JP2022000020A - 表皮水疱症治療のためのcol7a1エクソン73とマッチするオリゴヌクレオチド - Google Patents

表皮水疱症治療のためのcol7a1エクソン73とマッチするオリゴヌクレオチド Download PDF

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Abstract

【課題】エクソン73がヒトCOL7A1 mRNAに含まれるのを妨げるか、または、低減することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。【解決手段】ヒト細胞においてpre−mRNAからのスプライシングによってヒトVII型コーラゲンα1鎖(COL7A1)mRNAが生成されるときに、エクソン73が前記mRNAに含まれるのを妨げるか、又は、低減することができるアンチセンスオリゴリボヌクレオチドであって、COL7A1 pre−mRNA中の特定の標的配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、少なくとも1つの1つ以上のヌクレオチドアナログもしくは等価物を含む、アンチセンスオリゴリボヌクレオチドである。【選択図】なし

Description

本出願は、2015年3月11日に出願された英国特許出願第1504124.7号の
利益を主張し、その完全な内容は、あらゆる目的のために参照によって本明細書に組み込
まれる。
発明の分野
本発明は、ヒトの疾患を処置する際に使用するのに適したオリゴヌクレオチドに関する
。特に、本発明は、ジストロフィー型表皮水疱症の処置に適したアンチセンスオリゴヌク
レオチドに関する。
表皮水疱症(EB)は、遺伝性皮膚疾患のグループであり、皮膚および粘膜の慢性的な
脆弱性および水疱形成を特徴とする。亜型によりEBの症状の範囲は非常に広く、極わず
かな皮膚の脆弱性から全身的合併症を伴う極めて重篤な症状にまで及ぶ。世界中で約35
0,000人の患者が冒されている。EBの一部の型では、爪、髪および歯も関連する場
合もある。EBの主な型としては、EB単純型(EBS)、接合部型EB(JEB)、ジ
ストロフィー型EB(DEB)およびキンドラー症候群(KS)が挙げられる。
DEBは、EB患者の約25%を冒し、優性遺伝性または劣性遺伝性のいずれかの可能
性があり、VII型コラーゲン(COL7A1、omim 120120)の欠損を伴う
。COL7A1は、VII型コラーゲンのアルファ−1鎖をコードする。VII型コラー
ゲンは、真皮の上側部分の緻密層(基底膜の一部)との係留線維として働く。翻訳後修飾
後に、3つの同一のアルファ−1鎖がコラーゲンの三重らせんドメインと一緒に折り畳ま
れる。その後、整列し係留線維を形成する逆平行二量体が形成される。VII型コラーゲ
ンは、皮膚でケラチノサイトおよび皮膚線維芽細胞によって合成される。DEB疾患の重
症度は、基底膜領域におけるVII型コラーゲン発現の量とおおむね相関する。
優性ジストロフィー型EB(DDEB)の特徴としては、手、足、肘および膝に局在す
るか、または全身性である場合もある水疱形成が挙げられる。一般的な所見としては、瘢
痕化、稗粒腫、粘膜合併症、および異常な爪または爪がないことが挙げられる。劣性ジス
トロフィー型EB(RDEB)は、一般にDDEBよりも全身性で重篤である。DDEB
の所見に加えて、その他のRDEBの一般的な症状としては、栄養不良、貧血、骨粗鬆症
、食道狭窄、発育遅延、ミトン状変形(mitten deformity)(偽合指症(pseudosyndacty
ly))の原因となる水かき(webbing)、または手足の指の癒着、筋拘縮の発症、歯の形
成異常、小口症および眼の瘢痕化が挙げられる。このグループでは扁平上皮がんならびに
転移性扁平上皮がんによる死亡のリスクが大幅に増加する。
遺伝子COL7A1内に400を超えるさまざまな突然変異が知られている。最も一般
的な影響を及ぼすエクソンの1つ(患者の18%)は、約40の既知の突然変異を有する
エクソン73であり、最も多いのはミスセンス突然変異または未成熟終止コドン(PTC
)に至る突然変異およびグリシン置換である。
現在DEBに対する治療法はなく、緩和ケアが行われるだけである。RDEBの重度の
型は社会の医療のための予算に高いコストを課し、被覆材および薬剤の平均コストは、年
間患者一人当たり約200,000ユーロである。
Institut National de la Sante et de la
Recherche Medicale(INSERM)の国際公開第2013/053
819号パンフレットは、エクソン73を対象とし、このエクソン全体をmRNAからス
キップさせる2つのアンチセンスオリゴヌクレオチドについて開示している。エクソン7
3欠損mRNAは、wtタンパク質よりも短いが、野生型VIIa型コラーゲンと非常に
似た挙動をとる機能的なポリペプチドに翻訳される。開示されているオリゴヌクレオチド
の一方は25ヌクレオチド長であり、69%のスキッピング効率を示し、他方は30ヌク
レオチド長であり、93%のスキッピング効率を示す。
国際公開第2013/053819号パンフレットの長いエクソンスキッピングAON
は十分なエクソンスキッピング効率を示すようだが、その長さおよびいくつかの他の特徴
により、ヒトの治療的使用のためのそのような分子を開発する観点からそのAONがあま
り好ましくない。さらに、このオリゴヌクレオチドは、野生型mRNAまたはエクソン7
3を含まないmRNAのいずれにも対応しない中間のバンドも生成するようである。これ
らのバンドが臨床的関連性を有するかどうかはわかっていないが、副生成物の生成は、規
制および安全性の観点からあまり好ましくない。したがって、DEBを処置するためのさ
らなる改良された療法が依然とし必要とされている。
したがって、本発明は、哺乳動物細胞においてpre−mRNAからのスプライシング
によってヒトCOL7A1 mRNAが生成されるときに、エクソン73が前記mRNA
に含まれるのを妨げるか、または低減することができるアンチセンスオリゴヌクレオチド
であって(a)オリゴヌクレオチドの配列が最大2つのCpG配列を含む、かつ/または
(b)オリゴヌクレオチドが24ヌクレオチド以下の長さを有することを特徴とするアン
チセンスオリゴヌクレオチドを提供する。本オリゴヌクレオチドは、特性(a)および(
b)の両方を有することが有利である。
本発明はまた、哺乳動物細胞においてpre−mRNAからのスプライシングによって
ヒトCOL7A1 mRNAが生成されるときに、エクソン73が前記mRNAに含まれ
るのを妨げるか、または低減することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドであって
、配列5’−UUUCCUGG−3’(配列番号4)によって特徴づけられるエクソン7
3の(SRp40/SC35結合/ESE)エレメントとアニーリングすることができる
ことを特徴とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。このオリゴヌクレオチド
は、上記のとおりの特性(a)および/または(b)を有してもよい。
本発明のオリゴヌクレオチドは、有用なことには修飾ヌクレオシド間結合、例えば、ホ
スホロチオエート結合を有するオリゴリボヌクレオチドであってもよい。これはまた、例
えば、2’−O−メチル置換糖部分を有する修飾糖を有してもよい。オリゴヌクレオチド
のこれらおよびその他の詳細については下で述べる。
イントロンの境界に隣接する5’および3’(配列番号2および3、小文字)を伴うヒトCOl7A1エクソン73(配列番号1、大文字)を示す図である。 エクソン73にあるSRタンパク質結合部位の位置およびAONの位置を示す図である。 初代ヒト線維芽(HPF)細胞に対するエクソンスキッピングのラボオンチップの結果を示す図である。完全長型mRNAは約350bpにバンドを示すのに対して、エクソン73が排除されたmRNAは約150bpである。 ex vivoブタ皮膚モデルを使用した、PBS中に製剤化したmh−AON1の送達の組織学的結果を示す図である。4A〜4Bは、25μgのmh−AONを無傷の皮膚に24時間に付けた結果を示し、4C〜4Fは、25μgのmh−AON1を完全に表皮が除去された水疱様の皮膚に付けた結果を示す。C〜D:24時間のインキュベーション。E〜F:48時間のインキュベーション。mh−AON1は着色されている(赤)。スケールバーは100μmである。 図4と同じex vivoブタ皮膚モデルを使用した、3つの異なるハイドロゲル中に製剤化したmh−AON1の送達の組織学的結果を示す図である。5A〜5Bは、生理的食塩水対照により処置されたブタ皮膚の結果を、(A)表皮が無傷の場合、および(B)表皮が除去された場合について示す。5C〜5Dは、Flaminal(商標)中に混合された50μgのmh−AON1−cy5により処置されたブタ皮膚を、(C)表皮が無傷の場合、(D)表皮が除去された場合について示す。5E〜5Fは、カルボマーハイドロゲル中に混合された50μgのmh−AON1−cy5により処置されたブタ皮膚の結果を、(E)表皮が無傷の場合、および(F)表皮が除去された場合について示す。5G〜5Hは、ヒプロメロースハイドロゲル中に混合された50μgのmh−AON1−cy5により処置されたブタ皮膚の結果を、(G)皮膚が無傷の場合、および(H)表皮が除去された場合について示す。スケールバーは、100μmを示す。mh−AON1は着色されている(赤)。 mh−AON1による処理または対照オリゴとしてのスクランブルバリアント(SCRM)による処理後のCOL7A1 mRNAのスプライシング産物のラボオンチップの結果を示す図である。24時間(左4レーン)または40時間(右4レーン)のいずれかで、ともに100nMのオリゴヌクレオチドを用いて2つの異なる細胞タイプ(HeLaおよびHPF)を試験した。mh−AON1または対照オリゴ(エクソン73を含むおよび含まない)による処理後、異なるCOL7A1 mRNA産物が形成されている。異なるmRNA産物を長さに関して分析した。350フラグメントは完全長の野生型mRNAを表し、150ヌクレオチドのフラグメントは調整されたmRNA産物を表す。 ddPCRアッセイのためのプライマー設計を示す図である。野生型産物(上側)またはΔエクソン73産物(下側)のいずれかのみのPCRに対する2つの異なるプライマーの組合せを設計した。上の行:野生型のためのプライマーの組、下の行:スキンピングされたエクソン73のためのプライマーの組。 未変更のCOL7A1配列をもつHPF細胞におけるエクソン73を含むCOL7A1 mRNA転写物、およびエクソン73を含まないCOL7A1 mRNA転写物の絶対的な定量(全コピーのうちの%、y軸)を示すグラフである。用量−反応が50、100および200nM(x軸)でmh−AON1を用いて行われた。オリゴヌクレオチドのトランスフェクション後24時間(左)または40時間(右)の結果を示す。黒いバーは完全長型産物を表し、灰色のバーは転写物Δ73を表す。 ヒトPBMCにおけるmh−AON1の免疫原性および免疫毒性評価の結果を示す図である。(a)生理的食塩水で処理したヒトPBMCと比較した、mh−AON1(10nM、100nMもしくは1μM)または陽性対照ポリ(I:C)(1μg/ml)、CpG(10μg/ml)、LPS(100ng/ml)およびR848(1μM)によるヒトPBMCの24時間の刺激後の培養上清中のサイトカイン濃度の有意水準を示すヒートマップ。どの正方形も測定した各サイトカインに関して処理条件(それぞれ3回の測定を行った5人のヒトドナーの幾何平均)毎の達した有意水準を示す。(b)生理的食塩水で処理したPBMCと比較した、mh−AON1または陽性対照によるPBMCの24時間の刺激後の培養上清中のIFN−α2濃度の変化倍率。バーは、各ヒトドナーあたりの3回の測定のSEMを伴う平均を示す(異なる灰色の色調)。1にある点線は、生理的食塩水で処理したPMBCの相対的なサイトカイン濃度を示す。(a)および(b)のP値は、ダンの事後検定とともにフリードマン検定を使用して求めた。(c)生理的食塩水で処理したPBMCと比較した、mh−AON1または陽性対照への24時間の曝露後のレゾルフィン蛍光の変化倍率として表した生存PBMCの相対的な数。生存細胞評価は、CellTiter−Blueキットを使用して行った。すべての個々の生物学的再現のために、変化倍率は、測定したRFUを対応する3回の生理的食塩水対照の幾何平均に対して標準化することによって算出した。その対応する生理的食塩水対照の平均(点線)に対して標準化された3つの変化倍率の平均±SEMとして個々のドナー毎の結果を示す。複数の補正(生理的食塩水と比較)のためにダネット検定とともに対応ありの一元配置分散分析法(Repeated measures One-way ANOVA)を行った。(*P<0.05、**P≦0.01、****P<0.001)。 ヒトRamos−Blue細胞におけるmh−AON1およびAON73.24.5の免疫原性および免疫毒性評価の結果を示すグラフである。(a)Ramos−Blue細胞においてmh−AON1またはAON73.24.5(いくつかの濃度)およびTLRアゴニスト、ポリ(I:C)(1μg/ml)、CpG(10μg/ml)、LPS(100ng/ml)およびR848(1μM)とともに24時間インキュベーションした後のNF−kB/AP−1活性化。(b)生存Ramos−Blue細胞の相対的な数は、生理的食塩水で処理したRamos−Blue細胞と比較した、mh−AON1、AON73.45.5または陽性対照への24時間の曝露後のレゾルフィン蛍光の変化倍率として表した。生存細胞評価は、CellTiter−Blueキットを使用して行った。すべての個々の生物学的再現のために、変化倍率は、対応する3回の生理的食塩水対照の幾何平均に対して測定したO.D(aでは)またはRFU(bでは)を標準化することによって算出した。結果は、その対応する生理的食塩水対照の平均(点線)に対して標準化された3つの変化倍率の平均±SEMとしてそれぞれ示す。変化倍率の値に対して複数の補正(生理的食塩水と比較)のためにダネット検定とともに対応ありの一元配置分散分析法を行った。(****P<.0001)。
驚くべきことに、ここで、AONをヒトの疾患、特にジストロフィー型表皮水疱症(D
EB)を処置するための治療薬(therapeutic)に発展させるためのAONに対する要件
