別する上位の全体的なＤＭＲを表４に示す。癌肉腫ＥＣと正常子宮内膜組織とを区別する上位の全体的なＤＭＲを表５に示す。類内膜ＥＣと正常子宮内膜組織とを区別する上位の全体的なＤＭＲを表６に示す。漿液性ＥＣと正常子宮内膜組織とを区別する上位の全体的なＤＭＲを表７に示す。表４、表５、表６、及び表７の特定の遺伝子上のグレースケールの赤色陰影は、複数のサブタイプとオーバーラップするＤＭＲを示す。
組織対白血球（バフィーコート）の分析により、ＷＢＣ中のノイズが１％未満である１２９箇所の高メチル化子宮内膜組織のＤＭＲを得た（表８）。表９は、表８に列挙したマーカーのＥＣバフィー対照と比較した曲線下面積、倍率変化及びｐ値を示す。
これらのマーカー群から、５６個の候補を初回パイロットとして選択した。メチル化特異的ＰＣＲアッセイを展開し、シーケンシングされたものと比較的大きな独立したコホートの２回の試料で試験した。短いアンプリコンプライマー（１５０ｂｐ未満）を、ＤＭＲ内の最も判別性の高い（ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ）ＣｐＧを標的とするように設計し、十分にメチル化された断片が強力に直線的に増幅され、非メチル化断片及び／または非変換断片は増幅されないことを確実にするために対照で試験した。５６個の候補マーカーに対する１１２個のプライマー配列及びアニーリング温度を表１０に示す。
１回目の検証の結果をロジスティックに分析し、ＡＵＣ及び倍率変化を判定した。以前の研究から、器官内のがんサブタイプのエピジェネティクスは異なっており、最良のパネルはサブタイプマーカーの組み合わせから導き出されることが認識された。組織及びバフィーコート対照の分析を別々に実施した。結果を、表１１（明細胞ＥＣ対バフィーコート）、表１２（漿液性ＥＣ対バフィーコート）、表１３（癌肉腫ＥＣ対バフィーコート）、及び表１４（類内膜ＥＣ対バフィーコート）に取り上げる。特定の遺伝子上のグレースケールの赤色陰影は、複数のサブタイプとオーバーラップするＤＭＲを示す。グレースケールの赤色陰影の程度は、マーカーアッセイの識別強度を示す。多くのアッセイは、バフィーコート試料とＥＣを１００％判別し、ＥＣと良性子宮内膜との比較では１００％近くであった。
これらの結果は、独立した試料試験に採用するための高性能な候補に関する豊富な情報源をもたらした。元の５６個のＭＤＭのうち、３３個を選択した。ほとんどが０．９０～１．００のＡＵＣ範囲内であったが、ＦＣ数が非常に高い（バックグラウンドが極めて少ない）、及び／または他のＭＤＭとの相補性を示す、それ以外のものも含まれた。全てのＭＤＭアッセイは、高度な分析性能、すなわち、直線性、有効性、配列特異性（融解曲線分析を使用して評価）、及び強力な増幅を示した。
２回目の検証では、先のステップと同様に、試料全体及びマーカーセットを１つのバッチで実施する実験を行った。約１０ｎｇのＦＦＰＥ由来の試料ＤＮＡをマーカーごとに（計３５０個）実施した。ＥＣ全体及びサブタイプ対正常組織（合わせたもの）の結果を、表１５、表１６、表１７、表１８、及び表１９に示す。複数のＭＤＭは、全てのＥＣ組織構造対ＢＥ（良性子宮内膜）にわたり、顕著なメチル化の倍率変化（１０～１０００超）を示した。交差検証したＡＵＣを表２０に示す。
次に、相補性の視覚化を可能にするヒートマトリックス形式でデータをプロットした。ＥＣ全体を９７％の特異性と９７％の感度でＢＥと識別し、ＡＵＣが０．９８である、交差検証した３－ＭＤＭパネルを、ｒＰＡＲＴモデリング（ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＳＦＭＢＴ２）から得た（図１を参照されたい）。
一部のＭＤＭは、明細胞組織構造をＢＥと識別し、他の全てのＥＣ組織構造（ＭＤＦＩ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＳＥＰＴＩＮ９、ＥＥＦ１Ａ２）及びＣ５ｏｒｆ５２は、類内膜組織構造（Ｇ１／２Ｅ、Ｇ３Ｅ）をＢＥ及び他の全てのＥＣ組織構造と識別した。
要約すると、メチローム全体のシーケンシング、厳格なフィルタリング基準、及び生物学的検証により、ＥＣに対する優れた候補ＭＤＭを得た。一部のＭＤＭは、全てのＥＣ組織構造を比較的高い感度でＢＥと識別し、一方、他のＭＤＭは組織構造の間を正確に区別する。
実施例ＩＩ．
本実施例では、実施例Ｉの材料及び方法について説明する。
本実施例では、実施例Ｉの材料及び方法について説明する。
試料：
組織及び血液を、施設のＩＲＢの監視下でＭａｙｏ Ｃｌｉｎｉｃの生物標本リポジトリより得た。試料を、対象研究承認及び組み入れ／除外基準に厳格に準拠して選択した。がんのサブタイプには、１）漿液性ＥＣ、２）明細胞ＥＣ、３）癌肉腫ＥＣ、及び４）類内膜ＥＣを含めた。対照には、非腫瘍性組織及び全血由来の白血球を含めた。組織はマクロ解剖され、専門のＧＩ病理学者が組織構造を精査した。試料は、年齢と性別を一致させ、ランダム化し、盲検化した。１１３個の凍結組織（グレード１／２子宮内膜（Ｇ１／２Ｅ）１６個、グレード３類内膜（Ｇ３Ｅ）１６個、漿液性１１個、明細胞ＥＣ１１個、子宮癌肉腫１５個、良性子宮内膜（ＢＥ）組織４４個（増殖性１４個、萎縮性１２個、不規則増殖１８個））、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）子宮頸癌（ＣＣ）７０個（扁平細胞３６個、腺癌３４個）、及び非がん女性からのバフィーコート１８個からのＤＮＡを、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｔｉｓｓｕｅ Ｍｉｎｉキット（凍結組織）、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ ＦＦＰＥ組織キット（ＦＦＰＥ組織）、及びＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｂｌｏｏｄ Ｍｉｎｉキット（バフィーコート試料）（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ ＣＡ）を使用して精製した。ＤＮＡをＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ－Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｂｒｅａ ＣＡ）で再精製し、ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ ＭＡ）で定量した。ＤＮＡの完全性をｑＰＣＲを使用して評価した。
組織及び血液を、施設のＩＲＢの監視下でＭａｙｏ Ｃｌｉｎｉｃの生物標本リポジトリより得た。試料を、対象研究承認及び組み入れ／除外基準に厳格に準拠して選択した。がんのサブタイプには、１）漿液性ＥＣ、２）明細胞ＥＣ、３）癌肉腫ＥＣ、及び４）類内膜ＥＣを含めた。対照には、非腫瘍性組織及び全血由来の白血球を含めた。組織はマクロ解剖され、専門のＧＩ病理学者が組織構造を精査した。試料は、年齢と性別を一致させ、ランダム化し、盲検化した。１１３個の凍結組織（グレード１／２子宮内膜（Ｇ１／２Ｅ）１６個、グレード３類内膜（Ｇ３Ｅ）１６個、漿液性１１個、明細胞ＥＣ１１個、子宮癌肉腫１５個、良性子宮内膜（ＢＥ）組織４４個（増殖性１４個、萎縮性１２個、不規則増殖１８個））、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）子宮頸癌（ＣＣ）７０個（扁平細胞３６個、腺癌３４個）、及び非がん女性からのバフィーコート１８個からのＤＮＡを、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｔｉｓｓｕｅ Ｍｉｎｉキット（凍結組織）、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ ＦＦＰＥ組織キット（ＦＦＰＥ組織）、及びＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｂｌｏｏｄ Ｍｉｎｉキット（バフィーコート試料）（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ ＣＡ）を使用して精製した。ＤＮＡをＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ－Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｂｒｅａ ＣＡ）で再精製し、ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ ＭＡ）で定量した。ＤＮＡの完全性をｑＰＣＲを使用して評価した。
シーケンシング：
ＲＲＢＳシーケンシングライブラリーを、変更を加えたＭｅｉｓｓｎｅｒプロトコル（Ｇｕ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ２０１１を参照されたい）に従って調製した。試料を、４プレックス形式に合わせ、Ｍａｙｏ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ＦａｃｉｌｉｔｙによりＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００機器（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ ＣＡ）でシーケンシングした。リードを、画像分析及びベースコールのためにＩｌｌｕｍｉｎａパイプラインモジュールにより処理した。二次分析を、Ｍａｙｏが開発したバイオインフォマティクススイートであるＳＡＡＰ－ＲＲＢＳを使用して実施した。簡潔に述べると、Ｔｒｉｍ－Ｇａｌｏｒｅを使用してリードをクリーンアップし、ＢＳＭＡＰで構築したＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９参照ゲノムにアラインメントさせた。カバレッジ１０倍以上、塩基品質スコア２０以上のＣｐＧについて、Ｃ／（Ｃ＋Ｔ）、または逆に、逆鎖へのリードマッピングの場合はＧ／（Ｇ＋Ａ）を算出することによりメチル化率を判定した。
ＲＲＢＳシーケンシングライブラリーを、変更を加えたＭｅｉｓｓｎｅｒプロトコル（Ｇｕ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ２０１１を参照されたい）に従って調製した。試料を、４プレックス形式に合わせ、Ｍａｙｏ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ＦａｃｉｌｉｔｙによりＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００機器（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ ＣＡ）でシーケンシングした。リードを、画像分析及びベースコールのためにＩｌｌｕｍｉｎａパイプラインモジュールにより処理した。二次分析を、Ｍａｙｏが開発したバイオインフォマティクススイートであるＳＡＡＰ－ＲＲＢＳを使用して実施した。簡潔に述べると、Ｔｒｉｍ－Ｇａｌｏｒｅを使用してリードをクリーンアップし、ＢＳＭＡＰで構築したＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９参照ゲノムにアラインメントさせた。カバレッジ１０倍以上、塩基品質スコア２０以上のＣｐＧについて、Ｃ／（Ｃ＋Ｔ）、または逆に、逆鎖へのリードマッピングの場合はＧ／（Ｇ＋Ａ）を算出することによりメチル化率を判定した。
バイオマーカーの選択：
