JP2022506897A - 組換えパルボウイルスベクターならびにその作製および使用方法 - Google Patents
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Abstract
Description
[0032]本明細書で使用されるとき、用語「パルボウイルス」は、自律複製パルボウイルスおよびディペンドパルボウイルス属のメンバーを含む、パルボウイルス亜科の任意のメンバーに関して使用される。自律複製パルボウイルスには、アムドパルボウイルス属、アベパルボウイルス属、ボカパルボウイルス属、チャッパルボウイルス属、コピパルボウイルス属、エリスロパルボウイルス属、プロトパルボウイルス属、テトラパルボウイルス属のメンバーが含まれる。例示的な自律型パルボウイルスとしては、マウス微小ウイルス(MVM)、ウシパルボウイルス(BPV)、イヌパルボウイルス(CPV)、トリパルボウイルス、ネコ汎白血球減少症ウイルス、ネコパルボウイルス(FPV)、ガチョウパルボウイルス(GPV)、ブタパルボウイルス(PPV)、ボカウイルス、B19ウイルス、ラットウイルス(RV)、H-lウイルス(H-l)が挙げられるが、これらに限定されない。ネコの他の種。他の自律型パルボウイルスは、当業者に既知である。例えば、King A.M.Q.、Adams M.J.、Carstens E.B.およびLefkowitz E.J.(2012)Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego: Elsevier.)を参照。
[0041]語句「共有結合性閉鎖末端(cce)パルボウイルス」は、本明細書で使用されるとき、パルボウイルスキャプシドにパッケージされる線状パルボウイルスゲノムを指し、パルボウイルスゲノムは、5’および3’末端に一対のヘアピン構造を形成する自己相補的DNA配列、5’および3’末端の間の二本鎖ドメイン(本明細書において「DSドメイン」と称される)、ならびにSS-CCE末端を含む。DSドメインは、ゲノムDNA内で互いにアニールする自己相補的配列で構成される。SS-CCE末端は、DS DSドメイン内のアニールされた部分を連結する閉じた一本鎖領域を含む非相補的配列を含む。キャプシドは、任意のパルボウイルス血清型を含む、任意のパルボウイルス由来であり得る。好ましい実施形態において、cceパルボウイルス(ccePV)は、cceアデノ随伴ウイルス(cceAAV)である。
[0058]一部の実施形態において、本願のパルボウイルスのDSドメインの第1鎖および第2鎖は、互いに100%相補的であり、CCEドメインは、0~50ヌクレオチドの一本鎖DNAからなる(cceAAV-ZL)。一部の他の実施形態において、CCEドメインは、0~5、0~10、0~15、0~20、0~25、0~30、0~35、0~40、0~45、5~10、5~15、5~20、5~25、5~30、5~35、5~40、5~45、5~50、10~15、10~20、10~25、10~30、10~35、10~40、10~45、10~50、15~20、15~25、15~30、15~35、15~40、15~45、15~50、20~25、20~30、20~35、20~40、20~45、20~50、25~30、25~35、25~40、25~45、25~50、30~35、30~40、30~45、30~50、35~40、35~45、35~50、40~45、40~50または45~50ヌクレオチドの一本鎖DNAからなる。
[0065]5’末端ITRおよび3’末端ITRは、同一であっても異なってもよい。線状変性形態では、5’末端ITRはcceゲノムの5’末端に位置し、3’末端ITRはcceゲノムの3’末端に位置する。
[0067]cceDNAのためのベクターDNAは、ライゲーション反応またはプロテロメラーゼ反応を介して生成される。ライゲーション反応は、in vivoまたはin vitroで行うことができる。典型的なサブクローニングのためのライゲーションと、本明細書に記載のライゲーションとの間には差がある。本明細書に記載のライゲーションは、典型的に細菌内では安定でない、cceベクターDNAのため鋳型分子を生成する。したがって、in vitroライゲーション産物が、産生のために直接使用される。あるいは、ベクター産生のためにそれらを使用する前に、in vitroライゲーション産物を、PCRまたはLAMP増幅を使用してさらに増幅することができる。また、in vivo(宿主細胞)で消化を行い、ライゲーションのために宿主酵素を利用し、続いてベクター産生を行うことができる。
[0068]上述のように、ccePV鋳型中のDNA鎖が互いに折り畳まれる/アニールされるとき、本願のCCEパルボウイルスゲノムは、DSドメインの上流のパルボウイルスITR/LEH/REHを有する二本鎖ドメイン(DSドメイン)と、DSドメインの下流の共有結合性閉鎖末端とを含む。本願のccePVベクターのゲノムは、CCEドメイン内に任意のヌクレオチドを有することができ、特定のパルボウイルスベクターのサイズ/パッケージング制約特性に基づいて(ITRおよびDSドメインの長さを除き)、0ヌクレオチドから許容される長さまでの任意の長さを収容することができる。さらに、本願のccePVは、DSドメインにおいて100%の相補性を必要とせず、DSドメインの任意の位置で分岐したDNA配列を許容する。
[0070]ウイルス産生に専ら必要とされる、CCEドメイン内のmTRまたはshDNAを含む自己相補的アデノ随伴ウイルス(scAAV)と比較して、本願のcceAAV内のCCEドメインは、全体が利用可能である。CCEドメインは、任意の配列を含んでよく、イントロン、プロモーターなどの調節エレメント、遺伝子コード領域、またはmiRNA、アンチセンスRNAなどの機能的RNA分子をコードするエレメント、リボザイム、ガイドDNAの一部であってもよい。CCEドメインはまた、機能的DNA分子、例えば、遺伝子編集のための一本鎖DNA鋳型、DNA誘導エンドヌクレアーゼのためのガイドDNA、またはDNAアプタマーをコードしてもよい。一部の実施形態において、CCEドメインは、shDNAの両末端上の少なくとも10ヌクレオチドの一本鎖DNA領域によってDSドメインから分離されるshDNAをさらにコードする。一部の実施形態において、CCEドメインは、2つの異なる発現カセットの発現を駆動するプロモーターを含む。他の実施形態において、cceAAVまたはccePVは、遺伝子発現のオンおよびオフのための遺伝子スイッチとして開発され得る(図14~16)。
[0077]本発明は、第2鎖DNA合成またはアニーリングに起因するDNA鋳型変化を介して、宿主細胞内の遺伝子発現の他の制御を可能にする。第2鎖DNA合成は、機能性の鋳型を生成または消去させることができる。AAVゲノムの多くの構成が、本発明によってのみ作製することができる。パルボウイルスベクターは、単一のプロモーターでdsRNAを発現させるために使用することができる。