を満たすアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計することができることが発明者らによっ
て見出された。
国際公開第2013/053819号パンフレットにおいて開示されているAON73
.3は、エクソン73がCOL7A1 mRNAに含まれるのを低減することに関しては
十分であるようだが、このオリゴヌクレオチドの30ntの長さは、必要以上に長く、こ
れは製造性、CMCおよび商品原価の観点からあまり好ましくない。さらに、INSER
Mオリゴヌクレオチドは、複数のCpGリピートを含み、このことは、免疫原性の観点か
らあまり好ましくない。CpG、とりわけ、そのリピートは、TLR9レセプターと相互
作用し、それにより、処置される個体において免疫応答を引き起こし、免疫応答はオリゴ
ヌクレオチドにより処置される組織の機能を害する、かつ/またはそれを傷つける可能性
もあることが知られている。
本発明の好ましいAONは、25ヌクレオチド長未満、好ましくは24ヌクレオチド長
未満であり、高い効率でエクソン73がCOL7A1 mRNAに含まれるのを妨げるか
、または少なくとも低減することができ、先行技術と比較して、機能性を妨げる可能性の
ある構造または配列が少ない(好ましくはない)。
本発明のAONを使用した処置の結果としてエクソン73全体がない短縮されたmRN
Aは、短いが機能的なCOL VIIタンパク質に翻訳されることになる。
本発明のAONは、HeLa細胞で測定される場合に60%を超える(例えば、70%
を超える、理想的には75%または80%を超える、好ましくは85%を超える、および
さらにより好ましくは90%を超える)エクソンスキッピング効率を達成すると同時に、
好ましくは2つ以下(好ましくは1つのみ、さらには含まない)CpG配列(複数可)を
含み、かつ/または16から24ヌクレオチドの間の長さの範囲を含む。
本発明のさまざまな態様において、現在までに、エクソン73に隣接する5’スプライ
シングアクセプター部位の選択に重要だと認識されていなかった8merのモチーフとア
ニーリングすることができるAONが設計された。この8merのモチーフは、エクソン
73がCOL7A1 mRNAに含まれるのを妨げるか、または少なくとも低減するため
に標的とされ得る、以前には見過ごされていたエクソン内スプライシング促進配列(exon
ic splicing enhancer)(ESE)であると仮定される。本発明者らは、モチーフ全体ま
たはモチーフの一部とアニーリングすることができるAONを使用し、エクソンスキッピ
ングが完全に失われるまでこのモチーフと重なる部分を短くするために段階的にトランケ
ートされたさまざまなAONを設計して、この新たに認識された推定上のESEの位置を
決定するためにマイクロウォーク(microwalk)技術を使用した。そうすることにより、
本発明者らは、エクソン73がCOL7A1 mRNAに含まれるのを妨げるか、または
少なくとも低減させるためのAONに対する優れた新規の標的を形成する5’−UUUC
CUGG−3’モチーフ(配列番号4)をエクソン73の5’領域(図1を参照)に特定
した。
本発明の別の実施形態において、マウスおよびヒトの両方においてエクソン73がCO
L7A1 mRNAに含まれるのを効率的に妨げるか、または少なくとも低減することが
できるAONが開示されている。このAON(m−hAON1)は、マウスおよびヒトの
両方におけるpre−mRNA標的と完全に相補的である。このAONは、最終的にヒト
への治療的使用のために開発されることになる分子と厳密に同じ分子を使用したマウスに
おける概念研究および毒性学研究の証明を行うために使用することができるという利点を
有する。
本発明によるどのAONも中間のバンドを生成しないようであり、本発明によるAON
により処理された細胞ではwt mRNAに対応するバンドまたはエクソン73全体がな
いmRNAに対応するバンドのみが形成されるようである。
本発明によるAONのさらに好ましい特性は、本AONがG−テトラド(tetrad)また
は複数のG配列(3つ以上の連続的なグアノシン)を含まないことにより、多重鎖(mult
iplex)形成および/または溶解度と関連する問題を回避することである。
表1は、各AONに対するHeLa細胞におけるエクソン73のスキッピング効率、本
発明による好ましいAON(AON1〜AON25およびm−hAON1)、新規のES
Eモチーフを特定するためのマイクロウォークに使用されたAON(AON26〜30)
、および依然として十分なエクソンスキッピング効率を示すと同時にG−テトラドなどの
望ましくない構造がない、このESEモチーフと結合することがわかったAONのトラン
ケート型バージョン(AON24.1から24.5)のヌクレオチド配列および配列番号
を示す。AONについてのさらなる詳細、他の細胞におけるそれらの有効性、および先行
技術AONとの比較については、実施例1に示す。
Figure 2022000020
一実施形態によると、哺乳動物細胞においてpre−mRNAからのスプライシングに
よってCOL7A1 mRNAが生成されるときに、エクソン73が哺乳動物(好ましく
は、ヒト)の前記mRNAに含まれるのを妨げるか、または低減することができるアンチ
センスオリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドの配列が特性(a)および/ま
たは(b):(a)最大2つのCpG配列を含む、かつ/または(b)24ヌクレオチド
以下の長さを有する、のうちの少なくとも1つを有することを特徴とするアンチセンスオ
リゴヌクレオチドが提供される。特性(a)に関して、本オリゴヌクレオチドは、好まし
くは、1つ以下のCpG配列を含み、1つのみ含んでもよい。
別の実施形態によると、哺乳動物細胞においてpre−mRNAからのスプライシング
によってCOL7A1 mRNAが生成されるときに、エクソン73が哺乳動物(好まし
くは、ヒト)の前記mRNAに含まれるのを妨げるか、または低減することができるアン
チセンスオリゴヌクレオチドであって、エクソン73の5’上流部分にある配列モチーフ
5’−UUUCCUGG−3’(配列番号4)(図1)とアニーリングすることができる
ことを特徴とするアンチセンスオリゴヌクレオチドが提供される。理論に束縛されること
を望まないが、このモチーフは、SRp40/SC35結合エクソン内スプライシング促
進配列(ESE)エレメントであると仮定される。この実施形態によるAONは、好まし
くは、オリゴヌクレオチドの配列が上記のとおりの特性(a)および/または(b)の一
方または両方を有することを特徴とする。最適な効果があるようにするためには、本オリ
ゴヌクレオチドは、8merのモチーフ全体とアニーリングすべきである。任意の特定の
シナリオに対して60%未満のエクソンスキッピング効率が許容される場合には、8me
rのモチーフの6または7つの大半の5’ヌクレオチドとのアニーリングが許容できる。
本発明によるさらに好ましいAONが、特徴(a)は、本オリゴヌクレオチドが1つ以
下のCpGを含むことを特徴とする、かつ/または特徴(b)は、本オリゴヌクレオチド
が、24ヌクレオチド以下、好ましくは、12から24ヌクレオチドの間、より好ましく
は、16、17、18、19、20、21、22、23もしくは24ヌクレオチドなどの
16から24ヌクレオチドの間、さらにより好ましくは、23ヌクレオチド未満、さらに
より好ましくは、16、17、18、19、20、21、22、23ヌクレオチドなど1
6から23ヌクレオチドの間の長さを有することを特徴とするAONである。本発明の最
も好ましい実施形態によると、本オリゴヌクレオチドは、特性(a)最大2つのCpG配
列、好ましくは、1つなどの1つ以下のCpGおよび(b)24ヌクレオチド以下、好ま
しくは12から24ヌクレオチドの間、より好ましくは、16、17、18、19、20
、21、22、23もしくは24ヌクレオチドなどの16から24ヌクレオチドの間、さ
らにより好ましくは、23ヌクレオチド未満、さらにより好ましくは、16、17、18
、19、20、21、22、23ヌクレオチドなど16から23ヌクレオチドの間の長さ
の両方を有することを特徴とする。
本発明によるAONの任意のさらなる特徴は、それらの配列にひと続きの3つ以上の連
続的なグアノシンがないことである。
本発明の特定の好ましいAONは、上記表1に開示されているヌクレオチド配列AON
1、AON2、AON3、AON4、AON20、AON21、AON22、AON23
、AON24、AON24.1、AON24.2、AON24.3、AON24.3、A
ON.24.4、AON.24.5、AON25およびmh−AON1を有する。これら
のオリゴに関して、すべてのリボース部分が2’−O−メチル化されており、実質的にす
べてのヌクレオシド間結合がホスホロチオエートであることがより好ましい。
本発明のすべての実施形態において、「エクソンが含まれるのを妨げるか、または少な
くとも低減すること」および「エクソンスキッピング」という用語は同義である。COL
7A1に関して、「エクソンが含まれるのを妨げるか、または少なくとも低減すること」
または「エクソンスキッピング」は、エクソン73(配列番号1またはそのアレル型)の
ヒトCOL7A1 mRNA(図1を参照)からの排除と解釈されるべきである。エクソ
ンスキッピングという用語は、本明細書において、エクソンスキッピングされていない成
熟mRNAに存在することになろう特定のエクソンを含まない成熟mRNAを細胞内で誘
導することと定義される。エクソンスキッピングは、スプライシングの生化学的プロセス
を可能にするために必要とされる、例えば、スプライスドナー配列もしくはスプライシン
グアクセプター配列などの配列を妨害することができる分子を用いて、またはひと続きの
ヌクレオチドを成熟mRNAに含まれるべきエクソンと認識するために必要とされるエク
ソン選択シグナル(exon inclusion signal)を妨害することができる分子を用いて前記
成熟mRNAのpre−mRNAを発現する細胞をもたらすことによって達成される。そ
のような分子は、本明細書においてはエクソンスキッピング分子と呼ばれる。
pre−mRNAという用語は、転写によって細胞でDNA鋳型から合成されるプロセ
シングされていないか、または部分的にプロセシングされた前駆体mRNAを指す。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、pre−mRNA分子、hnRN
A(ヘテロ核RNA)またはmRNA分子中の標的ヌクレオチド配列と相補的であり、そ
の結果、その対応する標的配列とアニーリングすることができるヌクレオチド配列を指す
ものと理解される。
「相補的な」という用語は、本明細書中で使用される場合、「完全に相補的な」と、通
常、オリゴヌクレオチドとその対応する標的配列との間の相補性の程度が80%超、好ま
しくは85%超、さらにより好ましくは90%超、最も好ましくは95%超になることを
意味する「実質的に相補的な」とを含む。例えば、その配列とその標的配列との間に1つ
のミスマッチを含む20ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドに対する、相補性の程度は
95%である。
アンチセンス配列の相補性の程度は、アンチセンス配列を含む分子が生理的条件下にお
いてRNA分子中の標的ヌクレオチド配列とアニーリングすることができ、それによりエ
クソンスキッピングを促進するようにされることが好ましい。特定のミスマッチは、他の
ものよりも融解温度すなわちTmを単位として表されるAONと標的配列との間の結合の
強度に対する影響が小さいため、特定のミスマッチは他のものより許容されることが当業
者にはよく知られている。特定の非相補的な塩基対は、真のミスマッチほどではないにせ
よ全体的な結合を妨げる、いわゆる「ゆらぎ」を生じる場合もある。AONの長さも結合
の強度に影響を与え、長いAONは、通例、短いAONよりも高い融解温度を有し、オリ
ゴヌクレオチドのG/C含有量も結合の強度を決定する要素であり、G/C含有量が高い
と任意の所与の長さに対する融解温度がより高くなる。本発明によって意図されるとおり
のヌクレオベースまたは糖・リン酸骨格の特定の化学修飾も結合の強度に影響を与える可
能性があるため、相補性の程度は、本発明によるオリゴヌクレオチドを設計するときに考
慮すべき一要素に過ぎない。
オリゴヌクレオチド中の1つCpGまたは多数(2つ以上)のCpGの存在は、通常、
前記オリゴヌクレオチドの免疫原性の増加と関連づけられる(Dorn & Kippenberger, 200
8)。この免疫原性の増加は、処置される組織、すなわち、皮膚(真皮および/または表
皮)に損傷を引き起こす可能性もあるため望ましくない。
本発明は、許容できるRNA結合動態および/または熱力学的特性を有するオリゴヌク
レオチドを設計することを可能にする。RNA結合動態および/または熱力学的特性は、
オリゴヌクレオチドの融解温度(Tm、基礎のTmおよび最隣接モデルを使用して単鎖R
NAに対するオリゴヌクレオチド特性計算機(www.unc.edu/〜cail/b
iotool/oligo/index.html)により算出される)および/または
AON標的エクソン複合体の自由エネルギー(RNA structureバージョン4
.5を使用)によって少なくとも部分的に決定される。Tmが高すぎると、オリゴヌクレ
オチドは、あまり特異的でなくなることが予想される。許容できるTmおよび自由エネル
ギーは、オリゴヌクレオチドの配列、骨格(ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホ
スホルアミデート、ペプチド−核酸など)の化学的性質、糖部分の性質(リボース、デオ
キシリボース、置換リボース、分子内架橋)およびヌクレオベースの化学修飾により決ま
る。したがって、Tmの範囲は、広く変化する場合がある。
本発明の一態様によると、AONを用いたエクソン73の5’領域のマイクロウォーキ
ングによって本発明による新規のAONが提供される。したがって、本発明によるAON
を設計するために適した標的を形成する新規の8ヌクレオチドのモチーフ(推定上のES
E)が特定された。
本発明者らが選択したオリゴの長さは16から24ヌクレオチドの間であったが、別の