個々のＣｐＧを、高メチル化率、すなわち、所与の遺伝子座における、その場所の総シトシン数に対するメチル化シトシンの数によってランク付けした。症例の場合、比率は≧０．２０（２０％）；組織対照の場合、≦０．０５（５％）；バフィーコート対照の場合、≦０．０１（１％）である必要があった。これらの基準を満たさなかったＣｐＧを廃棄した。続いて候補ＣｐＧを、ゲノム位置によって、１領域あたり５ＣｐＧの最小カットオフで約６０～２００ｂｐの範囲のＤＭＲ（可変メチル化領域）にビニングした。検証段階におけるＧＣ関連の増幅問題を回避するために、ＣｐＧ密度が過度に高い（＞３０％）ＤＭＲを除外した。各候補領域について、症例と対照の両方に対して個々のＣｐＧを試料ごとに比較する２Ｄマトリックスを作成した。全ての良性子宮内膜及び／または非がんバフィーコートに対するＥＣ全体、ならびにサブタイプの比較を分析した。次いで、これらのＣｐＧマトリックスを参照配列と比較して、ゲノム的に連続するメチル化部位が最初のフィルタリングの際に廃棄されたか否かを評価した。この領域のサブセットから、最終的な選択には、試料ごとのレベルで、ＤＭＲ配列全体の個々のＣｐＧの協調的かつ連続的な（症例における）高メチル化が必要であった。逆に、対照試料は、症例の少なくとも１０分の１のメチル化が必要であり、ＣｐＧパターンはよりランダムで協調性が低くなければならなかった。サブタイプコホート内のがん試料の少なくとも１０％は、ＤＭＲ内の全てのＣｐＧ部位に少なくとも５０％の高メチル化率を有している必要があった。
個々のＣｐＧを、高メチル化率、すなわち、所与の遺伝子座における、その場所の総シトシン数に対するメチル化シトシンの数によってランク付けした。症例の場合、比率は≧０．２０（２０％）；組織対照の場合、≦０．０５（５％）；バフィーコート対照の場合、≦０．０１（１％）である必要があった。これらの基準を満たさなかったＣｐＧを廃棄した。続いて候補ＣｐＧを、ゲノム位置によって、１領域あたり５ＣｐＧの最小カットオフで約６０～２００ｂｐの範囲のＤＭＲ（可変メチル化領域）にビニングした。検証段階におけるＧＣ関連の増幅問題を回避するために、ＣｐＧ密度が過度に高い（＞３０％）ＤＭＲを除外した。各候補領域について、症例と対照の両方に対して個々のＣｐＧを試料ごとに比較する２Ｄマトリックスを作成した。全ての良性子宮内膜及び／または非がんバフィーコートに対するＥＣ全体、ならびにサブタイプの比較を分析した。次いで、これらのＣｐＧマトリックスを参照配列と比較して、ゲノム的に連続するメチル化部位が最初のフィルタリングの際に廃棄されたか否かを評価した。この領域のサブセットから、最終的な選択には、試料ごとのレベルで、ＤＭＲ配列全体の個々のＣｐＧの協調的かつ連続的な（症例における）高メチル化が必要であった。逆に、対照試料は、症例の少なくとも１０分の１のメチル化が必要であり、ＣｐＧパターンはよりランダムで協調性が低くなければならなかった。サブタイプコホート内のがん試料の少なくとも１０％は、ＤＭＲ内の全てのＣｐＧ部位に少なくとも５０％の高メチル化率を有している必要があった。
別の分析では、独自のＤＭＲ同定パイプライン及び回帰パッケージを利用して、ＣｐＧの平均メチル化値に基づいてＤＭＲを導出した。平均メチル化パーセンテージの差を、ＥＣ症例、組織対照、及びバフィーコート対照の間で比較し、マッピングしたＣｐＧの各々の１００塩基対内のタイル状に並べたリーディングフレームを使用して、対照のメチル化が５％未満のＤＭＲを同定した。カバレッジ深度の合計が１対象あたり平均１０リードであり、サブグループ間の分散が０を超える場合にのみＤＭＲを分析した。生物学的に関連するオッズ比の増加が３倍を超え、かつカバレッジ深度が１０リードであると仮定すると、有意水準５％の両側検定で８０％の検出力を達成し、二項分散拡大係数（ｂｉｎｏｍｉａｌ ｖａｒｉａｎｃｅ ｉｎｆｌａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ）を１と仮定するには、１群あたり１８個以上の試料が必要であった。
回帰後、ＤＭＲを、症例と全ての対照との間のｐ値、受信者動作特性曲線下の面積（ＡＵＣ）、及び倍率変化の差によってランク付けした。独立した検証を事前に計画していたことから、この段階において誤検出の調整は行わなかった。
バイオマーカーの検証：
ＤＭＲのサブセットを、さらなる展開のために選択した。基準は主に、領域の判別可能性の性能評価を提供する、ロジスティックに導出された（ｌｏｇｉｓｔｉｃ－ｄｅｒｉｖｅｄ）ＲＯＣ曲線下面積尺度であった。ＡＵＣ０．８５をカットオフとして選択した。さらに、メチル化倍率変化率（平均がん高メチル化率／平均対照高メチル化率）を算出し、組織対組織の比較には下限１０を使用し、組織対バフィーコートの比較には下限２０を使用した。Ｐ値は０．０１未満である必要があった。ＤＭＲは、平均及び個別のＣｐＧ選択プロセスの両方に記載しなければならなかった。定量的メチル化特異的ＰＣＲ（ｑＭＳＰ）プライマーを、ＭｅｔｈＰｒｉｍｅｒ（Ｌｉ ＬＣ ａｎｄ Ｄａｈｉｙａ Ｒ．ＭｅｔｈＰｒｉｍｅｒ：ｄｅｓｉｇｎｉｎｇ ｐｒｉｍｅｒｓ ｆｏｒ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ＰＣＲｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２００２ Ｎｏｖ；１８（１１）：１４２７－３１ ＰＭＩＤ：１２４２４１１２）を使用して候補領域用に設計し、２０ｎｇ（６２５０当量）の陽性及び陰性のゲノムメチル化対照をＱＣ検査した。最適な識別のために、複数のアニーリング温度を試験した。検証を２段階のｑＭＳＰで実施した。第１段階を、シーケンシングしたＤＮＡ試料の再試験で構成した。これは、ＤＭＲが実際に判別性が高く、極めて大規模な次世代データセットの過剰適合の結果ではないことを立証するために行った。第２段階は、比較的多くの独立した試料のセットを利用した。
ＤＭＲのサブセットを、さらなる展開のために選択した。基準は主に、領域の判別可能性の性能評価を提供する、ロジスティックに導出された（ｌｏｇｉｓｔｉｃ－ｄｅｒｉｖｅｄ）ＲＯＣ曲線下面積尺度であった。ＡＵＣ０．８５をカットオフとして選択した。さらに、メチル化倍率変化率（平均がん高メチル化率／平均対照高メチル化率）を算出し、組織対組織の比較には下限１０を使用し、組織対バフィーコートの比較には下限２０を使用した。Ｐ値は０．０１未満である必要があった。ＤＭＲは、平均及び個別のＣｐＧ選択プロセスの両方に記載しなければならなかった。定量的メチル化特異的ＰＣＲ（ｑＭＳＰ）プライマーを、ＭｅｔｈＰｒｉｍｅｒ（Ｌｉ ＬＣ ａｎｄ Ｄａｈｉｙａ Ｒ．ＭｅｔｈＰｒｉｍｅｒ：ｄｅｓｉｇｎｉｎｇ ｐｒｉｍｅｒｓ ｆｏｒ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ＰＣＲｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２００２ Ｎｏｖ；１８（１１）：１４２７－３１ ＰＭＩＤ：１２４２４１１２）を使用して候補領域用に設計し、２０ｎｇ（６２５０当量）の陽性及び陰性のゲノムメチル化対照をＱＣ検査した。最適な識別のために、複数のアニーリング温度を試験した。検証を２段階のｑＭＳＰで実施した。第１段階を、シーケンシングしたＤＮＡ試料の再試験で構成した。これは、ＤＭＲが実際に判別性が高く、極めて大規模な次世代データセットの過剰適合の結果ではないことを立証するために行った。第２段階は、比較的多くの独立した試料のセットを利用した。
これらの組織を、専門家の臨床的及び病理学的精査により、前と同様に同定した。ＤＮＡ精製を前述のように実施した。バイサルファイト変換ステップには、ＥＺ－９６ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎキット（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｒｖｉｎｅ ＣＡ）を使用した。Ｒｏｃｈｅ ４８０ ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（Ｒｏｃｈｅ，Ｂａｓｅｌ Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）でＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ検出を使用して、１０ｎｇの変換したＤＮＡ（マーカーあたり）を増幅した。段階希釈したユニバーサルメチル化ゲノムＤＮＡ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を、定量標準物質として使用した。ＣｐＧに依存しないＡＣＴＢ（β－アクチン）アッセイをインプット参照及び正規化対照として使用した。結果を、メチル化されたコピー（特異的マーカー）／ＡＣＴＢのコピーとして表した。
統計情報：
結果を、個々のＭＤＭ（メチル化ＤＮＡマーカー）の性能についてロジスティックに分析した。マーカーの組み合わせには、２つの技術を使用した。まず、ｒＰａｒｔ技術をＭＤＭセット全体に適用し、３つのＭＤＭの組み合わせに限定してから、ｒＰａｒｔで予測したがんの確率を算出した。２番目のアプローチでは、元のデータのブートストラップ試料（トレーニング用のデータのおよそ２／３）に適合する５００個の個別のｒＰａｒｔモデルを生成して、ＭＤＭパネル全体の交差検証誤差（試験用のデータの１／３）を推定するために使用するランダムフォレスト回帰（ｒＦｏｒｅｓｔ）を使用し、これを、真の交差検定尺度を過小評価または過大評価する偽のスプリット（ｓｐｕｒｉｏｕｓ ｓｐｌｉｔ）を回避するため５００回繰り返した。次いで、５００回の繰り返しにわたって結果を平均した。
結果を、個々のＭＤＭ（メチル化ＤＮＡマーカー）の性能についてロジスティックに分析した。マーカーの組み合わせには、２つの技術を使用した。まず、ｒＰａｒｔ技術をＭＤＭセット全体に適用し、３つのＭＤＭの組み合わせに限定してから、ｒＰａｒｔで予測したがんの確率を算出した。２番目のアプローチでは、元のデータのブートストラップ試料（トレーニング用のデータのおよそ２／３）に適合する５００個の個別のｒＰａｒｔモデルを生成して、ＭＤＭパネル全体の交差検証誤差（試験用のデータの１／３）を推定するために使用するランダムフォレスト回帰（ｒＦｏｒｅｓｔ）を使用し、これを、真の交差検定尺度を過小評価または過大評価する偽のスプリット（ｓｐｕｒｉｏｕｓ ｓｐｌｉｔ）を回避するため５００回繰り返した。次いで、５００回の繰り返しにわたって結果を平均した。
実施例ＩＩＩ．
本実施例では、乳癌を検出するための子宮内膜癌組織マーカー及び血漿マーカーの同定について説明する。
本実施例では、乳癌を検出するための子宮内膜癌組織マーカー及び血漿マーカーの同定について説明する。
ＥＣ、明細胞ＥＣ、漿液性ＥＣ、癌肉腫ＥＣ、及び類内膜ＥＣを検出するための候補メチル化マーカーを、ＥＣ組織試料及び正常子宮内膜組織試料のＲＲＢＳにより同定した。メチル化ＤＮＡマーカーを同定するために、患者群あたり１６５個の試料（すなわち、良性１９個、腺癌３４個、扁平上皮癌３６個、癌腫子宮内膜癌（ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ ｃａｎｃｅｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）１５個、明細胞子宮内膜癌１１個、類内膜子宮内膜癌グレード１ ５個、類内膜子宮内膜癌グレード２ １１個、類内膜子宮内膜癌グレード３ １６個、及び正常バフィーコート１８個）を、ＲＲＢＳプロセスに供し、続いてバイサルファイト変換ヒトゲノムにアラインメントした。正常子宮内膜及びバフィーコートと比較して子宮内膜癌においてメチル化率が高いＣｐＧ領域を選択し、それらの遺伝子名にマッピングした。
