JP2022046724A - 眼疾患の処置のための組成物および方法 - Google Patents

眼疾患の処置のための組成物および方法 Download PDF

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JP2022046724A JP2022000109A JP2022000109A JP2022046724A JP 2022046724 A JP2022046724 A JP 2022046724A JP 2022000109 A JP2022000109 A JP 2022000109A JP 2022000109 A JP2022000109 A JP 2022000109A JP 2022046724 A JP2022046724 A JP 2022046724A
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M Nash Huw
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Azarian Sassan
ダブリュ. ホール,サミュエル
W Hall Samuel
クライナー,エイドリアン
Krainer Adrian
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Abstract

【課題】眼疾患の処置のための方法の提供。【解決手段】被験体の細胞により標的タンパク質又は機能的RNAの発現を増加させることによって、眼疾患を処置する方法であって、該細胞は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、該RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソン、及び3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体は、標的タンパク質または機能的RNAをコードし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、標的タンパク質又は機能的RNAの発現を増加させる方法。【選択図】図1

Description

関連出願への相互参照
本出願は、2015年12月14日出願の米国仮特許出願第62/267,259号、
および2016年4月6日出願の米国仮特許出願第62/318,958号の利益を主張
するものであり、該出願は全体として参照によって本明細書に組み込まれる。
配列リストへの言及
本出願は配列表を包含しており、これは、EFS-Webを介してASCIIフォーマ
ットで提出され、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。2016年12月12
日に作成されたASCIIのコピーは、47991-713_601_SL.txtのフ
ァイル名であり、15,418,644バイトのサイズである。
眼機能に影響を与える特定の疾患は、遺伝子の発現における欠失、および遺伝子産物に
おける欠失に関連付けられる。眼の疾患または疾病において発現の増加が利点をもたらす
遺伝子産物の例としては、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
NGA3、ALMS1、PER1、およびIDUAが挙げられる。
本明細書には、いくつかの実施形態において、被験体の細胞により標的タンパク質また
は機能的RNAの発現を増加させることによって被験体の眼疾患を処置する方法が開示さ
れ、ここで、該細胞は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前
駆体)を有し、該RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部
位に隣接しているエクソン、および3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、
ここで、RIC mRNA前駆体は、標的タンパク質または機能的RNAをコードし、該
方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mR
NA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を
含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコ
ードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体
の細胞内で、標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAのレベルを増加さ
せ、標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させる。いくつかの実施形態では、
眼疾患は、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼底、網膜色
素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全-1、両側
性視神経低形成、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、網膜色素変性
症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2、錐体杆体ジ
ストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー3、中央錐体
が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン症、レーバー先天黒内障、原発開
放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロフィー、白点状眼底
、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レーバー先天黒内障14
、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1)の遅いクリアラン
スまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性症44、色覚異常-
2、時差ぼけ、アルストレム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー-シャイエ症候群およ
びシャイエ症候群)、またはバルデービードル症候群である。
さらに、標的タンパク質の発現を増加させる方法も本明細書に開示され、ここで、標的
タンパク質は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を
有する細胞により、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、
FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、O
PTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA
3、ALMS1、PER1、またはIDUAのスプライシング効率を改善することによる
、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAの発現であり、RIC mRNA前駆体は、保持されたイント
ロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイン
トロンの3’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、RIC mRNA前駆
体は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、
ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RL
BP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS
1、PER1、またはIDUAのタンパク質のスプライシング効率を改善することによっ
て、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
、PER1、またはIDUAの発現をコードし、ここで、上記方法は、ROM1、TEA
D1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、
TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、L
RAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはI
DUAのタンパク質のスプライシング効率を改善することによって、ROM1、TEAD
1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、T
CF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LR
AT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはID
UAの発現をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリ
ゴマー(ASO)に細胞を接触させる工程を含み、それにより、保持されたイントロンは
、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAのタンパク質のスプライシング効率を改善することによって、
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABC
A4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1
、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、P
ER1、またはIDUAの発現をコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプラ
イシングされ、それによって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードするmRN
Aのレベルを増加させ、および、細胞中のROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3
、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CT
NS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH1
2、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質のスプラ
イシング効率を改善することによって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、
PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTN
S、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12
、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの発現を増加させ、ここ
で、標的タンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CR
X、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1
、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CN
GA3、ALMS1、PER1、またはIDUAである。
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ROM1、TE
AD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC
、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、
LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、または
IDUAである。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的RNAは、
被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的RNAを機
能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的RNAで
ある。いくつかの実施形態において、細胞は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2
E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、
CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RD
H12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、あるいはIDUAのタンパク質の
不足している量または活性によって引き起こされる疾病を抱える被験体中にある、または
上記被験体からのものである。
前述の方法のいくつかの実施形態では、標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質
のハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被験体は、機能的な標的タンパク質をコー
ドする第1の対立遺伝子、標的タンパク質が産生されない第2の対立遺伝子、または非機
能的な標的タンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは
、第1の対立遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合する。いく
つかの実施形態において、被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障
害により引き起こされた疾病を抱えており、ここで、被験体は、(a)(i)標的タンパ
ク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、(ii)標
的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、ある
いは、(iii)標的タンパク質が生成されない、第1の変異対立遺伝子と、(b)(i
)標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され
、(ii)標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、(iii)標的タンパク質が生成されない、第2の変異対立遺伝子と
を有し、ここで、被験体が第1の変異対立遺伝子(a)(iii)を有するとき、第2の
変異対立遺伝子は(b)(i)あるいは(b)(ii)であり、ここで、被験体が第2の
変異対立遺伝子(b)(iii)を有するとき、第1の変異対立遺伝子は(a)(i)あ
るいは(a)(ii)であり、ここで、RIC mRNA前駆体は、(a)(i)あるい
は(a)(ii)である第1の変異対立遺伝子、および/または、(b)(i)あるいは
(b)(ii)である第2の変異対立遺伝子から転写される。いくつかの実施形態におい
て、標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成
される。いくつかの実施形態において、標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比
較して、十分に機能的な形態で生成される。
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的
部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6~保持されたイントロ
ンの3’スプライス部位に対して-16までの領域内の保持されたイントロンにある。い
くつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロ
ンの5’スプライス部位に対して+69~保持されたイントロンの3’スプライス部位に
対して-79までの領域内の保持されたイントロンにある。
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質は、(a)AB
CA4、(b)RPE65、(c)MYOC、(d)CNGA3、(e)MFSD8、(
f)IDUA、(g)LRAT、(h)OPTN、(i)RGR、(j)TEAD1、(
k)PAX6、(l)ROM1、(m)RDH5、(n)RDH12、(o)NR2E3
、(p)RLBP1、(q)CTNS、(r)PER1、(s)FSCN2、(t)TC
F4、(u)RDH8、(v)NXNL1、あるいは(w)CRXである。いくつかの実
施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、(a)SEQ ID NO84
-1126のいずれか1つ、(b)SEQ ID NO1127-1528のいずれか1
つ、(c)SEQ ID NO1529-2318のいずれか1つ、(d)SEQ ID
NO2319-2770のいずれか1つ、(e)SEQ ID NO2771-363
1のいずれか1つ、(f)SEQ ID NO3632-4443のいずれか1つ、(g
)SEQ ID NO4444-6647のいずれか1つ、(h)SEQ ID NO6
648-7579のいずれか1つ、(i)SEQ ID NO7580-8958のいず
れか1つ、(j)SEQ ID NO8959-9163のいずれか1つ、(k)SEQ
ID NO9164-15179のいずれか1つ、(l)SEQ ID NO1518
0-15486のいずれか1つ、(m)SEQ ID NO15487-16202のい
ずれか1つ、(n)SEQ ID NO16203-16458のいずれか1つ、(o)
SEQ ID NO16459-18209のいずれか1つ、(p)SEQ ID NO
18210-18638のいずれか1つ、(q)any one of SEQ ID
NOs 18639-19534のいずれか1つ、(r)SEQ ID NO19535
-19845のいずれか1つ、(s)SEQ ID NO19846-20849のいず
れか1つ、(t)SEQ ID NO20850-24737のいずれか1つ、(u)S
EQ ID NO24738-24873のいずれか1つ、(v)SEQ ID NO2
4874-25231、または(w)SEQ ID NO25232-26654のいず
れか1つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または10
0%相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的
部分は、(a)SEQ ID NO26674、SEQ ID NO26706、SEQ
ID NO26656、SEQ ID NO26681あるいは、SEQ ID NO
26664、(b)SEQ ID NO26691あるいはSEQ ID NO2667
1、(c)SEQ ID NO26669あるいはSEQ ID NO26696、(d
)SEQ ID NO26711、(e)SEQ ID NO26703あるいはSEQ
ID NO26708、(f)SEQ ID NO26668、SEQ ID NO2
6679、SEQ ID NO26700、SEQ ID NO26655、あるいは、
SEQ ID NO26663、(g)SEQ ID NO26685、(h)SEQ
ID NO26714、(i)SEQ ID NO26657、SEQ ID NO26
687、あるいはSEQ ID NO26683、(j)SEQ ID NO26672
、(k)SEQ ID NO26697、SEQ ID NO26677、SEQ ID
NO26707、SEQ ID NO26678、SEQ ID NO26713、S
EQ ID NO26694、あるいは、SEQ ID NO26659、(l)SEQ
ID NO26665、(m)SEQ ID NO26704、SEQ ID NO2
6666、SEQ ID NO26709、あるいはSEQ ID NO26684、(
n)SEQ ID NO26693、(o)SEQ ID NO26702、SEQ I
D NO26660、SEQ ID NO26705、SEQ ID NO26698、
SEQ ID NO26658、SEQ ID NO26676、SEQ ID NO2
6712、SEQ ID NO26701、(p)SEQ ID NO26673、ある
いは、SEQ ID NO26667、(q)SEQ ID NO26690、あるいは
、SEQ ID NO26692、(r)SEQ ID NO26682、あるいは、S
EQ ID NO26710、(s)SEQ ID NO26670、SEQ ID N
O26662、あるいはSEQ ID NO26661、(t)SEQ ID NO26
688、SEQ ID NO26689、(u)SEQ ID NO26680、(v)
SEQ ID NO26699、または(w)SEQ ID NO26695、あるいは
、SEQ ID NO26686の少なくとも8つの隣接する核酸を含む領域に対する少
なくとも80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備
えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ASOは、(a)SEQ ID NO8
4-1126のいずれか1つ、(b)SEQ ID NO1127-1528のいずれか
1つ、(c)SEQ ID NO1529-2318のいずれか1つ、(d)SEQ I
D NO2319-2770のいずれか1つ、(e)SEQ ID NO2771-36
31のいずれか1つ、(f)SEQ ID NO3632-4443のいずれか1つ、(
g)SEQ ID NO4444-6647のいずれか1つ、(h)SEQ ID NO
6648-7579のいずれか1つ、(i)SEQ ID NO7580-8958のい
ずれか1つ、(j)SEQ ID NO8959-9163のいずれか1つ、(k)SE
Q ID NO9164-15179のいずれか1つ、(l)SEQ ID NO151
80-15486のいずれか1つ、(m)SEQ ID NO15487-16202の
いずれか1つ、(n)SEQ ID NO16203-16458のいずれか1つ、(o
)SEQ ID NO16459-18209のいずれか1つ、(p)SEQ ID N
O18210-18638のいずれか1つ、(q)SEQ ID NO18639-19
534のいずれか1つ、(r)SEQ ID NO19535-19845のいずれか1
つ、(s)SEQ ID NO19846-20849のいずれか1つ、(t)SEQ
ID NO20850-24737のいずれか1つ、(u)SEQ ID NO2473
8-24873のいずれか1つ、(v)SEQ ID NO24874-25231のい
ずれか1つ、あるいは(w)SEQ ID NO25232-26654のいずれか1つ
に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の
配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体
は、(a)SEQ ID NO24、(b)SEQ ID NO25、(c)SEQ I
D NO26、(d)SEQ ID NO27あるいはSEQ ID NO28、(e)
SEQ ID NO29、(f)SEQ ID NO30あるいはSEQ ID NO3
1、(g)SEQ ID NO 32あるいはSEQ ID NO 33、(h)SEQ
ID NO 34, SEQ ID NO 35, SEQ ID NO 36,ある
いはSEQ ID NO 37、(i)SEQ ID NO 38, SEQ ID N
O 39,あるいはSEQ ID NO 40、(j)SEQ ID NO 41、(k
)SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 43, SEQ ID NO 4
4, SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO
47, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 49, SEQ ID
NO 50, SEQ ID NO 51, or SEQ ID NO 52、(l)
SEQ ID NO 53、(m)SEQ ID NO 54あるいはSEQ ID N
O 55、(n)SEQ ID NO 56、(o)SEQ ID NO 57あるいは
SEQ ID NO 58、(p)SEQ ID NO 59、(q)SEQ ID N
O 60あるいはSEQ ID NO 61、(r)SEQ ID NO62、(s)S
EQ ID NO63あるいはSEQ ID NO64、(t)SEQ ID NO65
、SEQ ID NO66、SEQ ID NO67、SEQ ID NO68、SEQ
ID NO69、SEQ ID NO70、SEQ ID NO71、SEQ ID
NO72、SEQ ID NO73、SEQ ID NO74、SEQ ID NO75
、SEQ ID NO76、SEQ ID NO77、SEQ ID NO78、SEQ
ID NO79、あるいはSEQ ID NO80、(u)SEQ ID NO81、
(v)SEQ ID NO82、または(w)SEQ ID NO83に対して、少なく
とも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備え
た配列を含む。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体は、(a)SEQ
ID NO1、(b)SEQ ID NO2、(c)SEQ ID NO3、(d)S
EQ ID NO4、(e)SEQ ID NO5、(f)SEQ ID NO6、(g
)SEQ ID NO7、(h)SEQ ID NO 8、(i)SEQ ID NO
9、(j)SEQ ID NO 10、(k)SEQ ID NO 11、(l)SEQ
ID NO 12、(m)SEQ ID NO 13、(n)SEQ ID NO 1
4、(o)SEQ ID NO 15、(p)SEQ ID NO 16、(q)SEQ
ID NO 17、(r)SEQ ID NO 18、(s)SEQ ID NO 1
9、(t)SEQ ID NO 20、(u)SEQ ID NO 21、(v)SEQ
ID NO 22、(w)SEQ ID NO 23に対して、少なくとも約80%、
85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた遺伝子配列に
よってコードされる。
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的
部分は、以下の内部の保持されたイントロンにある:(a)保持されたイントロンの5’
スプライス部位に対する+6から+100の領域;(b)保持されたイントロンの3’ス
プライス部位に対する-16から-100の領域。いくつかの実施形態において、アンチ
センスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス部位の約
100ヌクレオチド下流から、少なくとも1つの保持されたイントロンの3’スプライス
部位の約100ヌクレオチド上流までの領域内にあるRIC mRNA前駆体の一部を標
的とする。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、以下の
内部にある:(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の
+2e~-4eの領域;あるいは(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣
接するエクソン中の+2e~-4eの領域。
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、機
能的RNAまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選
択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的RNAの量を増
加させない。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質
または機能的RNAをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調
節することにより、標的タンパク質または機能的RNAの量を増加させない。いくつかの
実施形態において、RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体の部分的なスプラ
イシング、または野生型のmRNA前駆体の部分的なスプライシングによって生成された
。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRN
Aは、全長の成熟mRNA、あるいは野生型の成熟mRNAである。いくつかの実施形態
において、生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質で
ある。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において
生成された標的タンパク質あるいは機能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細
胞において生成された標的タンパク質あるいは機能的RNAをコードするmRNAの総量
と比較して、約1.1~約10倍、約1.5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10
倍、約4~約10倍、約1.1~約5倍、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.
1~約8倍、約1.1~約9倍、約2~約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約
8倍、約2~約9倍、約3~約6倍、約3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4
~約7倍、約4~約8倍、約4~約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍
、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍
、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する。いくつ
かの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標
的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、
約1.1~約10倍、約1.5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10倍、約4~約
10倍、約1.1~約5倍、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.1~約8倍、
約1.1~約9倍、約2~約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約8倍、約2~
約9倍、約3~約6倍、約3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4~約7倍、約
4~約8倍、約4~約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも
約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも
約4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する。
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ホ
スホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつか
の実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロッ
クド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-O-メト
キシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは少なく
とも1つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形態において、それぞれの糖部は修飾
された糖部である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、8~50
の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の核酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25
の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の核酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40
の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の核酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20
の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50の核酸塩基、10~40の核酸塩基、10
~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、10~25の核酸塩基、10~20の核酸塩
基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸塩基、11~40の核酸塩基、11~35
の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~25の核酸塩基、11~20の核酸塩基、1
1~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、12~40の核酸塩基、12~35の核酸
塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核酸塩基、12~20の核酸塩基、あるいは
12~15の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマー
は、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に少なくとも80%、少
なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも
99%、あるいは100%相補的である。
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または
機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の集団を含み、
ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含み、およ
び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団で最も豊富な保
持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、最も豊富な保持されたイ
ントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的RNA
をコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの2つ以上の保持さ
れたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。幾つかの実施形態では、細胞は、標
的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前
駆体の集団を含み、ここでRIC mRNA前駆体の集団は、2つ以上の保持されたイン
トロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団において2番
目に豊富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、2番目に豊
富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質ま
たは機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの
2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形
態では、疾病は疾患または障害である。いくつかの実施形態において、疾患または障害は
、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼底、網膜色素変性症
37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全-1、両側性視神経
低形成、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、網膜色素変性症30、
シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2、錐体杆体ジストロフ
ィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー3、中央錐体が関係す
る黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン症、レーバー先天黒内障、原発開放隅角緑
内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロフィー、白点状眼底、白点状
網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レーバー先天黒内障14、網膜色
素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1)の遅いクリアランスまたは
蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性症44、色覚異常-2、時差
ぼけ、アルストレム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー-シャイエ症候群およびシャイ
エ症候群)、またはバルデービードル症候群である。いくつかの実施形態では、標的タン
パク質とRIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの遺伝子によってコードさ
れる。いくつかの実施形態において、当該方法はタンパク質発現を評価する工程をさらに
含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、R
DH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4
、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、
RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの
RIC mRNA前駆体の標的部分に結合する。いくつかの実施形態では、被験体はヒト
である。いくつかの実施形態では、被験体はヒト以外の動物である。いくつかの実施形態
において、被験体は胎児、胚、あるいは子供である。いくつかの実施形態では、細胞はエ
クスビボである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、被験体の硝
子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるい
は静脈内注射によって投与される。いくつかの実施形態において、5’スプライス部位に
隣接するエクソンの-3e~-1eと、保持されたイントロンの+1~+6にある9つの
ヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。いくつかの実施形態において、保持
されたイントロンの-15~-1と3’スプライス部位に隣接するエクソンの+1eにあ
る16のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。
本明細書には、いくつかの実施形態において、本明細書に記載される方法で使用される
アンチセンスオリゴマーが開示されている。いくつかの実施形態において、アンチセンス
オリゴマーは、SEQ ID NO:84-26654のいずれか1つに対して少なくと
も約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた
配列を含む。
さらにいくつかの実施形態では、前述のアンチセンスオリゴマーのいずれかと賦形剤を
含む医薬組成物が本明細書で開示される。
いくつかの実施形態では、硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹腔内注射、
筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって前述の医薬組成物のいずれかを投与
することにより、必要としている被験体を処置する方法が本明細書で開示される。
いくつかの実施形態では、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白
点状眼底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形
成不全-1、両側性視神経低形成、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-
7、網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性
-2、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフ
ィー3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン症、レーバー先
天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロフ
ィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レーバ
ー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1)
の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性症
44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー-シ
ャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデービードル症候群を処置するために
、細胞によって標的タンパク質あるいは機能的なRNAの発現を増加させる方法で使用さ
れるアンチセンスのオリゴマーを含む組成物が本明細書で開示され、ここで、不足してい
るタンパク質または機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足しており、こ
こで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする、保
持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の構成的のスプライ
シングを増強し、ここで、標的タンパク質は:(a)不足しているタンパク質;あるいは
(b)被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質であり、ここで、機能的RNAは:(a)不足したRNA;または
(b)被験体において不足した機能的RNAを機能的に増強または交換する、補償する機
能的RNAであり、ここでRIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプ
ライス部位に隣接しているエクソン、および3’スプライス部位に隣接しているエクソン
を含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRI
C mRNA前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパ
ク質または機能的RNAの産生または活性を増加させる。
いくつかの実施形態では、被験体におけるROM1、TEAD1、RDH5、NR2E
3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、C
TNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH
12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質に関連
する疾病を処置する方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で
開示され、上記方法は、被験体の細胞によって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR
2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8
、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、R
DH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の
発現を増加させる工程を含み、ここで、細胞は、保持されたイントロン、保持されたイン
トロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの3’スプライ
ス部位に隣接するエクソンを含む、保持されたイントロン含有mRNA前駆体を有し、こ
こで、RIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードし、上
記方法は、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工程を含み、それにより、保持さ
れたイントロンは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、
FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、O
PTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA
3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードするRIC mRNA
前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質または機能的なR
NAをコードするmRNAのレベルを増加させ、および、被験体の細胞において、ROM
1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
、またはIDUAのタンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、標的タン
パク質は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1、またはIDUAである。いくつかの実施形態では、疾病は疾患または
障害である。いくつかの実施形態において、疾患または障害は、網膜色素変性症-7、S
veinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コ
ロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全-1、両側性視神経低形成、錐体杆体ジストロ
フィー-2、レーバー先天黒内障-7、網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網
膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑
内障、フックス角膜内皮ジストロフィー3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼
性非腎症性シスチン症、レーバー先天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症
12、ボスニア型の網膜ジストロフィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内
障2、網膜色素変性症20、レーバー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トラン
スレチナール(例えばSTGD1)の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバ
ー先天黒内障13、網膜色素変性症44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレム症候群
、弱毒化MPS-1(ハーラー-シャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデ
ービードル症候群である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質とRIC mRNA
前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1、またはIDUAの遺伝子によってコードされる。いくつかの実施形態
において、アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対
して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-16までの領域内
の保持されたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする。いくつかの
実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’
スプライス部位に対して+69~保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-
79までの領域内の保持されたイントロンにある。いくつかの実施形態において、標的タ
ンパク質は、(a)ABCA4、(b)RPE65、(c)MYOC、(d)CNGA3
、(e)MFSD8、(f)IDUA、(g)LRAT、(h)OPTN、(i)RGR
、(j)TEAD1、(k)PAX6、(l)ROM1、(m)RDH5、(n)RDH
12、(o)NR2E3、(p)RLBP1、(q)CTNS、(r)PER1、(s)
FSCN2、(t)TCF4、(u)RDH8、(v)NXNL1、あるいは(w)CR
Xである。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、(a)
SEQ ID NO84-1126のいずれか1つ、(b)SEQ ID NO1127
-1528のいずれか1つ、(c)SEQ ID NO1529-2318のいずれか1
つ、(d)SEQ ID NO2319-2770のいずれか1つ、(e)SEQ ID
NO2771-3631のいずれか1つ、(f)SEQ ID NO3632-444
3のいずれか1つ、(g)SEQ ID NO4444-6647のいずれか1つ、(h
)SEQ ID NO6648-7579のいずれか1つ、(i)SEQ ID NO7
580-8958のいずれか1つ、(j)SEQ ID NO8959-9163のいず
れか1つ、(k)SEQ ID NO9164-15179のいずれか1つ、(l)SE
Q ID NO15180-15486のいずれか1つ、(m)SEQ ID NO15
487-16202のいずれか1つ、(n)SEQ ID NO16203-16458
のいずれか1つ、(o)SEQ ID NO16459-18209のいずれか1つ、(
p)SEQ ID NO18210-18638のいずれか1つ、(q)SEQ ID
NO18639-19534のいずれか1つ、(r)SEQ ID NO19535-1
9845のいずれか1つ、(s)SEQ ID NO19846-20849のいずれか
1つ、(t)SEQ ID NO20850-24737のいずれか1つ、(u)SEQ
ID NO24738-24873のいずれか1つ、(v)SEQ ID NO248
74-25231のいずれか1つ、あるいは(w)SEQ ID NO25232-26
654のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%
、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、R
IC mRNA前駆体の標的部分は、(a)SEQ ID NO26674、SEQ I
D NO26706、SEQ ID NO26656、SEQ ID NO26681、
あるいは、SEQ ID NO26664、(b)SEQ ID NO26691あるい
はSEQ ID NO26671、(c)SEQ ID NO26669あるいはSEQ
ID NO26696、(d)SEQ ID NO26711、(e)SEQ ID
NO26703あるいはSEQ ID NO26708、(f)SEQ ID NO26
668、SEQ ID NO26679、SEQ ID NO26700、SEQ ID
NO26655、あるいは、SEQ ID NO26663、(g)SEQ ID N
O26685、(h)SEQ ID NO26714、(i)SEQ ID NO266
57、SEQ ID NO26687、あるいはSEQ ID NO26683、(j)
SEQ ID NO26672、(k)SEQ ID NO26697、SEQ ID
NO26677、SEQ ID NO26707、SEQ ID NO26678、SE
Q ID NO26713、SEQ ID NO26694、あるいは、SEQ ID
NO26659、(l)SEQ ID NO26665、(m)SEQ ID NO26
704、SEQ ID NO26666、SEQ ID NO26709、あるいはSE
Q ID NO26684、(n)SEQ ID NO26693、(o)SEQ ID
NO26702、SEQ ID NO26660、SEQ ID NO26705、S
EQ ID NO26698、SEQ ID NO26658、SEQ ID NO26
676、SEQ ID NO26712、SEQ ID NO26701、(p)SEQ
ID NO26673、あるいは、SEQ ID NO26667、(q)SEQ I
D NO26690、あるいは、SEQ ID NO26692、(r)SEQ ID
NO26682、あるいは、SEQ ID NO26710、(s)SEQ ID NO
26670、SEQ ID NO26662、あるいはSEQ ID NO26661、
(t)SEQ ID NO26688、SEQ ID NO26689、(u)SEQ
ID NO26680、(v)SEQ ID NO26699、または(w)SEQ I
D NO26695、あるいは、SEQ ID NO26686の少なくとも8つの隣接
する核酸を含む領域に対する少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、ある
いは100%の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態では、ASOは、(
a)SEQ ID NO84-1126のいずれか1つ、(b)SEQ ID NO11
27-1528のいずれか1つ、(c)SEQ ID NO1529-2318のいずれ
か1つ、(d)SEQ ID NO2319-2770のいずれか1つ、(e)SEQ
ID NO2771-3631のいずれか1つ、(f)SEQ ID NO3632-4
443のいずれか1つ、(g)SEQ ID NO4444-6647のいずれか1つ、
(h)SEQ ID NO6648-7579のいずれか1つ、(i)SEQ ID N
O7580-8958のいずれか1つ、(j)SEQ ID NO8959-9163の
いずれか1つ、(k)SEQ ID NO9164-15179のいずれか1つ、(l)
SEQ ID NO15180-15486のいずれか1つ、(m)SEQ ID NO
15487-16202のいずれか1つ、(n)SEQ ID NO16203-164
58のいずれか1つ、(o)SEQ ID NO16459-18209のいずれか1つ
、(p)SEQ ID NO18210-18638のいずれか1つ、(q)SEQ I
D NO18639-19534のいずれか1つ、(r)SEQ ID NO19535
-19845のいずれか1つ、(s)SEQ ID NO19846-20849のいず
れか1つ、(t)SEQ ID NO20850-24737のいずれか1つ、(u)S
EQ ID NO24738-24873のいずれか1つ、(v)SEQ ID NO2
4874-25231のいずれか1つ、あるいは(w)SEQ ID NO25232-
26654のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、9
7%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態では、R
IC mRNA前駆体は、(a)SEQ ID NO24、(b)SEQ ID NO2
5、(c)SEQ ID NO26、(d)SEQ ID NO27あるいはSEQ I