長さも可能である。長いオリゴヌクレオチドほど、製造するために費用がかかり、分析的
な観点からさらに複雑であるため、標的RNAとの安定した相互作用および標的配列に対
する特異性を可能にするだけ十分に長いが、必要以上には長くない長さを有することが好
ましい。例に示されるとおり、エクソン73の5’領域は、エクソンスキッピングのそれ
らの効果に関してin vitroアッセイにおいて試験される一連の重複オリゴヌクレ
オチドを作製することによって有効なエクソンスキッピング分子に関して精査されてもよ
い。満足のいくエクソンスキッピング効果を証明したAONは、その後、製造性、免疫原
性および本明細書において示されるその他の有用性基準に基づいてさらに選択される。
逆の方策も可能である。この方策によると、製造性、免疫原性および本発明によって提
供されるその他の有用性基準に基づいてまずオリゴが設計され、その後、エクソンスキッ
ピング効果に関して試験される。前記オリゴヌクレオチドの機能活性は、好ましくは、一
定の程度まで、および/または少なくとも部分的にエクソン73含有mRNAの生成を低
減するエクソン73(配列番号1)のスキッピングを誘導し、それにより、野生型よりも
短いが機能的なコラーゲンタンパク質の産生を増加させる。
エクソンスキッピングパーセンテージまたは効率は、サイクル数が、増幅が依然として
指数関数的段階にあるような条件で、任意の所与のプライマーセットに関して、所与の数
のPCRサイクル後の増幅された短縮型(エクソン73を含まない)バンドの濃度で割り
、100%を掛けた増幅された野生型バンドの濃度を求めることによって算出されてもよ
い。定量化は、Bioanalyzer DNA1000装置を使用して行ってもよい。
本発明による好ましいAONは、RT−PCR分析によって測定される場合に、非処置
細胞と比較してAON処置した細胞において70%超、より好ましくは80%超、さらに
より好ましくは90%超のスキッピングパーセンテージを示すものである。
好ましくは、配列番号1に示されるとおりのヌクレオチド配列と相補的な配列を含む本
発明によるAONは、相補的な部分が、標的配列と少なくとも80%、より好ましくは少
なくとも90%、さらにより好ましくは少なくとも95%、最大100%相補的であるよ
うにされる。したがって、相補性の領域にあるすべての塩基が対向する鎖にある塩基と対
形成することができることが絶対に必要とされる訳ではない。例えば、オリゴヌクレオチ
ドを設計するとき、例えば、相補的な鎖にある塩基と塩基対にならない残基を組み込むこ
とを望むこともできる。細胞の環境下において、ひと続きのヌクレオチドが相補的な部分
と十分にハイブリダイズすることができるなら、ミスマッチは、ある程度許容される場合
もある。この文脈において、「十分に」は、本発明によるAONがエクソン73のエクソ
ンスキッピングを誘導することができることを意味する。標的とされるエクソンのスキッ
ピングは、好都合にもRT−PCRによって評価することができる。相補的な領域は、組
み合わされる場合、pre−mRNAのエクソンに特異的であるよう設計されることが好
ましい。そのような特異性は、この系の他の(pre−)mRNA分子にある実際の配列
に依存するため、さまざまな長さの相補的な領域を用いて作り出すことができる。オリゴ
ヌクレオチドのサイズを増加させることでオリゴヌクレオチドが1つ以上の他のpre−
mRNA分子ともハイブリダイズすることができてしまうリスクは低下するが、長さは製
造性、精製および/または分析に関する問題の原因となるほど長過ぎてはならない。
相補性の領域にミスマッチを含むが、pre−mRNAの標的とされる領域(複数可)
とハイブリダイズする能力および/または結合する能力を保持するオリゴヌクレオチドを
本発明に使用することができることは明らかである。しかしながら、相補的な部分は、一
般に1つ以上の相補的な領域にそのようなミスマッチを有するオリゴヌクレオチドよりも
高い効率および高い特異性を有するため、少なくとも相補的な部分は、そのようなミスマ
ッチを含まないことが好ましい。さらに高いハイブリダイゼーション強度(すなわち、対
向する鎖との相互作用の数を増加させる)は、系のスプライシング機構を妨害するプロセ
スの効率を増加させる際に有利であると考えられる。好ましくは、相補性は、90%から
100%である。一般に、これは、20ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドに1もしくは
2つのミスマッチを許容する。
本発明のエクソンスキッピング分子は、好ましくは、配列番号1と相補的な(アンチセ
ンス)オリゴヌクレオチドである。
好ましくは、オリゴヌクレオチドの相補的な部分の長さは、オリゴヌクレオチドの長さ
と同じであり、これは、標的RNAと塩基対を形成しないオリゴの5’末端または3’末
端がないことを意味する。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドに関する好ましい長
さは、24ヌクレオチド以下、例えば、12、13、14、15、16、17、18、1
9、20、21、22、23または24ヌクレオチドである。
16から24ヌクレオチドの間の長さを有するAONを用いると特に良好な結果が得ら
れた。
本発明によるエクソンスキッピング分子は、1つ以上のDNA残基(したがって、RN
A「u」残基がDNA対応物として「t」残基になる)、もしくは1つ以上のRNA残基
、および/または本明細書の下でさらに詳述されることになる1つ以上のヌクレオチドア
ナログもしくは等価物を含んでもよい。配列番号5〜35および39〜43はRNA配列
であるが、本発明は、DNA形態のこれらの各配列、およびこれらの配列のDNA/RN
Aハイブリッドも包含する。
本発明のエクソンスキッピング分子は、ヌクレアーゼ耐性を高めるため、および/また
は標的配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの親和性を高めるために修飾された
1つ以上の残基を含むことが好ましい。ゆえに、好ましい実施形態において、本アンチセ
ンスヌクレオチド配列は、少なくとも1つのヌクレオチドアナログまたは等価物を含み、
ヌクレオチドアナログまたは等価物は、修飾塩基、および/または修飾骨格、および/ま
たは非天然のヌクレオシド間結合あるいはこれらの修飾の組合せを有する残基と定義され
る。
好ましい実施形態において、本ヌクレオチドアナログまたは等価物は、修飾骨格を含む
。そのような骨格の例は、モルフォリノ骨格、カルバメート骨格、シロキサン骨格、スル
フィド、スルホキシドおよびスルホン骨格、ホルムアセチル(formacetyl)およびチオホ
ルムアセチル骨格、メチレンホルムアセチル骨格、リボアセチル(riboacetyl)骨格、ア
ルケン含有骨格、スルファメート、スルホネートおよびスルホンアミド骨格、メチレンイ
ミノおよびメチレンヒドラジノ骨格、およびアミド骨格によって提供される。ホスホロジ
アミデートモルフォリノオリゴマーは、アンチセンス薬剤として以前に調査された修飾骨
格オリゴヌクレオチドである。モルフォリノオリゴヌクレオチドは、DNAのデオキシリ
ボース糖が六員環で置換され、ホスホジエステル結合がホスホロジアミデート結合で置換
された無荷電骨格を有する。モルフォリノオリゴヌクレオチドは、酵素分解に耐性があり
、RNase Hを活性化することよりむしろ翻訳を阻止すること、またはpre−mR
NAスプライシングを妨げることによってアンチセンス薬剤として働くようである。モル
フォリノオリゴヌクレオチドは、細胞膜を物理的に破壊する方法によって首尾よく組織培
養細胞に送達され、こうしたいくつかの方法を比較した研究の1つは、スクレープローデ
ィング(scrape loading)が最も効率的な送達の方法であることを見出したが、モルフォ
リノ骨格は荷電していないため、カチオン性脂質は、細胞へのモルフォリノオリゴヌクレ
オチド取り込みの有効なメディエーターではない。
本発明の一実施形態によると、骨格の残基間の結合は、リン原子を含まず、これは例え
ば、短鎖アルキルによって形成される結合またはシクロアルキルヌクレオシド間結合、混
合したヘテロ原子とアルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間結合、または1つ以
上の短鎖ヘテロ原子結合もしくは複素環式ヌクレオシド間結合である。
この実施形態によると、好ましいヌクレオチドアナログまたは等価物は、修飾ポリアミ
ド骨格を有するペプチド核酸(PNA)を含む(Nielsen, et al. (1991) Science 254,
1497-1500)。PNAベースの分子は、塩基対の認識に関してDNA分子の真の模倣物で
ある。PNAの骨格は、ペプチド結合によって連結されたN−(2−アミノエチル)−グ
リシン単位から構成され、ヌクレオベースは、メチレンカルボニル結合によって骨格と連
結される。代替的な骨格は、炭素1つ伸長したピロリジンPNAモノマーを含む(Govind
araju and Kumar (2005) Chem. Commun, 495-497)。PNA分子の骨格は荷電したリン酸
基を含まないため、PNA−RNAハイブリッドは、通常、それぞれRNA−RNAハイ
ブリッドまたはRNA−DNAハイブリッドよりも安定している(Egholm et al. (1993)
Nature 365, 566-568)。
本発明の別の実施形態によると、骨格は、モルフォリノヌクレオチドアナログまたは等
価物を含み、その中のリボースまたはデオキシリボース糖がモルフォリノ六員環(6-memb
ered morpholino ring)で置換されている。最も好ましいヌクレオチドアナログまたは等
価物は、ホスホロジアミデートモルフォリノオリゴマー(PMO)を含み、その中のリボ
ースまたはデオキシリボース糖がモルフォリノ六員環で置換されており、隣接するモルフ
ォリノ環間のアニオン性ホスホジエステル結合が非イオン性ホスホロジアミデート結合に
よって置換されている。
さらに別の実施形態において、本発明のヌクレオチドアナログまたは等価物は、ホスホ
ジエステル結合にある1つの非橋架酸素の置換を含む。この修飾は、塩基対合をやや不安
定にするが、ヌクレアーゼ分解に対する著しい耐性を付加する。好ましいヌクレオチドア
ナログまたは等価物は、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチ
オエート、リン酸トリエステル、アミノアルキルリン酸トリエステル、H−ホスホネート
、メチルホスホネートおよび3’−アルキレンホスホネート、5’−アルキレンホスホネ
ートおよびキラルホスホネートを含むその他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、
3’−アミノホスホロアミデートおよびアミノアルキルホスホロアミデートを含むホスホ
ロアミデート、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキ
ルリン酸トリエステル、セレノリン酸またはボラノリン酸を含む。
本発明のさらに好ましいヌクレオチドアナログまたは等価物は、例えば、−OH;−F
;1つ以上のヘテロ原子の割り込みがあってもよい置換または非置換、直鎖または分岐の
低級(C1〜C10)アルキル、アルケニル、アルキニル、アルカリール、アリル、また
はアラルキル;O−、S−、またはN−アルキル;O−、S−、またはN−アルケニル;
O−、S−またはN−アルキニル;O−、S−、またはN−アリル;O−アルキル−O−
アルキル、−メトキシ、−アミノプロポキシ;メトキシエトキシ;−ジメチルアミノオキ
シエトキシ;および−ジメチルアミノエトキシエトキシにより2’、3’および/または
5’位において一置換または二置換された1つ以上の糖部分を含む。糖部分は、フラノー
スもしくはその誘導体、またはデオキシフラノースもしくはその誘導体、好ましくは、リ
ボースもしくはその誘導体またはデオキシリボースもしくはその誘導体であってもよい。
好ましい誘導体化糖部分は、ロックド核酸(LNA)を含み、その中の2’−炭素原子が
糖環の3’または4’炭素原子と連結され、それにより二環式の糖部分を形成する。好ま
しいLNAは、2’−O、4’−C−エチレン−架橋化核酸を含む(Morita et al. 2001
. Nucleic Acid Res Supplement No. 1: 241-242)。これらの置換は、ヌクレオチドアナ
ログまたは等価物をRNase Hおよびヌクレアーゼ耐性にし、標的RNAに対する親
和性を高める。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのすべてのヌクレオシド間結合が必ずしも修飾されて
いる必要がないことは当業者に理解される。例えば、一部のヌクレオシド間結合が無修飾
であってもよいのに対し、その他のヌクレオシド間結合が修飾されている。一形態の(修
飾)ヌクレオシド間結合、AONの長さ方向に沿って均一または不均一に分散した複数の
形態の(修飾)ヌクレオシド間結合からなる骨格を含むAONはすべて本発明によって包
含される。さらに、骨格修飾(均一、不均一、一形態もしくは複数形態およびそれらのす
べての変形)の任意の様式を、下で言及される糖もしくはヌクレオシド修飾またはアナロ
グの任意の形態と組み合わされてもよい。
本発明によるAONに特に好ましい骨格は、均一な(すべて)ホスホロチオエート(P
S)骨格である。
別の実施形態において、本発明のヌクレオチドアナログまたは等価物は、1つ以上の塩
基修飾または置換を含む。修飾塩基は、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチンおよび当
該技術分野において知られているか、または知られることになるピリミジン塩基およびプ
リン塩基の他の−アザ、デアザ、−ヒドロキシ、−ハロ、−チオ、チオール、−アルキル
、−アルケニル、−アルキニル、チオアルキル誘導体などの合成および天然の塩基を含む
アンチセンスオリゴヌクレオチドのすべての位置が均一に修飾されている必要はないこ
とが当業者に理解される。さらに、上記のアナログまたは等価物の1つ超が、1つのアン
チセンスオリゴヌクレオチドまたはさらにはアンチセンスオリゴヌクレオチド内の1つの
位置に組み込まれてもよい。特定の実施形態において、本発明のアンチセンスオリゴヌク