ＲＲＢＳによってマーカーを選択後、合計６１個のメチル化マーカーを同定し、標的濃縮ロングプローブ定量的増幅シグナルアッセイを設計し発注した（一般的技術については、例えば、ＷＯ２０１７／０７５０６１及び米国特許出願第１５，８４１，００６号を参照されたい）。表２１は、６１個のメチル化マーカーに使用されるマーカー染色体領域を示す。表２２及び表２３は、マーカーのプライマー情報及びプローブ情報を示す。図２は、６１個のメチル化マーカーに使用されるマーカー染色体領域ならびに関連するプライマー及びプローブの情報をさらに示す。
展開した全てのアッセイを、Ｑｕａｓａｒ６７０にレポートする参照アッセイＢ３ＧＡＬＴ６を用いてトリプレックスにした（表２６を参照されたい）。アッセイを、以下の分布及びサブタイプの１５６個の良性及びがん試料で試験した：子宮頸癌腺癌２１個、扁平上皮子宮頸癌２０個、癌肉腫子宮内膜癌１３個、明細胞子宮内膜癌１１個、漿液性子宮内膜癌１０個、類内膜子宮内膜癌グレード１ ４個、類内膜子宮内膜癌グレード２ ９個、類内膜子宮内膜癌グレード３ １６個、良性子宮頸膣１６個、子宮内膜良性萎縮６個、子宮内膜良性不規則増殖３個、良性増殖性子宮内膜６個、良性分泌性子宮内膜、異型のない子宮内膜複雑型過形成４個、異型を伴う子宮内膜複雑型過形成１０個、及び異型のない子宮内膜単純型過形成２個。
各メチル化マーカーの感度を、サブタイプごとに９５％のカットオフで算出した。表２４及び表２５に示す。表２４は、癌肉腫ＥＣ、明細胞ＥＣ、及び漿液性ＥＣに対する、表２１に示したマーカーの９５％での子宮内膜組織感度を示す。表２５は、類内膜ＥＣグレード１、類内膜ＥＣグレード２、及び類内膜ＥＣグレード３に対する、表２１に示したマーカーの９５％での子宮内膜組織感度を示す。
このような試験では、マルチプレックスＰＣＲ反応を設定し完了した。各マルチプレックスＰＣＲ反応を、各マーカーの２μＭフォワードプライマーと２μＭリバースプライマーとを含有する中間プライマーミックスを用いて設定した。マルチプレックスＰＣＲ反応１を、以下のマーカー：ＡＩＭ１＿Ｃ、ＡＧＲＮ＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ｂ、ＬＨＦＰＬ２＿Ｂ、ＡＫＲ７Ａ３、ＬＲＲＣ４１＿Ｄ、ＬＯＣ１００１２９７２６＿Ｂ、及びＢ３ＧＡＬＴ６の各々で構成した。マルチプレックスＰＣＲ反応２を、以下のマーカー：ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３５６－１０４６２４５１３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４：１０３０２１６５４－１０３０２１７２５、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＲＨＢＤＬ１＿Ｂ、ＯＢＳＣＮ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＳＥＰＴ９＿Ｄ、ＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、及びＢ３ＧＡＬＴ６の各々で構成した。マルチプレックスＰＣＲ反応３を、以下のマーカー：ＺＮＦ３２３＿Ｂ、ＶＩＬＬ、ＺＭＩＺ１＿Ｄ、ＳＬＣ１３Ａ５＿Ｂ、Ｃ８ｏｒｆ７３＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８：１４５１０３９００－１４５１０３９９３、ＫＢＴＢＤ１１＿Ｂ、ＡＲＬ５Ｃ、ＴＲＩＭ７１＿Ｂ、ＬＯＣ１００１９２３７９＿Ｃ、ＳＴＸ１６＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ｂ、及びＢ３ＧＡＬＴ６の各々で構成した。マルチプレックスＰＣＲ反応４を、以下のマーカー：ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＸＣＬ１２、ＩＲＦ４、ＣＮＴＮ４、ＧＲＩＮ２Ａ、ＮＯＴＣＨ３、ＰＡＸ１、ＺＮＦ５２１、ＶＳＸ１、ＪＡＭ３、及びＢ３ＧＡＬＴ６の各々で構成した。マルチプレックスＰＣＲ反応５を、以下のマーカー：ＣＲＨＲ２、ＦＡＭ１９Ａ５、ＡＳＣＬ１、ＧＬＴ１Ｄ１、Ｔ、ＣＡＰＮ２、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＢＡＲＸ１、ＺＮＦ６７１＿Ｂ、ＳＩＭ２、及びＢ３ＧＡＬＴ６の各々で構成した。
各マルチプレックスＰＣＲ反応を、０．２μＭ反応緩衝液、０．０７５μＭプライマーミックス、０．０２５μＭ Ｈｏｔｓｔａｒｔ Ｇｏ Ｔａｑ（５Ｕ／μＬ）の最終濃度に設定し２５μＬのマスターミックスを得て、これを、７５μＬの最終反応容量のために５０μＬのＤＮＡ鋳型と合わせた。マルチプレックスＰＣＲの熱プロファイルには、９５℃で５分間のプレインキュベーション段階、９５℃で３０秒間、６４℃で６０秒間の２段階の増幅段階、及び無制限に維持される４℃の冷却段階が１２サイクル必要であった。マルチプレックスＰＣＲの完了後、ＰＣＲ産物をＴｅを使用して１：１０に希釈し、続いて各ＬＱＡＳ反応に１０μＬを使用した。各ＬＱＡＳアッセイを、２つのメチル化マーカー及び参照遺伝子としてのＢ３ＧＡＬＴ６からなるトリプレックス形式で展開した。各ＬＱＡＳアッセイを、２５００μＭのｄＮＴＰとともに、各メチル化マーカー及びＢ３ＧＡＬＴ６に対する２μＭの各プライマー、５μＭの各メチル化マーカープローブ、５μＭの各ＦＲＥＴカセットを使用して構築した。
マルチプレックスＰＣＲ産物１から、以下の６つのＬＱＡＳアッセイを実施した（表２６を参照されたい）：（１．）ＡＩＭ１＿Ｃ、ＡＧＲＮ＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（２．）Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（３．）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（４．）ＧＤＦ７＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（５．）ＬＨＦＰＬ２＿Ｂ、ＡＫＲ７Ａ３、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（６．）ＬＲＲＣ４１＿Ｄ、ＬＯＣ１００１２９７２６＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６。マルチプレックスＰＣＲ産物２から、以下の７つのＬＱＡＳアッセイを実施した（表２６を参照されたい）：（１．）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（２．）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３５６－１０４６２４５１３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４：１０３０２１６５４－１０３０２１７２５、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（３．）ＭＤＦＩ、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（４．）ＲＨＢＤＬ１＿Ｂ、ＯＢＳＣＮ＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（５．）ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＳＥＰＴ９＿Ｄ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（６．）ＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（７．）ＩＴＰＫＡ、Ｂ３ＧＡＬＴ６。マルチプレックスＰＣＲ産物３から、以下の６つのＬＱＡＳアッセイを実施した（表２６を参照されたい）：（１．）ＺＮＦ３２３＿Ｂ、ＶＩＬＬ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（２．）ＺＭＩＺ１＿Ｄ、ＳＬＣ１３Ａ５＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（３．）Ｃ８ｏｒｆ７３＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８：１４５１０３９００－１４５１０３９９３、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（４．）ＫＢＴＢＤ１１＿Ｂ、ＡＲＬ５Ｃ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（５．）ＴＲＩＭ７１＿Ｂ、ＬＯＣ１００１９２３７９＿Ｃ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（６．）ＳＴＸ１６＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ｂ、及びＢ３ＧＡＬＴ６。マルチプレックスＰＣＲ産物４から、以下の６つのＬＱＡＳアッセイを実施した（表２６を参照されたい）：（１．）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（２．）ＴＲＨ、ＣＸＣＬ１２、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（３．）ＩＲＦ４、ＣＮＴＮ４、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（４．）ＧＲＩＮ２Ａ、ＮＯＴＣＨ３、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（５．）ＰＡＸ１、ＺＮＦ５２１、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（６．）ＶＳＸ１、ＪＡＭ３、及びＢ３ＧＡＬＴ６。マルチプレックスＰＣＲ産物５から、以下の５つのＬＱＡＳアッセイを実施した（表２６を参照されたい）：（１．）ＥＭＸ１、ＡＲＨＧＥＦ４、ＢＴＡＣＴ；（２．）ＯＰＬＡＨ、ＣＹＰ２６Ｃ１、ＢＴＡＣＴ；（３．）ＺＮＦ７８１、ＤＬＸ４、ＢＴＡＣＴ；（４．）ＰＴＧＤＲ、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＢＴＡＣＴ；（５．）ＧＲＩＮ２Ｄ、ｃｈｒ１７＿７３７、及びＢＴＡＣＴ。マルチプレックスＰＣＲ産物６から、以下の６つのＬＱＡＳアッセイを実施した（表２７を参照されたい）：（１．）ＣＲＨＲ２、ＦＡＭ１９Ａ５、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（２．）ＡＳＣＬ１、ＧＬＴ１Ｄ１、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（３．）Ｔ、ＣＡＰＮ２、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（４．）ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（５．）ＢＡＲＸ１、ＺＮＦ６７１＿Ｂ、Ｂ３ＧＡＬＴ６；（６．）ＳＩＭ２及びＢ３ＧＡＬＴ６。
全てのＬＱＡＳアッセイを、既に公表されている標準的な条件で設定し実施した。
ここで本発明を十分に説明してきたが、本発明の範囲またはその任意の実施形態に影響を与えることなく、条件、配合、及び他のパラメータの広範囲かつ同等の範囲内で同じものを実施できることが、当業者らには理解されるであろう。本明細書に引用された全ての特許、特許出願、及び出版物は、その全体が参照により本明細書に完全に組み込まれる。