NO28、(e)SEQ ID NO29、(f)SEQ ID NO30あるいはS
EQ ID NO31、(g)SEQ ID NO 32あるいはSEQ ID NO
33、(h)SEQ ID NO 34、SEQ ID NO 35、SEQ ID N
O 36、あるいはSEQ ID NO 37、(i)SEQ ID NO 38、SE
Q ID NO 39、あるいはSEQ ID NO 40、(j)SEQ ID NO
41、(k)SEQ ID NO 42、SEQ ID NO 43、SEQ ID
NO 44、SEQ ID NO 45、SEQ ID NO 46、SEQ ID N
O 47、SEQ ID NO 48、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO
50、SEQ ID NO 51、あるいはSEQ ID NO 52、(l)SEQ
ID NO 53、(m)SEQ ID NO 54あるいはSEQ ID NO 5
5、(n)SEQ ID NO 56、(o)SEQ ID NO 57あるいはSEQ
ID NO 58、(p)SEQ ID NO 59、(q)SEQ ID NO 6
0あるいはSEQ ID NO 61、(r)SEQ ID NO62、(s)SEQ
ID NO63あるいはSEQ ID NO64、(t)SEQ ID NO65、SE
Q ID NO66、SEQ ID NO67、SEQ ID NO68、SEQ ID
NO69、SEQ ID NO70、SEQ ID NO71、SEQ ID NO7
2、SEQ ID NO73、SEQ ID NO74、SEQ ID NO75、SE
Q ID NO76、SEQ ID NO77、SEQ ID NO78、SEQ ID
NO79、あるいはSEQ ID NO80、(u)SEQ ID NO81、(v)
SEQ ID NO82、または(w)SEQ ID NO83に対して、少なくとも約
80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列
を含む。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体は、(a)SEQ ID
NO1、(b)SEQ ID NO2、(c)SEQ ID NO3、(d)SEQ
ID NO4、(e)SEQ ID NO5、(f)SEQ ID NO6、(g)SE
Q ID NO7、(h)SEQ ID NO 8、(i)SEQ ID NO 9、(
j)SEQ ID NO 10、(k)SEQ ID NO 11、(l)SEQ ID
NO 12、(m)SEQ ID NO 13、(n)SEQ ID NO 14、(
o)SEQ ID NO 15、(p)SEQ ID NO 16、(q)SEQ ID
NO 17、(r)SEQ ID NO 18、(s)SEQ ID NO 19、(
t)SEQ ID NO 20、(u)SEQ ID NO 21、(v)SEQ ID
NO 22、(w)SEQ ID NO 23に対して、少なくとも約80%、85%
、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた遺伝子配列によって
コードされる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはRIC mRN
A前駆体の一部を標的とし、これは、以下の内部の保持されたイントロンにある:(a)
保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する+6から+100の領域;(b)保
持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16から-100の領域。いくつか
の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロ
ンの5’スプライス部位の約100ヌクレオチド下流から、少なくとも1つの保持された
イントロンの3’スプライス部位の約100ヌクレオチド上流までの領域内にあるRIC
mRNA前駆体の一部を標的とする。いくつかの実施形態において、RIC mRNA
前駆体の標的部分は、以下の内部にある:(a)保持されたイントロンの5’スプライス
部位に隣接するエクソン中の+2e~-4eの領域;あるいは(b)保持されたイントロ
ンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4eの領域。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的R
NAをコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節す
ることにより標的タンパク質または機能的RNAの量を増加させない。いくつかの実施形
態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードす
る遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的RN
Aまたは機能的タンパク質の量を増加させない。いくつかの実施形態において、RIC
mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体、または野生型のmRNA前駆体の部分的なス
プライシングによって生成された。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または
機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あるいは野生型の成熟mR
NAである。いくつかの実施形態において、生成された標的タンパク質は全長のタンパク
質あるいは野生型のタンパク質である。いくつかの実施形態において、保持されたイント
ロンは律速イントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、RI
C mRNA前駆体において最も豊富な保持されたイントロンである。いくつかの実施形
態では、保持されたイントロンは、RIC mRNA前駆体において2番目に豊富な保持
されたイントロンである。
前述の組成物のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、
ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつ
かの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリ
ノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-
O-メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマー
は少なくとも1つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形態において、それぞれの糖
部は修飾された糖部である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、
8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の核酸塩基、8~30の核酸塩基、
8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の核酸塩基、9~50の核酸塩基、
9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の核酸塩基、9~25の核酸塩基、
9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50の核酸塩基、10~40の核酸塩
基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、10~25の核酸塩基、10~20
の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸塩基、11~40の核酸塩基、1
1~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~25の核酸塩基、11~20の核酸
塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、12~40の核酸塩基、12~3
5の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核酸塩基、12~20の核酸塩基、
あるいは12~15の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオ
リゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に少なくとも8
0%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少
なくとも99%、あるいは100%相補的である。いくつかの実施形態では、アンチセン
スオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分に結合す
る。
いくつかの実施形態では、前述の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマーと賦形剤
を含む医薬組成物が本明細書で開示される。
いくつかの実施形態では、硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹腔内注射、
筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって前述の医薬組成物のいずれかを投与
することにより、必要としている被験体を処置する方法が本明細書で開示される。
いくつかの実施形態では、医薬組成物が開示され、該医薬組成物は、不足しているRO
M1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4
、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、R
PE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER
1、またはIDUAのmRNA転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオ
リゴマーであって、不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNA転写産物が保持され
たイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが、不足しているROM1、TEAD1、
RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF
4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT
、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUA
のmRNA転写産物から保持されたイントロンのスプライシングを誘発する、アンチセン
スオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、不足し
ているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、
ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RL
BP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS
1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体転写産物。いくつかの実施形態
において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体転写産物の標的部分は、保
持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+500~保持されたイントロンの3
’スプライス部位に対して-500までの領域内にある保持されたイントロンにある。い
くつかの実施形態において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体転写産物
は、SEQ ID NO:1-23のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%
、90%、95%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた遺
伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、ROM1、TEAD1、
RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF
4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT
、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUA
のRIC mRNA前駆体転写産物は、SEQ ID NO:24-83のいずれか1つ
に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%、ある
いは100%の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセ
ンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格
修飾を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌ
クレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジ
アミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオ
ロ、あるいは2’-O-メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アン
チセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形態にお
いて、アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35
の核酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15
の核酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30
の核酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~5
0の核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、
10~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核
酸塩基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~
25の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基
、12~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の
核酸塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基を含む。いくつかの実
施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2
E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、
CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RD
H12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRN
A前駆体転写産物の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%
、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的で
ある。いくつかの実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体転写
産物の標的部分は、SEQ ID NO:26655-26714から選択される配列内
にある。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO
:84-26654のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91
%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列
同一性を備えるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴ
マーは、SEQ ID NO:84-26654から選択されたヌクレオチド配列を含む
。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、
筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射のために製剤される。
いくつかの実施形態において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的な形態を
コードする十分に処理されたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNA転写産物を生成するため
に、保持されたイントロンの除去を促すべく、不足しているROM1、TEAD1、RD
H5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、
MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、R
DH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのm
RNA転写産物の処理を誘発する方法が本明細書で開示され、該方法は:(a)被験体の
標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、(b)不足しているROM1、
TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MY
OC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE6
5、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、ま
たはIDUAのmRNA転写産物にアンチセンスオリゴマーをハイブリダイズする工程で
あって、不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
A3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNA転写産物が、ROM1、TEA
D1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、
TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、L
RAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはI
DUAのタンパク質の機能的な形態をコードすることができ、かつ、少なくとも1つの保
持されたイントロンを含む、工程と、(c)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E
3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、C
TNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH
12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能
的な形態をコードする十分に処理されたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、
PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTN
S、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12
、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNA転写産物を生
成するために、不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNA転写産物から少なくとも
1つの保持されたイントロンを取り除く工程と、(d)十分に処理されたROM1、TE
AD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC
、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、
LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、または
IDUAのmRNA転写産物から、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的な形態
を翻訳する工程を含む。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンは保持され
たイントロン全体である。いくつかの実施形態において、不足しているROM1、TEA
D1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、
TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、L
RAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはI
DUAのmRNA転写産物は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNA転写産物である。
いくつかの実施形態において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の不足している量
または活性によって引き起こされる疾病を抱える被験体を処置する方法が本明細書で開示
され、該方法は、SEQ ID NO:84-26654のいずれか1つに対して少なく
とも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、9
7%、98%、あるいは99%の配列同一性を備えるヌクレオチド配列を含むアンチセン
スオリゴマーを被験体に投与する工程を含む。
引用による組み込み
本明細書で言及されるすべての公報、特許、および特許出願は、個々の公報、特許、特
許出願が引用によって組み込まれるように具体的且つ個別に示される程度まで、引用によ
って本明細書に組み込まれる。
本発明の新規な特徴は、とりわけ添付の特許請求の範囲において記載される。本発明の
諸原則が利用される例示的な実施形態について説明する以下の詳細な記載と、添付の図面
を参照することで、本発明の特徴および利点についてのよりよい理解が得られるであろう
例示的な保持されたイントロン含有(RIC)mRNA前駆体の転写産物の概略図を表す。5’スプライス部位コンセンサス配列は、-3e~-1eおよび+1~+6(「e」のついた数字はエクソンであり、付いていない数字はイントロンである)の、下線部の文字(文字はヌクレオチド、大文字はエクソン部分、小文字はイントロン部分)で示される。3’スプライス部位コンセンサス配列は、-15~-1および+1e(「e」のついた数字はエクソンであり、ついていない数字はイントロンである)の、下線部の文字(文字はヌクレオチド、大文字はエクソン部分、小文字はイントロン部分)で示される。ASOスクリーニングのイントロンの標的部位は、保持されたイントロンの5’スプライス部位(左の矢印)に対する+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位(右の矢印)に対する-16までのヌクレオチドを含む。実施形態では、ASOスクリーニングのイントロンの標的部位は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する+6~+100、および保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16~-100のヌクレオチドを含む。エクソンの標的部位は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソンの+2e~-4e、および保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソンの+2e~-4eのヌクレオチドを含む。「n」または「N」はヌクレオチドを表し、「y」はピリミジンを表す。図示された配列は、哺乳動物のスプライス部位のコンセンサス配列を表し、個々のイントロンおよびエクソンはすべての位置でコンセンサス配列にマッチングする必要はない。 核内遺伝子出力の標的とされた増強(Targeted Augmentation of Nuclear Gene Output)(TANGO)アプローチの例示的な概略図を表す。図2Aは、核と細胞質区画に分割された細胞を示す。核では、エクソン(長方形)およびイントロン(接続線)からなる標的遺伝子のmRNA前駆体の転写産物は、mRNAを生成するためにスプライシングを受け、このmRNAは細胞質に輸送され、標的タンパク質へと翻訳される。この標的遺伝子については、イントロン1のスプライシングは非効率的であり、保持されたイントロン含有(RIC)mRNA前駆体は、主として核に蓄積し、細胞質に輸送された場合は標的タンパク質産生に至ることなく分解する。 核内遺伝子出力の標的とされた増強(Targeted Augmentation of Nuclear Gene Output)(TANGO)アプローチの例示的な概略図を示す。図2Bは、核と細胞質の区画に分割された図2Aと同様の細胞の一例を示す。アンチセンスオリゴマー(ASO)の処置は、イントロン1のスプライシングを促進し、mRNAの増加をもたらす。それは順に、より高いレベルの標的タンパク質に翻訳される。 NM_012418およびNM_001077182に対応するFSCN2に関するRefSeq遺伝子の概略図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞に対する、80nMの指示されたASOを用いて24時間処置したARPE-19細胞におけるイントロン1を含まないFSCN2 mRNAの発現レベルにおける倍率変化を示す例示的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_012418およびNM_001077182に対応するFSCN2に関するRefSeq遺伝子の概略図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞に対する、80nMの指示されたASOを用いて24時間処置したARPE-19細胞におけるイントロン3を含まないFSCN2 mRNAの発現レベルにおける倍率変化を示す例示的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 偽処理した細胞に対する、80nMの指示されたASOを用いて24時間処置したARPE-19細胞におけるイントロン3を含まないFSCN2 mRNAの発現レベルにおける倍率変化を示す例示的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_152778に対応するMFSD8のRefSeq遺伝子の概略図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 NM_152778に対応するMFSD8のRefSeq遺伝子の概略図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞に対する、80nMの指示されたASOを用いて24時間処置したARPE-19細胞におけるイントロン12を含まないMFSD8 mRNAの発現レベルにおける倍率変化を示す例示的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_001008211、NM_00100212、NM_001008213、およびNM_021980に対応するOPTNに関してRefSeq遺伝子の概略図を描く。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞に対する、80nMの指示されたASOを用いて24時間処置したARPE-19細胞におけるイントロン7を含まないOPTN mRNAの発現レベルにおける倍率変化を示す例示的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_002905およびNM_001199771に対応するRDH5に関するRefSeq遺伝子の概略図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞に対する、80nMの指示されたASOを用いて24時間処置したARPE-19細胞におけるイントロン1を含まないRDH5 mRNAの発現レベルにおける倍率変化を示す例示的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_002905およびNM_001199771に対応するRDH5に関するRefSeq遺伝子の概略図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図16は、NM_000326に対応するRLBP1に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図17は、偽処理した細胞と比較した、80nMの示されたASOで24時間処置されたARPE-19細胞におけるイントロン2なしでのRLBP1 mRNAの発現レベルの倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはRPL32発現に正規化される。 図18は、NM_001243236、NM_00123235、NM_001243234、NM_001243233、NM_001243232、NM_001243231、NM_003199、NM_001306207、NM_001306208、NM_001243227、NM_001243228、NM_001243230、NM_001243226、NM_001083962、NM_001330605、およびNM_001330604に対応するTCF4に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図19は、NM_000327に対応するROM1に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図20は、NM_001298およびNM_001079878に対応するCNGA3に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図21は、NM_002921、NM_001012722、およびNM_001012720に対応するRGRに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図22は、NM_002921、NM_001012722、およびNM_001012720に対応するRGRに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図23は、NM_000329に対応するRPE65に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図24は、NM_000329に対応するRPE65に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図25は、NM_015725に対応するRDH8に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図26は、NM_138454に対応するNXNL1に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図27は、NM_000350に対応するABCA4に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図28は、NM_000350に対応するABCA4に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図29は、偽処理した細胞と比較した、80nMの示されたASOで24時間処置されたARPE-19細胞におけるイントロン38なしでのABCA4 mRNAの発現レベルの倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはRPL32発現に正規化される。 図30は、NM_000350に対応するABCA4に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図31は、NM_000350に対応するABCA4に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図32は、偽処理した細胞と比較した、80nMの示されたASOで24時間処置されたARPE-19細胞におけるイントロン40なしでのABCA4 mRNAの発現レベルの倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはRPL32発現に正規化される。 図33は、NM_000350に対応するABCA4に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図34は、NM_152443に対応するRDH12に対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図35は、NM_000203およびNR_110313に対応するIDUAに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図36は、偽処理した細胞と比較した、80nMの示されたASOで24時間処置されたARPE-19細胞におけるイントロン3なしでのIDUA mRNAの発現レベルの倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはRPL32発現に正規化される。 図37は、NM_000203およびNR_110313に対応するIDUAに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図38は、NM_000203およびNR_110313に対応するIDUAに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図39は、NM_000203およびNR_110313に対応するIDUAに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図40は、NM_000203およびNR_110313に対応するIDUAに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図41は、NM_004937およびNM_001031681に対応するCTNSに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図42は、NM_004937およびNM_001031681に対応するCTNSに対するRefSeq遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 図43は、偽処理した細胞と比較した、80nMの示されたASOで24時間処置されたARPE-19細胞におけるイントロン10なしでのCTNS mRNAの発現レベルの倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはRPL32発現に正規化される。
1つを超えるイントロンを有するタンパク質コード遺伝子の一次転写産物における個々
のイントロンは、異なる効率性を有する一次転写産物からスプライシングされる。ほとん
どの場合、完全にスプライシングされたmRNAだけが、続く細胞質での翻訳のために核
膜孔を通って輸送される。スプライシングされていない及び部分的にスプライシングされ
た転写産物は、核内で検出可能である。完全にスプライシングされていない転写産物の核
内蓄積が、タンパク質に翻訳され得る細胞質中の有害である可能性のあるmRNAの蓄積
を防ぐメカニズムであると一般的に考えられる。幾つかの遺伝子に関して、最も効率性の
低いイントロンのスプライシングは、細胞質中での翻訳に先立つ、遺伝子発現における転
写後の律速の工程である。
以下をコードする相当なレベルの部分的にスプライシングされた転写産物が、ヒト細胞
の核内で発見された:網膜色素変性-7を欠いた、ROM1タンパク質;Sveinss
on網脈絡膜萎縮を欠いた、TEAD1タンパク質;白点状眼底を欠いた、RDH5タン
パク質;網膜色素変性37を欠いた、NR2E3タンパク質;無虹彩、視神経のコロボー
マ、眼コロボーマ、中心窩形成不全-1、および両側性視神経形成不全を欠いた、PAX
6タンパク質;錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7を欠いた、CRX
タンパク質;網膜色素変性30を欠いた、FSCN2タンパク質;シュタルガルト病-1
、網膜色素変性-19、加齢黄斑変性-2、錐体杆体ジストロフィー-3を欠いた、AB
CA4タンパク質;原発開放隅角緑内障を欠いた、MYOCタンパク質;フックス角膜内
皮ジストロフィー-3を欠いた、TCF4タンパク質;中央錐体が関係する黄斑ジストロ
フィーを欠いた、MFSD8タンパク質;眼性非腎症性シスチン症を欠いた、タンパク質
CTNS;レーバー先天黒内障およびバルデー・ビードル症候群を欠いた、NXNL1タ
ンパク質;原発開放隅角緑内障および筋萎縮性側索硬化症12を欠いた、OPTNタンパ
ク質;ボスニア型の網膜ジストロフィー、白点状眼底および白点状網膜炎を欠いた、RL
BP1タンパク質;レーバー先天黒内障2および網膜色素変性20を欠いた、RPE65
タンパク質;レーバー先天黒内障14および網膜色素変性を欠いた、LRATタンパク質
;すべてのトランスレチナールの遅いクリアランスまたは蓄積を有する眼疾患におけるR
DH8タンパク質;レーバー先天黒内障13および網膜色素変性を欠いた、RDH12タ
ンパク質;網膜色素変性44を欠いた、RGRタンパク質;色覚異常2を欠いた、CNG
A3タンパク質;時差ぼけにおけるPER1タンパク質、アルストレーム症候群を欠いた
、ALMS1タンパク質、および弱毒化したMPS1(ハーラー-シャイエ症候群および
シャイエ症候群)を欠いた、IDUAタンパク質。これらのROM1、TEAD1、RD
H5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、
MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、R
DH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1およびIDUのmRN
A前駆体の種は、少なくとも1つの保持されたイントロンを含む。本発明は、完全にスプ
ライシングされた成熟mRNAの定常状態の産生を増加させる、およびそれ故、翻訳され
たROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1またはIDUAのタンパク質レベルを増加させるために、遺伝子発現の核ステー
ジに対して律速的である1つ以上の保持されたROM1、TEAD1、RDH5、NR2
E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、
CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RD
H12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのイントロンのスプ
ライシングをアップレギュレートするための方法および組成物を提供する。これらの組成
物および方法は、核内に蓄積する保持されたイントロン含有ROM1、TEAD1、RD
H5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、
MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、R
DH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのmR
NA前駆体(RIC mRNA前駆体)のイントロンスプライス部位で構成的スプライシ
ングを促進するアンチセンスオリゴマー(ASO)を利用することができる。したがって
、実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1またはIDUAのタンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH
5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、M
FSD8、CTNS、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1またはIDUAの不足によって引き起こされる疾病を処置す
るために本発明の方法を使用して増加され得る。実施形態では、疾病は、標的タンパク質
の不足によって引き起こされないが、それにもかかわらず、本発明の方法を使用して、標
的タンパク質の産生を増加させることによって処置される。特定の実施形態では、標的タ
ンパク質の不足によって引き起こされないが、それにもかかわらず、本発明の方法を使用
して標的タンパク質の産生を増加させることによって処置される疾病において、標的タン
パク質は、RDH8、NXNL1、またはPER1である。関連する実施形態では、処置
される疾病は、すべてのトランスレチナールの遅いクリアランスまたは蓄積を有する眼疾
患であり、標的タンパク質はRDH8であるか、あるいは疾病は時差ぼけであり、標的タ
ンパク質はPER1である。
他の実施形態では、本発明の方法は、必要としている被験体の疾病を処置するべく、R
OM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA
4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、
RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PE
R1またはIDUAの産生を増加させるために使用され得る。実施形態では、被験体は、
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABC
A4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1
、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、P
ER1またはIDUAが、野生型と比べて必ずしも不足してはいないが、それにもかかわ
らず、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、
ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RL
BP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS
1、PER1またはIDUAの増加は、疾病を軽減する。実施形態では、疾病は、ROM
1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
またはIDUAのハプロ不全によって引き起こされ得る。
<ROM1>
ROM1(網膜外節膜タンパク質(retinal outer segment me
mbrane protein)1)は、杆体細胞外節膜タンパク質1をコードする。こ
の遺伝子は、光受容体に特異的な遺伝子ファミリーのメンバーであり、眼の光受容体の円
板縁(disk rim)に見られる内在性膜タンパク質をコードする。このタンパク質
は、ホモ二量体を形成することができるか、または別の光受容体とヘテロ二量体化するこ
とができる(retinal degeneration slow(RDS))。ROM
1は、円板形態形成(disk morphogenesis)にとって不可欠であり、
外節円板(outer segment disks)の安定化および圧縮またはリムの湾
曲の維持に関係する接着分子としても機能し得る。この遺伝子における特定の欠損は、変
性眼疾患網膜色素変性に関係している。
<網膜色素変性-7(RP7)>
網膜色素変性7(RP7)は、色素性網膜症のグループに属する網膜ジストロフィーで
ある。網膜色素変性は、眼底検査で目に見える網膜色素沈着物、および杆体光受容細胞の
一次損失と、続く錐体光受容体の二次損失を特徴とする。患者は、典型的に、夜間視力の
失明および中間周辺視野の損失を有している。罹患した個体は、疾病を進行させるにつれ
、遠周辺視野を失い、最終的に中心視力も失う。この疾患は、ROM1を含む別々の遺伝
子座に影響を与える突然変異によって引き起こされ得る。網膜色素変性7の2遺伝子形態
は、PRPH2遺伝子の突然変異に起因し、ROM1遺伝子のヌル突然変異が報告された
<TEAD1>
TEAD1は、転写エンハンサー因子TEF-1をコードする。転写エンハンサー因子
TEF-1は、増殖の制限およびアポトーシスの促進による臓器サイズの調整および腫瘍
抑制に関係する経路である、Hippoシグナル伝達経路において重要な役割を果たす転
写因子である。この経路のコアはキナーゼカスケードで構成され、ここで調節タンパク質
SAV1と複合したMST1/MST2は、YAP1腫瘍性タンパク質およびWWTR1
/TAZを順にリン酸化および不活性化する、調節タンパク質MOB1と複合したLAT
S1/2をリン酸化および活性化する。TEAD1は、YAP1およびWWTR1/TA
Zの遺伝子発現を媒介することにより作用し、それによって、細胞増殖、遊走および上皮
間葉転換(EMT)の誘発を調節する。TEAD1は、特異的且つ協働的にSPHおよび
GT-IIC「enhansons」(5’-GTGGAATGT-3’)に結合し、細
胞特異的な方法でインビボでの転写を活性化する。活性化機能は、限定する細胞特異的な
転写仲介因子(TIF)によって媒介されるように見える。TEAD1はまた、心臓発達
に関係し、M-CATモチーフに結合する。
<Sveinsson網脈絡膜萎縮>
Sveinsson網脈絡膜萎縮は、TEAドメインファミリーメンバー-1遺伝子T
EAD1の突然変異によって引き起こされる。らせん状乳頭周囲脈絡網膜変性または優性
限局性萎縮(atrophia areata)とも呼ばれる、Sveinsson網脈
絡膜萎縮(SCRA)は、網膜および脈絡膜に関係する視神経円板から放散する左右対称
性の病変を特徴とする、常染色体優性眼疾患である。
<RDH5>
RDH5は、11-シスレチノールデヒドロゲナーゼをコードする。この酵素は、短鎖
デヒドロゲナーゼ/還元酵素(SDR)ファミリーに属している。このレチノールデヒド
ロゲナーゼは、視覚色素の普遍的な発色団である、11-シスレチンアルデヒドの生合成
における最終工程を触媒するように機能する。この遺伝子の突然変異は、錐体および杆体
の光色素の再生の遅延を特徴とする夜盲のまれな形態である、常染色体劣性白点状眼底を
引き起こす。選択的スプライシングは、結果として複数の転写変異体をもたらす。この遺
伝子と隣接する上流のBLOC1S1(リソソーム細胞小器官複合体-1、サブユニット
1の新生)遺伝子との間に、読み過し転写も存在する。
<白点状眼底>
白点状眼底は、錐体および杆体の光色素の再生の遅延を特徴とする夜盲のまれな形態で
ある。神鳥斑点網膜疾患のこの形態は、中間周辺部(midperiphery)におけ
る最大の密度を有する且つ黄斑とは無関係の眼底全体にわたる離散的な一様の白点を特徴
とする。夜盲が生じる。常染色体優性遺伝および常染色体劣性遺伝の両方が示唆されてき
た。
<NR2E3>
NR2E3は、NR2E3(核受容体サブファミリー2、グループE、メンバー3)と
しても知られる、光受容細胞に特異的な核受容体(PNR)をコードする。NR2E3は
、網膜の光受容細胞の核受容体である。NR2E3は、杆体発達の活性化因子および錐体
発達の抑制因子である転写因子である。NR2E3は、ロドプシン、M-オプシン、S-
オプシンおよび杆体に特異的なホスホジエステラーゼβサブユニットを含む、多くの杆体
および錐体に特異的な遺伝子のプロモーター領域に結合する。NR2E3は、ロドプシン
発現を増強し、M-錐体オプシン発現およびS錐体オプシン発現を抑制する。
<網膜色素変性37>
網膜色素変性37は、NR2E3遺伝子のホモ接合型またはヘテロ接合の突然変異によ
って引き起こされる。網膜色素変性37(RP37)は、色素性網膜症のグループに属す
る網膜ジストロフィーである。網膜色素変性は、網膜における杆体光受容細胞の進行性変
性が原因で重度の視覚障害を引き起こす、遺伝性の変性眼疾患である。網膜ジストロフィ
ーのこの形態は、年齢とは無関係の初期症状を明らかにし、それ故、網膜色素変性の診断
が、早期乳児期から後期成人期までのどこかで下される。網膜色素変性の初期段階の患者
はまず、杆体光受容体の衰弱によって周辺および暗所視が損なわれたことに気づく。進行
性の杆体変性に続いて、隣接した網膜色素上皮(RPE)の異常および錐体光受容細胞の
悪化が生じる。辺縁視が漸増的に損なわれるにつれ、患者は、進行性の「トンネル状視野
」を経験し、最終的に失明する。罹患した個体はさらに、欠陥のある明暗順応、夜盲症(
夜盲)、および眼底における骨棘の蓄積を経験し得る。
<PAX6>
PAX6は、無虹彩タイプIIタンパク質(AN2)またはoculorhombin
としても知られている、ペアードボックスタンパク質Pax-6をコードする。ペアード
ボックス遺伝子ファミリーのメンバーである、PAX6は、眼発生(oculogene
sis)および他の進行プロセスに関係する転写制御因子をコードする。Pax6は、胚
発生の間に存在する転写因子である。コードされたタンパク質は、DNAに結合する及び
遺伝子転写の制御因子とし機能すると知られている、2つの異なる結合部位を含んでいる
。PAX6は、眼および脳の発達の重要な調節遺伝子である。脳内では、タンパク質は、
臭いを処理する専門の細胞の進行に関係している。転写因子として、Pax6は、組織の
適切な発達を確かなものとするために遺伝子発現パターンを活性化及び/又は非活性化す
る。
<無虹彩>
無虹彩は、染色体11p13上のPAX6遺伝子のヘテロ接合突然変異によって引き起
こされる。PAX6遺伝子の280を超える突然変異が、虹彩の欠如である無虹彩を引き
起こすことが分かった。これらの突然変異のほとんどは、異常に短い、非機能性PAX6
タンパク質の産生につながる。結果として、他の遺伝子の活性を調節するPAX6タンパ
ク質はより少なくなる。
無虹彩を引き起こす突然変異の大多数は、PAX6遺伝子内で生じるが、調節領域とし
て知られているPAX6遺伝子の発現を通常調節するDNAの近隣領域において、疾患を
引き起こす突然変異が生じる場合もある。PAX6遺伝子の調節領域における突然変異は
、PAX6遺伝子の発現を低減する。これらの突然変異は、機能性PAX6タンパク質の
不足につながり、これによって、進行の間に眼の形成が妨害される。
無虹彩は、虹彩の着色部の完全または部分的な欠如を特徴とする眼障害である。これら
の虹彩異常によって、瞳孔に異常をきたすか、瞳孔は変形し得る。無虹彩は、視力の低下
および光に対する感受症(羞明)の増大をもたらし得る。無虹彩を有する個体はまた、他
の眼の問題を有し得る。典型的に、小児期後期また青年期早期に、眼内の圧上昇(緑内障
)が現われる。無虹彩を有する人の50パーセントから85パーセントにおいて、眼の水
晶体の混濁(白内障)が生じる。罹患した人の約10パーセントにおいて、視神経は未発
達である。無虹彩を有する個体はまた、固視微動(眼振)を有するか、または鋭い中心視
の原因で眼の後ろの領域が未発達であり得る(中心窩形成不全)。これらの目の問題の多
くは、罹患した個体の進行性の視力損失の一因となる。症状の重症度は、典型的に両方の
眼で同じである。まれに、無虹彩を有する人は、行動上の問題、発達遅延、および匂いを
検出する問題を有している。無虹彩は、常染色体優性のパターンで遺伝性であり得る。事
例のおよそ3分の2において、罹患した人は、1人の罹患した親から突然変異を遺伝して
いる。事例の残りの3分の1は、遺伝子の新しい突然変異に起因し、家族に該障害の病歴
のない人において生じる。
<視神経のコロボーマ>
視神経のコロボーマは、PAX6遺伝子の突然変異によって引き起こされる。視神経の
コロボーマは、視神経の下面に欠陥がある視神経円板の先天異常である。罹患した眼の視
力は損なわれ、その程度は、欠陥のサイズに左右され、典型的に視力よりも視野に影響す
る。さらに、患者の3分の1に現われる漿液性網膜剥離のリスクが増加する。網膜剥離が
生じた場合、それは、通常治療可能ではなく、すべて視界が眼の罹患した領域において失
われる、これは黄斑に関係するかもしれないし、関係しないかもしれない。
<眼コロボーマ>
眼コロボーマは、染色体11p13上のPAX6遺伝子のヘテロ接合突然変異によって
引き起こされる。コロボーマは、胚発生中の眼の発達異常に起因する眼の先天性欠損であ
る。それは、あらゆる眼組織の先天的欠陥として定義され、典型的に眼裂の異常閉鎖と一
致した部位で組織または間隙が存在しないことを示している。融合不全は、眼の下部分の
1つ又は複数の領域のコロボーマにつながりかねず、これは、毛様体、網膜、および脈絡
膜を含む、虹彩から視神経までの、亀裂が横切った眼球の部分に影響を与える。コロボー
マはまた、発達的な眼の異常の相関したスペクトルの一部として小さな( 小眼球(mi
crophthalmic))眼または欠損した(無眼球(anophthalmic)
)眼に頻繁に関連付けられ、片眼または両眼の眼に影響を与えかねない。
<中心窩形成不全-1>
前上葉異常及び/又は白内障(FVH1)を伴う又は伴わない中心窩形成不全-1は、
染色体11p13上のPAX6遺伝子のヘテロ接合突然変異によって引き起こされる。中
心窩形成不全は、推定される中心窩領域の連続した(continuity of)すべ
ての神経感覚網膜層を有する中心窩陥凹の欠如として定義される。分離された主体(is
olated entity)としての中心窩形成不全は、まれな現象であり、通常、無
虹彩、小眼球、白皮症、または色覚異常などの、他の視覚障害に関連して記載される。報
告された中心窩形成不全のすべてのケースには、視力の低下および眼振が伴う。
<両側性視神経形成不全>
両側性視神経形成不全は、PAX6遺伝子の突然変異によって引き起こされ得る。視神
経形成不全は、視神経の未発達から生じる病状である。この疾病は、最も一般的な先天性
視神経異常である。すべての視神経軸索が適切に発達するとは限らないため、視神経円板
は異常に小さく見える。それは、しばしば、内分泌障害(ホルモン欠乏症)、発達遅延、
および脳奇形に関連付けられる。網膜から脳への視覚信号の伝達の要因である視神経には
、平均的な人においておよそ120万の神経線維がある。しかしながら、視神経形成不全
と診断された人においては、神経は顕著により少ない。視神経形成不全は、一側性(片眼
)または両側性(両眼)であり得るが、ほとんどの場合、両側性を示す(80%)。一側
性の場合は、より良い視力を有する傾向があるため、典型的に、両側性視神経形成不全の
人より遅い年齢で診断される。視力は、光覚弁なしからほぼ正常な視力までの範囲であり
得る。
<CRX>
CRXは、錐体杆体ホメオボックスタンパク質をコードする。錐体杆体ホメオボックス
タンパク質は、光受容細胞の分化において役割を果たす、光受容体に特異的な転写因子で
ある。このホメオドメインタンパク質は、正常な錐体および杆体の機能の維持に必要であ
る。錐体杆体ホメオボックスタンパク質は、オプシン遺伝子を含む幾つかの光受容体に特
異的な遺伝子の上流で見られる配列5’-TAATC[CA]-3’を結合する及びトラ
ンス活性化する転写因子である。CRXは、NRL、RORBおよびRAXなどの他の転
写因子と相乗的に、光受容体に特異的な遺伝子の転写を調節するように作用し、哺乳動物
の光受容体の維持にとって不可欠である。
<錐体杆体ジストロフィー-2(CORD2)>
錐体杆体ジストロフィー-2(CORD2)は、染色体19q13上のCRX遺伝子の
ヘテロ接合突然変異によって引き起こされる。錐体杆体ジストロフィー2(CORD2)
は、優位に黄斑領域にある眼底検査で目に見える網膜色素沈着物、および錐体光受容体の
初期欠損に続く杆体変性を特徴とする、遺伝性網膜ジストロフィーである。これは、視力
および中心視野における感受性の低下につながり、その後、辺縁視が損失する。視力の深
刻な損失が、網膜色素変性よりも早く生じる。
<レーバー先天黒内障-7>
レーバー先天黒内障-7は、染色体19q13上のCRX遺伝子のヘテロ接合またはホ
モ接合の突然変異によって引き起こされ得る。レーバー先天黒内障は、視力損失、眼振、
および重度の網膜機能不全を特徴とする、早発性の小児期の網膜ジストロフィーのグルー
プを含む。患者は、通常出生時に深刻な視力損失および振子様眼振を示す。網膜電図(E
RG)応答は、通常記録不可能である。他の臨床所見は、高い遠視、光不快(photo
dysphoria)、眼指兆候(oculodigital sign)、円錐角膜、
白内障、および眼底に対する可変性外観(variable appearance to
the fundus)を含み得る。
<FSCN2>
FSCN2はファスシン-2をコードする。この遺伝子は、ファスシンタンパク質ファ
ミリーのメンバーをコードする。ファスシンは、アクチンを動的細胞伸長(dynami
c cell extensions)内の糸状束(filamentous bundl
es)へと架橋する。このファミリーは、光受容体円板の形態形成において役割を果たす
と提案されている。この遺伝子の突然変異は、結果として、常染色体優性の網膜色素変性
および黄斑変性の1つの形態をもたらす。異なるアイソフォームをコードする複数の転写
変異体も発見された。
<網膜色素変性30>
網膜色素変性30は、染色体17q25上の網膜ファスシン遺伝子(FSCN2)の突
然変異によって引き起こされる。網膜色素変性30(RP30)は、色素性網膜症のグル
ープに属する網膜ジストロフィーである。網膜色素変性は、眼底検査で目に見える網膜色
素沈着物および続く錐体光受容体の二次損失を特徴とする。患者は、典型的に夜間視力の
失明および中間周辺視野の損失を有している。患者の疾病が進行するにつれ、患者は遠周
辺視野を失い、最終的に中心視力も失う。
<ABCA4>
ABCA4は、ABCA4またはABCRとしても知られるサブファミリーA(ABC
1)、メンバー4である、ATP結合カセットをコードする。ABCA4は、多細胞真核
生物に独占的に見られるATP結合カセット輸送体遺伝子のサブファミリーA(ABC1
)のメンバーである。ABCA4タンパク質は、光受容体において産生される。ABCA
4タンパク質は、眼に入る光が脳に伝達される電気信号に変換されるプロセスである、光
伝達後に活性である。光伝達は、有毒物質の形成につながる可能性がある。ABCA4タ
ンパク質は、光受容細胞から、N-レチニリデン-PEと呼ばれる、これらの物質のうち
の1つを除去する。
<シュタルガルト病-1(STGD1)>
シュタルガルト病-1(STGD1)は、染色体1p22上のABCA4遺伝子(60
1691)のホモ接合または複合ヘテロ接合の突然変異によって引き起こされる。シュタ
ルガルト黄斑変性は、進行性の視力損失を引き起こす遺伝性の眼障害である。この障害は
網膜に影響を与える。具体的には、シュタルガルト黄斑変性は、黄斑と呼ばれる網膜の中
心近くの小さな領域に影響を与える。黄斑は、読書、運転、および顔認識などの詳細なタ
スクに必要とされる鋭い中心視の原因である。シュタルガルト黄斑変性を有する人のほと
んどにおいて、脂肪性の黄色色素(リポフスチン)が黄斑の基礎となる細胞に蓄積される
。経時的に、この物質の異常な蓄積は、はっきりとした中心視にとって重要な細胞を損傷
させかねない。中心視損失に加えて、シュタルガルト黄斑変性を有する人は、少ない光で
誘導することを困難にし得る夜間視力の問題を有している。罹患した個体の中には色覚を
損なったものもいた。シュタルガルト黄斑変性の徴候および症状は、典型的に小児期後期
から成人早期に現われ、経時的に悪化する。
ABCA4遺伝子の500を超える突然変異が、シュタルガルト黄斑変性を引き起こす
ことが分かった。これらの突然変異のほとんどは、ABCA4タンパク質において単一の
アミノ酸を変更する。機能不全のABCA4タンパク質は、N-レチニリデン-PEを光
受容細胞から除去することができない。結果として、N-レチニリデン-PEは別の物質
と組み合わさって、リポフスチンと呼ばれる脂肪性の黄色色素を産生し、これは網膜細胞
に蓄積する。リポフスチンの蓄積は、網膜の細胞に対して毒性であり、シュタルガルト黄
斑変性を有する人の進行性の視力損失を引き起こす。ほとんどの場合、シュタルガルト黄
斑変性はABCA4遺伝子の突然変異によって引き起こされる。
<網膜色素変性-19(RP19)>
網膜色素変性-19(RP19)は、染色体1p22上のABCR遺伝子(ABCA4
)のホモ接合または複合ヘテロ接合の突然変異によって引き起こされ得る。網膜色素変性
は、辺縁視の進行性の損失および中心視損失を引き起こしかねない夜間視力の困難性を特
徴とする遺伝性の眼障害である。網膜色素変性に関連付けられた多くの遺伝子がある。タ
イプ19は、染色体1p21-p13上の遺伝的欠陥に関連付けられる。網膜色素変性-
19は、夜盲、辺縁視の損失、進行性の網膜変性、トンネル状視野、進行性の視力損失、
夜間または少ない光での視力減退、進行した段階での中心視の損失、および網膜色素上皮
の斑点を特徴とする。
<加齢黄斑変性-2(ARMD2)>
加齢黄斑変性-2(ARMD2)は、染色体1p22上のABCA4遺伝子における変
更によって与えられる。加齢黄斑変性は、先進国の高齢者の視力損失の主要原因である眼
疾患である。視力損失は、通常、60年代または70年代の人において顕著となり、経時
的に悪化する傾向がある。加齢黄斑変性は、主として、読書、運転、および顔認識などの
詳細なタスクに必要とされる中心視に影響を与える。この状態での視力損失は、光および
色を検出する眼の後ろの組織(網膜)における光感知細胞の段階的な悪化に起因する。具
体的には、加齢黄斑変性は、中心視の原因である、黄斑と呼ばれる網膜の中心近くの小さ
な領域に影響を与える。側(辺縁)視および夜間視力は、一般に影響を受けない。研究者
は、乾燥型および湿潤型として知られる、2つの主要なタイプの加齢黄斑変性について記
載した。乾燥型は、はるかにより一般的であり、加齢黄斑変性のすべての症例の85~9
0パーセントを占めている。それは、網膜下のドルーゼンと呼ばれる黄色がかった沈着物
の蓄積およびゆっくり進行する視力損失を特徴とする。その状態は、典型的には両眼の視
力に影響を与えるが、視力損失は、しばしば片眼ずつ生じる。加齢黄斑変性の湿潤型は、
急速に悪化しかねない重度の視力損失に関係している。その状態のこの湿潤型は、黄斑の
真下の異常で脆弱な血管の成長を特徴とする。これらの血管は血液および体液を漏出し、
これによって黄斑が損傷し、中心視は、ぼやけて、歪んだように見える。
<錐体杆体ジストロフィー-3(CORD3)>
錐体杆体ジストロフィー-3(CORD3)は、染色体1p22上のABCA4のホモ
接合または複合ヘテロ接合の突然変異によって引き起こされる。錐体杆体ジストロフィー
は、色素性網膜症のグループに属する遺伝性網膜ジストロフィーである。錐体杆体ジスト
ロフィーの有病率は、40,000分の1と推定される。錐体杆体ジストロフィーは、黄
斑領域に優位に局在化された、眼底検査で目に見える、網膜色素沈着物を特徴とする。杆
体光受容体の一次損失およびその後の錐体光受容体における二次損失に起因する、杆体錐
体ジストロフィー(RCD)とも呼ばれる典型的な網膜色素変性(RP)とは対照的に、
錐体杆体ジストロフィーは、反対の一連の事象(opposite sequence o
f events)を反映している。錐体杆体ジストロフィーは、一次的な錐体の関与、
または時に錐体および杆体両方の同時の損失を特徴とし、これは、錐体杆体ジストロフィ
ーの以下の主症状を説明するものである:視力の低下、色覚異常、光嫌悪(photoa
version)および中心視野の感受性の低下、その後の辺縁視の進行性の損失および
夜盲。錐体杆体ジストロフィーの臨床経過は、一般により深刻なものであって、RCDの
臨床経過より急速であり、初期の法的盲および無能力につながる。しかしながら、末期で
は、錐体杆体ジストロフィーはRCDと変わりない。錐体杆体ジストロフィーは、最も頻
繁に非症候性であるが、バルデー-ビードル症候群および脊髄小脳失調症7型(SCA7
)などの、幾つかの症候群の一部であり得る。非症候性の錐体杆体ジストロフィーは、遺
伝学的に異質である(10のクローン化遺伝子および3つの遺伝子座がこれまでに同定さ
れている)。錐体杆体ジストロフィーの病態形成に関係している4つの主要な原因となる
遺伝子は、ABCA4(これはシュタルガルト病および常染色体劣性の錐体杆体ジストロ
フィーの30~60%も引き起こす)、CRXおよびGUCY2D(これは常染色体優性
の錐体杆体ジストロフィーの多くの報告された症例の要因である)、およびRPGR(こ
れはX連鎖性RPの約2/3およびX連鎖性錐体杆体ジストロフィーの未決定のパーセン
テージを引き起こす)である。RPまたは黄斑ジストロフィーを引き起こし得る、遺伝子
の高度に有害な突然変異はまた、錐体杆体ジストロフィーにつながり得る。錐体杆体ジス
トロフィーの診断は、病歴、眼底検査および網膜電図に基づいている。幾つかの遺伝子に
対して分子診断が行われ得、遺伝相談が常に勧められる。現在、その疾患の進化を止める
又は視力を回復させる治療はなく、視力予後は乏しい。管理は、変性プロセスを遅らせる
こと、合併症を処置すること、および患者が失明の社会学的および心理学的な効果に対処
するのを助けることに向けられている。