レオチドは、少なくとも2つの異なる種類のアナログまたは等価物を有する。
別の実施形態によると、本発明によるAONは、2’−O(好ましくは、低級)アルキ
ルホスホロチオエートアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、2’−O−メチル修飾
リボース(RNA)、2’−O−メトキシエチル修飾リボース、2’−O−エチル修飾リ
ボース、2’−O−プロピル修飾リボース、および/またはハロゲン化誘導体などのこれ
らの修飾の置換誘導体を含む。
本発明による有効で好ましいアンチセンスオリゴヌクレオチド様式は、ホスホロチオエ
ート骨格を伴う2’−O−メチル修飾リボース部分を含み、好ましくは、実質的にすべて
のリボース部分が2’−O−メチルであり、実質的にすべてのヌクレオシド間結合がホス
ホロチオエート結合である。
COL7A1遺伝子のエクソン73の効率的なスキッピングのためにさまざまなアンチ
センスオリゴヌクレオチドを組み合わせることができることも当業者には理解されるであ
ろう。少なくとも1つAONが本発明によるAONである限り、エクソン73(図1)の
同じ領域または異なる領域を標的とする2つのアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば
、2つのアンチセンスオリゴヌクレオチド、3つの異なるアンチセンスオリゴヌクレオチ
ド、4つの異なるアンチセンスオリゴヌクレオチド、または5つの異なるアンチセンスオ
リゴヌクレオチドの組合せが本発明の方法に使用されてもよい。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細胞、好ましくは、皮膚細胞へのアンチセンスオ
リゴヌクレオチドの取り込みを高める部分に連結されてもよい。そのような部分の例は、
コレステロール、炭水化物、ビタミン、ビオチン、脂質、リン脂質、細胞透過性ペプチド
であり、以下に限定されるものではないが、アンテナペディア、TAT、トランスポータ
ンおよびオリゴアルギニン(oligoarginine)、ポリアルギニン、オリゴリジン(oligoly
sine)またはポリリジンなどの正電荷アミノ酸、抗体によってもたらされるものなどの抗
原結合ドメイン、抗体のFabフラグメント、またはラクダ科動物のシングルドメイン抗
原結合ドメインなどの単鎖抗原結合ドメインを含む。
本発明によるエクソンスキッピング分子は、ネイキッド(naked)(裸の(gymnotic)
)アンチセンスオリゴヌクレオチドもしくは複合体の形態であってもよく、またはベクタ
ーから発現されてもよい(ベクターにより運ばれる(vectored)AON)。本エクソンス
キッピング分子は、当該技術分野において既知の適した手段を使用して投与することがで
きる。エクソンスキッピング分子がベクターにより運ばれるAONである場合、AONは
、例えば、前記オリゴヌクレオチドを含む転写物をコードする発現ベクターの形態で個体
または前記個体の細胞、組織もしくは臓器に与えられてもよい。発現ベクターは、好まし
くは細胞、組織、臓器または個体にウイルスベクターなどの遺伝子送達媒体により導入さ
れる。好ましい実施形態において、本明細書において特定されるエクソンスキッピング分
子の発現または転写を駆動する発現カセットまたは転写カセット(transcription casset
te)を含むウイルスベースの発現ベクターが提供される。したがって、本発明は、エクソ
ンスキッピング分子の発現を促す条件下に置かれたときに本発明によるエクソンスキッピ
ング分子を発現させるウイルスベクターを提供する。細胞は、例えば、プラスミドによる
アンチセンスオリゴヌクレオチド発現またはアデノウイルスもしくはアデノ随伴ウイルス
ベースのベクターによってもたらされるウイルス発現によって、エクソン73が含まれる
ために必須の、または少なくともそれを促す配列を妨害することができるエクソンスキッ
ピング分子が与えられてもよく、その結果、そのような妨害が、エクソン73がCOL7
A1 mRNAに含まれるのを妨げるか、少なくとも低減する。発現は、U1、U6、ま
たはU7 RNAプロモーターなどのポリメラーゼIIIプロモーターによって駆動され
てもよい。好ましい送達媒体は、アデノ随伴ウイルスベクター(AAV)などのウイルス
ベクター、またはレンチウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターなどである。ま
た、プラスミド、人工染色体、標的相同組換えおよび細胞の哺乳動物(好ましくは、ヒト
)ゲノムへの組み込みに使用可能なプラスミドが、本明細書中で定義されるオリゴヌクレ
オチドの送達に適切に利用されてもよい。転写がPolIIIプロモーターから行われ、
かつ/または転写物がU1またはU7転写物との融合物の形態であるそうしたベクターが
本発明に好ましく、これが小さな転写物の送達に関して良好な結果をもたらす。適した転
写物を設計することは技術のある技術者の範囲内にある。PolIIIによる転写物が好
ましい。U1またはU7転写物との融合転写物の形態が好ましい。そのような融合物は、
当該技術分野において記載されているとおりに作り出すことができる(例えばGorman L e
t al., 1998またはSuter D et al., 1999を参照)。
好ましいアンチセンスオリゴヌクレオチド発現系の1つは、アデノウイルス随伴ウイル
ス(AAV)ベースのベクターである。COL7A1エクソン73の極めて効率的なスキ
ッピングためのアンチセンスヌクレオチド配列の長期の発現のために使用することができ
る単鎖および二重鎖AAVベースのベクターが開発された。
好ましいAAVベースのベクターは、例えば、ポリメラーゼIIIプロモーター(Po
l III)によって駆動される発現カセットを含む。好ましいPol IIIプロモー
ターは、例えば、U1、U6、またはU7 RNAプロモーターである。
したがって、本発明は、COL7A1エクソン73のスキッピングを誘導するための本
発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドの発現のためのPol IIIプロモーター駆動
発現カセットを含むウイルスベースのベクターも提供する。
本発明によるAAVベクターは組換えAAVベクターであり、本明細書中の別の場所で
示したAAV血清型由来のカプシドタンパク質のタンパク質の殻に包まれた本発明による
コード化エクソンスキッピング分子を含むAAVゲノムの部分を含むAAVベクターを指
す。AAVゲノムの部分は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AA
V8、AAV9およびその他などのアデノ随伴ウイルス血清型由来の末端逆位配列(IT
R)を含んでもよい。カプシドタンパク質から構成されるタンパク質の殻は、AAV1、
2、3、4、5、8、9およびその他などのAAV血清型由来のものであってもよい。タ
ンパク質の殻は、カプシドタンパク質の殻と呼ばれる場合もある。AAVベクターは、野
生型AAV遺伝子の1つまたは好ましくはすべてが除去されていてもよいが、依然として
機能的なITR核酸配列を含んでもよい。機能的なITR配列は、AAVビリオンの複製
、レスキューおよびパッケージングに必要である。ITR配列は、機能的なままである限
り、野生型配列であってもよく、または野生型配列と少なくとも80%、85%、90%
、95、もしくは100%の配列同一性を有してもよく、または例えば、ヌクレオチドの
挿入、突然変異、欠失もしくは置換によって改変されていてもよい。この状況において、
機能性とは、カプシドの殻へのゲノムのパッケージングを指示し、その結果、感染した宿
主細胞または標的細胞における発現を可能にさせる能力を指す。本発明の状況において、
カプシドタンパク質の殻は、AAVベクターゲノムITRと異なる血清型のものであって
もよい。したがって、本発明によるAAVベクターは、カプシドタンパク質の殻、すなわ
ち、正二十面体のカプシドから構成されてもよく、それが、1つのAAV血清型、例えば
、AAV血清型2のカプシドタンパク質(VP1、VP2、および/またはVP3)を含
み、一方、AAV5ベクターに含まれるITR配列は、AAV2ベクターを含む任意の上
記のAAV血清型であってもよい。したがって、「AAV2ベクター」は、AAV血清型
2のカプシドタンパク質の殻を含み、例えば、「AAV5ベクター」は、AAV血清型5
のカプシドタンパク質の殻を含み、それにより、どちらも本発明による任意のAAVベク
ターゲノムITRを包んでもよい。
好ましくは、本発明による組換えAAVベクターは、AAV血清型2、5、8またはA
AV血清型9のカプシドタンパク質の殻を含み、前記AAVベクターに存在するAAVゲ
ノムまたはITRは、AAV血清型2、5、8またはAAV血清型9に由来する。そのよ
うなAAVベクターは、それぞれAAV2/2、AAV2/5、AAV2/8、AAV2
/9、AAV5/2、AAV5/5、AAV5/8、AAV5/9、AAV8/2、AA
V8/5、AAV8/8、AAV8/9、AAV9/2、AAV9/5、AAV9/8、
またはAAV9/9ベクターと呼ばれる。
本発明による組換えAAVベクターは、真皮細胞および上皮細胞に対する指向性を有し
、AAV血清型5または8のカプシドタンパク質の殻を含むことがより好ましい。前記ベ
クターに存在するAAVゲノムまたはITRは、同じ血清型またはAAV血清型2などの
異なる血清型由来のものであってもよく、そのようなベクターは、AAV2/5ベクター
またはAAV2/8ベクターと呼ばれる。血清型5のカプシドを有するAAVは、基底角
化細胞およびそれより上の角化細胞(basilar and suprabasilar keratinocyte)ならび
に皮膚線維芽細胞などの真皮細胞および上皮細胞に対して指向性を有する。5型カプシド
を有するAAVベクターは、2型カプシドを有するAAVよりもはるかに高いトランスダ
クション効率を示す(Keswani et al. Wound Repair Regen. 2012 ; 20(4): 592-600)。
同様に、血清型8のカプシドを有するAAVは、皮膚線維芽細胞および(主に)基底角化
細胞よりも上の角化細胞に対して指向性を示す。さらに、AAV2/8は、哺乳動物、好
ましくは、ヒトの真皮細胞および上皮細胞に形質導入する際、AAV2/5よりも効率的
な傾向がある。ただし、トランスダクション効率は、創傷の治癒過程の投与のタイミング
によって左右されるようであり、後の時点ではAAV2/2がAAV2/5およびAAV
2/8よりも高いトランスダクション効率を示す(Keswani et al.,上記)。
したがって、AAV2/2、AAVx/5およびAAVx/8が本発明によるAONを
送達するために好ましいAAVであり、それらの選択は、投与の時期および標的となる細
胞タイプを考慮して決定することができる。これらの詳細は、当業者によって前臨床的試
験または臨床試験において容易に決めることができる。
最適な核酸配列によって表される本発明によるエクソンスキッピング分子をコードする
核酸分子は、好ましくは、上で特定したAAVゲノムまたはITR配列、例えば、コード
配列と機能可能に連結された発現調節エレメントおよび3’終結配列を含む発現コンスト
ラクトの間に挿入される。
「AAVヘルパー機能」とは、一般に途中でAAVベクターに与えられるAAV複製お
よびパッケージングに必要とされる対応するAAVの機能を指す。AAVヘルパー機能は
、AAVベクターに欠けているAAVの機能を補完するが、(AAVベクターゲノムによ
ってもたらされる)AAV ITRがない。AAVヘルパー機能は、AAVの2つの主要
なORF、すなわち、repコード領域およびcapコード領域またはそれらの機能的な
実質的に同一の配列を含む。Rep領域およびCap領域は、当該技術分野において周知
であり、例えば、参照によって本明細書に組み込むChioriniら(1999, J. of Vi
rology, Vol 73(2): 1309-1319)または米国特許第5,139,941号明細書を参照。
AAVヘルパー機能が、AAVヘルパーコンストラクトに与えられてもよく、これは、プ
ラスミドであってもよい。ヘルパーコンストラクトの宿主細胞への導入は、例えば、本明
細書において特定されるAAVベクターに存在するAAVゲノムの導入の前またはそれと
同時のトランスフォーメーション、トランスフェクション、またはトランスダクションに
よって行われてもよい。したがって、本発明のAAVヘルパーコンストラクトは、一方で
AAVベクターのカプシドタンパク質の殻に関して、他方で前記AAVベクター複製およ
びパッケージングにおいて存在するAAVゲノムに関して血清型の所望の組合せをもたら
すように選択されてもよい。
「AAVヘルパーウイルス」は、AAV複製およびパッケージングに必要とされる付加
的な機能を提供する。適したAAVヘルパーウイルスとしては、アデノウイルス、単純ヘ
ルペスウイルス(HSV1型および2型など)およびワクチニアウイルスが挙げられる。
参照によって本明細書に組み込む米国特許第6,531,456号明細書に記載されてい
るとおり、ヘルパーウイルスによってもたらされる付加的な機能も、ベクターにより宿主
細胞に導入することができる。
好ましくは、本発明による組換えAAVベクターに存在するAAVゲノムは、AAVの
rep(複製)遺伝子またはcap(カプシド)遺伝子などのウイルスタンパク質をコー
ドする任意のヌクレオチド配列を含まない。AAVゲノムは、例えば、抗生物質耐性遺伝
子、蛍光タンパク質(例えば、gfp)をコードする遺伝子あるいは当該技術分野におい
て既知の化学的に、酵素的にもしくは別の方法で検知可能なおよび/または選択可能な産
生物をコードする遺伝子(例えば、lacZ、aphなど)などのマーカー遺伝子あるい
はレポーター遺伝子をさらに含んでもよい。
本発明による好ましいAAVベクターは、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む本発
明によるエクソンスキッピング分子を発現させるAAVベクター、好ましくは、AAV2
/5、AAV2/8、AAV2/9またはAAV2/2ベクターであり、前記アンチセン
スオリゴヌクレオチドは、上記表1に開示されているAON1、AON2、AON3、A
ON4、AON20、AON21、AON22、AON23、AON24、AON24.