参照による組み込み
本明細書で言及される特許文書及び科学論文のそれぞれの開示全体が、あらゆる目的のために参照により組み込まれる。
本明細書で言及される特許文書及び科学論文のそれぞれの開示全体が、あらゆる目的のために参照により組み込まれる。
等価物
本発明は、趣旨またはその本質的な特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で実施され得る。したがって、前述の実施形態は、本明細書に記載の本発明を限定するのではなく、あらゆる点で例示と見なされるべきである。したがって、本発明の範囲は、前述の説明ではなく添付の特許請求の範囲により示され、特許請求の範囲の等価の意味及び範囲内にある全ての変更が、そこに包含されることが意図される。
本発明は、趣旨またはその本質的な特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で実施され得る。したがって、前述の実施形態は、本明細書に記載の本発明を限定するのではなく、あらゆる点で例示と見なされるべきである。したがって、本発明の範囲は、前述の説明ではなく添付の特許請求の範囲により示され、特許請求の範囲の等価の意味及び範囲内にある全ての変更が、そこに包含されることが意図される。
Claims (122)
- 生体試料中のゲノムＤＮＡをメチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬で処理することを通じて、ヒト個体の前記生体試料における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定すること；
選択された前記１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉によって、前記１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを判定すること、を含む方法であって；
前記１つ以上の遺伝子が以下の群：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
（ｖｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｖｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｖｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｘ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；
（ｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
（ｘｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｘｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｘｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；
（ｘｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｖｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｘｖｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｘｖｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｘ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；
（ｘｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｘｘｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｘｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｘｘｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｘｘｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ
のうちの１つから選択される、前記方法。 - 前記ＤＮＡが、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬で処理される、請求項１に記載の方法。
- 前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬のうちの１つ以上を含む、請求項２に記載の方法。
- 前記ＤＮＡがバイサルファイト試薬で処理され、バイサルファイト処理ＤＮＡを生成する、請求項３に記載の方法。
- 前記測定することが、マルチプレックス増幅を含む、請求項１に記載の方法。
- 少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定することが、メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化特異的ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、ＰＣＲ－フラップアッセイ、及びバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲからなる群から選択される１つ以上の方法を使用することを含む、請求項１に記載の方法。
- 前記試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）のうちの１つ以上を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項１に記載の方法。
- 試料を特徴付ける方法であって、
ａ）前記試料からのＤＮＡ中の少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定することであって、前記少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子が、以下の群：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
（ｖｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｖｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｖｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｘ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；
（ｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
（ｘｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｘｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｘｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；
（ｘｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｖｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｘｖｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｘｖｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｘ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；
（ｘｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｘｘｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｘｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｘｘｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｘｘｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ
のうちの１つから選択される１つ以上の遺伝子である、前記測定すること；
ｂ）前記ＤＮＡ中の少なくとも１つの参照マーカーの量を測定すること；ならびに
ｃ）前記ＤＮＡ中で測定された前記少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、前記ＤＮＡ中で測定された前記参照マーカー遺伝子の量のパーセンテージとして算出することであって、前記値が、前記試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡの量を示す、前記算出すること、を含む、前記方法。 - 前記少なくとも１つの参照マーカーが、Ｂ３ＧＡＬＴ６ ＤＮＡ及びβ－アクチンＤＮＡから選択される１つ以上の参照マーカーを含む、請求項９に記載の方法。
- 前記試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）のうちの１つ以上を含む、請求項９に記載の方法。
- 前記ＤＮＡが、前記試料から抽出される、請求項９に記載の方法。
- 前記ＤＮＡが、メチル化特異的な形でＤＮＡを修飾する試薬で処理される、請求項９に記載の方法。
- 前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及びバイサルファイト試薬のうちの１つ以上を含む、請求項１３に記載の方法。
- 前記ＤＮＡがバイサルファイト試薬で処理され、バイサルファイト処理ＤＮＡを生成する、請求項１４に記載の方法。
- 修飾されたＤＮＡが、前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して増幅される、請求項１４に記載の方法。
- 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項１６に記載の方法。
- メチル化マーカー遺伝子の量を測定することが、ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、及び標的捕捉のうちの１つ以上を使用することを含む、請求項９に記載の方法。
- 前記測定することが、マルチプレックス増幅を含む、請求項１８に記載の方法。
- 少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子の量を測定することが、メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化特異的ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、ＰＣＲ－フラップアッセイ、及びバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲからなる群から選択される１つ以上の方法を使用することを含む、請求項１８に記載の方法。
- 生体試料を特徴付けるための方法であって、
（ａ）ヒト個体の生体試料中の以下の群：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ
のうちの１つから選択される１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを、前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理することを通じて測定すること；
前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記バイサルファイト処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、前記ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定すること；
（ｂ）前記メチル化レベルを、ＥＣを有しない対照試料中の対応する遺伝子のセットのメチル化レベルと比較すること；ならびに
（ｃ）前記１つ以上の遺伝子中で測定されたメチル化レベルが前記対照試料のそれぞれにおいて測定されたメチル化レベルよりも高い場合、前記個体がＥＣを有すると判定すること、を含む、前記方法。 - 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項２１に記載の方法。
- 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）である、請求項２１に記載の方法。
- 前記１つ以上の遺伝子が、表１、表８または表２１に示されるゲノム座標によって記述される、請求項２１に記載の方法。
- 前記ＣｐＧ部位が、コード領域または調節領域に存在する、請求項２１に記載の方法。
- 前記１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを判定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を判定することからなる群から選択される判定を含む、請求項２１に記載の方法。
- 生体試料を特徴付けるための方法であって、
（ａ）ヒト個体の生体試料中の以下の群：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ
のうちの１つから選択される１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを、前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理することを通じて測定すること；
前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記バイサルファイト処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、前記ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定すること；
（ｂ）前記メチル化レベルを、ＥＣを有しない対照試料中の対応する遺伝子のセットのメチル化レベルと比較すること；ならびに
（ｃ）前記１つ以上の遺伝子中で測定されたメチル化レベルが前記対照試料のそれぞれにおいて測定されたメチル化レベルよりも高い場合、前記個体が明細胞ＥＣを有すると判定すること、を含む、前記方法。 - 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項２７に記載の方法。
- 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）である、請求項２７に記載の方法。
- 前記１つ以上の遺伝子が、表１、表８または表２１に示されるゲノム座標によって記述される、請求項２７に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、または第ｉｖ群から選択され；
前記生体試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｖ群内にある、請求項２７に記載の方法。 - 前記１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを判定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を判定することからなる群から選択される判定を含む、請求項２７に記載の方法。
- 生体試料を特徴付けるための方法であって、
（ａ）ヒト個体の生体試料中の以下の群：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ
のうちの１つから選択される１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを、前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理することを通じて測定すること；
前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記バイサルファイト処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、前記ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定すること；
（ｂ）前記メチル化レベルを、ＥＣを有しない対照試料中の対応する遺伝子のセットのメチル化レベルと比較すること；ならびに
（ｃ）前記１つ以上の遺伝子中で測定されたメチル化レベルが前記対照試料のそれぞれにおいて測定されたメチル化レベルよりも高い場合、前記個体が癌肉腫ＥＣ（ｃａｒｃｉｎｏｓａｒｃｏｍａ ＥＣ）を有すると判定すること、を含む、前記方法。 - 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項３３に記載の方法。
- 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）である、請求項３３に記載の方法。
- 前記１つ以上の遺伝子が、表１、表８または表２１に示されるゲノム座標によって記述される、請求項３３に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、または第ｉｖ群から選択され；
前記生体試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｖ群内にある、請求項３３に記載の方法。 - 前記１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを判定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を判定することからなる群から選択される判定を含む、請求項３３に記載の方法。
- 生体試料を特徴付けるための方法であって、
（ａ）ヒト個体の生体試料中の以下の群：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ
のうちの１つから選択される１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを、前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理することを通じて測定すること；
前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記バイサルファイト処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、前記ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定すること；
（ｂ）前記メチル化レベルを、ＥＣを有しない対照試料中の対応する遺伝子のセットのメチル化レベルと比較すること；ならびに
（ｃ）前記１つ以上の遺伝子中で測定されたメチル化レベルが前記対照試料のそれぞれにおいて測定されたメチル化レベルよりも高い場合、前記個体が漿液性ＥＣを有すると判定すること、を含む、前記方法。 - 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項３９に記載の方法。
- 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）である、請求項３９に記載の方法。
- 前記１つ以上の遺伝子が、表１、表８または表２１に示されるゲノム座標によって記述される、請求項３９に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、または第ｉｖ群から選択され；
前記生体試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｖ群内にある、請求項３９に記載の方法。 - 前記１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを判定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を判定することからなる群から選択される判定を含む、請求項３９に記載の方法。
- 生体試料を特徴付けるための方法であって、
（ａ）ヒト個体の生体試料中の以下の群：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ
のうちの１つから選択される１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを、前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理することを通じて測定すること；
前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記バイサルファイト処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、前記ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定すること；
（ｂ）前記メチル化レベルを、ＥＣを有しない対照試料中の対応する遺伝子のセットのメチル化レベルと比較すること；ならびに
（ｃ）前記１つ以上の遺伝子中で測定されたメチル化レベルが前記対照試料のそれぞれにおいて測定されたメチル化レベルよりも高い場合、前記個体が類内膜ＥＣを有すると判定すること、を含む、前記方法。 - 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項４５に記載の方法。
- 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）である、請求項４５に記載の方法。
- 前記１つ以上の遺伝子が、表１、表８または表２１に示されるゲノム座標によって記述される、請求項４５に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖ群、第ｖｉ群及び第ｖｉｉ群から選択され；
前記生体試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉｖ群内にある、請求項４５に記載の方法。 - 前記１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを判定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を判定することからなる群から選択される判定を含む、請求項４５に記載の方法。