<MYOC>
MYOC遺伝子はミオシリンをコードする。ミオシリンは、小柱網および毛様体に見ら
れ、眼内圧を調節する。それはまた、様々なタイプの筋肉に見られる。ミオシリンの機能
は、十分に理解されていないが、毛様体の筋組織におけるその作用によって眼内圧を制御
する助けとなり得る。研究者は、ミオシリンが、タンパク質複合体の部分として他のタン
パク質と一緒に機能すると考えている。ミオシリンは、CYP1B1遺伝子の産物である
、シトクロムP450タンパク質の形態を含む多くの他のタンパク質と相互作用し得る。
<原発開放隅角緑内障>
GLC1Aと指定される原発開放隅角緑内障(POAG)は、染色体1q上のMYOC
遺伝子のヘテロ接合の突然変異によって引き起こされる。POAGに関連する症状はない
。眼内の圧力はゆっくり上昇し、角膜は腫脹なしで適合する。角膜が腫脹した場合には、
症状が現れ、角膜の腫脹は、通常、何かが調子悪いという信号である。しかし、そうでは
ないため、この疾患はしばしば検出されない。これは無痛であり、患者は、しばしば、ゆ
っくり視力を失っていることをその疾患の後期段階まで気づかない。しかしながら、視力
が損なわれときには、損傷が回復不能となっている。緑内障は、眼と脳をつなぐ視神経が
進行的に損傷される眼障害のグループである。この損傷は、側(辺縁)視の低下および最
終的な失明につながりかねない。他の徴候および症状は、眼球突出、涙の過剰分泌、およ
び光に対する異常な感受性(羞明)を含み得る。用語「早発性の緑内障」は、障害が40
歳より前に現われるときに使用され得る。緑内障を有する人のほとんどにおいて、視神経
に対する損傷は、眼内の圧力(眼内圧)の上昇によって引き起こされる。眼内圧は、眼に
入る体液と眼を出る体液との間のバランスに左右される。通常、緑内障は、高齢者におい
て進行し、障害を進行させるリスクは、高血圧(高血圧症)および真性糖尿病の他に、家
族歴を含む、様々な病状による影響を受け得る。早発性の緑内障のリスクは、主として遺
伝に左右される。眼内の体液の排出を妨害する構造的異常は、出生時に存在し、通常、生
後1年の間に明らかになり得る。そのような異常は、症候群と呼ばれる、多くの体組織に
影響を与える遺伝病の一部であり得る。緑内障は、他の関連する異常なしで5歳よりも前
に現われる場合、原発先天緑内障と呼ばれる。他の個体は、最も一般的な緑内障の成体形
である、原発開放隅角緑内障の早発を経験する。原発開放隅角緑内障は、小児期または成
人早期の間に発症する場合、若年性解放隅角緑内障と呼ばれる。
<TCF4>
TCF4は、TCF4をコードするか、または時に免疫グロブリン転写因子2と呼ばれ
る。TCF4は、ホモ二量体または他のbHLHタンパク質を有するヘテロ二量体として
機能する、広く発現されたベーシック・ヘリックス・ループ・ヘリックス(bHLH)タ
ンパク質である。これらの二量体は、エフリュッシ(E)ボックス配列でDNAを結合す
る。選択的スプライシングは、それらの細胞内局在性およびトランス活性化能力が異なる
多数のN末端で別々のTCF4アイソフォームを産生する。TCF4タンパク質は、免疫
グロブリンエンハンサーのミュー-E5/カッパ-E2モチーフに結合する転写因子とし
て作用する。TCF4は、SSTR2-INR、またはソマトスタチン受容体2イニシエ
ーター要素上で通常見られる、E-ボックス(5’-CANNTG-3’)に結合するこ
とによって転写を活性化する。TCF4は、主として、DNAへの結合によって神経の分
化を開始することによる妊娠中の胎児の神経学的発達に関係している。それは、初期発生
中に中枢神経系、体節、および生殖隆起において見られる。発生の後期に、それは、甲状
腺、胸腺、および腎臓において見られ、成人期には、リンパ球、筋肉、および胃腸系にお
いて見られる。
<フックス角膜内皮ジストロフィー-3(FECD3)>
フックス角膜内皮ジストロフィー-3(FECD3)は、染色体18q22上のTCF
4遺伝子におけるヘテロ接合のイントロン性の三塩基反復配列伸長(CTG)nによって
引き起こされる。遅発性フックス角膜内皮ジストロフィー(FECD)は、40年を超え
る人口のおよそ4%に影響を与える変性障害である。それは、角膜内皮によって分泌され
たコラーゲンに富んだ基底層であるデスメ膜のごく小さい屈折性の突起物(micros
copic refractile excrescences)である、グッテー(gu
ttae)の進行性の形成による他の角膜疾患とは区別される。通常、FECDが内皮細
胞機能を深刻に損なわせるのに、発症から20年間かかり、これは、実質浮腫および視覚
障害につながる。この疾病の第1の症状は、典型的に、通常その日におさまる朝の霧視で
ある。経時的に、罹患した個体は視力を失っていく。フックス内皮ジストロフィーを有す
る人はまた、明るい光に敏感になる。フックス内皮ジストロフィーは、角膜と呼ばれる眼
の最前面に特異的に影響を与える。眼の検査中に検出可能である、グッテーと呼ばれる沈
着物は、角膜の真中に形成され、最終的に広がる。これらのグッテーは、角膜における細
胞の損失の一因となり、視力の問題につながる。小水疱が角膜上で発達し、これは、破裂
して眼痛を引き起こし得る。フックス内皮ジストロフィーの徴候および症状は、通常、4
0代または50代の人において始まる。この疾病の非常にまれな早発性の異型は、20代
の人の視力に影響を与え始める。
<MFSD8>
MFSD8は、MFSD8としても知られている主要促進物質スーパーファミリードメ
イン含有8(Major facilitator superfamily domai
n containing 8)をコードする。MFSD8タンパク質は、細胞リソソーム
において見られる。MFSD8タンパク質は、第2次能動輸送タンパク質の主要促進物質
スーパーファミリーと呼ばれる、関連するタンパク質の大きなグループに属する。このフ
ァミリーにおけるタンパク質は、特定の分子を細胞内の構造間で、または細胞内および細
胞外へと移動させる。MFSD8タンパク質は分子を輸送する傾向にあるが、それが移動
させる特有の分子は知られていない。MFSD8タンパク質は、恐らくリソソームの膜に
わたって物質を輸送する。
<中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー(CCMD)>
中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー(CCMD)は、染色体4q28上のMFSD
8遺伝子の複合ヘテロ接合の突然変異によって引き起こされる。これは、主として錐体ジ
ストロフィーであるが、高齢患者においては杆体損傷の証拠がある。中心視力の軽度の減
少は、30代から60代の個体において顕著である。わずかな色素の変化および色覚異常
が、これらの症状の発症で文書化され、標的黄斑症および中心窩の重度の萎縮が存在し得
る。辺縁が正常である末梢で拡張する中心暗点(enlarging central s
cotoma with normal periphery)が、時に識別され得る。他
の患者は、蒼白な(pale)視神経円板を有する乳頭周囲の領域に対して萎縮性の様相
(atrophic appearance)を有している。MFSD8遺伝子(4q2
8.2)のミスセンス突然変異およびナンセンス突然変異に対する複合ヘテロ接合性が、
常染色体劣性遺伝を示唆するDutch同胞群のメンバーの中から見つけられた。
<CTNS>
CTNS遺伝子は、通称シスチノシン(cystinosin)をコードする。このタ
ンパク質は、物質を消化し再利用する細胞の区画であるリソソームの膜内に位置する。リ
ソソームの内部で消化されたタンパク質は、より小さなアミノ酸に分割される。その後、
アミノ酸は、輸送タンパク質によってリソソームから除去される。シスチノシンは、アミ
ノ酸シスチンをリソソームから特異的に移動させる輸送タンパク質である。
<眼性非腎症性シスチン症>
眼性非腎症性シスチン症は、染色体17p13にマッピングするシスチノシン(CTN
S)をコードする遺伝子の突然変異によって引き起こされる。古典的な腎症性タイプのシ
スチン症の異型である、眼性非腎症性シスチン症は、腎臓病ではないが角膜のシスチン結
晶による羞明を特徴とする常染色体劣性のリソソーム蓄積症である。シスチン症を引き起
こす原因である80を超える異なる突然変異が、CTNS遺伝子において特定された。最
も一般的な突然変異は、CTNS遺伝子の大部分の欠失(時に57-kb欠失と呼ばれる
)であり、結果としてシスチノシンの完全な損失をもたらす。この欠失は、ヨーロッパ系
の人におけるシスチン症の症例のおよそ50パーセントの原因である。他の突然変異は、
結果として、その正常な輸送機能を実行することができない異常に短いタンパク質の産生
をもたらす。CTNS遺伝子の非常に小さな領域を変化させる突然変異によって、輸送タ
ンパク質は、その通常の活性のいくらかを保持することが可能になり、結果としてシスチ
ン症のより軽度な形態がもたらされ得る。
<NXNL1>
NXNL1は、ヌクレオレドキシン様1(NXNL1)をコードする。NXNL1は、
錐体細胞の生存率に役割を果たし、錐体変性を遅らせ得る。NXNL1は、杆体の変性に
は役割を果たさないようである。NXNL1に関連する疾患は、レーバー先天黒内障およ
びバルデー-ビードル症候群を含む。レーバー先天黒内障は、主として網膜に影響を与え
る眼障害である。この疾病を有する個体は、典型的に乳児期に開始する重度の視力障害を
有している。他の特徴は、羞明、眼の不随意運動(眼振)、および極端な遠眼を含む。瞳
孔はまた通常光に反応しない。さらに、角膜は、円錐形であり得、異常に薄い(円錐角膜
)。フランスシェッティの眼指兆候(Franceschetti's oculo-di
gital sign)は、レーバー先天黒内障の特性である。この徴候は、指関節また
は指での眼のつっつき、圧迫、およびこすりから成る。この疾病の少なくとも13のタイ
プが記載され、これらは、それらの遺伝子的原因、視力損失のパターン、および関連する
眼異常によって判別される。
バルデー・ビードル症候群は、身体の多くの部分に影響を与える遺伝性の疾病である。
この疾病を有する個体は、錐体杆体ジストロフィーによる進行性の視力障害、多指症(多
趾症)、体幹肥満、男性生殖腺の機能の低下(性腺機能低下症)、腎臓異常、および学習
困難を有する。少なくとも14の遺伝子が、バルデー・ビードル症候群に関係していると
知られている。この疾病は、通常、常染色体劣性のパターンで遺伝性である。
<OPTN>
OPTN遺伝子は、コイルドコイル含有タンパク質オプチニューリンをコードする。オ
プチニューリンは、正常眼圧緑内障および成人発症の原発開放隅角緑内障において役割を
果たし得る。オプチニューリンは、アデノウイルスE3-14.7Kタンパク質と相互作
用し、腫瘍壊死因子αまたはFasリガンド経路を利用して、アポトーシス、炎症または
血管収縮を媒介し得る。オプチニューリンはまた、細胞の形態形成および膜輸送、小胞輸
送、並びにRAB8、ハンチンチン、および転写因子IIIAタンパク質とのその相互作
用による転写活性化において機能し得る。選択的スプライシングは、結果として同じタン
パク質をコードする複数の転写変異体をもたらす。
オプチニューリンは、ミオシンVIおよびRab8とのその相互作用によって、ゴルジ
複合体の維持、膜輸送、エキソサイトーシスにおいて重要な役割を果たす。オプチニュー
リンは、ミオシンVIをゴルジ複合体に関連付け、ゴルジリボン形成に重要な役割を果た
す。オプチニューリンは、RNAウイルス感染に応じてIFNBの誘発を負に調節する。
オプチニューリンは、眼および視神経において神経保護の役割を果たす。オプチニューリ
ンは、平衡を細胞死の誘発の方へとシフトし得るTNFαシグナル伝達経路の一部として
示される。オプチニューリンは、Rab8およびハンチンチン(HD)を含有する複合体
を介して、膜輸送および細胞形態形成を調節することによって作用し得る。オプチニュー
リンは、トランスフェリン受容体(TFRC/TfR)などの、Rab8媒介性の細胞内
輸送中のRab8のGTPアーゼ活性化タンパク質TBC1D17との相互作用を媒介し
、細胞内の再利用区画から出る尿細管に対するRab8動員を調節する。分解されるカー
ゴとMAP1 LC3ファミリーのオートファジー修飾因子(autophagy mod
ifier)の両方と直接相互作用するオートファジー受容体は、細胞質のサルモネラ菌
(Salmonella enterica)などのユビキチンコーティングした細菌(
ゼノファジー)を標的とし、SQSTM1およびCALCOCO2/NDP52と同じ経
路において機能するようである。オプチニューリンは、TNFα機能の阻害剤である、ア
デノウイルスE3 14.7に対する細胞標的を構成し、それによって細胞死に影響を与
え得る。
<原発開放隅角緑内障>
原発開放隅角緑内障(POAG)は、視神経および視野の欠陥の特定パターンを特徴と
する。前眼房の角は解放しており、通常、眼内圧は上昇する。しかしながら、緑内障は、
どれほどの眼内圧であっても生じ得る。該疾患は、後期まで一般に無症候性であり、それ
までには相当且つ回復不能な視神経損傷が既に生じている。該疾患は、OPTN遺伝子に
影響を与える突然変異によって引き起こされる。
<筋萎縮性側索硬化症12>
筋萎縮性側索硬化症12(ALS12)は、脳における上位運動ニューロンおよび脳幹
および脊髄における下位運動ニューロンに影響を与える神経変性障害であり、結果として
致命的な麻痺につながる。感覚異常は存在しない。該疾患の病理学的特徴は、運動性ニュ
ーロンの損失による皮質脊髄路の蒼白、残存する運動性ニューロン内のユビキチン陽性の
封入体の存在、および病理学的凝集体の沈着を含む。筋萎縮性側索硬化症の病因は、多因
子性の傾向があり、遺伝的および環境的な要因の両方を含む。該疾患は、症例の5-10
%において遺伝性である。
幾つかの場合では、筋萎縮性側索硬化症12の患者において、OPTN(G538Ef
sX27)およびTBK1(R117X)遺伝子のヘテロ接合の突然変異は特定され得る
。幾つかの場合では、筋萎縮性側索硬化症12の患者において、エクソン5の欠失は特定
され得る。幾つかの場合では、筋萎縮性側索硬化症12の患者において、ナンセンス突然
変異(Q398X)は特定され得る。幾つかの場合では、筋萎縮性側索硬化症12の患者
において、OPTNユビキチン結合ドメイン内のミスセンス突然変異(E478G)に対
するヘテロ接合性は特定され得る。
<RLBP1>
RLBP1遺伝子は、生理学的リガンドとしての11-シス-レチンアルデヒドまたは
11-シス-レチナールを運ぶ36-kD水溶性タンパク質をコードする。RLBP1タ
ンパク質は、視覚サイクルの機能性成分であり得る。この遺伝子の突然変異は、重度の杆
体錐体ジストロフィー、ボスニア型ジストロフィー(非症候性の常染色体劣性の網膜色素
変性)および白点状網膜炎に関係している。
<ボスニア型の網膜ジストロフィー>
ボスニア型の網膜ジストロフィー(BRD)は、白点状網膜炎の一種である。罹患した
個体は、白点状網膜炎および黄斑変性と一致した特徴を有する幼児期早期からの夜盲を示
す。該疾患は、RLBP1遺伝子に影響を与える突然変異によって引き起こされる。
<白点状眼底>
白点状眼底は、典型的に幼児期早期に現れる、夜盲および明るい光に対する暴露後の暗
順応の遅れを特徴とする網膜障害である。罹患した個体の眼底は、網膜色素上皮における
複数の小さい、白い又は浅黄色の点を含有し、これは黄斑を含んでいるかもしれないし、
含んでいないかもしれない。これらの点は変わらないままであることができ、より顕著に
なるか、あるいは老化中に消え、新しい点がまた現われ得る。罹患した個体の暗順応曲線
は、錐体および杆体の感受性の回復の延長を特色とし、網膜電図の錐体および杆体の振幅
は、暗順応の30-40分後に著しく低減されるが、長時間の適応後に正常または正常に
近いレベルになり、白点状眼底を有する個体のおよそ38%が広範囲な錐体機能不全であ
ることが示された。白点状眼底の患者において、RLBP1遺伝子の突然変異も報告され
た。
<白点状網膜炎>
白点状網膜炎(RPA)は、夜盲および暗順応の遅れを引き起こす、網膜の後側の白い
斑点(white flecks)の凝集を特徴とする神鳥斑点網膜疾患の形態である。
これは、進行性である及び網膜の一般化された萎縮に進化する白点状眼底とは異なる。該
疾患は、RLBP1遺伝子に影響を与える突然変異によって引き起こされる。
<RPE65>
RPE65遺伝子は「網膜色素上皮に特異的なタンパク質65kDa」とも呼ばれる。
RPE65遺伝子は、正視にとって不可欠なRPE65タンパク質をコードする。RPE
65タンパク質は、網膜色素上皮(RPE)において産生される。RPEは、眼の後部に
並ぶ光感応組織である網膜を支持し、それに栄養を与える。RPE65タンパク質は、視
覚サイクルと呼ばれる多段階プロセスに関係し、これによって、眼に入る光を脳に伝達さ
れる電気信号へと変換する。光は、網膜における感光色素に当たると、11-シス-レチ
ナール(ビタミンAの形態)をオール-トランスレチナールに変化させる。この転換は、
電気信号を生成する一連の化学反応を引き起こす。その後、RPE65タンパク質は、視
覚サイクルを再び始めることができるように、オール-トランスレチナールを11-シス
-レチナールに変換するのを助ける。
<レーバー先天黒内障2>
レーバー先天黒内障は、主として、光および色を検出する眼の後ろの特殊な組織である
網膜に影響を与える眼障害である。この障害を有する人は、典型的に、乳児期に開始する
重度の視力障害を有している。視力障害は、安定する傾向があるが、経時的に非常にゆっ
くりと悪化し得る。
レーバー先天黒内障はまた、光に対する感受性の増大(羞明)、眼の不随意運動(眼振
)、および極端な遠眼(遠視)を含む、他の視力の問題に関係している。通常、眼に入る
光の量に応じて拡張および収縮する、瞳孔は、光に正常に反応しない。代わりに、瞳孔は
、正常よりもゆっくり拡張および収縮し、光にまったく反応しないかもしれない。さらに
、眼の透明な前被覆部(角膜)は、円錐形であり、異常に薄く円錐角膜として知られてい
る状態であり得る。
フランスシェッティの眼指兆候と呼ばれる特異的行動は、レーバー先天黒内障に特徴的
である。この徴候は、指関節または指での眼のつっつき、圧迫、およびこすりから成る。
研究者は、この行動が、罹患した小児におけるくぼんだ目および円錐角膜の一因となり得
ると考えている。
まれな場合では、レーバー先天黒内障の特徴を有する人において、発達遅延および知的
障害が報告された。しかしながら、これらの個体が、実際にレーバー先天黒内障を有して
いるか、または類似した徴候および症状を有する別の症候群を有しているかどうかは不確
かである。少なくとも13のタイプのレーバー先天黒内障が記載されてきた。これらのタ
イプは、それらの遺伝子的原因、視力損失のパターン、および関連する眼異常によって判
別される。レーバー先天黒内障2は、成年期の中期から後期までに全盲に進行する乳児期
での中程度の視力障害によって判別される。レーバー先天黒内障2の特有の質の1つは、
深刻な初期の視力障害でさえ、網膜細胞が比較的保存されるということである。
場合によっては、レーバー先天黒内障2の患者において、RPE65遺伝子中の突然変
異のための複合ヘテロ結合性、1bpの欠失、および/またはナンセンス変異は識別され
うる。
<網膜色素変性症20>
網膜色素変性症20は色素性網膜炎の群に属する網膜ジストロフィーである。網膜色素
変性症は、眼底検査で目視可能な網膜色素沈着物、および杆体光受容細胞の一次損失と続
く錐体光受容体の二次損失によって特徴づけられる。患者は、典型的には夜間視力の失明
、および中間周辺視野の損失を有する。それらの疾患の進行で、彼らは遠方の周辺視野、
そして最終的には中心視覚を同様に失う。
<LRAT>
LRAT遺伝子、すなわちレシチンレチノールアシルトランスフェラーゼ(ホスファチ
ジルコリン--レチノールO-アシルトランスフェラ-ゼ)は、小胞体に局所化したLR
ATタンパク質をコードし、触媒作用でエステル化のオール-トランス-レチノールをオ
ール-トランス-レチニルエステルへと変える。この反応は、視覚系でのビタミンA物質
代謝の重要な工程である。この遺伝子における突然変異は、早発性の重度の網膜ジストロ
フィーおよびレーバー先天黒内障14に関係してきた。選択的スプライシングは、結果と
して多数の転写変異体をもたらす。LRATタンパク質は、ホスファチジルコリンのsn
-1の位置からオール-トランス-レチノールまでアシル基を転移させ、オール-トラン
ス-レチニルエステルを産生する。レチニルエステルはビタミンAの貯蔵形態である。L
RATは視覚において重大な役割を果たす。LRATは、網膜色素上皮においてオール-
トランス-レチニルエステルを11-シス-レチノールへと処理するイソメロヒドロラー
ゼのための、そのエステルの基質を提供し;その処理では、膜結合性のアルコールデヒド
ロゲナーゼにより、11-シス-レチノールは酸化され、かつロドプシンおよび錐体光色
素に関する発色団である11-シス-レチンアルデヒドに転換される。
<レーバー先天黒内障14>
レーバー先天黒内障14(LCA14)は網膜の重度のジストロフィーであり、典型的
には生後1年で明らかとなる。視覚機能は通常貧弱であり、かつしばしば眼振、不活発な
瞳孔反応またはほぼ存在しない瞳孔反応、羞明、高遠視、および円錐角膜を伴う。その疾
患は、LRAT遺伝子に影響を与える突然変異によって引き起こされる。
<網膜色素変性症>
網膜色素変性症は進行性の視力喪失を引き起こす関連する眼科疾患の群である。これら
の疾患は、目の後部にある光に敏感な組織の層である網膜に影響を与える。網膜色素変性
症の人々において、網膜の光を感知する細胞が徐々に悪化するとともに、視力喪失が生じ
る。網膜色素変性症の初発症候は、通常夜間視力の損失であり、それは幼年期において明
白となる。夜間視力の問題は、弱光における運転を困難にする可能性がある。その後、そ
の疾患は盲点が側視(周辺視野)内で発展する原因となる。経時的に、これらの盲点はト
ンネル状視野を生成するように統合する。その疾患は、数年または数十年間にわたって進
行し、読書、運動、および顔を認識することなどの細かい作業のために必要である中心視
覚に影響を与える。成年期において、網膜色素変性症の多くの人々が法的盲(legal
ly blind)となる。
網膜色素変性症の徴候および症状は、ほとんどの場合視力喪失に限定される。障害が単
独で生じるとき、それは非症候性と記載される。研究者は、常染色体優性、常染色体劣性
、またはX連鎖の遺伝のパターンによって通常識別される非症候性の網膜色素変性症のい
くつかの主なタイプを識別する。一般的ではないが、網膜色素変性症は、本体の他の器官
および組織に影響を与える症候群の一部として生じる。疾患のこれらの形態は症候群と記
載される。症候群の網膜色素変性症の最も一般的な形態はアッシャー症候群であり、それ
は、幼い頃に発生する視力喪失と聴覚消失の組み合わせによって特徴づけられる。網膜色
素変性症は、さらにバルデー・ビードル症候群;レフサム病;ならびにニューロパチー、
運動失調、および網膜色素変性症(NARP)を含む、他のいくつかの遺伝的症候群の機
能である。
<RDH8>
レチノールデヒドロゲナーゼ8(オール-トランス-)はRDH8遺伝子によってコー
ドされた酵素である。オール-トランス-レチノールデヒドロゲナーゼ(RDH8)は、
オール-トランス-レチナールをNADPHの存在下においてオール-トランス-レチノ
ールへ還元する視覚サイクル酵素である。その酵素は、短連鎖デヒドロゲナーゼ/還元酵
素のファミリーのメンバーで、光受容体の外節に位置し;従って、光受容体レチノールデ
ヒドロゲナーゼとしても公知である。これは、漂白され加水分解されたロドプシンの産生
物であるオール-トランス-レチナールを減少させることにより、ロドプシン再生経路を
開始することによる視覚サイクルにおいて重要である。
<RDH12>
RDH12遺伝子、すなわちレチノールデヒドロゲナーゼ12(オール-トランス-/
9-シス/11-シス)は、最も高い活性が9-シスおよびオール-トランス-レチノー
ルに対するNADPH依存のレチナールレダクターゼである、RDH12タンパク質をコ
ードする。コードされた酵素は、さらに短連鎖アルデヒドの代謝において役割を果たすが
、ステロイドデヒドロゲナーゼ活性を示さない。この遺伝子の欠損は、レーバー先天黒内
障13型および網膜色素変性症53の原因となる。
<レーバー先天黒内障13>
レーバー先天黒内障13(LCA13)は、網膜の重度のジストロフィーであり、典型
的には生後1年で明らかになる。視覚機能は通常貧弱であり、かつしばしば眼振、不活発
な瞳孔反応またはほぼ存在しない瞳孔反応、羞明、高遠視、および円錐角膜を伴う。場合
によっては、レーバー先天黒内障13は、染色体14q23.3の、光受容体に特異的な
レチナールデヒドデヒドロゲナーゼ遺伝子RDH12におけるホモ接合または複合ヘテロ
接合の突然変異によって引き起こされうる。
<網膜色素変性症53>
網膜色素変性症53(RP53)は色素性網膜炎の群に属する網膜ジストロフィーであ
る。網膜色素変性症は、眼底検査で目視可能な網膜色素沈着物、および杆体光受容細胞の
一次損失と続く錐体光受容体の二次損失によって特徴づけられる。患者は、典型的には夜
間視力の失明、および中間周辺視野の損失を有する。それらの疾患の進行で、彼らは遠方
の周辺視野、そして最終的には中心視覚を同様に失う。
<RGR>
RGR遺伝子は、推定網膜のGタンパク質共役受容体をコードする。その遺伝子は、7
つの膜貫通型のGタンパク質共役受容体の1ファミリーのオプシンサブファミリーのメン
バーである。レチンアルデヒドと結合する他のオプシンのように、それは7番目の膜貫通
ドメイン中に保存されたリシン残基を含む。そのタンパク質は、オール-トランス-レチ
ナールが11-シス-レチナールとなる転換を触媒するように、フォトイソメラーゼ(p
hotoisomerase)として作用する。逆異性化が、網膜の光受容細胞において
ロドプシンにより生じる。タンパク質は、網膜の光受容細胞、網膜色素上皮、およびミュ
ラー細胞に隣接している組織において排他的に発現する。この遺伝子は、常染色体劣性お
よび常染色体優性の網膜色素変性症(それぞれarRPおよびadRP)に関係すること
もある。選択的スプライシングは、結果として様々なアイソフォームをコードする多数の
転写変異体をもたらす。網膜のGタンパク質共役受容体(RGR)は、網膜の光受容細胞
(すなわち網膜色素上皮とミュラー細胞)に隣接している細胞において排他的に見られる
ロドプシンホモログである。それは、11-シス-レチナールではなくオール-トランス
-レチナールに優先的に結合し、通常ロドプシンにおいて見られる。哺乳動物において、
光の光子は、RGR内のオール-トランス-レチナールを11-シス-レチナールに転換
するが、光受容細胞において逆異性化反応がロドプシン内で生じる。
<網膜色素変性症44>
網膜色素変性症44(RP44)は色素性網膜炎の群に属する網膜ジストロフィーであ
る。網膜色素変性症は、眼底検査で目視可能な網膜色素沈着物、および杆体光受容細胞の
一次損失と続く錐体光受容体の二次損失によって特徴づけられる。患者は、典型的には夜
間視力の失明、および中間周辺視野の損失を有する。それらの疾患の進行で、彼らは遠方
の周辺視野、そして最終的には中心視覚を同様に失う。その疾患は、RGR遺伝子に影響
を与える突然変異によって引き起こされる。
<CNGA3>
CNGA3または環状ヌクレオチドゲートチャネルα3遺伝子は、錐体光受容体の環状
ヌクレオチドゲート(CNG)チャネルの1部分(αサブユニット)をコードする。これ
らのチャネルは排他的に錐体中で見られ、網膜内に位置する。錐体は、色覚を含む明るい
光(明所視)中の視覚を提供する。
CNGチャネルはカチオンを細胞へと輸送する細胞膜中の穴である。錐体において、C
NGチャネルは暗状態下では開いたままであり、カチオンが中へ流れることを可能とする
。光が目に入るとき、これらのチャネルの閉鎖の引き金となり、カチオンの内部の流れを
止める。カチオン輸送の変化は錐体の電荷を変動させ、最終的に光伝達を引き起こす。C
NGA3遺伝子中の100を超える突然変異が、視覚障害や色覚異常を引き起こすことが
分かってきた。これらの突然変異は、乳児期早期から存在する色覚および他の視力障害の
完全な欠如によって特徴づけられる障害の形態である完全色盲の症例の約25パーセント
の原因となる。CNGA3遺伝子の突然変異は、限定された色覚に関連する障害のより軽
症な形態である不完全色盲の数人の個体において識別された。
完全色盲の原因となるCNGA3遺伝子の突然変異は、αサブユニットの産生または機
能に影響を与える。場合によっては、タンパク質は産生されない。他のものでは、タンパ
ク質は変更され、正常に機能しない。αサブユニットなしに組み立てられた、または異常
なサブユニットにより組み立てられたCNGチャネルは、非機能的であり;それらは、錐
体が光伝達を行なうのを妨げる。場合によっては、不完全なチャネルは、錐体へのカチオ
ンの莫大な流入を可能とし、最終的にこれらの細胞に対してアポトーシスを起こさせる。
錐体機能の欠損は、完全色盲の人々における色覚および他の視力障害の欠如の原因となる
CNGA3遺伝子におけるいくらかの突然変異が、錐体中のCNGチャネルの機能を弱
めるが、除きはしない。部分的に機能する錐体が脳にある程度の視覚情報を伝送する可能
性があるため、これらの突然変異は不完全色盲を引き起こす。これらのCNGチャネルが
錐体に特異的であるため、杆体は一般的にはこの障害に影響されない。
CNGA3遺伝子における突然変異はまた、進行性の錐体ジストロフィーの症例の少な
い割合において識別されてきた。しかしながら、色覚異常とは異なり、進行性の錐体ジス
トロフィーは、出産時に通常作用するが、幼児期または青年期においてうまく機能しなく
なる錐体に関係する。経時的に、進行性の錐体ジストロフィーの人々では、不明瞭性が増
し色覚が欠損する。なぜ若干のCNGA3遺伝子の突然変異が色覚異常を引き起こすのか
、およびなぜ他のものが進行性の錐体ジストロフィーを結果としてもたらすのかはわかっ
ていない。
<色覚異常-2>
色覚異常-2は常染色体劣性の障害であり、かつ杆体の一色型色覚異常または完全色盲
とも呼ばれる完全な色覚障害であって、羞明、視力低下、眼振、および色を区別する能力
が完全に無いこと(the complete inability to discrim
inate between colors)によって特徴づけられる珍しい先天性の常染
色体劣性の障害である。網膜電図検査の記録は、色覚異常において、杆体光受容体の機能
は正常であり、錐体光受容体の応答が存在しないことを示す。
<PER1>
PER1遺伝子は、ヒトにおけるピリオド概日性タンパク質ホモログ1のタンパク質を
コードする。PER1は、中枢の概日時計遺伝子(例えばCLOCK)の発現を抑制する
核中の概日リズムおよび機能の主要制御因子である。PER1の存在量、核移行、および
転写抑制の周期性は、PER1のリン酸化、ユビキチン化およびプロテアソーム分解によ
って調整される。
PER1タンパク質は細胞の概日リズムの維持にとって重要であり、さらに癌の進行に
おいて役割を果たすこともある。この遺伝子は、遺伝子の周期ファミリーのメンバーであ
る。これは、日々の変動する概日リズム、またはおよそ24時間の周期で繰り返される変
動により発現する。PER1は、視交叉上核(SCN)と呼ばれる脳の領域において最も
顕著に発現し、哺乳類の脳における第1の概日ペースメーカーである。PER1はまた、
哺乳類の末梢組織の全体にわたって発現する。このファミリーの遺伝子は、自発運動活性
、代謝、および行動の概日リズムの成分をコードする。視交叉上核内のPER1の概日発
現は恒暗においてフリーランする(free-run)、すなわち24時間周期のサイク
ルが外部の光の合図に助けられることなく持続することを意味する。その後、明暗周期の
シフトは、視交叉上核内の遺伝子発現の相対的な変化を誘発する。哺乳動物の主観的夜中
の光は、結果として1発現当たりの急激な増加をもたらし、したがって視交叉上核におけ
る段階のシフトをもたらすので、遺伝子発現の時間は光に敏感である。選択的スプライシ
ングは、この遺伝子において観察された。場合によっては、PER1は、時差ぼけの影響
に関係しうる。
<IDUA>
IDUA遺伝子は、α-L-イズロニダーゼと呼ばれる酵素をコードし、この酵素は大
きな糖分子(例えばグリコサミノグリカン)(GAG)の分解にとって不可欠である。加
水分解を通して、α-L-イズロニダーゼは、硫酸化されていないα-L-イズロン酸分
解するために水分子を使用し、その水分子はヘパラン硫酸およびデルマタン硫酸中に存在
する。α-L-イズロニダーゼはリソソーム中に位置しうる。IDUA遺伝子中の100
を超える突然変異が、ムコ多糖症I型(MPS I)を引き起こすと分かってきた。MP
S Iを引き起こすたいていの突然変異は、α-L-イズロニダーゼの機能を弱めるか、
または完全に除く。ある突然変異が重度か弱毒化したMPS Iを引き起こしたかどうか
は、通常測定することができないが;しかしながら、α-L-イズロニダーゼも生成しな
い人々は、重症のこの障害を有する。
α-L-イズロニダーゼの酵素活性の欠如は、リソソーム内のヘパラン硫酸およびデル
マタン硫酸の蓄積を引き起こす。GAGの蓄積は、リソソームのサイズを増大させる。蓄
積したGAGは、さらにリソソームの内部の他のタンパク質の機能に干渉し、細胞の内部
の分子の移動を混乱させることもある。
<弱毒化MPS-1>
ムコ多糖症I型(MPS I)は多くの身体各部に影響を与える疾病である。この障害
は、一旦、以下の3つの独立した症候群に分けられた:重度のものから軽度なものの順に
表記して、ハーラー症候群(MPS I-H)、ハーラー-シャイエ症候群(MPS I-
H/S)、およびシャイエ症候群(MPS I-S)。これら3つの症候群のそれぞれの
間に多くの重複が存在するため、MPS Iは現在重度のタイプおよび弱毒化したタイプ
に分類される。
MPS Iの子供は、しばしば出産時において疾病の徴候や症状を示さないが、若干名
は、臍(臍ヘルニア)または下腹部(鼡径ヘルニア)周囲に柔らかい嚢(soft ou
t-pouching)を有する。重度のMPS Iの人々は、一般的には生後1年以内
に他の徴候および障害の症状を示し始める一方で、弱毒化した形態の人々は、幼児期後に
発達するより軽症の特徴を有する。
MPS Iの個体は、大きな頭部(巨頭症)、脳中の流体の蓄積(水頭症)、心臓弁の
異常、「粗大」と記載される独特に見える顔面特徴、拡大した肝臓および脾臓(肝脾腫)
、および、大きな舌(巨舌症)を有することもある。声帯もまた拡大する可能性があり、
深い嗄声を結果としてもたらす。気道は、MPS Iのある程度の人々において狭くなり
こともあり、その結果、頻繁な上気道感染症および睡眠中の呼吸時における短い休止(睡
眠無呼吸)を引き起こす。
MPS Iを持った人々は、しばしば眼(角膜)の透き通ったカバーの混濁を発現させ
、このことは著しい視力喪失の原因となりうる。影響を受けた個体は、聴覚消失および再
発性の耳感染症も有することもある。
MPS Iのある程度の個体は、低身長と移動性に影響を与える関節の変形(拘縮)を
有する。重症の障害の大抵の人々は多発異骨症であり、この症状はX線で見える多数の骨
格異常を指す。手根管症候群は、この障害の多くの子供において発達し、手と指における
しびれ感、ピリピリ感、および脱力感によって特徴づけられる。頚部における脊柱管の狭
小化(脊柱管狭窄症)は、脊髄を圧搾し損傷させる可能性がある。
MPS Iの両方の形態が様々な器官および組織に影響を与える可能性がある一方で、
重度のMPS Iの人々は知的機能の低下、およびより急速な疾患進行を経験する。発達
遅延は通常1歳までに示され、また、厳しく影響を受けた個体は、最終的には基本的な職
務能力を失う(発達的に後退)。障害のこの形態の子供は通常寿命が短く、時には、小児
期後期までしか生きない。弱毒化MPS Iの個体は典型的には成年期まで生き、寿命が
短かったり、短くなかったりすることもある。弱毒化したタイプのある程度の人々は、学
習障害を持つ一方、他の人々は知的機能障害を持たない。心臓病と気道閉塞は、両方のタ
イプのMPS Iの人々における主な死因である。
<ハーラー-シャイエ症候群>
ハーラー-シャイエ症候群は、2つの両極のハーラー症候群およびシャイエ症候群との
間の、ムコ多糖症1型(MPS1)の中間形であり、珍しいリソソーム蓄積症であり、骨
格変形および運動発達の遅延によって特徴づけられる。MPS Iの罹患率は1/100
,000と見積もられており、ハーラー-シャイエ症候群は症例の23%、すなわちおよ
そ1/435,000の罹患率である。ハーラー-シャイエ症候群の患者は、正常な又は
ほとんど正常な知能有するが、様々な度合いの物理的な機能障害を示す。患者は、低身長
、多発異骨症(multiple dysostosis)、胸部の腰椎後彎、様々な度
合いの進行性の粗大化顔貌、心筋症および弁異常、脳感覚の(neurosensori
al)聴覚消失、扁桃腺肥大および咽頭扁桃肥大、ならびに鼻汁を含む、様々な度合いに
筋骨格の変質を生後1年で示す。水頭症は、2歳の後に生じる場合がある。角膜混濁は2
~4歳の間で見られ、視力を回復するためには角膜移植が必要である。他の徴候は、臓器
肥大、ヘルニア、および多毛症を含むこともある。
ハーラー-シャイエ症候群は、IDUA遺伝子(4p16.3)の突然変異によりもた
らされ、α-L-イズロニダーゼ酵素の部分的な不足、ならびにデルマタン硫酸およびヘ
パラン硫酸のリソソームの蓄積を引き起こす。第1の臨床的症状が特有ではないので、早
期診断は困難である。診断は、1,9-ジメチルメチレン青色(DMB)テストおよびグ
リコサミノグリカン(GAG)電気泳動を介する、ヘパラン硫酸およびデルマタン硫酸の
尿分泌の増加の検出、ならびに白血球または線維芽細胞の酵素の不足の実証に基づきうる
。遺伝子検査は利用可能である。*鑑別診断は、より軽症かつより重症の、ムコ多糖症1
型(シャイエ症候群およびハーラー症候群のそれぞれ)、ムコ多糖症VI型、ならびにム
コ多糖症II型を含む。出生前診断は、培養された絨毛膜絨毛または羊膜細胞の酵素活性
の測定によって、および疾患を引き起こす突然変異が公知であるかどうかの遺伝子検査に
よって可能である。伝染(Transmission)は常染色体劣性である。骨髄また
は臍帯血の移植が成功してきており、神経認知(neurocognition)を維持
し、体性疾患のいくつかの態様を改善し、かつ生存者を増加させうる。しかしながら、そ
れは多くの危険に関連し、かつほとんどの正の効果は、外科手術が産後2年以内に実施さ
れた場合にのみ生じる。
酵素の代用品(ラロニダーゼ)は、2003年にオーファンドラッグとしてEUの販売
許可を得た。それは、一週一回の注入を介して与えられ、肺機能および関節可動性の改善
を導く。酵素補充療法(ERT)は診断時に開始でき、造血幹細胞移植(HSCT)を待
つ患者において有益でありうる。早期処置は疾患の進行を遅らせることができる。中間の
重症度のMPS1の個体患者において、適切なドナーがいれば、HSCTが検討されるこ
ともある。しかしながら、その疾患のこの形態の患者におけるHSCTの有効性に関する
データは存在しない。
ハーラー-シャイエ症候群に対する平均寿命は低下することもあり、重い心臓血管およ
び呼吸器系の合併症により青年期の前に死亡することもある。
場合によっては、ハーラー-シャイエ症候群の患者において、ヌクレオチド1943に
おけるCからGへのトランスバージョンによるarg619からgly(R619G)の
突然変異に対する同型接合性は識別されうる。場合によっては、ハーラー-シャイエ症候
群の患者において、IDUA遺伝子におけるthr364からmet(T364M)の突
然変異に対するホモ接合性は識別されうる。
<ALMS1>
ALMS1遺伝子はALMS1タンパク質をコードする。ALMS1遺伝子は、位置1
3における染色体2の短(p)腕に位置付けられる。ALMS1タンパク質は、聴力、視
力、体重の調節、ならびに心臓、腎臓、肺、および肝臓の機能において役割を果たすかも
しれない。膵臓が、血糖レベルを制御するのを助けるホルモンであるインスリンをどのよ
うに調整するかにも影響しうる。
ALMS1タンパク質は、通常低レベルの本体の組織の大部分に存在する。細胞内にお
いて、このタンパク質は中心体に位置する。中心体は、細胞分裂および微小管の構築にお
いて役割を果たす。ALMS1タンパク質は繊毛の基部でも発見される。細胞内のその位
置に基づいて、ALMS1タンパク質は、微小管の構成、様々な材料の輸送、および繊毛
の通常の機能に関係することもある。
<アルストレーム症候群>
アルストレーム症候群は、多くの体組織に影響を与える珍しい疾病である。この疾病の
徴候および症状の多くは幼児期あるいは幼児期早期に始まるが、いくらかは年取ってから
現われる。アルストレーム症候群は、進行性の視力および聴力の喪失、心筋(拡張型心筋
症)を拡大させ弱める心臓病の形態、肥満、2型真性糖尿病、および低身長によって特徴
づけられる。この障害はまた、肝臓、腎臓、膀胱、および肺に関する重いまたは生命を脅
かす医学的問題を引き起こす場合がある。アルストレーム症候群のある程度の個体は、黒
色表皮腫と呼ばれる皮膚疾病を持ち、その疾病は、本体の皮膚の重なりおよびしわをもた
らし、皮膚が厚く、浅黒く、手ざわりがよくなる。アルストレーム症候群の徴候および症
状は重症度が異なり、かつ全ての影響を受けた個体は、障害の特長の全てを有する。
ALMS1遺伝子の80を超える突然変異がアルストレーム症候群の人々において識別
されてきた。エクソン16の32の突然変異、エクソン10の19の突然変異、およびエ
クソン8の17の突然変異が、アルストレーム症候群患者において識別された。最も一般
的な対立遺伝子は、突然変異した対立遺伝子の12%において識別された1-bp欠失(
10775delC)であった。場合によっては、アルストレーム症候群の患者において
、ALMS1遺伝子のエクソン16への新しい333-bp Alu Ya5 SINEレ
トロトランスポゾンを挿入するためのホモ接合性が識別されうる。場合によっては、アル
ストレーム症候群の患者において、コドン3530での早期終止を結果としてもたらすフ
レームシフトを引き起こすALMS1遺伝子のエクソン16の19bpの挿入は識別され
うる。場合によっては、アルストレーム症候群の患者において、glu2795からte
r(G2795X)のナンセンス変異を引き起こす、ホモ接合状態のALMS1遺伝子の
8383C-T遷移は識別されうる。場合によっては、アルストレーム症候群の患者にお
いて、ALMS1遺伝子における10775delCの突然変異は識別されうる。場合に
よっては、アルストレーム症候群の患者において、エクソン8における2bpの欠失(2
141delCT)は識別されうる。場合によっては、アルストレーム症候群の患者にお
いて、10775delCの突然変異に関する複合へテロ接合性、およびALMS1遺伝
子におけるtrp3664からterの突然変異は識別されうる。場合によっては、アル
ストレーム症候群の患者において、arg2722からter(R2722X)置換を結
果としてもたらす、ALMS1遺伝子におけるホモ接合8164C-Tの遷移は識別され
うる。場合によっては、アルストレーム症候群の患者において、ALMS1遺伝子のエク
ソン16における333-bp Alu Ya5成分を挿入するためのホモ接合性は識別さ
れうる。場合によっては、アルストレーム症候群の患者において、glu3649からt
er(E3649X)の置換を結果としてもたらす、ALMS1遺伝子のエクソン16に
おける10945G-Tのトランスバージョンを伝える2つの対立遺伝子は識別されうる
。場合によっては、アルストレーム症候群の患者において、ALMS1遺伝子におけるE
3649Xの突然変異に対するホモ接合性は識別されうる。これらの突然変異の大部分は
、適切に機能しないALMS1タンパク質の異常に小さなバージョンの産生を導く。脳内
の通常機能するALMS1タンパク質の欠如は過食を導く可能性がある。膵臓内のこのタ
ンパク質の欠損はインスリン抵抗性を引き起こすこともある。過食とインスリン抵抗性の
合併効果は過剰な砂糖を対応するための身体の能力を損なわせ、糖尿病および肥満(アル
ストレーム症候群の2つの共通の特徴)を導く。
<保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)>
実施形態では、本明細書の方法は、細胞核中で、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの遺伝子か
ら転写され、かつROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードする保持されたイントロ
ン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の存在を活用する。成熟し完全にスプ
ライシングされたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNAを産生するためのROM1、TEA
D1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、
TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、L
RAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはI
DUAのRIC mRNA種のスプライシングは、保持されたイントロンのスプライシン
グアウトを刺激するASOを使用して誘発させることができる。結果としてもたらされる
成熟したROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2
、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、R
LBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALM
S1、PER1、またはIDUAのmRNAは、細胞質へ輸送され、そして翻訳され、そ
れによって、患者の細胞において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質を増加させ、かつR
OM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA
4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、
RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PE
R1、またはIDUAの不足によって引き起こる眼の疾患または疾病の症状を緩和させる
ことができる。この方法は、以下で更に説明され、核内遺伝子出力の標的化増大(TAN
GO)として知られる。
<核の転写産物>
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAの遺伝子は、イントロン保持事象に対して分析されうる。RN
A配列決定(RNAseq)は、UCSCゲノムブラウザにおいて視覚化することができ
、ARPE-19において発現され、細胞質または核分画のいずれかにおいて局地化され
たROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAの転写産物を示す。保持されたイントロン含有mRNA前駆体
の転写産物は、核に保持され、細胞質には輸送されない。
実施形態では、保持されたイントロンは、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少
なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少
なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%あるいは少なくとも約50
%の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。
実施形態では、保持されたイントロンはすなわち、約5%から約100%、約5%から約
95%、約5%から約90%、約5%から約85%、約5%から約80%、約5%から約
75%、約5%から約70%、約5%から約65%、約5%から約60%、約5%から約
65%、約5%から約60%、約5%から約55%、約5%から約50%、約5%から約
45%、約5%から約40%、約5%から約35%、約5%から約30%、約5%から約
25%、約5%から約20%、約5%から約15%、約10%から約100%、約10%
から約95%、約10%から約90%、約10%から約85%、約10%から約80%、
約10%から約75%、約10%から約70%、約10%から約65%、約10%から約
60%、約10%から約65%、約10%から約60%、約10%から約55%、約10
%から約50%、約10%から約45%、約10%から約40%、約10%から約35%
、約10%から約30%、約10%から約25%、約10%から約20%、約15%から
約100%、約15%から約95%、約15%から約90%、約15%から約85%、約
15%から約80%、約15%から約75%、約15%から約70%、約15%から約6
5%、約15%から約60%、約15%から約65%、約15%から約60%、約15%
から約55%、約15%から約50%、約15%から約45%、約15%から約40%、
約15%から約35%、約15%から約30%、約15%から約25%、約20%から約
100%、約20%から約95%、約20%から約90%、約20%から約85%、約2
0%から約80%、約20%から約75%、約20%から約70%、約20%から約65
%、約20%から約60%、約20%から約65%、約20%から約60%、約20%か
ら約55%、約20%から約50%、約20%から約45%、約20%から約40%、約
20%から約35%、約20%から約30%、約25%から約100%、約25%から約
95%、約25%から約90%、約25%から約85%、約25%から約80%、約25
%から約75%、約25%から約70%、約25%から約65%、約25%から約60%
、約25%から約65%、約25%から約60%、約25%から約55%、約25%から
約50%、約25%から約45%、約25%から約40%、あるいは約25%から約35
%の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。
複数の実施形態では、この目的に有用な他のASOは、例えば、本明細書に記載の方法を
用いて特定される。
いくつかの実施形態では、ROM1イントロンの番号付けはNM_00327における
mRNA配列に対応する。 実施形態では、ROM1 RIC mRNA前駆体の標的部分
はイントロン1にある。実施形態において、保持されたイントロンのパーセントは32で
あり得る。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイ
ゼーションは、結果として、保持されたイントロン1のスプライス部位(5’スプライス
部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強をもたらし、その後の
ROM1タンパク質産生を増大させた。異なるROM1アイソフォーム配列を参照するこ
とで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者は、本明細書で提供される
イントロン配列に基づき、あるいはNM_000327におけるmRNA配列を参照して
得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームに対応する番号を判定することが
できる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM
_000327におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン番号を使用すること
で、本発明の方法を使用して標的とする任意のROM1アイソフォームの隣接するエクソ
ンの配列を判定することができる。
いくつかの実施形態では、TEAD1イントロンの番号付けはNM_021961にお
けるmRNA配列に対応する。実施形態では、TEAD1 RIC mRNA前駆体の標的
部分はイントロン4内にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのA
SOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン4の少なくとも1
つのスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプラ
イシングの増強をもたらし、その後のTEAD1タンパク質産生を増大させた。異なるT
EAD1アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解
される。当業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_02
1961におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソ
フォームに対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供され
るイントロン配列に基づき、あるいはNM_021961におけるmRNA配列を参照し
て得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的とする任意の
TEAD1アイソフォームの隣接するエクソンの配列を判定することができる。
いくつかの実施形態では、CYP24A1イントロンの番号付けは、NM_00290
5またはNM_001199771におけるmRNA配列に対応する。実施形態では、R
DH5 RIC mRNA前駆体の標的部位はイントロン1および/または2内にある。実
施形態では、保持されたイントロンのパーセントは59%でありうる。実施形態では、R
IC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、
保持されたイントロン1および/または2のスプライス部位(5’スプライス部位あるい
は3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のRDH5タンパク質
産生の増大をもたらした。異なるRDH5アイソフォーム配列を参照することで、イント
ロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイント
ロン配列に基づき、NM_002905またはNM_001199771におけるmRN
A配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応す
る番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列
に基づき、NM_002905またはNM_001199771におけるmRNA配列を
参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のた
めの任意のRDH5アイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することがで
きる。
いくつかの実施形態では、PAX6イントロンの番号付けは、NM_00131016
0、NM_001310161、NM_001258465、NM_000280、NM
_001258464、NM_000280、NM_001258464、NM_001
604、NM_001127612、NM_001258462、NM_0013101
59、NM_001310158、またはNM_001258462におけるmRNA配
列に対応する。実施形態において、PAX6 RIC mRNA前駆体の標的部分は、イン
トロン2および/または3、1および/または3および/または4、3および/または4
および/または5、4および/または5および/または6、4および/または6および/
または7、もしくは2および/または3および/または4内にある。いくつかの実施形態
では、PAX 6 RIC mRNA前駆体の標的部位はイントロン2および/または3内
にある。いくつかの実施形態では、PAX 6 RIC mRNA前駆体の標的部位はイン
トロン1および/または3および/または4内にある。いくつかの実施形態では、PAX
6 RIC mRNA前駆体の標的部位はイントロン3および/または4および/または
5内にある。いくつかの実施形態では、PAX 6 RIC mRNA前駆体の標的部位は
イントロン4および/または5および/または6内にある。いくつかの実施形態では、P
AX 6 RIC mRNA前駆体の標的部位はイントロン4および/または6および/ま
たは7内にある。いくつかの実施形態では、PAX 6 RIC mRNA前駆体の標的部
位はイントロン2および/または3および/または4内にある。実施形態では、RIC
mRNA前駆体の標的部分に対するASOのハイブリダイゼーションは、保持されたイン
トロンのスプライス部位(5’スプライス部位または3’スプライス部位)における増強
されたスプライシングを結果としてもたらし、その後PAX6タンパク質産生を増大させ
る。異なるPAX6アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化
し得ると解される。当業者は、本明細書において提供されるイントロン配列に基づいて、
または NM_001310160、NM_001310161、NM_0012584
65、NM_000280、NM_001258464、NM_000280、NM_0
01258464、NM_001604、NM_001127612、NM_00125
8462、NM_001310159、NM_001310158、またはNM0012
58462におけるmRNA配列に関連して提供された番号を使用して、任意のアイソフ
ォーム内の対応するイントロン番号を判定しうる。当業者はまた、本発明の方法を使用し
て、本明細書で提供されたイントロン配列に基づいて、またはNM_001310160
、NM_001310161、NM_001258465、NM_000280、NM_
001258464、NM_000280、NM_001258464、NM_0016
04、NM_001127612、NM_001258462、NM_00131015
9、NM_001310158、またはNM001258462におけるmRNA配列に
関連して提供されたイントロン番号を使用して、標的とするための任意のPAX6アイソ
フォーム内の隣接するエクソンの配列を判定しうる。
いくつかの実施形態では、FSCN2イントロンの番号付けは、NM_012418ま
たはNM_001077182におけるmRNA配列に対応する。実施形態では、FSC
N2 RIC mRNA前駆体の標的部位はイントロン1および/または3内にある。実施
形態において、保持されたイントロンのパーセントは12又は17であり得る。実施形態
では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーションは、結果
として、保持されたイントロン1および/または3のスプライス部位(5’スプライス部
位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のFSCN2
タンパク質産生の増大をもたらした。異なるFSCN2アイソフォーム配列を参照するこ
とで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者であれば、本明細書で提供
されるイントロン配列に基づき、NM_012418またはNM_001077182に
おけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームに
おける対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイ
ントロン配列に基づき、NM_012418またはNM_001077182におけるm
RNA配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用し
て標的化のための任意のFSCN2アイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判
定することができる。
実施形態において、TCF4イントロンの番号付けは、NM_001243236、N
M_00123235、NM_001243234、NM_001243233、NM_
001243232、NM_001243231、NM_003199、NM_0013
06207、NM_ 001306208、NM_001243227、NM_0012
43228、NM_001243230、NM_001243226、NM_00108
3962、NM_001330605およびNM_001330604におけるmRNA
配列に対応する。実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の標的部分は、イント
ロン9、11、12,14、15,16、又は17内にある。実施形態では、TCF4
RIC mRNA前駆体の標的部位はイントロン9内にある。実施形態では、TCF4 R
IC mRNA前駆体の標的部位はイントロン11内にある。実施形態では、TCF4 R
IC mRNA前駆体の標的部位はイントロン12内にある。実施形態では、TCF4 R
IC mRNA前駆体の標的部位はイントロン14内にある。実施形態では、TCF4 R
IC mRNA前駆体の標的部位はイントロン15内にある。実施形態では、TCF4 R
IC mRNA前駆体の標的部位はイントロン16内にある。実施形態では、TCF4 R
IC mRNA前駆体の標的部位はイントロン17内にある。実施形態において、保持さ
れたイントロンのパーセントは9であり得る。実施形態では、RIC mRNA前駆体の
標的部分に対するASOのハイブリダイゼーションは、保持されたイントロンのスプライ
ス部位(5’スプライス部位または3’スプライス部位)における増強されたスプライシ
ングを結果としてもたらし、その後TCF4タンパク質産生を増大させる。異なるTCF
4アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される
。当業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、またはNM_001243
236、NM_00123235、NM_001243234、NM_00124323
3、NM_001243232、NM_001243231、NM_003199、NM
_001306207、NM_ 001306208、NM_001243227、NM
_001243228、NM_001243230、NM_001243226、NM_
001083962、NM_001330605、およびNM_001330604にお
けるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームに対
応する番号を判定することができる。当業者はまた、本発明の方法を使用して、本明細書
で提供される配列に基づき、またはNM_001243236、NM_00123235
、NM_001243234、NM_001243233、NM_001243232、
NM_001243231、NM_003199、NM_001306207、NM_
001306208、NM_001243227、NM_001243228、NM_0
01243230、NM_001243226、NM_001083962、NM_00
1330605、およびNM_001330604におけるmRNA配列を参照して得ら
れるイントロン番号を使用することで、標的とするための任意のTCF4アイソフォーム
内の隣接するエクソンの配列を判定しうる。
実施形態では、MFSD8イントロンの番号付けはNM_152778におけるmRN
A配列に対応する。実施形態では、MFSD8 RIC mRNA前駆体の標的部分はイン
トロン11および/または12にある。実施形態では、保持されたイントロンのパーセン
トは15または62でありうる。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位への
ASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン11および/ま
たは12のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)における
スプライシングの増強と、その後のMFSD8タンパク質産生の増大をもたらした。異な
るMFSD8アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得る
と解される。当業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_
152778におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のア
イソフォームに対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供
されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_152778におけるmRNA配列を参
照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的とする任
意のMFSD8アイソフォームの隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、CTNS イントロンの番号付けは、NM_004937 またはNM_
001031681におけるmRNA配列に対応する。実施形態では、CTNS RIC
mRNA前駆体の標的部位はイントロン9および/または10内にある。実施形態におい
て、保持されたイントロンのパーセントは10または18でありうる。実施形態では、R
IC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、
保持されたイントロン9および/または10のスプライス部位(5’スプライス部位ある
いは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のCTNSタンパク
質産生の増大をもたらした。異なるCTNSアイソフォーム配列を参照することで、イン
トロンの番号付けは変化しうると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイン
トロン配列に基づき、NM_004937またはNM_001031681におけるmR
NA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応
する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配
列に基づき、NM_004937またはNM_001031681におけるmRNA配列
を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化の
ための任意のCTNSアイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することが
できる。
実施形態では、OPTNイントロンの番号はNM_001008211、NM_001
008212、NM_001008213、またはNM_021980におけるmRNA
配列に対応する。実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロ
ン7、8または9にある。実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の標的部分は
イントロン7にある。実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の標的部分はイン
トロン8にある。実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロ
ン9にある。実施形態において、保持されたイントロンのパーセントは24であり得る。
実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーション
は、結果として、保持されたイントロン7または8または9のスプライス部位(5’スプ
ライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のO
PTNタンパク質産生の増大をもたらした。異なるOPTNアイソフォーム配列を参照す
ることで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者は、本明細書において
提供されるイントロン配列に基づくか、またはNM_001008211、NM_001
008212、NM_001008213、もしくはNM_021980におけるmRN
A配列に関して提供される番号を使用して、任意のアイソフォーム中の対応するイントロ
ン番号を判定することができる。当業者は、本明細書において提供されるイントロン配列
に基づくか、またはNM_001008211、NM_001008212、NM_00
1008213、もしくはNM_021980におけるmRNA配列に関して提供された
イントロン番号を使用する本発明の方法を使用して、標的とするための任意のOPTNア
イソフォーム中の隣接するエクソンの配列を判定することもできる。
実施形態では、RLBP1イントロンの番号付けはNM_000326におけるmRN
A配列に対応する。実施形態では、RLBP1 RIC mRNA前駆体の標的部分はイン
トロン5および/または2にある。実施形態において、保持されたイントロンのパーセン
トは49であり得る。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハ
イブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン5および/または2のスプ
ライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシング
の増強と、その後のRLBP1タンパク質産生の増大をもたらした。異なるRLBP1ア
イソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当
業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_000326に
おけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームに
対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロ
ン配列に基づき、あるいはNM_000326におけるmRNA配列を参照して得られる
イントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的とする任意のRLBP1
アイソフォームの隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、RPE65イントロン番号付けはNM_000329におけるmRNA
配列に対応する。実施形態では、RPE65 RIC mRNA前駆体の標的部分はイント
ロン10および/または9にある。実施形態において、保持されたイントロンのパーセン
トは11または10でありうる。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位への
ASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン10および/ま
たは9のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるス
プライシングの増強と、その後のRPE65タンパク質産生の増大をもたらした。異なる
RPE65アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると
解される。当業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_0
00329におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイ
ソフォームに対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供さ
れるイントロン配列に基づき、あるいはNM_000329におけるmRNA配列を参照
して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的とする任意
のRPE65アイソフォームの隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、LRATイントロンの番号付けは、NM_004937またはNM_0
01031681におけるmRNA配列に対応する。実施形態では、LRAT RIC m
RNA前駆体の標的部分はイントロン2内にある。実施形態では、RIC mRNA前駆
体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロ
ン2のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプ
ライシングの増強をもたらし、その後のLRATタンパク質産生を増大させた。異なるL
RATアイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解さ
れる。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、NM_0013
01645またはNM_004744におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使
用することで、任意のアイソフォームにおける対応する番号を判定することができる。当
業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、NM_00130164
5またはNM_004744におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン番号を
使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のLRATアイソフォーム
における隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、RDH8イントロン番号付けはNM_015725におけるmRNA配
列に対応する。実施形態では、RDH8 RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロン
4内にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダ
イゼーションは、結果として、保持されたイントロン4のスプライス部位(5’スプライ
ス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強をもたらし、その後
のRDH8タンパク質産生を増大させた。異なるRDH8アイソフォーム配列を参照する
ことで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者は、本明細書で提供され
るイントロン配列に基づき、あるいはNM_015725におけるmRNA配列を参照し
て得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームに対応する番号を判定すること
ができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはN
M_015725におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン番号を使用するこ
とで、本発明の方法を使用して標的とする任意のRDH8アイソフォームの隣接するエク
ソンの配列を判定することができる。
実施形態では、RDH12イントロン番号付けはNM_0152443におけるmRN
A配列に対応する。実施形態では、RDH12 RIC mRNA前駆体の標的部分はイン
トロン7内にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイ
ブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン7のスプライス部位(5’ス
プライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強をもたらし、
その後のRDH12タンパク質産生を増大させた。異なるRDH12アイソフォーム配列
を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者は、本明細書
で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_152443におけるmRNA配
列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームに対応する番号を判
定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、
あるいはNM_152443におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン番号を
使用することで、本発明の方法を使用して標的とする任意のRDH12アイソフォームの
隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、RGRイントロンの番号付けはNM_002921、NM_00101
2722、またはNM_001012720におけるmRNA配列に対応する。実施形態
では、RGR RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロン1および/または2にある
。実施形態において、保持されたイントロンのパーセントは46または61でありうる。
実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーション
は、結果として、保持されたイントロン1および/または2のスプライス部位(5’スプ
ライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のR
GRタンパク質産生の増大をもたらした。異なるRGRアイソフォーム配列を参照するこ
とで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者であれば、本明細書で提供
されるイントロン配列に基づき、NM_002921、NM_001012722、また
はNM_001012720におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用するこ
とで、任意のアイソフォームにおける対応する番号を判定することができる。当業者はさ
らに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、NM_002921、NM_00
1012722、またはNM_001012720におけるmRNA配列を参照して得ら
れるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のR
GRアイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、CNGA3イントロンの番号付けは、NM_001298またはNM_
001079878におけるmRNA配列に対応する。実施形態では、CNGA3 RI
C mRNA前駆体の標的部位はイントロン6または5内にある。実施形態では、CNG
A3 RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロン6内にある。実施形態では、CNG
A3 RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロン5内にある。実施形態において、保
持されたイントロンのパーセントは27であり得る。実施形態では、RIC mRNA前
駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイント
ロン6または5のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)に
おけるスプライシングの増強と、その後のCNGA3タンパク質産生の増大をもたらした
。異なるCNGA3アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化
し得ると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、N
M_001298またはNM_001079878におけるmRNA配列を参照して得ら
れる番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応する番号を判定すること
ができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、NM_00
1298またはNM_001079878におけるmRNA配列を参照して得られるイン
トロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のCNGA3
アイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、RDH12イントロン番号付けはNM_002616におけるmRNA
配列に対応する。実施形態では、PER1 RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロ
ン1および/または14にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位への
ASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン1および/また
は14のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるス
プライシングの増強と、その後のPER1タンパク質産生の増大をもたらした。異なるP
ER1アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解さ
れる。当業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_002
616におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフ
ォームに対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供される
イントロン配列に基づき、あるいはNM_002616におけるmRNA配列を参照して
得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的とする任意のP
ER1アイソフォームの隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、CNGA3イントロンの番号付けは、NM_000203またはNR_
110313におけるmRNA配列に対応する。実施形態では、IDUA RIC mRN
A前駆体の標的部分は、イントロン3および/または4および/または5および/または
6および/または7にある。実施形態において、保持されたイントロンのパーセントは2
8、29、18,20、または12であり得る。実施形態では、RIC mRNA前駆体
の標的部位へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン
3および/または4および/または5および/または6および/または7のスプライス部
位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と
、その後のIDUAタンパク質産生の増加をもたらした。異なるIDUAアイソフォーム
配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者であれば
、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、NM_000203またはNR_11
0313におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソ
フォームにおける対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提
供されるイントロン配列に基づき、NM_000203またはNR_110313におけ
るmRNA配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使
用して標的化のための任意のIDUAアイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を
判定することができる。
実施形態では、ABCA4イントロン番号はNM_000350におけるmRNA配列
に対応する。実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆体の標的部分は、イントロン
40および/または38および/または36および/または44および/または39にあ
る。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーシ
ョンは、結果として、保持されたイントロン40および/または38および/または36
および/または44および/または39のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは
3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のABCA4タンパク質
産生の増加をもたらした。異なるABCA4アイソフォーム配列を参照することで、イン
トロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者は、本明細書で提供されるイントロン
配列に基づき、あるいはNM_000350におけるmRNA配列を参照して得られる番
号を使用することで、任意のアイソフォームに対応する番号を判定することができる。当
業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_0003
50におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明
の方法を使用して標的とする任意のABCA4アイソフォームの隣接するエクソンの配列
を判定することができる。
実施形態では、MYOCイントロン番号はNM_000261におけるmRNA配列に
対応する。実施形態では、MYOC RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロン1お
よび/または2にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部位へのASOの
ハイブリダイゼーションは、結果として、保持された1および/または2のスプライス部
位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と
、その後のMYOCタンパク質産生の増大をもたらした。異なるMYOCアイソフォーム
配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化し得ると解される。当業者は、本明
細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはNM_000261におけるmRN
A配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームに対応する番号
を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づ
き、あるいはNM_000261におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン番
号を使用することで、本発明の方法を使用して標的とする任意のMYOCアイソフォーム
の隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、NR2E3イントロンの番号は、NM_014249またはNM_01
6346におけるmRNA配列に対応する。実施形態では、NR2E3 RIC mRNA
前駆体の標的部分は、イントロン1および/または2および/または3および/または4
および/または5および/または6および/または7にある。実施形態では、RIC m
RNA前駆体の標的部位へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持され
た1および/または2および/または3および/または4および/または5および/また
は6および/または7のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部
位)におけるスプライシングの増強と、その後のNR2E3タンパク質産生の増加をもた
らした。異なるNR2E3アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付け
は変化し得ると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づ
き、NM_014249またはNM_016346におけるmRNA配列を参照して得ら
れる番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応する番号を判定すること
ができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、NM_01
4249またはNM_016346におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン
番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のNR2E3アイソ
フォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、NXNL1イントロン番号はNM_138454におけるmRNA配列
に対応する。実施形態では、NXNL1 RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロ
ン1にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部分へのASOのハイブリダ
イゼーションは、結果として、保持されたイントロン1のスプライス部位(5’スプライ
ス部位あるいは3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のNXN
L1タンパク質産生の増加をもたらす。異なるNXNL1アイソフォーム配列を参照する
ことで、イントロンの番号付けは変更しうると解される。当業者であれば、本明細書で提
供されるイントロン配列に基づき、またはNM_138454におけるmRNA配列を参
照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応するイントロ
ンの番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配
列に基づき、またはNM_138454におけるmRNA配列を参照して得られるイント
ロン番号を使用することで、本発明の方法を使用した標的化のための任意のNXNL1ア
イソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、CRXイントロンの番号はNM_000554におけるmRNA配列に
対応する。実施形態では、CRX RIC mRNA前駆体の標的部分はイントロン1、
および/または2、および/または3にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の
標的部分へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン1
、および/または2、および/または3のスプライス部位(5’スプライス部位あるいは
3’スプライス部位)におけるスプライシングの増強と、その後のCRXタンパク質産生
の増加をもたらす。異なるCRXアイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番
号付けは変更しうると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列
に基づき、またはNM_000554におけるmRNA配列を参照して得られる番号を使
用することで、任意のアイソフォームにおける対応するイントロンの番号を判定すること
ができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、またはNM
_000554におけるmRNA配列を参照して得られるイントロン番号を使用すること
で、本発明の方法を使用した標的化のための任意のCRXアイソフォームにおける隣接す
るエクソンの配列を判定することができる。
ABCA4
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、ABCA4ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(ABCA4 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、ABCA4ゲノム配列はSEQ ID NO:1である。
いくつかの実施形態では、ABCA4 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO
:24である。いくつかの実施形態では、ABCA4 RIC mRNA前駆体の転写産
物は、保持されたイントロン40、および/または38、および/または36、および/
または44、および/または39を含む。いくつかの実施形態では、ABCA4 RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン40を含むとき、本明細書に開示さ
れるASOはSEQ ID NO:26674を標的とする。いくつかの実施形態では、
ABCA4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン38を含むとき
、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26706を標的とする。いくつ
かの実施形態では、ABCA4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイント
ロン36を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26656を
標的とする。いくつかの実施形態では、ABCA4 RIC mRNA前駆体の転写産物
が保持されたイントロン44を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID
NO:26681を標的とする。いくつかの実施形態では、ABCA4 RIC mRN
A前駆体の転写産物が保持されたイントロン39を含むとき、本明細書に開示されるAS
OはSEQ ID NO:26664を標的とする。いくつかの実施形態では、ABCA
4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン40を含むとき、ASO
はSEQ ID NO:84-315のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実
施形態では、ABCA4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン3
8を含むとき、ASOはSEQ ID NO:316-543のいずれか1つに係る配列
を有する。いくつかの実施形態では、ABCA4 RIC mRNA前駆体の転写産物が
保持されたイントロン36を含むとき、ASOはSEQ ID NO:544-774の
いずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ABCA4 RIC mR
NA前駆体の転写産物が保持されたイントロン44を含むとき、ASOはSEQ ID
NO:775-1016のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、
ABCA4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン39を含むとき
、ASOはSEQ ID NO:1017-1126のいずれか1つに係る配列を有する
。いくつかの実施形態では、ASOは、ABCA4 RIC mRNA前駆体の配列を標
的とする。
RPE65
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、RPE65ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(RPE65 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、RPE65ゲノム配列はSEQ ID NO:2である。
いくつかの実施形態では、RPE65 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO
:25である。いくつかの実施形態では、RPE65 RIC mRNA前駆体の転写産
物は、保持されたイントロン9および/または10を含む。いくつかの実施形態では、R
PE65 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン9を含むとき、本
明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26691を標的とする。いくつかの
実施形態では、RPE65 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン
10を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26671を標的
とする。いくつかの実施形態では、RPE65 RIC mRNA前駆体の転写産物が保
持されたイントロン9を含むとき、ASOはSEQ ID NO:1127-1293の
いずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、RPE65 RIC mR
NA前駆体の転写産物が保持されたイントロン10を含むとき、ASOはSEQ ID
NO:1294-1528のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では
、ASOは、PRE65 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
MYOC
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、MYOCゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(MYOC RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、MYOCゲノム配列はSEQ ID NO:3である。いくつ
かの実施形態では、MYOC RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:26で
ある。いくつかの実施形態では、MYOC RIC mRNA前駆体の転写産物は保持さ
れたイントロン1および/または2を含む。いくつかの実施形態では、MYOC RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、本明細書に開示され
るASOは、SEQ ID NO:26669を標的とする。いくつかの実施形態では、
MYOC RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン2を含むとき、本
明細書に開示されるASOは、SEQ ID NO:26696を標的とする。いくつか
の実施形態では、MYOC RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン
1を含むとき、ASOはSEQ ID NO:1529-1855のいずれか1つに係る
配列を有する。いくつかの実施形態では、MYOC RIC mRNA前駆体の転写産物
が保持されたイントロン2を含むとき、ASOはSEQ ID NO:1856-231
8のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、MYOC
RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
CNGA3
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、CNGA3ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(CNGA3 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、CNGA3ゲノム配列はSEQ ID NO:4である。
いくつかの実施形態では、CNGA3 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO
:27または28である。いくつかの実施形態では、CNGA3 RIC mRNA前駆
体の転写産物は保持されたイントロン6および/または5を含む。いくつかの実施形態で
は、CNGA3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン6を含むと
き、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26711を標的とする。いく
つかの実施形態では、CNGA3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイン
トロン5を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26711を
標的とする。いくつかの実施形態では、CNGA3 RIC mRNA前駆体の転写産物
が保持されたイントロン6を含むとき、ASOはSEQ ID NO:2319-254
4のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、CNGA3 RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン5を含むとき、ASOはSEQ ID
NO:2545-2770のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、CNGA3 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
MFSD8
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、MFSD8ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(MFSD8 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、MFSD8ゲノム配列はSEQ ID NO:5である。
いくつかの実施形態では、MFSD8 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO
:29である。いくつかの実施形態では、MFSD8 RIC mRNA前駆体の転写産
物は保持されたイントロン11および/または12を含む。いくつかの実施形態では、M
FSD8 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン11を含むとき、
本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26703を標的とする。いくつか
の実施形態では、MFSD8 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロ
ン12を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26708を標
的とする。いくつかの実施形態では、MFSD8 RIC mRNA前駆体の転写産物が
保持されたイントロン11を含むとき、ASOはSEQ ID NO:2771-285
2のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、MFSD8 RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン12を含むとき、ASOはSEQ I
D NO:2853-3631のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態
では、ASOは、MFSD8 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
IDUA
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、IDUAゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(IDUA RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、IDUAゲノム配列はSEQ ID NO:6である。いくつ
かの実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:30ま
たは31である。いくつかの実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆体の転写産
物は保持されたイントロン3、および/または4、および/または5、および/または6
、および/または7を含む。いくつかの実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆
体の転写産物が保持されたイントロン3を含むとき、本明細書に開示されるASOは、S
EQ ID NO:26668を標的とする。いくつかの実施形態では、IDUA RI
C mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、本明細書に開示さ
れるASOは、SEQ ID NO:26679を標的とする。いくつかの実施形態では
、IDUA RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン5を含むとき、
本明細書に開示されるASOは、SEQ ID NO:26700を標的とする。いくつ
かの実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロ
ン6を含むとき、本明細書に開示されるASOは、SEQ ID NO:26655を標
的とする。いくつかの実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆体の転写産物が保
持されたイントロン7を含むとき、本明細書に開示されるASOは、SEQ ID NO
:26663を標的とする。いくつかの実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆
体の転写産物が保持されたイントロン3を含むとき、ASOはSEQ ID NO:36
32-3697または4038-4103のいずれか1つに係る配列を有する。いくつか
の実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン
4を含むとき、ASOはSEQ ID NO:3698-3813または4104-42
19のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、IDUA RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン5を含むとき、ASOはSEQ ID
NO:3814-3879または4220-4285のいずれか1つに係る配列を有す
る。いくつかの実施形態では、IDUA RIC mRNA前駆体の転写産物が保持され
たイントロン6を含むとき、ASOはSEQ ID NO:3880-3952または4
286-4358のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、IDU
A RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン7を含むとき、ASOは
SEQ ID NO:3953-4037または4359-4443のいずれか1つに係
る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、IDUA RIC mRNA前駆
体の配列を標的とする。
LRAT
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、LRATゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(LRAT RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、LRATゲノム配列はSEQ ID NO:7である。いくつ
かの実施形態では、LRAT RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:32ま
たは33である。いくつかの実施形態では、LRAT RIC mRNA前駆体の転写産
物は、保持されたイントロン2を含む。いくつかの実施形態では、LRAT RIC m
RNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン2を含むとき、本明細書に開示されるA
SOはSEQ ID NO:26685を標的とする。いくつかの実施形態では、LRA
T RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン2を含むとき、ASOは
SEQ ID NO:4444-6647のいずれか1つに係る配列を有する。いくつか
の実施形態では、ASOは、LRAT RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
OPTN
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、OPTNゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(OPTN RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、OPTNゲノム配列はSEQ ID NO:8である。いくつ
かの実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO:34、3
5、36、または37である。いくつかの実施形態では、OPTN RIC mRNA前
駆体の転写産物は保持されたイントロン9または8または7を含む。いくつかの実施形態
では、OPTN RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン9を含むと
き、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26714を標的とする。いく
つかの実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイント
ロン8を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26714を標
的とする。いくつかの実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の転写産物が保
持されたイントロン7を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:
26714を標的とする。いくつかの実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体
の転写産物が保持されたイントロン9を含むとき、ASOはSEQ ID NO:664
8-6880または7114-7346のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの
実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン8
を含むとき、ASOはSEQ ID NO:6881-7113のいずれか1つに係る配
列を有する。いくつかの実施形態では、OPTN RIC mRNA前駆体の転写産物が
保持されたイントロン7を含むとき、ASOはSEQ ID NO:7347-7579
のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、OPTN R
IC mRNA前駆体の配列を標的とする。
RGR
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、RGRゲノム配列から転写
されたRIC mRNA前駆体(RGR RIC mRNA前駆体)を標的とする。いく
つかの実施形態では、RGRゲノム配列はSEQ ID NO:9である。いくつかの実
施形態では、RGR RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO:38、39、また
は40である。いくつかの実施形態では、RGR RIC mRNA前駆体の転写産物は
保持されたイントロン1および/または2を含む。いくつかの実施形態では、RGR R
IC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、本明細書に開示
されるASOはSEQ ID NO:26657を標的とする。いくつかの実施形態では
、RGR RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン2を含むとき、本
明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26687または26683を標的と
する。いくつかの実施形態では、RGR RIC mRNA前駆体の転写産物が保持され
たイントロン1を含むとき、ASOはSEQ ID NO:7580-7806、804
1-8267、または8500-8726のいずれか1つに係る配列を有する。いくつか
の実施形態では、RGR RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン2
を含むとき、ASOはSEQ ID NO:7807-8040、8268-8499、
または8727-8958のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では
、ASOは、RGR RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
TEAD1
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、TEAD1ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(TEAD1 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、TEAD1ゲノム配列はSEQ ID NO:10である
。いくつかの実施形態では、TEAD1 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO
:41である。いくつかの実施形態では、TEAD1 RIC mRNA前駆体の転写産
物は、保持されたイントロン4を含む。いくつかの実施形態では、TEAD1 RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、本明細書に開示される
ASOはSEQ ID NO:26672を標的とする。いくつかの実施形態では、TE
AD1 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、AS
OはSEQ ID NO:8959-9163のいずれか1つに係る配列を有する。いく
つかの実施形態では、ASOは、TEAD1 RIC mRNA前駆体の配列を標的とす
る。
PAX6
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、PAX6ゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(PAX6 RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、PAX6ゲノム配列はSEQ ID NO:11である。いく
つかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:42
、43、44、45、46、47、48、49、50、51、または52である。いくつ
かの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物は保持されたイントロ
ン2および/または3、または、1および/または3および/または4、または、3およ
び/または4および/または5、または、4および/または5および/または6、または
、4および/または6および/または7、または、2および/または3および/または4
を含む。いくつかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持
されたイントロン1を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:2
6707を標的とする。いくつかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の
転写産物が保持されたイントロン2を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ
ID NO:26697または26694を標的とする。いくつかの実施形態では、PA
X6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン3を含むとき、本明細
書に開示されるASOはSEQ ID NO:26677、26678、26694、ま
たは26659を標的とする。いくつかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前
駆体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、本明細書に開示されるASOはS
EQ ID NO:26713、26659、または26694を標的とする。いくつか
の実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン
5を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26713または2
6659を標的とする。いくつかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の
転写産物が保持されたイントロン6を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ
ID NO:26713または26678を標的とする。いくつかの実施形態では、PA
X6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン7を含むとき、本明細
書に開示されるASOはSEQ ID NO:26713を標的とする。いくつかの実施
形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含
むとき、ASOはSEQ ID NO:9508-9774のいずれか1つに係る配列を
有する。いくつかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持
されたイントロン2を含むとき、ASOはSEQ ID NO:9164-9296また
は13581-13780のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では
、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン3を含むとき、
ASOはSEQ ID NO:9297-9507、9775-9841、10053-
10252、または13781-14012のいずれか1つに係る配列を有する。いくつ
かの実施形態では、PAX6 RIC前駆体mRNAの転写産物が保持されたイントロン
4を含むとき、ASOは、SEQ ID NO:9842-10052、10253-1
0484、10696-10895、11339-11538、11982-12181
、12460-12659、13103-13302、14013-14423、または
14702-14901のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、
PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン5を含むとき、A
SOはSEQ ID NO:10485-10695、10896-11127、115
39-11770、または12660-12891のいずれか1つに係る配列を有する。
いくつかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイ
ントロン6を含むとき、ASOは、SEQ ID NO:11128-11338、11
771-11981、12182-12248、12892-13102、13303-
13369、14424-14490、または14902-14968のいずれか1つに
係る配列を有する。いくつかの実施形態では、PAX6 RIC mRNA前駆体の転写
産物が保持されたイントロン7を含むとき、ASOはSEQ ID NO:12249-
12459、13370-13580、14491-14701、または14969-1
5179のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、PA
X6 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
ROM1
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、ROM1ゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(ROM1 RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、ROM1ゲノム配列はSEQ ID NO:12である。いく
つかの実施形態では、ROM1 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO:53で
ある。いくつかの実施形態では、ROM1 RIC mRNA前駆体の転写産物は保持さ
れたイントロン1を含む。いくつかの実施形態では、ROM1 RIC mRNA前駆体
の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ
ID NO:26665を標的とする。いくつかの実施形態では、ROM1 RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、ASOはSEQ ID
NO:15180-15486のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形
態では、ASOは、ROM1 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
RDH5
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、RDH5ゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(RDH5 RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、RDH5ゲノム配列はSEQ ID NO:13である。いく
つかの実施形態では、RDH5 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO:54ま
たは55である。いくつかの実施形態では、RDH5 RIC mRNA前駆体の転写産
物は保持されたイントロン1および/または2を含む。いくつかの実施形態では、RDH
5 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、本明細書
に開示されるASOはSEQ ID NO:26704または26709を標的とする。
いくつかの実施形態では、RDH5 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイ
ントロン2を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26666
または26684を標的とする。いくつかの実施形態では、RDH5 RIC mRNA
前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、ASOはSEQ ID NO:
15487-15700または15845-16057のいずれか1つに係る配列を有す
る。いくつかの実施形態では、RDH5 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持され
たイントロン2を含むとき、ASOはSEQ ID NO:15701-15844また
は16058-16202のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では
、ASOは、RDH5 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
RDH12
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、RDH12ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(RDH12 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、RDH12ゲノム配列はSEQ ID NO:14である
。いくつかの実施形態では、RDH12 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO
:56である。いくつかの実施形態では、RDH12 RIC mRNA前駆体の転写産
物は、保持されたイントロン7を含む。いくつかの実施形態では、RDH12 RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン7を含むとき、本明細書に開示される
ASOはSEQ ID NO:26693を標的とする。いくつかの実施形態では、RD
H12 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン7を含むとき、AS
OはSEQ ID NO:16203-16458のいずれか1つに係る配列を有する。
いくつかの実施形態では、ASOは、RDH12 RIC mRNA前駆体の配列を標的
とする。
NR2E3
幾つかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、NR2E3ゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(NR2E3 RIC mRNA前駆体)を標的とする
。いくつかの実施形態では、NR2E3ゲノム配列はSEQ ID NO:15である。
いくつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO
:57または58である。いくつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆
体の転写産物は保持されたイントロン1、および/または2、および/または3、および
/または4、および/または5、および/または6、および/または7を含む。いくつか
の実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロ
ン1を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26702を標的
とする。いくつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保
持されたイントロン2を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:
26660を標的とする。いくつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆
体の転写産物が保持されたイントロン3を含むとき、本明細書に開示されるASOはSE
Q ID NO:26705を標的とする。いくつかの実施形態では、NR2E3 RI
C mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、本明細書に開示さ
れるASOはSEQ ID NO:26698を標的とする。いくつかの実施形態では、
NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン5を含むとき、
本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26658を標的とする。いくつか
の実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロ
ン6を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26676を標的
とする。いくつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保
持されたイントロン7を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:
26712または26701を標的とする。いくつかの実施形態では、NR2E3 RI
C mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、ASOはSEQ
ID NO:16459-1661または17255-17457のいずれか1つに係る
配列を有する。いくつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産
物が保持されたイントロン2を含むとき、ASOはSEQ ID NO:16662-1
6272または17458-17523のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの
実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン
3を含むとき、ASOはSEQ ID NO:16728-16798または17524
-17594のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、NR2E3
RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、ASOはS
EQ ID NO:16799-16890または17595-17686のいずれか1
つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体
の転写産物が保持されたイントロン5を含むとき、ASOはSEQ ID NO:168
91-17127または17687-17923のいずれか1つに係る配列を有する。い
くつかの実施形態では、NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイ
ントロン6を含むとき、ASOはSEQ ID NO:17128-17169または1
7924-17965.のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、
NR2E3 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン7を含むとき、
ASOはSEQ ID NO:17170-17254または17966-18209の
いずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、NR2E3 R
IC mRNA前駆体の配列を標的とする。
RLBP1
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、RLBP1ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(RLBP1 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、RLBP1ゲノム配列はSEQ ID NO:16である
。いくつかの実施形態では、RLBP1 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO
:59である。いくつかの実施形態では、RLBP1 RIC mRNA前駆体の転写産
物が保持されたイントロン2および/または5を含む。いくつかの実施形態では、RLB
P1 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン2を含むとき、本明細
書に開示されるASOはSEQ ID NO:26673を標的とする。いくつかの実施
形態では、RLBP1 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン5を
含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26667を標的とする
。いくつかの実施形態では、RLBP1 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持され
たイントロン2を含むとき、ASOはSEQ ID NO:18210-18383のい
ずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、RLBP1 RIC mRN
A前駆体の転写産物が保持されたイントロン5を含むとき、ASOはSEQ ID NO
:18384-18638のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では
、ASOは、RLBP1 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
CTNS
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、CTNSゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(CTNS RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、CTNSゲノム配列はSEQ ID NO:17である。いく
つかの実施形態では、CTNS RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO:60ま
たは61である。いくつかの実施形態では、CTNS RIC mRNA前駆体の転写産
物は保持されたイントロン9および/または10を含む。いくつかの実施形態では、CT
NS RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン9を含むとき、本明細
書に開示されるASOはSEQ ID NO:26690を標的とする。いくつかの実施
形態では、CTNS RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン10を
含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26692を標的とする
。いくつかの実施形態では、CTNS RIC mRNA前駆体の転写産物が保持された
イントロン9を含むとき、ASOはSEQ ID NO:18639-18861または
19087-19309のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、
CTNS RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン10を含むとき、
ASOはSEQ ID NO:18862-19086または19310-19534の
いずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、CTNS RI
C mRNA前駆体の配列を標的とする。
PER1
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、PER1ゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(PER1 RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、PER1ゲノム配列はSEQ ID NO:18である。いく
つかの実施形態では、PER1 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO:62で
ある。いくつかの実施形態では、PER1 RIC mRNA前駆体の転写産物は保持さ
れたイントロン1および/または14を含む。いくつかの実施形態では、PER1 RI
C mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、本明細書に開示さ
れるASOはSEQ ID NO:26682を標的とする。いくつかの実施形態では、
PER1 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン14を含むとき、
本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26710を標的とする。いくつか
の実施形態では、PER1 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン
1を含むとき、ASOはSEQ ID NO:19535-19782のいずれか1つに
係る配列を有する。いくつかの実施形態では、PER1 RIC mRNA前駆体の転写
産物が保持されたイントロン14を含むとき、ASOはSEQ ID NO:19783
-19845のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、
PER1 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
FSCN2
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、FSCN2ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(FSCN2 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、FSCN2ゲノム配列はSEQ ID NO:19である
。いくつかの実施形態では、FSCN2 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO
:63または64である。いくつかの実施形態では、FSCN2 RIC mRNA前駆
体の転写産物は保持されたイントロン1および/または3を含む。いくつかの実施形態で
は、FSCN2 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むと
き、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26670を標的とする。いく
つかの実施形態では、FSCN2 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイン
トロン3を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26662ま
たは26661を標的とする。いくつかの実施形態では、FSCN2 RIC mRNA
前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、ASOはSEQ ID NO:
19846-20232または20348-20734のいずれか1つに係る配列を有す
る。いくつかの実施形態では、FSCN2 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持さ
れたイントロン3を含むとき、ASOはSEQ ID NO:20233-20347ま
たは20735-20849のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、FSCN2 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
TCF4
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、TCF4ゲノム配列 から
転写されたRIC mRNA前駆体(TCF4 RIC mRNA前駆体)を標的とする
。いくつかの実施形態では、TCF4ゲノム配列はSEQ ID NO:20である。い
くつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:6
5、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78
、79、または80である。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆
体の転写産物は保持されたイントロン9、12、14、16、15、17、または11を
含む。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持さ
れたイントロン9を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26
688を標的とする。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転
写産物が保持されたイントロン12を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ
ID NO:26688または26689を標的とする。いくつかの実施形態では、TC
F4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン14を含むとき、本明
細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26688を標的とする。いくつかの実
施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン16
を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26688または26
689を標的とする。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転
写産物が保持されたイントロン15を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ
ID NO:26688または26689を標的とする。いくつかの実施形態では、TC
F4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン17を含むとき、本明
細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26689を標的とする。いくつかの実
施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン11
を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26689を標的とす
る。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持され
たイントロン9を含むとき、ASOはSEQ ID NO:20860-21577のい
ずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA
前駆体の転写産物が保持されたイントロン12を含むとき、ASOはSEQ ID NO
:21578-22063または22790-23031のいずれか1つに係る配列を有
する。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持さ
れたイントロン14を含むとき、ASOはSEQ ID NO:22064-22305
のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mR
NA前駆体の転写産物が保持されたイントロン16を含むとき、ASOはSEQ ID
NO:22306-22547、23276-23519、24006-24249、ま
たは24494-24737のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態で
は、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン15を含むと
き、ASOはSEQ ID NO:22548-22789、23032-23275、
または23510-23761のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態
では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン17を含む
とき、ASOはSEQ ID NO:23762-24005のいずれか1つに係る配列
を有する。いくつかの実施形態では、TCF4 RIC mRNA前駆体の転写産物が保
持されたイントロン11を含むとき、ASOはSEQ ID NO:24250-244
93のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、ASOは、TCF4
RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
RDH8
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、RDH8ゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体(RDH8 RIC mRNA前駆体)を標的とする。
いくつかの実施形態では、RDH8ゲノム配列はSEQ ID NO:21である。いく
つかの実施形態では、RDH8 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:81
である。いくつかの実施形態では、RDH8 RIC mRNA前駆体の転写産物は保持
されたイントロン4を含む。いくつかの実施形態では、RDH8 RIC mRNA前駆
体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、本明細書に開示されるASOはSE
Q ID NO:26680を標的とする。いくつかの実施形態では、RDH8 RIC
mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン4を含むとき、ASOはSEQ I
D NO:24738-24873のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施
形態では、ASOは、RDH8 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。
NXNL1
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、NXNL1ゲノム配列から
転写されたRIC mRNA前駆体(NXNL1 RIC mRNA前駆体)を標的とす
る。いくつかの実施形態では、NXNL1ゲノム配列はSEQ ID NO:22である
。いくつかの実施形態では、NXNL1 RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO
:82である。いくつかの実施形態では、NXNL1 RIC mRNA前駆体の転写産
物は保持されたイントロン1を含む。いくつかの実施形態では、NXNL1 RIC m
RNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、本明細書に開示されるA
SOはSEQ ID NO:26699を標的とする。いくつかの実施形態では、NXN
L1 RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、ASO
はSEQ ID NO:24874-25231のいずれか1つに係る配列を有する。い
くつかの実施形態では、ASOは、NXNL1 RIC mRNA前駆体の配列を標的と
する。
CRX
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、CRXゲノム配列から転写
されたRIC mRNA前駆体(CRX RIC mRNA前駆体)を標的とする。いく
つかの実施形態では、CRXゲノム配列はSEQ ID NO:23である。いくつかの
実施形態では、CRX RIC mRNA前駆体はSEQ ID NO:83である。い
くつかの実施形態では、CRX RIC mRNA前駆体の転写産物は、保持されたイン
トロン1、および/または2、および/または3を含む。いくつかの実施形態では、CR
X RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン1を含むとき、本明細書
に開示されるASOはSEQ ID NO:26675を標的とする。いくつかの実施形
態では、CRX RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン2を含むと
き、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26695を標的とする。いく
つかの実施形態では、CRX RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロ
ン3を含むとき、本明細書に開示されるASOはSEQ ID NO:26686を標的
とする。いくつかの実施形態では、CRX RIC mRNA前駆体の転写産物が保持さ
れたイントロン1を含むとき、ASOはSEQ ID NO:25232-25465の
いずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、CRX RIC mRNA
前駆体の転写産物が保持されたイントロン2を含むとき、ASOはSEQ ID NO:
25466-25695のいずれか1つに係る配列を有する。いくつかの実施形態では、
CRX RIC mRNA前駆体の転写産物が保持されたイントロン3を含むとき、AS
OはSEQ ID NO:25696-26654のいずれか1つに係る配列を有する。
いくつかの実施形態では、ASOは、CRX RIC mRNA前駆体の配列を標的とす
る。
いくつかの実施形態では、RIC mRNA前駆体の転写産物は保持されたイントロン
を含む。いくつかの実施形態では、ASOは、5’スプライス部位に隣接するエクソンを
標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは保持されたイントロンを標的にする。い
くつかの実施形態では、ASOは、3’スプライス部位に隣接するエクソンを標的にする
。続くASOの標的の実施例は、TEAD1を用いて以下に示される。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RI
C mRNA前駆体のエクソン4を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン4を含むTEAD RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位か
ら上流(あるいは5’)のエクソン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位よりも約4から約44ヌクレオチド上流(あるいは5’)のエクソン配列を標的
とする。いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:8959-8967
のいずれか1つに係る配列を有する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RI
C mRNA前駆体中のイントロン4を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは
、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RIC mRNA前駆体の5’スプライス
部位から下流(あるいは3’)のイントロン4配列を標的とする。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RIC mRNA前駆体の5
’スプライス部位よりも約6から約496ヌクレオチド下流(あるいは3’)のイントロ
ン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:89
68-9064のいずれか1つに係る配列を有する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RI
C mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイントロン4配列を
標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTEA
D1 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位よりも約16から約499ヌクレオ
チド上流(あるいは5’)の、イントロン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では
、ASOは、SEQ ID NO9065-9154のいずれか1つに係る配列を有する
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RI
C mRNA前駆体中のエクソン5を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン4を含むTEAD1 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から下流(あるいは3’)のエクソン5配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロン4を含むTEAD1 RIC mRNA前駆体の3’ス
プライス部位よりも約2から約42ヌクレオチド下流(あるいは3’)のエクソン5配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:9255-9
163のいずれか1つに係る配列を有する。
実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1またはIDUA mRNA前駆体の標的部分は、イントロン1、
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24、または25にある。実施形態では、RIC
mRNA前駆体の標的部分に対するASOのハイブリダイゼーションは、結果として、
保持されたイントロン1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、
14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25の少
なくとも1つのスプライス部位(5’スプライス部位または3’スプライス部位)におけ
るスプライシングを増強し、続いて、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質産生を増加させる
イントロン保持の程度は、パーセントイントロン保持(PIR)、すなわち所与のイン
トロンが保持される転写産物のパーセンテージとして表すことができる。手短に言えば、
エクソン-イントロン連結の読み取りとエクソン-エクソン連結の読み取りの平均の合計
に対して、エクソン-イントロン連結にマッピングする平均読み取り数のパーセンテージ
として、PIRを算出することができる。
SCN1Aに関するPIR値は、例えば、Braunschweig, et al.
,2014(例えば、Supplemental Table S9を参照)によって報
告されており、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。
実施形態では、本明細書に記載の方法は、機能的ROM1、TEAD1、RDH5、N
R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の産
生を増加させるために使用される。本明細書において使用される用語「機能的」は、処置
される疾病の1つ以上の症状を除去するのに必要な、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の
活性または機能の量を指す。実施形態では、該方法は、部分的機能的ROM1、TEAD
1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、T
CF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LR
AT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDU
Aタンパク質の産生を増加させるために使用される。本明細書において使用される用語「
部分的機能的」は、疾患または疾病の1つ以上の症状を除去または予防するのに必要な活
性または機能の量未満の、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
NGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の活性または機能の量を指す
。いくつかの実施形態では、部分的機能的タンパク質またはRNAは、完全な機能的タン
パク質またはRNAに比して、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%
、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なく
とも75%、少なくとも80%、85%、少なくとも90%、または少なくとも95%少
ない活性をもつだろう。
実施形態では、該方法はROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
NGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードするRIC mRN
A前駆体を有する被験体の細胞によって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3
、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CT
NS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH1
2、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の発現を増加
させる方法であり、該被験体は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の活性の量が不足し、
前記ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
、PER1またはIDUAタンパク質の量の不足は、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の
ハプロ不全に起因する。そのような実施形態では、被験体は、機能的ROM1、TEAD
1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、T
CF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LR
AT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDU
Aタンパク質をコードする第1の対立遺伝子、および、ROM1、TEAD1、RDH5
、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質
が産生されない第2の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、被験体は、機
能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
、PER1またはIDUAタンパク質をコードする第1の対立遺伝子、および、非機能的
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABC
A4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1
、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、P
ER1またはIDUAタンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有する。別のそのよう
な実施形態では、被験体は、機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする第1の
対立遺伝子、および、部分的機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする第2の
対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいずれの場合でも、アンチセンスオリゴマーは
、(機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする)第1の対立遺伝子から転写さ
れたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合し、それによってRIC mRNA前駆体
からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、機能的ROM1、TEA
D1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、
TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、L
RAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはID
UAタンパク質をコードする成熟mRNAのレベルの増加と、被験体の細胞中のROM1
、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、M
YOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE
65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1ま
たはIDUAタンパク質の発現の増加をもたらす。
実施形態では、被験体は、機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする第1の
対立遺伝子、および、部分的機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする第2の
対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、(機能的ROM1、TEAD1、RDH
5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、M
FSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RD
H8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク
質をコードする)第1の対立遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分、
または、(部分的機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CR
X、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1
、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CN
GA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする)第2の対立遺伝
子から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分と結合し、それによってRIC m
RNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、ROM1、
TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MY
OC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE6
5、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1また
はIDUAタンパク質をコードする成熟mRNAのレベルの増加と、被験体の細胞におけ
る機能的または部分的機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質発現の増加をもたらす。
関連する実施形態では、前記方法は、タンパク質あるいは機能的RNAの発現を増大さ
せるためにASOを用いる方法である。実施形態では、ASOは、ROM1、TEAD1
、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TC
F4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRA
T、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUA
タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体を有する被験体の細胞における、ROM
1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
またはIDUAタンパク質の発現を増加させるために使用され、該被験体は、ROM1、
TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MY
OC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE6
5、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1また
はIDUAタンパク質の量または機能の欠失を有する。
実施形態では、疾患または疾病の原因となる、タンパク質をコードするRIC mRN
A前駆体の転写産物は、本明細書に記載されるASOによって標的化される。いくつかの
実施形態では、疾患の原因ではない、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の
転写産物は、ASOによって標的化される。例えば、特定の経路における第1のタンパク
質の突然変異または不足の結果として生じる疾患は、第2のタンパク質をコードするRI
C mRNA前駆体を標的とすることによって改善され得、それによって第2のタンパク
質産生は増加する。いくつかの実施形態では、第2のタンパク質の活性は、第1のタンパ
ク質の突然変異または不足(それは疾患または疾病の原因である)を補うことができる。
実施形態では、被験体は:
a.第1の変異対立遺伝子であって、
i)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2
、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、R
LBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALM
S1、PER1またはIDUAタンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、
減少したレベルで産生され、
ii)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1またはIDUAタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能
が低下した形態で産生され、または
iii)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSC
N2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN
、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、A
LMS1、PER1またはIDUAタンパク質、または機能的RNAが産生されない、第
1の変異対立遺伝子;および
b.第2の変異対立遺伝子であって、
i)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2
、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、R
LBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALM
S1、PER1またはIDUAタンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して減
少したレベルで産生され、
ii)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1またはIDUAタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能
が低下した形態で産生され、または
iii)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSC
N2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN
、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、A
LMS1、PER1またはIDUAタンパク質が産生されない、第2の変異対立遺伝子を
有し;
ここで、RIC mRNA前駆体は、第1の対立遺伝子および/または第2の対立遺伝
子から転写される。これらの実施形態では、ASOは、第1の対立遺伝子または第2の対
立遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合することで、RIC
mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、ROM1
、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、M
YOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE
65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1ま
たはIDUAタンパク質をコードするmRNAレベルの増加を引き起こし、被験体の細胞
における標的タンパク質または機能的RNAの発現の増加をもたらす。これらの実施形態
では、RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングの結
果として生じる、発現レベルの増加を有する標的タンパク質あるいは機能的RNAは、同
等の野性型タンパク質と比較して機能性の低い形態(部分的機能的)、あるいは同等の野
性型タンパク質と比較して完全な機能性を有する形態(完全機能的)、のいずれかであり
得る。
実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードするmRNAのレベルは、例
えば、アンチセンスオリゴマーで処置されない、あるいはROM1、TEAD1、RDH
5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、M
FSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RD
H8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUA RIC
mRNA前駆体の標的部分に結合しないアンチセンスオリゴマーで処置された対照細胞
で産生された、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
ALMS1、PER1またはIDUAをコードするmRNAの量と比較した場合、1.1
倍から10倍に増加する。
実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の量または活性の不足に起因する疾病
は、ASOが標的とされる保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプ
ライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の
量または活性の不足に起因する疾病は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、
PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTN
S、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12
、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードするR
IC mRNA前駆体中の、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常ス
プライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、選択的スプライシングあるいは異
常スプライシングが、遺伝子から転写されたmRNA前駆体に生じうる。しかしながら、
本発明の組成物および方法は、この選択的スプライシングあるいは異常スプライシングを
予防しないし、修正しない。
実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、部分的に機能的なROM
1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
またはIDUAタンパク質を、1つの対立遺伝子から発現し、ここで前記の部分的に機能
的なROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
、PER1またはIDUAタンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセ
ンス変異、または部分的な遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を使用し
て処置された被験体は、非機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質を、1つの対立遺伝子
から発現し、ここで前記の非機能的ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質は、1つの対立遺伝
子におけるフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、部分的な遺伝子欠失
に起因する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、ROM1、T
EAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYO
C、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65
、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1または
IDUAの全遺伝子欠失を、1つの対立遺伝子に有する。
タンパク質発現を増加させるためのTANGOの使用
前述したように、実施形態では、核内遺伝子出力の標的とされた増強(TANGO)は
、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1またはIDUAタンパク質の発現を増加させるために、本発明の方法において使
用され得る。これらの実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする、保
持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)は、細胞の核内にあ
る。保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接するエクソン、および3’スプラ
イス部位に隣接するエクソンを含み、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質をコードする、R
OM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA
4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、
RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PE
R1またはIDUA mRNA前駆体を有する細胞は、RIC mRNA前駆体の標的部
分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させることができる。RIC m
RNA前駆体の標的部分へのASOのハイブリダイゼーションは、結果として、保持され
たイントロンのスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプライス部位)のス
プライシングを増強することができ、その後に標的タンパク質産生を増加させる。
「mRNA前駆体」と「mRNA前駆体の転写産物」の用語は、交換可能に使用され、
少なくとも1つのイントロンを含む任意のmRNA前駆体種を指す。実施形態では、mR
NA前駆体またはmRNA前駆体の転写産物は、5’-7-メチルグアノシン・キャップ
、および/またはポリA末端を含む。実施形態では、mRNA前駆体またはmRNA前駆
体の転写産物は、5’-7-メチルグアノシン・キャップおよびポリA末端の両方を含む
。幾つかの実施形態では、mRNA前駆体の転写産物は、5’-7-メチルグアノシン・
キャップ、および/またはポリA末端を含まない。タンパク質に翻訳されない場合(ある
いは核から細胞質へと輸送された場合)、mRNA前駆体の転写産物は非増殖性のメッセ
ンジャーRNA(mRNA)分子である。
本明細書で使用されるように、「保持されたイントロン含有mRNA前駆体」(「RI
C mRNA前駆体」)は、少なくとも1つの保持されたイントロンを含むmRNA前駆
体の転写産物である。RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイ
ントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの3’スプラ
イス部位に隣接するエクソンを含み、標的タンパク質をコードする。「標的タンパク質を
コードするRIC mRNA前駆体」は、完全にスプライシングされた時、標的タンパク
質をコードすると解される。「保持されたイントロン」は、同じ遺伝子によってコードさ
れた、例えば隣接するイントロンのような1つ以上の他のイントロンが、同じmRNA前
駆体の転写産物からスプライシングアウトされた時に、mRNA前駆体の転写産物に存在
する任意のイントロンである。幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、標的タ
ンパク質をコードするRIC mRNA前駆体中で最も豊富なイントロンである。実施形
態では、保持されたイントロンは、細胞中の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写
されたRIC mRNA前駆体の集団中で最も豊富なイントロンであり、そのRIC m
RNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タン
パク質をコードするRIC mRNA前駆体の集団中で最も豊富なイントロンに対し標的
とされるアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的にする或いは結合す
る、保持されたイントロンを含む集団中で、2つ以上の保持されたイントロンのスプライ
シングアウトを誘導する。実施形態では、それにより標的タンパク質をコードする成熟m
RNAが生成される。「成熟mRNA」および「完全にスプライシングされたmRNA」
の用語は、標的タンパク質をコードする完全にプロセシングされたmRNA(例えば、核
から細胞質へと輸送され、標的タンパク質に翻訳されたmRNA)、あるいは完全にプロ
セシングされた機能的RNAを説明するために、本明細書で交換可能に使用される。「増
殖性mRNA」の用語も、標的タンパク質をコードする完全にプロセシングされたmRN
Aを説明するために使用することができる。実施形態において、標的領域は、ROM1、
TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MY
OC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE6
5、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、ま
たはIDUAのタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体において最も豊富なイン
トロンである、保持されたイントロンにある。
本明細書で使用されるように、用語「含む(comprise)」、あるいは「含む(
comprises)」または「含んでいる(comprising)」等の変化形は、
詳細に言及された特徴(例えば、アンチセンスオリゴマーの場合は、定義された核酸塩基
配列)を含むが、他のいかなる特徴をも排除するものではないと解される。したがって、
本明細書で使用されるように、用語「含んでいる」は包括的であり、詳細に言及されてい
ない追加の特徴(例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、詳細に言及されていない追加
の核酸塩基の存在)を除外しない。
本明細書で提供される組成物及び方法の何れかの実施形態において、「含んでいる」は
、「~から実質的に成る(consisting essentially of)」ま
たは「~から成る(consisting of)」と置き換えられ得る。「~から実質
的に成る」という句は、請求項に係る発明の形質や機能に実質的に影響しない特徴と同様
、特定の特徴(例えば核酸塩基配列)を要するように本明細書において使用される。本明
細書で使用されるように、「成る」という用語は、詳細に言及された特徴(例えば核酸塩
基配列)のみの存在を示すために使用される(よって、特定の核酸塩基配列から成るアン
チセンスオリゴマーの場合には、詳細に言及されていない追加の核酸塩基の存在は除外さ
れる)。
実施形態において、標的領域は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードするR
IC mRNA前駆体において2番目に豊富なイントロンである、保持されたイントロン
にある。例えば、2番目に豊富な保持されたイントロンのヌクレオチド配列の独自性、特
定のヌクレオチド配列を標的とするASO設計の容易さ、及び/又はASOを持つイント
ロンの標的化から結果として生じるタンパク質生成の増加の量により、最も豊富な保持さ
れたイントロンではなく、2番目に豊富な保持されたイントロンが標的とされ得る。実施
形態では、保持されたイントロンは、細胞中の標的タンパク質をコードする遺伝子から転
写されたRIC mRNA前駆体の集団中において2番目に豊富なイントロンであり、R
IC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、
標的タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の集団において2番目に豊富なアン
チセンスオリゴマーに標的とされるアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマー
が標的とされるまたは結合する保持されたイントロンを含む集団において、2つ以上の保
持されたイントロンのスプライシングアウトを誘導する。実施形態では、それにより標的
タンパク質をコードする完全にスプライシングされた(成熟)RNAが生成される。
実施形態において、ASOは、RIC mRNA前駆体中の保持されていないイントロ
ン内にある、標的とされた領域に相補的である。実施形態では、RIC mRNA前駆体
の標的部分は、保持されていないイントロンの5’スプライス部位に対する+6~+10
0の領域;または保持されていないイントロンの3’スプライス部位に対する-16~-
100の領域内にある。実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持
されていないイントロンの5’スプライス部位に対して+100から、保持されていない
イントロンの3’スプライス部位に対して-100までの領域内にある。領域または配列
の場所を特定するために使用されるように、「内(within)」は、列挙される位置
で残基を含むように理解される。例えば、+6~+100の領域は、+6および+100
の位置で残基を含む。実施形態では、それにより標的タンパク質をコードする完全にスプ
ライシングされた(成熟)RNAが生成される。
実施形態では、RIC mRNA前駆体の保持されたイントロンは非効率的にスプライ
シングされたイントロンである。本明細書で使用されるように「非効率的にスプライシン
グされた」は、RIC mRNA前駆体における別のスプライス部位でのスプライシング
の頻度と比較して、保持されたイントロン(5’スプライス部位または3’スプライス部
位)に隣接しているスプライス部位での比較的少ない頻度のスプライシングを指し得る。
用語「非効率的にスプライシングされた」はまた、スプライス部位でのスプライシングの
相対速度または動力学を指し、ここでは、「非効率的にスプライシングされた」イントロ
ンは、RIC mRNA前駆体における別のイントロンと比較して遅い速度でスプライシ
ングまたは除去され得る。
実施形態において、5’スプライス部位、および保持されたイントロンの+1~+6に
隣接するエクソンの-3e~-1eでの9つのヌクレオチド配列は、対応する野生型の配
列と同一である。実施形態において、保持されたイントロンの-15~-1、及び3’ス
プライス部位に隣接するエクソンの+1eでの16のヌクレオチド配列は、対応する野生
型の配列と同一である。本明細書で使用されるように、「野生型配列」は、NCBIのレ
ポジトリに堆積される公開された参照ゲノムにおけるROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの遺伝子の
ヌクレオチド配列を指す(National Center for Biotechn
ology Information, National Library of M
edicine, 8600 Rockville Pike, Bethesda,
MD USA 20894により操作される)。本明細書で使用されるように、「野生型
配列」はNCBI遺伝子IDを指す:(ROM1:6094;TEAD1:7003;R
DH5:5959;NR2E3:10002;PAX6:5080;CRX:1406;
FSCN2:25794;ABCA4:24;MYOC:4653;TCF4:6925
;MFSD8:256471;CTNS:1497;NXNL1:115861)。本明
細書で使用されるように、「e」で表わされたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエク
ソン(例えば5’スプライス部位に隣接するエクソンまたは3’スプライス部位に隣接す
るエクソン)の配列に存在することを示す。
前記方法は、細胞を、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CR
X、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1
、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CN
GA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードするmRNA前駆
体の一部に相補的であるASOと接触させる工程を含み、その結果、ROM1、TEAD
1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、T
CF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LR
AT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、又はIDU
Aの発現の増加がもたらされる。本明細書で使用されるように、細胞に「接触させること
」または投与することは、ASOと細胞が相互に作用するように細胞に最も近づいた状態
でASOを提供する方法を指す。ASOと接触される細胞は、細胞を取り入れ、または細
胞にASOを運ぶ。該方法は、疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する
細胞を、本明細書に記載されるASOのいずれかと接触させる工程を含む。幾つかの実施
形態では、ASOは、ASOを細胞型に対して標的とする、ASOと疾病または疾患に関
係する又は疾病または疾患に関連する細胞との間の接触を増強する、またはASOの取り
込みを増強するために、さらに修飾され得るか又は別の分子に結合され得る(例えば、共
有結合される)。
