JP2021502970A - 免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌株を使用して免疫障害を処置するための組成物及び方法 - Google Patents

Abstract

本出願で提供されるのは、治療薬として有用な免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株に関連する方法及び組成物である。【選択図】なし

Description

関連出願
本出願は、２０１７年１１月１５日に出願された、シリアル番号６２／５８６，６０４号を有する米国仮特許出願、２０１８年４月２０日に出願された、シリアル番号６２／６６０，６９３号を有する米国仮特許出願、２０１８年４月２３日に出願された、シリアル番号６２／６６１，４５９号を有する米国仮特許出願、及び２０１８年８月２３日に出願された、シリアル番号６２／７２１，９４１号を有する米国仮特許出願に対する優先権の利益を主張しており、これらのそれぞれの内容は、その全体が参照に本明細書に組み込まれる。

ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、対象（例えばヒト対象）の疾患（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患）の処置及び／又は予防に関連する方法及び組成物（例えば、細菌組成物、医薬組成物）であって、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌、並びに／又はそのような細菌の産生物（例えば、細胞外小胞（ＥＶ）、及び／若しくは薬学的に活性なバイオマス（ＰｈＡＢ））を含む細菌組成物を投与することを含む方法及び組成物である。ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、対象（例えばヒト対象）の免疫障害の処置及び／又は予防に関連する方法及び組成物であって、本明細書で開示されている免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌、並びに／又は本明細書で開示されている免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の産生物（例えば、細胞外小胞（ＥＶ）、及び／又は薬学的に活性なバイオマス（ＰｈＡＢ））を含む細菌（医薬）組成物を投与することを含む方法及び組成物である。同様に本明細書で提供されるのは、そのような細菌及び／又は細菌産生物を製造する及び／又は同定する方法である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で開示されているラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌を含むバイオリアクタである。

ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の免疫調節性株である。ある特定の実施形態では、この免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表１で列挙されたタンパク質及び／又は表１で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含むラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表２で列挙された膜結合性タンパク質及び／又は表２で列挙された膜結合性タンパク質をコードする遺伝子を含むラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表３で列挙されたタンパク質及び／又は表３で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表４で列挙された菌体外多糖（ＥＰＳ）合成タンパク質及び／又は表４で列挙されたＥＰＳ合成タンパク質をコードする遺伝子を含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表４で列挙されたタンパク質により全体的に又は部分的に合成されたＥＰＳを含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、ＥＰＳを含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表５で列挙されたタンパク質及び／又は表５で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表６で列挙されたタンパク質及び／又は表６で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子を含むラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株から作られた及び／又はこの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含むＰｈＡＢである。いくつかの実施形態では、このＰｈＡＢは、全細胞、細胞の画分、発酵からの上清、上清の画分、及び／又は本明細書で説明されている免疫調製細菌により作られた細胞外小胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＰｈＡＢを含む。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株により産生された及び／又はこの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株から生成された及び／又はこの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株から単離されたＥＶである。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶと、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の全細菌（例えば、生細菌、死滅細菌、弱毒化細菌）との両方を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌（例えばラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ）を含み且つ免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶを含まない細菌組成物である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶを含み且つ免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含まない。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａのヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物の投与により対象の免疫障害を処置する。いくつかの実施形態では、この免疫障害は自己免疫疾患である。いくつかの実施形態では、この免疫障害は炎症性疾患である。いくつかの実施形態では、この免疫障害はアレルギーである。

ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、免疫障害（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、アレルギー）を有する対象を処置する方法であって、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌（例えば、死滅細菌、生細菌、薬学的に活性なバイオマス、及び／又は弱毒化細菌）を含む細菌組成物を対象に投与することを含む方法である。いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である。いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）の対応するヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、ゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、ＣＲＩＳＰＲ配列同一性）（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。いくつか実施形態では、この細菌組成物中の細菌の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である。いくつかの実施形態では、この細菌製剤中の全ての又は実質的に全ての細菌は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である。いくつかの実施形態では、この細菌製剤は、少なくとも１×１０^５、５×１０^５、１×１０^６、２×１０^６、３×１０^６、４×１０^６、５×１０^６、６×１０^６、７×１０^６、８×１０^６、９×１０^６、１×１０^７、２×１０^７、３×１０^７、４×１０^７、５×１０^７、６×１０^７、７×１０^７、８×１０^７、９×１０^７、１×１０^８、２×１０^８、３×１０^８、４×１０^８、５×１０^８、６×１０^８、７×１０^８、８×１０^８、９×１０^８、又は１×１０^９コロニー形成単位の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む。いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株から作られたＥＶ及び／又はＰｈＡＢ（例えば、全細胞、細胞の画分、発酵からの上清、上清の画分、及び／又は細胞外小胞）を含む。

ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株（例えば、死滅細菌、生細菌、薬学的に活性なバイオマス、及び／又は弱毒化細菌）を含む細菌組成物である。いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である。いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）の対応するヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、ゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、ＣＲＩＳＰＲ配列同一性）（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。いくつかの実施形態では、この細菌組成物中の細菌の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である。いくつかの実施形態では、この細菌製剤中の全ての又は実質的に全ての細菌は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である。いくつかの実施形態では、この細菌製剤は、少なくとも１×１０^５、５×１０^５、１×１０^６、２×１０^６、３×１０^６、４×１０^６、５×１０^６、６×１０^６、７×１０^６、８×１０^６、９×１０^６、１×１０^７、２×１０^７、３×１０^７、４×１０^７、５×１０^７、６×１０^７、７×１０^７、８×１０^７、９×１０^７、１×１０^８、２×１０^８、３×１０^８、４×１０^８、５×１０^８、６×１０^８、７×１０^８、８×１０^８、９×１０^８、又は１×１０^９コロニー形成単位の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む。いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株から作られたＥＶ及び／又はＰｈＡＢ（例えば、全細胞、細胞の画分、発酵からの上清、上清の画分、及び／又は細胞外小胞）を含む。

ある特定の実施形態では、本明細書で提供される細菌組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子に対して特定の比率の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む。例えば、いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子当たり少なくとも１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子当たり約１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子当たり最高で１個のラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌当たり少なくとも１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌当たり約１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌当たり最高で１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子を含む。

いくつかの実施形態では、細菌組成物を経口投与するか、静脈内投与するか、腫瘍内投与するか、又は皮下投与する。いくつかの実施形態では、細菌組成物を２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、又は５つ以上の用量）で投与する。いくつかの実施形態では、２つ以上の用量の対象への投与は、少なくとも１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、又は２１日離れている。いくつかの実施形態では、第２の細菌を生態学的コンソーシアム（ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）の一部として投与する。

いくつかの実施形態では、対象は軽度から中程度のアトピー性皮膚炎を有する。いくつかの実施形態では、対象は軽度のアトピー性皮膚炎を有する。いくつかの実施形態では、対象は中程度のアトピー性皮膚炎を有する。

いくつかの実施形態では、対象は軽度から中程度の乾癬を有する。いくつかの実施形態では、対象は軽度の乾癬を有する。いくつかの実施形態では、対象は中程度の乾癬を有する。

いくつかの実施形態では、対象に、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）、又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％の配列同一性（例えば、ゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、ＣＲＩＳＰＲ配列同一性）（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株）の約６６ｍｇ〜約３．３ｇの一日用量を投与する。いくつかの実施形態では、対象に、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の約６６ｍｇの一日用量を投与する。いくつかの実施形態では、対象に、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の約６６０ｍｇの一日用量を投与する。いくつかの実施形態では、対象に、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の約３．３ｇの一日用量を投与する。いくつかの実施形態では、一日用量はカプセル剤に製剤化されている。いくつかの実施形態では、対象に、少なくとも２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、又は３０日にわたり、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の用量を投与する。

いくつかの実施形態では、対象は肥満指数が１８ｋｇ／ｍ２〜３５ｋｇ／ｍ２である。いくつかの実施形態では、対象は、体表面積（ＢＳＡ）（頭皮を除く）の≦５％が関与する少なくとも６ヶ月にわたる軽度から中程度のプラーク型乾癬の確定診断を受けている。いくつかの実施形態では、対象は少なくとも２つの乾癬病変を有する。いくつかの実施形態では、対象は、ＢＳＡ関与が少なくとも３から最大で１５％の軽度から中程度のアトピー性皮膚炎を有する。いくつかの実施形態では、対象は、ＩＧＡスコアが２又は３である少なくとも６ヶ月にわたる軽度から中程度のアトピー性皮膚炎の確定診断を受けている。いくつかの実施形態では、対象は少なくとも２つのアトピー性皮膚炎病変を有する。

いくつかの実施形態では、対象は妊娠していない。いくつかの実施形態では、対象は授乳中ではない。いくつかの実施形態では、対象は抗炎症薬による処置中ではない。いくつかの実施形態では、対象は活動性感染（例えば、敗血症、肺炎、膿瘍）を有しない。いくつかの実施形態では、対象は腎機能障害又は肝機能障害を有しない（例えば、女性の場合、血清クレアチニンレベル≧１２５μｍｏｌ／Ｌ、男性の場合、血清クレアチニンレベル≧１２５μｍｏｌ／Ｌ、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）≧１．５×又は２×正常上限（ＵＬＮ）、アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）及び／又はビリルビン＞１．５×ＵＬＮ。

ある特定の実施形態では、細菌組成物は遅延型過敏症（ＤＴＨ）での免疫反応を抑制する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は制御性Ｔ細胞又は抗炎症反応を誘発する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は抗原特異的反応を阻害する。ある特定の実施形態では、細菌組成物はアレルギー性接触性皮膚炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は自己免疫性心筋炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は１型糖尿病を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は肉芽腫を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は末梢神経障害を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は橋本甲状腺炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は多発性硬化症を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は関節リウマチを処置する。

ある特定の実施形態では、細菌組成物は結腸の炎症を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は大腸炎を処置する。大腸炎は急性であり得、且つ自己限定的又は長期であり得る。ある特定の実施形態では、細菌組成物は潰瘍性大腸炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は消化器系疾患を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物はクローン病を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は顕微鏡的大腸炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物はコラーゲン大腸炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は空置大腸炎（ｄｉｖｅｒｓｉｏｎ ｃｏｌｉｔｉｓ）を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は化学的大腸炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は虚血性大腸炎を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は不確定大腸炎（ｉｎｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｅ ｃｏｌｉｔｉｓ）を処置する。ある特定の実施形態では、細菌組成物は非定型大腸炎（ａｔｙｐｉｃａｌ ｃｏｌｉｔｉｓ）を処置する。いくつかの実施形態では、方法は、追加の治療薬（例えば、抗生物質、免疫抑制剤、抗炎症剤）を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、第２の治療用細菌を対象に投与することをさらに含む。

いくつかの実施形態では、対象は哺乳類である。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は非ヒト哺乳類（例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ、又はチンパンジー）である。

遅延型過敏症マウスモデルにおいてビヒクル（陰性コントロール）、抗炎症性デキサメタゾン（陽性コントロール）、並びに細菌Ａ、Ｂ、及びＣと比較した、抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、経口投与されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの有効性を示す。 細菌Ａ、Ｂ、及びＣ、陽性コントロール（抗ｐ４０）、並びに陰性コントロール（スクロースビヒクル）と比較した、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａに関する１２日の期間にわたる急性ＤＳＳ誘発大腸炎モデルにおける体重変化のパーセントを示す折れ線グラフである。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ群は、抗ｐ４０抗体（陽性コントロール）と比べて少ない体重変化を示した。 ビヒクル（陰性コントロール）及びデキサメタゾン（図３Ａ）及びフィンゴリモド（図３Ｂ）と比較して、経口投与されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａが抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）を減少させることを示すプロットである。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおいてビヒクル及びデキサメタゾンと比較した、抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（１３ｋｂのプラスミドを含むか含まない）及びラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂ（３０ｋｂのプラスミドを含むか含まない）の有効性を示すプロットである。１３ｋｂのプラスミドを含まないラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、１３ｋｂのプラスミドを含むラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａと比較して有効性が低下している。反対に、Ｌ．ラクティス・クレモリス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂからの３０ｋｂのプラスミドの除去により、３０ｋｂのプラスミドを含むＬ．ラクティス・クレモリス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂと比較して有効性が増強される。 ＯＶＡベースの養子移植遅延型過敏症（ＡｄＤＴＨ）マウスモデルにおいてビヒクル（陰性コントロール）及び抗炎症性デキサメタゾン（陽性コントロール）と比較した、抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの有効性を示す。 養子移植遅延型過敏症（ＡｄＤＴＨ）マウスモデルでのＩＬ−１２ｐ７０（図６Ａ）、ＩＬ−２２（図６Ｂ）、及びＫＣ（図６Ｃ）の発現の減少におけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの能力を示す。円形はビヒクルを表し、四角形はデキサメタゾンを表し、三角形はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを表す。 図６Ａ−Ｂの続きである。 コントロールクリーム、ビヒクル、及びデキサメタゾンと比較した、乾癬のイミキモドモデルにおける皮膚炎症スコアの改善における、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの有効性を示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおいてビヒクル（陰性コントロール）及び抗炎症性デキサメタゾン（陽性コントロール）と比較した、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、ガンマ線が照射されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの有効性を示す。示すように、ガンマ線が照射されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは有効性を保持する。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおいてＩＬ−１２ｐ７０（図９Ａ）、ＴＮＦ（図９Ｂ）、ＩＬ−６（図９Ｃ）、及びＩＬ−１３（図９Ｄ）の発現を減少させる、ガンマ線が照射されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの能力を示す。円形はビヒクルを表し、四角形はデキサメタゾンを表し、三角形はガンマ線が照射されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを表す。ガンマ線が照射されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、部位排出リンパ節（ｓｉｔｅ−ｄｒａｉｎｉｎｇ ｌｙｍｐｈ ｎｏｄｅ）からの白血球での炎症誘発性サイトカイン反応を減少させる。円形はビヒクルを表し、四角形はデキサメタゾンを表し、三角形はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを表す。 図９Ａ−Ｂの続きである。 消化管排出リンパ節（ｇｕｔ−ｄｒａｉｎｉｎｇ ｌｙｍｐｈ ｎｏｄｅ）からの炎症誘発性サイトカイン（ＩＬ−６及びＴＮＦａ）の分泌を減少させる、ガンマ線が照射されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの能力を示すが（図１０Ａ）、ガンマ線が照射されたラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、末梢免疫細胞がより多くのＩＬ−１０を分泌するように誘発する（図１０Ｂ）。 図１０Ａの続きである。

概要
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、対象（例えばヒト対象）の疾患（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患）の処置及び／又は予防に関連する方法及び組成物（例えば、細菌組成物、医薬組成物）であって、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌、並びに／又はそのような細菌の産生物（例えば、細胞外小胞（ＥＶ）、及び／若しくは薬学的に活性なバイオマス（ＰｈＡＢ））を含む細菌組成物を投与することを含む方法及び組成物である。ある特定の態様では、同様に本明細書で提供されるのは、対象の免疫障害（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、アレルギー）を処置する方法であって、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株により生成されたか若しくはこの株から単離されたＥＶ、及び／又は本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株から作られたか若しくはこの株を含むＰｈＡＢを含む細菌組成物を対象に投与することを含む方法である。

定義
「投与」は、対象への組成物の投与経路を広く指す。投与経路の例には、経口投与、直腸投与、局所投与、吸入（鼻）、又は注射が含まれる。注射による投与には、静脈内（ＩＶ）投与、筋肉内（ＩＭ）投与、腫瘍内（ＩＴ）投与、及び皮下（ＳＣ）投与が含まれる。本明細書に記載の医薬組成物は、限定されるものではないが、腫瘍内、経口、非経口、腸内、静脈内、腹腔内、局所、経皮（例えば、任意の標準的なパッチを使用）、皮内、眼内、経鼻（鼻腔内）、局所、非経口、例えば、エアロゾル、吸入、皮下、筋肉内、口腔、舌下、（経）直腸、膣内、動脈内、及び髄腔内、経粘膜（例えば、舌下、舌、（経）頬、（経）尿道、膣（例えば、経膣及び膣周囲）、埋め込み、膀胱内、肺内、十二指腸内、胃内、及び気管支内を含む任意の効果的な経路によって任意の形態で投与することができる。好ましい実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、経口、直腸、腫瘍内、局所、膀胱内、排出リンパ節内又はその近傍への注射により、静脈内、吸入若しくはエアロゾルにより、又は皮下投与される。

本明細書で使用される「抗体」という用語は、無傷の抗体及びその抗原結合断片の両方を指し得る。無傷の抗体は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質である。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶ_Ｈと略記）及び重鎖定常領域を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶ_Ｌと略記）及び軽鎖定常領域を含む。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存された領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変領域にさらに細分化することができる。各Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲで構成され、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって次の順序で配置されている：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。「抗体」という用語には、例えば、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、単鎖抗体、及び抗原結合抗体断片が含まれる。

本明細書で使用される抗体の「抗原結合断片」及び「抗原結合部分」という用語は、抗原に結合する能力を保持した抗体の１つ又は複数の断片を指す。抗体の「抗原結合断片」という用語に含まれる結合断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、Ｆｄ、ダイアボディ、単鎖抗体、ＮＡＮＯＢＯＤＩＥＳ（登録商標）、単離ＣＤＲＨ３、及び無傷の抗体の可変領域の少なくとも一部を保持した他の抗体断片が含まれる。これらの抗体断片は、従来の組換え技術及び／又は酵素技術を用いて得ることができ、無傷の抗体と同じ要領で抗原結合についてスクリーニングすることができる。

「細胞増加」は環境中における細胞の流入又は細胞の拡大を広く指し、この細胞は、組成物の投与前にはこの環境中に実質的に存在せず、且つこの組成物自体に存在しない。この環境を増加する細胞として、免疫細胞、間質細胞、細菌細胞、及び真菌細胞が挙げられる。特に興味深い環境は、癌細胞が存在するか又は位置する微小環境である。いくつかの場合では、この微小環境は、腫瘍微小環境、又は腫瘍排出リンパ節である。他の場合では、この微小環境は、前癌性組織部位、又は組成物の局所投与部位、又は遠隔投与後に組成物が蓄積する部位である。

「クレード」は、系統樹における統計的に妥当なノードの下流であるＯＴＵ又は系統樹のメンバーを指す。このクレードは、明確な単系統進化単位であり且つある程度の配列類似性を共有する、系統樹における末端葉のセットを含む。「操作上の分類単位」、「ＯＴＵ（又は複数形「ＯＴＵｓ」）は系統樹の末端葉を指し、核酸配列、例えば全ゲノム、又は特定の遺伝子配列、及び種のレベルでこの核酸配列に対する配列同一性を共有する全ての配列により定義される。いくつかの実施形態では、この特定の遺伝子配列は、１６Ｓ配列であり得るか、又は１６Ｓ配列の一部であり得る。他の実施形態では、２種の実体の全ゲノムが配列決定されて比較される。別の実施形態では、多座配列タグ（ＭＬＳＴ）等の選択領域、特定の遺伝子、又は遺伝子のセットを遺伝的に比較し得る。１６Ｓ実施形態では、１６Ｓ全体又は１６Ｓのいくつかの可変領域にわたり９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは同一のＯＴＵと見なされる（例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ Ｍ Ｊ，Ｗａｎｇ Ｑ，Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ Ｏ，Ｇｒｅｅｎｅ−Ｄｉｎｉｚ Ｒ，Ｃｏｌｅ Ｊ Ｒ，Ｒｏｓ Ｒ Ｐ，ａｎｄ Ｏ’Ｔｏｏｌｅ Ｐ Ｗ．２０１０．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｔｗｏ ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｆｏｒ ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｔａｎｄｅｍ ｖａｒｉａｂｌｅ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅ ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３８：ｅ２００．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ Ｋ Ｔ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，ａｎｄ Ｔｉｅｄｊｅ Ｊ Ｍ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい）。完全なゲノムを含む実施形態では、ＭＬＳＴ、特定の遺伝子、又は９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有する遺伝子ＯＴＵのセットは同一のＯＴＵと見なされる（例えば、Ａｃｈｔｍａｎ Ｍ，ａｎｄ Ｗａｇｎｅｒ Ｍ．２００８．Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｎａｔｕｒｅ ｏｆ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１−４４０．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ Ｋ Ｔ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，ａｎｄ Ｔｉｅｄｊｅ Ｊ Ｍ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい）。ＯＴＵは、生物間の配列を比較することにより定義されることが多い。一般に、配列同一性が９５％未満である配列は、同一のＯＴＵの一部を形成するとは見なされない。ＯＴＵはまた、ヌクレオチドマーカー又は遺伝子の任意の組み合わせによっても特徴付けられ得、特に、高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）又はその組み合わせによっても特徴付けられ得る。そのような特徴付けは、例えばＷＧＳデータ又は全ゲノム配列を用いる。

２種以上の微生物株の「組み合わせ」は、同一の材料若しくは製品か又は物理的に接続された製品のいずれかにおける２種の微生物株の物理的な共存、並びにモノクローナル株の一時的な共投与又は共局在化を含む。

「減少する」又は「枯渇する」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較したときに処置後に、差が少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１／１００、１／１０００、１／１０，０００、１／１００，０００、１／１，０００，０００、又は検出不能であるような変化を意味する。

「生態学的コンソーシアム」という用語は、有効性の改善のために相補的な宿主経路を活性化することにより宿主の相乗効果を誘発する２種の細菌とは対照的に、代謝産物を交換し且つ相互に積極的に共制御する細菌のグループのことである。

「エピトープ」という用語は、抗体に特異的に結合することができるタンパク質決定基を意味する。エピトープは通常、アミノ酸又は糖側鎖などの化学的に活性な表面分子群で構成されている。特定のエピトープは、抗体が結合できる特定のアミノ酸配列によって定義することができる。

本明細書で使用される場合、「操作された細菌」とは、人間の介入により自然状態から遺伝的に変更されているあらゆる細菌と、あらゆるそのような細菌の子孫とのことである。操作された細菌は、例えば、標的とされた遺伝子改変の産物、ランダム変異誘発スクリーニングの産物、及び定向進化の産物を含む。

本明細書で使用される場合、「細胞外小胞」又は「ＥＶ」という用語は、ナノ粒子に含まれる、細菌脂質、並びに細菌タンパク質、及び／又は細菌核酸、及び／又は炭水化物部分を含む細菌由来の組成物を指す。このＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なる脂質種を含み得る。ＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なるタンパク質種を含み得る。ＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なる核酸種を含み得る。ＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なる炭水化物種を含み得る。

「遺伝子」という用語は、生物学的機能に関連する任意の核酸を指すために広く使用される。「遺伝子」という用語は、特定のゲノム配列、及びそのゲノム配列によってコードされるｃＤＮＡ又はｍＲＮＡに適用される。

２つの核酸分子の核酸配列間の「同一性」は、例えば、Ｐｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８） Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４ （他のプログラムには、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２（Ｉ）：３８７ （１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ Ａｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌｅｃ Ｂｉｏｌ ２１５：４０３ （１９９０）； Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｈｕｇｅ Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ，Ｍａｒｔｉｎ Ｊ．Ｂｉｓｈｏｐ，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，１９９４、及びＣａｒｉｌｌｏ ｅｔ ａｌ．（１９８８） ＳＩＡＭ Ｊ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ ４８：１０７３が含まれる）に記載されているようにデフォルトパラメータを使用する「ＦＡＳＴＡ」プログラムなどの既知のコンピューターアルゴリズムを使用して同一性のパーセンテージとして決定することができる。例えば、国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のデータベースのＢＬＡＳＴ機能を使用して同一性を決定することができる。その他の市販又は公的に利用可能なプログラムには、ＤＮＡＳｔａｒ「ＭｅｇＡｌｉｇｎ」ｐｒｏｇｒａｍ （Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）及びＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ （ＵＷＧ）「Ｇａｐ」ｐｒｏｇｒａｍ （Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．））が含まれる。

本明細書で使用される場合、「免疫障害」という用語は、免疫系の活性により引き起こされるあらゆる疾患、障害、又は疾患症状（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、及びアレルギー）を指す。免疫障害として下記が挙げられるがこれらに限定されない：自己免疫疾患（例えば、ループス、強皮症、溶血性貧血、血管炎、１型糖尿病、グレーブス病、関節リウマチ、多発性硬化症、グッドパスチャー症候群、悪性貧血、及び／若しくはミオパチー）、炎症性疾患（例えば、尋常性ざ瘡、喘息、小児脂肪便症、慢性前立腺炎、糸球体腎炎、炎症性腸疾患、骨盤内炎症性疾患、再灌流傷害、関節リウマチ、サルコイドーシス、移植片拒絶、血管炎、及び／若しくは間質性膀胱炎）、並びに／又はアレルギー（例えば、食物アレルギー、薬物アレルギー、及び／若しくは環境アレルギー）。

「増加する」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較したときに処置後に、差が少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、４倍、１０倍、１００倍、１０^３倍、１０^４倍、１０^５倍、１０^６倍、及び／又は１０^７倍超であるような変化を意味する。増加し得る特性には、免疫細胞、細菌細胞、間質細胞、骨髄由来サプレッサー細胞、線維芽細胞、代謝産物、及びサイトカインが含まれる。

「内部転写スペーサー」又は「ＩＴＳ」は、特定の真菌において真核生物種の同定に使用されることが多い一般的な前駆体転写産物上の構造リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）の間に位置する非機能的ＲＮＡの一部である。リボソームのコアを形成する真菌のｒＲＮＡはシグナル遺伝子として転写され、８Ｓ領域、５．８Ｓ領域、及び２８Ｓ領域からなり、８Ｓ領域及び５．８Ｓ領域、並びに５．８Ｓ領域及び２８Ｓ領域それぞれの間にＩＴＳ４及び５が存在する。１８Ｓ領域及び５．８Ｓ領域、並びに５．８Ｓ領域及び２８Ｓ領域の間のこれら２つのシストロン間セグメントはスプライシングにより除去され、既に説明されているようにバーコーディング目的で種間に有意な変動を含む（Ｓｃｈｏｃｈ ｅｔ ａｌ Ｎｕｃｌｅａｒ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ ｓｐａｃｅｒ（ＩＴＳ）ｒｅｇｉｏｎ ａｓ ａ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｅ ｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ Ｆｕｎｇｉ．ＰＮＡＳ １０９：６２４１−６２４６．２０１２）。系統発生の再構築には１８Ｓ ｒＤＮＡが伝統的に使用されているが、ＩＴＳはこの機能を果たし得、なぜならば、ＩＴＳは、一般的に高度に保存されているが、ほとんどの真菌の属及び種を区別するのに十分なヌクレオチド多様性を保有する超可変領域を含むからである。

「単離された」又は「濃縮された」という用語は、（１）（天然又は実験的設定にかかわらず）最初に産生されたときに結合していた成分の少なくとも一部から単離された、且つ／又は（２）人間の手によって生産、調製、精製、且つ／若しくは製造された、微生物、細菌、又は他の実体若しくは物質を含む。単離された微生物は、最初に結合していた他の成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又はそれ以上から単離することができる。いくつかの実施形態では、単離された微生物は、約８０％超、約８５％超、約９０％超、約９１％超、約９２％超、約９３％超、約９４％超、約９５％超、約９６％超、約９７％超、約９８％超、約９９％超、又は約９９％超の純度である。本明細書で使用される物質は、他の成分を実質的に含まない場合は「純粋」である。「精製する（ｐｕｒｉｆｙ）」、「精製する（ｐｕｒｉｆｙｉｎｇ）」、及び「精製された」という用語は、（例えば、自然又は実験的設定にかかわらず）最初に生産又は生成されたとき、又は最初の生産後の任意の時間に結合していた成分の少なくとも一部から単離された微生物又はその他の材料を指す。微生物又は微生物集団は、生産時又は生産後に単離された場合、微生物又は微生物集団を含む材料又は環境などから精製されたと見なすことができ、精製された微生物又は微生物集団は、最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９０％超までの他の材料を含んでもよく、それでも「単離された」と見なされる。いくつかの実施形態では、精製された微生物又は微生物集団は、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％超の純度である。本明細書で提供される微生物組成物の場合、組成物中に存在する１つ又は複数の微生物種を、微生物種を含む材料又は環境で生産される及び／又は存在する１つ又は複数の他の微生物とは別に精製することができる。微生物組成物及びその微生物成分は、一般に、残存生息産物から精製される。

「代謝産物」は、本明細書で使用される場合、あらゆる細胞の若しくは微生物の代謝反応において基質として使用されるありとあらゆる分子化合物、組成物、分子、イオン、補助因子、触媒、若しくは栄養素を指すか、又はあらゆる細胞の若しくは微生物の代謝反応から生成物として得られる化合物、組成物、分子、イオン、補助因子、触媒、又は栄養素を指す。

「微生物」は、細菌、真菌、微細藻類、原生動物、及び生物と関連する発達段階又はライフサイクル段階（例えば、栄養、胞子（例えば、胞子形成、休眠、及び発芽）、潜伏、バイオフィルム）を特徴とするあらゆる天然の又は操作された生物を指す。腸内微生物の例として下記が挙げられる：アクチノマイセス・グラエベニッツィイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｇｒａｅｖｅｎｉｔｚｉｉ）、アクチノマイセス・オドントリティカス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、バクテロイデス・カッカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・プトレディニス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・ブルターガス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｔａｇｕｓ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィドゥム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビロフィラ・ワーズワーシア（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉａ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ）、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、カンピロバクター・グラシリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｇｒａｃｉｌｉｓ）、クロストリジア・クラスターＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＩＩＩ）、クロストリジア・クラスターＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＩＶ）、クロストリジア・クラスターＩＸ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＩＸ）（アシダミノコッカス科群（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｇｒｏｕｐ））、クロストリジア・クラスターＸＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＩ）、クロストリジア・クラスターＸＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＩＩＩ）（ペプトストレプトコッカス属群（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｒｏｕｐ））、クロストリジア・クラスターＸＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＩＶ）、クロストリジア・クラスターＸＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＶ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コリネバクテリウム・サンスバレンセ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｕｎｓｖａｌｌｅｎｓｅ）、デスルホモナス・ピグラ（Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ ｐｉｇｒａ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ユウバクテリウム・ハドルム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｄｒｕｍ）、ユウバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、フィーカリバクテリア・プラウスニッツ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉａ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクノスピラ（Ｌａｎｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、モリキュート・クラスターＸＶＩ（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＶＩ）、モリキュート・クラスターＸＶＩＩＩ（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＶＩＩＩ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロシア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、及びストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）。

