JP2021533771A - 核酸のインビトロ検出 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み入れられる、2018年8月14日に出願された米国仮出願第62/718,427号の35 U.S.C.§119(e)に基づく恩典を主張する。
本出願は、EFS-Webを介してASCII形式で提出されており、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる配列表を含む。2019年7月29日に作成された該ASCIIコピーは、002806-092060WOPT_SL.txtという名称であり、サイズは15,781バイトである。
本明細書において、無細胞発現システムを使用して核酸を検出するためのシステムおよび方法が記載される。
従来の核酸検出技術は、多大な基本的施設および運用投資を必要とする。特に、標識および増幅システムは、熱サイクルプラットフォームと、高価で場所をとる画像化技術とを必要とする。そのようなシステムは、現場で配置する機会も制限する。タンパク質発現が検出読み出しである場合、インビボ細胞発現システムは、現場で使用するための実行可能な展開を伴わず、複雑性のもう1つの層を追加する。したがって、当技術分野において、複雑さが低減しており、最小限の基本的施設によって柔軟な展開を提供するシステムおよび方法に対する大きな必要性が存在する。
本明細書において、標的核酸分子の存在を検出するためのセンサーシステムに関連する方法および組成物が提供される。標的の非存在下では、これらのセンサーは非機能的部分として存在する。標的の存在下では、標的核酸結合配列を含むセンサーシステム部分は、標的に特異的に結合し、標的に結合すると、互いに近接して配置され、機能的なセンサーシステムを形成することが可能になる。機能的である場合、センサーシステムはレポータータンパク質を発現することができる。したがって、本明細書において記載されるセンサーは、非常に低いバックグラウンドシグナルを有し、かつ、タンパク質出力を測定するための既存の技術とともに使用するように容易に適合される。
本明細書において、標的核酸の存在下での活性化のために設計された非機能的で不活性な発現カセットに基づく核酸センサーシステムが記載されている。活性化は、例えば、標的分子に対する複数の別個のカセット分子のハイブリダイゼーションによって起こり、それによって、カセット分子を会合させ、機能的である完全なカセットを提供することができる。活性で機能的な発現カセットは、無細胞発現システムで転写され、コードされたタンパク質またはポリペプチドに翻訳される。無細胞発現システムは、生細胞の状況の外で、細胞膜の制約を伴わず動作する細胞機構を含む。コードされたタンパク質またはポリペプチドは、直接的または間接的に検出され得る。
1. a)3’ハイブリダイゼーション領域を含む第1の核酸と、5’ハイブリダイゼーション領域を含む第2の核酸とを含む、核酸センサーシステムであって、
b)第1の核酸および第2の核酸が、3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域にハイブリダイズする標的核酸によって架橋された場合に、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む非鋳型カセットをコードするように構成されている、
核酸センサーシステム。
2. 第2の核酸の3’領域に相補的なプライマーを含む、パラグラフ1の核酸センサーシステム。
3. 第1の核酸および第2の核酸がDNAである、パラグラフ1の核酸センサーシステム。
4. 3’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ1の核酸センサーシステム。
5. 5’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ1の核酸センサーシステム。
6. 無細胞発現システムを含む、パラグラフ1〜5のいずれか1つの核酸システム。
7. リガーゼを含む、パラグラフ1〜6のいずれか1つの核酸システム。
8. 逆転写酵素を含む、パラグラフ1〜7のいずれか1つの核酸システム。
9. DNAにハイブリダイズしているRNAを加水分解するリボヌクレアーゼを含む、パラグラフ1〜8のいずれか1つの核酸システム。
10. リボヌクレアーゼがRNAse Hである、パラグラフ9のいずれか1つの核酸システム。
11. a)i)プロモーター、
ii)RBS、
iii)レポータータンパク質のコード配列
を含む、非機能的一本鎖非鋳型形態のDNA発現カセットであって、
カセット内に標的核酸ハイブリダイゼーション配列が挿入されており、カセットが2つの分子に分離されており、分離がハイブリダイゼーション領域内で生じている、DNA発現カセットと、
b)発現カセットの3’領域に相補的な一本鎖DNAプライマーと、
c)リガーゼと、
d)無細胞発現システムと
を含む、核酸センサーシステム。
12. a)5’から3’方向に、
i)プロモーター、
ii)リボソーム結合部位(RBS)、
iii)開始コドン、および
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態のハイブリダイゼーション領域の上流部分の非鋳型鎖
を含む、第1の一本鎖DNA(ssDNA)ドメインと、
b)5’から3’方向に
i)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態のハイブリダイゼーション領域の下流部分、および
ii)ハイブリダイゼーション領域の下流部分の下流で、かつハイブリダイゼーション領域の下流部分とインフレームで連結された、レポータータンパク質のコード配列の非鋳型鎖
を含む、第2のssDNAドメインと、
c)第2のドメインの3’領域に相補的なssDNAプライマーと
を含む、核酸センサーシステム。
13. a)5’から3’方向に、
i)プロモーター、および
ii)ハイブリダイゼーション領域の上流部分の非鋳型鎖
を含む、第1の一本鎖DNA(ssDNA)ドメインと、
b)5’から3’方向に、
i)ハイブリダイゼーション領域の下流部分、
ii)リボソーム結合部位(RBS)、および
iii)レポータータンパク質のコード配列とインフレームで連結された開始コドンの非鋳型鎖
を含む、第2のssDNAドメインと、
c)第2のドメインの3’領域に相補的なssDNAプライマーと
を含む、核酸センサーシステム。
14. a)5’から3’方向に、
i)プロモーター、
ii)リボソーム結合部位(RBS)、
iii)レポータータンパク質のコード配列の上流部分とインフレームで連結された開始コドン、および
iv)レポータータンパク質のコード配列の上流部分の下流で、かつレポータータンパク質のコード配列の上流部分とインフレームに連結された、リーディングフレームの形態のハイブリダイゼーション領域の上流部分の非鋳型鎖
を含む、第1の一本鎖DNA(ssDNA)ドメインと、
b)5’から3’方向に、
i)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態のハイブリダイゼーション領域の下流部分、および
ii)ハイブリダイゼーション領域の下流部分の下流で、かつハイブリダイゼーション領域の下流部分とインフレームで連結された、レポータータンパク質のコード配列の残りの部分の非鋳型鎖
を含む、第2のssDNAドメインと、
c)その3’末端で第2のドメインに相補的なssDNAプライマーと
を含む、核酸センサーシステム。
15. 第1および第2のssDNAドメインが別個のDNA断片であり、第2のssDNAドメインが5’ホスフェートを含む、パラグラフ11〜14のいずれかの核酸センサーシステム。
16. 第2のssDNAドメインが、末端ヘアピンループ内にssDNAプライマーを含むその3’末端に、ヌクレオチド配列をさらに含む、パラグラフ15の核酸センサーシステム。
17. 第1のドメインの5’末端が、末端ヘアピンループを形成する配列をさらに含む、パラグラフ16の核酸センサーシステム。
18. 第1および第2のドメインが単一のssDNA配列上に存在するように、第1のドメインの5’末端が、介在するssDNA配列を介して第2のドメインの3’末端に連結されている、パラグラフ12〜15のいずれかの核酸センサーシステム。
19. ハイブリダイゼーション領域が、少なくとも12ヌクレオチドである、パラグラフ1〜18のいずれかの核酸センサーシステム。
20. ハイブリダイゼーション領域の上流部分および下流部分が、それぞれ少なくとも6ヌクレオチドである、パラグラフ19の核酸センサーシステム。
21. レポータータンパク質が、ルシフェラーゼ、βラクタマーゼ、βガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、カタラーゼ、炭酸脱水酵素、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、シアン蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、トリプシン、プロテアーゼ、短縮型レポータータンパク質を補完および活性化するペプチドからなる群より選択される、パラグラフ11〜20のいずれかの核酸センサーシステム。
22. リガーゼ、鎖置換DNAポリメラーゼ、dNTP、RNAse阻害剤、および無細胞発現システムのうちの1つまたは複数をさらに含む、パラグラフ12〜21のいずれかの核酸センサーシステム。
23. 無細胞発現システムが全細胞抽出物である、パラグラフ22の核酸センサーシステム。
24. 鎖置換DNAポリメラーゼが、エキソヌクレアーゼ部分を有するクレノウ断片、エキソヌクレアーゼ部分を有しないクレノウ断片、phi29ポリメラーゼおよび改変T7 DNAポリメラーゼからなる群より選択される、パラグラフ22または23の核酸センサーシステム。
25. パラグラフ1〜24のいずれかの核酸センサーシステムと、
陽性対照と
を含む、キット。
26. a)上流および下流のハイブリダイゼーション領域が標的核酸の一部に相補的であり、その結果、上流および下流のハイブリダイゼーション領域への標的核酸のハイブリダイゼーションが、接合部を第1のドメインと第2のドメインとの間に作成する、パラグラフ1〜24のいずれかの核酸センサーシステムを提供する工程;
b)上流および下流のハイブリダイゼーション領域との標的核酸のハイブリダイゼーションに適しかつ上流および下流のハイブリダイゼーション領域のライゲーションに適した条件下、リガーゼの存在下で、核酸センサーシステムと試料とを接触させて、それによって、動作可能に連結されたssDNA反応生成物を生成する工程;
c)DNA重合、転写および翻訳に適した条件下で、工程b)で生成された反応生成物を、鎖置換DNAポリメラーゼと、タンパク質生成に必要なdNTPおよび他のビルディングブロック構成要素と、ssDNAプライマーとを含む無細胞発現システムに接触させて、それによって、レポータータンパク質を生成する工程;
d)存在するレポータータンパク質を測定して、試料中の標的核酸の存在を示す工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。
27. 核酸センサーシステムの構成要素が、それぞれ約16nMで存在する、パラグラフ26の方法。
28. リガーゼが約100nMで存在する、パラグラフ26の方法。
29. 工程b)が、周囲温度(24〜26C)で、5分〜15分の期間にわたりインキュベートされ、および/または工程c)が、周囲温度で、60分〜3時間の期間にわたりインキュベートされる、パラグラフ26の方法。
30. 無細胞発現システムが、RNAse阻害剤をさらに含む、パラグラフ26の方法。