[0079]本願の別の態様は、本願のccePVを産生するための方法に関する。従来の方法によってccePVまたはcceAAVベクターを産生するための1つの主要な問題は、ccePVおよびcceAAVゲノムを含む即時鋳型分子が、DNA反復の長いストレッチのために細菌宿主細胞内で安定でなく、増殖に対して適合性がないことである。従来のscAAVベクタープラスミドは、AAV産生の過程で自己相補的領域と併せてmTRまたはshDNA配列を組み込むことによって、この問題を回避する。しかしながら、この方法は、ある特定の欠点を有する。例えば、scAAVベクターゲノムは、ステム領域(本願のccePVゲノムのDSドメインに対応)において完全に相補性である。二本鎖ステム内において、バルジ領域を有することはできない。加えて、scAAVは、ステム領域の末端(本願のccePVゲノムのCCEドメインに対応)にmTRまたはshDNAを有する。mTRまたはshDNAの存在は、scAAVベクターが、scAAVベクターへのさらなる挿入を受け入れる容量を低下させる。本願の方法は、CCEドメインにおけるmTRまたはshDNAの必要性を排除する。従来の感覚で使用される場合、mITRまたはshDNAは、挿入DNA(つまり、プラスミド二重鎖)を、scAAV産生中の複製およびキャプシド形成に適合する直接的DNA鋳型に変換するには非効率であり、短いベクターゲノムを有する混入物質をもたらすことも多い。
[0086]一実施形態において、単一のccePVまたはcceAAV鋳型分子は、図5~6に示されるように、PVプロデューサー細胞へのトランスフェクションの前に、細胞外で、消化され、ライゲーションされる。消化された断片は、DNAリガーゼによって、in vitroで自己ライゲーションされ得る。これにより、ゼロループ(ZL)配列を有するccePVまたはcceAVを産生するためのDNA鋳型分子を生成することができる(例えば、図5~6を参照)。
[0089]一部の実施形態において、ccePVまたはcceAAVを産生するための方法は、少なくとも1つのAAV ITRを含む少なくとも1つのDNA鋳型分子を含む2つ以上のDNA鋳型分子の使用を含み、1つのDSドメインは、図8~18に示されるように、制限酵素、メガヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、ガイドRNAベースのCRISPR/Cas9ヌクレアーゼ、他のヌクレアーゼ、またはそれらの組合せによって切断される。2つ以上の鋳型分子の使用は、CCEドメイン内に1つまたは複数の伸長したバルジ、ループまたは分岐構造を含むゲノムを有するPVまたはAAV粒子の産生を可能にする。
[0092]別の実施形態において、プラスミドなどの単一のDNA鋳型がin vitroで消化され、消化された断片が、Rep、Cap、およびpAdなどの1つまたは複数のパルボウイルスヘルパー遺伝子と共に(ミニアデノウイルスが追加のヘルパー遺伝子を提供する)、AAV産生に好適な宿主細胞にトランスフェクトされる。宿主細胞は、1つまたは複数のこれらのヘルパー遺伝子を用いて、一過性にまたは安定的に形質転換され得る。次いで、宿主の細胞ライゲーション酵素を使用して、トランスフェクトされた断片が、in vivoで、細胞内でライゲーションされる。
[0094]少なくとも1つのAAV ITRおよび1つのDSドメインを有する2つのプラスミドは、制限酵素、または他のメガヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはガイドRNAベースのCRISPR/Cas9ヌクレアーゼで切断される。ライゲーションに使用されるプラスミド由来の2つの断片が存在するため、一般的な分子生物学的技術を使用して、自己ライゲーションを行わないDNA末端を作製することが不可欠である(制限酵素およびCRISPR/Cas9酵素を用いる非対称消化がこの目的を達成する)。得られた断片は、パルボウイルス産生のための宿主細胞にトランスフェクトされる。宿主細胞リガーゼが、ライゲーションを促進して、ベクター産生のためのベクターDNA配列を生成する。
[0095]さらに別の実施形態において、単一のDNA鋳型分子、例えば、図5~6に示されるような鋳型が、宿主細胞にトランスフェクトされ、その後、宿主細胞中でDNA鋳型のin vivo消化およびin vivoライゲーションが行われる。指定された部位を切断する酵素は、宿主細胞にコトランスフェクトされる。あるいは、酵素は、ワクシニア、ヘルペスウイルスベクター、アデノウイルスベクターなどのウイルスベクター、または他の一般的なウイルスベクターおよび非ウイルスベクターによって送達されてもよい。酵素は、物理的方法によって宿主細胞に送達されてもよく、または宿主細胞に組み込まれてもよい。プラスミドがin vivoでライゲーションされる場合、消化部位にいくつかの挿入または欠失がみられることが一般的である。一般に、少しの欠失または挿入は、ベクターの性能に影響を与えない。
[0098]少なくとも1つのAAV ITRおよび1つのDSドメインを有する2つのプラスミドまたはウイルスベクターが、宿主細胞にトランスフェクトされるかまたは感染する。制限酵素、または他のメガヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、またはガイドRNAベースのCRISPR/Cas9ヌクレアーゼが、宿主細胞にコトランスフェクトされてもよく、ウイルスベクターによって送達されてもよく、または安定して組み込まれてもよく、宿主細胞において、所望の部位でプラスミドを消化し得る。ライゲーションに使用されるプラスミド由来の2つの断片が存在するため、一般的な分子生物学的技術を使用して、自己ライゲーションを行わないDNA末端を作製することが不可欠である(制限酵素およびCRISPR/Cas9酵素を用いる非対称消化がこの目的を達成する)。得られた断片は、宿主細胞リガーゼによってライゲーションされ、ベクター産生のためのベクターDNA配列を生成する。
[0099]この方法では、2つのDNA断片が、宿主染色体に近接して組み込まれる。CRISPR/Cas9媒介消化は、それらの間の空間を除去し、必要なベクターの産生を可能にする。
[0103]上記方法を用いて、mTRまたはshDNAを有するscAAVを産生してもよい。scAAVを産生するための従来の方法は、in vivoでのrAAVゲノムレスキュー工程中に相補鎖を生成し得るメカニズムを提供するために、mTRまたはshDNAの包含に依拠する。この変換効率は、相対的に非効率で、ベクター産生を減少させる副産物の形成を引き起こすことも多く、欠陥干渉粒子または短いゲノムを有するベクターの産生をもたらす。
[0105]本願の別の態様は、本願のccePVまたはcceAAVを用いて治療的病態を処置する方法であって、そのような処置を必要とする対象に、有効量の本願のccePVを投与する工程を含み、ccePVは、治療的病態の処置のための治療的利益を有する1つまたは複数の産物を発現する、方法に関する。
[0106]一部の実施形態において、本願は、5’から3’の方向に、一本鎖形態で、(1)5’末端のパルボウイルス末端反復と、(2)(a)プロモーター領域、または(b)ポリAもしくはポリT配列、または(a)および(b)の両方を含む第1の調節領域と、(3)第1の異種ヌクレオチド配列と、(4)共有結合性閉鎖末端(CCE)ドメインと、(5)第2の異種ヌクレオチド配列と、(6)(a)プロモーター領域、または(b)ポリAもしくはポリT配列、または(a)および(b)の両方を含む、第1の調節領域と、(7)3’末端のパルボウイルス末端反復とを含むDNAゲノムを有するベクターであって、第1の調節配列が、第2の異種配列と相補的であり、ベクターゲノムにおいて二本鎖領域(DSドメイン)を形成し;CCEドメインが、(a)第1の異種ヌクレオチド配列と第2のヌクレオチド配列とを連結する単一の共有結合、または(b)一本鎖DNA領域であり;かつ、ベクターDNAゲノムが、ベクターゲノムのDSドメインから二本鎖(DS)-RNA分子を作製することができる、ベクターに関する。