- （ａ）ヒト個体の生体試料中の以下の群：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
（ｖｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｖｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｖｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｘ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；
（ｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
（ｘｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｘｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｘｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；
（ｘｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｖｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｘｖｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｘｖｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｘ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；
（ｘｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｘｘｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｘｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｘｘｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｘｘｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ
のうちの１つから選択される１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを、前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理することを通じて測定すること；
前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記バイサルファイト処理したゲノムＤＮＡを増幅すること；ならびに
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトパイロシークエンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシングＰＣＲによって、前記ＣｐＧ部位のメチル化レベルを判定すること、を含む、方法。 - 前記選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットが、表１０または表２２に列挙されている、請求項５１に記載の方法。
- 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料（例えば、子宮内膜組織）である、請求項５１に記載の方法。
- 前記１つ以上の遺伝子が、表１、表８または表２１に示されるゲノム座標によって記述される、請求項５１に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖｉ群、第ｖｉｉ群、第ｖｉｉｉ群、第ｉｘ群、第ｘｉ群、第ｘｉｉ群、第ｘｉｉｉ群、第ｘｉｖ群、第ｘｖｉ群、第ｘｖｉｉ群、第ｘｖｉｉｉ群、第ｘｉｘ群、第ｘｘｉ群、第ｘｘｉｉ群、第ｘｘｉｉｉ群、第ｘｘｖ群、第ｘｘｖｉ群、または第ｘｘｖｉｉ群から選択され；
前記生体試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｖ群、第ｘ群、第ｘｖ群、または第ｘｘｉｖ群内にある、請求項５１に記載の方法。 - 前記１つ以上の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを判定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を判定することからなる群から選択される判定を含む、請求項５１に記載の方法。
- 対象から得られた試料中の子宮内膜癌についてスクリーニングする方法であって、
１）以下の群：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；ならびに
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ
のうちの１つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること；ならびに
２）前記マーカーの前記メチル化状態が子宮内膜癌を有しない対象においてアッセイされた前記マーカーのメチル化状態と異なる場合、前記対象が子宮内膜癌を有すると同定すること、を含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項５７に記載の方法。
- 前記マーカーが、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する、請求項５７に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項５７に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項５７に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項５７に記載の方法。
- 前記試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖ群、第ｖｉ群または第ｖｉｉ群から選択され；
前記試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉｖ群内にある、請求項５７に記載の方法。 - 対象から得られた試料中の明細胞子宮内膜癌についてスクリーニングする方法であって、
１）以下の群：
（ｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ
のうちの１つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること；ならびに
２）前記マーカーの前記メチル化状態が明細胞子宮内膜癌を有しない対象においてアッセイされた前記マーカーのメチル化状態と異なる場合、前記対象が明細胞子宮内膜癌を有すると同定すること、を含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項６４に記載の方法。
- 前記マーカーが、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する、請求項６４に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項６４に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項６４に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項６４に記載の方法。
- 前記試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖ群、第ｖｉ群または第ｖｉｉ群から選択され；
前記試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉｖ群内にある、請求項６４に記載の方法。 - 対象から得られた試料中の癌肉腫子宮内膜癌についてスクリーニングする方法であって、
１）以下の群：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ
のうちの１つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること；ならびに
２）前記マーカーの前記メチル化状態が癌肉腫子宮内膜癌を有しない対象においてアッセイされた前記マーカーのメチル化状態と異なる場合、前記対象が癌肉腫子宮内膜癌を有すると同定すること、を含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項７１に記載の方法。
- 前記マーカーが、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する、請求項７１に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項７１に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項７１に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項７１に記載の方法。
- 前記試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖ群、第ｖｉ群または第ｖｉｉ群から選択され；
前記試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉｖ群内にある、請求項７１に記載の方法。 - 対象から得られた試料中の漿液性子宮内膜癌についてスクリーニングする方法であって、
１）以下の群：
（ｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；ならびに
（ｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ
のうちの１つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること；ならびに
２）前記マーカーの前記メチル化状態が漿液性子宮内膜癌を有しない対象においてアッセイされた前記マーカーのメチル化状態と異なる場合、前記対象が漿液性子宮内膜癌を有すると同定すること、を含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項７８に記載の方法。
- 前記マーカーが、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する、請求項７８に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項７８に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項７８に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項７８に記載の方法。
- 前記試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖ群、第ｖｉ群または第ｖｉｉ群から選択され；
前記試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉｖ群内にある、請求項７８に記載の方法。 - 対象から得られた試料中の類内膜子宮内膜癌についてスクリーニングする方法であって、