本明細書で使用されるように、用語「タンパク質生成を増加させる」または「標的タン
パク質の発現を増加させる」は、細胞中のmRNAから翻訳されるタンパク質の量を増強
させることを意味する。「標的タンパク質」は発現/生成の増加が望まれる任意のタンパ
ク質でもよい。
実施形態において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
A3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体を発現する細胞
を、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分に相補的な
ASOと接触させた結果、mRNA前駆体によりコードされるROM1、TEAD1、R
DH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4
、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、
RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの
タンパク質(例えば標的タンパク質)の量の増加がもたらされる。タンパク質の生成を測
定または検出する方法は、当業者に明白であり、例えば、ウェスタンブロッティング、フ
ローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査、及びELISAといった既知の方法を含む。
実施形態において、細胞を、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写
産物の標的部分に相補的であるASOと接触させた結果、ASOの欠如/処置の欠如の状
態で細胞により生成されるタンパク質の量と比較して、少なくとも10、20、30、4
0、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、4
50、500、または1000%の、生成されたROM1、TEAD1、RDH5、NR
2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8
、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、R
DH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の量の
増加がもたらされる。実施形態において、アンチセンスオリゴマーが接触された細胞によ
り生成される、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の総量は、対照の化合物により生成
された標的タンパク質の量と比較して、約1.1から約10倍、約1.5から約10倍、
約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約10倍、約1.1から約5倍、約1.
1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から約8倍、約1.1から約9倍、約2か
ら約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、2から約8倍、約2から約9倍、約3から
約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3から約9倍、約4から約7倍、約4から
約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約
2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約
4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも10倍増加される。対照の化合物は、例えば
、RIC mRNA前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
幾つかの実施形態において、細胞を、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、
PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTN
S、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12
、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆
体の転写産物の標的部分に相補的であるASOと接触させた結果、標的タンパク質をコー
ドする成熟mRNAを含む、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質それぞれをコードする
mRNAの量の増加がもたらされる。幾つかの実施形態において、ROM1、TEAD1
、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TC
F4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRA
T、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDU
Aのタンパク質をコードするmRNA、又は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2
E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、
CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RD
H12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコ
ードする成熟mRNAの量は、ASOの欠如/処置の欠如における細胞により生成された
タンパク質の量と比較して、少なくとも10、20、30、40、50、60、80、1
00、150、200、250、300、350、400、450、500、または10
00%増加される。幾つかの実施形態において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR
2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8
、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、R
DH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質を
コードするmRNA、又は、アンチセンスオリゴマーが接触された細胞において生成され
るROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAのタンパク質をコードする成熟mRNAの総量は、約1.1か
ら約10倍、約1.5から約10倍、約2から約10倍、約3から約10倍、約4から約
10倍、約1.1から約5倍、約1.1から約6倍、約1.1から約7倍、約1.1から
約8倍、約1.1から約9倍、約2から約5倍、約2から約6倍、約2から約7倍、約2
から約8倍、約2から約9倍、約3から約6倍、約3から約7倍、約3から約8倍、約3
から約9倍、約4から約7倍、約4から約8倍、約4から約9倍、少なくとも約1.1倍
、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍
、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、または少なくとも約1
0倍増加される。対照の化合物は、例えば、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E
3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、C
TNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH
12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA
前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシング
本明細書に提供される方法とアンチセンスオリゴヌクレオチド組成物は、ROM1、T
EAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYO
C、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65
、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、また
はIDUAのタンパク質をコードするmRNAのレベル、またはROM1、TEAD1、
RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF
4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT
、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUA
のタンパク質をコードする成熟mRNAのレベルを増加させることにより、細胞における
、例えば、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の量又は活性が不足している被験体にお
ける、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、
ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RL
BP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS
1、PER1、またはIDUAのタンパク質の発現を増加させるのに有用である。特に、
本明細書に記載されるような方法と組成物は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2
E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、
CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RD
H12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコ
ードする、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体からの保持されたイントロ
ンの構成的スプライシングを誘発することができ、それにより、ROM1、TEAD1、
RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF
4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT
、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUA
のタンパク質をコードするmRNAのレベル、或いはROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク
質をコードする成熟mRNAのレベルを増加させ、および、ROM1、TEAD1、RD
H5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、
MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、R
DH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタ
ンパク質の発現を増加させる。
RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的なスプライシングは、R
IC mRNA前駆体から保持されたイントロンを正確に取り除き、ここで、保持された
イントロンには野生型スプライス配列がある。本明細書で使用されるように、構成的なス
プライシングは、遺伝子または対立遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプラ
イシング或いは異常なスプライシングを引き起こす突然変異を伴う、遺伝子または対立遺
伝子から転写されたRIC mRNA前駆体からの、保持されたイントロンのスプライシ
ングを包含しない。例えば、保持されたイントロンの構成的なスプライシングは、本明細
書で提供される方法とアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して誘発されるように、m
RNA前駆体の異常なスプライシングを調整せず、又はその選択的スプライシングに影響
せず、その結果、標的タンパク質または機能的RNAの発現の増加がもたらされる。
実施形態において、構成的スプライシングは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR
2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8
、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、R
DH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mR
NA前駆体からの保持されたイントロンを正確に取り除くことができ、ここで、ROM1
、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、M
YOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE
65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、
またはIDUAのRIC mRNA前駆体は、完全に機能的な標的タンパク質または機能
的RNAをコードする、野生型遺伝子または対立遺伝子、あるいは多型遺伝子または対立
遺伝子であり、遺伝子または対立遺伝子には、保持されたイントロンの選択的スプライシ
ングまたは異常なスプライシングを引き起こす突然変異が無い。
幾つかの実施形態において、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードする、RO
M1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4
、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、R
PE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER
1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプ
ライシングは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードする、ROM1、TEAD
1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、T
CF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LR
AT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはID
UAのRIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンを正確に取り除き、ここで、
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABC
A4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1
、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、P
ER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体は、野生型対立遺伝子からの生成と比
較して減少したレベルで標的遺伝子または機能的RNAが生成される、遺伝子または対立
遺伝子から転写され、遺伝子または対立遺伝子には、保持されたイントロンの選択的スプ
ライシングまたは異常なスプライシングを引き起こす突然変異が無い。これら実施形態で
は、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正確な除去の結果、同等の野
生型タンパク質または機能的RNAと比較した時に機能的である標的タンパク質または機
能的RNAの生成がもたらされる。
他の実施形態において、構成的スプライシングは、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC
mRNA前駆体からの保持されたイントロンを正確に取り除くことができ、ここで、RO
M1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4
、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、R
PE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER
1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体は、同等な野生型タンパク質または機能的
RNAと比較して機能性が減少している形態で生成される標的タンパク質または機能的R
NAをコードする、遺伝子または対立遺伝子から転写され、遺伝子または対立遺伝子には
、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常なスプライシングを引き起こ
す突然変異が無い。これら実施形態では、構成的にスプライシングされた保持されたイン
トロンの正確な除去の結果、部分的に機能的な標的タンパク質、または、同等の野生型タ
ンパク質または機能的RNAと比較した時に部分的に機能的である機能的RNAの生成が
もたらされる。
構成的スプライシングによる保持されたイントロンの「正確な除去」は、エクソンの任
意の部分の除去を行わない、イントロン全体の除去を指す。
実施形態において、本明細書に提供されるような、或いは本明細書に記載される方法に
使用されるアンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、
PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTN
S、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12
、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの遺伝子から転写される
mRNA前駆体の選択的スプライシングまたは異常なスプライシングを調節することによ
り、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
、PER1、またはIDUAのタンパク質をコードするmRNAの量、または、ROM1
、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、M
YOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE
65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、
またはIDUAのタンパク質の量を増加しない。選択的スプライシングまたは異常なスプ
ライシングの調節は、例えばRT-PCRによりRNA種の配列と長さを分析する既知の
方法により、および本明細書と文献の中で別記された方法を使用して、測定され得る。実
施形態では、選択的または異常なスプライシングの調節は、少なくとも10%または1.
1倍の対象のスプライシングされた種の量の増加或いは減少に基づいて決定される。実施
形態において、調節は、本発明の方法における、ROM1、TEAD1、RDH5、NR
2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8
、CTNS NXNL1 OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、R
DH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質を
コードするmRNAの増加の判定に関して、本明細書に記載されるように、少なくとも1
0%から100%、あるいは1.1から10倍であるレベルの増加または減少に基づいて
、判定される。
実施形態において、前記方法は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体が
、野生型のROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN
2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、
RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、AL
MS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の部分的スプライシングに
より生成され得る方法である。実施形態において、前記方法は、ROM1、TEAD1、
RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF
4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT
、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUA
のRIC mRNA前駆体が、全長の野生型のROM1、TEAD1、RDH5、NR2
E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、
CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RD
H12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRN
A前駆体の部分的スプライシングにより生成され得る方法である。実施形態において、R
OM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA
4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、
RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PE
R1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体は、全長のROM1、TEAD1、RD
H5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、
MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、R
DH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのR
IC mRNA前駆体の部分的スプライシングにより生成され得る。これら実施形態では
、全長のROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2
、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、R
LBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALM
S1、PER1、またはIDUAのmRNA前駆体は、野生型スプライス部位配列を持つ
保持されたイントロンのスプライシングと比較して、保持されたイントロンの正確なスプ
ライシングを損なわない、保持されたイントロンのスプライス部位に多型を有し得る。
実施形態では、mRNAのコードするROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、
PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTN
S、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12
、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質は、全長の成熟
mRNA、または野生型の成熟mRNAである。これらの実施形態では、野生型の成熟m
RNAによりコードされたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
NGA3、ALMS1、PER1またはIDUAタンパク質の活性と比較して、全長の成
熟mRNAには成熟mRNAによりコードされた標的タンパク質または機能的RNAの活
性に影響を与えない多型があるかもしれない。
<アンチセンスオリゴマー>
本開示の1つの態様は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
NGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分
に結合することによりスプライシングを増強するアンチセンスオリゴマーを含む組成物で
ある。本明細書で使用されるように、用語「ASO」と「アンチセンスオリゴマー」は、
交換可能に使用され、且つ、ワトソン-クリック型塩基対またはゆらぎ塩基対(G-U)
により、標的核酸(例えばROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
NGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体)配列にハ
イブリダイズする、核酸塩基を含むポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ASOは
、標的配列に相補的な又はほぼ相補的(例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でス
プライシングを増強させるのに十分な相補性)である正確な配列を有し得る。ASOは、
標的核酸(例えば、mRNA前駆体の転写産物の標的部分)に結合し(ハイブリダイズし
)、生理学的条件下でハイブリダイズされたままであるように設計されている。典型的に
、ASOは、意図した(標的とされた)核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、
標的核酸でない限られた数の配列に(標的核酸以外の少数の部位に)ハイブリダイズする
。ASOの設計は、mRNA前駆体の転写産物の標的部分の核酸配列、或いはゲノムまた
は細胞のmRNA前駆体またはトランスクリプトームにおける他の場所での十分に類似し
た核酸配列の発生を考慮に入れることができ、その結果、ASOが他の部位に結合し「オ
フターゲット」効果を引き起こす可能性は限定される。例えば、発明の名称「Reduc
ing Nonsense-Mediated mRNA Decay」のWO2015
/035091として公開されたPCT国際出願番号PCT/US2014/05415
1におけるものなどの、当業者に既知のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載され
る方法を実施するために使用され得る。
幾つかの実施形態では、ASOは、標的核酸またはRIC mRNA前駆体の標的部分
に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的である」。典型的に、そのようなハイ
ブリダイゼーションは、37℃より実質的に高い融解温度(Tm)で、好ましくは少なく
とも50℃で、および典型的に60℃からおよそ90℃の間で生じる。そのようなハイブ
リダイゼーションは、好ましくは、厳しいハイブリダイゼーション条件に対応している。
与えられたイオン強度およびpHで、Tmは、標的配列の50%が相補的オリゴヌクレオ
チドにハイブリダイズする温度である。
オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、ハイブリダイゼーションが2つの一本鎖ポリ
ヌクレオチド間の逆平行構成で生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌク
レオチドは、ハイブリダイゼーションが第1のポリヌクレオチドの鎖の1つと第2のポリ
ヌクレオチドの鎖の1つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であ
り得る。相補性(1つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度)
は、一般に容認された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予期される対向
する鎖における塩基の割合(例えばパーセンテージ)の点から数量化できる。アンチセン
スオリゴマー(ASO)の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に100%相
補的である必要はない。特定の実施形態では、ASOは、標的とされる標的核酸配列内の
標的部位に対する、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくと
も85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%
、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相補性を含むことができる。例えば
、オリゴマー化合物の20の核酸塩基のうちの18が標的部位に相補的であり、それ故、
特異的にハイブリダイズするASOは、90パーセントの相補性を表わす。この例におい
て、残りの相補的でない核酸塩基は、ともにクラスター化され得るか、または相補的な核
酸塩基と共に分散され(interspersed)、互いに又は相補的な核酸塩基に隣
接している必要はない。ASOの標的核酸の領域とのパーセント相補性は、BLASTプ
ログラム(基礎的なローカルアライメント検索ツール)および当該技術分野で既知のPo
werBLASTプログラム(Altschul et al., J. Mol. B
iol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madd
en, Genome Res., 1997, 7, 649-656)を慣例的に使
用して判定され得る。
ASOは、標的配列におけるすべての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、それ
がハイブリダイズする核酸塩基は、隣接しているか又は隣接していないかもしれない。A
SOは、mRNA前駆体の転写産物の1つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし
得、その結果、介在する又は隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象に関係
しない(例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る)。特定の実施形態では
、ASOは、標的mRNA前駆体の転写産物において隣接していない核酸塩基にハイブリ
ダイズする。例えば、ASOは、ASOがハイブリダイズしない1つ以上の核酸塩基によ
って分離される、mRNA前駆体の転写産物における核酸塩基にハイブリダイズすること
ができる。
本明細書に記載されるASOは、RIC mRNA前駆体の標的部分に存在する核酸塩
基に相補的である核酸塩基を含む。用語「ASO」は、オリゴヌクレオチド、および標的
mRNA上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペ
プチド核酸(PNA)などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ASO
は、自然発生のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾されたヌクレオチド、または
それらの2つ又は3つの任意の組み合わせを含み得る。用語「自然発生のヌクレオチド」
は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「修飾されたヌクレ
オチド」は、修飾された又は置換された糖類及び/又は修飾された骨格を有するヌクレオ
チドを含む。幾つかの実施形態では、ASOのヌクレオチドのすべてが、修飾されたヌク
レオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性のあるASOの化学修
飾およびASOの成分は、当業者に明白であり、例えば、米国特許第8,258,109
号B2、米国特許第5,656,612号、米国特許公開番号2012/0190728
、およびDias and Stein,Mol. Cancer Ther.2002
,347-355で見ることができ、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる
ASOの核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミンおよびウラシルなどの自
然発生の未修飾の核酸塩基、または標的mRNA前駆体上に存在する核酸塩基との水素結
合が可能であるように未修飾の核酸塩基に十分に類似している合成または修飾された核酸
塩基であり得る。修飾された核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、
キサンチン、7-メチルグアニン、5,6-ジヒドロウラシル、5-メチルシトシン、お
よび5-ヒドロキシメチルシトシンが挙げられる。
本明細書に記載されるASOはまた、オリゴマーの成分に結合する骨格構造を含む。用
語「骨格構造」および「オリゴマー結合」は、交換可能に使用され、ASOの単量体間の
結合を指し得る。自然発生のオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部を結合
する3’-5’ホスホジエステル結合を含む。本明細書に記載されるASOの骨格構造ま
たはオリゴマー結合は、(限定されないが)ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート
、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホ
ラニラデート(phosphoraniladate)、ホスホラミデート(phosp
horamidate)などを含む。例えば、LaPlanche et al., N
ucleic Acids Res. 14:9081 (1986); Stec e
t al., J. Am. Chem. Soc. 106:6077 (1984)
, Stein et al., Nucleic Acids Res. 16:32
09 (1988), Zon et al., Anti Cancer Drug
Design 6:539 1991; Zon et al., Oligonucl
eotides and Analogues: A Practical Appro
ach, pp. 87-108 (F. Eckstein, Ed., Oxfor
d University Press, Oxford England (1991
)); Stec et al., 米国特許第5,151,510号; Uhlman
n and Peyman, Chemical Reviews 90:543 (1
990)を参照。幾つかの実施形態では、ASOの骨格構造は、亜リン酸を含有していな
いが、例えば、ペプチド核酸(PNA)、またはカルバミン酸塩、アミド、および直鎖お
よび環式の炭化水素基を含む連結基において、ペプチド結合を含有している。幾つかの実
施形態では、骨格修飾は、ホスホロチオエート結合である。幾つかの実施形態では、骨格
修飾は、ホスホラミデート結合である。
実施形態では、ASO骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、ランダ
ムである。実施形態では、ASO骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は
、制御され、ランダムではない。例えば、引用によって本明細書に組み込まれた米国特許
公開番号2014/0194610、「Methods for the Synthe
sis of Functionalized Nucleic Acids」は、核酸
オリゴマーにおいて各リン原子でキラリティーの対掌性(handedness)を独立
して選択する方法について記載している。実施形態において、本発明の方法において使用
されるASOは、ランダムではないリンヌクレオチド間の結合を持つASOを含む。実施
形態では、本発明の方法に使用される組成物は、純粋なジアステレオマーASOを含む。
実施形態では、本発明の方法に使用される組成物は、少なくとも約90%、少なくとも約
91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約
95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約
99%、約100%、約90%~約100%、約91%~約100%、約92%~約10
0%、約93%~約100%、約94%~約100%、約95%~約100%、約96%
~約100%、約97%~約100%、約98%~約100%、または約99%~約10
0%のジアステレオマー純度を有するASOを含む。
実施形態では、ASOは、そのリンヌクレオチド間の結合でRpおよびSpの構成のラ
ンダムでない混合物を有している。例えば、RpとSpの混合物が、アンチセンスオリゴ
ヌクレオチドにおいて、優れた活性とヌクレアーゼ安定性との間のバランスを達成する必
要があることが示唆されてきた(Wan, et al., 2014,「Synthe
sis, biophysical properties and biologic
al activity of second generation antisen
se oligonucleotides containing chiral ph
osphorothioate linkages,」Nucleic Acids R
esearch 42(22): 13456-13468、これは引用によって本明細
書に組み込まれる)。実施形態では、本発明の方法に使用されるASOは、約5-100
%のRp、少なくとも約5%のRp、少なくとも約10%のRp、少なくとも約15%の
Rp、少なくとも約20%のRp、少なくとも約25%のRp、少なくとも約30%のR
p、少なくとも約35%のRp、少なくとも約40%のRp、少なくとも約45%のRp
、少なくとも約50%のRp、少なくとも約55%のRp、少なくとも約60%のRp、
少なくとも約65%のRp、少なくとも約70%のRp、少なくとも約75%のRp、少
なくとも約80%のRp、少なくとも約85%のRp、少なくとも約90%のRp、また
は少なくとも約95%のRpと、残りのSp、または約100%のRpを含む。実施形態
では、本発明の方法に使用されるASOは、約10%~約100%のRp、約15%~約
100%のRp、約20%~約100%のRp、約25%~約100%のRp、約30%
~約100%の、約35%~約100%のRp、約40%~約100%のRp、約45%
~約100%のRp、約50%~約100%のRp、約55%~約100%のRp、約6
0%~約100%のRp、約65%~約100%のRp、約70%~約100%のRp、
約75%~約100%のRp、約80%~約100%のRp、約85%~約100%のR
p、約90%~約100%のRp、または約95%~約100%のRp、約20%~約8
0%のRp、約25%~約75%のRp、約30%~約70%のRp、約40%~約60
%のRp、または約45%~約55%のRpと、残りのSpを含む。
実施形態では、本発明の方法に使用されるASOは、約5-100%のSp、少なくと
も約5%のSp、少なくとも約10%のSp、少なくとも約15%のSp、少なくとも約
20%のSp、少なくとも約25%のSp、少なくとも約30%のSp、少なくとも約3
5%のSp、少なくとも約40%のSp、少なくとも約45%のSp、少なくとも約50
%のSp、少なくとも約55%のSp、少なくとも約60%のSp、少なくとも約65%
のSp、少なくとも約70%のSp、少なくとも約75%のSp、少なくとも約80%の
Sp、少なくとも約85%のSp、少なくとも約90%のSp、または少なくとも約95
%のSpと、残りのRp、あるいは約100%のSpを含む。実施形態では、本発明の方
法に使用されるASOは、約10%~約100%のSp、約15%~約100%のSp、
約20%~約100%のSp、約25%~約100%のSp、約30%~約100%のS
p、約35%~約100%のSp、約40%~約100%のSp、約45%~約100%
のSp、約50%~約100%のSp、約55%~約100%のSp、約60%~約10
0%のSp、約65%~約100%のSp、約70%~約100%のSp、約75%~約
100%のSp、約80%~約100%のSp、約85%~約100%のSp、約90%
~約100%のSp、または約95%~約100%のSp、約20%~約80%のSp、
約25%~約75%のSp、約30%~約70%のSp、約40%~約60%のSp、ま
たは約45%~約55%のSpと、残りのRpを含む。
本明細書に記載されるASOのいずれかは、自然発生のヌクレオチド中に存在するよう
な、リボースまたはデオキシリボースを含む糖部、あるいはモルホリン環を含む、修飾さ
れた糖部または糖アナログを含有し得る。修飾された糖部の限定しない例は、2’-O-
メチル(2’-O-Me)、2’-O-メトキシエチル(2’MOE)、2’-O-アミ
ノエチル、2’F;N3’->P5’ホスホラミデート、2’ジメチルアミノオキシエト
キシ、2’ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-グアニジニウム(guanidin
idium)、2’-O-グアニジニウムエチル、カルバミン酸塩修飾した糖、および二
環式修飾した糖などの、2’置換基が挙げられる。幾つかの実施形態では、糖部修飾は、
2’-O-Me、2’F、および2’MOEから選択される。幾つかの実施形態では、糖
部修飾は、ロックド核酸(LNA)におけるような追加の架橋結合である。幾つかの実施
形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ(PMO)などのモルホリン
環を含有している。幾つかの実施形態では、糖部は、リボフラノシルまたは2’デオキシ
リボフラノシルの修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、2’4’抑制された(c
onstrained)2’O-メチルオキシエチル(cMOE)修飾を含む。幾つかの
実施形態では、糖部は、cEt 2’,4抑制された2’-OエチルBNA修飾を含む。
幾つかの実施形態では、糖部は、トリシクロDNA(tcDNA)修飾を含む。幾つかの
実施形態では、糖部は、エチレン核酸(ENA)修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖
部は、MCE修飾を含む。修飾は当該技術分野で既知であり、文献、例えば、Jarve
r, et al., 2014,「A Chemical View of Olig
onucleotides for Exon Skipping and Relat
ed Drug Applications,」Nucleic Acid Thera
peutics 24(1): 37-47に記載され、これは、この目的のための引用
によって本明細書に組み込まれる。
幾つかの例では、ASOの各モノマーは、同じ方法で修飾され、例えば、ASOの骨格
の各結合はホスホロチオエート結合を含み、または各リボース糖部は2’O-メチル修飾
を含む。ASOの単量体成分の各々の上に存在する、そのような修飾は、「均一な修飾」
と呼ばれる。幾つかの例では、異なる修飾の組み合わせが望まれ得、例えば、ASOは、
ホスホロジアミデート結合とモルホリン環を含む糖部(モルホリノ)との組み合わせを含
み得る。ASOへの異なる修飾の組み合わせは、「混合修飾」または「混合化学作用」と
呼ばれる。
幾つかの実施形態では、ASOは、1つ以上の骨格修飾を含む。幾つかの実施形態では
、ASOは、1つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ASOは、1つ以上の
骨格修飾および1つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ASOは、2’MO
E修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。幾つかの実施形態では、ASOは、ホスホ
ロジアミデートモルホリノ(PMO)を含む。幾つかの実施形態では、ASOは、ペプチ
ド核酸(PNA)を含む。本明細書に記載されるASOのいずれか又はASOの成分(例
えば、核酸塩基、糖部、骨格)は、ASOの望ましい特性または活性を達成するために或
いはASOの望ましくない特性または活性を減少させるために修飾されてもよい。例えば
、ASOまたはASOの1つ以上の成分は、mRNA前駆体の転写産物上の標的配列への
結合親和性を増強する;非標的配列への結合を減少させる;細胞のヌクレアーゼ(つまり
、RNase H)による分解を減少させる;細胞及び/又は細胞の核へのASOの取り
込みを改善する;ASOの薬物動態(pharmacokinetics)または薬力(
pharmacodynamics)を変更する;およびASOの半減期を調節するため
に修飾され得る。
幾つかの実施形態では、ASOは、2’-O-(2-メトキシエチル)(MOE)ホス
ホロチオエート修飾されたヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成さ
れたASOは、特に、本明細書で開示される方法によく適しており、そのような修飾を有
しているオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された耐性および増加した
バイオアベイラビリティを有すると示されており、これによって、例えば、本明細書に記
載される幾つかの実施形態における経口送達に適するようになる。例えば、Geary
et al., J Pharmacol Exp Ther. 2001; 296(
3):890-7; Geary et al., J Pharmacol Exp
Ther. 2001; 296(3):898-904を参照。
ASOを合成する方法は当業者に既知である。代替的に又は加えて、ASOは商用源か
ら得てもよい。
他に明記されない限り、一本鎖核酸(例えば、mRNA前駆体の転写産物、オリゴヌク
レオチド、ASOなど)配列の左端は、5’末端であり、一本鎖または二本鎖の核酸配列
の左方向は、5’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列(一本鎖または二本鎖)の右端また
は右方向は、3’末端または3’方向である。一般に、核酸中の基準点に対する5’にあ
る領域または配列は、「上流」として言及され、核酸中の基準点に対する3’にある領域
または配列は、「下流」として言及される。一般に、mRNAの5’方向または5’末端
は、開始コドン(initiation or start codon)が位置する場
所であり、一方で、3’末端または3’方向は、終止コドンが位置する場所である。幾つ
かの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定され、
基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定され得る。例えば、基準点(例
えば、mRNA中のエクソン-エクソン連結)は「ゼロ」部位として指定され得、基準点
に直接隣接し且つその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス1」、例えば「-1」と指
定され、一方で、基準点に直接隣接し且つその下流にあるヌクレオチドは、「プラス1」
、例えば「+1」と指定される。
他の実施形態において、ASOは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体
における保持されたイントロンの5’スプライス部位の下流(3’方向)にある、ROM
1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分(例えば、5’スプライス部位に
対して正の数により指定される方向)に相補的である(及び、それに結合する)(図1)
。幾つかの実施形態において、ASOは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
対して+6~+100の領域内にある、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、
PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTN
S、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12
、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆
体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ASOは、5’スプライス部位に
対して、+1~+5までのヌクレオチド(5’スプライス部位の下流に位置付けられた最
初の5つのヌクレオチド)に対して相補的ではない。幾つかの実施形態において、ASO
は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対してヌクレオチド+6と+50の間
の領域内にある、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的
であり得る。幾つかの態様では、ASOは、保持されたイントロンの5’スプライス部位
に対する+6~+90、+6~+80、+6~+70、+6~+60、+6~+50、+
6~+40、+6~+30、または+6~+20の領域内にある標的部分に相補的である
幾つかの実施形態では、ASOは、ROM1、TEAD1、RDH3、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体
における保持されたイントロンの5’スプライス部位の上流(5’方向)にある、ROM
1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA5、ALMS1、PER1
、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的領域(例えば、負の数により指定され
る方向)に相補的である(図1)。幾つかの実施形態において、ASOは、保持されたイ
ントロンの3’スプライス部位に対して-16~-100の領域内にある、ROM1、T
EAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYO
C、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65
、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、また
はIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では
、ASOは、3’スプライス部位に対して、-1~-15までのヌクレオチド(3’スプ
ライス部位の上流に位置付けられた最初の15のヌクレオチド)には相補的ではない。幾
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-
16~-50の領域内にある、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的
部分に相補的である。幾つかの態様では、ASOは、保持されたイントロンの3’スプラ
イス部位に対する-16~-90、-16~-80、-16~-70、-16~-60、
-16~-50、-16~-40、または-16~-30の領域内にある、標的部分に相
補的である。
実施形態では、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分は、保持
されたイントロンの5’スプライス部位に対し+100から、保持されたイントロンの3
’スプライス部位に対し-100までの領域内にある。
幾つかの実施形態において、ASOは、保持されたイントロンの5’スプライス部位(
上流)に隣接するエクソン内にある、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体
の標的部分に相補的である(図1)。幾つかの実施形態では、ASOは、保持されたイン
トロンの5’スプライス部位に隣接する+2e~-4eの領域内にある、ROM1、TE
AD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC
、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、
LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、または
IDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対するヌクレオチド-1e~-
3eに相補的ではない。幾つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの5’
スプライス部位に対して-4e~-100e、-4e~-90e、-4e~-80e、-
4e~-70e、-4e~-60e、-4e~-50e、-4e~-40e、-4e~-
30e、または-4e~-20eの領域内にある、ROM1、TEAD1、RDH5、N
R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC m
RNA前駆体の標的部分に相補的である。
幾つかの実施形態において、ASOは、保持されたイントロンの3’スプライス部位(
下流)に隣接するエクソン内にある、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体
の標的部分に相補的である(図1)。幾つかの実施形態では、ASOは、保持されたイン
トロンの3’スプライス部位に隣接するエクソンにおける+2e~-4eの領域内にある
、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。幾つか
の実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対するヌクレ
オチド+1eに相補的ではない。幾つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロ
ンの3’スプライス部位に対して+2e~+100e、+2e~+90e、+2e~+8
0e、+2e~+70e、+2e~+60e、+2e~+50e、+2e~+40e、の
+2e~+30e、または+2e~+20eの領域内にある、ROM1、TEAD1、R
DH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4
、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、
RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの
RIC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。ASOは、スプライシングの特異的
結合および効果的な増強作用に適する任意の長さでもよい。幾つかの実施形態では、AS
Oは8から50の核酸塩基から成る。例えば、ASOは、長さが、8、9、10、11、
12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、2
5、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、45または50の
核酸塩基でもよい。幾つかの実施形態では、ASOは50より多くの核酸塩基から成る。
幾つかの実施形態では、ASOは、長さが8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8
~35の核酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8
~15の核酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9
~30の核酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、1
0~50の核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸
塩基、10~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~5
0の核酸塩基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、
11~25の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核
酸塩基、12~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~
25の核酸塩基、12~20の核酸塩基、12~15の核酸塩基、13~50の核酸塩基
、13~40の核酸塩基、13~35の核酸塩基、13~30の核酸塩基、13~25の
核酸塩基、13~20の核酸塩基、14~50の核酸塩基、14~40の核酸塩基、14
~35の核酸塩基、14~30の核酸塩基、14~25の核酸塩基、14~20の核酸塩
基、15~50の核酸塩基、15~40の核酸塩基、15~35の核酸塩基、15~30
の核酸塩基、15~25の核酸塩基、15~20の核酸塩基、20~50の核酸塩基、2
0~40の核酸塩基、20~35の核酸塩基、20~30の核酸塩基、20~25の核酸
塩基、25~50の核酸塩基、25~40の核酸塩基、25~35の核酸塩基、または2
5~30の核酸塩基である。幾つかの実施形態では、ASOは長さが18のヌクレオチド
である。幾つかの実施形態では、ASOは長さが15のヌクレオチドである。幾つかの実
施形態では、ASOは長さが25のヌクレオチドである。
幾つかの実施形態では、異なる化学的性質を有するが、RIC mRNA前駆体の同じ
標的部分に対して相補的である2つ以上のASOが使用される。幾つかの実施形態では、
RIC mRNA前駆体の異なる標的部分に対して相補的である2つ以上のASOが使用
される。
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、1つ以上の部分または抱
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または
他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレ
ステロール部分、コレステリル部分、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基など
の脂肪族鎖、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、または、アダマンタン酢酸と
して、脂質部分が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公
開された文献に記載されている。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限
定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド
、炭水化物、例えばN-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、N-Ac-グルコサ
ミン(GluNAc)、またはマンノース(例えばマンノース6-リン酸)、脂質、また
はポリ炭化水素化合物を含む部分と抱合する。抱合体は、例えばリンカーを使用して、当
技術分野において理解され且つ文献中に記載されるように、砂糖、塩基またはリン酸基上
のいかなる様々な位置においても、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレ
オチドの1つ以上に連結され得る。リンカーは二価または三価の分枝したリンカーを含む
ことができる。実施形態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの3’末端に付
けられている。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第8,4
50,467号「Carbohydrate conjugates as deliv
ery agents for oligonucleotides」に記載され、これ
は参照により本明細書に組み込まれる。
幾つかの実施形態では、ASOにより標的とされる核酸は、真核細胞などの細胞に発現
される、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2
、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、R
LBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALM
S1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体である。幾つかの実施形態で
は、用語「細胞」は、細胞の集団を指すこともある。幾つかの実施形態では、細胞は被験
体内に存在する。幾つかの実施形態では、細胞は被験体から単離されている。幾つかの実
施形態では、細胞はエクスビボである。幾つかの実施形態では、細胞は疾病関連細胞もし
くは疾患関連の細胞、または細胞株である。幾つかの実施形態では、細胞はインビトロで
ある(例えば細胞培養液中にある)。
医薬組成物
記載された組成物のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、上記方法のいずれかにお
いて使用するための医薬組成物または医薬製剤は、医薬品産業において周知の従来技術に
従って調製することができ、且つ公開文献においても記載されている。実施形態において
、被験体を処置するための医薬組成物または医薬製剤は、上記のような任意のアンチセン
スオリゴマー、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、またはエステルの
有効量、および薬学的に許容可能な希釈剤を含む。医薬製剤のアンチセンスオリゴマーは
さらに、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含み得る。
薬学的に許容可能な塩は、過度の毒性反応、刺激反応、アレルギー反応等を持たないヒ
トおよび下等動物の組織に接する使用に適しており、かつ適切なベネフィット・リスク比
に見合う。(例えば、この目的のための参照によって本明細書に組み込まれるS. M.
Berge, et al., J. Pharmaceutical Scienc
es, 66: 1-19 (1977)を参照)。塩は、化合物の最終的な分離および
精製中にインサイチュで、または遊離基機能を適切な有機酸と反応させることによって別
々に調製され得る。薬学的に許容可能で無毒な酸付加塩の例は、塩化水素、臭化水素酸、
リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸か、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、
クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸などの有機酸か、またはイオン交換などの他の文書
で立証された方法を用いることによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に許
容可能な塩は、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベ
ンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホ
ン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩
、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、
グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロ
キシ-エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩
、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホ
ン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩
、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピ
バル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、チオシアン
酸塩、p-トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などを含む。代表的なアル
カリまたはアルカリ土類金属の塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マ
グネシウムなどを含む。さらに薬学的に許容可能な塩は、適切な場合、ハロゲン化物、水
酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルのスルホン酸塩、およ
びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成された、無毒なアンモニウム、第
四級アンモニウム、およびアミンのカチオンを含む。
実施形態において、組成物は、限定されないが、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、
液体シロップ剤、ソフトゲル剤、坐薬および浣腸剤などの多くの可能な剤形のいずれかへ
と製剤される。実施形態において、組成物は、水性媒体、非水性媒体、または混合媒体状
の懸濁液として製剤される。水性懸濁液は、例えばカルボキシメチルセルロースナトリウ
ム、ソルビトール、および/またはデキストランを含む、懸濁液の粘度を増加させる物質
をさらに含むこともある。その懸濁液は、安定化剤も含むこともある。実施形態において
、本発明の医薬製剤または組成物は、限定されないが、溶液、エマルジョン、マイクロエ
マルジョン、発泡体またはリポソーム含有製剤(例えばカチオンリポソームまたは非カチ
オンリポソーム)を含む。
本発明の医薬組成物または製剤は、適切かつ当業者に周知なように、または公開文献に
おいて記載されているように、1つ以上の浸透促進剤、担体、賦形剤、または他の活性成
分もしくは不活性成分を含むこともある。実施形態において、リポソームは立体的に安定
したリポソーム、例えば1つ以上の特定の脂質を含むリポソームも含む。これらの特定の
脂質は、高められた循環寿命を有するリポソームを結果としてもたらす。実施形態におい
て、立体的に安定したリポソームは、1つ以上の糖脂質を含むか、またはポリエチレング
リコール(PEG)部分などの1つ以上の親油性高分子を用いて誘導体化される。実施形
態において、界面活性剤は医薬製剤または組成物中に含まれる。薬物製品、製剤およびエ
マルジョンにおける界面活性剤の使用は、当技術分野においてよく知られている。複数の
実施形態では、本発明は、例えば、細胞膜を通る拡散を助け、および/または親油性薬物
の浸透性を増強するために、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達をもたらす
促進剤を利用する。実施形態において、浸透促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁塩、キ
レート剤、または非キレート非界面活性剤である。
実施形態において、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形
態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは他の薬物または治療剤と組み合わせて投
与される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において
知られている任意の方法によって、血液脳関門を介する被験体のアンチセンスオリゴヌク
レオチドの浸透を促進することができる1つ以上の薬剤と共に投与される。例えば、筋組
織内の運動ニューロンへアデノウイルスベクターを投与することによる薬剤の送達は、引
用によって本明細書に組み込まれる、米国特許第6,632,427号「Adenovi
ral-vector-mediated gene transfer into m
edullary motor neurons」に記載されている。脳、例えば線条体
、視床、海馬、黒質へのベクターの直接的な送達は、例えば、引用によって本明細書に組
み込まれる米国特許第6,756,523号「Adenovirus vectors
for the transfer of foreign genes into c
ells of the central nervous system parti
cularly in brain」に記載されている。
実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい薬理学的性質または
薬力学的性質を提供する薬剤に結合されるか抱合される。実施形態において、アンチセン
スオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を介する浸透または輸送を促進するために当技術分
野において知られている物質、例えばトランスフェリン受容体の抗体に連結される。実施
形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス化合物をより
効果的にするために、または血液脳関門を通る輸送を増加させるために、ウイルスベクタ
ーに結合される。実施形態において、浸透性の血液脳関門の破壊は、砂糖、例えばメソエ
リスリトール、キシリトール、D(+)ガラクトース、D(+)ラクトース、D(+)キ
シロース、ズルシトール、ミオ-イノシトール、L(-)フルクトース、D(-)マンニ
トール、D(+)グルコース、D(+)アラビノース、D(-)アラビノース、セロビオ
ース、D(+)マルトース、D(+)ラフィノース、L(+)ラムノース、D(+)メリ
ビオース、D(-) リボース、アドニトール、D(+)アラビトール、L(-)アラビ
トール、D(+)フコース、L(-)フコース、D(-)リキソース、L(+)リキソー
ス、およびL(-)リキソース、または アミノ酸、例えばグルタミン、リジン、アルギ
ニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジ
ン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシ
ン、バリン、およびタウリンを注入することにより促進される。脳血液関門浸透を増強す
る方法と材料は、例えば、米国特許第4,866,042号「Method for t
he delivery of genetic material across t
he blood brain barrier」、米国特許第6,294,520号「
Material for passage through the blood-b
rain barrier」および米国特許第6,936,589号「Parenter
al delivery systems」に記載され、参照により各々が本明細書に組
込まれる。
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、1つ以上の部分または抱
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または
他の抱合体、に化学的に連結される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コ
レステロール部分、コレステリル部分などのような脂質部分、例えばドデカンジオールま
たはウンデシルの残基、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖などの脂肪族鎖、ま
たは、アダマンタン酢酸が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方
法は、公開された文献に記載されている。複数の実施形態において、アンチセンスオリゴ
ヌクレオチドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポ
リアミド、ペプチド、例えばN-アセチルガラクトサミン(GluNAc)、N-Acグ
ルコサミン(GalNAc)などの炭水化物、もしくはマンノース(例えばマンノース-
6-リン酸)、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。当該技術分野
で理解され文献に記載されるように、例えばリンカーを用いて、抱合体は、糖、塩基また
はリン酸基上のいくつかの位置のうちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含
む任意のヌクレオチドの1つ以上に結合することができる。リンカーは二価または三価の
分枝リンカーを含むことができる。実施形態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオ
チドの3’末端に結合されている。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば
、米国特許第8,450,467号「Carbohydrate conjugates
as delivery agents for oligonucleotides
」に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。
被験体の処置
本明細書に提供される組成物のうちのいずれかが個体に投与されうる。「個体」は、「
被験体」または「患者」と交換可能に使用されてもよい。個体は哺乳動物でもよく、例え
ば人間、または、人類以外の霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、馬、ロバ、ヤ
ギ、猫、犬、雌牛、ブタ、あるいは羊などの動物である。実施形態では、個体はヒトであ
る。実施形態では、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態では、個体は植物
などの別の真核生物であってもよい。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される化
合物は細胞にエクスビボで投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、疾患または障害を処置する
方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述された
疾病のいずれかなどの遺伝病を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記
述された疾病のいずれかなどの疾病を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個
体は、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾
病または障害を有するリスクが増大している。個体が、不十分な量のタンパク質または不
十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾病または障害を有するリスクが増大して
いる場合、方法は防止的または予防的な処置を含む。例えば、個体は、その疾病の家族健
康歴のために、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している場合がある。典
型的には、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している個体は、予防的処置
(例えば、疾病または障害の発症または悪化を予防するかまたは遅らせることによる)か
ら利益を受ける。
本発明のASOの投与に適切な経路は、ASOの送達が所望される細胞型に応じて変わ
りうる。本発明のASOは、例えば、硝子体内注入、網膜下注入、局所適用、移植、腹腔
内注射、筋肉内注射、皮下注射または静脈内注射によって、患者に非経口的に投与されて
もよい。複数の実施形態では、送達は心臓または肝臓に行われる。実施形態では、胎児は
、例えば胎児にASO組成物を直接的または間接的に(例えば母親を介して)投与するこ
とによって、子宮内で処置される。
本発明の組成物は任意の適切な手段により筋細胞に提供されてもよく、これらの手段に
は、直接的な投与(例えば、治療部位での注射または局所投与による局所的)、または全
身性(例えば非経口または経口)、鼻腔内、経口、または、硝子体内、網膜下、移植、吸
入、腸内、局所、子宮内、膣内、舌下、直腸、筋肉内、胸膜内、脳室内、腹腔内、目、静
脈内、皮下の手段が含まれる。
スプライシングを増強する追加のASOを特定する方法
標的イントロンにおいて特異的にROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUA RIC mRNA前駆体のス
プライシングを増強する付加的なASOを特定する(判定する)方法も本発明の範囲内で
ある。mRNA前駆体の標的領域内で様々なヌクレオチドに特異的にハイブリダイズする
ASOは、標的イントロンのスプライシングの速度および/または程度を改善するASO
を特定する(判定する)ためにスクリーニングされてもよい。いくつかの実施形態では、
ASOはスプライシング抑制因子/サイレンサーの結合部位をブロックまたは妨害するこ
とがある。当該技術分野において既知の任意の方法が、イントロンの標的領域にハイブリ
ダイズされた時に所望の効果(例えばスプライシング、タンパク質または機能的なRNA
生産の向上)をもたらすASOを特定する(判定する)ために使用されてもよい。これら
の方法はまた、保持されたイントロンに隣接するエクソン中、または保持されていないイ
ントロン中の標的領域へ結合することにより、保持されたイントロンのスプライシングを
増強するASOの特定のために使用することができる。使用されうる方法の一例が下記に
提供される。
mRNA前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたASOを用いて、A
SO「ウォーク」(walk)と呼ばれる、一ラウンドのスクリーニングを行いうる。例
えば、ASOウォークに使用されるASOは、保持されたイントロンの5’スプライス部
位のおよそ100ヌクレオチド上流(例えば、標的とされた/保持されたイントロンの上
流に位置するエクソンの配列の一部)から、標的とされた/保持されたイントロンの5’
スプライス部位のおよそ100ヌクレオチド下流まで、および/または、保持されたイン
トロンの3’スプライス部位のおよそ100ヌクレオチド上流から、標的とされた/保持
されたイントロンの3’スプライス部位のおよそ100ヌクレオチド下流(例えば、標的
とされた/保持されたイントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部)まで、5つの
ヌクレオチドごとに敷き詰められ得る。例えば、15ヌクレオチドの長さの第1のASO
は、標的とされた/保持されたイントロンの5’スプライス部位に対しヌクレオチド+6
から+20に特異的にハイブリダイズするように設計され得る。第2のASOは、標的と
された/保持されたイントロンの5’スプライス部位に対するヌクレオチド+11から+
25に特異的にハイブリダイズするように設計されている。ASOは、mRNA前駆体の
標的領域に及ぶように設計されている。実施形態では、ASOは、より密に、例えば、1
、2、3、または4つのヌクレオチドごとに敷き詰められ得る。さらに、ASOは、5’
スプライス部位の100ヌクレオチド下流から、3’スプライス部位の100ヌクレオチ
ド上流まで敷き詰められ得る。
1つ以上のASO、または1つの対照ASO(標的領域にハイブリダイズするとは予期
されていない配列である、スクランブル配列を有するASO)は、例えばトランスフェク
ションによって、標的mRNA前駆体(例えば、本明細書で別記されるRIC mRNA
前駆体)を発現する疾患関連細胞株へと送達される。ASOの各々のスプライシングを誘
発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、スプ
ライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素(RT)-PCRによって
評価され得る(「イントロン保持事象の特定」を参照)。対照ASO処理された細胞と比
較して、ASO処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを使
用して生成されたRT-PCR産物が減少または欠如することは、標的イントロンのスプ
ライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシング効
率、スプライシングされていないmRNA前駆体に対するスプライシングされたmRNA
前駆体の割合、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載
されるASOを使用して改善され得る。標的mRNA前駆体によってコードされるタンパ
ク質または機能RNAの量も、各ASOが所望の効果(例えば、タンパク質産生の増強)
を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウェスタンブロッティング、フロー
サイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびELISAなどの、タンパク質産生を評
価し及び/又は定量するための、当該技術分野で既知の方法も使用することができる。
ASO「ミクロウォーク」(micro-walk)と呼ばれる第2ラウンドのスクリ
ーニングは、mRNA前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたASOを
使用して実行され得る。ASOミクロウォークに使用されるASOは、ASOでハイブリ
ダイズされたときに結果的にスプライシングを増強させるmRNA前駆体のヌクレオチド
酸配列をさらに改良する(refine)ために、1つのヌクレオチドごとに敷き詰めら
れる。
標的イントロンのスプライシングを促進するASOによって定義される領域は、1-n
tステップ(1-nt steps)で配置されたASO、ならびに、典型的には18-
25ntである、より長いASOを含む、ASO「ミクロウォーク」によって、より詳細
に調査される。
上記でASOウォークに関して記載されたように、1つ以上のASO、または対照AS
O(標的領域にハイブリダイズすると予期されていない配列である、スクランブル配列を
有するASO)を、例えばトランスフェクションによって、標的mRNA前駆体を発現す
る疾患関連細胞株へと送達することにより、ASOミクロウォークが実行されうる。AS
Oの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分
野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写
酵素(RT)-PCRによって評価され得る(「イントロン保持事象の特定」を参照)。
対照ASO処理された細胞と比較して、ASO処理された細胞におけるスプライスジャン
クションに及ぶプライマーを使用して生成されたRT-PCR産物が減少または欠如する
ことは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実
施形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないmRNA前駆体に対する
スプライシングされたmRNA前駆体の割合、スプライシングの速度、またはスプライシ
ングの程度は、本明細書に記載されるASOを使用して改善され得る。標的mRNA前駆
体によってコードされるタンパク質または機能RNAの量も、各ASOが所望の効果(例
えば、タンパク質産生の増強)を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウェ
スタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびELIS
Aなどの、タンパク質産生を評価し及び/又は定量するための、当該技術分野で既知の方
法も使用することができる。
mRNA前駆体の領域にハイブリダイズされたときに、結果的にスプライシングを増強
させ、タンパク質産生を増加させるASOは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノ
ックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用
して、インビボで試験され得る。ASOの投与に適した経路は、ASOの送達が望まれる
疾患及び/又は細胞型に応じて変化し得る。ASOは、例えば、腹腔内注射、筋肉注射、
皮下注射、または静脈注射によって投与され得る。投与後に、モデル動物の細胞、組織、
及び/又は臓器は、当該技術分野に既知の方法および本明細書に記載される方法によって
、例えば、スプライシング(効率、速度、程度)およびタンパク質産生を評価することに
より、ASO処置の効果を判定するために評価され得る。動物モデルはまた、疾患または
疾患重症度の表現型の徴候または行動的な徴候であり得る。
本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され記載された一方、そのような実施形態が
一例としてのみ提供されていることは当業者にとって明白である。多くの変更、変化およ
び置換が、本発明から逸脱することなく、当業者の心に思い浮かぶであろう。本明細書に
記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかもしれ
ないことを理解されたい。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この請求
項とその均等物の範囲内の方法および構造体がそれによって包含されるものであるという
ことが意図されている。
本明細書は以下の発明の態様を包含する。
[1]
被験体の細胞により標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させることによっ
て、必要としている被験体の眼疾患を処置する方法であって、該細胞は、保持されたイン
トロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、該RIC mRNA前駆
体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソン、および3’
スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、RIC mRNA前駆体は、標
的タンパク質または機能的RNAをコードし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク
質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチ
センスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイント
ロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体から構
成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能
的RNAをコードするmRNAのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能的RNA
の発現を増加させる、方法。
[2]
眼疾患は、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼底、網膜
色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全-1、両
側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、網膜色素
変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2、錐体杆
体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー-3、中
央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバー先天黒内
障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロフィー、
白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レーバー先天
黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1)の遅い
クリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性症44、
色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー-シャイ
エ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群である、[1]に記
載の方法。
[3]
標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、ここで、該標的タンパク質は、保持
されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有する細胞によって
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABC
A4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1
、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、P
ER1、またはIDUAのスプライシング効率を改善し、ROM1、TEAD1、RDH
5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、M
FSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RD
H8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの発現
であり、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5
’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣
接するエクソンを含み、該RIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5
、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク
質のスプライシング効率を改善することによって、ROM1、TEAD1、RDH5、N
R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの発現をコー
ドし、該方法は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質のスプライシング効率を改善するこ
とによって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSC
N2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN
、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、A
LMS1、PER1、またはIDUAの発現をコードするRIC mRNA前駆体の標的
部分へ相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と、細胞とを接触させ、それによって
、保持されたイントロンは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質のスプライシング効率の
改善によって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
ALMS1、PER1、またはIDUA発現をコードするRIC mRNA前駆体から構
成的にスプライシングされ、それにより、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3
、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CT
NS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH1
2、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質をコードす
るmRNAのレベルを増加させる工程と、細胞において、ROM1、TEAD1、RDH
5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、M
FSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RD
H8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパ
ク質のスプライシング効率を改善することによって、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの発現を増
加させる工程と、を含み、ここで、標的タンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH5
、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAである、
方法。
[4]
標的タンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
A3、ALMS1、PER1、またはIDUAである、[1]または[2]に記載の方法