[0109]以下の1から47まで連続して列挙される項は、本発明の様々な態様および/または実施形態を提供する。
[0112]3. SS-CCEドメインが、3~4,000ヌクレオチド、50~4,000ヌクレオチド、1,000~4,000ヌクレオチド、3~2,000ヌクレオチド、50~2,000ヌクレオチド、250~2,000ヌクレオチド、または500~2,000ヌクレオチドを含む、項1または2に記載のパルボウイルス粒子。
[0114]5. タンパク質またはRNAをコードする配列が、それに作動可能に連結された下流ポリアデニル化シグナルをさらに含む、項4に記載のパルボウイルス粒子。
[0117]8. DSドメインが、タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたポリアデニル化シグナルをさらに含む、項7に記載のパルボウイルス粒子。
[0119]10. ループ状のまたは分岐した一本鎖DNAが、タンパク質またはRNAをコードするヌクレオチドを含む、項9に記載のパルボウイルス粒子。
[0121]12. (a)のパルボウイルス末端反復が、左末端ヘアピン(LEH)を含み、(b)の末端反復が、右末端ヘアピン(REH)を含む、項1~11のいずれか一項に記載のパルボウイルス粒子。
[0123]14. 項1に記載のパルボウイルス粒子を作製するための方法であって、(a)断片を含むプラスミドを用意する工程であって、断片が、5’から3’の方向に、(i)左末端ヘアピン(LEH)または逆位末端反復(ITR)を含むパルボウイルス末端反復、(ii)タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーター、および(iii)プラスミド内のヌクレアーゼ切断部位を含む、プラスミドを用意する工程と、(b)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、(c)プラスミドを線状にするために十分な条件下で、プラスミドをヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、プラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、(d)プラスミドをDNAリガーゼで自身にライゲーションする工程であって、プラスミドがin vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、(e)工程(d)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(c)および(d)に従って処理されたプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、(f)工程(f)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程とを含む方法。
[0125]16. 断片がAAV ITRを含む、項14に記載の方法。
[0126]17. プラスミドが断片の下流にサブ断片をさらに含み、サブ断片が、5’から3’の方向に、(i)telR結合部位、(b)TelNヌクレアーゼ認識切断部位、および(iii)tell結合部位を含み;プラスミドが消化され、TelN酵素で自己ライゲーションされ;かつプラスミドがin vitroで消化および自己ライゲーションされるか、または宿主細胞内で消化および自己ライゲーションされる、項14~16のいずれか一項に記載の方法。
[0129]20. 第1の断片および第2の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、項18に記載の方法。
[0131]22. サブ断片が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、項21に記載の方法。
[0133]24. サブ断片が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、項23に記載の方法。
[0136]27. 第1の断片および第2の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、項25に記載の方法。
[0140]31. 第1および第2の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、項29に記載の方法。
[0145]36. 第1の断片および第3の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、項34に記載の方法。
[0154]45. CCEドメインが、0~50ヌクレオチドを含む、項42に記載のベクターゲノム。
[0156]47. dsRNA分子を作製するための方法であって、(1)宿主産生細胞を増殖する工程と、(2)宿主産生細胞に、項42に記載のベクターゲノムを導入する工程と、(3)宿主産生細胞に、ヘルパー遺伝子を導入する工程と、(4)宿主産生細胞を少なくとも12時間インキュベートする工程であって、ベクターゲノムがdsRNA分子を発現する、インキュベートする工程とを含む方法。
[0157]cceAAV-CB-FIXを、CBプロモーターの制御下でFIXを発現するように構築した。cceAAV-CB-FIXは、cceAAV-ZLの構成を有する。cceAAV-CB-FIXは、scAAV-CB-FIXを出発物質として使用して構築した。まず、変異型ITRをscAAV-CB-FIXから除去し、I-scel、Not I部位およびCR1(ガイドRNA gCRlを使用するcas9部位)を含む断片に置き換え、プレ-cceAAV-CB-FIXプラスミドを得た。cceAAV-CB-FIXは、以下の方法を使用して作製した。次いで、それらの収率を測定し、それらの性能をscAAV-CB-FIXと比較した。
[0161]cceAAV-dsRNA発現を図26に示す。留意すべきことに、ポリA部位はアンチセンス鎖にある。ポリAまたはポリA機能等価エレメント(転写終結因子)は、マイナス鎖の任意の場所に配置することができる(例えば、プロモーターの前または後、またはアンチセンス鎖の中間であり得る)。AAVが自己相補的構成にある場合、dsRNAは発現されない。dsRNAのためのプロモーターは、クラスI、クラスII、およびクラスIIプロモーターを含む任意のプロモーターであり得る。AAV DNAが第2鎖DNA合成またはプラス鎖およびマイナス鎖のアニーリングを経た後、dsRNAが発現される。dsRNAを使用して、細胞応答を誘発するか、または標的遺伝子発現を調節することができる。cceAAV-GFP-dsRNAを作製するために、pAAV-CB-EGFPからポリA配列を除去し、CBプロモーターの開始時に逆方向にポリA配列をクローニングして、pAAV-アンチセンス-ポリA-CB-GFPを得た。GFPのdsRNAを発現するためのAAVベクターを作製するために、pAAV-アンチセンス-ポリA-CB-GFPを、Not IおよびEcoRVによって消化して、ITR-アンチセンス-ポリA-CB-GFPを有する断片を得て、次いで、断片を、AAVヘルパーおよびアデノウイルスヘルパープラスミドと共に使用して、293細胞にトランスフェクトし、トランスフェクション後96で、ベクターcce-AAV-CB-GFP-dsRNAを収集した。次いで、得られたベクターをdsRNA発現について試験した。感染の48時間後にqPCRによってdsRNA発現を観察した。dsRNAベクターを通常のGFPベクターと同時感染させた場合、これら2つのベクターの比率に応じて、GFP発現はl0%~99%低下した。