31. 無細胞発現システムが、第2のドメインの3’末端に相補的なssDNAプライマー12.5uMをさらに含む、パラグラフ26の方法。
32. dNTPの濃度が約230uMである、パラグラフ26の方法。
33. DNAポリメラーゼが、エキソヌクレアーゼ部分を有するクレノウ断片、エキソヌクレアーゼ部分を有しないクレノウ断片、phi29ポリメラーゼおよび改変T7 DNAポリメラーゼからなる群より選択される、パラグラフ26の方法。
34. レポータータンパク質がルシフェラーゼであり、測定が、無細胞発現システム内の発光の検出によるものである、パラグラフ26の方法。
35. 転写が、RNA転写物へのssDNAプライマーのハイブリダイゼーション、逆転写酵素を使用する逆転写、および内部分解性切断をさらに含む、パラグラフ26の方法。
36. 接合部が、標的核酸の多型に対してハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ26の方法。
1. a)3’ハイブリダイゼーション領域を含む第1の核酸と、
b)5’ハイブリダイゼーション領域を含む第2の核酸と
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1の核酸および第2の核酸が、3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域にハイブリダイズする標的核酸によって架橋された場合に、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む非鋳型カセットをコードするように構成されている、
核酸センサーシステム。
2. a)3’ハイブリダイゼーション領域を含む第1の核酸と、
b)5’ハイブリダイゼーション領域を含む第2の核酸と
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1の核酸および第2の核酸が、一緒にライゲーションされた場合に、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む非鋳型カセットをコードするように構成されている、
核酸センサーシステム。
3. a)3’ハイブリダイゼーション領域を含む第1の核酸と、
b)5’ハイブリダイゼーション領域を含む第2の核酸と
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1の核酸および第2の核酸が、一緒にライゲーションされ、3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域にハイブリダイズする標的核酸にハイブリダイズした場合に、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む非鋳型カセットをコードするように構成されている、
核酸センサーシステム。
4. i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)レポータータンパク質のコード配列と
を含む、非機能的一本鎖非鋳型形態のDNA発現カセット
を含む、核酸センサーシステムであって、
カセット内に、標的核酸ハイブリダイゼーション配列が位置しており、カセットが第1の核酸および第2の核酸に分離されており、分離がハイブリダイゼーション領域内で生じている、
核酸センサーシステム。
5. 第1または第2の核酸のいずれかが、レポータータンパク質のコード配列を含み、かつ残りの核酸がプロモーターを含む、パラグラフ1〜4のいずれかの核酸センサーシステム。
6. 第1または第2の核酸のいずれかが、レポータータンパク質のコード配列を含み、かつ残りの核酸が、プロモーターとリボソーム結合部位とを含む、パラグラフ1〜5のいずれかの核酸センサーシステム。
7. 第1または第2の核酸のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列の開始コドンとを含み、かつ残りの核酸が、レポータータンパク質の残りのコード配列を含む、パラグラフ1〜6のいずれかの核酸センサーシステム。
8. 第1の核酸が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)レポータータンパク質のコード配列の開始コドンと、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2の核酸が、5’から3’方向に、
i)レポータータンパク質の残りのコード配列とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、レポータータンパク質の残りのコード配列と
を含む、
パラグラフ7の核酸センサーシステム。
9. 第1または第2の核酸のいずれかがプロモーターを含み、かつ残りの核酸が、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む、パラグラフ1〜8のいずれかの核酸センサーシステム。
10. 第1の核酸が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2の核酸が、5’から3’方向に、
i)5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)リボソーム結合配列と、
iii)レポータータンパク質のコード配列と
を含む、
パラグラフ9の核酸センサーシステム。
11. 第1または第2の核酸のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列の5’部分とを含み、かつ残りの核酸が、レポータータンパク質の残りのコード配列を含む、パラグラフ1〜10のいずれかの核酸センサーシステム。
12. 第1の核酸が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)RBSと、
iii)開始コドンおよび少なくとも1つの追加のコドンを含む、レポータータンパク質のコード配列の第1の部分と、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2の核酸が、5’から3’方向に、
i)レポータータンパク質のコード配列の第1の部分とインフレームかつレポータータンパク質のコード配列の第2の部分とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、レポータータンパク質のコード配列の第2の部分と
を含む、
パラグラフ11の核酸センサーシステム。
13. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質のコード配列に位置している、パラグラフ11〜12のいずれかの核酸センサーシステム。
14. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質の溶媒曝露ループをコードする領域内に位置している、パラグラフ11〜13のいずれかの核酸センサーシステム。
15. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質のコード配列に位置しており、かつレポーター遺伝子機能に実質的に影響を及ぼさない、パラグラフ11〜14のいずれかの核酸センサーシステム。
16. 第1の核酸および第2の核酸がDNAである、パラグラフ1〜15のいずれかの核酸センサーシステム。
17. 第2の核酸が5’ホスフェートを含む、パラグラフ1〜16のいずれかの核酸センサーシステム。
18. 3’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ1〜17のいずれかの核酸センサーシステム。
19. 5’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ1〜18のいずれかの核酸センサーシステム。
20. 3’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもないか、それらと同一の範囲に及ばない、パラグラフ1〜19のいずれかの核酸センサーシステム。
21. 3’ハイブリダイゼーション領域が、第1の核酸内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である、パラグラフ1〜20のいずれかの核酸センサーシステム。
22. 5’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもないか、それらと同一の範囲に及ばない、パラグラフ1〜21のいずれかの核酸センサーシステム。
23. 5’ハイブリダイゼーション領域が、第2の核酸内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の5’である、パラグラフ1〜22のいずれかの核酸センサーシステム。
24. 2つのハイブリダイゼーション領域が、合計で少なくとも12ヌクレオチド長である、パラグラフ1〜23のいずれかの核酸センサーシステム。
25. 5’および3’ハイブリダイゼーション領域が、それぞれ少なくとも6ヌクレオチド長である、パラグラフ1〜24のいずれかの核酸センサーシステム。
26. 第1および第2の核酸が別個の分子である、パラグラフ1〜25のいずれかの核酸センサーシステム。
27. 第1および第2の核酸が単一のDNA配列または鎖上に存在するように、第1の核酸の5’末端が、介在するssDNA配列を介して第2の核酸の3’末端に連結されている、パラグラフ1〜26のいずれかの核酸センサーシステム。
28. 第1の核酸の5’末端が、末端ヘアピンループを形成する配列をさらに含む、パラグラフ1〜27のいずれかの核酸センサーシステム。
29. 第2の核酸の3’領域に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ1〜28のいずれかの核酸センサーシステム。
30. 第2の核酸内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である配列に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ1〜29のいずれかの核酸センサーシステム。
31. 第2の核酸が、末端ヘアピンループ内にプライマーを含むその3’末端に、ヌクレオチド配列をさらに含む、パラグラフ1〜30のいずれかの核酸センサーシステム。
32. レポータータンパク質が、ルシフェラーゼ、ナノルシフェラーゼ、βラクタマーゼ、βガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、カタラーゼ、炭酸脱水酵素、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、シアン蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、トリプシン、プロテアーゼ、ならびに短縮型レポータータンパク質を補完および活性化するペプチドからなる群より選択される、パラグラフ1〜31のいずれかの核酸センサーシステム。
33. 無細胞発現システムをさらに含む、パラグラフ1〜32のいずれかの核酸システム。
34. リガーゼをさらに含む、パラグラフ1〜33のいずれかの核酸システム。
35. 逆転写酵素をさらに含む、パラグラフ1〜34のいずれかの核酸システム。
36. DNAにハイブリダイズしているRNAを加水分解するリボヌクレアーゼをさらに含む、パラグラフ1〜35のいずれかの核酸システム。
37. リボヌクレアーゼがRNAse Hである、パラグラフ1〜36のいずれかの核酸システム。