1、AON24.2、AON24.3、AON24.3、AON24.4、AON24.
5、AON25およびmh−AON1からなる群から選択される配列を含むか、またはそ
れからなる。
個体または前記個体の細胞、組織、臓器に本発明によるエクソンスキッピング分子を与
える手段の改善は、これまでに既に成し遂げられた進歩を考慮して予想される。そのよう
な将来的な改善は、当然、本発明の方法を使用したmRNAの再構築に関して言及した効
果を達成するために組み込まれてもよい。本発明によるエクソンスキッピング分子は、そ
のまま個体、前記個体の細胞、組織もしくは臓器に送達されてもよい。本発明によるエク
ソンスキッピング分子を投与するとき、分子を送達方法と適合した溶液に溶解させること
が好ましい。
裸のAONは、in vivoにおいて大半の細胞に容易に取り込まれ、通常、本発明
によるAONの等張(生理的食塩水)溶液への溶解で皮膚(真皮および表皮)細胞などの
標的細胞に達するのに十分であろう。あるいは、本発明の裸のAONは、薬学的に許容さ
れる賦形剤、添加物、安定剤、溶媒、着色料などを使用して製剤化されてもよい。それに
加えて、またはそれの代わりに、裸のAONは、下で言及される任意のトランスフェクシ
ョン補助剤(transfection aid)を用いて製剤化されてもよい。
皮膚(真皮および表皮)細胞は、等張(生理的食塩水)溶液などの水溶液にプラスミド
を与えることによってアンチセンスオリゴヌクレオチド発現のためのプラスミドを与えら
れてもよい。あるいは、既知のトランスフェクション剤(transfection agent)を使用し
たトランスフェクションによってプラスミドが与えられてもよい。
静脈内、皮下、筋肉内、くも膜下腔内および/または皮内投与に対して、溶液は等張(
生理的食塩水)溶液であることが好ましい。本発明において特に好ましいのは、本明細書
中で定義される各成分の細胞へおよび/または細胞、好ましくは、皮膚(真皮および表皮
)細胞中への送達を助けることになる賦形剤またはトランスフェクション剤の使用である
。本明細書中で定義される複合体を形成した各成分、またはベシクルもしくはリポソーム
に閉じ込められた各成分を細胞膜を通して送達する複合体、ナノ粒子、ミセル、ベシクル
および/またはリポソームを形成することができる賦形剤またはトランスフェクション剤
が好ましい。こうした賦形剤の多くは、当該技術分野において知られている。適した賦形
剤またはトランスフェクション剤は、本明細書中で定義される各成分を細胞、好ましくは
、皮膚(真皮または表皮)細胞に送達することができる粒子に自己集合することができる
ポリエチレンイミン(PEI;ExGen500(MBI Fermentas))、L
ipofectAMINE(商標)2000(Invitrogen)もしくはその誘導
体、またはポリプロピレンイミンもしくはポリエチレンイミンコポリマー(PEC)およ
び誘導体を含む類似のカチオン性ポリマー、合成の両親媒性物質(SAINT−18)、
lipofectin(商標)、DOTAPおよび/またはウイルスカプシドタンパク質
を含む。そのような賦形剤は、皮膚(真皮および表皮)細胞を含む多種多様の培養細胞に
アンチセンス核酸などのオリゴヌクレオチドを効率的に送達することが示された。それら
の高いトランスフェクション潜在性は、全細胞生存に関して低から中程度の許容できる毒
性と組み合わされる。構造変更の容易さが、さらなる変更ならびにそれらのさらなる(i
n vivo)核酸運搬特性および毒性の分析を可能にするために使用されてもよい。
Lipofectinは、リポソームトランスフェクション剤の例である。これは、カ
チオン性脂質N−[1−(2,3ジオレオイルオキシ)プロピル]−N,N,N−トリメ
チルアンモニウムクロリド(DOTMA)(メチル硫酸塩であるDOTAPと比較)およ
び中性脂質ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン(DOPE)の2つの脂質構成
成分からなる。中性構成成分が細胞内放出を仲介する。送達システムの別のグループは高
分子ナノ粒子である。
本明細書中で定義される各成分、好ましくは、オリゴヌクレオチドを、細胞膜を越えて
細胞中に送達することができるカチオン性ナノ粒子を製剤化するために、DNAトランス
フェクション試薬として周知のジエチルアミノエチルアミノエチル(DEAE)デキスト
ランのようなポリカチオンが、シアノアクリル酸ブチル(PBCA)およびシアノアクリ
ル酸ヘキシル(PHCA)と組み合わされてもよい。
こうした一般的なナノ粒子材料に加えて、カチオン性ペプチドプロタミンが、コロイド
を用いてオリゴヌクレオチドを製剤化するための代替的なアプローチを提供する。このコ
ロイドナノ粒子系は、いわゆる、プロティクル(proticle)を形成することができ、これ
は、単純な自己集合プロセスによって作製することができ、オリゴヌクレオチドをパッケ
ージングし、オリゴヌクレオチドの細胞内放出を仲介することができる。当業者は、エク
ソンスキッピング分子をCOL7A1遺伝子の突然変異したエクソン73と関連した疾患
または状態の予防、処置または遅延のために送達すべく本発明に使用するためのエクソン
スキッピング分子をパッケージングおよび送達するために任意の上記またはその他の商業
的に入手可能な代替的賦形剤および送達システムを選択し、適合させることができる。
本発明によるエクソンスキッピング分子は、細胞(とりわけ、皮膚(真皮)細胞)、細
胞質および/またはその核への取り込みを促進するよう設計された標的リガンドと特異的
に共有結合的または非共有結合的に連結されてもよいであろう。そのようなリガンドは、
(i)細胞取り込みを促進する、細胞、組織もしくは臓器に特異的なエレメントを認識す
る化合物(それに限定されるものではないがペプチド(様)構造を含む)ならびに/ある
いは(ii)細胞への取り込みおよび/またはベシクル、例えば、エンドソームもしくは
リソソームからのオリゴヌクレオチドの細胞内放出を促進することができる化学的化合物
を含んでもよいであろう。
したがって、好ましい実施形態において、本発明によるエクソンスキッピング分子は、
組成物または薬剤、あるいは少なくとも、細胞への送達および/もしくはその送達デバイ
スのためならびに/または細胞内送達を向上させるための賦形剤および/または標的化リ
ガンドとともに提供される組成物として製剤化される。
好ましい送達は局所投与による。付随の実施例において概要が示されるとおり、そのよ
うなものは、患者のケアに既に使用されているハイドロゲルであるFlaminal h
ydro(商標)、(2)ヒプロメロースハイドロゲルまたは(3)カルボマーハイドロ
ゲルなどの薬学的に許容されるハイドロゲルの使用によってでもよい。本発明のオリゴヌ
クレオチドの局所送達に使用することができる局所用製剤は、以下のものである。
− クリーム。油中水型エマルジョンまたは水中油型エマルジョンのいずれかとして製剤
化され、後者が美容上および審美的により許容できる。例は、Softisanベースの
クリームまたはセトマクロゴールクリームである。
− ゲル:液相全体に均一に分散したゲル化剤を含む溶液または懸濁液。例は、以下に限
定されるものではないがヒプロメロース、カルボマーおよびアルギン酸塩を含むハイドロ
ゲルである。
− 軟膏。これらは、通常、<20%の水およびビヒクルとして>50%の炭化水素、ワ
ックスまたはポリオールを含む。これらは、クリームよりも脂っこい皮膚感触を有する。
− ペースト:これらは、硬練りで高いパーセンテージの細かく分散した固体を含む。
− 懸濁液。これは、液体ビヒクルに分配された固体粒子を含む液体調製物である。一部
は、ローションと呼ばれる場合もある。
− ローション。これらは、流体でやや粘性のある(エマルジョン)製剤であり、懸濁液
、低粘度のゲルおよび溶液と多くの特徴を共有する。
− フォーム。これは、分注されるときにふわふわした堅さを有するエマルジョンである

− スプレー。これは、ノズルによって形成される液体の微細な液滴である。
− 溶液。これは、通常、水性であるが、アルコールなどのその他の溶媒を含んでもよい
液体生成物である。
組成物が本明細書で定義される補助的な化合物などの付加的な成分を含む場合、組成物
の各成分は、1つの単一の組合せまたは組成物または調製物として製剤化されてもよい。
それらの素性に応じて、当業者は、どの製剤のタイプが本明細書中で定義される各成分に
最も適切であるかがわかるであろう。一実施形態によると、本発明は、本発明によるエク
ソンスキッピング分子、さらに本明細書で定義される補助的な化合物を含むキット・オブ
・パーツの形態である組成物または調製物を提供する。
必要とされる場合、本発明によるエクソンスキッピング分子または本発明によるエクソ
ンスキッピング分子を発現させるベクター、好ましくは、ウイルスベクターは、薬学的に
許容される担体を添加することによって薬学的に活性な混合物に組み込まれてもよい。
したがって、本発明はまた、裸のAONなどの本発明によるエクソンスキッピング分子
、または本発明によるウイルスベクターおよび薬学的に許容される賦形剤を含む組成物、
好ましくは、医薬組成物を提供する。そのような組成物は、1つの本発明によるエクソン
スキッピング分子を含んでもよいが、複数の異なる本発明によるエクソンスキッピング分
子を含んでもよい。そのような医薬組成物は、担体、増量剤、保存料、補助薬、可溶化剤
および/または希釈剤を含む任意の薬学的に許容される賦形剤を含んでもよい。そのよう
な薬学的に許容される担体、増量剤、保存料、補助薬、可溶化剤および/または希釈剤は
、例えば、Remington, 2000において見つけることができる。前記組成物のそれぞれの特
徴は、本明細書の前で定義した。
本発明による複数の異なるエクソンスキッピング分子が使用される場合、本明細書にお
いて定義される濃度または用量は、使用されたすべてのオリゴヌクレオチドの合計濃度も
しくは用量または使用されたか、もしくは添加されたそれぞれのエクソンスキッピング分
子の濃度もしくは用量を指してもよい。したがって、一実施形態において、使用される本
発明によるエクソンスキッピング分子のそれぞれの量または合計量が、0.0001から
100mg/kg、好ましくは、0.001から50mg/kg、さらにより好ましくは
、0.01から20mg/kgの間の範囲の量で投与される組成物が提供される。
本発明による好ましいエクソンスキッピング分子は、個体のDEB、さらに一般には、
突然変異したCOL7A1エクソン73関連疾患または状態の処置のためのものである。
本発明のすべての実施形態において、「処置」という用語は、疾患または状態の予防およ
び/または遅延を含むものと理解される。本発明によるエクソンスキッピング分子を使用
して処置することができる個体は、既にDEBまたはCOL7A1エクソン73関連疾患
または状態を有すると診断されていてもよい。あるいは、本発明によるエクソンスキッピ
ング分子を使用して処置することができる個体は、まだ診断されていなくてもよいが、固
体の遺伝的背景を考慮にいれると将来的にDEBまたはCOL7A1エクソン73関連疾
患または状態を発症するリスクが高い個体であってもよい。好ましい個体はヒトである。
好適な実施形態において、突然変異したCOL7A1エクソン73関連疾患または状態は
、DEBである。
本発明は、例えば、(上記のとおり)個体のDEB、またはさらに一般には、突然変異
したCOL7A1エクソン73関連疾患もしくは状態を処置する際に使用するための医薬
として使用するための、AONなどの本発明によるエクソンスキッピング分子、または本
発明によるAONをコードするウイルスベクターなどのベクター、または本発明によるA
ON、もしくはAONをコードするベクターを含む組成物をさらに提供する。
本発明は、(上記のとおり)個体のDEB、もしくはさらに一般には、突然変異したC
OL7A1エクソン73関連疾患もしくは状態を処置するための薬剤の製造へのAONな
どの本発明によるエクソンスキッピング分子、または本発明によるAONをコードするウ
イルスベクターなどのベクター、または本発明によるAON、もしくはAONをコードす
るベクターを含む組成物の使用をさらに提供する。
本発明は、ゲノムにおいてCOL7A1遺伝子のエクソン73にDEBを含む疾患また
は障害の原因となる突然変異がある哺乳動物(好ましくは、ヒト)を処置するための方法
であって、哺乳動物(ヒト)に本発明のAON、(ウイルス)ベクター、または医薬組成
物を投与することを含む方法をさらに提供する。これらの患者は、DEBもしくは関連障
害を患っていてもよく、または発症するリスクがあってもよい。関連障害、疾患または状
態は、例えば、COL7A1遺伝子のエクソン73における突然変異が原因となるか、ま
たはそれと関連するVII型コラーゲン欠損または個体の皮膚もしくはその他の臓器の異
常の結果として生じる可能性のある皮膚がん(扁平上皮がん)、またはその他の癌腫も包
含する。
本発明の別の実施形態は、ゲノムにおいてCOL7A1遺伝子のエクソン73に突然変
異がある哺乳動物(好ましくは、ヒト)を処置するための医薬として使用するための本発
明によるAON、AONをコードするウイルスベクター、およびAONを含む医薬組成物
である。
本発明によるエクソンスキッピング分子は、飲み込むこと、注射すること、吸入、注入
、噴霧することによる経口、眼内、肺内、鼻腔内、筋肉内、皮下、皮内、直腸へ投与によ
り(水)溶液、懸濁液、(水中油型)エマルジョン、軟膏、トローチ、丸剤などの形態で