[5]
標的タンパク質または機能的RNAは、被験体において量または活性が不足している標
的タンパク質または機能的RNAを機能的に増強または交換する、補償タンパク質または
補償する機能的RNAである、[1]または[2]に記載の方法。
[6]
細胞は、不足した量または活性のROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質によって引き起こ
された疾病を有する被験体内にある、またはその被験体由来である、[3]に記載の方法

[7]
標的タンパク質の量の不足は標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここ
で被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第1の対立遺伝子、および標的タンパ
ク質が産生されない第2の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第
2の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子から転写されたR
IC mRNA前駆体の標的部分に結合する、[1]から[6]のいずれか1つに記載の
方法。
[8]
被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた
疾病を有し、ここで被験体は、
(a)第1の変異対立遺伝子であって、そこから、
(i)標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの産生と比較して低下したレベルで産
生されるか、
(ii)標的タンパク質が同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する
形態で産生されるか、または
(iii)標的タンパク質が産生されない、第1の変異対立遺伝子と、
(b)第2の変異対立遺伝子であって、そこから、
(i)標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの産生と比較して低下したレベルで産
生されるか、
(ii)標的タンパク質が同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する
形態で産生されるか、または
(iii)標的タンパク質が産生されない、第2の変異対立遺伝子と、を有し、
ここで、被験体は、第1の変異対立遺伝子(a)(iii)を有するとき、第2の変異対
立遺伝子は(b)(i)または(b)(ii)であり、かつ被験体が第2の変異対立遺伝
子(b)(iii)を有するとき、第1の変異対立遺伝子は(a)(i)あるいは(a)
(ii)であり、およびここで、RIC mRNA前駆体は、(a)(i)もしくは(a
)(ii)である第1の変異対立遺伝子から、および/または(b)(i)もしくは(b
)(ii)である第2の変異対立遺伝子から転写される、[1]から[6]のいずれか1
つに記載の方法。
[9]
標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形態で産生され
る、[8]に記載の方法。
[10]
標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して完全に機能的である形態で産生
される、[8]に記載の方法。
[11]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
対する+6から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16の領域内の保
持されたイントロンにある、[1]から[10]のいずれか1つに記載の方法。
[12]
RIC mRNA前駆体の標的部分が、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
対する+69から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-79の領域内の
保持されたイントロンにある、[1]から[10]のいずれか1つに記載の方法。
[13]
標的タンパク質は、(a)ABCA4、(b)RPE65、(c)MYOC、(d)C
NGA3、(e)MFSD8、(f)IDUA、(g)LRAT、(h)OPTN、(i
)RGR、(j)TEAD1、(k)PAX6、(l)ROM1、(m)RDH5、(n
)RDH12、(o)NR2E3、(p)RLBP1、(q)CTNS、(r)PER1
、(s)FSCN2、(t)TCF4、(u)RDH8、(v)NXNL1、または(w
)CRXである、[1]から[12]のいずれか1つに記載の方法。
[14]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
(b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
(c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
(d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
(e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
(f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
(g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
(h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
(i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
(j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
(k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
(l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
(m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
(n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
(o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
(p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
(q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
(r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
(s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
(t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
(u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
(v)SEQ ID NO 24874-25231のいずれか1つ、または
(w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つに、
少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的な配列を
含む、[13]に記載の方法。
[15]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)SEQ ID NO 26674、SEQ ID NO 26706、SEQ I
D NO 26656、SEQ ID NO 26681、もしくはSEQ ID NO
26664、
(b)SEQ ID NO 26691、もしくはSEQ ID NO 26671、
(c)SEQ ID NO 26669、もしくはSEQ ID NO 26696、
(d)SEQ ID NO 26711、
(e)SEQ ID NO 26703、もしくはSEQ ID NO 26708、
(f) SEQ ID NO 26668、SEQ ID NO 26679、SEQ
ID NO 26700、SEQ ID NO 26655、もしくはSEQ ID N
O 26663、
(g)SEQ ID NO 26685、
(h)SEQ ID NO 26714、
(i)SEQ ID NO 26657、SEQ ID NO 26687、もしくはS
EQ ID NO 26683、
(j)SEQ ID NO 26672、
(k)SEQ ID NO 26697、SEQ ID NO 26677、SEQ I
D NO 26707、SEQ ID NO 26678、SEQ ID NO 267
13、SEQ ID NO 26694、もしくはSEQ ID NO 26659、
(l)SEQ ID NO 26665、
(m)SEQ ID NO 26704、SEQ ID NO 26666、SEQ I
D NO 26709、もしくはSEQ ID NO 26684、
(n)SEQ ID NO 26693、
(o)SEQ ID NO 26702、SEQ ID NO 26660、SEQ I
D NO 26705、SEQ ID NO 26698、SEQ ID NO 266
58、SEQ ID NO 26676、SEQ ID NO 26712、もしくはS
EQ ID NO 26701、
(p)SEQ ID NO 26673、もしくはSEQ ID NO 26667、
(q)SEQ ID NO 26690、もしくはSEQ ID NO 26692、
(r)SEQ ID NO 26682、もしくはSEQ ID NO 26710、
(s)SEQ ID NO 26670、SEQ ID NO 26662、もしくはS
EQ ID NO 26661、
(t)SEQ ID NO 26688、もしくはSEQ ID NO 26689、
(u)SEQ ID NO 26680、
(v)SEQ ID NO 26699、もしくは、
(w)SEQ ID NO 26695、もしくはSEQ ID NO 26686
の少なくとも8つの近接する核酸を含む領域に対して、少なくとも80%、85%、90
%、95%、97%、もしくは100%の配列同一性を備えた配列を含む、[13]また
は[14]に記載の方法。
[16]
ASOは、
(a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
(b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
(c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
(d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
(e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
(f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
(g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
(h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
(i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
(j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
(k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
(l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
(m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
(n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
(o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
(p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
(q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
(r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
(s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
(t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
(u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
(v)SEQ ID NO 24874-25231のいずれか1つ、または
(w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つ
に対する、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の
配列同一性を備えた配列を含む、[13]から[15]のいずれか1つに記載の方法。
[17]
RIC mRNA前駆体は、
(a)SEQ ID NO 24、
(b)SEQ ID NO 25、
(c)SEQ ID NO 26、
(d)SEQ ID NO 27、もしくはSEQ ID NO 28、
(e)SEQ ID NO 29、
(f)SEQ ID NO 30、もしくはSEQ ID NO 31、
(g)SEQ ID NO 32、もしくはSEQ ID NO 33、
(h)SEQ ID NO 34、SEQ ID NO 35、SEQ ID NO 3
6、もしくはSEQ ID NO 37、
(i)SEQ ID NO 38、SEQ ID NO 39、もしくはSEQ ID
NO 40、
(j)SEQ ID NO 41、
(k)SEQ ID NO 42、SEQ ID NO 43、SEQ ID NO 4
4、SEQ ID NO 45、SEQ ID NO 46、SEQ ID NO 47
、SEQ ID NO 48、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO 50、
SEQ ID NO 51、もしくはSEQ ID NO 52、
(l)SEQ ID NO 53、
(m)SEQ ID NO 54、もしくはSEQ ID NO 55、
(n)SEQ ID NO 56、
(o)SEQ ID NO 57、またはSEQ ID NO 58、
(p)SEQ ID NO 59、
(q)SEQ ID NO 60、もしくはSEQ ID NO 61、
(r)SEQ ID NO 62、
(s)SEQ ID NO 63、もしくはSEQ ID NO 64、
(t)SEQ ID NO 65、SEQ ID NO 66、SEQ ID NO 6
7、SEQ ID NO 68、SEQ ID NO 69、SEQ ID NO 70
、SEQ ID NO 71、SEQ ID NO 72、SEQ ID NO 73、
SEQ ID NO 74、SEQ ID NO 75、SEQ ID NO 76、S
EQ ID NO 77、SEQ ID NO 78、SEQ ID NO 79、もし
くはSEQ ID NO 80、
(u)SEQ ID NO 81、
(v)SEQ ID NO 82、または、
(w)SEQ ID NO 83
に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
配列同一性を備えた配列を含む、[13]から[16]のいずれか1つに記載の方法。
[18]
RIC mRNA前駆体は、
(a)SEQ ID NO 1、
(b)SEQ ID NO 2、
(c)SEQ ID NO 3、
(d)SEQ ID NO 4、
(e)SEQ ID NO 5、
(f)SEQ ID NO 6、
(g)SEQ ID NO 7、
(h)SEQ ID NO 8、
(i)SEQ ID NO 9、
(j)SEQ ID NO 10、
(k)SEQ ID NO 11、
(l)SEQ ID NO 12、
(m)SEQ ID NO 13、
(n)SEQ ID NO 14、
(o)SEQ ID NO 15、
(p)SEQ ID NO 16、
(q)SEQ ID NO 17、
(r)SEQ ID NO 18、
(s)SEQ ID NO 19、
(t)SEQ ID NO 20、
(u)SEQ ID NO 21、
(v)SEQ ID NO 22、
(w)SEQ ID NO 23
に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
配列同一性を備えた遺伝子配列によりコードされる、[13]から[17]のいずれか1
つに記載の方法。
[19]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する+6から+100の領域
内;または
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16から-100の領