38. a)i)発現カセットの3’領域に相補的な、ii)第2の核酸の3’領域に相補的な、iii)第2の核酸内の任意のプロモーター、リボソーム結合部位もしくはコード配列の3’である配列に相補的な、またはiv)発現カセット内の任意のプロモーター、リボソーム結合部位もしくはコード配列の3’である配列に相補的な、一本鎖DNA(ssDNA)プライマーと、
b)リガーゼと、
c)無細胞発現システムと
をさらに含む、パラグラフ1〜37のいずれかの核酸システム。
39. リガーゼ、鎖置換DNAポリメラーゼ、dNTP、RNAse阻害剤、および無細胞発現システムのうちの1つまたは複数をさらに含む、パラグラフ1〜38のいずれかの核酸センサーシステム。
40. 無細胞発現システムが全細胞抽出物である、パラグラフ33〜39のいずれかの核酸センサーシステム。
41. DNAポリメラーゼが、エキソヌクレアーゼ部分を有するクレノウ断片、エキソヌクレアーゼ部分を有しないクレノウ断片、phi29ポリメラーゼ、改変T7 DNAポリメラーゼ、サイクロバチルス由来のポリメラーゼ、鎖置換が増強されたサイクロバチルス由来のポリメラーゼ、およびB. スブチリス由来のポリメラーゼからなる群より選択される、パラグラフ1〜40のいずれかの核酸センサーシステム。
42. 接合部が、標的核酸の多型に対してハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ1〜41のいずれかの核酸センサーシステム。
43. 3’または5’ハイブリダイゼーション領域が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ1〜42のいずれかの核酸センサーシステム。
44. 3’または5’ハイブリダイゼーション領域の遊離末端が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ1〜43のいずれかの核酸センサーシステム。
45. 多型が、上流または下流のssDNAセンサードメインのいずれかまたは両方の上の、ハイブリダイゼーション領域の接合部にある2つの塩基の一方または両方に位置している、パラグラフ1〜44のいずれかの核酸センサーシステム。
46. ハイブリダイゼーション領域が、1つまたは複数の多型を含む、パラグラフ1〜45のいずれかの核酸センサーシステム。
47. a)3’ハイブリダイゼーション領域を含む第1のドメインと、
b)5’ハイブリダイゼーション領域を含む第2のドメインと
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1のドメインおよび第2のドメインが、3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域にハイブリダイズする標的核酸によって架橋された場合に、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む非鋳型カセットをコードするように構成されている、
核酸センサーシステム。
48. a)3’ハイブリダイゼーション領域を含む第1のドメインと、
b)5’ハイブリダイゼーション領域を含む第2のドメインと
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1のドメインおよび第2のドメインが、一緒にライゲーションされた場合に、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む非鋳型カセットをコードするように構成されている、
核酸センサーシステム。
49. a)3’ハイブリダイゼーション領域を含む第1のドメインと、
b)5’ハイブリダイゼーション領域を含む第2のドメインと
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1のドメインおよび第2のドメインが、一緒にライゲーションされ、3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域にハイブリダイズする標的核酸にハイブリダイズした場合に、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む非鋳型カセットをコードするように構成されている、
核酸センサーシステム。
50. i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)レポータータンパク質のコード配列と
を含む、一本鎖非鋳型形態のDNA発現カセット
を含む、核酸センサーシステムであって、
カセット内に、標的核酸ハイブリダイゼーション配列が位置しており、カセットが、第1のドメインと第2のドメインとに分離されているかまたは第1のドメインと第2のドメインとを含み、ドメイン間の分離または移行部が、ハイブリダイゼーション領域内に生じている、
核酸センサーシステム。
51. 第1または第2のドメインのいずれかが、レポータータンパク質のコード配列を含み、かつ残りのドメインがプロモーターを含む、パラグラフ47〜50のいずれかの核酸センサーシステム。
52. 第1または第2のドメインのいずれかが、レポータータンパク質のコード配列を含み、かつ残りのドメインが、プロモーターとリボソーム結合部位とを含む、パラグラフ47〜51のいずれかの核酸センサーシステム。
53. 第1または第2のドメインのいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列の開始コドンとを含み、かつ残りのドメインが、レポータータンパク質の残りのコード配列を含む、パラグラフ47〜52のいずれかの核酸センサーシステム。
54. 第1のドメインが、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)レポータータンパク質のコード配列の開始コドンと、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のドメインが、5’から3’方向に、
i)レポータータンパク質の残りのコード配列とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、レポータータンパク質の残りのコード配列と
を含む、
パラグラフ53の核酸センサーシステム。
55. 第1または第2のドメインのいずれかがプロモーターを含み、かつ残りのドメインが、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列とを含む、パラグラフ47〜54のいずれかの核酸センサーシステム。
56. 第1のドメインが、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のドメインが、5’から3’方向に、
i)5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)リボソーム結合配列と、
iii)レポータータンパク質のコード配列と
を含む、
パラグラフ55の核酸センサーシステム。
57. 第1または第2のドメインのいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、レポータータンパク質のコード配列の5’部分とを含み、かつ残りのドメインが、レポータータンパク質の残りのコード配列を含む、パラグラフ47〜56のいずれかの核酸センサーシステム。
58. 第1のドメインが、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)RBSと、
iii)開始コドンおよび少なくとも1つの追加のコドンを含む、レポータータンパク質のコード配列の第1の部分と、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のドメインが、5’から3’方向に、
i)レポータータンパク質のコード配列の第1の部分とインフレームかつレポータータンパク質のコード配列の第2の部分とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、レポータータンパク質のコード配列の第2の部分と
を含む、
パラグラフ57の核酸センサーシステム。
59. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質の溶媒曝露ループをコードする領域内の、レポータータンパク質のコード配列に位置している、パラグラフ57〜58のいずれかの核酸センサーシステム。
60. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質のコード配列に位置しており、かつレポーター遺伝子機能に実質的に影響を及ぼさない、パラグラフ57〜59のいずれかの核酸センサーシステム。
61. 第1のドメインおよび第2のドメインがDNAである、パラグラフ47〜60のいずれかの核酸センサーシステム。
62. 3’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ47〜61のいずれかの核酸センサーシステム。
63. 5’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ47〜62のいずれかの核酸センサーシステム。
64. 3’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもないか、それらと同一の範囲に及ばない、パラグラフ47〜63のいずれかの核酸センサーシステム。
65. 3’ハイブリダイゼーション領域が、第1のドメイン内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である、パラグラフ47〜64のいずれかの核酸センサーシステム。
66. 5’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもないか、それらと同一の範囲に及ばない、パラグラフ47〜65のいずれかの核酸センサーシステム。
67. 5’ハイブリダイゼーション領域が、第2のドメイン内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の5’である、パラグラフ47〜66のいずれかの核酸センサーシステム。
68. 2つのハイブリダイゼーション領域が、合計で少なくとも12ヌクレオチド長である、パラグラフ47〜67のいずれかの核酸センサーシステム。
69. 5’および3’ハイブリダイゼーション領域が、それぞれ少なくとも6ヌクレオチド長である、パラグラフ47〜68のいずれかの核酸センサーシステム。
70. 第1および第2のドメインが同じ分子上にある、パラグラフ47〜69のいずれかの核酸センサーシステム。
71. 第1および第2のドメインが単一のDNA配列または鎖上に存在するように、第1のドメインの5’末端が、介在するssDNA配列を介して第2のドメインの3’末端に連結されている、パラグラフ47〜70のいずれかの核酸センサーシステム。
72. 第1のドメインの5’末端が、末端ヘアピンループを形成する配列をさらに含む、パラグラフ47〜71のいずれかの核酸センサーシステム。
73. 第2のドメインの3’領域に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ47〜72のいずれかの核酸センサーシステム。
74. 第2のドメイン内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である配列に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ47〜73のいずれかの核酸センサーシステム。