[0162]基本構成は図3に示す通りである。cce-AAV-ssGFPを作製するために、ライゲーションのための2つの断片を調製した。1つの断片は、遺伝子編集のためのITR、300bpセンス鎖、ssDNAカセット(1300bp)を含む。もう一方の断片は、ITR、300bpセンス鎖を含む(ssDNAカセットなし)。次いで、これらの2つの断片をトランスフェクションの前にライゲーションして、AAVベクターを作製した。次いで、cce-AAV-ssGFPを配列決定によって確認した。cce-AAV-GFPを遺伝子編集のためにCas9-gRNAで試験した。cce-AAV-ssGFPのMOIに応じて、5~100倍の改善が認められた。
[0163]dsRNAを発現させ、同時にssDNAを送達するためのcceAAVのプロトタイプについての図を、図27に示す。一本鎖DNAは、フランキング領域が二重鎖であるため、より安定である。このスキームは、ITR、アンチセンス方向のポリA、CBプロモーター、GFPセンス鎖、および800bpの一本鎖DNA領域を含む1つの断片と、ITR、アンチセンス方向のポリA、CBプロモーター、およびGFPセンス鎖を含む別の断片とをライゲーションすることによって達成される。ベクターは、AAVヘルパーおよびミニアデノウイルスプラスミドを伴ったコトランスフェクションによって作製される。dsRNAの発現は、産生されたベクターに感染した細胞で確認される。
[0164]cceAAV-CB-GFP-miRNAを、CBプロモーター制御下でmiRNAを発現するように構築した。cceAAV-CB-GFP-miRNAは、cceAAV-ZLの構成を有する。cceAAV-CB-GFP-miRNAは、scAAV-CB-GFPを出発物質として使用して構築した。まず、変異型ITRをscAAV-CB-GFPから除去し、I-sceI、Not I部位、TelRLおよびCR1(ガイドRNA gCRlを使用するcas9部位)を含むmiRNA発現断片に置き換え、プレ-cceAAV-CB-GFP-miRNAプラスミドを得た。cceAAV-CB-GFP-miRNAは、I-scel、Not I部位、およびCR1を利用する場合、実施例1に記載のように以下の方法を使用して作製した。TelRL部位を利用する場合、前駆体プラスミドをTelN(New England Biolabs)と共に、トランスフェクション前の1時間インキュベーションする。新しい方法からの得られるeceAAV-CB-GFP-miRNAの収率は、典型的なscAAV発現miRNAよりも5~10倍良好である。混入レベルは、典型的なベクター作製方法よりも5~10倍低い。
[0165]構築物cceAAV-DNAザイムは、cceAAV-LSの構成(図3)を使用して構築される。8-17および10-23DNAザイムを含む、試験されるDNAザイム(Santoro SW、Joyce GF(1997年4月)「A general purpose RNA-cleaving DNA enzyme」、Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.94(9):4262-6.doi: l0.1073/pnas.94.9.4262. PMC20710. PMID9113977)。10-23DNAザイムは、2つの基質認識ドメインが隣接する15ヌクレオチド触媒コアを含む。このDNAザイムは、対合していないプリンと対合したピリミジンとの間で、配列特異的様式で効率的に相補的RNAを切断する。10-23DNAザイムは、ライゲーションのために1つの断片にクローニングされる。1つの断片の構成は1.ITR、CB-GFP、ポリA、-フレキシブルDNAリンカー(50bp)、10-23DNAザイムであり、他方の断片は、ITR、CB-GFP、ポリA、-フレキシブルDNAリンカー(50bp)である。このライゲーションは、一本鎖DNA領域(対合していない)において10-23DNAザイムを有するcceAAVゲノムを作製する。10-23DNAザイムの機能は、Joyce’s groupによって公開されている標準プロトコルに従って特徴付けられる。
[0166]我々は、3つのバージョンのヒトボカウイルス ウイルス-l(HBoVl)ベクターを作製した。1つ目は、cceHBoV-LEH2-CB-GFPである。これは、LEH-CB-GFP断片の自己ライゲーションによって構築され、LEHの2コピーと自己相補性である。2つ目は、cceHBoV-REH2-CB-GFPである。これは、REH-CB-GFP断片の自己ライゲーションによって構築され、REHの2コピーと自己相補性である。3つ目は、cceHBoV-REH2-CB-GFPである。これは、REH-CB-GFP断片およびLEH-CB-GFPによって構築され、導入遺伝子カセットにおいて自己相補性であるが、1つのREHおよび1つのLEHを有する。得られたプラスミドを、HBoVlヘルパー、およびアデノウイルスヘルパーと共にコトランスフェクトした。他の試薬は複製を容易にする。得られたベクターを、サザンブロットおよびqPCRにより確認し、293細胞に対する感染性を試験した。
[0167]ベクターを、2つの断片、つまりAAV-ITR、CBプロモーター、GFP配列を含む第1の断片と、相補的GFP配列、ポリA配列、およびAAV ITRを含む第2の断片とのライゲーションによって構築した。この断片のライゲーションは、AAV-ITR、CBプロモーター、GFP配列、相補的GFP配列、ポリA配列、およびAAV ITRの分子構成をもたらす(宿主細胞におけるその不安定性のために、このプラスミドを、プラスミドとして作製することはできない)。これにより、感染時にdsRNAとしてGFP配列が生成される。第2のDNA合成なしで発現されるGFPのdsRNAの対照は、以下の、AAV-ITR、相補的ポリA配列、CBプロモーター、およびGFP配列を(順番に)含む第1の断片と、相補的GFP配列、相補的CBプロモーター配列、ポリA配列、およびAAV-ITRを(順番に、本質的に第1の断片である)含む第2の断片とのライゲーションによって作製される。最終分子構成は、AAV-ITR、相補的ポリA配列、CBプロモーター、GFP配列、相補的GFP配列、相補的CBプロモーター配列、ポリA配列、およびAAV-ITRである。対照AAVベクターは、ポリAおよびプロモーターのための余剰の相補的配列のために、dsRNAの容量が低下している。しかしながら、自己ライゲーションを用いるため、ライゲーションを簡素化する利点がある。
Claims (47)
- 二重鎖パルボウイルス粒子であって、
パルボウイルスキャプシドと、
5’から3’の方向に、
(a)5’末端のパルボウイルス末端反復;
(b)3’末端のパルボウイルス末端反復;
(c)(a)と(b)の末端反復の間の二本鎖(DS)DNAドメインであって、第2の異種ヌクレオチド配列にアニールされた、自己相補性の第1の異種ヌクレオチド配列を含むDS-DNAドメイン;および
(d)第1の異種ヌクレオチド配列と第2の異種ヌクレオチド配列との間の一本鎖共有結合閉鎖末端(SS-CCE)ドメインであって、ループ構造を含むSS-CCEドメイン
を含むベクターゲノムと
を含み、DSドメインが、変異型逆位末端反復(mTR)配列またはショートヘアピンDNA(shDNA)配列由来の20を超える連続ヌクレオチド塩基対を含む自己アニールされたステム部分と連続しておらず、