１）以下の群：
（ｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ
のうちの１つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること；ならびに
２）前記マーカーの前記メチル化状態が類内膜子宮内膜癌を有しない対象においてアッセイされた前記マーカーのメチル化状態と異なる場合、前記対象が類内膜子宮内膜癌を有すると同定すること、を含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項８５に記載の方法。
- 前記マーカーが、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する、請求項８５に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項８５に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項８５に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項８５に記載の方法。
- 前記試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖ群、第ｖｉ群または第ｖｉｉ群から選択され；
前記試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉｖ群内にある、請求項８５に記載の方法。 - ヒト患者からの試料を特徴付けるための方法であって、
ａ）ヒト患者の試料からＤＮＡを得ること；
ｂ）以下の群：
（ｉ）ＡＦＦ３、ＡＩＭ１＿Ａ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、Ｃ５ｏｒｆ５２、ＣＬＤＮ７、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＥＦ１Ａ２、ＥＭＸ２ＯＳ、ＦＥＶ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＫＣＴＤ１５＿Ａ、ＫＬＨＬ２１、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＭＭＰ２３Ｂ、ＮＤＲＧ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＰＹＣＡＲＤ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＳＬＣ６Ａ３＿Ａ、ＳＬＣ８Ａ３＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＩＬＬ、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、及びＺＮＦ９０；
（ｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、及びＳＦＭＢＴ２＿Ｂ；
（ｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｖ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＣＹＴＨ２、ＮＢＰＦ８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３；
（ｖ）ＡＮＫＲＤ３５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＲＢ１、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｂ、ＢＣＬ２Ｌ１１＿Ｃ、ＢＺＲＡＰ１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１７ｏｒｆ１０１、Ｃ６ｏｒｆ１３２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＤＥＤＤ２、ＥＰＳ１５Ｌ１、ＦＡＩＭ２、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＭ１８９Ｂ、ＦＡＭ７８Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＩＦＦＯ１＿Ａ、ＩＦＦＯ１＿Ｂ、ＩＴＰＫＡ、ＫＬＦ１６、ＬＩＭＤ２、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＬＯＣ６４６２７８、ＬＹＬ１、ＬＹＰＬＡＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．３２３５５２２６－３２３５５２５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０２１７２６２１－１０２１７２６８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０５５１２１２２－１０５５１２２３９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９５１２８１４４－９５１２８２４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１６．１１３２７０１６－１１３２７３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ３．１８７６７６５７７－１８７６７６６６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．１７４４３０６７６－１７４４３０８４７、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５９００７８３－１４５９００９１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．８０８０４２３７－８０８０４３０１、Ｎ４ＢＰ３、ＮＣＯＲ２、ＮＦＡＴＣ１＿Ａ、ＮＦＡＴＣ１＿Ｂ、ＮＫＸ２－６、ＮＲ２Ｆ６、ＯＳＭ、ＰＡＬＬＤ＿Ｃ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＲＡＤ５２、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＵＣＬＧ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＺＤＨＨＣ１８、及びＺＮＦ６７１＿Ａ；
（ｖｉ）ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＮＤＲＧ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＥＥＦ１Ａ２、ＡＩＭ１＿Ａ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＯＢＳＣＮ、ＰＹＣＡＲＤ、ＧＤＦ６、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＳＣＬ８Ａ３、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＡＦＦ３、Ｃ１ｏｒｆ７０、ＧＤＦ７＿Ａ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＦＥＶ、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２；
（ｖｉｉ）ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＭＰ２３Ｂ、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、及びＳＴＸ１６＿Ａ；
（ｖｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＥＥＦ１Ａ２、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｉｘ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＯＢＳＣＮ＿Ｂ；
（ｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ３２３＿Ａ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＮＤＲＧ２、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＭＤＦＩ＿Ｂ、ＤＬＬ４、ＧＤＦ７＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＥＭＸ２、ＭＭＰ２３Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＮＢＰＦ８、ＳＥＰＴ９＿Ｂ、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＮＦＩＣ；
（ｘｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＬＤＮ７、ＣＹＴＨ２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＡＨＳＡ２、ＤＬＬ４、ＥＭＸ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．７４１００６２０－７４１００８７０、ＬＲＲＣ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ＿Ａ、ＳＱＳＴＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３７１６－７３０７３８１４、ＣＹＰ１１Ａ１、ＡＣＯＸＬ＿Ａ、及びＡＩＭ１＿Ｂ；
（ｘｉｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ３４；
（ｘｉｉｉ）ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｖ）ＴＲＨ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７：１０４６２４３８６－１０４６２４５２９、ＥＭＸ２ＯＳ、ＤＩＤＯ１＿Ｂ、及びＳＴ３ＧＡＬ２＿Ｂ；
（ｘｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＣＹＰ１１Ａ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｖｉ）ＥＭＸ２ＯＳ、ＫＡＮＫ１、Ｃ１ｏｒｆ７０＿Ｂ、ＡＭＩＧＯ３＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ１０７＿Ａ、ＳＭＴＮ、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＭＩＡＴ＿Ｂ；
（ｘｖｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｃ；
（ｘｖｉｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、及びＶＩＬＬ；
（ｘｉｘ）ＥＭＸ２ＯＳ、及びＬＲＲＣ４１＿Ｄ；