75. 第2のドメインが、末端ヘアピンループ内にプライマーを含むその3’末端に、ヌクレオチド配列をさらに含む、パラグラフ47〜74のいずれかの核酸センサーシステム。
76. レポータータンパク質が、ルシフェラーゼ、ナノルシフェラーゼ、βラクタマーゼ、βガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、カタラーゼ、炭酸脱水酵素、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、シアン蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、トリプシン、プロテアーゼ、ならびに短縮型レポータータンパク質を補完および活性化するペプチドからなる群より選択される、パラグラフ47〜75のいずれかの核酸センサーシステム。
77. 無細胞発現システムをさらに含む、パラグラフ47〜76のいずれかの核酸システム。
78. リガーゼをさらに含む、パラグラフ47〜77のいずれかの核酸システム。
79. 逆転写酵素をさらに含む、パラグラフ47〜78のいずれかの核酸システム。
80. DNAにハイブリダイズしているRNAを加水分解するリボヌクレアーゼをさらに含む、パラグラフ47〜79のいずれかの核酸システム。
81. リボヌクレアーゼがRNAse Hである、パラグラフ47〜80のいずれかの核酸システム。
82. a)i)発現カセットの3’領域に相補的な、ii)第2の核酸の3’領域に相補的な、iii)第2の核酸内の任意のプロモーター、リボソーム結合部位もしくはコード配列の3’である配列に相補的な、またはiv)発現カセット内の任意のプロモーター、リボソーム結合部位もしくはコード配列の3’である配列に相補的な、一本鎖DNAプライマーと、
b)リガーゼと、
c)無細胞発現システムと
をさらに含む、パラグラフ47〜81のいずれかの核酸システム。
83. リガーゼ、鎖置換DNAポリメラーゼ、dNTP、RNAse阻害剤、および無細胞発現システムのうちの1つまたは複数をさらに含む、パラグラフ47〜82のいずれかの核酸センサーシステム。
84. 無細胞発現システムが全細胞抽出物である、パラグラフ77〜83のいずれかの核酸センサーシステム。
85. DNAポリメラーゼが、エキソヌクレアーゼ部分を有するクレノウ断片、エキソヌクレアーゼ部分を有しないクレノウ断片、phi29ポリメラーゼ、改変T7 DNAポリメラーゼ、サイクロバチルス由来のポリメラーゼ、鎖置換が増強されたサイクロバチルス由来のポリメラーゼ、およびB. スブチリス由来のポリメラーゼからなる群より選択される、パラグラフ47〜84のいずれかの核酸センサーシステム。
86. 接合部が、標的核酸の多型に対してハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ47〜85のいずれかの核酸センサーシステム。
87. 3’または5’ハイブリダイゼーション領域が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ47〜86のいずれかの核酸センサーシステム。
88. 3’または5’ハイブリダイゼーション領域の遊離末端が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ47〜87のいずれかの核酸センサーシステム。
89. 多型が、上流または下流のssDNAセンサードメインのいずれかまたは両方の上の、ハイブリダイゼーション領域の接合部にある2つの塩基の一方または両方に位置している、パラグラフ47〜88のいずれかの核酸センサーシステム。
90. ハイブリダイゼーション領域が、1つまたは複数の多型を含む、パラグラフ47〜89のいずれかの核酸センサーシステム。
91. a)上流のハイブリダイゼーション領域および下流のハイブリダイゼーション領域が標的核酸の一部に相補的であり、その結果、上流および下流のハイブリダイゼーション領域への標的核酸のハイブリダイゼーションが、接合部を第1の核酸と第2の核酸との間または第1のドメインと第2のドメインとの間に作成する、パラグラフ1〜90のいずれかの核酸センサーシステムを提供する工程;
b)上流および下流のハイブリダイゼーション領域との標的核酸のハイブリダイゼーションに適しかつ上流および下流のハイブリダイゼーション領域のライゲーションに適した条件下、リガーゼの存在下で、核酸センサーシステムと試料とを接触させて、それによって、動作可能に連結されたssDNA反応生成物を生成する工程;
c)DNA重合、RNA転写およびRNA翻訳に適した条件下で、工程b)で生成された反応生成物を、DNAポリメラーゼと、mRNAおよびタンパク質生成に必要なdNTPおよび他のビルディングブロック構成要素と、ssDNAプライマーとを含む無細胞発現システムに接触させて、それによって、レポータータンパク質を生成する工程;
d)存在するレポータータンパク質を測定して、試料中の標的核酸の存在を示す工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。
92. a)3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が標的核酸の一部に相補的であり、その結果、2つのハイブリダイゼーション領域への標的核酸のハイブリダイゼーションが、接合部を第1の核酸と第2の核酸との間に作成する、パラグラフ1〜90のいずれかの核酸センサーシステムを提供する工程;
b)3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域との標的核酸のハイブリダイゼーションに適しかつハイブリダイゼーション領域のライゲーションに適した条件下、リガーゼの存在下で、核酸センサーシステムと試料とを接触させて、それによって、動作可能に連結された第1および第2の核酸を含む核酸鎖にハイブリダイズした標的核酸の鎖を含む反応生成物を生成する工程;
c)工程b)で生成された反応生成物と無細胞発現システムとを接触させて、それによって、レポータータンパク質を生成する工程;
d)工程c)で生成されたレポータータンパク質を測定して、試料中の標的核酸の量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。
93. 核酸センサーシステムの構成要素が、それぞれ約16nMで存在する、パラグラフ91〜92のいずれかの方法。
94. リガーゼが約100nMで存在する、パラグラフ91〜93のいずれかの方法。
95. 工程b)が、周囲温度(24〜26℃)で、5分〜15分の期間にわたりインキュベートされ、および/または工程c)が、周囲温度で、60分〜3時間の期間にわたりインキュベートされる、パラグラフ91〜94のいずれかの方法。
96. 無細胞発現システムが、RNase阻害剤をさらに含む、パラグラフ91〜95のいずれかの方法。
97. 無細胞発現システムが、第2の核酸または第2のドメインの3’末端に相補的なssDNAプライマー12.5uMをさらに含む、パラグラフ91〜96のいずれかの方法。
98. 無細胞発現システムが、レポータータンパク質基質をさらに含む、パラグラフ91〜97のいずれかの方法。
99. dNTPの濃度が約230uMである、パラグラフ91〜98のいずれかの方法。
100. DNAポリメラーゼが、エキソヌクレアーゼ部分を有するクレノウ断片、エキソヌクレアーゼ部分を有しないクレノウ断片、phi29ポリメラーゼ、改変T7 DNAポリメラーゼ、サイクロバチルス由来のポリメラーゼ、鎖置換が増強されたサイクロバチルス由来のポリメラーゼ、およびB. スブチリス由来のポリメラーゼからなる群より選択される、パラグラフ91〜99のいずれかの方法。
101. レポータータンパク質がルシフェラーゼであり、レポータータンパク質基質がルシフェラーゼ基質であり、測定が、無細胞発現システム内の発光の検出によるものである、パラグラフ91〜100のいずれかの方法。
102. 転写が、RNA転写物へのssDNAプライマーのハイブリダイゼーション、逆転写酵素を使用する逆転写、および内部分解性切断をさらに含む、パラグラフ91〜101のいずれかの方法。
103. 接合部が、標的核酸の多型に対してハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ91〜102のいずれかの方法。
104. 3’または5’ハイブリダイゼーション領域が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ91〜103のいずれかの方法。
105. 3’または5’ハイブリダイゼーション領域の遊離末端が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ91〜104のいずれかの方法。
106. 多型が、上流または下流のssDNAセンサードメインのいずれかまたは両方の上の、ハイブリダイゼーション領域の接合部にある2つの塩基の一方または両方に位置している、パラグラフ91〜105のいずれかの方法。
107. 1つまたは複数の多型が、ハイブリダイゼーション領域内に任意で導入され得る、パラグラフ91〜106のいずれかの方法。
1. 一緒にライゲーションされた場合に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)コード配列と
を含むDNA発現カセットの一本鎖
を生成する、第1および第2の一本鎖DNAセンサー部分
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1および第2の一本鎖DNAセンサー部分内に、標的核酸ハイブリダイゼーション配列が位置している、
核酸センサーシステム。
2. 一緒にライゲーションされた場合に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)コード配列と
を含むDNA発現カセットの一本鎖
を生成する、第1および第2の一本鎖DNAセンサー部分
を含む、核酸センサーシステムであって、
該一本鎖は、
iv)3’および5’ハイブリダイゼーション領域を含む、標的核酸ハイブリダイゼーション配列
を含み、ここで、該3’ハイブリダイゼーション領域は、第1のセンサー部分に含まれており、かつ該5’ハイブリダイゼーション領域は、第2のセンサー部分に含まれており、そのため、該センサーシステムが、該標的核酸配列とハイブリダイズする標的核酸を含む試料に接触した場合に、該標的核酸とのハイブリダイゼーションによって、該第1の部分と該第2の部分のライゲーションが可能になり、該一本鎖が生成される、
核酸センサーシステム。
3. DNA発現カセットが、非鋳型DNA発現カセットである、パラグラフ1〜2のいずれか1つの核酸センサーシステム。
4. 発現カセットの第1および第2のセンサー部分が、発現カセット内の任意の所与の位置で分離されている、パラグラフ1〜3のいずれか1つの核酸センサーシステム。
5. 前記分離が、前記標的核酸ハイブリダイゼーション配列内で生じている、パラグラフ4記載の核酸センサーシステム。
6. 前記標的核酸ハイブリダイゼーション配列が、発現カセット内の任意の所与の位置に位置している、パラグラフ1〜4のいずれか1つの核酸センサーシステム。
7. 第1または第2のセンサー部分のいずれかがコード配列を含み、かつ残りのセンサー部分がプロモーターを含む、パラグラフ1〜6のいずれか1つの核酸センサーシステム。
8. 第1または第2のセンサー部分のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位とを含み、かつ残りのセンサー部分がコード配列を含む、パラグラフ1〜7のいずれか1つの核酸センサーシステム。