「マイクロバイオーム」は、対象又は患者の身体部位上に存在するか又は身体部位中に存在する微生物を広く指す。マイクロバイオーム中の微生物は、細菌、ウイルス、真核微生物、及び／又はウイルスを含み得る。マイクロバイオーム中の個々の微生物は、代謝的に活性であり得、休眠中であり得、潜伏性であり得、若しくは胞子として存在し得るか、浮遊状態で（ｐｌａｎｋｔｏｎｉｃａｌｌｙ）若しくはバイオフィルム中に存在し得えるか、又は持続的に若しくは一時的にマイクロバイオーム中に存在し得る。マイクロバイオームは、共生状態の若しくは健康状態のマイクロバイオームであってもよいし、疾患状態のマイクロバイオームであってもよい。マイクロバイオームは対象若しくは患者に固有であってもよく、又はマイクロバイオームの構成成分は、健康状態（例えば、前癌状態若しくは癌状態）又は処置条件（例えば、抗生物質による処置、様々な微生物への曝露）の変化に起因して調節されてもよいし、導入されてもよいし、枯渇されてもよい。いくつかの態様では、マイクロバイオームは粘膜表面で生じる。いくつかの態様では、マイクロバイオームは腸内マイクロバイオームである。いくつかの態様では、マイクロバイオームは腫瘍マイクロバイオームである。

組織又はサンプルの「マイクロバイオームプロファイル」又は「マイクロバイオームシグネチャ」は、マイクロバイオームの細菌構造の少なくとも部分的な特徴を指す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは、マイクロバイオーム中に少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、３５種、４０種、４５種、５０種、５５種、６０種、６５種、７０種、７５種、８０種、８５種、９０種、９５種、１００種、又はより多くの細菌株が存在するか存在しないかを示す。

細菌に関する「改変された」は、野生型から変化を受けている細菌を広く指す。細菌改変の例として、遺伝子改変、遺伝子発現、表現型改変、製剤化、化学的改変、及び用量又は濃度が挙げられる。改善された特性の例は本明細書全体を通して説明されており、例えば、弱毒化、栄養素要求性、ホーミング、又は抗原性が挙げられる。表現型改変として、例えば、病原性を増加させるか又は減少させる細菌の表現型を改変する培地中での細菌増殖が挙げられる可能性がある。

本明細書で使用される場合、遺伝子が細菌で「過剰発現」されるとは、同じ条件下で同じ種の野生型細菌によって発現されるよりも、少なくともいくつかの条件下でエンジニアリングされた細菌でより高いレベルで発現される場合である。同様に、遺伝子が細菌で「過少発現」されるとは、同じ条件下で同じ種の野生型細菌によって発現されるよりも、少なくともいくつかの条件下でエンジニアリングされた細菌でより低いレベルで発現される場合である。

「ポリヌクレオチド」及び「核酸」という用語は互換的に使用される。それらは、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド又はそれらの類似体である任意の長さのポリマー型のヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有し得、あらゆる機能を果たし得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子又は遺伝子断片のコード領域又は非コード領域、連鎖解析から定義される遺伝子座、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離ＤＮＡ、任意の配列の単離ＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマー。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーのアセンブリの前又は後に付与され得る。ポリヌクレオチドは、標識成分との結合などによりさらに修飾してもよい。本明細書で提供される全ての核酸配列において、ＵヌクレオチドはＴヌクレオチドと交換可能である。

本明細書で使用される場合、物質は、他の成分を実質的に含まない場合には「純粋」である。「精製する（ｐｕｒｉｆｙ）」、「精製する（ｐｕｒｉｆｙｉｎｇ）」、及び「精製された（ｐｕｒｉｆｉｅｄ）」という用語は、（例えば、自然界で若しくは実験的な設定で）最初に産生されたか若しくは生成された際に付随したか又は最初の産生後の任意の時間にわたり付随した成分の少なくとも一部から分離されているＥＶ又は他の物質を指す。ＥＶは、産生時に又は産生後に、例えば１種又は複数種の他の細菌成分から単離されている場合に精製されたと見なされ得、精製された微生物又は微生物集団は、他の物質を最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９０％超含み得、それでもなお「精製された」と見なされる。いくつかの実施形態では、精製されたＥＶは、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％超純粋である。ＥＶ組成物、及びその微生物成分は、例えば、残存生息環境産物（ｒｅｓｉｄｕａｌ ｈａｂｉｔａｔ ｐｒｏｄｕｃｔ）から精製されている。

本明細書で使用される場合、「精製されたＥＶ組成物」又は「ＥＶ組成物」という用語は、原材料中に見出される少なくとも１種の付随する物質から分離されている（例えば、少なくとも１種の他の細菌成分から分離されている）ＥＶを含む調製物か、又はこの調製物を生成するために使用される任意のプロセスにおいてＥＶに付随する任意の物質から分離されているＥＶを含む調製物を指す。この用語はまた、有意に富化されているか又は濃縮されている組成物も指す。いくつかの実施形態では、ＥＶは、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１００倍、１０００倍、１０，０００倍、又は１０，０００倍超濃縮されている。

「操作的分類単位」及び「ＯＴＵ（ｓ）」は、系統樹における末端の葉を指し、核酸配列、例えば、全ゲノム又は特定の遺伝子配列、及びこの核酸配列と種のレベルで配列同一性を共有する全ての配列によって定義される。いくつかの実施形態では、特定の遺伝子配列は、１６Ｓ配列又は１６Ｓ配列の一部であり得る。他の実施形態では、２つの実体の全ゲノムが配列決定され、比較される。別の実施形態では、多遺伝子座配列タグ（ＭＬＳＴ）、特定の遺伝子、又は遺伝子のセットなどの選択領域を遺伝的に比較することができる。１６Ｓの場合、１６Ｓ全体又は１６Ｓの一部の可変領域で９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵと見なされる。例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ ＭＪ，Ｗａｎｇ Ｑ，Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ Ｏ，Ｇｒｅｅｎｅ−Ｄｉｎｉｚ Ｒ，Ｃｏｌｅ ＪＲ，Ｒｏｓｓ ＲＰ，ａｎｄ Ｏ’Ｔｏｏｌｅ ＰＷ．２０１０．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｔｗｏ ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｆｏｒ ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｔａｎｄｅｍ ｖａｒｉａｂｌｅ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅ ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３８：ｅ２００．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，ａｎｄ Ｔｉｅｄｊｅ ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい。完全なゲノムの場合、ＭＬＳＴ、１６Ｓ以外の特定の遺伝子、又は９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有する遺伝子セットＯＴＵは同じＯＴＵと見なす。例えば、Ａｃｈｔｍａｎ Ｍ，ａｎｄ Ｗａｇｎｅｒ Ｍ．２００８．Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｎａｔｕｒｅ ｏｆ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１−４４０．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，ａｎｄ Ｔｉｅｄｊｅ ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい。ＯＴＵは、多くの場合、生物間の配列を比較することで定義される。一般に、９５％未満の配列同一性を有する配列は、同じＯＴＵの部分を形成するとは見なされない。ＯＴＵは、ヌクレオチドマーカー又は遺伝子、特に高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）の任意の組み合わせ、又はそれらの組み合わせによっても特徴付けることができる。本明細書では、例えば、属、種、及び系統分岐群に分類学的に割り当てられた操作的分類単位（ＯＴＵ）が提供される。

本明細書で使用される「特異的結合」は、抗体が所定の抗原に結合する能力、又はポリペプチドがその所定の結合パートナーに結合する能力を指す。典型的には、抗体又はポリペプチドは、約１０^−７Ｍ以下のＫ_Ｄに対応する親和性でその所定の抗原又は結合パートナーに特異的に結合し、非特異的及び無関係な抗原／結合パートナー（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）に結合する親和性に対して少なくとも１０倍未満、少なくとも１００倍未満、又は少なくとも１０００倍未満である親和性（Ｋ_Ｄで表される）で所定の抗原／結合パートナーに結合する。或いは、特異的結合は、１つの成分がタンパク質、脂質、又は炭水化物又はそれらの組み合わせであり、且つタンパク質、脂質、炭水化物又はそれらの組み合わせである第２の成分と特異的に結合する２成分系により広く当てはまる。

「対象」又は「患者」という用語は、任意の動物を指す。「それを必要とする」として記載される対象又は患者は、疾患の処置を必要とする者を指す。哺乳類（すなわち、哺乳動物）には、ヒト、実験動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ）、及びペット（例えば、イヌ、ネコ、げっ歯類）が含まれる。
例えば、対象は、非ヒト哺乳類（例えば、限定されないが、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ、又はチンパンジー）であり得る。対象又は患者は、健康であってもよいし任意の発育段階で免疫障害に罹患していてもよい。

「菌株（株）」とは、同じ細菌種の密接に関連するメンバーと区別できるような遺伝的特徴を有する細菌種のメンバーを指す。遺伝的特徴は、少なくとも１つの遺伝子の全て又は一部の欠如、少なくとも１つの調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）の全て又は一部の欠如、少なくとも１つの天然プラスミドの欠如（「キュアリング」）、少なくとも１つの組換え遺伝子の存在、少なくとも１つの変異遺伝子の存在、少なくとも１つの外来遺伝子（別の種に由来する遺伝子）の存在、少なくとも１つの変異した調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）の存在、少なくとも１つの非天然プラスミドの存在、少なくとも１つの抗生物質耐性カセットの存在、又はそれらの組み合わせであり得る。異なる菌株間の遺伝的特徴は、ＰＣＲ増幅、及び任意選択によるそれに続く目的のゲノム領域又はゲノム全体のＤＮＡ配列決定によって特定することができる。１つの菌株（同じ種の別の菌株と比較した）が抗生物質耐性を獲得若しくは喪失した場合、又は生合成能力（栄養要求性菌株など）を獲得若しくは喪失した場合、抗生物質を使用した選択又は栄養素／代謝産物を使用した逆選択によって菌株を区別することができる。

本明細書で使用される、対象の疾患を「処置する」又は疾患を有する若しくは有すると疑われる対象を「処置する」という用語は、疾患の少なくとも１つの症状が軽減されるか又は悪化が防止されるように、対象を薬学的に処置すること、例えば１つ又は複数の薬剤を投与することを指す。従って、一実施形態では、「処置する」は、とりわけ、進行の遅延、寛解の促進、寛解の誘発、寛解の増強、回復の加速、代替治療薬の有効性の増加若しくは耐性の低下、又はそれらの組み合わせを指す。特定の実施形態では、対象が、無処置で期待される以上の腫瘍サイズの減少、腫瘍数の減少、腫瘍成長の減少、癌転移の減少、及び／又は総癌細胞数の減少を処置後に経験すると、癌が処置されたことになる。

細菌
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株により生成されたか若しくはこの株から単離されたＥＶ、及び／又は本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株から作られたか若しくはこの株を含むＰｈＡＢを含む細菌組成物を使用する方法である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノムヌクレオチド配列、１６Ｓヌクレオチド配列、又はＣＲＩＳＰＲヌクレオチド配列）に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。

特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約（Ｂｕｄａｐｅｓｔ Ｔｒｅａｔｙ ｏｎ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｄｅｐｏｓｉｔ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｐｕｒｐｏｓｅ ｏｆ Ｐａｔｅｎｔ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ）の条項に基づいて、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０−２２０９ ＵＳＡのＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）により２０１８年１０月１１日に寄託し、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２５３６８が割り当てられた。

出願人は、特許が付与された場合には、ＡＴＣＣが寄託の永続性及び公衆による容易なアクセスを可能にする受託機関であることを主張する。そのように寄託された資料の公衆への利用可能性に関する全ての制限は、特許の付与時に取消不能に取り消されるだろう。この資料は、特許出願の係属中では、３７ ＣＦＲ １．１４及び３５ Ｕ．Ｓ．Ｃ．１２２に基づいて資格があると長官が決定した者に対して利用可能であるだろう。寄託された資料は、寄託されたプラスミドのサンプルを提供して欲しいという最新の要求から少なくとも５年の期間にわたり、及びいずれの場合でも寄託日から少なくとも３０年の期間又は特許の有効期間にわたり（いずれか長い方）、生存可能であり且つ汚染されていないことを維持するために必要な全ての注意が払われて維持されるだろう。出願人は、預託金の条件に起因して、要求された場合に受託機関がサンプルを提供できない場合には、預託金の代わりを補う義務を認める。

いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている細菌は、哺乳類の胃腸管中でのコロニー形成及び／又は生着を改善する（例えば代謝の改変、例えば、ムチン分解の改善、競合プロファイルの増強、運動性増加、腸上皮細胞への付着の増加、走行性の改変）ように改変されている。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている細菌は、（例えば、単独で又は別の治療薬との組み合わせで）この細菌の免疫調節効果及び／又は治療効果を増強するように改変されている。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている細菌は、（例えば、多糖類、線毛、毛縁、アドヘシンの産生の改変を介して）免疫活性化を増強するように改変されている。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている細菌は、細菌の製造を改善する（例えば、より高い酸素耐性、凍結融解耐性の改善、より短い生成時間）ように改変されている。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、当該技術分野で既知の方法に従って培養し得る。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）を、例えばＣａｂａｌｌｅｒｏ ｅｔ ａｌ．，２０１７．”Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｃｏｍｍｅｎｓａｌｓ Ｒｅｓｔｏｒｅ Ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ Ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ”Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ ＆ Ｍｉｃｒｏｂｅ ２１：５９２−６０２（この文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）で開示された方法を使用して、ＡＴＣＣ Ｍｅｄｉｕｍ ２７２２、ＡＴＣＣ Ｍｅｄｉｕｍ １４９０、又は他の培地で増殖させ得る。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌は、表１で列挙された１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、２５種、若しくはより多く）のタンパク質、及び／又は表１で列挙されたタンパク質をコードする１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、２５種、若しくはより多く）の遺伝子を含むラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表１で列挙されたタンパク質の全て及び／又は表１で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子の全てを含む。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌は、表２で列挙された１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、若しくは３種）の膜結合性タンパク質、及び／又は表２で列挙された膜結合性タンパク質をコードする１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、若しくは３種）の遺伝子を含むラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表２で列挙されたタンパク質の全て及び／又は表２で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子の全てを含む。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌は、表３で列挙された１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、２５種、若しくはより多く）のタンパク質、及び／又は表３で列挙されたタンパク質をコードする１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、２５種、若しくはより多く）の遺伝子を含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表２で列挙されたタンパク質の全て及び／又は表２で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子の全てを含まない。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌は、表４で列挙された１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種）の菌体外多糖（ＥＰＳ）合成タンパク質、及び／又は表４で列挙されたＥＰＳ合成タンパク質をコードする１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種）の遺伝子を含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表４で列挙されたタンパク質の全て及び／又は表４で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子の全てを含まない。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表４で列挙されたタンパク質により全体的に又は部分的に合成されたＥＰＳを含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、ＥＰＳを含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。

ある特定の態様では、本明細書で説明されている免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌は菌体外多糖を実質的に含まない。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌は、表６で列挙された１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、２５種、若しくはより多く）のタンパク質、及び／又は表６で列挙されたタンパク質をコードする１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、２５種、若しくはより多く）の遺伝子を含むラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表６で列挙されたタンパク質の全て及び／又は表６で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子の全てを含む。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌は、表５で列挙された１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、若しくはより多く）のタンパク質、及び／又は表５で列挙されたタンパク質をコードする１種若しくは複数種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、若しくはより多く）の遺伝子を含まないか又は実質的に含まないラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の株（例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の株）である。いくつかの実施形態では、この免疫調節性細菌は、表５で列挙されたタンパク質の全て及び／又は表５で列挙されたタンパク質をコードする遺伝子の全てを含まない。

免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶの産生
ある特定の態様では、本明細書で説明されている免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶを、当該技術分野で既知の任意の方法を使用して調製し得る。

いくつかの実施形態では、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶをＥＶ精製工程なしで調製する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＥＶを含む免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌のＥＶを無傷のままにする方法を使用して死滅させ、結果として得られた、ＥＶを含む細菌成分を、本明細書で説明されている方法及び組成物で使用する。いくつかの実施形態では、この免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を、抗生物質を使用して（例えば、本明細書で説明されている抗生物質を使用して）死滅させる。いくつかの実施形態では、この免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を、ＵＶ照射を使用して死滅させる。

いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＥＶを、１種又は複数種の他の細菌成分から精製する。細菌からＥＶを精製する方法は当該技術分野で既知である。いくつかの実施形態では、ＥＶを、Ｓ．Ｂｉｎ Ｐａｒｋ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．６（３）：ｅ１７６２９（２０１１）又はＧ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５）（これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）で説明されている方法を使用して細菌培養物から調製する。いくつかの実施形態では、細菌を高い光学密度まで培養し、次いで（例えば、４℃において３０分にわたり１０，０００×ｇで）遠心分離して細菌をペレット化する。いくつかの実施形態では、次いで培養上清をフィルタに通して、無傷の細菌細胞を排除する（例えば０．２２μｍフィルタ）。いくつかの実施形態では、ろ過した上清を（例えば、４℃において１〜３時間にわたり１００，０００〜１５０，０００×ｇで）遠心分離して細菌ＥＶをペレット化する。いくつかの実施形態では、得られたＥＶペレットを（例えばＰＢＳ中に）再懸濁させ、再懸濁したＥＶをスクロース勾配（例えば３０〜６０％不連続スクロース勾配）にアプライし、続いて（例えば４℃において２０時間にわたり２００，０００×ｇで）遠心分離することにより、ＥＶをさらに精製する。ＥＶバンドを集め、（例えばＰＢＳで）洗浄し、（例えば４℃において３時間にわたり１５０，０００×ｇで）遠心分離してＥＶをペレット化する。精製したＥＶを、使用するまで例えば−８０℃で保存し得る。いくつかの実施形態では、このＥＶを、ＤＮアーゼ及び／又はプロテイナーゼＫによる処理によりさらに精製する。

例えば、いくつかの実施形態では、本明細書で開示されている免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌の培養物を４℃において２０〜４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離して、細菌をペレット化し得る。培養上清を０．２２μｍフィルタに通して、無傷の細菌細胞を排除し得る。次いで、ろ過した上清を、硫酸アンモニウム沈殿、超遠心分離、又はろ過が挙げられ得るがこれらに限定されない方法を使用して濃縮し得る。例えば、硫酸アンモニウム沈殿の場合、４℃で撹拌しつつ、ろ過した上清に１．５〜３Ｍの硫酸アンモニウムを緩やかに添加し得る。８〜４８時間にわたり４℃で沈殿物をインキュベートし得、次いで４℃において２０〜４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離し得る。得られたペレットは免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び他の残屑を含む。超遠心分離を使用して、ろ過した上清を４℃において１〜１６時間にわたり１００，０００〜２００，０００×ｇで遠心分離し得る。この遠心分離のペレットは免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び他の残屑を含む。いくつかの実施形態では、ろ過技術を使用して（例えば、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａスピンフィルタの使用を通して、又は接線流ろ過により）、５０又は１００ｋＤａ超の分子量の種を保持するように上清をろ過し得る。

或いは、バイオリアクタを交互接線流（ａｌｔｅｒｎａｔｉｎｇ ｔａｎｇｅｎｔｉａｌ ｆｌｏｗ）（ＡＴＦ）システム（例えば、ＲｅｐｌｉｇｅｎのＸＣｅｌｌ ＡＴＦ）に接続することにより、増殖中において連続的に、又は増殖中の選択された時点で、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌培養物からＥＶを得ることができる。このＡＴＦシステムは、バイオリアクタ中に無傷の細胞（０．２２ｕｍ超）を保持し、より小さい成分（例えば、ＥＶ、遊離タンパク質）がフィルタを通って集められることを可能にする。例えば、このシステムは、次いで０．２２ｕｍ未満のろ液が１００ｋＤａの第２のフィルタを通過するように構成され得、０．２２ｕｍと１００ｋＤａとの間のＥＶ等の種が集められて、１００ｋＤａと比べて小さい種がバイオリアクタにポンプで戻されることを可能にする。或いは、このシステムは、培養物の増殖中にバイオリアクタ中の培地が補充されるのを及び／又は変更されるのを可能にするように構成され得る。この方法により集められたＥＶを、ろ過した上清に関して上記で説明したように、超遠心分離又はろ過によりさらに精製し得、及び／又は濃縮し得る。

本明細書で提供される方法によって得られるＥＶは、限定されるものではないが、スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用を含み得る方法を用いて、サイズ排除カラムクロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、及び勾配超遠心分離によってさらに精製することができる。簡単に述べると、スクロース勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離が使用されてろ過された上清が濃縮されたら、ペレットを６０％スクロース、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に再懸濁される。ろ過を使用してろ過した上清を濃縮する場合、濃縮液が、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラムを用いて、６０％スクロース、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換される。サンプルは、３５〜６０％の不連続スクロース勾配に適用され、４℃で３〜２４時間、２００，０００×ｇで遠心分離される。簡単に述べると、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離の使用により、ろ過された上清が濃縮されたら、ペレットがＰＢＳ中、３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐに再懸濁される。いくつかの実施形態では、ろ過を用いてろ過された上清が濃縮されたら、濃縮物が、６０％Ｏｐｔｉｐｒｅｐを用いて３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐの最終濃度まで希釈される。サンプルは、３５〜６０％の不連続スクロース勾配に適用され、４℃で３〜２４時間、２００，０００×ｇで遠心分離される。

いくつかの実施形態では、ＥＶ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ＥＶは、試験される細菌の日常的な培養に使用される寒天培地に連続希釈され、日常的な条件を用いてインキュベートされる。非無菌調製物は、無傷の細胞を排除するために０．２２ｕｍフィルタに通される。純度をさらに高めるために、単離されたＥＶを、ＤＮａｓｅ又はプロテイナーゼＫで処理することができる。

いくつかの実施形態では、ｉｎ ｖｉｖｏ注射に使用されるＥＶの調製のために、精製されたＥＶが、既に記載されたように処理される（Ｇ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３ （２０１５））。簡単に述べると、スクロース勾配遠心分離後、ＥＶを含むバンドが、３％スクロースを含む溶液又は当業者に公知のｉｎ ｖｉｖｏ注射に適した他の溶液に５０μｇ／ｍＬの最終濃度に再懸濁される。この溶液は、アジュバント、例えば０〜０．５％（ｗ／ｖ）の濃度の水酸化アルミニウムも含み得る。

特定の実施形態では、サンプルをさらなる試験に適合させるために（例えば、ＴＥＭイメージング又はｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの前にスクロースを除去するために）、サンプルは、ろ過（Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラム）、透析、又は超遠心分離（２００，０００×ｇ、３時間以上、４℃）、及び再懸濁を用いてＰＢＳ又は３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換される。

いくつかの実施形態では、ＥＶ調製物の無菌性は、ＥＶの生成に使用される細菌の標準培養に使用される寒天培地上にＥＶの一部を播種し、標準条件を用いてインキュベートすることによって確認することができる。

いくつかの実施形態では、選択されたＥＶは、クロマトグラフィー及びＥＶ上の結合表面部分によって単離及び濃縮される。他の実施形態では、選択されたＥＶは、親和性試薬、化学染料、組換えタンパク質を使用する方法、又は当業者に公知の他の方法による蛍光細胞選別によって単離及び／又は濃縮される。

細菌組成物
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株、本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ、及び／又は本明細書で提供される免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＰｈＡＢを含む細菌組成物である。いくつかの実施形態では、この細菌製剤は薬学的に許容される担体をさらに含む。

いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、死滅細菌、生細菌、及び／又は弱毒化細菌を含む。細菌を、低温殺菌、滅菌、高温処理、噴霧調理、及び／又は噴霧乾燥により加熱死滅させ得る（加熱処理を、５０℃、６５℃、８５℃若しくは様々な他の温度で、及び／又は様々な時間で実施し得る）。同様に、γ線照射（ガンマ線照射）、ＵＶ光への曝露、ホルマリン不活性化、及び／若しくは凍結方法、又はこれらの組み合わせを使用して、細菌を死滅させ得るか、又は不活性化し得る。例えば、投与の前に、細菌を１、２、３、４，５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、又は５０ｋＧｙの放射線に曝露し得る。いくつかの実施形態では、ガンマ線照射を使用して細菌（例えばラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株）を死滅させる。いくつかの実施形態では、電子線照射（例えばベータ線照射）又はＸ線照射を使用して、細菌を死滅させるか、又は不活性化する。

ある特定の実施形態では、細菌組成物中の細菌の少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である。ある特定の実施形態では、細菌組成物中の実質的に全ての細菌は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である。ある特定の実施形態では、細菌組成物は、少なくとも１×１０^３コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^４コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^５コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^５コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、２×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、３×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、４×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、６×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、７×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、８×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、９×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、２×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、３×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、４×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、６×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、７×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、８×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、９×１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、２×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、３×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、４×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、６×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、７×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、８×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、９×１０^８コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^９コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^９コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^１０コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^１０コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^１１コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^１１コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^１２コロニー形成単位（ＣＦＵ）、５×１０^１２コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１×１０^１３コロニー形成単位（ＣＦＵ）の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む。

いくつかの実施形態では、組成物中の細菌の少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株に属する。組成物中の細菌の１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株に属する。

いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている組成物は、本明細書で説明されている免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）の１種の株のみを含み得る。例えば、本明細書で説明されている免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の内の１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、又は２０種は、任意の組み合わせで、本明細書で提供される組成物に含まれ得る。

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、細菌を実質的に又は完全に含まない免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶと、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の全細菌（例えば、生細菌、死滅細菌、弱毒化細菌）との両方を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、ＥＶを実質的に又は完全に含まない免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子当たり少なくとも１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子当たり約１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む。

ある特定の実施形態では、この医薬組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子に対して特定の比率の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子を含む。免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子の数は、実際の粒子数又は（細菌が生存している場合には）ＣＦＵの数に基づき得る。設定された数の精製済の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶと設定された数の精製済の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌とを組み合わせることにより、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌が培養される増殖条件を変更することにより、又は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌自体を改変してより多くの又はより少ない免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶを産生させることにより、この粒子数を確立し得る。

いくつかの実施形態では、細菌サンプル中に存在するＥＶ及び／又は細菌の数を定量するために、電子顕微鏡（例えば、極薄凍結切片のＥＭ）を使用し、小胞と細菌とを視覚化して、これらの相対数を計数し得る。或いは、ナノ粒子追跡分析（ＮＴＡ）、Ｃｏｕｌｔｅｒ計数、及び動的光散乱（ＤＬＳ）の組み合わせ、又はこれらの技術の組み合わせを使用し得る。ＮＴＡ及びＣｏｕｌｔｅｒ計数器は、粒子を計数してそのサイズを示す。ＤＬＳにより粒子のサイズ分布が得られるが、濃度は得られない。細菌は１〜２ｕｍの直径を有することが多い。全範囲は０．２〜２０ｕｍである。Ｃｏｕｌｔｅｒ計数及びＮＴＡの結果を組み合わせて、所与のサンプル中の細菌の数を明らかにし得る。Ｃｏｕｌｔｅｒ計数により、直径が０．７〜１０ｕｍである粒子の数が明らかになる。ＮＴＡにより、直径が５０〜１４００ｎｍである粒子の数が明らかになる。ほとんどの細菌サンプルの場合には、Ｃｏｕｌｔｅｒ計数器のみによりサンプル中の細菌の数が明らかになり得る。ＥＶは直径が２０〜２５０ｎｍである。ＮＴＡにより、直径が５０〜２５０ｎｍである粒子の数を計数することが可能になるだろう。ＤＬＳにより、１ｎｍ〜３ｕｍのおおよその範囲内での様々な直径の粒子の分布が明らかになる。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子当たり最高で１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌当たり少なくとも１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子を含む。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌当たり約１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０^３個、２×１０^３個、３×１０^３個、４×１０^３個、５×１０^３個、６×１０^３個、７×１０^３個、８×１０^３個、９×１０^３個、１×１０^４個、２×１０^４個、３×１０^４個、４×１０^４個、５×１０^４個、６×１０^４個、７×１０^４個、８×１０^４個、９×１０^４個、１×１０^５個、２×１０^５個、３×１０^５個、４×１０^５個、５×１０^５個、６×１０^５個、７×１０^５個、８×１０^５個、９×１０^５個、１×１０^６個、２×１０^６個、３×１０^６個、４×１０^６個、５×１０^６個、６×１０^６個、７×１０^６個、８×１０^６個、９×１０^６個、１×１０^７個、２×１０^７個、３×１０^７個、４×１０^７個、５×１０^７個、６×１０^７個、７×１０^７個、８×１０^７個、９×１０^７個、１×１０^８個、２×１０^８個、３×１０^８個、４×１０^８個、５×１０^８個、６×１０^８個、７×１０^８個、８×１０^８個、９×１０^８個、１×１０^９個、２×１０^９個、３×１０^９個、４×１０^９個、５×１０^９個、６×１０^９個、７×１０^９個、８×１０^９個、９×１０^９個、１×１０^１０個、２×１０^１０個、３×１０^１０個、４×１０^１０個、５×１０^１０個、６×１０^１０個、７×１０^１０個、８×１０^１０個、９×１０^１０個、１×１０^１１個、２×１０^１１個、３×１０^１１個、４×１０^１１個、５×１０^１１個、６×１０^１１個、７×１０^１１個、８×１０^１１個、９×１０^１１個、及び／又は１×１０^１２個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌当たり最高で１個の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ粒子を含む。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶである。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶである。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶである。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質である。

いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶは、１種又は複数種の他の細菌成分から精製されている。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は他の細菌成分をさらに含む。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は細菌細胞を含む。

下記で詳細に説明するように、本明細書で開示されている医薬組成物は、固体形態又は液体形態（例えば、経口投与又は直腸投与に適したもの）での投与用に特に製剤化され得る。

いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている組成物は、医薬組成物、栄養補助食品、又は食品製品（例えば、食品若しくは飲料）であり得る。いくつかの実施形態では、この食品製品は動物用飼料である。

ある特定の実施形態では、本明細書で説明されている経口投与用の医薬組成物は、結腸への細菌の効率的な送達を可能にする追加の成分を含む。いくつかの実施形態では、結腸への細菌の送達を可能にする医薬調製物を使用し得る。そのような製剤の例としてｐＨ感受性組成物が挙げられ、例えば、緩衝小袋製剤（ｂｕｆｆｅｒｅｄ ｓａｃｈｅｔ ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）、又は腸溶性ポリマーであって、この腸溶性ポリマーが胃を通過した後にｐＨがアルカリ性になった場合に内容物を放出する腸溶性ポリマーが挙げられる。医薬調製物の製剤化にｐＨ感受性組成物を使用する場合には、このｐＨ感受性組成物は、この組成物の分解のｐＨ閾値が約６．８〜約７．５であるポリマーであり得る。