ベクターゲノムが、二重鎖パルボウイルス粒子を産生するために十分なヘルパー機能を発現する宿主細胞に導入されるとき、複製されて二重鎖パルボウイルス粒子を形成することができる、
二重鎖パルボウイルス粒子。 - SS-CCEドメインが、変異型逆位末端反復(mTR)またはショートヘアピンDNA(shDNA)配列由来の20を超える連続ヌクレオチドを含まない、請求項1に記載のパルボウイルス粒子。
- SS-CCEドメインが、3~4,000ヌクレオチド、50~4,000ヌクレオチド、1,000~4,000ヌクレオチド、3~2,000ヌクレオチド、50~2,000ヌクレオチド、250~2,000ヌクレオチド、または500~2,000ヌクレオチドを含む、請求項1または2に記載のパルボウイルス粒子。
- SS-CCEドメインが、タンパク質またはRNAをコードする配列を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のパルボウイルス粒子。
- タンパク質またはRNAをコードする配列が、それに作動可能に連結された下流ポリアデニル化シグナルをさらに含む、請求項4に記載のパルボウイルス粒子。
- 第1の異種ヌクレオチド配列が、第2の異種ヌクレオチド配列に対して95%超、99%超、または100%の逆相補性を有する、請求項1~5のいずれか一項に記載のパルボウイルス粒子。
- DSドメインが、タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む、請求項1~6のいずれか1項に記載のパルボウイルス粒子。
- DSドメインが、タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたポリアデニル化シグナルをさらに含む、請求項7に記載のパルボウイルス粒子。
- DSドメインが、ループ状のまたは分岐した一本鎖DNAによって中断されている、請求項1~5のいずれか一項に記載のパルボウイルス粒子。
- ループ状のまたは分岐した一本鎖DNAが、タンパク質またはRNAをコードするヌクレオチドを含む、請求項9に記載のパルボウイルス粒子。
- タンパク質またはRNAをコードする配列が、それに作動可能に連結された下流ポリアデニル化シグナルをさらに含む、請求項10に記載のパルボウイルス粒子。
- (a)のパルボウイルス末端反復が、左末端ヘアピン(LEH)を含み、(b)の末端反復が、右末端ヘアピン(REH)を含む、請求項1~11のいずれか一項に記載のパルボウイルス粒子。
- パルボウイルス末端反復が、アデノ随伴ウイルス(AAV)逆位末端反復(ITR)を含む、請求項1~11のいずれか一項に記載のパルボウイルス粒子。
- 請求項1に記載のパルボウイルス粒子を作製するための方法であって、
(a)断片を含むプラスミドを用意する工程であって、断片が、5’から3’の方向に、(i)左末端ヘアピン(LEH)または逆位末端反復(ITR)を含むパルボウイルス末端反復、(ii)タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーター、および(iii)プラスミド内のヌクレアーゼ切断部位を含む、プラスミドを用意する工程と、
(b)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(c)プラスミドを線状にするために十分な条件下で、プラスミドをヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、プラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(d)プラスミドをDNAリガーゼで自身にライゲーションする工程であって、プラスミドがin vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、
(e)工程(d)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(c)および(d)に従って処理されたプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(f)工程(f)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - 断片がパルボウイルスLEHを含む、請求項14に記載の方法。
- 断片がAAV ITRを含む、請求項14に記載の方法。
- プラスミドが断片の下流にサブ断片をさらに含み、
サブ断片が、5’から3’の方向に、(i)telR結合部位、(b)TelNヌクレアーゼ認識切断部位、および(iii)tell結合部位を含み;
プラスミドが消化され、TelN酵素で自己ライゲーションされ;かつ
プラスミドがin vitroで消化および自己ライゲーションされるか、または宿主細胞内で消化および自己ライゲーションされる、
請求項14~16のいずれか一項に記載の方法。 - 請求項1に記載のパルボウイルス粒子を作製するための方法であって、
(a)第1の断片を含む第1のプラスミドを用意する工程であって、第1の断片が、5’から3’の方向に、(i)左末端ヘアピン(LEH)または逆位末端反復(ITR)を含むパルボウイルス末端反復;(ii)タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーター;および(iii)第1のプラスミド内の第1のヌクレアーゼ切断部位を含む、第1のプラスミドを用意する工程と、
(b)第2の断片を含む第2のプラスミドを用意する工程であって、第2の断片が、5’から3’の方向に、(i)右末端ヘアピン(REH)またはITRを含むパルボウイルス末端反復;(ii)プロモーター;(iii)タンパク質またはRNAをコードする核酸;および(iv)第2のプラスミド内の第2のヌクレアーゼ切断部位を含み、第2の断片が、第1の断片に存在しない1つまたは複数の連続するヌクレオチド塩基対をさらに含むことを除いて、第1の断片と同一である、第2のプラスミドを用意する工程と、
(c)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(d)第1のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第1のプラスミドを、(a)(iii)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第1のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(e)第2のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第2のプラスミドを、(b)(iv)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第2のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(f)工程(d)および(e)で消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドをDNAリガーゼでライゲーションする工程であって、消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドがin vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、