内の保持されたイントロンにある、[1]から[18]のいずれか1つに記載の方法。
[20]
アンチセンスオリゴマーが、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス
部位の約100ヌクレオチド下流から、少なくとも1つの保持されたイントロンの3’ス
プライス部位の約100ヌクレオチド上流の領域内にある、RIC mRNA前駆体の一
部を標的とする、[1]から[18]のいずれか1つに記載の組成物。
[21]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、(a)保持されたイントロンの5’スプライス
部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4eの領域内;
または(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンにお
ける+2eから-4eの領域内にある、[1]から[18]のいずれか1つに記載の方法

[22]
アンチセンスオリゴマーは、機能的RNAまたは標的タンパク質をコードする遺伝子か
ら転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質または機能的RNAの量を増加させない、[1]から[20]のいずれか1つに記載
の方法。
[23]
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子の
変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより、標的タンパク質ま
たは機能的RNAの量を増加させない、[1]から[22]のいずれか1つに記載の方法

[24]
RIC mRNA前駆体は、全長mRNA前駆体の部分的スプライシングまたは野生型
mRNA前駆体の部分的スプライシングによって産生された、[1]から[23]のいず
れか1つに記載の方法。
[25]
標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAは、全長成熟mRNAまたは
野生型成熟mRNAである、[1]から[24]のいずれか1つに記載の方法。
[26]
産生される標的タンパク質は全長タンパク質または野生型タンパク質である、[1]か
ら[25]のいずれか1つに記載の方法。
[27]
アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞内で産生された標的タンパク質または機
能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細胞内で産生された標的タンパク質また
は機能的RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1倍から約10倍、約1
.5倍から約10倍、約2倍から約10倍、約3倍から約10倍、約4倍から約10倍、
約1.1倍から約5倍、約1.1倍から約6倍、約1.1倍から約7倍、約1.1倍から
約8倍、約1.1倍から約9倍、約2倍から約5倍、約2倍から約6倍、約2倍から約7
倍、約2倍から約8倍、約2倍から約9倍、約3倍から約6倍、約3倍から約7倍、約3
倍から約8倍、約3倍から約9倍、約4倍から約7倍、約4倍から約8倍、約4倍から約
9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約
2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも4倍、少なくとも約5
倍、または少なくとも約10倍増加する、[1]から[26]のいずれか1つに記載の方
法。
[28]
アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞によって産生された標的タンパク質の総
量は、対照細胞内で産生された標的タンパク質の総量と比較して、約1.1倍から約10
倍、約1.5倍から約10倍、約2倍から約10倍、約3倍から約10倍、約4倍から約
10倍、約1.1倍から約5倍、約1.1倍から約6倍、約1.1倍から約7倍、約1.
1倍から約8倍、約1.1倍から約9倍、約2倍から約5倍、約2倍から約6倍、約2倍
から約7倍、約2倍から約8倍、約2倍から約9倍、約3倍から約6倍、約3倍から約7
倍、約3倍から約8倍、約3倍から約9倍、約4倍から約7倍、約4倍から約8倍、約4
倍から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少な
くとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも4倍、少なく
とも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、[1]から[27]のいずれか1つに
記載の方法。
[29]
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
を含む骨格修飾を含む、[1]から[28]のいずれか1つに記載の方法。
[30]
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチ
ド核酸、2’-Oメチル部分、2’-フルオロ部分、または2’-O-メトキシエチル部
分を含む、[1]から[29]のいずれか1つに記載の方法。
[31]
アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの修飾された糖部を含む、[1]から[3
0]のいずれか1つに記載の方法。
[32]
各糖部は修飾された糖部である、[31]のいずれか1つに記載の方法。
[33]
アンチセンスオリゴマーは、8から50の核酸塩基、8から40の核酸塩基、8から3
5の核酸塩基、8から30の核酸塩基、8から25の核酸塩基、8から20の核酸塩基、
8から15の核酸塩基、9から50の核酸塩基、9から40の核酸塩基、9から35の核
酸塩基、9から30の核酸塩基、9から25の核酸塩基、9から20の核酸塩基、9から
15の核酸塩基、10から50の核酸塩基、10から40の核酸塩基、10から35の核
酸塩基、10から30の核酸塩基、10から25の核酸塩基、10から20の核酸塩基、
10から15の核酸塩基、11から50の核酸塩基、11から40の核酸塩基、11から
35の核酸塩基、11から30の核酸塩基、11から25の核酸塩基、11から20の核
酸塩基、11から15の核酸塩基、12から50の核酸塩基、12から40の核酸塩基、
12から35の核酸塩基、12から30の核酸塩基、12から25の核酸塩基、12から
20の核酸塩基、または12から15の核酸塩基から成る、[1]から[32]のいずれ
か1つに記載の方法。
[34]
アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部
分に、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少
なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、[1]から[33]
のいずれか1つに記載の方法。
[35]
細胞は、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC
mRNA前駆体の集団を含み、ここでRIC mRNA前駆体の集団は、2つ以上の保
持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団
において最も豊富な保持されたイントロンに結合する、[1]から[34]のいずれか1
つに記載の方法。
[36]
最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タン
パク質または機能的RNAをコードするmRNAを産生するために、RIC mRNA前
駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンからのスプライシングアウトを誘発す
る、[35]に記載の方法。
[37]
細胞は、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC
mRNA前駆体の集団を含み、ここでRIC mRNA前駆体の集団は、2つ以上の保
持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団
において2番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、[1]から[34]のいずれ
か1つに記載の方法。
[38]
2番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的
タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAを産生するために、RIC mRN
A前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンからのスプライシングアウトを誘
発する、[37]に記載の方法。
[39]
疾病は疾患また障害である、[6]から[38]のいずれか1つに記載の方法。
[40]
疾患または障害は、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼
底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全
-1、両側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、
網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2
、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー
-3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバー
先天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロ
フィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レー
バー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1
)の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性
症44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー
-シャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群である、[
39]に記載の方法。
[41]
標的タンパク質およびRIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAの遺伝子によ
ってコードされる、[40]に記載の方法。
[42]
タンパク質の発現を評価する工程をさらに含む、[1]から[41]のいずれか1つに
記載の方法。
[43]
アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部
分へ結合する、[1]から[42]のいずれか1つに記載の方法。
[44]
被験体はヒトである、[1]から[43]のいずれか1つに記載の方法。
[45]
被験体はヒト以外の動物である、[1]から[43]のいずれか1つに記載の方法。
[46]
被験体は胎児、胚、または小児である、[1]から[44]のいずれか1つに記載の方
法。
[47]
細胞はエスクビボにある、[1]から[45]のいずれか1つに記載の方法。
[48]
アンチセンスオリゴマーは、被験体の硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹
腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与される、[1]から[
45]のいずれか1つに記載の方法。
[49]
5’スプライス部位に隣接しているエクソンの-3eから-1eおよび保持されたイン
トロンの+1から+6における9つのヌクレオチドは、対応する野生型配列と同一である
、[1]から[48]のいずれか1つに記載の方法。
[50]
保持されたイントロンの-15から-1および3’スプライス部位に隣接しているエク
ソンの+1eにおける16のヌクレオチドは、対応する野生型配列と同一である、[1]
から[49]のいずれか1つに記載の方法。
[51]
[1]から[50]のいずれか1つの方法で使用される、アンチセンスオリゴマー。
[52]
SEQ ID NO 84-26[654]のいずれか1つに対して、少なくとも約8
0%、85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含
む、アンチセンスオリゴマー。
[53]
[51]または[52]のアンチセンスオリゴマーおよび賦形剤を含む、医薬組成物。
[54]
硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、ま
たは静脈内注射によって[53]の医薬組成物を投与することにより、それらを必要とし
ている被験体を処置する方法。
[55]
不足しているタンパク質または不足している機能的RNAに関連する、処置を必要とし
ている被験体における、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状
眼底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不
全-1、両側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7
、網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-
2、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィ
ー-3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバ
ー先天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジスト
ロフィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レ
ーバー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD
1)の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変
性症44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラ
ー-シャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群を処置す
るための細胞により、標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させる方法で使用
されるためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、ここで、不足しているタン
パク質または不足している機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足してお
り、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードす
る、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の構成的のス
プライシングを増強し、ここで、標的タンパク質は:
(a)不足しているタンパク質;または
(b)被験体において不足しているタンパク質を機能的に増強または交換する、補償タ
ンパク質であり、
ここで、機能的RNAは:
(a)不足しているRNA;または
(b)被験体において不足している機能的RNAを機能的に増強または交換する、補償
する機能的RNAであり、
ここで、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接
しているエクソン、および3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持され
たイントロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆
体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能的
RNAの産生または活性を増加させる、組成物。
[56]
処置を必要とする被験体におけるROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのタンパク質に関連する疾病を
処置する方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、該方法は、被
験体の細胞によって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
A3、ALMS1、PER1またはIDUAのタンパク質の発現を増加させる工程を含み
、ここで、細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位
に隣接するエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソンを
含む保持されたイントロン含有mRNA前駆体を有し、およびRIC mRNA前駆体は
、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1またはIDUAのタンパク質をコードし、該方法は、細胞をアンチセンスオリゴ
マーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンは、ROM1、T
EAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYO
C、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65
、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1または
IDUAのタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の転写産物から構成的にスプ
ライシングされ、それにより標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAの
レベルを増加させる工程と、被験体の細胞においてROM1、TEAD1、RDH5、N
R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質
の発現を増加させる工程を含む、組成物。
[57]
標的タンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
A3、ALMS1、PER1、またはIDUAである、[56]に記載の組成物。
[58]
疾病は疾患また障害である、[56]または[57]に記載の組成物。
[59]
疾患または障害は、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼
底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全
-1、両側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、
網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2
、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー
-3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバー
先天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロ
フィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レー
バー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1
)の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性
症44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー
-シャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群である、[
58]に記載の組成物。
[60]
標的タンパク質およびRIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5、
NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAの遺伝子によ
ってコードされる、[59]に記載の組成物。
[61]
アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する+6
から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16の領域内の保持されたイ
ントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、[55]から[60]のい
ずれか1つに記載の組成物。
[62]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
対する+69から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-79の領域内の
保持されたイントロンにある、[55]から[60]のいずれか1つに記載の組成物。
[63]
標的タンパク質は、(a)ABCA4、(b)RPE65、(c)MYOC、(d)C
NGA3、(e)MFSD8、(f)IDUA、(g)LRAT、(h)OPTN、(i
)RGR、(j)TEAD1、(k)PAX6、(l)ROM1、(m)RDH5、(n
)RDH12、(o)NR2E3、(p)RLBP1、(q)CTNS、(r)PER1
、(s)FSCN2、(t)TCF4、(u)RDH8、(v)NXNL1、または(w
)CRXである、[55]から[62]のいずれか1つに記載の組成物。
[64]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
(b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
(c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
(d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
(e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
(f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
(g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
(h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
(i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
(j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
(k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
(l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
(m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
(n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
(o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
(p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
(q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
(r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
(s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
(t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
(u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
(v)SEQ ID NO 24874-25231のいずれか1つ、または
(w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つに
少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的な配列を
含む、[63]に記載の組成物。
[65]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a) SEQ ID NO 26674、SEQ ID NO 26706、SEQ
ID NO 26656、SEQ ID NO 26681、もしくはSEQ ID N
O 26664、
(b)SEQ ID NO 26691、もしくはSEQ ID NO 26671、
(c)SEQ ID NO 26669、もしくはSEQ ID NO 26696、
(d)SEQ ID NO 26711、
(e)SEQ ID NO 26703、もしくはSEQ ID NO 26708、
(f) SEQ ID NO 26668、SEQ ID NO 26679、SEQ
ID NO 26700、SEQ ID NO 26655、もしくはSEQ ID N
O 26663、
(g)SEQ ID NO 26685、
(h)SEQ ID NO 26714、
(i)SEQ ID NO 26657、SEQ ID NO 26687、もしくはS
EQ ID NO 26683、
(j)SEQ ID NO 26672、
(k)SEQ ID NO 26697、SEQ ID NO 26677、SEQ I
D NO 26707、SEQ ID NO 26678、SEQ ID NO 267
13、SEQ ID NO 26694、もしくはSEQ ID NO 26659、
(l)SEQ ID NO 26665、
(m)SEQ ID NO 26704、SEQ ID NO 26666、SEQ I
D NO 26709、もしくはSEQ ID NO 26684、
(n)SEQ ID NO 26693、
(o)SEQ ID NO 26702、SEQ ID NO 26660、SEQ I
D NO 26705、SEQ ID NO 26698、SEQ ID NO 266
58、SEQ ID NO 26676、SEQ ID NO 26712、もしくはS
EQ ID NO 26701、
(p)SEQ ID NO 26673、もしくはSEQ ID NO 26667、
(q)SEQ ID NO 26690、もしくはSEQ ID NO 26692、
(r)SEQ ID NO 26682、もしくはSEQ ID NO 26710、
(s)SEQ ID NO 26670、SEQ ID NO 26662、もしくはS
EQ ID NO 26661、
(t)SEQ ID NO 26688、もしくはSEQ ID NO 26689、
(u)SEQ ID NO 26680、
(v)SEQ ID NO 26699、もしくは、
(w)SEQ ID NO 26695、もしくはSEQ ID NO 26686
の少なくとも8つの近接する核酸を含む領域に対して、少なくとも80%、85%、90
%、95%、97%、もしくは100%の配列同一性を備えた配列を含む、[63]また
は[64]に記載の組成物。
[66]
ASOは、
(a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
(b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
(c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
(d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
(e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
(f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
(g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
(h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
(i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
(j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
(k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
(l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
(m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
(n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
(o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
(p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
(q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
(r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
(s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
(t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
(u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
(v)SEQ ID NO 24874 -25231のいずれか1つ、または
(w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つ
に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
配列同一性を備えた配列を含む、[63]から[65]のいずれか1つに記載の組成物。
[67]
RIC mRNA前駆体は、
(a)SEQ ID NO 24、
(b)SEQ ID NO 25、
(c)SEQ ID NO 26、
(d)SEQ ID NO 27、もしくはSEQ ID NO 28、
(e)SEQ ID NO 29、
(f)SEQ ID NO 30、もしくはSEQ ID NO 31、
(g)SEQ ID NO 32、もしくはSEQ ID NO 33、
(h)SEQ ID NO 34、SEQ ID NO 35、SEQ ID NO 3
6、もしくはSEQ ID NO 37、
(i)SEQ ID NO 38、SEQ ID NO 39、もしくはSEQ ID
NO 40、
(j)SEQ ID NO 41、
(k)SEQ ID NO 42、SEQ ID NO 43、SEQ ID NO 4
4、SEQ ID NO 45、SEQ ID NO 46、SEQ ID NO 47
、SEQ ID NO 48、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO 50、
SEQ ID NO 51,もしくはSEQ ID NO 52、
(l)SEQ ID NO 53、
(m)SEQ ID NO 54、もしくはSEQ ID NO 55、
(n)SEQ ID NO 56、
(o)SEQ ID NO 57、またはSEQ ID NO 58、
(p)SEQ ID NO 59、
(q)SEQ ID NO 60、もしくはSEQ ID NO 61、
(r)SEQ ID NO 62、
(s)SEQ ID NO 63、もしくはSEQ ID NO 64、
(t)SEQ ID NO 65、SEQ ID NO 66、SEQ ID NO 6
7、SEQ ID NO 68、SEQ ID NO 69、SEQ ID NO 70
、SEQ ID NO 71、SEQ ID NO 72、SEQ ID NO 73、
SEQ ID NO 74、SEQ ID NO 75、SEQ ID NO 76、S
EQ ID NO 77、SEQ ID NO 78、SEQ ID NO 79、もし
くはSEQ ID NO 80、
(u)SEQ ID NO 81、
(v)SEQ ID NO 82、または、
(w)SEQ ID NO 83
に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
配列同一性を備えた配列を含む、[63]から[66]のいずれか1つに記載の組成物。
[68]
RIC mRNA前駆体は、
(a)SEQ ID NO 1、
(b)SEQ ID NO 2、
(c)SEQ ID NO 3、
(d)SEQ ID NO 4、
(e)SEQ ID NO 5、
(f)SEQ ID NO 6、
(g)SEQ ID NO 7、
(h)SEQ ID NO 8、
(i)SEQ ID NO 9、
(j)SEQ ID NO 10、
(k)SEQ ID NO 11、
(l)SEQ ID NO 12、
(m)SEQ ID NO 13、
(n)SEQ ID NO 14、
(o)SEQ ID NO 15、
(p)SEQ ID NO 16、
(q)SEQ ID NO 17、
(r)SEQ ID NO 18、
(s)SEQ ID NO 19、
(t)SEQ ID NO 20、
(u)SEQ ID NO 21、
(v)SEQ ID NO 22、
(w)SEQ ID NO 23
に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の
配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、[63]から[67]のいずれか
1つに記載の組成物。
[69]
アンチセンスオリゴマーは、(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対す
る+6から+100の領域内;
または(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16から-100
の領域内の保持されたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、[
55]から[68]のいずれか1つに記載の組成物。
[70]
アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス
部位の約100ヌクレオチド下流から少なくとも1つの保持されたイントロンの3’スプ
ライス部位の約100ヌクレオチド上流の領域内にあるRIC mRNA前駆体の一部を
標的とする、[55]から[68]のいずれか1つに記載の組成物。
[71]
RIC mRNA前駆体の標的部分は、(a)保持されたイントロンの5’スプライス
部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4eの領域内;
または(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンにお
ける+2eから-4eの領域内にある、[55]から[68]のいずれか1つに記載の組
成物。
[72]
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子か
ら転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク
質または機能的RNAの量を増加させない、[55]から[71]のいずれか1つに記載
の組成物。
[73]
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子の
変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質また
は機能的RNAの量を増加させない、[55]から[72]のいずれか1つに記載の組成
物。
[74]
RIC mRNA前駆体は、全長mRNA前駆体または野生型mRNA前駆体からの部
分的スプライシングによって産生された、[55]から[73]のいずれか1つに記載の
組成物。
[75]
標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAは、全長成熟mRNAまたは
野生型成熟mRNAである、[55]から[74]のいずれか1つに記載の組成物。
[76]
産生される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である、[55
]から[75]のいずれか1つに記載の組成物。
[77]
保持されたイントロンは律速イントロンである、[55]から[76]のいずれか1つ
に記載の組成物。
[78]
保持されたイントロンは、RIC mRNA前駆体において最も豊富な保持されたイン
トロンである、[55]から[77]のいずれか1つに記載の組成物。
[79]
保持されたイントロンは、RIC mRNA前駆体において2番目に豊富な保持された
イントロンである、[55]から[77]のいずれか1つに記載の組成物。
[80]
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
を含む骨格修飾を含む、[55]から[79]のいずれか1つに記載の組成物。
[81]
アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、[55]から[8
0]のいずれか1つに記載の組成物。
[82]
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチ
ド核酸、2’-O-メチル部分、2’-フルオロ部分、または2’-O-メトキシエチル
部分を含む、[55]から[81]のいずれか1つに記載の組成物。
[83]
アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、[55]から[8
2]のいずれか1つに記載の組成物。
[84]
各糖部は修飾された糖部である、[83]に記載の組成物。
[85]
アンチセンスオリゴマーは、8から50の核酸塩基、8から40の核酸塩基、8から3
5の核酸塩基、8から30の核酸塩基、8から25の核酸塩基、8から20の核酸塩基、
8から15の核酸塩基、9から50の核酸塩基、9から40の核酸塩基、9から35の核
酸塩基、9から30の核酸塩基、9から25の核酸塩基、9から20の核酸塩基、9から
15の核酸塩基、10から50の核酸塩基、10から40の核酸塩基、10から35の核
酸塩基、10から30の核酸塩基、10から25の核酸塩基、10から20の核酸塩基、
10から15の核酸塩基、11から50の核酸塩基、11から40の核酸塩基、11から
35の核酸塩基、11から30の核酸塩基、11から25の核酸塩基、11から20の核
酸塩基、11から15の核酸塩基、12から50の核酸塩基、12から40の核酸塩基、
12から35の核酸塩基、12から30の核酸塩基、12から25の核酸塩基、12から
20の核酸塩基、または12から15の核酸塩基から成る、[55]から[84]のいず
れか1つに記載の組成物。
[86]
アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部
分に、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少
なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、[55]から[85
]のいずれか1つに記載の組成物。
[87]
アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部
分へ結合する、[55]から[86]のいずれか1つに記載の組成物。
[88]
[55]から[87]の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を
含む、医薬組成物。
[89]
硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、ま
たは静脈内注射によって[88]の医薬組成物を投与することにより、必要としている被
験体を処置する方法。
[90]
医薬組成物であって、該医薬組成物は:不足しているROM1、TEAD1、RDH5
、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRN
Aの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、ここで
、該不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNAの転写産物は、保持されたイントロ
ンを含み、該アンチセンスオリゴマーは、不足しているROM1、TEAD1、RDH5
、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRN
Aの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセ
ンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形剤と、を含む、医薬組成物。
[91]
不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物である、[
90]に記載の医薬組成物。
[92]
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロ
ンの5’スプライス部位に対する+500から保持されたイントロンの3’スプライス部
位に対する-500の領域内の保持されたイントロンにある、[90]または[91]に
記載の医薬組成物。
[93]
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO
:1-[23]のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、
96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた遺伝子配列に
よってコードされる、[90]または[91]に記載の医薬組成物。
[94]
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO
:24-[83]のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%
、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む
、[90]または[91]に記載の医薬組成物。
[95]
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
を含む骨格修飾を含む、[90]に記載の医薬組成物。
[96]
アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、[90]に記載の
医薬化合物。
[97]
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチ
ド核酸、2’-O-メチル部分、2’-フルオ部分ロ、または2’-O-メトキシエチル
部分を含む、[90]に記載の医薬組成物。
[98]
アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、[90]に記載の
医薬組成物。
[99]
アンチセンスオリゴマーは、8から50の核酸塩基、8から40の核酸塩基、8から3
5の核酸塩基、8から30の核酸塩基、8から25の核酸塩基、8から20の核酸塩基、
8から15の核酸塩基、9から50の核酸塩基、9から40の核酸塩基、9から35の核
酸塩基、9から30の核酸塩基、9から25の核酸塩基、9から20の核酸塩基、9から
15の核酸塩基、10から50の核酸塩基、10から40の核酸塩基、10から35の核
酸塩基、10から30の核酸塩基、10から25の核酸塩基、10から20の核酸塩基、
10から15の核酸塩基、11から50の核酸塩基、11から40の核酸塩基、11から
35の核酸塩基、11から30の核酸塩基、11から25の核酸塩基、11から20の核
酸塩基、11から15の核酸塩基、12から50の核酸塩基、12から40の核酸塩基、
12から35の核酸塩基、12から30の核酸塩基、12から25の核酸塩基、12から
20の核酸塩基、または12から15の核酸塩基を含む、[90]に記載の医薬組成物。
[100]
アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写
産物の標的部分に、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくと
も95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、[90
]または[91]に記載の医薬組成物。
[101]
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、SEQ
ID NO:26655-26714から選択される配列内にある、[90]または[9
1]に記載の医薬組成物。
[102]
アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:84-26[654]のいずれか1
つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、
95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を
含む、[90]に記載の医薬組成物。
[103]
アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:84-26654から選択されるヌ
クレオチド配列を含む、[90]に記載の医薬組成物。
[104]
医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または
静脈内注射のために製剤される、[90]から[103]のいずれか1つに記載の医薬組
成物。
[105]
保持されたイントロンの除去を促進するために、不足しているROM1、TEAD1、
RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF
4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT
、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAの
mRNAの転写産物の処理を誘発し、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的形態
をコードする、完全に処理されたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
R、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのmRNAの転写産物を産生する
方法であって、該方法は:
(a)アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞と接触させる工程と;
(b)アンチセンスオリゴマーを、不足しているROM1、TEAD1、RDH5、N
R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのmRNAの転
写産物にハイブリダイズする工程であって、ここで、不足しているROM1、TEAD1
、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TC
F4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRA
T、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDU
AのmRNAの転写産物は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的形態をコード
可能であり、少なくとも1つの保持されたイントロンを含む、工程と;
(c)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2
、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、R
LBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALM
S1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的形態をコードする、完全に処理さ
れたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
、PER1またはIDUAのmRNAの転写産物を産生するために、不足しているROM
1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
またはIDUAのmRNAの転写産物から少なくとも1つの保持されたイントロンを取り
除く工程と;
(d)完全に処理されたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
NGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのmRNAの転写産物から、ROM1、
TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MY
OC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE6
5、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、ま
たはIDUAのタンパク質の機能的形態を翻訳する工程と;
を含む、方法。
[106]
保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、[105]に記載の方法。
[107]
不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNAの転写産物は、ROM1、TEAD1
、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TC
F4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRA
T、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDU
AのRIC mRNA前駆体の転写産物である、[105]または[106]に記載の方
法。
[108]
ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
PER1、またはIDUAタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病
を抱える被験体を処置する方法であって、該方法は、SEQ ID NO:84-26[
654]のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、91%、92
%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を備
えるヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを、被験体へ投与する工程を含む、
方法。
<実施例>
本発明は、以下の実施例によってより具体的に例示されるだろう。しかしながら、本発
明がどんな方法でもこれらの実施例によって制限されていないことが理解されるべきであ
る。
実施例1:次世代配列決定を用いるRNAseqによるROM1、TEAD1、RDH5
、PAX6、FSCN2、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、OPTN、RL
BP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS
1、PER1、およびIDUA転写産物におけるイントロン保持事象の特定
イントロン保持事象を特定するための、ROM1、TEAD1、RDH5、PAX6、
FSCN2、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、OPTN、RLBP1、RP
E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
、およびIDUA遺伝子により産生される転写産物のスナップショットを明らかにするた
めに次世代配列決定を用いて全トランスクリプトームショットガン配列を実行した。この
ために、細胞の核および細胞質の分画からのpolyA+ RNAを、Illumina
のTruSeq Stranded mRNAライブラリPrepキットを用いて構築さ
れたcDNAライブラリから分離した。ARPE-19細胞または星状細胞がほとんどの
分析に使用され、(RDH8とRDH12についての)あるケースでは、ヒト網膜トラン
スクリプトームデータが使用された(Farkas, et al.,2013, “T
ranscriptome analyses of the human retin
a identify unprecedented transcript dive
rsity and 3.5 Mb of novel transcribed se
quence via significant alternative splic
ing and novel genes,” BMC Genomics 14:48
6、該文献は参照により本明細書に組み込まれる)。ライブラリを対末端配列決定(pa
ir-end sequenced)し、結果として、ヒトゲノムにマッピングされうる
100ヌクレオチドの読み取りをもたらした。マッピングされた読み取りは(UCSC
Genome Informatics Group (Center for Bi
omolecular Science & Engineering, Uni
versity of California, Santa Cruz, 115
6 High Street, Santa Cruz, CA 95064)
によって操作され、かつ、例えばRosenbloom, et al., 201
5,”The UCSC Genome Browser database: 20
15 update,”Nucleic Acids Research 43, D
atabase Issue doi: 10.1093/nar/gku1177
に記載された)UCSCのゲノムブラウザを使用して視覚化され、読み取りの範囲および
数はピーク信号によって推論される。ピークの高さは、特定の領域における読取密度によ
って与えられた発現のレベルを示している。ピークをエクソン領域およびイントロン領域
に一致させられるように、(読み取りシグナルの下に)UCSCゲノムブラウザによって
P遺伝子の模式図(縮尺通りに描かれている)が提供される。このディスプレイに基づい
て、細胞の核分画においては高い読取密度を有するが、細胞質分画においては読み取りが
非常に低いかまったく無いイントロンを特定した。これは、これらのイントロンが保持さ
れたこと、および、イントロンを含む転写産物が核内に残っていることを示し、かつ、こ
の保持されたRIC mRNA前駆体が、細胞質に排出されないので、非生産的であるこ
とを示唆している。
実施例2:次世代配列決定を用いたRNAseqによるCRX、ABCA4、MYOC、
およびNXNL1転写産物のイントロン保持事象の特定
イントロン保持事象を特定するために本明細書で記載されたCRX、ABCA4、MY
OC、およびNXNL1遺伝子によって生成された転写産物のスナップショットを明らか
にするために、次世代配列決定を使用して、全トランスクリプトームのショットガン配列
決定を実行した。このために、THLE-3(ヒト肝上皮)細胞の核および細胞質の分画
からのpolyA+ RNAを分離し、IlluminaのTruSeq Strand
ed mRNAライブラリPrepキットを用いてcDNAライブラリを構築した。ライ
ブラリは対末端配列形成され、ヒトゲノムにマッピングされた100ヌクレオチドの読み
取りをもたらす。マッピングされた読み取りは(UCSC Genome Inform
atics Group (Center for Biomolecular Sci
ence & Engineering, University of Califo
rnia, Santa Cruz,1156 High Street,Santa
Cruz, CA 95064)によって操作され、かつ、例えばRosenbloom
, et al.,2015,”The UCSC Genome Browser d
atabase: 2015 update,”Nucleic Acids Rese
arch 43, Database Issue doi: 10.1093/nar
/gku1177に記載された)UCSCのゲノムブラウザを使用して視覚化され、読み
取りの範囲および数はピーク信号によって推論される。ピークの高さは、特定の領域にお
ける読取密度によって与えられた発現のレベルを示している。ピークをエクソン領域およ
びイントロン領域に一致させられるように、UCSCゲノムブラウザによって遺伝子の模
式図が提供される。このディスプレイに基づいて、THLE-3細胞の核分画においては
高い読取密度を有するが、これらの細胞の細胞質分画においては読み取りが非常に低いか
まったく無いイントロンを特定した。これは、これらのイントロンが保持されたこと、お
よび、イントロン含有転写産物が核内に残っていることを示し、かつ、この保持されたR
IC mRNA前駆体が細胞質に排出されないので、非生産的であることを示唆している
実施例3:ASOウォーク標的化の設計
ASOウォークは、本明細書に記述された方法を使用して、保持されたイントロンを標
的とするように設計された。例えばヌクレオチド+6から+69に及ぶイントロン5’ス
プライス部位のすぐ下流の領域と、例えばイントロンのヌクレオチド-16から-79に
及ぶイントロン3’スプライス部位すぐ上流の領域とが、2’-O-Me RNA、PS
骨格、5ヌクレオチド間隔でシフトした18mer ASOで標的とされた。表1は、設
計された例示的なASOおよびそれらの標的配列を列挙する。
Figure 2022046724000002
Figure 2022046724000003
Figure 2022046724000004
Figure 2022046724000005
Figure 2022046724000006
Figure 2022046724000007
Figure 2022046724000008
Figure 2022046724000009
実施例4:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率はF
SCN2転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行される。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fish
er)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32(
deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-d
elta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモック(mock)に対する
平均倍率変化をプロットする(図4、図6および図7)。標的遺伝子発現を増加させるい
くつかのASOが特定され、図4、図6および図7に示されるように、その標的イントロ
ンでのスプライシングの増加が示唆された。標的イントロンの保持を確認する全トランス
クリプトームデータ(図3および図5)と共に、これらの結果は、ASOが律速イントロ
ンのスプライシング効率を改善し得ることを確認する。
実施例5:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率はM
FSD8転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行される。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fis
her)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32
(deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-
delta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモック(mock)に対す
る平均倍率変化をプロットする(図10)。標的遺伝子発現を増加させるいくつかのAS
Oが特定され、図10に示されるように、その標的イントロンでのスプライシングの増加
が示唆された。標的イントロンの保持を確認する全トランスクリプトームデータ(図8お
よび図9)と共に、これらの結果は、ASOが律速イントロンのスプライシング効率を改
善し得ることを確認する。
実施例6:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率はO
PTN転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行される。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fis
her)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32
(deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-
delta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモック(mock)に対す
る平均倍率変化をプロットする(図12)。標的遺伝子発現を増加させるいくつかのAS
Oが特定され、図12に示されるように、その標的イントロンでのスプライシングの増加
が示唆された。標的イントロンの保持を確認する全トランスクリプトームデータ(図11
)と共に、これらの結果は、ASOが律速イントロンのスプライシング効率を改善し得る
ことを確認する。
実施例7:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率はR
DH5転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行される。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fis
her)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32
(deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-
delta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモック(mock)に対す
る平均倍率変化をプロットする(図14)。標的遺伝子発現を増加させるいくつかのAS
Oが特定され、図14に示されるように、その標的イントロンでのスプライシングの増加
が示唆された。標的イントロンの保持を確認する全トランスクリプトームデータ(図13
および図15)と共に、これらの結果は、ASOが律速イントロンのスプライシング効率
を改善し得ることを確認する。
実施例8:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率はR
LBP1転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行される。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fis
her)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32
(deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-
delta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモック(mock)に対す
る平均倍率変化をプロットする(図17)。標的遺伝子発現を増加させるいくつかのAS
Oが特定され、図17に示されるように、その標的イントロンでのスプライシングの増加
が示唆された。標的イントロンの保持を確認する全トランスクリプトームデータ(図16
)と共に、これらの結果は、ASOが律速イントロンのスプライシング効率を改善し得る
ことを確認する。
実施例9:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率はA
BCA4転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行される。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fis
her)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32
(deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-
delta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモック(mock)に対す
る平均倍率変化をプロットする(図29および図32)。標的遺伝子発現を増加させるい
くつかのASOが特定され、図29および図32に示されるように、その標的イントロン
でのスプライシングの増加が示唆された。これらの結果は、ASOが律速イントロンのス
プライシング効率を改善しうることを確認する。
実施例10:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率は
IDUA転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行された。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fis
her)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32
(deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-
delta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモック(mock)に対す
る平均倍率変化をプロットする(図36)。標的遺伝子発現を増加させるいくつかのAS
Oが特定され、図36に示されるように、その標的イントロンでのスプライシングの増加
が示唆された。標的イントロンの保持を確認する全体のトランスクリプトームデータ(図
35、図37、図38、図39および図40)とともに、これらの結果は、ASOが律速
イントロンのスプライシング効率を改善しうることを確認する。
実施例11:保持されたイントロンのASO標的化による改善したスプライシング効率は
CTNS転写レベルを増加させる
ASOを用いた標的遺伝子イントロンスプライシング効率の増加を判定するために、本
明細書に記述された方法を使用した。ARPE-19細胞、すなわちヒトの網膜上皮細胞
株(American Type Culture Collection (ATCC
),USA)を偽トランスフェクトし、または表1に記載の標的化ASOでトランスフェ
クトした。細胞を、供給元の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiM
axトランスフェクション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェク
トする。簡潔に述べると、ASOを96ウェル組織培養プレートに播種し、Opti-M
EMで希釈したRNAiMaxと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全
培地に再懸濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加える
。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なAS
O濃度は80nMであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6
時間後に交換し、細胞をCells-to-Ct溶解試薬を用い、DNAse(Ther
mo Fisher)で試薬を補充し、24時間で採取する。供給元の仕様書に従い、c
DNAをCells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成され
る。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、対応するエクソン-
エクソンジャンクション(Thermo Fisher)に及ぶプローブでTaqman
アッセイを用いて、定量PCRが実行される。Taqmanアッセイは、QuantSt
udio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo Fis
her)上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、RPL32
(deltaCt)およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル(delta-
delta Ct)に対して正規化し、モック定量(2 ^-(delta-delta
Ct)に対して倍率変化を生成する。3つのプレート複製のモックの平均倍率変化がプ
ロットされる(図43)。いくつかのASOが標的遺伝子の発現を増加させると特定され
、図43に示されるように、標的イントロンにおけるスプライシングの増加が示された。
標的イントロン(図41および図42)の保持を確認する全トランスクリプトームデータ
と共に、これらの結果は、ASOが律速イントロンのスプライシング効率を改善し得るこ
とを確認する。

Claims (108)