結腸への細菌の送達に有用な医薬組成物の別の実施形態は、小腸通過時間に対応する約３〜５時間まで細胞の放出を遅延させることにより結腸への送達を確実にするものである。いくつかの実施形態では、遅延放出用の医薬組成物はヒドロゲルシェルを含む。ヒドロゲルは、胃腸液との接触時に水和して膨張し、その結果、内容物が効率的に放出される（主に結腸中で放出される）。遅延放出剤形単位は、細菌をコーティングするか又は選択的にコーティングする材料を有する細菌含有組成物を含む。そのような選択的コーティング材料の例として、インビボで分解可能なポリマー、徐々に加水分解可能なポリマー、徐々に水に溶解可能なポリマー、及び／又は酵素により分解可能なポリマーが挙げられる。放出を効率的に遅延させるための多種多様なコーティング材料が利用可能であり、例えば、セルロース系のポリマー、例えばヒドロキシプロピルセルロース、アクリル酸ポリマー及びコポリマー、例えば、メタクリル酸ポリマー及びコポリマー、並びにビニルポリマー及びコポリマー、例えばポリビニルピロリドンが挙げられる。

結腸への送達を可能にする組成物の例として、結腸粘膜に特異的に付着する生体付着性組成物（例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，３６８，５８６号明細書の明細書で説明されているポリマー）、及びプロテアーゼの活性に起因する分解から胃腸管中で生物製剤調製物を特に保護するためにプロテアーゼ阻害剤が組み込まれている組成物がさらに挙げられる。

結腸への送達を可能にするシステムの例は、胃の遠位部位での細菌発酵でのガスの生成により引き起こされる圧力変化を利用することにより内容物が放出されるような方法で、圧力変化により結腸に組成物を送達するシステムである。そのようなシステムは特に限定されず、そのより具体的な例は、坐剤基剤に内容物が分散されており且つ疎水性ポリマー（例えばエチルセルロース）でコーティングされているカプセルである。

結腸への送達を可能にするシステムの別の例は、結腸に組成物を送達するシステムであって、結腸中に存在する酵素（例えば、炭水化物加水分解酵素又は炭水化物還元酵素）により特異的に分解されるシステムである。そのようなシステムは特に限定されず、そのより具体的な例として、食品成分（例えば、非デンプン多糖類、アミロース、キサンタンガム、及びアゾポリマー）を使用するシステムが挙げられる。

いくつかの実施形態では、プロバイオティック製剤は、カプセル化形態、腸溶コーティング形態、又は粉末形態として提供され、用量は最大１０^１１ｃｆｕ（例えば最大１０^１０ｃｆｕ）の範囲である。いくつかの実施形態では、組成物は、カプセル中に５×１０^１１ｃｆｕの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株と１０％（重量／重量）のトウモロコシデンプンとを含む。このカプセルは、ｐＨ５．５での十二指腸放出のために腸溶性コーティングされている。いくつかの実施形態では、このカプセルは、ｐＨ５．５での十二指腸放出のために腸溶性コーティングされている。いくつかの実施形態では、組成物は、「安全性適格推定（Ｑｕａｌｉｆｉｅｄ Ｐｒｅｓｕｍｐｔｉｏｎ ｏｆ Ｓａｆｅｔｙ）」（ＱＰＳ）ステータスと見なされる、凍結乾燥された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の粉末を含む。いくつかの実施形態では、組成物は冷凍温度又は冷蔵温度で安定である。

微生物組成物を製造する方法は、３つの主な処理工程を含み得る。これらの工程は、生物の貯蔵（ｏｒｇａｎｉｓｍ ｂａｎｋｉｎｇ）、生物の生産（ｏｒｇａｎｉｓｍ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ）、及び保存である。ある特定の実施形態では、豊富な免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含むサンプルを、単離工程を避けることにより培養し得る。

貯蔵に関して、細菌組成物中に含まれる株を、（１）検体から直接単離し得るか、又は貯蔵ストックから取り出し得るか、（２）任意選択により、増殖を補助する栄養寒天又は栄養ブロスで培養することにより、生存可能なバイオマスが生成され得、及び（３）このバイオマスを長期保存において複数のアリコートに任意選択的に保存し得る。

培養工程を使用する実施形態では、寒天又はブロスは、増殖を可能にする必須元素及び特定の因子を供給する栄養素を含み得る。一例は、２０ｇ／Ｌのグルコース、１０ｇ／Ｌの酵母抽出物、１０ｇ／Ｌの大豆ペプトン、２ｇ／Ｌのクエン酸、１．５ｇ／Ｌのリン酸ナトリウム一塩基性、１００ｍｇ／Ｌのクエン酸鉄アンモニウム、８０ｍｇ／Ｌの硫酸マグネシウム、１０ｍｇ／Ｌの塩化ヘミン、２ｍｇ／Ｌの塩化カルシウム、１ｍｇ／Ｌのメナジオンで構成された培地であるだろう。別の例は、ｐＨ６．８にて１０ｇ／Ｌの牛肉抽出物、１０ｇ／Ｌのペプトン、５ｇ／Ｌの塩化ナトリウム、５ｇ／Ｌのブドウ糖、３ｇ／Ｌの酵母抽出物、３ｇ／Ｌの酢酸ナトリウム、１ｇ／Ｌの可溶性デンプン、及び０．５ｇ／ＬのＬ−システインＨＣｌで構成された培地であるだろう。様々な微生物培地及びバリエーションが当該技術分野で公知である（例えば、Ｒ．Ｍ．Ａｔｌａｓ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｄｉａ（２０１０）ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ）。培養培地を培養物に開始時に添加し得、培養中に添加してもよいし、培養物に断続的に／継続的に流してもよい。細菌組成物中の株を、細菌組成物の一部として単独で培養してもよいし、細菌組成物を含む全収集物として培養してもよい。一例として、第１の株を、混合連続培養で第２の株と一緒に、培養から培養物が洗い流されることを防ぐために、いずれかの細胞の最大増殖率と比べて低い希釈率で培養し得る。

播種された培養物を、バイオマスを構築するのに十分な時間にわたり好ましい条件下でインキュベートする。ヒトでの使用のための細菌組成物の場合、この条件は、正常なヒトの適所に類似する値を有する３７℃の温度、ｐＨ、及び他のパラメータであることが多い。環境を、能動的に制御してもよいし、（例えば緩衝液により）受動的に制御してもよいし、変動させてもよい。例えば、嫌気性細菌組成物の場合には、無酸素／還元環境を採用し得る。このことを、システイン等の還元剤のブロスへの添加により、及び／又は酸素をブロスから取り除くことにより、達成し得る。一例として、細菌組成物の培養物を、１ｇ／Ｌのシステイン−ＨＣｌで予め還元された上記の培地中において、３７℃、ｐＨ７で増殖させ得る。

培養物が十分なバイオマスを生成した場合には、貯蔵用に保存し得る。生物は、凍結（「凍結保護剤」の添加）、乾燥（「リオプロテクタント（ｌｙｏｐｒｏｔｅｃｔａｎｔ）」）、及び／又は浸透圧ショック（「浸透圧保護剤」）から保護する化学的環境に置かれ、複数の（任意選択的に同一の）容器に分配されて均一に貯蔵され、次いで保存のために培養物が処理される。容器は一般に不透過性であり、環境からの隔離を保証するクロージャを有する。凍結保存処理は、液体を超低温（例えば−８０℃以下）で凍結することにより達成される。乾燥保存は、蒸発（噴霧乾燥若しくは「冷却乾燥」の場合）により、又は昇華（例えば、凍結乾燥、噴霧凍結乾燥の場合）により、培養物から水を除去する。水の除去により、超低温条件よりも高い温度で長期微生物組成物の貯蔵安定性が改善される。微生物組成物が例えば胞子形成種を含み、結果として胞子が生じる場合には、最終組成物は、密度勾配遠心分離等の追加の手段により精製され得、［？］上記で説明された［？］技術を使用して保存され得る。微生物組成物の貯蔵を、株を個別に培養して保存するか、又は株を一緒に混合して組み合わされた貯蔵を作成することにより、行ない得る。冷凍保存の一例として、微生物組成物の培養物を、遠心分離により培養培地から細胞をペレット化し、上清をデカントし、１５％のグリセロースを含む新鮮な培養ブロスに置き換え得ることにより、回収し得る。次いで、培養物を１ｍＬのクライオチューブに分注し、密封し、長期にわたる生存率の保持のために−８０℃に置くことができる。この手順により、凍結保存からの回復時に許容可能な生存率が達成される。

微生物の生産を、上記で説明した培地組成及び培養条件を含む、貯蔵と類似の培養工程を使用して実行し得る。微生物の生産を、特に臨床開発又は商業生産のために、大規模な運用で実行し得る。より大きな規模で、最終培養の前に微生物組成物の数回の継代培養があってもよい。培養の終了時に、培養物を回収して、投与用の剤形へのさらなる製剤化を可能にする。これには、濃縮、望ましくない培地成分の除去、及び／又は微生物組成物を保存し且つ選択された経路を介した投与を許容可能にする化学的環境への導入が含まれ得る。例えば、微生物組成物を１０^１０ＣＦＵ／ｍＬの濃度まで培養し、次いで接線流精密ろ過により２０倍に濃縮し、使用済みの培地を、２％のゼラチン、１００ｍＭのトレハロース、及び１０ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液からなる保存培地で透析ろ過することにより交換し得る。次いで、懸濁液を凍結乾燥させて粉末にして、用量を設定する。

乾燥後、この粉末を適切な効能とブレンドし、他の培養物並びに／又は一貫性及び取扱いの容易さのための充填剤（例えば微結晶セルロース）と混合し、細菌組成物を本明細書に記載したいように製剤化し得る。

ある特定の態様では、提供されるのは、対象への投与のための細菌組成物である。いくつかの実施形態では、この細菌組成物は、単回投与単位又は複数回投与形式であり得る最終製品を製造するために、追加の活性物質及び／又は不活性物質と組み合わされている。

いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の炭水化物を含む。「炭水化物」は糖又は糖のポリマーを指す。「糖」、「多糖」、「炭水化物」、及び「オリゴ糖」という用語は互換的に使用され得る。ほとんどの炭水化物は、多くのヒドロキシル基（通常は分子の各炭素原子上に１個）を有するアルデヒド又はケトンである。炭水化物は一般に、分子式Ｃ_ｎＨ_２ｎＯ_ｎを有する。炭水化物は、単糖、二糖、三糖、オリゴ糖、又は多糖であり得る。最も基本的な炭水化物は単糖であり、例えば、グルコース、スクロース、ガラクトース、マンノース、リボース、アラビノース、キシロース、及びフルクトースである。二糖は、２個の連結された単糖である。例示的な二糖として、スクロース、マルトース、セロビオース、及びラクトースが挙げられる。典型的には、オリゴ糖は３〜６個の単糖単位（例えば、ラフィノース、スタキオース）を含み、多糖は６個以上の単糖単位を含む。例示的な多糖として、デンプン、グリコーゲン、及びセルロースが挙げられる。炭水化物は、改変された糖単位を含み得、例えば、ヒドロキシル基が除去されている２’−デオキシリボース、ヒドロキシル基がフッ素に置き換えられている２’−フルオロリボース、又はグルコースの窒素含有形態であるＮ−アセチルグルコサミン（例えば、２’−フルオロリボース、デオキシリボース、及びヘキソース）を含み得る。炭水化物は多くの異なる形態で存在し得、例えば、配座異性体、環式形態、非環式形態、立体異性体、互変異性体、アノマー、及び異性体で存在し得る。

いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の脂質を含む。本明細書で使用される場合、「脂質」は、脂肪、油、トリグリセリド、コレステロール、リン脂質、遊離脂肪酸を含む任意の形態の脂肪酸を含む。脂肪、油、及び脂肪酸は、飽和であり得るか、不飽和（シス又はトランス）であり得るか、又は部分的に不飽和（シス又はトランス）であり得る。いくつかの実施形態では、この脂質は、下記から選択される少なくとも１種の脂肪酸を含む：ラウリン酸（１２：０）、ミリスチン酸（１４：０）、パルミチン酸（１６：０）、パルミトレイン酸（１６：１）、マルガリン酸（１７：０）、ヘプタデセン酸（１７：１）、ステアリン酸（１８：０）、オレイン酸（１８：１）、リノール酸（１８：２）、リノレン酸（１８：３）、オクタデカテトラエン酸（１８：４）、アラキジン酸（２０：０）、エイコセン酸（２０：１）、エイコサジエン酸（２０：２）、エイコサテトラエン酸（２０：４）、エイコサペンタエン酸（２０：５）（ＥＰＡ）、ドコサン酸（２２：０）、ドコセン酸（２２：１）、ドコサペンタエン酸（２２：５）、ドコサヘキサエン酸（２２：６）（ＤＨＡ）、及びテトラコサン酸（２４：０）。いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の改変脂質を含み、例えば、調理により改変されている脂質を含む。

いくつかの実施形態では、この組成物は、少なくとも１種の補充ミネラル又はミネラル源を含む。ミネラルの例として、塩化物、ナトリウム、カルシウム、鉄、クロム、銅、ヨウ素、亜鉛、マグネシウム、マンガン、モリブデン、リン、カリウム、及びセレンが挙げられるがこれらに限定されない。上述したミネラルの内のいずれかの適切な形態として、可溶性のミネラル塩、わずかに可能性のミネラル塩、不溶性のミネラル塩、キレート化ミネラル、ミネラル複合体、非反応性ミネラル（例えばカルボニルミネラル）、及び還元ミネラル、並びにこれらの組み合わせが挙げられる。

いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の補充ビタミンを含む。この少なくとも１種のビタミンは、脂溶性又は水溶性のビタミンであり得る。適切なビタミンとして、ビタミンＣ、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＢ１２、ビタミンＫ、リボフラビン、ナイアシン、ビタミンＤ、ビタミンＢ６、葉酸、ピリドキシン、チアミン、パントテン酸、及びビオチンが挙げられるがこれらに限定されない。上述の内のいずれかの適切な形態は、ビタミンの塩、ビタミンの誘導体、ビタミンと同一の又は類似の活性を有する化合物、及びビタミンの代謝産物である。

いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤を含む。適切な添加剤の非限定的な例として、緩衝剤、保存料、安定剤、結合剤、圧縮剤、潤滑剤、分散増強剤、崩壊剤、香味料、甘味料、及び着色料が挙げられる。

いくつかの実施形態では、この添加剤は緩衝剤である。適切な緩衝剤の非限定的な例として、クエン酸ナトリウム、炭酸マグネシウム、重炭酸マグネシウム、炭酸カルシウム、及び重炭酸カルシウムが挙げられる。

いくつかの実施形態では、この添加剤は保存料を含む。適切な保存料の非限定的な例として、抗酸化剤（例えば、α−トコフェロール、及びアスコルビン酸塩）、並びに抗菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、及びフェノール）が挙げられる。

いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として結合剤を含む。適切な結合剤の非限定的な例として、デンプン、アルファ化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキソアゾリドン、ポリビニルアルコール、Ｃ_１２〜Ｃ_１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、糖、オリゴ糖、及びこれらの組み合わせが挙げられる。

いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として潤滑剤を含む。適切な潤滑剤の非限定的な例として、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、硬化植物油、ステロテックス（ｓｔｅｒｏｔｅｘ）、ポリオキシエチレンモノステアレート、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、及び軽油が挙げられる。

いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として分散増強剤を含む。適切な分散剤の非限定的な例として、デンプン、アルギン酸、ポリビニルピロリドン、グアーガム、カオリン、ベントナイト、精製済木材セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、イソアモルファスケイ酸塩（ｉｓｏａｍｏｒｐｈｏｕｓ ｓｉｌｉｃａｔｅ）、及び高ＨＬＢ乳化剤界面活性剤としての微結晶セルロースが挙げられる。

いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として崩壊剤を含む。いくつかの実施形態では、この崩壊剤は非発泡性崩壊剤である。適切な非発泡性崩壊剤の非限定的な例として、デンプン、例えば、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、これらのアルファ化デンプン及び加工デンプン、甘味料、粘土、例えば、ベントナイト、微結晶セルロース、アルギン酸塩、デンプングリコール酸ナトリウム、ゴム、例えば、寒天、ガウア、イナゴマメ、カラヤ、ペクチン、及びトラガカントが挙げられる。いくつかの実施形態では、この崩壊剤は発泡性崩壊剤である。適切な発泡性崩壊剤の非限定的な例として、クエン酸と組み合わされた重炭酸ナトリウム、及び酒石酸と組み合わされた重炭酸ナトリウムが挙げられる。

いくつかの実施形態では、細菌製剤は腸溶コーティング又はマイクロカプセル化をさらに含む。ある特定の実施形態では、腸溶コーティング又はマイクロカプセル化により、胃腸管の所望の領域へのターゲティングが改善される。例えば、ある特定の実施形態では、細菌組成物は、胃腸管の特定の領域に関連するｐＨで溶解する腸溶コーティング及び／又はマイクロカプセルを含む。いくつかの実施形態では、腸溶コーティング及び／又はマイクロカプセルは、十二指腸で放出するために約５．５〜６．２のｐＨで溶解し、回腸で放出するために約７．２〜約７．５のｐＨ値で溶解し、及び／又は結腸で放出するために約５．６〜６．２のｐＨ値で溶解する。例示的な腸溶コーティング及びマイクロカプセルは、例えば米国特許出願公開第２０１６／００２２５９２号明細書で説明されており、この明細書はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。

いくつかの実施形態では、この組成物は食品（例えば、食物又は飲料）であり、例えば、健康食品若しくは健康飲料、乳児用の食物若しくは飲料、妊婦、アスリート、高齢者、若しくは他の特定の群のための食物若しくは飲料、機能性食品、飲料、特定の健康用途のための食物若しくは飲料、栄養補助食品、患者用の食物若しくは飲料、又は動物の飼料である。この食物及び飲料の具体例として下記が挙げられる：様々な飲料、例えば、ジュース、清涼飲料、茶飲料、飲料調製物、ゼリー飲料、及び機能性飲料；アルコール飲料、例えばビール；炭水化物含有食品、例えば、米食品、麺類、パン、及びパスタ；ペースト製品、例えば、魚肉ハム、ソーセージ、シーフードのペースト製品；レトルトパウチ製品、例えば、カレー、濃厚なあんかけソースがかかった食品、及び中華スープ；スープ；乳製品、例えば、牛乳、乳飲料、アイスクリーム、チーズ、及びヨーグルト；発酵製品、例えば、発酵味噌、ヨーグルト、発酵飲料、及び漬物；豆製品；様々な菓子製品、例えば、ビスケット、クッキー及び同類のもの、キャンディ、チューインガム、グミ、冷たいデザート、例えば、ゼリー、クリームキャラメル、及びフローズンデザート；インスタント食品、例えば、インスタントスープ、及びインスタント大豆スープ；電子レンジで調理可能な食品（ｍｉｃｒｏｗａｖａｂｌｅ ｆｏｏｄ）；並びに同類のもの。さらに、この例として、散剤、顆粒剤、錠剤、カプセル剤、液剤、ペースト剤、及びゼリー剤の形態で調製された健康食品及び健康飲料も挙げられる。

ある特定の実施形態では、本明細書で開示されている細菌を、プレバイオティックと共に対象に投与する。プレバイオティクスは、一般に宿主動物により消化されず且つ細菌により選択的に発酵されるか又は代謝される炭水化物である。プレバイオティクスは、宿主のマイクロバイオームの組成又は代謝を変更する短鎖炭水化物（例えばオリゴ糖）、並びに／又は単糖（例えば単糖及び二糖）、並びに／又はムチン（重グリコシル化タンパク質）であり得る。この短鎖炭水化物はオリゴ糖とも称され、２又は３から最大８、９、１０、１５又はより多くの糖部分を通常は含む。プレバイオティクスが宿主に導入された場合には、プレバイオティクスは、宿主内の細菌に影響を及ぼし且つ宿主には直接影響を及ぼさない。ある特定の態様では、プレバイオティック組成物は、宿主内の限られた数の細菌の内の１つの増殖及び／又は活性を選択的に刺激し得る。プレバオティクスとしてオリゴ糖が挙げられ、例えば、フルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）（イヌリンを含む）、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、トランス−ガラクトオリゴ糖、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、キトオリゴ糖（ＣＯＳ）、大豆オリゴ糖（例えば、スタキオース及びラフィノース）、ゲンチオオリゴ糖、イソマルトオリゴ糖、マンノオリゴ糖、マルトオリゴ糖、並びにマンナンオリゴ糖が挙げられる。オリゴ糖は必ずしも単一成分ではなく、オリゴマー化の程度が異なるオリゴ糖を含む混合物であり得、親の二糖と単糖とを含む場合がある。多くの一般的な食品（例えば、果実、野菜、牛乳、及び蜂蜜）には、様々な種類のオリゴ糖が天然成分として見出されている。オリゴ糖の具体例は、ラクツロース、ラクトスクロース、パラチノース、グリコシルスクロース、グアーガム、アラビアゴム、タガロース（ｔａｇａｌｏｓｅ）、アミロース、アミロペクチン、ペクチン、キシラン、及びシクロデキストリンである。プレバイオティクスはまた、精製されてもよいし、化学的に若しくは酵素的に合成されてもよい。

ＰｈＡＢの製造
ある特定の態様では、本明細書で説明されているＰｈＡＢを、当該技術分野で既知の任意の方法を使用して調製し得る。

いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＰｈＡＢを分画により調製する。細菌細胞、及び／又は培養された細菌細胞からの上清を、様々な薬学的に活性なバイオマス（ＰｈＡＢ）及び／又はそれに由来する産生物に分画する。細菌細胞及び／又は上清を、当分野で既知の材料及び方法を使用して分画する（例えば、Ｓａｎｄｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．Ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｉｏｎ ｂｙ ｕｌｔｒａｃｅｎｔｒｉｆｕｇａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｒａｍ ｎｅｇａｔｉｖｅ ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ ａｎｄ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎｓ．２０１４．Ｂｉｏ−Ｐｒｏｔｏｃｏｌ．４（２１）；Ｓｃｈｏｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔ ａｎｄ ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎｓ ｆｒｏｍ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｎｇｕｉｓ ａｎｄ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ．１９８３．Ｊ Ｇｅｎ Ｍｉｃｒｏ．１２９：３２７１−３２７９；Ｔｈｅｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｓｕｂｆｒａｃｔｉｏｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｒａｍ−ｎｅｇａｔｉｖｅ ｂａｃｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ｓｔｕｄｉｅｓ．２０１０．Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃｉｅｔｙ．９：６１３５−６１４７；Ｈｏｂｂ ｅｔ ａｌ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ ｆｏｒ ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｆｒｏｍ Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ．２００９．１５５（Ｐｔ．３）：９７９−９８８を参照されたい）。

加えて、本明細書で提供される方法により得られたＰｈＡＢを、スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用が挙げられ得るがこれらに限定されない方法を使用して、サイズベースのカラムクロマトグラフィーにより、アフィニティクロマトグラフィーにより、及び勾配超遠心分離により、さらに精製し得る。簡潔に説明すると、スクロース勾配方法を使用する際には、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を使用して、ろ過した上清を濃縮した場合には、ペレットを６０％のスクロース、３０ｍＭのＴｒｉｓ、ｐＨ８．０に再懸濁させる。ろ過を使用して、ろ過された上清を濃縮した場合には、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラムを使用して、濃縮液を６０％のスクロース、３０ｍＭのＴｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換する。サンプルを３５〜６０％の不連続スクソール勾配に適用し、４℃で３〜２４時間にわたり２００，０００×ｇにて遠心分離する。簡潔に説明すると、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を使用する際には、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を使用して、ろ過した上清を濃縮した場合には、ペレットをＰＢＳ中の３５％のＯｐｔｉｐｒｅｐに再懸濁させる。いくつかの実施形態では、ろ過を使用して、ろ過された上清を濃縮した場合には、６０％のＯｐｔｉｐｒｅｐを使用して、濃縮液を３５％のＯｐｔｉｐｒｅｐの最終濃度まで希釈する。サンプルを３５〜６０％の不連続スクロース勾配に適用し、４℃で３〜２４時間にわたり２００，０００×ｇにて遠心分離する。

いくつかの実施形態では、ＰｈＡＢ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ＰｈＡＢを、試験する細菌の日常的な培養に使用される寒天培地上に連続的に希釈し、日常的な条件を使用してインキュベートする。非無菌の調製物を０．２２ｕｍのフィルタに通して無傷の細胞を除外する。純度をさらに高めるために、単離されたＰｈＡＢをＤＮアーゼ又はプロテイナーゼＫで処理してもよい。

いくつかの実施形態では、インビボ注射に使用されるＰｈＡＢの調製のために、精製済ＰｈＡＢを、既に説明されているように処理する（Ｇ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５））。簡潔に説明すると、スクロール勾配遠心分離の後、ＰｈＡＢを含むバンドを、３％のスクロースを含む溶液又は当業者に既知のインビボ注射に適した他の溶液に５０μｇ／ｍＬの最終濃度まで再懸濁させる。この溶液はまた、０〜０．５％（重量／体積）の濃度でアジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）も含んでもよい。

ある特定の実施形態では、サンプルを更なる試験に適合させるために（例えば、ＴＥＭ撮像又はインビトロアッセイの前にスクロースを除去するために）、ろ過（例えばＡｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラム）、透析、又は超遠心分離（２００，０００×ｇ、≧３時間、４℃）、及び再懸濁を使用して、サンプルを、ＰＢＳ又は３０ｍＭのＴｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換する。

いくつかの実施形態では、ＰｈＡＢの生成で使用される細菌の標準培地に使用される寒天培地上にＰｈＡＢの一部を蒔き、標準条件を使用してインキュベートすることにより、ＰｈＡＢ調製物の無菌性を確認し得る。

いくつかの実施形態では、選択したＰｈＡＢを、クロマトグラフィー及びＰｈＡＢ上の結合表面部分により単離して富化する。他の実施形態では、選択したＰｈＡＢを、親和性試薬、化学染料、組み換えタンパク質を使用する方法、又は当業者に既知の他の方法により、蛍光細胞選別により単離する、及び／又は富化する。

投与
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、対象に本明細書で説明されている細菌及び／又は細菌組成物を送達する方法である。本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態では、この細菌を追加の治療薬の投与と共に投与する。いくつかの実施形態では、この細菌を、この追加の治療薬と共に医薬組成物に共製剤化する。いくつかの実施形態では、この細菌をこの追加の治療薬と共投与する。いくつかの実施形態では、この追加の治療薬を、この細菌の投与前（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、若しくは５５分前、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、若しくは２３時間前、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、若しくは１４日前）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、この追加の治療薬を、この細菌の投与後（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、若しくは５５分後、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、若しくは２３時間後、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、若しくは１４日後）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、同一の送達モードを使用して、この細菌とこの追加の治療薬との両方を送達する。いくつかの実施形態では、異なる送達モードを使用して、この細菌とこの追加の治療薬とを投与する。例えば、いくつかの実施形態では、この細菌を経口投与し、この追加の治療薬を注射（例えば、静脈内注射、筋肉内注釈、及び／又は腫瘍内注射）により投与する。

ある特定の実施形態では、本明細書で説明されている医薬組成物、剤形、及びキットを、任意の他の従来の抗免疫障害処置と共に投与し得る。この処置を、必要に応じて及び／又は指示されているように適用し得、且つこの処置は、本明細書で説明されている医薬組成物、剤形、及びキットの投与の前、同時、又は後に起こり得る。

投与レジメンは様々な方法及び量の内のいずれかであり得、且つ既知の臨床学的因子に従って当業者により決定され得る。医学分野で既知であるように、任意の１例の患者のための投与量は多くの因子に依存し得、例えば、対象の種、サイズ、体表面積、年齢、性別、免疫能力、及び全体的な健康状態、投与する特定の微生物、投与の持続期間及び経路、疾患の種類及び段階、例えば、腫瘍サイズ、並びに他の化合物（例えば、同時に投与する薬物）に依存し得る。上記の因子に加えて、そのようなレベルは、当業者により決定され得るように、微生物の感染力及び微生物の性質の影響を受け得る。本方法では、微生物の適切な最小投与量レベルは、微生物が生存し、増殖し、且つ複製するのに十分なレベルであり得る。本明細書で説明されている処置の方法は、免疫障害（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、アレルギー）の処置に適している場合がある。本明細書で説明されている医薬組成物の用量を、剤形、投与経路、標的疾患の程度又は段階、及び同類のものに従って適切に設定し得るか又は調整し得る。例えば、薬剤の一般的な有効用量は、０．０１ｍｇ／体重ｋｇ／日〜１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、０．１ｍｇ／体重ｋｇ／日〜１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、０．５ｍｇ／体重ｋｇ／日〜５００ｍｇ／体重ｋｇ／日、１ｍｇ／体重ｋｇ／日〜１００ｍｇ／体重ｋｇ／日、又は５ｍｇ／体重ｋｇ／日〜５０ｍｇ／体重ｋｇ／日の範囲であり得る。この有効用量は、０．０１、０．０５、０．１、０．５、１、２、３、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、５００、若しくは１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、又はより多くであり得るが、この用量はこれらに限定されない。

いくつかの実施形態では、対象に投与する用量は、免疫障害を予防するのに、この免疫障害の発症を遅延させるのに、又はこの免疫障害の進行を遅らせるか若しくは停止させるのに、又はこの免疫障害の再発を予防するのに十分である。投与量が様々な因子（例えば、用いる特定の化合物の強度、並びに対象の年齢、種、状態、及び体重）に依存することを当業者は認識するだろう。用量の大きさはまた、投与の経路、タイミング、及び頻度、並びに特定の化合物の投与に伴う可能性があるあらゆる有害な副作用及び所望される生理学的効果の存在、性質、及び程度によっても決定されるだろう。

適切な用量及び投与レジメンを、当業者に既知の従来の範囲発見技術により決定し得る。一般に、処置を、化合物の適切な用量未満であるより少ない投与量で開始する。その後、この投与量を、この状況下で最適な効果が達成されるまで少量ずつ増加させる。有効な投与量及び処置プロトコルを、例えば、実験動物での低用量から始めて、次いで効果をモニタリングしつつ投与量を増加させ、さらに投与量レジメンを体系的に変えることにより、日常的で従来の手段により決定し得る。一般には、実験動物を使用して体重１キログラム当たりの生物活性剤の最大耐量（「ＭＴＤ」）を決定する。当業者は、ヒト等の他の種において、毒性を回避しつつ有効性のために用量を定期的に推定する。

上記に従って、治療用途において、本発明に従って使用される活性剤の投与量は、選択された投与量に影響を及ぼす因子の中でも、活性剤、レシピエント患者の年齢、体重、及び臨床状態、並びに治療を施す臨床医又は専門家の経験及び判断に依存して変化する。一般に、用量は、免疫障害の進行の遅延を引き起こすのに十分であるべきであり、好ましくは退行を引き起こすのに十分であるべきである。