(g)工程(f)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(d)~(f)に従って処理された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(h)工程(g)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - 第1の断片がパルボウイルスLEHを含み、第2の断片がパルボウイルスREHを含む、請求項18に記載の方法。
- 第1の断片および第2の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、請求項18に記載の方法。
- 第2の断片が、(b)(iii)と(b)(iv)との間にサブ断片を含む、請求項18~20のいずれか一項に記載の方法。
- サブ断片が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、請求項21に記載の方法。
- 第2の断片が、(b)(ii)と(b)(iii)との間にサブ断片を含む、請求項18~20のいずれか一項に記載の方法。
- サブ断片が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、請求項23に記載の方法。
- 請求項1に記載のパルボウイルス粒子を作製するための方法であって、
(a)第1の断片を含む第1のプラスミドを用意する工程であって、第1の断片が、5’から3’の方向に、(i)左末端ヘアピン(LEH)または逆位末端反復(ITR)を含むパルボウイルス末端反復;(ii)プロモーター;(iii)タンパク質またはRNAをコードする核酸;(iv)ポリアデニル化シグナル;および(v)第1のプラスミド内の第1のヌクレアーゼ切断部位を含む、第1のプラスミドを用意する工程と、
(b)第2の断片を含む第2のプラスミドを用意する工程であって、第2の断片が、5’から3’の方向に、(i)右末端ヘアピン(REH)またはITRを含むパルボウイルス末端反復;(ii)プロモーター;および(iii)第2のプラスミド内の第2のヌクレアーゼ切断部位を含む、第2のプラスミドを用意する工程と、
(c)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(d)第1のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第1のプラスミドを、(a)(v)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第1のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(e)第2のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第2のプラスミドを、(b)(iii)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第2のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(f)工程(d)および(e)で消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドをDNAリガーゼでライゲーションする工程であって、消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドがin vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、
(g)工程(f)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(d)~(f)に従って処理された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(h)工程(g)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - 第1の断片がパルボウイルスLEHを含み、第2の断片がパルボウイルスREHを含む、請求項25に記載の方法。
- 第1の断片および第2の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、請求項25に記載の方法。
- (a)(iii)のタンパク質またはRNAをコードする核酸が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、請求項25~27のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1に記載のパルボウイルス粒子を作製するための方法であって、
(a)第1の断片を含む第1のプラスミドを用意する工程であって、第1の断片が、5’から3’の方向に、(i)左末端ヘアピン(LEH)または逆位末端反復(ITR)を含むパルボウイルス末端反復;(ii)プロモーター;(iii)第1のポリアデニル化シグナル;(iv)第1のタンパク質または第1のRNAをコードする逆相補的核酸であって、第1のタンパク質および第1のRNAのそれぞれが、右から左への極性を有する、逆相補的核酸;(v)第2のタンパク質または第2のRNAをコードする核酸であって、第2のタンパク質および第2のRNAのそれぞれが、左から右への極性を有する、核酸;(vi)第2のポリアデニル化シグナル;ならびに(vii)第1のプラスミド内の第1のヌクレアーゼ切断部位を含む、第1のプラスミドを用意する工程と、
(b)第2の断片を含む第2のプラスミドを用意する工程であって、第2の断片が、5’から3’の方向に、(i)右末端ヘアピン(REH)またはITRを含むパルボウイルス末端反復;(ii)(a)(ii)のプロモーター;(iii)第2のタンパク質または第2のRNAをコードする核酸であって、第2のタンパク質および第2のRNAのそれぞれが、左から右への極性を有する、核酸;(iv)ポリアデニル化シグナル;ならびに(v)第2のプラスミド内の第2のヌクレアーゼ切断部位を含む、第2のプラスミドを用意する工程と、
(c)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(d)第1のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第1のプラスミドを、(a)(vii)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第1のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(e)第2のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第2のプラスミドを、(b)(v)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第2のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(f)工程(d)および(e)で消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドをDNAリガーゼでライゲーションする工程であって、消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドがin vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、