9. 第1または第2のセンサー部分のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、コード配列の開始コドンとを含み、かつ残りのセンサー部分が残りのコード配列を含む、パラグラフ1〜8のいずれか1つの核酸センサーシステム。
10. 第1のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)コード配列の開始コドンと、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)残りのコード配列とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、残りのコード配列と
を含む、
パラグラフ9記載の核酸センサーシステム。
11. 第1または第2のセンサー部分のいずれかがプロモーターを含み、かつ残りのセンサー部分がリボソーム結合部位とコード配列とを含む、パラグラフ1〜10のいずれか1つの核酸センサーシステム。
12. 第1のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)リボソーム結合配列と、
iii)コード配列と
を含む、
パラグラフ11記載の核酸センサーシステム。
13. 第1または第2のセンサー部分のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、コード配列の5’部分とを含み、かつ残りのセンサー部分が残りのコード配列を含む、パラグラフ1〜12のいずれか1つの核酸センサーシステム。
14. 第1のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)RBSと、
iii)開始コドンおよび少なくとも1つの追加のコドンを含む、コード配列の第1の部分と、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)コード配列の第1の部分とインフレームかつコード配列の第2の部分とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、コード配列の第2の部分と
を含む、
パラグラフ13記載の核酸センサーシステム。
15. 3’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ1〜14のいずれか1つの核酸センサーシステム。
16. 5’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、パラグラフ1〜15のいずれか1つの核酸センサーシステム。
17. 3’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもない、パラグラフ1〜16のいずれか1つの核酸センサーシステム。
18. 3’ハイブリダイゼーション領域が、第1のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である、パラグラフ1〜17のいずれか1つの核酸センサーシステム。
19. 5’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもない、パラグラフ1〜18のいずれか1つの核酸センサーシステム。
20. 5’ハイブリダイゼーション領域が、第2のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の5’である、パラグラフ1〜19のいずれか1つの核酸センサーシステム。
21. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、合計で少なくとも12ヌクレオチド長である、パラグラフ1〜20のいずれか1つの核酸センサーシステム。
22. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、それぞれ少なくとも6ヌクレオチド長である、パラグラフ1〜21のいずれか1つの核酸センサーシステム。
23. 第1および第2のセンサー部分が同じ分子上にある、パラグラフ1〜22のいずれか1つの核酸センサーシステム。
24. 第1および第2のセンサー部分が単一の分子を形成するように、第1のセンサー部分の5’末端が、介在するssDNA配列を介して第2のセンサー部分の3’末端に連結されている、パラグラフ1〜23のいずれか1つの核酸センサーシステム。
25. 非鋳型発現カセット内の配列に相補的な、または介在するssDNA配列に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ1〜24のいずれか1つの核酸センサーシステム。
26. 第1および第2のセンサー部分が、少なくとも2つの別個の分子上にある、パラグラフ1〜22のいずれか1つの核酸センサーシステム。
27. 第1のセンサー部分の5’末端が、末端ヘアピンループを形成する配列をさらに含む、パラグラフ1〜22または26のいずれか1つの核酸センサーシステム。
28. 第2のセンサー部分の3’領域に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ1〜22または26〜27のいずれか1つの核酸センサーシステム。
29. 第2のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である配列に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ23〜25のいずれか1つの核酸センサーシステム。
30. 第2のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の領域5’に相補的なプライマーをさらに含む、パラグラフ23〜25のいずれか1つの核酸センサーシステム。
31. 第2のセンサー部分が、末端ヘアピンループ内にプライマーを含むその3’末端に、ヌクレオチド配列をさらに含む、パラグラフ1〜22および26〜30のいずれか1つの核酸センサーシステム。
32. DNA発現カセットのコード配列が、ポリペプチドをコードする、パラグラフ1〜31のいずれか1つの核酸センサーシステム。
33. 前記ポリペプチドがレポータータンパク質である、パラグラフ32記載の核酸センサーシステム。
34. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質の溶媒曝露ループをコードする領域内のコード配列に位置している、パラグラフ13〜14のいずれか1つの核酸センサーシステム。
35. 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質のコード配列に位置しており、かつレポーター遺伝子機能に実質的に影響を及ぼさない、パラグラフ13〜14または34のいずれか1つの核酸センサーシステム。
36. レポータータンパク質が、ルシフェラーゼ、ナノルシフェラーゼ、βラクタマーゼ、βガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、カタラーゼ、炭酸脱水酵素、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、シアン蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、トリプシン、プロテアーゼ、短縮型レポータータンパク質を補完および活性化するペプチド、ならびにアッセイによって検出可能なポリペプチドを含む、パラグラフ33記載の核酸センサーシステム。
37. 無細胞発現システムをさらに含む、パラグラフ1〜36のいずれか1つの核酸システム。
38. リガーゼをさらに含む、パラグラフ1〜37のいずれか1つの核酸システム。
39. 逆転写酵素をさらに含む、パラグラフ1〜38のいずれか1つの核酸システム。
40. DNAにハイブリダイズしているRNAを加水分解するリボヌクレアーゼをさらに含む、パラグラフ1〜39のいずれか1つの核酸システム。
41. リボヌクレアーゼがRNAse Hである、パラグラフ40記載の核酸システム。
42. リガーゼ、鎖置換DNAポリメラーゼ、dNTP、RNAse阻害剤、および無細胞発現システムのうちの1つまたは複数をさらに含む、パラグラフ1〜41のいずれか1つの核酸センサーシステム。
43. 前記無細胞発現システムが全細胞抽出物である、パラグラフ37〜42のいずれか1つの核酸センサーシステム。
44. DNAポリメラーゼをさらに含む、パラグラフ1〜43のいずれか1つの核酸センサーシステム。
45. DNAポリメラーゼが、エキソヌクレアーゼ部分を有するクレノウ断片、エキソヌクレアーゼ部分を有しないクレノウ断片、phi29ポリメラーゼ、改変T7 DNAポリメラーゼ、サイクロバチルス(Psychrobacillus)由来のポリメラーゼ、鎖置換が増強されたサイクロバチルス由来のポリメラーゼ、B. スブチリス(B. subtilis)由来のポリメラーゼ、シーケナーゼバージョン2.0、Bsu DNAポリメラーゼ大断片、Bst 3.0 DNAポリメラーゼ、Phusion(登録商標)高忠実性DNAポリメラーゼ、エキソヌクレアーゼ部分を有しないVent(登録商標)DNAポリメラーゼ、Vent(登録商標)DNAポリメラーゼ、Q5(登録商標)高忠実性DNAポリメラーゼ、およびDNAポリメラーゼI大(クレノウ)断片からなる群より選択される、パラグラフ44記載の核酸センサーシステム。
46. 標的核酸の多型が、第1のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の3’末端および第2のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の5’にある配列にハイブリダイズする、パラグラフ1〜45のいずれか1つの核酸センサーシステム。
47. 第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域または第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ1〜46のいずれか1つの核酸センサーシステム。
48. 第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域の遊離末端または第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域の遊離末端が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、パラグラフ1〜47のいずれか1つの核酸センサーシステム。
49. 多型のハイブリダイゼーション配列が、第1のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の最も3’側の塩基および第2のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の5’側の塩基のうちの一方または両方を含む、パラグラフ1〜48のいずれか1つの核酸センサーシステム。
50. 標的核酸ハイブリダイゼーション領域が、1つまたは複数の多型を含む、パラグラフ1〜49のいずれか1つの核酸センサーシステム。
51. a)標的核酸を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸のハイブリダイゼーションに好適な条件下、リガーゼの存在下で、標的核酸を含む試料と、パラグラフ1〜50のいずれか1つの核酸センサーシステムとを接触させて、それによって、互いに動作可能に連結された第1のセンサー部分および第2のセンサー部分にハイブリダイズした標的核酸を含む反応生成物を生成する工程;