  1. 被験体の細胞により標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させることによっ
    て、必要としている被験体の眼疾患を処置する方法であって、該細胞は、保持されたイン
    トロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、該RIC mRNA前駆体
    は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソン、および3’ス
    プライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、RIC mRNA前駆体は、標的
    タンパク質または機能的RNAをコードし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質
    または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセ
    ンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロ
    ンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体から構成
    的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的
    RNAをコードするmRNAのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能的RNAの
    発現を増加させる、方法。
  2. 眼疾患は、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼底、網膜
    色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全-1、両
    側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、網膜色素
    変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2、錐体杆
    体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー-3、中
    央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバー先天黒内
    障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロフィー、
    白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レーバー先天
    黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1)の遅い
    クリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性症44、
    色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー-シャイ
    エ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群である、請求項1に
    記載の方法。
  3. 標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、ここで、該標的タンパク質は、保持
    されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有する細胞によって
    ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABC
    A4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1
    、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、P
    ER1、またはIDUAのスプライシング効率を改善し、ROM1、TEAD1、RDH
    5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、M
    FSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RD
    H8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの発現
    であり、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5
    ’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣
    接するエクソンを含み、該RIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5
    、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
    SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
    8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク
    質のスプライシング効率を改善することによって、ROM1、TEAD1、RDH5、N
    R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
    8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
    RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの発現をコー
    ドし、該方法は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
    SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
    TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
    、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質のスプライシング効率を改善するこ
    とによって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSC
    N2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN
    、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、A
    LMS1、PER1、またはIDUAの発現をコードするRIC mRNA前駆体の標的
    部分へ相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と、細胞とを接触させ、それによって
    、保持されたイントロンは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
    CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
    L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
    CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質のスプライシング効率の
    改善によって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
    CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
    N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
    ALMS1、PER1、またはIDUA発現をコードするRIC mRNA前駆体から構
    成的にスプライシングされ、それにより、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3
    、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CT
    NS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH1
    2、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質をコードす
    るmRNAのレベルを増加させる工程と、細胞において、ROM1、TEAD1、RDH
    5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、M
    FSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RD
    H8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパ
    ク質のスプライシング効率を改善することによって、ROM1、TEAD1、RDH5、
    NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
    D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
    、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAの発現を増
    加させる工程と、を含み、ここで、標的タンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH5
    、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
    SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
    8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAである、
    方法。
  4. 標的タンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
    、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
    OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
    A3、ALMS1、PER1、またはIDUAである、請求項1または2に記載の方法。
  5. 標的タンパク質または機能的RNAは、被験体において量または活性が不足している標
    的タンパク質または機能的RNAを機能的に増強または交換する、補償タンパク質または
    補償する機能的RNAである、請求項1または2に記載の方法。
  6. 細胞は、不足した量または活性のROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
    X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
    NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
    GR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAタンパク質によって引き起こ
    された疾病を有する被験体内にある、またはその被験体由来である、請求項3に記載の方
    法。
  7. 標的タンパク質の量の不足は標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここ
    で被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第1の対立遺伝子、および標的タンパ
    ク質が産生されない第2の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第
    2の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子から転写されたR
    IC mRNA前駆体の標的部分に結合する、請求項1から6のいずれか1つに記載の方
    法。
  8. 被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた
    疾病を有し、ここで被験体は、
    (a)第1の変異対立遺伝子であって、そこから、
    (i)標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの産生と比較して低下したレベルで産
    生されるか、
    (ii)標的タンパク質が同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する
    形態で産生されるか、または
    (iii)標的タンパク質が産生されない、第1の変異対立遺伝子と、
    (b)第2の変異対立遺伝子であって、そこから、
    (i)標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの産生と比較して低下したレベルで産
    生されるか、
    (ii)標的タンパク質が同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する
    形態で産生されるか、または
    (iii)標的タンパク質が産生されない、第2の変異対立遺伝子と、を有し、
    ここで、被験体は、第1の変異対立遺伝子(a)(iii)を有するとき、第2の変異対
    立遺伝子は(b)(i)または(b)(ii)であり、かつ被験体が第2の変異対立遺伝
    子(b)(iii)を有するとき、第1の変異対立遺伝子は(a)(i)あるいは(a)
    (ii)であり、およびここで、RIC mRNA前駆体は、(a)(i)もしくは(a
    )(ii)である第1の変異対立遺伝子から、および/または(b)(i)もしくは(b
    )(ii)である第2の変異対立遺伝子から転写される、請求項1から6のいずれか1つ
    に記載の方法。
  9. 標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形態で産生され
    る、請求項8に記載の方法。
  10. 標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して完全に機能的である形態で産生
    される、請求項8に記載の方法。
  11. RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
    対する+6から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16の領域内の保
    持されたイントロンにある、請求項1から10のいずれか1つに記載の方法。
  12. RIC mRNA前駆体の標的部分が、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
    対する+69から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-79の領域内の
    保持されたイントロンにある、請求項1から10のいずれか1つに記載の方法。
  13. 標的タンパク質は、(a)ABCA4、(b)RPE65、(c)MYOC、(d)C
    NGA3、(e)MFSD8、(f)IDUA、(g)LRAT、(h)OPTN、(i
    )RGR、(j)TEAD1、(k)PAX6、(l)ROM1、(m)RDH5、(n
    )RDH12、(o)NR2E3、(p)RLBP1、(q)CTNS、(r)PER1
    、(s)FSCN2、(t)TCF4、(u)RDH8、(v)NXNL1、または(w
    )CRXである、請求項1から12のいずれか1つに記載の方法。
  14. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
    (b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
    (c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
    (d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
    (e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
    (f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
    (g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
    (h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
    (i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
    (j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
    (k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
    (l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
    (m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
    (n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
    (o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
    (p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
    (q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
    (r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
    (s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
    (t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
    (u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
    (v)SEQ ID NO 24874-25231のいずれか1つ、または
    (w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つに、
    少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的な配列を
    含む、請求項13に記載の方法。
  15. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a)SEQ ID NO 26674、SEQ ID NO 26706、SEQ ID NO
    26656、SEQ ID NO 26681、もしくはSEQ ID NO 26664、
    (b)SEQ ID NO 26691、もしくはSEQ ID NO 26671、
    (c)SEQ ID NO 26669、もしくはSEQ ID NO 26696、
    (d)SEQ ID NO 26711、
    (e)SEQ ID NO 26703、もしくはSEQ ID NO 26708、
    (f) SEQ ID NO 26668、SEQ ID NO 26679、SEQ ID N
    O 26700、SEQ ID NO 26655、もしくはSEQ ID NO 26663

    (g)SEQ ID NO 26685、
    (h)SEQ ID NO 26714、
    (i)SEQ ID NO 26657、SEQ ID NO 26687、もしくはSEQ
    ID NO 26683、
    (j)SEQ ID NO 26672、
    (k)SEQ ID NO 26697、SEQ ID NO 26677、SEQ ID NO
    26707、SEQ ID NO 26678、SEQ ID NO 26713、SEQ I
    D NO 26694、もしくはSEQ ID NO 26659、
    (l)SEQ ID NO 26665、
    (m)SEQ ID NO 26704、SEQ ID NO 26666、SEQ ID NO
    26709、もしくはSEQ ID NO 26684、
    (n)SEQ ID NO 26693、
    (o)SEQ ID NO 26702、SEQ ID NO 26660、SEQ ID NO
    26705、SEQ ID NO 26698、SEQ ID NO 26658、SEQ I
    D NO 26676、SEQ ID NO 26712、もしくはSEQ ID NO 267
    01、
    (p)SEQ ID NO 26673、もしくはSEQ ID NO 26667、
    (q)SEQ ID NO 26690、もしくはSEQ ID NO 26692、
    (r)SEQ ID NO 26682、もしくはSEQ ID NO 26710、
    (s)SEQ ID NO 26670、SEQ ID NO 26662、もしくはSEQ
    ID NO 26661、
    (t)SEQ ID NO 26688、もしくはSEQ ID NO 26689、
    (u)SEQ ID NO 26680、
    (v)SEQ ID NO 26699、もしくは、
    (w)SEQ ID NO 26695、もしくはSEQ ID NO 26686
    の少なくとも8つの近接する核酸を含む領域に対して、少なくとも80%、85%、90
    %、95%、97%、もしくは100%の配列同一性を備えた配列を含む、請求項13ま
    たは14に記載の方法。
  16. ASOは、
    (a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
    (b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
    (c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
    (d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
    (e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
    (f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
    (g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
    (h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
    (i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
    (j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
    (k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
    (l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
    (m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
    (n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
    (o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
    (p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
    (q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
    (r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
    (s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
    (t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
    (u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
    (v)SEQ ID NO 24874-25231のいずれか1つ、または
    (w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つ
    に対する、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の
    配列同一性を備えた配列を含む、請求項13から15のいずれか1つに記載の方法。
  17. RIC mRNA前駆体は、
    (a)SEQ ID NO 24、
    (b)SEQ ID NO 25、
    (c)SEQ ID NO 26、
    (d)SEQ ID NO 27、もしくはSEQ ID NO 28、
    (e)SEQ ID NO 29、
    (f)SEQ ID NO 30、もしくはSEQ ID NO 31、
    (g)SEQ ID NO 32、もしくはSEQ ID NO 33、
    (h)SEQ ID NO 34、SEQ ID NO 35、SEQ ID NO 36、もし
    くはSEQ ID NO 37、
    (i)SEQ ID NO 38、SEQ ID NO 39、もしくはSEQ ID NO 4
    0、
    (j)SEQ ID NO 41、
    (k)SEQ ID NO 42、SEQ ID NO 43、SEQ ID NO 44、SE
    Q ID NO 45、SEQ ID NO 46、SEQ ID NO 47、SEQ ID N
    O 48、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO 50、SEQ ID NO 51、も
    しくはSEQ ID NO 52、
    (l)SEQ ID NO 53、
    (m)SEQ ID NO 54、もしくはSEQ ID NO 55、
    (n)SEQ ID NO 56、
    (o)SEQ ID NO 57、またはSEQ ID NO 58、
    (p)SEQ ID NO 59、
    (q)SEQ ID NO 60、もしくはSEQ ID NO 61、
    (r)SEQ ID NO 62、
    (s)SEQ ID NO 63、もしくはSEQ ID NO 64、
    (t)SEQ ID NO 65、SEQ ID NO 66、SEQ ID NO 67、SE
    Q ID NO 68、SEQ ID NO 69、SEQ ID NO 70、SEQ ID N
    O 71、SEQ ID NO 72、SEQ ID NO 73、SEQ ID NO 74、S
    EQ ID NO 75、SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 77、SEQ ID
    NO 78、SEQ ID NO 79、もしくはSEQ ID NO 80、
    (u)SEQ ID NO 81、
    (v)SEQ ID NO 82、または、
    (w)SEQ ID NO 83
    に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
    配列同一性を備えた配列を含む、請求項13から16のいずれか1つに記載の方法。
  18. RIC mRNA前駆体は、
    (a)SEQ ID NO 1、
    (b)SEQ ID NO 2、
    (c)SEQ ID NO 3、
    (d)SEQ ID NO 4、
    (e)SEQ ID NO 5、
    (f)SEQ ID NO 6、
    (g)SEQ ID NO 7、
    (h)SEQ ID NO 8、
    (i)SEQ ID NO 9、
    (j)SEQ ID NO 10、
    (k)SEQ ID NO 11、
    (l)SEQ ID NO 12、
    (m)SEQ ID NO 13、
    (n)SEQ ID NO 14、
    (o)SEQ ID NO 15、
    (p)SEQ ID NO 16、
    (q)SEQ ID NO 17、
    (r)SEQ ID NO 18、
    (s)SEQ ID NO 19、
    (t)SEQ ID NO 20、
    (u)SEQ ID NO 21、
    (v)SEQ ID NO 22、
    (w)SEQ ID NO 23
    に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
    配列同一性を備えた遺伝子配列によりコードされる、請求項13から17のいずれか1つ
    に記載の方法。
  19. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する+6から+100の領域
    内;または
    (b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16から-100の領

    内の保持されたイントロンにある、請求項1から18のいずれか1つに記載の方法。
  20. アンチセンスオリゴマーが、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス
    部位の約100ヌクレオチド下流から、少なくとも1つの保持されたイントロンの3’ス
    プライス部位の約100ヌクレオチド上流の領域内にある、RIC mRNA前駆体の一
    部を標的とする、請求項1から18のいずれか1つに記載の組成物。
  21. RIC mRNA前駆体の標的部分は、(a)保持されたイントロンの5’スプライス
    部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4eの領域内;
    または(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンにお
    ける+2eから-4eの領域内にある、請求項1から18のいずれか1つに記載の方法。
  22. アンチセンスオリゴマーは、機能的RNAまたは標的タンパク質をコードする遺伝子か
    ら転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパ
    ク質または機能的RNAの量を増加させない、請求項1から20のいずれか1つに記載の
    方法。
  23. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子の
    変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより、標的タンパク質ま
    たは機能的RNAの量を増加させない、請求項1から22のいずれか1つに記載の方法。
  24. RIC mRNA前駆体は、全長mRNA前駆体の部分的スプライシングまたは野生型
    mRNA前駆体の部分的スプライシングによって産生された、請求項1から23のいずれ
    か1つに記載の方法。
  25. 標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAは、全長成熟mRNAまたは
    野生型成熟mRNAである、請求項1から24のいずれか1つに記載の方法。
  26. 産生される標的タンパク質は全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項1
    から25のいずれか1つに記載の方法。
  27. アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞内で産生された標的タンパク質または機
    能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細胞内で産生された標的タンパク質また
    は機能的RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1倍から約10倍、約1
    .5倍から約10倍、約2倍から約10倍、約3倍から約10倍、約4倍から約10倍、
    約1.1倍から約5倍、約1.1倍から約6倍、約1.1倍から約7倍、約1.1倍から
    約8倍、約1.1倍から約9倍、約2倍から約5倍、約2倍から約6倍、約2倍から約7
    倍、約2倍から約8倍、約2倍から約9倍、約3倍から約6倍、約3倍から約7倍、約3
    倍から約8倍、約3倍から約9倍、約4倍から約7倍、約4倍から約8倍、約4倍から約
    9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約
    2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも4倍、少なくとも約5
    倍、または少なくとも約10倍増加する、請求項1から26のいずれか1つに記載の方法
  28. アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞によって産生された標的タンパク質の総
    量は、対照細胞内で産生された標的タンパク質の総量と比較して、約1.1倍から約10
    倍、約1.5倍から約10倍、約2倍から約10倍、約3倍から約10倍、約4倍から約
    10倍、約1.1倍から約5倍、約1.1倍から約6倍、約1.1倍から約7倍、約1.
    1倍から約8倍、約1.1倍から約9倍、約2倍から約5倍、約2倍から約6倍、約2倍
    から約7倍、約2倍から約8倍、約2倍から約9倍、約3倍から約6倍、約3倍から約7
    倍、約3倍から約8倍、約3倍から約9倍、約4倍から約7倍、約4倍から約8倍、約4
    倍から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少な
    くとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも4倍、少なく
    とも約5倍、または少なくとも約10倍増加する、請求項1から27のいずれか1つに記
    載の方法。
  29. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
    を含む骨格修飾を含む、請求項1から28のいずれか1つに記載の方法。
  30. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチ
    ド核酸、2’-Oメチル部分、2’-フルオロ部分、または2’-O-メトキシエチル部
    分を含む、請求項1から29のいずれか1つに記載の方法。
  31. アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの修飾された糖部を含む、請求項1から3
    0のいずれか1つに記載の方法。
  32. 各糖部は修飾された糖部である、請求項31のいずれか1つに記載の方法。
  33. アンチセンスオリゴマーは、8から50の核酸塩基、8から40の核酸塩基、8から3
    5の核酸塩基、8から30の核酸塩基、8から25の核酸塩基、8から20の核酸塩基、
    8から15の核酸塩基、9から50の核酸塩基、9から40の核酸塩基、9から35の核
    酸塩基、9から30の核酸塩基、9から25の核酸塩基、9から20の核酸塩基、9から
    15の核酸塩基、10から50の核酸塩基、10から40の核酸塩基、10から35の核
    酸塩基、10から30の核酸塩基、10から25の核酸塩基、10から20の核酸塩基、
    10から15の核酸塩基、11から50の核酸塩基、11から40の核酸塩基、11から
    35の核酸塩基、11から30の核酸塩基、11から25の核酸塩基、11から20の核
    酸塩基、11から15の核酸塩基、12から50の核酸塩基、12から40の核酸塩基、
    12から35の核酸塩基、12から30の核酸塩基、12から25の核酸塩基、12から
    20の核酸塩基、または12から15の核酸塩基から成る、請求項1から32のいずれか
    1つに記載の方法。
  34. アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部
    分に、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少
    なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、請求項1から33の
    いずれか1つに記載の方法。
  35. 細胞は、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC
    mRNA前駆体の集団を含み、ここでRIC mRNA前駆体の集団は、2つ以上の保持
    されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団に
    おいて最も豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項1から34のいずれか1つに
    記載の方法。
  36. 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タン
    パク質または機能的RNAをコードするmRNAを産生するために、RIC mRNA前
    駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンからのスプライシングアウトを誘発す
    る、請求項35に記載の方法。
  37. 細胞は、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC
    mRNA前駆体の集団を含み、ここでRIC mRNA前駆体の集団は、2つ以上の保持
    されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団に
    おいて2番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項1から34のいずれか1
    つに記載の方法。
  38. 2番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的
    タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAを産生するために、RIC mRN
    A前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンからのスプライシングアウトを誘
    発する、請求項37に記載の方法。
  39. 疾病は疾患また障害である、請求項6から38のいずれか1つに記載の方法。
  40. 疾患または障害は、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼
    底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全
    -1、両側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、
    網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2
    、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー
    -3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバー
    先天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロ
    フィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レー
    バー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1
    )の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性
    症44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー
    -シャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群である、請
    求項39に記載の方法。
  41. 標的タンパク質およびRIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5、
    NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
    D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
    、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAの遺伝子によ
    ってコードされる、請求項40に記載の方法。
  42. タンパク質の発現を評価する工程をさらに含む、請求項1から41のいずれか1つに記
    載の方法。
  43. アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
    、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
    NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
    、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部
    分へ結合する、請求項1から42のいずれか1つに記載の方法。
  44. 被験体はヒトである、請求項1から43のいずれか1つに記載の方法。
  45. 被験体はヒト以外の動物である、請求項1から43のいずれか1つに記載の方法。
  46. 被験体は胎児、胚、または小児である、請求項1から44のいずれか1つに記載の方法
  47. 細胞はエスクビボにある、請求項1から45のいずれか1つに記載の方法。
  48. アンチセンスオリゴマーは、被験体の硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹
    腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与される、請求項1から
    45のいずれか1つに記載の方法。
  49. 5’スプライス部位に隣接しているエクソンの-3eから-1eおよび保持されたイン
    トロンの+1から+6における9つのヌクレオチドは、対応する野生型配列と同一である
    、請求項1から48のいずれか1つに記載の方法。
  50. 保持されたイントロンの-15から-1および3’スプライス部位に隣接しているエク
    ソンの+1eにおける16のヌクレオチドは、対応する野生型配列と同一である、請求項
    1から49のいずれか1つに記載の方法。
  51. 請求項1から50のいずれか1つの方法で使用される、アンチセンスオリゴマー。
  52. SEQ ID NO 84-26654のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、
    85%、90%、95%、97%、または100%の配列同一性を有する配列を含む、ア
    ンチセンスオリゴマー。
  53. 請求項51または52のアンチセンスオリゴマーおよび賦形剤を含む、医薬組成物。
  54. 硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、ま
    たは静脈内注射によって請求項53の医薬組成物を投与することにより、それらを必要と
    している被験体を処置する方法。
  55. 不足しているタンパク質または不足している機能的RNAに関連する、処置を必要とし
    ている被験体における、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状
    眼底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不
    全-1、両側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7
    、網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-
    2、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィ
    ー-3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバ
    ー先天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジスト
    ロフィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レ
    ーバー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD
    1)の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変
    性症44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラ
    ー-シャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群を処置す
    るための細胞により、標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させる方法で使用
    されるためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、ここで、不足しているタン
    パク質または不足している機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足してお
    り、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードす
    る、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の構成的のス
    プライシングを増強し、
    ここで、標的タンパク質は:
    (a)不足しているタンパク質;または
    (b)被験体において不足しているタンパク質を機能的に増強または交換する、補償タ
    ンパク質であり、
    ここで、機能的RNAは:
    (a)不足しているRNA;または
    (b)被験体において不足している機能的RNAを機能的に増強または交換する、補償
    する機能的RNAであり、
    ここで、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接
    しているエクソン、および3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持され
    たイントロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆
    体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能的
    RNAの産生または活性を増加させる、組成物。
  56. 処置を必要とする被験体におけるROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PA
    X6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、
    NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、R
    GR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのタンパク質に関連する疾病を
    処置する方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、該方法は、被
    験体の細胞によって、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
    、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
    OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
    A3、ALMS1、PER1またはIDUAのタンパク質の発現を増加させる工程を含み
    、ここで、細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位
    に隣接するエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソンを
    含む保持されたイントロン含有mRNA前駆体を有し、およびRIC mRNA前駆体は
    、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
    CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
    1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
    PER1またはIDUAのタンパク質をコードし、該方法は、細胞をアンチセンスオリゴ
    マーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンは、ROM1、T
    EAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYO
    C、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65
    、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1または
    IDUAのタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の転写産物から構成的にスプ
    ライシングされ、それにより標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAの
    レベルを増加させる工程と、被験体の細胞においてROM1、TEAD1、RDH5、N
    R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
    8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
    RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質
    の発現を増加させる工程を含む、組成物。
  57. 標的タンパク質は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX
    、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、
    OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNG
    A3、ALMS1、PER1、またはIDUAである、請求項56に記載の組成物。
  58. 疾病は疾患また障害である、請求項56または57に記載の組成物。
  59. 疾患または障害は、網膜色素変性症-7、Sveinsson網脈絡膜萎縮、白点状眼
    底、網膜色素変性症37、無虹彩症、視神経コロボーマ、眼コロボーマ、中心窩形成不全
    -1、両側性視神経形成不全、錐体杆体ジストロフィー-2、レーバー先天黒内障-7、
    網膜色素変性症30、シュタルガルト病-1、網膜色素変性症-19、加齢黄斑変性-2
    、錐体杆体ジストロフィー-3、原発開放隅角緑内障、フックス角膜内皮ジストロフィー
    -3、中央錐体が関係する黄斑ジストロフィー、眼性非腎症性シスチン蓄積症、レーバー
    先天黒内障、原発開放隅角緑内障、筋萎縮性側索硬化症12、ボスニア型の網膜ジストロ
    フィー、白点状眼底、白点状網膜炎、レーバー先天黒内障2、網膜色素変性症20、レー
    バー先天黒内障14、網膜色素変性症、オール-トランスレチナール(例えばSTGD1
    )の遅いクリアランスまたは蓄積による眼疾患、レーバー先天黒内障13、網膜色素変性
    症44、色覚異常-2、時差ぼけ、アルストレーム症候群、弱毒化MPS-1(ハーラー
    -シャイエ症候群およびシャイエ症候群)、またはバルデー・ビードル症候群である、請
    求項58に記載の組成物。
  60. 標的タンパク質およびRIC mRNA前駆体は、ROM1、TEAD1、RDH5、
    NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFS
    D8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8
    、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAの遺伝子によ
    ってコードされる、請求項59に記載の組成物。
  61. アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する+6
    から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16の領域内の保持されたイ
    ントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、請求項55から60のいず
    れか1つに記載の組成物。
  62. RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
    対する+69から保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-79の領域内の
    保持されたイントロンにある、請求項55から60のいずれか1つに記載の組成物。
  63. 標的タンパク質は、(a)ABCA4、(b)RPE65、(c)MYOC、(d)C
    NGA3、(e)MFSD8、(f)IDUA、(g)LRAT、(h)OPTN、(i
    )RGR、(j)TEAD1、(k)PAX6、(l)ROM1、(m)RDH5、(n
    )RDH12、(o)NR2E3、(p)RLBP1、(q)CTNS、(r)PER1
    、(s)FSCN2、(t)TCF4、(u)RDH8、(v)NXNL1、または(w
    )CRXである、請求項55から62のいずれか1つに記載の組成物。
  64. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
    (b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
    (c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
    (d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
    (e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
    (f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
    (g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
    (h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
    (i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
    (j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
    (k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
    (l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
    (m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
    (n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
    (o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
    (p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
    (q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
    (r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
    (s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
    (t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
    (u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
    (v)SEQ ID NO 24874-25231のいずれか1つ、または
    (w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つに
    少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、または100%相補的な配列を
    含む、請求項63に記載の組成物。
  65. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a) SEQ ID NO 26674、SEQ ID NO 26706、SEQ ID N
    O 26656、SEQ ID NO 26681、もしくはSEQ ID NO 26664

    (b)SEQ ID NO 26691、もしくはSEQ ID NO 26671、
    (c)SEQ ID NO 26669、もしくはSEQ ID NO 26696、
    (d)SEQ ID NO 26711、
    (e)SEQ ID NO 26703、もしくはSEQ ID NO 26708、
    (f) SEQ ID NO 26668、SEQ ID NO 26679、SEQ ID N
    O 26700、SEQ ID NO 26655、もしくはSEQ ID NO 26663

    (g)SEQ ID NO 26685、
    (h)SEQ ID NO 26714、
    (i)SEQ ID NO 26657、SEQ ID NO 26687、もしくはSEQ
    ID NO 26683、
    (j)SEQ ID NO 26672、
    (k)SEQ ID NO 26697、SEQ ID NO 26677、SEQ ID NO
    26707、SEQ ID NO 26678、SEQ ID NO 26713、SEQ I
    D NO 26694、もしくはSEQ ID NO 26659、
    (l)SEQ ID NO 26665、
    (m)SEQ ID NO 26704、SEQ ID NO 26666、SEQ ID NO
    26709、もしくはSEQ ID NO 26684、
    (n)SEQ ID NO 26693、
    (o)SEQ ID NO 26702、SEQ ID NO 26660、SEQ ID NO
    26705、SEQ ID NO 26698、SEQ ID NO 26658、SEQ I
    D NO 26676、SEQ ID NO 26712、もしくはSEQ ID NO 267
    01、
    (p)SEQ ID NO 26673、もしくはSEQ ID NO 26667、
    (q)SEQ ID NO 26690、もしくはSEQ ID NO 26692、
    (r)SEQ ID NO 26682、もしくはSEQ ID NO 26710、
    (s)SEQ ID NO 26670、SEQ ID NO 26662、もしくはSEQ
    ID NO 26661、
    (t)SEQ ID NO 26688、もしくはSEQ ID NO 26689、
    (u)SEQ ID NO 26680、
    (v)SEQ ID NO 26699、もしくは、
    (w)SEQ ID NO 26695、もしくはSEQ ID NO 26686
    の少なくとも8つの近接する核酸を含む領域に対して、少なくとも80%、85%、90
    %、95%、97%、もしくは100%の配列同一性を備えた配列を含む、請求項63ま
    たは64に記載の組成物。
  66. ASOは、
    (a)SEQ ID NO 84-1126のいずれか1つ、
    (b)SEQ ID NO 1127-1528のいずれか1つ、
    (c)SEQ ID NO 1529-2318のいずれか1つ、
    (d)SEQ ID NO 2319-2770のいずれか1つ、
    (e)SEQ ID NO 2771-3631のいずれか1つ、
    (f)SEQ ID NO 3632-4443のいずれか1つ、
    (g)SEQ ID NO 4444-6647のいずれか1つ、
    (h)SEQ ID NO 6648-7579のいずれか1つ、
    (i)SEQ ID NO 7580-8958のいずれか1つ、
    (j)SEQ ID NO 8959-9163のいずれか1つ、
    (k)SEQ ID NO 9164-15179のいずれか1つ、
    (l)SEQ ID NO 15180-15486のいずれか1つ、
    (m)SEQ ID NO 15487-16202のいずれか1つ、
    (n)SEQ ID NO 16203-16458のいずれか1つ、
    (o)SEQ ID NO 16459-18209のいずれか1つ、
    (p)SEQ ID NO 18210-18638のいずれか1つ、
    (q)SEQ ID NO 18639-19534のいずれか1つ、
    (r)SEQ ID NO 19535-19845のいずれか1つ、
    (s)SEQ ID NO 19846-20849のいずれか1つ、
    (t)SEQ ID NO 20850-24737のいずれか1つ、
    (u)SEQ ID NO 24738-24873のいずれか1つ、
    (v)SEQ ID NO 24874 -25231のいずれか1つ、または
    (w)SEQ ID NO 25232-26654のいずれか1つ
    に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
    配列同一性を備えた配列を含む、請求項63から65のいずれか1つに記載の組成物。
  67. RIC mRNA前駆体は、
    (a)SEQ ID NO 24、
    (b)SEQ ID NO 25、
    (c)SEQ ID NO 26、
    (d)SEQ ID NO 27、もしくはSEQ ID NO 28、
    (e)SEQ ID NO 29、
    (f)SEQ ID NO 30、もしくはSEQ ID NO 31、
    (g)SEQ ID NO 32、もしくはSEQ ID NO 33、
    (h)SEQ ID NO 34、SEQ ID NO 35、SEQ ID NO 36、もし
    くはSEQ ID NO 37、
    (i)SEQ ID NO 38、SEQ ID NO 39、もしくはSEQ ID NO 4
    0、
    (j)SEQ ID NO 41、
    (k)SEQ ID NO 42、SEQ ID NO 43、SEQ ID NO 44、SE
    Q ID NO 45、SEQ ID NO 46、SEQ ID NO 47、SEQ ID N
    O 48、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO 50、SEQ ID NO 51,も
    しくはSEQ ID NO 52、
    (l)SEQ ID NO 53、
    (m)SEQ ID NO 54、もしくはSEQ ID NO 55、
    (n)SEQ ID NO 56、
    (o)SEQ ID NO 57、またはSEQ ID NO 58、
    (p)SEQ ID NO 59、
    (q)SEQ ID NO 60、もしくはSEQ ID NO 61、
    (r)SEQ ID NO 62、
    (s)SEQ ID NO 63、もしくはSEQ ID NO 64、
    (t)SEQ ID NO 65、SEQ ID NO 66、SEQ ID NO 67、SE
    Q ID NO 68、SEQ ID NO 69、SEQ ID NO 70、SEQ ID N
    O 71、SEQ ID NO 72、SEQ ID NO 73、SEQ ID NO 74、S
    EQ ID NO 75、SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 77、SEQ ID
    NO 78、SEQ ID NO 79、もしくはSEQ ID NO 80、
    (u)SEQ ID NO 81、
    (v)SEQ ID NO 82、または、
    (w)SEQ ID NO 83
    に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、もしくは100%の
    配列同一性を備えた配列を含む、請求項63から66のいずれか1つに記載の組成物。
  68. RIC mRNA前駆体は、
    (a)SEQ ID NO 1、
    (b)SEQ ID NO 2、
    (c)SEQ ID NO 3、
    (d)SEQ ID NO 4、
    (e)SEQ ID NO 5、
    (f)SEQ ID NO 6、
    (g)SEQ ID NO 7、
    (h)SEQ ID NO 8、
    (i)SEQ ID NO 9、
    (j)SEQ ID NO 10、
    (k)SEQ ID NO 11、
    (l)SEQ ID NO 12、
    (m)SEQ ID NO 13、
    (n)SEQ ID NO 14、
    (o)SEQ ID NO 15、
    (p)SEQ ID NO 16、
    (q)SEQ ID NO 17、
    (r)SEQ ID NO 18、
    (s)SEQ ID NO 19、
    (t)SEQ ID NO 20、
    (u)SEQ ID NO 21、
    (v)SEQ ID NO 22、
    (w)SEQ ID NO 23
    に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の
    配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、請求項63から67のいずれか1
    つに記載の組成物。
  69. アンチセンスオリゴマーは、(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対す
    る+6から+100の領域内;
    または(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16から-100
    の領域内の保持されたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、請
    求項55から68のいずれか1つに記載の組成物。
  70. アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス
    部位の約100ヌクレオチド下流から少なくとも1つの保持されたイントロンの3’スプ
    ライス部位の約100ヌクレオチド上流の領域内にあるRIC mRNA前駆体の一部を
    標的とする、請求項55から68のいずれか1つに記載の組成物。
  71. RIC mRNA前駆体の標的部分は、(a)保持されたイントロンの5’スプライス
    部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4eの領域内;
    または(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンにお
    ける+2eから-4eの領域内にある、請求項55から68のいずれか1つに記載の組成
    物。
  72. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子か
    ら転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク
    質または機能的RNAの量を増加させない、請求項55から71のいずれか1つに記載の
    組成物。
  73. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子の
    変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質また
    は機能的RNAの量を増加させない、請求項55から72のいずれか1つに記載の組成物
  74. RIC mRNA前駆体は、全長mRNA前駆体または野生型mRNA前駆体からの部
    分的スプライシングによって産生された、請求項55から73のいずれか1つに記載の組
    成物。
  75. 標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAは、全長成熟mRNAまたは
    野生型成熟mRNAである、請求項55から74のいずれか1つに記載の組成物。
  76. 産生される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項
    55から75のいずれか1つに記載の組成物。
  77. 保持されたイントロンは律速イントロンである、請求項55から76のいずれか1つに
    記載の組成物。
  78. 保持されたイントロンは、RIC mRNA前駆体において最も豊富な保持されたイン
    トロンである、請求項55から77のいずれか1つに記載の組成物。
  79. 保持されたイントロンは、RIC mRNA前駆体において2番目に豊富な保持された
    イントロンである、請求項55から77のいずれか1つに記載の組成物。
  80. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
    を含む骨格修飾を含む、請求項55から79のいずれか1つに記載の組成物。
  81. アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項55から8
    0のいずれか1つに記載の組成物。
  82. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチ
    ド核酸、2’-O-メチル部分、2’-フルオロ部分、または2’-O-メトキシエチル
    部分を含む、請求項55から81のいずれか1つに記載の組成物。
  83. アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、請求項55から8
    2のいずれか1つに記載の組成物。
  84. 各糖部は修飾された糖部である、請求項83に記載の組成物。
  85. アンチセンスオリゴマーは、8から50の核酸塩基、8から40の核酸塩基、8から3
    5の核酸塩基、8から30の核酸塩基、8から25の核酸塩基、8から20の核酸塩基、
    8から15の核酸塩基、9から50の核酸塩基、9から40の核酸塩基、9から35の核
    酸塩基、9から30の核酸塩基、9から25の核酸塩基、9から20の核酸塩基、9から
    15の核酸塩基、10から50の核酸塩基、10から40の核酸塩基、10から35の核
    酸塩基、10から30の核酸塩基、10から25の核酸塩基、10から20の核酸塩基、
    10から15の核酸塩基、11から50の核酸塩基、11から40の核酸塩基、11から
    35の核酸塩基、11から30の核酸塩基、11から25の核酸塩基、11から20の核
    酸塩基、11から15の核酸塩基、12から50の核酸塩基、12から40の核酸塩基、
    12から35の核酸塩基、12から30の核酸塩基、12から25の核酸塩基、12から
    20の核酸塩基、または12から15の核酸塩基から成る、請求項55から84のいずれ
    か1つに記載の組成物。
  86. アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部
    分に、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少
    なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、請求項55から85
    のいずれか1つに記載の組成物。
  87. アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
    、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
    NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
    、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部
    分へ結合する、請求項55から86のいずれか1つに記載の組成物。
  88. 請求項55から87の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を含
    む、医薬組成物。
  89. 硝子体内注射、網膜下注射、局所投与、移植、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、ま
    たは静脈内注射によって請求項88の医薬組成物を投与することにより、必要としている
    被験体を処置する方法。
  90. 医薬組成物であって、該医薬組成物は:不足しているROM1、TEAD1、RDH5
    、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
    SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
    8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRN
    Aの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、ここで
    、該不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、F
    SCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OP
    TN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3
    、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNAの転写産物は、保持されたイントロ
    ンを含み、該アンチセンスオリゴマーは、不足しているROM1、TEAD1、RDH5
    、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MF
    SD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH
    8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのmRN
    Aの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセ
    ンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形剤と、を含む、医薬組成物。
  91. 不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
    CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
    N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
    ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物である、請
    求項90に記載の医薬組成物。
  92. ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
    CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
    1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
    PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロ
    ンの5’スプライス部位に対する+500から保持されたイントロンの3’スプライス部
    位に対する-500の領域内の保持されたイントロンにある、請求項90または91に記
    載の医薬組成物。
  93. ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
    CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
    1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
    PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO:
    1-23のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%
    、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた遺伝子配列によって
    コードされる、請求項90または91に記載の医薬組成物。
  94. ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
    CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
    1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
    PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO:
    24-83のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96
    %、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、請求
    項90または91に記載の医薬組成物。
  95. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
    を含む骨格修飾を含む、請求項90に記載の医薬組成物。
  96. アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項90に記載
    の医薬化合物。
  97. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチ
    ド核酸、2’-O-メチル部分、2’-フルオ部分ロ、または2’-O-メトキシエチル
    部分を含む、請求項90に記載の医薬組成物。
  98. アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、請求項90に記載
    の医薬組成物。
  99. アンチセンスオリゴマーは、8から50の核酸塩基、8から40の核酸塩基、8から3
    5の核酸塩基、8から30の核酸塩基、8から25の核酸塩基、8から20の核酸塩基、
    8から15の核酸塩基、9から50の核酸塩基、9から40の核酸塩基、9から35の核
    酸塩基、9から30の核酸塩基、9から25の核酸塩基、9から20の核酸塩基、9から
    15の核酸塩基、10から50の核酸塩基、10から40の核酸塩基、10から35の核
    酸塩基、10から30の核酸塩基、10から25の核酸塩基、10から20の核酸塩基、
    10から15の核酸塩基、11から50の核酸塩基、11から40の核酸塩基、11から
    35の核酸塩基、11から30の核酸塩基、11から25の核酸塩基、11から20の核
    酸塩基、11から15の核酸塩基、12から50の核酸塩基、12から40の核酸塩基、
    12から35の核酸塩基、12から30の核酸塩基、12から25の核酸塩基、12から
    20の核酸塩基、または12から15の核酸塩基を含む、請求項90に記載の医薬組成物
  100. アンチセンスオリゴマーは、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6
    、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NX
    NL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR
    、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写
    産物の標的部分に、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくと
    も95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%相補的である、請求項
    90または91に記載の医薬組成物。
  101. ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
    CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
    1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
    PER1、またはIDUAのRIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、SEQ I
    D NO:26655-26714から選択される配列内にある、請求項90または91
    に記載の医薬組成物。
  102. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:84-26654のいずれか1つに対
    して、少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%
    、96%、97%、98%、または99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、
    請求項90に記載の医薬組成物。
  103. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:84-26654から選択されるヌク
    レオチド配列を含む、請求項90に記載の医薬組成物。
  104. 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または
    静脈内注射のために製剤される、請求項90から103のいずれか1つに記載の医薬組成
    物。
  105. 保持されたイントロンの除去を促進するために、不足しているROM1、TEAD1、
    RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF
    4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT
    、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAの
    mRNAの転写産物の処理を誘発し、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、P
    AX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS
    、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、
    RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的形態
    をコードする、完全に処理されたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX
    6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、N
    XNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RG
    R、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのmRNAの転写産物を産生する
    方法であって、該方法は:
    (a)アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞と接触させる工程と;
    (b)アンチセンスオリゴマーを、不足しているROM1、TEAD1、RDH5、N
    R2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD
    8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、
    RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのmRNAの転
    写産物にハイブリダイズする工程であって、ここで、不足しているROM1、TEAD1
    、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TC
    F4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRA
    T、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDU
    AのmRNAの転写産物は、ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、
    CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXN
    L1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、
    CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的形態をコード
    可能であり、少なくとも1つの保持されたイントロンを含む、工程と;
    (c)ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2
    、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、R
    LBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALM
    S1、PER1、またはIDUAのタンパク質の機能的形態をコードする、完全に処理さ
    れたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、A
    BCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLB
    P1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1
    、PER1またはIDUAのmRNAの転写産物を産生するために、不足しているROM
    1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、
    MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RP
    E65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1
    またはIDUAのmRNAの転写産物から少なくとも1つの保持されたイントロンを取り
    除く工程と;
    (d)完全に処理されたROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、C
    RX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL
    1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、C
    NGA3、ALMS1、PER1またはIDUAのmRNAの転写産物から、ROM1、
    TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MY
    OC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE6
    5、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、ま
    たはIDUAのタンパク質の機能的形態を翻訳する工程と;
    を含む、方法。
  106. 保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、請求項105に記載の方法
  107. 不足しているROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FS
    CN2、ABCA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPT
    N、RLBP1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、
    ALMS1、PER1、またはIDUAのmRNAの転写産物は、ROM1、TEAD1
    、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、ABCA4、MYOC、TC
    F4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP1、RPE65、LRA
    T、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、PER1、またはIDU
    AのRIC mRNA前駆体の転写産物である、請求項105または106に記載の方法
  108. ROM1、TEAD1、RDH5、NR2E3、PAX6、CRX、FSCN2、AB
    CA4、MYOC、TCF4、MFSD8、CTNS、NXNL1、OPTN、RLBP
    1、RPE65、LRAT、RDH8、RDH12、RGR、CNGA3、ALMS1、
    PER1、またはIDUAタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病
    を抱える被験体を処置する方法であって、該方法は、SEQ ID NO:84-2665
    4のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、9
    3%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を備えるヌ
    クレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを、被験体へ投与する工程を含む、方法。
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