(g)工程(f)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(d)~(f)に従って処理された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(h)工程(g)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - 第1の断片がパルボウイルスLEHを含み、第2の断片がパルボウイルスREHを含む、請求項29に記載の方法。
- 第1および第2の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、請求項29に記載の方法。
- (a)(iv)、(a)(v)、またはその両方のタンパク質またはRNAをコードする核酸が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、請求項29~31のいずれか一項に記載の方法。
- (b)(iii)のタンパク質またはRNAをコードする核酸が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、請求項29~31のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1に記載のパルボウイルス粒子を作製するための方法であって、
(a)第1の断片を含む第1のプラスミドを用意する工程であって、第1の断片が、5’から3’の方向に、(i)左末端ヘアピン(LEH)または逆位末端反復(ITR)を含むパルボウイルス末端反復;(ii)左から右への極性を有するプロモーター;(iii)左から右への極性を有する第1のタンパク質または第1のRNAをコードする核酸;(iv)左から右への極性を有するポリアデニル化シグナル;および(v)第1のプラスミド内の第1のヌクレアーゼ切断部位を含む、第1のプラスミドを用意する工程と、
(b)第2の断片を含む第2のプラスミドを用意する工程であって、第2の断片が、5’から3’の方向に、(i)第1のヌクレアーゼ切断部位;(ii)右から左への極性を有する第1のポリアデニル化シグナル;(iii)(a)(iii)の第1のタンパク質または第1のRNAをコードする核酸であって、第1のタンパク質または第1のRNAが、右から左への極性を有する核酸;(iv)第2のタンパク質または第2のRNAをコードする核酸であって、第2のタンパク質および第2のRNAのそれぞれが、左から右への極性を有する核酸;(v)第2のポリアデニル化シグナル;および(vi)第2のヌクレアーゼ切断部位を含み、(b)(i)の切断部位および(a)(v)の切断部位が同じである、第2のプラスミドを用意する工程と、
(c)第3の断片を含む第3のプラスミドを用意する工程であって、第3の断片が、5’から3’の方向に、(i)左末端ヘアピン(LEH)または逆位末端反復(ITR)を含むパルボウイルス末端反復;(ii)左から右への極性を有する、(a)(ii)のプロモーター;(iii)(b)(iv)の第2のタンパク質または第2のRNAをコードする核酸であって、第2のタンパク質および第2のRNAのそれぞれが、左から右への極性を有する、核酸;(iv)左から右への極性を有するポリアデニル化シグナル;ならびに(v)第3のプラスミドに固有の第3のヌクレアーゼ切断部位を含み、(b)(iv)の切断部位と、(c)(v)の切断部位が同じである、第3のプラスミドを用意する工程と、
(d)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(e)第1のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第1のプラスミドを、(a)(v)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第1のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(f)第2のプラスミドを消化するために十分な条件下で、第2のプラスミドを、(b)(i)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化し、および第2のプラスミドを、(b)(vi)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第2のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(g)第3のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第3のプラスミドを、(c)(v)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第3のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(h)線状にされた第1のプラスミド断片、第2の断片、および線状にされた第3のプラスミド断片を、DNAリガーゼで一緒にライゲーションする工程であって、ライゲーションがin vitroまたは宿主細胞内で行われる、ライゲーションする工程と、
(i)工程(h)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(e)~(h)に従って処理された第1のプラスミド、第2のプラスミド、および第3のプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(j)工程(i)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - 第1の断片がパルボウイルスLEHを含み、第3の断片がパルボウイルスREHを含む、請求項34に記載の方法。
- 第1の断片および第3の断片のそれぞれが、AAV ITRを含む、請求項34に記載の方法。
- (a)(iii)、(b)(ii)、またはその両方の第1のタンパク質または第1のRNAをコードする核酸が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、請求項34~36のいずれか一項に記載の方法。
- (b)(iv)、(c)(iii)、またはその両方の第2のタンパク質または第2のRNAをコードする核酸が、3~4,000塩基対の長さ、50~4,000塩基対の長さ、1,000~4,000塩基対の長さ、3~2,000塩基対の長さ、50~2,000塩基対の長さ、250~2,000塩基対の長さ、または500~2,000塩基対の長さである、請求項34~36のいずれか一項に記載の方法。
- 自己相補的AAVを作製するための方法であって、
(a)断片を含むプラスミドを用意する工程であって、断片が、5’から3’の方向に、(i)AAV ITRを含むパルボウイルス末端反復;(ii)タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーター;(iii)変異型逆位末端反復(mITR)の少なくとも半分またはショートヘアピンDNA(shDNA)の少なくとも半分;および(iv)ヌクレアーゼ切断部位を含む、プラスミドを用意する工程と、