個別の投与は、２回、３回、４回、５回、又は６回の投与等の２回以上の投与（用量）の内のいずれかの数を含み得る。当業者は、治療方法をモニタリングするための当該技術分野で既知の方法及び本明細書で提供される他のモニタリング方法に従って、１回又は複数回の追加の投与を実施するための投与の数又はこの投与の実施の望ましさを容易に決定し得る。いくつかの実施形態では、用量は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日、又は１、２、３、若しくは４週間離れている場合がある。従って、本明細書で提供される方法は、細菌の１回又は複数回の投与を対象に行なう方法を含み、この投与回数を、対象をモニタリングし、このモニタリングの結果に基づいて、１回又は複数回の追加の投与を行なうかどうかを決定することにより、決定し得る。１回又は複数回の追加の投与を行なうかどうかの決定は、様々なモニタリング結果（例えば、限定されないが、腫瘍増殖の徴候若しくは腫瘍増殖の阻害、新たな転移の出現若しくは転移の阻害、対象の抗細菌抗体力価、対象の抗腫瘍抗体力価、対象の全体的な健康状態、及び／又は対象の体重）に基づき得る。

投与間の間隔は、様々な期間の内のいずれかであり得る。この投与間の間隔は、投与回数、対象が免疫反応を開始するための期間、及び／又は対象が正常組織から細菌を排除するための期間に関して説明されているように、モニタリング工程を含む様々な因子の内のいずれかの関数であり得る。一例では、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間の関数であり得、例えば、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間超であり得、例えば、約１週間超、約１０日超、約２週間超、又は約１ヶ月超であり得、別の例では、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間未満であり得、例えば、約１週間未満、約１０日未満、約２週間未満、又は約１カ月未満であり得る。別の例では、この期間は対象が正常組織から細菌を排除するための期間の関数であり得、例えば、この期間は対象が正常組織から細菌を排除するための期間超であり得、例えば、約１日超、約２日超、約３日超、約５日超、又は約１週間超であり得る。

いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている細菌と組み合わせた免疫障害治療薬の送達により、副作用が低減され、及び／又は免疫障害治療薬の有効性が改善される。

本明細書で説明されている免疫障害治療薬の有効用量とは、患者への毒性が最小な、特定の患者、組成物、及び投与様式に対して所望の治療反応を達成するのに有効な治療薬の量のことである。有効投与量レベルは、本明細書で説明されている方法を使用して特定され得、且つ様々な薬物動態学的因子（例えば、投与される特定の組成物の活性、投与経路、投与期間、用いられる特定の化合物の排泄速度、処置の持続期間、用いられる特定の組成物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物、及び／又は物質、処置される患者の年齢、性別、体重、状態、全体的な健康状態、及び過去の病歴、並びに医療分野で公知の類似の因子）に依存するだろう。一般に、免疫障害治療の有効用量とは、治療効果を生じるのに有効な最低用量である治療薬の量のことであるだろう。そのような有効用量は一般に、上記で説明されている因子に依存するだろう。

免疫障害治療の毒性とは、処置の最中に及び後に対象が経験する副作用のレベルのことである。免疫障害治療の毒性と関連する有害事象として、下記が挙げられるがこれらに限定されない：腹痛、胃酸過多、呑酸、アレルギー反応、脱毛、アナフィラキシー、貧血症、不安、食欲不振、関節痛、無力症、運動失調、高窒素血症、平衡の欠如、骨痛、出血、血餅、低血圧、高血圧、呼吸困難、気管支炎、挫傷、低白血球数、低赤血球数、低血小板数、心毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、不整脈、心臓弁膜症、心筋症、冠動脈疾患、白内障、中枢神経毒性、認知障害、錯乱、結膜炎、便秘、咳嗽、筋痙攣、膀胱炎、深部静脈血栓症、脱水、うつ病、下痢、眩暈、口渇、乾燥皮膚、消化不良、呼吸困難、浮腫、電解質異常、食道炎、疲労、生殖能力の欠如、発熱、鼓腸、潮紅、胃逆流、胃食道逆流症、生殖器痛、顆粒球減少症、女性化乳房、緑内障、脱毛、手足症候群、頭痛、難聴、心不全、心臓の動悸、胸やけ、血腫、出血性膀胱炎、肝毒性、高アミラーゼ血症、高カルシウム血症、高クロール血症、高血糖、高カリウム血症、高リパーゼ血症、高マグネシウム血症、高ナトリウム血症、高リン酸血症、色素増加症、高トリグリセリド血症、高尿酸血症、低アルブミン血症、低カルシウム血症、低クロール血症、低血糖症、低カリウム血症、低マグネシウム血症、低ナトリウム血症、低リン酸血症、勃起不全、感染、注射部位反応、不眠症、鉄欠乏症、そう痒、関節痛、腎不全、白血球減少症、肝機能障害、記憶喪失、閉経、口の痛み、粘膜炎、筋痛、筋肉痛、骨髄抑制、心筋炎、好中球減少性発熱、吐き気、腎毒性、好中球減少症、鼻血、しびれ、聴器毒性、疼痛、手掌足底感覚異常症、汎血球減少症、心膜炎、末梢神経障害、咽頭炎、羞明、光線過敏症、肺炎、間質性肺炎、タンパク尿症、肺塞栓症、肺線維症、肺毒性、発疹、速い心臓の鼓動、直腸出血、不穏状態、鼻炎、発作、息切れ、副鼻腔炎、血小板減少症、耳鳴、尿路感染、腟出血、腟乾燥、回転性めまい、水貯留、脱力、体重減少、体重増加、及び口腔乾燥症。一般に、治療を通じて達成される患者への利益が、治療に起因して患者が経験する有害事象を上回る場合には、毒性は許容される。

いくつかの実施形態では、細菌組成物の投与により免疫障害が処置される。

治療薬
ある特定の態様では、本明細書で提供される方法は、単独又は別の治療薬との組み合わせのいずれかでの、本明細書で説明されている細菌及び／又は細菌組成物（例えば、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株含有細菌組成物）の対象への投与を含む。いくつかの実施形態では、この細菌組成物及び他の治療を、任意の順序で対象に投与し得る。いくつかの実施形態では、この細菌組成物及び他の治療を併せて投与する。

いくつかの実施形態では、本細菌を、追加の治療薬を投与する前（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間前、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日前）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、本細菌を、追加の治療薬を投与した後（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間後、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日後）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、本ＥＶ及びこの治療薬を、同時に又はほぼ同時に対象に投与する（例えば、互いに１時間以内に投与する）。いくつかの実施形態では、本細菌を対象に投与する前（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間前、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日前）に、この対象に抗生物質を投与する。いくつかの実施形態では、本細菌を対象に投与した後（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間前、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日後）に、この対象に抗生物質を投与する。いくつかの実施形態では、本細菌及びこの抗生物質を、同時に又はほぼ同時に対象に投与する（例えば、互いに１時間以内に投与する）。

ある特定の実施形態では、対象は手術を受けている場合がある。手術の種類として、予防手術、診断手術又は病期診断手術、治癒手術、及び緩和手術が挙げられるがこれらに限定されない。

いくつかの実施形態では、追加の治療薬は抗生物質である。例えば、本明細書で提供される方法に従って、免疫障害関連細菌及び／又は免疫障害関連マイクロバイオームプロファイルの存在が検出される場合には、抗生物質を投与して対象から免疫障害関連細菌を除去し得る。「抗生物質」は、細菌感染を阻害し得るか又は予防し得る化合物を広く指す。抗生物質を、様々な方法（例えば、特定の感染への使用、作用機序、バイオアベイラビリティ、又は標的微生物のスペクトル（例えば、グラム陰性菌対グラム陽性菌、好気性菌対嫌気性菌等））で分類し得、これらを使用して、宿主の特定の領域（「ニッチ」）で特定の細菌を死滅させ得る（Ｌｅｅｋｈａ，ｅｔ ａｌ ２０１１．Ｇｅｎｅｒａｌ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ．Ｍａｙｏ Ｃｌｉｎ Ｐｒｏｃ．８６（２）：１５６−１６７）。ある特定の実施形態では、抗生物質を使用して、特定のニッチの細菌を選択的に標的とし得る。いくつかの実施形態では、免疫障害ニッチを含む特定の感染を処置することが知られている抗生物質を使用して、そのニッチ内の免疫障害関連細菌等の免疫障害関連微生物を標的とし得る。他の実施形態では、細菌処置後に抗生物質を投与する。いくつかの実施形態では、生着を除去するために細菌処置後に抗生物質を投与する。

いくつかの態様では、抗生物質を、その殺菌特性又は静菌特性に基づいて選択し得る。殺菌性抗生物質は、細胞壁（例えばβ−ラクタム）、細胞膜（例えばダプトマイシン）、又は細菌ＤＮＡ（例えばフルオロキノロン）を破壊する作用機序を含む。静菌剤は、細菌の複製を阻害し、スルホンアミド、テトラサイクリン、及びマクロライドが挙げられ、タンパク質合成を阻害することにより作用する。さらに、一部の薬物は特定の生物では殺菌性であり得、且つ他では静菌性であり得、標的生物を知ることで、当業者は適切な特性を有する抗生物質を選択し得る。ある特定の処置条件下では、静菌性抗生物質は殺菌性抗生物質の活性を阻害する。そのため、ある特定の実施形態では、殺菌性抗生物質と静菌性抗生物質とが組み合わされていない。

抗生物質として、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン（ｏｘａｚｏｌｉｄｏｎｏｎｅ）、ペニシリン、ポリペプチド系抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、及び抗マイコバクテリア化合物、並びにそれらの組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない。

アミノグリコシドとして、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、及びスペクチノマイシンが挙げられるがこれらに限定されない。アミノグリコシドは、例えば、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、シュードモナス・エルジノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、及びフランシセラ・ツラレンシス（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）等のグラム陰性細菌に対して有効であり、且つある特定の好気性細菌に対しても有効であるが、偏性／通性嫌気性菌に対してはあまり有効ではない。アミノグリコシドは、細菌の３０Ｓリボソームサブユニット又は５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それにより細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。

アンサマイシンとして、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファマイシン、及びストレプトバリシンが挙げられるがこれらに限定されない。ゲルダナマイシン及びハービマイシンは、熱ショックタンパク質９０の機能を阻害すか又は変更すると考えられている。

カルバセフェムとしてロラカルベフが挙げられるがこれに限定されない。カルバセフェムは、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。

カルバペネムとして、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、及びメロペネムが挙げられるがこれらに限定されない。カルバペネムは、広域抗生物質としてグラム陽性菌及びグラム陰性菌の両方に対して殺菌性を有する。カルバペネムは、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。

セファロスポリンとして、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｉｎ）、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｈｉｎ）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、及びセフトビプロールが挙げられるがこれらに限定されない。選択されたセファロスポリンは、例えば、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）等のグラム陰性菌及びグラム陽性菌に対して有効であり、ある特定のセファロスポリンは、メチシリン耐性スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）に対して有効である。セファロスポリンは、細菌の細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することにより、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。

糖ペプチドとして、テイコプラニン、バンコマイシン、及びテラバンシンが挙げられるがこれらに限定されない。糖ペプチドは、例えば、ＭＲＳＡ及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）等の好気性及び嫌気性のグラム陽性菌に対して有効である。糖ペプチドは、細菌の細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することにより、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。

リンコサミドとして、クリンダマイシン及びリンコマイシンが挙げられるがこれらに限定されない。リンコサミドは、例えば、嫌気性細菌、並びにスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）及びストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）に対して有効である。リンコサミドは、細菌の５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それにより細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。

リポペプチドとしてダプトマイシンが挙げられるがこれに限定されない。リポペプチドは、例えばグラム陽性菌に対して有効である。リポペプチドは、細菌膜に結合し、急速な脱分極を引き起こすと考えられている。

マクロライドとして、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、及びスピラマイシンが挙げられるがこれらに限定されない。マクロライドは、例えば、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びマイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）に対して有効である。マクロライドは、細菌又は５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それにより細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。

モノバクタムとしてアズトレオナムが挙げられるがこれに限定されない。モノバクタムは、例えばグラム陰性菌に対して有効である。モノバクタムは、細菌の細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することにより、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。

ニトロフランとして、フラゾリドン及びニトロフラントインが挙げられるがこれらに限定されない。

オキサゾリドノンとして、リネゾリド、ポシゾリド（Ｐｏｓｉｚｏｌｉｄ）、ラデゾリド（Ｒａｄｅｚｏｌｉｄ）、及びトレゾリド（Ｔｏｒｅｚｏｌｉｄ）が挙げられるがこれらに限定されない。オキサゾリドノンはタンパク質合成阻害剤であると考えられている。

ペニシリンとして、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンＧ、ペニシリンＶ、ピペラシリン、テモシリン、及びチカルシリンが挙げられるがこれらに限定されない。ペニシリンは、例えば、グラム陽性菌、通性嫌気性菌、例えば、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ボレリア（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、及びトレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）に対して有効である。ペニシリンは、細菌の細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することにより細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。

ペニシリンの組み合わせとして、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、及びチカルシリン／クラブラン酸塩が挙げられるがこれらに限定されない。

ポリペプチド系抗生物質として、バシトラシン、コリスチン、並びにポリミキシンＢ及びＥが挙げられるがこれらに限定されない。ポリペプチド系抗生物質は、例えばグラム陰性菌に対して有効である。ある特定のポリペプチド系抗生物質は、細菌の細胞壁のペプチドグリカン層の合成に関与するイソプレニルピロリン酸を阻害すると考えられており、他のものは、細菌の対イオンを置き換えることにより細菌の外膜を不安定にする。

キノロン及びフルオロキノロンとして、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、及びテマフロキサシンが挙げられるがこれらに限定されない。キノロン／フルオロキノロンは、例えば、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）に対して有効である。キノロン／フルオロキノロンは、細菌のＤＮＡジャイレース又はトポイソメラーゼＩＶを阻害し、それによりＤＮＡの複製及び転写を阻害すると考えられている。

スルホンアミドとして、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム−スルファメトキサゾール（コ・トリモキサゾール）、及びスルホンアミドクリソイジンが挙げられるがこれらに限定されない。スルホンアミドは、ジヒドロプテロイン酸合成酵素の競合的阻害により葉酸合成を阻害し、それにより核酸合成を阻害すると考えられている。

テトラサイクリンとして、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びテトラサイクリンが挙げられるがこれらに限定されない。テトラサイクリンは、例えばグラム陰性菌に対して有効である。テトラサイクリンは、細菌の３０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それにより細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。

抗マイコバクテリア化合物として、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、及びストレプトマイシンが挙げられるがこれらに限定されない。

好適な抗生物質として下記も挙げられる：アルスフェナミン、クロラムフェニコール、フォスフォマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルフォプリスチン、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリムアモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、アンホマイシンリストセチン、アジスロマイシン、バシトラシン、ブフォリンＩＩ、カルボマイシン、セクロピンＰ１、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フラゾリドン、フシジン酸、フシジン酸Ｎａ、グラミシジン、イミペネム、インドリシジン、ジョサマイシン、マガイナンＩＩ（ｍａｇａｉｎａｎ ＩＩ）、メトロニダゾール、ニトロイミダゾール、ミカマイシン、ムタシンＢ−Ｎｙ２６６、ムタシンＢ−ＪＨｌ １４０、ムタシンＪ−Ｔ８、ナイシン、ナイシンＡ、ノボビオシン、オレアンドマイシン、オストレオグリシン、ピペラシリン／タゾバクタム、プリスチナマイシン、ラモプラニン、ラナレキシン、ロイテリン、リファキシミン、ロザマイシン、ロサラマイシン、スペクチノマイシン、スピラマイシン、スタフィロマイシン、ストレプトグラミン、ストレプトグラミンＡ、シネルギスチン、タウロリジン、テイコプラニン、テリスロマイシン、チカルシリン／クラブラン酸、トリアセチルオレアンドマイシン、タイロシン、チロシジン、チロトリシン、バンコマイシン、ベママイシン（ｖｅｍａｍｙｃｉｎ）、及びバージニアマイシン。

いくつかの実施形態では、この追加の治療薬は、免疫抑制剤、ＤＭＡＲＤ、疼痛制御剤、ステロイド、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、又はサイトカイン拮抗薬、及びこれらの組み合わせである。代表的な薬剤として下記が挙げられるがこれらに限定されない：シクロスポリン、レチノイド、副腎皮質ステロイド、プロピオン酸誘導体、酢酸誘導体、エノール酸（ｅｎｏｌｉｃ ａｃｉｄ）誘導体、フェナム酸誘導体、Ｃｏｘ−２阻害剤、ルミラコキシブ、イブプロフェン、サリチル酸コリンマグネシウム、フェノプロフェン、サルサラート、ジフニサル（ｄｉｆｕｎｉｓａｌ）、トルメチン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ケトロラック、ナブメトン、ナプロキセン、バルデコキシブ、エトリコキシブ、ＭＫ０９６６；ロフェコキシブ、アセトミノフェン、セレコキシブ、ジクロフェナク、トラマドール、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム、イソキシカム、メフェナム酸（ｍｅｆａｎａｍｉｃ ａｃｉｄ）、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、バルデコキシブ、パレコキシブ、エトドラク、インドメタシン、アスピリン、イブプロフェン、フィロコキシブ、メトトレキサート（ＭＴＸ）、抗マラリア剤（例えば、ヒドロキシクロロキン及びクロロキン）、スルファサラジン、レフルノミド、アザチオプリン、シクロスポリン、金塩、ミノサイクリン、シクロホスファミド、Ｄ−ペニシラミン、ミノサイクリン、オーラノフィン、タクロリムス、ミオクリシン、クロラムブシル、ＴＮＦアルファ拮抗薬（例えば、ＴＮＦアルファ拮抗薬又はＴＮＦアルファレセプター拮抗薬）、例えば、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）；ＴＡ−６５０）、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）；ＣＤＰ８７０）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｍ（登録商標）；ＣＮＴＯ １４８）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）；ＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ（登録商標））、トシリズマブ（ＲｏＡｃｔｅｍｒａ／Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））、インテグリン拮抗薬（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標）（ナタリズマブ））、ＩＬ−１拮抗薬（ＡＣＺ８８５（イラリス））、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標）））、ＣＤ４拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、ＩＬ−２０拮抗薬、ＩＬ−６拮抗薬、ＢＬｙＳ拮抗薬（例えば、アタシセプト、Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）／ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）（ベリムマブ））、ｐ３８阻害剤、ＣＤ２０拮抗薬（オクレリズマブ、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）））、インターフェロンガンマ拮抗薬（フォントリズマブ）、プレドニゾロン、プレドニゾン、デキサメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン（ｂｅｃｌｏｍｅｔａｓｏｍｅ）、フルドロコルチゾン、デオキシコルチコステロン、アルドステロン、ドキシサイクリン、バンコマイシン、ピオグリタゾン、ＳＢＩ−０８７、ＳＣＩＯ−４６９、Ｃｕｒａ−１００、オンコキシン＋ビウシド（Ｏｎｃｏｘｉｎ＋Ｖｉｕｓｉｄ）、ＴｗＨＦ、メトキサレン、ビタミンＤ−エルゴカルシフェロール、ミルナシプラン、パクリタキセル、ロージングタゾン（ｒｏｓｉｇ ｔａｚｏｎｅ）、タクロリムス（Ｐｒｏｇｒａｆ（登録商標））、ＲＡＤＯＯｌ、ラパミューン、ラパマイシン、フォスタマチニブ、フェンタニル、ＸＯＭＡ ０５２、フォスタマチニブ二ナトリウム、ロシグリタゾン（ｒｏｓｉｇｈｔａｚｏｎｅ）、クルクミン（Ｌｏｎｇｖｉｄａ（商標））、ロスバスタチン、マラビロク、ラミピニル（ｒａｍｉｐｎｌ）、ミルナシプラン、コビプロストン（Ｃｏｂｉｐｒｏｓｔｏｎｅ）、ソマトロピン、ｔｇＡＡＣ９４遺伝子治療用ベクター、ＭＫ０３５９、ＧＷ８５６５５３、エソメプラゾール、エベロリムス、トラスツズマブ、ＪＡＫｌ阻害剤及びＪＡＫ２阻害剤、パンＪＡＫ阻害剤、例えば、四環系ピリドン６（Ｐ６）、３２５、ＰＦ−９５６９８０、デノスマブ、
ＩＬ−６拮抗薬、ＣＤ２０拮抗薬、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＩＬ−８拮抗薬、ＩＬ−２１拮抗薬、ＩＬ−２２拮抗薬、インテグリン拮抗薬（Ｔｙｓａｒｂｒｉ（登録商標）（ナタリズマブ））、ＶＧＥＦ拮抗薬、ＣＸＣＬ拮抗薬、ＭＭＰ拮抗薬、デフェンシン拮抗薬、ＩＬ−１拮抗薬（例えばＩＬ−１ベータ拮抗薬）、並びにＩＬ−２３拮抗薬（例えば、レセプターデコイ、拮抗性抗体等）。

いくつかの実施形態では、この薬剤は免疫抑制剤である。免疫抑制剤の例として下記が挙げられるがこれらに限定されない：副腎皮質ステロイド、メサラジン、メサラミン、スルファサラジン、スルファサラジン誘導体、免疫抑制薬、シクロスポリンＡ、メルカプトプリン、アザチオプリン、プレドニゾン、メトトレキサート、抗ヒスタミン薬、グルココルチコイド、エピネフリン、テオフィリン、クロモグリク酸ナトリウム、抗ロイコトリエン、鼻炎用の抗コリン薬、ＴＬＲ拮抗薬、インフラマソーム阻害剤、抗コリン性うっ血除去薬、肥満細胞安定化薬、モノクローナル抗ＩｇＥ抗体、ワクチン（例えば、アレルゲンの量が徐々に増加するワクチン接種に使用されるワクチン）、サイトカイン阻害剤、例えば抗ＩＬ−６抗体、ＴＮＦ阻害剤、例えば、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブペゴル、ゴリムマブ、又はエタネルセプト、及びこれらの組み合わせ。

いくつかの実施形態では、免疫障害治療は、治療用細菌及び／又は治療用細菌の組み合わせを対象に投与して、対象中で健康なマイクロバイオームが再構成され得ることを含む。いくつかの実施形態では、この治療用細菌は非免疫障害関連細菌である。いくつかの実施形態では、この治療用細菌はプロバイオティック細菌である。

いくつかの実施形態では、この追加の治療薬は癌治療薬である。いくつかの実施形態では、癌治療薬は化学療法薬である。そのような化学療法剤の例には、限定されるものではないが、アルキル化剤、例えば、シクロホスファミド；アルキルスルホン酸塩、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチルアメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９、及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムヌスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ１（ｃａｌｉｃｈｅａｍｉｃｉｎ ｇａｍｍａｌＩ）及びカリケアマイシンω１（ｃａｌｉｃｈｅａｍｉｃｉｎ ｏｍｅｇａｌ １）；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン（ａｕｔｈｒａｒｎｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ぺプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えば、メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；
ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルホルミチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド、例えば、メイタンシン及びアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’、２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、及びアンギジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル及びドキセタキセル；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金配位錯体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（例えば、ＣＰＴ−１１）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ ２０００；ジフルオロメチルオミチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；及び上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体が含まれる。

いくつかの実施形態では、癌治療薬は癌免疫療法剤である。免疫療法は、対象の免疫系を使用して癌を処置する処置法、例えば、チェックポイント阻害剤、癌ワクチン、サイトカイン、細胞療法、ＣＡＲ−Ｔ細胞、及び樹状細胞療法を指す。免疫療法の非限定的な例は、ニボルマブ（ＢＭＳ、抗ＰＤ−１）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ、抗ＰＤ−１）、イピリムマブ（ＢＭＳ、抗ＣＴＬＡ−４）、ＭＥＤＩ４７３６（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、抗ＰＤ−Ｌ１）、及びＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ、抗−ＰＤ−Ｌｌ）を含むチェックポイント阻害剤である。その他の免疫療法は、腫瘍ワクチン、例えば、ガーダシル、サーバリックス、ＢＣＧ、シプリューセル−Ｔ、Ｇｐｌ００：２０９−２１７、ＡＧＳ−００３、ＤＣＶａｘ−Ｌ、Ａｌｇｅｎｐａｎｔｕｃｅｌ−Ｌ、Ｔｅｒｇｅｎｐａｎｔｕｃｅｌ−Ｌ、ＴＧ４０１０、ＰｒｏｓｔＡｔａｋ、Ｐｒｏｓｔｖａｃ−Ｖ／Ｒ−ＴＲＩＣＯＭ、Ｒｉｎｄｏｐｅｐｉｍｕｌ、Ｅ７５酢酸ペプチド、ＩＭＡ９０１、ＰＯＬ−１０３Ａ、Ｂｅｌａｇｅｎｐｕｍａｔｕｃｅｌ−Ｌ、ＧＳＫ１５７２９３２Ａ、ＭＤＸ−１２７９、ＧＶ１００１、及びＴｅｃｅｍｏｔｉｄｅであり得る。免疫療法は、注射によって（例えば、静脈内、腫瘍内、皮下、又はリンパ節の中に）投与してもよいが、経口、局所、又はエアロゾルによって投与してもよい。免疫療法は、アジュバント、例えばサイトカインを含み得る。

いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。免疫チェックポイント阻害は、免疫応答を予防又は下方制御するために癌細胞が生成できるチェックポイントを広く阻害することを指す。免疫チェックポイントタンパク質の例には、限定されるものではないが、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＴＩＭ−３、又はＶＩＳＴＡが含まれる。免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質に結合してそれを阻害する抗体又はその抗原結合断片であり得る。免疫チェックポイント阻害剤の例には、限定されるものではないが、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、及びＳＴＩ−Ａ１０１０が含まれる。

いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、例えば癌関連抗原に結合する抗体又はその抗原結合断片である。癌関連抗原の例には、限定されるものではないが、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリンＡｌ、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１、２、８、ＧＡＧＥ−３、４、５、６、７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐｌ００／Ｐｍｅｌｌ７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても知られるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、Ｍｅｌｏｅ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲａｌｐｈａ融合タンパク質、多型上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、ｓｅｃｅｒｎｉｎ １、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、ＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａが含まれる。いくつかの実施形態では、抗原は新抗原である。

いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、癌ワクチン及び／又は癌ワクチンの成分（例えば、抗原ペプチド及び／又はタンパク質）である。癌ワクチンは、タンパク質ワクチン、核酸ワクチン、又はそれらの組み合わせであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープを含むポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープをコードする核酸（例えば、ＤＮＡ又はｍＲＮＡなどのＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、この核酸はベクター（例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター）である。細菌ベクターの例として、マイコバクテリウム・ボビス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ）（ＢＣＧ）、サルモネラ・ティフィムリウム亜種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ ｓｓｐ．）、サルモネラ・ティフィ亜種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ ｓｓｐ．）、クロストリジウム種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）胞子、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ １９１７、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｋ−１２／ＬＬＯ、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、及びシゲラ・フレックスネリ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ）が挙げられるがこれらに限定されない。ウイルスベクターの例として、ワクシニア、アデノウイルス、ＲＮＡウイルス、及び複製欠損アビポックス、複製欠損鶏糞痘、複製欠損カナリア痘、複製欠損ＭＶＡ、及び複製欠損アデノウイルスが挙げられるがこれらに限定されない。

いくつかの実施形態では、癌免疫療法は、癌特異的抗原で初回抗原刺激された抗原提示細胞（ＡＰＣ）の投与を含む。いくつかの実施形態では、このＡＰＣは、樹状細胞、マクロファージ、又はＢ細胞である。

癌関連抗原の例として下記が挙げられるがこれらに限定されない：アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリン−Ａ１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１，２，８、ＧＡＧＥ−３，４，５，６，７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐ１００／Ｐｍｅｌ１７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒα２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても既知であるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、レングシン（Ｌｅｎｇｓｉｎ）、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン（Ｍｅｌａｎ）−Ａ／ＭＡＲＴ−１、メロエ（Ｍｅｌｏｅ）、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ネオ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲα融合タンパク質、多形性上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、セセルニン（ｓｅｃｅｒｎｉｎ）１、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、ＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａ。

いくつかの実施形態では、癌免疫療法は、癌特異的キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）の投与を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをＴ細胞の表面に投与する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは癌関連抗原に特異的に結合する。

いくつかの実施形態では、癌免疫療法は、対象への癌特異的Ｔ細胞の投与を含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＴＨ１Ｔ細胞、ＴＨ２Ｔ細胞、又はＴＨ１７Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、癌関連抗原に特異的なＴ細胞受容体を発現する。

いくつかの実施形態では、この抗原はネオ抗原である。いくつかの実施形態では、癌ワクチンをアジュバントと共に投与する。アジュバントの例として下記が挙げられるがこれらに限定されない：免疫調節タンパク質、アジュバント６５、α−ＧａｌＣｅｒ、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β−グルカンペプチド、ＣｐＧ ＯＤＮ ＤＮＡ、ＧＰＩ−０１００、脂質Ａ、リポ多糖、リポバント（Ｌｉｐｏｖａｎｔ）、モンタニド（Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ）、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、キル（ｑｕｉｌ）Ａ、コレラ毒素（ＣＴ）及び腸内毒素原性大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（ＬＴ）由来の熱不安定性毒素、例えば、これらの誘導体（ＣＴＢ、ｍｍＣＴ、ＣＴＡ１−ＤＤ、ＬＴＢ、ＬＴＫ６３、ＬＴＲ７２、ｄｍＬＴ）、並びにトレハロースジミコレート。

いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、対象に対する免疫調節タンパク質である。いくつかの実施形態では、免疫調節タンパク質はサイトカイン又はケモカインである。免疫調節タンパク質の例には、限定されるものではないが、Ｂリンパ球化学誘引物質（「ＢＬＣ」）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１１（「エオタキシン１」）、好酸球走化性タンパク質２（「エオタキシン２」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、１−３０９、細胞間接着分子１（「ＩＣＡＭ−１」）、インターフェロンα（「ＩＦＮ−α」）、インターフェロンβ（「ＩＦＮ−β」）インターフェロンγ（「ＩＦＮ−γ」）、インターロイキン−１α（「ＩＬ−１α」、インターロイキン−１β（「ＩＬ−１β」、インターロイキン１受容体アンタゴニスト（「ＩＬ−１ ｒａ」）、インターロイキン−２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン−４（「ＩＬ−４」）、インターロイキン−５（「ＩＬ−５」）、インターロイキン−６（「ＩＬ−６」）、インターロイキン−６可溶性受容体（「ＩＬ−６ ｓＲ」）、インターロイキン−７（「ＩＬ−７」）、インターロイキン−８（「ＩＬ−８」）、インターロイキン−１０（「ＩＬ−１０」）、インターロイキン−１１（「ＩＬ−１１」）、インターロイキン−１２のサブユニットβ（「ＩＬ −１２ ｐ４０」又は「ＩＬ−１２ ｐ７０」）、インターロイキン−１３（「ＩＬ−１３」）、インターロイキン−１５（「ＩＬ−１５」）、インターロイキン−１６（「ＩＬ−１６」）、インターロイキン−１７Ａ−Ｆ（「ＩＬ−１７Ａ−Ｆ」）、インターロイキン−１８（「ＩＬ−１８」）、インターロイキン−２１（「ＩＬ−２１」）、インターロイキン−２２（「ＩＬ−２２」）、インターロイキン−２３（「ＩＬ−２３」）、インターロイキン−３３（「ＩＬ−３３」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＣＰ−１」）、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ」）、γインターフェロンによって誘導されるモノカイン（「ＭＩＧ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＩＰ−１α」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド４（「ＭＩＰ−１β」）、マクロファージ炎症性タンパク質−１−δ（「ＭＩＰ−１δ」）、血小板由来成長因子サブユニットＢ（「ＰＤＧＦ−ＢＢ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５、活性化制御により発現され、分泌される正常Ｔ細胞（「ＲＡＮＴＥＳ」）、ＴＩＭＰメタロペプチダーゼ阻害剤１（「ＴＩΜΡ−１」）、ＴＩΜΡメタロペプチダーゼ阻害剤２（「ＴＩＭＰ−２」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン−α（「ＴＮＦα」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン−β（「ＴＮＦβ」）、可溶性１型ＴＮＦ受容体（「ｓＴＮＦＲＩ」）、ｓＴＮＦＲＩＩＡＲ、脳由来神経栄養因子（「ＢＤＮＦ」）、塩基性線維芽細胞成長因子（「ｂＦＧＦ」）、骨形成タンパク質４（「ＢＭＰ−４」）、骨形成タンパク質５（「ＢＭＰ−５」）、骨形成タンパク質７（「ＢＭＰ−７」）、神経成長因子（「ｂ−ＮＧＦ」）、上皮成長因子（「ＥＧＦ」）、上皮成長因子受容体（「ＥＧＦＲ」）、内分泌腺由来血管内皮成長因子（「ＥＧ−ＶＥＧＦ」）、線維芽細胞成長因子４（「ＦＧＦ−４」）、ケラチノサイト成長因子（「ＦＧＦ−７」）、成長分化因子１５（「ＧＤＦ−１５」）、グリア細胞由来神経栄養因子（「ＧＤＮＦ」）、成長ホルモン、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（「ＨＢ−ＥＧＦ」）、肝細胞成長因子（「ＨＧＦ」）、インスリン様成長因子結合タンパク質１（「ＩＧＦＢＰ−１」）、インスリン様成長因子結合タンパク質２（「ＩＧＦＢＰ−２」）、
インスリン様成長因子結合タンパク質３（「ＩＧＦＢＰ−３」）、インスリン様成長因子結合タンパク質４（「ＩＧＦＢＰ−４」）、インスリン様成長因子結合タンパク質６（「ＩＧＦＢＰ」−６」）、インスリン様成長因子１（「ＩＧＦ−１」）、インスリン、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ Ｒ」）、神経成長因子受容体（「ＮＧＦ Ｒ」）、ニューロトロフィン−３（「ＮＴ−３」）、ニューロトロフィン−４（「ＮＴ−４」）、破骨細胞形成抑制因子（「オステオプロテグリン」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ−ＡＡ」）、ホスファチジルイノシトール−グリカン生合成（「ＰＩＧＦ」）、Ｓｋｐ、カリン、Ｆ−ボックス含有複合体（「ＳＣＦ」）、幹細胞因子受容体（「ＳＣＦ Ｒ」）、形質転換成長因子α（「ＴＧＦα」）、形質転換成長因子β−１（「ＴＧＦβ１」）、形質転換成長因子β３（「ＴＧＦβ３」）、血管内皮成長因子（「ＶＥＧＦ」）、血管内皮成長因子受容体２（「ＶＥＧＦＲ２」）、血管内皮成長因子受容体３（「ＶＥＧＦＲ３」）、ＶＥＧＦ−Ｄ ６Ｃｋｉｎｅ、チロシン−プロテインキナーゼ受容体ＵＦＯ（「Ａｘｌ」）、ベータセルリン（「ＢＴＣ」）、粘膜関連上皮ケモカイン（「ＣＣＬ２８」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２７（「ＣＴＡＣＫ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＣＸＣＬ１６」）、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン５（「ＥＮＡ−７８」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２６（「エオタキシン−３」）、顆粒球走化性タンパク質２（「ＧＣＰ−２」）、ＧＲＯ、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＨＣＣ−１」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＨＣＣ−４」）、インターロイキン−９（「ＩＬ−９」）、インターロイキン−１７Ｆ（「ＩＬ−１７Ｆ」）、インターロイキン−１８結合タンパク質（「ＩＬ−１８ ＢＰａ」）、インターロイキン−２８Ａ（「ＩＬ−２８Ａ」）、インターロイキン２９（「ＩＬ−２９」）、インターロイキン３１（「ＩＬ−３１」）、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン１０（「ＩＰ−１０」）、ケモカイン受容体ＣＸＣＲ３（「Ｉ−ＴＡＣ」）、白血病抑制因子（「ＬＩＦ」）、Ｌｉｇｈｔ、ケモカイン（Ｃモチーフ）リガンド（「リンホタクチン」）、単球化学誘引物質タンパク質２（「ＭＣＰ−２」）、単球化学誘引物質タンパク質３（「ＭＣＰ−３」）、単球化学誘引物質タンパク質４（「ＭＣＰ−４」）、マクロファージ由来ケモカイン（「ＭＤＣ」）、マクロファージ遊走阻止因子（「ＭＩＦ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２０（「ＭＩＰ−３α」）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１９（「ＭＩＰ−３β」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２３（「ＭＰＩＦ−１」）、マクロファージ刺激タンパク質α鎖（「ＭＳＰａｌｐｈａ」）、ヌクレオソームアセンブリタンパク質１様４（「ＮＡＰ−２」）、分泌リンタンパク質１（「オステオポンチン」）、肺及び活性化調節サイトカイン（「ＰＡＲＣ」）、血小板因子４（「ＰＦ４」）、ストロマ細胞由来因子１α（「ＳＤＦ−１α」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１７（「ＴＡＲＣ」）、胸腺発現ケモカイン（「ＴＥＣＫ」）、胸腺間質リンホポエチン（「ＴＳＬＰ４−ＩＢＢ」）、ＣＤ１６６抗原（「ＡＬＣＡＭ」）、分化クラスター８０（「Ｂ７−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（「ＢＣＭＡ」）、分化クラスター１４（「ＣＤ１４」）、分化クラスター３０（「ＣＤ３０」）、分化クラスター４０（「ＣＤ４０リガンド」）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（胆汁糖タンパク質）（「ＣＥＡＣＡＭ−１」）、死受容体６（「ＤＲ６」）、デオキシチミジンキナーゼ（「Ｄｔｋ」）、１型膜糖タンパク質（「エンドグリン」」）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−３（「ＥｒｂＢ３」）、内皮−白血球接着分子１（「Ｅ−セレクチン」）、アポトーシス抗原１（「Ｆａｓ」）、Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３（「Ｆｌｔ−３Ｌ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１（「ＧＩＴＲ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１４（「ＨＶＥＭ」）、
細胞間接着分子３（「ＩＣＡＭ−３」）、ＩＬ−１ Ｒ４、ＩＬ−１ ＲＩ、ＩＬ−１０ Ｒβ、ＩＬ−１７Ｒ、ＩＬ−２Ｒγ、ＩＬ−２１Ｒ、リソソーム膜タンパク質２（「ＬＩＭＰＩＩ」）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（「リポカリン−２」）、ＣＤ６２Ｌ（「Ｌ−セレクチン」）、リンパ管内皮（「ＬＹＶＥ−１」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ａ（「ＭＩＣＡ」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ｂ（「ＭＩＣＢ」）、ＮＲＧｌ−ｂｅｔａｌ、β型血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ Ｒβ」）、血小板内皮細胞接着分子（「ＰＥＣＡＭ−１」）、ＲＡＧＥ、Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体１（「ＴＩΜ−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバーＩＯＣ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ３」）、Ｔｒａｐｐｉｎタンパク質トランスグルタミナーゼ結合ドメイン（「Ｔｒａｐｐｉｎ−２」）、ウロキナーゼ受容体（「ｕＰＡＲ」）、血管細胞接着タンパク質１（「ＶＣＡＭ−１」）、ＸＥＤＡＲＡｃｔｉｖｉｎ Ａ、アグーチ関連タンパク質（「ＡｇＲＰ」）、リボヌクレアーゼ５（「アンジオゲニン」）、アンジオポエチン１、アンジオスタチン、カテプリンＳ、ＣＤ４０、潜在性ファミリータンパク質ＩＢ（「Ｃｒｉｐｔｏ−１」）、ＤＡＮ、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質１（「ＤＫＫ−１」）、Ｅ−カドヘリン、上皮細胞接着分子（「ＥｐＣＡＭ」）、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ又はＣＤ９５Ｌ）、Ｆｃｇ ＲＩＩＢ／Ｃ、フォリスタチン（ＦｏＵｉｓｔａｔｉｎ）、ガレクチン−７、細胞間接着分子２（「ＩＣＡＭ−２」）、ＩＬ−１３Ｒ１、ＩＬ−１３Ｒ２、ＩＬ−１７Ｂ、ＩＬ−２Ｒａ、ＩＬ−２Ｒｂ、ＩＬ−２３、ＬＡＰ、神経細胞接着分子（「ＮｒＣＡＭ」）、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤−１（「ＰＡＩ−１」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ−ＡＢ」）、レジスチン、ストロマ細胞由来因子１（「ＳＤＦ−１β」）、ｓｇｐｌ３０、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質２（「ＳｈｈＮ」）、シアル酸結合免疫グロブリン型レクチン（「Ｓｉｇｌｅｃ−５」）、ＳＴ２、形質転換成長因子−β２（「ＴＧＦβ２」）、Ｔｉｅ−２、トロンボポエチン（「ＴＰＯ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ｄ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ４」）、骨髄細胞に発現されるトリガー受容体１（「ＴＲＥＭ−１」）、血管内皮成長因子Ｃ（「ＶＥＧＦ−Ｃ」）、ＶＥＧＦＲｌアディポネクチン、アジプシン（「ＡＮＤ」）、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、アンジオポエチン様４（「ＡＮＧＰＴＬ４」）、β−２−ミクログロブリン（「Ｂ２Ｍ」）、基底細胞接着分子（「ＢＣＡＭ」）、糖鎖抗原１２５（「ＣＡ１２５」）、癌抗原１５−３（「ＣＡ１５−３」）、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ｃＡＭＰ受容体タンパク質（「ＣＲＰ」）、ヒト上皮成長因子受容体２（「ＥｒｂＢ２」）、フォリスタチン、卵胞刺激ホルモン（「ＦＳＨ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１（「ＧＲＯα」）、ヒト絨毛性ゴナドトロピン（「βＨＣＧ」）、インスリン様成長因子１受容体（「ＩＧＦ−ｌ ｓＲ」）、ＩＬ−１ ｓＲＩＩ、ＩＬ−３、ＩＬ−１８ Ｒｂ、ＩＬ−２１、レプチン、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１（「ＭＭＰ−１」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−２（「ＭＭＰ−２」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−３（「ＭＭＰ−３」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−８（「ＭＭＰ−８」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−９（「ＭＭＰ−９」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１０（「ＭＭＰ−１０」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１３（「ＭＭＰ−１３」）、神経細胞接着分子（「ＮＣＡＭ−１」）、エンタクチン（「Ｎｉｄｏｇｅｎ−１」）、ニューロン特異的エノラーゼ（「ＮＳＥ」）、オンコスタチンＭ（「ＯＳＭ」）、プロカルシトニン、プロラクチン、前立腺特異的抗原（「ＰＳＡ」）、シアル酸結合Ｉｇ様レクチン９（「Ｓｉｇｌｅｃ−９」）、ＡＤＡＭ１７エンドペプチダーゼ（「ＴＡＣＥ」）、チログロブリン、メタロプロテイナーゼ阻害剤４（「ＴＩＭＰ−４」）、ＴＳＨ２Ｂ４、ディスインテグリン及びメタロプロテイナーゼドメイン含有タンパク質９（「ＡＤＡＭ−９」）、
アンジオポエチン２、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１３／酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２ファミリーメンバーＢ（「ＡＰＲＩＬ」）、骨形成タンパク質２（「ＢＭＰ−２」）、骨形成タンパク質９（「ＢＭＰ−９」）、補体成分５ａ（「Ｃ５ａ」）、カテプシンＬ、ＣＤ２００、ＣＤ９７、ケメリン、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６Ｂ（「ＤｃＲ３」）、脂肪酸結合タンパク質２（「ＦＡＢＰ２」）、線維芽細胞活性化タンパク質、α（「ＦＡＰ」）、線維芽細胞成長因子１９（「ＦＧＦ−１９」）、ガレクチン３、肝細胞成長因子受容体（「ＨＧＦ Ｒ」）、ＩＦＮ−γα／βＲ２、インスリン様成長因子２（「ＩＧＦ−２」）、インスリン様成長因子２受容体（「ＩＧＦ−２Ｒ」）、インターロイキン−１受容体６（「ＩＬ−１Ｒ６」）、インターロイキン２４（「ＩＬ−２４」）、インターロイキン３３（「ＩＬ−３３」）、カリクレイン１４、アスパラギニルエンドペプチダーゼ（「Ｌｅｇｕｍａｉｎ」）、酸化低密度リポタンパク質受容体１（「ＬＯＸ−１」）、マンノース結合レクチン（「ＭＢＬ」）、ネプリライシン（「ＮＥＰ」）、ノッチホモログ１、転座関連（ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ））（「ノッチ−１」）、腎芽細胞腫過剰発現（「ＮＯＶ」）、オステオアクチビン、プログラム細胞死タンパク質１（「ＰＤ−１」」）、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（「ＰＧＲＰ−５」）、セルピンＡ４、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質３（「ｓＦＲＰ−３」）、トロンボモジュリン、Ｔｏｌｌ様受容体２（「ＴＬＲ２」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ａ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ１」）、トランスフェリン（「ＴＲＦ」）、ＷＩＦ−ｌＡＣＥ−２、アルブミン、ＡＭＩＣＡ、アンジオポエチン４、Ｂ細胞活性化因子（「ＢＡＦＦ」）、糖鎖抗原１９−９（「ＣＡ１９−９」）、ＣＤ１６３、クラスタリン、ＣＲＴ ＡＭ、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＣＸＣＬ１４」）、シスタチンＣ、デコリン（「ＤＣＮ」）、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質３（「Ｄｋｋ−３」）、δ様タンパク質１（「ＤＬＬ１」）、フェチュインＡ、ヘパリン結合成長因子１（「ａＦＧＦ」）、葉酸受容体α（「ＦＯＬＲ１」）、フューリン、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質１（「ＧＡＳＰ−１」）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質２（「ＧＡＳＰ−２」）、顆粒球コロニー刺激因子受容体（「ＧＣＳＦ Ｒ」）、セリンプロテアーゼヘプシン（「ＨＡＩ−２」）、インターロイキン−１７Ｂ受容体（「ＩＬ−１７Ｂ Ｒ」）、インターロイキン２７（「ＩＬ−２７」）、リンパ球活性化遺伝子３（「ＬＡＧ−３」）、アポリポタンパク質Ａ−Ｖ（「ＬＤＬ Ｒ」）、ペプシノーゲンＩ、レチノール結合タンパク質４（「ＲＢＰ４」）、ＳＯＳＴ、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（「シンデカン−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１３Ｂ（「ＴＡＣＩ」）、組織因子経路阻害剤（「ＴＦＰＩ」）、ＴＳＰ−１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０ｂ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ２」）、ＴＲＡＮＣＥ、トロポニンＩ、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（「ｕＰＡ」）、カドヘリン５、ＣＤ１４４としても知られる２型又はＶＥ−カドヘリン（血管内皮）（「ＶＥ−カドヘリン」）、ＷＮＴ１誘導シグナル伝達経路タンパク質１（「ＷＩＳＰ−１」）、及び核因子κＢの活性化受容体（「ＲＡＮＫ」）が含まれる。

いくつかの実施形態では、癌治療薬は抗癌化合物である。例示的な抗癌化合物として下記が挙げられるがこれらに限定されない：アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、アリトレチノイン（Ｐａｎｒｅｔｉｎ（登録商標））、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））、ボスチニブ（Ｂｏｓｕｌｉｆ（登録商標））、ブレンツキシマブベドチン（Ａｄｃｅｔｒｉｓ（登録商標））、カボザンチニブ（Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（商標））、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））、クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ（登録商標））、塩酸エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標））、エキセメスタン（Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、フルベストラント（Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、イブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（商標））、トシル酸ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（登録商標））、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（登録商標））、塩酸パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、ペルツズマブ（Ｐｅｒｊｅｔａ（商標））、プララトレキサート（Ｆｏｌｏｔｙｎ（登録商標））、レゴラフェニブ（Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、ロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（登録商標））、トシル酸ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、リンゴ酸スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、タモキシフェン、テムシロリムス（Ｔｏｒｉｓｅｌ（登録商標））、トレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ（登録商標））、トシツモマブ及び１３１Ｉ−トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、トレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（登録商標））、バンデタニブ（Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標））、ベムラフェニブ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ（登録商標））、ボリノスタット（Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））、並びにＺｉｖ−アフリバーセプト（Ｚａｌｔｒａｐ（登録商標））。

遺伝子発現及び他の細胞機能を調節するタンパク質の機能を変更する例示的な抗癌化合物（例えば、ＨＤＡＣ阻害剤、レチノイドレセプターリガンド（ｌｉｇａｎｔ））は、ボリノスタット（Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））及びロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（登録商標））、アリトレチノイン（Ｐａｎｒｅｔｉｎ（登録商標））、並びにトレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（登録商標））である。

アポトーシスを誘発する例示的な抗癌化合物（例えば、プロテアソーム阻害剤、葉酸代謝拮抗薬）は、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（商標））、及びプララトレキサート（Ｆｏｌｏｔｙｎ（登録商標））である。

抗癌免疫反応を増加させる例示的な抗癌化合物（例えば、抗ＣＤ２０、抗ＣＤ５２；抗細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原−４）は、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））、及びイピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（商標））である。

毒物を癌細胞に送達する例示的な抗癌化合物（例えば、抗ＣＤ２０−放射性核種融合体；ＩＬ−２−ジフテリア毒素融合体；抗ＣＤ３０−モノメチルアウリスタシンＥ（ＭＭＡＥ）−融合体）は、トシツモマブ及び１３１Ｉ−トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））、並びにイブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ（登録商標））、並びにブレンツキシマブベドチン（Ａｄｃｅｔｒｉｓ（登録商標））である。

他の例示的な抗癌化合物は小分子阻害剤及びそのコンジュゲートであり、例えば、ヤヌスキナーゼ、ＡＬＫ、Ｂｃｌ−２、ＰＡＲＰ、ＰＩ３Ｋ、ＶＥＧＦレセプター、Ｂｒａｆ、ＭＥＫ、ＣＤＫ、及びＨＳＰ９０である。

例示的な白金ベースの抗癌化合物として、例えば、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチン、ネダプラチン、トリプラチン（Ｔｒｉｐｌａｔｉｎ）、及びリポプラチン（Ｌｉｐｏｐｌａｔｉｎ）が挙げられる。処置に適した他の金属ベースの薬物として、ルテニウムベースの化合物、フェロセン誘導体、チタンベースの化合物、及びガリウムベースの化合物が挙げられるがこれらに限定されない。

いくつかの実施形態では、癌治療薬は、放射性核種を含む放射性部分である。例示的な放射性核種には、限定されるものではないが、Ｃｒ−５１、Ｃｓ−１３１、Ｃｅ−１３４、Ｓｅ−７５、Ｒｕ−９７、Ｉ−１２５、Ｅｕ−１４９、Ｏｓ−１８９ｍ、Ｓｂ−１１９、Ｉ−１２３、Ｈｏ−１６１、Ｓｂ−１１７、Ｃｅ−１３９、Ｉｎ−１１１、Ｒｈ−１０３ｍ、Ｇａ−６７、Ｔｌ−２０１、Ｐｄ−１０３、Ａｕ−１９５、Ｈｇ−１９７、Ｓｒ−８７ｍ、Ｐｔ−１９１、Ｐ−３３、Ｅｒ−１６９、Ｒｕ−１０３、Ｙｂ−１６９、Ａｕ−１９９、Ｓｎ−１２１、Ｔｍ−１６７、Ｙｂ−１７５、Ｉｎ−１１３ｍ、Ｓｎ−１１３、Ｌｕ−１７７、Ｒｈ−１０５、Ｓｎ−１１７ｍ、Ｃｕ−６７、Ｓｃ−４７、Ｐｔ−１９５ｍ、Ｃｅ−１４１、Ｉ−１３１、Ｔｂ−１６１、Ａｓ−７７、Ｐｔ−１９７、Ｓｍ−１５３、Ｇｄ−１５９、Ｔｍ−１７３、Ｐｒ−１４３、Ａｕ−１９８、Ｔｍ−１７０、Ｒｅ−１８６、Ａｇ−１１１、Ｐｄ−１０９、Ｇａ−７３、Ｄｙ−１６５、Ｐｍ−１４９、Ｓｎ−１２３、Ｓｒ−８９、Ｈｏ−１６６、Ｐ−３２、Ｒｅ−１８８、Ｐｒ−１４２、Ｉｒ−１９４、Ｉｎ−１１４ｍ／Ｉｎ−１１４、及びＹ−９０が含まれる。

免疫障害
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法及び組成物は、病理学的免疫反応に関連する疾患又は障害（例えば、自己免疫疾患、アレルギー反応、及び／又は炎症性疾患）の処置又は予防に関する。いくつかの実施形態では、この疾患又は障害は炎症性腸疾患（例えば、クローン病又は潰瘍性大腸炎）である。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法及び組成物は、遅延型過敏症、自己免疫性心筋炎、肉芽腫、末梢神経障害、橋本甲状腺炎、結腸の炎症、大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン大腸炎、空置大腸炎、化学的大腸炎、虚血性大腸炎、不確定大腸炎、非定型大腸炎の処置又は予防に関する。

本明細書で説明されている方法を使用して、必要とするあらゆる対象を処置し得る。本明細書で使用される場合、「必要とする対象」は、病理学的免疫反応に関連する疾患又は障害（例えば炎症性腸疾患）を有するあらゆる対象、及びそのような疾患又は障害を獲得する可能性が高いあらゆる対象を含む。

本明細書で使用されている組成物を、例えば、自己免疫疾患、例えば、慢性炎症性腸疾患、全身性エリテマトーデス、乾癬、マックル・ウェルズ症候群、関節リウマチ、多発性硬化症、若しくは橋本病；アレルギー性疾患、例えば、食物アレルギー、花粉症、若しくは喘息；感染性疾患、例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）による感染；炎症性疾患、例えば、ＴＮＦ媒介型炎症性疾患（例えば、胃腸管の炎症性疾患、例えば嚢炎、心臓血管の炎症状態、例えばアテローム性動脈硬化症、若しくは炎症性肺疾患、例えば慢性閉塞性肺疾患）；組織拒絶が生じる可能性がある臓器移植若しくは他の状況での拒絶を抑制するための医薬組成物；免疫機能を改善するためのサプリメント、食物、若しくは飲料；又は免疫細胞の増殖若しくは機能を抑制するための試薬を予防するか又は処置する（副作用を部分的に又は完全に軽減する）ための医薬組成物として使用し得る。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供され方法は炎症の処置に有用である。ある特定の実施形態では、下記で論じられるように、身体のあらゆる組織及び臓器の炎症（例えば、筋骨格の炎症、血管の炎症、神経の炎症、消化器系の炎症、眼の炎症、生殖器系の炎症、及び他の炎症）。

筋骨格系の免疫障害として、骨格関節（例えば、手、手首、肘、肩、顎、脊椎、首、臀部、既知（ｋｎｅｗ）、足首、及び足の関節）に影響を及ぼす状態、並びに腱等の骨格に筋肉を結びつける組織に影響を及ぼす状態が挙げられるがこれらに限定されない。本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得るそのような免疫障害の例として、下記が挙げられるがこれらに限定されない：関節炎（例えば、骨関節炎、関節リウマチ、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、急性及び慢性の感染性関節炎、痛風及び偽痛風と関連する関節炎、並びに若年性特発性関節炎）、腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑液包炎、結合織炎（線維筋痛症）、上顆炎、筋炎、並びに骨炎（例えば、パジェット病、恥骨骨炎、及び嚢胞性線維性骨炎）。

眼の免疫障害は、眼のあらゆる構造（例えばまぶた）に影響を及ぼす免疫障害を指す。本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る眼の免疫障害の例として、眼瞼炎、眼瞼皮膚弛緩症、結膜炎、涙腺炎、角膜炎、乾性角結膜炎（ドライアイ）、強膜炎、睫毛乱生、及びぶどう膜炎が挙げられるがこれらに限定されない。

本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る神経系の免疫障害の例として、脳炎、ギラン・バレー症候群、髄膜炎、神経性筋強直症、ナルコレプシー、多発性硬化症、脊髄炎、及び統合失調症が挙げられるがこれらに限定されない。本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る血管系又はリンパ系の炎症の例として、関節硬化症、関節炎、静脈炎、血管炎、及びリンパ管炎が挙げられるがこれらに限定されない。

本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る消化器系の免疫障害の例として、胆管炎、胆嚢炎、腸炎、小腸結腸炎、胃炎、胃腸炎、炎症性腸疾患、回腸炎、及び直腸炎が挙げられるがこれらに限定されない。炎症性腸疾患として、例えば、関連疾患の群の特定の当該技術分野で認められた形態が挙げられる。炎症性腸疾患のいくつかの主要な形態が知られており、この障害の最も一般的なものはクローン病（局所性腸疾患、例えば、不活性な形態及び活性な形態）、並びに潰瘍性大腸炎（例えば、不活性な形態及び活性な形態）である。加えて、この炎症性腸疾患には、過敏性腸症候群、顕微鏡的大腸炎、リンパ球性−形質細胞性腸炎、セリアック病、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、及び好酸球性腸炎が含まれる。ＩＢＤの他のあまり一般的ではない形態として、不確定大腸炎、偽膜性大腸炎（壊死性大腸炎）、虚血性炎症性腸疾患、ベーチェット病、サルコイドーシス、強皮症、ＩＢＤ関連異形成、異形成関連の腫瘤又は病変、及び原発性硬化性胆管炎が挙げられる。

本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る生殖器系の免疫障害の例として、子宮頸管炎、絨毛羊膜炎、子宮内膜炎、精巣上体炎、臍炎、卵巣炎、精巣炎、卵管炎、卵管卵巣膿瘍、尿道炎、腟炎、外陰炎、及び外陰部痛が挙げられるがこれらに限定されない。

本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、炎症性成分を有する自己免疫状態を処置し得る。そのような状態として下記が挙げられるがこれらに限定されない：急性播種性全身性脱毛症（ａｃｕｔｅ ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅｄ ａｌｏｐｅｃｉａ ｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｓｅ）、ベーチェット病、シャーガス病、慢性疲労症候群、自律神経障害、脳脊髄炎、強直性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎、セリアック病、クローン病、１型糖尿病、巨細胞性動脈炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本病、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、川崎病、紅斑性狼瘡、顕微鏡的大腸炎、顕微鏡的多発動脈炎、混合性結合組織病、マックル・ウェルズ症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、視神経炎、オード甲状腺炎（ｏｒｄ’ｓ ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、天疱瘡、結節性多発動脈炎、多発性筋痛、関節リウマチ、ライター症候群、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、温式自己免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、ライム病、モルフェア、乾癬、サルコイドーシス、強皮症、潰瘍性大腸炎、及び白斑。

本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、炎症性成分を有するＴ細胞媒介型過敏性疾患を処置し得る。そのような状態として、接触過敏症、接触性皮膚炎（例えば、ツタウルシに起因するもの）、じんま疹、皮膚アレルギー、呼吸アレルギー（枯草熱、アレルギー性鼻炎、チリダニアレルギー）、及びグルテン過敏性腸症（セリアック病）が挙げられるがこれらに限定されない。

本方法及び本組成物で処置され得る他の免疫障害として、例えば下記が挙げられる；虫垂炎、皮膚炎、皮膚筋炎、心内膜炎、結合織炎、歯肉炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹彩炎、喉頭炎、乳腺炎、心筋炎、腎炎、耳炎、膵炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、間質性肺炎、前立腺炎、腎盂腎炎、及び口内炎、移植片拒絶（例えば、腎臓、肝臓、心臓、肺、膵臓（例えば膵島細胞）、骨髄、角膜、小腸、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ ａｌｌｏｇｒａｆｔ）、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ ｈｏｍｏｇｒａｆｔ）、及び心臓弁異種移植片等の臓器、血清病、及び移植片対宿主病）、急性膵炎、慢性膵炎、急性呼吸促迫症候群、セザール症候群、先天性副腎過形成、非化膿性甲状腺炎、癌と関連する高カルシウム血症、天疱瘡、水疱性ヘルペス状皮膚炎（ｂｕｌｌｏｕｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｈｅｒｐｅｔｉｆｏｒｍｉｓ）、重度の多形性紅斑、剥離性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、季節性の又は通年性のアレルギー性鼻炎、気管支喘息、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、薬物過敏症反応、アレルギー性結膜炎、角膜炎、眼部帯状疱疹、虹彩炎及び虹彩毛様体炎（ｏｉｒｉｄｏｃｙｃｌｉｔｉｓ）、脈絡網膜炎、視神経炎、症候性サルコイドーシス、電撃性の又は播種性の肺結核化学療法、成人の特発性血小板減少性紫斑病、成人の続発性血小板減少症、後天性の（自己免疫）溶血性貧血、成人の白血病及びリンパ腫、子供の急性白血病、限局性腸炎、自己免疫血管炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、固形臓器移植拒絶、敗血症。好ましい処置として、移植拒絶、関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、１型糖尿病、喘息、炎症性大腸疾患、全身性紅斑性狼瘡、乾癬、慢性障害肺疾患、及び感染状態を伴う炎症（例えば敗血症）の処置が挙げられる。

本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、代謝性障害及び代謝性症候群を処置し得る。そのような状態として、ＩＩ型糖尿病、脳症、テイ・サックス病、クラッベ病、ガラクトース血症、フェニルケトン尿症（ＰＫＵ）、及びメープルシロップ尿症が挙げられるがこれらに限定されない。

本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、神経変性疾患及び神経性疾患を処置し得る。そのような状態として、パーキンソン病、アルツハイマー病、プリオン病、ハンチントン病、運動ニューロン疾患（ＭＮＤ）、脊髄小脳失調症、脊髄性筋萎縮症、ジストニア、特発性頭蓋内圧亢進症、てんかん、神経系疾患、中枢神経系疾患、運動障害、多発性硬化症、脳症、及び術後認知機能障害が挙げられるがこれらに限定されない。