全身的に、局部的に、局所的に患者に投与されてもよい。
投薬は、投与経路および患者の必要性に応じて毎日、週に1回、月に1回、年に4回、
年に1回であってもよい。
早くに疾患が発症するため、DEBを含むCOL7A1遺伝子の突然変異したエクソン
73が原因となるか、またはそれと関連した疾患、障害もしくは状態を有するか、または
それを発症するリスクのある患者は、疾患の症状を緩和する、発症を遅らせる、止める、
または逆行させるなどのために、症状の発症前または後に、子宮内で、出生直後に、1、
2、3、6か月齢から、1歳から、3歳から、5歳から処置されてもよい。
本発明による使用または方法における処置は、少なくとも1週間、少なくとも1カ月、
少なくとも数カ月、少なくとも1年、少なくとも2、3、4、5、6年または長期的にさ
らに患者の一生涯の間である。本発明による使用のための本明細書中で定義されるとおり
のエクソンスキッピング分子またはエクソンスキッピングオリゴヌクレオチドまたはその
等価物のそれぞれは、突然変異したCOL7A1エクソン73関連障害、疾患または状態
に既に冒されているか、またはそれを発症するリスクがある個体の細胞、組織および/ま
たは臓器へのin vivoにおける直接投与に適していてもよく、in vivo、e
x vivoまたはin vitroにおいて直接投与されてもよい。本発明のオリゴヌ
クレオチド、組成物、化合物または補助的な化合物の投与の頻度は、患者の年齢、エクソ
ンスキッピング分子の性質(例えば、裸の(gymnotic)AONまたはAAVベクターもし
くはレンチウイルスベクターにより発現させるAONなどの、ベクターにより運ばれる(
vectored)AON)、用量、および前記分子の配合などのいくつかのパラメータにより左
右される可能性もある。
本発明によるエクソンスキッピング分子、好ましくは、オリゴヌクレオチドの用量範囲
は、好ましくは、厳しい手順要件が存在する臨床試験の用量漸増試験(in vivoに
おける使用)に基づいて設計される。本明細書中で定義されるとおりのオリゴヌクレオチ
ドは、0.0001から100mg/kg、好ましくは、0.01から20mg/kgの
用量範囲で使用されてもよい。用量および処置計画は、以下に限定されるものではないが
、投与経路(例えば、全身的対局所的)、オリゴが裸のAONまたはベクターにより運ば
れるAONとして投与されるのかどうか、投与計画、患者の年齢および体重などを含む多
くの要素により大きく変化することもある。
好ましい実施形態において、本発明による分子のための送達媒体として、本明細書の前
に記載されているウイルスベクター、好ましくは、AAVベクターは、1回の注射当たり
1×10〜1×1017ウイルス粒子、より好ましくは、1回の注射あたり1×10
〜1×1014ウイルス粒子、最も好ましくは1×1010〜1×1012ウイルス粒
子の範囲の用量で投与される。
処置の詳細は、オリゴヌクレオチド(複数可)の配列および化学的性質、投与経路、配
合、用量、投与計画、様式(ウイルスベクターまたは裸のオリゴヌクレオチド)、患者の
年齢および体重、疾患のステージなどのような要素に従い、それらに応じて確立される必
要があり、これは、さらなる非臨床試験および臨床試験を必要とする場合もあることは、
本発明が属する技術分野の当業者には明らかになろう。
本発明は、細胞においてCOL7A1エクソン73が含まれるのを妨げるか、または少
なくとも低減することための方法であって、細胞、好ましくは、皮膚細胞(皮膚線維芽細
胞)を裸のAONなどの本発明によるエクソンスキッピング分子または本発明によるAO
Nをコードする(ウイルス)ベクターまたは本発明による組成物と接触させることを含む
方法をさらに提供する。この態様の特徴は、好ましくは、本明細書の前で定義されたもの
である。
別に指示がある場合を除いて、本明細書に記載されている各実施形態は、本明細書に記
載されている別の実施形態と組み合わされてもよい。
本発明によるAONなどのエクソンスキッピング分子、またはそのようなAONをコー
ドする(ウイルス)ベクターの、COL7A1遺伝子が哺乳動物(好ましくは、ヒト)の
細胞において発現するときに、突然変異したCOL7A1エクソン73が含まれるのを妨
げるか、または少なくとも低減する能力、および5’スプライシングアクセプターの選択
に影響を及ぼす領域において生理的条件下で哺乳動物(ヒト)のCOL7A1 pre−
mRNAと結合して、それによりCOL7A1 mRNAに突然変異したエクソン73が
含まれるのを低減する能力は、好都合にも本明細書の実験のセクションに開示されている
アッセイを使用して評価することができる。特に、本エクソンスキッピング分子は、CO
L7A1遺伝子のエクソン73(必ずしも突然変異している訳ではない)を含む細胞とイ
ンキュベートして、エクソン73を含むmRNAの細胞による産生を低減するその能力を
例えば、実験のセクションおよび実施例において本明細書に記載されるとおり(Bioa
nalyzer装置を使用して定量することができる)RT−PCRによって評価するこ
とができる。
本明細書の実験のセクションおよび実施例においてRNAレベルで確認できるとおり、
COL7A1遺伝子のエクソン73を標的とする本発明によるさまざまなAONの添加は
、実際に、エクソン73のないmRNAをもたらし、これが、短いが機能的なVII型コ
ラーゲンタンパク質の産生につながる。
(皮膚の真皮部分由来であってもよい)線維芽細胞では、VII型コラーゲンが豊富に
発現され。ゆえに、DEB患者からの培養線維芽細胞へのAONの添加は、ウエスタンブ
ロットにおいて検出可能な短縮されているが機能的なVII型コラーゲンタンパク質の量
を増加させることになることが予想され、したがって、AONに基づく療法が、COL7
A1 mRNAのスプライシングを再指示するだけでなくVII型コラーゲンの機能性も
回復させることになることを実証することになる。
「アデニン」、「グアニン」、「シトシン」、「チミン」、「ウラシル」およびヒポキ
サンチン(イノシンのヌクレオベース)という用語は、それ自体ヌクレオベースを指す。
アデノシン、グアノシン、シチジン、チミジン、ウリジンおよびイノシンという用語は
、(デスオキシ)リボシル糖と連結されたヌクレオベースを指す。
「ヌクレオシド」という用語は、(デオキシ)リボシル糖と連結されたヌクレオベース
を指す。
本文書において、およびその特許請求の範囲において、「含むこと(to comprise)」
という動詞およびその活用型は、その語に引き続く項目が含まれるが、具体的に言及され
ていない項目も除外しないことを意味するためにその非限定的な意味で使用される。さら
に、文脈が明らかに1つおよび1つだけのエレメントが存在することを必要としない限り
、不定冠詞「a」または「an」による要素の言及は、1つ超の要素が存在する可能性を
排除するものではない。不定冠詞「a」または「an」は、したがって、通常は「少なく
とも1つ」を意味する。
「含む(include)」という語ならびにその時制および活用型のすべては、「含むが、
以下に限定されるものではない」と解釈されるべきである。
「エクソンスキッピング分子」という語は、裸のAON、および適合した細胞でAON
を発現させることができるウイルスベクターを含むベクターにより運ばれるAONを含む
ことが意図される。
数値(例えば、約10)と関連して使用される場合、「約」または「およそ」という語
は、好ましくは、値が、所与の値(10の)プラスまたはマイナス5%の値であってもよ
いことを意味する。
本明細書で提供した配列情報は、エラーを伴って特定された塩基を含める必要があるほ
ど狭く解釈されるべきではない。当業者は、エラーを伴って特定されたそのような塩基を
特定することができ、そのようなエラーの正し方を知っている。配列のエラーの場合、ポ
リペプチドをコードする核酸配列を含む配列番号1に存在する遺伝子の発現によって得ら
れるポリペプチドの配列が優先されるものとする。
エクソン73のmRNA分析
COL7A1のmRNAにあるエクソン73のmRNAの存在を検出するために、He
La細胞およびヒト初代線維芽細胞(HPF)の両方の抽出mRNAを使用した。(a)
HeLaについては10%ウシ胎仔血清(FBS)を加えたダルベッコ変法イーグル培地
(DMEM)において、または(b)HPF細胞については20%FBSおよび1%ピル
ビン酸ナトリウムを加えたDMEM AQEにおいて細胞の培養を行った。すべての細胞
を37℃、5%COで増殖させた。
記載のAONのエクソンスキップ効率を求めるために、細胞を60,000細胞/ウェ
ル(HeLa)で12ウェルプレートに、または150,000細胞/ウェル(HPF)
で6ウェルプレートに播いた。細胞を増殖させた24時間後、細胞に100nmのAON
−maxPEI複合体をトランスフェクションした。ReliaPrep(商標)RNA
Cell Miniprep System(Promega)を用いてRNA単離を
行った後、cDNAをThermo Scientific Versoキットを使用し
て作製した。エクソン71〜72の境界に位置するFWプライマー(5’−GCTGGC
ATCAAGGCATCT−3’、配列番号51)およびエクソン74内に位置するRV
プライマー(5’−TCCTTTCTCTCCCCGTTCTC−3’、配列番号52)
を用いてエクソン73に対するPCRを行った。PCR産物を、DNA1000チップを
使用したBioanalyzerを用いて視覚化し、産生物の長さの分析のためにソフト
ウェアExpert 2100を使用した。
スキッピング効率を表2に示し、図3はラボオンチップの結果を示している。AON1
からAON4、AON20からAON25(AON24.1から24.5を含む)および
m−hAON1と指定した本発明によるAONは、エクソン73が除去されたmRNAが
>70%で最高の効率を有する。有効なAONは、pre−mRNAの5’末端を標的と
する。
Figure 2022000020
Figure 2022000020
望ましくないG−テトラドの発生を避けるために、十分なエクソンスキッピング効率を
示した2つのAONを3’末端のさまざまな数のヌクレオチドを除去することによってト
ランケートした。これらのAONを表3に示す。
Figure 2022000020
これらのAONは、エクソン73がCOL7A1 mRNAに含まれるのを効率的に低
減した(表1を参照)と同時に、製造性、精製および分析的な観点から、または多重鎖化
(multiplexing)による全般的な機能の低下の可能性からあまり望ましくないいかなる配
列もない。
エクソン73のないVII型コラーゲンの機能性は、以下の文献に記載されているいく
つかのin vitroにおける方法を使用して対処することができる。
1.ウエスタンブロッティングを使用したα1−コラーゲン鎖のサイズおよび正確な構
築の両方のタンパク質分析(Titeux et al 2010)。留意すべきことには、スキッピング
されたエクソンのタンパク質の小さなサイズおよび野生型タンパク質の大きなサイズによ
る、タンパク質サイズの明らかな差は見つからない可能性がある。
2.非還元条件でのウエスタンブロッティングを使用することによるVII型コラーゲ
ンホモ三量体の熱安定性分析。野生型のVII型コラーゲンは、3つのα1−コラーゲン
鎖から構成され、41℃のTmを有する(Mecklenbeck et al., 2002)。
3.コロイド金またはスクラッチアッセイを使用した細胞移動分析。エクソン73を含
まないトランケート型タンパク質に対して、野生型のVII型コラーゲンを発現する線維
芽細胞および/または角化細胞の運動性を比較する(Chen et al. 2002)。
4.さまざまな細胞外基質構成要素、例えば、IV型コラーゲン、ラミニン−332、
ラミニン−1またはフィブロネクチンとの細胞接着を評価することができる(Chen et al
. 2002)。
本発明者らは、エクソン73が哺乳動物(好ましくは、ヒト)のCOL7A1 mRN
Aに含まれるのを妨げるか、または少なくとも低減することに関して最も良く機能するこ
とを示すAONがVII型コラーゲンの機能性に関して十分な結果をもたらすことになる
と仮定し、これは、先行技術の上記の方法を使用して容易に評価することができる。さら
に、2つ以下(好ましくは、1つなどの1つ以下)のCpGを含むAONは、in vi
voにおける免疫原性に関して十分に機能するであろう。したがって、本発明の最も好ま
しいAONが、COL7A1遺伝子のエクソン73にある突然変異と関連するジストロフ
ィー型表皮水疱症の型を患っているか、または患うリスクのあるヒトの治療に適した治療
薬への開発の候補である。
ex vivoブタ皮膚モデルを使用したmh−AON1の局所送達
DEB患者に対する現在の創傷管理は、創傷ケア、かゆみおよび疼痛の管理ならびに扁
平上皮がんの早期診断に主に焦点を合わせている。創傷ケアとしては、(塩化物)浴の手
段、消毒剤としてクロルヘキシジンおよびその他の抗菌クリームの使用による創傷の洗浄
および殺菌が挙げられる。さらに、疼痛およびかゆみを低減するために創傷に、ハイドロ
ゲルを使用して水分を補給し、潤いを与える。最後に、創傷ケアには、皮膚を保護し、皮
膚との摩擦を低減し、汚染を防ぎ、材料の付着を防ぎ、創傷からの液体を吸収し、水疱の
サイズが増大するのを防ぐためにさまざまな種類の被覆材/シリコーンフォームを当てる
ことが含まれ、水疱は、内部からの圧力を低下させるために穿刺し、排液する。
mh−AON1の局所送達は、2、3の利益を提供する。第一に、局所送達であるため