（ｘｘ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１０４６２４３５６－１０４６２４７３０、ＣＹＰ１１Ａ１、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＧＤＧＦ６、ＤＬＬ４、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＥＥＦ１Ａ２、ＦＥＶ、ＬＲＲＣ４１＿Ｃ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、ＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＳＦＭＢＴ２＿Ｃ、ＣＹＴＨ２、ＳＬＣ６Ａ３、ＶＩＬＬ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＧＤＦ６、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ５０６、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ｃ５ｏｒｆ５２、ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＮＢＰＦ８、ＲＨＢＤＬ１＿Ａ、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＫＡＮＫ１、及びＧＡＴＡ２＿Ｂ；
（ｘｘｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＳＢＮＯ２、ＮＢＰＦ８、及びＶＩＬＬ；
（ｘｘｉｉｉ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＺＮＦ９０、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＣＹＴＨ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＯＢＳＣＮ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＮＢＰＦ８、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｉｖ）ＳＦＭＢＴ２＿Ｂ、ＳＭＴＮ、ＳＱＳＴＭ１、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ９０、ＣＬＤＮ７、ＬＲＲＣ４１＿Ｂ、ＦＫＢＰ１１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０３８２９－１４５１０３９９２、ＡＨＳＡ２、ＣＹＴＨ２、ＧＡＴＡ２＿Ｂ、ＬＲＲＣ８Ｄ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４２６３－１４５１０４４２２、ＤＩＤＯ１＿Ａ、ＧＤＦ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３０３３９３６３－１３０３３９５３４、ＤＬＬ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．２２６２４４７９－２２６２４５５３、ＭＩＡＴ＿Ａ、ＰＹＣＡＲＤ、ＢＭＰ４＿Ｂ、ＪＳＲＰ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０３０２１６５６－１０３０２１７１８、ＭＩＡＴ＿Ｂ、ＫＡＮＫ１、ＳＢＮＯ２、ｃ５ｏｒｆ５２、ＥＭＸ２Ｏ６、ＬＲＲＣ３４、ＮＢＰＦ８、ＬＯＣ４４０９２５＿Ａ、ＩＴＰＫＡ、ＮＦＩＣ、ＶＩＬＬ、及びＭＰＺ＿Ａ；
（ｘｘｖ）ＴＳＰＹＬ５、ＴＲＨ、ＪＡＭ３、ＦＡＭ１９Ａ５、ＰＴＧＤＲ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、ＪＳＲＰ１＿Ｂ、及びＡＲＬ５Ｃ；
（ｘｘｖｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、ＣＮＴＮ４、ＦＡＭ１９Ａ５、ＧＬＴ１Ｄ１、ＲＹＲ２＿Ｆ、ＰＴＧＤＲ、ＥＭＸ２ＯＳ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０：２２６２４４７０－２２６２４５５３、ＳＰＤＹＡ＿Ｂ、ＳＦＭＢＴ２＿Ｅ、及びＪＳＲＰ１＿Ｂ；ならびに
（ｘｘｖｉｉ）ＴＳＰＹＬ５、ＭＰＺ＿Ｂ、ＴＲＨ、及びＰＴＧＤＲ
のうちの１つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること；ならびに
ｃ）１つ以上の前記ＤＮＡメチル化マーカーのアッセイされたメチル化状態を、子宮内膜癌、明細胞子宮内膜癌、癌肉腫子宮内膜癌、類内膜子宮内膜癌、及び／または漿液性子宮内膜癌を有しないヒト患者の前記１つ以上のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化レベル参照と比較すること、を含む、前記方法。 - 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項９２に記載の方法。
- 複数のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む、請求項９２に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｉ群、第ｉｉ群、第ｉｉｉ群、第ｖｉ群、第ｖｉｉ群、第ｖｉｉｉ群、第ｉｘ群、第ｘｉ群、第ｘｉｉ群、第ｘｉｉｉ群、第ｘｉｖ群、第ｘｖｉ群、第ｘｖｉｉ群、第ｘｖｉｉｉ群、第ｘｉｘ群、第ｘｘｉ群、第ｘｘｉｉ群、第ｘｘｉｉｉ群、第ｘｘｖ群、第ｘｘｖｉ群、または第ｘｘｖｉｉ群から選択され；
前記生体試料が血漿試料である場合、前記１つ以上の遺伝子が第ｖ群、第ｘ群、第ｘｖ群、または第ｘｘｉｖ群内にある、請求項９２に記載の方法。 - 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量ベースの分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項９２に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項９２に記載の方法。
- 前記メチル化特異的オリゴヌクレオチドが、表１０もしくは表２２に列挙されている選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセット、または表２３から選択されるプローブから選択される、請求項９２に記載の方法。
- ヒト対象から得られた試料を特徴付けるための方法であって、
ＤＭＲを含む核酸をバイサルファイト試薬と反応させてバイサルファイト反応した核酸を生成すること；
前記バイサルファイト反応した核酸をシーケンシングして前記バイサルファイト反応した核酸のヌクレオチド配列を得ること；
前記バイサルファイト反応した核酸のヌクレオチド配列を、子宮内膜癌を有しない対象からの前記ＤＭＲを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、２つの配列間の差を同定すること
を含む、前記方法。 - ヒト対象から得られた試料を特徴付けるためのシステムであって、
試料のメチル化状態を判定するように構成されている分析コンポーネント、
前記試料のメチル化状態を、データベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及び
メチル化状態の組み合わせに基づいて単一値を判定し、子宮内膜癌関連メチル化状態をユーザーに警告するように構成されている警告コンポーネント
を含む、前記システム。 - 前記ＥＣ関連メチル化状態が、子宮内膜癌、明細胞子宮内膜癌、癌肉腫子宮内膜癌、類内膜子宮内膜癌、及び漿液性子宮内膜癌のうちの１つ以上に関するものである、請求項１００に記載のシステム。
- 前記試料が、ＤＭＲを含む核酸を含む、請求項１００に記載のシステム。
- 核酸を単離するためのコンポーネントをさらに含む、請求項１００に記載のシステム。
- 試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む、請求項１００に記載のシステム。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項１００に記載のシステム。
- 前記データベースが、ＤＭＲを含む核酸配列を含む、請求項１００に記載のシステム。
- 前記データベースが、子宮内膜癌、明細胞子宮内膜癌、癌肉腫子宮内膜癌、類内膜子宮内膜癌、及び／または漿液性子宮内膜癌のうちの少なくとも１つを有しない対象からの核酸配列を含む、請求項１００に記載のシステム。
- １）バイサルファイト試薬と、
２）表１、表８及び表２１のＤＭＲ１～４９９からなる群から選択されるＤＭＲの配列を含み、子宮内膜癌を有しない対象に関連するメチル化状態を有する対照核酸と
を含む、キット。 - バイサルファイト試薬と、配列番号１～２８８に従うオリゴヌクレオチドとを含む、キット。
- 対象から試料を得るための試料コレクターと、核酸を前記試料から単離するための試薬と、バイサルファイト試薬と、配列番号１～２８８に従うオリゴヌクレオチドとを含む、キット。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、子宮内膜組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項１１０に記載のキット。
- ＤＭＲを含む核酸と、バイサルファイト試薬とを含む、組成物。
- ＤＭＲを含む核酸と、配列番号１～２８８に従うオリゴヌクレオチドとを含む、組成物。
- ＤＭＲを含む核酸と、メチル化感受性制限酵素とを含む、組成物。
- ＤＭＲを含む核酸と、ポリメラーゼとを含む、組成物。
- 対象から得られた試料中の子宮内膜癌についてスクリーニングするための方法であって、
ＤＭＲを含む核酸をバイサルファイト試薬と反応させてバイサルファイト反応した核酸を生成すること；
前記バイサルファイト反応した核酸をシーケンシングして前記バイサルファイト反応した核酸のヌクレオチド配列を得ること；
前記バイサルファイト反応した核酸のヌクレオチド配列を、子宮内膜癌を有しない対象からの前記ＤＭＲを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、２つの配列間の差を同定すること；
差が存在する場合、前記対象が子宮内膜癌を有すると同定すること
を含む、前記方法。 - 対象から得られた試料中の子宮内膜癌についてスクリーニングするためのシステムであって、
試料のメチル化状態を判定するように構成されている分析コンポーネント、
前記試料のメチル化状態を、データベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及び
メチル化状態の組み合わせに基づいて単一値を判定し、子宮内膜癌関連メチル化状態をユーザーに警告するように構成されている警告コンポーネント
を含む、前記システム。 - 前記試料が、表１、表８及び表２１の可変メチル化領域（ＤＭＲ）１～４９９からなる群から選択されるＤＭＲ中の塩基を含むＤＮＡメチル化マーカーを含む核酸を含む、請求項１１７に記載のシステム。
- 核酸を単離するためのコンポーネントをさらに含む、請求項１１８に記載のシステム。
- 試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む、請求項１１８に記載のシステム。
- 糞便試料、子宮内膜組織試料、及び／または血漿試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む、請求項１１８に記載のシステム。
- 前記データベースが、子宮内膜癌を有しない対象の核酸配列を含む、請求項１１８に記載のシステム。
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