c)レポータータンパク質の生成に好適な条件下、鎖置換DNAポリメラーゼおよびプライマーの存在下で、工程b)で生成された反応生成物と、無細胞発現システムとを接触させる工程;
d)工程c)で生成された反応生成物と、レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬とを接触させる工程;
e)工程d)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。
52. リガーゼが無細胞システムの一部として提供される、パラグラフ51記載の方法。
53. a)標的核酸を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸配列のハイブリダイゼーションに好適な条件下、リガーゼおよび任意でプライマーの存在下で、標的核酸を含む試料と、パラグラフ1〜50のいずれか1つの核酸センサーシステムとを接触させて、それによって、互いに動作可能に連結された第1のセンサー部分および第2のセンサー部分にハイブリダイズした標的核酸を含む反応生成物を生成する工程;
c)レポータータンパク質の生成に好適な条件下、鎖置換DNAポリメラーゼの存在下で、工程b)で生成された反応生成物と、無細胞発現システムとを接触させる工程;
d)工程c)で生成された反応生成物と、レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬とを接触させる工程;
e)工程d)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。
54. リガーゼが、無細胞システムの一部として提供される、パラグラフ53記載の方法。
55. a)標的核酸を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸のハイブリダイゼーションに好適かつレポータータンパク質の生成に好適な条件下で、標的核酸を含む試料を、i)リガーゼの存在下で、パラグラフ1〜50のいずれか1つの核酸センサーシステムと、ならびにii)鎖置換DNAポリメラーゼおよびプライマーの存在下で、無細胞発現システムと、接触させる工程;
c)工程b)で生成された反応生成物と、レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬とを接触させる工程;
d)工程d)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。
56. リガーゼが、無細胞システムの一部として提供される、パラグラフ55記載の方法。
57. a)標的核酸配列を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸のハイブリダイゼーションに好適かつレポータータンパク質の生成に好適な条件下で、標的核酸配列を含む試料を、i)リガーゼの存在下で、パラグラフ1〜50のいずれか1つの核酸センサーシステムと、ii)鎖置換DNAポリメラーゼおよびプライマーの存在下で、無細胞発現システムと、ならびにiii)レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬と、接触させる工程;
c)工程b)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。
58. リガーゼが、無細胞システムの一部として提供される、パラグラフ57記載の方法。
59. a)包装材内にパラグラフ1〜50のいずれか1つの核酸センサーシステムを含む、組成物と、
b)試料採取装置と、
c)陽性対照と、
d)使用説明書と
を含む、キット。
核酸配列
核酸配列はいずれも、表1に含まれている(示されたDNA配列)。PAGE精製により、Integrated DNA Technologies(IDT、Coralville,IA)から、短いオリゴヌクレオチド(<200ヌクレオチド(nt))A部分を購入した。以下に詳述するように、IDTから購入したgBlockから、比較的長い(>200nt)ssDNA構成要素およびRNA標的配列を調製した。
ssDNAセンサー構成要素の調製
プライマーおよびQ5 PCRキット(New England Biolabs、NEB、Ipswich,MA)を使用してgBlockを増幅する。200μLのPCR反応には、100μLのQ5マスターミックス、97μLの水、1μLのgBlock(10ng/μL)、1μLの各100μMの非標識フォワードプライマーおよびビオチン化リバースプライマーを含める。PCR反応は、98℃で2分間のホットスタート、10秒間の98℃変性、20秒間の68℃アニーリングおよび30秒間の72℃伸長、続いて2分間の72℃最終伸長の35サイクルにより実行される。PCR反応物をプールし、Zymo Research(Irvine,CA)製のDNA-25 Clean and Concentrateカラム上で精製し、50μLのH2Oに溶出し、確認のために2%E-gel EX(Invitrogen、Carlsbad,CA)上で泳動する。Nanodrop(ThermoFisher Scientific、Waltham,MA)上で濃度を決定する。Dynabeads MyOneストレプトアビジンC1磁気ビーズ(ThermoFisher Scientific)を使用してssDNA構築物を精製する。完全な結合を保証するために約20%過剰なビーズを使用して、PCR濃度と、20μg ds-DNA/1mgビーズのビーズ結合能とに基づいて、ビーズ体積を計算する。ビーズを2.0mLチューブに移し、粒子濃縮器ラック(MPC)を介してペレット化する。1×結合および洗浄バッファー(B/W、5mM Tris-HCl、pH7.5、0.5mM EDTA、1M NaCl)を使用して、ビーズを2回洗浄する。1体積の2×B/Wを1体積のPCR溶出液に加え、PCRミックスをビーズに加え、室温で最低20分間回転させる。ビーズを濃縮し、2回洗浄する。1体積の100mM冷NaOHを用いて、ssDNAを2回溶出する。0.1体積の1M HClおよび0.1体積の3M NaOAc、pH5.0を用いて溶出液を中和し、Zymo Oligo Clean and Concentrateキット(Zymo Research)を使用して精製する。
RNA標的の調製
5’T7プロモーターを用いて標的RNA配列をコードするgBlockをIDTから購入し、HiScribeインビトロ転写システム(NEB)に加え、反応を約4時間実行した。Zymo RNA Clean and Concentrateキット(Zymo Research)を使用してRNAを精製し、Nanodropを使用して濃度を決定した。
大腸菌内で標的RNAを発現するプラスミドの構築
pUC19に基づくpgRNA-細菌プラスミドを含むDH5α大腸菌細胞をAddgeneから購入し(プラスミド番号44251)、アンピシリンを含むLB中で増殖させ、mini-prep(Zymo Research)によりプラスミドを精製した。Q5部位特異的変異誘発(NEB)を使用して、標的RNAをコードするDNA配列をベクターに挿入し、コロニーPCRを用いて検証した。
RNA抽出物の調製
RNA標的配列を発現するプラスミドを用いて形質転換されたDH5α大腸菌細胞をOD600が0.3になるまで37℃で増殖させた。0.75mLのTRIzol LS試薬(Thermo Fisher)を250μLの細胞に加え、ピペッティングにより混合した。この混合物を室温で5分間インキュベートした。0.2mLのクロロホルムを加え、細胞を3分間放置した。次に、反応物を12000×g、4℃で15分間遠心分離した。遠心分離後、水相(上相)をZymo RNA Clean and Concentrate(Zymo Research)精製カラムに加え、25μLで溶出した。精製したRNAをDNase Iを用いて処理し、別のRNA精製カラムに加えてRNA抽出物を生成した。同じ0.3ODまで増殖させ、ペレット化し、RNA保存バッファー(Invitrogen、1mMクエン酸ナトリウム、pH6.4)に再懸濁する間に10倍濃縮した大腸菌細胞から全細胞抽出物を得た。95℃で5分間のインキュベーションにより細胞を熱溶解した。
標準的な検出アッセイ条件
0.41単位のPBCV-1 DNAリガーゼ、3uMリバースプライマー、50mM Tris-HCl、10mM MgCl2、1mM ATPおよび10mM DTTと、それぞれ38nMのA部分およびB部分センサー構成要素とを1.2uLで組み合わせ、示されるように室温(24〜26℃)で5〜15分間インキュベートする。センサーの結合およびライゲーション反応後、0.45v/v PURExpress溶液A(NEB)、0.34v/v PURExpress溶液B(NEB)、0.91単位のマウスRNase阻害剤(NEB)、228uM dNTP混合物(NEB)、0.02v/v Nano-Glo基質(Promega)、および0.125単位のDNAポリメラーゼから構成される1.6ulの無細胞発現および基質混合物を加え、光学的に透明なフィルムを用いて発現反応を密封し、Biotek(Winooski,VT)Synergy NEOプレートリーダーを用いて100ゲインでエンドポイントの読み取りを行う。いずれの改変も、以下の実施例の説明に記載する。
図1に示すように、システムの主要構成要素には以下が含まれる:
一本鎖DNA「A」ドメイン、
5’リン酸化された一本鎖DNA「B」ドメイン
Bドメインの3’末端にハイブリダイズするssDNAプライマー、
リガーゼ、
DNAポリメラーゼ、および
無細胞発現システム。
発現カセットの破壊
上流(またはA)部分と下流(またはB)部分(例えば、図2A参照)の2つの別個の部分に発現カセットを分割することによって、T7プロモーターと、リボソーム結合部位(RBS)と、ルシフェラーゼレポータータンパク質のコード配列とからなる二本鎖DNA発現カセットを破壊した。分割発現カセットの3つのバージョンには以下が含まれる:
バージョン1(v1)-コード配列の開始コドン(ATG)の後に分割、
バージョン2(v2)-プロモーターとRBSとの間で分割、および
バージョン3(v3)-レポータータンパク質のループまたはターン内に埋め込まれた分割。
バージョン1センサーシステムによる標的RNAの高感度検出
別個のssDNA A部分およびB部分を架橋する同種のRNA標的配列の存在に基づいて、活性化についてv1センサーシステム(図3)を試験した。標的ハイブリダイゼーション部位に相補的ではない追加のオフ標的RNA配列も試験した。5分間のライゲーションと、それに続く1時間の発現反応によるRNA標的(T2)のv1センサー検出を示すデータを図5A〜図5Bに示す。クレノウ断片+exo(例えば、図5Aを参照)およびシーケナーゼ(例えば、図5Bを参照)の2つの異なるDNAポリメラーゼの性能を試験した。
大腸菌RNAおよび全細胞抽出物のバックグラウンドにおけるv1センサーの高い特異性
2.6から2600ngまで総大腸菌RNA(ThermoFisher Scientific)の量を増加させながらv1センサー性能を評価した。RNAバックグラウンドからの追加体積に対応するために、ストックssDNAセンサー部分AおよびBの初期濃度を7.5倍増加させることによって標準検出アッセイを改変し、より少ない体積のセンサーが同じ最終センサー濃度を達成できるようにした。これにより、他の反応成分濃度を変化させることなく、異なる体積のバックグラウンドRNAを加えることができた。非特異的大腸菌RNAの様々なバックグラウンドにおけるT1 RNAの検出を図7に示す。
大腸菌内で発現した標的RNAの検出
T2標的を発現するプラスミドを含む大腸菌を回収し、95℃で5分間加熱して溶解するか(WCex)、トリゾールによりRNA抽出物に処理した(RNAex)。図9に示すように、v1センサーシステムを使用して、15分間のライゲーションおよび室温での1時間の発現インキュベーションの両条件で標的RNAを検出した。