、標的細胞、角化細胞および線維芽細胞に直接送達されることになる。第二に、局所投与
であるため、全身的な吸収がほんのわずかだけで、全身毒性が低い(Wraight & White Ph
armacol Ther 2001 Apr;90(1):89-104)。最後に、オリゴヌクレオチドの局所投与後の真
皮および表皮における局所濃度が、全身投与後よりも最大(真皮に関して)150および
(表皮に関して)4000倍高い可能性があることが示されている(Metha et al., J In
vest Dermatol. 2000 Nov;115(5):805-12)。
mh−AON1の局所送達を調査するために、社内でex vivoブタ皮膚モデルを
確立した。ブタの皮膚は、ヒトの皮膚と極めて類似していると考えられ、同等の上皮の厚
さおよび角質層のバリア特性を有する。送達試験のために、ブタex vivo皮膚を0
.8から1.4mmの間の厚さに切断し、頂部が空気に曝露した空気−液体界面で培養し
た。DEB患者の創傷では、表皮が真皮から完全に分離しているため、表皮を機械的に完
全に除去することによってこうした創傷を模した。mh−AON1の無傷または水疱様の
ex vivoブタ皮膚への皮膚浸透を評価するために、本オリゴヌクレオチドを、DE
Bの標準的な創傷ケアの一部であるPBSまたはハイドロゲル中のいずれかに製剤化した
。mh−AON1への曝露後に皮膚小片を、形態の対比染色としてヘマトキシリンを使用
した組織学的評価のために4%ホルマリン中で固定し、処理し、パラフィンに包埋した。
オリゴヌクレオチドはCy5標識と複合体を形成したため、mh−AON1の部位を蛍光
顕微鏡によって視覚化することができた。
PBS中に製剤化したmh−AON1
無傷および水疱様のex vivoブタ皮膚小片を25μgのPBS中に製剤化したm
h−AON1とともに24時間インキュベートした後、それらを分析のために処理した。
結果は、無傷のブタ皮膚小片に添加したmh−AON1は角質層に浸透しないことを示し
ている(図4a〜b)。しかしながら、mh−AON1製剤を水疱様のブタ皮膚において
インキュベートした場合、オリゴヌクレオチドが真皮に浸透したことが観察された(図4
c〜f)。
ハイドロゲル中に製剤化したmh−AON1
患者の創傷に適用するためには、mh−AON1を軟膏またはゲルに組み込むことが有
益である。DEB患者は、例えば、創傷に潤いを与え、それにより疼痛およびかゆみを低
減させるために創傷ケアの一部としてハイドロゲルを使用するため、mh−AON1をハ
イドロゲルにも組み込むことができるかどうか試験した。このために以下の3つの異なる
ハイドロゲルを使用した:(1)患者のケアに既に使用されているハイドロゲルであるf
laminal(商標)、ともに社内で配合した(2)ヒプロメロースハイドロゲルおよ
び(3)カルボマーハイドロゲル。どのハイドロゲルも既に臨床の現場で一般的に使用さ
れている。オリゴヌクレオチドを含むハイドロゲル製剤、およびオリゴヌクレオチドを含
まないハイドロゲル製剤を調製し、皮膚小片に薄く塗った。各皮膚小片のために25μg
のmh−AON1を50mgのゲルに製剤化し、0.5mg/mlのオリゴヌクレオチド
の最終濃度を得た。
flaminal(商標)、ヒプロメロースまたはカルボマーハイドロゲルのいずれに
製剤化したmh−AON1もex−vivoブタ皮膚小片の無傷の角質層には浸透できな
かったことが確認された(図5a、c、e、g)。しかしながら、3つすべてのハイドロ
ゲルは、表皮が除去された水疱様のブタ皮膚の真皮にオリゴヌクレオチドを送達すること
ができた(図5b、d、f、h)。ハイドロゲルの最適化は進行中であり、最終製剤の選
択は、皮膚の浸透の深さ、局所的忍容性、mh−AON1の組合せのpH、mh−AON
1ハイドロゲル製剤の安定性およびハイドロゲルからのmh−AON1の放出に基づくこ
とになる。
結 論
DEB患者は、水疱、創傷および潰瘍のために自身の弱い皮膚に非常に苦しんでいる。
さらに、患者は、常時創傷ケアが必要である。したがって、送達の局所経路によりmh−
AON1を評価した。DEBの患者の皮膚を模した水疱様の皮膚は、角質層を含む表皮を
除去することによって作り出した。PBS中またはハイドロゲル中のいずれに製剤化した
mh−AON1も水疱様の皮膚に浸透することができ、真皮に到達することが証明された
。これらの結果は、患者の皮膚創傷への局所投与が、mh−AON1を皮膚にある標的細
胞に送達するのに適したアプローチであることを裏付けている。さらに、これらの発見は
、EB標準治療に類似した製剤が、mh−AON1の送達に適しているようであることを
裏付けている。
mRNAレベルにおける有効性試験
mh−AON1の有効性を評価するために以下の2つの異なる細胞タイプを使用した:
(1)HeLaおよび(2)健康な個人の皮膚由来のヒト初代線維芽細胞(HPF)。両
細胞タイプともCOL7A1 mRNAを発現し、VII型コラーゲンタンパク質を産生
する。本明細書中で開示されるとおりのmh−AON1は、COL7A1 mRNAから
エクソン73を排除するよう、したがって、転写物から突然変異を排除するよう設計した
。mh−AON1は、スプライシングプロセスを標的とし、最も直接的で測定可能な有効
性の結果は、mh−AON1を添加した、およびしていないCOL7A1転写物(野生型
およびΔ73)のプロファイリングおよび定量化である。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によるCOL7A1 mRNAレベルのプロファイリ
ングおよび定量化
PCRは、特異的なDNA(cDNA)配列の対数増幅を可能にする直接的な技術であ
る。エクソン73に隣接するCOL7A1配列に特異的なプライマーを使用して、PCR
反応を行った。その後、形成された産物を、ラボオンチップ技術を使用して視覚化し、こ
れは、異なるフラグメント長さの産物の識別および収率に基づく定量分析を可能にする。
エクソン73スキップ実験のために、HPF細胞およびHeLa細胞に、トランスフェ
クション媒体としてポリエチレンイミン(ポリI:C)を使用して100nMの濃度でm
h−AON1をトランスフェクションした。トランスフェクションの24または40時間
後、その細胞を回収し、全mRNAを単離し、cDNAを合成し、1つはエクソン69に
および1つはエクソン74にあるCOL7A1に特異的なプライマーを使用してPCRを
行った。陰性対照として、mh−AON1オリゴヌクレオチドのスクランブル(SCRM
)バージョンを用いた。
結果は、PCRによって測定される場合、mh−AON1による処理は、SCRM処理
された細胞と比較してCOL7A1 mRNAからのエクソン73の効率的な排除をもた
らすことを示している(図6)。さらに、未処理細胞における野生型mRNAのレベルを
、処理細胞における全COL7A1 mRNAのレベルと比較することができた。PCR
/bioanalyzer法は、情報を与えるが、絶対的に定量的ではないため、これら
の最初の発見を、核酸フラグメントの極めて正確で、絶対的な定量化を提供する液滴デジ
タルPCR(droplet digital PCR)アッセイを使用することによって引き続き調査した
液滴デジタルPCRを用いたCOL7A1 mRNA転写物のプロファイリングおよび
定量化
液滴デジタルPCR(ddPCR)は、PCRサンプルを数千の液滴に分割することに
より核酸の極めて正確で絶対的な定量化を提供する。COL7A1 mRNA/cDNA
PCRの投入は、各液滴が1つのCOL7A1 cDNA分子を含むか、または含まな
いかのいずれかになるように調節した。鋳型の検出を可能にするために、野生型COL7
A1またはΔ73COL7A1に特異的なプローブをPCRミックスに添加した。これら
のプローブの位置を図7に示す。一方のプローブは野生型産物に特異的であり、他方のプ
ローブはΔ73COL7A1産物にのみ特異的である。このプローブは鋳型との結合時に
加水分解され、蛍光になり、その結果、PCR増幅が行われた後に、標的配列を含む蛍光
液滴をカウントすることができる。陽性の液滴および陰性の液滴の数のポアソン統計分析
を使用して、サンプル中の野生型またはΔ73COL7A1 mRNA分子の絶対的な量
を評価することができる。
mh−AON1に関する用量−反応プロファイルを確立するために、50、100また
は200nMのいずれかのmh−AON1をHeLa細胞にトランスフェクションした。
トランスフェクションの24時間後の結果は、mh−AON1による処理が、COL7A
1の野生型転写物およびΔエクソン73転写物の両方をもたらすことを示している。これ
らの結果は、PCRで確認された観察結果を裏付ける。50nMの用量は、24時間後に
既にほぼ最大の効果をもたらす。40時間後に50nMおよび200nMのトランスフェ
クションに関してΔエクソン73転写物の%に小さな増加が観察された(図8)。
in vitroにおける免疫原性試験
オリゴヌクレオチドは、脊椎動物の自然免疫系のパターン認識レセプター(PRR)の
活性化を引き起こす可能性がある。PRRレセプターの最も良く研究されたファミリーは
、トール様受容体(TLR)である。TLRは、自然免疫系において重要な役割を果たす
タンパク質のクラスである。これは、微生物由来の構造的に保存された分子を認識する、
通常マクロファージおよび樹状細胞で発現する単一の膜貫通非触媒型レセプターである。
異なるタイプの核酸によって活性化されるTLRは、エンドソームに位置するものである
:TLR3(二重鎖RNAを認識する)、TLR7/8(二重鎖RNAおよび単鎖RNA
を認識する)、およびTLR9(CpG−DNAを認識する)。
PRRによるこうした成分の認識時に、特異的な「殺菌性の」免疫応答が誘導される。
TLR活性化は、活性化B細胞の核内因子カッパ軽鎖エンハンサー(NF−κB)、イン
ターフェロン制御因子3(IRF−3)およびアクチベータータンパク質1(AP−1)
の活性化をもたらす。AP−1、IRF−3およびNF−κBの活性化は、炎症性サイト
カイン、I型インターフェロンおよび自然免疫応答のその他のメディエーターの産生をも
たらす。こうしたプロセスは、炎症などの即時の宿主防御応答を誘導するだけでなく、抗
原特異的な適応免疫応答を刺激および統合もする。
初代ヒト末梢血単核細胞(PBMC)のmh−AON1へのin vitro曝露を使
用して(全身的性)薬物特異的免疫応答および免疫毒性を評価した。PBMCを使用した
in vitroアッセイは、全身性免疫応答の代替マーカーとして(炎症性)サイトカ
インの産生を使用した確立された前臨床試験である。PBMCアッセイは、調査化合物の
免疫原性およびアレルゲン性の可能性の因子として、忍容性を予想することを可能にし、
これらの化合物に関する安全な投薬範囲の推定を可能にするであろう。
mh−AON1の試験のために、健康な血液バンクドナーのバフィーコートから得た社
内で単離したPBMCを使用した。培養上清における重要な炎症性サイトカインの産生を
、10nMから1μMの範囲の濃度のmh−AON1による刺激の24時間後に評価した
。さらに、mh−AON1およびAON73.24.5による一般的なPPRが関係する
免疫活性化を評価するために、NF−κBおよび/またはAP−1により誘導可能な分泌
型胎盤アルカリホスファターゼ(secreted embryonic alkaline phosphatase)レポータ
ーコンストラクトが染色体へ組み込まれたRamos−Blue(Invivogen、
ヒトB細胞)レポーター細胞株を使用した。Ramos−Blue細胞は、TLR3、T
LR7/8およびTLR9を含む関連したセットのTLRを発現する。活性化NF−κB
および/またはAP−1を、10nMから1μMの範囲の濃度のmh−AON1またはA
ON73.25.4による刺激の24時間後に測定した。さらに、mh−AON1の細胞
毒性効果の可能性を評価するために、mh−AON1による処理後のPBMCおよびRa
mos−Blueの生存率を、培養上清中の蛍光レゾルフィンを測定することによって分
析した。生細胞は、非蛍光レサズリンを蛍光レゾルフィンに変換する。
ヒトPBMCにおける結果
陽性対照LPS(TLR4アゴニスト)およびR848(TLR7/8アゴニスト)に
よるヒトPBMCの刺激は、IL−3を除いて、培養上清中の測定したすべてのサイトカ
インの濃度を大幅に増加させた。さらに、CpG DNA(TLR9アゴニスト)または
ポリ(I:C)(TLR3アゴニスト)による刺激は、それほどではないが類似のパター
ンのサイトカインを誘導した。生理的食塩水で処理したヒトPBMCと比較したmh−A
ON1または陽性対照による刺激後の培養上清中のサイトカイン濃度の有意水準を示すヒ
ートマップを図9aに示す。重要なことに、10nMから1μMの範囲のmh−AON1
濃度によるヒトPBMCの刺激は、最も低い濃度のmh−AON1におけるIFN−α2
を除いて、培養上清中の測定したいかなるサイトカインの濃度も増加させなかった(図9
a)。ただし、mh−AON1による刺激後の上清中のIFN−α2の濃度の増加は用量
依存的ではないため、これは実験的異常値または技術的誤差と見なした(図9b)。最後
に、mh−AON1による処理の24時間後に細胞毒性の形跡はなかった(図9c)。対
照的に、R848、または10nMおよび100nMのmh−AON1による処理後に生
存率のわずかな増加が確認され、これは、細胞生存の向上、細胞代謝の増加またはさらに
増殖/分化の増加を示唆する。
Ramos−Blue細胞における結果