癌
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法及び組成物は、癌の処置に関する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法を使用して、あらゆる癌を処置し得る。本明細書で説明されている方法及び組成物により処置され得る癌の例として、下記が挙げられるがこれらに限定されない：膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、結腸、食道、胃腸、歯肉、頭、腎臓、肝臓、肺、上咽頭、首、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌、又は子宮からの癌細胞。加えて、癌は、具体的には下記の組織型であり得るが、これらに限定されない：新生物、悪性；癌腫；癌腫、未分化；巨細胞癌及び紡錘細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；石灰化上皮癌（ｐｉｌｏｍａｔｒｉｘ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）；移行上皮癌；乳頭状移行上皮癌；腺癌；ガストリノーマ、悪性；胆管癌；肝細胞癌；組み合わされた肝細胞癌及び胆管癌；小柱状腺癌（ｔｒａｂｅｃｕｌａｒ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープ中の腺癌；腺癌、家族性大腸ポリポーシス；固形癌；カルチノイド腫瘍、悪性；細気管支肺胞腺癌；乳頭状腺癌；色素嫌性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基性癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞腺癌；乳頭状及び濾胞腺癌；非被包性硬化性癌；副腎皮質癌；類内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳垢腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢腺癌；乳頭状漿液嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌；粘液癌；印環細胞癌；浸潤性乳管癌；髄様癌；小葉癌；丹毒様癌；パジェット病、乳房；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生随伴腺癌（ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ ｗ／ｓｑｕａｍｏｕｓ ｍｅｔａｐｌａｓｉａ）；胸腺腫、悪性；卵巣間質腫、悪性；莢膜細胞腫、悪性；顆粒膜細胞腫瘍、悪性；及び神経芽細胞腫（ｒｏｂｌａｓｔｏｍａ）、悪性；セルトリ細胞癌；ライディッヒ細胞腫、悪性；脂質細胞腫瘍、悪性；傍神経節腫、悪性；乳房外傍神経節腫、悪性；褐色細胞腫；血管球血管肉腫；悪性黒色腫；メラニン欠乏性黒色腫；表在拡大型黒色腫；巨大色素性母斑中の悪性黒色腫；類上皮細胞黒色腫；青色母斑、悪性；肉腫；線維肉腫；線維性組織球腫、悪性；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胎児性横紋筋肉腫；胞巣状横紋筋肉腫；間質性肉腫；混合腫瘍、悪性；ミュラー管混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；間葉腫、悪性；ブレンナー腫瘍、悪性；葉状腫瘍、悪性；滑膜肉腫；中皮腫、悪性；未分化胚細胞腫；胚性癌腫；奇形腫、悪性；卵巣甲状腺腫、悪性；絨毛癌；中腎腫、悪性；血管肉腫；血管内皮腫、悪性；カポジ肉腫；血管外皮細胞腫、悪性；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；軟骨芽細胞腫、悪性；間葉性軟骨肉腫；骨の巨細胞腫；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍、悪性；エナメル芽細胞歯牙肉腫；エナメル上皮腫、悪性；エナメル上皮線維肉腫；松果体腫、悪性；脊索腫；神経膠腫、悪性；上衣腫；星細胞腫；原形質性星状細胞腫；線維性星細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽腫；乏突起膠腫；乏突起膠芽細胞腫；原始神経外胚葉性；小脳肉腫；神経節細胞芽腫；神経芽細胞腫；網膜芽細胞腫；嗅神経腫瘍；髄膜腫、悪性；神経線維肉腫；神経鞘腫、悪性；顆粒細胞腫、悪性；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキンリンパ腫；側肉芽腫；悪性リンパ腫、小リンパ球性；悪性リンパ腫、大細胞、びまん性；悪性リンパ腫、濾胞性；菌状息肉腫；他の特定の非ホジキンスリンパ腫；悪性組織球症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞性白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞性白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞白血病；巨核芽球性白血病；骨髄肉腫；形質細胞腫、結腸直腸癌、直腸癌、及び有毛細胞白血病。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び組成物は、白血病の処置に関する。「白血病」という用語は、造血器官／系の広範に進行する悪性疾患を指し、一般に、血液及び骨髄における白血球及びその前駆体の異常な増殖及び発達を特徴とする。白血病疾患の非限定的な例には、急性非リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、非白血性白血病、白血球血症性白血病、好塩基球性白血病、芽球性白血病、ウシ白血病、慢性骨髄性白血病、皮膚白血病、胎生細胞性白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、リーダー細胞性白血病、シリング型単球性白血病、幹細胞性白血病、亜白血性白血病、未分化細胞性白血病、有毛細胞性白血病、血芽球性白血病、血球芽細胞性白血病、組織球性白血病、幹細胞性白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈａｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ芽球性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｇｅｎｏｕｓ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ肉腫細胞白血病、肥満細胞性白血病、巨核球性白血病、微小骨髄芽球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄性白血病、骨髄顆粒球性白血病、骨髄単球性白血病、ネーゲリ型白血病、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａ ｃｅｌｌ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、及び前骨髄球性白血病が含まれる。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び組成物は癌腫の処置に関する。「癌腫」という用語は、周囲組織に浸潤する傾向があり、且つ／又は生理学的及び非生理学的な細胞死シグナルに抵抗し、転移を引き起こす上皮細胞から構成される悪性増殖を指す。非限定的な例示的な種類の癌腫には、腺房細胞癌（ａｃｉｎａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺房細胞癌（ａｃｉｎｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｃｙｓｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｉｄ ｃｙｓｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺腫性癌腫、副腎皮質癌、肺胞腺癌、肺胞上皮癌、基底細胞癌（ｂａｓａｌ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、基底細胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｂａｓｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、類基底細胞癌、基底有刺細胞癌、気管支肺胞上皮癌、細気管支癌、気管支癌、脳様癌腫、胆管細胞癌、絨毛癌、コロイド腺癌、コメド癌、子宮体癌、篩状癌、鎧状癌、皮膚癌、円柱状癌、柱状細胞癌、腺管癌、緻密癌腫、胎児性癌、脳様癌、類表皮癌、上皮性腺癌、外向発育癌、潰瘍性癌、線維性癌、膠様癌（ｇｅｌａｔｉｎｉｆｏｒｍ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、膠様癌（ｇｅｌａｔｉｎｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、巨細胞癌、印環細胞癌、単純癌、小細胞癌、ソラノイド癌、球状細胞癌、紡錘細胞癌、海綿様癌、扁平上皮癌、扁平上皮細胞癌、紐様癌、血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｔｉｃｕｍ）、血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔｏｄｅ）、移行上皮癌、結節癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）、結節癌（ｔｕｂｅｒｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、疣状癌、絨毛癌、巨細胞癌、腺癌、顆粒膜細胞癌、毛母癌、肝様線癌、肝細胞癌、ハースル細胞癌、硝子様癌、グラヴィッツ腫瘍、小児型胎児性癌、上皮内癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｉｎ ｓｉｔｕ）、表皮内癌、上皮内癌（ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、クロムペッヘル癌、クルチツキー癌、大細胞癌、レンズ状癌（ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、レンズ状癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒｅ）、脂肪腫性癌、リンパ上皮癌、髄様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｍｅｄｕｌｌａｒｅ）、髄様癌（ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、黒色癌、軟癌、粘液性癌、粘液性癌腫、粘液細胞性癌、粘表皮癌、粘液癌、粘液性癌、粘液腫状癌、鼻咽頭癌、燕麦細胞癌、骨化性癌、類骨癌、乳頭癌、門脈周囲性癌、前浸潤癌、有刺細胞癌、粥状癌腫、腎細胞癌、予備細胞癌、肉腫様癌、シュナイダー癌腫、硬性癌、メルケル細胞癌、唾液腺癌及び陰嚢癌が含まれる。

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び組成物は肉腫の処置に関する。「肉腫」という用語は、一般に、胎生結合組織のような物質から構成され、一般に、線維状物質、不均一物質、又は均一な物質に埋め込まれた緻密な細胞から構成される腫瘍を指す。肉腫には、限定されるものではないが、軟骨肉腫、線維肉腫、リンパ肉腫、黒色肉腫、粘液肉腫、骨肉腫、子宮内膜肉腫、間質肉腫、ユーイング肉腫、筋膜肉腫、線維芽細胞肉腫、巨細胞肉腫、アベメチ肉腫、脂肪肉腫（ａｄｉｐｏｓｅ ｓａｒｃｏｍａ）、脂肪肉腫（ｌｉｐｏｓａｒｃｏｍａ）、胞巣状軟部肉腫、エナメル上皮肉腫、ブドウ状横紋筋肉腫、緑色肉腫、絨毛膜癌、胎児性肉腫、ウィルムス腫瘍肉腫、顆粒球肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血性肉腫、Ｂ細胞の免疫芽球性肉腫、リンパ腫、Ｔ細胞の免疫芽球肉腫、イエンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー細胞癌、血管肉腫、白血球肉腫、悪性間葉腫肉腫、傍骨性骨肉腫、網状赤血球肉腫、ラウス肉腫、漿液嚢胞性肉腫、滑膜肉腫、及び毛細血管拡張性肉腫が含まれる。

本明細書に記載の方法及び組成物を使用して処置できる追加の例示的な新生物には、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、乳癌、卵巣癌、肺癌、横紋筋肉腫、原発性血小板増加症、原発性マクログロブリン血症、小細胞肺腫瘍、原発性脳腫瘍、胃癌、結腸癌、悪性膵臓インスリノーマ、悪性カルチノイド、前悪性皮膚病変、精巣癌、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽細胞腫、食道癌、泌尿生殖路癌、悪性高カルシウム血症、子宮頸癌、子宮内膜癌、及び副腎皮質癌が含まれる。

いくつかの実施形態では、処置される癌は黒色腫である。「黒色腫」という用語は、皮膚及び他の器官のメラニン細胞系から生じる腫瘍を意味すると解釈される。黒色腫の非限定的な例は、ハーディング・パッセイ黒色腫、若年性黒色腫、黒子悪性黒色腫、悪性黒色腫、末端部黒子黒色腫、メラニン欠乏性黒色腫、良性若年性黒色腫、クラウドマン黒色腫、Ｓ９１黒色腫、結節性黒色腫、爪下黒色腫、及び表在拡大型黒色腫である。

本明細書に記載の方法及び組成物を使用して処置することができる腫瘍の特定の種類には、リンパ増殖性障害、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、骨癌、肝臓癌、胃癌、結腸癌、膵臓癌、甲状腺癌、頭頸部癌、中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、皮膚癌、腎臓癌、及び上記の全ての転移癌が含まれる。特定の種類の腫瘍には、肝細胞癌、肝癌、肝芽腫、横紋筋肉腫、食道癌、甲状腺癌、神経節芽腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋皮肉腫、浸潤性乳管癌、乳頭腺癌、黒色腫、肺扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌（高分化、中分化、低分化、又は未分化）、細気管支肺胞癌、腎細胞癌、副腎腫、副腎様腺癌（ｈｙｐｅｒｎｅｐｈｒｏｉｄ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）、胆管癌、絨毛癌、セミノーマ、胚性期癌、ウィルムス腫瘍、精巣腫瘍、小細胞を含む肺癌、非小細胞及び大細胞肺癌、膀胱癌、神経膠腫、星状細胞腫（ａｓｔｒｏｃｙｏｍａ）、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、網膜芽細胞腫、神経芽腫、結腸癌、直腸癌、全ての種類の白血病及びリンパ腫：急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、肥満細胞白血病、多発性骨髄腫、骨髄性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫を含む造血器悪性腫瘍が含まれる。

特定の実施形態で処置される癌には、前癌病変、例えば、光線性角化症（日光性角化症）、黒子（異形成母斑）、光線性口唇炎（ファーマーズリップ（ｆａｒｍｅｒ’ｓ ｌｉｐ））、皮角、バレット食道、萎縮性胃炎、先天性角化異常症、鉄欠乏性嚥下困難、扁平苔癬、口腔粘膜下線維症、光線性（日光性）弾性線維症、及び子宮頸部異形成も含まれる。

いくつかの実施形態で処置される癌には、限定されるものではないが、胆管腫、結腸ポリープ、腺腫、乳頭腫、嚢胞腺腫、肝細胞腺腫、胞状奇胎、尿細管腺腫、扁平上皮乳頭腫、胃ポリープ、血管腫、骨腫、軟骨腫、脂肪腫、線維腫、リンパ管腫、平滑筋腫、横紋筋腫、星状細胞腫、母斑、髄膜腫、及び神経節細胞腫を含め、例えば、内胚葉、外胚葉、又は間葉起源の非癌性又は良性の腫瘍が含まれる。

実施例１：ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおけるヒト共生細菌の免疫調節
遅延型過敏症（ＤＴＨ）は、Ｐｅｔｅｒｓｅｎ他（Ｉｎ ｖｉｖｏ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ ａｎｄ ａｔｏｐｉｃ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｂａｓｉｃ ＆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍ ＆ Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ．２００６．９９（２）：１０４−１１５；Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１３．ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８−１−６２７０３−４８１−４＿１３も参照されたい）により概説されているように、アトピー性皮膚炎（又はアレルギー性接触性皮膚炎）の動物モデルである。様々なハプテン又は抗原（例えば、アジュバントで乳化した抗原）を使用して、様々なマウス株及びラット株で遅延型過敏症（ＤＴＨ）を誘導し得る。ＤＴＨは、感作と、紅斑、浮腫、並びに細胞浸潤、特に抗原提示細胞（ＡＰＣ）、好酸球、活性化されたＣＤ４＋Ｔ細胞、及びサイトカイン発現Ｔｈ２細胞の浸潤を生じる抗原特異的Ｔ細胞媒介反応とにより特徴付けられる。

ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデル用に試験製剤を調製した。遅延型過敏症（ＤＴＨ）モデルは、マウスが感作されている特定の抗原への曝露後に、細胞媒介性免疫反応とその結果生じる炎症とを研究するためのインビボでのメカニズムを提供する。このＤＴＨモデルのいくつかのバリエーションが使用されており、且つ当該技術分野で公知である（Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）．Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８−１−６２７０３−４８１−４＿１３，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＋ Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ，ＬＬＣ ２０１３）。例えば、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）及び完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）のエマルションを、免疫付与日（０日目）に新たに調製する。この目的のために、ＫＬＨ粉末８ｍｇを秤量し、生理食塩水１６ｍＬに完全に再懸濁させる。シリンジ及びルアーロックコネクタを使用して、ＫＬＨ／生理食塩水と等量のＣＦＡ溶液（例えば、ＫＬＨ／生理食塩水１０ｍＬ＋ＣＦＡ溶液１０ｍＬ）とを混合することにより、エマルションを調製する。ＫＬＨ及びＣＦＡを数分間にわたり激しく混合して白色のエマルションを形成し、最大の安定性を得る。均一なエマルションが得られているかどうかを調べるために落下試験を実施し、目視で水中に完全な液滴が保たれるまで混合を続ける。

０日目に、Ｃ５７Ｂｌ／６Ｊ雌マウス（約７週齢）を、皮下免疫付与（４箇所の部位、１箇所の部位当たり５０μＬ）により、ＣＦＡ中のＫＬＨ抗原で予備刺激した。

副腎皮質ステロイドであるデキサメタゾンは、マウスにおけるＤＴＨ反応を改善する既知の抗炎症薬であり、このモデルでは炎症を抑制する陽性コントロールとしての役割を果たす（Ｔａｕｂｅ ａｎｄ Ｃａｒｌｓｔｅｎ，Ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｄｅｘａｍｅｔｈａｓｏｎｅ ｉｎ ｔｈｅ ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｄｅｌａｙｅｄ−ｔｙｐｅ ｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｒｅｃｏｎｓｔｉｔｕｔｅｄ ＳＣＩＤ ｍｉｃｅ．Ｉｎｆｌａｍｍ Ｒｅｓ．２０００．４９（１０）：５４８−５２）。陽性コントロール群の場合、９６％エタノール４００μＬにデキサメタゾン６．８ｍｇを希釈することにより、１７ｍｇ／ｍＬのデキサメタゾンのストック溶液を調製した。各投与日に、このストック溶液を無菌ＰＢＳで１００倍に希釈して、腹腔内投与用のセプタムバイアル中に０．１７ｍｇ／ｍＬの最終濃度を得ることにより、ワーキング溶液を調製する。デキサメタゾン処置マウスには、デキサメタゾン１００μＬをｉ．ｐ．投与した（０．１７ｍｇ／ｍＬ溶液の５ｍＬ／ｋｇ）。凍結スクロースは、陰性コントロール（ビヒクル）としての役割を果たした。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、毎日１×１０^∧１０ＣＦＵ／ｍｌ ｐ．ｏ．にて細菌細胞１００ｕｌで投与した。デキサメタゾン（陽性コントロール）、ビヒクル（陰性コントロール）、及びラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを毎日投与した。

８日目に、マウスを、右耳において生理食塩水中のＫＬＨ １０μｇ（体積１０μＬ）により皮内（ｉ．ｄ．）チャレンジし、左耳においてコントロールにより皮内（ｉ．ｄ．）チャレンジした。当該技術分野で既知の方法を使用して炎症反応を測定した。抗原チャレンジの４８時間後に耳介の厚さを測定した（図１及び図３）。耳の厚さにより決定されるように、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、ビヒクルのみを投与したマウスと比較して炎症の抑制にデキサメタゾンと同程度に有効であった。

様々なタイミング及び様々な用量を使用して、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの有効性をさらに研究し得る。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物による処置を、予備刺激の前後又はＤＴＨチャレンジの前後のいずれかの時点で開始し得る。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（１日当たりマウス１匹当たり１×１０^９ＣＦＵ）を皮下注射と同時（０日目）に投与してもよいし、皮内注射の前又は皮内注射時に投与してもよい。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の範囲でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、局所投与、皮内（ｉ．ｄ．）注射、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得（例えば０日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。

例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの投与とは別の投与で、又はこの投与と併せた投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これには、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、ｉ．ｄ．注射、局所投与、又は経鼻投与が含まれ得る。

マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、抗炎症剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。

研究動物を、ＣＯ_２／Ｏ_２麻酔下での眼窩神経叢からの失血により屠殺し、続いて１０日目に頚椎脱臼させ得る。血清の調製のために、血液サンプルを遠心分離の前に凝固させる。血清をきれいなチューブに移し、各動物を別々のチューブに入れる。失血後、全ての動物の両耳（それぞれの耳は別々のバイアルに入っている）、脾臓、腸間膜リンパ節（ＭＬＮ）、小腸全体、及び結腸をクライオバイアルに採取し、瞬間凍結させて＜−７０℃で保存する。

製造業者の指示に従って、解離酵素を使用して組織を解離させ得る。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。

実施例２：Ｃ５７ＢＬ／６マウスにおけるＤＳＳ誘発大腸炎の調節における試験物の評価
デキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）誘発大腸炎は、Ｒａｎｄｈａｗａ他（Ａ ｒｅｖｉｅｗ ｏｎ ｃｈｅｍｉｃａｌ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｉｎ ｒｏｄｅｎｔｓ．Ｋｏｒｅａｎ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０１４．１８（４）：２７９−２８８；Ｃｈａｓｓａｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｄｅｘｔｒａｎ ｓｕｌｆａｔｅ ｓｏｄｉｕｍ（ＤＳＳ）−ｉｎｄｕｃｅｄ ｃｏｌｉｔｉｓ ｉｎ ｍｉｃｅ．Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１４ Ｆｅｂ ４；１０４：Ｕｎｉｔ １５．２５も参照されたい）により概説されているように、大腸炎の十分に研究されている動物モデルである。このモデルでは、マウスを飲料水中のＤＳＳで処理し、結果として下痢及び体重減少が起こる。

マウスの群を、当該技術分野で既知であるように大腸炎を誘発するためにＤＳＳで処理した（Ｒａｎｄｈａｗａ ｅｔ ａｌ．２０１４；Ｃｈａｓｓａｉｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１４；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｎｇ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ｉｎ ＤＳＳ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ＩＢＤ．Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ．２０１２．６０：３６７８も参照されたい）。例えば、０日目〜５日目に、３％ＤＳＳ処理飲料水への曝露により、マウスに大腸炎を誘発させた。１つの群にはＤＳＳを投与せず、この群は陰性コントロールとしての役割を果たした。動物に、スクロースビヒクル（陰性コントロール）、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（１日当たりマウス１匹当たり１×１０^９ＣＦＵ）、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｘ（１日当たりマウス１匹当たり１×１０^９ＣＦＵ）、又は抗ｐ４０陽性コントロールを投与した（０日目、３日目、７日目、及び１０日目にｉ．ｐ．投与した）。全ての動物を毎日秤量した。体重減少の低下により評価した場合、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、抗ｐ４０（陽性コントロール）又は細菌Ａ、Ｂ、若しくはＣのいずれかと比べて有効であった（図２）。

他の研究では、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物による処置を、ＤＳＳ投与の１日目又はその後のいずれかの時点で開始し得る。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、ＤＳＳ開始と同時に（１日目）に投与してもよいし、疾患の最初の徴候（例えば、体重減少若しくは下痢）の際に又は重度の大腸炎のステージの最中に投与してもよい。マウスを、体重、病的状態、生存、下痢及び／又は血便の存在に関して毎日観察し得る。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、様々な用量で、様々な間隔で、及び／又は様々な投与経路で投与する。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の用量でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物を、他の抗炎症剤を追加して、又は追加することなく、単独又は全細菌細胞との組み合わせのいずれかで、ＤＳＳ誘発大腸炎のマウスモデルにおいて有効性に関して試験し得る。

例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの投与とは別の投与で、又はこの投与と併せた投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これには、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与が含まれ得る。

マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の抗炎症剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部のマウスに、事前に抗生物質を投与することなくＤＳＳを投与する。

様々な時点で、マウスは、イソフルラン麻酔下で小動物用内視鏡（Ｋａｒｌ Ｓｔｏｒｚ Ｅｎｄｏｓｋｉｐｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用するビデオ内視鏡検査を受ける。静止画及びビデオを記録して、大腸炎の程度及び処置に対する反応を評価する。当該技術分野で既知の基準を使用して大腸炎を点数化する。研究のために糞便物質を集める。

当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために胃腸（ＧＩ）管、リンパ節、及び／又は他の組織を取り出し得る。例えば、組織を摘出し、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させ得る。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋ＧＩ管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。

疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得る。マウスを、再チャレンジ後に大腸炎の重症度に対する感受性に関して分析する。

屠殺後、分析のために、結腸、小腸、脾臓、及び腸間膜リンパ節を全ての動物から採取し得、且つ採血し得る。

実施例３：実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）のマウスモデルにおけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ
Ｃｏｎｓｔａｎｔｉｎｅｓｃｕ他（Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ（ＥＡＥ）ａｓ ａ ｍｏｄｅｌ ｆｏｒ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ（ＭＳ）．Ｂｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０１１ Ｏｃｔ；１６４（４）：１０７９−１１０６）により概説されているように、ＥＡＥは、多発性硬化症の十分に研究された動物モデルである。Ｍａｎｇａｌａｍ他（Ｔｗｏ ｄｉｓｃｒｅｅｔ ｓｕｂｓｅｔｓ ｏｆ ＣＤ８＋Ｔ ｃｅｌｌｓ ｍｏｄｕｌａｔｅ ＰＬＰ_{９１−１１０} ｉｎｄｕｃｅｄ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ ｉｎ ＨＬＡ−ＤＲ３ ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ ｍｉｃｅ．Ｊ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．２０１２ Ｊｕｎ；３８（４）：３４４−３５３）で論じられているように、活性化された脳炎惹起性Ｔ細胞の養子移入、又はＥＶＥに対して感受性を示すＴＣＲトランスジェニックマウスの使用により、様々なミエリン関連ペプチドを使用して、ＥＡＥを様々なマウス株及びラット株に導入し得る。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細胞組成物及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＥＡＥの齧歯類モデルにおける有効性に関して試験する。例えば、雌の６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６マウスをＴａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）から得る。マウスの群に、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ；２〜５ｍｇの死滅したマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）Ｈ３７Ｒａ／エマルション１ｍｌ）に乳化させたミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質３５−５５（ＭＯＧ３５−５５；１回の注射当たり１００ｕｇ；マウス１匹当たり２００ｕｇ（マウス１匹当たり合計０．２ｍｌ））０．１ｍｌの背中の２箇所の部位（上部及び下部）での２回の皮下（ｓ．ｃ．）注射を施す。上記の約１〜２時間後に、ＰＢＳ ０．１ｍｌ中の百日咳毒素（ＰＴｘ）２００ｎｇ（２ｕｇ／ｍｌ）をマウスに腹腔内（ｉ．ｐ．）注射する。ＰＴｘの追加のＩＰ注射を２日目に施す。或いは、適切な量の代替ミエリンペプリド（例えばプロテオリピドタンパク質（ＰＬＰ））を使用してＥＡＥを誘発する。一部の動物は未処置コントロールとしての役割を果たす。当該技術分野で既知の方法（Ｍａｎｇａｌａｍ ｅｔ ａｌ．２０１２）に従って４日目から始めて毎日、ＥＡＥ重症度を評価して障害スコアを割り当てる。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶによる処置を、免疫付与の前後又はＥＡＥ免疫付与の後のいずれかの時点で開始する。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ組成物由来のＥＶを、免疫付与と同時（１日目）に投与してもよいし、障害の最初の徴候（例えば、引きずった尾（ｌｉｍｐ ｔａｉｌ））の際に又は重度のＥＡＥの最中に投与してもよい。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの有効用量を静脈内注射する。例えば、マウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。

例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ投与と混合した投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、又は経鼻投与を含み得る。

マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の抗炎症剤若しくはＥＡＥ治療薬（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、ビタミンＤ、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。

様々な時点で、マウスを屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば脳及び脊髄）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る。例えば、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して組織を解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋中枢神経系（ＣＮＳ）浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。

疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得る（例えば、活性化された脳炎惹起性Ｔ細胞、又はＥＶＥ誘導性ペプチドの再注射）。マウスを、再チャレンジ後に疾患に対する感受性及びＥＶＥの重症度に関して分析する。

実施例４：コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）のマウスモデルにおけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ
コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）は、Ｃａｐｌａｚｉ他（Ｍｏｕｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ．Ｓｅｐｔ．１，２０１５．５２（５）：８１９−８２６）により説明されているように、関節リウマチ（ＲＡ）を研究するために一般に使用される動物モデルである（Ｂｒａｎｄ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｌｌａｇｅｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．２００７．２：１２６９−１２７５；Ｐｉｅｔｒｏｓｉｍｏｎｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｌｌａｇｅｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ：ａ ｍｏｄｅｌ ｆｏｒ ｍｕｒｉｎｅ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｂｉｏ Ｐｒｏｔｏｃ．２０１５ Ｏｃｔ．２０；５（２０）：ｅ１６２６も参照されたい）。

ＣＩＡ齧歯類モデルの他のバージョンの中でも、１つのモデルは、Ｔａｎｅｊａ他（Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．２００７．５６：６９−７８；Ｔａｎｅｊａ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００８．１８１：２８６９−２８７７；及びＴａｎｅｊａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，２００７．５６：６９−７８も参照されたい）により説明されているように、ニワトリＩＩ型コラーゲンによるＨＬＡ−ＤＱ８ Ｔｇマウスの免疫付与を含む。ニワトリＣＩＩの精製はＴａｎｅｊａ他（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，２００７．５６：６９−７８）により説明されている。マウスを、免疫付与後にＣＩＡ疾患の発症及び進行に関してモニタリングし、Ｗｏｏｌｅｙ，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９８１．１５４：６８８−７００により説明されているように、疾患の重症度を評価して「等級付ける」。

マウスをＣＩＡ誘導のために免疫付与し、様々な処置群に分類する。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細胞組成物及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＣＩＡにおける有効性に関して試験する。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶによる処置を、コラーゲンによる免疫付与の前後又は免疫付与後のいずれかで開始する。例えば、一部の群において、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを免疫付与と同時（１日目）に投与してもよいし、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを疾患の最初の徴候の際に又は重度の症状の発症時に投与してもよい。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。

例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の用量でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し、マウスの他の群に、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。

例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ投与とは別の投与で、又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、又は経鼻投与を含み得る。

マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の抗炎症剤若しくはＣＩＡ治療薬（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、ビタミンＤ、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。

様々な時点で、血清シンプルを得て、標準的なＥＬＩＳＡを使用して抗ニワトリＣＩＩ ＩｇＧ抗体及び抗マウスＣＩＩ ＩｇＧ抗体のレベルを評価する（Ｂａｔｓａｌｏｖａ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｏｌｌａｇｅｎ ｔｙｐｅ ＩＩ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｄｕｒｉｎｇ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｃｏｌｌａｇｅｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｉｎ ｔｗｏ Ｂ１０ ｍｏｕｓｅ ｓｔｒａｉｎｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ．２０１２．１４（６）：Ｒ２３７）。同様に、一部のマウスを屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば滑膜）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る。滑膜及び滑液を、当該技術分野で既知の技術を使用して形質細胞浸潤及び抗体の存在に関して分析する。加えて、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して組織を解離させて、細胞浸潤物のプロファイルを調べる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋滑膜浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。

疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得る（例えば、ＣＩＡ誘導性ペプチドによる活性化された再注射）。マウスを、再チャレンジ後に疾患に対する感受性及びＣＩＡの重症度に関して分析する。

実施例５：１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）のマウスモデルにおけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ
１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）は、免疫系が膵臓のランゲルハンス島を標的とし、それによりインスリンを産生する身体の能力が破壊される自己免疫疾患である。

Ｂｅｌｌｅ他（Ｍｏｕｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｔｙｐｅ １ ｄｉａｂｅｔｅｓ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｔｏｄａｙ Ｄｉｓ Ｍｏｄｅｌｓ．２００９；６（２）：４１−４５；Ａｉｌｅｅｎ ＪＦ Ｋｉｎｇ．Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ａｎｉｍａｌ ｍｏｄｅｌｓ ｉｎ ｄｉａｂｅｔｅｓ ｒｅｓｅａｒｃｈ．Ｂｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０１２ Ｊｕｎ；１６６（３）：８７７−８９４も参照されたい）により概説されているように、Ｔ１Ｄの動物モデルの様々なモデルが存在する。化学的に誘発されたＴ１Ｄ、病原体により誘発されたＴ１Ｄ、及びマウスがＴ１Ｄを自発的に発症するモデルに関するモデルが存在する。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、Ｔ１Ｄのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。

Ｔ１Ｄ誘発方法及び／又はＴ１Ｄ発症が自発的であるかどうかに応じて、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶによる処置を、誘発の前後若しくは誘発後のいずれかの時点で、又は自発的に発生するＴ１Ｄの発症前（若しくは発症時）に開始する。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の用量でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。