(b)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(c)プラスミドを線状にするために十分な条件下で、プラスミドをヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、プラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(d)プラスミドをDNAリガーゼで自身にライゲーションする工程であって、プラスミドが、mTRまたはshDNA配列を含むヘアピンが形成されるように、in vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、
(e)工程(d)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(c)および(d)に従って処理されたプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(f)工程(f)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - 自己相補的AAVを作製するための方法であって、
(a)断片を含む第1のプラスミドを用意する工程であって、断片が、5’から3’の方向に、(i)AAV ITRを含むパルボウイルス末端反復;(ii)タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーター;(iii)部分mTRまたは部分shDNA;および(iv)ヌクレアーゼ切断部位を含む、第1のプラスミドを用意する工程と、
(b)断片を含む第2のプラスミドを用意する工程であって、断片が、5’から3’の方向に、(i)AAV ITRを含むパルボウイルス末端反復;(ii)タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーター;(iii)部分mTRまたは部分shDNA;および(iv)ヌクレアーゼ切断部位を含む、第2のプラスミドを用意する工程と、
(c)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(d)第1のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第1のプラスミドを、(a)(iii)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第1のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(e)第2のプラスミドを線状にするために十分な条件下で、第2のプラスミドを、(b)(iv)のヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、第2のプラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(f)工程(d)および(e)で消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドをDNAリガーゼでライゲーションする工程であって、消化された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドが、mTRまたはshDNA配列を含むヘアピンが形成されるように、in vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、
(g)工程(f)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(d)~(f)に従って処理された第1のプラスミドおよび第2のプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(h)工程(g)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - 自己相補的AAVを作製するための方法であって、
(a)断片を含むプラスミドを用意する工程であって、断片が、5’から3’の方向に、(i)AAV ITRを含むパルボウイルス末端反復;(ii)タンパク質またはRNAをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーター;および(iii)プラスミド内のヌクレアーゼ切断部位を含む、プラスミドを用意する工程と、
(b)mITRの少なくとも半分またはshDNAの少なくとも半分を含むDNA断片を用意する工程と、
(c)目的の核酸に隣接するパルボウイルス末端反復を含む核酸を複製するために十分な1つまたは複数のヘルパー遺伝子を含む宿主細胞を用意する工程と、
(d)プラスミドを線状にするために十分な条件下で、プラスミドを、ヌクレアーゼ切断部位に特異的なヌクレアーゼ酵素で消化する工程であって、プラスミドがin vitroで消化されるか、または宿主細胞内で消化される、消化する工程と、
(e)プラスミドをDNAリガーゼでDNA断片にライゲーションする工程であって、プラスミドが、mTRまたはshDNA配列を含むヘアピンが形成されるように、in vitroでライゲーションされるか、または宿主細胞内でライゲーションされる、ライゲーションする工程と、
(f)工程(e)の完了後にパルボウイルス粒子を産生するために適した条件下で工程(d)および(t)に従って処理されたプラスミドを含む宿主細胞を培養する工程と、
(g)工程(f)で産生されたパルボウイルス粒子を回収する工程と
を含む方法。 - ベクターゲノムであって、5’から3’の方向に、
(1)5’末端のパルボウイルス末端反復;
(2)(a)プロモーター領域、または(b)ポリAもしくはポリT配列、または(a)および(b)の両方を含む、第1の調節領域、
(3)第1の異種ヌクレオチド配列、
(4)共有結合性閉鎖末端(CCE)ドメイン、
(5)第2の異種ヌクレオチド配列、
(6)(a)プロモーター領域、または(b)ポリAもしくはポリT配列、または(a)および(b)の両方を含む、第1の調節領域、ならびに
(7)3’末端のパルボウイルス末端反復
を含み、
第1の調節配列は第2の異種配列に相補的であり、ベクターゲノムにおいて二本鎖領域(DSドメイン)を形成し、
CCEドメインが、(a)第1の異種ヌクレオチド配列と第2のヌクレオチド配列とを連結する単一の共有結合、または(b)一本鎖DNA領域であり、かつ
ベクターゲノムが、ベクターゲノムのDSドメインから二本鎖(DS)-RNA分子を作製することができる、
ベクターゲノム。 - DSドメインが、変異型逆位末端反復(mTR)配列またはショートヘアピンRNA(shRNA)コード配列由来の20を超える連続ヌクレオチド塩基対を含む自己アニールステム部分と連続していない、請求項42に記載のベクターゲノム。
- CCEドメインが、mTR配列、またはshRNAコード配列、またはその両方を含まない、請求項42に記載のベクターゲノム。
- CCEドメインが、0~50ヌクレオチドを含む、請求項42に記載のベクターゲノム。
- CCEドメインが、51~4000ヌクレオチドを含む、請求項42に記載のベクターゲノム。
- dsRNA分子を作製するための方法であって、
(1)宿主産生細胞を増殖する工程と、
(2)宿主産生細胞に、請求項42に記載のベクターゲノムを導入する工程と、
(3)宿主産生細胞に、ヘルパー遺伝子を導入する工程と、
(4)宿主産生細胞を少なくとも12時間インキュベートする工程であって、ベクターゲノムがdsRNA分子を発現する、インキュベートする工程と
を含む方法。
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