ヒトRamos Blue細胞株において行った免疫原性アッセイの結果は、10nM
から1μMの範囲の濃度のmh−AON1またはAON73.24.5による24時間の
処理後にNF−κBおよび/またはAP−1の活性化を示さなかった(図10a)。対照
的に、陽性対照ポリ(I:C)(1μg/ml)、CpG(10μg/ml)およびR8
48(1μM)は、NF−κBおよび/またはAP−1の活性化を誘導した。Ramos
−BlueではTLR4が発現しないため、LPSは効果がなかった。さらに、MH−A
ON1による処理の24時間後に細胞毒性の形跡はなく(図10b)、これはヒトPBM
Cにおいて得られた結果を裏付けた。
当然のことながら、本発明は、例の目的としてのみ上で記載されており、本発明の範囲
および趣旨内にありながら改変がなされてもよい。

上記の開示に基づく発明の例として、以下のものが挙げられる。
[1] 哺乳動物細胞においてpre−mRNAからのスプライシングによってヒトCOL
7A1 mRNAが生成されるときに、エクソン73が前記mRNAに含まれるのを妨げ
るか、または低減することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、(a)前
記オリゴヌクレオチドの配列が最大2つのCpG配列を含む、かつ/または(b)前記オ
リゴヌクレオチドが24ヌクレオチド以下の長さを有することを特徴とするアンチセンス
オリゴヌクレオチド。
[2] 特性(a)は、前記オリゴヌクレオチドが最大1つのCpG配列を含むことを特徴
とする、[1]に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[3] 特性(b)は、23ヌクレオチド以下の長さを有することを特徴とする、[1]また
は[2]に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[4] 特性(b)は、前記オリゴヌクレオチドが16から24ヌクレオチドの間の長さを
有することを特徴とする、[1]または[2]に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[5] 特性(b)は、前記オリゴヌクレオチドが16から23ヌクレオチドの間の長さを
有することを特徴とする、[1]または[2]に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[6] 特性(b)は、前記オリゴヌクレオチドの配列が16、17、18、19、20、
21、22、23または24ヌクレオチドからなる群から選択される長さを有することを
特徴とする、[1]〜[5]のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[7] 特性(a)および(b)の両方を有することを特徴とする、[1]〜[6]のいずれか
一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[8] オリゴリボヌクレオチドであることを特徴とする、[1]〜[7]のいずれか一項に記
載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[9] ヌクレオシド間結合が、化学的に修飾されており、好ましくは、ホスホロチオエー
ト結合であることを特徴とする、[12]に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
[10] 前記オリゴヌクレオチドの糖部分が低級2’−O−アルキル、好ましくは2’−
O−メチル置換糖部分であることを特徴とする、[1]〜[9]のいずれか一項に記載のアン
チセンスオリゴヌクレオチド。
[11] HeLa細胞またはそれ由来のサンプルにおいて測定可能な形で、エクソン73
が含まれるのを70%超、好ましくは75%超、さらにより好ましくは80%超、より好
ましくは85%超、さらに90%超低減することができることを特徴とする、[1]〜[1
0]のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[12] 哺乳動物細胞においてpre−mRNAからのスプライシングによってヒトCO
L7A1 mRNAが生成されるときに、エクソン73が前記mRNAに含まれるのを妨
げるか、または低減することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、配列5
’−UUUCCUGG−3’(配列番号4)によって特徴づけられるエクソン73の(S
Rp40/SC35結合/ESE)エレメントとアニーリングすることができることを特
徴とするアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[13] 1つ以下のCpG配列を有することを特徴とする、[12]に記載のアンチセンス
オリゴヌクレオチド。
[14] その配列が24ヌクレオチド以下の長さを有することを特徴とする、[12]また
は[13に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
[15] 哺乳動物細胞においてpre−mRNAからのスプライシングによってヒトCO
L7A1 mRNAが生成されるときに、エクソン73が前記mRNAに含まれるのを妨
げるか、または低減することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、配列番
号5、6、7、8、24、25、26、27、28、39、40、41、42、43、2
9および35のAONからなる群から選択されることを特徴とするアンチセンスオリゴヌ
クレオチド。

Claims (20)

  1. ヒト細胞においてpre−mRNAからのスプライシングによってヒトVII型コーラゲンα1鎖(COL7A1)mRNAが生成されるときに、エクソン73が前記mRNAに含まれるのを妨げるかまたは低減することができるアンチセンスオリゴリボヌクレオチドであって、
    COL7A1 pre−mRNA中の配列番号5、24、25、26、27、28、39、40、41、42、43、29または35に対応する標的配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、および
    少なくとも1つの1つ以上のヌクレオチドアナログもしくは等価物を含む、
    アンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  2. 前記標的ヌクレオチド配列に相補的である前記オリゴリボヌクレオチド中のヌクレオチド配列は、標的ヌクレオチド配列に対する相補性の程度が80%超であり、前記オリゴリボヌクレオチドが生理学的条件下でCOL7A1 pre−mRNA分子中の前記標的ヌクレオチド配列にアニーリングでき、それによってエクソン73のスキップを促進する、請求項1に記載のオリゴリボヌクレオチド。
  3. 前記標的ヌクレオチド配列が配列番号35に対応する、請求項1に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  4. (a)前記オリゴリボヌクレオチドが最大2つのCpG配列を有する、
    (b)前記オリゴリボヌクレオチドが12〜24の間のヌクレオチド長を有する、
    (c)前記オリゴリボヌクレオチドが非天然のヌクレオシド間結合を有する、および/または
    (d)前記ヌクレオチドアナログまたは等価物が、
    (i) 2’−O−低級アルキル修飾、2’−O−アルキル−O−アルキル修飾、もしくは2’−メトキシエトキシ修飾を含む修飾糖部分、または
    (ii)2’−炭素原子が糖環の3’もしくは4’炭素原子と連結され、それにより二環式の糖部分を形成するロックド核酸(LNA)
    を含む、
    請求項1に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  5. (a)前記オリゴリボヌクレオチドが最大1つのCpG配列を含む、
    (b)前記オリゴリボヌクレオチドが16〜23の間のヌクレオチド長を有する、
    (c)前記オリゴリボヌクレオチドがホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、および/または
    (d)前記ヌクレオチドアナログまたは等価物が、
    (i) 2’−O−メチル修飾を含む修飾糖部分、または
    (ii)2’−炭素原子が、2’−O、4’−C−エチレン架橋によって糖環の4’炭素原子と連結されたLNA
    を含む、
    請求項4に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  6. (a)前記オリゴリボヌクレオチドの全てのヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合である、および/または
    (b)前記オリゴリボヌクレオチドの全てのヌクレオチドが、
    (i) 2’−O−メチル修飾を含む修飾糖部分、または
    (ii) 2’−炭素原子が糖環の3’もしくは4’炭素原子と連結されたLNA
    を含むヌクレオチドアナログまたは等価物である、
    請求項5に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  7. 前記オリゴリボヌクレオチドは、HeLa細胞または該HeLa細胞由来サンプルにおいてエクソン73含有を70%超低減できる、請求項1に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  8. 前記オリゴリボヌクレオチドは、HeLa細胞または該HeLa細胞由来サンプルにおいてエクソン73含有を80%超低減できる、請求項7に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  9. 前記オリゴリボヌクレオチドは、HeLa細胞または該HeLa細胞由来サンプルにおいてエクソン73含有を90%超低減できる、請求項8に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド。
  10. 請求項1〜9のいずれか1項に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチド、ならびに担体、賦形剤、安定剤、トランスフェクション剤、希釈剤、ゲル化剤および緩衝剤のうちの1つ以上を含む、組成物。
  11. ヒトの治療で使用するための医薬組成物である、請求項10に記載の組成物。
  12. RNA転写物からのスプライシングによってヒトVII型コーラゲンα1鎖(COL7A1)mRNAがヒト細胞において生成されるときに、エクソン73が前記mRNAに含まれるのを妨げるかまたは低減するための方法であって、前記方法は、
    請求項1に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチドを、前記細胞よる取込みが行われる条件下で前記細胞に提供する工程、および
    スプライシングを生じさせる工程
    を含む、方法。
  13. ヒト患者の細胞における前記COL7A1遺伝子中で突然変異したエクソン73と関連した疾患または状態を治療するための方法であって、請求項1に記載のアンチセンスオリゴリボヌクレオチドをヒト患者に投与する工程を含む、方法。
  14. 前記疾患または状態が、ジストロフィー型表皮水疱症(DEB)である、請求項13に記載の方法。
  15. 前記アンチセンスオリゴリボヌクレオチドが、
    (a)前記オリゴリボヌクレオチドの裸の形態、
    (b)前記オリゴリボヌクレオチドの複合体の形態、または
    (c)前記オリゴリボヌクレオチドを発現可能なベクター
    として前記ヒト患者に投与される、請求項13に記載の方法。
  16. (a)前記オリゴリボヌクレオチドの複合体の形態が前記ヒト患者に投与され、前記オリゴリボヌクレオチドが細胞による取込みを増強させる部分と連結されている、または
    (b)前記アンチセンスオリゴリボヌクレオチドを発現可能なベクターが前記ヒト患者に投与され、前記ベクターがアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレトロウイルスベクターである、
    請求項15に記載の方法。
  17. 前記投与が、
    (i)全身性または局所的である、および/または
    (ii)1回以上繰り返される、
    請求項13に記載の方法。
  18. 前記アンチセンスオリゴリボヌクレオチドが、配列番号35のヌクレオチドを含む、請求項13に記載の方法。
  19. 前記アンチセンスオリゴリボヌクレオチドが、配列番号35のヌクレオチドからなる、請求項13に記載の方法。
  20. (a)前記オリゴリボヌクレオチドがホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、および/または
    (b)前記ヌクレオチドアナログまたは等価物が、
    (i) 2’−O−メチル修飾を含む修飾糖部分、または
    (ii)2’−炭素原子が糖環の3’もしくは4’炭素原子と連結されたLNA
    を含む、
    請求項19に記載の方法。
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