例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶの投与とは別の投与で、又はこの投与と併せた投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。

マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の処置及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。

この実験の開始前に、血糖を隔週でモニタリングする。その後の様々な時点で、非空腹時血糖を測定する。様々な時点で、マウスを屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために脾臓の部位、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る。例えば、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して組織を解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済組織浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。抗体産生をＥＬＩＳＡによっても評価し得る。

疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得るか、又は再発に対する感受性に関して評価し得る。マウスを、再チャレンジ（又は自発的に発生する再発）後に糖尿病発症に対する感受性及び重症度に関して分析する。

実施例６：原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）のマウスモデルにおけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ
原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）は、胆管を徐々に破壊して末期肝硬変を引き起こす慢性肝疾患である。原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と関連している。

Ｆｉｃｋｅｒｔ他（Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｉｍａｌ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｒｉｍａｒｙ ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ（ＰＳＣ）．Ｊ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１４ Ｊｕｎ．６０（６）：１２９０−１３０３；Ｐｏｌｌｈｅｉｍｅｒ ａｎｄ Ｆｉｃｋｅｒｔ．Ａｎｉｍａｌ ｍｏｄｅｌｓ ｉｎ ｐｒｉｍａｒｙ ｂｉｌｉａｒｙ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ ａｎｄ ｐｒｉｍａｒｙ ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ．Ｃｌｉｎ Ｒｅｖ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１５ Ｊｕｎ．４８（２−３）：２０７−１７も参照されたい）により概説されているように、ＰＳＣには様々な動物モデルが存在する。ＰＳＣモデルにおける疾患の誘発には、化学的誘発（例えば、３，５−ジエトキシカルボニル−１，４−ジヒドロコリジン（ＤＤＣ）誘発性胆管炎）、病原体誘発型（例えばクリプトスポリジウム・パルバム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ））、実験的胆管閉塞（例えば総胆管結紮（ＣＢＤＬ））、及び抗原駆動型胆管損傷のトランスジェニックマウスモデル（例えばＯｖａ−Ｂｉｌトランスジェニックマウス）が挙げられる。例えば、Ｇｅｏｒｇｉｅｖ他（Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｉｍｅ−ｒｅｌａｔｅｄ ｃｈａｎｇｅｓ ａｆｔｅｒ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ｂｉｌｅ ｄｕｃｔ ｌｉｇａｔｉｏｎ．Ｂｒ Ｊ Ｓｕｒｇ．２００８．９５（５）：６４６−５６）により説明されているように胆管結紮を実施するか、又はＦｉｃｋｅｒｔ他（Ａ ｎｅｗ ｘｅｎｏｂｉｏｔｉｃ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｏｕｓｅ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ ａｎｄ ｂｉｌｉａｒｙ ｆｉｂｒｏｓｉｓ．Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈ．Ｖｏｌ １７１（２）：５２５−５３６）により説明されているようにＤＣＣ曝露により疾患を誘発させる。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、いくつかの他の治療薬の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＰＳＣのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。

ＤＣＣ誘発性胆管炎
例えば、６〜８週齢のＣ５７ｂｌ／６マウスをＴａｃｏｎｉｃ又は他のベンダーから得る。マウスに、様々な持続期間にわたり０．１％ＤＣＣ補充飼料を給餌する。一部の群に、１週間にわたりＤＣＣ補充飼料を与え、他には４週間にわたり与え、他には８週間にわたり与える。マウスの一部の群に、一定期間にわたりＤＣＣ補充飼料を与えることができ、次いで回復させ、その後に通常の飼料を与える。これらのマウスを、疾患から回復する能力に関して研究し得、及び／又はＤＣＣへのその後の曝露時の再発に対する感受性に関して研究し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶによる処置を、ＤＣＣ給餌の前後又はＤＣＣへの最初の曝露の後のいずれかの時点で開始する。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを１日目に投与してもよいし、その後のどこかで投与してもよい。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の用量でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ ２５、５０、１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し、他のマウスに、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶの投与とは別の投与で又はこの投与と併せた投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の薬剤及び／又は適切なコントロール（例えばビヒクル若しくは抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。様々な時点で、血清サンプルを、ＡＬＴレベル、ＡＰレベル、ビリルビンレベル、及び血清胆汁酸（ＢＡ）レベルに関して分析する。

様々な時点で、マウスを屠殺して体重及び肝臓の重量を記録し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織形態学的特性評価、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば、肝臓、小腸及び大腸、脾臓）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る（Ｆｉｃｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｉｍａｌ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｒｉｍａｒｙ ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ（ＰＳＣ））．Ｊ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１４．６０（６）：１２９０−１３０３を参照されたい）。例えば、胆管を、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１の発現に関して染色する。一部の組織を組織学的検査のために染色し、他を、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）、並びに付着分子発現（ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋胆管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。

例えばシリウスレッド染色及びその後の線維化領域の定量を使用する組織学的分析のために、肝臓組織を調製する。処置の終了時に、肝臓酵素（例えばＡＳＴ又はＡＬＴ）の血漿分析のために且つビリルビンレベルを決定するために、血液を採取する。ヒドロキシプロリンの肝臓含有量を、確立されたプロトコルを使用して測定し得る。炎症マーカー及び線維症マーカーの肝臓遺伝子発現分析を、検証済みのプライマーを使用するｑＲＴ−ＰＣＲにより実施し得る。これらのマーカーとして、ＭＣＰ−１、α−ＳＭＡ、Ｃｏｌｌ１ａ１、及びＴＩＭＰ−が挙げられ得るがこれらに限定されない。確立されたメタボロミクス法を使用して、血漿サンプル、組織サンプル、及び糞便サンプルで代謝産物の測定を実施し得る。最後に、免疫組織化学を肝臓切片に対して実行し、好中球、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、又は他の免疫細胞浸潤物を測定する。

疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、後にＤＣＣにより再チャレンジし得る。マウスを、再チャレンジ後に胆管炎に対する感受性及び胆管炎の重症度に関して分析する。

ＢＤＬ誘発性胆管炎
或いは、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、ＢＤＬ誘発性胆管炎における有効性に関して試験する。例えば、６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６ＪマウスをＴａｃｏｎｉｃ又は他のベンダーから得る。順化期間の後、マウスを外科的処置して胆管結紮（ＢＤＬ）を実施する。一部のコントロール動物には偽手術を施す。ＢＤＬ処理により、７〜２１日以内に肝臓損傷、炎症、及び線維化が引き起こされる。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶによる処置を、手術の前後又は手術後のいつかのいずれかの時点で開始する。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の範囲でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し、他のマウスに、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶの投与とは別の投与で、又はこの投与と併せた投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。
これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の薬剤及び／又は適切なコントロール（例えばビヒクル若しくは抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。様々な時点で、血清サンプルを、ＡＬＴレベル、ＡＰレベル、ビリルビンレベル、及び血清胆汁酸（ＢＡ）レベルに関して分析する。

様々な時点で、マウスを屠殺して体重及び肝臓の重量を記録し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織形態学的特性評価、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば、肝臓、小腸及び大腸、脾臓）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る（Ｆｉｃｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｉｍａｌ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｒｉｍａｒｙ ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ（ＰＳＣ））．Ｊ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１４．６０（６）：１２９０−１３０３を参照されたい）。例えば、胆管を、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１の発現に関して染色する。一部の組織を組織学的検査のために染色し、他を、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）、並びに付着分子発現（ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋胆管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。

例えばシリウスレッド染色及びその後の線維化領域の定量を使用する組織学的分析のために、肝臓組織を調製する。処置の終了時に、肝臓酵素（例えばＡＳＴ又はＡＬＴ）の血漿分析のために且つビリルビンレベルを決定するために、血液を採取する。ヒドロキシプロリンの肝臓含有量を、確立されたプロトコルを使用して測定し得る。炎症マーカー及び線維症マーカーの肝臓遺伝子発現分析を、検証済みのプライマーを使用するｑＲＴ−ＰＣＲにより実施し得る。これらのマーカーとして、ＭＣＰ−１、α−ＳＭＡ、Ｃｏｌｌ１ａ１、及びＴＩＭＰ−が挙げられ得るがこれらに限定されない。確立されたメタボロミクス法を使用して、血漿サンプル、組織サンプル、及び糞便サンプルで代謝産物の測定を実施し得る。最後に、免疫組織化学を肝臓切片に対して実行し、好中球、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、又は他の免疫細胞浸潤物を測定する。

疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを回復に関して分析し得る。

実施例７：非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）のマウスモデルにおけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ
非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）は、肝臓脂肪の蓄積（脂肪症）及び炎症が肝臓損傷及び肝細胞死（バルーニング）につながる非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）の重度の形態である。

Ｉｂｒａｈｉｍ他（Ａｎｉｍａｌ ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ：Ｅａｔ，Ｄｅｌｅｔｅ，ａｎｄ Ｉｎｆｌａｍｅ．Ｄｉｇ Ｄｉｓ Ｓｃｉ．２０１６ Ｍａｙ．６１（５）：１３２５−１３３６；Ｌａｕ ｅｔ ａｌ．Ａｎｉｍａｌ ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ ｎｏｎ−ａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｆａｔｔｙ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ：ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ａｎｄ ｒｅｃｅｎｔ ａｄｖａｎｃｅｓ ２０１７ Ｊａｎ．２４１（１）：３６−４４も参照されたい）により概説されているように、ＮＡＳＨの様々な動物モデルが存在する。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物を、別の治療薬の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＮＡＳＨのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。例えば、８〜１０週齢のＣ５７Ｂｌ／６Ｊマウス（Ｔａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）又は他のベンダーから得る）を、ＮＡＳＨの特徴（例えば、脂肪症、炎症、バルーニング、及び線維症）の発現中に４〜８週間にわたりメチオニンコリン欠乏（ＭＣＤ）飼料で飼育する。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶによる処置を、食餌の開始時又は食餌開始後のいつか（例えば１週間後）のいずれかの時点で開始する。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、ＭＣＤ食餌の開始と同日に開始して投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の用量でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。

例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶの投与とは別の投与で、又はこの投与と併せた投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。マウスの一部の群を、様々な時点にて及び有効用量で、追加のＮＡＳＨ治療薬（例えば、ＦＸＲアゴニスト、ＰＰＡＲアゴニスト、ＣＣＲ２／５拮抗薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロールで処置し得る。

様々な時点で及び／又は処置の終了時に、マウスを屠殺し、当該技術分野で既知方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、生化学分析、分子分析、又はサイトカイン及び／又はフローサイトメトリー分析のために肝臓、腸、血液、糞便、又は他の組織を取り出し得る。例えば、肝臓組織を秤量し、組織学的分析用に調製し、この組織学的分析は、Ｈ＆Ｅ、シリウスレッドで染色すること、及びＮＡＳＨ活性スコア（ＮＡＳ）の決定を含み得る。様々な時点で、標準アッセイを使用する肝臓酵素（例えばＡＳＴ又はＡＬＴ）の血漿分析のために血液を採取する。加えて、コレステロール、トリグリセリド、又は脂肪酸の肝臓含有量を、確立されたプロトコルを使用して測定し得る。炎症マーカー、線維症マーカー、脂肪症マーカー、ＥＲストレスマーカー、又は酸化ストレスマーカーの肝臓遺伝子発現分析を、検証済みのプライマーを使用するｑＲＴ−ＰＣＲにより実施し得る。これらのマーカーとして、ＩＬ−６、ＭＣＰ−１、α−ＳＭＡ、Ｃｏｌｌ１ａ１、ＣＨＯＰ、及びＮＲＦ２が挙げられ得るがこれらに限定されない。確立された生化学法及び質量分析ベースのメタボロミクス法を使用して、血漿サンプル、組織サンプル、及び糞便サンプルで代謝産物の測定を実施し得る。ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋胆管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を肝臓切片又は腸切片に対して実行して、好中球、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、又は他の免疫細胞浸潤物を測定する。

疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを回復に関して分析し得る。

実施例８：乾癬のマウスモデルにおけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ
乾癬は、Ｔ細胞により媒介される慢性炎症性皮膚疾患である。いわゆる「プラーク型」乾癬は、乾癬の最も一般的な形態であり、乾燥した鱗屑、赤色のプラーク、並びに真皮及び上皮への免疫細胞の浸潤に起因する皮膚の肥厚という特徴を示す。Ｇｕｄｊｏｎｓｓｏｎ他（Ｍｏｕｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍ．２００７．１２７：１２９２−１３０８；ｖａｎ ｄｅｒ Ｆｉｔｓ ｅｔ ａｌ．Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ−ｌｉｋｅ ｓｋｉｎ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ｉｎ ｍｉｃｅ ｉｓ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｖｉａ ｔｈｅ ＩＬ−２３／ＩＬ−１７ ａｘｉｓ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００９ Ｍａｙ １．１８２（９）：５８３６−４５も参照されたい）により概説されているように、いくつかの動物モデルが、この疾患の理解に寄与している。

乾癬は、様々なマウスモデル（例えば、トランスジェニックモデル、ノックアウトモデル、又は異種移植モデルを使用するもの）、及びＴＬＲ７／８リガンドであるイミキモド（ＩＭＱ）の局所適用により誘発され得る。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ含有細菌組成物及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、乾癬のマウスモデルにおける有効性に関して試験する。例えば、６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６マウス又はＢａｌｂ／ｃマウスを、Ｔａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）又は他のベンダーから得る。マウスの背中及び右耳の毛を剃る。マウスの群に、市販のＩＭＱクリーム（５％）（Ａｌｄａｒａ；３Ｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）６２．５ｍｇの毎日の局所用量を投与する。この用量を、５又は６日連続にわたり剃毛領域に適用する。定期的に、ｖａｎ ｄｅｒ Ｆｉｔｓ他（２００９）により説明されているように、マウスを、０〜４のスケールで紅斑、スケーリング、及び肥厚に関して採点する。Ｍｉｔｕｔｏｙｏマイクロメータを使用して、マウスを耳の厚さに関してモニタリングする。

ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶによる処置を、ＩＭＱの最初の適用の前後又はその後のいずれかの時点で開始する。例えば、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、皮下注射と同時（０日目）に投与してもよいし、適用前又は適用時に投与してもよい。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞の用量でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、局所投与、皮内（ｉ．ｄ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、又は他の投与手段によりラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得（例えば０日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。

例えば、マウスの一部の群に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ投与とは別の投与で、又はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶ投与と混合した投与で、１×１０^４〜５×１０^９個の細菌細胞を投与し得る。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及び／又ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ由来のＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、ｉ．ｄ．注射、ｓ．ｃ．注射、局所投与、又は経鼻投与を含み得る。

マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、抗炎症剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。

加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。

様々な時点で、当該技術分野で既知の方法を使用して、凍結切片染色分析のために背中及び耳の皮膚からのサンプルを採取する。他の群のマウスを屠殺して、当該技術分野で既知の方法を使用して、組織学的研究、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のためにリンパ節、脾臓、腸間膜リンパ節（ＭＬＮ）、小腸、結腸、及び他の組織を取り出し得る。一部の組織を、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させ得る。凍結切片サンプル、組織サンプル、又はエクスビボで得られた細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋皮膚浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。

乾癬防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを研究して回復を評価し得るか、又は一部のマウスをＩＭＱで再チャレンジし得る。再チャレンジしたマウスの群を、乾癬に対する感受性及び反応の重症度に関して分析する。

実施例９：軽度から中程度の乾癬又はアトピー性皮膚炎の処置のための経口治療薬としてのラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの安全性、忍容性、及び有効性の研究
ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの予備的な安全性、忍容性、及薬学的効果を、健康な参加者と、軽度から中程度の乾癬又はアトピー性皮膚炎を有するが他の点では健康である参加者とで決定する単施設第１相臨床試験を実施する。

これは無作為化プラセボ対照臨床試験であり、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの予備的な安全性、忍容性、及び薬学的効果を評価するために用量漸増及び用量拡大を行ない、参加者及び治験責任医師は盲検であり、治験依頼者は非盲検であり、単回及び複数回の漸増用量である。この治験は、様々な組織生検及び複合臨床エンドポイントを使用して、薬学的情報を得る機会を提供する。

この試験は６つのコホートからなり、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ対プラセボの用量を試験する。最初の３つのコホートは健康なボランティアであり、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの安全性及び忍容性を確立する。これを確立すると、乾癬又はアトピー性皮膚炎を有する参加者での安全性及び忍容性を、全身の免疫系への薬学的効果とあらゆる臨床効果の観察と共に試験する。

処置群は表７で説明されており、用量拡大試験を含むために任意選択の追加のコホートを追加し得る。

この試験は、下記の少なくとも３つの評価項目を有する：１）安全性及び忍容性；２）軽度から中程度の乾癬を有する対象での臨床的改善；並びに３）軽度から中程度のアトピー性皮膚炎を有する対象での臨床的改善。

（１）安全性及び忍容性に関しては、重篤有害事象（ＳＡＥ）、検査室測定、心電図（ＥＣＧ）測定、バイタルサイン測定、身体検査、Ｂｒｉｓｔｏｌ便スケール、ＧＩ完全性のマーカー、及び免疫バイオマーカーを行なって評価し；（２）軽度から中程度の乾癬を有する対象での臨床的改善に関しては、乾癬活動スコアリングインデックス（ｐｓｏｒｉａｓｉｓ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｓｃｏｒｉｎｇ ｉｎｄｅｘ）（ＰＡＳＩ）、治験責任医師の包括的評価（ＩＧＡ）、及び病変重症度スコア（ＬＳＳ）を１４ヶ月の期間にわたり評価し；（３）軽度から中程度のアトピー性皮膚炎を有する対象での臨床的改善に関しては、ＥＡＳＩ、アトピー性皮膚炎の重症度スコアリング（ＳＣＯＲＡＤ）、ＬＳＳ、及びＩＧＡを１４ヶ月の期間にわたり評価する。

抗乾癬活性及び抗アトピー性皮膚炎活性は、疾患に特異的な反応基準に従って治験責任医師により評価され、客観的反応率、反応の持続時間、無増悪期間、臨床的利益率、及び疾患制御率に関して説明される。治験責任医師は、ＰＡＳＩ及び湿疹活動スコアリングインデックス（ＥＡＳＩ）（これらは両方とも当該技術分野で既知である）を使用して、投与の２８日目又はその前後にベースラインからの改善を探す。

選択基準及び除外基準
この試験の全てのパートに関する選択基準は下記を含む：
１．参加者は、スクリーニング時に肥満指数が≧１８ｋｇ／ｍ２〜≦３５ｋｇ／ｍ２である。
２．病歴、身体検査、臨床検査、及び噴門モニタリング等の医学的評価により決定した場合に明らかに健康である参加者。
３．軽度から中程度の乾癬を有する患者に関しては：
ａ．参加者は、体表面積（ＢＳＡ）（頭皮を除く）の≦５％が関与する少なくとも６ヶ月にわたる軽度から中程度のプラーク型乾癬の確定診断を受けている。
ｂ．参加者は、生検に適した部位において少なくとも１つのプラークを有する少なくとも２つの乾癬病変を有する。
４．軽度から中程度のアトピー性皮膚炎を有する患者に関しては：
ａ．参加者は、ＢＳＡ関与が少なくとも３から最大で１５％の軽度から中程度のアトピー性皮膚炎を有する。
ｂ．参加者は、ＩＧＡスコアが２又は３である少なくとも６ヶ月にわたる軽度から中程度のアトピー性皮膚炎の確定診断を受けている。
ｃ．参加者は、少なくとも１つが生検に適した部位である少なくとも２つのアトピー性皮膚炎病変を有する。

下記の患者のカテゴリーは、この試験から除外される：
１．この試験中に妊娠しているか若しくは妊娠する予定である女性参加者、及び／又は授乳中であるか若しくは医学的に受け入れられている避妊方法を使用してない妊娠の可能性がある性的活動をしている女性参加者。
２．参加者は、スクリーニング前６週間以内に弱毒化生ワクチン接種を受けているか、又はこの試験の経過中にそのようなワクチン接種を受ける予定である。
３．参加者は、試験介入投与の前に、９０日又は５半減期のいずれか長い方で任意の介入薬物又は実験手順を受けている。
４．参加者は、試験期間中に抗炎症薬による処置を必要とする。パラセタモールは、解熱剤及び／又は鎮痛剤としての使用が許可される（任意の２４時間で最大２グラム／日）。
５．参加者は、活動性感染（例えば、敗血症、肺炎、膿瘍）を有するか、又は介入医薬品（ＩＭＰ）投与前６週間以内に抗生物質による処置を必要とする感染を有している。疑わしい場合には、治験責任医師は治験依頼者の治験担当医師と相談すべきである。
６．参加者は、下記のように定義される腎障害又は肝障害を有する：
ａ．健康なボランティアの場合：ｉ．女性の場合、血清クレアチニンレベル≧１２５μｍｏｌ／Ｌ；男性の場合、≧１３５μｍｏｌ／Ｌ、又はｉｉ：アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）≧１．５×正常上限（ＵＬＮ）、又はｉｉｉ．アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）及び／又はビリルビン＞１．５×ＵＬＮ。
ｂ．軽度から中程度のアトピー性皮膚炎又は乾癬を有する参加者の場合：ｉ．女性の場合、血清クレアチニンレベル≧１２５μｍｏｌ／Ｌ；男性の場合≧１３５μｍｏｌ／Ｌ、又はｉｉ．ＡＬＴ若しくはＡＳＴ＞２×ＵＬＮ、及び／若しくはビリルビン＞１．５×ＵＬＮ。

用量漸増試験
患者に、処置期間中に全てのラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの用量を投与するか、又は患者は、処置期間内に用量制限毒性（ＤＬＴ）を有している場合には、用量漸増の決定のために評価可能であると見なされ得る。患者のコホートがこれらの基準を満たしている場合に、用量漸増の決定を行なう。

ＤＬＴは、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａによる処置の最初の７日以内に生じる有害事象（ＡＥ）又は異常な検査値と定義されるが、根本的な疾患、疾患の進行、又は外来性の原因に起因して明白で且つ議論の余地のないものは除く。患者のコホートがこれらの基準を満たしている場合に、用量漸増の決定を行なう。

用量漸増の決定を実行するために、利用可能な毒性情報（即ち、ＤＬＴ評価に関係なく全てのＡＥ及び全ての検査異常）を、用量決定の会議又はテレビ会議にて、登録している治験責任医師及び治験依頼者のメディカルモニタにより評価する。決定は、進行中の試験で評価した全ての用量コホートから入手可能な全ての関連データの評価に基づく。次のより高用量のコホートでの薬物投与は、治験責任医師が、前の用量コホートの結果が評価されており且つ次のより高用量のコホートへと進むことが許容されていることを示す確認書を治験依頼者から受け取るまで開始し得ない。

意図された用量レベルが安全であることが示された（即ち、意図された用量レベルで処置された全ての患者がＤＬＴ評価を完了し、≦１例の患者がＤＬＴを経験した）後に、全てのコホートに関して患者内での用量漸増が許容される。

実施例１０−ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおけるラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株での遺伝子欠失の評価
特定のプラスミドを欠いているＬ．ラクティス・クレモリス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株の有効性を評価した。当該技術分野で既知のエレクトロポレーション技術を使用して、ノックアウト株を作成した。簡潔に説明すると、１％のグルコースを含むＭ１７培地（１Ｌ当たり、カゼインの膵臓消化物５ｇ、大豆ペプトン５ｇ、牛肉抽出物５ｇ、酵母抽出物２．５ｇ、アスコルビン酸０．５ｇ、ＭｇＳＯ４ ０．２５ｇ、β−グリセロリン酸二ナトリウム１９ｇ）中で一晩株を培養することにより、エレクトロコンピテント細胞を調製した。一晩培養物２ｍＬをＭ１７培地５０ｍＬに播種し、０．５〜０．７の６００ｎｍでの光学密度まで培養した（約５〜７時間）。次いで、この培養物を１０分にわたり氷上で冷却した。細胞を３０００ｇで１５分にわたり遠心沈殿させ、エレクトロポレーション緩衝液（０．５Ｍのスクロース＋１０％のグリセロール）に再懸濁させ、さらに２回繰り返した。次いで、細胞をエレクトロポレーション緩衝液５００μＬに再懸濁させ、１００μＬのアリコートに分割し、エレクトロポレーションまで−８０℃で保存した。

エレクトロポレーションキュベットに移す前に細胞を氷上で解凍することにより、エレクトロポレーションが進行した。次いで、細胞を、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａの場合には１．２ｋＶでエレクトポレートし、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂの場合には２．５ｋＶでエレクトポレートした。次いで、回収溶液（１ｍＬ当たりＭ１７＋０．５Ｍ（．１７ｇ）のスクロース＋０．５％（１５μｌ）のグルコース＋２０ｍＭ（１０μｌ）のＭｇＣｌ２＋０．２ｍＭ（１０μｌ）のＣａＣｌ２）９００μＬを直ちに添加した。次いで、細胞を１０分にわたり氷上で保持した。エレクトロポレートされた細胞を、Ｍ１７培地において１：１０で継代培養し、３０℃で２０分にわたりインキュベートした後に希釈して蒔いた。次いで、細胞を、ＰＣＲにより、プラスミドの喪失に関してスクリーニングした。

プラスミドを含まない株の効果を解明するために、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ及びＢ（両方ともプラスミドあり及びプラスミドなし）を、ＤＴＨのマウスモデルで評価した。上記の実施例１で述べたように、マウスに、背中に沿った４箇所の位置にＫＬＨ及びＣＦＡをｉ．ｄ注射した（１箇所の部位当たり５０ｕｌの総量でＣＦＡと１：１の比で調製されたＫＬＨのマウス１匹当たり５０ｕｇ）。マウスに、下記のように１日当たり１×１０^∧９個の生存細胞を９日にわたり投与した：１）嫌気性ＰＢＳ（ビヒクル）；２）ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ；３）１３ｋｂのプラスミドを欠くラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ；４）ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂ；５）３０ｋｂのプラスミドを欠くラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂ；及び６）デキサメタゾン（陽性コントロール）。チャレンジの２４時間後に、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａからの１３ｋｂのプラスミドの除去により、この株の有効性が低下したが、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂからの３０ｋｂのプラスミドの除去により、この株の有効性が改善された（図４）。

次いで、これらの株を配列決定して、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａからの１３ｋｂのプラスミド内の遺伝子、及びラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂからの３０ｋｂのプラスミド内の遺伝子を決定した。表５及び表６を参照されたい。

実施例１１：製造条件
強化培地を使用して、インビトロでの使用及びインビボでの使用のために細菌を増殖させて調製する。例えば、培地は、糖、酵母抽出物、植物ベースのペプトン、バッファー、塩、微量元素、界面活性剤、消泡剤、及びビタミンを含み得る。酵母抽出物及びペプトン等の複雑な成分の組成は、定義されていなくてもよいし、部分的に定義されていてもよい（例えば、アミノ酸、糖等のおおよその濃度）。微生物の代謝産物は、炭素及び窒素等の資源の利用可能性に依存する場合がある。様々な糖又は他の炭素源を試験し得る。或いは、参照により本明細書に組み込まれる、Ｓａａｒｅｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．２００５．９９：１３３０−１３３９に示されているように、培地を調製し、選択された細菌を増殖させることができる。乳ベースの成分なしで生産される選択された細菌の凍結乾燥生存、貯蔵安定性、及び酸と胆汁への曝露に対する発酵時間、凍結保護物質、細胞濃縮物の中和の影響。

大規模で、培地を滅菌する。滅菌は超高温（ＵＨＴ）処理によって行うことができる。ＵＨＴ処理は、非常に高い温度で短時間行う。ＵＨＴの範囲は１３５〜１８０℃であり得る。例えば、培地は、１３５℃で１０〜３０秒間滅菌することができる。

接種材料は、フラスコ又はより小さなバイオリアクタで調製することができ、増殖を監視する。例えば、接種材料の量は、バイオリアクタの総体積の約０．５〜３％であり得る。用途及び材料の必要性に応じて、バイオリアクタの容量は少なくとも２Ｌ、１０Ｌ、８０Ｌ、１００Ｌ、２５０Ｌ、１０００Ｌ、２５００Ｌ、５０００Ｌ、１０，０００Ｌであり得る。

接種の前に、バイオリアクタ、培地を所望のｐＨ、温度、及び酸素濃度を準備する。培養培地の初期ｐＨは、このプロセスの設定値と異なる場合がある。ｐＨストレスは低細胞濃度で有害な場合があるため、初期ｐＨは、ｐＨ７．５と、このプロセスの設定値との間の可能性がある。例えば、ｐＨは４．５〜８．０に設定することができる。発酵中、ｐＨは、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、又は水酸化アンモニウムの使用によって制御することができる。温度は、２５℃〜４５℃、例えば３７℃に制御することができる。嫌気性条件は、培養ブロス中の酸素レベルを約８ｍｇ／Ｌから０ｍｇ／Ｌに低下させることによって確立する。例えば、嫌気性条件を確立するために、窒素又はガス混合物（Ｎ２、ＣＯ２、及びＨ２）を使用することができる。或いは、ガスは使用せず、嫌気性条件を、培地に残っている酸素を消費する細胞によって確立する。菌株及び接種材料の量に応じて、バイオリアクタの発酵時間が異なり得る。例えば、発酵時間は、約５時間〜４８時間と様々にすることができる。

微生物を凍結状態から生き返らせるためには、特別の配慮が必要な場合がある。生産培地は、解凍後に細胞にストレスをかける場合があり、解凍された物質からシートドレインを一貫して開始するには特殊な解凍媒体が必要とされる場合がある。種体積の増加又は微生物の増殖速度の維持の目的のための新たな培地への種子材料の移動又は通過の動態は、微生物の現在の状態（例えば、指数関数的増殖、安定した増殖、ストレスなし、ストレスあり）の影響を受け得る。

生産発酵槽の接種は、増殖動態及び細胞活性に影響を及ぼし得る。バイオリアクタシステムの初期状態を最適化して、成功裏で一貫した生産を促進させなければならない。総培地に対する種培養物の割合（例えばパーセンテージ）は、増殖動態に劇的な影響を及ぼす。この範囲は発酵槽の作業体積の１〜５％であり得る。培養培地の初期ｐＨは、このプロセスの設定値と異なる場合がある。ｐＨストレスは低細胞濃度で有害な場合があるため、初期ｐＨは、ｐＨ７．５と、このプロセスの設定値との間の場合がある。接種中でのシステムの撹拌及びこのシステムへのガスの流れは、このプロセスの設定値と異なる場合がある。両方の条件に起因する物理的なストレス及び化学的なストレスは、低細胞濃度で有害な場合がある。