ヒト唾液のバックグラウンドにおける標的RNAの検出
v1センサーシステムを使用して、プールされたヒト唾液(Innovative Research Inc.、Novi,MI)の濃度(v/v)を増加させながらT1標的RNAの固定濃度(50pM)を検出した。データを図10に示す。
代替的なDNAポリメラーゼの性能
コード鎖伸長工程に様々なDNAポリメラーゼを使用して、v3センサーシステム(例えば、図3を参照)の性能を試験した。DNAポリメラーゼの処理能力、エキソヌクレアーゼ活性、および混乱状態はいずれも、性能に影響を及ぼす可能性がある。A部分およびB部分の構成要素をそれぞれ12.5nMで加え、8.6nMの標的RNAとともにインキュベートした。周囲温度(24〜26℃)で5分間インキュベートした後、125nMリバースDNAプライマー、および以下のDNAポリメラーゼ、すなわち、クレノウ断片+exo、クレノウ断片-exo、phi29ポリメラーゼまたはシーケナーゼのうちの1つ(各0.15U)を添加した無細胞発現システム(PurExpress、NEB)にライゲーション反応を加えた。反応物を周囲温度で1時間さらにインキュベートした。標的2による性能を図11A〜図11Dに示す。
代替的なセンサー構成要素スキームの性能
A部分およびB部分が同じssDNA配列上にあり、BがAの5’になっている、図2B(i)に示すv1の代替的なセンサー構成要素スキームを作成した。一方はT7ターミネータードメイン(CSt)を用いてRNA転写物を終結させ、他方は3つの反復終止コドン(CSs)を含む2つの構築物を試験した。これらの代替的なスキームの性能を示すデータを図12に示す。
一塩基変異(SNV)の識別
一塩基多型または一塩基変異は、上流または下流のssDNAセンサードメインのいずれかの上で、ハイブリダイゼーション領域の接合部にある2つの塩基のうちの1つにSNPまたはSNVの位置を配置することによって、本明細書において記載される方法および組成物を使用して検出することができる。任意の局面のいくつかの態様では、1つまたは複数のミスマッチ塩基が、ハイブリダイゼーション領域内にさらに導入され得る。
代替的なDNAポリメラーゼの性能
実施例6および13に記載の方法による機能について、v1を使用して、複数のDNAポリメラーゼを試験した。以下に列挙する追加のポリメラーゼおよびポリメラーゼ製剤も試験した:IsoPol(サイクロバチルス由来のポリメラーゼ):1反応当たり4単位;IsoPol SD+(鎖置換が増強されたサイクロバチルス由来のポリメラーゼ):1反応当たり4単位(さらに少ない単位の酵素を使用した追加の実施例を示した);またはBsu(B. スブチリス由来のポリメラーゼ):1反応当たり4単位。
ssDNAセンサー部分を設計するための、コード配列内で発現カセットを分離する複数の方法の実証
本明細書において、発現カセットを分割し、標的ハイブリダイゼーション配列を挿入するための3つの例示的な位置が記載されている(例えば、図3のバージョン3を参照)。当業者であれば、任意のレポーターまたは他のタンパク質の溶媒曝露ループが、追加のアミノ酸の挿入に適した位置であることを理解するであろう(例えば、DNA配列内のハイブリダイゼーション領域の挿入の結果として)。本明細書において、複数の溶媒曝露ループ部位で発現カセットを分割して、得られたssDNAセンサー部分から機能的な核酸感知システムを作成する能力が実証されている。発現カセットは、ナノルシフェラーゼ酵素(NLuc)をコードする遺伝子を含む。試験したNluc内の溶媒曝露ループ領域(ループ1〜5)を表3に示す。分割/挿入部位の両端のポリペプチド配列内のアミノ酸の1文字略号および番号を示す。例えば、E50-N51は、アミノ酸位置50のグルタメートとアミノ酸位置51のアスパラギンとをコードするコドン間のコード配列へのハイブリダイゼーション配列の挿入を示す。
分割ナノルシフェラーゼ構築物
アッセイでバックグラウンドが比較的低いA部分およびB部分を同定するために、ルシフェラーゼコード配列の中央に分割部位を選択した(例えば、図3のバージョン3を参照)。分割部位をルシフェラーゼコード配列に移動することにより、個々の部分の偽の転写および翻訳からのバックグラウンドシグナルが、ルシフェラーゼタンパク質の非機能的断片のみを生じる。
Claims (59)
- 一緒にライゲーションされた場合に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)コード配列と
を含むDNA発現カセットの一本鎖
を生成する、第1および第2の一本鎖DNAセンサー部分
を含む、核酸センサーシステムであって、
第1および第2の一本鎖DNAセンサー部分内に、標的核酸ハイブリダイゼーション配列が位置している、
核酸センサーシステム。 - 一緒にライゲーションされた場合に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)コード配列と
を含むDNA発現カセットの一本鎖
を生成する、第1および第2の一本鎖DNAセンサー部分
を含む、核酸センサーシステムであって、
該一本鎖は、
iv)3’および5’ハイブリダイゼーション領域を含む、標的核酸ハイブリダイゼーション配列
を含み、ここで、該3’ハイブリダイゼーション領域は、第1のセンサー部分に含まれており、かつ該5’ハイブリダイゼーション領域は、第2のセンサー部分に含まれており、そのため、該センサーシステムが、該標的核酸配列とハイブリダイズする標的核酸を含む試料に接触した場合に、該標的核酸とのハイブリダイゼーションによって、該第1の部分と該第2の部分のライゲーションが可能になり、該一本鎖が生成される、
核酸センサーシステム。 - DNA発現カセットが、非鋳型DNA発現カセットである、請求項1〜2のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 発現カセットの第1および第2のセンサー部分が、発現カセット内の任意の所与の位置で分離されている、請求項1〜3のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 前記分離が、前記標的核酸ハイブリダイゼーション配列内で生じている、請求項4記載の核酸センサーシステム。
- 前記標的核酸ハイブリダイゼーション配列が、発現カセット内の任意の所与の位置に位置している、請求項1〜4のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1または第2のセンサー部分のいずれかがコード配列を含み、かつ残りのセンサー部分がプロモーターを含む、請求項1〜6のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1または第2のセンサー部分のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位とを含み、かつ残りのセンサー部分がコード配列を含む、請求項1〜7のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1または第2のセンサー部分のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、コード配列の開始コドンとを含み、かつ残りのセンサー部分が残りのコード配列を含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)リボソーム結合部位(RBS)と、
iii)コード配列の開始コドンと、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)残りのコード配列とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、残りのコード配列と
を含む、
請求項9記載の核酸センサーシステム。 - 第1または第2のセンサー部分のいずれかがプロモーターを含み、かつ残りのセンサー部分がリボソーム結合部位とコード配列とを含む、請求項1〜10のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)リボソーム結合配列と、
iii)コード配列と
を含む、
請求項11記載の核酸センサーシステム。 - 第1または第2のセンサー部分のいずれかが、プロモーターと、リボソーム結合部位と、コード配列の5’部分とを含み、かつ残りのセンサー部分が残りのコード配列を含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)プロモーターと、
ii)RBSと、
iii)開始コドンおよび少なくとも1つの追加のコドンを含む、コード配列の第1の部分と、
iv)開始コドンとインフレームのリーディングフレームの形態の3’ハイブリダイゼーション領域と
を含み、かつ
第2のセンサー部分が、5’から3’方向に、
i)コード配列の第1の部分とインフレームかつコード配列の第2の部分とインフレームのリーディングフレームの形態の5’ハイブリダイゼーション領域と、
ii)5’ハイブリダイゼーション領域の下流で、かつ5’ハイブリダイゼーション領域とインフレームで連結された、コード配列の第2の部分と
を含む、
請求項13記載の核酸センサーシステム。 - 3’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、請求項1〜14のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 5’ハイブリダイゼーション領域の少なくとも一部が、プロモーター内、リボソーム結合部位内、またはコード配列内にある、請求項1〜15のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 3’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもない、請求項1〜16のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 3’ハイブリダイゼーション領域が、第1のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である、請求項1〜17のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 5’ハイブリダイゼーション領域が、プロモーター内にも、リボソーム結合部位内にも、コード配列内にもない、請求項1〜18のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 5’ハイブリダイゼーション領域が、第2のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の5’である、請求項1〜19のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、合計で少なくとも12ヌクレオチド長である、請求項1〜20のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、それぞれ少なくとも6ヌクレオチド長である、請求項1〜21のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1および第2のセンサー部分が同じ分子上にある、請求項1〜22のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1および第2のセンサー部分が単一の分子を形成するように、第1のセンサー部分の5’末端が、介在するssDNA配列を介して第2のセンサー部分の3’末端に連結されている、請求項1〜23のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 非鋳型発現カセット内の配列に相補的な、または介在するssDNA配列に相補的なプライマーをさらに含む、請求項1〜24のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1および第2のセンサー部分が、少なくとも2つの別個の分子上にある、請求項1〜22のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1のセンサー部分の5’末端が、末端ヘアピンループを形成する配列をさらに含む、請求項1〜22または26のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第2のセンサー部分の3’領域に相補的なプライマーをさらに含む、請求項1〜22または26〜27のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第2のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の3’である配列に相補的なプライマーをさらに含む、請求項23〜25のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第2のセンサー部分内の任意のプロモーターの、リボソーム結合部位の、またはコード配列の領域5’に相補的なプライマーをさらに含む、請求項23〜25のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第2のセンサー部分が、末端ヘアピンループ内にプライマーを含むその3’末端に、ヌクレオチド配列をさらに含む、請求項1〜22および26〜30のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- DNA発現カセットのコード配列が、ポリペプチドをコードする、請求項1〜31のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 前記ポリペプチドがレポータータンパク質である、請求項32記載の核酸センサーシステム。
- 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質の溶媒曝露ループをコードする領域内のコード配列に位置している、請求項13〜14のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 3’ハイブリダイゼーション領域および5’ハイブリダイゼーション領域が、レポータータンパク質のコード配列に位置しており、かつレポーター遺伝子機能に実質的に影響を及ぼさない、請求項13〜14または34のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- レポータータンパク質が、ルシフェラーゼ、ナノルシフェラーゼ、βラクタマーゼ、βガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、カタラーゼ、炭酸脱水酵素、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、シアン蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、トリプシン、プロテアーゼ、短縮型レポータータンパク質を補完および活性化するペプチド、ならびにアッセイによって検出可能なポリペプチドを含む、請求項33記載の核酸センサーシステム。
- 無細胞発現システムをさらに含む、請求項1〜36のいずれか一項記載の核酸システム。
- リガーゼをさらに含む、請求項1〜37のいずれか一項記載の核酸システム。
- 逆転写酵素をさらに含む、請求項1〜38のいずれか一項記載の核酸システム。
- DNAにハイブリダイズしているRNAを加水分解するリボヌクレアーゼをさらに含む、請求項1〜39のいずれか一項記載の核酸システム。
- リボヌクレアーゼがRNAse Hである、請求項40記載の核酸システム。
- リガーゼ、鎖置換DNAポリメラーゼ、dNTP、RNAse阻害剤、および無細胞発現システムのうちの1つまたは複数をさらに含む、請求項1〜41のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 前記無細胞発現システムが全細胞抽出物である、請求項37〜42のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- DNAポリメラーゼをさらに含む、請求項1〜43のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- DNAポリメラーゼが、エキソヌクレアーゼ部分を有するクレノウ断片、エキソヌクレアーゼ部分を有しないクレノウ断片、phi29ポリメラーゼ、改変T7 DNAポリメラーゼ、サイクロバチルス(Psychrobacillus)由来のポリメラーゼ、鎖置換が増強されたサイクロバチルス由来のポリメラーゼ、B. スブチリス(B. subtilis)由来のポリメラーゼ、シーケナーゼバージョン2.0、Bsu DNAポリメラーゼ大断片、Bst 3.0 DNAポリメラーゼ、Phusion(登録商標)高忠実性DNAポリメラーゼ、エキソヌクレアーゼ部分を有しないVent(登録商標)DNAポリメラーゼ、Vent(登録商標)DNAポリメラーゼ、Q5(登録商標)高忠実性DNAポリメラーゼ、およびDNAポリメラーゼI大(クレノウ)断片からなる群より選択される、請求項44記載の核酸センサーシステム。
- 標的核酸の多型が、第1のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の3’末端および第2のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の5’にある配列にハイブリダイズする、請求項1〜45のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域または第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、請求項1〜46のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域の遊離末端または第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域の遊離末端が、標的核酸の多型にハイブリダイズするように構成されている、請求項1〜47のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 多型のハイブリダイゼーション配列が、第1のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の最も3’側の塩基および第2のセンサー部分のハイブリダイゼーション領域の5’側の塩基のうちの一方または両方を含む、請求項1〜48のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- 標的核酸ハイブリダイゼーション領域が、1つまたは複数の多型を含む、請求項1〜49のいずれか一項記載の核酸センサーシステム。
- a)標的核酸を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸のハイブリダイゼーションに好適な条件下、リガーゼの存在下で、標的核酸を含む試料と、請求項1〜50のいずれか一項記載の核酸センサーシステムとを接触させて、それによって、互いに動作可能に連結された第1のセンサー部分および第2のセンサー部分にハイブリダイズした標的核酸を含む反応生成物を生成する工程;
c)レポータータンパク質の生成に好適な条件下、鎖置換DNAポリメラーゼおよびプライマーの存在下で、工程b)で生成された反応生成物と、無細胞発現システムとを接触させる工程;
d)工程c)で生成された反応生成物と、レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬とを接触させる工程;
e)工程d)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。 - リガーゼが無細胞システムの一部として提供される、請求項51記載の方法。
- a)標的核酸を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸配列のハイブリダイゼーションに好適な条件下、リガーゼおよび任意でプライマーの存在下で、標的核酸を含む試料と、請求項1〜50のいずれか一項記載の核酸センサーシステムとを接触させて、それによって、互いに動作可能に連結された第1のセンサー部分および第2のセンサー部分にハイブリダイズした標的核酸を含む反応生成物を生成する工程;
c)レポータータンパク質の生成に好適な条件下、鎖置換DNAポリメラーゼの存在下で、工程b)で生成された反応生成物と、無細胞発現システムとを接触させる工程;
d)工程c)で生成された反応生成物と、レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬とを接触させる工程;
e)工程d)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。 - リガーゼが、無細胞システムの一部として提供される、請求項53記載の方法。
- a)標的核酸を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸のハイブリダイゼーションに好適かつレポータータンパク質の生成に好適な条件下で、標的核酸を含む試料を、i)リガーゼの存在下で、請求項1〜50のいずれか一項記載の核酸センサーシステムと、ならびにii)鎖置換DNAポリメラーゼおよびプライマーの存在下で、無細胞発現システムと、接触させる工程;
c)工程b)で生成された反応生成物と、レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬とを接触させる工程;
d)工程d)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。 - リガーゼが、無細胞システムの一部として提供される、請求項55記載の方法。
- a)標的核酸配列を含む試料を提供する工程;
b)発現カセットの第1のセンサー部分の3’ハイブリダイゼーション領域および第2のセンサー部分の5’ハイブリダイゼーション領域に対する標的核酸のハイブリダイゼーションに好適かつレポータータンパク質の生成に好適な条件下で、標的核酸配列を含む試料を、i)リガーゼの存在下で、請求項1〜50のいずれか一項記載の核酸センサーシステムと、ii)鎖置換DNAポリメラーゼおよびプライマーの存在下で、無細胞発現システムと、ならびにiii)レポータータンパク質の発現の検出を可能にする試薬と、接触させる工程;
c)工程b)で生成されたレポータータンパク質の発現を測定して、試料中の標的核酸の存在および/または量を決定する工程
を含む、試料中の標的核酸を検出するための方法。 - リガーゼが、無細胞システムの一部として提供される、請求項57記載の方法。
- a)包装材内に請求項1〜50のいずれか一項記載の核酸センサーシステムを含む、組成物と、
b)試料採取装置と、
c)陽性対照と、
d)使用説明書と
を含む、キット。
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