プロセス条件及び制御設定は、微生物の増殖の動態及び細胞活性に影響を及ぼす場合がある。プロセス条件の変更により、膜の組成、代謝産物の産生、増殖速度、細胞ストレス等が変化する場合がある。増殖に最適な温度範囲は、株によって変わる場合がある。この範囲は２０〜４０℃であり得る。細胞増殖及び下流での活性の性能に最適なｐＨは、株によって変わる場合がある。この範囲はｐＨ５〜８であり得る。培地に溶解したガスは、代謝のために細胞により使用され得る。このプロセス全体を通してＯ_２、ＣＯ_２、及びＮ_２の濃度を調整する必要がある場合がある。栄養素の利用可能性は細胞増殖を変化させる場合がある。過剰な栄養素が利用可能である場合には、微生物は別の動態を有する場合がある。

発酵終了時での及び回収中での微生物の状態が細胞の生存及び活性に影響を及ぼす場合がある。微生物を、分離及び下流の処理に関与する物理的なストレス及び化学的なストレスによりよく備えるために、回収の直前に前処理し得る。温度の変化（多くの場合は２０〜５℃への低下）により、細胞の代謝が低下し得、そのため、増殖（及び／又は死亡）並びに発酵槽から取り出した場合での生理学的変化が遅れる。遠心濃縮の有効性は、培養物のｐＨの影響を受ける場合がある。ｐＨの１〜２ポイントの上昇により濃縮の有効性が改善され得るが、細胞には有害でもあり得る。培地中における塩及び／又は糖の濃度を増加させることにより、微生物は回収の直前にストレスを受ける場合がある。この方法でストレスを受けた細胞は、下流の最中での凍結及び凍結乾燥によりよく生き延びることができる。

分離方法及び分離技術は、微生物が培養培地からどれだけ効率的に分離されるかに影響を及ぼす場合がある。遠心分離技術を使用して固体を除去し得る。遠心濃縮の有効性は、培養物のｐＨ又は凝集剤の使用の影響を受け得る。ｐＨの１〜２ポイントの上昇により濃縮の有効性が改善され得るが、細胞には有害でもあり得る。培地中における塩及び／又は糖の濃度を増加させることにより、微生物は回収の直前にストレスを受ける場合がある。この方法でストレスを受けた細胞は、下流の最中での凍結及び凍結乾燥によりよく生き延びることができる。加えて、微生物をろ過によっても分離し得る。成功裏に遠心分離するために細胞が過剰なｇ−分を必要とする場合には、ろ過は、精製のための遠心分離技術よりも優れている。分離の前後に添加剤を添加し得る。低温保護又は凍結乾燥の最中の保護のために、添加剤を添加し得る。添加剤として、スクロール、トレハロース、又はラクトースが挙げられ得るがこれらに限定されず、これらはバッファー及び抗酸化剤と選択的に混合され得る。凍結乾燥の前に、添加剤と混合された細胞ペレットの液滴を液体窒素に浸す。

回収は、連続的な遠心分離により行うことができる。生産物を、様々な賦形剤を用いて所望の最終濃度に再懸濁し得る。凍結防止又は凍結乾燥中の保護のために賦形剤を追加することができる。賦形剤には、限定されるものではないが、スクロース、トレハロース、又はラクトースが含まれ、これらは、代替として緩衝液及び抗酸化剤と混合してもよい。凍結乾燥の前に、賦形剤と混合した細胞ペレットの液滴を液体窒素に沈める。

生菌を含む材料の凍結乾燥は、一次乾燥から始める。一次乾燥段階で氷を除去する。ここで、真空を生成し、氷を昇華させるために適切な熱量を材料に供給する。二次乾燥段階で、生産物に結合した水分子を除去する。ここで、水分子と生産物材料の間に形成された物理化学的相互作用を破壊するために、温度を一次乾燥段階よりも上げる。この段階で、脱着を促進するために圧力をさらに下げることもできる。凍結乾燥プロセスが完了した後、チャンバーに窒素などの不活性ガスを充填することができる。生産物を、乾燥条件下で凍結乾燥機内に密封し、大気中の水や汚染物質への暴露を防止することができる。

実施例１２：養子移植遅延型過敏症（ＡｄＤＴＨ）マウスモデル
簡潔に説明すると、マウスをＪａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｓから購入し、実験を開始する前に１週間にわたり飼育器に慣れさせた。マウスを、標準的な寝床及びエンリッチメントを有する、個別に換気されているケージに、１つのケージ当たり５匹の動物で収容する。標準的なＰｕｒｉｎａ齧歯類飼料（５００１）及びオートクレーブされた水を自由に摂取させ、毎日チェックする。換気されているケージを１週間に１回交換する。動物飼育室は、１２時間のオン及び１２時間のオフからなる照明サイクルを受ける。床、壁、及び天井を１ヶ月に１回消毒し、部屋を３０％〜７０％の範囲の湿度及び華氏６８〜７９度の範囲の温度に維持する。動物の健康のチェックを１日に２回行なう。

−１日目に、レシピエントＢＡＬＢ／ｃマウスに、１×１０^∧８個のＤＯ１１．ＴＣＲ Ｔｇリンパ球を養子移植した（ｉ．ｐ．）。

０日目に、マウスをイソフルランで麻酔し（１度に１匹）、その背中を剪毛した。マウスの背中の４箇所の部位に、ＣＦＡエマルション中の卵白アルブミン（Ｈｏｏｋｅ Ｌａｂｓカタログ＃ＥＫ−０３０１）５０μｌを皮下注射した。

９６％のエタノール４００μｌにデキサメタゾン６．８ｍｇを再懸濁させることにより、デキサメタゾンのストック溶液（１７ｍｇ／ｍｌ）を作った。各投与日に、腹腔内投与用のセプタムバイアル中において、このストック溶液を無菌ＰＢＳで１００倍に希釈して０．１７ｍｇ／ｍＬの最終濃度を得ることにより、ワーキング溶液を調製する。デキサメタゾン処置マウスに、デキサメタゾン１００μＬをｉ．ｐ．投与した（０．１７ｍｇ／溶液ｍＬを５ｍＬ／ｋｇ）。凍結スクロースは、陰性コントロール（ビヒクル）としての役割を果たした。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、毎日１×１０^∧１０ＣＦＵ／ｍｌでの細菌細胞１００ｕｌで投与した。デキサメタゾン（陽性コントロール）、ビヒクル（陰性コントロール）、及びラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを毎日投与した。

１〜９日目に、マウスに経口経管投与するか（群１及び３）、又は腹腔内注射した（ｉ．ｐ．群２）。

８日目に、全てのマウスに経管投与した後、各マウスをイソフルランで麻酔し、Ｆｏｗｌｅｒキャリパを使用してベースラインの左耳測定値を得た。次いで、ＯＶＡ３２３−３３９（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）（１ｍｇ／ｍｌの濃度まで無菌ＰＢＳに溶解させた）１０μｌを左耳に皮内注射した。図５に示すように、ＯＶＡベースの養子移植遅延型過敏症（ＡｄＤＴＨ）マウスモデルでは、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、ビヒクル（陰性コントロ−ル）及び抗炎症性デキサメタゾン（陽性コントロール）と比較して抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）を減少させる。

９日目に、Ｆｏｗｌｅｒキャリパを使用して２４時間耳測定値を得、マウスを安楽死させ、脾臓、排出頸部リンパ節、及び腸間膜リンパ節のような組織を、エクスビボ処理のために採取した。

組織の単一細胞懸濁液を調製し、計数し、２００，０００個の細胞／ウェルまで蒔き、４８時間にわたりＬＰＳ及びＰＭＡ／イオノマイシンで再刺激するか、又はＯＶＡ３２３−３３９ペプチドで再刺激するか、又は７２時間にわたり刺激せずに放置した。刺激の最後に上清を回収し、下流のＭＳＤ又はＬｕｍｉｎｅｘ分析に使用した。

図６Ａ、図６Ｂ、及び図６Ｃに示すように、養子移植遅延型過敏症（ＡｄＤＴＨ）マウスモデルでは、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、ＩＬ−１２ｐ７０（図６Ａ）、ＩＬ−２２（図６Ｂ）、及びＫＣ（図６Ｃ）の発現を減少させる。円形はビヒクルを表し、四角形はデキサメタゾンを表し、三角形はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを表す。

実施例１３：乾癬のイミキモドマウスモデル
イミキモド誘発乾癬モデルは、Ｔｈ１７誘発皮膚炎症モデルである。マウスは、皮膚の扁平化（ｆｌａｋｉｎｅｓｓ）、及び０〜４のスケールでスコア化されるヒト乾癬に関連する病理の内のいくつかを模倣する紅斑を発症する。加えて、耳の炎症をＤＴＨと同様に評価し得る。

簡潔に説明すると、マウスをＴａｃｏｎｉｃ Ｌａｂｓから購入し、実験を開始する前に１週間にわたり飼育器に慣れさせた。マウスを、標準的な寝床及びエンリッチメントを有する、個別に換気されているケージに、１つのケージ当たり５匹の動物で収容する。標準的なＰｕｒｉｎａ齧歯類飼料（５００１）及びオートクレーブされた水を自由に摂取させ、毎日チェックする。換気されているケージを１週間に１回交換する。動物飼育室は、１２時間のオン及び１２時間のオフからなる照明サイクルを受ける。床、壁、及び天井を１ヶ月に１回消毒し、部屋を３０％〜７０％の範囲の湿度及び華氏６８〜７９度の範囲の温度に維持する。動物の健康のチェックを１日に２回行なう。

９６％のエタノール４００μｌにデキサメタゾン６．８ｍｇを再懸濁させることにより、デキサメタゾンのストック溶液（１７ｍｇ／ｍｌ）を作った。各投与日に、腹腔内投与用のセプタムバイアル中において、このストック溶液を無菌ＰＢＳで１００倍に希釈して０．１７ｍｇ／ｍＬの最終濃度を得ることにより、ワーキング溶液を調製する。デキサメタゾン処置マウスに、デキサメタゾン１００μＬをｉ．ｐ．投与した（０．１７ｍｇ／溶液ｍＬを５ｍＬ／ｋｇ）。凍結スクロースは、陰性コントロール（ビヒクル）としての役割を果たした。ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを、Ｐ．Ｏ．にて毎日１×１０^∧１０ＣＦＵ／ｍｌでの細菌細胞１００ｕｌで投与した。デキサメタゾン（陽性コントロール）、ビヒクル（陰性コントロール）、及びラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａを毎日投与した。

０日目に、マウスの背中を剪毛し、Ｎａｉｒで脱毛した（約２５秒）。次いで、Ｎａｉｒを拭き取り、マウスの背中を温水で洗浄した（２×）。

１〜７日目に、Ａｌｄａｒａ（マウス１匹当たり５％のイミキモド６２．５ｍｇ）又はコントロールクリームを、マウスの背中に塗布する。クリームを、均一の塗布を確保するために再塗布する。毎日、炎症皮膚スコアを記録する。

８日目に、下流のＲＮＡ分析のために背中の皮膚パンチを採取する。皮膚の炎症スコアを、下記のスケールに基づいて評価する：０−正常、反応なし；１−わずかな紅斑；２−中程度から重度の紅斑及びいくつかのプラーク；３−顕著な紅斑及びプラーク；４−非常に顕著な紅斑及びプラーク。図７に示すように、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは、コントロールクリーム、ビヒクル、及びデキサメタゾンと比較して、乾癬のイミキモドモデルにおいて皮膚の炎症スコアを改善した。

参照による組み込み
本明細書で言及する全ての刊行物及び特許出願は、あたかも個々の刊行物又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的且つ個別に示されたかのように、その全内容が参照により組み込まれる。矛盾する場合、本明細書の全ての定義を含む本出願が優先される。

同等物
当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多数の同等物を認識する、又は日常的な実験のみを使用して多数の同等物を確認することができるであろう。そのような同等物は、添付の特許請求の範囲に含まれるものとする。

Claims (94)

1. 対象の免疫障害を処置する方法であって、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む細菌組成物を前記対象に投与することを含む方法。
2. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項１に記載の方法。
3. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項１に記載の方法。
4. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である、請求項１に記載の方法。
5. 前記細菌組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）と、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌とを含む、請求項４に記載の方法。
6. 前記医薬組成物中の前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶである、請求項５に記載の方法。
7. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌である、請求項５に記載の方法。
8. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質である、請求項５に記載の方法。
9. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質である、請求項５に記載の方法。
10. 前記医薬組成物中の前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌脂質の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質である、請求項５に記載の方法。
11. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質である、請求項５に記載の方法、請求項１０３に記載の細菌組成物。
12. 前記細菌組成物は、ＥＶから単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む、請求項１に記載の方法。
13. 前記免疫障害は、アレルギー反応、炎症性疾患、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、遅延型過敏症、自己免疫性心筋炎、肉芽腫、末梢神経障害、橋本甲状腺炎、結腸の炎症、大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン大腸炎、空置大腸炎、化学的大腸炎、虚血性大腸炎、不確定大腸炎、非定型大腸炎、多発性硬化症、橋本病、アレルギー性疾患、食物アレルギー、花粉症、喘息、感染性疾患、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）による感染、炎症性疾患、ＴＮＦにより媒介される炎症性疾患、胃腸管の炎症性疾患、嚢炎、心血管の炎症状態、アテローム性動脈硬化症、炎症性肺疾患、慢性の閉塞性肺疾患、関節炎、変形性関節症、関節リウマチ、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、急性及び慢性の感染性関節炎、痛風及び偽痛風と関連する関節炎、若年性特発性関節炎、腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑液包炎、結合織炎、線維筋痛症、上顆炎、筋炎、及び骨炎、パジェット病、恥骨骨炎、嚢胞性線維性骨炎、眼の免疫異常、眼瞼炎、眼瞼皮膚弛緩症、結膜炎、涙腺炎、角膜炎、乾性角結膜炎（ドライアイ）、強膜炎、睫毛乱生症、ぶどう膜炎、神経系免疫、脳炎、ギラン・バレー症候群、髄膜炎、神経性筋強直症、ナルコレプシー、多発性硬化症、脊髄炎、統合失調症、脈管構造及びリンパ系の炎症、関節硬化症、関節炎、静脈炎、血管炎、リンパ管炎、消化器系の免疫障害、胆道炎、胆嚢炎、腸炎（ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ）、腸炎（ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｓ）、胃炎、胃腸炎、回腸炎、直腸炎、過敏性腸症候群、顕微鏡的大腸炎、リンパ球プラズマ細胞性腸炎（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ−ｐｌａｓｍｏｃｙｔｉｃ ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ）、セリアック病、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、好酸球性腸炎、不確定大腸炎、偽膜性大腸炎（壊死性大腸炎）、虚血性炎症性腸疾患、ベーチェット病、サルコイドーシス、強皮症、ＩＢＤ関連の異形成、異形成関連の腫瘤又は病変、原発性硬化性胆管炎、生殖系の免疫障害、子宮頸管炎、絨毛羊膜炎、子宮内膜炎、精巣上体炎、臍炎、卵巣炎、精巣炎、卵管炎、卵管卵巣膿瘍、尿道炎、腟炎、外陰炎、外陰部痛、自己免疫性状態、急性汎発性全身性脱毛症（ａｃｕｔｅ ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅｄ ａｌｏｐｅｃｉａ ｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｓｅ）、ベーチェット病、シャーガス病、慢性疲労症候群、自律神経障害、脳脊髄炎、強直性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎、セリアック病、１型糖尿病、巨細胞性動脈炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、川崎病、紅斑性狼瘡、顕微鏡的大腸炎、顕微鏡的多発動脈炎、混合性結合組織病、マックル・ウェルズ症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、視神経炎、オード甲状腺炎（ｏｒｄ’ｓ ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、天疱瘡、結節性多発動脈炎、多発性筋痛、関節リウマチ、ライター症候群、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、温式自己免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、ライム病、モルフェア、乾癬、サルコイドーシス、強皮症、潰瘍性大腸炎、白斑、Ｔ細胞により媒介される過敏性疾患、接触過敏症、接触性皮膚炎、じんま疹、皮膚アレルギー、呼吸アレルギー、枯草熱、アレルギー性鼻炎、チリダニアレルギー、グルテン過敏性腸症、セリアック病、虫垂炎、皮膚炎、皮膚筋炎、心内膜炎、結合織炎、歯肉炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹彩炎、喉頭炎、乳腺炎、心筋炎、腎炎、耳炎、膵炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、間質性肺炎、前立腺炎（ｐｒｏｓｔａｔｉｓｔｉｓ）、腎盂腎炎、口内炎（ｓｔｏｍａｔｉｓｉ）、移植拒絶反応、急性膵炎、慢性膵炎、急性呼吸促迫症候群、セザール症候群（Ｓｅｘａｒｙ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、先天性副腎過形成（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ ａｄｒｅｎａｌ ｈｙｐｅｒｐｌａｓｉｓ）、非化膿性甲状腺炎、癌と関連する高カルシウム血症、天疱瘡、水疱性ヘルペス状皮膚炎（ｂｕｌｌｏｕｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｈｅｒｐｅｔｉｆｏｒｍｉｓ）、重度の多形性紅斑、剥離性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、季節性又は通年性のアレルギー性鼻炎、気管支喘息、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、薬物過敏症反応、アレルギー性結膜炎、角膜炎、眼部帯状疱疹、虹彩炎及び虹彩毛様体炎（ｏｉｒｉｄｏｃｙｃｌｉｔｉｓ）、脈絡網膜炎、視神経炎、症候性サルコイドーシス、劇症性又は播種性の肺結核化学療法、成人の特発性血小板減少性紫斑病、成人の続発性血小板減少症、後天性（自己免疫性）溶血性貧血、成人の白血病及びリンパ腫、小児の急性白血病、局所性腸炎、自己免疫性血管炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、固形臓器移植拒絶反応、敗血症、関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、１型糖尿病、喘息、炎症性腸疾患、全身性紅斑性狼瘡、乾癬、慢性閉塞性肺疾患、感染状態を伴う炎症、並びに敗血症から選択される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
14. 前記免疫障害は、遅延型過敏症、アレルギー性接触性皮膚炎、自己免疫性心筋炎、１型糖尿病、肉芽腫、末梢神経障害、橋本甲状腺炎、多発性硬化症、関節リウマチ、結腸の炎症、大腸炎、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン大腸炎、便流変更性大腸炎、化学的大腸炎、虚血性大腸炎、不確定大腸炎、非定型大腸炎、消化器系疾患、クローン病、又は炎症性腸疾患である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
15. 前記細菌組成物を経口投与するか、直腸投与するか、静脈内投与するか、腫瘍内投与するか、又は皮下投与する、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
16. 前記細菌組成物中の細菌の少なくとも５０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
17. 前記細菌組成物中の細菌の少なくとも９０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
18. 前記細菌組成物中の細菌の実質的に全ては免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
19. 前記細菌組成物は少なくとも１×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
20. 前記細菌組成物は少なくとも１×１０^７ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、請求項１９に記載の方法。
21. 前記細菌組成物は少なくとも１×１０^８ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、請求項１に記載の方法。
22. 前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含む、請求項１に記載の方法。
23. 前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
24. 前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、且つ表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、請求項２２又は２３に記載の方法組成物。
25. 前記細菌組成物を２つ以上の用量で投与する、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
26. 前記２つ以上の用量の前記対象への投与は少なくとも１日離れている、請求項２５に記載の方法。
27. 前記２つ以上の用量の投与は少なくとも１週間離れている、請求項２６に記載の方法。
28. 前記細菌組成物は生細菌を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
29. 前記細菌組成物は弱毒化細菌を含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
30. 前記細菌組成物は死滅細菌を含む、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
31. 前記細菌組成物は放射線を照射された細菌を含む、請求項３０に記載の方法。
32. 前記細菌組成物はガンマ線を照射された細菌を含む、請求項３０に記載の方法。
33. 前記細菌組成物の投与により前記免疫障害を処置する、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
34. 前記細菌組成物の投与により免疫反応を誘発する、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
35. 前記方法は、追加の治療薬を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
36. 前記追加の治療薬は、免疫抑制剤、ＤＭＡＲＤ、疼痛制御剤、ステロイド、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、サイトカイン拮抗薬、シクロスポリン、レチノイド、副腎皮質ステロイド、プロピオン酸誘導体、酢酸誘導体、エノール酸誘導体、フェナム酸誘導体、Ｃｏｘ−２阻害剤、ルミラコキシブ、イブプロフェン、サリチル酸コリンマグネシウム、フェノプロフェン、サルサラート、ジフニサル、トルメチン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ケトロラック、ナブメトン、ナプロキセン、バルデコキシブ、エトリコキシブ、ＭＫ０９６６；ロフェコキシブ、アセトアミノフェン、セレコキシブ、ジクロフェナク、トラマドール、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム、イソキシカム、メフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、バルデコキシブ、パレコキシブ、エトドラク、インドメタシン、アスピリン、イブプロフェン、フィロコキシブ、メトトレキサート（ＭＴＸ）、抗マラリア剤、ヒドロキシクロロキン、クロロキン、スルファサラジン、レフルノミド、アザチオプリン、シクロスポリン、金塩、ミノサイクリン、シクロホスファミド、Ｄ−ペニシラミン、ミノサイクリン、オーラノフィン、タクロリムス、ミオクリシン、クロラムブシル、ＴＮＦアルファ拮抗薬、ＴＮＦアルファ拮抗薬、ＴＮＦアルファレセプター拮抗薬、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）；ＴＡ−６５０）、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）；ＣＤＰ８７０）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｍ（登録商標）；ＣＮＴＯ １４８）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）；ＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ（登録商標））、トシリズマブ（ＲｏＡｃｔｅｍｒａ／Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））、インテグリン拮抗薬、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標）（ナタリズマブ）、ＩＬ−１拮抗薬、ＡＣＺ８８５（イラリス）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標）））、ＣＤ４拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、ＩＬ−２０拮抗薬、ＩＬ−６拮抗薬、ＢＬｙＳ拮抗薬、アタシセプト、Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）／ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）（ベリムマブ））、ｐ３８阻害剤、ＣＤ２０拮抗薬、オクレリズマブ、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）））、インターフェロンガンマ拮抗薬、フォントリズマブ、プレドニゾロン、プレドニゾン、デキサメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン、フルドロコルチゾン、デオキシコルチコステロン、アルドステロン、ドキシサイクリン、バンコマイシン、ピオグリタゾン、ＳＢＩ−０８７、ＳＣＩＯ−４６９、Ｃｕｒａ−１００、オンコキシン＋ビウシド、ＴｗＨＦ、メトキサレン、ビタミンＤ−エルゴカルシフェロール、ミルナシプラン、パクリタキセル、ロージングタゾン、タクロリムス、Ｐｒｏｇｒａｆ（登録商標）、ＲＡＤＯＯｌ、ラパミューン、ラパマイシン、フォスタマチニブ、フェンタニル、ＸＯＭＡ ０５２、フォスタマチニブ二ナトリウム、ロシグリタゾン、クルクミン、Ｌｏｎｇｖｉｄａ（商標）、ロスバスタチン、マラビロク、ラミピニル、ミルナシプラン、コビプロストン、ソマトロピン、ｔｇＡＡＣ９４遺伝子治療用ベクター、ＭＫ０３５９、ＧＷ８５６５５３、エソメプラゾール、エベロリムス、トラスツズマブ、ＪＡＫｌ阻害剤及びＪＡＫ２阻害剤、パンＪＡＫ阻害剤、例えば、四環系ピリドン６（Ｐ６）、３２５、ＰＦ−９５６９８０、デノスマブ、ＩＬ−６拮抗薬、ＣＤ２０拮抗薬、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＩＬ−８拮抗薬、ＩＬ−２１拮抗薬、ＩＬ−２２拮抗薬、インテグリン拮抗薬、Ｔｙｓａｒｂｒｉ（登録商標）（ナタリズマブ）、ＶＧＥＦ拮抗薬、ＣＸＣＬ拮抗薬、ＭＭＰ拮抗薬、デフェンシン拮抗薬、ＩＬ−１拮抗薬、ＩＬ−１ベータ拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、レセプターデコイ、拮抗性抗体、副腎皮質ステロイド、メサラジン、メサラミン、スルファサラジン、スルファサラジン誘導体、免疫抑制薬、シクロスポリンＡ、メルカプトプリン、アザチオプリン、プレドニゾン、メトトレキサート、抗ヒスタミン薬、グルココルチコイド、エピネフリン、テオフィリン、クロモグリク酸ナトリウム、抗ロイコトリエン、鼻炎用の抗コリン薬、ＴＬＲ拮抗薬、インフラマソーム阻害剤、抗コリン性うっ血除去薬、肥満細胞安定化薬、モノクローナル抗ＩｇＥ抗体、ワクチン、サイトカイン阻害剤、抗ＩＬ−６抗体、ＴＮＦ阻害剤、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブペゴル、ゴリムマブ、並びにエタネルセプトからなる群から選択される、請求項３５に記載の方法。
37. 前記追加の治療薬は抗生物質である、請求項３５又は３６に記載の方法。
38. 前記抗生物質が、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン、ペニシリン、ポリペプチド抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、抗マイコバクテリア化合物、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３７に記載の方法。
39. 前記方法は、第２の治療用細菌を前記対象に投与することをさらに含む、請求項３５〜３８のいずれか一項に記載の方法。
40. 前記方法は、前記対象にプレバイオティックを投与することをさらに含む、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
41. 前記プレバイオティックは、フルクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、トランス−ガラクトオリゴ糖、キシロオリゴ糖、キトオリゴ糖、大豆オリゴ糖、ゲンチオオリゴ糖、イソマルトオリゴ糖、マンノオリゴ糖、マルトオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、ラクツロース、ラクトスクロース、パラチノース、グリコシルスクロース、グアーガム、アラビアゴム、タガロース（ｔａｇａｌｏｓｅ）、アミロース、アミロペクチン、ペクチン、キシラン、又はシクロデキストリンである、請求項４０に記載の方法。
42. 前記対象はヒトである、請求項１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
43. 前記対象が非ヒト哺乳動物である、請求項１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
44. 前記哺乳動物が、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ、又はチンパンジーからなる群から選択される、請求項４３に記載の方法。
45. 第２の細菌を生態学的コンソーシアムの一部として投与する、請求項１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
46. 免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株と、薬学的に許容される担体とを含む細菌組成物。
47. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項４６に記載の細菌組成物。
48. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項４６に記載の細菌組成物。
49. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である、請求項４６に記載の細菌組成物。
50. 前記細菌組成物は、経口投与用に、直腸投与用に、静脈内投与用に、腫瘍内投与用に、又は皮下投与用に製剤化されている、請求項４６〜４９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
51. 前記細菌組成物中の細菌の少なくとも５０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、請求項４６〜５０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
52. 前記細菌組成物中の細菌の少なくとも９０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、請求項４６〜５０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
53. 前記細菌組成物中の細菌の実質的に全ては免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、請求項４６〜５２のいずれか一項に記載の細菌組成物。
54. 前記細菌組成物は少なくとも１×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、請求項４６〜５３のいずれか一項に記載の細菌組成物。
55. 前記細菌組成物は少なくとも１×１０^７ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、請求項５４に記載の細菌組成物。
56. 前記細菌組成物は少なくとも１×１０^８ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、請求項５４に記載の細菌組成物。
57. 前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含む、請求項５６に記載の細菌組成物。
58. 前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、請求項４６〜５７のいずれか一項に記載の細菌組成物。
59. 前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、且つ表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、請求項５６に記載の細菌組成物。
60. 前記細菌組成物は生細菌を含む、請求項４６〜５９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
61. 前記細菌組成物は弱毒化細菌を含む、請求項４６〜６０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
62. 前記細菌組成物は死滅細菌を含む、請求項４６〜６０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
63. 前記細菌組成物は放射線を照射された細菌を含む、請求項４６〜６２のいずれか一項に記載の細菌組成物。
64. 前記細菌組成物はガンマ線を照射された細菌を含む、請求項６３に記載の細菌組成物。
65. 前記細菌組成物の投与により免疫障害を処置する、請求項４６〜６４のいずれか一項に記載の細菌組成物。
66. 前記細菌組成物の投与により免疫反応を誘発する、請求項４６〜６５のいずれか一項に記載の細菌組成物。
67. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は腸溶コーティング又はマイクロカプセル化で製剤化されている、請求項４６〜６６のいずれか一項に記載の細菌組成物。
68. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表１で列挙されている１種若しくは複数種のタンパク質を含むか、又は表３からの１種若しくは複数種のタンパク質を含まない、請求項４６〜６７のいずれか一項に記載の細菌組成物。
69. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表２で列挙された１種又は複数種のタンパク質を含む、請求項４６〜６８のいずれか一項に記載の細菌組成物。
70. 前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表４で列挙された１種若しくは複数種のタンパク質、及び／又は表４で列挙されたタンパク質で作られたＥＰＳを含まない、請求項４６〜６９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
71. 単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）を含む細菌組成物。
72. 免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）と、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌とを含む細菌組成物。
73. 前記医薬組成物中のラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶである、請求項７１に記載の細菌組成物。
74. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌である、請求項７１に記載の細菌組成物。
75. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質である、請求項７１に記載の細菌組成物。
76. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質である、請求項７１に記載の細菌組成物。
77. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質である、請求項７１に記載の細菌組成物。
78. 前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質である、請求項７１に記載の細菌組成物。
79. ＥＶから単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む細菌組成物。
80. 前記細菌組成物は菌体外多糖を実質的に含まない、請求項４６〜７９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
81. 前記細菌組成物は、経口投与用に、直腸投与用に、静脈内投与用に、腫瘍内投与用に、又は皮下投与用に製剤化されている、請求項４６〜８０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
82. 前記細菌組成物は生細菌を含む、請求項４６〜８１のいずれか一項に記載の細菌組成物。
83. 前記細菌組成物は弱毒化細菌を含む、請求項４６〜８１のいずれか一項に記載の細菌組成物。
84. 前記細菌組成物は死滅細菌を含む、請求項４６〜８１のいずれか一項に記載の細菌組成物。
85. 前記細菌組成物の投与により免疫障害を処置する、請求項４６〜８４のいずれか一項に記載の細菌組成物。
86. 前記細菌組成物の投与により免疫反応を誘発する、請求項４６〜８５のいずれか一項に記載の細菌組成物。
87. 前記ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは腸溶コーティング又はマイクロカプセル化で製剤化されている、請求項４６〜８６のいずれか一項に記載の細菌組成物。
88. 対象の免疫障害を処置する方法であって、請求項４６〜８７のいずれか一項に記載の細菌組成物を前記対象に投与することを含む方法。
89. ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の細菌を含むバイオリアクタ。
90. 前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項８９に記載のバイオリアクタ。
91. 前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項８９に記載のバイオリアクタ。
92. 前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂのヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項８９に記載のバイオリアクタ。
93. 前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、請求項８９に記載のバイオリアクタ。
94. バイオリアクタ中で細菌を培養する方法であって、
    請求項８９〜９３のいずれか一項に記載のバイオリアクタを準備すること、
    及び
    一定期間にわたり前記細菌を発酵させること
    を含む方法。